Система учета научной деятельности (ASSA)

Вход

Внебюджетные подразделения

ИЦиГ СО РАН

Подразделения

Лаборатория по технологии ферментации (т. 139)
Лаборатории РНФ

Научные результаты

Сотрудники

Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода:

Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты

Публикации

2024	Genome-wide association study revealed some new candidate genes associated with flowering and maturity time of soybean in Central and West Siberian regions of Russia Perfil`ev R, Shcherban A, Potapov D, Maksimenko K, Kiryukhin S, Gurinovich S, Panarina V, Polyudina R, Salina E Frontiers in Plant Science, 2024, 15:1463121
	Identification of QTLs associated with grain-filling duration and heading date in wheat A.A. Berezhnaya, A.A. Kiseleva, A.I. Stasyuk, I.N. Leonova, E.A. Salina BRAZ J BIOL, 2024, vol. 84, e279154
	Biochemical, Genetic, and Grain Digital Evaluation of Soft Winter Wheat Varieties with Different Germination Index. A.V. Fedyaeva, S.D. Afonnikova, D.A. Afonnikov, O.G. Smirnova, V.N. Deeva, A.I. Pryanishnikov, E.A. Salina RUSS J PLANT PHYSL+, 2024, Volume 71, article number 56
	Identification of novel loci precisely modulating pre-harvest sprouting resistance and red color components of the seed coat in T. aestivum L. Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Komyshev E.G., Koval V.S., Afonnikov D.A., Salina E.A. Plants, 2024, т. 13, № 10, с. 1309
	iPSC-derived endothelial cells reveal LDLR dysfunction and dysregulated gene expression profiles in familial hypercholesterolemia Zakharova I.S., Shevchenko A.I., Arssan M.A., Sleptcov A.A., Nazarenko M.S., Zarubin A.A., Zheltysheva N.V., Shevchenko V.A., Tmoyan N.A., Saaya S.B., Ezhov M.V., Kukharchuk V.V., Parfyonova Ye.V., Zakian S.M. INT J MOL SCI, 2024, 25, 689.
	Влияние стеариновой кислоты на эффективность криоконсервации эмбрионов домашней кошки (Felis silvestris catus) Брусенцев Е.Ю., Окотруб С.В., Лебедева Д.А., Окотруб К.А., Рахманова Т.А., Амстиславский С.Я. Известия РАН. Серия биологическая, 2024, № 1, с. 76–89.
	Program freezing of diapausing embryos in the mouse Amstislavsky S.Ya., Okotrub S.V., Rozhkova I.N., Rakhmanova T.A., Igonina T.N., Brusentsev E.Yu., Kozeneva V.S., Lebedeva D.A., Omelchenko A.N., Okotrub K.A. THERIOGENOLOGY, 2024, 217, 1–10.
	Effects of different types of induced neonatal inflammation on development and behavior of C57BL/6 and BTBR mice Yuliya A. Ryabushkina, Kseniya A. Ayriyants, Anna A. Sapronova, Anastasia S. Mutovina, Maria M. Kolesnikova, Eva V. Mezhlumyan, Natalya P. Bondar, Vasiliy V. Reshetnikov PHYSIOL BEHAV, 2024, Volume 280, 1 June 2024, 114550
	Effect of cryopreservation on Odc1 and RhoA genes expression in diapausing mouse blastocysts Amstislavsky S., Brusentsev E., Lebedeva D., Rozhkova I., Rakhmanova T., Okotrub S., Kozeneva V., Igonina T., Babochkina T. REPROD DOMEST ANIM, 2024, V. 59. e14576.
	Towards Development of the 4C-Based Method Detecting Interactions of Plasmid DNA with Host Genome Alexandra P Yan, Paul A Salnikov, Maria M Gridina, Polina S Belokopytova, Veniamin S Fishman BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2024
	A HGF Mutation in the Familial Case of Primary Lymphedema: A Report Galina Koksharova, Natalia Kokh, Maria Gridina, Rustam Khapaev, Vadim Nimaev, Veniamin Fishman INT J MOL SCI, 2024
	Effects of Chronic Social Stress on the Expression of Neurotransmitter System–associated Genes in the Hypothalamus of Male Mice I. L. Kovalenko, A. G. Galyamina, D. A. Smagin, N. N. Kudryavtseva RUSS J GENET+, 2024, Vol. 60, No. 6, pp. 737–746
	Larval Heat Stress Affects the Lifespan and Stress Resistance of Drosophila melanogaster Adults. E. K. Karpova, E. V. Burdina, V. M. Efimov, N. E. Gruntenko. Adv. Gerontol, 2024, Vol. 13, No. 4, pp. 196–201
	Image-based classification of wheat spikes by glume pubescence using convolutional neural networks. Artemenko N.V., Genaev M.A., Epifanov R.UI., Komyshev E.G., Kruchinina Y.V., Koval V.S., Goncharov N.P. and Afonnikov D.A. Frontiers in Plant Science, 2024, т. 14, с. 1336192
	Конвейер обработки гиперспектральных изображений на примере исследования зерен ячменя, содержащих меланин. Бусов И.Д., Генаев М.А., Комышев Е.Г., Коваль В.С., Зыкова Т.E., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, т. 28, № 4, С. 443-455
	Влияние гонадотропной стимуляции яичников в условиях хронического психосоциального стресса на качество ооцитов мышей Лебедева Д.А., Игонина Т.Н., Брусенцев Е.Ю., Шавшаева Н.А., Амстиславский С.Я. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2024, том 110, No 6, с. 930–944.
	Митохондриальный геном Eisenia altaica (Lumbricidae, Annelida) П.А. Леонов, Г.В. Юрлова, Т.В. Полубоярова, Г.В. Васильев, А.А. Шипова, Е.В. Голованова, С.В. Шеховцов, К.С. Зубко Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2024, 2024 год, Том 10, №2, С. 93-98
	Blood Plasma Markers in Depressed Mice under Chronic Social Defeat Stress D.A. Smagin, D.V. Bezryadnov, M.G. Zavialova, A.Yu. Abramova, S.S. Pertsov and N.N. Kudryavtseva Biomedicines, 2024, 2024, 12, 1485
	Computational Reconstruction of the Transcription Factor Regulatory Network Induced by Auxin in Arabidopsis thaliana L. Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Богомолов Антон Геннадьевич, Долгих Владислав Андреевич, Сидоренко Александра Дмитриевна, Землянская Елена Васильевна Plants, 2024, 13(14), 1905
	Experimental approaches to controlled diapause in mammals Brusentsev E.Yu., Rakhmanova T.A., Rozhkova I.N., Okotrub S.V., Kozeneva V.S., Amstislavsky S.Ya. RUSS J ECOL+, 2024, Vol. 55, No. 4, pp. 308–318.
	Probing metabolism in mouse embryos using Raman spectroscopy and deuterium tags A.N. Omelchenko, K.A. Okotrub, T.N. Igonina, T.A. Rakhmanova, S.V. Okotrub, I.N. Rozhkova, V.S. Kozeneva, S.Ya. Amstislavsky, N.V. Surovtsev SPECTROCHIM ACTA A, 2024
	ИЗМЕНЕНИЕ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ЦИТОКИНОВОГО ОТВЕТА В ГИПОТАЛАМУСЕ ЖИВОТНЫХ ПОД ВЛИЯНИЕМ ХРОНИЧЕСКОГО СОЦИАЛЬНОГО СТРЕССА: ДАННЫЕ RNA-seq Галямина А.Г., Коваленко И.Л., Смагин Д.А., Попова Н.А. Medical Immunology, 2024, Т. 26, № 4, стр. 217-224
	Chronic psychosocial stress affects insulin-like growth factor 1 and its receptors in mouse ovaries Tatyana Igonina, Daria Lebedeva, Anton Tsybko, Irina Rozhkova, Tatyana Babochkina, Alisa Levinson and Sergei Amstislavsky REPROD FERT DEVELOP, 2024, 36
	Genotype imputation in human genomic studies Berdnikova AA, Zorkoltseva IV, Tsepilov YA, Elgaeva EE Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 28(6):628-639
	Liver Fluke-Derived Molecules Accelerate Skin Repair Processes in a Mouse Model of Type 2 Diabetes Mellitus Ковнер А., Капущак Я., Запарина О., Пономарев Д., Пахарукова М. INT J MOL SCI, 2024, 2024, 25(22), 12002
	Идентификация Sr генов возрастной устойчивости в отечественных сортах мягкой пшеницы методом молекулярно-генетического маркирования Е.С. Сколотнева, Ю.В. Лаприна, М.И. Киселева, В.Н. Кельбин, Т.М. Коломиец Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2024, №3, Том 10, 151-157
2023	Mutant-Huntingtin Molecular Pathways Elucidate New Targets for Drug Repurposing Makeeva V.S., Dyrkheeva N.S., Lavrik O.I., Zakian S.M., Malakhova A.A. INT J MOL SCI, 2023, 24(23), 16798
	Determination of the melanin and anthocyanin content in barley grains by digital image analysis using machine learning methods E.G. Komyshev, M.A. Genaev, I.D. Busov, M.V. Kozhekin, N.V. Artemenko, A.Y. Glagoleva, V.S. Koval, D.A. Afonnikov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
	Impact of Allelic Variation in Maturity Genes E1–E4 on Soybean Adaptation to Central and West Siberian Regions of Russia Perfil’ev R., Shcherban A., Potapov D., Maksimenko K., Kiryukhin S., Gurinovich S., Panarina V., Polyudina R., Salina E. Agriculture, 2023, vol. 13, no. 6: article 1251, https://doi.org/10.3390/agriculture13061251, IF=3.408, Received: 16 May 2023, Revised: 11 June 2023, Accepted: 13 June 2023, Published: 15 June 2023
	Finding needles in a haystack: identification of inter-specific introgressions in wheat genebank collections using low-coverage sequencing data Jens Keilwagen, Heike Lehnert, Ekaterina D. Badaeva, Hakan Özkan, Shivali Sharma, Peter Civan, Benjamin Kilian Frontiers in Plant Science, 2023, Front. Plant Sci., Volume 14, Article 1166854, Q1, RECEIVED 15 February 2023, ACCEPTED 02 May 2023, PUBLISHED 06 June 2023
	On the role of serotonin 5-HT1A receptor in autistic-like behavior: сross talk of 5-HT and BDNF systems Elena M. Kondaurova , Irina I. Belokopytova , Elisabeth A. Kulikova , Nikita V. Khotskin , Tatiana V. Ilchibaeva , Anton S. Tsybko , Nina K. Popova , Vladimir S. Naumenko BEHAV BRAIN RES, 2023, 438 (2023) 114168
	Heterologous Expression of Extracellular Proteinase pAsPs of Aspergillus pseudotamarii in Komagataella phaffii. Zadorozhny AV, Voskoboev ME, Bochkov DV, Rozanov AS, Shedko ED, Mescheryakova IA, Blinov AG, Korzhuk AV, Shlyakhtun VN, Bogacheva NV, Antonov EV, Bannikova SV, Goryachkovskaya TN, Peltek SE INT J MOL SCI, 2023, International Journal of Molecular Sciences. 2022; 23(23):15035.
	ФАКТОРЫ, ВЛИЯЮЩИЕ НА ПРОРАСТАНИЕ ЗЕРНА НА КОРНЮ У МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ (TRITICUM AESTIVUM L.), И МЕТОДЫ ИХ ОЦЕНКИ А.В. Федяева, Е.А. Салина, В.К. Шумный Генетика, 2023, T. 59, № 1, стр. 5-17, DOI: 10.31857/S0016675823010058
	Эффекты вспомогательных репродуктивных технологий на социальное поведение мышей линии BTBR – модели расстройств аутистического спектра Рожкова И.Н., Окотруб С.В., Брусенцев Е.Ю., Игонина Т.Н., Рахманова Т.А., Лебедева Д.А., Яцук Т.А., Козенева В.С., Напримеров В.А., Амстиславский С.Я. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2023, Т. 109. № 3. С. 315–333.
	Влияние культивирования in vitro и переноса эмбрионов на плотность нейронов и нейрогенез в головном мозге мышей линии С57BL/6J Брусенцев Е.Ю., Игонина Т.Н., Рожкова И.Н., Окотруб С.В., Лебедева Д.А., Владимирова Е.В., Козенева В.С., Амстиславский С.Я. Нейрохимия, 2023, Т. 40, № 3, С. 223–233.
	Elucidation of the Landscape of Alternatively Spliced Genes and Features in the Dorsal Striatum of Aggressive/Aggression-Deprived Mice in the Model of Chronic Social Conflicts. Babenko, V. Redina, O. Smagin, D. Kovalenko, I. Galyamina, A. Kudryavtseva, N. Genes, 2023, 14:599
	A Cre-LoxP-based approach for combinatorial chromosome rearrangements in human HAP1 cells Anna Khabarova, Galina Koksharova, Pavel Salnikov, Polina Belokopytova, Roman Mungalov, Inna Pristyazhnuk, Artem Nurislamov, Maria Gridina, Veniamin Fishman CHROMOSOME RES, 2023
	Short Interrupted Repeat Cassette (SIRC)—Novel Type of Repetitive DNA Element Found in Arabidopsis thaliana Gorbenko I.V., Petrushin I.S., Shcherban A.B., Orlov Yu.L., Konstantinov Yu.M. INT J MOL SCI, 2023, 24(13), 11116
	Анализ поведения и плотности нейронов в головном мозге мышей B6.CG-TG(PRNP-SNCA*A53T)23MKLE/J – модели болезни Паркинсона Рожкова И.Н., Окотруб С.В., Брусенцев Е.Ю., Рахманова Т.А., Лебедева Д.А., Козенева В.С., Хоцкин Н.В., Амстиславский С.Я. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2023, Т. 109, № 9, С. 1199–1216.
	Curcumin and Its Supramolecular Complex with Disodium Glycyrrhizinate as Potential Drugs for the Liver Fluke Infection Caused by Opisthorchis felineus Maria N Lvova, Denis V Ponomarev, Alena A Tarasenko, Anna V Kovner, Galina A Minkova, Michail A Tsyganov, Meijun Li, Yan Lou, Veronica I Evseenko, Alexander V Dushkin, Irina V Sorokina, Tatiana G Tolstikova, Viatcheslav A Mordvinov, Damira F Avgustinovich Pathogens, 2023, 12(6):819
	Analysis of the Structural Organization and Expression of the Vrn-D1 Gene Controlling Growth Habit (Spring vs. Winter) in Aegilops tauschii Coss. Chepurnov G.Y., Ovchinnikova E.S., Blinov A.G., Chikida N.N., Belousova M.Kh., Goncharov N.P. Plants, 2023, V.12, P.3596.
	Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R. Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V. Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko J INTEGR BIOINFORM, 2023
	Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova, T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
	Serotonin Receptors as a Potential Target in the Treatment of Alzheimer’s Disease Dmitrii V. Eremin, Elena M. Kondaurova, Aleksander Ya. Rodnyy, Camilla A. Molobekova , Dmitrii A. Kudlay and Vladimir S. Naumenko BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2023, Vol. 88, Nos. 12-13, pp. 2023-2042
	КОРРЕЛЯЦИОННЫЕ СВЯЗИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНА МАРКЕРА РАКА ЛЁГКИХ Eno2 И ГЕНОВ КАНЦЕРОГЕНЕЗА И АПОПТОЗА В ГИПОТАЛАМУСЕ МЫШЕЙ С ДЕПРЕССИВНОПОДОБНЫМ ПОВЕДЕНИЕМ Галямина А.Г., Коваленко И.Л., СмагинД.А., Кудрявцева Н.Н. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2023, Том 176, № 11 С.632-637
	Cytological Analysis of Crossover Frequency and Distribution in Male Meiosis of Cardueline Finches (Fringillidae, Aves). Grishko, E. Malinovskaya, L. Slobodchikova, A. Kotelnikov, A. Torgasheva, A. Borodin, P. Animals, 2023, 13, 3624.
	Получение линий индуцированных плюрипотентных стволовых клеток ICGi022-A-3, ICGi022-A-4 и ICGi022-A-5 с внесенной в ген MYBPC3 с помощью системы CRISPR/Cas9 мутацией p.Asn515del Павлова С.В., Шаяхметова Л.Ш., Проняева К.А., Шульгина А.Е., Закиян С.М., Дементьева Е.В. RUSS J DEV BIOL+, 2023, Т. 54, № 1, С. 105–113
	Effect of Expression of the NDB2 Heterologous Gene of Arabidopsis thaliana on Growth and Respiratory Activity of Nicotiana tabacum N. E. Korotaeva, A. M. Shigarova, A. I. Katyshev, I. V. Fedoseeva, A. V. Fedyaeva, D. V. Sauchyn, A. M. Shyshlova-Sokolovskaya, O. Yu. Urbanovich, G. B. Borovskii RUSS J PLANT PHYSL+, 2023, Т. 70. – №. 5. – С. 93.
	Длительное воздействие короткого светового дня и ингибитора триптофангидроксилазы на поведение и серотониновую систему мозга Danio rerio И.Е.Сорокин, В.С.Евсюкова, А.Б.Арефьева, В.В.Сачкова, П.А.Куликов, А.В.Куликов Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2023, Т. 175 (6), с. 778-785
2022	Noncoding rare variants in PANX3 are associated with chronic back pain Nadezhda M Belonogova, Anatoly V Kirichenko, Maxim B Freidin, Frances M K Williams, Pradeep Suri, Yurii S Aulchenko, Tatiana I Axenovich, Yakov A Tsepilov PAIN, 2022, DOI: 10.1097/j.pain.0000000000002781
	Dissection of Structural Reorganization of Wheat 5B Сhromosome Associated With Interspecies Кecombination Suppression Elena Salina, Alexander Muterko, Antonina Kiseleva, Zhiyong Liu, Abraham Korol Frontiers in Plant Science, 2022, Volume 13, Article 884632
	Detecting major introgressions in wheat and their putative origins using coverage analysis Jens Keilwagen, Heike Lehnert, Thomas Berner, Ekaterina Badaeva, Axel Himmelbach, Andreas Börner, Benjamin Kilian SCI REP-UK, 2022, volume 12, Article number: 1908
	Клонирование и экспрессия гена целлюлазы Penicillium sp. “occitanis” в K. phaffii T07, выделение и анализ свойств. Розанов А.С., Воскобоев М., Богачева Н.В., Коржук А.В., Шляхтун В.Н., Мещерякова И.А., Романцев В.А., Бочков Д.В., Задорожный А., Пельтек С.Е. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2022
	Metabolomic Analysis Reveals That the Moor Frog Rana arvalis Uses Both Glucose and Glycerol as Cryoprotectants Sergei V. Shekhovtsov, Nina A. Bulakhova, Yuri P. Tsentalovich, Ekaterina A. Zelentsova, Ekaterina N. Meshcheryakova, Tatiana V. Poluboyarova, Daniil I. Berman Animals, 2022, 12(10), 1286
	De novo assembly and analysis of the transcriptome of the Siberian wood frog Rana amurensis D.N. Smirnov, S.V. Shekhovtsov, A.A. Shipova, G.R. Gazizova, E.I. Shagimardanova, N.A. Bulakhova, E.N. Meshcheryakova, T.V. Poluboyarova, E.E. Khrameeva, S.E. Peltek, D.I. Berman Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, Т. 26. – №. 1. – С. 109.
	Estimating range disjunction time of the Palaearctic Admirals (Limenitis L.) with COI and histone H1 genes Solovyev V.I., Dubatolov V.V., Vavilova V.Y., Kosterin O.E. ORG DIVERS EVOL, 2022
	Effects of the Cc2d1a/Freud-1 Knockdown in the Hippocampus of BTBR Mice on the Autistic-Like Behavior, Expression of Serotonin 5-HT1A and D2 Dopamine Receptors, and CREB and NF-κB Intracellular Signaling Irina I. Belokopytova, Elena M. Kondaurova, Elizabeth A. Kulikova, Tatiana V. Ilchibaeva, Vladimir S. Naumenko, and Nina K. Popova1 BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2022, Vol. 87, No. 10, pp. 1206-1218 © Pleiades Publishing, Ltd., 2022.
	Дисфункция генов, ассоциируемых с канцерогенезом и апоптозом, развивающаяся в гипоталамусе самцов мышей под влиянием хронического социального стресса Галямина А.Г., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Редина О.Е., Бабенко В.Н., Кудрявцева Н.Н. Биохимия, 2022, т.87, №9, с. 1318-1333
	The Dysfunction of Carcinogenesis- and Apoptosis-Associated Genes that Develops in the Hypothalamus under Chronic Social Defeat Stress in Male Mice Anna G. Galyamina, Dmitry A. Smagin, Irina L. Kovalenko, Olga E. Redina, Vladimir N. Babenko, and Natalia N. Kudryavtseva Biochemistry (Moscow). Suppl B., 2022, Vol. 87, No. 9, pp. 1050-1064
	Mlig-SKP1 gene is required for spermatogenesis in the flatworm Macrostomum lignano Biryukov M., Dmitrieva A., Vavilova V., Ustyantsev K., Bazarova E., Sukhikh I., Berezikov E., Blinov A. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15110
	Specific features of the proteomic response of thermophilic bacterium Geobacillus icigianus to terahertz irradiation. Bannikova S.V., Khlebodarova T.M., Vasilieva A., Meshcheryakova I.A., Bryanskaya A.V., Shedko E., Popik V.M., Goryachkovskaya T.N., Peltek S.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15216
	Single-Cell DNA Methylation Analysis of Chicken Lampbrush Chromosomes Artem Nurislamov, Timofey Lagunov, Maria Gridina, Alla Krasikova, Veniamin Fishman INT J MOL SCI, 2022, 23(20):12601
	Heterologous Expression of Xylanase xAor from Aspergillus oryzae in Komagataella phaffii T07 Zadorozhny A.V., Ushakov V.S., Rozanov A.S., Bogacheva N.V., Shlyakhtun V.N., Voskoboev M.E., Korzhuk A.V., Romanchev V.A., Bannikova S.V., Mescheryakova I.A., Antonov E.V., Vasilieva A.R., Pavlova E.I., Chesnokov D.O., Shedko E.D., Bryanskaya A.V., Bochkov D.V., Goryachkovskaya T.N., Peltek S.E. INT J MOL SCI, 2022, 23 (15) P. 8741
	Generation of iPS cell line (ICGi040-A) from skin fibroblasts of a patient with ring small supernumerary marker chromosome 4 M.M.Gridina, A.R.Nurislamov, J.M.Minina, M.E.Lopatkina, G.V.Drozdov, S.A.Vasilyev, L.I.Minaycheva, E.O.Belyaeva, T.V.Nikitina, A.A.Kashevarova, I.N.Lebedev, T.V.Karamysheva, N.B.Rubtsov, O.L.Serov STEM CELL RES, 2022, 61, 102740
	Митохондрии и гибель клеток суспензионной культуры Saccharum officinarum L. при отрицательной температуре Любушкина И. В., Степанов А. В., Федяева А. В., Федосеева И. В., Побежимова Т. П., Грабельных О. И. Физиология растений, 2022
2021	Allelic Variation Analysis at the Vernalization Response and Photoperiod Genes in Russian Wheat Varieties Identified Two Novel Alleles of Vrn-B3 Berezhnaya A., Kiseleva A., Leonova I., Salina E. Biomolecules, 2021, 11(12), 1897; https://doi.org/10.3390/biom11121897, IF=4.879, Q2
	Features of transcriptional dynamics of the duplicated Vernalization-B1 gene in wheat (Triticum spp.) Muterko A., Salina E. Plant Breeding, 2021, 140(6), 1023–1031
	Targeting the B1 Gene and Analysis of Its Polymorphism Associated with Awned/Awnless Trait in Russian Germplasm Collections of Common Wheat Shcherban A.B., Kuvaeva D.D., Mitrofanova O.P., Khverenets S.E., Pryanishnikov A.I., Salina, E.A. Plants, 2021, 10(11), 2285
	Introducing Beneficial Alleles from Plant Genetic Resources into the Wheat Germplasm Sharma S., Schulthess A.W., Bassi F.M., Badaeva E.D., Neumann K., Graner A., Özkan H., Werner P., Knüpffer H., Kilian B. Biology, 2021, 10(10), 982. https://doi.org/10.3390/biology10100982
	Разработка панели маркеров для генотипирования отечественных сортов сои по генам, контролирующим срок вегетации и реакцию на фотопериод Перфильев Р.Н., Щербань А.Б., Салина Е.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(7):761-769
	Продукция субтилизиновых протеаз в бактериях и дрожжах Розанов А.С., Шеховцов С.В., Богачева Н.В., Першина Е.Г., Ряполова А.В.,Бытяк Д.С., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(6):647-651
	Biochemical response to freezing in the Siberian salamander Salamandrella keyserlingii Shekhovtsov S.V., Bulakhova, N.A., Tsentalovich Y.P., Zelentsova E.A., Meshcheryakova E.N., Poluboyarova T.V., Berman, D.I. Biology, 2021, V. 10. I. 11. no. 1172.
	Morphological differences between genetic lineages of the peregrine earthworm Aporrectodea caliginosa (Savigny, 1826) Shekhovtsov S.V., Ermolov S.A., Poluboyarova T.V., Kim-Kashmenskaya M.N., Derzhinsky Ye. A., Peltek S.E. ACTA ZOOL ACAD SCI H, 2021, V. 67. № 3. P. 235–246.
	Повышенные температуры вызывают образование АФК и нарушения дыхания в клетках суспензионной культуры Saccharum officinarum Любушкина, И. В., Федяева, А. В., Степанов, А. В., Грабельных, О. И. Журнал Сибирского федерального университета. Биология, 2021
	Характеристика суспензионных культур клеток Arabidopsis thaliana (L.) Heynh с изменённой экспрессией гена альтернативной оксидазы митохондрий АOX1a и анализ их морозоустойчивости А. В. Степанов, С. А. Кашин, Н. С. Забанова, О. А. Федотова, А. В. Федяева, И. В. Любушкина,Т. П. Побежимова, О. И. Грабельных Известия Иркутского государственного университета. Серия «Биология. Экология», 2021
	АНАЛИЗ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ В КЛЕТКАХ СУСПЕНЗИОННОЙ КУЛЬТУРЫ ARABIDOPSIS THALIANA С ПОНИЖЕННОЙ ЭКСПРЕССИЕЙ ГЕНА NDB2 Fedoseeva I., Katyshev A., Fedyaeva A., Stepanov A., Borovskii G. Sib J Life Sci Agric, 2021
	Получение рекомбинантного штамма Komagataella phaffi – продуцента протеиназы К из Tritirachium album А. Б. Беклемишев, М. Б. Пыхтина, Я. М. Куликов, Т. Н. Горячковская, Д. В. Бочков, С. В. Сергеева, А. Р. Васильева, В. П. Романов, Д. С. Новикова, С. Е. Пельтек Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Том 25, № 8 (2021)
	Effects of Sex and Group Size on Behavior and Brain Biogenic Amines in Short-Lived Turquoise Killifish (Nothobranchius furzeri) Valentina Evsiukova, Egor Antonov, Alexander V. Kulikov ZEBRAFISH, 2021, Vol.18, No.4
2020	Metagenomics dataset used to characterize microbiome in water and sediments of the lake Solenoe (Novosibirsk region, Russia) Alla V Bryanskaya, Aleksandra A Shipova, Alexei S Rozanov, Oxana A Volkova, Elena V Lazareva, Yulia E Uvarova, Tatyana N Goryachkovskaya, Sergey E Peltek Data in Brief, 2020
2018	Mitochondrial DNA diversity in a Transbaikalian Xiongnu population Aleksandr S. Pilipenko, Stepan V. Cherdantsev, Rostislav O. Trapezov, Anton A. Zhuravlev, Vladimir N. Babenko, Dmitri V. Pozdnyakov, Prokopiy B. Konovalov, Natalia V. Polosmak Archaeological and Anthropological Sciences, 2018, Vol. 10, Issue 7, P. 1557-1570.
2017	Kinship Analysis of Human Remains from the Sargat Mounds, Baraba Forest-Steppe, Western Siberia A.S. Pilipenko, S.V. Cherdantsev, R.O. Trapezov, V.I. Molodin, L.S. Kobeleva, D.V. Pozdnyakov, N.V. Polosmak Archaeology, Ethnology & Anthropology of Eurasia, 2017, Том 45, № 4, С. 132-142
2016	Молекулярно-генетический анализ останков людей из погребального комплекса эпохи бронзы Бертек-56 (II тыс. до н.э., Республика Алтай, Россия) А.С. Пилипенко, В.И. Молодин, Р.О. Трапезов, С.В. Черданцев, А.А. Журавлев Археология, этнография и антропология Евразии, 2016, Том 44, № 4, С. 141-149
2011	Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А. Биоорганическая химия, 2011, 2011, Т. 37, № 1, С. 22–35
	Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
	Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
	PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2011, №2, Т.6, С.250-263
	Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 2011. Т. 15. № 3. С. 462-468.
	Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA RUSS J BIOORG CHEM+, 2011, Jan-Feb;37(1):22-35.
2010	Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
	Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
	Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2010, Т. 8. № 3. С. 13-22.
	База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А. В мире научных открытий, 2010, №4 (10), Часть 14. С. 102-103
2009	Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 122-127
2008	Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко Вычислительные технологии, 2008, 2, 13, 15-19
2006	Prediction of the Changes in Thermodynamic Stability of Proteins Caused by Single Amino Acid Substitutions Demenkov P.S., Aman E.E., Ivanisenko V.A. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
2004	Обнаружение эмпирической аксиоматической теории в условиях шумов. Деменков П.С. Вычислительные системы, 2004
	Inheritance and chromosomal location of the genes for long glume phenotype found in Portuguese landraces of hexaploid wheat, ‘Arrancada’ Watanabe N., Goncharoiv N.P., Bannikova S.V. Journal of Genetics and Breeding, 2004, Vol. 58. P.273-278.

Монографии

2010

Visualization and Analysis of Biological Networks combining Text Mining and Data Warehouse Approaches
Björn Sommer, Evgeny S. Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian J. Janowski, Timofey V. Ivanisenko, Anatoly O. Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel S. Demenkov, Alexey V. Kochetov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov and Ralf Hofestädt

2008

Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А.

Конференции

2024	Поиск генов, ассоциированных с продолжительностью цветения и созревания сои в условиях Центральной России и Западной Сибири Перфильев Р. Н., Потапов Д. А., Максименко К. В., Кирюхин С. В., Гуринович С. О., Панарина В. И., Полюдина Р. И., Салина Е. А. IV Международная научно-практическая конференция. Геномика и современные биотехнологии в размножении, селекции и сохранении растений (GenBio2024).
	Использование геномного редактирования для улучшения сельскохозяйственных признаков культивируемых сортов пшеницы и ячменя Киселёва А.А., Тимонова Е.М., Бережная А.А., Короткова А.М., Коложвари А.Э., Нестеров М.А., Кочетов А.В., Салина Е.А. XXIV Всероссийская молодежная научная конференция с международным участием «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии»
	Анализ популяции Puccinia graminis f. sp. tritici в Кемеровской области с использованием микросателлитных локусов Лаприна Ю.В., Сколотнева Е.С., Перфильев Р.Н., Щербань А.Б. XII Международная научно-практическая конференция «Биологическая защита растений – основа стабилизации агроэкосистем»
	Genome-wide association study reveals novel loci modulating pre-harvest sprouting and grain color in red-grained winter wheat T. aestivum L. Afonnikova S., Kiseleva A., Fedyaeva A., Komyshev E., Koval V., Afonnikov D., Salina E. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
	Поиск локусов, ассоциированных с продолжительностью вегетационного периода сои в условиях Центральной России и Западной Сибири Р.Н. Перфильев, Д.А. Потапов, К.В. Максименко, С.В. Кирюхин, С.О. Гуринович, В.И. Панарина, Р.И. Полюдина, Е.А. Салина INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
	Изменение времени колошения мягкой пшеницы с помощью геномного редактирования — роль сайтов связывания транскрипционных факторов СНЕ в промоторной области генов PPD‑1 А.А. Киселёва, Е.М. Тимонова, А.А. Бережная, А.Э. Коложвари, В.Н. Кельбин, А.В. Кочетов, Е.А. Салина INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
	Изучение коллекции растений пшеницы с мутациями в промоторной области гена PPD‑1 А.А. Бережная, А.А. Киселева, А.Э. Коложвари, Е.А. Салина INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
	Генетический контроль синтеза различных классов полифенольных соединений у ячменя (Hordeum vulgare L.): фундаментальные и прикладные аспекты О. Ю. Шоева, К. А. Молобекова, М. О. Орбант, Н. А. Шмаков, А. А. Денисов, А. Ю. Глаголева, Т. В. Кукоева, И. В. Тоцкий, Ш. Захрабекова, Д. Стюарт, М. Ханссон, Е. К. Хлесткина VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы
	FINE-TUNING WHEAT HEADING TIME THROUGH GENOME EDITING: INVESTIGATING THE IMPACT OF TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES IN PPD-1 GENE PROMOTER REGION Kiseleva A.A., Timonova E.M., Berezhnaya A.A., Kolozhvari A.E., Kelbin V.N., Salina E.A. International Conference on Plant Biology and Biotechnology (ICPBB 2024)
	Поиск локусов и генов-кандидатов, ассоциированных с окраской и предуборочным прорастанием зерна у краснозерной озимой мягкой пшеницы Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Комышев Е.Г., Афонников Д.А., Салина Е.А. 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)
	Редактирование генома возделываемых сортов пшеницы и ячменя с использованием направленной нуклеазы Cas9 для улучшения сельскохозяйственных признаков Киселёва А.А., Тимонова Е.М., Бережная А.А., Короткова А.М., Коложвари А.Э., Нестеров М.А., Кочетов А.В., Салина Е.А. 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)
	Идентификация и структурно-функциональный анализ гена-кандидата из локуса Ant27, контролирующего синтез проантоцианидинов в зерне ячменя (Hordeum vulgare L.) Орбант М.О., Шоева О.Ю. 7-ая Международная конференция «Генофонд и селекция растений», посвященной 95-летию академика РАН П.Л. Гончарова
	Активация процесса партанатоса в нейронах, дифференцированных из ИПСК пациентов с нейродегенеративными заболеваниями А.А.Малахова, В.С.Макеева, Е.В.Капитошина, Е.В.Григорьева, С.В.Павлова, С.П.Медведев, С.М.Закиян Международный Конгресс «VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров»
	Влияние воспаления в раннем возрасте на экспрессию маркеров активации нейронов и глии во фронтальной коре мышей линии BTBR Межлумян Ева Викторовна Международная научная студенческая конференция
	NEONATAL INFLAMMATION DOES NOT LEAD TO DELAYED EFFECTS ON GLUTAMATE SYSTEM AND BRAIN NEUROPLASTICITY: CHARACTERISTICS OF MICE WITH AUTISM-LIKE PHENOTYPE EV Mezhlumyan, KA Ayriyants, AS Mutovina, MM Kolesnikova, NP Bondar International Conference NEUROSCIENCE WEEK 2024
	INDUCTION OF INFLAMMATION IN EARLY POSTNATAL PERIOD: EFFECT ON ACTIVATION OF ASTROCYTES AND MICROGLIA IN BTBR MALES MM Kolesnikova, KA Ayriyants, AS Mutovina, EV Mezhlumyan, NP Bondar International Conference NEUROSCIENCE WEEK 2024 2024, Yerevan State Medical University, Armenia
	Evolution of embryonic diapause in mammals and applying reproductive technologies to diapausing embryos Amstislavsky S., Rakhmanova T., Rozhkova I., Kozeneva V., Okotrub S., Lebedeva D., Igonina T., Babochkina T., Omelchenko A., Okotrub K., Brusentsev E. BGRS/SB-2024
	Эффекты репродуктивных технологий на поведение и развитие мозга у мышей линии B6.Cg-Tg, моделирующих болезнь Паркинсона Рожкова И., Козенева В., Брусенцев Е., Рахманова Т., Шавшаева Н., Афанасова С., Лебедева Д., Окотруб С., Игонина Т., Амстиславский С. BGRS/SB-2024
	Effect of IGF-1 on apoptosis and cell number in preimplantation embryos of mice exposed to chronic psychosocial stress Игонина Т.Н., Лебедева Д.А., Шавшаева Н.А., Амстиславский С.Я. BGRS/SB-2024
	Влияние хромосомы 4Th пырея с геном опушения Hl1th в геноме замещённых линий мягкой пшеницы на адаптацию к засухе Симонов А.В., Гордеева Е.И, Осипова С.В., Васенина Е.Ю., Ли Вэньцзянь, Пшеничникова Т.А. Научные чтения, посвященные 60-летию кафедры генетики и клеточной биологии Томского государственного университета
	Идентификация и структурно‑ функциональный анализ гена‑кандидата из локуса Ant27, контролирующего синтез проантоцианидинов в зерне ячменя (Hordeum vulgare L.) Орбант М.О., Шоева О.Ю. VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы
2023	Роль генетического варианта p.Asn515del в гене MYBPC3 в формировании патологического фенотипа кардиомиоцитов in vitro Проняева К.А., Павлова С.В., Закиян С.М., Дементьева Е.В. конгресс “CRISPR-2023”
	TrkB.T1 receptor in the mechanisms of genetically-determined depressive like behavior in mice Marah Alsalloum , Tatiana Ilchibaeva , Anton Tsybko , Dmitry Eremin , Vladimir Naumenko Genes, Brain and Behavior 2023
	Study of grain shape, color and pre-harvest sprouting in population of winter bread wheat cultivated in Russia Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Afonnikov D.A., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
	The study and modification of wheat heading and maturity genes using genome approaches including CRISPR/Cas9 gene editing technology Kiseleva A.A., Timonova E.M., Berezhnaya A.A., Stasyuk A.I., Kolozhvari A.E., Nesterov M.A., Kelbin V.N., Leonova I.N., Kochetov A.V., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
	The study of the influence of various factors on the germination index in the collection of soft winter wheat (Triticum aestivum L.) Fedyaeva A.V., Afonnikova S.D., Afonnikov D.A., Deeva V.N., Pryanishnikov A.I., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
	Influence of allelic variability of photoperiod genes on soybean maturity time in central Russia and West Siberian Pervf`lev R.N., Shcherban A.B., Potapov D.A., Maksimenko K.V., Kiryukhin S.V., Gurinovich S.O, Panarina V.I., Polyudina R.I., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
	ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ АССОЦИАЦИЙ ПРИЗНАКОВ ПРЕДУБОРОЧНОГО ПРОРАСТАНИЯ И ЦВЕТА ЗЕРНА У ОЗИМОЙ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Афонников Д.А., Салина Е.А. Международный форум природоподобных технологий. Курчатовский геномный форум 2023. II международная молодежная конференция "Генетические и радиационные технологии в сельском хозяйстве"
	Клеточная платформа на основе ИПСК, полученных от пациентов с болезнью Паркинсона для изучения влияния патогенного варианта T1492G гена GLUD2 на фенотип нейральных производных Сорогина Д.А., Шубкин А.В., Григорьева Е.В., Павлова С.В., Яркова Е.С., Медведев С.П., Малахова А.А., Закиян С.М. CRISPR-2023
	Клеточные модели, демонстрирующие влияние генетических вариантов гена GBA на развитие болезни Паркинсона Яркова Е.С., Григорьева Е.В., Павлова С.В., Сорогина Д.А., Копытова А.Е., Байдакова Г.В., Захарова Е.Ю., Пчелина С.Н., Закиян С.М. CRISPR-2023
	Новые фармакологические шапероны глюкоцереброзидазы – таргетная терапия болезни Паркинсона Пчелина С.Н., Копытова А.Э., Рычков Г.Н., Ибатуллин Ф.М., Григорьева Е.В., Николаев М.А., Изюмченко А.Д., Байдакова Г.В., Павлова С.В., Яркова Е.С., Сорогина Д.А., Захарова Е.Ю., Емельянов А.К. CRISPR-2023
	Suspension cell cultures as a model for investigation of mitochondria participant in extreme temperatures plant response Lyubushkina I. V., Fedyaeva A. V., Stepanov A. V., Grabelnych O. I., Pobezhimova T. P., Zabanova N. S., Voinikov V. K. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
	Влияние экспрессии гетерологичного гена NDB2 Arabidopsis thaliana на рост, устойчивость к низкой температуре и дыхательную активность Nicotiana tabacum Боровский Г. Б., Коротаева Н. Е., Шигарова А. М., Катышев А. И., Федосеева И. В., Полякова Е. А., Федяева А. В., Савчин Д. В., Шишлова-Соколовская А. М., Урбанович О. Ю. VI Всероссийская научная конференция с международным участием. Устойчивость растений и микроорганизмов к неблагоприятным факторам среды.
	Особенности экспрессии рекомбинантного gfp-гена в листьях транспластомных растений табака Nicotiana tabacum L. Сидорчук Ю.В., Белавин П.А., Загорская А.А., Самодуров Д.Е., Хайрулина Е.С., Дейнеко Е.В. Съезд ОФР «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата»
	Инструменты редактирования для повышения эффективности трансформации генома хлоропластов Ю.В. Сидорчук, П.А. Белавин, Е.С. Хайрулина, Д.Е. Самодуров, Е.В. Дейнеко Международный конгресс CRISPR-2023
	Peculiarities of recombinant GFP accumulation in leaves of transplastomic tobacco plants Nicotiana tabacum L. cv. Petit Havana Sidorchuk Y.V., Zagorskaya A.A., Belavin P.A., Khajrulina E.S., Samodurov D.E., Deineko E.V. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2023)
	Transplastomic plants – new approaches to solving “old” problems Sidorchuk Y.V., Zagorskaya A.A., Belavin P.A., Khajrulina E.S., Deineko E.V. 3rd International Conference “Genetically modified organism. The Нistory, Achievements, Social and Environmental Risks”
	Разработка клеточных моделей, демонстрирующих молекулярный фенотип болезни Паркинсона, вызванной мутациями в гене GBA1 Яркова Е.С., Григорьева Е.В., Павлова С.В., Сорогина Д.А., Копытова А.Е., Байдакова Г.В., Захарова Е.Ю., Пчелина С.Н., Закиян С.М. Сборник материалов конференции «Геномный анализ и генетическая модификация клеток»
	Хронический психосоциальный стресс влияет на инсулиноподобный фактор роста 1го типа и его рецептор в яичниках мышей Лебедева Д.А., Игонина Т.Н., Амстиславский С.Я. ИНТЕГРАТИВНАЯ ФИЗИОЛОГИЯ: Всероссийская конференция с международным участием
2022	Влияние аллельного разнообразия генов, контролирующих фотопериод, на сроки созревания сои Перфильев Р.Н., Щербань А.Б., Потапов Д.А., Максименко К.В., Кирюхин С.В., Гуринович С.О., Панарина В.И., Полюдина Р.И., Салина Е.А. 6-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений»
	Оценка полиморфизма коллекции озимой пшеницы по устойчивости к прорастанию зерна на корню Федяева А.В., Салина Е.А. 6-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений»
	SSR генотипирование коллекции монопустульных изолятов Puccinia graminis f. sp. tritici Сколотнева Е.С., Кельбин В.Н., Лаприна Ю.В., Салина Е.А. 6-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений»
	Подход к изучению протеинопатий, вызванных экспрессией мутантного белка Хантингтин А.А. Малахова, В.С. Макеева, С.П. Медведев, С.М. Закиян V Национальный конгресс по регенеративной медицине
	Использование геномных и клеточных технологий для выяснения клинического значения мутаций в генах, ассоциированных с гипертрофической кардиомиопатией Дементьева Е.В., Павлова С.В., Шульгина А.Е., Проняева К.А., Закиян С.М. V Национальный конгресс по регенеративной медицине
	Моделирование гипертрофической кардиомиопатии с помощью направленной дифференцировки ИПСК с мутацией p.Asn515del в гене MYBPC3 в кардиомиоциты in vitro Проняева К.А., Шаяхметова Л.Ш., Дементьева Е.В., Павлова С.В. V Национальный конгресс по регенеративной медицине
	Impact of terahertz irradiation on the antimicrobial resistance of Escherichia coli JM 103 Shedko E., Uvarova Y., Bannikova S., Goryachkovskaya T., Popik V., Bryanskaya A., Peltek S. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
	Регуляция синтеза полифенольных соединений в зерне ячменя (Hordeum vulgare L.) Тоцкий И.В., Муханова М.В., Зедгенизова В.Д., Глаголева А.Ю., Гордеева Е.И., Кукоева Т.В., Юдина Р.С., Захрабекова Ш., Стюарт Д., Ханссон М., Хлесткина Е.К. ХI Международный Симпозиум «Фенольные соединения: фундаментальные и прикладные аспекты»
	Molecular-genetics control of polyphenolic compounds synthesis in barley: Revealing the genes and their functions Shoeva O., Glagoleva A., Gordeeva E., Zedgenizova V., Kukoeva T., Totsky I., Zakhrabekova S., Stuart D., Hansson M., Khlestkina E. 6th Edition of Global Congress on Plant Biology and Biotechnology
	Development of a cell model of GBA associated Parkinson's disease for in vitro drug testing Drozdova E., Grigor’eva E., Pavlova S., Malakhova A., Sorogina D., Ibatullin F., Emelyanov A., Pchelina S., Medvedev S., Zakian S. RUSNEUROCHEM 2022: Всероссийская с международным участием конференция Российского нейрохимического общества
	Obtaining and directed differentiation into astroglial and neuronal derivatives of iPSCs from Parkinson's disease patients associated with the GLUD2 mutation Sorogina D., Grigor’eva E., Pavlova S., Drozdova E., Medvedev S., Zakian S. RUSNEUROCHEM 2022: Всероссийская с международным участием конференция Российского нейрохимического общества
	NCGC607 chaperone binds to the mutant glucocerebrosidase in allosteric sites and restores its activity in primary macrophages and IPSC-derived dopaminergic neurons from patients with Parkinson’s disease Kopytova A., Rychkov G., Grigoreva E., Cheblokov A., Pavlova S., Sorogina D., Drozdova E., Nikolaev M., Izymchenko A., Bogdanova D., Ibatullin F., Baydakova G.5, Miliukhina I., Medvedev S., Zakian S., Zakharova E., Pchelina S., Emelyanov A. RUSNEUROCHEM 2022: Всероссийская с международным участием конференция Российского нейрохимического общества
	A comprehensive study of genetic mechanisms of common wheat heading and maturity times Antonina Kiseleva, Alina Berezhnaya, Anatoliy Stasyuk, Ekaterina Timonova, Anastasiya Kolozhvari, Irina Leonova, Alexey Kochetov, Elena Salina 2nd International Wheat Congress
	Исследование генетических основ синтеза проантоцианидинов в зерне ячменя для направленной cелекции сортов пивоваренного назначения Шоева О.Ю., Тоцкий И.В., Муханова М.А., Захрабекова Ш., Стюарт Д., Ханссон М. 6-ая Международная конференция «Генофонд и селекция растений»
	Исследование функциональной роли гена Ant25, контролирующего синтез проантоцианидинов в зерне ячменя Муханова М.А., Тоцкий И.В., Шоева О.Ю. XIX Всероссийская молодежная школа-конференция по актуальным проблемам химии и биологии, ТИБОХ ДВО РАН
	ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕХАНИЗМОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В ФОРМИРОВАНИИ ПРОДОЛЖИТЕЛЬНОСТИ МЕЖФАЗНЫХ ПЕРИОДОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ А. А. Киселёва, А. А. Бережная, А. И. Стасюк, Е. М. Тимонова, А. Э. Коложвари, И. Н. Леонова, Е. А. Салина V Вавиловская международная конференция
	Мутация в гене GLUD2 приводит к снижению количества активных митохондрий в нейральных производных ИПСК пациента с болезнью Паркинсона Д.А. Сорогина, Е.С. Дроздова, Е.В. Григорьева, С.В. Павлова, А.А. Малахова, С.П. Медведев, С.М. Закиян. V Национальный конгресс по регенеративной медицине
	Клеточная модель для изучения молекулярно-генетических механизмов болезни Паркинсона, ассоциированной с мутацией в гене GBA Е.С. Дроздова, Е.В. Григорьева, С.В. Павлова, С.П. Медведев, Д.А. Сорогина, А.Е. Копытова, Г.В. Байдакова, Е.Ю. Захарова, С.Н. Пчелина, С.М. Закаян. V Национальный конгресс по регенеративной медицине
	Terahertz radiation proteomic response of the thermophilic bacterium Geobacillus icigianus. Bannikova S., Khlebodarova T., Meshcheryakova I., Bryanskaya A., Shedko E. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	The impact of terahertz radiation on living systems. Peltek S., Bannikova S., Khlebodarova T., Shedko E., Meshcheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilieva A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Goryachkovskaya T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
	Новые фармакологические шапероны в восстановлении активности глюкоцереброзидазы на пациент-специфичных клетках Копытова А.Э., Николаев М.А., Григорьева Е.В., Байдакова Г.В., Изюмченко А.Д., Павлова С.В., Дроздова (Яркова) Е.С., Сорогина Д.А., Милюхина И.В., Безруких В.А., Салогуб Г.Н., Захарова Е.Ю., Пчелина С.Н., Емельянов А.К. IX Всероссийский молодежный научный форум с международным участием “Open Science 2022”
	Investigation of promising biotechnological strains from the FRC ICG SB RAS collection using omix technologies and bioin-formatics methods Uvarova Y., Bryanskaya A., Shipova, A., Vasilievа А., Goryachkovskaya T., Shedko E., Peltek S. BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2022) Novosibirsk, 04–08 июля 2022 года
	Industrial enzymes production based on genetically engineered microorganisms strains of super-producers Peltek S., Zadorozhny A., Rozanov A., Bogacheva N., Shlyakhtun V., Voskoboev M., Blinov A., Sukhih I., Chesnokov D., Pavlova E., Goryachkovskaya T., Bochkov D., Korzhuk A., Ushakov V., Bannikova S., Meshcheryakova I., Antonov E., Vasilieva A., Shedko E., Shipova A., Uvarova Y. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
	Chromosome synapsis and recombination in intraspecific and interspecific heterozygotes for chromosomal rearrangements in voles of the genus Alexandromys Bikchurina T.I., Rubtsova D.V., Kartavtseva I.V., Sheremetyeva I.N., Pavlenko M.V BGRS/SB-2022 The Thirteenth International Multiconference ,04–08 July, 2022, Novosibirsk, Russia
2021	Microsatellite markers for regional differentiation of Puccinia graminis f. sp. tritici populations Laprina Yu.V., Kelbin V.N., Skolotneva E.S., Kolomiets T.M., Kiseleva M.I., Baranova O.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
	Высокие температуры вызывают образование АФК и нарушение дыха-ния в клетках суспензи-онной культуры saccharumofficinarum И. В. Любушкина, А. В. Федяева, А. В. Степанов, О. И. Грабельных III Международный симпозиум "Молекулярные аспекты редокс-метаболизма растений". Школа молодых учёных "Роль активных форм кислорода в жизни растений"
	The overexpression of the Arabidopsis NDB2 gene in tobacco plants affects the expression of genes encoding the alternative mitochondrial electron transport pathways and stress proteins Borovskii G.B., Korotaeva N.E., Katyshev A.I., Fedoseeva I.V., Fedyaeva A.V., Kondakova M.A., Rikhvanov E.G., Shyshlova-Sokolovskaya A.M., Sauchyn D.G., Urbanovich O.Yu. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology. The 6th International Scientific Conference
	The phytotoxic effect of herbicide diuron on Arabidopsis cell culture is accompanied by increasing of mitochondrial membrane potential and intensifying of ROS production A. Fedyaeva, I. Li, I. Lyubushkina, I. Fedoseeva, A. Sidorov, E. Rikhvanov FEBS Congress
	Разработка клеточной модели для тестирования in vitro фармакологических препаратов для терапии болезни Паркинсона, ассоциированной с мутацией в гене GBA Дроздова Е.С., Сорогина Д.А., Ибатуллин Ф.М., Емельянов А.К., Пчелина С.Н., Григорьева Е.В. I Международный форум геномных и биомедицинских технологий "От рождения до активного долголетия"
2011	Компьютерная протеомика: от метагенома к метопротеому Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С. Рабочее совещание "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике"
	Analysis of protein functional sites encoding features Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
	Analysis of protein functional sites encoding features Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович ISMB/ECCB 2011
	Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
	The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011 Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
	Biological literature mining. Application of associative network discovery system in systems biology Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A. International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
	Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»
	Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
	Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков. Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	VISUALIZATION AND ANALYSIS OF A CARDIO VASCULAR DISEASE-RELATED BIOLOGICAL NETWORK COMBINING TEXT MINING AND DATA WAREHOUSE APPROACHES Ralf Hofestädt, Björn Sommer, Evgeny Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian Janowski, Timofey Ivanisenko, Anatoly Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel Demenkov, Alexey Kochetov, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011
	Автоматическая реконструкция ассоциативных генных сетей на примере анализа протеома мочи Тийс Е.С., Деменков П.С., Доброхотов И.В., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н., Ларина И.М., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
	Метагеном озера «Кротовья ляга» Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Розанов А.С., Брянская А.В., Кострюкова Е.С., Левицкий С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М., Колчанов Н.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
	Анализ текстов (Text-mining) и ассоциативные сети в области молекулярной биологии Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
	Создание базы данных летучих соединений, потенциальных маркеров заболеваний Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич Interra, секция биомедицина, Новосибирск, 2011
	PROMEDIA – база данных химических соединений потенциальных биомаркеров заболеваний Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич Interra, секция биоинформатика и системная биология, Новосибирск, 2011
	Database of metabolites, enzymes, transcription factors associated with diseases Olga Saik, Vladimir Ivanisenko, Pavel Demenkov RCIBC, Новосибирск, 2011
2010	Microbial metagenome annotation with bioinformatics and computational systems biology methods Ivanisenko, Demenkov, Pintus, Ivanisenko, Goncharova, Kostjukova, Levitski, Selezneva, .... Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Reconstruction of molecular genetic networks: text mining as a tool for knowledge discovery V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
	Computer Sytem SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology", Novosibirsk, Russia, 28-29 June 2010
	Разработка базы данных химических соединений - потенциальных маркеров заболеваний Иванисенко В.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин П.М. XVII Российский национальный конгресс "Человек и лекарство"., Москва, 16 апреля 2010 г.
	Компьютерный анализ метагеномных данных: предсказание количественной величины специфической активности белков Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Иванисенко Т.В., Гончарова Н.И., Розанов А., Брянская А., Кострюкова Е.С., Левитский С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
	Computer analysis of conformationalpeptides in protein families A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Analisys of human proteome based on protein stability to mutations P.S. Demenkov, O.A. Korepanova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	ITMSys: An interactive web-based text-mining system for automated analysis of the full-text articles Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	ANDCell and ANDNanobiotech: Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.L. Podkolodny 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Computer system SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	The nanobiotechnology database V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	A computer analysis of functional relationships between genes associated with multifactorial diseases: pre-eclampsia as an example E. Tiys, P. Demenkov, E. Vashukova, A. Glotov, V. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ БИОМАРКЕРОВ ЗАБОЛЕВАНИЙ О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко Десятая всероссийская научно-практическая конференция «Интеллектуальный потенциал ученых России»
	БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ИМЕЮЩИХ ПОТЕНЦИАЛЬНОЕ ЗНАЧЕНИЕ ДЛЯ НЕИНВАЗИВНОЙ ДИАГНОСТИКИ ЗАБОЛЕВАНИЙ О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко II Всероссийская научная конференция с международным участием "Научное творчество ХХI века"
	Computer analysis of conformationalpeptides in protein families A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Computer analysis of conformational peptides in protein families Bragin A.O., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A summer school and workshop Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation – 2010
2009	Автоматическая экстракция знаний из научных публикаций в области системной биологии и нанобиотехнологии Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. IV Петербургская встреча Нобелевских лауреатов. С.-Петербург. 21-25 сентября 2009г
	ANDCell and ANDNanobiotech: associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko Proceedings of the German-Russian Forum Biotechnology GRFB’09, 2009
	Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Конференция "Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии", 10 – 14 июня 2009 г., Новосибирск
	Информационная система ANDCell-ANDVisio для построения ассоциативных сетей в области молекулярной биологии Деменков П. С., Яркова Е. Э., Иванисенко В. А. Седьмая международная конференция памяти академика А.П. Ершова. Рабочий семинар "Наукоемкое программное обеспечение" 15-19 июня 2009. Новосибирск
	Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития”
2008	Andcell: a computer system for automated extraction of knowledge about molecular genetic interactions and regulations from pubmed abstracts and their representation as semantic association networks Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Drug targets discovery with text-mining and bioinformatics approaches: ANDCell and PDBSiteScan tools Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E. Joint Indo-Russian Workshop "Systems Biology and Genome Informatics of M. tuberculosis and other infectious diseases" October 12-14, 2008. Novosibirsk
	ANDCell: a tool for automated knowledge extraction from PubMed and reconstruction of association networks Ivanisenko V.A., Yarkova E.E., Demenkov P.S., Kochetov A.V. Proceedings of the 5th International Symposium on Integrative Bioinformatics. P 327, 20-22 August 2008, Germany
	Knowledge discovery for biotechnology, biomedicine and nanobioengineering using text- and data-mining Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E. Russian-Polich Symposium "Perspectives of post-genomic biotechnology" in the frames of jubilee celebrations on 50 –anniversary of cooperation between the Russian and Polish Academies of Sciences, October 15-17, 2008, Moscow
	Protein connectivity in molecular-genetic networks depends on protein susceptibility to single mutations Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
2007	Analysis of Distribution of Protein Functional Sites on Gene Structure Medvedeva I. V., Demenkov P. S., Ivanisenko V. A., and Kolchanov N. A. 2007 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BIOCOMP'07: June 25-28, 2007)
	Associative network and protein structure discovery: a software complex for facilitating search of targets for drugs, drug design, and evaluation of molecular toxicity Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Aman E.E., S.S. Pintus S.S., Kolchanov N.A. 3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia
	Associative network discovery (AND) – Software package for automated reconstruction of molecular-genetic association networks Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
	Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations P.S. Demenkov 8th Meeting German / Russian Virtual Network on Computational Systems Biology 5th and 6th November 2007
	Structure discovery – computer tools for protein analysis and search of drug target V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.E. Aman, S.S. Pintus, E.S. Fomin. The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года
	Textomics: the instrument for biological knowledge discovery E.E. Aman, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года
	Associative Network Discovery (AND) – компьютерная система для автоматической реконструкции ассоциативных сетей молекулярно-генетических взаимодействий Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A. VI Всероссийской научно – практической конференции AS’2007 (СИСТЕМЫ АВТОМАТИЗАЦИИ в образовании, науке и производстве)
2006	Analysis of the tertiary structure of the PPAR and RXR transcriptional factors and their mutant variants Aman E.E., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	FASTPROT: A computtational workbench for analysis of function, activity and structure of protein Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Korotkov R.O., Aman E.E., Pintus S.S., Startcev K.S., Tatarnikova L.Yu., Panina I.I., Sobolev A.A., Selenev I.V., Elohov V.J., Golovina A.N., Aknazarov Z.I., Sharonova I.V., Krestianova M.A., etc. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations Demenkov P.S, Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks. Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
	Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г. International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.
	Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006
2005	Discrete Modeling of Structure Preserving Mutations in Proteins Pavel S. Demenkov, Evgeny Y. Kharlamov 9-th Asian Logic Conference
2004	PDBSITE, PDBLIGAND and PDBSITESCAN: a computational workbench for the recognition of the structural and functional determinants in protein tertiary structures combined with protein draft docking Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Krestyanova M.A., Demenkov P.S., Znobisheva E.K., Ivanov E.E., Grigorovich D.A. 2. Fourth Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Разработка логико-вероятностной модели белков, определяющей структурную ограниченность белков Деменков П.С. 42-я МНСК «Студент и научно-технический прогресс»
2003	Emperical Theory Discovery. Деменков П.С., Витяев Е.Е. Вероятностные Идеи в Науке и Философии

Гранты

2024	Развитие коллекции культур клеток позвоночных в качестве базового депозитария российской коллекции типовых культур (RTCC) для обеспечения национальной технологической независимости и биобезопасности Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 075-15-2021-1063/10 от 27.04.2024
2023	Роль PARP1 в развитии патологических процессов в нейронах при протеинопатиях РНФ, номер гранта 23-15-00224
	Влияние инновационных биологических средств защиты растений на устойчивость мягкой пшеницы к грибным заболеваниям Российский научный фонд, номер гранта 23-16-00119
2022	Особенности организации зародышевого генома певчих птиц РНФ, номер гранта 23-14-00182
	Исследование патогенетического вклада генетических вариантов с неясным клиническим значением в генах саркомерных белков и генах RAS-сигнального каскада в развитие гипертрофической кардиомиопатии с использованием модели индуцированных плюрипотентных стволовых клеток и системы редактирования CRISPR/Cas9 РНФ
	Создание моделей наследственной болезни Паркинсона на основе пациент-специфичных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток Фонд научно-технологического развития Югры, номер гранта 2022-05-03/2022
	Генетический контроль дегенерации поясничных межпозвонковых дисков Российский Научный Фонд, Администрация Новосибирской области, номер гранта 22-15-20037
2021	Развитие коллекции культур клеток позвоночных в качестве базового депозитария российской коллекции типовых культур (RTCC) для обеспечения национальной технологической независимости и биобезопасности Министерство науки и высшего образования РФ, номер гранта 075-15-2021-1063
	Генетический потенциал сортов мягкой пшеницы и культурной сои и его использование в селекции на адаптивность и высокое содержание белка Российский научный фонд, номер гранта 21-76-30003
2012	Мониторинг распространения и генетического разнообразия паразитических микроспоридий рода Nosema в природных популяциях шмелей (род Bombus) и пчел (род Apis) Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 8124
2011	Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега РФФИ, номер гранта 11-04-01748
	Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике Министерство образования и науки РФ, номер гранта 07.514.11.4003
2010	EU-FP7 Research Project SysPatho EU, номер гранта 260429
	Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей Министерство образования и науки, номер гранта 14.740.11.0001
2009	Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123
2008	Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013
2006	РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ Президиум СО РАН, номер гранта 24
	Репродуктивные последствия социального доминирования у лабораторных мышей: роль генетических факторов, андрогенного статуса организма и внешних условий формирования иерархии РФФИ, номер гранта 06-04-48937
2005	Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков РФФИ, номер гранта 05-04-49283

Научное руководство

2011	Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных мутациях аминокислот Корепанова Ольга Александровна 2011-06-16

Учебные курсы

2024	Биометрия Новосибирский государственный университет, семестров: 1
2011	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2010	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
	Методы анализа биологических данных НГУ, ММФ, Кафедра дискретной математики и информатики, семестров: 1
2009	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2008	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2007	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2006	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1

Патенты

2024	Молекула РНК-проводника sgRNA для внесения мутаций в консервативный участок промоторной области гена PPD-D1 мягкой пшеницы с применением системы редактирования генома CRISPR/Cas9 Киселёва Антонина Андреевна, Тимонова Екатерина Михайловна, Коложвари Анастасия Эдуардовна, Салина Елена Артемовна Номер патента 2822358
2022	Способ получения оздоровленного посадочного материала гладиолуса гибридного (Gladiolus hybridus Hort.) Федяева А.В., Кондакова М.А. Номер патента 2764188
2010	Программа для классификации биологических текстов на английском языке (БиоТекстКласс) / The program for classification of biological texts in English (BioTextClass) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В. Номер патента 2010617828
	База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620013
	База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620014
2008	База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э. Номер патента 2008620439
	Программа для реконструкции, визуализации и анализа ассоциативных сетей (ЭНДВизио)/Program for reconstruction, visualization and analyze associative networks (ANDVisio) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э. Номер патента 2008615929