CROP PANGENOMES A.Yu. Pronozin, M.K. Bragina , E.A. Salina Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
Автоматическое фенотипирование морфологии колоса
тетра- и гексаплоидных видов пшеницы методами компьютерного зрения А.Ю. Пронозин, А.А. Паулиш, Е.А. Заварзин, А.Ю. Приходько, Н.М. Прохошин, Ю.В. Кручинина,
Н.П. Гончаров, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):00-00
Automatic morphology phenotyping of tetra- and hexaploid wheat spike using computer vision methods A.Yu. Pronozin, A.A. Paulish, E.A. Zavarzin, A.Yu. Prikhodko, N.M. Prokhoshin, Yu.V. Kruchinina,
N.P. Goncharov, E.G. Komyshev, M.A. Genaev Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
Пангеномы сельскохозяйственных растений Пронозин А.Ю., Брагина М.К., Салина Е.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021;25(1):57-63
Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2 А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):7-17.
Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека З. С. Мустафин, С. А. Лашин, Ю. Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):46-56
Технологии поиска и исследования
потенциально осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova CURR OPIN PLANT BIOL, 2021, 63, 102058
Do Autism Spectrum and Autoimmune Disorders Share Predisposition Gene Signature Due to mTOR Signaling Pathway Controlling Expression? Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2021, 22(10), 5248
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin Lect Notes Comput Sci, 2021
Рибосомное профилирование как инструмент исследования трансляции у растений: основные итоги, проблемы и перспективы Афонников, Д. А., Синицына, О. И., Голубева, Т. С., Шмаков, Н. А., Кочетов, А. В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 251-259
Вироид веретеновидности клубней картофеля Кочетов, А. В., Пронозин, А. Ю., Шацкая, Н. В., Афонников, Д. А., Афанасенко, О. С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 269-275
NLR Genes Related Transcript Sets in Potato Cultivars Bearing Genetic Material of Wild Mexican Solanum Species Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Antonova O.Y., Shatskaya N.V., Glagoleva A.Y., Ibragimova S.M., Khiutti A., Afanasenko O.S., Gavrilenko T.A. Agronomy, 2021, v. 11, P. 2426
Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS ANTICANCER RES, 2021, V. 41. N 7. P. 3371-3387
2020
Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. No 2. С. 455–470
Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин Генетика, 2020, том 56, № 2, с. 234–246
PlantLayout – программное средство для моделирования распределения веществ в тканях различной структуры Савина М.С., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020
Specification and regulation of vascular tissue identity in the Arabidopsis embryo Margot E. Smit, Cristina I. Llavata-Peris, Mark Roosjen, Henriette van Beijnum, Daria Novikova, Victor Levitsky, Iris Sevilem, Pawel Roszak, Daniel Slane, Gerd Jürgens, Victoria Mironova, Siobhan M. Brady, Dolf Weijers DEVELOPMENT, 2020, 147(8):dev186130
Generation of GABAergic striatal neurons by a novel iPSC differentiation protocol enabling scalability and cryopreservation of progenitor cells Grigor’eva E.V., Malankhanova T.B., Surumbayeva A., Pavlova S.V., Minina J.M., Kizilova E.A., Suldina L.A., Morozova K.N., Kiseleva E., Sorokoumov E.D., Lebedev I.N., Zakian S.M, Malakhova A.A. CYTOTECHNOLOGY, 2020
Rocks in the auxin stream:
Wound induced auxin accumulation and ERF115 expression synergistically drive
stem cell regeneration Canher B., Heyman J., Savina M., Devendran A., Eekhout T., Vercauteren I., Prinsen
E., Matosevich R., Xu J., Mironova V., De Veylder L. P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117(28):16667-16677
metaRE R Package for Meta-Analysis of Transcriptome Data to Identify the
cis-Regulatory Code behind the Transcriptional Reprogramming Novikova D.D., Cherenkov P.A., Sizentsova Y.G., Mironova V.V. Genes, 2020, 11(6): 634
Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude
for Functional Gene Groups Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V. Genes, 2020, 11(4): 434
Анализ цветовых и текстурных характеристик зерен злаков на цифровых изображениях Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 4, с. 340-347
Использование гиперспектральной камеры Specim IQ
для анализа растений В.В. Альт, Т.А. Гурова, О.В. Елкин, Д.Н. Клименко, Л.В. Максимов, И.А. Пестунов, О.А. Дубровская,
М.А. Генаев, Т.В. Эрст, К.А. Генаев, Е.Г. Комышев, В.К. Хлесткин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 3, с. 259-266
Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis Alejandra Freire-Rios, Keita Tanaka, Isidro Crespo, Elmar van der Wijk, Yana Sizentsova, Victor Levitsky, Simon Lindhoud, Mattia Fontana, Johannes Hohlbein, D. Roeland Boer, Victoria Mironova, and Dolf Weijers P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117 (39) 24557-24566
Cell Dynamics in WOX5-Overexpressing Root Tips: The Impact of Local Auxin Biosynthesis Maria S. Savina,
Taras Pasternak,
Nadya A. Omelyanchuk,
Daria D. Novikova,
Klaus Palme,
Victoria V. Mironova,
Viktoriya V. Lavrekha Frontiers in Plant Science, 2020, №11, p. 1529
Meta-Analysis of Transcriptome Data Detected New Potential Players in Response to Dioxin Exposure in Humans Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Victoria Mironova and Nikolay Kolchanov INT J MOL SCI, 2020
Quantifying Drosophila adults with the use of a smartphone Evgenia K. Karpova, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Natalya V. Adonyeva, Dmitry A. Afonnikov, Margarita A. Eremina, Nataly E. Gruntenko Biology Open, 2020, 9: bio054452
First person – Evgeniya Karpova and Evgenii Komyshev Evgeniya Karpova, Evgenii Komyshev Biology Open, 2020, 9: bio056622
A Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived
Isogenic Model of Huntington’s Disease Based on
Neuronal Cells Has Several Relevant
Phenotypic Abnormalities Tuyana Malankhanova, Lyubov Suldina, Elena Grigor'eva, Sergey Medvedev, Julia Minina, Ksenia Morozova, Elena Kiseleva, Suren Zakian, Anastasia Malakhova J. Pers. Med, 2020
Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы
и воспоминания М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 2020, 6(4):193-198
The mechanism of potato resistance to
Globodera rostochiensis: comparison of root
transcriptomes of resistant and susceptible
Solanum phureja genotypes Alex V. Kochetov, Anastasiya A. Egorova, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina,
Sophia V. Gerasimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov,
Olga Y. Antonova, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko and Tatjana A. Gavrilenko BMC PLANT BIOL, 2020, 20(Suppl 1):350
В.А. Лихошвай: учитель, ученый, собеседник Клименко А.И. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 6(4):199-200
2019
Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. ECOL MODEL, 2019, V 399, p.66-76
Оценка количественных характеристик клубнеобразования
дикого картофеля на основе анализа изображений клубней
с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала,
Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019. Онлайн.
Morphometry of the Wheat Spike by Analyzing 2D Images Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Nikolai V. Smirnov, Yuliya V. Kruchinina,
Nikolay P. Goncharov and Dmitry A. Afonnikov Agronomy, 2019, 0, 9, 390
Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities Иванов Роман Артемович
Замятин Владимир
Клименко Александра Игоревна
Матушкин Юрий Георгиевич
Савостьянов Александр Николаевич
Лашин Сергей Александрович Genes, 2019
Исследование мутантного фенотипа изогенной клеточной модели болезни Хантингтона Маланханова Т.Б., Григорьева Е.В., Сульдина Л.А., Морозова К.Н., Киселева Е.В., Закиян С.М., Малахова А.А. Гены и клетки, 2019, Том XIV. Приложение. С. 144.
The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2019, Int. J. Mol. Sci. 2019, 20(24), 6332;
2018
Deciphering Auxin-Ethylene Crosstalk at a Systems Level Elena V. Zemlyanskaya, Nadya A. Omelyanchuk, Elena V. Ubogoeva, Victoria V. Mironova INT J MOL SCI, 2018, 19:4060
2008
Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Вычислительные технологии, 2008, №6, т 13, 91-101
2007
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
2005
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
