Towards Development of the 4C-Based Method Detecting Interactions of Plasmid DNA with Host Genome Alexandra P Yan, Paul A Salnikov, Maria M Gridina, Polina S Belokopytova, Veniamin S Fishman BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2024
TAD border deletion at the Kit locus causes tissue-specific ectopic activation of a neighboring gene. Kabirova E, Ryzhkova A, Lukyanchikova V, Khabarova A, Korablev A, Shnaider T, Nuriddinov M, Belokopytova P, Smirnov A, Khotskin NV, Kontsevaya G, Serova I, Battulin N. NAT COMMUN, 2024
2023
Изменения в социальном предпочтении места и плотность дофаминергических нейронов в вентральном тегментуме у Clsnt2-KO мышей Рожкова И.Н., Окотруб С.В., Брусенцев Е.Ю., Ульданова Е.Е., Чуйко Э.А., Напримеров В.А., Липина Т.В., Амстиславская Т.Г., Амстиславский С.Я. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, Т. 27. № 2. С. 177-184.
Heterologous Expression of Extracellular Proteinase pAsPs of Aspergillus pseudotamarii in Komagataella phaffii. Zadorozhny AV, Voskoboev ME, Bochkov DV, Rozanov AS, Shedko ED, Mescheryakova IA, Blinov AG, Korzhuk AV, Shlyakhtun VN, Bogacheva NV, Antonov EV, Bannikova SV, Goryachkovskaya TN, Peltek SE INT J MOL SCI, 2023, International Journal of Molecular Sciences. 2022; 23(23):15035.
Клонирование и экспрессия гена маннаназы Thermothielavioides terrestris в Komagataella phaffii Задорожный А.В., Павлова Е.Ю., Ушаков В.С., Богачева Н.В., Шляхтун В.Н., Розанов А.С., Воскобоев M.E., Коржук А.В., Новикова Д.С., Банникова С.В., Мещерякова И.А., Васильева А.Р., Брянская А.В., Бочков Д.В., Шипова А.А., Горячковская Т.Н., Пельтек С.Е. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, 2022 Т. 8, № 4. С. 344–351
Hi-C analysis of genomic contacts revealed karyotype abnormalities in chicken HD3 cell line Maslova A, Plotnikov V, Nuriddinov M, Gridina M, Fishman V, Krasikova BMC GENOMICS, 2023
Молекулярные маркеры адаптации к холодному климату у крупного рогатого скота Н.С. Юдин, А.В. Игошин, Д.М. Ларкин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023
Genetic Dissection of Spike Productivity Traits in the Siberian Collection of Spring Barley Irina V. Rozanova, Yuriy N. Grigoriev, Vadim M. Efimov, Alexander V. Igoshin, Elena K. Khlestkina Biomolecules, 2023
A Multibreed Genome-Wide Association Study for Cattle Leukocyte Telomere Length Alexander V. Igoshin, Nikolay S. Yudin, Grigorii A. Romashov, Denis M. Larkin Genes, 2023
Lethal Yellow Mutation Causes Anxiety, Obsessive-compulsive Behavior and Affects the Brain Melanocortin System in Males and Females of Mice Arseniy E. Izyurov, Alexandra V. Plyusnina, Elizabeth A. Kulikova, Alexander V. Kulikov, Nikita V. Khotskin CURR PROTEIN PEPT SC, 2023
Effects of the Combination of the C1473G Mutation in the Tph2 Gene and Lethal Yellow Mutations in the Raly-Agouti Locus on Behavior, Brain 5-HT and Melanocortin Systems in Mice Komleva P.D., Alhalabi G., Izyurov A.E., Khotskin N.V., Kulikov A.V. Biomolecules, 2023, V. 13, N 6, P.963
Изменения уровня мРНК генов Tph1, Tph2, активности триптофангидроксилазы и метаболизма серотонина в мозге мышей через 5 суток после введения липополисахарида Д. В. Щербаков, А. Б. Арефьева, П. Д. Комлева, А. Е. Изъюров, Н. В. Хоцкин , Д. В. Базовкина, А. В. Куликов Молекулярная биология, 2023, T. 57. № 2, стр. 299-306
2022
ВЛИЯНИЕ ЛИНОЛЕВОЙ КИСЛОТЫ НА ЭФФЕКТИВНОСТЬ ВИТРИФИКАЦИИ ЭМБРИОНОВ МЫШЕЙ Е.Ю. Брусенцев, Т.Н. Игонина, С.В. Окотруб, Э.А. Чуйко, С.Я. Амстиславский Онтогенез, 2022, Т. 53, № 1, С. 58–62
ЭФФЕКТЫ ПРЕНАТАЛЬНОГО ВОЗДЕЙСТВИЯ ЭКЗОГЕННОГО ГОНАДОТРОПИНА НА РАЗВИТИЕ МОЗГА У МЫШЕЙ С.В. Окотруб, И.Н. Рожкова, Е.Ю. Брусенцев, А.М. Горностаева, Д.С. Рагаева, Э.А. Чуйко, С.Я. Амстиславский Журнал высшей нервной деятельности, 2022, Т. 72, № 1, С. 119–131
Клонирование и экспрессия гена целлюлазы Penicillium sp. “occitanis” в K. phaffii T07, выделение и анализ свойств. Розанов А.С., Воскобоев М., Богачева Н.В., Коржук А.В., Шляхтун В.Н., Мещерякова И.А., Романцев В.А., Бочков Д.В., Задорожный А., Пельтек С.Е. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2022
Anopheles mosquitoes reveal new principles of 3D genome organization in insects Varvara Lukyanchikova*, Miroslav Nuriddinov*, Polina Belokopytova, Alena Taskina, Jiangtao Liang, Maarten Reijnders, Livio Ruzzante, Romain Feron, Robert Waterhouse, Yang Wu, Chunhong Mao, Zhijian Tu, Igor Sharakhov, and Veniamin Fishman
* authors contributed equally NAT COMMUN, 2022
Сравнительный анализ частот ДНК-полиморфизмов, ассоциированных с заболеваниями и хозяйственно важными признаками, в геномах российских и зарубежных пород крупного рогатого скота А.В. Игошин, Г.А. Ромашов, Е.Н. Черняева, Н.П. Елаткин, Н.C. Юдин, Д.M. Ларкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2022
Meta-Analysis of Genetic Factors for Potato Starch Phosphorylation V.K. Khlestkin, T.V. Erst, A.V. Igoshin, I.V. Rozanova, E.K. Khlestkina Agronomy, 2022
Resequencing the Yaroslavl cattle genomes reveals signatures of selection and a rare haplotype on BTA28 likely to be related to breed phenotypes Ruvinskiy D.E., Igoshin A.V., Yurchenko A.A., Ilina A.V., Larkin D.M. ANIM GENET, 2022
Плотность нейронов в коре головного мозга и гиппокампе мышей линии Clsnt2-KO – модели расстройств аутистического спектра Рожкова И.Н., Окотруб С.В., Брусенцев Е.Ю., Ульданова Е.Е., Чуйко Э.А., Липина Т.В., Амстиславская Т.Г., Амстиславский С.Я. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(4):365-370
Влияние линолевой кислоты на криоконсервацию полученных путем ЭКО эмбрионов домашней кошки Окотруб С.В., Лебедева Д.А., Окотруб К.А., Чуйко Э.А., Брусенцев Е.Ю., Рахманова Т.А., Амстиславский С.Я. Онтогенез, 2022, Т. 53, № 5, С. 345–357.
A Newly Identified Monoterpenoid-Based Small
Molecule Able to Support the Survival of Primary Cultured Dopamine Neurons and Alleviate MPTP-Induced Toxicity <i>In Vivo</i>. Kotliarova A, Podturkina AV, Pavlova AV, Gorina DS, Lastovka AV, Ardashov OV, Rogachev AD, Izyurov AE, Arefieva AB, Kulikov AV, Tolstikova TG, Volcho KP,
Salakhutdinov NF, Sidorova Y. MOLECULES, 2022, V.27, 23:8286
2021
Alteration of the lipid phase transition during mouse embryos freezing after in vitro culture with linoleic acid T.N. Igonina, K.A. Okotrub, E.Yu. Brusentsev, E.A. Chuyko, D.S. Ragaeva, S.V. Ranneva, S.Ya. Amstislavsky CRYOBIOLOGY, 2021, S0011-2240(21)00014-6.
Whole-Genome Resequencing Points to Candidate DNA Loci Affecting Body Temperature under Cold Stress in Siberian Cattle Populations Alexander Igoshin, Nikolay Yudin, Ruslan Aitnazarov, Andrey A. Yurchenko, Denis M. Larkin Life, 2021
E. coli aggregation and impaired cell division after terahertz irradiation. 1. Peltek S, Meshcheryakova I, Kiseleva E, Oshchepkov D, Rozanov A, Serdyukov D, Demidov E, Vasiliev G, Vinokurov N, Bryanskaya A, Bannikova S, Popik V, Goryachkovskaya T. SCI REP-UK, 2021, Oct 14;11(1):20464.
Microorganisms of two thermal pools on Kunashir Island, Russia Rozanov A.S., Korzhuk A.V., Shekhovtsov S.V., Vasiliev G.V., Peltek S.E. Biology, 2021, V. 10. I. 9 P. 924.
Copy number variants in genomes of local sheep breeds from Russia A.V. Igoshin, T.E. Deniskova, A.A. Yurchenko, N.S. Yudin, A.V. Dotsev, M.I. Selionova, N.A. Zinovieva, D.M. Larkin ANIM GENET, 2021
Metagenomics data of microbial communities in bacterial mats and bottom sediments in water bodies within the Kurai Mercury Province (Gorny Altai, Russia). Rozanov A. S., Myagkaya I. N., Korzhuk A. V., Ershov N. I., Kirichenko I. S., Gustaytis M. A., Saryg-ool B.Y., Malov V.I., Shipova A.A., Lazareva E.V. & Peltek, S. E. Data in Brief, 2021
Metagenomics data of microbial communities of natural organic matter from the dispersion train of sulfide tailings. Korzhuk A. V., Myagkaya I. N., Rozanov A. S., Ershov N. I., Saryg-Ool B. O. Y., Malov V. I., Shipova A.A., Lazareva E.V. & Peltek, S. E. Data in Brief, 2021
2020
Resequencing and signatures of selection scan in two Siberian native sheep breeds point to candidate genetic variants for adaptation and economically important traits J. Sweet‐Jones, A. A. Yurchenko, A. V. Igoshin, N. S. Yudin, M. T. Swain, D. M. Larkin ANIM GENET, 2020
Creation of an online platform for identification of microorganisms: peak picking or full-spectrum analysis Starostin K.V., Demidov E.A., Ershov N.I., Bryanskaya A.V., Efimov V.M., Shlyakhtun V.N., Peltek S.E. Frontiers in Microbiology, 2020
Metagenomic data on prokaryotic diversity of Kunashir island geothermal spring Alexei S Rozanov, Anton V Korzhuk, Valeria N Shlyakhtun, Aleksandra A Shipova, Sergey E Peltek Data in Brief, 2020
Diversity and occurrence of methylotrophic yeasts used in genetic engineering Rozanov, A.S., Pershina, E.G., Bogacheva, N.V., Shlyakhtun, V., Sychev, A.A., Peltek, S.E. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, Volume 24, Issue 2, 2020, Pages 149-157
2019
3D organization of chicken genome demonstrates evolutionary conservation of topologically associated domains and highlights unique architecture of erythrocytes' chromatin. Fishman V., Battulin N., Nuriddinov M., Maslova A., Zlotina A., Strunov A., Chervyakova D.,
Korablev A., Serov O., Krasikova A. NUCLEIC ACIDS RES, 2019
Genome‐wide association study for body weight in cattle populations from Siberia A. V. Igoshin, N. S. Yudin, N. M. Belonogova, D. M. Larkin ANIM GENET, 2019
Searching for Signatures of Cold Climate Adaptation in TRPM8 Gene in Populations of East Asian Ancestry Alexander V. Igoshin, Konstantin V. Gunbin, Nikolay S. Yudin, Mikhail I. Voevoda Frontiers in Genetics, 2019
C-InterSecture—a computational tool for interspecies comparison of genome architecture Нуриддинов Мирослав Абдурахимович
Фишман Вениамин Семёнович BIOINFORMATICS, 2019, Volume 35, Issue 23, 1 December 2019, Pages 4912–4921,
Metagenome-Assembled Genome of Halomonas sp. Isolate SL48-SHIP-3 from the Microbial Mat of Salt Lake Number 48 (Novosibirsk Region, Russia) Aleksandra A. Shipova, Anton V. Korzhuk, Valeria Shlyahtun, Alla V. Bryanskaya, Aleksey S. Rozanov, Sergey E. Peltek Microbiol Resour Announc, 2019
2017
New genetic lineage within the Siberian subtype of tick-borne encephalitis virus found in Western Siberia, Russia Sergey E Tkachev, Galina S Chicherina, Irina Golovljova, Polina S Belokopytova, Artem Yu Tikunov, Oksana V Zadora, Victor V Glupov, Nina V Tikunova INFECT GENET EVOL, 2017
Конференции
2024
Формирование многослойных мембран ЭПР и их атипичное слияние с ядерной оболочкой в мутантных клетках HEK293, содержащих 150 CAG-повторов в гене хантингтина Киселева Е.В., Сульдина Л.А., Григорьева Е.В., Морозова К.Н. XIX Всероссийский симпозиум «Структура и функции клеточного ядра»
2023
Электронно-микроскопический анализ одноклеточного эукариота Thraustochytrium aureum ssp. strugatskii на разных стадиях жизненного цикла. Юхтанов Д.А., Науменко Л.Г. Мензоров А.Г., Дорошков А.В., Сульдина Л.А., Киселева Е.В., Морозова К.Н. Chromosome-2023
Электронно-микроскопический портрет одноклеточного эукариота Thraustochytrium aureum ssp. Strugatskii. Юхтанов Д.А., Науменко Л.Г. Мензоров А.Г., Дорошков А.В., Сульдина Л.А., Киселева Е.В., Морозова К.Н. XX Всероссийская молодежная школа-конференция по актуальным проблемам химии и биологии
Ультраструктурная организация индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека с увеличенным числом CAG повторов в гене хантингтина, использующихся для создания клеточных моделей болезни Хантингтона. Сульдина Л.А., Морозова К.Н., Малахова А.А., Лагарькова М.А., Киселева Е.В. XX Всероссийская молодежная школа-конференция по актуальным проблемам химии и биологии, ТИБОХ ДВО РАН. Владивосток, 4-8 сентября 2023
Исследование роли комплексов конденсинов в поддержании пространственной структуры генома эмбриональных стволовых клеток мыши А.М. Юнусова, Т.А. Шнайдер, М.А. Нуриддинов, Н.Р. Баттулин. еждународная конференция по структуре и организации хромосом и геномов «Хромосома 2023»
НОВАЯ МЕТОДИКА КОЛИЧЕСТВЕННОЙ ОЦЕНКИ КЛЕТОЧНОЙ
ДИНАМИКИ В КОРНЕВОМ ЧЕХЛИКЕ ARABIDOPSIS THALIANA L. Черенко В.А., Землянская Е.В. Всероссийская научная конференция с международным участием "Биология растений в эпоху глобальных изменений климата"
2022
An increase in the number of CAG repeats in the huntingtin
gene enhances pathological ultrastructural aberrations
in the cells and neurons Suldina L.A., Morozova K.N., Malankhanova T.B., Kiseleva E. BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2022) Novosibirsk, 04–08 июля 2022 года
Атипичные нейроны с высокой плотностью расположения дефектных шипиков в популяции нейронов с 69 CAG повторами в гене хантингтина Сульдина Л.А., Морозова К.Н., Маланханова Т.Б., Киселева Е.В. XXIX Российская конференция по электронной микроскопии
Industrial enzymes production based on genetically engineered microorganisms strains of super-producers Peltek S., Zadorozhny A., Rozanov A., Bogacheva N., Shlyakhtun V., Voskoboev M., Blinov A., Sukhih I., Chesnokov D., Pavlova E., Goryachkovskaya T., Bochkov D., Korzhuk A., Ushakov V., Bannikova S., Meshcheryakova I., Antonov E., Vasilieva A., Shedko E., Shipova A., Uvarova Y. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
IMPUTATION-BASED WHOLE-GENOME ANALYSIS IDENTIFIES CANDIDATE VARIANTS AFFECTING BODY TEMPERATURE UNDER THE COLD STRESS IN SIBERIAN CATTLE Igoshin A.V., Yudin N.S., Larkin D.M. BGRS/SB-2022
2021
Whole-genome resequencing points to candidate variants and genes for body temperature maintenance under the cold stress in Siberian cattle populations A.V. Igoshin, N.S. Yudin, R.B. Aitnazarov, A.A. Yurchenko, D.M. Larkin ISAG-2021. 38th International Society for Animal Genetics Conference
Cryopreservation of domestic cat preimplantation embryos: effects of in vitro exposure to linoleic acid Okotrub S.V., Lebedeva D.A., Okotrub K.A., Chuyko E.A., Brusentsev E.Yu., Amstislavsky S.Ya. CRYO2021 The society for cryobiology’s 58th annual meeting
Метод общей адаптации выявления функциональных нуклеотидных замен в породах крупного рогатого скота для использования в геномной селекции и редактировании Ларкин Д.М., Рувинский Д.Е., Игошин А.В., Ромашов Г.А., Юдин Н.С. 3-я Международная научно-практическая конференция «Молекулярно-генетические технологии анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных»
Микробные сообщества в веществе из потока рассеяния Урского хвостохранилища (Кемеровская область, п. Урск) Розанов А.С., Мягкая И.Н., Коржук А.В., Изотова А.А., Тощаков С.В., Лазарева Е.В., Пельтек С.Е. Международная научная конференция, посвящённая 150-летию Севастопольской биологической станции — Института биологии южных морей имени А. О. Ковалевского и 45-летию НИС «Профессор Водяницкий», "Изучение водных и наземных экосистем: история и современность"
Микрофабрики для биотехнологии Розанов А.С. XII Всероссийская научно-практическая конференция молодых ученых с международным участием по проблемам водных экосистем, "Понт Эвксинский — 2021"
Изучение микробных сообществ соленых озер новосибирской области: от кое к mag Брянская А.В., Уварова Ю.Е., Шипова А.А., Розанов А.С., Старостин К.В., Горячковская Т.Н., Таран О.П., Лазарева Е.В., Пельтек С.Е. Разнообразие почв и биоты Северной и Центральной Азии. Материалы IV Всероссийской конференции с международным участием, посвященной году науки и технологий в Российской Федерации и 40-летию Института общей и экспериментальной биологии СО РАН.
2019
ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ ДЛЯ ХАРАКТЕРИСТИКИ БИОРЕСУРСОВ Пельтек С.Е. , Старостин К.В., Ершов Н., Ефимов В.М., Шляхтун В.Н., Мещерякова И. А., Банникова С. В., Розанов А. С., Брянская А.В., Демидов Е.А. МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ,И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»
Genome-wide tests and sequencing point to candidate gene variants for body temperature maintenance under the cold stress in Siberian cattle population A. V. Igoshin, A. A. Yurchenko, N. M. Belonogova, D. V. Petrovsky, R. B. Aitnazarov, V. A. Soloshenko, N. S. Yudin, D. M. Larkin ISAG-2019. 37th International Society for Animal Genetics Conference
2013
Changes in mouse blastocyst organization in response to the embryonic stem cells insertion Suldina L. A., Kizilova E.A., Mensorov A.G., Zhelezova A.I., Golubitsa A.N., Kiseleva E.V VI Russian Congress of young Biologists “SymBioS Russia 2013" with international participation
2012
Изменение ультраструктурной организации при получении ЭС клеток мыши de novo Морозова К.Н, Мензоров А.Г., Кизилова Е.А., Короткевич Е.Ю., Сульдина Л.А., Голубица А.Н., Железова А.И., Киселева Е.В. V Международная школа молодых ученых по молекулярной генетике «Непостоянство генома»
2011
Изменение ультраструктурной организации плюрипотентных клеток мыши при переходе от in vivo к in vitro Морозова К.Н, Кизилова Е.А., Мензоров А.Г., Короткевич Е.Ю., Сульдина Л.А., Голубица А.Н., Железова А.И., Киселева Е.В. VIII Международная конференция «Молекулярная генетика соматических клеток»
Гранты
2024
Ионы железа как фармакологические шапероны для коррекции функциональной активности гидроксилаз ароматических аминокислот и связанных с ними нарушений поведения РНФ, номер гранта 24-15-00078
Эволюция пространственной организации хроматина на субТАДовом уровне у млекопитающих РНФ, номер гранта 24-24-00321
2022
Особенности организации зародышевого генома певчих птиц РНФ, номер гранта 23-14-00182
Анализ длины теломер с использованием
отсеквенированных геномов российских пород крупного рогатого скота РНФ, номер гранта 22-26-00143
2021
Триптофангидроксилаза 2 в механизмах психопатологий и как мишень для фармакологических шаперонов РНФ, номер гранта РНФ 21-15-00035
Механизмы хромосомной пластичности малярийных комаров РНФ, номер гранта 21-14-00182
2020
Регуляция EIN3/EIL1-зависимого транскрипционного
ответа на этилен у растений: системный анализ
полногеномных данных Российский научный фонд, номер гранта 20-14-00140
Структура, функции и эволюция мейотических хромосом птиц РНФ, номер гранта 20-64-46021
2019
Поддержка и развитие центра коллективного пользования научным оборудованием Центр генетических ресурсов лабораторных животных путем инструментального развития исследований для обеспечения реализации приоритетов научно-технологического развития Минобрнауки России, номер гранта 05.621.21.0023
Патенты
2021
СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ L-(+)-ВИННОЙ КИСЛОТЫ Розанов А.С., Пельтек С.Е., Коржук А.В., Старостин К.В., Шляхтун В. Номер патента RU2756179C1
Штамм бактерий Bacillus megaterium 83_ICG, обладающий способностью продуцировать пробиотические и антимикробные вещества класса органических кислот Брянская Алла Викторовна (RU)
Уварова Юлия Евгеньевна (RU)
Шляхтун Валерия Николаевна (RU)
Слынько Николай Мефодьевич (RU)
Татарова Людмила Евгеньевна (RU)
Шипова Александра Андреевна (RU)
Горячковская Татьяна Николаевна (RU)
Пельтек Сергей Евгеньевич (RU) Номер патента 2557086
2019
База данных генов человека, вовлеченных в ответ на инфекцию вирусного клещевого энцефалита (ЭнцеГенХост) / Database of human genes involved in response to tick-borne encephalitis virus infection (TBEVHostDB) Игнатьева Е.В., Игошин А.В., Юдин Н.С. Номер патента 2019620937