Изучение молекулярных механизмов генетической предрасположенности к наследственным заболеваниям человека, вызванным регуляторными SNPs.
2. Задачи, решаемые в настоящее время
Главной проблемой в выявлении и анализе потенциально функциональных регуляторных SNPs является отсутствие точных и экспериментально верифицированных компьютерных методов. Для решения этой проблемы нами проводится комплексное экспериментально-компьютерное изучение SNPs (SNP - single nucleotide polymorphism) ТАТА-боксов и их влияния на взаимодействие ТВР (ТВР - TATA-binding protein). Задачей данного этапа является широкогеномный поиск неаннотированных полиморфизмов ТАТА-бокса - одного из основных промоторных элементов белок-кодирующих генов человека, и их комплексное экспериментальное исследование с целью выявления потенциально функционально значимых.
3. Прикладные разработки
Прикладных разработок нет
4. Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет
Известно, что в результате секвенирования генома человека, обнаружено огромное количество SNPs (SNP – single nucleotide polymorphism), фенотипические проявления которых неизвестны. Главной проблемой в выявлении и анализе потенциально функциональных регуляторных SNPs является отсутствие точных и экспериментально верифицированных компьютерных методов. Для решения этой проблемы нами проводится комплексное экспериментально-компьютерное изучение SNPs ТАТА-боксов и их влияния на взаимодействие ТВР (ТВР - TATA-binding protein). На основании наших экспериментальных данных и компьютерного изучения взаимодействия ТВР/ТАТА, под руководством М.П. Пономаренко выведено уравнение связывания ТВР с ТАТА-боксами за три последовательных шага: скольжение ТВР вдоль ДНК в силу неспецифического сродства между ними ↔ опознавание ТАТА-бокса ↔ стабилизация комплекса ТВР/ТАТА в результате эндотермической перестройки:
С его помощью было проанализировано взаимодействие ТВР с ТАТА-боксами промоторов генов человека, содержащими SNPs, ассоциированные с рядом заболеваний, и сделан прогноз in silico изменения аффинности ТВР к ним. Экспериментальная верификация с использованием метода EMSA в максимально стандартизированных условиях показала, что экспериментальные данные с высокой достоверностью коррелируют с прогнозами (Табл.): коэффициенты линейной корреляции, r = 0.822 для значений равновесных KD (-ln KD) и r = 0.785 для изменения равновесных KD (δ) при содержании SNPs в ТАТА-боксах (δ = -Ln[KD,ТАТА Mut] –(-Ln[KD,ТАТА]), при значимости α<10-7 и α<10-3 , соответственно. Эксперименты также показали, что SNPs, ассоциированные с повышенным риском возникновения таких заболеваний человека, как α-, β- и δ-талассемии, инфаркт миокарда, тромбофлебит, рак легких и др., вызывают изменение сродства ТВР/ТАТА (KD) в основном в 2 - 4 раза (Табл.), согласующееся известными из литературы уменьшением содержания мРНК и белка in vivo иin vitro. Впервые полученные кинетические характеристики комплексов ТВР c аллельными вариантами ТАТА-боксов показали, что SNPs приводят к уменьшению скоростей образования hТВР/ТАТА от 2.5 до 55 раз. Скорости диссоциации, характеризующие прочность комплексов, снижаются значительно в меньшей степени - от ~10% до 1.6 раз. Не наблюдается корреляции между прочностью комплексов hТВР/ТАТА и скоростью их образования. Времена полураспада комплексов hТВР/ТАТА здоровых людей изменяются от 6.6. мин до 14.5 мин, а при SNPs, ассоциированных с наследственными заболеваниями – от 6 мин до 54 мин.
Gene
Sequences ( 5’ – 3’ strands)
Allele
Norm/disease association
Prediction
Experiment
-ln[KD]
δ
KD,nM
-ln[KD]
δ
Hbβ
cagggctgggCATAAAAgtcagggca
WT
Norm
18.47
44±3
16.94
cagggctgggCGTAAAAgtcagggca
-31A>G
β-thalassemia
17.87
-0.60
99±9
16.13
-0.81
cagggctgggCAAAAAAgtcagggca
-30T>A
β-thalassemia
17.01
-1.46
116±5
15.97
-0.97
cagggctgggCACAAAAgtcagggca
-30T>C
β-thalassemia
17.49
-0.98
111±8
16.01
-0.93
cagggctgggCATGAAAgtcagggca
-29A>G
β-thalassemia
17.23
-1.24
390±20
14.76
-2.18
cagggctgggCATAGAAgtcagggca
-28A>G
β-thalassemia
17.76
-0.71
87±8
16.26
-0.68
cagggctgggCATACAAgtcagggca
-28A>C
β-thalassemia
17.94
-0.53
300±20
15.02
-1.92
cagggctgggCATAATAgtcagggca
-27A>T
β-thalassemia
18.11
-0.36
64±3
16.56
-0.38
Hbδ
acaggaccagCATAAAAggcagggca
WT
Norm
18.94
46 ± 5
16.89
acaggaccagCGTAAAAggcagggca
-31A>G
δ-thalassemia
18.33
-0.61
120 ±10
15.94
-0.95
Hbξψ
ctgccacacccaСАТТАТTagaaaat
WT
Norm
17.72
152 ±6
15.70
ctgccacaccсаCATTATCagaaaat
-70T>C
α-thalassemia
18.28
+0.56
112 ±6
16.00
+0.30
CYP2A6
tttcaggcagTATAAAggcaaaccac
WT
Norm
19.87
17±4
17.89
tttcaggcagTAGAAAggcaaaccac
-48T>G
Lung cancer
18.38
-1.49
80±20
16.34
-1.55
SOD1
aggtctggccTATAAAgtagtcgcgg
WT
Norm
19.21
40±8
17.03
aggtctggccTGTAAAgtagtcgcgg
-27A>G
Amyotrophic lateral sclerosis
18.04
-1.17
170±30
15.59
-1.44
MBL2
catctatttcTATATAgcctgcaccc
WT
Norm
19.68
28±4
17.39
catctatttcTACATAgcctgcaccc
-35T>C
Immunosupression
18.57
-1.11
58±9
16.66
-0.73
TPI
cgcggcgctcTATATAAgtgggcagt
WT
Norm
20.11
4.8±0.7
19.15
cgcggcgctcTATAGAAgtgggcagt
-24T>G
Neurological and muscular disorders
19.08
-1.03
150±20
15.71
-3.41
FIX
acagctcagcTTGTACTTTggtacaa
WT
Norm
18.24
510±60
14.49
acagctcagcTTCTACTTTggtacaa
-26G>C
hemophilia B Leyden
17.75
-0.49
500±100
14.51
0.02
IL1B
ttttgaaagcСATAAAAAcagcgagg
WT
Norm
18.67
7±1
18.78
ttttgaaagcТATAAAAAcagcgagg
-31С>Т
lung cancer
19.85
+1.18
29.4±4
17.36
+1.42
TF
gccggcccTTTATAgcgcgcggggca
WT
Norm
18.91
72±9
16.45
gccggcccTTTATAgTgcgcggggca
-21C>T
thrombophlebitis and myocardial infarction
19.43
+0.52
26±3
17.47
+1.02
NOS2A
atggggtgagTATAAATActtcttgg
WT
Norm
19.85
1.8±0.2
20.14
atggggtgagTATAAATAcCtcttgg
-21T>C
resistance to infections
20.06
+0.21
1.6±0.3
20.25
+0.11
Таблица. Экспериментальная верификация прогнозов изменения сродства (KD) ТВР человека к ТАТА-боксам дикого типа и при содержании SNPs, ассоциированных с повышенным риском возникновения наследственных патологий.
Используя флуоресцентно меченые Cy3 и Cy5 дуплексы, идентичные ТАТА-боксу промотора гена TPI дикого типа и содержащего SNP, и методы FRET и остановленной струи (спектрометр SX20, Applied Photophysics, UK), мы впервые показали, что в режиме реального времени связывание ТВР/ТАТА происходит в течение 10 сек и механизм описывается одностадийной кинетической моделью. В первые секунды взаимодействия ТВР связывает и одновременно изгибает ДНК ТАТА-бокса промотора гена TPI дикого типа при меньших концентрациях ТВР, чем при содержании в ТАТА-боксе SNP -24Т>G, ассоциированного с неврологическими и мышечными нарушениями, кардиомиопатией и др. заболеваниями.
Рисунок 1. Кинетика связывания и изгибания ДНК-дуплекса, идентичного последовательности ТАТА-бокса гена TPI дикого типа.
Рисунок 2. Кинетика связывания и изгибания ДНК-дуплекса, идентичного последовательности SNP-содержащего ТАТА-бокса промотора гена TPI при патологии.
Результаты проводимых исследований улучшат понимание молекулярных механизмов полиморфного разнообразия регуляции экспрессии генов и механизма связывания ТВР/ДНК. Комплексный анализ регуляторных SNPs позволит получить оценки их влияния на здоровье человека, чувствительность к лекарствам и условиям окружающей среды.
5. Задачи, планируемые на перспективу
Высокие значения коэффициентов линейной корреляции прогноз/эксперимент позволяют говорить о применимости выведенного уравнения равновесного связывания ТВР/ТАТА для анализа неаннотированных SNPs ТАТА-боксов, предсказания изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам, содержащим такие SNPs, и выявления среди них потенциально функционально значимых. На основании полученных характеристик взаимодействия ТВР/ТАТА, изучения влияния SNPsна экспрессию репортерного гена будут сделаны предположительные прогнозы фенотипического проявления SNPs. Решению этих задач посвящены наши дальнейшие исследования.
AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
Effects of different types of induced neonatal inflammation on development and behavior of C57BL/6 and BTBR mice Yuliya A. Ryabushkina, Kseniya A. Ayriyants, Anna A. Sapronova, Anastasia S. Mutovina, Maria M. Kolesnikova, Eva V. Mezhlumyan, Natalya P. Bondar*, Vasiliy V. Reshetnikov* PHYSIOL BEHAV, 2024, Volume 280, 1 June 2024, 114550
The Search for and Functional Analysis of Genetic Variants in microRNA-Binding Sites using Massively Parallel Reporter Assay E Yu Rykova, N I Ershov, A O Degtyareva, L O Bryzgalov, E L Lushnikova B EXP BIOL MED+, 2024, 176(5):595-598
Механизмы адаптации гипоталамо-гипофизарно-надпочечниковой системы у самцов мышей под влиянием хронического стресса социальных поражений А.А. Сапронова, Ю.А. Рябушкина, П.Э. Кисаретова, Н. П. Бондарь Журнал высшей нервной деятельности, 2024, 74(2): 197-209
Mechanisms of Adaptation of the Hypothalamic-Pituitary-Adrenal Axis in Male Mice in Chronic Social Defeat Stress A. A. Sapronova, Yu.A. Ryabushkina, P. E. Kisaretova, N. P. Bondar Neuroscience Behavioral Physiology, 2024
2023
A New Cypovirus-1 Strain as a Promising Agent for Lepidopteran Pest Control Martemyanov V.V., Akhanaev Y.B., Belousova I.A., Pavlusin S.V., Yakimova M.E., Kharlamova D.D., Ageev A.A., Golovina A.N., Astapenko S.A., Kolosov A.V., Ananko G.G., Taranov O.S., Shvalov A.N., Bodnev S.A., Ershov N.I., Grushevaya I.V., Timofeyev M.A., Tokarev Y.S. Microbiology spectrum, 2023, 11(3):e0385522
A comparison of stress reactivity between BTBR and C57BL/6J mice:
an impact of early‑life stress Kseniya A. Ayriyants
Yulia A. Ryabushkina
Anna A. Sapronova
Anna V. Ivanchikhina
Maria M. Kolesnikova
Natalya P. Bondar
Vasiliy V. Reshetnikov EXP BRAIN RES, 2023, Volume 241, pages 687–698
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
On the Role of TATA Boxes and TATA-Binding Protein in Arabidopsis thaliana L. K. Savinkova, E. B. Sharypova and N. A. Kolchanov Plants, 2023, Plants 2023, vol.12 (5), 1000;
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
Длительный опыт агрессии изменяет экспрессию генов в гипоталамусе самцов мышей двух линий А. А. Сапронова, П. Э. Кисаретова, Р. Салман, Н. П. Бондарь Нейрохимия, 2023, том 40, № 3, с. 234–244
Repeated Experience of Aggression Changes in Gene Expression in the Hypothalamus in Male Mice of Two Strains A. A. Sapronova, P. E. Kisaretova, R. Salman, and N. P. Bondar NEUROCHEM J+, 2023, Vol. 17, No. 3, pp. 359–368.
База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806.
Однонуклеотидные замены в геноме человека, влияющие на связывание факторов транскрипции, и их роль в развитии патологий Е. В. Антонцева, А. О. Дегтярева, Е. Е. Корболина, И. С. Дамаров, Т. И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, Том 27, № 6, с.662-675
Human-genome single nucleotide polymorphisms affecting transcription factor binding and their role in pathogenesis E.V. Antontseva , A.O. Degtyareva, E.E. Korbolina, I.S. Damarov, T.I. Merkulova Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, V.27, № 6, 662-675
Unraveling the unusual subgenomic organization in the neopolyploid free-living flatworm Macrostomum lignano Zadesenets KS, Ershov NI, Bondar NP, Rubtsov NB MOL BIOL EVOL, 2023, 40(12):1-14
RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806
2022
SNPs in 3'UTR miRNA Target Sequences Associated with Individual Drug Susceptibility Elena Rykova, Nikita Ershov, Igor Damarov, Tatiana Merkulova INT J MOL SCI, 2022, 23(22):13725
Stress reactivity, susceptibility to hypertension, and differential expression of genes in hypertensive compared to normotensive patients Oshchepkov D, Chadaeva I, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Khandaev B, Sharypova E, Ponomarenko P, Bogomolov A, Klimova NV, Shikhevich S, Redina O, Kolosova NG, Nazarenko M, Kolchanov NA, Markel A, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, 5, 23, Article number 2835
Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека. Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 1, 26, 96-108
An experimental study of the effects of SNPs in the TATA boxes of the GRIN1, ASCL3 and NOS1 genes on interactions with the TATA-binding protein. Sharypova E.B., Drachkova I.A., Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 3, 26, 227-233
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
Identification of Hypothalamic Long Noncoding RNAs Associated with Hypertension and the Behavior/Neurological Phenotype of Hypertensive ISIAH Rats Fedoseeva L.A.; Ershov N.I.; Sidorenko I.A.; Markel A.L.; Redina O.E. Genes, 2022, 13, 1598
Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. INT J MOL SCI, 2022, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(20), 12269
Delayed effects of neonatal immune activation on brain neurochemistry and hypothalamic-pituitary-adrenal axis functioning Julia N Khantakova, Natalia P Bondar, Anna A Sapronova, Vasiliy V Reshetnikov EUR J NEUROSCI, 2022, V. 56, Issue 10, Pages 5931-5951
Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 8, 26, 798-805
2021
Social defeat stress in adult mice causes alterations in gene expression, alternative splicing, and the epigenetic landscape of H3K4me3 in the prefrontal cortex: An impact of early-life stress V.V.Reshetnikov
P.E.Kisaretova
N.I.Ershov
T.I.Merkulova
N.P.Bondar PROG NEURO-PSYCHOPH, 2021, Volume 106, 2 March 2021, 110068
Hypothalamic Norepinephrine Concentration and Heart Mass in Hypertensive ISIAH Rats Are Associated with a Genetic Locus on Chromosome 18 Olga E. Redina; Svetlana E. Smolenskaya; Yulia K. Polityko; Nikita I. Ershov; Michael A. Gilinsky; Arcady L. Markel J. Pers. Med, 2021, J. Pers. Med. 2021, 11(2), 67;
A bioinformatics model of human diseases on the basis of differentially expressed genes (of domestic versus wild animals) that are orthologs of human genes associated with reproductive-potential changes. Vasiliev G, Chadaeva I, Rasskazov D, Ponomarenko P, Sharypova E, Drachkova I, Bogomolov A, Savinkova L, Ponomarenko M, Kolchanov N, Osadchuk A, Oshchepkov D, Osadchuk L. INT J MOL SCI, 2021, 5, 22, 2346
Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. Frontiers in Genetics, 2021, V. 12. Article number 610774.
Domestication explains two-thirds of differential-gene-expression variance between domestic and wild animals; the remaining one-third reflects intraspecific and interspecific variation Chadaeva I, Ponomarenko P, Kozhemyakina R, Suslov V, Bogomolov A, Klimova N, Shikhevich S, Savinkova L, Oshchepkov D, Kolchanov N, Markel A, Ponomarenko M. Animals, 2021, V. 11. N. 9. Article number 2667.
Metagenomics data of microbial communities in bacterial mats and bottom sediments in water bodies within the Kurai Mercury Province (Gorny Altai, Russia). Rozanov A. S., Myagkaya I. N., Korzhuk A. V., Ershov N. I., Kirichenko I. S., Gustaytis M. A., Saryg-ool B.Y., Malov V.I., Shipova A.A., Lazareva E.V. & Peltek, S. E. Data in Brief, 2021
Metagenomics data of microbial communities of natural organic matter from the dispersion train of sulfide tailings. Korzhuk A. V., Myagkaya I. N., Rozanov A. S., Ershov N. I., Saryg-Ool B. O. Y., Malov V. I., Shipova A.A., Lazareva E.V. & Peltek, S. E. Data in Brief, 2021
2020
Phylogeny of the Eisenia nordenskioldi complex based on mitochondrial genomes Shekhovtsov S.V., Golovanova E.V., Ershov N.I., Poluboyarova T.V., Berman D.I., Bulakhova N.A., Szederjesi T., Peltek S.E. EUR J SOIL BIOL, 2020, V. 96. P. 103137.
Генетический полиморфизм экспериментально воспроизводимых форм артериальной гипертонии Редина О.Е., Девяткин В.А., Ершов Н.И., Маркель А.Л. Генетика, 2020, Т. 56. – № 2. – С. 211-224.
Genetic polymorphism of experimentally produced forms of arterial hypertension O. E. Redina, V. A. Devyatkin, N. I. Ershov, A. L. Markel RUSS J GENET+, 2020, Vol. 56, No. 2, pp. 213–225.
Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N. INT J MOL SCI, 2020, 3, 21, 1045
Влияние культивирования эмбрионов на онтогенез потомства у млекопитающих Раннева СВ, Брусенцев ЕЮ, Игонина ТН, Рагаева ДС, Рожкова ИН, Ершов НИ, Левинсон АЛ, Амстиславский СЯ Онтогенез, 2020, Т. 51. № 6. C. 417–439.
Data of correlation analysis between the density of H3K4me3 in promoters of genes and gene expression: data from RNA-seq and ChIP-seq analyses of the murine prefrontal cortex V.V.Reshetnikov, P.E.Kisaretova, N.I.Ershov, T.I.Merkulova, N.P.Bondar Data in Brief, 2020, Volume 33, December 2020, Pages 106365
Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of protein-coding genes on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome. Ponomarenko M., Kleshchev M., Ponomarenko P., Chadaeva I., Sharypova E., Rasskazov D., Kolmykov S., Drachkova I., Vasiliev G., Gutorova N., Ignatieva E., Savinkova L., Bogomolov A., Osadchuk L., Osadchuk A., Oshchepkov D. BMC GENET, 2020, V. 21, Suppl. 1. P. 89
Unannotated single nucleotide polymorphisms in the TATA box of erythropoiesis genes show in vitro positive involvements in cognitive and mental disorders. Ponomarenko M., Sharypova E., Drachkova I., Chadaeva I., Arkova O., Podkolodnaya O., Ponomarenko P., Kolchanov N., Savinkova L. BMC MED GENET, 2020, V. 21, Suppl. 1. P. 165.
Genes associated with cognitive performance in the Morris water maze: an RNA-seq study Vasiliy V. Reshetnikov, Polina E. Kisaretova, Nikita I. Ershov, Anastasia S. Shulyupova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Natalia V. Klimova, Anna V. Ivanchihina, Tatiana I. Merkulova, Natalia P. Bondar SCI REP-UK, 2020, Sci Rep 10, 22078 (2020)
Genomics and proteomics of the liver fluke Opisthorchis felineus Mordvinov V.A., Ershov N.I., Zaparina O.G., Pakharukova M.Y. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020
Апробация различных вариантов RNA-seq для идентификации аутронов генов у плоского червя Opisthorchis felineus Н.И. Ершов, Д.Е. Маслов, Н.П. Бондарь Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 2020;24(8):897-904
Creation of an online platform for identification of microorganisms: peak picking or full-spectrum analysis Starostin K.V., Demidov E.A., Ershov N.I., Bryanskaya A.V., Efimov V.M., Shlyakhtun V.N., Peltek S.E. Frontiers in Microbiology, 2020
Методы in vitro, используемые для изучения ДНК-белковых взаимодействий. Л.К. Савинкова, Е.Б. Шарыпова, Н.А. Колчанов Успехи современной биологии, 2020, № 6, том 140, стр. 540-554
New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin BMC GENOMICS, 2019, 20:399
Natural selection equally supports the human tendencies in subordination and domination: a genome-wide study with in silico confirmation and in vivo validation in mice. Chadaeva I., Ponomarenko P., Rasskazov D., Sharypova E., Kashina E., Kleshchev M., Ponomarenko M., Naumenko V., Savinkova L., Kolchanov N., Osadchuk L., Osadchuk A. Frontiers in Genetics, 2019, 2, 10, Article 73
Кандидатные SNP-маркеры атеросклероза, которые способны достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Пономаренко М.П., Рассказов Д.А., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Генетика, 2019, 9, 55, 1083-1098
The differences in brain stem transcriptional profiling in hypertensive ISIAH and normotensive WAG rats Fedoseeva L.A., Klimov L.O., Ershov N.I., Efimov V.M., Markel A.L., Orlov Y.L., & Redina O.E. BMC GENOMICS, 2019, 20(3), 297.
Suppression of Alzheimer’s Disease-Like Pathology
Progression by Mitochondria-Targeted Antioxidant SkQ1: A
Transcriptome Profiling Study Stefanova NA, Ershov NI, Kolosova NG. OXID MED CELL LONGEV, 2019, 2019 Jul 15;2019:3984906
Transcriptomic analysis confirms differences among nuclear genomes of cryptic earthworm lineages living in sympatry Shekhovtsov S.V., Ershov N.I., Vasiliev G.N., Peltek S.E. BMC EVOL BIOL, 2019, V. 19(S1). P. 50.
A rat model of human behavior provides evidence of natural selection against underexpression of aggressiveness-related genes in humans. Oshchepkov D., Ponomarenko M., Klimova N., Chadaeva I., Bragin A., Sharypova E., Shikhevich S., Kozhemyakina R. Frontiers in Genetics, 2019, V. 10. Article № 1267
Кандидатные SNP-маркеры ревматоидного полиартрита, которые могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Козлов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 8, 23, 1047-1058
2018
Molecular adaptations to social defeat stress and induced depression in mice Natalya Bondar, Leonid Bryzgalov, Nikita Ershov, Fedor Gusev, Vasiliy Reshetnikov, Damira Avgustinovich, Mikhail Tenditnik, Evgeny Rogaev, Tatiana Merkulova MOL NEUROBIOL, 2018, 55(4):3394-3407
Candidate SNP markers of reproductive potential are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Chadaeva IV, Ponomarenko PM, Rasskazov DA, Sharypova EB, Kashina EV, Zhechev DA, Drachkova IA, Arkova AV, Savinkova LK, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Osadchuk LV, Osadchuk AV. BMC GENOMICS, 2018, Suppl 3, 19, article 0
Consequences of early life stress on genomic landscape of H3K4me3 in prefrontal cortex of adult mice Nikita I. Ershov, Natalya P. Bondar, Arina A. Lepeshko, Vasiliy V. Reshetnikov, Julia A. Ryabushkina, Tatiana I. Merkulova BMC GENOMICS, 2018, 19(Suppl 3):93
Novel Approach to Functional SNPs Discovery from Genome-Wide Data Reveals Promising Variants for Colon Cancer Risk Elena E. Korbolina, Ilja I. Brusentsov, Leonid O. Bryzgalov, Elena Yu. Leberfarb, Arina O. Degtyareva and Tatyana I. Merkulova HUM MUTAT, 2018, Jun;39(6):851-859
Экспериментальное изучение влияния редких полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов HBB, HBD и F9 человека на кинетику взаимодействия с ТАТА-связывающим белком Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Кашина Е.В., Рассказов Д.А., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 1, 22, 145-152
2017
Comparison of tolerance to sunlight between spatially distant and genetically different strains of Lymantria dispar nucleopolyhedrovirus Akhanaev Y.B., Belousova I.A., Ershov N.I., Nakai M., Martemyanov V.V., Glupov V.V. PloS One, 2017, 12(12):e0189992. doi: 10.1371/journal.pone.0189992
Antibodies to H1 histone from the sera of HIV-infected patients recognize and catalyze site-specific degradation of this histone Svetlana V. Baranova, Pavel S. Dmitrienok, Nikita V. Ivanisenko, Valentina N. Buneva, Georgy A. Nevinsky J MOL RECOGNIT, 2017
Antibodies to H2a and H2b histones from the sera of HIV-infected patients catalyze site-specific degradation of these histones Baranova S. V., Dmitrenok P. S., Ivanisenko N. V., Buneva V. N., Nevinsky G. A. MOL BIOSYST, 2017
SNP_TATA_Comparator: genomewide landmarks for preventive personalized medicine. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Ponomarenko P, Arkova O, Kashina E, Ivanisenko N, Zhechev D, Savinkova L, Kolchanov N. Front Biosci (Schol Ed), 2017, 2, 9, 276-306
Whole-genome sequencing of eukaryotes: from sequencing of DNA fragments to a genome assembly. Zadesenets KS, Ershov NI, Rubtsov NB RUSS J GENET+, 2017, vol. 53, No.6, pp 631–639
Candidate SNP markers of familial and sporadic Alzheimer's diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-Binding protein for human gene promoters. Ponomarenko P, Chadaeva I, Rasskazov DA, Sharypova E, Kashina EV, Drachkova I, Zhechev D, Ponomarenko MP, Savinkova LK, Kolchanov N Frontiers in Aging Neuroscience, 2017, 9, 231, doi: 10.3389/fnagi.2017.00231
Candidate SNP markers of social dominance, which may affect the affinity of the TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva IV, Rasskazov DA, Sharypova EB, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, 5, 7, 523-537. doi: 10.1134/S2079059717050045
Растворимая эпоксидгидролаза (sEH) как потенциальная мишень для лекарственной терапии артериальной гипертензии О. Е. Редина, Т. О. Абрамова, Л. О. Климов, М. А. Рязанова, Л. А. Федосеева, С. Э. Смоленская, Н. И. Ершов, А. Д. Дубинина, А. Л. Маркель RUSS J GENET+, 2017, том 53 № 9 с. 1025–1034
Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, ISSN 2079-0597, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 558–564
Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds. Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. J MOL GRAPH MODEL, 2017
Soluble epoxide hydrolase (sEH) as a potential target for arterial hypertension therapy O. E. Redina, T. O. Abramova, L. O. Klimov, M. A. Ryazanova, L. A. Fedoseeva, S. E. Smolenskaya, N. I. Ershov, A. D. Dubinina, and A. L. Markel RUSS J GENET+, 2017, Vol. 53, No. 9, pp. 972–981
Однонуклеотидные полиморфизмы, специфичные для гипертензивных крыс линии НИСАГ Н. И. Ершов, А. Л. Маркель, О. Е. Редина Биохимия, 2017, Т.82(2): 344-356
Chromosome Evolution in the Free-Living Flatworms: First Evidence of Intrachromosomal Rearrangements in Karyotype Evolution of Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Macrostomida) Zadesenets K.S., Ershov N.I., Berezikov E., Rubtsov N.B. Genes, 2017, 8: 298
Influence of magnetic field on enzymatic ONOO– production Dranova T., Petrovskii D., Ershov N., Slepneva I., Stass D JPCS, 2017, №886(2017) 012004
Integrated mathematical models for describing complex biological processes. Mishchenko E. L., Petrovskaya O. V., Mishchenko A. M., Petrovskiy E. D., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. BIOPHYSICS, 2017, 62(5), 778-795
2016
Whole transcriptome profiling of adult and infective stages of the trematode Opisthorchis felineus Pomaznoy MY, Logacheva MD, Young ND, Penin AA, Ershov NI, Katokhin AV, Mordvinov VA. PARASITOL INT, 2016, S1383-5769(15)00145-2
Гипотетические SNP-маркеры, значимо изменяющие оценки сродства ТАТА-связывающего белка к промоторам онкогенов VEGFA, ERBB2, IGF1R, FLT1, KDR и MET – мишеней для химиотерапии. Турнаев И.И., Рассказов Д.А., Аркова О.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2016, 1, 50, 161-173
Genome-wide transcriptome analysis of hypothalamus in rats with inherited stress-induced arterial hypertension Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 201617(Suppl 1):13
Comparative transcriptional profiling of renal cortex in rats with inherited stress-induced arterial hypertension and normotensive Wistar Albino Glaxo rats Larisa A. Fedoseeva, Marina A. Ryazanova, Nikita I. Ershov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 1):12.
Candidate SNP markers of gender-biased autoimmune complications of monogenic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Mikhail Ponomarenko, Olga Arkova, Dmitry Rasskazov, Petr Ponomarenko, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Frontiers in Immunology, 2016, V. 7. P. 130
Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2016, vol. 2016, Article ID 8642703. doi:10.1155/2016/8642703
Phenological asynchrony between host plant and gypsy moth reduces insect gut microbiota and susceptibility to Bacillus thuringiensis Vyacheslav V. Martemyanov, Irina A. Belousova, Sergey V. Pavlushin, Ivan M. Dubovskiy, Nikita I. Ershov, Tatyana Y. Alikina, Marsel R. Kabilov, Victor V. Glupov Ecology and Evolution, 2016, DOI: 10.1002/ece3.2460, 2016; 1–13
Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes. Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 738-748
Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock. Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 759-770
Prediction and verification of the influence of the rs367781716 SNP on the interaction of the ТАТА-binding protein with the promoter of the human АВСА9 gene Arkova OV, Drachkova IA, Arshinova TV, Rasskazov DA, Suslov VV, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Savinkova LK Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 785-791
COMPARATIVE TRANSCRIPTIONAL PROFILING OF HYPOTHALAMUS IN ISIAH RATS WITH INHERITED STRESS-INDUCED ARTERIAL HYPERTENSION AND NORMOTENSIVE WISTAR ALBINO GLAXO RATS Klimov Leonid, Ershov Nikita, Efimov Vadim, Markel Arkady, Redina Olga J HYPERTENS, 2016, September 2016 - Volume 34 - Issue - p e284
THE GENE-EXPRESSION PROFILE OF RENAL CORTEX IN RATS WITH INHERITED STRESS-INDUCED ARTERIAL HYPERTENSION (ISIAH) Ryazanova Marina; Fedoseeva Larisa; Ershov Nikita; Markel Arcady; Redina Olga J HYPERTENS, 2016, September 2016 - Volume 34 - Issue - p e287
The gene-expression profile of renal medulla in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):151
Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of genetic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Rasskazov D.A., Sharypova E.B., Kashina E.V. Matveeva M.Yu., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Arkova O.V., Bondar N.P. Savinkova L.K., Kolchanov N.A. BMC GENOMICS, 2016, Suppl. 14, 17, 995
Molecular determinants of the adrenal gland functioning related to stress-sensitive hypertension in ISIAH rats Larisa A. Fedoseeva, Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Yury V. Alexandrovich, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina BMC GENOMICS, 2016, 2016, 17(Suppl 14):989
Кандидатные SNP-маркеры социального доминирования, способные влиять на сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 6, 20, 787-796
Структурное моделирование мод связывания НАД+ с ПАРП-1 Иванисенко Н.В., Жечев Д.А., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016
A real-time study of the interaction of TBP with a TATA box-containing duplex identical to an ancestral or minor allele of human gene LEP or TPI. Arkova O., Kuznetsov N., Fedorova O., Savinkova L. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2016, v.35, # 14, P. 3070-3081
2015
Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна Пономаренко Михаил Павлович Аршинова Татьяна Валентиновна Савинкова Людмила Кузьминична Медицинская генетика, 2015
Изменения транскриптома префронтальной коры мозга при развитии признаков болезни Альцгеймера у крыс OXYS. Стефанова Н.А., Корболина Е.Е., Ершов Н.И., Рогаев Е.И., Колосова Н.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(4):74-82
How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2015, Volume 2015, Article ID 359835
Identification of functional networks associated with cell death in the retina of OXYS rats during the development of retinopathy Telegina DV, Korbolina EE, Ershov NI, Kolosova NG, Kozhevnikova OS. CELL CYCLE, 2015, Vol.14 Issue 14 (22) P.3544 - 56 doi: 10.1080/15384101.2015.1080399.
The decreased expression of genes controlling the vascular tone in the kidneys of ISIAH rats with stress-induced arterial hypertension O. E. Redina, L. O. Klimov, N. I. Ershov, T. O. Abramova, L. N. Ivanova, and A. L. Markel. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 340–347
ПРОГНОЗ И ВЕРИФИКАЦИЯ ВЛИЯНИЯ SNP rs367781716 НА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА С ПРОМОТОРОМ ГЕНА АВСА9 ЧЕЛОВЕКА Аркова ОВ., Драчкова ИА., Аршинова ТВ., Рассказов ДА., Суслов ВВ., Пономаренко ПМ., Пономаренко МП., Колчанов НА., Савинква ЛК. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, т.19, № 6, с.
Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2015, Suppl.13. V. 16. S5.
Выявление и функциональный анализ регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстого кишечника Леберфарб Е.Ю., Брызгалов Л.О., Брусенцов И.И., Дегтярева А.О., Меркулова Т.И. Медицинская генетика, 2015, Том 14, №3
Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 691-698
Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 682-690
De Novo Assembly of the Pea (Pisum sativum L.) Nodule Transcriptome Vladimir A. Zhukov, Alexander I. Zhernakov, Olga A. Kulaeva, Nikita I. Ershov, Alexey Y. Borisov, and Igor A. Tikhonovich International Journal of Genomics, 2015, Volume 2015 (2015), Article ID 695947, 11 pages, http://dx.doi.org/10.1155/2015/695947
2014
Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova BMC GENOMICS, 2014, 15:80
The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein. Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A. HUM MUTAT, 2014, 5, 35, 601-608
Identification of thyroid hormone receptor homologs in the fluke Opisthorchis felineus (Platyhelminthes). Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Shilov AG, Merkulova TI, Mordvinov VA. MOL BIOCHEM PARASIT, 2014, 194, 64–68
Analysis of the Placental Tissue Transcriptome of Normal and Preeclampsia Complicated Pregnancies E. A. Trifonova, T. V. Gabidulina, N. I. Ershov, V. N. Serebrova, A. Yu. Vorozhishcheva, V. A. Stepanov Acta Naturae, 2014, 6(2): 71–83
Real-Time Interaction between ТВР and the TATA Box of the Human Triosephosphate Isomerase Gene Promoter in the Norm and Pathology Arkova OV, Kuznetsov NA, Fedorova OS, Kolchanov NA, Savinkova LK Acta Naturae, 2014, v.6(2), 36-40
Сниженный уровень экспрессии генов, контролирующих тонус сосудов в почках крыс НИСАГ со стресс-зависимой артериальной гипертензией. О.Е. Редина, Л.О. Климов, Н.И. Ершов, Т.О. Абрамова, Л.Н. Иванова, А.Л. Маркель. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. N. 4/2, C. 910-919.
2013
An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
Rat retinal transcriptome: Effects of aging and AMD-like retinopathy. Kozhevnikova OS, Korbolina EE, Ershov NI, Kolosova NG CELL CYCLE, 2013, May 6;12(11). Pages 1745 - 1761
2012
Cytochrome P450 in fluke Opisthorchis felineus: Identification and characterization. Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Katokhin AV, Merkulova TI, Mordvinov VA MOL BIOCHEM PARASIT, 2012, V. 181. No. 2. P. 190–194
Продигиозин Serratia marcescens подавляет in vitro развитие чувствительного и устойчивого к хлорохину штаммов малярийного паразита грызунов Plasmodium berghei А.Б.Дужак, З.И.Панфилова, Т.Г.Панкова, Т.М.Игонина, О.Д.Захарова, Е.А.Васюнина биофармацевтический журнал, 2012, Т.4, №2, С.7-13
ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА ЧЕЛОВЕКА С ТАТА-ЭЛЕМЕНТОМ ПРОМОТОРА ГЕНА NOS2A С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА ПОВЕРХНОСТНОГО ПЛАЗМОННОГО РЕЗОНАНСА Драчкова И.А., Шеховцов С.В., Пельтек С.Е., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Аршинова Т.В., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т. 16, № 2, с. 391-396
Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
2011
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
Изменение сродства ТАТА-связывающего белка к олигонуклеотидам, соответствующим ТАТА-боксам промоторов генов человека, несущим полиморфизмы, ассоциированные с наследственными заболеваниями Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, № 3, т. 15, стр. 439-447
In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
2010
Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
Влияние полиморфизмов ТАТА-бокса промотора гена бета-глобина человека, ассоциированный с бета-талассемией, на взаимодействие ТАТА-связывающего белка Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Информационный вестник ВОГИС, 2010, т.14, с. 698-705
Комплексная оценка генетического полиморфизма хромосомных и внехромосомных маркеров патогенности Salmonella Enterica при помощи пульс-электрофореза Е.В.Дударева, А.В.Тронева, Ю.Г.Юшков, М.Л.Филиппенко, В.А.Афонюшкин, С.В.Леонов, В.Ю.Коптев, В.Т.Вольф, О.В.Аркова, Ю.Н.Козлова Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, №1(205)
2009
Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008
Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
Увеличенное взаимодействие белка ядерных экстрактов перевиваемых опухолей печени и легких мышей с ТАТА-содержащим олигонуклеотидом Лысова М.В., Аршинова Т.В., Драчкова И.А., Кобзев В.Ф., Каледин В.И., Савинкова Л.К. B EXP BIOL MED+, 2008, Т. 145, № 1, стр.100-102
Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с регуляцией пролиферации Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Каледин В.И., Меркулова Т.И. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, Вып. 1, Том 73: 70-75
Изучение возможности реверсии устойчивости к хлорохину верапамилом у Plasmodium berghei - возбудителя малярии грызунов Панкова ТГ., Игонина ТМ., Майер ТВ., Рабинович СА., Максакоская ЕВ., Морозов ЕН Медицинская паразитология и паразитарные болезни, 2008, №4, 19-22
2007
Исследование связывания ядерных белков штаммов P.berghei, различающихся по чувствительности к хлорохину, с олигонуклеотидами, соответствующими регуляторным элементам гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. Биомедицинская химия, 2007, т. 53. 547-556
Различия в связывании ядерных белков из отличающи хся по устойчивости к хлорохину штаммов P.berghei с олигонуклеотидами, соответствующими регуляторным элементам mdr1 гена Панкова Т.Г., Игонина Т.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И. B EXP BIOL MED+, 2006, т.141, N 3, с.283-286.
An effect of the microsporidian Vairimorpha ephestiae (Microsporidia: Burenellidae) on activity and spectrum of nonspecific esterases in different tissues of the greater wax moth galleria mellonella (Lepidoptera: Pyralidae) larvae Vorontsova Ia.L., Ershov N.I., Glupov V.V. Паразитология, 2006, 40(1): 74-84
1999
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
Initiation Factors Ponomarenko M., Savinkova L., Ponomarenko P., Kolchanov N.
2017
Hogness Box Ponomarenko M., Mironova V., Gunbin K., Ponomarenko P., Suslov V., Savinkova L.
2013
Hogness Box. Ponomarenko M, Mironova V, Gunbin K, Savinkova L
Initiation Factors. Ponomarenko M, Savinkova L, Kolchanov N
Конференции
2024
Проблемы хромосомного и геномного анализа немодельных организмов с нестандартной организацией кариотипа и генома Задесенец К.С., Ершов Н.И., Рубцов Н.Б. ХIX Всероссийский симпозиум «Структура и функции клеточного ядра»
Необычные варианты геномной и кариотипической эволюции у эукариот Задесенец К.С., Ершов Н.И., Рубцов Н.Б. VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы
Онтологический подход к анализу дифференциальной экспрессии генов на основе больших транскриптомных данных Ощепков Д.Ю., Чадаева И.В. , Кожемякина Р.В., Золотарева К., Хандаев Б., Шарыпова Е.Б., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Редина О.Е., Колосова Н.Г., Назаренко М., Колчанов Н.А., Маркель А.Л., Пономаренко М.П. Международный Конгресс «VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы»
MOUSE REPEATED AGGRESSION PARADIGM: DEPRIVATION FROM FIGHTING RESULTS IN HEIGHTENED ANXIETY AND AGGRESSION IN MALE CD1 MICE A.S. Mutovina, К.А. Ayriyants, A.А. Sapronova, P.E. Kisaretova, N.P. Bondar 30th International "Stress and Behavior" Neuroscience and Biopsychiatry Conference
2023
Кариотип и геном Macrostomum lignano: необычный результат кариотипической и геномной эволюции после полногеномной дупликации Задесенец К.С.,Ершов Н.И.,Бондарь Н.П.,Рубцов Н.Б. INTERNATIONAL CONFERENCE CHROMOSOME 2023
2022
Domestication explains 2/3 of differential gene expression variance between domestic and wild animals; the remaining 1/3 reflects intraspecific and interspecific variation Irina Chadaeva, Petr Ponomarenko, Rimma Kozhemyakina, Valentin Suslov, Anton Bogomolov, Natalya Klimova, Svetlana Shikhevich, Ludmila Savinkova, Dmitry Oshchepkov, Nikolay A. Kolchanov, Arcady Markel, Mikhail Ponomarenko Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
Формирование глюкокортикоидной резистентности в отделах головного мозга при хроническом социальном стрессе у мышей: молекулярные механизмы Н.П. Бондарь, А.С. Шулюпова, Н.И. Ершов, П.Э. Кисаретова, Н.Г. Созонов, А.А. Сапронова III Объединенный научный форум физиологов, биохимиков и молекулярных биологов/VII Съезд физиологов СНГ
Влияние введения бактериального и вирусного миметиков на развитие, социальное и индивидуальное поведение мышей линии BTBR Айриянц К.А., Межлумян Е.В., Мутовина А.С., Колесникова М.М., Рябушкина Ю.А., Сапронова А.А., Решетников В.В. XIX Всероссийская молодёжная школа-конференция по актуальным проблемам химии и биологии
H3K4me3 epigenetic signatures in social defeat stress of varying duration Polina Kisaretova, Vasiliy Reshetnikov, Nikita Ershov, Natalia Zhukova, Natalia Bondar 13th FENS Forum of Neuroscience 2022
Изменения транскриптома префронтальной коры и дорсальных ядер шва у мышей с опытом хронического стресса социальных поражений: эффект дексаметазона Кисаретова П.Э., Шулюпова А.С., Сапронова А.А., Бондарь Н.П. VIII Молодёжная Школа-Конференция по молекулярной биологии и генетическим технологиям Института цитологии РАН
Влияние опыта раннего постнатального стресса на стресс-реактивность мышей линии BTBR Айриянц К.А., Сапронова А.М., Иванчихина А.А., Бондарь Н.П., Решетников В.В. VIII Молодёжная Школа-Конференция по молекулярной биологии и генетическим технологиям Института цитологии РАН
Влияние острого введения LPS и Poly I:C на экспрессию провоспалительных генов в мозге самцов мышей линии BTBR и C57Bl/6 А.С. Мутовина, К.А. Айриянц, Е.В. Межлумян, М.М. Колесникова, А.А. Сапронова, Ю.Н. Хантакова, Ю.А. Рябушкина, В.В. Решетников XIX Всероссийская молодёжная школа-конференция по актуальным проблемам химии и биологии
Влияние индукции раннего постнатального воспаления на показатели крови самцов мышей линий С57Bl/6 и BTBR Е.В. Межлумян, К.А. Айриянц, А.С. Мутовина, М.М. Колесникова, Ю.А. Рябушкина, А.А. Сапронова, Ю.Н. Хантакова, В.В. Решетников XIX Всероссийская молодёжная школа-конференция по актуальным проблемам химии и биологии
2020
Genome and karyotype evolution after whole genome duplication in free-living flatworms of the genus Macrostomum. Zadesenets K., Ershov N., Oshchepkov D., Berezikov E., Schaerer L., Rubtsov N.B. BGRS/SB-2020. July 6-10, 2020 Novosibirsk
Dynamic regulation of murine cortical transcriptome by early-life stress: Impairment of myelination and cognitive functions N.P. Bondar, A.S. Shulyupova, P.E. Kisaretova, N.I. Ershov,
E.V. Antontseva, T.I. Merkulova BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, Symposium “Cognitive Science and Genomics” (CSGB- 2020)
МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА ПРИРОДНОГО ОРГАНИЧЕСКОГО ВЕЩЕСТВА ИЗ ПОТОКА РАССЕЯНИЯ ВЫСОКОСУЛЬФИДНОГО ХВОСТОХРАНИЛИЩА А.С. Розанов, И.Н. Мягкая, Н.И. Ершов, Б.Ю. Сарыг-оол, М.А. Густайтис, А.А. Шипова, В.С. Ушаков, Е.В. Лазарева, С.Е. Пельтек VII МЕЖДУНАРОДНАЯ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ «БИОТЕХНОЛОГИЯ: НАУКА И ПРАКТИКА»
2019
ПРОГНОЗЫ И ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЕ ОПРЕДЕЛЕНИЕ IN VITRO ВЛИЯНИЯ НЕАННОТИРОВАННЫХ SNPs ПРОМОТОРОВ ЭРИТРОИДНЫХ ГЕНОВ НА АФФИННОСТЬ ТВР/ТАТА И КОГНИТИВНЫЕ НАРУШЕНИЯ Е.Б.Шарыпова, И.А. Драчкова, И.В.Чадаева, М.П.Пономаренко, Л.К.Савинкова VIII Научно-практическая конференция с международным участием "Генетика - фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции"
Early-life stress increases susceptibility to social defeat stress in adults and causes long-lasting transcriptional and epigenetic alterations: Evidence from RNA-seq and H3K4me3-based chromatin immunoprecipitation with sequencing Vasiliy Reshetnikov, Nikita Ershov, Polina Kisaretova,
Natalia Bondar 10th IBRO World Congress of Neuroscience (IBRO 2019)
Эволюция генома макростомид: полногеномная дупликация, дестабилизация и последующая редиплоидизация генома Задесенец К.С., Ершов Н.И., Рубцов Н.Б. VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС).
Genome reorganization after whole genome duplication in evolution of free-living flatworms of the genus Macrostomum Zadesenets K., Ershov N., Jetybayev I., Berezikov E., Schaerer L., Rubtsov N. International Conference on Polyploidy
Stress early in life alters the murine cortical transcriptome in age-dependent manner N.P. Bondar, N.I. Ershov, A.S. Shulyupova, P.E. Kisaretova, V.V. Reshetnikov, Yu.A. Ryabushkina, T.I. Merkulova 48th Meeting of the European Brain and Behaviour Society
Morris water maze performance correlates with gene expression in the
hippocampus: A transcriptome analysis Кисаретова Полина Эдуардовна, Шулюпова Анастасия Сергеевна, Иванчихина Анна Михайловна, Климова Наталья Викторовна, Ершов Никита Игоревич, Решетников Василий Владимирович, Меркулова Татьяна Ивановна, Бондарь Наталья Петровна The 10th IBRO World Congress of Neuroscience
Различия в проявлении пространственной памяти у мышей: роль экспрессии генов в гиппокампе Кисаретова Полина Эдуардовна, Шулюпова Анастасия Сергеевна, Иванчихина Анна Михайловна, Климова Наталья Викторовна, Ершов Никита Игоревич, Решетников Василий Владимирович, Меркулова Татьяна Ивановна, Бондарь Наталья Петровна XVIII Конференции-школы с международным участием «Актуальные проблемы биологии развития»
Early life stress leads to enhanced susceptibility to social stress in adult male C57BL/6 mice Кисаретова Полина Эдуардовна, Решетников Василий Владимирович, Ершов Никита Игоревич, Бондарь Наталья Петровна 11th International Young Scientists School “Systems Biology and Bioinformatics” – SBB-2019
ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ ДЛЯ ХАРАКТЕРИСТИКИ БИОРЕСУРСОВ Пельтек С.Е. , Старостин К.В., Ершов Н., Ефимов В.М., Шляхтун В.Н., Мещерякова И. А., Банникова С. В., Розанов А. С., Брянская А.В., Демидов Е.А. МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ,И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»
2018
Whole genome duplication in genome evolution of the free-living flatworm Macrostomum lignano (Platyhelmnithes, Turbellaria) Zadesenets K., Ershov N., Schärer L., Berezikov E., Rubtsov N.B. XIV ISFB
WGD in genome evolution of the free-living flatworm Macrostomum lignano Zadesenets K.S., Ershov N.I., Schärer L., Berezikov E., Rubtsov N.B. 22th International Chromosome Conference
Consequences of early life stress in mice: transcriptional and epigenetic hallmarks in frontal cortex and hippocampus N.P. Bondar, A.A. Lepeshko, N.I. Ershov, V.V. Reshetnikov, Yu.A. Ryabushkina, T.I. Merkulova The 11th International Conference BGRS\SB-2018. Simposium Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB-2018
The long-term consequences of early-life dexamethasone treatment on the cognitive ability of male mice and gene expression in the hippocampus U.I. Batluk, K.V. Burdeeva, A.O. Degtyareva, O.M. Dolganova, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, N.P. Bondar The 11th International Conference BGRS\SB-2018. Simposium Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB-2018
Inferring phylogeny among cryptic lineages of Eisenia nordenskioldi nordenskioldi (Lumbricidae) based on transcriptomic data Shekhovtsov S.V., Ershov N.I., Vasiliev G.N., Peltek S.E. Biodiversity: Genomics and Evolution (BioGenEvo-2018)
The comparison of brain stem transcriptomes in rats from hypertensive ISIAH and normotensive WAG strains L.A.Fedoseeva, L.O.Klimov, N.I.Ershov, V.M.Efimov, A.L.Markel, Y.L.Orlov, O.E.Redina Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
Detoxification system of the food-borne parasite Opisthorchis felineus, Rivolta 1884: functional and bioinformatic studies Maria Y. Pakharukova, Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov 14th International Congress of Parasitology (ICOPA)
Comparative transcriptomics of Opisthorchiidae liver flukes Maria Y. Pakharukova, Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov 14th International Congress of Parasitology (ICOPA)
Поиск молекулярных терапевтических мишеней среди белков системы биотрансформации ксенобиотиков у описторхид Пахарукова М.Ю., Ершов Н.И., А.В. Ковнер, В.А. Мордвинов СОВРЕМЕННАЯ ПАРАЗИТОЛОГИЯ — ОСНОВНЫЕ ТРЕНДЫ И ВЫЗОВЫ. Материалы VI Съезда Паразитологического общества: Международная конференция:
Opisthorchiidae triad: comparative genomics of the carcinogenic liver flukes using a draft genome of Opisthorchis felineus Viatcheslav A. Mordvinov, Nikita I. Ershov, Mariya Y. Pakharukova, Dmitry A. Afonnikov 14th International Congress of Parasitology (ICOPA)
Геном печеночного сосальщика Opisthorchis felineus (Rivolta, 1884) и сравнительная геномика описторхид Мордвинов В.А., Пахарукова М.Ю., Ершов Н.И. СОВРЕМЕННАЯ ПАРАЗИТОЛОГИЯ — ОСНОВНЫЕ ТРЕНДЫ И ВЫЗОВЫ. Материалы VI Съезда Паразитологического общества: Международная конференция:
Comparative transcriptomics of Opisthorchiidae liver flukes: identification of potential therapeutic targets in detoxification system Maria Y. Pakharukova, Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov 28th Annual Meeting of the German Society for Parasitology
An integrative framework for effective identification of functional disease-associated variants in genome-wide studies E. Korbolina, L. Bryzgalov, A. Degtyareva, M. Verstunina, T. Merkulova Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium (21-22 Aug. 2018, Novosibirsk, Russia)
New regulatory SNP associated with colorectal cancer E. Leberfarb,
A. Degtyareva, V. Maximov, M. Voevoda, A. Autenshlus, D. Morozov,
A. Sokolov, D. Veselova, S. Bannikova, E. Demidov, L. Bryzgalov, T. Merkulova 11-я Международная мультиконференция по биоинфорBioinformatics of Genome Regulation and Structure Systems Biology — BGRSSB-2018
Transcriptional and epigenetic consequences of early life stress on murine frontal cortex N.P. Bondar, A.A. Lepeshko, N.I. Ershov, V.V. Reshetnikov, Yu.A. Ryabushkina, A.S. Shulyupova, T.I. Merkulova Latest Advances in Development & Function of Neuronal Circuits, Cold Spring Harbor Asia conference
2017
Компьютерное моделирование низкомолекулярных ингибиторов эффекторного домена смерти белка FADD Иванисенко Н.В. Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития
Изучение эволюции генома свободноживущего плоского червя Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) с помощью высокопроизводительного секвенирования микродиссекционных ДНК-библиотек Задесенец КС, Березиков Е, Ершов НИ, Тупикин АЕ, Кабилов МР, Рубцов НБ. Высокопроизводительное секвенирование в геномике
КАНДИДАТНЫЕ SNP-МАРКЕРЫ ТАТА БОКСОВ ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА ДЛЯ РЕПРОДУКТИВНОГО ПОТЕНЦИАЛА М. Пономаренко, И. Чадаева, Д. Рассказов, Е. Шарыпова, И. Драчкова, Е. Кашина, Л.К. Савинкова, П. Пономаренко, Л.В. Осадчук, А.В. Осадчук БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
Long-lasting consequences of early life stress in mice: changes in gene expression and H3K4me3 profile. Bondar N.P. , Reshetnikov V.V., Studenikina A.A., Ryabushkina Yu.A., Lepeshko A.A., Ershov N.I., Merkulova T.I. 2017 Annual Meeting, Genes, Brain and Behavior
Early life stress promotes the changes in whole-genome distribution of H3K4me3 in prefrontal cortex of adult mice. Bondar N.P., Ershov N.I., Lepeshko A.A., Reshetnikov V.V., Ryabushkina Yu.A., Merkulova T.I. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева
The impact of early life stress on distribution of H3K4Me3 histone modification in murine prefrontal cortex: the role in gene expression. V.V. Reshetnikov, A.A. Lepeshko, N.I. Ershov, Yu.A. Ryabushkina, A.A. Studenikina, N.P. Bondar, T.I. Merkulova 24th Multidisciplinary international neuroscience and biological psychiatry "stress and behavior" conference
Генетический контроль уровня норадреналина в гипоталамусе крыс НИСАГ и сцепленных с ним признаков О.Е. Редина, С.Э. Смоленская, Н.И. Ершов, М.А. Гилинский, Е.В. Антонов, А.Л. Маркель Международная конференция «Беляевские чтения», посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
The hidden tetraploidy in the M. lignano genome Zadesenets KS, Ershov NI, Schaerer L, Berezikov E, Rubtsov NB 11th Macrostomum Meeting
КОМБИНАТОРНАЯ ТЕРАПИЯ ОПИСТОРХОЗА: ЭФФЕКТЫ ВОЗДЕЙСТВИЯ НА МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МИШЕНИ IN VITRO Пахарукова М.Ю., Ершов Н.И., Трипати Т., Мордвинов В.А. МЕЖДУНАРОДНОЙ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКОЙ КОНФЕРЕНЦИИ «МОЛЕКУЛЫ И СИСТЕМЫ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ И АДРЕСНОЙ ТЕРАПИИ»
The Genome of Opisthorchis felineus N. Ershov, M. Pomaznoy, D. Afonnikov, K. Gunbin, M. Genaev, K. Ustiantsev, M. Pakharukova, E. Prokhortchouk, A. Mazur, N. Chekanov, K. Skryabin, N. Kolchanov, et al., V. Mordvinov Asian Neglected Tropical Disease Conference 2017 (NTDASIA2017)
Comparative transcriptomics of Opisthorchiidae liver flukes Ershov NI, Pakharukova MY, Afonnikov DA, Kovner A, Mordvinov VA Swiss TPH Winter Symposium 2017 Helminth Infection – from Transmission to Control, TOPIC WORKING GROUP MEETING
2016
Влияние SNP rs201381696 ТАТА бокса гена LEP человека на экспрессию репортерного гена LUC Шарыпова ЕБ, Кашина ЕВ, Аркова ОВ, Бондарь НП, Аршинова ТВ, Пономаренко ПМ, Пономаренко МП, Савинкова ЛК BGRS 2016
Genetic and molecular mechanisms crucial for hypertension development in the ISIAH rats. O.E. Redina, L.O. Klimov, M.A. Ryazanova, L.A. Fedoseeva, T.O. Abramova, Yu.V. Alexandrovich, S.E. Smolenskaya, Ye.V. Antonov, N.I. Ershov, V.M. Efimov, A.L. Markel. Десятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology), BGRS\SB-2016.
Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of hereditary diseases predicted by a significant alteration in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, E.B. Sharypova, I.V. Chadaeva, P.M. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov BGRS\SB-2016: the International Satellite Symposium “Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2016"
The opposing effects of short- and long-term social stress on prefrontal cortex transcriptome N.P. Bondar, L.O. Bryzgalov, N.E. Ershov, F.E. Gusev, V.V. Reshetnikov, D.F. Avgustinovich, M.V. Tenditnik, E.I. Rogaev, T.I. Merkulova BGRS\SB-2016, Symposium «Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics” (CSGB- 2016)
The gene-expression profile of renal cortex in rats with inherited stress-induced arterial hypertension (ISIAH). Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Arcady L Markel, Olga E. Redina. Hypertension Seoul 2016
Comparative transcriptional profiling of hypothalamus in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension and normotensive Wistar Albino Glaxo rats Leonid Klimov, Nikita Ershov, Vadim Efimov, Arcady Markel, Olga Redina Hypertension Seoul 2016
Влияние раннего постнатального стресса на профиль распределения метки активного хроматина H3K4me3 Решетников В.В.,Лепешко А.А., Ершов Н.И., Студеникина А.А., Бондарь Н.П. VII Международная школа молодых ученых по молекулярной генетике «Геномика и биология живых существ»
CHANGES IN THE BRAIN TRANSCRIPTOME OF OXYS RATS AS THE SIGNS OF ALZHEIMER’S DISEASE DEVELOP AND EFFECTS OF SKQ1 N.A. Stefanova, N.I. Ershov, N.A. Muraleva, N.G. Kolosova BGRS-2016 and Structure\ Systems Biology — BGRS\SB-2016 Symposium Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2016)
2015
Ассоциированные с ожирением потенциальные SNP-маркеры rs200487063, rs34104384, и rs201381696 изменяют сродство ТАТА-связывающего белка к промотору гена LEP человека Аркова О.В., Рассказов Д.А., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна, Пономаренко Михаил Павлович, Аршинова Татьяна Валентиновна, Савинкова Людмила Кузьминична 7 съезд Российского общества медицинских генетиков
Выявление и функциональный анализ регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстого кишечника Леберфарб Е.Ю., Брызгалов Л.О., Брусенцов И.И., Дегтярева А.О., Меркулова Т.И. VII Съезд Российского общества медицинских генетиков
Identification of functional networks associated with cell death in the retina of OXYS rats during the development of retinopathy D.V.Telegina, E.E. Korbolina, N.I. Ershov, O.S. Kozhevnikova The 7th International Young Scientists School "Systems Biology and bioinformatics" SBB-15
Adult and infective stages of the trematode Opisthorchis felineus: different hosts – different transcriptomes. Михаил Помазной, Мария Логачева, Нил Янг, Алексей Пенин, Никита Ершов, Алексей Катохин, Вячеслав Мордвинов Infectious Disease Genomics
2014
Annotations in silico of 388 SNPs of the core-promoters of 68 human feeding behavior genes in terms of their potential associations with nervous disorders Ponomarenko M.P., Arkova O.V., Saik O.V., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Rasskazov D.A., Genaev M.A., Komyshev E.G., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. BGRS\SB-2014
EXPERIMENTALLY VERIFIED TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES MODELS APPLIED FOR COMPUTATIONAL ANALYSIS OF CHIP-SEQ DATA. D.Y. Oshchepkov, V.G. Levitsky, I.V. Kulakovskiy, N.I. Ershov, V.J. Makeev, T.I. Merkulova. BGRS\SB-2014
MOLECULAR MECHANISMS OF METABOLISM, EXCRETION AND DRUG TOLERANCE IN HUMAN LIVER FLUKE OPISTHORCHIS FELINEUS Maria Y. Pakharukova1*, Nikita I. Ershov1, Darya S. Pirozhkova1, Valentin A. Vavilin2, Kira S. Zadesenets1, Tatiana G. Duzhak3, Viatcheslav A. Mordvinov1 International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
The use of 3D-chromatin structure data to predict novel genes associated with the development of depression. N.P. Bondar*, L.O. Bryzgalov, N.I. Ershov, M.Yu. Matveeva Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014/International Symposium “Human Genetics”
Annotations in silico of 388 SNPs of the core-promoters of 68 human feeding behavior genes Ponomarenko M., Arkova O., Saik O., Drachkova I., Arshinova T., Ponomarenko P., Rasskazov D., Genaev M., Komyshev E.G, Savinkova L., Kolchanov N.A. BGRS\SB-2014
2013
Comparative analysis of rat retinal transcriptome using RNA-Seq: effects of aging and AMD-like retinopathy O. S. Kozhevnikova, E. E. Korbolina, N. I. Ershov, N. G. Kolosova FEBS Congress
Xenobiotic-metabolizing system phase 1 in Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes). Pakharukova M., Ershov N., Vavilin V., Zadesenets K., Duzhak T., Merkulova T., Mordvinov V. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”
Research of the mechanisms of praziquantel action on fluke Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes). Pakharukova M., Ershov N., Shilov A., Katokhin A., Mordvinov V. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”
Xenobiotic-metabolizing system in flukes with focus on phase 1 in Opisthorchis felineus. Pakharukova M, Ershov N, Vavilin V, Zadesenets K, Duzhak T, Merkulova T, Mordvinov V. WAAVP 2013: 24TH INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE WORLD ASSOCIATION FOR THE ADVANCEMENT OF VETERINARY PARASITOLOGY
Общие представления о системе метаболизма ксенобиотиков у трематод: характеристика фазы I, II, III биотрансформации O. felineus. Пахарукова М.Ю., Ершов Н.И., Задесенец К.С., Дужак Т.Г., Вавилин В.А., Мордвинов В.А. V Всероссийский Съезд (05ВСПО) Паразитологического общества РАН
Выявление патофизиологических механизмов преэклампсии методом полногеномного анализа экспрессии Трифонова Е.А., Ершов Н.И., Ворожищева А.Ю., Степанов В.А. High-throughput Sequencing in Genomics
2012
WHOLE GENOME ANALYSIS OF THE DEVELOPMENT GENES REGULATED BY TRANSCRIPTION FACTORS IN MICE AND D. RERIO USING THE CHIP-SEQ TECHNOLOGY Orlov Yu., Ershov N., Vinata S., Kondrikhin I., Matavan I., Afonnikov D., Kolchanov N. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).
Organization of xenobiotic-metabolizing system phase 1 in Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes) Мaria Y. Pakharukova, Nikita I. Ershov, Valentin А. Vavilin, Kira Zadesenets, Alexei V. Katokhin, Tatiana I. Merkulova, Viatcheslav A. Mordvinov 12th International Symposium on Flatworm Biology
Organization of xenobiotic-metabolizing system phase 1 in Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes). Maria Y. Pakharukova, Nikita I. Ershov, Valentin A. Vavilin, Alexei V. Katokhin, Tatiana G. Duzhak, Tatiana I. Merkulova, Viatcheslav A. Mordvinov The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
Experimental examining of prognoses in silico TBP binding to TATA box with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Ponomarenko M.P., Arshinova T.V., Kolchanov N.A. The eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy I.V., Makeev V.J. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data. V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy, Makeev V.J. SysPatho workshop «Systems biology and medicine»
2011
Влияние полиморфизмов ТАТА-боксов, ассоциированных с наследственными заболеваниями человека, на взаимодействие с hТВР Драчкова И.А.. Савинкова Л.К., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. II-nd International conference Physico-Chemical Biology dedicated to the 85th anniversary of academician Dmitri G. Knorre.
Анализ данных массовой иммунопреципитации хроматина с помощью экспериментально верифицированных методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA Ощепков Д. Ю., Левицкий В. Г. , Кулаковский И. В., Ершов Н. И., Васильев Г.В., Меркулова Т. И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
ЦИТОХРОМ P450 У ПАРАЗИТИЧЕСКИХ ПЛОСКИХ ЧЕРВЕЙ НА ПРИМЕРЕ ВОЗБУДИТЕЛЯ ОПИСТОРХОЗА OPISTHORCHIS FELINEUS М.Ю. Пахарукова, Н.И. Ершов, В.А. Вавилин, Е.В. Воронцова, А.В. Катохин, Т.И. Меркулова, В.А. Мордвинов II международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
Идентификация ортологов рецептора тиреоидного гормона у плоских червей Opisthorchis felineus. Воронцова Е.В., Пахарукова М.Ю., Ершов Н.И., Катохин А.В., Меркулова Т.И., Мордвинов В.А. II международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
Выявление регуляторных SNP, ассоциированных с различными заболеваниями, с использованием данных ChIP-seq. Меркулова Т.И., Антонцева Е.В., Брызгалов Л.О., Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Васильев Г.В., Драчкова И.А., Матвеева М.Ю., Колчанов Н.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияние мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Савинкова Л.К., Захаренко Л.П., Пинтус С.С., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН. № 11. “Биологическое разнообразие”. Подпрограмма “Генофонды и генетическое разнообразие”. Сборник материалов. – Москва: ИОГен. 2011. С. 100-104.
2010
prognosis and verification of the TATA SNP effects V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, I.A. Drachkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
SNPs in the hiv-1 TATA box and the aids pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
ТАТА-боксы вносят вклад в норму реакции Суслов В.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
SNP ТАТА-бокса ВИЧ-1 и пандемия СПИД Суслов В.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Ефимов В.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Проблемы экологии. Чтения памяти проф. М.М.Кожова. Иркутск, 2010
SNPs IN THE HIV-1 TATA BOX AND THE AIDS PANDEMIC V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov (6) IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky Crimean meeting."Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution".
«Прогноз и экспериментальная проверка изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам промотров генов человека, содержащим полиморфизмы». – Драчкова ИА., Пономаренко РМ., Пономаренко МП., Аршинова ТВ., Савинкова ЛК., Колчанов НА. «Первые Международные Беккеровские чтения» (27-29 мая 2010)
Experimental verification of the prognosis human TBP/TATA affinity change as a result of polymorphisms associated with hereditary pathologies I.A. Drachkova., P.M. Ponomarenko., T.V. Arshinova., M.P. Ponomarenko., L.K. Savinkova., N.A. Kolchanov. BGRS
Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
2009
Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control. N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin. 34th FEBS Congress.
Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с контролем пролиферации Меркулова Т.И., Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Пахарукова М.Ю., Кропачев К.Ю., Пивоварова Е.Н., Каледин В.И. V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров.
2008
the precise equilibrium equation of TBP/TATA-binding predicts human familial diseases upon mutations Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Drachkova I.A., Lysova M.V., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Транскрипционные факторы FOXA как потенциальные опухолевые супрессоры в печени Т.И. Меркулова, Л.О. Брызгалов, Н.И. Ершов, Д.Ю. Ощепков, М.Ю. Пахарукова, К.Ю. Кропачев, В.И. Каледин Всероссийская конференция "Молекулярная онкология", г. Новосибирск
Транскрипционные факторы FOXA как потенциальные опухолевые супрессоры в печени Т.И. Меркулова, Л.О. Брызгалов, Н.И. Ершов, Д.Ю. Ощепков, М.Ю. Пахарукова, К.Ю. Кропачев, В.И. Каледин. Всероссийская конференция с международным участием "Молекулярная онкология"
2007
ПОВЫШЕННАЯ ДНК-СВЯЗЫВАЮЩАЯ АКТИВНОСТЬ TATA-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА В ЭКСТРАКТАХ ЯДЕР ПЕРЕВИВАЕМЫХ ОПУХОЛЕЙ ПЕЧЕНИ И ЛЕГКОГО МЫШЕЙ Лысова М.В., Аршинова Т.В., Драчкова И.А., Каледин В.И., Савинкова Л.К. II Cъезд Общества клеточной биологии совместно с Юбилейной конференцией, посвященной 50-летию Института цитологии РАН. Санкт-Петербург, 16 - 19 октября 2007
2006
Взаимодействие белков транскрипционного комплекса РНК-полимеразы II с олигорибонуклеотидами Драчкова И.А., Репкова М.Н., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Савинкова Л.К. Международная конференция "Физико-химическая биология", посвященная 80-летию со дня рождения академика Д.Г. Кнорре. Новосибирск, июль 2006
Гранты
2021
Формирование глюкокортикоидной резистентности в дорзальных ядрах шва среднего мозга при хроническом социальном стрессе и ее коррекция с помощью антидепрессантов РНФ, номер гранта 21-15-00142
2020
Роль вспомогательных репродуктивных технологий в развитии расстройств аутистического спектра у потомков РФФИ, номер гранта 20-015-00162 А
2019
Выяснение эпигенетических механизмов отсроченного влияния раннего постнатального стресса на формирование когнитивных расстройств у взрослых особей (продление) РНФ, номер гранта 16-15-10131
2018
Полногеномный поиск регуляторных SNPs, связанных с развитием онкологических заболеваний, на основании комплексного анализа аллель-специфических событий в экспериментальных данных ChIP-seq и RNA-seq РФФИ, номер гранта 18-29-09041 мк
Влияние стресса в ранний период жизни на формирование чувствительности к хроническому социальному стрессу во взрослом возрасте у мышей РФФИ, номер гранта 18-34-00603
2017
Оценочная функция ранжирования результатов молекулярного докинга и ее применение для дизайна ингибиторов дигидродипиколинат синтазы (DapA) из Mycobacterium tuberculosis и супероксиддисмутазы (SOD1), ассоциированной с боковым амиотрофическим склерозом человека РФФИ, номер гранта 17-54-49004
2016
Выяснение эпигенетических механизмов отсроченного влияния раннего постнатального стресса на формирование когнитивных расстройств у взрослых особей РНФ, номер гранта 16-15-10131
Функциональное исследование систем метаболизма и транспорта ксенобиотиков трематоды Opisthorchis felineus РФФИ, номер гранта 16-04-00356
2015
Функциональные свойства ферментов системы эксцизионной репарации оснований ДНК, содержащих природные и искусственные мутации РФФИ, номер гранта 16-04-00037 А
Выявление и функциональный анализ регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстого кишечника с использованием доступных данных ChIP-seq, ChIA-PET и RNA-seq РФФИ, номер гранта 15-04-05780 А
Выявление молекулярно-генетических предпосылок развития ранних нейродегенеративных изменений в мозге и сетчатке РФФИ, номер гранта 15-04-06066 А
2014
Поиск функционально значимых полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов человека и их комплексное экспериментальное изучение РФФИ, номер гранта 14-04-00485а
Генетика гипертензивных состояний: исследование и анализ транскриптома почки, надпочечника и отделов мозга у крыс линии НИСАГ со стресс-чувствительной артериальной гипертонией, поиск новых молекулярных мишеней для терапии и профилактики РНФ, номер гранта 14-15-00118
Поиск функционально значимых полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов человека и их комплексное экспериментальное изучение РФФИ, номер гранта 14-04-00485
2013
Реконструкция молекулярно-генетического аппарата секреторного комплекса возбудителя описторхоза Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes) РФФИ, номер гранта 13-04-00662 А
Компьютерно-экспериментальное исследование по идентификации генов и функционированию экскреторно-секреторного комплекса паразитов Opisthorchiidae РФФИ, номер гранта № 1304-00662a
Анализ данных полногеномных исследований с целью выявления новых генов, участвующих в механизмах развития депрессивных состояний РФФИ, номер гранта № 13-04-01077
Полногеномный поиск SNPs, способствующих возникновению активирующих мутаций, для формирования новой группы маркёров предрасположенности к канцерогенезу Президиум РАН, номер гранта 23
2011
Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий Министерство образования и науки РФ, номер гранта 16.512.11.2274
Экспериментально-компьютерное исследование механизмов метаболизма ксенобиотиков у печеночных сосальщиков семейства Opisthorchiidae Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 11-04-01333a
Раннее выявление мутаций в генах EGFR и K-Ras для диагностики и развития персонализированных методов лечения немелкоклеточного рака легких Президиум РАН, номер гранта 23
2010
Экспериментально-теоретическое исследование связанных с различными заболеваниями полиморфизмов ТАТА-боксов и их ближайшего окружения в промоторах генов человека РФФИ, номер гранта 10-04-00462-а
Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 02.740.11. 0705
2009
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
Изучение конкурентных взаимоотношений транскрипционных факторов семейства Fox в регуляции экспресии генов печени и их роли в гепатоканцерогенезе РФФИ, номер гранта 09-04-00562-а
2008
Поиск генов, контролирующих реакцию организма при эмоциональном стрессе, и изучение их экспрессии на модели крыс НИСАГ с наследуемой индуцируемой стрессом артериальной гипертензией РФФИ, номер гранта 08-04-01048
2006
Интегральные механизмы регуляции липидного обмена и воспалительного ответа в макрофагах: роль ядерных гормональных рецепторов РФФИ, номер гранта 06-04-48273
Изучение антионкогенных свойств факторов транскрипции HNF3 в печени мышей и крыс и выяснение механизмов, обеспечивающих снижение активности этих факторов под действием гепатоканцерогенных соединений Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 06-04-48575a
2005
Изучение генетической детерминации уровня артериального давления в покое и в условиях эмоционального стресса на модели крыс НИСАГ с наследуемой индуцируемой стрессом артериальной гипертензией РФФИ, номер гранта 05-04-48567
Научное руководство
2021
Влияние ассоциированных с наследственными заболеваниями однонуклеотидных замен в ТАТА-боксах на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Драчкова Ирина Альбертовна Молекулярная биология, 2021-06-25
2018
Изучение потенциально функционально значимых полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов липидного метаболизма человека» Аркова Ольга Владимировна Генетика, 2018-02-14
2017
Компьютерно-экспериментальное изучение влияния SNPs кор-промоторов генов ожирения на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком человека Полякова Алена Александровна 2017-05-28
2012
Анализ взаимодействия ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами, полиморфные варианты которых ассоциированы с сердечно-сосудистыми заболеваниями человека Аркова Ольга Владимировна Генетика, 2012-05-06
2010
Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2010-06-10
2008
Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2008-06-18
Патенты
2023
«База данных дифференциально экспрессирующихся генов крыс как модельных объектов заболеваний человека (RatDEGdb) /A database of differentially expressed genes in rats as model objects for human diseases (RatDEGdb)» Чадаева И.В., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. Номер патента 2023623888