Бистабильность системы утилизации нитрита Escherichia coli: анализ математической модели. Ри Н. А., Хлебодарова Т. М., Когай В. В., Фадеев С. И., Лихошвай В. А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2012, Том XV, № 4(52), с.110-117
2011
Парадоксы "Проблем происхождения жизни" Колчанов Н.А., Суслов В.В. Наука в России, 2011, 5, 41-48
Consideration of Data Load Time on Modern Processors for the Verlet Table and Linked Cell Algorithms Fomin E.S. J COMPUT CHEM, 2011, 32(7), p.1386-1399
2010
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, 275:337-339
Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Т. 275, 412–414.
Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88
Молекулярная филогеография хромосомных рас саппорской кобылки Podisma sapporensis Shir Бугров А. Г., Новикова О. С., Блинов А. Г Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2010, 8 (3): 118-123
A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, 4, 65, 143-145
Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
Применение программной системы ExpertDiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010, Т.8, Выпуск 1, Стр.12-26
Распространение и филогенетические взаимоотношения Tc1-Mariner ДНК транспозонов в отряде Lepidoptera И.Д.Сормачева, А.С.Новиков, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2010, 9(3): 430-432.
Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций Фомин Э.С. Вычислительные методы и программирование, 2010, 11, 299-305
Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
Характеристика C-концевой части гликопротеина Е вируса Западного Нила и оценка силы его взаимодействия с V 3 интегрином как с предполагаемым клеточным рецептором М. В. Богачек, Б. Н. Зайцев, S. K. Sekatskii, Е. В. Протопопова, В. А. Терновой, А. В. Иванова, А. В. Качко, В. А. Иванисенко, G. Dietler, В. Б. Локтев. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, том 75, вып. 4, с. 571 – 581
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
Diversity and evolution of LTR retrotransposons in the genome of Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Novikova O. RUSS J GENET+, 2010, 46:637-644
Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2010, 11(1):231
Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM. J PROTEOME RES, 2010, 9(1):254-67
A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. BMC SYST BIOL, 2010, 4:98 2010
Molecular characterization of vernalization loci (Vrn1) in wild and cultivated wheats Golovnina K., Kondratenko E.Ya., Blinov A., Goncharov N.P. BMC PLANT BIOL, 2010, Vol.10. P. 168
SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
The Digenea Parasite Opisthorchis felineus: a Target for the Discovery and Development of Novel Drugs Mordvinov V.A., Furman D.P. Infect Disord Drug Targets, 2010, V. 10. No. 5. P. 385-401
The role of the functional sites of the Merlin tumor suppressor in Drosophila spermatogenesis Iudina OS, Golovnina KA, Dorogova NV, Kopyl SA, Bolobolova EU, Dubatolova TD, Shilova IÉ, Omel'ianchuk LV, Blinov AG, Chang LSh. RUSS J GENET+, 2010, V. 46(10): 1214-1216.
Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков Вестник МГУ, 2010, No. 4, pp. 73–75
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2010, Т. 8. № 3. С. 13-22.
2009
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и Клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека А.А. Малыгин, Е.И. Бондаренко, В.А. Иванисенко, Е.В. Протопопова, Г.Г. Карпова, В.Б. Локтев BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, т. 74, вып. 12. с. 1631 – 1641
Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456
Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13. №1. с.84-90
Chromodomains and LTR retrotransposons in plants Novikova O. Commun Integr Biol, 2009, 2:158-162
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов BIOPHYSICS, 2009, Т.54, № 6, С.1066-1080
Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Том 13, 208-218
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
Многомерный анализ изменчивости морфологических, химических и хозяйственных признаков в роде (Amaranthus L.) В. М. Ефимов, Н. Б. Железнова, А. В. Железнов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 4. С.811-818
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
Мониторинг диплоидных видов пшеницы и проблемы аутентичности локальных коллекций Н.П. Гончаров, К.А. Головнина, А.С. Шатурова, Ф.А. Коновалов, О.Я. Ляпунова, Т.В. Лебедева, Б.В. Ригин. Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции, 2009, Т. 166, С.375-381
О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений Г. В. Демиденко, В. А. Лихошвай, А. В. Мудров Дифференциальные уравнения, 2009, том 45, № 1, с. 34–46
Опыт использования нуклеотидных последовательностей двух митохондриальных генов (COI, COII) для выяснения таксономического статуса и реконструкции филогенетических отношений шароголовых кузнечиков (Orthoptera, Ensifera, Tettigoniidae) А.Г. Бугров, О.С. Новикова, Е.С. Нетесова, А.В. Горохов, А.Г. Блинов. Евразиатский энтомологический журнал, 2009, 8(1): 1-8.
Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
Предисловие: 200 лет со дня рождения Чарлза Дарвина Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К., Суслов В.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 2. С. 246-248.
Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
Применение компьютерного анализа микроизображений листа для оценки характеристик опушения листа пшеницы Triticum Aestivum L Дорошков А.В., Арсенина С.И., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, №13, Том1, с 218-226
Применение неметрического многомерного шкалирования для мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С.102–108.
Происхождение, эволюция и распространение различных групп non-LTR ретротранспозонов среди эукариот О. Новикова, А. Блинов RUSS J GENET+, 2009, 45(2): 149-159
Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170
Филогения А геномов диких и возделываемых видов пшениц Головнина К.А., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, №11. C. 1540-1547.
Цитокины: биологические свойства и регуляция экспрессии гена интерлейкина-5 человека В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, стр. 53-67
Экспрессия гена dps Escherichia coli в присутствии токсических агентов: анализ и математическое моделирование Лихошвай В.А., Степанова Т.Ю., Задорожный А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №4, С.731-740.
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2009, 54(6):1066-80
Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2009, 11(1):231
Flying non-LTR retrotransposons: DNA transposons as freely available "wings"? Novikova O, Blinov A. RETROVIROLOGY, 2009, 6(Suppl 2): 62
Horizontal transfer of non-LTR retrotransposons O.S. Novikova, V. Fet, A.G.Blinov Информационный вестник ВОГИС, 2009, 13(1): 76-83
Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
Isolation and sequence analysis of the wheat B genome subtelomeric DNA Salina E.A., Sergeeva E.M., Adonina I.G., Shcherban A.B., Afonnikov D.A., Belcram H., Huneau C., Chalhoub B. BMC GENOMICS, 2009, 10, 414
Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi Journal of Stem Cells, 2009, v4, issue 3, pp. 147-160
Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2009, V. 1, 10, 639
Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Novikova O., Fet V., Blinov A Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (1): 27-42
Phylogeny of A Genome of Wild and Cultivated Wheat Species K.A. Golovnina, E.Ja. Kondratenko, A.G. Blinov, and N.P. Goncharov RUSS J GENET+, 2009, Vol. 45, No. 11, pp. 1360–1367
Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
Taxonomy and molecular phylo-geny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E.Ja. BREEDING SCI, 2009, V. 59, N5. P.492-498.
The evolution of key cell cycle proteins correlates with an increase in the complexity of eukaryotic organisms Turnaev II, Gunbin KV, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, №1,426, 147-151
The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. P. 231-234
Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2009, 4, 425, 546-548
Анализ коррелированных замен в гомологичных белках семейства Fpg/Nei Коптелов С.С., Афонников Д.А., Жарков Д.О. Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2009, Т.7, Вып.1, С. 3-7
Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 122-127
Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, No. 11, pp. 1476–1492
Генетический контроль развития механорецепторов у Drosophila melanogaster - описание в базе данных "NEUROGENESIS" Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. С.186-193.
Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы В.В. Cуслов, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №2, Том 13, с.410-439
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7 Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140
Математическое моделирование морфогенеза растений Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Журнал вычислительной математики и математической физики, 2008, Т.11. №2., c.151-166
Международная конференция “Происхождение и эволюция биосферы” (BOE’2007) Суслов В.В., Снытников В.Н. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №3, том 12, 483-496
Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик, В.Ф. Пиндюрин, В.С. Елисеев, Б.Г. Гольденберг, М.А. Щеглов, Н.В. Тикунова, Т.М. Хлебодарова, Н.Б. Рубцов, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2008, Т 3 вып 9-10 , с 136-145
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А Сибирские электронные математические известия, 2008, N5, 25-41
Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Вычислительные технологии, 2008, №6, т 13, 91-101
Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, 73(1):70-5
dUTPase-содержащие Metaviridae LTR ретротранспозоны из генома Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Новикова ОС, Блинов АГ Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, Т. 420, С. 699-702
ExpertDiscovery system application for the hierarchical analysis of eukaryotic transcription regulatory regions based on DNA codes of transcription Khomicheva IV, Vityaev EE, Ananko EA, Shipilov TI, Levitsky VG. INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 481-494
Functional divergence of H-pylori related to early gastric cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV. Demina IA, Serebryakova MV, Ivanisenko VA, Aman E, Akopian T, Govorun VM. HELICOBACTER, 2008, 5, 13, 477-477
Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, V. 73, N 2, P. 219-230.
How Drosophila melanogaster Forms its Mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. CURR GENOMICS, 2008, №5, V. 9, pp. 312-323
Novel clades of chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons from mosses (Bryophyta) Novikova O, Mayorov V, Smyshlyaev G, Fursov M, Adkison L, Pisarenko O, Blinov A PLANT J, 2008, V. 56, P. 562-574
Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A. FEBS LETT, 2008, 582. 1293-1297
Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов Успехи физиологических наук, 2008, Т. 39. №1. С. 3-22.
Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L. INTELL DATA ANAL, 2008, Vol. 12, No. 5 P. 463-479.
Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко Вычислительные технологии, 2008, 2, 13, 15-19
Генетический контроль развития макрохет у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Онтогенез, 2008, №4. Т.39. С.245-258
2007
Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин. Molecular Biology, 2007, Т. 41, № 5, с. 843–850
Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, Т. 38, №. 6, стр. 446–456, 2007
Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, 38 №6, 457-462
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
Correlation of codon biases and potential secondary structures with mRNA translation efficiancy in unicellular organisms Vladimirov NV, Likhoshvai VA, Matushkin YG Molecular Biology, 2007, v41(5),843-850
CR1 clade of non-LTR retrotransposons from Maculinea butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae): evidence for recent horizontal transmission Novikova O, Sliwinska E, Fet V, Settele J, Blinov A, Woyciechowski M BMC EVOL BIOL, 2007, V. 7, P. 93
Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г. Вычислительные технологии, 2007, Т. 12, Специальный выпуск 2, С. 107-122
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
Generalized Hill function method for modeling molecular processes Vitaly Likhoshvai and Alexander Ratushny Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V5, N2(b), 521-531.
LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ ИЗ ГЕНОМОВ Aspergillus fumigatus И Aspergillus nidulans. О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 830-838
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
Molecular phylogeny of the genus Triticum L K. A. Golovnina, S. A. Glushkov, A. G. Blinov, V. I. Mayorov, L. R. Adkison and N. P. Goncharov PLANT SYST EVOL, 2007, V. 264, P. 195-216
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai and D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007, vol.1, Number 2, pp. 178-189.
The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A. In Silico Biology, 2007, 3, 7, 333-354
Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala) Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V. CELL BIOL INT, 2007, 31(2):97-108
Web-based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Post-translational Modifications of Proteins Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2007, 446, 363-384.
А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, 02B, pp. 641-650
Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2007, 2, 11, 373-400
AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
Генетический контроль формирования щетиночного рисунка у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Doklady Akademii Nauk, 2007, № 6, Т.417, С.844-846
ГОМОЛОГ-ЗАВИСИМАЯ ИНАКТИВАЦИЯ LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ В ГЕНОМАХ Aspergillus fumigatus И A. Nidulans О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 973-981
Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 72 (11):1187-1193
Иммунохимические свойства белка PrM и С концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2007, 1, 41, 8-17
2006
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта:рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, N 2, стр.241-272
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова SIBERIAN MATH J+, 2006, 1б, 47, 58-68
Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных аминокислотных заменах Деменков П.С., Аман Е.Э., Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, Т. 7, Вып. 51
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч. BIOPHYSICS, 2006, 4, 51, 633-639
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, выпуск N7, т. 51
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, 51, N7.
Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
Divergent non-LTR retrotransposon lineages from the genomes of scorpions (Arachnida: Scorpiones) Glushkov S., Novikova O., Blinov A., Fet V. MOL GENET GENOMICS, 2006, V. 275. P. 288-296.
Early postnatal changes in respiratory activity in rat in vitro and modulatory effects of substance P Shvarev Y.N., Lagercrantz H. EUR J NEUROSCI, 2006, №8, V. 24, P.2253 - 2263
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94
Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A. BIOCHEM BIOPH RES CO, 2006, 342(3):859-66
Midazolam depresses carotid body chemoreceptor activity Kim C., Shvarev Y., Takeda S., Sakato A, Lindahl S., Eriksson L. ACTA ANESTH SCAND, 2006, V.50, P.144-149
Molecular phylogeny of Palaearctic genera of Gomphocerinae grasshoppers (Orthoptera, Acrididae) Bugrov A., Novikova O., Mayorov V., Adkison L., Blinov A. SYST ENTOMOL, 2006, V. 31. P. 362-368.
A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, №7, V. 51
On the Early Stages of the Evolution of the Geosphere and Biosphere Dobretsov N.L., Kolchanov N.A., Suslov V.V. PALEONTOL J+(RUS), 2006, 4, 40, S407-S424
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
Prediction of Contact Numbers of Amino Acid Residues Using a Neural Network Regression Algorithm D. A. Afonnikov, A. V. Morozov, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, 7,51,
Prediction of the Changes in Thermodynamic Stability of Proteins Caused by Single Amino Acid Substitutions Demenkov P.S., Aman E.E., Ivanisenko V.A. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
Synthtic species are donors to increase wheat biodiversityn N.P. Goncharov, E.Ja. Kondratenko, M.A. Khrabrova, A.A. Konovalov, L.I. Laikova, A.G. Blinov, K.A. Golovnina, S.A. Glushkov Агромеридиан., 2006, V. 3(4), P.86-91.
Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
Выявление потенциальных сайтов связывания транскрипционного фактора SF-1 методом SiteGA, их экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней этого фактора Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, 3, 40,512-523
