 |
Публикации
| 2021 |
Glioblastoma gene network reconstruction and ontology analysis by online bioinformatics tools
Natalya V. Gubanova, Nina G. Orlova, Arthur I. Dergilev, Nina Y. Oparina, Yuriy L. Orlov
[J INTEGR BIOINFORM]
|
| 2019 |
Компьютерные методы для анализа технологий секвенирования в анализе хромосомных контактов в клетке
Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Дергилев А.И., Бабенко Р.О., Галиева Э.Р., Леберфарб Е.Ю.
[Гены и клетки]
|
| 2018 |
Компьютерные средства анализа регуляции экспрессии генов и альтернативного сплайсинга
Дергилев А.И., Табанюхов К.А., Цуканов А.В., Брагин А.О., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
|
Программы статистической обработки, кластеризации и визуализации распределения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме
Цуканов А.В., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Орлов Ю.Л
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Реконструкция геномного распределения кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов, связанных с поддержанием плюрипотентности.
Цуканов А.В., Дергилев А.И., Богомолов А.Г., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
| 2017 |
Analysis of 3d chromosome contacts using sequencing technologies
Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L.
[Acta Naturae]
|
|
Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene
А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов
[Програмные системы: теория и приложения]
|
|
Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л.
[Программные системы: теория и приложения]
|
| 2016 |
Компьютерный анализ совместной локализации сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq
Дергилев А.И., Спицина А.М., Чадаева И.В., Свичкарев А.В., Науменко Ф.М., Кулакова Е.В., Витяев Е.Е., Чен М., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2015 |
Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е. В., Спицина А. М., Орлова Н. Г., Дергилев А. И., Свичкарев А. В., Сафронова Н. С., Черных И. Г., Орлов Ю. Л.
[Программные системы: теория и приложения]
|
|
Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК
Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М.
[Программные системы: теория и приложения]
|
Конференции
| 2019 |
3D genome modeling by Hi-C and ChIA-PET data
Orlov Y. L., Dergilev A. I., Kovalev S. S., Babenko R. O., Li G.
[Марчуковские научные чтения - 2019]
|
|
Clusters of transcription factor binding sites in plant genomes
Dergilev A.I., Babenko R.O., Galieva A.G., Orlov Y.L.
[Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2019)]
|
|
Computer tools for spatial chromosome contacts analysis by ChIA-PET and HI-C data.
Dergilev A.I., Luzin A.N., Kovalev S.S., Babenko R.O., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.]
|
|
Context complexity of sites containing single nucleotide polymorphisms in human genome
Luzin A.N., Dergilev A.I., Tabikhanova Z.E., Safronova N.S., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.]
|
|
Software tool for analysis of possible aligner artefacts in sequencing
Dergilev A.I., Naumenko F.M., Luzin A.N., Abnizova I.I., Orlov Y.L.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы 18-22 июня 2019, Санкт-Петербург]
|
|
Statistical analysis, clusterization and visualization of genome distribution of transcription factor binding sites
Dergilev A.I., Tsukanov A.V., Luzin A.N., Babenko R.O., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.]
|
|
Text complexity of genome sites containing single nucleotide polymorphisms
Orlov Y.L., Galieva A.G., Luzin A.N., Zhilitsky V.E., Dergilev A.I.
[Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы]
|
|
Вычислительные методы для транскриптомного профилирования и анализа данных высокопроизводительного секвенирования
Ковалев С.С., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Белоусова Ю.П., Хантемирова М.Р., Орлов Ю.Л.
[Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.]
|
|
Компьютерные средства анализа кластеров регуляторных районов экспрессии генов
Орлов Ю.Л., Дергилев А.И., Цуканов А.В., Лузин А.Н., Орлова Н.Г.
[VI Съезд биофизиков России]
|
|
Суперкомпьютерные методы компрессии и анализа сложности данных геномного секвенирования
Дергилев А.И., Лузин А.Н., Жилицкий В.Е., Принглаева А.М., Панова А.Н., Орлов Ю.Л.
[Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.]
|
| 2018 |
Extended clusters of transcription factor binding sites in embryonic stem cells
Tsukanov A.V., Dergilev A.I., Orlov Y.L.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
| 2017 |
Computer analysis of 3D chromosome contacts
Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics: the Ninth International Young Scientists School SBB-2017]
|
|
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках
Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л.
[III Национальный Конгресс по Регенеративной Медицине]
|
| 2016 |
Analysis of aggressive behavior by whole RNA sequencing in brain compartments
V.N. Babenko, A.O. Bragin, I.V. Medvedeva, I.V. Chadaeva, A.I. Dergilev, A.M. Spitsyna, N.N. Kudriavtseva, A.L. Markel, Y.L. Orlov
[Нейроинформатика 2016]
|
|
Search for regulatory context signals in genomic DNA
E.E.Vityaev, A.I.Dergilev, I.V.Chadaeva, Y.Y.Vaskin, A.M.Spitsina, E.V.Kulakova, O.V.Vishnevsky, Y.L.Orlov
[XVIII Международная научно-техническая конференция Нейроинформатика 2016]
|
| 2015 |
CTCF binding sites and gene expression analysis in genome scale by sequencing data
Kulakova E.V., Spitsina A.M., Safronova N.S., Svichkarev A.V., Dergilev A.I., Ponomarenko M.P., Babenko V.N., Hong P., Li G., Orlov Y.L.
[7th International Young Scientists School “Systems biology and bioinformatics” SBB-2015]
|
| 2014 |
Интеграция геномных и транскриптомных данных о хромосомных контактах в геноме человека, полученных по методу ChIA-PET // Сборник трудов IV международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» Постгеном-2014, 29 октября – 1 ноября 2014, г.Казань. Издательство Казанского (Приволжского) Федерального Университета (ISBN 987-5-00019-293-1) S05-24, С.150.
Орлов Ю.Л., Кулакова Е.В, Спицина А.М., Дергилев А.И., Свичкарев А.В., Афонников Д.А., Чен М., Ли Г., Руан Й., Колчанов Н.А.
[Постгеном-2014 «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»]
|
Гранты
| 2018 |
Исследование механизмов генетической регуляции процессов развития растений на примере соцветия пшеницы
Добровольская О.Б., Калачикова С.В., Рощина О.А.,
Мутерко А.Ф., Дресвянникова А.Е., Дергилёв А.И., Володина Е.А., Орлов Ю.Л.
|
| 2014 |
Экспериментальные генетические модели агрессивного и толерантного поведения: исследование молекулярно-генетических механизмов с использованием технологий секвенирования следующего поколения (RNA-Seq)
17 человек
|
|
|
