 |
Publications
| 2023 |
Trait-Based Method of Quantitative Assessment of Ecological Functional Groups in the Human Intestinal Microbiome
Andrew I. Kropochev, Sergey A. Lashin, Yury G. Matushkin, Alexandra I. Klimenko
[Biology]
|
|
A New Visualization and Analysis Method for a Convolved Representation of Mass Computational Experiments with Biological Models
Klimenko A.I., Vorobeva D.A., Lashin S.A.
[Mathematics]
|
|
Antitumor efficacy of multi-target in situ vaccinations with CpG oligodeoxynucleotides, anti-OX40, anti-PD1 antibodies, and aptamers
Proskurina AS, Ruzanova VS, Ritter GS, Efremov YR, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Fokina AA, Zatsepin TS, Stetsenko DA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS
[J Biomed Res]
|
|
Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus
Korenskaia A.Y., Matushkin Y.G., Mustafin Z.S., Lashin S.A., Klimenko A.I.
[Biology]
|
|
Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes
Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости
Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Внутриопухолевая гетерогенность: модели возникновения и эволюции злокачественных опухолей
Р.А.Иванов
С.А.Лашин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Лабораторные информационные системы для управления исследовательскими работами в биологии
А.М. Мухин, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Молекулярные механизмы оптимизации элонгации трансляции существенно различаются у бактерий, имеющих и не имеющих кластеры генов биосинтеза нерибосомных пептидов
А. И. Клименко, С. А. Лашин, Н. А. Колчанов, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин
[Молекулярная биология]
|
|
Развитие сибирской школы
математической (системной) биологии
Н.А. Колчанов, С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Ю.Г. Матушкин
[Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
|
|
Расстройства аутистического спектра: в поисках призмы для разделения на отдельные подтипы
Трифонова Е.А., Пащенко А.А., Лашин С.А.
[Природа]
|
| 2022 |
Bioinformatic Assessment of Factors Affecting the Correlation between Protein Abundance and Elongation Efficiency in Prokaryotes
Aleksandra E. Korenskaia, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin, Alexandra I. Klimenko
[INT J MOL SCI]
|
|
ICBrainDB: An Integrated Database for Finding Associations between Genetic Factors and EEG Markers of
Depressive Disorders
Роман Иванов;
Федор Казанцев;
Евгений Заварзин;
Александра Клименко;
Наталья Милахина;
Юрий Матушкин;
Александр Савостьянов;
Сергей Лашин.
[J. Pers. Med]
|
|
Abnormal mTOR Activity in Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric and MIA-Associated Autism Spectrum Disorders
Ekaterina A. Trifonova, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov
[INT J MOL SCI]
|
|
Agent‐Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population
Georgii P. Romanov , Anna A. Smirnova , Vladimir I. Zamyatin, Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev,
Vera G. Pshennikova, Fedor M. Teryutin, Aisen V. Solovyev, Sardana A. Fedorova, Olga L. Posukh,
Sergey A. Lashin and Nikolay A. Barashkov
[Biology]
|
|
Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation
Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin
[Mathematics]
|
|
Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data
Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin
[INT J MOL SCI]
|
| 2021 |
Do Autism Spectrum and Autoimmune Disorders Share Predisposition Gene Signature Due to mTOR Signaling Pathway Controlling Expression?
Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov
[INT J MOL SCI]
|
|
Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies
Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS
[ANTICANCER RES]
|
|
Leave or Stay: Simulating Motility and Fitness of Microorganisms in Dynamic Aquatic Ecosystems
Alexandra Klimenko, Yury Matushkin, Nikolay Kolchanov, Sergey Lashin
[Biology]
|
|
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin
[Lect Notes Comput Sci]
|
|
The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems
T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Комплексный анализ влияния аллельного полиморфизма 5-HTTLPR на поведенческие и нейрофизиологические показатели исполнительного контроля у людей из разных этнических групп в Сибири
А.Н. Савостьянов, Д.В. Базовкина, С.А. Лашин, С.С. Таможников, А.Е. Сапрыгин, Т.Н. Астахова,
У.Н. Кавай-оол, Н.В. Борисова, А.Г. Карпова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Технологии поиска и исследования
потенциально осциллирующих ферментативных систем
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека
З. С. Мустафин, С. А. Лашин, Ю. Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2020 |
Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов
Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
A new approach to estimating the prevalence of hereditary hearing loss: an analysis of the distribution of sign language users based on census data in Russia.
Romanov G.P., Pshennikova V.G., Lashin S.A., Solovyev A.V., Teryutin F.M., Cherdonova A.M., Borisova T.V., Sazonov N.N., Khusnutdinova E.K., Posukh O.L., Fedorova S.A., Barashkov N.A.
[PloS One]
|
|
Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude
for Functional Gene Groups
Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V.
[Genes]
|
|
The effect of meditation on comprehension of statements about one-self and others: a pilot ERP and behavioral study
Alexander Savostyanov, Sergey Tamozhnikov, Andrey Bocharov, Alexander Saprygin, Yuriy Matushkin, Sergey Lashin, Galina Kolpakova, Klimenty Sudobin, Gennady Knyazev
[FRONT HUM NEUROSCI]
|
|
Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности
С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин
[Генетика]
|
|
Распространенность языка жестов в качестве источника данных для генетической эпидемиологии наследуемых форм потери слуха.
Романов Г.П., Пшенникова В.Г., Лашин С.А., Соловьев А.В., Терютин Ф.М., Сазонов Н.Н., Хуснутдинова Э.К., Посух О.Л., Федорова С.А., Барашков Н.А.
[Медицинская генетика]
|
| 2019 |
MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat
Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana
Zakhar S. Mustafin, Vladimir I. Zamyatin, Dmitrii K. Konstantinov, Aleksej V. Doroshkov, Sergey A. Lashin, Dmitry A. Afonnikov
[Genes]
|
|
Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities
Иванов Роман Артемович
Замятин Владимир
Клименко Александра Игоревна
Матушкин Юрий Георгиевич
Савостьянов Александр Николаевич
Лашин Сергей Александрович
[Genes]
|
|
Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[ECOL MODEL]
|
|
The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes
Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov
[INT J MOL SCI]
|
|
Разработка программного комплекса WebMCOT для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов
Мухин Алексей Максимович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лашин Сергей Александрович
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
| 2018 |
MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS
Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Marital structure, genetic fitness, and the GJB2 gene mutations among deaf people in Yakutia (Eastern Siberia, Russia).
Romanov G.P., Barashkov N.A, Teryutin F.M., Lashin S.A., Solovyev A.V., Pshennikova V.G., Bondar A.A., Morozov I.V., Sazonov N.N., Tomsky M.I., Dzhemileva L.U., Khusnutdinova E.K., Posukh O.L., Fedorova S.A.
[RUSS J GENET+]
|
|
Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России
Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах
Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”]
|
|
Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов
Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Эффективность элонгации трансляции открытых рамок считывания одноклеточных организмов
Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.С. Соколов
[V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ]
|
| 2017 |
AltORFev facilitates the prediction of alternative open reading frames in eukaryotic mRNAs
Kochetov Alex V., Allmer Jens, Klimenko Alexandra I., Zuraev Bulat S., Matushkin Yury G., Lashin Sergey A.
[BIOINFORMATICS]
|
|
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles
Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov
[BMC BIOINFORMATICS]
|
| 2016 |
A Review of Simulation and Modeling Approaches in Microbiology
A. I. Klimenko, Z. S. Mustafin, A. D. Chekantsev, R. K. Zudin, Yu. G. Matushkin, S. A. Lashin
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Bacteriophages affect evolution of bacterial communities in spatially distributed habitats: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC MICROBIOL]
|
|
Impact of socio-demographic structure of the deaf people communities in prevalence of hereditary hearing loss.
Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Zytsar M.V., Mikhalskaia V.Yu., Lashin S.A., Barashkov N.A., Romanov G.P.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2015 |
A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study
Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии
Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов
В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software
Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения
Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution
Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2012 |
Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
[ECOL MODEL]
|
|
Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges
Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
|
|
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор"
Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ
Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии
С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин
[RUSS J GENET+]
|
| 2011 |
Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems
S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov
[RUSS J GENET+]
|
|
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг”
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[RUSS J GENET+]
|
| 2010 |
Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
| 2009 |
Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом
Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Вычислительные технологии]
|
| 2007 |
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006))
Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G
[In Silico Biology]
|
| 2005 |
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
|
