Biocontrol Potential of the New Codling Moth Granulovirus (CpGV) Strains Aleksandra A. Tsygichko, Anzhela M. Asaturova, Tatiana N. Lakhova, Alexandra I. Klimenko, Sergey A. Lashin and Gennady V. Vasiliev Microorganisms, 2024
Biochemical, Genetic, and Grain Digital Evaluation of Soft Winter Wheat Varieties with Different Germination Index. A.V. Fedyaeva, S.D. Afonnikova, D.A. Afonnikov, O.G. Smirnova, V.N. Deeva, A.I. Pryanishnikov, E.A. Salina RUSS J PLANT PHYSL+, 2024, Volume 71, article number 56
Identification of novel loci precisely modulating pre-harvest sprouting resistance and red color components of the seed coat in T. aestivum L. Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Komyshev E.G., Koval V.S., Afonnikov D.A., Salina E.A. Plants, 2024, т. 13, № 10, с. 1309
Age Prediction Using DNA Methylation Heterogeneity Metrics Dmitry I. Karetnikov, Stanislav E. Romanov, Vladimir P. Baklaushev, Petr P. Laktionov INT J MOL SCI, 2024, 25(9):4967
AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
Komagataella phaffii as a Platform for Heterologous Expression of Enzymes Used for Industry Khlebodarova TM, Bogacheva NV, ZadorozhnyAV, Bryanskaya AV, Vasilieva AR, Chesnokov DO, Pavlova EI, Peltek SE. Microorganisms, 2024, 12(2), 346
Analysis of the effects of the Vrn-1 and Ppd-1 alleles on adaptive and agronomic traits in common wheat (Triticum aestivum L.) Plotnikov K.O., Klimenko A.I., Ovchinnikova E.S., Lashin S.A., Goncharov N.P. Plants, 2024, Vol. 13(11). P. 1453
Genetic Mechanisms Regulating Root Cap Cell Renewal
in Arabidopsis thaliana L. V. A. Cherenko, N. A. Omelyanchuk, E. V. Zemlyanskaya RUSS J PLANT PHYSL+, 2024, Vol. 71:51
Assembly and Genome Annotation of Different Strains of Apple Fruit Moth Virus (Cydia pomonella granulovirus) Tatiana N. Lakhova, Aleksandra A. Tsygichko, Alexandra I. Klimenko, Vladimir Y. Ismailov, Gennady V. Vasiliev, Anzhela M. Asaturova, Sergey A. Lashin INT J MOL SCI, 2024
Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data Vladimir V. Raditsa,
Anton V. Tsukanov,
Anton G. Bogomolov,
Victor G. Levitsky NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6(3), lqae090
New Cydia pomonella granulovirus strain with high entomopathogenic activity Aleksandra A. Tsygichko, Anzhela M. Asaturova, Gennady V. Vasiliev, Alexandra I. Klimenko, Sergey A. Lashin, Tatiana N. Lakhova Microbiol Resour Announc, 2024
The Transcriptomic Response of Cells of the Thermophilic Bacterium Geobacillus icigianus to Terahertz Irradiation Sergey Peltek, Svetlana Bannikova,Tamara M. Khlebodarova, Yulia Uvarova, Aleksey M. Mukhin, Gennady Vasiliev, Mikhail Scheglov, Aleksandra Shipova, Asya Vasilieva, Dmitry Oshchepkov, Alla Bryanskaya, Vasily Popik INT J MOL SCI, 2024
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of the TATA-binding protein for the promoters of human genes associated with primary open-angle glaucoma Zolotareva K, Dotsenko P, Podkolodnyy N, Ivanov R, Makarova A-L, Chadaeva I, Bogomolov A, Demenkov P, Ivanisenko V, Oshchepkov D, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 23, 25, 12802
ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЙ КОНВЕЙЕР ПО РАСПОЗНАВАНИЮ САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ ТРАНСКРИПЦИОННЫХ ФАКТОРОВ В БАКТЕРИАЛЬНЫХ ГЕНОМАХ DE NOVO Мухин А. М., Ощепков Д. Ю., Лашин С. А. Проблемы информатики, 2024
ЦИФРОВАЯ ПЛАТФОРМА «МИКРОБИОТЕХ»: АРХИТЕКТУРА И НАЗНАЧЕНИЕ Деменков П. С., Мухин А. М., Иванисенко В. А., Лашин С. А., Колчанов Н. А. Проблемы информатики, 2024
2023
Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato
Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Gennady V. Vasiliev, Stepan V. Toshchakov, Nikolay A. Shmakov, Mikhail A. Genaev, Mikhail A. Nesterov, Salmaz M. Ibragimova, Daniil A. Rybakov,
Tatjana A. Gavrilenko, Elena A. Salina, Maxim V. Patrushev, Alex V. Kochetov and Dmitry A. Afonnikov INT J MOL SCI, 2023, v. 24, p. 5713
Trait-Based Method of Quantitative Assessment of Ecological Functional Groups in the Human Intestinal Microbiome Andrew I. Kropochev, Sergey A. Lashin, Yury G. Matushkin, Alexandra I. Klimenko Biology, 2023, Т. 12. № 1. С. 115.
Antitumor efficacy of multi-target in situ vaccinations with CpG oligodeoxynucleotides, anti-OX40, anti-PD1 antibodies, and aptamers Proskurina AS, Ruzanova VS, Ritter GS, Efremov YR, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Fokina AA, Zatsepin TS, Stetsenko DA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS J Biomed Res, 2023
The context signals
of mitochondrial miRNAs (mitomiRs) of mammals O.V. Vishnevsky, P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):819-825
Small world of the miRNA science
drives its publication dynamics A.B. Firsov, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):826-829
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
Impact of Negative Feedbacks on De Novo Pyrimidines Biosynthesis in Escherichia coli. Akberdin I.R.; Kozlov K.N.; Kazantsev F.V.; Fadeev S.I.; Likhoshvai V.A.; Khlebodarova T.M. INT J MOL SCI, 2023, 24(5), 4806
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
Первичная и вторичная микро-РНК модуляция внешнего пути апоптоза при гепатоцеллюлярной карциноме Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Антропова Е.А., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Молекулярная биология, 2023, 57(2):166–177
РАЗВИТИЕ ИДЕИ Н.К. КОЛЬЦОВА О ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ОРГАНИЗАЦИИ
МЕЖДИСКОВ ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМ DROSOPHILA MELANOGASTER И. Ф. Жимулев, Т. Ю. Ватолина, В. Г. Левицкий,
Т. Д. Колесникова, А. В. Цуканов Онтогенез, 2023, том 54, № 2, с. 172–175
ICAnnoLncRNA: A Snakemake Pipeline for a Long Non-Coding-RNA Search and Annotation in Transcriptomic Sequences Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Genes, 2023, 14(7), 1331
База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806.
Central Regulatory Circuit of the Drosophila Mechanoreceptor Morphogenesis System: Effects of Mutations D. P. Furman, T. A. Bukharina, and V. P. Golubyatnikov Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2023, Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2023, Vol. 17, No. 3, pp. 535–543.
ЦЕНТРАЛЬНЫЙ РЕГУЛЯТОРНЫЙ КОНТУР СИСТЕМЫ
МОРФОГЕНЕЗА МЕХАНОРЕЦЕПТОРОВ ДРОЗОФИЛЫ: ЭФФЕКТЫ
МУТАЦИЙ Д. П. Фурман, Т. А. Бухарина, В. П. Голубятников Сибирский журнал индустриальной математики, 2023, CИБИРСКИЙ ЖУРНАЛ ИНДУСТРИАЛЬНОЙ МАТЕМАТИКИ. 2023. Т. 26, № 3. C. 142–153
Центральный регуляторный контур генной сети морфогенеза механорецепторов дрозофилы: анализ in silico Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Фурман Д.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2023;27(7): 746-754. DOI 10.18699/VJGB-23-87
Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R.
Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V.
Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik
and Vladimir A. Ivanisenko J INTEGR BIOINFORM, 2023
DyCeModel: a tool for 1D simulation
for distribution of plant hormones controlling tissue patterning Азарова Дарья Сергеевна,
Омельянчук Надежда Анатольевна,
Миронова Виктория Владимировна,
Землянская Елена Васильевна,
Лавреха Виктория Вадимовна Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):890-897
Приоритизация потенциальных фармакологических мишеней для создания лекарств против гепатокарциномы, модулирующих внешний путь апоптоза, на основе реконструкции и анализа ассоциативных генных сетей П. С. Деменков, Е. А. Антропова, А. В. Адамовская, Е. Л. Мищенко, Т. М. Хлебодарова, Т. В. Иванисенко, Н. В. Иванисенко, А. С. Вензель, И. Н. Лаврик, В. А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
Лабораторные информационные системы для управления исследовательскими работами в биологии А.М. Мухин, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
Развитие сибирской школы
математической (системной) биологии Н.А. Колчанов, С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Ю.Г. Матушкин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, 2023;9(4):185-191. DOI 10.18699/LettersVJ-2023-9-21
GBS-DP: биоинформатический конвейер для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования А.Ю. Пронозин, Е.А. Салина, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):737-745
State-of the-art in constraint-based modeling of microbial metabolism: from basics to context-specific models with a focus on methanotrophs Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R Microorganisms, 2023, 11(12) 2987
Primary and Secondary micro-RNA Modulation the Extrinsic Pathway of Apoptosis in Hepatocellular Carcinoma Khlebodarova TM, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Lavrik IN, Ivanisenko VA. Molecular Biology, 2023, 57(2):165-175
Prioritization of potential pharmacological targets for thedevelopment of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction andanalysis of associative gene networks help. Demenkov P.S., Antropova E.A., Adamovskaya A.V., Mishchenko E.L., Khlebodarova T.M., Ivanisenko T.V., Ivanisenko N.V., Venzel A.S., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):784-793
InterTransViewer: сравнительное описание профилей дифференциальной экспрессии генов из разных экспериментов А.В. Тяпкин, В.В. Лавреха, Е.В. Убогоева, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, Том 27, № 8, с. 1042-1052
Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
Внутриопухолевая гетерогенность: модели возникновения и эволюции злокачественных опухолей Р.А.Иванов
С.А.Лашин Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
Молекулярные механизмы оптимизации элонгации трансляции существенно различаются у бактерий, имеющих и не имеющих кластеры генов биосинтеза нерибосомных пептидов А. И. Клименко, С. А. Лашин, Н. А. Колчанов, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин Молекулярная биология, 2023, том 57, № 2, с. 155–165
Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus Korenskaia A.Y., Matushkin Y.G., Mustafin Z.S., Lashin S.A., Klimenko A.I. Biology, 2023, 12(10):1338
A New Visualization and Analysis Method for a Convolved Representation of Mass Computational Experiments with Biological Models Klimenko A.I., Vorobeva D.A., Lashin S.A. Mathematics, 2023, Vol. 11, № 12. P. 2783
Расстройства аутистического спектра: в поисках призмы для разделения на отдельные подтипы Трифонова Е.А., Пащенко А.А., Лашин С.А. Природа, 2023, 04, 14-20
Регуляция экспрессии генов, или Что заставляет гены работать А.А. Маслакова, В.А. Долгих, Е.В. Землянская Природа, 2023, No10 (1298) ОКТЯБРЬ 2023, с. 13-18
Hormone-regulated expansins: Expression, localization, and cell wall biomechanics in Arabidopsis root growth Marketa Samalova, Alesia Melnikava, Kareem Elsayad, Alexis Peaucelle, Evelina Gahurova, Jaromir Gumulec, Ioannis Spyroglou, Elena V Zemlyanskaya, Elena V Ubogoeva, Darina Balkova, Martin Demko, Nicolas Blavet, Panagiotis Alexiou, Vladimir Benes, Gregory Mouille, Jan Hejatko PLANT PHYSIOL, 2023, 194(1):209-228
RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806
2022
Bioinformatic Assessment of Factors Affecting the Correlation between Protein Abundance and Elongation Efficiency in Prokaryotes Aleksandra E. Korenskaia, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin, Alexandra I. Klimenko INT J MOL SCI, 2022, Т. 23. № 19. С. 11996.
ICBrainDB: An Integrated Database for Finding Associations between Genetic Factors and EEG Markers of
Depressive Disorders Роман Иванов;
Федор Казанцев;
Евгений Заварзин;
Александра Клименко;
Наталья Милахина;
Юрий Матушкин;
Александр Савостьянов;
Сергей Лашин. J. Pers. Med, 2022, 12(1), 53
Salicylic Acid in Root Growth and Development Zulfira Z. Bagautdinova, Nadya Omelyanchuk, Aleksandr V. Tyapkin, Vasilina V. Kovrizhnykh,
Viktoriya V. Lavrekha, Elena V. Zemlyanskaya INT J MOL SCI, 2022, volume 23, issue 4, 2228
Transcriptomic Data Meta-Analysis Sheds Light on High Light Response in Arabidopsis thaliana L. Бобровских Александр Владимирович
Зубаирова Ульяна Станиславовна
Бондарь Евгения Ивановна
Лавреха Виктория Вадимовна
Дорошков Алексей Владимирович INT J MOL SCI, 2022, 23(8), 4455
Abnormal mTOR Activity in Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric and MIA-Associated Autism Spectrum Disorders Ekaterina A. Trifonova, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2022, 23, 967
Agent‐Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population Georgii P. Romanov , Anna A. Smirnova , Vladimir I. Zamyatin, Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev,
Vera G. Pshennikova, Fedor M. Teryutin, Aisen V. Solovyev, Sardana A. Fedorova, Olga L. Posukh,
Sergey A. Lashin and Nikolay A. Barashkov Biology, 2022, Biology 2022, 11, 257. https://doi.org/10.3390/biology11020257
Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека. Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 1, 26, 96-108
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ РЕГУЛЯЦИЯ МОРФОГЕНЕЗА
МЕХАНОРЕЦЕПТОРОВ DROSOPHILA MELANOGASTER Д. П. Фурман, Т. А. Бухарина Онтогенез, 2022, том 53, № 4, с.250-264.
Features of activity of the phenylpropanoid biosynthesis pathway in melanin-accumulating barley grains Anastasiia Y. Glagoleva, Alexander V. Vikhorev, Nikolay A. Shmakov, Sergey V. Morozov, Elena I. Chernyak, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Elena K. Khlestkina, Olesya Y. Shoeva Frontiers in Plant Science, 2022
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin INT J MOL SCI, 2022, 23, 8981
CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V Frontiers in Plant Science, 2022, 13:942710
QTL Analysis for Bread Wheat Seed Size, Shape and Color
Characteristics Estimated by Digital Image Processing Mian Abdur Rehman Arif, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Nikolay
A. Shmakov, Andreas Börner and Dmitry A. Afonnikov Plants, 2022, v. 11, article 2105.
Genetic Regulation of Morphogenesis of Drosophila melanogaster Mechanoreceptors D. P. Furman, T. A. Bukharina RUSS J DEV BIOL+, 2022, Vol. 53, No. 4, pp. 239–251
Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. INT J MOL SCI, 2022, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(20), 12269
Method for the Isolation of “RNA-seq-Quality” RNA from Human Intervertebral Discs after Mortar And Pestle Homogenization Artemii A. Ivanov, Olga N. Leonova, Daniil S. Wiebe, Alexsandr V. Krutko, Mariya M. Gridina, Veniamin S. Fishman, Yurii S. Aulchenko, Yakov A. Tsepilov, Tatiana S. Golubeva Cells, 2022
Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin Mathematics, 2022
Easy and Effective Method for Extracting and Purifying Wolbachia Genomic DNA Andreenkova O.V., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Korenskaia A.E., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15315
New Wolbachia pipientis Genotype Increasing Heat Stress Resistance of Drosophila melanogaster Host Is Characterized by a Large Chromosomal Inversion Korenskaia A.E., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Andreenkova O.V., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(24), 16212
Рациональная метаболическая инженерия Corynebacterium glutamicum для продукции L-валина. Шереметьева М.Е., Ануфриев К.Э., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А., Яненко А.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):743-757
Rational metabolic engineering of Corynebacterium glutamicum to create a producer of L-valine. Sheremetieva M.E., Anufriev K.E., Khlebodarova T.M., Kolchanov N.A., Yanenko A.S. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):743-757
Specific features of the proteomic response of thermophilic bacterium Geobacillus icigianus to terahertz irradiation. Bannikova S.V., Khlebodarova T.M., Vasilieva A., Meshcheryakova I.A., Bryanskaya A.V., Shedko E., Popik V.M., Goryachkovskaya T.N., Peltek S.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15216
Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С. Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовская А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):733-742
Computer analysis of regulation of hepatocarcinoma marker genes hypermethylated by HCV proteins. Antropova E.A., Khlebodarova T.M., Demenkov P.S., Venzel A.S., Ivanisenko N.V., Gavrilenko A.D., Ivanisenko T.V., Adamovskaya A.V., Revva P.M., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):733-742
Молекулярные механизмы детерминации клеток
сосудистой системы корня Arabidopsis thaliana L. А.Д. Сидоренко, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):721-732
Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 8, 26, 798-805
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
2021
Tissue-specific transcriptome profiling of the Arabidopsis inflorescence stem reveals local cellular signatures Dongbo Shi, Virginie Jouannet, Javier Agustí, Verena Kaul, Victor Levitsky, Pablo Sanchez, Victoria V Mironova, Thomas Greb PLANT CELL, 2021, 33(2), 200–223
CROP PANGENOMES A.Yu. Pronozin, M.K. Bragina , E.A. Salina Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
Автоматическое фенотипирование морфологии колоса
тетра- и гексаплоидных видов пшеницы методами компьютерного зрения А.Ю. Пронозин, А.А. Паулиш, Е.А. Заварзин, А.Ю. Приходько, Н.М. Прохошин, Ю.В. Кручинина,
Н.П. Гончаров, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):00-00
Automatic morphology phenotyping of tetra- and hexaploid wheat spike using computer vision methods A.Yu. Pronozin, A.A. Paulish, E.A. Zavarzin, A.Yu. Prikhodko, N.M. Prokhoshin, Yu.V. Kruchinina,
N.P. Goncharov, E.G. Komyshev, M.A. Genaev Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
Пангеномы сельскохозяйственных растений Пронозин А.Ю., Брагина М.К., Салина Е.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021;25(1):57-63
Механический стресс, локальная трансляция и нейродегенеративные заболевания: молекулярно-генетические аспекты. Хлебодарова Т.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Т. 25, № 1, С. 92-100
The molecular view of mechanical stress of brain cells, local translation, and neurodegenerative diseases. Khlebodarova T.M. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, V. 25, No 1, P. 92-100
Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2 А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):7-17.
Поиск участников сигнального пути ауксина к его транспортерам PIN на основе метаанализа транскриптомов, индуцированных ауксином В. В. Коврижных, З. С. Мустафин, З. З. Багаутдинова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):39-45
Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека З. С. Мустафин, С. А. Лашин, Ю. Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):46-56
Evolution and extinction can occur rapidly: a modeling approach. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. PeerJ, 2021, V.9, Article No e11130
Технологии поиска и исследования
потенциально осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova CURR OPIN PLANT BIOL, 2021, 63, 102058
Do Autism Spectrum and Autoimmune Disorders Share Predisposition Gene Signature Due to mTOR Signaling Pathway Controlling Expression? Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2021, 22(10), 5248
Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. Frontiers in Genetics, 2021, V. 12. Article number 610774.
Рибосомное профилирование как инструмент исследования трансляции у растений: основные итоги, проблемы и перспективы Афонников, Д. А., Синицына, О. И., Голубева, Т. С., Шмаков, Н. А., Кочетов, А. В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 251-259
Вироид веретеновидности клубней картофеля Кочетов, А. В., Пронозин, А. Ю., Шацкая, Н. В., Афонников, Д. А., Афанасенко, О. С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 269-275
A Modular Mathematical Model of Exercise-Induced Changes in Metabolism, Signaling, and Gene Expression in Human Skeletal Muscle Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Sharipov R.N., Vertyshev A.Y., Vinogradova O.L., Popov, D.V., Kolpakov F.A. INT J MOL SCI, 2021, 22(19), 10353
ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations Fedor Kazantsev INT J PSYCHOPHYSIOL, 2021, Volume 168, Supplement, October 2021, Page S11
Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021 Sep; 25(5): 580–592.
NLR Genes Related Transcript Sets in Potato Cultivars Bearing Genetic Material of Wild Mexican Solanum Species Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Antonova O.Y., Shatskaya N.V., Glagoleva A.Y., Ibragimova S.M., Khiutti A., Afanasenko O.S., Gavrilenko T.A. Agronomy, 2021, v. 11, P. 2426
Mutation hotspots of SARS-CoV-2 RNA motifs
conserved in betacoronaviruses N.S. Kobalo, A.I. Kulikov, I.I. Titov JPCS, 2021, 2099 (2021) 012037
Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS ANTICANCER RES, 2021, V. 41. N 7. P. 3371-3387
Улучшение качества сборки de novo транскриптомов ячменя на основе гибридного подхода для линий с изменениями окраски колоса и стебля Шмаков Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):30-38
Комплексный анализ влияния аллельного полиморфизма 5-HTTLPR на поведенческие и нейрофизиологические показатели исполнительного контроля у людей из разных этнических групп в Сибири А.Н. Савостьянов, Д.В. Базовкина, С.А. Лашин, С.С. Таможников, А.Е. Сапрыгин, Т.Н. Астахова,
У.Н. Кавай-оол, Н.В. Борисова, А.Г. Карпова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Т.25(5), С.593-602.
Leave or Stay: Simulating Motility and Fitness of Microorganisms in Dynamic Aquatic Ecosystems Alexandra Klimenko, Yury Matushkin, Nikolay Kolchanov, Sergey Lashin Biology, 2021, V10, N 10, P. 1019
Mechanisms of stress response in the root stem cell niche Elena V Ubogoeva, Elena V Zemlyanskaya, Jian Xu, Victoria Mironova J EXP BOT, 2021
Meet your MAKR: the membrane-associated kinase regulator protein family in the regulation of plant development D.D. Novikova, A.L. Korosteleva,V. Mironova,Y. Jaillais FEBS J, 2021
2020
Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. No 2. С. 455–470
Integrated Modular Model Linking Metabolism, Signaling Transduction and Gene Expression Regulation in Human Skeletal Muscle I.R. Akberdin, I.N. Kiselev, S.S. Pintus, A.Yu. Vertyshev, P.A. Makhnovskii, D.V. Popov, F.A. Kolpakov CEUR workshop proceedings, 2020, http://ceur-ws.org/Vol-2569/short1.pdf
3D analysis of mitosis distribution pattern in the plant root tip with iRoCS Toolbox Lavrekha V.V., Pasternak T., Palme K., Mironova V.V. Plant Stem Cells - Methods and Protocols. Ed: Naseem N. and Dandekar T., 2020, volume 2094, p. 119-125
Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин Генетика, 2020, том 56, № 2, с. 234–246
PlantLayout – программное средство для моделирования распределения веществ в тканях различной структуры Савина М.С., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020
Влияние структуры микроРНК животных на их биогенез П.С. Ворожейкин, И.И. Титов Генетика, 2020, т. 56, № 1, стр. 21-34
Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N. INT J MOL SCI, 2020, 3, 21, 1045
Математическая модель, связывающая Ca2+-зависимый сигнальный путь с регуляцией экспрессии генов в клетках скелетной мышцы человека Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Пинтус С.С., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. № 1. С. 20–39, https://www.matbio.org/2020/Akberdin_15_20.pdf
Specification and regulation of vascular tissue identity in the Arabidopsis embryo Margot E. Smit, Cristina I. Llavata-Peris, Mark Roosjen, Henriette van Beijnum, Daria Novikova, Victor Levitsky, Iris Sevilem, Pawel Roszak, Daniel Slane, Gerd Jürgens, Victoria Mironova, Siobhan M. Brady, Dolf Weijers DEVELOPMENT, 2020, 147(8):dev186130
Математическая и численная модели центрального регуляторного контура системы морфогенеза механорецепторов дрозофилы Т. А. Бухарина, А. А. Акиньшин, В. П. Голубятников, Д. П. Фурман Сибирский журнал индустриальной математики, 2020, Т. 23, № 2. C. 41–50.
Mathematical and Numerical Models of the Central Regulatory Circuit of the Morphogenesis System of Drosophila T. A. Bukharina, A. A. Akinshin, V. P. Golubyatnikov, and D. P. Furman Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2020, Vol. 14, No. 2, pp. 249–255
A Genome-Scale Metabolic Model of 2,3-Butanediol Production by Thermophilic Bacteria Geobacillus icigianus Kulyashov M., Peltek S.E., Akberdin I.R. Microorganisms, 2020, 8(7), 1002
Rocks in the auxin stream:
Wound induced auxin accumulation and ERF115 expression synergistically drive
stem cell regeneration Canher B., Heyman J., Savina M., Devendran A., Eekhout T., Vercauteren I., Prinsen
E., Matosevich R., Xu J., Mironova V., De Veylder L. P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117(28):16667-16677
metaRE R Package for Meta-Analysis of Transcriptome Data to Identify the
cis-Regulatory Code behind the Transcriptional Reprogramming Novikova D.D., Cherenkov P.A., Sizentsova Y.G., Mironova V.V. Genes, 2020, 11(6): 634
Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude
for Functional Gene Groups Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V. Genes, 2020, 11(4): 434
Причины массовых вымираний в истории жизни: факты и гипотезы Хлебодарова Т.М. Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 24(4):407-419
Causes of global extinctions in the history of life: facts and hypotheses. Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 24(4):407-419
Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova INT J MOL SCI, 2020, 21, 6023
The effect of meditation on comprehension of statements about one-self and others: a pilot ERP and behavioral study Alexander Savostyanov, Sergey Tamozhnikov, Andrey Bocharov, Alexander Saprygin, Yuriy Matushkin, Sergey Lashin, Galina Kolpakova, Klimenty Sudobin, Gennady Knyazev FRONT HUM NEUROSCI, 2020, V 13, Article 437
Анализ цветовых и текстурных характеристик зерен злаков на цифровых изображениях Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 4, с. 340-347
Использование гиперспектральной камеры Specim IQ
для анализа растений В.В. Альт, Т.А. Гурова, О.В. Елкин, Д.Н. Клименко, Л.В. Максимов, И.А. Пестунов, О.А. Дубровская,
М.А. Генаев, Т.В. Эрст, К.А. Генаев, Е.Г. Комышев, В.К. Хлесткин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 3, с. 259-266
How miRNA Structure of Animals Influences Their Biogenesis P. S. Vorozheykin, I. I. Titov RUSS J GENET+, 2020, volume 56, pages 1012–1024 (2020)
On the dynamical aspects of local translation at the activated synapse Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Likhoshvai V.A. BMC BIOINFORMATICS, 2020, 21(Suppl 11):258
Limit сycles in models of circular gene networks regulated by negative feedbacks. Likhoshvai V.A., Golubyatnikov V.P., Khlebodarova T.M. BMC BIOINFORMATICS, 2020, 21(Suppl 11):255
Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis Alejandra Freire-Rios, Keita Tanaka, Isidro Crespo, Elmar van der Wijk, Yana Sizentsova, Victor Levitsky, Simon Lindhoud, Mattia Fontana, Johannes Hohlbein, D. Roeland Boer, Victoria Mironova, and Dolf Weijers P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117 (39) 24557-24566
Gene Expression Changes in the Ventral Tegmental
Area of Male Mice with Alternative Social Behavior
Experience in Chronic Agonistic Interactions Olga Redina, Vladimir Babenko, Dmitry Smagin, Irina Kovalenko, Anna Galyamina, Vadim Efimov and Natalia Kudryavtseva INT J MOL SCI, 2020, 21: 6599; Q1
Cell Dynamics in WOX5-Overexpressing Root Tips: The Impact of Local Auxin Biosynthesis Maria S. Savina,
Taras Pasternak,
Nadya A. Omelyanchuk,
Daria D. Novikova,
Klaus Palme,
Victoria V. Mironova,
Viktoriya V. Lavrekha Frontiers in Plant Science, 2020, №11, p. 1529
Meta-Analysis of Transcriptome Data Detected New Potential Players in Response to Dioxin Exposure in Humans Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Victoria Mironova and Nikolay Kolchanov INT J MOL SCI, 2020
Quantifying Drosophila adults with the use of a smartphone Evgenia K. Karpova, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Natalya V. Adonyeva, Dmitry A. Afonnikov, Margarita A. Eremina, Nataly E. Gruntenko Biology Open, 2020, 9: bio054452
First person – Evgeniya Karpova and Evgenii Komyshev Evgeniya Karpova, Evgenii Komyshev Biology Open, 2020, 9: bio056622
A Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived
Isogenic Model of Huntington’s Disease Based on
Neuronal Cells Has Several Relevant
Phenotypic Abnormalities Tuyana Malankhanova, Lyubov Suldina, Elena Grigor'eva, Sergey Medvedev, Julia Minina, Ksenia Morozova, Elena Kiseleva, Suren Zakian, Anastasia Malakhova J. Pers. Med, 2020
О решенных и нерешенных проблемах биологии в исследованиях В.А. Лихошвая. Хлебодарова Т.М. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 6(4):168-178
Young «oil site» of the Uzon Caldera as a habitat for unique microbial life Sergey E. Peltek, Alla V. Bryanskaya, Yuliya E. Uvarova, Aleksey S. Rozanov, Timofey V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Elena V. Lazareva, Olga V. Saik, Vadim M. Efimov, Sergey M. Zhmodik, Oxana P. Taran, Nikolay M. Slynko, Sergey V. Shekhovtsov, Valentin N. Parmon, Nikolay L. Dobretsov, Nikolay A. Kolchanov BMC MICROBIOL, 2020, 20, 349
The In-Silico Development of DNA Markers for Breeding of Spring Barley Varieties That Are Resistant to Spot Blotch in Russia Rozanova I.V., Lashina N.M., Efimov V.M., Afanasenko O.S., Khlestkina E.K. Agriculture, 2020, 10(11), 505
Genetic loci determining potato starch yield and granule morphology revealed by genome-wide association study (GWAS) Khlestkin V.K., Erst T.V., Rozanova I.V., Efimov V.M., Khlestkina E.K. PeerJ, 2020, 8, e10286.
Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы
и воспоминания М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 2020, 6(4):193-198
The mechanism of potato resistance to
Globodera rostochiensis: comparison of root
transcriptomes of resistant and susceptible
Solanum phureja genotypes Alex V. Kochetov, Anastasiya A. Egorova, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina,
Sophia V. Gerasimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov,
Olga Y. Antonova, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko and Tatjana A. Gavrilenko BMC PLANT BIOL, 2020, 20(Suppl 1):350
В.А. Лихошвай: учитель, ученый, собеседник Клименко А.И. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 6(4):199-200
Creation of an online platform for identification of microorganisms: peak picking or full-spectrum analysis Starostin K.V., Demidov E.A., Ershov N.I., Bryanskaya A.V., Efimov V.M., Shlyakhtun V.N., Peltek S.E. Frontiers in Microbiology, 2020
2019
Influence of temperature on development, reproduction and regeneration in the flatworm model organism, Macrostomum lignano Jakub Wudarski, Kirill Ustyantsev, Lisa Glazenburg, Eugene Berezikov Zoological Letters, 2019, номер 7, том 5, с. 1-10
Гомология генов, контролирующих архитектонику
вегетативных и генеративных органов ячменя и риса,
и их использование для расширения биоразнообразия
и в селекции пшеницы Устьянцев К. В., Гончаров Н. П. RUSS J GENET+, 2019, том 55, № 5, с. 506-515
MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics 2019, 20 (Suppl 1):36
SNPs associated with barley resistance to isolates of Pyrenophora teres f. teres Irina V. Rozanova, Nina M. Lashina, Zakhar S. Mustafin, Sofia A. Gorobets, Vadim M. Efimov, Olga S. Afanasenko, Elena K. Khlestkina BMC GENOMICS, 2019, 20 (Suppl 3) :292
Межвидовой полиморфизм генов DEP1 и форма колоса у пшениц Вавилова В.Ю., Конопацкая И.Д., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. Генетика, 2019, том 55, № 7, с. 837–843
New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin BMC GENOMICS, 2019, 20:399
Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. ECOL MODEL, 2019, V 399, p.66-76
Оценка количественных характеристик клубнеобразования
дикого картофеля на основе анализа изображений клубней
с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала,
Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019. Онлайн.
Homology of Genes Controlling Architectonics of Vegetative and Generative Organs in Barley and Rice and Their Application for Wheat Biodiversity Expansion and Breeding K. V. Ustyantsev, N. P. Goncharov RUSS J GENET+, 2019, V. 55 (5), P. 535-543
Salicylic acid affects root meristem patterning via auxin distribution in a concentration-dependent manner Taras Pasternak, Edwin P Groot, Fedor Kazantsev, William Teale, Nadya Omelyanchuk, Vasilina Kovrizhnykh, Klaus Palme, Victoria V Mironova PLANT PHYSIOL, 2019, 180 (3), pp:1725-1739
Молекулярные механизмы ненаследуемой толерантности к антибиотикам у бактерий и архей. Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Molecular Biology, 2019, т.53, №4, с.531-540.
Molecular mechanisms of non-inherited antibiotic tolerance in bacteria and archaea. Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Molecular Biology, 2019, Vol. 53, No. 4, pp. 475–483.
Кандидатные SNP-маркеры атеросклероза, которые способны достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Пономаренко М.П., Рассказов Д.А., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Генетика, 2019, 9, 55, 1083-1098
The differences in brain stem transcriptional profiling in hypertensive ISIAH and normotensive WAG rats Fedoseeva L.A., Klimov L.O., Ershov N.I., Efimov V.M., Markel A.L., Orlov Y.L., & Redina O.E. BMC GENOMICS, 2019, 20(3), 297.
A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive
analysis of motifs co-occurrence with MCOT package Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E.,
Grosse I., Mironova V., Merkulova T. NUCLEIC ACIDS RES, 2019, 47(21):e139
Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities Иванов Роман Артемович
Замятин Владимир
Клименко Александра Игоревна
Матушкин Юрий Георгиевич
Савостьянов Александр Николаевич
Лашин Сергей Александрович Genes, 2019
The Evaluation of Genetic Relationships within Acridid Grasshoppers (Orthoptera, Caelifera, Acrididae) on the Subfamily Level Using Molecular Markers Sukhikh I., Ustyantsev K., Bugrov A., Sergeev M., Fet V., Blinov A. FOLIA BIOL-KRAKOW, 2019, 67(3):119-126
Muconic acid production from methane using rationally-engineered methanotrophic biocatalysts Calvin A. Henard, Ilya R. Akberdin, Marina G. Kalyuzhnaya, Michael T. Guarnieri GREEN CHEM, 2019
A Bioinformatic Method For Identifying Group II Introns In Organella Genomes Igor Titov, Nikolay Kobalo, Denis Vorobyev, Alexander Kulikov Frontiers in Genetics, 2019, 10:1135.
О стационарных решениях уравнения с запаздывающими аргументами: модель локальной трансляции в синапсе. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2019, 14(2), 554-569
Diversity of mariner-like elements in Orthoptera K. Ustyantsev, M. Biryukov, I. Sukhikh, N.V. Shatskaya, V. Fet, A. Blinov, I. Konopatskaia Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(8):1059-1066
The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2019, Int. J. Mol. Sci. 2019, 20(24), 6332;
Кандидатные SNP-маркеры ревматоидного полиартрита, которые могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Козлов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 8, 23, 1047-1058
Starch phosphorylation associated SNPs found by genome-wide association studies in the potato (Solanum tuberosum L.) Khlestkin, V. K., Rozanova, I. V., Efimov, V. M., Khlestkina, E. K. BMC GENET, 2019, 20(1), 29
A single-cell view of tissue regeneration in plants Mironova V. and Xu J. CURR OPIN PLANT BIOL, 2019, 52:149-154.
Capturing auxin response factors syntax using DNA binding models Stigliani A, Martin-Arevalillo R, Lucas J, Bessy A, Vinos-Poyo T, Mironova V, Vernoux T, Dumas R, Parcy F MOL PLANT, 2019, 12(6):822-832
Shaping Ethylene Response: The Role of EIN3/EIL1 Transcription Factors Dolgikh V.A., Pukhovaya E.M., Zemlyanskaya E.V. Frontiers in Plant Science, 2019, 10:1030
Interspecific Polymorphism of DEP1 Genes and the Spike Shape in Wheats Vavilova V. Yu., Konopatskaia I. D., Blinov A. G., Goncharov N. P. RUSS J GENET+, 2019, V. 55 (7): 908-913
Molecular phylogenetic analysis of subfamilial placement of Haplotropis Saussure, 1888 (Orthoptera: Pamphagidae) based on mitochondrial and nuclear DNA markers Sukhikh I., Blinov A., Bugrov A. ZOOTAXA, 2019, 4551(5):530-540
2018
Diversity of cis-regulatory elements associated with auxin response in Arabidopsis thaliana Pavel Cherenkov, Daria Novikova, Nadya Omelyanchuk, Victor Levitsky, Ivo Grosse, Dolf Weijers, Victoria Mironova J EXP BOT, 2018, 69(2):329-339
MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, Vol.16, No.1(2018). https://doi.org/10.1142/S0219720017400108
Dynamic landscape of the local translation at activated synapses. Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Trifonova E.A., Likhoshvai V.A. MOL PSYCHIATR, 2018, V. 23(1), P. 107-114
Methane utilization in Methylomicrobium alcaliphilum 20Z R: a systems approach Ilya R. Akberdin, Merlin Thompson, Richard Hamilton, Nalini Desai, Danny Alexander, Calvin A. Henard, Michael T. Guarnieri, Marina G. Kalyuzhnaya SCI REP-UK, 2018, Scientific Reportsvolume 8, Article number: 2512 (2018) doi:10.1038/s41598-018-20574-z
Comparing miRNA structure of mirtrons
and non-mirtrons Igor I. Titov and Pavel S. Vorozheykin BMC GENOMICS, 2018, 19(Suppl 3):114
Modeling Human Cardiac Hypertrophy in Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Ekaterina Ovchinnikova, Martijn Hoes, Kirill Ustyantsev, Nils Bomer, Tristan V. de Jong, Henny van der Mei, Eugene Berezikov, Peter van der Meer Stem Cell Reports, 2018, 10 (3), 794-807
Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22 (2):279284
Ophiostomatoid Fungi Associated with the Four-Eyed Fir Bark Beetle on the Territory of Russia Pashenova N.V., Kononov A.V., Ustyantsev K.V., Blinov A.G., Pertsovaya A.A., Baranchikov Yu.N. Russian Journal of Biological Invasions, 2018, vol. 9(1), p. 63-74
Об эквивалентности использования запаздывающих аргументов и уравнений переноса при моделировании динамических систем. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(1), 141-144
Genetic diversity of Pinus sibirica, P. pumila and their natural hybrids based on non-linked nuclear loci Galina Vasilyeva, Valeriya Vavilova, Kirill Ustyantsev, Igor Sukhikh, Alexander Blinov, Sergei Goroshkevich, Victor Sokolov DENDROBIOLOGY, 2018, vol. 79: 168-173
Мембранный потенциал как механизм регуляции активности периплазматической нитритредуктазы: математическая модель. Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2018, Т.13(1), С. 238-269
Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(3):386-393
Persister cells – a plausible outcome of neutral coevolutionary drift. Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. SCI REP-UK, 2018, V.8, No article 14309
MATHEMATICAL AND NUMERICAL MODELS
OF TWO ASYMMETRIC GENE NETWORKS V.P.GOLUBYATNIKOV, M.V.KAZANTSEV, N.E.KIRILLOVA, T.A.BUKHARINA, D.P.FURMAN Сибирские электронные математические известия, 2018, т. 15, стр. 1271–1283
Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya Frontiers in Microbiology, 2018, 9:2735
The development of bristle pattern in Drosophila melanogaster: prepattern and achaete–scute genes Furman D.P., Bukharina T.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 8, С.1045-1054
Deciphering Auxin-Ethylene Crosstalk at a Systems Level Elena V. Zemlyanskaya, Nadya A. Omelyanchuk, Elena V. Ubogoeva, Victoria V. Mironova INT J MOL SCI, 2018, 19:4060
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”, 2018, Под ред. В.Д. Лахно. Том 7. Пущино: ИМПБ РАН, 2018. Статья № e70.
Эффективность элонгации трансляции открытых рамок считывания одноклеточных организмов Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.С. Соколов V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ, 2018, СЕКЦИЯ 1: ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ: ТЕХНОЛОГИИ ИНТЕГРАЦИИ ДАННЫХ 65. стр.65
Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания. эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ, 2018, СЕКЦИЯ 1: ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ: ТЕХНОЛОГИИ ИНТЕГРАЦИИ ДАННЫХ 64. стр.64
Prediction of Bacterial and Archaeal Allergenicity with AllPred Program Bragin A, Sokolov V, Demenkov P, Ivanisenko T, Bragina EY, Matushkin YG and Ivanisenko V Molecular Biology, 2018, Vol. 52(2), pp. 279-284
2017
The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV Frontiers in Plant Science, 2017, 7:2044
Chaos and hyperchaos in simple gene network with negative feedback and time delays. Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, V. 15. No 2, 1650042.
Multiple Scenarios of Transition to Chaos in the Alternative Splicing Model Kogai V.V., Likhoshvai V.A., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. INT J BIFURCAT CHAOS, 2017, 27(2), Article No 1730006
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov BMC BIOINFORMATICS, 2017, 18 (Suppl 1):28
Стазис и периодичность в эволюции глобальной экосистемы: минимальная логистическая модель Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, Т. 12, № 1, С. 120–136
Convergence of retrotransposons in oomycetes and plants Kirill Ustyantsev, Alexandr Blinov, Georgy Smyshlyaev Mobile DNA, 2017, 1, 8, 4
Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova SCI REP-UK, 2017, 7: 2489
The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y. Acta Naturae, 2017, 9 (special issue 1) 67
Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano Jakub Wudarski, Daniil Simanov, Kirill Ustyantsev, Katrien de Mulder, Margriet Grelling, Magda Grudniewska, Frank Beltman, Lisa Glazenburg, Turan Demircan, Julia Wunderer, Weihong Qi, Dita B Vizoso, Philipp M Weissert, Daniel Olivieri, Stijn Mouton, Victor Guryev, Aziz Aboobaker, Lukas Scharer, Peter Ladurner, Eugene Berezikov NAT COMMUN, 2017, 8 (1), pp. 2120
A sacrifice-for-survival mechanism protects Root Stem Cell Niche from Chilling Stress Jing Han Hong, Maria Savina, Jing Du, Ajay Devendran, Karthikbabu Kannivadi Ramakanth, Xin Tian, Wei Shi Sim, Victoria V. Mironova, and Jian Xu CELL, 2017, Jun 29;170(1)
Analysis of the Neurogenesis:Prepattern Gene Network Controlling First Stage of Bristle Pattern Development in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 550–557
Phenotypic variability of bacterial cell cycle: mathematical model. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, V. 12. № Suppl. P. t23-t44. doi: 10.17537/2017.12.t23
3D analysis of mitosis distribution highlights the longitudinal zonation and diarch symmetry in proliferation activity of the Arabidopsis thaliana root meristem Lavrekha V.V., Pasternak T., Ivanov V.B., Palme K., Mironova V.V. PLANT J, 2017, V. 92(5), P. 834-845
Изучение эволюции генома свободноживущего плоского червя Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) с помощью высокопроизводительного секвенирования микродиссекционных ДНК-библиотек Задесенец К.С., Березиков Е.В., Тупикин А.Е., Кабилов М.Р., Рубцов Н.Б. Acta Naturae, 2017, Спецвыпуск №1, 2017, т. 9
The systems biology of auxin in developing embryos. V. Mironova, W. Teale, M. Shahriari, J. Dawson, K. Palme. TRENDS PLANT SCI, 2017, 22(3):225–235
Molecular Mechanisms of Autism as a Form of Synaptic Dysfunction E. A. Trifonova, T. M. Khlebodarova, N. E. Gruntenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 8, pp. 869–877
Chromosome Evolution in the Free-Living Flatworms: First Evidence of Intrachromosomal Rearrangements in Karyotype Evolution of Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Macrostomida) Zadesenets K.S., Ershov N.I., Berezikov E., Rubtsov N.B. Genes, 2017, 8: 298
О связи свойств одномерных отображений управляющих функций с хаосом в уравнениях специального вида с запаздывающим аргументом. Лихошвай В.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, 2017, 12(2), 385-397.
DEP1 gene in wheat species with normal, compactoid and compact spikes V. Vavilova, I. Konopatskaia, A. E. Kuznetsova, A. Blinov, N. P. Goncharov BMC GENET, 2017, 18(Suppl 1): 106
Parasites of the genus Nosema, Crithidia and Lotmaria in the honeybee and bumblebee populations: a case study in India V.Y. Vavilova, I. Konopatskaia, S.L. Luzyanin, M. Woyciechowski, A.G. Blinov Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):943-951
Офиостомовые грибы, ассоциированные с уссурийским полиграфом на территории России Пашенова Н.В., Кононов А.В., Устьянцев К.В., Блинов А.Г., Перцовая А.А., Баранчиков Ю.Н. Российский Журнал Биологических Инвазий, 2017, №4, С. 80-95
Expression Dynamics of the REL, RELA, and IRF1 Transcription Factors in U937 Macrophages after Dioxin Exposure E. V. Kashina, D. Yu. Oshchepkov, E. V. Antontseva, M. Yu. Shamanina, D. P.Furman, V. A. Mordvinov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 580-584
2016
A detailed expression map of the PIN1 auxin transporter in Arabidopsis thaliana root N.A. Omelyanchuk, V.V. Kovrizhnykh, E.A. Oshchepkova, T. Pasternak, K. Palme, V.V. Mironova. BMC PLANT BIOL, 2016
Механизмы регуляции передачи этиленового сигнала у растений Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Ермаков А.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Принята в печать. DOI: 10.18699/VJ15.105
Genome-wide transcriptome analysis of hypothalamus in rats with inherited stress-induced arterial hypertension Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 201617(Suppl 1):13
О численном исследовании периодических решений уравнения с запаздывающим аргументом в биологических моделях. Фадеев С.И., Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2016, Т. 19, № 1, C.94-105.
On the control mechanisms of the nitrite level in Escherichia coli cells: the mathematical model. Khlebodarova T.M., Ree N.A., Likhoshvai V.A. BMC MICROBIOL, 2016, V. 16, Suppl 1:7.
Genetic diversity of aboriginal and invasive populations of four-eyed fir bark beetle Polygraphus proximus Blandford (Coleoptera, Curculionidae, Scolytinae) Alexandr Kononov, Kirill Ustyantsev, Alexandr Blinov, Victor Fet, Yuri N. Baranchikov AGR FOREST ENTOMOL, 2016, DOI: 10.1111/afe.12161
Фенотипическая множественность клеточного цикла бактерий: математическая модель Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2016, 11(1):91-113
Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L. Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2016, 14(2):1641009.
ЦЕНТРАЛЬНЫЙ РЕГУЛЯТОРНЫЙ КОНТУР ГЕННОЙ СЕТИ МОРФОГЕНЕЗА МАКРОХЕТ D.melanogaster: РАСШИРЕННАЯ МОДЕЛЬ Т.А. Бухарина, В.П. Голубятников, Д.П. Фурман Онтогенез, 2016, т. 47, №5, стр. 307-313
On numerical study of periodic solutions of a delay equation in biological models. Fadeev S.I., Kogai V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2016, 10 (1), P. 86-96
Gene Network Controlling the Morphogenesis of D. melanogaster Macrochaetes: An Expanded Model of the Central Regulatory Circuit T. A. Bukharina, V. P. Golubyatnikov, D. P. Furman RUSS J DEV BIOL+, 2016, Vol. 47, No. 5, pp. 288–293
The role of environmental factors for the composition of microbial communities of saline lakes in the Novosibirsk region (Russia) Bryanskaya Alla V., Malup Tatyana K., Lazareva Elena V., Taran Oxana P., Rozanov Alexey S., Efimov Vadim M., Peltek Sergey E. BMC MICROBIOL, 2016
Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня Е.А. Ощепкова, Н.А. Омельянчук, М.С. Савина, Т. Пастернак, Н.А. Колчанов, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016;20(4):459-474
Evidence for Karyotype Polymorphism in the Free-Living Flatworm, Macrostomum lignano, a Model Organism for Evolutionary and Developmental Biology Zadesenets KS, Vizoso DB, Schlatter A, Konopatskaia ID, Berezikov E, Scharer L, Rubtsov NB PloS One, 2016, 11(10): e0164915
АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ «NEUROGENESIS:PREPATTERN», КОНТРОЛИРУЮЩЕЙ ПЕРВЫЙ ЭТАП ФОРМИРОВАНИЯ ЩЕТИНОЧНОГО УЗОРА У Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):832-839 DOI 10.18699/VJ16.199
Динамика экспрессии транскрипционных факторов REL, RELA и IRF1 в макрофагоподобной линии U937 после воздействия диоксина. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Шаманина М.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):894-898
The gene-expression profile of renal medulla in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):151
Molecular determinants of the adrenal gland functioning related to stress-sensitive hypertension in ISIAH rats Larisa A. Fedoseeva, Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Yury V. Alexandrovich, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina BMC GENOMICS, 2016, 2016, 17(Suppl 14):989
Spike morphology genes in wheat species (Triticum L.) Konopatskaya I., Vavilova V., Blinov A., Goncharov N.P. PROCEEDINGS OF THE LATVIAN ACADEMY OF SCIENCES. Section B, 2016, V. 70. No.6 (705). P. 345-355.
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016 Vol.16:262 DOI: 10.1186/s12870-016-0868-3
Genetic diversity among eight Dendrolimus species in Eurasia (Lepidoptera: Lasiocampidae) inferred from mitochondrial COI and COII, and nuclear ITS2 markers Alexander Kononov, Kirill Ustyantsev, Baode Wang, Victor C Mastro, Victor Fet, Alexander Blinov, Yuri Baranchikov BMC GENET, 2016, 3, 17, 173
2015
О типах законов роста бактерий Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, т. 10, №1, С. 154–163. doi: 10.17537/2015.10.154
Сложная динамика в системах альтернативного сплайсинга мРНК: математическая модель Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. Вычислительные технологии, 2015, т.20, № 1, с. 38-52.
On the distribution of auxin concentrations in root horizontal layer cells. Novoselova E.S., Mironova V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 3, pp. 293–299
О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в условиях стационарного роста. Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, т.10, №1, с.193-205
The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(3), pp. 308–312, DOI: 10.1134/S2079059715030193
Distribution and diversity of Nosema bombi (Microsporidia: Nosematidae) in the natural populations of bumblebees (Bombus spp.) from West Siberia Valeriya Vavilova, Irina Sormacheva, Michal Woyciechowski, Natalia Eremeeva, Victor Fet, Aneta Strachecka, Sergey I. Bayborodin, Alexander Blinov PARASITOL RES, 2015, Volume 114, Issue 9, Pages 3373-3383. doi: 10.1007/s00436-015-4562-4.
ВЕБ-СЕРВЕР ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ miРНК, ИХ ПРЕДШЕСТВЕННИКОВ И САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ Ворожейкин П.С., Титов И.И. Molecular Biology, 2015, т. 49, №5, с. 846-853
Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites. Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, p. 322–329
Q gene variability in wheat species with the different spike morphology Sormacheva I., Golovnina K., Vavilova V., Kosuge K., Watanabe N., Blinov A., Goncharov N.P. Genetic Resources and Crop Evolution, 2015, V.62, No. 6. P. 837-852.
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor» Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. BMC EVOL BIOL, 2015, 15 (Suppl 1):S3 http://www.biomedcentral.com/1471-2148/15/S1/S3
EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 335–339.
Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I. R., Peltek S.E. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(4), pp. 375–382, DOI: 10.1134/S2079059715040139
A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. J INTEGR BIOINFORM, 2015, 12 (1): 256
Asynchrony between Host Plant and Insects-Defoliator within a Tritrophic System: The Role of Herbivore Innate Immunity. Martemyanov V.V., Pavlushin S.V., Dubovskiy I.M., Yushkova Y.V., Morosov S.V., Chernyak E.I., Efimov V.M., Ruuhola T., Glupov V.V. PloS One, 2015, 10(6), e0130988.
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Программные системы: теория и приложения, 2015, 4(27), c. 99–112.
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5(6), pp. 672-678. DOI: 10.1134/S2079059715060040
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 2015;19(6):74-82. DOI 10.18699/VJ15.095
Identification of Bacillus strains by MALDI TOF MS using geometric approach Konstantin V. Starostin, Evgeny A. Demidov, Alla V. Bryanskaya, Vadim M. Efimov, Alexey S. Rozanov & Sergey E. Peltek SCI REP-UK, 2015, | 5:16989 | DOI: 10.1038/srep16989
Dioxin-mediated regulation of expression IL-12 family cytokines in human macrophages as a factor of tumor promotion by TCDD E. Kashina, D. Oshchepkov, A. Shilov, E. Antontseva, D. Furman, V. Mordvinov European Journal of Cancer Supplements, 2015, Volume 13, Issue 1, November 2015, Pages 23
On the types of bacterial growth laws Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, 10(Suppl.):t20-t28 doi: 10.17537/2015.10.t20
Филогенетические отношения саранчовых семейства Pamphagidae с neo-XY/neo-XX определением пола, реконструированные на основе анализа нуклеотидных последовательностей митохондриального гена COI А.Г. Бугров, И.С. Сухих, М. Унал, А.Г. Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2015, T.12 № 5. C. 451–456
Convergent evolution of ribonuclease H in LTR retrotransposons and retroviruses Kirill Ustyantsev, Olga Novikova, Alexander Blinov and Georgy Smyshlyaev MOL BIOL EVOL, 2015
Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, Т. 10. № 1. С. 1-14.
Alternative splicing can lead to chaos Likhoshvai V.A., Kogai V.V., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, V. 13. №1, 1540003
A model study of the morphogenesis of D. melanogaster mechanoreceptors: The central regulatory circuit Vladimir P. Golubyatnikov, Tatyana A. Bukharina, Dagmara P. Furman Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, v.13. n.1. DOI: 10.1142/S0219720015400065
The Mechanisms Determining Bristle Pattern in Drosophila melanogaster T. A. Bukharina, D. P. Furman RUSS J DEV BIOL+, 2015, Vol. 46, No. 2, pp. 99–110
Механизмы детерминации щетиночного узора Drosophila melanogaster Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Онтогенез, 2015, том 46, № 2, с. 131–142
2014
HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т.9, №2, стр. 585-596.
High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, №4/2 стр. 1039-1045.
Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, №4/3, стр. 1249-1257.
Разработка программного комплекса JACOBI 4 для многомерного анализа микрочиповых данных. Полунин Д.А., Штайгер И.А., Ефимов В.М. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2014, Т. 12, вып. 2. С. 90–98.
КЛЮЧЕВАЯ РОЛЬ PIN-БЕЛКОВ В ТРАНСПОРТЕ АУКСИНА В КОРНЕ ARABIDOPSIS THALIANA L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014
A PROPOSED MECHANISM OF TRANSACTIVATION BY BODY BURDEN DIOXIN OF HERPES SIMPLEX VIRUS GENES MIGHT BE RESPONSIBLE FOR WEAKENING THE HOST ANTIVIRAL DEFENSE Tsyrlov IB, Shur IN, Wu JS, Furman D, Oshchepkov DY Organohalogen Compounds, 2014, Vol. 76, 289-292
Системная биология Д.А. Афонников, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 1, С. 175-192
The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning Levitsky VG, Babenko VN, Vershinin AV Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2014, 32(1):115-126.
Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova BMC GENOMICS, 2014, 15:80
Доместикация пшениц Гончаров Николай Петрович Сормачева Ирина Дмитриевна Природа, 2014, №2. С.45-53.
Mathematical modeling of bacterial cell cycle: The problem of coordinating genome replication with cell growth. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2014, V.12. 12(3): 1450009, DOI: 10.1142/S0219720014500097
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko PloS One, 2014, Volume 9 | Issue 3 | e91502
Genetic basis of olfactory cognition: extremely high level of DNA sequence polymorphism in promoter regions of the human olfactory receptor genes revealed using the 1000 Genomes Project dataset Ignatieva E.V., Levitsky V.G., Yudin N.S., Moshkin M.P., Kolchanov N.A. Front Psychol, 2014, published: 24 March 2014 doi: 10.3389/fpsyg.2014.00247
Gene Expression and Secondary mRNA Structures in Different Mycoplasma Species В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, 4(3):208–217
ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 2, 354-362
EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 18(4/2):904-909
New evidence of an old problem: the coupling of genome replication to cell growth in bacteria Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. RUSS J GENET+, 2014, V. 50, No. 9, pp. 891–901
Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886.
О распределениях концентраций ауксина в клетках горизонтального слоя корня Новоселова Е.С., Миронова В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.953-962
Mathematical model of the Tat-Rev regulation of HIV-1 replication in an activated cell predicts the existence of oscillatory dynamics in the synthesis of viral components Vitaly A Likhoshvai, Tamara M Khlebodarova, Sergei I Bazhan, Irina A Gainova, Valery A Chereshnev, Gennady A Bocharov BMC GENOMICS, 2014, 15(Suppl 12):S1
An integrated approach for genome annotation of the eukaryotic thermophile Chaetomium thermophilum. Bock T, Chen WH, Ori A, Malik N, Silva-Martin N, Huerta-Cepas J, Powell ST, Kastritis PL, Smyshlyaev G, Vonkova I, Kirkpatrick J, Doerks T, Nesme L, Baßler J, Kos M, Hurt E, Carlomagno T, Gavin AC, Barabas O, Müller CW, van Noort V, Beck M, Bork P. NUCLEIC ACIDS RES, 2014, doi:10.1093/nar/gku1147
Рекомбинантные штаммы Saccharomyces cerevisiae для получения этанола из растительной биомассы А.С. Розанов, А.В. Котенко, И.Р. Акбердин, С.Е. Пельтек Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 2014, Том 18, № 4/2, стр.989-998
Компьютерный анализ и функциональная аннотация сайтов связывания транскрипционных факторов AP2/ERF в геноме Arabidopsis thaliana L. Черных О.А., Левицкий В.Г., Омельянчук Н.А., Миронова В.В Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, 887-897.
Ключевая роль PIN белков в транспорте ауксина в корне Arabidopsis thaliana L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/1, с. 797-806
Математическая модель регуляции фитогормонами формирования меристематической зоны корня Лавреха В.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, с. 963-972.
Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/2, стр. 1032-1038
Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 6, pp. 568–574
Computational analysis of auxin responsive elements in the Arabidopsis thaliana L. genome Mironova VV, Omelyanchuk NA, Wiebe DS, Levitsky VG BMC GENOMICS, 2014, 15 Suppl 12:S4 doi:10.1186/1471-2164-15-S12-S4
Математическое моделирование взаимодействия двух клеток в пронейральном кластере крылового имагинального диска D.melanogaster Акиньшин А.А., Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Фурман Д.П. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2014, Т.14., № 4, с. 3-10.
2013
MteI-ПЦР-анализ-новый метод определения статуса метилирования GC-богатых регуляторных участков генов-онкосупрессоров человека Абдурашитов М.А., Куксова А.Н., Акишев А.Г., Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Вестник биотехнологии и физико-химической биологии, 2013, т. 9, № 3, с. 15-23.
Субстратная специфичность и свойства метилзависимых сайт-специфических ДНК-эндонуклеаз Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Molecular Biology, 2013, т. 47, № 6, с. 900-913.
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):96-102
On the chaos in gene networks VITALY A. LIKHOSHVAI, STANISLAV I. FADEEV,VLADISLAV V. KOGAI, TAMARA M. KHLEBODAROVA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11(1): 1340009
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, №1, С.104-113.
MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, DOI: 10.1142/S0219720013400106
How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 1, 11, 1340011 (DOI: 10.1142/S0219720013400118)
«Обская болезнь» – недооцененная опасность В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука в России, 2013, №3(195), стр. 15-21
Согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК: математическая модель. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, Т. 8. № 1. С. 66–92.
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА, 2013, БИОФИЗИКА, 2013, том 58, вып. 5, c. 758–774
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе. Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1):248–257
Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука из первых рук, 2013, №2, стр. 70-79
Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
Роль инсулинового сигнального пути в контроле полового диморфизма по устойчивости Drosophila к тепловому стрессу Раушенбах Инга Юрьевна, Адоньева Наталья Васильевна, Фаддеева Наталья Владимировна, Шумная Людмила Владимировна, Грунтенко Наталия Евгеньевна Doklady Biological Sciences, 2013, Т.452, №1, С.115–117
From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites. Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 2013 Feb;11(1):1340004. doi: 10.1142/S0219720013400040. Epub 2013 Jan 16.
О сдвиге регуляторного сигнала в моделях матричного синтеза. Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирский журнал индустриальной математики, 2013, Том XVI, № 1(53), С.66-74
Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. FEBS J, 2013, 280 (Suppl. 1) p. 459–460
Reconstruction of the Mechanisms that Regulate the Expression of the Escherihia coli yfiA Gene under Stress Conditions. T. M. Khlebodarova, D. Yu. Oshchepkov, N. V. Tikunova, I. V. Babkin, A. D. Gruzdev, and V. A. Likhoshvai Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, Vol. 3, No. 4, pp. 271–278
Acquisition of an Archaea-like ribonuclease H domain by plant L1 retrotransposons supports modular evolution. Georgy Smyshlyaev, Franka Voigt, Alexander Blinov, Orsolya Barabas, Olga Novikova P NATL ACAD SCI USA, 2013, PNAS 2013 110 (50) 20135-20139; published ahead of print November 25, 2013, doi:10.1073/pnas.1317588110
Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, №4/1, стр. 686-704
Deformable Cell Model and its Application to Growth of Plant Meristem N. Bessonov, V. Mironova, V. Volpert MATH MODEL NAT PHENO, 2013, Volume 8 / Issue 04 / January 2013, pp 62-79
Исследование математической модели перераспределения вещества в кольцевом ансамбле клеток С. И. Фадеев, В. В. Когай, В. В. Миронова, Н. А. Омельянчук, В. А. Лихошвай Сибирский журнал вычислительной математики, 2013, 16:2 (2013), 171–184
Землеройки (SORICIDAE, EULIPOTYPHLA) Сибири и Дальнего Востока: комбинирование и поиск конгруэнтности молекулярно–генетических и морфологических данных В.Ю. Ковалева, Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов. ZOOL ZH, 2013, том 92, № 11, с. 1–15.
Цикличность водяной полевки как фактор биоразнообразия в экосистемах Западной Сибири Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов, В.Ю. Ковалева, Ю.К. Галактионов. Экология, 2013, 5, 383–388
Directional Asymmetry of Morphological Traits During Postnatal Ontogeny in Root Vole Microtus oeconomus Pall.(Rodentia, Cricetidae) Kovaleva, Vera Yu, Vadim M. Efimov, Yuri N. Litvinov. Журнал Сибирского федерального университета. Биология, 2013, 2, 115–129.
Геометрические свойства эволюционных дистанций В.М. Ефимов, М.А. Мельчакова, В.Ю. Ковалева Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т. 17. № 4/1. С. 202–211.
Pathogenesis and Treatment of HIV Infection: The Cellular, the Immune System and the Neuroendocrine Systems Perspective V. A. Chereshnev, G. Bocharov, S. Bazhan, B. Bachmetyev, I. Gainova, V. Likhoshvai, J. M. Argilaguet, J. P. Martinez, J. A. Rump, B. Mothe, C. Brander, A. Meyerhans INT REV IMMUNOL, 2013, 2013, Early Online:1–25, DOI: 10.3109/08830185.2013.779375
Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, Vol. 3, No. 3, pp. 184–190.
Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман «Новые технологии в медицине», 2013, Новосибирск: ИНФОЛИО, 128 с., стр. 80-89.
Генные сети Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, N4/2, 833-849
Экспрессия генов и вторичные структуры в мРНК в разных видах Mycoplasma В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, 17(4/1):639-650
2012
Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ECOL MODEL, 2012, Volume/issue:224C, pp. 124-129, doi: 10.1016/j.ecolmodel.2011.11.004
Модельное исследование центрального регуляторного контура генной сети морфогенеза макрохет D.melanogaster Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Голубятников И.В., Фурман Д.П. Онтогенез, 2012, Т. 43, № 1, С. 54−59
Model Investigation of Central Regulatory Contour of Gene Net of D. melanogaster macrochaete morphogenesis Bukharina T. A., Golubyatnikov V. P., Golubyatnikov I. V., Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2012, V. 43, No. 1, P. 49–53
Mathematical modeling of the first phase of morphogenesis of mechanoreceptors in D. melanogaster Bukharina T.A., Golubyatnikov V.P., Golubyatnikov I.V., Furman D.P. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2012, V.6, No. 2, 145-149
Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH микродиссекционных ДНК-проб с метафазными хромосомами. А.Г. Богомолов, К.С. Задесенец, Т.В. Карамышева, Н.Л. Подколодный, Н.Б. Рубцов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, No 2, Том 16, с. 348-358
Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
The Role of D1-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Synthesis in Drosophila Females with Increased Dopamine Level I. Yu. Rauschenbach, E. V. Bogomolova, E. K. Karpova, L. V. Shumnaya, and N. E. Gruntenko Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, v.446, pp.131-134
Развитие и прорастание семянок у ремонтантных сортов крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Сельскохозяйственная биология, 2012, №3
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges Lashin S.A., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2012, V.11. N. 3. P. 125-135.
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 16(2), стр. 339-347
Xenobiotical virology: novel mechanistic concept of hazardous human viruses upregulation by body burden level of dioxins via AhR-mediated transcriptional pathway. Tsyrlov, I., Shur, I., Oshchepkov, D., Pokrovsky, A. INT J INFECT DIS, 2012, V: 16 Sup.: 1 P: E115-E115
Morphogenesis of Drosophiola melanogaster macrochaetes: cell fate determination for bristle organ Furman D. P., Bukharina T. A. Journal of Stem Cells, 2012, V. 7, No. 1, P.19-41
Новые возможности системы MGSmodeller Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, № 4/1, октябрь 2012, с. 799-804
Анализ соответствия и комбинирование молекулярно-генетических и морфологических данных в зоологической систематике Ковалева В. Ю., Абрамов С. А., Дупал Т. А., Ефимов В. М., Литвинов Ю. Н. Известия РАН. Серия биологическая, 2012, № 4, с. 404-414
Бистабильность системы утилизации нитрита Escherichia coli: анализ математической модели. Ри Н. А., Хлебодарова Т. М., Когай В. В., Фадеев С. И., Лихошвай В. А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2012, Том XV, № 4(52), с.110-117
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин RUSS J GENET+, 2012, том 48, № 5, с. 573–589.
The Flatworm Macrostomum lignano Is a Powerful Model Organism for Ion Channel and Stem Cell Research Daniil Simanov, Imre Mellaart-Straver, Irina Sormacheva and Eugene Berezikov Stem Cells International, 2012, Volume 2012, Article ID 167265, doi:10.1155/2012/167265
Vertical Evolution and Horizontal Transfer of CR1 Non-LTR Retrotransposons and Tc1/mariner DNA Transposons in Lepidoptera Species. Sormacheva I, Smyshlyaev G, Mayorov V, Blinov A, Novikov A, Novikova O. MOL BIOL EVOL, 2012, V. 29(12), P.: 3685-3702. doi: 10.1093/molbev/mss181
Evolutionary history of LTR retrotransposon chromodomains in plants. Novikov A, Smyshlyaev G, Novikova O. International journal of plant genomics, 2012, 2012:874743. doi: 10.1155/2012/874743.
Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 830-837.
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор" Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 825-829.
Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
Реконструкция филогенетических взаимоотношений настоящих саранчевых (Orthoptera, Acrididae) на основе анализа нуклеотидных последовательностей митохондриального гена COI А.Г.Бугров, Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2012, 11(6): 493-502
2011
Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370
Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov Lecture Notes in Artificial Intelligence, 2011, 6581, 101-120
Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375
In silico prediction of transcriptional factor-binding sites. Oshchepkov DY, Levitsky VG Methods in Molecular Biology, 2011, 760:251-267
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
Влияние географических популяций сосны на элементный состав фитомассы и почв Тараканов В.В., Чанкина О.В., Куценогий К.П., Наумова Н.Б., Макарикова Р.П., Милютин Л.И., Роговцев Р.В., Ефимов В.М. Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования, 2011, № 11, с. 72–78
Наследуемые изменения фенотипа в динамике численности водяной полевки (Arvicola terrestris L.) в Северной Барабе Ковалева В.Ю., Ефимов В.М., Галактионов Ю.К. Назарова Г.Г. Сибирский экологический журнал, 2011, № 4. 587–592
Асимметричное деление клеток в морфогенезе макрохет Drosophila melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Онтогенез, 2011, Т.42. №2. С. 83-93.
Drosophila mechanoreceptors as a model for studying asymmetric cell division Furman D.P. Bukharina T.A. INT J DEV BIOL, 2011, V. 55(2). P. 133-141.
Asymmetric cell division in the morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetae Bukharina T. A. Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2011, Vol. 42, No. 2, pp. 63–72.
Перспективы создания противотуберкулезных вакцин нового поколения Татьков С.И., Дейнеко Е.В., Фурман Д.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, т. 15, №1. с. 114-129.
Prospects for Designing New Generation Anti-Tuberculosis Vaccines S.I. Tat’kov, E.V. Deineko, D.P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 290–301
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2011, т.47, №12, с. 1676–1685
Распределение мобильных элементов на политенных хромосомах до и после селекции по количественному признаку у Drosophila melanogaster Захаренко Л.П., Перепелкина М.П., Антоненко О.В., Выхристюк О.В., Ефимов В.М., Васильева Л.А. Cell and Tissue Biology, 2011, Т. 53. № 6. С. 517-527.
The Role of D2-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Metabolism in Drosophila Females in Normal State and at Increased Dopamine Level E. K. Karpova, N. E. Gruntenko, L. V. Shumnaya, I. V. Romanova, and I. Yu. Rauschenbach Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, Т. 439. №1. С.155-157.
Effects of the alpha- and gamma-polymorphs of glycine on the behavior of catalepsy prone rats Markel A.L., Achkasov A.F., Alekhina T.A., Prokudina O.I., Ryazanova M.A., Ukolova T.N., Efimov V.M., Boldyreva E.V., Boldyrev V.V. PHARMACOL BIOCHEM BE, 2011, V. 98. N. 2. P. 234-240
Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 2, с.327-339
Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov RUSS J GENET+, 2011, Vol. 47, No. 12, pp. 1487–1495.
Репродуктивные особенности и перспективы использования розовоцветкового декоративного гибрида Fragaria x Potentilla (сорт Frel) в селекции крупноплодной земляники Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15, № 4, С. 800-807.
Интродукция розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Научные ведомости БелГУ. Серия: Естественные науки, 2011, т. 104, № 9 вып. 15/2, C. 54-59
Эволюция и разнообразие L1-ретротранспозонов в геномах покрытосеменных растений. Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(3): 563-571
LTR- ретротранспозоны растений И. Д. Сормачева, А.Г. Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(2): 351-381
Ретротранспозиция NLR1Cth non-LTR ретротранспозона из Chironomus thummi в геном клеток китайского хомячка O. С. Новикова, E. В. Папушева, E. Г. Понимаскин, A. Г. Блинов RUSS J GENET+, 2011, 47(6): 774-782
Bumblebees (Bombidae) along pollution gradient – heavy metal accumulation, species diversity, and Nosema bombi infection level H. Szentgyorgyi, A. Blinov, N. Eremeeva, S. Luzyanin, I. M. Ggzes, M. Woyciechowski Pol. J. Ecol., 2011, 59(3): 599-610
2010
Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88
Молекулярная филогеография хромосомных рас саппорской кобылки Podisma sapporensis Shir Бугров А. Г., Новикова О. С., Блинов А. Г Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2010, 8 (3): 118-123
Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
Распространение и филогенетические взаимоотношения Tc1-Mariner ДНК транспозонов в отряде Lepidoptera И.Д.Сормачева, А.С.Новиков, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2010, 9(3): 430-432.
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
Diversity and evolution of LTR retrotransposons in the genome of Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Novikova O. RUSS J GENET+, 2010, 46:637-644
Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2010, 11(1):231
A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. BMC SYST BIOL, 2010, 4:98 2010
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, 2010, World Scientific Publ., Singapore, pp. 563-569
Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana 2. E.C. Новоселова, В.В. Миронова Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275, стр. 289-291
Molecular characterization of vernalization loci (Vrn1) in wild and cultivated wheats Golovnina K., Kondratenko E.Ya., Blinov A., Goncharov N.P. BMC PLANT BIOL, 2010, Vol.10. P. 168
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
Studying the mathematical models for the matrix synthesis of non-regular polymers of DNA, RNA and proteins Fadeev S.I., Likhoshvai V.A., Shtokalo D.N., Korolev V.K. Сибирские электронные математические известия, 2010, V.7, p. 467-475, http://semr.math.nsc.ru
О существовании и устойчивости циклов в пятимерных моделях генных сетей. В.П. Голубятников, И.В. Голубятников, В.А. Лихошвай. Сибирский журнал вычислительной математики, 2010, Т. 13, N 4, С. 403 – 412.
О применении метода отображения по параметру для численного исследования биологических моделей// Сибирские электронные математические известия(СЭМИ) (Siberian Electronic Mathematical Reports, http://semr.math.nsc.ru, 2010, Т.7, с. 394-412 Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирские электронные математические известия, 2010
On properties of solutions to equations of multistage substance synthesis. Demidenko G.V., Likhoshvai V.A., Melnik I.A. ANAL APPL, 2010
О некоторых нелинейных динамических системах, моделирующих несимметричные генные сети. Ю.А.Гайдов, В.П. Голубятников, В.А. Лихошвай Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010
The Digenea Parasite Opisthorchis felineus: a Target for the Discovery and Development of Novel Drugs Mordvinov V.A., Furman D.P. Infect Disord Drug Targets, 2010, V. 10. No. 5. P. 385-401
The role of the functional sites of the Merlin tumor suppressor in Drosophila spermatogenesis Iudina OS, Golovnina KA, Dorogova NV, Kopyl SA, Bolobolova EU, Dubatolova TD, Shilova IÉ, Omel'ianchuk LV, Blinov AG, Chang LSh. RUSS J GENET+, 2010, V. 46(10): 1214-1216.
Состояние и перспективы селекции розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т.14., № 1
Некоторые достижения в решении проблем семенной репродукции ремонтантных сортов крупноплодной земляники Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Материалы Международной научно-методической дистанционной конференции «Актуальные проблемы размножения ягодных культур и пути их решения», 2010
Матроклинное наследование при скрещиваниях Fragaria x Potentilla Батурин С.О., Амброс Е.В., Кузнецова Л.Л. Фактори експериментальноiй еволюцiп органiзмiв, 2010, т8, 303-306
2009
Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456
Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13. №1. с.84-90
Chromodomains and LTR retrotransposons in plants Novikova O. Commun Integr Biol, 2009, 2:158-162
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов BIOPHYSICS, 2009, Т.54, № 6, С.1066-1080
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
Многомерный анализ изменчивости морфологических, химических и хозяйственных признаков в роде (Amaranthus L.) В. М. Ефимов, Н. Б. Железнова, А. В. Железнов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 4. С.811-818
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
Мониторинг диплоидных видов пшеницы и проблемы аутентичности локальных коллекций Н.П. Гончаров, К.А. Головнина, А.С. Шатурова, Ф.А. Коновалов, О.Я. Ляпунова, Т.В. Лебедева, Б.В. Ригин. Тр. по прикл. ботанике, генетике и селекции, 2009, Т. 166, С.375-381
О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений Г. В. Демиденко, В. А. Лихошвай, А. В. Мудров Дифференциальные уравнения, 2009, том 45, № 1, с. 34–46
Опыт использования нуклеотидных последовательностей двух митохондриальных генов (COI, COII) для выяснения таксономического статуса и реконструкции филогенетических отношений шароголовых кузнечиков (Orthoptera, Ensifera, Tettigoniidae) А.Г. Бугров, О.С. Новикова, Е.С. Нетесова, А.В. Горохов, А.Г. Блинов. Евразиатский энтомологический журнал, 2009, 8(1): 1-8.
Применение неметрического многомерного шкалирования для мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С.102–108.
Происхождение, эволюция и распространение различных групп non-LTR ретротранспозонов среди эукариот О. Новикова, А. Блинов RUSS J GENET+, 2009, 45(2): 149-159
Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170
Филогения А геномов диких и возделываемых видов пшениц Головнина К.А., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, №11. C. 1540-1547.
Цитокины: биологические свойства и регуляция экспрессии гена интерлейкина-5 человека В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, стр. 53-67
Экспрессия гена dps Escherichia coli в присутствии токсических агентов: анализ и математическое моделирование Лихошвай В.А., Степанова Т.Ю., Задорожный А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №4, С.731-740.
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2009, 54(6):1066-80
Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2009, 11(1):231
Flying non-LTR retrotransposons: DNA transposons as freely available "wings"? Novikova O, Blinov A. RETROVIROLOGY, 2009, 6(Suppl 2): 62
Horizontal transfer of non-LTR retrotransposons O.S. Novikova, V. Fet, A.G.Blinov Информационный вестник ВОГИС, 2009, 13(1): 76-83
Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi Journal of Stem Cells, 2009, v4, issue 3, pp. 147-160
Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Novikova O., Fet V., Blinov A Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (1): 27-42
Phylogeny of A Genome of Wild and Cultivated Wheat Species K.A. Golovnina, E.Ja. Kondratenko, A.G. Blinov, and N.P. Goncharov RUSS J GENET+, 2009, Vol. 45, No. 11, pp. 1360–1367
Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
Study of a Mathematical Model for the Autoregulation of Hes7 Protein Synthesis. adeev S. I., Omel’yanchuk N. A., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2009
Taxonomy and molecular phylo-geny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E.Ja. BREEDING SCI, 2009, V. 59, N5. P.492-498.
The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. P. 231-234
Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, No. 11, pp. 1476–1492
Генетический контроль развития механорецепторов у Drosophila melanogaster - описание в базе данных "NEUROGENESIS" Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. С.186-193.
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7 Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140
Математическое моделирование морфогенеза растений Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Журнал вычислительной математики и математической физики, 2008, Т.11. №2., c.151-166
Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик, В.Ф. Пиндюрин, В.С. Елисеев, Б.Г. Гольденберг, М.А. Щеглов, Н.В. Тикунова, Т.М. Хлебодарова, Н.Б. Рубцов, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2008, Т 3 вып 9-10 , с 136-145
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А Сибирские электронные математические известия, 2008, N5, 25-41
Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Вычислительные технологии, 2008, №6, т 13, 91-101
dUTPase-содержащие Metaviridae LTR ретротранспозоны из генома Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Новикова ОС, Блинов АГ Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, Т. 420, С. 699-702
How Drosophila melanogaster Forms its Mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. CURR GENOMICS, 2008, №5, V. 9, pp. 312-323
Genetic сontrol of macrochaetae development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. RUSS J DEV BIOL+, 2008, 2008, Vol. 39, No. 4, pp. 195–206.
Novel clades of chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons from mosses (Bryophyta) Novikova O, Mayorov V, Smyshlyaev G, Fursov M, Adkison L, Pisarenko O, Blinov A PLANT J, 2008, V. 56, P. 562-574
Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7. Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2008
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А. Сибирские электронные математические известия, 2008
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
Генетический контроль развития макрохет у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Онтогенез, 2008, №4. Т.39. С.245-258
2007
Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин. Molecular Biology, 2007, Т. 41, № 5, с. 843–850
Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, Т. 38, №. 6, стр. 446–456, 2007
Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, 38 №6, 457-462
Correlation of codon biases and potential secondary structures with mRNA translation efficiancy in unicellular organisms Vladimirov NV, Likhoshvai VA, Matushkin YG Molecular Biology, 2007, v41(5),843-850
CR1 clade of non-LTR retrotransposons from Maculinea butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae): evidence for recent horizontal transmission Novikova O, Sliwinska E, Fet V, Settele J, Blinov A, Woyciechowski M BMC EVOL BIOL, 2007, V. 7, P. 93
A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
Generalized Hill function method for modeling molecular processes Vitaly Likhoshvai and Alexander Ratushny Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V5, N2(b), 521-531.
LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ ИЗ ГЕНОМОВ Aspergillus fumigatus И Aspergillus nidulans. О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 830-838
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
Molecular phylogeny of the genus Triticum L K. A. Golovnina, S. A. Glushkov, A. G. Blinov, V. I. Mayorov, L. R. Adkison and N. P. Goncharov PLANT SYST EVOL, 2007, V. 264, P. 195-216
Genetic Control of Bristle Pattern Formation in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Doklady Biological Sciences, 2007, Vol. 417, pp. 484–486
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes. S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai, D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai and D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007, vol.1, Number 2, pp. 178-189.
Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala) Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V. CELL BIOL INT, 2007, 31(2):97-108
А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, 02B, pp. 641-650
Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
Наследование розовой окраски венчика у полиплоидов земляники (Fragaria L.) Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Досягнення i проблеми генетики, селекцiп та бпотехнологiп, 2007
AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
Сравнительно-генетический анализ голозерной диплоидной пшеницы Triticum sinskajae и ее исходной формы T.monococcum Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Банникова С.В., Коновалов А.А., Головнина К.А. RUSS J GENET+, 2007, Т.43, №11,с.1491-1500
Генетический контроль формирования щетиночного рисунка у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Doklady Akademii Nauk, 2007, № 6, Т.417, С.844-846
ГОМОЛОГ-ЗАВИСИМАЯ ИНАКТИВАЦИЯ LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ В ГЕНОМАХ Aspergillus fumigatus И A. Nidulans О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 973-981
2006
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта:рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, N 2, стр.241-272
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова SIBERIAN MATH J+, 2006, 1б, 47, 58-68
Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, выпуск N7, т. 51
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, 51, N7.
Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
Divergent non-LTR retrotransposon lineages from the genomes of scorpions (Arachnida: Scorpiones) Glushkov S., Novikova O., Blinov A., Fet V. MOL GENET GENOMICS, 2006, V. 275. P. 288-296.
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94
Molecular phylogeny of Palaearctic genera of Gomphocerinae grasshoppers (Orthoptera, Acrididae) Bugrov A., Novikova O., Mayorov V., Adkison L., Blinov A. SYST ENTOMOL, 2006, V. 31. P. 362-368.
A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, №7, V. 51
Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
Synthtic species are donors to increase wheat biodiversityn N.P. Goncharov, E.Ja. Kondratenko, M.A. Khrabrova, A.A. Konovalov, L.I. Laikova, A.G. Blinov, K.A. Golovnina, S.A. Glushkov Агромеридиан., 2006, V. 3(4), P.86-91.
Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
2004
Возрастные особенности рецепции альдостерона в дистальных сегментах нефронов крыс и индукции экспрессии Na+, K+–АТФазы Логвиненко Н.С., Хлебодарова Т.М., Соленов Е.И., Иванова Л.Н. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2004, Т.90. №3. С.375-384.
SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12.
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
2003
How a protein knots: Folding simulation of lattice proteins Titov I.I., Palyanov A.Yu. BIOPHYSICS, 2003, 48 (Suppl. 1), 133
Эффект замены хромосомы 5A дополнительной хромосомой 5B у потомства сомаклональной линии обыкновенной пшеницы, моносомной по 5A Е. И. Гордеева, Бадаева Е. Д., Будашкина Е. Б., Н. А. Омельянчук Генетика, 2003, 39(12): 1656-63
Data Mining Techniques in Bioinformatics Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V. Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555
2002
Как клетки защищаются от стресса? Хлебодарова Т.М. Генетика, 2002, T.38. N.4. C.437-452.
How cells protect themselves against stress? Khlebodarova T.M. RUSS J GENET+, 2002, V.38. P.345-358
Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
2001
ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287
1998
Ген, контролирующий ответ системы деградации ЮГ у имаго Drosophila virilis на стрессирующее воздействие, сцеплен с хромосомой 6 Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Суханова М.Ж., Анкилова И.А., Шумная Л.В., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1998, Т.34, С.625-628
Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
