 |
|
|
Ощепков Дмитрий Юрьевич, к. б. н.
|
Персональная информацияРабочий адрес
Г. Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия
Дата рождения
31.07.1976
Образование
Высшее
Награды
Область научных интересов
Область рабочих интересов
Хобби
Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.
Публикации
| 2023 |
Age-Dependent Changes in the Relationships between Traits Associated with the Pathogenesis of Stress-Sensitive Hypertension in ISIAH Rats
Oshchepkov DY, Makovka YV, Ponomarenko MP, Redina OE, Markel AL.
[INT J MOL SCI]
|
|
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection.
Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases
Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M
[INT J MOL SCI]
|
|
InterTransViewer: сравнительное описание профилей дифференциальной экспрессии генов из разных экспериментов
А.В. Тяпкин, В.В. Лавреха, Е.В. Убогоева, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
The complex role of transcription factor GAGA in germline death during Drosophila spermatogenesis: transcriptomic and bioinformatic analyses
Fedorova S, Dorogova NV, Karagodin DA, Oshchepkov DY, Brusentsov II, Klimova NV, Baricheva EM.
[PeerJ]
|
|
База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований
Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Stress reactivity, susceptibility to hypertension, and differential expression of genes in hypertensive compared to normotensive patients
Oshchepkov D, Chadaeva I, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Khandaev B, Sharypova E, Ponomarenko P, Bogomolov A, Klimova NV, Shikhevich S, Redina O, Kolosova NG, Nazarenko M, Kolchanov NA, Markel A, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing
Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L.
[INT J MOL SCI]
|
|
Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data
Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin
[INT J MOL SCI]
|
|
Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека.
Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2021 |
A bioinformatics model of human diseases on the basis of differentially expressed genes (of domestic versus wild animals) that are orthologs of human genes associated with reproductive-potential changes.
Vasiliev G, Chadaeva I, Rasskazov D, Ponomarenko P, Sharypova E, Drachkova I, Bogomolov A, Savinkova L, Ponomarenko M, Kolchanov N, Osadchuk A, Oshchepkov D, Osadchuk L.
[INT J MOL SCI]
|
|
Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome.
Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A.
[Frontiers in Genetics]
|
|
Domestication explains two-thirds of differential-gene-expression variance between domestic and wild animals; the remaining one-third reflects intraspecific and interspecific variation
Chadaeva I, Ponomarenko P, Kozhemyakina R, Suslov V, Bogomolov A, Klimova N, Shikhevich S, Savinkova L, Oshchepkov D, Kolchanov N, Markel A, Ponomarenko M.
[Animals]
|
|
E. coli aggregation and impaired cell division after terahertz irradiation.
1. Peltek S, Meshcheryakova I, Kiseleva E, Oshchepkov D, Rozanov A, Serdyukov D, Demidov E, Vasiliev G, Vinokurov N, Bryanskaya A, Bannikova S, Popik V, Goryachkovskaya T.
[SCI REP-UK]
|
| 2020 |
Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data
Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova
[INT J MOL SCI]
|
|
Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it.
Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N.
[INT J MOL SCI]
|
|
Construction of a biosensor sensitive to terahertz radiation based on the glutamine synthetase gene promoter
Irina Meshcheryakova, Tatyana Goryachkovskaya, Svetlana Bannikova, Alexey Rozanov, Elizaveta Demidova, Dmitry Oshchepkov, Evgeniy Demidov, Alla Bryanskaya, Nikolay Vinokurov, Vasiliy Popik, Sergey Peltek
[AIP CONFERENCE PROCEEDINGS]
|
|
Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of protein-coding genes on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome.
Ponomarenko M., Kleshchev M., Ponomarenko P., Chadaeva I., Sharypova E., Rasskazov D., Kolmykov S., Drachkova I., Vasiliev G., Gutorova N., Ignatieva E., Savinkova L., Bogomolov A., Osadchuk L., Osadchuk A., Oshchepkov D.
[BMC GENET]
|
|
Genes associated with cognitive performance in the Morris water maze: an RNA-seq study
Vasiliy V. Reshetnikov, Polina E. Kisaretova, Nikita I. Ershov, Anastasia S. Shulyupova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Natalia V. Klimova, Anna V. Ivanchihina, Tatiana I. Merkulova, Natalia P. Bondar
[SCI REP-UK]
|
|
Migration of primordial germline cells is negatively regulated by surrounding somatic cells during early embryogenesis in Drosophila melanogaster
Dorogova N.V., Khruscheva A.S., Galimova Iu.A., Oshchepkov D.Yu., Maslov D.E., Shvedkina E.D., Akhmetova K.A., Fedorova S.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Миграцию клеток зародышевой линии в раннем эмбриогенезе Drosophila melanogaster негативно регулируют окружающие соматические клетки.
Дорогова Н.В., Хрущева А.С., Галимова Ю.А., Ощепков Д.Ю., Маслов Д.Е., Шведкина Е.Д., Ахметова К.А., Фёдорова С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2019 |
A rat model of human behavior provides evidence of natural selection against underexpression of aggressiveness-related genes in humans.
Oshchepkov D., Ponomarenko M., Klimova N., Chadaeva I., Bragin A., Sharypova E., Shikhevich S., Kozhemyakina R.
[Frontiers in Genetics]
|
|
A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive
analysis of motifs co-occurrence with MCOT package
Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E.,
Grosse I., Mironova V., Merkulova T.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Стволовые раковые клетки: «служба спасения» для опухолей в условиях генерализованного клеточного стресса
Ефремов Я.Р., Проскурина А.С., Поттер Е.А., Долгова Е.В., Ефремова О.В., Ощепков Д.Ю., Колчанов Н.А., Богачев С.С.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2018 |
Gene Expression in the Three-Spined Stickleback (Gasterosteus aculeatus) of Marine and Freshwater Ecotypes
S. M. Rastorguev, A. V. Nedoluzhko, N. M. Gruzdeva, E. S. Boulygina, S. V. Tsygankova, D. Y. Oshchepkov, A. M. Mazur, E. B. Prokhortchouk, K. G. Skryabin
[Acta Naturae]
|
|
Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR
Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya
[Frontiers in Microbiology]
|
|
Изучение генной экспрессии при адаптации к гипотоническим условиям на примере трехиглой колюшки (Gasterosteus aculeatus)
Расторгуев С. М., Недолужко А. В., Груздева Н. М., Булыгина Е. С., Цыганкова С. В., Ощепков Д. Ю. Мазур А. М., Прохорчук Е. Б., Скрябин К. Г.
[Acta Naturae]
|
|
Изучение ответа микроорганизмов на нетермическое воздействие терагерцового излучения.
Банникова С.В., Мещерякова И.А., Тимофеева М., Демидова Е.В., Розанов А.С., Старостин К.В., Демидов Е.А., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е.
[материалы XIX Зимней Школы ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии]
|
| 2017 |
Expression Dynamics of the REL, RELA, and IRF1 Transcription Factors in U937 Macrophages after Dioxin Exposure
E. V. Kashina, D. Yu. Oshchepkov, E. V. Antontseva, M. Yu. Shamanina, D. P.Furman, V. A. Mordvinov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana
Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV
[Frontiers in Plant Science]
|
|
The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana
Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y.
[Acta Naturae]
|
| 2016 |
Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1
V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova
[COMPUT BIOL CHEM]
|
|
Динамика экспрессии транскрипционных факторов REL, RELA и IRF1 в макрофагоподобной линии U937 после воздействия диоксина.
Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Шаманина М.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ЭЛЕКТРОМАГНИТНОГО ИЗЛУЧЕНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ДИАПАЗОНА НА ПРОТЕОМ ЭКСТРЕМОФИЛЬНОЙ АРХЕИ HALORUBRUM SACCHAROVORUM
Горячковская Т.Н., Константинова С.Г., Мещерякова И.А., Банникова С.В., Демидов Е.А., Брянская А.В., Щеглов М.А., Семенов А.И., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2015 |
Dioxin-mediated regulation of expression IL-12 family cytokines in human macrophages as a factor of tumor promotion by TCDD
E. Kashina, D. Oshchepkov, A. Shilov, E. Antontseva, D. Furman, V. Mordvinov
[European Journal of Cancer Supplements]
|
|
Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites.
Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным
Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2014 |
A PROPOSED MECHANISM OF TRANSACTIVATION BY BODY BURDEN DIOXIN OF HERPES SIMPLEX VIRUS GENES MIGHT BE RESPONSIBLE FOR WEAKENING THE HOST ANTIVIRAL DEFENSE
Tsyrlov IB, Shur IN, Wu JS, Furman D, Oshchepkov DY
[Organohalogen Compounds]
|
|
Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data
Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova
[BMC GENOMICS]
|
|
Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure
D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов.
Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ
Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages.
E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov.
[FEBS J]
|
|
From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites.
Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Reconstruction of the Mechanisms that Regulate the Expression of the Escherihia coli yfiA Gene under Stress Conditions.
T. M. Khlebodarova, D. Yu. Oshchepkov, N. V. Tikunova, I. V. Babkin, A. D. Gruzdev, and V. A. Likhoshvai
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса.
Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Xenobiotical virology: novel mechanistic concept of hazardous human viruses upregulation by body burden level of dioxins via AhR-mediated transcriptional pathway.
Tsyrlov, I., Shur, I., Oshchepkov, D., Pokrovsky, A.
[INT J INFECT DIS]
|
|
Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге.
Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А
[Медицинский академический журнал]
|
| 2011 |
Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes
Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I.
[COMPUT BIOL CHEM]
|
|
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites
VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
In silico prediction of transcriptional factor-binding sites.
Oshchepkov DY, Levitsky VG
[Methods in Molecular Biology]
|
|
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина
Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
| 2010 |
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов
Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов.
Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Цитокины и воспаление]
|
|
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека
Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов
[Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
|
| 2009 |
Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor
D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov
[COMPUT BIOL CHEM]
|
|
Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора
Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов
Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ
Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control
Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements
Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB
[Organohalogen Compounds]
|
|
Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов
Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов
[Успехи физиологических наук]
|
| 2007 |
Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene
Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes
Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC
[BRIEF BIOINFORM]
|
|
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex
Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I
[Organohalogen Compounds]
|
|
Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes
Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA.
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов.
Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах
Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
| 2006 |
Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength
Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A.
[BIOCHEM BIOPH RES CO]
|
| 2004 |
SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition.
Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
| 2001 |
Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions
D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov
[BIOINFORMATICS]
|
Монографии
| 2011 |
Dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophageal transcription factors and cytokines: prediction and experimental verification
E.V. Kashina, D.Yu. Oshchepkov, E.V. Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov, D.P. Furman
|
| 2010 |
Экспериментально-компьютерное конструирование и анализ бактериальных геносенсоров для детекции токсичности окружающей среды
Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А., Качко А.В., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Задорожный А.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
| 2008 |
Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами.
Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.
|
|
Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных.
Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.
|
| 2006 |
ARTSITE DATABASE: COMPARISON OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTORS
Khlebodarova, O. Podkolodnaya, D. Oshchepkov, D. Miginsky, E. Ananko, E. Ignatieva
|
|
STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS
E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.
|
| 2004 |
Bioinformatics of genome regulation and structure. N.Kolchanov and R.Hofestaedt (ed.)
Oshchepkov D.Yu., Turnaev I.I., Pozdnyakov M.A., Milanesi L., Vityaev E.E., Kolchanov N.A
|
Конференции
| 2023 |
The impact of terahertz radiation on stress response systems of prokaryotes
Peltek S., Bannikova S., Mesheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilievа A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Khlebodarova T.M., Goryachkovskaya T
[THE 5-TH INTERNATIONAL CONFERENCE “TERAHERTZ AND MICROWAVE RADIATION: GENERATION, DETECTION AND APPLICATIONS” (TERA-2023)]
|
| 2022 |
МЕТОД ДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ БАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ ГЕНОМНОЙ ИНФОРМАЦИИ
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин
[Актуальные аспекты современной микробиологии: XIII молодежная школа-конференция с международным участием]
|
|
Domestication explains 2/3 of differential gene expression variance between domestic and wild animals; the remaining 1/3 reflects intraspecific and interspecific variation
Irina Chadaeva, Petr Ponomarenko, Rimma Kozhemyakina, Valentin Suslov, Anton Bogomolov, Natalya Klimova, Svetlana Shikhevich, Ludmila Savinkova, Dmitry Oshchepkov, Nikolay A. Kolchanov, Arcady Markel, Mikhail Ponomarenko
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference]
|
|
Построение транскрипционных регуляторных сетей бактерий на основе найденных факторов транскрипции и их сайтов связывания
Лахова Т.Н., Мухин А.М., Ощепков Д.Ю., Лашин С.А.
[25-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием «Биология – наука XXI века»]
|
|
The impact of terahertz radiation on living systems.
Peltek S., Bannikova S., Khlebodarova T., Shedko E., Meshcheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilieva A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Goryachkovskaya T.
[13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Web-MCOT server for motifs co-occurrence search in ChIP-seq data
Victor Levitsky, Alexey Mukhin, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Sergey Lashin
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2021 |
Construction of transcriptional regulatory networks based
on found transcription factors and their binding sites
in annotated bacterial genomes
Lakhova T.N., Oshchepkov D.Yu., Mukhin A.M., Lashin S.A.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2021) : The 13th International Young Scientists School; Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen School 2021) : Young Scientists School]
|
|
Design of a new ethylene plant hormone sensor based on genome-wide data analysis of EIN3 transcription factor binding
Dolgikh V.A., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y., Zemlyanskaya E.
[Proceedings of international congress "Biotechnology: State of the art and perspectives" 2021]
|
|
Genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites guides engineering of new ethylene sensor
Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E.
[31st International Conference on Arabidopsis research (ICAR 2021-Virtual)]
|
|
In silico design of new ethylene sensors in plants based on genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites
Dolgikh V.A., Levitsky V. G., Oshchepkov D. Y., Zemlyanskaya E. V.
[International Conference Marchuk Scientific Readings 2021]
|
|
Structural and functional characterization of transcription factor binding sites: from bioinformatics to hormone biosensors
Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E.
[The 6th International Scientific Conference Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2021)]
|
|
Построение сетей транскрипционной регуляции бактерий на основе геномной информации
Т.Н. Лахова, Д.Ю. Ощепков, А.М. Мухин, С.А. Лашин
[VIII Международная научно-практическая конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов]
|
| 2020 |
Разработка алгоритмов для нахождения факторов транскрипции и их сайтов связывания в аннотированных бактериальных геномах
Лахова Т.Н., Ощепков Д.Ю., Мухин А.М., Лашин С.А.
[12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020]
|
|
Genome and karyotype evolution after whole genome duplication in free-living flatworms of the genus Macrostomum.
Zadesenets K., Ershov N., Oshchepkov D., Berezikov E., Schaerer L., Rubtsov N.B.
[BGRS/SB-2020. July 6-10, 2020 Novosibirsk]
|
|
Construction of a biosensor sensitive to terahertz radiation based on the glutamine synthetase gene promoter
Irina Meshcheryakova, Tatyana Goryachkovskaya, Svetlana Bannikova, Alexey Rozanov, Elizaveta Demidova, Dmitry Oshchepkov, Evgeniy Demidov, Alla Bryanskaya, Nikolay Vinokurov, Vasiliy Popik, and Sergey Peltek
[Synchrotron and Free electron laser Radiation: generation and application (SFR-2020)]
|
|
Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of the genes encoding proteins on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome
Ponomarenko M, Chadaeva I, Oshchepkov D, Rasskazov D, Osadchuk A, Osadchuk L.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)]
|
|
EIN3 binding site architecture guides transcriptional response to ethylene in Arabidopsis
V. Dolgikh, V. Levitsky, D. Oshchepkov, E. Zemlyanskaya
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“]
|
|
WebMCOT web-service for prediction of co-occurred DNA motifs in ChIP-seq data
Mukhin A. M., Levitsky V. G., Lashin S. A., Oshchepkov D. Y.
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2019 |
The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package
Левицкий Виктор Георгиевич
Миронова Виктория Владимировна
Землянская Елена Васильевна
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Меркулова Татьяна Ивановна
[9-ая Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии МССМВ'19]
|
|
The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package
Левицкий Виктор Георгиевич
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Землянская Елена Васильевна
Миронова Виктория Владимировна
Меркулова Татьяна Ивановна
[VII International Congress of Vavilov society of geneticists and breeders and associate symposiums]
|
|
The role of E-box-, G-box- and RY-motif-binding proteins
in regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana
Pukhovaya E., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E.
[The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)]
|
|
ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ИЗЛУЧЕНИЯ НА ГЕННУЮ ЭКСПРЕССИЮ С ПОМОЩЬЮ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ГЕНОСЕНСОРОВ
Сердюков Д.С., Розанов А.С. , Мещерякова И.А. , Банникова С.В. , Горячковская Т.Н. , Ощепков Д.Ю. , Попик В.М. , Черкасова О.П. , Пельтек С.Е.
[VI Съезд биофизиков России]
|
|
ИССЛЕДОВАНИЕ ИЗМЕНЕНИЙ ПРОТЕОМА И ТРАНСКРИПТОМА ДРОЖЖЕЙ SACCHAROMYCES CEREVISIAE ПРИ ПЕРЕХОДЕ К АНАЭРОБНЫМ УСЛОВИЯМ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ
Мещерякова И. А., Банникова С. В., Розанов А. С., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Демидов Е. А., Слынько Н.М., Старостин К. В., Пельтек С. Е.
[МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮКАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ,И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»]
|
| 2018 |
Dissecting the mechanisms of EIN3-dependent regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana
E.V. Zemlyanskaya, D.Y. Oshchepkov, V.V. Mironova, V.G. Levitsky
[The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)]
|
|
Dynamics of S. cerevisiae proteomic and transcriptomic response to changes in aeration conditions
A. Rozanov, I. Meshcheryakova, S. Bannikova, D. Oshchepkov, G. Vasiliev, S. Peltek
[11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018]
|
|
Nonthermal impact of terahertz (THz) radiation on living systems
S.E. Peltek, I.A. Meshcheryakova, T.N. Goryachkovskaya, E.V. Kiseleva, A.S. Rozanov, E.V. Demidova, K.V. Starostin, A.V. Bryanskaya, S.V. Sergeeva,P.S. Loshenova, D.Y. Oshchepkov, E.A. Demidov, G.L. Dianov, M.A. Logarkova, S.L. Kiselev, M. Timofeeva, N.A. Vinokurov, V.M. Popik, M.A. Scheglov
[11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018]
|
|
The overlapped motifs co-occurrence in ChIP-seq data.
V.G. Levitsky,D.Y. Oshchepkov, E.V. Zemlyanskaya, V.V. Mironova, E.V. Ignatieva,O.A. Podkolodnaya, T.I. Merkulova
[The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)]
|
|
Влияние изменения режима аэрации на транскриптом и протеом S.cerevisiae
А.С. Розанов, И.А. Мещерякова, С.В. Банникова, Д.Ю. Ощепков, Г.В. Васильев, С.Е. Пельтек
[Астана Биотех 2018]
|
|
Изучение ответа микроорганизмов на нетермическое воздействие терагерцового излучения
Банникова С.В., Мещерякова И.А., Тимофеева М., Демидова Е.В., Розанов А.С., Старостин К.В., Демидов Е.А., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е.
[XIX Зимняя Школа ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии,]
|
| 2017 |
ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН УARABIDOPSIS THALIANA НА ОСНОВАНИИ КОМПЬЮТЕРНОГО АНАЛИЗАПОЛНОГЕНОМНЫХ ДАННЫХ
Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Миронова В.В.
[БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ]
|
|
ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА И ОСОБЕННОСТЕЙ НУКЛЕОТИДНОГО КОНТЕКСТА В РАЙОНЕ СВЯЗЫВАНИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА EIN3 В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН У ARABIDOPSIS THALIANA
Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю.
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева]
|
|
Компьютерный анализ полногеномных данных указывает на роль типов хроматина в регуляции первичного ответа на этилен у Arabidopsis thaliana
Землянская ЕВ, Левицкий ВГ, Ощепков ДЮ
[II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"]
|
| 2016 |
Distinct types of EIN3-DNA interactions in various functional regions of A. thaliana L. genome
E.V. Zemlyanskaya, D.Yu. Oshchepkov, V.G. Levitsky
[BGRS\SB-2016]
|
|
FINE ANALYSIS OF ChIP-SEQ DATA FOR EIN3 BINDING IN A. THALIANA L. REVEALS DIFFERENT LAYERS OF EIN3 REGULATION IN ETHYLENE SIGNALING
Zemlyanskaya E.V., Oshchepkov D.Yu., Levitsky V.G.
[PGGFS-2016]
|
| 2014 |
DIOXIN-MEDIATED REGULATION OF GENES INVOLVED IN CYTOKINES PRODUCTION BY MACROPHAGES
E.V. Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, A.G. Shilov, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov
[BGRS\SB-2014]
|
|
EXPERIMENTALLY VERIFIED TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES MODELS APPLIED FOR COMPUTATIONAL ANALYSIS OF CHIP-SEQ DATA.
D.Y. Oshchepkov, V.G. Levitsky, I.V. Kulakovskiy, N.I. Ershov, V.J. Makeev, T.I. Merkulova.
[BGRS\SB-2014]
|
|
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli при стрессе по кинетическим данным.
Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Бабкин И.В., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А.
[V МК “Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB’2014)]
|
| 2013 |
Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages.
Kashina E.V., Oshchepkov D.Y., Antontseva E.V., Oshchepkova E.A., Shamanina M.Y., Furman D.P., Mordvinov V.A.
[The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”]
|
| 2012 |
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE - сайтов, обнаруженных в промоторах IL12A, IL12B и IL4 генов человека.
Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Лопатникова Ю.А., Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
|
|
Dioxin in regulation of genes involved in cytokinine synthesis by macrophages: a possible pathway underlying dioxin immunotoxicity and cancer.
D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, E.V. Kashina, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov.
[SysPatho workshop «Systems biology and medicine»]
|
|
Eliciting the role of dioxin in regulation of the genes involved in cytokines synthesis by macrophages.
D.Y. Oshchepkov, E.V. Kashina, E.A. Oshchepkova, E.V. Antontseva, M.Yu. Shamanina, D.P. Furman, V.A. Mordvinov.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology,]
|
|
In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data
V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy I.V., Makeev V.J.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data.
V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy, Makeev V.J.
[SysPatho workshop «Systems biology and medicine»]
|
|
ВЛИЯНИЕ 2,3,7,8-ТЕТРАХЛОРДИБЕНЗО-ПАРА-ДИОКСИНА НА РЕГУЛЯЦИЮ ЭКСПРЕССИИ IL12A, IL12B И IL4 ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В МАКРОФАГЕ
Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Проблемы биомедицинской науки третьего тысячелетия 2-я Всероссийская научная конференция молодых ученых.]
|
|
Выявление роли ксенобиотиков в регуляции генов, вовлеченных в синтез цитокинов макрофагами.
Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).]
|
| 2011 |
Could chronic stress induced by polycyclic aromatic hydrocarbons have implications for hominid evolution?
Oshchepkov D.Y., Suslov V.V.
[Proceedings of III International Conference Biosphere Origin and Evolution]
|
|
Анализ данных массовой иммунопреципитации хроматина с помощью экспериментально верифицированных методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA
Ощепков Д. Ю., Левицкий В. Г. , Кулаковский И. В., Ершов Н. И., Васильев Г.В., Меркулова Т. И.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
|
|
Подарок Прометея: мог ли хронический стресс продуктами горения ускорить эволюцию гоминид
Ощепков Д.Ю., Суслов В.В.
[Современные проблемы эволюции. XXV Чтения памяти А.А. Любищева.]
|
|
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов SF-1 и SREBP в геномах позвоночных с помощью нового подхода, сочетающего экспериментальные и биоинформатические методы
Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика и биоинформатика»]
|
| 2010 |
An experimental and computation approach to search for the transcription factor GAGA binding sites
Omelina E.S., Oshchepkov D.Yu., Baricheva E.M., Merkulova T.I.
[BGRS-2010]
|
|
Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophage cytokines.
Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Furman D.P., Mordvinov V.A.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
|
|
Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the macrophage transcription factors and cytokines genes.
Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P.
[“From Functional Genomics to Systems Biology”,]
|
|
E.coli proteom expression under terahertz irradiation
Peltek S.E., Mesheryakova I.A., Goryachkovskaya T.N., Demidova E.V., Demidov E.A., Khlebodarova T.M., Oschepkov D.Yu., Kolchanov N.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Vinokurov N.A., Kulipanov G.N., Nikolaev E.N.
[Terahertz radiation: generation and application]
|
|
Prediction for AtARF family transcription factors, mediating primary response to auxin
V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, D.Yu. Oschepkov, V.G. Levitsky
[Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk]
|
|
Promoters of the genes encoding the macrophage transcription factors contain binding sites for aryl hydrocarbon receptor.
Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P.
[Seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology]
|
|
Similarities and differences in the structures of artificial and natural transcription factor binding sites: impact of flanking sequences to recognition performance.
Oshepkov D.Y., Levitsky V.G., Khlebodarova T.M.
[International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)]
|
|
Testing of functional activity of putative dioxin responsive elements in promoter regions of genes, encoding macrophageal transcription factors and cytokines
Kashina E.V., Antontseva E.V., Katokhin A.V., Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Shamanina M.Y., Grishanova A.Y., Furman D.P, Mordvinov V.A.
[The seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology]
|
|
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов
Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Всероссийская научная конференция "Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии", 15-17 сентября 2010г.]
|
|
Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов.
Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И.
[I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»]
|
|
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека
Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов
[1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010]
|
|
Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин
Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург]
|
|
Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин.
Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине»]
|
| 2009 |
A novel promoter of the Escherichia coli yfiA gene and pathways of its regulation under oxidative stress conditions
T.M. Khlebodarova, A.V. Zadorozhny, V.A. Likhoshvai, N.V. Tikunova, D.Yu. Oschepkov, N.A. Kolchanov.
[International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)]
|
|
Experimental study of predicted regulation pathways of E.coli/pYFI-GFP genosensor under oxidative stress
A.V. Zadorozhny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Yu. Oschepkov, N.V. Tikunova.
[German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09]
|
|
Prediction of the regulation pathways of the Еscherichia coli dps gene expression under stress conditions.
T.Yu. Stepanova, D.Yu. Oshchepkov, V.A. Likhoshvai, A.V. Zadorozhny, N.V. Tikunova, T.M. Khlebodarova.
[German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09]
|
|
Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control.
N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin.
[Abstracts of 34th FEBS Congress. Prague, Czech Republic]
|
|
Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control.
N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin.
[34th FEBS Congress.]
|
|
Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с контролем пролиферации
Меркулова Т.И., Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Пахарукова М.Ю., Кропачев К.Ю., Пивоварова Е.Н., Каледин В.И.
[V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров.]
|
|
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Еscherichia coli в присутствии ионов кадмия.
Т.Ю. Степанова, В.А. Лихошвай, А.В. Задорожный, Н.В. Тикунова, Д.Ю. Ощепков, Т.М. Хлебодарова.
[Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров]
|
| 2008 |
Analysis of the evolutionary specificities of the yfiA and yhbh E.Coli genes and their regulatory regions.
Baryshev P.S., Oshchepkov D.Y., Khlebodarova T.M., Afonnikov D.A.
[Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex.
M.Y. Shamanina, E.A. Oshchepkova, D.Y. Oshchepkov, A.V. Katokhin, D.P. Furman, I.B. Tsyrlov, V.A. Mordvinov
[Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
Prediction of the regulatory mechanisms of Escherichia coli yfiA gene expression
T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Y. Oshchepkov, A.V. Kachko, N.V. Tikunova.
[Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)]
|
|
SITECON: a quality tool for prediction of new potential SREBP binding sites. experimental verification and analysis of regulatory regions of vertebrate genes.
D.Y. Oshchepkov, E.V. Ignatieva, G.V.Vasiliev, N.V. Klimova, T.I. Merkulova
[Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli
Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин
[IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008]
|
|
Транскрипционные факторы FOXA как потенциальные опухолевые супрессоры в печени
Т.И. Меркулова, Л.О. Брызгалов, Н.И. Ершов, Д.Ю. Ощепков, М.Ю. Пахарукова, К.Ю. Кропачев, В.И. Каледин.
[Всероссийская конференция с международным участием "Молекулярная онкология"]
|
| 2007 |
Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization
Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V
[Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow]
|
|
Deducing the mechanisms underlying expression regulation of a polyfunctional genosensor based on the promoter of Escherichia coli gene yfiA.
T.M. Khlebodarova, A.V. Kachko, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Tikunova, V.A. Likhoshvai.
[«Basic sciences - medicine»]
|
|
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex.
Nedosekina EA, Oshchepkov D.Y., Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I.
[27th International Symposium on Halogenated Persistent Organic Pollutants “Dioxin 2007”]
|
|
Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК
Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю.
[V Конференция молодых ученых СО РАН, посвященная М.А. Лаврентьеву. Новосибирск, 21-23 ноября 2007 г.]
|
| 2006 |
A gene network of adipocyte lipid metabolism: coordinated interactions between the transcription factors SREBP, LXRa AND PPARg.
Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
|
|
A gene network of adipocyte lipid metabolism: coordinated interactions between the transcriptional factors SREBP, LXRa and PPARg
Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Association study of SNP of the TNF-alpha gene with bovine leukosis and evaluation of its functional significance
Yudin N.S., Vasil’eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
|
|
Association study of snp of the tnf-alpha gene with bovine leukosis and evaluation of its functional significance
Yudin N.S., Vasil’eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
SITECON: a quality tool for prediction of transcription factor binding sites now handles those for SF-1. Experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes.
Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
|
|
SITECON: a quality tool for prediction of transcription factor binding sites now handles those for SF-1. experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes
Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков.
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г.
[International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.]
|
| 2005 |
Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells.
Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A.
[Сonference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27]
|
Гранты
| 2022 |
Исследование генетической предрасположенности к повышенной стресс-реактивности гипоталамо-гипофизарно-надпочечниковой системы в условиях рестрикционного (эмоционального) стресса, ассоциированного с формированием гипертензивного статуса у крыс НИСАГ.
Редина Ольга Евгеньевна
Рязанова Марина Анатольевна
Федосеева Лариса Абрамовна
Серяпина Алиса Алексеевна
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Политыко Юлия Константиновна
Плеканчук Владислава Сергеевна
Маковка Юлия Владимировна
Бричагина Алина Андреевна
Морева Татьяна Александровна
|
| 2019 |
Полногеномная дупликация и неканоническое изменение плоидности в эволюции генома макростомид
Рубцов Н.Б., Задесенец К.С., Ощепков Д.Ю., Джетыбаев И.Е., Ковина А.П., Сальников П.А.
|
| 2018 |
Мета-анализ полногеномных данных на основе выявления и аннотации различных структурно-функциональных типов сайтов связывания транскрипционных факторов в составе композиционных элементов
Левицкий Виктор Георгиевич (Р)
Брызгалов Леонид Олегович
Миронова Виктория Владимировна
Игнатьева Елена Васильевна
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Новикова Дарья Дмитриевна
Вибе Даниил Станиславович
Землянская Елена Васильевна
Мухин Алексей Максимович
|
|
Взаимодействие сигнальных путей ауксина и этилена у
растений: от генов-мишеней к новым биологическим функциям
Землянская Е.В., Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю.,Омельянчук Н.А., Убогоева Е.В., Долгих В.А.
|
| 2015 |
Транскрипционная и посттранскрипционная регуляция ауксином и этиленом экспрессии генов в корне Arabidopsis thaliana
Вибе Даниил Станиславович Дорошков Алексей Владимирович Климова Наталья Викторовна Лавреха Виктория Вадимовна Левицкий Виктор Георгиевич Миронова Виктория Владимировна, руководитель, Новикова Дарья Дмитриевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Чернова Василина Владимировна Черных Ольга Александровна
|
| 2013 |
Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Колчанов Николай Александрович, Подколодный Николай Леонтьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Брызгалов Леонид Олегович, Рассказов Дмитрий Александрович, Васькин Юрий Юрьевич, Данилова Юлия
|
| 2012 |
Изучение влияния диоксина на регуляцию экспрессии генов цитокинов, синтезируемых активированным макрофагом
Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П.
|
| 2011 |
Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий
Антонцева Елена Вячеславовна Меркулова Татьяна Ивановна Брызгалов Леонид Олегович Ощепков Дмитрий Юрьевич Матвеева Марина Юрьевна Ершов Никита Игоревич Пахарукова Мария Юрьевна Орлов Юрий Львович Мордвинов Вячеслав Алексеевич Колосова Наталия Гориславовна Шилов Александр Геннадьевич Кашина Елена Валентиновна Корболина Елена Евгеньевна Сивков Антон Юрьевич Брагин Анатолий Олегович
|
|
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович
|
|
Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток
Орлов Юрий Львович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Вишневский Олег Владимирович, Пономаренко Михаил Павлович
|
| 2010 |
Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных
Дымшиц Г.М., Меркулова Т.И., Раушенбах И.Ю., Кочетов А.В., Грунтенко Н.Е., Попова Н.А., Адоньева Н.В., Васильев Г.В., Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Антонцева Е.В., Пахарукова М.Ю., Карпова Е.К., Богомолова Е.В., Иванов М.К., Федосеева Л.А., Ощепков Д.Ю., Шарипов Р.Н., Глушков С.А., Ведерников В.Е., Брызгалов Л.О., Климова Н.В., Сангаев С.С., Волкова О.А., Ершов Н.И., Герасимова С.В., Брагин А.Г., Прасолова М.А., Рязанова М.А., Прокопьев Р.А., Горелова В.В., Савельева А.В., Попов Е.Г., Шевелев О.Б., Климов Л.О.
|
|
Экспериментально-компьютерное исследование генов, участвующих в ответе макрофага на обработку диоксином и выявление механизмов их активации
Ощепков Дмитрий Юрьевич
|
| 2009 |
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Акбердин Илья Ринатович, Гунбин Константин Владимирович, Захаренко Л.П., Иванисенко Владимир Александрович, Игнатьева Елена Васильевна, Казанцев Федор Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лихошвай Виталий Александрович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Пономаренко Михаил Павлович, Пономаренко Петр Михайлович, Ри Максим Тексенович, Савинкова Людмила Кузминична, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Хлебодарова Тамара Михайловна
|
|
Изучение конкурентных взаимоотношений транскрипционных факторов семейства Fox в регуляции экспресии генов печени и их роли в гепатоканцерогенезе
Васильев Геннадий Владимирович Антонцева Елена Вячеславовна Брызгалов Леонид Олегович Ершов Никита Игоревич Климова Наталья Викторовна Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич
|
| 2008 |
Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей
Лихошвай Виталий Александрович, Бабкин Игорь Викторович, Качко Алла Васильевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Ри Наталья Александровна, Степаненко Ирина Лембитовна, Степанова Татьяна Юрьевна, Тикунова Нина Викторовна
|
| 2006 |
Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК
Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич Вишневский Олег Владимирович
|
|
РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ
113 исполнителей из 10 Институтов СО РАН
|
Научное руководство
| 2014 |
Классификация глиобластом на основе анализа данных по микроРНК на модели клеточных линий
Ощепков Дмитрий Юрьевич
[Масальская Екатерина Александровна]
|
| 2012 |
«Анализ роли транскрипционных факторов в аберрантном метилировании ДНК при глиобластоме»
Ощепков Дмитрий Юрьевич
[Леденцова Марина Владимировна]
|
Учебные курсы
| 2018 |
Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)
Игнатьева Е.В., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю.
|
| 2017 |
Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)
Игнатьева Е.В., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю.
|
| 2003 |
Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)
|
Патенты
| 2023 |
«База данных дифференциально экспрессирующихся генов крыс как модельных объектов заболеваний человека (RatDEGdb) /A database of differentially expressed genes in rats as model objects for human diseases (RatDEGdb)»
Чадаева И.В., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю.
|
| 2019 |
Программный комплекс для предсказания совместной встречаемости мотивов с учетом их перекрывания на основе данных массового секвенирования ChIP-seq (MCOT)
Левицкий Виктор Георгиевич
Землянская Елена Васильевна
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Миронова Виктория Владимировна
|
| 2006 |
Программа для определения консервативных свойств в сайтах связывания транскрипционных факторов и их распознавания ( САЙТКОН ) / The tool for detecting conservative properties in transcription factor binding sites and for site recognition (SITECON) “
Ощепков Д.Ю.
|
Диссертации
| 2010 |
КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ КОНФОРМАЦИОННЫХ И ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИХ ОСОБЕННОСТЕЙ ФУНКЦИОНАЛЬНЫХ САЙТОВ ГЕНОМНОЙ ДНК ЭУКАРИОТ
[Кандидат]
|
|
|
