 |
|
|
Орлов Юрий Львович, д. б. н.
|
Scopus: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=7102256498РИНЦ: https://www.elibrary.ru/author_items.asp?authorid=78993Гугл-академия: https://scholar.google.ru/citations?user=jV45cOAAAAAJИндекс WOS: Researcher ID: F-1520-2013Индекс рецензентов publons.com: https://publons.com/researcher/2644249/yuriy-l-orlov/Персональная информацияОбразование
НГУ – 1991 – специалист (математика и прикладная математика)
ИЦиГ СО РАН - 2004 - к.б.н. (генетика)
ИЦиГ СО РАН - 2014 - д.б.н. (биоинформатика)
2016 - профессор РАН
Область научных интересов
Биоинформатика, компьютерная геномика, эволюция.
Общее число цитирований - более 6600.
Научные индексы:
ResearchGate: https://www.researchgate.net/profile/Yuriy_Orlov/info
Web-of-Science: h-index – 23.
Scopus: Author ID 7102256498, h-index – 23.
Google Scholar: http://scholar.google.ru/citations?user=jV45cOAAAAAJ; h-index – 27.
Mendeley: https://www.mendeley.com/authors/7102256498/
Карта российской науки (mapofscience.ru/): Инд. номер ученого 00048264.
РИНЦ: http://elibrary.ru/author_profile.asp?authorid=78993
ORCID: 0000-0003-0587-1609
Researcher ID: F-1520-2013 SPIN-код: 2661-3369
Публикации
| 2025 |
Deregulation mechanisms and therapeutic opportunities of p53-responsive microRNAs in diffuse large B-cell lymphoma
Voropaeva E.N., Orlov Y.L., Loginova A.B., Seregina O.B., Maksimov V.N., Pospelova T.I.
[PeerJ]
|
| 2024 |
AthRiboNC: an Arabidopsis database for ncRNAs with coding potential revealed from ribosome profiling.
Shen Y., Liu L., Liu E., Li S., Orlov Y., Ivanisenko V., Chen M.
[DATABASE-OXFORD]
|
|
A Principal Components Analysis and Functional Annotation of Differentially Expressed Genes in Brain Regions of Gray Rats Selected for Tame or Aggressive Behavior.
Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Bogomolov A., Kondratyuk E., Oshchepkov D., Orlov Y.L., Markel A.L.
[INT J MOL SCI]
|
|
Application of Articifial Intelligence or machine learning in risk sharing agreements for pharmacotherapy risk management
Oborotov G., Koshechkin K., Orlov Y.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Development of Serum Cell-Free miRNA Panel for Identification of Central Precocious Puberty and Premature Thelarche in Girls
Yifen Shen, Yanping Hu, Tao Yang, Hao Shen, Genhai Shen, Yuriy L. Orlov, Shasha Zhou, Yihang Shen
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Editorial: Applications of artificial intelligence, machine learning, and deep learning in plant breeding
Maliheh Eftekhari, Chuang Ma, Yuriy L. Orlov
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Monosome Stalls the Translation Process Mediated by IGF2BP in Arcuate Nucleus for Puberty Onset Delay
Shen Y., Zhang L., Yang T., Li X., Liu C., Li H., Hu Y., Shen H., Li H., Orlov Y.L., Zhou S., Shen Y.
[MOL NEUROBIOL]
|
|
Non-coding RNA notations, regulations and interactive resources
Mengwei Cheng, Yinhuan Zhu, Han Yu, Linlin Shao, Yiming Zhang, Lanxing Li, Haohong Tu, Luyao Xie, Haoyu Chao, Peijing Zhang, Saige Xin, Cong Feng, Vladimir Ivanisenko, Yuriy Orlov, Dijun Chen, Aloysius Wong, Yixin Eric Yang & Ming Chen
[FUNCT INTEGR GENOMIC]
|
|
Unveiling the methionine cycle: a key metabolic signature and NR4A2 as a methionine-responsive oncogene in esophageal squamous cell carcinoma.
Jin X., Liu L., Liu D., Wu J., Wang C., Wang S., Wang F., Yu G., Jin X., Xue Y.W., Jiang D., Ni Y., Yang X., Wang M.S., Wang Z.W., Orlov Y.L., Jia W., Melino G., Liu J.B., Chen W.L.
[CELL DEATH DIFFER]
|
|
Поиск перспективных генетических маркеров, ассоциированных с молекулярными механизмами снижения устойчивости риса к Rhizoctonia solani при избытке азотных удобрений, методом реконструкции и анализа генных сетей
Е. А. Антропова, А. Р. Волянская, А. В. Адамовская, П. С. Деменков, И. В. Яцык, Т. В. Иванисенко, Ю. Л. Орлов, Х. Чао, М. Чэнь, В. А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Реконструкция и компьютерный анализ генной сети, отражающей роль микроРНК в регуляции ответа пшеницы на засуху
М. А. Клещев, А. В. Мальцева, Е. А. Антропова, П. С. Деменков, Т. В. Иванисенко, Ю. Л. Орлов, Х. Чао, М. Чэнь, Н. А. Колчанов, В. А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2023 |
Integrating omics databases for enhanced crop breeding
Chao H, Zhang S, Hu Y, Ni Q, Xin S, Zhao L, Ivanisenko VA, Orlov YL, Chen M
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Short Interrupted Repeat Cassette (SIRC)—Novel Type of
Repetitive DNA Element Found in Arabidopsis thaliana
Gorbenko I.V., Petrushin I.S., Shcherban A.B., Orlov Yu.L., Konstantinov Yu.M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит
A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova,
T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Editorial: Association Between Individuals’ Genomic Ancestry and Variation in Disease Susceptibility
Ranajit Das, Tatiana V. Tatarinova, Elvira R. Galieva, Yuriy L. Orlov
[Frontiers in Genetics]
|
|
Plant Biology and Biotechnology: Focus on Genomics and Bioinformatics
Orlov Y.L., Ivanisenko V.A., Dobrovolskaya O.B., Chen M.
[INT J MOL SCI]
|
| 2021 |
Autophagy genes expression profiling in secondary glioblastoma cells transcriptome
Gubanova N., Bragin A., Vasiliev G., Babenko V., Ponomarenko M., Orlov Y.
[Cell Death Discovery]
|
|
Medical Genetics, Genomics and Bioinformatics Aid in Understanding Molecular Mechanisms of Human Diseases
Yuriy L. Orlov, Anastasia A. Anashkina, Vadim V. Klimontov, Ancha V. Baranova
[INT J MOL SCI]
|
|
Biodistribution of 10B in Glioma Orthotopic Xenograft Mouse Model after Injection of L-para-Boronophenylalanine and Sodium Borocaptate
Natalya V. Gubanova, Alphiya R. Tsygankova, Evgenii L. Zavjalov, Alexander V. Romashchenko, Yuriy L. Orlov
[Biomedicines]
|
|
Editorial: Bioinformatics of Genome Regulation, Volume I
Yuriy L. Orlov, Tatiana V. Tatarinova, Nina Y. Oparina, Elvira R. Galieva,Ancha V. Baranova
[Frontiers in Genetics]
|
|
Glioblastoma gene network reconstruction and ontology analysis by online bioinformatics tools
Natalya V. Gubanova, Nina G. Orlova, Arthur I. Dergilev, Nina Y. Oparina, Yuriy L. Orlov
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Recent Trends in Cancer Genomics and Bioinformatics Tools Development
Anastasia A. Anashkina, Elena Y. Leberfarb, Yuriy L. Orlov
[INT J MOL SCI]
|
|
ПОЛИМОРФИЗМ ВАРИАНТОВ ГЕНА N-АЦЕТИЛТРАНСФЕРАЗЫ 2 (NAT2)
И АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ.
Тийс Роза Павловна, Осипова Людмила Павловна,Галиева Эльвира Расимовна, Личман Дарья Вениаминовна, Воронина Елена Николаевна,Мелихова А. В., Орлов Юрий Львович, Филипенко Максим Леонидович
[Биомедицинская химия]
|
| 2020 |
Comparative Expression Analysis of Stress-Inducible Candidate Genes in Response to Cold and Drought in Tea Plant
Lidiia S. Samarina, Alexandr V. Bobrovskikh, Alexey V. Doroshkov,Lyudmila S. Malyukova, Alexandra O. Matskiv, Ruslan S. Rakhmangulov, Natalia G. Koninskaya, Valentina I. Malyarovskaya, Wei Tong, Enhua Xia, Karina A. Manakhova, Alexey V. Ryndin, Yuriy L. Orlov
[Frontiers in Genetics]
|
|
Genetics researches at the “Centenary of human population genetics” conference and SBB-2019
Tatarinova TV, Tabikhanova LE, Eslami G, Bai H, Orlov YL
[BMC GENET]
|
| 2019 |
The differences in brain stem transcriptional profiling in hypertensive ISIAH and normotensive WAG rats
Fedoseeva L.A., Klimov L.O., Ershov N.I., Efimov V.M., Markel A.L., Orlov Y.L., & Redina O.E.
[BMC GENOMICS]
|
|
Компьютерные методы для анализа технологий секвенирования в анализе хромосомных контактов в клетке
Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Дергилев А.И., Бабенко Р.О., Галиева Э.Р., Леберфарб Е.Ю.
[Гены и клетки]
|
|
Проблемы сохранения in vitro гермоплазмы цитрусовых
В.М. Горшков, Л.С. Самарина, Р.В. Кулян, В.И. Маляровская, А.В. Рындин, Р.С. Рахмангулов, Ю.Л. Орлов.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Тестирование безопасности продуктов из генетически модифицированного риса: экспериментальное исследование на крысах Спраг-Доули
Ширдели М., Орлов Ю.Л., Ислами Г., Хаджимохаммади Б., Табиханова Л.Э., Ихрампуш М.Х., Резвани М.Э., Фаллахзаде Х., Занди Х., Хоссейни С.С., Ахмадиан С., Мортазави Ш., Фаллахи Р., Асади-Юсефабад С.Л.
[Генетика]
|
|
Транскриптомное секвенирование в культурах клеток глиом и анализ данных экспрессии генов
Ю.Л.Орлов, С.С.Ковалев, Ю.П.Белоусова, Н.Г.Орлова, Е.Ю.Леберфарб
[Гены и клетки]
|
| 2018 |
CpG islands’ clustering uncovers early development genes in the human genome
Babenko V.N. , Bogomolov A.G., Babenko R.O., Galieva E.R., Orlov Y.L.
[COMPUT SCI INF SYST]
|
|
Novel read density distribution score shows possible aligner artefacts, when mapping a single chromosome
Fedor M. Naumenko, Irina I. Abnizova, Nathan Beka, Mikhail A. Genaev, Yuriy L. Orlov
[BMC GENOMICS]
|
|
Heterogeneity of brain ribosomal genes expression following repeated experience of aggression in male mice as revealed by RNA-Seq
Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Yu.L., Babenko V.N., Kudryavtseva N.N.
[MOL NEUROBIOL]
|
|
Introduction to the 9th Young Scientists School on Systems Biology and Bioinformatics (SBB'2017)
Orlov Y.L., Tatarinova T.V., Zakhartsev M.V., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным транскриптомного секвенирования.
Ковалев С.С., Губанова Н.В., Леберфарб Е.Ю., Брагин А.О., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
|
Генетические исследования мультифакторных заболеваний: системно-биологические подходы
Хантемирова М.Р., Табиханова Л.Э., Орлов Ю.Л., Осипова Л.П.
[Гены и клетки]
|
|
Компьютерная база данных для анализа дифференциально экспрессирующихся генов, связанных с агрессивным поведением, на моделях лабораторных животных
Анатолий Олегович Брагин, Кирилл Александрович Табанюхов, Ирина Витальевна Чадаева, Антон Витальевич Цуканов, Роман Олегович Бабенко, Ирина Вадимовна Медведева, Антон Геннадьевич Богомолов, Владимир Николаевич Бабенко, Юрий Львович Орлов
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Компьютерные средства анализа регуляции экспрессии генов и альтернативного сплайсинга
Дергилев А.И., Табанюхов К.А., Цуканов А.В., Брагин А.О., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
|
Компьютерный анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq
С. С. Ковалев, Е. Ю. Леберфарб, Н. В. Губанова, А. О. Брагин, А. Г. Галиева,А. В. Цуканов, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Программы статистической обработки, кластеризации и визуализации распределения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме
Цуканов А.В., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Орлов Ю.Л
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Развитие образования в биоинформатике по материалам, представленным на студенческих конференциях МНСК-2018, Школе молекулярного моделирования и Хакатоне в Новосибирске
Орлов Ю. Л., Бакулина А. Ю.
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Реконструкция геномного распределения кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов, связанных с поддержанием плюрипотентности.
Цуканов А.В., Дергилев А.И., Богомолов А.Г., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
| 2017 |
Biology at Belyaev Conference - 2017
Orlov Y.L., Baranova A.V., Herbeck Y.E.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Genetics at Belyaev Conference – 2017: introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Tatarinova T.V., Kolchanov N.A.
[BMC GENET]
|
|
Plant Biology at Belyaev Conference – 2017
Yuriy L. Orlov, Ancha V. Baranova, Ming Chen, Elena A. Salina
[BMC PLANT BIOL]
|
|
Analysis of 3d chromosome contacts using sequencing technologies
Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L.
[Acta Naturae]
|
|
Assessment of translation efficiency from Ribo-seq and mRNA-seq data
Tabanyuhov K.A., Mazurina E.P., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L.
[Acta Naturae]
|
|
Biological Big Bytes: Integrative Analysis of Large Biological Datasets
Chen M, Harrison A, Shanahan H, Orlov Y.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Computational Errors and Biases of Short Read Next Generation Sequencing
Abnizova I., te Boekhorst R., Orlov Y.
[Journal of Proteomics and Bioinformatics]
|
|
Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events
Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Editorial: Bioinformatics development at the BGRS\SB conference series: 10th anniversary
Orlov Y.L., Kolchanov N.A., Hofestädt R., Wong L.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Evolutionary biology at BGRS\SB-2016
Baranova A.V., Orlov Y.L.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Genomic landscape of CpG rich elements in human genome
Babenko V.N., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Non-coding RNAs and Their Roles in Stress Response in Plants
Jingjing Wang, Xianwen Meng, Oxana Dobrovolskaya, Yuriy Orlov, Ming Chen
[Genomics, Proteomics and Bioinformatics]
|
|
Serotonergic genes in the development of anxiety/depression-like state and pathology of aggressive behavior in male mice: RNA-seq data.
Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Vishnivetskaya G.B., Babenko V.N., Orlov Yu.L
[Molecular Biology]
|
|
Альтернативный сплайсинг в отделах головного мозга селектированных по агрессивности крыс
В. Н. Бабенко, А. О. Брагин, И. В. Чадаева, А. Л. Маркель, Ю. Л. Орлов
[Molecular Biology]
|
|
Анализ геномных полиморфизмов в популяциях с помощью секвенирования на примере выборки монголов Китая
Табиханова Л.Э., Чен М., Бай Х., Осипова Л.П., Орлов Ю.Л.
[Acta Naturae]
|
|
Генетический полиморфизм и сопутствующие факторы риска ишемического инсульта в монгольской популяции Китая
Чижу У, Хуигуань У, Юрий Л. Орлов, Гегентана Гегентана, Веньян Хуо, Анатолий О. Брагин, Нуомин У, Суялату Суялату, Фукуан Жао, Жиньвен Жао, Людмила Э. Табиханова, Минг Чен, Хайхуа Бай.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Дифференциальная экспрессия и альтернативный сплайсинг в культурах клеток глиом по данным RNA-seq
Губанова Н.В., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Гайтан А.С., Кривошапкин А.Л., Орлов Ю.Л.
[Acta Naturae]
|
|
Компьютерные методы анализа хромосомных контактов в ядре клетки по данным технологий секвенирования
Орлов Ю.Л., Тьерри О., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Кулакова Е.В., Галиева Э.Р., Брагин А.О., Ли Г.
[Биомедицинская химия]
|
|
Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene
А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов
[Програмные системы: теория и приложения]
|
|
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках
Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
|
Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л.
[Программные системы: теория и приложения]
|
|
Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением
А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Серотонергические гены в развитии тревожно/депрессивного расстройства и патологии агрессивного поведения у самцов мышей: Данные RNA-seq
Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Вишнивецкая Г.Б., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л.
[Molecular Biology]
|
|
Статистические оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании
Васильев Г.В., Орлова Н.Г., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Орлов Ю.Л.
[Acta Naturae]
|
| 2016 |
Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals
Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Cognitive Architecture of Collective Intelligence based on Social Evidence
Kolonin A., Vityaev E., Orlov Y.
[Procedia Computer Science]
|
|
Computational genomics at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Hofestädt R., Kolchanov N.A.
[BMC GENOMICS]
|
|
Computational plant bioscience at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Salina E.A.
[BMC PLANT BIOL]
|
|
Computational problems of analysis of short next generation sequencing reads
te Boekhorst R., Naumenko F.M., Orlova N.G., Galieva E.R., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Orlov Y.L., Abnizova I.I.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Development of new SSR markers for homoeologous WFZP gene loci based on the study of the structure and location of microsatellites in gene-rich regions of chromosomes 2AS, 2BS, and 2DS in bread wheat.
Dobrovolskaya O.B., Pont C., Orlov Y.L., Salse J.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Dysfunction in ribosomal gene expression in the hypotalamus and hippocampus following chronic social defeat stress in male mice as revealed by RNA-seq.
Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Bragin A.O., Orlov Yu.L., Kudryavtseva N.N.
[NEURAL PLAST]
|
|
Flanking monomer repeats determine decreased context complexity of single nucleotide polymorphism sites in the human genome.
Safronova N.S., Ponomarenko M.P., Abnizova I.I., Orlova G.V., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation
Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X.
[BMC PLANT BIOL]
|
|
Transcriptome profiles of gene expression in brain of male mice with repeated experience of aggression as revealed by RNA-Seq
Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Y.L., Babenko V.N.
[EUR NEUROPSYCHOPHARM]
|
|
Вычислительные проблемы анализа ошибок коротких прочтений ДНК при секвенировании следующего поколения
Р. те Боекхорст, Ф.М. Науменко, Н.Г. Орлова, Э.Р. Галиева, А.М. Спицина, И.В. Чадаева, Ю.Л. Орлов, И.И. Абнизова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Изменение экспрессии дофаминергических генов в структурах мозга самцов мышей под влиянием хронического социального стресса: данные RNA-seq
Коваленко Ирина Леонидовна, Смагин Дмитрий Александрович, Галямина Анна Георгиевна, Орлов Юрий Львович, Кудрявцева Наталия Николаевна
[Molecular Biology]
|
|
Компьютерный анализ совместной локализации сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq
Дергилев А.И., Спицина А.М., Чадаева И.В., Свичкарев А.В., Науменко Ф.М., Кулакова Е.В., Витяев Е.Е., Чен М., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Эволюция CpG-островов путем тандемных дупликаций
Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л., Исакова Ж.И., Антонов Д.А., Воевода М.И.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2015 |
117 Analysis of SNP containing sites in human genome using text complexity estimates
Nataly S. Safronova, Vladimir N. Babenko, Yuriy L. Orlov
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Association Analysis of Genetic Variants with Type Diabetes in a Mongolian Population in China.
Bai H, Liu H, Suyalatu S, Guo X, Chu S, Chen Y, Lan T, Borjigin B, Orlov YL, Posukh OL, Yang X, Guilan G, Osipova LP, Wu Q, Narisu N.
[Journal of Diabetes Research]
|
|
FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.)
Oxana Dobrovolskaya, Caroline Pont, Richard Sibout, Petr Martinek, Ekaterina Badaeva, Florent Murat, Audrey Chosson, Nobuyoshi Watanabe, Elisa Prat, Nadine Gautier, Véronique Gautier, Charles Poncet, Yuriy Orlov, Alexander A. Krasnikov, Hélène Bergès, Elena Salina, Lyudmila Laikova, Jerome Salse
[PLANT PHYSIOL]
|
|
Introductory note for BGRS\SB-2014 special issue
Orlov Y.L., Hofestädt R.M., Kolchanov N.A
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene
Elena V Antontseva, Marina Yu Matveeva , Natalia P Bondar, Elena V Kashina, Elena Yu Leberfarb, Leonid O Bryzgalov, Polina A Gervas, Anastasia A Ponomareva, Nadezhda V Cherdyntseva, Yury L Orlov, Tatiana I Merkulova
[J BIOSCIENCES]
|
|
Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е. В., Спицина А. М., Орлова Н. Г., Дергилев А. И., Свичкарев А. В., Сафронова Н. С., Черных И. Г., Орлов Ю. Л.
[Программные системы: теория и приложения]
|
|
Разработка новых SSR-маркеров к локусам гомеологичных генов WFZP на основе изучения строения и локализации микросателлитов в богатых генами районах хромосом 2AS, 2BS, 2DS мягкой пшеницы
О.Б. Добровольская, К. Понт, Ю.Л. Орлов, Ж. Сальс
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы
Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов
[RUSS J GENET+]
|
|
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Программные системы: теория и приложения]
|
|
Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК
Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М.
[Программные системы: теория и приложения]
|
|
Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека
Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
ChIP-seq данные и их анализ
Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А.
[Молекулярная и прикладная генетика]
|
|
Агрессивное поведение: генетико-физиологические механизмы
Кудрявцева Н.Н., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ВЛИЯНИЕ ПЕРЕСТРОЕК ХРОМОСОМ 2-Й ГОМЕОЛОГИЧЕСКОЙ ГРУППЫ НА МОРФОЛОГИЮ КОЛОСА МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ
О.Б. Добровольская, П. Мартинек, И.Г. Адонина, Е.Д. Бадаева, Ю.Л. Орлов, Е.А. Салина, Л.И. Лайкова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопреципитации хроматина
Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Association of AMD-like retinopathy development with an Alzheimer’s disease metabolic pathway in OXYS rats
Oyuna S. Kozhevnikova, Elena E. Korbolina, Natalia A. Stefanova, Natalia A. Muraleva, Yuriy L. Orlov, Nataliya G. Kolosova
[BIOGERONTOLOGY]
|
|
Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution
Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L.
[PALEONTOL J+(RUS)]
|
|
Genome-wide analysis reveals Zic3 interaction with distal regulatory elements of stage specific developmental genes in zebrafish
Winata C.L., Kondrychyn I., Kumar V., Srinivasan K.G., Orlov Y., Ravishankar A., Prabhakar S., Stanton L.W., Korzh V., Mathavan S.
[PLOS GENET]
|
|
Introductory note for BGRS-2012 special issue
Kolchanov N.A., Orlov Y.L.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters
Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования
Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе.
Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2012 |
3С-методы в исследованиях пространственной организации генома
Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale
Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y.
[Proceedings of HIBIT2012]
|
|
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения
О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2011 |
Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions
Kian Leong Lee, Sandy Keat Lim, Yuriy Lvovich Orlov, Le Yau Yit, Henry Yang, Lay Teng Ang, Lorenz Poellinger, Bing Lim
[PLOS GENET]
|
|
Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA
Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов
Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 1993 |
SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites.
Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A.
[Comput. Appl. Biosci.]
|
Монографии
| 2016 |
Анализ экспрессии генов и расположения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме по данным высокопроизводительного секвенирования / Монография. отв. ред. Ю.Л. Орлов; - Н. Изд-во «Академиздат», 2016, 136 с.
Ю.Л. Орлов, В.Н. Бабенко, А.Г. Богомолов, Э.Р. Галиева, И.В. Чадаева
|
| 2012 |
Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
|
Конференции
| 2025 |
Bioinformatics tools for reconstruction of gene networks of complex diseases
Yuriy L. Orlov, Ekaterina A. Savina, Vasilisa A. Turkina, Anastasia A. Anashkina.
[BelBI-2024]
|
|
Integration of bioinformatics data for crop plant breeding.
Yuriy L. Orlov, Haoyu Chao, Shilong Zhang, Vladimir A. Ivanisenko, Ming Chen.
[BelBI-2024]
|
| 2024 |
Analysis of structural features of DNA in tRNA genes.
Ekaterina A. Savina, Anastasia A. Anashkina, Irina A. Il’icheva, Yuriy L. Orlov.
[BelBI-2024]
|
| 2021 |
Reconstruction of Gene Networks Associated with Complex Disorders on Example of Parkinson Disease
Orlov Y.L.
[Belbi2021]
|
| 2019 |
3D genome modeling by Hi-C and ChIA-PET data
Orlov Y. L., Dergilev A. I., Kovalev S. S., Babenko R. O., Li G.
[Марчуковские научные чтения - 2019]
|
|
COMPUTER TOOLS FOR BRAIN TRANSCRIPTIONAL PROFILING IN RATS MODELS
Chadaeva I.V., Bragin A.O., Kovalev S.S., Galieva A.G., Markel A.L., Orlov Y.L.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.]
|
|
Clusters of transcription factor binding sites in plant genomes
Dergilev A.I., Babenko R.O., Galieva A.G., Orlov Y.L.
[Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2019)]
|
|
Computer tools for spatial chromosome contacts analysis by ChIA-PET and HI-C data.
Dergilev A.I., Luzin A.N., Kovalev S.S., Babenko R.O., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.]
|
|
Context complexity of sites containing single nucleotide polymorphisms in human genome
Luzin A.N., Dergilev A.I., Tabikhanova Z.E., Safronova N.S., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.]
|
|
Database on alternative gene splicing in glioma cell cultures
Kovalev S.S., Gubanova N.V., Lieberfarb E.Y., Galieva A.G., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.]
|
|
Databases and computer resources on plant miRNA to study its role in abiotic stress response
Orlov Y.L., Babenko V.N., Dergilev A.V., Galieva A.G.,
Dobrovolskaya O.B., Chen M.
[5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)]
|
|
Developmental pathways regulating wheat inflorescence architecture
Dobrovolskaya O.B., Dresvyannikova A.E., Volodina E.A., Krasnikov A.A., Orlov Yu., Watanabe N., Martinek P.
[5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)]
|
|
Dysregulation of postsynaptic translation in autism spectrum disorder: reconstruction of gene network associated with autism and mtor signaling.
Rifonova E.A., Klimenko A.I., Saik O.V., Orlov Y.L., Lashin S.A., Ivanisenko V.A.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.]
|
|
Software tool for analysis of possible aligner artefacts in sequencing
Dergilev A.I., Naumenko F.M., Luzin A.N., Abnizova I.I., Orlov Y.L.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы 18-22 июня 2019, Санкт-Петербург]
|
|
Statistical analysis, clusterization and visualization of genome distribution of transcription factor binding sites
Dergilev A.I., Tsukanov A.V., Luzin A.N., Babenko R.O., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.]
|
|
Testing safety of genetically modified products of rice:case study on sprague dawley rats
Mehrnoush S., Orlov Y.L., Eslami G., Hajimohammadi B., Ehrampoush M.H., Rezvani M.E., Fallahzadeh H., Zandi H., Hosseini S.S., Ahmadian S., Mortazavi S., Fallahi R., Asadi-Yousefabad S.L.
[PlantGen2019]
|
|
Text complexity of genome sites containing single nucleotide polymorphisms
Orlov Y.L., Galieva A.G., Luzin A.N., Zhilitsky V.E., Dergilev A.I.
[Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы]
|
|
Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq
Ковалев С.С., Леберфарб Е.Ю., Орлова Н.Г., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л.
[VI Съезд биофизиков России]
|
|
Вычислительные методы для транскриптомного профилирования и анализа данных высокопроизводительного секвенирования
Ковалев С.С., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Белоусова Ю.П., Хантемирова М.Р., Орлов Ю.Л.
[Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.]
|
|
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ РЕГУЛЯЦИЯ АРХИТЕКТУРЫ СОЦВЕТИЯ
ПШЕНИЦЫ
Добровольская О.Б., Дресвянникова А.Е., Володина Е.А., Красников А.А., Ю.Л. Орлов, Н. Ватанабэ, П. Мартинек
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы.]
|
|
ЗАКОН ИЛИ ПРАВИЛА ГОМОЛОГИЧЕСКИХ РЯДОВ? III. АДАПТАЦИЯ И САМОАДАПТАЦИЯ
Брагин А.О., Суслов В.В., Орлов Ю.Л.
[Экология и эволюция: новые горизонты, посвященная 100-летию академика С.С. Шварца]
|
|
ЗАКОН ИЛИ ПРАВИЛА ГОМОЛОГИЧЕСКИХ РЯДОВ? IV. УРБАНИЗАЦИЯ И ДОМЕСТИКАЦИЯ
Брагин А.О., Суслов В.В., Орлов Ю.Л.
[Экология и эволюция: новые горизонты, посвященная 100-летию академика С.С. Шварца]
|
|
Исследование молекулярных основ глиобластомы с помощью электронных ресурсов и баз данных
Ковалев С.С., Белоусова Ю.П., Галиева Е.Р., Леберфарб Е.Ю., Орлов Ю.Л.
[Международная научно-практическая конференция «Биоразнообразие и сохранение генофонда флоры, фауны и народонаселения центрально-азиатского региона» 11-15 сентября 2019. г.Кызыл.]
|
|
Исследование мультифакторных заболеваний на примере предрасположенности к алкоголизму: молекулярная генетика и биофизика
Осипова Л.П., Хантемирова М.Р., Галиева Э.Р., Личман Д.В., Бабенко Р.О., Ковалев С.С., Табиханова Л.Э., Орлов Ю.Л.
[VI Съезд биофизиков России]
|
|
Компьютерные средства анализа кластеров регуляторных районов экспрессии генов
Орлов Ю.Л., Дергилев А.И., Цуканов А.В., Лузин А.Н., Орлова Н.Г.
[VI Съезд биофизиков России]
|
|
Проблемы суперкомпьютерного моделирования в биоинформатике
Орлов Ю.Л., Жилицкий В.Е., Ковалев С.С., Галиева А.Г., Лузин А.Н., Подколодный Н.Л.
[Марчуковские научные чтения - 2019]
|
|
Разработка компьютерной базы данных альтернативного сплайсинга в глиомах
Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Бабенко В.Н., Леберфарб Е.Ю.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.]
|
|
Суперкомпьютерные вычисления для задач электронного здравоохранения
Ю.Л.Орлов, С.С.Ковалев, А.И.Шадеркин, Н.Г.Орлова, Э.Н.Фартушный, Г.С.Лебедев.
[Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.]
|
|
Суперкомпьютерные методы компрессии и анализа сложности данных геномного секвенирования
Дергилев А.И., Лузин А.Н., Жилицкий В.Е., Принглаева А.М., Панова А.Н., Орлов Ю.Л.
[Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.]
|
|
Урбанизация и доместикация
Брагин А.О., Чадаева И.В., Суслов В.В., Орлов Ю.Л.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.]
|
|
Цифровая медицина как современное направление фундаментальных онкологических исследований в России
Ковалев С.С., Белоусова Ю.П., Хантемирова М.Р., Орлов Ю.Л.
[IV Межрегиональный фестиваль «Молодой профессионал Сибири» 17-18 сентября. 2019. г.Кызыл.]
|
| 2018 |
Gene Expression Related to Aggressive Behavior on Rat Model
Чадаева И.В., Климова Н.В., Брагин А.О., Кожемякина Р.В., Шихевич С.Г., Орлов Ю.Л.
[BGRS 2018]
|
|
Alternative splicing in transcriptomes of glioma cell cultures
N.V. Gubanova, A.O. Bragin, A.G. Bogomolov, S.S. Kovalev, Y.L. Orlov
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Analysis of genome size, CG content and characteristics of microorganisms’environment habitats
V.V. Suslov, A.V. Tsukanov, Y.L. Orlov
[BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)]
|
|
Analysis of possible sequence aligner artefacts using novel read density distribution
Naumenko F.M., Abnizova I.I., Beka N., Orlov Y.L.
[of Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Bioinformatics study of genes expression in rat brain areas by RT-PCR and their role in behavior
K.A. Tabanyuhov, I.V. Chadaeva, A.O. Bragin, Y.L. Orlov
[BGRS/SB 2018]
|
|
Bioinformatics tools for 3D chromosome contacts analysis
Thierry O., Galieva A.G., Tsukanov A.V., Orlov Y.L.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Cell-free RNA studies in cancer based on T oligo-primed polymerase chain reaction (TOP-PCR) technology
K.-P.Chiu, N.V. Gubanova, A.V. Tsukanov, S.S. Kovalev, Y.L. Orlov
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Computer analysis of alternative splicing events by RNA-seq data in brain cells
V.N. Babenko, N.V. Gubanova, A.V. Tsukanov, S.S. Kovalev, A.O. Bragin,G.V. Vasiliev, Yu.L. Orlov
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Computer analysis of genes expression, involved in the serotonergic and dopaminergic systems work, in the ventral tegmental brain area of aggressive and non-agressive rats
Bragin A.O., Markel A.L., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Computer genomics of regulatory single nucleotide polymorphisms in neurodegenerative diseases based on metabolic pathways models
Shanmughavel P., Sathishkumar R., Ponomarenko M.P., Khantemirova M.R., Tabikhanova L.E., Orlov Y.L.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Computer program for visualization of gene ontology results based on transcriptomics data
Zaporozhchenko A.A., Galieva A.G., Orlov Y.L.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Computer studies of miRNA in abiotic stress response in plants
Dobrovolskaya O.B., Spitsina A.M., Galieva A.G., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Orlov Y.L., Chen M.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Conclusion: international education programs and round table
Orlov Y.L., Savostyanov A.N., Amstislavskaya T.G., Aftanas L.I.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
DNA methylation studies in plants based on sequencing technologies
Arrigo P., Anashkina A.A., Esipova N.G., Dobrovolskaya O.B., Orlov Y.L
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Expression of natural antisense transcripts in human genome
Orlov Y.L.
[CLINICAL PROTEOMICS. POSTGENOME MEDICINE – 2017]
|
|
Extended clusters of transcription factor binding sites in embryonic stem cells
Tsukanov A.V., Dergilev A.I., Orlov Y.L.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Genetic regulation of wheat plant development and architecture.
Dobrovolskaya O.B., Dresvyannikova A.E., Popova K.I., Ponomarenko M.P., Orlov Yu.L., Krasnikov A.A., Martinek P.
[The 11th Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/System Biology: BGRS/SB'2018]
|
|
Roles of non-coding RNAs in stress response in plants
Chen M., Wang J., Dobrovolskaya O.B., Babenko V.N., Orlov Y.L., Liu Y., Samarina L.S.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Statistical approaches for analysis of mapping quality for single-cell sequencing data
Abnizova I.I., te Boekhorst R., Beka N., Naumenko F.M., Tsukanov A.V., Orlov Y.L.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Systems biology approaches for analysis of dementia with Lewy bodies in mouse models
Amstislavskaya T.G., Tikhonova M.A., Bai H., Orlov Y.L., Chen M.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Systems biology research at the SBB young scientists school series
Orlov Y.L., Wong L., Tatarinova T.V., Hofestädt R., Kolchanov N.A.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
The comparison of brain stem transcriptomes in rats from hypertensive ISIAH and normotensive WAG strains
L.A.Fedoseeva, L.O.Klimov, N.I.Ershov, V.M.Efimov, A.L.Markel, Y.L.Orlov, O.E.Redina
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
| 2017 |
Computer analysis of 3D chromosome contacts
Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics: the Ninth International Young Scientists School SBB-2017]
|
|
Study on genetic control of early inflorescence development in bread wheat (T. aestivum) that determines inflorescence architecture and yield
Dobrovolskaya O.B., Popova K.I., Orlov Yu.L., Krasnikov A.A., Martinek P.
[4th International conference "Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology May 29- June 02, 2017]
|
|
The expression of GRIA1, CACNA2D3, POMC and MAPK1 genes and their role in aggressive behavior in rats
Mazurina E.P., Tabanyuhov K.A., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Klimova N.V., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics: the Ninth International Young Scientists School SBB-2017]
|
|
Transcriptome analysis in laboratory animals
Yuriy Orlov
[C3-B3 "Crops, Chips and Computers"]
|
|
Анализ альтернативного сплайсинга в глиомах с помощью секвенирования транскриптом
Брагин А.О., Губанова Н.В., Ковалев С.С., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л.
[Вторая Международная научно-практическая конференция «NGS в медицинской генетике 2017»]
|
|
Компьютерные оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании
Васильев Г.В., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Галиева Э.Р., Орлов Ю.Л.
[Вторая Международная научно-практическая конференция «NGS в медицинской генетике 2017».]
|
|
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках
Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л.
[III Национальный Конгресс по Регенеративной Медицине]
|
| 2016 |
Differential alternative splicing in brain tissues of rats selected by aggressive behavior
Babenko V.N., Bragin A.O., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[BGRS 2016]
|
|
Использование NGS методов выявления функционально активных районов генома для поиска полиморфизмов, определяющих развитие патологий, на примере колоректального рака
Е.Ю. Леберфарб, Л.О. Брызгалов, И.И.Брусенцов, Ю.Л. Орлов, Т.И. Меркулова
[NGS в медицинской генетике]
|
|
Analysis of Differential Gene expression by RNA-Seq data in Brain regions of Lab Animals
Бабенко ВН, Орлов ЮЛ, Брагин АО, Кудрявцева НН
[Intergrative Bioinformatics]
|
|
Analysis of aggressive behavior by whole RNA sequencing in brain compartments
V.N. Babenko, A.O. Bragin, I.V. Medvedeva, I.V. Chadaeva, A.I. Dergilev, A.M. Spitsyna, N.N. Kudriavtseva, A.L. Markel, Y.L. Orlov
[Нейроинформатика 2016]
|
|
Clustering of CpG rich elements in gene dense region
Babenko V. N., Chadaeva I., Orlov Y. L.
[Belgrade Bioinformatics Conference]
|
|
Computer Analysis of RNA-seq Data of Laboratory Rats with Aggressive Behavior
Anatoly O. Bragin*, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel
[SocBin Bioinformatics 2016]
|
|
RNA-SEQ DATA ANALYSIS OF RATS WITH AGGRESSIVE BEHAVIOR IN THREE BRAIN AREAS
A.O. Bragin, A.L. Markel, V.N. Babenko, I.V. Chadaeva, E.S. Tiys, Y.L. Orlov
[BGRS-2016]
|
|
Search for regulatory context signals in genomic DNA
E.E.Vityaev, A.I.Dergilev, I.V.Chadaeva, Y.Y.Vaskin, A.M.Spitsina, E.V.Kulakova, O.V.Vishnevsky, Y.L.Orlov
[XVIII Международная научно-техническая конференция Нейроинформатика 2016]
|
|
Альтернативный сплайсинг и дифференциальная экспрессия генов в тканях головного мозга крыс, селектированных по агрессивности
Бабенко В.Н., Брагин А.О., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л.
[III Международной научной конференции «Генетика и биотехнология XXI века: проблемы, достижения, перспективы»]
|
|
Компьютерные оценки связи состава генома прокариот и среды обитания
Суслов В.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л.
[II Всероссийская конференция по астробиологии ЖИЗНЬ ВО ВСЕЛЕННОЙ: ФИЗИЧЕСКИЕ, ХИМИЧЕСКИЕ И БИОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ Пущино]
|
| 2015 |
Analysis of gene location relative to chromosome loops and topological chromosome domains by ChIA-PET and Hi-C
Orlov Y.L., Kulakova E.V., Spitsina A.M., Svichkarev A.V., Babenko V.N., Li G.
[3D Genome Workshop]
|
|
CTCF binding sites and gene expression analysis in genome scale by sequencing data
Kulakova E.V., Spitsina A.M., Safronova N.S., Svichkarev A.V., Dergilev A.I., Ponomarenko M.P., Babenko V.N., Hong P., Li G., Orlov Y.L.
[7th International Young Scientists School “Systems biology and bioinformatics” SBB-2015]
|
|
Computer Tools for Gene Expression Data Processing and Correlation Analysis
Babenko V.N., Orlov Y. L., Spitsyina A. M. Podkolodnaya N.
[Computational systems biology and bioinformatics (CSBio 2015)]
|
|
Computer analysis of natural antisense transcripts in eukaryotic genomes
Spitsina A.M., Safronova N.S., Kulakova E.V., Dergilev A.I., Li Q.L., Wang J.J., Chen D.J., Yuan C.H., Ponomarenko M.P., Afonnikov D.A., Orlov Y.L., Chen M.
[7th International Young Scientists School “Systems biology and bioinformatics” SBB-2015]
|
|
Differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals with aggressive and tolerant behaviors
Anatoly O. Bragin, Natalia N. Kudryavtseva, Arcady L. Markel, Yuriy L. Orlov, Ekaterina V. Kulakova, Anastasia M. Spitsina
[MCCMB-15]
|
|
GENETIC CONTROL OF WHEAT INFLORESCENCE DEVELOPMENT
Dobrovolskaya O., Martinek P., Pont C., Amagai Y., Krasnikov A.A., Badaeva E.D., Adonina I.G., Orlov Y.L., Salina E.A., Watanabe N., Salse J.
[The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”]
|
|
Gene Expression Analysis in Brain Areas of Laboratory Rats with Aggressive Behavior by RNA-seq Data
Anatoly O. Bragin, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel
[CSBio’2015]
|
|
Integrative analysis of antisense transcripts in plants
Orlov Y.L., Dobrovolskaya O., Babenko V.N., Safronova N.S., Chen M.
[The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology” PlantGen 2015]
|
|
Rare amino acid changes fixation drives divergence in Metazoa evolution
Konstantin Gunbin, Valentin Suslov, Yuri Orlov
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15)]
|
|
Statistical analysis of chromosome contacts by ChIA-PET and Hi-C technologies
Orlov Y.L., Kulakova E., Spitsina A., Babenko V.
[Future of Biomedicine 2015 Conference]
|
| 2014 |
Сложность геномов и эволюция прокариот
Н.С. Сафронова, Ю.Л. Орлов, В.В. Суслов
[Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле]
|
|
Computer study of gene expression related to agressive and tolerant behaviors on laboratory animals.
Orlov Y.L., Spitsina A.M., Medvedeva I.V., Bragin A.O., Anikeev A.V., Galyamina A.G., Kozhemyakina R.V., Safronova N.S., Kovalenko I.L., Konoshenko M.I., Moreva T.A., Kudryavtseva N.N., Markel A.L.
[BGRS/SB-2014]
|
|
Genetic dissection of the inflorescence branching trait in diploid, tetraploid and hexaploid wheats
Dobrovolskaya O., Amagai Y., Pont C., Martinek P., Krasnikov A.A., Orlov Y.L., Salina E.F., Salse J., Watanabe N.
[The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
|
|
THE GENOMIC TEXT CHARACTERISTICS AND GC CONTENT ARE RELATED TO THE BACTERIAL GENOME EVOLUTION
Suslov V.V., Safronova N.S., Orlov Y.L., Afonnikov D.A.
[BGRS-2014]
|
|
Интеграция геномных и транскриптомных данных о хромосомных контактах в геноме человека, полученных по методу ChIA-PET // Сборник трудов IV международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» Постгеном-2014, 29 октября – 1 ноября 2014, г.Казань. Издательство Казанского (Приволжского) Федерального Университета (ISBN 987-5-00019-293-1) S05-24, С.150.
Орлов Ю.Л., Кулакова Е.В, Спицина А.М., Дергилев А.И., Свичкарев А.В., Афонников Д.А., Чен М., Ли Г., Руан Й., Колчанов Н.А.
[Постгеном-2014 «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»]
|
|
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Национальный Суперкомпьютерный форум-2014 (НСКФ-2014)]
|
| 2013 |
3D organization of chromosomes mediated by RNAPII complex contacts in human genome
Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov, N.R. Battulin, O.L. Serov, N.A. Kolchanov, Guoliang Li, Yijun Ruan
[MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)]
|
|
Applications of text complexity measures to genome sequences analysis
N.S. Safronova, E.V. Kulakova, Yu.L. Orlov
[Genome Informatics Workshop (GIW-2013)]
|
|
Computational analysis of gene expression data on age-related diseases using rat models
Orlov Y.L., Kozhevnikova O.S., Afonnikov D.A., Kolosova N.G.
[8th European Congress of Biogerontology]
|
|
Computer analysis of gene expression in brain tumor cells using next generation sequencing
Y. L. Orlov, N. L. Podkolodnyy, G. Li, N. S. Safronova, D. A. Afonnikov, Y. Ruan
[21-й Международный Конгресс Геномики HGM-ICG-2013]
|
|
Computer analysis of transcription factor binding sites in genome scale based on ChIP-seq data
Yuriy L. Orlov, Vladimir A. Ivanisenko, Alexey V. Kochetov, Nikolay A. Kolchanov
[German-Russian Forum Biotechnology, Rostock 2013]
|
|
«Computer databases for genome data analysis»
Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov
[Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013]
|
|
Биоинформационный анализ экспрессии генов в клетках мозга
Орлов Ю.Л., Вишневский О.В., Витяев Е.Е., Кожевникова О.С., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[«Нейроинформатика-2013», XV Всероссийская научно-техническая конференция]
|
|
КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ СЕКВЕНИРОВАНИЯ И ХРОМАТИН-ИММУНОПРЕЦИПИТАЦИИ ChIP-seq
Орлов Ю.Л.
[Конференция ВОГиС «Проблемы генетики и селекции»]
|
| 2012 |
Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data
Yuriy Orlov
[BIOTEC Forum "Bioinformatics and Computational Biology"]
|
|
WHOLE GENOME ANALYSIS OF THE DEVELOPMENT GENES REGULATED BY TRANSCRIPTION FACTORS IN MICE AND D. RERIO USING THE CHIP-SEQ TECHNOLOGY
Orlov Yu., Ershov N., Vinata S., Kondrikhin I., Matavan I., Afonnikov D., Kolchanov N.
[III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).]
|
|
ДНК-микрочип для исследования механизмов развития у крыс OXYS ретинопатии, аналогичной возрастной макулярной дегенерации у людей
Кожевникова О.С., Корболина Е.Е., Орлов Ю.Л., Стефанова Н.А., Муралева Н.А., Швалов А.А., Колосова Н.Г.
[Фундаментальные науки – медицине]
|
|
Computer analysis of 3D chromosome contacts mediated by RNA Pol II in human
Yuriy L. Orlov, Guoliang Li, Kuljeet S. Sandhu, Melissa J. Fullwood, Dmitriy A. Afonnikov, Chialin Wei, Oleg L. Serov, Nikolay A. Kolchanov, Yijun Ruan
[Международный симпозиум «SysPatho-Системная биология и медицина»]
|
|
Integrative analysis of antisense transcripts and miRNA targets in plant genomes
Y.L. Orlov, O. Dobrovolskaya, Y. Meng, D.A. Afonnikov, M. Chen, Y. Zhu
[The 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology” PlantGen 2012]
|
|
CHARACTERIZATION OF THE WFZP HOMOEOLOGOUS GENES IN BREAD WHEAT
Dobrovolskaya O.B., Pont C., Martinek P., Orlov Yu.L., Popova O.M., Laikova L.I., Salse J., Salina E.A.
[The 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology” PlantGen 2012]
|
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
3D CHROMOSOME CONTACTS AND CHROMATIN INTERACTIONS REVEALED BY SEQUENCING
Y.L. Orlov, G. Li, R. Auerbach, K.S. Sandhu, X. Ruan, M.J. Fullwood, N.L. Podkolodnyy, D.A. Afonnikov, E. Liu, C.L. Wei, M. Snyder, Y. Ruan
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Sacharromyces cereviciae and Schizosaccharomyces_pombe
Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L., Likhoshvai V.A.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[2012 International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB2012), Hangzhou, China]
|
|
The study on structural-functional organization of the genes that control inflorescence development in bread wheat (T. aestivum l.) And its close relatives on an example of the WFZP gene
Добровольская О.Б., Сальс Ж., Попова О.М.,Орлов Ю.Л., Мартинек П., Лайкова Л.И., Салина Е.А.
[III Вавиловская международная конференция «Идеи Н.И. Вавилова в современном мире»]
|
|
Аnalysis of 3D chromosome contacts mediated by RNA Pol II
Orlov Y.L.
[Хромосома 2012, Новосибирск, 2-7 сентября]
|
|
Развитие ретинопатии и активация метаболического пути болезни Альцгеймера в сетчатке крыс OXYS
Кожевникова О.С., Корболина Е.Е., Муралева Н.А., Орлов Ю.Л., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г.
[III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012). 2012, г.Казань]
|
| 2011 |
РЕГУЛЯТОРНЫЕ ГЕННЫЕ СЕТИ В РАКОВЫХ КЛЕТКАХ: АНАЛИЗ С ПОМОЩЬЮ ТЕХНОЛОГИЙ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ChIP-seq
Орлов Ю.Л., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Афонников Д.А.
[II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», 11-17 ноября 2011, Новосибирск.]
|
|
Компьютерный анализ дифференциально экспрессирующихся генов у крыс гипертензивной линии НИСАГ.
Александрович Ю.В., Орлов А.В., Пыльник Т.О., Смоленская С.Э., Редина О.Е. , Орлов Ю.Л. , Маркель А.Л.
[II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», Новосибирск, 2011]
|
|
COMPUTER ESTIMATION OF GENOME COMPLEXITY AND MINIMAL GENOME SIZE
Орлов Юрий Львович, Суслов Валентин Владимирович
[III international conference Biosphere origin and evolution]
|
|
Статистические компьютерные задачи анализа данных геномного секвенирования
Орлов Юрий Львович
[Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач]
|
|
Integrative analysis of transcription factors binding profiles regulating embryonic stem cell identity based on ChIP-seq and expression arrays technologies
Yuriy L. ORLOV, Nikolay L. PODKOLODNY, Huck-Hui NG
[MCCMB 2011]
|
|
Bioinformatics education in Asia
Орлов Юрий Львович
[BREW 2011: Bioinformatics Research and Education Workshop]
|
|
Интегративный анализ полногеномных последовательностей
Орлов Юрий Львович
[Рабочее совещание "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике"]
|
|
Анализ генных сетей, определяющих программу развития эмбриональных стволовых клеток человека с помощью скрининга интерференции РНК и полногеномных технологий секвенирования
Орлов Юрий Львович
[VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
Гранты
| 2018 |
Исследование механизмов генетической регуляции процессов развития растений на примере соцветия пшеницы
Добровольская О.Б., Калачикова С.В., Рощина О.А.,
Мутерко А.Ф., Дресвянникова А.Е., Дергилёв А.И., Володина Е.А., Орлов Ю.Л.
|
| 2016 |
Экспериментальные генетические модели агрессивного и толерантного поведения: исследование молекулярно-генетических механизмов с использованием технологий секвенирования следующего поколения (RNA-Seq)
Спицина А. М. Смагин Д. А. Галямина А. Г. Коношенко М. Ю. Коваленко И. Л. Кожемякина Р. В. Медведева И. В. Морева Т. А. Кулакова Е. В. Маркель А. Л. Витяев Е. Е. Сафронова Н. С. Брагин А. О. Васильев Г. В. Кудрявцева Н. Н. Бабенко В. Н. Дергилёв А. И.
|
| 2015 |
Анализ генетических полиморфизмов адаптации к окружающей среде и диабета II типа у монгольских бурят
Бабенко Владимир Николаевич, Вишневский Олег Владимирович, Медведева Ирина Вадимовна, Орлов Юрий Львович, Посух Ольга Леонидовна, Сафронова Наталья Сергеевна, Китайские партнеры - Проф. Минг Чен, Проф. Хайхуа Бай
|
|
Изучение генетического контроля ранних этапов развития соцветия мягкой пшеницы (T. aestivum L.), определяющих архитектуру соцветия и влияющих на показатели продуктивности
Добровольская О.Б. Орлов Ю.Л. Попова К.И. Дресвянникова А.Е. Бакланова М.В. Красников А.А. Зинченко Е.В.
|
| 2014 |
Экспериментальные генетические модели агрессивного и толерантного поведения: исследование молекулярно-генетических механизмов с использованием технологий секвенирования следующего поколения (RNA-Seq)
17 человек
|
|
Изучение влияния хронического социального стресса на пространственную организацию транскрипционно-активного хроматина методом ChIA-PET
Брызгалов Л.О., Августинович Д.Ф., Бондарь Н.П., Ершов Н.И., Леберфарб Е.Ю., Орлов Ю.Л.
|
| 2013 |
«Научные стажировки для ученых и преподавателей вузов» DAAD (Германская Служба Академических Обменов)
Орлов Ю.Л.
|
|
Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Колчанов Николай Александрович, Подколодный Николай Леонтьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Брызгалов Леонид Олегович, Рассказов Дмитрий Александрович, Васькин Юрий Юрьевич, Данилова Юлия
|
|
Организация и проведение пятой Международной школы молодых ученых «Системная биология и биоинформатика»
Колчанов Николай Александрович
|
| 2012 |
Исследование трехмерной организации генома половых и соматических клеток методом Hi-C
Баттулин Нариман Рашитович Серов Олег Леонидович Колчанов Николай Александрович Рубцов Николай Борисович Орлов Юрий Львович Афонников Дмитрий Аркадьевич Медведев Кирилл Евгеньевич Карамышева Татьяна Витальевна Юнусова Анастасия Маратовна Шнайдер Татьяна Александровна Фишман Вениамин Семенович Мензоров Алексей Гавриилович Хабарова Анна Александровна
|
|
Изучение структурно-функциональной организации генов, участвующих в регуляции развития соцветия мягкой пшеницы (T. aestivum L.) и ее сородичей
Добровольская Оксана Борисовна, Арбузова Валентина Сергеевна, Орлов Юрий Львович, Попова Ольга Михайловна, Стрига Вера Николаевна
|
| 2011 |
Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий
Антонцева Елена Вячеславовна Меркулова Татьяна Ивановна Брызгалов Леонид Олегович Ощепков Дмитрий Юрьевич Матвеева Марина Юрьевна Ершов Никита Игоревич Пахарукова Мария Юрьевна Орлов Юрий Львович Мордвинов Вячеслав Алексеевич Колосова Наталия Гориславовна Шилов Александр Геннадьевич Кашина Елена Валентиновна Корболина Елена Евгеньевна Сивков Антон Юрьевич Брагин Анатолий Олегович
|
|
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович
|
|
Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток
Орлов Юрий Львович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Вишневский Олег Владимирович, Пономаренко Михаил Павлович
|
| 2005 |
Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом
Левицкий Виктор Георгиевич Вишневский Олег Владимирович Проскура Анна Леонидовна Катохин Алексей Вадимович Фурман Дагмара Павловна Подколодная Ольга Александровна Пономаренко Михаил Павлович Орлов Юрий Львович
|
Научное руководство
| 2023 |
Анатомия пяти отделов мозга по анализу экспрессии генов
Бабенко В. Н.
Орлов Ю.Л.
[Файрушина Карина]
|
| 2018 |
Дифференциальная экспрессия и альтернативный сплайсинг в культурах клеток глиом по данным RNA-Seq
Орлов Ю.Л., Леберфарб Е.Ю.
[Ковалев Сергей Сергеевич]
|
| 2016 |
Разработка пакета визуализации структурных характеристик генетического текста
Орлов Юрий Львович Бабенко Владимир Николаевич
[Спицина Анастасия Михайловна]
|
| 2015 |
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме
Орлов Юрий Львович
[Дергилев Артур Игоревич]
|
|
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов и участков хромосомных контактов в геноме
Орлов Ю.Л.
[Свичкарев Владлен Анатольевич]
|
| 2014 |
Компьютерный анализ данных экспрессии генов на микрочипах и высокопроизводительного секвенирования транскриптом
Орлов Ю.Л.
[Спицина Анастасия Михайловна]
|
|
Разработка компьютерных программ анализа данных геномного секвенирования по технологии ChIP-seq
Орлов Ю.Л.
[Кулакова Екатерина Викторовна]
|
| 2013 |
Компьютерный анализ контекстных особенностей ДНК
[Сафронова Наталья Сергеевна]
|
| 2012 |
Веб-портал для базы данных по экспериментальным исследованиям в области геномики.
[Мартыщенко Мария Кирилловна]
|
| 2011 |
Анализ экспрессии генов на микрочипах на крысах линии НИСАГ
[Орлов Алексей Валерьевич]
|
Учебные курсы
| 2014 |
Математические методы биоинформатики
Орлов Ю.Л., Мирошниченко Л.А.
|
| 2012 |
Биоинформатика для генетиков
Орлов Ю.Л.
|
| 2011 |
Введение в биоинформатику, лекции
|
|
Введение в биоинформатику, семинары.
|
Патенты
| 2024 |
Оценка вероятности возникновения мутации генов, ассоциированных с развитием онкологических заболеваний, для организма человека при его ионизации
Явкина Д.В., Орлов Ю.Л.
|
| 2018 |
База данных «Дифференциальный альтернативный сплайсинг генов человека при вторичной глиобластоме (ДАСГГ)» / «Differential Alternative Splicing of Human Genes in secondary Glioblastome (DASGG)»
Брагин А.О., Губанова Н.В., Бабенко В.Н., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Леберфарб Е.Ю., Орлов Ю.Л.
|
|
База данных «Дифференциальный альтернативный сплайсинг генов крыс, селектированных по агрессивному поведению (ГК-АСАП)» / «Differential alternative splicing of rat genes selected for aggressive behavior (RG-ASAB)»
Брагин А.О., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Богомолов А.Г., Кожемякина Р.В., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л
|
|
Программа поиска кластеров сайтов ChIP-seq в геноме «КланЧиПикс» / Program for ChIP-seq cluster search in genome «ClanChIPeaks»
Цуканов А.В., Орлов Ю.Л.
|
| 2016 |
Дифференциально экспрессирующиеся гены в ядрах шва среднего мозга агрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ЯШ/Агр)
Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л.
|
|
Дифференциально экспрессирующиеся гены в ядрах шва среднего мозга депрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ЯШ/Деп)
Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л.
|
|
Дифференциально экспрессирующиеся гены в гипоталамусе агрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ГПТ/Агр)
Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л.
|
|
Дифференциально экспрессирующиеся гены в гипоталамусе депрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ГПТ/Деп)
Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л.
|
| 2012 |
База данных генов крысы, ассоциированных с заболеваниями старения для исследований на микрочипах (РатДНК ДБ)/ Database of rat genes associated with senescence deceases for microarray research (RatDNA DB)
Орлов Юрий Львович, Мартыщенко Мария Кирилловна, Генаев Михаил Александрович, Кожевникова Оюна Суранзановна
|
Диссертации
| 2014 |
Полногеномный компьютерный анализ распределения сайтов связывания транскрипционных факторов эукариот по данным иммунопреципитации хроматина и высокопроизводительного секвенирования
[Доктор]
|
|
|
