Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):96-102
Computational screening for new inhibitors of M. tuberculosis mycolyltransferases antigen 85 group of proteins as potential drug targets. Gahoi S, Mandal RS, Ivanisenko N, Shrivastava P, Jain S, Singh AK, Raghunandanan MV, Kanchan S, Taneja B, Mandal C, Ivanisenko VA, Kumar A, Kumar R, Open Source Drug Discovery Consortium, Ramachandran S Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):30-43
The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain. Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31:1, 78-86
On the chaos in gene networks VITALY A. LIKHOSHVAI, STANISLAV I. FADEEV,VLADISLAV V. KOGAI, TAMARA M. KHLEBODAROVA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11(1): 1340009
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, №1, С.104-113.
Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот Т. И. Меркулова, Е. А. Ананько, Е. В. Игнатьева, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2013, том 49, № 1, с. 37–54
Evolution of General Transcription Factors Gunbin KV, Ruvinsky A. J MOL EVOL, 2013, 76(1-2):28-47
MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, DOI: 10.1142/S0219720013400106
An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 1, 11, 1340011 (DOI: 10.1142/S0219720013400118)
«Обская болезнь» – недооцененная опасность В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука в России, 2013, №3(195), стр. 15-21
Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets. Sommer B., Kormeier B., Demenkov P., Arrigo P., Hippe K., Ates O., Kochetov A.V., Ivanisenko V., Kolchanov N.A., Hofestaedt R. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11. 1. 1340005.
Биоинформатика: метод во главе угла Афонников Д.А. Иванисенко В.А. Наука из первых рук, 2013, 1,49,51-59
Introductory note for BGRS-2012 special issue Kolchanov N.A., Orlov Y.L. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, Vol. 11, No. 1: 1302001.
Modeling of plant embryo morphodynamics at early developmental stages S. V. Nikolaev, N. A. Kolchanov, S. K. Golushko, J. -C. Palauqui, A. Urban, E. V. Amelina, A. V. Yurchenko, K. S. Golushko, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, A. Trubuil Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, May 2013, Volume 3, Issue 3, pp 176-183
Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA Frontiers in Genetics, 2013, , 4, 122
Согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК: математическая модель. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, Т. 8. № 1. С. 66–92.
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА, 2013, БИОФИЗИКА, 2013, том 58, вып. 5, c. 758–774
Association of AMD-like retinopathy development with an Alzheimer’s disease metabolic pathway in OXYS rats Oyuna S. Kozhevnikova, Elena E. Korbolina, Natalia A. Stefanova, Natalia A. Muraleva, Yuriy L. Orlov, Nataliya G. Kolosova BIOGERONTOLOGY, 2013, Volume 14, Issue 6, 753-762
Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides. Bragin AO, Demenkov PS, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):59-64.
Detection of renal and urinary tract proteins before and after spaceflight. Pastushkova LKh, Kireev KS, Kononikhin AS, Ivanisenko VA, Larina IM, Nikolaev EN AVIAT SPACE ENVIR MD, 2013, 84:859–863
Detection of Renal Tissue and Urinary Tract Proteins in the Human Urine after Space Flight. Pastushkova L.Kh, Kireev R.S., Kononikhin A.S., Tiys E.S., Popov I.A., Starodubtseva N.L., Dobrokhotov I.V., Ivanisenko V.A., Larina I.M., Kolchanov N.A., Nikolaev E.N. PloS One, 2013, V8, e71652
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе. Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1):248–257
Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука из первых рук, 2013, №2, стр. 70-79
Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
Роль инсулинового сигнального пути в контроле полового диморфизма по устойчивости Drosophila к тепловому стрессу Раушенбах Инга Юрьевна, Адоньева Наталья Васильевна, Фаддеева Наталья Владимировна, Шумная Людмила Владимировна, Грунтенко Наталия Евгеньевна Doklady Biological Sciences, 2013, Т.452, №1, С.115–117
Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода сортировки взаимодействий в молекулярной динамике Фомин Э.С. Вестник УГАТУ, 2013, Т. 17, №2 (55), С.75-84.
ОБНАРУЖЕНИЕ БЕЛКОВ ТКАНЕЙ ПОЧЕК И МОЧЕВЫВОДЯЩЕЙ СИСТЕМЫ В МОЧЕ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА Л. Х. Пастушкова, К. С. Киреев, А. С. Кононихин, Е. С. Тийс, И. А. Попов, И. В. Доброхотов, В. А. Иванисенко, В. Б. Носков, И. М. Ларина, Е. Н. Николаев Физиология человека, 2013, том 39, № 5, с. 99–104
Модель регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis thaliana С. В. Николаев, У. С. Зубаирова, А. В. Пененко, Э. Д. Мелснесс (E. D. Mjolsness), Б. Е. Шапиро (B. E. Shapiro), Н. А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2013, том 452, № 3, с. 336–338
2012
Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ECOL MODEL, 2012, Volume/issue:224C, pp. 124-129, doi: 10.1016/j.ecolmodel.2011.11.004
Detection of mitochondrial DNA from domestic cattle in European bison (Bison bonasus) from the Altai Republic in Russia Yudin N.S., Kulikov I.V., Gunbin K.V., Aitnazarov R.B., Kushnir A.V., Sipko T.P., Moshkin M.P. ANIM GENET, 2012, Vol. 43, No. 3, P. 362.
SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko NUCLEIC ACIDS RES, 2012, V. 40(Database issue):D278-83.
Механизм действия и регуляция активности конститутивного репрессора фотоморфогенеза COP1. Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К. Физиология растений, 2012, том 59, № 2, с. 1–13
Пути поступления наночастиц в организм млекопитающих, их биосовместимость и клеточные эффекты. Подколодная О. А., Игнатьева Е. В. , Подколодный Н. Л. , Колчанов Н. А. . Успехи современной биологии, 2012, Т. 132, № 1, с. 3–15
Модельное исследование центрального регуляторного контура генной сети морфогенеза макрохет D.melanogaster Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Голубятников И.В., Фурман Д.П. Онтогенез, 2012, Т. 43, № 1, С. 54−59
Model Investigation of Central Regulatory Contour of Gene Net of D. melanogaster macrochaete morphogenesis Bukharina T. A., Golubyatnikov V. P., Golubyatnikov I. V., Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2012, V. 43, No. 1, P. 49–53
Анализ последовательностей регуляторных районов генов реляционной системой EXPERT DISCOVERY, встроенной в пакет UGENE. Васькин Ю.Ю., Хомичева И.В., Игнатьева Е.В., Витяев Е.Е. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2012, Т. 10. № 1, стр.73-86
Mathematical modeling of the first phase of morphogenesis of mechanoreceptors in D. melanogaster Bukharina T.A., Golubyatnikov V.P., Golubyatnikov I.V., Furman D.P. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2012, V.6, No. 2, 145-149
Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH микродиссекционных ДНК-проб с метафазными хромосомами. А.Г. Богомолов, К.С. Задесенец, Т.В. Карамышева, Н.Л. Подколодный, Н.Б. Рубцов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, No 2, Том 16, с. 348-358
Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 2, С. 415-426
Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2012, 443(2), 248-252
Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7. № 2. С. 398–409. URL: http://www.matbio.org/2012/Fomin_7_398.pdf
WheatPGE: A system for analysis of relationships among the phenotype, genotype, and environment in wheat M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. V. Morozova, T. A. Pshenichnikova and D. A. Afonnikov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, v.2, №3, p.262-269
Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique Mikhail A. Genaev, Alexey V. Doroshkov, Tatyana A. Pshenichnikova, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov PLANTA, 2012, v.236, pp. 1943–1954
RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, № 4/1, С. 756-765
BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16
Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Морозова Е.В., Симонов А.В., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7, № 2, С. 410-424
Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя. Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 1, С. 99-108
The Role of D1-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Synthesis in Drosophila Females with Increased Dopamine Level I. Yu. Rauschenbach, E. V. Bogomolova, E. K. Karpova, L. V. Shumnaya, and N. E. Gruntenko Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, v.446, pp.131-134
Развитие и прорастание семянок у ремонтантных сортов крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Сельскохозяйственная биология, 2012, №3
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA. In Silico Biology, 2012, Vol. 11 (2011/2012) P. 109–123
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges Lashin S.A., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2012, V.11. N. 3. P. 125-135.
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 16(2), стр. 339-347
A single nucleotide polymorphism in the promoter region of the mink tumor necrosis factor-alpha gene. Yudin N.S., Aitnazarov R.B., Kulikov I.V., Ignatieva E.V., Trapezov O.V. Scientifur, 2012, Vol. 36, No. 3/4, P. 300-304.
ExpertDiscovery and UGENE integrated system for intelligent analysis of regulatory regions of genes Vaskin Y.Y., Khomicheva I.V., Ignatieva E.V., Vityaev E.E. In Silico Biology, 2012, 2011/2012, 11, 3, P.97-108
Low-Temperature Dynamical and Structural Properties of Saturated and Monounsaturated Phospholipid Bilayers Revealed by Raman and Spin-Label EPR Spectroscopy. N. V. Surovtsev , N. V. Ivanisenko, K. Yu. Kirillov, S. A. Dzuba J PHYS CHEM B, 2012, 116 (28), pp 8139–8144
Finding biomarkers in non-model species: literature mining of transcription factors involved in bovine embryo development. Turenne N, Tiys E, Ivanisenko V, Yudin N, Ignatieva E, Valour D, Degrelle S, Hue I BioData Mining, 2012, Aug 29;5(1):12
Анализ белковых взаимодействий на основе изучения протеома мочи человека в эксперименте со 105-суточной изоляцией. Пастушкова Л.Х., Валеева О.А., Кононихин А.С., Ларина И.М., Николаев Е.Н., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Тийс Е.С., Колчанов Н.А. Авиакосмическая и экологическая медицина, 2012, Т. 46. № 2. С. 37-43
Реконструкция ассоциативных белковых сетей, связанных с процессами регуляции обмена и депонирования натрия в организме здорового человека на основе изучения протеома мочи. Ларина И.М., Колчанов Н.А., Доброхотов И.В., Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н. Физиология человека, 2012, т38, N3, 107-115
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng J INTEGR BIOINFORM, 2012, Journal of Integrative Bioinformatics, 9(2):211, 2012
Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Хофештадт Р., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16 №4/1 784-790
Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П. Археология, этнография и антропология Евразии, 2012, 2012. №3(51):22-30.
TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т.7. №2. С.444-460.
Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
Xenobiotical virology: novel mechanistic concept of hazardous human viruses upregulation by body burden level of dioxins via AhR-mediated transcriptional pathway. Tsyrlov, I., Shur, I., Oshchepkov, D., Pokrovsky, A. INT J INFECT DIS, 2012, V: 16 Sup.: 1 P: E115-E115
Morphogenesis of Drosophiola melanogaster macrochaetes: cell fate determination for bristle organ Furman D. P., Bukharina T. A. Journal of Stem Cells, 2012, V. 7, No. 1, P.19-41
Информационная поддержка исследования механизмов регуляции транскрипции: онтологический подход Подколодный Николай Леонтьевич Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, т. 16, С. 742-755
Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, Т.16, 791-798
Новые возможности системы MGSmodeller Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, № 4/1, октябрь 2012, с. 799-804
ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko In Silico Biology, 2012, 11(3), 149-161
Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм Н.Н. Втюрина, С.Л. Гроховский, А.Б. Васильев, И.И. Титов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, С.Е. Пельтек, Ю.Д. Нечипуренко, академик Н.А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2012, 2, 447, 217-222.
A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software E.S. Fomin, N.A. Alemasov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 6, pp. 453–461
Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 774–784.
Магнитно–резонансная спектроскопия метаболических изменений в мозге мышей при введении 2–дезокси–D–глюкозы и липополисахарида Мошкин М.П., Акулов А.Е., Петровский Д.В., Сайк О.В., Петровский Е.Д., Савелов А.А., Коптюг И.В. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2012, 98 (10): 1264-1273
Моделирование роста и развития растительных тканей в формализме L-систем Зубаирова У.С., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 816-824
Моделирование морфодинамики на ранних стадиях эмбриогенеза растения Николаев С.В., Колчанов Н.А., Голушко С.К., Палаки Ж.-К., Урбан О., Амелина Е.В., Юрченко А.В., Голушко К.С., Зубаирова У.С., Пененко А.В., Трубюй А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 805-815
Анализ соответствия и комбинирование молекулярно-генетических и морфологических данных в зоологической систематике Ковалева В. Ю., Абрамов С. А., Дупал Т. А., Ефимов В. М., Литвинов Ю. Н. Известия РАН. Серия биологическая, 2012, № 4, с. 404-414
Бистабильность системы утилизации нитрита Escherichia coli: анализ математической модели. Ри Н. А., Хлебодарова Т. М., Когай В. В., Фадеев С. И., Лихошвай В. А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2012, Том XV, № 4(52), с.110-117
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин RUSS J GENET+, 2012, том 48, № 5, с. 573–589.
The Flatworm Macrostomum lignano Is a Powerful Model Organism for Ion Channel and Stem Cell Research Daniil Simanov, Imre Mellaart-Straver, Irina Sormacheva and Eugene Berezikov Stem Cells International, 2012, Volume 2012, Article ID 167265, doi:10.1155/2012/167265
Vertical Evolution and Horizontal Transfer of CR1 Non-LTR Retrotransposons and Tc1/mariner DNA Transposons in Lepidoptera Species. Sormacheva I, Smyshlyaev G, Mayorov V, Blinov A, Novikov A, Novikova O. MOL BIOL EVOL, 2012, V. 29(12), P.: 3685-3702. doi: 10.1093/molbev/mss181
Evolutionary history of LTR retrotransposon chromodomains in plants. Novikov A, Smyshlyaev G, Novikova O. International journal of plant genomics, 2012, 2012:874743. doi: 10.1155/2012/874743.
Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 830-837.
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор" Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 825-829.
Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
Информационная поддержка экспериментов по трансгенезу растений в базе данных трансляционных энхансеров. Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Кочетов А.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т.16. №4/1. С. 766-773.
Информационный портал "Биотехнология растений" - Интернет ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы. Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т.16. №4/1. С. 838-848.
Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y. Proceedings of HIBIT2012, 2012, Proceedings of HIBIT2012, April 19-22, 2012, Cappadocia, Turkey, 77-81.
3С-методы в исследованиях пространственной организации генома Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, № 4/2, том 16, стр 872-878
Реконструкция филогенетических взаимоотношений настоящих саранчевых (Orthoptera, Acrididae) на основе анализа нуклеотидных последовательностей митохондриального гена COI А.Г.Бугров, Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2012, 11(6): 493-502
The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. // Proc. of Proc. of The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology». July–August 2012. Irkutsk. Russia. P.61. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina GENETICS, 2012, P.61.
Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins. Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, Mar-Apr;443:76-80.
Reconstruction of associative protein networks connected with processes of sodium exchange' regulation and sodium deposition in healthy volunteers by urine proteome analysis Larina IM, Kolchanov NA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Demenkov PS, Tiĭs ES, Valeeva OA, Pastushkova LKh, Nikolaev EN Human Physiology, 2012, May-Jun;38(3):316-23
2011
Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370
Парадоксы "Проблем происхождения жизни" Колчанов Н.А., Суслов В.В. Наука в России, 2011, 5, 41-48
Consideration of Data Load Time on Modern Processors for the Verlet Table and Linked Cell Algorithms Fomin E.S. J COMPUT CHEM, 2011, 32(7), p.1386-1399
Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А. Биоорганическая химия, 2011, 2011, Т. 37, № 1, С. 22–35
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov Lecture Notes in Artificial Intelligence, 2011, 6581, 101-120
PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2011, №2, Т.6, С.250-263
Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375
In silico prediction of transcriptional factor-binding sites. Oshchepkov DY, Levitsky VG Methods in Molecular Biology, 2011, 760:251-267
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
Влияние географических популяций сосны на элементный состав фитомассы и почв Тараканов В.В., Чанкина О.В., Куценогий К.П., Наумова Н.Б., Макарикова Р.П., Милютин Л.И., Роговцев Р.В., Ефимов В.М. Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования, 2011, № 11, с. 72–78
Наследуемые изменения фенотипа в динамике численности водяной полевки (Arvicola terrestris L.) в Северной Барабе Ковалева В.Ю., Ефимов В.М., Галактионов Ю.К. Назарова Г.Г. Сибирский экологический журнал, 2011, № 4. 587–592
Асимметричное деление клеток в морфогенезе макрохет Drosophila melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Онтогенез, 2011, Т.42. №2. С. 83-93.
Drosophila mechanoreceptors as a model for studying asymmetric cell division Furman D.P. Bukharina T.A. INT J DEV BIOL, 2011, V. 55(2). P. 133-141.
Asymmetric cell division in the morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetae Bukharina T. A. Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2011, Vol. 42, No. 2, pp. 63–72.
Перспективы создания противотуберкулезных вакцин нового поколения Татьков С.И., Дейнеко Е.В., Фурман Д.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, т. 15, №1. с. 114-129.
Spontaneous spectinomycin resistance mutations detected after biolistic transformation of Daucus carota L. Elena A. Filipenko, Yuri V. Sidorchuk, Igor I. Titov, Valery P. Maltsev and Elena V. Deineko PHYSIOL MOL PLANT P, 2011, Volume 17, Number 1, 79-86
In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА WheatPGE ДЛЯ АНАЛИЗА ВЗАИМОСВЯЗИ ФЕНОТИП-ГЕНОТИП-ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА У ПШЕНИЦЫ М.А. Генаев, A.В. Дорошков, Е.В. Морозова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2011
Prospects for Designing New Generation Anti-Tuberculosis Vaccines S.I. Tat’kov, E.V. Deineko, D.P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 290–301
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2011, т.47, №12, с. 1676–1685
Анализ дупликаций генов миРНК человека и роль эволюции транспозонов в этом процессе Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 1. С.139-147
миРНК-содержащие транспозоны человека Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 2. с. 323-326
Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 2011. Т. 15. № 3. С. 462-468.
Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. BMC EVOL BIOL, 2011, 11:224
Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, 438(3):412–415
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. Вестник ТГУ, 2011, № 4(16) C.:175-189.
Анализ особенностей морфологии и наследования опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помощью компьютерных методов фенотипирования. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. RUSS J GENET+, 2011, Т. 47, № 6, с. 839–843.
Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Медведев К.Е., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2011, Т. 275, С. 378-380
Распределение мобильных элементов на политенных хромосомах до и после селекции по количественному признаку у Drosophila melanogaster Захаренко Л.П., Перепелкина М.П., Антоненко О.В., Выхристюк О.В., Ефимов В.М., Васильева Л.А. Cell and Tissue Biology, 2011, Т. 53. № 6. С. 517-527.
Thermodynamic and kinetic basis for recognition and repair of 8-oxoguanine in DNA by human 8-oxoguanine-DNA glycosylase. Kirpota O.O., Endutkin A.V., Ponomarenko M.P., Ponomarenko P.M., Zharkov D.O., Nevinsky G.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2011, 11, 39, 4836-4850
The Role of D2-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Metabolism in Drosophila Females in Normal State and at Increased Dopamine Level E. K. Karpova, N. E. Gruntenko, L. V. Shumnaya, I. V. Romanova, and I. Yu. Rauschenbach Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, Т. 439. №1. С.155-157.
The Role of the COP1, SPA, and PIF Proteins in Plant Photomorphogenesis O. G. Smirnova, I. L. Stepanenko, V. K. Shumnyia Biology Bulletin Reviews, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 314–324
Effects of the alpha- and gamma-polymorphs of glycine on the behavior of catalepsy prone rats Markel A.L., Achkasov A.F., Alekhina T.A., Prokudina O.I., Ryazanova M.A., Ukolova T.N., Efimov V.M., Boldyreva E.V., Boldyrev V.V. PHARMACOL BIOCHEM BE, 2011, V. 98. N. 2. P. 234-240
Изучение методами молекулярной динамики структур белков NIP7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. Вестник ТГУ, 2011, № 4 (16), с136
Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions Kian Leong Lee, Sandy Keat Lim, Yuriy Lvovich Orlov, Le Yau Yit, Henry Yang, Lay Teng Ang, Lorenz Poellinger, Bing Lim PLOS GENET, 2011, Volume 7, Issue 6, e1002130
Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 2, с.327-339
Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov RUSS J GENET+, 2011, Vol. 47, No. 12, pp. 1487–1495.
A Study of a One-Dimensional Model of Regulation of the Renewing Zone Size in a Biological Tissue Accounting for Cell Division S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, S. I. Fadeev, E. Mjolsness, N. A. Kolchanov Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2011, Vol. 5, No. 4, pp. 1–14.
Репродуктивные особенности и перспективы использования розовоцветкового декоративного гибрида Fragaria x Potentilla (сорт Frel) в селекции крупноплодной земляники Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15, № 4, С. 800-807.
Интродукция розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Научные ведомости БелГУ. Серия: Естественные науки, 2011, т. 104, № 9 вып. 15/2, C. 54-59
Роль белков COP1, SPA и PIF в регуляции фотоморфогенеза растений Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К. Успехи современной биологии, 2011, Т.311, 1. С.3-15
Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 4, Стр. 750-756.
Эволюция и разнообразие L1-ретротранспозонов в геномах покрытосеменных растений. Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(3): 563-571
LTR- ретротранспозоны растений И. Д. Сормачева, А.Г. Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(2): 351-381
Ретротранспозиция NLR1Cth non-LTR ретротранспозона из Chironomus thummi в геном клеток китайского хомячка O. С. Новикова, E. В. Папушева, E. Г. Понимаскин, A. Г. Блинов RUSS J GENET+, 2011, 47(6): 774-782
Bumblebees (Bombidae) along pollution gradient – heavy metal accumulation, species diversity, and Nosema bombi infection level H. Szentgyorgyi, A. Blinov, N. Eremeeva, S. Luzyanin, I. M. Ggzes, M. Woyciechowski Pol. J. Ecol., 2011, 59(3): 599-610
Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA RUSS J BIOORG CHEM+, 2011, Jan-Feb;37(1):22-35.
2010
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, 275:337-339
Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Т. 275, 412–414.
Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88
Молекулярная филогеография хромосомных рас саппорской кобылки Podisma sapporensis Shir Бугров А. Г., Новикова О. С., Блинов А. Г Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2010, 8 (3): 118-123
A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, 4, 65, 143-145
Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
Применение программной системы ExpertDiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010, Т.8, Выпуск 1, Стр.12-26
Распространение и филогенетические взаимоотношения Tc1-Mariner ДНК транспозонов в отряде Lepidoptera И.Д.Сормачева, А.С.Новиков, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2010, 9(3): 430-432.
Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций Фомин Э.С. Вычислительные методы и программирование, 2010, 11, 299-305
Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
Характеристика C-концевой части гликопротеина Е вируса Западного Нила и оценка силы его взаимодействия с V 3 интегрином как с предполагаемым клеточным рецептором М. В. Богачек, Б. Н. Зайцев, S. K. Sekatskii, Е. В. Протопопова, В. А. Терновой, А. В. Иванова, А. В. Качко, В. А. Иванисенко, G. Dietler, В. Б. Локтев. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, том 75, вып. 4, с. 571 – 581
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
Diversity and evolution of LTR retrotransposons in the genome of Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Novikova O. RUSS J GENET+, 2010, 46:637-644
Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2010, 11(1):231
Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM. J PROTEOME RES, 2010, 9(1):254-67
A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. BMC SYST BIOL, 2010, 4:98 2010
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, 2010, World Scientific Publ., Singapore, pp. 563-569
Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana 2. E.C. Новоселова, В.В. Миронова Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275, стр. 289-291
Molecular characterization of vernalization loci (Vrn1) in wild and cultivated wheats Golovnina K., Kondratenko E.Ya., Blinov A., Goncharov N.P. BMC PLANT BIOL, 2010, Vol.10. P. 168
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
Studying the mathematical models for the matrix synthesis of non-regular polymers of DNA, RNA and proteins Fadeev S.I., Likhoshvai V.A., Shtokalo D.N., Korolev V.K. Сибирские электронные математические известия, 2010, V.7, p. 467-475, http://semr.math.nsc.ru
О существовании и устойчивости циклов в пятимерных моделях генных сетей. В.П. Голубятников, И.В. Голубятников, В.А. Лихошвай. Сибирский журнал вычислительной математики, 2010, Т. 13, N 4, С. 403 – 412.
О применении метода отображения по параметру для численного исследования биологических моделей// Сибирские электронные математические известия(СЭМИ) (Siberian Electronic Mathematical Reports, http://semr.math.nsc.ru, 2010, Т.7, с. 394-412 Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирские электронные математические известия, 2010
On properties of solutions to equations of multistage substance synthesis. Demidenko G.V., Likhoshvai V.A., Melnik I.A. ANAL APPL, 2010
О некоторых нелинейных динамических системах, моделирующих несимметричные генные сети. Ю.А.Гайдов, В.П. Голубятников, В.А. Лихошвай Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010
SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
Адаптация к бездне Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В. Химия и жизнь, 2010, №3, 38-41
The Digenea Parasite Opisthorchis felineus: a Target for the Discovery and Development of Novel Drugs Mordvinov V.A., Furman D.P. Infect Disord Drug Targets, 2010, V. 10. No. 5. P. 385-401
The role of the functional sites of the Merlin tumor suppressor in Drosophila spermatogenesis Iudina OS, Golovnina KA, Dorogova NV, Kopyl SA, Bolobolova EU, Dubatolova TD, Shilova IÉ, Omel'ianchuk LV, Blinov AG, Chang LSh. RUSS J GENET+, 2010, V. 46(10): 1214-1216.
Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков Вестник МГУ, 2010, No. 4, pp. 73–75
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
Characterization glycoprotein E С-end of West Nile virus and evaluation of its interaction force with αVβ3 integrin as putative cellular receptor Bogachek M.V., Zaitsev B. N., Sekatskii S. K., Protopopova E.V., Ternovoi V. A., Ivanova A.V., Kachko A.V., Ivanisenko V.A., Dietler G. Loktev V.B. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, 2010, Vol. 75, No. 4, pp. 472-480
Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2010, Т. 8. № 3. С. 13-22.
Состояние и перспективы селекции розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т.14., № 1
Некоторые достижения в решении проблем семенной репродукции ремонтантных сортов крупноплодной земляники Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Материалы Международной научно-методической дистанционной конференции «Актуальные проблемы размножения ягодных культур и пути их решения», 2010
Матроклинное наследование при скрещиваниях Fragaria x Potentilla Батурин С.О., Амброс Е.В., Кузнецова Л.Л. Фактори експериментальноiй еволюцiп органiзмiв, 2010, т8, 303-306
База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А. В мире научных открытий, 2010, №4 (10), Часть 14. С. 102-103
2009
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и Клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека А.А. Малыгин, Е.И. Бондаренко, В.А. Иванисенко, Е.В. Протопопова, Г.Г. Карпова, В.Б. Локтев BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, т. 74, вып. 12. с. 1631 – 1641
Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456
Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13. №1. с.84-90
Chromodomains and LTR retrotransposons in plants Novikova O. Commun Integr Biol, 2009, 2:158-162
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов BIOPHYSICS, 2009, Т.54, № 6, С.1066-1080
Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Том 13, 208-218
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
Многомерный анализ изменчивости морфологических, химических и хозяйственных признаков в роде (Amaranthus L.) В. М. Ефимов, Н. Б. Железнова, А. В. Железнов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 4. С.811-818
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
Мониторинг диплоидных видов пшеницы и проблемы аутентичности локальных коллекций Н.П. Гончаров, К.А. Головнина, А.С. Шатурова, Ф.А. Коновалов, О.Я. Ляпунова, Т.В. Лебедева, Б.В. Ригин. Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции, 2009, Т. 166, С.375-381
О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений Г. В. Демиденко, В. А. Лихошвай, А. В. Мудров Дифференциальные уравнения, 2009, том 45, № 1, с. 34–46
Опыт использования нуклеотидных последовательностей двух митохондриальных генов (COI, COII) для выяснения таксономического статуса и реконструкции филогенетических отношений шароголовых кузнечиков (Orthoptera, Ensifera, Tettigoniidae) А.Г. Бугров, О.С. Новикова, Е.С. Нетесова, А.В. Горохов, А.Г. Блинов. Евразиатский энтомологический журнал, 2009, 8(1): 1-8.
Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
Предисловие: 200 лет со дня рождения Чарлза Дарвина Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К., Суслов В.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 2. С. 246-248.
Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
Применение компьютерного анализа микроизображений листа для оценки характеристик опушения листа пшеницы Triticum Aestivum L Дорошков А.В., Арсенина С.И., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, №13, Том1, с 218-226
Применение неметрического многомерного шкалирования для мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С.102–108.
Происхождение, эволюция и распространение различных групп non-LTR ретротранспозонов среди эукариот О. Новикова, А. Блинов RUSS J GENET+, 2009, 45(2): 149-159
Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170
Филогения А геномов диких и возделываемых видов пшениц Головнина К.А., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, №11. C. 1540-1547.
Цитокины: биологические свойства и регуляция экспрессии гена интерлейкина-5 человека В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, стр. 53-67
Экспрессия гена dps Escherichia coli в присутствии токсических агентов: анализ и математическое моделирование Лихошвай В.А., Степанова Т.Ю., Задорожный А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №4, С.731-740.
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2009, 54(6):1066-80
Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2009, 11(1):231
Flying non-LTR retrotransposons: DNA transposons as freely available "wings"? Novikova O, Blinov A. RETROVIROLOGY, 2009, 6(Suppl 2): 62
Horizontal transfer of non-LTR retrotransposons O.S. Novikova, V. Fet, A.G.Blinov Информационный вестник ВОГИС, 2009, 13(1): 76-83
Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
Isolation and sequence analysis of the wheat B genome subtelomeric DNA Salina E.A., Sergeeva E.M., Adonina I.G., Shcherban A.B., Afonnikov D.A., Belcram H., Huneau C., Chalhoub B. BMC GENOMICS, 2009, 10, 414
Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi Journal of Stem Cells, 2009, v4, issue 3, pp. 147-160
Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2009, V. 1, 10, 639
Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Novikova O., Fet V., Blinov A Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (1): 27-42
Phylogeny of A Genome of Wild and Cultivated Wheat Species K.A. Golovnina, E.Ja. Kondratenko, A.G. Blinov, and N.P. Goncharov RUSS J GENET+, 2009, Vol. 45, No. 11, pp. 1360–1367
Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
Study of a Mathematical Model for the Autoregulation of Hes7 Protein Synthesis. adeev S. I., Omel’yanchuk N. A., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2009
Taxonomy and molecular phylo-geny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E.Ja. BREEDING SCI, 2009, V. 59, N5. P.492-498.
The evolution of key cell cycle proteins correlates with an increase in the complexity of eukaryotic organisms Turnaev II, Gunbin KV, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, №1,426, 147-151
The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. P. 231-234
Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2009, 4, 425, 546-548
Анализ коррелированных замен в гомологичных белках семейства Fpg/Nei Коптелов С.С., Афонников Д.А., Жарков Д.О. Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2009, Т.7, Вып.1, С. 3-7
Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 122-127
C-Terminal Fragment of Human Laminin-Binding Protein Contains a Receptor Domain for Venezuelan Equine Encephalitis and Tick-Borne Encephalitis Viruses Malygin A.A., Bondarenko E.I., Ivanisenko V.A., Protopopova E.V., Karpova G.G., Loktev V.B. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, Vol. 74, No. 12, pp. 1328 -1336
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека. Биохимия, 2009, 74 (12) 1631-1641 Малыгин А.А., Бондаренко Е.И., Иванисенко В.А., Протопопова Е.В., Карпова Г.Г., Локтев В.Б. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 74 (12) 1631-1641
Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, No. 11, pp. 1476–1492
Генетический контроль развития механорецепторов у Drosophila melanogaster - описание в базе данных "NEUROGENESIS" Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. С.186-193.
Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы В.В. Cуслов, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №2, Том 13, с.410-439
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7 Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140
Математическое моделирование морфогенеза растений Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Журнал вычислительной математики и математической физики, 2008, Т.11. №2., c.151-166
Международная конференция “Происхождение и эволюция биосферы” (BOE’2007) Суслов В.В., Снытников В.Н. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №3, том 12, 483-496
Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик, В.Ф. Пиндюрин, В.С. Елисеев, Б.Г. Гольденберг, М.А. Щеглов, Н.В. Тикунова, Т.М. Хлебодарова, Н.Б. Рубцов, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2008, Т 3 вып 9-10 , с 136-145
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А Сибирские электронные математические известия, 2008, N5, 25-41
Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Вычислительные технологии, 2008, №6, т 13, 91-101
Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, 73(1):70-5
dUTPase-содержащие Metaviridae LTR ретротранспозоны из генома Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Новикова ОС, Блинов АГ Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, Т. 420, С. 699-702
ExpertDiscovery system application for the hierarchical analysis of eukaryotic transcription regulatory regions based on DNA codes of transcription Khomicheva IV, Vityaev EE, Ananko EA, Shipilov TI, Levitsky VG. INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 481-494
Functional divergence of H-pylori related to early gastric cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV. Demina IA, Serebryakova MV, Ivanisenko VA, Aman E, Akopian T, Govorun VM. HELICOBACTER, 2008, 5, 13, 477-477
Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, V. 73, N 2, P. 219-230.
How Drosophila melanogaster Forms its Mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. CURR GENOMICS, 2008, №5, V. 9, pp. 312-323
Genetic сontrol of macrochaetae development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. RUSS J DEV BIOL+, 2008, 2008, Vol. 39, No. 4, pp. 195–206.
Novel clades of chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons from mosses (Bryophyta) Novikova O, Mayorov V, Smyshlyaev G, Fursov M, Adkison L, Pisarenko O, Blinov A PLANT J, 2008, V. 56, P. 562-574
Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7. Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2008
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А. Сибирские электронные математические известия, 2008
Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins. Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2008, V. 446, P. 363-384.
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A. FEBS LETT, 2008, 582. 1293-1297
Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов Успехи физиологических наук, 2008, Т. 39. №1. С. 3-22.
Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L. INTELL DATA ANAL, 2008, Vol. 12, No. 5 P. 463-479.
Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко Вычислительные технологии, 2008, 2, 13, 15-19
Генетический контроль развития макрохет у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Онтогенез, 2008, №4. Т.39. С.245-258
2007
Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин. Molecular Biology, 2007, Т. 41, № 5, с. 843–850
Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, Т. 38, №. 6, стр. 446–456, 2007
Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, 38 №6, 457-462
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
Correlation of codon biases and potential secondary structures with mRNA translation efficiancy in unicellular organisms Vladimirov NV, Likhoshvai VA, Matushkin YG Molecular Biology, 2007, v41(5),843-850
CR1 clade of non-LTR retrotransposons from Maculinea butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae): evidence for recent horizontal transmission Novikova O, Sliwinska E, Fet V, Settele J, Blinov A, Woyciechowski M BMC EVOL BIOL, 2007, V. 7, P. 93
Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г. Вычислительные технологии, 2007, Т. 12, Специальный выпуск 2, С. 107-122
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
Generalized Hill function method for modeling molecular processes Vitaly Likhoshvai and Alexander Ratushny Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V5, N2(b), 521-531.
LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ ИЗ ГЕНОМОВ Aspergillus fumigatus И Aspergillus nidulans. О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 830-838
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
Molecular phylogeny of the genus Triticum L K. A. Golovnina, S. A. Glushkov, A. G. Blinov, V. I. Mayorov, L. R. Adkison and N. P. Goncharov PLANT SYST EVOL, 2007, V. 264, P. 195-216
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 415(1):120-124
Genetic Control of Bristle Pattern Formation in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Doklady Biological Sciences, 2007, Vol. 417, pp. 484–486
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes. S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai, D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007
Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai and D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007, vol.1, Number 2, pp. 178-189.
The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A. In Silico Biology, 2007, 3, 7, 333-354
Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala) Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V. CELL BIOL INT, 2007, 31(2):97-108
Web-based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Post-translational Modifications of Proteins Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2007, 446, 363-384.
А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, 02B, pp. 641-650
Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
The location of the gene regions under selective pressures: PLATO algorithm parallelization Vyatkin Yu. V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. Lect Notes Comput Sci, 2007, V. 4671, P. 184-187.
Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2007, 2, 11, 373-400
Иммунохимические свойства белка PrМ и С-концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В. А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2007, 2007, т. 41(1) с. 8-17
Наследование розовой окраски венчика у полиплоидов земляники (Fragaria L.) Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Досягнення i проблеми генетики, селекцiп та бпотехнологiп, 2007
AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
Сравнительно-генетический анализ голозерной диплоидной пшеницы Triticum sinskajae и ее исходной формы T.monococcum Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Банникова С.В., Коновалов А.А., Головнина К.А. RUSS J GENET+, 2007, Т.43, №11,с.1491-1500
Генетический контроль формирования щетиночного рисунка у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Doklady Akademii Nauk, 2007, № 6, Т.417, С.844-846
ГОМОЛОГ-ЗАВИСИМАЯ ИНАКТИВАЦИЯ LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ В ГЕНОМАХ Aspergillus fumigatus И A. Nidulans О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 973-981
Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 72 (11):1187-1193
Иммунохимические свойства белка PrM и С концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2007, 1, 41, 8-17
2006
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта:рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, N 2, стр.241-272
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова SIBERIAN MATH J+, 2006, 1б, 47, 58-68
Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных аминокислотных заменах Деменков П.С., Аман Е.Э., Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, Т. 7, Вып. 51
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч. BIOPHYSICS, 2006, 4, 51, 633-639
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, выпуск N7, т. 51
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, 51, N7.
Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
Divergent non-LTR retrotransposon lineages from the genomes of scorpions (Arachnida: Scorpiones) Glushkov S., Novikova O., Blinov A., Fet V. MOL GENET GENOMICS, 2006, V. 275. P. 288-296.
Early postnatal changes in respiratory activity in rat in vitro and modulatory effects of substance P Shvarev Y.N., Lagercrantz H. EUR J NEUROSCI, 2006, №8, V. 24, P.2253 - 2263
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94
Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A. BIOCHEM BIOPH RES CO, 2006, 342(3):859-66
Midazolam depresses carotid body chemoreceptor activity Kim C., Shvarev Y., Takeda S., Sakato A, Lindahl S., Eriksson L. ACTA ANESTH SCAND, 2006, V.50, P.144-149
Molecular phylogeny of Palaearctic genera of Gomphocerinae grasshoppers (Orthoptera, Acrididae) Bugrov A., Novikova O., Mayorov V., Adkison L., Blinov A. SYST ENTOMOL, 2006, V. 31. P. 362-368.
A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, №7, V. 51
On the Early Stages of the Evolution of the Geosphere and Biosphere Dobretsov N.L., Kolchanov N.A., Suslov V.V. PALEONTOL J+(RUS), 2006, 4, 40, S407-S424
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
Prediction of Contact Numbers of Amino Acid Residues Using a Neural Network Regression Algorithm D. A. Afonnikov, A. V. Morozov, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, 7,51,
Prediction of the Changes in Thermodynamic Stability of Proteins Caused by Single Amino Acid Substitutions Demenkov P.S., Aman E.E., Ivanisenko V.A. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
Synthtic species are donors to increase wheat biodiversityn N.P. Goncharov, E.Ja. Kondratenko, M.A. Khrabrova, A.A. Konovalov, L.I. Laikova, A.G. Blinov, K.A. Golovnina, S.A. Glushkov Агромеридиан., 2006, V. 3(4), P.86-91.
Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
Выявление потенциальных сайтов связывания транскрипционного фактора SF-1 методом SiteGA, их экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней этого фактора Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, 3, 40,512-523
Иммунохимические свойства рекомбинантных полипептидов, моделирующих домены I и II белка Е вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2005, N 5, т. 39, с. 813-822.
Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
WebProAnalyst: an interactive tool for analysis of quantitative structure-activity relationships in protein families Ivanisenko V.A., Eroshkin A.M., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33, W99-W104
PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites Ivanisenko VA, Pintus SS, Grigorovich DA, Kolchanov NA. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V33, D183–D187
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P. INT J ARTIF INTELL T, 2005, 4, 14, 599-620
GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
2004
Обнаружение эмпирической аксиоматической теории в условиях шумов. Деменков П.С. Вычислительные системы, 2004
SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12.
Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации Колчанов Н.А., Суслов В.В., Гунбин К.В. Информационный вестник ВОГИС, 2004, № 29. С.: 86-99.
Генетические механизмы кодирования биологической сложности Суслов В.В., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2004, Т. II. № 1. С. 13-26.
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода Степаненко И.Л. Экологическая генетика, 2004, Т. 2 (1). C. 4-12
2003
Data Mining Techniques in Bioinformatics Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V. Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2003, 1, 31, 118-121
Application of filter technology in photomorphogenesis gene network Smirnova O.G., Stepanenko I.L. In Silico Biology, 2003, N.1-2. P. 117-125
Apoptosis Gene Network: description in the GeneNet and TRRD databases Stepanenko I., Kolchanov N. Ann.N.Y.Acad.Sci., 2003, V.1010. P.16-18
2002
Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
Локализация антигенной детерминанты белка Е вируса клещевого энцефалита, узнаваемой антигемагглютинирующими моноклональными антителами, с помощью пептидной фаговой библиотеки Локтев А.В., Кувшинов В.Н., Меламед Н.В., Иванисенко В.А., Мишин В.П., Ильичев А.А. Вопросы вирусологии, 2002, N.2, Т.47, С.31-34
SELEX_DB: a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Frolov A.S., Gelfand M.S., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 195-199
ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 200-202
Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P. Knowl-Based Syst. J., 2002, 4, 15, 225-233
rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P. HUM MUTAT, 2002, 4, 20, 239-248
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, V. 30, No. 1 P. 398-401.
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov BIOINFORMATICS, 2001, V.17(11):1-12.
ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287
Интерференция генных сетей апоптоза и ответа на тепловой шок. Степаненко И.Л. Molecular Biology, 2001, Т.35(6). С. 1063-1071
2000
Анализ чужеродных эпитопов, встроенных в НВсАg. Возможные пути решения проблемы самоорганизации химерных коровых частиц Карпенко Л.И., Иванисенко В.А., Пика И.С., Чикаев Н.А., Ерошкин А.М., Меламед Н.В., Веремейко Т.А., Ильичев А.А. Molecular Biology, 2000, N.2, Т.34, С.223-229
Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov PROGRAM COMPUT SOFT+, 2000, 3, 26, 170-176
Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
1999
Усреднее результатов распознавания сайтов может увеличить точность аннотации генома человека Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Фролов А.С., Воробьев Д.В., Колчанов Н.А., Овертон K. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 649-654
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
Вклад сигналов и антисигналов в мутационный спектр сайта встраивания td-интрона. Пономаренко М.П, Пономаренко Ю.В., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 655-663
Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
Oligonucleotide frequency matrices addressed to recognizing functional DNA sites. Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Vorobyev D.G., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 631-643
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
Conformational and physicochemical DNA features specific for transcription factor binding sites. Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.G., Overton G.C., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 654-668
Generating programs for predicting the activity of functional sites. Ponomarenko M.P., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A. J COMPUT BIOL, 1997, 1, 4, 83-90
TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E. Lect Notes Comput Sci, 1997, Вioinformatics, 1278, 99-105
Компьютерный анализ конформационных особенностей ДНК ТАТА-боксов промоторов эукариот Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Кель А.Э., Колчанов Н.А., Карас Х., Вингендер Э., Скленар Х. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 733-740
Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. Molecular Biology, 1997, Т. 31, №4, С. 741-748
1996
Компьютерный анализ зависимостей между максимумом цвета биолюминесценции и первичной структурой люцифераз жуков: идентификация сайтов, ответственных за изменения цвета Морозов В.М., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Угарова Н.Н. Molecular Biology, 1996, Т.30, С.1167-1172
Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application. Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1995, 3:206-214
Анализ встроек пептидных фрагментов в основной белок оболочки бактериофагов М13, f1 и fd. Взаимосвязь структурных характеристик белка оболочки и жизнеспособности мутантных фагов Ерошкин А.М., Миненкова O.O., Фомин В.А., Иванисенко В.А., Ильичев A.A. Molecular Biology, 1993, Т.27. С.1345-1355
SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites. Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A. Comput. Appl. Biosci., 1993, 6, 9, 617-627
