Система учета научной деятельности (ASSA)

Вход

Отдел системной биологии

Отделение молекулярной генетики, клеточной биологии и биоинформатики

Подразделения

Лаборатория компьютерной протеомики (т.12)
Лаборатория молекулярно-генетических систем (т.13)
Лаборатория эволюционной биоинформатики и теоретической генетики (т.14)
Лаборатория психологической генетики (т.34)
Международная исследовательская лаборатория молекулярные механизмы регенерации (т.42)
Центр коллективного пользования Биоинформатика (т.53)
Лаборатория системной фармакологии (т.138)
Сектор молекулярно-генетических механизмов регенерации (т.158)

Колчанов Николай Александрович
[научный руководитель]

Научные результаты

Сотрудники

Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода:

Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты

Публикации

2023	Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Gennady V. Vasiliev, Stepan V. Toshchakov, Nikolay A. Shmakov, Mikhail A. Genaev, Mikhail A. Nesterov, Salmaz M. Ibragimova, Daniil A. Rybakov, Tatjana A. Gavrilenko, Elena A. Salina, Maxim V. Patrushev, Alex V. Kochetov and Dmitry A. Afonnikov INT J MOL SCI, 2023, v. 24, p. 5713
	Trait-Based Method of Quantitative Assessment of Ecological Functional Groups in the Human Intestinal Microbiome Andrew I. Kropochev, Sergey A. Lashin, Yury G. Matushkin, Alexandra I. Klimenko Biology, 2023, Т. 12. № 1. С. 115.
	Synthesis, crystal structure and NMR-study new mononuclear paramagnetic Er (III) complex based on imine derivatives of thiacalix[4]arene E.N. Zapolotsky, S.P. Babailov, M.V. Kniazeva, Y.V. Strelnikova, A.S. Ovsyannikov, A.T. Gubaidullin, S.E. Solovieva, I.S. Antipin, E.S. Fomin, I.P. Chuikov INORG CHIM ACTA, 2023, 545, 121267
	Genome assembly of the acoel flatworm Symsagittifera roscoffensis, a model for research on body plan evolution and photosymbiosis Pedro Martinez, Kirill Ustyantsev, Mikhail Biryukov, Stijn Mouton, Liza Glasenburg, Simon G Sprecher, Xavier Bailly, Eugene Berezikov G3-Genes Genomes Genetics, 2023, G3, 2023, 00(0), jkac336
	Antitumor efficacy of multi-target in situ vaccinations with CpG oligodeoxynucleotides, anti-OX40, anti-PD1 antibodies, and aptamers Proskurina AS, Ruzanova VS, Ritter GS, Efremov YR, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Fokina AA, Zatsepin TS, Stetsenko DA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS J Biomed Res, 2023
	The context signals of mitochondrial miRNAs (mitomiRs) of mammals O.V. Vishnevsky, P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):819-825
	Small world of the miRNA science drives its publication dynamics A.B. Firsov, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):826-829
	Heterologous Expression of Extracellular Proteinase pAsPs of Aspergillus pseudotamarii in Komagataella phaffii. Zadorozhny AV, Voskoboev ME, Bochkov DV, Rozanov AS, Shedko ED, Mescheryakova IA, Blinov AG, Korzhuk AV, Shlyakhtun VN, Bogacheva NV, Antonov EV, Bannikova SV, Goryachkovskaya TN, Peltek SE INT J MOL SCI, 2023, International Journal of Molecular Sciences. 2022; 23(23):15035.
	Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
	Impact of Negative Feedbacks on De Novo Pyrimidines Biosynthesis in Escherichia coli. Akberdin I.R.; Kozlov K.N.; Kazantsev F.V.; Fadeev S.I.; Likhoshvai V.A.; Khlebodarova T.M. INT J MOL SCI, 2023, 24(5), 4806
	Three Cycles of Continuous Propagation of a Severe PSTVd Strain NicTr-3 in Solanum lycopersicum cv. Rutgers Resulted in Its Attenuation and Very Mild Disease Symptoms in Potato Alex V. Kochetov, Nikolay Shmakov, Dmitry A. Afonnikov, Gennady V. Vasiliev, Natalja V. Shatskaya, Anastasiya A. Egorova, Nina V. Mironenko, Nina M. Lashina, Alexander V. Khiutti and Olga S. Afanasenko Agronomy, 2023, v. 13, №3, P. 684
	WAX INDUCER 1 Regulates β-Diketone Biosynthesis by Mediating Expression of the Cer-cqu Gene Cluster in Barley Gerasimova, S.V.; Kolosovskaya, E.V.; Vikhorev, A.V.; Korotkova, A.M.; Hertig, C.W.; Genaev, M.A.; Domrachev, D.V.; Morozov, S.V.; Chernyak, E.I.; Shmakov, N.A.; Vasiliev, G.V.; Kochetov, A.V.; Kumlehn, J.; Khlestkina, E.K. INT J MOL SCI, 2023, 24, no. 7: 6762
	Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
2022	Bioinformatic Assessment of Factors Affecting the Correlation between Protein Abundance and Elongation Efficiency in Prokaryotes Aleksandra E. Korenskaia, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin, Alexandra I. Klimenko INT J MOL SCI, 2022, Т. 23. № 19. С. 11996.
	ICBrainDB: An Integrated Database for Finding Associations between Genetic Factors and EEG Markers of Depressive Disorders Роман Иванов; Федор Казанцев; Евгений Заварзин; Александра Клименко; Наталья Милахина; Юрий Матушкин; Александр Савостьянов; Сергей Лашин. J. Pers. Med, 2022, 12(1), 53
	Salicylic Acid in Root Growth and Development Zulfira Z. Bagautdinova, Nadya Omelyanchuk, Aleksandr V. Tyapkin, Vasilina V. Kovrizhnykh, Viktoriya V. Lavrekha, Elena V. Zemlyanskaya INT J MOL SCI, 2022, volume 23, issue 4, 2228
	Transcriptomic Data Meta-Analysis Sheds Light on High Light Response in Arabidopsis thaliana L. Бобровских Александр Владимирович Зубаирова Ульяна Станиславовна Бондарь Евгения Ивановна Лавреха Виктория Вадимовна Дорошков Алексей Владимирович INT J MOL SCI, 2022, 23(8), 4455
	Computer analysis of the relation between hydrogen bond stability in SOD1 mutants and the survival time of amyotrophic lateral sclerosis patients Alemasov, N. A., Timofeev, V. S., Ivanisenko, N. V., Kolchanov, N. A., & Ivanisenko, V. A. J MOL GRAPH MODEL, 2022
	Impact of human CD95 mutations on cell death and autoimmunity: a model. Seyrek K., Ivanisenko N. V., Wohlfromm F., Espe J., Lavrik I. N. TRENDS IMMUNOL, 2022
	Random Integration Transgenesis in a Free-Living Regenerative Flatworm Macrostomum lignano Jakub Wudarski, Kirill Ustyantsev, Filipa Reinoite, Eugene Berezikov Methods in Molecular Biology, 2022, chapter 26, volume 2450
	Regulation of extrinsic apoptotic signaling by c-FLIP: towards targeting cancer networks Nikita V. Ivanisenko, Kamil Seyrek, Laura K. Hillert Richter, Corinna König, Johannes Espe, Kakoli Bose, Inna N. Lavrik Trends in Cancer, 2022
	Abnormal mTOR Activity in Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric and MIA-Associated Autism Spectrum Disorders Ekaterina A. Trifonova, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2022, 23, 967
	Switching of shifting and relaxational NMR-thermosensor properties of iron (II) tris-(pyrazol-1-yl) methane complexes due to spin-crossover S.P.Babailov,E.N.Zapolotsky,V.V.Kokovkin,O.G.Shakirova,I.V.Mironov,I.P.Chuikov,E.S.Fomin POLYHEDRON, 2022, Volume 212, 2022, 115611
	Relationship between the characteristics of bread wheat grains, storage time and germination Dmitry A. Afonnikov. Evgenii G. Komyshev, Vadim M. Efimov, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Peter U. Gierke and Andreas Börner Plants, 2022, v. 11, p. 35
	Classification of Fruit Flies by Gender in Images Using Smartphones and the YOLOv4-Tiny Neural Network Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Olga D. Shishkina, Natalya V. Adonyeva, Evgenia K. Karpova, Nataly E. Gruntenko, Lyudmila P. Zakharenko, Vasily S. Koval and Dmitry A. Afonnikov Mathematics, 2022, v. 10, p. 295
	Agent‐Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population Georgii P. Romanov , Anna A. Smirnova , Vladimir I. Zamyatin, Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Vera G. Pshennikova, Fedor M. Teryutin, Aisen V. Solovyev, Sardana A. Fedorova, Olga L. Posukh, Sergey A. Lashin and Nikolay A. Barashkov Biology, 2022, Biology 2022, 11, 257. https://doi.org/10.3390/biology11020257
	Variability of leaf pubescence characteristics in transgenic tobacco lines with partial proline dehydrogenase gene suppression. S.M. Ibragimova, M.A. Genaev, A.V. Kochetov, D.A. Afonnikov BIOL PLANTARUM, 2022, 66:24-28
	Stress reactivity, susceptibility to hypertension, and differential expression of genes in hypertensive compared to normotensive patients Oshchepkov D, Chadaeva I, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Khandaev B, Sharypova E, Ponomarenko P, Bogomolov A, Klimova NV, Shikhevich S, Redina O, Kolosova NG, Nazarenko M, Kolchanov NA, Markel A, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, 5, 23, Article number 2835
	Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека. Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 1, 26, 96-108
	Editorial: Association Between Individuals’ Genomic Ancestry and Variation in Disease Susceptibility Ranajit Das, Tatiana V. Tatarinova, Elvira R. Galieva, Yuriy L. Orlov Frontiers in Genetics, 2022, 13:831320
	ГЕНЕТИЧЕСКАЯ РЕГУЛЯЦИЯ МОРФОГЕНЕЗА МЕХАНОРЕЦЕПТОРОВ DROSOPHILA MELANOGASTER Д. П. Фурман, Т. А. Бухарина Онтогенез, 2022, том 53, № 4, с.250-264.
	An experimental study of the effects of SNPs in the TATA boxes of the GRIN1, ASCL3 and NOS1 genes on interactions with the TATA-binding protein. Sharypova E.B., Drachkova I.A., Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 3, 26, 227-233
	Motif models proposing independent and interdependent impacts of nucleotides are related to high and low affinity transcription factor binding sites in Arabidopsis Tsukanov, A. V., Mironova V. V., Levitsky V. G. Frontiers in Plant Science, 2022, 13:938545
	Features of activity of the phenylpropanoid biosynthesis pathway in melanin-accumulating barley grains Anastasiia Y. Glagoleva, Alexander V. Vikhorev, Nikolay A. Shmakov, Sergey V. Morozov, Elena I. Chernyak, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Elena K. Khlestkina, Olesya Y. Shoeva Frontiers in Plant Science, 2022
	Aeshna soneharai Asahina, 1988, stat. rev., bona species – an overlooked member of European fauna? (Odonata: Aeshnidae) Onishko V.V., Kosterin O.E., Blinov A.G., Sukhikh I.S., Ogunleye A.T., Schröter A. ODONATOLOGICA, 2022, Vol. 5, No. 1-2, p. 111-145
	Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
	Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin INT J MOL SCI, 2022, 23, 8981
	CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V Frontiers in Plant Science, 2022, 13:942710
	QTL Analysis for Bread Wheat Seed Size, Shape and Color Characteristics Estimated by Digital Image Processing Mian Abdur Rehman Arif, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Nikolay A. Shmakov, Andreas Börner and Dmitry A. Afonnikov Plants, 2022, v. 11, article 2105.
	Genetic Regulation of Morphogenesis of Drosophila melanogaster Mechanoreceptors D. P. Furman, T. A. Bukharina RUSS J DEV BIOL+, 2022, Vol. 53, No. 4, pp. 239–251
	Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. INT J MOL SCI, 2022, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(20), 12269
	Structure Determination of Binuclear Triple-Decker Phthalocyaninato Complexes by NMR via Paramagnetic Shifts Analysis Using Symmetry Peculiarities Sergey P. Babailov, Eugeny N. Zapolotsky, Eduard S. Fomin, Marina A. Polovkova, Gayane A. Kirakosyan, Alexander G. Martynov, Yulia G. Gorbunova MOLECULES, 2022, 27(22), 7836
	Method for the Isolation of “RNA-seq-Quality” RNA from Human Intervertebral Discs after Mortar And Pestle Homogenization Artemii A. Ivanov, Olga N. Leonova, Daniil S. Wiebe, Alexsandr V. Krutko, Mariya M. Gridina, Veniamin S. Fishman, Yurii S. Aulchenko, Yakov A. Tsepilov, Tatiana S. Golubeva Cells, 2022
	Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame Models of Bacterial Transcription Regulation Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin Mathematics, 2022
	Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients V. A. Ivanisenko, E. V. Gaisler, N. V. Basov, A. D. Rogachev, S. V. Cheresiz, T. V. Ivanisenko, P. S. Demenkov, E. L. Mishchenko, O. P. Khripko, Yu. I. Khripko, S. M. Voevoda, T. N. Karpenko, A. J. Velichko, M. I. Voevoda, N. A. Kolchanov, A. G. Pokrovsky SCI REP-UK, 2022, 12, 19977
	Mlig-SKP1 gene is required for spermatogenesis in the flatworm Macrostomum lignano Biryukov M., Dmitrieva A., Vavilova V., Ustyantsev K., Bazarova E., Sukhikh I., Berezikov E., Blinov A. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15110
	The New Version of the ANDDigest Tool with Improved AI-Based Short Names Recognition Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 14934
	Easy and Effective Method for Extracting and Purifying Wolbachia Genomic DNA Andreenkova O.V., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Korenskaia A.E., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15315
	New Wolbachia pipientis Genotype Increasing Heat Stress Resistance of Drosophila melanogaster Host Is Characterized by a Large Chromosomal Inversion Korenskaia A.E., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Andreenkova O.V., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(24), 16212
	Трансгенез в червях: претенденты на идеальную модель Сухих Игорь Сергеевич Бирюков Михаил Юрьевич Блинов Александр Геннадьевич Молекулярная биология, 2022, Том 56(2022) №6 стр. 983-989
	STUDY OF THE STRUCTURE AND PARAMAGNETIC PROPERTIES OF THE [Dy(H2O)(n)(CyDTA)](-) COMPLEX IN AN AQUEOUS SOLUTION USING NMR DATA Zapolotsky E. N., Babailov S. P. , Fomin E. S. J STRUCT CHEM+, 2022, 63 (11), 1840-1849
	Рациональная метаболическая инженерия Corynebacterium glutamicum для продукции L-валина. Шереметьева М.Е., Ануфриев К.Э., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А., Яненко А.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):743-757
	Rational metabolic engineering of Corynebacterium glutamicum to create a producer of L-valine. Sheremetieva M.E., Anufriev K.E., Khlebodarova T.M., Kolchanov N.A., Yanenko A.S. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):743-757
	Specific features of the proteomic response of thermophilic bacterium Geobacillus icigianus to terahertz irradiation. Bannikova S.V., Khlebodarova T.M., Vasilieva A., Meshcheryakova I.A., Bryanskaya A.V., Shedko E., Popik V.M., Goryachkovskaya T.N., Peltek S.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15216
	Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С. Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовская А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):733-742
	Computer analysis of regulation of hepatocarcinoma marker genes hypermethylated by HCV proteins. Antropova E.A., Khlebodarova T.M., Demenkov P.S., Venzel A.S., Ivanisenko N.V., Gavrilenko A.D., Ivanisenko T.V., Adamovskaya A.V., Revva P.M., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):733-742
	Фосфолипазы A2 человека: функциональный и эволюционный анализ Турнаев Игорь Иванович, Бочарникова Мария Евгеньевна, Афонников Дмитрий Аркадьевич Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, № 8, Том 26, ст. 787-797
	Информационные ресурсы по патогенам и вредителям культурных растений Турнаев Игорь Иванович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2022, № 1, том 8, 84-92
	Молекулярные механизмы детерминации клеток сосудистой системы корня Arabidopsis thaliana L. А.Д. Сидоренко, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):721-732
	Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 8, 26, 798-805
	Sputum Microbiome Composition in Patients with Squamous Cell Lung Carcinoma E. D. Baranova, V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, V. P . Volobaev, V. I. Minina, A. V. Larionov, V. A. Titov Life, 2022
	Sputum Microbiota in Coal Workers Diagnosed with Pneumoconiosis as Revealed by 16S rRNA Gene Sequencing Vladimir G. Druzhinin, Elizaveta D. Baranova, Ludmila V. Matskova, Pavel S. Demenkov, Valentin P. Volobaev, Varvara I. Minina, Alexey V. Larionov and Snezana A. Paradnikova Life, 2022
	Comparison of Sputum and Oropharyngeal Microbiome Compositions in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer Elizaveta Baranova, Vladimir Druzhinin, Ludmila Matskova, Pavel Demenkov, Valentin Volobaev, Alexey Larionov OBM Genetics, 2022
	Репликационно-транскрипционный комплекс коронавирусов: функции индивидуальных вирусных неструктурных субъединиц, свойства и архитектура их комплексов Е.Л. Мищенко., В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(2):121-127
	On a Numerical Model of a Circadian Oscillator A. A Akinshin, N. B Ayupova, V. P Golubyatnikov, N. E Kirillova, O. A Podkolodnaya, and N. L Podkolodnyy Numerical Analysis and Applications, 2022, Vol. 15, No. 3, pp. 187–196
2021	Autophagy genes expression profiling in secondary glioblastoma cells transcriptome Gubanova N., Bragin A., Vasiliev G., Babenko V., Ponomarenko M., Orlov Y. Cell Death Discovery, 2021, 7 (SUPPL 1), pp.5-5
	Medical Genetics, Genomics and Bioinformatics Aid in Understanding Molecular Mechanisms of Human Diseases Yuriy L. Orlov, Anastasia A. Anashkina, Vadim V. Klimontov, Ancha V. Baranova INT J MOL SCI, 2021, 2021, 22(18), 9962
	Tissue-specific transcriptome profiling of the Arabidopsis inflorescence stem reveals local cellular signatures Dongbo Shi, Virginie Jouannet, Javier Agustí, Verena Kaul, Victor Levitsky, Pablo Sanchez, Victoria V Mironova, Thomas Greb PLANT CELL, 2021, 33(2), 200–223
	TIM29 is required for enhanced stem cell activity during regeneration in the flatworm Macrostomum lignano Mouton S., Ustyantsev K., Beltman F., Glazenburg L., Berezikov E. SCI REP-UK, 2021
	Diversity and Phenotypical Effect of the Allele Variants of Dwarfing Rht Genes in Wheat. Sukhikh I.S., Vavilova V.Y., Blinov A.G., Goncharov N.P. RUSS J GENET+, 2021, Vol. 57(2):127-138.
	Computational Analysis of Spliced Leader Trans-Splicing in the Regenerative Flatworm Macrostomum lignano Reveals its Prevalence in Conserved and Stem Cell Related Genes Ustyantsev K., Berezikov E. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
	Macrostomum lignano as a model to study genetics and genomics of parasitic flatworms Ustyantsev K., Vavilova V., Blinov A., Berezikov E. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
	Preoperative Typing of Thyroid and Parathyroid Tumors with a Combined Molecular Classifier. Titov SE, Kozorezova ES, Demenkov PS, Veryaskina YA, Kuznetsova IV, Vorobyev SL, Chernikov RA, Sleptsov IV, Timofeeva NI, Ivanov MK. Cancers, 2021, 13(2):237
	CROP PANGENOMES A.Yu. Pronozin, M.K. Bragina , E.A. Salina Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
	Автоматическое фенотипирование морфологии колоса тетра- и гексаплоидных видов пшеницы методами компьютерного зрения А.Ю. Пронозин, А.А. Паулиш, Е.А. Заварзин, А.Ю. Приходько, Н.М. Прохошин, Ю.В. Кручинина, Н.П. Гончаров, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):00-00
	Automatic morphology phenotyping of tetra- and hexaploid wheat spike using computer vision methods A.Yu. Pronozin, A.A. Paulish, E.A. Zavarzin, A.Yu. Prikhodko, N.M. Prokhoshin, Yu.V. Kruchinina, N.P. Goncharov, E.G. Komyshev, M.A. Genaev Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
	Пангеномы сельскохозяйственных растений Пронозин А.Ю., Брагина М.К., Салина Е.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021;25(1):57-63
	Differential expression of 10 genes in the hypothalamus of two generations of rats selected for a reaction to humans Климова Н.В., Чадаева И.В., Шихевич С.Г., Кожемякина Р.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
	A bioinformatics model of human diseases on the basis of differentially expressed genes (of domestic versus wild animals) that are orthologs of human genes associated with reproductive-potential changes. Vasiliev G, Chadaeva I, Rasskazov D, Ponomarenko P, Sharypova E, Drachkova I, Bogomolov A, Savinkova L, Ponomarenko M, Kolchanov N, Osadchuk A, Oshchepkov D, Osadchuk L. INT J MOL SCI, 2021, 5, 22, 2346
	Correlation of Metabolic Profiles of Plasma and Cerebrospinal Fluid of High-Grade Glioma Patients A. D. Rogachev, N. A. Alemasov, V. A. Ivanisenko, N. V. Ivanisenko, E. V. Gaisler, O. S. Oleshko, S. V. Cheresiz, S. V. Mishinov, V. V. Stupak, A. G. Pokrovsky Metabolites, 2021
	Механический стресс, локальная трансляция и нейродегенеративные заболевания: молекулярно-генетические аспекты. Хлебодарова Т.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Т. 25, № 1, С. 92-100
	The molecular view of mechanical stress of brain cells, local translation, and neurodegenerative diseases. Khlebodarova T.M. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, V. 25, No 1, P. 92-100
	Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2 А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):7-17.
	Поиск участников сигнального пути ауксина к его транспортерам PIN на основе метаанализа транскриптомов, индуцированных ауксином В. В. Коврижных, З. С. Мустафин, З. З. Багаутдинова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):39-45
	Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека З. С. Мустафин, С. А. Лашин, Ю. Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):46-56
	Геномная изменчивость в регуляторных районах генов, ассоциированная с заболеваниями человека: механизмы влияния на транскрипцию генов и полногеномные информационные ресурсы, обеспечивающие исследование этих механизмов. Игнатьева Е.В., Матросова Е.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1): 18-29
	Disease-associated genetic variants in the regulatory regions of human genes: mechanisms of action on transcription and genomic resources for dissecting these mechanisms. Ignatieva E.V., Matrosova E.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021;25(1):18-29
	Evolution and extinction can occur rapidly: a modeling approach. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. PeerJ, 2021, V.9, Article No e11130
	The identification of a new gene for leaf pubescence introgressed into bread wheat from Triticum timopheevii Zhuk. and its manifestation in a different genotypic background Симонов Александр Владимирович Смирнова Ольга Григорьевна Генаев Михаил Александрович Пшеничникова Татьяна Алексеевна Plant Genetic Resources, 2021, https://www.cambridge.org/core/journals/plant-genetic-resources/article/identification-of-a-new-gene-for-leaf-pubescence-introgressed-into-bread-wheat-from-triticum-timopheevii-zhuk-and-its-manifestation-in-a-different-genotypic-background/53B7CC3DCB46945
	Proof of principle for piggyBac-mediated transgenesis in the flatworm Macrostomum lignano Kirill Ustyantsev, Jakub Wudarski, Igor Sukhikh, Filipa Reinoite, Stijn Mouton, Eugene Berezikov GENETICS, 2021
	A Sight on Single-Cell Transcriptomics in Plants Through the Prism of Cell-Based Computational Modeling Approaches: Benefits and Challenges for Data Analysis Aleksandr Bobrovskikh, Alexey Doroshkov, Stefano Mazzoleni, Fabrizio Cartenì, Francesco Giannino, Ulyana Zubairova Frontiers in Genetics, 2021, Front. Genet. 12:652974
	Технологии поиска и исследования потенциально осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
	The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
	Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova CURR OPIN PLANT BIOL, 2021, 63, 102058
	Do Autism Spectrum and Autoimmune Disorders Share Predisposition Gene Signature Due to mTOR Signaling Pathway Controlling Expression? Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2021, 22(10), 5248
	Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. Frontiers in Genetics, 2021, V. 12. Article number 610774.
	A catalogue of human genes associated with pathozoospermia and functional characteristics of these genes Ignatieva E.V., Osadchuk A.V., Kleshchev M.A., Bogomolov A.G., Osadchuk L.V. Frontiers in Genetics, 2021, 2:662770
	Domestication explains two-thirds of differential-gene-expression variance between domestic and wild animals; the remaining one-third reflects intraspecific and interspecific variation Chadaeva I, Ponomarenko P, Kozhemyakina R, Suslov V, Bogomolov A, Klimova N, Shikhevich S, Savinkova L, Oshchepkov D, Kolchanov N, Markel A, Ponomarenko M. Animals, 2021, V. 11. N. 9. Article number 2667.
	Рибосомное профилирование как инструмент исследования трансляции у растений: основные итоги, проблемы и перспективы Афонников, Д. А., Синицына, О. И., Голубева, Т. С., Шмаков, Н. А., Кочетов, А. В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 251-259
	Вироид веретеновидности клубней картофеля Кочетов, А. В., Пронозин, А. Ю., Шацкая, Н. В., Афонников, Д. А., Афанасенко, О. С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 269-275
	Image-Based Wheat Fungi Diseases Identification by Deep Learning Genaev M .A., Skolotneva E.S., Gultyaeva E.I., Orlova E.A., Bechtold N.P., Afonnikov D.A. Plants, 2021, V. 10, P. 1500
	A Modular Mathematical Model of Exercise-Induced Changes in Metabolism, Signaling, and Gene Expression in Human Skeletal Muscle Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Sharipov R.N., Vertyshev A.Y., Vinogradova O.L., Popov, D.V., Kolpakov F.A. INT J MOL SCI, 2021, 22(19), 10353
	ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations Fedor Kazantsev INT J PSYCHOPHYSIOL, 2021, Volume 168, Supplement, October 2021, Page S11
	Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021 Sep; 25(5): 580–592.
	E. coli aggregation and impaired cell division after terahertz irradiation. 1. Peltek S, Meshcheryakova I, Kiseleva E, Oshchepkov D, Rozanov A, Serdyukov D, Demidov E, Vasiliev G, Vinokurov N, Bryanskaya A, Bannikova S, Popik V, Goryachkovskaya T. SCI REP-UK, 2021, Oct 14;11(1):20464.
	ПОЛИМОРФИЗМ ВАРИАНТОВ ГЕНА N-АЦЕТИЛТРАНСФЕРАЗЫ 2 (NAT2) И АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ. Тийс Роза Павловна, Осипова Людмила Павловна,Галиева Эльвира Расимовна, Личман Дарья Вениаминовна, Воронина Елена Николаевна,Мелихова А. В., Орлов Юрий Львович, Филипенко Максим Леонидович Биомедицинская химия, 2021, том 67, вып. 3, с. 213-221.
	Editorial: Bioinformatics of Genome Regulation, Volume I Yuriy L. Orlov, Tatiana V. Tatarinova, Nina Y. Oparina, Elvira R. Galieva,Ancha V. Baranova Frontiers in Genetics, 2021, 2021, Vol. 12, p.2399
	Recent Trends in Cancer Genomics and Bioinformatics Tools Development Anastasia A. Anashkina, Elena Y. Leberfarb, Yuriy L. Orlov INT J MOL SCI, 2021, 2021, 22(22), 12146
	Biodistribution of 10B in Glioma Orthotopic Xenograft Mouse Model after Injection of L-para-Boronophenylalanine and Sodium Borocaptate Natalya V. Gubanova, Alphiya R. Tsygankova, Evgenii L. Zavjalov, Alexander V. Romashchenko, Yuriy L. Orlov Biomedicines, 2021, 2021, 9(7), 722
	Glioblastoma gene network reconstruction and ontology analysis by online bioinformatics tools Natalya V. Gubanova, Nina G. Orlova, Arthur I. Dergilev, Nina Y. Oparina, Yuriy L. Orlov J INTEGR BIOINFORM, 2021, 2021; 20210031
	NLR Genes Related Transcript Sets in Potato Cultivars Bearing Genetic Material of Wild Mexican Solanum Species Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Antonova O.Y., Shatskaya N.V., Glagoleva A.Y., Ibragimova S.M., Khiutti A., Afanasenko O.S., Gavrilenko T.A. Agronomy, 2021, v. 11, P. 2426
	Mutation hotspots of SARS-CoV-2 RNA motifs conserved in betacoronaviruses N.S. Kobalo, A.I. Kulikov, I.I. Titov JPCS, 2021, 2099 (2021) 012037
	Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS ANTICANCER RES, 2021, V. 41. N 7. P. 3371-3387
	DARTS: An Algorithm for Domain-Associated Retrotransposon Search in Genome Assemblies Mikhail Biryukov, Kirill Ustyantsev Genes, 2021
	Улучшение качества сборки de novo транскриптомов ячменя на основе гибридного подхода для линий с изменениями окраски колоса и стебля Шмаков Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):30-38
	Комплексный анализ влияния аллельного полиморфизма 5-HTTLPR на поведенческие и нейрофизиологические показатели исполнительного контроля у людей из разных этнических групп в Сибири А.Н. Савостьянов, Д.В. Базовкина, С.А. Лашин, С.С. Таможников, А.Е. Сапрыгин, Т.Н. Астахова, У.Н. Кавай-оол, Н.В. Борисова, А.Г. Карпова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Т.25(5), С.593-602.
	Leave or Stay: Simulating Motility and Fitness of Microorganisms in Dynamic Aquatic Ecosystems Alexandra Klimenko, Yury Matushkin, Nikolay Kolchanov, Sergey Lashin Biology, 2021, V10, N 10, P. 1019
	Mechanisms of stress response in the root stem cell niche Elena V Ubogoeva, Elena V Zemlyanskaya, Jian Xu, Victoria Mironova J EXP BOT, 2021
	Changes in the Phenology of Perennial Plants in Western Siberia against the Background of Global Warming E. S. Fomin, T. I. Fomina CONTEMP PROBL ECOL, 2021, volume 14, pages 434–445 (2021)
	Mechanosensitive molecular interactions in atherogenic regions of the arteries: development of atherosclerosis. Mishchenko EL, Mishchenko AM, Ivanisenko VA Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Sep;25(5):552-561
	Genetic damage in lymphocytes of lung cancer patients is correlated to the composition of the respiratory tract microbiome. Druzhinin VG, Matskova LV, Demenkov PS, Baranova ED, Volobaev VP, Minina VI, Larionov AV, Titov VA, Fucic A. MUTAGENESIS, 2021
	Sputum Microbiome Composition in Patients With Squamous Cell Lung Carcinoma E. D. Baranova, V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, V. P . Volobaev, V. I. Minina, A. V. Larionov, V. A. Titov SCI REP-UK, 2021
	Об условиях существования циклов в двух базовых моделях циркадного осциллятора млекопитающих Голубятников В. П., Подколодная О. А., Подколодный Н. Л., Аюпова Н. Б., Кириллова Н. Е., Юношева Е. В. Сибирский журнал индустриальной математики, 2021, 2021, том 24, № 4 (88). С. 39-53.
	Meet your MAKR: the membrane-associated kinase regulator protein family in the regulation of plant development D.D. Novikova, A.L. Korosteleva,V. Mironova,Y. Jaillais FEBS J, 2021
2020	Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. No 2. С. 455–470
	Evolution of Btr1-А Gene in Diploid Wheat Species of the Genus Triticum L. Vavilova V., Konopatskaia I., Blinov A., Goncharov N.P. RUSS J GENET+, 2020, Vol. 56, No. 5. P. 633–637.
	Integrated Modular Model Linking Metabolism, Signaling Transduction and Gene Expression Regulation in Human Skeletal Muscle I.R. Akberdin, I.N. Kiselev, S.S. Pintus, A.Yu. Vertyshev, P.A. Makhnovskii, D.V. Popov, F.A. Kolpakov CEUR workshop proceedings, 2020, http://ceur-ws.org/Vol-2569/short1.pdf
	3D analysis of mitosis distribution pattern in the plant root tip with iRoCS Toolbox Lavrekha V.V., Pasternak T., Palme K., Mironova V.V. Plant Stem Cells - Methods and Protocols. Ed: Naseem N. and Dandekar T., 2020, volume 2094, p. 119-125
	Faint gray bands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes are formed by coding sequences of housekeeping genes Olga V. Demakova, Sergey A. Demakov, Lidiya V. Boldyreva, Tatyana Yu. Zykova, Victor G. Levitsky, Valeriy F. Semeshin, Galina V. Pokholkova, Darya S. Sidorenko, Fedor P. Goncharov, Elena S. Belyaeva, Igor F. Zhimulev CHROMOSOMA, 2020, 129(1), 25-44
	Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3 Yuliya V. Sherstyuk, Nikita V. Ivanisenko, Alexandra L. Zakharenko, Maria V. Sukhanova, Roman Y. Peshkov, Ilia V. Eltsov , Mikhail M. Kutuzov, Tatiana A. Kurgina, Ekaterina A. Belousova, Vladimir A. Ivanisenko, Olga I. Lavrik, Vladimir N. Silnikov and Tatyana V. Abramova INT J MOL SCI, 2020
	Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain. Anna S. Pavlova, Georgii D. Ozhegov, Georgij P. Arapidi, Ivan O. Butenko, Eduard S. Fomin, Nikolai A. Alemasov, Dmitry A. Afonnikov, Dina R. Yarullina, Vadim T. Ivanov, Vadim M. Govorun, Airat R. Kayumov PROTEIN J, 2020, 39, p. 73–84
	Dissecting DISC regulation via pharmacological targeting of caspase-8/c-FLIPL heterodimer Laura K. Hillert, Nikita V. Ivanisenko, Denise Busse, Johannes Espe, Corinna König, Sergey E. Peltek, Nikolai A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik CELL DEATH DIFFER, 2020
	Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин Генетика, 2020, том 56, № 2, с. 234–246
	PlantLayout – программное средство для моделирования распределения веществ в тканях различной структуры Савина М.С., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020
	Влияние структуры микроРНК животных на их биогенез П.С. Ворожейкин, И.И. Титов Генетика, 2020, т. 56, № 1, стр. 21-34
	Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N. INT J MOL SCI, 2020, 3, 21, 1045
	Математическая модель, связывающая Ca2+-зависимый сигнальный путь с регуляцией экспрессии генов в клетках скелетной мышцы человека Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Пинтус С.С., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. № 1. С. 20–39, https://www.matbio.org/2020/Akberdin_15_20.pdf
	Learning the changes of barnase mutants thermostability from structural fluctuations obtained using anisotropic network modeling Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A.Ivanisenko J MOL GRAPH MODEL, 2020, Volume 97, June 2020, 107572
	The free-living flatworm Macrostomum lignano Wudarski J., Egger B., Ramm S.A., Schärer L., Ladurner P., Zadesenets K.S., Rubtsov N.B., Mouton S., Berezikov E. EVODEVO, 2020, 11 (5)
	Отражение особенностей физиологической регуляции сердечного ритма в протеоме мочи практически здоровых молодых мужчин В. Б. Русанов, Л. Х. Пастушкова, А. Г. Гончарова, А. Г. Черникова, А. М. Носовский, О. В. Сайк, Д. Н. Каширина, А. Г. Бржзовский, А. С. Кононихин, А. Г. Любишева, И. М. Ларина Физиология человека, 2020, ФИЗИОЛОГИЯ ЧЕЛОВЕКА, 2020, том 46, № 2, с. 84–93
	Specification and regulation of vascular tissue identity in the Arabidopsis embryo Margot E. Smit, Cristina I. Llavata-Peris, Mark Roosjen, Henriette van Beijnum, Daria Novikova, Victor Levitsky, Iris Sevilem, Pawel Roszak, Daniel Slane, Gerd Jürgens, Victoria Mironova, Siobhan M. Brady, Dolf Weijers DEVELOPMENT, 2020, 147(8):dev186130
	Controlling Cell Death through Post-translational Modifications of DED Proteins Kamil Seyrek, Nikita V. Ivanisenko, Max Richter, Laura K. Hillert, Corinna König, Inna N. Lavrik TRENDS CELL BIOL, 2020
	Genes Containing Long Introns Occupy Series of Bands and Interbands In Drosophila melanogaster polytene Chromosomes Varvara A. Khoroshko, Galina V. Pokholkova, Victor G. Levitsky, Tatyana Yu. Zykova, Oksana V. Antonenko, Elena S. Belyaeva, and Igor F. Zhimulev Genes, 2020, 11(4), 417
	Reflection of Heart Rate Physiological Regulation Parameters in the Urinary Proteome in Healthy Young Males V. B. Rusanov, L. H. Pastushkova, A. G. Goncharova, A. G. Chernikova, A. M. Nosovsky, O. V. Saik, D. N. Kashirina, A. G. Brzhozovskiy, A. S. Kononikhin, A. G. Lubisheva, I. M. Larina Human Physiology, 2020, ISSN 0362-1197, Human Physiology, 2020, Vol. 46, No. 2, pp. 182–190. © Pleiades Publishing, Inc., 2020. Russian Text © The Author(s), 2020, published in Fiziologiya Cheloveka, 2020, Vol. 46, No. 2, pp. 84–93.
	Classification of LTR retrotransposons in the flatworm Macrostomum lignano M. Biryukov, E. Berezikov, K. Ustyantsev Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 6(2), 54-59
	Математическая и численная модели центрального регуляторного контура системы морфогенеза механорецепторов дрозофилы Т. А. Бухарина, А. А. Акиньшин, В. П. Голубятников, Д. П. Фурман Сибирский журнал индустриальной математики, 2020, Т. 23, № 2. C. 41–50.
	Mathematical and Numerical Models of the Central Regulatory Circuit of the Morphogenesis System of Drosophila T. A. Bukharina, A. A. Akinshin, V. P. Golubyatnikov, and D. P. Furman Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2020, Vol. 14, No. 2, pp. 249–255
	A Genome-Scale Metabolic Model of 2,3-Butanediol Production by Thermophilic Bacteria Geobacillus icigianus Kulyashov M., Peltek S.E., Akberdin I.R. Microorganisms, 2020, 8(7), 1002
	Rocks in the auxin stream: Wound induced auxin accumulation and ERF115 expression synergistically drive stem cell regeneration Canher B., Heyman J., Savina M., Devendran A., Eekhout T., Vercauteren I., Prinsen E., Matosevich R., Xu J., Mironova V., De Veylder L. P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117(28):16667-16677
	metaRE R Package for Meta-Analysis of Transcriptome Data to Identify the cis-Regulatory Code behind the Transcriptional Reprogramming Novikova D.D., Cherenkov P.A., Sizentsova Y.G., Mironova V.V. Genes, 2020, 11(6): 634
	Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude for Functional Gene Groups Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V. Genes, 2020, 11(4): 434
	Taxonomic diversity of sputum microbiome in lung cancer patients and its relationship with chromosomal aberrations in blood lymphocytes V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, E. D. Baranova, V. P. Volobaev, V. I. Minina, S. V. Apalko, M. A. Churina, S. A. Romanyuk, S. G. Shcherbak, V. I. Ivanov, A. V. Larionov SCI REP-UK, 2020
	Green revolution ‘stumbles’ in a dry environment: Dwarf wheat with Rht genes fails to produce higher grain yield than taller plants under drought S. Jatayev, I. Sukhikh, V. Vavilova, S. E. Smolenskaya, N. P. Goncharov, A. Kurishbayev, L. Zotova, A. Absattarova, D. Serikbay, Y.‐G. Hu, N. Borisjuk, N. K. Gupta, B. Jacobs, S. de Groot, F. Koekemoer, B. Alharthi, K. Lethola, D. T. Cu, C. Schramm, P. Anderson, C. L. D. Jenkins, K. L. Soole, Y. Shavrukov, P. Langridge PLANT CELL ENVIRON, 2020, Vol. 43. P. 2355–2364.
	Причины массовых вымираний в истории жизни: факты и гипотезы Хлебодарова Т.М. Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 24(4):407-419
	Causes of global extinctions in the history of life: facts and hypotheses. Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 24(4):407-419
	Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova INT J MOL SCI, 2020, 21, 6023
	The Phylogeny of Class B Flavoprotein Monooxygenases and the Origin of the YUCCA Protein Family Turnaev I.I., Gunbin K.V., Suslov V.V., Akberdin I.R., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A. Plants, 2020, 9(9), 1092
	The effect of meditation on comprehension of statements about one-self and others: a pilot ERP and behavioral study Alexander Savostyanov, Sergey Tamozhnikov, Andrey Bocharov, Alexander Saprygin, Yuriy Matushkin, Sergey Lashin, Galina Kolpakova, Klimenty Sudobin, Gennady Knyazev FRONT HUM NEUROSCI, 2020, V 13, Article 437
	Анализ цветовых и текстурных характеристик зерен злаков на цифровых изображениях Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 4, с. 340-347
	Использование гиперспектральной камеры Specim IQ для анализа растений В.В. Альт, Т.А. Гурова, О.В. Елкин, Д.Н. Клименко, Л.В. Максимов, И.А. Пестунов, О.А. Дубровская, М.А. Генаев, Т.В. Эрст, К.А. Генаев, Е.Г. Комышев, В.К. Хлесткин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 3, с. 259-266
	Subcellular compartmentalization of the plant antioxidant system: an integrated overview Aleksandr Bobrovskikh, Ulyana Zubairova, Alexey Kolodkin, Alexey Doroshkov PeerJ, 2020
	How miRNA Structure of Animals Influences Their Biogenesis P. S. Vorozheykin, I. I. Titov RUSS J GENET+, 2020, volume 56, pages 1012–1024 (2020)
	ANDDigest: a new web-based module of ANDSystem for the search of knowledge in the scientific literature Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Nikita V. Ivanisenko, Alexander N. Savostianov, Vladimir A. Ivanisenko BMC BIOINFORMATICS, 2020, 21, 228 (2020)
	On the dynamical aspects of local translation at the activated synapse Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Likhoshvai V.A. BMC BIOINFORMATICS, 2020, 21(Suppl 11):258
	Limit сycles in models of circular gene networks regulated by negative feedbacks. Likhoshvai V.A., Golubyatnikov V.P., Khlebodarova T.M. BMC BIOINFORMATICS, 2020, 21(Suppl 11):255
	Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis Alejandra Freire-Rios, Keita Tanaka, Isidro Crespo, Elmar van der Wijk, Yana Sizentsova, Victor Levitsky, Simon Lindhoud, Mattia Fontana, Johannes Hohlbein, D. Roeland Boer, Victoria Mironova, and Dolf Weijers P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117 (39) 24557-24566
	Gene Expression Changes in the Ventral Tegmental Area of Male Mice with Alternative Social Behavior Experience in Chronic Agonistic Interactions Olga Redina, Vladimir Babenko, Dmitry Smagin, Irina Kovalenko, Anna Galyamina, Vadim Efimov and Natalia Kudryavtseva INT J MOL SCI, 2020, 21: 6599; Q1
	Genetic variability of spelt factor gene in Triticum and Aegilops species Vavilova V., Konopatskaia I., Blinov A., Kondratenko E.Ya., Kruchinina Y.V., Goncharov N.P. BMC PLANT BIOL, 2020, Vol. 21. (Suppl. 1):310
	The role of death domain proteins in host response upon SARS-CoV-2 infection: modulation of programmed cell death and translational applications Nikita V. Ivanisenko, Kamil Seyrek, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik Cell Death Discovery, 2020
	Cell Dynamics in WOX5-Overexpressing Root Tips: The Impact of Local Auxin Biosynthesis Maria S. Savina, Taras Pasternak, Nadya A. Omelyanchuk, Daria D. Novikova, Klaus Palme, Victoria V. Mironova, Viktoriya V. Lavrekha Frontiers in Plant Science, 2020, №11, p. 1529
	Meta-Analysis of Transcriptome Data Detected New Potential Players in Response to Dioxin Exposure in Humans Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Victoria Mironova and Nikolay Kolchanov INT J MOL SCI, 2020
	Mathematical Modeling Reveals the Importance of the DED Filament Composition in the Effects of Small Molecules Targeting Caspase-8/c-FLIPL Heterodimer N. V. Ivanisenko, I. N. Lavrik BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2020
	Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of protein-coding genes on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome. Ponomarenko M., Kleshchev M., Ponomarenko P., Chadaeva I., Sharypova E., Rasskazov D., Kolmykov S., Drachkova I., Vasiliev G., Gutorova N., Ignatieva E., Savinkova L., Bogomolov A., Osadchuk L., Osadchuk A., Oshchepkov D. BMC GENET, 2020, V. 21, Suppl. 1. P. 89
	Unannotated single nucleotide polymorphisms in the TATA box of erythropoiesis genes show in vitro positive involvements in cognitive and mental disorders. Ponomarenko M., Sharypova E., Drachkova I., Chadaeva I., Arkova O., Podkolodnaya O., Ponomarenko P., Kolchanov N., Savinkova L. BMC MED GENET, 2020, V. 21, Suppl. 1. P. 165.
	Quantifying Drosophila adults with the use of a smartphone Evgenia K. Karpova, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Natalya V. Adonyeva, Dmitry A. Afonnikov, Margarita A. Eremina, Nataly E. Gruntenko Biology Open, 2020, 9: bio054452
	First person – Evgeniya Karpova and Evgenii Komyshev Evgeniya Karpova, Evgenii Komyshev Biology Open, 2020, 9: bio056622
	A Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Isogenic Model of Huntington’s Disease Based on Neuronal Cells Has Several Relevant Phenotypic Abnormalities Tuyana Malankhanova, Lyubov Suldina, Elena Grigor'eva, Sergey Medvedev, Julia Minina, Ksenia Morozova, Elena Kiseleva, Suren Zakian, Anastasia Malakhova J. Pers. Med, 2020
	О решенных и нерешенных проблемах биологии в исследованиях В.А. Лихошвая. Хлебодарова Т.М. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 6(4):168-178
	Phenotypic intraspecific variability of Campanula altaica Ledeb. (Campanulaceae) in the Western Siberian forest steppe. Tatyana I. Fomina, Eduard S. Fomin Journal of Asia-Pacific Biodiversity, 2020, V. 13, Issue 4, P. 658-666
	A Nonparametric Model for Analysis of Flowering Patterns of Herbaceous Multi-flowered Monocarpic Shoots Fomin E., Fomina T. B MATH BIOL, 2020, v. 82, p. 146
	Study of flowering patterns of Campanula L. species using computer modeling Tatyana I. Fomina, Eduard S. Fomin BIO Web of Conferences, 2020, Volume 24, 2020, p. 00022
	Young «oil site» of the Uzon Caldera as a habitat for unique microbial life Sergey E. Peltek, Alla V. Bryanskaya, Yuliya E. Uvarova, Aleksey S. Rozanov, Timofey V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Elena V. Lazareva, Olga V. Saik, Vadim M. Efimov, Sergey M. Zhmodik, Oxana P. Taran, Nikolay M. Slynko, Sergey V. Shekhovtsov, Valentin N. Parmon, Nikolay L. Dobretsov, Nikolay A. Kolchanov BMC MICROBIOL, 2020, 20, 349
	Кандидатные SNP-маркеры, изменяющие сродство ТВР к промоторам Y-связанных генов CDY2A, SHOX, ZFY, снижают ряд показателей репродуктивного потенциала мужчин. Пономаренко М.П., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Пономаренко П.М., Осадчук Л.В., Осадчук А.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 7, 24б 785-793
	Pharmacological targeting of c-FLIPL and Bcl-2 family members promotes apoptosis in CD95L-resistant cells. Corinna König, Laura K. Hillert-Richter, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik SCI REP-UK, 2020
	Nucleosome positioning around transcription start site correlates with gene expression only for active chromatin state in Drosophila interphase chromosomes Victor G. Levitsky, Tatyana Yu. Zykova, Yuri M. Moshkin, Igor F. Zhimulev INT J MOL SCI, 2020, 21, 9282
	Genetics researches at the “Centenary of human population genetics” conference and SBB-2019 Tatarinova TV, Tabikhanova LE, Eslami G, Bai H, Orlov YL BMC GENET, 2020, 21(Suppl 1): 109
	The In-Silico Development of DNA Markers for Breeding of Spring Barley Varieties That Are Resistant to Spot Blotch in Russia Rozanova I.V., Lashina N.M., Efimov V.M., Afanasenko O.S., Khlestkina E.K. Agriculture, 2020, 10(11), 505
	Genetic loci determining potato starch yield and granule morphology revealed by genome-wide association study (GWAS) Khlestkin V.K., Erst T.V., Rozanova I.V., Efimov V.M., Khlestkina E.K. PeerJ, 2020, 8, e10286.
	Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы и воспоминания М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 2020, 6(4):193-198
	TaDrAp1 and TaDrAp2, Partner genes of a transcription repressor, coordinate plant development and drought tolerance in spelt and bread wheat Zotova L., Shamambaeva N., Lethola K., Alharthi B., Vavilova V., Smolenskaya S.E., Goncharov N.P., Jatayev S., Kurishbayev A., Gupta N.K., Gupta S., Schramm C., Anderson P., Jenkins C.L.D., Soole K.L., Shavrukov Yu. INT J MOL SCI, 2020, Vol. 21. P. 8296
	Эволюция гена Btr1-А у диплоидных видов пшениц рода Triticum L. Вавилова В.Ю., Конопацкая И.Д., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. Генетика, 2020, Т. 56, №5. С. 609-614.
	Genes associated with cognitive performance in the Morris water maze: an RNA-seq study Vasiliy V. Reshetnikov, Polina E. Kisaretova, Nikita I. Ershov, Anastasia S. Shulyupova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Natalia V. Klimova, Anna V. Ivanchihina, Tatiana I. Merkulova, Natalia P. Bondar SCI REP-UK, 2020, Sci Rep 10, 22078 (2020)
	Preoperative detection of malignancy in fine-needle aspiration cytology (FNAC) smears with indeterminate cytology (Bethesda III, IV) by a combined molecular classifier Sergei Titov, Pavel S Demenkov, Sergei A Lukyanov, Sergei V Sergiyko, Gevork A Katanyan, Yulia A Veryaskina, Mikhail K Ivanov J CLIN PATHOL, 2020, J Clin Pathol 73(11): 722-727, 2020
	Comparative Expression Analysis of Stress-Inducible Candidate Genes in Response to Cold and Drought in Tea Plant Lidiia S. Samarina, Alexandr V. Bobrovskikh, Alexey V. Doroshkov,Lyudmila S. Malyukova, Alexandra O. Matskiv, Ruslan S. Rakhmangulov, Natalia G. Koninskaya, Valentina I. Malyarovskaya, Wei Tong, Enhua Xia, Karina A. Manakhova, Alexey V. Ryndin, Yuriy L. Orlov Frontiers in Genetics, 2020, 11, 1613
	The mechanism of potato resistance to Globodera rostochiensis: comparison of root transcriptomes of resistant and susceptible Solanum phureja genotypes Alex V. Kochetov, Anastasiya A. Egorova, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko and Tatjana A. Gavrilenko BMC PLANT BIOL, 2020, 20(Suppl 1):350
	В.А. Лихошвай: учитель, ученый, собеседник Клименко А.И. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 6(4):199-200
	Состав бактериального микробиома в мокроте больных раком легкого и оценка его влияния на кластогенные эффекты в лимфоцитах крови. Дружинин В.Г., Баранова Е.Д., Волобаев В.П., Деменков П.С., Мацкова Л.В. Медицинская генетика, 2020, 19(9):98-100.
	Creation of an online platform for identification of microorganisms: peak picking or full-spectrum analysis Starostin K.V., Demidov E.A., Ershov N.I., Bryanskaya A.V., Efimov V.M., Shlyakhtun V.N., Peltek S.E. Frontiers in Microbiology, 2020
	Construction of a biosensor sensitive to terahertz radiation based on the glutamine synthetase gene promoter Irina Meshcheryakova, Tatyana Goryachkovskaya, Svetlana Bannikova, Alexey Rozanov, Elizaveta Demidova, Dmitry Oshchepkov, Evgeniy Demidov, Alla Bryanskaya, Nikolay Vinokurov, Vasiliy Popik, Sergey Peltek AIP CONFERENCE PROCEEDINGS, 2020
2019	Improved regression model to predict an impact of SOD1 mutations on ALS patients survival time based on analysis of hydrogen bond stability Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Bhupesh Taneja, Vibha Taneja, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko J MOL GRAPH MODEL, 2019, Volume 86, January 2019, Pages 247-255
	Quantitative characteristics of pubescence in wheat (Triticum aestivum L.) are associated with photosynthetic parameters under conditions of normal and limited water supply Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Svetlana V. Osipova, Alexey V. Permyakov, Marina D. Permyakova, Vadim M. Efimov, Dmitry A. Afonnikov PLANTA, 2019, №3, V. 243, pp. 839–847
	Two types of conformational dynamics and thermo-sensor properties of praseodymium-DOTA by 1 H/13C NMR S.P. Babailov, E.N. Zapolotsky, A.I. Kruppa, P.A. Stabnikov, I.A. Godovikov, E.V. Bocharov, E.S. Fomin INORG CHIM ACTA, 2019, Vol. 486, 2019, P. 340-344.
	A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of Pairwise Distances in n2 Steps for the Sequencing Problem: III. Noise Inputs for the Beltway Case. Fomin E.S. J COMPUT BIOL, 2019, Vol. 26(1), 68-75
	A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression Vladimir A. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Olga V. Saik BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics (2019) 20(Suppl 1): 34
	Influence of temperature on development, reproduction and regeneration in the flatworm model organism, Macrostomum lignano Jakub Wudarski, Kirill Ustyantsev, Lisa Glazenburg, Eugene Berezikov Zoological Letters, 2019, номер 7, том 5, с. 1-10
	Гомология генов, контролирующих архитектонику вегетативных и генеративных органов ячменя и риса, и их использование для расширения биоразнообразия и в селекции пшеницы Устьянцев К. В., Гончаров Н. П. RUSS J GENET+, 2019, том 55, № 5, с. 506-515
	MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics 2019, 20 (Suppl 1):36
	DNase and RNase activities of fresh cow milk lactoferrin Svetlana E. Soboleva, Olga D. Zakharova, Sergey E. Sedykh, Nikita V. Ivanisenko, Valentina N. Buneva, Georgy A. Nevinsky J MOL RECOGNIT, 2019
	ESEEM Reveals Bound Substrate Histidine in the ABC Transporter HisQMP2 Nikolay Isaev, Johanna Heuveling, Nikita Ivanisenko, Erwin Schneider, Heinz‑Jürgen Steinhof APPL MAGN RESON, 2019
	Prioritization of genes involved in endothelial cell apoptosis by their implication in lymphedema using an analysis of associative gene networks with ANDSystem Olga V. Saik, Vadim V. Nimaev, Dilovarkhuja B. Usmonov, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko BMC MED GENOMICS, 2019, BMC Medical Genomics//2019;12(Suppl 2);47:117-140
	Organization and evolution of the chalcone synthase gene family in bread wheat and relative species Anastasia Y. Glagoleva, Nikita V. Ivanisenko, Elena K. Khlestkina BMC GENET, 2019, 20 (Suppl 1) :30
	Системный подход к моделированию развития листостебельных грибных инфекций пшеницы Николаев С.В., Зубаирова У.С., Сколотнева Е.С., Орлова Е.А., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(1):100-109
	Numerical Algorithm for Morphogen Synthesis Region Identification with Indirect Image-Type Measurement Data Penenko A.V., Zubairova U.S., Mukatova Z., Nikolaev S.V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2019, Vol. 17, No. 1 1940002
	LSM-W2: Laser Scanning Microscopy Worker for Wheat Leaf Surface Morphology Zubairova U.S., Verman P.Yu., Oshchepkova P.S., Elsukova A.S., Doroshkov A.V. BMC SYST BIOL, 2019, 13(Suppl 1): 22
	Delineating the role of c-FLIP/NEMO interaction in the CD95 network via rational design of molecular probes Nikita V. Ivanisenko, Jörn H. Buchbinder, Johannes Espe, Max Richter, Miriam Bollmann, Laura K. Hillert, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik BMC GENOMICS, 2019
	SNPs associated with barley resistance to isolates of Pyrenophora teres f. teres Irina V. Rozanova, Nina M. Lashina, Zakhar S. Mustafin, Sofia A. Gorobets, Vadim M. Efimov, Olga S. Afanasenko, Elena K. Khlestkina BMC GENOMICS, 2019, 20 (Suppl 3) :292
	Межвидовой полиморфизм генов DEP1 и форма колоса у пшениц Вавилова В.Ю., Конопацкая И.Д., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. Генетика, 2019, том 55, № 7, с. 837–843
	Exome-wide search and functional annotation of genes associated in patients with severe tick-borne encephalitis in a Russian population Ignatieva E.V., Yurchenko A.A., Voevoda M.I., Yudin N.S. BMC MED GENOMICS, 2019, 12(Suppl 3):61
	New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin BMC GENOMICS, 2019, 20:399
	Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. ECOL MODEL, 2019, V 399, p.66-76
	Natural selection equally supports the human tendencies in subordination and domination: a genome-wide study with in silico confirmation and in vivo validation in mice. Chadaeva I., Ponomarenko P., Rasskazov D., Sharypova E., Kashina E., Kleshchev M., Ponomarenko M., Naumenko V., Savinkova L., Kolchanov N., Osadchuk L., Osadchuk A. Frontiers in Genetics, 2019, 2, 10, Article 73
	Architecture of promoters of house-keeping genes in polytene chromosome interbands of Drosophila melanogaster Zykova TY, Levitsky VG, Zhimulev IF Doklady Biochemistry and Biophysics, 2019, 485(1):95-100
	Оценка количественных характеристик клубнеобразования дикого картофеля на основе анализа изображений клубней с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала, Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019. Онлайн.
	The evolution of gene regulatory networks controlling Arabidopsis thaliana L. trichome development. Doroshkov AV, Konstantinov DK, Afonnikov DA, Gunbin KV. BMC PLANT BIOL, 2019
	Стволовые раковые клетки: «служба спасения» для опухолей в условиях генерализованного клеточного стресса Ефремов Я.Р., Проскурина А.С., Поттер Е.А., Долгова Е.В., Ефремова О.В., Ощепков Д.Ю., Колчанов Н.А., Богачев С.С. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2019, 14(1):306-326
	Homology of Genes Controlling Architectonics of Vegetative and Generative Organs in Barley and Rice and Their Application for Wheat Biodiversity Expansion and Breeding K. V. Ustyantsev, N. P. Goncharov RUSS J GENET+, 2019, V. 55 (5), P. 535-543
	Salicylic acid affects root meristem patterning via auxin distribution in a concentration-dependent manner Taras Pasternak, Edwin P Groot, Fedor Kazantsev, William Teale, Nadya Omelyanchuk, Vasilina Kovrizhnykh, Klaus Palme, Victoria V Mironova PLANT PHYSIOL, 2019, 180 (3), pp:1725-1739
	Тестирование безопасности продуктов из генетически модифицированного риса: экспериментальное исследование на крысах Спраг-Доули Ширдели М., Орлов Ю.Л., Ислами Г., Хаджимохаммади Б., Табиханова Л.Э., Ихрампуш М.Х., Резвани М.Э., Фаллахзаде Х., Занди Х., Хоссейни С.С., Ахмадиан С., Мортазави Ш., Фаллахи Р., Асади-Юсефабад С.Л. Генетика, 2019, Т. 55. № 8. С. 912-919.
	Молекулярные механизмы ненаследуемой толерантности к антибиотикам у бактерий и архей. Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Molecular Biology, 2019, т.53, №4, с.531-540.
	Molecular mechanisms of non-inherited antibiotic tolerance in bacteria and archaea. Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Molecular Biology, 2019, Vol. 53, No. 4, pp. 475–483.
	Кандидатные SNP-маркеры атеросклероза, которые способны достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Пономаренко М.П., Рассказов Д.А., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Генетика, 2019, 9, 55, 1083-1098
	Модульная графическая модель энергетического метаболизма в клетках скелетной мышцы Киселев И.Н., Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2019, 14(2):373-392
	The differences in brain stem transcriptional profiling in hypertensive ISIAH and normotensive WAG rats Fedoseeva L.A., Klimov L.O., Ershov N.I., Efimov V.M., Markel A.L., Orlov Y.L., & Redina O.E. BMC GENOMICS, 2019, 20(3), 297.
	Приоритизация генов картофеля, вовлеченных в формирование селекционно-значимых признаков, с использованием базы знаний SOLANUM TUBEROSUM. Деменков П.С., Сайк О.В., Иванисенко Т.В., Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(3):312-319
	Поиск белков протеома крови-регуляторов костного ремоделирования у космонавтов Л. Х. Пастушкова, А. Г. Гончарова, Г. Ю. Васильева, С. К. Тагирова, Д. Н. Каширина, О. В. Сайк, Й. Риттвегер, И. М. Ларина Физиология человека, 2019, ФИЗИОЛОГИЯ ЧЕЛОВЕКА, 2019, том 45, № 5, с. 91–98
	Search for Blood Proteome Proteins Involved in the Regulation of Bone Remodeling in Astronauts L. Kh. Pastushkovaa, A. G. Goncharovaa, G. Yu. Vasilyevaa, S. K. Tagirovaa, D. N. Kashirinaa, O. V. Saik, J. Rittwegerd, I. M. Larina Human Physiology, 2019, ISSN 0362-1197, Human Physiology, 2019, Vol. 45, No. 5, pp. 536–542. © Pleiades Publishing, Inc., 2019. Russian Text © The Author(s), 2019, published in Fiziologiya Cheloveka, 2019, Vol. 45, No. 5, pp. 91–98.
	A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive analysis of motifs co-occurrence with MCOT package Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E., Grosse I., Mironova V., Merkulova T. NUCLEIC ACIDS RES, 2019, 47(21):e139
	Morphometry of the Wheat Spike by Analyzing 2D Images Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Nikolai V. Smirnov, Yuliya V. Kruchinina, Nikolay P. Goncharov and Dmitry A. Afonnikov Agronomy, 2019, 0, 9, 390
	Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities Иванов Роман Артемович Замятин Владимир Клименко Александра Игоревна Матушкин Юрий Георгиевич Савостьянов Александр Николаевич Лашин Сергей Александрович Genes, 2019
	Mechanisms of Procaspase-8 Activation in the Extrinsic Programmed Cell Death Pathway Ivanisenko N.V., Lavrik I.N. Molecular Biology, 2019
	The Evaluation of Genetic Relationships within Acridid Grasshoppers (Orthoptera, Caelifera, Acrididae) on the Subfamily Level Using Molecular Markers Sukhikh I., Ustyantsev K., Bugrov A., Sergeev M., Fet V., Blinov A. FOLIA BIOL-KRAKOW, 2019, 67(3):119-126
	Muconic acid production from methane using rationally-engineered methanotrophic biocatalysts Calvin A. Henard, Ilya R. Akberdin, Marina G. Kalyuzhnaya, Michael T. Guarnieri GREEN CHEM, 2019
	A Bioinformatic Method For Identifying Group II Introns In Organella Genomes Igor Titov, Nikolay Kobalo, Denis Vorobyev, Alexander Kulikov Frontiers in Genetics, 2019, 10:1135.
	Long and short isoforms of c-FLIP act as control checkpoints of DED filament assembly. Hillert LK, Ivanisenko NV, Espe J, König C, Ivanisenko VA, Kähne T, Lavrik IN ONCOGENE, 2019
	Stress-induced changes in the expression of antioxidant system genes for rice (Oryza sativa L.) and bread wheat (Triticum aestivum L.) Anton Ermakov, Aleksandr Bobrovskikh, Ulyana Zubairova, Dmitrii Konstantinov, Alexey Doroshkov PeerJ, 2019, PeerJ 7:e7791
	О стационарных решениях уравнения с запаздывающими аргументами: модель локальной трансляции в синапсе. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2019, 14(2), 554-569
	A rat model of human behavior provides evidence of natural selection against underexpression of aggressiveness-related genes in humans. Oshchepkov D., Ponomarenko M., Klimova N., Chadaeva I., Bragin A., Sharypova E., Shikhevich S., Kozhemyakina R. Frontiers in Genetics, 2019, V. 10. Article № 1267
	Diversity of mariner-like elements in Orthoptera K. Ustyantsev, M. Biryukov, I. Sukhikh, N.V. Shatskaya, V. Fet, A. Blinov, I. Konopatskaia Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(8):1059-1066
	The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2019, Int. J. Mol. Sci. 2019, 20(24), 6332;
	Транскриптомное секвенирование в культурах клеток глиом и анализ данных экспрессии генов Ю.Л.Орлов, С.С.Ковалев, Ю.П.Белоусова, Н.Г.Орлова, Е.Ю.Леберфарб Гены и клетки, 2019, Vol.XIV, №3, р.111
	Кандидатные SNP-маркеры ревматоидного полиартрита, которые могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Козлов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 8, 23, 1047-1058
	Combined quantitation of HMGA2 mRNA, microRNAs, and mitochondrial-DNA content enables the identification and typing of thyroid tumors in fine-needle aspiration smears. Titov SE, Ivanov MK, Demenkov PS, Katanyan GA, Kozorezova ES, Malek AV, Veryaskina YuA, Zhimulev IF BMC CANCER, 2019
	Ассоциация однонуклеотидного полиморфизма rs110861313 в межгенном районе хромосомы 23 с развитием лейкоза у крупного рогатого скота черно-пестрой породы Айтназаров Р.Б., Игнатьева Е.В., Агаркова Т.А., Двоеглазов Н.Г., Осипова Н.А., Храмцов В.В., Юдин Н.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(8):999-1005
	Starch phosphorylation associated SNPs found by genome-wide association studies in the potato (Solanum tuberosum L.) Khlestkin, V. K., Rozanova, I. V., Efimov, V. M., Khlestkina, E. K. BMC GENET, 2019, 20(1), 29
	Comorbidity of asthma and hypertension may be mediated by shared genetic dysregulation and drug side effects. Zolotareva O, Saik OV, Königs C, Bragina EY, Goncharova IA, Freidin MB, Dosenko VE, Ivanisenko VA, Hofestädt R. SCI REP-UK, 2019, Nov 8;9(1):16302
	Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins Ivanisenko VA, Ivanisenko TV, Saik OV, Demenkov PS, Afonnikov DA, Kolchanov NA. Methods in Molecular Biology, 2019, 1934:1-20
	A single-cell view of tissue regeneration in plants Mironova V. and Xu J. CURR OPIN PLANT BIOL, 2019, 52:149-154.
	Capturing auxin response factors syntax using DNA binding models Stigliani A, Martin-Arevalillo R, Lucas J, Bessy A, Vinos-Poyo T, Mironova V, Vernoux T, Dumas R, Parcy F MOL PLANT, 2019, 12(6):822-832
	Evaluation of cardiovascular system state by urine proteome after manned space flight L Kh Pastushkova, DN Kashirina, AG Brzhozovskiy, AS Kononikhin, ES Tiys, VA Ivanisenko, MI Koloteva, EN Nikolaev, IM Larina ACTA ASTRONAUT, 2019, Том 160, стр. 594-600
	Shaping Ethylene Response: The Role of EIN3/EIL1 Transcription Factors Dolgikh V.A., Pukhovaya E.M., Zemlyanskaya E.V. Frontiers in Plant Science, 2019, 10:1030
	Interspecific Polymorphism of DEP1 Genes and the Spike Shape in Wheats Vavilova V. Yu., Konopatskaia I. D., Blinov A. G., Goncharov N. P. RUSS J GENET+, 2019, V. 55 (7): 908-913
	Разработка программного комплекса WebMCOT для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов Мухин Алексей Максимович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лашин Сергей Александрович Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2019, Т. 17, №4. C. 74–86
	Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах дифференциально экспрессирующихся генов AGRP нейронов гипоталамуса мыши в ответ на голодание А. В. Бочарников, Е. В. Игнатьева, О. В. Вишневский Вестник СибГУТИ, 2019, №3, с.36-44
	Компьютерные методы для анализа технологий секвенирования в анализе хромосомных контактов в клетке Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Дергилев А.И., Бабенко Р.О., Галиева Э.Р., Леберфарб Е.Ю. Гены и клетки, 2019, Том XIV №4-1, 2019. C. 171.
	Проблемы сохранения in vitro гермоплазмы цитрусовых В.М. Горшков, Л.С. Самарина, Р.В. Кулян, В.И. Маляровская, А.В. Рындин, Р.С. Рахмангулов, Ю.Л. Орлов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(1):24-28
	Molecular phylogenetic analysis of subfamilial placement of Haplotropis Saussure, 1888 (Orthoptera: Pamphagidae) based on mitochondrial and nuclear DNA markers Sukhikh I., Blinov A., Bugrov A. ZOOTAXA, 2019, 4551(5):530-540
2018	CpG islands’ clustering uncovers early development genes in the human genome Babenko V.N. , Bogomolov A.G., Babenko R.O., Galieva E.R., Orlov Y.L. COMPUT SCI INF SYST, 2018, V 15 N2
	Novel read density distribution score shows possible aligner artefacts, when mapping a single chromosome Fedor M. Naumenko, Irina I. Abnizova, Nathan Beka, Mikhail A. Genaev, Yuriy L. Orlov BMC GENOMICS, 2018, BMC Genomics 2018; 19(Suppl 3):92
	Изучение генной экспрессии при адаптации к гипотоническим условиям на примере трехиглой колюшки (Gasterosteus aculeatus) Расторгуев С. М., Недолужко А. В., Груздева Н. М., Булыгина Е. С., Цыганкова С. В., Ощепков Д. Ю. Мазур А. М., Прохорчук Е. Б., Скрябин К. Г. Acta Naturae, 2018, ACTA NATURAE VOL. 10 № 1 (36) 2018 pp.70-79
	Diversity of cis-regulatory elements associated with auxin response in Arabidopsis thaliana Pavel Cherenkov, Daria Novikova, Nadya Omelyanchuk, Victor Levitsky, Ivo Grosse, Dolf Weijers, Victoria Mironova J EXP BOT, 2018, 69(2):329-339
	Evolution of Brain Active Gene Promoters in Human Lineage Towards the Increased Plasticity of Gene Regulation. Gunbin KV, Ponomarenko MP, Suslov VV, Gusev F, Fedonin GG, Rogaev EI. MOL NEUROBIOL, 2018, 3, 55,1871-1904
	Polytene Chromosomes – A Portrait of Functional Organization of the Drosophila Genome Tatyana Yu Zykova, Victor G. Levitsky , Elena S. Belyaeva, Igor F. Zhimulev CURR GENOMICS, 2018, 19(3):179-191
	MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, Vol.16, No.1(2018). https://doi.org/10.1142/S0219720017400108
	Haplotype analysis of Apoe SNPs in ADNI dataset. Babenko VN, Afonnikov DA, Ignatieva EV, Klimov AV, Gusev FE, Rogaev EI BMC NEUROSCI, 2018, 19(Suppl 1):16
	Dynamic landscape of the local translation at activated synapses. Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Trifonova E.A., Likhoshvai V.A. MOL PSYCHIATR, 2018, V. 23(1), P. 107-114
	ARGO_CUDA: EXHAUSTIVE GPU BASED APPROACH FOR MOTIF DISCOVERY IN LARGE DNA DATASETS Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, 16(1), Epub 2017 Dec 10.
	How human serum albumin recognizes DNA and RNA. Alinovskaya L. I., Sedykh S. E., Ivanisenko N. V., Soboleva S. E., Nevinsky G. A. BIOL CHEM, 2018
	Candidate SNP markers of reproductive potential are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Chadaeva IV, Ponomarenko PM, Rasskazov DA, Sharypova EB, Kashina EV, Zhechev DA, Drachkova IA, Arkova AV, Savinkova LK, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Osadchuk LV, Osadchuk AV. BMC GENOMICS, 2018, Suppl 3, 19, article 0
	Molecular mechanisms underlying the impact of mutations in SOD1 on its conformational properties associated with amyotrophic lateral sclerosis as revealed with molecular modelling Nikolay A. Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko BMC STRUCT BIOL, 2018, Vol. 18 (Suppl 1), No. 1
	Methane utilization in Methylomicrobium alcaliphilum 20Z R: a systems approach Ilya R. Akberdin, Merlin Thompson, Richard Hamilton, Nalini Desai, Danny Alexander, Calvin A. Henard, Michael T. Guarnieri, Marina G. Kalyuzhnaya SCI REP-UK, 2018, Scientific Reportsvolume 8, Article number: 2512 (2018) doi:10.1038/s41598-018-20574-z
	Introduction to the 9th Young Scientists School on Systems Biology and Bioinformatics (SBB'2017) Orlov Y.L., Tatarinova T.V., Zakhartsev M.V., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, Vol. 16, No. 1 (2018) 1802001 (5 pages)
	Comparing miRNA structure of mirtrons and non-mirtrons Igor I. Titov and Pavel S. Vorozheykin BMC GENOMICS, 2018, 19(Suppl 3):114
	FunGeneNet: a web tool to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. BMC GENOMICS, 2018, 19, Suppl 3, p.103-116
	Spatial specificity of auxin responses coordinates wood formation Klaus Brackmann, Jiyan Qi, Michael Gebert, Virginie Jouannet, Theresa Schlamp, Karin Grünwald, Eva-Sophie Wallner, Daria D. Novikova, Victor G. Levitsky, Javier Agustí, Pablo Sanchez, Jan U. Lohmann, Thomas Greb NAT COMMUN, 2018, 9(1):875
	Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu Bragina, Maxim B. Freidin, Irina A. Goncharova, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Ralf Hofestaedt, Inna N. Lavrik, Evgeny I. Rogaev, Vladimir A. Ivanisenko BMC MED GENOMICS, 2018, BMC Medical Genomics 2018, 11(Suppl 1)15:61-76
	Modeling Human Cardiac Hypertrophy in Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Ekaterina Ovchinnikova, Martijn Hoes, Kirill Ustyantsev, Nils Bomer, Tristan V. de Jong, Henny van der Mei, Eugene Berezikov, Peter van der Meer Stem Cell Reports, 2018, 10 (3), 794-807
	Antibodies against H3 and H4 histones from the sera of HIV‐infected patients catalyze site‐specific degradation of these histones. Journal of Molecular Recognition. Baranova S. V., Dmitrenok P. S., Zubkova A. D., Ivanisenko N. V., Odintsova E. S., Buneva V. N., Nevinsky G. A. J MOL RECOGNIT, 2018
	Analysis of the Basic Characteristics of Osteogenic and Chondrogenic Cell Lines Important for Tissue Engineering Implants Astakhova N.M., Korel’ A.V., Shchelkunova E.I., Orishchenko K.E., Nikolaev S.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A. B EXP BIOL MED+, 2018, 5 March 2018, Pages 1-8
	Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis. Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. PloS One, 2018, 13(3)
	Экспериментальное изучение влияния редких полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов HBB, HBD и F9 человека на кинетику взаимодействия с ТАТА-связывающим белком Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Кашина Е.В., Рассказов Д.А., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 1, 22, 145-152
	Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22 (2):279284
	Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза в ассоциативной генной сети болезни Паркинсона М.А. Янкина, О.В. Сайк, П.С. Деменков, Э.К. Хуснутдинова, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(1):153-160
	База знаний SOLANUM TUBEROSUM: раздел по молекулярно-генетической регуляции метаболических путей Т.В. Иванисенко, О.В. Сайк, П.С. Деменков, В.К. Хлесткин, Е.К. Хлесткина, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(1):8-17
	Ophiostomatoid Fungi Associated with the Four-Eyed Fir Bark Beetle on the Territory of Russia Pashenova N.V., Kononov A.V., Ustyantsev K.V., Blinov A.G., Pertsovaya A.A., Baranchikov Yu.N. Russian Journal of Biological Invasions, 2018, vol. 9(1), p. 63-74
	Об эквивалентности использования запаздывающих аргументов и уравнений переноса при моделировании динамических систем. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(1), 141-144
	Gene Expression in the Three-Spined Stickleback (Gasterosteus aculeatus) of Marine and Freshwater Ecotypes S. M. Rastorguev, A. V. Nedoluzhko, N. M. Gruzdeva, E. S. Boulygina, S. V. Tsygankova, D. Y. Oshchepkov, A. M. Mazur, E. B. Prokhortchouk, K. G. Skryabin Acta Naturae, 2018, VOL. 10 № 1 (36) 2018 pp. 66-75
	Генетическая предрасположенность человека к заболеваниям, вызываемым вирусами семейства Flaviviridae Юдин Н.С., Бархаш А.В., Максимов В.Н., Игнатьева Е.В., Ромащенко А.Г. Molecular Biology, 2018, Т.52, №2. С. 190-209.
	A matrix metalloproteinase 9 (MMP9) gene single nucleotide polymorphism is associated with predisposition to tick-borne encephalitis virus-induced severe central nervous system disease Barkhash A.V., Yurchenko A.A., Yudin N.S., Ignatieva E.V., Kozlova I.V., Borishchuk I.A., Pozdnyakova L.L., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. TICKS TICK-BORNE DIS, 2018, Vol. 9, No. 4. P. 763-767
	Genetic diversity of Pinus sibirica, P. pumila and their natural hybrids based on non-linked nuclear loci Galina Vasilyeva, Valeriya Vavilova, Kirill Ustyantsev, Igor Sukhikh, Alexander Blinov, Sergei Goroshkevich, Victor Sokolov DENDROBIOLOGY, 2018, vol. 79: 168-173
	Marital structure, genetic fitness, and the GJB2 gene mutations among deaf people in Yakutia (Eastern Siberia, Russia). Romanov G.P., Barashkov N.A, Teryutin F.M., Lashin S.A., Solovyev A.V., Pshennikova V.G., Bondar A.A., Morozov I.V., Sazonov N.N., Tomsky M.I., Dzhemileva L.U., Khusnutdinova E.K., Posukh O.L., Fedorova S.A. RUSS J GENET+, 2018, 54 (5): 554-561.
	Мембранный потенциал как механизм регуляции активности периплазматической нитритредуктазы: математическая модель. Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2018, Т.13(1), С. 238-269
	Сytoscape – плагин для построения структурных моделей биологических сетей в виде случайных графов Подколодный Н.Л., Гаврилов Д.А., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, номер 3, том 16, стр. 37-50.
	Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(3):386-393
	Оценка методов приоритизации генов внешнего пути апоптоза в качестве кандидатов, ассоциированных с большим депрессивным расстройством М. А. Янкина, О. В. Сайк, В. А. Иванисенко, П. С. Деменков, Э. К. Хуснутдинова Генетика, 2018, Том 54, № 11, 1338-1348
	Генетические исследования мультифакторных заболеваний: системно-биологические подходы Хантемирова М.Р., Табиханова Л.Э., Орлов Ю.Л., Осипова Л.П. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 106-107.
	Ассоциативная генная сеть апоптоза и ее роль в механизмах коморбидности астмы и гипертонии Сайк О.В., Деменков П.С., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Дневник науки, 2018, Дневник науки. 2018. №9. URL: http://www.dnevniknauki.ru/images/publications/2018/9/biology/Saik_Demenkov_Lavrik_Ivanisenko.pdf
	Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным транскриптомного секвенирования. Ковалев С.С., Губанова Н.В., Леберфарб Е.Ю., Брагин А.О., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение, No 1, стр.71-72
	Компьютерный анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq С. С. Ковалев, Е. Ю. Леберфарб, Н. В. Губанова, А. О. Брагин, А. Г. Галиева,А. В. Цуканов, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, № 3, С.22-36
	Persister cells – a plausible outcome of neutral coevolutionary drift. Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. SCI REP-UK, 2018, V.8, No article 14309
	Развитие образования в биоинформатике по материалам, представленным на студенческих конференциях МНСК-2018, Школе молекулярного моделирования и Хакатоне в Новосибирске Орлов Ю. Л., Бакулина А. Ю. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, Выпуск № 3. - С. 5-6. - ISSN 1818-7900. http://jit.nsu.ru/article.php?15225+ru_RU+15224
	Компьютерная база данных для анализа дифференциально экспрессирующихся генов, связанных с агрессивным поведением, на моделях лабораторных животных Анатолий Олегович Брагин, Кирилл Александрович Табанюхов, Ирина Витальевна Чадаева, Антон Витальевич Цуканов, Роман Олегович Бабенко, Ирина Вадимовна Медведева, Антон Геннадьевич Богомолов, Владимир Николаевич Бабенко, Юрий Львович Орлов Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, 2018. - Том 16, Выпуск № 3. - С. 7-21. - DOI 10.25205/1818-7900-2018-16-3-7-21. - ISSN 1818-7900
	Программы статистической обработки, кластеризации и визуализации распределения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме Цуканов А.В., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Орлов Ю.Л Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, Выпуск № 3. - С. 51-63. - DOI 10.25205/1818-7900-2018-16-3-51-63. - ISSN 1818-7900.
	Реконструкция геномного распределения кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов, связанных с поддержанием плюрипотентности. Цуканов А.В., Дергилев А.И., Богомолов А.Г., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 114. ISSN 2313-1829
	Компьютерные средства анализа регуляции экспрессии генов и альтернативного сплайсинга Дергилев А.И., Табанюхов К.А., Цуканов А.В., Брагин А.О., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 62. ISSN 2313-1829
	MATHEMATICAL AND NUMERICAL MODELS OF TWO ASYMMETRIC GENE NETWORKS V.P.GOLUBYATNIKOV, M.V.KAZANTSEV, N.E.KIRILLOVA, T.A.BUKHARINA, D.P.FURMAN Сибирские электронные математические известия, 2018, т. 15, стр. 1271–1283
	Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya Frontiers in Microbiology, 2018, 9:2735
	ГЕНЫ ЭНДОТЕЛИАЛЬНОГО АПОПТОЗА КАК КАНДИДАТЫ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ ИХ СВЯЗИ С ЛИМФЕДЕМОЙ О.В. Сайк, В.В. Нимаев, Д.Б. Усмонов, П.С. Деменков, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Международный журнал гуманитарных и естественных наук, 2018, Международный журнал гуманитарных и естественных наук. – 2018. – №. 10-1. - С. 22-27.
	Компьютерное предсказание патогенных свойств мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А. Международный журнал гуманитарных и естественных наук, 2018, №10-1, С. 6-9
	Паттерн эпидермиса листа пшеницы как модель для изучения влияния стрессовых условий на морфогенез Зубаирова У. С., Дорошков А. В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(7):837-844
	Изучение ответа микроорганизмов на нетермическое воздействие терагерцового излучения. Банникова С.В., Мещерякова И.А., Тимофеева М., Демидова Е.В., Розанов А.С., Старостин К.В., Демидов Е.А., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. материалы XIX Зимней Школы ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии, 2018, 17-22 февраля 2018г, Рощино
	АНАЛИЗ ОСОБЕННОСТЕЙ ГЕННОЙ СЕТИ ВНЕШНЕГО ПУТИ АПОПТОЗА ПРИ УЧЕТЕ ТКАНЕСПЕЦИФИЧНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. АЛЛЕЯ НАУКИ, 2018, Аллея науки. – 2018. – №. 10(26)
	The development of bristle pattern in Drosophila melanogaster: prepattern and achaete–scute genes Furman D.P., Bukharina T.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 8, С.1045-1054
	Molecular Relationships between Bronchial Asthma and Hypertension as Comorbid Diseases Elena Yu. Bragina, Irina A. Goncharova, Anna F. Garaeva, Evgeniy V. Nemerov, Anastasija A. Babovskaya, Andrey B. Karpov, Yulia V. Semenova, Irina Z. Zhalsanova, Densema E. Gomboeva, Olga V. Saik, Olga I. Zolotareva, Vladimir A. Ivanisenko, Victor E. Dosenko, Ralf Hofestaedt, Maxim B. Freidin J INTEGR BIOINFORM, 2018, Journal of Integrative Bioinformatics. 2018; 20180052
	Паттерны и модели цветения некоторых видов семейства Сampanulaceae Juss. Фомин Э.С., Фомина Т.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 2018;22(7):845-855
	Приоритизация генов, ассоциированных с патогенезом лейкоза у крупного рогатого скота Н.С. Юдин , Н.Л. Подколодный, Т.А. Агаркова, Е.В. Игнатьева Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(8):1063-1069
	Genetic Organization of Open Chromatin Domains Situated in Polytene Chromosome Interbands in Drosophila Zykova TY, Popova OO, Khoroshko VA, Levitsky VG, Lavrov SA, Zhimulev IF Doklady Biochemistry and Biophysics, 2018, 483(1):297-301
	Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu., Maxim B. Freidin, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Evgeniy L. Choynzonov, Ralf Hofestaedt, Vladimir A. Ivanisenko J INTEGR BIOINFORM, 2018, Journal of Integrative Bioinformatics. 2018; Volume 15, Issue 4; 20180054
	shRNA-Induced Knockdown of a Bioinformatically Predicted Target IL10 Influences Functional Parameters in Spontaneously Hypertensive Rats with Asthma Drevytska T, Morhachov R, Tumanovska L, Portnichenko G, Nagibin V, Boldyriev O, Lapikova-Bryhinska T, Gurianova V, Dons'koi B, Freidin M, Ivanisenko V, Bragina EY, Hofestädt R, Dosenko V. J INTEGR BIOINFORM, 2018
	ПРОГРАММА ALLPRED ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ АЛЛЕРГЕННОСТИ БАКТЕРИЙ И АРХЕЙ Брагин АО, Соколов ВС, Деменков ПС, Иванисенко ТВ, Брагина ЕЮ, Матушкин ЮГ, Иванисенко ВА Molecular Biology, 2018, №2, т. 52, с. 326-332
	Deciphering Auxin-Ethylene Crosstalk at a Systems Level Elena V. Zemlyanskaya, Nadya A. Omelyanchuk, Elena V. Ubogoeva, Victoria V. Mironova INT J MOL SCI, 2018, 19:4060
	SpikeDroidDB – информационная система для аннотации морфометрических характеристик колоса пшеницы М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, Фу Хао, В.С. Коваль, Н.П. Гончаров, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 2018;22(1):132-140
	Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”, 2018, Под ред. В.Д. Лахно. Том 7. Пущино: ИМПБ РАН, 2018. Статья № e70.
	Распределение сдвиговых напряжений на стенках артерий как главный фактор атерогенеза: численные и клинические исследования Мищенко Е.Л., Мищенко А.М., Иванисенко В.А. Дневник науки, 2018, №9, раздел Биологические науки
	Выявление и анализ динамических паттернов суточной экспрессии генов млекопитающих О.А. Подколодная, Н.Н. Твердохлеб, Н.Л. Подколодный Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 8,22,1055-1062
	Эффективность элонгации трансляции открытых рамок считывания одноклеточных организмов Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.С. Соколов V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ, 2018, СЕКЦИЯ 1: ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ: ТЕХНОЛОГИИ ИНТЕГРАЦИИ ДАННЫХ 65. стр.65
	Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания. эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ, 2018, СЕКЦИЯ 1: ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ: ТЕХНОЛОГИИ ИНТЕГРАЦИИ ДАННЫХ 64. стр.64
	Prediction of Bacterial and Archaeal Allergenicity with AllPred Program Bragin A, Sokolov V, Demenkov P, Ivanisenko T, Bragina EY, Matushkin YG and Ivanisenko V Molecular Biology, 2018, Vol. 52(2), pp. 279-284
	Evaluation of Prioritization Methods of Extrinsic Apoptotic Signaling Pathway Genes for Retrieval of the New Candidates Associated with Major Depressive Disorder Yankina, M. A.; Saik, O. V.; Ivanisenko, V. A.; Demenkov, P. S. & Khusnutdinova, E. K. RUSS J GENET+, 2018, 54(11), 1366--1374.
	Integrative Analysis of Co-Morbid Multifactorial Diseases. Hofestädt R, Ivanisenko V. J INTEGR BIOINFORM, 2018, Dec 15;15(4)
	GenCoNet - A Graph Database for the Analysis of Comorbidities by Gene Networks. Shoshi A, Hofestädt R, Zolotareva O, Friedrichs M, Maier A, Ivanisenko VA, Dosenko VE, Bragina EY. J INTEGR BIOINFORM, 2018, Dec 25;15(4)
	Residue coevolution reveals functionally important intramolecular interactions in formamidopyrimidine-DNA glycosylase. Endutkin, A.V., Koptelov, S.S., Popov, A.V., Torgasheva, N.A., Lomzov, A.A., Tsygankova, A.R., Skiba, T.V., Afonnikov D.A., Zharkov, D.O. DNA REPAIR, 2018, V.69, P.24-33.
	Метод оценки спектра поглощения листа пшеницы по спектру диффузного отражения. Николаев, С. В., Урбанович, Е. А., Шаяпов, В. Р., Орлова, Е. А., & Афонников, Д. А. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2018, Т. 48, № 5, С. 68-76
	Информационные ресурсы по коллекциям картофеля. Афонников Д.А., Тоцкий И.В., Сташевски З. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 1, С. 115-121
	Опушение листа у картофеля Solanum tuberosum: морфология, функциональная роль и методы исследования. Дорошков А.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 1, С 46-53
	High temperature and pressure influence the interdomain orientation of Nip7 proteins from P. abyssi and P. furiosus: MD simulations Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2018, V. 36, P. 68-82
	Предсказание методами системной биологии наиболее перспективных генов-мишеней для селекции на устойчивость к окислительному стрессу С3 и С4 культурных злаков А. В. Дорошков, А. В. Бобровских Vavilov journal of genetics and breeding, 2018
2017	Plant Biology at Belyaev Conference – 2017 Yuriy L. Orlov, Ancha V. Baranova, Ming Chen, Elena A. Salina BMC PLANT BIOL, 2017, 2017 17(Suppl 2):257 DOI: 10.1186/s12870-017-1189-x
	Genetics at Belyaev Conference – 2017: introductory note Orlov Y.L., Baranova A.V., Tatarinova T.V., Kolchanov N.A. BMC GENET, 2017, BMC Genet. 2017 Dec 28;18(Suppl 1):116
	Biology at Belyaev Conference - 2017 Orlov Y.L., Baranova A.V., Herbeck Y.E. BMC EVOL BIOL, 2017, BMC Evol Biol. 2017 Dec 28;17(Suppl 2):260. doi: 10.1186/s12862-017-1102-0
	Evaluation of the SeedCounter, a Mobile Application for Grain Phenotyping Komyshev E., Genaev M., Afonnikov D. Frontiers in Plant Science, 2017, Т. 7. – С. 1990.
	Diversity of leaf pubescence in bread wheat and relative species Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Alexander V. Simonov, Dmitry A. Afonnikov, Andreas Bo¨rner Genetic Resources and Crop Evolution, 2017, v.64(7), pp.1761-1773 DOI 10.1007/s10722-016-0471-3
	Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. Программные системы: теория и приложения, 2017, 8:1(32), 219–242
	The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV Frontiers in Plant Science, 2017, 7:2044
	Chaos and hyperchaos in simple gene network with negative feedback and time delays. Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, V. 15. No 2, 1650042.
	SITEX 2.0: Projections of protein functional sites on eukaryotic genes. Extension with orthologous genes. Medvedeva IV, Demenkov PS, Ivanisenko VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, 1650044. doi: 10.1142/S021972001650044X. [Epub ahead of print]
	Protein and genetic composition of four chromatin types in Drosophila melanogaster cell lines Boldyreva L.V., Goncharov F.P., Demakova O.V., Zykova T.Y., Levitsky V.G., Kolesnikov N.N., Pindyurin A.V., Semeshin V.F., Zhimulev I.F. CURR GENOMICS, 2017, 18(2):214-226
	Multiple Scenarios of Transition to Chaos in the Alternative Splicing Model Kogai V.V., Likhoshvai V.A., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. INT J BIFURCAT CHAOS, 2017, 27(2), Article No 1730006
	РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ АВТОМАТИЧЕСКОГО ИЗВЛЕЧЕНИЯ ЗНАНИЙ ИЗ ТЕКСТОВ НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ БАЗЫ ЗНАНИЙ SOLANUM TUBEROSUM О.В. САЙК, П.С. ДЕМЕНКОВ, Т.В. ИВАНИСЕНКО, Н.А. КОЛЧАНОВ, В.А. ИВАНИСЕНКО Сельскохозяйственная биология, 2017, 2017, том 52, №1, с. 63-74
	Evolutionary biology at BGRS\SB-2016 Baranova A.V., Orlov Y.L. BMC EVOL BIOL, 2017, 2017; Vol 17(Suppl 1):21 DOI: 10.1186/s12862-016-0869-8
	Genomic landscape of CpG rich elements in human genome Babenko V.N., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. BMC EVOL BIOL, 2017, 2017; Vol 17(Suppl 1):19 DOI: 10.1186/s12862-016-0864-0
	Computational Errors and Biases of Short Read Next Generation Sequencing Abnizova I., te Boekhorst R., Orlov Y. Journal of Proteomics and Bioinformatics, 2017, 10:1-17 DOI: 10.4172/jpb.1000420
	Non-coding RNAs and Their Roles in Stress Response in Plants Jingjing Wang, Xianwen Meng, Oxana Dobrovolskaya, Yuriy Orlov, Ming Chen Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 2017, 2017 Oct 7. pii: S1672-0229(17)30137-7. doi: 10.1016/j.gpb.2017.01.007.
	Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov BMC BIOINFORMATICS, 2017, 18 (Suppl 1):28
	Computational modeling of the cell autonomous mammalian circadian oscillator Podkolodnaya O.A., Tverdokhleb N.N., Podkolodnyy N.L. BMC SYST BIOL, 2017, 11(Suppl 1):18
	Стазис и периодичность в эволюции глобальной экосистемы: минимальная логистическая модель Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, Т. 12, № 1, С. 120–136
	Convergence of retrotransposons in oomycetes and plants Kirill Ustyantsev, Alexandr Blinov, Georgy Smyshlyaev Mobile DNA, 2017, 1, 8, 4
	SNP_TATA_Comparator: genomewide landmarks for preventive personalized medicine. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Ponomarenko P, Arkova O, Kashina E, Ivanisenko N, Zhechev D, Savinkova L, Kolchanov N. Front Biosci (Schol Ed), 2017, 2, 9, 276-306
	Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova SCI REP-UK, 2017, 7: 2489
	The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y. Acta Naturae, 2017, 9 (special issue 1) 67
	Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano Jakub Wudarski, Daniil Simanov, Kirill Ustyantsev, Katrien de Mulder, Margriet Grelling, Magda Grudniewska, Frank Beltman, Lisa Glazenburg, Turan Demircan, Julia Wunderer, Weihong Qi, Dita B Vizoso, Philipp M Weissert, Daniel Olivieri, Stijn Mouton, Victor Guryev, Aziz Aboobaker, Lukas Scharer, Peter Ladurner, Eugene Berezikov NAT COMMUN, 2017, 8 (1), pp. 2120
	Candidate SNP markers of familial and sporadic Alzheimer's diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-Binding protein for human gene promoters. Ponomarenko P, Chadaeva I, Rasskazov DA, Sharypova E, Kashina EV, Drachkova I, Zhechev D, Ponomarenko MP, Savinkova LK, Kolchanov N Frontiers in Aging Neuroscience, 2017, 9, 231, doi: 10.3389/fnagi.2017.00231
	Candidate SNP markers of social dominance, which may affect the affinity of the TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva IV, Rasskazov DA, Sharypova EB, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, 5, 7, 523-537. doi: 10.1134/S2079059717050045
	A sacrifice-for-survival mechanism protects Root Stem Cell Niche from Chilling Stress Jing Han Hong, Maria Savina, Jing Du, Ajay Devendran, Karthikbabu Kannivadi Ramakanth, Xin Tian, Wei Shi Sim, Victoria V. Mironova, and Jian Xu CELL, 2017, Jun 29;170(1)
	Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, ISSN 2079-0597, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 558–564
	Analysis of the Neurogenesis:Prepattern Gene Network Controlling First Stage of Bristle Pattern Development in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 550–557
	Phenotypic variability of bacterial cell cycle: mathematical model. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, V. 12. № Suppl. P. t23-t44. doi: 10.17537/2017.12.t23
	Свойства деминерализованного костного матрикса для биоинженерии тканей И. А. Кирилова, В. Т. Подорожная, Ю. П. Шаркеев, С. В. Николаев, А. В. Пененко, П. В. Уваркин, П. В. Ратушняк, В. В. Чебодаева, Е. А. Анастасиева, С. К. Голушко, А. В. Корель КОМПЛЕКСНЫЕ ПРОБЛЕМЫ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ, 2017, № 3 (2017) с. 25 — 36, http://dx.doi.org/10.17802/2306-1278-2017-0-3
	Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds. Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. J MOL GRAPH MODEL, 2017
	Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов Програмные системы: теория и приложения, 2017, 8:2(33), 45–68.
	Анализ геномных полиморфизмов в популяциях с помощью секвенирования на примере выборки монголов Китая Табиханова Л.Э., Чен М., Бай Х., Осипова Л.П., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, 9(1), С. 22
	3D analysis of mitosis distribution highlights the longitudinal zonation and diarch symmetry in proliferation activity of the Arabidopsis thaliana root meristem Lavrekha V.V., Pasternak T., Ivanov V.B., Palme K., Mironova V.V. PLANT J, 2017, V. 92(5), P. 834-845
	Приоритезация генов нейронального апоптоза по их структурной роли в ассоциативной генной сети нарушений аутического спектра с помощью подходов ANDsystem И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, О.В. Сайк, М.А. Янкина Международный журнал гуманитарных и естественных наук, 2017, №9, С: 5-11
	Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза и генов большого депрессивного расстройства в его ассоциативной генной сети Янкина М.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Хуснутдинова Э.К., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Дневник науки, 2017, №9'2017, С: 1-14
	Альтернативный сплайсинг в отделах головного мозга селектированных по агрессивности крыс В. Н. Бабенко, А. О. Брагин, И. В. Чадаева, А. Л. Маркель, Ю. Л. Орлов Molecular Biology, 2017, 2017 г., том 51, № 5, с. 870-880
	Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyldithiophosphinate complexes of Europium(III), Ytterbium(III) and Lutetium(III) with 2,2-bipyridyl using NMR. Babailov S. P., Zapolotsky E. N., Fomin E. S., Qu Y. POLYHEDRON, 2017, 134, 316-318. DOI: 10.1016/j.poly.2017.05.047
	РЕАЛИЗАЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА СОРТОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ ПОД ВЛИЯНИЕМ УСЛОВИЙ ВНЕШНЕЙ СРЕДЫ: СОВРЕМЕННЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ УЛУЧШЕНИЯ КАЧЕСТВА ЗЕРНА И ХЛЕБОПЕКАРНОЙ ПРОДУКЦИИ Е.К. ХЛЕСТКИНА, Е.В. ЖУРАВЛЕВА, Т.А. ПШЕНИЧНИКОВА, Н.И. УСЕНКО, Е.В. МОРОЗОВА, С.В. ОСИПОВА, М.Д. ПЕРМЯКОВА, Д.А. АФОННИКОВ, Ю.С. ОТМАХОВА Сельскохозяйственная биология, 2017, т. 52, №3, с. 501-514.
	Изучение эволюции генома свободноживущего плоского червя Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) с помощью высокопроизводительного секвенирования микродиссекционных ДНК-библиотек Задесенец К.С., Березиков Е.В., Тупикин А.Е., Кабилов М.Р., Рубцов Н.Б. Acta Naturae, 2017, Спецвыпуск №1, 2017, т. 9
	A study of structural properties of gene network graphs for mathematical modeling of integrated mosaic gene networks Olga V. Petrovskaya, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017
	The systems biology of auxin in developing embryos. V. Mironova, W. Teale, M. Shahriari, J. Dawson, K. Palme. TRENDS PLANT SCI, 2017, 22(3):225–235
	Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L. J INTEGR BIOINFORM, 2017, 20170022 DOI: 10.1515/jib-2017-0022
	АНАЛИЗ ВЛИЯНИЯ РАЗЛИЧНОГО УРОВНЯ СОЛЕПОТРЕБЛЕНИЯ НА БЕЛКОВЫЙ СОСТАВ МОЧИ В 105-СУТОЧНОЙ ИЗОЛЯЦИИ С ПОМОЩЬЮ ПРОГРАММЫ opoSOM Л. Х. Пастушкова, Д. Н. Каширина, А. Г. Бржозовский, В. А. Иванисенко, Е. С. Тийс, А. С. Кононихин, Н. Л. Стародубцева, Е. Н. Николаев, Г. Биндер, И. М. Ларина Физиология человека, 2017, том 43, № 1, с. 89–96
	Molecular Mechanisms of Autism as a Form of Synaptic Dysfunction E. A. Trifonova, T. M. Khlebodarova, N. E. Gruntenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 8, pp. 869–877
	Достижения и перспективы использования методов высокопроизводительного секвенирования в генетике и селекции картофеля Быкова И.В., Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Хлесткина Е.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 2017;21(1):96-103. DOI 10.18699/VJ17
	ПОИСК ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ТРЕВОЖНЫМ НЕВРОЗОМ, НА ОСНОВЕ АВТОМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА НАУЧНЫХ ТЕКСТОВ С ПОМОЩЬЮ ANDSYSTEM Янкина М.А.,Сайк О.В.,Деменков П.С.,Хуснутдинова Э.К.,Иванисенко В.А. АЛЛЕЯ НАУКИ, 2017, 2017. Т. 2. № 14. С. 712-720.
	ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ В ПОИСКЕ НОВЫХ МИШЕНЕЙ ПАТОГЕНЕЗА ЛИМФЕДЕМЫ Усманов Д.Б. , Сайк О.В. , Нимаев В.В. Трансляционная медицина, 2017, Приложение № 3, с. 39
	Генетический полиморфизм и сопутствующие факторы риска ишемического инсульта в монгольской популяции Китая Чижу У, Хуигуань У, Юрий Л. Орлов, Гегентана Гегентана, Веньян Хуо, Анатолий О. Брагин, Нуомин У, Суялату Суялату, Фукуан Жао, Жиньвен Жао, Людмила Э. Табиханова, Минг Чен, Хайхуа Бай. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, Т.21. №5. С.581-587.
	Biological Big Bytes: Integrative Analysis of Large Biological Datasets Chen M, Harrison A, Shanahan H, Orlov Y. J INTEGR BIOINFORM, 2017, 2017 Sep 13;14(3). pii: /j/jib.2017.14.issue-3/jib-2017-0052/jib-2017-0052.xml. doi: 10.1515/jib-2017-0052
	Editorial: Bioinformatics development at the BGRS\SB conference series: 10th anniversary Orlov Y.L., Kolchanov N.A., Hofestädt R., Wong L. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, 2017 15(2):1702001. doi: 10.1142/S0219720017020012
	Статистические оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании Васильев Г.В., Орлова Н.Г., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 21.
	Analysis of 3d chromosome contacts using sequencing technologies Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 24.
	Assessment of translation efficiency from Ribo-seq and mRNA-seq data Tabanyuhov K.A., Mazurina E.P., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 28
	Дифференциальная экспрессия и альтернативный сплайсинг в культурах клеток глиом по данным RNA-seq Губанова Н.В., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Гайтан А.С., Кривошапкин А.Л., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С.19
	Компьютерные методы анализа хромосомных контактов в ядре клетки по данным технологий секвенирования Орлов Ю.Л., Тьерри О., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Кулакова Е.В., Галиева Э.Р., Брагин А.О., Ли Г. Биомедицинская химия, 2017, номер 5, том 63, страницы: 418-422
	Chromosome Evolution in the Free-Living Flatworms: First Evidence of Intrachromosomal Rearrangements in Karyotype Evolution of Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Macrostomida) Zadesenets K.S., Ershov N.I., Berezikov E., Rubtsov N.B. Genes, 2017, 8: 298
	О связи свойств одномерных отображений управляющих функций с хаосом в уравнениях специального вида с запаздывающим аргументом. Лихошвай В.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, 2017, 12(2), 385-397.
	Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2017, Том XII, №3
	Изучение базовых характеристик клеток остеогенного и хондрогенного рядов, значимых для тканевой инженерии имплантов Астахова Н.М., Корель А.В., Щелкунова Е.И., Орищенко К.Е., Николаев С.В., Зубаирова У.С, Кирилова И.А. Клеточные технологии в биологии и медицине, 2017, №4, С. 249-257
	Search of MicroRNAs Regulating the Receptor Status of Breast Cancer In Silico and Experimental Confirmation of Their Expression in Tumors V. S. Chernyi, P. V. Tarasova, V. V. Kozlov, O. V. Saik, N. E. Kushlinskii, L. F. Gulyaeva B EXP BIOL MED+, 2017, Vol. 163, No. 5, 2017
	Metabolic pathways and genes identified by RNA-seq analysis of barley near-isogenic lines differing by allelic state of the Black lemma and pericarp (Blp) gene Anastasiya Y. Glagoleva, Nikolay A. Shmakov, Olesya Y. Shoeva, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Elena K. Khlestkina BMC PLANT BIOL, 2017, 17(Suppl 1):182, DOI 10.1186/s12870-017-1124-1
	Интернет-доступные информационные ресурсы по генным сетям, включающие данные по человеку и животным. Игнатьева Е.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):895-902. DOI 10.18699/VJ17.310
	A database of human genes and a gene network involved in response to tick-borne encephalitis virus infection Ignatieva E.V., Igoshin A.V., Yudin N.S. BMC EVOL BIOL, 2017, 2017;17(Suppl 2):259. DOI 10.1186/s12862-017-1107-8 https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-017-1107-8
	A compendium and functional characterization of mammalian genes involved in adaptation to Arctic or Antarctic environments Yudin N.S., Larkin D.M., Ignatieva E.V. BMC GENET, 2017, 18(Suppl 1):111
	Biodiversity of the microbial mat of the Garga hot spring Rozanov A. S., Bryanskaya A. V., Ivanisenko T. V., Malup T. K., Peltek S. E. BMC EVOL BIOL, 2017
	DEP1 gene in wheat species with normal, compactoid and compact spikes V. Vavilova, I. Konopatskaia, A. E. Kuznetsova, A. Blinov, N. P. Goncharov BMC GENET, 2017, 18(Suppl 1): 106
	Parasites of the genus Nosema, Crithidia and Lotmaria in the honeybee and bumblebee populations: a case study in India V.Y. Vavilova, I. Konopatskaia, S.L. Luzyanin, M. Woyciechowski, A.G. Blinov Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):943-951
	Integrated mathematical models for describing complex biological processes. Mishchenko E. L., Petrovskaya O. V., Mishchenko A. M., Petrovskiy E. D., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. BIOPHYSICS, 2017, 62(5), 778-795
	Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):911-919
	Differential expression of NBS-LRR-encoding genes in the root transcriptomes of two Solanum phureja genotypes with contrasting resistance to Globodera rostochiensis Alex V. Kochetov, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Salmaz M. Ibragimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Tatyana A. Gavrilenko, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko BMC PLANT BIOL, 2017, BMC Plant Biology 2017, 17 (Suppl 2):251
	A Metagenomic Study of Benthic Microbial Communities of Saline Lakes of the Novosibirsk Oblast A. V. Bryanskaya, Yu. E. Uvarova, A. S. Rozanov, T. K. Malup, E. V. Lazareva, O. P. Taran, O.P. Daguruva, Т. V. Ivanisenko, S. E.Peltek 13th International conference on salt lake research. Ulan-Ude, Buryat State University Publishing Department., 2017, P.76
	Анализ циркадного ритма биологических процессов в печени и почках мыши Подколодный Н.Л. Твердохлеб Н.Н. Подколодная О.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, Т. 21, N 8, с. 903-910
	Офиостомовые грибы, ассоциированные с уссурийским полиграфом на территории России Пашенова Н.В., Кононов А.В., Устьянцев К.В., Блинов А.Г., Перцовая А.А., Баранчиков Ю.Н. Российский Журнал Биологических Инвазий, 2017, №4, С. 80-95
	Expression Dynamics of the REL, RELA, and IRF1 Transcription Factors in U937 Macrophages after Dioxin Exposure E. V. Kashina, D. Yu. Oshchepkov, E. V. Antontseva, M. Yu. Shamanina, D. P.Furman, V. A. Mordvinov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 580-584
	Identification of residues of the archaeal RNA-binding Nip7 proteins specific to environmental conditions Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, v. 15, p. 1650036
2016	Dynamic properties of SOD1 mutants can predict survival time of patients carrying familial amyotrophic lateral sclerosis Nikolay A. Alemasova, Nikita V. Ivanisenko, Sergey P. Medvedev, Suren M. Zakian, Nikolay A. Kolchanov & Vladimir A. Ivanisenko Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2016, 2017, Volume 35, Issue 3, Pages 645-656
	A detailed expression map of the PIN1 auxin transporter in Arabidopsis thaliana root N.A. Omelyanchuk, V.V. Kovrizhnykh, E.A. Oshchepkova, T. Pasternak, K. Palme, V.V. Mironova. BMC PLANT BIOL, 2016
	Interactions between leaf pubescence genes in bread wheat as assessed by high throughput phenotyping. Doroshkov A.V., Afonnikov D.A., Dobrovolskaya O.B., Pshenichnikova T.A. EUPHYTICA, 2016, v.207 (3), p.491-500.
	Regions of the bread wheat D genome associated with variation in key photosynthesis traits and shoot biomass under both well watered and water deficient conditions Svetlana Osipova, Alexey Permyakov, Marina Permyakova, Tatyana Pshenichnikova, Vasiliy Verkhoturov, Alexandr Rudikovsky, Elena Rudikovskaya, Alexandr Shishparenok, Alexey Doroshkov, Andreas Börner J APPL GENET, 2016, v.57(2), 151-163.
	Механизмы регуляции передачи этиленового сигнала у растений Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Ермаков А.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Принята в печать. DOI: 10.18699/VJ15.105
	Mosaic gene network modelling identified new regulatory mechanisms in HCV infection. Popik OV, Petrovskiy ED, Mishchenko EL, Lavrik IN, Ivanisenko VA. VIRUS RES, 2016, Oct 22. pii: S0168-1702(15)30083-6. doi: 10.1016/j.virusres.2015.10.004.
	Гипотетические SNP-маркеры, значимо изменяющие оценки сродства ТАТА-связывающего белка к промоторам онкогенов VEGFA, ERBB2, IGF1R, FLT1, KDR и MET – мишеней для химиотерапии. Турнаев И.И., Рассказов Д.А., Аркова О.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2016, 1, 50, 161-173
	Genome-wide transcriptome analysis of hypothalamus in rats with inherited stress-induced arterial hypertension Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 201617(Suppl 1):13
	О численном исследовании периодических решений уравнения с запаздывающим аргументом в биологических моделях. Фадеев С.И., Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2016, Т. 19, № 1, C.94-105.
	On the control mechanisms of the nitrite level in Escherichia coli cells: the mathematical model. Khlebodarova T.M., Ree N.A., Likhoshvai V.A. BMC MICROBIOL, 2016, V. 16, Suppl 1:7.
	Candidate SNP markers of gender-biased autoimmune complications of monogenic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Mikhail Ponomarenko, Olga Arkova, Dmitry Rasskazov, Petr Ponomarenko, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Frontiers in Immunology, 2016, V. 7. P. 130
	Functional annotation of the vlinc class of non-coding RNAs using systems biology approach. Laurent GS, Vyatkin Y, Antonets D, Ri M, Qi Y, Saik O, Shtokalo D, de Hoon MJ, Kawaji H, Itoh M, Lassmann T, Arner E, Forrest AR; FANTOM consortium, Nicolas E, McCaffrey TA, Carninci P, Hayashizaki Y, Wahlestedt C, Kapranov P. NUCLEIC ACIDS RES, 2016, Nucleic Acids Res. 2016 Mar 21. pii: gkw162
	Компьютерное моделирование пространственных структур пептидов из MUC1, способных ингибировать апоптоз Н.В. Иванисенко, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 19(6):731-737
	Дизайн и проверка действия малых химических соединений, направленных на ингибирование белка FADD Н.В. Иванисенко, Л. Хиллерт, В.А. Иванисенко, И.Н. Лаврик Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2015;19(6):724-730
	NACE: A web-based tool for prediction of intercompartmental efficiency of human molecular genetic networks Olga V. Popik, Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko VIRUS RES, 2016, DOI information: 10.1016/j.virusres.2015.11.029
	Genetic diversity of aboriginal and invasive populations of four-eyed fir bark beetle Polygraphus proximus Blandford (Coleoptera, Curculionidae, Scolytinae) Alexandr Kononov, Kirill Ustyantsev, Alexandr Blinov, Victor Fet, Yuri N. Baranchikov AGR FOREST ENTOMOL, 2016, DOI: 10.1111/afe.12161
	Фенотипическая множественность клеточного цикла бактерий: математическая модель Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2016, 11(1):91-113
	Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1 V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova COMPUT BIOL CHEM, 2016, V. 64, P. 19-32
	Characteristics of Age-Dependent Changes in Urine Proteome in Healthy Men L. Kh. Pastushkova, A. S. Kononikhin, E. S. Tiys, I. V. Dobrokhotov, V. A. Ivanisenko, E. N. Nikolaev, I. M. Larina, I. A. Popov Adv. Gerontol, 2016, Vol. 6, No. 2, pp. 122–127
	The expansion of heterochromatin blocks in rye reflects the co-amplification of tandem repeats and adjacent transposable elements. Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Šafář J, Doležel J, Vershinin AV. BMC GENOMICS, 2016, 17(1):337
	Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L. Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2016, 14(2):1641009.
	Chromatin heterogeneity and distribution of regulatory elements in the latereplicating regions of Drosophila melanogaster chromosomes Khoroshko V.A., Levitsky V.G., Zykova T.Y., Antonenko O.V., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. PloS One, 2016, 11(6):e0157147.
	ЦЕНТРАЛЬНЫЙ РЕГУЛЯТОРНЫЙ КОНТУР ГЕННОЙ СЕТИ МОРФОГЕНЕЗА МАКРОХЕТ D.melanogaster: РАСШИРЕННАЯ МОДЕЛЬ Т.А. Бухарина, В.П. Голубятников, Д.П. Фурман Онтогенез, 2016, т. 47, №5, стр. 307-313
	On numerical study of periodic solutions of a delay equation in biological models. Fadeev S.I., Kogai V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2016, 10 (1), P. 86-96
	The Molecular Mechanisms of Heterochromatin Expansion in Rye Chromosomes Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV CYTOGENET GENOME RES, 2016, 148(2-3), 91-91 I.14 , 21st International Chromosome Conference (ICC), Foz do Iguacu, BRAZIL
	Gene Network Controlling the Morphogenesis of D. melanogaster Macrochaetes: An Expanded Model of the Central Regulatory Circuit T. A. Bukharina, V. P. Golubyatnikov, D. P. Furman RUSS J DEV BIOL+, 2016, Vol. 47, No. 5, pp. 288–293
	Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2016, vol. 2016, Article ID 8642703. doi:10.1155/2016/8642703
	Methods of high-throughput plant phenotyping for large-scale breeding and genetic experiments D. A. Afonnikov, M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. G. Komyshev, T. A. Pshenichnikova RUSS J GENET+, 2016, Volume 52, Issue 7, pp 688–701
	The role of environmental factors for the composition of microbial communities of saline lakes in the Novosibirsk region (Russia) Bryanskaya Alla V., Malup Tatyana K., Lazareva Elena V., Taran Oxana P., Rozanov Alexey S., Efimov Vadim M., Peltek Sergey E. BMC MICROBIOL, 2016
	Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня Е.А. Ощепкова, Н.А. Омельянчук, М.С. Савина, Т. Пастернак, Н.А. Колчанов, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016;20(4):459-474
	Estimation of the Role of Single Nucleotide Polymorphism in Lymphotoxin Beta Gene during Pig Domestication Based on the Bioinformatic and Experimental Approaches R. B. Aitnazarov, E. V. Ignatieva, N. E. Bazarova, V. G. Levitsky, S. P. Knyazevd, Y. Gon, and N. S. Yudin Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, Vol. 6, No. 7, P.816–824
	Внеклеточный матрикс из кости человека как основа тканеинженерной конструкции Кирилова И.А., Николаев С.В., Подорожная В.Т., Шаркеев Ю.П., Уваркин П.В., Ратушняк А.С., Чебодаева В.В. Российский иммунологический журнал, 2016
	Physicomechanical properties of the extracellular matrix of a demineralized bone I.A. Kirilova, Yu.P. Sharkeev, S.V. Nikolaev, V.T. Podorozhnaya, P.V. Uvarkin, A.S. Ratushnyak, V.V. Chebodaeva AIP CONFERENCE PROCEEDINGS, 2016
	Interactome of the hepatitis C virus: Literature mining with ANDSystem Saik OV, Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA VIRUS RES, 2016, Jun 15;218:40-8
	Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes. Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 738-748
	Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock. Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 759-770
	Prediction and verification of the influence of the rs367781716 SNP on the interaction of the ТАТА-binding protein with the promoter of the human АВСА9 gene Arkova OV, Drachkova IA, Arshinova TV, Rasskazov DA, Suslov VV, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Savinkova LK Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 785-791
	Dynamic NMR under nonstationary conditions: Theoretical model, numerical calculation, and potential of application S. P. Babailov, P. A. Purtov and E. S. Fomin J CHEM PHYS, 2016, 145(5), 054201 (2016)
	A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of n^2 Pairwise Distances in n^2 Steps for the Sequencing Problem: I. Theory E. S. Fomin J COMPUT BIOL, 2016, 2016 Sep;23(9):769-75
	A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of n^2 Pairwise Distances in n^2 Steps for the Sequencing Problem: II. Algorithm E. S. Fomin J COMPUT BIOL, 2016, 23(12):934-942 DOI: 10.1089/cmb.2016.0046
	Молекулярно-генетические механизмы регуляции процессов апоптоза белками вируса гепатита С. Сайк О. В., Деменков П. С., Иванисенко Н. В., Иванисенко Т. В., Лаврик И. Н., Иванисенко В. А. Проблемы современной науки и образования, 2016, № 27 (69), 6-14.
	Evidence for Karyotype Polymorphism in the Free-Living Flatworm, Macrostomum lignano, a Model Organism for Evolutionary and Developmental Biology Zadesenets KS, Vizoso DB, Schlatter A, Konopatskaia ID, Berezikov E, Scharer L, Rubtsov NB PloS One, 2016, 11(10): e0164915
	МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА ЭКСТРЕМАЛЬНЫХ ЭКОСИСТЕМ; МЕТАГЕНОМНЫЙ ПОДХОД С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов Acta Naturae, 2016
	Chaos and Hyperchaos in a Model Of Ribosome Autocatalytic Synthesis Лихошвай В.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. SCI REP-UK, 2016, 6, Article number 38870
	Flanking monomer repeats determine decreased context complexity of single nucleotide polymorphism sites in the human genome. Safronova N.S., Ponomarenko M.P., Abnizova I.I., Orlova G.V., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 8, 6, 809-815
	Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1878
	Математическая модель циркадного осциллятора млекопитающих: взаимодействие с системой NAD+/SIRT1 и возрастные изменения экспрессии генов циркадного осциллятора Подколодный Н.Л., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):848-856
	Протокол анализа количественных характеристик опушения листа картофеля А.В. Дорошков, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, DOI 10.18699/VJ16.218
	АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ «NEUROGENESIS:PREPATTERN», КОНТРОЛИРУЮЩЕЙ ПЕРВЫЙ ЭТАП ФОРМИРОВАНИЯ ЩЕТИНОЧНОГО УЗОРА У Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):832-839 DOI 10.18699/VJ16.199
	Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия процессов ответа клетки на механический стресс и нейронального апоптоза при первичной открытоугольной глаукоме Сайк О.В., Коновалова Н.А., Деменков П.С., Иванисенко Н.В., Иванисенко Т.В., Иванощук Д.Е., Пономарева М.Н., Коновалова О.С., Подколодная О.А., Лаврик И.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):840-847
	Компьютерный анализ совместной локализации сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq Дергилев А.И., Спицина А.М., Чадаева И.В., Свичкарев А.В., Науменко Ф.М., Кулакова Е.В., Витяев Е.Е., Чен М., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):770-778. DOI 10.18699/VJ16.194
	Computational problems of analysis of short next generation sequencing reads te Boekhorst R., Naumenko F.M., Orlova N.G., Galieva E.R., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Orlov Y.L., Abnizova I.I. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):746-755 DOI 10.18699/VJ16.191
	Cognitive Architecture of Collective Intelligence based on Social Evidence Kolonin A., Vityaev E., Orlov Y. Procedia Computer Science, 2016, Volume 88, 2016, Pages 475–481.
	Computational plant bioscience at BGRS\SB-2016: Introductory note Orlov Y.L., Baranova A.V., Salina E.A. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016, 16 (Suppl 3): 243. DOI: 10.1186/s12870-016-0923-0
	Computational genomics at BGRS\SB-2016: Introductory note Orlov Y.L., Baranova A.V., Hofestädt R., Kolchanov N.A. BMC GENOMICS, 2016, 17(Suppl 14):996 DOI: 10.1186/s12864-016-3350-6
	Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L. J INTEGR BIOINFORM, 2016, 13(4):292. doi:10.2390/biecoll-jib-2016-292
	Динамика экспрессии транскрипционных факторов REL, RELA и IRF1 в макрофагоподобной линии U937 после воздействия диоксина. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Шаманина М.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):894-898
	Оценка количественных характеристик опушения листьев картофеля с использованием анализа цифровых микроизображений А.В. Дорошков, А.В. Симонов, А.Д. Сафонова, Д.А. Афонников, И.Е. Лихенко, Н.А. Колчанов Достижения науки и техники АПК, 2016, Т.30. №10. С. 12-14.
	A compendium of human genes regulating feeding behavior and body weight, its functional characterization and identification of GWAS genes involved in brain-specific PPI network Elena V. Ignatieva, Dmitry A. Afonnikov, Olga V. Saik, Evgeny I. Rogaev and Nikolay A. Kolchanov BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):158
	The gene-expression profile of renal medulla in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):151
	Selection and validation of miRNAs as normalizers for profiling expression of microRNAs isolated from thyroid fine needle aspiration smears. Titov SE, Demenkov PS, Ivanov MK, Malakhina ES, Poloz TL, Tsivlikova EV, Ganzha MS, Shevchenko SP, Gulyaeva LF, Kolesnikov NN ONCOL REP, 2016, Oncol Rep. 2016 Nov;36(5):2501-2510. doi: 10.3892/or.2016.5113. Epub 2016 Sep 20.
	Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of genetic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Rasskazov D.A., Sharypova E.B., Kashina E.V. Matveeva M.Yu., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Arkova O.V., Bondar N.P. Savinkova L.K., Kolchanov N.A. BMC GENOMICS, 2016, Suppl. 14, 17, 995
	Molecular determinants of the adrenal gland functioning related to stress-sensitive hypertension in ISIAH rats Larisa A. Fedoseeva, Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Yury V. Alexandrovich, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina BMC GENOMICS, 2016, 2016, 17(Suppl 14):989
	Spike morphology genes in wheat species (Triticum L.) Konopatskaya I., Vavilova V., Blinov A., Goncharov N.P. PROCEEDINGS OF THE LATVIAN ACADEMY OF SCIENCES. Section B, 2016, V. 70. No.6 (705). P. 345-355.
	Кандидатные SNP-маркеры социального доминирования, способные влиять на сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 6, 20, 787-796
	Novel tuberculosis susceptibility candidate genes revealed by the reconstruction and analysis of associative networks Elena Yu. Bragina, Evgeny S. Tiys, Alexey A. Rudko, Vladimir A. Ivanisenko, Maxim B. Freidin Infection, Genetics and Evolution, 2016, Volume 46, December 2016, Pages 118–123
	Molecular associations of Primary Open-Angle Glaucoma with potential comorbid diseases (POAG-associome) Olga V Saik, Natalia A Konovalova, Pavel S Demenkov, Timofey V Ivanisenko, Evgeny D Petrovskiy, Nikita V Ivanisenko, Dinara E Ivanoshchuk, Maria N Ponomareva, Olga S Konovalova, Inna N. Lavrik, Nikolay A Kolchanov, Vladimir A Ivanisenko Biotecnología Aplicada, 2016, 2016;33:3201-3206
	Структурное моделирование мод связывания НАД+ с ПАРП-1 Иванисенко Н.В., Жечев Д.А., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016
	Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016 Vol.16:262 DOI: 10.1186/s12870-016-0868-3
	Эволюция CpG-островов путем тандемных дупликаций Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л., Исакова Ж.И., Антонов Д.А., Воевода М.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016; 20(6):746-755 DOI 10.18699/VJ16.191
	Genetic diversity among eight Dendrolimus species in Eurasia (Lepidoptera: Lasiocampidae) inferred from mitochondrial COI and COII, and nuclear ITS2 markers Alexander Kononov, Kirill Ustyantsev, Baode Wang, Victor C Mastro, Victor Fet, Alexander Blinov, Yuri Baranchikov BMC GENET, 2016, 3, 17, 173
	Численные алгоритмы идентификации коэффициента диффузии в задачах тканевой инженерии Пененко А.В., Николаев С.В., Голушко С.К., Ромащенко А.В., Кирилова И.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2016, 2016;11(2):426-444
	Development of new SSR markers for homoeologous WFZP gene loci based on the study of the structure and location of microsatellites in gene-rich regions of chromosomes 2AS, 2BS, and 2DS in bread wheat. Dobrovolskaya O.B., Pont C., Orlov Y.L., Salse J. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, Vol. 6, No. 3, pp. 330–337
	ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ЭЛЕКТРОМАГНИТНОГО ИЗЛУЧЕНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ДИАПАЗОНА НА ПРОТЕОМ ЭКСТРЕМОФИЛЬНОЙ АРХЕИ HALORUBRUM SACCHAROVORUM Горячковская Т.Н., Константинова С.Г., Мещерякова И.А., Банникова С.В., Демидов Е.А., Брянская А.В., Щеглов М.А., Семенов А.И., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Т. 20. № 6. С. 869-875.
	Вычислительные проблемы анализа ошибок коротких прочтений ДНК при секвенировании следующего поколения Р. те Боекхорст, Ф.М. Науменко, Н.Г. Орлова, Э.Р. Галиева, А.М. Спицина, И.В. Чадаева, Ю.Л. Орлов, И.И. Абнизова Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):746-755
2015	Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome) Glotov AS, Tiys ES, Vashukova ES, Pakin VS, Demenkov PS, Saik OV, Ivanisenko TV, Arzhanova ON, Mozgovaya EV, Zainulina MS, Kolchanov NA, Baranov VS, Ivanisenko VA BMC SYST BIOL, 2015, 2015;9 Suppl 2:S4. doi: 10.1186/1752-0509-9-S2-S4
	О типах законов роста бактерий Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, т. 10, №1, С. 154–163. doi: 10.17537/2015.10.154
	Сложная динамика в системах альтернативного сплайсинга мРНК: математическая модель Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. Вычислительные технологии, 2015, т.20, № 1, с. 38-52.
	Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна Пономаренко Михаил Павлович Аршинова Татьяна Валентиновна Савинкова Людмила Кузьминична Медицинская генетика, 2015
	On the distribution of auxin concentrations in root horizontal layer cells. Novoselova E.S., Mironova V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 3, pp. 293–299
	О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в условиях стационарного роста. Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, т.10, №1, с.193-205
	The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(3), pp. 308–312, DOI: 10.1134/S2079059715030193
	Distribution and diversity of Nosema bombi (Microsporidia: Nosematidae) in the natural populations of bumblebees (Bombus spp.) from West Siberia Valeriya Vavilova, Irina Sormacheva, Michal Woyciechowski, Natalia Eremeeva, Victor Fet, Aneta Strachecka, Sergey I. Bayborodin, Alexander Blinov PARASITOL RES, 2015, Volume 114, Issue 9, Pages 3373-3383. doi: 10.1007/s00436-015-4562-4.
	ВЕБ-СЕРВЕР ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ miРНК, ИХ ПРЕДШЕСТВЕННИКОВ И САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ Ворожейкин П.С., Титов И.И. Molecular Biology, 2015, т. 49, №5, с. 846-853
	Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites. Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, p. 322–329
	Q gene variability in wheat species with the different spike morphology Sormacheva I., Golovnina K., Vavilova V., Kosuge K., Watanabe N., Blinov A., Goncharov N.P. Genetic Resources and Crop Evolution, 2015, V.62, No. 6. P. 837-852.
	Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA. TRENDS PLANT SCI, 2015, doi: 10.1016/j.tplants.2015.06.004
	Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor» Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. BMC EVOL BIOL, 2015, 15 (Suppl 1):S3 http://www.biomedcentral.com/1471-2148/15/S1/S3
	EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 335–339.
	Human Genes Encoding Transcription Factors and Chromatin-Modifying Proteins Have Low Levels of Promoter Polymorphism: A Study of 1000 Genomes Project Data Ignatieva EV, Levitsky VG, Kolchanov NA International Journal of Genomics, 2015, 2015, 260159
	Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I. R., Peltek S.E. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(4), pp. 375–382, DOI: 10.1134/S2079059715040139
	Structural and dynamic properties of mutant SOD1 proteins associated with amyotrophic lateral sclerosis Alemasov, N. A., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015
	Association Analysis of Genetic Variants with Type Diabetes in a Mongolian Population in China. Bai H, Liu H, Suyalatu S, Guo X, Chu S, Chen Y, Lan T, Borjigin B, Orlov YL, Posukh OL, Yang X, Guilan G, Osipova LP, Wu Q, Narisu N. Journal of Diabetes Research, 2015, 2015: 613236. doi: 10.1155/2015/613236. Epub 2015 Jul 28.
	Genetic dissection of earliness by analysis of a recombinant chromosome substitution double haploid mapping population of bread wheat (Triticum aestivum L.) in different geographic regions Tatyana A. Pshenichnikova, Elena K. Khlestkina, Svetlana Landjeva, Alexey V. Doroshkov, Tanya Kartseva, Andreas Bo¨rner, Alexander V. Simonov, Ludmila V. Shchukina, Evgeniya V. Morozova EUPHYTICA, 2015, v.206 (1), p.191-202. DOI 10.1007/s10681-015-1500-6
	Identification of biological processes on the composition of the urine proteome in cosmonauts on the first day after long space flights Pastushkova LH, Kononihin AS, Tijs ES, Obraztsova OA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Larina IM Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2015, 2015 Feb;101(2):222-37
	Permanent proteins in the urine of healthy humans during the Mars-500 experiment Larina IM, Pastushkova LKh, Tiys ES, Kireev KS, Kononikhin AS, Starodubtseva NL, Popov IA, Custaud MA, Dobrokhotov IV, Nikolaev EN, Kolchanov NA, Ivanisenko VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 2015 Feb;13(1):1540001. doi: 10.1142/S0219720015400016. Epub 2015 Jan 8.
	Kidney Function and Urine Protein Composition in Healthy Volunteers During Space Station Fitness Tests Fomina, Elena V.; Lisova, Natalia Iu.; Kireev, Kirill S.; Tiys, Evgeny S.; Kononikhin, Alexey S.; Larina, Irina M. Aerospace Medicine and Human Performance, 2015, Volume 86, Number 5, May 2015, pp. 472-476(5)
	How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2015, Volume 2015, Article ID 359835
	Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster. Zhimulev IF, Zykova TYu, Goncharov FP, Khoroshko VA, Demakova OV, Semeshin VF, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Demidova DS, Levitsky VG, Demakov SA, Belyaeva ES CHROMOSOME RES, 2015, 23: 409-410
	A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. J INTEGR BIOINFORM, 2015, 12 (1): 256
	Computer high-throughput approaches to wheat phenotyping: application to leaf pubescence analysis Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A. Simonov A.V. The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book, 2015, p.3
	The effect of plant hormones on the manifestation of leaf pubescence genes in bread wheat. Doroshkov A.V., Simonov A.V., Afonnikov D.A., Kasyanov N.S., Pshenichnikova T.A. The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book, 2015, p. 13
	Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы. М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(6):707-714 DOI 10.18699/VJ15.086
	Reconstruction of sequence from its circular partial sums for cyclopeptide sequencing problem Fomin ES Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 13(1):1540008
	Разработка новых SSR-маркеров к локусам гомеологичных генов WFZP на основе изучения строения и локализации микросателлитов в богатых генами районах хромосом 2AS, 2BS, 2DS мягкой пшеницы О.Б. Добровольская, К. Понт, Ю.Л. Орлов, Ж. Сальс Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(3):303-309
	Identification of microRNA genes in three opisthorchiids Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV. PLOS NEGLECT TROP D, 2015, 9(4):e0003680
	Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2015, Suppl.13. V. 16. S5.
	Asynchrony between Host Plant and Insects-Defoliator within a Tritrophic System: The Role of Herbivore Innate Immunity. Martemyanov V.V., Pavlushin S.V., Dubovskiy I.M., Yushkova Y.V., Morosov S.V., Chernyak E.I., Efimov V.M., Ruuhola T., Glupov V.V. PloS One, 2015, 10(6), e0130988.
	Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М. Программные системы: теория и приложения, 2015, 6:1(23), c. 157–174
	Introductory note for BGRS\SB-2014 special issue Orlov Y.L., Hofestädt R.M., Kolchanov N.A Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 13(1):1502001. doi: 10.1142/S0219720015020011
	The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P. and Rogaev E.I. BMC GENOMICS, 2015, 16 (Suppl 13), S4
	Shifts in urine protein profile during dry immersion. Pastushkova L Kh, Kononikhin AS, Tiys ES, Nosovsky AM, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Novoselova NM, Custaud MA, Larina IM. Aviakosm Ekolog Med., 2015, 2015;49(4):15-9.
	Computer analysis of protein functional sites projection on exon structure of genes in Metazoa. Medvedeva I., Demenkov P., Ivanisenko V. BMC GENOMICS, 2015, 16(Suppl 13):S2.
	Prediction of tissue-specific effects of gene knockout on apoptosis in different anatomical structures of human brain. Petrovskiy E.D., Saik O.V., Tiys E.S., Lavrik I.N., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. BMC GENOMICS, 2015, 16(Suppl 13):S3
	Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Программные системы: теория и приложения, 2015, 4(27), c. 99–112.
	Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C Кулакова Е. В., Спицина А. М., Орлова Н. Г., Дергилев А. И., Свичкарев А. В., Сафронова Н. С., Черных И. Г., Орлов Ю. Л. Программные системы: теория и приложения, 2015, 2(25), c. 129–148
	117 Analysis of SNP containing sites in human genome using text complexity estimates Nataly S. Safronova, Vladimir N. Babenko, Yuriy L. Orlov Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2015, 33:sup1, 73-74, DOI:10.1080/07391102.2015.1032750
	The Mammalian Circadian Clock: Gene Regulatory Network and Computer Analysis O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, N.L. Podkolodnyy Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 354–362
	Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5(6), pp. 672-678. DOI: 10.1134/S2079059715060040
	Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 2015;19(6):74-82. DOI 10.18699/VJ15.095
	Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах генов прокариот. 1. Вишневский О.В., Бочарников А.В., Романенко А.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015
	Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters. Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 6, 5, 626-634
	Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene Elena V Antontseva, Marina Yu Matveeva , Natalia P Bondar, Elena V Kashina, Elena Yu Leberfarb, Leonid O Bryzgalov, Polina A Gervas, Anastasia A Ponomareva, Nadezhda V Cherdyntseva, Yury L Orlov, Tatiana I Merkulova J BIOSCIENCES, 2015, Dec;40(5):873-83
	Identification of Bacillus strains by MALDI TOF MS using geometric approach Konstantin V. Starostin, Evgeny A. Demidov, Alla V. Bryanskaya, Vadim M. Efimov, Alexey S. Rozanov & Sergey E. Peltek SCI REP-UK, 2015, \| 5:16989 \| DOI: 10.1038/srep16989
	Association of Dopamine Receptor D4 (DRD4) Gene Polymorphism with Cardiovascular Disease Risk Factors N. S. Yudin, T. M. Mishakova, E. V. Ignatieva, V. N. Maksimov, V. V. Gafarov, S. K. Malyutina, and M. I. Voevoda Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 6, pp. 650–655. doi: 10.1134/S2079059715060192
	Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, №6, том 19
	Оценка роли однонуклеотидного полиморфизма в гене лимфотоксина бета при доместикации свиньи на основе биоинформационного и экспериментального подходов Р.Б. Айтназаров, Е.В. Игнатьева, Н.Э. Базарова, В.Г.Левицкий, С.П. Князев, Я. Гон, Н.С. Юдин Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Т.19, №6 Стр.699-706
	Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 691-698
	Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 682-690
	Онтологическое моделирование в биоинформатике и системной биологии Подколодный Н.Л., Подколодная О.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Том. 19. Вып. 6. Стр. 652-660.
	ВЫЯВЛЕНИЕ ЗНАЧИМО ПРЕДСТАВЛЕННЫХ БИОЛОГИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ ПО СОСТАВУ ПРОТЕОМА МОЧИ КОСМОНАВТОВ НА ПЕРВЫЕ СУТКИ ПОСЛЕ ДЛИТЕЛЬНЫХ КОСМИЧЕСКИХ ПОЛЕТОВ ПАСТУШКОВА Л.Х., КОНОНИХИН А.С., ТИЙС Е.С., ОБРАЗЦОВА О.А., ДОБРОХОТОВ И.В., ИВАНИСЕНКО В.А., НИКОЛАЕВ Е.Н., ЛАРИНА И.М. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2015, Том: 101 Номер: 2 Страницы: 222-237
	НОВЫЕ ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ ПОДВЕРЖЕННОСТИ ТУБЕРКУЛЕЗУ, УСТАНОВЛЕННЫЕ С ПОМОЩЬЮ ПОСТРОЕНИЯ И АНАЛИЗА АССОЦИАТИВНЫХ СЕТЕЙ БРАГИНА Е.Ю., РУДКО А.А., ТИЙС Е.С., ИВАНИСЕНКО В.А., ФРЕЙДИН М.Б. Бюллетень сибирской медицины, 2015, Том: 14Номер: 6 Год: 2015 Страницы: 33-39
	Применение сопряжённых уравнений для исследования чувствительности в модели симпластного роста клеток линейного листа А.В. Пененко, У.С. Зубаирова, С.В. Николаев Труды Международной конференции АКТУАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ И ПРИКЛАДНОЙ МАТЕМАТИКИ – 2015 посвященной 90-летию со дня рождения академика Г. И. Марчука, 2015, С.562-572
	Dioxin-mediated regulation of expression IL-12 family cytokines in human macrophages as a factor of tumor promotion by TCDD E. Kashina, D. Oshchepkov, A. Shilov, E. Antontseva, D. Furman, V. Mordvinov European Journal of Cancer Supplements, 2015, Volume 13, Issue 1, November 2015, Pages 23
	On the types of bacterial growth laws Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, 10(Suppl.):t20-t28 doi: 10.17537/2015.10.t20
	Филогенетические отношения саранчовых семейства Pamphagidae с neo-XY/neo-XX определением пола, реконструированные на основе анализа нуклеотидных последовательностей митохондриального гена COI А.Г. Бугров, И.С. Сухих, М. Унал, А.Г. Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2015, T.12 № 5. C. 451–456
	FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.) Oxana Dobrovolskaya, Caroline Pont, Richard Sibout, Petr Martinek, Ekaterina Badaeva, Florent Murat, Audrey Chosson, Nobuyoshi Watanabe, Elisa Prat, Nadine Gautier, Véronique Gautier, Charles Poncet, Yuriy Orlov, Alexander A. Krasnikov, Hélène Bergès, Elena Salina, Lyudmila Laikova, Jerome Salse PLANT PHYSIOL, 2015, vol. 167 (1): 189-199 doi: 10.1104/pp.114.250043
	Divergence and population traits in evolution of the genus Pisum L. as reconstructed using genes of two histone H1 subtypes showing different phylogenetic resolution Olga O. Zaytseva, Konstantin V. Gunbin, Anatoliy V. Mglinets, Oleg E. Kosterin GENE, 2015, Vol. 556. P. 235-244. doi: 10.1016/j.gene.2014.11.062.
	Convergent evolution of ribonuclease H in LTR retrotransposons and retroviruses Kirill Ustyantsev, Olga Novikova, Alexander Blinov and Georgy Smyshlyaev MOL BIOL EVOL, 2015
	Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, Т. 10. № 1. С. 1-14.
	Alternative splicing can lead to chaos Likhoshvai V.A., Kogai V.V., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, V. 13. №1, 1540003
	A model study of the morphogenesis of D. melanogaster mechanoreceptors: The central regulatory circuit Vladimir P. Golubyatnikov, Tatyana A. Bukharina, Dagmara P. Furman Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, v.13. n.1. DOI: 10.1142/S0219720015400065
	A computational model of the effect of symplastic growth on cell mechanics in a linear leaf blade Zubairova U., Golushko S., Penenko A., Nikolaev S. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13, No. 1 1540005
	Sequence-based prediction of transcription upregulation by auxin in plants Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 1, 13, 1540009
	Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2015, Т. 51, № 4, с. 409–429 (Vol. 51, No. 4, pp. 334–352)
	The Mechanisms Determining Bristle Pattern in Drosophila melanogaster T. A. Bukharina, D. P. Furman RUSS J DEV BIOL+, 2015, Vol. 46, No. 2, pp. 99–110
	Механизмы детерминации щетиночного узора Drosophila melanogaster Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Онтогенез, 2015, том 46, № 2, с. 131–142
	ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology Vladimir A Ivanisenko, Olga V Saik, Nikita V Ivanisenko, Evgeny S Tiys, Timofey V Ivanisenko, Pavel S Demenkov and Nikolay A Kolchanov BMC SYST BIOL, 2015, 9(Suppl 2):S2; doi:10.1186/1752-0509-9-S2-S2
	Comparison of the 3D organization of sperm and fibroblast genomes using the Hi-C approach Nariman Battulin, Veniamin S Fishman, Alexander M Mazur, Mikhail Pomaznoy, Anna A Khabarova, Dmitry A Afonnikov, Egor B Prokhortchouk, Oleg L Serov GENOME BIOL, 2015, Genome Biology 2015, 16:77-85
	Interaction sorting method for molecular dynamics on multi-core SIMD CPU architecture Matvienko S., Alemasov N., and Fomin E. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13. No 2. P. 1540004–1540018
2014	HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т.9, №2, стр. 585-596.
	High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, №4/2 стр. 1039-1045.
	Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, №4/3, стр. 1249-1257.
	РАЗРАБОТКА ИСКУССТВЕННЫХ КОГНИТИВНЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МОДЕЛЕЙ МОЗГА ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ Н.И. Путинцев, О.В. Вишневский, Е.Е. Витяев Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т18, №4/3 сс.1156-1171
	АНАЛИЗ КОГНИТИВНЫХ СВОЙСТВ НЕЙРОННЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МЕТОДОВ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ОБРАТНОЙ СВЯЗИ О.В. Вишневский, Н.И. Путинцев, Т.А. Запара, А.С. Ратушняк Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, №4/3, сс.1195-1204
	The Proteome of a Healthy Human during Physical Activity under Extreme Conditions Larina I. M., Ivanisenko V. A., Nikolaev E. N., Grigorev A. I. Acta Naturae, 2014, VOL. 6 № 3 (22) 2014
	Предсказание генов маркеров агрессивности глиомы низкой степени злокачественности по экспрессионным данным TCGA Иванисенко Н.В., Губанова Н.В., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9, N 2, С. 534-542
	Разработка программного комплекса JACOBI 4 для многомерного анализа микрочиповых данных. Полунин Д.А., Штайгер И.А., Ефимов В.М. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2014, Т. 12, вып. 2. С. 90–98.
	Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 4/3, 18, 1219-1230
	Эффективность использования генов bmy2, waxy и внутренних транскрибируемых спейсеров генов рибосомных рнк в качестве маркеров для изучения генетического разнообразия видов рода Elymus. Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Белавин П.А., Агафонов А.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, № 4/2, С. 1022-1031
	Bioinformatics analysis of the genome of Geobacillus stearothermophilus 22 Strain isolated from the Garga hot spring, Baikal Region Rozanov A.S., Ivanisenko T.V., Bryanskaya A.V., Shekhovtsov S.V., Logacheva M.D., Saik O.V., Malup T.K., Demenkov P.S., Goryachkovskaya T.N., Ivanisenko V.A., Peltek S.E. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014
	Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 3, pp. 159–167.
	КЛЮЧЕВАЯ РОЛЬ PIN-БЕЛКОВ В ТРАНСПОРТЕ АУКСИНА В КОРНЕ ARABIDOPSIS THALIANA L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014
	A PROPOSED MECHANISM OF TRANSACTIVATION BY BODY BURDEN DIOXIN OF HERPES SIMPLEX VIRUS GENES MIGHT BE RESPONSIBLE FOR WEAKENING THE HOST ANTIVIRAL DEFENSE Tsyrlov IB, Shur IN, Wu JS, Furman D, Oshchepkov DY Organohalogen Compounds, 2014, Vol. 76, 289-292
	Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. № 4/2. С. 920–927
	Системная биология Д.А. Афонников, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 1, С. 175-192
	The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning Levitsky VG, Babenko VN, Vershinin AV Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2014, 32(1):115-126.
	Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova BMC GENOMICS, 2014, 15:80
	Доместикация пшениц Гончаров Николай Петрович Сормачева Ирина Дмитриевна Природа, 2014, №2. С.45-53.
	Mathematical modeling of bacterial cell cycle: The problem of coordinating genome replication with cell growth. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2014, V.12. 12(3): 1450009, DOI: 10.1142/S0219720014500097
	A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko PloS One, 2014, Volume 9 \| Issue 3 \| e91502
	Genetic basis of olfactory cognition: extremely high level of DNA sequence polymorphism in promoter regions of the human olfactory receptor genes revealed using the 1000 Genomes Project dataset Ignatieva E.V., Levitsky V.G., Yudin N.S., Moshkin M.P., Kolchanov N.A. Front Psychol, 2014, published: 24 March 2014 doi: 10.3389/fpsyg.2014.00247
	The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein. Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A. HUM MUTAT, 2014, 5, 35, 601-608
	Gene Expression and Secondary mRNA Structures in Different Mycoplasma Species В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, 4(3):208–217
	Models of Regulation of Stem Cell Niche Structure in Shoot Apical Meristem U. S. Zubairova, S. V. Nikolaev Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 4, pp. 273–280
	Exploring Interaction of TNF and Orthopoxviral CrmB Protein by Surface Plasmon Resonance and Free Energy Calculation. Ivanisenko NV, Tregubchak TV, Saik OV, Ivanisenko VA, Shchelkunov SN PROTEIN PEPTIDE LETT, 2014, Protein Pept Lett. 2014;21(12):1273-81.
	ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 2, 354-362
	Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov BMC STRUCT BIOL, 2014, 14:23
	Восстановление аминокислотной последовательности циклических пептидов из масс-спектров Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 4/2, С.973-982
	EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 18(4/2):904-909
	New evidence of an old problem: the coupling of genome replication to cell growth in bacteria Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. RUSS J GENET+, 2014, V. 50, No. 9, pp. 891–901
	Исследование структуры и эволюции сетей научного соавторства на основе анализа новосибирских публикаций в области биологии и медицины Титов ИИ, Блинов АА Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т. 18, № 4/2, стр. 939-944
	Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886.
	О распределениях концентраций ауксина в клетках горизонтального слоя корня Новоселова Е.С., Миронова В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.953-962
	Mathematical model of the Tat-Rev regulation of HIV-1 replication in an activated cell predicts the existence of oscillatory dynamics in the synthesis of viral components Vitaly A Likhoshvai, Tamara M Khlebodarova, Sergei I Bazhan, Irina A Gainova, Valery A Chereshnev, Gennady A Bocharov BMC GENOMICS, 2014, 15(Suppl 12):S1
	An integrated approach for genome annotation of the eukaryotic thermophile Chaetomium thermophilum. Bock T, Chen WH, Ori A, Malik N, Silva-Martin N, Huerta-Cepas J, Powell ST, Kastritis PL, Smyshlyaev G, Vonkova I, Kirkpatrick J, Doerks T, Nesme L, Baßler J, Kos M, Hurt E, Carlomagno T, Gavin AC, Barabas O, Müller CW, van Noort V, Beck M, Bork P. NUCLEIC ACIDS RES, 2014, doi:10.1093/nar/gku1147
	Molecular Analysis of the Benthos Microbial Community in Zavarzin Thermal Spring (Uzon Caldera, Kamchatka, Russia) Rozanov A.S., Bryanskaya A.V., Malup T.K., Lasareva E.V., Taran O.P., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A., Zhmodik S.M., Kolchanov N.A., Peltek S.E. BMC GENOMICS, 2014
	An integrated study to analyze salt lake microbial community structure (Novosibirsk oblast, Russia) A. Bryanskaya, A. Rozanov, T. Malup, T. Aleshina, E. Lazareva, O. Taran, T. Goryachkovskaya, V. Ivanisenko, S. Peltek Acta Geologica Sinica (English Edition), 2014
	Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing E. M. Sergeeva, D. A. Afonnikov, M. K. Koltunova, V. D. Gusev, L. A. Miroshnichenko, J. Vrána, M. Kubaláková, C. Poncet, P. Sourdille, C. Feuillet, J. Doležel, E. A. Salina Plant Genome, 2014, 7 (2), doi:10.3835/plantgenome2013.10.0031
	Insights into pathophysiology of dystropy through the analysis of gene networks: an example of bronchial asthma and tuberculosis Bragina Elena Yu, Evgeny S. Tiys, Maxim B. Freidin, Lada A. Koneva, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov, Valery P. Puzyrev IMMUNOGENETICS, 2014, no. 7-8 (2014): 457-465.
	Identification of Proteins of Cardiovascular System in Healthy Subjects’ Urine during “Dry” Immersion L. Kh. Pastushkova, I. V. Dobrokhotov, O. M. Veselova, E. S. Tiys, A. S. Kononikhin, A. M. Novosiolova, M. Coupe, M.-A. Custaud, I. M. Larina Fiziol Cheloveka, 2014, Vol. 40, No. 3, pp. 330–339
	Постоянные белки мочи здорового человека в эксперименте с 520-суточной изоляцией Пастушкова ЛХ, Киреев КС, Кононихин АС, Тийс ЕС, Попов ИА, Доброхотов ИВ, Кусто МА, Иванисенко ВА, Колчанов НА, Николаев ЕН, Почуев ВИ, Ларина ИМ Aviakosm Ekolog Med., 2014, 48(1):48-54.
	Рекомбинантные штаммы Saccharomyces cerevisiae для получения этанола из растительной биомассы А.С. Розанов, А.В. Котенко, И.Р. Акбердин, С.Е. Пельтек Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 2014, Том 18, № 4/2, стр.989-998
	Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Том 9, № 2, стр. 504-517
	Компьютерный анализ и функциональная аннотация сайтов связывания транскрипционных факторов AP2/ERF в геноме Arabidopsis thaliana L. Черных О.А., Левицкий В.Г., Омельянчук Н.А., Миронова В.В Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, 887-897.
	Ключевая роль PIN белков в транспорте ауксина в корне Arabidopsis thaliana L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/1, с. 797-806
	Mitochondrial DNA mutations and cancer: lessons from the parathyroid. Popadin K, Gunbin KV, Khrapko K. AM J PATHOL, 2014, 184(11):2852-2854
	ПОИСК ПЕРЕПРЕДСТАВЛЕННЫХ ХАРАКТЕРИСТИК ГЕНОВ: ОПЫТ РЕАЛИЗАЦИИ ПЕРЕСТАНОВОЧНОГО ТЕСТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРОВ А.А. Якименко, К.В. Гунбин, М.С. Хайретдинов Автометрия, 2014, № 1, с. 123-129.
	Математическая модель регуляции фитогормонами формирования меристематической зоны корня Лавреха В.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, с. 963-972.
	Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/2, стр. 1032-1038
	L-Система для моделирования плоских одномерно растущих растительных тканей Зубаирова У.С., Голушко С.К., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, № 4/2, с. 945-952.
	Применение технологии CUDA для моделирования процессов реакции-диффузии на двумерном клеточном ансамбле Пененко А.В., Троеглазова Т.С, Зубаирова У.С., Байшибаев Д.Ж., Николаев С.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9. № 2. С. 491–503.
	Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 6, pp. 568–574
	ЦИРКАДНЫЕ ЧАСЫ МЛЕКОПИТАЮЩИХ: ГЕННАЯ СЕТЬ И КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. N. 4/2. стр. 928-938
	ВЛИЯНИЕ ПЕРЕСТРОЕК ХРОМОСОМ 2-Й ГОМЕОЛОГИЧЕСКОЙ ГРУППЫ НА МОРФОЛОГИЮ КОЛОСА МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ О.Б. Добровольская, П. Мартинек, И.Г. Адонина, Е.Д. Бадаева, Ю.Л. Орлов, Е.А. Салина, Л.И. Лайкова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, ТОМ 18, № 4/1, с. 672-680
	Гены, контролирующие пищевое поведение и массу тела человека, и их функциональные и геномные характеристики Е.В. Игнатьева, Д.А. Афонников, Е.И. Рогаев, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 2014, Т.18, №4/2 , стр.867-875
	Computational analysis of auxin responsive elements in the Arabidopsis thaliana L. genome Mironova VV, Omelyanchuk NA, Wiebe DS, Levitsky VG BMC GENOMICS, 2014, 15 Suppl 12:S4 doi:10.1186/1471-2164-15-S12-S4
	Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопреципитации хроматина Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Вавиловский журнал генетики и селекции. Т. 18, № 1, С. 193-206.
	ChIP-seq данные и их анализ Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А. Молекулярная и прикладная генетика, 2014, Молекулярная и прикладная генетика. Сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси. Т. 18. С.84 -97.
	Агрессивное поведение: генетико-физиологические механизмы Кудрявцева Н.Н., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Вавиловский журнал генетики и селекции. Том 18, 4/3, С. 1105-1126.
	rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, July 2014, Volume 4, Issue 4, pp 245-253
	Ассоциация полиморфизма гена DRD4 с некоторыми факторами риска сердечно-сосудистых заболеваний Юдин Н.С., Мишакова Т.М., Игнатьева Е.В., Максимов В.Н., Гафаров В.В., Малютина С.К., Воевода М.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/3, стр. 1237-1245.
	Математическое моделирование взаимодействия двух клеток в пронейральном кластере крылового имагинального диска D.melanogaster Акиньшин А.А., Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Фурман Д.П. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2014, Т.14., № 4, с. 3-10.
	Analysis of signaling networks distributed over intracellular compartments based on protein-protein interactions Popik, O. V., Saik, O. V., Petrovskiy, E. D., Sommer, B., Hofestädt, R., Lavrik, I. N., Ivanisenko, V. A. BMC GENOMICS, 2014, 2014. – Т. 15. – №. Suppl 12. – С. S7
	Моделирование пространственного распределения эффекта нокаута генов, связанных с агрессивностью глиомы низкой степени злокачественности, в тканях мозга человека с помощью методов машинного обучения Петровский Е.Д., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9. № 2. С. 534-542.
2013	INVESTIGATION OF THE SPATIAL GENOME ORGANIZATION OF MOUSE SPERM AND FIBROBLASTS BY THE Hi-C METHOD N.R. Battulin, V.S. Fishman, A.A. Khabarova, M.Yu. Pomaznoy, T.A. Shnaider, D.A. Afonnikov, O.L. Serov Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, V 18, № 2, p 338-344
	MteI-ПЦР-анализ-новый метод определения статуса метилирования GC-богатых регуляторных участков генов-онкосупрессоров человека Абдурашитов М.А., Куксова А.Н., Акишев А.Г., Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Вестник биотехнологии и физико-химической биологии, 2013, т. 9, № 3, с. 15-23.
	Субстратная специфичность и свойства метилзависимых сайт-специфических ДНК-эндонуклеаз Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Molecular Biology, 2013, т. 47, № 6, с. 900-913.
	Par force evolution as a mechanism for rapid adaptation V. V. Suslov Paleontology Journal (Mosk)., 2013, V. 47, №9, P. 1048-1055
	Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):96-102
	Computational screening for new inhibitors of M. tuberculosis mycolyltransferases antigen 85 group of proteins as potential drug targets. Gahoi S, Mandal RS, Ivanisenko N, Shrivastava P, Jain S, Singh AK, Raghunandanan MV, Kanchan S, Taneja B, Mandal C, Ivanisenko VA, Kumar A, Kumar R, Open Source Drug Discovery Consortium, Ramachandran S Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):30-43
	The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain. Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31:1, 78-86
	On the chaos in gene networks VITALY A. LIKHOSHVAI, STANISLAV I. FADEEV,VLADISLAV V. KOGAI, TAMARA M. KHLEBODAROVA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11(1): 1340009
	Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, №1, С.104-113.
	Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот Т. И. Меркулова, Е. А. Ананько, Е. В. Игнатьева, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2013, том 49, № 1, с. 37–54
	Evolution of General Transcription Factors Gunbin KV, Ruvinsky A. J MOL EVOL, 2013, 76(1-2):28-47
	MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, DOI: 10.1142/S0219720013400106
	An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
	How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 1, 11, 1340011 (DOI: 10.1142/S0219720013400118)
	«Электронная клетка»: проблемы и перспективы. Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1), стр. 295-315.
	Моделирование утилизации нитрита клетками Escherichia coli: анализ потоков Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Акбердин И.Р., Ри Н.А., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1), стр. 276-294
	«Обская болезнь» – недооцененная опасность В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука в России, 2013, №3(195), стр. 15-21
	Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets. Sommer B., Kormeier B., Demenkov P., Arrigo P., Hippe K., Ates O., Kochetov A.V., Ivanisenko V., Kolchanov N.A., Hofestaedt R. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11. 1. 1340005.
	Биоинформатика: метод во главе угла Афонников Д.А. Иванисенко В.А. Наука из первых рук, 2013, 1,49,51-59
	Introductory note for BGRS-2012 special issue Kolchanov N.A., Orlov Y.L. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, Vol. 11, No. 1: 1302001.
	Modeling of plant embryo morphodynamics at early developmental stages S. V. Nikolaev, N. A. Kolchanov, S. K. Golushko, J. -C. Palauqui, A. Urban, E. V. Amelina, A. V. Yurchenko, K. S. Golushko, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, A. Trubuil Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, May 2013, Volume 3, Issue 3, pp 176-183
	Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA Frontiers in Genetics, 2013, , 4, 122
	Согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК: математическая модель. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, Т. 8. № 1. С. 66–92.
	PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА, 2013, БИОФИЗИКА, 2013, том 58, вып. 5, c. 758–774
	Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides. Bragin AO, Demenkov PS, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):59-64.
	Detection of renal and urinary tract proteins before and after spaceflight. Pastushkova LKh, Kireev KS, Kononikhin AS, Ivanisenko VA, Larina IM, Nikolaev EN AVIAT SPACE ENVIR MD, 2013, 84:859–863
	Detection of Renal Tissue and Urinary Tract Proteins in the Human Urine after Space Flight. Pastushkova L.Kh, Kireev R.S., Kononikhin A.S., Tiys E.S., Popov I.A., Starodubtseva N.L., Dobrokhotov I.V., Ivanisenko V.A., Larina I.M., Kolchanov N.A., Nikolaev E.N. PloS One, 2013, V8, e71652
	Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе. Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1):248–257
	Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука из первых рук, 2013, №2, стр. 70-79
	Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
	Роль инсулинового сигнального пути в контроле полового диморфизма по устойчивости Drosophila к тепловому стрессу Раушенбах Инга Юрьевна, Адоньева Наталья Васильевна, Фаддеева Наталья Владимировна, Шумная Людмила Владимировна, Грунтенко Наталия Евгеньевна Doklady Biological Sciences, 2013, Т.452, №1, С.115–117
	Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода сортировки взаимодействий в молекулярной динамике Фомин Э.С. Вестник УГАТУ, 2013, Т. 17, №2 (55), С.75-84.
	ОБНАРУЖЕНИЕ БЕЛКОВ ТКАНЕЙ ПОЧЕК И МОЧЕВЫВОДЯЩЕЙ СИСТЕМЫ В МОЧЕ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА Л. Х. Пастушкова, К. С. Киреев, А. С. Кононихин, Е. С. Тийс, И. А. Попов, И. В. Доброхотов, В. А. Иванисенко, В. Б. Носков, И. М. Ларина, Е. Н. Николаев Физиология человека, 2013, том 39, № 5, с. 99–104
	Модель регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis thaliana С. В. Николаев, У. С. Зубаирова, А. В. Пененко, Э. Д. Мелснесс (E. D. Mjolsness), Б. Е. Шапиро (B. E. Shapiro), Н. А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2013, том 452, № 3, с. 336–338
	Enhanced Differential Evolution Entirely Parallel Method for Biomedical Applications Konstantin Kozlov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov, Maria Samsonova, Alexander M. Samsonov Lect Notes Comput Sci, 2013, Lecture Notes in Computer Science Volume 7979, 2013, pp 409-416
	ИЗУЧЕНИЕ ПРОТЕОМА МОЧИ ДЛЯ ОЦЕНКИ СОСТОЯНИЯ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТОЙ СИСТЕМЫ У ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА Пастушкова Л.Х., Кононихин А.С., Тийс Е.С., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Николаев Е.Н., Ларина И.М. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2013, Номер: 8, Том: 99, Страницы: 945-959
	Молекулярные механизмы взаимодействия белков CrmB вируса оспы коров и вируса натуральной оспы с фактором некроза опухолей человека Иванисенко Н.В., Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, Т. 8. № 2. С. 467–479.
	Model of Structuring the Stem Cell Niche in Shoot Apical Meristem of Arabidopsis thaliana S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, E. D. Mjolsness, B. E. Shapiro, and Academician N. A. Kolchanov Doklady Biological Sciences, 2013, Vol. 452, pp. 316–319
	From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites. Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 2013 Feb;11(1):1340004. doi: 10.1142/S0219720013400040. Epub 2013 Jan 16.
	О сдвиге регуляторного сигнала в моделях матричного синтеза. Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирский журнал индустриальной математики, 2013, Том XVI, № 1(53), С.66-74
	Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. FEBS J, 2013, 280 (Suppl. 1) p. 459–460
	Reconstruction of the Mechanisms that Regulate the Expression of the Escherihia coli yfiA Gene under Stress Conditions. T. M. Khlebodarova, D. Yu. Oshchepkov, N. V. Tikunova, I. V. Babkin, A. D. Gruzdev, and V. A. Likhoshvai Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, Vol. 3, No. 4, pp. 271–278
	Genome-wide analysis reveals Zic3 interaction with distal regulatory elements of stage specific developmental genes in zebrafish Winata C.L., Kondrychyn I., Kumar V., Srinivasan K.G., Orlov Y., Ravishankar A., Prabhakar S., Stanton L.W., Korzh V., Mathavan S. PLOS GENET, 2013, 9(10): e1003852
	Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L. PALEONTOL J+(RUS), 2013, 47(9), 1056-1060.
	Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, ТОМ 17, № 3, С.202-211
	Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyl-dithiophosphinate complexes of neodymium(III), europium(III) and ytterbium(III) with 1,10-phenanthroline using NMR S. P. Babailov, E.N. Zapolotsky, E.S. Fomin POLYHEDRON, 2013, 65, 332-336
	NET-Q модель учета переноса заряда и поляризации для молекулярной динамики Фомин Э.С., Васенин А.Е. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2013, T.13, №4, с.43-60
	Acquisition of an Archaea-like ribonuclease H domain by plant L1 retrotransposons supports modular evolution. Georgy Smyshlyaev, Franka Voigt, Alexander Blinov, Orsolya Barabas, Olga Novikova P NATL ACAD SCI USA, 2013, PNAS 2013 110 (50) 20135-20139; published ahead of print November 25, 2013, doi:10.1073/pnas.1317588110
	Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, №4/1, стр. 686-704
	Deformable Cell Model and its Application to Growth of Plant Meristem N. Bessonov, V. Mironova, V. Volpert MATH MODEL NAT PHENO, 2013, Volume 8 / Issue 04 / January 2013, pp 62-79
	Исследование математической модели перераспределения вещества в кольцевом ансамбле клеток С. И. Фадеев, В. В. Когай, В. В. Миронова, Н. А. Омельянчук, В. А. Лихошвай Сибирский журнал вычислительной математики, 2013, 16:2 (2013), 171–184
	Землеройки (SORICIDAE, EULIPOTYPHLA) Сибири и Дальнего Востока: комбинирование и поиск конгруэнтности молекулярно–генетических и морфологических данных В.Ю. Ковалева, Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов. ZOOL ZH, 2013, том 92, № 11, с. 1–15.
	Цикличность водяной полевки как фактор биоразнообразия в экосистемах Западной Сибири Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов, В.Ю. Ковалева, Ю.К. Галактионов. Экология, 2013, 5, 383–388
	Directional Asymmetry of Morphological Traits During Postnatal Ontogeny in Root Vole Microtus oeconomus Pall.(Rodentia, Cricetidae) Kovaleva, Vera Yu, Vadim M. Efimov, Yuri N. Litvinov. Журнал Сибирского федерального университета. Биология, 2013, 2, 115–129.
	Генетический контроль опушения листа у изогенных линий мягкой пшеницы сорта Новосибирская 67 Дорошков А.В., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. RUSS J GENET+, 2013, Т. 49, с.1-9
	Ab initio human miRNA and pre-miRNA prediction I. I. Titov, P.S. Vorozheykin Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, V. 11 (6): 1343009
	NETINFERENCE: набор программ для анализа структуры и динамики сетей И. И. Титов, А. А. Блинов, К. А. Рудниченко, П. В. Крутов, А. Л. Казанцев, А. И. Куликов Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, т.17, №4/1, с. 615-619.
	Phylogenetic Analysis of Housekeeping Archaeal Proteins and Early Stages of Archaea Evolution K. V. Gunbin, V. V. Suslov, D. A. Afonnikov PALEONTOL J+(RUS), 2013, 47(9):1041–1047
	Геометрические свойства эволюционных дистанций В.М. Ефимов, М.А. Мельчакова, В.Ю. Ковалева Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т. 17. № 4/1. С. 202–211.
	Pathogenesis and Treatment of HIV Infection: The Cellular, the Immune System and the Neuroendocrine Systems Perspective V. A. Chereshnev, G. Bocharov, S. Bazhan, B. Bachmetyev, I. Gainova, V. Likhoshvai, J. M. Argilaguet, J. P. Martinez, J. A. Rump, B. Mothe, C. Brander, A. Meyerhans INT REV IMMUNOL, 2013, 2013, Early Online:1–25, DOI: 10.3109/08830185.2013.779375
	Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, Vol. 3, No. 3, pp. 184–190.
	Модели регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега У.С. Зубаирова, С.В. Николаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, № 4/1, с. 738-747
	Моделирование биомеханики и морфодинамики растений в пакете COMSOL С.В. Николаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, № 4/1, с. 724-737
	Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, с.577-588
	Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман «Новые технологии в медицине», 2013, Новосибирск: ИНФОЛИО, 128 с., стр. 80-89.
	BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, С. 607-614.
	SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, С. 599-606.
	ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, No 4/1, 589-598
	Биоинформатический анализ генома штамма Geobacilus stearothermophilus 22, выделенного из горячего источника Гарга (Прибайкалье). Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцев С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, С. 659-664
	Компьютерный анализ структуры липаз бактерий рода Geobacillus и выявление мотивов, влияющих на их термостабильность. Сорокина К.Н., Нуриддинов М.А., Розанов А.С., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, С. 666-674
	Генные сети Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, N4/2, 833-849
	Экспрессия генов и вторичные структуры в мРНК в разных видах Mycoplasma В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, 17(4/1):639-650
	Межмолекулярные взаимодействия в функциональных системах нейрона. Проскура А.Л., Малахин И.А., Турнаев И.И., Суслов В.В., Запара Т.А., Ратушняк А.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 18, № 4, стр. 620-628
2012	A Model of the Gene Network for Flowering Time Regulation in Winter Wheat and Barley. Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Titov I.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, 2012, Vol. 2, No. 4, pp. 319–324
	Mechanism of Action and Activity Regulation of COP1, a Constitutive Repressor of Photomorphogenesis. Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Shumny V.K. RUSS J PLANT PHYSL+, 2012, 2012, Vol. 59, No. 2, pp. 155–166.
	Computer approaches to wheat high-throughput phenotyping Afonnikov D., Genaev M., Doroshkov A., Denisyuk V., Morozova E., Simonov A., Pshenichnikova T. Journal of Stress Physiology & Biochemistry, 2012, Vol. 8 No. 3, p. S8 ISSN 1997-0838
	Routes of nanoparticle uptake into mammalian organisms, their biocompatibility and cellular effect O. A. Podkolodnaya, E. V. Ignatieva, N. L. Podkolodnyy, N. A. Kolchanov Biology Bulletin Reviews, 2012, Volume 2, Issue 4, pp 279–289
	Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ECOL MODEL, 2012, Volume/issue:224C, pp. 124-129, doi: 10.1016/j.ecolmodel.2011.11.004
	Detection of mitochondrial DNA from domestic cattle in European bison (Bison bonasus) from the Altai Republic in Russia Yudin N.S., Kulikov I.V., Gunbin K.V., Aitnazarov R.B., Kushnir A.V., Sipko T.P., Moshkin M.P. ANIM GENET, 2012, Vol. 43, No. 3, P. 362.
	SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko NUCLEIC ACIDS RES, 2012, V. 40(Database issue):D278-83.
	Механизм действия и регуляция активности конститутивного репрессора фотоморфогенеза COP1. Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К. Физиология растений, 2012, том 59, № 2, с. 1–13
	Пути поступления наночастиц в организм млекопитающих, их биосовместимость и клеточные эффекты. Подколодная О. А., Игнатьева Е. В. , Подколодный Н. Л. , Колчанов Н. А. . Успехи современной биологии, 2012, Т. 132, № 1, с. 3–15
	Модельное исследование центрального регуляторного контура генной сети морфогенеза макрохет D.melanogaster Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Голубятников И.В., Фурман Д.П. Онтогенез, 2012, Т. 43, № 1, С. 54−59
	Model Investigation of Central Regulatory Contour of Gene Net of D. melanogaster macrochaete morphogenesis Bukharina T. A., Golubyatnikov V. P., Golubyatnikov I. V., Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2012, V. 43, No. 1, P. 49–53
	Анализ последовательностей регуляторных районов генов реляционной системой EXPERT DISCOVERY, встроенной в пакет UGENE. Васькин Ю.Ю., Хомичева И.В., Игнатьева Е.В., Витяев Е.Е. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2012, Т. 10. № 1, стр.73-86
	Mathematical modeling of the first phase of morphogenesis of mechanoreceptors in D. melanogaster Bukharina T.A., Golubyatnikov V.P., Golubyatnikov I.V., Furman D.P. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2012, V.6, No. 2, 145-149
	Protein Allergenicity Prediction on the Basis of Conformational Peptides A. O. Bragin, P. S. Demenkov, and V. A. Ivanisenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 1, pp. 18–22. © Pleiades Publishing, Ltd., 2012
	Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 2, С. 415-426
	Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2012, 443(2), 248-252
	Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
	Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7. № 2. С. 398–409. URL: http://www.matbio.org/2012/Fomin_7_398.pdf
	WheatPGE: A system for analysis of relationships among the phenotype, genotype, and environment in wheat M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. V. Morozova, T. A. Pshenichnikova and D. A. Afonnikov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, v.2, №3, p.262-269
	Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique Mikhail A. Genaev, Alexey V. Doroshkov, Tatyana A. Pshenichnikova, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov PLANTA, 2012, v.236, pp. 1943–1954
	RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, № 4/1, С. 756-765
	BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16
	Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Морозова Е.В., Симонов А.В., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7, № 2, С. 410-424
	Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя. Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 1, С. 99-108
	The Role of D1-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Synthesis in Drosophila Females with Increased Dopamine Level I. Yu. Rauschenbach, E. V. Bogomolova, E. K. Karpova, L. V. Shumnaya, and N. E. Gruntenko Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, v.446, pp.131-134
	Развитие и прорастание семянок у ремонтантных сортов крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Сельскохозяйственная биология, 2012, №3
	Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA. In Silico Biology, 2012, Vol. 11 (2011/2012) P. 109–123
	ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
	Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges Lashin S.A., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2012, V.11. N. 3. P. 125-135.
	ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 16(2), стр. 339-347
	A single nucleotide polymorphism in the promoter region of the mink tumor necrosis factor-alpha gene. Yudin N.S., Aitnazarov R.B., Kulikov I.V., Ignatieva E.V., Trapezov O.V. Scientifur, 2012, Vol. 36, No. 3/4, P. 300-304.
	ExpertDiscovery and UGENE integrated system for intelligent analysis of regulatory regions of genes Vaskin Y.Y., Khomicheva I.V., Ignatieva E.V., Vityaev E.E. In Silico Biology, 2012, 2011/2012, 11, 3, P.97-108
	Low-Temperature Dynamical and Structural Properties of Saturated and Monounsaturated Phospholipid Bilayers Revealed by Raman and Spin-Label EPR Spectroscopy. N. V. Surovtsev , N. V. Ivanisenko, K. Yu. Kirillov, S. A. Dzuba J PHYS CHEM B, 2012, 116 (28), pp 8139–8144
	Finding biomarkers in non-model species: literature mining of transcription factors involved in bovine embryo development. Turenne N, Tiys E, Ivanisenko V, Yudin N, Ignatieva E, Valour D, Degrelle S, Hue I BioData Mining, 2012, Aug 29;5(1):12
	Анализ белковых взаимодействий на основе изучения протеома мочи человека в эксперименте со 105-суточной изоляцией. Пастушкова Л.Х., Валеева О.А., Кононихин А.С., Ларина И.М., Николаев Е.Н., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Тийс Е.С., Колчанов Н.А. Авиакосмическая и экологическая медицина, 2012, Т. 46. № 2. С. 37-43
	Реконструкция ассоциативных белковых сетей, связанных с процессами регуляции обмена и депонирования натрия в организме здорового человека на основе изучения протеома мочи. Ларина И.М., Колчанов Н.А., Доброхотов И.В., Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н. Физиология человека, 2012, т38, N3, 107-115
	Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng J INTEGR BIOINFORM, 2012, Journal of Integrative Bioinformatics, 9(2):211, 2012
	Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Хофештадт Р., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16 №4/1 784-790
	Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П. Археология, этнография и антропология Евразии, 2012, 2012. №3(51):22-30.
	TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т.7. №2. С.444-460.
	Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
	Xenobiotical virology: novel mechanistic concept of hazardous human viruses upregulation by body burden level of dioxins via AhR-mediated transcriptional pathway. Tsyrlov, I., Shur, I., Oshchepkov, D., Pokrovsky, A. INT J INFECT DIS, 2012, V: 16 Sup.: 1 P: E115-E115
	Morphogenesis of Drosophiola melanogaster macrochaetes: cell fate determination for bristle organ Furman D. P., Bukharina T. A. Journal of Stem Cells, 2012, V. 7, No. 1, P.19-41
	Информационная поддержка исследования механизмов регуляции транскрипции: онтологический подход Подколодный Николай Леонтьевич Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, т. 16, С. 742-755
	Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, Т.16, 791-798
	Новые возможности системы MGSmodeller Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, № 4/1, октябрь 2012, с. 799-804
	ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko In Silico Biology, 2012, 11(3), 149-161
	Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм Н.Н. Втюрина, С.Л. Гроховский, А.Б. Васильев, И.И. Титов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, С.Е. Пельтек, Ю.Д. Нечипуренко, академик Н.А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2012, 2, 447, 217-222.
	A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software E.S. Fomin, N.A. Alemasov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 6, pp. 453–461
	Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 774–784.
	Магнитно–резонансная спектроскопия метаболических изменений в мозге мышей при введении 2–дезокси–D–глюкозы и липополисахарида Мошкин М.П., Акулов А.Е., Петровский Д.В., Сайк О.В., Петровский Е.Д., Савелов А.А., Коптюг И.В. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2012, 98 (10): 1264-1273
	Моделирование роста и развития растительных тканей в формализме L-систем Зубаирова У.С., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 816-824
	Моделирование морфодинамики на ранних стадиях эмбриогенеза растения Николаев С.В., Колчанов Н.А., Голушко С.К., Палаки Ж.-К., Урбан О., Амелина Е.В., Юрченко А.В., Голушко К.С., Зубаирова У.С., Пененко А.В., Трубюй А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 805-815
	Анализ соответствия и комбинирование молекулярно-генетических и морфологических данных в зоологической систематике Ковалева В. Ю., Абрамов С. А., Дупал Т. А., Ефимов В. М., Литвинов Ю. Н. Известия РАН. Серия биологическая, 2012, № 4, с. 404-414
	Бистабильность системы утилизации нитрита Escherichia coli: анализ математической модели. Ри Н. А., Хлебодарова Т. М., Когай В. В., Фадеев С. И., Лихошвай В. А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2012, Том XV, № 4(52), с.110-117
	Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин RUSS J GENET+, 2012, том 48, № 5, с. 573–589.
	The Flatworm Macrostomum lignano Is a Powerful Model Organism for Ion Channel and Stem Cell Research Daniil Simanov, Imre Mellaart-Straver, Irina Sormacheva and Eugene Berezikov Stem Cells International, 2012, Volume 2012, Article ID 167265, doi:10.1155/2012/167265
	Vertical Evolution and Horizontal Transfer of CR1 Non-LTR Retrotransposons and Tc1/mariner DNA Transposons in Lepidoptera Species. Sormacheva I, Smyshlyaev G, Mayorov V, Blinov A, Novikov A, Novikova O. MOL BIOL EVOL, 2012, V. 29(12), P.: 3685-3702. doi: 10.1093/molbev/mss181
	Evolutionary history of LTR retrotransposon chromodomains in plants. Novikov A, Smyshlyaev G, Novikova O. International journal of plant genomics, 2012, 2012:874743. doi: 10.1155/2012/874743.
	Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 830-837.
	Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор" Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 825-829.
	Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
	Информационная поддержка экспериментов по трансгенезу растений в базе данных трансляционных энхансеров. Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Кочетов А.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т.16. №4/1. С. 766-773.
	Информационный портал "Биотехнология растений" - Интернет ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы. Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т.16. №4/1. С. 838-848.
	Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y. Proceedings of HIBIT2012, 2012, Proceedings of HIBIT2012, April 19-22, 2012, Cappadocia, Turkey, 77-81.
	3С-методы в исследованиях пространственной организации генома Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, № 4/2, том 16, стр 872-878
	Реконструкция филогенетических взаимоотношений настоящих саранчевых (Orthoptera, Acrididae) на основе анализа нуклеотидных последовательностей митохондриального гена COI А.Г.Бугров, Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2012, 11(6): 493-502
	The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. // Proc. of Proc. of The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology». July–August 2012. Irkutsk. Russia. P.61. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina GENETICS, 2012, P.61.
	Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins. Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, Mar-Apr;443:76-80.
	Reconstruction of associative protein networks connected with processes of sodium exchange' regulation and sodium deposition in healthy volunteers by urine proteome analysis Larina IM, Kolchanov NA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Demenkov PS, Tiĭs ES, Valeeva OA, Pastushkova LKh, Nikolaev EN Human Physiology, 2012, May-Jun;38(3):316-23
2011	Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370
	Парадоксы "Проблем происхождения жизни" Колчанов Н.А., Суслов В.В. Наука в России, 2011, 5, 41-48
	Consideration of Data Load Time on Modern Processors for the Verlet Table and Linked Cell Algorithms Fomin E.S. J COMPUT CHEM, 2011, 32(7), p.1386-1399
	Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
	Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А. Биоорганическая химия, 2011, 2011, Т. 37, № 1, С. 22–35
	Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
	Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
	From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov Lecture Notes in Artificial Intelligence, 2011, 6581, 101-120
	PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2011, №2, Т.6, С.250-263
	Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375
	In silico prediction of transcriptional factor-binding sites. Oshchepkov DY, Levitsky VG Methods in Molecular Biology, 2011, 760:251-267
	Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
	Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
	Влияние географических популяций сосны на элементный состав фитомассы и почв Тараканов В.В., Чанкина О.В., Куценогий К.П., Наумова Н.Б., Макарикова Р.П., Милютин Л.И., Роговцев Р.В., Ефимов В.М. Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования, 2011, № 11, с. 72–78
	Наследуемые изменения фенотипа в динамике численности водяной полевки (Arvicola terrestris L.) в Северной Барабе Ковалева В.Ю., Ефимов В.М., Галактионов Ю.К. Назарова Г.Г. Сибирский экологический журнал, 2011, № 4. 587–592
	Асимметричное деление клеток в морфогенезе макрохет Drosophila melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Онтогенез, 2011, Т.42. №2. С. 83-93.
	Drosophila mechanoreceptors as a model for studying asymmetric cell division Furman D.P. Bukharina T.A. INT J DEV BIOL, 2011, V. 55(2). P. 133-141.
	Математическое моделирование первой фазы морфогенеза механорецепторов D.melanogaster Бухарина Т.А. Голубятников В.П. Голубятников И.В. Фурман Д.П. Сибирский журнал индустриальной математики, 2011, Т.14. №3(47). С.14-19.
	Asymmetric cell division in the morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetae Bukharina T. A. Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2011, Vol. 42, No. 2, pp. 63–72.
	Перспективы создания противотуберкулезных вакцин нового поколения Татьков С.И., Дейнеко Е.В., Фурман Д.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, т. 15, №1. с. 114-129.
	Spontaneous spectinomycin resistance mutations detected after biolistic transformation of Daucus carota L. Elena A. Filipenko, Yuri V. Sidorchuk, Igor I. Titov, Valery P. Maltsev and Elena V. Deineko PHYSIOL MOL PLANT P, 2011, Volume 17, Number 1, 79-86
	In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
	КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА WheatPGE ДЛЯ АНАЛИЗА ВЗАИМОСВЯЗИ ФЕНОТИП-ГЕНОТИП-ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА У ПШЕНИЦЫ М.А. Генаев, A.В. Дорошков, Е.В. Морозова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2011
	Prospects for Designing New Generation Anti-Tuberculosis Vaccines S.I. Tat’kov, E.V. Deineko, D.P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 290–301
	Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2011, т.47, №12, с. 1676–1685
	Анализ дупликаций генов миРНК человека и роль эволюции транспозонов в этом процессе Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 1. С.139-147
	миРНК-содержащие транспозоны человека Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 2. с. 323-326
	Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 2011. Т. 15. № 3. С. 462-468.
	Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. BMC EVOL BIOL, 2011, 11:224
	Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, 438(3):412–415
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. Вестник ТГУ, 2011, № 4(16) C.:175-189.
	Анализ особенностей морфологии и наследования опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помощью компьютерных методов фенотипирования. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. RUSS J GENET+, 2011, Т. 47, № 6, с. 839–843.
	Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Медведев К.Е., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2011, Т. 275, С. 378-380
	Распределение мобильных элементов на политенных хромосомах до и после селекции по количественному признаку у Drosophila melanogaster Захаренко Л.П., Перепелкина М.П., Антоненко О.В., Выхристюк О.В., Ефимов В.М., Васильева Л.А. Cell and Tissue Biology, 2011, Т. 53. № 6. С. 517-527.
	Thermodynamic and kinetic basis for recognition and repair of 8-oxoguanine in DNA by human 8-oxoguanine-DNA glycosylase. Kirpota O.O., Endutkin A.V., Ponomarenko M.P., Ponomarenko P.M., Zharkov D.O., Nevinsky G.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2011, 11, 39, 4836-4850
	The Role of D2-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Metabolism in Drosophila Females in Normal State and at Increased Dopamine Level E. K. Karpova, N. E. Gruntenko, L. V. Shumnaya, I. V. Romanova, and I. Yu. Rauschenbach Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, Т. 439. №1. С.155-157.
	The Role of the COP1, SPA, and PIF Proteins in Plant Photomorphogenesis O. G. Smirnova, I. L. Stepanenko, V. K. Shumnyia Biology Bulletin Reviews, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 314–324
	Effects of the alpha- and gamma-polymorphs of glycine on the behavior of catalepsy prone rats Markel A.L., Achkasov A.F., Alekhina T.A., Prokudina O.I., Ryazanova M.A., Ukolova T.N., Efimov V.M., Boldyreva E.V., Boldyrev V.V. PHARMACOL BIOCHEM BE, 2011, V. 98. N. 2. P. 234-240
	Изучение методами молекулярной динамики структур белков NIP7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. Вестник ТГУ, 2011, № 4 (16), с136
	Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions Kian Leong Lee, Sandy Keat Lim, Yuriy Lvovich Orlov, Le Yau Yit, Henry Yang, Lay Teng Ang, Lorenz Poellinger, Bing Lim PLOS GENET, 2011, Volume 7, Issue 6, e1002130
	Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 2, с.327-339
	Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov RUSS J GENET+, 2011, Vol. 47, No. 12, pp. 1487–1495.
	A Study of a One-Dimensional Model of Regulation of the Renewing Zone Size in a Biological Tissue Accounting for Cell Division S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, S. I. Fadeev, E. Mjolsness, N. A. Kolchanov Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2011, Vol. 5, No. 4, pp. 1–14.
	Репродуктивные особенности и перспективы использования розовоцветкового декоративного гибрида Fragaria x Potentilla (сорт Frel) в селекции крупноплодной земляники Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15, № 4, С. 800-807.
	Интродукция розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Научные ведомости БелГУ. Серия: Естественные науки, 2011, т. 104, № 9 вып. 15/2, C. 54-59
	Роль белков COP1, SPA и PIF в регуляции фотоморфогенеза растений Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К. Успехи современной биологии, 2011, Т.311, 1. С.3-15
	Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 4, Стр. 750-756.
	Эволюция и разнообразие L1-ретротранспозонов в геномах покрытосеменных растений. Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(3): 563-571
	LTR- ретротранспозоны растений И. Д. Сормачева, А.Г. Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(2): 351-381
	Ретротранспозиция NLR1Cth non-LTR ретротранспозона из Chironomus thummi в геном клеток китайского хомячка O. С. Новикова, E. В. Папушева, E. Г. Понимаскин, A. Г. Блинов RUSS J GENET+, 2011, 47(6): 774-782
	Bumblebees (Bombidae) along pollution gradient – heavy metal accumulation, species diversity, and Nosema bombi infection level H. Szentgyorgyi, A. Blinov, N. Eremeeva, S. Luzyanin, I. M. Ggzes, M. Woyciechowski Pol. J. Ecol., 2011, 59(3): 599-610
	Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA RUSS J BIOORG CHEM+, 2011, Jan-Feb;37(1):22-35.
2010	Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, 275:337-339
	Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Т. 275, 412–414.
	Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88
	Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров Пельтек С.Е., Горячковская Т.Н., Рубцов Н.Б., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А., Попик В.М., Пиндюрин В.Ф., Гольденберг Б.Г., Щеглов М.А., Кулипанов Г.Н. Нанотехнологии Экология Производство, 2010, №4, С.84-87
	Молекулярная филогеография хромосомных рас саппорской кобылки Podisma sapporensis Shir Бугров А. Г., Новикова О. С., Блинов А. Г Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2010, 8 (3): 118-123
	A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, 4, 65, 143-145
	Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
	Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
	Применение программной системы ExpertDiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010, Т.8, Выпуск 1, Стр.12-26
	Распространение и филогенетические взаимоотношения Tc1-Mariner ДНК транспозонов в отряде Lepidoptera И.Д.Сормачева, А.С.Новиков, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2010, 9(3): 430-432.
	Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
	Роль функциональных сайтов супрессора опухолей merlin в сперматогенезе дрозофилы Юдина О.С., Головнина К.А., Дорогова Н.В., Копыл С.А., Болоболова Е.У., Дубатолова Т.Д., Шилова И.Э., Омельянчук Л.В., Блинов А.Г., Чанг Л.Ш RUSS J GENET+, 2010, №10, т.46, с.1346-1378
	Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций Фомин Э.С. Вычислительные методы и программирование, 2010, 11, 299-305
	Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
	Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
	Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
	Diversity and evolution of LTR retrotransposons in the genome of Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Novikova O. RUSS J GENET+, 2010, 46:637-644
	Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2010, 11(1):231
	Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
	A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. BMC SYST BIOL, 2010, 4:98 2010
	New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, 2010, World Scientific Publ., Singapore, pp. 563-569
	Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana 2. E.C. Новоселова, В.В. Миронова Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275, стр. 289-291
	Metabolic Engineering in Silico Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ree M.T., Kolchanov N.A. APPL BIOCHEM MICRO+, 2010, Vol. 46, No. 7, pp. 671–687
	Molecular characterization of vernalization loci (Vrn1) in wild and cultivated wheats Golovnina K., Kondratenko E.Ya., Blinov A., Goncharov N.P. BMC PLANT BIOL, 2010, Vol.10. P. 168
	Possibility spaces and evolution Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PALEONTOL J+(RUS), 2010, 12, 44, 1491-1499
	Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
	Studying the mathematical models for the matrix synthesis of non-regular polymers of DNA, RNA and proteins Fadeev S.I., Likhoshvai V.A., Shtokalo D.N., Korolev V.K. Сибирские электронные математические известия, 2010, V.7, p. 467-475, http://semr.math.nsc.ru
	О существовании и устойчивости циклов в пятимерных моделях генных сетей. В.П. Голубятников, И.В. Голубятников, В.А. Лихошвай. Сибирский журнал вычислительной математики, 2010, Т. 13, N 4, С. 403 – 412.
	О применении метода отображения по параметру для численного исследования биологических моделей// Сибирские электронные математические известия(СЭМИ) (Siberian Electronic Mathematical Reports, http://semr.math.nsc.ru, 2010, Т.7, с. 394-412 Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирские электронные математические известия, 2010
	On properties of solutions to equations of multistage substance synthesis. Demidenko G.V., Likhoshvai V.A., Melnik I.A. ANAL APPL, 2010
	О некоторых нелинейных динамических системах, моделирующих несимметричные генные сети. Ю.А.Гайдов, В.П. Голубятников, В.А. Лихошвай Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010
	SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
	Адаптация к бездне Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В. Химия и жизнь, 2010, №3, 38-41
	The Digenea Parasite Opisthorchis felineus: a Target for the Discovery and Development of Novel Drugs Mordvinov V.A., Furman D.P. Infect Disord Drug Targets, 2010, V. 10. No. 5. P. 385-401
	The role of the functional sites of the Merlin tumor suppressor in Drosophila spermatogenesis Iudina OS, Golovnina KA, Dorogova NV, Kopyl SA, Bolobolova EU, Dubatolova TD, Shilova IÉ, Omel'ianchuk LV, Blinov AG, Chang LSh. RUSS J GENET+, 2010, V. 46(10): 1214-1216.
	Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
	Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков Вестник МГУ, 2010, No. 4, pp. 73–75
	Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
	Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2010, Т. 8. № 3. С. 13-22.
	Состояние и перспективы селекции розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т.14., № 1
	Некоторые достижения в решении проблем семенной репродукции ремонтантных сортов крупноплодной земляники Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Материалы Международной научно-методической дистанционной конференции «Актуальные проблемы размножения ягодных культур и пути их решения», 2010
	Матроклинное наследование при скрещиваниях Fragaria x Potentilla Батурин С.О., Амброс Е.В., Кузнецова Л.Л. Фактори експериментальноiй еволюцiп органiзмiв, 2010, т8, 303-306
	База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А. В мире научных открытий, 2010, №4 (10), Часть 14. С. 102-103
2009	Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456
	Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13. №1. с.84-90
	Chromodomains and LTR retrotransposons in plants Novikova O. Commun Integr Biol, 2009, 2:158-162
	Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов BIOPHYSICS, 2009, Т.54, № 6, С.1066-1080
	Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Том 13, 208-218
	Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
	Многомерный анализ изменчивости морфологических, химических и хозяйственных признаков в роде (Amaranthus L.) В. М. Ефимов, Н. Б. Железнова, А. В. Железнов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 4. С.811-818
	Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1,Том 13, стр. 176-186
	Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
	Мониторинг диплоидных видов пшеницы и проблемы аутентичности локальных коллекций Н.П. Гончаров, К.А. Головнина, А.С. Шатурова, Ф.А. Коновалов, О.Я. Ляпунова, Т.В. Лебедева, Б.В. Ригин. Тр. по прикл. ботанике, генетике и селекции, 2009, Т. 166, С.375-381
	О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений Г. В. Демиденко, В. А. Лихошвай, А. В. Мудров Дифференциальные уравнения, 2009, том 45, № 1, с. 34–46
	Опыт использования нуклеотидных последовательностей двух митохондриальных генов (COI, COII) для выяснения таксономического статуса и реконструкции филогенетических отношений шароголовых кузнечиков (Orthoptera, Ensifera, Tettigoniidae) А.Г. Бугров, О.С. Новикова, Е.С. Нетесова, А.В. Горохов, А.Г. Блинов. Евразиатский энтомологический журнал, 2009, 8(1): 1-8.
	Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
	Предисловие: 200 лет со дня рождения Чарлза Дарвина Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К., Суслов В.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 2. С. 246-248.
	Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
	Применение неметрического многомерного шкалирования для мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С.102–108.
	Происхождение, эволюция и распространение различных групп non-LTR ретротранспозонов среди эукариот О. Новикова, А. Блинов RUSS J GENET+, 2009, 45(2): 149-159
	Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170
	Филогения А геномов диких и возделываемых видов пшениц Головнина К.А., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, №11. C. 1540-1547.
	Цитокины: биологические свойства и регуляция экспрессии гена интерлейкина-5 человека В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, стр. 53-67
	Экспрессия гена dps Escherichia coli в присутствии токсических агентов: анализ и математическое моделирование Лихошвай В.А., Степанова Т.Ю., Задорожный А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №4, С.731-740.
	Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2009, 54(6):1066-80
	Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2009, 11(1):231
	Flying non-LTR retrotransposons: DNA transposons as freely available "wings"? Novikova O, Blinov A. RETROVIROLOGY, 2009, 6(Suppl 2): 62
	Horizontal transfer of non-LTR retrotransposons O.S. Novikova, V. Fet, A.G.Blinov Информационный вестник ВОГИС, 2009, 13(1): 76-83
	Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
	Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi Journal of Stem Cells, 2009, v4, issue 3, pp. 147-160
	Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Novikova O., Fet V., Blinov A Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (1): 27-42
	Phylogeny of A Genome of Wild and Cultivated Wheat Species K.A. Golovnina, E.Ja. Kondratenko, A.G. Blinov, and N.P. Goncharov RUSS J GENET+, 2009, Vol. 45, No. 11, pp. 1360–1367
	Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
	Study of a Mathematical Model for the Autoregulation of Hes7 Protein Synthesis. adeev S. I., Omel’yanchuk N. A., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2009
	Taxonomy and molecular phylo-geny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E.Ja. BREEDING SCI, 2009, V. 59, N5. P.492-498.
	The evolution of key cell cycle proteins correlates with an increase in the complexity of eukaryotic organisms Turnaev II, Gunbin KV, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, №1,426, 147-151
	The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. P. 231-234
	Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 122-127
	Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
	Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
	Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, No. 11, pp. 1476–1492
	Генетический контроль развития механорецепторов у Drosophila melanogaster - описание в базе данных "NEUROGENESIS" Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. С.186-193.
	Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы В.В. Cуслов, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №2, Том 13, с.410-439
	Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008	Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7 Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140
	Математическое моделирование морфогенеза растений Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Журнал вычислительной математики и математической физики, 2008, Т.11. №2., c.151-166
	Международная конференция “Происхождение и эволюция биосферы” (BOE’2007) Суслов В.В., Снытников В.Н. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №3, том 12, 483-496
	Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик, В.Ф. Пиндюрин, В.С. Елисеев, Б.Г. Гольденберг, М.А. Щеглов, Н.В. Тикунова, Т.М. Хлебодарова, Н.Б. Рубцов, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2008, Т 3 вып 9-10 , с 136-145
	О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А Сибирские электронные математические известия, 2008, N5, 25-41
	Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
	Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
	Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Вычислительные технологии, 2008, №6, т 13, 91-101
	Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, 73(1):70-5
	dUTPase-содержащие Metaviridae LTR ретротранспозоны из генома Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Новикова ОС, Блинов АГ Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, Т. 420, С. 699-702
	ExpertDiscovery system application for the hierarchical analysis of eukaryotic transcription regulatory regions based on DNA codes of transcription Khomicheva IV, Vityaev EE, Ananko EA, Shipilov TI, Levitsky VG. INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 481-494
	Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
	Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, V. 73, N 2, P. 219-230.
	How Drosophila melanogaster Forms its Mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. CURR GENOMICS, 2008, №5, V. 9, pp. 312-323
	Genetic сontrol of macrochaetae development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. RUSS J DEV BIOL+, 2008, 2008, Vol. 39, No. 4, pp. 195–206.
	Novel clades of chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons from mosses (Bryophyta) Novikova O, Mayorov V, Smyshlyaev G, Fursov M, Adkison L, Pisarenko O, Blinov A PLANT J, 2008, V. 56, P. 562-574
	Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
	Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7. Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2008
	О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А. Сибирские электронные математические известия, 2008
	TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
	Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов Успехи физиологических наук, 2008, Т. 39. №1. С. 3-22.
	Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L. INTELL DATA ANAL, 2008, Vol. 12, No. 5 P. 463-479.
	Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко Вычислительные технологии, 2008, 2, 13, 15-19
	Генетический контроль развития макрохет у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Онтогенез, 2008, №4. Т.39. С.245-258
2007	Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
	Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин. Molecular Biology, 2007, Т. 41, № 5, с. 843–850
	Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, Т. 38, №. 6, стр. 446–456, 2007
	Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, 38 №6, 457-462
	Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
	Correlation of codon biases and potential secondary structures with mRNA translation efficiancy in unicellular organisms Vladimirov NV, Likhoshvai VA, Matushkin YG Molecular Biology, 2007, v41(5),843-850
	CR1 clade of non-LTR retrotransposons from Maculinea butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae): evidence for recent horizontal transmission Novikova O, Sliwinska E, Fet V, Settele J, Blinov A, Woyciechowski M BMC EVOL BIOL, 2007, V. 7, P. 93
	Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г. Вычислительные технологии, 2007, Т. 12, Специальный выпуск 2, С. 107-122
	Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
	Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
	Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
	A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
	Generalized Hill function method for modeling molecular processes Vitaly Likhoshvai and Alexander Ratushny Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V5, N2(b), 521-531.
	LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ ИЗ ГЕНОМОВ Aspergillus fumigatus И Aspergillus nidulans. О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 830-838
	Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
	Molecular phylogeny of the genus Triticum L K. A. Golovnina, S. A. Glushkov, A. G. Blinov, V. I. Mayorov, L. R. Adkison and N. P. Goncharov PLANT SYST EVOL, 2007, V. 264, P. 195-216
	Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
	Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 415(1):120-124
	Genetic Control of Bristle Pattern Formation in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Doklady Biological Sciences, 2007, Vol. 417, pp. 484–486
	Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes. S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai, D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007
	Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
	Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
	Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai and D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007, vol.1, Number 2, pp. 178-189.
	Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala) Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V. CELL BIOL INT, 2007, 31(2):97-108
	А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, 02B, pp. 641-650
	Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
	Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2007, 2, 11, 373-400
	Взаимодействие рекомбинантного ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами промоторов генов млекопитающих Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Пономаренко М.П., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2007, Т.V, №2, 44-49
	Наследование розовой окраски венчика у полиплоидов земляники (Fragaria L.) Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Досягнення i проблеми генетики, селекцiп та бпотехнологiп, 2007
	AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
	Сравнительно-генетический анализ голозерной диплоидной пшеницы Triticum sinskajae и ее исходной формы T.monococcum Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Банникова С.В., Коновалов А.А., Головнина К.А. RUSS J GENET+, 2007, Т.43, №11,с.1491-1500
	Генетический контроль формирования щетиночного рисунка у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Doklady Akademii Nauk, 2007, № 6, Т.417, С.844-846
	ГОМОЛОГ-ЗАВИСИМАЯ ИНАКТИВАЦИЯ LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ В ГЕНОМАХ Aspergillus fumigatus И A. Nidulans О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 973-981
2006	Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта:рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, N 2, стр.241-272
	Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова SIBERIAN MATH J+, 2006, 1б, 47, 58-68
	Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
	Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
	Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч. BIOPHYSICS, 2006, 4, 51, 633-639
	Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, выпуск N7, т. 51
	Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, 51, N7.
	Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
	Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А BIOPHYSICS, 2006, №4, т.51, 608-614.
	Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
	Divergent non-LTR retrotransposon lineages from the genomes of scorpions (Arachnida: Scorpiones) Glushkov S., Novikova O., Blinov A., Fet V. MOL GENET GENOMICS, 2006, V. 275. P. 288-296.
	Early postnatal changes in respiratory activity in rat in vitro and modulatory effects of substance P Shvarev Y.N., Lagercrantz H. EUR J NEUROSCI, 2006, №8, V. 24, P.2253 - 2263
	A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94
	Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A. BIOCHEM BIOPH RES CO, 2006, 342(3):859-66
	Method SiteGA for transcription factor binding sites recognition Levitsky, V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BIOPHYSICS, 2006, 51(4):633-639
	Midazolam depresses carotid body chemoreceptor activity Kim C., Shvarev Y., Takeda S., Sakato A, Lindahl S., Eriksson L. ACTA ANESTH SCAND, 2006, V.50, P.144-149
	Molecular phylogeny of Palaearctic genera of Gomphocerinae grasshoppers (Orthoptera, Acrididae) Bugrov A., Novikova O., Mayorov V., Adkison L., Blinov A. SYST ENTOMOL, 2006, V. 31. P. 362-368.
	A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, №7, V. 51
	On the Early Stages of the Evolution of the Geosphere and Biosphere Dobretsov N.L., Kolchanov N.A., Suslov V.V. PALEONTOL J+(RUS), 2006, 4, 40, S407-S424
	Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
	Prediction of the Changes in Thermodynamic Stability of Proteins Caused by Single Amino Acid Substitutions Demenkov P.S., Aman E.E., Ivanisenko V.A. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
	Statistical analysis of nucleosome formation sites Orlov IuL, Levitskii VG, Smirnova OG, Podkolodnaia OA, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. BIOPHYSICS, 2006, 51(4):608-614
	Synthtic species are donors to increase wheat biodiversityn N.P. Goncharov, E.Ja. Kondratenko, M.A. Khrabrova, A.A. Konovalov, L.I. Laikova, A.G. Blinov, K.A. Golovnina, S.A. Glushkov Агромеридиан., 2006, V. 3(4), P.86-91.
	Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
	Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
	Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
	Выявление потенциальных сайтов связывания транскрипционного фактора SF-1 методом SiteGA, их экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней этого фактора Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, 3, 40,512-523
	Генные сети липидного метаболизма Колчанов Н.А., Воевода М.И., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Игнатьева Е.В. Бюллетень СО РАМН, 2006, N2 (120), стр. 29-42.
2005	Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Проскура А.Л., Воронич Е.С., Дубовенко Е.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, N2, с.179-198.
	Cаийты связывания транскрипционного фактора SF1 в промоторных районах генов, кодирующих ферменты стероидогенеза 3бетаГСДI и Р450с17 мыши Бусыгина Т.В., Васильев Г.В., Климова Н.В., Игнатьева Е.В., Осадчук А.В. Биохимия, 2005, № 10, Т. 70, C. 1397-1402
	Binding Sites for Transcription Factor SF-1 in Promoter Regions of Genes Encoding Mouse Steroidogenesis Enzymes 3βHSDI and P450c17 T.V. Busygina, G.V. Vasiliev, N.V. Klimova, E.V. Ignatieva, A.V. Osadchuk BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2005, №10, V. 70, P. 1152–1156
	Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
	Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
	Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P. INT J ARTIF INTELL T, 2005, 4, 14, 599-620
	GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
2004	Возрастные особенности рецепции альдостерона в дистальных сегментах нефронов крыс и индукции экспрессии Na+, K+–АТФазы Логвиненко Н.С., Хлебодарова Т.М., Соленов Е.И., Иванова Л.Н. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2004, Т.90. №3. С.375-384.
	Обнаружение эмпирической аксиоматической теории в условиях шумов. Деменков П.С. Вычислительные системы, 2004
	SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12.
	Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации Колчанов Н.А., Суслов В.В., Гунбин К.В. Информационный вестник ВОГИС, 2004, № 29. С.: 86-99.
	Генетические механизмы кодирования биологической сложности Суслов В.В., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2004, Т. II. № 1. С. 13-26.
	Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610
	Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621
	Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
	Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода Степаненко И.Л. Экологическая генетика, 2004, Т. 2 (1). C. 4-12
2003	How a protein knots: Folding simulation of lattice proteins Titov I.I., Palyanov A.Yu. BIOPHYSICS, 2003, 48 (Suppl. 1), 133
	Data Mining Techniques in Bioinformatics Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V. Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555
	rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2003, 1, 31, 118-121
	Application of filter technology in photomorphogenesis gene network Smirnova O.G., Stepanenko I.L. In Silico Biology, 2003, N.1-2. P. 117-125
	Apoptosis Gene Network: description in the GeneNet and TRRD databases Stepanenko I., Kolchanov N. Ann.N.Y.Acad.Sci., 2003, V.1010. P.16-18
2002	Как клетки защищаются от стресса? Хлебодарова Т.М. Генетика, 2002, T.38. N.4. C.437-452.
	How cells protect themselves against stress? Khlebodarova T.M. RUSS J GENET+, 2002, V.38. P.345-358
	Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
	SELEX_DB: a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Frolov A.S., Gelfand M.S., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 195-199
	ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 200-202
	Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P. Knowl-Based Syst. J., 2002, 4, 15, 225-233
	rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P. HUM MUTAT, 2002, 4, 20, 239-248
	GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
	GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, V. 30, No. 1 P. 398-401.
	Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
2001	Сравнительный анализ методов распознавания потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов. М.А. Поздняков, Е.Е. Витяев, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, Н.Л. Подколодный, С.В. Лаврюшев, Н.А. Колчанов Molecular Biology, 2001, т.35 (6), 961-969
	rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
	Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov BIOINFORMATICS, 2001, V.17(11):1-12.
	ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287
	Интерференция генных сетей апоптоза и ответа на тепловой шок. Степаненко И.Л. Molecular Biology, 2001, Т.35(6). С. 1063-1071
2000	Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov PROGRAM COMPUT SOFT+, 2000, 3, 26, 170-176
	SELEX_DB: an activated database on selected randomized DNA/RNA sequences addressed to genomic sequence annotation Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Frolov A.S., Zybova S.V., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2000, 1, 28, 205-208
	Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
1999	Усреднее результатов распознавания сайтов может увеличить точность аннотации генома человека Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Фролов А.С., Воробьев Д.В., Колчанов Н.А., Овертон K. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 649-654
	GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
	Вклад сигналов и антисигналов в мутационный спектр сайта встраивания td-интрона. Пономаренко М.П, Пономаренко Ю.В., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 655-663
	Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
	Oligonucleotide frequency matrices addressed to recognizing functional DNA sites. Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Vorobyev D.G., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 631-643
	Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
	Conformational and physicochemical DNA features specific for transcription factor binding sites. Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.G., Overton G.C., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 654-668
	Nucleosomal DNA property database. Levitsky V.G., Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 582-592
	Prediction of eukaryotic mRNA traslational properties. Kochetov A.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Kisselev L.L., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 704-712
	Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression. Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 669-686
	Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS BIOINFORMATICS, 1999, 15(7-8):644-653
1998	Ген, контролирующий ответ системы деградации ЮГ у имаго Drosophila virilis на стрессирующее воздействие, сцеплен с хромосомой 6 Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Суханова М.Ж., Анкилова И.А., Шумная Л.В., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1998, Т.34, С.625-628
	Функциональные сайты геномов про- и эукариот: компьютерное моделирование и предсказание активности Колчанов Н.А., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Подколодный Н.Л. Molecular Biology, 1998, 2, 32, 255-267
	Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
	GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome. N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1998, 6, 95-104
1997	N-ацетилирование биогенных аминов у Drosophila virilis Суханова М.Ж., Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Шумная Л.В., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1997, т.33, с.1-5
	Generating programs for predicting the activity of functional sites. Ponomarenko M.P., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A. J COMPUT BIOL, 1997, 1, 4, 83-90
	TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E. Lect Notes Comput Sci, 1997, Вioinformatics, 1278, 99-105
	Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 726-732
	Компьютерный анализ конформационных особенностей ДНК ТАТА-боксов промоторов эукариот Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Кель А.Э., Колчанов Н.А., Карас Х., Вингендер Э., Скленар Х. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 733-740
	Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. Molecular Biology, 1997, Т. 31, №4, С. 741-748
1996	Роль метаболизма ювенильного гормона в адаптации популяций Drosophila к стрессирующим условиям среды Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Мазуров М.М., Гренбэк Л.Г., Суханова М.Ж., Шумная Л.В., Захаров И.К., Хэммок Б.Д., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1996, Т. 32. – С. 1191-1198
	Ферменты метаболизма ювенильного гормона в онтогенезе Drosophila virilis Хлебодарова Т.М. Гренбэк Л.Г. Грунтенко Н.Е. Суханова М.Ж., Раушенбах И.Ю. Онтогенез, 1996, т.27, с.47-50
	Генетический контроль метаболизма ювенильного гормона у Drosophila melanogaster Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Суханова М.Ж., Захаров И.К., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1996, т.32, с.1-4
	Олигонуклеотидные словари изофункциональных семейств генов, кодирующих белок Колчанов Н.А., Бабенко В.Н., Вишневский О.В., Кель А.Э. Doklady Akademii Nauk, 1996, 348(5):696-699
1995	Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application. Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1995, 3:206-214
1993	SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites. Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A. Comput. Appl. Biosci., 1993, 6, 9, 617-627

Монографии

2022	A Catalog of Human Genes Associated With Pathozoospermia and Functional Characteristics of These Genes. Ignatieva E.V., Osadchuk A.V., Kleshchev M.A., Bogomolov A.G., Osadchuk L.V.
2021	The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Mukhin A. M., Kazantsev F.V., Klimenko A.I., Lakhova T.N., Demenkov P.S., Lashin S.A.
2020	Подходы к эффективному редактированию генома регенерирующего свободноживущего плоского червя Macrostomum lignano Вударски Я, Устьянцев К.В, Березиков Е.В.
2019	Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins Ivanisenko, V. A., Ivanisenko, T. V., Saik, O. V., Demenkov, P. S., Afonnikov, D. A. and Kolchanov, N. A.
	Inter-country competition and collaboration in the miRNA science field A. Firsov, I.Titov
	Prediction of RNA secondary structure based on optimization in the space of its descriptors by the simulated annealing algorithm N. Kobalo, A. Kulikov, I. Titov
2018	Initiation Factors Ponomarenko M., Savinkova L., Ponomarenko P., Kolchanov N.
	Редактирование генов червей Устьянцев К. В., Беризиков Е. В.
2017	On the potential for multiscale oscillatory behavior in HIV Ratushny A.V., De Leenheer P., Bazhan S.I., Bocharov G.A., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
	Cladogenesis Ponomarenko M., Gunbin K., Doroshkov A., Suslov V., Kolchanov N.
	Hogness Box Ponomarenko M., Mironova V., Gunbin K., Ponomarenko P., Suslov V., Savinkova L.
	Unique DNA Ponomarenko M., Orlova G., Kolchanov N.
	Heat Shock Proteins Ponomarenko M., Stepanenko I., Kolchanov N.
	Degrees of Freedom Ponomarenko M., Babenko V., Kochetov A., Kolchanov N.
2016	Анализ экспрессии генов и расположения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме по данным высокопроизводительного секвенирования / Монография. отв. ред. Ю.Л. Орлов; - Н. Изд-во «Академиздат», 2016, 136 с. Ю.Л. Орлов, В.Н. Бабенко, А.Г. Богомолов, Э.Р. Галиева, И.В. Чадаева
	Создание малых химических соединений, направленно действующих на внешний путь апоптоза с помощью компьютерного моделирования и экспериментальных подходов. И.Н. Лаврик, Л. Хиллерт, Н.В. Иванисенко, О.В. Попик, О.В. Сайк, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, Е.Д. Петровский, В.А. Иванисенко
2015	RNA-seq data analysis for studying abiotic stress in horticultural plants. Chapter 14. Mironova V.V., Weinholdt C., Grosse I.
	Molecular and Genetic Structure of Polytene Chromosome Banding Pattern in Drosophila melanogaster Tatyana Zykova Vatolina, Darya Demidova, Viktor Levitsky, Varvara Khoroshko, Elena Belyaeva, Elena Kokoza, Igor Zhimulev
	Молекулярное моделирование и создание малых химических соединений, направленных на регуляцию программируемой клеточной гибели, индуцируемой через клеточные рецепторы / отв. ред. И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко ИН Лаврик, Л Хиллерт, С Питкевич, НВ Иванисенко, ОВ Попик, ТВ Иванисенко, ПС Деменков, ЕД Петровский, ВА Иванисенко
2014	Text Mining on PubMed Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko
	Evolution, Biodiversity and Ecology in Microbial Communities: Mathematical Modeling and Simulation with the “Haploid Evolutionary Constructor” Software Tool Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Klimenko A.I., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
	Opisthorchis viverrini and Opisthorchis felineus Sithithaworn P., Andrews R., Shekhovtsov S.V., Mordvinov V.A., Furman D.P.
	Wheat leaf pubescence analysis: methods of computer phenomics Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A.
2013	Degrees of Freedom. Ponomarenko M, Babenko V, Kochetov A, Kolchanov N
	Cladogenesis. Ponomarenko M, Gunbin K, Doroshkov A, Kolchanov N
	Heat Shock Proteins. Ponomarenko M, Stepanenko I., Kolchanov N
	Hogness Box. Ponomarenko M, Mironova V, Gunbin K, Savinkova L
	Initiation Factors. Ponomarenko M, Savinkova L, Kolchanov N
	Unique DNA. Ponomarenko M, Orlova G, Kolchanov N
2012	Morphogenesis of drosophila melanogaster macrochaetes: Cell fate determination for bristle organ Furman D.P., Bukharina T.A.
	Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
	Том IV. Глава 6. Компьютерная эволюционная биология. 6.3.2.3. Безмасштабные сети и их эволюция. Титов И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В.
	Том IV. Глава 6. Компьютерная эволюционная биология. 6.3.1.5. Эволюция квазивидов как зондирование ландшафта приспособленности. Титов ИИ
2011	Analysis of the Conservative Motifs in Promoters of miRNA Genes, Expressed in Different Tissues of Mammalians O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V. Bocharnikov, and E.V. Berezikov
	Dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophageal transcription factors and cytokines: prediction and experimental verification E.V. Kashina, D.Yu. Oshchepkov, E.V. Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov, D.P. Furman
	Моделирование коэволюции одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программного комплекса «Эволюционный конструктор» Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
	Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
2010	Morphogenesis of Drosophila Melanogaster Macrochaetes: Cell Fate Determination for Bristle Organ Furman D.P., Bukharina T.A.
	Компьютерный генетический конструктор для моделирования молекулярно-генетических процессов в бактериальной клетке: анализ циклической генной сети Изд-во СО РАН, Новосибирск. 2010, Глава 6.5, С. 392-404. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
	Компьютерный генетический конструктор: математическое моделирование генетических и метаболических подсистем E. coli Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ратушный А.В., Лашин С.А., Турнаев И.И., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Колчанов Н.А.
	Экспериментально-компьютерное конструирование и анализ бактериальных геносенсоров для детекции токсичности окружающей среды Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А., Качко А.В., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Задорожный А.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
	Влияние neisseria gonorrhoeae на жизнеспособность клеток хозяина: реконст¬рукция генной сети // В монографии: Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения. Ред. В.В.Власов, А.Г.Дегерменджи, Н.А.Колчанов, В.Н.Пармон, В.Е.Репин. Изд-во СО РАН, Новосибирск. 2010 Подколодная О.А.
	BioinfoWF – веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
	Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А.
	German/Russian Network of Computational Systems Biology. R. Hofestadt and N. Kolchanov (Eds). E.L. Mishchenko, N.V. Ivanisenko, A.M.Mishchenko, V.A.Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, R. Hofestadt, N.A. Kolchanov
	Nandbook of Drug Targeting and Monitoring. B.Andreev and V. Egorov ( Eds). E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
	Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
	Visualization and Analysis of Biological Networks combining Text Mining and Data Warehouse Approaches Björn Sommer, Evgeny S. Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian J. Janowski, Timofey V. Ivanisenko, Anatoly O. Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel S. Demenkov, Alexey V. Kochetov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov and Ralf Hofestädt
2009	Viral Genomes: Diversity, Properties and Parameters. Zhi Feng and Ming Long (Eds). E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
	Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A.
2008	Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование. Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.
	Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.
	Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами. Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.
	Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” // В монографии: Системная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
	Cистемная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Изд-во СО РАН, Новосибирск Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.
	Методы моделирования динамики молекулярно-генетических систем Лихошвай В.А., Ратушный А.В., Бажан. С.И., Ощепкова Е.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
	«Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко , Н: Изд. СО РАН, , 2008, 761с Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
	Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А., Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А.
	Понятие о генных сетях. База данных GeneNet. Ананько Е.А., Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
	Анализ режима адаптивной эволюции в белках вируса гепатита С. В Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 602-610. Варламова Е.С., Афонников Д.А., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
	Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А.
	IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине". Сборник трудов конференции. Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
	Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.
	Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новосибирск, 2008, Изд-во СО РАН. Титов И.И., Пальянов А.Ю., Чекмарев С.Ф., Карплус М.
	Филогенетический и структурный анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А.
	Теория генных сетей. В «Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров. В.А. Лихошвай и В.А. Иванисенко, Н: Изд. СО РАН, , 2008, с. 397-480. Лихошвай В.А., Голубятников В.П., Демиденко Г.В., Евдокимов А.А., Матвеева И.И., Фадеев С.И.
	Evolutionary history of wheats - the main cereal of mankind Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kilian B., Glushkov S., Blinov A., Shumny V.K.
2007	The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.
2006	Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II Levitsky V.G, Katokhin A.V., Oshchepkov D.Yu., Poplavsky A.S., Trifonov V., Furman D.P.
	TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko
	STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.
	In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov and R. Hofestaedt) Springer Science+Business Media. Inc. Levitsky V., Ignatieva E., Vasiliev G., Klimova N., Busygina T., Merkulova T., Kolchanov N.
	Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L.Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006. Titov I., Vorobiev D., Palyanov A.
	Self-oscillations in hypothetical gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 391-404. V.A. Likhoshvai, V.V. Kogai, S.I. Fadeev
	Periodic trajectories and andronov-hopf bifurcations in models of gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc.2006, pp. 405-414. V.P. Golubyatnikov, V.A. Likhoshvai, E.P. Volokitin, Yu.A. Gaidov, A.F. Osipov
	On the problem of search for stationary points in regulatory circuits of gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 415-420. V.A. Likhoshvai
	Modeling of gene expression by the delay equation. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 421-431. V.A. Likhoshvai, G.V. Demidenko, S.I. Fadeev
	Групповой отбор в популяции с многолетним жизненным циклом развития: разработка технологии построения портретных моделей на примере популяции земноводных. В «Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование». Отв. Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин, Н.А.Колчанов. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2006, с. 368-374. Лихошвай В.А., Северцов А.С.
	Молекулярно-эпигенетические механизмы возникновения биоразнообразия. В «Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование». Отв. Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин, Н.А.Колчанов. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2006, с. 401-411. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г.
	ARTSITE DATABASE: COMPARISON OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTORS Khlebodarova, O. Podkolodnaya, D. Oshchepkov, D. Miginsky, E. Ananko, E. Ignatieva
2004	Bioinformatics of genome regulation and structure. N.Kolchanov and R.Hofestaedt (ed.) Oshchepkov D.Yu., Turnaev I.I., Pozdnyakov M.A., Milanesi L., Vityaev E.E., Kolchanov N.A

Конференции

2023	The impact of terahertz radiation on stress response systems of prokaryotes Peltek S., Bannikova S., Mesheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilievа A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Khlebodarova T.M., Goryachkovskaya T THE 5-TH INTERNATIONAL CONFERENCE “TERAHERTZ AND MICROWAVE RADIATION: GENERATION, DETECTION AND APPLICATIONS” (TERA-2023)
2022	МЕТОД ДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ БАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ ГЕНОМНОЙ ИНФОРМАЦИИ Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин Актуальные аспекты современной микробиологии: XIII молодежная школа-конференция с международным участием
	Plant immunity genes of Solanum tuberosum L. cultivars associated with resistance to potato late blight Shmakov N., Kochetov A., Afonnikov D., Vasiliev G., Antonova O., Shatskaya N., Glagoleva A., Ibragimova S., Khiutti A., Afanasenko O., Gavrilenko T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Plant immunity genes of Solanum tuberosum L. cultivars associated with resistance to potato late blight Shmakov N., Kochetov A., Afonnikov D., Vasiliev G., Antonova O., Shatskaya N., Glagoleva A., Ibragimova S., Khiutti A., Afanasenko O., Gavrilenko T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Domestication explains 2/3 of differential gene expression variance between domestic and wild animals; the remaining 1/3 reflects intraspecific and interspecific variation Irina Chadaeva, Petr Ponomarenko, Rimma Kozhemyakina, Valentin Suslov, Anton Bogomolov, Natalya Klimova, Svetlana Shikhevich, Ludmila Savinkova, Dmitry Oshchepkov, Nikolay A. Kolchanov, Arcady Markel, Mikhail Ponomarenko Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
	Построение транскрипционных регуляторных сетей бактерий на основе найденных факторов транскрипции и их сайтов связывания Лахова Т.Н., Мухин А.М., Ощепков Д.Ю., Лашин С.А. 25-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием «Биология – наука XXI века»
	Генетические исследования и клиническая лимфология Нимаев В.В. Сайк О.В. XIV Научно-практическая конференция Ассоциации флебологов России с международным участием «Актуальные вопросы флебологии»
	Reconstruction and analysis of potato Solanum tuberosum pangenome of Siberian cultivars Karetnikov D.I., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Vasiliev G.V., Toschakov S.V., Gavrilenko T.A., Afonnikov D.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
	Impact of negative feedbacks on de novo pyrimidines biosynthesis in E. coli Khlebodarova T.M., Akberdin I.R., Kozlov K.N., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Reconstruction of mathematical frame models of bacterial transcription regulation based on transcriptional regulatory networks Lakhova T., Kazantsev F., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	On organizing a software platform for seeking biotechnologically important features in bacteria Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A., Kolchanov N BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Data lake platform of the bacterial strain properties for microbiology Mukhin A., Demenkov P., Kazantsev F., Lakhova T., Klimenko A., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Evolutionary analysis of gene networks with Orthoweb software Mustafin Z., Mukhin A., Anikin D., Kazantsev F., Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Finding the ways for potential increasing of L-valine biosynthesis yield in C. glutamicum with mathematical modeling Kazantsev F., Klimenko A., Kropochev A., Trofimova M., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Genetic markers and neurophysiological correlates of the psychological personality traits among people from different regions of Siberia Savostyanov A., Tamozhnikov S., Karpova A., Kavai-Ool U., Ivanov A., Kazantsev F., Klimenko A., Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Phylostratigraphic analysis of human cancers transcriptomic data Ivanov R. Mustafin Z. Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Computer annotation of plant protein sequences based on sequence similarity and orthology Malyugin E., Mustafin Z., Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
	Functional and evolutionary characteristics of the gene network controlling appetite in mice: lessons from knockout or knockdown animals Ignatieva E.V., Mustafin Z.S., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
	Large scale analysis of the crop transcriptomic data: analysis of out of the reference transcripts Afonnikov D.A., Genaev M.A., Shmakov N.A., Mustafin Z.S., Mukhin A.M., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
	Web-MCOT server for motifs co-occurrence search in ChIP-seq data Victor Levitsky, Alexey Mukhin, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Sergey Lashin BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Massive comparison of the ‘genomic’ and ‘shuffled’ background set generation approaches for efficiency of de novo motif search in A. thaliana ChIP-seq data Raditsa V.V., Tsukanov A.V., Levitsky V.G BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	enRest tool for transcription factor binding sites overrepresentation analysis in RNA-seq data Tsukanov A.V., Levitsky V.G. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Integration of ChIP-seq and RNA-seq data in structure-function analysis of cis-regulatory elements Dolgikh V., Wiebe D., Levitsky V., Zemlyanskaya E. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	CisCross web service: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators for Arabidopsis thaliana Lavrekha V.V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G. , Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Mironova V.V. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Разработка методов построения математических и компьютерных моделей регуляции экспрессии генов биотехнологически значимых штаммов бактерий Лахова Татьяна Николаевна VII Всероссийский молодежный научный форум "Наука будущего - наука молодых"
	Morphogenesis of Drosophila melanogaster mechanoreceptors: system regulation Furman D.P., Bukharina T.A. 13-я Международная мультиконференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии / 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, BGRS/SB-2022
	РЕКОНСТРУКЦИЯ И АНАЛИЗ ПАНГЕНОМА КАРТОФЕЛЯ SOLANUM TUBEROSUM СОРТОВ СИБИРСКОЙ СЕЛЕКЦИИ Каретников Д.И., Генаев М.А., Нестеров М.А., Ибрагимова С.М., Васильев Г.В., Тощаков С.В., Гавриленко Т.А., Афонников Д.А., Салина Е.А., Патрушев М.В., Кочетов А.В. III Международная научно-практическая конференция "Клеточная биология и биотехнология растений"
	RECONSTRUCTION AND ANALYSIS OF PANGENOME OF SIBERIAN CULTIVARS OF POTATO SOLANUM TUBEROSUM Toschakov S.V., Gavrilenko T.A., Afonnikov D.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Karetnikov D.I., Genaev M.A., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Ibragimova S.M., Vasiliev G.V. III Всероссийская конференция «Высокопроизводительное секвенирование в геномике» (HSG-2022)
	Комбинирование O. felineus-индуцированного описторхоза и длительной алкоголизации: экспериментальная модель. Августинович Д.Ф., Чадаева И.В., Кизименко А.В., Ковнер А.В., Пономарёв Д.В., Львова М.Н. VII Межрегиональной научной конференции (с международным участием) паразитологов Сибири и Дальнего Востока, "Паразитологические исследования в Сибири и на Дальнем Востоке"
	Terahertz radiation proteomic response of the thermophilic bacterium Geobacillus icigianus. Bannikova S., Khlebodarova T., Meshcheryakova I., Bryanskaya A., Shedko E. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Metabolic engineering of corynebacteria to create a producer of L-valine. Sheremetieva M.E., Khlebodarova T.M., Anufriev K.E., Ryabchenko L.E., Leonova T.E., Kalinina T.I., Gerasimova T.V., Rozantseva V.V., Kolchanov N.A., Yanenko A.S. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	The impact of terahertz radiation on living systems. Peltek S., Bannikova S., Khlebodarova T., Shedko E., Meshcheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilieva A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Goryachkovskaya T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Synthetic community analysis by the trait-based method of quantitative assessment of ecological functional groups Kropochev A., Lashin S., Klimenko A. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Integration of transcriptomic, genomic, and proteomic data in order to assess the impact of translation efficiency features on protein abundance for various prokaryotes Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Bioinformatic assessment of factors affecting the correlation between protein abundance and elongation efficiency in prokaryotes Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Genome assembly of a new Wolbachia pipientis strain: a promising source for studying Drosophila melanogaster endosymbiosis Klimenko A.I., Korenskaia A.E., Shishkina O.D., Andreenkova O.V., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Modelling of eco-evolutionary dynamics in microbial communities with haploid evolutionary constructor Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	СРАВНИТЕЛЬНЫЙ ГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ ШТАММОВ WOLBACHIA PIPIENTIS, РАЗЛИЧАЮЩИХСЯ ПО ВЛИЯНИЮ НА СТРЕССОУСТОЙЧИВОСТЬ DROSOPHILA MELANOGASTER Шишкина О.Д., Андреенкова О.В., Клименко А.И., Коренская А.Е., Васильев Г.В., Шацкая Н.В., Грунтенко Н.Е. HSG-2022: III Всероссийская конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"
	Анализ сельскохозяйственных сортов ячменя методом GBS Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Салина Елена Артемовна GeneBio-2022
	Industrial enzymes production based on genetically engineered microorganisms strains of super-producers Peltek S., Zadorozhny A., Rozanov A., Bogacheva N., Shlyakhtun V., Voskoboev M., Blinov A., Sukhih I., Chesnokov D., Pavlova E., Goryachkovskaya T., Bochkov D., Korzhuk A., Ushakov V., Bannikova S., Meshcheryakova I., Antonov E., Vasilieva A., Shedko E., Shipova A., Uvarova Y. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
2021	Construction of transcriptional regulatory networks based on found transcription factors and their binding sites in annotated bacterial genomes Lakhova T.N., Oshchepkov D.Yu., Mukhin A.M., Lashin S.A. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2021) : The 13th International Young Scientists School; Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen School 2021) : Young Scientists School
	The method of computer reconstruction of the ecological structure of intestinal microbiota communities based on metatranscriptome data Kropochev A., Lashin S.A., Klimenko A.I. SBB-2021 The 13th International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics
	ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations Kazantsev F.V., Ivanov R.A., Klimenko A.I., Zavarzin E.A., Saprigyn A.E., Lashin S.A. The 20th World Congress of Psychophysiology (IOP2021) . Chengdu, China, Online (September 7-11, 2021)
	Diversity and evolution of structural variants of tat ltr-retrotransposons in green plants. M. Biryukov., K. Ustyantsev EMBO Workshop The Mobile Genome: Genetic and Physiological Impacts of Transposable Elements
	Pan-transcriptomic analysis of Solanum tuberosum NLR genes regulating resistance to Phytophthora infestans Shmakov N.A., Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V. PlantGen2021
	A feedback loop enrchment analysis in gene network of bronchial asthma and pulmonary tuberculosis interaction Evgeny S. Tiys, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Computer reconstruction of the ecological structure of intestinal microbiota communities based on high-throughput sequencing data Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020
	ВЫЯВЛЕНИЕ ГЕНОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ ОДНОВРЕМЕННО С ОЖИРЕНИЕМ И ЛИМФЕДЕМОЙ, С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Нимаев В.В. Международная научно-практическая конференция «Лимфология: от фундаментальных исследований к медицинским технологиям»
	Гены сигнального пути IL-6, ассоциированные с диабетической ретинопатиейи вариабельностью гликемии Сайк О.В., Климонтов В.В. IV Российская междисциплинарная научно-практическая конференция с международным участием «Сахарный диабет: от мониторинга к управлению»
	Text Mining and Bioinformatic Identification of Genes Linking Glycemic Variability and Impaired Angiogenesis in Diabetes Olga V. Saik, Vadim V. Klimontov 81st Scientific Sessions of American Diabetes Association (ADA)
	Bioinformatic analysis by ANDSystem revealed members of IL-6 signaling pathway initiated by glucose variability and involved in diabetic retinopathy Olga Saik, Vadim Klimontov 2021 IEEE Ural-Siberian Conference on Computational Technologies in Cognitive Science, Genomics and Biomedicine (CSGB)
	ROLE OF THE ALLELIC POLYMORPHISM OF THE BRAIN NEUROTRANSMITTERS SYSTEMS IN A FORMATION OF PERSONALITY FEATURES OF SOCIAL BEHAVIOR IN PEOPLE, LIVING IN DIFFERENT REGIONS OF SIBERIA AND MONGOLIA Савостьянов Александр Николаевич Лашин Сергей Александрович Клименко Александра Игоревна Таможников Сергей Сергеевич Милахина Наталья Сергеевна Бочаров Андрей В. Ефимов Вадим Михайлович Матушкин Юрий Георгиевич Васильев Геннадий Владимирович Иванов Роман Артемович Князев Геннадий Георгиевич XVII INTERNATIONAL INTERDISCIPLINARY CONGRESS NEUROSCIENCE FOR MEDICINE AND PSYCHOLOGY
	ICBrainDB: database with EEG activity and associated gene mutations Иванов Роман Артемович Казанцев Федор Владимирович 13 Международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» SBB-2021
	Design of a new ethylene plant hormone sensor based on genome-wide data analysis of EIN3 transcription factor binding Dolgikh V.A., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y., Zemlyanskaya E. Proceedings of international congress "Biotechnology: State of the art and perspectives" 2021
	Reconstruction of Gene Networks Associated with Complex Disorders on Example of Parkinson Disease Orlov Y.L. Belbi2021
	Study of melanin and anthocyanin biosynthesis regulation in barley grain by transcriptomic analysis of near-isogenic lines with different pigment composition Vikhorev A.V., Glagoleva A.Yu., Shmakov N.A., Kukoeva T.V., Khlestkina E.K., Shoeva O.Yu. PLANT GENETICS, GENOMICS, BIOINFORMATICS, AND BIOTECHNOLOGY (PLANTGEN2021)
	WOX5 поддерживает баланс в распределении ауксина между проксимальной и дистальной меристемами корня у Arabidopsis thaliana L. Савина М.С. Омельянчук Н.А. Пастернак Т.П. Миронова В.В. Лавреха В.В. Всероссийская научная конференция с международным участием "Экспериментальная биология растений и биотехнология: история и взгляд в будущее
	Identification of genes involved in the process of stem cell differentiation into muscle cells in the free-living flatworm Macrostomum lignano M.Yu. Biryukov, A.M. Dmitrieva, E.L. Bazarova, K.V. Ustyantsev, E.V. Berezikov. OpenBio2021
	ВЕБ-СЕРВИС WEBMCOT ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СОВМЕСТНО ВСТРЕЧАЕМЫХ ДНК МОТИВОВ В ДАННЫХ CHIP-SEQ МУХИН А.М., ЛЕВИЦКИЙ В.Г., ЛАШИН С.А. ИНСТИТУТ БИОИНФОРМАТИКИ
	Филотранскриптомный анализ генных сетей сахарного диабета 2 типа МАРТЮШЕВА Т.А., МУСТАФИН З.С., КЛИМОНТОВ В.В., ЛАШИН С.А. САХАРНЫЙ ДИАБЕТ-2021: ОТ МОНИТОРИНГА К УПРАВЛЕНИЮ
	Построение сетей транскрипционной регуляции бактерий на основе геномной информации Т.Н. Лахова, Д.Ю. Ощепков, А.М. Мухин, С.А. Лашин VIII Международная научно-практическая конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов
	Identification and structural features analysis of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology.
	Identification and structural analysis of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
	Prediction, classification and annotation of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич 6th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding (CBB6)
	Identification and classification of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Марчуковские научные чтения – 2021.
	МОДЕЛИРОВАНИЕ ИЗМЕНЕНИЙ ПРИСПОСОБЛЕННОСТИ И ПОДВИЖНОСТИ МИКРООРГАНИЗМОВ В ИЗМЕНЯЮЩИХСЯ ВОДНЫХ ЭКОСИСТЕМАХ Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития.
	The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Aleksey M. Mukhin , Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, and Sergey A. Lashin International Conference on Parallel Computing Technologies
	ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ФИТОГОРМОНОВ В ОБНОВЛЕНИИ КЛЕТОК КОРНЕВОГО ЧЕХЛИКА У ARABIDOPSIS THALIANA Убогоева Е.В., Землянская Е.В. Мульти-школа "SBB-2021 & PlantGen School 2021"
	Метод компьютерной реконструкции экологической структуры сообществ кишечной микробиоты на основе данных высокопроизводительного секвенирования Кропочев Андрей Игоревич, Клименко Александра Игоревна Конференция «Ломоносов 2021»
	Genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites guides engineering of new ethylene sensor Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. 31st International Conference on Arabidopsis research (ICAR 2021-Virtual)
	Structural and functional characterization of transcription factor binding sites: from bioinformatics to hormone biosensors Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. The 6th International Scientific Conference Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2021)
	In silico design of new ethylene sensors in plants based on genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites Dolgikh V.A., Levitsky V. G., Oshchepkov D. Y., Zemlyanskaya E. V. International Conference Marchuk Scientific Readings 2021
	EFFECT OF MUTATIONS IN THE REGULATORY REGION OF OPERON ILVBNC ON EXPRESSION OF OPERON GENES, ACTIVITY OF THE ENZYME AHAS AND PRODUCTION OF L-VALINE IN CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM STRAINS Ryabchenko L.E., Leonova T.E., Kalinina T.I., Gerasimova T.V., Titov I.I., Yanenko A.S. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ
2020	Разработка алгоритмов для нахождения факторов транскрипции и их сайтов связывания в аннотированных бактериальных геномах Лахова Т.Н., Ощепков Д.Ю., Мухин А.М., Лашин С.А. 12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020
	MGSGenerator 1.5: software tool for reconstructing mathematical models of metabolic networks F.V. Kazantsev, S.A. Lashin BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Genome and karyotype evolution after whole genome duplication in free-living flatworms of the genus Macrostomum. Zadesenets K., Ershov N., Oshchepkov D., Berezikov E., Schaerer L., Rubtsov N.B. BGRS/SB-2020. July 6-10, 2020 Novosibirsk
	FoldGO - программный комплекс для выявления фолд-специфичных ГО категорий в данных транскриптомных экспериментов Вибе Д.С., Мухин А.М., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. Симпозиум Биофизика сложных систем. Вычислительная и системная биология. Молекулярное моделирование”
	A Model of one central regulatory circuit Tatyana Bukharina, Andrey Akinshin, Vladimir Golubyatnikov, Dagmara Furman BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	The algorithm for finding potentially oscillating behavior in enzymatic systems Lakhova T.N., Kazantsev F.V, Matushkin Yu.G., Lashin S.A. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Exploring interaction between metabolic pathways involved in pigmentation of barley spike Anastasiia Yu. Glagoleva, Nikolay A. Shmakov, Aleksandr V. Vikhorev, Sergei R. Mursalimov, Natalia V. Gracheva, Tatjana V. Kukoeva, Olesya Yu. Shoeva, Elena K. Khlestkina Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference
	Computer tools for modelling and prediction of natural RNA structure: a case study of miRNAs and group II introns Titov I.I. BGRS 2020
	Searching for Alternatively Splicing Group II Introns. Nikolay Kobalo, Igor Titov, Alexander Kulikov, Denis Vorobyev Abstracts of BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) pp.164. DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-000
	Errors in miRNA Recognition Pavel Vorozheykin, Igor Titov Abstracts of BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) pp.195. DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-000
	Competition and collaboration in the miRNA science field Artemiy Firsov, Igor Titov Abstracts of BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) pp.26-27. DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-000
	Reconstruction and analysis of regulatory gene networks involving human genes associated with main forms of pathozoospermia Ignatieva E.V., Osadchuk A.V., Kleshev M.A., Osadchuk L.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)
	Towards a comprehensive catalog of human genes associated with main forms of pathoszoopermia and its functional annotation. Ignatieva E.V., Osadchuk A.V., Kleshev M.A., Osadchuk L.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)
	Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of the genes encoding proteins on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome Ponomarenko M, Chadaeva I, Oshchepkov D, Rasskazov D, Osadchuk A, Osadchuk L. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)
	Whole-exome sequencing association studies on impaired spermatogenesis in different ethnic groups in Russia. Kolmykov S.K. Vasiliev G.V. Ponomarenko M.P. Kleshev M.A. Osadchuk A.V. Osadchuk L.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/ Systems Biology The 12th International Multiconference
	Analysis of short- and long-range interactions within potential binding sites notably extends the fraction of verified peaks in ChIP-seq data Цуканов Антон Витальевич, Левицкий Виктор Георгиевич, Меркулова Татьяна Ивановна BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“
	Study of the root transcriptome of bread wheat using high-throughput RNA sequencing (RNA-SEQ) Vikhorev A., Shmakov N., Glagoleva A., Khlestkina E., Shoeva O. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference
	Изучение генетической регуляции накопления кутику-лярного воска ячменя при помощи анализа данных RNA-seq Вихорев А., Шмаков Н., Колосовская Е., Короткова А., Герасимова С., Хлесткина Е. 12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020
	Meta-analysis of transcriptome data clarified hormonal regulation of cold stress response in Arabidopsis thaliana L Omelyanchuk Nadezda, Sizentsova Yana, Mironova Victoria Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology - BGRS/SB-2020
	Mathematical model of punctuated equilibrium evolution. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“
	Transcriptional profiling of ventral tegmental area of male mice with alternative patterns of social behaviors. Olga Redina, Vladimir Babenko, Vadim Efimov, Dmitry Smagin, Irina Kovalenko, Anna Galyamina, Natalia Kudryavtseva. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Diversity of cis-elements in response to dioxin in human Oshcepkova Evgenia, Sizentsova Yana, Mironova Victoriya Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology - BGRS/SB-2020
	LTR retrotransposons in green plants show multiple examples of convergent evolution Biryukov M., Ustyantsev K. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2020)
	ANDDIGEST: A TEXT-MINING BASED COMPUTER SYSTEM FOR GENERATING DIGESTS IN THE FIELD OF BIOLOGY IVANISENKO TIMOFEY, DEMENKOV PAVEL, IVANISENKO VLADIMIR, KOLCHANOV NIKOLAY BGRS/SB-2020. THE 12TH INTERNATIONAL MULTICONFERENCE
	Исследование эффекта гормезиса при регулярном тепловом стрессировании у двух видов Drosophila с использованием нового автоматического метода изучения плодовитости Е. К. Карпова*, Е. Г. Комышев, М. А. Генаев, Н. В. Адоньева, М. А. Еремина, Н. Е. Грунтенко МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ "ДРОЗОФИЛА В ГЕНЕТИКЕ И МЕДИЦИНЕ"
	Learning the changes of barnase mutants thermostability from structural fluctuations obtained using anisotropic network modeling Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko Twelfth International Multiconference BGRS/SB-2020
	Interpretation of the features of a linear regression model for predicting the survival time of the amyotrophic lateral sclerosis patients with mutated SOD1 Nikolay Alemasov, Alexandr Shcherbakov, Vladimir Timofeev, Vladimir Ivanisenko Twelfth International Multiconference BGRS/SB-2020
	WebMCOT web-service for prediction of co-occurred DNA motifs in ChIP-seq data Mukhin A. M., Levitsky V. G., Lashin S. A., Oshchepkov D. Y. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	OrthoWeb-web application for macroand microevolutionary analysis of genes Mustafin Z., Mukhin A., Afonnikov D., Matushkin Y., Lashin S BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Keeping the gate closed: WOX5 supports the balance between the proximal and distal root meristems via auxin biosynthesis in Arabidopsis thaliana L. Savina M.S., Pasternak T., Omelyanchuk N., Mironova V.V., Lavrekha V.V. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Development and analysis of AIDS epidemic agent-based computer model applying an algorithm for explicit calculation of HIV replicability Anna Smirnova, Mikhail Ponomarenko, Sergey Lashin BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	MGSGenerator 1.5: инструментарий для реконструкции математических моделей метаболических сетей Казанцев Ф.В., Лашин С.А SBB-2020
	Development of a platform for piggyBac-mediated mutagenesis in a regenerative free-living flatworm Macrostomum lignano K. Ustyantsev, J. Wudarski, F. Reinoite , S. Mouton, E. Berezikov 4th Uppsala Transposon Symposium
	A study of genes controlling carcinogenesis in a regenerative model flatworm Macrostomum lignano Ustyantsev K., Vavilova V., Biryukov M., Berezikov E. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“
	MLIG-SKP1 IS REQUIRED FOR CORRECT SPERM DEVELOPMENT IN THE REGENERATIVE FREE-LIVING FLATWORM MACROSTOMUM LIGNANO V. Vavilova, E. Bazarova, M. Biryukov, K. Ustyantsev, E. Berezikov OpenBIO2020
	DEVELOPING AN EXPERIMENTAL PLATFORM TO STUDY MECHANISMS OF STEM CELL DIFFERENTIATION USING A MODEL REGENERATIVE FLATWORM MACROSTOMUM LIGNANO K. V. Ustyantsev, V. Yu. Vavilova, M. Yu. Biryukov, F. Reinoite, J. Wudarski, S. Mouton, E. V. Berezikov OpenBIO2020
	Изучение основных параметров устойчивости яровой пшеницы к мучнистой росе Н.П. Бехтольд, Е.А. Орлова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников, У.С. Зубаирова Генофонд и селекция растений: доклады и сообщения V Международной конференции «Генофонд и селекция растений»
	ИССЛЕДОВАНИЕ ВЗАИМОСВЯЗИ СИНТЕЗА МЕЛАНИНА И ДРУГИХ ПИГМЕНТОВ В КОЛОСЕ ЯЧМЕНЯ Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Мурсалимов С.Р., Грачева Н.В., Кукоева Т.В., Шоева О.Ю., Хлесткина Е.К. 24-я Международная Пущинская школа- конференция молодых ученых
	Выявление злокачественных опухолей щитовидной железы в мазках с неопределенным цитологическим заключением с помощью молекулярного классификатора. Титов СЕ, Иванов МК, Веряскина ЮА, Деменков ПС, Шевченко СП, Катанян ГА, Лукьянов СА. VI ПЕТЕРБУРГСКИЙ МЕЖДУНАРОДНЫЙ ОНКОЛОГИЧЕСКИЙ ФОРУМ "БЕЛЫЕ НОЧИ 2020»
	Melatonin as a key regulator in molecular-genetic network of glucose variability related to circadian rhythm Cайк О., Деменков П., Иванисенко В., Климонтов В. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”,Symposium “Systems biology and biomedicine” (SbioMed-2020)
	Using fast homology search tools for protein sequence functional annotation: a comparison Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Использование программ быстрого поиска гомологии для функциональной аннотации белков Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2020» (АПВПМ-2020)
	Identification of an AP2/ERF Transcription Factor Controlling the Synthesis of Barley Epicuticular Wax Ekaterina Kolosovskaya, Sophia Gerasimova, Anna Korotkova, Christian Hertig, Sergey Morozov, Elena Chernyak, Dmitriy Domrachev, Vikhorev Alexander, Nikolay Shmakov, Alexey Kochetov, Jochen Kumlehn, Elena Khlestkina 12-ая Международная мультиконференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии / Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology, BGRS/SB-2020
	Electron microscopy analysis of autophagy in neurons with expanded CAG repeats in the huntingtin gene investigated at patient-specific and transgenic models Suldina L.A., Morozova K.N., Malankhanova T.B., Malakhova A.A., Kiseleva E. MOLECULAR MECHANISMS OF AUTOPHAGY IN DISEASES
	Diversity and evolution of Tat LTR retrotransposon structures in non-flowering plants Mikhail Biryukov, Kirill Ustyantsev Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)
	Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания эффективности элонгации трансляции. Клименко А.И., Лашин С.А., Афонников Д.А., Матушкин Ю.Г. Международный форум «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
	Motility and fitness of microorganisms in dynamic aquatic ecosystems: a simulation study Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020
	Predicting elongation efficiency of gene translation for annotation of bacterial genomes: a case study for biosynthetic gene clusters of nonribosomal peptides Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020
	FLOWERING PATTERNS OF HERBACEOUS MULTI-FLOWERED MONOCARPIC SHOOTS OF CAMPANULA SARMATICA FOMIN EDUARD, FOMINA TATYANA BGRS-2020
	EXTRACTION OF SPECTRAL SERIES OF IONS FROM MASS SPECTRA OF PEPTIDES BY METHODS OF INTEGRAL TRANSFORMS AND MACHINE LEARNING Fomin E., Alemasov N., Afonnikov D. BGRS-2020
	Выделение спектральных серий в тандемных масс спектрах с помощью машинного обучения Фомин Э.С., Алемасов Н. Международная конференция «Марчуковские научные чтения 2020», МНЧ-2020
	Генетические механизмы ответа растений на световой стресс: реконструкция генных сетей и эволюционная перспектива Бобровских А. В., Ермаков А. А., Зубаирова У. С., Константинов Д. К., Левина А.Б., Колодкин А.Н., Хейдари С., Дорошков А.В. Генофонд и селекция растений 2020
	Реконструкция регуляторных генных сетей ответа на солевой стресс Arabidopsis thaliana и Zea mays Бобровских А. В., Ермаков А. А., Зубаирова У. С., Константинов Д. К., Левина А.Б., Дорошков А.В. Генофонд и селекция растений 2020
	Выявление контекстных сигналов в промоторах генов, регулирующих ответ на световой стресс у Arabidopsis thaliana А. В. Бобровских, А. Б. Левина, Д. К. Константинов, А. А. Ермаков , У. С. Зубаирова, А. В. Дорошков Марчуковские научные чтения - 2020
	Выявление контекстных сигналов цис-регуляторных элементов транскрипционного ответа на солевой стресс у Arabidopsis thaliana А. В. Бобровских , Д. К. Константинов , А. А. Ермаков , У. С. Зубаирова , А. В. Дорошков Марчуковские научные чтения - 2020
	EIN3 binding site architecture guides transcriptional response to ethylene in Arabidopsis V. Dolgikh, V. Levitsky, D. Oshchepkov, E. Zemlyanskaya BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“
	Gene network of type 2 diabetes: reconstruction of analysis Zamyatin V., Mustafin Z., Matushkin Y., Afonnikov D., Klimontov V., Lashin S. BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts. 2020.
	Construction of a biosensor sensitive to terahertz radiation based on the glutamine synthetase gene promoter Irina Meshcheryakova, Tatyana Goryachkovskaya, Svetlana Bannikova, Alexey Rozanov, Elizaveta Demidova, Dmitry Oshchepkov, Evgeniy Demidov, Alla Bryanskaya, Nikolay Vinokurov, Vasiliy Popik, and Sergey Peltek Synchrotron and Free electron laser Radiation: generation and application (SFR-2020)
	Выявление ключевых участников молекулярно-генетических сетей, ассоциированных с лимфедемой, с помощью биоинформатических методов Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Нимаев В.В. 7-й съезд лимфологов России и 8-я международная научно-практическая конференция по клинической лимфологии "ЛИМФА-2020"
	Software pipeline for the analysis of the functional role of nucleotide substitutions in regulatory regions of genes and its testing on polymorphisms associated with obesity Matrosova E.A., Efimov V.M., Ignatieva E.V. 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology»
	Компьютерная реконструкция экологической структуры сообщества кишечной микробиоты на основе высокопроизводительного секвенирования Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 12 межд. конф. BGRS/SB-2020
	Компьютерное моделирование влияния циркадных часов на воспалительную реакцию на бактериальную инфекцию Н.Л. Подколодный, Н.Н. Твердохлеб, О.А. Подколодная Международная конференция «Марчуковские научные чтения 2020» (МНЧ-2020)
	Functional annotation of the transcription factors from Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR. Kolmykov S.K., Kulyashov M., Ivanisenko N.V., Evshin I.S., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R. 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)
	Integration of transcriptomics data into a genome-scale metabolic model of the methanotrophic bacterium Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR. Kolmykov S.K., Kulyashov M., Ivanisenko N.V., Evshin I.S., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R. 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)
2019	Исследование мутантного фенотипа изогенной клеточной модели болезни Хантингтона Маланханова Т.Б., Григорьева Е.В., Сульдина Л.А., Морозова К.Н., Киселева Е.В., Закиян С.М., Малахова А.А. VI Национальный конгресс по регенеративной медицине
	ПРОГНОЗЫ И ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЕ ОПРЕДЕЛЕНИЕ IN VITRO ВЛИЯНИЯ НЕАННОТИРОВАННЫХ SNPs ПРОМОТОРОВ ЭРИТРОИДНЫХ ГЕНОВ НА АФФИННОСТЬ ТВР/ТАТА И КОГНИТИВНЫЕ НАРУШЕНИЯ Е.Б.Шарыпова, И.А. Драчкова, И.В.Чадаева, М.П.Пономаренко, Л.К.Савинкова VIII Научно-практическая конференция с международным участием "Генетика - фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции"
	Реакция головного мозга на хроническую O.felineus инфекцию у хомячков. Вишнивецкая Г.Б., Максимова (Минькова) Г.А., Ефимов В.М., Концевая Г.В., Катохин А.В., Шевелев О.Б., Мордвинов В.А., Августинович Д.Ф Паразитологические исследования в Сибири и на Дальнем Востоке.
	Математическое и компьютерное моделирование осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф. В. Казанцев, Ю. Г. Матушкин, С. А. Лашин Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики
	Search for cis-elements associated with response to dioxin in human Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Viktoria Mironova. Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
	Reconstruction of the gene networks of human neurotransmitter systems Ivanov R.A., Lashin S.A. 11-я Международная школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика», SBB-2019
	The mathematical modeling of oscillations in enzymatic systems Lakhova T.N., Kazantsev F.V., Lashin S.A. 11th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB-2019
	Study of the leaf rust resistance gene Lr52 by targeted sequencing Bragina M.K., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V., Salina E.A. 5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)
	MIGREW database: typical use cases Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A. 5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)
	ОПУШЕНИЕ ЛИСТА ПШЕНИЦЫ: ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЕ ФЕНОТИПИРОВАНИЕ, ГЕНЕТИЧЕСКИЙ КОНТРОЛЬ И ФИЗИОЛОГИЧЕСКАЯ РОЛЬ Афонников Д.А, Дорошков А.В., Генаев М.А., Симонов А.В., Осипова С.В.,Пермяков А.В., Пермякова М.Д., Ефимов В.М., Пшеничникова Т.А. «VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ, И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»
	Genome reorganization after whole genome duplication in evolution of free-living flatworms of the genus Macrostomum Zadesenets K., Ershov N., Jetybayev I., Berezikov E., Schaerer L., Rubtsov N. International Conference on Polyploidy
	Реконструкция и анализ генной сети сахарного диабета 2 типа Замятин В.И., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Климонтов В.В., Лашин С.А. III Российская мультидисциплинарная конференция с международным участием "Сахарный диабет-2019: от мониторинга к управлению"
	Поиск и исследование потенциально осциллирующих ферментативных систем с помощью методов математического моделирования Лахова Т. Н., Казанцев Ф. В. 57-ая Международная научная студенческая конференция (МНСК-2019)
	ЗАКОН ИЛИ ПРАВИЛА ГОМОЛОГИЧЕСКИХ РЯДОВ? I. ТЕОРИИ ЭВОЛЮЦИИ И ЗАКОН ВАВИЛОВА Суслов В.В., Пономаренко М.П., Рассказов Д.А. Экология и эволюция: новые горизонты, посвященный 100-летию С.С. Шварца
	ЗАКОН ИЛИ ПРАВИЛА ГОМОЛОГИЧЕСКИХ РЯДОВ? II. РЯДЫ КОПА И ВАВИЛОВА Суслов В.В., Пономаренко М.П., Рассказов Д.А. Экология и эволюция: новые горизонты, посвященная 100-летию академика С.С. Шварца
	ЗАКОН ИЛИ ПРАВИЛА ГОМОЛОГИЧЕСКИХ РЯДОВ? III. АДАПТАЦИЯ И САМОАДАПТАЦИЯ Брагин А.О., Суслов В.В., Орлов Ю.Л. Экология и эволюция: новые горизонты, посвященная 100-летию академика С.С. Шварца
	ЗАКОН ИЛИ ПРАВИЛА ГОМОЛОГИЧЕСКИХ РЯДОВ? IV. УРБАНИЗАЦИЯ И ДОМЕСТИКАЦИЯ Брагин А.О., Суслов В.В., Орлов Ю.Л. Экология и эволюция: новые горизонты, посвященная 100-летию академика С.С. Шварца
	Влияние инфекции Opisthorchis felineus на метаболиты мозга у хомячков Вишнивецкая ГБ, Максимова (Минькова) ГА, Ефимов ВМ, Катохин АВ, Завьялов ЕЛ, Концевая ГВ, Шевелев ОБ, Мордвинов ВА, Августинович Д.Ф. XV международный междисциплинарный конгресс «НЕЙРОНАУКА ДЛЯ МЕДИЦИНЫ И ПСИХОЛОГИИ»
	Studying of the molecular-genetic control of polyphenolic pigmentation in wheat and barley as a basis for breeding antioxidant-rich cereals Shoeva O.Yu., Gordeeva E.I., Kukoeva T.V., Strygina K.V., Vikhorev A.V., Glagoleva A.Yu., Shmakov N.A., Levanova N.M., Mursalimov S.R., Yudina R.S., Börner А., Khlestkina E.K. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
	Выявление генов-кандидатов локуса Blp, контролирующего формирование признака чёрной окраски колоса ячменя (Hordeum vulgare l.) Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Мурсалимов С.Р., Хлесткина Е.К., Шоева О.Ю. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
	The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич Землянская Елена Васильевна Миронова Виктория Владимировна Меркулова Татьяна Ивановна VII International Congress of Vavilov society of geneticists and breeders and associate symposiums
	Inter-country competition and collaboration in the miRNA science field A. Firsov, I. Titov A.P. Ershov Informatics Conference
	Prediction of RNA secondary structure based on optimization in the space of its descriptors by the simulated annealing algorithm N. Kobalo, A. Kulikov, I. Titov A.P. Ershov Informatics Conference
	Реконструкция структуры эукариотических мобильных интронов группы 2 Кобало Н. С., Воробьёв Д. Г., Куликов А. И., Титов И. И Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики
	ALTERING PLANT DOMESTICATION TRAITS VIA SITE-DIRECTED GENOME MODIFICATION Gerasimova S.V., Ivanova K.A., Hertig C., Korotkova A.M., Hiekel S., Kolosovskaya E., Koloshina K.A., Genaev M.A., Komyshev E.G., Egorova A.A., Domrachev D.V., Rogozina E.V., Kochetov A.V., Kumlehn J., Khlestkina E.K. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
	РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО ФЕНОТИПИРОВАНИЯ РАСТЕНИЙ ДИКИХ ВИДОВ КАРТОФЕЛЯ Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы.
	WildPetotaDB – a database for genotype and phenotype of wild tuber-bearing species of the genus Solanum L. Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
	Identification and characterization of a barley gene controlling cuticle wax formation Gerasimova S., Kolosovskaya E., Hertig C., Hiekel S., Korotkova A., Doroshkov A., Kukoeva T., Domrachev D., Kochetov A., Kumlehn J., Khlestkina E. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
	The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package Левицкий Виктор Георгиевич Миронова Виктория Владимировна Землянская Елена Васильевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Меркулова Татьяна Ивановна 9-ая Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии МССМВ'19
	Gene networks in a post-genomic era. Ignatieva E.V. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
	Reconstruction and analysis of the network of interactions between genes that regulate human body weight Matrosova E.A., Ignatieva E.V. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
	Context analysis of the core promoter region of mouse genes differently expressed in hypothalamic energy-sensing neurons in response to weight-loss. Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Efimov V.M., Ignatieva E.V. Proceedings of 9-th Moscow Conference on Computational Molecular Biology
	Reconstruction and analysis of the of protein-protein interaction network involved in the human body weight regulation. Matrosova E.A, Ignatieva E.V. Proceedings of 9-th Moscow Conference on Computational Molecular Biology
	НАСЛЕДУЕМЫЕ БАКТЕРИАЛЬНЫЕ СИМБИОНТЫ НАСЕКОМЫХ: РАЗНООБРАЗИЕ И ЭВОЛЮЦИЯ Илинский Ю.Ю., Быков Р.А., Деменкова М.А., Юрлова Г.В., Деменков П.С., Брошков А.Д., Данилова М.В., Вяткин Ю.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
	Diversity of AuxREs Novikova DD, Weijers D, Mironova VV Experimental Plant Sciences Meeting
	Diversity of AuxREs in Arabidopsis thaliana L. Novikova DD, Weijers D, Mironova VV The International Plant Growth Substances Association (IPGSA) Conference
	Mapping of loci associated with drought tolerance in chromosomes 2A and 2D of bread wheat and the search for responsible candidate genes Pshenichnikova T.A., Osipova S.V., Permyakova M.D., Permyakov A.V., Shishparenok A.A., Rudikovskaya E.G., Doroshkov A.V., Konstantinov D.K., Leonova I.N., Lohwasser U., Börner A. PlantGen2019
	How heat stress drives the expression of LTR retrotransposons in the flatworm model organism Macrostomum lignano Ustyantsev K., Wudarski J., Vavilova V., Berezikov E. Systems Biology And Bioinformatics (SBB-2019) \| The Eleventh International Young Scientists School
	The wheat leaf epidermal pattern as a model for studying the effect of stress conditions on morphogenesis Zubairova U., Doroshkov A. PlantGen
	Study of genetic basis of the melanin biosynthesis in barley grain Glagoleva A.Y., Shmakov N.A., Mursalimov S.R., Khlestkina E.K., Shoeva O.Yu. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)
	Current achievements in study of black-spiked barley Anastasiia Yu. Glagoleva, Sergey R. Mursalimov, Natalya V. Gracheva, Nickolay A. Shmakov, Natalya M. Levanova, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Olesya Yu. Shoeva, Elena K. Khlestkina 5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding
	Transcriptomic analysis of barley partial albinism Nickolay Shmakov, Anastasiya Glagoleva, Gennadiy Vasiliev, Dmitry Afonnikov, Elena Khlestkina 5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding
	Метод морфометрии колоса пшеницы на основе анализа изображений Комышев Е.Г., Генаев М.А., Афонников Д.А. Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни.
	Разработка методов автоматического определения количественных характеристик, описывающих фенотипические признаки колоса пшеницы Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
	Исследование механизма активации LTR-ретротранспозонов под влиянием теплового шока у модельного регенерирующего плоского червя Macrostomum lignano Вавилова В. Ю., Вударски Я., Березиков Е. В., Устьянцев К. В. VI международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов
	Биоинформационный анализ путей регуляции экспрессии генов предрасположенности к аутизму Клименко А.И., Трифонова Е.А., Лашин С.А., Кочетов А.В. Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего»
	Antagonistic evolutionary scenarios in microbial communities are played out under ecological stratification fostered by spatial gradients A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin The International Society for Ecological Modelling Global Conference 2019
	Методы компьютерного моделирования иерархических биологических систем Лашин С. А., Матушкин Ю. Г., Клименко А. И., Казанцев Ф. В., Лахова Т. Н., Смирнова А. А. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
	Реконструкция генных сетей нейротрансмиттерных систем человека Р.А. Иванов, А. И. Клименко, А. Н. Савостьянов, С.А. Лашин «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
	Creation and analysis of an agent-based computer model of the AIDS epidemic using an algorithm for explicit calculation of the HIV replicability Smirnova A.A., Ponomarenko M.P., Lashin S.A. 11th International Young Scientists School “Systems Biology and Bioinformatics” – SBB-2019
	ГЕНЕТИЧЕСКАЯ РЕГУЛЯЦИЯ АРХИТЕКТУРЫ СОЦВЕТИЯ ПШЕНИЦЫ Добровольская О.Б., Дресвянникова А.Е., Володина Е.А., Красников А.А., Ю.Л. Орлов, Н. Ватанабэ, П. Мартинек VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы.
	ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНАЯ ЭКСПРЕССИЯ ГЕНОВ В ОТДЕЛАХ ГОЛОВНОГО МОЗГА У КРЫС, СЕЛЕКЦИОНИРОВАННЫХ НА РУЧНОЕ И АГРЕССИВНОЕ ПОВЕДЕНИЕ Чадаева И.В., Климова Н.В., Шихевич С.А., Кожемякина Р.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
	COMPUTER TOOLS FOR BRAIN TRANSCRIPTIONAL PROFILING IN RATS MODELS Chadaeva I.V., Bragin A.O., Kovalev S.S., Galieva A.G., Markel A.L., Orlov Y.L. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
	Developmental pathways regulating wheat inflorescence architecture Dobrovolskaya O.B., Dresvyannikova A.E., Volodina E.A., Krasnikov A.A., Orlov Yu., Watanabe N., Martinek P. 5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)
	Databases and computer resources on plant miRNA to study its role in abiotic stress response Orlov Y.L., Babenko V.N., Dergilev A.V., Galieva A.G., Dobrovolskaya O.B., Chen M. 5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)
	ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСКРИПТОМА ПОЧТИ ИЗОГЕННОЙ ЛИНИИ ЯЧМЕНЯ С ЧАСТИЧНЫМ АЛЬБИНИЗМОМ Шмаков Н.А., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А., Хлёсткина Е.К. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ
	ИССЛЕДОВАНИЕ ЧАСТИЧНОГО АЛЬБИНИЗМА ЯЧМЕНЯ С ПОЗИЦИИ ТРАНСКРИПТОМИКИ Шмаков Н. А., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А., Хлёсткина Е.К. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС)
	Novel genomic marker for the Alm locus in barley identified based on transcriptome analysis N.A. Shmakov, A.Yu. Glagoleva, G.V. Vasiliev, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina PlantGen2019
	The association mapping of quantitative resistance loci to net blotch and spot blotch in barley Rozanova Irina, Nina Lashina, Sofia Gorobets, Olga Afanasenko, Vadim Efimov, Elena Khlestkina 5-ая Международная научная конференция "Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений" (PlantGen2019)
	Phenotype-genotype association studies of Siberian barley germplasm for seedling and adult plant resistance to spot blotch Irina Rozanova, Nina Lashina, Vadim Efimov, Olga Afanasenko, Elena Khlestkina CBB5 5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding jointly organised with the Cereals Section of EUCARPIA
	ВЫЯВЛЕНИЕ ЛОКУСОВ, КОНТРОЛИРУЮЩИХ УСТОЙЧИВОСТЬ ЯРОВОГО ЯЧМЕНЯ К ТЕМНО-БУРОЙ ПЯТНИСТОСТИ, НА ОСНОВЕ АССОЦИАТИВНОГО КАРТИРОВАНИЯ И.В.Розанова, Н.М.Лашина, О.С. Афанасенко, В.М.Ефимов, Е.К.Хлесткина «VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы».
	Моделирование и изучение механизмов развития болезни хантингтона на линиях плюрипотентных стволовых клеток человека Малахова А.А., Маланханова Т.Б., Григорьева Е.В., Сульдина Л.А., Морозова К.Н., Киселева Е.В., Закиян С.М. Международный конгресс «VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы»
	Systems analysis of chilling stress induced transcriptomes in Arabidopsis thaliana Sizentsova Y.G., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
	Mitosis and DNA replication events define the boundaries of transition zone in Arabidopsis thaliana root tip Viktoriya V. Lavrekha, Taras P. Pasternak, Uliyana S. Zubairova, Victoria V. Mironova International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019),
	FoldGO: a web server to identify functional gene groups responding to a factor within specific ranges of fold changes Nadya Omelyanchuk, Daniil Wiebe, Victoria Mironova 30th International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019)
	FoldGO - новый метод анализа функционального обогащения с учетом степени изменения транскрипционной активности. Вибе Д.С., Омельянчук Н.А., Мухин А.М., Лашин С.А., Миронова В.В. 7ой съезд ВОГиС
	RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORKS BASED ON AUTOMATIC EXTRACTION OF KNOWLEDGE FROM SCIENTIFIC PUBLICATIONS, PATENTS AND DATABASES USING INTELLIGENCE METHODS VA Ivanisenko, ES Tiys, TV Ivanisenko, PS Demenkov VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
	РЕКОНСТРУКЦИЯ И АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ БОЛЕЗНИ АЛЬЦГЕЙМЕРА И ВИРУСНЫХ ПРОЦЕССОВ: ПОИСК НОВЫХ ГЕНОВ, ВОВЛЕЧЁННЫХ В МЕХАНИЗМ ЗАБОЛЕВАНИЯ Тийс Е.С., Иванисенко В.А. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
	The role of E-box-, G-box- and RY-motif-binding proteins in regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana Pukhovaya E., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)
	Prediction and verification of auxin-ethylene crosstalk gene networks Ubogoeva E., Levitsky V., Zemlyanskaya E. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)
	ИССЛЕДОВАНИЕ ИЗМЕНЕНИЙ ПРОТЕОМА И ТРАНСКРИПТОМА ДРОЖЖЕЙ SACCHAROMYCES CEREVISIAE ПРИ ПЕРЕХОДЕ К АНАЭРОБНЫМ УСЛОВИЯМ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ Мещерякова И. А., Банникова С. В., Розанов А. С., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Демидов Е. А., Слынько Н.М., Старостин К. В., Пельтек С. Е. МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮКАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ,И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»
	ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ ДЛЯ ХАРАКТЕРИСТИКИ БИОРЕСУРСОВ Пельтек С.Е. , Старостин К.В., Ершов Н., Ефимов В.М., Шляхтун В.Н., Мещерякова И. А., Банникова С. В., Розанов А. С., Брянская А.В., Демидов Е.А. МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ,И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»
	ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ИЗЛУЧЕНИЯ НА ГЕННУЮ ЭКСПРЕССИЮ С ПОМОЩЬЮ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ГЕНОСЕНСОРОВ Сердюков Д.С., Розанов А.С. , Мещерякова И.А. , Банникова С.В. , Горячковская Т.Н. , Ощепков Д.Ю. , Попик В.М. , Черкасова О.П. , Пельтек С.Е. VI Съезд биофизиков России
	Исследование мультифакторных заболеваний на примере предрасположенности к алкоголизму: молекулярная генетика и биофизика Осипова Л.П., Хантемирова М.Р., Галиева Э.Р., Личман Д.В., Бабенко Р.О., Ковалев С.С., Табиханова Л.Э., Орлов Ю.Л. VI Съезд биофизиков России
	What can we learn about stress-induced root growth by mathematical modeling of auxin distribution? Savina M.S., Kazantsev F.V., MironovaV.V. Plant Organ Growth Symposium 2019
	Моделирование распределения ауксина при регенерации меристемы корня Arabidopsis thaliana Савина М.С., Миронова В.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров
	Systems biology study on the WOX5 role in the distal part of the root meristem in Arabidopsis thaliana Savina M.S., Lavrekha V.V., Pasternak T., Mironova V.V. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
	Феномен прерывистой эволюции Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики", МАРЧУКОВСКИЕ НАУЧНЫЕ ЧТЕНИЯ
	Компьютерные средства анализа кластеров регуляторных районов экспрессии генов Орлов Ю.Л., Дергилев А.И., Цуканов А.В., Лузин А.Н., Орлова Н.Г. VI Съезд биофизиков России
	Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq Ковалев С.С., Леберфарб Е.Ю., Орлова Н.Г., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. VI Съезд биофизиков России
	Исследование молекулярных основ глиобластомы с помощью электронных ресурсов и баз данных Ковалев С.С., Белоусова Ю.П., Галиева Е.Р., Леберфарб Е.Ю., Орлов Ю.Л. Международная научно-практическая конференция «Биоразнообразие и сохранение генофонда флоры, фауны и народонаселения центрально-азиатского региона» 11-15 сентября 2019. г.Кызыл.
	Цифровая медицина как современное направление фундаментальных онкологических исследований в России Ковалев С.С., Белоусова Ю.П., Хантемирова М.Р., Орлов Ю.Л. IV Межрегиональный фестиваль «Молодой профессионал Сибири» 17-18 сентября. 2019. г.Кызыл.
	Суперкомпьютерные вычисления для задач электронного здравоохранения Ю.Л.Орлов, С.С.Ковалев, А.И.Шадеркин, Н.Г.Орлова, Э.Н.Фартушный, Г.С.Лебедев. Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.
	Суперкомпьютерные методы компрессии и анализа сложности данных геномного секвенирования Дергилев А.И., Лузин А.Н., Жилицкий В.Е., Принглаева А.М., Панова А.Н., Орлов Ю.Л. Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.
	Вычислительные методы для транскриптомного профилирования и анализа данных высокопроизводительного секвенирования Ковалев С.С., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Белоусова Ю.П., Хантемирова М.Р., Орлов Ю.Л. Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.
	3D genome modeling by Hi-C and ChIA-PET data Orlov Y. L., Dergilev A. I., Kovalev S. S., Babenko R. O., Li G. Марчуковские научные чтения - 2019
	Проблемы суперкомпьютерного моделирования в биоинформатике Орлов Ю.Л., Жилицкий В.Е., Ковалев С.С., Галиева А.Г., Лузин А.Н., Подколодный Н.Л. Марчуковские научные чтения - 2019
	Testing safety of genetically modified products of rice:case study on sprague dawley rats Mehrnoush S., Orlov Y.L., Eslami G., Hajimohammadi B., Ehrampoush M.H., Rezvani M.E., Fallahzadeh H., Zandi H., Hosseini S.S., Ahmadian S., Mortazavi S., Fallahi R., Asadi-Yousefabad S.L. PlantGen2019
	Software tool for analysis of possible aligner artefacts in sequencing Dergilev A.I., Naumenko F.M., Luzin A.N., Abnizova I.I., Orlov Y.L. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы 18-22 июня 2019, Санкт-Петербург
	Computer tools for spatial chromosome contacts analysis by ChIA-PET and HI-C data. Dergilev A.I., Luzin A.N., Kovalev S.S., Babenko R.O., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
	Statistical analysis, clusterization and visualization of genome distribution of transcription factor binding sites Dergilev A.I., Tsukanov A.V., Luzin A.N., Babenko R.O., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
	Dysregulation of postsynaptic translation in autism spectrum disorder: reconstruction of gene network associated with autism and mtor signaling. Rifonova E.A., Klimenko A.I., Saik O.V., Orlov Y.L., Lashin S.A., Ivanisenko V.A. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
	Database on alternative gene splicing in glioma cell cultures Kovalev S.S., Gubanova N.V., Lieberfarb E.Y., Galieva A.G., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
	Context complexity of sites containing single nucleotide polymorphisms in human genome Luzin A.N., Dergilev A.I., Tabikhanova Z.E., Safronova N.S., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
	Text complexity of genome sites containing single nucleotide polymorphisms Orlov Y.L., Galieva A.G., Luzin A.N., Zhilitsky V.E., Dergilev A.I. Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
	Clusters of transcription factor binding sites in plant genomes Dergilev A.I., Babenko R.O., Galieva A.G., Orlov Y.L. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2019)
	Урбанизация и доместикация Брагин А.О., Чадаева И.В., Суслов В.В., Орлов Ю.Л. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
	Разработка компьютерной базы данных альтернативного сплайсинга в глиомах Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Бабенко В.Н., Леберфарб Е.Ю. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
	Molecular phylogeny of the Pamphagidae family (Orthoptera, Caelifera) Vavilova V., Sukhikh I., Blinov A, Bugrov A. 13th International Congress of Orthopterology
	Pollen parent transfer mitochondria to offspring M Biryukov, AG Blinov, VA Sokolov Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2019)
	Establishing the molecular phylogeny of Acrididae grasshoppers (Orthoptera, Caelifera) Sukhikh I., Ustyantsev K., Bugrov A., Sergeev M., Vavilova V., Blinov A 13th International Congress of Orthopterology
	Revision of phylogenic relationships between several Acrididae subfamilies Sukhikh I., Ustyantsev K., Bugrov A., Sergeev M., Vavilova V., Blinov A. Systems Biology and Bioinformatics, The Eleventh International young Scientists School (SBB-2019)
	MODELING OF ANTIOXIDANT SYSTEM OF A PLANT CELL IN CONTROL AND STRESS CONDITIONS Aleksandr V. Bobrovskikh, Alexey N. Kolodkin and Alexey V. Doroshkov DSABNS2019
	Изучение структуры и динамики антиоксидантной системы растений методами системной биологии Бобровских А. В., Дорошков А. В. МНСК-2019, г. Новосибирск
	Эволюционный анализ генных сетей абиотического стресса растений Лашин С.А., Мустафин З.С., Замятин В.И., Константинов Д.К., Дорошков А.В., Афонников Д.А. VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
	Gene networks of type 2 diabetes and Alzheimer’s disease. Reconstruction and analysis Zamyatin V., Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V., Lashin S.A. The 11th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”
	Компьютерная реконструкция экологической структуры синтетического микробного сообщества, моделирующего ядро микробиоты кишечника человека Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 11 международная школа молодых ученых SBB-2019
2018	Метод восстановления циклических пептидов из масс спектров. Фомин Э.С. “ПОСТГЕНОМ’2018” "В поисках моделей персонализированной медицины"
	Поиск генов, потенциально ассоциированных с лимфедемой, из числа генов, вовлеченных в эндотелиальный апоптоз, с использованием анализа ассоциативных генных сетей ANDSYSTEM Сайк О.В., Нимаев В.В., Усмонов Д.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. XIII международная научно-практическая конференция «Лимфология: от фундаментальных исследований к медицинским технологиям»
	Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018” В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ
	Системная компьютерная биология и биоинформатика: моделирование и компьютерный дизайн экспериментов по созданию штаммов с целевыми свойствами Колчанов Н.А., Пельтек С.Е., Розанов А.С., Лашин С.А. Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике
	Hippocampal differentially expressed genes between tame and aggressive foxes are included in pathways associated with stress, behavior and adult neurogenesis Гербек Ю.Э., Генаев М.А., Васильев Г.В., Гулевич Р.Г., Шихевич С.Г., Шепелева Д.В., Афонников Д.А., Трут Л.Н. The 11th International Multiconference BGRS\SB-2018
	Gene Expression Related to Aggressive Behavior on Rat Model Чадаева И.В., Климова Н.В., Брагин А.О., Кожемякина Р.В., Шихевич С.Г., Орлов Ю.Л. BGRS 2018
	Database on Molecular Identification of Genes for Resistance in Wheat (MIGREW) Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A. 11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018
	Analysis of Clinical Forms of Leg Lymphedema. Single-Center Experience D. Usmonov, O. Saik, V. Nimaev Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\ Systems Biology — BGRS\SB-2018 Symposium Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018)
	Method of reconstruction of a sequence of non-ribosomal peptides from mass spectra with noise. Fomin E.S. BGRS-2018
	Topological properties of graph of hydrogen bonds forming in SOD1 protein indicate critical regions in its structure N. Alemasov, V. Ivanisenko Systems Biology of DNA Repair Processes and Programmed Cell Death (SbPCD-2018)
	Patterns and models of flowering of some Campanulaceae Juss. species. Фомин Э.С., Фомина Т.И. BGRS-2018
	«ИЗУЧЕНИЕ ПРОЦЕНТНОГО СОДЕРЖАНИЯ ФОСФОРА В КОЛЛЕКЦИИ КАРТОФЕЛЯ ВИДА SOLANUM TUBEROSUM» И.В. Розанова, В.К. Хлесткин, В.М. Ефимов, Е.К. Хлесткина Объединенное научное мероприятие: ДЕНЬ ПОЛЯ «Развитие селекции и семеноводства картофеля» и Научная конференция «Теоретические основы и прикладные исследования в селекции и семеноводстве картофеля»
	Reconstruction of a Set of Points from the Noise Multiset of Pairwise Distances in n2 Steps for the Cyclic Sequencing Problem. Fomin E.S. BIATA-2018 Bioinformatics: from algorithms to applications.
	«ИЗУЧЕНИЕ ПРОЦЕНТНОГО СОДЕРЖАНИЯ ФОСФОРА В КОЛЛЕКЦИИ КАРТОФЕЛЯ ВИДА SOLANUM TUBEROSUM». И.В. Розанова, В.К. Хлесткин, В.М. Ефимов, Е.К.Хлесткина Международная научно-практическая конференция «Состояние, проблемы и перспективы картофелеводства ХХІ века (90 лет научному картофелеводству Беларуси)»
	«THE STUDY OF SIBERIAN COLLECTION OF SPRING BARLEY» I.V. Rozanova (Bykova), Y.N. Grigoriev, N.M. Lashina, V.M. Efimov, T.V. Kukoeva, R.S. Yudina, S.A. Gorobets , O.S. Afanasenko, E.K Khlestkina 17th International Conference EWAC-EUCARPIA
	Leaf hairiness in wheat: genetic, evolutional and physiological aspects T. A. Pshenichnikova, A. V. Doroshkov, A. V. Simonov, M. A. Yudina, D. A. Afonnikov, M. D. Permyakova, A. V. Permyakov, S. V. Osipova, A. Börner 17th International EWAC Conference
	Expression of natural antisense transcripts in human genome Orlov Y.L. CLINICAL PROTEOMICS. POSTGENOME MEDICINE – 2017
	Влияние изменения режима аэрации на транскриптом и протеом S.cerevisiae А.С. Розанов, И.А. Мещерякова, С.В. Банникова, Д.Ю. Ощепков, Г.В. Васильев, С.Е. Пельтек Астана Биотех 2018
	Insight into genetic and social aspects of modern communities of deaf people in Siberia for forecasting the prevalence of hereditary deafness. Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Romanov G.P., Barashkov N.A., Smirnova A.A., Zytsar M.V., Maslova E.A., Danilchenko V.Y., Posukh O.V., Lashin S.A. The European Human Genetics Conference in conjunction with the European Meeting on Psychosocial Aspects of Genetics.
	Mathematical model of membrane potential formation at E. coli growth on nitrite. Ree N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. The 3rd International Symposium "Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology"
	Agent-based modelling of genetic deafness propagation under various sociodemographic conditions. Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Smirnova A.A., Romanov G.P., Posukh O.L. 11th International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\ Systems Biology», The 3rd International Symposium Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018
	Gene networks of human hearing impairments: reconstruction and analysis. Zamyatin V.I., Mustafin Z.S., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Posukh O.L., Lashin S.A. The Tenth International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2018).
	Heat stress activation of LTR retrotransposons in the flatworm Macrostomum lignano. Ustyantsev K., Vavilova V., Berezikov E. XIV International Symposium on Flatworm Biology
	Heat shock response elements are present in the promoters of the heat stress activated LTR retrotransposons in the free-living regenerative flatworm Macrostomum lignano V. Vavilova, E. Berezikov, K. Ustyantsev Systems Biology And Bioinformatics (SBB-2018) \| The Tenth International Young Scientists School
	Establishing free-living flatworm Macrostomum lignano as a model to study links between regeneration and cancer M. Biryukov, I. Sukhikh, V. Vavilova, K. Ustyantsev, E. Berezikov Systems Biology And Bioinformatics (SBB-2018) \| The Tenth International Young Scientists School
	Genetic mechanisms of resistance to golden potato cyst nematode Globodera rostochiensis in Solanum phureja A.A. Egorova, N.A. Shmakov, S.V. Gerasimova, G.V. Vasilyev, N.V. Shatskaya, K.V. Strygina, D.A. Afonnikov, A.V. Kochetov Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” – BGRS\SB-2018
	Whole genome duplication in genome evolution of the free-living flatworm Macrostomum lignano (Platyhelmnithes, Turbellaria) Zadesenets K., Ershov N., Schärer L., Berezikov E., Rubtsov N.B. XIV ISFB
	WGD in genome evolution of the free-living flatworm Macrostomum lignano Zadesenets K.S., Ershov N.I., Schärer L., Berezikov E., Rubtsov N.B. 22th International Chromosome Conference
	Investigating genetic control of pigmentation in mutant barley lines with RNA-seq. BGRS, 2018 N.Shmakov, A.Glagoleva, A.Doroshkov, G.Vasiliev, N.Shatskaya, D.Afonnikov, E.Khlestkina BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium
	Анализ транскриптов, специфичных для линии картофеля, устойчивой к золотистой картофельной нематоде, из данных RNA-seq Н.А. Шмаков, А.Ю. Глаголева, К.В. Стрыгина, А.В. Егорова, Д.А. Афонников, А.В. Кочетов Теоретические основы и прикладные исследования в селекции и семеноводстве картофеля
	Идентификация локусов хозяйственно-ценных признаков и подбор диагностических маркёров для селекции отечественных сортов ярового ячменя И.В.Розанова, Н.М. Лашина, В.М. Ефимов, О.С. Афанасенко, Е.К. Хлесткина. IV МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ "ГЕНОФОНД И СЕЛЕКЦИЯ РАСТЕНИЙ"
	«Identification of Loci Determining Resistance of Spring Barley to Spot and Net Blotch, Using Association Mapping Approach» I.V. Rozanova (Bykova), N.M. Lashina, V.M. Efimov, S.A. Gorobets , O.S. Afanasenko, E.K. Khlestkina. 10th International Young Scientists School «SYSTEM BYOLOGY AND BIOINFORNATINCS» SBB-2018
	Adaptive strategies of motile bacteria in dynamic aquatic ecosystems. A simulation study. A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin BGRS 2018
	On evolutionary analysis of gene networks by the Orthoscape software Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin BGRS 2018
	Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy metabolism disorders S.A. Lashin, Z.S. Mustafin, V.A. Manevich, D.A. Afonnikov, E.V. Ignatieva, Yu.G. Matushkin, V.V. Klimontov BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium
	Spatial heterogeneity influences evolutionary scenarios in microbial communities explained by ecological stratification: a simulation study A.I. Klimenko,Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)
	Developing FoldGO, the tools for multifactorial functional enrichment analysis A.M. Mukhin, D.S. Wiebe, I. Grosse, S.A. Lashin, V.V. Mironova Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)
	Rational design of molecular probes targeting caspase-8/c-FLIPL heterodimer in the Death-Inducing Signaling Complex Иванисенко Никита Владимирович 26th Conference of the European Cell Death Organization
	Identification of genes, associated with black pigmentation of seeds in cereals, based on transcriptomic analysis. A.Yu. Glagoleva, N.A. Shmakov, O.Yu. Shoeva, G.V. Vasiliev, N.V. Shatskaya, A. Börner, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina The Tenth International Young Scientists School (SBB-2018)
	Один генотип → два фенотипа: "нейтрально-сопряженная коэволюция" и происхождение персистентных клеток. Лихошвай В.А., Хлебодарова T.M. Математическая биология и биоинформатика (ICMBB'2018)
	О хаотическом потенциале системы локальной трансляции в активированном синапсе Хлебодарова T.M., Когай В.В., Лихошвай В.А. Математическая биология и биоинформатика (ICMBB'2018)
	Молекулярно-генетические механизмы формирования мембранного потенциала у Escherichia coli в условиях стационарного роста на нитрите. Ри Н.А., Хлебодарова T.M., Лихошвай В.А. Математическая биология и биоинформатика (ICMBB'2018)
	Изучение ответа микроорганизмов на нетермическое воздействие терагерцового излучения Банникова С.В., Мещерякова И.А., Тимофеева М., Демидова Е.В., Розанов А.С., Старостин К.В., Демидов Е.А., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. XIX Зимняя Школа ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии,
	Study of bioresources of salt lakes of Novosibirsk oblast A. Bryanskaya, Yu. Uvarova, A. Rozanov, E. Lazareva, O. Taran, T. Ivanisenko, S. Peltek 11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018
	Nonthermal impact of terahertz (THz) radiation on living systems S.E. Peltek, I.A. Meshcheryakova, T.N. Goryachkovskaya, E.V. Kiseleva, A.S. Rozanov, E.V. Demidova, K.V. Starostin, A.V. Bryanskaya, S.V. Sergeeva,P.S. Loshenova, D.Y. Oshchepkov, E.A. Demidov, G.L. Dianov, M.A. Logarkova, S.L. Kiselev, M. Timofeeva, N.A. Vinokurov, V.M. Popik, M.A. Scheglov 11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018
	Dynamics of S. cerevisiae proteomic and transcriptomic response to changes in aeration conditions A. Rozanov, I. Meshcheryakova, S. Bannikova, D. Oshchepkov, G. Vasiliev, S. Peltek 11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018
	The comparison of brain stem transcriptomes in rats from hypertensive ISIAH and normotensive WAG strains L.A.Fedoseeva, L.O.Klimov, N.I.Ershov, V.M.Efimov, A.L.Markel, Y.L.Orlov, O.E.Redina Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Математическое моделирование формирования и поддержания структуры апикальной меристемы корня Arabidopsis thaliana L. Лавреха В.В., Миронова В.В. ХХV международная конференция Математика Компьютер Образование
	3D map of proliferation activity in Arabidopsis thaliana root tips: longitudinal zonation and symmetries in the wild type and mutants Lavrekha V.V., Pasternak T., Mironova V.V. 29 International Conference on Arabidopsis research (ICAR’2018)
	Mathematical modeling of formation and supporting of the structure of the root apical meristem Arabidopsis thaliana L. V.V. Lavrekha, V.V. Mironova Eleventh International Conference “BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\systems biology”
	Longitudinal zonation and symmetries in proliferation activity of the Arabidopsis thaliana root meristem in cytokinin deficient and auxin overproducing mutants Viktoriya Lavrekha, Taras Pasternak, Klaus Palme, Victoria Mironova International Symposium “Auxins and Cytokinins in Plant Development ... and Interactions with Other Phytohormones"
	Genetic variability and evolution of Q gene in Aegilops and Triticum species V. Vavilova, I. Konopatskaia, A. Blinov Plant Biology Europe 2018
	DEP1 gene in wheat species with different spike phenotype I. Konopatskaia, V. Vavilova, A. Kuznetsova, A. Blinov Plant Biology Europe 2018
	Genomic characterization of DEP1 gene in the Triticinae species with compact, compactoid and normal spike shape V. Vavilova, I. Konopatskaia, A. Blinov Symposium "Biodiversity: Genomics and Evolution" (BioGenEvo-2018)
	Revised molecular phylogeny of Acrididae family I. Sukhikh, K. Ustyantsev, V. Vavilova, A. Blinov Symposium "Biodiversity: Genomics and Evolution" (BioGenEvo-2018)
	Computer analysis of alternative splicing events by RNA-seq data in brain cells V.N. Babenko, N.V. Gubanova, A.V. Tsukanov, S.S. Kovalev, A.O. Bragin,G.V. Vasiliev, Yu.L. Orlov Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Cell-free RNA studies in cancer based on T oligo-primed polymerase chain reaction (TOP-PCR) technology K.-P.Chiu, N.V. Gubanova, A.V. Tsukanov, S.S. Kovalev, Y.L. Orlov Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Alternative splicing in transcriptomes of glioma cell cultures N.V. Gubanova, A.O. Bragin, A.G. Bogomolov, S.S. Kovalev, Y.L. Orlov Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Mathematical modeling of chilling stress induced changes in Arabidopsis thaliana root meristem M.S. Savina, J.H. Hong, Jian Xu, V.V. Mironova Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	MATHEMATICAL MODELING OF CHILLING STRESS EFFECT ON THE PLANT ROOT MERISTEM Maria Savina, Jing Han Hong, Jian Xu, Victoria Mironova The first international Plant Systems Biology meeting
	Mathematical modeling of the effects of chilling stress on Arabidopsis thaliana root stem cell niche Maria Savina, Jing Han Hong, Jian Xu, Victoria Mironova International Symposium “Auxins and Cytokinins in Plant Development ... and Interactions with Other Phytohormones
	Bacterial Species Concept and Rampant Recombination of Wolbachia Genomes Yury Ilinsky, Yuri Vyatkin, Roman Bykov, Mary Yudina, Valentin Suslov Chromosome 2018 : International Conference.
	Opisthorchiidae triad: comparative genomics of the carcinogenic liver flukes using a draft genome of Opisthorchis felineus Viatcheslav A. Mordvinov, Nikita I. Ershov, Mariya Y. Pakharukova, Dmitry A. Afonnikov 14th International Congress of Parasitology (ICOPA)
	Кластеры генов, регулирующие ответные реакции на водный стресс я ядерном геноме Triticum aestivum L. Осипова С.В., Пшеничникова Т.А., Пермяков А.В., Пермякова М.Д., Рудиковская Е.Г., Дорошков А.В., Верхотуров В.В., Леонова И.Н., Лохвассер У., Бернер А. Механизмы регуляции функций органелл эукариотической клетки
	Роль хромосом второй гомеологической группы в засухоустойчивости пшеницы Triticum aestivum L. Осипова С.В., Пшеничникова Т.А., Пермяков А.В., Пермякова М.Д., Рудиковская Е.Г., Дорошков А.А., Леонова И.Н., Верхотуров В.В., Lohwasser U. Годичное собрание общества физиологов растений России "Механизмы устойчивости растений и микроорганизмов к неблагоприятным условиям среды"
	Кандидатные гены для регуляции активности липоксигеназы Пермякова М.Д., Осипова С.В., Пермяков А.В., Пшеничникова Т.А., Рудиковская Е.Г., Дорошков А.А., Леонова И.Н., Верхотуров В.В., Lohwasser U. Годичное собрание общества физиологов растений России "Механизмы устойчивости растений и микроорганизмов к неблагоприятным условиям среды"
	СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ МОРФОЛОГИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ ГРАНУЛ КРАХМАЛА S. tuberosum, ИЗ РАСТЕНИЙ, ВЫРАЩЕННЫХ В 2016/2017 ГОДАХ Эрст Татьяна Владимировна Дорошков Алексей Владимирович Хлесткин Вадим Камильевич Теоретические основы и прикладные исследования в селекции и семеноводстве картофеля
	A Systematic Approach for Dissecting the Mechanisms of EIN3-Dependent Regulation of Ethylene Response in Ara-bidopsis thaliana E.V. Zemlyanskaya, V.G. Levitsky The XI International Symposium on the Plant Hormone Ethylene (Ethylene 2018)
	Dissecting the mechanisms of EIN3-dependent regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana E.V. Zemlyanskaya, D.Y. Oshchepkov, V.V. Mironova, V.G. Levitsky The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)
	Exome-wide search and functional annotation of genes associated with severe forms of tick-borne encephalitis in Russians. N.S. Yudin, A.A. Yurchenko, M.I. Voevoda, E.V. Ignatieva SBioMed-2018
	A catalog of human genes and a gene network controlling feeding behavior and body weight. E.V. Ignatieva BGRS\SB-2018
	Genetic regulation of wheat plant development and architecture. Dobrovolskaya O.B., Dresvyannikova A.E., Popova K.I., Ponomarenko M.P., Orlov Yu.L., Krasnikov A.A., Martinek P. The 11th Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/System Biology: BGRS/SB'2018
	Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. VII Международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»
	Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy metabolism disorders Lashin S.A., Mustafin Z.S., Manevich V.A., Afonnikov D.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V. Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium
	MiRNA seed shifting: origin and functional implications. P. Vorozheykin, N. Yazikov, I. Titov BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)
	Mirtrons as a possible inherent source of silencing variability P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Biodiversity: Genomics and Evolution (BioGenEvo-2018)
	Revealing the research institutes and their interactions: a case study of miRNA research A. Firsov, I. Titov Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)
	Discordant evolution of YUCCA family proteins demonstrated along sequence. I. Turnaev, K. Gunbin, V. Suslov, D. Afonnikov 11-ая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии — BGRS\SB-2018
	Homologous series and parallel evolution problem V. Suslov, M. Ponomarenko, D. Rasskazov BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)
	Analysis of genome size, CG content and characteristics of microorganisms’environment habitats V.V. Suslov, A.V. Tsukanov, Y.L. Orlov BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)
	Molecular evolution analysis of genetic network components related to plant trichome development A.V. Doroshkov, D.K. Konstantinov, K. V. Gunbin, D. A. Afonnikov BGRS/SB 2018
	Ontology of homologous series V. Suslov BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)
	Statistical approaches for analysis of mapping quality for single-cell sequencing data Abnizova I.I., te Boekhorst R., Beka N., Naumenko F.M., Tsukanov A.V., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Systems biology approaches for analysis of dementia with Lewy bodies in mouse models Amstislavskaya T.G., Tikhonova M.A., Bai H., Orlov Y.L., Chen M. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	DNA methylation studies in plants based on sequencing technologies Arrigo P., Anashkina A.A., Esipova N.G., Dobrovolskaya O.B., Orlov Y.L Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Computer analysis of genes expression, involved in the serotonergic and dopaminergic systems work, in the ventral tegmental brain area of aggressive and non-agressive rats Bragin A.O., Markel A.L., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Roles of non-coding RNAs in stress response in plants Chen M., Wang J., Dobrovolskaya O.B., Babenko V.N., Orlov Y.L., Liu Y., Samarina L.S. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Computer studies of miRNA in abiotic stress response in plants Dobrovolskaya O.B., Spitsina A.M., Galieva A.G., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Orlov Y.L., Chen M. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Analysis of possible sequence aligner artefacts using novel read density distribution Naumenko F.M., Abnizova I.I., Beka N., Orlov Y.L. of Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Systems biology research at the SBB young scientists school series Orlov Y.L., Wong L., Tatarinova T.V., Hofestädt R., Kolchanov N.A. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Computer genomics of regulatory single nucleotide polymorphisms in neurodegenerative diseases based on metabolic pathways models Shanmughavel P., Sathishkumar R., Ponomarenko M.P., Khantemirova M.R., Tabikhanova L.E., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Bioinformatics tools for 3D chromosome contacts analysis Thierry O., Galieva A.G., Tsukanov A.V., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Extended clusters of transcription factor binding sites in embryonic stem cells Tsukanov A.V., Dergilev A.I., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Computer program for visualization of gene ontology results based on transcriptomics data Zaporozhchenko A.A., Galieva A.G., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Conclusion: international education programs and round table Orlov Y.L., Savostyanov A.N., Amstislavskaya T.G., Aftanas L.I. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Reconstruction of Gene Networks Associated with Autism and Related to mTOR Signaling Pathway using ANDSystem O.V. Saik, E.A. Trifonova, T.M. Khlebodarova, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2018
	Analysis of Programmed Cell Death in Associative Gene Network of Glaucoma Reconstructed Using ANDSystem O.V. Saik, P.S. Demenkov, O.S. Konovalova, N.A. Konovalova, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2018
	ПРОВЕРКА ВЫПОЛНЕНИЯ СВОЙСТВА ТРАНЗИТИВНОСТИ В ФРЕЙМОВЫХ МОДЕЛЯХ, ОПИСЫВАЮЩИХ СВЯЗЬ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ РЕГУЛЯЦИИ МЕТАБОЛИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ С ЗАБОЛЕВАНИЯМИ Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Международная научно-практическая конференция «Экспериментальные и теоретические исследования в современной науке»
	РАЗРАБОТКА МЕТОДИК ФЕНОТИПИРОВАНИЯ ДИКИХ ВИДОВ КАРТОФЕЛЯ КОЛОШИНА К.А., ИВАНОВА К.А., КОМЫШЕВ Е.Г., ГЕНАЕВ М.А., КОЧЕТОВ А.В., ГЕРАСИМОВА С.В. "ДЕНЬ ПОЛЯ" В РАМКАХ КПНИ ФАНО РОССИИ "РАЗВИТИЕ СЕЛЕКЦИИ И СЕМЕНОВОДСТВА КАРТОФЕЛЯ" И НАУЧНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ "ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ ОСНОВЫ И ПРИКЛАДНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ В СЕЛЕКЦИИ И СЕМЕНОВОДСТВЕ КАРТОФЕЛЯ"
	The overlapped motifs co-occurrence in ChIP-seq data. V.G. Levitsky,D.Y. Oshchepkov, E.V. Zemlyanskaya, V.V. Mironova, E.V. Ignatieva,O.A. Podkolodnaya, T.I. Merkulova The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)
	Применение системы редактирования генома Cas9/gRNA для доместикации картофеля de novo К.А. Иванова, С.В. Герасимова, А.А. Егорова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.В. Домрачев, К.А. Колошина, А.В. Кочетов, Е.К. Хлесткина Crispr-2018
	Genetic control of resistance to golden potato cyst nematode Globodera rostochiensis in potato plants Solanum phureja A.A.Egorova, N.A. Shmakov, S.V. Gerasimova, G.V. Vasilyev, N.V. Shatskaya, K.V. Strygina, D.A. Afonnikov, A.V. Kochetov "PLANT FUNCTIONING UNDER ENVIRONMENTAL STRESS" SEPTEMBER 12 - 15, 2018, CRACOW, POLAND.
	Comparison of quality of automated gene network reconstruction using connectivity of random and functional networks Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)
	Программные средства для построения и анализа сложных моделей микробного метаболизма и микробных сообществ Лашин С.А, Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Афонников Д.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Школа-конференция «Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике»
	Bioinformatics study of genes expression in rat brain areas by RT-PCR and their role in behavior K.A. Tabanyuhov, I.V. Chadaeva, A.O. Bragin, Y.L. Orlov BGRS/SB 2018
	FoldGO - the new method for functional enrichment analysis of transcriptome data to identify fold-change-specific GO terms Wiebe D.S., Mironova V.V. 17TH EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY (ECCB 2018)
	FoldGO for functional annotation of transcriptome data to identify fold-change-specific GO categories D.S. Wiebe, A.M. Mukhin, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology
	Early and late transcriptional responses to the low concentration of salicylic acid in Arabidopsis thaliana L. root E. Elgaeva, E. Zemlyanskaya, D. Novikova, V. Mironova Systems Biology And Bioinformatics (SBB-2018) \| The Tenth International Young Scientists School
	Establishing free-living flatworm Macrostomum lignano as a model to study links between regeneration and cancer M. Biryukov, I. Sukhikh, V. Vavilova, K. Ustyantsev, E. Berezikov The Tenth International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics
	Using a mathematical modeling to access the abiotic stress response of plant antioxidant system Alexander V.}{Bobrovskikh, Alexey V. Doroshkov ECMTB 2018
	Using the mathematical modeling approach to access the behavior of plant antioxidant system under abiotic stress conditions A. Bobrovskikh, A. Doroshkov BGRS 2018
	Программные средства для комплексного анализа генных сетей С.А. Лашин, З.С. Мустафин, В.И. Замятин, Д.А. Афонников, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов V Международная конференция. «Постгеном 2018». В поисках моделей персонализированной медицины
	Meta-analysis of whole-transcriptome data suggests new mechanisms of auxin-induced ethylene biosynthesis and signaling in Arabidopsis thaliana Elena Ubogoeva The 10th International Young Scientist School “System Biology and Bioinformatics
2017	Расстройства аутистического спектра как проявление нарушений функций синапсов. Трифонова Е.А., Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Лихошвай В.А. Всероссийская научно-практическая конференции с международным участием "Современные проблемы клинической психологии и психологии личности"
	A METAGENOMIC STUDY OF BENTHIC MICROBIAL COMMUNITIES OF SALINE LAKES OF THE NOVOSIBIRSK OBLAST BRYANSKAYA A.V., UVAROVA YU. E., ROZANOV A.S., MALUP T.K., LAZAREVA E.V., TARAN O.P., DAGUROVA O.P., IVANISENKO Т.V., PELTEK S.E. 13TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SALT LAKE RESEARCH (ICSLR 2017) Ulan-Ude, Russia, 21-25 августа 2017 г.
	Эмпирический критерий существования хаоса в уравнениях с запаздывающим аргументом Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Математика в современном мире. Международная конференция, посвященная 60-летию Института математики им. С. Л. Соболева.
	О компьютерном моделировании иерархических биологических систем Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Математика в современном мире. Международная конференция, посвящённая 60-летию Института математики им. С.Л. Соболева
	GENE EXPRESSION ANALYSIS OF EGR1, GRIA2, MAPK1, BY qPCR IN BRAIN AREAS OF RATS SELECTED BY AGGRESSIVE BEHAVIOR Chadaeva I.V., Klimova N.V., Markel A.L., Vasiliev G.V. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Математическая модель самоорганизации потоков ауксина в корне Ф.В. Казанцев, В.В. Миронова БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Пространственная гетерогенность способствует локальному поддержанию антагонистических эволюционных сценариев в моделях микробных сообществ А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Сложная динамика локальной трансляции в синапсе: математическая модель Е.А. Трифонова, Т.М. Хлебодарова, В.В. Когай, В.А. Лихошвай Международная конференция, посвященная столетию со дня рождения академика АН СССР Д.К.Беляева «Беляевские чтения»
	Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Фаговая инфекция замедляет видообразование, вызванное горизонтальным переносом и потерей генов метаболизма в моделях пространственно гетерогенных микробных сообществ Ю.Г. Матушкин, А.И. Клименко, Н.А. Колчанов, С.А. Лашин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Достижение пика приспособленности при сложных ландшафтах в микробных сообществах в различных экологических условиях: результаты компьютерного моделирования С.А. Лашин, З.С. Мустафин, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Regulatory circuits in gene networks: organization and evolution Колчанов Н.А., Лашин С.А. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Раскрытие общих механизмов агрегации мутантов белка SOD1 с помощью эластичного сетевого моделирования Н.А. Алемасов, В.А. Иванисенко Сателлитный симпозиум «Молекулярно-генетические механизмы патогенеза глаукомы»
	Эмпирический критерий существования хаоса в уравнениях с запаздывающим аргументом Лихошвай В.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. Марчуковские научные чтения
	Комплексный анализ опушения листа, интрогрессированного в мягкую пшеницу из геномов сородичей Симонов Александр Владимирович, Юдина Мария Александровна, Дорошков Алексей Владимирович, Пшеничникова Татьяна Алексеевна III МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ «ГЕНОФОНД И СЕЛЕКЦИЯ РАСТЕНИЙ», ПОСВЯЩЕННАЯ 130-ЛЕТИЮ Н.И. ВАВИЛОВА (28.03. – 30.03.2017)
	ANDSystem: a tool for automated literature mining in the field of biology Ivanisenko V.A., Saik O.V., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S. Международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития"
	Сахарный диабет в эпоху «омиксных технологий» О.В. Сайк, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко II Междисциплинарная конференция "Сахарный диабет-2017: от мониторинга к управлению"
	Изучение эволюции генома свободноживущего плоского червя Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) с помощью высокопроизводительного секвенирования микродиссекционных ДНК-библиотек Задесенец КС, Березиков Е, Ершов НИ, Тупикин АЕ, Кабилов МР, Рубцов НБ. Высокопроизводительное секвенирование в геномике
	Компьютерный анализ полногеномных данных указывает на роль типов хроматина в регуляции первичного ответа на этилен у Arabidopsis thaliana Землянская ЕВ, Левицкий ВГ, Ощепков ДЮ II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"
	По следам экспедиций Н. И. Вавилова: Изучение наследования длины вегетационного периода (признак яровость-озимость) у дикого тетраплоидного вида пшениц Triticum dicoccoides. Вавилова В. Ю., Конопацкая И. Д., Блинов А. Г. Генофонд и селекция растений, 3-я Международная конференция, посвященная 130-летию Н.И. Вавилова
	Acrididae family: establishing of phylogenetic relationships based on mitochondrial and nuclear DNA markers. V. Vavilova, I. Sukhikh, K. Ustyantsev, A. Blinov 9-ая школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» / «Systems Biology and Bioinformatics», SBB-2017
	Parasites of Nosema, Crithidia and Apicystis genera in the natural Siberian bumblebee populations. V. Vavilova, I. Konopatskaia, N. Eremeeva, A. Blinov БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева
	Установление экзон-интронной структуры гена компактности колоса у ди-, тертра- и гексаполидных пшениц. Конопацкая И.Д., Вавилова В.Ю., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике" (HSG-2017)
	ALTERNATIVE SPLICING, ISOFORMS AND ROLE OF GRIN1 GENE EXPRESSION IN BEHAVIOR OF RATS SELECTED BY AGGRESSIVE BEHAVIOR Babenko V.N., Bragin A.O., Chadaeva I.V. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORK RELATED TO AGGRESSIVE BEHAVIOR IN RATS USING TRANSCRIPTOME DATA O.V. Petrovskaya, I.V.Chadaeva, O.V. Saik, A.O. Bragin, E.S. Tyis БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	КАНДИДАТНЫЕ SNP-МАРКЕРЫ ТАТА БОКСОВ ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА ДЛЯ РЕПРОДУКТИВНОГО ПОТЕНЦИАЛА М. Пономаренко, И. Чадаева, Д. Рассказов, Е. Шарыпова, И. Драчкова, Е. Кашина, Л.К. Савинкова, П. Пономаренко, Л.В. Осадчук, А.В. Осадчук БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Оценка времени формирования разобщенных ареалов у палеарктических ленточников Limenitis (Lepidoptera: Nymphalidae) Соловьев В.И., Дубатолов В.В., Вавилова В.Ю., Костерин О.Э. Беляевские чтения : Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Membrane potential as a new factor, modulating periplasmic nitrite reductase activty. Ree N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. The Ninth International Yong Scientists School “Systems Biology and Bioinformatics”
	Реконструкция генных сетей, ассоциированных с первичной открытоугольной глаукомой с помощью системы ANDSystem. Сайк О.В., Деменков П.С., Коновалова Н.А., Коновалова О.С., Иванисенко В.А. Беляевские чтения: Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Сравнительный анализ транскриптомов ствола мозга у гипертензивных крыс линии НИСАГ и нормотензивных крыс линии WAG. Л.А. Федосеева, В.М. Ефимов, А.Л. Маркель, О.Е. Редина Международная конференция «Беляевские чтения», посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Analysis of microRNA expression in rat pluripotent stem cells using genome-wide sequencing technologies Sherstyuk V.V., Medvedev S.P., Elisaphenko E.A., Vaskova E.A., Ri M.T., Vyatkin Y.V., Saik O.V., Shtokalo D.N., Pokushalov E.A., Zakian S.M. 15th Annual Meeting of the International Society for Stem Cell Research
	Эндосимбионт Wolbachia в популяциях насекомых: горизонтальный перенос и рекомбинация штаммов Илинский Ю.Ю., Юдина М.А., Быков Р.А., Суслов В.В. Международная научная конференция «Генетика популяций: прогресс и перспективы», посвящённая 80-летию со дня рождения академика Ю. П. Алтухова и 45-летию лаборатории популяционной генетики ИОГен РАН
	Wheat leaf trichomes pattern formation: from image analysis to computational modeling U.S. Zubairova, A.V. Doroshkov 9th Young Scientists School "Systems Biology and Bioinformatics" (SBB-2017)
	Изучение механического поведения клеток в рамках клеточно-ориентированной модели роста листа пшеницы Зубаирова У.С., Николаев С.В., Пененко А.В., Подколодный Н.Л., Голушко С.К., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Девятая международная молодежная научная школа-конференция "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", посвященная 85-летию со дня рождения академика М.М. Лаврентьева
	Study on genetic control of early inflorescence development in bread wheat (T. aestivum) that determines inflorescence architecture and yield Dobrovolskaya O.B., Popova K.I., Orlov Yu.L., Krasnikov A.A., Martinek P. 4th International conference "Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology May 29- June 02, 2017
	Стазис, периодичность и прерывистость в эволюции глобальных экосистем: математическая модель. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. III Международная конференция «Современные проблемы биологической эволюции», посвященной 130-летию со дня рождения Н.И. Вавилова и 110-летию со дня основания Государственного Дарвиновского музея
	ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН УARABIDOPSIS THALIANA НА ОСНОВАНИИ КОМПЬЮТЕРНОГО АНАЛИЗАПОЛНОГЕНОМНЫХ ДАННЫХ Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Миронова В.В. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ
	ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА И ОСОБЕННОСТЕЙ НУКЛЕОТИДНОГО КОНТЕКСТА В РАЙОНЕ СВЯЗЫВАНИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА EIN3 В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН У ARABIDOPSIS THALIANA Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева
	ЗНАЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ КОЛЛЕКЦИЙ ДЛЯ РЕШЕНИЯ ЗАДАЧ ПРЯМОЙ И ОБРАТНОЙ ГЕНЕТИКИ РАСТЕНИЙ Хлесткина Е.К.*, Афонников Д.А., Бернер А., Быкова И.В., Васильев Г.В., Герасимова С.В., Глаголева А.Ю., Гордеева Е.И., Григорьев Ю.Н., Короткова А.М., Пшеничникова Т.А., Стрыгина К.В., Шацкая Н.В., Шмаков Н.А., Шоева О.Ю., Юдина Р.С. III МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ «ГЕНОФОНД И СЕЛЕКЦИЯ РАСТЕНИЙ», ПОСВЯЩЕННАЯ 130-ЛЕТИЮ Н.И. ВАВИЛОВА (28.03. – 30.03.2017)
	GENETICS AND OMICS APPROACHES TO BETTER UNDERSTANDING REGULATION OF METABOLI C PATHWAYS UNDERLYING PIGMENTATION IN WHEAT AND BARLEY O.Y. Shoeva, E.I. Gordeeva, N.A. Shmakov, K.V. Strygina, A.Y. Glagoleva, T.V. Kukoeva , N.V. Shatskaya , G.V. Vasiljev , A. Börner, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina* 4-ая международная научная конференция "Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений" (PlantGen2017)
	Тип хроматина влияет на нуклеосомную организацию ДНК в районе старта транскрипции В.Г. Левицкий, Ю.М. Мошкин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Transcriptome analysis in laboratory animals Yuriy Orlov C3-B3 "Crops, Chips and Computers"
	THEORETICAL ANALYSIS OF THE NETWORK INTEGRATING HUMAN GENES INVOLVED IN RESPONSE TO TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS INFECTION Yudin N.S., Igoshin A.V., Ignatieva E.V. Беляевские чтения. Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	ПОИСК ГЕНОВ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА КОМОРБИДНОСТЬ ПЕРВИЧНОЙ ОТКРЫТО-УГОЛЬНОЙ ГЛАУКОМЫ И ДИАБЕТИЧЕСКОЙ РЕТИНОПАТИИ, С ПОМОЩЬЮ СТРУКТУРНОГО АНАЛИЗА ГЕННЫХ СЕТЕЙ Е.С. Тийс, О.В. Сайк, В.А. Иванисенко Беляевские чтения: междунар. конф., посвященная 100-летию со дня рождения акад. АН СССР Д.К.Беляева
	IDENTIFICATION OF GENES CONTROLLING BLACK PIGMENTATION IN CEREALS Glagoleva A.Y., Vasiliev G.V., Shatskaya N. V., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Shoeva O. Y., Börner A., Khlestkina E.K. 4th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen2017)
	RNAseq-BASED DECIFERING OF MOLECULAR MECHANISMS UNDERLYING TRAIT FORMATION: NON-ALTERNATIVE WAY IN CASE OF IMPEDED METABOLITE IDENTIFICATION Glagoleva A.Y., Shmakov N.A., Shoeva O. Y., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Börner A., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике" (HSG-2017)
	ИДЕНТИФИКАЦИЯ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С ЧЕРНОЙ ОКРАСКОЙ КОЛОСА У ЗЛАКОВ, НА ОСНОВЕ ТРАНСКРИПТОМНОГО АНАЛИЗА Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Шоева О.Ю., Васильев Г.В., Шацкая Н.В., Бернер А., Афонников Д.А., Хлесткина Е.К. IV Вавиловская международная конференция «Идеи Н. И. Вавилова в современном мире»
	The Genome of Opisthorchis felineus N. Ershov, M. Pomaznoy, D. Afonnikov, K. Gunbin, M. Genaev, K. Ustiantsev, M. Pakharukova, E. Prokhortchouk, A. Mazur, N. Chekanov, K. Skryabin, N. Kolchanov, et al., V. Mordvinov Asian Neglected Tropical Disease Conference 2017 (NTDASIA2017)
	Comparative transcriptomics of Opisthorchiidae liver flukes Ershov NI, Pakharukova MY, Afonnikov DA, Kovner A, Mordvinov VA Swiss TPH Winter Symposium 2017 Helminth Infection – from Transmission to Control, TOPIC WORKING GROUP MEETING
	MOBILE APPLICATION FOR HIGH THROUGHPUT GRAIN PHENOTYPING M. A. Genaev, E. G. Komyshev, D. A. Afonnikov 4th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen2017)
	Экспрессия генов, связанных с поведением, стрессом и фотопериодизмом, в дорзальном гиппокампе доместицируемых лисиц. Гербек Ю.Э., Генаев М.А., Васильев Г.В., Гулевич Р.Г., Шихевич С.Г., Шепелева Д.В., Афонников Д.А., Трут Л.Н. Международная конференция "Беляевские чтения".
	Expression of genes related with stress and behavioral regulation in dorsal hippocampus of the experimentally domesticated foxes. Herbeck Y, Genaev M, Vasiliev G, Gulevich R, Shikhevich S, Shepeleva D, Afonnikov D, Trut L. BNA international Festival of Neuroscience 2017
	Анализ альтернативного сплайсинга в глиомах с помощью секвенирования транскриптом Брагин А.О., Губанова Н.В., Ковалев С.С., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. Вторая Международная научно-практическая конференция «NGS в медицинской генетике 2017»
	Компьютерные оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании Васильев Г.В., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Галиева Э.Р., Орлов Ю.Л. Вторая Международная научно-практическая конференция «NGS в медицинской генетике 2017».
	The expression of GRIA1, CACNA2D3, POMC and MAPK1 genes and their role in aggressive behavior in rats Mazurina E.P., Tabanyuhov K.A., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Klimova N.V., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics: the Ninth International Young Scientists School SBB-2017
	Computer analysis of 3D chromosome contacts Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics: the Ninth International Young Scientists School SBB-2017
	Comparing mirna structure of mirtrons and non-mirtrons I.I. Titov, P.S. Vorozheykin BELYAEV CONFERENCE
	ЭВОЛЮЦИОННО УСТОЙЧИВЫЕ СТЕРЕОТИПЫ ПОВЕДЕНИЯ ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНЫХ АГЕНТОВ ПРИ УСЛОВИИ НЕПОЛНОТЫ ЗНАНИЙ В МОДЕЛИ ФУРАЖИРОВАНИЯ ДОНСКИХ В.А., СТОЛБОВ Н.С., ТИТОВ И.И. Международной конференции, посвященной 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева.
	Auxin induced expression changes differ among functional gene groups Омельянчук Н. Вибе Д. Миронова В. Высокопроизводительное секвенирование в геномике
	Поиск вариантов генов, детерминирующих предрасположенность человека к тяжелым формам клещевого энцефалита Бархаш А.В., Юрченко А.А., Юдин Н.С., Игнатьева Е.В., Козлова И.В., Борищук И.А., Позднякова Л.Л., Воевода М.И., Ромащенко А.Г. Российская научная конференция, посвященная 80-летию открытия вируса клещевого энцефалита "Клещевой энцефалит и другие переносимые клещами инфекции"
	Рекомбинация эндосимбиотической бактерии Wolbachia и концепция вида у прокариот Илинский Ю.Ю., Суслов В.В., Быков Р.А., Юдина М.А., Юрлова Г.В. 3-я международная конференция «Современные проблемы биологической эволюции», посвященная 130-летию со дня рождения Н.И. Вавилова и 110-летию со дня основания Государственного Дарвиновского музея
	Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л. III Национальный Конгресс по Регенеративной Медицине
	3D analysis of mitosis distribution highlights the longitudinal zonation and bilateral symmetry of the Arabidopsis thaliana root meristem Lavrekha VV, Pasternak T, Mironova VV БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева
	Норма реакции в эволюции человека и антропоидов: сравнительно-геномный анализ проксимальных промоторов Гунбин К.В., Пономаренко М.П., Суслов В.В. 3-я международная конференция «Современные проблемы биологической эволюции», посвященная 130-летию со дня рождения Н.И. Вавилова и 110-летию со дня основания Государственного Дарвиновского музея
	ГОМОЛОГИЧЕСКИЕ РЯДЫ И ПРОБЛЕМА АДАПТАЦИИ Суслов В.В., Пономаренко М.П., Рассказов Д.А. 3-я международная конференция «Современные проблемы биологической эволюции», посвященная 130-летию со дня рождения Н.И. Вавилова и 110-летию со дня основания Государственного Дарвиновского музея
	Evolution of brain active gene promoters in human lineage towards the increased plasticity of gene regulation K.V.Gunbin, M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, F.Gusev, G.G. Fedonin, E.I. Rogaev Moscow Conference on Computational Molecular Biology' 2017 (MCCMB'2017)
	Reconstruction and analysis of the human protein-protein interaction network involved in response to tick-borne encephalitis virus infection Ignatieva E.V., Igoshin A.V., Yudin N.S. Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB’17)
	Diversity and evolution of Tc1/mariner DNA transposons in Orthoptera species I. Sukhikh, K. Ustyantsev, A. Kononov, I. Konopatskaia 9-ая школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» / «Systems Biology and Bioinformatics», SBB-2017
	Молекулярная филогения саранчовых семейства Acrididae (Orthoptera: Acridoidea) И.С. Сухих, А.Г. Блинов, А.Г. Бугров XV Съезд Русского энтомологического сообщества
2016	Минимальная логистическая модель эволюции глобальной экосистемы Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. VI Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика"
	Фенотипическая множественность клеточного цикла – следствие универсальных свойств сопряженной системы транскрипции-трансляции Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. VI Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика"
	ТРЕХМЕРНАЯ КАРТА ПРОЛИФЕРАЦИОННОЙ АКТИВНОСТИ В КОНЧИКЕ КОРНЯ ARABIDOPSIS THALIANA: РАДИАЛЬНАЯ, БИЛАТЕРАЛЬНАЯ И ПРОДОЛЬНАЯ СИММЕТРИИ В.В. Лавреха, Т. Пастернак, В.В. Миронова V Международная Школа для молодых ученых «Эмбриология, генетика и биотехнология»
	High resolution map of key cell cycle events in Arabidopsis root tips: radial, bilateral and longitudinal symmetry Lavrekha VV, Pasternak T, Omelyanchuk NA, Ivanov VB, Mironova VV International Conference on Systems Biology (ICSB 2016) 16-22 september
	Biomolecular systems models semi-automatic reconstruction based on structural and quantitative information F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, S.A. Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, A.V. Ratushny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai BGRS/SB’16, Novosibirsk
	Differential alternative splicing in brain tissues of rats selected by aggressive behavior Babenko V.N., Bragin A.O., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. BGRS 2016
	Использование NGS методов выявления функционально активных районов генома для поиска полиморфизмов, определяющих развитие патологий, на примере колоректального рака Е.Ю. Леберфарб, Л.О. Брызгалов, И.И.Брусенцов, Ю.Л. Орлов, Т.И. Меркулова NGS в медицинской генетике
	Моделирование распределения ауксина в корне A. thaliana в мутантах по генам, кодирующим PIN белки-транспортеры Казанцев Ф.В., Миронова В.В. XXIII международная конференция "математика. компьютер. образование"
	Моделирование воздействия холода на физиологическое распределение ауксина в корне A. thaliana Савина М.С., Казанцев Ф.В., Миронова В.В. XXIII международная конференция "математика. компьютер. образование"
	Clustering of CpG rich elements in gene dense region Babenko V. N., Chadaeva I., Orlov Y. L. Belgrade Bioinformatics Conference
	Expression map of PIN transporters in the root meristem of Arabidopsis thaliana V.V. Kovrizhnykh, T. Pasternak, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova Plant signaling and behavior
	The molecular mechanisms of the heterochromatin expansion in the rye chromosomes Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV 21st International Chromosome Conference (ICC)
	Computer Analysis of RNA-seq Data of Laboratory Rats with Aggressive Behavior Anatoly O. Bragin*, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel SocBin Bioinformatics 2016
	Role of membrane potential in nitrite utilization by Escherichia coli cells under low substrate concentration: the mathematical model. Ree N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. The Tenth IC on Bioinformatics of Genome Regulation\Systems Biology.
	Chaos and hyperchaos in the alternative splicing model. Kogai V.V., Likhoshvai V.A., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. The 2nd International Conference «Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology».
	Математическая биология гена: генные сети и хаос. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И., Когай В.В. 8-я международная молодежная научная школа-конференция «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач».
	RNA-SEQ DATA ANALYSIS OF RATS WITH AGGRESSIVE BEHAVIOR IN THREE BRAIN AREAS A.O. Bragin, A.L. Markel, V.N. Babenko, I.V. Chadaeva, E.S. Tiys, Y.L. Orlov BGRS-2016
	SEARCH FOR GENE MUTATIONS THAT CAN POTENTIALLY AFFECT THE SUSCEPTIBILITY TO TUBERCULOSIS O.V. Saik, P.S. Demenkov, E.U. Bragina, M. Freidin, A. El-Seedy, R. Hofestaedt, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	AIMEDICA - INTELLIGENT SYSTEM FOR DISEASE DIAGNOSTICS BASED ON TEXT-MINING ANALYSIS OF SCIENTIFIC PUBLICATIONS AND DIFFERENT MEDICAL DATA SOURCES O.V. Saik, P.S. Demenkov, A.V. Starkov, T.V. Ivanisenko, E.V, Gaisler, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	ASSOCIATIVE NETWORKS OF GLAUCOMA AND APOPTOSIS O.V. Saik, P.S. Demenkov, O.S. Konovalova, M.N. Ponomareva, N.A. Konovalova, N.A. Kolchanov, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	Reconstruction of molecular-genetic networks common for Alzheimer's disease O.V. Saik, V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.I. Rogaev BGRS\SB-2016
	Numerical model of drosophila sensory organ precursor cell determination V.P. Golubyatnikov, T.A.Bukharina, D.P.Furman, M.V.Kazantsev 10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology», Symposium “Mathematical modeling and high performance computing in bioinformatics, biomedicine and biotechnology”: MM - HPC - BBB
	Modeling of two phases in Drosophila sensory organ precursor cell determination T.A.Bukharina, D.P.Furman, V.P.Golubyatnikov, M.V.Kazantsev 10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology»
	Computer simulation of the trichome patterning on growing wheat leaf taking into account the biomechanics of cells U.S. Zubairova, S.V. Nikolaev, A.V. Penenko, N.L. Podkolodnyy, S.K. Golushko, D.A. Afonnikov, and N.A. Kolchanov BGRS\SB-2016
	An ImageJ plugin for detection of wheat leaf epidermis cellular structure from confocal laser scanning microscopy U.S. Zubairova, P.Yu. Verman, and A.V. Doroshkov BGRS\SB-2016
	MOLECULAR EVOLUTION ANALYSIS OF RNA-BINDING NIP7 PROTEIN FROM DEEP- AND SHALLOW-WATER ARCHAEA K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov BGRS\SB-2016
	HIGH TEMPERATURE AND PRESSURE INFLUENCE ON INTERDOMAIN INTERFACE OF THE NIP7 PROTEINS FROM P.ABYSSI AND P.FURIOSUS: MD SIMULATION RESEARCH K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov BGRS\SB-2016
	Approach to predicting the solubility/insolubility of E. coli proteins based on their primary structure using sequence normalization and machine learning techniques N.A. Alemasov, N.V. Ivanisenko, K.S. Antonets, A.A. Nizhnikov, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	MATHEMATICAL MODELING OF ACTIVE SUBSTANSES AND FACTORS INFLUENCE ON FUNCTIONING OF PLANT ROOT MERISTEM M.S. Savina, F.V. Kazantsev, V.V. Mironova MM-HPC-BBB-2016
	MATHEMATICAL MODELING OF ACTIVE SUBSTANSES AND FACTORS INFLUENCE ON FUNCTIONING OF PLANT ROOT MERISTEM M.S. Savina, F.V. Kazantsev, V.V. Mironova SBB-2016
	3D map of proliferation activity in Arabidopsis thaliana root tips: transition domain boundaries and its bilateral symmetry Lavrekha V.V., Pasternak T., Omelyanchuk N.A., Ivanov V.B., Mironova V.V. BGRS/SB’16, Novosibirsk
	Search for regulatory context signals in genomic DNA E.E.Vityaev, A.I.Dergilev, I.V.Chadaeva, Y.Y.Vaskin, A.M.Spitsina, E.V.Kulakova, O.V.Vishnevsky, Y.L.Orlov XVIII Международная научно-техническая конференция Нейроинформатика 2016
	Mathematical modeling a reciprocal interactions between auxin and its PIN transporters in the root tip of A. thalina L. Коврижных В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. BGRS 2016
	Gene ontology analysis and network reconstruction for genes related to aging diseases and behavior I.V. Chadaeva, O.V. Saik, V.N. Babenko BGRS 2016
	Analysis of aggressive behavior by whole RNA sequencing in brain compartments V.N. Babenko, A.O. Bragin, I.V. Medvedeva, I.V. Chadaeva, A.I. Dergilev, A.M. Spitsyna, N.N. Kudriavtseva, A.L. Markel, Y.L. Orlov Нейроинформатика 2016
	Computer analysis of transcription factor binding sites clusters in genome Dergilev A.I., Svichkarev A.V., Chadaeva I.V., Abnizova I.I., Kulakova E.V., Subkhankulova T.N., Suslov V.V., Naumenko F.M., Vityaev E.E., Orlov Y.L. Нейроинформатика 2016
	Phylogeny and Expression of MAKR family genes in Arabidopsis thaliana L Novikova D.D.,Mironova V.V., Jaillais Y.,Omelyanchuk N.A. The 10th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Meta-analysis of transcriptome data to investigate auxin response mechanisms in Arabidopsis thaliana L. Novikova D.D.,Mironova V.V.,Omelyanchuk N.A., Cherenkov P.A. International Conference on Systems Biology
	Microbial community of the oil site of the Uzon caldera (Kamchatka) S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov 10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology»
	Микробные сообщества экстремальных экосистем; метагеномный подход С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов V Съезд биохимиков России
	Microbial Community of the Extremal Ecosystems of the Uzon Caldera (Kamchatka) S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, V.M. Efimov, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov 7th World Congress onMicrobiology
	Поиск мишеней для лекарственной терапии стресс-зависимой формы артериальной гипертензии на модели крыс НИСАГ. Редина О.Е., Абрамова Т.О., Рязанова М.А., Антонов Е.В., Смоленская С.Э., Ефимов В.М., Маркель А.Л. Форум «Биомедицина - 2016»: Перспективы развития медицинской науки в период нового синтеза знаний.
	Genetic and molecular mechanisms crucial for hypertension development in the ISIAH rats. O.E. Redina, L.O. Klimov, M.A. Ryazanova, L.A. Fedoseeva, T.O. Abramova, Yu.V. Alexandrovich, S.E. Smolenskaya, Ye.V. Antonov, N.I. Ershov, V.M. Efimov, A.L. Markel. Десятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology), BGRS\SB-2016.
	Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of hereditary diseases predicted by a significant alteration in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, E.B. Sharypova, I.V. Chadaeva, P.M. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov BGRS\SB-2016: the International Satellite Symposium “Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2016"
	FINE ANALYSIS OF ChIP-SEQ DATA FOR EIN3 BINDING IN A. THALIANA L. REVEALS DIFFERENT LAYERS OF EIN3 REGULATION IN ETHYLENE SIGNALING Zemlyanskaya E.V., Oshchepkov D.Yu., Levitsky V.G. PGGFS-2016
	Distinct types of EIN3-DNA interactions in various functional regions of A. thaliana L. genome E.V. Zemlyanskaya, D.Yu. Oshchepkov, V.G. Levitsky BGRS\SB-2016
	Mechanics of plant cell unidirectional growth S.V. Nikolaev, S.K. Golushko, U.S. Zubairova, D.A. Afonnikov BGRS\SB-2016
	Study of motility of osteogenic cells in tissue engineering protocols N. Astakhova, S.V. Nikolaev, K.E. Orishchenko, A.V. Korel, U.S. Zubairova, I.A. Kirilova BGRS\SB-2016: the International Satellite Symposium “Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2016"
	Parasites of the genera Nosema, Apicistis, Crithidia and Lotmaria in the natural honeybee and bumblebee populations: a case study in India V. Vavilova, I. Konopatskaia, M. Woyciechowski, S. Luzianin, A. Blinov The 10th anniversary International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology"
	VRN1 genes variability in tetraploid wheat species with a spring growth habit I. Konopatskaia, V. Vavilova, E. Ya. Kondratenko, A. Blinov, Nikolay P. Goncharov The 10th anniversary International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology"
	Comparative transcriptional profiling of hypothalamus in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension and normotensive Wistar Albino Glaxo rats Leonid Klimov, Nikita Ershov, Vadim Efimov, Arcady Markel, Olga Redina Hypertension Seoul 2016
	How are protein functional sites encoded by exon structure in Metazoas Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. SocBin Bioinformatics 2016
	GeneOntology biological processes sensitive to salt diet changes in an expreiment with 105-day isolation: statistical analysis of urine proteome E.S. Tiys, E.D. Petrovskiy, L.Kh. Pastushkova, D.N. Kashirina, I.M. Larina, V.A. Ivanisenko BGRS/SB’2016
	ANDSystem: система автоматического извлечения знаний и интеграции омиксных данных. В.А. Иванисенко, О.В. Сайк, Н.В. Иванисенко, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов V СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ и V СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ
	Novel approach for computational design of small molecule inhibitors of protein/protein interactions in CD95/FAS pathway Nikita Ivanisenko, A.S. Ishchenko, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	A new algorithm to the reconstruction of a set of points from the multiset of n^2 pairwise distances in n^2 steps for the de novo sequencing problem Fomin E.S. SBBI-2016
	A new algorithm to the reconstruction of a set of points from the multiset of n 2 pairwise distances in n^2 steps for the de novo sequencing problem Fomin E.S. MM-HPC-BBB-2016
	MOSAIC GENE NETWORK MODELLING IDENTIFIED NEW REGULATORT MEChANISMS IN HCVINFECTION O.V. Petroskaya, E.D. Petrovskiy, E.L. Mishchenko, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	СОЗДАНИЕ 3D ТКАНЕИНЖЕНЕРНОГО КОНСТРУКТА ДЛЯ РЕГЕНЕРАЦИИ КОСТИ В ТРАВМАТОЛОГИИ И ОРТОПЕДИИ Астахова Н.М., Корель А.В., Щелкунова Е.И., Николаев С.В., Орищенко К.Е., Кирилова И.А. Биомедицина-2016
	Study of osteogenic cells motility for tissue engineering protocols design. Astakhova N.M., Nikolaev S.V., Orishchenko K.E., Korel A.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A. SBIOMED-2016
	Альтернативный сплайсинг и дифференциальная экспрессия генов в тканях головного мозга крыс, селектированных по агрессивности Бабенко В.Н., Брагин А.О., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. III Международной научной конференции «Генетика и биотехнология XXI века: проблемы, достижения, перспективы»
	The compendium of human genes controlling feeding behavior or body weight, reconstruction of networks and analysis of their properties. Ignatieva E.V., O.V. Saik, D.A. Afonnikov The Tenth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology BGRS/SB2016
	Identification of new candidate genes for elevated body mass index near GWAS SNPs using transcript annotations from Ensembl and HAVANA projects. Ignatieva E.V., V.G. Levitsky The Tenth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology BGRS/SB2016
	DIVERSITY OF MARINER-LIKE DNA TRANSPOSONS IN THE GENOME OF LOCUSTA MIGRATORIA I. Sukhih, K. Ustyantsev, A. Kononov, I. Konopatskaia THE TENTh INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\systems biology (BGRS\SB-2016)
	IDENTIFICATION OF BACILLUS PUMILUS GROUP STRAINS BY MALDI TOF MS USING GEOMETRIC APPROACH Старостин К.В., Демидов Е.А., Брянская А.В., Ефимов В.М., Розанов А.С., Пельтек С.Е. BGRS/SB’2016, Novosibirsk
	Thermophilic Microbial Community of the Extremal Ecosystems S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, V.M. Efimov, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov The Fifth International Conference on Sustainable Utilization of Tropical Plant Biomass - Bioproducts, Biocatalysts, and Biorefinery (SUTB4), 17th to 18th November 2016 Coimbatore, Tamilnadu, India
	Analysis of Differential Gene expression by RNA-Seq data in Brain regions of Lab Animals Бабенко ВН, Орлов ЮЛ, Брагин АО, Кудрявцева НН Intergrative Bioinformatics
	Компьютерные оценки связи состава генома прокариот и среды обитания Суслов В.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. II Всероссийская конференция по астробиологии ЖИЗНЬ ВО ВСЕЛЕННОЙ: ФИЗИЧЕСКИЕ, ХИМИЧЕСКИЕ И БИОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ Пущино
	TATA-BOX AND GENE EXPRESSION NORM OF REACTION V.V. Suslov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov BGRS\SB-2016
	VAVILOV’S HOMOLOGOUS SERIES AS EVOLUTIONARY FORCE V.V. Suslov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov BGRS\SB-2016
	MOLECULAR EVOLUTION OF YUCCA PROTEIN FAMILY I.I. Turnaev, V.V. Suslov, K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov BGRS\SB-2016
2015	Молекулярно-динамическая модель для оценки влияния мутаций в белке на фенотипические признаки организма Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
	Комплексные модели микробных сообществ Лашин С.А., Клименко А.И., Мустафин З.С., Зудин Р.К., Чеканцев А.Д., Матушкин Ю.Г. Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики – 2015»
	Haploid evolutionary constructor 3D: a software for simulation of spatially distributed microbial communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G. EMBO \| EMBL Symposium “New Approaches and Concepts in Microbiology”
	Применение методов анализа текстов для построения онтологий Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А. "Знания-Онтологии-Теории" 2015
	EloE, a web application for automatic estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms V.S. Sokolov, B.S. Zuraev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin BREW 2015: Bioinformatics Research and Education Workshop
	Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна, Пономаренко Михаил Павлович, Аршинова Татьяна Валентиновна, Савинкова Людмила Кузьминична 7 съезд Российского общества медицинских генетиков
	Автоматический анализ текстов в задачах биологии и медицины Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А. Форум – 2015: «Big Data в медицине: лучшие практики»
	Экспериментально-компьютерная инженерия метаболических путей при создании суперпродуцентов бактерий и дрожжей Акбердин И.Р., Котенко А.В., Розанов А.С., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е. VIII Московский международный конгресс "БИОТЕХНОЛОГИЯ:СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ"
	GENETIC CONTROL OF WHEAT INFLORESCENCE DEVELOPMENT Dobrovolskaya O., Martinek P., Pont C., Amagai Y., Krasnikov A.A., Badaeva E.D., Adonina I.G., Orlov Y.L., Salina E.A., Watanabe N., Salse J. The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”
	THE STRUCTURAL ORGANIZATION OF THE REGIONS SPANNING 5S rRNA GENES LOCATED ON 5BS CHROMOSOME OF TRITICUM AESTIVUM L. Sergeeva E.M., Koltunova M., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Salina E.A. The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”
	Исследование моделей эволюции геномов одноклеточных организмов для пространственно распределённых популяций Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А. VIII Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
	A module for integrating SBML-written mathematical models into the software package «Haploid Evolutionary Constructor» Chekantsev A.D., Lashin S.A. The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”
	High-performance simulation of evolutionary-population processes in bacterial communities Mustafin Z.S., Lashin S.A. The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”
	High-performance computations support for the software package «Haploid Evolutionary Constructor» Zudin R.K., Lashin S.A. The 7th International Young Scientists School "Systems Biology and bioinformatics" SBB-15
	Evidence for karyotype polymorphism in the free-living flatworm, Macrostomum lignano, a model organism for evolutionary and developmental biology Kira S. Zadesenets, Dita B. Vizoso, Aline Schlatter, Eugene Berezikov, Nikolay B. Rubtsov, Lukas Shaerer XIII ISFB (International Symposium of Flatworm Biology)
	МНОГОМЕРНЫЙ АНАЛИЗ КЛИМАТИЧЕСКИХ РЯДОВ В СВЯЗИ С ПРОБЛЕМОЙ ГЛОБАЛЬНОГО ПОТЕПЛЕНИЯ MULTIDIMENSIONAL ANALYSIS OF CLIMATE SERIES IN CONNECTION WITH THE PROBLEM OF GLOBAL WARMING Ефимов В.М., Гончаров Н.П. 4-е МЕЖДУНАРОДНОЕ СОВЕЩАНИЕ ПО СОХРАНЕНИЮ ЛЕСНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ СИБИРИ
	SeedCounter – mobile application for grain phenotyping Комышев Е.Г., Генаев М.А, Афонников Д.А. Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk
	ANDSystem: automated literature mining and protein interactome networks reconstruction Saik O.V., Demenkov P.S., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. VII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
	Promedia a database containing frame models of genetic regulation of the enzymatic processes associated with diseases Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. VII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
	Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А. Белки и пептиды 2015
	Модель сортов пшениц нового поколения: скороспелость и несимбиотическая азотфиксация Гончаров Николай Петрович, Степаненко Ирина Лембитовна, Ефимов Вадим Михайлович международная конференция “Генетическая интеграция прокариот и эукариот: фундаментальные исследования и современные агротехнологии”
	How symplastic mode of growth effects on cell mechanics in unidirectional growing plant tissue Zubairova U.S., Golushko S.K., Penenko A.V., Nikolaev S.V The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”
	Явление хаоса в математической модели альтернативного сплайсинга мРНК Когай В.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики», посвященной 90-летню со дня рождения академика Г.И. Марчука.
	Исследование чувствительности и параметрическая идентификация модели симпластного роста линейного листа Пененко А.В., Зубаирова У.С., Николаев С.В. Седьмая международная молодежная научная школа-конференция «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», посвященная 90-летию со дня рождения академика Гурия Ивановича Марчука
	“Application of ANDSystem for the reconstruction and analysis of molecular-genetics networks, associated with diseases and phenotypic traits” (“Применение ANDSystem для реконструкции и анализа молекулярно-генетических сетей, связанных с фенотипическими признаками и развитием заболеваний”) О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, Е.С. Тийс, В.А. Иванисенко. СИМБИОЗ – РОССИЯ 2015 (VIII Всероссийский с международным участием Конгресс молодых ученых-биологов)
	Контекстный анализ научных публикаций по биологии и извлечение знаний В. А. Иванисенко, Т.В. Иванисенко, П. С. Деменков, О.В. Сайк Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
	ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ЯДЕРНОГО И МИТОХОНДРИАЛЬНОГО ГЕНОМОВ 3С МЕТОДАМИ Фишман В.С., Баттулин Н.Р., Миронова И.В., Помазной М.Ю., Афонников Д.А., Мазур А.М., Хабарова А.А., Прохорчук Е.Б., Серов О.Л. Международная конференция «Хромосома» 2015
	Многомерная модель голосования для описания динамики социальной группы Титов И.И., Колчанов Н.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
	Эволюция медико-биологического сообщества Новосибирского Научного Центра Титов И.И., Блинов А.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
	Генетические основы центральных механизмов формирования стресс-зависимой артериальной гипертензии у крыс линии НИСАГ. Редина О.Е., Федосеева Л.А., Абрамова Т.О., Климов Л.О., Смоленская С.Э., Ефимов В.М., Маркель А.Л. Седьмая всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Фундаментальные аспекты компенсаторно-приспособительных процессов»
	Mathematical modeling of morphogenetic regulation of the meristem zone formation in the plant root Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А. MCCMB-2015 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
	Поиск ассоциированных с ответом на ауксин TGTCnn - содержащих регуляторных мотивов и их повторов у Arabidopsis thaliana L. Вибе Даниил Станиславович, Миронова Виктория Владимировна МНСК 2015 г. Новосибирск
	Molecular and Genetic Structure of Polytene Chromosome Banding Pattern in Drosophila melanogaster Tatyana Zykova (Vatolina), Darya Demidova, Victor Levitsky, Varvara Khoroshko, Elena Belyaeva, Igor Zhimulev Annual International Conference on Biology
	CTCF binding sites and gene expression analysis in genome scale by sequencing data Kulakova E.V., Spitsina A.M., Safronova N.S., Svichkarev A.V., Dergilev A.I., Ponomarenko M.P., Babenko V.N., Hong P., Li G., Orlov Y.L. 7th International Young Scientists School “Systems biology and bioinformatics” SBB-2015
	Computer analysis of natural antisense transcripts in eukaryotic genomes Spitsina A.M., Safronova N.S., Kulakova E.V., Dergilev A.I., Li Q.L., Wang J.J., Chen D.J., Yuan C.H., Ponomarenko M.P., Afonnikov D.A., Orlov Y.L., Chen M. 7th International Young Scientists School “Systems biology and bioinformatics” SBB-2015
	Integrative analysis of antisense transcripts in plants Orlov Y.L., Dobrovolskaya O., Babenko V.N., Safronova N.S., Chen M. The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology” PlantGen 2015
	Analysis of gene location relative to chromosome loops and topological chromosome domains by ChIA-PET and Hi-C Orlov Y.L., Kulakova E.V., Spitsina A.M., Svichkarev A.V., Babenko V.N., Li G. 3D Genome Workshop
	Differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals with aggressive and tolerant behaviors Anatoly O. Bragin, Natalia N. Kudryavtseva, Arcady L. Markel, Yuriy L. Orlov, Ekaterina V. Kulakova, Anastasia M. Spitsina MCCMB-15
	Statistical analysis of chromosome contacts by ChIA-PET and Hi-C technologies Orlov Y.L., Kulakova E., Spitsina A., Babenko V. Future of Biomedicine 2015 Conference
	Computer Tools for Gene Expression Data Processing and Correlation Analysis Babenko V.N., Orlov Y. L., Spitsyina A. M. Podkolodnaya N. Computational systems biology and bioinformatics (CSBio 2015)
	Использование пациент-специфичных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток для моделирования синдрома удлиненного интервала QT Дементьева Е.В., Григорьева Е.В., Вялкова А.В., Медведев С.П., Шевченко А.И., Елисафенко Е.А., Байрамова С.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А., Покушалов Е.А., Караськов А.М., Закиян С.М. VI Всероссийский съезд аритмологов
	Rare amino acid changes fixation drives divergence in Metazoa evolution Konstantin Gunbin, Valentin Suslov, Yuri Orlov Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15)
	Cтатистически редкие неравномерно распределенные по ветвям филогене-тического дерева аминокислотные замены связаны с ключевыми события-ми в эволюции многоклеточных животных Гунбин Константин Владимирович Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
	ЯЗЫК СПЕЦИФИКАЦИИ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ ГЕННЫХ СЕТЕЙ Казанцев Ф.В. XII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Перспективы развития фундаментальных наук»
	Functional characterization of genes controlling mature mammalian adipocyte network. Elena V. Ignatieva Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB 2015
	The compensatory mechanism providing for auxin transport in pin mutants of Arabidopsis thaliana L Vasilina Kovrizhnykh, Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak. Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology
	Осциллирующие и хаотические траектории в моделях генных сетей. Голубятников В.П., Лихошвай В.А. Семинар, посвященный 100-летию со дня рождения Игоря Андреевича Полетаева.
	ИСПОЛЬЗОВАНИЕ КОМПЬЮТЕРНОЙ ТЕХНОЛОГИИ GeneNet ДЛЯ РЕКОНСТРУКЦИИ ФРАГМЕНТОВ ГИБРИДНОЙ ГЕННОЙ СЕТИ СИМБИОТИЧЕСКОЙ АЗОТФИКСАЦИИ Ибрагимова С.М., Степаненко И.Л. Фундаментальные и прикладные проблемы современной экспериментальной биологии растений
	Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»
	Gene Expression Analysis in Brain Areas of Laboratory Rats with Aggressive Behavior by RNA-seq Data Anatoly O. Bragin, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel CSBio’2015
	Monosomic analysis of leaf hairiness in isogenic lines of bread wheat Novosibirskaya 67 A. V. Doroshkov, D. A. Afonnikov, T. A. Pshenichnikova, A. V. Simonov EWAC – The European Cereals Genetics Co-operative EUCARPIA Cereals Section International Conference
	Convergent evolution of Ribonuclease H in LTR Retrotransposons and Retroviruses Smyshlyaev G., Ustyantsev K., Novikova O., Blinov A. EMBO \| EMBL Symposium: The Mobile Genome: Genetic and Physiological Impacts of Transposable Elements
	Stress as a theory of life Suslov V.V. “The Origin of Life”. Höör, Sweden, 8- 10 May 2015
	МАЛЫЕ ПОПУЛЯЦИИ, ОБРАЗОВАНИЕ И ЦЕЛОСТНОСТЬ ВИДА Суслов В.В. Структура вида у млекопитающих
	CONSERVATIVE FULCRUM FOR EVOLUTION PROGRESS K.V. Gunbin, V.V. Suslov, M.A. Genaev, E.G. Komyshev IV МЕЖДУНАРОДНАЯ Конференция, посвященная Н.В.Тимофееву-Ресовскому “Современные проблемы генетики, радиобиологии, радиоэкологии и эволюции
	TATA-BOX AS GENOME WIDE VARIABILITY VARIATOR M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, K.V. Gunbin, P.M. Ponomarenko, O.V. Vishnevsky, N.A. Kolchanov IV международная Конференция, посвященная Н.В.Тимофееву-Ресовскому “Современные проблемы генетики, радиобиологии, радиоэкологии и эволюции”
	To small populations: access granted yet denied? Suslov V.V. IV международная Конференция, посвященная Н.В.Тимофееву-Ресовскому “Современные проблемы генетики, радиобиологии, радиоэкологии и эволюции”
	Diversity and distribution of DNA transposons in five neoblast-containing organisms Ustyantsev Kirill, Sormacheva Irina, Blinov Alexandr and Berezikov Eugene 8th International Macrostomum Meeting
	Математическое моделирование распределения концентрации ауксина в клетках горизонтального слоя корня Е.С. Новоселова, В.В. Миронова XII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Перспективы развития фундаментальных наук"
2014	The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
	Идентификация микроРНК генов плоских червей семейства Opisthorchiidae В.Ю. Овчинников, Д.А. Афонников, Г.В. Васильев, Е.В. Кашина, B. Sripa, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин Международная конференция молодых ученых биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов
	Analysis of Bacteria and Archaea genomes available in genbank database by “EloE” program В.С. Соколов, Ю.Г. Матушкин Шестая международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» - 6th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB’2014
	Variation of elongation efficiency index of Archaea genes during evolution В.С. Соколов, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин BGRS\SB-2014
	EloE – a web-application for estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин BGRS\SB-2014
	Computer analysis of expression level of allergen-coding genes of pathogenic microorganisms Bragin A.O.,Sokolov V.S., Demenkov P.S., Matushkin Yu.G., Ivanisenko V.A. BGRS\SB-2014
	Компьютерное исследование особенностей элонгации трансляции у Mycoplasma В.С. Соколов, Ю.Г. Матушкин VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы
	The tool to study plant hormone auxin distribution in the plant root F. Kazantsev, V. V. Mironova ECMTB 2014
	ANDSystem: associative network discovery system for automated literature mining in the area of biology V.A. Ivanisenko, O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
	Mathematical modeling of the interactions between molecular genetic systems based on the data about perturbations of the systems elements Popik O.V., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Evaluation of pathways’ efficiency based on data on PPI and distribution of proteins over cellular localizations. Popik O.V., Hofestaedt R., Ivanisenko V.A. 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	L-MOLKERN software allowing for polarization effects in free energy calculation E.S. Fomin, N.A. Alemasov BGRS/SB-2014
	Structural and dynamical properties of SOD1 protein mutants related to familial amyotrophic lateral sclerosis Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko IB-PAS 2014
	Филогения и особенности экспрессии генов семейства MAKR у Arabidopsis thaliana Новикова Д. Д., Миронова В. В. МНСК 2014 г.
	Auxin-responsive transcriptome of Arabidopsis thaliana roots Миронова Виктория Владимировна Новикова Дарья Дмитриевна Омельянчук Надежда Анатольевна Васильев Геннадий Владимирович Климова Наталья Викторовна BGRS-2014
	Филогения генов семейства MAKR и их экспрессия у Arabidopsis thaliana L. Новикова Д. Д., Миронова В. В. Высокопроизводительное секвенирование: получение, анализ данных и их использование в филогенетике
	Гены семейства MAKR у Arabidopsis thaliana L Новикова Д. Д., Миронова В. В. Перспективы развития и проблемы современной ботаники
	An empirical equilibrium equation of a gene response to auxin in plants allows to predict quantitatively the auxin response P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko BGRS/SB-2014
	Высокопроизводительное компьютерное моделирование популяционно-генетических процессов в бактериальных сообществах Мустафин З.С., Лашин С.А. Международная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"
	Allelic coadaptation and fitness landscape predetermine the optimal Evolutionary mode in prokariotic communities: a simulation study Мустафин З.С., Лашин С.А. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2014)
	High Performance computing simulation of evolutionary processes in basterial communities Мустафин З.С., Лашин С.А. Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)
	Модели коэволюции в трофических сообществах одноклеточных организмов: влияние пространственной неоднородности Ю.Г.Матушкин, А.И.Клименко, С.А.Лашин V международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»
	Проблемы эволюции путем горизонтального переноса генов Клименко А.И., Лашин С.А., Суслов В.В. Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле
	Spatially distributed bacterial communities: simulation with «Haploid Evolutionary Constructor» Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Lashin S.A. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Haploid Evolutionary Constructor 3D: a tool for simulation of spatially distributed prokaryotic communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Пространственно распределенные модели эволюции в симбиотических/антагонистических прокариотических сообществах Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А. VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы
	ЦЕЛЕПОЛАГАНИЕ В ПОВЕДЕНИИ И ЭВОЛЮЦИИ СУСЛОВ В.В. Нейроинформатика – 2014
	Оптимизация стресса и ароморфная эволюция IV: целеполагание в поведении и эволюции Суслов В.В. XXVIII Любищевские чтения
	Оптимизация стресса и ароморфная эволюция V: красота и стресс: возможный подход к дарвиновскому объяснению эпифеномена красоты Суслов В.В. XXVIII Любищевские чтения
	АРОМОРФОЗ И НЕСПЕЦИФИЧЕСКАЯ АДАПТИВНОСТЬ В.В. Суслов VI СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ (ВОГиС)
	FORWARD-TIME SIMULATION OF EVOLUTIONARY PROCESSES IN ANCIENT POPULATIONS USING THE DIPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR Lashin S.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. BGRS-2014
	EVOLUTION OF MODERN HUMAN AND RECOMBINATION OF MEMES Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Gunbin K.V. BGRS-2014
	THE GENOMIC TEXT CHARACTERISTICS AND GC CONTENT ARE RELATED TO THE BACTERIAL GENOME EVOLUTION Suslov V.V., Safronova N.S., Orlov Y.L., Afonnikov D.A. BGRS-2014
	INVASION, ADAPTATION AND EVOLUTION: WHEN ALL OUT OF SYNC Suslov V.V. BGRS-2014
	ONTOLOGY OF PREVENTIVE ADAPTATIONS Suslov V.V. BGRS-2014
	BALDWIN EFFECT AS EVOLUTION SILENCER Suslov V.V. BGRS-2014
	INDIRECT SELECTION AS INVASION SILENCER Suslov V.V. BGRS-2014
	INVASION, ADAPTATION AND EVOLUTION: HOW TO RECONCILE Suslov V.V. BGRS-2014
	Основное противоречие адаптации и пути его разрешения В.В. Суслов Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле 2014, п. Листвянка (Иркутская область)
	Сложность геномов и эволюция прокариот Н.С. Сафронова, Ю.Л. Орлов, В.В. Суслов Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле
	Promedia — база данных, интегрирующая информацию о молекулярно-генетических путях, в которых участвуют летучие соединения – потенциальные биомаркеры заболеваний, имеющие значение для неинвазивной диагностики Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин М.П., Иванисенко В.А. 8-я Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА 2014»
	Математическое моделирование влияния ауксина на формирование сосудистого паттерна корня растения. Новоселова Е.С., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А. 18-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых "Биология - наука XXI века"
	HCV replication modeling: drug resistance phenomenon Иванисенко Никита Владимирович, Мищенко Елена Леонидовна, Иванисенко Владимир Александрович International Symposium on Integrative Bioinformatics 2013
	МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ БЕЛКОВ CRMB ВИРУСА ОСПЫ КОРОВ И ВИРУСА НАТУРАЛЬНОЙ ОСПЫ С ФАКТОРОМ НЕКРОЗА ОПУХОЛЕЙ ЧЕЛОВЕКА Иванисенко Никита Владимирович, Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. XXI Российский национальный конгресс "Человек и Лекарство"
	MODELING OF TWO-CELLS COMPLEX IN MORPHOGENESIS OF D. MELANOGASTER MECHANORECEPTORS A.A.Akinshin, T.A.Bukharina, D.P.Furman, V.P.Golubyatnikov The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
	AN EXTENDED MODEL OF D. MELANOGASTER MACROCHAETE MORPHOGENESIS GENE NETWORK A.A.Akinshin, T.A.Bukharina, D.P.Furman, V.P.Golubyatnikov The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
	Computational investigation of high presuure and temperature influence on Archaea Pyrococcus genus Nip7 protein structure Medvedev K.E., Afonnikov D.A. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
	Computation modeling of vascular patterning in plant roots ES Novoselova, VV Mironova, FV Kazantsev, NA Omelyanchuk, VA Likhoshvai The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)
	NETINFERENCE: the computer tools for analysis and visualization of network structure, dynamics and evolution Titov I.I., Blinov A.A., Rudnichenko K.A., Krutov P.V., Kazantsev A.L., Kulikov A.I. International Conference "Mathematical Modelling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology"
	Control of the miRNA pathways by the secondary structure and its account in the prediction tools Vorozheykin P.S., Titov I.I. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)
	Кинетическое моделирование метаболических путей в бактериальной клетке Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Шестой съезд ВОГиС
	Kinetic modeling of pyrimidine biosynthesis is a first step to in silico bacterial cell Akberdin I.R., Ermak T.V., Kazantsev F.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. 9th BGRS\SB-2014
	Mathematical model for subgenomic Hepatitis C Virus replication: impact of drug resistance emergence on long-term kinetics of NS3 protease inhibitors action Ivanisenko N., Mishchenko E., Akberdin I., Demenkov P., Kozlov K., Todorov D., Gursky V.V., Samsonova M.G., Samsonov A.M., Clausznitzer D., Kaderali L., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. 9th BGRS\SB-2014
	Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. 9th BGRS\SB-2014
	KINET 1.0 - a new web database on kinetics data and parameters for E.coli metabolic pathways Ermak T.V., Akberdin I.R., Timonov V.S., Mischenko E.L., Oshchepkova E.A., Perfilyeva O.A., Smirnova O.G., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. 9th BGRS\SB-2014
	Database of quantitative characters of processes in embryonic stem cells Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Akberdin I.R., Ermak T.V., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014
	Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014
	A model of one biological 2-cells complex Akinshin A. A., Bukharina T. A., Furman D.P., Golubyatnikov V.P. Международная конференция ДНИ ГЕОМЕТРИИ В НОВОСИБИРСКЕ – 2014, посвященная 85-летию академика Ю. Г. Решетняка
	Database of frame models of genetic regulation of the metabolic processes associated with diseases O.V.Saik, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko Девятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры генома и системной биологии [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
	The Сompilation of Human Gene Networks Controlling Feeding Behavior and Thermoregulation E.V. Ignatieva, O.V.Saik, O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, P.S. Demenkov, E.S. Tiys, E.A. Oshchepkova, E.A. Ananko, N.V. Ivanisenko, O.V. Popik, N.L. Podkolodny, V.A. Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, E.I. Rogaev The first international scientific conference "Science of the Future"
	EXPERIMENTALLY VERIFIED TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES MODELS APPLIED FOR COMPUTATIONAL ANALYSIS OF CHIP-SEQ DATA. D.Y. Oshchepkov, V.G. Levitsky, I.V. Kulakovskiy, N.I. Ershov, V.J. Makeev, T.I. Merkulova. BGRS\SB-2014
	DIOXIN-MEDIATED REGULATION OF GENES INVOLVED IN CYTOKINES PRODUCTION BY MACROPHAGES E.V. Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, A.G. Shilov, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov BGRS\SB-2014
	Моделирование сердечно-сосудистых заболеваний с использованием индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека Дементьева Е.В., Григорьева Е.В., Вялкова А.В., Медведев С.П., Шевченко А.И., Елисафенко Е.А., Байрамова С.А., Покушалов Е.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А., Караськов А.М., Сухих Г.Т., Закиян С.М. Первый всероссийский симпозиум «Новейшие методы клеточных технологий в медицине»
	Application of human induced pluripotent stem cells for modelling long QT syndrome Dementyeva E.V., Grigor’eva E.V., Vyalkova A.V., Medvedev S.P., Shevchenko A.I., Elisaphenko E.A., Bairamova S.A., Pokushalov E.A., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A., Karaskov A.M., Sukhikh G.T., Zakian S.M. IV Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
	Reconstruction of Sequence from Its Circular Partial Sums for Cyclopeptide Sequencing Problem Фомин Э.С. BGRS\SB-2014
	Using ANDSystem for automated literature mining and protein interactome networks reconstruction O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, L.H. Pastushkova, I.M. Larina, E.N. Nikolaev, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko HUPO2014 the 13th World Congress of the Human Proteome Organization
	MOLECULAR MECHANISMS OF INTERACTION OF ORTHOPOXVIRAL CrmB PROTEINS WITH TUMOR NECROSIS FACTOR Nikita Ivanisenko, Tatiana Tregubchak, Olga Saik, Sergey Shchelkunov, Vladimir Ivanisenko 20th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships - EuroQSAR-2014
	ANDSystem: automated literature mining and interactome networks reconstruction in the area of biology O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko HUPO2014 the 13th World Congress of the Human Proteome Organization
	О типе закона роста бактериальной клетки Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB’2014)
	Математическое моделирование Tat-Rev регуляции репликации HIV-1 Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Бажан С.И., Гайнова И.А., Черешнев В.А., Бочаров Г.А. V МК “Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB'2014)
	Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli при стрессе по кинетическим данным. Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Бабкин И.В., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А. V МК “Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB’2014)
	О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при микромолярных концентрациях субстрата в хемостате. Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Математическая биология и биоинформатика (ICMBB’2014)
	Complex dynamics in systems of alternative mRNA splicing: a mathematical model. Kogai V.V., Fadeev S.E., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology
	TAT-REV regulation of HIV-1 replication: Mathematical model predicts the existence of oscillatory dynamics. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Bazhan S.I., Gainova I.A., Chereshnev V.A., Bocharov G.A. 9-th IC on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology,
	Karyotype diversity of Macrostomum lignano using individually karyotyped worms from natural populations and cultivated lines KIRA S. ZADESENETS, D. B. VIZOSO, A. SCHLATTER, I. D. SORMACHEVA, E. BEREZIKOV, N. B. RUBTSOV, L. SCHÄRER 8th International Macrostomum Meeting
	Computer study of gene expression related to agressive and tolerant behaviors on laboratory animals. Orlov Y.L., Spitsina A.M., Medvedeva I.V., Bragin A.O., Anikeev A.V., Galyamina A.G., Kozhemyakina R.V., Safronova N.S., Kovalenko I.L., Konoshenko M.I., Moreva T.A., Kudryavtseva N.N., Markel A.L. BGRS/SB-2014
	Microbial Communities of the Thermal Springs of the Geyser Valley and Uzon Caldera (Kamchatka) Using Pyrosequencing A.V. Bryanskaya, A. S. Rozanov, T. K. Malup, E. V. Lasareva, O. P. Taran, T. V. Ivanisenko, V. A. Ivanisenko, N. A. Kolchanov, S. E. Peltek 10th International Congress on Extremophiles
	An integrated study to analyze salt lake microbial community structure (Novosibirsk oblast, Russia) A. Bryanskaya, A. Rozanov, T. Malup, T. Aleshina, E. Lazareva, O. Taran, T. Goryachkovskaya, V. Ivanisenko, S. Peltek 12th International Conference on Salt Lake Research
	The structural organization and evolution of 5S rDNA of wheat 5BS chromosome by data of partial sequencing Sergeeva E.M., Koltunova M.K., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V., Salina E.A. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
	Logical modelling of NANOG-depended transcriptional gene network of embyonic carcinoma stem cells. Stepanenko I.L., Ivanisenko V.A. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2014)
	RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORKS SPECIFIC TO TARGET BIOLOGICAL PROCESSES AND PHENOTYPIC TRAITS E.S. Tiys, P.S. Demenkov, O.V. Saik, O.V. Popik, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2014
	К ПРОБЛЕМЕ ДИСТРОПИИ: ТУБЕРКУЛЕЗ И БРОНХИАЛЬНАЯ АСТМА ЕЮ Брагина, ЕС Тийс, МБ Фрейдин, ЛА Конева, ВА Иванисенко, ПС Деменков, НА Колчанов, ВП Пузырёв ГЕНЕТИКА ЧЕЛОВЕКА И ПАТОЛОГИЯ Проблемы эволюционной медицины
	GENE NETWORKS MODELING: SPECIFICATION LANGUAGE Kazantsev F.V.,Akberdin I.R., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A. Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)
	How the plant root deals with missing of a PIN auxin transporter Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Vasilina Chernova, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak 9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology
	A machine learning analysis of urine proteomics in space-flight simulations Binder H., Wirth H., Arakelyan A., Lembcke K., Tiys E.S., Ivanishenko V., Kolchanov N.A., Kononikhin A., Popov I., Nikolaev E.N., Pastushkova L., Larina I.M BGRS\SB-2014
	Identifying overrepresented biological processes in cosmonauts on the first day Pastushkova L.H., Kononihin A.S., Tiys E.S., Obraztsova O.A., Dobrohotov I.V., Kireev K.S., Ivanisenko V.A., Nikolaev E.N., Larina I.M. BGRS\SB-2014
	A simple mechanical cell-based model for symplastic growth of linear leaf blade Zubairova U., Nikolaev S.V. BGRS/SB-2014
	A model of trichome spacing pattern formation on growing wheat leaf Zubairova U., Nikolaev S.V., Doroshkov A., Afonnikov D. BGRS/SB-2014
	A structural mechanics model for atomic force microscopy-based indentation test of epidermal plant cells Nikolaev S.V., Golushko S.K. BGRS\SB-2014
	Генетическое разнообразие опушения листа мягкой пшеницы: описание методом высокопроизводительного фенотипирования Дорошков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы
	Functional characteristics of human genes containing low level of promoter polymorphism revealed from the 1000 genomes project dataset. Ignatieva E.V., V.G. Levitsky, N.A. Kolchanov The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)
	The knowledge base on molecular genetics mechanisms controlling human lipid metabolism Ignatieva E.V. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)
	Controlled vocabularies and information tables for the knowledge base on epigenetic control of human embryonic stem cells Ignatieva E.V. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)
	The compellation of human genes controlling feeding behavior or associated with body mass index and its functional and genomic characteristics Ignatieva E.V. International Symposium “Human Genetics” (ISHG-2014)
	THE MAMMALIAN CIRCADIAN CLOCK: COMPUTER ANALYSIS OF GENE NETWORK Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)
	Genetic dissection of the inflorescence branching trait in diploid, tetraploid and hexaploid wheats Dobrovolskaya O., Amagai Y., Pont C., Martinek P., Krasnikov A.A., Orlov Y.L., Salina E.F., Salse J., Watanabe N. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
	Интеграция геномных и транскриптомных данных о хромосомных контактах в геноме человека, полученных по методу ChIA-PET // Сборник трудов IV международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» Постгеном-2014, 29 октября – 1 ноября 2014, г.Казань. Издательство Казанского (Приволжского) Федерального Университета (ISBN 987-5-00019-293-1) S05-24, С.150. Орлов Ю.Л., Кулакова Е.В, Спицина А.М., Дергилев А.И., Свичкарев А.В., Афонников Д.А., Чен М., Ли Г., Руан Й., Колчанов Н.А. Постгеном-2014 «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
	Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Национальный Суперкомпьютерный форум-2014 (НСКФ-2014)
	Modeling of cell dynamics in the root apical meristem with dynamical grammar Lavrekha V.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A. The Ninth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology (BGRS\SB-2014)
	Modeling of cell dynamics in the root apical meristem with dynamical grammar Lavrekha V.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A. 6th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB’2014
2013	Математические модели метаболических процессов в бактериальной клетке Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Методы создания, исследования и идентификации математических моделей
	Computational and experimental analysis of miRNA genes of Opisthorchiidae family liver flukes Овчинников Владимир Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Катохин Алексей Вадимович, Кашина Елена Валентиновна, Мордвинов Вячеслав Алексеевич MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
	Computational study of translation elongation features in Mycoplasma В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
	Computational and experimental analysis of miRNA genes of Opisthorchiidae family liver flukes Овчинников Владимир Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Катохин Алексей Вадимович, Кашина Елена Валентиновна, Мордвинов Вячеслав Алексеевич International Conference ” High-Throughput Sequencing in Genomics”
	Mathematical modeling of gene network dynamics in E. coli I. Akberdin, F. Kazantsev, T. Ermak, V. Timonov, T. M. Khlebodarova, V. A. Likhoshvai 38-ой Конгресс FEBS
	KiNET – a new web database on kinetics data and parameters for E.coli Ермак Т., Акбердин И.Р., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013
	Gene expression and mRNA secondary structures in Mycoplasma strains В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013
	The mathematical model of auxin distribution in the plant root meristem Kazantsev F.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. Regional Interdisciplinary Conference – Humboldt Kolleg «Magnetic resonance as a tool for interdisciplinary research»
	MGSmodelsDB – a new database on mathematical models of biomolecular systems F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, V.V. Timonov, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai BREW 2013: Bioinformatics Research and Education Workshop
	Анализ распределения ауксин-чувствительных элементов в геноме Arabidopsis thaliana L. Вибе Даниил Станиславович, Миронова Виктория Владимировна мнск 2013 г. новосибирск
	GlaI-qPCR анализ — новый инструмент количественной оценки метилирования ДНК и его применение для изучения генов-супрессоров опухоли Кузнецов В.В., Землянская Е.В., Акишев А.Г., Абдурашитов М.А., Дегтярев С.Х. XXV Международная зимняя молодёжная научная школа «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии»
	Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор" Мустафин З.С., Лашин С.А. Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс»
	Компьютерная технология фенотипирования пшеницы. Афонников Д.А., Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Тарасова И.А., Морозова Е.В. , Симонов А.В. Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», 19-22 марта 2013
	Таксономия и молекулярная филогения пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г. Молекулярно-генетические подходы в таксономии и экологии
	L-MOLKERN software for capturing polarization effects in free energy calculations Fomin E.S., Alemasov N.A. VII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”
	МЕТОД СВЯЗАННЫХ ЯЧЕЕК С СОРТИРОВКОЙ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ДЛЯ ВЕКТОРИЗОВАННЫХ РАСЧЕТОВ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕ Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Second International Conference Cluster Computing 'CC 2013'
	MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION ANALYSIS OF INFLUENCE OF HIGH TEMPERATURE AND HIGH PRESSURE ON THE NIP7 PROTEINS FROM THE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA Medvedev K.E., Afonnikov D.A., Vorobjev Y.N Systems Bioligy & Bioinformatics 2013
	Оценка времени дивергенции и популяционной динамики в роде Pisum L. при помощи генов гистона Н1. Зайцева О.О., Гунбин К.В., Костерин О.Э. Конференция ВОГиС «Проблемы генетики и селекции»
	Биоинформационный анализ экспрессии генов в клетках мозга Орлов Ю.Л., Вишневский О.В., Витяев Е.Е., Кожевникова О.С., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. «Нейроинформатика-2013», XV Всероссийская научно-техническая конференция
	Computational analysis of gene expression data on age-related diseases using rat models Orlov Y.L., Kozhevnikova O.S., Afonnikov D.A., Kolosova N.G. 8th European Congress of Biogerontology
	Computer analysis of gene expression in brain tumor cells using next generation sequencing Y. L. Orlov, N. L. Podkolodnyy, G. Li, N. S. Safronova, D. A. Afonnikov, Y. Ruan 21-й Международный Конгресс Геномики HGM-ICG-2013
	Computer analysis of transcription factor binding sites in genome scale based on ChIP-seq data Yuriy L. Orlov, Vladimir A. Ivanisenko, Alexey V. Kochetov, Nikolay A. Kolchanov German-Russian Forum Biotechnology, Rostock 2013
	КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ СЕКВЕНИРОВАНИЯ И ХРОМАТИН-ИММУНОПРЕЦИПИТАЦИИ ChIP-seq Орлов Ю.Л. Конференция ВОГиС «Проблемы генетики и селекции»
	«Computer databases for genome data analysis» Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013
	3D organization of chromosomes mediated by RNAPII complex contacts in human genome Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov, N.R. Battulin, O.L. Serov, N.A. Kolchanov, Guoliang Li, Yijun Ruan MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
	Разработка системы создания web-сервисов и конвейеров для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики Комышев Евгений Геннадьевич мнск 2013 г. новосибирск
	Generation of web services – the unification of access to bioinformatics resources Комышев Евгений Геннадьевич Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013
	Influence of high temperature and high pressure on the Nip7 proteins from the hyperthermophilic archaea P. abyssi and P. furiosus: molecular dynamics simulation analysis K.E. Medvedev, K.V. Gunbin, Y.N. Vorobjev, D.A. Afonnikov MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
	Уникальный домен РНКазы Н и дополнительные рамки считывания Tat-LTR-ретротранспозонов растений. Смышляев Г. А., Устьянцев К. В. мнск 2013 г. новосибирск
	INTENSIVE RECOMBINATIONS HAVE LED TO TANDEM REPEAT EXPANSION AND ENLARGEMENT OF RYE SUBTELOMERIC HETEROCHROMATIN VERSHININ A.V., EVTUSHENKO E.V., ELISAFENKO A.E., GUNBIN K., LEVITSKY V.G. The 19th International Chromosome Conference
	Анализ ISBP маркеров пшеницы, полученных на основе пиросеквенирования короткого плеча 5В хромосомы Triticum aestivum L. Л.Л. Бильданова, М.К. Колтунова, Е.М. Тимонова, Д.А. Афонников, Е.А. Салина Конференция ВОГиС "Проблемы генетики и селекции"
	Comparative analysis of the long and short arms of bread wheat 5B chromosome by data of low coverage 454-sequencing Sergeeva E., Afonnikov D., Koltunova M., Gusev V., Miroshnichenko L., Poncet C., Sourdille P., Feuillet C., Salina E. The 12th International Wheat Genome Symposium
	Multi-layer computer models of gene network evolution in diploid populations. S. Lashin and Y. Matushkin FEBS Congress
	Spatially distributed models of evolution in symbiotic/antagonistic prokaryotic communities Y. Matushkin and S. Lashin FEBS Congress
	Применение биоинформационных технологий в эволюционных исследованиях. Матушкин Ю.Г. VI Всероссийский с международным участием конгресс молодых ученых-биологов «Симбиоз-Россия 2013»
	Applications of text complexity measures to genome sequences analysis N.S. Safronova, E.V. Kulakova, Yu.L. Orlov Genome Informatics Workshop (GIW-2013)
	Сравнительный анализ состава микробного сообщества воды и бентоса термального источника Заварзина, кальдера Узон, Камчатка Розанов А.С., Брянская А.В., Малуп Т.К., Лазарева Е.В., Таран О.П., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А., Жмодик С.М., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е. международная научная конференция «Экология и геохимическая деятельность микроорганизмов экстремальных местообитаний»
	The gene flow between ancient and modern humans: how often the hybridization occurred and what are population consequences? K.V. Gunbin, S.A. Lashin Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
	Human brain origin and the evolution of ТАТА-boxes of protein-coding genes expressed in brain. K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, D.A. Afonnikov Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
	Metazoa evolution: the relation between molecular evolution of orthologous protein groups and aromorphoses K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
	АРОМОРФОЗЫ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭВОЛЮЦИЯ: ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ НА ПРИМЕРЕ МНОГОКЛЕТОЧНЫХ ЖИВОТНЫХ К.В. Гунбин, Д.А. Афонников Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции
	ПРОИСХОЖДЕНИЕ МОЗГА ЧЕЛОВЕКА И ЭВОЛЮЦИЯ ТАТА-БОКСОВ БЕЛОК-КОДИРУЮЩИХ ГЕНОВ К.В. Гунбин, М.П. Пономаренко Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции
	ТАТА Box as molecular markers of Human origin and evolution Nikolay Kolchanov, Konstantin Gunbin Federation of European Biochemical Societies CONGRESS 2013 “Mechanisms in Biology”
	Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. Kashina E.V., Oshchepkov D.Y., Antontseva E.V., Oshchepkova E.A., Shamanina M.Y., Furman D.P., Mordvinov V.A. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”
	Analysis of hepatitis C associative networks Saik O.V., Demenkov P.S., Tiys E.S., Ivanisenko V.A. Международная научная конференция "Влияние научных исследований/ Wplyw badan naukowych", Быдгощ, 2013
	Анализ принадлежности белков к функциональным группам Gene Ontology, имеющих динамику присутственности в моче космонавтов Сайк Ольга Владимировна, Тийс Евгений Сергеевич, Доброхотов Игорь Владимирович, Образцова Ольга Анатольевна, Пастушкова Людмила Ханифовна, Иванисенко Владимир Александрович Международная научно-практическая конференция "Медицина XXI века", Смоленск, 2013.
	Reconstruction of squamous cell carcinoma “associome” based on analysis of differential gene expression according to RNAseq data and information stored in databases O.V. Saik, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko Школа молодых ученых "Системная биология и биоинформатика", Новосибирск, 2013.

Система учета научной деятельности (ASSA)

Отдел системной биологии

Подразделения

Бывшие сотрудники

Совместители

Публикации

Монографии

Конференции