AI-Assisted Identification of Primary and Secondary Metabolomic Markers for Postoperative Delirium Ivanisenko VA, Rogachev AD, Makarova A-LA, Basov NV, Gaisler EV, Kuzmicheva IN, Demenkov PS, Venzel AS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Kolchanov NA, Plesko VV, Moroz GB, Lomivorotov VV, Pokrovsky AG INT J MOL SCI, 2024, 25(21), 11847;
An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA INT J MOL SCI, 2024, 25(21), 11811;
Genome-wide association study revealed some new candidate genes associated with flowering and maturity time of soybean in Central and West Siberian regions of Russia Perfil`ev R, Shcherban A, Potapov D, Maksimenko K, Kiryukhin S, Gurinovich S, Panarina V, Polyudina R, Salina E Frontiers in Plant Science, 2024, 15:1463121
Identification of Genomic Regions Conferring Enhanced Zn and Fe Concentration in Wheat Varieties and Introgression Lines Derived from Wild Relatives Irina N. Leonova, Antonina A. Kiseleva, Elena A. Salina INT J MOL SCI, 2024, 25(19), 10556; https://doi.org/10.3390/ijms251910556
Использование метода BLUP для оценки селекционной ценности образцов мягкой яровой пшеницы по содержанию микро- и макроэлементов в зерне Н.А. Потапова, А.С. Злобин, И.Н. Леонова, Е.А. Салина, Я.А. Цепилов Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 28(4):456-462 DOI 10.18699/vjgb-24-51
Biochemical, Genetic, and Grain Digital Evaluation of Soft Winter Wheat Varieties with Different Germination Index. A.V. Fedyaeva, S.D. Afonnikova, D.A. Afonnikov, O.G. Smirnova, V.N. Deeva, A.I. Pryanishnikov, E.A. Salina RUSS J PLANT PHYSL+, 2024, Volume 71, article number 56
A Transcriptome Response of Bread Wheat (Triticum aestivum L.) to a 5B Chromosome Substitution from Wild Emmer Muterko A, Kiseleva A, Salina E Plants, 2024, 13(11):1514 https://doi.org/10.3390/plants13111514
Identification of novel loci precisely modulating pre-harvest sprouting resistance and red color components of the seed coat in T. aestivum L. Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Komyshev E.G., Koval V.S., Afonnikov D.A., Salina E.A. Plants, 2024, т. 13, № 10, с. 1309
AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
Komagataella phaffii as a Platform for Heterologous Expression of Enzymes Used for Industry Khlebodarova TM, Bogacheva NV, ZadorozhnyAV, Bryanskaya AV, Vasilieva AR, Chesnokov DO, Pavlova EI, Peltek SE. Microorganisms, 2024, 12(2), 346
Ассоциация трех однонуклеотидных полиморфизмов в гене LPIN1 с показателями молочной продуктивности у коров ярославской породы А.В. Игошин, Т.М. Мишакова, Р.Б. Айтназаров, А.В. Ильина, Д.М. Ларкин, Н.С. Юдин Vavilov journal of genetics and breeding, 2024
Influence of breed and environment on leukocyte telomere length in cattle N.S. Yudin, A.V. Igoshin, G.A. Romashov, A.A. Martynov, D.M. Larkin Vavilov journal of genetics and breeding, 2024
Выдающиеся ученые России. Академик Владимир Константинович Шумный Кочетов А.В., Леонова И.Н., Першина Л.А., Захаров И.К., Хлесткина Е.К., Салина Е.А., Гончаров Н.П. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2024, Т. 10(1). С. 74-81.
Image-based classification of wheat spikes by glume pubescence using convolutional neural networks. Artemenko N.V., Genaev M.A., Epifanov R.UI., Komyshev E.G., Kruchinina Y.V., Koval V.S., Goncharov N.P. and Afonnikov D.A. Frontiers in Plant Science, 2024, т. 14, с. 1336192
Конвейер обработки гиперспектральных изображений на примере исследования зерен ячменя, содержащих меланин. Бусов И.Д., Генаев М.А., Комышев Е.Г., Коваль В.С., Зыкова Т.E., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, т. 28, № 4, С. 443-455
Использование системы ЦМС-Rf в гибридной селекции
подсолнечника Трубачеева Н.В., Салина Е.А., Шумный В.К. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2024, Т.10 №2 С.119-131
Scans for Signatures of Selection in Genomes of Wagyu and Buryat Cattle Breeds Reveal Candidate Genes and Genetic Variants for Adaptive Phenotypes and Production Traits Alexander V. Igoshin, Grigorii A. Romashov, Andrey A. Yurchenko, Nikolay S. Yudin, Denis M. Larkin Animals, 2024
The use of omics
technologies in creating LBP and postbiotics
based on the Limosilactobacillus fermentum
U-21. Odorskaya MV, Mavletova DA, Nesterov AA,
Tikhonova OV, Soloveva NA, Reznikova DA,
Galanova OO, Vatlin AA, Slynko NM,
Vasilieva AR, Peltek SE, Danilenko VN Frontiers in Microbiology, 2024
A GC-MS Metabolic Study on Lipophilic Compounds in the
Leaves of Common Wheat Triticum aestivum L. Asya R. Vasilieva, Nikolay M. Slynko, Nikolay P. Goncharov, Ljudmila E. Tatarova, Leonid V. Kuibida, Sergey E. Peltek Metabolites, 2024, 2024, 14, 426
TauL1, TauL2 and TauL3 gene-pools of Aegilops tauschii essentially differ in their genetic expression patterns Alexander Ju. Dudnikov, Gennady V. Vasiliev, Ming Hao, Deng-Cai Liu, Fan Xing, Mehdi Mansouri, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov Botanica Serbica, 2024, 48 (2): 239–246
The Transcriptomic Response of Cells of the Thermophilic Bacterium Geobacillus icigianus to Terahertz Irradiation Sergey Peltek, Svetlana Bannikova,Tamara M. Khlebodarova, Yulia Uvarova, Aleksey M. Mukhin, Gennady Vasiliev, Mikhail Scheglov, Aleksandra Shipova, Asya Vasilieva, Dmitry Oshchepkov, Alla Bryanskaya, Vasily Popik INT J MOL SCI, 2024
Design of Ctenophore Ca2+-Regulated Photoprotein Berovin Capable of Being Converted into Active Protein Under Physiological Conditions: Computational and
Experimental Approaches Ludmila P. Burakova, Nikita V. Ivanisenko, Natalia V. Rukosueva, Vladimir A. Ivanisenko, Eugene S. Vysotski Life, 2024
Non-coding RNA notations, regulations and interactive resources Mengwei Cheng, Yinhuan Zhu, Han Yu, Linlin Shao, Yiming Zhang, Lanxing Li, Haohong Tu, Luyao Xie, Haoyu Chao, Peijing Zhang, Saige Xin, Cong Feng, Vladimir Ivanisenko, Yuriy Orlov, Dijun Chen, Aloysius Wong, Yixin Eric Yang & Ming Chen FUNCT INTEGR GENOMIC, 2024
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of the TATA-binding protein for the promoters of human genes associated with primary open-angle glaucoma Zolotareva K, Dotsenko P, Podkolodnyy N, Ivanov R, Makarova A-L, Chadaeva I, Bogomolov A, Demenkov P, Ivanisenko V, Oshchepkov D, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 23, 25, 12802
Targeting type I DED interactions at the DED filament serves as a sensitive switch for cell fate decisions Corinna König, Nikita V. Ivanisenko, Laura K. Hillert-Richter, Deepti Namjoshi, Kalyani Natu, Johannes Espe, Dirk Reinhold, Nikolai A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Thilo Kähne, Kakoli Bose, Inna N. Lavrik Cell Chemical Biology, 2024
Evaluation of the Spike Diversity of Seven Hexaploid Wheat Species and an Artificial Amphidiploid Using a Quadrangle Model Obtained from 2D Images. Komyshev E.G., Genaev M.A., Kruchinina Yu.V., Koval V.S., Goncharov N.P. and Afonnikov D.A. Plants, 2024, v. 13, № 19, p. 2736
AEGILOPS TAUSCHII (POACEAE, POALES) PHYLOGENETIC TREE BASED ON TRANSCRIPTOMES SEQUENCING A. J. Dudnikov, G. V. Vasiliev, M. Hao, D.-C. Liu, F. Xing,
M. Mansouri, D. A. Afonnikov, N. A. Shmakov Acta Botanica Hungarica, 2024, 66(3–4), pp. 155–166
ЦИФРОВАЯ ПЛАТФОРМА «МИКРОБИОТЕХ»: АРХИТЕКТУРА И НАЗНАЧЕНИЕ Деменков П. С., Мухин А. М., Иванисенко В. А., Лашин С. А., Колчанов Н. А. Проблемы информатики, 2024
2023
Race Composition of the Novosibirsk Population of Puccinia graminis f. sp. tritici E.S. Skolotneva, V.N. Kelbin, A.I. Morgunov, N.I. Boiko, V.P. Shamanin, E.A. Salina Biology Bulletin Reviews, 2023, Vol. 13, Suppl. 1, pp. S114–S122
Характеристика популяций Puccinia graminis f. sp. tritici, существующих на мягкой пшенице в Поволжском и Центральном регионах России, по микросателлитным локусам Е.С. Сколотнева, Ю.В. Лаприна, О.А. Баранова, Т.М. Коломиец, М.И. Киселева, В.Н. Кельбин, Е.А. Салина Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, 9(4):201-208
Identification of genetic loci for early maturity in spring bread wheat using the association analysis and gene dissection Antonina A. Kiseleva, Irina N. Leonova, Elena V. Ageeva,
Ivan E. Likhenko, Elena A. Salina PeerJ, 2023, 11:e16109 DOI 10.7717/peerj.16109
Population Structure and Genetic Diversity of the 175 Soybean Breeding Lines and Varieties Cultivated in West Siberia and Other Regions of Russia Nadezhda A. Potapova, Alexander S. Zlobin, Roman N. Perfil’ev, Gennady V. Vasiliev, Elena A. Salina, Yakov A. Tsepilov Plants, 2023, 12(19), 3490, https://doi.org/10.3390/plants12193490
Determination of the melanin and anthocyanin content in barley grains by digital image analysis using machine learning methods E.G. Komyshev, M.A. Genaev, I.D. Busov, M.V. Kozhekin, N.V. Artemenko, A.Y. Glagoleva, V.S. Koval, D.A. Afonnikov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
Характеристика синтетической линии пшеницы –
потенциального источника хозяйственно ценных признаков И.Г. Адонина, М.В. Зорина, С.П. Мехдиева, И.Н. Леонова, Е.Г. Комышев, Е.М. Тимонова, Е.А. Салина Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, Т.9,№3,С.117-125
Novel Genetic Loci from Triticum timopheevii Associated with Gluten Content Revealed by GWAS in Wheat Breeding Lines Irina N. Leonova, Antonina A. Kiseleva, Alina A. Berezhnaya, Olga A. Orlovskaya, Elena A. Salina INT J MOL SCI, 2023, 24, 13304 https:// doi.org/10.3390/ijms241713304 (registering DOI)
Multivariate Genome-Wide Association Study of Concentrations of Seven Elements in Seeds Reveals Four New Loci in Russian Wheat Lines Nadezhda A. Potapova, Anna N. Timoshchuk, Evgeny S. Tiys, Natalia A. Vinichenko, Irina N. Leonova, Elena A. Salina, Yakov A. Tsepilov Plants, 2023, 12, 3019 https:// doi.org/10.3390/plants12173019 Received: 25 July 2023 Revised: 11 August 2023 Accepted: 19 August 2023 Published: 22 August 2023
Impact of Allelic Variation in Maturity Genes E1–E4 on Soybean Adaptation to Central and West Siberian Regions of Russia Perfil’ev R., Shcherban A., Potapov D., Maksimenko K., Kiryukhin S., Gurinovich S., Panarina V., Polyudina R., Salina E. Agriculture, 2023, vol. 13, no. 6: article 1251, https://doi.org/10.3390/agriculture13061251, IF=3.408, Received: 16 May 2023, Revised: 11 June 2023, Accepted: 13 June 2023, Published: 15 June 2023
Assembly and Analysis of Plastomes for 15 Potato Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Elena A. Salina, Alex V. Kochetov, Dmitry A. Afonnikov Agronomy, 2023, 13(6), 1454; https://doi.org/10.3390/agronomy13061454
Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato
Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Gennady V. Vasiliev, Stepan V. Toshchakov, Nikolay A. Shmakov, Mikhail A. Genaev, Mikhail A. Nesterov, Salmaz M. Ibragimova, Daniil A. Rybakov,
Tatjana A. Gavrilenko, Elena A. Salina, Maxim V. Patrushev, Alex V. Kochetov and Dmitry A. Afonnikov INT J MOL SCI, 2023, v. 24, p. 5713
SSR variability of stem rust pathogen on spring bread wheat in Russia Skolotneva E.S., Kosman E., Kelbin V.N., Morozova E.V., Laprina Yu.V., Baranova O.A., Kolomiets T.M., Kiseleva M.I., Sergeeva E.M., Salina E.A. PLANT DIS, 2023, https://doi.org/10.1094/PDIS-10-22-2373-RE PMID: 36265157, Vol. 107, No. 2: 493-499 February 2023
Heterologous Expression of Extracellular Proteinase pAsPs of Aspergillus pseudotamarii in Komagataella phaffii. Zadorozhny AV, Voskoboev ME, Bochkov DV, Rozanov AS, Shedko ED, Mescheryakova IA, Blinov AG, Korzhuk AV, Shlyakhtun VN, Bogacheva NV, Antonov EV, Bannikova SV, Goryachkovskaya TN, Peltek SE INT J MOL SCI, 2023, International Journal of Molecular Sciences. 2022; 23(23):15035.
Клонирование и экспрессия гена маннаназы Thermothielavioides terrestris в Komagataella phaffii Задорожный А.В., Павлова Е.Ю., Ушаков В.С., Богачева Н.В., Шляхтун В.Н., Розанов А.С., Воскобоев M.E., Коржук А.В., Новикова Д.С., Банникова С.В., Мещерякова И.А., Васильева А.Р., Брянская А.В., Бочков Д.В., Шипова А.А., Горячковская Т.Н., Пельтек С.Е. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, 2022 Т. 8, № 4. С. 344–351
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
ФАКТОРЫ, ВЛИЯЮЩИЕ НА ПРОРАСТАНИЕ ЗЕРНА НА КОРНЮ У МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ (TRITICUM AESTIVUM L.), И МЕТОДЫ ИХ ОЦЕНКИ А.В. Федяева, Е.А. Салина, В.К. Шумный Генетика, 2023, T. 59, № 1, стр. 5-17, DOI: 10.31857/S0016675823010058
Молекулярные маркеры адаптации к холодному климату у крупного рогатого скота Н.С. Юдин, А.В. Игошин, Д.М. Ларкин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023
The mitochondrial genome of Dendrobaena tellermanica Perel, 1966 (Annelida: Lumbricidae) and its phylogenetic position Shekhovtsov S. V., Vasiliev G. V., Latif R., Poluboyarova T. V., Peltek S. E., Rapoport I. B. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(2):146-152
MORPHOLOGICAL AND GENETIC ANALYSIS OF DENDRODRILUS RUBIDUS (BIMASTOS RUBIDUS)(OLIGOCHAETA, LUMBRICIDAE) IN RUSSIA AND BELARUS Ermolov S. A., Shekhovtsov S. V., Geraskina A. P., Derzhinsky E. A., Kotsur V. M., Poluboyarova T. V., Peltek S. E. Rus J Ecosystem Ecol, 2023, 8(1), 15-27
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
Первичная и вторичная микро-РНК модуляция внешнего пути апоптоза при гепатоцеллюлярной карциноме Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Антропова Е.А., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Молекулярная биология, 2023, 57(2):166–177
ICAnnoLncRNA: A Snakemake Pipeline for a Long Non-Coding-RNA Search and Annotation in Transcriptomic Sequences Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Genes, 2023, 14(7), 1331
A Multibreed Genome-Wide Association Study for Cattle Leukocyte Telomere Length Alexander V. Igoshin, Nikolay S. Yudin, Grigorii A. Romashov, Denis M. Larkin Genes, 2023
База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806.
Молекулярно-генетические пути регуляции вирусом гепатита С экспрессии клеточных факторов PREB и PLA2G4C, играющих важную роль для репликации вируса Е.Л. Мищенко, А.А. Макарова, Е.А. Антропова, А.С. Вензель, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):776-783
Создание скороспелых линий сои (GLYCINE MAX (L.) MERR.) в условиях Западной Сибири Потапов Д.А., Перфильев Р.Н., Максименко К.В., Щербань А.Б., Полюдина Р.И., Салина Е.А. Агронаука, 2023, Том 1. No 1. C.23–27
Accurate noise-robust classification of
Bacillus species from MALDI-TOF MS spectra
using a denoising autoencoder Yulia E. Uvarova, Pavel S. Demenkov, Irina N. Kuzmicheva, Artur S. Venzel, Elena L.
Mischenko, Timofey V. Ivanisenko, Vadim M. Efimov, Svetlana V. Bannikova, Asya R.
Vasilieva, Vladimir A. Ivanisenko and Sergey E. Peltek J INTEGR BIOINFORM, 2023
Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R.
Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V.
Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik
and Vladimir A. Ivanisenko J INTEGR BIOINFORM, 2023
The Molecular Aspects of Functional Activity of Macrophage-Activating Factor GcMAF Kirikovich SS, Levites EV, Proskurina AS, Ritter GS, Peltek SE, Vasilieva AR, Ruzanova VS, Dolgova EV, Oshihmina SG, Sysoev AV, Koleno DI, Danilenko ED, Taranov OS, Ostanin AA, Chernykh ER, Kolchanov NA, Bogachev SS INT J MOL SCI, 2023, 24, 17396
Human_SNP_TATAdb – база данных о SNP, статистически достоверно изменяющих сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека: полногеномный анализ и варианты использования. Филонов С.В., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Твердохлеб Н.Н., Пономаренко П.М., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 7, 27, 728-736
Приоритизация потенциальных фармакологических мишеней для создания лекарств против гепатокарциномы, модулирующих внешний путь апоптоза, на основе реконструкции и анализа ассоциативных генных сетей П. С. Деменков, Е. А. Антропова, А. В. Адамовская, Е. Л. Мищенко, Т. М. Хлебодарова, Т. В. Иванисенко, Н. В. Иванисенко, А. С. Вензель, И. Н. Лаврик, В. А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
GBS-DP: биоинформатический конвейер для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования А.Ю. Пронозин, Е.А. Салина, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):737-745
Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova,
T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
Изучение анатомо-морфологических признаков стебля
и устойчивости к полеганию сортов яровой мягкой пшеницы (Triticum aestivum L.) Е.В. Агеева, И.Н. Леонова, Е.А. Салина, И.Е. Лихенко Журнал Сибирского федерального университета. Биология, 2023, 16(4):506–521
Primary and Secondary micro-RNA Modulation the Extrinsic Pathway of Apoptosis in Hepatocellular Carcinoma Khlebodarova TM, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Lavrik IN, Ivanisenko VA. Molecular Biology, 2023, 57(2):165-175
Prioritization of potential pharmacological targets for thedevelopment of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction andanalysis of associative gene networks help. Demenkov P.S., Antropova E.A., Adamovskaya A.V., Mishchenko E.L., Khlebodarova T.M., Ivanisenko T.V., Ivanisenko N.V., Venzel A.S., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):784-793
Компиляция и функциональная классификация генов, ассоциированных с длиной теломер, у человека и других видов животных Игнатьева Е.В., Юдин Н.С., Ларкин Д.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(3):292-301
Compilation and functional classification of telomere length-associated genes in humans and other animal species Ignatieva E.V., Yudin N.S., Larkin D.M. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(3):283-292
Молекулярные механизмы оптимизации элонгации трансляции существенно различаются у бактерий, имеющих и не имеющих кластеры генов биосинтеза нерибосомных пептидов А. И. Клименко, С. А. Лашин, Н. А. Колчанов, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин Молекулярная биология, 2023, том 57, № 2, с. 155–165
Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus Korenskaia A.Y., Matushkin Y.G., Mustafin Z.S., Lashin S.A., Klimenko A.I. Biology, 2023, 12(10):1338
Анализ содержания жирных кислот в люминальных подтипах А и В рака молочной железы с помощью двумерной газовой хроматографии, объединенной с масс-спектрометрией И.С. Валембахов, Н.М. Слынько, А.Р. Васильева, В.В. Конончук, Т.С. Калинина, Л.Ф. Гуляева, Н.Е. Кушлинский КЛИНИЧЕСКАЯ ЛАБОРАТОРНАЯ ДИАГНОСТИКА, 2023, 68 (11): 662-665
Gene networks for use in metabolomic data analysis of blood plasma from patients with postoperative delirium Ivanisenko V.A., Basov N.V., Makarova A.A., Venzel A.S., Rogachev A.D., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Kleshchev M.A., Gaisler E.V., Moroz G.B., Plesko V.V., Sotnikova Y.S., Patrushev Y.V., Lomivorotov V.V., Kolchanov N.A., Pokrovsky A.G. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):768-775
Integrating omics databases for enhanced crop breeding Chao H, Zhang S, Hu Y, Ni Q, Xin S, Zhao L, Ivanisenko VA, Orlov YL, Chen M J INTEGR BIOINFORM, 2023, Jul 25;20(4)
RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806
2022
Metagenomic insights into the uncultured diversity and metabolism of the microbial communities in hypersaline lake Bryanskaya A.V., Shipova A.A., Rozanov A.S., Volkova O.A., Lazareva E.V., Uvarova Y.E., Goryachkovskaya T.N., Peltek S.E. Biology, 2022, 11(4):605.
Bioinformatic Assessment of Factors Affecting the Correlation between Protein Abundance and Elongation Efficiency in Prokaryotes Aleksandra E. Korenskaia, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin, Alexandra I. Klimenko INT J MOL SCI, 2022, Т. 23. № 19. С. 11996.
Wheat yield estimation based on analysis of UAV
images at low altitude Mikhail Kozhekin, Mikhail Genaev, Vasily Koval, Andrey Slobodchikov, Dmitry Afonnikov BIO Web of Conferences, 2022
Causal effects of psychosocial factors on chronic back pain: a bidirectional Mendelian randomisation study Frances M K Williams, Elizaveta E Elgaeva, Maxim B Freidin, Olga O Zaytseva, Yurii S Aulchenko, Yakov A Tsepilov, Pradeep Suri EUR SPINE J, 2022, 2022 Jul;31(7):1906-1915
Dissection of Structural Reorganization of Wheat 5B Сhromosome Associated With Interspecies Кecombination Suppression Elena Salina, Alexander Muterko, Antonina Kiseleva, Zhiyong Liu, Abraham Korol Frontiers in Plant Science, 2022, Volume 13, Article 884632
Functional characterization of genes with daily expression patterns in common wheat Antonina A. Kiseleva, Mariya K. Bragina, Aleksandr F. Muterko, Elena A. Salina PLANT MOL BIOL, 2022, 109, 135–146
Identification of QTLs for Grain Protein Content in Russian Spring Wheat Varieties Leonova I.N., Kiseleva A.A., Berezhnaya A.A., Stasyuk A.I., Likhenko I.E., Salina, E.A. Plants, 2022, 11(3), 437
Computer analysis of the relation between hydrogen bond stability in SOD1 mutants and the survival time of amyotrophic lateral sclerosis patients Alemasov, N. A., Timofeev, V. S., Ivanisenko, N. V., Kolchanov, N. A., & Ivanisenko, V. A. J MOL GRAPH MODEL, 2022
Diversity of stem rust resistance in modern Siberian bread wheat (Triticum aestivum) germplasm Vasiliy N. Kelbin, Ekaterina S. Skolotneva, Vladimir P. Shamanin, Elena A. Salina Plant Breeding, 2022, Volume141, Issue2 Pages 194-203 First published: 20 January 2022
Relationship between the characteristics of bread wheat grains, storage time and germination Dmitry A. Afonnikov. Evgenii G. Komyshev, Vadim M. Efimov, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Peter U. Gierke and Andreas Börner Plants, 2022, v. 11, p. 35
Classification of Fruit Flies by Gender in Images Using
Smartphones and the YOLOv4-Tiny Neural Network Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Olga D. Shishkina, Natalya V. Adonyeva, Evgenia K. Karpova, Nataly E. Gruntenko, Lyudmila P. Zakharenko, Vasily S. Koval and Dmitry A. Afonnikov Mathematics, 2022, v. 10, p. 295
Клонирование и экспрессия гена целлюлазы Penicillium sp. “occitanis” в K. phaffii T07, выделение и анализ свойств. Розанов А.С., Воскобоев М., Богачева Н.В., Коржук А.В., Шляхтун В.Н., Мещерякова И.А., Романцев В.А., Бочков Д.В., Задорожный А., Пельтек С.Е. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2022
Variability of leaf pubescence characteristics in transgenic tobacco lines with partial proline dehydrogenase gene suppression. S.M. Ibragimova, M.A. Genaev, A.V. Kochetov, D.A. Afonnikov BIOL PLANTARUM, 2022, 66:24-28
Изучение влияния чужеродных транслокаций на показатели андрогенеза in vitro у линий мягкой пшеницы (Triticum aestivum L.) Тимонова Е.М., Адонина И.Г., Салина Е.А. Тр. по прикл. ботанике, генетике и селекции, 2022, 183(1):127-134
Сравнительный анализ частот ДНК-полиморфизмов, ассоциированных с заболеваниями и хозяйственно важными признаками, в геномах российских и зарубежных пород крупного рогатого скота А.В. Игошин, Г.А. Ромашов, Е.Н. Черняева, Н.П. Елаткин, Н.C. Юдин, Д.M. Ларкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2022
Resequencing the Yaroslavl cattle genomes reveals signatures of selection and a rare haplotype on BTA28 likely to be related to breed phenotypes Ruvinskiy D.E., Igoshin A.V., Yurchenko A.A., Ilina A.V., Larkin D.M. ANIM GENET, 2022
Метаболизм крахмала у картофеля Solanum tuberosum L. Сергеева Е.М., Ларичев К.Т., Салина Е.А., Кочетов А.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, Том 26, № 3: 250-263
QTL Analysis for Bread Wheat Seed Size, Shape and Color
Characteristics Estimated by Digital Image Processing Mian Abdur Rehman Arif, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Nikolay
A. Shmakov, Andreas Börner and Dmitry A. Afonnikov Plants, 2022, v. 11, article 2105.
CRISPR/Cas9-induced modification of a conservative promoter region of VRN-A1 alters the heading time of hexaploid bread wheat Dmitry Miroshnichenko, Vadim Timerbaev, Anna Klementyeva, Alexander Pushin, Tatiana Sidorova, Dmitry Litvinov, Lubov Nazarova, Olga Shulga, Mikhail Divashuk, Gennady I. Karlov, Elena Salina, Sergey Dolgov Frontiers in Plant Science, 2022, Sec. Plant Biotechnology Received:19 Sep 2022; Accepted: 04 Nov 2022. ISSN 1664-462X
Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients V. A. Ivanisenko, E. V. Gaisler, N. V. Basov, A. D. Rogachev, S. V. Cheresiz, T. V. Ivanisenko, P. S. Demenkov, E. L. Mishchenko, O. P. Khripko, Yu. I. Khripko, S. M. Voevoda, T. N. Karpenko, A. J. Velichko, M. I. Voevoda, N. A. Kolchanov, A. G. Pokrovsky SCI REP-UK, 2022, 12, 19977
The New Version of the ANDDigest Tool with Improved AI-Based Short Names Recognition Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 14934
Easy and Effective Method for Extracting and Purifying Wolbachia Genomic DNA Andreenkova O.V., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Korenskaia A.E., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15315
New Wolbachia pipientis Genotype Increasing Heat Stress Resistance of Drosophila melanogaster Host Is Characterized by a Large Chromosomal Inversion Korenskaia A.E., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Andreenkova O.V., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(24), 16212
РАЗРАБОТКА И ВНЕДРЕНИЕ КОМПЛЕКСА СЕЛЕКЦИОННО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ ТЕХНОЛОГИЙ И СОЗДАНИЕ НА ИХ ОСНОВЕ СОРТОВ ЗЕРНОВЫХ КУЛЬТУР, АДАПТИРОВАННЫХ К РАЗЛИЧНЫМ ЭКОЛОГИЧЕСКИМ ЗОНАМ Салина Елена Артемовна, Леонова Ирина Николаевна, Щербань Андрей Борисович, Шоева Олеся Юрьевна, Лихенко Иван Евгеньевич, Советов Владимир Викторович, Лихенко Надежда Николаевна, Орлова Елена Арнольдовна, Григорьев Юрий Николаевич Наука и Технологии Сибири, 2022, № 4 (7): 96-98 ISSN: 2782-4969
Specific features of the proteomic response of thermophilic bacterium Geobacillus icigianus to terahertz irradiation. Bannikova S.V., Khlebodarova T.M., Vasilieva A., Meshcheryakova I.A., Bryanskaya A.V., Shedko E., Popik V.M., Goryachkovskaya T.N., Peltek S.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15216
Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С. Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовская А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):733-742
Computer analysis of regulation of hepatocarcinoma marker genes hypermethylated by HCV proteins. Antropova E.A., Khlebodarova T.M., Demenkov P.S., Venzel A.S., Ivanisenko N.V., Gavrilenko A.D., Ivanisenko T.V., Adamovskaya A.V., Revva P.M., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):733-742
Development of Small Molecules Targeting Procaspase-8 at the DISC J. Espe, N. V. Ivanisenko, L. K. Hillert-Richter, V. A. Ivanisenko, I. N. Lavrik Cell and Tissue Biology, 2022
Plant Biology and Biotechnology: Focus on Genomics and Bioinformatics Orlov Y.L., Ivanisenko V.A., Dobrovolskaya O.B., Chen M. INT J MOL SCI, 2022, 23, 6759
2021
Identification of tissue-specific and common methylation quantitative trait loci in healthy individuals using MAGAR Scherer M, Gasparoni G, Rahmouni S, Shashkova T, Arnoux M, Louis E, Nostaeva A, Avalos D, Dermitzakis ET, Aulchenko YS, Lengauer T, Lyons PA, Georges M, Walter J EPIGENET CHROMATIN, 2021, 14(1):44
Genome-wide association studies of low back pain and lumbar spinal disorders using electronic health record data identify a locus associated with lumbar spinal stenosis Suri P, Stanaway IB, Zhang Y, Freidin MB, Tsepilov YA, Carrell DS, Williams FMK, Aulchenko YS, Hakonarson H, Namjou B, Crosslin DR, Jarvik GP, Lee MT PAIN, 2021, 162(8):2263-2272
Multivariate genome-wide analysis of immunoglobulin G N-glycosylation identifies new loci pleiotropic with immune function. Shadrina AS, Zlobin AS, Zaytseva OO, Klarić L, Sharapov SZ, D Pakhomov E, Perola M, Esko T, Hayward C, Wilson JF, Lauc G, Aulchenko YS, Tsepilov YA HUM MOL GENET, 2021, 30(13):1259-1270
Nontrivial Replication of Loci Detected by Multi-Trait Methods. Ning Z, Tsepilov YA, Sharapov SZ, Wang Z, Grishenko AK, Feng X, Shirali M, Joshi PK, Wilson JF, Pawitan Y, Haley CS, Aulchenko YS, Shen X Frontiers in Genetics, 2021, 12:627989
Fluorescent bacterial biosensor E.
coli/pTdcR-TurboYFP sensitive to terahertz
radiation DANIL S. SERDYUKOV, TATIANA N. GORYACHKOVSKAYA,
IRINA A. MESCHERYAKOVA, SERGEI A. KUZNETSOV,
VASILIY M. POPIK, SERGEY E. PELTEK BIOMED OPT EXPRESS, 2021
PheLiGe: an interactive database of billions of human genotype-phenotype associations Shashkova TI, Pakhomov ED, Gorev DD, Karssen LC, Joshi PK, Aulchenko YS NUCLEIC ACIDS RES, 2021, 49(D1):D1347-D1350
Essential Oils from Different Parts of the Sea Buckthorn Hippophae rhamnoides L. Nikolay M. Slynko, Leonid V. Kuibida, Ludmila E. Tatarova, George U. Galitsyn,
Tatiana N. Goryachkovskaya, Sergey E. Peltek Advances in Bioscience and Biotechnology, 2021, 2019, 10, 233-243
Пангеномы сельскохозяйственных растений Пронозин А.Ю., Брагина М.К., Салина Е.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021;25(1):57-63
Correlation of Metabolic Profiles of Plasma and Cerebrospinal Fluid of High-Grade Glioma Patients A. D. Rogachev, N. A. Alemasov, V. A. Ivanisenko, N. V. Ivanisenko, E. V. Gaisler, O. S. Oleshko, S. V.
Cheresiz, S. V. Mishinov, V. V. Stupak, A. G. Pokrovsky Metabolites, 2021
Фенотипическая изменчивость селекционных линий мягкой пшеницы (Triticum aestivum L.) по элементам структуры урожая в экологических условиях Западной Сибири и Татарстана Стасюк А.И., Леонова И.Н., Пономарева М.Л., Василова Н.З., Шаманин В.П., Салина Е.А. Сельскохозяйственная биология, 2021, т. 56, №1, с. 78-91
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin Lect Notes Comput Sci, 2021
Whole-Genome Resequencing Points to Candidate DNA Loci Affecting Body Temperature under Cold Stress in Siberian Cattle Populations Alexander Igoshin, Nikolay Yudin, Ruslan Aitnazarov, Andrey A. Yurchenko, Denis M. Larkin Life, 2021
Рибосомное профилирование как инструмент исследования трансляции у растений: основные итоги, проблемы и перспективы Афонников, Д. А., Синицына, О. И., Голубева, Т. С., Шмаков, Н. А., Кочетов, А. В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 251-259
Вироид веретеновидности клубней картофеля Кочетов, А. В., Пронозин, А. Ю., Шацкая, Н. В., Афонников, Д. А., Афанасенко, О. С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 269-275
Определение количественного содержания хлорофиллов в листьях по спектрам отражения алгоритмом случайного леса. Урбанович Е.А., Афонников Д.А., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 1, Т. 25, С. 64-70
Image-Based Wheat Fungi Diseases Identification by Deep Learning Genaev M .A., Skolotneva E.S., Gultyaeva E.I., Orlova E.A., Bechtold N.P., Afonnikov D.A. Plants, 2021, V. 10, P. 1500
Сравнение белкового состава атеросклеротических бляшек коронарных артерий на разных стадиях развития Стахнёва Е.М., Мещерякова И.А., Демидов Е.А., Старостин К.В., Садовский Е.В., Пельтек С.Е, Чернявский А.М., Волков А.М., Кургузов А.В., Мурашов И.С., Рагино Ю.И. Молекулярная медицина, 2021, 19(5):58-64
Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021 Sep; 25(5): 580–592.
E. coli aggregation and impaired cell division after terahertz irradiation. 1. Peltek S, Meshcheryakova I, Kiseleva E, Oshchepkov D, Rozanov A, Serdyukov D, Demidov E, Vasiliev G, Vinokurov N, Bryanskaya A, Bannikova S, Popik V, Goryachkovskaya T. SCI REP-UK, 2021, Oct 14;11(1):20464.
Продукция субтилизиновых протеаз в бактериях и дрожжах Розанов А.С., Шеховцов С.В., Богачева Н.В., Першина Е.Г., Ряполова А.В.,Бытяк Д.С., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(6):647-651
Biochemical response to freezing in the Siberian salamander Salamandrella keyserlingii Shekhovtsov S.V., Bulakhova, N.A., Tsentalovich Y.P., Zelentsova E.A., Meshcheryakova E.N., Poluboyarova T.V., Berman, D.I. Biology, 2021, V. 10. I. 11. no. 1172.
Morphological differences between genetic lineages of the peregrine earthworm Aporrectodea caliginosa (Savigny, 1826) Shekhovtsov S.V., Ermolov S.A., Poluboyarova T.V., Kim-Kashmenskaya M.N., Derzhinsky Ye. A., Peltek S.E. ACTA ZOOL ACAD SCI H, 2021, V. 67. № 3. P. 235–246.
Microorganisms of two thermal pools on Kunashir Island, Russia Rozanov A.S., Korzhuk A.V., Shekhovtsov S.V., Vasiliev G.V., Peltek S.E. Biology, 2021, V. 10. I. 9 P. 924.
NLR Genes Related Transcript Sets in Potato Cultivars Bearing Genetic Material of Wild Mexican Solanum Species Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Antonova O.Y., Shatskaya N.V., Glagoleva A.Y., Ibragimova S.M., Khiutti A., Afanasenko O.S., Gavrilenko T.A. Agronomy, 2021, v. 11, P. 2426
Copy number variants in genomes of local sheep breeds from Russia A.V. Igoshin, T.E. Deniskova, A.A. Yurchenko, N.S. Yudin, A.V. Dotsev, M.I. Selionova, N.A. Zinovieva, D.M. Larkin ANIM GENET, 2021
The gene Sr38 for bread wheat breeding in Western Siberia Skolotneva E.S., Kelbin V.N., Shamanin V.P., Boyko N.I., Aparina V.A., Salina E.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Volume: 25 Issue: 7 Pages: 740-745
Genome-wide association study identifies RNF123 locus as associated with chronic widespread musculoskeletal pain. Rahman MS, Winsvold BS, Chavez Chavez SO, Børte S, Tsepilov YA, Sharapov SZ; HUNT All-In Pain, Aulchenko YS, Hagen K, Fors EA, Hveem K, Zwart JA, van Meurs JB, Freidin MB, Williams FM. ANN RHEUM DIS, 2021, 80(9):1227-1235
Quantitative Genetics of Human Protein N-Glycosylation Krištić J, Sharapov SZ, Aulchenko YS ADV EXP MED BIOL, 2021, 1325:151-171
PHENOTYPIC VARIABILITY OF COMMON WHEAT (Triticum aestivum L.) BREEDING LINES ON YIELD COMPONENTS UNDER ENVIRONMENTAL CONDITIONS OF WESTERN SIBERIA AND TATARSTAN A.I. Stasyuk, I.N. Leonova, M.L. Ponomareva, N.Z. Vasilova, V.P. Shamanin, E.A. Salina Сельскохозяйственная биология, 2021, V. 56, Iss. 1, pp. 78-91
Associations Between Genetically Predicted Plasma N-Glycans and Prostate Cancer Risk: Analysis of Over 140,000 European Descendants Duo Liu, Jingjing Zhu, Tianying Zhao, Sodbo Sharapov, Evgeny Tiys, Lang Wu Pharmgenomics Pers Med, 2021
Metagenomics data of microbial communities in bacterial mats and bottom sediments in water bodies within the Kurai Mercury Province (Gorny Altai, Russia). Rozanov A. S., Myagkaya I. N., Korzhuk A. V., Ershov N. I., Kirichenko I. S., Gustaytis M. A., Saryg-ool B.Y., Malov V.I., Shipova A.A., Lazareva E.V. & Peltek, S. E. Data in Brief, 2021
Metagenomics data of microbial communities of natural organic matter from the dispersion train of sulfide tailings. Korzhuk A. V., Myagkaya I. N., Rozanov A. S., Ershov N. I., Saryg-Ool B. O. Y., Malov V. I., Shipova A.A., Lazareva E.V. & Peltek, S. E. Data in Brief, 2021
Структурно-морфологические признаки участия микроорганизмов в формировании богатых Nb–REE-руд томторского месторождения (Россия) Добрецов Н.Л., Жмодик С.М., Лазарева Е.В., Брянская А.В., Пономарчук В.А., Сарыг-оол Б.Ю., Кириченко И.С., Толстов А.В., Карманов Н.С. Doklady Akademii Nauk, 2021
Mechanosensitive molecular interactions in atherogenic regions of the arteries: development of atherosclerosis. Mishchenko EL, Mishchenko AM, Ivanisenko VA Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Sep;25(5):552-561
Получение рекомбинантного штамма Komagataella phaffi – продуцента протеиназы К из Tritirachium album А. Б. Беклемишев, М. Б. Пыхтина, Я. М. Куликов, Т. Н. Горячковская, Д. В. Бочков, С. В. Сергеева, А. Р. Васильева, В. П. Романов, Д. С. Новикова, С. Е. Пельтек Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Том 25, № 8 (2021)
2020
Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. No 2. С. 455–470
Genome-wide association study of leaf rust resistance in Russian spring wheat varieties Irina N. Leonova, Ekaterina S. Skolotneva, Elena A. Salina BMC PLANT BIOL, 2020, 2020, 20(Suppl 1):135 https://doi.org/10.1186/s12870-020-02333-3
Effects of Rht17 in combination with Vrn-B1 and Ppd-D1 alleles on agronomic traits in wheat in black earth and non-black earth regions Pavel Yu. Kroupin, Gennady I. Karlov, Ludmila A. Bespalova, Elena A. Salina, Anastasiya G. Chernook, Nobuyoshi Watanabe, Mikhail S. Bazhenov, Vladimir V. Panchenko, Lubov A. Nazarova, Victor Ya. Kovtunenko, Mikhail G. Divashuk BMC PLANT BIOL, 2020, 2020, 20(Suppl 1):304 https://doi.org/10.1186/s12870-020-02514-0
Sex- and age-specific genetic analysis of chronic back pain Freidin M.B., Tsepilov Y.A., Stanaway I.B., Meng W., Hayward C., Smith B.H., Khoury S., Parisien M., Bortsov A., Diatchenko L., Borte S., Winsvold BS, Brumpton BM, Zwart JA, Aulchenko Y.S., Suri P., Williams F.M.K., HUNT All-In Pain PAIN, 2020
Phylogeny of the Eisenia nordenskioldi complex based on mitochondrial genomes Shekhovtsov S.V., Golovanova E.V., Ershov N.I., Poluboyarova T.V., Berman D.I., Bulakhova N.A., Szederjesi T., Peltek S.E. EUR J SOIL BIOL, 2020, V. 96. P. 103137.
Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3 Yuliya V. Sherstyuk, Nikita V. Ivanisenko, Alexandra L. Zakharenko, Maria V. Sukhanova,
Roman Y. Peshkov, Ilia V. Eltsov , Mikhail M. Kutuzov, Tatiana A. Kurgina,
Ekaterina A. Belousova, Vladimir A. Ivanisenko, Olga I. Lavrik, Vladimir N. Silnikov and
Tatyana V. Abramova INT J MOL SCI, 2020
Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain. Anna S. Pavlova, Georgii D. Ozhegov, Georgij P. Arapidi, Ivan O. Butenko, Eduard S. Fomin, Nikolai A. Alemasov, Dmitry A. Afonnikov, Dina R. Yarullina, Vadim T. Ivanov, Vadim M. Govorun, Airat R. Kayumov PROTEIN J, 2020, 39, p. 73–84
Dissecting DISC regulation via pharmacological targeting of caspase-8/c-FLIPL heterodimer Laura K. Hillert, Nikita V. Ivanisenko, Denise Busse, Johannes Espe, Corinna König, Sergey E. Peltek, Nikolai A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik CELL DEATH DIFFER, 2020
Kmasker plants – a tool for assessing complex sequence space in plant species Sebastian Beier, Chris Ulpinnis, Markus Schwalbe, Thomas Münch, Robert Hoffie, Iris Koeppel, Christian Hertig, Nagaveni Budhagatapalli, Stefan Hiekel, Krishna M. Pathi, Goetz Hensel, Martin Grosse, Sindy Chamas, Sophia Gerasimova, Jochen Kumlehn, Uwe Scholz, Thomas Schmutzer PLANT J, 2020, doi:10.1111/tpj.14645
Changes in the proteomic profile of blood serum in coronary atherosclerosis Stakhneva EM, Meshcheryakova IA, Demidov EA, Starostin KV, Peltek SE, Voevoda MI, Ragino YI J MED BIOCHEM, 2020, 39(2):208-214
Learning the changes of barnase mutants thermostability from structural fluctuations obtained using anisotropic network modeling Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A.Ivanisenko J MOL GRAPH MODEL, 2020, Volume 97, June 2020, 107572
Dissection of novel candidate genes for grain texture in Russian wheat varieties Kiseleva A.A., Leonova I.N., Pshenichnikova T.A., Salina E.A. PLANT MOL BIOL, 2020
Стеблевая ржавчина в Западной Сибири – расовый состав и эффективные гены устойчивости В.П. Шаманин, И.В. Потоцкая, С.С. Шепелев, В.Е. Пожерукова, Е.А. Салина, Е.С. Сколотнева, Д. Ходсон, М. Хоумвёллер, М. Патпур, А.И. Моргунов Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 24(2):131-138
Создание линии табака со сниженными антифидантными свойствами по отношению к колорадскому жуку. Костина Н.Е., Спасельникова А.В., Егорова А. А., Колосовская Е.В., Домрачев Д.В., Романова А.В., Туманян С.Р., Хамас С., Кумлен Й., Дубовский И.М., Герасимова С.В. Биология в сельском хозяйстве, 2020, Т.3(1) 2020 г
Phylogeography and genetic lineages of Aporrectodea rosea (Lumbricidae, Annelida) Shekhovtsov S.V., Derzhinsky Y.A., Poluboyarova T.V., Golovanova E.V., Peltek S.E. EUR J SOIL BIOL, 2020, V. 99, 103191
Detection of Genomic Regions Associated with Resistance to Stem Rust in Russian Spring Wheat Varieties and Breeding Germplasm. Irina N. Leonova, Ekaterina S. Skolotneva, Elena A. Orlova, Olga A. Orlovskaya, Elena A. Salina INT J MOL SCI, 2020, 2020, 21, 4706
The effect of meditation on comprehension of statements about one-self and others: a pilot ERP and behavioral study Alexander Savostyanov, Sergey Tamozhnikov, Andrey Bocharov, Alexander Saprygin, Yuriy Matushkin, Sergey Lashin, Galina Kolpakova, Klimenty Sudobin, Gennady Knyazev FRONT HUM NEUROSCI, 2020, V 13, Article 437
Metabolic response of the Siberian wood frog Rana amurensis to extreme hypoxia Shekhovtsov S.V., Bulakhova N.A., Tsentalovich Yu.P., Zelentsova E.A., Yanshole L.V., Meshcheryakova E.N., Berman D.I. SCI REP-UK, 2020, V. 10. no.14604.
Анализ цветовых и текстурных характеристик зерен злаков на цифровых изображениях Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 4, с. 340-347
Использование гиперспектральной камеры Specim IQ
для анализа растений В.В. Альт, Т.А. Гурова, О.В. Елкин, Д.Н. Клименко, Л.В. Максимов, И.А. Пестунов, О.А. Дубровская,
М.А. Генаев, Т.В. Эрст, К.А. Генаев, Е.Г. Комышев, В.К. Хлесткин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 3, с. 259-266
Drought stress tolerance and photosynthetic activity of alloplasmic lines T. dicoccum x T. aestivum. Terletskaya N., Shcherban A., Nesterov M., Perfil’ev R., Salina E., Altayeva N., Blavachinskaya I. INT J MOL SCI, 2020, 21 (9), 3356
ANDDigest: a new web-based module of ANDSystem for the search of knowledge in the scientific literature Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Nikita V. Ivanisenko, Alexander N. Savostianov, Vladimir A. Ivanisenko BMC BIOINFORMATICS, 2020, 21, 228 (2020)
A study on effects of terahertz radiation on gene networks of Escherichia coli by means of fluorescent biosensors DS SERDYUKOV,TN GORYACHKOVSKAYA,IA MESCHERYAKOVA,SV BANNIKOVA,SA KUZNETSOV,OP CHERKASOVA,VM POPIK,SE PELTEK BIOMED OPT EXPRESS, 2020, Vol. 11, No. 9 /1 5258-5273
The role of death domain proteins in host response upon SARS-CoV-2 infection: modulation of programmed cell death and translational applications Nikita V. Ivanisenko, Kamil Seyrek, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik Cell Death Discovery, 2020
Conversion of hulled into naked barley by Cas endonuclease-mediated knockout of the NUD gene Sophia V. Gerasimova, Christian Hertig, Anna M. Korotkova, Ekaterina V. Kolosovskaya, Ingrid Otto, Stefan Hiekel, Alex V. Kochetov, Elena K. Khlestkina, Jochen Kumlehn BMC PLANT BIOL, 2020
Resequencing and signatures of selection scan in two Siberian native sheep breeds point to candidate genetic variants for adaptation and economically important traits J. Sweet‐Jones, A. A. Yurchenko, A. V. Igoshin, N. S. Yudin, M. T. Swain, D. M. Larkin ANIM GENET, 2020
Quantifying Drosophila adults with the use of a smartphone Evgenia K. Karpova, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Natalya V. Adonyeva, Dmitry A. Afonnikov, Margarita A. Eremina, Nataly E. Gruntenko Biology Open, 2020, 9: bio054452
Распространенность языка жестов в качестве источника данных для генетической эпидемиологии наследуемых форм потери слуха. Романов Г.П., Пшенникова В.Г., Лашин С.А., Соловьев А.В., Терютин Ф.М., Сазонов Н.Н., Хуснутдинова Э.К., Посух О.Л., Федорова С.А., Барашков Н.А. Медицинская генетика, 2020, Т.19. №7(216). 54-56
Young «oil site» of the Uzon Caldera as a habitat for unique microbial life Sergey E. Peltek, Alla V. Bryanskaya, Yuliya E. Uvarova, Aleksey S. Rozanov, Timofey V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Elena V. Lazareva, Olga V. Saik, Vadim M. Efimov, Sergey M. Zhmodik, Oxana P. Taran, Nikolay M. Slynko, Sergey V. Shekhovtsov, Valentin N. Parmon, Nikolay L. Dobretsov, Nikolay A. Kolchanov BMC MICROBIOL, 2020, 20, 349
A new approach to estimating the prevalence of hereditary hearing loss: an analysis of the distribution of sign language users based on census data in Russia. Romanov G.P., Pshennikova V.G., Lashin S.A., Solovyev A.V., Teryutin F.M., Cherdonova A.M., Borisova T.V., Sazonov N.N., Khusnutdinova E.K., Posukh O.L., Fedorova S.A., Barashkov N.A. PloS One, 2020, 15(11):e0242219
Pharmacological targeting of c-FLIPL and Bcl-2 family members promotes apoptosis in CD95L-resistant cells. Corinna König, Laura K. Hillert-Richter, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik SCI REP-UK, 2020
Species Delimitation of the Eisenia nordenskioldi Complex (Oligochaeta, Lumbricidae) Using Transcriptomic Data Sergei V. Shekhovtsov, Aleksandra A. Shipova, Tatiana V. Poluboyarova, Gennady V. Vasiliev, Elena V. Golovanova, Anna P. Geraskina, Nina A. Bulakhova, Tímea Szederjesi, Sergei E. Peltek Frontiers in Genetics, 2020, V. 11, 1508
Морфотипы и генетическая изменчивость Dendrobaena schmidti (Lumbricidae, Annelida) С. В. Шеховцов, И. Б. Рапопорт, Т. В. Полубоярова, А. П. Гераськина, Е. В. Голованова, С. Е. Пельтек Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, Т. 24. №. 1. С. 48-54.
Генетическая и размерная изменчивость Octolasion tyrtaeum (Lumbricidae, Annelida) С.В. Шеховцов, С.А. Ермолов, Е.А. Держинский, Т.В. Полубоярова, М.С. Ларичева, С.Е. Пельтек Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, Т. 6. №. 1. С. 5-9.
Потенциал использования молекулярных маркеров в селекции сои Виниченко Н.А., Салина Е.А., Кочетов А.В. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 6(3):107-125 DOI 10.18699/Letters2020-6-15
Replication of 15 loci involved in human plasma protein N-glycosylation in 4,802 samples from four cohorts Sharapov SZ, Shadrina AS, Tsepilov YA, Elgaeva EE, Tiys ES, Feoktistova SG, Zaytseva OO, Vuckovic F, Cuadrat R, Jäger S, Wittenbecher C, Karssen LC, Timofeeva M, Tillin T, Trbojević-Akmačić I, Štambuk T, Rudman N, Krištić J, Šimunović J, Momčilović A, Vilaj M, Jurić J, Slana A, Gudelj I, Klarić T, Puljak L, Skelin A, Kadić AJ, Van Zundert J, Chaturvedi N, Campbell H, Dunlop M, Farrington SM, Doherty M, Dagostino C, Gieger C, Allegri M, Williams F, Schulze MB, Lauc G, Aulchenko YS. GLYCOBIOLOGY, 2020, cwaa053
Analysis of genetically independent phenotypes identifies shared genetic factors associated with chronic musculoskeletal pain conditions Tsepilov Y. A., Freidin M. B., Shadrina A. S., Sharapov S. Z., Elgaeva E. E., van Zundert J., Karssen L. С., Suri P., Williams F. M. K., Aulchenko Y. S. Commun. biolog., 2020, 3, Article number: 329
The GWAS-MAP platform for aggregation of results of genome-wide association studies and the GWAS-MAP|homo database of 70 billion genetic associations of human traits Shashkova T.I., Gorev D.D., Pakhomov E.D., Shadrina A.S., Sharapov S.Z., Tsepilov Y.A., Karssen L.C., Aulchenko Y.S. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 24(8):876-884
Prioritization of causal genes for coronary artery disease based on cumulative evidence from experimental and in silico studies Shadrina A. S., Shashkova T. I., Torgasheva A. A., Sharapov S. Z., Klarić L., Pakhomov E. D., Alexeev D. G., Wilson J. F., Tsepilov Y. A., Joshi P. K., Aulchenko Y. S. SCI REP-UK, 2020, 10, Article number: 10486
The mechanism of potato resistance to
Globodera rostochiensis: comparison of root
transcriptomes of resistant and susceptible
Solanum phureja genotypes Alex V. Kochetov, Anastasiya A. Egorova, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina,
Sophia V. Gerasimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov,
Olga Y. Antonova, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko and Tatjana A. Gavrilenko BMC PLANT BIOL, 2020, 20(Suppl 1):350
Genomic differentiation and intercontinental population structure of mosquito vectors Culex pipiens pipiens and Culex pipiens molestus Yurchenko A. A.,
Masri R. A.,
Khrabrova N. V.,
Sibataev A. K.,
Fritz M. L.,
Sharakhova M. V. SCI REP-UK, 2020, V. 10
Creation of an online platform for identification of microorganisms: peak picking or full-spectrum analysis Starostin K.V., Demidov E.A., Ershov N.I., Bryanskaya A.V., Efimov V.M., Shlyakhtun V.N., Peltek S.E. Frontiers in Microbiology, 2020
Metagenomics dataset used to characterize microbiome in water and sediments of the lake Solenoe (Novosibirsk region, Russia) Alla V Bryanskaya, Aleksandra A Shipova, Alexei S Rozanov, Oxana A Volkova, Elena V Lazareva, Yulia E Uvarova, Tatyana N Goryachkovskaya, Sergey E Peltek Data in Brief, 2020
Construction of a biosensor sensitive to terahertz radiation based on the glutamine synthetase gene promoter Irina Meshcheryakova, Tatyana Goryachkovskaya, Svetlana Bannikova, Alexey Rozanov, Elizaveta Demidova, Dmitry Oshchepkov, Evgeniy Demidov, Alla Bryanskaya, Nikolay Vinokurov, Vasiliy Popik, Sergey Peltek AIP CONFERENCE PROCEEDINGS, 2020
Metagenomic data on prokaryotic diversity of Kunashir island geothermal spring Alexei S Rozanov, Anton V Korzhuk, Valeria N Shlyakhtun, Aleksandra A Shipova, Sergey E Peltek Data in Brief, 2020
Survival of halophiles of Altai lakes under extreme environmental conditions: implications for the search for Martian life Alla V Bryanskaya, Alexey A Berezhnoy, Alexey S Rozanov, Danil S Serdyukov, Tatyana K Malup, Sergey E Peltek INT J ASTROBIOL, 2020
Diversity and occurrence of methylotrophic yeasts used in genetic engineering Rozanov, A.S., Pershina, E.G., Bogacheva, N.V., Shlyakhtun, V., Sychev, A.A., Peltek, S.E. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, Volume 24, Issue 2, 2020, Pages 149-157
Возможности и перспективы формирования генетической защиты мягкой пшеницы от стеблевой ржавчины в Западной Сибири Кельбин В. Н., Сколотнева Е. С., Салина Е. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, №8, Том 24, 821-828
The story of the lost twins: decoding the genetic identities of the Kumhar and Kurcha populations from the Indian subcontinent. Das R, Ivanisenko VA, Anashkina AA, Upadhyai P. BMC GENET, 2020, Oct 22;21(Suppl 1):117
Drought stress tolerance and photosynthetic activity of alloplasmic lines T. dicoccum x T. aestivum. Terletskaya N., Shcherban A., Nesterov M., Perfil’ev R., Salina E., Altayeva N., Blavachinskaya I. INT J MOL SCI, 2020
2019
A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression Vladimir A. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Olga V. Saik BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics (2019) 20(Suppl 1): 34
MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics 2019, 20 (Suppl 1):36
Current achievements in modifying
crop genes using CRISPR/Cas system A.M. Korotkova, S.V. Gerasimova, E.K. Khlestkina. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019;23(1):29-37
Prioritization of genes involved in endothelial cell apoptosis by their implication in lymphedema using an analysis of associative gene networks with ANDSystem Olga V. Saik, Vadim V. Nimaev, Dilovarkhuja B. Usmonov, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko BMC MED GENOMICS, 2019, BMC Medical Genomics//2019;12(Suppl 2);47:117-140
Genome‐wide association study for body weight in cattle populations from Siberia A. V. Igoshin, N. S. Yudin, N. M. Belonogova, D. M. Larkin ANIM GENET, 2019
Системный подход к моделированию развития листостебельных грибных инфекций пшеницы Николаев С.В., Зубаирова У.С., Сколотнева Е.С., Орлова Е.А., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(1):100-109
Delineating the role of c-FLIP/NEMO interaction in the CD95 network via rational design of molecular probes Nikita V. Ivanisenko, Jörn H. Buchbinder, Johannes Espe, Max Richter, Miriam Bollmann, Laura K. Hillert, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik BMC GENOMICS, 2019
Exome-wide search and functional annotation of genes associated in patients with severe tick-borne encephalitis in a Russian population Ignatieva E.V., Yurchenko A.A., Voevoda M.I., Yudin N.S. BMC MED GENOMICS, 2019, 12(Suppl 3):61
Progress in plant genome sequencing: research directions M.K. Bragina, D.A. Afonnikov, E.A. Salina Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019;23(1):38-48
New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin BMC GENOMICS, 2019, 20:399
Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. ECOL MODEL, 2019, V 399, p.66-76
Оценка количественных характеристик клубнеобразования
дикого картофеля на основе анализа изображений клубней
с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала,
Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019. Онлайн.
The evolution of gene regulatory networks controlling Arabidopsis thaliana L. trichome development. Doroshkov AV, Konstantinov DK, Afonnikov DA, Gunbin KV. BMC PLANT BIOL, 2019
Germline-restricted chromosome (GRC) is widespread among songbirds Torgasheva AA, Malinovskaya LP, Zadesenets KS, Karamysheva TV, Kizilova EA, Akberdina EA, Pristyazhnyuk IE, Shnaider EP, Volodkina VA, Saifitdinova AF,Galkina SA, Larkin DM, Rubtsov NB, Borodin PM. 2019, 116: 11845-11850. P NATL ACAD SCI USA, 2019, 116: 11845-11850.
Приоритизация генов картофеля, вовлеченных в формирование селекционно-значимых признаков, с использованием базы знаний SOLANUM TUBEROSUM. Деменков П.С., Сайк О.В., Иванисенко Т.В., Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(3):312-319
Identification of 12 genetic loci associated with human healthspan Zenin A, Tsepilov Y, Sharapov S, Getmantsev E, Menshikov LI, Fedichev PO, Aulchenko Y Commun. biolog., 2019, 2
Defining the genetic control of human blood plasma N-glycome using genome-wide association study Sharapov S, Tsepilov Y, Klaric L, Mangino M, Thareja G, Shadrina A, Simurina M, Dagostino C, Dmitrieva J, Vilaj M, Vuckovic F, Pavic T, Stambuk J, Trbojevic-Akmacic I, Kristic J, Simunovic J, Momcilovic A, Campbell H, Doherty M, Dunlop M, Farrington S, Pucic-Bakovic M, Gieger C, Allegri M, Louis E, Georges M, Suhre K, Spector T, Williams F, Lauc G, Aulchenko Y HUM MOL GENET, 2019
Resistance mechanisms involved in complex immunity
of wheat against rust diseases E.S. Skolotneva , E.A. Salina Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019, 23 (5): 542 -550
Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities Иванов Роман Артемович
Замятин Владимир
Клименко Александра Игоревна
Матушкин Юрий Георгиевич
Савостьянов Александр Николаевич
Лашин Сергей Александрович Genes, 2019
Recent advances in understanding genetic variants associated with growth, carcass and meat productivity traits in sheep (Ovis aries): an update Zlobin, A S
Volkova, N A
Borodin, P M
Aksenovich, T I
Tsepilov, Y A ARCH TIERZUCHT, 2019, 62, 579–583
История «певчей» хромосомы Бородин, П. М.
Торгашева, А. А.
Малиновская, Л. П.
Рубцов, Н. Б.
Галкина, С. А.
Ларкин, Д. М Наука из первых рук, 2019, Номер: 3 (83) Страницы: 24-43
Long and short isoforms of c-FLIP act as control checkpoints of DED filament assembly. Hillert LK, Ivanisenko NV, Espe J, König C, Ivanisenko VA, Kähne T, Lavrik IN ONCOGENE, 2019
Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana Zakhar S. Mustafin, Vladimir I. Zamyatin, Dmitrii K. Konstantinov, Aleksej V. Doroshkov, Sergey A. Lashin, Dmitry A. Afonnikov Genes, 2019, Genes 2019, 10(12), 963
The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2019, Int. J. Mol. Sci. 2019, 20(24), 6332;
Metagenome-Assembled Genome Sequence of Phormidium sp. Strain SL48-SHIP, Isolated from the Microbial Mat of Salt Lake Number 48 (Novosibirsk Region, Russia) Aleksey S. Rozanov, Aleksandra A. Shipova, Alla V. Bryanskaya,Sergey E. Peltek Microbiol Resour Announc, 2019
Metagenome-Assembled Genome of Halomonas sp. Isolate SL48-SHIP-3 from the Microbial Mat of Salt Lake Number 48 (Novosibirsk Region, Russia) Aleksandra A. Shipova, Anton V. Korzhuk, Valeria Shlyahtun, Alla V. Bryanskaya, Aleksey S. Rozanov, Sergey E. Peltek Microbiol Resour Announc, 2019
Insight into the genetic architecture of back pain and its risk factors from a study of 509,000 individuals Maxim B. Freidin, Yakov A. Tsepilov, Melody Palmer, Lennart C. Karssen, CHARGE Musculoskeletal Working Group, Pradeep Suri, Yurii S. Aulchenko, Frances M.K. Williams PAIN, 2019
Examining causal effects of body mass index on back pain: a Mendelian randomization study Elizaveta E. Elgaeva, Yakov Tsepilov, Maxim B. Freidin, Frances M. K. Williams, Yurii Aulchenko, Pradeep Suri EUR SPINE J, 2019
The development and study of common wheat introgression lines derived from the synthetic form RS7 Davoyan R.O., Bebyakina I.V., Davoyan E.R., Mikov D.S., Zubanova Y.S., Boldakov D.M., Badaeva E.D., Adonina I.G., Salina E.A., Zinchenko A.N. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(7): 827-835
Comorbidity of asthma and hypertension may be mediated by shared genetic dysregulation and drug side effects. Zolotareva O, Saik OV, Königs C, Bragina EY, Goncharova IA, Freidin MB, Dosenko VE, Ivanisenko VA, Hofestädt R. SCI REP-UK, 2019, Nov 8;9(1):16302
The molecular mechanisms driving physiological changes after long duration space flights revealed by quantitative analysis of human blood proteins. Kashirina DN, Percy AJ, Pastushkova LK, Borchers CH, Kireev KS, Ivanisenko VA, Kononikhin AS, Nikolaev EN, Larina IM. BMC MED GENOMICS, 2019, Mar 13;12(Suppl 2):45
Survival of Halophiles of Altai Lakes at Extreme Environmental Conditions: Implications for the Search for Martian Life Bryanskaya A.V., Berezhnoy A.A., Rozanov A.S., Serdyukov D.A., Malup T.K., Peltek S.E. INT J ASTROBIOL, 2019
A novel thermophilic Aeribacillus bacteriophage AP45 isolated from the Valley of Geysers, Kamchatka: genome analysis suggests the existence of a new genus within the Siphoviridae family Morozova V., Bokovaya O., Kozlova Yu., Kurilshikov A., Babkin I., Tupikin A., Bondar A., Ryabchikova E., Bryanskaya A., Peltek S., Tikunova N. EXTREMOPHILES, 2019
Evaluation of cardiovascular system state by urine proteome after manned space flight L Kh Pastushkova, DN Kashirina, AG Brzhozovskiy, AS Kononikhin, ES Tiys, VA Ivanisenko, MI Koloteva, EN Nikolaev, IM Larina ACTA ASTRONAUT, 2019, Том 160, стр. 594-600
Patterns of microchromosome organization remain highly conserved throughout avian evolution. O'Connor RE, Kiazim L, Skinner B, Fonseka G, Joseph S, Jennings R, Larkin DM, Griffin DK. CHROMOSOMA, 2019, 128(1):21-29
Evolution of gene regulation in ruminants differs between evolutionary breakpoint regions and homologous synteny blocks Farré M, Kim J, Proskuryakova AA, Zhang Y, Kulemzina AI, Li Q, Zhou Y, Xiong Y, Johnson JL, Perelman PL, Johnson WE, Warren WC, Kukekova AV, Zhang G, O'Brien SJ, Ryder OA, Graphodatsky AS, Ma J, Lewin HA, Larkin DM. GENOME RES, 2019, 29(4):576-589
A Near Chromosome Assembly of the Dromedary Camel Genome. Ruvinskiy D, Larkin DM, Farré M. Frontiers in Genetics, 2019
An integrated chromosome-scale genome assembly of the Masai giraffe (Giraffa camelopardalis tippelskirchi). Farré M, Li Q, Darolti I, Zhou Y, Damas J, Proskuryakova AA, Kulemzina AI, Chemnick LG, Kim J, Ryder OA, Ma J, Graphodatsky AS, Zhang G, Larkin DM, Lewin HA. GigaScience, 2019
Comparative Chromosome Mapping of Musk Ox and the X Chromosome among Some Bovidae Species Proskuryakova AA, Kulemzina AI, Perelman PL, Yudkin DV, Lemskaya NA, Okhlopkov IM, Kirillin EV, Farré M, Larkin DM, Roelke-Parker ME, O'Brien SJ, Bush M, Graphodatsky AS. Genes, 2019
Разработка программного комплекса WebMCOT для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов Мухин Алексей Максимович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лашин Сергей Александрович Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2019, Т. 17, №4. C. 74–86
Общие признаки селекции и гены, связанные с адаптацией и акклиматизацией, в геномах российских пород крупного рогатого скота и овец Юдин Н.С., Ларкин Д.М. RUSS J GENET+, 2019, Том 55, № 8, стр. 936-943.
High-density genotyping reveals signatures of selection related to acclimation and economically important traits in 15 local sheep breeds from Russia Yurchenko A.A., Deniskova T.E., Yudin N.S., Dotsev A.V., Khamiruev T.N., Selionova M.I., Egorov S.V., Reyer H., Wimmers K., Brem G., Zinovieva N.A., Larkin D.M. BMC GENOMICS, 2019, Vol.20(Suppl 3):294
Exome-wide survey of the Siberian Caucasian population Yurchenko A.A., Yudin N.S., Voevoda M.I. BMC MED GENET, 2019, Vol.20(Suppl 1):51
Происхождение, селекция и адаптация российских пород крупного рогатого скота по данным полногеномных исследований. Юдин Н.С., Ларкин Д.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, Том 23, № 5, стр. 559-568.
2018
A matrix metalloproteinase 9 (MMP9) gene single nucleotide polymorphism is associated with predisposition to tick-borne encephalitis virus-induced severe central nervous system disease Barkhash A.V., Yurchenko A.A., Yudin N.S., Ignatieva E.V., Kozlova I.V., Borishchuk I.A., Pozdnyakova L.L., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. TICKS TICK-BORNE DIS, 2018, Vol. 9, No. 4. P. 763-767
2017
Population specific analysis of Yakut exomes AS Zlobin, S Sh Sharapov, VP Guryev, MR Bevova, YA Tsepilov, TM Sivtseva, UA Boyarskih, EA Sokolova, YS Aulchenko, ML Filipenko, VL Osakovsky Doklady Biochemistry and Biophysics, 2017, Vol. 474, No. 4, pp. 505–509
2012
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор" Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 825-829.
The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. // Proc. of Proc. of The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology». July–August 2012. Irkutsk. Russia. P.61. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina GENETICS, 2012, P.61.
2011
Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А. Биоорганическая химия, 2011, 2011, Т. 37, № 1, С. 22–35
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2011, №2, Т.6, С.250-263
Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 2011. Т. 15. № 3. С. 462-468.
Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA RUSS J BIOORG CHEM+, 2011, Jan-Feb;37(1):22-35.
2010
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, 275:337-339
A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, 4, 65, 143-145
Характеристика C-концевой части гликопротеина Е вируса Западного Нила и оценка силы его взаимодействия с V 3 интегрином как с предполагаемым клеточным рецептором М. В. Богачек, Б. Н. Зайцев, S. K. Sekatskii, Е. В. Протопопова, В. А. Терновой, А. В. Иванова, А. В. Качко, В. А. Иванисенко, G. Dietler, В. Б. Локтев. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, том 75, вып. 4, с. 571 – 581
Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM. J PROTEOME RES, 2010, 9(1):254-67
Адаптация к бездне Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В. Химия и жизнь, 2010, №3, 38-41
Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
Characterization glycoprotein E С-end of West Nile virus and evaluation of its interaction force with αVβ3 integrin as putative cellular receptor Bogachek M.V., Zaitsev B. N., Sekatskii S. K., Protopopova E.V., Ternovoi V. A., Ivanova A.V., Kachko A.V., Ivanisenko V.A., Dietler G. Loktev V.B. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, 2010, Vol. 75, No. 4, pp. 472-480
Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2010, Т. 8. № 3. С. 13-22.
База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А. В мире научных открытий, 2010, №4 (10), Часть 14. С. 102-103
2009
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и Клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека А.А. Малыгин, Е.И. Бондаренко, В.А. Иванисенко, Е.В. Протопопова, Г.Г. Карпова, В.Б. Локтев BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, т. 74, вып. 12. с. 1631 – 1641
Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Том 13, 208-218
Применение компьютерного анализа микроизображений листа для оценки характеристик опушения листа пшеницы Triticum Aestivum L Дорошков А.В., Арсенина С.И., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, №13, Том1, с 218-226
Isolation and sequence analysis of the wheat B genome subtelomeric DNA Salina E.A., Sergeeva E.M., Adonina I.G., Shcherban A.B., Afonnikov D.A., Belcram H., Huneau C., Chalhoub B. BMC GENOMICS, 2009, 10, 414
Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2009, V. 1, 10, 639
Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2009, 4, 425, 546-548
Анализ коррелированных замен в гомологичных белках семейства Fpg/Nei Коптелов С.С., Афонников Д.А., Жарков Д.О. Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2009, Т.7, Вып.1, С. 3-7
Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 122-127
C-Terminal Fragment of Human Laminin-Binding Protein Contains a Receptor Domain for Venezuelan Equine Encephalitis and Tick-Borne Encephalitis Viruses Malygin A.A., Bondarenko E.I., Ivanisenko V.A., Protopopova E.V., Karpova G.G., Loktev V.B. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, Vol. 74, No. 12, pp. 1328 -1336
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека. Биохимия, 2009, 74 (12) 1631-1641 Малыгин А.А., Бондаренко Е.И., Иванисенко В.А., Протопопова Е.В., Карпова Г.Г., Локтев В.Б. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 74 (12) 1631-1641
2008
Functional divergence of H-pylori related to early gastric cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV. Demina IA, Serebryakova MV, Ivanisenko VA, Aman E, Akopian T, Govorun VM. HELICOBACTER, 2008, 5, 13, 477-477
Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins. Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2008, V. 446, P. 363-384.
uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A. FEBS LETT, 2008, 582. 1293-1297
Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко Вычислительные технологии, 2008, 2, 13, 15-19
2007
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A. In Silico Biology, 2007, 3, 7, 333-354
Web-based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Post-translational Modifications of Proteins Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2007, 446, 363-384.
The location of the gene regions under selective pressures: PLATO algorithm parallelization Vyatkin Yu. V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. Lect Notes Comput Sci, 2007, V. 4671, P. 184-187.
Иммунохимические свойства белка PrМ и С-концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В. А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2007, 2007, т. 41(1) с. 8-17
Иммунохимические свойства белка PrM и С концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2007, 1, 41, 8-17
2006
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных аминокислотных заменах Деменков П.С., Аман Е.Э., Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, Т. 7, Вып. 51
Создание пшенично-ржаных замещенных линий с идентификацией хромосомного состава кариотипов методами C-бэндинга, GISH и SSR-маркеров Силкова О.Г., Добровольская О.Б., Дубовец Н.И., Адонина И.Г., Кравцова Л.А., Родер М.С., Салина Е.А., Щапова А.И., Шумный В.К. RUSS J GENET+, 2006, №46, т.42, с. 793-802
Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
Phylogenetic reconstruction of Aegilops section Sitopsis and the evolution of tandem repeats in the diploids and derived wheat polyploids Salina E.A., Lim Y.K., Badaeva E.D., Shcherban A.B., Adonina I.G., Amosova A.V., Samatadze T.E., Vatolina T.Yu., Zoshchuk S.A., Leitch A. R. GENOME, 2006, 49: 1023-1035
Prediction of Contact Numbers of Amino Acid Residues Using a Neural Network Regression Algorithm D. A. Afonnikov, A. V. Morozov, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, 7,51,
Wheat genome structure: translocations during the course of polyploidization Salina E.A., Leonova I.N., Efremova T.T., Roder M.S. Functional and Integrative Genomics, 2006, V (1), P. 71-80
2005
Иммунохимические свойства рекомбинантных полипептидов, моделирующих домены I и II белка Е вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2005, N 5, т. 39, с. 813-822.
Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
WebProAnalyst: an interactive tool for analysis of quantitative structure-activity relationships in protein families Ivanisenko V.A., Eroshkin A.M., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33, W99-W104
PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites Ivanisenko VA, Pintus SS, Grigorovich DA, Kolchanov NA. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V33, D183–D187
2004
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
Бильданова Л.Л., Бадаева Е.Д., Салина Е.А., Першина Л.А. (2004) Молекулярно-генетический анализ и С-окрашивание хромосом аллоплазматических линий мягкой пшеницы, полученных н основе беккроссных потомков ячменно пшеничных гибридов Hordeum vulgare L. (2n=14) x Triticum aestivum L. (2n=42) и различающихся по проявлению фертильности Генетика 40(12):1668-77. Бильданова Л.Л., Бадаева Е.Д., Салина Е.А., Першина Л.А. RUSS J GENET+, 2004, 40(12):1668-77
2003
Data Mining Techniques in Bioinformatics Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V. Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555
Бильданова Л.Л., Салина Е.А., Першина Л.А. (2003) Изучение особенностей рекомбинации ядерного генома у беккроссных потомков ячменно-пшеничных гибридов Hordeum vulgare L. (2n=14) x Triticum aestivum L. (2n=42) с использованием SSR-анализа. Генетика 39(3): 1673-1679 Бильданова Л.Л., Салина Е.А., Першина Л.А. RUSS J GENET+, 2003, 39(3): 1673-1679
2002
Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
Локализация антигенной детерминанты белка Е вируса клещевого энцефалита, узнаваемой антигемагглютинирующими моноклональными антителами, с помощью пептидной фаговой библиотеки Локтев А.В., Кувшинов В.Н., Меламед Н.В., Иванисенко В.А., Мишин В.П., Ильичев А.А. Вопросы вирусологии, 2002, N.2, Т.47, С.31-34
ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 200-202
Бильданова Л.Л., Салина Е.А., Першина Л.А. (2002) Изучение беккроссных потомков ячменно-пшеничных гибридов с использованием методов RAPD и RAMPO. Генетика 38(3): 332-339. Бильданова Л.Л., Салина Е.А., Першина Л.А. RUSS J GENET+, 2002, 38(3): 332-339
2001
Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov BIOINFORMATICS, 2001, V.17(11):1-12.
Bildanova L.L., Troubacheeva N.V., Salina E.A., Pershina L.A. (2001) Molecular changes in the genome of backcrossed progenies of barley-wheat hybrids. EWAC Newsl. N 11: 92-94. Bildanova L.L., Troubacheeva N.V., Salina E.A., Pershina L.A. EWAC Newsletter, 2001, N 11: 92-94.
2000
Анализ чужеродных эпитопов, встроенных в НВсАg. Возможные пути решения проблемы самоорганизации химерных коровых частиц Карпенко Л.И., Иванисенко В.А., Пика И.С., Чикаев Н.А., Ерошкин А.М., Меламед Н.В., Веремейко Т.А., Ильичев А.А. Molecular Biology, 2000, N.2, Т.34, С.223-229
1999
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. Molecular Biology, 1997, Т. 31, №4, С. 741-748
1996
Компьютерный анализ зависимостей между максимумом цвета биолюминесценции и первичной структурой люцифераз жуков: идентификация сайтов, ответственных за изменения цвета Морозов В.М., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Угарова Н.Н. Molecular Biology, 1996, Т.30, С.1167-1172
Анализ встроек пептидных фрагментов в основной белок оболочки бактериофагов М13, f1 и fd. Взаимосвязь структурных характеристик белка оболочки и жизнеспособности мутантных фагов Ерошкин А.М., Миненкова O.O., Фомин В.А., Иванисенко В.А., Ильичев A.A. Molecular Biology, 1993, Т.27. С.1345-1355
1990
Vershinin A., Salina E.A., Solovyov V., Timopheeva (Bildanova) L. 1990. Genomic organization, evolution and structural peculiarities of highly repetitive DNA of Hordeum vulgare. Genome. V.33. P.441-449. Vershinin A., Salina E.A., Solovyov V., Timopheeva L. GENOME, 1990, V.33. P.441-449.
Изоляция протопластов Solanum tuberosum и Solanum verrucosum
и их PEG‑опосредованная трансформация, Егорова А. А., Иванова К. А., Герасимова С. В.
2019
Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins Ivanisenko, V. A., Ivanisenko, T. V., Saik, O. V., Demenkov, P. S., Afonnikov, D. A. and Kolchanov, N. A.
2010
Анализ эволюции в семействах белоккодирующих генов у архей рода Pyrococcus при адаптации к высоким давлениям океанических глубин Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А.
BioinfoWF – веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А.
German/Russian Network of Computational Systems Biology. R. Hofestadt and N. Kolchanov (Eds). E.L. Mishchenko, N.V. Ivanisenko, A.M.Mishchenko, V.A.Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, R. Hofestadt, N.A. Kolchanov
Nandbook of Drug Targeting and Monitoring. B.Andreev and V. Egorov ( Eds). E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
Visualization and Analysis of Biological Networks combining Text Mining and Data Warehouse Approaches Björn Sommer, Evgeny S. Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian J. Janowski, Timofey V. Ivanisenko, Anatoly O. Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel S. Demenkov, Alexey V. Kochetov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov and Ralf Hofestädt
2009
The importance of transpositions and recombination to genome instability according hobo-element distribution pattern in completely sequence genome of Drosophila melanogaster Zakharenko L. P., Perepelkina M. P., Afonnikov D. A.
Анализ режима адаптивной эволюции в белках вируса гепатита С. В Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 602-610. Варламова Е.С., Афонников Д.А., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
Классификация локального пространственного окружения аминокислотных остатков по физико-химическим свойствам. В Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 281-289. Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
Компьютерный анализ структурно-функциональных характеристик протеасомной деградации белков. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 296-301. Барышев П.С., Афонников Д.А.
Координированные замены аминокислот в белках. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 591-602. Афонников Д.А.
Филогенетический и структурный анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А.
2007
The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.
2006
Prediction of contact numbers of amino acid residues using a neural network model. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov and R. Hofestaedt) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 297-304. Afonnikov D.A.
Конференции
2024
Анализ коллекционного материала свёклы Beta vulgaris L. с использованием SSR маркеров Хакимов М.Б., Смирнова О.Г., Салина Е.А. Мультишкола молодых ученых. Системная биология и биоинформатика (SBB-2024): 15-я международная школа молодых ученых. Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений (PlantGen School 2024): 4-я школа молодых ученых
Вклад молекулярно-генетических и биотехнологических подходов в моделирование и ускорение селекционного процесса Салина Е.А. Международный форум природоподобных технологий. Курчатовский геномный форум 2024, КурчатовГенТех-2024
Поиск генов, ассоциированных с продолжительностью цветения и созревания сои в условиях Центральной России и Западной Сибири Перфильев Р. Н., Потапов Д. А., Максименко К. В., Кирюхин С. В., Гуринович С. О., Панарина В. И., Полюдина Р. И., Салина Е. А. IV Международная научно-практическая конференция "Геномика и современные биотехнологии в размножении, селекции и сохранении растений", GenBio2024
Влияние мутаций в промоторе генов PPD-1, полученных с использованием геномного редактирования, на суточный паттерн экспрессии этих генов и на время
колошения у T. aestivum L. Бережная Алина Александровна
Киселёва Антонина Андреевна
Салина Елена Артемовна IV Международная научно-практическая конференция «Геномика и современные биотехнологии в размножении, селекции и сохранении растений», GenBio2024
Использование геномного редактирования для улучшения сельскохозяйственных признаков культивируемых сортов пшеницы и ячменя Киселёва А.А., Тимонова Е.М., Бережная А.А., Короткова А.М., Коложвари А.Э., Нестеров М.А., Кочетов А.В., Салина Е.А. XXIV Всероссийская молодежная научная конференция с международным участием «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии»
Направления использования генетических технологий для защиты зерновых культур: опыт КГЦ ИЦиГ СО РАН Салина Елена Артемовна XII Международная научно-практическая конференция «Биологическая защита растений – основа стабилизации агроэкосистем»
A unified data preprocessing framework to address inconsistencies in comparative plastid genome studies Emirsaliev A., Salina E., Mitrofanova I., Afonnikov D. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato Cultivars Grown in Russia Karetnikov D.I., Vasiliev G.V., Toshchakov S.V., Shmakov N.A., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Rybakov D.A., Gavrilenko T.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
Genome-wide association study reveals novel loci modulating pre-harvest sprouting and grain color in red-grained winter wheat T. aestivum L. Afonnikova S., Kiseleva A., Fedyaeva A., Komyshev E., Koval V., Afonnikov D., Salina E. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
Functional characterization of genes with daily expression patterns in common wheat Kiseleva A.A., Salina E.A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
Testing CAPS-markers designed on partially phased assembly of autotetraploid Solanum tuberosum genome Larichev K., Sergeeva E., Karetnikov D., Afonnikov D., Salina E., Kochetov A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
Assembly and Analysis of Plastomes for 30 Potato Cultivars Grown in Russia Karetnikov D.I., Salina E.A., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
Вклад аллополиплоидии и хромосомных перестроек в экспрессию гомеологичных генов пшеницы Е.А. Салина, А.Ф. Мутерко, А.А. Киселева, О.Г. Силкова INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
Поиск локусов, ассоциированных с продолжительностью вегетационного периода сои
в условиях Центральной России и Западной Сибири Р.Н. Перфильев, Д.А. Потапов, К.В. Максименко, С.В. Кирюхин, С.О. Гуринович, В.И. Панарина,
Р.И. Полюдина, Е.А. Салина INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
Изменение времени колошения мягкой пшеницы с помощью геномного редактирования — роль
сайтов связывания транскрипционных факторов СНЕ в промоторной области генов PPD‑1 А.А. Киселёва, Е.М. Тимонова, А.А. Бережная, А.Э. Коложвари, В.Н. Кельбин, А.В. Кочетов, Е.А. Салина INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
Эффективный способ трансформации ячменя с применением генов GRF4‑GIF1, кодирующих
регуляторы развития, для работ по редактированию генома возделываемых сортов Е.М. Тимонова, А.А. Киселева, А.А. Бережная, М.А. Нестеров, А.М. Короткова, В.Н. Кельбин, А.В. Кочетов, Е.А. Салина INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
Изучение коллекции растений пшеницы с мутациями в промоторной области гена PPD‑1 А.А. Бережная, А.А. Киселева, А.Э. Коложвари, Е.А. Салина INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
Создание и использование рекомбинантных синтетических форм для расширения генетического разнообразия мягкой пшеницы на основе генофонда диких сородичей Р.О. Давоян, И.В. Бебякина, Э.Р. Давоян, В.А. Бибишев, А.С. Зинченко, Ю.С. Зубанова, Д.М. Болдаков, В.И. Басов, А.А. Кресамова, Е.Д. Бадаева, Е.А. Салина INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
Качество зерна мягкой (T. aestivum L.) и твердой (T. durum Desf.) пшеницы в различных экологических условиях И.Н. Леонова, П.Н. Мальчиков, А.А. Киселева, О.А. Орловская, В.В. Пискарев, Е.А. Салина INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
Исследование вариаций и структуры генома сортов картофеля Solanum tuberosum, выращиваемых в России Д.И. Каретников, Г.В. Васильев, С.В. Тощаков, Н.А. Шмаков, М.А. Генаев, М.А. Нестеров, С.М. Ибрагимова, Д.А. Рыбаков, Т.А. Гавриленко, Е.А. Салина, М.В. Патрушев, А.В. Кочетов, Д.А. Афонников INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
IMPLEMENTATION OF GENETIC TECHNOLOGIES IN SOYBEAN AND WHEAT BREEDING Salina E.A. International Conference on Plant Biology and Biotechnology (ICPBB 2024)
FINE-TUNING WHEAT HEADING TIME THROUGH GENOME EDITING: INVESTIGATING THE IMPACT OF TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES IN PPD-1 GENE PROMOTER REGION Kiseleva A.A., Timonova E.M., Berezhnaya A.A., Kolozhvari A.E., Kelbin V.N., Salina E.A. International Conference on Plant Biology and Biotechnology (ICPBB 2024)
MASRUSPLANTS V2.0: AN UPDATED COMPREHENSIVE WEB RESOURCE OF DNA MARKERS ASSOCIATED WITH RUST RESISTANCE GENES VALIDATED IN RUSSIAN BREAD WHEAT Kelbin V.N., Laprina Yu.V., Skolotneva E.S., Salina E.A. International Conference on Plant Biology and Biotechnology (ICPBB 2024)
Поиск локусов и генов-кандидатов, ассоциированных с окраской и предуборочным прорастанием зерна у краснозерной озимой мягкой пшеницы Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Комышев Е.Г., Афонников Д.А., Салина Е.А. 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)
Редактирование генома возделываемых сортов пшеницы и ячменя с использованием направленной нуклеазы Cas9 для улучшения сельскохозяйственных признаков Киселёва А.А., Тимонова Е.М., Бережная А.А., Короткова А.М., Коложвари А.Э., Нестеров М.А.,
Кочетов А.В., Салина Е.А. 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)
Минеральный состав зерна интрогрессивных линий мягкой пшеницы с генетическим материалом тетраплоидных видов рода Triticum Леонова И.Н., Виниченко Н.А., Салина Е.А. 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)
Получение удвоенных гаплоидов мягкой пшеницы
для ускорения селекционного процесса Тимонова Е.М., Адонина И.Г., Логинова А.С., Бойко Н.И., Баранцова М.А., Салина E.A. 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)
Использование генетических технологий в селекции зерновых и зернобобовых культур Салина Елена Артемовна 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)
Изучение коллекции сои (Glycine max (L.) Merr.) для селекции на урожайность и содержание белка в зерне
в условиях Западной Сибири Потапов Д.А., Перфильев Р.Н., Салина Е.А., Полюдина Р.И. 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)
Поиск и анализ длинных некодирующих РНК в масштабах пан-транскриптома кукурузы. Пронозин Артем Юрьевич
Афонников Дмитрий Аркадьевич VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы
МЕТОДЫ НИЗКОТЕМПЕРАТУРНОГО ХРАНЕНИЯ МИЦЕЛИЯ ПРОМЫШЛЕННО ЗНАЧИМЫХ ШТАММОВ ГРИБОВ Брянская А.В., Уварова Ю.Е., Васильева А.Р., Арбузов Г., Пашис Т.А., Задорожный А.В., Мещерякова И.А., Бочков Д.В., Земляной Д.В., Пельтек С.Е. Школа грибоводства 2024
ГХ-МС ХЕМОТАКСОНОМИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ ЛИПОФИЛЬНЫХ СОЕДИНЕНИЙ В КОРЕ, ОБОЛОЧКАХ ПЛОДОВ И СЕМЕНАХ РЯБИНЫ S. AUCUPARIA SUBSP. SIBIRICA ИЗ ПОПУЛЯЦИИ, ПРОИЗРАСТАЮЩЕЙ В АКАДЕМГОРОДКЕ, НОВОСИБИРСК (РОССИЯ) Васильева А.Р., Слынько Н.М., Татарова Л.Е., Куйбида Л.В., Асбаганов С.В., Пельтек С.Е. XIII Международной научной конференции «Химия и технология растительных веществ»
Предсказание и анализ длинных некодирующих РНК на основе пан-транскриптома Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024): The 14th International Multiconference Novosibirsk, 2024
Разработка биоинформатического конвейера для обработки данных, полученных методом GBS Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024): The 14th International Multiconference Novosibirsk, 2024
Integration of phylostratigraphic and phylotranscriptomic analysis in the study of differentially expressed genes in cancer tissues Иванов Р.А.
Лашин С.А.
Афонников Д.А.
Матушкин Ю.Г. 14-я Международная Мультиконференция “Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология”
Эволюционный подход к изучению дифференциальной экспрессии в тканях карцином различных
стадий Иванов Роман Артемович
Афонников Дмитрий Аркадьевич
Матушкин Юрий Георгиевич
Лашин Сергей Александрович VI Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2024
2023
ВЛИЯНИЕ РЕГУЛЯТОРНЫХ ЭЛЕМЕНТОВ В ПРОМОТОРНОЙ ОБЛАСТИ ГЕНОВ PPD-1 НА ВРЕМЯ КОЛОШЕНИЯ РАСТЕНИЙ T. AESTIVUM, ПОЛУЧЕННЫХ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГЕНОМНОГО РЕДАКТИРОВАНИЯ Киселёва А.А., Тимонова Е. М., Бережная А.А., Салина Е.А. X Съезд Общества физиологов растений России (ОФР) «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата»
ГЕНОМНОЕ РЕДАКТИРОВАНИЕ РАСТЕНИЙ
КАК ИНСТРУМЕНТ НОВОЙ ЗЕЛЁНОЙ
РЕВОЛЮЦИИ А.А. Киселёва, Е.А. Салина Международный конгресс "CRISPR-2023"
Synthetic amphiploids - a potential source of common wheat genetic diversity in economically valuable traits Adonina I. G., Zorina M.V., Mehdiyeva S.P., Leonova I.N., Komyshev E.G., Timonova E.M., Salina E.A. The 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2023)
The use of a genome substituted form of Avrodes to expand the genetic diversity of common wheat Davoyan R.O., Bebykina I.V., Davoyan E.R., Zubanova Y.S., Boldakov D.M., Zinchenco A.N., Salina E.A., Badaeva E.D., Adonina I.G. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
Common wheat introgression lines with genetic material of the tribe Triticeae as a source of diversity for quality traits Leonova I.N., Kiseleva A.A., Berezhnaya A.A., Potapova N.A., Tsepilov Ya.A., Vinichenko N.A., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
Allopolyploidization as a driving force of chromosome reorganization of Triticum species Salina E.A. The 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2023)
Геномный анализ штаммов-эндофитов рода Bacillus: поиск генов, участвующих в осуществлении антифунгальной активности и взаимодействии с растением Александра Коренская, Cecile Ben, Laurent Gentzbittel, Сергей Лашин, Александра Клименко III Международная конференция «Сохранение и преумножение генетических ресурсов микроорганизмов»
The impact of terahertz radiation on stress response systems of prokaryotes Peltek S., Bannikova S., Mesheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilievа A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Khlebodarova T.M., Goryachkovskaya T THE 5-TH INTERNATIONAL CONFERENCE “TERAHERTZ AND MICROWAVE RADIATION: GENERATION, DETECTION AND APPLICATIONS” (TERA-2023)
The ICAnnoLncRNA pipeline for a Long-Non-coding-RNA identification and Annotation in Transcriptomic Data Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
Study of grain shape, color and pre-harvest sprouting in population of winter bread wheat cultivated in Russia Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Afonnikov D.A., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
QTL analysis for heading time and grain-filling period in Triticum aestivum L. Berezhnaya A.A., Kiseleva A.A., Stasyuk A.I., Leonova I.N., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
The study and modification of wheat heading and maturity genes using genome approaches including CRISPR/Cas9 gene editing technology Kiseleva A.A., Timonova E.M., Berezhnaya A.A., Stasyuk A.I., Kolozhvari A.E., Nesterov M.A., Kelbin V.N., Leonova I.N., Kochetov A.V., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
The study of the influence of various factors on the germination index in the collection of soft winter wheat (Triticum aestivum L.) Fedyaeva A.V., Afonnikova S.D., Afonnikov D.A., Deeva V.N., Pryanishnikov A.I., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
Analysis of the genome structure and its variations in potato cultivars grown in Russia Karetnikov D.I., Vasiliev G.V., Toshchakov S.V., Shmakov N.A., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Rybakov D.A., Gavrilenko T.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
MASRUSplants: an online database of DNA markers associated with rust resistance genes of wheat Kelbin V.N., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
The first appearance of a virulence to the wheat gene Sr24 among stem rust samples from Kemerovo Laprina Yu.V., Skolotneva E.S., Kelbin V.N., Boyko N.I., Salina E.A., Shcherban A.B. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
Developing plasmid vectors with cultivar specific U6 promoter to enhance CRISPR/Cas9 genome editing efficiency in potato (Solanum tuberosum) Larichev K.T., Sergeeva E.M., Karetnikov D.I., Afonnikov D.A., Salina E.A., Kochetov A.V. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
Influence of allelic variability of photoperiod genes on soybean maturity time in central Russia and West Siberian Pervf`lev R.N., Shcherban A.B., Potapov D.A., Maksimenko K.V., Kiryukhin S.V., Gurinovich S.O, Panarina V.I., Polyudina R.I., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
Structural analysis of genes affecting the tuber starch content and properties in Russian potato varieties Sergeeva E.M., Karetnikov D.I., Afonnikov D.A., Larichev K.T., Salina E.A., Kochetov A.V. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
Effects of alleles of Ppd-D1 and Vrn-B3 genes on heading time and yield-related traits in spring common wheat Stasyuk A.I., Kiseleva A.A., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
Efficient CRISPR/Cas9-based genomic editing technique for Nud gene mutagenesis in commercial barley cultivar mediated by particle bombardment Timonova E.M., Kiseleva A.A., Nesterov M.A., Sergeeva E.M., Filipenko E.A., Adonina I.G., Kochetov A.V., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
Modification of agricultural traits in cultivated varieties of barley and wheat Timonova E.M., Kiseleva A.A., Berezhnaya A.A., Nesterov M.A., Adonina I.G., Kochetov A.V., Salina E.A. 3rd International Conference “Genetically modified organism. The Нistory, Achievements, Social and Environmental Risks”
СОЗДАНИЕ ПЛАЗМИДНОГО
ВЕКТОРА С СОРТОСПЕЦИФИЧНЫМИ
ПРОМОТОРАМИ U6 ДЛЯ ГЕНОМНОГО
РЕДАКТИРОВАНИЯ РОССИЙСКИХ
СОРТОВ КАРТОФЕЛЯ (SOLANUM
TUBEROSUM) Ларичев К.Т., Сергеева Е.М., Каретников Д.И.,
Афонников Д.А., Салина Е.А., Кочетов А.В. Международный конгресс "CRISPR-2023"
НАПРАВЛЕНИЯ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ТЕХНОЛОГИЙ В СЕЛЕКЦИИ РАСТЕНИЙ: ОПЫТ КГЦ ИЦИГ СО РАН Салина Е.А., Кочетов А.В. Международный форум природоподобных технологий. Курчатовский геномный форум 2023
ОТ АНАЛИЗА СТРУКТУРЫ ГЕНОВ К ПОЛУЧЕНИЮ ЛИНИЙ КАРТОФЕЛЯ SOLANUM TUBEROSUM С ИЗМЕНЕННЫМИ СВОЙСТВАМИ КРАХМАЛА Сергеева Е.М., Ларичев К.Т., Каретников Д.И., Афонников Д.А., Салина Е.А., Кочетов А.В. Международный форум природоподобных технологий. Курчатовский геномный форум 2023
ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ АССОЦИАЦИЙ ПРИЗНАКОВ ПРЕДУБОРОЧНОГО ПРОРАСТАНИЯ И ЦВЕТА ЗЕРНА У ОЗИМОЙ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Афонников Д.А., Салина Е.А. Международный форум природоподобных технологий. Курчатовский геномный форум 2023. II международная молодежная конференция "Генетические и радиационные технологии в сельском хозяйстве"
Сравнение эффективности методов получения удвоенных гаплоидов у гибридов мягкой пшеницы, содержащих чужеродные интрогрессии Логинова А.С., Тимонова Е.М., Баранцова М.А., Леонова И.Н.,Салина Е.А. 23-я Всероссийская молодежная научная конференция «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии»
Комплекс методов и подходов, применяемых для получения качественного посевного мицелия культивируемых грибов Брянская А.В., Горячковская Т.Н., Уварова Ю.Е., Задорожный А.В., Васильева А.Р., Мещерякова И.А., Бочков Д.В., Земляной Д.В., Пельтек С.Е. Школа грибоводства 2023
Коллекция ФИЦ ИЦиГ СО РАН как основа для поиска штаммов-доноров биотехнологически перспективных генов и генных систем Брянская А.В., Уварова Ю.Е., Горячковская Т.Н., Шипова А.А., Задорожный А.В., Богачева Н.В., Коржук А.В., Шляхтун В.Н., Мещерякова И.А., Чесноков Д.О., Павлова Е.Ю., Бочков Д.В., Банникова С.В., Васильева А.Р., Пельтек С.Е. «Курчатовский геномный форум» (КурчатовГенТех – 2023)
ИСТОРИЯ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ ГИПЕРСОЛЕНОГО ОЗЕРА НОВОСИБИРСКОЙ ОБЛАСТИ А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.А. Шипова, Т.Н. Горячковская, О.П. Таран, Е.В. Лазарева, С.Е. Пельтек III Всероссийская конференция с международным участием "ЭКОЛОГИЯ И ГЕОХИМИЧЕСКАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ МИКРООРГАНИЗМОВ ЭКСТРЕМАЛЬНЫХ МЕСТООБИТАНИЙ"
2022
Картирование локусов, связанных с продолжительностью межфазных периодов мягкой пшеницы (Triticum aestivum L.) Бережная А.А., Киселёва А.А., Стасюк А.И., Салина Е.А. 6-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений»
Оценка полиморфизма коллекции озимой пшеницы по устойчивости к прорастанию зерна на корню Федяева А.В., Салина Е.А. 6-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений»
Поиск дифференциально экспрессирующихся генов в мутантах по гену nud ячменя Короткова А.М., Скрипилева А.И., Вихорев А.В., Колосовская Е.В., Герасимова С.В., Хлесткина Е.К. Генофонд и селекция растений, 6-я Международная конференция посвященная 135-летию Н. И. Вавилова
SSR генотипирование коллекции монопустульных изолятов Puccinia graminis f. sp. tritici Сколотнева Е.С., Кельбин В.Н., Лаприна Ю.В., Салина Е.А. 6-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений»
ВКЛАД ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО ГЕНОТИПИРОВАНИЯ В СЕЛЕКЦИЮ РАСТЕНИЙ Салина Е.А. 6-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений»
ПОИСК ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ ГЕНОВ В МУТАНТАХ ПО ГЕНУ NUD ЯЧМЕНЯ Короткова Анна Михайловна, Скрипилева Анастасия Ивановна, Вихорев
Александр Викторович, Колосовская Екатерина Вадимовна, Герасимова Софья
Викторовна, Хлесткина Елена Константиновна. ГЕНОМИКА И СОВРЕМЕННЫЕ БИОТЕХНОЛОГИИ В РАЗМНОЖЕНИИ, СЕЛЕКЦИИ И СОХРАНЕНИИ РАСТЕНИЙ (GenBio2022)
Plant immunity genes of Solanum tuberosum L. cultivars associated with resistance to potato late blight Shmakov N., Kochetov A., Afonnikov D., Vasiliev G., Antonova O., Shatskaya N., Glagoleva A., Ibragimova S., Khiutti A., Afanasenko O., Gavrilenko T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Plant immunity genes of Solanum tuberosum L. cultivars associated with resistance to potato late blight Shmakov N., Kochetov A., Afonnikov D., Vasiliev G., Antonova O., Shatskaya N., Glagoleva A., Ibragimova S., Khiutti A., Afanasenko O., Gavrilenko T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Differential gene expression analysis
in barley Nud gene mutants Korotkova A.M., Skripileva A.I., Vihorev A.V., Kolosovskaya E.V.,
Gerasimova S.V., Khlestkina E.K. 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” – BGRS/SB-2022
Impact of terahertz irradiation on the antimicrobial resistance of Escherichia coli JM 103 Shedko E., Uvarova Y., Bannikova S., Goryachkovskaya T., Popik V., Bryanskaya A., Peltek S. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
Defining the genetic control of N-glycosylation human blood plasma proteins using multivariate genetic association analysis TIMOSHCHUK A., POTAPOVA N.A., AKMACIC I.T., LAUC G., SHARAPOV S., AULCHENKO Y.S. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
Высокопроизводительное генотипирование коллекции зерновых и зернобобовых культур Салина Е.А. Первый научный форум «Генетические ресурсы РОССИИ»
QTLs associated with the duration of the developmental
phases in wheat Berezhnaya A., Kiseleva A., Salina E. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
Whole genome sequencing and development of KASP markers for genotyping the West Siberian wheat stem rust population Kelbin V.N., Muterko A.F., Skolotneva E.S., Sergeeva E.M., Salina E.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
Dissection of candidate genes for grain texture in common wheat Kiseleva A.A., Leonova I.N., Salina E.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
Development of CRISPR/Cas9-based genome editing constructs for Nevsky and Udacha potato cultivars Larichev K., Sergeeva E., Karetnikov D., Salina E., Kochetov A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
Natural variation of E1-E4, E9, GmFT5a genes in 180 soybean accessions adapted to Novosibirsk regions Perfl`ev R., Shcherban A., Potapov D., Maksimenko K., Polyudina R., Salina E. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
The divergence of wheat 5B chromosomes during evolution and its impact on recombination suppression Salina E., Muterko A., Kiseleva A., Korol A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
Reconstruction and analysis of potato Solanum tuberosum pangenome of Siberian cultivars Karetnikov D.I., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Vasiliev G.V., Toschakov S.V., Gavrilenko T.A., Afonnikov D.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
On organizing a software platform for seeking
biotechnologically important features in bacteria Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A.,
Kolchanov N BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Finding the ways for potential increasing of L-valine
biosynthesis yield in C. glutamicum with mathematical modeling Kazantsev F., Klimenko A., Kropochev A., Trofimova M., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Computer annotation of plant protein sequences
based on sequence similarity and orthology Malyugin E., Mustafin Z., Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
Large scale analysis of the crop transcriptomic data:
analysis of out of the reference transcripts Afonnikov D.A., Genaev M.A., Shmakov N.A., Mustafin Z.S., Mukhin A.M., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
Математическое моделирование метаболизма L-валина бактерии C. glutamicum Трофимова Мария Федоровна МНСК-2022
A comprehensive study of genetic mechanisms of common wheat heading and maturity times Antonina Kiseleva, Alina Berezhnaya, Anatoliy Stasyuk, Ekaterina Timonova, Anastasiya Kolozhvari,
Irina Leonova, Alexey Kochetov, Elena Salina 2nd International Wheat Congress
РЕКОНСТРУКЦИЯ И АНАЛИЗ ПАНГЕНОМА КАРТОФЕЛЯ SOLANUM TUBEROSUM СОРТОВ СИБИРСКОЙ СЕЛЕКЦИИ Каретников Д.И., Генаев М.А., Нестеров М.А., Ибрагимова С.М., Васильев Г.В., Тощаков С.В., Гавриленко Т.А., Афонников Д.А., Салина Е.А., Патрушев М.В., Кочетов А.В. III Международная научно-практическая конференция "Клеточная биология и биотехнология растений"
ПОЛУЧЕНИЕ НОВЫХ ГЕНОТИПОВ КАРТОФЕЛЯ С УСТОЙЧИВОСТЬЮ К ХОЛОДОВОМУ ОСАХАРИВАНИЮ Егорова А.А., Герасимова С.В., Сабоиев И.А., Домрачев Д., Коэппель И., Хикель Ш., Хертиг К., Чамас С., Кумлен Й., Рогозина Е., Чалая Н., Салина Е.А., Кочетов А.В. XIX ВСЕРОССИЙСКАЯ МОЛОДЕЖНАЯ ШКОЛА-КОНФЕРЕНЦИЯ ПО АКТУАЛЬНЫМ ПРОБЛЕМАМ ХИМИИ И БИОЛОГИИ
RECONSTRUCTION AND ANALYSIS OF PANGENOME OF SIBERIAN CULTIVARS OF POTATO SOLANUM TUBEROSUM Toschakov S.V., Gavrilenko T.A., Afonnikov D.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Karetnikov D.I., Genaev M.A., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Ibragimova S.M., Vasiliev G.V. III Всероссийская конференция «Высокопроизводительное секвенирование в геномике» (HSG-2022)
Полногеномный анализ ассоциаций для изучения содержания белка в зерне мягкой пшеницы А.А. Киселёва, А.А. Бережная, И.Н. Леонова, Е.А. Салина Всероссийская научно-практическая конференция «Генетические ресурсы растений для генетических технологий: к 100-летию Пушкинских лабораторий ВИР»
ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕХАНИЗМОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В ФОРМИРОВАНИИ ПРОДОЛЖИТЕЛЬНОСТИ МЕЖФАЗНЫХ ПЕРИОДОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ А. А. Киселёва, А. А. Бережная, А. И. Стасюк, Е. М. Тимонова, А. Э. Коложвари, И. Н. Леонова, Е. А. Салина V Вавиловская международная конференция
The impact of terahertz radiation on living systems. Peltek S., Bannikova S., Khlebodarova T., Shedko E., Meshcheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilieva A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Goryachkovskaya T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
The influence of environmental and genetic factors on the portability of polygenic risk score models across diverse ancestry groups NOSTAEVA A., KUZNETSOV I., ZHAIVORON A., AULCHENKO Y., KARSSEN L. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference
Integration of transcriptomic, genomic, and proteomic data in order to assess the impact of translation efficiency features on protein abundance for various prokaryotes Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Bioinformatic assessment of factors affecting the correlation between protein abundance and elongation efficiency in prokaryotes Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Genome assembly of a new Wolbachia pipientis strain:
a promising source for studying Drosophila melanogaster
endosymbiosis Klimenko A.I., Korenskaia A.E., Shishkina O.D., Andreenkova O.V., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ ГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ ШТАММОВ WOLBACHIA PIPIENTIS, РАЗЛИЧАЮЩИХСЯ ПО ВЛИЯНИЮ НА СТРЕССОУСТОЙЧИВОСТЬ DROSOPHILA MELANOGASTER Шишкина О.Д., Андреенкова О.В., Клименко А.И., Коренская А.Е., Васильев Г.В., Шацкая Н.В., Грунтенко Н.Е. HSG-2022: III Всероссийская конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"
Анализ сельскохозяйственных сортов ячменя методом GBS Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Салина Елена Артемовна GeneBio-2022
Investigation of promising biotechnological strains from the FRC ICG SB RAS collection using omix technologies and bioin-formatics methods Uvarova Y., Bryanskaya A., Shipova, A., Vasilievа А., Goryachkovskaya T., Shedko E., Peltek S. BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2022) Novosibirsk, 04–08 июля 2022 года
On the search for markers formed in the processes of microbiological metabolism of industrial waste on the example of lignin and oil sludge by gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) A.R. Vasileva, Y.E. Uvarova, N.M. Slynko, T.N. Goryachkovskaya, A.V. Bryanskaya, I.A. Meshcheryakova, E.V. Antonov, L.E. Tatarova, I.N. Lytkin, A.A. Shipova, S.E. Peltek BGRS-2022
Industrial enzymes production based on genetically engineered microorganisms strains of super-producers Peltek S., Zadorozhny A., Rozanov A., Bogacheva N., Shlyakhtun V., Voskoboev M., Blinov A., Sukhih I., Chesnokov D., Pavlova E., Goryachkovskaya T., Bochkov D., Korzhuk A., Ushakov V., Bannikova S., Meshcheryakova I., Antonov E., Vasilieva A., Shedko E., Shipova A., Uvarova Y. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
IMPUTATION-BASED WHOLE-GENOME ANALYSIS IDENTIFIES CANDIDATE VARIANTS AFFECTING BODY TEMPERATURE UNDER THE COLD STRESS IN SIBERIAN CATTLE Igoshin A.V., Yudin N.S., Larkin D.M. BGRS/SB-2022
2021
Выявление генетических локусов, ассоциированных со временем созревания мягкой пшеницы БережнаяA.А., Киселёва А.A., Салина Е.А. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2021) : The 13th International Young Scientists School; Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen School 2021) : Young Scientists School (October 4–9, 2021, Novosibirsk, Russia)
Quantitative genetics of human protein N-glycosylation Yurii Aulchenko 10th Moscow Conference on Computational Molecular Biology МССМВ21
Insights into the genetic components of chronic back pain Elizaveta E. Elgaeva, Maxim B. Freidin, Frances M. K. Williams, Pradeep Suri, Yurii S. Aulchenko, Yakov A. Tsepilov 10th Moscow Conference on Computational Molecular Biology МССМВ21
Shared heredity: a method to model genetic basis of correlated traits Gulnara R. Svishcheva, Evgeny S. Tiys, Sofia G. Feoktistova, Elizaveta E. Elgaeva, Sodbo Z. Sharapov, Yakov A. Tsepilov MCCMB 2021
Development of a marker panel for genotyping of soybean cultivars by genes controlling the flowering time and response to the photoperiod Perfil’ev R.N., Shcherban A.B., Salina E.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
A feedback loop enrchment analysis in gene network of bronchial asthma and pulmonary tuberculosis interaction Evgeny S. Tiys, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
ВЫЯВЛЕНИЕ ГЕНОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ ОДНОВРЕМЕННО С ОЖИРЕНИЕМ И ЛИМФЕДЕМОЙ, С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Нимаев В.В. Международная научно-практическая конференция «Лимфология: от фундаментальных исследований к медицинским технологиям»
Targeted knockout of the NUD gene in Siberian barley Korotkova A.M., Kolosovskaya E.V., Gerasimova S.V., Hertig C., Otto I., Kumlehn J., Khlestkina E.K. PlantGen2021
Advanced panel of molecular markers identifying of stem rust resistance genes Sr2, Sr15, Sr21, Sr22, Sr23, Sr24, Sr25, Sr26, Sr31, Sr35, Sr36, Sr38, Sr39, Sr45, Sr57, Lr6Ai#2 in Siberian wheat cultivars Kelbin V.N., Skolotneva E.S., Shamanin V.P., Salina E.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
The studying genetic regulation of the vaviloid type of spike branching in hybrid lines of hexaploid wheat Adonina I.G., Zorina M.V., Shcherban A.B., Mehdiyeva S.P., Salina E.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
Identification and characterization of two novel VRN-B3 alleles in Russian common wheat Berezhnaya A.A., Kiseleva A.A., Salina E.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
Study of the relationship between the conductive system of the internodes in spring bread wheat with lodging resistance and yield traits Ageeva E.V., Leonova I.N., Salina E.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
Using synthetic forms of RS5 and RS7 to expand the genetic diversity of common wheat for disease resistance Davoyan R.O., Bebykina I.V., Davoyan E.R., Zubanova Y.S., Zinchenco A.N., Badaeva E.D., Salina E.A., Adonina I.G. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
Developing potato varieties with decreased cold-induced sweetening Egorova A., Gerasimova S., Ibragimova S., Romanova A., Saboiev I., Domrachev D., Koeppel I., Hertig C., Hiekel S., Chamas S., Kumlehn J., Rogosina E., Chalaya N., Salina E., Kochetov A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
Regeneration capacity of potato cultivars prone to cold sweetening Ibragimova S., Romanova A., Saboiev I., Salina E., Kochetov A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
Functional characterization of genes with circadian expression patterns in common wheat Kiseleva A.A., Bragina M.K., Salina E.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
An integrated approach to study genetics of Triticum aestivum vegetation period Kiseleva А.А., Stasyuk A.I., Bragina M.K., Berezhnaya A.A., Kolozhvari A.E., Leonova I.N., Kochetov A.V., Salina E.А. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
The study of the wheat Ppd-D1 regulatory region using Cas9 RNA-directed nuclease system Kolozhvari A.E., Kiseleva А.А., Salina E.А. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
Genetic loci for grain protein and gluten content in Russian spring wheat varieties Leonova I.N., Kiseleva A.A., Stasyuk A.I., Salina E.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
CRISPR/Cas9 – mediated genome editing of bread wheat to modulate heading time Miroshnichenko D., Timerbaev V., Klementyeva A., Salina E., Dolgov S. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
Comparative assessment of sugar accumulation in commercial potato cultivars (Solanum tuberosum L.) for genome editing Saboiev I., Ibragimova S., Egorova A., Salina E., Kochetov A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
The selection of efficient sgRNAs for CRISPR-Cas9 genome editing of potato (Solanum tuberosum L.) aimed to obtain the cultivars with low-amylose starch properties Sergeeva E.M., Larichev K.T., Bragina M.K., Salina E.A., Kochetov A.V. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
Structural analysis of the candidate gene that controls awn length in common wheat Triticum aestivum L. Shcherban A.B., Kuvaeva D.D., Salina E.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
The influence of alien translocations on in vitro androgenesis in lines of spring common wheat Timonova E.M., Adonina I.G., Salina E.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
The studying of hybrid line with spherical grains and reduced height obtained by crossing triticale and synthetic hexaploid wheat Zorina M.V., Adonina I.G., Mehdiyeva S.P., Salina E.A. The 6th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2021)
Whole-genome resequencing points to candidate variants and genes for body temperature maintenance under the cold stress in Siberian cattle populations A.V. Igoshin, N.S. Yudin, R.B. Aitnazarov, A.A. Yurchenko, D.M. Larkin ISAG-2021. 38th International Society for Animal Genetics Conference
Actin, tropomyosin and peroxiredoxin-2 in atherosclerotic plaques at different stages of development in coronary atherosclerosis Stakhneva EM, Meshcheryakova IA, Demidov EA, Starostin KV, Peltek SE, Polonskaya YV, Kashtanova EV, Shramko VS, Ragino YI. 89 EAS Congress 2021
Разработка маркеров к генам биосинтеза крахмала картофеля Solanum tuberosum L. Сергеева Е.М., Щербань А.Б., Куваева Д.Д., Афонников Д.А., Салина Е.А., Кочетов А.В. V Всероссийская конференция «Фундаментальная гликобиология»
Transcriptome analysis of Nud transgene mutant barley Korotkova A.M., Kolosovskaya E.V.
, Gerasimova S.V.
, Khlestkina E.K. SBB-2021 The 13th International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics
Genomics for crop breeding: past and future Salina Е.А. The 2nd International Scientific and Practical Conference "Genomics and modern biotechnologies in plant propagation, breeding and preservation" (GenBio2021)
Метод общей адаптации выявления функциональных нуклеотидных замен в породах крупного рогатого скота для использования в геномной селекции и редактировании Ларкин Д.М., Рувинский Д.Е., Игошин А.В., Ромашов Г.А., Юдин Н.С. 3-я Международная научно-практическая конференция «Молекулярно-генетические технологии анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных»
Филотранскриптомный анализ генных сетей сахарного диабета 2 типа МАРТЮШЕВА Т.А., МУСТАФИН З.С., КЛИМОНТОВ В.В.,
ЛАШИН С.А. САХАРНЫЙ ДИАБЕТ-2021: ОТ МОНИТОРИНГА К УПРАВЛЕНИЮ
Omingenic model of control of N-glycosylation of immunoglobulin G Arina Nostaeva, Sodbo Sharapov, Gordan Lauc, Michel Georges, Yury Aulchenko European Conference of Human Genetics
Omingenic model through a lens of genetics of protein N-glycosylation Aulchenko Yurii, Kuznetsov Ivan, Nostaeva Arina, Lauc Gordan, Georges Michel Biology of Genomes
Analysis of the genetic components behind the chronic back pain Elizaveta E. Elgaeva, Maxim B. Freidin, Frances M. K. Williams, Pradeep Suri, Yurii S. Aulchenko, Yakov A. Tsepilov ASHG Virtual Meeting 2021
Meta-analysis of genome-wide association studies for N-glycosylation in 10,000 individuals. Sodbo Sharapov, Yakov Tsepilov, Elizaveta Elgaeva, Evgeny Tiys, Arina Nostaeva, Frano Vuckovic, Irena Trbojević-Akmačić, Michel Georges, Karsten Suhre, Nishi Chaturvedi, Harry Campbell, Malcolm Dunlop, Frances Williams, Matthias B. Schulze, Tim Spector, Gordan Lauc, Yurii S. Aulchenko. European Human Genetics Conference 2021 (ESHG 2021)
Mapping genes involved in control of N-glycosylation of blood glycoproteins through a large genome-wide association study. Sharapov S., Tsepilov Y., Elgaeva E., Tiys E., Nostaeva A., Vuckovic F., Trbojević-Akmačič I., Georges M., Suhre K., Chaturvedi N., Campbell H., Dunlop M., Williams F., Schulze M., Spector T., Lauc G., Aulchenko Y. МССМВ'21. 10th Moscow Conference on Computational Molecular Biology
Identification and structural features
analysis of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology.
Identification and structural analysis
of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
Prediction, classification and annotation of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич 6th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding (CBB6)
Identification and classification of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Марчуковские научные чтения – 2021.
Микробные сообщества в веществе из потока рассеяния Урского хвостохранилища (Кемеровская область, п. Урск) Розанов А.С., Мягкая И.Н., Коржук А.В., Изотова А.А., Тощаков С.В., Лазарева Е.В., Пельтек С.Е. Международная научная конференция, посвящённая 150-летию Севастопольской биологической станции — Института биологии южных морей имени А. О. Ковалевского и 45-летию НИС «Профессор Водяницкий», "Изучение водных и наземных экосистем: история и современность"
Изучение микробных сообществ соленых озер новосибирской области: от кое к mag Брянская А.В., Уварова Ю.Е., Шипова А.А., Розанов А.С., Старостин К.В., Горячковская Т.Н., Таран О.П., Лазарева Е.В., Пельтек С.Е. Разнообразие почв и биоты Северной и Центральной Азии. Материалы IV Всероссийской конференции с международным участием, посвященной году науки и технологий в Российской Федерации и 40-летию Института общей и экспериментальной биологии СО РАН.
2020
Использование расширенной панели молекулярных маркеров на гены устойчивости (Sr21, Sr23, Sr35, Sr36, Sr38) к стеблевой ржавчине на сортах мягкой и твердой пшеницы Кельбин В.Н., Сколотнева Е.С., Морозова Е.В.,
Салина Е.А. 5-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» GPB 2020
Структурно-функциональные особенности новых аллелей гена цветения мягкой пшеницы VRN-B3 Бережная А.А., Киселева А.А., Салина Е.А. 5-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» GPB 2020
Поиск и функциональный анализ генов с циркадным паттерном экспрессии у мягкой пшеницы Брагина М.К., Киселёва А.А., Салина Е.А. 5-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» GPB 2020
Новые гены-кандидаты, определяющие текстуру зерна у российских сортов мягкой пшеницы Киселева А.А., Леонова И.Н., Пшеничникова Т.А., Салина Е.А. 5-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» GPB 2020
Наследование генов-маркеров к митохондриальной ДНК у аллоплазматических линий T. dicoccum x T. aestivum Перфильев Р.Н., Щербань А.Б., Салина Е.А. 5-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» GPB 2020
Отбор с помощью молекулярных маркеров линий яровой мягкой пшеницы с ранним сроком колошения Стасюк А.И., Киселева А.А., Салина Е.А. 5-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» GPB 2020
Кариотипические особенности гибридных форм гексаплоидной пшеницы с вавилоидным типом ветвления колоса Адонина И.Г., Прокопьева М.В., Мехдиева С.П., Салина Е.А. 5-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» GPB 2020
Разработка алгоритмов для нахождения факторов транскрипции и их сайтов связывания в аннотированных бактериальных геномах Лахова Т.Н., Ощепков Д.Ю., Мухин А.М., Лашин С.А. 12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020
MGSGenerator 1.5: software tool for reconstructing mathematical models of metabolic networks F.V. Kazantsev, S.A. Lashin BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Loci and genes involved in chronic musculoskeletal pain identified via analysis of genetically independent pain phenotypes Y Tsepilov, M Freidin, A Shadrina, E Elgaeva, S Sharapov, J van Zunder, L Karssen, P Suri, F Williams, Y Aulchenko BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Novel loci associated with plasma immunoglobulin G N-glycosylation identified by a multivariate analysis Alexandra S. Shadrina, Alexander S. Zlobin, Olga O. Zaytseva, Gordan Lauc, Lucija Klaric, Sodbo Z. Sharapov, Yurii S. Aulchenko, Yakov A. Tsepilov BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Loci and Genes Involved in Chronic Musculoskeletal Pain Identified via Analysis of Genetically Orthogonal Pain Phenotypes Y Tsepilov, M Freidin, A Shadrina, E Elgaeva, S Sharapov, J van Zunder, L Karssen, P Suri, F Williams, Y Aulchenko European Mathematical Genetics Meeting
QTL analysis complemented by the transcriptome sequencing to identify candidate genes associated with wheat heading time Antonina A. Kiseleva, Alexandr F. Muterko, Elena A. Salina 8th Plant Genomics and Gene Editing Congress: Europe
Detection and investigation of genes with circadian expression pattern in common wheat Antonina Kiseleva, Maria Bragina, Elena Salina 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)
The algorithm for finding potentially oscillating behavior in enzymatic systems Lakhova T.N., Kazantsev F.V, Matushkin Yu.G., Lashin S.A. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Multigene phylogenies for the earthworm Eisenia nordenskioldi (Lumbricidae, Annelida) Shekhovtsov S.V., Shipova A.A., Poluboyarova T.V., Peltek S.E. BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) Symposium Systems biology and biomedicine
Изучение генетической регуляции накопления кутику-лярного воска ячменя при помощи анализа данных RNA-seq Вихорев А., Шмаков Н., Колосовская Е., Короткова А., Герасимова С., Хлесткина Е. 12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020
Comparison in the proteoms of atherosclerotic plaques at different stages of development in coronary atherosclerosis Stakhneva E.M., Meshcheryakova I.A., Demidov E.A., Starostin K.V., Peltek S.E., Shramko V.S., Striukova E.V., Ragino Yu.I. 88 EAS CONGRESS
Эпидемиология стеблевой ржавчины в Западной Сибири: применение SSR маркеров Кельбин Василий Николаевич, Салина Елена Артемовна XXVII Международной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов»
The prospects for the study of the avirulence genes characteristic for the West Siberian population of wheat stem rust Puccinia graminis f. sp. tritici Vasiliy Kelbin, Ekaterina Sergeeva, Ekaterina Skolotneva, Elena Salina 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)
Получение голозерных линий ячменя после направленной модификации
гена Nud методом CRISPR/CAS. Короткова А.М., Колосовская Е.В., Герасимова С.В., Кукоева Т.В., Хлесткина Е.К. Генофонд и селекция растений
АНАЛИЗ ПОПУЛЯЦИИ МУТАНТОВ И ПОЛУЧЕНИЕ ЛИНИЙ РАСТЕНИЙ ПОСЛЕ ГЕНОМНОГО РЕДАКТИРОВАНИЯ ПО ГЕНУ NUD У ЯЧМЕНЯ Короткова А.М., Колосовская Е.В., Герасимова С.В., Кукоева Т.В.,
Хлесткина Е.К. ХХ-я научная конференция молодых ученых «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии»
ANDDIGEST: A TEXT-MINING BASED COMPUTER SYSTEM FOR GENERATING DIGESTS IN THE FIELD OF BIOLOGY IVANISENKO TIMOFEY, DEMENKOV PAVEL, IVANISENKO VLADIMIR, KOLCHANOV NIKOLAY BGRS/SB-2020. THE 12TH INTERNATIONAL MULTICONFERENCE
Получение линий растений мутантов и анализ полученных популяций
после геномного редактирования по гену Nud у ячменя Короткова А.М., Колосовская Е.В., Герасимова С.В., Кукоева Т.В., Хлесткина Е.К. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2020)
Learning the changes of barnase mutants thermostability from
structural fluctuations obtained using anisotropic network
modeling Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko Twelfth International Multiconference BGRS/SB-2020
Interpretation of the features of a linear regression model
for predicting the survival time of the amyotrophic lateral
sclerosis patients with mutated SOD1 Nikolay Alemasov, Alexandr Shcherbakov, Vladimir Timofeev, Vladimir Ivanisenko Twelfth International Multiconference BGRS/SB-2020
WebMCOT web-service for prediction of co-occurred DNA motifs in ChIP-seq data Mukhin A. M., Levitsky V. G., Lashin S. A., Oshchepkov D. Y. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
OrthoWeb-web application for macroand microevolutionary analysis of genes Mustafin Z., Mukhin A., Afonnikov D., Matushkin Y., Lashin S BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА ПРИРОДНОГО ОРГАНИЧЕСКОГО ВЕЩЕСТВА ИЗ ПОТОКА РАССЕЯНИЯ ВЫСОКОСУЛЬФИДНОГО ХВОСТОХРАНИЛИЩА А.С. Розанов, И.Н. Мягкая, Н.И. Ершов, Б.Ю. Сарыг-оол, М.А. Густайтис, А.А. Шипова, В.С. Ушаков, Е.В. Лазарева, С.Е. Пельтек VII МЕЖДУНАРОДНАЯ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ «БИОТЕХНОЛОГИЯ: НАУКА И ПРАКТИКА»
Development and analysis of AIDS epidemic agent-based
computer model applying an algorithm for explicit calculation of HIV replicability Anna Smirnova, Mikhail Ponomarenko, Sergey Lashin BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
MGSGenerator 1.5: инструментарий для реконструкции математических моделей метаболических сетей Казанцев Ф.В., Лашин С.А SBB-2020
Изучение основных параметров устойчивости яровой пшеницы к мучнистой росе Н.П. Бехтольд, Е.А. Орлова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников, У.С. Зубаирова Генофонд и селекция растений: доклады и сообщения V Международной конференции «Генофонд и селекция растений»
Molecular genetic analysis of alloplasmic recombinant lines (Triticum dicoccum) – Triticum aestivum Shcherban A.B., Perfil'ev R.N., Salina E.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)
Features of the organization of bread wheat 5BS
chromosome region carrying the leaf rust resistance gene Lr52 Брагина Мария Константиновна
Афонников Дмитрий Аркадьевич
Салина Елена Артемовна 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)
ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ИЗЛУЧЕНИЯ НА ЖИВЫЕ СИСТЕМЫ С
ПОМОЩЬЮ ФЛУОРЕСЦЕНТНЫХ E. COLI БИОСЕНСОРОВ Сердюков Д.С., Мещерякова И.А., Горячковская Т.Н., Попик В.М., Пельтек С.Е. VII Троицкая конференция с международным участием «Медицинская физика» (ТКМФ-7)
Melatonin as a key regulator in molecular-genetic network of glucose variability related to circadian rhythm Cайк О., Деменков П., Иванисенко В., Климонтов В. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”,Symposium “Systems biology and biomedicine” (SbioMed-2020)
Using fast homology search tools for protein sequence functional annotation: a comparison Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Использование программ быстрого поиска гомологии для функциональной аннотации белков Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2020» (АПВПМ-2020)
A new method for combining of genetically correlated traits by maximizing of their shared heritability Svishcheva G, Tiys E, Feoktisova S, Elgaeva E,
Sharapov S, Tsepilov Y 48th European Mathematical Genetics Meeting (EMGM)
Results of genome-wide association study of plasma proteome
N-glycosylation in 10,000 samples Sodbo Sharapov, Yurii Aulchenko, Tim Spector, Sofya Feoktistova, Yakov A. Tsepilov, Elizaveta E. Elgaeva, Lucija Klaric, Eugene Tiys, Frano Vuckovic, Harry Campbell, Karsten Suhre, Matthias Schulze, Malcolm Dunlop, Frances Williams, Gordan Lauc BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Targeted mutagenesis of the HvMyc2 and HvAnt2 genes
in Hordeum vulgare L. Anastasiya Egorova, Ksenia Strygina, Olesya Shoeva, Christian Hertig, Iris Koeppel, Stefan Hiekel, Alexander Vikhorev, Sophia Gerasimova, Jochen Kumlehn, Elena Khlestkina BGRS-2020
Identification of an AP2/ERF Transcription Factor Controlling the Synthesis of Barley Epicuticular Wax Ekaterina Kolosovskaya, Sophia Gerasimova, Anna Korotkova, Christian Hertig, Sergey Morozov, Elena Chernyak, Dmitriy Domrachev, Vikhorev Alexander, Nikolay Shmakov, Alexey Kochetov, Jochen Kumlehn, Elena Khlestkina 12-ая Международная мультиконференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии / Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology, BGRS/SB-2020
Идентификация регуляторного гена, контролирующего синтез кутикулярного воска ячменя Колосовская Е.В., Герасимова С.В., Короткова А.М., Хертиг К., Морозов С.В., Черняк Е.И., Домрачев Д.В., Кочетов А.В., Кумлен Й., Хлесткина Е.К. 12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020
Изучение особенностей культивирования и регенерации iv vitro диких видов картофеля Колошина К.А., Иванова К.А., Герасимова С.В. Генофонд и селекция растений
Quantitative genetics and computational functional genomics as tools to study biology Aulchenko Y.S. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
Motility and fitness of microorganisms in dynamic aquatic ecosystems: a simulation study Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020
Predicting elongation efficiency of gene translation for annotation of bacterial genomes: a case study for biosynthetic gene clusters of nonribosomal peptides Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020
EXTRACTION OF SPECTRAL SERIES OF IONS FROM MASS SPECTRA OF PEPTIDES BY METHODS OF INTEGRAL TRANSFORMS AND MACHINE LEARNING Fomin E., Alemasov N., Afonnikov D. BGRS-2020
The genomes and mechanisms of adaptation
to the cold climates in Russian native cattle breeds Buggiotti L., Yurchenko A., Yudin N., Larkin D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)
Resequencing genomes of the Russian native Baikal and Tuva sheep breeds Sweet-Jones J., Yudin N., Larkin D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)
Gene network of type 2 diabetes: reconstruction of analysis Zamyatin V., Mustafin Z., Matushkin Y., Afonnikov D., Klimontov V., Lashin S. BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts. 2020.
Engineering and characterization of a recombinant human interferon alpha-2b fused with apolipoprotein A-I possessing prolonged action Maria Pykhtina *, Vladimir Romanov, Anastasiya Kotlyarova, Evgeniy Demidov, Svetlana Bannikova, Sergey Peltek, Anatoly Beklemishev 6th International Electronic Conference on Medicinal Chemistry
Construction of a biosensor sensitive to terahertz radiation based on the glutamine synthetase gene promoter Irina Meshcheryakova, Tatyana Goryachkovskaya, Svetlana Bannikova, Alexey Rozanov, Elizaveta Demidova, Dmitry Oshchepkov, Evgeniy Demidov, Alla Bryanskaya, Nikolay Vinokurov, Vasiliy Popik, and Sergey Peltek Synchrotron and Free electron laser Radiation: generation and application (SFR-2020)
Выявление ключевых участников молекулярно-генетических сетей, ассоциированных с лимфедемой, с помощью биоинформатических методов Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Нимаев В.В. 7-й съезд лимфологов России и 8-я международная научно-практическая конференция по клинической лимфологии "ЛИМФА-2020"
Компьютерная реконструкция экологической структуры сообщества кишечной микробиоты на основе высокопроизводительного секвенирования Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 12 межд. конф. BGRS/SB-2020
Разработка метода компьютерной реконструкции экологической структуры сообществ кишечной микробиоты на основе данных высокопроизводительного секвенирования Кропочев А. И Международная научная студенческая конференция МНСК 2020
2019
CYP75 gene family in barley Vikhorev A.V., Gerasimova S.V., Strygina K.V., Khlestkina E.K. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019): The Eleventh International Young Scientists School
Итоги многолетних исследований наследственной глухоты у коренного населения Сибири: от эпидемиологии до молекулярной генетики, клеточной биологии и компьютерного моделирования. Посух О.Л.,Барашков Н.А., Зыцарь М.В., Бады-Хоо М.С., Данильченко В.Ю., Маслова Е.А., Пшенникова В.Г., Романов Г.П., Соловьёв А.В., Кларов Л.А., Федорова С.А., Терютин Ф.М., Лашин С.А., Орищенко К.Е., Морозов И.В., Бондарь А.А. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
ИССЛЕДОВАНИЕ РЕГЕНЕРАЦИОННОГО ПОТЕНЦИАЛА СОРТОВ ЯЧМЕНЯ Короткова А.М., Герасимова С.В., КукоеваТ.В., ХлесткинаЕ.К. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
ALTERING PLANT DOMESTICATION TRAITS VIA SITE-DIRECTED GENOME MODIFICATION Gerasimova S.V., Ivanova K.A., Hertig C., Korotkova A.M., Hiekel S., Kolosovskaya E., Koloshina K.A., Genaev M.A., Komyshev E.G., Egorova A.A., Domrachev D.V., Rogozina E.V., Kochetov A.V., Kumlehn J., Khlestkina E.K. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО
ФЕНОТИПИРОВАНИЯ РАСТЕНИЙ ДИКИХ ВИДОВ КАРТОФЕЛЯ Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы.
WildPetotaDB – a database for genotype and phenotype of wild tuber-bearing species of the genus Solanum L. Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
Identification and characterization of a barley gene controlling cuticle wax formation Gerasimova S., Kolosovskaya E., Hertig C., Hiekel S., Korotkova A., Doroshkov A., Kukoeva T., Domrachev D., Kochetov A., Kumlehn J., Khlestkina E. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
Decreasing wild potato toxicity by targeted modification of glycoalkaloid metabolism genes Egorova A.A., Ivanova K.A., Domrachev D.V., Kochetov A.V., Khlestkina E.K., Gerasimova S.V. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference 24-29 июня 2019 г., Новосибирск, Россия
Targeted knockout of the PAIN-1 gene in Solanum tuberosum Egorova A.A., Gerasimova S.V., Schedel S., Kumlehn J., Kochetov A.V. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
Genetic differences determining inter-individual variation in protein glycosylation Аульченко Ю.С., Шарапов С.Ж. 11th ISABS and 2nd Human Glycome Meeting
Genetic landscape of human healthspan Zenin A, Tsepilov Y, Sharapov S, Getmantsev E, Menshikov LI, Fedichev PO, Aulchenko Y 9th Moscow Conference on Computational Molecular Biology МССМВ'19
СЕКВЕНИРОВАНИЕ ГЕНОМА ПШЕНИЦЫ - НОВЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ ДЛЯ СЕЛЕКЦИИ Салина Е.А. VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
СОЗДАНИЕ И ИСПОЛЬЗОВАНИЕ СИНТЕТИЧЕСКИХ ФОРМ ДЛЯ РАСШИРЕНИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ НА ОСНОВЕ ГЕНОФОНДА ДИКИХ СОРОДИЧЕЙ Давоян Р.О., Бебякина И.В., Давоян Э.Р., Миков Д.С., Зубанова Ю.С., Болдаков Д.М., Зинченко А.С., Бадаева Е.К., Салина Е.А. VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
ПОЛИМОРФИЗМ ГЕНА СКВАЛЕН- СИНТАЗЫ У РАЗЛИЧНЫХ ВИДОВ АМАРАНТА Щербань А.Б., Стасюк А.И., Салина Е.А. VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
ОЦЕНКА ВЛИЯНИЯ ТРАНЛОКАЦИЙ ОТ AEGILOPS SPELTOIDES TAUSCH НА ЗИМОСТОЙКОСТЬ И УСТОЙЧИВОСТЬ К ЛИСТОВОЙ РЖАВЧИНЕ У ОЗИМОЙ ПШЕНИЦЫ Стасюк А.И., Леонова И.Н., Салина Е.А. VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
РОЛЬ БАРБАРИСА В ФОРМИРОВАНИИ ПОПУЛЯЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ СТЕБЛЕВОЙ РЖАВЧИНЫ В НОВОСИБИРСКОЙ ОБЛАСТИ Сколотнева Екатерина Сергеевна, Кельбин Василий Николаевич, Сергеева Екатерина Михайловна, Салина Елена Артемовна IV Всероссийский съезд по защите растений с международным участием «Фитосанитарные технологии в обеспечении независимости и конкурентоспособности АПК России»
Stem rust infection in Novosibirsk region: life cycle and origin Kelbin V.N., Skolotneva E.S., Vidich S., Salina E.A. 18th Congress of European Mycologists
Current achievements in study of black-spiked barley Anastasiia Yu. Glagoleva, Sergey R. Mursalimov, Natalya V. Gracheva, Nickolay A. Shmakov, Natalya M. Levanova, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Olesya Yu. Shoeva, Elena K. Khlestkina 5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding
Transcriptomic analysis of barley partial albinism Nickolay Shmakov, Anastasiya Glagoleva, Gennadiy Vasiliev, Dmitry Afonnikov, Elena Khlestkina 5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding
Метод морфометрии колоса пшеницы на основе анализа изображений Комышев Е.Г., Генаев М.А., Афонников Д.А. Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни.
Разработка методов автоматического определения количественных характеристик, описывающих
фенотипические признаки колоса пшеницы Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
Биоинформационный анализ путей регуляции экспрессии генов предрасположенности к аутизму Клименко А.И., Трифонова Е.А., Лашин С.А., Кочетов А.В. Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего»
Antagonistic evolutionary scenarios in microbial communities are played out under ecological stratification fostered by spatial gradients A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin The International Society for Ecological Modelling Global Conference 2019
Методы компьютерного моделирования иерархических биологических систем Лашин С. А., Матушкин Ю. Г., Клименко А. И., Казанцев Ф. В., Лахова Т. Н., Смирнова А. А. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
Реконструкция генных сетей нейротрансмиттерных систем человека Р.А. Иванов, А. И. Клименко, А. Н. Савостьянов, С.А. Лашин «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
Creation and analysis of an agent-based computer model of the AIDS epidemic using an algorithm for explicit calculation of the HIV replicability Smirnova A.A., Ponomarenko M.P., Lashin S.A. 11th International Young Scientists School “Systems Biology and Bioinformatics” – SBB-2019
LARGE GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDY PROVIDES INSIGHT INTO THE GENETIC ARCHITECTURE OF LOW BACK PAIN AND ITS RISK FACTORS Tsepilov Y.A., Ю.С. Аульченко 47th European Mathematical Genetics Meeting
ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСКРИПТОМА ПОЧТИ ИЗОГЕННОЙ ЛИНИИ ЯЧМЕНЯ С ЧАСТИЧНЫМ АЛЬБИНИЗМОМ Шмаков Н.А., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А., Хлёсткина Е.К. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ
ИССЛЕДОВАНИЕ ЧАСТИЧНОГО АЛЬБИНИЗМА ЯЧМЕНЯ С ПОЗИЦИИ ТРАНСКРИПТОМИКИ Шмаков Н. А., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А., Хлёсткина Е.К. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС)
Novel genomic marker for the Alm locus in barley identified based on transcriptome analysis N.A. Shmakov, A.Yu. Glagoleva, G.V. Vasiliev, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina PlantGen2019
FoldGO - новый метод анализа функционального обогащения с учетом степени изменения транскрипционной активности. Вибе Д.С., Омельянчук Н.А., Мухин А.М., Лашин С.А., Миронова В.В. 7ой съезд ВОГиС
RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORKS BASED ON AUTOMATIC EXTRACTION OF KNOWLEDGE FROM SCIENTIFIC PUBLICATIONS, PATENTS AND DATABASES USING INTELLIGENCE METHODS VA Ivanisenko, ES Tiys, TV Ivanisenko, PS Demenkov VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
РЕКОНСТРУКЦИЯ И АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ БОЛЕЗНИ АЛЬЦГЕЙМЕРА И ВИРУСНЫХ ПРОЦЕССОВ: ПОИСК НОВЫХ ГЕНОВ, ВОВЛЕЧЁННЫХ В МЕХАНИЗМ ЗАБОЛЕВАНИЯ Тийс Е.С., Иванисенко В.А. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
ANALYSIS OF BARLEY MUTANT POPULATIONS OBTAINED BY SIMULTANEOUS MUTAGENESIS AT FOUR GENOMIC LOCI Kolosovskaya E.V., Gerasimova S.V., Hertig С., Korotkova A.M., Kukoeva T.V., Hiekel S., Kochetov A.V., Kumlehn J., Khlestkina E.K. VII International Congress of Vavilov society of geneticists and breeders and associate symposiums
Genetic control of human blood plasma N-glycome Sharapov S. Z.,Tsepilov Y.A. , Lauc G., Aulchenko Y.S. VI Съезд биохимиков России
Genetic loci, associated with glycosylation of human total plasma proteins: a 2019 update Sodbo Zh Sharapov, Yakov A Tsepilov, Lucija Klaric, Massimo Mangino, Gaurav Thareja, Alexandra S Shadrina, Mirna Simurina, Concetta Dagostino, Julia Dmitrieva, Marija Vilaj, Frano Vuckovic, Tamara Pavic8, Jerko Stambuk, Irena Trbojevic-Akmacic, Jasminka Kristic, Jelena Simunovic, Ana Momcilovic, Harry Campbell, Margaret Doherty, Malcolm G Dunlop, Susan M Farrington, Maja Pucic-Bakovic, Christian Gieger, Massimo Allegri, Edouard Louis, Michel Georges, Karsten Suhre, Tim Spector, Frances MK Williams, Gordan Lauc, Yurii S Aulchenko 11th ISABS Conference on Forensic and Anthropologic Genetics
ИССЛЕДОВАНИЕ ИЗМЕНЕНИЙ ПРОТЕОМА И ТРАНСКРИПТОМА ДРОЖЖЕЙ SACCHAROMYCES CEREVISIAE ПРИ ПЕРЕХОДЕ К АНАЭРОБНЫМ УСЛОВИЯМ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ Мещерякова И. А., Банникова С. В., Розанов А. С., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Демидов Е. А., Слынько Н.М., Старостин К. В., Пельтек С. Е. МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮКАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ,И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»
ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ ДЛЯ ХАРАКТЕРИСТИКИ БИОРЕСУРСОВ Пельтек С.Е. , Старостин К.В., Ершов Н., Ефимов В.М., Шляхтун В.Н., Мещерякова И. А., Банникова С. В., Розанов А. С., Брянская А.В., Демидов Е.А. МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ,И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»
ФОРМИРОВАНИЕ И ИЗУЧЕНИЕ КОЛЛЕКЦИИ МИСКАНТУСА В ЗАПАДНОЙ СИБИРИ Бурмакина Н.В., Банникова С.В., Демидов Е.А., Мещерякова И.А., Розанов А.С., Слынько Н.М., Старостин К.В., Шеховцов С.В., Пельтек С.Е. МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮКАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ,И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»
ВЫЯВЛЕНИЕ ПРОТЕОМНЫМИ МЕТОДАМИ ГЕНА ГЛУТАМИНСИНТЕТАЗЫ E. COLI, ЧУВСТВИТЕЛЬНОГО К ТЕРАГЕРЦОВОМУ ИЗЛУЧЕНИЮ Мещерякова И.А. , Банникова С.В. , Горячковская Т.Н. , Демидова Е.В. , Демидов Е.А. , Розанов А.С. , Попик В.М. , Пельтек С.Е. VI Съезд биофизиков России
ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ИЗЛУЧЕНИЯ НА ГЕННУЮ ЭКСПРЕССИЮ С ПОМОЩЬЮ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ГЕНОСЕНСОРОВ Сердюков Д.С., Розанов А.С. , Мещерякова И.А. , Банникова С.В. , Горячковская Т.Н. , Ощепков Д.Ю. , Попик В.М. , Черкасова О.П. , Пельтек С.Е. VI Съезд биофизиков России
Genome-wide tests and sequencing point to candidate gene variants for body temperature maintenance under the cold stress in Siberian cattle population A. V. Igoshin, A. A. Yurchenko, N. M. Belonogova, D. V. Petrovsky, R. B. Aitnazarov, V. A. Soloshenko, N. S. Yudin, D. M. Larkin ISAG-2019. 37th International Society for Animal Genetics Conference
Dysregulation of postsynaptic translation in autism spectrum disorder: reconstruction of gene network associated with autism and mtor signaling. Rifonova E.A., Klimenko A.I., Saik O.V., Orlov Y.L., Lashin S.A., Ivanisenko V.A. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
ВЫРАЩИВАНИЕ ДИКИХ ВИДОВ КАРТОФЕЛЯ
В КЛИМАТИЧЕСКИХ УСЛОВИЯХ СИБИРСКОГО РЕГИОНА Колошина К.А., Иванова К.А., Герасимова С.В. МЕЖДУНАРОДНАЯ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ «РАЗВИТИЕ СЕЛЬСКОГО ХОЗЯЙСТВА НА ОСНОВЕ СОВРЕМЕННЫХ НАУЧНЫХ ДОСТИЖЕНИЙ И ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНЫХ ЦИФРОВЫХ ТЕХНОЛОГИЙ «СИБИРЬ – АГРОБИОТЕХНОЛОГИИ» («САБИТ-2019»), ПОСВЯЩЕННАЯ 50-ЛЕТИЮ СО ДНЯ СОЗДАНИЯ СО ВАСХНИЛ (СО РО
KNOCKOUT OF NICOTINE BIOSYNTHESIS GENES IN NICOTIANA TABACUM USING RNA-GUIDED CAS ENDONUCLEASE Spaselnikova A.V., Egorova A.A., Tomilin M.A., Schedel S., Kumlehn J., Kochetov A.V., Gerasimova S.V. Международный конгресс "VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПБГУ, и ассоциированные симпозиумы"
Эволюционный анализ генных сетей абиотического стресса растений Лашин С.А., Мустафин З.С., Замятин В.И., Константинов Д.К., Дорошков А.В., Афонников Д.А. VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
Gene networks of type 2 diabetes and Alzheimer’s disease. Reconstruction and analysis Zamyatin V., Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V., Lashin S.A. The 11th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”
Компьютерная реконструкция экологической структуры синтетического микробного сообщества, моделирующего ядро микробиоты кишечника человека Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 11 международная школа молодых ученых SBB-2019
2018
Exome-wide search and functional annotation of genes associated with severe forms of tick-borne encephalitis in Russians. N.S. Yudin, A.A. Yurchenko, M.I. Voevoda, E.V. Ignatieva SBioMed-2018
2017
Identification of human genes predetermining susceptibility/resistance to tick-borne encephalitis virus Barkhash A., Yurchenko A., Yudin N., Kozlova I., Borishchuk I., Pozdnyakova L., Voevoda M., Romaschenko A. International Symposium on Tick-Borne Pathogens and Disease (ITPD 2017)
Структура популяций, история формирования и следы селекции в геномах 18-и местных пород крупного рогатого скота, разводимых в Российской Федерации Юрченко А.А., Юдин Н.С., Айтназаров Р.Б., Плюснина А.В., Ларкин Д.М. Беляевские чтения. Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
Поиск вариантов генов, детерминирующих предрасположенность человека к тяжелым формам клещевого энцефалита Бархаш А.В., Юрченко А.А., Юдин Н.С., Игнатьева Е.В., Козлова И.В., Борищук И.А., Позднякова Л.Л., Воевода М.И., Ромащенко А.Г. Российская научная конференция, посвященная 80-летию открытия вируса клещевого энцефалита "Клещевой энцефалит и другие переносимые клещами инфекции"
2013
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор" Мустафин З.С., Лашин С.А. Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс»
Анализ ISBP маркеров пшеницы, полученных на основе пиросеквенирования короткого плеча 5В хромосомы Triticum aestivum L. Л.Л. Бильданова, М.К. Колтунова, Е.М. Тимонова, Д.А. Афонников, Е.А. Салина Конференция ВОГиС "Проблемы генетики и селекции"
Comparative analysis of the long and short arms of bread wheat 5B chromosome by data of low coverage 454-sequencing Sergeeva E., Afonnikov D., Koltunova M., Gusev V., Miroshnichenko L., Poncet C., Sourdille P., Feuillet C., Salina E. The 12th International Wheat Genome Symposium
The stages of physical mapping of Triticum aestivum cv. Chinese spring chromosome 5B Sergeeva E.M., Timonova E.M., Bildanova L.L., Koltunova M.K., Nesterov M.A., Magni F., Dolezel J., Faris J., Sourdille P., Feuillet C., Salina E.A. International Wheat Genome Sequencings Consortium (IWGSC) Workshop
2012
Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution Мустафин З.С., Лашин С. А. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2012)
Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution Мустафин З.С., Лашин С.А. Systems Bioligy & Bioinformatics (SBB 2012)
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор" Мустафин З.С., Лашин С.А. XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям
Towards an analysis of the structure of the short arm of 5B chromosome of the bread wheat Triticum aestivum L. Е.M. Sergeeva, D.A. Afonnikov, L.L. Bildanova, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina. The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology»
2011
Компьютерная протеомика: от метагенома к метопротеому Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С. Рабочее совещание "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике"
Analysis of protein functional sites encoding features Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
Analysis of protein functional sites encoding features Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович ISMB/ECCB 2011
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011 Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
A mathematical model for the suppression of subgenomic Hepatitis C virus replication in Huh-7 cells in the presence of the NS3 protease inhibitors Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Хайдельберг, Германия, 28 августа-1 сентября
Математическая модель подавления репликации субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке с ингибитором NS3 протеазы SCH503034 Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. Санкт-Петербургский научный форум “Наука и общество. Физиология и медицина 21 века. VI Петербургская встреча лауреатов нобелевской премии”, Санкт-Петербург, Россия, 19-23 сентября
Biological literature mining. Application of associative network discovery system in systems biology Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A. International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков. Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
VISUALIZATION AND ANALYSIS OF A CARDIO VASCULAR DISEASE-RELATED BIOLOGICAL NETWORK COMBINING TEXT MINING AND DATA WAREHOUSE APPROACHES Ralf Hofestädt, Björn Sommer, Evgeny Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian Janowski, Timofey Ivanisenko, Anatoly Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel Demenkov, Alexey Kochetov, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011
Автоматическая реконструкция ассоциативных генных сетей на примере анализа протеома мочи Тийс Е.С., Деменков П.С., Доброхотов И.В., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н., Ларина И.М., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
Метагеном озера «Кротовья ляга» Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Розанов А.С., Брянская А.В., Кострюкова Е.С., Левицкий С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М., Колчанов Н.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
Анализ текстов (Text-mining) и ассоциативные сети в области молекулярной биологии Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
Создание базы данных летучих соединений, потенциальных маркеров заболеваний Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич Interra, секция биомедицина, Новосибирск, 2011
PROMEDIA – база данных химических соединений потенциальных биомаркеров заболеваний Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич Interra, секция биоинформатика и системная биология, Новосибирск, 2011
Database of metabolites, enzymes, transcription factors associated with diseases Olga Saik, Vladimir Ivanisenko, Pavel Demenkov RCIBC, Новосибирск, 2011
2010
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein families: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. 14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein-coding genes: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Genaev M.A., Kolchanov N.A. 2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2)
Microbial metagenome annotation with bioinformatics and computational systems biology methods Ivanisenko, Demenkov, Pintus, Ivanisenko, Goncharova, Kostjukova, Levitski, Selezneva, .... Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Reconstruction of molecular genetic networks: text mining as a tool for knowledge discovery V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
Computer Sytem SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology", Novosibirsk, Russia, 28-29 June 2010
WheatDB - база данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск
Методы компьютерного анализа в исследовании опушения листа пшеницы TRITICUM AESTIVUM L. Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск
Исследование опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помошью высокоэффективных методов фенотипирования Дорoшков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. XLVIII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно- технический прогресс", г. Новосибирск, 10-14 апреля 2010 г.
Разработка базы данных химических соединений - потенциальных маркеров заболеваний Иванисенко В.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин П.М. XVII Российский национальный конгресс "Человек и лекарство"., Москва, 16 апреля 2010 г.
WheatPGE — система анализа взаимосвязей фенотип-генотип-окружающая среда у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. Молодежный научный форум "ЛОМОНОСОВ - 2010" г. Москва
Изучение влияния повышенных давлений на структуру белков NIP7 глубоководных и мелководных архей методами молекулярной динамики К.Е. Медведев, Д.А. Афонников Первая конференция посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ
Молекулярная эволюция циклинов животных и грибов: зависимость между изменением белков и ростом сложности организмов Турнаев И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Первая международная научно-практическая конференция. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
Компьютерный анализ метагеномных данных: предсказание количественной величины специфической активности белков Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Иванисенко Т.В., Гончарова Н.И., Розанов А., Брянская А., Кострюкова Е.С., Левитский С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
Анализ морфологии опушения листа у пшеницы: компьютерный подход с использованием анализа изображений Афонников Д.А. Дорошков А.В., Генаев М.А. Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010
WheatPGE - компьютерная система анализа взаимосвязи признаков фенотипа генотипа и окружающей среды у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. Электронные библиотеки:перспективные методы и технологии, электронные коллекции. XII Всероссийская научная конференция RCDL'2010. Казань
Computer analysis of conformationalpeptides in protein families A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Analisys of human proteome based on protein stability to mutations P.S. Demenkov, O.A. Korepanova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
ITMSys: An interactive web-based text-mining system for automated analysis of the full-text articles Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
ANDCell and ANDNanobiotech: Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.L. Podkolodny 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Computer system SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
The nanobiotechnology database V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
A computer analysis of functional relationships between genes associated with multifactorial diseases: pre-eclampsia as an example E. Tiys, P. Demenkov, E. Vashukova, A. Glotov, V. Ivanisenko 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
Analysis of leaf hairiness in wheat Triticum aestivum L. using the high throughput phenotyping approach. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A. Pshenichnikova, D.A. Afonnikov The International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology”
Using a computer-base image processing technique in genetic analysis of leaf hairiness in wheat Trticum aestivum L. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova, D.A. Afonnikov. The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome regulation and Structure.
БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ БИОМАРКЕРОВ ЗАБОЛЕВАНИЙ О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко Десятая всероссийская научно-практическая конференция «Интеллектуальный потенциал ученых России»
БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ИМЕЮЩИХ ПОТЕНЦИАЛЬНОЕ ЗНАЧЕНИЕ ДЛЯ НЕИНВАЗИВНОЙ ДИАГНОСТИКИ ЗАБОЛЕВАНИЙ О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко II Всероссийская научная конференция с международным участием "Научное творчество ХХI века"
Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Труды Томского государственного университета, сер. Биологическая, т. 275. Материалы 1й Всероссийской молодежной научной конференции «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», посвященной 125-летию биологических исследований в ТГУ. С. 378-380. Медведев К.Е., Афонников Д.А. 1я Всероссийская молодежная научная конференция «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ
BioinfoWF - веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А. Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции. RCDL’2010
Computer analysis of conformationalpeptides in protein families A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Computer analysis of conformational peptides in protein families Bragin A.O., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A summer school and workshop Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation – 2010
Molecular evolution of the Wolbachia wRi, wMel and wPip genomes Gunbin K.V., Ilinsky Yu.Yu., Afonnikov D.A. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. Тезисы докладов Международной научной конференции и Международной школы для молодых ученых (Иркутск, 20-25 сентября 2010 г.) – Иркутск: Изд-во Иркутского государственного университета. 2010. С. 242.
Molecular evolution of the Wolbachia wRi, wMel and wPip genomes Gunbin K.V., Ilinsky Yu.Yu., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Crimean Meeting: Third International Conference, Dedicated N.V. Timofeeff-Ressovsky “Modern Problems of Genetics, Radiobiology, Radioecology and Evolution”; Third Readings after V.I. Korogodin and V.A. Shevchenko; NATO Advanced Research Workshop “Radiobio
2009
модификация фермента ксилозоизомеразы E.Coli дисульфидным мостиком для повышения стабильности Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. 13 - международная школа конференция молодых ученых, 28 сентября - 2 октября. Биология наука 21-го века
Using the computer-based image processing technique in genetic analysis of leaf hairiness in wheat Triticum aestivum L. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. 1st Workshop on plant molecular biotechnology - XV Biotechnology summer school. 5-12 july, Gdansk, Poland
Адаптивная эволюция археобактерий рода Pyrococcus: приспособления к обитанию в условиях высоких давлений на уровне генов и белков Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина
Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology Ivanisenko V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaea of Pyrococcus genus K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Автоматическая экстракция знаний из научных публикаций в области системной биологии и нанобиотехнологии Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. IV Петербургская встреча Нобелевских лауреатов. С.-Петербург. 21-25 сентября 2009г
ANDCell and ANDNanobiotech: associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko Proceedings of the German-Russian Forum Biotechnology GRFB’09, 2009
Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaebacteria of Pyrococcus genus K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov 4th Moscow Conference on Computational Molecular Biology
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Конференция "Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии", 10 – 14 июня 2009 г., Новосибирск
Изучение влияния на термостабильность ксилозоизомераза e.coli введения межъсубеденичного дисульфидного мостика Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. Конференция IV Международная конференция "Биология: от молекулы до биосферы" 17 - 21 ноября была перенесена
Компьютерный анализ распределения структурных аналогов активных сайтов в пространственных структурах ферментов Тийс Е. Новосибирск, апрель 2009 г.: Тез. докл. Материалы XLVII международной научной студенческой конференции "Студент и научно-технический прогресс": Биология.
Информационная система ANDCell-ANDVisio для построения ассоциативных сетей в области молекулярной биологии Деменков П. С., Яркова Е. Э., Иванисенко В. А. Седьмая международная конференция памяти академика А.П. Ершова. Рабочий семинар "Наукоемкое программное обеспечение" 15-19 июня 2009. Новосибирск
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития”
The importance of transpositions and recombination to genome instability according hobo-element distribution pattern in completely sequenced genome of Drosophila melanogaster Zakharenko L.P., Perepelkina M.P., Afonnikov D.A. In: Evolutionary Biology: Concept, Modeling, and Application. / Ed.: P. Pontarotti. – Springer-Verlag Berlin Heidelberg. 2009. P. 127-138.
2008
Data mining and network construction Ivanisenko V.A. 11th Meeting of the German/Russian Virtual Network of Bioinformatics for "Computational Systems Biology". August 25-26, 2008. Bielefeld, Germany
A mathematical model for the suppressive effect of subgenomic hepatitis c virus replication in cells in the presence of potential individual drugs or their combinations E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Andcell: a computer system for automated extraction of knowledge about molecular genetic interactions and regulations from pubmed abstracts and their representation as semantic association networks Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Coevolution of protein domains of P53 and MDM2 – key proteins of apoptosis S.S. Pintus, V.A. Ivanisenko 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
The molecular evolution of the pyrococcus genomes: a computer-assisted study K.V. Gunbin, P.B. Baryshev, D.A. Afonnikov 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008
The parallelization of the plato algorithm for analysis of the anomalously evolving gene regions Vyatkin Yu.V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008
Protein Functional Sites Projection on Exon Structure Of Gene for ATP-, ADP-, AMP-binding Sites I.V. Medvedeva, V.A. Ivanisenko International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Protein Functional Sites Ivanisenko V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
Drug targets discovery with text-mining and bioinformatics approaches: ANDCell and PDBSiteScan tools Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E. Joint Indo-Russian Workshop "Systems Biology and Genome Informatics of M. tuberculosis and other infectious diseases" October 12-14, 2008. Novosibirsk
ANDCell: a tool for automated knowledge extraction from PubMed and reconstruction of association networks Ivanisenko V.A., Yarkova E.E., Demenkov P.S., Kochetov A.V. Proceedings of the 5th International Symposium on Integrative Bioinformatics. P 327, 20-22 August 2008, Germany
Knowledge discovery for biotechnology, biomedicine and nanobioengineering using text- and data-mining Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E. Russian-Polich Symposium "Perspectives of post-genomic biotechnology" in the frames of jubilee celebrations on 50 –anniversary of cooperation between the Russian and Polish Academies of Sciences, October 15-17, 2008, Moscow
Центр компетенции СО РАН - Intel Цели, задачи и некоторые результаты Глинский Б.М., Кучин Н.В., Самофалов В.В., Бакулина А.Ю., Афонников Д.А., Чеверда В.А. Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ'2008): Труды международной научной конференции (Санкт-Петербург, 28 января – 1 февраля 2008 г.). – Челябинск: Изд. ЮУрГУ, 2008
Protein connectivity in molecular-genetic networks depends on protein susceptibility to single mutations Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Quantum-chemical analysis of Zn2+ binding in wild-type and G245C mutant of p53 protein. Bugakov I.V., Fomin E.S., Ivanisenko V.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
Development of the computer approach for defining leaf hairiness in wheat based on its microscope image processing. D.A. Afonnikov, S.I. Arsenina, A.V. Doroshkov, T.A.Pshenichnikova. The Russian-French Conference “Problems and Prospects in Plant Biotechnology”.
Analysis of the evolutionary specificities of the yfiA and yhbh E.Coli genes and their regulatory regions. Baryshev P.S., Oshchepkov D.Y., Khlebodarova T.M., Afonnikov D.A. Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Компьютерный анализ распределения структурных аналогов активных сайтов в пространственных структурах ферментов Тийс Е.С. XLVI международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс»: Биология
Distribution of active site structural analogs in enzyme 3D-structures: computer analysis E.S.Teeys, V.A. Ivanisenko Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
2007
Associative network and protein structure discovery: a software complex for facilitating search of targets for drugs, drug design, and evaluation of molecular toxicity Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Aman E.E., S.S. Pintus S.S., Kolchanov N.A. 3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia
Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
Associative network discovery (AND) – Software package for automated reconstruction of molecular-genetic association networks Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клетке. Построение и варианты использования Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2-8 сентября 2007 г.
Mathematical Modeling of the HCV Drugs Combinations Effect Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L., Ivanisenko V.A., Likhoshvai V.A. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007
Bioinformatics and its application in addressing the chalanges of biotechnology and medicine Ivanisenko V.A. International Conference "Scenarios for a co-ordinated approach to sustainable S&T co-operation with the eastern neighbours of the EU", Moscow 3-4 December, 2007
CMDB: a Database for Coordinated Mutations Yu. Vyatkin, D. Afonnikov Moscow Conference for Computational Molecular Biology (MCCMB'2007)
Analysis of the positive selection in the Hh-signaling pathway genes Afonnikov D.A., Gunbin K.V. The 2nd Asian Bioinformatics Research and Education Network (ABREN) Virtual Training Workshop on Bioinformatics,June 20, 2007
Structure discovery – computer tools for protein analysis and search of drug target V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.E. Aman, S.S. Pintus, E.S. Fomin. The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года
Textomics: the instrument for biological knowledge discovery E.E. Aman, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года
Структурные аналоги функциональных центров белков в пространственных структурах ферментов Тийс Е.С. XLV международная научная студенческая конференция «Студент и научно- технический прогресс»: Биология.
CMDB: a database for coordinated mutations. Proc. Of the 3rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow, Jul 27-31, 2007, pp 316-318. Vyatkin Yu.V., Afonnikov D.A. 3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07
2006
Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
Hepatitis C virus: application of gene networks technology to searching for perspective pharmacological targets Ivanisenko VA, Mischenko EL, Bezmaternikh KD, Ratushny AV, Likhoshvai VA,Titov II, Korotkov RO, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus SS, Ivanisenko VA 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
New Zn2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
Analysis of the tertiary structure of the PPAR and RXR transcriptional factors and their mutant variants Aman E.E., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
FASTPROT: A computtational workbench for analysis of function, activity and structure of protein Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Korotkov R.O., Aman E.E., Pintus S.S., Startcev K.S., Tatarnikova L.Yu., Panina I.I., Sobolev A.A., Selenev I.V., Elohov V.J., Golovina A.N., Aknazarov Z.I., Sharonova I.V., Krestianova M.A., etc. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
HCV-KINET database: kinetic parameter reactions and regulatory processes of the life cycle of the hepatitis C virus Mishchenko E.L., Korotkov R.О., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
PDBSite database and PDBSiteScan tool: recognition of functional sites in protein 3D structure and template-based docking Ivanisenko V.A., Ivanisenko T.V., Sharonova I.V., Krestyanova M.A., Ivanisenko N.V., Grigorovich D.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations Demenkov P.S, Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Prediction of the contact numbers of the amino acid residues in proteins Афонников Д.А., Морозов 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Rise of new zn2+ binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Nondestructive Transfer of Complex Molecular Systems of Various Origin Into Aerosol Phase by Means of Submillimeter Irradiation of Free Electron Laser (FEL) of the Siberian Center for Photochemical Research A.S. Kozlov, A.K. Petrov, S.B. Malyshkin, M. B. Taraban, V. M. Popik,M.A. Scheglov, T.N. Goriachkovskaya, S.E. Peltek Joint 31st International conference on infrared and millimeter waves and 14th International conference on terahertz electronics: IRMMW – THz 2006, Sept. 18-22, 2006, Shanghai, China
System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies
A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude
Nano/microfluid bio-analytical systems Pel'tek S.E., Pindyurin V.F., Popik V.M., Scheglov M.A., Goldenberg B.G., Eliseev V.S., Petrova E.V., Tikunova N.V., Rubtsov N.B., Goraychkovskaya T.N., Khlebodarova T.M., Govorun V.M., Kulipanov G.N., Kolchanov N.A. The XVI Intern. Synchrotron Radiation Conference (SR-2006), July 10-14, 2006, BINP, Novosibirsk, Russia
Nondestructive transfer of complex molecular systems of various origin into aerosol phase by means of submillimeter irradiation of free electron laser (FEL) of Siberian center for photochemical research Petrov A.K., Kozlov A.S., Taraban M.B., Goriachkovskaya T.N., Malyshkin S.B., Popik V.M., Peltek S.E. XVI International synchrotron radiation conference: SR-2006, July 10-14, 2006, Novosibirsk
Использование субмиллиметрового излучения лазера на свободных электронах (ЛСЭ) Сибирского центра фотохимических исследований для неразрушающего перевода в аэрозольную фазу сложных молекулярных систем различного происхождения А.К. Петров, А.С. Козлов, С.Б. Малышкин, М.Б. Тарабан, С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик XVI международная конференция по использованию синхротронного излучения "СИ-2006" (Новосибирск)
Нано/микрофлюидные биоаналитические системы С.Е.Пельтек, Т.Н.Горячковская Н.В.Тикунова, Н.Б.Рубцов, Т.М.Хлебодарова, Н.А.Колчанов В.Ф.Пиндюрин, В.М.Попик, М.А.Щеглов, Б.Г.Гольденберг, В.С.Елисеев, Е.В.Петрова, Г.Н.Кулипанов, В.М.Говорун XVI международная конференция по использованию синхротронного излучения "СИ-2006" (Новосибирск)
Особенности проявления гетероплазмии митохондриальной ДНК у беккросных потомков ячменно-пшеничных гибридов H. marinum subsp. gussoneanum (=H. geniculatum All.) (2n=28) T. aestivum L. (2n=42) Трубачеева Н.В., Салина Е.А., Першина Л.А. Всероссийская научная конференция "Структура и экспрессия митохондриального генома растений", Иркутск, 3-7 сентября 2006 г.
Эволюция пшеницы: геномные перестройки в процессе образования полиплоидов Салина Е.А. IV Международная конференция "Проблема вида и видообразования" 25-28 сентября, Томск
Rise of new binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
New Zn 2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A 3th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" (GPBM 2006)
The use of microsatellite markers for comparative mapping of homologous in wheat Khlestkina E.K., Pshenichnikova N.A., Roder M.S., Salina E.A., Arbuzova V.S., Borner A. The 2d Intern. Tandem Rep. Conf. Workshop on the Bioinformatics, Genomics and Functionality of Microsatellites and VNTRs.
A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture. Bezmaternikh K.D., Mishenko E.L., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
Identification and structure-functional analysis of the specificity determining residues of the alpha subunits of the proteosomal complex. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, 2006, v.1, p. 235-239. Baryshev P.B., Afonnikov D.A., Nikolaev S.V. International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
CONNP: the prediction of the contact numbers of the amino acid residues in proteins using neural network regression. Bioinformatics of genome regulation and structure. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, 2006, v.1, p. 219-222. Afonnikov D.A., Morozov A.V. International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Microsatellite loci across wheat genomes with a common origin E.A.Salina, I.N.Leonova, M.S.Roder The 2nd Intern.Tandem Rep.Cons.Workshop on the Bioinformatics and Functionality of Microsatellites
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks. Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г. International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.
Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006
Структурная организация субтеломерных районов хромосом Triticum aestivum по результатам анализа BAC-клонов Сергеева Е.М., Щербань А.Б., Адонина И.Г., Салина Е.А. Материалы Международной Конференции «Генетика в России и мире», посвященной 40-летию Института общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН
Изменения организации генов 45S рРНК у искусственных аллополиплоидов Triticum-Aegilops Щербань А.Б., Бадаева Е.Д., Амосова А.В., Сергеева Е.М., Салина Е.А. Материалы Международной Конференции «Генетика в России и мире», посвященной 40-летию Института общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН
2004
PDBSITE, PDBLIGAND and PDBSITESCAN: a computational workbench for the recognition of the structural and functional determinants in protein tertiary structures combined with protein draft docking Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Krestyanova M.A., Demenkov P.S., Znobisheva E.K., Ivanov E.E., Grigorovich D.A. 2. Fourth Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
Гранты
2021
Генетический потенциал сортов мягкой пшеницы и культурной сои и его использование в селекции на адаптивность и высокое содержание белка Российский научный фонд, номер гранта 21-76-30003
2020
Создание новых доноров для селекции картофеля методом редактирования геномов РФФИ, номер гранта 20-016-00217 А
Изучение функциональной роли генов с циркадным паттерном экспрессии у мягкой пшеницы РФФИ, номер гранта 20-316-80003 мол_эв_а
2019
Гены - регуляторы гликозилирования белков человека Российский научный фонд, номер гранта 19-15-00115
Популяционная геномика и эволюционная история комаров-переносчиков заболеваний человека в России РНФ, номер гранта 19-14-00130
Исследование происхождения и сравнительный анализ следов отбора с использованием отсеквенированных геномов турано-монгольских пород крупного рогатого скота и сибирских пород овец Российский Научный Фонд, номер гранта 19-76-20026
2018
Разработка и апробация метода поиска и функциональной аннотации цис-регуляторных элементов, ассоциированных с ответом организма на изменение внешних условий РФФИ, номер гранта 18-04-01130
2017
Изучение происхождения и следы отбора в геномах двух уникальных пород крупного рогатого скота из Российской Федерации Российский Фонд Фундаментальных Исследований, номер гранта 18-016-00185
Реконструкция хромосомной организации геномов млекопитающих и новый взгляд на хромосомную эволюцию Российский Фонд Фундаментальных Исследований, номер гранта 17-00-00147
2016
Экзомный анализ предрасположенности человека к тяжелым формам клещевого энцефалита Российский научный фонд, номер гранта 16-15-00127
Популяционная структура и следы адаптации к холодному климату в геномах российских пород крупного рогатого скота и овец Российский научный фонд
2015
Разработка методов многомерного мета-анализа биологических данных РФФИ, номер гранта 15-34-20763
2014
Идентификация генетических факторов, определяющих хозяйственно важные признаки у линий мягкой пшеницы (T. aestivum L.) с интрогрессией генетического материала тетраплоидных видов рода Triticum РФФИ, номер гранта 14-04-90000
Особенности структурной организации и эволюции генов 5S рРНК генома В аллополиплоидной пшеницы Triticum aestivum L. РФФИ, номер гранта 14-04-32365
2013
Геном злаков: изучение организации и вклада отдельных участков хромосом и генных локусов в проявление признаков и формообразование. Правительство Российской Федерации, номер гранта VI.53.1.5
2012
Изучение структурной организации хромосомы 5В мягкой пшеницы с использованием современных технологий по картированию и секвенированию аллополиплоидных геномов Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта МК-2573.2012.4
2011
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике Министерство образования и науки РФ, номер гранта 07.514.11.4003
Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства РФФИ, номер гранта 11-04-92712
2010
Участие в двустороннем Индо-Российском семинаре "Предсказательная биология с использованием системного и интегрированного анализа и методов" РФФИ, номер гранта 10-04-92803
EU-FP7 Research Project SysPatho EU, номер гранта 260429
Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей Министерство образования и науки, номер гранта 14.740.11.0001
2009
Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
Компьютерное исследование молекулярной эволюции генов и молекулярно-генетических систем многоклеточных животных РФФИ, номер гранта 09-04-01641
Структура и свойства молекулярных органических кристаллов в условиях высоких давлений и низких температур СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 109
Поиск, селекция и изучение перспективных бактериальных штаммов-продуцентов для переработки глицерина Номер гранта программа РАН № 19.13
2008
Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013
2007
Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов ФАНИ, номер гранта №02.512.11.2165
Конструирование геносенсоров и оценка их чувствительности к токсическим воздействиям НГУ, номер гранта № 75/2007
Участие в международной конференции Aaronsohn-ITMI РФФИ, номер гранта 07-04-0858
2006
Хромосомная и генетическая инженерия как метод изучения генома и экспрессии генов у растений Грант Президента РФ для поддержки ведущих научных школ, номер гранта НШ-528-2006.4
РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ Президиум СО РАН, номер гранта 24
Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 49
2005
Молекулярно-генетическое картирование генома пшеницы: построение насыщенных хромосомных карт и локализация локусов, контролирующих морфологические и количественные признаки РФФИ, номер гранта 05-04-48735-а
Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков РФФИ, номер гранта 05-04-49141
Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков РФФИ, номер гранта 05-04-49283
2004
Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism CRDF, номер гранта CRDF Rup2-2629-NO-04
1999
Экспериментальное и теоретическое исследование пространственной структуры и процесса ренатурации белковых молекул РФФИ, номер гранта 99-04-49879
Научное руководство
2024
Разработка вычислительного конвейера для поиска и анализа генов семейств многодоменных белков в геномах Бочарникова Мария Евгеньевна Прикладная математика и информатика, 2024-06-25
Анализ больших биологических данных в геномике картофеля Каретников Дмитрий Игоревич Прикладная математика и информатика, 2024-06-25
Поиск генов, ассоциированных с частичным альбинизмом и меланизмом у ячменя Hordeum vulgare L., на основе анализа транскриптомных данных Шмаков Николай Александрович 1.5.8. Математическая биология, биоинформатика, и 1.5.7. Генетика (биологические науки), 2024-02-21
2022
Оценка потенциала перепрофилирования лекарственных средств для лечения хронической боли в спине при помощи Менделевской Рандомизации Верзун Дмитрий Андреевич 2022-06-08
Реализация алгоритма клампинга однонуклеотидных полиморфизмов с учётом неравновесия по сцеплению на платформе GWAS-MAP Трушин Александр Алексеевич 2022-06-06
2021
Разработка on-line системы хранения и анализа результатов полногеномных исследований ассоциаций Горев Денис Дмитриевич 05.13.01 — Системный анализ, управление и обработка информации (информационные и технические системы), 2021-12-30
Разработка методов автоматического определения количественных характеристик, описывающих фенотипические признаки колоса пшеницы Комышев Евгений Геннадьевич 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2021-06-23
Молекулярная эволюция белков, содержащих домен фосфолипазы А2, у плоских червей Бочарникова Мария Евгеньевна 06.03.01 Биология, 2021-06-08
Разработка компьютерного метода классификации днРНК A. thaliana L. Москаленко Николай Олегович 06.03.01 Биология, 2021-06-08
Экспрессия гонов Escherichia Coli в ответ на негероическое воздействие терагерцового излучении Сердюков Данил Сергеевич Молекулярная биология, 2021-02-23
2020
Платформа для комплексного анализа результатов полногеномных исследований ассоциаций Шашкова Татьяна Игоревна 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2020-12-24
Интегрированная информационно-компьютерная платформа для исследования молекулярно-генетических систем Казанцев Федор Владимирович 2020-10-14
Разработка программного комплекса для моделирования масс-спектров пептидов Епифанов Ростислав Юрьевич 09.04.01 - Информатика и вычислительная техника, 2020-06-24
2011
Предсказание белок-белковых взаимодействий на основе аминокислотных последовательностей Оконечников Константин Вячеславович 2011-06-10
2010
КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ И ЭВОЛЮЦИИ ФУНКЦИОНАЛЬНЫХ САЙТОВ БЕЛКА P53 ПИНТУС СЕРГЕЙ СЕРГЕЕВИЧ 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2010-09-20
Создание базы данных и компьютерный анализ химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний Сайк Ольга Владимировна 2010-06-18
Анализ структур белков в условиях повышенных давлений при помощи компьютерных методов Медведев Кирилл Евгеньевич Генетика, 2010-06-01
2009
Предсказание контактов аминокислотных остатков в структурах белков с использованием алгоритма нейронной сети Корнилова Екатерина Владимировна Дискретная математика и математическая кибернетика, 2009-06-04
2008
Разработка системы определения опушенности листа пшеницы на основе анализа его изображения Арсенина Светлана Игоревна 2008-06-14
2006
Выявление и структурно-функциональный анализ аминокислотных остатков α субъединиц протеасомы, специфических для положения субъединиц в протеосомальном комплексе Барышев Павел Борисович Генетика, 2006-06-05
2005
Молекулярно-генетический анализ аллоплазматических рекомбинантных линий (H. vulgare)- T. aestivum с разным проявлением фертильности Бильданова Лариса Леонидовна 2005-10-19
Компьютерный анализ молекулярной эволюции белков: исследование адаптивного режима эволюции белков вируса гепатита С человека. Варламова Елена Сергеевна Генетика, 2005-06-02
Характеристика пшенично-ржаных замещенных линий с использованием микросателлитных маркеров и изучение влияния отдельных хромосом ржи на показатели андрогенеза in vitro Добровольская Оксана Борисовна 03.02.07 - генетика, 2003-12-10
2002
Использование RAPD-, STS-подходов для молекулярного картирования и маркирования генов мягкой пшеницы T. aestivum L. Хлёсткина Елена Константиновна 2002-04-24
2000
Микро- и макросателлиты генома мягкой пшеницы и ее сородичей Песцова Елена Геннадьевна 2000-11-29
Учебные курсы
2022
Биоинформатика растений Афонников Дмитрий Аркадьевич
Шмаков Николай Александрович
Долгих Владислав Андреевич ФЕн НГУ, Магистратура, 2 семестр
https://education.nsu.ru/genetics-plants/#!/tab/431826978-2, семестров: 1
2021
Introduction to quantitative genetics Moscow Institute of Physics and Technology, School of Medical and Biological Physics, Department of Bioinformatics and Systems Biology/Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), Центр образовательных программ физтех-школы биологической и медицинской физики, семестров: 1
Молекулярная генетика развития растений Курчатовский Геномный Центр, семестров: 1
Биоинформатика и функциональная геномика Афонников Дмитрий Аркадьевич
Шмаков Николай Александрович
Долгих Владислав Андреевич ФЕН НГУ, кафедра Цитологии и генетики, 1 семестр 4 курса.
https://cag.nsu.ru/список-спецкурсов/, семестров: 1
2020
Models and methods of human quantitative genetics Аульченко Ю.С., Шарапов С.Ж., Ностаева А.В. Moscow Institute of Physics and Technology, School of Medical and Biological Physics, Department of Bioinformatics and Systems Biology; and Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences, семестров: 1
Алгоритмы в биоинформатике Междисциплинарная магистерская программа "Алгоритмы анализа больших биологических данных", ММФ НГУ, 1 семестр
https://mca.nsu.ru/aabbd/, семестров: 1
2011
Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2010
Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике Центр технологий HP в НГУ, семестров: 1
2009
Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике Центр технологий HP в НГУ, семестров: 1
2008
Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2007
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2006
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Введение в биоинформатику, лекции НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Введение в биоинформатику, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра генетики, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2005
Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Структурная компьютерная биология, семинары. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
Патенты
2024
«Маркеры однонуклеотидных полиморфизмов, ассоциированных с концентрацией железа и цинка
в зерне мягкой пшеницы Triticum aestivum L. (МКЖЦ)/ Markers for single nucleotide polymorphisms
associated with iron and zinc concentration in wheat Triticum aestivum L. grain (MCFeZn)» Леонова И.Н., Киселева А.А., Салина Е.А. Номер патента RU2024625491
База данных «Коэффициенты однонуклеотидных полиморфизмов для оценки селекционной ценности сои по содержанию масла (КСЦСМ) / Coefficients of single nucleotide polymorphisms for evaluation of the breeding value of soybean by oil content (CBVSO)» Свищёва Г.Р., Злобин А.С., Потапова Н.А., Зоркольцева И.В., Салина Е.А., Цепилов Я.А., Федяева А.В. Номер патента 2024624756
База данных «Коэффициенты однонуклеотидных полиморфизмов для оценки селекционной ценности сои по содержанию белка (КСЦСБ) / Coefficients of single nucleotide polymorphisms for evaluation the breeding value of soybean by protein content (CBVSP)» Свищёва Г.Р., Злобин А.С., Потапова Н.А., Зоркольцева И.В., Салина Е.А., Цепилов Я.А., Федяева А.В. Номер патента 2024624719
База данных «Коэффициенты однонуклеотидных полиморфизмов для оценки селекционной ценности сои по массе 100 зерен (КСЦCМ100) / Сoefficients of single nucleotide polymorphisms for evaluation of the breeding value of soybean by mass of 100 seeds (СBVSM100)» Свищёва Г.Р., Злобин А.С., Потапова Н.А., Зоркольцева И.В., Салина Е.А., Цепилов Я.А., Федяева А.В. Номер патента 2024624551
Молекула РНК-проводника sgRNA для внесения мутаций в консервативный участок промоторной области гена PPD-D1 мягкой пшеницы с применением системы редактирования генома CRISPR/Cas9 Киселёва Антонина Андреевна, Тимонова Екатерина Михайловна, Коложвари Анастасия Эдуардовна, Салина Елена Артемовна Номер патента 2822358
Маркеры однонуклеотидных полиморфизмов,
ассоциированных с продолжительностью вегетационного
периода мягкой пшеницы Triticum aestivum L.(МВПП)/Markers
for single nucleotide polymorphisms associated with the duration of
the wheat Triticum aestivum L. vegetation period (MVPW) Киселёва Антонина Андреевна
Леонова Ирина Николаевна
Бережная Алина Александровна
Стасюк Анатолий Иванович
Салина Елена Артемовна Номер патента 2024621673
Программа для расчёта филостратиграфических индексов (Ортовеб) / The program for calculating phylostratitgraphy indexes (Orthoweb) Лашин С.А., Мустафин З.С., Казанцев Ф.В., Мухин А.М., Иванов Р.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Номер патента 2024618826
2023
Программа для предсказания взаимодействий между вершинами ассоциативной сети (ЭНДИнтерПредикт) / A program for predicting interactions between vertices of an associative network (ANDInterPredict) Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Номер патента 2023680578
Программа для генерации обучающих выборок, предназначенных для глубокого машинного обучения графовых нейронных сетей (ЭНДТрэйнингСет) / A program for generating training sets for deep machine learning of graph neural networks (ANDTrainingSet) Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Номер патента 2023680472
Программа для обучения графовой нейронной сети предсказанию ассоциативных связей между вершинами графа (ЭНДИнтерКоммон) / A program for deep machine learning of a graph neural network to predict associative interactions between vertices of a graph (ANDInterCommon) Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Номер патента 2023681228
«Коэффициенты однонуклеотидных полиморфизмов для оценки селекционной ценности пшеницы по содержанию магния (КСЦМг) / Сoefficients of single nucleotide polymorphisms for evaluation the breeding value of wheat by magnesium content (СBVMg)» Злобин А.С., Потапова Н.А., Цепилов Я.А., Виниченко Н.А., Леонова И.Н., Салина Е.А. Номер патента 2023622542
«Коэффициенты однонуклеотидных полиморфизмов для оценки селекционной ценности пшеницы по содержанию марганца (КСЦМн) / Сoefficients of single nucleotide polymorphisms for evaluation the breeding value of wheat by manganese content (СBVMn)» Злобин А.С., Потапова Н.А., Цепилов Я.А., Виниченко Н.А., Леонова И.Н., Салина Е.А. Номер патента 2023622543
«Коэффициенты однонуклеотидных полиморфизмов для оценки селекционной ценности пшеницы по содержанию цинка (КСЦЦ) / Сoefficients of single nucleotide polymorphisms for evaluation the breeding value of wheat by zinc content (СBVZn)» Злобин А.С., Потапова Н.А., Цепилов Я.А., Виниченко Н.А., Леонова И.Н., Салина Е.А. Номер патента 2023622544
Программа для анализа длинных некодирующих РНК (АднРНК) / Program for the long non-coding RNA analysis (AlncRNA) Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2023665246
Программа для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования (ГПС-ОД) / The program for genotyping-by-sequencing data processing (GBS-DP) Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Салина Елена Артемовна Номер патента 2023665263
«Коэффициенты однонуклеотидных полиморфизмов для оценки селекционной ценности пшеницы по содержанию меди (КСЦМ) / Сoefficients of single nucleotide polymorphisms for evaluation the breeding value of wheat by cuprum content (СBVCu)» Злобин А.С., Потапова Н.А., Цепилов Я.А., Виниченко Н.А., Леонова И.Н., Салина Е.А. Номер патента 2023622284
«Коэффициенты однонуклеотидных полиморфизмов для оценки селекционной ценности пшеницы по содержанию калия (КСЦК) / Сoefficients of single nucleotide polymorphisms for evaluation the breeding value of wheat by potassium content (СBVK)» Злобин А.С., Потапова Н.А., Цепилов Я.А., Виниченко Н.А., Леонова И.Н., Салина Е.А. Номер патента 2023622285
«Коэффициенты однонуклеотидных полиморфизмов для оценки селекционной ценности пшеницы по содержанию железа (КСЦЖ) / Сoefficients of single nucleotide polymorphisms for evaluation the breeding value of wheat by ferrum content (СBVFe)». Злобин А.С., Потапова Н.А., Цепилов Я.А., Виниченко Н.А., Леонова И.Н., Салина Е.А. Номер патента 2023622283
«Коэффициенты однонуклеотидных полиморфизмов для оценки селекционной ценности пшеницы по содержанию кальция (КСЦКа) / Сoefficients of single nucleotide polymorphisms for evaluation the breeding value of wheat by calcium content (СBVCa)» Злобин А.С., Потапова Н.А., Цепилов Я.А., Виниченко Н.А., Леонова И.Н., Салина Е.А. Номер патента 2023621647
Штамм дрожжей Komagataella phaffii T07/pPZL-4x-OA-xyl-AsOr, обладающий способностью продуцировать ксиланазу из грибов вида Aspergillus oryzae Задорожный А. В., Брянская А.В., Шляхтун В.Н.,
Ушаков В. С., Бочков Д. В., Богачева Н. В., Коржук А. В., Банникова С. В., Горячковская Т.Н., Пельтек С.Е. Номер патента RU2796447C1
Компьютерная программа генерации обучающих выборок для машинного обучения моделей классификации имён биологических объектов в неструктурированных текстах (ЭНДГен) / Computer program of the generating of learning sets for the training of models aimed on the classification of names of biological objects in unstructured texts (ANDGen) Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Номер патента 2022668790
Программа для обучения моделей классификации имён биологических объектов в размеченных текстах, на основе контекста (ЭНДТрэин) / A program for training of classification models for the classification of names of biological entities in the pre-mapped texts, on the basis of their context (ANDTrain) Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Номер патента 2022667646
Программа оценки точности разметки коротких имён биологических объектов в неструктурированных текстах на английском языке (ЭНДПред) / The program for assessing the accuracy of mapped short names of biological objects in the unstructured english texts (ANDPred) Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Номер патента 2022668741
Пpoгpaммa для оценки количественных характеристик посевов пшеницы (OKXПП) / Software tool for estimating quantitative characteristics of wheat crops (WheatDetectionSystem)» Кожекин М.В., Афонников Д. А., Генаев М. А., Коваль В.С. Номер патента 2022668470
Способ отбора константных безостых форм мягкой пшеницы Щербань Андрей Борисович, Куваева Диана Дмитриевна, Стасюк Анатолий Иванович, Салина Елена Артемовна Номер патента 2768393
2021
Молекула РНК-проводника для геномного редактирования протомоторной области гена VRN-а1 однодольных зерновых с применением системы CRISPR/CAS9 Тимербаев Вадим Рафаилович, Мирошниченко Дмитрий Николаевич, Клементьева Анна Александровна, Шульга Ольга Альбертовна, Салина Елена Артемовна, Долгов Сергей Владимирович Номер патента 2762831
СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ L-(+)-ВИННОЙ КИСЛОТЫ Розанов А.С., Пельтек С.Е., Коржук А.В., Старостин К.В., Шляхтун В. Номер патента RU2756179C1
Программа для расчета значений совстречаемости пар биологических объектов из онтологии ЭНДСистем в текстах рефератов научных публикаций (ЭНДМатч) / Program for pairwise scoring of co-occurrences between biological objects from the ontology of ANDSystem in the unstructured texts of abstracts of scientific publications (ANDMatch) Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Тимофей Владимирович Номер патента 2021664006
Программа для парного структурного выравнивания третичных структур белков (ТСБ) / Program for pairwise structure alignment of tertiary structures of proteins by secondary structure elements and atomic coordinates (TSP) Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Иванисенко Никита Владимирович Номер патента 2021663894
База данных генетических ассоциаций признаков овец (ГАПО) Аульченко Ю.С., Шашкова Т.И., Цепилов Я.А., Кириченко А.В., Злобин А.С. Номер патента 2021620564
Штамм бактерий Bacillus megaterium 83_ICG, обладающий способностью продуцировать пробиотические и антимикробные вещества класса органических кислот Брянская Алла Викторовна (RU)
Уварова Юлия Евгеньевна (RU)
Шляхтун Валерия Николаевна (RU)
Слынько Николай Мефодьевич (RU)
Татарова Людмила Евгеньевна (RU)
Шипова Александра Андреевна (RU)
Горячковская Татьяна Николаевна (RU)
Пельтек Сергей Евгеньевич (RU) Номер патента 2557086
База данных генотипа и фенотипа диких видов картофеля (WildPetotaDB) / A database of the genotype and phenotype of wild potato species (WildPetotaDB) Комышев Е.Г., Колошина К.А., Фомин И.В., Колосовская Е.В., Генаев М.А., Эрст Т.В., Егорова А.А., Чалая Н.А., Рогозина Е.В., Герасимова С.В. Номер патента 2021620100
2020
База данных дайджестов научных публикаций в области биологии (ЭНДДайджестДБ) / Database of digests of scientific literature in the field of biology (ANDDigestDB) Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Номер патента 2020621827
Программный комплекс для управления веб ресурсом автоматической генерации дайджестов научных публикаций в области биологии (ЭНДДайджест) / Software package for the management of the web-based portal for the automated generation of digests of scientific publications in the field of biology (ANDDigest) Иванисенко ТВ, Деменков ПС, Иванисенко ВА Номер патента 2020660515
Программа предсказания аминокислотных замен, модулирующих активность и стабильность, в белках семейства протеиназ К (ПАКЗАС/PAASAS) Иванисенко Н.В., Алемасов Н.А., Иванисенко В.А. Номер патента 2020617253
Способ отбора растений яровой мягкой пшеницы с укороченным сроком колошения Салина Елена Артемовна, Стасюк Анатолий Иванович, Киселёва Антонина Андреевна Номер патента 2710729
2019
Программа для оценки количественных характеристик колоса пшеницы (ОКХК) / The program for the extraction the quantitative characheristics of the wheat spike (WERecognizer) Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2019666362
«Генетические маркеры признаков роста, каркаса и мясной продуктивности у овец (ГМРиПО)/Genetic markers associated with growth, carcass and meat productivity traits in sheep (GMAwGCPiS)» Злобин А.С., Цепилов Я.А. Номер патента 2019621453
2010
Программа для классификации биологических текстов на английском языке (БиоТекстКласс) / The program for classification of biological texts in English (BioTextClass) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В. Номер патента 2010617828
База данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы (ВитПГЕ). Генаев М.А., Дорошков А.В., Афонников Д.А. Номер патента 2010620602
База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620013
База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620014
2008
База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э. Номер патента 2008620439
Программа для реконструкции, визуализации и анализа ассоциативных сетей (ЭНДВизио)/Program for reconstruction, visualization and analyze associative networks (ANDVisio) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э. Номер патента 2008615929