 |
 |
|
Система учета научной деятельности (ASSA) |
|
|
|
 |
|
 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Лаборатория эволюционной биоинформатики и теоретической генетики (т.14)Отдел системной биологииПодразделенияСектор регуляторной компьютерной геномики (т.171)
Научные результаты Сотрудники О Подразделении 1. Основное направление фундаментальных и фундаментально-ориентированных исследований Компьютерный анализ эволюции на различных уровнях структурной организации живых организмов; теоретическое изучение молекулярных механизмов взаимосвязи между генетической и фенотипической изменчивостью организмов.
2. Задачи, решаемые в настоящее время в рамках базового бюджетного проекта: Бюджетный проект VI.61.1.2 «Компьютерно-экспериментальное исследование и моделирование структурно-функциональной организации и эволюции генных сетей многоклеточных и одноклеточных организмов» (координатор ‑ акад. РАН Колчанов Н.А., директор ИЦиГ СО РАН, зав. отдела системной биологии, д.б.н., профессор). В рамках проекта лаборатория принимает участие в выполнении следующих задач: (1) компьютерный анализ структурно-функциональной организации геномов (по блоку "Геномика"); (2) компьютерный анализ и моделирование эволюционной изменчивости молекулярно-генетических систем (по блоку "Молекулярная эволюция")
3. При наличии прикладных результатов (что желательно) должен быть введен еще один раздел «Прикладные разработки». Прикладных разработок нет.
4. Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет. (1) Компьютерное сравнение генома древнего человека Homo denisova c геномом современного человека Homo sapiens sapiens (H.s.s.) выявило в геноме H.denisova 29 быстро эволюционирующих ортологов миРНК человека, регулирующих экспрессию генов на уровне трансляции за счет взаимодействия с мРНК-мишенями (рис. 1).
Рисунок 1. Поиск и анализ функций миРНК в геномах древних людей. (А) миРНК комплементарно взаимодействует с мРНК в составе RISC-комплекса, подавляя трансляцию и стимулируя деградацию мРНК. (Б) Филогенетическое дерево гоминид, включая H.denisova и современного человека с датировками времен дивергенции. (В) Примеры ряда структур мозга, в которых наблюдается повышенная экспрессия мРНК, регулируемых быстро эволюционирующими миРНК. Анализ был проведен на основе информации из нескольких баз данных с использованием статистического теста Монте-Карло. Показан достоверно высокий уровень экспрессии мРНК, регулируемых быстро эволюционирующими миРНК H.d. – ортологами миРНК человека в ряде структур мозга, которые у H.s.s. отвечают за интеллектуальные и когнитивные способности. К числу этих структур относятся: фронтальная часть поясной извилины (формирование эмоций, обучение и память), медиальная затылочно-височная извилина (распознавание речи), височная средняя извилина (понимание смысла слов в процессе чтения) и некоторые другие.
(2) Проведено исследование структурно-функциональных особенностей молекулярной эволюции белковых молекул циклинов животных, грибов и протистов, принадлежащих семействам A, B, E и D. Показано, что атипичные, редко фиксируемые аминокислотные замены у циклинов связаны с ароморфозами в эволюции животных и процессами дупликаций генов в ходе эволюции животных и грибов. Также показано, что эволюционная пластичность функций циклинов может обеспечиваться интенсивными преобразованиями поверхностных участков далеко отстоящих от сайтов взаимодействия с CDK у циклинов животных и грибов и функциональной дифференциацией паралогичных циклинов (в том числе и по сайту посадки CDK), образованных в процессе эволюции животных (Рис.2).
Рисунок 2. Трехмерная структура циклинов с локализацией консервативных и варьирующих участков вторичных структур. A – комплекс циклин A1-CDK2 человека; B – циклин B1 человека; C – циклин B дрожжей. Вторичные структуры: знаком “+” выделены структуры, у которых количество всех замен достоверно выше ожидаемого. Красным выделены молекулы CDK, синим – участки циклинов, содержащиеся в безделеционном выравнивании. Было показано, что за эволюционную взаимосвязь между изменениями молекулярной структуры циклинов и их вовлеченностью в различные молекулярно-генетические процессы может отвечать изменение числа и/или природы связывающихся с циклинами белков.
(3) Исследованы молекулярно-генетические механизмы эволюционной адаптации микроорганизмов к экстремально высоким давлениям на уровне как структуры белков, так и полных геномов. Для трех видов архей, проживающих на разных глубинах мирового океана, была реконструирована их дивергенция от общего предка (рис. 3). Впервые выявлено, что адаптивная эволюция при изменении условий давления внешней среды наиболее сильно затрагивает системы трансляции и структуры рибосом. Анализ РНК-связывающего белка Nip7 методами молекулярной динамики показал, что адаптация приводит к структурным изменениям отдельных участков Nip7. Это позволяет проводить in silico дизайн микроорганизмов, устойчивых к экстремальным условиям среды.
Рисунок 3. Эволюционная история архей рода Pyrococcus (P. furiosus, P. horikoshii и P. abyssi). Показан порядок дивергенции видов от общего предка, глубины их местообитаний и предельные значения давлений, при которых эти виды выживают. Таким образом, результаты анализа показали, что давление, как основной фактор, к которому должны адаптироваться археи, по-видимому, играет важную роль на этапе дивергенции P. furiosis от общего предка P. abyssi, P. horikoshii и P. furiosis. Что касается дивергенции предка P. horikoshii и P. abyssi от общего предка, а также дивергенции видов P. horikoshii и P. abyssi, то здесь не менее важным фактором может являться смена экологической ниши. В частности, P. horikoshii приспособился к существованию на субстратах обогащенных аминокислотами и занял нишу консумента более высокого порядка; P. abyssi может существовать и на субстратах, обедненных аминокислотами и, вероятно, занял нишу консумента более низкого порядка.
(4) Проанализированы частоты аминокислотных замен и рассчиталн индекс асимметрии замен (ИАЗ) аминокислот на этапе дивергенции мелководных архей P.furiosus от общего глубоководного предка. ИАЗ характеризует, какие типы замен чаще происходили на данном этапе эволюции. Анализ корреляций физико-химических свойств аминокислот с величинами ИАЗ показал, что наиболее часто значимые корреляции со значениями ИАЗ наблюдаются у свойств аминокислот, связанных с гидрофобностью и формированием внутренних участков белков (42 % от общего числа свойств этой группы) и связанных с формированием бета-слоев (19% от общего числа свойств этой группы). Это свидетельствует о важности такого свойства аминокислот, как гидрофобность для адаптации структур белков к условиям изменения давлений среды.
(5) Для транскрипционного фактора Smad2 найдены группы генов-мишеней, отвечающих на условия активации или ингибирования Smad2 в эмбриональных стволовых клетках (ЭСК) мыши. На основе компьютерного анализа данных ChIP-Seq ЭСК мыши в условиях активации и подавления экспрессии гена Smad2 под действием внешних факторов (белка Activin и ингибитора SB431542, соответственно) в нуклеотидных последовательностях, окружающих сайты связывания Smad2 выявлены группы нуклеотидных мотивов, соответствующих потенциальным сайтам связывания регуляторных кофакторов (Рис. 4).
Рисунок 4. Профили связывания Smad2 в трех условиях (активации и ингибирования) в районе гена Oct4. Нуклеотидная последовательность показана внизу. Выделены цветом мотивов связывания Smad2 (CAGA) в пике ChIP-seq.
(6) В результате измерений in vitro впервые экспериментально подтверждены пять наибольших повреждений ТАТА боксов из более 50 сделанных нами ранее прогнозов in silico, которые были ассоциированы с заболеваниями человека. Все пять проб in vitro подтвердили соответствующие им in silico прогнозы уменьшения сродства ТВР к SNP-содержащим ТАТА-боксам (значимость p<0.05). Доверительные 95%-интервалы in vitro и in silico перекрылись в 3 из 5 опытах. Ни для одной из пяти SNP снижение сродства ТВР к ТАТА боксу не достигло верхней 95%-доверительной границы неспецифического сродства ТВР/ДНК (значимость p<0.05). Это означает, что даже самые сильные повреждения SNP-содержащих ТАТА боксов лишь модулируют уровень специфического сродства ТВР к ним, и малы в сравнении с полным разрушением ТАТА бокса до неспецифического уровня сродства ТВР к содержащему его промотору гена человека. Следовательно, SNP в ТАТА боксе может оказывать патогенетическое влияние на молекулярный механизм регуляции экспрессии гена, изменение уровня которой - патология.
(7) Разработана технология высокопроизводительного определения параметров опушения листа (рис. 5). Она основана на анализе цифровых изображений сгиба листа, полученных при помощи микроскопа. В результате применения технологии выявлены важные зависимости между числом трихом и их длиной у пшеницы. Разработанная программа LHDetect для анализа характеристик опушения по цифровому изображению доступна по адресу http://wheatdb.org/lhdetect. Программа оценивает число трихом и их распределение по длине. Время обработки одного образца составляет около минуты. Это позволяет проводить массовое фенотипирование растений в полевых условиях.
Рисунок 5. Технология фенотипирования морфологии опушения листа пшеницы. Отбор предфлаговых листьев (а). Выбор точек сгиба на листе (б). Приготовление микропрепаратов (в). Получение цифровых изображений в микроскопе (г); Обработка изображений и анализ данных на компьютере (д). Пример изображения трихом листа пшеницы сорта Голубка (е).
5. Задачи, планируемые на перспективу:
Вишневский Олег Владимирович [научный сотрудник] Генаев Михаил Александрович [старший научный сотрудник] Игнатьева Елена Васильевна [старший научный сотрудник] Комышев Евгений Геннадьевич [научный сотрудник] Кривенко Ольга Валериевна [старший научный сотрудник] Левицкий Виктор Георгиевич [старший научный сотрудник] Ощепков Дмитрий Юрьевич [старший научный сотрудник] Подколодная Ольга Александровна [старший научный сотрудник] Пономаренко Михаил Павлович [ведущий научный сотрудник] Суслов Валентин Владимирович [научный сотрудник] Турнаев Игорь Иванович [младший научный сотрудник] Фомин Эдуард Станиславович [старший научный сотрудник] Цуканов Антон Витальевич [младший научный сотрудник] Чадаева Ирина Витальевна [младший научный сотрудник] Шмаков Николай Александрович [младший научный сотрудник] Бывшие сотрудникиАнанько Елена АнатольевнаАфонников Дмитрий Аркадьевич Генаев Михаил Александрович Игнатьева Елена Васильевна Колонин Антон Германович Лукьянов Илья Васильевич Манахов Андрей Дмитриевич Медведев Кирилл Евгеньевич Николаев Сергей Васильевич Ощепкова Евгения Александровна Пономаренко Михаил Павлович Шварев Юрий Николаевич СовместителиПодколодный Николай Леонтьевич [ведущий специалист - аналитик]Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода: 93 94 95 96 97 98 99 00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты
|
| 2024 | Identification of novel loci precisely modulating pre-harvest sprouting resistance and red color components of the seed coat in T. aestivum L. Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Komyshev E.G., Koval V.S., Afonnikov D.A., Salina E.A. Plants, 2024, т. 13, № 10, с. 1309
|
| AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
|
|
| Developmental and housekeeping genes: two types of genetic organization in the Drosophila genome Igor Zhimulev, Tatyana Vatolina, Victor Levitsky, Anton Tsukanov INT J MOL SCI, 2024, 25(7), 4068
|
|
| A Principal Components Analysis and Functional Annotation of Differentially Expressed Genes in Brain Regions of Gray Rats Selected for Tame or Aggressive Behavior Irina Chadaeva, Rimma Kozhemyakina, Svetlana Shikhevich, Anton Bogomolov, Ekaterina Kondratyuk, Dmitry Oshchepkov, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel INT J MOL SCI, 2024, 25(9): 4613
|
|
| Peak Scores Significantly Depend on the Relationships between Contextual Signals in ChIP-Seq Peaks. Vishnevsky OV, Bocharnikov AV, Ignatieva EV. INT J MOL SCI, 2024, 25(2):1011. Published 2024 Jan 13.
|
|
| Effect of Short-Term Restraint Stress on the Hypothalamic Transcriptome Profiles of Rats with Inherited Stress-Induced Arterial Hypertension (ISIAH) and Normotensive Wistar Albino Glaxo (WAG) Rats Dmitry Yu. Oshchepkov, Yulia V. Makovka , Larisa A. Fedoseeva, Alisa A. Seryapina, Arcady L. Markel, Olga E. Redina INT J MOL SCI, 2024, 25(12):6680
|
|
| Image-based classification of wheat spikes by glume pubescence using convolutional neural networks. Artemenko N.V., Genaev M.A., Epifanov R.UI., Komyshev E.G., Kruchinina Y.V., Koval V.S., Goncharov N.P. and Afonnikov D.A. Frontiers in Plant Science, 2024, т. 14, с. 1336192
|
|
| Конвейер обработки гиперспектральных изображений на примере исследования зерен ячменя, содержащих меланин. Бусов И.Д., Генаев М.А., Комышев Е.Г., Коваль В.С., Зыкова Т.E., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, т. 28, № 4, С. 443-455
|
|
| Restraint Stress-Induced Expression of Fos and Several Related Genes in the Hypothalamus of Hypertensive ISIAH Rats Yu. V. Makovka, L. A. Fedoseeva, D. Yu. Oshchepkov, A. L. Markel, and O. E. Redina. Molecular Biology, 2024, vol. 58, no. 1, pp. 62–70.
|
|
| Phenological Response of Plants of Different Biomorphs to Climate Change in Western Siberia E. S. Fomin, T. I. Fomina BIOL BULL+(RUS), 2024, 2024, Vol. 51, No. 3, pp. 565–575
|
|
| Новый ген опушения листа Hl1th, интрогрессированный в мягкую пшеницу от Thinopyrum ponticum, и его фенотипическое проявление при гомеологичных хромосомных замещениях Симонов А.В., Гордеева Е.И., Генаев М.А., Ли Вэньцзянь, Булатов И.О., Пшеничникова Т.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, (в печати)
|
|
| Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data Vladimir V. Raditsa, Anton V. Tsukanov, Anton G. Bogomolov, Victor G. Levitsky NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6(3), lqae090
|
|
| Analysis of auxin responses in the fern Ceratopteris richardii identifies the developmental phase as a major determinant for response properties Sjoerd Woudenberg, Melissa Dipp Alvarez, Juriaan Rienstra, Victor Levitsky, Victoria Mironova, Enrico Scarpella, Andre Kuhn, Dolf Weijers DEVELOPMENT, 2024, 151(20), dev203026
|
|
| Crosstalk between BER and NHEJ in XRCC4-deficient cells depending on hTERT overexpression Svetlana V. Sergeeva,Polina S. Loshchenova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Konstantin E. Orishchenko INT J MOL SCI, 2024, Int. J. Mol. Sci. 2024, 25(19), 10405
|
|
| Unexpected conformational dynamics associated with racemization in the [Cp′′′2NdI] complex in solution {where Cp′′′ = 1,3,4-tris(tert-butyl)cyclopentadienide} S.P. Babailov, M.Yu. Afonin, N.B. Kompankova, E.S. Fomin NEW J CHEM, 2024, 2024,48,14516-14520
|
|
| Effect of Short-Term Restraint Stress on the Expression of
Genes Associated with the Response to Oxidative Stress in the Hypothalamus of Hypertensive ISIAH and Normotensive WAG Rats. Makovka Y.V., Oshchepkov D.Y., Fedoseeva L.A., Markel A.L., Redina O.E. Antioxidants, 2024, Antioxidants 2024, 13, 1302.
|
|
| TauL1, TauL2 and TauL3 gene-pools of Aegilops tauschii essentially differ in their genetic expression patterns Alexander Ju. Dudnikov, Gennady V. Vasiliev, Ming Hao, Deng-Cai Liu, Fan Xing, Mehdi Mansouri, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov Botanica Serbica, 2024, 48 (2): 239–246
|
|
| The Transcriptomic Response of Cells of the Thermophilic Bacterium Geobacillus icigianus to Terahertz Irradiation Sergey Peltek, Svetlana Bannikova,Tamara M. Khlebodarova, Yulia Uvarova, Aleksey M. Mukhin, Gennady Vasiliev, Mikhail Scheglov, Aleksandra Shipova, Asya Vasilieva, Dmitry Oshchepkov, Alla Bryanskaya, Vasily Popik INT J MOL SCI, 2024
|
|
| 2023 | Determination of the melanin and anthocyanin content in barley grains by digital image analysis using machine learning methods E.G. Komyshev, M.A. Genaev, I.D. Busov, M.V. Kozhekin, N.V. Artemenko, A.Y. Glagoleva, V.S. Koval, D.A. Afonnikov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
|
| Характеристика синтетической линии пшеницы –
потенциального источника хозяйственно ценных признаков И.Г. Адонина, М.В. Зорина, С.П. Мехдиева, И.Н. Леонова, Е.Г. Комышев, Е.М. Тимонова, Е.А. Салина Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, Т.9,№3,С.117-125
|
|
| Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato
Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Gennady V. Vasiliev, Stepan V. Toshchakov, Nikolay A. Shmakov, Mikhail A. Genaev, Mikhail A. Nesterov, Salmaz M. Ibragimova, Daniil A. Rybakov, Tatjana A. Gavrilenko, Elena A. Salina, Maxim V. Patrushev, Alex V. Kochetov and Dmitry A. Afonnikov INT J MOL SCI, 2023, v. 24, p. 5713
|
|
| Synthesis, crystal structure and NMR-study new mononuclear paramagnetic Er (III) complex based on imine derivatives of thiacalix[4]arene E.N. Zapolotsky, S.P. Babailov, M.V. Kniazeva, Y.V. Strelnikova, A.S. Ovsyannikov, A.T. Gubaidullin, S.E. Solovieva, I.S. Antipin, E.S. Fomin, I.P. Chuikov INORG CHIM ACTA, 2023, 545, 121267
|
|
| The context signals
of mitochondrial miRNAs (mitomiRs) of mammals O.V. Vishnevsky, P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):819-825
|
|
| Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
|
|
| Three Cycles of Continuous Propagation of a Severe PSTVd
Strain NicTr-3 in Solanum lycopersicum cv. Rutgers Resulted in Its Attenuation and Very Mild Disease Symptoms in Potato Alex V. Kochetov, Nikolay Shmakov, Dmitry A. Afonnikov, Gennady V. Vasiliev, Natalja V. Shatskaya, Anastasiya A. Egorova, Nina V. Mironenko, Nina M. Lashina, Alexander V. Khiutti and Olga S. Afanasenko Agronomy, 2023, v. 13, №3, P. 684
|
|
| WAX INDUCER 1 Regulates β-Diketone Biosynthesis by Mediating Expression of the Cer-cqu Gene Cluster in Barley Gerasimova, S.V.; Kolosovskaya, E.V.; Vikhorev, A.V.; Korotkova, A.M.; Hertig, C.W.; Genaev, M.A.; Domrachev, D.V.; Morozov, S.V.; Chernyak, E.I.; Shmakov, N.A.; Vasiliev, G.V.; Kochetov, A.V.; Kumlehn, J.; Khlestkina, E.K. INT J MOL SCI, 2023, 24, no. 7: 6762
|
|
| Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
|
|
| РАЗВИТИЕ ИДЕИ Н.К. КОЛЬЦОВА О ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ОРГАНИЗАЦИИ
МЕЖДИСКОВ ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМ DROSOPHILA MELANOGASTER И. Ф. Жимулев, Т. Ю. Ватолина, В. Г. Левицкий, Т. Д. Колесникова, А. В. Цуканов Онтогенез, 2023, том 54, № 2, с. 172–175
|
|
| Developmental Biology: Computational and Experimental Approaches Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 13, 24, 10435
|
|
| Age-Dependent Changes in the Relationships between Traits Associated with the Pathogenesis of Stress-Sensitive Hypertension in ISIAH Rats Oshchepkov DY, Makovka YV, Ponomarenko MP, Redina OE, Markel AL. INT J MOL SCI, 2023, 24(13):10984.
|
|
| База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806.
|
|
| Phenological Reactions of Perennial Plants to Climate Change in Western Siberia. Fomin E.S.,Fomina T.I. CONTEMP PROBL ECOL, 2023, 2023, vol.16, No 6, pp.698-707
|
|
| Human_SNP_TATAdb – база данных о SNP, статистически достоверно изменяющих сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека: полногеномный анализ и варианты использования. Филонов С.В., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Твердохлеб Н.Н., Пономаренко П.М., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 7, 27, 728-736
|
|
| Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova, T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
|
|
| Компиляция и функциональная классификация генов, ассоциированных с длиной теломер, у человека и других видов животных Игнатьева Е.В., Юдин Н.С., Ларкин Д.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(3):292-301
|
|
| Compilation and functional classification of telomere length-associated genes in humans and other animal species Ignatieva E.V., Yudin N.S., Larkin D.M. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(3):283-292
|
|
| Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
|
|
| Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
|
|
| Integrating omics databases for enhanced crop breeding Chao H, Zhang S, Hu Y, Ni Q, Xin S, Zhao L, Ivanisenko VA, Orlov YL, Chen M J INTEGR BIOINFORM, 2023, Jul 25;20(4)
|
|
| RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806
|
|
| 2022 | Wheat yield estimation based on analysis of UAV
images at low altitude Mikhail Kozhekin, Mikhail Genaev, Vasily Koval, Andrey Slobodchikov, Dmitry Afonnikov BIO Web of Conferences, 2022
|
| Switching of shifting and relaxational NMR-thermosensor properties of iron (II) tris-(pyrazol-1-yl) methane complexes due to spin-crossover S.P.Babailov,E.N.Zapolotsky,V.V.Kokovkin,O.G.Shakirova,I.V.Mironov,I.P.Chuikov,E.S.Fomin POLYHEDRON, 2022, Volume 212, 2022, 115611
|
|
| Relationship between the characteristics of bread wheat grains, storage time and germination Dmitry A. Afonnikov. Evgenii G. Komyshev, Vadim M. Efimov, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Peter U. Gierke and Andreas Börner Plants, 2022, v. 11, p. 35
|
|
| Classification of Fruit Flies by Gender in Images Using
Smartphones and the YOLOv4-Tiny Neural Network Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Olga D. Shishkina, Natalya V. Adonyeva, Evgenia K. Karpova, Nataly E. Gruntenko, Lyudmila P. Zakharenko, Vasily S. Koval and Dmitry A. Afonnikov Mathematics, 2022, v. 10, p. 295
|
|
| Variability of leaf pubescence characteristics in transgenic tobacco lines with partial proline dehydrogenase gene suppression. S.M. Ibragimova, M.A. Genaev, A.V. Kochetov, D.A. Afonnikov BIOL PLANTARUM, 2022, 66:24-28
|
|
| Stress reactivity, susceptibility to hypertension, and differential expression of genes in hypertensive compared to normotensive patients Oshchepkov D, Chadaeva I, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Khandaev B, Sharypova E, Ponomarenko P, Bogomolov A, Klimova NV, Shikhevich S, Redina O, Kolosova NG, Nazarenko M, Kolchanov NA, Markel A, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, 5, 23, Article number 2835
|
|
| Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека. Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 1, 26, 96-108
|
|
| Editorial: Association Between Individuals’ Genomic Ancestry and Variation in Disease Susceptibility Ranajit Das, Tatiana V. Tatarinova, Elvira R. Galieva, Yuriy L. Orlov Frontiers in Genetics, 2022, 13:831320
|
|
| An experimental study of the effects of SNPs in the TATA boxes of the GRIN1, ASCL3 and NOS1 genes on interactions with the TATA-binding protein. Sharypova E.B., Drachkova I.A., Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 3, 26, 227-233
|
|
| Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
|
|
| Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin INT J MOL SCI, 2022, 23, 8981
|
|
| CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V Frontiers in Plant Science, 2022, 13:942710
|
|
| QTL Analysis for Bread Wheat Seed Size, Shape and Color
Characteristics Estimated by Digital Image Processing Mian Abdur Rehman Arif, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Nikolay A. Shmakov, Andreas Börner and Dmitry A. Afonnikov Plants, 2022, v. 11, article 2105.
|
|
| Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. INT J MOL SCI, 2022, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(20), 12269
|
|
| Structure Determination of Binuclear Triple-Decker Phthalocyaninato Complexes by NMR via Paramagnetic Shifts Analysis Using Symmetry Peculiarities Sergey P. Babailov, Eugeny N. Zapolotsky, Eduard S. Fomin, Marina A. Polovkova, Gayane A. Kirakosyan, Alexander G. Martynov, Yulia G. Gorbunova MOLECULES, 2022, 27(22), 7836
|
|
| STUDY OF THE STRUCTURE AND PARAMAGNETIC PROPERTIES OF THE [Dy(H2O)(n)(CyDTA)](-) COMPLEX IN AN AQUEOUS SOLUTION USING NMR DATA Zapolotsky E. N., Babailov S. P. , Fomin E. S. J STRUCT CHEM+, 2022, 63 (11), 1840-1849
|
|
| Фосфолипазы A2 человека: функциональный и эволюционный анализ Турнаев Игорь Иванович, Бочарникова Мария Евгеньевна, Афонников Дмитрий Аркадьевич Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, № 8, Том 26, ст. 787-797
|
|
| Информационные ресурсы по патогенам и вредителям культурных растений Турнаев Игорь Иванович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2022, № 1, том 8, 84-92
|
|
| Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 8, 26, 798-805
|
|
| On a Numerical Model of a Circadian Oscillator A. A Akinshin, N. B Ayupova, V. P Golubyatnikov, N. E Kirillova, O. A Podkolodnaya, and N. L Podkolodnyy Numerical Analysis and Applications, 2022, Vol. 15, No. 3, pp. 187–196
|
|
| Plant Biology and Biotechnology: Focus on Genomics and Bioinformatics Orlov Y.L., Ivanisenko V.A., Dobrovolskaya O.B., Chen M. INT J MOL SCI, 2022, 23, 6759
|
|
| 2021 | Autophagy genes expression profiling in secondary glioblastoma cells transcriptome Gubanova N., Bragin A., Vasiliev G., Babenko V., Ponomarenko M., Orlov Y. Cell Death Discovery, 2021, 7 (SUPPL 1), pp.5-5
|
| Medical Genetics, Genomics and Bioinformatics Aid in Understanding Molecular Mechanisms of Human Diseases Yuriy L. Orlov, Anastasia A. Anashkina, Vadim V. Klimontov, Ancha V. Baranova INT J MOL SCI, 2021, 2021, 22(18), 9962
|
|
| Tissue-specific transcriptome profiling of the Arabidopsis inflorescence stem reveals local cellular signatures Dongbo Shi, Virginie Jouannet, Javier Agustí, Verena Kaul, Victor Levitsky, Pablo Sanchez, Victoria V Mironova, Thomas Greb PLANT CELL, 2021, 33(2), 200–223
|
|
| Differential expression of 10 genes in the hypothalamus
of two generations of rats selected for a reaction to humans Климова Н.В., Чадаева И.В., Шихевич С.Г., Кожемякина Р.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
|
|
| A bioinformatics model of human diseases on the basis of differentially expressed genes (of domestic versus wild animals) that are orthologs of human genes associated with reproductive-potential changes. Vasiliev G, Chadaeva I, Rasskazov D, Ponomarenko P, Sharypova E, Drachkova I, Bogomolov A, Savinkova L, Ponomarenko M, Kolchanov N, Osadchuk A, Oshchepkov D, Osadchuk L. INT J MOL SCI, 2021, 5, 22, 2346
|
|
| Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2 А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):7-17.
|
|
| Геномная изменчивость в регуляторных районах генов, ассоциированная с заболеваниями человека: механизмы влияния на транскрипцию генов и полногеномные информационные ресурсы, обеспечивающие исследование этих механизмов. Игнатьева Е.В., Матросова Е.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1): 18-29
|
|
| Disease-associated genetic variants in the regulatory regions of human genes: mechanisms of action on transcription and genomic resources for dissecting these mechanisms. Ignatieva E.V., Matrosova E.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021;25(1):18-29
|
|
| The identification of a new gene for leaf pubescence introgressed into bread wheat from Triticum timopheevii Zhuk. and its manifestation in a different genotypic background Симонов Александр Владимирович Смирнова Ольга Григорьевна Генаев Михаил Александрович Пшеничникова Татьяна Алексеевна Plant Genetic Resources, 2021, https://www.cambridge.org/core/journals/plant-genetic-resources/article/identification-of-a-new-gene-for-leaf-pubescence-introgressed-into-bread-wheat-from-triticum-timopheevii-zhuk-and-its-manifestation-in-a-different-genotypic-background/53B7CC3DCB46945
|
|
| A Sight on Single-Cell Transcriptomics in Plants Through the Prism of Cell-Based Computational Modeling Approaches: Benefits and Challenges for Data Analysis Aleksandr Bobrovskikh, Alexey Doroshkov, Stefano Mazzoleni, Fabrizio Cartenì, Francesco Giannino, Ulyana Zubairova Frontiers in Genetics, 2021, Front. Genet. 12:652974
|
|
| Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova CURR OPIN PLANT BIOL, 2021, 63, 102058
|
|
| Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. Frontiers in Genetics, 2021, V. 12. Article number 610774.
|
|
| A catalogue of human genes associated with pathozoospermia and functional characteristics of these genes Ignatieva E.V., Osadchuk A.V., Kleshchev M.A., Bogomolov A.G., Osadchuk L.V. Frontiers in Genetics, 2021, 2:662770
|
|
| Domestication explains two-thirds of differential-gene-expression variance between domestic and wild animals; the remaining one-third reflects intraspecific and interspecific variation Chadaeva I, Ponomarenko P, Kozhemyakina R, Suslov V, Bogomolov A, Klimova N, Shikhevich S, Savinkova L, Oshchepkov D, Kolchanov N, Markel A, Ponomarenko M. Animals, 2021, V. 11. N. 9. Article number 2667.
|
|
| Image-Based Wheat Fungi Diseases Identification by Deep Learning Genaev M .A., Skolotneva E.S., Gultyaeva E.I., Orlova E.A., Bechtold N.P., Afonnikov D.A. Plants, 2021, V. 10, P. 1500
|
|
| E. coli aggregation and impaired cell division after terahertz irradiation. 1. Peltek S, Meshcheryakova I, Kiseleva E, Oshchepkov D, Rozanov A, Serdyukov D, Demidov E, Vasiliev G, Vinokurov N, Bryanskaya A, Bannikova S, Popik V, Goryachkovskaya T. SCI REP-UK, 2021, Oct 14;11(1):20464.
|
|
| ПОЛИМОРФИЗМ ВАРИАНТОВ ГЕНА N-АЦЕТИЛТРАНСФЕРАЗЫ 2 (NAT2)
И АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ. Тийс Роза Павловна, Осипова Людмила Павловна,Галиева Эльвира Расимовна, Личман Дарья Вениаминовна, Воронина Елена Николаевна,Мелихова А. В., Орлов Юрий Львович, Филипенко Максим Леонидович Биомедицинская химия, 2021, том 67, вып. 3, с. 213-221.
|
|
| Editorial: Bioinformatics of Genome Regulation, Volume I Yuriy L. Orlov, Tatiana V. Tatarinova, Nina Y. Oparina, Elvira R. Galieva,Ancha V. Baranova Frontiers in Genetics, 2021, 2021, Vol. 12, p.2399
|
|
| Recent Trends in Cancer Genomics and Bioinformatics Tools Development Anastasia A. Anashkina, Elena Y. Leberfarb, Yuriy L. Orlov INT J MOL SCI, 2021, 2021, 22(22), 12146
|
|
| Biodistribution of 10B in Glioma Orthotopic Xenograft Mouse Model after Injection of L-para-Boronophenylalanine and Sodium Borocaptate Natalya V. Gubanova, Alphiya R. Tsygankova, Evgenii L. Zavjalov, Alexander V. Romashchenko, Yuriy L. Orlov Biomedicines, 2021, 2021, 9(7), 722
|
|
| Glioblastoma gene network reconstruction and ontology analysis by online bioinformatics tools Natalya V. Gubanova, Nina G. Orlova, Arthur I. Dergilev, Nina Y. Oparina, Yuriy L. Orlov J INTEGR BIOINFORM, 2021, 2021; 20210031
|
|
| Changes in the Phenology of Perennial Plants in Western Siberia against the Background of Global Warming E. S. Fomin, T. I. Fomina CONTEMP PROBL ECOL, 2021, volume 14, pages 434–445 (2021)
|
|
| Об условиях существования циклов в двух базовых моделях циркадного осциллятора млекопитающих Голубятников В. П., Подколодная О. А., Подколодный Н. Л., Аюпова Н. Б., Кириллова Н. Е., Юношева Е. В. Сибирский журнал индустриальной математики, 2021, 2021, том 24, № 4 (88). С. 39-53.
|
|
| 2020 | Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. No 2. С. 455–470
|
| Faint gray bands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes are formed by coding sequences of housekeeping genes Olga V. Demakova, Sergey A. Demakov, Lidiya V. Boldyreva, Tatyana Yu. Zykova, Victor G. Levitsky, Valeriy F. Semeshin, Galina V. Pokholkova, Darya S. Sidorenko, Fedor P. Goncharov, Elena S. Belyaeva, Igor F. Zhimulev CHROMOSOMA, 2020, 129(1), 25-44
|
|
| Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain. Anna S. Pavlova, Georgii D. Ozhegov, Georgij P. Arapidi, Ivan O. Butenko, Eduard S. Fomin, Nikolai A. Alemasov, Dmitry A. Afonnikov, Dina R. Yarullina, Vadim T. Ivanov, Vadim M. Govorun, Airat R. Kayumov PROTEIN J, 2020, 39, p. 73–84
|
|
| Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N. INT J MOL SCI, 2020, 3, 21, 1045
|
|
| Specification and regulation of vascular tissue identity in the Arabidopsis embryo Margot E. Smit, Cristina I. Llavata-Peris, Mark Roosjen, Henriette van Beijnum, Daria Novikova, Victor Levitsky, Iris Sevilem, Pawel Roszak, Daniel Slane, Gerd Jürgens, Victoria Mironova, Siobhan M. Brady, Dolf Weijers DEVELOPMENT, 2020, 147(8):dev186130
|
|
| Genes Containing Long Introns Occupy Series of Bands and Interbands In Drosophila melanogaster polytene Chromosomes Varvara A. Khoroshko, Galina V. Pokholkova, Victor G. Levitsky, Tatyana Yu. Zykova, Oksana V. Antonenko, Elena S. Belyaeva, and Igor F. Zhimulev Genes, 2020, 11(4), 417
|
|
| Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova INT J MOL SCI, 2020, 21, 6023
|
|
| Анализ цветовых и текстурных характеристик зерен злаков на цифровых изображениях Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 4, с. 340-347
|
|
| Использование гиперспектральной камеры Specim IQ
для анализа растений В.В. Альт, Т.А. Гурова, О.В. Елкин, Д.Н. Клименко, Л.В. Максимов, И.А. Пестунов, О.А. Дубровская, М.А. Генаев, Т.В. Эрст, К.А. Генаев, Е.Г. Комышев, В.К. Хлесткин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 3, с. 259-266
|
|
| Subcellular compartmentalization of the plant antioxidant system: an integrated overview Aleksandr Bobrovskikh, Ulyana Zubairova, Alexey Kolodkin, Alexey Doroshkov PeerJ, 2020
|
|
| Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis Alejandra Freire-Rios, Keita Tanaka, Isidro Crespo, Elmar van der Wijk, Yana Sizentsova, Victor Levitsky, Simon Lindhoud, Mattia Fontana, Johannes Hohlbein, D. Roeland Boer, Victoria Mironova, and Dolf Weijers P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117 (39) 24557-24566
|
|
| Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of protein-coding genes on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome. Ponomarenko M., Kleshchev M., Ponomarenko P., Chadaeva I., Sharypova E., Rasskazov D., Kolmykov S., Drachkova I., Vasiliev G., Gutorova N., Ignatieva E., Savinkova L., Bogomolov A., Osadchuk L., Osadchuk A., Oshchepkov D. BMC GENET, 2020, V. 21, Suppl. 1. P. 89
|
|
| Unannotated single nucleotide polymorphisms in the TATA box of erythropoiesis genes show in vitro positive involvements in cognitive and mental disorders. Ponomarenko M., Sharypova E., Drachkova I., Chadaeva I., Arkova O., Podkolodnaya O., Ponomarenko P., Kolchanov N., Savinkova L. BMC MED GENET, 2020, V. 21, Suppl. 1. P. 165.
|
|
| Quantifying Drosophila adults with the use of a smartphone Evgenia K. Karpova, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Natalya V. Adonyeva, Dmitry A. Afonnikov, Margarita A. Eremina, Nataly E. Gruntenko Biology Open, 2020, 9: bio054452
|
|
| Phenotypic intraspecific variability of Campanula altaica Ledeb. (Campanulaceae) in the Western Siberian forest steppe. Tatyana I. Fomina, Eduard S. Fomin Journal of Asia-Pacific Biodiversity, 2020, V. 13, Issue 4, P. 658-666
|
|
| A Nonparametric Model for Analysis of Flowering Patterns of Herbaceous Multi-flowered Monocarpic Shoots Fomin E., Fomina T. B MATH BIOL, 2020, v. 82, p. 146
|
|
| Study of flowering patterns of Campanula L. species using computer modeling Tatyana I. Fomina, Eduard S. Fomin BIO Web of Conferences, 2020, Volume 24, 2020, p. 00022
|
|
| Кандидатные SNP-маркеры, изменяющие сродство ТВР к промоторам Y-связанных генов CDY2A, SHOX, ZFY, снижают ряд показателей репродуктивного потенциала мужчин. Пономаренко М.П., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Пономаренко П.М., Осадчук Л.В., Осадчук А.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 7, 24б 785-793
|
|
| Nucleosome positioning around transcription start site correlates with gene expression only for active chromatin state in Drosophila interphase chromosomes Victor G. Levitsky, Tatyana Yu. Zykova, Yuri M. Moshkin, Igor F. Zhimulev INT J MOL SCI, 2020, 21, 9282
|
|
| Genetics researches at the “Centenary of human population genetics” conference and SBB-2019 Tatarinova TV, Tabikhanova LE, Eslami G, Bai H, Orlov YL BMC GENET, 2020, 21(Suppl 1): 109
|
|
| Genes associated with cognitive performance in the Morris water maze: an RNA-seq study Vasiliy V. Reshetnikov, Polina E. Kisaretova, Nikita I. Ershov, Anastasia S. Shulyupova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Natalia V. Klimova, Anna V. Ivanchihina, Tatiana I. Merkulova, Natalia P. Bondar SCI REP-UK, 2020, Sci Rep 10, 22078 (2020)
|
|
| Comparative Expression Analysis of Stress-Inducible Candidate Genes in Response to Cold and Drought in Tea Plant Lidiia S. Samarina, Alexandr V. Bobrovskikh, Alexey V. Doroshkov,Lyudmila S. Malyukova, Alexandra O. Matskiv, Ruslan S. Rakhmangulov, Natalia G. Koninskaya, Valentina I. Malyarovskaya, Wei Tong, Enhua Xia, Karina A. Manakhova, Alexey V. Ryndin, Yuriy L. Orlov Frontiers in Genetics, 2020, 11, 1613
|
|
| Construction of a biosensor sensitive to terahertz radiation based on the glutamine synthetase gene promoter Irina Meshcheryakova, Tatyana Goryachkovskaya, Svetlana Bannikova, Alexey Rozanov, Elizaveta Demidova, Dmitry Oshchepkov, Evgeniy Demidov, Alla Bryanskaya, Nikolay Vinokurov, Vasiliy Popik, Sergey Peltek AIP CONFERENCE PROCEEDINGS, 2020
|
|
| 2019 | Quantitative characteristics of pubescence in wheat (Triticum aestivum L.) are associated with photosynthetic parameters under conditions of normal and limited water supply Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Svetlana V. Osipova, Alexey V. Permyakov, Marina D. Permyakova, Vadim M. Efimov, Dmitry A. Afonnikov PLANTA, 2019, №3, V. 243, pp. 839–847
|
| Two types of conformational dynamics and thermo-sensor properties of praseodymium-DOTA by 1 H/13C NMR S.P. Babailov, E.N. Zapolotsky, A.I. Kruppa, P.A. Stabnikov, I.A. Godovikov, E.V. Bocharov, E.S. Fomin INORG CHIM ACTA, 2019, Vol. 486, 2019, P. 340-344.
|
|
| A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of Pairwise Distances in n2 Steps for the Sequencing Problem: III. Noise Inputs for the Beltway Case. Fomin E.S. J COMPUT BIOL, 2019, Vol. 26(1), 68-75
|
|
| Системный подход к моделированию развития листостебельных грибных инфекций пшеницы Николаев С.В., Зубаирова У.С., Сколотнева Е.С., Орлова Е.А., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(1):100-109
|
|
| Numerical Algorithm for Morphogen Synthesis Region Identification with Indirect Image-Type Measurement Data Penenko A.V., Zubairova U.S., Mukatova Z., Nikolaev S.V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2019, Vol. 17, No. 1 1940002
|
|
| LSM-W2: Laser Scanning Microscopy Worker for Wheat Leaf Surface Morphology Zubairova U.S., Verman P.Yu., Oshchepkova P.S., Elsukova A.S., Doroshkov A.V. BMC SYST BIOL, 2019, 13(Suppl 1): 22
|
|
| Exome-wide search and functional annotation of genes associated in patients with severe tick-borne encephalitis in a Russian population Ignatieva E.V., Yurchenko A.A., Voevoda M.I., Yudin N.S. BMC MED GENOMICS, 2019, 12(Suppl 3):61
|
|
| New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin BMC GENOMICS, 2019, 20:399
|
|
| Natural selection equally supports the human tendencies in subordination and domination: a genome-wide study with in silico confirmation and in vivo validation in mice. Chadaeva I., Ponomarenko P., Rasskazov D., Sharypova E., Kashina E., Kleshchev M., Ponomarenko M., Naumenko V., Savinkova L., Kolchanov N., Osadchuk L., Osadchuk A. Frontiers in Genetics, 2019, 2, 10, Article 73
|
|
| Architecture of promoters of house-keeping genes in polytene chromosome interbands of Drosophila melanogaster Zykova TY, Levitsky VG, Zhimulev IF Doklady Biochemistry and Biophysics, 2019, 485(1):95-100
|
|
| Оценка количественных характеристик клубнеобразования
дикого картофеля на основе анализа изображений клубней
с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала, Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019. Онлайн.
|
|
| The evolution of gene regulatory networks controlling Arabidopsis thaliana L. trichome development. Doroshkov AV, Konstantinov DK, Afonnikov DA, Gunbin KV. BMC PLANT BIOL, 2019
|
|
| Стволовые раковые клетки: «служба спасения» для опухолей в условиях генерализованного клеточного стресса Ефремов Я.Р., Проскурина А.С., Поттер Е.А., Долгова Е.В., Ефремова О.В., Ощепков Д.Ю., Колчанов Н.А., Богачев С.С. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2019, 14(1):306-326
|
|
| Тестирование безопасности продуктов из генетически модифицированного риса: экспериментальное исследование на крысах Спраг-Доули Ширдели М., Орлов Ю.Л., Ислами Г., Хаджимохаммади Б., Табиханова Л.Э., Ихрампуш М.Х., Резвани М.Э., Фаллахзаде Х., Занди Х., Хоссейни С.С., Ахмадиан С., Мортазави Ш., Фаллахи Р., Асади-Юсефабад С.Л. Генетика, 2019, Т. 55. № 8. С. 912-919.
|
|
| Кандидатные SNP-маркеры атеросклероза, которые способны достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Пономаренко М.П., Рассказов Д.А., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Генетика, 2019, 9, 55, 1083-1098
|
|
| The differences in brain stem transcriptional profiling in hypertensive ISIAH and normotensive WAG rats Fedoseeva L.A., Klimov L.O., Ershov N.I., Efimov V.M., Markel A.L., Orlov Y.L., & Redina O.E. BMC GENOMICS, 2019, 20(3), 297.
|
|
| A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive
analysis of motifs co-occurrence with MCOT package Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E., Grosse I., Mironova V., Merkulova T. NUCLEIC ACIDS RES, 2019, 47(21):e139
|
|
| Morphometry of the Wheat Spike by Analyzing 2D Images Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Nikolai V. Smirnov, Yuliya V. Kruchinina, Nikolay P. Goncharov and Dmitry A. Afonnikov Agronomy, 2019, 0, 9, 390
|
|
| Stress-induced changes in the expression of antioxidant system genes for rice (Oryza sativa L.) and bread wheat (Triticum aestivum L.) Anton Ermakov, Aleksandr Bobrovskikh, Ulyana Zubairova, Dmitrii Konstantinov, Alexey Doroshkov PeerJ, 2019, PeerJ 7:e7791
|
|
| A rat model of human behavior provides evidence of natural selection against underexpression of aggressiveness-related genes in humans. Oshchepkov D., Ponomarenko M., Klimova N., Chadaeva I., Bragin A., Sharypova E., Shikhevich S., Kozhemyakina R. Frontiers in Genetics, 2019, V. 10. Article № 1267
|
|
| Транскриптомное секвенирование в культурах клеток глиом и анализ данных экспрессии генов Ю.Л.Орлов, С.С.Ковалев, Ю.П.Белоусова, Н.Г.Орлова, Е.Ю.Леберфарб Гены и клетки, 2019, Vol.XIV, №3, р.111
|
|
| Кандидатные SNP-маркеры ревматоидного полиартрита, которые могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Козлов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 8, 23, 1047-1058
|
|
| Ассоциация однонуклеотидного полиморфизма rs110861313 в межгенном районе хромосомы 23 с развитием лейкоза у крупного рогатого скота черно-пестрой породы Айтназаров Р.Б., Игнатьева Е.В., Агаркова Т.А., Двоеглазов Н.Г., Осипова Н.А., Храмцов В.В., Юдин Н.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(8):999-1005
|
|
| Разработка программного комплекса WebMCOT для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов Мухин Алексей Максимович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лашин Сергей Александрович Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2019, Т. 17, №4. C. 74–86
|
|
| Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах дифференциально экспрессирующихся генов AGRP нейронов гипоталамуса мыши в ответ на голодание А. В. Бочарников, Е. В. Игнатьева, О. В. Вишневский Вестник СибГУТИ, 2019, №3, с.36-44
|
|
| Компьютерные методы для анализа технологий секвенирования в анализе хромосомных контактов в клетке Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Дергилев А.И., Бабенко Р.О., Галиева Э.Р., Леберфарб Е.Ю. Гены и клетки, 2019, Том XIV №4-1, 2019. C. 171.
|
|
| Проблемы сохранения in vitro гермоплазмы цитрусовых В.М. Горшков, Л.С. Самарина, Р.В. Кулян, В.И. Маляровская, А.В. Рындин, Р.С. Рахмангулов, Ю.Л. Орлов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(1):24-28
|
|
| 2018 | CpG islands’ clustering uncovers early development genes in the human genome Babenko V.N. , Bogomolov A.G., Babenko R.O., Galieva E.R., Orlov Y.L. COMPUT SCI INF SYST, 2018, V 15 N2
|
| Novel read density distribution score shows possible aligner artefacts, when mapping a single chromosome Fedor M. Naumenko, Irina I. Abnizova, Nathan Beka, Mikhail A. Genaev, Yuriy L. Orlov BMC GENOMICS, 2018, BMC Genomics 2018; 19(Suppl 3):92
|
|
| Изучение генной экспрессии при адаптации к гипотоническим условиям на примере трехиглой колюшки (Gasterosteus aculeatus) Расторгуев С. М., Недолужко А. В., Груздева Н. М., Булыгина Е. С., Цыганкова С. В., Ощепков Д. Ю. Мазур А. М., Прохорчук Е. Б., Скрябин К. Г. Acta Naturae, 2018, ACTA NATURAE VOL. 10 № 1 (36) 2018 pp.70-79
|
|
| Evolution of Brain Active Gene Promoters in Human Lineage Towards the Increased Plasticity of Gene Regulation. Gunbin KV, Ponomarenko MP, Suslov VV, Gusev F, Fedonin GG, Rogaev EI. MOL NEUROBIOL, 2018, 3, 55,1871-1904
|
|
| Polytene Chromosomes – A Portrait of Functional Organization of the Drosophila Genome Tatyana Yu Zykova, Victor G. Levitsky , Elena S. Belyaeva, Igor F. Zhimulev CURR GENOMICS, 2018, 19(3):179-191
|
|
| Haplotype analysis of Apoe SNPs in ADNI dataset. Babenko VN, Afonnikov DA, Ignatieva EV, Klimov AV, Gusev FE, Rogaev EI BMC NEUROSCI, 2018, 19(Suppl 1):16
|
|
| ARGO_CUDA: EXHAUSTIVE GPU BASED APPROACH FOR MOTIF DISCOVERY IN LARGE DNA DATASETS Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, 16(1), Epub 2017 Dec 10.
|
|
| Candidate SNP markers of reproductive potential are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Chadaeva IV, Ponomarenko PM, Rasskazov DA, Sharypova EB, Kashina EV, Zhechev DA, Drachkova IA, Arkova AV, Savinkova LK, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Osadchuk LV, Osadchuk AV. BMC GENOMICS, 2018, Suppl 3, 19, article 0
|
|
| Introduction to the 9th Young Scientists School on Systems Biology and Bioinformatics (SBB'2017) Orlov Y.L., Tatarinova T.V., Zakhartsev M.V., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, Vol. 16, No. 1 (2018) 1802001 (5 pages)
|
|
| Spatial specificity of auxin responses coordinates
wood formation Klaus Brackmann, Jiyan Qi, Michael Gebert, Virginie Jouannet, Theresa Schlamp, Karin Grünwald, Eva-Sophie Wallner, Daria D. Novikova, Victor G. Levitsky, Javier Agustí, Pablo Sanchez, Jan U. Lohmann, Thomas Greb NAT COMMUN, 2018, 9(1):875
|
|
| Analysis of the Basic Characteristics of Osteogenic and Chondrogenic Cell Lines Important for Tissue Engineering Implants Astakhova N.M., Korel’ A.V., Shchelkunova E.I., Orishchenko K.E., Nikolaev S.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A. B EXP BIOL MED+, 2018, 5 March 2018, Pages 1-8
|
|
| Экспериментальное изучение влияния редких полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов HBB, HBD и F9 человека на кинетику взаимодействия с ТАТА-связывающим белком Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Кашина Е.В., Рассказов Д.А., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 1, 22, 145-152
|
|
| Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22 (2):279284
|
|
| Gene Expression in the Three-Spined Stickleback (Gasterosteus aculeatus) of Marine and Freshwater Ecotypes S. M. Rastorguev, A. V. Nedoluzhko, N. M. Gruzdeva, E. S. Boulygina, S. V. Tsygankova, D. Y. Oshchepkov, A. M. Mazur, E. B. Prokhortchouk, K. G. Skryabin Acta Naturae, 2018, VOL. 10 № 1 (36) 2018 pp. 66-75
|
|
| Генетическая предрасположенность человека к заболеваниям, вызываемым вирусами семейства Flaviviridae Юдин Н.С., Бархаш А.В., Максимов В.Н., Игнатьева Е.В., Ромащенко А.Г. Molecular Biology, 2018, Т.52, №2. С. 190-209.
|
|
| A matrix metalloproteinase 9 (MMP9) gene single nucleotide polymorphism is associated with predisposition to tick-borne encephalitis virus-induced severe central nervous system disease Barkhash A.V., Yurchenko A.A., Yudin N.S., Ignatieva E.V., Kozlova I.V., Borishchuk I.A., Pozdnyakova L.L., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. TICKS TICK-BORNE DIS, 2018, Vol. 9, No. 4. P. 763-767
|
|
| Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(3):386-393
|
|
| Генетические исследования мультифакторных заболеваний: системно-биологические подходы Хантемирова М.Р., Табиханова Л.Э., Орлов Ю.Л., Осипова Л.П. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 106-107.
|
|
| Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным транскриптомного секвенирования. Ковалев С.С., Губанова Н.В., Леберфарб Е.Ю., Брагин А.О., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение, No 1, стр.71-72
|
|
| Компьютерный анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq С. С. Ковалев, Е. Ю. Леберфарб, Н. В. Губанова, А. О. Брагин, А. Г. Галиева,А. В. Цуканов, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, № 3, С.22-36
|
|
| Развитие образования в биоинформатике по материалам, представленным на студенческих конференциях МНСК-2018, Школе молекулярного моделирования и Хакатоне в Новосибирске Орлов Ю. Л., Бакулина А. Ю. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, Выпуск № 3. - С. 5-6. - ISSN 1818-7900. http://jit.nsu.ru/article.php?15225+ru_RU+15224
|
|
| Компьютерная база данных для анализа дифференциально экспрессирующихся генов, связанных с агрессивным поведением, на моделях лабораторных животных Анатолий Олегович Брагин, Кирилл Александрович Табанюхов, Ирина Витальевна Чадаева, Антон Витальевич Цуканов, Роман Олегович Бабенко, Ирина Вадимовна Медведева, Антон Геннадьевич Богомолов, Владимир Николаевич Бабенко, Юрий Львович Орлов Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, 2018. - Том 16, Выпуск № 3. - С. 7-21. - DOI 10.25205/1818-7900-2018-16-3-7-21. - ISSN 1818-7900
|
|
| Программы статистической обработки, кластеризации и визуализации распределения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме Цуканов А.В., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Орлов Ю.Л Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, Выпуск № 3. - С. 51-63. - DOI 10.25205/1818-7900-2018-16-3-51-63. - ISSN 1818-7900.
|
|
| Реконструкция геномного распределения кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов, связанных с поддержанием плюрипотентности. Цуканов А.В., Дергилев А.И., Богомолов А.Г., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 114. ISSN 2313-1829
|
|
| Компьютерные средства анализа регуляции экспрессии генов и альтернативного сплайсинга Дергилев А.И., Табанюхов К.А., Цуканов А.В., Брагин А.О., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 62. ISSN 2313-1829
|
|
| Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya Frontiers in Microbiology, 2018, 9:2735
|
|
| Паттерн эпидермиса листа пшеницы как модель для изучения влияния стрессовых условий на морфогенез Зубаирова У. С., Дорошков А. В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(7):837-844
|
|
| Изучение ответа микроорганизмов на нетермическое воздействие терагерцового излучения. Банникова С.В., Мещерякова И.А., Тимофеева М., Демидова Е.В., Розанов А.С., Старостин К.В., Демидов Е.А., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. материалы XIX Зимней Школы ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии, 2018, 17-22 февраля 2018г, Рощино
|
|
| Паттерны и модели цветения некоторых видов
семейства Сampanulaceae Juss. Фомин Э.С., Фомина Т.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 2018;22(7):845-855
|
|
| Приоритизация генов, ассоциированных с патогенезом лейкоза у крупного рогатого скота Н.С. Юдин , Н.Л. Подколодный, Т.А. Агаркова, Е.В. Игнатьева Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(8):1063-1069
|
|
| Genetic Organization of Open Chromatin Domains Situated in Polytene Chromosome Interbands in Drosophila Zykova TY, Popova OO, Khoroshko VA, Levitsky VG, Lavrov SA, Zhimulev IF Doklady Biochemistry and Biophysics, 2018, 483(1):297-301
|
|
| SpikeDroidDB – информационная система
для аннотации морфометрических характеристик
колоса пшеницы М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, Фу Хао, В.С. Коваль, Н.П. Гончаров, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 2018;22(1):132-140
|
|
| Выявление и анализ динамических паттернов суточной экспрессии генов млекопитающих О.А. Подколодная, Н.Н. Твердохлеб, Н.Л. Подколодный Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 8,22,1055-1062
|
|
| Residue coevolution reveals functionally important intramolecular interactions in formamidopyrimidine-DNA glycosylase. Endutkin, A.V., Koptelov, S.S., Popov, A.V., Torgasheva, N.A., Lomzov, A.A., Tsygankova, A.R., Skiba, T.V., Afonnikov D.A., Zharkov, D.O. DNA REPAIR, 2018, V.69, P.24-33.
|
|
| Метод оценки спектра поглощения листа пшеницы по спектру диффузного отражения. Николаев, С. В., Урбанович, Е. А., Шаяпов, В. Р., Орлова, Е. А., & Афонников, Д. А. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2018, Т. 48, № 5, С. 68-76
|
|
| Информационные ресурсы по коллекциям картофеля. Афонников Д.А., Тоцкий И.В., Сташевски З. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 1, С. 115-121
|
|
| Опушение листа у картофеля Solanum tuberosum: морфология, функциональная роль и методы исследования. Дорошков А.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 1, С 46-53
|
|
| High temperature and pressure influence the interdomain orientation of Nip7 proteins from P. abyssi and P. furiosus: MD simulations Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2018, V. 36, P. 68-82
|
|
| Предсказание методами системной биологии наиболее перспективных генов-мишеней для селекции на устойчивость к окислительному стрессу С3 и С4 культурных злаков А. В. Дорошков, А. В. Бобровских Vavilov journal of genetics and breeding, 2018
|
|
| 2017 | Plant Biology at Belyaev Conference – 2017 Yuriy L. Orlov, Ancha V. Baranova, Ming Chen, Elena A. Salina BMC PLANT BIOL, 2017, 2017 17(Suppl 2):257 DOI: 10.1186/s12870-017-1189-x
|
| Genetics at Belyaev Conference – 2017: introductory note Orlov Y.L., Baranova A.V., Tatarinova T.V., Kolchanov N.A. BMC GENET, 2017, BMC Genet. 2017 Dec 28;18(Suppl 1):116
|
|
| Biology at Belyaev Conference - 2017 Orlov Y.L., Baranova A.V., Herbeck Y.E. BMC EVOL BIOL, 2017, BMC Evol Biol. 2017 Dec 28;17(Suppl 2):260. doi: 10.1186/s12862-017-1102-0
|
|
| Evaluation of the SeedCounter, a Mobile Application for Grain Phenotyping Komyshev E., Genaev M., Afonnikov D. Frontiers in Plant Science, 2017, Т. 7. – С. 1990.
|
|
| Diversity of leaf pubescence in bread wheat and relative species Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Alexander V. Simonov, Dmitry A. Afonnikov, Andreas Bo¨rner Genetic Resources and Crop Evolution, 2017, v.64(7), pp.1761-1773 DOI 10.1007/s10722-016-0471-3
|
|
| Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. Программные системы: теория и приложения, 2017, 8:1(32), 219–242
|
|
| The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV Frontiers in Plant Science, 2017, 7:2044
|
|
| Protein and genetic composition of four chromatin types in Drosophila melanogaster cell lines Boldyreva L.V., Goncharov F.P., Demakova O.V., Zykova T.Y., Levitsky V.G., Kolesnikov N.N., Pindyurin A.V., Semeshin V.F., Zhimulev I.F. CURR GENOMICS, 2017, 18(2):214-226
|
|
| Evolutionary biology at BGRS\SB-2016 Baranova A.V., Orlov Y.L. BMC EVOL BIOL, 2017, 2017; Vol 17(Suppl 1):21 DOI: 10.1186/s12862-016-0869-8
|
|
| Genomic landscape of CpG rich elements in human genome Babenko V.N., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. BMC EVOL BIOL, 2017, 2017; Vol 17(Suppl 1):19 DOI: 10.1186/s12862-016-0864-0
|
|
| Computational Errors and Biases of Short Read Next Generation Sequencing Abnizova I., te Boekhorst R., Orlov Y. Journal of Proteomics and Bioinformatics, 2017, 10:1-17 DOI: 10.4172/jpb.1000420
|
|
| Non-coding RNAs and Their Roles in Stress Response in Plants Jingjing Wang, Xianwen Meng, Oxana Dobrovolskaya, Yuriy Orlov, Ming Chen Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 2017, 2017 Oct 7. pii: S1672-0229(17)30137-7. doi: 10.1016/j.gpb.2017.01.007.
|
|
| Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov BMC BIOINFORMATICS, 2017, 18 (Suppl 1):28
|
|
| SNP_TATA_Comparator: genomewide landmarks for preventive personalized medicine. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Ponomarenko P, Arkova O, Kashina E, Ivanisenko N, Zhechev D, Savinkova L, Kolchanov N. Front Biosci (Schol Ed), 2017, 2, 9, 276-306
|
|
| Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova SCI REP-UK, 2017, 7: 2489
|
|
| The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y. Acta Naturae, 2017, 9 (special issue 1) 67
|
|
| Candidate SNP markers of familial and sporadic Alzheimer's diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-Binding protein for human gene promoters. Ponomarenko P, Chadaeva I, Rasskazov DA, Sharypova E, Kashina EV, Drachkova I, Zhechev D, Ponomarenko MP, Savinkova LK, Kolchanov N Frontiers in Aging Neuroscience, 2017, 9, 231, doi: 10.3389/fnagi.2017.00231
|
|
| Candidate SNP markers of social dominance, which may affect the affinity of the TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva IV, Rasskazov DA, Sharypova EB, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, 5, 7, 523-537. doi: 10.1134/S2079059717050045
|
|
| Свойства деминерализованного костного матрикса для биоинженерии тканей И. А. Кирилова, В. Т. Подорожная, Ю. П. Шаркеев, С. В. Николаев, А. В. Пененко, П. В. Уваркин, П. В. Ратушняк, В. В. Чебодаева, Е. А. Анастасиева, С. К. Голушко, А. В. Корель КОМПЛЕКСНЫЕ ПРОБЛЕМЫ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ, 2017, № 3 (2017) с. 25 — 36, http://dx.doi.org/10.17802/2306-1278-2017-0-3
|
|
| Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов Програмные системы: теория и приложения, 2017, 8:2(33), 45–68.
|
|
| Анализ геномных полиморфизмов в популяциях с помощью секвенирования на примере выборки монголов Китая Табиханова Л.Э., Чен М., Бай Х., Осипова Л.П., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, 9(1), С. 22
|
|
| Альтернативный сплайсинг в отделах головного мозга селектированных по агрессивности крыс В. Н. Бабенко, А. О. Брагин, И. В. Чадаева, А. Л. Маркель, Ю. Л. Орлов Molecular Biology, 2017, 2017 г., том 51, № 5, с. 870-880
|
|
| Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyldithiophosphinate complexes of Europium(III), Ytterbium(III) and Lutetium(III) with 2,2-bipyridyl using NMR. Babailov S. P., Zapolotsky E. N., Fomin E. S., Qu Y. POLYHEDRON, 2017, 134, 316-318. DOI: 10.1016/j.poly.2017.05.047
|
|
| РЕАЛИЗАЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА СОРТОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ ПОД ВЛИЯНИЕМ УСЛОВИЙ ВНЕШНЕЙ СРЕДЫ: СОВРЕМЕННЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ УЛУЧШЕНИЯ КАЧЕСТВА ЗЕРНА И ХЛЕБОПЕКАРНОЙ ПРОДУКЦИИ Е.К. ХЛЕСТКИНА, Е.В. ЖУРАВЛЕВА, Т.А. ПШЕНИЧНИКОВА, Н.И. УСЕНКО, Е.В. МОРОЗОВА, С.В. ОСИПОВА, М.Д. ПЕРМЯКОВА, Д.А. АФОННИКОВ, Ю.С. ОТМАХОВА Сельскохозяйственная биология, 2017, т. 52, №3, с. 501-514.
|
|
| Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L. J INTEGR BIOINFORM, 2017, 20170022 DOI: 10.1515/jib-2017-0022
|
|
| Достижения и перспективы использования методов высокопроизводительного секвенирования в генетике и селекции картофеля Быкова И.В., Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Хлесткина Е.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 2017;21(1):96-103. DOI 10.18699/VJ17
|
|
| Генетический полиморфизм и сопутствующие факторы риска ишемического инсульта в монгольской популяции Китая Чижу У, Хуигуань У, Юрий Л. Орлов, Гегентана Гегентана, Веньян Хуо, Анатолий О. Брагин, Нуомин У, Суялату Суялату, Фукуан Жао, Жиньвен Жао, Людмила Э. Табиханова, Минг Чен, Хайхуа Бай. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, Т.21. №5. С.581-587.
|
|
| Biological Big Bytes: Integrative Analysis of Large Biological Datasets Chen M, Harrison A, Shanahan H, Orlov Y. J INTEGR BIOINFORM, 2017, 2017 Sep 13;14(3). pii: /j/jib.2017.14.issue-3/jib-2017-0052/jib-2017-0052.xml. doi: 10.1515/jib-2017-0052
|
|
| Editorial: Bioinformatics development at the BGRS\SB conference series: 10th anniversary Orlov Y.L., Kolchanov N.A., Hofestädt R., Wong L. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, 2017 15(2):1702001. doi: 10.1142/S0219720017020012
|
|
| Статистические оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании Васильев Г.В., Орлова Н.Г., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 21.
|
|
| Analysis of 3d chromosome contacts using sequencing technologies Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 24.
|
|
| Assessment of translation efficiency from Ribo-seq and mRNA-seq data Tabanyuhov K.A., Mazurina E.P., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 28
|
|
| Дифференциальная экспрессия и альтернативный сплайсинг в культурах клеток глиом по данным RNA-seq Губанова Н.В., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Гайтан А.С., Кривошапкин А.Л., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С.19
|
|
| Компьютерные методы анализа хромосомных контактов в ядре клетки по данным технологий секвенирования Орлов Ю.Л., Тьерри О., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Кулакова Е.В., Галиева Э.Р., Брагин А.О., Ли Г. Биомедицинская химия, 2017, номер 5, том 63, страницы: 418-422
|
|
| Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2017, Том XII, №3
|
|
| Изучение базовых характеристик клеток остеогенного и хондрогенного рядов, значимых для тканевой инженерии имплантов Астахова Н.М., Корель А.В., Щелкунова Е.И., Орищенко К.Е., Николаев С.В., Зубаирова У.С, Кирилова И.А. Клеточные технологии в биологии и медицине, 2017, №4, С. 249-257
|
|
| Metabolic pathways and genes identified by RNA-seq analysis of barley near-isogenic lines differing by allelic state of the Black lemma and pericarp (Blp) gene Anastasiya Y. Glagoleva, Nikolay A. Shmakov, Olesya Y. Shoeva, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Elena K. Khlestkina BMC PLANT BIOL, 2017, 17(Suppl 1):182, DOI 10.1186/s12870-017-1124-1
|
|
| Интернет-доступные информационные ресурсы по генным сетям, включающие данные по человеку и животным. Игнатьева Е.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):895-902. DOI 10.18699/VJ17.310
|
|
| A database of human genes and a gene network involved in response to tick-borne encephalitis virus infection Ignatieva E.V., Igoshin A.V., Yudin N.S. BMC EVOL BIOL, 2017, 2017;17(Suppl 2):259. DOI 10.1186/s12862-017-1107-8 https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-017-1107-8
|
|
| A compendium and functional characterization of mammalian genes involved in adaptation to Arctic or Antarctic environments Yudin N.S., Larkin D.M., Ignatieva E.V. BMC GENET, 2017, 18(Suppl 1):111
|
|
| Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):911-919
|
|
| Differential expression of NBS-LRR-encoding genes in the root transcriptomes of two Solanum phureja genotypes with contrasting resistance to Globodera rostochiensis Alex V. Kochetov, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Salmaz M. Ibragimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Tatyana A. Gavrilenko, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko BMC PLANT BIOL, 2017, BMC Plant Biology 2017, 17 (Suppl 2):251
|
|
| Expression Dynamics of the REL, RELA, and IRF1 Transcription Factors in U937 Macrophages after Dioxin Exposure E. V. Kashina, D. Yu. Oshchepkov, E. V. Antontseva, M. Yu. Shamanina, D. P.Furman, V. A. Mordvinov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 580-584
|
|
| Identification of residues of the archaeal RNA-binding Nip7 proteins specific to environmental conditions Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, v. 15, p. 1650036
|
|
| 2016 | Interactions between leaf pubescence genes in bread wheat as assessed by high throughput phenotyping. Doroshkov A.V., Afonnikov D.A., Dobrovolskaya O.B., Pshenichnikova T.A. EUPHYTICA, 2016, v.207 (3), p.491-500.
|
| Regions of the bread wheat D genome associated with variation in key photosynthesis traits and shoot biomass under both well watered and water deficient conditions Svetlana Osipova, Alexey Permyakov, Marina Permyakova, Tatyana Pshenichnikova, Vasiliy Verkhoturov, Alexandr Rudikovsky, Elena Rudikovskaya, Alexandr Shishparenok, Alexey Doroshkov, Andreas Börner J APPL GENET, 2016, v.57(2), 151-163.
|
|
| Гипотетические SNP-маркеры, значимо изменяющие оценки сродства ТАТА-связывающего белка к промоторам онкогенов VEGFA, ERBB2, IGF1R, FLT1, KDR и MET – мишеней для химиотерапии. Турнаев И.И., Рассказов Д.А., Аркова О.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2016, 1, 50, 161-173
|
|
| Candidate SNP markers of gender-biased autoimmune complications of monogenic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Mikhail Ponomarenko, Olga Arkova, Dmitry Rasskazov, Petr Ponomarenko, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Frontiers in Immunology, 2016, V. 7. P. 130
|
|
| Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1 V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova COMPUT BIOL CHEM, 2016, V. 64, P. 19-32
|
|
| The expansion of heterochromatin blocks in rye reflects the co-amplification of tandem repeats and adjacent transposable elements. Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Šafář J, Doležel J, Vershinin AV. BMC GENOMICS, 2016, 17(1):337
|
|
| Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L. Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2016, 14(2):1641009.
|
|
| Chromatin heterogeneity and distribution of regulatory elements in the latereplicating regions of Drosophila melanogaster chromosomes Khoroshko V.A., Levitsky V.G., Zykova T.Y., Antonenko O.V., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. PloS One, 2016, 11(6):e0157147.
|
|
| The Molecular Mechanisms of Heterochromatin Expansion in Rye Chromosomes Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV CYTOGENET GENOME RES, 2016, 148(2-3), 91-91 I.14 , 21st International Chromosome Conference (ICC), Foz do Iguacu, BRAZIL
|
|
| Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2016, vol. 2016, Article ID 8642703. doi:10.1155/2016/8642703
|
|
| Methods of high-throughput plant phenotyping for large-scale breeding and genetic experiments D. A. Afonnikov, M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. G. Komyshev, T. A. Pshenichnikova RUSS J GENET+, 2016, Volume 52, Issue 7, pp 688–701
|
|
| Estimation of the Role of Single Nucleotide Polymorphism in Lymphotoxin Beta Gene during Pig Domestication Based on the Bioinformatic and Experimental Approaches R. B. Aitnazarov, E. V. Ignatieva, N. E. Bazarova, V. G. Levitsky, S. P. Knyazevd, Y. Gon, and N. S. Yudin Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, Vol. 6, No. 7, P.816–824
|
|
| Внеклеточный матрикс из кости человека как основа тканеинженерной конструкции Кирилова И.А., Николаев С.В., Подорожная В.Т., Шаркеев Ю.П., Уваркин П.В., Ратушняк А.С., Чебодаева В.В. Российский иммунологический журнал, 2016
|
|
| Physicomechanical properties of the extracellular matrix of a demineralized bone I.A. Kirilova, Yu.P. Sharkeev, S.V. Nikolaev, V.T. Podorozhnaya, P.V. Uvarkin, A.S. Ratushnyak, V.V. Chebodaeva AIP CONFERENCE PROCEEDINGS, 2016
|
|
| Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes. Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 738-748
|
|
| Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock. Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 759-770
|
|
| Prediction and verification of the influence of the rs367781716 SNP on the interaction of the ТАТА-binding protein with the promoter of the human АВСА9 gene Arkova OV, Drachkova IA, Arshinova TV, Rasskazov DA, Suslov VV, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Savinkova LK Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 785-791
|
|
| Dynamic NMR under nonstationary conditions: Theoretical model, numerical calculation, and potential of application S. P. Babailov, P. A. Purtov and E. S. Fomin J CHEM PHYS, 2016, 145(5), 054201 (2016)
|
|
| A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of n^2 Pairwise Distances in n^2 Steps for the Sequencing Problem: I. Theory E. S. Fomin J COMPUT BIOL, 2016, 2016 Sep;23(9):769-75
|
|
| A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of n^2 Pairwise Distances in n^2 Steps for the Sequencing Problem: II. Algorithm E. S. Fomin J COMPUT BIOL, 2016, 23(12):934-942 DOI: 10.1089/cmb.2016.0046
|
|
| Flanking monomer repeats determine decreased context complexity of single nucleotide polymorphism sites in the human genome. Safronova N.S., Ponomarenko M.P., Abnizova I.I., Orlova G.V., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 8, 6, 809-815
|
|
| Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1878
|
|
| Протокол анализа количественных характеристик опушения листа картофеля А.В. Дорошков, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, DOI 10.18699/VJ16.218
|
|
| Компьютерный анализ совместной локализации сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq Дергилев А.И., Спицина А.М., Чадаева И.В., Свичкарев А.В., Науменко Ф.М., Кулакова Е.В., Витяев Е.Е., Чен М., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):770-778. DOI 10.18699/VJ16.194
|
|
| Computational problems of analysis of short next generation sequencing reads te Boekhorst R., Naumenko F.M., Orlova N.G., Galieva E.R., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Orlov Y.L., Abnizova I.I. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):746-755 DOI 10.18699/VJ16.191
|
|
| Cognitive Architecture of Collective Intelligence based on Social Evidence Kolonin A., Vityaev E., Orlov Y. Procedia Computer Science, 2016, Volume 88, 2016, Pages 475–481.
|
|
| Computational plant bioscience at BGRS\SB-2016: Introductory note Orlov Y.L., Baranova A.V., Salina E.A. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016, 16 (Suppl 3): 243. DOI: 10.1186/s12870-016-0923-0
|
|
| Computational genomics at BGRS\SB-2016: Introductory note Orlov Y.L., Baranova A.V., Hofestädt R., Kolchanov N.A. BMC GENOMICS, 2016, 17(Suppl 14):996 DOI: 10.1186/s12864-016-3350-6
|
|
| Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L. J INTEGR BIOINFORM, 2016, 13(4):292. doi:10.2390/biecoll-jib-2016-292
|
|
| Динамика экспрессии транскрипционных факторов REL, RELA и IRF1 в макрофагоподобной линии U937 после воздействия диоксина. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Шаманина М.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):894-898
|
|
| Оценка количественных характеристик опушения листьев картофеля с использованием анализа цифровых микроизображений А.В. Дорошков, А.В. Симонов, А.Д. Сафонова, Д.А. Афонников, И.Е. Лихенко, Н.А. Колчанов Достижения науки и техники АПК, 2016, Т.30. №10. С. 12-14.
|
|
| A compendium of human genes regulating feeding behavior and body weight, its functional characterization and identification of GWAS genes involved in brain-specific PPI network Elena V. Ignatieva, Dmitry A. Afonnikov, Olga V. Saik, Evgeny I. Rogaev and Nikolay A. Kolchanov BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):158
|
|
| Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of genetic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Rasskazov D.A., Sharypova E.B., Kashina E.V. Matveeva M.Yu., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Arkova O.V., Bondar N.P. Savinkova L.K., Kolchanov N.A. BMC GENOMICS, 2016, Suppl. 14, 17, 995
|
|
| Кандидатные SNP-маркеры социального доминирования, способные влиять на сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 6, 20, 787-796
|
|
| Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016 Vol.16:262 DOI: 10.1186/s12870-016-0868-3
|
|
| Эволюция CpG-островов путем тандемных дупликаций Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л., Исакова Ж.И., Антонов Д.А., Воевода М.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016; 20(6):746-755 DOI 10.18699/VJ16.191
|
|
| Численные алгоритмы идентификации коэффициента диффузии в задачах тканевой инженерии Пененко А.В., Николаев С.В., Голушко С.К., Ромащенко А.В., Кирилова И.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2016, 2016;11(2):426-444
|
|
| Development of new SSR markers for homoeologous WFZP gene loci based on the study of the structure and location of microsatellites in gene-rich regions of chromosomes 2AS, 2BS, and 2DS in bread wheat. Dobrovolskaya O.B., Pont C., Orlov Y.L., Salse J. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, Vol. 6, No. 3, pp. 330–337
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ЭЛЕКТРОМАГНИТНОГО ИЗЛУЧЕНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ДИАПАЗОНА НА ПРОТЕОМ ЭКСТРЕМОФИЛЬНОЙ АРХЕИ HALORUBRUM SACCHAROVORUM Горячковская Т.Н., Константинова С.Г., Мещерякова И.А., Банникова С.В., Демидов Е.А., Брянская А.В., Щеглов М.А., Семенов А.И., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Т. 20. № 6. С. 869-875.
|
|
| Вычислительные проблемы анализа ошибок коротких прочтений ДНК при секвенировании следующего поколения Р. те Боекхорст, Ф.М. Науменко, Н.Г. Орлова, Э.Р. Галиева, А.М. Спицина, И.В. Чадаева, Ю.Л. Орлов, И.И. Абнизова Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):746-755
|
|
| 2015 | Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна Пономаренко Михаил Павлович Аршинова Татьяна Валентиновна Савинкова Людмила Кузьминична Медицинская генетика, 2015
|
| The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(3), pp. 308–312, DOI: 10.1134/S2079059715030193
|
|
| Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites. Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, p. 322–329
|
|
| Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA. TRENDS PLANT SCI, 2015, doi: 10.1016/j.tplants.2015.06.004
|
|
| Human Genes Encoding Transcription Factors and Chromatin-Modifying Proteins Have Low Levels of Promoter Polymorphism: A Study of 1000 Genomes Project Data Ignatieva EV, Levitsky VG, Kolchanov NA International Journal of Genomics, 2015, 2015, 260159
|
|
| Association Analysis of Genetic Variants with Type Diabetes in a Mongolian Population in China. Bai H, Liu H, Suyalatu S, Guo X, Chu S, Chen Y, Lan T, Borjigin B, Orlov YL, Posukh OL, Yang X, Guilan G, Osipova LP, Wu Q, Narisu N. Journal of Diabetes Research, 2015, 2015: 613236. doi: 10.1155/2015/613236. Epub 2015 Jul 28.
|
|
| Genetic dissection of earliness by analysis of a recombinant chromosome substitution double haploid mapping population of bread wheat (Triticum aestivum L.) in different geographic regions Tatyana A. Pshenichnikova, Elena K. Khlestkina, Svetlana Landjeva, Alexey V. Doroshkov, Tanya Kartseva, Andreas Bo¨rner, Alexander V. Simonov, Ludmila V. Shchukina, Evgeniya V. Morozova EUPHYTICA, 2015, v.206 (1), p.191-202. DOI 10.1007/s10681-015-1500-6
|
|
| How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2015, Volume 2015, Article ID 359835
|
|
| Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster. Zhimulev IF, Zykova TYu, Goncharov FP, Khoroshko VA, Demakova OV, Semeshin VF, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Demidova DS, Levitsky VG, Demakov SA, Belyaeva ES CHROMOSOME RES, 2015, 23: 409-410
|
|
| Computer high-throughput approaches to wheat phenotyping: application to leaf pubescence analysis Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A. Simonov A.V. The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book, 2015, p.3
|
|
| The effect of plant hormones on the manifestation of leaf pubescence genes in bread wheat. Doroshkov A.V., Simonov A.V., Afonnikov D.A., Kasyanov N.S., Pshenichnikova T.A. The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book, 2015, p. 13
|
|
| Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы. М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(6):707-714 DOI 10.18699/VJ15.086
|
|
| Reconstruction of sequence from its circular partial sums for cyclopeptide sequencing problem Fomin ES Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 13(1):1540008
|
|
| Разработка новых SSR-маркеров к локусам гомеологичных генов WFZP на основе изучения строения и локализации микросателлитов в богатых генами районах хромосом 2AS, 2BS, 2DS мягкой пшеницы О.Б. Добровольская, К. Понт, Ю.Л. Орлов, Ж. Сальс Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(3):303-309
|
|
| Identification of microRNA genes in three opisthorchiids Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV. PLOS NEGLECT TROP D, 2015, 9(4):e0003680
|
|
| Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2015, Suppl.13. V. 16. S5.
|
|
| Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М. Программные системы: теория и приложения, 2015, 6:1(23), c. 157–174
|
|
| Introductory note for BGRS\SB-2014 special issue Orlov Y.L., Hofestädt R.M., Kolchanov N.A Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 13(1):1502001. doi: 10.1142/S0219720015020011
|
|
| The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P. and Rogaev E.I. BMC GENOMICS, 2015, 16 (Suppl 13), S4
|
|
| Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Программные системы: теория и приложения, 2015, 4(27), c. 99–112.
|
|
| Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C Кулакова Е. В., Спицина А. М., Орлова Н. Г., Дергилев А. И., Свичкарев А. В., Сафронова Н. С., Черных И. Г., Орлов Ю. Л. Программные системы: теория и приложения, 2015, 2(25), c. 129–148
|
|
| 117 Analysis of SNP containing sites in human genome using text complexity estimates Nataly S. Safronova, Vladimir N. Babenko, Yuriy L. Orlov Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2015, 33:sup1, 73-74, DOI:10.1080/07391102.2015.1032750
|
|
| Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах генов прокариот. 1. Вишневский О.В., Бочарников А.В., Романенко А.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015
|
|
| Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters. Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 6, 5, 626-634
|
|
| Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene Elena V Antontseva, Marina Yu Matveeva , Natalia P Bondar, Elena V Kashina, Elena Yu Leberfarb, Leonid O Bryzgalov, Polina A Gervas, Anastasia A Ponomareva, Nadezhda V Cherdyntseva, Yury L Orlov, Tatiana I Merkulova J BIOSCIENCES, 2015, Dec;40(5):873-83
|
|
| Association of Dopamine Receptor D4 (DRD4) Gene Polymorphism with Cardiovascular Disease Risk Factors N. S. Yudin, T. M. Mishakova, E. V. Ignatieva, V. N. Maksimov, V. V. Gafarov, S. K. Malyutina, and M. I. Voevoda Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 6, pp. 650–655. doi: 10.1134/S2079059715060192
|
|
| Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, №6, том 19
|
|
| Оценка роли однонуклеотидного полиморфизма в гене лимфотоксина бета при доместикации свиньи на основе биоинформационного и экспериментального подходов Р.Б. Айтназаров, Е.В. Игнатьева, Н.Э. Базарова, В.Г.Левицкий, С.П. Князев, Я. Гон, Н.С. Юдин Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Т.19, №6 Стр.699-706
|
|
| Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 691-698
|
|
| Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 682-690
|
|
| Применение сопряжённых уравнений для исследования чувствительности в модели симпластного роста клеток линейного листа А.В. Пененко, У.С. Зубаирова, С.В. Николаев Труды Международной конференции АКТУАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ И ПРИКЛАДНОЙ МАТЕМАТИКИ – 2015 посвященной 90-летию со дня рождения академика Г. И. Марчука, 2015, С.562-572
|
|
| Dioxin-mediated regulation of expression IL-12 family cytokines in human macrophages as a factor of tumor promotion by TCDD E. Kashina, D. Oshchepkov, A. Shilov, E. Antontseva, D. Furman, V. Mordvinov European Journal of Cancer Supplements, 2015, Volume 13, Issue 1, November 2015, Pages 23
|
|
| FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.) Oxana Dobrovolskaya, Caroline Pont, Richard Sibout, Petr Martinek, Ekaterina Badaeva, Florent Murat, Audrey Chosson, Nobuyoshi Watanabe, Elisa Prat, Nadine Gautier, Véronique Gautier, Charles Poncet, Yuriy Orlov, Alexander A. Krasnikov, Hélène Bergès, Elena Salina, Lyudmila Laikova, Jerome Salse PLANT PHYSIOL, 2015, vol. 167 (1): 189-199 doi: 10.1104/pp.114.250043
|
|
| Divergence and population traits in evolution of the genus Pisum L. as reconstructed using genes of two histone H1 subtypes showing different phylogenetic resolution Olga O. Zaytseva, Konstantin V. Gunbin, Anatoliy V. Mglinets, Oleg E. Kosterin GENE, 2015, Vol. 556. P. 235-244. doi: 10.1016/j.gene.2014.11.062.
|
|
| Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, Т. 10. № 1. С. 1-14.
|
|
| A computational model of the effect of symplastic growth on cell mechanics in a linear leaf blade Zubairova U., Golushko S., Penenko A., Nikolaev S. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13, No. 1 1540005
|
|
| Sequence-based prediction of transcription upregulation by auxin in plants Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 1, 13, 1540009
|
|
| Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2015, Т. 51, № 4, с. 409–429 (Vol. 51, No. 4, pp. 334–352)
|
|
| Comparison of the 3D organization of sperm and fibroblast genomes using the Hi-C approach Nariman Battulin, Veniamin S Fishman, Alexander M Mazur, Mikhail Pomaznoy, Anna A Khabarova, Dmitry A Afonnikov, Egor B Prokhortchouk, Oleg L Serov GENOME BIOL, 2015, Genome Biology 2015, 16:77-85
|
|
| Interaction sorting method for molecular dynamics on multi-core SIMD CPU architecture Matvienko S., Alemasov N., and Fomin E. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13. No 2. P. 1540004–1540018
|
|
| 2014 | РАЗРАБОТКА ИСКУССТВЕННЫХ КОГНИТИВНЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МОДЕЛЕЙ МОЗГА ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ Н.И. Путинцев, О.В. Вишневский, Е.Е. Витяев Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т18, №4/3 сс.1156-1171
|
| АНАЛИЗ КОГНИТИВНЫХ СВОЙСТВ НЕЙРОННЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МЕТОДОВ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ОБРАТНОЙ СВЯЗИ О.В. Вишневский, Н.И. Путинцев, Т.А. Запара, А.С. Ратушняк Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, №4/3, сс.1195-1204
|
|
| Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 4/3, 18, 1219-1230
|
|
| Эффективность использования генов bmy2, waxy и внутренних транскрибируемых спейсеров генов рибосомных рнк в качестве маркеров для изучения генетического разнообразия видов рода Elymus. Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Белавин П.А., Агафонов А.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, № 4/2, С. 1022-1031
|
|
| Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 3, pp. 159–167.
|
|
| Системная биология Д.А. Афонников, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 1, С. 175-192
|
|
| Genetic basis of olfactory cognition: extremely high level of DNA sequence polymorphism in promoter regions of the human olfactory receptor genes revealed using the 1000 Genomes Project dataset Ignatieva E.V., Levitsky V.G., Yudin N.S., Moshkin M.P., Kolchanov N.A. Front Psychol, 2014, published: 24 March 2014 doi: 10.3389/fpsyg.2014.00247
|
|
| The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein. Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A. HUM MUTAT, 2014, 5, 35, 601-608
|
|
| Models of Regulation of Stem Cell Niche Structure in Shoot Apical Meristem U. S. Zubairova, S. V. Nikolaev Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 4, pp. 273–280
|
|
| ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 2, 354-362
|
|
| Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov BMC STRUCT BIOL, 2014, 14:23
|
|
| Восстановление аминокислотной последовательности циклических пептидов из масс-спектров Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 4/2, С.973-982
|
|
| Исследование структуры и эволюции сетей научного соавторства на основе анализа новосибирских публикаций в области биологии и медицины Титов ИИ, Блинов АА Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т. 18, № 4/2, стр. 939-944
|
|
| Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886.
|
|
| Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing E. M. Sergeeva, D. A. Afonnikov, M. K. Koltunova, V. D. Gusev, L. A. Miroshnichenko, J. Vrána, M. Kubaláková, C. Poncet, P. Sourdille, C. Feuillet, J. Doležel, E. A. Salina Plant Genome, 2014, 7 (2), doi:10.3835/plantgenome2013.10.0031
|
|
| Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Том 9, № 2, стр. 504-517
|
|
| Mitochondrial DNA mutations and cancer: lessons from the parathyroid. Popadin K, Gunbin KV, Khrapko K. AM J PATHOL, 2014, 184(11):2852-2854
|
|
| ПОИСК ПЕРЕПРЕДСТАВЛЕННЫХ ХАРАКТЕРИСТИК ГЕНОВ: ОПЫТ РЕАЛИЗАЦИИ ПЕРЕСТАНОВОЧНОГО ТЕСТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРОВ А.А. Якименко, К.В. Гунбин, М.С. Хайретдинов Автометрия, 2014, № 1, с. 123-129.
|
|
| Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/2, стр. 1032-1038
|
|
| L-Система для моделирования плоских одномерно растущих растительных тканей Зубаирова У.С., Голушко С.К., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, № 4/2, с. 945-952.
|
|
| Применение технологии CUDA для моделирования процессов реакции-диффузии на двумерном клеточном ансамбле Пененко А.В., Троеглазова Т.С, Зубаирова У.С., Байшибаев Д.Ж., Николаев С.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9. № 2. С. 491–503.
|
|
| Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 6, pp. 568–574
|
|
| ВЛИЯНИЕ ПЕРЕСТРОЕК ХРОМОСОМ 2-Й ГОМЕОЛОГИЧЕСКОЙ ГРУППЫ НА МОРФОЛОГИЮ КОЛОСА МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ О.Б. Добровольская, П. Мартинек, И.Г. Адонина, Е.Д. Бадаева, Ю.Л. Орлов, Е.А. Салина, Л.И. Лайкова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, ТОМ 18, № 4/1, с. 672-680
|
|
| Гены, контролирующие пищевое поведение и массу тела человека, и их функциональные и геномные характеристики Е.В. Игнатьева, Д.А. Афонников, Е.И. Рогаев, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 2014, Т.18, №4/2 , стр.867-875
|
|
| Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопреципитации хроматина Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Вавиловский журнал генетики и селекции. Т. 18, № 1, С. 193-206.
|
|
| ChIP-seq данные и их анализ Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А. Молекулярная и прикладная генетика, 2014, Молекулярная и прикладная генетика. Сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси. Т. 18. С.84 -97.
|
|
| Агрессивное поведение: генетико-физиологические механизмы Кудрявцева Н.Н., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Вавиловский журнал генетики и селекции. Том 18, 4/3, С. 1105-1126.
|
|
| rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, July 2014, Volume 4, Issue 4, pp 245-253
|
|
| Ассоциация полиморфизма гена DRD4 с некоторыми факторами риска сердечно-сосудистых заболеваний Юдин Н.С., Мишакова Т.М., Игнатьева Е.В., Максимов В.Н., Гафаров В.В., Малютина С.К., Воевода М.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/3, стр. 1237-1245.
|
|
| 2013 | INVESTIGATION OF THE SPATIAL GENOME ORGANIZATION OF MOUSE SPERM AND FIBROBLASTS BY THE Hi-C METHOD N.R. Battulin, V.S. Fishman, A.A. Khabarova, M.Yu. Pomaznoy, T.A. Shnaider, D.A. Afonnikov, O.L. Serov Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, V 18, № 2, p 338-344
|
| Par force evolution as a mechanism for rapid adaptation V. V. Suslov Paleontology Journal (Mosk)., 2013, V. 47, №9, P. 1048-1055
|
|
| Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):96-102
|
|
| Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот Т. И. Меркулова, Е. А. Ананько, Е. В. Игнатьева, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2013, том 49, № 1, с. 37–54
|
|
| Evolution of General Transcription Factors Gunbin KV, Ruvinsky A. J MOL EVOL, 2013, 76(1-2):28-47
|
|
| An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
|
|
| How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 1, 11, 1340011 (DOI: 10.1142/S0219720013400118)
|
|
| Биоинформатика: метод во главе угла Афонников Д.А. Иванисенко В.А. Наука из первых рук, 2013, 1,49,51-59
|
|
| Introductory note for BGRS-2012 special issue Kolchanov N.A., Orlov Y.L. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, Vol. 11, No. 1: 1302001.
|
|
| Modeling of plant embryo morphodynamics at early developmental stages S. V. Nikolaev, N. A. Kolchanov, S. K. Golushko, J. -C. Palauqui, A. Urban, E. V. Amelina, A. V. Yurchenko, K. S. Golushko, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, A. Trubuil Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, May 2013, Volume 3, Issue 3, pp 176-183
|
|
| Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA Frontiers in Genetics, 2013, , 4, 122
|
|
| Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе. Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1):248–257
|
|
| Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
|
|
| Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода сортировки взаимодействий в молекулярной динамике Фомин Э.С. Вестник УГАТУ, 2013, Т. 17, №2 (55), С.75-84.
|
|
| Модель регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis thaliana С. В. Николаев, У. С. Зубаирова, А. В. Пененко, Э. Д. Мелснесс (E. D. Mjolsness), Б. Е. Шапиро (B. E. Shapiro), Н. А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2013, том 452, № 3, с. 336–338
|
|
| Model of Structuring the Stem Cell Niche in Shoot Apical Meristem of Arabidopsis thaliana S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, E. D. Mjolsness, B. E. Shapiro, and Academician N. A. Kolchanov Doklady Biological Sciences, 2013, Vol. 452, pp. 316–319
|
|
| Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. FEBS J, 2013, 280 (Suppl. 1) p. 459–460
|
|
| Genome-wide analysis reveals Zic3 interaction with distal regulatory elements of stage specific developmental genes in zebrafish Winata C.L., Kondrychyn I., Kumar V., Srinivasan K.G., Orlov Y., Ravishankar A., Prabhakar S., Stanton L.W., Korzh V., Mathavan S. PLOS GENET, 2013, 9(10): e1003852
|
|
| Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L. PALEONTOL J+(RUS), 2013, 47(9), 1056-1060.
|
|
| Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, ТОМ 17, № 3, С.202-211
|
|
| Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyl-dithiophosphinate complexes of neodymium(III), europium(III) and ytterbium(III) with 1,10-phenanthroline using NMR S. P. Babailov, E.N. Zapolotsky, E.S. Fomin POLYHEDRON, 2013, 65, 332-336
|
|
| NET-Q модель учета переноса заряда и поляризации для молекулярной динамики Фомин Э.С., Васенин А.Е. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2013, T.13, №4, с.43-60
|
|
| Генетический контроль опушения листа у изогенных линий мягкой пшеницы сорта Новосибирская 67 Дорошков А.В., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. RUSS J GENET+, 2013, Т. 49, с.1-9
|
|
| Ab initio human miRNA and pre-miRNA prediction I. I. Titov, P.S. Vorozheykin Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, V. 11 (6): 1343009
|
|
| NETINFERENCE: набор программ для анализа структуры и динамики сетей И. И. Титов, А. А. Блинов, К. А. Рудниченко, П. В. Крутов, А. Л. Казанцев, А. И. Куликов Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, т.17, №4/1, с. 615-619.
|
|
| Phylogenetic Analysis of Housekeeping Archaeal Proteins and Early Stages of Archaea Evolution K. V. Gunbin, V. V. Suslov, D. A. Afonnikov PALEONTOL J+(RUS), 2013, 47(9):1041–1047
|
|
| Модели регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега У.С. Зубаирова, С.В. Николаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, № 4/1, с. 738-747
|
|
| Моделирование биомеханики и морфодинамики растений в пакете COMSOL С.В. Николаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, № 4/1, с. 724-737
|
|
| Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, с.577-588
|
|
| BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, С. 607-614.
|
|
| SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, С. 599-606.
|
|
| ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, No 4/1, 589-598
|
|
| Генные сети Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, N4/2, 833-849
|
|
| Межмолекулярные взаимодействия в функциональных системах нейрона. Проскура А.Л., Малахин И.А., Турнаев И.И., Суслов В.В., Запара Т.А., Ратушняк А.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 18, № 4, стр. 620-628
|
|
| 2012 | A Model of the Gene Network for Flowering Time Regulation in Winter Wheat and Barley. Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Titov I.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, 2012, Vol. 2, No. 4, pp. 319–324
|
| Computer approaches to wheat high-throughput phenotyping Afonnikov D., Genaev M., Doroshkov A., Denisyuk V., Morozova E., Simonov A., Pshenichnikova T. Journal of Stress Physiology & Biochemistry, 2012, Vol. 8 No. 3, p. S8 ISSN 1997-0838
|
|
| Routes of nanoparticle uptake into mammalian organisms, their biocompatibility and cellular effect O. A. Podkolodnaya, E. V. Ignatieva, N. L. Podkolodnyy, N. A. Kolchanov Biology Bulletin Reviews, 2012, Volume 2, Issue 4, pp 279–289
|
|
| Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ECOL MODEL, 2012, Volume/issue:224C, pp. 124-129, doi: 10.1016/j.ecolmodel.2011.11.004
|
|
| Detection of mitochondrial DNA from domestic cattle in European bison (Bison bonasus) from the Altai Republic in Russia Yudin N.S., Kulikov I.V., Gunbin K.V., Aitnazarov R.B., Kushnir A.V., Sipko T.P., Moshkin M.P. ANIM GENET, 2012, Vol. 43, No. 3, P. 362.
|
|
| Пути поступления наночастиц в организм млекопитающих, их биосовместимость и клеточные эффекты. Подколодная О. А., Игнатьева Е. В. , Подколодный Н. Л. , Колчанов Н. А. . Успехи современной биологии, 2012, Т. 132, № 1, с. 3–15
|
|
| Анализ последовательностей регуляторных районов генов реляционной системой EXPERT DISCOVERY, встроенной в пакет UGENE. Васькин Ю.Ю., Хомичева И.В., Игнатьева Е.В., Витяев Е.Е. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2012, Т. 10. № 1, стр.73-86
|
|
| Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 2, С. 415-426
|
|
| Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
|
|
| Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7. № 2. С. 398–409. URL: http://www.matbio.org/2012/Fomin_7_398.pdf
|
|
| WheatPGE: A system for analysis of relationships among the phenotype, genotype, and environment in wheat M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. V. Morozova, T. A. Pshenichnikova and D. A. Afonnikov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, v.2, №3, p.262-269
|
|
| Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique Mikhail A. Genaev, Alexey V. Doroshkov, Tatyana A. Pshenichnikova, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov PLANTA, 2012, v.236, pp. 1943–1954
|
|
| RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, № 4/1, С. 756-765
|
|
| BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16
|
|
| Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Морозова Е.В., Симонов А.В., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7, № 2, С. 410-424
|
|
| Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя. Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 1, С. 99-108
|
|
| Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA. In Silico Biology, 2012, Vol. 11 (2011/2012) P. 109–123
|
|
| ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
|
|
| A single nucleotide polymorphism in the promoter region of the mink tumor necrosis factor-alpha gene. Yudin N.S., Aitnazarov R.B., Kulikov I.V., Ignatieva E.V., Trapezov O.V. Scientifur, 2012, Vol. 36, No. 3/4, P. 300-304.
|
|
| ExpertDiscovery and UGENE integrated system for intelligent analysis of regulatory regions of genes Vaskin Y.Y., Khomicheva I.V., Ignatieva E.V., Vityaev E.E. In Silico Biology, 2012, 2011/2012, 11, 3, P.97-108
|
|
| Finding biomarkers in non-model species: literature mining of transcription factors involved in bovine embryo development. Turenne N, Tiys E, Ivanisenko V, Yudin N, Ignatieva E, Valour D, Degrelle S, Hue I BioData Mining, 2012, Aug 29;5(1):12
|
|
| Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng J INTEGR BIOINFORM, 2012, Journal of Integrative Bioinformatics, 9(2):211, 2012
|
|
| Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П. Археология, этнография и антропология Евразии, 2012, 2012. №3(51):22-30.
|
|
| TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т.7. №2. С.444-460.
|
|
| Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
|
|
| Информационная поддержка исследования механизмов регуляции транскрипции: онтологический подход Подколодный Николай Леонтьевич Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, т. 16, С. 742-755
|
|
| Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, Т.16, 791-798
|
|
| Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм Н.Н. Втюрина, С.Л. Гроховский, А.Б. Васильев, И.И. Титов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, С.Е. Пельтек, Ю.Д. Нечипуренко, академик Н.А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2012, 2, 447, 217-222.
|
|
| A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software E.S. Fomin, N.A. Alemasov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 6, pp. 453–461
|
|
| Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 774–784.
|
|
| Моделирование роста и развития растительных тканей в формализме L-систем Зубаирова У.С., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 816-824
|
|
| Моделирование морфодинамики на ранних стадиях эмбриогенеза растения Николаев С.В., Колчанов Н.А., Голушко С.К., Палаки Ж.-К., Урбан О., Амелина Е.В., Юрченко А.В., Голушко К.С., Зубаирова У.С., Пененко А.В., Трубюй А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 805-815
|
|
| Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин RUSS J GENET+, 2012, том 48, № 5, с. 573–589.
|
|
| Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
|
|
| Информационный портал "Биотехнология растений" - Интернет ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы. Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т.16. №4/1. С. 838-848.
|
|
| Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y. Proceedings of HIBIT2012, 2012, Proceedings of HIBIT2012, April 19-22, 2012, Cappadocia, Turkey, 77-81.
|
|
| 3С-методы в исследованиях пространственной организации генома Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, № 4/2, том 16, стр 872-878
|
|
| The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. // Proc. of Proc. of The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology». July–August 2012. Irkutsk. Russia. P.61. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina GENETICS, 2012, P.61.
|
|
| 2011 | Парадоксы "Проблем происхождения жизни" Колчанов Н.А., Суслов В.В. Наука в России, 2011, 5, 41-48
|
| Consideration of Data Load Time on Modern Processors for the Verlet Table and Linked Cell Algorithms Fomin E.S. J COMPUT CHEM, 2011, 32(7), p.1386-1399
|
|
| Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
|
|
| Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
|
|
| Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
|
|
| Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375
|
|
| Spontaneous spectinomycin resistance mutations detected after biolistic transformation of Daucus carota L. Elena A. Filipenko, Yuri V. Sidorchuk, Igor I. Titov, Valery P. Maltsev and Elena V. Deineko PHYSIOL MOL PLANT P, 2011, Volume 17, Number 1, 79-86
|
|
| In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
|
|
| КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА WheatPGE ДЛЯ АНАЛИЗА ВЗАИМОСВЯЗИ ФЕНОТИП-ГЕНОТИП-ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА У ПШЕНИЦЫ М.А. Генаев, A.В. Дорошков, Е.В. Морозова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2011
|
|
| Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2011, т.47, №12, с. 1676–1685
|
|
| Анализ дупликаций генов миРНК человека и роль эволюции транспозонов в этом процессе Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 1. С.139-147
|
|
| миРНК-содержащие транспозоны человека Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 2. с. 323-326
|
|
| Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. BMC EVOL BIOL, 2011, 11:224
|
|
| Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, 438(3):412–415
|
|
| Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. Вестник ТГУ, 2011, № 4(16) C.:175-189.
|
|
| Анализ особенностей морфологии и наследования опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помощью компьютерных методов фенотипирования. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. RUSS J GENET+, 2011, Т. 47, № 6, с. 839–843.
|
|
| Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Медведев К.Е., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2011, Т. 275, С. 378-380
|
|
| Thermodynamic and kinetic basis for recognition and repair of 8-oxoguanine in DNA by human 8-oxoguanine-DNA glycosylase. Kirpota O.O., Endutkin A.V., Ponomarenko M.P., Ponomarenko P.M., Zharkov D.O., Nevinsky G.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2011, 11, 39, 4836-4850
|
|
| Изучение методами молекулярной динамики структур белков NIP7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. Вестник ТГУ, 2011, № 4 (16), с136
|
|
| Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions Kian Leong Lee, Sandy Keat Lim, Yuriy Lvovich Orlov, Le Yau Yit, Henry Yang, Lay Teng Ang, Lorenz Poellinger, Bing Lim PLOS GENET, 2011, Volume 7, Issue 6, e1002130
|
|
| Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 2, с.327-339
|
|
| Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov RUSS J GENET+, 2011, Vol. 47, No. 12, pp. 1487–1495.
|
|
| A Study of a One-Dimensional Model of Regulation of the Renewing Zone Size in a Biological Tissue Accounting for Cell Division S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, S. I. Fadeev, E. Mjolsness, N. A. Kolchanov Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2011, Vol. 5, No. 4, pp. 1–14.
|
|
| Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 4, Стр. 750-756.
|
|
| 2010 | Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
|
| Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, 275:337-339
|
|
| Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Т. 275, 412–414.
|
|
| A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, 4, 65, 143-145
|
|
| Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
|
|
| Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
|
|
| Применение программной системы ExpertDiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010, Т.8, Выпуск 1, Стр.12-26
|
|
| Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
|
|
| Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций Фомин Э.С. Вычислительные методы и программирование, 2010, 11, 299-305
|
|
| Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
|
|
| Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
|
|
| Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
|
|
| Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
|
|
| Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
|
|
| Possibility spaces and evolution Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PALEONTOL J+(RUS), 2010, 12, 44, 1491-1499
|
|
| Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
|
|
| SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
|
|
| Адаптация к бездне Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В. Химия и жизнь, 2010, №3, 38-41
|
|
| Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков Вестник МГУ, 2010, No. 4, pp. 73–75
|
|
| Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
|
|
| 2009 | Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
|
| Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
|
|
| Предисловие: 200 лет со дня рождения Чарлза Дарвина Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К., Суслов В.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 2. С. 246-248.
|
|
| Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
|
|
| Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
|
|
| Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
|
|
| The evolution of key cell cycle proteins correlates with an increase in the complexity of eukaryotic organisms Turnaev II, Gunbin KV, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, №1,426, 147-151
|
|
| Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
|
|
| Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
|
|
| Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы В.В. Cуслов, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №2, Том 13, с.410-439
|
|
| Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
|
|
| 2008 | Международная конференция “Происхождение и эволюция биосферы” (BOE’2007) Суслов В.В., Снытников В.Н. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №3, том 12, 483-496
|
| Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
|
|
| Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
|
|
| Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, 73(1):70-5
|
|
| ExpertDiscovery system application for the hierarchical analysis of eukaryotic transcription regulatory regions based on DNA codes of transcription Khomicheva IV, Vityaev EE, Ananko EA, Shipilov TI, Levitsky VG. INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 481-494
|
|
| Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
|
|
| Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, V. 73, N 2, P. 219-230.
|
|
| Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
|
|
| TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
|
|
| Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов Успехи физиологических наук, 2008, Т. 39. №1. С. 3-22.
|
|
| Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L. INTELL DATA ANAL, 2008, Vol. 12, No. 5 P. 463-479.
|
|
| 2007 | Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
|
| Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г. Вычислительные технологии, 2007, Т. 12, Специальный выпуск 2, С. 107-122
|
|
| Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
|
|
| Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
|
|
| Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
|
|
| Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
|
|
| Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 415(1):120-124
|
|
| Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
|
|
| Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
|
|
| Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2007, 2, 11, 373-400
|
|
| Взаимодействие рекомбинантного ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами промоторов генов млекопитающих Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Пономаренко М.П., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2007, Т.V, №2, 44-49
|
|
| 2006 | Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
|
| Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
|
|
| Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч. BIOPHYSICS, 2006, 4, 51, 633-639
|
|
| Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
|
|
| Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А BIOPHYSICS, 2006, №4, т.51, 608-614.
|
|
| Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
|
|
| Early postnatal changes in respiratory activity in rat in vitro and modulatory effects of substance P Shvarev Y.N., Lagercrantz H. EUR J NEUROSCI, 2006, №8, V. 24, P.2253 - 2263
|
|
| Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A. BIOCHEM BIOPH RES CO, 2006, 342(3):859-66
|
|
| Method SiteGA for transcription factor binding sites recognition Levitsky, V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BIOPHYSICS, 2006, 51(4):633-639
|
|
| Midazolam depresses carotid body chemoreceptor activity Kim C., Shvarev Y., Takeda S., Sakato A, Lindahl S., Eriksson L. ACTA ANESTH SCAND, 2006, V.50, P.144-149
|
|
| On the Early Stages of the Evolution of the Geosphere and Biosphere Dobretsov N.L., Kolchanov N.A., Suslov V.V. PALEONTOL J+(RUS), 2006, 4, 40, S407-S424
|
|
| Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
|
|
| Statistical analysis of nucleosome formation sites Orlov IuL, Levitskii VG, Smirnova OG, Podkolodnaia OA, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. BIOPHYSICS, 2006, 51(4):608-614
|
|
| Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
|
|
| Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
|
|
| Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
|
|
| Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
|
|
| Выявление потенциальных сайтов связывания транскрипционного фактора SF-1 методом SiteGA, их экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней этого фактора Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, 3, 40,512-523
|
|
| Генные сети липидного метаболизма Колчанов Н.А., Воевода М.И., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Игнатьева Е.В. Бюллетень СО РАМН, 2006, N2 (120), стр. 29-42.
|
|
| 2005 | Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Проскура А.Л., Воронич Е.С., Дубовенко Е.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, N2, с.179-198.
|
| Cаийты связывания транскрипционного фактора SF1 в промоторных районах генов, кодирующих ферменты стероидогенеза 3бетаГСДI и Р450с17 мыши Бусыгина Т.В., Васильев Г.В., Климова Н.В., Игнатьева Е.В., Осадчук А.В. Биохимия, 2005, № 10, Т. 70, C. 1397-1402
|
|
| Binding Sites for Transcription Factor SF-1 in Promoter Regions of Genes Encoding Mouse Steroidogenesis Enzymes 3βHSDI and P450c17 T.V. Busygina, G.V. Vasiliev, N.V. Klimova, E.V. Ignatieva, A.V. Osadchuk BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2005, №10, V. 70, P. 1152–1156
|
|
| Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P. INT J ARTIF INTELL T, 2005, 4, 14, 599-620
|
|
| GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
|
|
| 2004 | SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12.
|
| Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации Колчанов Н.А., Суслов В.В., Гунбин К.В. Информационный вестник ВОГИС, 2004, № 29. С.: 86-99.
|
|
| Генетические механизмы кодирования биологической сложности Суслов В.В., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2004, Т. II. № 1. С. 13-26.
|
|
| Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610
|
|
| Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621
|
|
| Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
|
|
| 2003 | rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2003, 1, 31, 118-121
|
| 2002 | SELEX_DB: a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Frolov A.S., Gelfand M.S., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 195-199
|
| ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 200-202
|
|
| Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P. Knowl-Based Syst. J., 2002, 4, 15, 225-233
|
|
| rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P. HUM MUTAT, 2002, 4, 20, 239-248
|
|
| GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
|
|
| GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, V. 30, No. 1 P. 398-401.
|
|
| Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
|
|
| 2001 | Сравнительный анализ методов распознавания потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов. М.А. Поздняков, Е.Е. Витяев, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, Н.Л. Подколодный, С.В. Лаврюшев, Н.А. Колчанов Molecular Biology, 2001, т.35 (6), 961-969
|
| rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
|
|
| Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov BIOINFORMATICS, 2001, V.17(11):1-12.
|
|
| ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287
|
|
| 2000 | Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov PROGRAM COMPUT SOFT+, 2000, 3, 26, 170-176
|
| SELEX_DB: an activated database on selected randomized DNA/RNA sequences addressed to genomic sequence annotation Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Frolov A.S., Zybova S.V., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2000, 1, 28, 205-208
|
|
| Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
|
|
| 1999 | Усреднее результатов распознавания сайтов может увеличить точность аннотации генома человека Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Фролов А.С., Воробьев Д.В., Колчанов Н.А., Овертон K. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 649-654
|
| GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
|
|
| Вклад сигналов и антисигналов в мутационный спектр сайта встраивания td-интрона. Пономаренко М.П, Пономаренко Ю.В., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 655-663
|
|
| Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
|
|
| Oligonucleotide frequency matrices addressed to recognizing functional DNA sites. Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Vorobyev D.G., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 631-643
|
|
| Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
|
|
| Conformational and physicochemical DNA features specific for transcription factor binding sites. Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.G., Overton G.C., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 654-668
|
|
| Nucleosomal DNA property database. Levitsky V.G., Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 582-592
|
|
| Prediction of eukaryotic mRNA traslational properties. Kochetov A.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Kisselev L.L., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 704-712
|
|
| Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression. Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 669-686
|
|
| Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS BIOINFORMATICS, 1999, 15(7-8):644-653
|
|
| 1998 | Функциональные сайты геномов про- и эукариот: компьютерное моделирование и предсказание активности Колчанов Н.А., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Подколодный Н.Л. Molecular Biology, 1998, 2, 32, 255-267
|
| Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
|
|
| GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome. N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1998, 6, 95-104
|
|
| 1997 | Generating programs for predicting the activity of functional sites. Ponomarenko M.P., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A. J COMPUT BIOL, 1997, 1, 4, 83-90
|
| TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E. Lect Notes Comput Sci, 1997, Вioinformatics, 1278, 99-105
|
|
| Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 726-732
|
|
| Компьютерный анализ конформационных особенностей ДНК ТАТА-боксов промоторов эукариот Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Кель А.Э., Колчанов Н.А., Карас Х., Вингендер Э., Скленар Х. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 733-740
|
|
| 1996 | Олигонуклеотидные словари изофункциональных семейств генов, кодирующих белок Колчанов Н.А., Бабенко В.Н., Вишневский О.В., Кель А.Э. Doklady Akademii Nauk, 1996, 348(5):696-699
|
| 1995 | Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application. Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1995, 3:206-214
|
| 1993 | SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites. Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A. Comput. Appl. Biosci., 1993, 6, 9, 617-627
|
Монографии
| 2022 | A Catalog of Human Genes Associated With Pathozoospermia and Functional Characteristics of These Genes. Ignatieva E.V., Osadchuk A.V., Kleshchev M.A., Bogomolov A.G., Osadchuk L.V.
|
| 2018 | Initiation Factors Ponomarenko M., Savinkova L., Ponomarenko P., Kolchanov N.
|
| 2017 | Cladogenesis Ponomarenko M., Gunbin K., Doroshkov A., Suslov V., Kolchanov N.
|
| Hogness Box Ponomarenko M., Mironova V., Gunbin K., Ponomarenko P., Suslov V., Savinkova L.
|
|
| Unique DNA Ponomarenko M., Orlova G., Kolchanov N.
|
|
| Heat Shock Proteins Ponomarenko M., Stepanenko I., Kolchanov N.
|
|
| Degrees of Freedom Ponomarenko M., Babenko V., Kochetov A., Kolchanov N.
|
|
| 2016 | Анализ экспрессии генов и расположения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме по данным высокопроизводительного секвенирования / Монография. отв. ред. Ю.Л. Орлов; - Н. Изд-во «Академиздат», 2016, 136 с. Ю.Л. Орлов, В.Н. Бабенко, А.Г. Богомолов, Э.Р. Галиева, И.В. Чадаева
|
| 2015 | Molecular and Genetic Structure of Polytene Chromosome Banding Pattern in Drosophila melanogaster Tatyana Zykova Vatolina, Darya Demidova, Viktor Levitsky, Varvara Khoroshko, Elena Belyaeva, Elena Kokoza, Igor Zhimulev
|
| 2014 | Evolution, Biodiversity and Ecology in Microbial Communities: Mathematical Modeling and Simulation with the “Haploid Evolutionary Constructor” Software Tool Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Klimenko A.I., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
|
| Wheat leaf pubescence analysis: methods of computer phenomics Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A.
|
|
| 2013 | Degrees of Freedom. Ponomarenko M, Babenko V, Kochetov A, Kolchanov N
|
| Cladogenesis. Ponomarenko M, Gunbin K, Doroshkov A, Kolchanov N
|
|
| Heat Shock Proteins. Ponomarenko M, Stepanenko I., Kolchanov N
|
|
| Hogness Box. Ponomarenko M, Mironova V, Gunbin K, Savinkova L
|
|
| Initiation Factors. Ponomarenko M, Savinkova L, Kolchanov N
|
|
| Unique DNA. Ponomarenko M, Orlova G, Kolchanov N
|
|
| 2012 | Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
|
| Том IV. Глава 6. Компьютерная эволюционная биология. 6.3.2.3. Безмасштабные сети и их эволюция. Титов И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В.
|
|
| Том IV. Глава 6. Компьютерная эволюционная биология. 6.3.1.5. Эволюция квазивидов как зондирование ландшафта приспособленности. Титов ИИ
|
|
| 2011 | Analysis of the Conservative Motifs in Promoters of miRNA Genes, Expressed in Different Tissues of Mammalians O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V. Bocharnikov, and E.V. Berezikov
|
| Dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophageal transcription factors and cytokines: prediction and experimental verification E.V. Kashina, D.Yu. Oshchepkov, E.V. Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov, D.P. Furman
|
|
| Моделирование коэволюции одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программного комплекса «Эволюционный конструктор» Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
|
| Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
|
| 2010 | Компьютерный генетический конструктор: математическое моделирование генетических и метаболических подсистем E. coli Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ратушный А.В., Лашин С.А., Турнаев И.И., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Колчанов Н.А.
|
| Экспериментально-компьютерное конструирование и анализ бактериальных геносенсоров для детекции токсичности окружающей среды Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А., Качко А.В., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Задорожный А.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
|
| Влияние neisseria gonorrhoeae на жизнеспособность клеток хозяина: реконст¬рукция генной сети // В монографии: Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения. Ред. В.В.Власов, А.Г.Дегерменджи, Н.А.Колчанов, В.Н.Пармон, В.Е.Репин. Изд-во СО РАН, Новосибирск. 2010 Подколодная О.А.
|
|
| BioinfoWF – веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
|
|
| Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А.
|
|
| Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
|
|
| 2009 | Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A.
|
| 2008 | Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.
|
| Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами. Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.
|
|
| Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” // В монографии: Системная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
|
| Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А., Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А.
|
|
| Понятие о генных сетях. База данных GeneNet. Ананько Е.А., Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
|
|
| Анализ режима адаптивной эволюции в белках вируса гепатита С. В Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 602-610. Варламова Е.С., Афонников Д.А., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
|
|
| Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А.
|
|
| Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.
|
|
| Филогенетический и структурный анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А.
|
|
| 2006 | TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko
|
| STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.
|
|
| In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov and R. Hofestaedt) Springer Science+Business Media. Inc. Levitsky V., Ignatieva E., Vasiliev G., Klimova N., Busygina T., Merkulova T., Kolchanov N.
|
|
| ARTSITE DATABASE: COMPARISON OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTORS Khlebodarova, O. Podkolodnaya, D. Oshchepkov, D. Miginsky, E. Ananko, E. Ignatieva
|
|
| 2004 | Bioinformatics of genome regulation and structure. N.Kolchanov and R.Hofestaedt (ed.) Oshchepkov D.Yu., Turnaev I.I., Pozdnyakov M.A., Milanesi L., Vityaev E.E., Kolchanov N.A
|
Конференции
| 2024 | Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato Cultivars Grown in Russia Karetnikov D.I., Vasiliev G.V., Toshchakov S.V., Shmakov N.A., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Rybakov D.A., Gavrilenko T.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
|
| Genome-wide association study reveals novel loci modulating pre-harvest sprouting and grain color in red-grained winter wheat T. aestivum L. Afonnikova S., Kiseleva A., Fedyaeva A., Komyshev E., Koval V., Afonnikov D., Salina E. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
|
|
| Исследование вариаций и структуры генома сортов картофеля Solanum tuberosum, выращиваемых в России Д.И. Каретников, Г.В. Васильев, С.В. Тощаков, Н.А. Шмаков, М.А. Генаев, М.А. Нестеров, С.М. Ибрагимова, Д.А. Рыбаков, Т.А. Гавриленко, Е.А. Салина, М.В. Патрушев, А.В. Кочетов, Д.А. Афонников INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
|
|
| Генетический контроль синтеза различных классов полифенольных
соединений у ячменя (Hordeum vulgare L.): фундаментальные
и прикладные аспекты О. Ю. Шоева, К. А. Молобекова, М. О. Орбант, Н. А. Шмаков, А. А. Денисов, А. Ю. Глаголева, Т. В. Кукоева, И. В. Тоцкий, Ш. Захрабекова, Д. Стюарт, М. Ханссон, Е. К. Хлесткина VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы
|
|
| Поиск локусов и генов-кандидатов, ассоциированных с окраской и предуборочным прорастанием зерна у краснозерной озимой мягкой пшеницы Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Комышев Е.Г., Афонников Д.А., Салина Е.А. 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)
|
|
| Онтологический подход к анализу дифференциальной экспрессии генов на основе больших транскриптомных данных Ощепков Д.Ю., Чадаева И.В. , Кожемякина Р.В., Золотарева К., Хандаев Б., Шарыпова Е.Б., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Редина О.Е., Колосова Н.Г., Назаренко М., Колчанов Н.А., Маркель А.Л., Пономаренко М.П. Международный Конгресс «VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы»
|
|
| Transcriptomic response of genes related to the glutamate- and GABA-ergic systems in the hypothalamus of ISIAH and WAG rats exposed to acute restraint stress Plekanchuk V.S., Ryazanova M.A., Oshchepkov D.Yu., Redina O.E., Markel A.L. Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология, BGRS/SB-2024
|
|
| 2023 | Генетические основы возраст-зависимых изменений повышенной восприимчивости гипертензивных крыс НИСАГ к воздействию рестрикционного стресса. Редина О.Е., Ощепков Д.Ю., Федосеева Л.А., Смоленская С.Э., Маковка Ю.В., Маркель А.Л. Всероссийской конференции с международным участием «Интегративная физиология — 2023»
|
| Влияние краткосрочного рестрикционного стресса на экспрессию генов раннего ответа в гипоталамусе гипертензивных крыс НИСАГ. Маковка Ю. В., Федосеева Л. А., Ощепков Д. Ю., Маркель А. Л., Редина О. Е. XXIV съезд физиологического общества им. И. П. Павлова.
|
|
| Synthetic amphiploids - a potential source of common wheat genetic diversity in economically valuable traits Adonina I. G., Zorina M.V., Mehdiyeva S.P., Leonova I.N., Komyshev E.G., Timonova E.M., Salina E.A. The 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2023)
|
|
| The impact of terahertz radiation on stress response systems of prokaryotes Peltek S., Bannikova S., Mesheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilievа A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Khlebodarova T.M., Goryachkovskaya T THE 5-TH INTERNATIONAL CONFERENCE “TERAHERTZ AND MICROWAVE RADIATION: GENERATION, DETECTION AND APPLICATIONS” (TERA-2023)
|
|
| CisCross web server: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha V.V., Levitsky V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Mironova V. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023)
|
|
| Analysis of the genome structure and its variations in potato cultivars grown in Russia Karetnikov D.I., Vasiliev G.V., Toshchakov S.V., Shmakov N.A., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Rybakov D.A., Gavrilenko T.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
|
|
| Identification of functional transcription factor binding motifs in the Arabidopsis thaliana ChIP-seq data Dolgikh V.A., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023)
|
|
| Выявление спектра функциональных мотивов связывания транскрипционных факторов в ChIP-seq данных Arabidopsis thaliana L. Долгих В.A., Землянская Е.В., Левицкий В.Г. X Съезд общества физиологов растений России. Всероссийская конференция с международным участием: «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата»
|
|
| 2022 | МЕТОД ДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ БАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ ГЕНОМНОЙ ИНФОРМАЦИИ Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин Актуальные аспекты современной микробиологии: XIII молодежная школа-конференция с международным участием
|
| Domestication explains 2/3 of differential gene expression variance between domestic and wild animals; the remaining 1/3 reflects intraspecific and interspecific variation Irina Chadaeva, Petr Ponomarenko, Rimma Kozhemyakina, Valentin Suslov, Anton Bogomolov, Natalya Klimova, Svetlana Shikhevich, Ludmila Savinkova, Dmitry Oshchepkov, Nikolay A. Kolchanov, Arcady Markel, Mikhail Ponomarenko Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
|
|
| Построение транскрипционных регуляторных сетей бактерий на основе найденных факторов транскрипции и их сайтов связывания Лахова Т.Н., Мухин А.М., Ощепков Д.Ю., Лашин С.А. 25-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием «Биология – наука XXI века»
|
|
| Reconstruction and analysis of potato Solanum tuberosum pangenome of Siberian cultivars Karetnikov D.I., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Vasiliev G.V., Toschakov S.V., Gavrilenko T.A., Afonnikov D.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
|
|
| Computer annotation of plant protein sequences
based on sequence similarity and orthology Malyugin E., Mustafin Z., Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| Functional and evolutionary characteristics of the gene network
controlling appetite in mice: lessons from knockout or
knockdown animals Ignatieva E.V., Mustafin Z.S., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| Large scale analysis of the crop transcriptomic data:
analysis of out of the reference transcripts Afonnikov D.A., Genaev M.A., Shmakov N.A., Mustafin Z.S., Mukhin A.M., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| Web-MCOT server for motifs co-occurrence search in ChIP-seq data Victor Levitsky, Alexey Mukhin, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Sergey Lashin BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Massive comparison of the ‘genomic’ and ‘shuffled’ background set generation approaches for efficiency of de novo motif search in A. thaliana ChIP-seq data Raditsa V.V., Tsukanov A.V., Levitsky V.G BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| enRest tool for transcription factor binding sites
overrepresentation analysis in RNA-seq data Tsukanov A.V., Levitsky V.G. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Integration of ChIP-seq and RNA-seq data in structure-function analysis of cis-regulatory elements Dolgikh V., Wiebe D., Levitsky V., Zemlyanskaya E. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| CisCross web service: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators for Arabidopsis thaliana Lavrekha V.V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G. , Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Mironova V.V. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| РЕКОНСТРУКЦИЯ И АНАЛИЗ ПАНГЕНОМА КАРТОФЕЛЯ SOLANUM TUBEROSUM СОРТОВ СИБИРСКОЙ СЕЛЕКЦИИ Каретников Д.И., Генаев М.А., Нестеров М.А., Ибрагимова С.М., Васильев Г.В., Тощаков С.В., Гавриленко Т.А., Афонников Д.А., Салина Е.А., Патрушев М.В., Кочетов А.В. III Международная научно-практическая конференция "Клеточная биология и биотехнология растений"
|
|
| RECONSTRUCTION AND ANALYSIS OF PANGENOME OF SIBERIAN CULTIVARS OF POTATO SOLANUM TUBEROSUM Toschakov S.V., Gavrilenko T.A., Afonnikov D.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Karetnikov D.I., Genaev M.A., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Ibragimova S.M., Vasiliev G.V. III Всероссийская конференция «Высокопроизводительное секвенирование в геномике» (HSG-2022)
|
|
| Комбинирование O. felineus-индуцированного описторхоза и длительной алкоголизации: экспериментальная модель. Августинович Д.Ф., Чадаева И.В., Кизименко А.В., Ковнер А.В., Пономарёв Д.В., Львова М.Н. VII Межрегиональной научной конференции (с международным участием) паразитологов Сибири и Дальнего Востока, "Паразитологические исследования в Сибири и на Дальнем Востоке"
|
|
| The impact of terahertz radiation on living systems. Peltek S., Bannikova S., Khlebodarova T., Shedko E., Meshcheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilieva A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Goryachkovskaya T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| 2021 | Construction of transcriptional regulatory networks based
on found transcription factors and their binding sites
in annotated bacterial genomes Lakhova T.N., Oshchepkov D.Yu., Mukhin A.M., Lashin S.A. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2021) : The 13th International Young Scientists School; Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen School 2021) : Young Scientists School
|
| Design of a new ethylene plant hormone sensor based on genome-wide data analysis of EIN3 transcription factor binding Dolgikh V.A., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y., Zemlyanskaya E. Proceedings of international congress "Biotechnology: State of the art and perspectives" 2021
|
|
| Reconstruction of Gene Networks Associated with Complex Disorders on Example of Parkinson Disease Orlov Y.L. Belbi2021
|
|
| ВЕБ-СЕРВИС WEBMCOT ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СОВМЕСТНО ВСТРЕЧАЕМЫХ ДНК МОТИВОВ В ДАННЫХ CHIP-SEQ МУХИН А.М., ЛЕВИЦКИЙ В.Г., ЛАШИН С.А. ИНСТИТУТ БИОИНФОРМАТИКИ
|
|
| Построение сетей транскрипционной регуляции бактерий на основе геномной информации Т.Н. Лахова, Д.Ю. Ощепков, А.М. Мухин, С.А. Лашин VIII Международная научно-практическая конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов
|
|
| Genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites guides engineering of new ethylene sensor Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. 31st International Conference on Arabidopsis research (ICAR 2021-Virtual)
|
|
| Structural and functional characterization of transcription factor binding sites: from bioinformatics to hormone biosensors Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. The 6th International Scientific Conference Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2021)
|
|
| In silico design of new ethylene sensors in plants based on genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites Dolgikh V.A., Levitsky V. G., Oshchepkov D. Y., Zemlyanskaya E. V. International Conference Marchuk Scientific Readings 2021
|
|
| 2020 | Разработка алгоритмов для нахождения факторов транскрипции и их сайтов связывания в аннотированных бактериальных геномах Лахова Т.Н., Ощепков Д.Ю., Мухин А.М., Лашин С.А. 12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020
|
| Genome and karyotype evolution after whole genome duplication in free-living flatworms of the genus Macrostomum. Zadesenets K., Ershov N., Oshchepkov D., Berezikov E., Schaerer L., Rubtsov N.B. BGRS/SB-2020. July 6-10, 2020 Novosibirsk
|
|
| Reconstruction and analysis of regulatory gene networks involving human genes associated with main forms of pathozoospermia Ignatieva E.V., Osadchuk A.V., Kleshev M.A., Osadchuk L.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)
|
|
| Towards a comprehensive catalog of human genes associated with main forms of pathoszoopermia and its functional annotation. Ignatieva E.V., Osadchuk A.V., Kleshev M.A., Osadchuk L.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)
|
|
| Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of the genes encoding proteins on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome Ponomarenko M, Chadaeva I, Oshchepkov D, Rasskazov D, Osadchuk A, Osadchuk L. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)
|
|
| Whole-exome sequencing association studies on impaired spermatogenesis in different ethnic groups in Russia. Kolmykov S.K. Vasiliev G.V. Ponomarenko M.P. Kleshev M.A. Osadchuk A.V. Osadchuk L.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/ Systems Biology The 12th International Multiconference
|
|
| Analysis of short- and long-range interactions within potential binding sites notably extends the fraction of verified peaks in ChIP-seq data Цуканов Антон Витальевич, Левицкий Виктор Георгиевич, Меркулова Татьяна Ивановна BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“
|
|
| Исследование эффекта гормезиса при регулярном тепловом
стрессировании у двух видов Drosophila с использованием
нового автоматического метода изучения плодовитости Е. К. Карпова*, Е. Г. Комышев, М. А. Генаев, Н. В. Адоньева, М. А. Еремина, Н. Е. Грунтенко МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ "ДРОЗОФИЛА В ГЕНЕТИКЕ И МЕДИЦИНЕ"
|
|
| WebMCOT web-service for prediction of co-occurred DNA motifs in ChIP-seq data Mukhin A. M., Levitsky V. G., Lashin S. A., Oshchepkov D. Y. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Development and analysis of AIDS epidemic agent-based
computer model applying an algorithm for explicit calculation of HIV replicability Anna Smirnova, Mikhail Ponomarenko, Sergey Lashin BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Изучение основных параметров устойчивости яровой пшеницы к мучнистой росе Н.П. Бехтольд, Е.А. Орлова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников, У.С. Зубаирова Генофонд и селекция растений: доклады и сообщения V Международной конференции «Генофонд и селекция растений»
|
|
| Using fast homology search tools for protein sequence functional annotation: a comparison Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Использование программ быстрого поиска гомологии для функциональной аннотации белков Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2020» (АПВПМ-2020)
|
|
| FLOWERING PATTERNS OF HERBACEOUS MULTI-FLOWERED MONOCARPIC SHOOTS OF CAMPANULA SARMATICA FOMIN EDUARD, FOMINA TATYANA BGRS-2020
|
|
| EXTRACTION OF SPECTRAL SERIES OF IONS FROM MASS SPECTRA OF PEPTIDES BY METHODS OF INTEGRAL TRANSFORMS AND MACHINE LEARNING Fomin E., Alemasov N., Afonnikov D. BGRS-2020
|
|
| Выделение спектральных серий в тандемных масс спектрах с помощью машинного обучения Фомин Э.С., Алемасов Н. Международная конференция «Марчуковские научные чтения 2020», МНЧ-2020
|
|
| Генетические механизмы ответа растений на световой стресс: реконструкция генных сетей и эволюционная перспектива Бобровских А. В., Ермаков А. А., Зубаирова У. С., Константинов Д. К., Левина А.Б., Колодкин А.Н., Хейдари С., Дорошков А.В. Генофонд и селекция растений 2020
|
|
| Реконструкция регуляторных генных сетей ответа на солевой стресс Arabidopsis thaliana и Zea mays Бобровских А. В., Ермаков А. А., Зубаирова У. С., Константинов Д. К., Левина А.Б., Дорошков А.В. Генофонд и селекция растений 2020
|
|
| Выявление контекстных сигналов в промоторах генов, регулирующих ответ на световой стресс у Arabidopsis thaliana А. В. Бобровских, А. Б. Левина, Д. К. Константинов, А. А. Ермаков , У. С. Зубаирова, А. В. Дорошков Марчуковские научные чтения - 2020
|
|
| Выявление контекстных сигналов цис-регуляторных элементов транскрипционного ответа на солевой стресс у Arabidopsis thaliana А. В. Бобровских , Д. К. Константинов , А. А. Ермаков , У. С. Зубаирова , А. В. Дорошков Марчуковские научные чтения - 2020
|
|
| EIN3 binding site architecture guides transcriptional response to ethylene in Arabidopsis V. Dolgikh, V. Levitsky, D. Oshchepkov, E. Zemlyanskaya BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“
|
|
| Construction of a biosensor sensitive to terahertz radiation based on the glutamine synthetase gene promoter Irina Meshcheryakova, Tatyana Goryachkovskaya, Svetlana Bannikova, Alexey Rozanov, Elizaveta Demidova, Dmitry Oshchepkov, Evgeniy Demidov, Alla Bryanskaya, Nikolay Vinokurov, Vasiliy Popik, and Sergey Peltek Synchrotron and Free electron laser Radiation: generation and application (SFR-2020)
|
|
| Software pipeline for the analysis of the functional role of nucleotide substitutions in regulatory regions of genes and its testing on polymorphisms associated with obesity Matrosova E.A., Efimov V.M., Ignatieva E.V. 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology»
|
|
| Компьютерное моделирование влияния циркадных часов на воспалительную реакцию
на бактериальную инфекцию Н.Л. Подколодный, Н.Н. Твердохлеб, О.А. Подколодная Международная конференция «Марчуковские научные чтения 2020» (МНЧ-2020)
|
|
| 2019 | ПРОГНОЗЫ И ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЕ ОПРЕДЕЛЕНИЕ IN VITRO ВЛИЯНИЯ НЕАННОТИРОВАННЫХ SNPs ПРОМОТОРОВ ЭРИТРОИДНЫХ ГЕНОВ НА АФФИННОСТЬ ТВР/ТАТА И КОГНИТИВНЫЕ НАРУШЕНИЯ Е.Б.Шарыпова, И.А. Драчкова, И.В.Чадаева, М.П.Пономаренко, Л.К.Савинкова VIII Научно-практическая конференция с международным участием "Генетика - фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции"
|
| Study of the leaf rust resistance gene Lr52 by targeted sequencing Bragina M.K., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V., Salina E.A. 5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)
|
|
| ОПУШЕНИЕ ЛИСТА ПШЕНИЦЫ: ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЕ
ФЕНОТИПИРОВАНИЕ, ГЕНЕТИЧЕСКИЙ КОНТРОЛЬ И
ФИЗИОЛОГИЧЕСКАЯ РОЛЬ Афонников Д.А, Дорошков А.В., Генаев М.А., Симонов А.В., Осипова С.В.,Пермяков А.В., Пермякова М.Д., Ефимов В.М., Пшеничникова Т.А. «VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ, И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»
|
|
| ЗАКОН ИЛИ ПРАВИЛА ГОМОЛОГИЧЕСКИХ РЯДОВ? I. ТЕОРИИ ЭВОЛЮЦИИ И ЗАКОН ВАВИЛОВА Суслов В.В., Пономаренко М.П., Рассказов Д.А. Экология и эволюция: новые горизонты, посвященный 100-летию С.С. Шварца
|
|
| ЗАКОН ИЛИ ПРАВИЛА ГОМОЛОГИЧЕСКИХ РЯДОВ? II. РЯДЫ КОПА И ВАВИЛОВА Суслов В.В., Пономаренко М.П., Рассказов Д.А. Экология и эволюция: новые горизонты, посвященная 100-летию академика С.С. Шварца
|
|
| ЗАКОН ИЛИ ПРАВИЛА ГОМОЛОГИЧЕСКИХ РЯДОВ? III. АДАПТАЦИЯ И САМОАДАПТАЦИЯ Брагин А.О., Суслов В.В., Орлов Ю.Л. Экология и эволюция: новые горизонты, посвященная 100-летию академика С.С. Шварца
|
|
| ЗАКОН ИЛИ ПРАВИЛА ГОМОЛОГИЧЕСКИХ РЯДОВ? IV. УРБАНИЗАЦИЯ И ДОМЕСТИКАЦИЯ Брагин А.О., Суслов В.В., Орлов Ю.Л. Экология и эволюция: новые горизонты, посвященная 100-летию академика С.С. Шварца
|
|
| The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич Землянская Елена Васильевна Миронова Виктория Владимировна Меркулова Татьяна Ивановна VII International Congress of Vavilov society of geneticists and breeders and associate symposiums
|
|
| ALTERING PLANT DOMESTICATION TRAITS VIA SITE-DIRECTED GENOME MODIFICATION Gerasimova S.V., Ivanova K.A., Hertig C., Korotkova A.M., Hiekel S., Kolosovskaya E., Koloshina K.A., Genaev M.A., Komyshev E.G., Egorova A.A., Domrachev D.V., Rogozina E.V., Kochetov A.V., Kumlehn J., Khlestkina E.K. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
|
|
| РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО
ФЕНОТИПИРОВАНИЯ РАСТЕНИЙ ДИКИХ ВИДОВ КАРТОФЕЛЯ Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы.
|
|
| WildPetotaDB – a database for genotype and phenotype of wild tuber-bearing species of the genus Solanum L. Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
|
|
| Identification and characterization of a barley gene controlling cuticle wax formation Gerasimova S., Kolosovskaya E., Hertig C., Hiekel S., Korotkova A., Doroshkov A., Kukoeva T., Domrachev D., Kochetov A., Kumlehn J., Khlestkina E. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
|
|
| The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package Левицкий Виктор Георгиевич Миронова Виктория Владимировна Землянская Елена Васильевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Меркулова Татьяна Ивановна 9-ая Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии МССМВ'19
|
|
| Gene networks in a post-genomic era. Ignatieva E.V. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
|
|
| Reconstruction and analysis of the network of interactions between genes that regulate human body weight Matrosova E.A., Ignatieva E.V. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
|
|
| Context analysis of the core promoter region of mouse genes differently expressed in hypothalamic energy-sensing neurons in response to weight-loss. Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Efimov V.M., Ignatieva E.V. Proceedings of 9-th Moscow Conference on Computational Molecular Biology
|
|
| Reconstruction and analysis of the of protein-protein interaction network involved in the human body weight regulation. Matrosova E.A, Ignatieva E.V. Proceedings of 9-th Moscow Conference on Computational Molecular Biology
|
|
| Mapping of loci associated with drought tolerance in chromosomes 2A and 2D of bread wheat and the search for responsible candidate genes Pshenichnikova T.A., Osipova S.V., Permyakova M.D., Permyakov A.V., Shishparenok A.A., Rudikovskaya E.G., Doroshkov A.V., Konstantinov D.K., Leonova I.N., Lohwasser U., Börner A. PlantGen2019
|
|
| The wheat leaf epidermal pattern as a model for studying the effect of stress conditions on morphogenesis Zubairova U., Doroshkov A. PlantGen
|
|
| Метод морфометрии колоса пшеницы на основе анализа изображений Комышев Е.Г., Генаев М.А., Афонников Д.А. Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни.
|
|
| Разработка методов автоматического определения количественных характеристик, описывающих
фенотипические признаки колоса пшеницы Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
|
|
| Creation and analysis of an agent-based computer model of the AIDS epidemic using an algorithm for explicit calculation of the HIV replicability Smirnova A.A., Ponomarenko M.P., Lashin S.A. 11th International Young Scientists School “Systems Biology and Bioinformatics” – SBB-2019
|
|
| ГЕНЕТИЧЕСКАЯ РЕГУЛЯЦИЯ АРХИТЕКТУРЫ СОЦВЕТИЯ
ПШЕНИЦЫ Добровольская О.Б., Дресвянникова А.Е., Володина Е.А., Красников А.А., Ю.Л. Орлов, Н. Ватанабэ, П. Мартинек VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы.
|
|
| ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНАЯ ЭКСПРЕССИЯ ГЕНОВ В ОТДЕЛАХ ГОЛОВНОГО МОЗГА У КРЫС, СЕЛЕКЦИОНИРОВАННЫХ НА РУЧНОЕ И АГРЕССИВНОЕ ПОВЕДЕНИЕ Чадаева И.В., Климова Н.В., Шихевич С.А., Кожемякина Р.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
|
|
| COMPUTER TOOLS FOR BRAIN TRANSCRIPTIONAL PROFILING IN RATS MODELS Chadaeva I.V., Bragin A.O., Kovalev S.S., Galieva A.G., Markel A.L., Orlov Y.L. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
|
|
| Developmental pathways regulating wheat inflorescence architecture Dobrovolskaya O.B., Dresvyannikova A.E., Volodina E.A., Krasnikov A.A., Orlov Yu., Watanabe N., Martinek P. 5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)
|
|
| Databases and computer resources on plant miRNA to study its role in abiotic stress response Orlov Y.L., Babenko V.N., Dergilev A.V., Galieva A.G., Dobrovolskaya O.B., Chen M. 5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)
|
|
| Mitosis and DNA replication events define the boundaries of transition zone in Arabidopsis thaliana root tip Viktoriya V. Lavrekha, Taras P. Pasternak, Uliyana S. Zubairova, Victoria V. Mironova International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019),
|
|
| The role of E-box-, G-box- and RY-motif-binding proteins
in regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana Pukhovaya E., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)
|
|
| Prediction and verification of auxin-ethylene crosstalk gene networks Ubogoeva E., Levitsky V., Zemlyanskaya E. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ ИЗМЕНЕНИЙ ПРОТЕОМА И ТРАНСКРИПТОМА ДРОЖЖЕЙ SACCHAROMYCES CEREVISIAE ПРИ ПЕРЕХОДЕ К АНАЭРОБНЫМ УСЛОВИЯМ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ Мещерякова И. А., Банникова С. В., Розанов А. С., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Демидов Е. А., Слынько Н.М., Старостин К. В., Пельтек С. Е. МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮКАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ,И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ИЗЛУЧЕНИЯ НА ГЕННУЮ ЭКСПРЕССИЮ С ПОМОЩЬЮ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ГЕНОСЕНСОРОВ Сердюков Д.С., Розанов А.С. , Мещерякова И.А. , Банникова С.В. , Горячковская Т.Н. , Ощепков Д.Ю. , Попик В.М. , Черкасова О.П. , Пельтек С.Е. VI Съезд биофизиков России
|
|
| Исследование мультифакторных заболеваний на примере предрасположенности к алкоголизму: молекулярная генетика и биофизика Осипова Л.П., Хантемирова М.Р., Галиева Э.Р., Личман Д.В., Бабенко Р.О., Ковалев С.С., Табиханова Л.Э., Орлов Ю.Л. VI Съезд биофизиков России
|
|
| Компьютерные средства анализа кластеров регуляторных районов экспрессии генов Орлов Ю.Л., Дергилев А.И., Цуканов А.В., Лузин А.Н., Орлова Н.Г. VI Съезд биофизиков России
|
|
| Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq Ковалев С.С., Леберфарб Е.Ю., Орлова Н.Г., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. VI Съезд биофизиков России
|
|
| Исследование молекулярных основ глиобластомы с помощью электронных ресурсов и баз данных Ковалев С.С., Белоусова Ю.П., Галиева Е.Р., Леберфарб Е.Ю., Орлов Ю.Л. Международная научно-практическая конференция «Биоразнообразие и сохранение генофонда флоры, фауны и народонаселения центрально-азиатского региона» 11-15 сентября 2019. г.Кызыл.
|
|
| Цифровая медицина как современное направление фундаментальных онкологических исследований в России Ковалев С.С., Белоусова Ю.П., Хантемирова М.Р., Орлов Ю.Л. IV Межрегиональный фестиваль «Молодой профессионал Сибири» 17-18 сентября. 2019. г.Кызыл.
|
|
| Суперкомпьютерные вычисления для задач электронного здравоохранения Ю.Л.Орлов, С.С.Ковалев, А.И.Шадеркин, Н.Г.Орлова, Э.Н.Фартушный, Г.С.Лебедев. Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.
|
|
| Суперкомпьютерные методы компрессии и анализа сложности данных геномного секвенирования Дергилев А.И., Лузин А.Н., Жилицкий В.Е., Принглаева А.М., Панова А.Н., Орлов Ю.Л. Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.
|
|
| Вычислительные методы для транскриптомного профилирования и анализа данных высокопроизводительного секвенирования Ковалев С.С., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Белоусова Ю.П., Хантемирова М.Р., Орлов Ю.Л. Национальный Суперкомпьютерный Форум (НСКФ-2019), г. Переславль-Залесский, ИПС имени А.К. Айламазяна РАН, 26 – 29 ноября 2019 г.
|
|
| 3D genome modeling by Hi-C and ChIA-PET data Orlov Y. L., Dergilev A. I., Kovalev S. S., Babenko R. O., Li G. Марчуковские научные чтения - 2019
|
|
| Проблемы суперкомпьютерного моделирования в биоинформатике Орлов Ю.Л., Жилицкий В.Е., Ковалев С.С., Галиева А.Г., Лузин А.Н., Подколодный Н.Л. Марчуковские научные чтения - 2019
|
|
| Testing safety of genetically modified products of rice:case study on sprague dawley rats Mehrnoush S., Orlov Y.L., Eslami G., Hajimohammadi B., Ehrampoush M.H., Rezvani M.E., Fallahzadeh H., Zandi H., Hosseini S.S., Ahmadian S., Mortazavi S., Fallahi R., Asadi-Yousefabad S.L. PlantGen2019
|
|
| Software tool for analysis of possible aligner artefacts in sequencing Dergilev A.I., Naumenko F.M., Luzin A.N., Abnizova I.I., Orlov Y.L. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы 18-22 июня 2019, Санкт-Петербург
|
|
| Computer tools for spatial chromosome contacts analysis by ChIA-PET and HI-C data. Dergilev A.I., Luzin A.N., Kovalev S.S., Babenko R.O., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
|
|
| Statistical analysis, clusterization and visualization of genome distribution of transcription factor binding sites Dergilev A.I., Tsukanov A.V., Luzin A.N., Babenko R.O., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
|
|
| Dysregulation of postsynaptic translation in autism spectrum disorder: reconstruction of gene network associated with autism and mtor signaling. Rifonova E.A., Klimenko A.I., Saik O.V., Orlov Y.L., Lashin S.A., Ivanisenko V.A. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
|
|
| Database on alternative gene splicing in glioma cell cultures Kovalev S.S., Gubanova N.V., Lieberfarb E.Y., Galieva A.G., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
|
|
| Context complexity of sites containing single nucleotide polymorphisms in human genome Luzin A.N., Dergilev A.I., Tabikhanova Z.E., Safronova N.S., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
|
|
| Text complexity of genome sites containing single nucleotide polymorphisms Orlov Y.L., Galieva A.G., Luzin A.N., Zhilitsky V.E., Dergilev A.I. Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
|
|
| Clusters of transcription factor binding sites in plant genomes Dergilev A.I., Babenko R.O., Galieva A.G., Orlov Y.L. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2019)
|
|
| Урбанизация и доместикация Брагин А.О., Чадаева И.В., Суслов В.В., Орлов Ю.Л. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
|
|
| Разработка компьютерной базы данных альтернативного сплайсинга в глиомах Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Бабенко В.Н., Леберфарб Е.Ю. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
|
|
| MODELING OF ANTIOXIDANT SYSTEM OF A PLANT CELL IN CONTROL AND STRESS CONDITIONS Aleksandr V. Bobrovskikh, Alexey N. Kolodkin and Alexey V. Doroshkov DSABNS2019
|
|
| Изучение структуры и динамики антиоксидантной системы растений методами системной биологии Бобровских А. В., Дорошков А. В. МНСК-2019, г. Новосибирск
|
|
| Эволюционный анализ генных сетей абиотического стресса растений Лашин С.А., Мустафин З.С., Замятин В.И., Константинов Д.К., Дорошков А.В., Афонников Д.А. VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
|
|
| 2018 | Метод восстановления циклических пептидов из масс спектров. Фомин Э.С. “ПОСТГЕНОМ’2018” "В поисках моделей персонализированной медицины"
|
| Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018” В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ
|
|
| Hippocampal differentially expressed genes between tame and
aggressive foxes are included in pathways associated with stress,
behavior and adult neurogenesis Гербек Ю.Э., Генаев М.А., Васильев Г.В., Гулевич Р.Г., Шихевич С.Г., Шепелева Д.В., Афонников Д.А., Трут Л.Н. The 11th International Multiconference BGRS\SB-2018
|
|
| Gene Expression Related to Aggressive Behavior on Rat Model Чадаева И.В., Климова Н.В., Брагин А.О., Кожемякина Р.В., Шихевич С.Г., Орлов Ю.Л. BGRS 2018
|
|
| Method of reconstruction of a sequence of non-ribosomal peptides from mass spectra with noise. Fomin E.S. BGRS-2018
|
|
| Patterns and models of flowering of some Campanulaceae Juss. species. Фомин Э.С., Фомина Т.И. BGRS-2018
|
|
| Reconstruction of a Set of Points from the Noise Multiset of Pairwise Distances in n2 Steps for the Cyclic Sequencing Problem. Fomin E.S. BIATA-2018 Bioinformatics: from algorithms to applications.
|
|
| Leaf hairiness in wheat: genetic, evolutional and physiological aspects T. A. Pshenichnikova, A. V. Doroshkov, A. V. Simonov, M. A. Yudina, D. A. Afonnikov, M. D. Permyakova, A. V. Permyakov, S. V. Osipova, A. Börner 17th International EWAC Conference
|
|
| Expression of natural antisense transcripts in human genome Orlov Y.L. CLINICAL PROTEOMICS. POSTGENOME MEDICINE – 2017
|
|
| Влияние изменения режима аэрации на транскриптом и протеом S.cerevisiae А.С. Розанов, И.А. Мещерякова, С.В. Банникова, Д.Ю. Ощепков, Г.В. Васильев, С.Е. Пельтек Астана Биотех 2018
|
|
| Gene networks of human hearing impairments: reconstruction and analysis. Zamyatin V.I., Mustafin Z.S., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Posukh O.L., Lashin S.A. The Tenth International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2018).
|
|
| Genetic mechanisms of resistance to golden potato cyst nematode Globodera rostochiensis in Solanum phureja A.A. Egorova, N.A. Shmakov, S.V. Gerasimova, G.V. Vasilyev, N.V. Shatskaya, K.V. Strygina, D.A. Afonnikov, A.V. Kochetov Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” – BGRS\SB-2018
|
|
| Investigating genetic control of pigmentation in mutant barley lines with RNA-seq. BGRS, 2018 N.Shmakov, A.Glagoleva, A.Doroshkov, G.Vasiliev, N.Shatskaya, D.Afonnikov, E.Khlestkina BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium
|
|
| Анализ транскриптов, специфичных для линии картофеля, устойчивой к золотистой картофельной нематоде, из данных RNA-seq Н.А. Шмаков, А.Ю. Глаголева, К.В. Стрыгина, А.В. Егорова, Д.А. Афонников, А.В. Кочетов Теоретические основы и прикладные исследования в селекции и семеноводстве картофеля
|
|
| On evolutionary analysis of gene networks by the Orthoscape software Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin BGRS 2018
|
|
| Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy
metabolism disorders S.A. Lashin, Z.S. Mustafin, V.A. Manevich, D.A. Afonnikov, E.V. Ignatieva, Yu.G. Matushkin, V.V. Klimontov BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium
|
|
| Identification of genes, associated with black pigmentation of seeds in cereals, based on transcriptomic analysis. A.Yu. Glagoleva, N.A. Shmakov, O.Yu. Shoeva, G.V. Vasiliev, N.V. Shatskaya, A. Börner, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina The Tenth International Young Scientists School (SBB-2018)
|
|
| Изучение ответа микроорганизмов на нетермическое воздействие терагерцового излучения Банникова С.В., Мещерякова И.А., Тимофеева М., Демидова Е.В., Розанов А.С., Старостин К.В., Демидов Е.А., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. XIX Зимняя Школа ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии,
|
|
| Nonthermal impact of terahertz (THz) radiation on living systems S.E. Peltek, I.A. Meshcheryakova, T.N. Goryachkovskaya, E.V. Kiseleva, A.S. Rozanov, E.V. Demidova, K.V. Starostin, A.V. Bryanskaya, S.V. Sergeeva,P.S. Loshenova, D.Y. Oshchepkov, E.A. Demidov, G.L. Dianov, M.A. Logarkova, S.L. Kiselev, M. Timofeeva, N.A. Vinokurov, V.M. Popik, M.A. Scheglov 11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018
|
|
| Dynamics of S. cerevisiae proteomic and transcriptomic response to changes in aeration conditions A. Rozanov, I. Meshcheryakova, S. Bannikova, D. Oshchepkov, G. Vasiliev, S. Peltek 11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018
|
|
| The comparison of brain stem transcriptomes in rats from hypertensive ISIAH and normotensive WAG strains L.A.Fedoseeva, L.O.Klimov, N.I.Ershov, V.M.Efimov, A.L.Markel, Y.L.Orlov, O.E.Redina Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Computer analysis of alternative splicing events by RNA-seq data in brain cells V.N. Babenko, N.V. Gubanova, A.V. Tsukanov, S.S. Kovalev, A.O. Bragin,G.V. Vasiliev, Yu.L. Orlov Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Cell-free RNA studies in cancer based on T oligo-primed polymerase chain reaction (TOP-PCR) technology K.-P.Chiu, N.V. Gubanova, A.V. Tsukanov, S.S. Kovalev, Y.L. Orlov Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Alternative splicing in transcriptomes of glioma cell cultures N.V. Gubanova, A.O. Bragin, A.G. Bogomolov, S.S. Kovalev, Y.L. Orlov Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Bacterial Species Concept and Rampant Recombination of Wolbachia Genomes Yury Ilinsky, Yuri Vyatkin, Roman Bykov, Mary Yudina, Valentin Suslov Chromosome 2018 : International Conference.
|
|
| Opisthorchiidae triad: comparative genomics of the carcinogenic liver flukes using a draft genome of Opisthorchis felineus Viatcheslav A. Mordvinov, Nikita I. Ershov, Mariya Y. Pakharukova, Dmitry A. Afonnikov 14th International Congress of Parasitology (ICOPA)
|
|
| Кластеры генов, регулирующие ответные реакции на водный стресс я ядерном геноме Triticum aestivum L. Осипова С.В., Пшеничникова Т.А., Пермяков А.В., Пермякова М.Д., Рудиковская Е.Г., Дорошков А.В., Верхотуров В.В., Леонова И.Н., Лохвассер У., Бернер А. Механизмы регуляции функций органелл эукариотической клетки
|
|
| Роль хромосом второй гомеологической группы в засухоустойчивости пшеницы Triticum aestivum L. Осипова С.В., Пшеничникова Т.А., Пермяков А.В., Пермякова М.Д., Рудиковская Е.Г., Дорошков А.А., Леонова И.Н., Верхотуров В.В., Lohwasser U. Годичное собрание общества физиологов растений России "Механизмы устойчивости растений и микроорганизмов к неблагоприятным условиям среды"
|
|
| Кандидатные гены для регуляции активности липоксигеназы Пермякова М.Д., Осипова С.В., Пермяков А.В., Пшеничникова Т.А., Рудиковская Е.Г., Дорошков А.А., Леонова И.Н., Верхотуров В.В., Lohwasser U. Годичное собрание общества физиологов растений России "Механизмы устойчивости растений и микроорганизмов к неблагоприятным условиям среды"
|
|
| СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ МОРФОЛОГИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ ГРАНУЛ КРАХМАЛА S. tuberosum, ИЗ РАСТЕНИЙ, ВЫРАЩЕННЫХ В 2016/2017 ГОДАХ Эрст Татьяна Владимировна Дорошков Алексей Владимирович Хлесткин Вадим Камильевич Теоретические основы и прикладные исследования в селекции и семеноводстве картофеля
|
|
| A Systematic Approach for Dissecting the Mechanisms of EIN3-Dependent Regulation of Ethylene Response in Ara-bidopsis thaliana E.V. Zemlyanskaya, V.G. Levitsky The XI International Symposium on the Plant Hormone Ethylene (Ethylene 2018)
|
|
| Dissecting the mechanisms of EIN3-dependent regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana E.V. Zemlyanskaya, D.Y. Oshchepkov, V.V. Mironova, V.G. Levitsky The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)
|
|
| Exome-wide search and functional annotation of genes associated with severe forms of tick-borne encephalitis in Russians. N.S. Yudin, A.A. Yurchenko, M.I. Voevoda, E.V. Ignatieva SBioMed-2018
|
|
| A catalog of human genes and a gene network controlling feeding behavior and body weight. E.V. Ignatieva BGRS\SB-2018
|
|
| Genetic regulation of wheat plant development and architecture. Dobrovolskaya O.B., Dresvyannikova A.E., Popova K.I., Ponomarenko M.P., Orlov Yu.L., Krasnikov A.A., Martinek P. The 11th Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/System Biology: BGRS/SB'2018
|
|
| Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy metabolism disorders Lashin S.A., Mustafin Z.S., Manevich V.A., Afonnikov D.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V. Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium
|
|
| Discordant evolution of YUCCA family proteins demonstrated along sequence. I. Turnaev, K. Gunbin, V. Suslov, D. Afonnikov 11-ая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии — BGRS\SB-2018
|
|
| Homologous series and parallel evolution problem V. Suslov, M. Ponomarenko, D. Rasskazov BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)
|
|
| Analysis of genome size, CG content and characteristics of microorganisms’environment habitats V.V. Suslov, A.V. Tsukanov, Y.L. Orlov BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)
|
|
| Molecular evolution analysis of genetic network components related to plant trichome
development A.V. Doroshkov, D.K. Konstantinov, K. V. Gunbin, D. A. Afonnikov BGRS/SB 2018
|
|
| Ontology of homologous series V. Suslov BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)
|
|
| Statistical approaches for analysis of mapping quality for single-cell sequencing data Abnizova I.I., te Boekhorst R., Beka N., Naumenko F.M., Tsukanov A.V., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Systems biology approaches for analysis of dementia with Lewy bodies in mouse models Amstislavskaya T.G., Tikhonova M.A., Bai H., Orlov Y.L., Chen M. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| DNA methylation studies in plants based on sequencing technologies Arrigo P., Anashkina A.A., Esipova N.G., Dobrovolskaya O.B., Orlov Y.L Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Computer analysis of genes expression, involved in the serotonergic and dopaminergic systems work, in the ventral tegmental brain area of aggressive and non-agressive rats Bragin A.O., Markel A.L., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Roles of non-coding RNAs in stress response in plants Chen M., Wang J., Dobrovolskaya O.B., Babenko V.N., Orlov Y.L., Liu Y., Samarina L.S. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Computer studies of miRNA in abiotic stress response in plants Dobrovolskaya O.B., Spitsina A.M., Galieva A.G., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Orlov Y.L., Chen M. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Analysis of possible sequence aligner artefacts using novel read density distribution Naumenko F.M., Abnizova I.I., Beka N., Orlov Y.L. of Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Systems biology research at the SBB young scientists school series Orlov Y.L., Wong L., Tatarinova T.V., Hofestädt R., Kolchanov N.A. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Computer genomics of regulatory single nucleotide polymorphisms in neurodegenerative diseases based on metabolic pathways models Shanmughavel P., Sathishkumar R., Ponomarenko M.P., Khantemirova M.R., Tabikhanova L.E., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Bioinformatics tools for 3D chromosome contacts analysis Thierry O., Galieva A.G., Tsukanov A.V., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Extended clusters of transcription factor binding sites in embryonic stem cells Tsukanov A.V., Dergilev A.I., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Computer program for visualization of gene ontology results based on transcriptomics data Zaporozhchenko A.A., Galieva A.G., Orlov Y.L. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| Conclusion: international education programs and round table Orlov Y.L., Savostyanov A.N., Amstislavskaya T.G., Aftanas L.I. Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
|
|
| РАЗРАБОТКА МЕТОДИК ФЕНОТИПИРОВАНИЯ ДИКИХ ВИДОВ КАРТОФЕЛЯ КОЛОШИНА К.А., ИВАНОВА К.А., КОМЫШЕВ Е.Г., ГЕНАЕВ М.А., КОЧЕТОВ А.В., ГЕРАСИМОВА С.В. "ДЕНЬ ПОЛЯ" В РАМКАХ КПНИ ФАНО РОССИИ "РАЗВИТИЕ СЕЛЕКЦИИ И СЕМЕНОВОДСТВА КАРТОФЕЛЯ" И НАУЧНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ "ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ ОСНОВЫ И ПРИКЛАДНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ В СЕЛЕКЦИИ И СЕМЕНОВОДСТВЕ КАРТОФЕЛЯ"
|
|
| The overlapped motifs co-occurrence in ChIP-seq data. V.G. Levitsky,D.Y. Oshchepkov, E.V. Zemlyanskaya, V.V. Mironova, E.V. Ignatieva,O.A. Podkolodnaya, T.I. Merkulova The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)
|
|
| Применение системы редактирования
генома Cas9/gRNA для доместикации
картофеля de novo К.А. Иванова, С.В. Герасимова, А.А. Егорова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.В. Домрачев, К.А. Колошина, А.В. Кочетов, Е.К. Хлесткина Crispr-2018
|
|
| Genetic control of resistance to golden potato cyst nematode Globodera rostochiensis in potato plants Solanum phureja A.A.Egorova, N.A. Shmakov, S.V. Gerasimova, G.V. Vasilyev, N.V. Shatskaya, K.V. Strygina, D.A. Afonnikov, A.V. Kochetov "PLANT FUNCTIONING UNDER ENVIRONMENTAL STRESS" SEPTEMBER 12 - 15, 2018, CRACOW, POLAND.
|
|
| Программные средства для построения и анализа сложных моделей микробного метаболизма и микробных сообществ Лашин С.А, Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Афонников Д.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Школа-конференция «Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике»
|
|
| Bioinformatics study of genes expression in rat brain areas by RT-PCR and their role in behavior K.A. Tabanyuhov, I.V. Chadaeva, A.O. Bragin, Y.L. Orlov BGRS/SB 2018
|
|
| Using a mathematical modeling to access the abiotic stress response of plant antioxidant system Alexander V.}{Bobrovskikh, Alexey V. Doroshkov ECMTB 2018
|
|
| Using the mathematical modeling approach to access the behavior of plant antioxidant system under abiotic stress conditions A. Bobrovskikh, A. Doroshkov BGRS 2018
|
|
| Программные средства для комплексного анализа генных сетей С.А. Лашин, З.С. Мустафин, В.И. Замятин, Д.А. Афонников, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов V Международная конференция. «Постгеном 2018». В поисках моделей персонализированной медицины
|
|
| 2017 | GENE EXPRESSION ANALYSIS OF EGR1, GRIA2, MAPK1, BY qPCR IN BRAIN AREAS OF RATS SELECTED BY AGGRESSIVE BEHAVIOR Chadaeva I.V., Klimova N.V., Markel A.L., Vasiliev G.V. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
| Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| Достижение пика приспособленности при сложных ландшафтах в микробных сообществах в различных экологических условиях: результаты компьютерного моделирования С.А. Лашин, З.С. Мустафин, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| Комплексный анализ опушения листа, интрогрессированного в мягкую пшеницу из геномов сородичей Симонов Александр Владимирович, Юдина Мария Александровна, Дорошков Алексей Владимирович, Пшеничникова Татьяна Алексеевна III МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ «ГЕНОФОНД И СЕЛЕКЦИЯ РАСТЕНИЙ», ПОСВЯЩЕННАЯ 130-ЛЕТИЮ Н.И. ВАВИЛОВА (28.03. – 30.03.2017)
|
|
| Компьютерный анализ полногеномных данных указывает на роль типов хроматина в регуляции первичного ответа на этилен у Arabidopsis thaliana Землянская ЕВ, Левицкий ВГ, Ощепков ДЮ II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"
|
|
| ALTERNATIVE SPLICING, ISOFORMS AND ROLE OF GRIN1 GENE EXPRESSION IN BEHAVIOR OF RATS SELECTED BY AGGRESSIVE BEHAVIOR Babenko V.N., Bragin A.O., Chadaeva I.V. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORK RELATED TO AGGRESSIVE BEHAVIOR IN RATS USING TRANSCRIPTOME DATA O.V. Petrovskaya, I.V.Chadaeva, O.V. Saik, A.O. Bragin, E.S. Tyis БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| КАНДИДАТНЫЕ SNP-МАРКЕРЫ ТАТА БОКСОВ ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА ДЛЯ РЕПРОДУКТИВНОГО ПОТЕНЦИАЛА М. Пономаренко, И. Чадаева, Д. Рассказов, Е. Шарыпова, И. Драчкова, Е. Кашина, Л.К. Савинкова, П. Пономаренко, Л.В. Осадчук, А.В. Осадчук БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| Эндосимбионт Wolbachia в популяциях насекомых: горизонтальный перенос и рекомбинация штаммов Илинский Ю.Ю., Юдина М.А., Быков Р.А., Суслов В.В. Международная научная конференция «Генетика популяций: прогресс и перспективы», посвящённая 80-летию со дня рождения академика Ю. П. Алтухова и 45-летию лаборатории популяционной генетики ИОГен РАН
|
|
| Wheat leaf trichomes pattern formation: from image analysis to computational modeling U.S. Zubairova, A.V. Doroshkov 9th Young Scientists School "Systems Biology and Bioinformatics" (SBB-2017)
|
|
| Изучение механического поведения клеток в рамках клеточно-ориентированной модели роста листа пшеницы Зубаирова У.С., Николаев С.В., Пененко А.В., Подколодный Н.Л., Голушко С.К., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Девятая международная молодежная научная школа-конференция "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", посвященная 85-летию со дня рождения академика М.М. Лаврентьева
|
|
| Study on genetic control of early inflorescence development in bread wheat (T. aestivum) that determines inflorescence architecture and yield Dobrovolskaya O.B., Popova K.I., Orlov Yu.L., Krasnikov A.A., Martinek P. 4th International conference "Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology May 29- June 02, 2017
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН УARABIDOPSIS THALIANA НА ОСНОВАНИИ КОМПЬЮТЕРНОГО АНАЛИЗАПОЛНОГЕНОМНЫХ ДАННЫХ Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Миронова В.В. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА И ОСОБЕННОСТЕЙ НУКЛЕОТИДНОГО КОНТЕКСТА В РАЙОНЕ СВЯЗЫВАНИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА EIN3 В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН У ARABIDOPSIS THALIANA Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева
|
|
| ЗНАЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ КОЛЛЕКЦИЙ ДЛЯ РЕШЕНИЯ ЗАДАЧ ПРЯМОЙ И ОБРАТНОЙ ГЕНЕТИКИ РАСТЕНИЙ Хлесткина Е.К.*, Афонников Д.А., Бернер А., Быкова И.В., Васильев Г.В., Герасимова С.В., Глаголева А.Ю., Гордеева Е.И., Григорьев Ю.Н., Короткова А.М., Пшеничникова Т.А., Стрыгина К.В., Шацкая Н.В., Шмаков Н.А., Шоева О.Ю., Юдина Р.С. III МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ «ГЕНОФОНД И СЕЛЕКЦИЯ РАСТЕНИЙ», ПОСВЯЩЕННАЯ 130-ЛЕТИЮ Н.И. ВАВИЛОВА (28.03. – 30.03.2017)
|
|
| GENETICS AND OMICS APPROACHES TO BETTER UNDERSTANDING REGULATION OF METABOLI C PATHWAYS UNDERLYING PIGMENTATION IN WHEAT AND BARLEY O.Y. Shoeva, E.I. Gordeeva, N.A. Shmakov, K.V. Strygina, A.Y. Glagoleva, T.V. Kukoeva , N.V. Shatskaya , G.V. Vasiljev , A. Börner, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina* 4-ая международная научная конференция "Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений" (PlantGen2017)
|
|
| Тип хроматина влияет на нуклеосомную организацию ДНК в районе старта транскрипции В.Г. Левицкий, Ю.М. Мошкин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| Transcriptome analysis in laboratory animals Yuriy Orlov C3-B3 "Crops, Chips and Computers"
|
|
| THEORETICAL ANALYSIS OF THE NETWORK INTEGRATING HUMAN GENES INVOLVED IN RESPONSE TO TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS INFECTION Yudin N.S., Igoshin A.V., Ignatieva E.V. Беляевские чтения. Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| IDENTIFICATION OF GENES CONTROLLING BLACK PIGMENTATION IN CEREALS Glagoleva A.Y., Vasiliev G.V., Shatskaya N. V., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Shoeva O. Y., Börner A., Khlestkina E.K. 4th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen2017)
|
|
| RNAseq-BASED DECIFERING OF MOLECULAR MECHANISMS UNDERLYING TRAIT FORMATION: NON-ALTERNATIVE WAY IN CASE OF IMPEDED METABOLITE IDENTIFICATION Glagoleva A.Y., Shmakov N.A., Shoeva O. Y., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Börner A., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике" (HSG-2017)
|
|
| ИДЕНТИФИКАЦИЯ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С ЧЕРНОЙ ОКРАСКОЙ КОЛОСА У ЗЛАКОВ, НА ОСНОВЕ ТРАНСКРИПТОМНОГО АНАЛИЗА Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Шоева О.Ю., Васильев Г.В., Шацкая Н.В., Бернер А., Афонников Д.А., Хлесткина Е.К. IV Вавиловская международная конференция «Идеи Н. И. Вавилова в современном мире»
|
|
| The Genome of Opisthorchis felineus N. Ershov, M. Pomaznoy, D. Afonnikov, K. Gunbin, M. Genaev, K. Ustiantsev, M. Pakharukova, E. Prokhortchouk, A. Mazur, N. Chekanov, K. Skryabin, N. Kolchanov, et al., V. Mordvinov Asian Neglected Tropical Disease Conference 2017 (NTDASIA2017)
|
|
| Comparative transcriptomics of Opisthorchiidae liver flukes Ershov NI, Pakharukova MY, Afonnikov DA, Kovner A, Mordvinov VA Swiss TPH Winter Symposium 2017 Helminth Infection – from Transmission to Control, TOPIC WORKING GROUP MEETING
|
|
| MOBILE APPLICATION FOR HIGH THROUGHPUT GRAIN PHENOTYPING M. A. Genaev, E. G. Komyshev, D. A. Afonnikov 4th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen2017)
|
|
| Экспрессия генов, связанных с поведением, стрессом и фотопериодизмом, в дорзальном гиппокампе доместицируемых лисиц. Гербек Ю.Э., Генаев М.А., Васильев Г.В., Гулевич Р.Г., Шихевич С.Г., Шепелева Д.В., Афонников Д.А., Трут Л.Н. Международная конференция "Беляевские чтения".
|
|
| Expression of genes related with stress and behavioral regulation in dorsal hippocampus of the experimentally domesticated foxes. Herbeck Y, Genaev M, Vasiliev G, Gulevich R, Shikhevich S, Shepeleva D, Afonnikov D, Trut L. BNA international Festival of Neuroscience 2017
|
|
| Анализ альтернативного сплайсинга в глиомах с помощью секвенирования транскриптом Брагин А.О., Губанова Н.В., Ковалев С.С., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. Вторая Международная научно-практическая конференция «NGS в медицинской генетике 2017»
|
|
| Компьютерные оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании Васильев Г.В., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Галиева Э.Р., Орлов Ю.Л. Вторая Международная научно-практическая конференция «NGS в медицинской генетике 2017».
|
|
| The expression of GRIA1, CACNA2D3, POMC and MAPK1 genes and their role in aggressive behavior in rats Mazurina E.P., Tabanyuhov K.A., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Klimova N.V., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics: the Ninth International Young Scientists School SBB-2017
|
|
| Computer analysis of 3D chromosome contacts Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics: the Ninth International Young Scientists School SBB-2017
|
|
| Поиск вариантов генов, детерминирующих предрасположенность человека к тяжелым формам клещевого энцефалита Бархаш А.В., Юрченко А.А., Юдин Н.С., Игнатьева Е.В., Козлова И.В., Борищук И.А., Позднякова Л.Л., Воевода М.И., Ромащенко А.Г. Российская научная конференция, посвященная 80-летию открытия вируса клещевого энцефалита "Клещевой энцефалит и другие переносимые клещами инфекции"
|
|
| Рекомбинация эндосимбиотической бактерии Wolbachia и концепция вида у прокариот Илинский Ю.Ю., Суслов В.В., Быков Р.А., Юдина М.А., Юрлова Г.В. 3-я международная конференция «Современные проблемы биологической эволюции», посвященная 130-летию со дня рождения Н.И. Вавилова и 110-летию со дня основания Государственного Дарвиновского музея
|
|
| Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л. III Национальный Конгресс по Регенеративной Медицине
|
|
| Норма реакции в эволюции человека и антропоидов:
сравнительно-геномный анализ проксимальных
промоторов Гунбин К.В., Пономаренко М.П., Суслов В.В. 3-я международная конференция «Современные проблемы биологической эволюции», посвященная 130-летию со дня рождения Н.И. Вавилова и 110-летию со дня основания Государственного Дарвиновского музея
|
|
| ГОМОЛОГИЧЕСКИЕ РЯДЫ И ПРОБЛЕМА АДАПТАЦИИ Суслов В.В., Пономаренко М.П., Рассказов Д.А. 3-я международная конференция «Современные проблемы биологической эволюции», посвященная 130-летию со дня рождения Н.И. Вавилова и 110-летию со дня основания Государственного Дарвиновского музея
|
|
| Evolution of brain active gene promoters in human lineage towards the increased plasticity of gene regulation K.V.Gunbin, M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, F.Gusev, G.G. Fedonin, E.I. Rogaev Moscow Conference on Computational Molecular Biology' 2017 (MCCMB'2017)
|
|
| Reconstruction and analysis of the human protein-protein interaction network involved in response to tick-borne encephalitis virus infection Ignatieva E.V., Igoshin A.V., Yudin N.S. Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB’17)
|
|
| 2016 | Differential alternative splicing in brain tissues of rats selected by aggressive behavior Babenko V.N., Bragin A.O., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. BGRS 2016
|
| Использование NGS методов выявления функционально активных районов генома для поиска полиморфизмов, определяющих развитие патологий, на примере колоректального рака Е.Ю. Леберфарб, Л.О. Брызгалов, И.И.Брусенцов, Ю.Л. Орлов, Т.И. Меркулова NGS в медицинской генетике
|
|
| Clustering of CpG rich elements in gene dense region Babenko V. N., Chadaeva I., Orlov Y. L. Belgrade Bioinformatics Conference
|
|
| The molecular mechanisms of the heterochromatin expansion in the rye chromosomes Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV 21st International Chromosome Conference (ICC)
|
|
| Computer Analysis of RNA-seq Data of Laboratory Rats with Aggressive Behavior Anatoly O. Bragin*, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel SocBin Bioinformatics 2016
|
|
| RNA-SEQ DATA ANALYSIS OF RATS WITH AGGRESSIVE BEHAVIOR IN THREE BRAIN AREAS A.O. Bragin, A.L. Markel, V.N. Babenko, I.V. Chadaeva, E.S. Tiys, Y.L. Orlov BGRS-2016
|
|
| Computer simulation of the trichome patterning on growing wheat leaf taking into account the biomechanics of cells U.S. Zubairova, S.V. Nikolaev, A.V. Penenko, N.L. Podkolodnyy, S.K. Golushko, D.A. Afonnikov, and N.A. Kolchanov BGRS\SB-2016
|
|
| An ImageJ plugin for detection of wheat leaf epidermis cellular structure from confocal laser scanning microscopy U.S. Zubairova, P.Yu. Verman, and A.V. Doroshkov BGRS\SB-2016
|
|
| MOLECULAR EVOLUTION ANALYSIS OF RNA-BINDING NIP7 PROTEIN FROM DEEP- AND SHALLOW-WATER ARCHAEA K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov BGRS\SB-2016
|
|
| HIGH TEMPERATURE AND PRESSURE INFLUENCE ON INTERDOMAIN INTERFACE OF THE NIP7 PROTEINS FROM P.ABYSSI AND P.FURIOSUS: MD SIMULATION RESEARCH K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov BGRS\SB-2016
|
|
| Search for regulatory context signals in genomic DNA E.E.Vityaev, A.I.Dergilev, I.V.Chadaeva, Y.Y.Vaskin, A.M.Spitsina, E.V.Kulakova, O.V.Vishnevsky, Y.L.Orlov XVIII Международная научно-техническая конференция Нейроинформатика 2016
|
|
| Gene ontology analysis and network reconstruction for genes related to aging diseases and behavior I.V. Chadaeva, O.V. Saik, V.N. Babenko BGRS 2016
|
|
| Analysis of aggressive behavior by whole RNA sequencing in brain compartments V.N. Babenko, A.O. Bragin, I.V. Medvedeva, I.V. Chadaeva, A.I. Dergilev, A.M. Spitsyna, N.N. Kudriavtseva, A.L. Markel, Y.L. Orlov Нейроинформатика 2016
|
|
| Computer analysis of transcription factor binding sites clusters in genome Dergilev A.I., Svichkarev A.V., Chadaeva I.V., Abnizova I.I., Kulakova E.V., Subkhankulova T.N., Suslov V.V., Naumenko F.M., Vityaev E.E., Orlov Y.L. Нейроинформатика 2016
|
|
| Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of hereditary diseases predicted by a significant alteration in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, E.B. Sharypova, I.V. Chadaeva, P.M. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov BGRS\SB-2016: the International Satellite Symposium “Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2016"
|
|
| FINE ANALYSIS OF ChIP-SEQ DATA FOR EIN3 BINDING IN A. THALIANA L. REVEALS DIFFERENT LAYERS OF EIN3 REGULATION IN ETHYLENE SIGNALING Zemlyanskaya E.V., Oshchepkov D.Yu., Levitsky V.G. PGGFS-2016
|
|
| Distinct types of EIN3-DNA interactions in various functional regions of A. thaliana L. genome E.V. Zemlyanskaya, D.Yu. Oshchepkov, V.G. Levitsky BGRS\SB-2016
|
|
| Mechanics of plant cell unidirectional growth S.V. Nikolaev, S.K. Golushko, U.S. Zubairova, D.A. Afonnikov BGRS\SB-2016
|
|
| Study of motility of osteogenic cells in tissue engineering protocols N. Astakhova, S.V. Nikolaev, K.E. Orishchenko, A.V. Korel, U.S. Zubairova, I.A. Kirilova BGRS\SB-2016: the International Satellite Symposium “Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2016"
|
|
| A new algorithm to the reconstruction of a set of points from the multiset of n^2 pairwise distances in n^2 steps for the de novo sequencing problem Fomin E.S. SBBI-2016
|
|
| A new algorithm to the reconstruction of a set of points from the multiset of n 2 pairwise distances in n^2 steps for the de novo sequencing problem Fomin E.S. MM-HPC-BBB-2016
|
|
| СОЗДАНИЕ 3D ТКАНЕИНЖЕНЕРНОГО КОНСТРУКТА ДЛЯ РЕГЕНЕРАЦИИ КОСТИ В ТРАВМАТОЛОГИИ И ОРТОПЕДИИ Астахова Н.М., Корель А.В., Щелкунова Е.И., Николаев С.В., Орищенко К.Е., Кирилова И.А. Биомедицина-2016
|
|
| Study of osteogenic cells motility for tissue engineering protocols design. Astakhova N.M., Nikolaev S.V., Orishchenko K.E., Korel A.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A. SBIOMED-2016
|
|
| Альтернативный сплайсинг и дифференциальная экспрессия генов в тканях головного мозга крыс, селектированных по агрессивности Бабенко В.Н., Брагин А.О., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. III Международной научной конференции «Генетика и биотехнология XXI века: проблемы, достижения, перспективы»
|
|
| Identification of new candidate genes for elevated body mass index near GWAS SNPs using transcript annotations from Ensembl and HAVANA projects. Ignatieva E.V., V.G. Levitsky The Tenth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology BGRS/SB2016
|
|
| Analysis of Differential Gene expression by RNA-Seq data in Brain regions of Lab Animals Бабенко ВН, Орлов ЮЛ, Брагин АО, Кудрявцева НН Intergrative Bioinformatics
|
|
| Компьютерные оценки связи состава генома прокариот и среды обитания Суслов В.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. II Всероссийская конференция по астробиологии ЖИЗНЬ ВО ВСЕЛЕННОЙ: ФИЗИЧЕСКИЕ, ХИМИЧЕСКИЕ И БИОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ Пущино
|
|
| TATA-BOX AND GENE EXPRESSION NORM OF REACTION V.V. Suslov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov BGRS\SB-2016
|
|
| VAVILOV’S HOMOLOGOUS SERIES AS EVOLUTIONARY FORCE V.V. Suslov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov BGRS\SB-2016
|
|
| MOLECULAR EVOLUTION OF YUCCA PROTEIN FAMILY I.I. Turnaev, V.V. Suslov, K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov BGRS\SB-2016
|
|
| 2015 | Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна, Пономаренко Михаил Павлович, Аршинова Татьяна Валентиновна, Савинкова Людмила Кузьминична 7 съезд Российского общества медицинских генетиков
|
| GENETIC CONTROL OF WHEAT INFLORESCENCE DEVELOPMENT Dobrovolskaya O., Martinek P., Pont C., Amagai Y., Krasnikov A.A., Badaeva E.D., Adonina I.G., Orlov Y.L., Salina E.A., Watanabe N., Salse J. The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”
|
|
| THE STRUCTURAL ORGANIZATION OF THE REGIONS SPANNING 5S rRNA GENES LOCATED ON 5BS CHROMOSOME OF TRITICUM AESTIVUM L. Sergeeva E.M., Koltunova M., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Salina E.A. The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”
|
|
| SeedCounter – mobile application for grain phenotyping Комышев Е.Г., Генаев М.А, Афонников Д.А. Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk
|
|
| How symplastic mode of growth effects on cell mechanics in unidirectional growing plant tissue Zubairova U.S., Golushko S.K., Penenko A.V., Nikolaev S.V The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”
|
|
| Исследование чувствительности и параметрическая идентификация модели симпластного роста линейного листа Пененко А.В., Зубаирова У.С., Николаев С.В. Седьмая международная молодежная научная школа-конференция «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», посвященная 90-летию со дня рождения академика Гурия Ивановича Марчука
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ЯДЕРНОГО И МИТОХОНДРИАЛЬНОГО ГЕНОМОВ 3С МЕТОДАМИ Фишман В.С., Баттулин Н.Р., Миронова И.В., Помазной М.Ю., Афонников Д.А., Мазур А.М., Хабарова А.А., Прохорчук Е.Б., Серов О.Л. Международная конференция «Хромосома» 2015
|
|
| Molecular and Genetic Structure of Polytene Chromosome Banding Pattern in Drosophila melanogaster Tatyana Zykova (Vatolina), Darya Demidova, Victor Levitsky, Varvara Khoroshko, Elena Belyaeva, Igor Zhimulev Annual International Conference on Biology
|
|
| CTCF binding sites and gene expression analysis in genome scale by sequencing data Kulakova E.V., Spitsina A.M., Safronova N.S., Svichkarev A.V., Dergilev A.I., Ponomarenko M.P., Babenko V.N., Hong P., Li G., Orlov Y.L. 7th International Young Scientists School “Systems biology and bioinformatics” SBB-2015
|
|
| Computer analysis of natural antisense transcripts in eukaryotic genomes Spitsina A.M., Safronova N.S., Kulakova E.V., Dergilev A.I., Li Q.L., Wang J.J., Chen D.J., Yuan C.H., Ponomarenko M.P., Afonnikov D.A., Orlov Y.L., Chen M. 7th International Young Scientists School “Systems biology and bioinformatics” SBB-2015
|
|
| Integrative analysis of antisense transcripts in plants Orlov Y.L., Dobrovolskaya O., Babenko V.N., Safronova N.S., Chen M. The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology” PlantGen 2015
|
|
| Analysis of gene location relative to chromosome loops and topological chromosome domains by ChIA-PET and Hi-C Orlov Y.L., Kulakova E.V., Spitsina A.M., Svichkarev A.V., Babenko V.N., Li G. 3D Genome Workshop
|
|
| Differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals with aggressive and tolerant behaviors Anatoly O. Bragin, Natalia N. Kudryavtseva, Arcady L. Markel, Yuriy L. Orlov, Ekaterina V. Kulakova, Anastasia M. Spitsina MCCMB-15
|
|
| Statistical analysis of chromosome contacts by ChIA-PET and Hi-C technologies Orlov Y.L., Kulakova E., Spitsina A., Babenko V. Future of Biomedicine 2015 Conference
|
|
| Computer Tools for Gene Expression Data Processing and Correlation Analysis Babenko V.N., Orlov Y. L., Spitsyina A. M. Podkolodnaya N. Computational systems biology and bioinformatics (CSBio 2015)
|
|
| Rare amino acid changes fixation drives divergence in Metazoa evolution Konstantin Gunbin, Valentin Suslov, Yuri Orlov Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15)
|
|
| Cтатистически редкие неравномерно распределенные по ветвям филогене-тического дерева аминокислотные замены связаны с ключевыми события-ми в эволюции многоклеточных животных Гунбин Константин Владимирович Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
|
|
| Functional characterization of genes controlling mature mammalian adipocyte network. Elena V. Ignatieva Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB 2015
|
|
| Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»
|
|
| Gene Expression Analysis in Brain Areas of Laboratory Rats with Aggressive Behavior by RNA-seq Data Anatoly O. Bragin, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel CSBio’2015
|
|
| Monosomic analysis of leaf hairiness in isogenic lines of bread wheat Novosibirskaya 67 A. V. Doroshkov, D. A. Afonnikov, T. A. Pshenichnikova, A. V. Simonov EWAC – The European Cereals Genetics Co-operative EUCARPIA Cereals Section International Conference
|
|
| Stress as a theory of life Suslov V.V. “The Origin of Life”. Höör, Sweden, 8- 10 May 2015
|
|
| МАЛЫЕ ПОПУЛЯЦИИ, ОБРАЗОВАНИЕ И ЦЕЛОСТНОСТЬ ВИДА Суслов В.В. Структура вида у млекопитающих
|
|
| CONSERVATIVE FULCRUM FOR EVOLUTION PROGRESS K.V. Gunbin, V.V. Suslov, M.A. Genaev, E.G. Komyshev IV МЕЖДУНАРОДНАЯ Конференция, посвященная Н.В.Тимофееву-Ресовскому “Современные проблемы генетики, радиобиологии, радиоэкологии и эволюции
|
|
| TATA-BOX AS GENOME WIDE VARIABILITY VARIATOR M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, K.V. Gunbin, P.M. Ponomarenko, O.V. Vishnevsky, N.A. Kolchanov IV международная Конференция, посвященная Н.В.Тимофееву-Ресовскому “Современные проблемы генетики, радиобиологии, радиоэкологии и эволюции”
|
|
| To small populations: access granted yet denied? Suslov V.V. IV международная Конференция, посвященная Н.В.Тимофееву-Ресовскому “Современные проблемы генетики, радиобиологии, радиоэкологии и эволюции”
|
|
| 2014 | The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
|
| Идентификация микроРНК генов плоских червей семейства Opisthorchiidae В.Ю. Овчинников, Д.А. Афонников, Г.В. Васильев, Е.В. Кашина, B. Sripa, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин Международная конференция молодых ученых биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов
|
|
| Variation of elongation efficiency index of Archaea genes during evolution В.С. Соколов, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин BGRS\SB-2014
|
|
| L-MOLKERN software allowing for polarization effects in free energy calculation E.S. Fomin, N.A. Alemasov BGRS/SB-2014
|
|
| An empirical equilibrium equation of a gene response to auxin in plants allows to predict quantitatively the auxin response P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko BGRS/SB-2014
|
|
| Проблемы эволюции путем горизонтального переноса генов Клименко А.И., Лашин С.А., Суслов В.В. Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле
|
|
| ЦЕЛЕПОЛАГАНИЕ В ПОВЕДЕНИИ И ЭВОЛЮЦИИ СУСЛОВ В.В. Нейроинформатика – 2014
|
|
| Оптимизация стресса и ароморфная эволюция IV: целеполагание в поведении и эволюции Суслов В.В. XXVIII Любищевские чтения
|
|
| Оптимизация стресса и ароморфная эволюция V: красота и стресс: возможный подход к дарвиновскому объяснению эпифеномена красоты Суслов В.В. XXVIII Любищевские чтения
|
|
| АРОМОРФОЗ И НЕСПЕЦИФИЧЕСКАЯ АДАПТИВНОСТЬ В.В. Суслов VI СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ (ВОГиС)
|
|
| FORWARD-TIME SIMULATION OF EVOLUTIONARY PROCESSES IN ANCIENT POPULATIONS USING THE DIPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR Lashin S.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. BGRS-2014
|
|
| EVOLUTION OF MODERN HUMAN AND RECOMBINATION OF MEMES Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Gunbin K.V. BGRS-2014
|
|
| THE GENOMIC TEXT CHARACTERISTICS AND GC CONTENT ARE RELATED TO THE BACTERIAL GENOME EVOLUTION Suslov V.V., Safronova N.S., Orlov Y.L., Afonnikov D.A. BGRS-2014
|
|
| INVASION, ADAPTATION AND EVOLUTION: WHEN ALL OUT OF SYNC Suslov V.V. BGRS-2014
|
|
| ONTOLOGY OF PREVENTIVE ADAPTATIONS Suslov V.V. BGRS-2014
|
|
| BALDWIN EFFECT AS EVOLUTION SILENCER Suslov V.V. BGRS-2014
|
|
| INDIRECT SELECTION AS INVASION SILENCER Suslov V.V. BGRS-2014
|
|
| INVASION, ADAPTATION AND EVOLUTION: HOW TO RECONCILE Suslov V.V. BGRS-2014
|
|
| Основное противоречие адаптации и пути его разрешения В.В. Суслов Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле 2014, п. Листвянка (Иркутская область)
|
|
| Сложность геномов и эволюция прокариот Н.С. Сафронова, Ю.Л. Орлов, В.В. Суслов Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле
|
|
| Computational investigation of high presuure and temperature influence on Archaea Pyrococcus genus Nip7 protein structure Medvedev K.E., Afonnikov D.A. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
|
|
| NETINFERENCE: the computer tools for analysis and visualization of network structure, dynamics and evolution Titov I.I., Blinov A.A., Rudnichenko K.A., Krutov P.V., Kazantsev A.L., Kulikov A.I. International Conference "Mathematical Modelling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology"
|
|
| Control of the miRNA pathways by the secondary structure and its account in the prediction tools Vorozheykin P.S., Titov I.I. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)
|
|
| Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| KINET 1.0 - a new web database on kinetics data and parameters for E.coli metabolic pathways Ermak T.V., Akberdin I.R., Timonov V.S., Mischenko E.L., Oshchepkova E.A., Perfilyeva O.A., Smirnova O.G., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| Database of quantitative characters of processes in embryonic stem cells Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Akberdin I.R., Ermak T.V., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| The Сompilation of Human Gene Networks Controlling Feeding Behavior and Thermoregulation E.V. Ignatieva, O.V.Saik, O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, P.S. Demenkov, E.S. Tiys, E.A. Oshchepkova, E.A. Ananko, N.V. Ivanisenko, O.V. Popik, N.L. Podkolodny, V.A. Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, E.I. Rogaev The first international scientific conference "Science of the Future"
|
|
| DIOXIN-MEDIATED REGULATION OF GENES INVOLVED IN CYTOKINES PRODUCTION BY MACROPHAGES E.V. Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, A.G. Shilov, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov BGRS\SB-2014
|
|
| Reconstruction of Sequence from Its Circular Partial Sums for Cyclopeptide Sequencing Problem Фомин Э.С. BGRS\SB-2014
|
|
| Computer study of gene expression related to agressive and tolerant behaviors on laboratory animals. Orlov Y.L., Spitsina A.M., Medvedeva I.V., Bragin A.O., Anikeev A.V., Galyamina A.G., Kozhemyakina R.V., Safronova N.S., Kovalenko I.L., Konoshenko M.I., Moreva T.A., Kudryavtseva N.N., Markel A.L. BGRS/SB-2014
|
|
| The structural organization and evolution of 5S rDNA of wheat 5BS chromosome by data of partial sequencing Sergeeva E.M., Koltunova M.K., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V., Salina E.A. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
|
|
| A simple mechanical cell-based model for symplastic growth of linear leaf blade Zubairova U., Nikolaev S.V. BGRS/SB-2014
|
|
| A model of trichome spacing pattern formation on growing wheat leaf Zubairova U., Nikolaev S.V., Doroshkov A., Afonnikov D. BGRS/SB-2014
|
|
| A structural mechanics model for atomic force microscopy-based indentation test of epidermal plant cells Nikolaev S.V., Golushko S.K. BGRS\SB-2014
|
|
| Генетическое разнообразие опушения листа мягкой пшеницы: описание методом высокопроизводительного фенотипирования Дорошков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы
|
|
| Functional characteristics of human genes containing low level of promoter polymorphism revealed from the 1000 genomes project dataset. Ignatieva E.V., V.G. Levitsky, N.A. Kolchanov The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)
|
|
| The knowledge base on molecular genetics mechanisms controlling human lipid metabolism Ignatieva E.V. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)
|
|
| Controlled vocabularies and information tables for the knowledge base on epigenetic control of human embryonic stem cells Ignatieva E.V. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)
|
|
| The compellation of human genes controlling feeding behavior or associated with body mass index and its functional and genomic characteristics Ignatieva E.V. International Symposium “Human Genetics” (ISHG-2014)
|
|
| Genetic dissection of the inflorescence branching trait in diploid, tetraploid and hexaploid wheats Dobrovolskaya O., Amagai Y., Pont C., Martinek P., Krasnikov A.A., Orlov Y.L., Salina E.F., Salse J., Watanabe N. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
|
|
| Интеграция геномных и транскриптомных данных о хромосомных контактах в геноме человека, полученных по методу ChIA-PET // Сборник трудов IV международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» Постгеном-2014, 29 октября – 1 ноября 2014, г.Казань. Издательство Казанского (Приволжского) Федерального Университета (ISBN 987-5-00019-293-1) S05-24, С.150. Орлов Ю.Л., Кулакова Е.В, Спицина А.М., Дергилев А.И., Свичкарев А.В., Афонников Д.А., Чен М., Ли Г., Руан Й., Колчанов Н.А. Постгеном-2014 «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
|
|
| Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Национальный Суперкомпьютерный форум-2014 (НСКФ-2014)
|
|
| 2013 | Computational and experimental analysis of miRNA genes of Opisthorchiidae family liver flukes Овчинников Владимир Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Катохин Алексей Вадимович, Кашина Елена Валентиновна, Мордвинов Вячеслав Алексеевич MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
|
| Computational and experimental analysis of miRNA genes of Opisthorchiidae family liver flukes Овчинников Владимир Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Катохин Алексей Вадимович, Кашина Елена Валентиновна, Мордвинов Вячеслав Алексеевич International Conference ” High-Throughput Sequencing in Genomics”
|
|
| Компьютерная технология фенотипирования пшеницы. Афонников Д.А., Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Тарасова И.А., Морозова Е.В. , Симонов А.В. Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», 19-22 марта 2013
|
|
| L-MOLKERN software for capturing polarization effects in free energy calculations Fomin E.S., Alemasov N.A. VII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”
|
|
| МЕТОД СВЯЗАННЫХ ЯЧЕЕК С СОРТИРОВКОЙ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ДЛЯ ВЕКТОРИЗОВАННЫХ РАСЧЕТОВ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕ Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Second International Conference Cluster Computing 'CC 2013'
|
|
| MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION ANALYSIS OF INFLUENCE OF HIGH TEMPERATURE AND HIGH PRESSURE ON THE NIP7 PROTEINS FROM THE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA Medvedev K.E., Afonnikov D.A., Vorobjev Y.N Systems Bioligy & Bioinformatics 2013
|
|
| Оценка времени дивергенции и популяционной динамики в роде Pisum L. при помощи генов гистона Н1. Зайцева О.О., Гунбин К.В., Костерин О.Э. Конференция ВОГиС «Проблемы генетики и селекции»
|
|
| Биоинформационный анализ экспрессии генов в клетках мозга Орлов Ю.Л., Вишневский О.В., Витяев Е.Е., Кожевникова О.С., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. «Нейроинформатика-2013», XV Всероссийская научно-техническая конференция
|
|
| Computational analysis of gene expression data on age-related diseases using rat models Orlov Y.L., Kozhevnikova O.S., Afonnikov D.A., Kolosova N.G. 8th European Congress of Biogerontology
|
|
| Computer analysis of gene expression in brain tumor cells using next generation sequencing Y. L. Orlov, N. L. Podkolodnyy, G. Li, N. S. Safronova, D. A. Afonnikov, Y. Ruan 21-й Международный Конгресс Геномики HGM-ICG-2013
|
|
| Computer analysis of transcription factor binding sites in genome scale based on ChIP-seq data Yuriy L. Orlov, Vladimir A. Ivanisenko, Alexey V. Kochetov, Nikolay A. Kolchanov German-Russian Forum Biotechnology, Rostock 2013
|
|
| КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ СЕКВЕНИРОВАНИЯ И ХРОМАТИН-ИММУНОПРЕЦИПИТАЦИИ ChIP-seq Орлов Ю.Л. Конференция ВОГиС «Проблемы генетики и селекции»
|
|
| «Computer databases for genome data analysis» Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013
|
|
| 3D organization of chromosomes mediated by RNAPII complex contacts in human genome Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov, N.R. Battulin, O.L. Serov, N.A. Kolchanov, Guoliang Li, Yijun Ruan MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
|
|
| Разработка системы создания web-сервисов и конвейеров для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики Комышев Евгений Геннадьевич мнск 2013 г. новосибирск
|
|
| Generation of web services – the unification of access to bioinformatics resources Комышев Евгений Геннадьевич Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013
|
|
| Influence of high temperature and high pressure on the Nip7 proteins from the hyperthermophilic archaea P. abyssi and P. furiosus: molecular dynamics simulation analysis K.E. Medvedev, K.V. Gunbin, Y.N. Vorobjev, D.A. Afonnikov MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
|
|
| INTENSIVE RECOMBINATIONS HAVE LED TO TANDEM REPEAT EXPANSION AND ENLARGEMENT OF RYE SUBTELOMERIC HETEROCHROMATIN VERSHININ A.V., EVTUSHENKO E.V., ELISAFENKO A.E., GUNBIN K., LEVITSKY V.G. The 19th International Chromosome Conference
|
|
| Анализ ISBP маркеров пшеницы, полученных на основе пиросеквенирования короткого плеча 5В хромосомы Triticum aestivum L. Л.Л. Бильданова, М.К. Колтунова, Е.М. Тимонова, Д.А. Афонников, Е.А. Салина Конференция ВОГиС "Проблемы генетики и селекции"
|
|
| Comparative analysis of the long and short arms of bread wheat 5B chromosome by data of low coverage 454-sequencing Sergeeva E., Afonnikov D., Koltunova M., Gusev V., Miroshnichenko L., Poncet C., Sourdille P., Feuillet C., Salina E. The 12th International Wheat Genome Symposium
|
|
| Applications of text complexity measures to genome sequences analysis N.S. Safronova, E.V. Kulakova, Yu.L. Orlov Genome Informatics Workshop (GIW-2013)
|
|
| The gene flow between ancient and modern humans: how often the hybridization occurred and what are population consequences? K.V. Gunbin, S.A. Lashin Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
|
|
| Human brain origin and the evolution of ТАТА-boxes of protein-coding genes expressed in brain. K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, D.A. Afonnikov Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
|
|
| Metazoa evolution: the relation between molecular evolution of orthologous protein groups and aromorphoses K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
|
|
| АРОМОРФОЗЫ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭВОЛЮЦИЯ: ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ НА ПРИМЕРЕ МНОГОКЛЕТОЧНЫХ ЖИВОТНЫХ К.В. Гунбин, Д.А. Афонников Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции
|
|
| ПРОИСХОЖДЕНИЕ МОЗГА ЧЕЛОВЕКА И ЭВОЛЮЦИЯ ТАТА-БОКСОВ БЕЛОК-КОДИРУЮЩИХ ГЕНОВ К.В. Гунбин, М.П. Пономаренко Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции
|
|
| ТАТА Box as molecular markers of Human origin and evolution Nikolay Kolchanov, Konstantin Gunbin Federation of European Biochemical Societies CONGRESS 2013 “Mechanisms in Biology”
|
|
| Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. Kashina E.V., Oshchepkov D.Y., Antontseva E.V., Oshchepkova E.A., Shamanina M.Y., Furman D.P., Mordvinov V.A. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”
|
|
| 2012 | Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data Yuriy Orlov BIOTEC Forum "Bioinformatics and Computational Biology"
|
| Реконструкция процессов антропогенеза: анализ геномов представителей древнего и современного населения Сибири Колчанов Н.А., Мордвинов В.А., Афонников Д.А., Гунбин К.В., Пилипенко А.С., Молодин В.И., Деревянко А.П. Мега-структура евразийского мира: основные этапы сложения
|
|
| WHOLE GENOME ANALYSIS OF THE DEVELOPMENT GENES REGULATED BY TRANSCRIPTION FACTORS IN MICE AND D. RERIO USING THE CHIP-SEQ TECHNOLOGY Orlov Yu., Ershov N., Vinata S., Kondrikhin I., Matavan I., Afonnikov D., Kolchanov N. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).
|
|
| Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE - сайтов, обнаруженных в промоторах IL12A, IL12B и IL4 генов человека. Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Лопатникова Ю.А., Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
|
|
| Влияние родительского генотипа на способность к социальному доминированию у самцов лабораторных мышей Чадаева И.В., Осадчук А.В. Актуальные проблемы современной териологии
|
|
| ДНК-микрочип для исследования механизмов развития у крыс OXYS ретинопатии, аналогичной возрастной макулярной дегенерации у людей Кожевникова О.С., Корболина Е.Е., Орлов Ю.Л., Стефанова Н.А., Муралева Н.А., Швалов А.А., Колосова Н.Г. Фундаментальные науки – медицине
|
|
| Modeling and analysis of dynamics of the gene networks: automatic generation and storage in a new database Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Ree N.A., Timonov V.S., Oshchepkova E.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Likhoshvai V.A. Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"
|
|
| Computer analysis of 3D chromosome contacts mediated by RNA Pol II in human Yuriy L. Orlov, Guoliang Li, Kuljeet S. Sandhu, Melissa J. Fullwood, Dmitriy A. Afonnikov, Chialin Wei, Oleg L. Serov, Nikolay A. Kolchanov, Yijun Ruan Международный симпозиум «SysPatho-Системная биология и медицина»
|
|
| Integrative analysis of antisense transcripts and miRNA targets in plant genomes Y.L. Orlov, O. Dobrovolskaya, Y. Meng, D.A. Afonnikov, M. Chen, Y. Zhu The 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology” PlantGen 2012
|
|
| CHARACTERIZATION OF THE WFZP HOMOEOLOGOUS GENES IN BREAD WHEAT Dobrovolskaya O.B., Pont C., Martinek P., Orlov Yu.L., Popova O.M., Laikova L.I., Salse J., Salina E.A. The 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology” PlantGen 2012
|
|
| Protein thermal stability study using NAMD on high-performance cluster N.A. Alemasov, E.S. Fomin 8th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2012)
|
|
| HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
|
|
| Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Sacharromyces cereviciae and Schizosaccharomyces_pombe Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L., Likhoshvai V.A. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
|
|
| 3D CHROMOSOME CONTACTS AND CHROMATIN INTERACTIONS REVEALED BY SEQUENCING Y.L. Orlov, G. Li, R. Auerbach, K.S. Sandhu, X. Ruan, M.J. Fullwood, N.L. Podkolodnyy, D.A. Afonnikov, E. Liu, C.L. Wei, M. Snyder, Y. Ruan The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
|
|
| Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng 2012 International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB2012), Hangzhou, China
|
|
| CONTEXTUAL DNA FEATURES SIGNIFICANT FOR THE DNA DAMAGE BY THE 193 NM ULTRAVIOLET LASER BEAM N.N. Vtyurina, S.L. Grokhovsky, A.B. Vasiliev, I.I. Titov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, S.E. Peltek, Yu.D. Nechipurenko, N.A. Kolchanov 8th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB
|
|
| ORGANIZATION, EVOLUTION, STRUCTURE AND COMPUTATIONAL PREDICTION OF HUMAN miRNAS P. Vorozheykin, I. Titov 8th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB
|
|
| MOLECULAR EVOLUTION OF PROTEINS BELONGING TO AUXIN BIOSYNTHESIS GENE NETWORK IN PLANTS Turnaev I.A., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
|
|
| ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL AND POSTTRANSCRIPTIONAL REGULATION OF AUXIN CARRIER AtPIN1 Chernova V.V., Ermakov A.A., Doroshkov A.V., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V. VIII Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012)
|
|
| MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION OF NIP7 PROTEINS FROM HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA AT HIGH TEMPERATURE AND PRESSURE K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov, Y.N. Vorobjev BGRS/SB’2012, Novosibirsk
|
|
| THE MODEL FOR AUXIN REGULATED AtPIN1 EXPRESSION IN THE ROOT APICAL MERISTEM А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, С.С. Сангаев, Н.А. Омельянчук, А.В. Кочетов, В.В. Миронова The 2nd International Conference "Plant Genetics, Genomics and Biotechnology"
|
|
| Towards an analysis of the structure of the short arm of 5B chromosome of the bread wheat Triticum aestivum L. Е.M. Sergeeva, D.A. Afonnikov, L.L. Bildanova, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
|
|
| Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода связанных ячеек с сортировкой взаимодействий в молекулярной динамике. Фомин Э.С. Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ’2012)
|
|
| Recognition of NFAT5 binding sites. Ananko E.A., Levitsky V.G., Efimov V.M., Afonnikov D.A. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)
|
|
| Distributed RESTFUL-WEB-services for the recognition and analysis of gene networks. Podkolodnyy N.L., Semenychev A.V., Borovsky V.G., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya N.N. Podkolodnaya O.A. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)
|
|
| TrDB: a database of the human, mouse, and rat transcriptional regulators and its potential applications in systems biology. E.V. Ignatieva The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
|
|
| In silico reconstruction of multi-protein complex interacting with the common regulatory regions in the human CYP1A1/1A2 intergenic sequence. E.V. Ignatieva E.V. Kashina, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
|
|
| Application of the ANDVisio computer system to the interpretation of biological functions of proteins, differentially expressed in bronchoalveolar lavage of mice after a one-time intranasal administration of SiO2 nanoparticles. E.V. Ignatieva, V.A. Ivanisenko, E.S. Tiys, P.S. Demenkov, M.P. Moshkin, S.E. Peltek. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
|
|
| Analysis of SNP distribution and inter-SNP distance in the human genome E.V. Ignatieva, V.G. Levitsky, N.S. Yudin The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
|
|
| PEFF DB: the web-available database of Protein Evolutional and Functional Features K.V. Gunbin, M.A. Genaev, D.A. Afonnikov III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| Important role of the miRNA changes in the Homo neanderthalensis and Homo denisova evolution K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, A.P. Derevyanko III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of proteincoding genes expressed in brain K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, D.A. Afonnikov, N.A Kolchanov III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| The enigmatic nature of the relation between TBP/TATA-affinity and the reaction norm of gene expression P.M. Ponomarenko, V.V. Suslov, O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| Simple, robust and sensitive method for detection of positive selection events D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| The molecular evolution of GTF2I protein repeats and GTF2I protein globule K.V. Gunbin, A.O. Ruvinsky III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
|
|
| IMPORTANT ROLE OF THE miRNA CHANGES IN THE HOMO NEANDERTHALENSIS AND HOMO DENISOVA EVOLUTION K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, A.P. Derevyanko EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY BGRS\SB’12
|
|
| A single nucleotide polymorphism in the promoter region of the mink tumor necrosis factor-alpha gene. Yudin N.S., Aitnazarov R.B., Kulikov I.V., Ignatieva E.V., Trapezov O.V. X International Scientific Congress in Fur Animal Production.
|
|
| ISBP МАРКЕРЫ – НОВЫЙ ТИП МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАРКЕРОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Л.Л. Бильданова, М.К. Колтунова, Д.А. Афонников, П. Сурдий, С. Фойе, Е.А. Салина III Вавиловская международная конференция " Идеи Н.И. Вавилова в современном мире "
|
|
| The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina. The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology»
|
|
| Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of protein-coding genes expressed in brain. Kolchanov N.A., Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Derevyanko A.P. SysPatho Workshop “SYSTEMS BIOLOGY AND MEDICINE”
|
|
| Molecular evolution of proteins belonging to auxin biosynthesis gene network in plants Turnaev I.I., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelianchuk N.A., Afonnikov D.A. Molecular Phylogenetics, Contributions to the 3rd Moskow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-3)
|
|
| Dioxin in regulation of genes involved in cytokinine synthesis by macrophages: a possible pathway underlying dioxin immunotoxicity and cancer. D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, E.V. Kashina, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov. SysPatho workshop «Systems biology and medicine»
|
|
| Eliciting the role of dioxin in regulation of the genes involved in cytokines synthesis by macrophages. D.Y. Oshchepkov, E.V. Kashina, E.A. Oshchepkova, E.V. Antontseva, M.Yu. Shamanina, D.P. Furman, V.A. Mordvinov. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology,
|
|
| Исследование влияния высокого давления и высокой температуры на структуру белка Nip7 архей рода Pyrococcus методами молекулярной динамики Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. ICMBB-2012
|
|
| Исследование регуляторных районов PIN1 гена Arabidopsis thaliana L. (Study of PIN1 regulatory regions in Arabidopsis thaliana L. А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, И.В. Миронова, С.С. Сангаев, А.В. Кочетов, В.В. Миронова II (X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге, 11-16 ноября 2012 года
|
|
| Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А. XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)
|
|
| Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Боровский В.Г., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А. XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)
|
|
| НЕСПЕЦИФИЧЕСКАЯ АДАПТИВНОСТЬ И ВОЗНИКНОВЕНИЕ ЖИЗНИ Суслов В.В. 1-ая Всероссийская научная школа-конференция по Астробиологии «Астробиология: от происхождения жизни на Земле к жизни во Вселенной» Памяти Давида Гиличинского.
|
|
| Stress and homeomorphy of adaptation mechanisms. Suslov V.V. BGRS’2012
|
|
| Oligonucleotide frequencies and CG-content of bacterial genomes are related to the environment evolution Safronova N.S., Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K., Orlov Y.L. BGRS’2012
|
|
| Osborn Law of adaptive radiation as a background of aromorphoses Suslov V.V. BGRS’2012
|
|
| Tender for a ecological niche as condition of the aro(allo)morphoses Suslov V.V. BGRS’2012
|
|
| THE PRINCIPLE OF ADVANCED EVOLUTION OF SERVICE INFRASTRUCTURE Suslov V.V. АДАПТАЦИОННЫЕ СТРАТЕГИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ
|
|
| PAR FORCE EVOLUTION AS A MECHANISM OF RAPID ADAPTATION Suslov V.V. АДАПТАЦИОННЫЕ СТРАТЕГИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ
|
|
| IS INADAPTATION A FAILURE ALWAYS? Suslov V.V. АДАПТАЦИОННЫЕ СТРАТЕГИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ
|
|
| Выявление роли ксенобиотиков в регуляции генов, вовлеченных в синтез цитокинов макрофагами. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).
|
|
| Expressed Sequence Tag Analysis of Adult Opisthorchis felineus M. Yu. Pomaznoy, S. I. Tat’kov, D. A. Afonnikov, D. P. Furman, P. A. Belavin, A. M. Nayakshin, S. V. Gusel’nikov, G. V. Vasil’ev, A. Yu. Sivkov, A. V. Katokhin, and V. A. Mordvinov BREW 2012: Bioinformatics Research and Education Workshop
|
|
| The study on structural-functional organization of the genes that control inflorescence development in bread wheat (T. aestivum l.) And its close relatives on an example of the WFZP gene Добровольская О.Б., Сальс Ж., Попова О.М.,Орлов Ю.Л., Мартинек П., Лайкова Л.И., Салина Е.А. III Вавиловская международная конференция «Идеи Н.И. Вавилова в современном мире»
|
|
| Аnalysis of 3D chromosome contacts mediated by RNA Pol II Orlov Y.L. Хромосома 2012, Новосибирск, 2-7 сентября
|
|
| ВЛИЯНИЕ 2,3,7,8-ТЕТРАХЛОРДИБЕНЗО-ПАРА-ДИОКСИНА НА РЕГУЛЯЦИЮ ЭКСПРЕССИИ IL12A, IL12B И IL4 ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В МАКРОФАГЕ Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Проблемы биомедицинской науки третьего тысячелетия 2-я Всероссийская научная конференция молодых ученых.
|
|
| Activation of CLV3 gene expression in model of the stem cell niche structure regulation in the shoot apical meristem Zubairova U.S., Nikolaev S.V. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
|
|
| Развитие ретинопатии и активация метаболического пути болезни Альцгеймера в сетчатке крыс OXYS Кожевникова О.С., Корболина Е.Е., Муралева Н.А., Орлов Ю.Л., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012). 2012, г.Казань
|
|
| Computer approaches ti wheat high-throughput phenotyping Afonnikov D., Genaev M., Doroshkov A., Denisyuk V., Morozova E., Simonov A., Pshenichnikova T. The 2nd International Conference "Plant Genetics Genomics and Biotechnology"
|
|
| Prediction of the structure and localization of genes controlling leaf pubescence in wheat Triticum aestivum L. and barley Hordeum vulgare L. based on Arabidopsis thaliana (L.) Henh. genes data Doroshkov AV, Pshenichnikova TA, Afonnikov DA 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology”
|
|
| РЕАЛИЗАЦИЯ ПОДСИСТЕМЫ ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ ДЛЯ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫХ МОДУЛЕЙ СИСТЕМЫ BioInfoWF Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович мнск 2012 г. новосибирск
|
|
| BioinfoWF -- WEB SERVICES AND WEB INTERFACES GENERATOR FOR BIOINFORMATICS ANALYSIS Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"
|
|
| 2011 | РЕГУЛЯТОРНЫЕ ГЕННЫЕ СЕТИ В РАКОВЫХ КЛЕТКАХ: АНАЛИЗ С ПОМОЩЬЮ ТЕХНОЛОГИЙ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ChIP-seq Орлов Ю.Л., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Афонников Д.А. II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», 11-17 ноября 2011, Новосибирск.
|
| Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
|
|
| Компьютерный анализ дифференциально экспрессирующихся генов у крыс гипертензивной линии НИСАГ. Александрович Ю.В., Орлов А.В., Пыльник Т.О., Смоленская С.Э., Редина О.Е. , Орлов Ю.Л. , Маркель А.Л. II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», Новосибирск, 2011
|
|
| COMPUTER ESTIMATION OF GENOME COMPLEXITY AND MINIMAL GENOME SIZE Орлов Юрий Львович, Суслов Валентин Владимирович III international conference Biosphere origin and evolution
|
|
| Статистические компьютерные задачи анализа данных геномного секвенирования Орлов Юрий Львович Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач
|
|
| MGSMODELSDB – Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Тимонов В.С., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
|
|
| Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
|
|
| Визуальное моделирование экологических систем: программная система E.N.O.T. А.В. Семенычев, В. В. Суслов, В.С. Тимонов. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
|
|
| МЕТОДЫ и СРЕДСТВА ВИЗУАЛЬНОЙ РЕКОНСТРУКЦИИ И АНАЛИЗА СЕТЕВЫХ МОДЕЛЕЙ ЭКОЛОГИЧЕСКИХ СИСТЕМ. В.С. Тимонов, А.В. Семенычев, В.В. Суслов, Н.А. Колчанов. IV Международная конференция "Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины"
|
|
| The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011 Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
|
|
| Quantitative sequence /activity relationships of auxin response elements (Aux RE) in plant promoters V.V. Mironova, P.M. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, M.P. Ponomarenko Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
|
|
| Динамическая QTPIE-модель учета переноса заряда и поляризации для молекулярной динамики Васенин А.Е., Фомин Э.С. Всероссийская конференция "Математическое моделирование и вычислительно-информационные технологии в междисциплинарных научных исследованиях-2011", 15-17 июня 2011
|
|
| Алгоритмы сортировки массивов коротких последовательностей на GP GPU в приложениях молекулярной динамики Фомин Э.С. Решение инженерных и научных задач на гибридных вычислительных системах, графических процессоров и архитектуре CUDA", НГУ, NVIDIA и компания Открытые Технологии
|
|
| Влияние полиморфизмов ТАТА-боксов, ассоциированных с наследственными заболеваниями человека, на взаимодействие с hТВР Драчкова И.А.. Савинкова Л.К., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. II-nd International conference Physico-Chemical Biology dedicated to the 85th anniversary of academician Dmitri G. Knorre.
|
|
| Hight througput phenotyping approach to analysis of the leaf hairiness in wheat. D.A. Afonnikov, A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova. The International Conference “Wheat Genetics Resources and Genomics”.
|
|
| Analysis of leaf hairiness morphology wheat: computational approaches using image processing technique. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova, D.A. Afonnikov. The International Conference “Wheat Genetics Resources and Genomics”.
|
|
| Could chronic stress induced by polycyclic aromatic hydrocarbons have implications for hominid evolution? Oshchepkov D.Y., Suslov V.V. Proceedings of III International Conference Biosphere Origin and Evolution
|
|
| Подарок Прометея: мог ли хронический стресс продуктами горения ускорить эволюцию гоминид Ощепков Д.Ю., Суслов В.В. Современные проблемы эволюции. XXV Чтения памяти А.А. Любищева.
|
|
| Программные средства для многоуровневого моделирования эволюции про- и эукариот Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
|
|
| Computer tool for modeling the eukaryotes origin and evolution of early eukaryotic ecosystems Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. III International Conference “Biosphere origin and evolution”
|
|
| Evolutionary trends of genome amplification and reduction Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Suslov V.V. III international conference Biosphere origin and evolution
|
|
| Modeling of phage infection in prokaryotic communities by Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011
|
|
| Выявление регуляторных SNP, ассоциированных с различными заболеваниями, с использованием данных ChIP-seq. Меркулова Т.И., Антонцева Е.В., Брызгалов Л.О., Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Васильев Г.В., Драчкова И.А., Матвеева М.Ю., Колчанов Н.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
|
|
| Моделирование коэволюции одноклеточных организмов в трофических кольцах с взаимным ингибированием Матушкин Ю.Г., Лашин С.А., Суслов В.В. VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
|
|
| Улучшенные алгоритмы расчёта свободной энергии для определения термостабильности белковых комплексов Алемасов Н.А., Фомин Э.С. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
|
|
| Interspecies embryo transfer as a tool for conservation of endangered mustelids and felids Amstislavsky S., Lindeberg H., Kizilova E., Ukolova T., Kononova A., Kuhkharskaya O., Zarubina K., Ternovskaya Yu., Lukyanov I. 8th International Conference on Behavior, Physiology and Genetics of Wildlife, 14-17 September 2011, Berlin.
|
|
| Анализ механизмов адаптации протеома архей к высоким давлениям. Афонников Д.А., Гунбин К.В., Медведев К.Е., Суслов В.В. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
|
|
| Генетическая основа макроэволюционных преобразований – исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных. Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
|
|
| Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»
|
|
| BioinfoWF — workflow management system for bioinformatics analysis. Genaev M.A., Afonnikov D.A., Gunbin K.V. Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»
|
|
| Полногеномный анализ режимов эволюции ортологичных групп белков позвоночных и беспозвоночных. Гунбин К.В., Афонников Д.А. Рабочее совещание «Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике»
|
|
| Gene networks and the evolution of biological systems. Kolchanov N.A., Afonnikov D.A., Gunbin K.V., Suslov V.V. III International Conference “Biosphere origin and evolution”
|
|
| Why we need new evidences for deep Archaea evolution: the lesson from study of horizontal transfer highways. Gunbin K., Suslov V., Afonnikov D. III International Conference “Biosphere origin and evolution”
|
|
| Генетическая основа макроэволюционных преобразований: исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных. Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. Международная конференция “Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики”, посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова
|
|
| Human and Neanderthal miRNA genes are not so similar. Gunbin K., Afonnikov D., Kolchanov N. Moscow Conference on Computational Molecular Biology, MCCMB’11
|
|
| Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза. Колчанов Н.А., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. Морфогенез в индивидуальном и историческом развитии
|
|
| Deep inside into Vertebrates and Invertebrates macroevolution: the molecular evolution modes of strict orthologous protein sequences. Gunbin KV, Suslov VV, Afonnikov DA. 15th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles.
|
|
| A gene regulatory network model for vernalization and seasonal flowering response in winter wheat. Stepanenko I.L., Smirnova O.G., Titov I.I International Conference Wheat Resources and Genomics (WGRG 2011)
|
|
| Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов SF-1 и SREBP в геномах позвоночных с помощью нового подхода, сочетающего экспериментальные и биоинформатические методы Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика и биоинформатика»
|
|
| Inter-SNP distances and SNP distribution in the human genome Ignatieva Elena, Victor Levitsky, Nikolay Yudin Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB’11
|
|
| Распределение однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека ИгнатьеваЕ.В., В.Г.Левицкий, Н.С.Юдин Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики", посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова
|
|
| База знаний по регуляции транскрипции генов эукариот ИгнатьеваЕ.В., Н.Л.Подколодный Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики", посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова
|
|
| Исследование масштабируемости алгоритмов поиска ближайших соседей в методе молекулярной динамики Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
|
|
| Метод построения 4D-QSAR дескрипторов, основанный на фильтре Блума Вайсман Е.А., Графеев Н.В., Фомин Э.С. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
|
|
| NET-Q модель учета переноса заряда и поляризации в молекулярной динамике Васенин А.Е., Фомин Э.С. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
|
|
| Развитие методов молекулярной динамики для задач биоинформатики Фомин Э.С. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
|
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияние мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Савинкова Л.К., Захаренко Л.П., Пинтус С.С., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН. № 11. “Биологическое разнообразие”. Подпрограмма “Генофонды и генетическое разнообразие”. Сборник материалов. – Москва: ИОГен. 2011. С. 100-104.
|
|
| A universal trend of nucleotide assymetry in tRNAs suggests a common hyperthermofilic origin Titov I.I. III Int. Conf. “Biosphere origin and evolution”
|
|
| "Тёмная материя" ДНК: возникновение новых миРНК человека при вторжении мобильных элементов Ворожейкин П.С., Титов И.И. II Международная научно-практическая конференция "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика"
|
|
| Molecular dynamics simulation of Nip7 proteins demonstrates importance of hydrophobic interaction for protein stability at high pressure K.E.Medvedev, D.A.Afonnikov International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 11)
|
|
| Исследование структурных изменений белка Nip7 мелководных и глубоководных архей рода Pyrococcus под влиянием высокого давления и высокой температуры методами молекулярной динамики. Медведев К.Е., Афонников Д.А. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
|
|
| Исследование влияния высокого давления и высокой температуры на структуру белка Nip7 мелководных и глубоководных архей рода Pyrococcus методами молекулярной динамики. Медведев К.Е. Третья школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"
|
|
| 2010 | Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"
|
| Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"
|
|
| Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
|
|
| Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein families: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
|
|
| Method and Software Tools for Gene Networks Evolution Research Timonov V.S., Gunbin K.V., Turnaev I.I., Genaev M.A., Kolchanov N.A. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
|
|
| Correlation between nucleosome formation potential of 5’-UTR and elongation efficiency index of coding sequences of S.cerevisiae genome Yu.G.Matushkin, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky. 2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2). May 18-21, 2010. Moscow
|
|
| Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein-coding genes: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Genaev M.A., Kolchanov N.A. 2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2)
|
|
| Application of motif discovery tool for FoxA binding sites analysis Levitsky V.G. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
|
|
| Microbial metagenome annotation with bioinformatics and computational systems biology methods Ivanisenko, Demenkov, Pintus, Ivanisenko, Goncharova, Kostjukova, Levitski, Selezneva, .... Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
|
|
| prognosis and verification of the TATA SNP effects V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, I.A. Drachkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
|
|
| SNPs in the hiv-1 TATA box and the aids pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
|
|
| Stress and pseudoinheritance of acquired characters Suslov V.V., Kolchanov N.A. Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
|
|
| Analysis of the conservative motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians O.V.Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V.Bocharnikov, E.V. Berezikov Evolutionary Biology Concepts, Molecular and Morphological Evolution
|
|
| Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
|
|
| Prokaryotic adaptation to different environmental conditions at the genomic level: Molecular evolution analysis Dmitry A. Afonnikov, Konstantin V. Gunbin, Kirill E. Medvedev Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods"
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in 5’- regulatory regions of brain-specific miRNA genes of primates Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference "Molecular Phylogenetics" (Moskow, Russia, May 18-21, 2010)
|
|
| Prediction for AtARF family transcription factors, mediating primary response to auxin V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, D.Yu. Oschepkov, V.G. Levitsky Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk
|
|
| BioinfoWF – веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Genaev M.A. The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology"
|
|
| WheatDB - база данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск
|
|
| Методы компьютерного анализа в исследовании опушения листа пшеницы TRITICUM AESTIVUM L. Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск
|
|
| Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. XIII Российская конференция с участием иностранных ученых "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы"(DICR'2010). Новосибирск, ИВТ СО РАН, 30 ноября - 4 декабря 2010 г. № гос. регистрации 0321100051
|
|
| Визуализация схем скрещивания пшеницы в рамках разработки системы WheatDB Генев М.А. Дорошков А.В. XLVIII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно- технический прогресс", г. Новосибирск, 10-14 апреля 2010 г.
|
|
| Исследование опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помошью высокоэффективных методов фенотипирования Дорoшков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. XLVIII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно- технический прогресс", г. Новосибирск, 10-14 апреля 2010 г.
|
|
| WheatPGE : a system for analysis of phenotypic, genotypic and environmental relationships in wheat Genaev M.A. XVI Biotechnology Summer School, Gdansk, Poland, 11 - 17 July 2010
|
|
| Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Всероссийская научная конференция "Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии", 15-17 сентября 2010г.
|
|
| Интегрированная система для информационной поддержки исследования механизмов регуляции транскрипции Н.Л. Подколодный, Е.В. Игнатьева, Д.А. Рассказов, О.А. Подколодная, Е.А. Ананько, Н.Н. Подколодная, Е.М. Залевский Всероссийская научная конференция "Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции" – RCDL’2010, Казань, Россия, 2010
|
|
| Сравнительный анализ производительности процессоров PowerXCell8i и Intel X7560 на примере задач молекулярной динамики Фомин Э.С., Н.А. Алемасов, С.А.Матвиенко Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах HPC2010, Материалы X Международной конференции, г.Пермь, 1-3 ноября, 2010 г.
|
|
| Компьютерное моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов Матушкин Ю. Г., Лашин С.А., Суслов В.В. Математическая биология и биоинформатика: III Международная конференция , г. Пущино
|
|
| Гомеоморфия механизмов адаптации Суслов В.В. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
|
|
| ТАТА-боксы вносят вклад в норму реакции Суслов В.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
|
|
| Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
|
|
| WheatPGE — система анализа взаимосвязей фенотип-генотип-окружающая среда у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. Молодежный научный форум "ЛОМОНОСОВ - 2010" г. Москва
|
|
| Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, А.В.Романенко. Научная конференция-совещание "Вычисления с использованием графических процессоров в биологии и биоинформатике" 24-25 мая 2010 г., Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова.
|
|
| Изучение влияния повышенных давлений на структуру белков NIP7 глубоководных и мелководных архей методами молекулярной динамики К.Е. Медведев, Д.А. Афонников Первая конференция посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ
|
|
| Молекулярная эволюция циклинов животных и грибов: зависимость между изменением белков и ростом сложности организмов Турнаев И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Первая международная научно-практическая конференция. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
|
|
| SNP ТАТА-бокса ВИЧ-1 и пандемия СПИД Суслов В.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Ефимов В.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Проблемы экологии. Чтения памяти проф. М.М.Кожова. Иркутск, 2010
|
|
| Исследование эволюции циклинов: зависимость между эволюционным изменением циклинов и увеличением сложности эукариот Турнаев И.И., Гунбин К.В., Афонников Д.А. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова.
|
|
| Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск
|
|
| Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный Конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск
|
|
| Компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G. Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010
|
|
| Анализ морфологии опушения листа у пшеницы: компьютерный подход с использованием анализа изображений Афонников Д.А. Дорошков А.В., Генаев М.А. Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010
|
|
| WheatPGE - компьютерная система анализа взаимосвязи признаков фенотипа генотипа и окружающей среды у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. Электронные библиотеки:перспективные методы и технологии, электронные коллекции. XII Всероссийская научная конференция RCDL'2010. Казань
|
|
| The nanobiotechnology database V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
|
|
| An experimental and computation approach to search for the transcription factor GAGA binding sites Omelina E.S., Oshchepkov D.Yu., Baricheva E.M., Merkulova T.I. BGRS-2010
|
|
| SNPs IN THE HIV-1 TATA BOX AND THE AIDS PANDEMIC V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov (6) IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky Crimean meeting."Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution".
|
|
| «Прогноз и экспериментальная проверка изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам промотров генов человека, содержащим полиморфизмы». – Драчкова ИА., Пономаренко РМ., Пономаренко МП., Аршинова ТВ., Савинкова ЛК., Колчанов НА. «Первые Международные Беккеровские чтения» (27-29 мая 2010)
|
|
| Experimental verification of the prognosis human TBP/TATA affinity change as a result of polymorphisms associated with hereditary pathologies I.A. Drachkova., P.M. Ponomarenko., T.V. Arshinova., M.P. Ponomarenko., L.K. Savinkova., N.A. Kolchanov. BGRS
|
|
| Analysis of leaf hairiness in wheat Triticum aestivum L. using the high throughput phenotyping approach. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A. Pshenichnikova, D.A. Afonnikov The International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology”
|
|
| Using a computer-base image processing technique in genetic analysis of leaf hairiness in wheat Trticum aestivum L. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova, D.A. Afonnikov. The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome regulation and Structure.
|
|
| Promoters of the genes encoding the macrophage transcription factors contain binding sites for aryl hydrocarbon receptor. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. Seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
|
|
| Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophage cytokines. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Furman D.P., Mordvinov V.A. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
|
|
| Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the macrophage transcription factors and cytokines genes. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. “From Functional Genomics to Systems Biology”,
|
|
| Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
|
|
| Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине»
|
|
| Testing of functional activity of putative dioxin responsive elements in promoter regions of genes, encoding macrophageal transcription factors and cytokines Kashina E.V., Antontseva E.V., Katokhin A.V., Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Shamanina M.Y., Grishanova A.Y., Furman D.P, Mordvinov V.A. The seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
|
|
| Gene loss and acquiring in evolution of prokaryotic communities – modeling with Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
|
|
| Similarities and differences in the structures of artificial and natural transcription factor binding sites: impact of flanking sequences to recognition performance. Oshepkov D.Y., Levitsky V.G., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)
|
|
| E.coli proteom expression under terahertz irradiation Peltek S.E., Mesheryakova I.A., Goryachkovskaya T.N., Demidova E.V., Demidov E.A., Khlebodarova T.M., Oschepkov D.Yu., Kolchanov N.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Vinokurov N.A., Kulipanov G.N., Nikolaev E.N. Terahertz radiation: generation and application
|
|
| Computer system for analysis of mechanisms of transcription regulation in eukaryotes Podkolodnyy N.L., Ignatieva E.V., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Podkolodnaya N.N., Zalevsky E.M. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
|
|
| Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Труды Томского государственного университета, сер. Биологическая, т. 275. Материалы 1й Всероссийской молодежной научной конференции «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», посвященной 125-летию биологических исследований в ТГУ. С. 378-380. Медведев К.Е., Афонников Д.А. 1я Всероссийская молодежная научная конференция «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ
|
|
| Bioinformatic analysis of rare single-nucleotide polymorphism combinations in the human genome. Yudin N.S., Ignatieva E.V., Efimov V.M. The Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS'2010)
|
|
| BioinfoWF - веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А. Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции. RCDL’2010
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in regions of FoxA-binding sites. Вишневский Олег Владимирович Меркулова Татьяна Ивановна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| Analysis of the degenerate motifs in promoters of auxin responsive genes Вишневский Олег Владимирович Миронова Виктория Владимировна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| 2009 | Recent advances in nucleosome positioning sequence prediction for whole genomes V.G.Levitsky 3rd Virtual Training Workshop on Bioinformatics
|
| Transcriptional regulation in eukaryotes Ignatieva E 3rd Virtual Training Workshop on Bioinformatics
|
|
| Моделирование эволюционно-популяционных процессов с помощью "Эволюционного конструктора" Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.В. Суслов, Н.А.Колчанов 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
|
|
| Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control. N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin. Abstracts of 34th FEBS Congress. Prague, Czech Republic
|
|
| Auxin regulated root patterning: the mathematical model and key genetic mechanisms V.V. Mironova, M.P. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai German-Russian forum Biotechnology GRFB'09, Novosibirsk
|
|
| Implementation of Non-bonded Interaction Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. In: Malyshkin V. (ed) Parallel computing technologies 2009. LNCS, vol. 5698, Springer
|
|
| Evolability and biodiversity - modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor programm С.А.Лашин, В.В.Суслов, Ю.Г. Матушкин International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)
|
|
| Исследование эффективности экспрессии генов в зависимости от их нуклеотидного состава методами биоинформатики Матушкин Ю.Г., Ефимов В.М., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г. V Intern. Congress BIOTECHNOLOGY: state of the art and prospects of development
|
|
| Алгоритм расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i. SPE-центричная модель Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Девятая международная конференция-семинар "Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах", Владимирский государственный университет им. А.Г. и Н.Г. Столетовых, Владимир, 2–3 ноября 2009 года
|
|
| Оптимизация вычислительного ядра библиотеки молекулярного моделирования MOLKERN под архитектуру Cell Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ’2009): Труды международной научной конференции (Нижний Новгород, 30 марта – 3 апреля 2009 г.). – Челябинск: Изд. ЮУрГУ
|
|
| Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control. N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin. 34th FEBS Congress.
|
|
| Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Еscherichia coli в присутствии ионов кадмия. Т.Ю. Степанова, В.А. Лихошвай, А.В. Задорожный, Н.В. Тикунова, Д.Ю. Ощепков, Т.М. Хлебодарова. Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров
|
|
| Prediction of the regulation pathways of the Еscherichia coli dps gene expression under stress conditions. T.Yu. Stepanova, D.Yu. Oshchepkov, V.A. Likhoshvai, A.V. Zadorozhny, N.V. Tikunova, T.M. Khlebodarova. German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09
|
|
| Experimental study of predicted regulation pathways of E.coli/pYFI-GFP genosensor under oxidative stress A.V. Zadorozhny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Yu. Oschepkov, N.V. Tikunova. German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09
|
|
| A novel promoter of the Escherichia coli yfiA gene and pathways of its regulation under oxidative stress conditions T.M. Khlebodarova, A.V. Zadorozhny, V.A. Likhoshvai, N.V. Tikunova, D.Yu. Oschepkov, N.A. Kolchanov. International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)
|
|
| Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с контролем пролиферации Меркулова Т.И., Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Пахарукова М.Ю., Кропачев К.Ю., Пивоварова Е.Н., Каледин В.И. V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров.
|
|
| 2008 | Molecular evolution of the key regulatory genes in the eukaryotic cell cycle gene network Turnaev I.I., Gunbin K.V., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008
|
| Nucleosome formation potential estimation via dinucleotide periodicity preferences Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| the precise equilibrium equation of TBP/TATA-binding predicts human familial diseases upon mutations Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Drachkova I.A., Lysova M.V., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008
|
|
| Создание графовой базы данных и реализация основных типов запросов к ней Генаев М.А. XLVI Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК-46) г.Новосибирск 26 – 30 апреля 2008 г.
|
|
| OpenMP+MPI parallel implementation of the «MOLKERN» molecular modelling software package Алемасов Н.А., Фомин Э.С. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| Quantum-chemical analysis of Zn2+ binding in wild-type and G245C mutant of p53 protein. Bugakov I.V., Fomin E.S., Ivanisenko V.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| An algorithm for protein conformational flexibity prediction. Chirtsov A.S., Fomin E.S. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| Транскрипционные факторы FOXA как потенциальные опухолевые супрессоры в печени Т.И. Меркулова, Л.О. Брызгалов, Н.И. Ершов, Д.Ю. Ощепков, М.Ю. Пахарукова, К.Ю. Кропачев, В.И. Каледин. Всероссийская конференция с международным участием "Молекулярная онкология"
|
|
| Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. M.Y. Shamanina, E.A. Oshchepkova, D.Y. Oshchepkov, A.V. Katokhin, D.P. Furman, I.B. Tsyrlov, V.A. Mordvinov Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| Analysis of the evolutionary specificities of the yfiA and yhbh E.Coli genes and their regulatory regions. Baryshev P.S., Oshchepkov D.Y., Khlebodarova T.M., Afonnikov D.A. Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| SITECON: a quality tool for prediction of new potential SREBP binding sites. experimental verification and analysis of regulatory regions of vertebrate genes. D.Y. Oshchepkov, E.V. Ignatieva, G.V.Vasiliev, N.V. Klimova, T.I. Merkulova Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| Prediction of the regulatory mechanisms of Escherichia coli yfiA gene expression T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Y. Oshchepkov, A.V. Kachko, N.V. Tikunova. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)
|
|
| Nucleosoma formation potential estimation via dinucleotide periodicity preferences. Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| A database for analysis of the organizational features of the transcriptional regulatory regions in the co-expressed groups of genes. N.L. Podkolodnyy, S.S.Nechkin, E.V. Ignatieva, E.A. Ananko, O.A. Podkolodnaya. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| SITEGA method application for genome wide prediction of p53 binding sites. Stepanenko I.L., Levitsky V.G.. The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
|
|
| Computer identification of gene transcription start sites positions in human, mouse, rat whole genome sequences using data, annotated in TRRD. IgnatievaE.V. , S.S.Nechkin, N.L. Podkolodnyy Proceedings of the sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008)
|
|
| 2007 | Hierarchical analysis of the eukaryotic transcription regulatory regions based on the DNA codes of transcription I.V. Khomicheva, E.E. Vityaev, E.A. Ananko, V.G. Levitsky, T.I. Shipilov 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
|
| Molecular genetic systems of development: dynamics of functioning and molecular evolution Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. Computational phylogenetics and molecular evolution "CPMS' 2007"
|
|
| Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow
|
|
| Gene networks and evolution of regulatory genetic system Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. Current Evolutionary Thinking in Biology, Medicine and Sociology. International Conference Dedicated to 90 Anniversary of Prof. Dmitry K. Belyaev
|
|
| Adaptive evolution of genetic systems Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. II International Conference "Biosphere Origin and Evolution"
|
|
| Параллельная реализация задач молекулярного докинга и виртуального скрининга Алемасов Николай Александрович, Фомин Эдуард Станиславович IV Российская-германская школа по параллельным вычислениям на высокопроизводительных вычислительных системах, Новосибирск
|
|
| Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю. V Конференция молодых ученых СО РАН, посвященная М.А. Лаврентьеву. Новосибирск, 21-23 ноября 2007 г.
|
|
| Визуализатор вырожденных олигонуклеотидных мотивов Генаев М.А. XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
|
|
| A constant-time algorithm for regular binary multigrid cell indexation Fomin E.S. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007
|
|
| Template library MOLKERN as a framework for building effective molecular modelling programs Fomin E.S., Alemasov N.A., Aknazarov Z.I., Chirtsov A.S., Fomin A.E. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007
|
|
| A fast approximate method for calculation of high degree interaction areas of atomic spheres Fomin E.S., Chirtsov A.S. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007
|
|
| MOLKERN as new effective engine for drug discovery software Fomin E.S., Alemasov N.A., Chirtsov A.S., Fomin A.E. 4th International Symposium Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (CMTPI-2007)
|
|
| Приближенный аналитический метод вычисления площади поверхности биомолекул. www.ict.nsc.ru/ws/YM2007/12743/chirtsov.html Чирцов А.С., Фомин Э.С. 8-ая Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям 27 - 29 ноября 2007 года, Новосибирск
|
|
| Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. Nedosekina EA, Oshchepkov D.Y., Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I. 27th International Symposium on Halogenated Persistent Organic Pollutants “Dioxin 2007”
|
|
| Deducing the mechanisms underlying expression regulation of a polyfunctional genosensor based on the promoter of Escherichia coli gene yfiA. T.M. Khlebodarova, A.V. Kachko, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Tikunova, V.A. Likhoshvai. «Basic sciences - medicine»
|
|
| Hierarchical analysis of the eukaryotic transcription regulatory regions based on the DNA codes of transcription. I.V. Khomicheva, E.E. Vityaev, E.A. Ananko, V.G. Levitsky, T.I. Shipilov. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
|
|
| 2006 | Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus SS, Ivanisenko VA 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
|
| A gene network of adipocyte lipid metabolism: coordinated interactions between the transcriptional factors SREBP, LXRa and PPARg Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Analysis of the nucleotide context of higher plant mitochondrial mRNA editing sites Vishnevsky O.V., Konstantinov Yu.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Architecture of software toolkit for storing and operating with biosystems models Miginsky D.S., Suslov V.V., Rasskazov D.A., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Aromorphoses and adaptive molecular evolution: morphogens and signaling cascade genes Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006)
|
|
| Association study of snp of the tnf-alpha gene with bovine leukosis and evaluation of its functional significance Yudin N.S., Vasil’eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| FASTPROT: A computtational workbench for analysis of function, activity and structure of protein Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Korotkov R.O., Aman E.E., Pintus S.S., Startcev K.S., Tatarnikova L.Yu., Panina I.I., Sobolev A.A., Selenev I.V., Elohov V.J., Golovina A.N., Aknazarov Z.I., Sharonova I.V., Krestianova M.A., etc. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Identification of arabidopsis thaliana micrornas among mpss signatures Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Vishnevsky O.V., Savinskaya S.A, Omelyanchuk N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Pattern of locally positioned dinucleotides in microRNA relates to its accumulation level Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| SITECON: a quality tool for prediction of transcription factor binding sites now handles those for SF-1. experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| The SiteGA and PWM methods application for transcription factor binding sites recognition in EPD promoters Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| TRRD - the database on transcription regulatory regions of eukaryotic genes Ignatieva E.V. First Virtual Training Workshop on Bioinformatics organized by the Asian Bioinformatics Research and Education Network (ABREN) May,8-July, 8, 2006
|
|
| System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies
|
|
| Hypoxic response in newborn mice with targeted deletion of the tachikinin 1 gene and lack of substance P and substance K. J. Berner, Y. Shvarev, H. Lagercrantz, A. Bilkei-Gorzo, T. Hokfelt, R. Wickstrom. The European Academy of Paediatrics Congress, Barcelona, Spain, 7-10 October, 2006
|
|
| Разработка методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов в геномной ДНК Левицкий В.Г. XLIV Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"
|
|
| Rise of new binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| New Zn 2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A 3th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" (GPBM 2006)
|
|
| SITECON: a quality tool for prediction of transcription factor binding sites now handles those for SF-1. Experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes. Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Association study of SNP of the TNF-alpha gene with bovine leukosis and evaluation of its functional significance Yudin N.S., Vasil’eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites. Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways. Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| The SITEGA and PWM methods application for transcription factor binding sites recognition in EPD promoters Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| EPI-GIS: GIS assisted computer tools for data accumulation, computer analysis and modeling in molecular epidemiology Kolchanov N.A., Orlova G.V., Bachinsky A.G., Bazhan S.I., Shvarts Ya.Sh., Golomolzin V.V., Popov D.Yu., Efimov V.M., Tololo I.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Il’ina E.N., Rogov S.I., Tretiakov V.E., Kubanova A.A., Govorun V.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| A database designed for the polymorphisms of the human CCR2 gene. Apasyeva N.V., Yudin N.S., Ignatieva E.V., Voevoda M.I., Romashenko A.G. fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure
|
|
| A gene network of adipocyte lipid metabolism: coordinated interactions between the transcription factors SREBP, LXRa AND PPARg. Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| The analysis of SREBP binding sites distribution in gene regions by combined SiteGA and PWM approach. Proskura A.L., Levitsky V.G., Ignatieva E.V. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks. Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Reconstruction and computer analysis of the fatty acid β-oxidation gene network regulated by the PPAR transcription factors. Aman E.E., Levitsky V.G., Ignatieva E.V. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
|
|
| Regulation of pyruvate biosynthesis in Escherichia coli: gene network reconstruction and mathematical modeling of enzymatic reactions of the pathway. Turnaev I., Smirnova O.G. The 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006)
|
|
| Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г. International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.
|
|
| Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006
|
|
| Mathematical modeling of serine and glycine biosynthesis regulation in Echerichia coli. Turnaev I., Ibragimova S.S., Usuda, Y., Matsui K. The 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006)
|
|
| 2005 | Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells. Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Сonference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27
|
Гранты
| 2022 | Анализ длины теломер с использованием
отсеквенированных геномов российских пород крупного рогатого скота РНФ, номер гранта 22-26-00143
|
| Исследование генетической предрасположенности к повышенной стресс-реактивности гипоталамо-гипофизарно-надпочечниковой системы в условиях рестрикционного (эмоционального) стресса, ассоциированного с формированием гипертензивного статуса у крыс НИСАГ. РНФ, номер гранта 22-14-00082
|
|
| 2021 | Поиск, декомпозиция и верификация регуляторных модулей, обеспечивающих формирование пространственно-временных паттернов экспрессии генов растений РНФ, номер гранта 21-14-00240
|
| 2020 | Регуляция EIN3/EIL1-зависимого транскрипционного
ответа на этилен у растений: системный анализ
полногеномных данных Российский научный фонд, номер гранта 20-14-00140
|
| Системное изучение механизмов морфогенеза растений на основе данных секвенирования транскриптомов одиночных клеток РФФИ, номер гранта 20-04-01112 А
|
|
| Патогенный потенциал трематоды O.felineus в условиях длительной алкоголизации у мышей РФФИ, номер гранта 20-04-00139
|
|
| 2019 | ПРИЧИНЫ МАССОВЫХ ВЫМИРАНИЙ В ИСТОРИИ ЖИЗНИ: ФАКТЫ И ГИПОТЕЗЫ РФФИ, номер гранта 19-14-50159
|
| Системное изучение взаимной регуляции ростовых процессов и водного режима злаков РНФ, номер гранта 19-74-10037
|
|
| Полногеномная дупликация и неканоническое изменение плоидности в эволюции генома макростомид РНФ, номер гранта 19-14-00211
|
|
| Экспериментально-теоретическое изучение механизмов устойчивости к солевому стрессу у кукурузы РФФИ, номер гранта 19-416-543006
|
|
| Популяционное исследование мужского репродуктивного потенциала: оценка возможностей полно-экзомного секвенирования и идентификация новых генов, ассоциированных с ослабленным сперматогенезом РНФ, номер гранта 19-15-00075
|
|
| 2018 | Мета-анализ полногеномных данных на основе выявления и аннотации различных структурно-функциональных типов сайтов связывания транскрипционных факторов в составе композиционных элементов РФФИ, номер гранта 18-29-13040 мк
|
| Взаимодействие сигнальных путей ауксина и этилена у
растений: от генов-мишеней к новым биологическим функциям РФФИ, номер гранта 18-44-540039
|
|
| Анализ дифференциальной экспрессии генов в отделах головного мозга крыс, селектированных по агрессивности РФФИ, номер гранта 18-34-00496
|
|
| Исследование механизмов генетической регуляции процессов развития растений на примере соцветия пшеницы РФФИ, номер гранта 18-04-00483
|
|
| 2017 | Изучение особенностей формирования клеточной структуры эпидермиса листа пшеницы при холодовом стрессе РФФИ, номер гранта 17-44-543384
|
| Комплексный анализ организации промоторов повсеместно активных и тканеспецифичных генов Drosophila melanogaster РФФИ, номер гранта 17-00-00284 КОМФИ
|
|
| 2016 | Вариабельность VRN1 генов и эволюция признака яровость-озимость у тетраплоидных пшениц и эгилопсов РФФИ
|
| Популяционная структура и следы адаптации к холодному климату в геномах российских пород крупного рогатого скота и овец Российский научный фонд
|
|
| Изучение механизмов формирования клеточной структуры эпидермиса листа однодольных растений на основе автоматической обработки конфокальных изображений РФФИ, номер гранта 16-34-00968
|
|
| Экспериментальные генетические модели агрессивного и толерантного поведения: исследование молекулярно-генетических механизмов с использованием технологий секвенирования следующего поколения (RNA-Seq) РНФ, номер гранта 14-14-00269
|
|
| 2015 | Анализ генетических полиморфизмов адаптации к окружающей среде и диабета II типа у монгольских бурят РФФИ, номер гранта 15-54-53091 ГФЕН_а
|
| Транскрипционная и посттранскрипционная регуляция ауксином и этиленом экспрессии генов в корне Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 15-34-20870 мол_а_вед
|
|
| Изучение генетического контроля ранних этапов развития соцветия мягкой пшеницы (T. aestivum L.), определяющих архитектуру соцветия и влияющих на показатели продуктивности РФФИ, номер гранта 15-04-05371 А
|
|
| Картирование локусов количественных признаков (QTL), ассоциированных с активностью ферментов антиоксидантной защиты и их связь с физиологическими функциями растения в условиях засухи РФФИ
|
|
| 2014 | Экспериментальные генетические модели агрессивного и толерантного поведения: исследование молекулярно-генетических механизмов с использованием технологий секвенирования следующего поколения (RNA-Seq) РНФ, номер гранта РНФ № 14-14-00269
|
| Изучение влияния хронического социального стресса на пространственную организацию транскрипционно-активного хроматина методом ChIA-PET РФФИ, номер гранта 14-04-01707
|
|
| Поиск функционально значимых полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов человека и их комплексное экспериментальное изучение РФФИ, номер гранта 14-04-00485
|
|
| Исследование механизмов онколитического действия природных штаммов вируса болезни Ньюкасла. РФФИ, номер гранта 14-04-01196
|
|
| Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии Российский Научный Фонд, номер гранта РНФ 14-14-00734
|
|
| 2013 | «Научные стажировки для ученых и преподавателей вузов» DAAD (Германская Служба Академических Обменов) DAAD, номер гранта A1300118
|
| Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Минобрнауки, номер гранта ФЦП, ГК 07.514.13.0094
|
|
| Организация и проведение пятой Международной школы молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» РФФИ, номер гранта 13-04-06827мол_г
|
|
| Роль ауксина и этилена в регуляции активности генов в корне проростка Arabidopsis thaliana L.: полногеномный подход РФФИ, номер гранта 12-04-33112-мол-а-вед
|
|
| Регуляторные гены биосинтеза флавоноидов злаков и их роль в увеличении продолжительности жизни семян и устойчивости растений к неблагоприятным факторам окружающей среды президентский грант для молодых докторов наук, номер гранта МД-2615.2013.4.
|
|
| 2012 | Исследование трехмерной организации генома половых и соматических клеток методом Hi-C ФЦП Кадры, номер гранта №2012-1.2.1-12-000-1013-014
|
| Изучение влияния диоксина на регуляцию экспрессии генов цитокинов, синтезируемых активированным макрофагом РФФИ, номер гранта 12-04-01736-а
|
|
| Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ» Предизиум СО РАН, номер гранта № 130
|
|
| Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах» Президиум СО РАН, номер гранта №39
|
|
| Междисциплинаный интеграционный проект «Суперкомпьтерная реализация стохастической эволюции ансамблей взаимодействующих частиц различной природы для решения естественно-научных и нанотехнологичных задач» Президиум СО РАН, номер гранта № 47
|
|
| Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ" Президиум СО РАН, номер гранта № 21
|
|
| Изучение структурно-функциональной организации генов, участвующих в регуляции развития соцветия мягкой пшеницы (T. aestivum L.) и ее сородичей РФФИ, номер гранта 12-04-00897
|
|
| 2011 | Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега РФФИ, номер гранта 11-04-01748
|
| Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений РФФИ, номер гранта 11-04-01254а
|
|
| Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий Министерство образования и науки РФ, номер гранта 16.512.11.2274
|
|
| Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей Министерство образования и науки, номер гранта 07.514.11.4023
|
|
| Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии Минобрнаука, номер гранта 07.514.11.4011
|
|
| Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике Министерство образования и науки РФ, номер гранта 07.514.11.4003
|
|
| Эффективное использование GPU-ускорителей при решении больших задач Компания «Т-Платформы» при поддержке МГУ, номер гранта -
|
|
| Экспериментально-компьютерное исследование механизмов метаболизма ксенобиотиков у печеночных сосальщиков семейства Opisthorchiidae Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 11-04-01333a
|
|
| Изучение адаптации протеомов микроорганизмов к повышенным давлениям внешней среды методами биоинформатики РФФИ, номер гранта 11-04-01771
|
|
| Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства РФФИ, номер гранта 11-04-92712
|
|
| Реконструкция процессов антропогенеза: анализ митохондриальных геномов представителей древнего и современного населения Сибири РФФИ, номер гранта 11-06-12006
|
|
| Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток РФФИ, номер гранта 11-04-01888а
|
|
| 2010 | Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей Министерство образования и науки, номер гранта 14.740.11.0001
|
| Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 02.740.11. 0705
|
|
| Экспериментально-компьютерное исследование генов, участвующих в ответе макрофага на обработку диоксином и выявление механизмов их активации СО РАН, номер гранта Лаврентьевский молодежный проект СО РАН № 6.3
|
|
| 2009 | Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123
|
| Разработка программно-информационного комплекса для исследования механизмов регуляции экспрессии генов эукариот Министерство образования и науки, номер гранта П-721
|
|
| Функциональный анализ межклеточной адгезии и коммуникации в тканях –мишенях вазопрессина РФФИ, номер гранта 09-04-00424-а
|
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
|
|
| ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
|
|
| Компьютерное исследование молекулярной эволюции генов и молекулярно-генетических систем многоклеточных животных РФФИ, номер гранта 09-04-01641
|
|
| Структура и свойства молекулярных органических кристаллов в условиях высоких давлений и низких температур СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 109
|
|
| Изучение конкурентных взаимоотношений транскрипционных факторов семейства Fox в регуляции экспресии генов печени и их роли в гепатоканцерогенезе РФФИ, номер гранта 09-04-00562-а
|
|
| 2008 | Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013
|
| Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 08-04-01214-а
|
|
| Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей РФФИ, номер гранта 08-04-01008-а
|
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов. Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
|
|
| Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.) Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
|
|
| 2006 | Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК СО РАН, номер гранта 108
|
| РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ Президиум СО РАН, номер гранта 24
|
|
| 2005 | Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом РФФИ, номер гранта 05-04-49111-а
|
| 2004 | Complex Analysis of Context Characteristics Genome DNA, Related to Nucleosome Organization U.S. Civilian Research & Development Foundation for the Independent States of the Former Soviet Union (CRDF) and the Ministry of Education of Russian Federation within the Basic Research and Higher Education Program, номер гранта Award No. REC-008, grant Y2-B-08-02
|
Научное руководство
| 2024 | Мультимодельный подход к эффективному
картированию сайтов связывания транскрипционных
факторов по данным ChIP-seq экспериментов Цуканов Антон Витальевич 1.5.8. — математическая биология, биоинформатика, 2024-02-21
|
| 2022 | СИСТЕМА КОМПЬЮТЕРНОГО ЗРЕНИЯ ДЛЯ ОЦЕНКИ
КОЛИЧЕСТВЕННЫХ ХАРАКТЕРИСТИК ПОСЕВОВ ПШЕНИЦЫ Кожекин Михаил Викторович 09.04.01 Информатика и вычислительная техника, 2022-11-23
|
| Оценка эффектов стимуляции аутофагии и стресса ЭПР на структурный гомеостаз клеток меланомы кожи мыши на основе анализа микроизображений методами компьютерного зрения Гогаева Изабелла Сергеевна 06.03.01, 2022-06-16
|
|
| 2021 | Система компьютерного зрения для извлечения количественных характеристик проростков пшеницы Бусов Игорь Дмитриевич Математика и компьютерные науки, 2021-06-23
|
| Мульти-модельный подход к эффективному картированию сайтов связывания транскрипционных факторов по данным СhIP-seq экспериментов Цуканов Антон Витальевич 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2021-06-01
|
|
| Анализ совместной встречаемости мотивов в геномной ДНК на основе данных ChIP-seq по массовому секвенированию сайтов связывания транскрипционных факторов Радица Владимир Вячеславович 03.01.09 Математическая биология, биоинформатика, 2021-05-22
|
|
| 2019 | Разработка методов компьютерного фенотипирования клубней картофеля на основе анализа их цифровых изображений Петров Александр Викторович 09.04.01 Информатика и вычислительная техника, 2019-06-24
|
| Разработка программного комплекса Web-Mcot для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов Мухин Алексей Максимович Математическая биология, биоинформатика, 2019-06-01
|
|
| 2018 | Веб-приложение для программы подсчёта трихом у пшеницы Алина Можина 2018-12-28
|
| Метод оценки цвета зерна по фотографии Смирнов Николай 2018-06-11
|
|
| Дифференциальная экспрессия и альтернативный сплайсинг в культурах клеток глиом по данным RNA-Seq Ковалев Сергей Сергеевич 30.05.01 – Медицинская биохимия, 2018-06-01
|
|
| 2016 | Разработка пакета визуализации структурных характеристик генетического текста Спицина Анастасия Михайловна 2016-06-15
|
| Компьютерное моделирование морфодинамики в меристемах растений с учетом морфогенетической регуляции и биомеханических свойств клеток Зубаирова Ульяна станиславовна 2016-04-20
|
|
| 2015 | Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов и участков хромосомных контактов в геноме Свичкарев Владлен Анатольевич Программист, 2015-05-30
|
| Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме Дергилев Артур Игоревич Программист, 2015-05-30
|
|
| Компьютерное исследование влияния высокого давления и температуры на структуру и функцию РНК-связывающего белка семейства Nip7 архей Медведев Кирилл Евгеньевич 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2015-01-28
|
|
| 2014 | Исследование структуры и эволюции научного сообщества в области биологии и медицины Блинов Александр Анатольевич Прикладная математика и информатика, 2014-07-10
|
| Стохастическое моделирование динамики генных сетей на основе синхронной булевой модели Захаров Алексей Михайлович Прикладная математика и информатика, 2014-06-07
|
|
| Компьютерный анализ данных экспрессии генов на микрочипах и высокопроизводительного секвенирования транскриптом Спицина Анастасия Михайловна Дискретная математика и математическая кибернетика, 2014-05-30
|
|
| Разработка компьютерных программ анализа данных геномного секвенирования по технологии ChIP-seq Кулакова Екатерина Викторовна Прикладная математика и информатика, 2014-05-30
|
|
| 2013 | Компьютерный поиск, аннотация и экспериментальная проверка микроРНК-кодирующих генов в геномах Clonorchis sinensis, Opisthorchis viverrini и Opisthorchis felineus Овчинников Владимир Юрьевич Биоинформатика, 2013-07-11
|
| Модификация метода связных ячеек с сортировкой взаимодействий для векторизованных расчетов в молекулярной динамике Матвиенко С.А. Технологии разработки программных систем, 2013-06-18
|
|
| Разработка метода индексации множественных конформаций лигандов для задач виртуального скрининга Вайсман Е.А. Технологии разработки программных систем, 2013-06-18
|
|
| Исследование динамики экологических групп на основе статистической модели элементарных взаимодействий особей Донских Владимир Алексеевич 2013-06-09
|
|
| Компьютерное моделирование влияния шума на динамику синхронных логических сетей Казанцев Антон Леонидович 2013-06-07
|
|
| Система автоматической декомпозиции метаболических путей по кинетическому параметру. Кабаков Михаил Анатольевич 2013-06-05
|
|
| Компьютерный анализ контекстных особенностей ДНК Сафронова Наталья Сергеевна Дискретная математика и математическая кибернетика, 2013-05-31
|
|
| Разработка методов автоматического определения количественных характеристик опушения листа Генаев Михаил Александрович 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2013-03-27
|
|
| 2012 | АНАЛИЗ МОРФОЛОГИИ И НАСЛЕДОВАНИЯ ОПУШЕНИЯ ЛИСТА У ЯРОВЫХ СОРТОВ И ГИБРИДОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Triticum aestivum L. Дорошков Алексей Владимирович 03.02.07 – генетика и 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2012-11-27
|
| Подсистема генерации web-сервисов для вычислительных модулей системы BioInfoWF Комышев Евгений Геннадьевич 2012-06-19
|
|
| Разработка QSAR дескриптора, описывающего пространственную структуру биомолекул Графеев Н.В. Технологии разработки программных систем, 2012-06-14
|
|
| Компьютерный поиск крупнозернистых конформаций РНК на классе полиномов 2-го порядка Блинов Александр Анатольевич Прикладная математика и информатика, 2012-06-08
|
|
| Компьютерный и экспериментальный анализ иммуногенных свойств вителлина и катепсина F O. felineus Носова Александра Андреевна Биоинформатика, 2012-06-07
|
|
| Экспериментальные и компьютерные подходы к анализу последовательностей ДНК хромосомы 5В мягкой пшеницы Колтунова Мария Константиновна Биоинформатика, 2012-06-07
|
|
| Изучение внутриродового генетического разнообразия среди видов рода Elymus Камчатского и Дальневосточного регионов Шмаков Николай Александрович Генетика, 2012-06-05
|
|
| Программное средство для определения скелета растрового изображения с применением волнового алгоритма. Русакова Наталья , 2012-06-01
|
|
| Веб-портал для базы данных по экспериментальным исследованиям в области геномики. Мартыщенко Мария Кирилловна , 2012-06-01
|
|
| 2011 | Анализ экспрессии генов на микрочипах на крысах линии НИСАГ Орлов Алексей Валерьевич Биоинформатика, 2011-12-08
|
| Реализация расширенного метода QTPIE для учета эффектов поляризации и переноса заряда в молекулярной динамике Васенин Андрей Евгеньевич Математическое и программное обеспечение вычислительных машин, комплексов и компьютерных сетей, 2011-06-24
|
|
| Исследование масштабируемости алгоритмов поиска соседей в молекулярной динамике Матвиенко Сергей Александрович Информатика и вычислительная техника, 2011-06-24
|
|
| 2010 | Создание системы визуализации статистических данных для фенотипических признаков растений Радошкевич Даниил Александрович 2010-08-15
|
| Создание системы статистической обработки данных для анализа фенотипических признаков растений Котов Иван Анатольевич 2010-06-15
|
|
| Разработка программного пакета для анализа сходства регуляторных районов ткань-специфичных генов Бочарников 230100.68 информатика и вычислительная техника, 2010-06-10
|
|
| 2009 | Алгоритм предсказания конформационной подвижности белковых молекул Вайсман Елизавета Анатольевна Математическое и программное обеспечение вычислительных машин, комплексов и компьютерных сетей, 2009-06-25
|
| УСКОРЕНИЕ ВЫПОЛНЕНИЯ ПРОГРАММНОГО КОМПЛЕКСА МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ MOLKERN С ПОМОЩЬЮ GPU NVIDIA Графеев Николай Владимирович Математическое и программное обеспечение вычислительных машин, комплексов и компьютерных сетей, 2009-06-25
|
|
| 2008 | Влияние мутаций на функционирование цинк связующего сайта белка р53 Бугаков Илья Владимирович химическая физика, 2008-06-25
|
| Параллельная реализация программного комплекса молекулярного моделирования MOLKERN Алемасов Николай Александрович Математическое и программное обеспечение вычислительных машин, комплексов и компьютерных сетей, 2008-06-25
|
|
| 2007 | ПАКЕТ ПРОГРАММНЫХ КОМПОНЕНТ ДЛЯ РАСЧЕТА ЭНЕРГИИ СОЛЬВАТАЦИИ БЕЛКОВ Чирцов Артем Сергеевич Математическое и программное обеспечение вычислительных машин, комплексов и компьютерных сетей, 2007-06-25
|
Учебные курсы
| 2018 | Компьютерная транскриптомика Землянская Елена Васильевна, Генаев Михаил Александрович НГУ, семестров: 1
|
| Организация и функционирование молекулярно-генетических систем IV: генные сети (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) Игнатьева Е.В., Сайк О.В. НГУ, Кафедра информационной биологии ФЕН, семестров: 1
|
|
| Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) Игнатьева Е.В., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю. НГУ, Кафедра информационной биологии ФЕН, семестров: 1
|
|
| 2017 | Введение в информационную биологию Колчанов Н.А., Лашин С.А., Фурман Д.П., Афонников Д.А., Землянская Е.В., Дорошков А.В., Бухарина Т.А. НГУ, ФЕН, биология, бакалавриат, 2 семестр, семестров: 1
|
| Организация и функционирование молекулярно-генетических систем IV: генные сети (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) Игнатьева Е.В., Сайк О.В. НГУ, Кафедра информационной биологии ФЕН, семестров: 1
|
|
| Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) Игнатьева Е.В., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю. НГУ, Кафедра информационной биологии ФЕН, семестров: 1
|
|
| 2015 | Практикум по начальной специализации "Биоинформатика и системная биология" НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
| 2014 | Эволюция сложных систем НГУ, кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
| Математические методы биоинформатики Орлов Ю.Л., Мирошниченко Л.А. Кафедра дискретной математики и информатики ММФ НГУ, семестров: 1
|
|
| 2013 | Биоинформатика и компьютерная геномика Миронова В.В., Дорошков А.В. Новосибирский Государственный Университет, Факультет Естественных наук Кафедра цитологии и генетики, 4 курс., семестров: 1
|
| Введение в биоинформатику Афонников Д.А. Башкирский государственный университет, Биологический факультет, кафедра генетики, семестров: 1
|
|
| 2012 | Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1
|
| Биоинформатика для генетиков Орлов Ю.Л. ФЕН НГУ, 4 курс, кафедра цитологии и генетики, семестров: 1
|
|
| Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) НГУ, Кафедра информационной биологии, 4 курс., семестров: 1
|
|
| 2011 | Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1
|
| Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В. Игнатьева Е.В. НГУ, Кафедра информационной биологии, 4 курс., семестров: 1
|
|
| 2010 | Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) Игнатьева Е.В. НГУ, Кафедра информационной биологии, 4 курс., семестров: 1
|
| 2004 | Генные сети НГУ, ФЕН, КИБ, семестров: 1
|
| 2003 | Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.) НГУ, Кафедра информационной биологии, 4 курс., семестров: 1
|
Патенты
| 2024 | Программный комплекс для поиска синергии мотивов в данных полногеномного картирования сайтов связывания транскрипционных факторов ChIP-seq (MetArea) Левицкий В.Г., Цуканов А.В. Номер патента 2024660248
|
| 2023 | «База данных дифференциально экспрессирующихся генов крыс как модельных объектов заболеваний человека (RatDEGdb) /A database of differentially expressed genes in rats as model objects for human diseases (RatDEGdb)» Чадаева И.В., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. Номер патента 2023623888
|
| База данных по генам рецепторов клеточной поверхности, участвующих в регуляции аппетита (ГРРегАпп)/ A database of on cell surface receptor genes involved in the regulation of appetite (RGRegApp) Игнатьева Е.В. Номер патента 2023622382
|
|
| Программа для оценки значимости обогащения длины перекрывания двух полногеномных разметок (AreaSonic) Левицкий В.Г. Номер патента 2023660669
|
|
| 2022 | Пpoгpaммa для оценки количественных характеристик посевов пшеницы (OKXПП) / Software tool for estimating quantitative characteristics of wheat crops (WheatDetectionSystem)» Кожекин М.В., Афонников Д. А., Генаев М. А., Коваль В.С. Номер патента 2022668470
|
| Программа для поиска обогащенных сайтов связывания транскрипционных факторов в промоторах дифференциально экспрессирующихся генов (ESDEG) Цуканов Антон Витальевич, Левицкий Виктор Георгиевич Номер патента 2022663820
|
|
| Программа для генерации выборки негативных последовательностей ДНК при анализе обогащения мотивов в данных массового секвенирования (SuppressBias) Левицкий Виктор Георгиевич, Цуканов Антон Витальевич Номер патента 2022612715
|
|
| 2021 | Программный комплекс для выявления обогащения цис-регуляторных элементов в выборке функциональных районов генома (CisCross) Левицкий Виктор Георгиевич, Миронова Виктория Владимировна, Лавреха Виктория Вадимовна Номер патента 2021619056
|
| Программный комплекс для дизайна синтетических цис-регуляторных элементов из последовательностей ДНК (GSGA) Левицкий В.Г., Землянская Е.В. Номер патента 2021616696
|
|
| Программный комплекс для поиска мотивов в данных полногеномного картирования сайтов связывания транскрипционных факторов ChIP-seq (SiteGA) Левицкий В.Г., Цуканов А.В. Номер патента 2021616695
|
|
| База данных генотипа и фенотипа диких видов картофеля (WildPetotaDB) / A database of the genotype and phenotype of wild potato species (WildPetotaDB) Комышев Е.Г., Колошина К.А., Фомин И.В., Колосовская Е.В., Генаев М.А., Эрст Т.В., Егорова А.А., Чалая Н.А., Рогозина Е.В., Герасимова С.В. Номер патента 2021620100
|
|
| 2019 | Программа для оценки количественных характеристик колоса пшеницы (ОКХК) / The program for the extraction the quantitative characheristics of the wheat spike (WERecognizer) Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2019666362
|
| База данных генов человека, вовлеченных в ответ на инфекцию вирусного клещевого энцефалита (ЭнцеГенХост) / Database of human genes involved in response to tick-borne encephalitis virus infection (TBEVHostDB) Игнатьева Е.В., Игошин А.В., Юдин Н.С. Номер патента 2019620937
|
|
| Программный комплекс для предсказания совместной встречаемости мотивов с учетом их перекрывания на основе данных массового секвенирования ChIP-seq (MCOT) Левицкий Виктор Георгиевич Землянская Елена Васильевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Миронова Виктория Владимировна Номер патента 2019613677
|
|
| 2018 | Программа для изучения морфологии и взаимного расположения клеток в эпидермисе листьев злаковых растений (ЛСМ-В) / Program for studying the morphology and relative position of cells in the epidermis of the leaves of cereal plants (LSM-W) Зубаирова У.С., Верман П.Ю., Дорошков А.В. Номер патента 2018664932
|
| База данных «Дифференциальный альтернативный сплайсинг генов человека при вторичной глиобластоме (ДАСГГ)» / «Differential Alternative Splicing of Human Genes in secondary Glioblastome (DASGG)» Брагин А.О., Губанова Н.В., Бабенко В.Н., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Леберфарб Е.Ю., Орлов Ю.Л. Номер патента Свидетельство о госрегистрации № 2018621416
|
|
| База данных «Дифференциальный альтернативный сплайсинг генов крыс, селектированных по агрессивному поведению (ГК-АСАП)» / «Differential alternative splicing of rat genes selected for aggressive behavior (RG-ASAB)» Брагин А.О., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Богомолов А.Г., Кожемякина Р.В., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л Номер патента 2018621208
|
|
| Программа поиска кластеров сайтов ChIP-seq в геноме «КланЧиПикс» / Program for ChIP-seq cluster search in genome «ClanChIPeaks» Цуканов А.В., Орлов Ю.Л. Номер патента Свидетельство о госрегистрации № 2018619482
|
|
| 2017 | Система учета заданий по секвенированию ДНК (СЦ-ИЦиГ) / Accounting System for DNA sequencing tasks (SС-ICG) Генаев Михаил Александрович, Комышев Евгений Геннадьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2017661319
|
| 2016 | Дифференциально экспрессирующиеся гены в ядрах шва среднего мозга депрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ЯШ/Деп) Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л. Номер патента 2016620981
|
| Дифференциально экспрессирующиеся гены в ядрах шва среднего мозга агрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ЯШ/Агр) Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л. Номер патента 2016620980
|
|
| Дифференциально экспрессирующиеся гены в гипоталамусе депрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ГПТ/Деп) Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л. Номер патента 2016620939
|
|
| Дифференциально экспрессирующиеся гены в гипоталамусе агрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ГПТ/Агр) Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л. Номер патента 2016620938
|
|
| Гены устойчивости к грибным патогенам (ГУГП)/ Pathogenesis-Related Genes (PRG) Смирнова О.Г., Кочетов А.В., Рассказов Д.А. Номер патента № 2016620429
|
|
| 2015 | Программный комплекс для предсказания потенциально транслируемых открытых рамок считывания «AUGWeb»/ Software package for prediction of efficiently translated hidden alternative open reading frames «AUGWeb» Лашин С.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Зураев Б.С., Клименко А.И. Номер патента 2015662839
|
| Программный комплекс для моделирования эволюционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов «Диплоидный эволюционный конструктор» (ДЭК) / Software package for simulation evolutionary-genetic processes in population of diploid organisms «Diploid Evolutionary Constructor» (DEC) Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Дьяченко И.С., Магеррамов Э.А. Номер патента 2015662838
|
|
| Программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» для моделирования популяционно-экологических процессов в микробных сообществах (ГЭК) / Software package «Haploid Evolutionary Constructor” for simulation populational-ecological processes in microbial communities (HEC)» Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Клименко А.И., Зудин Р.К. Номер патента 2015662840
|
|
| 2013 | Система генерации веб-сервисов и конвейеров для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики (BioUniWA) Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2013617278
|
| Система автоматической генерации веб-интерфейсов для конвейеров и вычислительных модулей для поддержки исследований в области биоинформатики (BioInfoWF) Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2013617327
|
|
| 2012 | База данных генов крысы, ассоциированных с заболеваниями старения для исследований на микрочипах (РатДНК ДБ)/ Database of rat genes associated with senescence deceases for microarray research (RatDNA DB) Орлов Юрий Львович, Мартыщенко Мария Кирилловна, Генаев Михаил Александрович, Кожевникова Оюна Суранзановна Номер патента заявка 2012620897 от 21.08.2012
|
| Интегрированная база данных молекулярно-генетических систем (МГСБаза)/Integrated molecular genetic systems database (MGSBase) Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А. Номер патента 2012620886
|
|
| Программа предсказания термодинамической стабильности мутантных форм белков методом lambda-динамики (Л-МОЛКЕРН) Фомин Э.С. Номер патента 2012617581
|
|
| База данных эволюционных и функциональных характеристик белков (ПЕФФ ДБ)/ Database of Protein Evolutional and Functional Features (PEFF DB) Гунбин К.В., Афонников Д.А., Генаев М.А. Номер патента 2012620659
|
|
| Программа поиска статистически редких аминокислотных замен в эволюции белков (РедЗамКарт) / Software tool for detecting of statistically rare amino acid replacements in protein evolution (RareMap) Гунбин К.В., Афонников Д.А. Номер патента 2012615589
|
|
| Программа автоматического определения количественных характеристик опушения листа (ОЛДетект2) / Software tool for automatically determination of the quantitative characteristics of leaf hairiness in plants (LHDetect2) Генаев Михаил Александрович, Дорошков Алексей Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Пшеничникова Татьяна Алексеевна Номер патента 2012612357
|
|
| База данных "Элементарные подсистемы: метаболизм E.coli" (ЭлСи: E.coli)/ Database "Elementary subsystems: E.coli metabolism" (ElSy: E.coli) Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В. Номер патента 2012620064
|
|
| 2010 | База данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы (ВитПГЕ). Генаев М.А., Дорошков А.В., Афонников Д.А. Номер патента 2010620602
|
| База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620013
|
|
| База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620014
|
|
| 2009 | База данных: Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite) Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А. Номер патента №2009620500
|
| 2008 | Software tool for the protein-ligand docking (MONTEDOCK) Фомин Э.С. Номер патента 2008610260
|
| Software tool for the restoring of the missing atoms in PDB files (BAUBLE) Фомин Э.С. Номер патента 2008610261
|
|
| Software tool for the protein-ligand complex optimization (EMINIMA) Фомин Э.С. Номер патента 2008610262
|
|
| 2007 | База данных: Экспрессия эукариотических генов (ЭуГенЭксп) / Eukaryotic Gene Expression Database (EuGenExp) Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620394
|
| База данных: Транскрипционный Фактор-Ген Млекопитающих взаимодействия (ТФГМВ)/ Transcription Factor- Mammalian Gene Interactions (TFMGI) Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Генаев М.А. Номер патента №2007620395
|
|
| База данных: Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE). Степаненко И.Л., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620396
|
|
| 2006 | Программа для определения консервативных свойств в сайтах связывания транскрипционных факторов и их распознавания ( САЙТКОН ) / The tool for detecting conservative properties in transcription factor binding sites and for site recognition (SITECON) “ Ощепков Д.Ю. Номер патента 2006610270
|
| База данных: Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX) Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620257
|
|
| База кинетических данных (KiNET) Недосекина Е.А., Хлебодарова Т.М., Поплавский А.С., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620209
|
|
| База данных: Районы позиционирования нуклеосом (NPRD). Левицкий В.Г., Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Фурман Д.П., Катохин А.В., Смирнова О.Г., Хлебодарова Т.М. Номер патента №2006620074
|
|
© 2010-2024 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены. | |