1.     Основное направление исследований

Теоретико-экспериментальное исследование фундаментальных механизмов функционирования и эволюции молекулярно-генетических систем:

• Разработка методов и программных средств для моделирования эволюционных и популяционно-генетических процессов.
• Теоретические исследования функционирования генных сетей в живых и искусственных системах
• Разработка методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов, оценка влияния однонуклеотидных подиморфизмов на связывание транскрипционных факторов и регуляцию транскрипции (регуляторные SNP), обработка данных экспериментов ChIP-Seq
• Разработка многомерной технологии и пакета программ для исследования взаимосвязи и объединения разнородных описаний одного и того же множества объектов.
• Исследование молекулярно-генетических механизмов регуляции развития растений. In silico/in vivo анализ гормональной регуляции развития корня A. thaliana.
• Выявление и характеристика основных филогенетических групп ретровирусов и ретротранспозонов растений, получение экспериментальных данных и исследование эволюционных процессов этих объектов.

2.     Задачи, решаемые в рамках базового бюджетного проекта на данном этапе:

Задачи, запланированные и решаемые в рамках блоков бюджетного проекта (VI.61.1.2.):

(1) структурная компьютерная биология (исследование структурно-функциональной организации трех основных классов генетических макромолекул – ДНК, РНК и белков);

Будет проведено выявление новых генов – мишеней ряда ТФ (FoxA) на основе анализа полногеномных данных полученных на основе технологий массового секвенирования (технология ChiP-Seq); выявление новых генов – мишеней ряда ТФ (таких как AuxRE, NFAT5) с помощью полногеномного поиска. Будет проведен анализ связи данных по экспрессии генов (на уровне транскрипции и трансляции) с нуклеосомной организацией промоторных районов генов; анализ связи организации регуляторных районов генов, экспрессирующихся в тканях головного мозга с нуклеосомной организацией промоторных районов генов; анализ и предсказание нуклеосомного потенциала гетерохроматиновых районов генома на примере тандемных повторов с различной длиной мономера.

Будет проведен анализ организации регуляторных районов генов, экспрессирующихся в тканях головного мозга. Будет проведено выявление и анализ регуляторных районов генов, экспрессирующихся при воздействии ксенобиотиков. Будет проведено выявление конформационных и физико – химических особенностей ряда ССТФ: NFAT5, AuxRE, FoxA; выявление новых генов – мишеней ряда ТФ на основе анализа полногеномных данных полученных на основе технологий массового секвенирования (CHiP-Seq)

(2) Системная компьютерная биология (исследование структурно-функциональной организации генных сетей и молекулярно-генетических систем);

Основной целью данного направления является теоретическое и компьютерное изучение структурных и функциональных особенностей генных сетей и их компьютерных моделей.

Будут проводиться исследования по математической биологии гена, теории генных сетей, теории моделирования биологических систем, а также исследования молекулярно-генетических процессов в прокариотах методами математического моделирования. В частности, будет осуществлено моделирование клеточного цикла прокариот, модель метаболизма глицерина в E.coli.

Будет проводиться компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ с учётом пространственного распределения субстратов и организмов: развитие методики моделирования и программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор». Кроме того, будет проводиться компьютерное моделирование наследования и эволюции сложных количественных признаков диплоидных многоклеточных организмов с помощью программного комплекса «Диплоидный эволюционный конструктор».

Будет разработана математическая модель первых этапов морфогенеза макрохет дрозофилы: расширение модели функционирования центрального регуляторного контура (ЦРК) с учетом влияния системы внутриклеточной деградации пронейральных белков; построение математической модели второго этапа морфогенеза макрохет дрозофилы, в ходе которого происходит выделение родительской клетки сенсорного органа из клеток пронейрального кластера.

Будет проведена разработка методов анализа профилей экспрессии генов (микрочиповых данных), на основе алгоритмов PLS-анализа (projection of latent structure): разработка PLS-методов анализа конгруэнтности микрочиповых данных, полученных в различных экспериментах; разработка PLS-методов комбинирования микрочиповых данных, полученных в различных экспериментах, для более надежного отбора генов-кандидатов; разработка PLS-методов интерпретации списков генов-кандидатов через их аннотации.

(3) Биология развития (экспериментальное исследование и моделирование процессов морфогенеза);

Исследования экспрессии генов в развитии Arabidopsis thaliana проводятся с использованием разнообразных методов: ПЦР, in situ и блот гибридизацией, репортерными генами, полногеномными методами RNA-Seq, microarray. Исследования проводятся в диком типе, трансгенных растениях и мутантах, при различных условиях выращивания. Будет проведена формализация данных о биологии развития Arabidopsis thaliana в базах данных и математических моделях. Формализация и системный анализ этих данных позволяет выявить механизмы реализации генетической информации в развитии растения. Будут использоваться разработанные в ИЦиГ СО РАН базы данных, методы анализа данных, математические модели. Особое внимание будет уделено процессам развития корня – поддержания ниши стволовых клеток в меристеме корня, развитию сосудистой системы, инициации боковых корней.

Будет проведено исследование особенностей молекулярно-генетических механизмов клеточного ответа на фитогормон ауксин. Первичным ответом клетки на обработку ауксином является освобождение транскрипционных факторов ARF семейства от их белков-супрессоров и связывание ARF белков с регуляторными районами в промоторах генов мишеней,содержащими сайты (AuxRE), которые представляют собой последовательность TGTCnC. Проведенное нами ранее полногеномное распознавание последовательности TGTCnC в промоторах генов арабидопсиса показало, что 95% генов арабидопсиса потенциально могут быть мишенями ARF в первичном ответе на ауксин, что не подтверждается экспериментальными данными. С другой стороны, показано, что в ауксин-чувствительных генах сайты AuxRe кластеризуются и в пределах одного протяженного ауксин-чувствительного района располагается несколько сайтов с различной степенью вырожденности AuxRE последовательности. Механизмы активации и ингибирования ауксином экспрессии генов с множественными AuxRe сайтами неизвестны. Будет проведено исследование особенностей молекулярно-генетических механизмов действия ауксина на экспрессию генов методами in silico.

 (4) Молекулярная эволюция (компьютерный анализ и моделирование эволюция генных сетей и их молекулярных компонент);

В рамках этого направления будут решаться задачи выявления взаимосвязи структуры генных сетей и функции их компонент с особенностями молекулярной эволюции геномных последовательностей.

Будет проведено детальное исследование одной группы растительных мобильных элементов - суперсемейства L1 non-LTR ретротранспозонов. Данное суперсемейство является основной группой мобильных элементов растений. В настоящее время известно три семейства элементов (Ta1, BNR и Cin), входящих в эту группу, что далеко не полно описывает разнообразие данной группы элементов в геномах растений. Будет проведен комплексный анализ эволюции non-LTR ретротранспозонов растений, включающий в себя как биоинформатический поиск элементов в прочитанных геномах, так и экспериментальные подходы для выявления мобильных элементов в геномах растений. В первую очередь будут исследованы несеменные растения, для которых информация о non-LTR ретротранспозонах суперсемейства L1 практически полностью отсутствует.

При наличии прикладных результатов (что желательно) должен быть введен еще один раздел «Прикладные разработки».

4.     Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет. Общий объем текста на одну лабораторию (сектор) – не более 4000 знаков с пробелами, количество иллюстраций с подписями: от одной до – пяти. Рекомендуется, чтобы общий объем текста с иллюстрациями не занимал более 5 страниц в формате Word (для текста шрифт Nimes New Roman, фонт № 12, через 1 интервал).

Создана математическая модель распределения ауксина вдоль корня и регуляции положения стволовых клеток в его кончике (Рис. 1). В модели, описываемой системой обыкновенных дифференциальных уравнений, учитываются (А) активный транспорт ауксина, его диффузия, деградация и поступления ауксина из побега; (Б) отрицательная и положительная обратные связи от ауксина на скорость его активного транспорта через белок PIN1. Согласно результатам моделирования (В), максимум концентрации ауксина совпадает с положением стволовых клеток в кончике корня и сохраняет свое положение при делении и росте клеток, что согласуется с экспериментальными данными (Г). Кроме того, наблюдалось стационарное увеличение концентрации ауксина в центральной части корня и у его основания (Г), что соответствует зонам формирования боковых и придаточных корней. Таким образом, модель объясняет механизмы формирования двух основных типов корневой системы растений: стержневой или мочковатой (Д), что имеет большое значение для планирования генноинженерных экспериментов по созданию новых форм растений с заданными морфотипами. 

Рисунок 1. Моделирование распределения ауксина в корне растения. А. Типы клеток, расположенные вдоль центральной оси x корня и процессы, влияющие на распределение ауксина. Б. Генетическая регуляция ауксином экспрессии PIN1 гена, кодирующего белок – транспортер ауксина. В. Экспериментальные данные о распределении ауксина в кончике корня растений (Sabatini et al., 1999). Г. Соответствие результатов моделирования (черная кривая) экспериментально наблюдаемому распределению ауксина в кончике корня (красная кривая). Д. Разные типы корневых систем растений: стрежневая и мочковатая.

Разработаны теоретические подходы для оценки сложности механизмов регуляции экспрессии геносенсоров в стрессовых условиях и построены математические модели их функционирования (рис. 2). С использованием биоинформационных подходов и результатов математического моделирования проведена реконструкция механизмов регуляции экспрессии геносенсоров на основе промотора гена dps E.coli в присутствии кадмия. Проведена экспериментальная верификация реконструированных механизмов.

Рисунок 2. Динамика экспрессии геносенсора на основе промотора гена dps в присутствии ионов кадмия: (а) точки – уровень флюоресценции, измеренный в эксперименте при различных концентрациях Cd²⁺ (1 - 0, 2 - 0.031, 3 - 0.062, 4 - 0.125, 5 - 0.25, 6 - 0.5, 7 - 1, 8 - 2 mM), кривые – уровень флуоресценции, рассчитанный по модели; (б) точки и кривые - относительная активность промотора dps, рассчитанная по модели; (в) точки и кривые - теоретически рассчитанный метаболический статус клетки в зависимости от времени воздействия токсического агента.

Ген SUMO-1 участвует в развитии болезни Хантингтона. Болезнь Хантингтона - тяжелое нейродегенеративное заболевание - с большой вероятностью ассоциируется с наличием более 35 повторов кодона CAG (глютаминовая аминокислота) в гене хантингтина (HTT). Известна гипотеза об участии в развитии болезни еще одного гена – SUMO-1. Для ранней диагностики заболевания используются гены-маркеры (гены, имеющие значимую дифференциальную экспрессию в различных группах объектов исследования). Для болезни Хантингтона были установлены 12 генов-маркеров. С применением нового метода анализа гетерогенных описаний одного и того же множества объектов к исследованию профилей экспрессии генов показано достоверное разбиение анализируемой выборки профилей на 4 непересекающихся группы, что соответствует проявлению именно 2-х генетических факторов и однозначно подтверждает гипотезу о влиянии не только гена HTT, но и гена SUMO-1 (рис. 3). Выявлены все 12 ранее известных генов-маркеров этого влияния. Кроме того, впервые выявлен ген-маркер влияния SUMO-1, дифференциальная экспрессия которого оказалась максимальной на каждом из исследованных массивов данных. Ранее этот ген с болезнью Хантингтона не связывали. Совместное использование генов, маркирующих влияние HTT и SUMO-1, позволяет более надежно диагностировать ранние стадии болезни Хантингтона. 

Рисунок 3. Расположение на плоскости неметрического шкалирования образцов периферической крови, полученных от:  пациентов, страдающих болезнью Хантингтона (больные), предрасположенных (с числом повторов более 35, но без клинического проявления болезни) и  здоровых (контроля). Ось абсцисс – влияние мутации (более 35 повторов) в гене HTT, ось ординат – гипотетическое влияние гена SUMO-1. Впервые выделена группа субнормальных,  отличающихся по экспрессии генов как от здоровых, так и предрасположенных. Серые точки по краям рисунка – экспрессия генов. Выделены гены-маркеры.  - впервые выявленный ген-маркер влияния SUMO-1.

Роль горизонтального переноса в распространении и эволюции транспозонов суперсемейства Тс1\mariner в различных отрядах насекомых.

Проведен поиск и анализ элементов суперсемейства Тс1\mariner в отряде Чешуекрылых (Lepidoptera). Биоинформатический поиск и анализ ДНК транспозонов в прочитанном геноме Bombix mori показал присутствие в геноме всех 6-ти элементов Тс1\mariner (семейства mariner, ludens, и mori), описанных ранее для B. mori и выявил новый элемент BmmarY с числом копий порядка 100 коп./геном. Филогенетический анализ последовательностей позволил отнести элемент BmmarY к подсемейству vertumana семейства mariner. По результатам биоинформатического поиска и анализа в геноме B. mori представлены элементы Тс1\mariner из 2х семейств (mariner и mori) и 4 подсемейств (mori, cecropia, mellifera, vertumana).

Экспериментальный поиск элементов в геномах различных видов отряда Lepidoptera с помощью ПЦР аплификации и клонирования позволил получить и проанализировать последовательности ДНК элементов Тс1\mariner. Всего было получено более 200 последовательностей. Для выявления основных эволюционных групп элементов Тс1\mariner чешуекрылых проводился филогенетический анализ с использованием всех элементов, обнаруженных с помощью экспериментальных и биоинформатических подходов, а также ранее описанных элементов. Было построено филогенетическое древо, на котором четко выявляются пять основные филогенетических групп элементов Тс1\mariner чешуекрылых насекомых: cecropia, mellifera, mauritiana, vertumana и mori.

Семейства cecropia и mellifera оказались наиболее распространенными – элементы данных групп были обнаружены почти во всех исследованных видах отряда Lepidoptera. Элементы из групп mori и vertumana были представлены в основном в геномах представителей родов родами Maculinea и Bombyx. Сравнительный анализ последовательностей показал, что эволюция элементов подсемейств cecropia, mellifera и mauritiana в геномах представителей отряда Lepidoptera происходила путем вертикального наследования. Анализ также позволил выявить горизонтальный перенос элементов BmmarY (vertumana) и Bmmar1 (mori) между родами Maculinea и Bombyx отряда Lepidoptera. Ограниченное распространение данных элементов среди чешуекрылых и высокое сходство последовательностей данных элементов из геномов Maculinea и Bombyx позволило подтвердить факт горизонтального переноса.

Таким образом, было показано, что из 18 описанных семейств Тс1\mariner элементов, в геномах Lepidoptera представлены 5 групп: cecropia, mellifera, mauritiana, vertumana, и mori. Эволюция элементов семейств cecropia, mellifera и mauritiana в геномах Lepidoptera происходила путем вертикального наследования. Элементы BmmarY (vertumana) и Bmmar1 (mori) были перенесены горизонтально между видами родов Maculinea и Bombyx.

Рисунок 4. Филогенетические взаимоотношения элементов Тс1\mariner из геномов представителей отряда Lepidoptera. (А) Филогенетическое дерево основных групп Тс1\mariner элементов  представленных в отряде Lepidoptera. (Б) Детальное филогенетическое дерево элементов группы mori из геномов Maculinea и Bombyx. (В) Детальное филогенетическое дерево элементов группы vertumana из геномов Lepidoptera, включающее элементы из родов Maculinea и Bombyx.

Эволюционно обусловленная корреляция эффективности инициации транскрипции и элонгации трансляции для S. cerevisiae и S. pombe

Целью данного исследования являлось нахождение корреляции нуклеосомного потенциала в 5’– нетранслируемых областях генов дрожжей со значением индекса эффективности элонгации (ИЭЭ) трансляции мРНК, кодируемых этими генами. Для характеристики расположения нуклеосом использовалась программа RECON, которая вычисляет силу нуклеосомного потенциала (ФНП) ДНК. Проверяемая гипотеза: для эффективной экспрессии генов необходимы согласованно оптимизированные процессы трансляции и транскрипции. Мы нашли такую корреляцию между ФНП в 5’ НТР окрестности AUG кодона со значением ИЭЭ соответствующих генов.Анализ проводился для 5649 генов S.cerevisiae и 4546 генов S.pombe, а также для 15% генов этих выборок с максимальным и минимальным значениями ИЭЭ.

Было показано, что у S. cerevisiae в ходе эволюции шел отбор на затруднение инициации транскрипции у мРНК с низкой скоростью элонгации, а у S. pombe шел отбор на облегчение инициации транскрипции у матриц с высокой скоростью элонгации

5.     Задачи, планируемые на перспективу: формулировки должны содержать как фундаментальные научные задачи, так и возможную прикладную направленность исследований в подразделении:

• Экспериментально-компьютерное исследование механизмов регуляции и динамики функционирования метаболизма у различных бактерий методами математического моделирование;
• Оптимизация метаболических путей в бактериальных системах для создания штаммов-суперпродуцентов и решения биотехнологических задач.
• Построение и исследование математических и компьютерных моделей существования и эволюции в прокариотических сообщества, в популяциях диплоидных организмов. Построение и исследование моделей эволюции генных сетей.
• Построение модели формирования механорецептора и щетиночного узора дрозофилы в целом с учетом внутриклеточных процессов и межклеточных взаимодействий.
• Полногеномный анализ, в том числе – анализ данный транскриптома (микроэррей) и иммунопреципитации хроматина (ChIP-Seq)
• Анализ данных полногеномных разметок, таких как данные по однонуклеотидным полиморфизмов, данных по структуре хроматина (по модификациям гистонов)
• Предсказание сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ)
• Предсказание композиционных элементов, включающих пары ССТФ с помощью выявления мотивов вблизи известных ССТФ
• Экспериментально-теоретическое исследование гормональной регуляции клеточной динамики в корне растения.
• Биоинформатический анализ взаимодействий в генных сетях передачи сигнала от фитогормонов ауксина и этилена.
• В лаборатории молекулярно-генетических систем ИЦиГ СО РАН разработана новая многомерная технология исследования взаимосвязи и объединения разнородных описаний одного и того же множества объектов. Для ее реализации и широкого распространения в научной среде в лаборатории создается пакет прикладных программ JACOBI-4. Реализация пакета позволит решать различные научные задачи, связанные с проблемой “генотип–фенотип”, к которым, в частности, относятся:
• ассоциация микрочиповых экспрессионных данных с генотипическими признаками с использованием новой многомерной технологии исследования взаимосвязи и объединения разнородных описаний одного и того же множества объектов
• изучение соответствия молекулярно-генетических и морфологических описаний с использованием этой же технологии;
• Исследование проблем согласования различных процессов в клеточном цикле бактерий, в том числе: а) молекулярно-генетических механизмов синхронизации множественных актов инициации репликации ДНК в быстро растущих клетках бактерий; б) механизмов реализации параметра «инициаторная масса»; в) молекулярно-генетических механизмов реализации типов законов роста прокариотической клетки; г) механизмов регуляции биосинтеза оболочки клетки и поиск ключевых факторов, определяющих закон роста клеток.
• Моделирование генетических и метаболических подсистем бактерий, эукариот и вирусов с целью анализа механизмов их регуляции и создания платформы для разработки компьютерного ресурса «Генетический конструктор», ориентированного на постановку и решение актуальных задач молекулярной генетики методами компьютерного эксперимента.
• Изучение распространения и эволюции Tat-LTR ретротранспозонов в геномах растений, и получение информации о происхождении, разнообразии и потенциальных функциях их дополнительных рамок считывания.
• Выявление и характеристика основных филогенетических групп ретровирусов растений, получение экспериментальных данных о вирулентных свойствах ретровирусов растений, исследование эволюционных процессов связанных с возникновением их вирулентности.
• Популяциный анализ видов рода Dendrolimus  на территории Евразии.
• Изучение структурно-функциональной организации хромосом у плоских червей Macrostomum lignano и создание физической карты хромосом.
• Изучение механизмов контроля канцерогенеза при интенсивной регенерации у модельного объекта Macrostomum lignano.
• Разработка системы молекулярно-генетического манипулирования новым модельным объектом для изучения регенерации Macrostomum lignano.

Бывшие сотрудники

Совместители

Публикации

2016	A detailed expression map of the PIN1 auxin transporter in Arabidopsis thaliana root N.A. Omelyanchuk, V.V. Kovrizhnykh, E.A. Oshchepkova, T. Pasternak, K. Palme, V.V. Mironova. BMC PLANT BIOL, 2016
	Механизмы регуляции передачи этиленового сигнала у растений Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Ермаков А.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Принята в печать. DOI: 10.18699/VJ15.105
	Genome-wide transcriptome analysis of hypothalamus in rats with inherited stress-induced arterial hypertension Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 201617(Suppl 1):13
	О численном исследовании периодических решений уравнения с запаздывающим аргументом в биологических моделях. Фадеев С.И., Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2016, Т. 19, № 1, C.94-105.
	On the control mechanisms of the nitrite level in Escherichia coli cells: the mathematical model. Khlebodarova T.M., Ree N.A., Likhoshvai V.A. BMC MICROBIOL, 2016, V. 16, Suppl 1:7.
	Genetic diversity of aboriginal and invasive populations of four-eyed fir bark beetle Polygraphus proximus Blandford (Coleoptera, Curculionidae, Scolytinae) Alexandr Kononov, Kirill Ustyantsev, Alexandr Blinov, Victor Fet, Yuri N. Baranchikov AGR FOREST ENTOMOL, 2016, DOI: 10.1111/afe.12161
	Фенотипическая множественность клеточного цикла бактерий: математическая модель Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2016, 11(1):91-113
	Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L. Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2016, 14(2):1641009.
	ЦЕНТРАЛЬНЫЙ РЕГУЛЯТОРНЫЙ КОНТУР ГЕННОЙ СЕТИ МОРФОГЕНЕЗА МАКРОХЕТ D.melanogaster: РАСШИРЕННАЯ МОДЕЛЬ Т.А. Бухарина, В.П. Голубятников, Д.П. Фурман Онтогенез, 2016, т. 47, №5, стр. 307-313
	On numerical study of periodic solutions of a delay equation in biological models. Fadeev S.I., Kogai V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2016, 10 (1), P. 86-96
	Gene Network Controlling the Morphogenesis of D. melanogaster Macrochaetes: An Expanded Model of the Central Regulatory Circuit T. A. Bukharina, V. P. Golubyatnikov, D. P. Furman RUSS J DEV BIOL+, 2016, Vol. 47, No. 5, pp. 288–293
	The role of environmental factors for the composition of microbial communities of saline lakes in the Novosibirsk region (Russia) Bryanskaya Alla V., Malup Tatyana K., Lazareva Elena V., Taran Oxana P., Rozanov Alexey S., Efimov Vadim M., Peltek Sergey E. BMC MICROBIOL, 2016
	Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня Е.А. Ощепкова, Н.А. Омельянчук, М.С. Савина, Т. Пастернак, Н.А. Колчанов, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016;20(4):459­-474
	The gene-expression profile of renal medulla in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):151
2015	О типах законов роста бактерий Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, т. 10, №1, С. 154–163. doi: 10.17537/2015.10.154
	Сложная динамика в системах альтернативного сплайсинга мРНК: математическая модель Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. Вычислительные технологии, 2015, т.20, № 1, с. 38-52.
	On the distribution of auxin concentrations in root horizontal layer cells. Novoselova E.S., Mironova V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 3, pp. 293–299
	О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в условиях стационарного роста. Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, т.10, №1, с.193-205
	The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(3), pp. 308–312, DOI: 10.1134/S2079059715030193
	Distribution and diversity of Nosema bombi (Microsporidia: Nosematidae) in the natural populations of bumblebees (Bombus spp.) from West Siberia Valeriya Vavilova, Irina Sormacheva, Michal Woyciechowski, Natalia Eremeeva, Victor Fet, Aneta Strachecka, Sergey I. Bayborodin, Alexander Blinov PARASITOL RES, 2015, Volume 114, Issue 9, Pages 3373-3383. doi: 10.1007/s00436-015-4562-4.
	ВЕБ-СЕРВЕР ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ miРНК, ИХ ПРЕДШЕСТВЕННИКОВ И САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ Ворожейкин П.С., Титов И.И. Molecular Biology, 2015, т. 49, №5, с. 846-853
	Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites. Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, p. 322–329
	Q gene variability in wheat species with the different spike morphology Sormacheva I., Golovnina K., Vavilova V., Kosuge K., Watanabe N., Blinov A., Goncharov N.P. Genetic Resources and Crop Evolution, 2015, V.62, No. 6. P. 837-852.
	Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor» Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. BMC EVOL BIOL, 2015, 15 (Suppl 1):S3 http://www.biomedcentral.com/1471-2148/15/S1/S3
	EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 335–339.
	Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I. R., Peltek S.E. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(4), pp. 375–382, DOI: 10.1134/S2079059715040139
	A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. J INTEGR BIOINFORM, 2015, 12 (1): 256
	Asynchrony between Host Plant and Insects-Defoliator within a Tritrophic System: The Role of Herbivore Innate Immunity. Martemyanov V.V., Pavlushin S.V., Dubovskiy I.M., Yushkova Y.V., Morosov S.V., Chernyak E.I., Efimov V.M., Ruuhola T., Glupov V.V. PloS One, 2015, 10(6), e0130988.
	Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Программные системы: теория и приложения, 2015, 4(27), c. 99–112.
	Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5(6), pp. 672-678. DOI: 10.1134/S2079059715060040
	Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 2015;19(6):74-82. DOI 10.18699/VJ15.095
	Identification of Bacillus strains by MALDI TOF MS using geometric approach Konstantin V. Starostin, Evgeny A. Demidov, Alla V. Bryanskaya, Vadim M. Efimov, Alexey S. Rozanov & Sergey E. Peltek SCI REP-UK, 2015, | 5:16989 | DOI: 10.1038/srep16989
	Convergent evolution of ribonuclease H in LTR retrotransposons and retroviruses Kirill Ustyantsev, Olga Novikova, Alexander Blinov and Georgy Smyshlyaev MOL BIOL EVOL, 2015
	Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, Т. 10. № 1. С. 1-14.
	Alternative splicing can lead to chaos Likhoshvai V.A., Kogai V.V., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, V. 13. №1, 1540003
	A model study of the morphogenesis of D. melanogaster mechanoreceptors: The central regulatory circuit Vladimir P. Golubyatnikov, Tatyana A. Bukharina, Dagmara P. Furman Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, v.13. n.1. DOI: 10.1142/S0219720015400065
	The Mechanisms Determining Bristle Pattern in Drosophila melanogaster T. A. Bukharina, D. P. Furman RUSS J DEV BIOL+, 2015, Vol. 46, No. 2, pp. 99–110
	Механизмы детерминации щетиночного узора Drosophila melanogaster Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Онтогенез, 2015, том 46, № 2, с. 131–142
2014	HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т.9, №2, стр. 585-596.
	High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, №4/2 стр. 1039-1045.
	Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, №4/3, стр. 1249-1257.
	Разработка программного комплекса JACOBI 4 для многомерного анализа микрочиповых данных. Полунин Д.А., Штайгер И.А., Ефимов В.М. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2014, Т. 12, вып. 2. С. 90–98.
	КЛЮЧЕВАЯ РОЛЬ PIN-БЕЛКОВ В ТРАНСПОРТЕ АУКСИНА В КОРНЕ ARABIDOPSIS THALIANA L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014
	The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning Levitsky VG, Babenko VN, Vershinin AV Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2014, 32(1):115-126.
	Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova BMC GENOMICS, 2014, 15:80
	Доместикация пшениц Гончаров Николай Петрович Сормачева Ирина Дмитриевна Природа, 2014, №2. С.45-53.
	Mathematical modeling of bacterial cell cycle: The problem of coordinating genome replication with cell growth. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2014, V.12. 12(3): 1450009, DOI: 10.1142/S0219720014500097
	A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko PloS One, 2014, Volume 9 | Issue 3 | e91502
	Genetic basis of olfactory cognition: extremely high level of DNA sequence polymorphism in promoter regions of the human olfactory receptor genes revealed using the 1000 Genomes Project dataset Ignatieva E.V., Levitsky V.G., Yudin N.S., Moshkin M.P., Kolchanov N.A. Front Psychol, 2014, published: 24 March 2014 doi: 10.3389/fpsyg.2014.00247
	Gene Expression and Secondary mRNA Structures in Different Mycoplasma Species В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, 4(3):208–217
	ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 2, 354-362
	EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 18(4/2):904-909
	New evidence of an old problem: the coupling of genome replication to cell growth in bacteria Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. RUSS J GENET+, 2014, V. 50, No. 9, pp. 891–901
	Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886.
	О распределениях концентраций ауксина в клетках горизонтального слоя корня Новоселова Е.С., Миронова В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.953-962
	Mathematical model of the Tat-Rev regulation of HIV-1 replication in an activated cell predicts the existence of oscillatory dynamics in the synthesis of viral components Vitaly A Likhoshvai, Tamara M Khlebodarova, Sergei I Bazhan, Irina A Gainova, Valery A Chereshnev, Gennady A Bocharov BMC GENOMICS, 2014, 15(Suppl 12):S1
	An integrated approach for genome annotation of the eukaryotic thermophile Chaetomium thermophilum. Bock T, Chen WH, Ori A, Malik N, Silva-Martin N, Huerta-Cepas J, Powell ST, Kastritis PL, Smyshlyaev G, Vonkova I, Kirkpatrick J, Doerks T, Nesme L, Baßler J, Kos M, Hurt E, Carlomagno T, Gavin AC, Barabas O, Müller CW, van Noort V, Beck M, Bork P. NUCLEIC ACIDS RES, 2014, doi:10.1093/nar/gku1147
	Рекомбинантные штаммы Saccharomyces cerevisiae для получения этанола из растительной биомассы А.С. Розанов, А.В. Котенко, И.Р. Акбердин, С.Е. Пельтек Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 2014, Том 18, № 4/2, стр.989-998
	Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Том 9, № 2, стр. 504-517
	Компьютерный анализ и функциональная аннотация сайтов связывания транскрипционных факторов AP2/ERF в геноме Arabidopsis thaliana L. Черных О.А., Левицкий В.Г., Омельянчук Н.А., Миронова В.В Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, 887-897.
	Ключевая роль PIN белков в транспорте ауксина в корне Arabidopsis thaliana L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/1, с. 797-806
	Математическая модель регуляции фитогормонами формирования меристематической зоны корня Лавреха В.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, с. 963-972.
	Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/2, стр. 1032-1038
	Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 6, pp. 568–574
	Computational analysis of auxin responsive elements in the Arabidopsis thaliana L. genome Mironova VV, Omelyanchuk NA, Wiebe DS, Levitsky VG BMC GENOMICS, 2014, 15 Suppl 12:S4 doi:10.1186/1471-2164-15-S12-S4
	Математическое моделирование взаимодействия двух клеток в пронейральном кластере крылового имагинального диска D.melanogaster Акиньшин А.А., Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Фурман Д.П. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2014, Т.14., № 4, с. 3-10.
2013	MteI-ПЦР-анализ-новый метод определения статуса метилирования GC-богатых регуляторных участков генов-онкосупрессоров человека Абдурашитов М.А., Куксова А.Н., Акишев А.Г., Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Вестник биотехнологии и физико-химической биологии, 2013, т. 9, № 3, с. 15-23.
	Субстратная специфичность и свойства метилзависимых сайт-специфических ДНК-эндонуклеаз Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Molecular Biology, 2013, т. 47, № 6, с. 900-913.
	Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):96-102
	On the chaos in gene networks VITALY A. LIKHOSHVAI, STANISLAV I. FADEEV,VLADISLAV V. KOGAI, TAMARA M. KHLEBODAROVA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11(1): 1340009
	Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, №1, С.104-113.
	MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, DOI: 10.1142/S0219720013400106
	How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 1, 11, 1340011 (DOI: 10.1142/S0219720013400118)
	«Электронная клетка»: проблемы и перспективы. Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1), стр. 295-315.
	Моделирование утилизации нитрита клетками Escherichia coli: анализ потоков Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Акбердин И.Р., Ри Н.А., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1), стр. 276-294
	«Обская болезнь» – недооцененная опасность В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука в России, 2013, №3(195), стр. 15-21
	Согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК: математическая модель. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, Т. 8. № 1. С. 66–92.
	PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА, 2013, БИОФИЗИКА, 2013, том 58, вып. 5, c. 758–774
	Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе. Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1):248–257
	Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Наука из первых рук, 2013, №2, стр. 70-79
	Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
	Роль инсулинового сигнального пути в контроле полового диморфизма по устойчивости Drosophila к тепловому стрессу Раушенбах Инга Юрьевна, Адоньева Наталья Васильевна, Фаддеева Наталья Владимировна, Шумная Людмила Владимировна, Грунтенко Наталия Евгеньевна Doklady Biological Sciences, 2013, Т.452, №1, С.115–117
	From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites. Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 2013 Feb;11(1):1340004. doi: 10.1142/S0219720013400040. Epub 2013 Jan 16.
	О сдвиге регуляторного сигнала в моделях матричного синтеза. Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирский журнал индустриальной математики, 2013, Том XVI, № 1(53), С.66-74
	Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. FEBS J, 2013, 280 (Suppl. 1) p. 459–460
	Reconstruction of the Mechanisms that Regulate the Expression of the Escherihia coli yfiA Gene under Stress Conditions. T. M. Khlebodarova, D. Yu. Oshchepkov, N. V. Tikunova, I. V. Babkin, A. D. Gruzdev, and V. A. Likhoshvai Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, Vol. 3, No. 4, pp. 271–278
	Acquisition of an Archaea-like ribonuclease H domain by plant L1 retrotransposons supports modular evolution. Georgy Smyshlyaev, Franka Voigt, Alexander Blinov, Orsolya Barabas, Olga Novikova P NATL ACAD SCI USA, 2013, PNAS 2013 110 (50) 20135-20139; published ahead of print November 25, 2013, doi:10.1073/pnas.1317588110
	Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, №4/1, стр. 686-704
	Deformable Cell Model and its Application to Growth of Plant Meristem N. Bessonov, V. Mironova, V. Volpert MATH MODEL NAT PHENO, 2013, Volume 8 / Issue 04 / January 2013, pp 62-79
	Исследование математической модели перераспределения вещества в кольцевом ансамбле клеток С. И. Фадеев, В. В. Когай, В. В. Миронова, Н. А. Омельянчук, В. А. Лихошвай Сибирский журнал вычислительной математики, 2013, 16:2 (2013), 171–184
	Землеройки (SORICIDAE, EULIPOTYPHLA) Сибири и Дальнего Востока: комбинирование и поиск конгруэнтности молекулярно–генетических и морфологических данных В.Ю. Ковалева, Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов. ZOOL ZH, 2013, том 92, № 11, с. 1–15.
	Цикличность водяной полевки как фактор биоразнообразия в экосистемах Западной Сибири Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов, В.Ю. Ковалева, Ю.К. Галактионов. Экология, 2013, 5, 383–388
	Directional Asymmetry of Morphological Traits During Postnatal Ontogeny in Root Vole Microtus oeconomus Pall.(Rodentia, Cricetidae) Kovaleva, Vera Yu, Vadim M. Efimov, Yuri N. Litvinov. Журнал Сибирского федерального университета. Биология, 2013, 2, 115–129.
	Геометрические свойства эволюционных дистанций В.М. Ефимов, М.А. Мельчакова, В.Ю. Ковалева Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т. 17. № 4/1. С. 202–211.
	Pathogenesis and Treatment of HIV Infection: The Cellular, the Immune System and the Neuroendocrine Systems Perspective V. A. Chereshnev, G. Bocharov, S. Bazhan, B. Bachmetyev, I. Gainova, V. Likhoshvai, J. M. Argilaguet, J. P. Martinez, J. A. Rump, B. Mothe, C. Brander, A. Meyerhans INT REV IMMUNOL, 2013, 2013, Early Online:1–25, DOI: 10.3109/08830185.2013.779375
	Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, Vol. 3, No. 3, pp. 184–190.
	Из личного дела описторхов В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Новые технологии в медицине, 2013, Новосибирск: ИНФОЛИО, 128 с., стр. 80-89.
	Генные сети Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, N4/2, 833-849
	Экспрессия генов и вторичные структуры в мРНК в разных видах Mycoplasma В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, 17(4/1):639-650
2012	Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ECOL MODEL, 2012, Volume/issue:224C, pp. 124-129, doi: 10.1016/j.ecolmodel.2011.11.004
	Модельное исследование центрального регуляторного контура генной сети морфогенеза макрохет D.melanogaster Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Голубятников И.В., Фурман Д.П. Онтогенез, 2012, Т. 43, № 1, С. 54−59
	Model Investigation of Central Regulatory Contour of Gene Net of D. melanogaster macrochaete morphogenesis Bukharina T. A., Golubyatnikov V. P., Golubyatnikov I. V., Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2012, V. 43, No. 1, P. 49–53
	Mathematical modeling of the first phase of morphogenesis of mechanoreceptors in D. melanogaster Bukharina T.A., Golubyatnikov V.P., Golubyatnikov I.V., Furman D.P. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2012, V.6, No. 2, 145-149
	Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH микродиссекционных ДНК-проб с метафазными хромосомами. А.Г. Богомолов, К.С. Задесенец, Т.В. Карамышева, Н.Л. Подколодный, Н.Б. Рубцов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, No 2, Том 16, с. 348-358
	Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
	The Role of D1-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Synthesis in Drosophila Females with Increased Dopamine Level I. Yu. Rauschenbach, E. V. Bogomolova, E. K. Karpova, L. V. Shumnaya, and N. E. Gruntenko Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, v.446, pp.131-134
	Развитие и прорастание семянок у ремонтантных сортов крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Сельскохозяйственная биология, 2012, №3
	ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
	Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges Lashin S.A., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2012, V.11. N. 3. P. 125-135.
	ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 16(2), стр. 339-347
	Xenobiotical virology: novel mechanistic concept of hazardous human viruses upregulation by body burden level of dioxins via AhR-mediated transcriptional pathway. Tsyrlov, I., Shur, I., Oshchepkov, D., Pokrovsky, A. INT J INFECT DIS, 2012, V: 16 Sup.: 1 P: E115-E115
	Morphogenesis of Drosophiola melanogaster macrochaetes: cell fate determination for bristle organ Furman D. P., Bukharina T. A. Journal of Stem Cells, 2012, V. 7, No. 1, P.19-41
	Новые возможности системы MGSmodeller Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, № 4/1, октябрь 2012, с. 799-804
	Анализ соответствия и комбинирование молекулярно-генетических и морфологических данных в зоологической систематике Ковалева В. Ю., Абрамов С. А., Дупал Т. А., Ефимов В. М., Литвинов Ю. Н. Известия РАН. Серия биологическая, 2012, № 4, с. 404-414
	Бистабильность системы утилизации нитрита Escherichia coli: анализ математической модели. Ри Н. А., Хлебодарова Т. М., Когай В. В., Фадеев С. И., Лихошвай В. А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2012, Том XV, № 4(52), с.110-117
	Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин RUSS J GENET+, 2012, том 48, № 5, с. 573–589.
	The Flatworm Macrostomum lignano Is a Powerful Model Organism for Ion Channel and Stem Cell Research Daniil Simanov, Imre Mellaart-Straver, Irina Sormacheva and Eugene Berezikov Stem Cells International, 2012, Volume 2012, Article ID 167265, doi:10.1155/2012/167265
	Vertical Evolution and Horizontal Transfer of CR1 Non-LTR Retrotransposons and Tc1/mariner DNA Transposons in Lepidoptera Species. Sormacheva I, Smyshlyaev G, Mayorov V, Blinov A, Novikov A, Novikova O. MOL BIOL EVOL, 2012, V. 29(12), P.: 3685-3702. doi: 10.1093/molbev/mss181
	Evolutionary history of LTR retrotransposon chromodomains in plants. Novikov A, Smyshlyaev G, Novikova O. International journal of plant genomics, 2012, 2012:874743. doi: 10.1155/2012/874743.
	Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 830-837.
	Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор" Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 825-829.
	Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
	Реконструкция филогенетических взаимоотношений настоящих саранчевых (Orthoptera, Acrididae) на основе анализа нуклеотидных последовательностей митохондриального гена COI А.Г.Бугров, Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2012, 11(6): 493-502
2011	Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370
	Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
	Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
	From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov Lecture Notes in Artificial Intelligence, 2011, 6581, 101-120
	Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375
	In silico prediction of transcriptional factor-binding sites. Oshchepkov DY, Levitsky VG Methods in Molecular Biology, 2011, 760:251-267
	Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
	Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
	Влияние географических популяций сосны на элементный состав фитомассы и почв Тараканов В.В., Чанкина О.В., Куценогий К.П., Наумова Н.Б., Макарикова Р.П., Милютин Л.И., Роговцев Р.В., Ефимов В.М. Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования, 2011, № 11, с. 72–78
	Наследуемые изменения фенотипа в динамике численности водяной полевки (Arvicola terrestris L.) в Северной Барабе Ковалева В.Ю., Ефимов В.М., Галактионов Ю.К. Назарова Г.Г. Сибирский экологический журнал, 2011, № 4. 587–592
	Асимметричное деление клеток в морфогенезе макрохет Drosophila melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Онтогенез, 2011, Т.42. №2. С. 83-93.
	Drosophila mechanoreceptors as a model for studying asymmetric cell division Furman D.P. Bukharina T.A. INT J DEV BIOL, 2011, V. 55(2). P. 133-141.
	Математическое моделирование первой фазы морфогенеза механорецепторов D.melanogaster Бухарина Т.А. Голубятников В.П. Голубятников И.В. Фурман Д.П. Сибирский журнал индустриальной математики, 2011, Т.14. №3(47). С.14-19.
	Asymmetric cell division in the morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetae Bukharina T. A. Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2011, Vol. 42, No. 2, pp. 63–72.
	Перспективы создания противотуберкулезных вакцин нового поколения Татьков С.И., Дейнеко Е.В., Фурман Д.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, т. 15, №1. с. 114-129.
	Prospects for Designing New Generation Anti-Tuberculosis Vaccines S.I. Tat’kov, E.V. Deineko, D.P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 290–301
	Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2011, т.47, №12, с. 1676–1685
	Распределение мобильных элементов на политенных хромосомах до и после селекции по количественному признаку у Drosophila melanogaster Захаренко Л.П., Перепелкина М.П., Антоненко О.В., Выхристюк О.В., Ефимов В.М., Васильева Л.А. Cell and Tissue Biology, 2011, Т. 53. № 6. С. 517-527.
	The Role of D2-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Metabolism in Drosophila Females in Normal State and at Increased Dopamine Level E. K. Karpova, N. E. Gruntenko, L. V. Shumnaya, I. V. Romanova, and I. Yu. Rauschenbach Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, Т. 439. №1. С.155-157.
	Effects of the alpha- and gamma-polymorphs of glycine on the behavior of catalepsy prone rats Markel A.L., Achkasov A.F., Alekhina T.A., Prokudina O.I., Ryazanova M.A., Ukolova T.N., Efimov V.M., Boldyreva E.V., Boldyrev V.V. PHARMACOL BIOCHEM BE, 2011, V. 98. N. 2. P. 234-240
	Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 2, с.327-339
	Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov RUSS J GENET+, 2011, Vol. 47, No. 12, pp. 1487–1495.
	Репродуктивные особенности и перспективы использования розовоцветкового декоративного гибрида Fragaria x Potentilla (сорт Frel) в селекции крупноплодной земляники Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15, № 4, С. 800-807.
	Интродукция розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Научные ведомости БелГУ. Серия: Естественные науки, 2011, т. 104, № 9 вып. 15/2, C. 54-59
	Эволюция и разнообразие L1-ретротранспозонов в геномах покрытосеменных растений. Г.А.Смышляев, А.Г.Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(3): 563-571
	LTR- ретротранспозоны растений И. Д. Сормачева, А.Г. Блинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 15(2): 351-381
	Ретротранспозиция NLR1Cth non-LTR ретротранспозона из Chironomus thummi в геном клеток китайского хомячка O. С. Новикова, E. В. Папушева, E. Г. Понимаскин, A. Г. Блинов RUSS J GENET+, 2011, 47(6): 774-782
	Bumblebees (Bombidae) along pollution gradient – heavy metal accumulation, species diversity, and Nosema bombi infection level H. Szentgyorgyi, A. Blinov, N. Eremeeva, S. Luzyanin, I. M. Ggzes, M. Woyciechowski Pol. J. Ecol., 2011, 59(3): 599-610
2010	Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88
	Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров Пельтек С.Е., Горячковская Т.Н., Рубцов Н.Б., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А., Попик В.М., Пиндюрин В.Ф., Гольденберг Б.Г., Щеглов М.А., Кулипанов Г.Н. Нанотехнологии Экология Производство, 2010, №4, С.84-87
	Молекулярная филогеография хромосомных рас саппорской кобылки Podisma sapporensis Shir Бугров А. Г., Новикова О. С., Блинов А. Г Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2010, 8 (3): 118-123
	Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
	Распространение и филогенетические взаимоотношения Tc1-Mariner ДНК транспозонов в отряде Lepidoptera И.Д.Сормачева, А.С.Новиков, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2010, 9(3): 430-432.
	Роль функциональных сайтов супрессора опухолей merlin в сперматогенезе дрозофилы Юдина О.С., Головнина К.А., Дорогова Н.В., Копыл С.А., Болоболова Е.У., Дубатолова Т.Д., Шилова И.Э., Омельянчук Л.В., Блинов А.Г., Чанг Л.Ш RUSS J GENET+, 2010, №10, т.46, с.1346-1378
	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
	Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
	Diversity and evolution of LTR retrotransposons in the genome of Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Novikova O. RUSS J GENET+, 2010, 46:637-644
	Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2010, 11(1):231
	A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. BMC SYST BIOL, 2010, 4:98 2010
	New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, 2010, World Scientific Publ., Singapore, pp. 563-569
	Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana 2. E.C. Новоселова, В.В. Миронова Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275, стр. 289-291
	Metabolic Engineering in Silico Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ree M.T., Kolchanov N.A. APPL BIOCHEM MICRO+, 2010, Vol. 46, No. 7, pp. 671–687
	Molecular characterization of vernalization loci (Vrn1) in wild and cultivated wheats Golovnina K., Kondratenko E.Ya., Blinov A., Goncharov N.P. BMC PLANT BIOL, 2010, Vol.10. P. 168
	Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
	Studying the mathematical models for the matrix synthesis of non-regular polymers of DNA, RNA and proteins Fadeev S.I., Likhoshvai V.A., Shtokalo D.N., Korolev V.K. Сибирские электронные математические известия, 2010, V.7, p. 467-475, http://semr.math.nsc.ru
	О существовании и устойчивости циклов в пятимерных моделях генных сетей. В.П. Голубятников, И.В. Голубятников, В.А. Лихошвай. Сибирский журнал вычислительной математики, 2010, Т. 13, N 4, С. 403 – 412.
	О применении метода отображения по параметру для численного исследования биологических моделей// Сибирские электронные математические известия(СЭМИ) (Siberian Electronic Mathematical Reports, http://semr.math.nsc.ru, 2010, Т.7, с. 394-412 Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирские электронные математические известия, 2010
	On properties of solutions to equations of multistage substance synthesis. Demidenko G.V., Likhoshvai V.A., Melnik I.A. ANAL APPL, 2010
	О некоторых нелинейных динамических системах, моделирующих несимметричные генные сети. Ю.А.Гайдов, В.П. Голубятников, В.А. Лихошвай Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010
	The Digenea Parasite Opisthorchis felineus: a Target for the Discovery and Development of Novel Drugs Mordvinov V.A., Furman D.P. Infect Disord Drug Targets, 2010, V. 10. No. 5. P. 385-401
	The role of the functional sites of the Merlin tumor suppressor in Drosophila spermatogenesis Iudina OS, Golovnina KA, Dorogova NV, Kopyl SA, Bolobolova EU, Dubatolova TD, Shilova IÉ, Omel'ianchuk LV, Blinov AG, Chang LSh. RUSS J GENET+, 2010, V. 46(10): 1214-1216.
	Состояние и перспективы селекции розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т.14., № 1
	Некоторые достижения в решении проблем семенной репродукции ремонтантных сортов крупноплодной земляники Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Материалы Международной научно-методической дистанционной конференции «Актуальные проблемы размножения ягодных культур и пути их решения», 2010
	Матроклинное наследование при скрещиваниях Fragaria x Potentilla Батурин С.О., Амброс Е.В., Кузнецова Л.Л. Фактори експериментальноiй еволюцiп органiзмiв, 2010, т8, 303-306
2009	Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456
	Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13. №1. с.84-90
	Chromodomains and LTR retrotransposons in plants Novikova O. Commun Integr Biol, 2009, 2:158-162
	Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов BIOPHYSICS, 2009, Т.54, № 6, С.1066-1080
	Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
	Многомерный анализ изменчивости морфологических, химических и хозяйственных признаков в роде (Amaranthus L.) В. М. Ефимов, Н. Б. Железнова, А. В. Железнов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 4. С.811-818
	Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1,Том 13, стр. 176-186
	Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
	Мониторинг диплоидных видов пшеницы и проблемы аутентичности локальных коллекций Н.П. Гончаров, К.А. Головнина, А.С. Шатурова, Ф.А. Коновалов, О.Я. Ляпунова, Т.В. Лебедева, Б.В. Ригин. Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции, 2009, Т. 166, С.375-381
	О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений Г. В. Демиденко, В. А. Лихошвай, А. В. Мудров Дифференциальные уравнения, 2009, том 45, № 1, с. 34–46
	Опыт использования нуклеотидных последовательностей двух митохондриальных генов (COI, COII) для выяснения таксономического статуса и реконструкции филогенетических отношений шароголовых кузнечиков (Orthoptera, Ensifera, Tettigoniidae) А.Г. Бугров, О.С. Новикова, Е.С. Нетесова, А.В. Горохов, А.Г. Блинов. Евразиатский энтомологический журнал, 2009, 8(1): 1-8.
	Применение неметрического многомерного шкалирования для мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С.102–108.
	Происхождение, эволюция и распространение различных групп non-LTR ретротранспозонов среди эукариот О. Новикова, А. Блинов RUSS J GENET+, 2009, 45(2): 149-159
	Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170
	Филогения А геномов диких и возделываемых видов пшениц Головнина К.А., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, №11. C. 1540-1547.
	Цитокины: биологические свойства и регуляция экспрессии гена интерлейкина-5 человека В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, стр. 53-67
	Экспрессия гена dps Escherichia coli в присутствии токсических агентов: анализ и математическое моделирование Лихошвай В.А., Степанова Т.Ю., Задорожный А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №4, С.731-740.
	Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2009, 54(6):1066-80
	Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2009, 11(1):231
	Flying non-LTR retrotransposons: DNA transposons as freely available "wings"? Novikova O, Blinov A. RETROVIROLOGY, 2009, 6(Suppl 2): 62
	Horizontal transfer of non-LTR retrotransposons O.S. Novikova, V. Fet, A.G.Blinov Информационный вестник ВОГИС, 2009, 13(1): 76-83
	Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi Journal of Stem Cells, 2009, v4, issue 3, pp. 147-160
	Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Novikova O., Fet V., Blinov A Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (1): 27-42
	Phylogeny of A Genome of Wild and Cultivated Wheat Species K.A. Golovnina, E.Ja. Kondratenko, A.G. Blinov, and N.P. Goncharov RUSS J GENET+, 2009, Vol. 45, No. 11, pp. 1360–1367
	Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
	Study of a Mathematical Model for the Autoregulation of Hes7 Protein Synthesis. adeev S. I., Omel’yanchuk N. A., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2009
	Taxonomy and molecular phylo-geny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E.Ja. BREEDING SCI, 2009, V. 59, N5. P.492-498.
	The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. P. 231-234
	Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
	Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, No. 11, pp. 1476–1492
	Генетический контроль развития механорецепторов у Drosophila melanogaster - описание в базе данных "NEUROGENESIS" Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. С.186-193.
	Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008	Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7 Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140
	Математическое моделирование морфогенеза растений Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Журнал вычислительной математики и математической физики, 2008, Т.11. №2., c.151-166
	Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик, В.Ф. Пиндюрин, В.С. Елисеев, Б.Г. Гольденберг, М.А. Щеглов, Н.В. Тикунова, Т.М. Хлебодарова, Н.Б. Рубцов, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2008, Т 3 вып 9-10 , с 136-145
	О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А Сибирские электронные математические известия, 2008, N5, 25-41
	Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
	Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Вычислительные технологии, 2008, №6, т 13, 91-101
	dUTPase-содержащие Metaviridae LTR ретротранспозоны из генома Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Новикова ОС, Блинов АГ Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, Т. 420, С. 699-702
	How Drosophila melanogaster Forms its Mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. CURR GENOMICS, 2008, №5, V. 9, pp. 312-323
	Genetic сontrol of macrochaetae development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. RUSS J DEV BIOL+, 2008, 2008, Vol. 39, No. 4, pp. 195–206.
	Novel clades of chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons from mosses (Bryophyta) Novikova O, Mayorov V, Smyshlyaev G, Fursov M, Adkison L, Pisarenko O, Blinov A PLANT J, 2008, V. 56, P. 562-574
	Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
	Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7. Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2008
	О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А. Сибирские электронные математические известия, 2008
	TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
	Генетический контроль развития макрохет у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Онтогенез, 2008, №4. Т.39. С.245-258
2007	Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
	Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин. Molecular Biology, 2007, Т. 41, № 5, с. 843–850
	Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, Т. 38, №. 6, стр. 446–456, 2007
	Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, 38 №6, 457-462
	Correlation of codon biases and potential secondary structures with mRNA translation efficiancy in unicellular organisms Vladimirov NV, Likhoshvai VA, Matushkin YG Molecular Biology, 2007, v41(5),843-850
	CR1 clade of non-LTR retrotransposons from Maculinea butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae): evidence for recent horizontal transmission Novikova O, Sliwinska E, Fet V, Settele J, Blinov A, Woyciechowski M BMC EVOL BIOL, 2007, V. 7, P. 93
	A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
	Generalized Hill function method for modeling molecular processes Vitaly Likhoshvai and Alexander Ratushny Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V5, N2(b), 521-531.
	LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ ИЗ ГЕНОМОВ Aspergillus fumigatus И Aspergillus nidulans. О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 830-838
	Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
	Molecular phylogeny of the genus Triticum L K. A. Golovnina, S. A. Glushkov, A. G. Blinov, V. I. Mayorov, L. R. Adkison and N. P. Goncharov PLANT SYST EVOL, 2007, V. 264, P. 195-216
	Genetic Control of Bristle Pattern Formation in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Doklady Biological Sciences, 2007, Vol. 417, pp. 484–486
	Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes. S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai, D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007
	Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
	Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai and D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007, vol.1, Number 2, pp. 178-189.
	Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala) Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V. CELL BIOL INT, 2007, 31(2):97-108
	А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, 02B, pp. 641-650
	Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
	Наследование розовой окраски венчика у полиплоидов земляники (Fragaria L.) Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Досягнення i проблеми генетики, селекцiп та бпотехнологiп, 2007
	AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
	Сравнительно-генетический анализ голозерной диплоидной пшеницы Triticum sinskajae и ее исходной формы T.monococcum Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Банникова С.В., Коновалов А.А., Головнина К.А. RUSS J GENET+, 2007, Т.43, №11,с.1491-1500
	Генетический контроль формирования щетиночного рисунка у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Doklady Akademii Nauk, 2007, № 6, Т.417, С.844-846
	ГОМОЛОГ-ЗАВИСИМАЯ ИНАКТИВАЦИЯ LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ В ГЕНОМАХ Aspergillus fumigatus И A. Nidulans О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 973-981
2006	Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта:рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, N 2, стр.241-272
	Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова SIBERIAN MATH J+, 2006, 1б, 47, 58-68
	Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
	Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, выпуск N7, т. 51
	Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, 51, N7.
	Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
	Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А BIOPHYSICS, 2006, №4, т.51, 608-614.
	Divergent non-LTR retrotransposon lineages from the genomes of scorpions (Arachnida: Scorpiones) Glushkov S., Novikova O., Blinov A., Fet V. MOL GENET GENOMICS, 2006, V. 275. P. 288-296.
	A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94
	Molecular phylogeny of Palaearctic genera of Gomphocerinae grasshoppers (Orthoptera, Acrididae) Bugrov A., Novikova O., Mayorov V., Adkison L., Blinov A. SYST ENTOMOL, 2006, V. 31. P. 362-368.
	A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, №7, V. 51
	Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
	Synthtic species are donors to increase wheat biodiversityn N.P. Goncharov, E.Ja. Kondratenko, M.A. Khrabrova, A.A. Konovalov, L.I. Laikova, A.G. Blinov, K.A. Golovnina, S.A. Glushkov Агромеридиан., 2006, V. 3(4), P.86-91.
	Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
	Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
2005	Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Проскура А.Л., Воронич Е.С., Дубовенко Е.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, N2, с.179-198.
	Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
	Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
	GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
2004	SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12.
	Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610
	Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621
	Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
2003	Data Mining Techniques in Bioinformatics Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V. Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555
2002	Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
	GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
2001	О некоторых закономерностях генетического контроля стресс-реакции Drosophila Раушенбах И.Ю., Грунтенко Н.Е., Васенкова И.А., Хлебодарова Т.М., Суханова М.Ж., Корочкин Л.И. Генетика, 2001, Т.37, N1, С.73-80
	Стресс-реактивность системы дофамина у имаго Drosophila virilis контролируется геном, сцепленным с хромосомой 6 Суханова М.Ж., Васенкова И.А., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Раушенбах И.Ю. Цитология и генетика, 2001, N1, 61-64.
	ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287
2000	Реакция теплового шока нарушена у неспособной к нейрогормональной стресс-реакции линии Drosophila virilis Васенкова И.А., Хлебодарова Т.М., Суханова М.Ж., Грунтенко Н.Е., Гренбэк Л.Г., Раушенбах И.Ю. Цитология и генетика, 2000, Т.34, N.3, C.43-48
	Stress-reactivity of a Drosophila melanogaster strain with impaired juvenile hormone action Gruntenko N.E., Khlebodarova T.M., Vasenkova I.A., Sukhanova M.Jh., Wilson T.G., Rauschenbach I.Yu. J INSECT PHYSIOL, 2000, V.46, P.451-456
1999	Гены, регулирующие активность щелочной фосфатазы и тирозиндекарбоксилазы у Drosophila virilis сцеплены с хромосомой 6 Суханова М.Ж., Васенкова И.А., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1999, т.35, с.50-54
	Prolonged negative selection of Drosophila melanogaster for a character of adaptive significance disturbs stress reactivity Gruntenko N.Е., Khlebodarova Т.М., Sukhanova М.Jh., Vasenkova I.А., Kaidanov L.Z., Rauschenbach I.Yu. Insect Biochem. Mol. Biol, 1999, V.29. – P. 445-452
1998	Ген, контролирующий ответ системы деградации ЮГ у имаго Drosophila virilis на стрессирующее воздействие, сцеплен с хромосомой 6 Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Суханова М.Ж., Анкилова И.А., Шумная Л.В., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1998, Т.34, С.625-628
	Селекция по половому поведению изменяет метаболизм ювенильного гормона у Drosophila melanogaster Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Анкилова И.А., Суханова М.Ж., Кайданов Л.З., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1998, Т. 34. – С. 480-485
	Нарушения в стресс-реакции Drosophila коррелируют с изменениями в хит-шок ответе Хлебодарова Т.М., Анкилова И.А., Грунтенко Н.Е., Суханова М.Ж., Раушенбах И.Ю. Doklady Akademii Nauk, 1998, т. 361
	Система деградации ювенильного гормона не играет роли в репродуктивной функции самцов Drosophila melanogaster Грунтенко Н.Е. Хлебодарова Т.М. Анкилова И.А. Суханова М.Ж. Кайданов Л.З. Раушенбах И.Ю. Doklady Akademii Nauk, 1998, т.359
	Щелочная фосфатаза у линий Drosophila melanogaster, различающихся по половой активности самцов, и их F1-гибридов Суханова М.Ж. Анкилова И.А. Грунтенко Н.Е. Хлебодарова Т.М. Кайданов Л.З. Раушенбах И.Ю. Генетика, 1998, т.34
	Нарушение синтеза белков теплового шока не препятствует нормальному развитию стресс-реакции у Drosophila melanogaster Грунтенко Н.Е. Хлебодарова Т.М. Суханова М.Ж. Васенкова И.А. Раушенбах И.Ю. Doklady Akademii Nauk, 1998, т.362
	Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
1997	Генетический контроль ответа системы метаболизма ЮГ Drosophila virilis на стрессирующие воздействия Гренбэк Л. Г., Хлебодарова Т. М., Грунтенко Н. Е., Суханова М. Ж., Шумная Л. В., Раушенбах И. Ю. Генетика, 1997, Т.33, С.202-204
	Генетический анализ различий активности дофадекарбоксилазы в двух линиях Drosophila virilis, отличающихся по содержанию дофамина Шумная Л.В., Суханова М.Ж., Грунтенко Н.Е., Гренбек Л.Г., Хлебодарова Т.М., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1997, т.33, с.1-4
	Генетический контроль активности ДФФ-чувствительной эстеразы ювенильного гормона у D.virilis. Гренбэк Л.Г., Хлебодарова Т.М., Суханова М.Ж., Шумная Л.В., Грунтенко Н.Е., Анкилова А.А., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1997, т.33, с.1-4
	Генетический контроль активности тирозиндекарбоксилазы Drosophila virilis Суханова М.Ж., Шумная Л.В., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1997, т.33, с.1-5
	Tyrosine decarboxylase and dopa decarboxylase in Drosophila virilis under heat stress Sukhanova MJh, Shumnaya LV, Grenback LG, Gruntenko NE, Khlebodarova TM, Rauschenbach IYu. BIOCHEM GENET, 1997, v.35, p.91-103
	N-ацетилирование биогенных аминов у Drosophila virilis Суханова М.Ж., Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Шумная Л.В., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1997, т.33, с.1-5
	Role of dopa decarboxylase and N-acetyltransferase in regulation of dopamine content in Drosophila virilis under normal and heat stress conditions. Rauschenbach IY, Sukhanova MZ, Shumnaya LV, Gruntenko N.E., Grenback L.G., Khlebodarova T.M., Сhentsova NA, INSECT BIOCHEM MOLEC, 1997, v.27, p.729-734
	Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 726-732
	Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. Molecular Biology, 1997, Т. 31, №4, С. 741-748
1996	Роль метаболизма ювенильного гормона в адаптации популяций Drosophila к стрессирующим условиям среды Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Мазуров М.М., Гренбэк Л.Г., Суханова М.Ж., Шумная Л.В., Захаров И.К., Хэммок Б.Д., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1996, Т. 32. – С. 1191-1198
	The role of the degradation system of the juvenile hormone in the reproduction of Drosophila under stress Rauschenbach I.Yu., Gruntenko N.E., Khlebodarova T.M., Mazurov M.M., Grenback L.G., Sukhanova M.Jh., Shumnaja L.V., Zakharov I.K., Hammock B.D. J INSECT PHYSIOL, 1996, V. 42. – P. 735-742
	Ферменты метаболизма ювенильного гормона в онтогенезе Drosophila virilis Хлебодарова Т.М. Гренбэк Л.Г. Грунтенко Н.Е. Суханова М.Ж., Раушенбах И.Ю. Онтогенез, 1996, т.27, с.47-50
	Генетический контроль метаболизма ювенильного гормона у Drosophila melanogaster Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Гренбэк Л.Г., Суханова М.Ж., Захаров И.К., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1996, т.32, с.1-4
	Alkaline phosphatase in Drosophila under heat stress Sukhanova, М.Jh., Grenback, L.G., Gruntenko, N.Е., Khlebodarova, Т.М., Rauschenbach, I.Yu. J INSECT PHYSIOL, 1996, v.42, p.161-165
	Генетический анализ различий в активности щелочной фосфатазы у двух линий Drosophila virilis, различающихся реакцией на тепловой стресс Суханова М.Ж., Гренбэк Л.Г., Грунтенко Н.Е., Хлебодарова Т.М., Раушенбах И.Ю. Генетика, 1996, т.32, с.1-4
	A comparative analysis of juvenile hormone metabolysing enzymes in two species of Drosophila during development. Khlebodarova, T.M., Gruntenko, N.E., Grenback, L.G., Sukhanova, M.Z., Mazurov, M.M., Tomas, B.A., Hammock, B.D., Rauschenbach, I.Y. INSECT BIOCHEM MOLEC, 1996, v.26, p.829-835

Монографии

2015	RNA-seq data analysis for studying abiotic stress in horticultural plants. Chapter 14. Mironova V.V., Weinholdt C., Grosse I.
2014	Evolution, Biodiversity and Ecology in Microbial Communities: Mathematical Modeling and Simulation with the “Haploid Evolutionary Constructor” Software Tool Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Klimenko A.I., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
2013	Hogness Box. Ponomarenko M, Mironova V, Gunbin K, Savinkova L
2012	Morphogenesis of drosophila melanogaster macrochaetes: Cell fate determination for bristle organ Furman D.P., Bukharina T.A.
	Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
2011	Analysis of the Conservative Motifs in Promoters of miRNA Genes, Expressed in Different Tissues of Mammalians O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V. Bocharnikov, and E.V. Berezikov
	Dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophageal transcription factors and cytokines: prediction and experimental verification E.V. Kashina, D.Yu. Oshchepkov, E.V. Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov, D.P. Furman
	Моделирование коэволюции одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программного комплекса «Эволюционный конструктор» Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
	Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
2010	Morphogenesis of Drosophila Melanogaster Macrochaetes: Cell Fate Determination for Bristle Organ Furman D.P., Bukharina T.A.
	Компьютерный генетический конструктор для моделирования молекулярно-генетических процессов в бактериальной клетке: анализ циклической генной сети Изд-во СО РАН, Новосибирск. 2010, Глава 6.5, С. 392-404. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
	Компьютерный генетический конструктор: математическое моделирование генетических и метаболических подсистем E. coli Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ратушный А.В., Лашин С.А., Турнаев И.И., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Колчанов Н.А.
	Экспериментально-компьютерное конструирование и анализ бактериальных геносенсоров для детекции токсичности окружающей среды Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А., Качко А.В., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Задорожный А.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
	German/Russian Network of Computational Systems Biology. R. Hofestadt and N. Kolchanov (Eds). E.L. Mishchenko, N.V. Ivanisenko, A.M.Mishchenko, V.A.Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, R. Hofestadt, N.A. Kolchanov
	Nandbook of Drug Targeting and Monitoring. B.Andreev and V. Egorov ( Eds). E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
	Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
2008	Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование. Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.
	Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.
	Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” // В монографии: Системная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
	Cистемная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Изд-во СО РАН, Новосибирск Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.
	Методы моделирования динамики молекулярно-генетических систем Лихошвай В.А., Ратушный А.В., Бажан. С.И., Ощепкова Е.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
	«Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко , Н: Изд. СО РАН, , 2008, 761с Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
	Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А., Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А.
	Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.
	Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новосибирск, 2008, Изд-во СО РАН. Титов И.И., Пальянов А.Ю., Чекмарев С.Ф., Карплус М.
	Теория генных сетей. В «Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров. В.А. Лихошвай и В.А. Иванисенко, Н: Изд. СО РАН, , 2008, с. 397-480. Лихошвай В.А., Голубятников В.П., Демиденко Г.В., Евдокимов А.А., Матвеева И.И., Фадеев С.И.
	Evolutionary history of wheats - the main cereal of mankind Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kilian B., Glushkov S., Blinov A., Shumny V.K.
2007	The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.
2006	Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II Levitsky V.G, Katokhin A.V., Oshchepkov D.Yu., Poplavsky A.S., Trifonov V., Furman D.P.
	TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko
	STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.
	Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L.Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006. Titov I., Vorobiev D., Palyanov A.
	Self-oscillations in hypothetical gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 391-404. V.A. Likhoshvai, V.V. Kogai, S.I. Fadeev
	Periodic trajectories and andronov-hopf bifurcations in models of gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc.2006, pp. 405-414. V.P. Golubyatnikov, V.A. Likhoshvai, E.P. Volokitin, Yu.A. Gaidov, A.F. Osipov
	On the problem of search for stationary points in regulatory circuits of gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 415-420. V.A. Likhoshvai
	Modeling of gene expression by the delay equation. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 421-431. V.A. Likhoshvai, G.V. Demidenko, S.I. Fadeev
	Групповой отбор в популяции с многолетним жизненным циклом развития: разработка технологии построения портретных моделей на примере популяции земноводных. В «Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование». Отв. Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин, Н.А.Колчанов. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2006, с. 368-374. Лихошвай В.А., Северцов А.С.
	Молекулярно-эпигенетические механизмы возникновения биоразнообразия. В «Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование». Отв. Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин, Н.А.Колчанов. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2006, с. 401-411. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г.
	ARTSITE DATABASE: COMPARISON OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTORS Khlebodarova, O. Podkolodnaya, D. Oshchepkov, D. Miginsky, E. Ananko, E. Ignatieva

Конференции

2024	Анализ адаптационно‑значимого для хозяина штамма wMelPlus эндосимбиотической бактерии Wolbachia и его влияния на транскриптом Drosophila melanogaster О. Д. Шишкина, М. А. Дерюженко, О. В. Андреенкова, М. А. Бобровских, Н. В. Шацкая, Г. В. Васильев, А. И. Клименко, А. Е. Коренская, Н. Е. Грунтенко VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы
2016	Biomolecular systems models semi-automatic reconstruction based on structural and quantitative information F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, S.A. Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, A.V. Ratushny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai BGRS/SB’16, Novosibirsk
	Моделирование распределения ауксина в корне A. thaliana в мутантах по генам, кодирующим PIN белки-транспортеры Казанцев Ф.В., Миронова В.В. XXIII международная конференция "математика. компьютер. образование"
	Моделирование воздействия холода на физиологическое распределение ауксина в корне A. thaliana Савина М.С., Казанцев Ф.В., Миронова В.В. XXIII международная конференция "математика. компьютер. образование"
	Expression map of PIN transporters in the root meristem of Arabidopsis thaliana V.V. Kovrizhnykh, T. Pasternak, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova Plant signaling and behavior
	Role of membrane potential in nitrite utilization by Escherichia coli cells under low substrate concentration: the mathematical model. Ree N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. The Tenth IC on Bioinformatics of Genome Regulation\Systems Biology.
	Chaos and hyperchaos in the alternative splicing model. Kogai V.V., Likhoshvai V.A., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M. The 2nd International Conference «Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology».
	Математическая биология гена: генные сети и хаос. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И., Когай В.В. 8-я международная молодежная научная школа-конференция «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач».
	Numerical model of drosophila sensory organ precursor cell determination V.P. Golubyatnikov, T.A.Bukharina, D.P.Furman, M.V.Kazantsev 10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology», Symposium “Mathematical modeling and high performance computing in bioinformatics, biomedicine and biotechnology”: MM - HPC - BBB
	Modeling of two phases in Drosophila sensory organ precursor cell determination T.A.Bukharina, D.P.Furman, V.P.Golubyatnikov, M.V.Kazantsev 10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology»
	MATHEMATICAL MODELING OF ACTIVE SUBSTANSES AND FACTORS INFLUENCE ON FUNCTIONING OF PLANT ROOT MERISTEM M.S. Savina, F.V. Kazantsev, V.V. Mironova MM-HPC-BBB-2016
	MATHEMATICAL MODELING OF ACTIVE SUBSTANSES AND FACTORS INFLUENCE ON FUNCTIONING OF PLANT ROOT MERISTEM M.S. Savina, F.V. Kazantsev, V.V. Mironova SBB-2016
	3D map of proliferation activity in Arabidopsis thaliana root tips: transition domain boundaries and its bilateral symmetry Lavrekha V.V., Pasternak T., Omelyanchuk N.A., Ivanov V.B., Mironova V.V. BGRS/SB’16, Novosibirsk
	Mathematical modeling a reciprocal interactions between auxin and its PIN transporters in the root tip of A. thalina L. Коврижных В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. BGRS 2016
	Phylogeny and Expression of MAKR family genes in Arabidopsis thaliana L Novikova D.D.,Mironova V.V., Jaillais Y.,Omelyanchuk N.A. The 10th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Meta-analysis of transcriptome data to investigate auxin response mechanisms in Arabidopsis thaliana L. Novikova D.D.,Mironova V.V.,Omelyanchuk N.A., Cherenkov P.A. International Conference on Systems Biology
	Microbial Community of the Extremal Ecosystems of the Uzon Caldera (Kamchatka) S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, V.M. Efimov, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov 7th World Congress onMicrobiology
	Поиск мишеней для лекарственной терапии стресс-зависимой формы артериальной гипертензии на модели крыс НИСАГ. Редина О.Е., Абрамова Т.О., Рязанова М.А., Антонов Е.В., Смоленская С.Э., Ефимов В.М., Маркель А.Л. Форум «Биомедицина - 2016»: Перспективы развития медицинской науки в период нового синтеза знаний.
	Genetic and molecular mechanisms crucial for hypertension development in the ISIAH rats. O.E. Redina, L.O. Klimov, M.A. Ryazanova, L.A. Fedoseeva, T.O. Abramova, Yu.V. Alexandrovich, S.E. Smolenskaya, Ye.V. Antonov, N.I. Ershov, V.M. Efimov, A.L. Markel. Десятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology), BGRS\SB-2016.
	FINE ANALYSIS OF ChIP-SEQ DATA FOR EIN3 BINDING IN A. THALIANA L. REVEALS DIFFERENT LAYERS OF EIN3 REGULATION IN ETHYLENE SIGNALING Zemlyanskaya E.V., Oshchepkov D.Yu., Levitsky V.G. PGGFS-2016
	Distinct types of EIN3-DNA interactions in various functional regions of A. thaliana L. genome E.V. Zemlyanskaya, D.Yu. Oshchepkov, V.G. Levitsky BGRS\SB-2016
2015	Комплексные модели микробных сообществ Лашин С.А., Клименко А.И., Мустафин З.С., Зудин Р.К., Чеканцев А.Д., Матушкин Ю.Г. Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики – 2015»
	Haploid evolutionary constructor 3D: a software for simulation of spatially distributed microbial communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G. EMBO | EMBL Symposium “New Approaches and Concepts in Microbiology”
	EloE, a web application for automatic estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms V.S. Sokolov, B.S. Zuraev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin BREW 2015: Bioinformatics Research and Education Workshop
	Экспериментально-компьютерная инженерия метаболических путей при создании суперпродуцентов бактерий и дрожжей Акбердин И.Р., Котенко А.В., Розанов А.С., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е. VIII Московский международный конгресс "БИОТЕХНОЛОГИЯ:СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ"
	Исследование моделей эволюции геномов одноклеточных организмов для пространственно распределённых популяций Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А. VIII Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
	A module for integrating SBML-written mathematical models into the software package «Haploid Evolutionary Constructor» Chekantsev A.D., Lashin S.A. The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”
	High-performance simulation of evolutionary-population processes in bacterial communities Mustafin Z.S., Lashin S.A. The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”
	High-performance computations support for the software package «Haploid Evolutionary Constructor» Zudin R.K., Lashin S.A. The 7th International Young Scientists School "Systems Biology and bioinformatics" SBB-15
	Evidence for karyotype polymorphism in the free-living flatworm, Macrostomum lignano, a model organism for evolutionary and developmental biology Kira S. Zadesenets, Dita B. Vizoso, Aline Schlatter, Eugene Berezikov, Nikolay B. Rubtsov, Lukas Shaerer XIII ISFB (International Symposium of Flatworm Biology)
	МНОГОМЕРНЫЙ АНАЛИЗ КЛИМАТИЧЕСКИХ РЯДОВ В СВЯЗИ С ПРОБЛЕМОЙ ГЛОБАЛЬНОГО ПОТЕПЛЕНИЯ MULTIDIMENSIONAL ANALYSIS OF CLIMATE SERIES IN CONNECTION WITH THE PROBLEM OF GLOBAL WARMING Ефимов В.М., Гончаров Н.П. 4-е МЕЖДУНАРОДНОЕ СОВЕЩАНИЕ ПО СОХРАНЕНИЮ ЛЕСНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ СИБИРИ
	Модель сортов пшениц нового поколения: скороспелость и несимбиотическая азотфиксация Гончаров Николай Петрович, Степаненко Ирина Лембитовна, Ефимов Вадим Михайлович международная конференция “Генетическая интеграция прокариот и эукариот: фундаментальные исследования и современные агротехнологии”
	Явление хаоса в математической модели альтернативного сплайсинга мРНК Когай В.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики», посвященной 90-летню со дня рождения академика Г.И. Марчука.
	Многомерная модель голосования для описания динамики социальной группы Титов И.И., Колчанов Н.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
	Эволюция медико-биологического сообщества Новосибирского Научного Центра Титов И.И., Блинов А.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
	Генетические основы центральных механизмов формирования стресс-зависимой артериальной гипертензии у крыс линии НИСАГ. Редина О.Е., Федосеева Л.А., Абрамова Т.О., Климов Л.О., Смоленская С.Э., Ефимов В.М., Маркель А.Л. Седьмая всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Фундаментальные аспекты компенсаторно-приспособительных процессов»
	Mathematical modeling of morphogenetic regulation of the meristem zone formation in the plant root Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А. MCCMB-2015 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
	Поиск ассоциированных с ответом на ауксин TGTCnn - содержащих регуляторных мотивов и их повторов у Arabidopsis thaliana L. Вибе Даниил Станиславович, Миронова Виктория Владимировна МНСК 2015 г. Новосибирск
	ЯЗЫК СПЕЦИФИКАЦИИ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ ГЕННЫХ СЕТЕЙ Казанцев Ф.В. XII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Перспективы развития фундаментальных наук»
	The compensatory mechanism providing for auxin transport in pin mutants of Arabidopsis thaliana L Vasilina Kovrizhnykh, Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak. Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology
	Осциллирующие и хаотические траектории в моделях генных сетей. Голубятников В.П., Лихошвай В.А. Семинар, посвященный 100-летию со дня рождения Игоря Андреевича Полетаева.
	Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»
	Diversity and distribution of DNA transposons in five neoblast-containing organisms Ustyantsev Kirill, Sormacheva Irina, Blinov Alexandr and Berezikov Eugene 8th International Macrostomum Meeting
	Математическое моделирование распределения концентрации ауксина в клетках горизонтального слоя корня Е.С. Новоселова, В.В. Миронова XII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Перспективы развития фундаментальных наук"
2014	The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
	Analysis of Bacteria and Archaea genomes available in genbank database by “EloE” program В.С. Соколов, Ю.Г. Матушкин Шестая международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» - 6th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB’2014
	Variation of elongation efficiency index of Archaea genes during evolution В.С. Соколов, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин BGRS\SB-2014
	EloE – a web-application for estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин BGRS\SB-2014
	Computer analysis of expression level of allergen-coding genes of pathogenic microorganisms Bragin A.O.,Sokolov V.S., Demenkov P.S., Matushkin Yu.G., Ivanisenko V.A. BGRS\SB-2014
	Компьютерное исследование особенностей элонгации трансляции у Mycoplasma В.С. Соколов, Ю.Г. Матушкин VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы
	The tool to study plant hormone auxin distribution in the plant root F. Kazantsev, V. V. Mironova ECMTB 2014
	Филогения и особенности экспрессии генов семейства MAKR у Arabidopsis thaliana Новикова Д. Д., Миронова В. В. МНСК 2014 г.
	Auxin-responsive transcriptome of Arabidopsis thaliana roots Миронова Виктория Владимировна Новикова Дарья Дмитриевна Омельянчук Надежда Анатольевна Васильев Геннадий Владимирович Климова Наталья Викторовна BGRS-2014
	Филогения генов семейства MAKR и их экспрессия у Arabidopsis thaliana L. Новикова Д. Д., Миронова В. В. Высокопроизводительное секвенирование: получение, анализ данных и их использование в филогенетике
	Гены семейства MAKR у Arabidopsis thaliana L Новикова Д. Д., Миронова В. В. Перспективы развития и проблемы современной ботаники
	Высокопроизводительное компьютерное моделирование популяционно-генетических процессов в бактериальных сообществах Мустафин З.С., Лашин С.А. Международная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"
	Allelic coadaptation and fitness landscape predetermine the optimal Evolutionary mode in prokariotic communities: a simulation study Мустафин З.С., Лашин С.А. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2014)
	High Performance computing simulation of evolutionary processes in basterial communities Мустафин З.С., Лашин С.А. Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)
	Математическое моделирование влияния ауксина на формирование сосудистого паттерна корня растения. Новоселова Е.С., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А. 18-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых "Биология - наука XXI века"
	MODELING OF TWO-CELLS COMPLEX IN MORPHOGENESIS OF D. MELANOGASTER MECHANORECEPTORS A.A.Akinshin, T.A.Bukharina, D.P.Furman, V.P.Golubyatnikov The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
	AN EXTENDED MODEL OF D. MELANOGASTER MACROCHAETE MORPHOGENESIS GENE NETWORK A.A.Akinshin, T.A.Bukharina, D.P.Furman, V.P.Golubyatnikov The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
	Computation modeling of vascular patterning in plant roots ES Novoselova, VV Mironova, FV Kazantsev, NA Omelyanchuk, VA Likhoshvai The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)
	Кинетическое моделирование метаболических путей в бактериальной клетке Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Шестой съезд ВОГиС
	Kinetic modeling of pyrimidine biosynthesis is a first step to in silico bacterial cell Akberdin I.R., Ermak T.V., Kazantsev F.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. 9th BGRS\SB-2014
	Mathematical model for subgenomic Hepatitis C Virus replication: impact of drug resistance emergence on long-term kinetics of NS3 protease inhibitors action Ivanisenko N., Mishchenko E., Akberdin I., Demenkov P., Kozlov K., Todorov D., Gursky V.V., Samsonova M.G., Samsonov A.M., Clausznitzer D., Kaderali L., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. 9th BGRS\SB-2014
	Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. 9th BGRS\SB-2014
	KINET 1.0 - a new web database on kinetics data and parameters for E.coli metabolic pathways Ermak T.V., Akberdin I.R., Timonov V.S., Mischenko E.L., Oshchepkova E.A., Perfilyeva O.A., Smirnova O.G., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. 9th BGRS\SB-2014
	Database of quantitative characters of processes in embryonic stem cells Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Akberdin I.R., Ermak T.V., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014
	Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014
	A model of one biological 2-cells complex Akinshin A. A., Bukharina T. A., Furman D.P., Golubyatnikov V.P. Международная конференция ДНИ ГЕОМЕТРИИ В НОВОСИБИРСКЕ – 2014, посвященная 85-летию академика Ю. Г. Решетняка
	EXPERIMENTALLY VERIFIED TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES MODELS APPLIED FOR COMPUTATIONAL ANALYSIS OF CHIP-SEQ DATA. D.Y. Oshchepkov, V.G. Levitsky, I.V. Kulakovskiy, N.I. Ershov, V.J. Makeev, T.I. Merkulova. BGRS\SB-2014
	DIOXIN-MEDIATED REGULATION OF GENES INVOLVED IN CYTOKINES PRODUCTION BY MACROPHAGES E.V. Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, A.G. Shilov, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov BGRS\SB-2014
	О типе закона роста бактериальной клетки Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB’2014)
	Математическое моделирование Tat-Rev регуляции репликации HIV-1 Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Бажан С.И., Гайнова И.А., Черешнев В.А., Бочаров Г.А. V МК “Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB'2014)
	Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli при стрессе по кинетическим данным. Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Бабкин И.В., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А. V МК “Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB’2014)
	О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при микромолярных концентрациях субстрата в хемостате. Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Математическая биология и биоинформатика (ICMBB’2014)
	Complex dynamics in systems of alternative mRNA splicing: a mathematical model. Kogai V.V., Fadeev S.E., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology
	TAT-REV regulation of HIV-1 replication: Mathematical model predicts the existence of oscillatory dynamics. Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Bazhan S.I., Gainova I.A., Chereshnev V.A., Bocharov G.A. 9-th IC on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology,
	Karyotype diversity of Macrostomum lignano using individually karyotyped worms from natural populations and cultivated lines KIRA S. ZADESENETS, D. B. VIZOSO, A. SCHLATTER, I. D. SORMACHEVA, E. BEREZIKOV, N. B. RUBTSOV, L. SCHÄRER 8th International Macrostomum Meeting
	GENE NETWORKS MODELING: SPECIFICATION LANGUAGE Kazantsev F.V.,Akberdin I.R., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A. Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)
	How the plant root deals with missing of a PIN auxin transporter Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Vasilina Chernova, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak 9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology
	Functional characteristics of human genes containing low level of promoter polymorphism revealed from the 1000 genomes project dataset. Ignatieva E.V., V.G. Levitsky, N.A. Kolchanov The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)
	Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Национальный Суперкомпьютерный форум-2014 (НСКФ-2014)
	Modeling of cell dynamics in the root apical meristem with dynamical grammar Lavrekha V.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A. The Ninth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology (BGRS\SB-2014)
	Modeling of cell dynamics in the root apical meristem with dynamical grammar Lavrekha V.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A. 6th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB’2014
2013	Математические модели метаболических процессов в бактериальной клетке Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Методы создания, исследования и идентификации математических моделей
	Analysis of images obtained by FISH with chromosome‐derived DNA probes without suppression of repetitive DNA hybridization A.G. Bogomolov, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov 19th International Chromosome Conference
	Computational study of translation elongation features in Mycoplasma В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
	Mathematical modeling of gene network dynamics in E. coli I. Akberdin, F. Kazantsev, T. Ermak, V. Timonov, T. M. Khlebodarova, V. A. Likhoshvai 38-ой Конгресс FEBS
	KiNET – a new web database on kinetics data and parameters for E.coli Ермак Т., Акбердин И.Р., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013
	Gene expression and mRNA secondary structures in Mycoplasma strains В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013
	The mathematical model of auxin distribution in the plant root meristem Kazantsev F.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. Regional Interdisciplinary Conference – Humboldt Kolleg «Magnetic resonance as a tool for interdisciplinary research»
	MGSmodelsDB – a new database on mathematical models of biomolecular systems F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, V.V. Timonov, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai BREW 2013: Bioinformatics Research and Education Workshop
	Анализ распределения ауксин-чувствительных элементов в геноме Arabidopsis thaliana L. Вибе Даниил Станиславович, Миронова Виктория Владимировна мнск 2013 г. новосибирск
	GlaI-qPCR анализ — новый инструмент количественной оценки метилирования ДНК и его применение для изучения генов-супрессоров опухоли Кузнецов В.В., Землянская Е.В., Акишев А.Г., Абдурашитов М.А., Дегтярев С.Х. XXV Международная зимняя молодёжная научная школа «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии»
	Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор" Мустафин З.С., Лашин С.А. Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс»
	Таксономия и молекулярная филогения пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г. Молекулярно-генетические подходы в таксономии и экологии
	INTENSIVE RECOMBINATIONS HAVE LED TO TANDEM REPEAT EXPANSION AND ENLARGEMENT OF RYE SUBTELOMERIC HETEROCHROMATIN VERSHININ A.V., EVTUSHENKO E.V., ELISAFENKO A.E., GUNBIN K., LEVITSKY V.G. The 19th International Chromosome Conference
	Toad grasshoppers (Pamphagidae, Orthoptera) as a new model of sex chromosome evolution. Jetybayev I.E., Bugrov A.G., Bogomolov A.G, RubtsovN.B. 19th International Chromosome Conference
	Multi-layer computer models of gene network evolution in diploid populations. S. Lashin and Y. Matushkin FEBS Congress
	Spatially distributed models of evolution in symbiotic/antagonistic prokaryotic communities Y. Matushkin and S. Lashin FEBS Congress
	Применение биоинформационных технологий в эволюционных исследованиях. Матушкин Ю.Г. VI Всероссийский с международным участием конгресс молодых ученых-биологов «Симбиоз-Россия 2013»
	The gene flow between ancient and modern humans: how often the hybridization occurred and what are population consequences? K.V. Gunbin, S.A. Lashin Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)
	Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. Kashina E.V., Oshchepkov D.Y., Antontseva E.V., Oshchepkova E.A., Shamanina M.Y., Furman D.P., Mordvinov V.A. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”
	The variation in chromosome number in the karyotype of free-living flatworm, Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) Zadesenets K.S., Vizoso D., Schärer L., Sormacheva I.D., Blinov A.G., Berezikov E., Rubtsov N.B. 7th International Macrostomum Meeting
	Ауксин-зависимые изменения транскриптома корней Arabidopsis thaliana L. Миронова В.В., Кузнецова Л.С., Филипенко Е.А., Климова Н.В., Васильев Г.В., Кочетов А.В. International Conference ” High-Throughput Sequencing in Genomics”
2012	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE - сайтов, обнаруженных в промоторах IL12A, IL12B и IL4 генов человека. Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Лопатникова Ю.А., Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
	Компьютерное моделирование динамики функционирования молекулярно-генетических систем E.coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В, Ри Н.А., Тимонов В.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Четвертая международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»
	Построение и анализ математической модели mTOR сигнального пути Акбердин И.Р., Трифонова Е.А., Гайнова И.А., Макашева В.А., Шорина А.Р., Лихошвай В.А. Четвертая международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»
	Программное обеспечение для компьютерного исследования особенностей элонгации трансляции (на примере одноклеточных организмов рода Mycoplasma) В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям
	Modeling and analysis of dynamics of the gene networks: automatic generation and storage in a new database Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Ree N.A., Timonov V.S., Oshchepkova E.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Likhoshvai V.A. Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"
	A stochastic model for suppression of subgenomic hepatitis C virus replication in Huh-7 cells. N.V. Ivanisenko, E.L. Mishchenko, I.R. Akberdin, P.S. Demenkov, V.A. Likhoshvai, M.G. Samsonova, D. Clausznitzer, L. Kaderali, N.A. Kolchanov and V.A. Ivanisenko Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"
	When gene networks may not work: computer modeling with the haploid evolutionary constructor Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич BGRS/SB’2012, Novosibirsk
	Fluorescence in situ hybridization with chromosome-derived DNA probes on Opisthorchis felineus and Metorchis xanthosomus chromosomes without suppression of repetitive DNA sequences. A.G. Bogomolov, K.S. Zadesenets, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Sacharromyces cereviciae and Schizosaccharomyces_pombe Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L., Likhoshvai V.A. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	Изучение субстратной специфичности 5mC зависимой сайт-специфической ДНК эндонуклеазы BisI Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Международная конференция «Биология – наука XXI века»
	Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution Мустафин З.С., Лашин С. А. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2012)
	Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution Мустафин З.С., Лашин С.А. Systems Bioligy & Bioinformatics (SBB 2012)
	Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор" Мустафин З.С., Лашин С.А. XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям
	Язык моделирования молекулярно-генетических систем SiBML Ф.В. Казанцев, В.В. Миронова, Е.С. Новоселова, Н.Л. Подколодный, В.А. Лихошвай "Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ) 2012"
	KINET – A NEW WEB DATABASE ON KINETICS DATA AND PARAMETERS FOR E. COLI Ermak T., Timonov V.S., Akberdin I.R., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	SUPPRESSION OF SUBGENOMIC HCV RNA BY NS3 PROTEASE ANTIVIRALS IN CELLS: A BASIC STOCHASTIC MATHEMATICAL MODEL Ivanisenko N.V., Mishchenko E.L., Akberdin I.R., Demenkov P.S., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	HIGH PERFORMANCE COMPUTING WITH MGSMODELLER Kazantsev F.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	MODELING AND ANALYSIS OF DYNAMICS OF THE RIBOPYRIMIDINES DE NOVO BIOSYNTHESIS IN E. COLI Khlebodarova T.M., Akberdin I.R., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	MATHEMATICAL MODEL OF AUXIN RESPONSIVE REPORTER DR5 ACTIVITY IN PLANT CELL Savina M.S., Mironova V.V., Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	MOLECULAR EVOLUTION OF PROTEINS BELONGING TO AUXIN BIOSYNTHESIS GENE NETWORK IN PLANTS Turnaev I.A., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Fluorescence in situ hybridization with chromosome-derived DNA probes on Opisthorchis felineus and Metorchis xanthosomus chromosomes without suppression of repetitive DNA sequences. A.G. Bogomolov, K.S. Zadesenets, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov IV международная Школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"
	The central regulatory circuit of the macrochaete morphogenesis gene network: a model of functioning Golubyatnikov V.P., Bukharina T.A., Furman D.P. Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’12)
	ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL AND POSTTRANSCRIPTIONAL REGULATION OF AUXIN CARRIER AtPIN1 Chernova V.V., Ermakov A.A., Doroshkov A.V., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V. VIII Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012)
	THE MODEL FOR AUXIN REGULATED AtPIN1 EXPRESSION IN THE ROOT APICAL MERISTEM А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, С.С. Сангаев, Н.А. Омельянчук, А.В. Кочетов, В.В. Миронова The 2nd International Conference "Plant Genetics, Genomics and Biotechnology"
	Recognition of NFAT5 binding sites. Ananko E.A., Levitsky V.G., Efimov V.M., Afonnikov D.A. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)
	Analysis of SNP distribution and inter-SNP distance in the human genome E.V. Ignatieva, V.G. Levitsky, N.S. Yudin The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
	The enigmatic nature of the relation between TBP/TATA-affinity and the reaction norm of gene expression P.M. Ponomarenko, V.V. Suslov, O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
	Genomics of Rye Subtelomeric Heterochromatin A.V.Vershinin, E.V.Evtushenko, V.G.Levitsky " Genomics of Rye Subtelomeric Heterochromatin". Chromosome Biology, Genome Evolution, and Speciation, Gatersleben Research Conference 2012
	Genomics and nucleosome arrangement of the rye subtelomeres Evtushenko E.V., Elisafenko E.A., Levitsky V.G., Vershinin A.V International conference Chromosome 2012
	Роль длины мономера и нуклеотидного контекста для формирования сайтов посадки нуклеосом в тандемных повторах растений Левицкий В.Г., Вершинин А.В. International conference Chromosome 2012
	In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy I.V., Makeev V.J. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning Levitsky V.G, Vershinin A.V. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	DNA motif search by genetic algorithm V.G. Levitsky The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	Variability of gene expression in mouse brain depends on predicted tbp-affinity of its core promoter Вишневский Олег Владимирович EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY BGRS\SB’12
	Effects of in- and outbreeding in populations of diploid organisms: computer simulations with the diploid evolutionary constructor Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич BGRS/SB’2012, Novosibirsk
	Evolution in prokaryotes-phages communities: computer modeling with the haploid evolutionary constructor Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич BGRS/SB’2012, Novosibirsk
	In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data. V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy, Makeev V.J. SysPatho workshop «Systems biology and medicine»
	Molecular evolution of proteins belonging to auxin biosynthesis gene network in plants Turnaev I.I., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelianchuk N.A., Afonnikov D.A. Molecular Phylogenetics, Contributions to the 3rd Moskow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-3)
	Dioxin in regulation of genes involved in cytokinine synthesis by macrophages: a possible pathway underlying dioxin immunotoxicity and cancer. D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, E.V. Kashina, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov. SysPatho workshop «Systems biology and medicine»
	Eliciting the role of dioxin in regulation of the genes involved in cytokines synthesis by macrophages. D.Y. Oshchepkov, E.V. Kashina, E.A. Oshchepkova, E.V. Antontseva, M.Yu. Shamanina, D.P. Furman, V.A. Mordvinov. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology,
	Исследование регуляторных районов PIN1 гена Arabidopsis thaliana L. (Study of PIN1 regulatory regions in Arabidopsis thaliana L. А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, И.В. Миронова, С.С. Сангаев, А.В. Кочетов, В.В. Миронова II (X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге, 11-16 ноября 2012 года
	Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А. XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)
	Role of auxin dose-dependent control in specification of root vascular cells Новоселова ЕС., Миронова ВВ, Казанцев ФВ, Омельянчук НА, Лихошвай ВА Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’12)
	Математическое моделирование ауксин зависимого контроля дифференцировки сосудистых клеток корня Новоселова ЕС, Миронова ВВ, Омельянчук НА, Казанцев ФВ, Лихошвай ВА II(X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге
	Multiple solutions under modeling of the nitrate utilization system in Escherichia coli. Ri N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. The Eighth IC on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
	Математическое моделирование клеточного цикла прокариот: согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. IV Международная конференция “Математическая биология и биоинформатика”,
	Математическое моделирование метаболизма нитрита при культивировании клеток Escherichia coli в проточном хемостате. Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. IV Международная конференция “Математическая биология и биоинформатика”
	ABOUT SHIFT FUNCTION OF IRREGULAR POLYMERS SYNTHESIS IN MODELS OF THE MATRIX SYNTHESIS. V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, T.M. Khlebodarova The Eighth IC on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
	MATHEMATICAL BIOLOGY OF GENE Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Выявление роли ксенобиотиков в регуляции генов, вовлеченных в синтез цитокинов макрофагами. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).
	Expressed Sequence Tag Analysis of Adult Opisthorchis felineus M. Yu. Pomaznoy, S. I. Tat’kov, D. A. Afonnikov, D. P. Furman, P. A. Belavin, A. M. Nayakshin, S. V. Gusel’nikov, G. V. Vasil’ev, A. Yu. Sivkov, A. V. Katokhin, and V. A. Mordvinov BREW 2012: Bioinformatics Research and Education Workshop
	ВЛИЯНИЕ 2,3,7,8-ТЕТРАХЛОРДИБЕНЗО-ПАРА-ДИОКСИНА НА РЕГУЛЯЦИЮ ЭКСПРЕССИИ IL12A, IL12B И IL4 ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В МАКРОФАГЕ Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Проблемы биомедицинской науки третьего тысячелетия 2-я Всероссийская научная конференция молодых ученых.
2011	Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
	MGSMODELSDB – Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Тимонов В.С., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
	Automatic generation of mathematical models of molecular-genetic systems Akberdin I., Kazantsev F., Ree M., Ree N., Timonov V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2011)
	Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
	The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011 Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
	MGSmodelsDB – web-ресурс для накопления математических моделей элементарных подсистем молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лихошвай В.А. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	Математическое моделирование транспорта ауксина в центральном цилиндре корня A. Thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	A mathematical model for the suppression of subgenomic Hepatitis C virus replication in Huh-7 cells in the presence of the NS3 protease inhibitors Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Хайдельберг, Германия, 28 августа-1 сентября
	Математическая модель подавления репликации субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке с ингибитором NS3 протеазы SCH503034 Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. Санкт-Петербургский научный форум “Наука и общество. Физиология и медицина 21 века. VI Петербургская встреча лауреатов нобелевской премии”, Санкт-Петербург, Россия, 19-23 сентября
	The combined mechanisms of the reverse fountain and the reflected flow provide for self-organization and maintenance of the root apical meristem. Mironova V.V., Novoselova E.S., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. 8th European conference on mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011)
	A plausible mechanism for the root apical meristem patterning. V.V. Mironova, E.S. Novoselova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai 7th International Conference on Structure and Function of Roots
	Modelling auxin transport in root provascular tissue. Novoselova E.S., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. 8th European conference on mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011)
	Computer simulation confirmed auxin dose-dependent control of root vascular cells specification E.S. Novoselova, V.V. Mironova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai 7th International Symposium on Structure and Function of Roots
	A plausible mechanism for the root apical meristem self-organization Victoria Mironova, Ekaterina Novoselova, Nadya Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
	Quantitative sequence /activity relationships of auxin response elements (Aux RE) in plant promoters V.V. Mironova, P.M. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, M.P. Ponomarenko Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
	Математическая модель распределения ауксина в корне растений Миронова В.В., Новоселова Е.С., Лихошвай В.А. Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики, Новосибирск
	Изучение механизмов регуляции ауксином роста и развития растений Миронова ВВ семинар по экологии, физиологии и биофизике растений "Молекулярные, клеточные и тканевые механизмы координации процессов роста и развития растений", Красноярск
	Математическая модель распределения ауксина в корне растений Миронова В.В., Новоселова Е.С., Лихошвай В.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
	Многомерный анализ микрочиповых данных для выявления потенциальных маркеров болезни Хантингтона Шайдуллин И.И., Катохин А.В., Ефимов В.М. Межд. конф. "Совр. пробл. математики, информатики и биоинформатики", посв. 100-летию А.А. Ляпунова
	О метрических свойствах эволюционных расстояний Мельчакова М.А., Ефимов В.М. "Совр. пробл. математики, информатики и биоинформатики", посв. 100-летию А.А. Ляпунова
	Age- and sex-associated variations in the directional asymmetry of root vole traits Vera Yu. Kovaleva, Yuri N. Litvinov, Vadim M. Efimov. VI-th European Congress of Mammalogy (ECM 2011)
	Модель центрального регуляторного контура одной многокомпонентной генной сети Голубятников В.П. Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Международная конференция «Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики», посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР А.А.Ляпунова
	Could chronic stress induced by polycyclic aromatic hydrocarbons have implications for hominid evolution? Oshchepkov D.Y., Suslov V.V. Proceedings of III International Conference Biosphere Origin and Evolution
	Анализ данных массовой иммунопреципитации хроматина с помощью экспериментально верифицированных методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA Ощепков Д. Ю., Левицкий В. Г. , Кулаковский И. В., Ершов Н. И., Васильев Г.В., Меркулова Т. И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
	Подарок Прометея: мог ли хронический стресс продуктами горения ускорить эволюцию гоминид Ощепков Д.Ю., Суслов В.В. Современные проблемы эволюции. XXV Чтения памяти А.А. Любищева.
	Доместикация пшениц: поиск новых подходов для решения старой проблемы Гончаров Н.П., Головнина К.А., Шумный В.К. Межд. конф.,посв. памяти акад. Алтухова
	Программные средства для многоуровневого моделирования эволюции про- и эукариот Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
	Computer tool for modeling the eukaryotes origin and evolution of early eukaryotic ecosystems Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. III International Conference “Biosphere origin and evolution”
	Evolutionary trends of genome amplification and reduction Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Suslov V.V. III international conference Biosphere origin and evolution
	Modeling of phage infection in prokaryotic communities by Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011
	Моделирование коэволюции одноклеточных организмов в трофических кольцах с взаимным ингибированием Матушкин Ю.Г., Лашин С.А., Суслов В.В. VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
	Математическое и компьютерное моделирование эволюционно-популяционных процессов Лашин С.А. Третья школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"
	Nucleosome organization in plant satellites Babenko VN, Matvienko VF, Vershinin AS, Levitsky AG Wheat Genetic Resources and Genomics
	Моделирование метаболизма пуринов и пиримидинов de novo в клетке E. coli Лихошвай В.А., Ри М.Т., Когай В.В, Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И. VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», часть II, Москва, март 21-25, 2011, стр. 385-386
	Об исследовании математических моделей многостадийного синтеза вещества Фадеев С.И., Лихошвай В.А., Штокало Д.Н., Королёв В.К. Российская конференция «Методы сплайн-функций», посвящённой 80-летию со дня рождения Ю. С. Завьялова, 31 января–2 февраля 2011, Новосибирск, Россия, Институт математики СО РАН, стр.90-91
	GeneNetworks theory Likhosvai V.A. RCIBC seminar, Novosibirsk, april 19-20, 2011
	Математическое моделирование биосинтеза нуклеотидов de novo у Escherichia coli Ри М.Т., Захарцев М.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
	Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»
	Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов SF-1 и SREBP в геномах позвоночных с помощью нового подхода, сочетающего экспериментальные и биоинформатические методы Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика и биоинформатика»
	Inter-SNP distances and SNP distribution in the human genome Ignatieva Elena, Victor Levitsky, Nikolay Yudin Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB’11
	Распределение однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека ИгнатьеваЕ.В., В.Г.Левицкий, Н.С.Юдин Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики", посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова
	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияние мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Савинкова Л.К., Захаренко Л.П., Пинтус С.С., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН. № 11. “Биологическое разнообразие”. Подпрограмма “Генофонды и генетическое разнообразие”. Сборник материалов. – Москва: ИОГен. 2011. С. 100-104.
	Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe. Yu.Matushkun, V.Likhoshvai, V.Levitsky The International Moscow Conference On Computational Molecular Biology, MCCMB’11
	Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза. К.В.Гунбин, Д.А.Афонников,В.В.Суслов, Ю. Г. Матушкин, Н.А. Колчанов 2-я Всероссийская научно-практическая конференция "«Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле»"
	Корреляция эффективности инициации транскрипции и элонгации трансляции для S. Cerevisiae and S. Pombe Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г., Орлов Ю.Л. «Проблемы популяционной и общей генетики», посвященная 75-летию со дня рождения выдающегося генетика-популяциониста академика Юрия Петровича Алтухова"
	Разработка программного обеспечения микроскопического анализа биологических объектов. Богомолов А.Г., Подколодный Н.Л., Рубцов Н.Б. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	Математическое моделирование иерархических живых систем на примере меристемы побега растения Акбердин И.Р. семинар по экологии, физиологии и биофизике растений «Молекулярные, клеточные и тканевые механизмы координации процессов роста и развития растений»
2010	Reduction of gene net dynamic models using proper orthogonal decomposition V.M. Efimov, A.S. Novikov, A.A. Tikhonov, I.R. Akberdin, V.A. Likhoshvai 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Automatic generation and numerical analysis of mathematical models for molecular-genetic objects in an integrated system of MGS-generator and STEP+ modules I.R. Akberdin,F.V. Kazantsev, V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, V.K. Korolev, A.E. Medvedev. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	MGSmodelsDB – the database for storing mathematical models of molecular genetic systems F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, M.T. Ree, N.A. Ree, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010
	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010
	Correlation between nucleosome formation potential of 5’-UTR and elongation efficiency index of coding sequences of S.cerevisiae genome Yu.G.Matushkin, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky. 2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2). May 18-21, 2010. Moscow
	In silico analysis of auxin-regulated root apical meristem patterning Mironova V.V., N.A. Omelyanchuk, E.S. Novoselova, V.A. Likhoshvai 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Genetic and molecular characteri-zation of three agronomical importance genes (Vrn1, Vrn2, Q) in wheats Golovnina K., Sormacheva I., Blinov A., Kondratenko E., Goncharov N.P 8th Intern. Wheat Conf. June 1-4, 2010. SPb, 2010
	Computer modeling of prokaryotic communities’ evolution Lashin S.A. ERASysBio Summer School, 27 July 2010, Tenerife, Spain
	Роль функциональных сайтов супрессора опухолей Merlin в сперматогенезе дрозофилы Юдина О.С., Головнина К.А., Дорогова Н.В., Копыл С.А., Болоболова Е.У., Дубатолова Т.Д., Шилова И.Э., Омельянчук Л.В., Блинов А.Г., Чанг Л.Ш. II Международная конференция "Дрозофила в экспериментальной генетике и биологии", 2010, 6-14 сентября, Одесса, Украина
	Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
	Prediction for AtARF family transcription factors, mediating primary response to auxin V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, D.Yu. Oschepkov, V.G. Levitsky Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk
	New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models of molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai and A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, Proc.of the 7th ISAAC Congress, World Scientific Publ., Singapore
	VRN1 promoter region analysis: evolutionary dinamics and cis-regulatory elements prediction Golovnina Kseniya The International Conference "Plant Genetics, Genomics, And Biotechnology" (PlantGen 2010), Novosibirsk, Russia, June 07-10, 2010
	The mathematical model for investigation of auxin-regulated root patterning in wild type and under treatments V.V. Mironova, E.S. Novoselova, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai. the Joint Russian-French seminar "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling" 18-21 June, Novosibirsk
	Development of shoot apical meristem in silico under phytohormones regulation I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev, I.A. Gainova,V.A. Likhoshvai The Joint Russian-French Workshop "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling"
	Механизмы поддержания ниши стволовых клеток в корнях растений: математическая модель распределения ауксина в корне и ее анализ Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Биология развития: морфогенез репродуктивных структур и роль стволовых клеток в онтогенезе. Санкт-Петербург, 13-16 декабря 2010 г.
	Математическое моделирование развития меристемы побега на различных иерархических уровнях Гайнова И.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Королев В.К., Медведев А.Е. Всероссийская конференция (с международным участием) "Математические модели и информационные технологии в сельскохозяйственной биологии: итоги и перспективы", Санкт-Петербург, 14–15 октября, 2010
	Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Всероссийская научная конференция "Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии", 15-17 сентября 2010г.
	Эволюционный конструктор - методика моделирования эволюции бактериальных сообществ Лашин С.А. Вторая международная научная школа-конференция памяти академика М.М. Лаврентьева "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 21-29 сентября 2010, Новосибирск
	Моделирование динамики молекулярно-генетических систе Лихошвай В.А. Вторая международная научная школа-конференция памяти академика М.М. Лаврентьева "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 21-29 сентября 2010, Новосибирск
	Компьютерное моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов Матушкин Ю. Г., Лашин С.А., Суслов В.В. Математическая биология и биоинформатика: III Международная конференция , г. Пущино
	Development of shoot apical meristem in silico under phytohormone regulation I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai Международная конференция Plantgen, Новосибирск, Россия, 7-10 июня, 2010
	Structure and Evolution of Stochastic Networks: a case study of text networks Титов ИИ, Рудниченко КА, Куликов АИ Международная конференция Стохастические модели в биологии и предельные алгебры, 2—7 августа 2010, Омск, Россия.
	Математическое моделирование влияния ауксина на ризотаксис у arabidopsis thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В. Международная научная студенческая конференция, НГУ, Новосибирск
	Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
	Дозовый эффект гена при наследовании розовой окраски венчика у потомков межродовых гибридов Fragaria x ananassa Duch. × Comarum palustre L. Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Перспективы развития и проблемы современной ботаники / Материалы II (IV) Всероссийской молодежной научно-практической конференции. Новосибирск: Изд-во СО РАН.
	Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск
	Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный Конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск
	Компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G. Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010
	The nanobiotechnology database V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetes: а gene network describing the establishment of bristle prepattern Bukharina T.A. Furman D.P. Седьмая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома (BGRS'2010)
	The relation between biological complexity of eukaryotes and evolutionary changes of Notch cascade protein features Gunbin K.V. Bukharina T.A. Седьмая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома (BGRS'2010)
	Promoters of the genes encoding the macrophage transcription factors contain binding sites for aryl hydrocarbon receptor. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. Seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
	Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophage cytokines. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Furman D.P., Mordvinov V.A. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the macrophage transcription factors and cytokines genes. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. “From Functional Genomics to Systems Biology”,
	Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
	Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине»
	Testing of functional activity of putative dioxin responsive elements in promoter regions of genes, encoding macrophageal transcription factors and cytokines Kashina E.V., Antontseva E.V., Katokhin A.V., Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Shamanina M.Y., Grishanova A.Y., Furman D.P, Mordvinov V.A. The seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
	Science structural inference Titov I., Rudnichenko K., Fursov F., Krutov P., Kulikov A. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27
	Evidence of negative selection against miRNA expansion over human genome Titov I., Vorozheikin S., Kulikov A. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27
	3D-modelling of RNA structure Titov I.I., Barsov K., Kulikov A.I. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27
	Gene loss and acquiring in evolution of prokaryotic communities – modeling with Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	Computer simulation of origin and evolution of signaling systems Dygalo N.N., Lashin S.A. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	Моделирование динамики молекулярно-генетических систем Лихошвай В.А. Вторая молодежная международная научная школа-конференция памяти М.М.Лаврентьева «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач, 21-29 сентября 2010
	Об исследовании нелинейных моделей многостадийного синтеза вещества Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Штокало Д.Р. III международная конференция, Математическая биология и биоинформатика, 10-15 октября 2010г., Пущино
	STABILITY OF SOLUTIONS OF DELAY DIFFERENTIAL EQUATIONS WITH PERIODIC COEFFICIENTS G.V. Demidenko, V.A. Likhoshvai, I.I. Matveeva Seven international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS/SB_2010), Novosibirsk, 2010, p. 180
	Similarities and differences in the structures of artificial and natural transcription factor binding sites: impact of flanking sequences to recognition performance. Oshepkov D.Y., Levitsky V.G., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)
	Control of Escherichia coli dps gene expression in response to toxic action of cadmium. Stepanova T.Y., Likhoshvai V.A., Babkin I.V., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology. (BGRS/SB’10)
	The mathematical modeling of nitrite metabolism regulation in Escherichia coli cell during nitrate respiration under anaerobic conditions. Ree N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)
	Mathematical modeling of nucleotide biosynthesis in Escherichia coli. Ree M.T., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)
	E.coli proteom expression under terahertz irradiation Peltek S.E., Mesheryakova I.A., Goryachkovskaya T.N., Demidova E.V., Demidov E.A., Khlebodarova T.M., Oschepkov D.Yu., Kolchanov N.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Vinokurov N.A., Kulipanov G.N., Nikolaev E.N. Terahertz radiation: generation and application
	Computer analysis of stress response network E.coli. Stepanenko I.L., Titov I.I. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2010)
	Correlation Between Nucleosome Formation Potential of 5’-UTR and Elongation Efficiency Index of Coding Sequences in S.Cerevisiae and S. Pombe Genomes. Yu.G. Matushkin, V.A.Likhoshvai, A.V.Orlenko, V.G.Levitsky International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2010).
	Computer support system development for biological objects research in microscopy A.G. Bogomolov, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov BGRS/SB’10, Novosibirsk
	Analysis of the degenerate motifs in promoters of auxin responsive genes Вишневский Олег Владимирович Миронова Виктория Владимировна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
2009	Mathematical modeling of a plant development on the different levels Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Gainova I.A., Likhoshvai V.A. 3 rd Annual World Congress of Gene-2009, Foshan, China, December 1-7
	Моделирование молекулярно-генетических механизмов регуляции развития растений И.Р. Акбердин, Ф.В. Казанцев, В.А. Лихошвай 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Моделирование эволюционно-популяционных процессов с помощью "Эволюционного конструктора" Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.В. Суслов, Н.А.Колчанов 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Происхождение, доместикация и эволюция пшениц Н.П.Гончаров, К.А. Головнина, А.Г. Блинов, Е.Я. Кондратенко. 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Регрессия "последовательность→сродство" ТАТА-бокса к ТВР и эволюция ВИЧ-1 В.В. Cуслов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, В.М. Ефимов, Н.А. Колчанов 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Taxonomy and molecular phylogeny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E. Ja. 6th International Triticeae Symposium, May 31-June 5, 2009, Kyoto, Japan
	Auxin regulated root patterning: the mathematical model and key genetic mechanisms V.V. Mironova, M.P. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai German-Russian forum Biotechnology GRFB'09, Novosibirsk
	Modeling of coevolutionin communities usin "Evolutionary constructor" program Lashin S.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Network biology Titov II International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Evolvability and biodiversity – modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G. International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)
	SNPs in the HIV-1 TATA Box and the AIDS Pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, L.K. Savinkova, M.P. Ponomarenko, N.A. Kolchanov Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
	Lattice proteins: the landscape veiw on protein folding Titov II The 3d Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2009, March 25 - May 24, 2009
	Исследование эффективности экспрессии генов в зависимости от их нуклеотидного состава методами биоинформатики Матушкин Ю.Г., Ефимов В.М., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г. V Intern. Congress BIOTECHNOLOGY: state of the art and prospects of development
	Анализ изображений биологических объектов Богомолов А.Г. XLVII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК-47) г.Новосибирск, 11 – 15 апреля 2009 г.
	Интегрированная компьютерная система для построения и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем И.Р.Акбердин, Ф.В.Казанцев, В.А.Лихошвай, С.И.Фадеев, И.А.Гайнова, В.К.Королев, А.Е.Медведев Всероссийская конференция по вычислительной математике КВМ-2009, Академгородок, Новосибирск, Россия, 23-25 июня 2009
	Многомерные методы мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Материалы Пятого Московского международного конгресса "Биотехнология: состояние и перспективы развития" . Часть II. (Москва, 16-20 марта 2009 г.) –М.: ЗАО "Экспо-биохим-технологии", РХ ТУ. С. 393-394.
	Systems biology: computer-experimental research Yury G. Matushkin Программа посещений французского национального института агрономических исследований (INRA) Делегация Института Цитологии и Генетики СО РАН, 29 сентября - 5 октября 2009 г.
	Математическое моделирование и компьютерный анализ генных сетей Лихошвай В.А. пятый международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития, Москва,16-20 марта 2009г, часть2, с384
	Mathematical model of the auxin metabolism in shoots if Arabidopsis thaliana L. I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai. Российско-германский форум по биотехнологии, Новосибирск, 15-19 июня 2009 года
	New computer technologies for the construction and numerical analysis of mathematical models for molecular genetic systems I.A.Gainova, I.R Akberdin, F.V.Kazantsev, V.A.Likhoshvai, S.I.Fadeev, V.K.Korolev, A.E.Medvedev Седьмой Международный Конгресс ISAAC, Лондон, Великобритания, 13 – 18 Июля, 2009
	Компьютерный дизайн искусственных РНК- и ДНК-структур Титов ИИ Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии Новосибирск, 10 - 14 июня
	Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития”
	Генные сети, контролирующие развитие макрохет D. melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. V Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров
	Improved prediction of human miRNAs based on context-structural HMM Vorozheikin P., Kulikov A., Titov I. 4d Moscow Conf. On Computational Molecular Biology (MCCMB’09).
	Математическое моделирование и компьютерный анализ генных сетей Лихошвай В.А. V международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития, Москва,16-20 марта 2009г, часть2, с384.
	Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Еscherichia coli в присутствии ионов кадмия. Т.Ю. Степанова, В.А. Лихошвай, А.В. Задорожный, Н.В. Тикунова, Д.Ю. Ощепков, Т.М. Хлебодарова. Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров
	Prediction of the regulation pathways of the Еscherichia coli dps gene expression under stress conditions. T.Yu. Stepanova, D.Yu. Oshchepkov, V.A. Likhoshvai, A.V. Zadorozhny, N.V. Tikunova, T.M. Khlebodarova. German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09
	Experimental study of predicted regulation pathways of E.coli/pYFI-GFP genosensor under oxidative stress A.V. Zadorozhny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Yu. Oschepkov, N.V. Tikunova. German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09
	A novel promoter of the Escherichia coli yfiA gene and pathways of its regulation under oxidative stress conditions T.M. Khlebodarova, A.V. Zadorozhny, V.A. Likhoshvai, N.V. Tikunova, D.Yu. Oschepkov, N.A. Kolchanov. International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)
	Исследование генетического разнообразия возбудителей биогельминтозов человека, передающихся через рыбу, ракообразных и продукты их переработки В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, И.И. Брусенцов, К.В. Романов, С.В. Шеховцов, С.И. Татьков, Д.П.Фурман, А.Ю.Сивков, М.Ю.Помазной, М.Н.Львова, М.Ю.Шаманина, К.С.Задесенец, Н.Б.Рубцов. Итоговая конференция по приоритетному направлению "Живые системы" за 2009 год
2008	Mathematical model of auxin metabolism in shoots of Arabidopsis thaliana L. Akberdin I. R., Kazantsev F. V., Omelyanchuk N. A., Likhoshvai V. A. 2nd International Conference "Mathematical Biology and Bioinformatics", Pushchino, Moscow region, September 7-13, 2008
	Auxin regulation of its own transport determines the root tip structure in plants V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, S.I. Fadeev, V.V Koga2, G. Yosiphon, E. Mjolsness, V.A.Likhoshvai 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Horizontal transmission of non-LTR retrotransposons: artefact or rare event? Novikova O, Blinov A 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Nucleotide assymetry in structural RNAs: evidence of c-> u directional change in tRNAs Titov II 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Эффективность экспрессии генов как функция их нуклеотидного состава Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Ефимов В.М., Вишневский О.В. II-ая Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика" г. Пущино Московской области 7-13 сентября 2008 г.
	Mathematical model of auxin-mediated root patterning Mironova V.V., Likhoshvai V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Эффект потенциальных лекарственных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке: математическая модель Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2008 г.
	Математическое моделирование репликации репликона ВГС в клетке. Исследование возможных клеточных факторов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А IV съезд микробиологов Узбекистана, тезисы докладов, г. Ташкент, 9-10 октября 2008
	Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008
	Эволюционный конструктор: новый подход к моделированию эволюции простейших Лашин С.А. IX всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям (YM2008)
	Генетика типа и скорости развития пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Головнина К.А., Блинов А.Г. Конференция "Селекция сельскохозяйственных культур на устойчивость к абиотическим и биотическим стрессам". Барнаул. 22-24 июля 2008 г.
	Математическая модель поддержания тотипотентности и дифференцировки клеток при развитии меристемы побега Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2008"!", Москва, Россия
	Database neurogenesis on bristle pattern formation in D. melanogaster Bukharina T.A. Furman D.P. VI-ая Международная конференция "Биоинформатика регуляции и структуры генома"
	Neurogenesis: Gene Network of Bristle Pattern Development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. XX ICG Congress 2008
	Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. M.Y. Shamanina, E.A. Oshchepkova, D.Y. Oshchepkov, A.V. Katokhin, D.P. Furman, I.B. Tsyrlov, V.A. Mordvinov Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Analysis of the evolutionary specificities of the yfiA and yhbh E.Coli genes and their regulatory regions. Baryshev P.S., Oshchepkov D.Y., Khlebodarova T.M., Afonnikov D.A. Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	CONDITIONS OF CORRECTNESS OF MODELLING OF NON-LINEAR AND REVERSIBLE MATRIX PROCESSES BY THE DELAY EQUATION D.N.Shtokalo, S.I.Fadeev, V.A.Likhoshvai VI Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008),2008, p227
	Prediction of the regulatory mechanisms of Escherichia coli yfiA gene expression T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Y. Oshchepkov, A.V. Kachko, N.V. Tikunova. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)
	Approval method for transcription termination sites prediction in firmicutes S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin, T.M, Khlebodarova, V.A. Likhoshvai. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)
	Genetic constructor: a computer resource for molecular-genetic systems modeling V.A. Likhoshvai, N.V. Tikunova, A.V. Kachko, T.M. Khlebodarova. Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Mathematical modeling of genetic regulation of pyrimidine biosynthesis in Escherichia coli M.T. Ri, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure
	Computer system for modelling and analysis of plant tissue growth and development Lavreha V.V., Penenko A.V., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A. The Sixth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008)
	A MODEL STUDY OF THE ROLE OF PROTEINS CLV1, CLV2, CLV3, AND WUS IN REGULATION OF THE STRUCTURE OF THE SHOOT APICAL MERISTEM Nikolaev S.V., Penenko A.V., Lavreha V.V., Smal P.A., Mjolsness E.D., Kolchanov N.A. The Sixth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008)
	Computer system for modelling and analysis of plant tissue growth and development V.V. Lavreha, A.V.Penenko, S.V. Nikolaev, N.A. Kolchanov The European conference on Computational Biology (ECCB'08)
2007	Modelling and analysis of spatially distributed systems regulation in apical meristem of Arabidopsis thaliana Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A 3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia
	Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
	Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем. Казанцев Ф.В., Ратушный А.В. 45 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 10-12)
	Mathematical model of the Arabidopsis thaliana L. morphogenesis in a cellular automaton terms Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., D.N., Kolchanov N.A. 7th YSF "Molecular Networks", Vienna, Austria, 5 – 7 July 2007
	Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow
	Филогения пшениц Гончаров Н.П., Головнина К.А., Килиан Б.,Кондратенко Е.Я II Вавиловская международная конференция "Генетические ресурсы культурных растений в XXI веке": состояние, проблемы, перспективы. 26-30 ноября 2007, г. Санкт-Петербург
	Комбинационная терапия как средство борьбы с лекарственной устойчивостью вируса гепатита С, результаты математического моделирования Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2-8 сентября 2007 г.
	2d modelling and analysis of spatially distributed cells types of primary shoot apical meristem (SAM) of Arabidopsis thaliana Ilya R. AKBERDIN, Evgeny A. OZONOV, Victorya V. MIRONOVA, Dmitry N. GORPINCHENKO, Nadezda A. OMELYANCHUK, Vitaly A. LIKHOSHVAI, Denis S. MIGINSKY, Nikolai A. KOLCHANOV Proceedings of the 3-rd Moscow conference on computional molecular biology. Moscow, Russia
	RNA secondary structure: from physico-chemistry to computer prediction Titov I.I. The 2nd Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2007, 20th June-1st, September 2007
	Компьютерная система для моделирования и анализа растительных тканей Лавреха В.В., Пененко А.В., Шерин Д.С., Николаев С.В. VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007
	Моделирование механизма позиционирования зоны деления стволовых клеток в апикальной меристеме побега растения Пененко A.В., Николаев С.В., Смаль П.А., Лавреха В.В. VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007
	Молекулярно-биологические подходы к реконструкции филогении рода Triticum К.А. Головнина X международная генетико-селекционная школа "Реализация идей Н. И. Вавилова на современном этапе развития генетики, селекции и семеноводства сельскохозяйственных культур" Новосибирск, Россия, 9-13 Апреля 2007
	Distribution and evolution of non-LTR retrotransposons in fungi Novikova O XI Congress of European society for evolutionary biology. Uppsala, Sweden
	Математическая модель репликации репликона вируса гепатита С в клетках Huh-7 Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
	Diversity of Chromoviruses in fungi Novikova O, Blinov A XV Congress of European mycologists. Saint Petersburg, Russia
	Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточных автоматов Озонов Е.А., Акбердин И.Р., Миронова В.В., Горпинченко, Д.Н, Лихошвай В.А Всероссийская научная конференция студентов физиков ВНКСФ-13
	Извлечение знаний из опубликованных данных по генетике растений: база данных AGNS и ее приложения Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Д.К. Пономарев, Е.М. Залевский, И.С. Шамов, Н.Л. Подколодный, Н.А. Колчанов Материалы Всероссийской конференции с международным участием "Знания – Онтологии – Теории" (ЗОНТ-07), 14-16 сентября 2007, Новосибирск
	Использование технологии генных сетей для реконструкции процесса формирования щетиночного рисунка у Drosophyla melanogaster Фурман Д.П., Бухарина Т.А. Материалы Международной конференции "Научное наследие Н.И.Вавилова - фундамент развития отечественного и мирового сельского хозяйства, 27-28 ноября 2007 г", М: ФГОУ ВПО Российский государственный университет - МСХА им. К.А. Тимирязева
	Доместикация злаков: поиск новых подходов для решения старой проблемы Гончаров Н.П.,Головнина К.А.,Глушков С.А.,Кондратенко Е.А.,Шумный В.К. Международная конференция "Развитие эволюционной идеи в биологии, социологии и медицине",посвященная 90-летию со дня рождения академика Дмитрия Константиновича Беляева
	Математическое моделирование комбинационного действия лекарственных препаратов против вируса гепатита С. Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск
	Моделирование морфогенеза зародыша Arbidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин ИР, Озонов ЕА, Миронова ВВ, Горпинченко ДН, Омельянчук НА, Лихошвай ВА Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск
	Подходы к моделированию регуляции развития корня растения Горпинченко Д., Миронова В. Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК) Новосибирск
	Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной молодёжной научно-методической конференции "Проблемы молекулярной и клеточной биологии" г. Томск
	одномерная математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В.А., Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Фадеев С.И. Тезисы докладов Российской конференции "Математика в современном мире", Новосибирск, 2007
	Доместикация растений, или формирование цивилизаций посредством селекции злаков. Программа: Происхождения культурных растений и их эволюции: на примере пшениц Гончаров Н.П., Блинов А.Г., Головнина К.А., Шумный В.К. Круглый стол «Происхождение и эволюция жизни на Земле», посв. 50-летию СО РАН
	Молекулярная филогения рода Triticum L. Гончаров Н.П., Головнина К.А., Блинов А.Г. Школа молод. селекц. им. С.А. Кунакбаева
	Deducing the mechanisms underlying expression regulation of a polyfunctional genosensor based on the promoter of Escherichia coli gene yfiA. T.M. Khlebodarova, A.V. Kachko, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Tikunova, V.A. Likhoshvai. «Basic sciences - medicine»
	Применение терагерцового излучения для анализа биологических объектов Горячковская Т.Н., Козлов А.С., Колчанов Н.А., Малышкин С.Б., Пельтек С.Е., Петров А.К., Попик В.М., Тарабан М.Б., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Щеглов М.А. Всероссийский семинар по радиофизике миллиметровых и субмиллиметровых волн
	Sequence-structural characteristics of human miRNAs Titov II, Vorozheikin PS, Ivanisenko AYu, Kulikov AI 3d Moscow Conf. on Computational Molecular Biology (MCCMB'07)
	Computer system for analysis and modeling 2D plant tissue Lavreha V.V., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A., Penenko A.V. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
	Modeling of the Shoot Apical Meristem Structure Regulation Based on CLV1, CLV2, CLV3 and WUS Interactions Nikolaev S.V., Penenko A.V., Lavreha V.V., Smal P.A., Mjolsness E.D., Kolchanov N.A. The Eighth International Conference On Systems Biology (ICSB-2007)
2006	Hepatitis C virus: application of gene networks technology to searching for perspective pharmacological targets Ivanisenko VA, Mischenko EL, Bezmaternikh KD, Ratushny AV, Likhoshvai VA,Titov II, Korotkov RO, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
	Программный комплекс для конструирования математических моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. 44 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 13-14)
	A system for simulation of 2D plant tissue growth and development Nikolaev S.V., Penenko A.V., Belavskaya V.V., Mjolsness E., N.A. Kolchanov N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	AGNS (arabidopsis genenet supplementary database), release 3.0 Omelianchuk N.A., Mironova V.V., Poplavsky A.S., Pavlov K.S., Savinskaya S.A., Podkolodny N.L., Mjolsness E.D., Meyerowitz E.M., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Database GenSensor as informational source for design of biosensors. Experimental development of biosensor based on yfiA gene Khlebodarova T.M., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Tikunova N.V. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Genetic constructor for computer modeling Likhoshvai V., Nedosekina E., Tikunova N. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Molecular phylogeny of the genus Triticum L. Golovnina K., Glushkov S., Blinov A., Mayorov V., Adkison L., Goncharov N. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Optimal control tasks in terms of the gene network models Bezmaternykh K.D., Nikulichev Yu.V., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Latipov A.F., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Pattern of locally positioned dinucleotides in microRNA relates to its accumulation level Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Program Method of Constructing Ontology of Phenotypic Abnormalities for Arabidopsis thaliana Ponomaryov D., Omelianchuk N., Mironova V., Kolchanov N., Mjolsness E., Meyerowitz E A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Минимальная математическая модель подавления репликации РНК репликона ВГС в клеточной культуре", доклад на 5-ой Российской мульти-конференции Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. 5-ая Российская мульти-конференция "Математика, Информатика, Управление" (МИУ’06) Иркутск, Россия
	MGSmodeller - компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. , Подколодная Н.Н., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Крокус И.В., Лашин С.А., Ратушный А.В., Лихошвай В.А. 7 Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Красноярск, Россия, (Ноябрь 1-3)
	Molecular phylogeny of the genus Triticum Golovnina K., Glushkov S I(IX) international conference of young botanists in Saint-Petersburg, May 21-26, 2006
	AGNS database and cellular automaton to model the development of shoot meristems of Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. II Всероссийская конференция "Инфокоммуникационные и компьютерные технологии и системы", Улан-Удэ, Россия (Июль 1-4)
	System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies
	RNA secondary structure and function Titov I.I. The 1st Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2006, 8th May-8th, July 2006.
	A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude
	Молекурно-генетические механизмы регуляции дыхания клетки E.coli: реконструкция генной сети и математическое моделирование Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude
	Mathematical model for suppression of hepatitis C virus RNA replicon replication in cell culture Bezmaternikh K.D., Mishchenko E.L., Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. The VII All-Russian young scientists conference on mathematical modeling and informatics technology (with foreign participants), Krasnoyarsk
	Nano/microfluid bio-analytical systems Pel'tek S.E., Pindyurin V.F., Popik V.M., Scheglov M.A., Goldenberg B.G., Eliseev V.S., Petrova E.V., Tikunova N.V., Rubtsov N.B., Goraychkovskaya T.N., Khlebodarova T.M., Govorun V.M., Kulipanov G.N., Kolchanov N.A. The XVI Intern. Synchrotron Radiation Conference (SR-2006), July 10-14, 2006, BINP, Novosibirsk, Russia
	Modeling of morphogenesis of Arabidopsis thaliana in cellular automaton terms Akberdin I. R., Evgeniy A. Ozonov, Victoria V. Mironova, Nadezda A. Omelyanchuk, Vitaly A. Likhoshvai VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Моделирование морфогенеза растений в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р, Озонов Е.А, Миронова В.В, Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Моделирование морфогенеза растения в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р, Озонов Е.А, Миронова В.В, Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Синтез управляемых генных сетей Ю.Г.Матушкин Всероссийская конференция (с международным участием) "Математика, информатика, управление" (МИУ-06) Улан-Удэ - оз. Байкал
	Рукотворные виды - источник расширения биоразнообразия пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Храброва М.А., Коновалов А.А., Лайкова Л.И., Блинов А.Г., Головнина К.А., Глушков С.А. Вторая Центрально-Азиатская конференция по зерновым культурам. 13-16 июня 2006 года. Чолпон-Ата, Иссык-Куль, Кыргызстан
	Математическая модель подавления репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной структуре Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. Доклад на VII всероссийской конференции молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, г. Красноярск
	Онтология развития растения базы данных по экспрессии генов Арабидопсиса AGNS (Arabidopsis GeneNet Supplementary DataBase) Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Поплавский А.С. Материалы II всероссийской конференции с международным участием "Инфокоммуникационные и вычислительные технологии и системы". г. Улан-Удэ
	Сотрудничество ИЦиГ - ВКИ НГУ Ю.Г.Матушкин Региональная научно-практическая конференция "Информационные технологии в общем и среднем образовании" Новосибирск
	The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Bukharina T.A. Katokhin A.V. Furman D.P. Пятая Международная Конференция "Биоинформатика Регуляции и Структуры Генома"
	Mathematical modeling of regulation of cyoABCDE operon expression in Escherichia coli. Ratushny A.V., Khlebodarova T.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	A mathematical model for the Influenza virus life cycle. Akberdin I.R., Kashevarova (Ree) N.A., Khlebodarova T.M., Bazhan S.I., Likhoshvai V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites. Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Gene network reconstruction and mathematical modeling of E. coli respiration: regulation of F0F1-ATP synthase by metal ions. Khlebodarova T.M., Lashin S.A., Apasieva N.V. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	BiotechPro: a database for microbiologically synthesized products of biotechnological value. Ibragimova S.S., Smirnova O.G., Grigorovich D.A., Khlebodarova T.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture. Bezmaternikh K.D., Mishenko E.L., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways. Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	The GArna toolbox for RNA structure analysis: the 2006 state of the art Titov II 5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'06)
	A model of the translational inhibition by miRISC complex describes protein synthesis variation induced by mutations in mammalian miRNA sites Titov II, Ivanisenko AYu 5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'06)
	Mathematical modeling of the purine biosynthesis in Escherichia coli Nedosekina E., Likhoshvai V.A. Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine
	Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г. International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.
	Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006
2005	Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells. Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Сonference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27

Гранты

2016	Вариабельность VRN1 генов и эволюция признака яровость-озимость у тетраплоидных пшениц и эгилопсов РФФИ
	Молекулярные датировки, динамика фрагментации ареалов и филогеография неморальных чешуекрылых в ходе Плиоцена –Голоцена в Палеарктике на примере родов Limenitis и Apatura. РФФИ, номер гранта 16-34-00845-мол_а
	Математические проблемы биологии гена РФФИ, номер гранта 16-01-00237
2015	Транскрипционная и посттранскрипционная регуляция ауксином и этиленом экспрессии генов в корне Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 15-34-20870 мол_а_вед
	Разнообразие, распространение и практическое применение ДНК транспозонов в геномах некоторых свободноживущих билатеральных животных типов Xenacoelomorpha и Platyhelminthes, обладающих высокой способностью к регенерации Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 15-04-08003
	Оценка потенциальной роли социально-демографической структуры сообществ глухих людей в распространенности наследуемых форм потери слуха в регионах Сибири РФФИ, номер гранта 15-04-04860_а
2014	Функциональная и эволюционная характеристика ретровирусов растений Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 14-04-01498
	Физическое картирование и структурно-функциональная организация хромосом планарии Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) как модельного объекта для изучения механизмов регенерации и старения РФФИ, номер гранта 14-04-32007 мол_а
	Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии Российский Научный Фонд, номер гранта РНФ 14-14-00734
2013	Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Минобрнауки, номер гранта ФЦП, ГК 07.514.13.0094
	Интеллектуальный анализ и комбинирование гетерогенных данных РФФИ, номер гранта 13-07-00315-а
	Модификация тест системы «Битест» для экспресс–диагностики вирусных и бактериальных заболеваний медоносных пчел Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере, номер гранта 14
	The development of the method for image analysis of FISH performed with microdisstcted DNA-probes without suppression of repetitive DNA hybridization Carl Zeiss
	Изучение структуры генетической изменчивости морфологических (скелетных) признаков лисиц в условиях отбора по поведению РФФИ, номер гранта 13-04-00420 А
	Организация и проведение пятой Международной школы молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» РФФИ, номер гранта 13-04-06827мол_г
	Взаимодействие октопаминового и инсулинового сигнальных путей в контроле репродуктивной функции насекомых президиум РАН (Программа "Живая природа: современное исостояние и проблемы развития"", номер гранта 30/37
	Роль ауксина и этилена в регуляции активности генов в корне проростка Arabidopsis thaliana L.: полногеномный подход РФФИ, номер гранта 12-04-33112-мол-а-вед
	Компьютерное моделирование коэволюции сообществ гаплоидных взаимодействующих организмов РФФИ, номер гранта 13-04-00620 А
	Математическая биология гена РФФИ, номер гранта 13-01-00344 А
	Гибридная мощность в апозиготических потомствах сахарной свёклы Президиумы СО РАН и НАН Беларуси, номер гранта №3
2012	Изучение механизмов функционирования репликона вируса гепатита C в клетке хозяина методами системной биологии Министерство науки и образования России, номер гранта 11.519.11.6041
	Мониторинг распространения и генетического разнообразия паразитических микроспоридий рода Nosema в природных популяциях шмелей (род Bombus) и пчел (род Apis) Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 8124
	Разработка тест системы для экспресс – диагностики вирусных и бактериальных заболеваний медоносных пчел Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере, номер гранта 14
	Investigation of molecular-genetic mechanisms of auxin actions in the root meristem of Arabidopsis thaliana Фонд некоммерческих программ Дмитрия Зимина «Династия»
	Молекулярно-генетическое исследование гена Q, контролирующего основные признаки пшениц, связанные с доместикацией РФФИ, номер гранта 12-04-01099-а
	Гибриды с цитоплазматической мужской стерильностью как исходный материал для селекции сахарной свеклы (Beta vulgaris L.) РФФИ и БРФФИ, номер гранта 12-04-90000-Бел_а
	Изучение влияния диоксина на регуляцию экспрессии генов цитокинов, синтезируемых активированным макрофагом РФФИ, номер гранта 12-04-01736-а
	ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО-РАЗНОСТНЫЕ И ИНТЕГРОДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫЕ УРАВНЕНИЯ. ПРИЛОЖЕНИЯ К ЗАДАЧАМ ЕСТЕСТВОЗНАНИЯ СО РАН, номер гранта 80
	Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ» Предизиум СО РАН, номер гранта № 130
	Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах» Президиум СО РАН, номер гранта №39
	Междисциплинаный интеграционный проект «Суперкомпьтерная реализация стохастической эволюции ансамблей взаимодействующих частиц различной природы для решения естественно-научных и нанотехнологичных задач» Президиум СО РАН, номер гранта № 47
	Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ" Президиум СО РАН, номер гранта № 21
2011	Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега РФФИ, номер гранта 11-04-01748
	Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений РФФИ, номер гранта 11-04-01254а
	Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий Министерство образования и науки РФ, номер гранта 16.512.11.2274
	Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей Министерство образования и науки, номер гранта 07.514.11.4023
	Участие в 8-ой Европейской конференции по математической и теоретической биологии (ECMTB11) РФФИ, номер гранта 11-04-09417-моб_з
	Изучение молекулярных механизмов быстрых негеномных эффектов альдостерона в собирательных трубках почки крысы в постнатальном онтогенезе РФФИ, номер гранта 11-04-00695-а
	Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток РФФИ, номер гранта 11-04-01888а
2010	Симметрия и хаос в генных сетях РФФИ, номер гранта 10-01-00717
	EU-FP7 Research Project SysPatho EU, номер гранта 260429
	Вертикальная эволюция и горизонтальный перенос ДНК транспозонов и non-LTR ретротранспозонов в отряде Lepidoptera (Insects) Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта П1044
	Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 02.740.11. 0705
	Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ трофически связанных организмов РФФИ, номер гранта 10-04-01310
2009	Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123
	Participation to miniprogram “Morphodynamics in Plants, Animals and Beyond" NSF USA, номер гранта PHY05-51164
	Анализ генетической детерминации интегрированных признаков организма с использованием методологии многомерной статистики и искусственных нейронных сетей Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Биологическое разнообразие». Подпрограмма 2. «Генофонды и генетическое разнообразие»
	Методы исследования дифференциально-разностных уравнений и приложения к задачам биологии и химии Президиум СО РАН, номер гранта 107
	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
	Роль транскрипционных факторов в возникновении яровости у пшениц в процессе доместикации РФФИ, номер гранта 09-04-01382
	ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
	Компьютерное исследование молекулярной эволюции генов и молекулярно-генетических систем многоклеточных животных РФФИ, номер гранта 09-04-01641
2008	Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013
	Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 08-04-01214-а
	Исследование молекулярных механизмов быстрой негеномной регуляции альдостероном эпителиального натриевого канала в дистальном сегменте нефрона крысы РФФИ, номер гранта 08-04-00658-а
	Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей РФФИ, номер гранта 08-04-01008-а
	СИСТЕМНАЯ БИОЛОГИЯ: КОМПЬЮТЕРНО-ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ПОДХОДЫ Программа фундаментальных исследований Президиума РАН М о л е к у л я р н а я и к л е т о ч н а я б и о л о г и я, номер гранта 0120.0 710993
	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов. Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
	Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.) Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
2007	Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов ФАНИ, номер гранта №02.512.11.2165
	Конструирование геносенсоров и оценка их чувствительности к токсическим воздействиям НГУ, номер гранта № 75/2007
2006	РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ Президиум СО РАН, номер гранта 24
	Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 49
2005	The Role of Drosophila Merlin in the Control of Mitosis Exit and Development. Министерство Безопасности США, номер гранта W81XWH-04-1-0509
	Генетический контроль пролиферации клеток РФФИ, номер гранта РФФИ 05-04-48316-а
	Исследование механизмов регуляции альдостероном внутриклеточного натрия в дистальном сегменте нефрона в постнатальном онтогенезе РФФИ, номер гранта 05-04-48371-а
	Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом РФФИ, номер гранта 05-04-49111-а
	Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков РФФИ, номер гранта 05-04-49141
	Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков РФФИ, номер гранта 05-04-49283
2004	Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism CRDF, номер гранта CRDF Rup2-2629-NO-04
2002	Experimental and theoretical investigation of dynamic processes in biological macromolecules INTAS, номер гранта INTAS-2001-02126
2000	Экспериментальный поиск ключевого звена стресс-реакции (модель Drosophila) РФФИ, номер гранта 00-04-49-543
1997	Закономерности экспрессии генных систем, контролирующих стресс-реакцию (модель Drosophila) РФФИ, номер гранта 97-04-49384