Система учета научной деятельности (ASSA)

Вход

Отдел системной биологии

Отделение молекулярной генетики, клеточной биологии и биоинформатики

Подразделения

Лаборатория компьютерной протеомики (т.12)
Лаборатория молекулярно-генетических систем (т.13)
Лаборатория эволюционной биоинформатики и теоретической генетики (т.14)
Лаборатория психологической генетики (т.34)
Центр коллективного пользования Биоинформатика (т.53)
Лаборатория системной фармакологии (т.138)
Сектор молекулярно-генетических механизмов регенерации (т.158)

Колчанов Николай Александрович
[научный руководитель]

Научные результаты

Сотрудники

Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода:

Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты

Публикации

2012	Бистабильность системы утилизации нитрита Escherichia coli: анализ математической модели. Ри Н. А., Хлебодарова Т. М., Когай В. В., Фадеев С. И., Лихошвай В. А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2012, Том XV, № 4(52), с.110-117
2011	Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370
	Парадоксы "Проблем происхождения жизни" Колчанов Н.А., Суслов В.В. Наука в России, 2011, 5, 41-48
	Consideration of Data Load Time on Modern Processors for the Verlet Table and Linked Cell Algorithms Fomin E.S. J COMPUT CHEM, 2011, 32(7), p.1386-1399
	Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
	Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А. Биоорганическая химия, 2011, 2011, Т. 37, № 1, С. 22–35
	Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
	Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
	From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov Lecture Notes in Artificial Intelligence, 2011, 6581, 101-120
	PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2011, №2, Т.6, С.250-263
	Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375
	In silico prediction of transcriptional factor-binding sites. Oshchepkov DY, Levitsky VG Methods in Molecular Biology, 2011, 760:251-267
	Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
	Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
	Влияние географических популяций сосны на элементный состав фитомассы и почв Тараканов В.В., Чанкина О.В., Куценогий К.П., Наумова Н.Б., Макарикова Р.П., Милютин Л.И., Роговцев Р.В., Ефимов В.М. Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования, 2011, № 11, с. 72–78
	Наследуемые изменения фенотипа в динамике численности водяной полевки (Arvicola terrestris L.) в Северной Барабе Ковалева В.Ю., Ефимов В.М., Галактионов Ю.К. Назарова Г.Г. Сибирский экологический журнал, 2011, № 4. 587–592
	Асимметричное деление клеток в морфогенезе макрохет Drosophila melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Онтогенез, 2011, Т.42. №2. С. 83-93.
	Drosophila mechanoreceptors as a model for studying asymmetric cell division Furman D.P. Bukharina T.A. INT J DEV BIOL, 2011, V. 55(2). P. 133-141.
	Математическое моделирование первой фазы морфогенеза механорецепторов D.melanogaster Бухарина Т.А. Голубятников В.П. Голубятников И.В. Фурман Д.П. Сибирский журнал индустриальной математики, 2011, Т.14. №3(47). С.14-19.
	Asymmetric cell division in the morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetae Bukharina T. A. Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2011, Vol. 42, No. 2, pp. 63–72.
	Перспективы создания противотуберкулезных вакцин нового поколения Татьков С.И., Дейнеко Е.В., Фурман Д.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, т. 15, №1. с. 114-129.
	Spontaneous spectinomycin resistance mutations detected after biolistic transformation of Daucus carota L. Elena A. Filipenko, Yuri V. Sidorchuk, Igor I. Titov, Valery P. Maltsev and Elena V. Deineko PHYSIOL MOL PLANT P, 2011, Volume 17, Number 1, 79-86
	In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
2010	Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
	Качество спермы и уровни репродуктивных гормонов у мужчин г. Кемерово Н. В. Гуторова, Л. В. Осадчук, М. А. Клещев, Н. Н. Кузнецова, А. В. Осадчук Проблемы репродукции, 2010, №6, стр. 89-93
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, 275:337-339
	Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Т. 275, 412–414.
	Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88
	Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров Пельтек С.Е., Горячковская Т.Н., Рубцов Н.Б., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А., Попик В.М., Пиндюрин В.Ф., Гольденберг Б.Г., Щеглов М.А., Кулипанов Г.Н. Нанотехнологии Экология Производство, 2010, №4, С.84-87
	Молекулярная филогеография хромосомных рас саппорской кобылки Podisma sapporensis Shir Бугров А. Г., Новикова О. С., Блинов А. Г Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2010, 8 (3): 118-123
	A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, 4, 65, 143-145
	Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
	Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
	Применение программной системы ExpertDiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010, Т.8, Выпуск 1, Стр.12-26
	Распространение и филогенетические взаимоотношения Tc1-Mariner ДНК транспозонов в отряде Lepidoptera И.Д.Сормачева, А.С.Новиков, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2010, 9(3): 430-432.
	Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
	Роль функциональных сайтов супрессора опухолей merlin в сперматогенезе дрозофилы Юдина О.С., Головнина К.А., Дорогова Н.В., Копыл С.А., Болоболова Е.У., Дубатолова Т.Д., Шилова И.Э., Омельянчук Л.В., Блинов А.Г., Чанг Л.Ш RUSS J GENET+, 2010, №10, т.46, с.1346-1378
	Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций Фомин Э.С. Вычислительные методы и программирование, 2010, 11, 299-305
	Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
	Характеристика C-концевой части гликопротеина Е вируса Западного Нила и оценка силы его взаимодействия с V 3 интегрином как с предполагаемым клеточным рецептором М. В. Богачек, Б. Н. Зайцев, S. K. Sekatskii, Е. В. Протопопова, В. А. Терновой, А. В. Иванова, А. В. Качко, В. А. Иванисенко, G. Dietler, В. Б. Локтев. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, том 75, вып. 4, с. 571 – 581
	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
	Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
	Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
	Diversity and evolution of LTR retrotransposons in the genome of Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Novikova O. RUSS J GENET+, 2010, 46:637-644
	Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2010, 11(1):231
	Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
	Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM. J PROTEOME RES, 2010, 9(1):254-67
	A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. BMC SYST BIOL, 2010, 4:98 2010
	New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, 2010, World Scientific Publ., Singapore, pp. 563-569
	Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana 2. E.C. Новоселова, В.В. Миронова Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275, стр. 289-291
	Metabolic Engineering in Silico Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ree M.T., Kolchanov N.A. APPL BIOCHEM MICRO+, 2010, Vol. 46, No. 7, pp. 671–687
	Molecular characterization of vernalization loci (Vrn1) in wild and cultivated wheats Golovnina K., Kondratenko E.Ya., Blinov A., Goncharov N.P. BMC PLANT BIOL, 2010, Vol.10. P. 168
	Possibility spaces and evolution Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PALEONTOL J+(RUS), 2010, 12, 44, 1491-1499
	SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
	The Digenea Parasite Opisthorchis felineus: a Target for the Discovery and Development of Novel Drugs Mordvinov V.A., Furman D.P. Infect Disord Drug Targets, 2010, V. 10. No. 5. P. 385-401
	The role of the functional sites of the Merlin tumor suppressor in Drosophila spermatogenesis Iudina OS, Golovnina KA, Dorogova NV, Kopyl SA, Bolobolova EU, Dubatolova TD, Shilova IÉ, Omel'ianchuk LV, Blinov AG, Chang LSh. RUSS J GENET+, 2010, V. 46(10): 1214-1216.
	Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
	Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков Вестник МГУ, 2010, No. 4, pp. 73–75
	Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
	Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2010, Т. 8. № 3. С. 13-22.
	Высокая частота субоптимального качества спермы у жителей Сибирского региона (на примере г. Новосибирска) Осадчук Л.В.,. Клещев М.А, Темников Н.Д., Еркович А.А., Осадчук А.В. Андрология и генитальная хирургия, 2010, № 3. С. 52-55
2009	Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и Клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека А.А. Малыгин, Е.И. Бондаренко, В.А. Иванисенко, Е.В. Протопопова, Г.Г. Карпова, В.Б. Локтев BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, т. 74, вып. 12. с. 1631 – 1641
	Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456
	Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13. №1. с.84-90
	Chromodomains and LTR retrotransposons in plants Novikova O. Commun Integr Biol, 2009, 2:158-162
	Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов BIOPHYSICS, 2009, Т.54, № 6, С.1066-1080
	Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Том 13, 208-218
	Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
	Многомерный анализ изменчивости морфологических, химических и хозяйственных признаков в роде (Amaranthus L.) В. М. Ефимов, Н. Б. Железнова, А. В. Железнов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 4. С.811-818
	Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1,Том 13, стр. 176-186
	Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
	Мониторинг диплоидных видов пшеницы и проблемы аутентичности локальных коллекций Н.П. Гончаров, К.А. Головнина, А.С. Шатурова, Ф.А. Коновалов, О.Я. Ляпунова, Т.В. Лебедева, Б.В. Ригин. Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции, 2009, Т. 166, С.375-381
	О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений Г. В. Демиденко, В. А. Лихошвай, А. В. Мудров Дифференциальные уравнения, 2009, том 45, № 1, с. 34–46
	Опыт использования нуклеотидных последовательностей двух митохондриальных генов (COI, COII) для выяснения таксономического статуса и реконструкции филогенетических отношений шароголовых кузнечиков (Orthoptera, Ensifera, Tettigoniidae) А.Г. Бугров, О.С. Новикова, Е.С. Нетесова, А.В. Горохов, А.Г. Блинов. Евразиатский энтомологический журнал, 2009, 8(1): 1-8.
	Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
	Предисловие: 200 лет со дня рождения Чарлза Дарвина Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К., Суслов В.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 2. С. 246-248.
	Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
	Применение компьютерного анализа микроизображений листа для оценки характеристик опушения листа пшеницы Triticum Aestivum L Дорошков А.В., Арсенина С.И., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, №13, Том1, с 218-226
	Применение неметрического многомерного шкалирования для мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С.102–108.
	Происхождение, эволюция и распространение различных групп non-LTR ретротранспозонов среди эукариот О. Новикова, А. Блинов RUSS J GENET+, 2009, 45(2): 149-159
	Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170
	Филогения А геномов диких и возделываемых видов пшениц Головнина К.А., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, №11. C. 1540-1547.
	Цитокины: биологические свойства и регуляция экспрессии гена интерлейкина-5 человека В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, стр. 53-67
	Экспрессия гена dps Escherichia coli в присутствии токсических агентов: анализ и математическое моделирование Лихошвай В.А., Степанова Т.Ю., Задорожный А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №4, С.731-740.
	Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2009, 54(6):1066-80
	Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2009, 11(1):231
	Flying non-LTR retrotransposons: DNA transposons as freely available "wings"? Novikova O, Blinov A. RETROVIROLOGY, 2009, 6(Suppl 2): 62
	Horizontal transfer of non-LTR retrotransposons O.S. Novikova, V. Fet, A.G.Blinov Информационный вестник ВОГИС, 2009, 13(1): 76-83
	Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
	Isolation and sequence analysis of the wheat B genome subtelomeric DNA Salina E.A., Sergeeva E.M., Adonina I.G., Shcherban A.B., Afonnikov D.A., Belcram H., Huneau C., Chalhoub B. BMC GENOMICS, 2009, 10, 414
	Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi Journal of Stem Cells, 2009, v4, issue 3, pp. 147-160
	Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2009, V. 1, 10, 639
	Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Novikova O., Fet V., Blinov A Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (1): 27-42
	Phylogeny of A Genome of Wild and Cultivated Wheat Species K.A. Golovnina, E.Ja. Kondratenko, A.G. Blinov, and N.P. Goncharov RUSS J GENET+, 2009, Vol. 45, No. 11, pp. 1360–1367
	Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
	Taxonomy and molecular phylo-geny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E.Ja. BREEDING SCI, 2009, V. 59, N5. P.492-498.
	The evolution of key cell cycle proteins correlates with an increase in the complexity of eukaryotic organisms Turnaev II, Gunbin KV, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, №1,426, 147-151
	The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. P. 231-234
	Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2009, 4, 425, 546-548
	Анализ коррелированных замен в гомологичных белках семейства Fpg/Nei Коптелов С.С., Афонников Д.А., Жарков Д.О. Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2009, Т.7, Вып.1, С. 3-7
	Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 122-127
	Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
	Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
	Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, No. 11, pp. 1476–1492
	Генетический контроль развития механорецепторов у Drosophila melanogaster - описание в базе данных "NEUROGENESIS" Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. С.186-193.
	Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы В.В. Cуслов, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №2, Том 13, с.410-439
	Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008	Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7 Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140
	Математическое моделирование морфогенеза растений Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Журнал вычислительной математики и математической физики, 2008, Т.11. №2., c.151-166
	Международная конференция “Происхождение и эволюция биосферы” (BOE’2007) Суслов В.В., Снытников В.Н. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №3, том 12, 483-496
	Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик, В.Ф. Пиндюрин, В.С. Елисеев, Б.Г. Гольденберг, М.А. Щеглов, Н.В. Тикунова, Т.М. Хлебодарова, Н.Б. Рубцов, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2008, Т 3 вып 9-10 , с 136-145
	О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А Сибирские электронные математические известия, 2008, N5, 25-41
	Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
	Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
	Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Вычислительные технологии, 2008, №6, т 13, 91-101
	Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, 73(1):70-5
	dUTPase-содержащие Metaviridae LTR ретротранспозоны из генома Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Новикова ОС, Блинов АГ Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, Т. 420, С. 699-702
	ExpertDiscovery system application for the hierarchical analysis of eukaryotic transcription regulatory regions based on DNA codes of transcription Khomicheva IV, Vityaev EE, Ananko EA, Shipilov TI, Levitsky VG. INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 481-494
	Functional divergence of H-pylori related to early gastric cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV. Demina IA, Serebryakova MV, Ivanisenko VA, Aman E, Akopian T, Govorun VM. HELICOBACTER, 2008, 5, 13, 477-477
	Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
	Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, V. 73, N 2, P. 219-230.
	How Drosophila melanogaster Forms its Mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. CURR GENOMICS, 2008, №5, V. 9, pp. 312-323
	Genetic сontrol of macrochaetae development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. RUSS J DEV BIOL+, 2008, 2008, Vol. 39, No. 4, pp. 195–206.
	Novel clades of chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons from mosses (Bryophyta) Novikova O, Mayorov V, Smyshlyaev G, Fursov M, Adkison L, Pisarenko O, Blinov A PLANT J, 2008, V. 56, P. 562-574
	Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
	TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
	uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A. FEBS LETT, 2008, 582. 1293-1297
	Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов Успехи физиологических наук, 2008, Т. 39. №1. С. 3-22.
	Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L. INTELL DATA ANAL, 2008, Vol. 12, No. 5 P. 463-479.
	Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко Вычислительные технологии, 2008, 2, 13, 15-19
	Генетический контроль развития макрохет у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Онтогенез, 2008, №4. Т.39. С.245-258
2007	Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
	Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин. Molecular Biology, 2007, Т. 41, № 5, с. 843–850
	Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, Т. 38, №. 6, стр. 446–456, 2007
	Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, 38 №6, 457-462
	Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
	Correlation of codon biases and potential secondary structures with mRNA translation efficiancy in unicellular organisms Vladimirov NV, Likhoshvai VA, Matushkin YG Molecular Biology, 2007, v41(5),843-850
	CR1 clade of non-LTR retrotransposons from Maculinea butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae): evidence for recent horizontal transmission Novikova O, Sliwinska E, Fet V, Settele J, Blinov A, Woyciechowski M BMC EVOL BIOL, 2007, V. 7, P. 93
	Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г. Вычислительные технологии, 2007, Т. 12, Специальный выпуск 2, С. 107-122
	Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
	Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
	Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
	A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
	Generalized Hill function method for modeling molecular processes Vitaly Likhoshvai and Alexander Ratushny Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V5, N2(b), 521-531.
	LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ ИЗ ГЕНОМОВ Aspergillus fumigatus И Aspergillus nidulans. О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 830-838
	Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
	Molecular phylogeny of the genus Triticum L K. A. Golovnina, S. A. Glushkov, A. G. Blinov, V. I. Mayorov, L. R. Adkison and N. P. Goncharov PLANT SYST EVOL, 2007, V. 264, P. 195-216
	Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
	Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
	Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
	Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai and D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007, vol.1, Number 2, pp. 178-189.
	The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A. In Silico Biology, 2007, 3, 7, 333-354
	Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala) Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V. CELL BIOL INT, 2007, 31(2):97-108
	Web-based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Post-translational Modifications of Proteins Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2007, 446, 363-384.
	А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, 02B, pp. 641-650
	Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
	Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2007, 2, 11, 373-400
	Взаимодействие рекомбинантного ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами промоторов генов млекопитающих Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Пономаренко М.П., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2007, Т.V, №2, 44-49
	AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
	Генетический контроль формирования щетиночного рисунка у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Doklady Akademii Nauk, 2007, № 6, Т.417, С.844-846
	ГОМОЛОГ-ЗАВИСИМАЯ ИНАКТИВАЦИЯ LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ В ГЕНОМАХ Aspergillus fumigatus И A. Nidulans О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 973-981
	Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 72 (11):1187-1193
	Иммунохимические свойства белка PrM и С концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2007, 1, 41, 8-17
2006	Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта:рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, N 2, стр.241-272
	Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова SIBERIAN MATH J+, 2006, 1б, 47, 58-68
	Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
	Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
	Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных аминокислотных заменах Деменков П.С., Аман Е.Э., Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, Т. 7, Вып. 51
	Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч. BIOPHYSICS, 2006, 4, 51, 633-639
	Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, выпуск N7, т. 51
	Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, 51, N7.
	Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
	Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А BIOPHYSICS, 2006, №4, т.51, 608-614.
	Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
	Divergent non-LTR retrotransposon lineages from the genomes of scorpions (Arachnida: Scorpiones) Glushkov S., Novikova O., Blinov A., Fet V. MOL GENET GENOMICS, 2006, V. 275. P. 288-296.
	Early postnatal changes in respiratory activity in rat in vitro and modulatory effects of substance P Shvarev Y.N., Lagercrantz H. EUR J NEUROSCI, 2006, №8, V. 24, P.2253 - 2263
	A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94
	Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A. BIOCHEM BIOPH RES CO, 2006, 342(3):859-66
	Method SiteGA for transcription factor binding sites recognition Levitsky, V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BIOPHYSICS, 2006, 51(4):633-639
	Midazolam depresses carotid body chemoreceptor activity Kim C., Shvarev Y., Takeda S., Sakato A, Lindahl S., Eriksson L. ACTA ANESTH SCAND, 2006, V.50, P.144-149
	Molecular phylogeny of Palaearctic genera of Gomphocerinae grasshoppers (Orthoptera, Acrididae) Bugrov A., Novikova O., Mayorov V., Adkison L., Blinov A. SYST ENTOMOL, 2006, V. 31. P. 362-368.
	A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, №7, V. 51
	On the Early Stages of the Evolution of the Geosphere and Biosphere Dobretsov N.L., Kolchanov N.A., Suslov V.V. PALEONTOL J+(RUS), 2006, 4, 40, S407-S424
	Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
	Prediction of Contact Numbers of Amino Acid Residues Using a Neural Network Regression Algorithm D. A. Afonnikov, A. V. Morozov, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, 7,51,
	Prediction of the Changes in Thermodynamic Stability of Proteins Caused by Single Amino Acid Substitutions Demenkov P.S., Aman E.E., Ivanisenko V.A. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
	Statistical analysis of nucleosome formation sites Orlov IuL, Levitskii VG, Smirnova OG, Podkolodnaia OA, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. BIOPHYSICS, 2006, 51(4):608-614
	Synthtic species are donors to increase wheat biodiversityn N.P. Goncharov, E.Ja. Kondratenko, M.A. Khrabrova, A.A. Konovalov, L.I. Laikova, A.G. Blinov, K.A. Golovnina, S.A. Glushkov Агромеридиан., 2006, V. 3(4), P.86-91.
	Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
	Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
	Выявление потенциальных сайтов связывания транскрипционного фактора SF-1 методом SiteGA, их экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней этого фактора Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, 3, 40,512-523
	Генные сети липидного метаболизма Колчанов Н.А., Воевода М.И., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Игнатьева Е.В. Бюллетень СО РАМН, 2006, N2 (120), стр. 29-42.
2005	Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Проскура А.Л., Воронич Е.С., Дубовенко Е.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, N2, с.179-198.
	Иммунохимические свойства рекомбинантных полипептидов, моделирующих домены I и II белка Е вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2005, N 5, т. 39, с. 813-822.
	Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
	WebProAnalyst: an interactive tool for analysis of quantitative structure-activity relationships in protein families Ivanisenko V.A., Eroshkin A.M., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33, W99-W104
	PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites Ivanisenko VA, Pintus SS, Grigorovich DA, Kolchanov NA. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V33, D183–D187
2004	Обнаружение эмпирической аксиоматической теории в условиях шумов. Деменков П.С. Вычислительные системы, 2004
2003	Data Mining Techniques in Bioinformatics Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V. Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555
2002	Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
	Локализация антигенной детерминанты белка Е вируса клещевого энцефалита, узнаваемой антигемагглютинирующими моноклональными антителами, с помощью пептидной фаговой библиотеки Локтев А.В., Кувшинов В.Н., Меламед Н.В., Иванисенко В.А., Мишин В.П., Ильичев А.А. Вопросы вирусологии, 2002, N.2, Т.47, С.31-34
	Локализация конформационного эпитопа гликопротеина gp120 ВИЧ-1, узнаваемого вируснейтрализующими моноклональными антителами 2G12 Туманова О.Ю., Кувшинов В.Н., Ильичев А.А., Некрасов Б.Г., Иванисенко В.А., Козлов А.П., Сандахчиев Л.С. Molecular Biology, 2002, N.4, Т.36, С.657-663
2001	Сравнительный анализ методов распознавания потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов. М.А. Поздняков, Е.Е. Витяев, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, Н.Л. Подколодный, С.В. Лаврюшев, Н.А. Колчанов Molecular Biology, 2001, т.35 (6), 961-969
	rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
2000	Анализ чужеродных эпитопов, встроенных в НВсАg. Возможные пути решения проблемы самоорганизации химерных коровых частиц Карпенко Л.И., Иванисенко В.А., Пика И.С., Чикаев Н.А., Ерошкин А.М., Меламед Н.В., Веремейко Т.А., Ильичев А.А. Molecular Biology, 2000, N.2, Т.34, С.223-229
	Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov PROGRAM COMPUT SOFT+, 2000, 3, 26, 170-176
	SELEX_DB: an activated database on selected randomized DNA/RNA sequences addressed to genomic sequence annotation Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Frolov A.S., Zybova S.V., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2000, 1, 28, 205-208
	Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
1999	Усреднее результатов распознавания сайтов может увеличить точность аннотации генома человека Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Фролов А.С., Воробьев Д.В., Колчанов Н.А., Овертон K. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 649-654
	GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
	Вклад сигналов и антисигналов в мутационный спектр сайта встраивания td-интрона. Пономаренко М.П, Пономаренко Ю.В., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 655-663
1998	Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
1997	Поиск сайтов, содержащих функционально важные замены в наборах родственных или мутантных белков Иванисенко В.А., Ерошкин А.М. Molecular Biology, 1997, N.5, Т.31, С.880-887.
	Использование фаговой библиотеки пептидов в картировании группоспецифического гемагглютинирующего домена гликопротеина Е2 альфа-вирусов Кузьмичева Г.А., Кувшинов В.Н., Разумов И.А., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Мишин В.П., Ушакова Т.А., Локтев В.Б., Ильичев А.А. MOL GENET MICROBIOL+, 1997, N.4, С.25-29
	Экспрессия фрагментов гена Е вируса японского энцефалита в клетках Escherichia coli Белавин П.А., Нетесова Н.А., Решетников С.С., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Протопопова Е.В., Локтев В.Б., Малыгин Э.Г. Биотехнология, 1997, N.3, С.3-10
1996	Компьютерный анализ зависимостей между максимумом цвета биолюминесценции и первичной структурой люцифераз жуков: идентификация сайтов, ответственных за изменения цвета Морозов В.М., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Угарова Н.Н. Molecular Biology, 1996, Т.30, С.1167-1172
1994	Получение мутантного фактора некроза опухолей человека с повышенной устойчивостью к протеазам Корепанова А.В., Ерошкин А.М., Иванисенко В.А., Лебедев Л.Р., Микрюков Н.Н., Пустошилова Н.М., Петренко В.А., Ильичев А.А. Molecular Biology, 1994, Т.28., С.143-149
1993	Анализ встроек пептидных фрагментов в основной белок оболочки бактериофагов М13, f1 и fd. Взаимосвязь структурных характеристик белка оболочки и жизнеспособности мутантных фагов Ерошкин А.М., Миненкова O.O., Фомин В.А., Иванисенко В.А., Ильичев A.A. Molecular Biology, 1993, Т.27. С.1345-1355

Монографии

2011	Analysis of the Conservative Motifs in Promoters of miRNA Genes, Expressed in Different Tissues of Mammalians O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V. Bocharnikov, and E.V. Berezikov
2010	Morphogenesis of Drosophila Melanogaster Macrochaetes: Cell Fate Determination for Bristle Organ Furman D.P., Bukharina T.A.
	Влияние neisseria gonorrhoeae на жизнеспособность клеток хозяина: реконст¬рукция генной сети // В монографии: Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения. Ред. В.В.Власов, А.Г.Дегерменджи, Н.А.Колчанов, В.Н.Пармон, В.Е.Репин. Изд-во СО РАН, Новосибирск. 2010 Подколодная О.А.
2008	Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование. Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.
	Evolutionary history of wheats - the main cereal of mankind Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kilian B., Glushkov S., Blinov A., Shumny V.K.

Конференции

2011	Analysis of protein functional sites encoding features Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
	Analysis of protein functional sites encoding features Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович ISMB/ECCB 2011
	MGSMODELSDB – Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Тимонов В.С., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
	Automatic generation of mathematical models of molecular-genetic systems Akberdin I., Kazantsev F., Ree M., Ree N., Timonov V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2011)
	Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
	Визуальное моделирование экологических систем: программная система E.N.O.T. А.В. Семенычев, В. В. Суслов, В.С. Тимонов. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	МЕТОДЫ и СРЕДСТВА ВИЗУАЛЬНОЙ РЕКОНСТРУКЦИИ И АНАЛИЗА СЕТЕВЫХ МОДЕЛЕЙ ЭКОЛОГИЧЕСКИХ СИСТЕМ. В.С. Тимонов, А.В. Семенычев, В.В. Суслов, Н.А. Колчанов. IV Международная конференция "Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины"
	The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011 Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
	MGSmodelsDB – web-ресурс для накопления математических моделей элементарных подсистем молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лихошвай В.А. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	Математическое моделирование транспорта ауксина в центральном цилиндре корня A. Thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	A mathematical model for the suppression of subgenomic Hepatitis C virus replication in Huh-7 cells in the presence of the NS3 protease inhibitors Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Хайдельберг, Германия, 28 августа-1 сентября
	Математическая модель подавления репликации субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке с ингибитором NS3 протеазы SCH503034 Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. Санкт-Петербургский научный форум “Наука и общество. Физиология и медицина 21 века. VI Петербургская встреча лауреатов нобелевской премии”, Санкт-Петербург, Россия, 19-23 сентября
	The combined mechanisms of the reverse fountain and the reflected flow provide for self-organization and maintenance of the root apical meristem. Mironova V.V., Novoselova E.S., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. 8th European conference on mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011)
	A plausible mechanism for the root apical meristem patterning. V.V. Mironova, E.S. Novoselova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai 7th International Conference on Structure and Function of Roots
	Modelling auxin transport in root provascular tissue. Novoselova E.S., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. 8th European conference on mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011)
	Computer simulation confirmed auxin dose-dependent control of root vascular cells specification E.S. Novoselova, V.V. Mironova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai 7th International Symposium on Structure and Function of Roots
	A plausible mechanism for the root apical meristem self-organization Victoria Mironova, Ekaterina Novoselova, Nadya Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
	Quantitative sequence /activity relationships of auxin response elements (Aux RE) in plant promoters V.V. Mironova, P.M. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, M.P. Ponomarenko Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
	Математическая модель распределения ауксина в корне растений Миронова В.В., Новоселова Е.С., Лихошвай В.А. Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики, Новосибирск
	Изучение механизмов регуляции ауксином роста и развития растений Миронова ВВ семинар по экологии, физиологии и биофизике растений "Молекулярные, клеточные и тканевые механизмы координации процессов роста и развития растений", Красноярск
	Математическая модель распределения ауксина в корне растений Миронова В.В., Новоселова Е.С., Лихошвай В.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
	Многомерный анализ микрочиповых данных для выявления потенциальных маркеров болезни Хантингтона Шайдуллин И.И., Катохин А.В., Ефимов В.М. Межд. конф. "Совр. пробл. математики, информатики и биоинформатики", посв. 100-летию А.А. Ляпунова
	О метрических свойствах эволюционных расстояний Мельчакова М.А., Ефимов В.М. "Совр. пробл. математики, информатики и биоинформатики", посв. 100-летию А.А. Ляпунова
	Age- and sex-associated variations in the directional asymmetry of root vole traits Vera Yu. Kovaleva, Yuri N. Litvinov, Vadim M. Efimov. VI-th European Congress of Mammalogy (ECM 2011)
	Модель центрального регуляторного контура одной многокомпонентной генной сети Голубятников В.П. Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Международная конференция «Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики», посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР А.А.Ляпунова
	Динамическая QTPIE-модель учета переноса заряда и поляризации для молекулярной динамики Васенин А.Е., Фомин Э.С. Всероссийская конференция "Математическое моделирование и вычислительно-информационные технологии в междисциплинарных научных исследованиях-2011", 15-17 июня 2011
	Алгоритмы сортировки массивов коротких последовательностей на GP GPU в приложениях молекулярной динамики Фомин Э.С. Решение инженерных и научных задач на гибридных вычислительных системах, графических процессоров и архитектуре CUDA", НГУ, NVIDIA и компания Открытые Технологии
	Влияние полиморфизмов ТАТА-боксов, ассоциированных с наследственными заболеваниями человека, на взаимодействие с hТВР Драчкова И.А.. Савинкова Л.К., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. II-nd International conference Physico-Chemical Biology dedicated to the 85th anniversary of academician Dmitri G. Knorre.
2010	Reduction of gene net dynamic models using proper orthogonal decomposition V.M. Efimov, A.S. Novikov, A.A. Tikhonov, I.R. Akberdin, V.A. Likhoshvai 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Automatic generation and numerical analysis of mathematical models for molecular-genetic objects in an integrated system of MGS-generator and STEP+ modules I.R. Akberdin,F.V. Kazantsev, V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, V.K. Korolev, A.E. Medvedev. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	MGSmodelsDB – the database for storing mathematical models of molecular genetic systems F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, M.T. Ree, N.A. Ree, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"
	Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010
	Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"
	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010
	Analysis of the degenerate motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
	Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein families: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
	Method and Software Tools for Gene Networks Evolution Research Timonov V.S., Gunbin K.V., Turnaev I.I., Genaev M.A., Kolchanov N.A. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
	Correlation between nucleosome formation potential of 5’-UTR and elongation efficiency index of coding sequences of S.cerevisiae genome Yu.G.Matushkin, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky. 2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2). May 18-21, 2010. Moscow
	Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein-coding genes: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Genaev M.A., Kolchanov N.A. 2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2)
	Application of motif discovery tool for FoxA binding sites analysis Levitsky V.G. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	In silico analysis of auxin-regulated root apical meristem patterning Mironova V.V., N.A. Omelyanchuk, E.S. Novoselova, V.A. Likhoshvai 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Microbial metagenome annotation with bioinformatics and computational systems biology methods Ivanisenko, Demenkov, Pintus, Ivanisenko, Goncharova, Kostjukova, Levitski, Selezneva, .... Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Modeling of the suppressive effect of NS3 protease inhibitor on HCV subgenomic replicon replication in Huh-7 cells Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L.,Likhoshvai V.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Genetic and molecular characteri-zation of three agronomical importance genes (Vrn1, Vrn2, Q) in wheats Golovnina K., Sormacheva I., Blinov A., Kondratenko E., Goncharov N.P 8th Intern. Wheat Conf. June 1-4, 2010. SPb, 2010
	prognosis and verification of the TATA SNP effects V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, I.A. Drachkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
	SNPs in the hiv-1 TATA box and the aids pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
	Stress and pseudoinheritance of acquired characters Suslov V.V., Kolchanov N.A. Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
	Computer modeling of prokaryotic communities’ evolution Lashin S.A. ERASysBio Summer School, 27 July 2010, Tenerife, Spain
	Analysis of the conservative motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians O.V.Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V.Bocharnikov, E.V. Berezikov Evolutionary Biology Concepts, Molecular and Morphological Evolution
	Роль функциональных сайтов супрессора опухолей Merlin в сперматогенезе дрозофилы Юдина О.С., Головнина К.А., Дорогова Н.В., Копыл С.А., Болоболова Е.У., Дубатолова Т.Д., Шилова И.Э., Омельянчук Л.В., Блинов А.Г., Чанг Л.Ш. II Международная конференция "Дрозофила в экспериментальной генетике и биологии", 2010, 6-14 сентября, Одесса, Украина
	Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
	Reconstruction of molecular genetic networks: text mining as a tool for knowledge discovery V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
	Prokaryotic adaptation to different environmental conditions at the genomic level: Molecular evolution analysis Dmitry A. Afonnikov, Konstantin V. Gunbin, Kirill E. Medvedev Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods"
	Analysis of the degenerate motifs in 5’- regulatory regions of brain-specific miRNA genes of primates Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference "Molecular Phylogenetics" (Moskow, Russia, May 18-21, 2010)
	Prediction for AtARF family transcription factors, mediating primary response to auxin V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, D.Yu. Oschepkov, V.G. Levitsky Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk
	New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models of molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai and A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, Proc.of the 7th ISAAC Congress, World Scientific Publ., Singapore
	VRN1 promoter region analysis: evolutionary dinamics and cis-regulatory elements prediction Golovnina Kseniya The International Conference "Plant Genetics, Genomics, And Biotechnology" (PlantGen 2010), Novosibirsk, Russia, June 07-10, 2010
	The mathematical model for investigation of auxin-regulated root patterning in wild type and under treatments V.V. Mironova, E.S. Novoselova, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai. the Joint Russian-French seminar "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling" 18-21 June, Novosibirsk
	Development of shoot apical meristem in silico under phytohormones regulation I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev, I.A. Gainova,V.A. Likhoshvai The Joint Russian-French Workshop "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling"
	Computer Sytem SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology", Novosibirsk, Russia, 28-29 June 2010
	BioinfoWF – веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Genaev M.A. The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology"
	WheatDB - база данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск
	Методы компьютерного анализа в исследовании опушения листа пшеницы TRITICUM AESTIVUM L. Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск
	Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. XIII Российская конференция с участием иностранных ученых "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы"(DICR'2010). Новосибирск, ИВТ СО РАН, 30 ноября - 4 декабря 2010 г. № гос. регистрации 0321100051
	Визуализация схем скрещивания пшеницы в рамках разработки системы WheatDB Генев М.А. Дорошков А.В. XLVIII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно- технический прогресс", г. Новосибирск, 10-14 апреля 2010 г.
	Исследование опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помошью высокоэффективных методов фенотипирования Дорoшков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. XLVIII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно- технический прогресс", г. Новосибирск, 10-14 апреля 2010 г.
	WheatPGE : a system for analysis of phenotypic, genotypic and environmental relationships in wheat Genaev M.A. XVI Biotechnology Summer School, Gdansk, Poland, 11 - 17 July 2010
	Разработка базы данных химических соединений - потенциальных маркеров заболеваний Иванисенко В.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин П.М. XVII Российский национальный конгресс "Человек и лекарство"., Москва, 16 апреля 2010 г.
	Качество спермы и гормональный статус мужчин кемеровской популяции Гуторова Н.В., Осадчук Л.В., Клещёв М.А., Кузнецова Н.Н. XXI съезд физиологического общества им. И. П. Павлова, 19-25 сентября г. Калуга
	Показатели мужской фертильности у жителей г. Архангельска Клещев М. А. Осадчук Л. В. Гуторова Н. В. Типисова Е. В. XXI съезд физиологического общества им. И. П. Павлова
	Региональные и этнические различия в мужской фертильности и гормональном статусе у жителей Сибири Осадчук Л. В., Клещев М. А., Гуторова Н. В., Еркович А. А., Темников Н. Д., Шантанова Л. Н., Кузнецова Н. Н., Осадчук А. В. XXI съезд физиологического общества им. И. П. Павлова
	Механизмы поддержания ниши стволовых клеток в корнях растений: математическая модель распределения ауксина в корне и ее анализ Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Биология развития: морфогенез репродуктивных структур и роль стволовых клеток в онтогенезе. Санкт-Петербург, 13-16 декабря 2010 г.
	Математическое моделирование развития меристемы побега на различных иерархических уровнях Гайнова И.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Королев В.К., Медведев А.Е. Всероссийская конференция (с международным участием) "Математические модели и информационные технологии в сельскохозяйственной биологии: итоги и перспективы", Санкт-Петербург, 14–15 октября, 2010
	Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Всероссийская научная конференция "Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии", 15-17 сентября 2010г.
	Интегрированная система для информационной поддержки исследования механизмов регуляции транскрипции Н.Л. Подколодный, Е.В. Игнатьева, Д.А. Рассказов, О.А. Подколодная, Е.А. Ананько, Н.Н. Подколодная, Е.М. Залевский Всероссийская научная конференция "Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции" – RCDL’2010, Казань, Россия, 2010
	Эволюционный конструктор - методика моделирования эволюции бактериальных сообществ Лашин С.А. Вторая международная научная школа-конференция памяти академика М.М. Лаврентьева "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 21-29 сентября 2010, Новосибирск
	Моделирование динамики молекулярно-генетических систе Лихошвай В.А. Вторая международная научная школа-конференция памяти академика М.М. Лаврентьева "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 21-29 сентября 2010, Новосибирск
	Сравнительный анализ производительности процессоров PowerXCell8i и Intel X7560 на примере задач молекулярной динамики Фомин Э.С., Н.А. Алемасов, С.А.Матвиенко Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах HPC2010, Материалы X Международной конференции, г.Пермь, 1-3 ноября, 2010 г.
	Компьютерное моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов Матушкин Ю. Г., Лашин С.А., Суслов В.В. Математическая биология и биоинформатика: III Международная конференция , г. Пущино
	Development of shoot apical meristem in silico under phytohormone regulation I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai Международная конференция Plantgen, Новосибирск, Россия, 7-10 июня, 2010
	Structure and Evolution of Stochastic Networks: a case study of text networks Титов ИИ, Рудниченко КА, Куликов АИ Международная конференция Стохастические модели в биологии и предельные алгебры, 2—7 августа 2010, Омск, Россия.
	Математическое моделирование влияния ауксина на ризотаксис у arabidopsis thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В. Международная научная студенческая конференция, НГУ, Новосибирск
	Гомеоморфия механизмов адаптации Суслов В.В. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
	Математическое моделирвание репликации репликона вируса гепатита С: предсказание эффетивности действия новых потенциальных лекарств Мищенко Е.Л., Иванисенко Н.В., Мищенко А.М., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
	ТАТА-боксы вносят вклад в норму реакции Суслов В.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
	Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
	Предварительные результаты исследования репродуктивного здоровья мужского населения Республики Бурятия Шантанова Л.Н., Башелханов И.С., Осадчук Л.В., Осадчук А.В., Клещев М.А., Гуторова Н.В. Международная научно-практическая конференция "Актуальные исследования Байкальской Азии".
	WheatPGE — система анализа взаимосвязей фенотип-генотип-окружающая среда у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. Молодежный научный форум "ЛОМОНОСОВ - 2010" г. Москва
	Изучение основных параметров фертильности и гормонального статуса у мужчин города Новосибирска А. В. Попова, М. А. Клещев, Н. Д. Темников, Л. В. Осадчук Научная конференция "Фундаментальные науки – медицине"
	Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, А.В.Романенко. Научная конференция-совещание "Вычисления с использованием графических процессоров в биологии и биоинформатике" 24-25 мая 2010 г., Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова.
	Изучение влияния повышенных давлений на структуру белков NIP7 глубоководных и мелководных архей методами молекулярной динамики К.Е. Медведев, Д.А. Афонников Первая конференция посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ
	Молекулярная эволюция циклинов животных и грибов: зависимость между изменением белков и ростом сложности организмов Турнаев И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Первая международная научно-практическая конференция. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
	Дозовый эффект гена при наследовании розовой окраски венчика у потомков межродовых гибридов Fragaria x ananassa Duch. × Comarum palustre L. Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Перспективы развития и проблемы современной ботаники / Материалы II (IV) Всероссийской молодежной научно-практической конференции. Новосибирск: Изд-во СО РАН.
	Компьютерный анализ метагеномных данных: предсказание количественной величины специфической активности белков Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Иванисенко Т.В., Гончарова Н.И., Розанов А., Брянская А., Кострюкова Е.С., Левитский С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
	SNP ТАТА-бокса ВИЧ-1 и пандемия СПИД Суслов В.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Ефимов В.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Проблемы экологии. Чтения памяти проф. М.М.Кожова. Иркутск, 2010
	Исследование эволюции циклинов: зависимость между эволюционным изменением циклинов и увеличением сложности эукариот Турнаев И.И., Гунбин К.В., Афонников Д.А. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова.
	Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск
	Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный Конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск
	Компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G. Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010
	Анализ морфологии опушения листа у пшеницы: компьютерный подход с использованием анализа изображений Афонников Д.А. Дорошков А.В., Генаев М.А. Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010
	WheatPGE - компьютерная система анализа взаимосвязи признаков фенотипа генотипа и окружающей среды у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. Электронные библиотеки:перспективные методы и технологии, электронные коллекции. XII Всероссийская научная конференция RCDL'2010. Казань
	Computer analysis of conformationalpeptides in protein families A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Analisys of human proteome based on protein stability to mutations P.S. Demenkov, O.A. Korepanova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	ITMSys: An interactive web-based text-mining system for automated analysis of the full-text articles Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	ANDCell and ANDNanobiotech: Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.L. Podkolodny 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Computer system SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	The nanobiotechnology database V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	A computer analysis of functional relationships between genes associated with multifactorial diseases: pre-eclampsia as an example E. Tiys, P. Demenkov, E. Vashukova, A. Glotov, V. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetes: а gene network describing the establishment of bristle prepattern Bukharina T.A. Furman D.P. Седьмая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома (BGRS'2010)
	The relation between biological complexity of eukaryotes and evolutionary changes of Notch cascade protein features Gunbin K.V. Bukharina T.A. Седьмая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома (BGRS'2010)
	An experimental and computation approach to search for the transcription factor GAGA binding sites Omelina E.S., Oshchepkov D.Yu., Baricheva E.M., Merkulova T.I. BGRS-2010
	SNPs IN THE HIV-1 TATA BOX AND THE AIDS PANDEMIC V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov (6) IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky Crimean meeting."Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution".
	«Прогноз и экспериментальная проверка изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам промотров генов человека, содержащим полиморфизмы». – Драчкова ИА., Пономаренко РМ., Пономаренко МП., Аршинова ТВ., Савинкова ЛК., Колчанов НА. «Первые Международные Беккеровские чтения» (27-29 мая 2010)
	Experimental verification of the prognosis human TBP/TATA affinity change as a result of polymorphisms associated with hereditary pathologies I.A. Drachkova., P.M. Ponomarenko., T.V. Arshinova., M.P. Ponomarenko., L.K. Savinkova., N.A. Kolchanov. BGRS
2009	модификация фермента ксилозоизомеразы E.Coli дисульфидным мостиком для повышения стабильности Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. 13 - международная школа конференция молодых ученых, 28 сентября - 2 октября. Биология наука 21-го века
	Using the computer-based image processing technique in genetic analysis of leaf hairiness in wheat Triticum aestivum L. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. 1st Workshop on plant molecular biotechnology - XV Biotechnology summer school. 5-12 july, Gdansk, Poland
	Mathematical modeling of a plant development on the different levels Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Gainova I.A., Likhoshvai V.A. 3 rd Annual World Congress of Gene-2009, Foshan, China, December 1-7
	Recent advances in nucleosome positioning sequence prediction for whole genomes V.G.Levitsky 3rd Virtual Training Workshop on Bioinformatics
	Transcriptional regulation in eukaryotes Ignatieva E 3rd Virtual Training Workshop on Bioinformatics
	Адаптивная эволюция археобактерий рода Pyrococcus: приспособления к обитанию в условиях высоких давлений на уровне генов и белков Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина
	Моделирование молекулярно-генетических механизмов регуляции развития растений И.Р. Акбердин, Ф.В. Казанцев, В.А. Лихошвай 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Моделирование эволюционно-популяционных процессов с помощью "Эволюционного конструктора" Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.В. Суслов, Н.А.Колчанов 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Происхождение, доместикация и эволюция пшениц Н.П.Гончаров, К.А. Головнина, А.Г. Блинов, Е.Я. Кондратенко. 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Регрессия "последовательность→сродство" ТАТА-бокса к ТВР и эволюция ВИЧ-1 В.В. Cуслов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, В.М. Ефимов, Н.А. Колчанов 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Taxonomy and molecular phylogeny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E. Ja. 6th International Triticeae Symposium, May 31-June 5, 2009, Kyoto, Japan
	Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control. N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin. Abstracts of 34th FEBS Congress. Prague, Czech Republic
	Auxin regulated root patterning: the mathematical model and key genetic mechanisms V.V. Mironova, M.P. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai German-Russian forum Biotechnology GRFB'09, Novosibirsk
	Implementation of Non-bonded Interaction Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. In: Malyshkin V. (ed) Parallel computing technologies 2009. LNCS, vol. 5698, Springer
	Modeling of coevolutionin communities usin "Evolutionary constructor" program Lashin S.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology Ivanisenko V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaea of Pyrococcus genus K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Network biology Titov II International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Suppressive effect of potencial individual drugs or their combinations on HCV replication in cells: a mathematical model Mishchenko E.L. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Evolability and biodiversity - modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor programm С.А.Лашин, В.В.Суслов, Ю.Г. Матушкин International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)
	Evolvability and biodiversity – modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G. International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)
	Автоматическая экстракция знаний из научных публикаций в области системной биологии и нанобиотехнологии Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. IV Петербургская встреча Нобелевских лауреатов. С.-Петербург. 21-25 сентября 2009г
	SNPs in the HIV-1 TATA Box and the AIDS Pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, L.K. Savinkova, M.P. Ponomarenko, N.A. Kolchanov Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
	ANDCell and ANDNanobiotech: associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko Proceedings of the German-Russian Forum Biotechnology GRFB’09, 2009
	Lattice proteins: the landscape veiw on protein folding Titov II The 3d Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2009, March 25 - May 24, 2009
	Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaebacteria of Pyrococcus genus K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov 4th Moscow Conference on Computational Molecular Biology
	Исследование эффективности экспрессии генов в зависимости от их нуклеотидного состава методами биоинформатики Матушкин Ю.Г., Ефимов В.М., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г. V Intern. Congress BIOTECHNOLOGY: state of the art and prospects of development
	Анализ изображений биологических объектов Богомолов А.Г. XLVII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК-47) г.Новосибирск, 11 – 15 апреля 2009 г.
	Использование архитектуры Cell/B.E. для ускорения выполнения пакета молекулярного моделирования MOLKERN Алемасов Н.А. XVI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов", Москва, 14-17 апреля 2009
	Интегрированная компьютерная система для построения и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем И.Р.Акбердин, Ф.В.Казанцев, В.А.Лихошвай, С.И.Фадеев, И.А.Гайнова, В.К.Королев, А.Е.Медведев Всероссийская конференция по вычислительной математике КВМ-2009, Академгородок, Новосибирск, Россия, 23-25 июня 2009
	Алгоритм расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i. SPE-центричная модель Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Девятая международная конференция-семинар "Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах", Владимирский государственный университет им. А.Г. и Н.Г. Столетовых, Владимир, 2–3 ноября 2009 года
	Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Конференция "Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии", 10 – 14 июня 2009 г., Новосибирск
	Изучение влияния на термостабильность ксилозоизомераза e.coli введения межъсубеденичного дисульфидного мостика Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. Конференция IV Международная конференция "Биология: от молекулы до биосферы" 17 - 21 ноября была перенесена
	Многомерные методы мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Материалы Пятого Московского международного конгресса "Биотехнология: состояние и перспективы развития" . Часть II. (Москва, 16-20 марта 2009 г.) –М.: ЗАО "Экспо-биохим-технологии", РХ ТУ. С. 393-394.
	Оптимизация вычислительного ядра библиотеки молекулярного моделирования MOLKERN под архитектуру Cell Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ’2009): Труды международной научной конференции (Нижний Новгород, 30 марта – 3 апреля 2009 г.). – Челябинск: Изд. ЮУрГУ
	Systems biology: computer-experimental research Yury G. Matushkin Программа посещений французского национального института агрономических исследований (INRA) Делегация Института Цитологии и Генетики СО РАН, 29 сентября - 5 октября 2009 г.
	Математическое моделирование и компьютерный анализ генных сетей Лихошвай В.А. пятый международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития, Москва,16-20 марта 2009г, часть2, с384
	Mathematical model of the auxin metabolism in shoots if Arabidopsis thaliana L. I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai. Российско-германский форум по биотехнологии, Новосибирск, 15-19 июня 2009 года
	Информационная система ANDCell-ANDVisio для построения ассоциативных сетей в области молекулярной биологии Деменков П. С., Яркова Е. Э., Иванисенко В. А. Седьмая международная конференция памяти академика А.П. Ершова. Рабочий семинар "Наукоемкое программное обеспечение" 15-19 июня 2009. Новосибирск
	New computer technologies for the construction and numerical analysis of mathematical models for molecular genetic systems I.A.Gainova, I.R Akberdin, F.V.Kazantsev, V.A.Likhoshvai, S.I.Fadeev, V.K.Korolev, A.E.Medvedev Седьмой Международный Конгресс ISAAC, Лондон, Великобритания, 13 – 18 Июля, 2009
	Компьютерный дизайн искусственных РНК- и ДНК-структур Титов ИИ Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии Новосибирск, 10 - 14 июня
	Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития”
	Генные сети, контролирующие развитие макрохет D. melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. V Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров
2008	Data mining and network construction Ivanisenko V.A. 11th Meeting of the German/Russian Virtual Network of Bioinformatics for "Computational Systems Biology". August 25-26, 2008. Bielefeld, Germany
	Mathematical model of auxin metabolism in shoots of Arabidopsis thaliana L. Akberdin I. R., Kazantsev F. V., Omelyanchuk N. A., Likhoshvai V. A. 2nd International Conference "Mathematical Biology and Bioinformatics", Pushchino, Moscow region, September 7-13, 2008
	A mathematical model for the suppressive effect of subgenomic hepatitis c virus replication in cells in the presence of potential individual drugs or their combinations E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Andcell: a computer system for automated extraction of knowledge about molecular genetic interactions and regulations from pubmed abstracts and their representation as semantic association networks Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Auxin regulation of its own transport determines the root tip structure in plants V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, S.I. Fadeev, V.V Koga2, G. Yosiphon, E. Mjolsness, V.A.Likhoshvai 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Coevolution of protein domains of P53 and MDM2 – key proteins of apoptosis S.S. Pintus, V.A. Ivanisenko 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Estimation of minimal drug treatment duration for clearance of an Huh-7 cell from hepatitis C virus replicon based on mathematical modeling Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Horizontal transmission of non-LTR retrotransposons: artefact or rare event? Novikova O, Blinov A 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Modeling of drug effects on hepatitis C virus replication in an Huh-7 cell Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Molecular evolution of the key regulatory genes in the eukaryotic cell cycle gene network Turnaev I.I., Gunbin K.V., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008
	Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Nucleosome formation potential estimation via dinucleotide periodicity preferences Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Nucleotide assymetry in structural RNAs: evidence of c-> u directional change in tRNAs Titov II 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	PDBSite database and PDBSiteScan tool: template-based docking and recognition of functional sites in protein 3d structure Ivanisenko V.A., Ivanisenko N.V., Ivanisenko T.V. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Protein connectivity in molecular-genetic networks depends on protein susceptibility to single mutations Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivanisenko V.A., Ivanisenko T.V. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	The molecular evolution of the pyrococcus genomes: a computer-assisted study K.V. Gunbin, P.B. Baryshev, D.A. Afonnikov 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008
	The parallelization of the plato algorithm for analysis of the anomalously evolving gene regions Vyatkin Yu.V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008
	the precise equilibrium equation of TBP/TATA-binding predicts human familial diseases upon mutations Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Drachkova I.A., Lysova M.V., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Эффективность экспрессии генов как функция их нуклеотидного состава Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Ефимов В.М., Вишневский О.В. II-ая Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика" г. Пущино Московской области 7-13 сентября 2008 г.
	Protein Functional Sites Projection on Exon Structure Of Gene for ATP-, ADP-, AMP-binding Sites I.V. Medvedeva, V.A. Ivanisenko International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Mathematical model of auxin-mediated root patterning Mironova V.V., Likhoshvai V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Protein Functional Sites Ivanisenko V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Эффект потенциальных лекарственных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке: математическая модель Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2008 г.
	Эффект потенциальных лекарственных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита C в клетке: математическая модель Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2008 г.
	Математическое моделирование репликации репликона ВГС в клетке. Исследование возможных клеточных факторов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А IV съезд микробиологов Узбекистана, тезисы докладов, г. Ташкент, 9-10 октября 2008
	Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008
	Эволюционный конструктор: новый подход к моделированию эволюции простейших Лашин С.А. IX всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям (YM2008)
	Drug targets discovery with text-mining and bioinformatics approaches: ANDCell and PDBSiteScan tools Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E. Joint Indo-Russian Workshop "Systems Biology and Genome Informatics of M. tuberculosis and other infectious diseases" October 12-14, 2008. Novosibirsk
	ANDCell: a tool for automated knowledge extraction from PubMed and reconstruction of association networks Ivanisenko V.A., Yarkova E.E., Demenkov P.S., Kochetov A.V. Proceedings of the 5th International Symposium on Integrative Bioinformatics. P 327, 20-22 August 2008, Germany
	Knowledge discovery for biotechnology, biomedicine and nanobioengineering using text- and data-mining Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E. Russian-Polich Symposium "Perspectives of post-genomic biotechnology" in the frames of jubilee celebrations on 50 –anniversary of cooperation between the Russian and Polish Academies of Sciences, October 15-17, 2008, Moscow
	Создание графовой базы данных и реализация основных типов запросов к ней Генаев М.А. XLVI Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК-46) г.Новосибирск 26 – 30 апреля 2008 г.
	Генетика типа и скорости развития пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Головнина К.А., Блинов А.Г. Конференция "Селекция сельскохозяйственных культур на устойчивость к абиотическим и биотическим стрессам". Барнаул. 22-24 июля 2008 г.
	Центр компетенции СО РАН - Intel Цели, задачи и некоторые результаты Глинский Б.М., Кучин Н.В., Самофалов В.В., Бакулина А.Ю., Афонников Д.А., Чеверда В.А. Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ'2008): Труды международной научной конференции (Санкт-Петербург, 28 января – 1 февраля 2008 г.). – Челябинск: Изд. ЮУрГУ, 2008
	Математическая модель поддержания тотипотентности и дифференцировки клеток при развитии меристемы побега Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2008"!", Москва, Россия
	Параллельная реализация программного комплекса молекулярного моделирования "MOLKERN" с использованием OpenMP Алемасов Николай Александрович Технологии Microsoft в теории и практике программирования, Конференция-конкурс работ студентов, аспирантов и молодых ученых, Новосибирск, Академгородок
	Protein connectivity in molecular-genetic networks depends on protein susceptibility to single mutations Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	OpenMP+MPI parallel implementation of the «MOLKERN» molecular modelling software package Алемасов Н.А., Фомин Э.С. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Quantum-chemical analysis of Zn2+ binding in wild-type and G245C mutant of p53 protein. Bugakov I.V., Fomin E.S., Ivanisenko V.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	An algorithm for protein conformational flexibity prediction. Chirtsov A.S., Fomin E.S. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Database neurogenesis on bristle pattern formation in D. melanogaster Bukharina T.A. Furman D.P. VI-ая Международная конференция "Биоинформатика регуляции и структуры генома"
	Neurogenesis: Gene Network of Bristle Pattern Development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. XX ICG Congress 2008
2007	Analysis of Distribution of Protein Functional Sites on Gene Structure Medvedeva I. V., Demenkov P. S., Ivanisenko V. A., and Kolchanov N. A. 2007 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BIOCOMP'07: June 25-28, 2007)
	Modelling and analysis of spatially distributed systems regulation in apical meristem of Arabidopsis thaliana Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A 3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia
	Associative network and protein structure discovery: a software complex for facilitating search of targets for drugs, drug design, and evaluation of molecular toxicity Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Aman E.E., S.S. Pintus S.S., Kolchanov N.A. 3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia
	Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
	Hierarchical analysis of the eukaryotic transcription regulatory regions based on the DNA codes of transcription I.V. Khomicheva, E.E. Vityaev, E.A. Ananko, V.G. Levitsky, T.I. Shipilov 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
	Associative network discovery (AND) – Software package for automated reconstruction of molecular-genetic association networks Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
	Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем. Казанцев Ф.В., Ратушный А.В. 45 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 10-12)
	Mathematical model of the Arabidopsis thaliana L. morphogenesis in a cellular automaton terms Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., D.N., Kolchanov N.A. 7th YSF "Molecular Networks", Vienna, Austria, 5 – 7 July 2007
	Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations P.S. Demenkov 8th Meeting German / Russian Virtual Network on Computational Systems Biology 5th and 6th November 2007
	Molecular genetic systems of development: dynamics of functioning and molecular evolution Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. Computational phylogenetics and molecular evolution "CPMS' 2007"
	Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow
	Gene networks and evolution of regulatory genetic system Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. Current Evolutionary Thinking in Biology, Medicine and Sociology. International Conference Dedicated to 90 Anniversary of Prof. Dmitry K. Belyaev
	Adaptive evolution of genetic systems Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. II International Conference "Biosphere Origin and Evolution"
	Филогения пшениц Гончаров Н.П., Головнина К.А., Килиан Б.,Кондратенко Е.Я II Вавиловская международная конференция "Генетические ресурсы культурных растений в XXI веке": состояние, проблемы, перспективы. 26-30 ноября 2007, г. Санкт-Петербург
	Комбинационная терапия как средство борьбы с лекарственной устойчивостью вируса гепатита С, результаты математического моделирования Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2-8 сентября 2007 г.
	Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клетке. Построение и варианты использования Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2-8 сентября 2007 г.
	Mathematical Modeling of the HCV Drugs Combinations Effect Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L., Ivanisenko V.A., Likhoshvai V.A. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007
	Bioinformatics and its application in addressing the chalanges of biotechnology and medicine Ivanisenko V.A. International Conference "Scenarios for a co-ordinated approach to sustainable S&T co-operation with the eastern neighbours of the EU", Moscow 3-4 December, 2007
	Параллельная реализация задач молекулярного докинга и виртуального скрининга Алемасов Николай Александрович, Фомин Эдуард Станиславович IV Российская-германская школа по параллельным вычислениям на высокопроизводительных вычислительных системах, Новосибирск
	CMDB: a Database for Coordinated Mutations Yu. Vyatkin, D. Afonnikov Moscow Conference for Computational Molecular Biology (MCCMB'2007)
	2d modelling and analysis of spatially distributed cells types of primary shoot apical meristem (SAM) of Arabidopsis thaliana Ilya R. AKBERDIN, Evgeny A. OZONOV, Victorya V. MIRONOVA, Dmitry N. GORPINCHENKO, Nadezda A. OMELYANCHUK, Vitaly A. LIKHOSHVAI, Denis S. MIGINSKY, Nikolai A. KOLCHANOV Proceedings of the 3-rd Moscow conference on computional molecular biology. Moscow, Russia
	Analysis of the positive selection in the Hh-signaling pathway genes Afonnikov D.A., Gunbin K.V. The 2nd Asian Bioinformatics Research and Education Network (ABREN) Virtual Training Workshop on Bioinformatics,June 20, 2007
	RNA secondary structure: from physico-chemistry to computer prediction Titov I.I. The 2nd Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2007, 20th June-1st, September 2007
	Structure discovery – computer tools for protein analysis and search of drug target V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.E. Aman, S.S. Pintus, E.S. Fomin. The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года
	Textomics: the instrument for biological knowledge discovery E.E. Aman, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года
	Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю. V Конференция молодых ученых СО РАН, посвященная М.А. Лаврентьеву. Новосибирск, 21-23 ноября 2007 г.
	Associative Network Discovery (AND) – компьютерная система для автоматической реконструкции ассоциативных сетей молекулярно-генетических взаимодействий Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A. VI Всероссийской научно – практической конференции AS’2007 (СИСТЕМЫ АВТОМАТИЗАЦИИ в образовании, науке и производстве)
	Компьютерная система для моделирования и анализа растительных тканей Лавреха В.В., Пененко А.В., Шерин Д.С., Николаев С.В. VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007
	Моделирование механизма позиционирования зоны деления стволовых клеток в апикальной меристеме побега растения Пененко A.В., Николаев С.В., Смаль П.А., Лавреха В.В. VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007
	Молекулярно-биологические подходы к реконструкции филогении рода Triticum К.А. Головнина X международная генетико-селекционная школа "Реализация идей Н. И. Вавилова на современном этапе развития генетики, селекции и семеноводства сельскохозяйственных культур" Новосибирск, Россия, 9-13 Апреля 2007
	Distribution and evolution of non-LTR retrotransposons in fungi Novikova O XI Congress of European society for evolutionary biology. Uppsala, Sweden
	Анализ картирования функциональных сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В. XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
	Визуализатор вырожденных олигонуклеотидных мотивов Генаев М.А. XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
	Математическая модель репликации репликона вируса гепатита С в клетках Huh-7 Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
	Diversity of Chromoviruses in fungi Novikova O, Blinov A XV Congress of European mycologists. Saint Petersburg, Russia
	Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточных автоматов Озонов Е.А., Акбердин И.Р., Миронова В.В., Горпинченко, Д.Н, Лихошвай В.А Всероссийская научная конференция студентов физиков ВНКСФ-13
	Извлечение знаний из опубликованных данных по генетике растений: база данных AGNS и ее приложения Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Д.К. Пономарев, Е.М. Залевский, И.С. Шамов, Н.Л. Подколодный, Н.А. Колчанов Материалы Всероссийской конференции с международным участием "Знания – Онтологии – Теории" (ЗОНТ-07), 14-16 сентября 2007, Новосибирск
	Использование технологии генных сетей для реконструкции процесса формирования щетиночного рисунка у Drosophyla melanogaster Фурман Д.П., Бухарина Т.А. Материалы Международной конференции "Научное наследие Н.И.Вавилова - фундамент развития отечественного и мирового сельского хозяйства, 27-28 ноября 2007 г", М: ФГОУ ВПО Российский государственный университет - МСХА им. К.А. Тимирязева
	Доместикация злаков: поиск новых подходов для решения старой проблемы Гончаров Н.П.,Головнина К.А.,Глушков С.А.,Кондратенко Е.А.,Шумный В.К. Международная конференция "Развитие эволюционной идеи в биологии, социологии и медицине",посвященная 90-летию со дня рождения академика Дмитрия Константиновича Беляева
	Математическое моделирование комбинационного действия лекарственных препаратов против вируса гепатита С. Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск
	Моделирование морфогенеза зародыша Arbidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин ИР, Озонов ЕА, Миронова ВВ, Горпинченко ДН, Омельянчук НА, Лихошвай ВА Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск
	Подходы к моделированию регуляции развития корня растения Горпинченко Д., Миронова В. Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК) Новосибирск
	Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной молодёжной научно-методической конференции "Проблемы молекулярной и клеточной биологии" г. Томск
	одномерная математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В.А., Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Фадеев С.И. Тезисы докладов Российской конференции "Математика в современном мире", Новосибирск, 2007
	A constant-time algorithm for regular binary multigrid cell indexation Fomin E.S. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007
	Template library MOLKERN as a framework for building effective molecular modelling programs Fomin E.S., Alemasov N.A., Aknazarov Z.I., Chirtsov A.S., Fomin A.E. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007
	A fast approximate method for calculation of high degree interaction areas of atomic spheres Fomin E.S., Chirtsov A.S. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007
	MOLKERN as new effective engine for drug discovery software Fomin E.S., Alemasov N.A., Chirtsov A.S., Fomin A.E. 4th International Symposium Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (CMTPI-2007)
	Приближенный аналитический метод вычисления площади поверхности биомолекул. www.ict.nsc.ru/ws/YM2007/12743/chirtsov.html Чирцов А.С., Фомин Э.С. 8-ая Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям 27 - 29 ноября 2007 года, Новосибирск
2006	Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
	Hepatitis C virus: application of gene networks technology to searching for perspective pharmacological targets Ivanisenko VA, Mischenko EL, Bezmaternikh KD, Ratushny AV, Likhoshvai VA,Titov II, Korotkov RO, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
	Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus SS, Ivanisenko VA 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
	New Zn2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
	Программный комплекс для конструирования математических моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. 44 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 13-14)
	A gene network of adipocyte lipid metabolism: coordinated interactions between the transcriptional factors SREBP, LXRa and PPARg Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	A system for simulation of 2D plant tissue growth and development Nikolaev S.V., Penenko A.V., Belavskaya V.V., Mjolsness E., N.A. Kolchanov N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	AGNS (arabidopsis genenet supplementary database), release 3.0 Omelianchuk N.A., Mironova V.V., Poplavsky A.S., Pavlov K.S., Savinskaya S.A., Podkolodny N.L., Mjolsness E.D., Meyerowitz E.M., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Analysis of the nucleotide context of higher plant mitochondrial mRNA editing sites Vishnevsky O.V., Konstantinov Yu.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Analysis of the tertiary structure of the PPAR and RXR transcriptional factors and their mutant variants Aman E.E., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Architecture of software toolkit for storing and operating with biosystems models Miginsky D.S., Suslov V.V., Rasskazov D.A., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Aromorphoses and adaptive molecular evolution: morphogens and signaling cascade genes Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006)
	Association study of snp of the tnf-alpha gene with bovine leukosis and evaluation of its functional significance Yudin N.S., Vasil’eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Database GenSensor as informational source for design of biosensors. Experimental development of biosensor based on yfiA gene Khlebodarova T.M., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Tikunova N.V. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	FASTPROT: A computtational workbench for analysis of function, activity and structure of protein Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Korotkov R.O., Aman E.E., Pintus S.S., Startcev K.S., Tatarnikova L.Yu., Panina I.I., Sobolev A.A., Selenev I.V., Elohov V.J., Golovina A.N., Aknazarov Z.I., Sharonova I.V., Krestianova M.A., etc. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Genetic constructor for computer modeling Likhoshvai V., Nedosekina E., Tikunova N. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	HCV-KINET database: kinetic parameter reactions and regulatory processes of the life cycle of the hepatitis C virus Mishchenko E.L., Korotkov R.О., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Identification of arabidopsis thaliana micrornas among mpss signatures Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Vishnevsky O.V., Savinskaya S.A, Omelyanchuk N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Molecular phylogeny of the genus Triticum L. Golovnina K., Glushkov S., Blinov A., Mayorov V., Adkison L., Goncharov N. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Optimal control tasks in terms of the gene network models Bezmaternykh K.D., Nikulichev Yu.V., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Latipov A.F., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Pattern of locally positioned dinucleotides in microRNA relates to its accumulation level Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	PDBSite database and PDBSiteScan tool: recognition of functional sites in protein 3D structure and template-based docking Ivanisenko V.A., Ivanisenko T.V., Sharonova I.V., Krestyanova M.A., Ivanisenko N.V., Grigorovich D.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations Demenkov P.S, Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Prediction of the contact numbers of the amino acid residues in proteins Афонников Д.А., Морозов 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Program Method of Constructing Ontology of Phenotypic Abnormalities for Arabidopsis thaliana Ponomaryov D., Omelianchuk N., Mironova V., Kolchanov N., Mjolsness E., Meyerowitz E A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Rise of new zn2+ binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	SITECON: a quality tool for prediction of transcription factor binding sites now handles those for SF-1. experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	The SiteGA and PWM methods application for transcription factor binding sites recognition in EPD promoters Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Минимальная математическая модель подавления репликации РНК репликона ВГС в клеточной культуре", доклад на 5-ой Российской мульти-конференции Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. 5-ая Российская мульти-конференция "Математика, Информатика, Управление" (МИУ’06) Иркутск, Россия
	MGSmodeller - компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. , Подколодная Н.Н., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Крокус И.В., Лашин С.А., Ратушный А.В., Лихошвай В.А. 7 Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Красноярск, Россия, (Ноябрь 1-3)
	TRRD - the database on transcription regulatory regions of eukaryotic genes Ignatieva E.V. First Virtual Training Workshop on Bioinformatics organized by the Asian Bioinformatics Research and Education Network (ABREN) May,8-July, 8, 2006
	Molecular phylogeny of the genus Triticum Golovnina K., Glushkov S I(IX) international conference of young botanists in Saint-Petersburg, May 21-26, 2006
	AGNS database and cellular automaton to model the development of shoot meristems of Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. II Всероссийская конференция "Инфокоммуникационные и компьютерные технологии и системы", Улан-Удэ, Россия (Июль 1-4)
	System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies
	RNA secondary structure and function Titov I.I. The 1st Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2006, 8th May-8th, July 2006.
	A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude
	Молекурно-генетические механизмы регуляции дыхания клетки E.coli: реконструкция генной сети и математическое моделирование Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude
	Hypoxic response in newborn mice with targeted deletion of the tachikinin 1 gene and lack of substance P and substance K. J. Berner, Y. Shvarev, H. Lagercrantz, A. Bilkei-Gorzo, T. Hokfelt, R. Wickstrom. The European Academy of Paediatrics Congress, Barcelona, Spain, 7-10 October, 2006
	Mathematical model for suppression of hepatitis C virus RNA replicon replication in cell culture Bezmaternikh K.D., Mishchenko E.L., Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. The VII All-Russian young scientists conference on mathematical modeling and informatics technology (with foreign participants), Krasnoyarsk
	Nano/microfluid bio-analytical systems Pel'tek S.E., Pindyurin V.F., Popik V.M., Scheglov M.A., Goldenberg B.G., Eliseev V.S., Petrova E.V., Tikunova N.V., Rubtsov N.B., Goraychkovskaya T.N., Khlebodarova T.M., Govorun V.M., Kulipanov G.N., Kolchanov N.A. The XVI Intern. Synchrotron Radiation Conference (SR-2006), July 10-14, 2006, BINP, Novosibirsk, Russia
	Modeling of morphogenesis of Arabidopsis thaliana in cellular automaton terms Akberdin I. R., Evgeniy A. Ozonov, Victoria V. Mironova, Nadezda A. Omelyanchuk, Vitaly A. Likhoshvai VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Моделирование морфогенеза растений в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р, Озонов Е.А, Миронова В.В, Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Моделирование морфогенеза растения в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р, Озонов Е.А, Миронова В.В, Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Анализ распределения просайтов функциональных сайтов в пространственных структурах белков Шаронова (Медведева) И. В. XLIV Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"
	Разработка методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов в геномной ДНК Левицкий В.Г. XLIV Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"
	Синтез управляемых генных сетей Ю.Г.Матушкин Всероссийская конференция (с международным участием) "Математика, информатика, управление" (МИУ-06) Улан-Удэ - оз. Байкал
	Рукотворные виды - источник расширения биоразнообразия пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Храброва М.А., Коновалов А.А., Лайкова Л.И., Блинов А.Г., Головнина К.А., Глушков С.А. Вторая Центрально-Азиатская конференция по зерновым культурам. 13-16 июня 2006 года. Чолпон-Ата, Иссык-Куль, Кыргызстан
	Математическая модель подавления репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной структуре Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. Доклад на VII всероссийской конференции молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, г. Красноярск
	Онтология развития растения базы данных по экспрессии генов Арабидопсиса AGNS (Arabidopsis GeneNet Supplementary DataBase) Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Поплавский А.С. Материалы II всероссийской конференции с международным участием "Инфокоммуникационные и вычислительные технологии и системы". г. Улан-Удэ
	Сотрудничество ИЦиГ - ВКИ НГУ Ю.Г.Матушкин Региональная научно-практическая конференция "Информационные технологии в общем и среднем образовании" Новосибирск
	Rise of new binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	New Zn 2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A 3th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" (GPBM 2006)
	The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Bukharina T.A. Katokhin A.V. Furman D.P. Пятая Международная Конференция "Биоинформатика Регуляции и Структуры Генома"
2005	Discrete Modeling of Structure Preserving Mutations in Proteins Pavel S. Demenkov, Evgeny Y. Kharlamov 9-th Asian Logic Conference
2004	PDBSITE, PDBLIGAND and PDBSITESCAN: a computational workbench for the recognition of the structural and functional determinants in protein tertiary structures combined with protein draft docking Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Krestyanova M.A., Demenkov P.S., Znobisheva E.K., Ivanov E.E., Grigorovich D.A. 2. Fourth Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Разработка логико-вероятностной модели белков, определяющей структурную ограниченность белков Деменков П.С. 42-я МНСК «Студент и научно-технический прогресс»
2003	Emperical Theory Discovery. Деменков П.С., Витяев Е.Е. Вероятностные Идеи в Науке и Философии

Гранты

2011	Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега РФФИ, номер гранта 11-04-01748
	Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений РФФИ, номер гранта 11-04-01254а
	Участие в 8-ой Европейской конференции по математической и теоретической биологии (ECMTB11) РФФИ, номер гранта 11-04-09417-моб_з
	Изучение молекулярных механизмов быстрых негеномных эффектов альдостерона в собирательных трубках почки крысы в постнатальном онтогенезе РФФИ, номер гранта 11-04-00695-а
2010	Симметрия и хаос в генных сетях РФФИ, номер гранта 10-01-00717
	Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 02.740.11. 0705
2009	Participation to miniprogram “Morphodynamics in Plants, Animals and Beyond" NSF USA, номер гранта PHY05-51164
	Функциональный анализ межклеточной адгезии и коммуникации в тканях –мишенях вазопрессина РФФИ, номер гранта 09-04-00424-а
	Анализ генетической детерминации интегрированных признаков организма с использованием методологии многомерной статистики и искусственных нейронных сетей Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Биологическое разнообразие». Подпрограмма 2. «Генофонды и генетическое разнообразие»
2008	Исследование молекулярных механизмов быстрой негеномной регуляции альдостероном эпителиального натриевого канала в дистальном сегменте нефрона крысы РФФИ, номер гранта 08-04-00658-а
2005	Исследование механизмов регуляции альдостероном внутриклеточного натрия в дистальном сегменте нефрона в постнатальном онтогенезе РФФИ, номер гранта 05-04-48371-а

Научное руководство

2013	Компьютерная поддержка базы кинетических данных биохимических реакций Ермак Тимофей 2013-06-21
2012	Пакет для расчета дифференциальных уравнений на вычислительном кластере ЦКП "Биоинформатика" Тартакынов Артем , 2012-06-01
	Программное средство для определения скелета растрового изображения с применением волнового алгоритма. Русакова Наталья , 2012-06-01
	Веб-портал для базы данных по экспериментальным исследованиям в области геномики. Мартыщенко Мария Кирилловна , 2012-06-01
2011	Подсистема визуализации данных в рамках программного пакета MGSModelsDB Насонов Владимир 2011-12-15
	Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных мутациях аминокислот Корепанова Ольга Александровна 2011-06-16
2010	Создание системы статистической обработки данных для анализа фенотипических признаков растений Котов Иван Анатольевич 2010-06-15

Учебные курсы

2012	Организация и функционирование молекулярно-генетических систем III: методы анализа генетических текстов ФЕН НГУ 4 курс, кафедра информационной биологии, семестров: 1
2011	Экология Новосибирский государственный архитектурно-строительный университет, кафедра безопасности жизнедеятельности, семестров: 1

Патенты

2011	Программа визуализации и компиляции математических моделей генных сетей (МГСмодели) / Software tool for gene networks mathematical models view and compile (MGSmodelsDB) Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Насонов В.В., Тимонов В.С. Номер патента № 2011616329
	Генная сеть «ПараХозя»(ГС «ПХ»)/ Gene Net «ParaHozya» (GN «PH») Бухарина Т.А. Мордвинов В.А. Фурман Д.П. Номер патента 2011620439
2010	Программа для классификации биологических текстов на английском языке (БиоТекстКласс) / The program for classification of biological texts in English (BioTextClass) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В. Номер патента 2010617828
	Генная сеть "Нейрогенез:Асимметричное деление" (ГС"НАД") / Gene Net "Neurogenesis:Asymmetric division (GN "NAD")" Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Номер патента 2010620480
	Генная сеть "Нейрогенез:Предструктура" (ГС"НП") / Gene Net "Neurogenesis:Prepattern (GN "NP")" Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Номер патента 2010620479
	Генная сеть "Нейрогенез:Детерминация" (ГС"НД") / Gene Net "Neurogenesis:Determination (GN "ND")" Фурман Д.П. Бухарина Т.А. Номер патента 2010620416
	Растения, Паттерны, Фенотипы (3П-ДБ)/Plants, Patterns, Phenotypes (3P-DB) Миронова В.В., Залевский Е.М., Омельянчук Н.А. Номер патента 2010620474
	База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620013
	База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620014
2008	База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э. Номер патента 2008620439
	Программа для реконструкции, визуализации и анализа ассоциативных сетей (ЭНДВизио)/Program for reconstruction, visualization and analyze associative networks (ANDVisio) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э. Номер патента 2008615929
	Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller) Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В Номер патента №2008612820
	Программа автоматической генерации математических моделей генных сетей (МГСгенератор) / Software tool for mathematical models autogeneration on basis of the gene networks structure (MGSgenerator) Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Номер патента №2008611941
2006	Генные сети Арабидопсиса (ГСА)/Arabidopsis GeneNet Supplementary (AGNS) Омельянчук Н.А., Поплавский А.С., Миронова В.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента 2006620170

Система учета научной деятельности (ASSA)

Отдел системной биологии

Подразделения

Бывшие сотрудники

Совместители

Публикации

Монографии

Конференции

Гранты

Научное руководство

Учебные курсы

Патенты