Salicylic Acid in Root Growth and Development Zulfira Z. Bagautdinova, Nadya Omelyanchuk, Aleksandr V. Tyapkin, Vasilina V. Kovrizhnykh,
Viktoriya V. Lavrekha, Elena V. Zemlyanskaya INT J MOL SCI, 2022, volume 23, issue 4, 2228
Transcriptomic Data Meta-Analysis Sheds Light on High Light Response in Arabidopsis thaliana L. Бобровских Александр Владимирович
Зубаирова Ульяна Станиславовна
Бондарь Евгения Ивановна
Лавреха Виктория Вадимовна
Дорошков Алексей Владимирович INT J MOL SCI, 2022, 23(8), 4455
2021
Proof of principle for piggyBac-mediated transgenesis in the flatworm Macrostomum lignano Kirill Ustyantsev, Jakub Wudarski, Igor Sukhikh, Filipa Reinoite, Stijn Mouton, Eugene Berezikov GENETICS, 2021
2020
3D analysis of mitosis distribution pattern in the plant root tip with iRoCS Toolbox Lavrekha V.V., Pasternak T., Palme K., Mironova V.V. Plant Stem Cells - Methods and Protocols. Ed: Naseem N. and Dandekar T., 2020, volume 2094, p. 119-125
2019
Improved regression model to predict an impact of SOD1 mutations on ALS patients survival time based on analysis of hydrogen bond stability Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Bhupesh Taneja, Vibha Taneja, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko J MOL GRAPH MODEL, 2019, Volume 86, January 2019, Pages 247-255
Quantitative characteristics of pubescence in wheat (Triticum aestivum L.) are associated with photosynthetic parameters under conditions of normal and limited water supply Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Svetlana V. Osipova, Alexey V. Permyakov,
Marina D. Permyakova, Vadim M. Efimov, Dmitry A. Afonnikov PLANTA, 2019, №3, V. 243, pp. 839–847
Two types of conformational dynamics and thermo-sensor properties of praseodymium-DOTA by 1 H/13C NMR S.P. Babailov, E.N. Zapolotsky, A.I. Kruppa, P.A. Stabnikov, I.A. Godovikov, E.V. Bocharov, E.S. Fomin INORG CHIM ACTA, 2019, Vol. 486, 2019, P. 340-344.
A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of Pairwise Distances in n2 Steps for the Sequencing Problem: III. Noise Inputs for the Beltway Case. Fomin E.S. J COMPUT BIOL, 2019, Vol. 26(1), 68-75
A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression Vladimir A. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Olga V. Saik BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics (2019) 20(Suppl 1): 34
Influence of temperature on development, reproduction and regeneration in the flatworm model organism, Macrostomum lignano Jakub Wudarski, Kirill Ustyantsev, Lisa Glazenburg, Eugene Berezikov Zoological Letters, 2019, номер 7, том 5, с. 1-10
Гомология генов, контролирующих архитектонику
вегетативных и генеративных органов ячменя и риса,
и их использование для расширения биоразнообразия
и в селекции пшеницы Устьянцев К. В., Гончаров Н. П. RUSS J GENET+, 2019, том 55, № 5, с. 506-515
MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics 2019, 20 (Suppl 1):36
DNase and RNase activities of fresh cow milk lactoferrin Svetlana E. Soboleva, Olga D. Zakharova, Sergey E. Sedykh, Nikita V. Ivanisenko, Valentina N. Buneva, Georgy A. Nevinsky J MOL RECOGNIT, 2019
ESEEM Reveals Bound Substrate Histidine in the ABC Transporter HisQMP2 Nikolay Isaev, Johanna Heuveling, Nikita Ivanisenko, Erwin Schneider, Heinz‑Jürgen Steinhof APPL MAGN RESON, 2019
Prioritization of genes involved in endothelial cell apoptosis by their implication in lymphedema using an analysis of associative gene networks with ANDSystem Olga V. Saik, Vadim V. Nimaev, Dilovarkhuja B. Usmonov, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko BMC MED GENOMICS, 2019, BMC Medical Genomics//2019;12(Suppl 2);47:117-140
Organization and evolution of the chalcone synthase gene family in bread wheat and relative species Anastasia Y. Glagoleva, Nikita V. Ivanisenko, Elena K. Khlestkina BMC GENET, 2019, 20 (Suppl 1) :30
Системный подход к моделированию развития листостебельных грибных инфекций пшеницы Николаев С.В., Зубаирова У.С., Сколотнева Е.С., Орлова Е.А., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(1):100-109
Numerical Algorithm for Morphogen Synthesis Region Identification with Indirect Image-Type Measurement Data Penenko A.V., Zubairova U.S., Mukatova Z., Nikolaev S.V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2019, Vol. 17, No. 1 1940002
Delineating the role of c-FLIP/NEMO interaction in the CD95 network via rational design of molecular probes Nikita V. Ivanisenko, Jörn H. Buchbinder, Johannes Espe, Max Richter, Miriam Bollmann, Laura K. Hillert, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik BMC GENOMICS, 2019
SNPs associated with barley resistance to isolates of Pyrenophora teres f. teres Irina V. Rozanova, Nina M. Lashina, Zakhar S. Mustafin, Sofia A. Gorobets, Vadim M. Efimov, Olga S. Afanasenko, Elena K. Khlestkina BMC GENOMICS, 2019, 20 (Suppl 3) :292
Межвидовой полиморфизм генов DEP1 и форма колоса у пшениц Вавилова В.Ю., Конопацкая И.Д., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. Генетика, 2019, том 55, № 7, с. 837–843
Exome-wide search and functional annotation of genes associated in patients with severe tick-borne encephalitis in a Russian population Ignatieva E.V., Yurchenko A.A., Voevoda M.I., Yudin N.S. BMC MED GENOMICS, 2019, 12(Suppl 3):61
New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin BMC GENOMICS, 2019, 20:399
Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. ECOL MODEL, 2019, V 399, p.66-76
Natural selection equally supports the human tendencies in subordination and domination: a genome-wide study with in silico confirmation and in vivo validation in mice. Chadaeva I., Ponomarenko P., Rasskazov D., Sharypova E., Kashina E., Kleshchev M., Ponomarenko M., Naumenko V., Savinkova L., Kolchanov N., Osadchuk L., Osadchuk A. Frontiers in Genetics, 2019, 2, 10, Article 73
Architecture of promoters of house-keeping genes in polytene chromosome interbands of Drosophila melanogaster Zykova TY, Levitsky VG, Zhimulev IF Doklady Biochemistry and Biophysics, 2019, 485(1):95-100
Оценка количественных характеристик клубнеобразования
дикого картофеля на основе анализа изображений клубней
с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала,
Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019. Онлайн.
The evolution of gene regulatory networks controlling Arabidopsis thaliana L. trichome development. Doroshkov AV, Konstantinov DK, Afonnikov DA, Gunbin KV. BMC PLANT BIOL, 2019
Homology of Genes Controlling Architectonics of Vegetative and Generative Organs in Barley and Rice and Their Application for Wheat Biodiversity Expansion and Breeding K. V. Ustyantsev, N. P. Goncharov RUSS J GENET+, 2019, V. 55 (5), P. 535-543
Salicylic acid affects root meristem patterning via auxin distribution in a concentration-dependent manner Taras Pasternak, Edwin P Groot, Fedor Kazantsev, William Teale, Nadya Omelyanchuk, Vasilina Kovrizhnykh, Klaus Palme, Victoria V Mironova PLANT PHYSIOL, 2019, 180 (3), pp:1725-1739
Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах дифференциально экспрессирующихся генов AGRP нейронов гипоталамуса мыши в ответ на голодание А. В. Бочарников, Е. В. Игнатьева, О. В. Вишневский Вестник СибГУТИ, 2019, №3, с.36-44
2018
CpG islands’ clustering uncovers early development genes in the human genome Babenko V.N. , Bogomolov A.G., Babenko R.O., Galieva E.R., Orlov Y.L. COMPUT SCI INF SYST, 2018, V 15 N2
Novel read density distribution score shows possible aligner artefacts, when mapping a single chromosome Fedor M. Naumenko, Irina I. Abnizova, Nathan Beka, Mikhail A. Genaev, Yuriy L. Orlov BMC GENOMICS, 2018, BMC Genomics 2018; 19(Suppl 3):92
Изучение генной экспрессии при адаптации к гипотоническим условиям на примере трехиглой колюшки (Gasterosteus aculeatus) Расторгуев С. М., Недолужко А. В., Груздева Н. М., Булыгина Е. С., Цыганкова С. В., Ощепков Д. Ю. Мазур А. М., Прохорчук Е. Б., Скрябин К. Г. Acta Naturae, 2018, ACTA NATURAE VOL. 10 № 1 (36) 2018 pp.70-79
Diversity of cis-regulatory elements associated with auxin response in Arabidopsis thaliana Pavel Cherenkov, Daria Novikova, Nadya Omelyanchuk, Victor Levitsky, Ivo Grosse, Dolf Weijers, Victoria Mironova J EXP BOT, 2018, 69(2):329-339
Evolution of Brain Active Gene Promoters in Human Lineage Towards the Increased Plasticity of Gene Regulation. Gunbin KV, Ponomarenko MP, Suslov VV, Gusev F, Fedonin GG, Rogaev EI. MOL NEUROBIOL, 2018, 3, 55,1871-1904
Polytene Chromosomes – A Portrait of Functional Organization of the Drosophila Genome Tatyana Yu Zykova, Victor G. Levitsky , Elena S. Belyaeva, Igor F. Zhimulev CURR GENOMICS, 2018, 19(3):179-191
MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, Vol.16, No.1(2018). https://doi.org/10.1142/S0219720017400108
Haplotype analysis of Apoe SNPs in ADNI dataset. Babenko VN, Afonnikov DA, Ignatieva EV, Klimov AV, Gusev FE, Rogaev EI BMC NEUROSCI, 2018, 19(Suppl 1):16
Dynamic landscape of the local translation at activated synapses. Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Trifonova E.A., Likhoshvai V.A. MOL PSYCHIATR, 2018, V. 23(1), P. 107-114
ARGO_CUDA: EXHAUSTIVE GPU BASED APPROACH FOR MOTIF DISCOVERY IN LARGE DNA DATASETS Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, 16(1), Epub 2017 Dec 10.
How human serum albumin recognizes DNA and RNA. Alinovskaya L. I., Sedykh S. E., Ivanisenko N. V., Soboleva S. E., Nevinsky G. A. BIOL CHEM, 2018
Candidate SNP markers of reproductive potential are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Chadaeva IV, Ponomarenko PM, Rasskazov DA, Sharypova EB, Kashina EV, Zhechev DA, Drachkova IA, Arkova AV, Savinkova LK, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Osadchuk LV, Osadchuk AV. BMC GENOMICS, 2018, Suppl 3, 19, article 0
Molecular mechanisms underlying the impact of mutations in SOD1 on its conformational properties associated with amyotrophic lateral sclerosis as revealed with molecular modelling Nikolay A. Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko BMC STRUCT BIOL, 2018, Vol. 18 (Suppl 1), No. 1
Methane utilization in Methylomicrobium alcaliphilum 20Z R: a systems approach Ilya R. Akberdin, Merlin Thompson, Richard Hamilton, Nalini Desai, Danny Alexander, Calvin A. Henard, Michael T. Guarnieri, Marina G. Kalyuzhnaya SCI REP-UK, 2018, Scientific Reportsvolume 8, Article number: 2512 (2018) doi:10.1038/s41598-018-20574-z
Introduction to the 9th Young Scientists School on Systems Biology and Bioinformatics (SBB'2017) Orlov Y.L., Tatarinova T.V., Zakhartsev M.V., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, Vol. 16, No. 1 (2018) 1802001 (5 pages)
Comparing miRNA structure of mirtrons
and non-mirtrons Igor I. Titov and Pavel S. Vorozheykin BMC GENOMICS, 2018, 19(Suppl 3):114
FunGeneNet: a web tool to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. BMC GENOMICS, 2018, 19, Suppl 3, p.103-116
Spatial specificity of auxin responses coordinates
wood formation Klaus Brackmann, Jiyan Qi, Michael Gebert, Virginie Jouannet, Theresa Schlamp, Karin Grünwald, Eva-Sophie Wallner, Daria D. Novikova, Victor G. Levitsky, Javier Agustí, Pablo Sanchez, Jan U. Lohmann, Thomas Greb NAT COMMUN, 2018, 9(1):875
Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu Bragina, Maxim B. Freidin, Irina A. Goncharova, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Ralf Hofestaedt, Inna N. Lavrik, Evgeny I. Rogaev, Vladimir A. Ivanisenko BMC MED GENOMICS, 2018, BMC Medical Genomics 2018, 11(Suppl 1)15:61-76
Modeling Human Cardiac Hypertrophy in Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Ekaterina Ovchinnikova, Martijn Hoes, Kirill Ustyantsev, Nils Bomer, Tristan V. de Jong, Henny van der Mei, Eugene Berezikov, Peter van der Meer Stem Cell Reports, 2018, 10 (3), 794-807
Antibodies against H3 and H4 histones from the sera of HIV‐infected patients catalyze site‐specific degradation of these histones. Journal of Molecular Recognition. Baranova S. V., Dmitrenok P. S., Zubkova A. D., Ivanisenko N. V., Odintsova E. S., Buneva V. N., Nevinsky G. A. J MOL RECOGNIT, 2018
Analysis of the Basic Characteristics of Osteogenic and Chondrogenic Cell Lines Important for Tissue Engineering Implants Astakhova N.M., Korel’ A.V., Shchelkunova E.I., Orishchenko K.E., Nikolaev S.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A. B EXP BIOL MED+, 2018, 5 March 2018, Pages 1-8
Экспериментальное изучение влияния редких полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов HBB, HBD и F9 человека на кинетику взаимодействия с ТАТА-связывающим белком Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Кашина Е.В., Рассказов Д.А., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 1, 22, 145-152
Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22 (2):279284
Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза в ассоциативной генной сети болезни Паркинсона М.А. Янкина, О.В. Сайк, П.С. Деменков, Э.К. Хуснутдинова, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(1):153-160
База знаний SOLANUM TUBEROSUM: раздел по молекулярно-генетической регуляции метаболических путей Т.В. Иванисенко, О.В. Сайк, П.С. Деменков, В.К. Хлесткин, Е.К. Хлесткина, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(1):8-17
Ophiostomatoid Fungi Associated with the Four-Eyed Fir Bark Beetle on the Territory of Russia Pashenova N.V., Kononov A.V., Ustyantsev K.V., Blinov A.G., Pertsovaya A.A., Baranchikov Yu.N. Russian Journal of Biological Invasions, 2018, vol. 9(1), p. 63-74
Об эквивалентности использования запаздывающих аргументов и уравнений переноса при моделировании динамических систем. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(1), 141-144
Gene Expression in the Three-Spined Stickleback (Gasterosteus aculeatus) of Marine and Freshwater Ecotypes S. M. Rastorguev, A. V. Nedoluzhko, N. M. Gruzdeva, E. S. Boulygina, S. V. Tsygankova, D. Y. Oshchepkov, A. M. Mazur, E. B. Prokhortchouk, K. G. Skryabin Acta Naturae, 2018, VOL. 10 № 1 (36) 2018 pp. 66-75
Генетическая предрасположенность человека к заболеваниям, вызываемым вирусами семейства Flaviviridae Юдин Н.С., Бархаш А.В., Максимов В.Н., Игнатьева Е.В., Ромащенко А.Г. Molecular Biology, 2018, Т.52, №2. С. 190-209.
A matrix metalloproteinase 9 (MMP9) gene single nucleotide polymorphism is associated with predisposition to tick-borne encephalitis virus-induced severe central nervous system disease Barkhash A.V., Yurchenko A.A., Yudin N.S., Ignatieva E.V., Kozlova I.V., Borishchuk I.A., Pozdnyakova L.L., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. TICKS TICK-BORNE DIS, 2018, Vol. 9, No. 4. P. 763-767
Genetic diversity of Pinus sibirica, P. pumila and their natural hybrids based on non-linked nuclear loci Galina Vasilyeva, Valeriya Vavilova, Kirill Ustyantsev, Igor Sukhikh, Alexander Blinov, Sergei Goroshkevich, Victor Sokolov DENDROBIOLOGY, 2018, vol. 79: 168-173
Поиск микроРНК, потенциально задействованных в поддержании самообновления плюрипотентных клеток лабораторной крысы Шерстюк В.В., Медведев С.П., Ри М.Т., Вяткин Ю.В., Сайк О.В., Штокало Д.Н., Закиян С.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 2, С. 179-186
Мембранный потенциал как механизм регуляции активности периплазматической нитритредуктазы: математическая модель. Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2018, Т.13(1), С. 238-269
Heterogeneity of brain ribosomal genes expression following repeated experience of aggression in male mice as revealed by RNA-Seq Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Yu.L., Babenko V.N., Kudryavtseva N.N. MOL NEUROBIOL, 2018, 55 (1): 390-401
Сytoscape – плагин для построения структурных моделей биологических сетей в виде случайных графов Подколодный Н.Л., Гаврилов Д.А., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, номер 3, том 16, стр. 37-50.
Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(3):386-393
Оценка методов приоритизации генов внешнего пути апоптоза в качестве кандидатов, ассоциированных с большим депрессивным расстройством М. А. Янкина, О. В. Сайк, В. А. Иванисенко, П. С. Деменков, Э. К. Хуснутдинова Генетика, 2018, Том 54, № 11, 1338-1348
Генетические исследования мультифакторных заболеваний: системно-биологические подходы Хантемирова М.Р., Табиханова Л.Э., Орлов Ю.Л., Осипова Л.П. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 106-107.
Ассоциативная генная сеть апоптоза и ее роль в механизмах коморбидности астмы и гипертонии Сайк О.В., Деменков П.С., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Дневник науки, 2018, Дневник науки. 2018. №9. URL: http://www.dnevniknauki.ru/images/publications/2018/9/biology/Saik_Demenkov_Lavrik_Ivanisenko.pdf
Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным транскриптомного секвенирования. Ковалев С.С., Губанова Н.В., Леберфарб Е.Ю., Брагин А.О., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение, No 1, стр.71-72
Компьютерный анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq С. С. Ковалев, Е. Ю. Леберфарб, Н. В. Губанова, А. О. Брагин, А. Г. Галиева,А. В. Цуканов, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, № 3, С.22-36
Persister cells – a plausible outcome of neutral coevolutionary drift. Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. SCI REP-UK, 2018, V.8, No article 14309
Развитие образования в биоинформатике по материалам, представленным на студенческих конференциях МНСК-2018, Школе молекулярного моделирования и Хакатоне в Новосибирске Орлов Ю. Л., Бакулина А. Ю. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, Выпуск № 3. - С. 5-6. - ISSN 1818-7900. http://jit.nsu.ru/article.php?15225+ru_RU+15224
Компьютерная база данных для анализа дифференциально экспрессирующихся генов, связанных с агрессивным поведением, на моделях лабораторных животных Анатолий Олегович Брагин, Кирилл Александрович Табанюхов, Ирина Витальевна Чадаева, Антон Витальевич Цуканов, Роман Олегович Бабенко, Ирина Вадимовна Медведева, Антон Геннадьевич Богомолов, Владимир Николаевич Бабенко, Юрий Львович Орлов Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, 2018. - Том 16, Выпуск № 3. - С. 7-21. - DOI 10.25205/1818-7900-2018-16-3-7-21. - ISSN 1818-7900
Программы статистической обработки, кластеризации и визуализации распределения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме Цуканов А.В., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Орлов Ю.Л Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, Выпуск № 3. - С. 51-63. - DOI 10.25205/1818-7900-2018-16-3-51-63. - ISSN 1818-7900.
Реконструкция геномного распределения кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов, связанных с поддержанием плюрипотентности. Цуканов А.В., Дергилев А.И., Богомолов А.Г., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 114. ISSN 2313-1829
Компьютерные средства анализа регуляции экспрессии генов и альтернативного сплайсинга Дергилев А.И., Табанюхов К.А., Цуканов А.В., Брагин А.О., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 62. ISSN 2313-1829
MATHEMATICAL AND NUMERICAL MODELS
OF TWO ASYMMETRIC GENE NETWORKS V.P.GOLUBYATNIKOV, M.V.KAZANTSEV, N.E.KIRILLOVA, T.A.BUKHARINA, D.P.FURMAN Сибирские электронные математические известия, 2018, т. 15, стр. 1271–1283
Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya Frontiers in Microbiology, 2018, 9:2735
ГЕНЫ ЭНДОТЕЛИАЛЬНОГО АПОПТОЗА КАК КАНДИДАТЫ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ ИХ СВЯЗИ С ЛИМФЕДЕМОЙ О.В. Сайк, В.В. Нимаев, Д.Б. Усмонов, П.С. Деменков, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Международный журнал гуманитарных и естественных наук, 2018, Международный журнал гуманитарных и естественных наук. – 2018. – №. 10-1. - С. 22-27.
Компьютерное предсказание патогенных свойств мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А. Международный журнал гуманитарных и естественных наук, 2018, №10-1, С. 6-9
Паттерн эпидермиса листа пшеницы как модель для изучения влияния стрессовых условий на морфогенез Зубаирова У. С., Дорошков А. В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(7):837-844
Изучение ответа микроорганизмов на нетермическое воздействие терагерцового излучения. Банникова С.В., Мещерякова И.А., Тимофеева М., Демидова Е.В., Розанов А.С., Старостин К.В., Демидов Е.А., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. материалы XIX Зимней Школы ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии, 2018, 17-22 февраля 2018г, Рощино
АНАЛИЗ ОСОБЕННОСТЕЙ ГЕННОЙ СЕТИ ВНЕШНЕГО ПУТИ АПОПТОЗА ПРИ УЧЕТЕ ТКАНЕСПЕЦИФИЧНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. АЛЛЕЯ НАУКИ, 2018, Аллея науки. – 2018. – №. 10(26)
The development of bristle pattern in Drosophila melanogaster: prepattern and achaete–scute genes Furman D.P., Bukharina T.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 8, С.1045-1054
Molecular Relationships between Bronchial Asthma and Hypertension as Comorbid Diseases Elena Yu. Bragina, Irina A. Goncharova, Anna F. Garaeva, Evgeniy V. Nemerov, Anastasija A. Babovskaya, Andrey B. Karpov, Yulia V. Semenova, Irina Z. Zhalsanova, Densema E. Gomboeva, Olga V. Saik, Olga I. Zolotareva, Vladimir A. Ivanisenko, Victor E. Dosenko, Ralf Hofestaedt, Maxim B. Freidin J INTEGR BIOINFORM, 2018, Journal of Integrative Bioinformatics. 2018; 20180052
Паттерны и модели цветения некоторых видов
семейства Сampanulaceae Juss. Фомин Э.С., Фомина Т.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 2018;22(7):845-855
Приоритизация генов, ассоциированных с патогенезом лейкоза у крупного рогатого скота Н.С. Юдин , Н.Л. Подколодный, Т.А. Агаркова, Е.В. Игнатьева Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(8):1063-1069
Genetic Organization of Open Chromatin Domains Situated in Polytene Chromosome Interbands in Drosophila Zykova TY, Popova OO, Khoroshko VA, Levitsky VG, Lavrov SA, Zhimulev IF Doklady Biochemistry and Biophysics, 2018, 483(1):297-301
Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu., Maxim B. Freidin, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Evgeniy L. Choynzonov, Ralf Hofestaedt, Vladimir A. Ivanisenko J INTEGR BIOINFORM, 2018, Journal of Integrative Bioinformatics. 2018; Volume 15, Issue 4; 20180054
shRNA-Induced Knockdown of a Bioinformatically Predicted Target IL10 Influences Functional Parameters in Spontaneously Hypertensive Rats with Asthma Drevytska T, Morhachov R, Tumanovska L, Portnichenko G, Nagibin V, Boldyriev O, Lapikova-Bryhinska T, Gurianova V, Dons'koi B, Freidin M, Ivanisenko V, Bragina EY, Hofestädt R, Dosenko V. J INTEGR BIOINFORM, 2018
ПРОГРАММА ALLPRED ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ АЛЛЕРГЕННОСТИ БАКТЕРИЙ И АРХЕЙ Брагин АО, Соколов ВС, Деменков ПС, Иванисенко ТВ, Брагина ЕЮ, Матушкин ЮГ, Иванисенко ВА Molecular Biology, 2018, №2, т. 52, с. 326-332
Deciphering Auxin-Ethylene Crosstalk at a Systems Level Elena V. Zemlyanskaya, Nadya A. Omelyanchuk, Elena V. Ubogoeva, Victoria V. Mironova INT J MOL SCI, 2018, 19:4060
SpikeDroidDB – информационная система
для аннотации морфометрических характеристик
колоса пшеницы М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, Фу Хао, В.С. Коваль, Н.П. Гончаров, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 2018;22(1):132-140
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”, 2018, Под ред. В.Д. Лахно. Том 7. Пущино: ИМПБ РАН, 2018. Статья № e70.
Распределение сдвиговых напряжений на стенках артерий как главный фактор атерогенеза: численные и клинические исследования Мищенко Е.Л., Мищенко А.М., Иванисенко В.А. Дневник науки, 2018, №9, раздел Биологические науки
Выявление и анализ динамических паттернов суточной экспрессии генов млекопитающих О.А. Подколодная, Н.Н. Твердохлеб, Н.Л. Подколодный Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 8,22,1055-1062
Эффективность элонгации трансляции открытых рамок считывания одноклеточных организмов Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.С. Соколов V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ, 2018, СЕКЦИЯ 1: ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ: ТЕХНОЛОГИИ ИНТЕГРАЦИИ ДАННЫХ 65. стр.65
Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания. эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ, 2018, СЕКЦИЯ 1: ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ: ТЕХНОЛОГИИ ИНТЕГРАЦИИ ДАННЫХ 64. стр.64
2017
Plant Biology at Belyaev Conference – 2017 Yuriy L. Orlov, Ancha V. Baranova, Ming Chen, Elena A. Salina BMC PLANT BIOL, 2017, 2017 17(Suppl 2):257 DOI: 10.1186/s12870-017-1189-x
Diversity of leaf pubescence in bread wheat and relative species Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Alexander V. Simonov, Dmitry A. Afonnikov, Andreas Bo¨rner Genetic Resources and Crop Evolution, 2017, v.64(7), pp.1761-1773 DOI 10.1007/s10722-016-0471-3
Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. Программные системы: теория и приложения, 2017, 8:1(32), 219–242
The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV Frontiers in Plant Science, 2017, 7:2044
Chaos and hyperchaos in simple gene network with negative feedback and time delays. Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, V. 15. No 2, 1650042.
SITEX 2.0: Projections of protein functional sites on eukaryotic genes. Extension with orthologous genes. Medvedeva IV, Demenkov PS, Ivanisenko VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, 1650044. doi: 10.1142/S021972001650044X. [Epub ahead of print]
Protein and genetic composition of four chromatin types in Drosophila melanogaster cell lines Boldyreva L.V., Goncharov F.P., Demakova O.V., Zykova T.Y., Levitsky V.G., Kolesnikov N.N., Pindyurin A.V., Semeshin V.F., Zhimulev I.F. CURR GENOMICS, 2017, 18(2):214-226
Multiple Scenarios of Transition to Chaos in the Alternative Splicing Model Kogai V.V., Likhoshvai V.A., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. INT J BIFURCAT CHAOS, 2017, 27(2), Article No 1730006
РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ АВТОМАТИЧЕСКОГО ИЗВЛЕЧЕНИЯ ЗНАНИЙ ИЗ ТЕКСТОВ НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ БАЗЫ ЗНАНИЙ SOLANUM TUBEROSUM О.В. САЙК, П.С. ДЕМЕНКОВ, Т.В. ИВАНИСЕНКО, Н.А. КОЛЧАНОВ, В.А. ИВАНИСЕНКО Сельскохозяйственная биология, 2017, 2017, том 52, №1, с. 63-74
Genomic landscape of CpG rich elements in human genome Babenko V.N., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. BMC EVOL BIOL, 2017, 2017; Vol 17(Suppl 1):19 DOI: 10.1186/s12862-016-0864-0
Computational Errors and Biases of Short Read Next Generation Sequencing Abnizova I., te Boekhorst R., Orlov Y. Journal of Proteomics and Bioinformatics, 2017, 10:1-17 DOI: 10.4172/jpb.1000420
Non-coding RNAs and Their Roles in Stress Response in Plants Jingjing Wang, Xianwen Meng, Oxana Dobrovolskaya, Yuriy Orlov, Ming Chen Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 2017, 2017 Oct 7. pii: S1672-0229(17)30137-7. doi: 10.1016/j.gpb.2017.01.007.
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov BMC BIOINFORMATICS, 2017, 18 (Suppl 1):28
Стазис и периодичность в эволюции глобальной экосистемы: минимальная логистическая модель Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, Т. 12, № 1, С. 120–136
Convergence of retrotransposons in oomycetes and plants Kirill Ustyantsev, Alexandr Blinov, Georgy Smyshlyaev Mobile DNA, 2017, 1, 8, 4
SNP_TATA_Comparator: genomewide landmarks for preventive personalized medicine. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Ponomarenko P, Arkova O, Kashina E, Ivanisenko N, Zhechev D, Savinkova L, Kolchanov N. Front Biosci (Schol Ed), 2017, 2, 9, 276-306
Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova SCI REP-UK, 2017, 7: 2489
The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y. Acta Naturae, 2017, 9 (special issue 1) 67
Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano Jakub Wudarski, Daniil Simanov, Kirill Ustyantsev, Katrien de Mulder, Margriet Grelling, Magda Grudniewska, Frank Beltman, Lisa Glazenburg, Turan Demircan, Julia Wunderer, Weihong Qi, Dita B Vizoso, Philipp M Weissert, Daniel Olivieri, Stijn Mouton, Victor Guryev, Aziz Aboobaker, Lukas Scharer, Peter Ladurner, Eugene Berezikov NAT COMMUN, 2017, 8 (1), pp. 2120
Candidate SNP markers of familial and sporadic Alzheimer's diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-Binding protein for human gene promoters. Ponomarenko P, Chadaeva I, Rasskazov DA, Sharypova E, Kashina EV, Drachkova I, Zhechev D, Ponomarenko MP, Savinkova LK, Kolchanov N Frontiers in Aging Neuroscience, 2017, 9, 231, doi: 10.3389/fnagi.2017.00231
Candidate SNP markers of social dominance, which may affect the affinity of the TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva IV, Rasskazov DA, Sharypova EB, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, 5, 7, 523-537. doi: 10.1134/S2079059717050045
A sacrifice-for-survival mechanism protects Root Stem Cell Niche from Chilling Stress Jing Han Hong, Maria Savina, Jing Du, Ajay Devendran, Karthikbabu Kannivadi Ramakanth, Xin Tian, Wei Shi Sim, Victoria V. Mironova, and Jian Xu CELL, 2017, Jun 29;170(1)
Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, ISSN 2079-0597, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 558–564
Analysis of the Neurogenesis:Prepattern Gene Network Controlling First Stage of Bristle Pattern Development in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 550–557
Серотонергические гены в развитии тревожно/депрессивного расстройства и патологии агрессивного поведения у самцов мышей: Данные RNA-seq Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Вишнивецкая Г.Б., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. Molecular Biology, 2017, том 51, № 2, с. 288–300 doi: 10.7868/S0026898417020136.
Phenotypic variability of bacterial cell cycle: mathematical model. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, V. 12. № Suppl. P. t23-t44. doi: 10.17537/2017.12.t23
Свойства деминерализованного костного матрикса для биоинженерии тканей И. А. Кирилова, В. Т. Подорожная, Ю. П. Шаркеев, С. В. Николаев, А. В. Пененко, П. В. Уваркин, П. В. Ратушняк, В. В. Чебодаева, Е. А. Анастасиева, С. К. Голушко, А. В. Корель КОМПЛЕКСНЫЕ ПРОБЛЕМЫ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ, 2017, № 3 (2017) с. 25 — 36, http://dx.doi.org/10.17802/2306-1278-2017-0-3
Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds. Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. J MOL GRAPH MODEL, 2017
Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов Програмные системы: теория и приложения, 2017, 8:2(33), 45–68.
Анализ геномных полиморфизмов в популяциях с помощью секвенирования на примере выборки монголов Китая Табиханова Л.Э., Чен М., Бай Х., Осипова Л.П., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, 9(1), С. 22
3D analysis of mitosis distribution highlights the longitudinal zonation and diarch symmetry in proliferation activity of the Arabidopsis thaliana root meristem Lavrekha V.V., Pasternak T., Ivanov V.B., Palme K., Mironova V.V. PLANT J, 2017, V. 92(5), P. 834-845
Приоритезация генов нейронального апоптоза по их структурной роли в ассоциативной генной сети нарушений аутического спектра с помощью подходов ANDsystem И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, О.В. Сайк, М.А. Янкина Международный журнал гуманитарных и естественных наук, 2017, №9, С: 5-11
Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза и генов большого депрессивного расстройства в его ассоциативной генной сети Янкина М.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Хуснутдинова Э.К., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Дневник науки, 2017, №9'2017, С: 1-14
Альтернативный сплайсинг в отделах головного мозга селектированных по агрессивности крыс В. Н. Бабенко, А. О. Брагин, И. В. Чадаева, А. Л. Маркель, Ю. Л. Орлов Molecular Biology, 2017, 2017 г., том 51, № 5, с. 870-880
Genome-wide profiling and differential expression of microRNA in rat pluripotent stem cells Sherstyuk V.V., Medvedev S.P., Elisaphenko E.A., Vaskova E.A., Ri M.T., Vyatkin Y.V., Saik O.V., Shtokalo D.N., Pokushalov E.A., Zakian S.M. SCI REP-UK, 2017, V. 7. - № 1. - P. 2787
Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyldithiophosphinate complexes of Europium(III), Ytterbium(III) and Lutetium(III) with 2,2-bipyridyl using NMR. Babailov S. P., Zapolotsky E. N., Fomin E. S., Qu Y. POLYHEDRON, 2017, 134, 316-318. DOI: 10.1016/j.poly.2017.05.047
РЕАЛИЗАЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА СОРТОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ ПОД ВЛИЯНИЕМ УСЛОВИЙ ВНЕШНЕЙ СРЕДЫ: СОВРЕМЕННЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ УЛУЧШЕНИЯ КАЧЕСТВА ЗЕРНА И ХЛЕБОПЕКАРНОЙ ПРОДУКЦИИ Е.К. ХЛЕСТКИНА, Е.В. ЖУРАВЛЕВА, Т.А. ПШЕНИЧНИКОВА, Н.И. УСЕНКО, Е.В. МОРОЗОВА, С.В. ОСИПОВА, М.Д. ПЕРМЯКОВА, Д.А. АФОННИКОВ, Ю.С. ОТМАХОВА Сельскохозяйственная биология, 2017, т. 52, №3, с. 501-514.
Изучение эволюции генома свободноживущего плоского червя Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) с помощью высокопроизводительного секвенирования микродиссекционных ДНК-библиотек Задесенец К.С., Березиков Е.В., Тупикин А.Е., Кабилов М.Р., Рубцов Н.Б. Acta Naturae, 2017, Спецвыпуск №1, 2017, т. 9
A study of structural properties of gene network graphs for mathematical modeling of integrated mosaic gene networks Olga V. Petrovskaya, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017
The systems biology of auxin in developing embryos. V. Mironova, W. Teale, M. Shahriari, J. Dawson, K. Palme. TRENDS PLANT SCI, 2017, 22(3):225–235
АНАЛИЗ ВЛИЯНИЯ РАЗЛИЧНОГО УРОВНЯ СОЛЕПОТРЕБЛЕНИЯ НА БЕЛКОВЫЙ СОСТАВ МОЧИ В 105-СУТОЧНОЙ ИЗОЛЯЦИИ С ПОМОЩЬЮ ПРОГРАММЫ opoSOM Л. Х. Пастушкова, Д. Н. Каширина, А. Г. Бржозовский, В. А. Иванисенко, Е. С. Тийс, А. С. Кононихин, Н. Л. Стародубцева, Е. Н. Николаев, Г. Биндер, И. М. Ларина Физиология человека, 2017, том 43, № 1, с. 89–96
Serotonergic genes in the development of anxiety/depression-like state and pathology of aggressive behavior in male mice: RNA-seq data. Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Vishnivetskaya G.B., Babenko V.N., Orlov Yu.L Molecular Biology, 2017, V.51, N.2, P.251–262.
Molecular Mechanisms of Autism as a Form of Synaptic Dysfunction E. A. Trifonova, T. M. Khlebodarova, N. E. Gruntenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 8, pp. 869–877
Достижения и перспективы использования методов высокопроизводительного секвенирования в генетике и селекции картофеля Быкова И.В., Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Хлесткина Е.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 2017;21(1):96-103. DOI 10.18699/VJ17
Achievements and Prospects of Applying High-Throughput Sequencing Techniques to Potato Genetics and Breeding Bykova I.V., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Kochetov A.V., Khlestkina E.K. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, 2017, Vol. 7, No. 7, pp. 736–743. DOI: 10.1134/S2079059717070036
ПОИСК ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ТРЕВОЖНЫМ НЕВРОЗОМ, НА ОСНОВЕ АВТОМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА НАУЧНЫХ ТЕКСТОВ С ПОМОЩЬЮ ANDSYSTEM Янкина М.А.,Сайк О.В.,Деменков П.С.,Хуснутдинова Э.К.,Иванисенко В.А. АЛЛЕЯ НАУКИ, 2017, 2017. Т. 2. № 14. С. 712-720.
ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ В ПОИСКЕ НОВЫХ МИШЕНЕЙ ПАТОГЕНЕЗА ЛИМФЕДЕМЫ Усманов Д.Б. , Сайк О.В. , Нимаев В.В. Трансляционная медицина, 2017, Приложение № 3, с. 39
Генетический полиморфизм и сопутствующие факторы риска ишемического инсульта в монгольской популяции Китая Чижу У, Хуигуань У, Юрий Л. Орлов, Гегентана Гегентана, Веньян Хуо, Анатолий О. Брагин, Нуомин У, Суялату Суялату, Фукуан Жао, Жиньвен Жао, Людмила Э. Табиханова, Минг Чен, Хайхуа Бай. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, Т.21. №5. С.581-587.
Biological Big Bytes: Integrative Analysis of Large Biological Datasets Chen M, Harrison A, Shanahan H, Orlov Y. J INTEGR BIOINFORM, 2017, 2017 Sep 13;14(3). pii: /j/jib.2017.14.issue-3/jib-2017-0052/jib-2017-0052.xml. doi: 10.1515/jib-2017-0052
Editorial: Bioinformatics development at the BGRS\SB conference series: 10th anniversary Orlov Y.L., Kolchanov N.A., Hofestädt R., Wong L. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, 2017 15(2):1702001. doi: 10.1142/S0219720017020012
Статистические оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании Васильев Г.В., Орлова Н.Г., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 21.
Analysis of 3d chromosome contacts using sequencing technologies Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 24.
Assessment of translation efficiency from Ribo-seq and mRNA-seq data Tabanyuhov K.A., Mazurina E.P., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 28
Дифференциальная экспрессия и альтернативный сплайсинг в культурах клеток глиом по данным RNA-seq Губанова Н.В., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Гайтан А.С., Кривошапкин А.Л., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С.19
Компьютерные методы анализа хромосомных контактов в ядре клетки по данным технологий секвенирования Орлов Ю.Л., Тьерри О., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Кулакова Е.В., Галиева Э.Р., Брагин А.О., Ли Г. Биомедицинская химия, 2017, номер 5, том 63, страницы: 418-422
Chromosome Evolution in the Free-Living Flatworms: First Evidence of Intrachromosomal Rearrangements in Karyotype Evolution of Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Macrostomida) Zadesenets K.S., Ershov N.I., Berezikov E., Rubtsov N.B. Genes, 2017, 8: 298
О связи свойств одномерных отображений управляющих функций с хаосом в уравнениях специального вида с запаздывающим аргументом. Лихошвай В.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, 2017, 12(2), 385-397.
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2017, Том XII, №3
Изучение базовых характеристик клеток остеогенного и хондрогенного рядов, значимых для тканевой инженерии имплантов Астахова Н.М., Корель А.В., Щелкунова Е.И., Орищенко К.Е., Николаев С.В., Зубаирова У.С, Кирилова И.А. Клеточные технологии в биологии и медицине, 2017, №4, С. 249-257
Search of MicroRNAs Regulating the Receptor Status of Breast Cancer In Silico and Experimental Confirmation of Their Expression in Tumors V. S. Chernyi, P. V. Tarasova, V. V. Kozlov, O. V. Saik, N. E. Kushlinskii, L. F. Gulyaeva B EXP BIOL MED+, 2017, Vol. 163, No. 5, 2017
Metabolic pathways and genes identified by RNA-seq analysis of barley near-isogenic lines differing by allelic state of the Black lemma and pericarp (Blp) gene Anastasiya Y. Glagoleva, Nikolay A. Shmakov, Olesya Y. Shoeva, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Elena K. Khlestkina BMC PLANT BIOL, 2017, 17(Suppl 1):182, DOI 10.1186/s12870-017-1124-1
RNAseq-BASED DECIFERING OF MOLECULAR MECHANISMS UNDERLYING TRAIT FORMATION: NON-ALTERNATIVE WAY IN CASE OF IMPEDED METABOLITE IDENTIFICATION Glagoleva A.Y., Shmakov N.A., Shoeva O. Y., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Börner A., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K. Acta Naturae, 2017, Спецвыпуск №1 2017 том 9
Интернет-доступные информационные ресурсы по генным сетям, включающие данные по человеку и животным. Игнатьева Е.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):895-902. DOI 10.18699/VJ17.310
A database of human genes and a gene network involved in response to tick-borne encephalitis virus infection Ignatieva E.V., Igoshin A.V., Yudin N.S. BMC EVOL BIOL, 2017, 2017;17(Suppl 2):259. DOI 10.1186/s12862-017-1107-8 https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-017-1107-8
A compendium and functional characterization of mammalian genes involved in adaptation to Arctic or Antarctic environments Yudin N.S., Larkin D.M., Ignatieva E.V. BMC GENET, 2017, 18(Suppl 1):111
Biodiversity of the microbial mat of the Garga hot spring Rozanov A. S., Bryanskaya A. V., Ivanisenko T. V., Malup T. K., Peltek S. E. BMC EVOL BIOL, 2017
DEP1 gene in wheat species with normal, compactoid and compact spikes V. Vavilova, I. Konopatskaia, A. E. Kuznetsova, A. Blinov, N. P. Goncharov BMC GENET, 2017, 18(Suppl 1): 106
Parasites of the genus Nosema, Crithidia and Lotmaria in the honeybee and bumblebee populations: a case study in India V.Y. Vavilova, I. Konopatskaia, S.L. Luzyanin, M. Woyciechowski, A.G. Blinov Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):943-951
Integrated mathematical models for describing complex biological processes. Mishchenko E. L., Petrovskaya O. V., Mishchenko A. M., Petrovskiy E. D., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. BIOPHYSICS, 2017, 62(5), 778-795
Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):911-919
Differential expression of NBS-LRR-encoding genes in the root transcriptomes of two Solanum phureja genotypes with contrasting resistance to Globodera rostochiensis Alex V. Kochetov, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Salmaz M. Ibragimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Tatyana A. Gavrilenko, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko BMC PLANT BIOL, 2017, BMC Plant Biology 2017, 17 (Suppl 2):251
Identification of 50K Illumina-chip SNPs associated with resistance to spot blotch in barley Bykova I.V., Lashina N.M., Efimov V.M., Afanasenko O.S., Khlestkina E.K. BMC PLANT BIOL, 2017, 17(Suppl 2): 250. DOI: 10.1186/s12870-017-1198-9
A Metagenomic Study of Benthic Microbial Communities of Saline Lakes of the Novosibirsk Oblast A. V. Bryanskaya, Yu. E. Uvarova, A. S. Rozanov, T. K. Malup, E. V. Lazareva, O. P. Taran, O.P. Daguruva, Т. V. Ivanisenko, S. E.Peltek 13th International conference on salt lake research. Ulan-Ude, Buryat State University Publishing Department., 2017, P.76
Анализ циркадного ритма биологических процессов в печени и почках мыши Подколодный Н.Л. Твердохлеб Н.Н. Подколодная О.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, Т. 21, N 8, с. 903-910
Офиостомовые грибы, ассоциированные с уссурийским полиграфом на территории России Пашенова Н.В., Кононов А.В., Устьянцев К.В., Блинов А.Г., Перцовая А.А., Баранчиков Ю.Н. Российский Журнал Биологических Инвазий, 2017, №4, С. 80-95
Expression Dynamics of the REL, RELA, and IRF1 Transcription Factors in U937 Macrophages after Dioxin Exposure E. V. Kashina, D. Yu. Oshchepkov, E. V. Antontseva, M. Yu. Shamanina, D. P.Furman, V. A. Mordvinov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 580-584
2016
Dynamic properties of SOD1 mutants can predict survival time of patients carrying familial amyotrophic lateral sclerosis Nikolay A. Alemasova, Nikita V. Ivanisenko, Sergey P. Medvedev, Suren M. Zakian, Nikolay A. Kolchanov & Vladimir A. Ivanisenko Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2016, 2017, Volume 35, Issue 3, Pages 645-656
A detailed expression map of the PIN1 auxin transporter in Arabidopsis thaliana root N.A. Omelyanchuk, V.V. Kovrizhnykh, E.A. Oshchepkova, T. Pasternak, K. Palme, V.V. Mironova. BMC PLANT BIOL, 2016
Interactions between leaf pubescence genes in bread wheat as assessed by high throughput phenotyping. Doroshkov A.V., Afonnikov D.A., Dobrovolskaya O.B., Pshenichnikova T.A. EUPHYTICA, 2016, v.207 (3), p.491-500.
Regions of the bread wheat D genome associated with variation in key photosynthesis traits and shoot biomass under both well watered and water deficient conditions Svetlana Osipova, Alexey Permyakov, Marina Permyakova, Tatyana Pshenichnikova, Vasiliy Verkhoturov, Alexandr Rudikovsky, Elena Rudikovskaya, Alexandr Shishparenok, Alexey Doroshkov, Andreas Börner J APPL GENET, 2016, v.57(2), 151-163.
Dysfunction in ribosomal gene expression in the hypotalamus and hippocampus following chronic social defeat stress in male mice as revealed by RNA-seq. Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Bragin A.O., Orlov Yu.L., Kudryavtseva N.N. NEURAL PLAST, 2016, http://dx.doi.org/10.1155/2016/3289187
Механизмы регуляции передачи этиленового сигнала у растений Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Ермаков А.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Принята в печать. DOI: 10.18699/VJ15.105
Mosaic gene network modelling identified new regulatory mechanisms in HCV infection. Popik OV, Petrovskiy ED, Mishchenko EL, Lavrik IN, Ivanisenko VA. VIRUS RES, 2016, Oct 22. pii: S0168-1702(15)30083-6. doi: 10.1016/j.virusres.2015.10.004.
Гипотетические SNP-маркеры, значимо изменяющие оценки сродства ТАТА-связывающего белка к промоторам онкогенов VEGFA, ERBB2, IGF1R, FLT1, KDR и MET – мишеней для химиотерапии. Турнаев И.И., Рассказов Д.А., Аркова О.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2016, 1, 50, 161-173
Genome-wide transcriptome analysis of hypothalamus in rats with inherited stress-induced arterial hypertension Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 201617(Suppl 1):13
О численном исследовании периодических решений уравнения с запаздывающим аргументом в биологических моделях. Фадеев С.И., Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2016, Т. 19, № 1, C.94-105.
On the control mechanisms of the nitrite level in Escherichia coli cells: the mathematical model. Khlebodarova T.M., Ree N.A., Likhoshvai V.A. BMC MICROBIOL, 2016, V. 16, Suppl 1:7.
Candidate SNP markers of gender-biased autoimmune complications of monogenic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Mikhail Ponomarenko, Olga Arkova, Dmitry Rasskazov, Petr Ponomarenko, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Frontiers in Immunology, 2016, V. 7. P. 130
Functional annotation of the vlinc class of non-coding RNAs using systems biology approach. Laurent GS, Vyatkin Y, Antonets D, Ri M, Qi Y, Saik O, Shtokalo D, de Hoon MJ, Kawaji H, Itoh M, Lassmann T, Arner E, Forrest AR; FANTOM consortium, Nicolas E, McCaffrey TA, Carninci P, Hayashizaki Y, Wahlestedt C, Kapranov P. NUCLEIC ACIDS RES, 2016, Nucleic Acids Res. 2016 Mar 21. pii: gkw162
Компьютерное моделирование пространственных структур пептидов из MUC1, способных ингибировать апоптоз Н.В. Иванисенко, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 19(6):731-737
Дизайн и проверка действия малых химических соединений, направленных на ингибирование белка FADD Н.В. Иванисенко, Л. Хиллерт, В.А. Иванисенко, И.Н. Лаврик Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2015;19(6):724-730
NACE: A web-based tool for prediction of intercompartmental efficiency of human molecular genetic networks Olga V. Popik, Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko VIRUS RES, 2016, DOI information: 10.1016/j.virusres.2015.11.029
Genetic diversity of aboriginal and invasive populations of four-eyed fir bark beetle Polygraphus proximus Blandford (Coleoptera, Curculionidae, Scolytinae) Alexandr Kononov, Kirill Ustyantsev, Alexandr Blinov, Victor Fet, Yuri N. Baranchikov AGR FOREST ENTOMOL, 2016, DOI: 10.1111/afe.12161
Фенотипическая множественность клеточного цикла бактерий: математическая модель Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2016, 11(1):91-113
Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1 V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova COMPUT BIOL CHEM, 2016, V. 64, P. 19-32
Characteristics of Age-Dependent Changes in Urine Proteome in Healthy Men L. Kh. Pastushkova, A. S. Kononikhin, E. S. Tiys, I. V. Dobrokhotov, V. A. Ivanisenko, E. N. Nikolaev, I. M. Larina, I. A. Popov Adv. Gerontol, 2016, Vol. 6, No. 2, pp. 122–127
The expansion of heterochromatin blocks in rye reflects the co-amplification of tandem repeats and adjacent transposable elements. Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Šafář J, Doležel J, Vershinin AV. BMC GENOMICS, 2016, 17(1):337
Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L. Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2016, 14(2):1641009.
Chromatin heterogeneity and distribution of regulatory elements in the latereplicating regions of Drosophila melanogaster chromosomes Khoroshko V.A., Levitsky V.G., Zykova T.Y., Antonenko O.V., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. PloS One, 2016, 11(6):e0157147.
ЦЕНТРАЛЬНЫЙ РЕГУЛЯТОРНЫЙ КОНТУР ГЕННОЙ СЕТИ МОРФОГЕНЕЗА МАКРОХЕТ D.melanogaster: РАСШИРЕННАЯ МОДЕЛЬ Т.А. Бухарина, В.П. Голубятников, Д.П. Фурман Онтогенез, 2016, т. 47, №5, стр. 307-313
Изменение экспрессии дофаминергических генов в структурах мозга самцов мышей под влиянием хронического социального стресса: данные RNA-seq Коваленко Ирина Леонидовна, Смагин Дмитрий Александрович, Галямина Анна Георгиевна, Орлов Юрий Львович, Кудрявцева Наталия Николаевна Molecular Biology, 2016, том 50, №1, с.184-187
On numerical study of periodic solutions of a delay equation in biological models. Fadeev S.I., Kogai V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2016, 10 (1), P. 86-96
The Molecular Mechanisms of Heterochromatin Expansion in Rye Chromosomes Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV CYTOGENET GENOME RES, 2016, 148(2-3), 91-91 I.14 , 21st International Chromosome Conference (ICC), Foz do Iguacu, BRAZIL
Gene Network Controlling the Morphogenesis of D. melanogaster Macrochaetes: An Expanded Model of the Central Regulatory Circuit T. A. Bukharina, V. P. Golubyatnikov, D. P. Furman RUSS J DEV BIOL+, 2016, Vol. 47, No. 5, pp. 288–293
Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2016, vol. 2016, Article ID 8642703. doi:10.1155/2016/8642703
Methods of high-throughput plant phenotyping for large-scale breeding and genetic experiments D. A. Afonnikov, M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. G. Komyshev, T. A. Pshenichnikova RUSS J GENET+, 2016, Volume 52, Issue 7, pp 688–701
The role of environmental factors for the composition of microbial communities of saline lakes in the Novosibirsk region (Russia) Bryanskaya Alla V., Malup Tatyana K., Lazareva Elena V., Taran Oxana P., Rozanov Alexey S., Efimov Vadim M., Peltek Sergey E. BMC MICROBIOL, 2016
Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня Е.А. Ощепкова, Н.А. Омельянчук, М.С. Савина, Т. Пастернак, Н.А. Колчанов, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016;20(4):459-474
Estimation of the Role of Single Nucleotide Polymorphism in Lymphotoxin Beta Gene during Pig Domestication Based on the Bioinformatic and Experimental Approaches R. B. Aitnazarov, E. V. Ignatieva, N. E. Bazarova, V. G. Levitsky, S. P. Knyazevd, Y. Gon, and N. S. Yudin Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, Vol. 6, No. 7, P.816–824
Внеклеточный матрикс из кости человека как основа тканеинженерной конструкции Кирилова И.А., Николаев С.В., Подорожная В.Т., Шаркеев Ю.П., Уваркин П.В., Ратушняк А.С., Чебодаева В.В. Российский иммунологический журнал, 2016
Physicomechanical properties of the extracellular matrix of a demineralized bone I.A. Kirilova, Yu.P. Sharkeev, S.V. Nikolaev, V.T. Podorozhnaya, P.V. Uvarkin, A.S. Ratushnyak, V.V. Chebodaeva AIP CONFERENCE PROCEEDINGS, 2016
Interactome of the hepatitis C virus: Literature mining with ANDSystem Saik OV, Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA VIRUS RES, 2016, Jun 15;218:40-8
Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes. Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 738-748
Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock. Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 759-770
Prediction and verification of the influence of the rs367781716 SNP on the interaction of the ТАТА-binding protein with the promoter of the human АВСА9 gene Arkova OV, Drachkova IA, Arshinova TV, Rasskazov DA, Suslov VV, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Savinkova LK Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 785-791
Dynamic NMR under nonstationary conditions: Theoretical model, numerical calculation, and potential of application S. P. Babailov, P. A. Purtov and E. S. Fomin J CHEM PHYS, 2016, 145(5), 054201 (2016)
A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of n^2 Pairwise Distances in n^2 Steps for the Sequencing Problem: I. Theory E. S. Fomin J COMPUT BIOL, 2016, 2016 Sep;23(9):769-75
A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of n^2 Pairwise Distances in n^2 Steps for the Sequencing Problem: II. Algorithm E. S. Fomin J COMPUT BIOL, 2016, 23(12):934-942 DOI: 10.1089/cmb.2016.0046
Молекулярно-генетические механизмы регуляции процессов апоптоза белками вируса гепатита С. Сайк О. В., Деменков П. С., Иванисенко Н. В., Иванисенко Т. В., Лаврик И. Н., Иванисенко В. А. Проблемы современной науки и образования, 2016, № 27 (69), 6-14.
Evidence for Karyotype Polymorphism in the Free-Living Flatworm, Macrostomum lignano, a Model Organism for Evolutionary and Developmental Biology Zadesenets KS, Vizoso DB, Schlatter A, Konopatskaia ID, Berezikov E, Scharer L, Rubtsov NB PloS One, 2016, 11(10): e0164915
VRN1 genes variability in tetraploid wheat species with a spring growth habit Irina Konopatskaia, Valeriya Vavilova, Elena Ya. Kondratenko, Alexandr Blinov, Nikolay P. Goncharov BMC PLANT BIOL, 2016, V.16. (Suppl 3). P. 244.
Chaos and Hyperchaos in a Model Of Ribosome Autocatalytic Synthesis Лихошвай В.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. SCI REP-UK, 2016, 6, Article number 38870
Flanking monomer repeats determine decreased context complexity of single nucleotide polymorphism sites in the human genome. Safronova N.S., Ponomarenko M.P., Abnizova I.I., Orlova G.V., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 8, 6, 809-815
Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1878
COMPARATIVE TRANSCRIPTIONAL PROFILING OF HYPOTHALAMUS IN ISIAH RATS WITH INHERITED STRESS-INDUCED ARTERIAL HYPERTENSION AND NORMOTENSIVE WISTAR ALBINO GLAXO RATS Klimov Leonid, Ershov Nikita, Efimov Vadim, Markel Arkady, Redina Olga J HYPERTENS, 2016, September 2016 - Volume 34 - Issue - p e284
Математическая модель циркадного осциллятора млекопитающих: взаимодействие с системой NAD+/SIRT1 и возрастные изменения экспрессии генов циркадного осциллятора Подколодный Н.Л., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):848-856
Протокол анализа количественных характеристик опушения листа картофеля А.В. Дорошков, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, DOI 10.18699/VJ16.218
АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ «NEUROGENESIS:PREPATTERN», КОНТРОЛИРУЮЩЕЙ ПЕРВЫЙ ЭТАП ФОРМИРОВАНИЯ ЩЕТИНОЧНОГО УЗОРА У Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):832-839 DOI 10.18699/VJ16.199
Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия процессов ответа клетки на механический стресс и нейронального апоптоза при первичной открытоугольной глаукоме Сайк О.В., Коновалова Н.А., Деменков П.С., Иванисенко Н.В., Иванисенко Т.В., Иванощук Д.Е., Пономарева М.Н., Коновалова О.С., Подколодная О.А., Лаврик И.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):840-847
Identification of nuclear genes controlling chlorophyll synthesis in barley by RNA-seq Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Doroshkov A.V., Gordeeva E.I., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K. BMC PLANT BIOL, 2016, 16 (Suppl 3):245. DOI 10.1186/s12870-016-0926-x
Transcriptome profiles of gene expression in brain of male mice with repeated experience of aggression as revealed by RNA-Seq Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Y.L., Babenko V.N. EUR NEUROPSYCHOPHARM, 2016, Volume 26, Supplement 2, October 2016, Pages S179
Компьютерный анализ совместной локализации сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq Дергилев А.И., Спицина А.М., Чадаева И.В., Свичкарев А.В., Науменко Ф.М., Кулакова Е.В., Витяев Е.Е., Чен М., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):770-778. DOI 10.18699/VJ16.194
Computational problems of analysis of short next generation sequencing reads te Boekhorst R., Naumenko F.M., Orlova N.G., Galieva E.R., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Orlov Y.L., Abnizova I.I. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):746-755 DOI 10.18699/VJ16.191
Cognitive Architecture of Collective Intelligence based on Social Evidence Kolonin A., Vityaev E., Orlov Y. Procedia Computer Science, 2016, Volume 88, 2016, Pages 475–481.
Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L. J INTEGR BIOINFORM, 2016, 13(4):292. doi:10.2390/biecoll-jib-2016-292
Динамика экспрессии транскрипционных факторов REL, RELA и IRF1 в макрофагоподобной линии U937 после воздействия диоксина. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Шаманина М.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):894-898
Оценка количественных характеристик опушения листьев картофеля с использованием анализа цифровых микроизображений А.В. Дорошков, А.В. Симонов, А.Д. Сафонова, Д.А. Афонников, И.Е. Лихенко, Н.А. Колчанов Достижения науки и техники АПК, 2016, Т.30. №10. С. 12-14.
A compendium of human genes regulating feeding behavior and body weight, its functional characterization and identification of GWAS genes involved in brain-specific PPI network Elena V. Ignatieva, Dmitry A. Afonnikov, Olga V. Saik, Evgeny I. Rogaev and Nikolay A. Kolchanov BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):158
The gene-expression profile of renal medulla in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):151
Selection and validation of miRNAs as normalizers for profiling expression of microRNAs isolated from thyroid fine needle aspiration smears. Titov SE, Demenkov PS, Ivanov MK, Malakhina ES, Poloz TL, Tsivlikova EV, Ganzha MS, Shevchenko SP, Gulyaeva LF, Kolesnikov NN ONCOL REP, 2016, Oncol Rep. 2016 Nov;36(5):2501-2510. doi: 10.3892/or.2016.5113. Epub 2016 Sep 20.
Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of genetic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Rasskazov D.A., Sharypova E.B., Kashina E.V. Matveeva M.Yu., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Arkova O.V., Bondar N.P. Savinkova L.K., Kolchanov N.A. BMC GENOMICS, 2016, Suppl. 14, 17, 995
Molecular determinants of the adrenal gland functioning related to stress-sensitive hypertension in ISIAH rats Larisa A. Fedoseeva, Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Yury V. Alexandrovich, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina BMC GENOMICS, 2016, 2016, 17(Suppl 14):989
Spike morphology genes in wheat species (Triticum L.) Konopatskaya I., Vavilova V., Blinov A., Goncharov N.P. PROCEEDINGS OF THE LATVIAN ACADEMY OF SCIENCES. Section B, 2016, V. 70. No.6 (705). P. 345-355.
Кандидатные SNP-маркеры социального доминирования, способные влиять на сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 6, 20, 787-796
Novel tuberculosis susceptibility candidate genes revealed by the reconstruction and analysis of associative networks Elena Yu. Bragina, Evgeny S. Tiys, Alexey A. Rudko, Vladimir A. Ivanisenko, Maxim B. Freidin Infection, Genetics and Evolution, 2016, Volume 46, December 2016, Pages 118–123
Molecular associations of Primary Open-Angle Glaucoma with potential comorbid diseases (POAG-associome) Olga V Saik, Natalia A Konovalova, Pavel S Demenkov, Timofey V Ivanisenko, Evgeny D Petrovskiy, Nikita V Ivanisenko, Dinara E Ivanoshchuk, Maria N Ponomareva, Olga S Konovalova, Inna N. Lavrik, Nikolay A Kolchanov, Vladimir A Ivanisenko Biotecnología Aplicada, 2016, 2016;33:3201-3206
Структурное моделирование мод связывания НАД+ с ПАРП-1 Иванисенко Н.В., Жечев Д.А., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016 Vol.16:262 DOI: 10.1186/s12870-016-0868-3
Эволюция CpG-островов путем тандемных дупликаций Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л., Исакова Ж.И., Антонов Д.А., Воевода М.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016; 20(6):746-755 DOI 10.18699/VJ16.191
Genetic diversity among eight Dendrolimus species in Eurasia (Lepidoptera: Lasiocampidae) inferred from mitochondrial COI and COII, and nuclear ITS2 markers Alexander Kononov, Kirill Ustyantsev, Baode Wang, Victor C Mastro, Victor Fet, Alexander Blinov, Yuri Baranchikov BMC GENET, 2016, 3, 17, 173
Development of new SSR markers for homoeologous WFZP gene loci based on the study of the structure and location of microsatellites in gene-rich regions of chromosomes 2AS, 2BS, and 2DS in bread wheat. Dobrovolskaya O.B., Pont C., Orlov Y.L., Salse J. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, Vol. 6, No. 3, pp. 330–337
ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ЭЛЕКТРОМАГНИТНОГО ИЗЛУЧЕНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ДИАПАЗОНА НА ПРОТЕОМ ЭКСТРЕМОФИЛЬНОЙ АРХЕИ HALORUBRUM SACCHAROVORUM Горячковская Т.Н., Константинова С.Г., Мещерякова И.А., Банникова С.В., Демидов Е.А., Брянская А.В., Щеглов М.А., Семенов А.И., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Т. 20. № 6. С. 869-875.
Вычислительные проблемы анализа ошибок коротких прочтений ДНК при секвенировании следующего поколения Р. те Боекхорст, Ф.М. Науменко, Н.Г. Орлова, Э.Р. Галиева, А.М. Спицина, И.В. Чадаева, Ю.Л. Орлов, И.И. Абнизова Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):746-755
2015
Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome) Glotov AS, Tiys ES, Vashukova ES, Pakin VS, Demenkov PS, Saik OV, Ivanisenko TV, Arzhanova ON, Mozgovaya EV, Zainulina MS, Kolchanov NA, Baranov VS, Ivanisenko VA BMC SYST BIOL, 2015, 2015;9 Suppl 2:S4. doi: 10.1186/1752-0509-9-S2-S4
О типах законов роста бактерий Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, т. 10, №1, С. 154–163. doi: 10.17537/2015.10.154
Сложная динамика в системах альтернативного сплайсинга мРНК: математическая модель Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. Вычислительные технологии, 2015, т.20, № 1, с. 38-52.
Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна Пономаренко Михаил Павлович Аршинова Татьяна Валентиновна Савинкова Людмила Кузьминична Медицинская генетика, 2015
On the distribution of auxin concentrations in root horizontal layer cells. Novoselova E.S., Mironova V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 3, pp. 293–299
О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в условиях стационарного роста. Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, т.10, №1, с.193-205
The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(3), pp. 308–312, DOI: 10.1134/S2079059715030193
Distribution and diversity of Nosema bombi (Microsporidia: Nosematidae) in the natural populations of bumblebees (Bombus spp.) from West Siberia Valeriya Vavilova, Irina Sormacheva, Michal Woyciechowski, Natalia Eremeeva, Victor Fet, Aneta Strachecka, Sergey I. Bayborodin, Alexander Blinov PARASITOL RES, 2015, Volume 114, Issue 9, Pages 3373-3383. doi: 10.1007/s00436-015-4562-4.
ВЕБ-СЕРВЕР ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ miРНК, ИХ ПРЕДШЕСТВЕННИКОВ И САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ Ворожейкин П.С., Титов И.И. Molecular Biology, 2015, т. 49, №5, с. 846-853
Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites. Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, p. 322–329
Q gene variability in wheat species with the different spike morphology Sormacheva I., Golovnina K., Vavilova V., Kosuge K., Watanabe N., Blinov A., Goncharov N.P. Genetic Resources and Crop Evolution, 2015, V.62, No. 6. P. 837-852.
Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA. TRENDS PLANT SCI, 2015, doi: 10.1016/j.tplants.2015.06.004
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor» Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. BMC EVOL BIOL, 2015, 15 (Suppl 1):S3 http://www.biomedcentral.com/1471-2148/15/S1/S3
EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 335–339.
Human Genes Encoding Transcription Factors and Chromatin-Modifying Proteins Have Low Levels of Promoter Polymorphism: A Study of 1000 Genomes Project Data Ignatieva EV, Levitsky VG, Kolchanov NA International Journal of Genomics, 2015, 2015, 260159
Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I. R., Peltek S.E. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(4), pp. 375–382, DOI: 10.1134/S2079059715040139
Structural and dynamic properties of mutant SOD1 proteins associated with amyotrophic lateral sclerosis Alemasov, N. A., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015
Association Analysis of Genetic Variants with Type Diabetes in a Mongolian Population in China. Bai H, Liu H, Suyalatu S, Guo X, Chu S, Chen Y, Lan T, Borjigin B, Orlov YL, Posukh OL, Yang X, Guilan G, Osipova LP, Wu Q, Narisu N. Journal of Diabetes Research, 2015, 2015: 613236. doi: 10.1155/2015/613236. Epub 2015 Jul 28.
Genetic dissection of earliness by analysis of a recombinant chromosome substitution double haploid mapping population of bread wheat (Triticum aestivum L.) in different geographic regions Tatyana A. Pshenichnikova, Elena K. Khlestkina, Svetlana Landjeva, Alexey V. Doroshkov, Tanya Kartseva, Andreas Bo¨rner, Alexander V. Simonov, Ludmila V. Shchukina, Evgeniya V. Morozova EUPHYTICA, 2015, v.206 (1), p.191-202. DOI 10.1007/s10681-015-1500-6
Identification of biological processes on the composition of the urine proteome in cosmonauts on the first day after long space flights Pastushkova LH, Kononihin AS, Tijs ES, Obraztsova OA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Larina IM Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2015, 2015 Feb;101(2):222-37
Permanent proteins in the urine of healthy humans during the Mars-500 experiment Larina IM, Pastushkova LKh, Tiys ES, Kireev KS, Kononikhin AS, Starodubtseva NL, Popov IA, Custaud MA, Dobrokhotov IV, Nikolaev EN, Kolchanov NA, Ivanisenko VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 2015 Feb;13(1):1540001. doi: 10.1142/S0219720015400016. Epub 2015 Jan 8.
Kidney Function and Urine Protein Composition in Healthy Volunteers During Space Station Fitness Tests Fomina, Elena V.; Lisova, Natalia Iu.; Kireev, Kirill S.; Tiys, Evgeny S.; Kononikhin, Alexey S.; Larina, Irina M. Aerospace Medicine and Human Performance, 2015, Volume 86, Number 5, May 2015, pp. 472-476(5)
How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2015, Volume 2015, Article ID 359835
Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster. Zhimulev IF, Zykova TYu, Goncharov FP, Khoroshko VA, Demakova OV, Semeshin VF, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Demidova DS, Levitsky VG, Demakov SA, Belyaeva ES CHROMOSOME RES, 2015, 23: 409-410
A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. J INTEGR BIOINFORM, 2015, 12 (1): 256
Computer high-throughput approaches to wheat phenotyping: application to leaf pubescence analysis Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A. Simonov A.V. The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book, 2015, p.3
The effect of plant hormones on the manifestation of leaf pubescence genes in bread wheat. Doroshkov A.V., Simonov A.V., Afonnikov D.A., Kasyanov N.S., Pshenichnikova T.A. The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book, 2015, p. 13
Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы. М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(6):707-714 DOI 10.18699/VJ15.086
Reconstruction of sequence from its circular partial sums for cyclopeptide sequencing problem Fomin ES Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 13(1):1540008
Разработка новых SSR-маркеров к локусам гомеологичных генов WFZP на основе изучения строения и локализации микросателлитов в богатых генами районах хромосом 2AS, 2BS, 2DS мягкой пшеницы О.Б. Добровольская, К. Понт, Ю.Л. Орлов, Ж. Сальс Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(3):303-309
Identification of microRNA genes in three opisthorchiids Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV. PLOS NEGLECT TROP D, 2015, 9(4):e0003680
ПРОГНОЗ И ВЕРИФИКАЦИЯ ВЛИЯНИЯ SNP rs367781716 НА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА С ПРОМОТОРОМ ГЕНА АВСА9 ЧЕЛОВЕКА Аркова ОВ., Драчкова ИА., Аршинова ТВ., Рассказов ДА., Суслов ВВ., Пономаренко ПМ., Пономаренко МП., Колчанов НА., Савинква ЛК. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, т.19, № 6, с.
Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2015, Suppl.13. V. 16. S5.
Asynchrony between Host Plant and Insects-Defoliator within a Tritrophic System: The Role of Herbivore Innate Immunity. Martemyanov V.V., Pavlushin S.V., Dubovskiy I.M., Yushkova Y.V., Morosov S.V., Chernyak E.I., Efimov V.M., Ruuhola T., Glupov V.V. PloS One, 2015, 10(6), e0130988.
Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М. Программные системы: теория и приложения, 2015, 6:1(23), c. 157–174
Introductory note for BGRS\SB-2014 special issue Orlov Y.L., Hofestädt R.M., Kolchanov N.A Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 13(1):1502001. doi: 10.1142/S0219720015020011
The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P. and Rogaev E.I. BMC GENOMICS, 2015, 16 (Suppl 13), S4
Shifts in urine protein profile during dry immersion. Pastushkova L Kh, Kononikhin AS, Tiys ES, Nosovsky AM, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Novoselova NM, Custaud MA, Larina IM. Aviakosm Ekolog Med., 2015, 2015;49(4):15-9.
Computer analysis of protein functional sites projection on exon structure of genes in Metazoa. Medvedeva I., Demenkov P., Ivanisenko V. BMC GENOMICS, 2015, 16(Suppl 13):S2.
Prediction of tissue-specific effects of gene knockout on apoptosis in different anatomical structures of human brain. Petrovskiy E.D., Saik O.V., Tiys E.S., Lavrik I.N., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. BMC GENOMICS, 2015, 16(Suppl 13):S3
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Программные системы: теория и приложения, 2015, 4(27), c. 99–112.
Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C Кулакова Е. В., Спицина А. М., Орлова Н. Г., Дергилев А. И., Свичкарев А. В., Сафронова Н. С., Черных И. Г., Орлов Ю. Л. Программные системы: теория и приложения, 2015, 2(25), c. 129–148
117 Analysis of SNP containing sites in human genome using text complexity estimates Nataly S. Safronova, Vladimir N. Babenko, Yuriy L. Orlov Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2015, 33:sup1, 73-74, DOI:10.1080/07391102.2015.1032750
The Mammalian Circadian Clock: Gene Regulatory Network and Computer Analysis O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, N.L. Podkolodnyy Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 354–362
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5(6), pp. 672-678. DOI: 10.1134/S2079059715060040
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 2015;19(6):74-82. DOI 10.18699/VJ15.095
Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах генов прокариот. 1. Вишневский О.В., Бочарников А.В., Романенко А.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015
Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters. Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 6, 5, 626-634
Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene Elena V Antontseva, Marina Yu Matveeva , Natalia P Bondar, Elena V Kashina, Elena Yu Leberfarb, Leonid O Bryzgalov, Polina A Gervas, Anastasia A Ponomareva, Nadezhda V Cherdyntseva, Yury L Orlov, Tatiana I Merkulova J BIOSCIENCES, 2015, Dec;40(5):873-83
Identification of Bacillus strains by MALDI TOF MS using geometric approach Konstantin V. Starostin, Evgeny A. Demidov, Alla V. Bryanskaya, Vadim M. Efimov, Alexey S. Rozanov & Sergey E. Peltek SCI REP-UK, 2015, | 5:16989 | DOI: 10.1038/srep16989
Association of Dopamine Receptor D4 (DRD4) Gene Polymorphism with Cardiovascular Disease Risk Factors N. S. Yudin, T. M. Mishakova, E. V. Ignatieva, V. N. Maksimov, V. V. Gafarov, S. K. Malyutina, and M. I. Voevoda Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 6, pp. 650–655. doi: 10.1134/S2079059715060192
Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, №6, том 19
Оценка роли однонуклеотидного полиморфизма в гене лимфотоксина бета при доместикации свиньи на основе биоинформационного и экспериментального подходов Р.Б. Айтназаров, Е.В. Игнатьева, Н.Э. Базарова, В.Г.Левицкий, С.П. Князев, Я. Гон, Н.С. Юдин Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Т.19, №6 Стр.699-706
Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 691-698
Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 682-690
ВЫЯВЛЕНИЕ ЗНАЧИМО ПРЕДСТАВЛЕННЫХ БИОЛОГИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ ПО СОСТАВУ ПРОТЕОМА МОЧИ КОСМОНАВТОВ НА ПЕРВЫЕ СУТКИ ПОСЛЕ ДЛИТЕЛЬНЫХ КОСМИЧЕСКИХ ПОЛЕТОВ ПАСТУШКОВА Л.Х., КОНОНИХИН А.С., ТИЙС Е.С., ОБРАЗЦОВА О.А., ДОБРОХОТОВ И.В., ИВАНИСЕНКО В.А., НИКОЛАЕВ Е.Н., ЛАРИНА И.М. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2015, Том: 101 Номер: 2 Страницы: 222-237
НОВЫЕ ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ ПОДВЕРЖЕННОСТИ ТУБЕРКУЛЕЗУ, УСТАНОВЛЕННЫЕ С ПОМОЩЬЮ ПОСТРОЕНИЯ И АНАЛИЗА АССОЦИАТИВНЫХ СЕТЕЙ БРАГИНА Е.Ю., РУДКО А.А., ТИЙС Е.С., ИВАНИСЕНКО В.А., ФРЕЙДИН М.Б. Бюллетень сибирской медицины, 2015, Том: 14Номер: 6 Год: 2015 Страницы: 33-39
Применение сопряжённых уравнений для исследования чувствительности в модели симпластного роста клеток линейного листа А.В. Пененко, У.С. Зубаирова, С.В. Николаев Труды Международной конференции АКТУАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ И ПРИКЛАДНОЙ МАТЕМАТИКИ – 2015 посвященной 90-летию со дня рождения академика Г. И. Марчука, 2015, С.562-572
Dioxin-mediated regulation of expression IL-12 family cytokines in human macrophages as a factor of tumor promotion by TCDD E. Kashina, D. Oshchepkov, A. Shilov, E. Antontseva, D. Furman, V. Mordvinov European Journal of Cancer Supplements, 2015, Volume 13, Issue 1, November 2015, Pages 23
On the types of bacterial growth laws Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, 10(Suppl.):t20-t28 doi: 10.17537/2015.10.t20
FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.) Oxana Dobrovolskaya, Caroline Pont, Richard Sibout, Petr Martinek, Ekaterina Badaeva, Florent Murat, Audrey Chosson, Nobuyoshi Watanabe, Elisa Prat, Nadine Gautier, Véronique Gautier, Charles Poncet, Yuriy Orlov, Alexander A. Krasnikov, Hélène Bergès, Elena Salina, Lyudmila Laikova, Jerome Salse PLANT PHYSIOL, 2015, vol. 167 (1): 189-199 doi: 10.1104/pp.114.250043
Divergence and population traits in evolution of the genus Pisum L. as reconstructed using genes of two histone H1 subtypes showing different phylogenetic resolution Olga O. Zaytseva, Konstantin V. Gunbin, Anatoliy V. Mglinets, Oleg E. Kosterin GENE, 2015, Vol. 556. P. 235-244. doi: 10.1016/j.gene.2014.11.062.
Convergent evolution of ribonuclease H in LTR retrotransposons and retroviruses Kirill Ustyantsev, Olga Novikova, Alexander Blinov and Georgy Smyshlyaev MOL BIOL EVOL, 2015
Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, Т. 10. № 1. С. 1-14.
Alternative splicing can lead to chaos Likhoshvai V.A., Kogai V.V., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, V. 13. №1, 1540003
A model study of the morphogenesis of D. melanogaster mechanoreceptors: The central regulatory circuit Vladimir P. Golubyatnikov, Tatyana A. Bukharina, Dagmara P. Furman Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, v.13. n.1. DOI: 10.1142/S0219720015400065
A computational model of the effect of symplastic growth on cell mechanics in a linear leaf blade Zubairova U., Golushko S., Penenko A., Nikolaev S. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13, No. 1 1540005
Sequence-based prediction of transcription upregulation by auxin in plants Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 1, 13, 1540009
Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2015, Т. 51, № 4, с. 409–429 (Vol. 51, No. 4, pp. 334–352)
The Mechanisms Determining Bristle Pattern in Drosophila melanogaster T. A. Bukharina, D. P. Furman RUSS J DEV BIOL+, 2015, Vol. 46, No. 2, pp. 99–110
Механизмы детерминации щетиночного узора Drosophila melanogaster Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Онтогенез, 2015, том 46, № 2, с. 131–142
ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology Vladimir A Ivanisenko, Olga V Saik, Nikita V Ivanisenko, Evgeny S Tiys, Timofey V Ivanisenko, Pavel S Demenkov and Nikolay A Kolchanov BMC SYST BIOL, 2015, 9(Suppl 2):S2; doi:10.1186/1752-0509-9-S2-S2
Comparison of the 3D organization of sperm and fibroblast genomes using the Hi-C approach Nariman Battulin, Veniamin S Fishman, Alexander M Mazur, Mikhail Pomaznoy, Anna A Khabarova, Dmitry A Afonnikov, Egor B Prokhortchouk, Oleg L Serov GENOME BIOL, 2015, Genome Biology 2015, 16:77-85
Interaction sorting method for molecular dynamics on multi-core SIMD CPU architecture Matvienko S., Alemasov N., and Fomin E. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13. No 2. P. 1540004–1540018
2014
HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т.9, №2, стр. 585-596.
High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, №4/2 стр. 1039-1045.
Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, №4/3, стр. 1249-1257.
РАЗРАБОТКА ИСКУССТВЕННЫХ КОГНИТИВНЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МОДЕЛЕЙ МОЗГА ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ Н.И. Путинцев, О.В. Вишневский, Е.Е. Витяев Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т18, №4/3 сс.1156-1171
АНАЛИЗ КОГНИТИВНЫХ СВОЙСТВ НЕЙРОННЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МЕТОДОВ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ОБРАТНОЙ СВЯЗИ О.В. Вишневский, Н.И. Путинцев, Т.А. Запара, А.С. Ратушняк Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, №4/3, сс.1195-1204
The Proteome of a Healthy Human during Physical Activity under Extreme Conditions Larina I. M., Ivanisenko V. A., Nikolaev E. N., Grigorev A. I. Acta Naturae, 2014, VOL. 6 № 3 (22) 2014
Предсказание генов маркеров агрессивности глиомы низкой степени злокачественности по экспрессионным данным TCGA Иванисенко Н.В., Губанова Н.В., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9, N 2, С. 534-542
Разработка программного комплекса JACOBI 4 для многомерного анализа микрочиповых данных. Полунин Д.А., Штайгер И.А., Ефимов В.М. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2014, Т. 12, вып. 2. С. 90–98.
Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 4/3, 18, 1219-1230
Эффективность использования генов bmy2, waxy и внутренних транскрибируемых спейсеров генов рибосомных рнк в качестве маркеров для изучения генетического разнообразия видов рода Elymus. Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Белавин П.А., Агафонов А.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, № 4/2, С. 1022-1031
Bioinformatics analysis of the genome of Geobacillus stearothermophilus 22 Strain isolated from the Garga hot spring, Baikal Region Rozanov A.S., Ivanisenko T.V., Bryanskaya A.V., Shekhovtsov S.V., Logacheva M.D., Saik O.V., Malup T.K., Demenkov P.S., Goryachkovskaya T.N., Ivanisenko V.A., Peltek S.E. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 3, pp. 159–167.
КЛЮЧЕВАЯ РОЛЬ PIN-БЕЛКОВ В ТРАНСПОРТЕ АУКСИНА В КОРНЕ ARABIDOPSIS THALIANA L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014
A PROPOSED MECHANISM OF TRANSACTIVATION BY BODY BURDEN DIOXIN OF HERPES SIMPLEX VIRUS GENES MIGHT BE RESPONSIBLE FOR WEAKENING THE HOST ANTIVIRAL DEFENSE Tsyrlov IB, Shur IN, Wu JS, Furman D, Oshchepkov DY Organohalogen Compounds, 2014, Vol. 76, 289-292
Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. № 4/2. С. 920–927
Системная биология Д.А. Афонников, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 1, С. 175-192
The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning Levitsky VG, Babenko VN, Vershinin AV Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2014, 32(1):115-126.
Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova BMC GENOMICS, 2014, 15:80
Доместикация пшениц Гончаров Николай Петрович Сормачева Ирина Дмитриевна Природа, 2014, №2. С.45-53.
Mathematical modeling of bacterial cell cycle: The problem of coordinating genome replication with cell growth. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2014, V.12. 12(3): 1450009, DOI: 10.1142/S0219720014500097
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko PloS One, 2014, Volume 9 | Issue 3 | e91502
Genetic basis of olfactory cognition: extremely high level of DNA sequence polymorphism in promoter regions of the human olfactory receptor genes revealed using the 1000 Genomes Project dataset Ignatieva E.V., Levitsky V.G., Yudin N.S., Moshkin M.P., Kolchanov N.A. Front Psychol, 2014, published: 24 March 2014 doi: 10.3389/fpsyg.2014.00247
The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein. Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A. HUM MUTAT, 2014, 5, 35, 601-608
Gene Expression and Secondary mRNA Structures in Different Mycoplasma Species В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, 4(3):208–217
Models of Regulation of Stem Cell Niche Structure in Shoot Apical Meristem U. S. Zubairova, S. V. Nikolaev Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 4, pp. 273–280
Exploring Interaction of TNF and Orthopoxviral CrmB Protein by Surface Plasmon Resonance and Free Energy Calculation. Ivanisenko NV, Tregubchak TV, Saik OV, Ivanisenko VA, Shchelkunov SN PROTEIN PEPTIDE LETT, 2014, Protein Pept Lett. 2014;21(12):1273-81.
ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 2, 354-362
Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov BMC STRUCT BIOL, 2014, 14:23
Восстановление аминокислотной последовательности циклических пептидов из масс-спектров Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 4/2, С.973-982
EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 18(4/2):904-909
New evidence of an old problem: the coupling of genome replication to cell growth in bacteria Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. RUSS J GENET+, 2014, V. 50, No. 9, pp. 891–901
Исследование структуры и эволюции сетей научного соавторства на основе анализа новосибирских публикаций в области биологии и медицины Титов ИИ, Блинов АА Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т. 18, № 4/2, стр. 939-944
Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886.
О распределениях концентраций ауксина в клетках горизонтального слоя корня Новоселова Е.С., Миронова В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.953-962
Mathematical model of the Tat-Rev regulation of HIV-1 replication in an activated cell predicts the existence of oscillatory dynamics in the synthesis of viral components Vitaly A Likhoshvai, Tamara M Khlebodarova, Sergei I Bazhan, Irina A Gainova, Valery A Chereshnev, Gennady A Bocharov BMC GENOMICS, 2014, 15(Suppl 12):S1
An integrated approach for genome annotation of the eukaryotic thermophile Chaetomium thermophilum. Bock T, Chen WH, Ori A, Malik N, Silva-Martin N, Huerta-Cepas J, Powell ST, Kastritis PL, Smyshlyaev G, Vonkova I, Kirkpatrick J, Doerks T, Nesme L, Baßler J, Kos M, Hurt E, Carlomagno T, Gavin AC, Barabas O, Müller CW, van Noort V, Beck M, Bork P. NUCLEIC ACIDS RES, 2014, doi:10.1093/nar/gku1147
Molecular Analysis of the Benthos Microbial Community in Zavarzin Thermal Spring (Uzon Caldera, Kamchatka, Russia) Rozanov A.S., Bryanskaya A.V., Malup T.K., Lasareva E.V., Taran O.P., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A., Zhmodik S.M., Kolchanov N.A., Peltek S.E. BMC GENOMICS, 2014
An integrated study to analyze salt lake microbial community structure (Novosibirsk oblast, Russia) A. Bryanskaya, A. Rozanov, T. Malup, T. Aleshina, E. Lazareva, O. Taran, T. Goryachkovskaya, V. Ivanisenko, S. Peltek Acta Geologica Sinica (English Edition), 2014
Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing E. M. Sergeeva, D. A. Afonnikov, M. K. Koltunova, V. D. Gusev, L. A. Miroshnichenko, J. Vrána, M. Kubaláková, C. Poncet, P. Sourdille, C. Feuillet, J. Doležel, E. A. Salina Plant Genome, 2014, 7 (2), doi:10.3835/plantgenome2013.10.0031
Insights into pathophysiology of dystropy through the analysis of gene networks: an example of bronchial asthma and tuberculosis Bragina Elena Yu, Evgeny S. Tiys, Maxim B. Freidin, Lada A. Koneva, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov, Valery P. Puzyrev IMMUNOGENETICS, 2014, no. 7-8 (2014): 457-465.
Identification of Proteins of Cardiovascular System in Healthy Subjects’ Urine during “Dry” Immersion L. Kh. Pastushkova, I. V. Dobrokhotov, O. M. Veselova, E. S. Tiys, A. S. Kononikhin, A. M. Novosiolova, M. Coupe, M.-A. Custaud, I. M. Larina Fiziol Cheloveka, 2014, Vol. 40, No. 3, pp. 330–339
Постоянные белки мочи здорового человека в эксперименте с 520-суточной изоляцией Пастушкова ЛХ, Киреев КС, Кононихин АС, Тийс ЕС, Попов ИА, Доброхотов ИВ, Кусто МА, Иванисенко ВА, Колчанов НА, Николаев ЕН, Почуев ВИ, Ларина ИМ Aviakosm Ekolog Med., 2014, 48(1):48-54.
Рекомбинантные штаммы Saccharomyces cerevisiae для получения этанола из растительной биомассы А.С. Розанов, А.В. Котенко, И.Р. Акбердин, С.Е. Пельтек Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 2014, Том 18, № 4/2, стр.989-998
Компьютерный анализ и функциональная аннотация сайтов связывания транскрипционных факторов AP2/ERF в геноме Arabidopsis thaliana L. Черных О.А., Левицкий В.Г., Омельянчук Н.А., Миронова В.В Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, 887-897.
Ключевая роль PIN белков в транспорте ауксина в корне Arabidopsis thaliana L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/1, с. 797-806
Mitochondrial DNA mutations and cancer: lessons from the parathyroid. Popadin K, Gunbin KV, Khrapko K. AM J PATHOL, 2014, 184(11):2852-2854
ПОИСК ПЕРЕПРЕДСТАВЛЕННЫХ ХАРАКТЕРИСТИК ГЕНОВ: ОПЫТ РЕАЛИЗАЦИИ ПЕРЕСТАНОВОЧНОГО ТЕСТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРОВ А.А. Якименко, К.В. Гунбин, М.С. Хайретдинов Автометрия, 2014, № 1, с. 123-129.
Математическая модель регуляции фитогормонами формирования меристематической зоны корня Лавреха В.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, с. 963-972.
Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/2, стр. 1032-1038
L-Система для моделирования плоских одномерно растущих растительных тканей Зубаирова У.С., Голушко С.К., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, № 4/2, с. 945-952.
Применение технологии CUDA для моделирования процессов реакции-диффузии на двумерном клеточном ансамбле Пененко А.В., Троеглазова Т.С, Зубаирова У.С., Байшибаев Д.Ж., Николаев С.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9. № 2. С. 491–503.
Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 6, pp. 568–574
ЦИРКАДНЫЕ ЧАСЫ МЛЕКОПИТАЮЩИХ: ГЕННАЯ СЕТЬ И КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. N. 4/2. стр. 928-938
ВЛИЯНИЕ ПЕРЕСТРОЕК ХРОМОСОМ 2-Й ГОМЕОЛОГИЧЕСКОЙ ГРУППЫ НА МОРФОЛОГИЮ КОЛОСА МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ О.Б. Добровольская, П. Мартинек, И.Г. Адонина, Е.Д. Бадаева, Ю.Л. Орлов, Е.А. Салина, Л.И. Лайкова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, ТОМ 18, № 4/1, с. 672-680
Гены, контролирующие пищевое поведение и массу тела человека, и их функциональные и геномные характеристики Е.В. Игнатьева, Д.А. Афонников, Е.И. Рогаев, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 2014, Т.18, №4/2 , стр.867-875
Computational analysis of auxin responsive elements in the Arabidopsis thaliana L. genome Mironova VV, Omelyanchuk NA, Wiebe DS, Levitsky VG BMC GENOMICS, 2014, 15 Suppl 12:S4 doi:10.1186/1471-2164-15-S12-S4
Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопреципитации хроматина Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Вавиловский журнал генетики и селекции. Т. 18, № 1, С. 193-206.
ChIP-seq данные и их анализ Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А. Молекулярная и прикладная генетика, 2014, Молекулярная и прикладная генетика. Сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси. Т. 18. С.84 -97.
Агрессивное поведение: генетико-физиологические механизмы Кудрявцева Н.Н., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Вавиловский журнал генетики и селекции. Том 18, 4/3, С. 1105-1126.
rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, July 2014, Volume 4, Issue 4, pp 245-253
Ассоциация полиморфизма гена DRD4 с некоторыми факторами риска сердечно-сосудистых заболеваний Юдин Н.С., Мишакова Т.М., Игнатьева Е.В., Максимов В.Н., Гафаров В.В., Малютина С.К., Воевода М.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/3, стр. 1237-1245.
Математическое моделирование взаимодействия двух клеток в пронейральном кластере крылового имагинального диска D.melanogaster Акиньшин А.А., Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Фурман Д.П. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2014, Т.14., № 4, с. 3-10.
Analysis of signaling networks distributed over intracellular compartments based on protein-protein interactions Popik, O. V., Saik, O. V., Petrovskiy, E. D., Sommer, B., Hofestädt, R., Lavrik, I. N., Ivanisenko, V. A. BMC GENOMICS, 2014, 2014. – Т. 15. – №. Suppl 12. – С. S7
Моделирование пространственного распределения эффекта нокаута генов, связанных с агрессивностью глиомы низкой степени злокачественности, в тканях мозга человека с помощью методов машинного обучения Петровский Е.Д., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9. № 2. С. 534-542.
2013
INVESTIGATION OF THE SPATIAL GENOME ORGANIZATION OF MOUSE SPERM AND FIBROBLASTS BY THE Hi-C METHOD N.R. Battulin, V.S. Fishman, A.A. Khabarova, M.Yu. Pomaznoy, T.A. Shnaider, D.A. Afonnikov, O.L. Serov Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, V 18, № 2, p 338-344
MteI-ПЦР-анализ-новый метод определения статуса метилирования GC-богатых регуляторных участков генов-онкосупрессоров человека Абдурашитов М.А., Куксова А.Н., Акишев А.Г., Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Вестник биотехнологии и физико-химической биологии, 2013, т. 9, № 3, с. 15-23.
Субстратная специфичность и свойства метилзависимых сайт-специфических ДНК-эндонуклеаз Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Molecular Biology, 2013, т. 47, № 6, с. 900-913.
Par force evolution as a mechanism for rapid adaptation V. V. Suslov Paleontology Journal (Mosk)., 2013, V. 47, №9, P. 1048-1055
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):96-102
Computational screening for new inhibitors of M. tuberculosis mycolyltransferases antigen 85 group of proteins as potential drug targets. Gahoi S, Mandal RS, Ivanisenko N, Shrivastava P, Jain S, Singh AK, Raghunandanan MV, Kanchan S, Taneja B, Mandal C, Ivanisenko VA, Kumar A, Kumar R, Open Source Drug Discovery Consortium, Ramachandran S Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):30-43
The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain. Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31:1, 78-86
On the chaos in gene networks VITALY A. LIKHOSHVAI, STANISLAV I. FADEEV,VLADISLAV V. KOGAI, TAMARA M. KHLEBODAROVA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11(1): 1340009
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, №1, С.104-113.
Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот Т. И. Меркулова, Е. А. Ананько, Е. В. Игнатьева, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2013, том 49, № 1, с. 37–54
Evolution of General Transcription Factors Gunbin KV, Ruvinsky A. J MOL EVOL, 2013, 76(1-2):28-47
MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, DOI: 10.1142/S0219720013400106
An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 1, 11, 1340011 (DOI: 10.1142/S0219720013400118)
«Обская болезнь» – недооцененная опасность В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука в России, 2013, №3(195), стр. 15-21
Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets. Sommer B., Kormeier B., Demenkov P., Arrigo P., Hippe K., Ates O., Kochetov A.V., Ivanisenko V., Kolchanov N.A., Hofestaedt R. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11. 1. 1340005.
Биоинформатика: метод во главе угла Афонников Д.А. Иванисенко В.А. Наука из первых рук, 2013, 1,49,51-59
Introductory note for BGRS-2012 special issue Kolchanov N.A., Orlov Y.L. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, Vol. 11, No. 1: 1302001.
Modeling of plant embryo morphodynamics at early developmental stages S. V. Nikolaev, N. A. Kolchanov, S. K. Golushko, J. -C. Palauqui, A. Urban, E. V. Amelina, A. V. Yurchenko, K. S. Golushko, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, A. Trubuil Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, May 2013, Volume 3, Issue 3, pp 176-183
Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA Frontiers in Genetics, 2013, , 4, 122
Согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК: математическая модель. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, Т. 8. № 1. С. 66–92.
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА, 2013, БИОФИЗИКА, 2013, том 58, вып. 5, c. 758–774
Association of AMD-like retinopathy development with an Alzheimer’s disease metabolic pathway in OXYS rats Oyuna S. Kozhevnikova, Elena E. Korbolina, Natalia A. Stefanova, Natalia A. Muraleva, Yuriy L. Orlov, Nataliya G. Kolosova BIOGERONTOLOGY, 2013, Volume 14, Issue 6, 753-762
Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides. Bragin AO, Demenkov PS, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):59-64.
Detection of renal and urinary tract proteins before and after spaceflight. Pastushkova LKh, Kireev KS, Kononikhin AS, Ivanisenko VA, Larina IM, Nikolaev EN AVIAT SPACE ENVIR MD, 2013, 84:859–863
Detection of Renal Tissue and Urinary Tract Proteins in the Human Urine after Space Flight. Pastushkova L.Kh, Kireev R.S., Kononikhin A.S., Tiys E.S., Popov I.A., Starodubtseva N.L., Dobrokhotov I.V., Ivanisenko V.A., Larina I.M., Kolchanov N.A., Nikolaev E.N. PloS One, 2013, V8, e71652
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе. Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1):248–257
Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука из первых рук, 2013, №2, стр. 70-79
Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
Роль инсулинового сигнального пути в контроле полового диморфизма по устойчивости Drosophila к тепловому стрессу Раушенбах Инга Юрьевна, Адоньева Наталья Васильевна, Фаддеева Наталья Владимировна, Шумная Людмила Владимировна, Грунтенко Наталия Евгеньевна Doklady Biological Sciences, 2013, Т.452, №1, С.115–117
Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода сортировки взаимодействий в молекулярной динамике Фомин Э.С. Вестник УГАТУ, 2013, Т. 17, №2 (55), С.75-84.
ОБНАРУЖЕНИЕ БЕЛКОВ ТКАНЕЙ ПОЧЕК И МОЧЕВЫВОДЯЩЕЙ СИСТЕМЫ В МОЧЕ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА Л. Х. Пастушкова, К. С. Киреев, А. С. Кононихин, Е. С. Тийс, И. А. Попов, И. В. Доброхотов, В. А. Иванисенко, В. Б. Носков, И. М. Ларина, Е. Н. Николаев Физиология человека, 2013, том 39, № 5, с. 99–104
Модель регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis thaliana С. В. Николаев, У. С. Зубаирова, А. В. Пененко, Э. Д. Мелснесс (E. D. Mjolsness), Б. Е. Шапиро (B. E. Shapiro), Н. А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2013, том 452, № 3, с. 336–338
Enhanced Differential Evolution Entirely Parallel Method for Biomedical Applications Konstantin Kozlov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov, Maria Samsonova, Alexander M. Samsonov Lect Notes Comput Sci, 2013, Lecture Notes in Computer Science Volume 7979, 2013, pp 409-416
ИЗУЧЕНИЕ ПРОТЕОМА МОЧИ ДЛЯ ОЦЕНКИ СОСТОЯНИЯ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТОЙ СИСТЕМЫ У ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА Пастушкова Л.Х., Кононихин А.С., Тийс Е.С., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Николаев Е.Н., Ларина И.М. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2013, Номер: 8, Том: 99, Страницы: 945-959
Молекулярные механизмы взаимодействия белков CrmB вируса оспы коров и вируса натуральной оспы с фактором некроза опухолей человека Иванисенко Н.В., Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, Т. 8. № 2. С. 467–479.
Model of Structuring the Stem Cell Niche in Shoot Apical Meristem of Arabidopsis thaliana S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, E. D. Mjolsness, B. E. Shapiro, and Academician N. A. Kolchanov Doklady Biological Sciences, 2013, Vol. 452, pp. 316–319
From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites. Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 2013 Feb;11(1):1340004. doi: 10.1142/S0219720013400040. Epub 2013 Jan 16.
О сдвиге регуляторного сигнала в моделях матричного синтеза. Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирский журнал индустриальной математики, 2013, Том XVI, № 1(53), С.66-74
Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. FEBS J, 2013, 280 (Suppl. 1) p. 459–460
Reconstruction of the Mechanisms that Regulate the Expression of the Escherihia coli yfiA Gene under Stress Conditions. T. M. Khlebodarova, D. Yu. Oshchepkov, N. V. Tikunova, I. V. Babkin, A. D. Gruzdev, and V. A. Likhoshvai Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, Vol. 3, No. 4, pp. 271–278
Genome-wide analysis reveals Zic3 interaction with distal regulatory elements of stage specific developmental genes in zebrafish Winata C.L., Kondrychyn I., Kumar V., Srinivasan K.G., Orlov Y., Ravishankar A., Prabhakar S., Stanton L.W., Korzh V., Mathavan S. PLOS GENET, 2013, 9(10): e1003852
Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L. PALEONTOL J+(RUS), 2013, 47(9), 1056-1060.
Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, ТОМ 17, № 3, С.202-211
Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyl-dithiophosphinate complexes of neodymium(III), europium(III) and ytterbium(III) with 1,10-phenanthroline using NMR S. P. Babailov, E.N. Zapolotsky, E.S. Fomin POLYHEDRON, 2013, 65, 332-336
NET-Q модель учета переноса заряда и поляризации для молекулярной динамики Фомин Э.С., Васенин А.Е. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2013, T.13, №4, с.43-60
Acquisition of an Archaea-like ribonuclease H domain by plant L1 retrotransposons supports modular evolution. Georgy Smyshlyaev, Franka Voigt, Alexander Blinov, Orsolya Barabas, Olga Novikova P NATL ACAD SCI USA, 2013, PNAS 2013 110 (50) 20135-20139; published ahead of print November 25, 2013, doi:10.1073/pnas.1317588110
Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, №4/1, стр. 686-704
Deformable Cell Model and its Application to Growth of Plant Meristem N. Bessonov, V. Mironova, V. Volpert MATH MODEL NAT PHENO, 2013, Volume 8 / Issue 04 / January 2013, pp 62-79
Исследование математической модели перераспределения вещества в кольцевом ансамбле клеток С. И. Фадеев, В. В. Когай, В. В. Миронова, Н. А. Омельянчук, В. А. Лихошвай Сибирский журнал вычислительной математики, 2013, 16:2 (2013), 171–184
Землеройки (SORICIDAE, EULIPOTYPHLA) Сибири и Дальнего Востока: комбинирование и поиск конгруэнтности молекулярно–генетических и морфологических данных В.Ю. Ковалева, Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов. ZOOL ZH, 2013, том 92, № 11, с. 1–15.
Цикличность водяной полевки как фактор биоразнообразия в экосистемах Западной Сибири Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов, В.Ю. Ковалева, Ю.К. Галактионов. Экология, 2013, 5, 383–388
Directional Asymmetry of Morphological Traits During Postnatal Ontogeny in Root Vole Microtus oeconomus Pall.(Rodentia, Cricetidae) Kovaleva, Vera Yu, Vadim M. Efimov, Yuri N. Litvinov. Журнал Сибирского федерального университета. Биология, 2013, 2, 115–129.
Генетический контроль опушения листа у изогенных линий мягкой пшеницы сорта Новосибирская 67 Дорошков А.В., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. RUSS J GENET+, 2013, Т. 49, с.1-9
Ab initio human miRNA and pre-miRNA prediction I. I. Titov, P.S. Vorozheykin Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, V. 11 (6): 1343009
NETINFERENCE: набор программ для анализа структуры и динамики сетей И. И. Титов, А. А. Блинов, К. А. Рудниченко, П. В. Крутов, А. Л. Казанцев, А. И. Куликов Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, т.17, №4/1, с. 615-619.
Phylogenetic Analysis of Housekeeping Archaeal Proteins and Early Stages of Archaea Evolution K. V. Gunbin, V. V. Suslov, D. A. Afonnikov PALEONTOL J+(RUS), 2013, 47(9):1041–1047
Геометрические свойства эволюционных дистанций В.М. Ефимов, М.А. Мельчакова, В.Ю. Ковалева Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т. 17. № 4/1. С. 202–211.
Pathogenesis and Treatment of HIV Infection: The Cellular, the Immune System and the Neuroendocrine Systems Perspective V. A. Chereshnev, G. Bocharov, S. Bazhan, B. Bachmetyev, I. Gainova, V. Likhoshvai, J. M. Argilaguet, J. P. Martinez, J. A. Rump, B. Mothe, C. Brander, A. Meyerhans INT REV IMMUNOL, 2013, 2013, Early Online:1–25, DOI: 10.3109/08830185.2013.779375
Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, Vol. 3, No. 3, pp. 184–190.
Модели регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега У.С. Зубаирова, С.В. Николаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, № 4/1, с. 738-747
Моделирование биомеханики и морфодинамики растений в пакете COMSOL С.В. Николаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, № 4/1, с. 724-737
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, с.577-588
Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман «Новые технологии в медицине», 2013, Новосибирск: ИНФОЛИО, 128 с., стр. 80-89.
BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, С. 607-614.
SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, С. 599-606.
ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, No 4/1, 589-598
Биоинформатический анализ генома штамма Geobacilus stearothermophilus 22, выделенного из горячего источника Гарга (Прибайкалье). Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцев С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, С. 659-664
Компьютерный анализ структуры липаз бактерий рода Geobacillus и выявление мотивов, влияющих на их термостабильность. Сорокина К.Н., Нуриддинов М.А., Розанов А.С., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, С. 666-674
Генные сети Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, N4/2, 833-849
Экспрессия генов и вторичные структуры в мРНК в разных видах Mycoplasma В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, 17(4/1):639-650
Межмолекулярные взаимодействия в функциональных системах нейрона. Проскура А.Л., Малахин И.А., Турнаев И.И., Суслов В.В., Запара Т.А., Ратушняк А.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 18, № 4, стр. 620-628
2012
A Model of the Gene Network for Flowering Time Regulation in Winter Wheat and Barley. Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Titov I.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, 2012, Vol. 2, No. 4, pp. 319–324
Mechanism of Action and Activity Regulation of COP1, a Constitutive Repressor of Photomorphogenesis. Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Shumny V.K. RUSS J PLANT PHYSL+, 2012, 2012, Vol. 59, No. 2, pp. 155–166.
Computer approaches to wheat high-throughput phenotyping Afonnikov D., Genaev M., Doroshkov A., Denisyuk V., Morozova E., Simonov A., Pshenichnikova T. Journal of Stress Physiology & Biochemistry, 2012, Vol. 8 No. 3, p. S8 ISSN 1997-0838
Routes of nanoparticle uptake into mammalian organisms, their biocompatibility and cellular effect O. A. Podkolodnaya, E. V. Ignatieva, N. L. Podkolodnyy, N. A. Kolchanov Biology Bulletin Reviews, 2012, Volume 2, Issue 4, pp 279–289
Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ECOL MODEL, 2012, Volume/issue:224C, pp. 124-129, doi: 10.1016/j.ecolmodel.2011.11.004
Detection of mitochondrial DNA from domestic cattle in European bison (Bison bonasus) from the Altai Republic in Russia Yudin N.S., Kulikov I.V., Gunbin K.V., Aitnazarov R.B., Kushnir A.V., Sipko T.P., Moshkin M.P. ANIM GENET, 2012, Vol. 43, No. 3, P. 362.
SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko NUCLEIC ACIDS RES, 2012, V. 40(Database issue):D278-83.
Механизм действия и регуляция активности конститутивного репрессора фотоморфогенеза COP1. Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К. Физиология растений, 2012, том 59, № 2, с. 1–13
Пути поступления наночастиц в организм млекопитающих, их биосовместимость и клеточные эффекты. Подколодная О. А., Игнатьева Е. В. , Подколодный Н. Л. , Колчанов Н. А. . Успехи современной биологии, 2012, Т. 132, № 1, с. 3–15
Модельное исследование центрального регуляторного контура генной сети морфогенеза макрохет D.melanogaster Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Голубятников И.В., Фурман Д.П. Онтогенез, 2012, Т. 43, № 1, С. 54−59
Model Investigation of Central Regulatory Contour of Gene Net of D. melanogaster macrochaete morphogenesis Bukharina T. A., Golubyatnikov V. P., Golubyatnikov I. V., Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2012, V. 43, No. 1, P. 49–53
Анализ последовательностей регуляторных районов генов реляционной системой EXPERT DISCOVERY, встроенной в пакет UGENE. Васькин Ю.Ю., Хомичева И.В., Игнатьева Е.В., Витяев Е.Е. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2012, Т. 10. № 1, стр.73-86
Mathematical modeling of the first phase of morphogenesis of mechanoreceptors in D. melanogaster Bukharina T.A., Golubyatnikov V.P., Golubyatnikov I.V., Furman D.P. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2012, V.6, No. 2, 145-149
Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH микродиссекционных ДНК-проб с метафазными хромосомами. А.Г. Богомолов, К.С. Задесенец, Т.В. Карамышева, Н.Л. Подколодный, Н.Б. Рубцов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, No 2, Том 16, с. 348-358
Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 2, С. 415-426
Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2012, 443(2), 248-252
Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7. № 2. С. 398–409. URL: http://www.matbio.org/2012/Fomin_7_398.pdf
WheatPGE: A system for analysis of relationships among the phenotype, genotype, and environment in wheat M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. V. Morozova, T. A. Pshenichnikova and D. A. Afonnikov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, v.2, №3, p.262-269
Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique Mikhail A. Genaev, Alexey V. Doroshkov, Tatyana A. Pshenichnikova, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov PLANTA, 2012, v.236, pp. 1943–1954
RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, № 4/1, С. 756-765
BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16
Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Морозова Е.В., Симонов А.В., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7, № 2, С. 410-424
Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя. Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 1, С. 99-108
The Role of D1-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Synthesis in Drosophila Females with Increased Dopamine Level I. Yu. Rauschenbach, E. V. Bogomolova, E. K. Karpova, L. V. Shumnaya, and N. E. Gruntenko Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, v.446, pp.131-134
Развитие и прорастание семянок у ремонтантных сортов крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Сельскохозяйственная биология, 2012, №3
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA. In Silico Biology, 2012, Vol. 11 (2011/2012) P. 109–123
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges Lashin S.A., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2012, V.11. N. 3. P. 125-135.
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 16(2), стр. 339-347
A single nucleotide polymorphism in the promoter region of the mink tumor necrosis factor-alpha gene. Yudin N.S., Aitnazarov R.B., Kulikov I.V., Ignatieva E.V., Trapezov O.V. Scientifur, 2012, Vol. 36, No. 3/4, P. 300-304.
ExpertDiscovery and UGENE integrated system for intelligent analysis of regulatory regions of genes Vaskin Y.Y., Khomicheva I.V., Ignatieva E.V., Vityaev E.E. In Silico Biology, 2012, 2011/2012, 11, 3, P.97-108
Low-Temperature Dynamical and Structural Properties of Saturated and Monounsaturated Phospholipid Bilayers Revealed by Raman and Spin-Label EPR Spectroscopy. N. V. Surovtsev , N. V. Ivanisenko, K. Yu. Kirillov, S. A. Dzuba J PHYS CHEM B, 2012, 116 (28), pp 8139–8144
Finding biomarkers in non-model species: literature mining of transcription factors involved in bovine embryo development. Turenne N, Tiys E, Ivanisenko V, Yudin N, Ignatieva E, Valour D, Degrelle S, Hue I BioData Mining, 2012, Aug 29;5(1):12
Анализ белковых взаимодействий на основе изучения протеома мочи человека в эксперименте со 105-суточной изоляцией. Пастушкова Л.Х., Валеева О.А., Кононихин А.С., Ларина И.М., Николаев Е.Н., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Тийс Е.С., Колчанов Н.А. Авиакосмическая и экологическая медицина, 2012, Т. 46. № 2. С. 37-43
Реконструкция ассоциативных белковых сетей, связанных с процессами регуляции обмена и депонирования натрия в организме здорового человека на основе изучения протеома мочи. Ларина И.М., Колчанов Н.А., Доброхотов И.В., Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н. Физиология человека, 2012, т38, N3, 107-115
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng J INTEGR BIOINFORM, 2012, Journal of Integrative Bioinformatics, 9(2):211, 2012
Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Хофештадт Р., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16 №4/1 784-790
Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П. Археология, этнография и антропология Евразии, 2012, 2012. №3(51):22-30.
TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т.7. №2. С.444-460.
Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
Xenobiotical virology: novel mechanistic concept of hazardous human viruses upregulation by body burden level of dioxins via AhR-mediated transcriptional pathway. Tsyrlov, I., Shur, I., Oshchepkov, D., Pokrovsky, A. INT J INFECT DIS, 2012, V: 16 Sup.: 1 P: E115-E115
Morphogenesis of Drosophiola melanogaster macrochaetes: cell fate determination for bristle organ Furman D. P., Bukharina T. A. Journal of Stem Cells, 2012, V. 7, No. 1, P.19-41
Информационная поддержка исследования механизмов регуляции транскрипции: онтологический подход Подколодный Николай Леонтьевич Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, т. 16, С. 742-755
Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, Т.16, 791-798
Новые возможности системы MGSmodeller Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, № 4/1, октябрь 2012, с. 799-804
ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko In Silico Biology, 2012, 11(3), 149-161
Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм Н.Н. Втюрина, С.Л. Гроховский, А.Б. Васильев, И.И. Титов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, С.Е. Пельтек, Ю.Д. Нечипуренко, академик Н.А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2012, 2, 447, 217-222.
A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software E.S. Fomin, N.A. Alemasov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 6, pp. 453–461
Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 774–784.
Магнитно–резонансная спектроскопия метаболических изменений в мозге мышей при введении 2–дезокси–D–глюкозы и липополисахарида Мошкин М.П., Акулов А.Е., Петровский Д.В., Сайк О.В., Петровский Е.Д., Савелов А.А., Коптюг И.В. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2012, 98 (10): 1264-1273
Моделирование роста и развития растительных тканей в формализме L-систем Зубаирова У.С., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 816-824
Моделирование морфодинамики на ранних стадиях эмбриогенеза растения Николаев С.В., Колчанов Н.А., Голушко С.К., Палаки Ж.-К., Урбан О., Амелина Е.В., Юрченко А.В., Голушко К.С., Зубаирова У.С., Пененко А.В., Трубюй А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 805-815
Анализ соответствия и комбинирование молекулярно-генетических и морфологических данных в зоологической систематике Ковалева В. Ю., Абрамов С. А., Дупал Т. А., Ефимов В. М., Литвинов Ю. Н. Известия РАН. Серия биологическая, 2012, № 4, с. 404-414
Бистабильность системы утилизации нитрита Escherichia coli: анализ математической модели. Ри Н. А., Хлебодарова Т. М., Когай В. В., Фадеев С. И., Лихошвай В. А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2012, Том XV, № 4(52), с.110-117
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин RUSS J GENET+, 2012, том 48, № 5, с. 573–589.
The Flatworm Macrostomum lignano Is a Powerful Model Organism for Ion Channel and Stem Cell Research Daniil Simanov, Imre Mellaart-Straver, Irina Sormacheva and Eugene Berezikov Stem Cells International, 2012, Volume 2012, Article ID 167265, doi:10.1155/2012/167265
Vertical Evolution and Horizontal Transfer of CR1 Non-LTR Retrotransposons and Tc1/mariner DNA Transposons in Lepidoptera Species. Sormacheva I, Smyshlyaev G, Mayorov V, Blinov A, Novikov A, Novikova O. MOL BIOL EVOL, 2012, V. 29(12), P.: 3685-3702. doi: 10.1093/molbev/mss181
Evolutionary history of LTR retrotransposon chromodomains in plants. Novikov A, Smyshlyaev G, Novikova O. International journal of plant genomics, 2012, 2012:874743. doi: 10.1155/2012/874743.
Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 830-837.
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор" Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 825-829.
Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
Информационная поддержка экспериментов по трансгенезу растений в базе данных трансляционных энхансеров. Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Кочетов А.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т.16. №4/1. С. 766-773.
Информационный портал "Биотехнология растений" - Интернет ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы. Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т.16. №4/1. С. 838-848.
Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y. Proceedings of HIBIT2012, 2012, Proceedings of HIBIT2012, April 19-22, 2012, Cappadocia, Turkey, 77-81.
3С-методы в исследованиях пространственной организации генома Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, № 4/2, том 16, стр 872-878
Реконструкция филогенетических взаимоотношений настоящих саранчевых (Orthoptera, Acrididae) на основе анализа нуклеотидных последовательностей митохондриального гена COI А.Г.Бугров, Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2012, 11(6): 493-502
The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. // Proc. of Proc. of The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology». July–August 2012. Irkutsk. Russia. P.61. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina GENETICS, 2012, P.61.
Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins. Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, Mar-Apr;443:76-80.
Reconstruction of associative protein networks connected with processes of sodium exchange' regulation and sodium deposition in healthy volunteers by urine proteome analysis Larina IM, Kolchanov NA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Demenkov PS, Tiĭs ES, Valeeva OA, Pastushkova LKh, Nikolaev EN Human Physiology, 2012, May-Jun;38(3):316-23
2011
Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370
Парадоксы "Проблем происхождения жизни" Колчанов Н.А., Суслов В.В. Наука в России, 2011, 5, 41-48
Consideration of Data Load Time on Modern Processors for the Verlet Table and Linked Cell Algorithms Fomin E.S. J COMPUT CHEM, 2011, 32(7), p.1386-1399
Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А. Биоорганическая химия, 2011, 2011, Т. 37, № 1, С. 22–35
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov Lecture Notes in Artificial Intelligence, 2011, 6581, 101-120
PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2011, №2, Т.6, С.250-263
Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375
In silico prediction of transcriptional factor-binding sites. Oshchepkov DY, Levitsky VG Methods in Molecular Biology, 2011, 760:251-267
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
Влияние географических популяций сосны на элементный состав фитомассы и почв Тараканов В.В., Чанкина О.В., Куценогий К.П., Наумова Н.Б., Макарикова Р.П., Милютин Л.И., Роговцев Р.В., Ефимов В.М. Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования, 2011, № 11, с. 72–78
Наследуемые изменения фенотипа в динамике численности водяной полевки (Arvicola terrestris L.) в Северной Барабе Ковалева В.Ю., Ефимов В.М., Галактионов Ю.К. Назарова Г.Г. Сибирский экологический журнал, 2011, № 4. 587–592
Асимметричное деление клеток в морфогенезе макрохет Drosophila melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Онтогенез, 2011, Т.42. №2. С. 83-93.
Drosophila mechanoreceptors as a model for studying asymmetric cell division Furman D.P. Bukharina T.A. INT J DEV BIOL, 2011, V. 55(2). P. 133-141.
Asymmetric cell division in the morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetae Bukharina T. A. Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2011, Vol. 42, No. 2, pp. 63–72.
Перспективы создания противотуберкулезных вакцин нового поколения Татьков С.И., Дейнеко Е.В., Фурман Д.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, т. 15, №1. с. 114-129.
Spontaneous spectinomycin resistance mutations detected after biolistic transformation of Daucus carota L. Elena A. Filipenko, Yuri V. Sidorchuk, Igor I. Titov, Valery P. Maltsev and Elena V. Deineko PHYSIOL MOL PLANT P, 2011, Volume 17, Number 1, 79-86
In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА WheatPGE ДЛЯ АНАЛИЗА ВЗАИМОСВЯЗИ ФЕНОТИП-ГЕНОТИП-ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА У ПШЕНИЦЫ М.А. Генаев, A.В. Дорошков, Е.В. Морозова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2011
Prospects for Designing New Generation Anti-Tuberculosis Vaccines S.I. Tat’kov, E.V. Deineko, D.P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 290–301
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2011, т.47, №12, с. 1676–1685
Анализ дупликаций генов миРНК человека и роль эволюции транспозонов в этом процессе Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 1. С.139-147
миРНК-содержащие транспозоны человека Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 2. с. 323-326
Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. BMC EVOL BIOL, 2011, 11:224
Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, 438(3):412–415
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. Вестник ТГУ, 2011, № 4(16) C.:175-189.
Анализ особенностей морфологии и наследования опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помощью компьютерных методов фенотипирования. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. RUSS J GENET+, 2011, Т. 47, № 6, с. 839–843.
Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Медведев К.Е., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2011, Т. 275, С. 378-380
Распределение мобильных элементов на политенных хромосомах до и после селекции по количественному признаку у Drosophila melanogaster Захаренко Л.П., Перепелкина М.П., Антоненко О.В., Выхристюк О.В., Ефимов В.М., Васильева Л.А. Cell and Tissue Biology, 2011, Т. 53. № 6. С. 517-527.
Thermodynamic and kinetic basis for recognition and repair of 8-oxoguanine in DNA by human 8-oxoguanine-DNA glycosylase. Kirpota O.O., Endutkin A.V., Ponomarenko M.P., Ponomarenko P.M., Zharkov D.O., Nevinsky G.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2011, 11, 39, 4836-4850
The Role of D2-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Metabolism in Drosophila Females in Normal State and at Increased Dopamine Level E. K. Karpova, N. E. Gruntenko, L. V. Shumnaya, I. V. Romanova, and I. Yu. Rauschenbach Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, Т. 439. №1. С.155-157.
The Role of the COP1, SPA, and PIF Proteins in Plant Photomorphogenesis O. G. Smirnova, I. L. Stepanenko, V. K. Shumnyia Biology Bulletin Reviews, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 314–324
Effects of the alpha- and gamma-polymorphs of glycine on the behavior of catalepsy prone rats Markel A.L., Achkasov A.F., Alekhina T.A., Prokudina O.I., Ryazanova M.A., Ukolova T.N., Efimov V.M., Boldyreva E.V., Boldyrev V.V. PHARMACOL BIOCHEM BE, 2011, V. 98. N. 2. P. 234-240
Изучение методами молекулярной динамики структур белков NIP7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. Вестник ТГУ, 2011, № 4 (16), с136
Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions Kian Leong Lee, Sandy Keat Lim, Yuriy Lvovich Orlov, Le Yau Yit, Henry Yang, Lay Teng Ang, Lorenz Poellinger, Bing Lim PLOS GENET, 2011, Volume 7, Issue 6, e1002130
Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 2, с.327-339
Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov RUSS J GENET+, 2011, Vol. 47, No. 12, pp. 1487–1495.
A Study of a One-Dimensional Model of Regulation of the Renewing Zone Size in a Biological Tissue Accounting for Cell Division S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, S. I. Fadeev, E. Mjolsness, N. A. Kolchanov Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2011, Vol. 5, No. 4, pp. 1–14.
Репродуктивные особенности и перспективы использования розовоцветкового декоративного гибрида Fragaria x Potentilla (сорт Frel) в селекции крупноплодной земляники Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15, № 4, С. 800-807.
Интродукция розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Научные ведомости БелГУ. Серия: Естественные науки, 2011, т. 104, № 9 вып. 15/2, C. 54-59
Роль белков COP1, SPA и PIF в регуляции фотоморфогенеза растений Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К. Успехи современной биологии, 2011, Т.311, 1. С.3-15
Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 4, Стр. 750-756.
Эволюция и разнообразие L1-ретротранспозонов в геномах покрытосеменных растений. Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(3): 563-571
LTR- ретротранспозоны растений И. Д. Сормачева, А.Г. Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(2): 351-381
Ретротранспозиция NLR1Cth non-LTR ретротранспозона из Chironomus thummi в геном клеток китайского хомячка O. С. Новикова, E. В. Папушева, E. Г. Понимаскин, A. Г. Блинов RUSS J GENET+, 2011, 47(6): 774-782
Bumblebees (Bombidae) along pollution gradient – heavy metal accumulation, species diversity, and Nosema bombi infection level H. Szentgyorgyi, A. Blinov, N. Eremeeva, S. Luzyanin, I. M. Ggzes, M. Woyciechowski Pol. J. Ecol., 2011, 59(3): 599-610
Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA RUSS J BIOORG CHEM+, 2011, Jan-Feb;37(1):22-35.
2010
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, 275:337-339
Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Т. 275, 412–414.
Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88
Молекулярная филогеография хромосомных рас саппорской кобылки Podisma sapporensis Shir Бугров А. Г., Новикова О. С., Блинов А. Г Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2010, 8 (3): 118-123
A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, 4, 65, 143-145
Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
Применение программной системы ExpertDiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010, Т.8, Выпуск 1, Стр.12-26
Распространение и филогенетические взаимоотношения Tc1-Mariner ДНК транспозонов в отряде Lepidoptera И.Д.Сормачева, А.С.Новиков, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2010, 9(3): 430-432.
Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций Фомин Э.С. Вычислительные методы и программирование, 2010, 11, 299-305
Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
Diversity and evolution of LTR retrotransposons in the genome of Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Novikova O. RUSS J GENET+, 2010, 46:637-644
Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2010, 11(1):231
Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. BMC SYST BIOL, 2010, 4:98 2010
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, 2010, World Scientific Publ., Singapore, pp. 563-569
Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana 2. E.C. Новоселова, В.В. Миронова Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275, стр. 289-291
Molecular characterization of vernalization loci (Vrn1) in wild and cultivated wheats Golovnina K., Kondratenko E.Ya., Blinov A., Goncharov N.P. BMC PLANT BIOL, 2010, Vol.10. P. 168
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
Studying the mathematical models for the matrix synthesis of non-regular polymers of DNA, RNA and proteins Fadeev S.I., Likhoshvai V.A., Shtokalo D.N., Korolev V.K. Сибирские электронные математические известия, 2010, V.7, p. 467-475, http://semr.math.nsc.ru
О существовании и устойчивости циклов в пятимерных моделях генных сетей. В.П. Голубятников, И.В. Голубятников, В.А. Лихошвай. Сибирский журнал вычислительной математики, 2010, Т. 13, N 4, С. 403 – 412.
О применении метода отображения по параметру для численного исследования биологических моделей// Сибирские электронные математические известия(СЭМИ) (Siberian Electronic Mathematical Reports, http://semr.math.nsc.ru, 2010, Т.7, с. 394-412 Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирские электронные математические известия, 2010
On properties of solutions to equations of multistage substance synthesis. Demidenko G.V., Likhoshvai V.A., Melnik I.A. ANAL APPL, 2010
О некоторых нелинейных динамических системах, моделирующих несимметричные генные сети. Ю.А.Гайдов, В.П. Голубятников, В.А. Лихошвай Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010
SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
Адаптация к бездне Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В. Химия и жизнь, 2010, №3, 38-41
The Digenea Parasite Opisthorchis felineus: a Target for the Discovery and Development of Novel Drugs Mordvinov V.A., Furman D.P. Infect Disord Drug Targets, 2010, V. 10. No. 5. P. 385-401
The role of the functional sites of the Merlin tumor suppressor in Drosophila spermatogenesis Iudina OS, Golovnina KA, Dorogova NV, Kopyl SA, Bolobolova EU, Dubatolova TD, Shilova IÉ, Omel'ianchuk LV, Blinov AG, Chang LSh. RUSS J GENET+, 2010, V. 46(10): 1214-1216.
Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков Вестник МГУ, 2010, No. 4, pp. 73–75
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
Состояние и перспективы селекции розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т.14., № 1
Некоторые достижения в решении проблем семенной репродукции ремонтантных сортов крупноплодной земляники Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Материалы Международной научно-методической дистанционной конференции «Актуальные проблемы размножения ягодных культур и пути их решения», 2010
Матроклинное наследование при скрещиваниях Fragaria x Potentilla Батурин С.О., Амброс Е.В., Кузнецова Л.Л. Фактори експериментальноiй еволюцiп органiзмiв, 2010, т8, 303-306
База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А. В мире научных открытий, 2010, №4 (10), Часть 14. С. 102-103
2009
Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456
Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13. №1. с.84-90
Chromodomains and LTR retrotransposons in plants Novikova O. Commun Integr Biol, 2009, 2:158-162
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов BIOPHYSICS, 2009, Т.54, № 6, С.1066-1080
Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Том 13, 208-218
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
Многомерный анализ изменчивости морфологических, химических и хозяйственных признаков в роде (Amaranthus L.) В. М. Ефимов, Н. Б. Железнова, А. В. Железнов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 4. С.811-818
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
Мониторинг диплоидных видов пшеницы и проблемы аутентичности локальных коллекций Н.П. Гончаров, К.А. Головнина, А.С. Шатурова, Ф.А. Коновалов, О.Я. Ляпунова, Т.В. Лебедева, Б.В. Ригин. Тр. по прикл. ботанике, генетике и селекции, 2009, Т. 166, С.375-381
О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений Г. В. Демиденко, В. А. Лихошвай, А. В. Мудров Дифференциальные уравнения, 2009, том 45, № 1, с. 34–46
Опыт использования нуклеотидных последовательностей двух митохондриальных генов (COI, COII) для выяснения таксономического статуса и реконструкции филогенетических отношений шароголовых кузнечиков (Orthoptera, Ensifera, Tettigoniidae) А.Г. Бугров, О.С. Новикова, Е.С. Нетесова, А.В. Горохов, А.Г. Блинов. Евразиатский энтомологический журнал, 2009, 8(1): 1-8.
Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
Предисловие: 200 лет со дня рождения Чарлза Дарвина Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К., Суслов В.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 2. С. 246-248.
Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
Применение неметрического многомерного шкалирования для мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С.102–108.
Происхождение, эволюция и распространение различных групп non-LTR ретротранспозонов среди эукариот О. Новикова, А. Блинов RUSS J GENET+, 2009, 45(2): 149-159
Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170
Филогения А геномов диких и возделываемых видов пшениц Головнина К.А., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, №11. C. 1540-1547.
Цитокины: биологические свойства и регуляция экспрессии гена интерлейкина-5 человека В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, стр. 53-67
Экспрессия гена dps Escherichia coli в присутствии токсических агентов: анализ и математическое моделирование Лихошвай В.А., Степанова Т.Ю., Задорожный А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №4, С.731-740.
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2009, 54(6):1066-80
Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2009, 11(1):231
Flying non-LTR retrotransposons: DNA transposons as freely available "wings"? Novikova O, Blinov A. RETROVIROLOGY, 2009, 6(Suppl 2): 62
Horizontal transfer of non-LTR retrotransposons O.S. Novikova, V. Fet, A.G.Blinov Информационный вестник ВОГИС, 2009, 13(1): 76-83
Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi Journal of Stem Cells, 2009, v4, issue 3, pp. 147-160
Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Novikova O., Fet V., Blinov A Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (1): 27-42
Phylogeny of A Genome of Wild and Cultivated Wheat Species K.A. Golovnina, E.Ja. Kondratenko, A.G. Blinov, and N.P. Goncharov RUSS J GENET+, 2009, Vol. 45, No. 11, pp. 1360–1367
Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
Study of a Mathematical Model for the Autoregulation of Hes7 Protein Synthesis. adeev S. I., Omel’yanchuk N. A., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2009
Taxonomy and molecular phylo-geny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E.Ja. BREEDING SCI, 2009, V. 59, N5. P.492-498.
The evolution of key cell cycle proteins correlates with an increase in the complexity of eukaryotic organisms Turnaev II, Gunbin KV, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, №1,426, 147-151
The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. P. 231-234
Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 122-127
Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, No. 11, pp. 1476–1492
Генетический контроль развития механорецепторов у Drosophila melanogaster - описание в базе данных "NEUROGENESIS" Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. С.186-193.
Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы В.В. Cуслов, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №2, Том 13, с.410-439
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7 Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140
Математическое моделирование морфогенеза растений Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Журнал вычислительной математики и математической физики, 2008, Т.11. №2., c.151-166
Международная конференция “Происхождение и эволюция биосферы” (BOE’2007) Суслов В.В., Снытников В.Н. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №3, том 12, 483-496
Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик, В.Ф. Пиндюрин, В.С. Елисеев, Б.Г. Гольденберг, М.А. Щеглов, Н.В. Тикунова, Т.М. Хлебодарова, Н.Б. Рубцов, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2008, Т 3 вып 9-10 , с 136-145
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А Сибирские электронные математические известия, 2008, N5, 25-41
Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, 73(1):70-5
dUTPase-содержащие Metaviridae LTR ретротранспозоны из генома Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Новикова ОС, Блинов АГ Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, Т. 420, С. 699-702
ExpertDiscovery system application for the hierarchical analysis of eukaryotic transcription regulatory regions based on DNA codes of transcription Khomicheva IV, Vityaev EE, Ananko EA, Shipilov TI, Levitsky VG. INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 481-494
Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, V. 73, N 2, P. 219-230.
How Drosophila melanogaster Forms its Mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. CURR GENOMICS, 2008, №5, V. 9, pp. 312-323
Genetic сontrol of macrochaetae development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. RUSS J DEV BIOL+, 2008, 2008, Vol. 39, No. 4, pp. 195–206.
Novel clades of chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons from mosses (Bryophyta) Novikova O, Mayorov V, Smyshlyaev G, Fursov M, Adkison L, Pisarenko O, Blinov A PLANT J, 2008, V. 56, P. 562-574
Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7. Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2008
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А. Сибирские электронные математические известия, 2008
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов Успехи физиологических наук, 2008, Т. 39. №1. С. 3-22.
Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L. INTELL DATA ANAL, 2008, Vol. 12, No. 5 P. 463-479.
Генетический контроль развития макрохет у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Онтогенез, 2008, №4. Т.39. С.245-258
2007
Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, Т. 38, №. 6, стр. 446–456, 2007
Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, 38 №6, 457-462
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
Correlation of codon biases and potential secondary structures with mRNA translation efficiancy in unicellular organisms Vladimirov NV, Likhoshvai VA, Matushkin YG Molecular Biology, 2007, v41(5),843-850
CR1 clade of non-LTR retrotransposons from Maculinea butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae): evidence for recent horizontal transmission Novikova O, Sliwinska E, Fet V, Settele J, Blinov A, Woyciechowski M BMC EVOL BIOL, 2007, V. 7, P. 93
Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г. Вычислительные технологии, 2007, Т. 12, Специальный выпуск 2, С. 107-122
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
Generalized Hill function method for modeling molecular processes Vitaly Likhoshvai and Alexander Ratushny Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V5, N2(b), 521-531.
LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ ИЗ ГЕНОМОВ Aspergillus fumigatus И Aspergillus nidulans. О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 830-838
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
Molecular phylogeny of the genus Triticum L K. A. Golovnina, S. A. Glushkov, A. G. Blinov, V. I. Mayorov, L. R. Adkison and N. P. Goncharov PLANT SYST EVOL, 2007, V. 264, P. 195-216
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 415(1):120-124
Genetic Control of Bristle Pattern Formation in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Doklady Biological Sciences, 2007, Vol. 417, pp. 484–486
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes. S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai, D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007
Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai and D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007, vol.1, Number 2, pp. 178-189.
Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala) Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V. CELL BIOL INT, 2007, 31(2):97-108
А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, 02B, pp. 641-650
Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2007, 2, 11, 373-400
Наследование розовой окраски венчика у полиплоидов земляники (Fragaria L.) Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Досягнення i проблеми генетики, селекцiп та бпотехнологiп, 2007
AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
Сравнительно-генетический анализ голозерной диплоидной пшеницы Triticum sinskajae и ее исходной формы T.monococcum Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Банникова С.В., Коновалов А.А., Головнина К.А. RUSS J GENET+, 2007, Т.43, №11,с.1491-1500
Генетический контроль формирования щетиночного рисунка у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Doklady Akademii Nauk, 2007, № 6, Т.417, С.844-846
ГОМОЛОГ-ЗАВИСИМАЯ ИНАКТИВАЦИЯ LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ В ГЕНОМАХ Aspergillus fumigatus И A. Nidulans О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 973-981
Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 72 (11):1187-1193
2006
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта:рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, N 2, стр.241-272
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова SIBERIAN MATH J+, 2006, 1б, 47, 58-68
Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч. BIOPHYSICS, 2006, 4, 51, 633-639
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, выпуск N7, т. 51
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, 51, N7.
Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
Divergent non-LTR retrotransposon lineages from the genomes of scorpions (Arachnida: Scorpiones) Glushkov S., Novikova O., Blinov A., Fet V. MOL GENET GENOMICS, 2006, V. 275. P. 288-296.
Early postnatal changes in respiratory activity in rat in vitro and modulatory effects of substance P Shvarev Y.N., Lagercrantz H. EUR J NEUROSCI, 2006, №8, V. 24, P.2253 - 2263
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94
Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A. BIOCHEM BIOPH RES CO, 2006, 342(3):859-66
Midazolam depresses carotid body chemoreceptor activity Kim C., Shvarev Y., Takeda S., Sakato A, Lindahl S., Eriksson L. ACTA ANESTH SCAND, 2006, V.50, P.144-149
Molecular phylogeny of Palaearctic genera of Gomphocerinae grasshoppers (Orthoptera, Acrididae) Bugrov A., Novikova O., Mayorov V., Adkison L., Blinov A. SYST ENTOMOL, 2006, V. 31. P. 362-368.
A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, №7, V. 51
On the Early Stages of the Evolution of the Geosphere and Biosphere Dobretsov N.L., Kolchanov N.A., Suslov V.V. PALEONTOL J+(RUS), 2006, 4, 40, S407-S424
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
Synthtic species are donors to increase wheat biodiversityn N.P. Goncharov, E.Ja. Kondratenko, M.A. Khrabrova, A.A. Konovalov, L.I. Laikova, A.G. Blinov, K.A. Golovnina, S.A. Glushkov Агромеридиан., 2006, V. 3(4), P.86-91.
Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
Выявление потенциальных сайтов связывания транскрипционного фактора SF-1 методом SiteGA, их экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней этого фактора Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, 3, 40,512-523
Cаийты связывания транскрипционного фактора SF1 в промоторных районах генов, кодирующих ферменты стероидогенеза 3бетаГСДI и Р450с17 мыши Бусыгина Т.В., Васильев Г.В., Климова Н.В., Игнатьева Е.В., Осадчук А.В. Биохимия, 2005, № 10, Т. 70, C. 1397-1402
Binding Sites for Transcription Factor SF-1 in Promoter Regions of Genes Encoding Mouse Steroidogenesis Enzymes 3βHSDI and P450c17 T.V. Busygina, G.V. Vasiliev, N.V. Klimova, E.V. Ignatieva, A.V. Osadchuk BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2005, №10, V. 70, P. 1152–1156
Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P. INT J ARTIF INTELL T, 2005, 4, 14, 599-620
GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
2004
Возрастные особенности рецепции альдостерона в дистальных сегментах нефронов крыс и индукции экспрессии Na+, K+–АТФазы Логвиненко Н.С., Хлебодарова Т.М., Соленов Е.И., Иванова Л.Н. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2004, Т.90. №3. С.375-384.
SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12.
Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации Колчанов Н.А., Суслов В.В., Гунбин К.В. Информационный вестник ВОГИС, 2004, № 29. С.: 86-99.
Генетические механизмы кодирования биологической сложности Суслов В.В., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2004, Т. II. № 1. С. 13-26.
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода Степаненко И.Л. Экологическая генетика, 2004, Т. 2 (1). C. 4-12
2003
How a protein knots: Folding simulation of lattice proteins Titov I.I., Palyanov A.Yu. BIOPHYSICS, 2003, 48 (Suppl. 1), 133
Data Mining Techniques in Bioinformatics Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V. Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2003, 1, 31, 118-121
Application of filter technology in photomorphogenesis gene network Smirnova O.G., Stepanenko I.L. In Silico Biology, 2003, N.1-2. P. 117-125
Apoptosis Gene Network: description in the GeneNet and TRRD databases Stepanenko I., Kolchanov N. Ann.N.Y.Acad.Sci., 2003, V.1010. P.16-18
2002
Как клетки защищаются от стресса? Хлебодарова Т.М. Генетика, 2002, T.38. N.4. C.437-452.
How cells protect themselves against stress? Khlebodarova T.M. RUSS J GENET+, 2002, V.38. P.345-358
Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
SELEX_DB: a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Frolov A.S., Gelfand M.S., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 195-199
ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 200-202
Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P. Knowl-Based Syst. J., 2002, 4, 15, 225-233
rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P. HUM MUTAT, 2002, 4, 20, 239-248
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, V. 30, No. 1 P. 398-401.
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
2001
О некоторых закономерностях генетического контроля стресс-реакции Drosophila Раушенбах И.Ю., Грунтенко Н.Е., Васенкова И.А., Хлебодарова Т.М., Суханова М.Ж., Корочкин Л.И. Генетика, 2001, Т.37, N1, С.73-80
Стресс-реактивность системы дофамина у имаго Drosophila virilis контролируется геном, сцепленным с хромосомой 6 Суханова М.Ж., Васенкова И.А., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Раушенбах И.Ю. Цитология и генетика, 2001, N1, 61-64.
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov BIOINFORMATICS, 2001, V.17(11):1-12.
ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287
Интерференция генных сетей апоптоза и ответа на тепловой шок. Степаненко И.Л. Molecular Biology, 2001, Т.35(6). С. 1063-1071
2000
Реакция теплового шока нарушена у неспособной к нейрогормональной стресс-реакции линии Drosophila virilis Васенкова И.А., Хлебодарова Т.М., Суханова М.Ж., Грунтенко Н.Е., Гренбэк Л.Г., Раушенбах И.Ю. Цитология и генетика, 2000, Т.34, N.3, C.43-48
Stress-reactivity of a Drosophila melanogaster strain with impaired juvenile hormone action Gruntenko N.E., Khlebodarova T.M., Vasenkova I.A., Sukhanova M.Jh., Wilson T.G., Rauschenbach I.Yu. J INSECT PHYSIOL, 2000, V.46, P.451-456
Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov PROGRAM COMPUT SOFT+, 2000, 3, 26, 170-176
Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
1999
Гены, регулирующие активность щелочной фосфатазы и тирозиндекарбоксилазы у Drosophila virilis сцеплены с хромосомой 6 Суханова М.Ж., Васенкова И.А., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1999, т.35, с.50-54
Prolonged negative selection of Drosophila melanogaster for a character of adaptive significance disturbs stress reactivity Gruntenko N.Е., Khlebodarova Т.М., Sukhanova М.Jh., Vasenkova I.А., Kaidanov L.Z., Rauschenbach I.Yu. Insect Biochem. Mol. Biol, 1999, V.29. – P. 445-452
Усреднее результатов распознавания сайтов может увеличить точность аннотации генома человека Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Фролов А.С., Воробьев Д.В., Колчанов Н.А., Овертон K. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 649-654
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
Вклад сигналов и антисигналов в мутационный спектр сайта встраивания td-интрона. Пономаренко М.П, Пономаренко Ю.В., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 655-663
Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
Oligonucleotide frequency matrices addressed to recognizing functional DNA sites. Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Vorobyev D.G., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 631-643
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
Conformational and physicochemical DNA features specific for transcription factor binding sites. Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.G., Overton G.C., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 654-668
Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS BIOINFORMATICS, 1999, 15(7-8):644-653
1998
Ген, контролирующий ответ системы деградации ЮГ у имаго Drosophila virilis на стрессирующее воздействие, сцеплен с хромосомой 6 Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Суханова М.Ж., Анкилова И.А., Шумная Л.В., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1998, Т.34, С.625-628
Селекция по половому поведению изменяет метаболизм ювенильного гормона у Drosophila melanogaster Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Анкилова И.А., Суханова М.Ж., Кайданов Л.З., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1998, Т. 34. – С. 480-485
Нарушения в стресс-реакции Drosophila коррелируют с изменениями в хит-шок ответе Хлебодарова Т.М., Анкилова И.А., Грунтенко Н.Е., Суханова М.Ж., Раушенбах И.Ю. Doklady Akademii Nauk, 1998, т. 361
Система деградации ювенильного гормона не играет роли в репродуктивной функции самцов Drosophila melanogaster Грунтенко Н.Е. Хлебодарова Т.М. Анкилова И.А. Суханова М.Ж. Кайданов Л.З. Раушенбах И.Ю. Doklady Akademii Nauk, 1998, т.359
Щелочная фосфатаза у линий Drosophila melanogaster, различающихся по половой активности самцов, и их F1-гибридов Суханова М.Ж. Анкилова И.А. Грунтенко Н.Е. Хлебодарова Т.М. Кайданов Л.З. Раушенбах И.Ю. Генетика, 1998, т.34
Нарушение синтеза белков теплового шока не препятствует нормальному развитию стресс-реакции у Drosophila melanogaster Грунтенко Н.Е. Хлебодарова Т.М. Суханова М.Ж. Васенкова И.А. Раушенбах И.Ю. Doklady Akademii Nauk, 1998, т.362
Функциональные сайты геномов про- и эукариот: компьютерное моделирование и предсказание активности Колчанов Н.А., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Подколодный Н.Л. Molecular Biology, 1998, 2, 32, 255-267
Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome. N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1998, 6, 95-104
1997
Генетический контроль ответа системы метаболизма ЮГ Drosophila virilis на стрессирующие воздействия Гренбэк Л. Г., Хлебодарова Т. М., Грунтенко Н. Е., Суханова М. Ж., Шумная Л. В., Раушенбах И. Ю. Генетика, 1997, Т.33, С.202-204
Генетический анализ различий активности дофадекарбоксилазы в двух линиях Drosophila virilis, отличающихся по содержанию дофамина Шумная Л.В., Суханова М.Ж., Грунтенко Н.Е., Гренбек Л.Г., Хлебодарова Т.М., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1997, т.33, с.1-4
Генетический контроль активности ДФФ-чувствительной эстеразы ювенильного гормона у D.virilis. Гренбэк Л.Г., Хлебодарова Т.М., Суханова М.Ж., Шумная Л.В., Грунтенко Н.Е., Анкилова А.А., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1997, т.33, с.1-4
Role of dopa decarboxylase and N-acetyltransferase in regulation of dopamine content in Drosophila virilis under normal and heat stress conditions. Rauschenbach IY, Sukhanova MZ, Shumnaya LV, Gruntenko N.E., Grenback L.G., Khlebodarova T.M., Сhentsova NA, INSECT BIOCHEM MOLEC, 1997, v.27, p.729-734
Generating programs for predicting the activity of functional sites. Ponomarenko M.P., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A. J COMPUT BIOL, 1997, 1, 4, 83-90
TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E. Lect Notes Comput Sci, 1997, Вioinformatics, 1278, 99-105
Компьютерный анализ конформационных особенностей ДНК ТАТА-боксов промоторов эукариот Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Кель А.Э., Колчанов Н.А., Карас Х., Вингендер Э., Скленар Х. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 733-740
Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. Molecular Biology, 1997, Т. 31, №4, С. 741-748
1996
Роль метаболизма ювенильного гормона в адаптации популяций Drosophila к стрессирующим условиям среды Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Мазуров М.М., Гренбэк Л.Г., Суханова М.Ж., Шумная Л.В., Захаров И.К., Хэммок Б.Д., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1996, Т. 32. – С. 1191-1198
The role of the degradation system of the juvenile hormone in the reproduction of Drosophila under stress Rauschenbach I.Yu., Gruntenko N.E., Khlebodarova T.M., Mazurov M.M., Grenback L.G., Sukhanova M.Jh., Shumnaja L.V., Zakharov I.K., Hammock B.D. J INSECT PHYSIOL, 1996, V. 42. – P. 735-742
Генетический анализ различий в активности щелочной фосфатазы у двух линий Drosophila virilis, различающихся реакцией на тепловой стресс Суханова М.Ж., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1996, т.32, с.1-4
A comparative analysis of juvenile hormone metabolysing enzymes in two species of Drosophila during development. Khlebodarova, T.M., Gruntenko, N.E., Grenback, L.G., Sukhanova, M.Z., Mazurov, M.M., Tomas, B.A., Hammock, B.D., Rauschenbach, I.Y. INSECT BIOCHEM MOLEC, 1996, v.26, p.829-835
Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application. Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1995, 3:206-214
1993
SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites. Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A. Comput. Appl. Biosci., 1993, 6, 9, 617-627
