![]() |
![]() |
![]() |
Система учета научной деятельности (ASSA) |
![]() ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() |
Лаборатория молекулярно-генетических систем (т.13)Отдел системной биологииПодразделенияСектор системной биологии морфогенеза растений (т.41)Сектор компьютерного анализа и моделирования биологических систем (т.105) Cектор биоинформатики и информационных технологий в генетике (т.137)
Научные результаты Сотрудники О Подразделении 1. Основное направление исследований Теоретико-экспериментальное исследование фундаментальных механизмов функционирования и эволюции молекулярно-генетических систем:
2. Задачи, решаемые в рамках базового бюджетного проекта на данном этапе: Задачи, запланированные и решаемые в рамках блоков бюджетного проекта (VI.61.1.2.): (1) структурная компьютерная биология (исследование структурно-функциональной организации трех основных классов генетических макромолекул – ДНК, РНК и белков); Будет проведено выявление новых генов – мишеней ряда ТФ (FoxA) на основе анализа полногеномных данных полученных на основе технологий массового секвенирования (технология ChiP-Seq); выявление новых генов – мишеней ряда ТФ (таких как AuxRE, NFAT5) с помощью полногеномного поиска. Будет проведен анализ связи данных по экспрессии генов (на уровне транскрипции и трансляции) с нуклеосомной организацией промоторных районов генов; анализ связи организации регуляторных районов генов, экспрессирующихся в тканях головного мозга с нуклеосомной организацией промоторных районов генов; анализ и предсказание нуклеосомного потенциала гетерохроматиновых районов генома на примере тандемных повторов с различной длиной мономера. Будет проведен анализ организации регуляторных районов генов, экспрессирующихся в тканях головного мозга. Будет проведено выявление и анализ регуляторных районов генов, экспрессирующихся при воздействии ксенобиотиков. Будет проведено выявление конформационных и физико – химических особенностей ряда ССТФ: NFAT5, AuxRE, FoxA; выявление новых генов – мишеней ряда ТФ на основе анализа полногеномных данных полученных на основе технологий массового секвенирования (CHiP-Seq) (2) Системная компьютерная биология (исследование структурно-функциональной организации генных сетей и молекулярно-генетических систем); Основной целью данного направления является теоретическое и компьютерное изучение структурных и функциональных особенностей генных сетей и их компьютерных моделей. Будут проводиться исследования по математической биологии гена, теории генных сетей, теории моделирования биологических систем, а также исследования молекулярно-генетических процессов в прокариотах методами математического моделирования. В частности, будет осуществлено моделирование клеточного цикла прокариот, модель метаболизма глицерина в E.coli. Будет проводиться компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ с учётом пространственного распределения субстратов и организмов: развитие методики моделирования и программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор». Кроме того, будет проводиться компьютерное моделирование наследования и эволюции сложных количественных признаков диплоидных многоклеточных организмов с помощью программного комплекса «Диплоидный эволюционный конструктор». Будет разработана математическая модель первых этапов морфогенеза макрохет дрозофилы: расширение модели функционирования центрального регуляторного контура (ЦРК) с учетом влияния системы внутриклеточной деградации пронейральных белков; построение математической модели второго этапа морфогенеза макрохет дрозофилы, в ходе которого происходит выделение родительской клетки сенсорного органа из клеток пронейрального кластера. Будет проведена разработка методов анализа профилей экспрессии генов (микрочиповых данных), на основе алгоритмов PLS-анализа (projection of latent structure): разработка PLS-методов анализа конгруэнтности микрочиповых данных, полученных в различных экспериментах; разработка PLS-методов комбинирования микрочиповых данных, полученных в различных экспериментах, для более надежного отбора генов-кандидатов; разработка PLS-методов интерпретации списков генов-кандидатов через их аннотации. (3) Биология развития (экспериментальное исследование и моделирование процессов морфогенеза); Исследования экспрессии генов в развитии Arabidopsis thaliana проводятся с использованием разнообразных методов: ПЦР, in situ и блот гибридизацией, репортерными генами, полногеномными методами RNA-Seq, microarray. Исследования проводятся в диком типе, трансгенных растениях и мутантах, при различных условиях выращивания. Будет проведена формализация данных о биологии развития Arabidopsis thaliana в базах данных и математических моделях. Формализация и системный анализ этих данных позволяет выявить механизмы реализации генетической информации в развитии растения. Будут использоваться разработанные в ИЦиГ СО РАН базы данных, методы анализа данных, математические модели. Особое внимание будет уделено процессам развития корня – поддержания ниши стволовых клеток в меристеме корня, развитию сосудистой системы, инициации боковых корней. Будет проведено исследование особенностей молекулярно-генетических механизмов клеточного ответа на фитогормон ауксин. Первичным ответом клетки на обработку ауксином является освобождение транскрипционных факторов ARF семейства от их белков-супрессоров и связывание ARF белков с регуляторными районами в промоторах генов мишеней,содержащими сайты (AuxRE), которые представляют собой последовательность TGTCnC. Проведенное нами ранее полногеномное распознавание последовательности TGTCnC в промоторах генов арабидопсиса показало, что 95% генов арабидопсиса потенциально могут быть мишенями ARF в первичном ответе на ауксин, что не подтверждается экспериментальными данными. С другой стороны, показано, что в ауксин-чувствительных генах сайты AuxRe кластеризуются и в пределах одного протяженного ауксин-чувствительного района располагается несколько сайтов с различной степенью вырожденности AuxRE последовательности. Механизмы активации и ингибирования ауксином экспрессии генов с множественными AuxRe сайтами неизвестны. Будет проведено исследование особенностей молекулярно-генетических механизмов действия ауксина на экспрессию генов методами in silico. (4) Молекулярная эволюция (компьютерный анализ и моделирование эволюция генных сетей и их молекулярных компонент); В рамках этого направления будут решаться задачи выявления взаимосвязи структуры генных сетей и функции их компонент с особенностями молекулярной эволюции геномных последовательностей. Будет проведено детальное исследование одной группы растительных мобильных элементов - суперсемейства L1 non-LTR ретротранспозонов. Данное суперсемейство является основной группой мобильных элементов растений. В настоящее время известно три семейства элементов (Ta1, BNR и Cin), входящих в эту группу, что далеко не полно описывает разнообразие данной группы элементов в геномах растений. Будет проведен комплексный анализ эволюции non-LTR ретротранспозонов растений, включающий в себя как биоинформатический поиск элементов в прочитанных геномах, так и экспериментальные подходы для выявления мобильных элементов в геномах растений. В первую очередь будут исследованы несеменные растения, для которых информация о non-LTR ретротранспозонах суперсемейства L1 практически полностью отсутствует.
При наличии прикладных результатов (что желательно) должен быть введен еще один раздел «Прикладные разработки».
4. Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет. Общий объем текста на одну лабораторию (сектор) – не более 4000 знаков с пробелами, количество иллюстраций с подписями: от одной до – пяти. Рекомендуется, чтобы общий объем текста с иллюстрациями не занимал более 5 страниц в формате Word (для текста шрифт Nimes New Roman, фонт № 12, через 1 интервал). Создана математическая модель распределения ауксина вдоль корня и регуляции положения стволовых клеток в его кончике (Рис. 1). В модели, описываемой системой обыкновенных дифференциальных уравнений, учитываются (А) активный транспорт ауксина, его диффузия, деградация и поступления ауксина из побега; (Б) отрицательная и положительная обратные связи от ауксина на скорость его активного транспорта через белок PIN1. Согласно результатам моделирования (В), максимум концентрации ауксина совпадает с положением стволовых клеток в кончике корня и сохраняет свое положение при делении и росте клеток, что согласуется с экспериментальными данными (Г). Кроме того, наблюдалось стационарное увеличение концентрации ауксина в центральной части корня и у его основания (Г), что соответствует зонам формирования боковых и придаточных корней. Таким образом, модель объясняет механизмы формирования двух основных типов корневой системы растений: стержневой или мочковатой (Д), что имеет большое значение для планирования генноинженерных экспериментов по созданию новых форм растений с заданными морфотипами. Рисунок 1. Моделирование распределения ауксина в корне растения. А. Типы клеток, расположенные вдоль центральной оси x корня и процессы, влияющие на распределение ауксина. Б. Генетическая регуляция ауксином экспрессии PIN1 гена, кодирующего белок – транспортер ауксина. В. Экспериментальные данные о распределении ауксина в кончике корня растений (Sabatini et al., 1999). Г. Соответствие результатов моделирования (черная кривая) экспериментально наблюдаемому распределению ауксина в кончике корня (красная кривая). Д. Разные типы корневых систем растений: стрежневая и мочковатая.
Разработаны теоретические подходы для оценки сложности механизмов регуляции экспрессии геносенсоров в стрессовых условиях и построены математические модели их функционирования (рис. 2). С использованием биоинформационных подходов и результатов математического моделирования проведена реконструкция механизмов регуляции экспрессии геносенсоров на основе промотора гена dps E.coli в присутствии кадмия. Проведена экспериментальная верификация реконструированных механизмов. Рисунок 2. Динамика экспрессии геносенсора на основе промотора гена dps в присутствии ионов кадмия: (а) точки – уровень флюоресценции, измеренный в эксперименте при различных концентрациях Cd2+ (1 - 0, 2 - 0.031, 3 - 0.062, 4 - 0.125, 5 - 0.25, 6 - 0.5, 7 - 1, 8 - 2 mM), кривые – уровень флуоресценции, рассчитанный по модели; (б) точки и кривые - относительная активность промотора dps, рассчитанная по модели; (в) точки и кривые - теоретически рассчитанный метаболический статус клетки в зависимости от времени воздействия токсического агента. Ген SUMO-1 участвует в развитии болезни Хантингтона. Болезнь Хантингтона - тяжелое нейродегенеративное заболевание - с большой вероятностью ассоциируется с наличием более 35 повторов кодона CAG (глютаминовая аминокислота) в гене хантингтина (HTT). Известна гипотеза об участии в развитии болезни еще одного гена – SUMO-1. Для ранней диагностики заболевания используются гены-маркеры (гены, имеющие значимую дифференциальную экспрессию в различных группах объектов исследования). Для болезни Хантингтона были установлены 12 генов-маркеров. С применением нового метода анализа гетерогенных описаний одного и того же множества объектов к исследованию профилей экспрессии генов показано достоверное разбиение анализируемой выборки профилей на 4 непересекающихся группы, что соответствует проявлению именно 2-х генетических факторов и однозначно подтверждает гипотезу о влиянии не только гена HTT, но и гена SUMO-1 (рис. 3). Выявлены все 12 ранее известных генов-маркеров этого влияния. Кроме того, впервые выявлен ген-маркер влияния SUMO-1, дифференциальная экспрессия которого оказалась максимальной на каждом из исследованных массивов данных. Ранее этот ген с болезнью Хантингтона не связывали. Совместное использование генов, маркирующих влияние HTT и SUMO-1, позволяет более надежно диагностировать ранние стадии болезни Хантингтона. Рисунок 3. Расположение на плоскости неметрического шкалирования образцов периферической крови, полученных от: пациентов, страдающих болезнью Хантингтона (больные), предрасположенных (с числом повторов более 35, но без клинического проявления болезни) и здоровых (контроля). Ось абсцисс – влияние мутации (более 35 повторов) в гене HTT, ось ординат – гипотетическое влияние гена SUMO-1. Впервые выделена группа субнормальных, отличающихся по экспрессии генов как от здоровых, так и предрасположенных. Серые точки по краям рисунка – экспрессия генов. Выделены гены-маркеры. - впервые выявленный ген-маркер влияния SUMO-1.
Роль горизонтального переноса в распространении и эволюции транспозонов суперсемейства Тс1\mariner в различных отрядах насекомых. Проведен поиск и анализ элементов суперсемейства Тс1\mariner в отряде Чешуекрылых (Lepidoptera). Биоинформатический поиск и анализ ДНК транспозонов в прочитанном геноме Bombix mori показал присутствие в геноме всех 6-ти элементов Тс1\mariner (семейства mariner, ludens, и mori), описанных ранее для B. mori и выявил новый элемент BmmarY с числом копий порядка 100 коп./геном. Филогенетический анализ последовательностей позволил отнести элемент BmmarY к подсемейству vertumana семейства mariner. По результатам биоинформатического поиска и анализа в геноме B. mori представлены элементы Тс1\mariner из 2х семейств (mariner и mori) и 4 подсемейств (mori, cecropia, mellifera, vertumana). Экспериментальный поиск элементов в геномах различных видов отряда Lepidoptera с помощью ПЦР аплификации и клонирования позволил получить и проанализировать последовательности ДНК элементов Тс1\mariner. Всего было получено более 200 последовательностей. Для выявления основных эволюционных групп элементов Тс1\mariner чешуекрылых проводился филогенетический анализ с использованием всех элементов, обнаруженных с помощью экспериментальных и биоинформатических подходов, а также ранее описанных элементов. Было построено филогенетическое древо, на котором четко выявляются пять основные филогенетических групп элементов Тс1\mariner чешуекрылых насекомых: cecropia, mellifera, mauritiana, vertumana и mori. Семейства cecropia и mellifera оказались наиболее распространенными – элементы данных групп были обнаружены почти во всех исследованных видах отряда Lepidoptera. Элементы из групп mori и vertumana были представлены в основном в геномах представителей родов родами Maculinea и Bombyx. Сравнительный анализ последовательностей показал, что эволюция элементов подсемейств cecropia, mellifera и mauritiana в геномах представителей отряда Lepidoptera происходила путем вертикального наследования. Анализ также позволил выявить горизонтальный перенос элементов BmmarY (vertumana) и Bmmar1 (mori) между родами Maculinea и Bombyx отряда Lepidoptera. Ограниченное распространение данных элементов среди чешуекрылых и высокое сходство последовательностей данных элементов из геномов Maculinea и Bombyx позволило подтвердить факт горизонтального переноса. Таким образом, было показано, что из 18 описанных семейств Тс1\mariner элементов, в геномах Lepidoptera представлены 5 групп: cecropia, mellifera, mauritiana, vertumana, и mori. Эволюция элементов семейств cecropia, mellifera и mauritiana в геномах Lepidoptera происходила путем вертикального наследования. Элементы BmmarY (vertumana) и Bmmar1 (mori) были перенесены горизонтально между видами родов Maculinea и Bombyx. Рисунок 4. Филогенетические взаимоотношения элементов Тс1\mariner из геномов представителей отряда Lepidoptera. (А) Филогенетическое дерево основных групп Тс1\mariner элементов представленных в отряде Lepidoptera. (Б) Детальное филогенетическое дерево элементов группы mori из геномов Maculinea и Bombyx. (В) Детальное филогенетическое дерево элементов группы vertumana из геномов Lepidoptera, включающее элементы из родов Maculinea и Bombyx.
Эволюционно обусловленная корреляция эффективности инициации транскрипции и элонгации трансляции для S. cerevisiae и S. pombe Целью данного исследования являлось нахождение корреляции нуклеосомного потенциала в 5’– нетранслируемых областях генов дрожжей со значением индекса эффективности элонгации (ИЭЭ) трансляции мРНК, кодируемых этими генами. Для характеристики расположения нуклеосом использовалась программа RECON, которая вычисляет силу нуклеосомного потенциала (ФНП) ДНК. Проверяемая гипотеза: для эффективной экспрессии генов необходимы согласованно оптимизированные процессы трансляции и транскрипции. Мы нашли такую корреляцию между ФНП в 5’ НТР окрестности AUG кодона со значением ИЭЭ соответствующих генов.Анализ проводился для 5649 генов S.cerevisiae и 4546 генов S.pombe, а также для 15% генов этих выборок с максимальным и минимальным значениями ИЭЭ. Было показано, что у S. cerevisiae в ходе эволюции шел отбор на затруднение инициации транскрипции у мРНК с низкой скоростью элонгации, а у S. pombe шел отбор на облегчение инициации транскрипции у матриц с высокой скоростью элонгации
5. Задачи, планируемые на перспективу: формулировки должны содержать как фундаментальные научные задачи, так и возможную прикладную направленность исследований в подразделении:
Азарова Дарья Сергеевна [младший научный сотрудник] Багаутдинова Зульфира Зиннуровна [младший научный сотрудник] Богомолов Антон Геннадьевич [научный сотрудник] Бухарина Татьяна Анатольевна [младший научный сотрудник] Губин Юрий Владимирович [старший лаборант] Долгих Владислав Андреевич [младший научный сотрудник] Землянская Елена Васильевна [ведущий научный сотрудник] Иванов Роман Артемович [младший научный сотрудник] Казанцев Федор Владимирович [старший научный сотрудник] Каретников Дмитрий [младший научный сотрудник] Клименко Александра Игоревна [научный сотрудник] Кожекин Михаил Викторович [младший научный сотрудник] Лавреха Виктория Вадимовна [научный сотрудник] Лахова Татьяна Николаевна [младший научный сотрудник] Лашин Сергей Александрович [ведущий научный сотрудник] Макарова Валентина Александровна [старший лаборант] Маслакова Ангелина Александровна [младший научный сотрудник] Мухин Алексей Максимович [младший научный сотрудник] Омельянчук Надежда Анатольевна [старший научный сотрудник] Осипова Ольга Николаевна [старший лаборант] Пронозин Артем Юрьевич [младший научный сотрудник] Радица Владимир Вячеславович [младший научный сотрудник] Рыбаков Максим Александрович [младший научный сотрудник] Сидоренко Александра Дмитриевна [инженер] Титов Игорь Иванович [старший научный сотрудник] Фурман Дагмара Павловна [ведущий научный сотрудник] Хлебодарова Тамара Михайловна [ведущий научный сотрудник] Бывшие сотрудникиАюшеева Туяна АлександровнаВибе Даниил Станиславович Головнина Ксения Александровна Дорохова Александра Николаевна Золотарёва Карина Алексеевна Каверина Галина Борисовна Коврижных Василина Владимировна Колодкин Алексей Николаевич Кузнецова Любовь Леонидовна Кузьмичев Александр Валерьевич Лихошвай Виталий Александрович Лукинов Виталий Леонидович Миронова Виктория Владимировна Мустафин Захар Сергеевич Новикова Дарья Дмитриевна Новикова Ольга Сергеевна Попик Ольга Васильевна Приходько Алексей Юрьевич Савина Мария Сергеевна Сизенцова Яна Геннадьевна Смышляев Георгий Андреевич Соколов Владимир Сергеевич Тарханова Олеся Юрьевна Убогоева Елена Вячеславовна Шахов Владимир Владимирович Шишленин Максим Александрович СовместителиАкбердин Илья Ринатович [научный сотрудник]Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода: 96 97 98 99 00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты
|
2025 | Plant Detection in RGB Images from Unmanned Aerial Vehicles Using Segmentation by Deep Learning and an Impact of Model Accuracy on Downstream Analysis Mikhail V. Kozhekin, Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Zakhar A. Zavyalov, Dmitry A. Afonnikov J Imaging, 2025 ![]() |
Asymmetry of motif conservation within their homotypic pairs distinguishes DNA-binding domains of target transcription factors in ChIP-Seq data Victor G. Levitsky, Vladimir V. Raditsa, Anton V. Tsukanov, Aleksey M. Mukhin, Igor F. Zhimulev, Tatyana I. Merkulova INT J MOL SCI, 2025, 26(1), 386 ![]() |
|
РОЛЬ ДЛИННЫХ НЕКОДИРУЮЩИХ РНК В РАСТЕНИЯХ Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Генетика, 2025, No 1, том 61, с. 3–23 ![]() |
|
Genetic Diversity and Population Structure of Prunus persica Cultivars Revealed by Genotyping-bySequencing (GBS) Ekaterina Vodiasova, Artem Pronozin, Irina Rozanova, Valentina Tsiupka, Gennady V. Vasiliev, Yuri Plugatar, Sergey Dolgov, Anatoly Smykov Horticulturae, 2025, Horticulturae 2025, 11, 189 ![]() |
|
Wolbachia does not give an advantage to the ectoparasitoid Habrobracon hebetor (Say, 1836) when it develops on an infected host Kryukova, N. A., Polenogova, O. V., Rotskaya, U. N., Zolotareva, K. A., & Chertkova, E. A. B ENTOMOL RES, 2025 ![]() |
|
Mutational analysis supports three-hairpin model of attenuator for transcription regulation of ilvBNC operon in Corynebacterium glutamicum. Ryabchenko L.E., Titov I.I., Leonova T.E., Kalinina T.I., Gerasimova T.V., Sheremeteva M.E., Kolchanov N.A., Khlebodarova T.M., Yanenko A.S. Microorganisms, 2025, 13(2), 291 ![]() |
|
База знаний MiceDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам мыши как модельного объекта биомедицинских исследований. Подколодная О.А., Чадаева И.В., Филонов С.В., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Твердохлеб Н.Н., Золотарева К.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Ощепков Д.Ю., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2025, 1, 29, 153-161 ![]() |
|
CropGene: программный комплекс анализа геномных
и транскриптомных данных сельскохозяйственных растений Пронозин Артем Юрьевич, Каретников Дмитрий, Шмаков Николай Александрович, Бочарникова Мария Евгеньевна, Афонникова Светлана Дмитриевна, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2025, 2025;29(2):268-278 ![]() |
|
2024 | Кандидатные SNP-маркеры изменения экспрессии гена SCN9A человека в качестве интегратора генерации, чувства, ответа на боль и анестезии Доценко П.А., Золотарева К.А., Иванов Р.А., Чадаева И.В., Подколодный Н.Л., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Лашин С.А., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 8, 28, 808-821 ![]() |
База данных о генах и белках, ассоциированных с нарушениями метаболизма глюкозы (GlucoGenes®): описание и возможности применения в биоинформатических исследованиях Климонтов В.В., Шишин К.С., Иванов Р.А., Пономаренко М.П., Золотарева К.А., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 8, 28, 1008-1017 ![]() |
|
Поиск и функциональная аннотация многодоменных белков семейства ФА2 у плоских червей М.Е. Бочарникова, И.И. Турнаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, т. 28, № 8, с. 854-863 ![]() |
|
Biocontrol Potential of the New Codling Moth Granulovirus (CpGV) Strains Aleksandra A. Tsygichko, Anzhela M. Asaturova, Tatiana N. Lakhova, Alexandra I. Klimenko, Sergey A. Lashin and Gennady V. Vasiliev Microorganisms, 2024 ![]() |
|
Biochemical, Genetic, and Grain Digital Evaluation of Soft Winter Wheat Varieties with Different Germination Index. A.V. Fedyaeva, S.D. Afonnikova, D.A. Afonnikov, O.G. Smirnova, V.N. Deeva, A.I. Pryanishnikov, E.A. Salina RUSS J PLANT PHYSL+, 2024, Volume 71, article number 56 ![]() |
|
Identification of novel loci precisely modulating pre-harvest sprouting resistance and red color components of the seed coat in T. aestivum L. Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Komyshev E.G., Koval V.S., Afonnikov D.A., Salina E.A. Plants, 2024, т. 13, № 10, с. 1309 ![]() |
|
Age Prediction Using DNA Methylation Heterogeneity Metrics Dmitry I. Karetnikov, Stanislav E. Romanov, Vladimir P. Baklaushev, Petr P. Laktionov INT J MOL SCI, 2024, 25(9):4967 ![]() |
|
AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607 ![]() |
|
Komagataella phaffii as a Platform for Heterologous Expression of Enzymes Used for Industry Khlebodarova TM, Bogacheva NV, ZadorozhnyAV, Bryanskaya AV, Vasilieva AR, Chesnokov DO, Pavlova EI, Peltek SE. Microorganisms, 2024, 12(2), 346 ![]() |
|
Analysis of the effects of the Vrn-1 and Ppd-1 alleles on adaptive and agronomic traits in common wheat (Triticum aestivum L.) Plotnikov K.O., Klimenko A.I., Ovchinnikova E.S., Lashin S.A., Goncharov N.P. Plants, 2024, Vol. 13(11). P. 1453 ![]() |
|
Genetic Mechanisms Regulating Root Cap Cell Renewal
in Arabidopsis thaliana L. V. A. Cherenko, N. A. Omelyanchuk, E. V. Zemlyanskaya RUSS J PLANT PHYSL+, 2024, Vol. 71:51 ![]() |
|
Assembly and Genome Annotation of Different Strains of Apple Fruit Moth Virus (Cydia pomonella granulovirus) Tatiana N. Lakhova, Aleksandra A. Tsygichko, Alexandra I. Klimenko, Vladimir Y. Ismailov, Gennady V. Vasiliev, Anzhela M. Asaturova, Sergey A. Lashin INT J MOL SCI, 2024 ![]() |
|
Computational Reconstruction of the Transcription Factor Regulatory Network Induced by Auxin in Arabidopsis thaliana L. Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Богомолов Антон Геннадьевич, Долгих Владислав Андреевич, Сидоренко Александра Дмитриевна, Землянская Елена Васильевна Plants, 2024, 13(14), 1905 ![]() |
|
Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data Vladimir V. Raditsa, Anton V. Tsukanov, Anton G. Bogomolov, Victor G. Levitsky NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6(3), lqae090 ![]() |
|
New Cydia pomonella granulovirus strain with high entomopathogenic activity Aleksandra A. Tsygichko, Anzhela M. Asaturova, Gennady V. Vasiliev, Alexandra I. Klimenko, Sergey A. Lashin, Tatiana N. Lakhova Microbiol Resour Announc, 2024 ![]() |
|
The Transcriptomic Response of Cells of the Thermophilic Bacterium Geobacillus icigianus to Terahertz Irradiation Sergey Peltek, Svetlana Bannikova,Tamara M. Khlebodarova, Yulia Uvarova, Aleksey M. Mukhin, Gennady Vasiliev, Mikhail Scheglov, Aleksandra Shipova, Asya Vasilieva, Dmitry Oshchepkov, Alla Bryanskaya, Vasily Popik INT J MOL SCI, 2024 ![]() |
|
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of the TATA-binding protein for the promoters of human genes associated with primary open-angle glaucoma Zolotareva K, Dotsenko P, Podkolodnyy N, Ivanov R, Makarova A-L, Chadaeva I, Bogomolov A, Demenkov P, Ivanisenko V, Oshchepkov D, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 23, 25, 12802 ![]() |
|
Вычислительный конвейер по распознаванию сайтов связывания транскрипционных факторов в бактериальных геномах de novo Мухин А. М., Ощепков Д. Ю., Лашин С. А. Проблемы информатики, 2024 ![]() |
|
Цифровая платформа «Микробиотех»: архитектура и назначение. Деменков П. С., Мухин А. М., Иванисенко В. А., Лашин С. А., Колчанов Н. А. Проблемы информатики, 2024 ![]() |
|
Программный модуль для исследования регуляции метаболических путей бактерии методами математического моделирования Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, Т.М. Хлебодарова, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин Проблемы информатики, 2024, №4 (65) ![]() |
|
DynMicrobiotech: программный модуль для автоматической реконструкции фреймовых динамических моделей генных сетей микроорганизмов С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Т.Н. Лахова, Ю.Г. Матушкин Проблемы информатики, 2024, №4 (65) ![]() |
|
Программный модуль для оценки
метаболического потенциала мутантных штаммов
бактерии Corynebacterium glutamicum Ф.В. Казанцев, М.Ф. Трофимова, Т.М. Хлебодарова, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 2024;28(8):897-903 ![]() |
|
Orthoweb: программный комплекс
для эволюционного анализа генных сетей Р.А. Иванов, А.М. Мухин, Ф.В. Казанцев, З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 2024;28(8):874-881 ![]() |
|
PlantReg: реконструкция связей между регуляторными сетями транскрипционных факторов и контролируемыми ими признаками Лавреха Виктория Вадимовна Омельянчук Надежда Анатольевна Богомолов Антон Геннадьевич Землянская Елена Васильевна Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, №28 (8), с. 950-959 ![]() |
|
Методы реконструкции генных регуляторных сетей на основе транскриптомных данных отдельных клеток. Вавиловский журнал генетики и селекции Рыбаков М.А., Омельянчук Н.А., Землянская Е.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 28(8):974-981 ![]() |
|
Пограничные клетки корневого чехлика как регулятор ризосферной микробиоты Омельянчук Н.А., Черенко В.А., Землянская Е.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 28(8):918-926 ![]() |
|
Primary multistep phosphorelay activation comprises both cytokinin and abiotic stress responses: Insights from comparative analysis of Brassica type-A response regulators Mala K.L.N., Skalak J., Zemlyanskaya E., Dolgikh V., Jedlickova V., Robert H.S., Havlicková L., Panzarova K., Trtilek M., Bancroft I., Hejatko J. J EXP BOT, 2024, 75(20):6346-6368 ![]() |
|
Cytokinins regulate spatially specific ethylene production to control root growth in Arabidopsis Yamoune A., Zdarska M., Depaepe T., Rudolfova A., Skalak J., Berendzen K.W., Mira-Rodado V., Fitz M., Pekarova B., Nicolas Mala K.L., Tarr P., Spackova E., Tomovicova L., Parizkova B., Franczyk A., Kovacova I., Dolgikh V., Zemlyanskaya E., Pernisova M., Novak O., Meyerowitz E., Harter K., Van Der Straeten D., Hejatko J. Plant Communications, 2024, 5(11):101013 ![]() |
|
ВЛИЯНИЕ WOLBACHIA НА МОРФОЛОГИЮ И РЯД АСПЕКТОВ ИММУНИТЕТА ХОЗЯИНА HABROBRACON HEBETOR (SAY) Е.А. Черткова, А.А. Алексеев, А.П. Лобанова, К.А. Золотарева, Н.А. Крюкова BIOL BULL+(RUS), 2024 ![]() |
|
Системная метаболическая инженерия Corynebacterium glutamicum для продукции валина. Шереметьева М.Е., Хлебодарова Т.М., Дербиков Д.Д., Розанцева В.В., Колчанов Н.А., Яненко А.С. Биотехнология, 2024, т. 40, №3, 3-23. ![]() |
|
Metabolic Engineering of Corynebacterium glutamicum to Create a Producer of L-Valine. Sheremetieva M.E., Khlebodarova T.M., Derbikov D.D., Rozantseva V.V., Kolchanov N.A., Yanenko A.S. APPL BIOCHEM MICRO+, 2024, 60 (9), 1603–1622 ![]() |
|
МЕТОД ПРЕДСКАЗАНИЯ КОЛИЧЕСТВА БЕЛКА В КЛЕТКАХ ДРОЖЖЕЙ НА ОСНОВЕ ИХ ГЕНОМНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ Вензель Артур Сергеевич, Клименко Александра Игоревна, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Лашин Сергей Александрович, Иванисенко Владимир Александрович Проблемы информатики, 2024 ![]() |
|
A Principal Components Analysis and Functional Annotation of Differentially Expressed Genes in Brain Regions of Gray Rats Selected for Tame or Aggressive Behavior. Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Bogomolov A., Kondratyuk E., Oshchepkov D., Orlov Y.L., Markel A.L. INT J MOL SCI, 2024, International Journal of Molecular Sciences. 2024; 25(9):4613. https://doi.org/10.3390/ijms25094613 ![]() |
|
Особенности распределения цианобактериально-водорослевой флоры в пределах горной катены Пивоварова Ж.Ф., Багаутдинова З.З., Благодатнов А.Г. Известия высших учебных заведений. Поволжский регион. Естественные науки, 2024, №2 стр.48-60 ![]() |
|
Computer analysis shows differences between mitochondrial miRNAs and other miRNAs P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 28(8):834842 ![]() |
|
2023 | Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato
Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Gennady V. Vasiliev, Stepan V. Toshchakov, Nikolay A. Shmakov, Mikhail A. Genaev, Mikhail A. Nesterov, Salmaz M. Ibragimova, Daniil A. Rybakov, Tatjana A. Gavrilenko, Elena A. Salina, Maxim V. Patrushev, Alex V. Kochetov and Dmitry A. Afonnikov INT J MOL SCI, 2023, v. 24, p. 5713 ![]() |
Trait-Based Method of Quantitative Assessment of Ecological Functional Groups in the Human Intestinal Microbiome Andrew I. Kropochev, Sergey A. Lashin, Yury G. Matushkin, Alexandra I. Klimenko Biology, 2023, Т. 12. № 1. С. 115. ![]() |
|
Antitumor efficacy of multi-target in situ vaccinations with CpG oligodeoxynucleotides, anti-OX40, anti-PD1 antibodies, and aptamers Proskurina AS, Ruzanova VS, Ritter GS, Efremov YR, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Fokina AA, Zatsepin TS, Stetsenko DA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS J Biomed Res, 2023 ![]() |
|
The context signals
of mitochondrial miRNAs (mitomiRs) of mammals O.V. Vishnevsky, P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):819-825 ![]() |
|
Small world of the miRNA science
drives its publication dynamics A.B. Firsov, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):826-829 ![]() |
|
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996 ![]() |
|
Impact of Negative Feedbacks on De Novo Pyrimidines Biosynthesis in Escherichia coli. Akberdin I.R., Kozlov K.N., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. INT J MOL SCI, 2023, 24(5), 4806 ![]() |
|
WAX INDUCER 1 Regulates β-Diketone Biosynthesis by Mediating Expression of the Cer-cqu Gene Cluster in Barley Gerasimova, S.V.; Kolosovskaya, E.V.; Vikhorev, A.V.; Korotkova, A.M.; Hertig, C.W.; Genaev, M.A.; Domrachev, D.V.; Morozov, S.V.; Chernyak, E.I.; Shmakov, N.A.; Vasiliev, G.V.; Kochetov, A.V.; Kumlehn, J.; Khlestkina, E.K. INT J MOL SCI, 2023, 24, no. 7: 6762 ![]() |
|
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010 ![]() |
|
Первичная и вторичная микро-РНК модуляция внешнего пути апоптоза при гепатоцеллюлярной карциноме Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Антропова Е.А., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Молекулярная биология, 2023, 57(2):166–177 ![]() |
|
Развитие идеи Н.К. Кольцова о генетической организации междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster И. Ф. Жимулев, Т. Ю. Ватолина, В. Г. Левицкий, Т. Д. Колесникова, А. В. Цуканов Онтогенез, 2023, том 54, № 2, с. 172–175 ![]() |
|
ICAnnoLncRNA: A Snakemake Pipeline for a Long Non-Coding-RNA Search and Annotation in Transcriptomic Sequences Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Genes, 2023, 14(7), 1331 ![]() |
|
База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806. ![]() |
|
Central Regulatory Circuit of the Drosophila Mechanoreceptor Morphogenesis System: Effects of Mutations D. P. Furman, T. A. Bukharina, and V. P. Golubyatnikov Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2023, Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2023, Vol. 17, No. 3, pp. 535–543. ![]() |
|
ЦЕНТРАЛЬНЫЙ РЕГУЛЯТОРНЫЙ КОНТУР СИСТЕМЫ
МОРФОГЕНЕЗА МЕХАНОРЕЦЕПТОРОВ ДРОЗОФИЛЫ: ЭФФЕКТЫ
МУТАЦИЙ Д. П. Фурман, Т. А. Бухарина, В. П. Голубятников Сибирский журнал индустриальной математики, 2023, CИБИРСКИЙ ЖУРНАЛ ИНДУСТРИАЛЬНОЙ МАТЕМАТИКИ. 2023. Т. 26, № 3. C. 142–153 ![]() |
|
Центральный регуляторный контур генной сети морфогенеза механорецепторов дрозофилы: анализ in silico Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Фурман Д.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2023;27(7): 746-754. DOI 10.18699/VJGB-23-87 ![]() |
|
Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R. Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V. Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko J INTEGR BIOINFORM, 2023 ![]() |
|
DyCeModel: a tool for 1D simulation
for distribution of plant hormones controlling tissue patterning Азарова Дарья Сергеевна, Омельянчук Надежда Анатольевна, Миронова Виктория Владимировна, Землянская Елена Васильевна, Лавреха Виктория Вадимовна Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):890-897 ![]() |
|
Приоритизация потенциальных фармакологических мишеней для создания лекарств против гепатокарциномы, модулирующих внешний путь апоптоза, на основе реконструкции и анализа ассоциативных генных сетей П. С. Деменков, Е. А. Антропова, А. В. Адамовская, Е. Л. Мищенко, Т. М. Хлебодарова, Т. В. Иванисенко, Н. В. Иванисенко, А. С. Вензель, И. Н. Лаврик, В. А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2023 ![]() |
|
Лабораторные информационные системы для управления исследовательскими работами в биологии А.М. Мухин, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023 ![]() |
|
Развитие сибирской школы
математической (системной) биологии Н.А. Колчанов, С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Ю.Г. Матушкин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, 2023;9(4):185-191. DOI 10.18699/LettersVJ-2023-9-21 ![]() |
|
GBS-DP: биоинформатический конвейер для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования А.Ю. Пронозин, Е.А. Салина, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):737-745 ![]() |
|
State-of the-art in constraint-based modeling of microbial metabolism: from basics to context-specific models with a focus on methanotrophs Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R Microorganisms, 2023, 11(12) 2987 ![]() |
|
Primary and Secondary micro-RNA Modulation the Extrinsic Pathway of Apoptosis in Hepatocellular Carcinoma Khlebodarova TM, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Lavrik IN, Ivanisenko VA. Molecular Biology, 2023, 57(2):165-175 ![]() |
|
Prioritization of potential pharmacological targets for thedevelopment of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction andanalysis of associative gene networks help. Demenkov P.S., Antropova E.A., Adamovskaya A.V., Mishchenko E.L., Khlebodarova T.M., Ivanisenko T.V., Ivanisenko N.V., Venzel A.S., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):784-793 ![]() |
|
InterTransViewer: сравнительное описание профилей дифференциальной экспрессии генов из разных экспериментов А.В. Тяпкин, В.В. Лавреха, Е.В. Убогоева, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, Том 27, № 8, с. 1042-1052 ![]() |
|
Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838 ![]() |
|
Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838 ![]() |
|
Внутриопухолевая гетерогенность: модели возникновения и эволюции злокачественных опухолей Р.А.Иванов С.А.Лашин Vavilov journal of genetics and breeding, 2023 ![]() |
|
Молекулярные механизмы оптимизации элонгации трансляции существенно различаются у бактерий, имеющих и не имеющих кластеры генов биосинтеза нерибосомных пептидов А. И. Клименко, С. А. Лашин, Н. А. Колчанов, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин Молекулярная биология, 2023, том 57, № 2, с. 155–165 ![]() |
|
Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus Korenskaia A.Y., Matushkin Y.G., Mustafin Z.S., Lashin S.A., Klimenko A.I. Biology, 2023, 12(10):1338 ![]() |
|
A New Visualization and Analysis Method for a Convolved Representation of Mass Computational Experiments with Biological Models Klimenko A.I., Vorobeva D.A., Lashin S.A. Mathematics, 2023, Vol. 11, № 12. P. 2783 ![]() |
|
Расстройства аутистического спектра: в поисках призмы для разделения на отдельные подтипы Трифонова Е.А., Пащенко А.А., Лашин С.А. Природа, 2023, 04, 14-20 ![]() |
|
Регуляция экспрессии генов, или Что заставляет гены работать А.А. Маслакова, В.А. Долгих, Е.В. Землянская Природа, 2023, No10 (1298) ОКТЯБРЬ 2023, с. 13-18 ![]() |
|
Hormone-regulated expansins: Expression, localization, and cell wall biomechanics in Arabidopsis root growth Marketa Samalova, Alesia Melnikava, Kareem Elsayad, Alexis Peaucelle, Evelina Gahurova, Jaromir Gumulec, Ioannis Spyroglou, Elena V Zemlyanskaya, Elena V Ubogoeva, Darina Balkova, Martin Demko, Nicolas Blavet, Panagiotis Alexiou, Vladimir Benes, Gregory Mouille, Jan Hejatko PLANT PHYSIOL, 2023, 194(1):209-228 ![]() |
|
RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806 ![]() |
|
2022 | Bioinformatic Assessment of Factors Affecting the Correlation between Protein Abundance and Elongation Efficiency in Prokaryotes Aleksandra E. Korenskaia, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin, Alexandra I. Klimenko INT J MOL SCI, 2022, Т. 23. № 19. С. 11996. ![]() |
ICBrainDB: An Integrated Database for Finding Associations between Genetic Factors and EEG Markers of
Depressive Disorders Роман Иванов; Федор Казанцев; Евгений Заварзин; Александра Клименко; Наталья Милахина; Юрий Матушкин; Александр Савостьянов; Сергей Лашин. J. Pers. Med, 2022, 12(1), 53 ![]() |
|
Salicylic Acid in Root Growth and Development Zulfira Z. Bagautdinova, Nadya Omelyanchuk, Aleksandr V. Tyapkin, Vasilina V. Kovrizhnykh, Viktoriya V. Lavrekha, Elena V. Zemlyanskaya INT J MOL SCI, 2022, volume 23, issue 4, 2228 ![]() |
|
Transcriptomic Data Meta-Analysis Sheds Light on High Light Response in Arabidopsis thaliana L. Бобровских Александр Владимирович Зубаирова Ульяна Станиславовна Бондарь Евгения Ивановна Лавреха Виктория Вадимовна Дорошков Алексей Владимирович INT J MOL SCI, 2022, 23(8), 4455 ![]() |
|
Abnormal mTOR Activity in Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric and MIA-Associated Autism Spectrum Disorders Ekaterina A. Trifonova, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2022, 23, 967 ![]() |
|
Agent‐Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population Georgii P. Romanov , Anna A. Smirnova , Vladimir I. Zamyatin, Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Vera G. Pshennikova, Fedor M. Teryutin, Aisen V. Solovyev, Sardana A. Fedorova, Olga L. Posukh, Sergey A. Lashin and Nikolay A. Barashkov Biology, 2022, Biology 2022, 11, 257. https://doi.org/10.3390/biology11020257 ![]() |
|
Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека. Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 1, 26, 96-108 ![]() |
|
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ РЕГУЛЯЦИЯ МОРФОГЕНЕЗА
МЕХАНОРЕЦЕПТОРОВ DROSOPHILA MELANOGASTER Д. П. Фурман, Т. А. Бухарина Онтогенез, 2022, том 53, № 4, с.250-264. ![]() |
|
Features of activity of the phenylpropanoid biosynthesis pathway in melanin-accumulating barley grains Anastasiia Y. Glagoleva, Alexander V. Vikhorev, Nikolay A. Shmakov, Sergey V. Morozov, Elena I. Chernyak, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Elena K. Khlestkina, Olesya Y. Shoeva Frontiers in Plant Science, 2022 ![]() |
|
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684. ![]() |
|
Web-MCOT server for motif co-occurrence search in ChIP-seq data Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin INT J MOL SCI, 2022, 23, 8981 ![]() |
|
CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V Frontiers in Plant Science, 2022, 13:942710 ![]() |
|
QTL Analysis for Bread Wheat Seed Size, Shape and Color
Characteristics Estimated by Digital Image Processing Mian Abdur Rehman Arif, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Nikolay A. Shmakov, Andreas Börner and Dmitry A. Afonnikov Plants, 2022, v. 11, article 2105. ![]() |
|
Genetic Regulation of Morphogenesis of Drosophila melanogaster Mechanoreceptors D. P. Furman, T. A. Bukharina RUSS J DEV BIOL+, 2022, Vol. 53, No. 4, pp. 239–251 ![]() |
|
Transcription factors as important regulators of changes in behavior through domestication of gray rats: quantitative data from RNA sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. INT J MOL SCI, 2022, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(20), 12269 ![]() |
|
Method for the Isolation of “RNA-seq-Quality” RNA from Human Intervertebral Discs after Mortar And Pestle Homogenization Artemii A. Ivanov, Olga N. Leonova, Daniil S. Wiebe, Alexsandr V. Krutko, Mariya M. Gridina, Veniamin S. Fishman, Yurii S. Aulchenko, Yakov A. Tsepilov, Tatiana S. Golubeva Cells, 2022 ![]() |
|
Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin Mathematics, 2022 ![]() |
|
Easy and Effective Method for Extracting and Purifying Wolbachia Genomic DNA Andreenkova O.V., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Korenskaia A.E., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15315 ![]() |
|
New Wolbachia pipientis Genotype Increasing Heat Stress Resistance of Drosophila melanogaster Host Is Characterized by a Large Chromosomal Inversion Korenskaia A.E., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Andreenkova O.V., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(24), 16212 ![]() |
|
Рациональная метаболическая инженерия Corynebacterium glutamicum для продукции L-валина. Шереметьева М.Е., Ануфриев К.Э., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А., Яненко А.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):743-757 ![]() |
|
Rational metabolic engineering of Corynebacterium glutamicum to create a producer of L-valine. Sheremetieva M.E., Anufriev K.E., Khlebodarova T.M., Kolchanov N.A., Yanenko A.S. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):743-757 ![]() |
|
Specific features of the proteomic response of thermophilic bacterium Geobacillus icigianus to terahertz irradiation. Bannikova S.V., Khlebodarova T.M., Vasilieva A., Meshcheryakova I.A., Bryanskaya A.V., Shedko E., Popik V.M., Goryachkovskaya T.N., Peltek S.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15216 ![]() |
|
Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С. Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовская А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):733-742 ![]() |
|
Computer analysis of regulation of hepatocarcinoma marker genes hypermethylated by HCV proteins. Antropova E.A., Khlebodarova T.M., Demenkov P.S., Venzel A.S., Ivanisenko N.V., Gavrilenko A.D., Ivanisenko T.V., Adamovskaya A.V., Revva P.M., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):733-742 ![]() |
|
Молекулярные механизмы детерминации клеток
сосудистой системы корня Arabidopsis thaliana L. А.Д. Сидоренко, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):721-732 ![]() |
|
Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 8, 26, 798-805 ![]() |
|
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684. ![]() |
|
2021 | Tissue-specific transcriptome profiling of the Arabidopsis inflorescence stem reveals local cellular signatures Dongbo Shi, Virginie Jouannet, Javier Agustí, Verena Kaul, Victor Levitsky, Pablo Sanchez, Victoria V Mironova, Thomas Greb PLANT CELL, 2021, 33(2), 200–223 ![]() |
CROP PANGENOMES A.Yu. Pronozin, M.K. Bragina , E.A. Salina Vavilov journal of genetics and breeding, 2021 ![]() |
|
Автоматическое фенотипирование морфологии колоса
тетра- и гексаплоидных видов пшеницы методами компьютерного зрения А.Ю. Пронозин, А.А. Паулиш, Е.А. Заварзин, А.Ю. Приходько, Н.М. Прохошин, Ю.В. Кручинина, Н.П. Гончаров, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):00-00 ![]() |
|
Automatic morphology phenotyping of tetra- and hexaploid wheat spike using computer vision methods A.Yu. Pronozin, A.A. Paulish, E.A. Zavarzin, A.Yu. Prikhodko, N.M. Prokhoshin, Yu.V. Kruchinina, N.P. Goncharov, E.G. Komyshev, M.A. Genaev Vavilov journal of genetics and breeding, 2021 ![]() |
|
Пангеномы сельскохозяйственных растений Пронозин А.Ю., Брагина М.К., Салина Е.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021;25(1):57-63 ![]() |
|
Механический стресс, локальная трансляция и нейродегенеративные заболевания: молекулярно-генетические аспекты. Хлебодарова Т.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Т. 25, № 1, С. 92-100 ![]() |
|
The molecular view of mechanical stress of brain cells, local translation, and neurodegenerative diseases. Khlebodarova T.M. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, V. 25, No 1, P. 92-100 ![]() |
|
Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2 А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):7-17. ![]() |
|
Поиск участников сигнального пути ауксина к его транспортерам PIN на основе метаанализа транскриптомов, индуцированных ауксином В. В. Коврижных, З. С. Мустафин, З. З. Багаутдинова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):39-45 ![]() |
|
Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека З. С. Мустафин, С. А. Лашин, Ю. Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):46-56 ![]() |
|
Evolution and extinction can occur rapidly: a modeling approach. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. PeerJ, 2021, V.9, Article No e11130 ![]() |
|
Технологии поиска и исследования
потенциально осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330 ![]() |
|
The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330 ![]() |
|
Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova CURR OPIN PLANT BIOL, 2021, 63, 102058 ![]() |
|
Do Autism Spectrum and Autoimmune Disorders Share Predisposition Gene Signature Due to mTOR Signaling Pathway Controlling Expression? Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2021, 22(10), 5248 ![]() |
|
Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. Frontiers in Genetics, 2021, V. 12. Article number 610774. ![]() |
|
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin Lect Notes Comput Sci, 2021 ![]() |
|
Рибосомное профилирование как инструмент исследования трансляции у растений: основные итоги, проблемы и перспективы Афонников, Д. А., Синицына, О. И., Голубева, Т. С., Шмаков, Н. А., Кочетов, А. В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 251-259 ![]() |
|
Вироид веретеновидности клубней картофеля Кочетов, А. В., Пронозин, А. Ю., Шацкая, Н. В., Афонников, Д. А., Афанасенко, О. С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 269-275 ![]() |
|
A Modular Mathematical Model of Exercise-Induced Changes in Metabolism, Signaling, and Gene Expression in Human Skeletal Muscle Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Sharipov R.N., Vertyshev A.Y., Vinogradova O.L., Popov, D.V., Kolpakov F.A. INT J MOL SCI, 2021, 22(19), 10353 ![]() |
|
ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations Fedor Kazantsev INT J PSYCHOPHYSIOL, 2021, Volume 168, Supplement, October 2021, Page S11 ![]() |
|
Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021 Sep; 25(5): 580–592. ![]() |
|
NLR Genes Related Transcript Sets in Potato Cultivars Bearing Genetic Material of Wild Mexican Solanum Species Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Antonova O.Y., Shatskaya N.V., Glagoleva A.Y., Ibragimova S.M., Khiutti A., Afanasenko O.S., Gavrilenko T.A. Agronomy, 2021, v. 11, P. 2426 ![]() |
|
Mutation hotspots of SARS-CoV-2 RNA motifs
conserved in betacoronaviruses N.S. Kobalo, A.I. Kulikov, I.I. Titov JPCS, 2021, 2099 (2021) 012037 ![]() |
|
Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS ANTICANCER RES, 2021, V. 41. N 7. P. 3371-3387 ![]() |
|
Улучшение качества сборки de novo транскриптомов ячменя на основе гибридного подхода для линий с изменениями окраски колоса и стебля Шмаков Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):30-38 ![]() |
|
Комплексный анализ влияния аллельного полиморфизма 5-HTTLPR на поведенческие и нейрофизиологические показатели исполнительного контроля у людей из разных этнических групп в Сибири А.Н. Савостьянов, Д.В. Базовкина, С.А. Лашин, С.С. Таможников, А.Е. Сапрыгин, Т.Н. Астахова, У.Н. Кавай-оол, Н.В. Борисова, А.Г. Карпова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Т.25(5), С.593-602. ![]() |
|
Leave or Stay: Simulating Motility and Fitness of Microorganisms in Dynamic Aquatic Ecosystems Alexandra Klimenko, Yury Matushkin, Nikolay Kolchanov, Sergey Lashin Biology, 2021, V10, N 10, P. 1019 ![]() |
|
Mechanisms of stress response in the root stem cell niche Elena V Ubogoeva, Elena V Zemlyanskaya, Jian Xu, Victoria Mironova J EXP BOT, 2021 ![]() |
|
Meet your MAKR: the membrane-associated kinase regulator protein family in the regulation of plant development D.D. Novikova, A.L. Korosteleva,V. Mironova,Y. Jaillais FEBS J, 2021 ![]() |
|
2020 | Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. No 2. С. 455–470 ![]() |
Integrated Modular Model Linking Metabolism, Signaling Transduction and Gene Expression Regulation in Human Skeletal Muscle I.R. Akberdin, I.N. Kiselev, S.S. Pintus, A.Yu. Vertyshev, P.A. Makhnovskii, D.V. Popov, F.A. Kolpakov CEUR workshop proceedings, 2020, http://ceur-ws.org/Vol-2569/short1.pdf ![]() |
|
3D analysis of mitosis distribution pattern in the plant root tip with iRoCS Toolbox Lavrekha V.V., Pasternak T., Palme K., Mironova V.V. Plant Stem Cells - Methods and Protocols. Ed: Naseem N. and Dandekar T., 2020, volume 2094, p. 119-125 ![]() |
|
Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин Генетика, 2020, том 56, № 2, с. 234–246 ![]() |
|
PlantLayout – программное средство для моделирования распределения веществ в тканях различной структуры Савина М.С., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020 ![]() |
|
Влияние структуры микроРНК животных на их биогенез П.С. Ворожейкин, И.И. Титов Генетика, 2020, т. 56, № 1, стр. 21-34 ![]() |
|
Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N. INT J MOL SCI, 2020, 3, 21, 1045 ![]() |
|
Математическая модель, связывающая Ca2+-зависимый сигнальный путь с регуляцией экспрессии генов в клетках скелетной мышцы человека Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Пинтус С.С., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. № 1. С. 20–39, https://www.matbio.org/2020/Akberdin_15_20.pdf ![]() |
|
Specification and regulation of vascular tissue identity in the Arabidopsis embryo Margot E. Smit, Cristina I. Llavata-Peris, Mark Roosjen, Henriette van Beijnum, Daria Novikova, Victor Levitsky, Iris Sevilem, Pawel Roszak, Daniel Slane, Gerd Jürgens, Victoria Mironova, Siobhan M. Brady, Dolf Weijers DEVELOPMENT, 2020, 147(8):dev186130 ![]() |
|
Математическая и численная модели центрального регуляторного контура системы морфогенеза механорецепторов дрозофилы Т. А. Бухарина, А. А. Акиньшин, В. П. Голубятников, Д. П. Фурман Сибирский журнал индустриальной математики, 2020, Т. 23, № 2. C. 41–50. ![]() |
|
Mathematical and Numerical Models of the Central Regulatory Circuit of the Morphogenesis System of Drosophila T. A. Bukharina, A. A. Akinshin, V. P. Golubyatnikov, and D. P. Furman Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2020, Vol. 14, No. 2, pp. 249–255 ![]() |
|
A Genome-Scale Metabolic Model of 2,3-Butanediol Production by Thermophilic Bacteria Geobacillus icigianus Kulyashov M., Peltek S.E., Akberdin I.R. Microorganisms, 2020, 8(7), 1002 ![]() |
|
Rocks in the auxin stream:
Wound induced auxin accumulation and ERF115 expression synergistically drive
stem cell regeneration Canher B., Heyman J., Savina M., Devendran A., Eekhout T., Vercauteren I., Prinsen E., Matosevich R., Xu J., Mironova V., De Veylder L. P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117(28):16667-16677 ![]() |
|
metaRE R Package for Meta-Analysis of Transcriptome Data to Identify the
cis-Regulatory Code behind the Transcriptional Reprogramming Novikova D.D., Cherenkov P.A., Sizentsova Y.G., Mironova V.V. Genes, 2020, 11(6): 634 ![]() |
|
Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude
for Functional Gene Groups Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V. Genes, 2020, 11(4): 434 ![]() |
|
Причины массовых вымираний в истории жизни: факты и гипотезы Хлебодарова Т.М. Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 24(4):407-419 ![]() |
|
Causes of global extinctions in the history of life: facts and hypotheses. Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 24(4):407-419 ![]() |
|
Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova INT J MOL SCI, 2020, 21, 6023 ![]() |
|
The effect of meditation on comprehension of statements about one-self and others: a pilot ERP and behavioral study Alexander Savostyanov, Sergey Tamozhnikov, Andrey Bocharov, Alexander Saprygin, Yuriy Matushkin, Sergey Lashin, Galina Kolpakova, Klimenty Sudobin, Gennady Knyazev FRONT HUM NEUROSCI, 2020, V 13, Article 437 ![]() |
|
Анализ цветовых и текстурных характеристик зерен злаков на цифровых изображениях Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 4, с. 340-347 ![]() |
|
Использование гиперспектральной камеры Specim IQ
для анализа растений В.В. Альт, Т.А. Гурова, О.В. Елкин, Д.Н. Клименко, Л.В. Максимов, И.А. Пестунов, О.А. Дубровская, М.А. Генаев, Т.В. Эрст, К.А. Генаев, Е.Г. Комышев, В.К. Хлесткин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 3, с. 259-266 ![]() |
|
How miRNA Structure of Animals Influences Their Biogenesis P. S. Vorozheykin, I. I. Titov RUSS J GENET+, 2020, volume 56, pages 1012–1024 (2020) ![]() |
|
On the dynamical aspects of local translation at the activated synapse Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Likhoshvai V.A. BMC BIOINFORMATICS, 2020, 21(Suppl 11):258 ![]() |
|
Limit сycles in models of circular gene networks regulated by negative feedbacks. Likhoshvai V.A., Golubyatnikov V.P., Khlebodarova T.M. BMC BIOINFORMATICS, 2020, 21(Suppl 11):255 ![]() |
|
Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis Alejandra Freire-Rios, Keita Tanaka, Isidro Crespo, Elmar van der Wijk, Yana Sizentsova, Victor Levitsky, Simon Lindhoud, Mattia Fontana, Johannes Hohlbein, D. Roeland Boer, Victoria Mironova, and Dolf Weijers P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117 (39) 24557-24566 ![]() |
|
Gene Expression Changes in the Ventral Tegmental
Area of Male Mice with Alternative Social Behavior
Experience in Chronic Agonistic Interactions Olga Redina, Vladimir Babenko, Dmitry Smagin, Irina Kovalenko, Anna Galyamina, Vadim Efimov and Natalia Kudryavtseva INT J MOL SCI, 2020, 21: 6599; Q1 ![]() |
|
Cell Dynamics in WOX5-Overexpressing Root Tips: The Impact of Local Auxin Biosynthesis Maria S. Savina, Taras Pasternak, Nadya A. Omelyanchuk, Daria D. Novikova, Klaus Palme, Victoria V. Mironova, Viktoriya V. Lavrekha Frontiers in Plant Science, 2020, №11, p. 1529 ![]() |
|
Meta-Analysis of Transcriptome Data Detected New Potential Players in Response to Dioxin Exposure in Humans Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Victoria Mironova and Nikolay Kolchanov INT J MOL SCI, 2020 ![]() |
|
Quantifying Drosophila adults with the use of a smartphone Evgenia K. Karpova, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Natalya V. Adonyeva, Dmitry A. Afonnikov, Margarita A. Eremina, Nataly E. Gruntenko Biology Open, 2020, 9: bio054452 ![]() |
|
First person – Evgeniya Karpova and Evgenii Komyshev Evgeniya Karpova, Evgenii Komyshev Biology Open, 2020, 9: bio056622 ![]() |
|
A Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived
Isogenic Model of Huntington’s Disease Based on
Neuronal Cells Has Several Relevant
Phenotypic Abnormalities Tuyana Malankhanova, Lyubov Suldina, Elena Grigor'eva, Sergey Medvedev, Julia Minina, Ksenia Morozova, Elena Kiseleva, Suren Zakian, Anastasia Malakhova J. Pers. Med, 2020 ![]() |
|
О решенных и нерешенных проблемах биологии в исследованиях В.А. Лихошвая. Хлебодарова Т.М. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 6(4):168-178 ![]() |
|
Young «oil site» of the Uzon Caldera as a habitat for unique microbial life Sergey E. Peltek, Alla V. Bryanskaya, Yuliya E. Uvarova, Aleksey S. Rozanov, Timofey V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Elena V. Lazareva, Olga V. Saik, Vadim M. Efimov, Sergey M. Zhmodik, Oxana P. Taran, Nikolay M. Slynko, Sergey V. Shekhovtsov, Valentin N. Parmon, Nikolay L. Dobretsov, Nikolay A. Kolchanov BMC MICROBIOL, 2020, 20, 349 ![]() |
|
The In-Silico Development of DNA Markers for Breeding of Spring Barley Varieties That Are Resistant to Spot Blotch in Russia Rozanova I.V., Lashina N.M., Efimov V.M., Afanasenko O.S., Khlestkina E.K. Agriculture, 2020, 10(11), 505 ![]() |
|
Genetic loci determining potato starch yield and granule morphology revealed by genome-wide association study (GWAS) Khlestkin V.K., Erst T.V., Rozanova I.V., Efimov V.M., Khlestkina E.K. PeerJ, 2020, 8, e10286. ![]() |
|
Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы
и воспоминания М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 2020, 6(4):193-198 ![]() |
|
The mechanism of potato resistance to
Globodera rostochiensis: comparison of root
transcriptomes of resistant and susceptible
Solanum phureja genotypes Alex V. Kochetov, Anastasiya A. Egorova, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko and Tatjana A. Gavrilenko BMC PLANT BIOL, 2020, 20(Suppl 1):350 ![]() |
|
В.А. Лихошвай: учитель, ученый, собеседник Клименко А.И. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 6(4):199-200 ![]() |
|
Creation of an online platform for identification of microorganisms: peak picking or full-spectrum analysis Starostin K.V., Demidov E.A., Ershov N.I., Bryanskaya A.V., Efimov V.M., Shlyakhtun V.N., Peltek S.E. Frontiers in Microbiology, 2020 ![]() |
|
2019 | Influence of temperature on development, reproduction and regeneration in the flatworm model organism, Macrostomum lignano Jakub Wudarski, Kirill Ustyantsev, Lisa Glazenburg, Eugene Berezikov Zoological Letters, 2019, номер 7, том 5, с. 1-10 ![]() |
Гомология генов, контролирующих архитектонику
вегетативных и генеративных органов ячменя и риса,
и их использование для расширения биоразнообразия
и в селекции пшеницы Устьянцев К. В., Гончаров Н. П. RUSS J GENET+, 2019, том 55, № 5, с. 506-515 ![]() |
|
MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics 2019, 20 (Suppl 1):36 ![]() |
|
SNPs associated with barley resistance to isolates of Pyrenophora teres f. teres Irina V. Rozanova, Nina M. Lashina, Zakhar S. Mustafin, Sofia A. Gorobets, Vadim M. Efimov, Olga S. Afanasenko, Elena K. Khlestkina BMC GENOMICS, 2019, 20 (Suppl 3) :292 ![]() |
|
Межвидовой полиморфизм генов DEP1 и форма колоса у пшениц Вавилова В.Ю., Конопацкая И.Д., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. Генетика, 2019, том 55, № 7, с. 837–843 ![]() |
|
New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin BMC GENOMICS, 2019, 20:399 ![]() |
|
Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. ECOL MODEL, 2019, V 399, p.66-76 ![]() |
|
Оценка количественных характеристик клубнеобразования
дикого картофеля на основе анализа изображений клубней
с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала, Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019. Онлайн. ![]() |
|
Homology of Genes Controlling Architectonics of Vegetative and Generative Organs in Barley and Rice and Their Application for Wheat Biodiversity Expansion and Breeding K. V. Ustyantsev, N. P. Goncharov RUSS J GENET+, 2019, V. 55 (5), P. 535-543 ![]() |
|
Salicylic acid affects root meristem patterning via auxin distribution in a concentration-dependent manner Taras Pasternak, Edwin P Groot, Fedor Kazantsev, William Teale, Nadya Omelyanchuk, Vasilina Kovrizhnykh, Klaus Palme, Victoria V Mironova PLANT PHYSIOL, 2019, 180 (3), pp:1725-1739 ![]() |
|
Молекулярные механизмы ненаследуемой толерантности к антибиотикам у бактерий и архей. Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Molecular Biology, 2019, т.53, №4, с.531-540. ![]() |
|
Molecular mechanisms of non-inherited antibiotic tolerance in bacteria and archaea. Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Molecular Biology, 2019, Vol. 53, No. 4, pp. 475–483. ![]() |
|
Кандидатные SNP-маркеры атеросклероза, которые способны достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Пономаренко М.П., Рассказов Д.А., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Генетика, 2019, 9, 55, 1083-1098 ![]() |
|
Модульная графическая модель энергетического метаболизма в клетках скелетной мышцы Киселев И.Н., Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2019, 14(2):373-392 ![]() |
|
The differences in brain stem transcriptional profiling in hypertensive ISIAH and normotensive WAG rats Fedoseeva L.A., Klimov L.O., Ershov N.I., Efimov V.M., Markel A.L., Orlov Y.L., & Redina O.E. BMC GENOMICS, 2019, 20(3), 297. ![]() |
|
A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive
analysis of motifs co-occurrence with MCOT package Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E., Grosse I., Mironova V., Merkulova T. NUCLEIC ACIDS RES, 2019, 47(21):e139 ![]() |
|
Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities Иванов Роман Артемович Замятин Владимир Клименко Александра Игоревна Матушкин Юрий Георгиевич Савостьянов Александр Николаевич Лашин Сергей Александрович Genes, 2019 ![]() |
|
The Evaluation of Genetic Relationships within Acridid Grasshoppers (Orthoptera, Caelifera, Acrididae) on the Subfamily Level Using Molecular Markers Sukhikh I., Ustyantsev K., Bugrov A., Sergeev M., Fet V., Blinov A. FOLIA BIOL-KRAKOW, 2019, 67(3):119-126 ![]() |
|
Muconic acid production from methane using rationally-engineered methanotrophic biocatalysts Calvin A. Henard, Ilya R. Akberdin, Marina G. Kalyuzhnaya, Michael T. Guarnieri GREEN CHEM, 2019 ![]() |
|
A Bioinformatic Method For Identifying Group II Introns In Organella Genomes Igor Titov, Nikolay Kobalo, Denis Vorobyev, Alexander Kulikov Frontiers in Genetics, 2019, 10:1135. ![]() |
|
Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana Zakhar S. Mustafin, Vladimir I. Zamyatin, Dmitrii K. Konstantinov, Aleksej V. Doroshkov, Sergey A. Lashin, Dmitry A. Afonnikov Genes, 2019, Genes 2019, 10(12), 963 ![]() |
|
О стационарных решениях уравнения с запаздывающими аргументами: модель локальной трансляции в синапсе. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2019, 14(2), 554-569 ![]() |
|
Diversity of mariner-like elements in Orthoptera K. Ustyantsev, M. Biryukov, I. Sukhikh, N.V. Shatskaya, V. Fet, A. Blinov, I. Konopatskaia Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(8):1059-1066 ![]() |
|
The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2019, Int. J. Mol. Sci. 2019, 20(24), 6332; ![]() |
|
Кандидатные SNP-маркеры ревматоидного полиартрита, которые могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Козлов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 8, 23, 1047-1058 ![]() |
|
Starch phosphorylation associated SNPs found by genome-wide association studies in the potato (Solanum tuberosum L.) Khlestkin, V. K., Rozanova, I. V., Efimov, V. M., Khlestkina, E. K. BMC GENET, 2019, 20(1), 29 ![]() |
|
A single-cell view of tissue regeneration in plants Mironova V. and Xu J. CURR OPIN PLANT BIOL, 2019, 52:149-154. ![]() |
|
Capturing auxin response factors syntax using DNA binding models Stigliani A, Martin-Arevalillo R, Lucas J, Bessy A, Vinos-Poyo T, Mironova V, Vernoux T, Dumas R, Parcy F MOL PLANT, 2019, 12(6):822-832 ![]() |
|
Shaping Ethylene Response: The Role of EIN3/EIL1 Transcription Factors Dolgikh V.A., Pukhovaya E.M., Zemlyanskaya E.V. Frontiers in Plant Science, 2019, 10:1030 ![]() |
|
Interspecific Polymorphism of DEP1 Genes and the Spike Shape in Wheats Vavilova V. Yu., Konopatskaia I. D., Blinov A. G., Goncharov N. P. RUSS J GENET+, 2019, V. 55 (7): 908-913 ![]() |
|
Molecular phylogenetic analysis of subfamilial placement of Haplotropis Saussure, 1888 (Orthoptera: Pamphagidae) based on mitochondrial and nuclear DNA markers Sukhikh I., Blinov A., Bugrov A. ZOOTAXA, 2019, 4551(5):530-540 ![]() |
|
2018 | Diversity of cis-regulatory elements associated with auxin response in Arabidopsis thaliana Pavel Cherenkov, Daria Novikova, Nadya Omelyanchuk, Victor Levitsky, Ivo Grosse, Dolf Weijers, Victoria Mironova J EXP BOT, 2018, 69(2):329-339 ![]() |
MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, Vol.16, No.1(2018). https://doi.org/10.1142/S0219720017400108 ![]() |
|
Dynamic landscape of the local translation at activated synapses. Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Trifonova E.A., Likhoshvai V.A. MOL PSYCHIATR, 2018, V. 23(1), P. 107-114 ![]() |
|
Methane utilization in Methylomicrobium alcaliphilum 20Z R: a systems approach Ilya R. Akberdin, Merlin Thompson, Richard Hamilton, Nalini Desai, Danny Alexander, Calvin A. Henard, Michael T. Guarnieri, Marina G. Kalyuzhnaya SCI REP-UK, 2018, Scientific Reportsvolume 8, Article number: 2512 (2018) doi:10.1038/s41598-018-20574-z ![]() |
|
Comparing miRNA structure of mirtrons
and non-mirtrons Igor I. Titov and Pavel S. Vorozheykin BMC GENOMICS, 2018, 19(Suppl 3):114 ![]() |
|
Modeling Human Cardiac Hypertrophy in Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Ekaterina Ovchinnikova, Martijn Hoes, Kirill Ustyantsev, Nils Bomer, Tristan V. de Jong, Henny van der Mei, Eugene Berezikov, Peter van der Meer Stem Cell Reports, 2018, 10 (3), 794-807 ![]() |
|
Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis. Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. PloS One, 2018, 13(3) ![]() |
|
Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22 (2):279284 ![]() |
|
Ophiostomatoid Fungi Associated with the Four-Eyed Fir Bark Beetle on the Territory of Russia Pashenova N.V., Kononov A.V., Ustyantsev K.V., Blinov A.G., Pertsovaya A.A., Baranchikov Yu.N. Russian Journal of Biological Invasions, 2018, vol. 9(1), p. 63-74 ![]() |
|
Об эквивалентности использования запаздывающих аргументов и уравнений переноса при моделировании динамических систем. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(1), 141-144 ![]() |
|
Genetic diversity of Pinus sibirica, P. pumila and their natural hybrids based on non-linked nuclear loci Galina Vasilyeva, Valeriya Vavilova, Kirill Ustyantsev, Igor Sukhikh, Alexander Blinov, Sergei Goroshkevich, Victor Sokolov DENDROBIOLOGY, 2018, vol. 79: 168-173 ![]() |
|
Marital structure, genetic fitness, and the GJB2 gene mutations among deaf people in Yakutia (Eastern Siberia, Russia). Romanov G.P., Barashkov N.A, Teryutin F.M., Lashin S.A., Solovyev A.V., Pshennikova V.G., Bondar A.A., Morozov I.V., Sazonov N.N., Tomsky M.I., Dzhemileva L.U., Khusnutdinova E.K., Posukh O.L., Fedorova S.A. RUSS J GENET+, 2018, 54 (5): 554-561. ![]() |
|
Мембранный потенциал как механизм регуляции активности периплазматической нитритредуктазы: математическая модель. Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2018, Т.13(1), С. 238-269 ![]() |
|
Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(3):386-393 ![]() |
|
Persister cells – a plausible outcome of neutral coevolutionary drift. Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. SCI REP-UK, 2018, V.8, No article 14309 ![]() |
|
MATHEMATICAL AND NUMERICAL MODELS
OF TWO ASYMMETRIC GENE NETWORKS V.P.GOLUBYATNIKOV, M.V.KAZANTSEV, N.E.KIRILLOVA, T.A.BUKHARINA, D.P.FURMAN Сибирские электронные математические известия, 2018, т. 15, стр. 1271–1283 ![]() |
|
Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya Frontiers in Microbiology, 2018, 9:2735 ![]() |
|
The development of bristle pattern in Drosophila melanogaster: prepattern and achaete–scute genes Furman D.P., Bukharina T.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 8, С.1045-1054 ![]() |
|
Deciphering Auxin-Ethylene Crosstalk at a Systems Level Elena V. Zemlyanskaya, Nadya A. Omelyanchuk, Elena V. Ubogoeva, Victoria V. Mironova INT J MOL SCI, 2018, 19:4060 ![]() |
|
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”, 2018, Под ред. В.Д. Лахно. Том 7. Пущино: ИМПБ РАН, 2018. Статья № e70. ![]() |
|
Эффективность элонгации трансляции открытых рамок считывания одноклеточных организмов Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.С. Соколов V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ, 2018, СЕКЦИЯ 1: ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ: ТЕХНОЛОГИИ ИНТЕГРАЦИИ ДАННЫХ 65. стр.65 ![]() |
|
Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания. эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ, 2018, СЕКЦИЯ 1: ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ: ТЕХНОЛОГИИ ИНТЕГРАЦИИ ДАННЫХ 64. стр.64 ![]() |
|
Prediction of Bacterial and Archaeal Allergenicity with AllPred Program Bragin A, Sokolov V, Demenkov P, Ivanisenko T, Bragina EY, Matushkin YG and Ivanisenko V Molecular Biology, 2018, Vol. 52(2), pp. 279-284 ![]() |
|
2017 | The interplay of chromatin landscape and DNA-binding context suggests distinct modes of EIN3 regulation in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV Frontiers in Plant Science, 2017, 7:2044 ![]() |
Chaos and hyperchaos in simple gene network with negative feedback and time delays. Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, V. 15. No 2, 1650042. ![]() |
|
Multiple Scenarios of Transition to Chaos in the Alternative Splicing Model Kogai V.V., Likhoshvai V.A., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. INT J BIFURCAT CHAOS, 2017, 27(2), Article No 1730006 ![]() |
|
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov BMC BIOINFORMATICS, 2017, 18 (Suppl 1):28 ![]() |
|
Стазис и периодичность в эволюции глобальной экосистемы: минимальная логистическая модель Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, Т. 12, № 1, С. 120–136 ![]() |
|
Convergence of retrotransposons in oomycetes and plants Kirill Ustyantsev, Alexandr Blinov, Georgy Smyshlyaev Mobile DNA, 2017, 1, 8, 4 ![]() |
|
Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova SCI REP-UK, 2017, 7: 2489 ![]() |
|
The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y. Acta Naturae, 2017, 9 (special issue 1) 67 ![]() |
|
Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano Jakub Wudarski, Daniil Simanov, Kirill Ustyantsev, Katrien de Mulder, Margriet Grelling, Magda Grudniewska, Frank Beltman, Lisa Glazenburg, Turan Demircan, Julia Wunderer, Weihong Qi, Dita B Vizoso, Philipp M Weissert, Daniel Olivieri, Stijn Mouton, Victor Guryev, Aziz Aboobaker, Lukas Scharer, Peter Ladurner, Eugene Berezikov NAT COMMUN, 2017, 8 (1), pp. 2120 ![]() |
|
A sacrifice-for-survival mechanism protects Root Stem Cell Niche from Chilling Stress Jing Han Hong, Maria Savina, Jing Du, Ajay Devendran, Karthikbabu Kannivadi Ramakanth, Xin Tian, Wei Shi Sim, Victoria V. Mironova, and Jian Xu CELL, 2017, Jun 29;170(1) ![]() |
|
Analysis of the Neurogenesis:Prepattern Gene Network Controlling First Stage of Bristle Pattern Development in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 550–557 ![]() |
|
Phenotypic variability of bacterial cell cycle: mathematical model. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, V. 12. № Suppl. P. t23-t44. doi: 10.17537/2017.12.t23 ![]() |
|
3D analysis of mitosis distribution highlights the longitudinal zonation and diarch symmetry in proliferation activity of the Arabidopsis thaliana root meristem Lavrekha V.V., Pasternak T., Ivanov V.B., Palme K., Mironova V.V. PLANT J, 2017, V. 92(5), P. 834-845 ![]() |
|
Изучение эволюции генома свободноживущего плоского червя Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) с помощью высокопроизводительного секвенирования микродиссекционных ДНК-библиотек Задесенец К.С., Березиков Е.В., Тупикин А.Е., Кабилов М.Р., Рубцов Н.Б. Acta Naturae, 2017, Спецвыпуск №1, 2017, т. 9 ![]() |
|
The systems biology of auxin in developing embryos. V. Mironova, W. Teale, M. Shahriari, J. Dawson, K. Palme. TRENDS PLANT SCI, 2017, 22(3):225–235 ![]() |
|
Molecular Mechanisms of Autism as a Form of Synaptic Dysfunction E. A. Trifonova, T. M. Khlebodarova, N. E. Gruntenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 8, pp. 869–877 ![]() |
|
Chromosome Evolution in the Free-Living Flatworms: First Evidence of Intrachromosomal Rearrangements in Karyotype Evolution of Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Macrostomida) Zadesenets K.S., Ershov N.I., Berezikov E., Rubtsov N.B. Genes, 2017, 8: 298 ![]() |
|
О связи свойств одномерных отображений управляющих функций с хаосом в уравнениях специального вида с запаздывающим аргументом. Лихошвай В.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2017, 2017, 12(2), 385-397. ![]() |
|
DEP1 gene in wheat species with normal, compactoid and compact spikes V. Vavilova, I. Konopatskaia, A. E. Kuznetsova, A. Blinov, N. P. Goncharov BMC GENET, 2017, 18(Suppl 1): 106 ![]() |
|
Parasites of the genus Nosema, Crithidia and Lotmaria in the honeybee and bumblebee populations: a case study in India V.Y. Vavilova, I. Konopatskaia, S.L. Luzyanin, M. Woyciechowski, A.G. Blinov Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):943-951 ![]() |
|
Офиостомовые грибы, ассоциированные с уссурийским полиграфом на территории России Пашенова Н.В., Кононов А.В., Устьянцев К.В., Блинов А.Г., Перцовая А.А., Баранчиков Ю.Н. Российский Журнал Биологических Инвазий, 2017, №4, С. 80-95 ![]() |
|
Expression Dynamics of the REL, RELA, and IRF1 Transcription Factors in U937 Macrophages after Dioxin Exposure E. V. Kashina, D. Yu. Oshchepkov, E. V. Antontseva, M. Yu. Shamanina, D. P.Furman, V. A. Mordvinov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 580-584 ![]() |
|
2016 | A detailed expression map of the PIN1 auxin transporter in Arabidopsis thaliana root N.A. Omelyanchuk, V.V. Kovrizhnykh, E.A. Oshchepkova, T. Pasternak, K. Palme, V.V. Mironova. BMC PLANT BIOL, 2016 ![]() |
Механизмы регуляции передачи этиленового сигнала у растений Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Ермаков А.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Принята в печать. DOI: 10.18699/VJ15.105 ![]() |
|
Genome-wide transcriptome analysis of hypothalamus in rats with inherited stress-induced arterial hypertension Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 201617(Suppl 1):13 ![]() |
|
О численном исследовании периодических решений уравнения с запаздывающим аргументом в биологических моделях. Фадеев С.И., Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2016, Т. 19, № 1, C.94-105. ![]() |
|
On the control mechanisms of the nitrite level in Escherichia coli cells: the mathematical model. Khlebodarova T.M., Ree N.A., Likhoshvai V.A. BMC MICROBIOL, 2016, V. 16, Suppl 1:7. ![]() |
|
Genetic diversity of aboriginal and invasive populations of four-eyed fir bark beetle Polygraphus proximus Blandford (Coleoptera, Curculionidae, Scolytinae) Alexandr Kononov, Kirill Ustyantsev, Alexandr Blinov, Victor Fet, Yuri N. Baranchikov AGR FOREST ENTOMOL, 2016, DOI: 10.1111/afe.12161 ![]() |
|
Фенотипическая множественность клеточного цикла бактерий: математическая модель Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2016, 11(1):91-113 ![]() |
|
Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L. Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2016, 14(2):1641009. ![]() |
|
ЦЕНТРАЛЬНЫЙ РЕГУЛЯТОРНЫЙ КОНТУР ГЕННОЙ СЕТИ МОРФОГЕНЕЗА МАКРОХЕТ D.melanogaster: РАСШИРЕННАЯ МОДЕЛЬ Т.А. Бухарина, В.П. Голубятников, Д.П. Фурман Онтогенез, 2016, т. 47, №5, стр. 307-313 ![]() |
|
On numerical study of periodic solutions of a delay equation in biological models. Fadeev S.I., Kogai V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2016, 10 (1), P. 86-96 ![]() |
|
Gene Network Controlling the Morphogenesis of D. melanogaster Macrochaetes: An Expanded Model of the Central Regulatory Circuit T. A. Bukharina, V. P. Golubyatnikov, D. P. Furman RUSS J DEV BIOL+, 2016, Vol. 47, No. 5, pp. 288–293 ![]() |
|
The role of environmental factors for the composition of microbial communities of saline lakes in the Novosibirsk region (Russia) Bryanskaya Alla V., Malup Tatyana K., Lazareva Elena V., Taran Oxana P., Rozanov Alexey S., Efimov Vadim M., Peltek Sergey E. BMC MICROBIOL, 2016 ![]() |
|
Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня Е.А. Ощепкова, Н.А. Омельянчук, М.С. Савина, Т. Пастернак, Н.А. Колчанов, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016;20(4):459-474 ![]() |
|
Evidence for Karyotype Polymorphism in the Free-Living Flatworm, Macrostomum lignano, a Model Organism for Evolutionary and Developmental Biology Zadesenets KS, Vizoso DB, Schlatter A, Konopatskaia ID, Berezikov E, Scharer L, Rubtsov NB PloS One, 2016, 11(10): e0164915 ![]() |
|
АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ «NEUROGENESIS:PREPATTERN», КОНТРОЛИРУЮЩЕЙ ПЕРВЫЙ ЭТАП ФОРМИРОВАНИЯ ЩЕТИНОЧНОГО УЗОРА У Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):832-839 DOI 10.18699/VJ16.199 ![]() |
|
Динамика экспрессии транскрипционных факторов REL, RELA и IRF1 в макрофагоподобной линии U937 после воздействия диоксина. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Шаманина М.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):894-898 ![]() |
|
The gene-expression profile of renal medulla in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):151 ![]() |
|
Molecular determinants of the adrenal gland functioning related to stress-sensitive hypertension in ISIAH rats Larisa A. Fedoseeva, Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Yury V. Alexandrovich, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina BMC GENOMICS, 2016, 2016, 17(Suppl 14):989 ![]() |
|
Spike morphology genes in wheat species (Triticum L.) Konopatskaya I., Vavilova V., Blinov A., Goncharov N.P. PROCEEDINGS OF THE LATVIAN ACADEMY OF SCIENCES. Section B, 2016, V. 70. No.6 (705). P. 345-355. ![]() |
|
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016 Vol.16:262 DOI: 10.1186/s12870-016-0868-3 ![]() |
|
Genetic diversity among eight Dendrolimus species in Eurasia (Lepidoptera: Lasiocampidae) inferred from mitochondrial COI and COII, and nuclear ITS2 markers Alexander Kononov, Kirill Ustyantsev, Baode Wang, Victor C Mastro, Victor Fet, Alexander Blinov, Yuri Baranchikov BMC GENET, 2016, 3, 17, 173 ![]() |
|
2015 | О типах законов роста бактерий Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, т. 10, №1, С. 154–163. doi: 10.17537/2015.10.154 ![]() |
Сложная динамика в системах альтернативного сплайсинга мРНК: математическая модель Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. Вычислительные технологии, 2015, т.20, № 1, с. 38-52. ![]() |
|
On the distribution of auxin concentrations in root horizontal layer cells. Novoselova E.S., Mironova V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 3, pp. 293–299 ![]() |
|
О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в условиях стационарного роста. Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, т.10, №1, с.193-205 ![]() |
|
The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(3), pp. 308–312, DOI: 10.1134/S2079059715030193 ![]() |
|
Distribution and diversity of Nosema bombi (Microsporidia: Nosematidae) in the natural populations of bumblebees (Bombus spp.) from West Siberia Valeriya Vavilova, Irina Sormacheva, Michal Woyciechowski, Natalia Eremeeva, Victor Fet, Aneta Strachecka, Sergey I. Bayborodin, Alexander Blinov PARASITOL RES, 2015, Volume 114, Issue 9, Pages 3373-3383. doi: 10.1007/s00436-015-4562-4. ![]() |
|
ВЕБ-СЕРВЕР ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ miРНК, ИХ ПРЕДШЕСТВЕННИКОВ И САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ Ворожейкин П.С., Титов И.И. Molecular Biology, 2015, т. 49, №5, с. 846-853 ![]() |
|
Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites. Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, p. 322–329 ![]() |
|
Q gene variability in wheat species with the different spike morphology Sormacheva I., Golovnina K., Vavilova V., Kosuge K., Watanabe N., Blinov A., Goncharov N.P. Genetic Resources and Crop Evolution, 2015, V.62, No. 6. P. 837-852. ![]() |
|
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor» Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. BMC EVOL BIOL, 2015, 15 (Suppl 1):S3 http://www.biomedcentral.com/1471-2148/15/S1/S3 ![]() |
|
EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 335–339. ![]() |
|
Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I. R., Peltek S.E. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(4), pp. 375–382, DOI: 10.1134/S2079059715040139 ![]() |
|
A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. J INTEGR BIOINFORM, 2015, 12 (1): 256 ![]() |
|
Asynchrony between Host Plant and Insects-Defoliator within a Tritrophic System: The Role of Herbivore Innate Immunity. Martemyanov V.V., Pavlushin S.V., Dubovskiy I.M., Yushkova Y.V., Morosov S.V., Chernyak E.I., Efimov V.M., Ruuhola T., Glupov V.V. PloS One, 2015, 10(6), e0130988. ![]() |
|
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Программные системы: теория и приложения, 2015, 4(27), c. 99–112. ![]() |
|
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5(6), pp. 672-678. DOI: 10.1134/S2079059715060040 ![]() |
|
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 2015;19(6):74-82. DOI 10.18699/VJ15.095 ![]() |
|
Identification of Bacillus strains by MALDI TOF MS using geometric approach Konstantin V. Starostin, Evgeny A. Demidov, Alla V. Bryanskaya, Vadim M. Efimov, Alexey S. Rozanov & Sergey E. Peltek SCI REP-UK, 2015, | 5:16989 | DOI: 10.1038/srep16989 ![]() |
|
Dioxin-mediated regulation of expression IL-12 family cytokines in human macrophages as a factor of tumor promotion by TCDD E. Kashina, D. Oshchepkov, A. Shilov, E. Antontseva, D. Furman, V. Mordvinov European Journal of Cancer Supplements, 2015, Volume 13, Issue 1, November 2015, Pages 23 ![]() |
|
On the types of bacterial growth laws Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, 10(Suppl.):t20-t28 doi: 10.17537/2015.10.t20 ![]() |
|
Филогенетические отношения саранчовых семейства Pamphagidae с neo-XY/neo-XX определением пола, реконструированные на основе анализа нуклеотидных последовательностей митохондриального гена COI А.Г. Бугров, И.С. Сухих, М. Унал, А.Г. Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2015, T.12 № 5. C. 451–456 ![]() |
|
Convergent evolution of ribonuclease H in LTR retrotransposons and retroviruses Kirill Ustyantsev, Olga Novikova, Alexander Blinov and Georgy Smyshlyaev MOL BIOL EVOL, 2015 ![]() |
|
Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, Т. 10. № 1. С. 1-14. ![]() |
|
Alternative splicing can lead to chaos Likhoshvai V.A., Kogai V.V., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, V. 13. №1, 1540003 ![]() |
|
A model study of the morphogenesis of D. melanogaster mechanoreceptors: The central regulatory circuit Vladimir P. Golubyatnikov, Tatyana A. Bukharina, Dagmara P. Furman Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, v.13. n.1. DOI: 10.1142/S0219720015400065 ![]() |
|
The Mechanisms Determining Bristle Pattern in Drosophila melanogaster T. A. Bukharina, D. P. Furman RUSS J DEV BIOL+, 2015, Vol. 46, No. 2, pp. 99–110 ![]() |
|
Механизмы детерминации щетиночного узора Drosophila melanogaster Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Онтогенез, 2015, том 46, № 2, с. 131–142 ![]() |
|
2014 | HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т.9, №2, стр. 585-596. ![]() |
High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, №4/2 стр. 1039-1045. ![]() |
|
Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, №4/3, стр. 1249-1257. ![]() |
|
Разработка программного комплекса JACOBI 4 для многомерного анализа микрочиповых данных. Полунин Д.А., Штайгер И.А., Ефимов В.М. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2014, Т. 12, вып. 2. С. 90–98. ![]() |
|
КЛЮЧЕВАЯ РОЛЬ PIN-БЕЛКОВ В ТРАНСПОРТЕ АУКСИНА В КОРНЕ ARABIDOPSIS THALIANA L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014 ![]() |
|
A PROPOSED MECHANISM OF TRANSACTIVATION BY BODY BURDEN DIOXIN OF HERPES SIMPLEX VIRUS GENES MIGHT BE RESPONSIBLE FOR WEAKENING THE HOST ANTIVIRAL DEFENSE Tsyrlov IB, Shur IN, Wu JS, Furman D, Oshchepkov DY Organohalogen Compounds, 2014, Vol. 76, 289-292 ![]() |
|
Системная биология Д.А. Афонников, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 1, С. 175-192 ![]() |
|
The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning Levitsky VG, Babenko VN, Vershinin AV Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2014, 32(1):115-126. ![]() |
|
Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova BMC GENOMICS, 2014, 15:80 ![]() |
|
Доместикация пшениц Гончаров Николай Петрович Сормачева Ирина Дмитриевна Природа, 2014, №2. С.45-53. ![]() |
|
Mathematical modeling of bacterial cell cycle: The problem of coordinating genome replication with cell growth. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2014, V.12. 12(3): 1450009, DOI: 10.1142/S0219720014500097 ![]() |
|
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko PloS One, 2014, Volume 9 | Issue 3 | e91502 ![]() |
|
Genetic basis of olfactory cognition: extremely high level of DNA sequence polymorphism in promoter regions of the human olfactory receptor genes revealed using the 1000 Genomes Project dataset Ignatieva E.V., Levitsky V.G., Yudin N.S., Moshkin M.P., Kolchanov N.A. Front Psychol, 2014, published: 24 March 2014 doi: 10.3389/fpsyg.2014.00247 ![]() |
|
Gene Expression and Secondary mRNA Structures in Different Mycoplasma Species В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, 4(3):208–217 ![]() |
|
ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 2, 354-362 ![]() |
|
EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 18(4/2):904-909 ![]() |
|
New evidence of an old problem: the coupling of genome replication to cell growth in bacteria Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. RUSS J GENET+, 2014, V. 50, No. 9, pp. 891–901 ![]() |
|
Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886. ![]() |
|
О распределениях концентраций ауксина в клетках горизонтального слоя корня Новоселова Е.С., Миронова В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.953-962 ![]() |
|
Mathematical model of the Tat-Rev regulation of HIV-1 replication in an activated cell predicts the existence of oscillatory dynamics in the synthesis of viral components Vitaly A Likhoshvai, Tamara M Khlebodarova, Sergei I Bazhan, Irina A Gainova, Valery A Chereshnev, Gennady A Bocharov BMC GENOMICS, 2014, 15(Suppl 12):S1 ![]() |
|
An integrated approach for genome annotation of the eukaryotic thermophile Chaetomium thermophilum. Bock T, Chen WH, Ori A, Malik N, Silva-Martin N, Huerta-Cepas J, Powell ST, Kastritis PL, Smyshlyaev G, Vonkova I, Kirkpatrick J, Doerks T, Nesme L, Baßler J, Kos M, Hurt E, Carlomagno T, Gavin AC, Barabas O, Müller CW, van Noort V, Beck M, Bork P. NUCLEIC ACIDS RES, 2014, doi:10.1093/nar/gku1147 ![]() |
|
Рекомбинантные штаммы Saccharomyces cerevisiae для получения этанола из растительной биомассы А.С. Розанов, А.В. Котенко, И.Р. Акбердин, С.Е. Пельтек Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 2014, Том 18, № 4/2, стр.989-998 ![]() |
|
Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Том 9, № 2, стр. 504-517 ![]() |
|
Компьютерный анализ и функциональная аннотация сайтов связывания транскрипционных факторов AP2/ERF в геноме Arabidopsis thaliana L. Черных О.А., Левицкий В.Г., Омельянчук Н.А., Миронова В.В Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, 887-897. ![]() |
|
Ключевая роль PIN белков в транспорте ауксина в корне Arabidopsis thaliana L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/1, с. 797-806 ![]() |
|
Математическая модель регуляции фитогормонами формирования меристематической зоны корня Лавреха В.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, с. 963-972. ![]() |
|
Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/2, стр. 1032-1038 ![]() |
|
Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 6, pp. 568–574 ![]() |
|
Computational analysis of auxin responsive elements in the Arabidopsis thaliana L. genome Mironova VV, Omelyanchuk NA, Wiebe DS, Levitsky VG BMC GENOMICS, 2014, 15 Suppl 12:S4 doi:10.1186/1471-2164-15-S12-S4 ![]() |
|
Математическое моделирование взаимодействия двух клеток в пронейральном кластере крылового имагинального диска D.melanogaster Акиньшин А.А., Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Фурман Д.П. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2014, Т.14., № 4, с. 3-10. ![]() |
|
2013 | MteI-ПЦР-анализ-новый метод определения статуса метилирования GC-богатых регуляторных участков генов-онкосупрессоров человека Абдурашитов М.А., Куксова А.Н., Акишев А.Г., Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Вестник биотехнологии и физико-химической биологии, 2013, т. 9, № 3, с. 15-23. ![]() |
Субстратная специфичность и свойства метилзависимых сайт-специфических ДНК-эндонуклеаз Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Molecular Biology, 2013, т. 47, № 6, с. 900-913. ![]() |
|
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):96-102 ![]() |
|
On the chaos in gene networks VITALY A. LIKHOSHVAI, STANISLAV I. FADEEV,VLADISLAV V. KOGAI, TAMARA M. KHLEBODAROVA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11(1): 1340009 ![]() |
|
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, №1, С.104-113. ![]() |
|
MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, DOI: 10.1142/S0219720013400106 ![]() |
|
How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 1, 11, 1340011 (DOI: 10.1142/S0219720013400118) ![]() |
|
«Электронная клетка»: проблемы и перспективы. Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1), стр. 295-315. ![]() |
|
Моделирование утилизации нитрита клетками Escherichia coli: анализ потоков Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Акбердин И.Р., Ри Н.А., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1), стр. 276-294 ![]() |
|
«Обская болезнь» – недооцененная опасность В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука в России, 2013, №3(195), стр. 15-21 ![]() |
|
Согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК: математическая модель. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, Т. 8. № 1. С. 66–92. ![]() |
|
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА, 2013, БИОФИЗИКА, 2013, том 58, вып. 5, c. 758–774 ![]() |
|
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе. Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1):248–257 ![]() |
|
Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука из первых рук, 2013, №2, стр. 70-79 ![]() |
|
Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011 ![]() |
|
Роль инсулинового сигнального пути в контроле полового диморфизма по устойчивости Drosophila к тепловому стрессу Раушенбах Инга Юрьевна, Адоньева Наталья Васильевна, Фаддеева Наталья Владимировна, Шумная Людмила Владимировна, Грунтенко Наталия Евгеньевна Doklady Biological Sciences, 2013, Т.452, №1, С.115–117 ![]() |
|
From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites. Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 2013 Feb;11(1):1340004. doi: 10.1142/S0219720013400040. Epub 2013 Jan 16. ![]() |
|
О сдвиге регуляторного сигнала в моделях матричного синтеза. Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирский журнал индустриальной математики, 2013, Том XVI, № 1(53), С.66-74 ![]() |
|
Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. FEBS J, 2013, 280 (Suppl. 1) p. 459–460 ![]() |
|
Reconstruction of the Mechanisms that Regulate the Expression of the Escherihia coli yfiA Gene under Stress Conditions. T. M. Khlebodarova, D. Yu. Oshchepkov, N. V. Tikunova, I. V. Babkin, A. D. Gruzdev, and V. A. Likhoshvai Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, Vol. 3, No. 4, pp. 271–278 ![]() |
|
Acquisition of an Archaea-like ribonuclease H domain by plant L1 retrotransposons supports modular evolution. Georgy Smyshlyaev, Franka Voigt, Alexander Blinov, Orsolya Barabas, Olga Novikova P NATL ACAD SCI USA, 2013, PNAS 2013 110 (50) 20135-20139; published ahead of print November 25, 2013, doi:10.1073/pnas.1317588110 ![]() |
|
Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, №4/1, стр. 686-704 ![]() |
|
Deformable Cell Model and its Application to Growth of Plant Meristem N. Bessonov, V. Mironova, V. Volpert MATH MODEL NAT PHENO, 2013, Volume 8 / Issue 04 / January 2013, pp 62-79 ![]() |
|
Исследование математической модели перераспределения вещества в кольцевом ансамбле клеток С. И. Фадеев, В. В. Когай, В. В. Миронова, Н. А. Омельянчук, В. А. Лихошвай Сибирский журнал вычислительной математики, 2013, 16:2 (2013), 171–184 ![]() |
|
Землеройки (SORICIDAE, EULIPOTYPHLA) Сибири и Дальнего Востока: комбинирование и поиск конгруэнтности молекулярно–генетических и морфологических данных В.Ю. Ковалева, Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов. ZOOL ZH, 2013, том 92, № 11, с. 1–15. ![]() |
|
Цикличность водяной полевки как фактор биоразнообразия в экосистемах Западной Сибири Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов, В.Ю. Ковалева, Ю.К. Галактионов. Экология, 2013, 5, 383–388 ![]() |
|
Directional Asymmetry of Morphological Traits During Postnatal Ontogeny in Root Vole Microtus oeconomus Pall.(Rodentia, Cricetidae) Kovaleva, Vera Yu, Vadim M. Efimov, Yuri N. Litvinov. Журнал Сибирского федерального университета. Биология, 2013, 2, 115–129. ![]() |
|
Геометрические свойства эволюционных дистанций В.М. Ефимов, М.А. Мельчакова, В.Ю. Ковалева Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т. 17. № 4/1. С. 202–211. ![]() |
|
Pathogenesis and Treatment of HIV Infection: The Cellular, the Immune System and the Neuroendocrine Systems Perspective V. A. Chereshnev, G. Bocharov, S. Bazhan, B. Bachmetyev, I. Gainova, V. Likhoshvai, J. M. Argilaguet, J. P. Martinez, J. A. Rump, B. Mothe, C. Brander, A. Meyerhans INT REV IMMUNOL, 2013, 2013, Early Online:1–25, DOI: 10.3109/08830185.2013.779375 ![]() |
|
Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, Vol. 3, No. 3, pp. 184–190. ![]() |
|
Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Новые технологии в медицине, 2013, Новосибирск: ИНФОЛИО, 128 с., стр. 80-89. ![]() |
|
Генные сети Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, N4/2, 833-849 ![]() |
|
Экспрессия генов и вторичные структуры в мРНК в разных видах Mycoplasma В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, 17(4/1):639-650 ![]() |
|
2012 | Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ECOL MODEL, 2012, Volume/issue:224C, pp. 124-129, doi: 10.1016/j.ecolmodel.2011.11.004 ![]() |
Модельное исследование центрального регуляторного контура генной сети морфогенеза макрохет D.melanogaster Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Голубятников И.В., Фурман Д.П. Онтогенез, 2012, Т. 43, № 1, С. 54−59 ![]() |
|
Model Investigation of Central Regulatory Contour of Gene Net of D. melanogaster macrochaete morphogenesis Bukharina T. A., Golubyatnikov V. P., Golubyatnikov I. V., Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2012, V. 43, No. 1, P. 49–53 ![]() |
|
Mathematical modeling of the first phase of morphogenesis of mechanoreceptors in D. melanogaster Bukharina T.A., Golubyatnikov V.P., Golubyatnikov I.V., Furman D.P. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2012, V.6, No. 2, 145-149 ![]() |
|
Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH микродиссекционных ДНК-проб с метафазными хромосомами. А.Г. Богомолов, К.С. Задесенец, Т.В. Карамышева, Н.Л. Подколодный, Н.Б. Рубцов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, No 2, Том 16, с. 348-358 ![]() |
|
Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360. ![]() |
|
The Role of D1-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Synthesis in Drosophila Females with Increased Dopamine Level I. Yu. Rauschenbach, E. V. Bogomolova, E. K. Karpova, L. V. Shumnaya, and N. E. Gruntenko Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, v.446, pp.131-134 ![]() |
|
Развитие и прорастание семянок у ремонтантных сортов крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Сельскохозяйственная биология, 2012, №3 ![]() |
|
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741. ![]() |
|
Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges Lashin S.A., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2012, V.11. N. 3. P. 125-135. ![]() |
|
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 16(2), стр. 339-347 ![]() |
|
Xenobiotical virology: novel mechanistic concept of hazardous human viruses upregulation by body burden level of dioxins via AhR-mediated transcriptional pathway. Tsyrlov, I., Shur, I., Oshchepkov, D., Pokrovsky, A. INT J INFECT DIS, 2012, V: 16 Sup.: 1 P: E115-E115 ![]() |
|
Morphogenesis of Drosophiola melanogaster macrochaetes: cell fate determination for bristle organ Furman D. P., Bukharina T. A. Journal of Stem Cells, 2012, V. 7, No. 1, P.19-41 ![]() |
|
Новые возможности системы MGSmodeller Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, № 4/1, октябрь 2012, с. 799-804 ![]() |
|
Анализ соответствия и комбинирование молекулярно-генетических и морфологических данных в зоологической систематике Ковалева В. Ю., Абрамов С. А., Дупал Т. А., Ефимов В. М., Литвинов Ю. Н. Известия РАН. Серия биологическая, 2012, № 4, с. 404-414 ![]() |
|
Бистабильность системы утилизации нитрита Escherichia coli: анализ математической модели. Ри Н. А., Хлебодарова Т. М., Когай В. В., Фадеев С. И., Лихошвай В. А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2012, Том XV, № 4(52), с.110-117 ![]() |
|
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин RUSS J GENET+, 2012, том 48, № 5, с. 573–589. ![]() |
|
The Flatworm Macrostomum lignano Is a Powerful Model Organism for Ion Channel and Stem Cell Research Daniil Simanov, Imre Mellaart-Straver, Irina Sormacheva and Eugene Berezikov Stem Cells International, 2012, Volume 2012, Article ID 167265, doi:10.1155/2012/167265 ![]() |
|
Vertical Evolution and Horizontal Transfer of CR1 Non-LTR Retrotransposons and Tc1/mariner DNA Transposons in Lepidoptera Species. Sormacheva I, Smyshlyaev G, Mayorov V, Blinov A, Novikov A, Novikova O. MOL BIOL EVOL, 2012, V. 29(12), P.: 3685-3702. doi: 10.1093/molbev/mss181 ![]() |
|
Evolutionary history of LTR retrotransposon chromodomains in plants. Novikov A, Smyshlyaev G, Novikova O. International journal of plant genomics, 2012, 2012:874743. doi: 10.1155/2012/874743. ![]() |
|
Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 830-837. ![]() |
|
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор" Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 825-829. ![]() |
|
Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382. ![]() |
|
Реконструкция филогенетических взаимоотношений настоящих саранчевых (Orthoptera, Acrididae) на основе анализа нуклеотидных последовательностей митохондриального гена COI А.Г.Бугров, Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2012, 11(6): 493-502 ![]() |
|
2011 | Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370 ![]() |
Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43. ![]() |
|
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21. ![]() |
|
From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov Lecture Notes in Artificial Intelligence, 2011, 6581, 101-120 ![]() |
|
Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375 ![]() |
|
In silico prediction of transcriptional factor-binding sites. Oshchepkov DY, Levitsky VG Methods in Molecular Biology, 2011, 760:251-267 ![]() |
|
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421. ![]() |
|
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182 ![]() |
|
Влияние географических популяций сосны на элементный состав фитомассы и почв Тараканов В.В., Чанкина О.В., Куценогий К.П., Наумова Н.Б., Макарикова Р.П., Милютин Л.И., Роговцев Р.В., Ефимов В.М. Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования, 2011, № 11, с. 72–78 ![]() |
|
Наследуемые изменения фенотипа в динамике численности водяной полевки (Arvicola terrestris L.) в Северной Барабе Ковалева В.Ю., Ефимов В.М., Галактионов Ю.К. Назарова Г.Г. Сибирский экологический журнал, 2011, № 4. 587–592 ![]() |
|
Асимметричное деление клеток в морфогенезе макрохет Drosophila melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Онтогенез, 2011, Т.42. №2. С. 83-93. ![]() |
|
Drosophila mechanoreceptors as a model for studying asymmetric cell division Furman D.P. Bukharina T.A. INT J DEV BIOL, 2011, V. 55(2). P. 133-141. ![]() |
|
Математическое моделирование первой фазы морфогенеза механорецепторов D.melanogaster Бухарина Т.А. Голубятников В.П. Голубятников И.В. Фурман Д.П. Сибирский журнал индустриальной математики, 2011, Т.14. №3(47). С.14-19. ![]() |
|
Asymmetric cell division in the morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetae Bukharina T. A. Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2011, Vol. 42, No. 2, pp. 63–72. ![]() |
|
Перспективы создания противотуберкулезных вакцин нового поколения Татьков С.И., Дейнеко Е.В., Фурман Д.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, т. 15, №1. с. 114-129. ![]() |
|
Prospects for Designing New Generation Anti-Tuberculosis Vaccines S.I. Tat’kov, E.V. Deineko, D.P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 290–301 ![]() |
|
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2011, т.47, №12, с. 1676–1685 ![]() |
|
Распределение мобильных элементов на политенных хромосомах до и после селекции по количественному признаку у Drosophila melanogaster Захаренко Л.П., Перепелкина М.П., Антоненко О.В., Выхристюк О.В., Ефимов В.М., Васильева Л.А. Cell and Tissue Biology, 2011, Т. 53. № 6. С. 517-527. ![]() |
|
The Role of D2-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Metabolism in Drosophila Females in Normal State and at Increased Dopamine Level E. K. Karpova, N. E. Gruntenko, L. V. Shumnaya, I. V. Romanova, and I. Yu. Rauschenbach Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, Т. 439. №1. С.155-157. ![]() |
|
Effects of the alpha- and gamma-polymorphs of glycine on the behavior of catalepsy prone rats Markel A.L., Achkasov A.F., Alekhina T.A., Prokudina O.I., Ryazanova M.A., Ukolova T.N., Efimov V.M., Boldyreva E.V., Boldyrev V.V. PHARMACOL BIOCHEM BE, 2011, V. 98. N. 2. P. 234-240 ![]() |
|
Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 2, с.327-339 ![]() |
|
Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov RUSS J GENET+, 2011, Vol. 47, No. 12, pp. 1487–1495. ![]() |
|
Репродуктивные особенности и перспективы использования розовоцветкового декоративного гибрида Fragaria x Potentilla (сорт Frel) в селекции крупноплодной земляники Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15, № 4, С. 800-807. ![]() |
|
Интродукция розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Научные ведомости БелГУ. Серия: Естественные науки, 2011, т. 104, № 9 вып. 15/2, C. 54-59 ![]() |
|
Эволюция и разнообразие L1-ретротранспозонов в геномах покрытосеменных растений. Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(3): 563-571 ![]() |
|
LTR- ретротранспозоны растений И. Д. Сормачева, А.Г. Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(2): 351-381 ![]() |
|
Ретротранспозиция NLR1Cth non-LTR ретротранспозона из Chironomus thummi в геном клеток китайского хомячка O. С. Новикова, E. В. Папушева, E. Г. Понимаскин, A. Г. Блинов RUSS J GENET+, 2011, 47(6): 774-782 ![]() |
|
Bumblebees (Bombidae) along pollution gradient – heavy metal accumulation, species diversity, and Nosema bombi infection level H. Szentgyorgyi, A. Blinov, N. Eremeeva, S. Luzyanin, I. M. Ggzes, M. Woyciechowski Pol. J. Ecol., 2011, 59(3): 599-610 ![]() |
|
2010 | Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88 ![]() |
Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров Пельтек С.Е., Горячковская Т.Н., Рубцов Н.Б., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А., Попик В.М., Пиндюрин В.Ф., Гольденберг Б.Г., Щеглов М.А., Кулипанов Г.Н. Нанотехнологии Экология Производство, 2010, №4, С.84-87 ![]() |
|
Молекулярная филогеография хромосомных рас саппорской кобылки Podisma sapporensis Shir Бугров А. Г., Новикова О. С., Блинов А. Г Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2010, 8 (3): 118-123 ![]() |
|
Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643 ![]() |
|
Распространение и филогенетические взаимоотношения Tc1-Mariner ДНК транспозонов в отряде Lepidoptera И.Д.Сормачева, А.С.Новиков, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2010, 9(3): 430-432. ![]() |
|
Роль функциональных сайтов супрессора опухолей merlin в сперматогенезе дрозофилы Юдина О.С., Головнина К.А., Дорогова Н.В., Копыл С.А., Болоболова Е.У., Дубатолова Т.Д., Шилова И.Э., Омельянчук Л.В., Блинов А.Г., Чанг Л.Ш RUSS J GENET+, 2010, №10, т.46, с.1346-1378 ![]() |
|
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356. ![]() |
|
Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554 ![]() |
|
Diversity and evolution of LTR retrotransposons in the genome of Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Novikova O. RUSS J GENET+, 2010, 46:637-644 ![]() |
|
Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2010, 11(1):231 ![]() |
|
A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. BMC SYST BIOL, 2010, 4:98 2010 ![]() |
|
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, 2010, World Scientific Publ., Singapore, pp. 563-569 ![]() |
|
Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana 2. E.C. Новоселова, В.В. Миронова Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275, стр. 289-291 ![]() |
|
Metabolic Engineering in Silico Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ree M.T., Kolchanov N.A. APPL BIOCHEM MICRO+, 2010, Vol. 46, No. 7, pp. 671–687 ![]() |
|
Molecular characterization of vernalization loci (Vrn1) in wild and cultivated wheats Golovnina K., Kondratenko E.Ya., Blinov A., Goncharov N.P. BMC PLANT BIOL, 2010, Vol.10. P. 168 ![]() |
|
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49. ![]() |
|
Studying the mathematical models for the matrix synthesis of non-regular polymers of DNA, RNA and proteins Fadeev S.I., Likhoshvai V.A., Shtokalo D.N., Korolev V.K. Сибирские электронные математические известия, 2010, V.7, p. 467-475, http://semr.math.nsc.ru ![]() |
|
О существовании и устойчивости циклов в пятимерных моделях генных сетей. В.П. Голубятников, И.В. Голубятников, В.А. Лихошвай. Сибирский журнал вычислительной математики, 2010, Т. 13, N 4, С. 403 – 412. ![]() |
|
О применении метода отображения по параметру для численного исследования биологических моделей// Сибирские электронные математические известия(СЭМИ) (Siberian Electronic Mathematical Reports, http://semr.math.nsc.ru, 2010, Т.7, с. 394-412 Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирские электронные математические известия, 2010 ![]() |
|
On properties of solutions to equations of multistage substance synthesis. Demidenko G.V., Likhoshvai V.A., Melnik I.A. ANAL APPL, 2010 ![]() |
|
О некоторых нелинейных динамических системах, моделирующих несимметричные генные сети. Ю.А.Гайдов, В.П. Голубятников, В.А. Лихошвай Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010 ![]() |
|
The Digenea Parasite Opisthorchis felineus: a Target for the Discovery and Development of Novel Drugs Mordvinov V.A., Furman D.P. Infect Disord Drug Targets, 2010, V. 10. No. 5. P. 385-401 ![]() |
|
The role of the functional sites of the Merlin tumor suppressor in Drosophila spermatogenesis Iudina OS, Golovnina KA, Dorogova NV, Kopyl SA, Bolobolova EU, Dubatolova TD, Shilova IÉ, Omel'ianchuk LV, Blinov AG, Chang LSh. RUSS J GENET+, 2010, V. 46(10): 1214-1216. ![]() |
|
Состояние и перспективы селекции розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т.14., № 1 ![]() |
|
Некоторые достижения в решении проблем семенной репродукции ремонтантных сортов крупноплодной земляники Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Материалы Международной научно-методической дистанционной конференции «Актуальные проблемы размножения ягодных культур и пути их решения», 2010 ![]() |
|
Матроклинное наследование при скрещиваниях Fragaria x Potentilla Батурин С.О., Амброс Е.В., Кузнецова Л.Л. Фактори експериментальноiй еволюцiп органiзмiв, 2010, т8, 303-306 ![]() |
|
2009 | Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456 ![]() |
Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13. №1. с.84-90 ![]() |
|
Chromodomains and LTR retrotransposons in plants Novikova O. Commun Integr Biol, 2009, 2:158-162 ![]() |
|
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов BIOPHYSICS, 2009, Т.54, № 6, С.1066-1080 ![]() |
|
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176 ![]() |
|
Многомерный анализ изменчивости морфологических, химических и хозяйственных признаков в роде (Amaranthus L.) В. М. Ефимов, Н. Б. Железнова, А. В. Железнов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 4. С.811-818 ![]() |
|
Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1,Том 13, стр. 176-186 ![]() |
|
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158 ![]() |
|
Мониторинг диплоидных видов пшеницы и проблемы аутентичности локальных коллекций Н.П. Гончаров, К.А. Головнина, А.С. Шатурова, Ф.А. Коновалов, О.Я. Ляпунова, Т.В. Лебедева, Б.В. Ригин. Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции, 2009, Т. 166, С.375-381 ![]() |
|
О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений Г. В. Демиденко, В. А. Лихошвай, А. В. Мудров Дифференциальные уравнения, 2009, том 45, № 1, с. 34–46 ![]() |
|
Опыт использования нуклеотидных последовательностей двух митохондриальных генов (COI, COII) для выяснения таксономического статуса и реконструкции филогенетических отношений шароголовых кузнечиков (Orthoptera, Ensifera, Tettigoniidae) А.Г. Бугров, О.С. Новикова, Е.С. Нетесова, А.В. Горохов, А.Г. Блинов. Евразиатский энтомологический журнал, 2009, 8(1): 1-8. ![]() |
|
Применение неметрического многомерного шкалирования для мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С.102–108. ![]() |
|
Происхождение, эволюция и распространение различных групп non-LTR ретротранспозонов среди эукариот О. Новикова, А. Блинов RUSS J GENET+, 2009, 45(2): 149-159 ![]() |
|
Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170 ![]() |
|
Филогения А геномов диких и возделываемых видов пшениц Головнина К.А., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, №11. C. 1540-1547. ![]() |
|
Цитокины: биологические свойства и регуляция экспрессии гена интерлейкина-5 человека В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, стр. 53-67 ![]() |
|
Экспрессия гена dps Escherichia coli в присутствии токсических агентов: анализ и математическое моделирование Лихошвай В.А., Степанова Т.Ю., Задорожный А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №4, С.731-740. ![]() |
|
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2009, 54(6):1066-80 ![]() |
|
Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2009, 11(1):231 ![]() |
|
Flying non-LTR retrotransposons: DNA transposons as freely available "wings"? Novikova O, Blinov A. RETROVIROLOGY, 2009, 6(Suppl 2): 62 ![]() |
|
Horizontal transfer of non-LTR retrotransposons O.S. Novikova, V. Fet, A.G.Blinov Информационный вестник ВОГИС, 2009, 13(1): 76-83 ![]() |
|
Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi Journal of Stem Cells, 2009, v4, issue 3, pp. 147-160 ![]() |
|
Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Novikova O., Fet V., Blinov A Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (1): 27-42 ![]() |
|
Phylogeny of A Genome of Wild and Cultivated Wheat Species K.A. Golovnina, E.Ja. Kondratenko, A.G. Blinov, and N.P. Goncharov RUSS J GENET+, 2009, Vol. 45, No. 11, pp. 1360–1367 ![]() |
|
Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468. ![]() |
|
Study of a Mathematical Model for the Autoregulation of Hes7 Protein Synthesis. adeev S. I., Omel’yanchuk N. A., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2009 ![]() |
|
Taxonomy and molecular phylo-geny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E.Ja. BREEDING SCI, 2009, V. 59, N5. P.492-498. ![]() |
|
The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. P. 231-234 ![]() |
|
Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52. ![]() |
|
Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, No. 11, pp. 1476–1492 ![]() |
|
Генетический контроль развития механорецепторов у Drosophila melanogaster - описание в базе данных "NEUROGENESIS" Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. С.186-193. ![]() |
|
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722 ![]() |
|
2008 | Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7 Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140 ![]() |
Математическое моделирование морфогенеза растений Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Журнал вычислительной математики и математической физики, 2008, Т.11. №2., c.151-166 ![]() |
|
Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик, В.Ф. Пиндюрин, В.С. Елисеев, Б.Г. Гольденберг, М.А. Щеглов, Н.В. Тикунова, Т.М. Хлебодарова, Н.Б. Рубцов, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2008, Т 3 вып 9-10 , с 136-145 ![]() |
|
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А Сибирские электронные математические известия, 2008, N5, 25-41 ![]() |
|
Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707 ![]() |
|
Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Вычислительные технологии, 2008, №6, т 13, 91-101 ![]() |
|
dUTPase-содержащие Metaviridae LTR ретротранспозоны из генома Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Новикова ОС, Блинов АГ Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, Т. 420, С. 699-702 ![]() |
|
How Drosophila melanogaster Forms its Mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. CURR GENOMICS, 2008, №5, V. 9, pp. 312-323 ![]() |
|
Genetic сontrol of macrochaetae development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. RUSS J DEV BIOL+, 2008, 2008, Vol. 39, No. 4, pp. 195–206. ![]() |
|
Novel clades of chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons from mosses (Bryophyta) Novikova O, Mayorov V, Smyshlyaev G, Fursov M, Adkison L, Pisarenko O, Blinov A PLANT J, 2008, V. 56, P. 562-574 ![]() |
|
Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470. ![]() |
|
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7. Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2008 ![]() |
|
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А. Сибирские электронные математические известия, 2008 ![]() |
|
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461 ![]() |
|
Генетический контроль развития макрохет у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Онтогенез, 2008, №4. Т.39. С.245-258 ![]() |
|
2007 | Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839 ![]() |
Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин. Molecular Biology, 2007, Т. 41, № 5, с. 843–850 ![]() |
|
Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, Т. 38, №. 6, стр. 446–456, 2007 ![]() |
|
Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, 38 №6, 457-462 ![]() |
|
Correlation of codon biases and potential secondary structures with mRNA translation efficiancy in unicellular organisms Vladimirov NV, Likhoshvai VA, Matushkin YG Molecular Biology, 2007, v41(5),843-850 ![]() |
|
CR1 clade of non-LTR retrotransposons from Maculinea butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae): evidence for recent horizontal transmission Novikova O, Sliwinska E, Fet V, Settele J, Blinov A, Woyciechowski M BMC EVOL BIOL, 2007, V. 7, P. 93 ![]() |
|
A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11 ![]() |
|
Generalized Hill function method for modeling molecular processes Vitaly Likhoshvai and Alexander Ratushny Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V5, N2(b), 521-531. ![]() |
|
LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ ИЗ ГЕНОМОВ Aspergillus fumigatus И Aspergillus nidulans. О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 830-838 ![]() |
|
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609 ![]() |
|
Molecular phylogeny of the genus Triticum L K. A. Golovnina, S. A. Glushkov, A. G. Blinov, V. I. Mayorov, L. R. Adkison and N. P. Goncharov PLANT SYST EVOL, 2007, V. 264, P. 195-216 ![]() |
|
Genetic Control of Bristle Pattern Formation in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Doklady Biological Sciences, 2007, Vol. 417, pp. 484–486 ![]() |
|
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes. S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai, D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007 ![]() |
|
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30. ![]() |
|
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai and D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007, vol.1, Number 2, pp. 178-189. ![]() |
|
Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala) Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V. CELL BIOL INT, 2007, 31(2):97-108 ![]() |
|
А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, 02B, pp. 641-650 ![]() |
|
Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520 ![]() |
|
Наследование розовой окраски венчика у полиплоидов земляники (Fragaria L.) Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Досягнення i проблеми генетики, селекцiп та бпотехнологiп, 2007 ![]() |
|
AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318 ![]() |
|
Сравнительно-генетический анализ голозерной диплоидной пшеницы Triticum sinskajae и ее исходной формы T.monococcum Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Банникова С.В., Коновалов А.А., Головнина К.А. RUSS J GENET+, 2007, Т.43, №11,с.1491-1500 ![]() |
|
Генетический контроль формирования щетиночного рисунка у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Doklady Akademii Nauk, 2007, № 6, Т.417, С.844-846 ![]() |
|
ГОМОЛОГ-ЗАВИСИМАЯ ИНАКТИВАЦИЯ LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ В ГЕНОМАХ Aspergillus fumigatus И A. Nidulans О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 973-981 ![]() |
|
2006 | Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7 ![]() |
Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта:рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7 ![]() |
|
МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, N 2, стр.241-272 ![]() |
|
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7 ![]() |
|
Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова SIBERIAN MATH J+, 2006, 1б, 47, 58-68 ![]() |
|
Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10 ![]() |
|
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, выпуск N7, т. 51 ![]() |
|
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, 51, N7. ![]() |
|
Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311 ![]() |
|
Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А BIOPHYSICS, 2006, №4, т.51, 608-614. ![]() |
|
Divergent non-LTR retrotransposon lineages from the genomes of scorpions (Arachnida: Scorpiones) Glushkov S., Novikova O., Blinov A., Fet V. MOL GENET GENOMICS, 2006, V. 275. P. 288-296. ![]() |
|
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94 ![]() |
|
Molecular phylogeny of Palaearctic genera of Gomphocerinae grasshoppers (Orthoptera, Acrididae) Bugrov A., Novikova O., Mayorov V., Adkison L., Blinov A. SYST ENTOMOL, 2006, V. 31. P. 362-368. ![]() |
|
A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, №7, V. 51 ![]() |
|
Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51 ![]() |
|
Synthtic species are donors to increase wheat biodiversityn N.P. Goncharov, E.Ja. Kondratenko, M.A. Khrabrova, A.A. Konovalov, L.I. Laikova, A.G. Blinov, K.A. Golovnina, S.A. Glushkov Агромеридиан., 2006, V. 3(4), P.86-91. ![]() |
|
Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303 ![]() |
|
Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51 ![]() |
|
2005 | Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Проскура А.Л., Воронич Е.С., Дубовенко Е.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, N2, с.179-198. ![]() |
Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178 ![]() |
|
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261 ![]() |
|
GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427 ![]() |
|
2004 | Возрастные особенности рецепции альдостерона в дистальных сегментах нефронов крыс и индукции экспрессии Na+, K+–АТФазы Логвиненко Н.С., Хлебодарова Т.М., Соленов Е.И., Иванова Л.Н. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2004, Т.90. №3. С.375-384. ![]() |
SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12. ![]() |
|
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610 ![]() |
|
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621 ![]() |
|
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81. ![]() |
|
2003 | How a protein knots: Folding simulation of lattice proteins Titov I.I., Palyanov A.Yu. BIOPHYSICS, 2003, 48 (Suppl. 1), 133 ![]() |
Эффект замены хромосомы 5A дополнительной хромосомой 5B у потомства сомаклональной линии обыкновенной пшеницы, моносомной по 5A Е. И. Гордеева, Бадаева Е. Д., Будашкина Е. Б., Н. А. Омельянчук Генетика, 2003, 39(12): 1656-63 ![]() |
|
Data Mining Techniques in Bioinformatics Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V. Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555 ![]() |
|
2002 | Как клетки защищаются от стресса? Хлебодарова Т.М. Генетика, 2002, T.38. N.4. C.437-452. ![]() |
How cells protect themselves against stress? Khlebodarova T.M. RUSS J GENET+, 2002, V.38. P.345-358 ![]() |
|
Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056 ![]() |
|
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110 ![]() |
|
2001 | ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287 ![]() |
1998 | Ген, контролирующий ответ системы деградации ЮГ у имаго Drosophila virilis на стрессирующее воздействие, сцеплен с хромосомой 6 Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Суханова М.Ж., Анкилова И.А., Шумная Л.В., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1998, Т.34, С.625-628 ![]() |
Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125 ![]() |
|
1997 | N-ацетилирование биогенных аминов у Drosophila virilis Суханова М.Ж., Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Шумная Л.В., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1997, т.33, с.1-5 ![]() |
Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 726-732 ![]() |
|
Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. Molecular Biology, 1997, Т. 31, №4, С. 741-748 ![]() |
|
1996 | Роль метаболизма ювенильного гормона в адаптации популяций Drosophila к стрессирующим условиям среды Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Мазуров М.М., Гренбэк Л.Г., Суханова М.Ж., Шумная Л.В., Захаров И.К., Хэммок Б.Д., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1996, Т. 32. – С. 1191-1198 ![]() |
Ферменты метаболизма ювенильного гормона в онтогенезе Drosophila virilis Хлебодарова Т.М. Гренбэк Л.Г. Грунтенко Н.Е. Суханова М.Ж., Раушенбах И.Ю. Онтогенез, 1996, т.27, с.47-50 ![]() |
|
Генетический контроль метаболизма ювенильного гормона у Drosophila melanogaster Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Суханова М.Ж., Захаров И.К., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1996, т.32, с.1-4 ![]() |
Монографии
2021 | The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Mukhin A. M., Kazantsev F.V., Klimenko A.I., Lakhova T.N., Demenkov P.S., Lashin S.A. ![]() |
2019 | Inter-country competition and collaboration in the miRNA science field A. Firsov, I.Titov ![]() |
Prediction of RNA secondary structure based on optimization in the space of its descriptors by the simulated annealing algorithm N. Kobalo, A. Kulikov, I. Titov ![]() |
|
2018 | Редактирование генов червей Устьянцев К. В., Беризиков Е. В. ![]() |
2017 | On the potential for multiscale oscillatory behavior in HIV Ratushny A.V., De Leenheer P., Bazhan S.I., Bocharov G.A., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. ![]() |
Hogness Box Ponomarenko M., Mironova V., Gunbin K., Ponomarenko P., Suslov V., Savinkova L. ![]() |
|
2015 | RNA-seq data analysis for studying abiotic stress in horticultural plants. Chapter 14. Mironova V.V., Weinholdt C., Grosse I. ![]() |
2014 | Evolution, Biodiversity and Ecology in Microbial Communities: Mathematical Modeling and Simulation with the “Haploid Evolutionary Constructor” Software Tool Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Klimenko A.I., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ![]() |
Opisthorchis viverrini and Opisthorchis felineus Sithithaworn P., Andrews R., Shekhovtsov S.V., Mordvinov V.A., Furman D.P. ![]() |
|
2013 | Hogness Box. Ponomarenko M, Mironova V, Gunbin K, Savinkova L ![]() |
2012 | Morphogenesis of drosophila melanogaster macrochaetes: Cell fate determination for bristle organ Furman D.P., Bukharina T.A. ![]() |
Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов ![]() |
|
2011 | Analysis of the Conservative Motifs in Promoters of miRNA Genes, Expressed in Different Tissues of Mammalians O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V. Bocharnikov, and E.V. Berezikov ![]() |
Dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophageal transcription factors and cytokines: prediction and experimental verification E.V. Kashina, D.Yu. Oshchepkov, E.V. Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov, D.P. Furman ![]() |
|
Моделирование коэволюции одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программного комплекса «Эволюционный конструктор» Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. ![]() |
|
Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. ![]() |
|
2010 | Morphogenesis of Drosophila Melanogaster Macrochaetes: Cell Fate Determination for Bristle Organ Furman D.P., Bukharina T.A. ![]() |
Компьютерный генетический конструктор для моделирования молекулярно-генетических процессов в бактериальной клетке: анализ циклической генной сети Изд-во СО РАН, Новосибирск. 2010, Глава 6.5, С. 392-404. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. ![]() |
|
Компьютерный генетический конструктор: математическое моделирование генетических и метаболических подсистем E. coli Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ратушный А.В., Лашин С.А., Турнаев И.И., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Колчанов Н.А. ![]() |
|
Экспериментально-компьютерное конструирование и анализ бактериальных геносенсоров для детекции токсичности окружающей среды Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А., Качко А.В., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Задорожный А.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. ![]() |
|
German/Russian Network of Computational Systems Biology. R. Hofestadt and N. Kolchanov (Eds). E.L. Mishchenko, N.V. Ivanisenko, A.M.Mishchenko, V.A.Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, R. Hofestadt, N.A. Kolchanov ![]() |
|
Nandbook of Drug Targeting and Monitoring. B.Andreev and V. Egorov ( Eds). E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov ![]() |
|
Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова ![]() |
|
2008 | Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование. Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А. ![]() |
Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С. ![]() |
|
Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” // В монографии: Системная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. ![]() |
|
Cистемная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Изд-во СО РАН, Новосибирск Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. ![]() |
|
Методы моделирования динамики молекулярно-генетических систем Лихошвай В.А., Ратушный А.В., Бажан. С.И., Ощепкова Е.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. ![]() |
|
«Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко , Н: Изд. СО РАН, , 2008, 761с Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко ![]() |
|
Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А., Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А. ![]() |
|
Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А. ![]() |
|
Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новосибирск, 2008, Изд-во СО РАН. Титов И.И., Пальянов А.Ю., Чекмарев С.Ф., Карплус М. ![]() |
|
Теория генных сетей. В «Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров. В.А. Лихошвай и В.А. Иванисенко, Н: Изд. СО РАН, , 2008, с. 397-480. Лихошвай В.А., Голубятников В.П., Демиденко Г.В., Евдокимов А.А., Матвеева И.И., Фадеев С.И. ![]() |
|
Evolutionary history of wheats - the main cereal of mankind Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kilian B., Glushkov S., Blinov A., Shumny V.K. ![]() |
|
2007 | The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A. ![]() |
2006 | Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II Levitsky V.G, Katokhin A.V., Oshchepkov D.Yu., Poplavsky A.S., Trifonov V., Furman D.P. ![]() |
TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko ![]() |
|
STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov. ![]() |
|
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L.Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006. Titov I., Vorobiev D., Palyanov A. ![]() |
|
Self-oscillations in hypothetical gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 391-404. V.A. Likhoshvai, V.V. Kogai, S.I. Fadeev ![]() |
|
Periodic trajectories and andronov-hopf bifurcations in models of gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc.2006, pp. 405-414. V.P. Golubyatnikov, V.A. Likhoshvai, E.P. Volokitin, Yu.A. Gaidov, A.F. Osipov ![]() |
|
On the problem of search for stationary points in regulatory circuits of gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 415-420. V.A. Likhoshvai ![]() |
|
Modeling of gene expression by the delay equation. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 421-431. V.A. Likhoshvai, G.V. Demidenko, S.I. Fadeev ![]() |
|
Групповой отбор в популяции с многолетним жизненным циклом развития: разработка технологии построения портретных моделей на примере популяции земноводных. В «Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование». Отв. Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин, Н.А.Колчанов. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2006, с. 368-374. Лихошвай В.А., Северцов А.С. ![]() |
|
Молекулярно-эпигенетические механизмы возникновения биоразнообразия. В «Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование». Отв. Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин, Н.А.Колчанов. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2006, с. 401-411. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г. ![]() |
|
ARTSITE DATABASE: COMPARISON OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTORS Khlebodarova, O. Podkolodnaya, D. Oshchepkov, D. Miginsky, E. Ananko, E. Ignatieva ![]() |
Конференции
2024 | НАЛИЧИЕ НЕРИБОСОМНЫХ ПЕПТИДОВ ОПРЕДЕЛЯЕТ ОПТИМИЗАЦИОННЫЕ СТРАТЕГИИ ЭФФЕКТИВНОСТИ
ЭЛОНГАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ В БАКТЕРИЯХ Ю.Г. Матушкин, А.И. Клименко, С.А. Лашин, Н.А. Колчанов, Д.А. Афонников VI Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2024 ![]() |
Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato Cultivars Grown in Russia Karetnikov D.I., Vasiliev G.V., Toshchakov S.V., Shmakov N.A., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Rybakov D.A., Gavrilenko T.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024) ![]() |
|
Testing CAPS-markers designed on partially phased assembly of autotetraploid Solanum tuberosum genome Larichev K., Sergeeva E., Karetnikov D., Afonnikov D., Salina E., Kochetov A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024) ![]() |
|
Assembly and Analysis of Plastomes for 30 Potato Cultivars Grown in Russia Karetnikov D.I., Salina E.A., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024) ![]() |
|
Transcription factors with different DNA-binding domains respect different hierarchic levels such as class, family and subfamily as sufficient for significant similarity of their motifs Raditsa V.V., Tsukanov A.V., Levitsky V.G BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Mathematical modeling of the
regulation of NCgl2816-lldD,
brnEF, vanABK and mtlTD
operons in Corynebacterium
glutamicum Lakhova T., Kazantsev F., Khlebodarova T., Matushkin Yu., Lashin S. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
Genome analysis of novel strains of Cydia
pomonella granulovirus from Russia Lakhova T., Klimenko A., Tsygichko A., Ismailov V., Vasiliev G., Asaturova A., Lashin S. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
Quantifying ecological functional groups in the human
gut microbiome: metagenomics meets trait-based ecology Klimenko A.I., Kropochev A.I., Lashin S.A. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
Transfer learning based yeast protein abundance prediction Venzel A.S., Klimenko A.I., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Lashin S.A., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
Evolutionary strategies for translation elongation efficiency in bacteria are significantly influenced by the presence of non-ribosomal peptides Matushkin Yu.G., Klimenko A.I., Lashin S.A., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
A principal components analysis and functional annotation of differentially expressed genes in brain regions of gray rats selected for tame or aggressive behavior Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Bogomolov A., Kondratyuk E., Oshchepkov D., L. Orlov Yu., Markel A.L. “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, BGRS/SB-2024 ![]() |
|
Ontology analysis of big transcriptomic data and differential gene expression Oshchepkov D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Zolotareva K., Khandaev B., Sharypova E., Ponomarenko P., Bogomolov A., Klimova N.V., Shikhevich S., Redina O., Kolosova N.G., Nazarenko M., Kolchanov N.A., Markel A., Ponomarenko M. “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, BGRS/SB-2024 ![]() |
|
Time series ordination for computational experiments dynamics (TSOCED) with biological models Klimenko A.I., Vorobeva D.A., Lashin S.A. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
Integration of bioinformatic tools for assessing promoter
activity and gene translation elongation efficiency
to predict microbial gene expression levels Klimenko A.I., Fairushina K.S., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Lashin S.A. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
Биоинформатическая квантификация экологических функциональных групп симбиотической микробиоты кишечника человека на основе данных высокопроизводительного секвенирования А.И. Клименко, А.И. Кропочев, С.А. Лашин VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы ![]() |
|
Исследование вариаций и структуры генома сортов картофеля Solanum tuberosum, выращиваемых в России Д.И. Каретников, Г.В. Васильев, С.В. Тощаков, Н.А. Шмаков, М.А. Генаев, М.А. Нестеров, С.М. Ибрагимова, Д.А. Рыбаков, Т.А. Гавриленко, Е.А. Салина, М.В. Патрушев, А.В. Кочетов, Д.А. Афонников INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education” ![]() |
|
Поиск локусов и генов-кандидатов, ассоциированных с окраской и предуборочным прорастанием зерна у краснозерной озимой мягкой пшеницы Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Комышев Е.Г., Афонников Д.А., Салина Е.А. 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024) ![]() |
|
Исследование хозяйственной ценности генов, контролирующих синтез меланинов в колосе ячменя (Hordeum vulgare L.) Шоева О.Ю., Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Вихорев А.В., Молобекова К.А., Кукоева Т.В., Морозов С.В., Черняк Е.И., Хлесткина Е.К. 7-ая Международная конференция «Генофонд и селекция растений», посвященной 95-летию академика РАН П.Л. Гончарова ![]() |
|
Поиск и анализ длинных некодирующих РНК в масштабах пан-транскриптома кукурузы. Пронозин Артем Юрьевич Афонников Дмитрий Аркадьевич VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы ![]() |
|
Bioinformatics of transcription processes:
TATA boxes of eukaryotic gene Золотарёва К, Подколодный Н, Рассказов Д, Чадаева И, Шарыпова Е, Пономаренко П, Богомолов А, Пономаренко М, Савинкова Л, Колчанов Н. А. VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы ![]() |
|
A software package to assess the metabolic potential of mutant strains of the Corynebacterium glutamicum Kazantsev F.V., Trofimova M.F., Sheremetieva M.E., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
Software package for analysis of regulatory circuits of bacterial metabolic pathways by mathematical modeling methods Kazantsev F.V., Lakhova T.N., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
Анализ адаптационно‑значимого для хозяина штамма wMelPlus эндосимбиотической бактерии Wolbachia и его влияния на транскриптом Drosophila melanogaster О. Д. Шишкина, М. А. Дерюженко, О. В. Андреенкова, М. А. Бобровских, Н. В. Шацкая, Г. В. Васильев, А. И. Клименко, А. Е. Коренская, Н. Е. Грунтенко VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы ![]() |
|
InterTransViewer: a comparative analysis of differential
gene expression profiles Тяпкин Александр Вячеславович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Землянская Елена Васильевна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
FindTFnet: a tool for reconstruction of Arabidopsis
transcription factor networks from transcriptome data Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Богомолов Антон Геннадьевич, Землянская Елена Васильевна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
DyCeModel: a tool for 1D simulation for plant hormones
control of tissue patterning using shoot and root apical
meristems of Arabidopsis thaliana as examples Азарова Дарья Сергеевна, Землянская Елена Васильевна, Лавреха Виктория Вадимовна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Structural variants of EIN3 binding site mediate regulation of distinct biological processes in response to ethylene in Arabidopsis thaliana L. Маслакова Ангелина Александровна, Долгих Владислав Андреевич, Землянская Елена Васильевна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
New technique for the quantitative description of root cap renewal in Arabidopsis thaliana L. Черенко В.А., Землянская Е. В. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure / Systems Biology ![]() |
|
Предсказание и анализ длинных некодирующих РНК на основе пан-транскриптома Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024): The 14th International Multiconference Novosibirsk, 2024 ![]() |
|
Разработка биоинформатического конвейера для обработки данных, полученных методом GBS Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024): The 14th International Multiconference Novosibirsk, 2024 ![]() |
|
Integration of phylostratigraphic and phylotranscriptomic analysis in the study of differentially expressed genes in cancer tissues Иванов Р.А. Лашин С.А. Афонников Д.А. Матушкин Ю.Г. 14-я Международная Мультиконференция “Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология” ![]() |
|
РЕКОНСТРУКЦИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ В ESCHERICHIA COLI K-12 ШТАММА
B-6195 Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин VI Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2024 ![]() |
|
Эволюционный подход к изучению дифференциальной экспрессии в тканях карцином различных
стадий Иванов Роман Артемович Афонников Дмитрий Аркадьевич Матушкин Юрий Георгиевич Лашин Сергей Александрович VI Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2024 ![]() |
|
In silico analysis of the system determining the morphogenesis of Drosophila mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. 14-ая международная мультиконференция "Биоинформатика регуляции и структуры геномов/ Системная биология" ![]() |
|
Наличие или отсутствие нерибосомных пептидов существенно влияет на оптимизационные стратегии эффективности элонгации трансляции в бактериальных геномах Ю.Г. Матушкин, А.И. Клименко. С.А. Лашин, Д.А. Афонников VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы ![]() |
|
Studying of the effect of THz radiation on cells of the thermophilic bacterium Geobacillus icigianus. Bannikova S.V. , Khlebodarova T.M., Oshchepkov D.Y., Shipova A.A., Uvarova Y.E., Vasilieva A.R., Vasiliev G.V., Mukhin A.М., Bryanskaya A.V., Popik V.M.,Peltek S.E. 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” ![]() |
|
Genetic technologies: production of fermentative preparations for industrial needs based on the construction of producers using a collection of natural genes of bacteria and the genome of the yeast Komagataella phaffii Peltek S.E., Zadorozhny A.V., Bogacheva N.V., Korzhuk A.V., Shlyakhtun V.N., Uvarova Yu.E., Shipova A.A., Arbuzov G.D., Chesnokov D.O., Bannikova S.V., Pavlova E.Yu., Bochkov D.V., Bukatic E.Yu., Slynko N.M., Bryanskaya A.V., Khlebodarova T.M., Vasilyeva A.R. 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” ![]() |
|
How RNA free energy landscape of ilvBNC operon transcriptional attenuator drives Corynebacterium glutamicum valine production. Titov I.I., Ryabchenko L.E., Leonova T.E., Kalinina T.I., Gerasimova T.V., Khlebodarova T.M., Sheremetieva M.E., Kolchanov N.A., Yanenko A.S. 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” ![]() |
|
Reconstruction and computer analysis of the structural and functional organization of the gene network regulating cholesterol biosynthesis in humans and the evolutionary characteristics of genes involved in the network. Ignatieva E.V., Mikhailova A.D., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure / Systems Biology (BGRS/SB-2024) :The Fourteenth International Multiconference (August 5–10, 2024, Novosibirsk, Russia) ![]() |
|
Analysis of the evolution of the human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite using phylostratigraphic age and divergence indexes. Ignatieva E.V., Ivanov R.A., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure / Systems Biology (BGRS/SB-2024) :The Fourteenth International Multiconference (August 5–10, 2024, Novosibirsk, Russia) ![]() |
|
Мозаичное распределение водорослей и цианопрокариот в таежных сообществах подзоны южной тайги Багаутдинова З.З., Пивоварова Ж.Ф. Водоросли: проблемы таксономии экологии, использование в мониторинге и биотехнологии ![]() |
|
miRNA science as an intellectual epidemy Firsov A., Titov I. BGRS/SB-2024 ![]() |
|
WheatHeadDetection. Modernisation of wheat head detection models and data collection protocol Kozhekin M. Afonnikov D BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
База знаний RatDEGdb по дифференциально
экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта
биомедицинских исследований Пономаренко М., Чадаева И., Филонов С., Золотарева К., Кожемякина Р., Подколодный Н., 3, Хандаев Б., Рассказов Д., Кондратюк Е., Климова Н., Федосеева Л., Богомолов А., Кожевникова О., Шихевич С., Рязанова М., Ощепков Д., Ершов Н., Редина О., Стефанова Н., Колосова Н., Маркель А. BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
2023 | Методы математического и компьютерного моделирования в исследование метаболизма L-аминокислот бактерии C. glutamicum Казанцев Ф.В., Трофимова М.Ф., Клименко А.И., Лашин С.А. IX Пущинская конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов» ![]() |
Исследование молекулярно-генетических и клеточных механизмов синтеза меланина в колосе ячменя (Hordeum vulgare L.) Шоева О.Ю., Глаголева А.Ю., Мурсалимов С.Р., Кукоева Т.В., Шмаков Н.А., Вихорев А.В., Морозов С.В., Черняк Е.И., Хлесткина Е.К. X Съезд общества физиологов растений России «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата» ![]() |
|
Геномный анализ штаммов-эндофитов рода Bacillus: поиск генов, участвующих в осуществлении антифунгальной активности и взаимодействии с растением Александра Коренская, Cecile Ben, Laurent Gentzbittel, Сергей Лашин, Александра Клименко III Международная конференция «Сохранение и преумножение генетических ресурсов микроорганизмов» ![]() |
|
The impact of terahertz radiation on stress response systems of prokaryotes Peltek S., Bannikova S., Mesheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilievа A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Khlebodarova T.M., Goryachkovskaya T THE 5-TH INTERNATIONAL CONFERENCE “TERAHERTZ AND MICROWAVE RADIATION: GENERATION, DETECTION AND APPLICATIONS” (TERA-2023) ![]() |
|
CisCross web server: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha V.V., Levitsky V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Mironova V. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023) ![]() |
|
The ICAnnoLncRNA pipeline for a Long-Non-coding-RNA identification and Annotation in Transcriptomic Data Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023) ![]() |
|
Comparison of methods for genotyping peach cultivars Розанова Ирина Вениаминовна, Пронозин Артем Юрьевич, Смыков. Анатолий Владимирович, Месяц Наталья Васильевна, Водясова Екатерина Александровна 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023) ![]() |
|
Study of grain shape, color and pre-harvest sprouting in population of winter bread wheat cultivated in Russia Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Afonnikov D.A., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023) ![]() |
|
The study of the influence of various factors on the germination index in the collection of soft winter wheat (Triticum aestivum L.) Fedyaeva A.V., Afonnikova S.D., Afonnikov D.A., Deeva V.N., Pryanishnikov A.I., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023) ![]() |
|
Analysis of the genome structure and its variations in potato cultivars grown in Russia Karetnikov D.I., Vasiliev G.V., Toshchakov S.V., Shmakov N.A., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Rybakov D.A., Gavrilenko T.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023) ![]() |
|
Исследование метаболизма L-аминокислот бактерией Corynebacterium glutamicum методами математического моделирования Трофимова Мария Федоровна Всероссийская молодежная научная Школа-конференция «Генетические технологии в исследовании природных соединений» ![]() |
|
Филостратиграфический анализ генов онкологических заболеваний человека Иванов Роман Артемович Лашин Сергей Александрович 14th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2023 ![]() |
|
Анализ штамма Wolbachia wMelPlus, повышающего
стрессоустойчивость Drosophila melanogaster Шишкина О.Д., Андреенкова О.В., Шацкая Н.В., Клименко А.И., Коренская А.Е., Грунтенко Н.Е. Всероссийская конференция с международным участием «Дрозофила 2023» ![]() |
|
Computational reconstruction
of transcriptional cascades induced
by plant hormones Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Лавреха В.В. PlantGen ![]() |
|
Identification of functional transcription factor binding motifs in the Arabidopsis thaliana ChIP-seq data Dolgikh V.A., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023) ![]() |
|
Выявление спектра функциональных мотивов связывания транскрипционных факторов в ChIP-seq данных Arabidopsis thaliana L. Долгих В.A., Землянская Е.В., Левицкий В.Г. X Съезд общества физиологов растений России. Всероссийская конференция с международным участием: «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата» ![]() |
|
Изучение метаболизма метанотрофных бактерий на основе анализа омиксных данных и потокового моделирования. Акбердин И.Р. , Куляшов М.А., Колмыков С.К., Гамильтон Р., Хлебодарова Т. М., Калюжная М. Г. 4-ый Российский Микробиологический Конгресс ![]() |
|
Предсказание потенциальных транскрипционных факторов и их генов-мишеней у метанотрофных бактерий Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR на основе массового анализа транскриптомных данных Колмыков С.К., Куляшов М.А., Гамильтон Р., Хлебодарова Т.М., Калюжная М.Г., Акбердин И.Р. 4-ый Российский Микробиологический Конгресс ![]() |
|
Использование контекст-зависимых потоковых моделей для выявления метаболических различий у метанотрофных бактерий Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR в зависимости от источника углерода и состава среды для культивирования Куляшов М.А., Колмыков С.К., Гамильтон Р., Хлебодарова Т. М., Калюжная М. Г., Акбердин И.Р. 4-ый Российский Микробиологический Конгресс ![]() |
|
Perspectives of transcriptomics data integration into a metabolic model of the methanotrophic bacterium Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR Akberdin I.R., Kulyashov M., Kolmykov S., Hamilton R., Khlebodarova T.M., Kalyuzhnaya M.G. Онлайн-семинар с международным участием «Перспективы редактирования геномов и метаболического моделирования метанотрофных бактерий» ![]() |
|
ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ АССОЦИАЦИЙ ПРИЗНАКОВ ПРЕДУБОРОЧНОГО ПРОРАСТАНИЯ И ЦВЕТА ЗЕРНА У ОЗИМОЙ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Афонников Д.А., Салина Е.А. Международный форум природоподобных технологий. Курчатовский геномный форум 2023. II международная молодежная конференция "Генетические и радиационные технологии в сельском хозяйстве" ![]() |
|
НОВАЯ МЕТОДИКА КОЛИЧЕСТВЕННОЙ ОЦЕНКИ КЛЕТОЧНОЙ
ДИНАМИКИ В КОРНЕВОМ ЧЕХЛИКЕ ARABIDOPSIS THALIANA L. Черенко В.А., Землянская Е.В. Всероссийская научная конференция с международным участием "Биология растений в эпоху глобальных изменений климата" ![]() |
|
2022 | МЕТОД ДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ БАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ ГЕНОМНОЙ ИНФОРМАЦИИ Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин Актуальные аспекты современной микробиологии: XIII молодежная школа-конференция с международным участием ![]() |
Plant immunity genes of Solanum tuberosum L. cultivars associated with resistance to potato late blight Shmakov N., Kochetov A., Afonnikov D., Vasiliev G., Antonova O., Shatskaya N., Glagoleva A., Ibragimova S., Khiutti A., Afanasenko O., Gavrilenko T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Plant immunity genes of Solanum tuberosum L. cultivars associated with resistance to potato late blight Shmakov N., Kochetov A., Afonnikov D., Vasiliev G., Antonova O., Shatskaya N., Glagoleva A., Ibragimova S., Khiutti A., Afanasenko O., Gavrilenko T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Построение транскрипционных регуляторных сетей бактерий на основе найденных факторов транскрипции и их сайтов связывания Лахова Т.Н., Мухин А.М., Ощепков Д.Ю., Лашин С.А. 25-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием «Биология – наука XXI века» ![]() |
|
Impact of negative feedbacks on de novo pyrimidines
biosynthesis in E. coli Khlebodarova T.M., Akberdin I.R., Kozlov K.N., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Reconstruction of mathematical frame models of bacterial
transcription regulation based on transcriptional regulatory
networks Lakhova T., Kazantsev F., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
On organizing a software platform for seeking
biotechnologically important features in bacteria Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A., Kolchanov N BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Data lake platform of the bacterial strain properties
for microbiology Mukhin A., Demenkov P., Kazantsev F., Lakhova T., Klimenko A., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Evolutionary analysis of gene networks with Orthoweb software Mustafin Z., Mukhin A., Anikin D., Kazantsev F., Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Finding the ways for potential increasing of L-valine
biosynthesis yield in C. glutamicum with mathematical modeling Kazantsev F., Klimenko A., Kropochev A., Trofimova M., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Genetic markers and neurophysiological correlates
of the psychological personality traits among people
from different regions of Siberia Savostyanov A., Tamozhnikov S., Karpova A., Kavai-Ool U., Ivanov A., Kazantsev F., Klimenko A., Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Phylostratigraphic analysis of human cancers
transcriptomic data Ivanov R. Mustafin Z. Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Computer annotation of plant protein sequences
based on sequence similarity and orthology Malyugin E., Mustafin Z., Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) ![]() |
|
Functional and evolutionary characteristics of the gene network
controlling appetite in mice: lessons from knockout or
knockdown animals Ignatieva E.V., Mustafin Z.S., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) ![]() |
|
Large scale analysis of the crop transcriptomic data:
analysis of out of the reference transcripts Afonnikov D.A., Genaev M.A., Shmakov N.A., Mustafin Z.S., Mukhin A.M., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) ![]() |
|
Web-MCOT server for motifs co-occurrence search in ChIP-seq data Victor Levitsky, Alexey Mukhin, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Sergey Lashin BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Massive comparison of the ‘genomic’ and ‘shuffled’ background set generation approaches for efficiency of de novo motif search in A. thaliana ChIP-seq data Raditsa V.V., Tsukanov A.V., Levitsky V.G BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
enRest tool for transcription factor binding sites
overrepresentation analysis in RNA-seq data Tsukanov A.V., Levitsky V.G. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Integration of ChIP-seq and RNA-seq data in structure-function analysis of cis-regulatory elements Dolgikh V., Wiebe D., Levitsky V., Zemlyanskaya E. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
CisCross web service: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators for Arabidopsis thaliana Lavrekha V.V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G. , Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Mironova V.V. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Разработка методов построения математических и компьютерных моделей регуляции экспрессии генов биотехнологически значимых штаммов бактерий Лахова Татьяна Николаевна VII Всероссийский молодежный научный форум "Наука будущего - наука молодых" ![]() |
|
Morphogenesis of Drosophila melanogaster mechanoreceptors:
system regulation Furman D.P., Bukharina T.A. 13-я Международная мультиконференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии / 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, BGRS/SB-2022 ![]() |
|
RECONSTRUCTION AND ANALYSIS OF PANGENOME OF SIBERIAN CULTIVARS OF POTATO SOLANUM TUBEROSUM Toschakov S.V., Gavrilenko T.A., Afonnikov D.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Karetnikov D.I., Genaev M.A., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Ibragimova S.M., Vasiliev G.V. III Всероссийская конференция «Высокопроизводительное секвенирование в геномике» (HSG-2022) ![]() |
|
Terahertz radiation proteomic response of the thermophilic bacterium Geobacillus icigianus. Bannikova S., Khlebodarova T., Meshcheryakova I., Bryanskaya A., Shedko E. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Metabolic engineering of corynebacteria to create a producer of L-valine. Sheremetieva M.E., Khlebodarova T.M., Anufriev K.E., Ryabchenko L.E., Leonova T.E., Kalinina T.I., Gerasimova T.V., Rozantseva V.V., Kolchanov N.A., Yanenko A.S. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
The impact of terahertz radiation on living systems. Peltek S., Bannikova S., Khlebodarova T., Shedko E., Meshcheryakova I., Bryanskaya A., Oshchepkov D., Vasiliev G., Vasilieva A., Uvarova Y., Kiseleva E., Popik V., Goryachkovskaya T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Synthetic community analysis by the trait-based method
of quantitative assessment of ecological functional groups Kropochev A., Lashin S., Klimenko A. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Integration of transcriptomic, genomic, and proteomic data in order to assess the impact of translation efficiency features on protein abundance for various prokaryotes Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Bioinformatic assessment of factors affecting the correlation between protein abundance and elongation efficiency in prokaryotes Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Genome assembly of a new Wolbachia pipientis strain:
a promising source for studying Drosophila melanogaster
endosymbiosis Klimenko A.I., Korenskaia A.E., Shishkina O.D., Andreenkova O.V., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Modelling of eco-evolutionary dynamics in microbial
communities with haploid evolutionary constructor Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ ГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ ШТАММОВ WOLBACHIA PIPIENTIS, РАЗЛИЧАЮЩИХСЯ ПО ВЛИЯНИЮ НА СТРЕССОУСТОЙЧИВОСТЬ DROSOPHILA MELANOGASTER Шишкина О.Д., Андреенкова О.В., Клименко А.И., Коренская А.Е., Васильев Г.В., Шацкая Н.В., Грунтенко Н.Е. HSG-2022: III Всероссийская конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике" ![]() |
|
Анализ сельскохозяйственных сортов ячменя методом GBS Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Салина Елена Артемовна GeneBio-2022 ![]() |
|
Salicylic acid treatment changes plant root system patterning OMELYANCHUK N.A, BAGAUTDINOVA Z.Z., ZEMLYANSKAYA E.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) ![]() |
|
Salicylic acid and abiotic stress: nature of interaction Коврижных Василина Владимировна,Багаутдинова Зульфира Зиннуровна Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) ![]() |
|
mitomiRs as the common regulators of gene silencing Vorozheykin P., Vishnevsky O., Titov I. BGRS/SB-2022 ![]() |
|
The secondary structure model of the transcriptional terminator of the C. glutamicum inbc operon proved by mutational analysis of the operon gene expression and valine production Titov I.I., Ryabchenko L.E., Leonova T.E., Kalinina T.I., Gerasimova T.V., Kolchanov N.A., Yanenko A.S. BGRS/SB-2022 ![]() |
|
Stationary and non-stationary mutagenesis in the SARS-CoV-2 genome Kobalo N., Kulikov A., Titov I. BGRS/SB-2022 ![]() |
|
Small world effect of the miRNA science field drives its growth Firsov A., Titov I. BGRS/SB-2022 ![]() |
|
2021 | Construction of transcriptional regulatory networks based
on found transcription factors and their binding sites
in annotated bacterial genomes Lakhova T.N., Oshchepkov D.Yu., Mukhin A.M., Lashin S.A. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2021) : The 13th International Young Scientists School; Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen School 2021) : Young Scientists School ![]() |
The method of computer reconstruction of the ecological
structure of intestinal microbiota communities based
on metatranscriptome data Kropochev A., Lashin S.A., Klimenko A.I. SBB-2021 The 13th International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics ![]() |
|
ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations Kazantsev F.V., Ivanov R.A., Klimenko A.I., Zavarzin E.A., Saprigyn A.E., Lashin S.A. The 20th World Congress of Psychophysiology (IOP2021) . Chengdu, China, Online (September 7-11, 2021) ![]() |
|
Pan-transcriptomic analysis of Solanum tuberosum NLR genes regulating resistance to Phytophthora infestans Shmakov N.A., Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V. PlantGen2021 ![]() |
|
Computer reconstruction of the ecological structure of intestinal microbiota communities based on high-throughput sequencing data Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020 ![]() |
|
ROLE OF THE ALLELIC POLYMORPHISM OF THE BRAIN NEUROTRANSMITTERS SYSTEMS IN A FORMATION OF PERSONALITY FEATURES OF SOCIAL BEHAVIOR IN PEOPLE, LIVING IN DIFFERENT REGIONS OF SIBERIA AND MONGOLIA Савостьянов Александр Николаевич Лашин Сергей Александрович Клименко Александра Игоревна Таможников Сергей Сергеевич Милахина Наталья Сергеевна Бочаров Андрей В. Ефимов Вадим Михайлович Матушкин Юрий Георгиевич Васильев Геннадий Владимирович Иванов Роман Артемович Князев Геннадий Георгиевич XVII INTERNATIONAL INTERDISCIPLINARY CONGRESS NEUROSCIENCE FOR MEDICINE AND PSYCHOLOGY ![]() |
|
ICBrainDB: database with EEG activity and associated gene mutations Иванов Роман Артемович Казанцев Федор Владимирович 13 Международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» SBB-2021 ![]() |
|
Design of a new ethylene plant hormone sensor based on genome-wide data analysis of EIN3 transcription factor binding Dolgikh V.A., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y., Zemlyanskaya E. Proceedings of international congress "Biotechnology: State of the art and perspectives" 2021 ![]() |
|
Study of melanin and anthocyanin biosynthesis regulation
in barley grain by transcriptomic analysis of near-isogenic
lines with different pigment composition Vikhorev A.V., Glagoleva A.Yu., Shmakov N.A., Kukoeva T.V., Khlestkina E.K., Shoeva O.Yu. PLANT GENETICS, GENOMICS, BIOINFORMATICS, AND BIOTECHNOLOGY (PLANTGEN2021) ![]() |
|
WOX5 поддерживает баланс в распределении ауксина между проксимальной и дистальной меристемами корня у Arabidopsis thaliana L. Савина М.С. Омельянчук Н.А. Пастернак Т.П. Миронова В.В. Лавреха В.В. Всероссийская научная конференция с международным участием "Экспериментальная биология растений и биотехнология: история и взгляд в будущее ![]() |
|
ВЕБ-СЕРВИС WEBMCOT ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СОВМЕСТНО ВСТРЕЧАЕМЫХ ДНК МОТИВОВ В ДАННЫХ CHIP-SEQ МУХИН А.М., ЛЕВИЦКИЙ В.Г., ЛАШИН С.А. ИНСТИТУТ БИОИНФОРМАТИКИ ![]() |
|
Филотранскриптомный анализ генных сетей сахарного диабета 2 типа МАРТЮШЕВА Т.А., МУСТАФИН З.С., КЛИМОНТОВ В.В., ЛАШИН С.А. САХАРНЫЙ ДИАБЕТ-2021: ОТ МОНИТОРИНГА К УПРАВЛЕНИЮ ![]() |
|
Построение сетей транскрипционной регуляции бактерий на основе геномной информации Т.Н. Лахова, Д.Ю. Ощепков, А.М. Мухин, С.А. Лашин VIII Международная научно-практическая конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов ![]() |
|
Identification and structural features
analysis of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology. ![]() |
|
Identification and structural analysis
of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB) ![]() |
|
Prediction, classification and annotation of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич 6th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding (CBB6) ![]() |
|
Identification and classification of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Марчуковские научные чтения – 2021. ![]() |
|
МОДЕЛИРОВАНИЕ ИЗМЕНЕНИЙ ПРИСПОСОБЛЕННОСТИ
И ПОДВИЖНОСТИ МИКРООРГАНИЗМОВ
В ИЗМЕНЯЮЩИХСЯ ВОДНЫХ ЭКОСИСТЕМАХ Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития. ![]() |
|
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Aleksey M. Mukhin , Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, and Sergey A. Lashin International Conference on Parallel Computing Technologies ![]() |
|
ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ФИТОГОРМОНОВ В ОБНОВЛЕНИИ КЛЕТОК КОРНЕВОГО ЧЕХЛИКА У ARABIDOPSIS THALIANA Убогоева Е.В., Землянская Е.В. Мульти-школа "SBB-2021 & PlantGen School 2021" ![]() |
|
Метод компьютерной реконструкции экологической структуры сообществ
кишечной микробиоты на основе данных высокопроизводительного
секвенирования Кропочев Андрей Игоревич, Клименко Александра Игоревна Конференция «Ломоносов 2021» ![]() |
|
Genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites guides engineering of new ethylene sensor Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. 31st International Conference on Arabidopsis research (ICAR 2021-Virtual) ![]() |
|
Structural and functional characterization of transcription factor binding sites: from bioinformatics to hormone biosensors Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. The 6th International Scientific Conference Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2021) ![]() |
|
In silico design of new ethylene sensors in plants based on genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites Dolgikh V.A., Levitsky V. G., Oshchepkov D. Y., Zemlyanskaya E. V. International Conference Marchuk Scientific Readings 2021 ![]() |
|
EFFECT OF MUTATIONS IN THE REGULATORY REGION OF OPERON ILVBNC ON EXPRESSION OF OPERON GENES, ACTIVITY OF THE ENZYME AHAS AND PRODUCTION OF L-VALINE IN CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM STRAINS Ryabchenko L.E., Leonova T.E., Kalinina T.I., Gerasimova T.V., Titov I.I., Yanenko A.S. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ ![]() |
|
2020 | Разработка алгоритмов для нахождения факторов транскрипции и их сайтов связывания в аннотированных бактериальных геномах Лахова Т.Н., Ощепков Д.Ю., Мухин А.М., Лашин С.А. 12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020 ![]() |
MGSGenerator 1.5: software tool for reconstructing mathematical models of metabolic networks F.V. Kazantsev, S.A. Lashin BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
FoldGO - программный комплекс для выявления фолд-специфичных ГО категорий в данных транскриптомных экспериментов Вибе Д.С., Мухин А.М., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. Симпозиум Биофизика сложных систем. Вычислительная и системная биология. Молекулярное моделирование” ![]() |
|
A Model of one central regulatory circuit Tatyana Bukharina, Andrey Akinshin, Vladimir Golubyatnikov, Dagmara Furman BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
The algorithm for finding potentially oscillating behavior in enzymatic systems Lakhova T.N., Kazantsev F.V, Matushkin Yu.G., Lashin S.A. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Exploring interaction between metabolic pathways involved in pigmentation of barley spike Anastasiia Yu. Glagoleva, Nikolay A. Shmakov, Aleksandr V. Vikhorev, Sergei R. Mursalimov, Natalia V. Gracheva, Tatjana V. Kukoeva, Olesya Yu. Shoeva, Elena K. Khlestkina Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference ![]() |
|
Computer tools for modelling and prediction of natural RNA structure: a case study of miRNAs and group II introns Titov I.I. BGRS 2020 ![]() |
|
Searching for Alternatively Splicing Group II Introns. Nikolay Kobalo, Igor Titov, Alexander Kulikov, Denis Vorobyev Abstracts of BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) pp.164. DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-000 ![]() |
|
Errors in miRNA Recognition Pavel Vorozheykin, Igor Titov Abstracts of BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) pp.195. DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-000 ![]() |
|
Competition and collaboration in the miRNA science field Artemiy Firsov, Igor Titov Abstracts of BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) pp.26-27. DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-000 ![]() |
|
Analysis of short- and long-range interactions within potential binding sites notably extends the fraction of verified peaks in ChIP-seq data Цуканов Антон Витальевич, Левицкий Виктор Георгиевич, Меркулова Татьяна Ивановна BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“ ![]() |
|
Study of the root transcriptome of bread wheat using
high-throughput RNA sequencing (RNA-SEQ) Vikhorev A., Shmakov N., Glagoleva A., Khlestkina E., Shoeva O. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference ![]() |
|
Изучение генетической регуляции накопления кутику-лярного воска ячменя при помощи анализа данных RNA-seq Вихорев А., Шмаков Н., Колосовская Е., Короткова А., Герасимова С., Хлесткина Е. 12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020 ![]() |
|
Meta-analysis of transcriptome data clarified hormonal regulation of cold stress response in Arabidopsis thaliana L Omelyanchuk Nadezda, Sizentsova Yana, Mironova Victoria Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology - BGRS/SB-2020 ![]() |
|
Mathematical model of punctuated equilibrium evolution. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“ ![]() |
|
Transcriptional profiling of ventral tegmental area of male mice with alternative patterns of social behaviors. Olga Redina, Vladimir Babenko, Vadim Efimov, Dmitry Smagin, Irina Kovalenko, Anna Galyamina, Natalia Kudryavtseva. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Diversity of cis-elements in response to dioxin in human Oshcepkova Evgenia, Sizentsova Yana, Mironova Victoriya Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology - BGRS/SB-2020 ![]() |
|
Исследование эффекта гормезиса при регулярном тепловом
стрессировании у двух видов Drosophila с использованием
нового автоматического метода изучения плодовитости Е. К. Карпова*, Е. Г. Комышев, М. А. Генаев, Н. В. Адоньева, М. А. Еремина, Н. Е. Грунтенко МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ "ДРОЗОФИЛА В ГЕНЕТИКЕ И МЕДИЦИНЕ" ![]() |
|
WebMCOT web-service for prediction of co-occurred DNA motifs in ChIP-seq data Mukhin A. M., Levitsky V. G., Lashin S. A., Oshchepkov D. Y. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
OrthoWeb-web application for macroand microevolutionary analysis of genes Mustafin Z., Mukhin A., Afonnikov D., Matushkin Y., Lashin S BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Keeping the gate closed: WOX5 supports the balance between the proximal and distal root meristems via auxin biosynthesis in Arabidopsis thaliana L. Savina M.S., Pasternak T., Omelyanchuk N., Mironova V.V., Lavrekha V.V. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
MGSGenerator 1.5: инструментарий для реконструкции математических моделей метаболических сетей Казанцев Ф.В., Лашин С.А SBB-2020 ![]() |
|
ИССЛЕДОВАНИЕ ВЗАИМОСВЯЗИ СИНТЕЗА МЕЛАНИНА И ДРУГИХ ПИГМЕНТОВ В КОЛОСЕ ЯЧМЕНЯ Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Мурсалимов С.Р., Грачева Н.В., Кукоева Т.В., Шоева О.Ю., Хлесткина Е.К. 24-я Международная Пущинская школа- конференция молодых ученых ![]() |
|
Using fast homology search tools for protein sequence functional annotation: a comparison Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” ![]() |
|
Использование программ быстрого поиска гомологии для функциональной аннотации белков Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2020» (АПВПМ-2020) ![]() |
|
Identification of an AP2/ERF Transcription Factor Controlling the Synthesis of Barley Epicuticular Wax Ekaterina Kolosovskaya, Sophia Gerasimova, Anna Korotkova, Christian Hertig, Sergey Morozov, Elena Chernyak, Dmitriy Domrachev, Vikhorev Alexander, Nikolay Shmakov, Alexey Kochetov, Jochen Kumlehn, Elena Khlestkina 12-ая Международная мультиконференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии / Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology, BGRS/SB-2020 ![]() |
|
Electron microscopy analysis of autophagy in neurons with expanded CAG repeats in the huntingtin gene investigated at patient-specific and transgenic models Suldina L.A., Morozova K.N., Malankhanova T.B., Malakhova A.A., Kiseleva E. MOLECULAR MECHANISMS OF AUTOPHAGY IN DISEASES ![]() |
|
Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания эффективности элонгации трансляции. Клименко А.И., Лашин С.А., Афонников Д.А., Матушкин Ю.Г. Международный форум «Биотехнология: состояние и перспективы развития» ![]() |
|
Motility and fitness of microorganisms in dynamic aquatic ecosystems: a simulation study Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020 ![]() |
|
Predicting elongation efficiency of gene translation for annotation of bacterial genomes: a case study for biosynthetic gene clusters of nonribosomal peptides Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020 ![]() |
|
EIN3 binding site architecture guides transcriptional response to ethylene in Arabidopsis V. Dolgikh, V. Levitsky, D. Oshchepkov, E. Zemlyanskaya BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“ ![]() |
|
Gene network of type 2 diabetes: reconstruction of analysis Zamyatin V., Mustafin Z., Matushkin Y., Afonnikov D., Klimontov V., Lashin S. BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts. 2020. ![]() |
|
Software pipeline for the analysis of the functional role of nucleotide substitutions in regulatory regions of genes and its testing on polymorphisms associated with obesity Matrosova E.A., Efimov V.M., Ignatieva E.V. 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology» ![]() |
|
Компьютерная реконструкция экологической структуры сообщества кишечной микробиоты на основе высокопроизводительного секвенирования Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 12 межд. конф. BGRS/SB-2020 ![]() |
|
Functional annotation of the transcription factors from Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR. Kolmykov S.K., Kulyashov M., Ivanisenko N.V., Evshin I.S., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R. 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020) ![]() |
|
Integration of transcriptomics data into a genome-scale metabolic model of the methanotrophic bacterium Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR. Kolmykov S.K., Kulyashov M., Ivanisenko N.V., Evshin I.S., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R. 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020) ![]() |
|
2019 | Исследование мутантного фенотипа изогенной клеточной модели болезни Хантингтона Маланханова Т.Б., Григорьева Е.В., Сульдина Л.А., Морозова К.Н., Киселева Е.В., Закиян С.М., Малахова А.А. IV Национальный конгресс по регенеративной медицине ![]() |
Реакция головного мозга на хроническую O.felineus инфекцию у хомячков. Вишнивецкая Г.Б., Максимова (Минькова) Г.А., Ефимов В.М., Концевая Г.В., Катохин А.В., Шевелев О.Б., Мордвинов В.А., Августинович Д.Ф Паразитологические исследования в Сибири и на Дальнем Востоке. ![]() |
|
Математическое и компьютерное моделирование осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф. В. Казанцев, Ю. Г. Матушкин, С. А. Лашин Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики ![]() |
|
Search for cis-elements associated with response to dioxin in human Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Viktoria Mironova. Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB) ![]() |
|
Reconstruction of the gene networks of human neurotransmitter systems Ivanov R.A., Lashin S.A. 11-я Международная школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика», SBB-2019 ![]() |
|
The mathematical modeling of oscillations in enzymatic systems Lakhova T.N., Kazantsev F.V., Lashin S.A. 11th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB-2019 ![]() |
|
MIGREW database: typical use cases Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A. 5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019) ![]() |
|
ОПУШЕНИЕ ЛИСТА ПШЕНИЦЫ: ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЕ
ФЕНОТИПИРОВАНИЕ, ГЕНЕТИЧЕСКИЙ КОНТРОЛЬ И
ФИЗИОЛОГИЧЕСКАЯ РОЛЬ Афонников Д.А, Дорошков А.В., Генаев М.А., Симонов А.В., Осипова С.В.,Пермяков А.В., Пермякова М.Д., Ефимов В.М., Пшеничникова Т.А. «VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ, И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ» ![]() |
|
Genome reorganization after whole genome duplication in evolution of free-living flatworms of the genus Macrostomum Zadesenets K., Ershov N., Jetybayev I., Berezikov E., Schaerer L., Rubtsov N. International Conference on Polyploidy ![]() |
|
Реконструкция и анализ генной сети сахарного диабета 2 типа Замятин В.И., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Климонтов В.В., Лашин С.А. III Российская мультидисциплинарная конференция с международным участием "Сахарный диабет-2019: от мониторинга к управлению" ![]() |
|
Поиск и исследование потенциально осциллирующих ферментативных систем с помощью методов математического моделирования Лахова Т. Н., Казанцев Ф. В. 57-ая Международная научная студенческая конференция (МНСК-2019) ![]() |
|
Влияние инфекции Opisthorchis felineus на метаболиты мозга у хомячков Вишнивецкая ГБ, Максимова (Минькова) ГА, Ефимов ВМ, Катохин АВ, Завьялов ЕЛ, Концевая ГВ, Шевелев ОБ, Мордвинов ВА, Августинович Д.Ф. XV международный междисциплинарный конгресс «НЕЙРОНАУКА ДЛЯ МЕДИЦИНЫ И ПСИХОЛОГИИ» ![]() |
|
Studying of the molecular-genetic control of polyphenolic pigmentation in wheat and barley as a basis for breeding antioxidant-rich cereals Shoeva O.Yu., Gordeeva E.I., Kukoeva T.V., Strygina K.V., Vikhorev A.V., Glagoleva A.Yu., Shmakov N.A., Levanova N.M., Mursalimov S.R., Yudina R.S., Börner А., Khlestkina E.K. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы ![]() |
|
Выявление генов-кандидатов локуса Blp, контролирующего формирование признака чёрной окраски колоса ячменя (Hordeum vulgare l.) Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Мурсалимов С.Р., Хлесткина Е.К., Шоева О.Ю. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы ![]() |
|
The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич Землянская Елена Васильевна Миронова Виктория Владимировна Меркулова Татьяна Ивановна VII International Congress of Vavilov society of geneticists and breeders and associate symposiums ![]() |
|
Inter-country competition and collaboration in the miRNA science field A. Firsov, I. Titov A.P. Ershov Informatics Conference ![]() |
|
Prediction of RNA secondary structure based on optimization in the space of its descriptors by the simulated annealing algorithm N. Kobalo, A. Kulikov, I. Titov A.P. Ershov Informatics Conference ![]() |
|
Реконструкция структуры эукариотических мобильных интронов группы 2 Кобало Н. С., Воробьёв Д. Г., Куликов А. И., Титов И. И Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики ![]() |
|
ALTERING PLANT DOMESTICATION TRAITS VIA SITE-DIRECTED GENOME MODIFICATION Gerasimova S.V., Ivanova K.A., Hertig C., Korotkova A.M., Hiekel S., Kolosovskaya E., Koloshina K.A., Genaev M.A., Komyshev E.G., Egorova A.A., Domrachev D.V., Rogozina E.V., Kochetov A.V., Kumlehn J., Khlestkina E.K. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург. ![]() |
|
РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО
ФЕНОТИПИРОВАНИЯ РАСТЕНИЙ ДИКИХ ВИДОВ КАРТОФЕЛЯ Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. ![]() |
|
WildPetotaDB – a database for genotype and phenotype of wild tuber-bearing species of the genus Solanum L. Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference ![]() |
|
The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package Левицкий Виктор Георгиевич Миронова Виктория Владимировна Землянская Елена Васильевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Меркулова Татьяна Ивановна 9-ая Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии МССМВ'19 ![]() |
|
Context analysis of the core promoter region of mouse genes differently expressed in hypothalamic energy-sensing neurons in response to weight-loss. Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Efimov V.M., Ignatieva E.V. Proceedings of 9-th Moscow Conference on Computational Molecular Biology ![]() |
|
Diversity of AuxREs Novikova DD, Weijers D, Mironova VV Experimental Plant Sciences Meeting ![]() |
|
Diversity of AuxREs in Arabidopsis thaliana L. Novikova DD, Weijers D, Mironova VV The International Plant Growth Substances Association (IPGSA) Conference ![]() |
|
How heat stress drives the expression of LTR retrotransposons in the flatworm model organism Macrostomum lignano Ustyantsev K., Wudarski J., Vavilova V., Berezikov E. Systems Biology And Bioinformatics (SBB-2019) | The Eleventh International Young Scientists School ![]() |
|
Study of genetic basis of the melanin biosynthesis in barley grain Glagoleva A.Y., Shmakov N.A., Mursalimov S.R., Khlestkina E.K., Shoeva O.Yu. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019) ![]() |
|
Current achievements in study of black-spiked barley Anastasiia Yu. Glagoleva, Sergey R. Mursalimov, Natalya V. Gracheva, Nickolay A. Shmakov, Natalya M. Levanova, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Olesya Yu. Shoeva, Elena K. Khlestkina 5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding ![]() |
|
Transcriptomic analysis of barley partial albinism Nickolay Shmakov, Anastasiya Glagoleva, Gennadiy Vasiliev, Dmitry Afonnikov, Elena Khlestkina 5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding ![]() |
|
Метод морфометрии колоса пшеницы на основе анализа изображений Комышев Е.Г., Генаев М.А., Афонников Д.А. Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни. ![]() |
|
Разработка методов автоматического определения количественных характеристик, описывающих
фенотипические признаки колоса пшеницы Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019) ![]() |
|
Исследование механизма активации LTR-ретротранспозонов под влиянием теплового шока у модельного регенерирующего плоского червя Macrostomum lignano Вавилова В. Ю., Вударски Я., Березиков Е. В., Устьянцев К. В. VI международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов ![]() |
|
Биоинформационный анализ путей регуляции экспрессии генов предрасположенности к аутизму Клименко А.И., Трифонова Е.А., Лашин С.А., Кочетов А.В. Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего» ![]() |
|
Antagonistic evolutionary scenarios in microbial communities are played out under ecological stratification fostered by spatial gradients A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin The International Society for Ecological Modelling Global Conference 2019 ![]() |
|
Методы компьютерного моделирования иерархических биологических систем Лашин С. А., Матушкин Ю. Г., Клименко А. И., Казанцев Ф. В., Лахова Т. Н., Смирнова А. А. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019) ![]() |
|
Реконструкция генных сетей нейротрансмиттерных систем человека Р.А. Иванов, А. И. Клименко, А. Н. Савостьянов, С.А. Лашин «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019) ![]() |
|
Creation and analysis of an agent-based computer model of the AIDS epidemic using an algorithm for explicit calculation of the HIV replicability Smirnova A.A., Ponomarenko M.P., Lashin S.A. 11th International Young Scientists School “Systems Biology and Bioinformatics” – SBB-2019 ![]() |
|
ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСКРИПТОМА ПОЧТИ ИЗОГЕННОЙ ЛИНИИ ЯЧМЕНЯ С ЧАСТИЧНЫМ АЛЬБИНИЗМОМ Шмаков Н.А., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А., Хлёсткина Е.К. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ ![]() |
|
ИССЛЕДОВАНИЕ ЧАСТИЧНОГО АЛЬБИНИЗМА ЯЧМЕНЯ С ПОЗИЦИИ ТРАНСКРИПТОМИКИ Шмаков Н. А., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А., Хлёсткина Е.К. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС) ![]() |
|
Novel genomic marker for the Alm locus in barley identified based on transcriptome analysis N.A. Shmakov, A.Yu. Glagoleva, G.V. Vasiliev, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina PlantGen2019 ![]() |
|
The association mapping of quantitative resistance loci to net blotch and spot blotch in barley Rozanova Irina, Nina Lashina, Sofia Gorobets, Olga Afanasenko, Vadim Efimov, Elena Khlestkina 5-ая Международная научная конференция "Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений" (PlantGen2019) ![]() |
|
Phenotype-genotype association studies of Siberian barley germplasm for seedling and adult plant resistance to spot blotch Irina Rozanova, Nina Lashina, Vadim Efimov, Olga Afanasenko, Elena Khlestkina CBB5 5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding jointly organised with the Cereals Section of EUCARPIA ![]() |
|
ВЫЯВЛЕНИЕ ЛОКУСОВ, КОНТРОЛИРУЮЩИХ УСТОЙЧИВОСТЬ ЯРОВОГО ЯЧМЕНЯ К ТЕМНО-БУРОЙ ПЯТНИСТОСТИ, НА ОСНОВЕ АССОЦИАТИВНОГО КАРТИРОВАНИЯ И.В.Розанова, Н.М.Лашина, О.С. Афанасенко, В.М.Ефимов, Е.К.Хлесткина «VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы». ![]() |
|
Моделирование и изучение механизмов развития болезни хантингтона на линиях плюрипотентных стволовых клеток человека Малахова А.А., Маланханова Т.Б., Григорьева Е.В., Сульдина Л.А., Морозова К.Н., Киселева Е.В., Закиян С.М. Международный конгресс «VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы» ![]() |
|
Systems analysis of chilling stress induced transcriptomes in Arabidopsis thaliana Sizentsova Y.G., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference ![]() |
|
Mitosis and DNA replication events define the boundaries of transition zone in Arabidopsis thaliana root tip Viktoriya V. Lavrekha, Taras P. Pasternak, Uliyana S. Zubairova, Victoria V. Mironova International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019), ![]() |
|
FoldGO: a web server to identify functional gene groups responding to a factor within specific ranges of fold changes Nadya Omelyanchuk, Daniil Wiebe, Victoria Mironova 30th International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019) ![]() |
|
FoldGO - новый метод анализа функционального обогащения с учетом степени изменения транскрипционной активности. Вибе Д.С., Омельянчук Н.А., Мухин А.М., Лашин С.А., Миронова В.В. 7ой съезд ВОГиС ![]() |
|
The role of E-box-, G-box- and RY-motif-binding proteins
in regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana Pukhovaya E., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019) ![]() |
|
Prediction and verification of auxin-ethylene crosstalk gene networks Ubogoeva E., Levitsky V., Zemlyanskaya E. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019) ![]() |
|
ОМИКСНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ ДЛЯ ХАРАКТЕРИСТИКИ БИОРЕСУРСОВ Пельтек С.Е. , Старостин К.В., Ершов Н., Ефимов В.М., Шляхтун В.Н., Мещерякова И. А., Банникова С. В., Розанов А. С., Брянская А.В., Демидов Е.А. МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ,И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ» ![]() |
|
What can we learn about stress-induced root growth by mathematical modeling of auxin distribution? Savina M.S., Kazantsev F.V., MironovaV.V. Plant Organ Growth Symposium 2019 ![]() |
|
Моделирование распределения ауксина при регенерации меристемы корня Arabidopsis thaliana Савина М.С., Миронова В.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров ![]() |
|
Systems biology study on the WOX5 role in the distal part of the root meristem in Arabidopsis thaliana Savina M.S., Lavrekha V.V., Pasternak T., Mironova V.V. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference ![]() |
|
Феномен прерывистой эволюции Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики", МАРЧУКОВСКИЕ НАУЧНЫЕ ЧТЕНИЯ ![]() |
|
Компьютерные средства анализа кластеров регуляторных районов экспрессии генов Орлов Ю.Л., Дергилев А.И., Цуканов А.В., Лузин А.Н., Орлова Н.Г. VI Съезд биофизиков России ![]() |
|
Statistical analysis, clusterization and visualization of genome distribution of transcription factor binding sites Dergilev A.I., Tsukanov A.V., Luzin A.N., Babenko R.O., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School. ![]() |
|
Dysregulation of postsynaptic translation in autism spectrum disorder: reconstruction of gene network associated with autism and mtor signaling. Rifonova E.A., Klimenko A.I., Saik O.V., Orlov Y.L., Lashin S.A., Ivanisenko V.A. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург. ![]() |
|
Molecular phylogeny of the Pamphagidae family (Orthoptera, Caelifera) Vavilova V., Sukhikh I., Blinov A, Bugrov A. 13th International Congress of Orthopterology ![]() |
|
Pollen parent transfer mitochondria to offspring M Biryukov, AG Blinov, VA Sokolov Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2019) ![]() |
|
Establishing the molecular phylogeny of Acrididae grasshoppers (Orthoptera, Caelifera) Sukhikh I., Ustyantsev K., Bugrov A., Sergeev M., Vavilova V., Blinov A 13th International Congress of Orthopterology ![]() |
|
Revision of phylogenic relationships between several Acrididae subfamilies Sukhikh I., Ustyantsev K., Bugrov A., Sergeev M., Vavilova V., Blinov A. Systems Biology and Bioinformatics, The Eleventh International young Scientists School (SBB-2019) ![]() |
|
Эволюционный анализ генных сетей абиотического стресса растений Лашин С.А., Мустафин З.С., Замятин В.И., Константинов Д.К., Дорошков А.В., Афонников Д.А. VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы ![]() |
|
Gene networks of type 2 diabetes and Alzheimer’s disease. Reconstruction and analysis Zamyatin V., Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V., Lashin S.A. The 11th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics” ![]() |
|
Компьютерная реконструкция экологической структуры синтетического микробного сообщества, моделирующего ядро микробиоты кишечника человека Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 11 международная школа молодых ученых SBB-2019 ![]() |
|
2018 | Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018” В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ ![]() |
Системная компьютерная биология и биоинформатика: моделирование и компьютерный дизайн экспериментов по созданию штаммов с целевыми свойствами Колчанов Н.А., Пельтек С.Е., Розанов А.С., Лашин С.А. Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике ![]() |
|
Database on Molecular Identification of Genes for Resistance in Wheat (MIGREW) Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A. 11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018 ![]() |
|
«ИЗУЧЕНИЕ ПРОЦЕНТНОГО СОДЕРЖАНИЯ ФОСФОРА В КОЛЛЕКЦИИ КАРТОФЕЛЯ ВИДА SOLANUM TUBEROSUM» И.В. Розанова, В.К. Хлесткин, В.М. Ефимов, Е.К. Хлесткина Объединенное научное мероприятие: ДЕНЬ ПОЛЯ «Развитие селекции и семеноводства картофеля» и Научная конференция «Теоретические основы и прикладные исследования в селекции и семеноводстве картофеля» ![]() |
|
«ИЗУЧЕНИЕ ПРОЦЕНТНОГО СОДЕРЖАНИЯ ФОСФОРА В КОЛЛЕКЦИИ КАРТОФЕЛЯ ВИДА SOLANUM TUBEROSUM». И.В. Розанова, В.К. Хлесткин, В.М. Ефимов, Е.К.Хлесткина Международная научно-практическая конференция «Состояние, проблемы и перспективы картофелеводства ХХІ века (90 лет научному картофелеводству Беларуси)» ![]() |
|
«THE STUDY OF SIBERIAN COLLECTION OF SPRING BARLEY» I.V. Rozanova (Bykova), Y.N. Grigoriev, N.M. Lashina, V.M. Efimov, T.V. Kukoeva, R.S. Yudina, S.A. Gorobets , O.S. Afanasenko, E.K Khlestkina 17th International Conference EWAC-EUCARPIA ![]() |
|
Insight into genetic and social aspects of modern communities of deaf people in Siberia for forecasting the prevalence of hereditary deafness. Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Romanov G.P., Barashkov N.A., Smirnova A.A., Zytsar M.V., Maslova E.A., Danilchenko V.Y., Posukh O.V., Lashin S.A. The European Human Genetics Conference in conjunction with the European Meeting on Psychosocial Aspects of Genetics. ![]() |
|
Mathematical model of membrane potential formation at E. coli growth on nitrite. Ree N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. The 3rd International Symposium "Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology" ![]() |
|
Agent-based modelling of genetic deafness propagation under various sociodemographic conditions. Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Smirnova A.A., Romanov G.P., Posukh O.L. 11th International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\ Systems Biology», The 3rd International Symposium Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018 ![]() |
|
Gene networks of human hearing impairments: reconstruction and analysis. Zamyatin V.I., Mustafin Z.S., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Posukh O.L., Lashin S.A. The Tenth International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2018). ![]() |
|
Heat stress activation of LTR retrotransposons in the flatworm Macrostomum lignano. Ustyantsev K., Vavilova V., Berezikov E. XIV International Symposium on Flatworm Biology ![]() |
|
Heat shock response elements are present in the promoters of the heat stress activated LTR retrotransposons in the free-living regenerative flatworm Macrostomum lignano V. Vavilova, E. Berezikov, K. Ustyantsev Systems Biology And Bioinformatics (SBB-2018) | The Tenth International Young Scientists School ![]() |
|
Establishing free-living flatworm Macrostomum lignano
as a model to study links between regeneration and cancer M. Biryukov, I. Sukhikh, V. Vavilova, K. Ustyantsev, E. Berezikov Systems Biology And Bioinformatics (SBB-2018) | The Tenth International Young Scientists School ![]() |
|
Whole genome duplication in genome evolution of the free-living flatworm Macrostomum lignano (Platyhelmnithes, Turbellaria) Zadesenets K., Ershov N., Schärer L., Berezikov E., Rubtsov N.B. XIV ISFB ![]() |
|
WGD in genome evolution of the free-living flatworm Macrostomum lignano Zadesenets K.S., Ershov N.I., Schärer L., Berezikov E., Rubtsov N.B. 22th International Chromosome Conference ![]() |
|
Идентификация локусов хозяйственно-ценных признаков и подбор диагностических маркёров для селекции отечественных сортов ярового ячменя И.В.Розанова, Н.М. Лашина, В.М. Ефимов, О.С. Афанасенко, Е.К. Хлесткина. IV МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ "ГЕНОФОНД И СЕЛЕКЦИЯ РАСТЕНИЙ" ![]() |
|
«Identification of Loci Determining Resistance of Spring Barley to Spot and Net Blotch, Using Association Mapping Approach» I.V. Rozanova (Bykova), N.M. Lashina, V.M. Efimov, S.A. Gorobets , O.S. Afanasenko, E.K. Khlestkina. 10th International Young Scientists School «SYSTEM BYOLOGY AND BIOINFORNATINCS» SBB-2018 ![]() |
|
Adaptive strategies of motile bacteria in dynamic aquatic ecosystems. A simulation study. A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin BGRS 2018 ![]() |
|
On evolutionary analysis of gene networks by the Orthoscape software Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin BGRS 2018 ![]() |
|
Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy
metabolism disorders S.A. Lashin, Z.S. Mustafin, V.A. Manevich, D.A. Afonnikov, E.V. Ignatieva, Yu.G. Matushkin, V.V. Klimontov BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium ![]() |
|
Spatial heterogeneity influences evolutionary scenarios in microbial communities explained by ecological stratification: a simulation study A.I. Klimenko,Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018) ![]() |
|
Developing FoldGO, the tools for multifactorial functional enrichment analysis A.M. Mukhin, D.S. Wiebe, I. Grosse, S.A. Lashin, V.V. Mironova Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018) ![]() |
|
Один генотип → два фенотипа: "нейтрально-сопряженная коэволюция" и происхождение персистентных клеток. Лихошвай В.А., Хлебодарова T.M. Математическая биология и биоинформатика (ICMBB'2018) ![]() |
|
О хаотическом потенциале системы локальной трансляции в активированном синапсе Хлебодарова T.M., Когай В.В., Лихошвай В.А. Математическая биология и биоинформатика (ICMBB'2018) ![]() |
|
Молекулярно-генетические механизмы формирования мембранного потенциала у Escherichia coli в условиях стационарного роста на нитрите. Ри Н.А., Хлебодарова T.M., Лихошвай В.А. Математическая биология и биоинформатика (ICMBB'2018) ![]() |
|
The comparison of brain stem transcriptomes in rats from hypertensive ISIAH and normotensive WAG strains L.A.Fedoseeva, L.O.Klimov, N.I.Ershov, V.M.Efimov, A.L.Markel, Y.L.Orlov, O.E.Redina Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop ![]() |
|
Математическое моделирование формирования и поддержания структуры апикальной меристемы корня Arabidopsis thaliana L. Лавреха В.В., Миронова В.В. ХХV международная конференция Математика Компьютер Образование ![]() |
|
3D map of proliferation activity in Arabidopsis thaliana root tips: longitudinal zonation and symmetries in the wild type and mutants Lavrekha V.V., Pasternak T., Mironova V.V. 29 International Conference on Arabidopsis research (ICAR’2018) ![]() |
|
Mathematical modeling of formation and supporting of the structure of the root apical meristem Arabidopsis thaliana L. V.V. Lavrekha, V.V. Mironova Eleventh International Conference “BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\systems biology” ![]() |
|
Longitudinal zonation and symmetries in proliferation activity of the Arabidopsis thaliana root meristem in cytokinin deficient and auxin overproducing mutants Viktoriya Lavrekha, Taras Pasternak, Klaus Palme, Victoria Mironova International Symposium “Auxins and Cytokinins in Plant Development ... and Interactions with Other Phytohormones" ![]() |
|
Genetic variability and evolution of Q gene in Aegilops and Triticum species V. Vavilova, I. Konopatskaia, A. Blinov Plant Biology Europe 2018 ![]() |
|
DEP1 gene in wheat species with different spike phenotype I. Konopatskaia, V. Vavilova, A. Kuznetsova, A. Blinov Plant Biology Europe 2018 ![]() |
|
Genomic characterization of DEP1 gene in the Triticinae species with compact, compactoid and normal spike shape V. Vavilova, I. Konopatskaia, A. Blinov Symposium "Biodiversity: Genomics and Evolution" (BioGenEvo-2018) ![]() |
|
Revised molecular phylogeny of Acrididae family I. Sukhikh, K. Ustyantsev, V. Vavilova, A. Blinov Symposium "Biodiversity: Genomics and Evolution" (BioGenEvo-2018) ![]() |
|
Mathematical modeling of chilling stress induced changes in Arabidopsis thaliana root meristem M.S. Savina, J.H. Hong, Jian Xu, V.V. Mironova Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
MATHEMATICAL MODELING OF CHILLING STRESS EFFECT ON THE PLANT ROOT MERISTEM Maria Savina, Jing Han Hong, Jian Xu, Victoria Mironova The first international Plant Systems Biology meeting ![]() |
|
Mathematical modeling of the effects of chilling stress on Arabidopsis thaliana root stem cell niche Maria Savina, Jing Han Hong, Jian Xu, Victoria Mironova International Symposium “Auxins and Cytokinins in Plant Development ... and Interactions with Other Phytohormones ![]() |
|
A Systematic Approach for Dissecting the Mechanisms of EIN3-Dependent Regulation of Ethylene Response in Ara-bidopsis thaliana E.V. Zemlyanskaya, V.G. Levitsky The XI International Symposium on the Plant Hormone Ethylene (Ethylene 2018) ![]() |
|
Dissecting the mechanisms of EIN3-dependent regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana E.V. Zemlyanskaya, D.Y. Oshchepkov, V.V. Mironova, V.G. Levitsky The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018) ![]() |
|
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. VII Международная конференция «Математическая биология и биоинформатика» ![]() |
|
Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy metabolism disorders Lashin S.A., Mustafin Z.S., Manevich V.A., Afonnikov D.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V. Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium ![]() |
|
MiRNA seed shifting: origin and functional implications. P. Vorozheykin, N. Yazikov, I. Titov BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018) ![]() |
|
Mirtrons as a possible inherent source of silencing variability P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Biodiversity: Genomics and Evolution (BioGenEvo-2018) ![]() |
|
Revealing the research institutes and their interactions:
a case study of miRNA research A. Firsov, I. Titov Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018) ![]() |
|
Reconstruction of Gene Networks Associated with Autism and Related to mTOR Signaling Pathway using ANDSystem O.V. Saik, E.A. Trifonova, T.M. Khlebodarova, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2018 ![]() |
|
The overlapped motifs co-occurrence in ChIP-seq data. V.G. Levitsky,D.Y. Oshchepkov, E.V. Zemlyanskaya, V.V. Mironova, E.V. Ignatieva,O.A. Podkolodnaya, T.I. Merkulova The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018) ![]() |
|
Программные средства для построения и анализа сложных моделей микробного метаболизма и микробных сообществ Лашин С.А, Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Афонников Д.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Школа-конференция «Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике» ![]() |
|
FoldGO - the new method for functional enrichment analysis of transcriptome data to identify fold-change-specific GO terms Wiebe D.S., Mironova V.V. 17TH EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY (ECCB 2018) ![]() |
|
FoldGO for functional annotation of transcriptome data to identify fold-change-specific GO categories D.S. Wiebe, A.M. Mukhin, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology ![]() |
|
Early and late transcriptional responses to the low concentration of salicylic acid
in Arabidopsis thaliana L. root E. Elgaeva, E. Zemlyanskaya, D. Novikova, V. Mironova Systems Biology And Bioinformatics (SBB-2018) | The Tenth International Young Scientists School ![]() |
|
Establishing free-living flatworm Macrostomum lignano as a model to study links between regeneration and cancer M. Biryukov, I. Sukhikh, V. Vavilova, K. Ustyantsev, E. Berezikov The Tenth International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics ![]() |
|
Программные средства для комплексного анализа генных сетей С.А. Лашин, З.С. Мустафин, В.И. Замятин, Д.А. Афонников, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов V Международная конференция. «Постгеном 2018». В поисках моделей персонализированной медицины ![]() |
|
Meta-analysis of whole-transcriptome data suggests new mechanisms of auxin-induced ethylene biosynthesis and signaling in Arabidopsis thaliana Elena Ubogoeva The 10th International Young Scientist School “System Biology and Bioinformatics ![]() |
|
2017 | Расстройства аутистического спектра как проявление нарушений функций синапсов. Трифонова Е.А., Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Лихошвай В.А. Всероссийская научно-практическая конференции с международным участием "Современные проблемы клинической психологии и психологии личности" ![]() |
Эмпирический критерий существования хаоса в уравнениях с запаздывающим аргументом Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Математика в современном мире. Международная конференция, посвященная 60-летию Института математики им. С. Л. Соболева. ![]() |
|
О компьютерном моделировании иерархических биологических систем Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Математика в современном мире. Международная конференция, посвящённая 60-летию Института математики им. С.Л. Соболева ![]() |
|
Математическая модель самоорганизации потоков ауксина в корне Ф.В. Казанцев, В.В. Миронова БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева ![]() |
|
Пространственная гетерогенность способствует локальному поддержанию антагонистических эволюционных сценариев в моделях микробных сообществ А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева ![]() |
|
Сложная динамика локальной трансляции в синапсе: математическая модель Е.А. Трифонова, Т.М. Хлебодарова, В.В. Когай, В.А. Лихошвай Международная конференция, посвященная столетию со дня рождения академика АН СССР Д.К.Беляева «Беляевские чтения» ![]() |
|
Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева ![]() |
|
Фаговая инфекция замедляет видообразование, вызванное горизонтальным переносом и потерей генов метаболизма в моделях пространственно гетерогенных микробных сообществ Ю.Г. Матушкин, А.И. Клименко, Н.А. Колчанов, С.А. Лашин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева ![]() |
|
Достижение пика приспособленности при сложных ландшафтах в микробных сообществах в различных экологических условиях: результаты компьютерного моделирования С.А. Лашин, З.С. Мустафин, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева ![]() |
|
Regulatory circuits in gene networks: organization and evolution Колчанов Н.А., Лашин С.А. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева ![]() |
|
Эмпирический критерий существования хаоса в уравнениях с запаздывающим аргументом Лихошвай В.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. Марчуковские научные чтения ![]() |
|
Изучение эволюции генома свободноживущего плоского червя Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) с помощью высокопроизводительного секвенирования микродиссекционных ДНК-библиотек Задесенец КС, Березиков Е, Ершов НИ, Тупикин АЕ, Кабилов МР, Рубцов НБ. Высокопроизводительное секвенирование в геномике ![]() |
|
Компьютерный анализ полногеномных данных указывает на роль типов хроматина в регуляции первичного ответа на этилен у Arabidopsis thaliana Землянская ЕВ, Левицкий ВГ, Ощепков ДЮ II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике" ![]() |
|
По следам экспедиций Н. И. Вавилова: Изучение наследования длины вегетационного периода (признак яровость-озимость) у дикого тетраплоидного вида пшениц Triticum dicoccoides. Вавилова В. Ю., Конопацкая И. Д., Блинов А. Г. Генофонд и селекция растений, 3-я Международная конференция, посвященная 130-летию Н.И. Вавилова ![]() |
|
Acrididae family: establishing of phylogenetic relationships based on mitochondrial and nuclear DNA markers. V. Vavilova, I. Sukhikh, K. Ustyantsev, A. Blinov 9-ая школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» / «Systems Biology and Bioinformatics», SBB-2017 ![]() |
|
Parasites of Nosema, Crithidia and Apicystis genera in the natural Siberian bumblebee populations. V. Vavilova, I. Konopatskaia, N. Eremeeva, A. Blinov БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева ![]() |
|
Установление экзон-интронной структуры гена компактности колоса у ди-, тертра- и гексаполидных пшениц. Конопацкая И.Д., Вавилова В.Ю., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике" (HSG-2017) ![]() |
|
Оценка времени формирования разобщенных ареалов у палеарктических ленточников Limenitis (Lepidoptera: Nymphalidae) Соловьев В.И., Дубатолов В.В., Вавилова В.Ю., Костерин О.Э. Беляевские чтения : Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева ![]() |
|
Membrane potential as a new factor, modulating periplasmic nitrite reductase activty. Ree N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. The Ninth International Yong Scientists School “Systems Biology and Bioinformatics” ![]() |
|
Сравнительный анализ транскриптомов ствола мозга у гипертензивных крыс линии НИСАГ и нормотензивных крыс линии WAG. Л.А. Федосеева, В.М. Ефимов, А.Л. Маркель, О.Е. Редина Международная конференция «Беляевские чтения», посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева ![]() |
|
Стазис, периодичность и прерывистость в эволюции глобальных экосистем: математическая модель. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. III Международная конференция «Современные проблемы биологической эволюции», посвященной 130-летию со дня рождения Н.И. Вавилова и 110-летию со дня основания Государственного Дарвиновского музея ![]() |
|
ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН УARABIDOPSIS THALIANA НА ОСНОВАНИИ КОМПЬЮТЕРНОГО АНАЛИЗАПОЛНОГЕНОМНЫХ ДАННЫХ Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Миронова В.В. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ ![]() |
|
ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА И ОСОБЕННОСТЕЙ НУКЛЕОТИДНОГО КОНТЕКСТА В РАЙОНЕ СВЯЗЫВАНИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА EIN3 В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН У ARABIDOPSIS THALIANA Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева ![]() |
|
Comparing mirna structure of mirtrons and non-mirtrons I.I. Titov, P.S. Vorozheykin BELYAEV CONFERENCE ![]() |
|
ЭВОЛЮЦИОННО УСТОЙЧИВЫЕ СТЕРЕОТИПЫ ПОВЕДЕНИЯ ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНЫХ АГЕНТОВ ПРИ УСЛОВИИ НЕПОЛНОТЫ ЗНАНИЙ В МОДЕЛИ ФУРАЖИРОВАНИЯ ДОНСКИХ В.А., СТОЛБОВ Н.С., ТИТОВ И.И. Международной конференции, посвященной 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева. ![]() |
|
Auxin induced expression changes differ among functional gene groups Омельянчук Н. Вибе Д. Миронова В. Высокопроизводительное секвенирование в геномике ![]() |
|
3D analysis of mitosis distribution highlights the longitudinal zonation and bilateral symmetry of the Arabidopsis thaliana root meristem Lavrekha VV, Pasternak T, Mironova VV БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева ![]() |
|
Diversity and evolution of Tc1/mariner DNA transposons in Orthoptera species I. Sukhikh, K. Ustyantsev, A. Kononov, I. Konopatskaia 9-ая школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» / «Systems Biology and Bioinformatics», SBB-2017 ![]() |
|
Молекулярная филогения саранчовых семейства Acrididae (Orthoptera: Acridoidea) И.С. Сухих, А.Г. Блинов, А.Г. Бугров XV Съезд Русского энтомологического сообщества ![]() |
|
2016 | Минимальная логистическая модель эволюции глобальной экосистемы Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. VI Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика" ![]() |
Фенотипическая множественность клеточного цикла – следствие универсальных свойств сопряженной системы транскрипции-трансляции Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. VI Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика" ![]() |
|
ТРЕХМЕРНАЯ КАРТА ПРОЛИФЕРАЦИОННОЙ АКТИВНОСТИ В КОНЧИКЕ КОРНЯ ARABIDOPSIS THALIANA: РАДИАЛЬНАЯ, БИЛАТЕРАЛЬНАЯ И ПРОДОЛЬНАЯ СИММЕТРИИ В.В. Лавреха, Т. Пастернак, В.В. Миронова V Международная Школа для молодых ученых «Эмбриология, генетика и биотехнология» ![]() |
|
High resolution map of key cell cycle events in Arabidopsis root tips: radial, bilateral and longitudinal symmetry Lavrekha VV, Pasternak T, Omelyanchuk NA, Ivanov VB, Mironova VV International Conference on Systems Biology (ICSB 2016) 16-22 september ![]() |
|
Biomolecular systems models semi-automatic reconstruction based on structural and quantitative information F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, S.A. Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, A.V. Ratushny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai BGRS/SB’16, Novosibirsk ![]() |
|
Моделирование распределения ауксина в корне A. thaliana в мутантах по генам, кодирующим PIN белки-транспортеры Казанцев Ф.В., Миронова В.В. XXIII международная конференция "математика. компьютер. образование" ![]() |
|
Моделирование воздействия холода на физиологическое распределение ауксина в корне A. thaliana Савина М.С., Казанцев Ф.В., Миронова В.В. XXIII международная конференция "математика. компьютер. образование" ![]() |
|
Expression map of PIN transporters in the root meristem of Arabidopsis thaliana V.V. Kovrizhnykh, T. Pasternak, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova Plant signaling and behavior ![]() |
|
Role of membrane potential in nitrite utilization by Escherichia coli cells under low substrate concentration: the mathematical model. Ree N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. The Tenth IC on Bioinformatics of Genome Regulation\Systems Biology. ![]() |
|
Chaos and hyperchaos in the alternative splicing model. Kogai V.V., Likhoshvai V.A., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. The 2nd International Conference «Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology». ![]() |
|
Математическая биология гена: генные сети и хаос. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И., Когай В.В. 8-я международная молодежная научная школа-конференция «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач». ![]() |
|
Numerical model of drosophila sensory organ precursor cell determination V.P. Golubyatnikov, T.A.Bukharina, D.P.Furman, M.V.Kazantsev 10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology», Symposium “Mathematical modeling and high performance computing in bioinformatics, biomedicine and biotechnology”: MM - HPC - BBB ![]() |
|
Modeling of two phases in Drosophila sensory organ precursor cell determination T.A.Bukharina, D.P.Furman, V.P.Golubyatnikov, M.V.Kazantsev 10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology» ![]() |
|
MATHEMATICAL MODELING OF ACTIVE SUBSTANSES AND FACTORS INFLUENCE ON FUNCTIONING OF PLANT ROOT MERISTEM M.S. Savina, F.V. Kazantsev, V.V. Mironova MM-HPC-BBB-2016 ![]() |
|
MATHEMATICAL MODELING OF ACTIVE SUBSTANSES AND FACTORS INFLUENCE ON FUNCTIONING OF PLANT ROOT MERISTEM M.S. Savina, F.V. Kazantsev, V.V. Mironova SBB-2016 ![]() |
|
3D map of proliferation activity in Arabidopsis thaliana root tips: transition domain boundaries and its bilateral symmetry Lavrekha V.V., Pasternak T., Omelyanchuk N.A., Ivanov V.B., Mironova V.V. BGRS/SB’16, Novosibirsk ![]() |
|
Mathematical modeling a reciprocal interactions between auxin and its PIN transporters in the root tip of A. thalina L. Коврижных В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. BGRS 2016 ![]() |
|
Phylogeny and Expression of MAKR family genes in Arabidopsis thaliana L Novikova D.D.,Mironova V.V., Jaillais Y.,Omelyanchuk N.A. The 10th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
Meta-analysis of transcriptome data to investigate auxin response mechanisms in Arabidopsis thaliana L. Novikova D.D.,Mironova V.V.,Omelyanchuk N.A., Cherenkov P.A. International Conference on Systems Biology ![]() |
|
Microbial Community of the Extremal Ecosystems of the Uzon Caldera (Kamchatka) S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, V.M. Efimov, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov 7th World Congress onMicrobiology ![]() |
|
Поиск мишеней для лекарственной терапии стресс-зависимой формы артериальной гипертензии на модели крыс НИСАГ. Редина О.Е., Абрамова Т.О., Рязанова М.А., Антонов Е.В., Смоленская С.Э., Ефимов В.М., Маркель А.Л. Форум «Биомедицина - 2016»: Перспективы развития медицинской науки в период нового синтеза знаний. ![]() |
|
Genetic and molecular mechanisms crucial for hypertension development in the ISIAH rats. O.E. Redina, L.O. Klimov, M.A. Ryazanova, L.A. Fedoseeva, T.O. Abramova, Yu.V. Alexandrovich, S.E. Smolenskaya, Ye.V. Antonov, N.I. Ershov, V.M. Efimov, A.L. Markel. Десятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology), BGRS\SB-2016. ![]() |
|
FINE ANALYSIS OF ChIP-SEQ DATA FOR EIN3 BINDING IN A. THALIANA L. REVEALS DIFFERENT LAYERS OF EIN3 REGULATION IN ETHYLENE SIGNALING Zemlyanskaya E.V., Oshchepkov D.Yu., Levitsky V.G. PGGFS-2016 ![]() |
|
Distinct types of EIN3-DNA interactions in various functional regions of A. thaliana L. genome E.V. Zemlyanskaya, D.Yu. Oshchepkov, V.G. Levitsky BGRS\SB-2016 ![]() |
|
Parasites of the genera Nosema, Apicistis, Crithidia and Lotmaria in the natural honeybee and bumblebee populations: a case study in India V. Vavilova, I. Konopatskaia, M. Woyciechowski, S. Luzianin, A. Blinov The 10th anniversary International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology" ![]() |
|
VRN1 genes variability in tetraploid wheat species with a spring growth habit I. Konopatskaia, V. Vavilova, E. Ya. Kondratenko, A. Blinov, Nikolay P. Goncharov The 10th anniversary International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology" ![]() |
|
Comparative transcriptional profiling of hypothalamus in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension and normotensive Wistar Albino Glaxo rats Leonid Klimov, Nikita Ershov, Vadim Efimov, Arcady Markel, Olga Redina Hypertension Seoul 2016 ![]() |
|
DIVERSITY OF MARINER-LIKE DNA TRANSPOSONS IN THE GENOME OF LOCUSTA MIGRATORIA I. Sukhih, K. Ustyantsev, A. Kononov, I. Konopatskaia THE TENTh INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\systems biology (BGRS\SB-2016) ![]() |
|
IDENTIFICATION OF BACILLUS PUMILUS GROUP
STRAINS BY MALDI TOF MS USING GEOMETRIC
APPROACH Старостин К.В., Демидов Е.А., Брянская А.В., Ефимов В.М., Розанов А.С., Пельтек С.Е. BGRS/SB’2016, Novosibirsk ![]() |
|
Thermophilic Microbial Community of the Extremal Ecosystems S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, V.M. Efimov, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov The Fifth International Conference on Sustainable Utilization of Tropical Plant Biomass - Bioproducts, Biocatalysts, and Biorefinery (SUTB4), 17th to 18th November 2016 Coimbatore, Tamilnadu, India ![]() |
|
2015 | Комплексные модели микробных сообществ Лашин С.А., Клименко А.И., Мустафин З.С., Зудин Р.К., Чеканцев А.Д., Матушкин Ю.Г. Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики – 2015» ![]() |
Haploid evolutionary constructor 3D: a software for simulation of spatially distributed microbial communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G. EMBO | EMBL Symposium “New Approaches and Concepts in Microbiology” ![]() |
|
EloE, a web application for automatic estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms V.S. Sokolov, B.S. Zuraev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin BREW 2015: Bioinformatics Research and Education Workshop ![]() |
|
Экспериментально-компьютерная инженерия метаболических путей при создании суперпродуцентов бактерий и дрожжей Акбердин И.Р., Котенко А.В., Розанов А.С., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е. VIII Московский международный конгресс "БИОТЕХНОЛОГИЯ:СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ" ![]() |
|
Исследование моделей эволюции геномов одноклеточных организмов для пространственно распределённых популяций Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А. VIII Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития» ![]() |
|
A module for integrating SBML-written mathematical models into the software package «Haploid Evolutionary Constructor» Chekantsev A.D., Lashin S.A. The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics” ![]() |
|
High-performance simulation of evolutionary-population processes in bacterial communities Mustafin Z.S., Lashin S.A. The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics” ![]() |
|
High-performance computations support for the software package «Haploid Evolutionary Constructor» Zudin R.K., Lashin S.A. The 7th International Young Scientists School "Systems Biology and bioinformatics" SBB-15 ![]() |
|
Evidence for karyotype polymorphism in the free-living flatworm, Macrostomum lignano, a model organism for evolutionary and developmental biology Kira S. Zadesenets, Dita B. Vizoso, Aline Schlatter, Eugene Berezikov, Nikolay B. Rubtsov, Lukas Shaerer XIII ISFB (International Symposium of Flatworm Biology) ![]() |
|
МНОГОМЕРНЫЙ АНАЛИЗ КЛИМАТИЧЕСКИХ РЯДОВ В СВЯЗИ С ПРОБЛЕМОЙ ГЛОБАЛЬНОГО ПОТЕПЛЕНИЯ MULTIDIMENSIONAL ANALYSIS OF CLIMATE SERIES IN CONNECTION WITH THE PROBLEM OF GLOBAL WARMING Ефимов В.М., Гончаров Н.П. 4-е МЕЖДУНАРОДНОЕ СОВЕЩАНИЕ ПО СОХРАНЕНИЮ ЛЕСНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ СИБИРИ ![]() |
|
Модель сортов пшениц нового поколения: скороспелость и несимбиотическая азотфиксация Гончаров Николай Петрович, Степаненко Ирина Лембитовна, Ефимов Вадим Михайлович международная конференция “Генетическая интеграция прокариот и эукариот: фундаментальные исследования и современные агротехнологии” ![]() |
|
Явление хаоса в математической модели альтернативного сплайсинга мРНК Когай В.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики», посвященной 90-летню со дня рождения академика Г.И. Марчука. ![]() |
|
Многомерная модель голосования для описания динамики социальной группы Титов И.И., Колчанов Н.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015) ![]() |
|
Эволюция медико-биологического сообщества Новосибирского Научного Центра Титов И.И., Блинов А.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015) ![]() |
|
Генетические основы центральных механизмов формирования стресс-зависимой артериальной гипертензии у крыс линии НИСАГ. Редина О.Е., Федосеева Л.А., Абрамова Т.О., Климов Л.О., Смоленская С.Э., Ефимов В.М., Маркель А.Л. Седьмая всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Фундаментальные аспекты компенсаторно-приспособительных процессов» ![]() |
|
Mathematical modeling of morphogenetic regulation of the meristem zone formation in the plant root Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А. MCCMB-2015 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии) ![]() |
|
Поиск ассоциированных с ответом на ауксин TGTCnn - содержащих регуляторных мотивов и их повторов у Arabidopsis thaliana L. Вибе Даниил Станиславович, Миронова Виктория Владимировна МНСК 2015 г. Новосибирск ![]() |
|
ЯЗЫК СПЕЦИФИКАЦИИ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ ГЕННЫХ СЕТЕЙ Казанцев Ф.В. XII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Перспективы развития фундаментальных наук» ![]() |
|
The compensatory mechanism providing for auxin transport in pin mutants of Arabidopsis thaliana L Vasilina Kovrizhnykh, Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak. Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology ![]() |
|
Осциллирующие и хаотические траектории в моделях генных сетей. Голубятников В.П., Лихошвай В.А. Семинар, посвященный 100-летию со дня рождения Игоря Андреевича Полетаева. ![]() |
|
Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015» ![]() |
|
Convergent evolution of Ribonuclease H in LTR Retrotransposons and Retroviruses Smyshlyaev G., Ustyantsev K., Novikova O., Blinov A. EMBO | EMBL Symposium: The Mobile Genome: Genetic and Physiological Impacts of Transposable Elements ![]() |
|
Diversity and distribution of DNA transposons in five neoblast-containing organisms Ustyantsev Kirill, Sormacheva Irina, Blinov Alexandr and Berezikov Eugene 8th International Macrostomum Meeting ![]() |
|
Математическое моделирование распределения концентрации ауксина в клетках горизонтального слоя корня Е.С. Новоселова, В.В. Миронова XII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Перспективы развития фундаментальных наук" ![]() |
|
2014 | The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине ![]() |
Analysis of Bacteria and Archaea genomes available in genbank database by “EloE” program В.С. Соколов, Ю.Г. Матушкин Шестая международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» - 6th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB’2014 ![]() |
|
Variation of elongation efficiency index of Archaea genes during evolution В.С. Соколов, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин BGRS\SB-2014 ![]() |
|
EloE – a web-application for estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин BGRS\SB-2014 ![]() |
|
Computer analysis of expression level of allergen-coding genes of pathogenic microorganisms Bragin A.O.,Sokolov V.S., Demenkov P.S., Matushkin Yu.G., Ivanisenko V.A. BGRS\SB-2014 ![]() |
|
Компьютерное исследование особенностей элонгации трансляции у Mycoplasma В.С. Соколов, Ю.Г. Матушкин VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы ![]() |
|
The tool to study plant hormone auxin distribution in the plant root F. Kazantsev, V. V. Mironova ECMTB 2014 ![]() |
|
Филогения и особенности экспрессии генов семейства MAKR у Arabidopsis thaliana Новикова Д. Д., Миронова В. В. МНСК 2014 г. ![]() |
|
Auxin-responsive transcriptome of Arabidopsis thaliana roots Миронова Виктория Владимировна Новикова Дарья Дмитриевна Омельянчук Надежда Анатольевна Васильев Геннадий Владимирович Климова Наталья Викторовна BGRS-2014 ![]() |
|
Филогения генов семейства MAKR и их экспрессия у Arabidopsis thaliana L. Новикова Д. Д., Миронова В. В. Высокопроизводительное секвенирование: получение, анализ данных и их использование в филогенетике ![]() |
|
Гены семейства MAKR у Arabidopsis thaliana L Новикова Д. Д., Миронова В. В. Перспективы развития и проблемы современной ботаники ![]() |
|
Высокопроизводительное компьютерное моделирование популяционно-генетических процессов в бактериальных сообществах Мустафин З.С., Лашин С.А. Международная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" ![]() |
|
Allelic coadaptation and fitness landscape predetermine the optimal Evolutionary mode in prokariotic communities: a simulation study Мустафин З.С., Лашин С.А. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2014) ![]() |
|
High Performance computing simulation of evolutionary processes in basterial communities Мустафин З.С., Лашин С.А. Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014) ![]() |
|
Модели коэволюции в трофических сообществах одноклеточных организмов: влияние пространственной неоднородности Ю.Г.Матушкин, А.И.Клименко, С.А.Лашин V международная конференция «Математическая биология и биоинформатика» ![]() |
|
Проблемы эволюции путем горизонтального переноса генов Клименко А.И., Лашин С.А., Суслов В.В. Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле ![]() |
|
Spatially distributed bacterial communities: simulation with «Haploid Evolutionary Constructor» Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Lashin S.A. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
Haploid Evolutionary Constructor 3D: a tool for simulation of spatially distributed prokaryotic communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
Пространственно распределенные модели эволюции в симбиотических/антагонистических прокариотических сообществах Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А. VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы ![]() |
|
FORWARD-TIME SIMULATION OF EVOLUTIONARY PROCESSES IN ANCIENT POPULATIONS USING THE DIPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR Lashin S.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. BGRS-2014 ![]() |
|
Математическое моделирование влияния ауксина на формирование сосудистого паттерна корня растения. Новоселова Е.С., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А. 18-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых "Биология - наука XXI века" ![]() |
|
MODELING OF TWO-CELLS COMPLEX IN MORPHOGENESIS OF D. MELANOGASTER MECHANORECEPTORS A.A.Akinshin, T.A.Bukharina, D.P.Furman, V.P.Golubyatnikov The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014 ![]() |
|
AN EXTENDED MODEL OF D. MELANOGASTER MACROCHAETE MORPHOGENESIS GENE NETWORK A.A.Akinshin, T.A.Bukharina, D.P.Furman, V.P.Golubyatnikov The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014 ![]() |
|
Computation modeling of vascular patterning in plant roots ES Novoselova, VV Mironova, FV Kazantsev, NA Omelyanchuk, VA Likhoshvai The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14) ![]() |
|
Кинетическое моделирование метаболических путей в бактериальной клетке Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Шестой съезд ВОГиС ![]() |
|
Kinetic modeling of pyrimidine biosynthesis is a first step to in silico bacterial cell Akberdin I.R., Ermak T.V., Kazantsev F.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. 9th BGRS\SB-2014 ![]() |
|
Mathematical model for subgenomic Hepatitis C Virus replication: impact of drug resistance emergence on long-term kinetics of NS3 protease inhibitors action Ivanisenko N., Mishchenko E., Akberdin I., Demenkov P., Kozlov K., Todorov D., Gursky V.V., Samsonova M.G., Samsonov A.M., Clausznitzer D., Kaderali L., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. 9th BGRS\SB-2014 ![]() |
|
Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. 9th BGRS\SB-2014 ![]() |
|
KINET 1.0 - a new web database on kinetics data and parameters for E.coli metabolic pathways Ermak T.V., Akberdin I.R., Timonov V.S., Mischenko E.L., Oshchepkova E.A., Perfilyeva O.A., Smirnova O.G., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. 9th BGRS\SB-2014 ![]() |
|
Database of quantitative characters of processes in embryonic stem cells Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Akberdin I.R., Ermak T.V., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014 ![]() |
|
Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014 ![]() |
|
A model of one biological 2-cells complex Akinshin A. A., Bukharina T. A., Furman D.P., Golubyatnikov V.P. Международная конференция ДНИ ГЕОМЕТРИИ В НОВОСИБИРСКЕ – 2014, посвященная 85-летию академика Ю. Г. Решетняка ![]() |
|
EXPERIMENTALLY VERIFIED TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES MODELS APPLIED FOR COMPUTATIONAL ANALYSIS OF CHIP-SEQ DATA. D.Y. Oshchepkov, V.G. Levitsky, I.V. Kulakovskiy, N.I. Ershov, V.J. Makeev, T.I. Merkulova. BGRS\SB-2014 ![]() |
|
DIOXIN-MEDIATED REGULATION OF GENES INVOLVED IN CYTOKINES PRODUCTION BY MACROPHAGES E.V. Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, A.G. Shilov, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov BGRS\SB-2014 ![]() |
|
О типе закона роста бактериальной клетки Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB’2014) ![]() |
|
Математическое моделирование Tat-Rev регуляции репликации HIV-1 Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Бажан С.И., Гайнова И.А., Черешнев В.А., Бочаров Г.А. V МК “Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB'2014) ![]() |
|
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli при стрессе по кинетическим данным. Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Бабкин И.В., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А. V МК “Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB’2014) ![]() |
|
О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при микромолярных концентрациях субстрата в хемостате. Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Математическая биология и биоинформатика (ICMBB’2014) ![]() |
|
Complex dynamics in systems of alternative mRNA splicing: a mathematical model. Kogai V.V., Fadeev S.E., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology ![]() |
|
TAT-REV regulation of HIV-1 replication: Mathematical model predicts the existence of oscillatory dynamics. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Bazhan S.I., Gainova I.A., Chereshnev V.A., Bocharov G.A. 9-th IC on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology, ![]() |
|
Karyotype diversity of Macrostomum lignano using individually karyotyped worms from natural populations and cultivated lines KIRA S. ZADESENETS, D. B. VIZOSO, A. SCHLATTER, I. D. SORMACHEVA, E. BEREZIKOV, N. B. RUBTSOV, L. SCHÄRER 8th International Macrostomum Meeting ![]() |
|
GENE NETWORKS MODELING: SPECIFICATION LANGUAGE Kazantsev F.V.,Akberdin I.R., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A. Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014) ![]() |
|
How the plant root deals with missing of a PIN auxin transporter Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Vasilina Chernova, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak 9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology ![]() |
|
Functional characteristics of human genes containing low level of promoter polymorphism revealed from the 1000 genomes project dataset. Ignatieva E.V., V.G. Levitsky, N.A. Kolchanov The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014) ![]() |
|
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Национальный Суперкомпьютерный форум-2014 (НСКФ-2014) ![]() |
|
Modeling of cell dynamics in the root apical meristem with dynamical grammar Lavrekha V.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A. The Ninth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology (BGRS\SB-2014) ![]() |
|
Modeling of cell dynamics in the root apical meristem with dynamical grammar Lavrekha V.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A. 6th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB’2014 ![]() |
|
2013 | Математические модели метаболических процессов в бактериальной клетке Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Методы создания, исследования и идентификации математических моделей ![]() |
Analysis of images obtained by FISH with chromosome‐derived DNA probes without suppression of repetitive DNA hybridization A.G. Bogomolov, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov 19th International Chromosome Conference ![]() |
|
Computational study of translation elongation features in Mycoplasma В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13) ![]() |
|
Mathematical modeling of gene network dynamics in E. coli I. Akberdin, F. Kazantsev, T. Ermak, V. Timonov, T. M. Khlebodarova, V. A. Likhoshvai 38-ой Конгресс FEBS ![]() |
|
KiNET – a new web database on kinetics data and parameters for E.coli Ермак Т., Акбердин И.Р., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013 ![]() |
|
Gene expression and mRNA secondary structures in Mycoplasma strains В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013 ![]() |
|
The mathematical model of auxin distribution in the plant root meristem Kazantsev F.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. Regional Interdisciplinary Conference – Humboldt Kolleg «Magnetic resonance as a tool for interdisciplinary research» ![]() |
|
MGSmodelsDB – a new database on mathematical models of biomolecular systems F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, V.V. Timonov, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai BREW 2013: Bioinformatics Research and Education Workshop ![]() |
|
Анализ распределения ауксин-чувствительных элементов в геноме Arabidopsis thaliana L. Вибе Даниил Станиславович, Миронова Виктория Владимировна мнск 2013 г. новосибирск ![]() |
|
GlaI-qPCR анализ — новый инструмент количественной оценки метилирования ДНК и его применение для изучения генов-супрессоров опухоли Кузнецов В.В., Землянская Е.В., Акишев А.Г., Абдурашитов М.А., Дегтярев С.Х. XXV Международная зимняя молодёжная научная школа «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии» ![]() |
|
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор" Мустафин З.С., Лашин С.А. Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс» ![]() |
|
Таксономия и молекулярная филогения пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г. Молекулярно-генетические подходы в таксономии и экологии ![]() |
|
INTENSIVE RECOMBINATIONS HAVE LED TO TANDEM REPEAT EXPANSION AND ENLARGEMENT OF RYE SUBTELOMERIC HETEROCHROMATIN VERSHININ A.V., EVTUSHENKO E.V., ELISAFENKO A.E., GUNBIN K., LEVITSKY V.G. The 19th International Chromosome Conference ![]() |
|
Toad grasshoppers (Pamphagidae, Orthoptera) as a new model of sex chromosome evolution. Jetybayev I.E., Bugrov A.G., Bogomolov A.G, RubtsovN.B. 19th International Chromosome Conference ![]() |
|
Multi-layer computer models of gene network evolution in diploid populations. S. Lashin and Y. Matushkin FEBS Congress ![]() |
|
Spatially distributed models of evolution in symbiotic/antagonistic prokaryotic communities Y. Matushkin and S. Lashin FEBS Congress ![]() |
|
Применение биоинформационных технологий в эволюционных исследованиях. Матушкин Ю.Г. VI Всероссийский с международным участием конгресс молодых ученых-биологов «Симбиоз-Россия 2013» ![]() |
|
The gene flow between ancient and modern humans: how often the hybridization occurred and what are population consequences? K.V. Gunbin, S.A. Lashin Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13) ![]() |
|
Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. Kashina E.V., Oshchepkov D.Y., Antontseva E.V., Oshchepkova E.A., Shamanina M.Y., Furman D.P., Mordvinov V.A. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology” ![]() |
|
The variation in chromosome number in the karyotype of free-living flatworm, Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) Zadesenets K.S., Vizoso D., Schärer L., Sormacheva I.D., Blinov A.G., Berezikov E., Rubtsov N.B. 7th International Macrostomum Meeting ![]() |
|
Ауксин-зависимые изменения транскриптома корней Arabidopsis thaliana L. Миронова В.В., Кузнецова Л.С., Филипенко Е.А., Климова Н.В., Васильев Г.В., Кочетов А.В. International Conference ” High-Throughput Sequencing in Genomics” ![]() |
|
2012 | Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE - сайтов, обнаруженных в промоторах IL12A, IL12B и IL4 генов человека. Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Лопатникова Ю.А., Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика ![]() |
Компьютерное моделирование динамики функционирования молекулярно-генетических систем E.coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В, Ри Н.А., Тимонов В.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Четвертая международная конференция «Математическая биология и биоинформатика» ![]() |
|
Построение и анализ математической модели mTOR сигнального пути Акбердин И.Р., Трифонова Е.А., Гайнова И.А., Макашева В.А., Шорина А.Р., Лихошвай В.А. Четвертая международная конференция «Математическая биология и биоинформатика» ![]() |
|
Программное обеспечение для компьютерного исследования особенностей элонгации трансляции (на примере одноклеточных организмов рода Mycoplasma) В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям ![]() |
|
Modeling and analysis of dynamics of the gene networks: automatic generation and storage in a new database Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Ree N.A., Timonov V.S., Oshchepkova E.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Likhoshvai V.A. Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина" ![]() |
|
A stochastic model for suppression of subgenomic hepatitis C virus replication in Huh-7 cells. N.V. Ivanisenko, E.L. Mishchenko, I.R. Akberdin, P.S. Demenkov, V.A. Likhoshvai, M.G. Samsonova, D. Clausznitzer, L. Kaderali, N.A. Kolchanov and V.A. Ivanisenko Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина" ![]() |
|
When gene networks may not work: computer modeling with the haploid evolutionary constructor Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич BGRS/SB’2012, Novosibirsk ![]() |
|
Fluorescence in situ hybridization with chromosome-derived DNA probes on Opisthorchis felineus and Metorchis xanthosomus chromosomes without suppression of repetitive DNA sequences. A.G. Bogomolov, K.S. Zadesenets, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012) ![]() |
|
Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Sacharromyces cereviciae and Schizosaccharomyces_pombe Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L., Likhoshvai V.A. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012) ![]() |
|
Изучение субстратной специфичности 5mC зависимой сайт-специфической ДНК эндонуклеазы BisI Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Международная конференция «Биология – наука XXI века» ![]() |
|
Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution Мустафин З.С., Лашин С. А. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2012) ![]() |
|
Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution Мустафин З.С., Лашин С.А. Systems Bioligy & Bioinformatics (SBB 2012) ![]() |
|
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор" Мустафин З.С., Лашин С.А. XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям ![]() |
|
Гаплоидный эволюционный конструктор: графический интерфейс для моделирования эволюции бактериальных сообществ Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям ![]() |
|
Haploid evolutionary constructor: a graphical user interface for simulating bacterial communities evolution Klimenko A.I., Lashin S.A. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012) ![]() |
|
Язык моделирования молекулярно-генетических систем SiBML Ф.В. Казанцев, В.В. Миронова, Е.С. Новоселова, Н.Л. Подколодный, В.А. Лихошвай "Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ) 2012" ![]() |
|
KINET – A NEW WEB DATABASE ON KINETICS DATA AND PARAMETERS FOR E. COLI Ermak T., Timonov V.S., Akberdin I.R., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
SUPPRESSION OF SUBGENOMIC HCV RNA BY NS3 PROTEASE ANTIVIRALS IN CELLS: A BASIC STOCHASTIC MATHEMATICAL MODEL Ivanisenko N.V., Mishchenko E.L., Akberdin I.R., Demenkov P.S., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING WITH MGSMODELLER Kazantsev F.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
MODELING AND ANALYSIS OF DYNAMICS OF THE RIBOPYRIMIDINES DE NOVO BIOSYNTHESIS IN E. COLI Khlebodarova T.M., Akberdin I.R., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
MATHEMATICAL MODEL OF AUXIN RESPONSIVE REPORTER DR5 ACTIVITY IN PLANT CELL Savina M.S., Mironova V.V., Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
MOLECULAR EVOLUTION OF PROTEINS BELONGING TO AUXIN BIOSYNTHESIS GENE NETWORK IN PLANTS Turnaev I.A., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
Fluorescence in situ hybridization with chromosome-derived DNA probes on Opisthorchis felineus and Metorchis xanthosomus chromosomes without suppression of repetitive DNA sequences. A.G. Bogomolov, K.S. Zadesenets, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov IV международная Школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология" ![]() |
|
The central regulatory circuit of the macrochaete morphogenesis gene network: a model of functioning Golubyatnikov V.P., Bukharina T.A., Furman D.P. Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’12) ![]() |
|
ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL AND POSTTRANSCRIPTIONAL REGULATION OF AUXIN CARRIER AtPIN1 Chernova V.V., Ermakov A.A., Doroshkov A.V., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V. VIII Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012) ![]() |
|
THE MODEL FOR AUXIN REGULATED AtPIN1 EXPRESSION IN THE ROOT APICAL MERISTEM А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, С.С. Сангаев, Н.А. Омельянчук, А.В. Кочетов, В.В. Миронова The 2nd International Conference "Plant Genetics, Genomics and Biotechnology" ![]() |
|
Recognition of NFAT5 binding sites. Ananko E.A., Levitsky V.G., Efimov V.M., Afonnikov D.A. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012) ![]() |
|
Analysis of SNP distribution and inter-SNP distance in the human genome E.V. Ignatieva, V.G. Levitsky, N.S. Yudin The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12) ![]() |
|
The enigmatic nature of the relation between TBP/TATA-affinity and the reaction norm of gene expression P.M. Ponomarenko, V.V. Suslov, O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3) ![]() |
|
Genomics of Rye Subtelomeric Heterochromatin A.V.Vershinin, E.V.Evtushenko, V.G.Levitsky " Genomics of Rye Subtelomeric Heterochromatin". Chromosome Biology, Genome Evolution, and Speciation, Gatersleben Research Conference 2012 ![]() |
|
Genomics and nucleosome arrangement of the rye subtelomeres Evtushenko E.V., Elisafenko E.A., Levitsky V.G., Vershinin A.V International conference Chromosome 2012 ![]() |
|
Роль длины мономера и нуклеотидного контекста для формирования сайтов посадки нуклеосом в тандемных повторах растений Левицкий В.Г., Вершинин А.В. International conference Chromosome 2012 ![]() |
|
In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy I.V., Makeev V.J. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012) ![]() |
|
The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning Levitsky V.G, Vershinin A.V. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012) ![]() |
|
DNA motif search by genetic algorithm V.G. Levitsky The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012) ![]() |
|
Variability of gene expression in mouse brain depends on predicted tbp-affinity of its core promoter Вишневский Олег Владимирович EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY BGRS\SB’12 ![]() |
|
Effects of in- and outbreeding in populations of diploid organisms: computer simulations with the diploid evolutionary constructor Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич BGRS/SB’2012, Novosibirsk ![]() |
|
Evolution in prokaryotes-phages communities: computer modeling with the haploid evolutionary constructor Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич BGRS/SB’2012, Novosibirsk ![]() |
|
In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data. V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy, Makeev V.J. SysPatho workshop «Systems biology and medicine» ![]() |
|
Molecular evolution of proteins belonging to auxin biosynthesis gene network in plants Turnaev I.I., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelianchuk N.A., Afonnikov D.A. Molecular Phylogenetics, Contributions to the 3rd Moskow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-3) ![]() |
|
Dioxin in regulation of genes involved in cytokinine synthesis by macrophages: a possible pathway underlying dioxin immunotoxicity and cancer. D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, E.V. Kashina, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov. SysPatho workshop «Systems biology and medicine» ![]() |
|
Eliciting the role of dioxin in regulation of the genes involved in cytokines synthesis by macrophages. D.Y. Oshchepkov, E.V. Kashina, E.A. Oshchepkova, E.V. Antontseva, M.Yu. Shamanina, D.P. Furman, V.A. Mordvinov. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology, ![]() |
|
Исследование регуляторных районов PIN1 гена Arabidopsis thaliana L. (Study of PIN1 regulatory regions in Arabidopsis thaliana L. А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, И.В. Миронова, С.С. Сангаев, А.В. Кочетов, В.В. Миронова II (X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге, 11-16 ноября 2012 года ![]() |
|
Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А. XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012) ![]() |
|
Role of auxin dose-dependent control in specification of root vascular cells Новоселова ЕС., Миронова ВВ, Казанцев ФВ, Омельянчук НА, Лихошвай ВА Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’12) ![]() |
|
Математическое моделирование ауксин зависимого контроля дифференцировки сосудистых клеток корня Новоселова ЕС, Миронова ВВ, Омельянчук НА, Казанцев ФВ, Лихошвай ВА II(X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге ![]() |
|
Multiple solutions under modeling of the nitrate utilization system in Escherichia coli. Ri N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. The Eighth IC on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
Математическое моделирование клеточного цикла прокариот: согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. IV Международная конференция “Математическая биология и биоинформатика”, ![]() |
|
Математическое моделирование метаболизма нитрита при культивировании клеток Escherichia coli в проточном хемостате. Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. IV Международная конференция “Математическая биология и биоинформатика” ![]() |
|
ABOUT SHIFT FUNCTION OF IRREGULAR POLYMERS SYNTHESIS IN MODELS OF THE MATRIX SYNTHESIS. V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, T.M. Khlebodarova The Eighth IC on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology ![]() |
|
MATHEMATICAL BIOLOGY OF GENE Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology ![]() |
|
Выявление роли ксенобиотиков в регуляции генов, вовлеченных в синтез цитокинов макрофагами. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012). ![]() |
|
Expressed Sequence Tag Analysis of Adult Opisthorchis felineus M. Yu. Pomaznoy, S. I. Tat’kov, D. A. Afonnikov, D. P. Furman, P. A. Belavin, A. M. Nayakshin, S. V. Gusel’nikov, G. V. Vasil’ev, A. Yu. Sivkov, A. V. Katokhin, and V. A. Mordvinov BREW 2012: Bioinformatics Research and Education Workshop ![]() |
|
ВЛИЯНИЕ 2,3,7,8-ТЕТРАХЛОРДИБЕНЗО-ПАРА-ДИОКСИНА НА РЕГУЛЯЦИЮ ЭКСПРЕССИИ IL12A, IL12B И IL4 ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В МАКРОФАГЕ Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Проблемы биомедицинской науки третьего тысячелетия 2-я Всероссийская научная конференция молодых ученых. ![]() |
|
2011 | Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика» ![]() |
MGSMODELSDB – Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Тимонов В.С., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития» ![]() |
|
Automatic generation of mathematical models of molecular-genetic systems Akberdin I., Kazantsev F., Ree M., Ree N., Timonov V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2011) ![]() |
|
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики" ![]() |
|
The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011 Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation ![]() |
|
MGSmodelsDB – web-ресурс для накопления математических моделей элементарных подсистем молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лихошвай В.А. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология” ![]() |
|
Математическое моделирование транспорта ауксина в центральном цилиндре корня A. Thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология” ![]() |
|
A mathematical model for the suppression of subgenomic Hepatitis C virus replication in Huh-7 cells in the presence of the NS3 protease inhibitors Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Хайдельберг, Германия, 28 августа-1 сентября ![]() |
|
Математическая модель подавления репликации субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке с ингибитором NS3 протеазы SCH503034 Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. Санкт-Петербургский научный форум “Наука и общество. Физиология и медицина 21 века. VI Петербургская встреча лауреатов нобелевской премии”, Санкт-Петербург, Россия, 19-23 сентября ![]() |
|
The combined mechanisms of the reverse fountain and the reflected flow provide for self-organization and maintenance of the root apical meristem. Mironova V.V., Novoselova E.S., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. 8th European conference on mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011) ![]() |
|
A plausible mechanism for the root apical meristem patterning. V.V. Mironova, E.S. Novoselova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai 7th International Conference on Structure and Function of Roots ![]() |
|
Modelling auxin transport in root provascular tissue. Novoselova E.S., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. 8th European conference on mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011) ![]() |
|
Computer simulation confirmed auxin dose-dependent control of root vascular cells specification E.S. Novoselova, V.V. Mironova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai 7th International Symposium on Structure and Function of Roots ![]() |
|
A plausible mechanism for the root apical meristem self-organization Victoria Mironova, Ekaterina Novoselova, Nadya Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow ![]() |
|
Quantitative sequence /activity relationships of auxin response elements (Aux RE) in plant promoters V.V. Mironova, P.M. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, M.P. Ponomarenko Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow ![]() |
|
Математическая модель распределения ауксина в корне растений Миронова В.В., Новоселова Е.С., Лихошвай В.А. Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики, Новосибирск ![]() |
|
Изучение механизмов регуляции ауксином роста и развития растений Миронова ВВ семинар по экологии, физиологии и биофизике растений "Молекулярные, клеточные и тканевые механизмы координации процессов роста и развития растений", Красноярск ![]() |
|
Математическая модель распределения ауксина в корне растений Миронова В.В., Новоселова Е.С., Лихошвай В.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики" ![]() |
|
Многомерный анализ микрочиповых данных для выявления потенциальных маркеров болезни Хантингтона Шайдуллин И.И., Катохин А.В., Ефимов В.М. Межд. конф. "Совр. пробл. математики, информатики и биоинформатики", посв. 100-летию А.А. Ляпунова ![]() |
|
О метрических свойствах эволюционных расстояний Мельчакова М.А., Ефимов В.М. "Совр. пробл. математики, информатики и биоинформатики", посв. 100-летию А.А. Ляпунова ![]() |
|
Age- and sex-associated variations in the directional asymmetry of root vole traits Vera Yu. Kovaleva, Yuri N. Litvinov, Vadim M. Efimov. VI-th European Congress of Mammalogy (ECM 2011) ![]() |
|
Модель центрального регуляторного контура одной многокомпонентной генной сети Голубятников В.П. Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Международная конференция «Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики», посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР А.А.Ляпунова ![]() |
|
Could chronic stress induced by polycyclic aromatic hydrocarbons have implications for hominid evolution? Oshchepkov D.Y., Suslov V.V. Proceedings of III International Conference Biosphere Origin and Evolution ![]() |
|
Анализ данных массовой иммунопреципитации хроматина с помощью экспериментально верифицированных методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA Ощепков Д. Ю., Левицкий В. Г. , Кулаковский И. В., Ершов Н. И., Васильев Г.В., Меркулова Т. И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика» ![]() |
|
Подарок Прометея: мог ли хронический стресс продуктами горения ускорить эволюцию гоминид Ощепков Д.Ю., Суслов В.В. Современные проблемы эволюции. XXV Чтения памяти А.А. Любищева. ![]() |
|
Доместикация пшениц: поиск новых подходов для решения старой проблемы Гончаров Н.П., Головнина К.А., Шумный В.К. Межд. конф.,посв. памяти акад. Алтухова ![]() |
|
Программные средства для многоуровневого моделирования эволюции про- и эукариот Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика» ![]() |
|
Computer tool for modeling the eukaryotes origin and evolution of early eukaryotic ecosystems Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. III International Conference “Biosphere origin and evolution” ![]() |
|
Evolutionary trends of genome amplification and reduction Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Suslov V.V. III international conference Biosphere origin and evolution ![]() |
|
Modeling of phage infection in prokaryotic communities by Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011 ![]() |
|
Моделирование коэволюции одноклеточных организмов в трофических кольцах с взаимным ингибированием Матушкин Ю.Г., Лашин С.А., Суслов В.В. VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития» ![]() |
|
Математическое и компьютерное моделирование эволюционно-популяционных процессов Лашин С.А. Третья школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология" ![]() |
|
Nucleosome organization in plant satellites Babenko VN, Matvienko VF, Vershinin AS, Levitsky AG Wheat Genetic Resources and Genomics ![]() |
|
Моделирование метаболизма пуринов и пиримидинов de novo в клетке E. coli Лихошвай В.А., Ри М.Т., Когай В.В, Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И. VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», часть II, Москва, март 21-25, 2011, стр. 385-386 ![]() |
|
Об исследовании математических моделей многостадийного синтеза вещества Фадеев С.И., Лихошвай В.А., Штокало Д.Н., Королёв В.К. Российская конференция «Методы сплайн-функций», посвящённой 80-летию со дня рождения Ю. С. Завьялова, 31 января–2 февраля 2011, Новосибирск, Россия, Институт математики СО РАН, стр.90-91 ![]() |
|
GeneNetworks theory Likhosvai V.A. RCIBC seminar, Novosibirsk, april 19-20, 2011 ![]() |
|
Математическое моделирование биосинтеза нуклеотидов de novo у Escherichia coli Ри М.Т., Захарцев М.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика» ![]() |
|
Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология» ![]() |
|
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов SF-1 и SREBP в геномах позвоночных с помощью нового подхода, сочетающего экспериментальные и биоинформатические методы Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика и биоинформатика» ![]() |
|
Inter-SNP distances and SNP distribution in the human genome Ignatieva Elena, Victor Levitsky, Nikolay Yudin Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB’11 ![]() |
|
Распределение однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека ИгнатьеваЕ.В., В.Г.Левицкий, Н.С.Юдин Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики", посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова ![]() |
|
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияние мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Савинкова Л.К., Захаренко Л.П., Пинтус С.С., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН. № 11. “Биологическое разнообразие”. Подпрограмма “Генофонды и генетическое разнообразие”. Сборник материалов. – Москва: ИОГен. 2011. С. 100-104. ![]() |
|
Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe. Yu.Matushkun, V.Likhoshvai, V.Levitsky The International Moscow Conference On Computational Molecular Biology, MCCMB’11 ![]() |
|
Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза. К.В.Гунбин, Д.А.Афонников,В.В.Суслов, Ю. Г. Матушкин, Н.А. Колчанов 2-я Всероссийская научно-практическая конференция "«Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле»" ![]() |
|
Корреляция эффективности инициации транскрипции и элонгации трансляции для S. Cerevisiae and S. Pombe Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г., Орлов Ю.Л. «Проблемы популяционной и общей генетики», посвященная 75-летию со дня рождения выдающегося генетика-популяциониста академика Юрия Петровича Алтухова" ![]() |
|
Разработка программного обеспечения микроскопического анализа биологических объектов. Богомолов А.Г., Подколодный Н.Л., Рубцов Н.Б. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология” ![]() |
|
Математическое моделирование иерархических живых систем на примере меристемы побега растения Акбердин И.Р. семинар по экологии, физиологии и биофизике растений «Молекулярные, клеточные и тканевые механизмы координации процессов роста и развития растений» ![]() |
|
2010 | Reduction of gene net dynamic models using proper orthogonal decomposition V.M. Efimov, A.S. Novikov, A.A. Tikhonov, I.R. Akberdin, V.A. Likhoshvai 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk ![]() |
Automatic generation and numerical analysis of mathematical models for molecular-genetic objects in an integrated system of MGS-generator and STEP+ modules I.R. Akberdin,F.V. Kazantsev, V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, V.K. Korolev, A.E. Medvedev. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня ![]() |
|
MGSmodelsDB – the database for storing mathematical models of molecular genetic systems F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, M.T. Ree, N.A. Ree, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня ![]() |
|
Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010 ![]() |
|
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010 ![]() |
|
Correlation between nucleosome formation potential of 5’-UTR and elongation efficiency index of coding sequences of S.cerevisiae genome Yu.G.Matushkin, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky. 2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2). May 18-21, 2010. Moscow ![]() |
|
In silico analysis of auxin-regulated root apical meristem patterning Mironova V.V., N.A. Omelyanchuk, E.S. Novoselova, V.A. Likhoshvai 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk ![]() |
|
Genetic and molecular characteri-zation of three agronomical importance genes (Vrn1, Vrn2, Q) in wheats Golovnina K., Sormacheva I., Blinov A., Kondratenko E., Goncharov N.P 8th Intern. Wheat Conf. June 1-4, 2010. SPb, 2010 ![]() |
|
Computer modeling of prokaryotic communities’ evolution Lashin S.A. ERASysBio Summer School, 27 July 2010, Tenerife, Spain ![]() |
|
Роль функциональных сайтов супрессора опухолей Merlin в сперматогенезе дрозофилы Юдина О.С., Головнина К.А., Дорогова Н.В., Копыл С.А., Болоболова Е.У., Дубатолова Т.Д., Шилова И.Э., Омельянчук Л.В., Блинов А.Г., Чанг Л.Ш. II Международная конференция "Дрозофила в экспериментальной генетике и биологии", 2010, 6-14 сентября, Одесса, Украина ![]() |
|
Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India ![]() |
|
Prediction for AtARF family transcription factors, mediating primary response to auxin V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, D.Yu. Oschepkov, V.G. Levitsky Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk ![]() |
|
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models of molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai and A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, Proc.of the 7th ISAAC Congress, World Scientific Publ., Singapore ![]() |
|
VRN1 promoter region analysis: evolutionary dinamics and cis-regulatory elements prediction Golovnina Kseniya The International Conference "Plant Genetics, Genomics, And Biotechnology" (PlantGen 2010), Novosibirsk, Russia, June 07-10, 2010 ![]() |
|
The mathematical model for investigation of auxin-regulated root patterning in wild type and under treatments V.V. Mironova, E.S. Novoselova, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai. the Joint Russian-French seminar "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling" 18-21 June, Novosibirsk ![]() |
|
Development of shoot apical meristem in silico under phytohormones regulation I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev, I.A. Gainova,V.A. Likhoshvai The Joint Russian-French Workshop "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling" ![]() |
|
Механизмы поддержания ниши стволовых клеток в корнях растений: математическая модель распределения ауксина в корне и ее анализ Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Биология развития: морфогенез репродуктивных структур и роль стволовых клеток в онтогенезе. Санкт-Петербург, 13-16 декабря 2010 г. ![]() |
|
Математическое моделирование развития меристемы побега на различных иерархических уровнях Гайнова И.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Королев В.К., Медведев А.Е. Всероссийская конференция (с международным участием) "Математические модели и информационные технологии в сельскохозяйственной биологии: итоги и перспективы", Санкт-Петербург, 14–15 октября, 2010 ![]() |
|
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Всероссийская научная конференция "Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии", 15-17 сентября 2010г. ![]() |
|
Эволюционный конструктор - методика моделирования эволюции бактериальных сообществ Лашин С.А. Вторая международная научная школа-конференция памяти академика М.М. Лаврентьева "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 21-29 сентября 2010, Новосибирск ![]() |
|
Моделирование динамики молекулярно-генетических систе Лихошвай В.А. Вторая международная научная школа-конференция памяти академика М.М. Лаврентьева "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 21-29 сентября 2010, Новосибирск ![]() |
|
Компьютерное моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов Матушкин Ю. Г., Лашин С.А., Суслов В.В. Математическая биология и биоинформатика: III Международная конференция , г. Пущино ![]() |
|
Development of shoot apical meristem in silico under phytohormone regulation I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai Международная конференция Plantgen, Новосибирск, Россия, 7-10 июня, 2010 ![]() |
|
Structure and Evolution of Stochastic Networks: a case study of text networks Титов ИИ, Рудниченко КА, Куликов АИ Международная конференция Стохастические модели в биологии и предельные алгебры, 2—7 августа 2010, Омск, Россия. ![]() |
|
Математическое моделирование влияния ауксина на ризотаксис у arabidopsis thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В. Международная научная студенческая конференция, НГУ, Новосибирск ![]() |
|
Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург ![]() |
|
Дозовый эффект гена при наследовании розовой окраски венчика у потомков межродовых гибридов Fragaria x ananassa Duch. × Comarum palustre L. Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Перспективы развития и проблемы современной ботаники / Материалы II (IV) Всероссийской молодежной научно-практической конференции. Новосибирск: Изд-во СО РАН. ![]() |
|
Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск ![]() |
|
Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный Конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск ![]() |
|
Компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G. Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010 ![]() |
|
The nanobiotechnology database V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk ![]() |
|
Morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetes: а gene network describing the establishment of bristle prepattern Bukharina T.A. Furman D.P. Седьмая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома (BGRS'2010) ![]() |
|
The relation between biological complexity of eukaryotes and evolutionary changes of Notch cascade protein features Gunbin K.V. Bukharina T.A. Седьмая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома (BGRS'2010) ![]() |
|
Promoters of the genes encoding the macrophage transcription factors contain binding sites for aryl hydrocarbon receptor. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. Seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology ![]() |
|
Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophage cytokines. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Furman D.P., Mordvinov V.A. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня ![]() |
|
Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the macrophage transcription factors and cytokines genes. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. “From Functional Genomics to Systems Biology”, ![]() |
|
Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» ![]() |
|
Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине» ![]() |
|
Testing of functional activity of putative dioxin responsive elements in promoter regions of genes, encoding macrophageal transcription factors and cytokines Kashina E.V., Antontseva E.V., Katokhin A.V., Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Shamanina M.Y., Grishanova A.Y., Furman D.P, Mordvinov V.A. The seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology ![]() |
|
Science structural inference Titov I., Rudnichenko K., Fursov F., Krutov P., Kulikov A. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27 ![]() |
|
Evidence of negative selection against miRNA expansion over human genome Titov I., Vorozheikin S., Kulikov A. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27 ![]() |
|
3D-modelling of RNA structure Titov I.I., Barsov K., Kulikov A.I. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27 ![]() |
|
Gene loss and acquiring in evolution of prokaryotic communities – modeling with Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня ![]() |
|
Computer simulation of origin and evolution of signaling systems Dygalo N.N., Lashin S.A. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня ![]() |
|
Моделирование динамики молекулярно-генетических систем Лихошвай В.А. Вторая молодежная международная научная школа-конференция памяти М.М.Лаврентьева «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач, 21-29 сентября 2010 ![]() |
|
Об исследовании нелинейных моделей многостадийного синтеза вещества Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Штокало Д.Р. III международная конференция, Математическая биология и биоинформатика, 10-15 октября 2010г., Пущино ![]() |
|
STABILITY OF SOLUTIONS OF DELAY DIFFERENTIAL EQUATIONS WITH PERIODIC COEFFICIENTS G.V. Demidenko, V.A. Likhoshvai, I.I. Matveeva Seven international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS/SB_2010), Novosibirsk, 2010, p. 180 ![]() |
|
Similarities and differences in the structures of artificial and natural transcription factor binding sites: impact of flanking sequences to recognition performance. Oshepkov D.Y., Levitsky V.G., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10) ![]() |
|
Control of Escherichia coli dps gene expression in response to toxic action of cadmium. Stepanova T.Y., Likhoshvai V.A., Babkin I.V., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology. (BGRS/SB’10) ![]() |
|
The mathematical modeling of nitrite metabolism regulation in Escherichia coli cell during nitrate respiration under anaerobic conditions. Ree N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10) ![]() |
|
Mathematical modeling of nucleotide biosynthesis in Escherichia coli. Ree M.T., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10) ![]() |
|
E.coli proteom expression under terahertz irradiation Peltek S.E., Mesheryakova I.A., Goryachkovskaya T.N., Demidova E.V., Demidov E.A., Khlebodarova T.M., Oschepkov D.Yu., Kolchanov N.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Vinokurov N.A., Kulipanov G.N., Nikolaev E.N. Terahertz radiation: generation and application ![]() |
|
Computer analysis of stress response network E.coli. Stepanenko I.L., Titov I.I. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2010) ![]() |
|
Correlation Between Nucleosome Formation Potential of 5’-UTR and Elongation Efficiency Index of Coding Sequences in S.Cerevisiae and S. Pombe Genomes. Yu.G. Matushkin, V.A.Likhoshvai, A.V.Orlenko, V.G.Levitsky International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2010). ![]() |
|
Computer support system development for biological objects research in microscopy A.G. Bogomolov, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov BGRS/SB’10, Novosibirsk ![]() |
|
Analysis of the degenerate motifs in promoters of auxin responsive genes Вишневский Олег Владимирович Миронова Виктория Владимировна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович Bioinformatics of Genome Regulation and Structure ![]() |
|
2009 | Mathematical modeling of a plant development on the different levels Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Gainova I.A., Likhoshvai V.A. 3 rd Annual World Congress of Gene-2009, Foshan, China, December 1-7 ![]() |
Моделирование молекулярно-генетических механизмов регуляции развития растений И.Р. Акбердин, Ф.В. Казанцев, В.А. Лихошвай 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г. ![]() |
|
Моделирование эволюционно-популяционных процессов с помощью "Эволюционного конструктора" Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.В. Суслов, Н.А.Колчанов 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г. ![]() |
|
Происхождение, доместикация и эволюция пшениц Н.П.Гончаров, К.А. Головнина, А.Г. Блинов, Е.Я. Кондратенко. 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г. ![]() |
|
Регрессия "последовательность→сродство" ТАТА-бокса к ТВР и эволюция ВИЧ-1 В.В. Cуслов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, В.М. Ефимов, Н.А. Колчанов 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г. ![]() |
|
Taxonomy and molecular phylogeny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E. Ja. 6th International Triticeae Symposium, May 31-June 5, 2009, Kyoto, Japan ![]() |
|
Auxin regulated root patterning: the mathematical model and key genetic mechanisms V.V. Mironova, M.P. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai German-Russian forum Biotechnology GRFB'09, Novosibirsk ![]() |
|
Modeling of coevolutionin communities usin "Evolutionary constructor" program Lashin S.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics ![]() |
|
Network biology Titov II International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics ![]() |
|
Evolvability and biodiversity – modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G. International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09) ![]() |
|
SNPs in the HIV-1 TATA Box and the AIDS Pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, L.K. Savinkova, M.P. Ponomarenko, N.A. Kolchanov Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow ![]() |
|
Lattice proteins: the landscape veiw on protein folding Titov II The 3d Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2009, March 25 - May 24, 2009 ![]() |
|
Исследование эффективности экспрессии генов в зависимости от их нуклеотидного состава методами биоинформатики Матушкин Ю.Г., Ефимов В.М., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г. V Intern. Congress BIOTECHNOLOGY: state of the art and prospects of development ![]() |
|
Анализ изображений биологических объектов Богомолов А.Г. XLVII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК-47) г.Новосибирск, 11 – 15 апреля 2009 г. ![]() |
|
Интегрированная компьютерная система для построения и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем И.Р.Акбердин, Ф.В.Казанцев, В.А.Лихошвай, С.И.Фадеев, И.А.Гайнова, В.К.Королев, А.Е.Медведев Всероссийская конференция по вычислительной математике КВМ-2009, Академгородок, Новосибирск, Россия, 23-25 июня 2009 ![]() |
|
Многомерные методы мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Материалы Пятого Московского международного конгресса "Биотехнология: состояние и перспективы развития" . Часть II. (Москва, 16-20 марта 2009 г.) –М.: ЗАО "Экспо-биохим-технологии", РХ ТУ. С. 393-394. ![]() |
|
Systems biology: computer-experimental research Yury G. Matushkin Программа посещений французского национального института агрономических исследований (INRA) Делегация Института Цитологии и Генетики СО РАН, 29 сентября - 5 октября 2009 г. ![]() |
|
Математическое моделирование и компьютерный анализ генных сетей Лихошвай В.А. пятый международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития, Москва,16-20 марта 2009г, часть2, с384 ![]() |
|
Mathematical model of the auxin metabolism in shoots if Arabidopsis thaliana L. I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai. Российско-германский форум по биотехнологии, Новосибирск, 15-19 июня 2009 года ![]() |
|
New computer technologies for the construction and numerical analysis of mathematical models for molecular genetic systems I.A.Gainova, I.R Akberdin, F.V.Kazantsev, V.A.Likhoshvai, S.I.Fadeev, V.K.Korolev, A.E.Medvedev Седьмой Международный Конгресс ISAAC, Лондон, Великобритания, 13 – 18 Июля, 2009 ![]() |
|
Компьютерный дизайн искусственных РНК- и ДНК-структур Титов ИИ Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии Новосибирск, 10 - 14 июня ![]() |
|
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития” ![]() |
|
Генные сети, контролирующие развитие макрохет D. melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. V Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров ![]() |
|
Improved prediction of human miRNAs based on context-structural HMM Vorozheikin P., Kulikov A., Titov I. 4d Moscow Conf. On Computational Molecular Biology (MCCMB’09). ![]() |
|
Математическое моделирование и компьютерный анализ генных сетей Лихошвай В.А. V международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития, Москва,16-20 марта 2009г, часть2, с384. ![]() |
|
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Еscherichia coli в присутствии ионов кадмия. Т.Ю. Степанова, В.А. Лихошвай, А.В. Задорожный, Н.В. Тикунова, Д.Ю. Ощепков, Т.М. Хлебодарова. Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров ![]() |
|
Prediction of the regulation pathways of the Еscherichia coli dps gene expression under stress conditions. T.Yu. Stepanova, D.Yu. Oshchepkov, V.A. Likhoshvai, A.V. Zadorozhny, N.V. Tikunova, T.M. Khlebodarova. German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09 ![]() |
|
Experimental study of predicted regulation pathways of E.coli/pYFI-GFP genosensor under oxidative stress A.V. Zadorozhny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Yu. Oschepkov, N.V. Tikunova. German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09 ![]() |
|
A novel promoter of the Escherichia coli yfiA gene and pathways of its regulation under oxidative stress conditions T.M. Khlebodarova, A.V. Zadorozhny, V.A. Likhoshvai, N.V. Tikunova, D.Yu. Oschepkov, N.A. Kolchanov. International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09) ![]() |
|
Исследование генетического разнообразия возбудителей биогельминтозов человека, передающихся через рыбу, ракообразных и продукты их переработки В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, И.И. Брусенцов, К.В. Романов, С.В. Шеховцов, С.И. Татьков, Д.П.Фурман, А.Ю.Сивков, М.Ю.Помазной, М.Н.Львова, М.Ю.Шаманина, К.С.Задесенец, Н.Б.Рубцов. Итоговая конференция по приоритетному направлению "Живые системы" за 2009 год ![]() |
|
2008 | Mathematical model of auxin metabolism in shoots of Arabidopsis thaliana L. Akberdin I. R., Kazantsev F. V., Omelyanchuk N. A., Likhoshvai V. A. 2nd International Conference "Mathematical Biology and Bioinformatics", Pushchino, Moscow region, September 7-13, 2008 ![]() |
Auxin regulation of its own transport determines the root tip structure in plants V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, S.I. Fadeev, V.V Koga2, G. Yosiphon, E. Mjolsness, V.A.Likhoshvai 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28 ![]() |
|
Horizontal transmission of non-LTR retrotransposons: artefact or rare event? Novikova O, Blinov A 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28 ![]() |
|
Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28 ![]() |
|
Nucleotide assymetry in structural RNAs: evidence of c-> u directional change in tRNAs Titov II 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28 ![]() |
|
Эффективность экспрессии генов как функция их нуклеотидного состава Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Ефимов В.М., Вишневский О.В. II-ая Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика" г. Пущино Московской области 7-13 сентября 2008 г. ![]() |
|
Mathematical model of auxin-mediated root patterning Mironova V.V., Likhoshvai V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics ![]() |
|
Эффект потенциальных лекарственных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке: математическая модель Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2008 г. ![]() |
|
Математическое моделирование репликации репликона ВГС в клетке. Исследование возможных клеточных факторов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А IV съезд микробиологов Узбекистана, тезисы докладов, г. Ташкент, 9-10 октября 2008 ![]() |
|
Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008 ![]() |
|
Эволюционный конструктор: новый подход к моделированию эволюции простейших Лашин С.А. IX всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям (YM2008) ![]() |
|
Генетика типа и скорости развития пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Головнина К.А., Блинов А.Г. Конференция "Селекция сельскохозяйственных культур на устойчивость к абиотическим и биотическим стрессам". Барнаул. 22-24 июля 2008 г. ![]() |
|
Математическая модель поддержания тотипотентности и дифференцировки клеток при развитии меристемы побега Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2008"!", Москва, Россия ![]() |
|
Database neurogenesis on bristle pattern formation in D. melanogaster Bukharina T.A. Furman D.P. VI-ая Международная конференция "Биоинформатика регуляции и структуры генома" ![]() |
|
Neurogenesis: Gene Network of Bristle Pattern Development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. XX ICG Congress 2008 ![]() |
|
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. M.Y. Shamanina, E.A. Oshchepkova, D.Y. Oshchepkov, A.V. Katokhin, D.P. Furman, I.B. Tsyrlov, V.A. Mordvinov Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure ![]() |
|
Analysis of the evolutionary specificities of the yfiA and yhbh E.Coli genes and their regulatory regions. Baryshev P.S., Oshchepkov D.Y., Khlebodarova T.M., Afonnikov D.A. Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure ![]() |
|
CONDITIONS OF CORRECTNESS OF MODELLING OF NON-LINEAR AND REVERSIBLE MATRIX PROCESSES BY THE DELAY EQUATION D.N.Shtokalo, S.I.Fadeev, V.A.Likhoshvai VI Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008),2008, p227 ![]() |
|
Prediction of the regulatory mechanisms of Escherichia coli yfiA gene expression T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Y. Oshchepkov, A.V. Kachko, N.V. Tikunova. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS) ![]() |
|
Approval method for transcription termination sites prediction in firmicutes S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin, T.M, Khlebodarova, V.A. Likhoshvai. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS) ![]() |
|
Genetic constructor: a computer resource for molecular-genetic systems modeling V.A. Likhoshvai, N.V. Tikunova, A.V. Kachko, T.M. Khlebodarova. Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure ![]() |
|
Mathematical modeling of genetic regulation of pyrimidine biosynthesis in Escherichia coli M.T. Ri, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure ![]() |
|
Computer system for modelling and analysis of plant tissue growth and development Lavreha V.V., Penenko A.V., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A. The Sixth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008) ![]() |
|
A MODEL STUDY OF THE ROLE OF PROTEINS CLV1, CLV2, CLV3, AND WUS IN REGULATION OF THE STRUCTURE OF THE SHOOT APICAL MERISTEM Nikolaev S.V., Penenko A.V., Lavreha V.V., Smal P.A., Mjolsness E.D., Kolchanov N.A. The Sixth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008) ![]() |
|
Computer system for modelling and analysis of plant tissue growth and development V.V. Lavreha, A.V.Penenko, S.V. Nikolaev, N.A. Kolchanov The European conference on Computational Biology (ECCB'08) ![]() |
|
2007 | Modelling and analysis of spatially distributed systems regulation in apical meristem of Arabidopsis thaliana Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A 3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia ![]() |
Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia ![]() |
|
Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем. Казанцев Ф.В., Ратушный А.В. 45 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 10-12) ![]() |
|
Mathematical model of the Arabidopsis thaliana L. morphogenesis in a cellular automaton terms Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., D.N., Kolchanov N.A. 7th YSF "Molecular Networks", Vienna, Austria, 5 – 7 July 2007 ![]() |
|
Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow ![]() |
|
Филогения пшениц Гончаров Н.П., Головнина К.А., Килиан Б.,Кондратенко Е.Я II Вавиловская международная конференция "Генетические ресурсы культурных растений в XXI веке": состояние, проблемы, перспективы. 26-30 ноября 2007, г. Санкт-Петербург ![]() |
|
Комбинационная терапия как средство борьбы с лекарственной устойчивостью вируса гепатита С, результаты математического моделирования Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2-8 сентября 2007 г. ![]() |
|
2d modelling and analysis of spatially distributed cells types of primary shoot apical meristem (SAM) of Arabidopsis thaliana Ilya R. AKBERDIN, Evgeny A. OZONOV, Victorya V. MIRONOVA, Dmitry N. GORPINCHENKO, Nadezda A. OMELYANCHUK, Vitaly A. LIKHOSHVAI, Denis S. MIGINSKY, Nikolai A. KOLCHANOV Proceedings of the 3-rd Moscow conference on computional molecular biology. Moscow, Russia ![]() |
|
RNA secondary structure: from physico-chemistry to computer prediction Titov I.I. The 2nd Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2007, 20th June-1st, September 2007 ![]() |
|
Компьютерная система для моделирования и анализа растительных тканей Лавреха В.В., Пененко А.В., Шерин Д.С., Николаев С.В. VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007 ![]() |
|
Моделирование механизма позиционирования зоны деления стволовых клеток в апикальной меристеме побега растения Пененко A.В., Николаев С.В., Смаль П.А., Лавреха В.В. VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007 ![]() |
|
Молекулярно-биологические подходы к реконструкции филогении рода Triticum К.А. Головнина X международная генетико-селекционная школа "Реализация идей Н. И. Вавилова на современном этапе развития генетики, селекции и семеноводства сельскохозяйственных культур" Новосибирск, Россия, 9-13 Апреля 2007 ![]() |
|
Distribution and evolution of non-LTR retrotransposons in fungi Novikova O XI Congress of European society for evolutionary biology. Uppsala, Sweden ![]() |
|
Математическая модель репликации репликона вируса гепатита С в клетках Huh-7 Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г. ![]() |
|
Diversity of Chromoviruses in fungi Novikova O, Blinov A XV Congress of European mycologists. Saint Petersburg, Russia ![]() |
|
Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточных автоматов Озонов Е.А., Акбердин И.Р., Миронова В.В., Горпинченко, Д.Н, Лихошвай В.А Всероссийская научная конференция студентов физиков ВНКСФ-13 ![]() |
|
Извлечение знаний из опубликованных данных по генетике растений: база данных AGNS и ее приложения Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Д.К. Пономарев, Е.М. Залевский, И.С. Шамов, Н.Л. Подколодный, Н.А. Колчанов Материалы Всероссийской конференции с международным участием "Знания – Онтологии – Теории" (ЗОНТ-07), 14-16 сентября 2007, Новосибирск ![]() |
|
Использование технологии генных сетей для реконструкции процесса формирования щетиночного рисунка у Drosophyla melanogaster Фурман Д.П., Бухарина Т.А. Материалы Международной конференции "Научное наследие Н.И.Вавилова - фундамент развития отечественного и мирового сельского хозяйства, 27-28 ноября 2007 г", М: ФГОУ ВПО Российский государственный университет - МСХА им. К.А. Тимирязева ![]() |
|
Доместикация злаков: поиск новых подходов для решения старой проблемы Гончаров Н.П.,Головнина К.А.,Глушков С.А.,Кондратенко Е.А.,Шумный В.К. Международная конференция "Развитие эволюционной идеи в биологии, социологии и медицине",посвященная 90-летию со дня рождения академика Дмитрия Константиновича Беляева ![]() |
|
Математическое моделирование комбинационного действия лекарственных препаратов против вируса гепатита С. Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск ![]() |
|
Моделирование морфогенеза зародыша Arbidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин ИР, Озонов ЕА, Миронова ВВ, Горпинченко ДН, Омельянчук НА, Лихошвай ВА Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск ![]() |
|
Подходы к моделированию регуляции развития корня растения Горпинченко Д., Миронова В. Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК) Новосибирск ![]() |
|
Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной молодёжной научно-методической конференции "Проблемы молекулярной и клеточной биологии" г. Томск ![]() |
|
одномерная математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В.А., Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Фадеев С.И. Тезисы докладов Российской конференции "Математика в современном мире", Новосибирск, 2007 ![]() |
|
Доместикация растений, или формирование цивилизаций посредством селекции злаков. Программа: Происхождения культурных растений и их эволюции: на примере пшениц Гончаров Н.П., Блинов А.Г., Головнина К.А., Шумный В.К. Круглый стол «Происхождение и эволюция жизни на Земле», посв. 50-летию СО РАН ![]() |
|
Молекулярная филогения рода Triticum L. Гончаров Н.П., Головнина К.А., Блинов А.Г. Школа молод. селекц. им. С.А. Кунакбаева ![]() |
|
Deducing the mechanisms underlying expression regulation of a polyfunctional genosensor based on the promoter of Escherichia coli gene yfiA. T.M. Khlebodarova, A.V. Kachko, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Tikunova, V.A. Likhoshvai. «Basic sciences - medicine» ![]() |
|
Применение терагерцового излучения для анализа биологических объектов Горячковская Т.Н., Козлов А.С., Колчанов Н.А., Малышкин С.Б., Пельтек С.Е., Петров А.К., Попик В.М., Тарабан М.Б., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Щеглов М.А. Всероссийский семинар по радиофизике миллиметровых и субмиллиметровых волн ![]() |
|
Sequence-structural characteristics of human miRNAs Titov II, Vorozheikin PS, Ivanisenko AYu, Kulikov AI 3d Moscow Conf. on Computational Molecular Biology (MCCMB'07) ![]() |
|
Computer system for analysis and modeling 2D plant tissue Lavreha V.V., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A., Penenko A.V. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia ![]() |
|
Modeling of the Shoot Apical Meristem Structure Regulation Based on CLV1, CLV2, CLV3 and WUS Interactions Nikolaev S.V., Penenko A.V., Lavreha V.V., Smal P.A., Mjolsness E.D., Kolchanov N.A. The Eighth International Conference On Systems Biology (ICSB-2007) ![]() |
|
2006 | Hepatitis C virus: application of gene networks technology to searching for perspective pharmacological targets Ivanisenko VA, Mischenko EL, Bezmaternikh KD, Ratushny AV, Likhoshvai VA,Titov II, Korotkov RO, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia ![]() |
Программный комплекс для конструирования математических моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. 44 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 13-14) ![]() |
|
A system for simulation of 2D plant tissue growth and development Nikolaev S.V., Penenko A.V., Belavskaya V.V., Mjolsness E., N.A. Kolchanov N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
AGNS (arabidopsis genenet supplementary database), release 3.0 Omelianchuk N.A., Mironova V.V., Poplavsky A.S., Pavlov K.S., Savinskaya S.A., Podkolodny N.L., Mjolsness E.D., Meyerowitz E.M., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
Database GenSensor as informational source for design of biosensors. Experimental development of biosensor based on yfiA gene Khlebodarova T.M., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Tikunova N.V. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
Genetic constructor for computer modeling Likhoshvai V., Nedosekina E., Tikunova N. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
Molecular phylogeny of the genus Triticum L. Golovnina K., Glushkov S., Blinov A., Mayorov V., Adkison L., Goncharov N. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
Optimal control tasks in terms of the gene network models Bezmaternykh K.D., Nikulichev Yu.V., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Latipov A.F., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
Pattern of locally positioned dinucleotides in microRNA relates to its accumulation level Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
Program Method of Constructing Ontology of Phenotypic Abnormalities for Arabidopsis thaliana Ponomaryov D., Omelianchuk N., Mironova V., Kolchanov N., Mjolsness E., Meyerowitz E A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
Минимальная математическая модель подавления репликации РНК репликона ВГС в клеточной культуре", доклад на 5-ой Российской мульти-конференции Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. 5-ая Российская мульти-конференция "Математика, Информатика, Управление" (МИУ’06) Иркутск, Россия ![]() |
|
MGSmodeller - компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. , Подколодная Н.Н., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Крокус И.В., Лашин С.А., Ратушный А.В., Лихошвай В.А. 7 Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Красноярск, Россия, (Ноябрь 1-3) ![]() |
|
Molecular phylogeny of the genus Triticum Golovnina K., Glushkov S I(IX) international conference of young botanists in Saint-Petersburg, May 21-26, 2006 ![]() |
|
AGNS database and cellular automaton to model the development of shoot meristems of Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. II Всероссийская конференция "Инфокоммуникационные и компьютерные технологии и системы", Улан-Удэ, Россия (Июль 1-4) ![]() |
|
System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies ![]() |
|
RNA secondary structure and function Titov I.I. The 1st Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2006, 8th May-8th, July 2006. ![]() |
|
A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude ![]() |
|
Молекурно-генетические механизмы регуляции дыхания клетки E.coli: реконструкция генной сети и математическое моделирование Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude ![]() |
|
Mathematical model for suppression of hepatitis C virus RNA replicon replication in cell culture Bezmaternikh K.D., Mishchenko E.L., Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. The VII All-Russian young scientists conference on mathematical modeling and informatics technology (with foreign participants), Krasnoyarsk ![]() |
|
Nano/microfluid bio-analytical systems Pel'tek S.E., Pindyurin V.F., Popik V.M., Scheglov M.A., Goldenberg B.G., Eliseev V.S., Petrova E.V., Tikunova N.V., Rubtsov N.B., Goraychkovskaya T.N., Khlebodarova T.M., Govorun V.M., Kulipanov G.N., Kolchanov N.A. The XVI Intern. Synchrotron Radiation Conference (SR-2006), July 10-14, 2006, BINP, Novosibirsk, Russia ![]() |
|
Modeling of morphogenesis of Arabidopsis thaliana in cellular automaton terms Akberdin I. R., Evgeniy A. Ozonov, Victoria V. Mironova, Nadezda A. Omelyanchuk, Vitaly A. Likhoshvai VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006 ![]() |
|
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006 ![]() |
|
Моделирование морфогенеза растений в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р, Озонов Е.А, Миронова В.В, Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006 ![]() |
|
Моделирование морфогенеза растения в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р, Озонов Е.А, Миронова В.В, Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006 ![]() |
|
Синтез управляемых генных сетей Ю.Г.Матушкин Всероссийская конференция (с международным участием) "Математика, информатика, управление" (МИУ-06) Улан-Удэ - оз. Байкал ![]() |
|
Рукотворные виды - источник расширения биоразнообразия пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Храброва М.А., Коновалов А.А., Лайкова Л.И., Блинов А.Г., Головнина К.А., Глушков С.А. Вторая Центрально-Азиатская конференция по зерновым культурам. 13-16 июня 2006 года. Чолпон-Ата, Иссык-Куль, Кыргызстан ![]() |
|
Математическая модель подавления репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной структуре Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. Доклад на VII всероссийской конференции молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, г. Красноярск ![]() |
|
Онтология развития растения базы данных по экспрессии генов Арабидопсиса AGNS (Arabidopsis GeneNet Supplementary DataBase) Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Поплавский А.С. Материалы II всероссийской конференции с международным участием "Инфокоммуникационные и вычислительные технологии и системы". г. Улан-Удэ ![]() |
|
Сотрудничество ИЦиГ - ВКИ НГУ Ю.Г.Матушкин Региональная научно-практическая конференция "Информационные технологии в общем и среднем образовании" Новосибирск ![]() |
|
The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Bukharina T.A. Katokhin A.V. Furman D.P. Пятая Международная Конференция "Биоинформатика Регуляции и Структуры Генома" ![]() |
|
Mathematical modeling of regulation of cyoABCDE operon expression in Escherichia coli. Ratushny A.V., Khlebodarova T.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
A mathematical model for the Influenza virus life cycle. Akberdin I.R., Kashevarova (Ree) N.A., Khlebodarova T.M., Bazhan S.I., Likhoshvai V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites. Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
Gene network reconstruction and mathematical modeling of E. coli respiration: regulation of F0F1-ATP synthase by metal ions. Khlebodarova T.M., Lashin S.A., Apasieva N.V. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
BiotechPro: a database for microbiologically synthesized products of biotechnological value. Ibragimova S.S., Smirnova O.G., Grigorovich D.A., Khlebodarova T.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture. Bezmaternikh K.D., Mishenko E.L., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways. Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22) ![]() |
|
The GArna toolbox for RNA structure analysis: the 2006 state of the art Titov II 5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'06) ![]() |
|
A model of the translational inhibition by miRISC complex describes protein synthesis variation induced by mutations in mammalian miRNA sites Titov II, Ivanisenko AYu 5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'06) ![]() |
|
Mathematical modeling of the purine biosynthesis in Escherichia coli Nedosekina E., Likhoshvai V.A. Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine ![]() |
|
Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г. International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia. ![]() |
|
Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006 ![]() |
|
2005 | Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells. Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Сonference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27 ![]() |
Гранты
2022 | Генетический контроль дегенерации поясничных межпозвонковых дисков Российский Научный Фонд, Администрация Новосибирской области, номер гранта 22-15-20037 ![]() |
Разработка биоинформатических методов количественного функционального анализа экологической структуры симбиотической микробиоты кишечника человека на основе данных высокопроизводительного секвенирования Совет по грантам Президента Российской Федерации, номер гранта МК-3363.2022.1.4 ![]() |
|
2021 | Поиск, декомпозиция и верификация регуляторных модулей, обеспечивающих формирование пространственно-временных паттернов экспрессии генов растений РНФ, номер гранта 21-14-00240 ![]() |
Исследование возможного механизма регуляции
стрессоустойчивости насекомых внутриклеточным
симбионтом на модели Wolbachia pipientis - Drosophila
melanogaster РНФ, номер гранта 21-14-00090 ![]() |
|
2020 | Регуляция EIN3/EIL1-зависимого транскрипционного
ответа на этилен у растений: системный анализ
полногеномных данных Российский научный фонд, номер гранта 20-14-00140 ![]() |
Разработка и анализ точных генетических моделей для исследования взаимодействия путей биосинтеза пигментов фенольной природы в зерновке ячменя РФФИ, номер гранта 20-316-80016 ![]() |
|
2019 | Поддержка и развитие центра коллективного пользования научным оборудованием Центр генетических ресурсов лабораторных животных путем инструментального развития исследований для обеспечения реализации приоритетов научно-технологического развития Минобрнауки России, номер гранта 05.621.21.0023 ![]() |
ПРИЧИНЫ МАССОВЫХ ВЫМИРАНИЙ В ИСТОРИИ ЖИЗНИ: ФАКТЫ И ГИПОТЕЗЫ РФФИ, номер гранта 19-14-50159 ![]() |
|
Изучение генетической программы формирования репродуктивной системы плоских червей с помощью транспозонного мутагенеза РНФ, номер гранта 19-74-00029 ![]() |
|
5-я Международная научная конференция «Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений» (PlantGen2019) РФФИ, номер гранта 19-04-20015 ![]() |
|
Выявление и экспериментальная проверка ауксин-чувствительных композиционных элементов в промоторах генов Arabidopsis thaliana L. РФФИ, номер гранта 19-44-543006 р_мол_а ![]() |
|
Системный анализ механизмов дифференцировки камбия у Arabidopsis thaliana L. РФФИ, номер гранта 19-54-12013 ![]() |
|
Разработка новых методов, алгоритмов и сценариев анализа многомерных биологических данных и их программная реализация РФФИ, номер гранта 19-07-00658 А ![]() |
|
2018 | Мета-анализ полногеномных данных на основе выявления и аннотации различных структурно-функциональных типов сайтов связывания транскрипционных факторов в составе композиционных элементов РФФИ, номер гранта 18-29-13040 мк ![]() |
Системный анализ генов, обеспечивающих устойчивость корня растений к низким положительным температурам Российский научный фонд, номер гранта 18-74-10008 ![]() |
|
Взаимодействие сигнальных путей ауксина и этилена у
растений: от генов-мишеней к новым биологическим функциям РФФИ, номер гранта 18-44-540039 ![]() |
|
Исследование молекулярно-генетических механизмов формирования позиционной информации в апикальной меристеме корня Arabidopsis thaliana с использованием портретной математической модели Российский Фонд Фундаментальных Исследований, номер гранта 18-34-00485 ![]() |
|
Влияния теплового шока на активность LTR-ретротранспозонов в геноме свободноживущего плоского червя Macrostomum lignano, модельного организма для изучения биологии стволовых клеток и процессов регенерации in vivo РФФИ, номер гранта 18-34-00288 ![]() |
|
Разработка метода и онлайн ресурса для биоинформатического анализа фолд-специфической экспрессии генов РФФИ, номер гранта 18-34-00871 ![]() |
|
Молекулярные механизмы контроля регенерации и канцерогенеза у Макростомид РФФИ, номер гранта 18-04-01011 ![]() |
|
Разработка и апробация метода поиска и функциональной аннотации цис-регуляторных элементов, ассоциированных с ответом организма на изменение внешних условий РФФИ, номер гранта 18-04-01130 ![]() |
|
Изучение полиморфизма генов авирулентности возбудителя стеблевой ржавчины пшеницы Puccinia graminis f.sp. tritici РФФИ, номер гранта 17-29-08018 ![]() |
|
Идентификация геномных маркеров для направленной селекции сортов картофеля с
заданными свойствами крахмала для пищевой промышленности РФФИ, номер гранта 17-29-08006 ![]() |
|
2017 | Изучение разнообразия генетического
контроля наследуемой потери слуха у
коренного населения Сибири и создание
специфичной панели генов для
персонифицированного ДНК-тестирования РФФИ, номер гранта 17-29-06016-офи_м ![]() |
Молекулярно-филогенетический анализ саранчовых семейства Acridiae, основанный на митохондриальных и ядерных маркерах РФФИ, номер гранта 17-04-01615 ![]() |
|
2016 | Изучение генов, оказывающих влияние на архитектонику у пшениц и их диких сородичей РНФ, номер гранта 16-16-10021 ![]() |
Вариабельность VRN1 генов и эволюция признака яровость-озимость у тетраплоидных пшениц и эгилопсов РФФИ ![]() |
|
Разнообразие и эволюция Tc1/mariner ДНК транспозонов в геномах насекомых отряда Orthoptera РФФИ ![]() |
|
Молекулярные датировки, динамика фрагментации ареалов и филогеография неморальных чешуекрылых в ходе Плиоцена –Голоцена в Палеарктике на примере родов Limenitis и Apatura. РФФИ, номер гранта 16-34-00845-мол_а ![]() |
|
Математические проблемы биологии гена РФФИ, номер гранта 16-01-00237 ![]() |
|
2015 | Транскрипционная и посттранскрипционная регуляция ауксином и этиленом экспрессии генов в корне Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 15-34-20870 мол_а_вед ![]() |
Разнообразие, распространение и практическое применение ДНК транспозонов в геномах некоторых свободноживущих билатеральных животных типов Xenacoelomorpha и Platyhelminthes, обладающих высокой способностью к регенерации Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 15-04-08003 ![]() |
|
Оценка потенциальной роли социально-демографической структуры сообществ глухих людей в распространенности наследуемых форм потери слуха в регионах Сибири РФФИ, номер гранта 15-04-04860_а ![]() |
|
2014 | Функциональная и эволюционная характеристика ретровирусов растений Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 14-04-01498 ![]() |
Физическое картирование и структурно-функциональная организация хромосом планарии Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) как модельного объекта для изучения механизмов регенерации и старения РФФИ, номер гранта 14-04-32007 мол_а ![]() |
|
Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии Российский Научный Фонд, номер гранта РНФ 14-14-00734 ![]() |
|
2013 | Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Минобрнауки, номер гранта ФЦП, ГК 07.514.13.0094 ![]() |
Интеллектуальный анализ и комбинирование гетерогенных данных РФФИ, номер гранта 13-07-00315-а ![]() |
|
Модификация тест системы «Битест» для экспресс–диагностики вирусных и бактериальных заболеваний медоносных пчел Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере, номер гранта 14 ![]() |
|
The development of the method for image analysis of FISH performed with microdisstcted DNA-probes without suppression of repetitive DNA hybridization Carl Zeiss ![]() |
|
Изучение структуры генетической изменчивости морфологических (скелетных) признаков лисиц в условиях отбора по поведению РФФИ, номер гранта 13-04-00420 А ![]() |
|
Организация и проведение пятой Международной школы молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» РФФИ, номер гранта 13-04-06827мол_г ![]() |
|
Взаимодействие октопаминового и инсулинового сигнальных путей в контроле репродуктивной функции насекомых президиум РАН (Программа "Живая природа: современное исостояние и проблемы развития"", номер гранта 30/37 ![]() |
|
Роль ауксина и этилена в регуляции активности генов в корне проростка Arabidopsis thaliana L.: полногеномный подход РФФИ, номер гранта 12-04-33112-мол-а-вед ![]() |
|
Компьютерное моделирование коэволюции сообществ гаплоидных взаимодействующих организмов РФФИ, номер гранта 13-04-00620 А ![]() |
|
Математическая биология гена РФФИ, номер гранта 13-01-00344 А ![]() |
|
Гибридная мощность в апозиготических потомствах сахарной свёклы Президиумы СО РАН и НАН Беларуси, номер гранта №3 ![]() |
|
2012 | Изучение механизмов функционирования репликона вируса гепатита C в клетке хозяина методами системной биологии Министерство науки и образования России, номер гранта 11.519.11.6041 ![]() |
Мониторинг распространения и генетического разнообразия паразитических микроспоридий рода Nosema в природных популяциях шмелей (род Bombus) и пчел (род Apis) Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 8124 ![]() |
|
Разработка тест системы для экспресс – диагностики вирусных и бактериальных заболеваний медоносных пчел Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере, номер гранта 14 ![]() |
|
Investigation of molecular-genetic mechanisms of auxin actions in the root meristem of Arabidopsis thaliana Фонд некоммерческих программ Дмитрия Зимина «Династия» ![]() |
|
Молекулярно-генетическое исследование гена Q, контролирующего основные признаки пшениц, связанные с доместикацией РФФИ, номер гранта 12-04-01099-а ![]() |
|
Гибриды с цитоплазматической мужской стерильностью как исходный материал для селекции сахарной свеклы (Beta vulgaris L.) РФФИ и БРФФИ, номер гранта 12-04-90000-Бел_а ![]() |
|
Изучение влияния диоксина на регуляцию экспрессии генов цитокинов, синтезируемых активированным макрофагом РФФИ, номер гранта 12-04-01736-а ![]() |
|
ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО-РАЗНОСТНЫЕ И ИНТЕГРОДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫЕ УРАВНЕНИЯ. ПРИЛОЖЕНИЯ К ЗАДАЧАМ ЕСТЕСТВОЗНАНИЯ СО РАН, номер гранта 80 ![]() |
|
Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ» Предизиум СО РАН, номер гранта № 130 ![]() |
|
Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах» Президиум СО РАН, номер гранта №39 ![]() |
|
Междисциплинаный интеграционный проект «Суперкомпьтерная реализация стохастической эволюции ансамблей взаимодействующих частиц различной природы для решения естественно-научных и нанотехнологичных задач» Президиум СО РАН, номер гранта № 47 ![]() |
|
Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ" Президиум СО РАН, номер гранта № 21 ![]() |
|
2011 | Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега РФФИ, номер гранта 11-04-01748 ![]() |
Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений РФФИ, номер гранта 11-04-01254а ![]() |
|
Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий Министерство образования и науки РФ, номер гранта 16.512.11.2274 ![]() |
|
Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей Министерство образования и науки, номер гранта 07.514.11.4023 ![]() |
|
Участие в 8-ой Европейской конференции по математической и теоретической биологии (ECMTB11) РФФИ, номер гранта 11-04-09417-моб_з ![]() |
|
Изучение молекулярных механизмов быстрых негеномных эффектов альдостерона в собирательных трубках почки крысы в постнатальном онтогенезе РФФИ, номер гранта 11-04-00695-а ![]() |
|
Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток РФФИ, номер гранта 11-04-01888а ![]() |
|
2010 | Симметрия и хаос в генных сетях РФФИ, номер гранта 10-01-00717 ![]() |
EU-FP7 Research Project SysPatho EU, номер гранта 260429 ![]() |
|
Вертикальная эволюция и горизонтальный перенос ДНК транспозонов и non-LTR ретротранспозонов в отряде Lepidoptera (Insects) Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта П1044 ![]() |
|
Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 02.740.11. 0705 ![]() |
|
Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ трофически связанных организмов РФФИ, номер гранта 10-04-01310 ![]() |
|
2009 | Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123 ![]() |
Participation to miniprogram “Morphodynamics in Plants, Animals and Beyond" NSF USA, номер гранта PHY05-51164 ![]() |
|
Анализ генетической детерминации интегрированных признаков организма с использованием методологии многомерной статистики и искусственных нейронных сетей Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Биологическое разнообразие». Подпрограмма 2. «Генофонды и генетическое разнообразие» ![]() |
|
Методы исследования дифференциально-разностных уравнений и приложения к задачам биологии и химии Президиум СО РАН, номер гранта 107 ![]() |
|
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29 ![]() |
|
Роль транскрипционных факторов в возникновении яровости у пшениц в процессе доместикации РФФИ, номер гранта 09-04-01382 ![]() |
|
ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119 ![]() |
|
Компьютерное исследование молекулярной эволюции генов и молекулярно-генетических систем многоклеточных животных РФФИ, номер гранта 09-04-01641 ![]() |
|
2008 | Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013 ![]() |
Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 08-04-01214-а ![]() |
|
Исследование молекулярных механизмов быстрой негеномной регуляции альдостероном эпителиального натриевого канала в дистальном сегменте нефрона крысы РФФИ, номер гранта 08-04-00658-а ![]() |
|
Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей РФФИ, номер гранта 08-04-01008-а ![]() |
|
СИСТЕМНАЯ БИОЛОГИЯ: КОМПЬЮТЕРНО-ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ПОДХОДЫ Программа фундаментальных исследований Президиума РАН М о л е к у л я р н а я и к л е т о ч н а я б и о л о г и я, номер гранта 0120.0 710993 ![]() |
|
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов. Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29. ![]() |
|
Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.) Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29. ![]() |
|
2007 | Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов ФАНИ, номер гранта №02.512.11.2165 ![]() |
Конструирование геносенсоров и оценка их чувствительности к токсическим воздействиям НГУ, номер гранта № 75/2007 ![]() |
|
2006 | РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ Президиум СО РАН, номер гранта 24 ![]() |
Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 49 ![]() |
|
2005 | The Role of Drosophila Merlin in the Control of Mitosis Exit and Development. Министерство Безопасности США, номер гранта W81XWH-04-1-0509 ![]() |
Генетический контроль пролиферации клеток РФФИ, номер гранта РФФИ 05-04-48316-а ![]() |
|
Исследование механизмов регуляции альдостероном внутриклеточного натрия в дистальном сегменте нефрона в постнатальном онтогенезе РФФИ, номер гранта 05-04-48371-а ![]() |
|
Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом РФФИ, номер гранта 05-04-49111-а ![]() |
|
Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков РФФИ, номер гранта 05-04-49141 ![]() |
|
Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков РФФИ, номер гранта 05-04-49283 ![]() |
|
2004 | Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism CRDF, номер гранта CRDF Rup2-2629-NO-04 ![]() |
2002 | Experimental and theoretical investigation of dynamic processes in biological macromolecules INTAS, номер гранта INTAS-2001-02126 ![]() |
2000 | Экспериментальный поиск ключевого звена стресс-реакции (модель Drosophila) РФФИ, номер гранта 00-04-49-543 ![]() |
1997 | Закономерности экспрессии генных систем, контролирующих стресс-реакцию (модель Drosophila) РФФИ, номер гранта 97-04-49384 ![]() |
Научное руководство
2024 | Анализ динамических режимов в моделях биологических систем на основе алгоритма динамической трансформации временной шкалы Воробьева Диана Александровна магистр прикладной математики и информатики, 2024-06-21 ![]() |
Исследование регуляторных контуров метаболического пути L-Валина бактерии C. glutamicum методами математического моделирования Котельников Артемий Алексеевич 2024-06-15 ![]() |
|
Исследование метаболизма аминокислот с разветвленной боковой цепью бактерии Corynebacterium glutamicum методами математического моделирования Трофимова Мария Федоровна 2024-06-11 ![]() |
|
2023 | Анализ параметрической чувствительности моделей динамических систем на основе данных численного моделирования Воробьева Диана Александровна Прикладная математика и информатика, 2023-06-21 ![]() |
Анализ характеристик элонгации трансляции
генов сети биосинтеза валина у бактерий рода Corynebacterium Чижонков Иван Игоревич Биология, 2023-06-15 ![]() |
|
Разработка биоинформатических методов геномного анализа эндосимбиотических
бактерий Коренская Александра Евгеньевна Биология, 2023-06-14 ![]() |
|
Поиск и анализ паттернов вторичной структуры РНК Шевелев Евгений Игоревич 01.04.02 Прикладная математика и информатика, 2023-06-14 ![]() |
|
2022 | Исследование метаболизма L-валина бактерии
Corynebacterium glutamicum методами математического моделирования Трофимова Мария Федоровна Биология, 2022-06-14 ![]() |
2021 | Разработка комплекса программ для анализа эволюционных характеристик генных сетей Мустафин Захар Сергеевич 2021-10-13 ![]() |
Биоинформатический анализ характеристик элонгации трансляции у бактерий рода Ralstonia Коренская Александра Евгеньевна Биология, 2021-06-17 ![]() |
|
Тема работы: Структура сайтов связывания цитокинин-зависимых транскрипционных факторов
семейства B-ARR у Arabidopsis thaliana L. Волянская Анастасия Рашидовна 2021-06-08 ![]() |
|
2020 | Генетический контроль биосинтеза этилена в клетках корневого чехлика у Arabidopsis thaliana L. Убогоева Елена Вячеславовна 2020-06-20 ![]() |
Роль повторов мотива EBS в промоторах генов в регуляции EIN3-зависимого ответа на этилен у Arabidopsis thaliana L. Пуховая Евгения Максимовна 2020-06-20 ![]() |
|
РАЗРАБОТКА МЕТОДА КОМПЬЮТЕРНОЙ РЕКОНСТРУКЦИИ ЭКОЛОГИЧЕСКОЙ СТРУКТУРЫ СООБЩЕСТВ КИШЕЧНОЙ МИКРОБИОТЫ НА ОСНОВЕ ДАННЫХ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ Кропочев Андрей Игоревич информационная биология, 2020-06-19 ![]() |
|
Моделирование ошибки конъюнкции на основе интеллектуальных агентов Серикова Дарья Витальевна Прикладная математика и информатика, 2020-06-07 ![]() |
|
2019 | Поиск новых чувствительных к ауксину регуляторных элементов в промоторах генов Arabidopsis thaliana L. Новикова Дарья Дмитриевна 03.02.2007 - Генетика, 03.01.2009 - Математическая биология, биоинформатика, 2019-12-04 ![]() |
Компьютерное моделирование распределения ауксина в апикальной меристеме корня Arabidopsis thaliana с учетом анатомии корневого чехлика и нарушений в его структуре Савина Мария Сергеевна 03.01.2009 - Математическая биология, биоинформатика, 2019-12-04 ![]() |
|
Установление филогенетических взаимоотношений видов саранчовых семейств Acrididae и Pamphagidae на основе последовательностей митохондриальных и ядерных маркеров Сухих Игорь Сергеевич 2019-09-01 ![]() |
|
Разработка этилен-чувствительного геносенсора на основании анализа полногеномных данных Arabidopsis thaliana Долгих Владислав Андреевич 06.04.01 Биология, 2019-06-17 ![]() |
|
Особенности элонгации трансляции для некоторых видов одноклеточных организмов Мохосоева Тамара Вячеславовна 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2019-06-07 ![]() |
|
Компьютерная идентификация авторов в базе данных научных публикаций по биологии и медицине Пудовкин Сергей Александрович Прикладная математика и информатика, 2019-06-06 ![]() |
|
Компьютерный анализ использования образов в русской поэзии Лучко Лилия Георгиевна Прикладная математика и информатика, 2019-06-06 ![]() |
|
Разработка программного комплекса Web-Mcot для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов Мухин Алексей Максимович Математическая биология, биоинформатика, 2019-06-01 ![]() |
|
Генетическое и видовое разнообразие в исходных и инвазивных популяциях комплекса вредителей хвойных деревьев: жук-короед P. proximus (COLEOPTERA, SCOLYTIDAE) и его грибы-симбионты Кононов Александр Владимирович 03.02.07 - генетика, 2019-03-20 ![]() |
|
2018 | Анализ молекулярных механизмов утилизации нитрита в клетке Escherichia coli методами математического моделирования Ри Наталья Александровна 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2018-11-20 ![]() |
Сравнительный анализ распространения и генетического разнообразия основных паразитов в природных популяциях шмелей в южных районах Сибири и в Северной Индии Вавилова Валерия Юрьевна 03.02.07 - генетика, 2018-10-17 ![]() |
|
Revealing the research institutes and their interactions: a case study of miRNA research Firsov Artemyi Borisovich Прикладная математика и информатика, 2018-06-08 ![]() |
|
Поиск генетических последовательностей, удовлетворяющих ограничениям на вторичные структуры Кобало Николай Сергеевич Прикладная математика и информатика, 2018-06-08 ![]() |
|
Компьютерная идентификация когнитивной структуры
интеллектуального агента Трушев Александр Игоревич Математика и компьютерные науки, 2018-06-07 ![]() |
|
Компьютерное исследование возникновения новых миРНК посредством сдвига точек резания Язиков Никита Игоревич Математика и компьютерные науки, 2018-06-07 ![]() |
|
Изучение метаболизма Geobacillus icigianus на основе метода потокового моделирования Куляшов Михаил Андреевич 2018-06-06 ![]() |
|
Поиск генов, обеспечивающих влияние ауксина на биосинтез и передачу сигнала фитогоромна этилена у Arabidopsis thaliana L. Убогоева Елена Вячеславовна академический бакалавриат 06.03.01 - биология, 2018-06-02 ![]() |
|
Функциональная и структурная конвергенция ретротранспозонов с дополнительным доменом рибонуклеазы H в геномах растений и оомицетов Устьянцев Кирилл Валерьевич 03.02.07 - генетика, 2018-03-21 ![]() |
|
2017 | Разработка программного комплекса для функциональной аннотации цис-регуляторных элементов и его апробация на ауксин-чувствительных элементах Arabidopsis thaliana Черенков Павел Андреевич 2017-06-11 ![]() |
Математическое моделирование переходных состояний эмбриональных стволовых клеток с использованием современных данных полногеномного секвенирования РНК Бабич Михаил Диомидович 2017-06-05 ![]() |
|
Исследование модели функционального состояния эмбриональных стволовых клеток методом продолжения решения по параметру Лескова Наталья Евгеньевна 2017-06-02 ![]() |
|
Компьютерный анализ особенностей экспрессии транспортеров ауксина семейства PIN в корне Arabidopsis thaliana L Коврижных Василина Владимировна 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2017-03-29 ![]() |
|
2016 | Разработка системы поддержки высокопроизводительных вычислений для программного комплекса “Гаплоидный эволюционный конструктор” Зудин Роман Константинович 2016-06-28 ![]() |
Разработка программного модуля генерации математических моделей молекулярно-генетических систем для программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор» Чеканцев Антон Дмитриевич 2016-06-28 ![]() |
|
Математическое моделирование множественной регуляции биосинтеза ароматических аминокислот в клетке E. coli Цыганова Антонина Игоревна 2016-06-10 ![]() |
|
Разнообразие паразитических микроспоридий, трипаносом и неогрегарин в природных популяциях шмелей и пчел на территории Индии Трапезникова Мария Сергеевна Биоинформатика, 2016-06-01 ![]() |
|
Математическое моделирование регуляторных механизмов поддержания плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток мыши Петрова Кристина Олеговна 2016-06-01 ![]() |
|
2015 | КОМПЬЮТЕРНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ ОСОБЕННОСТЕЙ ОТКРЫТЫХ РАМОК СЧИТЫВАНИЯ, ПОТЕНЦИАЛЬНО СВЯЗАННЫХ С ЭФФЕКТИВНОСТЬЮ ЭЛОНГАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ, У ОДНОКЛЕТОЧНЫХ СОКОЛОВ ВЛАДИМИР СЕРГЕЕВИЧ 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2015-12-09 ![]() |
Разработка модуля поддержки высокопроизводительных вычислений для программы “Диплоидный эволюционный конструктор” Магеррамов Эмиль Александрович Физика, 2015-06-20 ![]() |
|
Моделирование пространственного распределения популяций в программном комплексе “Диплоидный эволюционный конструктор” Дьяченко Игорь Сергеевич Информатика и вычислительная техника, 2015-06-19 ![]() |
|
Развитие алгоритмов предсказания эффективности элонгации трансляции генов Зураев Булат Сергеевич Прикладная математика и информатика, 2015-06-18 ![]() |
|
Исследование динамики поведения экологических групп на основе моделирования эволюции популяции интеллектуальных агентов Донских Владимир Алексеевич Прикладная математика и информатика, 2015-06-11 ![]() |
|
Автоматическое выявление научных коллективов по базе данных научных публикаций Гирин Алексей Юрьевич Прикладная математика и информатика, 2015-06-09 ![]() |
|
Моделирование механизмов поддержания плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток Лескова Наталья Евгеньевна математическое моделирование в цитологии и генетике, 2015-06-05 ![]() |
|
Оптимизация продукции биоэтанола дрожжами вида Saccharomyces cerevisiae Котенко Анастасия информационная биология, 2015-06-01 ![]() |
|
Выявление регуляторных механизмов самообновления эмбриональных стволовых клеток и их дифференцировки методами математического моделирования Бабич Михаил Диомидович цитология и генетики, 2015-06-01 ![]() |
|
Эволюция и распространение мобильных генетических элементов в геномах представителей отряда Lepidoptera Сормачева Ирина Дмитриевна 03.01.09 Математическая биология, биоинформатика, 2015-02-04 ![]() |
|
Структурное разнообразие и эволюция non-LTR- ретротранспозонов суперсемейства L1 из геномов растений Смышляев Георгий Андреевич 03.02.07 - генетика, 2015-02-04 ![]() |
|
2014 | Исследование агентной модели “защитник-агрессор” Скиба Артём Ильич Прикладная математика и информатика, 2014-06-18 ![]() |
Система распределения вычислительных ресурсов в рамках программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор» Зудин Роман Константинович Информатика и вычислительная техника, 2014-06-18 ![]() |
|
Система 3D визуализации для программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор» Чеканцев Антон Дмитриевич Информатика и вычислительная техника, 2014-06-18 ![]() |
|
Классификация глиобластом на основе анализа данных по микроРНК на модели клеточных линий Масальская Екатерина Александровна 2014-06-13 ![]() |
|
Анализ генетической структуры популяций видов-вредителей хвойных деревьев рода Dendrolimus Кононов Александр Владимирович биолог, 2014-06-12 ![]() |
|
Распространение и эволюция Tat-LTR-ретротранспозонов растений Устьянцев Кирилл Валерьевич биолог, 2014-06-12 ![]() |
|
Высокопроизводительное компьютерное моделирование популяционно-генетических процессов в бактериальных сообществах Мустафин Захар Сергеевич Математическая биология, биоинформатика, 2014-06-10 ![]() |
|
Моделирование пространственно-распределённых бактериальных сообществ с помощью «гаплоидного эволюционного конструктора» Клименко Александра Игоревна Математическая биология, биоинформатика, 2014-06-10 ![]() |
|
Моделирование процесса синтеза ароматических аминокислот у E. coli Цыганова Антонина Игоревна математическое моделирование в цитологии и генетике, 2014-06-10 ![]() |
|
Компьютерное моделирование социально-биологических явлений Мамонтова Елена Андреевна Прикладная математика и информатика, 2014-06-07 ![]() |
|
2013 | Компьютерная поддержка базы кинетических данных биохимических реакций Ермак Тимофей 2013-06-21 ![]() |
Анализ распространения и генетического разнообразия микроспоридия Nosema bombi в природных популяциях шмелей в некоторых районах Западной Сибири и Индии Вавилова Валерия Юрьевна биолог, 2013-06-10 ![]() |
|
2012 | Разработка подсистемы управления и визуализации программного комплекса "Эволюционный конструктор" Клименко Александра Игоревна 230100.62 ИНФОРМАТИКА И ВЫЧИСЛИТЕЛЬНАЯ ТЕХНИКА, 2012-06-19 ![]() |
Разработка пространственно распределённой модели эволюции бактериальных сообществ Мамонтова Елена Андреевна Прикладная математика и информатика, 2012-06-07 ![]() |
|
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ Мустафин Захар Сергеевич Прикладная математика и информатика, 2012-06-07 ![]() |
|
«Анализ роли транскрипционных факторов в аберрантном метилировании ДНК при глиобластоме» Леденцова Марина Владимировна ФЕН. кафедра информационной биологии, 2012-06-07 ![]() |
|
Пакет для расчета дифференциальных уравнений на вычислительном кластере ЦКП "Биоинформатика" Тартакынов Артем , 2012-06-01 ![]() |
|
2011 | Подсистема визуализации данных в рамках программного пакета MGSModelsDB Насонов Владимир 2011-12-15 ![]() |
Разработка программного средства для статистического анализа генных сетей Маленков Станислав Игоревич , 2011-06-15 ![]() |
|
Алгоритм редукции графов для расчета динамики генных сетей в рамках синхронной булевой модели Казанцев Антон Леонидович , 2011-06-07 ![]() |
|
Численные расчеты динамики генных сетей на основе редукции графов в рамках синхронной булевой модели Сапожников Владислав Владимирович , 2011-06-07 ![]() |
|
Анализ структуры словарных сетей, построенных по данным научных публикаций в области биологии и медицины Ковалёв Павел Васильевич , 2011-06-07 ![]() |
|
Исследование математической модели перераспределения вещества в кольцевом ансамбле клеток СМИРНОВа А.А. , 2011-06-06 ![]() |
|
2010 | Разработка алгоритмов для оптимизации пространственных структур РНК Барсов Константин Александрович , 2010-06-28 ![]() |
Создание модуля приведения размерностей параметров математических моделей молекулярно-генетических систем Ефремов А.М. Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем, 2010-06-25 ![]() |
|
Разработка программного средства для выявления временных трендов использования ключевых слов в научных публикациях Фурсов Федор Иванович , 2010-06-13 ![]() |
|
Разработка программного средства для моделирования движения рибосом Залевский Артем Александрович , 2010-06-12 ![]() |
|
Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2010-06-10 ![]() |
|
Разработка программного средства для анализа структуры словарных сетей по данным научных публикаций Крутов Павел Викторович , 2010-06-08 ![]() |
|
О связи первичных структур генов с эффективностью их экспрессии Орленко Алена Вадимовна Математическая биология, биоинформатика, 2010-06-06 ![]() |
|
Эволюционные взаимоотношения ДНК транспозонов суперсемейства Tc1-mariner у представителей отряда Lepidoptera Сормачева Ирина Дмитриевна биолог, 2010-06-05 ![]() |
|
Биоинформатический и экпериментальный подходы в исследовании разнообразия хромовирусов несеменных растений Смышляев Георгий Андреевич биолог, 2010-06-05 ![]() |
|
МАТЕМАТИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ АУКСИНА НА РИЗОТАКСИС У ARABIDOPSIS THALIANA (L.) HEYNH. Новоселова Екатерина Сергеевна , 2010-06-05 ![]() |
|
КОМПЬЮТЕРНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ АУКСИНА В МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЙ РЕГУЛЯЦИИ РАЗВИТИЯ КОРНЯ РАСТЕНИЙ Миронова Виктория Владимировна 2010-05-18 ![]() |
|
Моделирование регуляции развития меристемы побега в эмбриогенезе Arabidopsis thaliana L. Акбердин Илья Ринатович 2010-04-15 ![]() |
|
«Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов» Лашин Сергей Александрович Биоинформатика, 2010-04-08 ![]() |
|
2009 | Компьютерная система для аннотации геномов. Модуль анализа РНК Савичев Владимир Вячеславович , 2009-06-25 ![]() |
Расчет динамики логических сетей на основе метода декомпозиции, адаптированного для графического процессора Иванченко Вадим Сергеевич , 2009-06-22 ![]() |
|
Алгоритмы для оптимизации пространственных структур РНК Барсов Константин Александрович , 2009-06-20 ![]() |
|
Создание модуля импорта данных для системы MGSgenerator Чебаков А.А. Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем, 2009-06-19 ![]() |
|
ОРГАНИЗАЦИЯ ЧИСЛЕННЫХ РАСЧЕТОВ НА ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРАХ Кутумов Алексей Алексеевич , 2009-06-11 ![]() |
|
Решеточные модели белков с усложненным механизмом укладки, их энергетические поверхности и кинетика укладки Пальянов Андрей Юрьевич Химическая физика, горение и взрыв, физика экстремальных состояний вещества, 2009-05-14 ![]() |
|
2008 | Алгоритмы поиска микроРНК в геномных последовательностях Ворожейкин Павел Сергеевич , 2008-06-24 ![]() |
Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2008-06-18 ![]() |
|
Разработка программных средств анализа малых РНК: поиск мишеней и расположение миРНК в геномных последовательностях Иванисенко Александр Юрьевич , 2008-06-10 ![]() |
|
МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ РЕГУЛЯЦИИ БИОСИНТЕЗА ПИРИМИДИНОВЫХ НУКЛЕОТИДОВ В КЛЕТКЕ ESCHERICHIA COLI Ри Максим Тексенович 2008-06-06 ![]() |
|
Исследование механизмов регуляции геносенсора на основе промотора гена dps Escherichia coli Степанова Татьяна Юрьевна 2008-06-03 ![]() |
|
2007 | Реконструкция и моделирование генной сети онтогенеза вируса гриппа типа А Кашеварова Наталья Александровна , 2007-06-06 ![]() |
Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis Thaliana в терминах клеточного автомата Озонов Е.А. , 2007-06-05 ![]() |
|
2006 | Исследование структурного перехода в рамках модели "малого мира" генных сетей Вольф Анна Анатольевна , 2006-06-10 ![]() |
Разработка программных средств дизайна малых РНК для подавления вируса гепатита С Иванисенко Александр Юрьевич , 2006-06-07 ![]() |
|
Алгоритмы поиска сигналов в нуклеотидных последовательностях на основе скрытых марковских моделей Ворожейкин Павел Сергеевич , 2006-06-07 ![]() |
|
Математическая модель Тайсона цикла клеточного деления делящихся дрожжей. Турко М.И. , 2006-06-06 ![]() |
|
О ВОССТАНОВИМОСТИ ДИСКРЕТНЫХ МОДЕЛЕЙ ГЕННЫХ СЕТЕЙ Комаров А.В. , 2006-06-05 ![]() |
|
Исследование симметричных генных сетей с регуляторными связями, обуславливающими возможность возникновения хаотических колебаний Руднева Д.С. , 2006-06-05 ![]() |
|
ПРЕДЕЛЬНЫЙ ПЕРЕХОД К УРАВНЕНИЮ С ЗАПАЗДЫВАЮЩИМ АРГУМЕНТОМ В МОДЕЛИ СИНТЕЗА ВЕЩЕСТВА С УЧЁТОМ ОБРАТИМОСТИ И СТОКОВ Штокало Д.Н. , 2006-06-05 ![]() |
|
2005 | Молекулярно-генетические механизмы регуляции дыхания у прокариот: реконструкция генной сети и математическое моделирование Апасьева Наталья Валерьяновна 2005-06-06 ![]() |
2004 | МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ ГЕННОЙ СЕТИ TNFalpha ИНДУЦИРУЕМОЙ АКТИВАЦИИ NF-kappaB Гурьева Я.П. Молекулярная биология, 2004-06-06 ![]() |
2000 | Анализ взаимосвязи клеточного и нейроэндокринного ответов на стресс у Drosophila Васенкова Ирина Александровна Генетика, 2000-11-28 ![]() |
1996 | Контроль деградации ювенильного гормона у имаго Drosophila virilis в норме и при тепловом стрессе. Генетико-биохимические аспекты. Гренбэк Лариса Георгиевна Генетика, 1996-12-11 ![]() |
Роль системы деградации ювенильного гормона в стресс-реакции имаго и адаптации популяций Drosophila к неблагоприятным условиям среды Грунтенко Наталия Евгеньевна 03.02.07 - генетика, 1996-10-16 ![]() |
Учебные курсы
2024 | Компьютерная транскриптомика Землянская Елена Васильевна, Пронозин Артем Юрьевич, Долгих Владислав Андреевич Cеместров: 3 ![]() |
Теория молекулярной эволюции НГУ, ФЕН, КИБ, КМБ, семестров: 1 ![]() |
|
2023 | Теория молекулярной эволюции НГУ, ФЕН, КИБ, КМБ, семестров: 1 ![]() |
2022 | Биоинформатика растений Афонников Дмитрий Аркадьевич Шмаков Николай Александрович Долгих Владислав Андреевич ФЕн НГУ, Магистратура, 2 семестр https://education.nsu.ru/genetics-plants/#!/tab/431826978-2, семестров: 1 ![]() |
Теория молекулярной эволюции НГУ, ФЕН, КИБ, КМБ, семестров: 1 ![]() |
|
2021 | Эволюция сложных систем для ММФ ММФ НГУ, кафедра АЛГОРИТМЫ АНАЛИЗА БОЛЬШИХ БИОЛОГИЧЕСКИХ ДАННЫХ, семестров: 1 ![]() |
Биоинформатика и функциональная геномика Афонников Дмитрий Аркадьевич Шмаков Николай Александрович Долгих Владислав Андреевич ФЕН НГУ, кафедра Цитологии и генетики, 1 семестр 4 курса. https://cag.nsu.ru/список-спецкурсов/, семестров: 1 ![]() |
|
Теория молекулярной эволюции НГУ, ФЕН, КИБ, КМБ, семестров: 1 ![]() |
|
2020 | Эволюция сложных систем НГУ, ФЕН, Информационная биология, семестров: 1 ![]() |
Теория молекулярной эволюции Матушкин Юрий Георгиевич НГУ, ФЕН, КМБ, семестров: 1 ![]() |
|
2019 | Теория молекулярной эволюции Матушкин Юрий Георгиевич НГУ, ФЕН, КМБ, семестров: 1 ![]() |
2018 | Компьютерная транскриптомика Землянская Елена Васильевна, Генаев Михаил Александрович НГУ, семестров: 1 ![]() |
Теория молекулярной эволюции Матушкин Ю.Г. НГУ, ФЕН, Кафедра молекулярной биологии, семестров: 1 ![]() |
|
2017 | Введение в информационную биологию Колчанов Н.А., Лашин С.А., Фурман Д.П., Афонников Д.А., Землянская Е.В., Дорошков А.В., Бухарина Т.А. НГУ, ФЕН, биология, бакалавриат, 2 семестр, семестров: 1 ![]() |
Эволюция сложных систем Cеместров: 1 ![]() |
|
Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КМБ, семестров: 1 ![]() |
|
2015 | Практикум по начальной специализации "Биоинформатика и системная биология" НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1 ![]() |
Инженерная экология НГАСУ(Сибстрин), каф. БЖДЭ, семестров: 1 ![]() |
|
Многомерный анализ биологических данных ТГУ, каф. зоологии позвоночных и экологии (Томск), семестров: 1 ![]() |
|
Биометрия НГУ, каф. цитологии и генетики, семестров: 1 ![]() |
|
Биостатистика НГУ, каф. цитологии и генетики (для китайских студентов), семестров: 1 ![]() |
|
Биостатистика Хэйлунцзянский университет, Харбин, КНР, семестров: 1 ![]() |
|
Теория селекции Шумный В.К., Хлесткина Е.К., Ефимов В.М. НГУ, ФЕН, Кафедра цитологии и генетики, для бакалавров 4-го года обучения, семестров: 1 ![]() |
|
Теория молекулярной эволюции Матушкин Юрий Георгиевич НГУ, ФЕН, КИБ, КМБ, семестров: 1 ![]() |
|
2014 | Теория молекулярной эволюции Матушкин Юрий Георгиевич НГУ, ФЕН, КИБ, семестров: 1 ![]() |
2013 | Биоинформатика и компьютерная геномика Миронова В.В., Дорошков А.В. Новосибирский Государственный Университет, Факультет Естественных наук Кафедра цитологии и генетики, 4 курс., семестров: 1 ![]() |
Теория молекулярной эволюции Матушкин Юрий Георгиевич КИБ НГУ, семестров: 1 ![]() |
|
Математическое моделирование молекулярно-генетических систем НГУ, КИБ ФЕН, семестров: 1 ![]() |
|
2012 | Математическое моделирование молекулярно-генетических систем Лихошвай В.А., Акбердин И.Р. ФЕН НГУ, семестров: 1 ![]() |
Организация и функционирование молекулярно-генетических систем III: методы анализа генетических текстов ФЕН НГУ 4 курс, кафедра информационной биологии, семестров: 1 ![]() |
|
Теория молекулярной эволюции Матушкин Юрий Георгиевич КИБ НГУ, семестров: 1 ![]() |
|
2011 | Язык С++ для биологов НГУ, Кафедра информационной биологии, семестров: 1 ![]() |
Экология Новосибирский государственный архитектурно-строительный университет, кафедра безопасности жизнедеятельности, семестров: 1 ![]() |
|
Информационные технологии и языки программирования (программирование на языке Java) НГУ, Кафедра информационной биологии, семестров: 1 ![]() |
|
Математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1 ![]() |
|
Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1 ![]() |
|
2010 | математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1 ![]() |
Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1 ![]() |
|
Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1 ![]() |
|
Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике Центр технологий HP в НГУ, семестров: 1 ![]() |
|
2009 | Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1 ![]() |
Математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1 ![]() |
|
Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1 ![]() |
|
2008 | Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1 ![]() |
Математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1 ![]() |
|
Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1 ![]() |
|
2007 | Математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1 ![]() |
Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1 ![]() |
|
2006 | Эволюция сложных систем Cеместров: 1 ![]() |
Математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1 ![]() |
|
Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1 ![]() |
|
2004 | Эволюция сложных систем Cеместров: 1 ![]() |
Генные сети НГУ, ФЕН, КИБ, семестров: 1 ![]() |
Патенты
2025 | Программа для понижения размерности динамик вычислительных экспериментов (ПоРаДВЭ) / The program for computational experiments dynamics ordination (CEDO) Клименко Александра Игоревна, Воробьева Диана Александровна, Лашин Сергей Александрович Номер патента 2024688131 ![]() |
Генетическая база однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) сортов и гибридов персика Prunus persica (L.) Batsch Водясова Екатерина Александровна, Цюпка Валентина Анатольевна, Смыков Анатолий Владимирович, Пронозин Артем Юрьевич, Розанова Ирина Вениаминовна Номер патента 2025620126 ![]() |
|
2024 | «Программа для автоматической реконструкции фреймовых динамических моделей генных сетей микроорганизмов (ДинМикробиотех) / Program for automatic reconstruction of frame dynamic models of gene networks of microorganisms (DynMicrobiotech)» Лашин С.А., Казанцев Ф.В., Лахова Т.Н., Матушкин Ю.Г. Номер патента 2024688614 ![]() |
Программа для моделирования распространения генетической глухоты в популяциях человека (ПГГ) / The program for modelling the spread of genetic deafness in human populations (PGD) Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Посух О.Л. Номер патента 2024688450 ![]() |
|
База данных митохондриальных микроРНК (МитомиРдб) / Database of mitochondrial microRNAs
(MitomiRdb) Титов Игорь Иванович, Ворожейкин Павел Сергеевич Номер патента 2024625509 ![]() |
|
«Программный комплекс для исследования микроорганизмов методами потокового моделирования (флаксМикробиотех) / software package for microorganisms research by flux modeling methods (fluxMicrobiotech)» Казанцев Ф.В., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А Номер патента 2024688213 ![]() |
|
Система поддержки принятия врачебных решений для управления гликемией на основе данных непрерывного мониторинга уровня глюкозы у больных сахарным диабетом 1 типа (GMS-D1) Климонтов В.В., Семёнова Ю.Ф., Корбут А.И., Булумбаева Д.М., Мавлянова К.Р., Юшин А.Ю., Богомолов А.Г., Лашин С.А. Номер патента 2024688219 ![]() |
|
Программный комплекс «Симулятор микробных сообществ (Микрокосм)» / Software package “Microbial community simulator (Microcosm)” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Номер патента 2024688451 ![]() |
|
«Программный комплекс для поиска и анализа генов семейств многодоменных белков в геномах (ОртоДОМ) / Software package for the search and analysis of gene families of multidomain proteins in genomes (OrthoDOM)» Бочарникова М.Е., Афонников Д.А. Номер патента 2024686207 ![]() |
|
Программа для расчёта филостратиграфических индексов (Ортовеб) / The program for calculating phylostratitgraphy indexes (Orthoweb) Лашин С.А., Мустафин З.С., Казанцев Ф.В., Мухин А.М., Иванов Р.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Номер патента 2024618826 ![]() |
|
База данных генов и белков, ассоциированных с дисгликемией (GlucoGenes) / Database of dysglycemia-related genes and proteins (GlucoGenes) Климонтов В.В., Сайк О.В., Шишин К.С., Мухин А.М., Лашин С.А. Номер патента 2024620671 ![]() |
|
2023 | Программа для анализа экологической структуры симбиотической микробиоты кишечника человека (ЭкоСтруктСМКЧ) / Program for the analysis of the ecological structure of the symbiotic human gut microbiota (EcoStructSHGM) Кропочев Андрей Игоревич, Клименко Александра Игоревна Номер патента 2023667854 ![]() |
Программа для анализа длинных некодирующих РНК (АднРНК) / Program for the long non-coding RNA analysis (AlncRNA) Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2023665246 ![]() |
|
Программа для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования (ГПС-ОД) / The program for genotyping-by-sequencing data processing (GBS-DP) Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Салина Елена Артемовна Номер патента 2023665263 ![]() |
|
2022 | База данных по аллельным полиморфизмам генов нейромедиаторных систем, показателям психологических тестов и параметрам электроэнцефалограмм (ЭЭГен) / Database of allelic polymorphisms of genes of neurotransmitter systems, indicators of psychological tests and parameters of electroencephalograms (ICBrainDB) Заварзин Е.А., Иванов Р.А., Казанцев Ф.В., Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Милахина Н.С., Савостьянов А.Н. Номер патента 2022623347 ![]() |
Программа для поиска обогащенных сайтов связывания транскрипционных факторов в промоторах дифференциально экспрессирующихся генов (ESDEG) Цуканов Антон Витальевич, Левицкий Виктор Георгиевич Номер патента 2022663820 ![]() |
|
Программа для автоматической реконструкции математических моделей регуляции генов микробов (МикроТранскриптМод) / The program for automatic reconstruction of mathematical models of microbial gene transcription regulation (MicroTranscriptMod) Казанцев Федор Владимирович, Лахова Татьяна Николаевна, Лашин Сергей Александрович Номер патента 2022660245 ![]() |
|
Программа для генерации выборки негативных последовательностей ДНК при анализе обогащения мотивов в данных массового секвенирования (SuppressBias) Левицкий Виктор Георгиевич, Цуканов Антон Витальевич Номер патента 2022612715 ![]() |
|
2021 | Биотехнологически значимые штаммы бактерий (МикроБиотех) / Biotechnologically significant strains of bacteria (MicroBiotech) Мухин А.М., Лахова Т.Н., Клименко А.И., Казанцев Ф.В., Деменков П.С., Лашин С.А. Номер патента 2021621155 ![]() |
Программный комплекс для выявления обогащения цис-регуляторных элементов в выборке функциональных районов генома (CisCross) Левицкий Виктор Георгиевич, Миронова Виктория Владимировна, Лавреха Виктория Вадимовна Номер патента 2021619056 ![]() |
|
Программный комплекс для дизайна синтетических цис-регуляторных элементов из последовательностей ДНК (GSGA) Левицкий В.Г., Землянская Е.В. Номер патента 2021616696 ![]() |
|
Программный комплекс для поиска мотивов в данных полногеномного картирования сайтов связывания транскрипционных факторов ChIP-seq (SiteGA) Левицкий В.Г., Цуканов А.В. Номер патента 2021616695 ![]() |
|
База данных генотипа и фенотипа диких видов картофеля (WildPetotaDB) / A database of the genotype and phenotype of wild potato species (WildPetotaDB) Комышев Е.Г., Колошина К.А., Фомин И.В., Колосовская Е.В., Генаев М.А., Эрст Т.В., Егорова А.А., Чалая Н.А., Рогозина Е.В., Герасимова С.В. Номер патента 2021620100 ![]() |
|
2019 | Программа для оценки количественных характеристик колоса пшеницы (ОКХК) / The program for the extraction the quantitative characheristics of the wheat spike (WERecognizer) Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2019666362 ![]() |
Программный комплекс для предсказания совместной встречаемости мотивов с учетом их перекрывания на основе данных массового секвенирования ChIP-seq (MCOT) Левицкий Виктор Георгиевич Землянская Елена Васильевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Миронова Виктория Владимировна Номер патента 2019613677 ![]() |
|
2018 | Функциональная аннотация дифференциально экспрессирующихся генов с учетом степени изменения экспрессии (FoldGO) Вибе Даниил Станиславович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Миронова Виктория Владимировна Номер патента 2018665628 ![]() |
Cоздание двумерных моделей тканей растений (PlantLayout) Савина Мария Сергеевна Миронова Виктория Владимировна Номер патента 2018661009 ![]() |
|
Генная сеть "Нейрогенез:Динамика" (ГС "НейроДин")/ GeneNet "Neurogenesis:Dynamics" (GN "NeuroDyn") Фурман Д.П., Бухарина Т.А. Номер патента 2018620031 ![]() |
|
2017 | Программа поиска вариабельности генов VRN1 у пшениц и эгилопсов (ВРН1-Вит-ЮИ) / Program for search VRN1 genes variability in wheat species and aegilops (VRN1-Wheat-UI) Вавилова В. Ю., Генаев М.А., Конопацкая И. Д., Гончаров Н. П. Номер патента 2017663114 ![]() |
База данных вариабельности генов VRN1 у пшениц и эгилопсов (ВРН1-Wheat-ДБ) / Database VRN1 genes variability in wheat and aegilops species (VRN1-Wheat-DB) Вавилова В. Ю., Генаев М.А., Конопацкая И. Д., Гончаров Н. П. Номер патента 2017621337 ![]() |
|
2015 | Программный комплекс для предсказания потенциально транслируемых открытых рамок считывания «AUGWeb»/ Software package for prediction of efficiently translated hidden alternative open reading frames «AUGWeb» Лашин С.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Зураев Б.С., Клименко А.И. Номер патента 2015662839 ![]() |
Программный комплекс для моделирования эволюционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов «Диплоидный эволюционный конструктор» (ДЭК) / Software package for simulation evolutionary-genetic processes in population of diploid organisms «Diploid Evolutionary Constructor» (DEC) Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Дьяченко И.С., Магеррамов Э.А. Номер патента 2015662838 ![]() |
|
Программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» для моделирования популяционно-экологических процессов в микробных сообществах (ГЭК) / Software package «Haploid Evolutionary Constructor” for simulation populational-ecological processes in microbial communities (HEC)» Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Клименко А.И., Зудин Р.К. Номер патента 2015662840 ![]() |
|
2014 | Программа для автоматической оценки эффективности элонгации трансляции генов различных организмов (EloE) / Software tool for automatical estimation of genes elongation translation efficiency in various organisms (EloE) В. С. Соколов, Б. С. Зураев, М. А. Генаев Номер патента 2014662021 ![]() |
Программа для исследования кинетической модели биосинтеза молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus (Элси: Geobac) Акбердин И.Р., Нуриддинов М.А., Казанцев Ф.В., Пельтек С.Е. Номер патента 2014610722 ![]() |
|
2013 | Программа для доступа и отображения кинетических данных биохимических реакций (Веб-КиНЕТ) Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Ермак Т.В., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М. Номер патента 2013615675 ![]() |
Генная сеть «РИТ» (ГС «РИТ») / Gene Net «CHAT» (GN «CHAT») Бухарина Т.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Номер патента 2013620551 ![]() |
|
2012 | База данных "Элементарные подсистемы: метаболизм E.coli" (ЭлСи: E.coli)/ Database "Elementary subsystems: E.coli metabolism" (ElSy: E.coli) Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В. Номер патента 2012620064 ![]() |
2011 | Программа визуализации и компиляции математических моделей генных сетей (МГСмодели) / Software tool for gene networks mathematical models view and compile (MGSmodelsDB) Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Насонов В.В., Тимонов В.С. Номер патента № 2011616329 ![]() |
Генная сеть «ПараХозя»(ГС «ПХ»)/ Gene Net «ParaHozya» (GN «PH») Бухарина Т.А. Мордвинов В.А. Фурман Д.П. Номер патента 2011620439 ![]() |
|
2010 | Генная сеть "Нейрогенез:Асимметричное деление" (ГС"НАД") / Gene Net "Neurogenesis:Asymmetric division (GN "NAD")" Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Номер патента 2010620480 ![]() |
Генная сеть "Нейрогенез:Предструктура" (ГС"НП") / Gene Net "Neurogenesis:Prepattern (GN "NP")" Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Номер патента 2010620479 ![]() |
|
Генная сеть "Нейрогенез:Детерминация" (ГС"НД") / Gene Net "Neurogenesis:Determination (GN "ND")" Фурман Д.П. Бухарина Т.А. Номер патента 2010620416 ![]() |
|
Растения, Паттерны, Фенотипы (3П-ДБ)/Plants, Patterns, Phenotypes (3P-DB) Миронова В.В., Залевский Е.М., Омельянчук Н.А. Номер патента 2010620474 ![]() |
|
Рекомбинантная плазмидная ДНК pYfi-gfp, кодирующая продукцию флюоресцентного белка GFPaav и штамм бактерий Escherichia coli JM109-pYfi продуцирующий флюоресцентный белок GFPaav в присутствии токсических агентов Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Номер патента № 2384620 ![]() |
|
База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620013 ![]() |
|
База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620014 ![]() |
|
2009 | База данных: Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite) Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А. Номер патента №2009620500 ![]() |
Штамм бактерий Escherichia coli для тестирования присутствия в среде фенола и перекиси водорода. Качко А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Номер патента № 2348687 ![]() |
|
2008 | Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller) Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В Номер патента №2008612820 ![]() |
Штамм бактерий Bacillus simplex - продуцент сайт-специфической эндонуклеазы Bls I Чернухин В.А., Томилова Ю.Э., Чмуж Е.В., Соколова О.О., Дедков В.С., Дегтярев С.Х. Номер патента 2322494 ![]() |
|
Штамм бактерий Glacial ice bacterium - продуцент сайт-специфической эндонуклеазы Glu I Чернухин В.А., Чмуж Е.В., Томилова Ю.Э., Наякшина Т.Н., Дедков В.С., Дегтярев С.Х. Номер патента 2322492 ![]() |
|
Программа автоматической генерации математических моделей генных сетей (МГСгенератор) / Software tool for mathematical models autogeneration on basis of the gene networks structure (MGSgenerator) Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Номер патента №2008611941 ![]() |
|
2007 | База данных: Экспрессия эукариотических генов (ЭуГенЭксп) / Eukaryotic Gene Expression Database (EuGenExp) Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620394 ![]() |
База данных: Транскрипционный Фактор-Ген Млекопитающих взаимодействия (ТФГМВ)/ Transcription Factor- Mammalian Gene Interactions (TFMGI) Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Генаев М.А. Номер патента №2007620395 ![]() |
|
База данных: Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE). Степаненко И.Л., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620396 ![]() |
|
База данных: Геносенсорные конструкции (ConSensor) Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л. Номер патента №2007620168 ![]() |
|
База данных: Биотехнологически значимые продукты (BiotechPro) Ибрагимова С.М., Смирнова О.Г., Григорович Д.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620105 ![]() |
|
2006 | Генные сети Арабидопсиса (ГСА)/Arabidopsis GeneNet Supplementary (AGNS) Омельянчук Н.А., Поплавский А.С., Миронова В.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента 2006620170 ![]() |
База данных: Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX) Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620257 ![]() |
|
База кинетических данных (KiNET) Недосекина Е.А., Хлебодарова Т.М., Поплавский А.С., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620209 ![]() |
|
База данных: Гены-сенсоры (GenSensor) Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Подколодный Н.Л. Номер патента №2006620197 ![]() |
|
База математических моделей молекулярно-генетических процессов (Модельер)/Database of mathematical models of molecular genetic processes (ModelER) Ратушный А.В., Недосекина Е.А., Лашин С.А., Турнаев И.И., Владимиров Н.В., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. Номер патента 2006620196 ![]() |
|
База данных: Матрицы сайтов связывания транскрипционных факторов (ArtSite) Хлебодарова Т.М. Номер патента №2006620167 ![]() |
|
Штамм бактерий Bacillus subtilis - продуцент эндонуклеазы рестрикции BisI Дегтярев С.Х., Чмуж Е.В., Абдурашитов М.А., Каширина Ю.Г., Дедков В.С., Томилова Ю.Э., Мезенцева Н.В., Гончар Д.А. Номер патента 2270859 ![]() |
|
База данных: Районы позиционирования нуклеосом (NPRD). Левицкий В.Г., Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Фурман Д.П., Катохин А.В., Смирнова О.Г., Хлебодарова Т.М. Номер патента №2006620074 ![]() |




![]() |
© 2010-2025 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены. | ![]() |