 |
 |
|
Система учета научной деятельности (ASSA) |
|
|
|
 |
|
 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Сектор регуляторной компьютерной геномики (т.171)Лаборатория эволюционной биоинформатики и теоретической генетики (т.14)
Научные результаты Сотрудники Вишневский Олег Владимирович [ведущий программист] Игнатьева Елена Васильевна [старший научный сотрудник] Подколодная Ольга Александровна [старший научный сотрудник] Чадаева Ирина Витальевна [младший научный сотрудник] СовместителиПодколодный Николай Леонтьевич [ведущий специалист - аналитик]Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода: 93 94 95 96 97 98 99 00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты
|
| 2023 | The context signals
of mitochondrial miRNAs (mitomiRs) of mammals O.V. Vishnevsky, P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):819-825
|
| Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
|
|
| Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
|
|
| 2022 | Stress reactivity, susceptibility to hypertension, and differential expression of genes in hypertensive compared to normotensive patients Oshchepkov D, Chadaeva I, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Khandaev B, Sharypova E, Ponomarenko P, Bogomolov A, Klimova NV, Shikhevich S, Redina O, Kolosova NG, Nazarenko M, Kolchanov NA, Markel A, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, 5, 23, Article number 2835
|
| Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека. Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 1, 26, 96-108
|
|
| An experimental study of the effects of SNPs in the TATA boxes of the GRIN1, ASCL3 and NOS1 genes on interactions with the TATA-binding protein. Sharypova E.B., Drachkova I.A., Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 3, 26, 227-233
|
|
| Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
|
|
| Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. INT J MOL SCI, 2022, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(20), 12269
|
|
| Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 8, 26, 798-805
|
|
| On a Numerical Model of a Circadian Oscillator A. A Akinshin, N. B Ayupova, V. P Golubyatnikov, N. E Kirillova, O. A Podkolodnaya, and N. L Podkolodnyy Numerical Analysis and Applications, 2022, Vol. 15, No. 3, pp. 187–196
|
|
| 2021 | Autophagy genes expression profiling in secondary glioblastoma cells transcriptome Gubanova N., Bragin A., Vasiliev G., Babenko V., Ponomarenko M., Orlov Y. Cell Death Discovery, 2021, 7 (SUPPL 1), pp.5-5
|
| A bioinformatics model of human diseases on the basis of differentially expressed genes (of domestic versus wild animals) that are orthologs of human genes associated with reproductive-potential changes. Vasiliev G, Chadaeva I, Rasskazov D, Ponomarenko P, Sharypova E, Drachkova I, Bogomolov A, Savinkova L, Ponomarenko M, Kolchanov N, Osadchuk A, Oshchepkov D, Osadchuk L. INT J MOL SCI, 2021, 5, 22, 2346
|
|
| Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. Frontiers in Genetics, 2021, V. 12. Article number 610774.
|
|
| Domestication explains two-thirds of differential-gene-expression variance between domestic and wild animals; the remaining one-third reflects intraspecific and interspecific variation Chadaeva I, Ponomarenko P, Kozhemyakina R, Suslov V, Bogomolov A, Klimova N, Shikhevich S, Savinkova L, Oshchepkov D, Kolchanov N, Markel A, Ponomarenko M. Animals, 2021, V. 11. N. 9. Article number 2667.
|
|
| Об условиях существования циклов в двух базовых моделях циркадного осциллятора млекопитающих Голубятников В. П., Подколодная О. А., Подколодный Н. Л., Аюпова Н. Б., Кириллова Н. Е., Юношева Е. В. Сибирский журнал индустриальной математики, 2021, 2021, том 24, № 4 (88). С. 39-53.
|
|
| 2015 | Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, №6, том 19
|
| 2011 | Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
|
| Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
|
|
| 2010 | Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
|
| Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
|
|
| Применение программной системы ExpertDiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010, Т.8, Выпуск 1, Стр.12-26
|
|
| Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
|
|
| Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
|
|
| Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
|
|
| Possibility spaces and evolution Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PALEONTOL J+(RUS), 2010, 12, 44, 1491-1499
|
|
| SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
|
|
| Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков Вестник МГУ, 2010, No. 4, pp. 73–75
|
|
| 2009 | Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
|
| Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
|
|
| 2008 | Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
|
| Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
|
|
| Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
|
|
| TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
|
|
| Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов Успехи физиологических наук, 2008, Т. 39. №1. С. 3-22.
|
|
| 2007 | Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
|
| Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
|
|
| Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 415(1):120-124
|
|
| Взаимодействие рекомбинантного ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами промоторов генов млекопитающих Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Пономаренко М.П., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2007, Т.V, №2, 44-49
|
|
| 2006 | Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч. BIOPHYSICS, 2006, 4, 51, 633-639
|
| Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
|
|
| Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А BIOPHYSICS, 2006, №4, т.51, 608-614.
|
|
| Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
|
|
| Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
|
|
| Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
|
|
| Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
|
|
| Выявление потенциальных сайтов связывания транскрипционного фактора SF-1 методом SiteGA, их экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней этого фактора Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, 3, 40,512-523
|
|
| Генные сети липидного метаболизма Колчанов Н.А., Воевода М.И., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Игнатьева Е.В. Бюллетень СО РАМН, 2006, N2 (120), стр. 29-42.
|
|
| 2005 | Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Проскура А.Л., Воронич Е.С., Дубовенко Е.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, N2, с.179-198.
|
| Cаийты связывания транскрипционного фактора SF1 в промоторных районах генов, кодирующих ферменты стероидогенеза 3бетаГСДI и Р450с17 мыши Бусыгина Т.В., Васильев Г.В., Климова Н.В., Игнатьева Е.В., Осадчук А.В. Биохимия, 2005, № 10, Т. 70, C. 1397-1402
|
|
| Binding Sites for Transcription Factor SF-1 in Promoter Regions of Genes Encoding Mouse Steroidogenesis Enzymes 3βHSDI and P450c17 T.V. Busygina, G.V. Vasiliev, N.V. Klimova, E.V. Ignatieva, A.V. Osadchuk BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2005, №10, V. 70, P. 1152–1156
|
|
| Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P. INT J ARTIF INTELL T, 2005, 4, 14, 599-620
|
|
| GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
|
|
| 2004 | SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12.
|
| Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
|
|
| 2003 | rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2003, 1, 31, 118-121
|
| 2002 | SELEX_DB: a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Frolov A.S., Gelfand M.S., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 195-199
|
| ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 200-202
|
|
| Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P. Knowl-Based Syst. J., 2002, 4, 15, 225-233
|
|
| rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P. HUM MUTAT, 2002, 4, 20, 239-248
|
|
| GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
|
|
| GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, V. 30, No. 1 P. 398-401.
|
|
| Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
|
|
| 2001 | Сравнительный анализ методов распознавания потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов. М.А. Поздняков, Е.Е. Витяев, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, Н.Л. Подколодный, С.В. Лаврюшев, Н.А. Колчанов Molecular Biology, 2001, т.35 (6), 961-969
|
| rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
|
|
| ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287
|
|
| 2000 | Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov PROGRAM COMPUT SOFT+, 2000, 3, 26, 170-176
|
| SELEX_DB: an activated database on selected randomized DNA/RNA sequences addressed to genomic sequence annotation Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Frolov A.S., Zybova S.V., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2000, 1, 28, 205-208
|
|
| Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
|
|
| 1999 | Усреднее результатов распознавания сайтов может увеличить точность аннотации генома человека Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Фролов А.С., Воробьев Д.В., Колчанов Н.А., Овертон K. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 649-654
|
| GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
|
|
| Вклад сигналов и антисигналов в мутационный спектр сайта встраивания td-интрона. Пономаренко М.П, Пономаренко Ю.В., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 655-663
|
|
| Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
|
|
| Oligonucleotide frequency matrices addressed to recognizing functional DNA sites. Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Vorobyev D.G., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 631-643
|
|
| Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
|
|
| Conformational and physicochemical DNA features specific for transcription factor binding sites. Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.G., Overton G.C., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 654-668
|
|
| Nucleosomal DNA property database. Levitsky V.G., Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 582-592
|
|
| Prediction of eukaryotic mRNA traslational properties. Kochetov A.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Kisselev L.L., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 704-712
|
|
| Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression. Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 669-686
|
|
| Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS BIOINFORMATICS, 1999, 15(7-8):644-653
|
|
| 1998 | Функциональные сайты геномов про- и эукариот: компьютерное моделирование и предсказание активности Колчанов Н.А., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Подколодный Н.Л. Molecular Biology, 1998, 2, 32, 255-267
|
| Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
|
|
| GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome. N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1998, 6, 95-104
|
|
| 1997 | Generating programs for predicting the activity of functional sites. Ponomarenko M.P., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A. J COMPUT BIOL, 1997, 1, 4, 83-90
|
| TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E. Lect Notes Comput Sci, 1997, Вioinformatics, 1278, 99-105
|
|
| Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 726-732
|
|
| Компьютерный анализ конформационных особенностей ДНК ТАТА-боксов промоторов эукариот Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Кель А.Э., Колчанов Н.А., Карас Х., Вингендер Э., Скленар Х. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 733-740
|
|
| 1996 | Олигонуклеотидные словари изофункциональных семейств генов, кодирующих белок Колчанов Н.А., Бабенко В.Н., Вишневский О.В., Кель А.Э. Doklady Akademii Nauk, 1996, 348(5):696-699
|
| 1995 | Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application. Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1995, 3:206-214
|
| 1993 | SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites. Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A. Comput. Appl. Biosci., 1993, 6, 9, 617-627
|
Монографии
| 2022 | A Catalog of Human Genes Associated With Pathozoospermia and Functional Characteristics of These Genes. Ignatieva E.V., Osadchuk A.V., Kleshchev M.A., Bogomolov A.G., Osadchuk L.V.
|
| 2010 | Компьютерный генетический конструктор: математическое моделирование генетических и метаболических подсистем E. coli Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ратушный А.В., Лашин С.А., Турнаев И.И., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Колчанов Н.А.
|
| Влияние neisseria gonorrhoeae на жизнеспособность клеток хозяина: реконст¬рукция генной сети // В монографии: Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения. Ред. В.В.Власов, А.Г.Дегерменджи, Н.А.Колчанов, В.Н.Пармон, В.Е.Репин. Изд-во СО РАН, Новосибирск. 2010 Подколодная О.А.
|
|
| Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
|
|
| 2008 | Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.
|
| Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами. Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.
|
|
| Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.
|
|
| 2006 | TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko
|
| ARTSITE DATABASE: COMPARISON OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTORS Khlebodarova, O. Podkolodnaya, D. Oshchepkov, D. Miginsky, E. Ananko, E. Ignatieva
|
Конференции
| 2022 | Domestication explains 2/3 of differential gene expression variance between domestic and wild animals; the remaining 1/3 reflects intraspecific and interspecific variation Irina Chadaeva, Petr Ponomarenko, Rimma Kozhemyakina, Valentin Suslov, Anton Bogomolov, Natalya Klimova, Svetlana Shikhevich, Ludmila Savinkova, Dmitry Oshchepkov, Nikolay A. Kolchanov, Arcady Markel, Mikhail Ponomarenko Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
|
| Functional and evolutionary characteristics of the gene network
controlling appetite in mice: lessons from knockout or
knockdown animals Ignatieva E.V., Mustafin Z.S., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| Комбинирование O. felineus-индуцированного описторхоза и длительной алкоголизации: экспериментальная модель. Августинович Д.Ф., Чадаева И.В., Кизименко А.В., Ковнер А.В., Пономарёв Д.В., Львова М.Н. VII Межрегиональной научной конференции (с международным участием) паразитологов Сибири и Дальнего Востока, "Паразитологические исследования в Сибири и на Дальнем Востоке"
|
|
| 2016 | Differential alternative splicing in brain tissues of rats selected by aggressive behavior Babenko V.N., Bragin A.O., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. BGRS 2016
|
| 2015 | Gene Expression Analysis in Brain Areas of Laboratory Rats with Aggressive Behavior by RNA-seq Data Anatoly O. Bragin, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel CSBio’2015
|
| 2012 | Влияние родительского генотипа на способность к социальному доминированию у самцов лабораторных мышей Чадаева И.В., Осадчук А.В. Актуальные проблемы современной териологии
|
| 2010 | Analysis of the degenerate motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
|
| prognosis and verification of the TATA SNP effects V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, I.A. Drachkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
|
|
| SNPs in the hiv-1 TATA box and the aids pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
|
|
| Analysis of the conservative motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians O.V.Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V.Bocharnikov, E.V. Berezikov Evolutionary Biology Concepts, Molecular and Morphological Evolution
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in 5’- regulatory regions of brain-specific miRNA genes of primates Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference "Molecular Phylogenetics" (Moskow, Russia, May 18-21, 2010)
|
|
| Интегрированная система для информационной поддержки исследования механизмов регуляции транскрипции Н.Л. Подколодный, Е.В. Игнатьева, Д.А. Рассказов, О.А. Подколодная, Е.А. Ананько, Н.Н. Подколодная, Е.М. Залевский Всероссийская научная конференция "Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции" – RCDL’2010, Казань, Россия, 2010
|
|
| ТАТА-боксы вносят вклад в норму реакции Суслов В.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
|
|
| Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, А.В.Романенко. Научная конференция-совещание "Вычисления с использованием графических процессоров в биологии и биоинформатике" 24-25 мая 2010 г., Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова.
|
|
| SNP ТАТА-бокса ВИЧ-1 и пандемия СПИД Суслов В.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Ефимов В.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Проблемы экологии. Чтения памяти проф. М.М.Кожова. Иркутск, 2010
|
|
| The nanobiotechnology database V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
|
|
| SNPs IN THE HIV-1 TATA BOX AND THE AIDS PANDEMIC V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov (6) IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky Crimean meeting."Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution".
|
|
| «Прогноз и экспериментальная проверка изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам промотров генов человека, содержащим полиморфизмы». – Драчкова ИА., Пономаренко РМ., Пономаренко МП., Аршинова ТВ., Савинкова ЛК., Колчанов НА. «Первые Международные Беккеровские чтения» (27-29 мая 2010)
|
|
| Experimental verification of the prognosis human TBP/TATA affinity change as a result of polymorphisms associated with hereditary pathologies I.A. Drachkova., P.M. Ponomarenko., T.V. Arshinova., M.P. Ponomarenko., L.K. Savinkova., N.A. Kolchanov. BGRS
|
|
| Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
|
|
| Computer system for analysis of mechanisms of transcription regulation in eukaryotes Podkolodnyy N.L., Ignatieva E.V., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Podkolodnaya N.N., Zalevsky E.M. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
|
|
| Bioinformatic analysis of rare single-nucleotide polymorphism combinations in the human genome. Yudin N.S., Ignatieva E.V., Efimov V.M. The Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS'2010)
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in regions of FoxA-binding sites. Вишневский Олег Владимирович Меркулова Татьяна Ивановна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in promoters of auxin responsive genes Вишневский Олег Владимирович Миронова Виктория Владимировна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| 2009 | Transcriptional regulation in eukaryotes Ignatieva E 3rd Virtual Training Workshop on Bioinformatics
|
| Auxin regulated root patterning: the mathematical model and key genetic mechanisms V.V. Mironova, M.P. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai German-Russian forum Biotechnology GRFB'09, Novosibirsk
|
|
| 2008 | Nucleosome formation potential estimation via dinucleotide periodicity preferences Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
| the precise equilibrium equation of TBP/TATA-binding predicts human familial diseases upon mutations Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Drachkova I.A., Lysova M.V., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| SITECON: a quality tool for prediction of new potential SREBP binding sites. experimental verification and analysis of regulatory regions of vertebrate genes. D.Y. Oshchepkov, E.V. Ignatieva, G.V.Vasiliev, N.V. Klimova, T.I. Merkulova Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| Nucleosoma formation potential estimation via dinucleotide periodicity preferences. Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| A database for analysis of the organizational features of the transcriptional regulatory regions in the co-expressed groups of genes. N.L. Podkolodnyy, S.S.Nechkin, E.V. Ignatieva, E.A. Ananko, O.A. Podkolodnaya. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| Computer identification of gene transcription start sites positions in human, mouse, rat whole genome sequences using data, annotated in TRRD. IgnatievaE.V. , S.S.Nechkin, N.L. Podkolodnyy Proceedings of the sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008)
|
|
| 2007 | Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow
|
| 2006 | Analysis of the nucleotide context of higher plant mitochondrial mRNA editing sites Vishnevsky O.V., Konstantinov Yu.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
| Identification of arabidopsis thaliana micrornas among mpss signatures Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Vishnevsky O.V., Savinskaya S.A, Omelyanchuk N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Pattern of locally positioned dinucleotides in microRNA relates to its accumulation level Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| TRRD - the database on transcription regulatory regions of eukaryotic genes Ignatieva E.V. First Virtual Training Workshop on Bioinformatics organized by the Asian Bioinformatics Research and Education Network (ABREN) May,8-July, 8, 2006
|
|
| System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies
|
|
| SITECON: a quality tool for prediction of transcription factor binding sites now handles those for SF-1. Experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes. Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Association study of SNP of the TNF-alpha gene with bovine leukosis and evaluation of its functional significance Yudin N.S., Vasil’eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites. Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways. Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| The SITEGA and PWM methods application for transcription factor binding sites recognition in EPD promoters Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| EPI-GIS: GIS assisted computer tools for data accumulation, computer analysis and modeling in molecular epidemiology Kolchanov N.A., Orlova G.V., Bachinsky A.G., Bazhan S.I., Shvarts Ya.Sh., Golomolzin V.V., Popov D.Yu., Efimov V.M., Tololo I.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Il’ina E.N., Rogov S.I., Tretiakov V.E., Kubanova A.A., Govorun V.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| A database designed for the polymorphisms of the human CCR2 gene. Apasyeva N.V., Yudin N.S., Ignatieva E.V., Voevoda M.I., Romashenko A.G. fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure
|
|
| A gene network of adipocyte lipid metabolism: coordinated interactions between the transcription factors SREBP, LXRa AND PPARg. Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| The analysis of SREBP binding sites distribution in gene regions by combined SiteGA and PWM approach. Proskura A.L., Levitsky V.G., Ignatieva E.V. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks. Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Reconstruction and computer analysis of the fatty acid β-oxidation gene network regulated by the PPAR transcription factors. Aman E.E., Levitsky V.G., Ignatieva E.V. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г. International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.
|
|
| Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006
|
Гранты
| 2011 | Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей Министерство образования и науки, номер гранта 07.514.11.4023
|
| Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике Министерство образования и науки РФ, номер гранта 07.514.11.4003
|
|
| 2010 | Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей Министерство образования и науки, номер гранта 14.740.11.0001
|
| 2009 | Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123
|
| Разработка программно-информационного комплекса для исследования механизмов регуляции экспрессии генов эукариот Министерство образования и науки, номер гранта П-721
|
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
|
|
| ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
|
|
| 2008 | Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013
|
| Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 08-04-01214-а
|
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов. Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
|
|
| Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.) Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
|
|
| 2006 | Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК СО РАН, номер гранта 108
|
| РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ Президиум СО РАН, номер гранта 24
|
|
| 2005 | Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом РФФИ, номер гранта 05-04-49111-а
|
Научное руководство
| 2010 | Разработка программного пакета для анализа сходства регуляторных районов ткань-специфичных генов Бочарников 230100.68 информатика и вычислительная техника, 2010-06-10
|
Учебные курсы
| 2010 | Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) Игнатьева Е.В. НГУ, Кафедра информационной биологии, 4 курс., семестров: 1
|
| 2004 | Генные сети НГУ, ФЕН, КИБ, семестров: 1
|
| 2003 | Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) НГУ, Кафедра информационной биологии, 4 курс., семестров: 1
|
Патенты
| 2010 | База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620013
|
| База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620014
|
|
| 2009 | База данных: Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite) Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А. Номер патента №2009620500
|
| 2007 | База данных: Экспрессия эукариотических генов (ЭуГенЭксп) / Eukaryotic Gene Expression Database (EuGenExp) Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620394
|
| База данных: Транскрипционный Фактор-Ген Млекопитающих взаимодействия (ТФГМВ)/ Transcription Factor- Mammalian Gene Interactions (TFMGI) Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Генаев М.А. Номер патента №2007620395
|
|
| База данных: Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE). Степаненко И.Л., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620396
|
|
| 2006 | База данных: Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX) Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620257
|
| База кинетических данных (KiNET) Недосекина Е.А., Хлебодарова Т.М., Поплавский А.С., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620209
|
|
| База данных: Районы позиционирования нуклеосом (NPRD). Левицкий В.Г., Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Фурман Д.П., Катохин А.В., Смирнова О.Г., Хлебодарова Т.М. Номер патента №2006620074
|
|
© 2010-2023 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены. | |