 |
 |
|
Система учета научной деятельности (ASSA) |
|
|
|
 |
|
 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Лаборатория эволюционной биоинформатики и теоретической генетики (т.14)Отдел системной биологииПодразделенияСектор регуляторной компьютерной геномики (т.171)
Научные результаты Сотрудники О Подразделении 1. Основное направление фундаментальных и фундаментально-ориентированных исследований Компьютерный анализ эволюции на различных уровнях структурной организации живых организмов; теоретическое изучение молекулярных механизмов взаимосвязи между генетической и фенотипической изменчивостью организмов.
2. Задачи, решаемые в настоящее время в рамках базового бюджетного проекта: Бюджетный проект VI.61.1.2 «Компьютерно-экспериментальное исследование и моделирование структурно-функциональной организации и эволюции генных сетей многоклеточных и одноклеточных организмов» (координатор ‑ акад. РАН Колчанов Н.А., директор ИЦиГ СО РАН, зав. отдела системной биологии, д.б.н., профессор). В рамках проекта лаборатория принимает участие в выполнении следующих задач: (1) компьютерный анализ структурно-функциональной организации геномов (по блоку "Геномика"); (2) компьютерный анализ и моделирование эволюционной изменчивости молекулярно-генетических систем (по блоку "Молекулярная эволюция")
3. При наличии прикладных результатов (что желательно) должен быть введен еще один раздел «Прикладные разработки». Прикладных разработок нет.
4. Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет. (1) Компьютерное сравнение генома древнего человека Homo denisova c геномом современного человека Homo sapiens sapiens (H.s.s.) выявило в геноме H.denisova 29 быстро эволюционирующих ортологов миРНК человека, регулирующих экспрессию генов на уровне трансляции за счет взаимодействия с мРНК-мишенями (рис. 1).
Рисунок 1. Поиск и анализ функций миРНК в геномах древних людей. (А) миРНК комплементарно взаимодействует с мРНК в составе RISC-комплекса, подавляя трансляцию и стимулируя деградацию мРНК. (Б) Филогенетическое дерево гоминид, включая H.denisova и современного человека с датировками времен дивергенции. (В) Примеры ряда структур мозга, в которых наблюдается повышенная экспрессия мРНК, регулируемых быстро эволюционирующими миРНК. Анализ был проведен на основе информации из нескольких баз данных с использованием статистического теста Монте-Карло. Показан достоверно высокий уровень экспрессии мРНК, регулируемых быстро эволюционирующими миРНК H.d. – ортологами миРНК человека в ряде структур мозга, которые у H.s.s. отвечают за интеллектуальные и когнитивные способности. К числу этих структур относятся: фронтальная часть поясной извилины (формирование эмоций, обучение и память), медиальная затылочно-височная извилина (распознавание речи), височная средняя извилина (понимание смысла слов в процессе чтения) и некоторые другие.
(2) Проведено исследование структурно-функциональных особенностей молекулярной эволюции белковых молекул циклинов животных, грибов и протистов, принадлежащих семействам A, B, E и D. Показано, что атипичные, редко фиксируемые аминокислотные замены у циклинов связаны с ароморфозами в эволюции животных и процессами дупликаций генов в ходе эволюции животных и грибов. Также показано, что эволюционная пластичность функций циклинов может обеспечиваться интенсивными преобразованиями поверхностных участков далеко отстоящих от сайтов взаимодействия с CDK у циклинов животных и грибов и функциональной дифференциацией паралогичных циклинов (в том числе и по сайту посадки CDK), образованных в процессе эволюции животных (Рис.2).
Рисунок 2. Трехмерная структура циклинов с локализацией консервативных и варьирующих участков вторичных структур. A – комплекс циклин A1-CDK2 человека; B – циклин B1 человека; C – циклин B дрожжей. Вторичные структуры: знаком “+” выделены структуры, у которых количество всех замен достоверно выше ожидаемого. Красным выделены молекулы CDK, синим – участки циклинов, содержащиеся в безделеционном выравнивании. Было показано, что за эволюционную взаимосвязь между изменениями молекулярной структуры циклинов и их вовлеченностью в различные молекулярно-генетические процессы может отвечать изменение числа и/или природы связывающихся с циклинами белков.
(3) Исследованы молекулярно-генетические механизмы эволюционной адаптации микроорганизмов к экстремально высоким давлениям на уровне как структуры белков, так и полных геномов. Для трех видов архей, проживающих на разных глубинах мирового океана, была реконструирована их дивергенция от общего предка (рис. 3). Впервые выявлено, что адаптивная эволюция при изменении условий давления внешней среды наиболее сильно затрагивает системы трансляции и структуры рибосом. Анализ РНК-связывающего белка Nip7 методами молекулярной динамики показал, что адаптация приводит к структурным изменениям отдельных участков Nip7. Это позволяет проводить in silico дизайн микроорганизмов, устойчивых к экстремальным условиям среды.
Рисунок 3. Эволюционная история архей рода Pyrococcus (P. furiosus, P. horikoshii и P. abyssi). Показан порядок дивергенции видов от общего предка, глубины их местообитаний и предельные значения давлений, при которых эти виды выживают. Таким образом, результаты анализа показали, что давление, как основной фактор, к которому должны адаптироваться археи, по-видимому, играет важную роль на этапе дивергенции P. furiosis от общего предка P. abyssi, P. horikoshii и P. furiosis. Что касается дивергенции предка P. horikoshii и P. abyssi от общего предка, а также дивергенции видов P. horikoshii и P. abyssi, то здесь не менее важным фактором может являться смена экологической ниши. В частности, P. horikoshii приспособился к существованию на субстратах обогащенных аминокислотами и занял нишу консумента более высокого порядка; P. abyssi может существовать и на субстратах, обедненных аминокислотами и, вероятно, занял нишу консумента более низкого порядка.
(4) Проанализированы частоты аминокислотных замен и рассчиталн индекс асимметрии замен (ИАЗ) аминокислот на этапе дивергенции мелководных архей P.furiosus от общего глубоководного предка. ИАЗ характеризует, какие типы замен чаще происходили на данном этапе эволюции. Анализ корреляций физико-химических свойств аминокислот с величинами ИАЗ показал, что наиболее часто значимые корреляции со значениями ИАЗ наблюдаются у свойств аминокислот, связанных с гидрофобностью и формированием внутренних участков белков (42 % от общего числа свойств этой группы) и связанных с формированием бета-слоев (19% от общего числа свойств этой группы). Это свидетельствует о важности такого свойства аминокислот, как гидрофобность для адаптации структур белков к условиям изменения давлений среды.
(5) Для транскрипционного фактора Smad2 найдены группы генов-мишеней, отвечающих на условия активации или ингибирования Smad2 в эмбриональных стволовых клетках (ЭСК) мыши. На основе компьютерного анализа данных ChIP-Seq ЭСК мыши в условиях активации и подавления экспрессии гена Smad2 под действием внешних факторов (белка Activin и ингибитора SB431542, соответственно) в нуклеотидных последовательностях, окружающих сайты связывания Smad2 выявлены группы нуклеотидных мотивов, соответствующих потенциальным сайтам связывания регуляторных кофакторов (Рис. 4).
Рисунок 4. Профили связывания Smad2 в трех условиях (активации и ингибирования) в районе гена Oct4. Нуклеотидная последовательность показана внизу. Выделены цветом мотивов связывания Smad2 (CAGA) в пике ChIP-seq.
(6) В результате измерений in vitro впервые экспериментально подтверждены пять наибольших повреждений ТАТА боксов из более 50 сделанных нами ранее прогнозов in silico, которые были ассоциированы с заболеваниями человека. Все пять проб in vitro подтвердили соответствующие им in silico прогнозы уменьшения сродства ТВР к SNP-содержащим ТАТА-боксам (значимость p<0.05). Доверительные 95%-интервалы in vitro и in silico перекрылись в 3 из 5 опытах. Ни для одной из пяти SNP снижение сродства ТВР к ТАТА боксу не достигло верхней 95%-доверительной границы неспецифического сродства ТВР/ДНК (значимость p<0.05). Это означает, что даже самые сильные повреждения SNP-содержащих ТАТА боксов лишь модулируют уровень специфического сродства ТВР к ним, и малы в сравнении с полным разрушением ТАТА бокса до неспецифического уровня сродства ТВР к содержащему его промотору гена человека. Следовательно, SNP в ТАТА боксе может оказывать патогенетическое влияние на молекулярный механизм регуляции экспрессии гена, изменение уровня которой - патология.
(7) Разработана технология высокопроизводительного определения параметров опушения листа (рис. 5). Она основана на анализе цифровых изображений сгиба листа, полученных при помощи микроскопа. В результате применения технологии выявлены важные зависимости между числом трихом и их длиной у пшеницы. Разработанная программа LHDetect для анализа характеристик опушения по цифровому изображению доступна по адресу http://wheatdb.org/lhdetect. Программа оценивает число трихом и их распределение по длине. Время обработки одного образца составляет около минуты. Это позволяет проводить массовое фенотипирование растений в полевых условиях.
Рисунок 5. Технология фенотипирования морфологии опушения листа пшеницы. Отбор предфлаговых листьев (а). Выбор точек сгиба на листе (б). Приготовление микропрепаратов (в). Получение цифровых изображений в микроскопе (г); Обработка изображений и анализ данных на компьютере (д). Пример изображения трихом листа пшеницы сорта Голубка (е).
5. Задачи, планируемые на перспективу:
Вишневский Олег Владимирович [научный сотрудник] Генаев Михаил Александрович [старший научный сотрудник] Игнатьева Елена Васильевна [старший научный сотрудник] Комышев Евгений Геннадьевич [научный сотрудник] Левицкий Виктор Георгиевич [старший научный сотрудник] Ощепков Дмитрий Юрьевич [старший научный сотрудник] Подколодная Ольга Александровна [старший научный сотрудник] Пономаренко Михаил Павлович [ведущий научный сотрудник] Суслов Валентин Владимирович [научный сотрудник] Турнаев Игорь Иванович [младший научный сотрудник] Цуканов Антон Витальевич [младший научный сотрудник] Чадаева Ирина Витальевна [научный сотрудник] Шмаков Николай Александрович [младший научный сотрудник] Бывшие сотрудникиАнанько Елена АнатольевнаАфонников Дмитрий Аркадьевич Генаев Михаил Александрович Колонин Антон Германович Кривенко Ольга Валериевна Леванова Наталья Максимовна Манахов Андрей Дмитриевич Медведев Кирилл Евгеньевич Ощепкова Евгения Александровна Фомин Эдуард Станиславович Шварев Юрий Николаевич СовместителиПодколодный Николай Леонтьевич [ведущий специалист - аналитик]Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода: 93 94 95 96 97 98 99 00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты
|
| 2016 | Interactions between leaf pubescence genes in bread wheat as assessed by high throughput phenotyping. Doroshkov A.V., Afonnikov D.A., Dobrovolskaya O.B., Pshenichnikova T.A. EUPHYTICA, 2016, v.207 (3), p.491-500.
|
| Regions of the bread wheat D genome associated with variation in key photosynthesis traits and shoot biomass under both well watered and water deficient conditions Svetlana Osipova, Alexey Permyakov, Marina Permyakova, Tatyana Pshenichnikova, Vasiliy Verkhoturov, Alexandr Rudikovsky, Elena Rudikovskaya, Alexandr Shishparenok, Alexey Doroshkov, Andreas Börner J APPL GENET, 2016, v.57(2), 151-163.
|
|
| Dysfunction in ribosomal gene expression in the hypotalamus and hippocampus following chronic social defeat stress in male mice as revealed by RNA-seq. Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Bragin A.O., Orlov Yu.L., Kudryavtseva N.N. NEURAL PLAST, 2016, http://dx.doi.org/10.1155/2016/3289187
|
|
| Изменение экспрессии дофаминергических генов в структурах мозга самцов мышей под влиянием хронического социального стресса: данные RNA-seq Коваленко Ирина Леонидовна, Смагин Дмитрий Александрович, Галямина Анна Георгиевна, Орлов Юрий Львович, Кудрявцева Наталия Николаевна Molecular Biology, 2016, том 50, №1, с.184-187
|
|
| Transcriptome profiles of gene expression in brain of male mice with repeated experience of aggression as revealed by RNA-Seq Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Y.L., Babenko V.N. EUR NEUROPSYCHOPHARM, 2016, Volume 26, Supplement 2, October 2016, Pages S179
|
|
| 2015 | Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна Пономаренко Михаил Павлович Аршинова Татьяна Валентиновна Савинкова Людмила Кузьминична Медицинская генетика, 2015
|
| The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(3), pp. 308–312, DOI: 10.1134/S2079059715030193
|
|
| Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites. Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, p. 322–329
|
|
| Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA. TRENDS PLANT SCI, 2015, doi: 10.1016/j.tplants.2015.06.004
|
|
| Human Genes Encoding Transcription Factors and Chromatin-Modifying Proteins Have Low Levels of Promoter Polymorphism: A Study of 1000 Genomes Project Data Ignatieva EV, Levitsky VG, Kolchanov NA International Journal of Genomics, 2015, 2015, 260159
|
|
| Association Analysis of Genetic Variants with Type Diabetes in a Mongolian Population in China. Bai H, Liu H, Suyalatu S, Guo X, Chu S, Chen Y, Lan T, Borjigin B, Orlov YL, Posukh OL, Yang X, Guilan G, Osipova LP, Wu Q, Narisu N. Journal of Diabetes Research, 2015, 2015: 613236. doi: 10.1155/2015/613236. Epub 2015 Jul 28.
|
|
| Genetic dissection of earliness by analysis of a recombinant chromosome substitution double haploid mapping population of bread wheat (Triticum aestivum L.) in different geographic regions Tatyana A. Pshenichnikova, Elena K. Khlestkina, Svetlana Landjeva, Alexey V. Doroshkov, Tanya Kartseva, Andreas Bo¨rner, Alexander V. Simonov, Ludmila V. Shchukina, Evgeniya V. Morozova EUPHYTICA, 2015, v.206 (1), p.191-202. DOI 10.1007/s10681-015-1500-6
|
|
| How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2015, Volume 2015, Article ID 359835
|
|
| Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster. Zhimulev IF, Zykova TYu, Goncharov FP, Khoroshko VA, Demakova OV, Semeshin VF, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Demidova DS, Levitsky VG, Demakov SA, Belyaeva ES CHROMOSOME RES, 2015, 23: 409-410
|
|
| Computer high-throughput approaches to wheat phenotyping: application to leaf pubescence analysis Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A. Simonov A.V. The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book, 2015, p.3
|
|
| The effect of plant hormones on the manifestation of leaf pubescence genes in bread wheat. Doroshkov A.V., Simonov A.V., Afonnikov D.A., Kasyanov N.S., Pshenichnikova T.A. The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book, 2015, p. 13
|
|
| Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы. М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(6):707-714 DOI 10.18699/VJ15.086
|
|
| Reconstruction of sequence from its circular partial sums for cyclopeptide sequencing problem Fomin ES Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 13(1):1540008
|
|
| Разработка новых SSR-маркеров к локусам гомеологичных генов WFZP на основе изучения строения и локализации микросателлитов в богатых генами районах хромосом 2AS, 2BS, 2DS мягкой пшеницы О.Б. Добровольская, К. Понт, Ю.Л. Орлов, Ж. Сальс Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(3):303-309
|
|
| Identification of microRNA genes in three opisthorchiids Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV. PLOS NEGLECT TROP D, 2015, 9(4):e0003680
|
|
| ПРОГНОЗ И ВЕРИФИКАЦИЯ ВЛИЯНИЯ SNP rs367781716 НА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА С ПРОМОТОРОМ ГЕНА АВСА9 ЧЕЛОВЕКА Аркова ОВ., Драчкова ИА., Аршинова ТВ., Рассказов ДА., Суслов ВВ., Пономаренко ПМ., Пономаренко МП., Колчанов НА., Савинква ЛК. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, т.19, № 6, с.
|
|
| Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2015, Suppl.13. V. 16. S5.
|
|
| Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах генов прокариот. 1. Вишневский О.В., Бочарников А.В., Романенко А.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015
|
|
| FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.) Oxana Dobrovolskaya, Caroline Pont, Richard Sibout, Petr Martinek, Ekaterina Badaeva, Florent Murat, Audrey Chosson, Nobuyoshi Watanabe, Elisa Prat, Nadine Gautier, Véronique Gautier, Charles Poncet, Yuriy Orlov, Alexander A. Krasnikov, Hélène Bergès, Elena Salina, Lyudmila Laikova, Jerome Salse PLANT PHYSIOL, 2015, vol. 167 (1): 189-199 doi: 10.1104/pp.114.250043
|
|
| Divergence and population traits in evolution of the genus Pisum L. as reconstructed using genes of two histone H1 subtypes showing different phylogenetic resolution Olga O. Zaytseva, Konstantin V. Gunbin, Anatoliy V. Mglinets, Oleg E. Kosterin GENE, 2015, Vol. 556. P. 235-244. doi: 10.1016/j.gene.2014.11.062.
|
|
| Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, Т. 10. № 1. С. 1-14.
|
|
| A computational model of the effect of symplastic growth on cell mechanics in a linear leaf blade Zubairova U., Golushko S., Penenko A., Nikolaev S. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13, No. 1 1540005
|
|
| Sequence-based prediction of transcription upregulation by auxin in plants Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 1, 13, 1540009
|
|
| Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2015, Т. 51, № 4, с. 409–429 (Vol. 51, No. 4, pp. 334–352)
|
|
| Comparison of the 3D organization of sperm and fibroblast genomes using the Hi-C approach Nariman Battulin, Veniamin S Fishman, Alexander M Mazur, Mikhail Pomaznoy, Anna A Khabarova, Dmitry A Afonnikov, Egor B Prokhortchouk, Oleg L Serov GENOME BIOL, 2015, Genome Biology 2015, 16:77-85
|
|
| Interaction sorting method for molecular dynamics on multi-core SIMD CPU architecture Matvienko S., Alemasov N., and Fomin E. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13. No 2. P. 1540004–1540018
|
|
| 2014 | РАЗРАБОТКА ИСКУССТВЕННЫХ КОГНИТИВНЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МОДЕЛЕЙ МОЗГА ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ Н.И. Путинцев, О.В. Вишневский, Е.Е. Витяев Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т18, №4/3 сс.1156-1171
|
| АНАЛИЗ КОГНИТИВНЫХ СВОЙСТВ НЕЙРОННЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МЕТОДОВ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ОБРАТНОЙ СВЯЗИ О.В. Вишневский, Н.И. Путинцев, Т.А. Запара, А.С. Ратушняк Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, №4/3, сс.1195-1204
|
|
| Genetic basis of olfactory cognition: extremely high level of DNA sequence polymorphism in promoter regions of the human olfactory receptor genes revealed using the 1000 Genomes Project dataset Ignatieva E.V., Levitsky V.G., Yudin N.S., Moshkin M.P., Kolchanov N.A. Front Psychol, 2014, published: 24 March 2014 doi: 10.3389/fpsyg.2014.00247
|
|
| The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein. Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A. HUM MUTAT, 2014, 5, 35, 601-608
|
|
| Models of Regulation of Stem Cell Niche Structure in Shoot Apical Meristem U. S. Zubairova, S. V. Nikolaev Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 4, pp. 273–280
|
|
| ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 2, 354-362
|
|
| Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov BMC STRUCT BIOL, 2014, 14:23
|
|
| Восстановление аминокислотной последовательности циклических пептидов из масс-спектров Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 4/2, С.973-982
|
|
| Исследование структуры и эволюции сетей научного соавторства на основе анализа новосибирских публикаций в области биологии и медицины Титов ИИ, Блинов АА Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т. 18, № 4/2, стр. 939-944
|
|
| Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886.
|
|
| Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing E. M. Sergeeva, D. A. Afonnikov, M. K. Koltunova, V. D. Gusev, L. A. Miroshnichenko, J. Vrána, M. Kubaláková, C. Poncet, P. Sourdille, C. Feuillet, J. Doležel, E. A. Salina Plant Genome, 2014, 7 (2), doi:10.3835/plantgenome2013.10.0031
|
|
| Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Том 9, № 2, стр. 504-517
|
|
| Mitochondrial DNA mutations and cancer: lessons from the parathyroid. Popadin K, Gunbin KV, Khrapko K. AM J PATHOL, 2014, 184(11):2852-2854
|
|
| ПОИСК ПЕРЕПРЕДСТАВЛЕННЫХ ХАРАКТЕРИСТИК ГЕНОВ: ОПЫТ РЕАЛИЗАЦИИ ПЕРЕСТАНОВОЧНОГО ТЕСТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРОВ А.А. Якименко, К.В. Гунбин, М.С. Хайретдинов Автометрия, 2014, № 1, с. 123-129.
|
|
| Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/2, стр. 1032-1038
|
|
| L-Система для моделирования плоских одномерно растущих растительных тканей Зубаирова У.С., Голушко С.К., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, № 4/2, с. 945-952.
|
|
| Применение технологии CUDA для моделирования процессов реакции-диффузии на двумерном клеточном ансамбле Пененко А.В., Троеглазова Т.С, Зубаирова У.С., Байшибаев Д.Ж., Николаев С.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9. № 2. С. 491–503.
|
|
| Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 6, pp. 568–574
|
|
| ВЛИЯНИЕ ПЕРЕСТРОЕК ХРОМОСОМ 2-Й ГОМЕОЛОГИЧЕСКОЙ ГРУППЫ НА МОРФОЛОГИЮ КОЛОСА МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ О.Б. Добровольская, П. Мартинек, И.Г. Адонина, Е.Д. Бадаева, Ю.Л. Орлов, Е.А. Салина, Л.И. Лайкова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, ТОМ 18, № 4/1, с. 672-680
|
|
| Гены, контролирующие пищевое поведение и массу тела человека, и их функциональные и геномные характеристики Е.В. Игнатьева, Д.А. Афонников, Е.И. Рогаев, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 2014, Т.18, №4/2 , стр.867-875
|
|
| Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопреципитации хроматина Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Вавиловский журнал генетики и селекции. Т. 18, № 1, С. 193-206.
|
|
| ChIP-seq данные и их анализ Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А. Молекулярная и прикладная генетика, 2014, Молекулярная и прикладная генетика. Сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси. Т. 18. С.84 -97.
|
|
| Агрессивное поведение: генетико-физиологические механизмы Кудрявцева Н.Н., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Вавиловский журнал генетики и селекции. Том 18, 4/3, С. 1105-1126.
|
|
| rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, July 2014, Volume 4, Issue 4, pp 245-253
|
|
| Ассоциация полиморфизма гена DRD4 с некоторыми факторами риска сердечно-сосудистых заболеваний Юдин Н.С., Мишакова Т.М., Игнатьева Е.В., Максимов В.Н., Гафаров В.В., Малютина С.К., Воевода М.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/3, стр. 1237-1245.
|
|
| 2013 | INVESTIGATION OF THE SPATIAL GENOME ORGANIZATION OF MOUSE SPERM AND FIBROBLASTS BY THE Hi-C METHOD N.R. Battulin, V.S. Fishman, A.A. Khabarova, M.Yu. Pomaznoy, T.A. Shnaider, D.A. Afonnikov, O.L. Serov Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, V 18, № 2, p 338-344
|
| Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):96-102
|
|
| Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот Т. И. Меркулова, Е. А. Ананько, Е. В. Игнатьева, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2013, том 49, № 1, с. 37–54
|
|
| Evolution of General Transcription Factors Gunbin KV, Ruvinsky A. J MOL EVOL, 2013, 76(1-2):28-47
|
|
| An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
|
|
| How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 1, 11, 1340011 (DOI: 10.1142/S0219720013400118)
|
|
| Биоинформатика: метод во главе угла Афонников Д.А. Иванисенко В.А. Наука из первых рук, 2013, 1,49,51-59
|
|
| Introductory note for BGRS-2012 special issue Kolchanov N.A., Orlov Y.L. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, Vol. 11, No. 1: 1302001.
|
|
| Modeling of plant embryo morphodynamics at early developmental stages S. V. Nikolaev, N. A. Kolchanov, S. K. Golushko, J. -C. Palauqui, A. Urban, E. V. Amelina, A. V. Yurchenko, K. S. Golushko, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, A. Trubuil Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, May 2013, Volume 3, Issue 3, pp 176-183
|
|
| Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA Frontiers in Genetics, 2013, , 4, 122
|
|
| Association of AMD-like retinopathy development with an Alzheimer’s disease metabolic pathway in OXYS rats Oyuna S. Kozhevnikova, Elena E. Korbolina, Natalia A. Stefanova, Natalia A. Muraleva, Yuriy L. Orlov, Nataliya G. Kolosova BIOGERONTOLOGY, 2013, Volume 14, Issue 6, 753-762
|
|
| Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе. Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1):248–257
|
|
| Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
|
|
| Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода сортировки взаимодействий в молекулярной динамике Фомин Э.С. Вестник УГАТУ, 2013, Т. 17, №2 (55), С.75-84.
|
|
| Модель регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis thaliana С. В. Николаев, У. С. Зубаирова, А. В. Пененко, Э. Д. Мелснесс (E. D. Mjolsness), Б. Е. Шапиро (B. E. Shapiro), Н. А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2013, том 452, № 3, с. 336–338
|
|
| Model of Structuring the Stem Cell Niche in Shoot Apical Meristem of Arabidopsis thaliana S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, E. D. Mjolsness, B. E. Shapiro, and Academician N. A. Kolchanov Doklady Biological Sciences, 2013, Vol. 452, pp. 316–319
|
|
| Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. FEBS J, 2013, 280 (Suppl. 1) p. 459–460
|
|
| Genome-wide analysis reveals Zic3 interaction with distal regulatory elements of stage specific developmental genes in zebrafish Winata C.L., Kondrychyn I., Kumar V., Srinivasan K.G., Orlov Y., Ravishankar A., Prabhakar S., Stanton L.W., Korzh V., Mathavan S. PLOS GENET, 2013, 9(10): e1003852
|
|
| Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L. PALEONTOL J+(RUS), 2013, 47(9), 1056-1060.
|
|
| Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, ТОМ 17, № 3, С.202-211
|
|
| Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyl-dithiophosphinate complexes of neodymium(III), europium(III) and ytterbium(III) with 1,10-phenanthroline using NMR S. P. Babailov, E.N. Zapolotsky, E.S. Fomin POLYHEDRON, 2013, 65, 332-336
|
|
| NET-Q модель учета переноса заряда и поляризации для молекулярной динамики Фомин Э.С., Васенин А.Е. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2013, T.13, №4, с.43-60
|
|
| Генетический контроль опушения листа у изогенных линий мягкой пшеницы сорта Новосибирская 67 Дорошков А.В., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. RUSS J GENET+, 2013, Т. 49, с.1-9
|
|
| Ab initio human miRNA and pre-miRNA prediction I. I. Titov, P.S. Vorozheykin Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, V. 11 (6): 1343009
|
|
| NETINFERENCE: набор программ для анализа структуры и динамики сетей И. И. Титов, А. А. Блинов, К. А. Рудниченко, П. В. Крутов, А. Л. Казанцев, А. И. Куликов Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, т.17, №4/1, с. 615-619.
|
|
| Phylogenetic Analysis of Housekeeping Archaeal Proteins and Early Stages of Archaea Evolution K. V. Gunbin, V. V. Suslov, D. A. Afonnikov PALEONTOL J+(RUS), 2013, 47(9):1041–1047
|
|
| Модели регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега У.С. Зубаирова, С.В. Николаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, № 4/1, с. 738-747
|
|
| Моделирование биомеханики и морфодинамики растений в пакете COMSOL С.В. Николаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, № 4/1, с. 724-737
|
|
| Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, с.577-588
|
|
| BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, С. 607-614.
|
|
| SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, С. 599-606.
|
|
| ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, No 4/1, 589-598
|
|
| Генные сети Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, N4/2, 833-849
|
|
| Межмолекулярные взаимодействия в функциональных системах нейрона. Проскура А.Л., Малахин И.А., Турнаев И.И., Суслов В.В., Запара Т.А., Ратушняк А.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 18, № 4, стр. 620-628
|
|
| 2012 | Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ECOL MODEL, 2012, Volume/issue:224C, pp. 124-129, doi: 10.1016/j.ecolmodel.2011.11.004
|
| Detection of mitochondrial DNA from domestic cattle in European bison (Bison bonasus) from the Altai Republic in Russia Yudin N.S., Kulikov I.V., Gunbin K.V., Aitnazarov R.B., Kushnir A.V., Sipko T.P., Moshkin M.P. ANIM GENET, 2012, Vol. 43, No. 3, P. 362.
|
|
| Пути поступления наночастиц в организм млекопитающих, их биосовместимость и клеточные эффекты. Подколодная О. А., Игнатьева Е. В. , Подколодный Н. Л. , Колчанов Н. А. . Успехи современной биологии, 2012, Т. 132, № 1, с. 3–15
|
|
| Анализ последовательностей регуляторных районов генов реляционной системой EXPERT DISCOVERY, встроенной в пакет UGENE. Васькин Ю.Ю., Хомичева И.В., Игнатьева Е.В., Витяев Е.Е. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2012, Т. 10. № 1, стр.73-86
|
|
| Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 2, С. 415-426
|
|
| Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
|
|
| Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7. № 2. С. 398–409. URL: http://www.matbio.org/2012/Fomin_7_398.pdf
|
|
| WheatPGE: A system for analysis of relationships among the phenotype, genotype, and environment in wheat M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. V. Morozova, T. A. Pshenichnikova and D. A. Afonnikov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, v.2, №3, p.262-269
|
|
| Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique Mikhail A. Genaev, Alexey V. Doroshkov, Tatyana A. Pshenichnikova, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov PLANTA, 2012, v.236, pp. 1943–1954
|
|
| RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, № 4/1, С. 756-765
|
|
| BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16
|
|
| Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Морозова Е.В., Симонов А.В., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7, № 2, С. 410-424
|
|
| Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя. Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 1, С. 99-108
|
|
| Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA. In Silico Biology, 2012, Vol. 11 (2011/2012) P. 109–123
|
|
| ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
|
|
| A single nucleotide polymorphism in the promoter region of the mink tumor necrosis factor-alpha gene. Yudin N.S., Aitnazarov R.B., Kulikov I.V., Ignatieva E.V., Trapezov O.V. Scientifur, 2012, Vol. 36, No. 3/4, P. 300-304.
|
|
| ExpertDiscovery and UGENE integrated system for intelligent analysis of regulatory regions of genes Vaskin Y.Y., Khomicheva I.V., Ignatieva E.V., Vityaev E.E. In Silico Biology, 2012, 2011/2012, 11, 3, P.97-108
|
|
| Finding biomarkers in non-model species: literature mining of transcription factors involved in bovine embryo development. Turenne N, Tiys E, Ivanisenko V, Yudin N, Ignatieva E, Valour D, Degrelle S, Hue I BioData Mining, 2012, Aug 29;5(1):12
|
|
| Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng J INTEGR BIOINFORM, 2012, Journal of Integrative Bioinformatics, 9(2):211, 2012
|
|
| Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П. Археология, этнография и антропология Евразии, 2012, 2012. №3(51):22-30.
|
|
| TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т.7. №2. С.444-460.
|
|
| Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
|
|
| Информационная поддержка исследования механизмов регуляции транскрипции: онтологический подход Подколодный Николай Леонтьевич Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, т. 16, С. 742-755
|
|
| Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, Т.16, 791-798
|
|
| Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм Н.Н. Втюрина, С.Л. Гроховский, А.Б. Васильев, И.И. Титов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, С.Е. Пельтек, Ю.Д. Нечипуренко, академик Н.А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2012, 2, 447, 217-222.
|
|
| A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software E.S. Fomin, N.A. Alemasov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 6, pp. 453–461
|
|
| Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 774–784.
|
|
| Моделирование роста и развития растительных тканей в формализме L-систем Зубаирова У.С., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 816-824
|
|
| Моделирование морфодинамики на ранних стадиях эмбриогенеза растения Николаев С.В., Колчанов Н.А., Голушко С.К., Палаки Ж.-К., Урбан О., Амелина Е.В., Юрченко А.В., Голушко К.С., Зубаирова У.С., Пененко А.В., Трубюй А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 805-815
|
|
| Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин RUSS J GENET+, 2012, том 48, № 5, с. 573–589.
|
|
| Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
|
|
| Информационный портал "Биотехнология растений" - Интернет ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы. Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т.16. №4/1. С. 838-848.
|
|
| Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y. Proceedings of HIBIT2012, 2012, Proceedings of HIBIT2012, April 19-22, 2012, Cappadocia, Turkey, 77-81.
|
|
| 3С-методы в исследованиях пространственной организации генома Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, № 4/2, том 16, стр 872-878
|
|
| The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. // Proc. of Proc. of The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology». July–August 2012. Irkutsk. Russia. P.61. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina GENETICS, 2012, P.61.
|
|
| 2011 | Парадоксы "Проблем происхождения жизни" Колчанов Н.А., Суслов В.В. Наука в России, 2011, 5, 41-48
|
| Consideration of Data Load Time on Modern Processors for the Verlet Table and Linked Cell Algorithms Fomin E.S. J COMPUT CHEM, 2011, 32(7), p.1386-1399
|
|
| Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
|
|
| Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
|
|
| Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
|
|
| Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375
|
|
| Spontaneous spectinomycin resistance mutations detected after biolistic transformation of Daucus carota L. Elena A. Filipenko, Yuri V. Sidorchuk, Igor I. Titov, Valery P. Maltsev and Elena V. Deineko PHYSIOL MOL PLANT P, 2011, Volume 17, Number 1, 79-86
|
|
| In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
|
|
| КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА WheatPGE ДЛЯ АНАЛИЗА ВЗАИМОСВЯЗИ ФЕНОТИП-ГЕНОТИП-ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА У ПШЕНИЦЫ М.А. Генаев, A.В. Дорошков, Е.В. Морозова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2011
|
|
| Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2011, т.47, №12, с. 1676–1685
|
|
| Анализ дупликаций генов миРНК человека и роль эволюции транспозонов в этом процессе Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 1. С.139-147
|
|
| миРНК-содержащие транспозоны человека Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 2. с. 323-326
|
|
| Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. BMC EVOL BIOL, 2011, 11:224
|
|
| Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, 438(3):412–415
|
|
| Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. Вестник ТГУ, 2011, № 4(16) C.:175-189.
|
|
| Анализ особенностей морфологии и наследования опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помощью компьютерных методов фенотипирования. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. RUSS J GENET+, 2011, Т. 47, № 6, с. 839–843.
|
|
| Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Медведев К.Е., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2011, Т. 275, С. 378-380
|
|
| Thermodynamic and kinetic basis for recognition and repair of 8-oxoguanine in DNA by human 8-oxoguanine-DNA glycosylase. Kirpota O.O., Endutkin A.V., Ponomarenko M.P., Ponomarenko P.M., Zharkov D.O., Nevinsky G.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2011, 11, 39, 4836-4850
|
|
| Изучение методами молекулярной динамики структур белков NIP7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. Вестник ТГУ, 2011, № 4 (16), с136
|
|
| Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions Kian Leong Lee, Sandy Keat Lim, Yuriy Lvovich Orlov, Le Yau Yit, Henry Yang, Lay Teng Ang, Lorenz Poellinger, Bing Lim PLOS GENET, 2011, Volume 7, Issue 6, e1002130
|
|
| Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 2, с.327-339
|
|
| Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov RUSS J GENET+, 2011, Vol. 47, No. 12, pp. 1487–1495.
|
|
| A Study of a One-Dimensional Model of Regulation of the Renewing Zone Size in a Biological Tissue Accounting for Cell Division S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, S. I. Fadeev, E. Mjolsness, N. A. Kolchanov Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2011, Vol. 5, No. 4, pp. 1–14.
|
|
| Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 4, Стр. 750-756.
|
|
| 2010 | Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
|
| Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, 275:337-339
|
|
| Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Т. 275, 412–414.
|
|
| A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, 4, 65, 143-145
|
|
| Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
|
|
| Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
|
|
| Применение программной системы ExpertDiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010, Т.8, Выпуск 1, Стр.12-26
|
|
| Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
|
|
| Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций Фомин Э.С. Вычислительные методы и программирование, 2010, 11, 299-305
|
|
| Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
|
|
| Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
|
|
| Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
|
|
| Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
|
|
| Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
|
|
| Possibility spaces and evolution Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PALEONTOL J+(RUS), 2010, 12, 44, 1491-1499
|
|
| Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
|
|
| SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
|
|
| Адаптация к бездне Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В. Химия и жизнь, 2010, №3, 38-41
|
|
| Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков Вестник МГУ, 2010, No. 4, pp. 73–75
|
|
| Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
|
|
| 2009 | Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
|
| Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
|
|
| Предисловие: 200 лет со дня рождения Чарлза Дарвина Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К., Суслов В.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 2. С. 246-248.
|
|
| Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
|
|
| Применение компьютерного анализа микроизображений листа для оценки характеристик опушения листа пшеницы Triticum Aestivum L Дорошков А.В., Арсенина С.И., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, №13, Том1, с 218-226
|
|
| Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
|
|
| Isolation and sequence analysis of the wheat B genome subtelomeric DNA Salina E.A., Sergeeva E.M., Adonina I.G., Shcherban A.B., Afonnikov D.A., Belcram H., Huneau C., Chalhoub B. BMC GENOMICS, 2009, 10, 414
|
|
| Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2009, V. 1, 10, 639
|
|
| Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
|
|
| The evolution of key cell cycle proteins correlates with an increase in the complexity of eukaryotic organisms Turnaev II, Gunbin KV, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, №1,426, 147-151
|
|
| Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2009, 4, 425, 546-548
|
|
| Анализ коррелированных замен в гомологичных белках семейства Fpg/Nei Коптелов С.С., Афонников Д.А., Жарков Д.О. Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2009, Т.7, Вып.1, С. 3-7
|
|
| Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
|
|
| Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
|
|
| Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы В.В. Cуслов, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №2, Том 13, с.410-439
|
|
| Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
|
|
| 2008 | Международная конференция “Происхождение и эволюция биосферы” (BOE’2007) Суслов В.В., Снытников В.Н. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №3, том 12, 483-496
|
| Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
|
|
| Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
|
|
| Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, 73(1):70-5
|
|
| ExpertDiscovery system application for the hierarchical analysis of eukaryotic transcription regulatory regions based on DNA codes of transcription Khomicheva IV, Vityaev EE, Ananko EA, Shipilov TI, Levitsky VG. INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 481-494
|
|
| Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
|
|
| Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, V. 73, N 2, P. 219-230.
|
|
| Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
|
|
| Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins. Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2008, V. 446, P. 363-384.
|
|
| TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
|
|
| Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов Успехи физиологических наук, 2008, Т. 39. №1. С. 3-22.
|
|
| Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L. INTELL DATA ANAL, 2008, Vol. 12, No. 5 P. 463-479.
|
|
| 2007 | Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
|
| Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г. Вычислительные технологии, 2007, Т. 12, Специальный выпуск 2, С. 107-122
|
|
| Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
|
|
| Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
|
|
| Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
|
|
| Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
|
|
| Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 415(1):120-124
|
|
| Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
|
|
| Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
|
|
| The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A. In Silico Biology, 2007, 3, 7, 333-354
|
|
| The location of the gene regions under selective pressures: PLATO algorithm parallelization Vyatkin Yu. V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. Lect Notes Comput Sci, 2007, V. 4671, P. 184-187.
|
|
| Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2007, 2, 11, 373-400
|
|
| Взаимодействие рекомбинантного ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами промоторов генов млекопитающих Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Пономаренко М.П., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2007, Т.V, №2, 44-49
|
|
| Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 72 (11):1187-1193
|
|
| 2006 | Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
|
| Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
|
|
| Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч. BIOPHYSICS, 2006, 4, 51, 633-639
|
|
| Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
|
|
| Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А BIOPHYSICS, 2006, №4, т.51, 608-614.
|
|
| Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
|
|
| Early postnatal changes in respiratory activity in rat in vitro and modulatory effects of substance P Shvarev Y.N., Lagercrantz H. EUR J NEUROSCI, 2006, №8, V. 24, P.2253 - 2263
|
|
| Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A. BIOCHEM BIOPH RES CO, 2006, 342(3):859-66
|
|
| Method SiteGA for transcription factor binding sites recognition Levitsky, V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BIOPHYSICS, 2006, 51(4):633-639
|
|
| Midazolam depresses carotid body chemoreceptor activity Kim C., Shvarev Y., Takeda S., Sakato A, Lindahl S., Eriksson L. ACTA ANESTH SCAND, 2006, V.50, P.144-149
|
|
| On the Early Stages of the Evolution of the Geosphere and Biosphere Dobretsov N.L., Kolchanov N.A., Suslov V.V. PALEONTOL J+(RUS), 2006, 4, 40, S407-S424
|
|
| Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
|
|
| Prediction of Contact Numbers of Amino Acid Residues Using a Neural Network Regression Algorithm D. A. Afonnikov, A. V. Morozov, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, 7,51,
|
|
| Statistical analysis of nucleosome formation sites Orlov IuL, Levitskii VG, Smirnova OG, Podkolodnaia OA, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. BIOPHYSICS, 2006, 51(4):608-614
|
|
| Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
|
|
| Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
|
|
| Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
|
|
| Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
|
|
| Выявление потенциальных сайтов связывания транскрипционного фактора SF-1 методом SiteGA, их экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней этого фактора Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, 3, 40,512-523
|
|
| Генные сети липидного метаболизма Колчанов Н.А., Воевода М.И., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Игнатьева Е.В. Бюллетень СО РАМН, 2006, N2 (120), стр. 29-42.
|
|
| 2005 | Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Проскура А.Л., Воронич Е.С., Дубовенко Е.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, N2, с.179-198.
|
| Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
|
|
| Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P. INT J ARTIF INTELL T, 2005, 4, 14, 599-620
|
|
| GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
|
|
| 2004 | SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12.
|
| Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации Колчанов Н.А., Суслов В.В., Гунбин К.В. Информационный вестник ВОГИС, 2004, № 29. С.: 86-99.
|
|
| Генетические механизмы кодирования биологической сложности Суслов В.В., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2004, Т. II. № 1. С. 13-26.
|
|
| Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610
|
|
| Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621
|
|
| Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
|
|
| 2003 | rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2003, 1, 31, 118-121
|
| 2002 | SELEX_DB: a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Frolov A.S., Gelfand M.S., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 195-199
|
| ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 200-202
|
|
| Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P. Knowl-Based Syst. J., 2002, 4, 15, 225-233
|
|
| rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P. HUM MUTAT, 2002, 4, 20, 239-248
|
|
| GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
|
|
| GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, V. 30, No. 1 P. 398-401.
|
|
| Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
|
|
| 2001 | Сравнительный анализ методов распознавания потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов. М.А. Поздняков, Е.Е. Витяев, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, Н.Л. Подколодный, С.В. Лаврюшев, Н.А. Колчанов Molecular Biology, 2001, т.35 (6), 961-969
|
| rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
|
|
| Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov BIOINFORMATICS, 2001, V.17(11):1-12.
|
|
| ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287
|
|
| 2000 | Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov PROGRAM COMPUT SOFT+, 2000, 3, 26, 170-176
|
| SELEX_DB: an activated database on selected randomized DNA/RNA sequences addressed to genomic sequence annotation Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Frolov A.S., Zybova S.V., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2000, 1, 28, 205-208
|
|
| Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
|
|
| 1999 | Усреднее результатов распознавания сайтов может увеличить точность аннотации генома человека Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Фролов А.С., Воробьев Д.В., Колчанов Н.А., Овертон K. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 649-654
|
| GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
|
|
| Вклад сигналов и антисигналов в мутационный спектр сайта встраивания td-интрона. Пономаренко М.П, Пономаренко Ю.В., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 655-663
|
|
| Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
|
|
| Oligonucleotide frequency matrices addressed to recognizing functional DNA sites. Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Vorobyev D.G., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 631-643
|
|
| Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
|
|
| Conformational and physicochemical DNA features specific for transcription factor binding sites. Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.G., Overton G.C., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 654-668
|
|
| Nucleosomal DNA property database. Levitsky V.G., Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 582-592
|
|
| Prediction of eukaryotic mRNA traslational properties. Kochetov A.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Kisselev L.L., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 704-712
|
|
| Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression. Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 669-686
|
|
| Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS BIOINFORMATICS, 1999, 15(7-8):644-653
|
|
| 1998 | Функциональные сайты геномов про- и эукариот: компьютерное моделирование и предсказание активности Колчанов Н.А., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Подколодный Н.Л. Molecular Biology, 1998, 2, 32, 255-267
|
| Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
|
|
| GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome. N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1998, 6, 95-104
|
|
| 1997 | Generating programs for predicting the activity of functional sites. Ponomarenko M.P., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A. J COMPUT BIOL, 1997, 1, 4, 83-90
|
| TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E. Lect Notes Comput Sci, 1997, Вioinformatics, 1278, 99-105
|
|
| Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 726-732
|
|
| Компьютерный анализ конформационных особенностей ДНК ТАТА-боксов промоторов эукариот Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Кель А.Э., Колчанов Н.А., Карас Х., Вингендер Э., Скленар Х. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 733-740
|
|
| Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. Molecular Biology, 1997, Т. 31, №4, С. 741-748
|
|
| 1996 | Олигонуклеотидные словари изофункциональных семейств генов, кодирующих белок Колчанов Н.А., Бабенко В.Н., Вишневский О.В., Кель А.Э. Doklady Akademii Nauk, 1996, 348(5):696-699
|
| 1995 | Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application. Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1995, 3:206-214
|
| 1993 | SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites. Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A. Comput. Appl. Biosci., 1993, 6, 9, 617-627
|
Монографии
| 2014 | Evolution, Biodiversity and Ecology in Microbial Communities: Mathematical Modeling and Simulation with the “Haploid Evolutionary Constructor” Software Tool Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Klimenko A.I., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
|
| Wheat leaf pubescence analysis: methods of computer phenomics Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A.
|
|
| 2013 | Degrees of Freedom. Ponomarenko M, Babenko V, Kochetov A, Kolchanov N
|
| Cladogenesis. Ponomarenko M, Gunbin K, Doroshkov A, Kolchanov N
|
|
| Heat Shock Proteins. Ponomarenko M, Stepanenko I., Kolchanov N
|
|
| Hogness Box. Ponomarenko M, Mironova V, Gunbin K, Savinkova L
|
|
| Initiation Factors. Ponomarenko M, Savinkova L, Kolchanov N
|
|
| Unique DNA. Ponomarenko M, Orlova G, Kolchanov N
|
|
| 2012 | Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
|
| Том IV. Глава 6. Компьютерная эволюционная биология. 6.3.2.3. Безмасштабные сети и их эволюция. Титов И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В.
|
|
| Том IV. Глава 6. Компьютерная эволюционная биология. 6.3.1.5. Эволюция квазивидов как зондирование ландшафта приспособленности. Титов ИИ
|
|
| 2011 | Analysis of the Conservative Motifs in Promoters of miRNA Genes, Expressed in Different Tissues of Mammalians O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V. Bocharnikov, and E.V. Berezikov
|
| Dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophageal transcription factors and cytokines: prediction and experimental verification E.V. Kashina, D.Yu. Oshchepkov, E.V. Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov, D.P. Furman
|
|
| Моделирование коэволюции одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программного комплекса «Эволюционный конструктор» Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
|
| Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
|
| 2010 | Компьютерный генетический конструктор: математическое моделирование генетических и метаболических подсистем E. coli Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ратушный А.В., Лашин С.А., Турнаев И.И., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Колчанов Н.А.
|
| Экспериментально-компьютерное конструирование и анализ бактериальных геносенсоров для детекции токсичности окружающей среды Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А., Качко А.В., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Задорожный А.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
|
| Влияние neisseria gonorrhoeae на жизнеспособность клеток хозяина: реконст¬рукция генной сети // В монографии: Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения. Ред. В.В.Власов, А.Г.Дегерменджи, Н.А.Колчанов, В.Н.Пармон, В.Е.Репин. Изд-во СО РАН, Новосибирск. 2010 Подколодная О.А.
|
|
| Анализ эволюции в семействах белоккодирующих генов у архей рода Pyrococcus при адаптации к высоким давлениям океанических глубин Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А.
|
|
| BioinfoWF – веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
|
|
| Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А.
|
|
| Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
|
|
| 2009 | The importance of transpositions and recombination to genome instability according hobo-element distribution pattern in completely sequence genome of Drosophila melanogaster Zakharenko L. P., Perepelkina M. P., Afonnikov D. A.
|
| Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A.
|
|
| 2008 | Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.
|
| Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами. Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.
|
|
| Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” // В монографии: Системная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
|
| Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А., Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А.
|
|
| Понятие о генных сетях. База данных GeneNet. Ананько Е.А., Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
|
|
| Анализ режима адаптивной эволюции в белках вируса гепатита С. В Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 602-610. Варламова Е.С., Афонников Д.А., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
|
|
| Классификация локального пространственного окружения аминокислотных остатков по физико-химическим свойствам. В Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 281-289. Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
|
|
| Компьютерный анализ структурно-функциональных характеристик протеасомной деградации белков. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 296-301. Барышев П.С., Афонников Д.А.
|
|
| Координированные замены аминокислот в белках. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 591-602. Афонников Д.А.
|
|
| Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А.
|
|
| Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.
|
|
| Филогенетический и структурный анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А.
|
|
| 2007 | The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.
|
| 2006 | TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko
|
| Prediction of contact numbers of amino acid residues using a neural network model. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov and R. Hofestaedt) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 297-304. Afonnikov D.A.
|
|
| STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.
|
|
| In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov and R. Hofestaedt) Springer Science+Business Media. Inc. Levitsky V., Ignatieva E., Vasiliev G., Klimova N., Busygina T., Merkulova T., Kolchanov N.
|
|
| ARTSITE DATABASE: COMPARISON OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTORS Khlebodarova, O. Podkolodnaya, D. Oshchepkov, D. Miginsky, E. Ananko, E. Ignatieva
|
|
| 2004 | Bioinformatics of genome regulation and structure. N.Kolchanov and R.Hofestaedt (ed.) Oshchepkov D.Yu., Turnaev I.I., Pozdnyakov M.A., Milanesi L., Vityaev E.E., Kolchanov N.A
|
Конференции
| 2015 | Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна, Пономаренко Михаил Павлович, Аршинова Татьяна Валентиновна, Савинкова Людмила Кузьминична 7 съезд Российского общества медицинских генетиков
|
| GENETIC CONTROL OF WHEAT INFLORESCENCE DEVELOPMENT Dobrovolskaya O., Martinek P., Pont C., Amagai Y., Krasnikov A.A., Badaeva E.D., Adonina I.G., Orlov Y.L., Salina E.A., Watanabe N., Salse J. The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”
|
|
| THE STRUCTURAL ORGANIZATION OF THE REGIONS SPANNING 5S rRNA GENES LOCATED ON 5BS CHROMOSOME OF TRITICUM AESTIVUM L. Sergeeva E.M., Koltunova M., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Salina E.A. The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”
|
|
| SeedCounter – mobile application for grain phenotyping Комышев Е.Г., Генаев М.А, Афонников Д.А. Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk
|
|
| How symplastic mode of growth effects on cell mechanics in unidirectional growing plant tissue Zubairova U.S., Golushko S.K., Penenko A.V., Nikolaev S.V The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”
|
|
| Исследование чувствительности и параметрическая идентификация модели симпластного роста линейного листа Пененко А.В., Зубаирова У.С., Николаев С.В. Седьмая международная молодежная научная школа-конференция «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», посвященная 90-летию со дня рождения академика Гурия Ивановича Марчука
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ЯДЕРНОГО И МИТОХОНДРИАЛЬНОГО ГЕНОМОВ 3С МЕТОДАМИ Фишман В.С., Баттулин Н.Р., Миронова И.В., Помазной М.Ю., Афонников Д.А., Мазур А.М., Хабарова А.А., Прохорчук Е.Б., Серов О.Л. Международная конференция «Хромосома» 2015
|
|
| 2014 | The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
|
| Идентификация микроРНК генов плоских червей семейства Opisthorchiidae В.Ю. Овчинников, Д.А. Афонников, Г.В. Васильев, Е.В. Кашина, B. Sripa, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин Международная конференция молодых ученых биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов
|
|
| Variation of elongation efficiency index of Archaea genes during evolution В.С. Соколов, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин BGRS\SB-2014
|
|
| L-MOLKERN software allowing for polarization effects in free energy calculation E.S. Fomin, N.A. Alemasov BGRS/SB-2014
|
|
| Computational investigation of high presuure and temperature influence on Archaea Pyrococcus genus Nip7 protein structure Medvedev K.E., Afonnikov D.A. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
|
|
| NETINFERENCE: the computer tools for analysis and visualization of network structure, dynamics and evolution Titov I.I., Blinov A.A., Rudnichenko K.A., Krutov P.V., Kazantsev A.L., Kulikov A.I. International Conference "Mathematical Modelling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology"
|
|
| Control of the miRNA pathways by the secondary structure and its account in the prediction tools Vorozheykin P.S., Titov I.I. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)
|
|
| Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| KINET 1.0 - a new web database on kinetics data and parameters for E.coli metabolic pathways Ermak T.V., Akberdin I.R., Timonov V.S., Mischenko E.L., Oshchepkova E.A., Perfilyeva O.A., Smirnova O.G., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| Database of quantitative characters of processes in embryonic stem cells Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Akberdin I.R., Ermak T.V., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| The Сompilation of Human Gene Networks Controlling Feeding Behavior and Thermoregulation E.V. Ignatieva, O.V.Saik, O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, P.S. Demenkov, E.S. Tiys, E.A. Oshchepkova, E.A. Ananko, N.V. Ivanisenko, O.V. Popik, N.L. Podkolodny, V.A. Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, E.I. Rogaev The first international scientific conference "Science of the Future"
|
|
| DIOXIN-MEDIATED REGULATION OF GENES INVOLVED IN CYTOKINES PRODUCTION BY MACROPHAGES E.V. Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, A.G. Shilov, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov BGRS\SB-2014
|
|
| Reconstruction of Sequence from Its Circular Partial Sums for Cyclopeptide Sequencing Problem Фомин Э.С. BGRS\SB-2014
|
|
| Computer study of gene expression related to agressive and tolerant behaviors on laboratory animals. Orlov Y.L., Spitsina A.M., Medvedeva I.V., Bragin A.O., Anikeev A.V., Galyamina A.G., Kozhemyakina R.V., Safronova N.S., Kovalenko I.L., Konoshenko M.I., Moreva T.A., Kudryavtseva N.N., Markel A.L. BGRS/SB-2014
|
|
| The structural organization and evolution of 5S rDNA of wheat 5BS chromosome by data of partial sequencing Sergeeva E.M., Koltunova M.K., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V., Salina E.A. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
|
|
| A simple mechanical cell-based model for symplastic growth of linear leaf blade Zubairova U., Nikolaev S.V. BGRS/SB-2014
|
|
| A model of trichome spacing pattern formation on growing wheat leaf Zubairova U., Nikolaev S.V., Doroshkov A., Afonnikov D. BGRS/SB-2014
|
|
| A structural mechanics model for atomic force microscopy-based indentation test of epidermal plant cells Nikolaev S.V., Golushko S.K. BGRS\SB-2014
|
|
| Генетическое разнообразие опушения листа мягкой пшеницы: описание методом высокопроизводительного фенотипирования Дорошков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы
|
|
| Functional characteristics of human genes containing low level of promoter polymorphism revealed from the 1000 genomes project dataset. Ignatieva E.V., V.G. Levitsky, N.A. Kolchanov The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)
|
|
| The knowledge base on molecular genetics mechanisms controlling human lipid metabolism Ignatieva E.V. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)
|
|
| Controlled vocabularies and information tables for the knowledge base on epigenetic control of human embryonic stem cells Ignatieva E.V. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)
|
|
| The compellation of human genes controlling feeding behavior or associated with body mass index and its functional and genomic characteristics Ignatieva E.V. International Symposium “Human Genetics” (ISHG-2014)
|
|
| Genetic dissection of the inflorescence branching trait in diploid, tetraploid and hexaploid wheats Dobrovolskaya O., Amagai Y., Pont C., Martinek P., Krasnikov A.A., Orlov Y.L., Salina E.F., Salse J., Watanabe N. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
|
|
| Интеграция геномных и транскриптомных данных о хромосомных контактах в геноме человека, полученных по методу ChIA-PET // Сборник трудов IV международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» Постгеном-2014, 29 октября – 1 ноября 2014, г.Казань. Издательство Казанского (Приволжского) Федерального Университета (ISBN 987-5-00019-293-1) S05-24, С.150. Орлов Ю.Л., Кулакова Е.В, Спицина А.М., Дергилев А.И., Свичкарев А.В., Афонников Д.А., Чен М., Ли Г., Руан Й., Колчанов Н.А. Постгеном-2014 «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
|
|
| Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Национальный Суперкомпьютерный форум-2014 (НСКФ-2014)
|
|
| 2013 | Computational and experimental analysis of miRNA genes of Opisthorchiidae family liver flukes Овчинников Владимир Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Катохин Алексей Вадимович, Кашина Елена Валентиновна, Мордвинов Вячеслав Алексеевич MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
|
| Computational and experimental analysis of miRNA genes of Opisthorchiidae family liver flukes Овчинников Владимир Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Катохин Алексей Вадимович, Кашина Елена Валентиновна, Мордвинов Вячеслав Алексеевич International Conference ” High-Throughput Sequencing in Genomics”
|
|
| Компьютерная технология фенотипирования пшеницы. Афонников Д.А., Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Тарасова И.А., Морозова Е.В. , Симонов А.В. Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», 19-22 марта 2013
|
|
| L-MOLKERN software for capturing polarization effects in free energy calculations Fomin E.S., Alemasov N.A. VII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”
|
|
| МЕТОД СВЯЗАННЫХ ЯЧЕЕК С СОРТИРОВКОЙ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ДЛЯ ВЕКТОРИЗОВАННЫХ РАСЧЕТОВ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕ Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Second International Conference Cluster Computing 'CC 2013'
|
|
| MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION ANALYSIS OF INFLUENCE OF HIGH TEMPERATURE AND HIGH PRESSURE ON THE NIP7 PROTEINS FROM THE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA Medvedev K.E., Afonnikov D.A., Vorobjev Y.N Systems Bioligy & Bioinformatics 2013
|
|
| Оценка времени дивергенции и популяционной динамики в роде Pisum L. при помощи генов гистона Н1. Зайцева О.О., Гунбин К.В., Костерин О.Э. Конференция ВОГиС «Проблемы генетики и селекции»
|
|
| Биоинформационный анализ экспрессии генов в клетках мозга Орлов Ю.Л., Вишневский О.В., Витяев Е.Е., Кожевникова О.С., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. «Нейроинформатика-2013», XV Всероссийская научно-техническая конференция
|
|
| Computational analysis of gene expression data on age-related diseases using rat models Orlov Y.L., Kozhevnikova O.S., Afonnikov D.A., Kolosova N.G. 8th European Congress of Biogerontology
|
|
| Computer analysis of gene expression in brain tumor cells using next generation sequencing Y. L. Orlov, N. L. Podkolodnyy, G. Li, N. S. Safronova, D. A. Afonnikov, Y. Ruan 21-й Международный Конгресс Геномики HGM-ICG-2013
|
|
| Computer analysis of transcription factor binding sites in genome scale based on ChIP-seq data Yuriy L. Orlov, Vladimir A. Ivanisenko, Alexey V. Kochetov, Nikolay A. Kolchanov German-Russian Forum Biotechnology, Rostock 2013
|
|
| КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ СЕКВЕНИРОВАНИЯ И ХРОМАТИН-ИММУНОПРЕЦИПИТАЦИИ ChIP-seq Орлов Ю.Л. Конференция ВОГиС «Проблемы генетики и селекции»
|
|
| «Computer databases for genome data analysis» Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013
|
|
| 3D organization of chromosomes mediated by RNAPII complex contacts in human genome Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov, N.R. Battulin, O.L. Serov, N.A. Kolchanov, Guoliang Li, Yijun Ruan MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
|
|
| Разработка системы создания web-сервисов и конвейеров для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики Комышев Евгений Геннадьевич мнск 2013 г. новосибирск
|
|
| Generation of web services – the unification of access to bioinformatics resources Комышев Евгений Геннадьевич Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013
|
|
| Influence of high temperature and high pressure on the Nip7 proteins from the hyperthermophilic archaea P. abyssi and P. furiosus: molecular dynamics simulation analysis K.E. Medvedev, K.V. Gunbin, Y.N. Vorobjev, D.A. Afonnikov MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
|
|
| INTENSIVE RECOMBINATIONS HAVE LED TO TANDEM REPEAT EXPANSION AND ENLARGEMENT OF RYE SUBTELOMERIC HETEROCHROMATIN VERSHININ A.V., EVTUSHENKO E.V., ELISAFENKO A.E., GUNBIN K., LEVITSKY V.G. The 19th International Chromosome Conference
|
|
| Анализ ISBP маркеров пшеницы, полученных на основе пиросеквенирования короткого плеча 5В хромосомы Triticum aestivum L. Л.Л. Бильданова, М.К. Колтунова, Е.М. Тимонова, Д.А. Афонников, Е.А. Салина Конференция ВОГиС "Проблемы генетики и селекции"
|
|
| Comparative analysis of the long and short arms of bread wheat 5B chromosome by data of low coverage 454-sequencing Sergeeva E., Afonnikov D., Koltunova M., Gusev V., Miroshnichenko L., Poncet C., Sourdille P., Feuillet C., Salina E. The 12th International Wheat Genome Symposium
|
|
| Applications of text complexity measures to genome sequences analysis N.S. Safronova, E.V. Kulakova, Yu.L. Orlov Genome Informatics Workshop (GIW-2013)
|
|
| The gene flow between ancient and modern humans: how often the hybridization occurred and what are population consequences? K.V. Gunbin, S.A. Lashin Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
|
|
| Human brain origin and the evolution of ТАТА-boxes of protein-coding genes expressed in brain. K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, D.A. Afonnikov Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
|
|
| Metazoa evolution: the relation between molecular evolution of orthologous protein groups and aromorphoses K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
|
|
| АРОМОРФОЗЫ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭВОЛЮЦИЯ: ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ НА ПРИМЕРЕ МНОГОКЛЕТОЧНЫХ ЖИВОТНЫХ К.В. Гунбин, Д.А. Афонников Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции
|
|
| ПРОИСХОЖДЕНИЕ МОЗГА ЧЕЛОВЕКА И ЭВОЛЮЦИЯ ТАТА-БОКСОВ БЕЛОК-КОДИРУЮЩИХ ГЕНОВ К.В. Гунбин, М.П. Пономаренко Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции
|
|
| ТАТА Box as molecular markers of Human origin and evolution Nikolay Kolchanov, Konstantin Gunbin Federation of European Biochemical Societies CONGRESS 2013 “Mechanisms in Biology”
|
|
| Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. Kashina E.V., Oshchepkov D.Y., Antontseva E.V., Oshchepkova E.A., Shamanina M.Y., Furman D.P., Mordvinov V.A. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”
|
|
| 2012 | Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data Yuriy Orlov BIOTEC Forum "Bioinformatics and Computational Biology"
|
| Реконструкция процессов антропогенеза: анализ геномов представителей древнего и современного населения Сибири Колчанов Н.А., Мордвинов В.А., Афонников Д.А., Гунбин К.В., Пилипенко А.С., Молодин В.И., Деревянко А.П. Мега-структура евразийского мира: основные этапы сложения
|
|
| WHOLE GENOME ANALYSIS OF THE DEVELOPMENT GENES REGULATED BY TRANSCRIPTION FACTORS IN MICE AND D. RERIO USING THE CHIP-SEQ TECHNOLOGY Orlov Yu., Ershov N., Vinata S., Kondrikhin I., Matavan I., Afonnikov D., Kolchanov N. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).
|
|
| Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE - сайтов, обнаруженных в промоторах IL12A, IL12B и IL4 генов человека. Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Лопатникова Ю.А., Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
|
|
| ДНК-микрочип для исследования механизмов развития у крыс OXYS ретинопатии, аналогичной возрастной макулярной дегенерации у людей Кожевникова О.С., Корболина Е.Е., Орлов Ю.Л., Стефанова Н.А., Муралева Н.А., Швалов А.А., Колосова Н.Г. Фундаментальные науки – медицине
|
|
| Modeling and analysis of dynamics of the gene networks: automatic generation and storage in a new database Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Ree N.A., Timonov V.S., Oshchepkova E.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Likhoshvai V.A. Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"
|
|
| Computer analysis of 3D chromosome contacts mediated by RNA Pol II in human Yuriy L. Orlov, Guoliang Li, Kuljeet S. Sandhu, Melissa J. Fullwood, Dmitriy A. Afonnikov, Chialin Wei, Oleg L. Serov, Nikolay A. Kolchanov, Yijun Ruan Международный симпозиум «SysPatho-Системная биология и медицина»
|
|
| Integrative analysis of antisense transcripts and miRNA targets in plant genomes Y.L. Orlov, O. Dobrovolskaya, Y. Meng, D.A. Afonnikov, M. Chen, Y. Zhu The 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology” PlantGen 2012
|
|
| CHARACTERIZATION OF THE WFZP HOMOEOLOGOUS GENES IN BREAD WHEAT Dobrovolskaya O.B., Pont C., Martinek P., Orlov Yu.L., Popova O.M., Laikova L.I., Salse J., Salina E.A. The 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology” PlantGen 2012
|
|
| Protein thermal stability study using NAMD on high-performance cluster N.A. Alemasov, E.S. Fomin 8th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2012)
|
|
| HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
|
|
| Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Sacharromyces cereviciae and Schizosaccharomyces_pombe Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L., Likhoshvai V.A. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
|
|
| 3D CHROMOSOME CONTACTS AND CHROMATIN INTERACTIONS REVEALED BY SEQUENCING Y.L. Orlov, G. Li, R. Auerbach, K.S. Sandhu, X. Ruan, M.J. Fullwood, N.L. Podkolodnyy, D.A. Afonnikov, E. Liu, C.L. Wei, M. Snyder, Y. Ruan The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
|
|
| Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng 2012 International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB2012), Hangzhou, China
|
|
| CONTEXTUAL DNA FEATURES SIGNIFICANT FOR THE DNA DAMAGE BY THE 193 NM ULTRAVIOLET LASER BEAM N.N. Vtyurina, S.L. Grokhovsky, A.B. Vasiliev, I.I. Titov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, S.E. Peltek, Yu.D. Nechipurenko, N.A. Kolchanov 8th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB
|
|
| ORGANIZATION, EVOLUTION, STRUCTURE AND COMPUTATIONAL PREDICTION OF HUMAN miRNAS P. Vorozheykin, I. Titov 8th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB
|
|
| MOLECULAR EVOLUTION OF PROTEINS BELONGING TO AUXIN BIOSYNTHESIS GENE NETWORK IN PLANTS Turnaev I.A., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
|
|
| ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL AND POSTTRANSCRIPTIONAL REGULATION OF AUXIN CARRIER AtPIN1 Chernova V.V., Ermakov A.A., Doroshkov A.V., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V. VIII Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012)
|
|
| MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION OF NIP7 PROTEINS FROM HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA AT HIGH TEMPERATURE AND PRESSURE K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov, Y.N. Vorobjev BGRS/SB’2012, Novosibirsk
|
|
| THE MODEL FOR AUXIN REGULATED AtPIN1 EXPRESSION IN THE ROOT APICAL MERISTEM А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, С.С. Сангаев, Н.А. Омельянчук, А.В. Кочетов, В.В. Миронова The 2nd International Conference "Plant Genetics, Genomics and Biotechnology"
|
|
| Towards an analysis of the structure of the short arm of 5B chromosome of the bread wheat Triticum aestivum L. Е.M. Sergeeva, D.A. Afonnikov, L.L. Bildanova, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
|
|
| Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода связанных ячеек с сортировкой взаимодействий в молекулярной динамике. Фомин Э.С. Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ’2012)
|
|
| Recognition of NFAT5 binding sites. Ananko E.A., Levitsky V.G., Efimov V.M., Afonnikov D.A. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)
|
|
| Distributed RESTFUL-WEB-services for the recognition and analysis of gene networks. Podkolodnyy N.L., Semenychev A.V., Borovsky V.G., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya N.N. Podkolodnaya O.A. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)
|
|
| TrDB: a database of the human, mouse, and rat transcriptional regulators and its potential applications in systems biology. E.V. Ignatieva The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
|
|
| In silico reconstruction of multi-protein complex interacting with the common regulatory regions in the human CYP1A1/1A2 intergenic sequence. E.V. Ignatieva E.V. Kashina, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
|
|
| Application of the ANDVisio computer system to the interpretation of biological functions of proteins, differentially expressed in bronchoalveolar lavage of mice after a one-time intranasal administration of SiO2 nanoparticles. E.V. Ignatieva, V.A. Ivanisenko, E.S. Tiys, P.S. Demenkov, M.P. Moshkin, S.E. Peltek. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
|
|
| Analysis of SNP distribution and inter-SNP distance in the human genome E.V. Ignatieva, V.G. Levitsky, N.S. Yudin The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
|
|
| PEFF DB: the web-available database of Protein Evolutional and Functional Features K.V. Gunbin, M.A. Genaev, D.A. Afonnikov III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| Important role of the miRNA changes in the Homo neanderthalensis and Homo denisova evolution K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, A.P. Derevyanko III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of proteincoding genes expressed in brain K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, D.A. Afonnikov, N.A Kolchanov III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| The enigmatic nature of the relation between TBP/TATA-affinity and the reaction norm of gene expression P.M. Ponomarenko, V.V. Suslov, O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| Simple, robust and sensitive method for detection of positive selection events D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| The molecular evolution of GTF2I protein repeats and GTF2I protein globule K.V. Gunbin, A.O. Ruvinsky III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| IMPORTANT ROLE OF THE miRNA CHANGES IN THE HOMO NEANDERTHALENSIS AND HOMO DENISOVA EVOLUTION K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, A.P. Derevyanko EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY BGRS\SB’12
|
|
| A single nucleotide polymorphism in the promoter region of the mink tumor necrosis factor-alpha gene. Yudin N.S., Aitnazarov R.B., Kulikov I.V., Ignatieva E.V., Trapezov O.V. X International Scientific Congress in Fur Animal Production.
|
|
| ISBP МАРКЕРЫ – НОВЫЙ ТИП МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАРКЕРОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Л.Л. Бильданова, М.К. Колтунова, Д.А. Афонников, П. Сурдий, С. Фойе, Е.А. Салина III Вавиловская международная конференция " Идеи Н.И. Вавилова в современном мире "
|
|
| The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina. The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology»
|
|
| Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of protein-coding genes expressed in brain. Kolchanov N.A., Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Derevyanko A.P. SysPatho Workshop “SYSTEMS BIOLOGY AND MEDICINE”
|
|
| Molecular evolution of proteins belonging to auxin biosynthesis gene network in plants Turnaev I.I., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelianchuk N.A., Afonnikov D.A. Molecular Phylogenetics, Contributions to the 3rd Moskow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-3)
|
|
| Dioxin in regulation of genes involved in cytokinine synthesis by macrophages: a possible pathway underlying dioxin immunotoxicity and cancer. D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, E.V. Kashina, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov. SysPatho workshop «Systems biology and medicine»
|
|
| Eliciting the role of dioxin in regulation of the genes involved in cytokines synthesis by macrophages. D.Y. Oshchepkov, E.V. Kashina, E.A. Oshchepkova, E.V. Antontseva, M.Yu. Shamanina, D.P. Furman, V.A. Mordvinov. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology,
|
|
| Исследование влияния высокого давления и высокой температуры на структуру белка Nip7 архей рода Pyrococcus методами молекулярной динамики Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. ICMBB-2012
|
|
| Исследование регуляторных районов PIN1 гена Arabidopsis thaliana L. (Study of PIN1 regulatory regions in Arabidopsis thaliana L. А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, И.В. Миронова, С.С. Сангаев, А.В. Кочетов, В.В. Миронова II (X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге, 11-16 ноября 2012 года
|
|
| Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А. XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)
|
|
| Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Боровский В.Г., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А. XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)
|
|
| НЕСПЕЦИФИЧЕСКАЯ АДАПТИВНОСТЬ И ВОЗНИКНОВЕНИЕ ЖИЗНИ Суслов В.В. 1-ая Всероссийская научная школа-конференция по Астробиологии «Астробиология: от происхождения жизни на Земле к жизни во Вселенной» Памяти Давида Гиличинского.
|
|
| Stress and homeomorphy of adaptation mechanisms. Suslov V.V. BGRS’2012
|
|
| Oligonucleotide frequencies and CG-content of bacterial genomes are related to the environment evolution Safronova N.S., Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K., Orlov Y.L. BGRS’2012
|
|
| Osborn Law of adaptive radiation as a background of aromorphoses Suslov V.V. BGRS’2012
|
|
| Tender for a ecological niche as condition of the aro(allo)morphoses Suslov V.V. BGRS’2012
|
|
| THE PRINCIPLE OF ADVANCED EVOLUTION OF SERVICE INFRASTRUCTURE Suslov V.V. АДАПТАЦИОННЫЕ СТРАТЕГИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ
|
|
| PAR FORCE EVOLUTION AS A MECHANISM OF RAPID ADAPTATION Suslov V.V. АДАПТАЦИОННЫЕ СТРАТЕГИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ
|
|
| IS INADAPTATION A FAILURE ALWAYS? Suslov V.V. АДАПТАЦИОННЫЕ СТРАТЕГИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ
|
|
| Выявление роли ксенобиотиков в регуляции генов, вовлеченных в синтез цитокинов макрофагами. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).
|
|
| Expressed Sequence Tag Analysis of Adult Opisthorchis felineus M. Yu. Pomaznoy, S. I. Tat’kov, D. A. Afonnikov, D. P. Furman, P. A. Belavin, A. M. Nayakshin, S. V. Gusel’nikov, G. V. Vasil’ev, A. Yu. Sivkov, A. V. Katokhin, and V. A. Mordvinov BREW 2012: Bioinformatics Research and Education Workshop
|
|
| The study on structural-functional organization of the genes that control inflorescence development in bread wheat (T. aestivum l.) And its close relatives on an example of the WFZP gene Добровольская О.Б., Сальс Ж., Попова О.М.,Орлов Ю.Л., Мартинек П., Лайкова Л.И., Салина Е.А. III Вавиловская международная конференция «Идеи Н.И. Вавилова в современном мире»
|
|
| Аnalysis of 3D chromosome contacts mediated by RNA Pol II Orlov Y.L. Хромосома 2012, Новосибирск, 2-7 сентября
|
|
| ВЛИЯНИЕ 2,3,7,8-ТЕТРАХЛОРДИБЕНЗО-ПАРА-ДИОКСИНА НА РЕГУЛЯЦИЮ ЭКСПРЕССИИ IL12A, IL12B И IL4 ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В МАКРОФАГЕ Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Проблемы биомедицинской науки третьего тысячелетия 2-я Всероссийская научная конференция молодых ученых.
|
|
| Activation of CLV3 gene expression in model of the stem cell niche structure regulation in the shoot apical meristem Zubairova U.S., Nikolaev S.V. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
|
|
| Развитие ретинопатии и активация метаболического пути болезни Альцгеймера в сетчатке крыс OXYS Кожевникова О.С., Корболина Е.Е., Муралева Н.А., Орлов Ю.Л., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012). 2012, г.Казань
|
|
| Computer approaches ti wheat high-throughput phenotyping Afonnikov D., Genaev M., Doroshkov A., Denisyuk V., Morozova E., Simonov A., Pshenichnikova T. The 2nd International Conference "Plant Genetics Genomics and Biotechnology"
|
|
| Prediction of the structure and localization of genes controlling leaf pubescence in wheat Triticum aestivum L. and barley Hordeum vulgare L. based on Arabidopsis thaliana (L.) Henh. genes data Doroshkov AV, Pshenichnikova TA, Afonnikov DA 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology”
|
|
| РЕАЛИЗАЦИЯ ПОДСИСТЕМЫ ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ ДЛЯ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫХ МОДУЛЕЙ СИСТЕМЫ BioInfoWF Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович мнск 2012 г. новосибирск
|
|
| BioinfoWF -- WEB SERVICES AND WEB INTERFACES GENERATOR FOR BIOINFORMATICS ANALYSIS Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"
|
|
| 2011 | РЕГУЛЯТОРНЫЕ ГЕННЫЕ СЕТИ В РАКОВЫХ КЛЕТКАХ: АНАЛИЗ С ПОМОЩЬЮ ТЕХНОЛОГИЙ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ChIP-seq Орлов Ю.Л., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Афонников Д.А. II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», 11-17 ноября 2011, Новосибирск.
|
| Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
|
|
| Компьютерный анализ дифференциально экспрессирующихся генов у крыс гипертензивной линии НИСАГ. Александрович Ю.В., Орлов А.В., Пыльник Т.О., Смоленская С.Э., Редина О.Е. , Орлов Ю.Л. , Маркель А.Л. II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», Новосибирск, 2011
|
|
| COMPUTER ESTIMATION OF GENOME COMPLEXITY AND MINIMAL GENOME SIZE Орлов Юрий Львович, Суслов Валентин Владимирович III international conference Biosphere origin and evolution
|
|
| Статистические компьютерные задачи анализа данных геномного секвенирования Орлов Юрий Львович Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач
|
|
| MGSMODELSDB – Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Тимонов В.С., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
|
|
| Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
|
|
| Визуальное моделирование экологических систем: программная система E.N.O.T. А.В. Семенычев, В. В. Суслов, В.С. Тимонов. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
|
|
| МЕТОДЫ и СРЕДСТВА ВИЗУАЛЬНОЙ РЕКОНСТРУКЦИИ И АНАЛИЗА СЕТЕВЫХ МОДЕЛЕЙ ЭКОЛОГИЧЕСКИХ СИСТЕМ. В.С. Тимонов, А.В. Семенычев, В.В. Суслов, Н.А. Колчанов. IV Международная конференция "Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины"
|
|
| The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011 Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
|
|
| Quantitative sequence /activity relationships of auxin response elements (Aux RE) in plant promoters V.V. Mironova, P.M. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, M.P. Ponomarenko Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
|
|
| Динамическая QTPIE-модель учета переноса заряда и поляризации для молекулярной динамики Васенин А.Е., Фомин Э.С. Всероссийская конференция "Математическое моделирование и вычислительно-информационные технологии в междисциплинарных научных исследованиях-2011", 15-17 июня 2011
|
|
| Алгоритмы сортировки массивов коротких последовательностей на GP GPU в приложениях молекулярной динамики Фомин Э.С. Решение инженерных и научных задач на гибридных вычислительных системах, графических процессоров и архитектуре CUDA", НГУ, NVIDIA и компания Открытые Технологии
|
|
| Влияние полиморфизмов ТАТА-боксов, ассоциированных с наследственными заболеваниями человека, на взаимодействие с hТВР Драчкова И.А.. Савинкова Л.К., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. II-nd International conference Physico-Chemical Biology dedicated to the 85th anniversary of academician Dmitri G. Knorre.
|
|
| Hight througput phenotyping approach to analysis of the leaf hairiness in wheat. D.A. Afonnikov, A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova. The International Conference “Wheat Genetics Resources and Genomics”.
|
|
| Analysis of leaf hairiness morphology wheat: computational approaches using image processing technique. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova, D.A. Afonnikov. The International Conference “Wheat Genetics Resources and Genomics”.
|
|
| Could chronic stress induced by polycyclic aromatic hydrocarbons have implications for hominid evolution? Oshchepkov D.Y., Suslov V.V. Proceedings of III International Conference Biosphere Origin and Evolution
|
|
| Подарок Прометея: мог ли хронический стресс продуктами горения ускорить эволюцию гоминид Ощепков Д.Ю., Суслов В.В. Современные проблемы эволюции. XXV Чтения памяти А.А. Любищева.
|
|
| Программные средства для многоуровневого моделирования эволюции про- и эукариот Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
|
|
| Computer tool for modeling the eukaryotes origin and evolution of early eukaryotic ecosystems Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. III International Conference “Biosphere origin and evolution”
|
|
| Evolutionary trends of genome amplification and reduction Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Suslov V.V. III international conference Biosphere origin and evolution
|
|
| Modeling of phage infection in prokaryotic communities by Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011
|
|
| Выявление регуляторных SNP, ассоциированных с различными заболеваниями, с использованием данных ChIP-seq. Меркулова Т.И., Антонцева Е.В., Брызгалов Л.О., Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Васильев Г.В., Драчкова И.А., Матвеева М.Ю., Колчанов Н.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
|
|
| Моделирование коэволюции одноклеточных организмов в трофических кольцах с взаимным ингибированием Матушкин Ю.Г., Лашин С.А., Суслов В.В. VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
|
|
| Улучшенные алгоритмы расчёта свободной энергии для определения термостабильности белковых комплексов Алемасов Н.А., Фомин Э.С. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
|
|
| Interspecies embryo transfer as a tool for conservation of endangered mustelids and felids Amstislavsky S., Lindeberg H., Kizilova E., Ukolova T., Kononova A., Kuhkharskaya O., Zarubina K., Ternovskaya Yu., Lukyanov I. 8th International Conference on Behavior, Physiology and Genetics of Wildlife, 14-17 September 2011, Berlin.
|
|
| Анализ механизмов адаптации протеома архей к высоким давлениям. Афонников Д.А., Гунбин К.В., Медведев К.Е., Суслов В.В. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
|
|
| Генетическая основа макроэволюционных преобразований – исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных. Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
|
|
| Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»
|
|
| BioinfoWF — workflow management system for bioinformatics analysis. Genaev M.A., Afonnikov D.A., Gunbin K.V. Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»
|
|
| Полногеномный анализ режимов эволюции ортологичных групп белков позвоночных и беспозвоночных. Гунбин К.В., Афонников Д.А. Рабочее совещание «Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике»
|
|
| Gene networks and the evolution of biological systems. Kolchanov N.A., Afonnikov D.A., Gunbin K.V., Suslov V.V. III International Conference “Biosphere origin and evolution”
|
|
| Why we need new evidences for deep Archaea evolution: the lesson from study of horizontal transfer highways. Gunbin K., Suslov V., Afonnikov D. III International Conference “Biosphere origin and evolution”
|
|
| Генетическая основа макроэволюционных преобразований: исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных. Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. Международная конференция “Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики”, посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова
|
|
| Human and Neanderthal miRNA genes are not so similar. Gunbin K., Afonnikov D., Kolchanov N. Moscow Conference on Computational Molecular Biology, MCCMB’11
|
|
| Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза. Колчанов Н.А., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. Морфогенез в индивидуальном и историческом развитии
|
|
| Deep inside into Vertebrates and Invertebrates macroevolution: the molecular evolution modes of strict orthologous protein sequences. Gunbin KV, Suslov VV, Afonnikov DA. 15th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles.
|
|
| A gene regulatory network model for vernalization and seasonal flowering response in winter wheat. Stepanenko I.L., Smirnova O.G., Titov I.I International Conference Wheat Resources and Genomics (WGRG 2011)
|
|
| Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов SF-1 и SREBP в геномах позвоночных с помощью нового подхода, сочетающего экспериментальные и биоинформатические методы Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика и биоинформатика»
|
|
| Inter-SNP distances and SNP distribution in the human genome Ignatieva Elena, Victor Levitsky, Nikolay Yudin Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB’11
|
|
| Распределение однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека ИгнатьеваЕ.В., В.Г.Левицкий, Н.С.Юдин Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики", посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова
|
|
| База знаний по регуляции транскрипции генов эукариот ИгнатьеваЕ.В., Н.Л.Подколодный Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики", посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова
|
|
| Исследование масштабируемости алгоритмов поиска ближайших соседей в методе молекулярной динамики Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
|
|
| Метод построения 4D-QSAR дескрипторов, основанный на фильтре Блума Вайсман Е.А., Графеев Н.В., Фомин Э.С. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
|
|
| NET-Q модель учета переноса заряда и поляризации в молекулярной динамике Васенин А.Е., Фомин Э.С. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
|
|
| Развитие методов молекулярной динамики для задач биоинформатики Фомин Э.С. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
|
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияние мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Савинкова Л.К., Захаренко Л.П., Пинтус С.С., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН. № 11. “Биологическое разнообразие”. Подпрограмма “Генофонды и генетическое разнообразие”. Сборник материалов. – Москва: ИОГен. 2011. С. 100-104.
|
|
| A universal trend of nucleotide assymetry in tRNAs suggests a common hyperthermofilic origin Titov I.I. III Int. Conf. “Biosphere origin and evolution”
|
|
| "Тёмная материя" ДНК: возникновение новых миРНК человека при вторжении мобильных элементов Ворожейкин П.С., Титов И.И. II Международная научно-практическая конференция "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика"
|
|
| Molecular dynamics simulation of Nip7 proteins demonstrates importance of hydrophobic interaction for protein stability at high pressure K.E.Medvedev, D.A.Afonnikov International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 11)
|
|
| Исследование структурных изменений белка Nip7 мелководных и глубоководных архей рода Pyrococcus под влиянием высокого давления и высокой температуры методами молекулярной динамики. Медведев К.Е., Афонников Д.А. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
|
|
| Исследование влияния высокого давления и высокой температуры на структуру белка Nip7 мелководных и глубоководных архей рода Pyrococcus методами молекулярной динамики. Медведев К.Е. Третья школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"
|
|
| 2010 | Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"
|
| Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"
|
|
| Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
|
|
| Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein families: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
|
|
| Method and Software Tools for Gene Networks Evolution Research Timonov V.S., Gunbin K.V., Turnaev I.I., Genaev M.A., Kolchanov N.A. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
|
|
| Correlation between nucleosome formation potential of 5’-UTR and elongation efficiency index of coding sequences of S.cerevisiae genome Yu.G.Matushkin, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky. 2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2). May 18-21, 2010. Moscow
|
|
| Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein-coding genes: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Genaev M.A., Kolchanov N.A. 2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2)
|
|
| Application of motif discovery tool for FoxA binding sites analysis Levitsky V.G. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
|
|
| Microbial metagenome annotation with bioinformatics and computational systems biology methods Ivanisenko, Demenkov, Pintus, Ivanisenko, Goncharova, Kostjukova, Levitski, Selezneva, .... Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
|
|
| prognosis and verification of the TATA SNP effects V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, I.A. Drachkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
|
|
| SNPs in the hiv-1 TATA box and the aids pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
|
|
| Stress and pseudoinheritance of acquired characters Suslov V.V., Kolchanov N.A. Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
|
|
| Analysis of the conservative motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians O.V.Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V.Bocharnikov, E.V. Berezikov Evolutionary Biology Concepts, Molecular and Morphological Evolution
|
|
| Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
|
|
| Prokaryotic adaptation to different environmental conditions at the genomic level: Molecular evolution analysis Dmitry A. Afonnikov, Konstantin V. Gunbin, Kirill E. Medvedev Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods"
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in 5’- regulatory regions of brain-specific miRNA genes of primates Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference "Molecular Phylogenetics" (Moskow, Russia, May 18-21, 2010)
|
|
| Prediction for AtARF family transcription factors, mediating primary response to auxin V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, D.Yu. Oschepkov, V.G. Levitsky Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk
|
|
| BioinfoWF – веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Genaev M.A. The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology"
|
|
| WheatDB - база данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск
|
|
| Методы компьютерного анализа в исследовании опушения листа пшеницы TRITICUM AESTIVUM L. Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск
|
|
| Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. XIII Российская конференция с участием иностранных ученых "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы"(DICR'2010). Новосибирск, ИВТ СО РАН, 30 ноября - 4 декабря 2010 г. № гос. регистрации 0321100051
|
|
| Визуализация схем скрещивания пшеницы в рамках разработки системы WheatDB Генев М.А. Дорошков А.В. XLVIII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно- технический прогресс", г. Новосибирск, 10-14 апреля 2010 г.
|
|
| Исследование опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помошью высокоэффективных методов фенотипирования Дорoшков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. XLVIII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно- технический прогресс", г. Новосибирск, 10-14 апреля 2010 г.
|
|
| WheatPGE : a system for analysis of phenotypic, genotypic and environmental relationships in wheat Genaev M.A. XVI Biotechnology Summer School, Gdansk, Poland, 11 - 17 July 2010
|
|
| Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Всероссийская научная конференция "Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии", 15-17 сентября 2010г.
|
|
| Интегрированная система для информационной поддержки исследования механизмов регуляции транскрипции Н.Л. Подколодный, Е.В. Игнатьева, Д.А. Рассказов, О.А. Подколодная, Е.А. Ананько, Н.Н. Подколодная, Е.М. Залевский Всероссийская научная конференция "Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции" – RCDL’2010, Казань, Россия, 2010
|
|
| Сравнительный анализ производительности процессоров PowerXCell8i и Intel X7560 на примере задач молекулярной динамики Фомин Э.С., Н.А. Алемасов, С.А.Матвиенко Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах HPC2010, Материалы X Международной конференции, г.Пермь, 1-3 ноября, 2010 г.
|
|
| Компьютерное моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов Матушкин Ю. Г., Лашин С.А., Суслов В.В. Математическая биология и биоинформатика: III Международная конференция , г. Пущино
|
|
| Гомеоморфия механизмов адаптации Суслов В.В. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
|
|
| ТАТА-боксы вносят вклад в норму реакции Суслов В.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
|
|
| Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
|
|
| WheatPGE — система анализа взаимосвязей фенотип-генотип-окружающая среда у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. Молодежный научный форум "ЛОМОНОСОВ - 2010" г. Москва
|
|
| Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, А.В.Романенко. Научная конференция-совещание "Вычисления с использованием графических процессоров в биологии и биоинформатике" 24-25 мая 2010 г., Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова.
|
|
| Изучение влияния повышенных давлений на структуру белков NIP7 глубоководных и мелководных архей методами молекулярной динамики К.Е. Медведев, Д.А. Афонников Первая конференция посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ
|
|
| Молекулярная эволюция циклинов животных и грибов: зависимость между изменением белков и ростом сложности организмов Турнаев И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Первая международная научно-практическая конференция. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
|
|
| SNP ТАТА-бокса ВИЧ-1 и пандемия СПИД Суслов В.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Ефимов В.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Проблемы экологии. Чтения памяти проф. М.М.Кожова. Иркутск, 2010
|
|
| Исследование эволюции циклинов: зависимость между эволюционным изменением циклинов и увеличением сложности эукариот Турнаев И.И., Гунбин К.В., Афонников Д.А. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова.
|
|
| Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск
|
|
| Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный Конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск
|
|
| Компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G. Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010
|
|
| Анализ морфологии опушения листа у пшеницы: компьютерный подход с использованием анализа изображений Афонников Д.А. Дорошков А.В., Генаев М.А. Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010
|
|
| WheatPGE - компьютерная система анализа взаимосвязи признаков фенотипа генотипа и окружающей среды у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. Электронные библиотеки:перспективные методы и технологии, электронные коллекции. XII Всероссийская научная конференция RCDL'2010. Казань
|
|
| The nanobiotechnology database V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
|
|
| An experimental and computation approach to search for the transcription factor GAGA binding sites Omelina E.S., Oshchepkov D.Yu., Baricheva E.M., Merkulova T.I. BGRS-2010
|
|
| SNPs IN THE HIV-1 TATA BOX AND THE AIDS PANDEMIC V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov (6) IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky Crimean meeting."Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution".
|
|
| «Прогноз и экспериментальная проверка изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам промотров генов человека, содержащим полиморфизмы». – Драчкова ИА., Пономаренко РМ., Пономаренко МП., Аршинова ТВ., Савинкова ЛК., Колчанов НА. «Первые Международные Беккеровские чтения» (27-29 мая 2010)
|
|
| Experimental verification of the prognosis human TBP/TATA affinity change as a result of polymorphisms associated with hereditary pathologies I.A. Drachkova., P.M. Ponomarenko., T.V. Arshinova., M.P. Ponomarenko., L.K. Savinkova., N.A. Kolchanov. BGRS
|
|
| Analysis of leaf hairiness in wheat Triticum aestivum L. using the high throughput phenotyping approach. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A. Pshenichnikova, D.A. Afonnikov The International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology”
|
|
| Using a computer-base image processing technique in genetic analysis of leaf hairiness in wheat Trticum aestivum L. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova, D.A. Afonnikov. The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome regulation and Structure.
|
|
| Promoters of the genes encoding the macrophage transcription factors contain binding sites for aryl hydrocarbon receptor. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. Seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
|
|
| Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophage cytokines. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Furman D.P., Mordvinov V.A. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
|
|
| Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the macrophage transcription factors and cytokines genes. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. “From Functional Genomics to Systems Biology”,
|
|
| Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
|
|
| Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине»
|
|
| Testing of functional activity of putative dioxin responsive elements in promoter regions of genes, encoding macrophageal transcription factors and cytokines Kashina E.V., Antontseva E.V., Katokhin A.V., Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Shamanina M.Y., Grishanova A.Y., Furman D.P, Mordvinov V.A. The seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
|
|
| Gene loss and acquiring in evolution of prokaryotic communities – modeling with Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
|
|
| Similarities and differences in the structures of artificial and natural transcription factor binding sites: impact of flanking sequences to recognition performance. Oshepkov D.Y., Levitsky V.G., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)
|
|
| E.coli proteom expression under terahertz irradiation Peltek S.E., Mesheryakova I.A., Goryachkovskaya T.N., Demidova E.V., Demidov E.A., Khlebodarova T.M., Oschepkov D.Yu., Kolchanov N.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Vinokurov N.A., Kulipanov G.N., Nikolaev E.N. Terahertz radiation: generation and application
|
|
| Computer system for analysis of mechanisms of transcription regulation in eukaryotes Podkolodnyy N.L., Ignatieva E.V., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Podkolodnaya N.N., Zalevsky E.M. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
|
|
| Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Труды Томского государственного университета, сер. Биологическая, т. 275. Материалы 1й Всероссийской молодежной научной конференции «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», посвященной 125-летию биологических исследований в ТГУ. С. 378-380. Медведев К.Е., Афонников Д.А. 1я Всероссийская молодежная научная конференция «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ
|
|
| Bioinformatic analysis of rare single-nucleotide polymorphism combinations in the human genome. Yudin N.S., Ignatieva E.V., Efimov V.M. The Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS'2010)
|
|
| BioinfoWF - веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А. Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции. RCDL’2010
|
|
| Molecular evolution of the Wolbachia wRi, wMel and wPip genomes Gunbin K.V., Ilinsky Yu.Yu., Afonnikov D.A. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. Тезисы докладов Международной научной конференции и Международной школы для молодых ученых (Иркутск, 20-25 сентября 2010 г.) – Иркутск: Изд-во Иркутского государственного университета. 2010. С. 242.
|
|
| Molecular evolution of the Wolbachia wRi, wMel and wPip genomes Gunbin K.V., Ilinsky Yu.Yu., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Crimean Meeting: Third International Conference, Dedicated N.V. Timofeeff-Ressovsky “Modern Problems of Genetics, Radiobiology, Radioecology and Evolution”; Third Readings after V.I. Korogodin and V.A. Shevchenko; NATO Advanced Research Workshop “Radiobio
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in regions of FoxA-binding sites. Вишневский Олег Владимирович Меркулова Татьяна Ивановна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in promoters of auxin responsive genes Вишневский Олег Владимирович Миронова Виктория Владимировна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| 2009 | Using the computer-based image processing technique in genetic analysis of leaf hairiness in wheat Triticum aestivum L. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. 1st Workshop on plant molecular biotechnology - XV Biotechnology summer school. 5-12 july, Gdansk, Poland
|
| Recent advances in nucleosome positioning sequence prediction for whole genomes V.G.Levitsky 3rd Virtual Training Workshop on Bioinformatics
|
|
| Transcriptional regulation in eukaryotes Ignatieva E 3rd Virtual Training Workshop on Bioinformatics
|
|
| Адаптивная эволюция археобактерий рода Pyrococcus: приспособления к обитанию в условиях высоких давлений на уровне генов и белков Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина
|
|
| Моделирование эволюционно-популяционных процессов с помощью "Эволюционного конструктора" Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.В. Суслов, Н.А.Колчанов 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
|
|
| Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control. N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin. Abstracts of 34th FEBS Congress. Prague, Czech Republic
|
|
| Auxin regulated root patterning: the mathematical model and key genetic mechanisms V.V. Mironova, M.P. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai German-Russian forum Biotechnology GRFB'09, Novosibirsk
|
|
| Implementation of Non-bonded Interaction Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. In: Malyshkin V. (ed) Parallel computing technologies 2009. LNCS, vol. 5698, Springer
|
|
| Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaea of Pyrococcus genus K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
|
|
| Evolability and biodiversity - modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor programm С.А.Лашин, В.В.Суслов, Ю.Г. Матушкин International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)
|
|
| Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaebacteria of Pyrococcus genus K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov 4th Moscow Conference on Computational Molecular Biology
|
|
| Исследование эффективности экспрессии генов в зависимости от их нуклеотидного состава методами биоинформатики Матушкин Ю.Г., Ефимов В.М., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г. V Intern. Congress BIOTECHNOLOGY: state of the art and prospects of development
|
|
| Алгоритм расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i. SPE-центричная модель Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Девятая международная конференция-семинар "Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах", Владимирский государственный университет им. А.Г. и Н.Г. Столетовых, Владимир, 2–3 ноября 2009 года
|
|
| Оптимизация вычислительного ядра библиотеки молекулярного моделирования MOLKERN под архитектуру Cell Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ’2009): Труды международной научной конференции (Нижний Новгород, 30 марта – 3 апреля 2009 г.). – Челябинск: Изд. ЮУрГУ
|
|
| Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control. N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin. 34th FEBS Congress.
|
|
| Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Еscherichia coli в присутствии ионов кадмия. Т.Ю. Степанова, В.А. Лихошвай, А.В. Задорожный, Н.В. Тикунова, Д.Ю. Ощепков, Т.М. Хлебодарова. Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров
|
|
| Prediction of the regulation pathways of the Еscherichia coli dps gene expression under stress conditions. T.Yu. Stepanova, D.Yu. Oshchepkov, V.A. Likhoshvai, A.V. Zadorozhny, N.V. Tikunova, T.M. Khlebodarova. German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09
|
|
| Experimental study of predicted regulation pathways of E.coli/pYFI-GFP genosensor under oxidative stress A.V. Zadorozhny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Yu. Oschepkov, N.V. Tikunova. German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09
|
|
| A novel promoter of the Escherichia coli yfiA gene and pathways of its regulation under oxidative stress conditions T.M. Khlebodarova, A.V. Zadorozhny, V.A. Likhoshvai, N.V. Tikunova, D.Yu. Oschepkov, N.A. Kolchanov. International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)
|
|
| Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с контролем пролиферации Меркулова Т.И., Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Пахарукова М.Ю., Кропачев К.Ю., Пивоварова Е.Н., Каледин В.И. V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров.
|
|
| The importance of transpositions and recombination to genome instability according hobo-element distribution pattern in completely sequenced genome of Drosophila melanogaster Zakharenko L.P., Perepelkina M.P., Afonnikov D.A. In: Evolutionary Biology: Concept, Modeling, and Application. / Ed.: P. Pontarotti. – Springer-Verlag Berlin Heidelberg. 2009. P. 127-138.
|
|
| 2008 | Molecular evolution of the key regulatory genes in the eukaryotic cell cycle gene network Turnaev I.I., Gunbin K.V., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008
|
| Nucleosome formation potential estimation via dinucleotide periodicity preferences Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| The molecular evolution of the pyrococcus genomes: a computer-assisted study K.V. Gunbin, P.B. Baryshev, D.A. Afonnikov 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008
|
|
| The parallelization of the plato algorithm for analysis of the anomalously evolving gene regions Vyatkin Yu.V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008
|
|
| the precise equilibrium equation of TBP/TATA-binding predicts human familial diseases upon mutations Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Drachkova I.A., Lysova M.V., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008
|
|
| Создание графовой базы данных и реализация основных типов запросов к ней Генаев М.А. XLVI Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК-46) г.Новосибирск 26 – 30 апреля 2008 г.
|
|
| Центр компетенции СО РАН - Intel Цели, задачи и некоторые результаты Глинский Б.М., Кучин Н.В., Самофалов В.В., Бакулина А.Ю., Афонников Д.А., Чеверда В.А. Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ'2008): Труды международной научной конференции (Санкт-Петербург, 28 января – 1 февраля 2008 г.). – Челябинск: Изд. ЮУрГУ, 2008
|
|
| OpenMP+MPI parallel implementation of the «MOLKERN» molecular modelling software package Алемасов Н.А., Фомин Э.С. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| Quantum-chemical analysis of Zn2+ binding in wild-type and G245C mutant of p53 protein. Bugakov I.V., Fomin E.S., Ivanisenko V.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| An algorithm for protein conformational flexibity prediction. Chirtsov A.S., Fomin E.S. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| Development of the computer approach for defining leaf hairiness in wheat based on its microscope image processing. D.A. Afonnikov, S.I. Arsenina, A.V. Doroshkov, T.A.Pshenichnikova. The Russian-French Conference “Problems and Prospects in Plant Biotechnology”.
|
|
| Транскрипционные факторы FOXA как потенциальные опухолевые супрессоры в печени Т.И. Меркулова, Л.О. Брызгалов, Н.И. Ершов, Д.Ю. Ощепков, М.Ю. Пахарукова, К.Ю. Кропачев, В.И. Каледин. Всероссийская конференция с международным участием "Молекулярная онкология"
|
|
| Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. M.Y. Shamanina, E.A. Oshchepkova, D.Y. Oshchepkov, A.V. Katokhin, D.P. Furman, I.B. Tsyrlov, V.A. Mordvinov Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| Analysis of the evolutionary specificities of the yfiA and yhbh E.Coli genes and their regulatory regions. Baryshev P.S., Oshchepkov D.Y., Khlebodarova T.M., Afonnikov D.A. Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| SITECON: a quality tool for prediction of new potential SREBP binding sites. experimental verification and analysis of regulatory regions of vertebrate genes. D.Y. Oshchepkov, E.V. Ignatieva, G.V.Vasiliev, N.V. Klimova, T.I. Merkulova Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| Prediction of the regulatory mechanisms of Escherichia coli yfiA gene expression T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Y. Oshchepkov, A.V. Kachko, N.V. Tikunova. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)
|
|
| Nucleosoma formation potential estimation via dinucleotide periodicity preferences. Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| A database for analysis of the organizational features of the transcriptional regulatory regions in the co-expressed groups of genes. N.L. Podkolodnyy, S.S.Nechkin, E.V. Ignatieva, E.A. Ananko, O.A. Podkolodnaya. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| SITEGA method application for genome wide prediction of p53 binding sites. Stepanenko I.L., Levitsky V.G.. The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| Computer identification of gene transcription start sites positions in human, mouse, rat whole genome sequences using data, annotated in TRRD. IgnatievaE.V. , S.S.Nechkin, N.L. Podkolodnyy Proceedings of the sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008)
|
|
| 2007 | Hierarchical analysis of the eukaryotic transcription regulatory regions based on the DNA codes of transcription I.V. Khomicheva, E.E. Vityaev, E.A. Ananko, V.G. Levitsky, T.I. Shipilov 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
|
| Molecular genetic systems of development: dynamics of functioning and molecular evolution Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. Computational phylogenetics and molecular evolution "CPMS' 2007"
|
|
| Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow
|
|
| Gene networks and evolution of regulatory genetic system Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. Current Evolutionary Thinking in Biology, Medicine and Sociology. International Conference Dedicated to 90 Anniversary of Prof. Dmitry K. Belyaev
|
|
| Adaptive evolution of genetic systems Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. II International Conference "Biosphere Origin and Evolution"
|
|
| Параллельная реализация задач молекулярного докинга и виртуального скрининга Алемасов Николай Александрович, Фомин Эдуард Станиславович IV Российская-германская школа по параллельным вычислениям на высокопроизводительных вычислительных системах, Новосибирск
|
|
| CMDB: a Database for Coordinated Mutations Yu. Vyatkin, D. Afonnikov Moscow Conference for Computational Molecular Biology (MCCMB'2007)
|
|
| Analysis of the positive selection in the Hh-signaling pathway genes Afonnikov D.A., Gunbin K.V. The 2nd Asian Bioinformatics Research and Education Network (ABREN) Virtual Training Workshop on Bioinformatics,June 20, 2007
|
|
| Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю. V Конференция молодых ученых СО РАН, посвященная М.А. Лаврентьеву. Новосибирск, 21-23 ноября 2007 г.
|
|
| Визуализатор вырожденных олигонуклеотидных мотивов Генаев М.А. XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
|
|
| A constant-time algorithm for regular binary multigrid cell indexation Fomin E.S. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007
|
|
| Template library MOLKERN as a framework for building effective molecular modelling programs Fomin E.S., Alemasov N.A., Aknazarov Z.I., Chirtsov A.S., Fomin A.E. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007
|
|
| A fast approximate method for calculation of high degree interaction areas of atomic spheres Fomin E.S., Chirtsov A.S. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007
|
|
| MOLKERN as new effective engine for drug discovery software Fomin E.S., Alemasov N.A., Chirtsov A.S., Fomin A.E. 4th International Symposium Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (CMTPI-2007)
|
|
| Приближенный аналитический метод вычисления площади поверхности биомолекул. www.ict.nsc.ru/ws/YM2007/12743/chirtsov.html Чирцов А.С., Фомин Э.С. 8-ая Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям 27 - 29 ноября 2007 года, Новосибирск
|
|
| Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. Nedosekina EA, Oshchepkov D.Y., Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I. 27th International Symposium on Halogenated Persistent Organic Pollutants “Dioxin 2007”
|
|
| Deducing the mechanisms underlying expression regulation of a polyfunctional genosensor based on the promoter of Escherichia coli gene yfiA. T.M. Khlebodarova, A.V. Kachko, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Tikunova, V.A. Likhoshvai. «Basic sciences - medicine»
|
|
| Hierarchical analysis of the eukaryotic transcription regulatory regions based on the DNA codes of transcription. I.V. Khomicheva, E.E. Vityaev, E.A. Ananko, V.G. Levitsky, T.I. Shipilov. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
|
|
| CMDB: a database for coordinated mutations. Proc. Of the 3rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow, Jul 27-31, 2007, pp 316-318. Vyatkin Yu.V., Afonnikov D.A. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07
|
|
| 2006 | Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus SS, Ivanisenko VA 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
|
| A gene network of adipocyte lipid metabolism: coordinated interactions between the transcriptional factors SREBP, LXRa and PPARg Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Analysis of the nucleotide context of higher plant mitochondrial mRNA editing sites Vishnevsky O.V., Konstantinov Yu.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Architecture of software toolkit for storing and operating with biosystems models Miginsky D.S., Suslov V.V., Rasskazov D.A., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Aromorphoses and adaptive molecular evolution: morphogens and signaling cascade genes Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006)
|
|
| Association study of snp of the tnf-alpha gene with bovine leukosis and evaluation of its functional significance Yudin N.S., Vasil’eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| FASTPROT: A computtational workbench for analysis of function, activity and structure of protein Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Korotkov R.O., Aman E.E., Pintus S.S., Startcev K.S., Tatarnikova L.Yu., Panina I.I., Sobolev A.A., Selenev I.V., Elohov V.J., Golovina A.N., Aknazarov Z.I., Sharonova I.V., Krestianova M.A., etc. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Identification of arabidopsis thaliana micrornas among mpss signatures Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Vishnevsky O.V., Savinskaya S.A, Omelyanchuk N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Pattern of locally positioned dinucleotides in microRNA relates to its accumulation level Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Prediction of the contact numbers of the amino acid residues in proteins Афонников Д.А., Морозов 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| SITECON: a quality tool for prediction of transcription factor binding sites now handles those for SF-1. experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| The SiteGA and PWM methods application for transcription factor binding sites recognition in EPD promoters Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| TRRD - the database on transcription regulatory regions of eukaryotic genes Ignatieva E.V. First Virtual Training Workshop on Bioinformatics organized by the Asian Bioinformatics Research and Education Network (ABREN) May,8-July, 8, 2006
|
|
| System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies
|
|
| Hypoxic response in newborn mice with targeted deletion of the tachikinin 1 gene and lack of substance P and substance K. J. Berner, Y. Shvarev, H. Lagercrantz, A. Bilkei-Gorzo, T. Hokfelt, R. Wickstrom. The European Academy of Paediatrics Congress, Barcelona, Spain, 7-10 October, 2006
|
|
| Разработка методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов в геномной ДНК Левицкий В.Г. XLIV Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"
|
|
| Rise of new binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| New Zn 2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A 3th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" (GPBM 2006)
|
|
| SITECON: a quality tool for prediction of transcription factor binding sites now handles those for SF-1. Experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes. Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Association study of SNP of the TNF-alpha gene with bovine leukosis and evaluation of its functional significance Yudin N.S., Vasil’eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites. Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways. Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| The SITEGA and PWM methods application for transcription factor binding sites recognition in EPD promoters Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| EPI-GIS: GIS assisted computer tools for data accumulation, computer analysis and modeling in molecular epidemiology Kolchanov N.A., Orlova G.V., Bachinsky A.G., Bazhan S.I., Shvarts Ya.Sh., Golomolzin V.V., Popov D.Yu., Efimov V.M., Tololo I.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Il’ina E.N., Rogov S.I., Tretiakov V.E., Kubanova A.A., Govorun V.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Identification and structure-functional analysis of the specificity determining residues of the alpha subunits of the proteosomal complex. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, 2006, v.1, p. 235-239. Baryshev P.B., Afonnikov D.A., Nikolaev S.V. International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| CONNP: the prediction of the contact numbers of the amino acid residues in proteins using neural network regression. Bioinformatics of genome regulation and structure. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, 2006, v.1, p. 219-222. Afonnikov D.A., Morozov A.V. International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| A database designed for the polymorphisms of the human CCR2 gene. Apasyeva N.V., Yudin N.S., Ignatieva E.V., Voevoda M.I., Romashenko A.G. fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure
|
|
| A gene network of adipocyte lipid metabolism: coordinated interactions between the transcription factors SREBP, LXRa AND PPARg. Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| The analysis of SREBP binding sites distribution in gene regions by combined SiteGA and PWM approach. Proskura A.L., Levitsky V.G., Ignatieva E.V. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks. Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Reconstruction and computer analysis of the fatty acid β-oxidation gene network regulated by the PPAR transcription factors. Aman E.E., Levitsky V.G., Ignatieva E.V. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Regulation of pyruvate biosynthesis in Escherichia coli: gene network reconstruction and mathematical modeling of enzymatic reactions of the pathway. Turnaev I., Smirnova O.G. The 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006)
|
|
| Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г. International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.
|
|
| Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006
|
|
| Mathematical modeling of serine and glycine biosynthesis regulation in Echerichia coli. Turnaev I., Ibragimova S.S., Usuda, Y., Matsui K. The 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006)
|
|
| 2005 | Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells. Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Сonference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27
|
Гранты
| 2015 | Транскрипционная и посттранскрипционная регуляция ауксином и этиленом экспрессии генов в корне Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 15-34-20870 мол_а_вед
|
| 2014 | Экспериментальные генетические модели агрессивного и толерантного поведения: исследование молекулярно-генетических механизмов с использованием технологий секвенирования следующего поколения (RNA-Seq) РНФ, номер гранта РНФ № 14-14-00269
|
| Изучение влияния хронического социального стресса на пространственную организацию транскрипционно-активного хроматина методом ChIA-PET РФФИ, номер гранта 14-04-01707
|
|
| Исследование механизмов онколитического действия природных штаммов вируса болезни Ньюкасла. РФФИ, номер гранта 14-04-01196
|
|
| Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии Российский Научный Фонд, номер гранта РНФ 14-14-00734
|
|
| 2013 | «Научные стажировки для ученых и преподавателей вузов» DAAD (Германская Служба Академических Обменов) DAAD, номер гранта A1300118
|
| Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Минобрнауки, номер гранта ФЦП, ГК 07.514.13.0094
|
|
| Организация и проведение пятой Международной школы молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» РФФИ, номер гранта 13-04-06827мол_г
|
|
| Роль ауксина и этилена в регуляции активности генов в корне проростка Arabidopsis thaliana L.: полногеномный подход РФФИ, номер гранта 12-04-33112-мол-а-вед
|
|
| Регуляторные гены биосинтеза флавоноидов злаков и их роль в увеличении продолжительности жизни семян и устойчивости растений к неблагоприятным факторам окружающей среды президентский грант для молодых докторов наук, номер гранта МД-2615.2013.4.
|
|
| 2012 | Исследование трехмерной организации генома половых и соматических клеток методом Hi-C ФЦП Кадры, номер гранта №2012-1.2.1-12-000-1013-014
|
| Изучение влияния диоксина на регуляцию экспрессии генов цитокинов, синтезируемых активированным макрофагом РФФИ, номер гранта 12-04-01736-а
|
|
| Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ» Предизиум СО РАН, номер гранта № 130
|
|
| Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах» Президиум СО РАН, номер гранта №39
|
|
| Междисциплинаный интеграционный проект «Суперкомпьтерная реализация стохастической эволюции ансамблей взаимодействующих частиц различной природы для решения естественно-научных и нанотехнологичных задач» Президиум СО РАН, номер гранта № 47
|
|
| Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ" Президиум СО РАН, номер гранта № 21
|
|
| Изучение структурно-функциональной организации генов, участвующих в регуляции развития соцветия мягкой пшеницы (T. aestivum L.) и ее сородичей РФФИ, номер гранта 12-04-00897
|
|
| 2011 | Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега РФФИ, номер гранта 11-04-01748
|
| Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений РФФИ, номер гранта 11-04-01254а
|
|
| Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий Министерство образования и науки РФ, номер гранта 16.512.11.2274
|
|
| Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей Министерство образования и науки, номер гранта 07.514.11.4023
|
|
| Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии Минобрнаука, номер гранта 07.514.11.4011
|
|
| Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике Министерство образования и науки РФ, номер гранта 07.514.11.4003
|
|
| Эффективное использование GPU-ускорителей при решении больших задач Компания «Т-Платформы» при поддержке МГУ, номер гранта -
|
|
| Экспериментально-компьютерное исследование механизмов метаболизма ксенобиотиков у печеночных сосальщиков семейства Opisthorchiidae Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 11-04-01333a
|
|
| Изучение адаптации протеомов микроорганизмов к повышенным давлениям внешней среды методами биоинформатики РФФИ, номер гранта 11-04-01771
|
|
| Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства РФФИ, номер гранта 11-04-92712
|
|
| Реконструкция процессов антропогенеза: анализ митохондриальных геномов представителей древнего и современного населения Сибири РФФИ, номер гранта 11-06-12006
|
|
| Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток РФФИ, номер гранта 11-04-01888а
|
|
| 2010 | Участие в двустороннем Индо-Российском семинаре "Предсказательная биология с использованием системного и интегрированного анализа и методов" РФФИ, номер гранта 10-04-92803
|
| Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей Министерство образования и науки, номер гранта 14.740.11.0001
|
|
| Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 02.740.11. 0705
|
|
| Экспериментально-компьютерное исследование генов, участвующих в ответе макрофага на обработку диоксином и выявление механизмов их активации СО РАН, номер гранта Лаврентьевский молодежный проект СО РАН № 6.3
|
|
| 2009 | Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123
|
| Разработка программно-информационного комплекса для исследования механизмов регуляции экспрессии генов эукариот Министерство образования и науки, номер гранта П-721
|
|
| Функциональный анализ межклеточной адгезии и коммуникации в тканях –мишенях вазопрессина РФФИ, номер гранта 09-04-00424-а
|
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
|
|
| ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
|
|
| Компьютерное исследование молекулярной эволюции генов и молекулярно-генетических систем многоклеточных животных РФФИ, номер гранта 09-04-01641
|
|
| Структура и свойства молекулярных органических кристаллов в условиях высоких давлений и низких температур СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 109
|
|
| Изучение конкурентных взаимоотношений транскрипционных факторов семейства Fox в регуляции экспресии генов печени и их роли в гепатоканцерогенезе РФФИ, номер гранта 09-04-00562-а
|
|
| 2008 | Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013
|
| Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 08-04-01214-а
|
|
| Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей РФФИ, номер гранта 08-04-01008-а
|
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов. Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
|
|
| Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.) Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
|
|
| 2007 | Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов ФАНИ, номер гранта №02.512.11.2165
|
| Конструирование геносенсоров и оценка их чувствительности к токсическим воздействиям НГУ, номер гранта № 75/2007
|
|
| 2006 | Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК СО РАН, номер гранта 108
|
| РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ Президиум СО РАН, номер гранта 24
|
|
| Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 49
|
|
| 2005 | Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом РФФИ, номер гранта 05-04-49111-а
|
| Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков РФФИ, номер гранта 05-04-49141
|
|
| Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков РФФИ, номер гранта 05-04-49283
|
|
| 2004 | Complex Analysis of Context Characteristics Genome DNA, Related to Nucleosome Organization U.S. Civilian Research & Development Foundation for the Independent States of the Former Soviet Union (CRDF) and the Ministry of Education of Russian Federation within the Basic Research and Higher Education Program, номер гранта Award No. REC-008, grant Y2-B-08-02
|
| 1999 | Экспериментальное и теоретическое исследование пространственной структуры и процесса ренатурации белковых молекул РФФИ, номер гранта 99-04-49879
|
Научное руководство
| 2016 | Разработка пакета визуализации структурных характеристик генетического текста Спицина Анастасия Михайловна 2016-06-15
|
| 2015 | Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов и участков хромосомных контактов в геноме Свичкарев Владлен Анатольевич , 2015-05-30
|
| Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме Дергилев Артур Игоревич , 2015-05-30
|
|
| Компьютерное исследование влияния высокого давления и температуры на структуру и функцию РНК-связывающего белка семейства Nip7 архей Медведев Кирилл Евгеньевич , 2015-01-28
|
|
| 2014 | Исследование структуры и эволюции научного сообщества в области биологии и медицины Блинов Александр Анатольевич , 2014-07-10
|
| Стохастическое моделирование динамики генных сетей на основе синхронной булевой модели Захаров Алексей Михайлович , 2014-06-07
|
|
| Компьютерный анализ данных экспрессии генов на микрочипах и высокопроизводительного секвенирования транскриптом Спицина Анастасия Михайловна , 2014-05-30
|
|
| Разработка компьютерных программ анализа данных геномного секвенирования по технологии ChIP-seq Кулакова Екатерина Викторовна , 2014-05-30
|
|
| 2013 | Компьютерный поиск, аннотация и экспериментальная проверка микроРНК-кодирующих генов в геномах Clonorchis sinensis, Opisthorchis viverrini и Opisthorchis felineus Овчинников Владимир Юрьевич , 2013-07-11
|
| Модификация метода связных ячеек с сортировкой взаимодействий для векторизованных расчетов в молекулярной динамике Матвиенко С.А. , 2013-06-18
|
|
| Разработка метода индексации множественных конформаций лигандов для задач виртуального скрининга Вайсман Е.А. , 2013-06-18
|
|
| Исследование динамики экологических групп на основе статистической модели элементарных взаимодействий особей Донских Владимир Алексеевич 2013-06-09
|
|
| Компьютерное моделирование влияния шума на динамику синхронных логических сетей Казанцев Антон Леонидович 2013-06-07
|
|
| Система автоматической декомпозиции метаболических путей по кинетическому параметру. Кабаков Михаил Анатольевич 2013-06-05
|
|
| Компьютерный анализ контекстных особенностей ДНК Сафронова Наталья Сергеевна , 2013-05-31
|
|
| Разработка методов автоматического определения количественных характеристик опушения листа Генаев Михаил Александрович , 2013-03-27
|
|
| 2012 | АНАЛИЗ МОРФОЛОГИИ И НАСЛЕДОВАНИЯ ОПУШЕНИЯ ЛИСТА У ЯРОВЫХ СОРТОВ И ГИБРИДОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Triticum aestivum L. Дорошков Алексей Владимирович , 2012-11-27
|
| Подсистема генерации web-сервисов для вычислительных модулей системы BioInfoWF Комышев Евгений Геннадьевич 2012-06-19
|
|
| Разработка QSAR дескриптора, описывающего пространственную структуру биомолекул Графеев Н.В. , 2012-06-14
|
|
| Компьютерный поиск крупнозернистых конформаций РНК на классе полиномов 2-го порядка Блинов Александр Анатольевич , 2012-06-08
|
|
| Компьютерный и экспериментальный анализ иммуногенных свойств вителлина и катепсина F O. felineus Носова Александра Андреевна , 2012-06-07
|
|
| Экспериментальные и компьютерные подходы к анализу последовательностей ДНК хромосомы 5В мягкой пшеницы Колтунова Мария Константиновна , 2012-06-07
|
|
| Изучение внутриродового генетического разнообразия среди видов рода Elymus Камчатского и Дальневосточного регионов Шмаков Николай Александрович , 2012-06-05
|
|
| Программное средство для определения скелета растрового изображения с применением волнового алгоритма. Русакова Наталья , 2012-06-01
|
|
| Веб-портал для базы данных по экспериментальным исследованиям в области геномики. Мартыщенко Мария Кирилловна , 2012-06-01
|
|
| 2011 | Анализ экспрессии генов на микрочипах на крысах линии НИСАГ Орлов Алексей Валерьевич , 2011-12-08
|
| Реализация расширенного метода QTPIE для учета эффектов поляризации и переноса заряда в молекулярной динамике Васенин Андрей Евгеньевич , 2011-06-24
|
|
| Исследование масштабируемости алгоритмов поиска соседей в молекулярной динамике Матвиенко Сергей Александрович , 2011-06-24
|
|
| 2010 | Создание системы визуализации статистических данных для фенотипических признаков растений Радошкевич Даниил Александрович 2010-08-15
|
| Создание системы статистической обработки данных для анализа фенотипических признаков растений Котов Иван Анатольевич 2010-06-15
|
|
| Разработка программного пакета для анализа сходства регуляторных районов ткань-специфичных генов Бочарников , 2010-06-10
|
|
| Анализ структур белков в условиях повышенных давлений при помощи компьютерных методов Медведев Кирилл Евгеньевич , 2010-06-01
|
|
| 2009 | Алгоритм предсказания конформационной подвижности белковых молекул Вайсман Елизавета Анатольевна , 2009-06-25
|
| УСКОРЕНИЕ ВЫПОЛНЕНИЯ ПРОГРАММНОГО КОМПЛЕКСА МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ MOLKERN С ПОМОЩЬЮ GPU NVIDIA Графеев Николай Владимирович , 2009-06-25
|
|
| Предсказание контактов аминокислотных остатков в структурах белков с использованием алгоритма нейронной сети Корнилова Екатерина Владимировна , 2009-06-04
|
|
| 2008 | Влияние мутаций на функционирование цинк связующего сайта белка р53 Бугаков Илья Владимирович , 2008-06-25
|
| Параллельная реализация программного комплекса молекулярного моделирования MOLKERN Алемасов Николай Александрович , 2008-06-25
|
|
| Разработка системы определения опушенности листа пшеницы на основе анализа его изображения Арсенина Светлана Игоревна 2008-06-14
|
|
| 2007 | ПАКЕТ ПРОГРАММНЫХ КОМПОНЕНТ ДЛЯ РАСЧЕТА ЭНЕРГИИ СОЛЬВАТАЦИИ БЕЛКОВ Чирцов Артем Сергеевич , 2007-06-25
|
| 2006 | Выявление и структурно-функциональный анализ аминокислотных остатков α субъединиц протеасомы, специфических для положения субъединиц в протеосомальном комплексе Барышев Павел Борисович , 2006-06-05
|
| 2005 | Компьютерный анализ молекулярной эволюции белков: исследование адаптивного режима эволюции белков вируса гепатита С человека. Варламова Елена Сергеевна , 2005-06-02
|
| 2004 | Сравнение эволюционных расстояний семейств бактреиальных белков Савенкова Ульяна Викторовна , 2004-06-03
|
Учебные курсы
| 2015 | Практикум по начальной специализации "Биоинформатика и системная биология" НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
| 2014 | Эволюция сложных систем НГУ, кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
| Математические методы биоинформатики Орлов Ю.Л., Мирошниченко Л.А. Кафедра дискретной математики и информатики ММФ НГУ, семестров: 1
|
|
| 2013 | Биоинформатика и компьютерная геномика Миронова В.В., Дорошков А.В. Новосибирский Государственный Университет, Факультет Естественных наук Кафедра цитологии и генетики, 4 курс., семестров: 1
|
| Введение в биоинформатику Афонников Д.А. Башкирский государственный университет, Биологический факультет, кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| 2012 | Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1
|
| Биоинформатика для генетиков Орлов Ю.Л. ФЕН НГУ, 4 курс, кафедра цитологии и генетики, семестров: 1
|
|
| Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) НГУ, Кафедра информационной биологии, 4 курс., семестров: 1
|
|
| 2011 | Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1
|
| Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В. Игнатьева Е.В. НГУ, Кафедра информационной биологии, 4 курс., семестров: 1
|
|
| 2010 | Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
| Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике Центр технологий HP в НГУ, семестров: 1
|
|
| Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) Игнатьева Е.В. НГУ, Кафедра информационной биологии, 4 курс., семестров: 1
|
|
| 2009 | Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
| Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике Центр технологий HP в НГУ, семестров: 1
|
|
| 2008 | Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
| Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| 2007 | Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
| Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| 2006 | Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
| Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| 2005 | Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
| Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
|
| 2004 | Генные сети НГУ, ФЕН, КИБ, семестров: 1
|
| 2003 | Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) НГУ, Кафедра информационной биологии, 4 курс., семестров: 1
|
Патенты
| 2013 | Система генерации веб-сервисов и конвейеров для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики (BioUniWA) Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2013617278
|
| Система автоматической генерации веб-интерфейсов для конвейеров и вычислительных модулей для поддержки исследований в области биоинформатики (BioInfoWF) Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2013617327
|
|
| 2012 | База данных генов крысы, ассоциированных с заболеваниями старения для исследований на микрочипах (РатДНК ДБ)/ Database of rat genes associated with senescence deceases for microarray research (RatDNA DB) Орлов Юрий Львович, Мартыщенко Мария Кирилловна, Генаев Михаил Александрович, Кожевникова Оюна Суранзановна Номер патента заявка 2012620897 от 21.08.2012
|
| Интегрированная база данных молекулярно-генетических систем (МГСБаза)/Integrated molecular genetic systems database (MGSBase) Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А. Номер патента 2012620886
|
|
| Программа предсказания термодинамической стабильности мутантных форм белков методом lambda-динамики (Л-МОЛКЕРН) Фомин Э.С. Номер патента 2012617581
|
|
| База данных эволюционных и функциональных характеристик белков (ПЕФФ ДБ)/ Database of Protein Evolutional and Functional Features (PEFF DB) Гунбин К.В., Афонников Д.А., Генаев М.А. Номер патента 2012620659
|
|
| Программа поиска статистически редких аминокислотных замен в эволюции белков (РедЗамКарт) / Software tool for detecting of statistically rare amino acid replacements in protein evolution (RareMap) Гунбин К.В., Афонников Д.А. Номер патента 2012615589
|
|
| Программа автоматического определения количественных характеристик опушения листа (ОЛДетект2) / Software tool for automatically determination of the quantitative characteristics of leaf hairiness in plants (LHDetect2) Генаев Михаил Александрович, Дорошков Алексей Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Пшеничникова Татьяна Алексеевна Номер патента 2012612357
|
|
| База данных "Элементарные подсистемы: метаболизм E.coli" (ЭлСи: E.coli)/ Database "Elementary subsystems: E.coli metabolism" (ElSy: E.coli) Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В. Номер патента 2012620064
|
|
| 2010 | База данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы (ВитПГЕ). Генаев М.А., Дорошков А.В., Афонников Д.А. Номер патента 2010620602
|
| База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620013
|
|
| База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620014
|
|
| 2009 | База данных: Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite) Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А. Номер патента №2009620500
|
| 2008 | Software tool for the protein-ligand docking (MONTEDOCK) Фомин Э.С. Номер патента 2008610260
|
| Software tool for the restoring of the missing atoms in PDB files (BAUBLE) Фомин Э.С. Номер патента 2008610261
|
|
| Software tool for the protein-ligand complex optimization (EMINIMA) Фомин Э.С. Номер патента 2008610262
|
|
| 2007 | База данных: Экспрессия эукариотических генов (ЭуГенЭксп) / Eukaryotic Gene Expression Database (EuGenExp) Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620394
|
| База данных: Транскрипционный Фактор-Ген Млекопитающих взаимодействия (ТФГМВ)/ Transcription Factor- Mammalian Gene Interactions (TFMGI) Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Генаев М.А. Номер патента №2007620395
|
|
| База данных: Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE). Степаненко И.Л., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620396
|
|
| 2006 | Программа для определения консервативных свойств в сайтах связывания транскрипционных факторов и их распознавания ( САЙТКОН ) / The tool for detecting conservative properties in transcription factor binding sites and for site recognition (SITECON) “ Ощепков Д.Ю. Номер патента 2006610270
|
| База данных: Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX) Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620257
|
|
| База кинетических данных (KiNET) Недосекина Е.А., Хлебодарова Т.М., Поплавский А.С., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620209
|
|
| База данных: Районы позиционирования нуклеосом (NPRD). Левицкий В.Г., Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Фурман Д.П., Катохин А.В., Смирнова О.Г., Хлебодарова Т.М. Номер патента №2006620074
|
|
© 2010-2026 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены. | |