Изучение структурно-функциональной организации белков
2. Задачи, решаемые в рамках базового бюджетного проекта на данном этапе:
В рамках проекта VI.61.1.2. «Компьютерно-экспериментальное исследование и моделирование структурно-функциональной организации и эволюции генных сетей многоклеточных и одноклеточных организмов» решаются задачи по направлению компьютерный анализ и моделирование структурно-функциональной организации белков, включая:
(1) совершенствование существующих и разработка новых алгоритмов компьютерной структурно-функциональной аннотации белков (методы молекулярного моделирования, методы предсказания сайтов связывания малых химических соединений, сайтов белок-белок взаимодействий, активных центров и методы предсказания термодинамической стабильности белков);
(2) исследование взаимосвязи между структурой белков и их функциональными, аллергенными и иммуногенными свойствами на основе анализа конформационных пептидов, моделирующих белковые молекулярные поверхности;
(3) изучение закономерностей структурной организации функциональных сайтов белков;
(4) анализ закономерностей структурной организации ассоциативных сетей белок-белок взаимодействий, связанных с заданной клеточной/системной функцией, биологическим процессом или заболеванием;
(5) разработка новых подходов для поиска фармакологических мишеней и дизайна молекулярных соединений – кандидатов для лекарственных препаратов и проведение, на этой основе, компьютерного дизайна/скрининга ряда химических соединений, обладающих потенциальным противовирусным и антибактериальным действием;
(6) изучение влияния мутаций на изменение термостабильности белков, функционирующих в составе изучаемых генных сетей, с использованием методов молекулярной динамики.
(7) создание интегрированных информационных хранилищ данных по структуре, функции и эволюции белков. С помощью интегрированных подходов будет проводиться анализ метапротеомов бактериальных сообществ.
3. Прикладные разработки
Разработана программно-информационная система Protein Structure Discovery (Иванисенко и др., 2011), предназначенная для решения широкого круга задач компьютерной протеомики, включая предсказание функции, структуры и иммунологических свойств белков. Специально созданный раздел системы позволяет оценивать количественные и качественные эффекты мутаций на структурные и функциональные свойства белков.
Всего в систему интегрировано более 20 различных программ, в том числе база данных PDBSite (Ivanisenko et al, 2005), содержащая информацию о пространственных структурах более 100000 функциональных сайтов белков, программа распознования функциональных сайтов в пространственных структурах белков PDBSiteScan (Ivanisenko et al, 2004), программа количественного анализа взаимосвязи структура-активность белков WebProAnalyst (Ivanisenko et al, 2005), система SitEx (Medvedeva et, al, 2012), предназначенная для решения задач по анализу соотношения экзон-интронной структуры генов и структурно-функциональной организации, кодируемых ими белков; программа Allpred (Bragin et al, 2013), предназначенная для предсказания аллергенности белков с использованием конформационных пептидов и другие.
Protein Structure Discovery имеет Вэб-интерфейс и доступна пользователям через Интернет (http://www-bionet.sscc.ru/psd).
4. Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет. Общий объем текста на одну лабораторию (сектор) – не более 4000 знаков с пробелами, количество иллюстраций с подписями: от одной до – пяти. Рекомендуется, чтобы общий объем текста с иллюстрациями не занимал более 5 страниц в формате Word (для текста шрифт Nimes New Roman, фонт № 12, через 1 интервал).
1) Разработана компьютерная система ANDSystem автоматического анализа текстов научных публикаций и баз данных (Demenkov et al, 2011). Система содержит модуль извлечения знаний из текстов и баз данных, базу знаний ANDCell и программу ANDVisio, обеспечивающую доступ к базе знаний и визуализацию ассоциативных генных сетей (рис. 1). Система позволяет автоматически извлекать из текстов информацию о широком круге взаимодействий и взаимоотношений между белками, генами, микроРНК, метаболитами, болезнями и биологическими процессами, включая физические взаимодействия, регуляторные отношения, транспорт и др.
Рисунок 1. Схематичное представление системы ANDSystem автоматического извлечения знаний из текстов научных публикаций и биологических баз данных.
2) Найден гипотетический рецепторный домен служащий рецептором для проникновения прионов и вирусов в клетку (Малыгин и др. 2009). Проведено компьютерное моделирование пространственной структуры ламининсвязывающего белка человека (LBP). Показано, что разрывные участки последовательности C-концевого домена LBP, взаимодействующие с гликопротеином Е вируса венесуэльского энцефалита лошадей (VEE) и вируса клещевого энцефалита (TBE), оказываются сближенными в пространственной структуре и образуют рецепторный домен. Кроме того, анализ показал, что данный домен служит рецептором для проникновения прионов в клетку, таким образом, существует общий путь проникновения для вирусов и прионов (рис. 2).
Рисунок 2. Предсказанная пространственная структура С-концевого домена ламининсвязывающего белка человека, предположительно являющегося рецептором для прионов и флави- и альфа-вирусов.
3) Компьютерный анализ белка PIIMycobacterium tuberculosis, являющегося важнейшим регулятором метаболизма азота, сигнальной трансдукции и мембранного транспорта в микобактерии, проведенный с использованием программы PDBSiteScan и молекулярной динамики, выявил в данном белке сайты связывания 2-кетоглютората (рис. 3). Молекулярное моделирование показало, что связывание 2-кетоглютората приводит к перестройке белка PII и повышению его сродства к АТФ. Экспериментальная проверка на приборе BIOCORE подтвердила результаты компьютерного анализа (Bandyopadhyay et al., The Journal of Biochemistry, 2010). Таким образом, показано, что 2-кетоглюторат действует как аллостерический регулятор связывания PII с ATФ.
Рисунок 3. Графическое изображение фрагмента модели пространственной структуры белка PII в комплексе с АТФ и 2-кетоглютарат.
4) На основе анализа экспериментальных данных протеомных исследований, полученных в Институте физико-химической медицины (Москва) проведена реконструкция и анализ сетей молекулярно-генетических взаимодействий белков Helicobacter pylori, дифференциально экспрессирующихся в различных штаммах, выделенных у пациентов с хроническими гастритами и опухолями желудка (рис. 4). Показано, что различия в экспрессии белков H. pylori могут быть связаны с адаптацией этого микроорганизма к различным условиям внешней среды, обусловленными морфологическими отличиями различных участков желудка, подверженных гистологическим и морфологическим изменениям в ходе патологических процессов (Momynaliev et al, 2010). Для реконструкции ассоциативных сетей использовалась система автоматического анализа текстов научных публикаций и баз данных ANDSystem.
Рисунок 4. Ассоциативные сети взаимосвязанных белков H. pylori, идентифицированных в протеомных экспериментах, построенные с использованием системы автоматического анализа научных текстов ANDSystem.
5) С использованием компьютерной системы ANDSystem проведена реконструкция и анализ ассоциативной сети, описывающей потенциальные молекулярные механизмы взаимосвязи миопии и открытоугольной глаукомы (Подколодная и др., 2010). Показано, что ассоциативная сеть содержит более 200 различных генов, ассоциированных с этими заболеваниями, и более чем 2000 молекулярно-генетических взаимодействий между данными генами. Редукция сети и дальнейший анализ представленных в ней молекулярно-генетических путей позволили выявить ряд потенциальных генов-кандидатов для генотипирования одновременно миопии и открытоугольной глаукомы (рис. 5).
А
Б
В
Рисунок 5. Молекулярно-генетические пути, ассоциированные с открытоугольной глаукомой и миопией. (А) Наиболее значимые взаимодействия между генами и белками человека, ассоциированными с открытоугольной глаукомой и миопией; (Б) пути, направленные от миопии к глаукоме; (В) пути, с нечетко определенным типом и направлением взаимодействий.
6) Разработан (совместно с Институтом физико-химической биологии ФМБА) новый подход к поиску белков, перспективных для биотехнологии (Иванисенко и др., 2012). Подход основан на параллельном высокопроизводительном секвенировании метагеномов и компьютерном анализе: сборке коротких секвенированных фрагментов в протяженные геномные последовательности (контиги); поиске в них открытых рамок считывания; функциональной классификации кодируемых ими ферментов и предсказании количественных величин их функциональной активности. На основе анализа результатов секвенирования метагенома микробных сообществ озера «Кротовья ляга», выполненного на платформе SOLiD, идентифицирован белок гликозидаза (фермент деградации целлюлозы) с высокой функциональной активностью (рис. 6).
Рисунок 6. Новый подход к поиску белков, перспективных для биотехнологии, основанный на параллельном высокопроизводительном секвенировании метагеномов и компьютерном анализе. (а) Озеро «Кротовья ляга» - источник генетического материала для метагеномного секвенирования микробных сообществ; (б) распределение длин нуклеотидных последовательностей, собранных в контиги; (в) фрагмент множественного выравнивания белковых последовательностей, потенциальных гликозидаз, кодируемых открытыми рамками считывания; (г) предсказание значения количественной величины константы Михаэлиса для потенциальной гликозидазы в реакции расщепления целлобиозы; (д) реконструированная модель пространственной структуры гликозидазы, обладающей повышенной активностью расщепления целлобиозы.
7) Предсказана мишень действия соединения NIH415032 (рис. 7), обладающего согласно экспериментальным данным противотуберкулезной активностью (Gahoi et al, 2013). С использованием программы PDBSiteScan и методов виртуального скрининга показано, что миколилтрансфераза (антиген 85) M. tuberculosis, один из ключевых ферментов, участвующих в биосинтезе микобатериальных клеточных стенок, является потенциальной мишенью для соединения NIH415032, для которого ранее было показана противотуберкулезная активность, но мишень его действия была не известна (Gahoi et al, 2013).
Рисунок 7. Изображение пространственной структуры белка антиген 85 M. tuberculosis в комплексе с ингибитором NIH415032.
8) С помощью программы предсказания функциональных сайтов в пространственных структур белков PDBSiteScan и методов молекулярной динамики изучен структурный эффект действия мутации Gly245-Сys в ДНК-связывающем домене белка p53, ассоциированной с наследственной предрасположенностью к раку (синдром Ли-Фраумени). Показано, что мутация приводит к появлению нового сайта связывания иона цинка в непосредственной близости с существующим цинк-связывающим сайтом (рис. 8). Смещение иона цинка в данный сайт ведет к существенным конформационным перестройкам белка, что может обуславливать нарушения его функций (Pintus et al, 2013).
Рисунок 8. Графическое изображение фрагмента пространственной структуры ДНК-связывающего домена белка p53, в котором согласно расчетам в результате мутации Gly245-Сys возникает новый цинк-связывающий сайт.
5. Задачи, планируемые на перспективу: формулировки должны содержать как фундаментальные научные задачи, так и возможную прикладную направленность исследований в подразделении.
Белки представляют собой важнейшую компоненту ГС. Наряду со структурными, каталитическими, транспортными функциями, белки в ГС выполняют важнейшие регуляторные функции: контролируют экспрессию генов, обеспечивают формирование сетей белок-белковых, РНК/ДНК-белковых и белок-лигандных регуляторных взаимодействий, путей передачи сигналов от клеточных мембран к ядрам клеток, межклеточных коммуникаций. Функциональная активность белков в ГС определяется наборами характерных для них функциональных сайтов. По данным базы PDB (Rose et al., 2011) в расшифрованных пространственных структурах белков может содержаться от нескольких до десяти и более функциональных сайтов.
Однако, база данных PDB содержит в настоящее время описание 3-D структур только для ~ 80 000 белков. Из них уникальные пространственные структуры составляют ~ 15%, а остальные являются изоформами или мутантными формами. При этом в PDB представлено около 20 000 уникальных 3-D структур белков человека, имеющих гомологию менее 95%. Таким образом, до сих пор имеется большой разрыв между информацией, представленной в базе данных и полным количеством белков, кодируемых геномом человека с учетом вариантов альтернативного сплайсинга, что затрудняет оценку влияния генетической изменчивости на функциональные сайты белков.
Поэтому важнейшее значение имеет создание высокопроизводительных конвейерных методов компьютерного предсказания функциональных сайтов в пространственных структурах белков. В связи с этим планируется решение следующих задач из области компьютерного анализа структурно-функциональной организации белков, функционирующих в биомедицински значимых ГС человека: предсказание компьютерными методами функциональных сайтов в пространственных структурах этих белков; оценка на этой основе репертуаров белок-белковых, РНК/ДНК-белковых и метаболит-белковых взаимодействий, и реконструкция сетей межмолекулярных взаимодействий, значимых для функционирования изучаемых ГС; картирование аминокислотных полиморфизмов на функциональные сайты белков и изучение на этой основе влияния мутаций на структуру и функцию белков, а также на формируемые ими сети межмолекулярных взаимодействий; изучение влияния мутаций на термодинамическую стабильность и специфическую активность белков, а также на структурные и конформационные свойства функциональных сайтов в трехмерной структуре белков.
Короткие природные пептиды обладают широкой биологической активностью, включая регуляцию деятельности высшей нервной системы. Механизмы их действия до сих пор остаются слабо изученными. Наша идея состоит в том, что пептиды могут взаимодействовать с рецепторами за счет структурной мимикрии функциональных сайтов белков, для которых эти рецепторы являются мишенями. Будет создана база данных выравниваний последовательностей коротких пептидов с конформационными пептидами белков, характеризующая потенциальные молекулярные функции коротких пептидов и их мишени по аналогии с белками, имеющими сходство с этими пептидами.
Будет создан параллельный алгоритм для предсказания функциональных сайтов в 3-D структурах белков на основе метода PDBSiteScan. Будут предсказаны функциональные сайты в пространственных структурах белков, функционирующих в составе изучаемых ГС, включая сайты, возникающие в результате генетической изменчивости, с помощью новой версии программы. Особое внимание будет обращено на функциональные сайты белков, выполняющих регуляторные функции (сайты аллостерической регуляции белков; сайты связывания РНК/ДНК, сайты, участвующее в формировании сетей белок-белковых взаимодействий).
Будет создана реляционная версия базы данных PDBSite, интегрирующая информацию по экспериментально установленным и предсказанным (потенциальным) сайтам в 3-D структуре белков. Будет проведена классификация сайтов по сходству их пространственных структур, физико-химических и конформационных свойств, создание обобщенных шаблонов, описывающих различные структурные и функциональные классы сайтов. Будет осуществлена интеграция PDBSite с внешними базами данных Gene Ontology (GO), UniProt, PDB и др.
Будет осуществлено расширение базы данных PDBSite: картирование микроэволюционной (популяционной) и макроэволюционной генетической изменчивости на пространственные структуры и функциональные сайты белков, функционирующих в составе изучаемых ГС, включая:
- популяционные полиморфизмы из баз данных "1000 геномов", dbSNP, OMIM и др.
- нуклеотидные и аминокислотные замены, выявляемые во множественных выравниваниях семейств белков, функционирующих в составе изучаемых ГС;
- особое внимание будет обращено на аминокислотные замены в белках, выполняющих в исследуемых ГС регуляторные функции, а также ассоциированных с социально значимыми заболеваниями человека.
Будет осуществлено развитие методов молекулярного моделирования динамики и механики белков для анализа функциональных сайтов и их взаимодействия с различными лигандами, включая малые химические соединения, белки, молекулы РНК и регуляторные сайты в ДНК.
Будет разработан параллельный алгоритм для оценки изменений термодинамической стабильности мутантных белков на основе методов ProtStability.
Будет исследовано влияние аминокислотных замен, представленных в базе данных PDBSite, на термодинамическую стабильность и специфическую активность белков, в том числе белков, функционирующих в составе изучаемых ГС.
Будет исследовано влияние аминокислотных замен, представленных в базе данных PDBSite, на структурные и конформационные свойства функциональных сайтов белков, включая сайты, локализованные в белках, функционирующих в составе изучаемых ГС. Будет изучено влияние замен аминокислот на конформационную подвижность сайтов, изменения их физико-химических характеристик, устойчивость сетей водородных связей, формируемых аминокислотными остатками функциональных сайтов и т.д.
Будет создан параллельный алгоритм для предсказания величин специфических активностей белков на основе разработанного нами ранее метода WebProAnalyst, использующего в качестве исходной информации множественные выравнивания семейств белков с известными величинами их специфической активности. Будет проведен анализ влияния аминокислотных замен, описанных в базе PDBSite, на специфическую активность белков, включая белки, функционирующие в составе изучаемых ГС.
Будет проведена интеграция разработанных информационных и программных продуктов в систему «КОМПЬЮТЕРНАЯ ПРОТЕОМИКА» для конвейерного высокопроизводительного анализа структурно-функциональной организации белков и их функциональных сайтов, обеспечивающего:
- предсказание пространственной (3-D) структуры белков по их аминокислотным последовательностям;
- быстрый поиск структурной гомологии белков по базе данных PDB;
- предсказание функциональных сайтов в 3-D структурах белков;
- количественный анализ взаимосвязи «структура-активность» в семействах родственных и мутантных белков;
- предсказание изменения термодинамической стабильности мутантных белков;
- молекулярное моделирование динамики и механики белков;
- оценку влияния аминокислотных замен в белках на их структурно-функциональные характеристики.
Будет создана база знаний по вывяленным особенностям структурно-функциональной организации белков, функционирующих в составе изучаемых ГС, включая влияние мутаций на их структуру и функцию, и расширение на этой основе ГС.
SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko NUCLEIC ACIDS RES, 2012, V. 40(Database issue):D278-83.
Механизм действия и регуляция активности конститутивного репрессора фотоморфогенеза COP1. Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К. Физиология растений, 2012, том 59, № 2, с. 1–13
Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7. № 2. С. 398–409. URL: http://www.matbio.org/2012/Fomin_7_398.pdf
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 16(2), стр. 339-347
2011
Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А. Биоорганическая химия, 2011, 2011, Т. 37, № 1, С. 22–35
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2011, №2, Т.6, С.250-263
Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 2011. Т. 15. № 3. С. 462-468.
The Role of the COP1, SPA, and PIF Proteins in Plant Photomorphogenesis O. G. Smirnova, I. L. Stepanenko, V. K. Shumnyia Biology Bulletin Reviews, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 314–324
2010
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
Характеристика C-концевой части гликопротеина Е вируса Западного Нила и оценка силы его взаимодействия с V 3 интегрином как с предполагаемым клеточным рецептором М. В. Богачек, Б. Н. Зайцев, S. K. Sekatskii, Е. В. Протопопова, В. А. Терновой, А. В. Иванова, А. В. Качко, В. А. Иванисенко, G. Dietler, В. Б. Локтев. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, том 75, вып. 4, с. 571 – 581
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM. J PROTEOME RES, 2010, 9(1):254-67
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2010, Т. 8. № 3. С. 13-22.
2009
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и Клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека А.А. Малыгин, Е.И. Бондаренко, В.А. Иванисенко, Е.В. Протопопова, Г.Г. Карпова, В.Б. Локтев BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, т. 74, вып. 12. с. 1631 – 1641
Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Том 13, 208-218
Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 122-127
Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
2008
Functional divergence of H-pylori related to early gastric cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV. Demina IA, Serebryakova MV, Ivanisenko VA, Aman E, Akopian T, Govorun VM. HELICOBACTER, 2008, 5, 13, 477-477
Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins. Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2008, V. 446, P. 363-384.
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A. FEBS LETT, 2008, 582. 1293-1297
Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко Вычислительные технологии, 2008, 2, 13, 15-19
2007
Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
Web-based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Post-translational Modifications of Proteins Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2007, 446, 363-384.
Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
Иммунохимические свойства белка PrM и С концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2007, 1, 41, 8-17
2006
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных аминокислотных заменах Деменков П.С., Аман Е.Э., Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, Т. 7, Вып. 51
Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
2005
Иммунохимические свойства рекомбинантных полипептидов, моделирующих домены I и II белка Е вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2005, N 5, т. 39, с. 813-822.
Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
WebProAnalyst: an interactive tool for analysis of quantitative structure-activity relationships in protein families Ivanisenko V.A., Eroshkin A.M., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33, W99-W104
PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites Ivanisenko VA, Pintus SS, Grigorovich DA, Kolchanov NA. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V33, D183–D187
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
2003
Data Mining Techniques in Bioinformatics Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V. Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555
2002
Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
Локализация антигенной детерминанты белка Е вируса клещевого энцефалита, узнаваемой антигемагглютинирующими моноклональными антителами, с помощью пептидной фаговой библиотеки Локтев А.В., Кувшинов В.Н., Меламед Н.В., Иванисенко В.А., Мишин В.П., Ильичев А.А. Вопросы вирусологии, 2002, N.2, Т.47, С.31-34
Анализ чужеродных эпитопов, встроенных в НВсАg. Возможные пути решения проблемы самоорганизации химерных коровых частиц Карпенко Л.И., Иванисенко В.А., Пика И.С., Чикаев Н.А., Ерошкин А.М., Меламед Н.В., Веремейко Т.А., Ильичев А.А. Molecular Biology, 2000, N.2, Т.34, С.223-229
1999
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
Компьютерный анализ зависимостей между максимумом цвета биолюминесценции и первичной структурой люцифераз жуков: идентификация сайтов, ответственных за изменения цвета Морозов В.М., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Угарова Н.Н. Molecular Biology, 1996, Т.30, С.1167-1172
Анализ встроек пептидных фрагментов в основной белок оболочки бактериофагов М13, f1 и fd. Взаимосвязь структурных характеристик белка оболочки и жизнеспособности мутантных фагов Ерошкин А.М., Миненкова O.O., Фомин В.А., Иванисенко В.А., Ильичев A.A. Molecular Biology, 1993, Т.27. С.1345-1355
Монографии
2010
German/Russian Network of Computational Systems Biology. R. Hofestadt and N. Kolchanov (Eds). E.L. Mishchenko, N.V. Ivanisenko, A.M.Mishchenko, V.A.Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, R. Hofestadt, N.A. Kolchanov
Nandbook of Drug Targeting and Monitoring. B.Andreev and V. Egorov ( Eds). E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
2009
Viral Genomes: Diversity, Properties and Parameters. Zhi Feng and Ming Long (Eds). E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A.
IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине". Сборник трудов конференции. Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
Филогенетический и структурный анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А.
2006
TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko
STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.
Конференции
2011
Компьютерная протеомика: от метагенома к метопротеому Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С. Рабочее совещание "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике"
Analysis of protein functional sites encoding features Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
Analysis of protein functional sites encoding features Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович ISMB/ECCB 2011
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011 Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
A mathematical model for the suppression of subgenomic Hepatitis C virus replication in Huh-7 cells in the presence of the NS3 protease inhibitors Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Хайдельберг, Германия, 28 августа-1 сентября
Математическая модель подавления репликации субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке с ингибитором NS3 протеазы SCH503034 Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. Санкт-Петербургский научный форум “Наука и общество. Физиология и медицина 21 века. VI Петербургская встреча лауреатов нобелевской премии”, Санкт-Петербург, Россия, 19-23 сентября
Biological literature mining. Application of associative network discovery system in systems biology Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A. International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
Улучшенные алгоритмы расчёта свободной энергии для определения термостабильности белковых комплексов Алемасов Н.А., Фомин Э.С. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
A gene regulatory network model for vernalization and seasonal flowering response in winter wheat. Stepanenko I.L., Smirnova O.G., Titov I.I International Conference Wheat Resources and Genomics (WGRG 2011)
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков. Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
VISUALIZATION AND ANALYSIS OF A CARDIO VASCULAR DISEASE-RELATED BIOLOGICAL NETWORK COMBINING TEXT MINING AND DATA WAREHOUSE APPROACHES Ralf Hofestädt, Björn Sommer, Evgeny Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian Janowski, Timofey Ivanisenko, Anatoly Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel Demenkov, Alexey Kochetov, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011
Исследование масштабируемости алгоритмов поиска ближайших соседей в методе молекулярной динамики Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
Автоматическая реконструкция ассоциативных генных сетей на примере анализа протеома мочи Тийс Е.С., Деменков П.С., Доброхотов И.В., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н., Ларина И.М., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
2010
Microbial metagenome annotation with bioinformatics and computational systems biology methods Ivanisenko, Demenkov, Pintus, Ivanisenko, Goncharova, Kostjukova, Levitski, Selezneva, .... Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Modeling of the suppressive effect of NS3 protease inhibitor on HCV subgenomic replicon replication in Huh-7 cells Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L.,Likhoshvai V.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Reconstruction of molecular genetic networks: text mining as a tool for knowledge discovery V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
Computer Sytem SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology", Novosibirsk, Russia, 28-29 June 2010
Разработка базы данных химических соединений - потенциальных маркеров заболеваний Иванисенко В.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин П.М. XVII Российский национальный конгресс "Человек и лекарство"., Москва, 16 апреля 2010 г.
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Всероссийская научная конференция "Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии", 15-17 сентября 2010г.
Интегрированная система для информационной поддержки исследования механизмов регуляции транскрипции Н.Л. Подколодный, Е.В. Игнатьева, Д.А. Рассказов, О.А. Подколодная, Е.А. Ананько, Н.Н. Подколодная, Е.М. Залевский Всероссийская научная конференция "Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции" – RCDL’2010, Казань, Россия, 2010
Сравнительный анализ производительности процессоров PowerXCell8i и Intel X7560 на примере задач молекулярной динамики Фомин Э.С., Н.А. Алемасов, С.А.Матвиенко Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах HPC2010, Материалы X Международной конференции, г.Пермь, 1-3 ноября, 2010 г.
Математическое моделирвание репликации репликона вируса гепатита С: предсказание эффетивности действия новых потенциальных лекарств Мищенко Е.Л., Иванисенко Н.В., Мищенко А.М., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
Компьютерный анализ метагеномных данных: предсказание количественной величины специфической активности белков Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Иванисенко Т.В., Гончарова Н.И., Розанов А., Брянская А., Кострюкова Е.С., Левитский С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
Computer analysis of conformationalpeptides in protein families A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Analisys of human proteome based on protein stability to mutations P.S. Demenkov, O.A. Korepanova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
ITMSys: An interactive web-based text-mining system for automated analysis of the full-text articles Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
ANDCell and ANDNanobiotech: Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.L. Podkolodny 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Computer system SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
The nanobiotechnology database V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
A computer analysis of functional relationships between genes associated with multifactorial diseases: pre-eclampsia as an example E. Tiys, P. Demenkov, E. Vashukova, A. Glotov, V. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Promoters of the genes encoding the macrophage transcription factors contain binding sites for aryl hydrocarbon receptor. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. Seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophage cytokines. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Furman D.P., Mordvinov V.A. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the macrophage transcription factors and cytokines genes. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. “From Functional Genomics to Systems Biology”,
Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине»
Testing of functional activity of putative dioxin responsive elements in promoter regions of genes, encoding macrophageal transcription factors and cytokines Kashina E.V., Antontseva E.V., Katokhin A.V., Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Shamanina M.Y., Grishanova A.Y., Furman D.P, Mordvinov V.A. The seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ БИОМАРКЕРОВ ЗАБОЛЕВАНИЙ О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко Десятая всероссийская научно-практическая конференция «Интеллектуальный потенциал ученых России»
БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ИМЕЮЩИХ ПОТЕНЦИАЛЬНОЕ ЗНАЧЕНИЕ ДЛЯ НЕИНВАЗИВНОЙ ДИАГНОСТИКИ ЗАБОЛЕВАНИЙ О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко II Всероссийская научная конференция с международным участием "Научное творчество ХХI века"
Computer system for analysis of mechanisms of transcription regulation in eukaryotes Podkolodnyy N.L., Ignatieva E.V., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Podkolodnaya N.N., Zalevsky E.M. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Computer analysis of stress response network E.coli. Stepanenko I.L., Titov I.I. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2010)
Computer analysis of conformationalpeptides in protein families A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Computer analysis of conformational peptides in protein families Bragin A.O., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A summer school and workshop Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation – 2010
2009
модификация фермента ксилозоизомеразы E.Coli дисульфидным мостиком для повышения стабильности Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. 13 - международная школа конференция молодых ученых, 28 сентября - 2 октября. Биология наука 21-го века
Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology Ivanisenko V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Suppressive effect of potencial individual drugs or their combinations on HCV replication in cells: a mathematical model Mishchenko E.L. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Автоматическая экстракция знаний из научных публикаций в области системной биологии и нанобиотехнологии Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. IV Петербургская встреча Нобелевских лауреатов. С.-Петербург. 21-25 сентября 2009г
ANDCell and ANDNanobiotech: associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko Proceedings of the German-Russian Forum Biotechnology GRFB’09, 2009
Использование архитектуры Cell/B.E. для ускорения выполнения пакета молекулярного моделирования MOLKERN Алемасов Н.А. XVI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов", Москва, 14-17 апреля 2009
Алгоритм расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i. SPE-центричная модель Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Девятая международная конференция-семинар "Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах", Владимирский государственный университет им. А.Г. и Н.Г. Столетовых, Владимир, 2–3 ноября 2009 года
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Конференция "Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии", 10 – 14 июня 2009 г., Новосибирск
Изучение влияния на термостабильность ксилозоизомераза e.coli введения межъсубеденичного дисульфидного мостика Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. Конференция IV Международная конференция "Биология: от молекулы до биосферы" 17 - 21 ноября была перенесена
Информационная система ANDCell-ANDVisio для построения ассоциативных сетей в области молекулярной биологии Деменков П. С., Яркова Е. Э., Иванисенко В. А. Седьмая международная конференция памяти академика А.П. Ершова. Рабочий семинар "Наукоемкое программное обеспечение" 15-19 июня 2009. Новосибирск
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития”
2008
Data mining and network construction Ivanisenko V.A. 11th Meeting of the German/Russian Virtual Network of Bioinformatics for "Computational Systems Biology". August 25-26, 2008. Bielefeld, Germany
A mathematical model for the suppressive effect of subgenomic hepatitis c virus replication in cells in the presence of potential individual drugs or their combinations E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Andcell: a computer system for automated extraction of knowledge about molecular genetic interactions and regulations from pubmed abstracts and their representation as semantic association networks Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Coevolution of protein domains of P53 and MDM2 – key proteins of apoptosis S.S. Pintus, V.A. Ivanisenko 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Estimation of minimal drug treatment duration for clearance of an Huh-7 cell from hepatitis C virus replicon based on mathematical modeling Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Modeling of drug effects on hepatitis C virus replication in an Huh-7 cell Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
PDBSite database and PDBSiteScan tool: template-based docking and recognition of functional sites in protein 3d structure Ivanisenko V.A., Ivanisenko N.V., Ivanisenko T.V. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Protein connectivity in molecular-genetic networks depends on protein susceptibility to single mutations Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivanisenko V.A., Ivanisenko T.V. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Protein Functional Sites Projection on Exon Structure Of Gene for ATP-, ADP-, AMP-binding Sites I.V. Medvedeva, V.A. Ivanisenko International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Protein Functional Sites Ivanisenko V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Эффект потенциальных лекарственных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита C в клетке: математическая модель Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2008 г.
Математическое моделирование репликации репликона ВГС в клетке. Исследование возможных клеточных факторов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А IV съезд микробиологов Узбекистана, тезисы докладов, г. Ташкент, 9-10 октября 2008
Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008
Drug targets discovery with text-mining and bioinformatics approaches: ANDCell and PDBSiteScan tools Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E. Joint Indo-Russian Workshop "Systems Biology and Genome Informatics of M. tuberculosis and other infectious diseases" October 12-14, 2008. Novosibirsk
ANDCell: a tool for automated knowledge extraction from PubMed and reconstruction of association networks Ivanisenko V.A., Yarkova E.E., Demenkov P.S., Kochetov A.V. Proceedings of the 5th International Symposium on Integrative Bioinformatics. P 327, 20-22 August 2008, Germany
Knowledge discovery for biotechnology, biomedicine and nanobioengineering using text- and data-mining Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E. Russian-Polich Symposium "Perspectives of post-genomic biotechnology" in the frames of jubilee celebrations on 50 –anniversary of cooperation between the Russian and Polish Academies of Sciences, October 15-17, 2008, Moscow
Параллельная реализация программного комплекса молекулярного моделирования "MOLKERN" с использованием OpenMP Алемасов Николай Александрович Технологии Microsoft в теории и практике программирования, Конференция-конкурс работ студентов, аспирантов и молодых ученых, Новосибирск, Академгородок
Protein connectivity in molecular-genetic networks depends on protein susceptibility to single mutations Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
OpenMP+MPI parallel implementation of the «MOLKERN» molecular modelling software package Алемасов Н.А., Фомин Э.С. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Quantum-chemical analysis of Zn2+ binding in wild-type and G245C mutant of p53 protein. Bugakov I.V., Fomin E.S., Ivanisenko V.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. M.Y. Shamanina, E.A. Oshchepkova, D.Y. Oshchepkov, A.V. Katokhin, D.P. Furman, I.B. Tsyrlov, V.A. Mordvinov Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Distribution of active site structural analogs in enzyme 3D-structures: computer analysis E.S.Teeys, V.A. Ivanisenko Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
SITEGA method application for genome wide prediction of p53 binding sites. Stepanenko I.L., Levitsky V.G.. The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Hepatitis C virus life cycle: mathematical models and prospect for effective therapy Mishchenko E.L. International Autumn School for Young Scientist on Computational Systems Biology and Bioinformatics
2007
Associative network and protein structure discovery: a software complex for facilitating search of targets for drugs, drug design, and evaluation of molecular toxicity Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Aman E.E., S.S. Pintus S.S., Kolchanov N.A. 3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia
Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
Associative network discovery (AND) – Software package for automated reconstruction of molecular-genetic association networks Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клетке. Построение и варианты использования Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2-8 сентября 2007 г.
Mathematical Modeling of the HCV Drugs Combinations Effect Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L., Ivanisenko V.A., Likhoshvai V.A. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007
Bioinformatics and its application in addressing the chalanges of biotechnology and medicine Ivanisenko V.A. International Conference "Scenarios for a co-ordinated approach to sustainable S&T co-operation with the eastern neighbours of the EU", Moscow 3-4 December, 2007
Параллельная реализация задач молекулярного докинга и виртуального скрининга Алемасов Николай Александрович, Фомин Эдуард Станиславович IV Российская-германская школа по параллельным вычислениям на высокопроизводительных вычислительных системах, Новосибирск
Structure discovery – computer tools for protein analysis and search of drug target V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.E. Aman, S.S. Pintus, E.S. Fomin. The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года
Textomics: the instrument for biological knowledge discovery E.E. Aman, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года
Анализ картирования функциональных сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В. XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
Математическая модель репликации репликона вируса гепатита С в клетках Huh-7 Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
Математическое моделирование комбинационного действия лекарственных препаратов против вируса гепатита С. Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск
MOLKERN as new effective engine for drug discovery software Fomin E.S., Alemasov N.A., Chirtsov A.S., Fomin A.E. 4th International Symposium Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (CMTPI-2007)
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. Nedosekina EA, Oshchepkov D.Y., Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I. 27th International Symposium on Halogenated Persistent Organic Pollutants “Dioxin 2007”
2006
Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
Hepatitis C virus: application of gene networks technology to searching for perspective pharmacological targets Ivanisenko VA, Mischenko EL, Bezmaternikh KD, Ratushny AV, Likhoshvai VA,Titov II, Korotkov RO, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus SS, Ivanisenko VA 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
New Zn2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
Analysis of the tertiary structure of the PPAR and RXR transcriptional factors and their mutant variants Aman E.E., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Database GenSensor as informational source for design of biosensors. Experimental development of biosensor based on yfiA gene Khlebodarova T.M., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Tikunova N.V. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
FASTPROT: A computtational workbench for analysis of function, activity and structure of protein Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Korotkov R.O., Aman E.E., Pintus S.S., Startcev K.S., Tatarnikova L.Yu., Panina I.I., Sobolev A.A., Selenev I.V., Elohov V.J., Golovina A.N., Aknazarov Z.I., Sharonova I.V., Krestianova M.A., etc. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
HCV-KINET database: kinetic parameter reactions and regulatory processes of the life cycle of the hepatitis C virus Mishchenko E.L., Korotkov R.О., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
PDBSite database and PDBSiteScan tool: recognition of functional sites in protein 3D structure and template-based docking Ivanisenko V.A., Ivanisenko T.V., Sharonova I.V., Krestyanova M.A., Ivanisenko N.V., Grigorovich D.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations Demenkov P.S, Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Rise of new zn2+ binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
MGSmodeller - компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. , Подколодная Н.Н., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Крокус И.В., Лашин С.А., Ратушный А.В., Лихошвай В.А. 7 Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Красноярск, Россия, (Ноябрь 1-3)
System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies
A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude
Mathematical model for suppression of hepatitis C virus RNA replicon replication in cell culture Bezmaternikh K.D., Mishchenko E.L., Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. The VII All-Russian young scientists conference on mathematical modeling and informatics technology (with foreign participants), Krasnoyarsk
Анализ распределения просайтов функциональных сайтов в пространственных структурах белков Шаронова (Медведева) И. В. XLIV Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"
Rise of new binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
New Zn 2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A 3th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" (GPBM 2006)
TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites. Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture. Bezmaternikh K.D., Mishenko E.L., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways. Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Сonstruction and structure analysis of apoptosis gene network in hepatitis C Stepanenko I.L., Podkolodnaya N.N., Paramonova N.V., Podkolodny N.L. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
Mathematical modeling of the purine biosynthesis in Escherichia coli Nedosekina E., Likhoshvai V.A. Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine
Mathematical modeling of regulation of Escherichia coli purine biosynthesis pathway enzymatic reactions Nedosekina E.A. Fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2006)
Modeling of the effects of threonine, valine, isoleucine and pyridoxal 5'-monophosphate on biosynthetic threonine dehydratase reaction Nedosekina E.A., Usuda Y., Matsui K. Fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2006)
Regulation of pyrimidine biosynthesis in Escherichia coli: gene network reconstruction and mathematical modeling Ratushny A.V., Nedosekina E.A. Fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2006)
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks. Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г. International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.
Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006
2005
Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells. Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Сonference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27
2004
PDBSITE, PDBLIGAND and PDBSITESCAN: a computational workbench for the recognition of the structural and functional determinants in protein tertiary structures combined with protein draft docking Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Krestyanova M.A., Demenkov P.S., Znobisheva E.K., Ivanov E.E., Grigorovich D.A. 2. Fourth Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Гранты
2013
Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Минобрнауки, номер гранта ФЦП, ГК 07.514.13.0094
2011
Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей Министерство образования и науки, номер гранта 07.514.11.4023
Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства РФФИ, номер гранта 11-04-92712
2010
Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей Министерство образования и науки, номер гранта 14.740.11.0001
2009
Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123
Разработка программно-информационного комплекса для исследования механизмов регуляции экспрессии генов эукариот Министерство образования и науки, номер гранта П-721
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
2008
Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013
Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей РФФИ, номер гранта 08-04-01008-а
2007
Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов ФАНИ, номер гранта №02.512.11.2165
2006
Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 49
2005
Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков РФФИ, номер гранта 05-04-49141
Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков РФФИ, номер гранта 05-04-49283
2004
Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism CRDF, номер гранта CRDF Rup2-2629-NO-04
1999
Экспериментальное и теоретическое исследование пространственной структуры и процесса ренатурации белковых молекул РФФИ, номер гранта 99-04-49879
Научное руководство
2004
МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ ГЕННОЙ СЕТИ TNFalpha ИНДУЦИРУЕМОЙ АКТИВАЦИИ NF-kappaB Гурьева Я.П. Молекулярная биология, 2004-06-06
2000
Генная сеть апоптоза Григорьев С.А. 2000-06-06
Учебные курсы
2011
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2010
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2009
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2008
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2007
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2006
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2004
Генные сети НГУ, ФЕН, КИБ, семестров: 1
Патенты
2010
Программа для классификации биологических текстов на английском языке (БиоТекстКласс) / The program for classification of biological texts in English (BioTextClass) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В. Номер патента 2010617828
База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620013
База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620014
2009
База данных: Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite) Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А. Номер патента №2009620500
2008
База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э. Номер патента 2008620439
Программа для реконструкции, визуализации и анализа ассоциативных сетей (ЭНДВизио)/Program for reconstruction, visualization and analyze associative networks (ANDVisio) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э. Номер патента 2008615929
Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller) Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В Номер патента №2008612820