ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Лаборатория компьютерной протеомики (т.12)

Отдел системной биологии

Иванисенко Владимир Александрович
[ведущий научный сотрудник]





Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода:



93

94

95

96

97

98

99

00

01

02

03

04

05

06

07

08

09

10

11

12

13

14

15

16

17

18

19

20

21

22

23

24

25




Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты

Публикации

2025 Pharmacological targeting of caspase-8/c-FLIPL heterodimer enhances complex II assembly and elimination of pancreatic cancer cells
Corinna König, Nikita V Ivanisenko, Vladimir A Ivanisenko, Dagmar Kulms, Inna N Lavrik
Commun. biolog., 2025
Metabolomic and gene networks approaches reveal the role of mitochondrial membrane proteins in response of human melanoma cells to THz radiation
Ekaterina A Butikova, Nikita V Basov, Artem D Rogachev, Evgeniy V Gaisler, Vladimir A Ivanisenko, Pavel S Demenkov, Aelita-Luiza A Makarova, Timofey V Ivanisenko, Ivan A Razumov, Daria A Kolomeyets, Sergey V Cheresiz, Olga I Solovieva, Kirill P Larionov, Yulia S Sotnikova, Yuri V Patrushev, Nikolay A Kolchanov, Andrey G Pokrovsky, Nikolay A Vinokurov, Vladimir V Kanygin, Vasiliy M Popik, Oleg A Shevchenko
BBA-MOL CELL BIOL L, 2025
База знаний MiceDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам мыши как модельного объекта биомедицинских исследований.
Подколодная О.А., Чадаева И.В., Филонов С.В., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Твердохлеб Н.Н., Золотарева К.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Ощепков Д.Ю., Пономаренко М.П.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2025, 1, 29, 153-161
2024 Кандидатные SNP-маркеры изменения экспрессии гена SCN9A человека в качестве интегратора генерации, чувства, ответа на боль и анестезии
Доценко П.А., Золотарева К.А., Иванов Р.А., Чадаева И.В., Подколодный Н.Л., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Лашин С.А., Пономаренко М.П.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 8, 28, 808-821
Multiple Myeloma: Genetic and Epigenetic Biomarkers with Clinical Potential
Yuliya A. Veryaskina, Sergei E. Titov, Natalia V. Skvortsova, Igor B. Kovynev, Oksana V. Antonenko, Sergei A. Demakov, Pavel S. Demenkov, Tatiana I. Pospelova, Mikhail K. Ivanov, Igor F. Zhimulev
IJMSCI, 2024, 25(24), 13404
Could SLC26A7 Be a Promising Marker for Preoperative Diagnosis of High-Grade Papillary Thyroid Carcinoma?
Sergei E. Titov,Evgeniya S. Kozorezova,Sergei A. Lukyanov ,Sergei V. Sergiyko ,Pavel S. Demenkov ,Yulia A. Veryaskina ,Sergey L. Vorobyev ,Ilya V. Sleptsov ,Roman A. Chernikov ,Natalia I. Timofeeva ,Svetlana V. Barashkova ,Elena L. Lushnikova ,Anna A. Uspenskaya ,Anna V. Zolotoukho ,Olga V. Romanova ,Igor F. Zhimulev
Diagnostics, 2024, 14(23), 2652
AI-Assisted Identification of Primary and Secondary Metabolomic Markers for Postoperative Delirium
Ivanisenko VA, Rogachev AD, Makarova A-LA, Basov NV, Gaisler EV, Kuzmicheva IN, Demenkov PS, Venzel AS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Kolchanov NA, Plesko VV, Moroz GB, Lomivorotov VV, Pokrovsky AG
INT J MOL SCI, 2024, 25(21), 11847;
An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models
Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
INT J MOL SCI, 2024, 25(21), 11811;
MicroRNA: A Signature for the Clinical Progression of Chronic Lymphocytic Leukemia
Yuliya A. Veryaskina,Sergei E. Titov,Igor B. Kovynev ,Tatiana I. Pospelova,Sofya S. Fyodorova,Yana Yu. Shebunyaeva ,Sergei A. Demakov ,Pavel S. Demenkov, Igor F. Zhimulev
Lymphatics, 2024, 2024, 2(3), 157-167
AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L.
Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M.
INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
Modulation of extrinsic apoptotic pathway by intracellular glycosylation
Kamil Seyrek, Nikita V. Ivanisenko, Corinna König, Inna N. Lavrik
TRENDS CELL BIOL, 2024
Prediction of the Aggressive Clinical Course of Papillary Thyroid Carcinoma Based on Fine Needle Aspiration Biopsy Molecular Testing
Sergei A. Lukyanov, Sergei E. Titov, Evgeniya S. Kozorezova, Pavel S. Demenkov, Yulia A. Veryaskina, Denis V. Korotovskii, Tatyana E. Ilyina, Sergey L. Vorobyev, Vladimir A. Zhivotov, Nikita S. Bondarev, Ilya V. Sleptsov, Sergei V. Sergiyko
IJMSCI, 2024, 25(13), 7090
Design of Ctenophore Ca2+-Regulated Photoprotein Berovin Capable of Being Converted into Active Protein Under Physiological Conditions: Computational and Experimental Approaches
Ludmila P. Burakova, Nikita V. Ivanisenko, Natalia V. Rukosueva, Vladimir A. Ivanisenko, Eugene S. Vysotski
Life, 2024
Non-coding RNA notations, regulations and interactive resources
Mengwei Cheng, Yinhuan Zhu, Han Yu, Linlin Shao, Yiming Zhang, Lanxing Li, Haohong Tu, Luyao Xie, Haoyu Chao, Peijing Zhang, Saige Xin, Cong Feng, Vladimir Ivanisenko, Yuriy Orlov, Dijun Chen, Aloysius Wong, Yixin Eric Yang & Ming Chen
FUNCT INTEGR GENOMIC, 2024
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of the TATA-binding protein for the promoters of human genes associated with primary open-angle glaucoma
Zolotareva K, Dotsenko P, Podkolodnyy N, Ivanov R, Makarova A-L, Chadaeva I, Bogomolov A, Demenkov P, Ivanisenko V, Oshchepkov D, Ponomarenko M.
INT J MOL SCI, 2024, 23, 25, 12802
Targeting type I DED interactions at the DED filament serves as a sensitive switch for cell fate decisions
Corinna König, Nikita V. Ivanisenko, Laura K. Hillert-Richter, Deepti Namjoshi, Kalyani Natu, Johannes Espe, Dirk Reinhold, Nikolai A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Thilo Kähne, Kakoli Bose, Inna N. Lavrik
Cell Chemical Biology, 2024
Цифровая платформа «Микробиотех»: архитектура и назначение.
Деменков П. С., Мухин А. М., Иванисенко В. А., Лашин С. А., Колчанов Н. А.
Проблемы информатики, 2024
Онтологии в моделировании и анализе больших генетических данных
Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Иванисенко В.А., Марченко М.А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 28(8):940-949
Поиск перспективных генетических маркеров, ассоциированных с молекулярными механизмами снижения устойчивости риса к Rhizoctonia solani при избытке азотных удобрений, методом реконструкции и анализа генных сетей
Е. А. Антропова, А. Р. Волянская, А. В. Адамовская, П. С. Деменков, И. В. Яцык, Т. В. Иванисенко, Ю. Л. Орлов, Х. Чао, М. Чэнь, В. А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2024
Реконструкция и компьютерный анализ генной сети, отражающей роль микроРНК в регуляции ответа пшеницы на засуху
М. А. Клещев, А. В. Мальцева, Е. А. Антропова, П. С. Деменков, Т. В. Иванисенко, Ю. Л. Орлов, Х. Чао, М. Чэнь, Н. А. Колчанов, В. А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2024
Изучение особенностей метаболизма тканей глиобластомы и перитуморального пространства при использовании таргетированного метаболомного скрининга методом ВЭЖХ-МС/МС и генных сетей
Н. В. Басов, А. В. Адамовская, А. Д. Рогачев, Е. В. Гайслер, П. С. Деменков, Т. В. Иванисенко, А. С. Вензель, С. В. Мишинов, В. В. Ступак, С. В. Чересиз, О. С. Олешко, Е. А. Бутикова, А. Е. Осечкова, Ю. С. Сотникова, Ю. В. Патрушев, А. С. Поздняков, И. Н. Лаврик, В. А. Иванисенко, А. Г. Покровский
Vavilov journal of genetics and breeding, 2024
AthRiboNC: an Arabidopsis database for ncRNAs with coding potential revealed from ribosome profiling
Shen Y, Liu L, Liu E, Li S, Orlov Y, Ivanisenko V, Chen M
DATABASE-OXFORD, 2024, 2024 Dec 17;2024:baae123
ПРОГРАММНЫЙ КОНВЕЙЕР ПРЕДСКАЗАНИЯ ВЛИЯНИЯ МУТАЦИЙ НА СТАБИЛЬНОСТЬ ПРОСТРАНСТВЕННЫХ СТРУКТУР БЕЛКОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДОВ ОЦЕНКИ ИЗМЕНЕНИЯ СВОБОДНОЙ ЭНЕРГИИ И ИСКУССТВЕННОГО ИНТЕЛЛЕКТА
Вензель Артур Сергеевич, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Проблемы информатики, 2024
МЕТОД ПРЕДСКАЗАНИЯ КОЛИЧЕСТВА БЕЛКА В КЛЕТКАХ ДРОЖЖЕЙ НА ОСНОВЕ ИХ ГЕНОМНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
Вензель Артур Сергеевич, Клименко Александра Игоревна, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Лашин Сергей Александрович, Иванисенко Владимир Александрович
Проблемы информатики, 2024
2023 Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases
Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M
INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection.
Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M.
INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
Первичная и вторичная микро-РНК модуляция внешнего пути апоптоза при гепатоцеллюлярной карциноме
Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Антропова Е.А., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
Молекулярная биология, 2023, 57(2):166–177
Применение генных сетей к анализу результатов метаболомного скрининга плазмы крови пациентов с послеоперационным делирием
В.А. Иванисенко, Н.В. Басов, А.А. Макарова, А.С. Вензель, А.Д. Рогачев, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.А. Клещев, Е.В. Гайслер, Г.Б. Мороз, В.В. Плеско, Ю.С. Сотникова, Ю.В. Патрушев, В.В. Ломиворотов, А.Г. Покровский
Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):768-775
Молекулярно-генетические пути регуляции вирусом гепатита С экспрессии клеточных факторов PREB и PLA2G4C, играющих важную роль для репликации вируса
Е.Л. Мищенко, А.А. Макарова, Е.А. Антропова, А.С. Вензель, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):776-783
Accurate noise-robust classification of Bacillus species from MALDI-TOF MS spectra using a denoising autoencoder
Yulia E. Uvarova, Pavel S. Demenkov, Irina N. Kuzmicheva, Artur S. Venzel, Elena L. Mischenko, Timofey V. Ivanisenko, Vadim M. Efimov, Svetlana V. Bannikova, Asya R. Vasilieva, Vladimir A. Ivanisenko and Sergey E. Peltek
J INTEGR BIOINFORM, 2023
Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection
Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R. Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V. Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko
J INTEGR BIOINFORM, 2023
Human_SNP_TATAdb – база данных о SNP, статистически достоверно изменяющих сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека: полногеномный анализ и варианты использования.
Филонов С.В., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Твердохлеб Н.Н., Пономаренко П.М., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Пономаренко М.П.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 7, 27, 728-736
Приоритизация потенциальных фармакологических мишеней для создания лекарств против гепатокарциномы, модулирующих внешний путь апоптоза, на основе реконструкции и анализа ассоциативных генных сетей
П. С. Деменков, Е. А. Антропова, А. В. Адамовская, Е. Л. Мищенко, Т. М. Хлебодарова, Т. В. Иванисенко, Н. В. Иванисенко, А. С. Вензель, И. Н. Лаврик, В. А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит
A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova, T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko
Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
Primary and Secondary micro-RNA Modulation the Extrinsic Pathway of Apoptosis in Hepatocellular Carcinoma
Khlebodarova TM, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Lavrik IN, Ivanisenko VA.
Molecular Biology, 2023, 57(2):165-175
Prioritization of potential pharmacological targets for thedevelopment of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction andanalysis of associative gene networks help.
Demenkov P.S., Antropova E.A., Adamovskaya A.V., Mishchenko E.L., Khlebodarova T.M., Ivanisenko T.V., Ivanisenko N.V., Venzel A.S., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):784-793
PROSTATA: a framework for protein stability assessment using transformers
Dmitriy Umerenkov, Fedor Nikolaev, Tatiana I. Shashkova, Pavel V. Strashnov, Maria Sindeeva, Andrey Shevtsov, Nikita V. Ivanisenko, Olga L. Kardymon
BIOINFORMATICS, 2023
Apoptosis Genes as a Key to Identification of Inverse Comorbidity of Huntington's Disease and Cancer
Bragina EY, Gomboeva DE, Saik OV, Ivanisenko VA, Freidin MB, Nazarenko MS, Puzyrev VP.
INT J MOL SCI, 2023, May 27;24(11):9385
Gene networks for use in metabolomic data analysis of blood plasma from patients with postoperative delirium
Ivanisenko V.A., Basov N.V., Makarova A.A., Venzel A.S., Rogachev A.D., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Kleshchev M.A., Gaisler E.V., Moroz G.B., Plesko V.V., Sotnikova Y.S., Patrushev Y.V., Lomivorotov V.V., Kolchanov N.A., Pokrovsky A.G.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):768-775
2022 Computer analysis of the relation between hydrogen bond stability in SOD1 mutants and the survival time of amyotrophic lateral sclerosis patients
Alemasov, N. A., Timofeev, V. S., Ivanisenko, N. V., Kolchanov, N. A., & Ivanisenko, V. A.
J MOL GRAPH MODEL, 2022
Impact of human CD95 mutations on cell death and autoimmunity: a model.
Seyrek K., Ivanisenko N. V., Wohlfromm F., Espe J., Lavrik I. N.
TRENDS IMMUNOL, 2022
Regulation of extrinsic apoptotic signaling by c-FLIP: towards targeting cancer networks
Nikita V. Ivanisenko, Kamil Seyrek, Laura K. Hillert Richter, Corinna König, Johannes Espe, Kakoli Bose, Inna N. Lavrik
Trends in Cancer, 2022
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression
Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M.
INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients
V. A. Ivanisenko, E. V. Gaisler, N. V. Basov, A. D. Rogachev, S. V. Cheresiz, T. V. Ivanisenko, P. S. Demenkov, E. L. Mishchenko, O. P. Khripko, Yu. I. Khripko, S. M. Voevoda, T. N. Karpenko, A. J. Velichko, M. I. Voevoda, N. A. Kolchanov, A. G. Pokrovsky
SCI REP-UK, 2022, 12, 19977
The New Version of the ANDDigest Tool with Improved AI-Based Short Names Recognition
Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 14934
Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С.
Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовская А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):733-742
Computer analysis of regulation of hepatocarcinoma marker genes hypermethylated by HCV proteins.
Antropova E.A., Khlebodarova T.M., Demenkov P.S., Venzel A.S., Ivanisenko N.V., Gavrilenko A.D., Ivanisenko T.V., Adamovskaya A.V., Revva P.M., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):733-742
Sputum Microbiome Composition in Patients with Squamous Cell Lung Carcinoma
E. D. Baranova, V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, V. P . Volobaev, V. I. Minina, A. V. Larionov, V. A. Titov
Life, 2022
Sputum Microbiota in Coal Workers Diagnosed with Pneumoconiosis as Revealed by 16S rRNA Gene Sequencing
Vladimir G. Druzhinin, Elizaveta D. Baranova, Ludmila V. Matskova, Pavel S. Demenkov, Valentin P. Volobaev, Varvara I. Minina, Alexey V. Larionov and Snezana A. Paradnikova
Life, 2022
Comparison of Sputum and Oropharyngeal Microbiome Compositions in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer
Elizaveta Baranova, Vladimir Druzhinin, Ludmila Matskova, Pavel Demenkov, Valentin Volobaev, Alexey Larionov
OBM Genetics, 2022
Репликационно-транскрипционный комплекс коронавирусов: функции индивидуальных вирусных неструктурных субъединиц, свойства и архитектура их комплексов
Е.Л. Мищенко., В.А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(2):121-127
Development of Small Molecules Targeting Procaspase-8 at the DISC
J. Espe, N. V. Ivanisenko, L. K. Hillert-Richter, V. A. Ivanisenko, I. N. Lavrik
Cell and Tissue Biology, 2022
2021 Preoperative Typing of Thyroid and Parathyroid Tumors with a Combined Molecular Classifier.
Titov SE, Kozorezova ES, Demenkov PS, Veryaskina YA, Kuznetsova IV, Vorobyev SL, Chernikov RA, Sleptsov IV, Timofeeva NI, Ivanov MK.
Cancers, 2021, 13(2):237
Correlation of Metabolic Profiles of Plasma and Cerebrospinal Fluid of High-Grade Glioma Patients
A. D. Rogachev, N. A. Alemasov, V. A. Ivanisenko, N. V. Ivanisenko, E. V. Gaisler, O. S. Oleshko, S. V. Cheresiz, S. V. Mishinov, V. V. Stupak, A. G. Pokrovsky
Metabolites, 2021
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin
Lect Notes Comput Sci, 2021
Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors
P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko
Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021 Sep; 25(5): 580–592.
Mechanosensitive molecular interactions in atherogenic regions of the arteries: development of atherosclerosis.
Mishchenko EL, Mishchenko AM, Ivanisenko VA
Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Sep;25(5):552-561
Genetic damage in lymphocytes of lung cancer patients is correlated to the composition of the respiratory tract microbiome.
Druzhinin VG, Matskova LV, Demenkov PS, Baranova ED, Volobaev VP, Minina VI, Larionov AV, Titov VA, Fucic A.
MUTAGENESIS, 2021
Sputum Microbiome Composition in Patients With Squamous Cell Lung Carcinoma
E. D. Baranova, V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, V. P . Volobaev, V. I. Minina, A. V. Larionov, V. A. Titov
SCI REP-UK, 2021
2020 Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3
Yuliya V. Sherstyuk, Nikita V. Ivanisenko, Alexandra L. Zakharenko, Maria V. Sukhanova, Roman Y. Peshkov, Ilia V. Eltsov , Mikhail M. Kutuzov, Tatiana A. Kurgina, Ekaterina A. Belousova, Vladimir A. Ivanisenko, Olga I. Lavrik, Vladimir N. Silnikov and Tatyana V. Abramova
INT J MOL SCI, 2020
Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain.
Anna S. Pavlova, Georgii D. Ozhegov, Georgij P. Arapidi, Ivan O. Butenko, Eduard S. Fomin, Nikolai A. Alemasov, Dmitry A. Afonnikov, Dina R. Yarullina, Vadim T. Ivanov, Vadim M. Govorun, Airat R. Kayumov
PROTEIN J, 2020, 39, p. 73–84
Dissecting DISC regulation via pharmacological targeting of caspase-8/c-FLIPL heterodimer
Laura K. Hillert, Nikita V. Ivanisenko, Denise Busse, Johannes Espe, Corinna König, Sergey E. Peltek, Nikolai A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
CELL DEATH DIFFER, 2020
Learning the changes of barnase mutants thermostability from structural fluctuations obtained using anisotropic network modeling
Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A.Ivanisenko
J MOL GRAPH MODEL, 2020, Volume 97, June 2020, 107572
Отражение особенностей физиологической регуляции сердечного ритма в протеоме мочи практически здоровых молодых мужчин
В. Б. Русанов, Л. Х. Пастушкова, А. Г. Гончарова, А. Г. Черникова, А. М. Носовский, О. В. Сайк, Д. Н. Каширина, А. Г. Бржзовский, А. С. Кононихин, А. Г. Любишева, И. М. Ларина
Физиология человека, 2020, ФИЗИОЛОГИЯ ЧЕЛОВЕКА, 2020, том 46, № 2, с. 84–93
Controlling Cell Death through Post-translational Modifications of DED Proteins
Kamil Seyrek, Nikita V. Ivanisenko, Max Richter, Laura K. Hillert, Corinna König, Inna N. Lavrik
TRENDS CELL BIOL, 2020
Reflection of Heart Rate Physiological Regulation Parameters in the Urinary Proteome in Healthy Young Males
V. B. Rusanov, L. H. Pastushkova, A. G. Goncharova, A. G. Chernikova, A. M. Nosovsky, O. V. Saik, D. N. Kashirina, A. G. Brzhozovskiy, A. S. Kononikhin, A. G. Lubisheva, I. M. Larina
Human Physiology, 2020, ISSN 0362-1197, Human Physiology, 2020, Vol. 46, No. 2, pp. 182–190. © Pleiades Publishing, Inc., 2020. Russian Text © The Author(s), 2020, published in Fiziologiya Cheloveka, 2020, Vol. 46, No. 2, pp. 84–93.
Taxonomic diversity of sputum microbiome in lung cancer patients and its relationship with chromosomal aberrations in blood lymphocytes
V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, E. D. Baranova, V. P. Volobaev, V. I. Minina, S. V. Apalko, M. A. Churina, S. A. Romanyuk, S. G. Shcherbak, V. I. Ivanov, A. V. Larionov
SCI REP-UK, 2020
ANDDigest: a new web-based module of ANDSystem for the search of knowledge in the scientific literature
Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Nikita V. Ivanisenko, Alexander N. Savostianov, Vladimir A. Ivanisenko
BMC BIOINFORMATICS, 2020, 21, 228 (2020)
The role of death domain proteins in host response upon SARS-CoV-2 infection: modulation of programmed cell death and translational applications
Nikita V. Ivanisenko, Kamil Seyrek, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
Cell Death Discovery, 2020
Mathematical Modeling Reveals the Importance of the DED Filament Composition in the Effects of Small Molecules Targeting Caspase-8/c-FLIPL Heterodimer
N. V. Ivanisenko, I. N. Lavrik
BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2020
Young «oil site» of the Uzon Caldera as a habitat for unique microbial life
Sergey E. Peltek, Alla V. Bryanskaya, Yuliya E. Uvarova, Aleksey S. Rozanov, Timofey V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Elena V. Lazareva, Olga V. Saik, Vadim M. Efimov, Sergey M. Zhmodik, Oxana P. Taran, Nikolay M. Slynko, Sergey V. Shekhovtsov, Valentin N. Parmon, Nikolay L. Dobretsov, Nikolay A. Kolchanov
BMC MICROBIOL, 2020, 20, 349
Pharmacological targeting of c-FLIPL and Bcl-2 family members promotes apoptosis in CD95L-resistant cells.
Corinna König, Laura K. Hillert-Richter, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
SCI REP-UK, 2020
Preoperative detection of malignancy in fine-needle aspiration cytology (FNAC) smears with indeterminate cytology (Bethesda III, IV) by a combined molecular classifier
Sergei Titov, Pavel S Demenkov, Sergei A Lukyanov, Sergei V Sergiyko, Gevork A Katanyan, Yulia A Veryaskina, Mikhail K Ivanov
J CLIN PATHOL, 2020, J Clin Pathol 73(11): 722-727, 2020
Состав бактериального микробиома в мокроте больных раком легкого и оценка его влияния на кластогенные эффекты в лимфоцитах крови.
Дружинин В.Г., Баранова Е.Д., Волобаев В.П., Деменков П.С., Мацкова Л.В.
Медицинская генетика, 2020, 19(9):98-100.
2019 Improved regression model to predict an impact of SOD1 mutations on ALS patients survival time based on analysis of hydrogen bond stability
Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Bhupesh Taneja, Vibha Taneja, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko
J MOL GRAPH MODEL, 2019, Volume 86, January 2019, Pages 247-255
A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression
Vladimir A. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Olga V. Saik
BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics (2019) 20(Suppl 1): 34
DNase and RNase activities of fresh cow milk lactoferrin
Svetlana E. Soboleva, Olga D. Zakharova, Sergey E. Sedykh, Nikita V. Ivanisenko, Valentina N. Buneva, Georgy A. Nevinsky
J MOL RECOGNIT, 2019
ESEEM Reveals Bound Substrate Histidine in the ABC Transporter HisQMP2
Nikolay Isaev, Johanna Heuveling, Nikita Ivanisenko, Erwin Schneider, Heinz‑Jürgen Steinhof
APPL MAGN RESON, 2019
Prioritization of genes involved in endothelial cell apoptosis by their implication in lymphedema using an analysis of associative gene networks with ANDSystem
Olga V. Saik, Vadim V. Nimaev, Dilovarkhuja B. Usmonov, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko
BMC MED GENOMICS, 2019, BMC Medical Genomics//2019;12(Suppl 2);47:117-140
Organization and evolution of the chalcone synthase gene family in bread wheat and relative species
Anastasia Y. Glagoleva, Nikita V. Ivanisenko, Elena K. Khlestkina
BMC GENET, 2019, 20 (Suppl 1) :30
Delineating the role of c-FLIP/NEMO interaction in the CD95 network via rational design of molecular probes
Nikita V. Ivanisenko, Jörn H. Buchbinder, Johannes Espe, Max Richter, Miriam Bollmann, Laura K. Hillert, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
BMC GENOMICS, 2019
Приоритизация генов картофеля, вовлеченных в формирование селекционно-значимых признаков, с использованием базы знаний SOLANUM TUBEROSUM.
Деменков П.С., Сайк О.В., Иванисенко Т.В., Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Иванисенко В.А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(3):312-319
Поиск белков протеома крови-регуляторов костного ремоделирования у космонавтов
Л. Х. Пастушкова, А. Г. Гончарова, Г. Ю. Васильева, С. К. Тагирова, Д. Н. Каширина, О. В. Сайк, Й. Риттвегер, И. М. Ларина
Физиология человека, 2019, ФИЗИОЛОГИЯ ЧЕЛОВЕКА, 2019, том 45, № 5, с. 91–98
Search for Blood Proteome Proteins Involved in the Regulation of Bone Remodeling in Astronauts
L. Kh. Pastushkovaa, A. G. Goncharovaa, G. Yu. Vasilyevaa, S. K. Tagirovaa, D. N. Kashirinaa, O. V. Saik, J. Rittwegerd, I. M. Larina
Human Physiology, 2019, ISSN 0362-1197, Human Physiology, 2019, Vol. 45, No. 5, pp. 536–542. © Pleiades Publishing, Inc., 2019. Russian Text © The Author(s), 2019, published in Fiziologiya Cheloveka, 2019, Vol. 45, No. 5, pp. 91–98.
Mechanisms of Procaspase-8 Activation in the Extrinsic Programmed Cell Death Pathway
Ivanisenko N.V., Lavrik I.N.
Molecular Biology, 2019
Long and short isoforms of c-FLIP act as control checkpoints of DED filament assembly.
Hillert LK, Ivanisenko NV, Espe J, König C, Ivanisenko VA, Kähne T, Lavrik IN
ONCOGENE, 2019
Combined quantitation of HMGA2 mRNA, microRNAs, and mitochondrial-DNA content enables the identification and typing of thyroid tumors in fine-needle aspiration smears.
Titov SE, Ivanov MK, Demenkov PS, Katanyan GA, Kozorezova ES, Malek AV, Veryaskina YuA, Zhimulev IF
BMC CANCER, 2019
Comorbidity of asthma and hypertension may be mediated by shared genetic dysregulation and drug side effects.
Zolotareva O, Saik OV, Königs C, Bragina EY, Goncharova IA, Freidin MB, Dosenko VE, Ivanisenko VA, Hofestädt R.
SCI REP-UK, 2019, Nov 8;9(1):16302
Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins
Ivanisenko VA, Ivanisenko TV, Saik OV, Demenkov PS, Afonnikov DA, Kolchanov NA.
Methods in Molecular Biology, 2019, 1934:1-20
Evaluation of cardiovascular system state by urine proteome after manned space flight
L Kh Pastushkova, DN Kashirina, AG Brzhozovskiy, AS Kononikhin, ES Tiys, VA Ivanisenko, MI Koloteva, EN Nikolaev, IM Larina
ACTA ASTRONAUT, 2019, Том 160, стр. 594-600
2018 How human serum albumin recognizes DNA and RNA.
Alinovskaya L. I., Sedykh S. E., Ivanisenko N. V., Soboleva S. E., Nevinsky G. A.
BIOL CHEM, 2018
Molecular mechanisms underlying the impact of mutations in SOD1 on its conformational properties associated with amyotrophic lateral sclerosis as revealed with molecular modelling
Nikolay A. Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko
BMC STRUCT BIOL, 2018, Vol. 18 (Suppl 1), No. 1
FunGeneNet: a web tool to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets
Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
BMC GENOMICS, 2018, 19, Suppl 3, p.103-116
Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks
Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu Bragina, Maxim B. Freidin, Irina A. Goncharova, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Ralf Hofestaedt, Inna N. Lavrik, Evgeny I. Rogaev, Vladimir A. Ivanisenko
BMC MED GENOMICS, 2018, BMC Medical Genomics 2018, 11(Suppl 1)15:61-76
Antibodies against H3 and H4 histones from the sera of HIV‐infected patients catalyze site‐specific degradation of these histones. Journal of Molecular Recognition.
Baranova S. V., Dmitrenok P. S., Zubkova A. D., Ivanisenko N. V., Odintsova E. S., Buneva V. N., Nevinsky G. A.
J MOL RECOGNIT, 2018
Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза в ассоциативной генной сети болезни Паркинсона
М.А. Янкина, О.В. Сайк, П.С. Деменков, Э.К. Хуснутдинова, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(1):153-160
База знаний SOLANUM TUBEROSUM: раздел по молекулярно-генетической регуляции метаболических путей
Т.В. Иванисенко, О.В. Сайк, П.С. Деменков, В.К. Хлесткин, Е.К. Хлесткина, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(1):8-17
Сytoscape – плагин для построения структурных моделей биологических сетей в виде случайных графов
Подколодный Н.Л., Гаврилов Д.А., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А.
Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, номер 3, том 16, стр. 37-50.
Оценка методов приоритизации генов внешнего пути апоптоза в качестве кандидатов, ассоциированных с большим депрессивным расстройством
М. А. Янкина, О. В. Сайк, В. А. Иванисенко, П. С. Деменков, Э. К. Хуснутдинова
Генетика, 2018, Том 54, № 11, 1338-1348
Ассоциативная генная сеть апоптоза и ее роль в механизмах коморбидности астмы и гипертонии
Сайк О.В., Деменков П.С., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
Дневник науки, 2018, Дневник науки. 2018. №9. URL: http://www.dnevniknauki.ru/images/publications/2018/9/biology/Saik_Demenkov_Lavrik_Ivanisenko.pdf
Компьютерная база данных для анализа дифференциально экспрессирующихся генов, связанных с агрессивным поведением, на моделях лабораторных животных
Анатолий Олегович Брагин, Кирилл Александрович Табанюхов, Ирина Витальевна Чадаева, Антон Витальевич Цуканов, Роман Олегович Бабенко, Ирина Вадимовна Медведева, Антон Геннадьевич Богомолов, Владимир Николаевич Бабенко, Юрий Львович Орлов
Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, 2018. - Том 16, Выпуск № 3. - С. 7-21. - DOI 10.25205/1818-7900-2018-16-3-7-21. - ISSN 1818-7900
ГЕНЫ ЭНДОТЕЛИАЛЬНОГО АПОПТОЗА КАК КАНДИДАТЫ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ ИХ СВЯЗИ С ЛИМФЕДЕМОЙ
О.В. Сайк, В.В. Нимаев, Д.Б. Усмонов, П.С. Деменков, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
Международный журнал гуманитарных и естественных наук, 2018, Международный журнал гуманитарных и естественных наук. – 2018. – №. 10-1. - С. 22-27.
Компьютерное предсказание патогенных свойств мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом
Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А.
Международный журнал гуманитарных и естественных наук, 2018, №10-1, С. 6-9
АНАЛИЗ ОСОБЕННОСТЕЙ ГЕННОЙ СЕТИ ВНЕШНЕГО ПУТИ АПОПТОЗА ПРИ УЧЕТЕ ТКАНЕСПЕЦИФИЧНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
Аллея науки, 2018, Аллея науки. – 2018. – №. 10(26)
Molecular Relationships between Bronchial Asthma and Hypertension as Comorbid Diseases
Elena Yu. Bragina, Irina A. Goncharova, Anna F. Garaeva, Evgeniy V. Nemerov, Anastasija A. Babovskaya, Andrey B. Karpov, Yulia V. Semenova, Irina Z. Zhalsanova, Densema E. Gomboeva, Olga V. Saik, Olga I. Zolotareva, Vladimir A. Ivanisenko, Victor E. Dosenko, Ralf Hofestaedt, Maxim B. Freidin
J INTEGR BIOINFORM, 2018, Journal of Integrative Bioinformatics. 2018; 20180052
Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature
Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu., Maxim B. Freidin, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Evgeniy L. Choynzonov, Ralf Hofestaedt, Vladimir A. Ivanisenko
J INTEGR BIOINFORM, 2018, Journal of Integrative Bioinformatics. 2018; Volume 15, Issue 4; 20180054
shRNA-Induced Knockdown of a Bioinformatically Predicted Target IL10 Influences Functional Parameters in Spontaneously Hypertensive Rats with Asthma
Drevytska T, Morhachov R, Tumanovska L, Portnichenko G, Nagibin V, Boldyriev O, Lapikova-Bryhinska T, Gurianova V, Dons'koi B, Freidin M, Ivanisenko V, Bragina EY, Hofestädt R, Dosenko V.
J INTEGR BIOINFORM, 2018
ПРОГРАММА ALLPRED ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ АЛЛЕРГЕННОСТИ БАКТЕРИЙ И АРХЕЙ
Брагин АО, Соколов ВС, Деменков ПС, Иванисенко ТВ, Брагина ЕЮ, Матушкин ЮГ, Иванисенко ВА
Molecular Biology, 2018, №2, т. 52, с. 326-332
Распределение сдвиговых напряжений на стенках артерий как главный фактор атерогенеза: численные и клинические исследования
Мищенко Е.Л., Мищенко А.М., Иванисенко В.А.
Дневник науки, 2018, №9, раздел Биологические науки
Prediction of Bacterial and Archaeal Allergenicity with AllPred Program
Bragin A, Sokolov V, Demenkov P, Ivanisenko T, Bragina EY, Matushkin YG and Ivanisenko V
Molecular Biology, 2018, Vol. 52(2), pp. 279-284
Evaluation of Prioritization Methods of Extrinsic Apoptotic Signaling Pathway Genes for Retrieval of the New Candidates Associated with Major Depressive Disorder
Yankina, M. A.; Saik, O. V.; Ivanisenko, V. A.; Demenkov, P. S. & Khusnutdinova, E. K.
RUSS J GENET+, 2018, 54(11), 1366--1374.
Integrative Analysis of Co-Morbid Multifactorial Diseases.
Hofestädt R, Ivanisenko V.
J INTEGR BIOINFORM, 2018, Dec 15;15(4)
GenCoNet - A Graph Database for the Analysis of Comorbidities by Gene Networks.
Shoshi A, Hofestädt R, Zolotareva O, Friedrichs M, Maier A, Ivanisenko VA, Dosenko VE, Bragina EY.
J INTEGR BIOINFORM, 2018, Dec 25;15(4)
2017 SITEX 2.0: Projections of protein functional sites on eukaryotic genes. Extension with orthologous genes.
Medvedeva IV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, 1650044. doi: 10.1142/S021972001650044X. [Epub ahead of print]
РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ АВТОМАТИЧЕСКОГО ИЗВЛЕЧЕНИЯ ЗНАНИЙ ИЗ ТЕКСТОВ НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ БАЗЫ ЗНАНИЙ SOLANUM TUBEROSUM
О.В. САЙК, П.С. ДЕМЕНКОВ, Т.В. ИВАНИСЕНКО, Н.А. КОЛЧАНОВ, В.А. ИВАНИСЕНКО
Сельскохозяйственная биология, 2017, 2017, том 52, №1, с. 63-74
Computational modeling of the cell autonomous mammalian circadian oscillator
Podkolodnaya O.A., Tverdokhleb N.N., Podkolodnyy N.L.
BMC SYST BIOL, 2017, 11(Suppl 1):18
Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma
O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, ISSN 2079-0597, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 558–564
Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds.
Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A.
J MOL GRAPH MODEL, 2017
Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene
А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов
Програмные системы: теория и приложения, 2017, 8:2(33), 45–68.
Приоритезация генов нейронального апоптоза по их структурной роли в ассоциативной генной сети нарушений аутического спектра с помощью подходов ANDsystem
И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, О.В. Сайк, М.А. Янкина
Международный журнал гуманитарных и естественных наук, 2017, №9, С: 5-11
Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза и генов большого депрессивного расстройства в его ассоциативной генной сети
Янкина М.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Хуснутдинова Э.К., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
Дневник науки, 2017, №9'2017, С: 1-14
A study of structural properties of gene network graphs for mathematical modeling of integrated mosaic gene networks
Olga V. Petrovskaya, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017
Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events
Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L.
J INTEGR BIOINFORM, 2017, 20170022 DOI: 10.1515/jib-2017-0022
АНАЛИЗ ВЛИЯНИЯ РАЗЛИЧНОГО УРОВНЯ СОЛЕПОТРЕБЛЕНИЯ НА БЕЛКОВЫЙ СОСТАВ МОЧИ В 105-СУТОЧНОЙ ИЗОЛЯЦИИ С ПОМОЩЬЮ ПРОГРАММЫ opoSOM
Л. Х. Пастушкова, Д. Н. Каширина, А. Г. Бржозовский, В. А. Иванисенко, Е. С. Тийс, А. С. Кононихин, Н. Л. Стародубцева, Е. Н. Николаев, Г. Биндер, И. М. Ларина
Физиология человека, 2017, том 43, № 1, с. 89–96
ПОИСК ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ТРЕВОЖНЫМ НЕВРОЗОМ, НА ОСНОВЕ АВТОМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА НАУЧНЫХ ТЕКСТОВ С ПОМОЩЬЮ ANDSYSTEM
Янкина М.А.,Сайк О.В.,Деменков П.С.,Хуснутдинова Э.К.,Иванисенко В.А.
Аллея науки, 2017, 2017. Т. 2. № 14. С. 712-720.
ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ В ПОИСКЕ НОВЫХ МИШЕНЕЙ ПАТОГЕНЕЗА ЛИМФЕДЕМЫ
Усманов Д.Б. , Сайк О.В. , Нимаев В.В.
Трансляционная медицина, 2017, Приложение № 3, с. 39
Search of MicroRNAs Regulating the Receptor Status of Breast Cancer In Silico and Experimental Confirmation of Their Expression in Tumors
V. S. Chernyi, P. V. Tarasova, V. V. Kozlov, O. V. Saik, N. E. Kushlinskii, L. F. Gulyaeva
B EXP BIOL MED+, 2017, Vol. 163, No. 5, 2017
Biodiversity of the microbial mat of the Garga hot spring
Rozanov A. S., Bryanskaya A. V., Ivanisenko T. V., Malup T. K., Peltek S. E.
BMC EVOL BIOL, 2017
Integrated mathematical models for describing complex biological processes.
Mishchenko E. L., Petrovskaya O. V., Mishchenko A. M., Petrovskiy E. D., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A.
BIOPHYSICS, 2017, 62(5), 778-795
Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением
А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):911-919
A Metagenomic Study of Benthic Microbial Communities of Saline Lakes of the Novosibirsk Oblast
A. V. Bryanskaya, Yu. E. Uvarova, A. S. Rozanov, T. K. Malup, E. V. Lazareva, O. P. Taran, O.P. Daguruva, Т. V. Ivanisenko, S. E.Peltek
13th International conference on salt lake research. Ulan-Ude, Buryat State University Publishing Department., 2017, P.76
Анализ циркадного ритма биологических процессов в печени и почках мыши
Подколодный Н.Л. Твердохлеб Н.Н. Подколодная О.А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, Т. 21, N 8, с. 903-910
2016 Dynamic properties of SOD1 mutants can predict survival time of patients carrying familial amyotrophic lateral sclerosis
Nikolay A. Alemasova, Nikita V. Ivanisenko, Sergey P. Medvedev, Suren M. Zakian, Nikolay A. Kolchanov & Vladimir A. Ivanisenko
Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2016, 2017, Volume 35, Issue 3, Pages 645-656
Mosaic gene network modelling identified new regulatory mechanisms in HCV infection.
Popik OV, Petrovskiy ED, Mishchenko EL, Lavrik IN, Ivanisenko VA.
VIRUS RES, 2016, Oct 22. pii: S0168-1702(15)30083-6. doi: 10.1016/j.virusres.2015.10.004.
Functional annotation of the vlinc class of non-coding RNAs using systems biology approach.
Laurent GS, Vyatkin Y, Antonets D, Ri M, Qi Y, Saik O, Shtokalo D, de Hoon MJ, Kawaji H, Itoh M, Lassmann T, Arner E, Forrest AR; FANTOM consortium, Nicolas E, McCaffrey TA, Carninci P, Hayashizaki Y, Wahlestedt C, Kapranov P.
NUCLEIC ACIDS RES, 2016, Nucleic Acids Res. 2016 Mar 21. pii: gkw162
Компьютерное моделирование пространственных структур пептидов из MUC1, способных ингибировать апоптоз
Н.В. Иванисенко, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 19(6):731-737
Дизайн и проверка действия малых химических соединений, направленных на ингибирование белка FADD
Н.В. Иванисенко, Л. Хиллерт, В.А. Иванисенко, И.Н. Лаврик
Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2015;19(6):724-730
NACE: A web-based tool for prediction of intercompartmental efficiency of human molecular genetic networks
Olga V. Popik, Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko
VIRUS RES, 2016, DOI information: 10.1016/j.virusres.2015.11.029
Characteristics of Age-Dependent Changes in Urine Proteome in Healthy Men
L. Kh. Pastushkova, A. S. Kononikhin, E. S. Tiys, I. V. Dobrokhotov, V. A. Ivanisenko, E. N. Nikolaev, I. M. Larina, I. A. Popov
Adv. Gerontol, 2016, Vol. 6, No. 2, pp. 122–127
Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov
Biomed Res Int, 2016, vol. 2016, Article ID 8642703. doi:10.1155/2016/8642703
Interactome of the hepatitis C virus: Literature mining with ANDSystem
Saik OV, Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
VIRUS RES, 2016, Jun 15;218:40-8
Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes.
Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 738-748
Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock.
Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP.
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 759-770
Молекулярно-генетические механизмы регуляции процессов апоптоза белками вируса гепатита С.
Сайк О. В., Деменков П. С., Иванисенко Н. В., Иванисенко Т. В., Лаврик И. Н., Иванисенко В. А.
Проблемы современной науки и образования, 2016, № 27 (69), 6-14.
МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА ЭКСТРЕМАЛЬНЫХ ЭКОСИСТЕМ; МЕТАГЕНОМНЫЙ ПОДХОД
С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов
Acta Naturae, 2016
Математическая модель циркадного осциллятора млекопитающих: взаимодействие с системой NAD+/SIRT1 и возрастные изменения экспрессии генов циркадного осциллятора
Подколодный Н.Л., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):848-856
Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия процессов ответа клетки на механический стресс и нейронального апоптоза при первичной открытоугольной глаукоме
Сайк О.В., Коновалова Н.А., Деменков П.С., Иванисенко Н.В., Иванисенко Т.В., Иванощук Д.Е., Пономарева М.Н., Коновалова О.С., Подколодная О.А., Лаврик И.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):840-­847
Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals
Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L.
J INTEGR BIOINFORM, 2016, 13(4):292. doi:10.2390/biecoll-jib-2016-292
Selection and validation of miRNAs as normalizers for profiling expression of microRNAs isolated from thyroid fine needle aspiration smears.
Titov SE, Demenkov PS, Ivanov MK, Malakhina ES, Poloz TL, Tsivlikova EV, Ganzha MS, Shevchenko SP, Gulyaeva LF, Kolesnikov NN
ONCOL REP, 2016, Oncol Rep. 2016 Nov;36(5):2501-2510. doi: 10.3892/or.2016.5113. Epub 2016 Sep 20.
Novel tuberculosis susceptibility candidate genes revealed by the reconstruction and analysis of associative networks
Elena Yu. Bragina, Evgeny S. Tiys, Alexey A. Rudko, Vladimir A. Ivanisenko, Maxim B. Freidin
Infection, Genetics and Evolution, 2016, Volume 46, December 2016, Pages 118–123
Molecular associations of Primary Open-Angle Glaucoma with potential comorbid diseases (POAG-associome)
Olga V Saik, Natalia A Konovalova, Pavel S Demenkov, Timofey V Ivanisenko, Evgeny D Petrovskiy, Nikita V Ivanisenko, Dinara E Ivanoshchuk, Maria N Ponomareva, Olga S Konovalova, Inna N. Lavrik, Nikolay A Kolchanov, Vladimir A Ivanisenko
Biotecnología Aplicada, 2016, 2016;33:3201-3206
Структурное моделирование мод связывания НАД+ с ПАРП-1
Иванисенко Н.В., Жечев Д.А., Иванисенко В.А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2016
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation
Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X.
BMC PLANT BIOL, 2016, 2016 Vol.16:262 DOI: 10.1186/s12870-016-0868-3
2015 Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome)
Glotov AS, Tiys ES, Vashukova ES, Pakin VS, Demenkov PS, Saik OV, Ivanisenko TV, Arzhanova ON, Mozgovaya EV, Zainulina MS, Kolchanov NA, Baranov VS, Ivanisenko VA
BMC SYST BIOL, 2015, 2015;9 Suppl 2:S4. doi: 10.1186/1752-0509-9-S2-S4
Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites.
Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A.
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, p. 322–329
Structural and dynamic properties of mutant SOD1 proteins associated with amyotrophic lateral sclerosis
Alemasov, N. A., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A.
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015
Identification of biological processes on the composition of the urine proteome in cosmonauts on the first day after long space flights
Pastushkova LH, Kononihin AS, Tijs ES, Obraztsova OA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Larina IM
Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2015, 2015 Feb;101(2):222-37
Permanent proteins in the urine of healthy humans during the Mars-500 experiment
Larina IM, Pastushkova LKh, Tiys ES, Kireev KS, Kononikhin AS, Starodubtseva NL, Popov IA, Custaud MA, Dobrokhotov IV, Nikolaev EN, Kolchanov NA, Ivanisenko VA
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 2015 Feb;13(1):1540001. doi: 10.1142/S0219720015400016. Epub 2015 Jan 8.
Kidney Function and Urine Protein Composition in Healthy Volunteers During Space Station Fitness Tests
Fomina, Elena V.; Lisova, Natalia Iu.; Kireev, Kirill S.; Tiys, Evgeny S.; Kononikhin, Alexey S.; Larina, Irina M.
Aerospace Medicine and Human Performance, 2015, Volume 86, Number 5, May 2015, pp. 472-476(5)
Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК
Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М.
Программные системы: теория и приложения, 2015, 6:1(23), c. 157–174
Shifts in urine protein profile during dry immersion.
Pastushkova L Kh, Kononikhin AS, Tiys ES, Nosovsky AM, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Novoselova NM, Custaud MA, Larina IM.
Aviakosm Ekolog Med., 2015, 2015;49(4):15-9.
Computer analysis of protein functional sites projection on exon structure of genes in Metazoa.
Medvedeva I., Demenkov P., Ivanisenko V.
BMC GENOMICS, 2015, 16(Suppl 13):S2.
Prediction of tissue-specific effects of gene knockout on apoptosis in different anatomical structures of human brain.
Petrovskiy E.D., Saik O.V., Tiys E.S., Lavrik I.N., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
BMC GENOMICS, 2015, 16(Suppl 13):S3
The Mammalian Circadian Clock: Gene Regulatory Network and Computer Analysis
O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, N.L. Podkolodnyy
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 354–362
Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека.
Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 691-698
Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека
Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 682-690
ВЫЯВЛЕНИЕ ЗНАЧИМО ПРЕДСТАВЛЕННЫХ БИОЛОГИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ ПО СОСТАВУ ПРОТЕОМА МОЧИ КОСМОНАВТОВ НА ПЕРВЫЕ СУТКИ ПОСЛЕ ДЛИТЕЛЬНЫХ КОСМИЧЕСКИХ ПОЛЕТОВ
ПАСТУШКОВА Л.Х., КОНОНИХИН А.С., ТИЙС Е.С., ОБРАЗЦОВА О.А., ДОБРОХОТОВ И.В., ИВАНИСЕНКО В.А., НИКОЛАЕВ Е.Н., ЛАРИНА И.М.
Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2015, Том: 101 Номер: 2 Страницы: 222-237
НОВЫЕ ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ ПОДВЕРЖЕННОСТИ ТУБЕРКУЛЕЗУ, УСТАНОВЛЕННЫЕ С ПОМОЩЬЮ ПОСТРОЕНИЯ И АНАЛИЗА АССОЦИАТИВНЫХ СЕТЕЙ
БРАГИНА Е.Ю., РУДКО А.А., ТИЙС Е.С., ИВАНИСЕНКО В.А., ФРЕЙДИН М.Б.
Бюллетень сибирской медицины, 2015, Том: 14Номер: 6 Год: 2015 Страницы: 33-39
ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology
Vladimir A Ivanisenko, Olga V Saik, Nikita V Ivanisenko, Evgeny S Tiys, Timofey V Ivanisenko, Pavel S Demenkov and Nikolay A Kolchanov
BMC SYST BIOL, 2015, 9(Suppl 2):S2; doi:10.1186/1752-0509-9-S2-S2
Interaction sorting method for molecular dynamics on multi-core SIMD CPU architecture
Matvienko S., Alemasov N., and Fomin E.
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13. No 2. P. 1540004–1540018
2014 The Proteome of a Healthy Human during Physical Activity under Extreme Conditions
Larina I. M., Ivanisenko V. A., Nikolaev E. N., Grigorev A. I.
Acta Naturae, 2014, VOL. 6 № 3 (22) 2014
Предсказание генов маркеров агрессивности глиомы низкой степени злокачественности по экспрессионным данным TCGA
Иванисенко Н.В., Губанова Н.В., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9, N 2, С. 534-542
Bioinformatics analysis of the genome of Geobacillus stearothermophilus 22 Strain isolated from the Garga hot spring, Baikal Region
Rozanov A.S., Ivanisenko T.V., Bryanskaya A.V., Shekhovtsov S.V., Logacheva M.D., Saik O.V., Malup T.K., Demenkov P.S., Goryachkovskaya T.N., Ivanisenko V.A., Peltek S.E.
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 3, pp. 159–167.
Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом
Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. № 4/2. С. 920–927
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants
Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
PloS One, 2014, Volume 9 | Issue 3 | e91502
Exploring Interaction of TNF and Orthopoxviral CrmB Protein by Surface Plasmon Resonance and Free Energy Calculation.
Ivanisenko NV, Tregubchak TV, Saik OV, Ivanisenko VA, Shchelkunov SN
PROTEIN PEPTIDE LETT, 2014, Protein Pept Lett. 2014;21(12):1273-81.
Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species
Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov
BMC STRUCT BIOL, 2014, 14:23
Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов.
Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886.
Molecular Analysis of the Benthos Microbial Community in Zavarzin Thermal Spring (Uzon Caldera, Kamchatka, Russia)
Rozanov A.S., Bryanskaya A.V., Malup T.K., Lasareva E.V., Taran O.P., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A., Zhmodik S.M., Kolchanov N.A., Peltek S.E.
BMC GENOMICS, 2014
An integrated study to analyze salt lake microbial community structure (Novosibirsk oblast, Russia)
A. Bryanskaya, A. Rozanov, T. Malup, T. Aleshina, E. Lazareva, O. Taran, T. Goryachkovskaya, V. Ivanisenko, S. Peltek
Acta Geologica Sinica (English Edition), 2014
Insights into pathophysiology of dystropy through the analysis of gene networks: an example of bronchial asthma and tuberculosis
Bragina Elena Yu, Evgeny S. Tiys, Maxim B. Freidin, Lada A. Koneva, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov, Valery P. Puzyrev
IMMUNOGENETICS, 2014, no. 7-8 (2014): 457-465.
Identification of Proteins of Cardiovascular System in Healthy Subjects’ Urine during “Dry” Immersion
L. Kh. Pastushkova, I. V. Dobrokhotov, O. M. Veselova, E. S. Tiys, A. S. Kononikhin, A. M. Novosiolova, M. Coupe, M.-A. Custaud, I. M. Larina
Fiziol Cheloveka, 2014, Vol. 40, No. 3, pp. 330–339
Постоянные белки мочи здорового человека в эксперименте с 520-суточной изоляцией
Пастушкова ЛХ, Киреев КС, Кононихин АС, Тийс ЕС, Попов ИА, Доброхотов ИВ, Кусто МА, Иванисенко ВА, Колчанов НА, Николаев ЕН, Почуев ВИ, Ларина ИМ
Aviakosm Ekolog Med., 2014, 48(1):48-54.
ЦИРКАДНЫЕ ЧАСЫ МЛЕКОПИТАЮЩИХ: ГЕННАЯ СЕТЬ И КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ
Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. N. 4/2. стр. 928-938
Analysis of signaling networks distributed over intracellular compartments based on protein-protein interactions
Popik, O. V., Saik, O. V., Petrovskiy, E. D., Sommer, B., Hofestädt, R., Lavrik, I. N., Ivanisenko, V. A.
BMC GENOMICS, 2014, 2014. – Т. 15. – №. Suppl 12. – С. S7
Моделирование пространственного распределения эффекта нокаута генов, связанных с агрессивностью глиомы низкой степени злокачественности, в тканях мозга человека с помощью методов машинного обучения
Петровский Е.Д., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9. № 2. С. 534-542.
2013 Computational screening for new inhibitors of M. tuberculosis mycolyltransferases antigen 85 group of proteins as potential drug targets.
Gahoi S, Mandal RS, Ivanisenko N, Shrivastava P, Jain S, Singh AK, Raghunandanan MV, Kanchan S, Taneja B, Mandal C, Ivanisenko VA, Kumar A, Kumar R, Open Source Drug Discovery Consortium, Ramachandran S
Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):30-43
The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain.
Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA.
Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31:1, 78-86
Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets.
Sommer B., Kormeier B., Demenkov P., Arrigo P., Hippe K., Ates O., Kochetov A.V., Ivanisenko V., Kolchanov N.A., Hofestaedt R.
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11. 1. 1340005.
Биоинформатика: метод во главе угла
Афонников Д.А. Иванисенко В.А.
Наука из первых рук, 2013, 1,49,51-59
Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution
Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA
Frontiers in Genetics, 2013, , 4, 122
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ
Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко
МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА, 2013, БИОФИЗИКА, 2013, том 58, вып. 5, c. 758–774
Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides.
Bragin AO, Demenkov PS, Kolchanov NA, Ivanisenko VA.
Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):59-64.
Detection of renal and urinary tract proteins before and after spaceflight.
Pastushkova LKh, Kireev KS, Kononikhin AS, Ivanisenko VA, Larina IM, Nikolaev EN
AVIAT SPACE ENVIR MD, 2013, 84:859–863
Detection of Renal Tissue and Urinary Tract Proteins in the Human Urine after Space Flight.
Pastushkova L.Kh, Kireev R.S., Kononikhin A.S., Tiys E.S., Popov I.A., Starodubtseva N.L., Dobrokhotov I.V., Ivanisenko V.A., Larina I.M., Kolchanov N.A., Nikolaev E.N.
PloS One, 2013, V8, e71652
ОБНАРУЖЕНИЕ БЕЛКОВ ТКАНЕЙ ПОЧЕК И МОЧЕВЫВОДЯЩЕЙ СИСТЕМЫ В МОЧЕ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА
Л. Х. Пастушкова, К. С. Киреев, А. С. Кононихин, Е. С. Тийс, И. А. Попов, И. В. Доброхотов, В. А. Иванисенко, В. Б. Носков, И. М. Ларина, Е. Н. Николаев
Физиология человека, 2013, том 39, № 5, с. 99–104
Enhanced Differential Evolution Entirely Parallel Method for Biomedical Applications
Konstantin Kozlov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov, Maria Samsonova, Alexander M. Samsonov
Lect Notes Comput Sci, 2013, Lecture Notes in Computer Science Volume 7979, 2013, pp 409-416
ИЗУЧЕНИЕ ПРОТЕОМА МОЧИ ДЛЯ ОЦЕНКИ СОСТОЯНИЯ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТОЙ СИСТЕМЫ У ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА
Пастушкова Л.Х., Кононихин А.С., Тийс Е.С., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Николаев Е.Н., Ларина И.М.
Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2013, Номер: 8, Том: 99, Страницы: 945-959
Молекулярные механизмы взаимодействия белков CrmB вируса оспы коров и вируса натуральной оспы с фактором некроза опухолей человека
Иванисенко Н.В., Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А.
Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, Т. 8. № 2. С. 467–479.
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, с.577-588
Биоинформатический анализ генома штамма Geobacilus stearothermophilus 22, выделенного из горячего источника Гарга (Прибайкалье).
Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцев С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, С. 659-664
Компьютерный анализ структуры липаз бактерий рода Geobacillus и выявление мотивов, влияющих на их термостабильность.
Сорокина К.Н., Нуриддинов М.А., Розанов А.С., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, С. 666-674
2012 A Model of the Gene Network for Flowering Time Regulation in Winter Wheat and Barley.
Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Titov I.I.
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, 2012, Vol. 2, No. 4, pp. 319–324
Mechanism of Action and Activity Regulation of COP1, a Constitutive Repressor of Photomorphogenesis.
Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Shumny V.K.
RUSS J PLANT PHYSL+, 2012, 2012, Vol. 59, No. 2, pp. 155–166.
SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes
Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko
NUCLEIC ACIDS RES, 2012, V. 40(Database issue):D278-83.
Механизм действия и регуляция активности конститутивного репрессора фотоморфогенеза COP1.
Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К.
Физиология растений, 2012, том 59, № 2, с. 1–13
Protein Allergenicity Prediction on the Basis of Conformational Peptides
A. O. Bragin, P. S. Demenkov, and V. A. Ivanisenko
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 1, pp. 18–22. © Pleiades Publishing, Ltd., 2012
Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN
Фомин Э.С., Алемасов Н.А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 2, С. 415-426
Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А.
Doklady Akademii Nauk, 2012, 443(2), 248-252
Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда
Фомин Э.С., Алемасов Н.А.
Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7. № 2. С. 398–409. URL: http://www.matbio.org/2012/Fomin_7_398.pdf
Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя.
Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 1, С. 99-108
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ
Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 16(2), стр. 339-347
Low-Temperature Dynamical and Structural Properties of Saturated and Monounsaturated Phospholipid Bilayers Revealed by Raman and Spin-Label EPR Spectroscopy.
N. V. Surovtsev , N. V. Ivanisenko, K. Yu. Kirillov, S. A. Dzuba
J PHYS CHEM B, 2012, 116 (28), pp 8139–8144
Finding biomarkers in non-model species: literature mining of transcription factors involved in bovine embryo development.
Turenne N, Tiys E, Ivanisenko V, Yudin N, Ignatieva E, Valour D, Degrelle S, Hue I
BioData Mining, 2012, Aug 29;5(1):12
Анализ белковых взаимодействий на основе изучения протеома мочи человека в эксперименте со 105-суточной изоляцией.
Пастушкова Л.Х., Валеева О.А., Кононихин А.С., Ларина И.М., Николаев Е.Н., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Тийс Е.С., Колчанов Н.А.
Авиакосмическая и экологическая медицина, 2012, Т. 46. № 2. С. 37-43
Реконструкция ассоциативных белковых сетей, связанных с процессами регуляции обмена и депонирования натрия в организме здорового человека на основе изучения протеома мочи.
Ларина И.М., Колчанов Н.А., Доброхотов И.В., Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н.
Физиология человека, 2012, т38, N3, 107-115
Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания
Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Хофештадт Р., Иванисенко В.А.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16 №4/1 784-790
Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей
Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович
Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, Т.16, 791-798
ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem
P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
In Silico Biology, 2012, 11(3), 149-161
A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software
E.S. Fomin, N.A. Alemasov
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 6, pp. 453–461
Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 774–784.
Магнитно–резонансная спектроскопия метаболических изменений в мозге мышей при введении 2–дезокси–D–глюкозы и липополисахарида
Мошкин М.П., Акулов А.Е., Петровский Д.В., Сайк О.В., Петровский Е.Д., Савелов А.А., Коптюг И.В.
Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2012, 98 (10): 1264-1273
Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins.
Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA
Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, Mar-Apr;443:76-80.
Reconstruction of associative protein networks connected with processes of sodium exchange' regulation and sodium deposition in healthy volunteers by urine proteome analysis
Larina IM, Kolchanov NA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Demenkov PS, Tiĭs ES, Valeeva OA, Pastushkova LKh, Nikolaev EN
Human Physiology, 2012, May-Jun;38(3):316-23
2011 Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А.
Биоорганическая химия, 2011, 2011, Т. 37, № 1, С. 22–35
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma
O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov
Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии
В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов
Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики
Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
Mathematical Biology & Bioinformatics, 2011, №2, Т.6, С.250-263
Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах
А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко
Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 2011. Т. 15. № 3. С. 462-468.
The Role of the COP1, SPA, and PIF Proteins in Plant Photomorphogenesis
O. G. Smirnova, I. L. Stepanenko, V. K. Shumnyia
Biology Bulletin Reviews, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 314–324
Роль белков COP1, SPA и PIF в регуляции фотоморфогенеза растений
Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К.
Успехи современной биологии, 2011, Т.311, 1. С.3-15
Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks
Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA
RUSS J BIOORG CHEM+, 2011, Jan-Feb;37(1):22-35.
2010 Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы
О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов
Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
Характеристика C-концевой части гликопротеина Е вируса Западного Нила и оценка силы его взаимодействия с V 3 интегрином как с предполагаемым клеточным рецептором
М. В. Богачек, Б. Н. Зайцев, S. K. Sekatskii, Е. В. Протопопова, В. А. Терновой, А. В. Иванова, А. В. Качко, В. А. Иванисенко, G. Dietler, В. Б. Локтев.
BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, том 75, вып. 4, с. 571 – 581
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека
Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов
Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein
Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S.
J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer
Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM.
J PROTEOME RES, 2010, 9(1):254-67
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов.
Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches
Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R
J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
Characterization glycoprotein E С-end of West Nile virus and evaluation of its interaction force with αVβ3 integrin as putative cellular receptor
Bogachek M.V., Zaitsev B. N., Sekatskii S. K., Protopopova E.V., Ternovoi V. A., Ivanova A.V., Kachko A.V., Ivanisenko V.A., Dietler G. Loktev V.B.
BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, 2010, Vol. 75, No. 4, pp. 472-480
Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных
Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2010, Т. 8. № 3. С. 13-22.
База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А.
В мире научных открытий, 2010, №4 (10), Часть 14. С. 102-103
2009 Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и Клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека
А.А. Малыгин, Е.И. Бондаренко, В.А. Иванисенко, Е.В. Протопопова, Г.Г. Карпова, В.Б. Локтев
BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, т. 74, вып. 12. с. 1631 – 1641
Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке
Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов
Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Том 13, 208-218
Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture
Fomin E.S., Alemasov N.A.
Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor
D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov
COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена
Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А.
Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 122-127
C-Terminal Fragment of Human Laminin-Binding Protein Contains a Receptor Domain for Venezuelan Equine Encephalitis and Tick-Borne Encephalitis Viruses
Malygin A.A., Bondarenko E.I., Ivanisenko V.A., Protopopova E.V., Karpova G.G., Loktev V.B.
BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, Vol. 74, No. 12, pp. 1328 -1336
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека. Биохимия, 2009, 74 (12) 1631-1641
Малыгин А.А., Бондаренко Е.И., Иванисенко В.А., Протопопова Е.В., Карпова Г.Г., Локтев В.Б.
BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 74 (12) 1631-1641
Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора
Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов
Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
2008 Functional divergence of H-pylori related to early gastric cancer
Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV. Demina IA, Serebryakova MV, Ivanisenko VA, Aman E, Akopian T, Govorun VM.
HELICOBACTER, 2008, 5, 13, 477-477
Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements
Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB
Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins.
Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
Methods in Molecular Biology, 2008, V. 446, P. 363-384.
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes
N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko
INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs
Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A.
FEBS LETT, 2008, 582. 1293-1297
Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях
П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко
Вычислительные технологии, 2008, 2, 13, 15-19
2007 Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli
Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.
Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex
Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I
Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis
Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai
THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture
Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families
Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A.
In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
Web-based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Post-translational Modifications of Proteins
Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
Methods in Molecular Biology, 2007, 446, 363-384.
Application of bioinformatics resources for genosensor design
Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A.
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
Иммунохимические свойства белка PrМ и С-концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила
Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В. А., Швалов А.Н., Локтев В.Б.
Molecular Biology, 2007, 2007, т. 41(1) с. 8-17
Иммунохимические свойства белка PrM и С концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила
Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б.
Molecular Biology, 2007, 1, 41, 8-17
2006 Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А.
BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53
Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко
BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных аминокислотных заменах
Деменков П.С., Аман Е.Э., Иванисенко В.А.
BIOPHYSICS, 2006, Т. 7, Вып. 51
Филогенетический анализ семейства p53
Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
Prediction of the Changes in Thermodynamic Stability of Proteins Caused by Single Amino Acid Substitutions
Demenkov P.S., Aman E.E., Ivanisenko V.A.
BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования
Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э.
BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
2005 Иммунохимические свойства рекомбинантных полипептидов, моделирующих домены I и II белка Е вируса Западного Нила
Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Локтев В.Б.
Molecular Biology, 2005, N 5, т. 39, с. 813-822.
Актуальные проблемы компьютерной протеомики
Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И.
Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
WebProAnalyst: an interactive tool for analysis of quantitative structure-activity relationships in protein families
Ivanisenko V.A., Eroshkin A.M., Kolchanov N.A.
NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33, W99-W104
PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites
Ivanisenko VA, Pintus SS, Grigorovich DA, Kolchanov NA.
NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V33, D183–D187
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
GeneNet in 2005.
E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov.
NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
2004 Обнаружение эмпирической аксиоматической теории в условиях шумов.
Деменков П.С.
Вычислительные системы, 2004
Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода
Степаненко И.Л.
Экологическая генетика, 2004, Т. 2 (1). C. 4-12
2003 Data Mining Techniques in Bioinformatics
Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V.
Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555
Application of filter technology in photomorphogenesis gene network
Smirnova O.G., Stepanenko I.L.
In Silico Biology, 2003, N.1-2. P. 117-125
Apoptosis Gene Network: description in the GeneNet and TRRD databases
Stepanenko I., Kolchanov N.
Ann.N.Y.Acad.Sci., 2003, V.1010. P.16-18
2002 Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК
Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
Локализация антигенной детерминанты белка Е вируса клещевого энцефалита, узнаваемой антигемагглютинирующими моноклональными антителами, с помощью пептидной фаговой библиотеки
Локтев А.В., Кувшинов В.Н., Меламед Н.В., Иванисенко В.А., Мишин В.П., Ильичев А.А.
Вопросы вирусологии, 2002, N.2, Т.47, С.31-34
Локализация конформационного эпитопа гликопротеина gp120 ВИЧ-1, узнаваемого вируснейтрализующими моноклональными антителами 2G12
Туманова О.Ю., Кувшинов В.Н., Ильичев А.А., Некрасов Б.Г., Иванисенко В.А., Козлов А.П., Сандахчиев Л.С.
Molecular Biology, 2002, N.4, Т.36, С.657-663
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks.
Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G.
In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks.
Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A.
NUCLEIC ACIDS RES, 2002, V. 30, No. 1 P. 398-401.
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002
Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG
NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
2001 Интерференция генных сетей апоптоза и ответа на тепловой шок.
Степаненко И.Л.
Molecular Biology, 2001, Т.35(6). С. 1063-1071
2000 Анализ чужеродных эпитопов, встроенных в НВсАg. Возможные пути решения проблемы самоорганизации химерных коровых частиц
Карпенко Л.И., Иванисенко В.А., Пика И.С., Чикаев Н.А., Ерошкин А.М., Меламед Н.В., Веремейко Т.А., Ильичев А.А.
Molecular Biology, 2000, N.2, Т.34, С.223-229
1999 GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот
Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон
BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression.
Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C.
BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 669-686
1998 GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome.
N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer
Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1998, 6, 95-104
1997 Поиск сайтов, содержащих функционально важные замены в наборах родственных или мутантных белков
Иванисенко В.А., Ерошкин А.М.
Molecular Biology, 1997, N.5, Т.31, С.880-887.
Использование фаговой библиотеки пептидов в картировании группоспецифического гемагглютинирующего домена гликопротеина Е2 альфа-вирусов
Кузьмичева Г.А., Кувшинов В.Н., Разумов И.А., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Мишин В.П., Ушакова Т.А., Локтев В.Б., Ильичев А.А.
MOL GENET MICROBIOL+, 1997, N.4, С.25-29
Экспрессия фрагментов гена Е вируса японского энцефалита в клетках Escherichia coli
Белавин П.А., Нетесова Н.А., Решетников С.С., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Протопопова Е.В., Локтев В.Б., Малыгин Э.Г.
Биотехнология, 1997, N.3, С.3-10
1996 Компьютерный анализ зависимостей между максимумом цвета биолюминесценции и первичной структурой люцифераз жуков: идентификация сайтов, ответственных за изменения цвета
Морозов В.М., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Угарова Н.Н.
Molecular Biology, 1996, Т.30, С.1167-1172
1994 Получение мутантного фактора некроза опухолей человека с повышенной устойчивостью к протеазам
Корепанова А.В., Ерошкин А.М., Иванисенко В.А., Лебедев Л.Р., Микрюков Н.Н., Пустошилова Н.М., Петренко В.А., Ильичев А.А.
Molecular Biology, 1994, Т.28., С.143-149
1993 Анализ встроек пептидных фрагментов в основной белок оболочки бактериофагов М13, f1 и fd. Взаимосвязь структурных характеристик белка оболочки и жизнеспособности мутантных фагов
Ерошкин А.М., Миненкова O.O., Фомин В.А., Иванисенко В.А., Ильичев A.A.
Molecular Biology, 1993, Т.27. С.1345-1355

Монографии

2021 The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Mukhin A. M., Kazantsev F.V., Klimenko A.I., Lakhova T.N., Demenkov P.S., Lashin S.A.
2019 Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins
Ivanisenko, V. A., Ivanisenko, T. V., Saik, O. V., Demenkov, P. S., Afonnikov, D. A. and Kolchanov, N. A.
2017 Heat Shock Proteins
Ponomarenko M., Stepanenko I., Kolchanov N.
2016 Создание малых химических соединений, направленно действующих на внешний путь апоптоза с помощью компьютерного моделирования и экспериментальных подходов.
И.Н. Лаврик, Л. Хиллерт, Н.В. Иванисенко, О.В. Попик, О.В. Сайк, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, Е.Д. Петровский, В.А. Иванисенко
2015 Молекулярное моделирование и создание малых химических соединений, направленных на регуляцию программируемой клеточной гибели, индуцируемой через клеточные рецепторы / отв. ред. И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
ИН Лаврик, Л Хиллерт, С Питкевич, НВ Иванисенко, ОВ Попик, ТВ Иванисенко, ПС Деменков, ЕД Петровский, ВА Иванисенко
2014 Text Mining on PubMed
Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko
2013 Heat Shock Proteins.
Ponomarenko M, Stepanenko I., Kolchanov N
2012 Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
2010 German/Russian Network of Computational Systems Biology. R. Hofestadt and N. Kolchanov (Eds).
E.L. Mishchenko, N.V. Ivanisenko, A.M.Mishchenko, V.A.Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, R. Hofestadt, N.A. Kolchanov
Nandbook of Drug Targeting and Monitoring. B.Andreev and V. Egorov ( Eds).
E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
Visualization and Analysis of Biological Networks combining Text Mining and Data Warehouse Approaches
Björn Sommer, Evgeny S. Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian J. Janowski, Timofey V. Ivanisenko, Anatoly O. Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel S. Demenkov, Alexey V. Kochetov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov and Ralf Hofestädt
2009 Viral Genomes: Diversity, Properties and Parameters. Zhi Feng and Ming Long (Eds).
E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture
Fomin E.S., Alemasov N.A.
2008 Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных.
Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.
Cистемная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Изд-во СО РАН, Новосибирск
Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.
Методы моделирования динамики молекулярно-генетических систем
Лихошвай В.А., Ратушный А.В., Бажан. С.И., Ощепкова Е.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
«Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко , Н: Изд. СО РАН, , 2008, 761с
Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А.
IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине". Сборник трудов конференции.
Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
Филогенетический и структурный анализ семейства p53
Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А.
2006 TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES
N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko
STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS
E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.

Конференции

2025 Integration of bioinformatics data for crop plant breeding.
Yuriy L. Orlov, Haoyu Chao, Shilong Zhang, Vladimir A. Ivanisenko, Ming Chen.
BelBI-2024
2024 Transfer learning based yeast protein abundance prediction
Venzel A.S., Klimenko A.I., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Lashin S.A., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
Reconstruction and analysis of molecular-genetic mechanisms of metabolic pathways regulation in glioblastoma using LC-MS/MS data
Adamovskaya A.V., Basov N.V., Demenkov P.S., Gaisler E.V., Rogachev A.D., Ivanisenko V.A., Mishinov S.V., Stupak V.V., Cheresiz S.V., Oleshko O.S., Pokrovsky A.G.
14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology 2024, Новосибирск
2022 Генетические исследования и клиническая лимфология
Нимаев В.В. Сайк О.В.
XIV Научно-практическая конференция Ассоциации флебологов России с международным участием «Актуальные вопросы флебологии»
On organizing a software platform for seeking biotechnologically important features in bacteria
Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A., Kolchanov N
BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Data lake platform of the bacterial strain properties for microbiology
Mukhin A., Demenkov P., Kazantsev F., Lakhova T., Klimenko A., Lashin S
BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Reconstruction and analysis of the gene network of the external pathway of apoptosis in viral hepatitis C
Adamovskaya A.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
2021 A feedback loop enrchment analysis in gene network of bronchial asthma and pulmonary tuberculosis interaction
Evgeny S. Tiys, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov
BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
ВЫЯВЛЕНИЕ ГЕНОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ ОДНОВРЕМЕННО С ОЖИРЕНИЕМ И ЛИМФЕДЕМОЙ, С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Нимаев В.В.
Международная научно-практическая конференция «Лимфология: от фундаментальных исследований к медицинским технологиям»
Гены сигнального пути IL-6, ассоциированные с диабетической ретинопатиейи вариабельностью гликемии
Сайк О.В., Климонтов В.В.
IV Российская междисциплинарная научно-практическая конференция с международным участием «Сахарный диабет: от мониторинга к управлению»
Text Mining and Bioinformatic Identification of Genes Linking Glycemic Variability and Impaired Angiogenesis in Diabetes
Olga V. Saik, Vadim V. Klimontov
81st Scientific Sessions of American Diabetes Association (ADA)
Bioinformatic analysis by ANDSystem revealed members of IL-6 signaling pathway initiated by glucose variability and involved in diabetic retinopathy
Olga Saik, Vadim Klimontov
2021 IEEE Ural-Siberian Conference on Computational Technologies in Cognitive Science, Genomics and Biomedicine (CSGB)
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin , Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, and Sergey A. Lashin
International Conference on Parallel Computing Technologies
2020 ANDDIGEST: A TEXT-MINING BASED COMPUTER SYSTEM FOR GENERATING DIGESTS IN THE FIELD OF BIOLOGY
IVANISENKO TIMOFEY, DEMENKOV PAVEL, IVANISENKO VLADIMIR, KOLCHANOV NIKOLAY
BGRS/SB-2020. THE 12TH INTERNATIONAL MULTICONFERENCE
Learning the changes of barnase mutants thermostability from structural fluctuations obtained using anisotropic network modeling
Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko
Twelfth International Multiconference BGRS/SB-2020
Interpretation of the features of a linear regression model for predicting the survival time of the amyotrophic lateral sclerosis patients with mutated SOD1
Nikolay Alemasov, Alexandr Shcherbakov, Vladimir Timofeev, Vladimir Ivanisenko
Twelfth International Multiconference BGRS/SB-2020
Выявление злокачественных опухолей щитовидной железы в мазках с неопределенным цитологическим заключением с помощью молекулярного классификатора.
Титов СЕ, Иванов МК, Веряскина ЮА, Деменков ПС, Шевченко СП, Катанян ГА, Лукьянов СА.
VI ПЕТЕРБУРГСКИЙ МЕЖДУНАРОДНЫЙ ОНКОЛОГИЧЕСКИЙ ФОРУМ "БЕЛЫЕ НОЧИ 2020»
Melatonin as a key regulator in molecular-genetic network of glucose variability related to circadian rhythm
Cайк О., Деменков П., Иванисенко В., Климонтов В.
BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”,Symposium “Systems biology and biomedicine” (SbioMed-2020)
EXTRACTION OF SPECTRAL SERIES OF IONS FROM MASS SPECTRA OF PEPTIDES BY METHODS OF INTEGRAL TRANSFORMS AND MACHINE LEARNING
Fomin E., Alemasov N., Afonnikov D.
BGRS-2020
Выделение спектральных серий в тандемных масс спектрах с помощью машинного обучения
Фомин Э.С., Алемасов Н.
Международная конференция «Марчуковские научные чтения 2020», МНЧ-2020
Выявление ключевых участников молекулярно-генетических сетей, ассоциированных с лимфедемой, с помощью биоинформатических методов
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Нимаев В.В.
7-й съезд лимфологов России и 8-я международная научно-практическая конференция по клинической лимфологии "ЛИМФА-2020"
Компьютерное моделирование влияния циркадных часов на воспалительную реакцию на бактериальную инфекцию
Н.Л. Подколодный, Н.Н. Твердохлеб, О.А. Подколодная
Международная конференция «Марчуковские научные чтения 2020» (МНЧ-2020)
Functional annotation of the transcription factors from Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR.
Kolmykov S.K., Kulyashov M., Ivanisenko N.V., Evshin I.S., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R.
12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)
Integration of transcriptomics data into a genome-scale metabolic model of the methanotrophic bacterium Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR.
Kolmykov S.K., Kulyashov M., Ivanisenko N.V., Evshin I.S., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R.
12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)
2019 НАСЛЕДУЕМЫЕ БАКТЕРИАЛЬНЫЕ СИМБИОНТЫ НАСЕКОМЫХ: РАЗНООБРАЗИЕ И ЭВОЛЮЦИЯ
Илинский Ю.Ю., Быков Р.А., Деменкова М.А., Юрлова Г.В., Деменков П.С., Брошков А.Д., Данилова М.В., Вяткин Ю.В.
VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORKS BASED ON AUTOMATIC EXTRACTION OF KNOWLEDGE FROM SCIENTIFIC PUBLICATIONS, PATENTS AND DATABASES USING INTELLIGENCE METHODS
VA Ivanisenko, ES Tiys, TV Ivanisenko, PS Demenkov
VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
РЕКОНСТРУКЦИЯ И АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ БОЛЕЗНИ АЛЬЦГЕЙМЕРА И ВИРУСНЫХ ПРОЦЕССОВ: ПОИСК НОВЫХ ГЕНОВ, ВОВЛЕЧЁННЫХ В МЕХАНИЗМ ЗАБОЛЕВАНИЯ
Тийс Е.С., Иванисенко В.А.
VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
Dysregulation of postsynaptic translation in autism spectrum disorder: reconstruction of gene network associated with autism and mtor signaling.
Rifonova E.A., Klimenko A.I., Saik O.V., Orlov Y.L., Lashin S.A., Ivanisenko V.A.
VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
2018 Поиск генов, потенциально ассоциированных с лимфедемой, из числа генов, вовлеченных в эндотелиальный апоптоз, с использованием анализа ассоциативных генных сетей ANDSYSTEM
Сайк О.В., Нимаев В.В., Усмонов Д.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
XIII международная научно-практическая конференция «Лимфология: от фундаментальных исследований к медицинским технологиям»
Analysis of Clinical Forms of Leg Lymphedema. Single-Center Experience
D. Usmonov, O. Saik, V. Nimaev
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\ Systems Biology — BGRS\SB-2018 Symposium Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018)
Topological properties of graph of hydrogen bonds forming in SOD1 protein indicate critical regions in its structure
N. Alemasov, V. Ivanisenko
Systems Biology of DNA Repair Processes and Programmed Cell Death (SbPCD-2018)
Rational design of molecular probes targeting caspase-8/c-FLIPL heterodimer in the Death-Inducing Signaling Complex
Иванисенко Никита Владимирович
26th Conference of the European Cell Death Organization
Study of bioresources of salt lakes of Novosibirsk oblast
A. Bryanskaya, Yu. Uvarova, A. Rozanov, E. Lazareva, O. Taran, T. Ivanisenko, S. Peltek
11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018
Reconstruction of Gene Networks Associated with Autism and Related to mTOR Signaling Pathway using ANDSystem
O.V. Saik, E.A. Trifonova, T.M. Khlebodarova, V.A. Ivanisenko
BGRS\SB-2018
Analysis of Programmed Cell Death in Associative Gene Network of Glaucoma Reconstructed Using ANDSystem
O.V. Saik, P.S. Demenkov, O.S. Konovalova, N.A. Konovalova, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko
BGRS\SB-2018
ПРОВЕРКА ВЫПОЛНЕНИЯ СВОЙСТВА ТРАНЗИТИВНОСТИ В ФРЕЙМОВЫХ МОДЕЛЯХ, ОПИСЫВАЮЩИХ СВЯЗЬ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ РЕГУЛЯЦИИ МЕТАБОЛИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ С ЗАБОЛЕВАНИЯМИ
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
Международная научно-практическая конференция «Экспериментальные и теоретические исследования в современной науке»
Comparison of quality of automated gene network reconstruction using connectivity of random and functional networks
Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)
2017 A METAGENOMIC STUDY OF BENTHIC MICROBIAL COMMUNITIES OF SALINE LAKES OF THE NOVOSIBIRSK OBLAST
BRYANSKAYA A.V., UVAROVA YU. E., ROZANOV A.S., MALUP T.K., LAZAREVA E.V., TARAN O.P., DAGUROVA O.P., IVANISENKO Т.V., PELTEK S.E.
13TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SALT LAKE RESEARCH (ICSLR 2017) Ulan-Ude, Russia, 21-25 августа 2017 г.
Раскрытие общих механизмов агрегации мутантов белка SOD1 с помощью эластичного сетевого моделирования
Н.А. Алемасов, В.А. Иванисенко
Сателлитный симпозиум «Молекулярно-генетические механизмы патогенеза глаукомы»
ANDSystem: a tool for automated literature mining in the field of biology
Ivanisenko V.A., Saik O.V., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S.
Международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития"
Сахарный диабет в эпоху «омиксных технологий»
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
II Междисциплинарная конференция "Сахарный диабет-2017: от мониторинга к управлению"
RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORK RELATED TO AGGRESSIVE BEHAVIOR IN RATS USING TRANSCRIPTOME DATA
O.V. Petrovskaya, I.V.Chadaeva, O.V. Saik, A.O. Bragin, E.S. Tyis
БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
Реконструкция генных сетей, ассоциированных с первичной открытоугольной глаукомой с помощью системы ANDSystem.
Сайк О.В., Деменков П.С., Коновалова Н.А., Коновалова О.С., Иванисенко В.А.
Беляевские чтения: Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
Analysis of microRNA expression in rat pluripotent stem cells using genome-wide sequencing technologies
Sherstyuk V.V., Medvedev S.P., Elisaphenko E.A., Vaskova E.A., Ri M.T., Vyatkin Y.V., Saik O.V., Shtokalo D.N., Pokushalov E.A., Zakian S.M.
15th Annual Meeting of the International Society for Stem Cell Research
ПОИСК ГЕНОВ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА КОМОРБИДНОСТЬ ПЕРВИЧНОЙ ОТКРЫТО-УГОЛЬНОЙ ГЛАУКОМЫ И ДИАБЕТИЧЕСКОЙ РЕТИНОПАТИИ, С ПОМОЩЬЮ СТРУКТУРНОГО АНАЛИЗА ГЕННЫХ СЕТЕЙ
Е.С. Тийс, О.В. Сайк, В.А. Иванисенко
Беляевские чтения: междунар. конф., посвященная 100-летию со дня рождения акад. АН СССР Д.К.Беляева
2016 Computer Analysis of RNA-seq Data of Laboratory Rats with Aggressive Behavior
Anatoly O. Bragin*, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel
SocBin Bioinformatics 2016
SEARCH FOR GENE MUTATIONS THAT CAN POTENTIALLY AFFECT THE SUSCEPTIBILITY TO TUBERCULOSIS
O.V. Saik, P.S. Demenkov, E.U. Bragina, M. Freidin, A. El-Seedy, R. Hofestaedt, V.A. Ivanisenko
BGRS\SB-2016
AIMEDICA - INTELLIGENT SYSTEM FOR DISEASE DIAGNOSTICS BASED ON TEXT-MINING ANALYSIS OF SCIENTIFIC PUBLICATIONS AND DIFFERENT MEDICAL DATA SOURCES
O.V. Saik, P.S. Demenkov, A.V. Starkov, T.V. Ivanisenko, E.V, Gaisler, V.A. Ivanisenko
BGRS\SB-2016
ASSOCIATIVE NETWORKS OF GLAUCOMA AND APOPTOSIS
O.V. Saik, P.S. Demenkov, O.S. Konovalova, M.N. Ponomareva, N.A. Konovalova, N.A. Kolchanov, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko
BGRS\SB-2016
Reconstruction of molecular-genetic networks common for Alzheimer's disease
O.V. Saik, V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.I. Rogaev
BGRS\SB-2016
Approach to predicting the solubility/insolubility of E. coli proteins based on their primary structure using sequence normalization and machine learning techniques
N.A. Alemasov, N.V. Ivanisenko, K.S. Antonets, A.A. Nizhnikov, V.A. Ivanisenko
BGRS\SB-2016
Gene ontology analysis and network reconstruction for genes related to aging diseases and behavior
I.V. Chadaeva, O.V. Saik, V.N. Babenko
BGRS 2016
Analysis of aggressive behavior by whole RNA sequencing in brain compartments
V.N. Babenko, A.O. Bragin, I.V. Medvedeva, I.V. Chadaeva, A.I. Dergilev, A.M. Spitsyna, N.N. Kudriavtseva, A.L. Markel, Y.L. Orlov
Нейроинформатика 2016
Microbial community of the oil site of the Uzon caldera (Kamchatka)
S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov
10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology»
Микробные сообщества экстремальных экосистем; метагеномный подход
С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов
V Съезд биохимиков России
Microbial Community of the Extremal Ecosystems of the Uzon Caldera (Kamchatka)
S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, V.M. Efimov, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov
7th World Congress onMicrobiology
How are protein functional sites encoded by exon structure in Metazoas
Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
SocBin Bioinformatics 2016
GeneOntology biological processes sensitive to salt diet changes in an expreiment with 105-day isolation: statistical analysis of urine proteome
E.S. Tiys, E.D. Petrovskiy, L.Kh. Pastushkova, D.N. Kashirina, I.M. Larina, V.A. Ivanisenko
BGRS/SB’2016
ANDSystem: система автоматического извлечения знаний и интеграции омиксных данных.
В.А. Иванисенко, О.В. Сайк, Н.В. Иванисенко, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
V СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ и V СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ
Novel approach for computational design of small molecule inhibitors of protein/protein interactions in CD95/FAS pathway
Nikita Ivanisenko, A.S. Ishchenko, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko
BGRS\SB-2016
MOSAIC GENE NETWORK MODELLING IDENTIFIED NEW REGULATORT MEChANISMS IN HCVINFECTION
O.V. Petroskaya, E.D. Petrovskiy, E.L. Mishchenko, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko
BGRS\SB-2016
The compendium of human genes controlling feeding behavior or body weight, reconstruction of networks and analysis of their properties.
Ignatieva E.V., O.V. Saik, D.A. Afonnikov
The Tenth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology BGRS/SB2016
Thermophilic Microbial Community of the Extremal Ecosystems
S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, V.M. Efimov, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov
The Fifth International Conference on Sustainable Utilization of Tropical Plant Biomass - Bioproducts, Biocatalysts, and Biorefinery (SUTB4), 17th to 18th November 2016 Coimbatore, Tamilnadu, India
2015 Молекулярно-динамическая модель для оценки влияния мутаций в белке на фенотипические признаки организма
Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А.
Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
Применение методов анализа текстов для построения онтологий
Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А.
"Знания-Онтологии-Теории" 2015
Автоматический анализ текстов в задачах биологии и медицины
Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А.
Форум – 2015: «Big Data в медицине: лучшие практики»
ANDSystem: automated literature mining and protein interactome networks reconstruction
Saik O.V., Demenkov P.S., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
VII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
Promedia a database containing frame models of genetic regulation of the enzymatic processes associated with diseases
Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
VII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом
Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А.
Белки и пептиды 2015
Модель сортов пшениц нового поколения: скороспелость и несимбиотическая азотфиксация
Гончаров Николай Петрович, Степаненко Ирина Лембитовна, Ефимов Вадим Михайлович
международная конференция “Генетическая интеграция прокариот и эукариот: фундаментальные исследования и современные агротехнологии”
“Application of ANDSystem for the reconstruction and analysis of molecular-genetics networks, associated with diseases and phenotypic traits” (“Применение ANDSystem для реконструкции и анализа молекулярно-генетических сетей, связанных с фенотипическими признаками и развитием заболеваний”)
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, Е.С. Тийс, В.А. Иванисенко.
СИМБИОЗ – РОССИЯ 2015 (VIII Всероссийский с международным участием Конгресс молодых ученых-биологов)
Контекстный анализ научных публикаций по биологии и извлечение знаний
В. А. Иванисенко, Т.В. Иванисенко, П. С. Деменков, О.В. Сайк
Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
Computer Tools for Gene Expression Data Processing and Correlation Analysis
Babenko V.N., Orlov Y. L., Spitsyina A. M. Podkolodnaya N.
Computational systems biology and bioinformatics (CSBio 2015)
Использование пациент-специфичных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток для моделирования синдрома удлиненного интервала QT
Дементьева Е.В., Григорьева Е.В., Вялкова А.В., Медведев С.П., Шевченко А.И., Елисафенко Е.А., Байрамова С.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А., Покушалов Е.А., Караськов А.М., Закиян С.М.
VI Всероссийский съезд аритмологов
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ КОМПЬЮТЕРНОЙ ТЕХНОЛОГИИ GeneNet ДЛЯ РЕКОНСТРУКЦИИ ФРАГМЕНТОВ ГИБРИДНОЙ ГЕННОЙ СЕТИ СИМБИОТИЧЕСКОЙ АЗОТФИКСАЦИИ
Ибрагимова С.М., Степаненко И.Л.
Фундаментальные и прикладные проблемы современной экспериментальной биологии растений
Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»
Gene Expression Analysis in Brain Areas of Laboratory Rats with Aggressive Behavior by RNA-seq Data
Anatoly O. Bragin, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel
CSBio’2015
2014 Computer analysis of expression level of allergen-coding genes of pathogenic microorganisms
Bragin A.O.,Sokolov V.S., Demenkov P.S., Matushkin Yu.G., Ivanisenko V.A.
BGRS\SB-2014
ANDSystem: associative network discovery system for automated literature mining in the area of biology
V.A. Ivanisenko, O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
Mathematical modeling of the interactions between molecular genetic systems based on the data about perturbations of the systems elements
Popik O.V., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A
9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Evaluation of pathways’ efficiency based on data on PPI and distribution of proteins over cellular localizations.
Popik O.V., Hofestaedt R., Ivanisenko V.A.
9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
L-MOLKERN software allowing for polarization effects in free energy calculation
E.S. Fomin, N.A. Alemasov
BGRS/SB-2014
Structural and dynamical properties of SOD1 protein mutants related to familial amyotrophic lateral sclerosis
Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko
IB-PAS 2014
Promedia — база данных, интегрирующая информацию о молекулярно-генетических путях, в которых участвуют летучие соединения – потенциальные биомаркеры заболеваний, имеющие значение для неинвазивной диагностики
Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин М.П., Иванисенко В.А.
8-я Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА 2014»
HCV replication modeling: drug resistance phenomenon
Иванисенко Никита Владимирович, Мищенко Елена Леонидовна, Иванисенко Владимир Александрович
International Symposium on Integrative Bioinformatics 2013
МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ БЕЛКОВ CRMB ВИРУСА ОСПЫ КОРОВ И ВИРУСА НАТУРАЛЬНОЙ ОСПЫ С ФАКТОРОМ НЕКРОЗА ОПУХОЛЕЙ ЧЕЛОВЕКА
Иванисенко Никита Владимирович, Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
XXI Российский национальный конгресс "Человек и Лекарство"
Mathematical model for subgenomic Hepatitis C Virus replication: impact of drug resistance emergence on long-term kinetics of NS3 protease inhibitors action
Ivanisenko N., Mishchenko E., Akberdin I., Demenkov P., Kozlov K., Todorov D., Gursky V.V., Samsonova M.G., Samsonov A.M., Clausznitzer D., Kaderali L., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
9th BGRS\SB-2014
KINET 1.0 - a new web database on kinetics data and parameters for E.coli metabolic pathways
Ermak T.V., Akberdin I.R., Timonov V.S., Mischenko E.L., Oshchepkova E.A., Perfilyeva O.A., Smirnova O.G., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
9th BGRS\SB-2014
Database of frame models of genetic regulation of the metabolic processes associated with diseases
O.V.Saik, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
Девятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры генома и системной биологии [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
The Сompilation of Human Gene Networks Controlling Feeding Behavior and Thermoregulation
E.V. Ignatieva, O.V.Saik, O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, P.S. Demenkov, E.S. Tiys, E.A. Oshchepkova, E.A. Ananko, N.V. Ivanisenko, O.V. Popik, N.L. Podkolodny, V.A. Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, E.I. Rogaev
The first international scientific conference "Science of the Future"
Моделирование сердечно-сосудистых заболеваний с использованием индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека
Дементьева Е.В., Григорьева Е.В., Вялкова А.В., Медведев С.П., Шевченко А.И., Елисафенко Е.А., Байрамова С.А., Покушалов Е.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А., Караськов А.М., Сухих Г.Т., Закиян С.М.
Первый всероссийский симпозиум «Новейшие методы клеточных технологий в медицине»
Application of human induced pluripotent stem cells for modelling long QT syndrome
Dementyeva E.V., Grigor’eva E.V., Vyalkova A.V., Medvedev S.P., Shevchenko A.I., Elisaphenko E.A., Bairamova S.A., Pokushalov E.A., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A., Karaskov A.M., Sukhikh G.T., Zakian S.M.
IV Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
Using ANDSystem for automated literature mining and protein interactome networks reconstruction
O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, L.H. Pastushkova, I.M. Larina, E.N. Nikolaev, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
HUPO2014 the 13th World Congress of the Human Proteome Organization
MOLECULAR MECHANISMS OF INTERACTION OF ORTHOPOXVIRAL CrmB PROTEINS WITH TUMOR NECROSIS FACTOR
Nikita Ivanisenko, Tatiana Tregubchak, Olga Saik, Sergey Shchelkunov, Vladimir Ivanisenko
20th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships - EuroQSAR-2014
ANDSystem: automated literature mining and interactome networks reconstruction in the area of biology
O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
HUPO2014 the 13th World Congress of the Human Proteome Organization
Microbial Communities of the Thermal Springs of the Geyser Valley and Uzon Caldera (Kamchatka) Using Pyrosequencing
A.V. Bryanskaya, A. S. Rozanov, T. K. Malup, E. V. Lasareva, O. P. Taran, T. V. Ivanisenko, V. A. Ivanisenko, N. A. Kolchanov, S. E. Peltek
10th International Congress on Extremophiles
An integrated study to analyze salt lake microbial community structure (Novosibirsk oblast, Russia)
A. Bryanskaya, A. Rozanov, T. Malup, T. Aleshina, E. Lazareva, O. Taran, T. Goryachkovskaya, V. Ivanisenko, S. Peltek
12th International Conference on Salt Lake Research
Logical modelling of NANOG-depended transcriptional gene network of embyonic carcinoma stem cells.
Stepanenko I.L., Ivanisenko V.A.
The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2014)
RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORKS SPECIFIC TO TARGET BIOLOGICAL PROCESSES AND PHENOTYPIC TRAITS
E.S. Tiys, P.S. Demenkov, O.V. Saik, O.V. Popik, V.A. Ivanisenko
BGRS\SB-2014
К ПРОБЛЕМЕ ДИСТРОПИИ: ТУБЕРКУЛЕЗ И БРОНХИАЛЬНАЯ АСТМА
ЕЮ Брагина, ЕС Тийс, МБ Фрейдин, ЛА Конева, ВА Иванисенко, ПС Деменков, НА Колчанов, ВП Пузырёв
ГЕНЕТИКА ЧЕЛОВЕКА И ПАТОЛОГИЯ Проблемы эволюционной медицины
A machine learning analysis of urine proteomics in space-flight simulations
Binder H., Wirth H., Arakelyan A., Lembcke K., Tiys E.S., Ivanishenko V., Kolchanov N.A., Kononikhin A., Popov I., Nikolaev E.N., Pastushkova L., Larina I.M
BGRS\SB-2014
Identifying overrepresented biological processes in cosmonauts on the first day
Pastushkova L.H., Kononihin A.S., Tiys E.S., Obraztsova O.A., Dobrohotov I.V., Kireev K.S., Ivanisenko V.A., Nikolaev E.N., Larina I.M.
BGRS\SB-2014
THE MAMMALIAN CIRCADIAN CLOCK: COMPUTER ANALYSIS OF GENE NETWORK
Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л.
The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)
2013 L-MOLKERN software for capturing polarization effects in free energy calculations
Fomin E.S., Alemasov N.A.
VII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”
МЕТОД СВЯЗАННЫХ ЯЧЕЕК С СОРТИРОВКОЙ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ДЛЯ ВЕКТОРИЗОВАННЫХ РАСЧЕТОВ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕ
Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
Second International Conference Cluster Computing 'CC 2013'
Computer analysis of transcription factor binding sites in genome scale based on ChIP-seq data
Yuriy L. Orlov, Vladimir A. Ivanisenko, Alexey V. Kochetov, Nikolay A. Kolchanov
German-Russian Forum Biotechnology, Rostock 2013
Сравнительный анализ состава микробного сообщества воды и бентоса термального источника Заварзина, кальдера Узон, Камчатка
Розанов А.С., Брянская А.В., Малуп Т.К., Лазарева Е.В., Таран О.П., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А., Жмодик С.М., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е.
международная научная конференция «Экология и геохимическая деятельность микроорганизмов экстремальных местообитаний»
Analysis of hepatitis C associative networks
Saik O.V., Demenkov P.S., Tiys E.S., Ivanisenko V.A.
Международная научная конференция "Влияние научных исследований/ Wplyw badan naukowych", Быдгощ, 2013
Анализ принадлежности белков к функциональным группам Gene Ontology, имеющих динамику присутственности в моче космонавтов
Сайк Ольга Владимировна, Тийс Евгений Сергеевич, Доброхотов Игорь Владимирович, Образцова Ольга Анатольевна, Пастушкова Людмила Ханифовна, Иванисенко Владимир Александрович
Международная научно-практическая конференция "Медицина XXI века", Смоленск, 2013.
Reconstruction of squamous cell carcinoma “associome” based on analysis of differential gene expression according to RNAseq data and information stored in databases
O.V. Saik, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
Школа молодых ученых "Системная биология и биоинформатика", Новосибирск, 2013.
Analysis of RNAseq digital gene expression for expanding disease “associome” reconstructed based on information stored in databases
Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
Международная конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", Новосибирск, 2013.
2012 A stochastic model for suppression of subgenomic hepatitis C virus replication in Huh-7 cells.
N.V. Ivanisenko, E.L. Mishchenko, I.R. Akberdin, P.S. Demenkov, V.A. Likhoshvai, M.G. Samsonova, D. Clausznitzer, L. Kaderali, N.A. Kolchanov and V.A. Ivanisenko
Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"
Protein thermal stability study using NAMD on high-performance cluster
N.A. Alemasov, E.S. Fomin
8th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2012)
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
Assembly of genomes. Analysis of metagenomic data.
Demenkov P.S., Ivanisenko T.V, Ivanisenko V.A.
Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
Text- and Datamining for biological network analysis
Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A.
Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
Automated literature mining for biomedicine and biotechnology
Иванисенко Тимофей Владимирович
German-Russian Forum Biotechnology 2012
Datamining and biological networks
P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko
IB-PAS 2012
Reconstruction of the associative genetic networks based on integration of automated text-mining methods and protein-ligand interaction prediction
T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012
Associative network discovery system (ANDSystem): automated literature mining tool for extracting relationships between diseases, pathways, proteins, genes, microRNAs and metabolites
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, E.S. Tiys
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012
SUPPRESSION OF SUBGENOMIC HCV RNA BY NS3 PROTEASE ANTIVIRALS IN CELLS: A BASIC STOCHASTIC MATHEMATICAL MODEL
Ivanisenko N.V., Mishchenko E.L., Akberdin I.R., Demenkov P.S., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
Application of conformational peptides for analysis of allergenic proteins
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
BGRS-2012
APPLICATION OF CONFORMATIONAL PEPTIDES FOR ANALYSIS OF ALLERGENIC PROTEINS
A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
PTB 2012
Promedia — база данных белков, генов, метаболитов, молекулярно-генетических путей, имеющих значение для разработки средств диагностики и лечения заболеваний
Сайк Ольга Владимировна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
II Российский конгресс с международным участием «Молекулярные основы клинической медицины – возможное и реальное»
PATTERNS OF MIRNA BINDING SITES LOCATION IN 3`UTRs OF HUMAN TRANSCRIPTS
D.N. Shtokalo, O.V. Saik, G.St.Laurent III, A.Kel
BGRS/SB’2012, Novosibirsk
Distributed RESTFUL-WEB-services for the recognition and analysis of gene networks.
Podkolodnyy N.L., Semenychev A.V., Borovsky V.G., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya N.N. Podkolodnaya O.A.
The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)
Dynamical and structural analysis of an apoptosis network in hepatitis C.
Stepanenko I.L., Smirnova O.G.
Eghth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2012)
Application of the ANDVisio computer system to the interpretation of biological functions of proteins, differentially expressed in bronchoalveolar lavage of mice after a one-time intranasal administration of SiO2 nanoparticles.
E.V. Ignatieva, V.A. Ivanisenko, E.S. Tiys, P.S. Demenkov, M.P. Moshkin, S.E. Peltek.
The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
A central regulatory circuit of arabidopsis circadian clock gene network
Smirnova O.G., Stepanenko I.L.
Eghth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2012)
Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем
Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А.
XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)
Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей
Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Боровский В.Г., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А.
XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)
Разработка новых средств для аллерген-специфической иммунотерапии на основе дизайна конформационных пептидов
Брагин Анатолий Олегович Тийс Евгений Сергеевич
«Участник молодежного научно-инновационного конкурса» («УМНИК») Медицина Будущего
INFLUENCES OF PROTEIN FUNCTIONAL SITES ENCODING
I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, Ivanisenko V. A.
BGRS-2012
2011 Компьютерная протеомика: от метагенома к метопротеому
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С.
Рабочее совещание "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике"
ITMSys: Interactive Text-mining System
Ivanisenko T.V.
International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation 2011
Analysis of protein functional sites encoding features
Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
Analysis of protein functional sites encoding features
Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
ISMB/ECCB 2011
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011
Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov
International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
A mathematical model for the suppression of subgenomic Hepatitis C virus replication in Huh-7 cells in the presence of the NS3 protease inhibitors
Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В.
International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Хайдельберг, Германия, 28 августа-1 сентября
Математическая модель подавления репликации субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке с ингибитором NS3 протеазы SCH503034
Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В.
Санкт-Петербургский научный форум “Наука и общество. Физиология и медицина 21 века. VI Петербургская встреча лауреатов нобелевской премии”, Санкт-Петербург, Россия, 19-23 сентября
Biological literature mining. Application of associative network discovery system in systems biology
Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A.
International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
Улучшенные алгоритмы расчёта свободной энергии для определения термостабильности белковых комплексов
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л.
Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»
A gene regulatory network model for vernalization and seasonal flowering response in winter wheat.
Stepanenko I.L., Smirnova O.G., Titov I.I
International Conference Wheat Resources and Genomics (WGRG 2011)
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков.
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
VISUALIZATION AND ANALYSIS OF A CARDIO VASCULAR DISEASE-RELATED BIOLOGICAL NETWORK COMBINING TEXT MINING AND DATA WAREHOUSE APPROACHES
Ralf Hofestädt, Björn Sommer, Evgeny Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian Janowski, Timofey Ivanisenko, Anatoly Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel Demenkov, Alexey Kochetov, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov
Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011
Исследование масштабируемости алгоритмов поиска ближайших соседей в методе молекулярной динамики
Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
Автоматическая реконструкция ассоциативных генных сетей на примере анализа протеома мочи
Тийс Е.С., Деменков П.С., Доброхотов И.В., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н., Ларина И.М., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
Метагеном озера «Кротовья ляга»
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Розанов А.С., Брянская А.В., Кострюкова Е.С., Левицкий С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М., Колчанов Н.А.
Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
Анализ текстов (Text-mining) и ассоциативные сети в области молекулярной биологии
Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А.
Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
Создание базы данных летучих соединений, потенциальных маркеров заболеваний
Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич
Interra, секция биомедицина, Новосибирск, 2011
PROMEDIA – база данных химических соединений потенциальных биомаркеров заболеваний
Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич
Interra, секция биоинформатика и системная биология, Новосибирск, 2011
Database of metabolites, enzymes, transcription factors associated with diseases
Olga Saik, Vladimir Ivanisenko, Pavel Demenkov
RCIBC, Новосибирск, 2011
2010 Microbial metagenome annotation with bioinformatics and computational systems biology methods
Ivanisenko, Demenkov, Pintus, Ivanisenko, Goncharova, Kostjukova, Levitski, Selezneva, .... Kolchanov
7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Modeling of the suppressive effect of NS3 protease inhibitor on HCV subgenomic replicon replication in Huh-7 cells
Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L.,Likhoshvai V.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.
7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Reconstruction of molecular genetic networks: text mining as a tool for knowledge discovery
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko
Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
Computer Sytem SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure
Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А.
The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology", Novosibirsk, Russia, 28-29 June 2010
Разработка базы данных химических соединений - потенциальных маркеров заболеваний
Иванисенко В.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин П.М.
XVII Российский национальный конгресс "Человек и лекарство"., Москва, 16 апреля 2010 г.
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов
Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
Всероссийская научная конференция "Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии", 15-17 сентября 2010г.
Интегрированная система для информационной поддержки исследования механизмов регуляции транскрипции
Н.Л. Подколодный, Е.В. Игнатьева, Д.А. Рассказов, О.А. Подколодная, Е.А. Ананько, Н.Н. Подколодная, Е.М. Залевский
Всероссийская научная конференция "Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции" – RCDL’2010, Казань, Россия, 2010
Сравнительный анализ производительности процессоров PowerXCell8i и Intel X7560 на примере задач молекулярной динамики
Фомин Э.С., Н.А. Алемасов, С.А.Матвиенко
Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах HPC2010, Материалы X Международной конференции, г.Пермь, 1-3 ноября, 2010 г.
Математическое моделирвание репликации репликона вируса гепатита С: предсказание эффетивности действия новых потенциальных лекарств
Мищенко Е.Л., Иванисенко Н.В., Мищенко А.М., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин
Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
Компьютерный анализ метагеномных данных: предсказание количественной величины специфической активности белков
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Иванисенко Т.В., Гончарова Н.И., Розанов А., Брянская А., Кострюкова Е.С., Левитский С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М.
Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
Computer analysis of conformationalpeptides in protein families
A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Analisys of human proteome based on protein stability to mutations
P.S. Demenkov, O.A. Korepanova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko
7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
ITMSys: An interactive web-based text-mining system for automated analysis of the full-text articles
Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A.
7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
ANDCell and ANDNanobiotech: Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.L. Podkolodny
7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Computer system SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure
I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
The nanobiotechnology database
V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov
7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
A computer analysis of functional relationships between genes associated with multifactorial diseases: pre-eclampsia as an example
E. Tiys, P. Demenkov, E. Vashukova, A. Glotov, V. Ivanisenko
7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Promoters of the genes encoding the macrophage transcription factors contain binding sites for aryl hydrocarbon receptor.
Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P.
Seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophage cytokines.
Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Furman D.P., Mordvinov V.A.
Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the macrophage transcription factors and cytokines genes.
Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P.
“From Functional Genomics to Systems Biology”,
Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов.
Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И.
I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин.
Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине»
Testing of functional activity of putative dioxin responsive elements in promoter regions of genes, encoding macrophageal transcription factors and cytokines
Kashina E.V., Antontseva E.V., Katokhin A.V., Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Shamanina M.Y., Grishanova A.Y., Furman D.P, Mordvinov V.A.
The seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ БИОМАРКЕРОВ ЗАБОЛЕВАНИЙ
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко
Десятая всероссийская научно-практическая конференция «Интеллектуальный потенциал ученых России»
БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ИМЕЮЩИХ ПОТЕНЦИАЛЬНОЕ ЗНАЧЕНИЕ ДЛЯ НЕИНВАЗИВНОЙ ДИАГНОСТИКИ ЗАБОЛЕВАНИЙ
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко
II Всероссийская научная конференция с международным участием "Научное творчество ХХI века"
Computer system for analysis of mechanisms of transcription regulation in eukaryotes
Podkolodnyy N.L., Ignatieva E.V., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Podkolodnaya N.N., Zalevsky E.M.
7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Computer analysis of stress response network E.coli.
Stepanenko I.L., Titov I.I.
Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2010)
Computer analysis of conformationalpeptides in protein families
A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Computer analysis of conformational peptides in protein families
Bragin A.O., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A
summer school and workshop Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation – 2010
2009 модификация фермента ксилозоизомеразы E.Coli дисульфидным мостиком для повышения стабильности
Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
13 - международная школа конференция молодых ученых, 28 сентября - 2 октября. Биология наука 21-го века
Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology
Ivanisenko V.A.
International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Suppressive effect of potencial individual drugs or their combinations on HCV replication in cells: a mathematical model
Mishchenko E.L.
International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Автоматическая экстракция знаний из научных публикаций в области системной биологии и нанобиотехнологии
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
IV Петербургская встреча Нобелевских лауреатов. С.-Петербург. 21-25 сентября 2009г
ANDCell and ANDNanobiotech: associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology
Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko
Proceedings of the German-Russian Forum Biotechnology GRFB’09, 2009
Использование архитектуры Cell/B.E. для ускорения выполнения пакета молекулярного моделирования MOLKERN
Алемасов Н.А.
XVI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов", Москва, 14-17 апреля 2009
Алгоритм расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i. SPE-центричная модель
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
Девятая международная конференция-семинар "Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах", Владимирский государственный университет им. А.Г. и Н.Г. Столетовых, Владимир, 2–3 ноября 2009 года
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Подколодный Н.Л.
Конференция "Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии", 10 – 14 июня 2009 г., Новосибирск
Изучение влияния на термостабильность ксилозоизомераза e.coli введения межъсубеденичного дисульфидного мостика
Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
Конференция IV Международная конференция "Биология: от молекулы до биосферы" 17 - 21 ноября была перенесена
Информационная система ANDCell-ANDVisio для построения ассоциативных сетей в области молекулярной биологии
Деменков П. С., Яркова Е. Э., Иванисенко В. А.
Седьмая международная конференция памяти академика А.П. Ершова. Рабочий семинар "Наукоемкое программное обеспечение" 15-19 июня 2009. Новосибирск
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining
Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития”
2008 Data mining and network construction
Ivanisenko V.A.
11th Meeting of the German/Russian Virtual Network of Bioinformatics for "Computational Systems Biology". August 25-26, 2008. Bielefeld, Germany
A mathematical model for the suppressive effect of subgenomic hepatitis c virus replication in cells in the presence of potential individual drugs or their combinations
E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov.
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Andcell: a computer system for automated extraction of knowledge about molecular genetic interactions and regulations from pubmed abstracts and their representation as semantic association networks
Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Coevolution of protein domains of P53 and MDM2 – key proteins of apoptosis
S.S. Pintus, V.A. Ivanisenko
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Estimation of minimal drug treatment duration for clearance of an Huh-7 cell from hepatitis C virus replicon based on mathematical modeling
Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Modeling of drug effects on hepatitis C virus replication in an Huh-7 cell
Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration
Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G.
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
PDBSite database and PDBSiteScan tool: template-based docking and recognition of functional sites in protein 3d structure
Ivanisenko V.A., Ivanisenko N.V., Ivanisenko T.V.
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Protein connectivity in molecular-genetic networks depends on protein susceptibility to single mutations
Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivanisenko V.A., Ivanisenko T.V.
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Protein Functional Sites Projection on Exon Structure Of Gene for ATP-, ADP-, AMP-binding Sites
I.V. Medvedeva, V.A. Ivanisenko
International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Protein Functional Sites
Ivanisenko V.A.
International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Эффект потенциальных лекарственных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита C в клетке: математическая модель
Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2008 г.
Математическое моделирование репликации репликона ВГС в клетке. Исследование возможных клеточных факторов
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А
IV съезд микробиологов Узбекистана, тезисы докладов, г. Ташкент, 9-10 октября 2008
Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli
Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин
IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008
Drug targets discovery with text-mining and bioinformatics approaches: ANDCell and PDBSiteScan tools
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E.
Joint Indo-Russian Workshop "Systems Biology and Genome Informatics of M. tuberculosis and other infectious diseases" October 12-14, 2008. Novosibirsk
ANDCell: a tool for automated knowledge extraction from PubMed and reconstruction of association networks
Ivanisenko V.A., Yarkova E.E., Demenkov P.S., Kochetov A.V.
Proceedings of the 5th International Symposium on Integrative Bioinformatics. P 327, 20-22 August 2008, Germany
Knowledge discovery for biotechnology, biomedicine and nanobioengineering using text- and data-mining
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E.
Russian-Polich Symposium "Perspectives of post-genomic biotechnology" in the frames of jubilee celebrations on 50 –anniversary of cooperation between the Russian and Polish Academies of Sciences, October 15-17, 2008, Moscow
Параллельная реализация программного комплекса молекулярного моделирования "MOLKERN" с использованием OpenMP
Алемасов Николай Александрович
Технологии Microsoft в теории и практике программирования, Конференция-конкурс работ студентов, аспирантов и молодых ученых, Новосибирск, Академгородок
Protein connectivity in molecular-genetic networks depends on protein susceptibility to single mutations
Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A.
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
OpenMP+MPI parallel implementation of the «MOLKERN» molecular modelling software package
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Quantum-chemical analysis of Zn2+ binding in wild-type and G245C mutant of p53 protein.
Bugakov I.V., Fomin E.S., Ivanisenko V.A.
6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex.
M.Y. Shamanina, E.A. Oshchepkova, D.Y. Oshchepkov, A.V. Katokhin, D.P. Furman, I.B. Tsyrlov, V.A. Mordvinov
Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Distribution of active site structural analogs in enzyme 3D-structures: computer analysis
E.S.Teeys, V.A. Ivanisenko
Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
SITEGA method application for genome wide prediction of p53 binding sites.
Stepanenko I.L., Levitsky V.G..
The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Hepatitis C virus life cycle: mathematical models and prospect for effective therapy
Mishchenko E.L.
International Autumn School for Young Scientist on Computational Systems Biology and Bioinformatics
2007 Analysis of Distribution of Protein Functional Sites on Gene Structure
Medvedeva I. V., Demenkov P. S., Ivanisenko V. A., and Kolchanov N. A.
2007 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BIOCOMP'07: June 25-28, 2007)
Associative network and protein structure discovery: a software complex for facilitating search of targets for drugs, drug design, and evaluation of molecular toxicity
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Aman E.E., S.S. Pintus S.S., Kolchanov N.A.
3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia
Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs
Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A.
3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
Associative network discovery (AND) – Software package for automated reconstruction of molecular-genetic association networks
Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A.
3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations
P.S. Demenkov
8th Meeting German / Russian Virtual Network on Computational Systems Biology 5th and 6th November 2007
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клетке. Построение и варианты использования
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2-8 сентября 2007 г.
Mathematical Modeling of the HCV Drugs Combinations Effect
Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L., Ivanisenko V.A., Likhoshvai V.A.
In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007
Bioinformatics and its application in addressing the chalanges of biotechnology and medicine
Ivanisenko V.A.
International Conference "Scenarios for a co-ordinated approach to sustainable S&T co-operation with the eastern neighbours of the EU", Moscow 3-4 December, 2007
Параллельная реализация задач молекулярного докинга и виртуального скрининга
Алемасов Николай Александрович, Фомин Эдуард Станиславович
IV Российская-германская школа по параллельным вычислениям на высокопроизводительных вычислительных системах, Новосибирск
Structure discovery – computer tools for protein analysis and search of drug target
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.E. Aman, S.S. Pintus, E.S. Fomin.
The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года
Textomics: the instrument for biological knowledge discovery
E.E. Aman, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года
Associative Network Discovery (AND) – компьютерная система для автоматической реконструкции ассоциативных сетей молекулярно-генетических взаимодействий
Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A.
VI Всероссийской научно – практической конференции AS’2007 (СИСТЕМЫ АВТОМАТИЗАЦИИ в образовании, науке и производстве)
Анализ картирования функциональных сайтов белков на экзонной структуре гена
Медведева И. В.
XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
Математическая модель репликации репликона вируса гепатита С в клетках Huh-7
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А.
XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
Математическое моделирование комбинационного действия лекарственных препаратов против вируса гепатита С.
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А.
Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск
MOLKERN as new effective engine for drug discovery software
Fomin E.S., Alemasov N.A., Chirtsov A.S., Fomin A.E.
4th International Symposium Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (CMTPI-2007)
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex.
Nedosekina EA, Oshchepkov D.Y., Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I.
27th International Symposium on Halogenated Persistent Organic Pollutants “Dioxin 2007”
2006 Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology
N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko
3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
Hepatitis C virus: application of gene networks technology to searching for perspective pharmacological targets
Ivanisenko VA, Mischenko EL, Bezmaternikh KD, Ratushny AV, Likhoshvai VA,Titov II, Korotkov RO, Khlebodarova TM, Kolchanov NA.
3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families
Pintus SS, Ivanisenko VA
3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
New Zn2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design
Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A.
3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
Analysis of the tertiary structure of the PPAR and RXR transcriptional factors and their mutant variants
Aman E.E., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Database GenSensor as informational source for design of biosensors. Experimental development of biosensor based on yfiA gene
Khlebodarova T.M., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Tikunova N.V.
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks
Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
FASTPROT: A computtational workbench for analysis of function, activity and structure of protein
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Korotkov R.O., Aman E.E., Pintus S.S., Startcev K.S., Tatarnikova L.Yu., Panina I.I., Sobolev A.A., Selenev I.V., Elohov V.J., Golovina A.N., Aknazarov Z.I., Sharonova I.V., Krestianova M.A., etc.
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
HCV-KINET database: kinetic parameter reactions and regulatory processes of the life cycle of the hepatitis C virus
Mishchenko E.L., Korotkov R.О., Ivanisenko V.A.
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
PDBSite database and PDBSiteScan tool: recognition of functional sites in protein 3D structure and template-based docking
Ivanisenko V.A., Ivanisenko T.V., Sharonova I.V., Krestyanova M.A., Ivanisenko N.V., Grigorovich D.A.
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations
Demenkov P.S, Ivanisenko V.A.
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Rise of new zn2+ binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants
Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A.
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
MGSmodeller - компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем
Казанцев Ф.В. , Подколодная Н.Н., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Крокус И.В., Лашин С.А., Ратушный А.В., Лихошвай В.А.
7 Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Красноярск, Россия, (Ноябрь 1-3)
System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS
Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov
Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies
A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А.
The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude
Mathematical model for suppression of hepatitis C virus RNA replicon replication in cell culture
Bezmaternikh K.D., Mishchenko E.L., Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A.
The VII All-Russian young scientists conference on mathematical modeling and informatics technology (with foreign participants), Krasnoyarsk
Анализ распределения просайтов функциональных сайтов в пространственных структурах белков
Шаронова (Медведева) И. В.
XLIV Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"
Rise of new binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants
Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
New Zn 2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design
Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A
3th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" (GPBM 2006)
TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites.
Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G.
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture.
Bezmaternikh K.D., Mishenko E.L., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A.
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways.
Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L.
5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Сonstruction and structure analysis of apoptosis gene network in hepatitis C
Stepanenko I.L., Podkolodnaya N.N., Paramonova N.V., Podkolodny N.L.
Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
Mathematical modeling of the purine biosynthesis in Escherichia coli
Nedosekina E., Likhoshvai V.A.
Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine
Mathematical modeling of regulation of Escherichia coli purine biosynthesis pathway enzymatic reactions
Nedosekina E.A.
Fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2006)
Modeling of the effects of threonine, valine, isoleucine and pyridoxal 5'-monophosphate on biosynthetic threonine dehydratase reaction
Nedosekina E.A., Usuda Y., Matsui K.
Fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2006)
Regulation of pyrimidine biosynthesis in Escherichia coli: gene network reconstruction and mathematical modeling
Ratushny A.V., Nedosekina E.A.
Fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2006)
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks.
Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A.
Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков.
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г.
International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.
Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology
N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko
Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006
2005 Discrete Modeling of Structure Preserving Mutations in Proteins
Pavel S. Demenkov, Evgeny Y. Kharlamov
9-th Asian Logic Conference
Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells.
Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A.
Сonference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27
2004 PDBSITE, PDBLIGAND and PDBSITESCAN: a computational workbench for the recognition of the structural and functional determinants in protein tertiary structures combined with protein draft docking
Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Krestyanova M.A., Demenkov P.S., Znobisheva E.K., Ivanov E.E., Grigorovich D.A.
2. Fourth Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Разработка логико-вероятностной модели белков, определяющей структурную ограниченность белков
Деменков П.С.
42-я МНСК «Студент и научно-технический прогресс»
2003 Emperical Theory Discovery.
Деменков П.С., Витяев Е.Е.
Вероятностные Идеи в Науке и Философии

Гранты

2021 Изучение межклеточной миграции ядер в мейозе высших растений: трехмерный ультраструктурный анализ, иммуноокрашивание целых органов и визуализация в живых клетках
РФФИ, номер гранта 21-54-50001
2020 Разработка персонализированных подходов к оценке вариабельности гликемии у больных сахарным диабетом 1 типа на основе математических методов и искусственного интеллекта
Российский научный фонд, номер гранта 20-15-00057
2019 Влияние мутаций на макроскопические свойства белков: теоретическое исследование механизмов с помощью методов молекулярного моделирования
РФФИ, номер гранта 19-44-543002
Эволюция эндосимбиотической бактерии Wolbachia и закономерность распространения симбионта среди насекомых
РФФИ, номер гранта 19-04-00983 А
2018 Анализ дифференциальной экспрессии генов в отделах головного мозга крыс, селектированных по агрессивности
РФФИ, номер гранта 18-34-00496
2017 Оценочная функция ранжирования результатов молекулярного докинга и ее применение для дизайна ингибиторов дигидродипиколинат синтазы (DapA) из Mycobacterium tuberculosis и супероксиддисмутазы (SOD1), ассоциированной с боковым амиотрофическим склерозом человека
РФФИ, номер гранта 17-54-49004
2016 Популяционная структура и следы адаптации к холодному климату в геномах российских пород крупного рогатого скота и овец
Российский научный фонд
2013 Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Минобрнауки, номер гранта ФЦП, ГК 07.514.13.0094
2012 Изучение механизмов функционирования репликона вируса гепатита C в клетке хозяина методами системной биологии
Министерство науки и образования России, номер гранта 11.519.11.6041
Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ»
Предизиум СО РАН, номер гранта № 130
Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ"
Президиум СО РАН, номер гранта № 21
2011 Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега
РФФИ, номер гранта 11-04-01748
Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей
Министерство образования и науки, номер гранта 07.514.11.4023
Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии
Минобрнаука, номер гранта 07.514.11.4011
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Министерство образования и науки РФ, номер гранта 07.514.11.4003
Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства
РФФИ, номер гранта 11-04-92712
2010 EU-FP7 Research Project SysPatho
EU, номер гранта 260429
Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей
Министерство образования и науки, номер гранта 14.740.11.0001
2009 Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов
Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123
Разработка программно-информационного комплекса для исследования механизмов регуляции экспрессии генов эукариот
Министерство образования и науки, номер гранта П-721
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Президиум РАН, номер гранта 23.29
ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ
Президиум СО РАН, номер гранта 119
Поиск, селекция и изучение перспективных бактериальных штаммов-продуцентов для переработки глицерина
Номер гранта программа РАН № 19.13
2008 Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии
ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013
Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей
РФФИ, номер гранта 08-04-01008-а
2007 Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов
ФАНИ, номер гранта №02.512.11.2165
2006 Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов
СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 49
2005 Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков
РФФИ, номер гранта 05-04-49141
Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков
РФФИ, номер гранта 05-04-49283
2004 Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism
CRDF, номер гранта CRDF Rup2-2629-NO-04
1999 Экспериментальное и теоретическое исследование пространственной структуры и процесса ренатурации белковых молекул
РФФИ, номер гранта 99-04-49879

Научное руководство

2013 Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков
Брагин Анатолий Олегович
03.01.09 –математическая биология, биоинформатика, 2013-05-22
2011 Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных мутациях аминокислот
Корепанова Ольга Александровна
2011-06-16
Предсказание белок-белковых взаимодействий на основе аминокислотных последовательностей
Оконечников Константин Вячеславович
2011-06-10
2010 КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ И ЭВОЛЮЦИИ ФУНКЦИОНАЛЬНЫХ САЙТОВ БЕЛКА P53
ПИНТУС СЕРГЕЙ СЕРГЕЕВИЧ
03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2010-09-20
Создание базы данных и компьютерный анализ химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний
Сайк Ольга Владимировна
2010-06-18
2004 МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ ГЕННОЙ СЕТИ TNFalpha ИНДУЦИРУЕМОЙ АКТИВАЦИИ NF-kappaB
Гурьева Я.П.
Молекулярная биология, 2004-06-06
2000 Генная сеть апоптоза
Григорьев С.А.
2000-06-06

Учебные курсы

2018 Организация и функционирование молекулярно-генетических систем IV: генные сети (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)
Игнатьева Е.В., Сайк О.В.
НГУ, Кафедра информационной биологии ФЕН, семестров: 1
2017 Организация и функционирование молекулярно-генетических систем IV: генные сети (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)
Игнатьева Е.В., Сайк О.В.
НГУ, Кафедра информационной биологии ФЕН, семестров: 1
2015 Информационные технологии в биологии
Деменков Павел Сергеевич
Лекции и практические занятия для аспирантов ИЦиГ СО РАН по специальности «Математическая биология, биоинформатика», семестров: 1
2011 Структурная компьютерная биология, лекции.
НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2010 Структурная компьютерная биология, лекции.
НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Методы анализа биологических данных
НГУ, ММФ, Кафедра дискретной математики и информатики, семестров: 1
2009 Структурная компьютерная биология, лекции.
НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2008 Структурная компьютерная биология, лекции.
НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2007 Структурная компьютерная биология, лекции.
НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2006 Структурная компьютерная биология, лекции.
НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2004 Генные сети
НГУ, ФЕН, КИБ, семестров: 1

Патенты

2024 Программа для предсказания количества белка в клетках дрожжей Saccharomyces cerevisiae на основе их биологических последовательностей (ИПАПред) /  Program for prediction of protein abundance in cell of yeast Saccharomyces cerevisiae based on biological sequences (YPAPred)
Вензель А.С., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А.
Номер патента 2024686206
Программа для предсказания влияния мутаций на стабильность пространственных структур белков (ИИПротМутЭнерджи) / Program for predicting the impact of mutations on the stability of protein structures (AIProtMutEnergy)
Вензель А.С., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А.
Номер патента 2024685504
2023 Программа для предсказания взаимодействий между вершинами ассоциативной сети (ЭНДИнтерПредикт) / A program for predicting interactions between vertices of an associative network (ANDInterPredict)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Номер патента 2023680578
Программа для генерации обучающих выборок, предназначенных для глубокого машинного обучения графовых нейронных сетей (ЭНДТрэйнингСет) / A program for generating training sets for deep machine learning of graph neural networks (ANDTrainingSet)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Номер патента 2023680472
Программа для обучения графовой нейронной сети предсказанию ассоциативных связей между вершинами графа (ЭНДИнтерКоммон) / A program for deep machine learning of a graph neural network to predict associative interactions between vertices of a graph (ANDInterCommon)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Номер патента 2023681228
2022 Способ определения индивидуального риска формирования плоскоклеточного рака легкого на основе анализа микробиома мокроты
Дружинин В.Г., Минина В.И., Баранова Е.Д., Волобаев В.П., Мацкова Л.В., Деменков П.С., Ларионов А.В., Баканова М.Л.
Номер патента 2771855
Компьютерная программа генерации обучающих выборок для машинного обучения моделей классификации имён биологических объектов в неструктурированных текстах (ЭНДГен) / Computer program of the generating of learning sets for the training of models aimed on the classification of names of biological objects in unstructured texts (ANDGen)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Номер патента 2022668790
Программа для обучения моделей классификации имён биологических объектов в размеченных текстах, на основе контекста (ЭНДТрэин) / A program for training of classification models for the classification of names of biological entities in the pre-mapped texts, on the basis of their context (ANDTrain)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Номер патента 2022667646
Программа оценки точности разметки коротких имён биологических объектов в неструктурированных текстах на английском языке (ЭНДПред) / The program for assessing the accuracy of mapped short names of biological objects in the unstructured english texts (ANDPred)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Номер патента 2022668741
2021 Программа для расчета значений совстречаемости пар биологических объектов из онтологии ЭНДСистем в текстах рефератов научных публикаций (ЭНДМатч) / Program for pairwise scoring of co-occurrences between biological objects from the ontology of ANDSystem in the unstructured texts of abstracts of scientific publications (ANDMatch)
Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Тимофей Владимирович
Номер патента 2021664006
Программа для парного структурного выравнивания третичных структур белков (ТСБ) / Program for pairwise structure alignment of tertiary structures of proteins by secondary structure elements and atomic coordinates (TSP)
Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Иванисенко Никита Владимирович
Номер патента 2021663894
Биотехнологически значимые штаммы бактерий (МикроБиотех) / Biotechnologically significant strains of bacteria (MicroBiotech)
Мухин А.М., Лахова Т.Н., Клименко А.И., Казанцев Ф.В., Деменков П.С., Лашин С.А.
Номер патента 2021621155
2020 База данных дайджестов научных публикаций в области биологии (ЭНДДайджестДБ) / Database of digests of scientific literature in the field of biology (ANDDigestDB)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Номер патента 2020621827
Программный комплекс для управления веб ресурсом автоматической генерации дайджестов научных публикаций в области биологии (ЭНДДайджест) / Software package for the management of the web-based portal for the automated generation of digests of scientific publications in the field of biology (ANDDigest)
Иванисенко ТВ, Деменков ПС, Иванисенко ВА
Номер патента 2020660515
Программа предсказания аминокислотных замен, модулирующих активность и стабильность, в белках семейства протеиназ К (ПАКЗАС/PAASAS)
Иванисенко Н.В., Алемасов Н.А., Иванисенко В.А.
Номер патента 2020617253
2019 Программа для оценки обогащённости функциональными взаимодействиями экспериментальных наборов генов (ФанДжинНет)/Program to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets (FunGeneNet)
Тийс Евгений Сергеевич, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Тимофей Владимирович, Иванисенко Владимир Александрович
Номер патента 2018619847
2013 Позиции аминокислот функциональных сайтов белков в экзонной структуре кодирующих генов (СайтЭкс)/Protein functional sites positions in exon structure of the coding genes (SitEx)
Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
Номер патента 2013621254
2012 Интегрированная база данных молекулярно-генетических систем (МГСБаза)/Integrated molecular genetic systems database (MGSBase)
Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А.
Номер патента 2012620886
Программа для предсказания аллергенности белков с использованием конформационных пептидов (Аллпред)/ Program for the prediction of allergenicity of proteins using conformation peptides (Allpred)
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич,Иванисенко Владимир Александрович
Номер патента 2012615590
2010 Программа для классификации биологических текстов на английском языке (БиоТекстКласс) / The program for classification of biological texts in English (BioTextClass)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В.
Номер патента 2010617828
База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
Номер патента 2010620013
База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
Номер патента 2010620014
2009 База данных: Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite)
Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А.
Номер патента №2009620500
2008 База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э.
Номер патента 2008620439
Программа для реконструкции, визуализации и анализа ассоциативных сетей (ЭНДВизио)/Program for reconstruction, visualization and analyze associative networks (ANDVisio)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э.
Номер патента 2008615929
Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller)
Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В
Номер патента №2008612820
2007 База данных: Экспрессия эукариотических генов (ЭуГенЭксп) / Eukaryotic Gene Expression Database (EuGenExp)
Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
Номер патента №2007620394
База данных: Транскрипционный Фактор-Ген Млекопитающих взаимодействия (ТФГМВ)/ Transcription Factor- Mammalian Gene Interactions (TFMGI)
Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Генаев М.А.
Номер патента №2007620395
База данных: Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE).
Степаненко И.Л., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
Номер патента №2007620396
2006 База данных: Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX)
Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
Номер патента №2006620257
База кинетических данных (KiNET)
Недосекина Е.А., Хлебодарова Т.М., Поплавский А.С., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
Номер патента №2006620209
База данных: Гены-сенсоры (GenSensor)
Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Подколодный Н.Л.
Номер патента №2006620197
© 2010-2025 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.