1.     Основное направление исследований

Теоретико-экспериментальное исследование фундаментальных механизмов функционирования и эволюции молекулярно-генетических систем:

• Разработка методов и программных средств для моделирования эволюционных и популяционно-генетических процессов.
• Теоретические исследования функционирования генных сетей в живых и искусственных системах
• Разработка методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов, оценка влияния однонуклеотидных подиморфизмов на связывание транскрипционных факторов и регуляцию транскрипции (регуляторные SNP), обработка данных экспериментов ChIP-Seq
• Разработка многомерной технологии и пакета программ для исследования взаимосвязи и объединения разнородных описаний одного и того же множества объектов.
• Исследование молекулярно-генетических механизмов регуляции развития растений. In silico/in vivo анализ гормональной регуляции развития корня A. thaliana.
• Выявление и характеристика основных филогенетических групп ретровирусов и ретротранспозонов растений, получение экспериментальных данных и исследование эволюционных процессов этих объектов.

2.     Задачи, решаемые в рамках базового бюджетного проекта на данном этапе:

Задачи, запланированные и решаемые в рамках блоков бюджетного проекта (VI.61.1.2.):

(1) структурная компьютерная биология (исследование структурно-функциональной организации трех основных классов генетических макромолекул – ДНК, РНК и белков);

Будет проведено выявление новых генов – мишеней ряда ТФ (FoxA) на основе анализа полногеномных данных полученных на основе технологий массового секвенирования (технология ChiP-Seq); выявление новых генов – мишеней ряда ТФ (таких как AuxRE, NFAT5) с помощью полногеномного поиска. Будет проведен анализ связи данных по экспрессии генов (на уровне транскрипции и трансляции) с нуклеосомной организацией промоторных районов генов; анализ связи организации регуляторных районов генов, экспрессирующихся в тканях головного мозга с нуклеосомной организацией промоторных районов генов; анализ и предсказание нуклеосомного потенциала гетерохроматиновых районов генома на примере тандемных повторов с различной длиной мономера.

Будет проведен анализ организации регуляторных районов генов, экспрессирующихся в тканях головного мозга. Будет проведено выявление и анализ регуляторных районов генов, экспрессирующихся при воздействии ксенобиотиков. Будет проведено выявление конформационных и физико – химических особенностей ряда ССТФ: NFAT5, AuxRE, FoxA; выявление новых генов – мишеней ряда ТФ на основе анализа полногеномных данных полученных на основе технологий массового секвенирования (CHiP-Seq)

(2) Системная компьютерная биология (исследование структурно-функциональной организации генных сетей и молекулярно-генетических систем);

Основной целью данного направления является теоретическое и компьютерное изучение структурных и функциональных особенностей генных сетей и их компьютерных моделей.

Будут проводиться исследования по математической биологии гена, теории генных сетей, теории моделирования биологических систем, а также исследования молекулярно-генетических процессов в прокариотах методами математического моделирования. В частности, будет осуществлено моделирование клеточного цикла прокариот, модель метаболизма глицерина в E.coli.

Будет проводиться компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ с учётом пространственного распределения субстратов и организмов: развитие методики моделирования и программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор». Кроме того, будет проводиться компьютерное моделирование наследования и эволюции сложных количественных признаков диплоидных многоклеточных организмов с помощью программного комплекса «Диплоидный эволюционный конструктор».

Будет разработана математическая модель первых этапов морфогенеза макрохет дрозофилы: расширение модели функционирования центрального регуляторного контура (ЦРК) с учетом влияния системы внутриклеточной деградации пронейральных белков; построение математической модели второго этапа морфогенеза макрохет дрозофилы, в ходе которого происходит выделение родительской клетки сенсорного органа из клеток пронейрального кластера.

Будет проведена разработка методов анализа профилей экспрессии генов (микрочиповых данных), на основе алгоритмов PLS-анализа (projection of latent structure): разработка PLS-методов анализа конгруэнтности микрочиповых данных, полученных в различных экспериментах; разработка PLS-методов комбинирования микрочиповых данных, полученных в различных экспериментах, для более надежного отбора генов-кандидатов; разработка PLS-методов интерпретации списков генов-кандидатов через их аннотации.

(3) Биология развития (экспериментальное исследование и моделирование процессов морфогенеза);

Исследования экспрессии генов в развитии Arabidopsis thaliana проводятся с использованием разнообразных методов: ПЦР, in situ и блот гибридизацией, репортерными генами, полногеномными методами RNA-Seq, microarray. Исследования проводятся в диком типе, трансгенных растениях и мутантах, при различных условиях выращивания. Будет проведена формализация данных о биологии развития Arabidopsis thaliana в базах данных и математических моделях. Формализация и системный анализ этих данных позволяет выявить механизмы реализации генетической информации в развитии растения. Будут использоваться разработанные в ИЦиГ СО РАН базы данных, методы анализа данных, математические модели. Особое внимание будет уделено процессам развития корня – поддержания ниши стволовых клеток в меристеме корня, развитию сосудистой системы, инициации боковых корней.

Будет проведено исследование особенностей молекулярно-генетических механизмов клеточного ответа на фитогормон ауксин. Первичным ответом клетки на обработку ауксином является освобождение транскрипционных факторов ARF семейства от их белков-супрессоров и связывание ARF белков с регуляторными районами в промоторах генов мишеней,содержащими сайты (AuxRE), которые представляют собой последовательность TGTCnC. Проведенное нами ранее полногеномное распознавание последовательности TGTCnC в промоторах генов арабидопсиса показало, что 95% генов арабидопсиса потенциально могут быть мишенями ARF в первичном ответе на ауксин, что не подтверждается экспериментальными данными. С другой стороны, показано, что в ауксин-чувствительных генах сайты AuxRe кластеризуются и в пределах одного протяженного ауксин-чувствительного района располагается несколько сайтов с различной степенью вырожденности AuxRE последовательности. Механизмы активации и ингибирования ауксином экспрессии генов с множественными AuxRe сайтами неизвестны. Будет проведено исследование особенностей молекулярно-генетических механизмов действия ауксина на экспрессию генов методами in silico.

 (4) Молекулярная эволюция (компьютерный анализ и моделирование эволюция генных сетей и их молекулярных компонент);

В рамках этого направления будут решаться задачи выявления взаимосвязи структуры генных сетей и функции их компонент с особенностями молекулярной эволюции геномных последовательностей.

Будет проведено детальное исследование одной группы растительных мобильных элементов - суперсемейства L1 non-LTR ретротранспозонов. Данное суперсемейство является основной группой мобильных элементов растений. В настоящее время известно три семейства элементов (Ta1, BNR и Cin), входящих в эту группу, что далеко не полно описывает разнообразие данной группы элементов в геномах растений. Будет проведен комплексный анализ эволюции non-LTR ретротранспозонов растений, включающий в себя как биоинформатический поиск элементов в прочитанных геномах, так и экспериментальные подходы для выявления мобильных элементов в геномах растений. В первую очередь будут исследованы несеменные растения, для которых информация о non-LTR ретротранспозонах суперсемейства L1 практически полностью отсутствует.

При наличии прикладных результатов (что желательно) должен быть введен еще один раздел «Прикладные разработки».

4.     Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет. Общий объем текста на одну лабораторию (сектор) – не более 4000 знаков с пробелами, количество иллюстраций с подписями: от одной до – пяти. Рекомендуется, чтобы общий объем текста с иллюстрациями не занимал более 5 страниц в формате Word (для текста шрифт Nimes New Roman, фонт № 12, через 1 интервал).

Создана математическая модель распределения ауксина вдоль корня и регуляции положения стволовых клеток в его кончике (Рис. 1). В модели, описываемой системой обыкновенных дифференциальных уравнений, учитываются (А) активный транспорт ауксина, его диффузия, деградация и поступления ауксина из побега; (Б) отрицательная и положительная обратные связи от ауксина на скорость его активного транспорта через белок PIN1. Согласно результатам моделирования (В), максимум концентрации ауксина совпадает с положением стволовых клеток в кончике корня и сохраняет свое положение при делении и росте клеток, что согласуется с экспериментальными данными (Г). Кроме того, наблюдалось стационарное увеличение концентрации ауксина в центральной части корня и у его основания (Г), что соответствует зонам формирования боковых и придаточных корней. Таким образом, модель объясняет механизмы формирования двух основных типов корневой системы растений: стержневой или мочковатой (Д), что имеет большое значение для планирования генноинженерных экспериментов по созданию новых форм растений с заданными морфотипами. 

Рисунок 1. Моделирование распределения ауксина в корне растения. А. Типы клеток, расположенные вдоль центральной оси x корня и процессы, влияющие на распределение ауксина. Б. Генетическая регуляция ауксином экспрессии PIN1 гена, кодирующего белок – транспортер ауксина. В. Экспериментальные данные о распределении ауксина в кончике корня растений (Sabatini et al., 1999). Г. Соответствие результатов моделирования (черная кривая) экспериментально наблюдаемому распределению ауксина в кончике корня (красная кривая). Д. Разные типы корневых систем растений: стрежневая и мочковатая.

Разработаны теоретические подходы для оценки сложности механизмов регуляции экспрессии геносенсоров в стрессовых условиях и построены математические модели их функционирования (рис. 2). С использованием биоинформационных подходов и результатов математического моделирования проведена реконструкция механизмов регуляции экспрессии геносенсоров на основе промотора гена dps E.coli в присутствии кадмия. Проведена экспериментальная верификация реконструированных механизмов.

Рисунок 2. Динамика экспрессии геносенсора на основе промотора гена dps в присутствии ионов кадмия: (а) точки – уровень флюоресценции, измеренный в эксперименте при различных концентрациях Cd²⁺ (1 - 0, 2 - 0.031, 3 - 0.062, 4 - 0.125, 5 - 0.25, 6 - 0.5, 7 - 1, 8 - 2 mM), кривые – уровень флуоресценции, рассчитанный по модели; (б) точки и кривые - относительная активность промотора dps, рассчитанная по модели; (в) точки и кривые - теоретически рассчитанный метаболический статус клетки в зависимости от времени воздействия токсического агента.

Ген SUMO-1 участвует в развитии болезни Хантингтона. Болезнь Хантингтона - тяжелое нейродегенеративное заболевание - с большой вероятностью ассоциируется с наличием более 35 повторов кодона CAG (глютаминовая аминокислота) в гене хантингтина (HTT). Известна гипотеза об участии в развитии болезни еще одного гена – SUMO-1. Для ранней диагностики заболевания используются гены-маркеры (гены, имеющие значимую дифференциальную экспрессию в различных группах объектов исследования). Для болезни Хантингтона были установлены 12 генов-маркеров. С применением нового метода анализа гетерогенных описаний одного и того же множества объектов к исследованию профилей экспрессии генов показано достоверное разбиение анализируемой выборки профилей на 4 непересекающихся группы, что соответствует проявлению именно 2-х генетических факторов и однозначно подтверждает гипотезу о влиянии не только гена HTT, но и гена SUMO-1 (рис. 3). Выявлены все 12 ранее известных генов-маркеров этого влияния. Кроме того, впервые выявлен ген-маркер влияния SUMO-1, дифференциальная экспрессия которого оказалась максимальной на каждом из исследованных массивов данных. Ранее этот ген с болезнью Хантингтона не связывали. Совместное использование генов, маркирующих влияние HTT и SUMO-1, позволяет более надежно диагностировать ранние стадии болезни Хантингтона. 

Рисунок 3. Расположение на плоскости неметрического шкалирования образцов периферической крови, полученных от:  пациентов, страдающих болезнью Хантингтона (больные), предрасположенных (с числом повторов более 35, но без клинического проявления болезни) и  здоровых (контроля). Ось абсцисс – влияние мутации (более 35 повторов) в гене HTT, ось ординат – гипотетическое влияние гена SUMO-1. Впервые выделена группа субнормальных,  отличающихся по экспрессии генов как от здоровых, так и предрасположенных. Серые точки по краям рисунка – экспрессия генов. Выделены гены-маркеры.  - впервые выявленный ген-маркер влияния SUMO-1.

Роль горизонтального переноса в распространении и эволюции транспозонов суперсемейства Тс1\mariner в различных отрядах насекомых.

Проведен поиск и анализ элементов суперсемейства Тс1\mariner в отряде Чешуекрылых (Lepidoptera). Биоинформатический поиск и анализ ДНК транспозонов в прочитанном геноме Bombix mori показал присутствие в геноме всех 6-ти элементов Тс1\mariner (семейства mariner, ludens, и mori), описанных ранее для B. mori и выявил новый элемент BmmarY с числом копий порядка 100 коп./геном. Филогенетический анализ последовательностей позволил отнести элемент BmmarY к подсемейству vertumana семейства mariner. По результатам биоинформатического поиска и анализа в геноме B. mori представлены элементы Тс1\mariner из 2х семейств (mariner и mori) и 4 подсемейств (mori, cecropia, mellifera, vertumana).

Экспериментальный поиск элементов в геномах различных видов отряда Lepidoptera с помощью ПЦР аплификации и клонирования позволил получить и проанализировать последовательности ДНК элементов Тс1\mariner. Всего было получено более 200 последовательностей. Для выявления основных эволюционных групп элементов Тс1\mariner чешуекрылых проводился филогенетический анализ с использованием всех элементов, обнаруженных с помощью экспериментальных и биоинформатических подходов, а также ранее описанных элементов. Было построено филогенетическое древо, на котором четко выявляются пять основные филогенетических групп элементов Тс1\mariner чешуекрылых насекомых: cecropia, mellifera, mauritiana, vertumana и mori.

Семейства cecropia и mellifera оказались наиболее распространенными – элементы данных групп были обнаружены почти во всех исследованных видах отряда Lepidoptera. Элементы из групп mori и vertumana были представлены в основном в геномах представителей родов родами Maculinea и Bombyx. Сравнительный анализ последовательностей показал, что эволюция элементов подсемейств cecropia, mellifera и mauritiana в геномах представителей отряда Lepidoptera происходила путем вертикального наследования. Анализ также позволил выявить горизонтальный перенос элементов BmmarY (vertumana) и Bmmar1 (mori) между родами Maculinea и Bombyx отряда Lepidoptera. Ограниченное распространение данных элементов среди чешуекрылых и высокое сходство последовательностей данных элементов из геномов Maculinea и Bombyx позволило подтвердить факт горизонтального переноса.

Таким образом, было показано, что из 18 описанных семейств Тс1\mariner элементов, в геномах Lepidoptera представлены 5 групп: cecropia, mellifera, mauritiana, vertumana, и mori. Эволюция элементов семейств cecropia, mellifera и mauritiana в геномах Lepidoptera происходила путем вертикального наследования. Элементы BmmarY (vertumana) и Bmmar1 (mori) были перенесены горизонтально между видами родов Maculinea и Bombyx.

Рисунок 4. Филогенетические взаимоотношения элементов Тс1\mariner из геномов представителей отряда Lepidoptera. (А) Филогенетическое дерево основных групп Тс1\mariner элементов  представленных в отряде Lepidoptera. (Б) Детальное филогенетическое дерево элементов группы mori из геномов Maculinea и Bombyx. (В) Детальное филогенетическое дерево элементов группы vertumana из геномов Lepidoptera, включающее элементы из родов Maculinea и Bombyx.

Эволюционно обусловленная корреляция эффективности инициации транскрипции и элонгации трансляции для S. cerevisiae и S. pombe

Целью данного исследования являлось нахождение корреляции нуклеосомного потенциала в 5’– нетранслируемых областях генов дрожжей со значением индекса эффективности элонгации (ИЭЭ) трансляции мРНК, кодируемых этими генами. Для характеристики расположения нуклеосом использовалась программа RECON, которая вычисляет силу нуклеосомного потенциала (ФНП) ДНК. Проверяемая гипотеза: для эффективной экспрессии генов необходимы согласованно оптимизированные процессы трансляции и транскрипции. Мы нашли такую корреляцию между ФНП в 5’ НТР окрестности AUG кодона со значением ИЭЭ соответствующих генов.Анализ проводился для 5649 генов S.cerevisiae и 4546 генов S.pombe, а также для 15% генов этих выборок с максимальным и минимальным значениями ИЭЭ.

Было показано, что у S. cerevisiae в ходе эволюции шел отбор на затруднение инициации транскрипции у мРНК с низкой скоростью элонгации, а у S. pombe шел отбор на облегчение инициации транскрипции у матриц с высокой скоростью элонгации

5.     Задачи, планируемые на перспективу: формулировки должны содержать как фундаментальные научные задачи, так и возможную прикладную направленность исследований в подразделении:

• Экспериментально-компьютерное исследование механизмов регуляции и динамики функционирования метаболизма у различных бактерий методами математического моделирование;
• Оптимизация метаболических путей в бактериальных системах для создания штаммов-суперпродуцентов и решения биотехнологических задач.
• Построение и исследование математических и компьютерных моделей существования и эволюции в прокариотических сообщества, в популяциях диплоидных организмов. Построение и исследование моделей эволюции генных сетей.
• Построение модели формирования механорецептора и щетиночного узора дрозофилы в целом с учетом внутриклеточных процессов и межклеточных взаимодействий.
• Полногеномный анализ, в том числе – анализ данный транскриптома (микроэррей) и иммунопреципитации хроматина (ChIP-Seq)
• Анализ данных полногеномных разметок, таких как данные по однонуклеотидным полиморфизмов, данных по структуре хроматина (по модификациям гистонов)
• Предсказание сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ)
• Предсказание композиционных элементов, включающих пары ССТФ с помощью выявления мотивов вблизи известных ССТФ
• Экспериментально-теоретическое исследование гормональной регуляции клеточной динамики в корне растения.
• Биоинформатический анализ взаимодействий в генных сетях передачи сигнала от фитогормонов ауксина и этилена.
• В лаборатории молекулярно-генетических систем ИЦиГ СО РАН разработана новая многомерная технология исследования взаимосвязи и объединения разнородных описаний одного и того же множества объектов. Для ее реализации и широкого распространения в научной среде в лаборатории создается пакет прикладных программ JACOBI-4. Реализация пакета позволит решать различные научные задачи, связанные с проблемой “генотип–фенотип”, к которым, в частности, относятся:
• ассоциация микрочиповых экспрессионных данных с генотипическими признаками с использованием новой многомерной технологии исследования взаимосвязи и объединения разнородных описаний одного и того же множества объектов
• изучение соответствия молекулярно-генетических и морфологических описаний с использованием этой же технологии;
• Исследование проблем согласования различных процессов в клеточном цикле бактерий, в том числе: а) молекулярно-генетических механизмов синхронизации множественных актов инициации репликации ДНК в быстро растущих клетках бактерий; б) механизмов реализации параметра «инициаторная масса»; в) молекулярно-генетических механизмов реализации типов законов роста прокариотической клетки; г) механизмов регуляции биосинтеза оболочки клетки и поиск ключевых факторов, определяющих закон роста клеток.
• Моделирование генетических и метаболических подсистем бактерий, эукариот и вирусов с целью анализа механизмов их регуляции и создания платформы для разработки компьютерного ресурса «Генетический конструктор», ориентированного на постановку и решение актуальных задач молекулярной генетики методами компьютерного эксперимента.
• Изучение распространения и эволюции Tat-LTR ретротранспозонов в геномах растений, и получение информации о происхождении, разнообразии и потенциальных функциях их дополнительных рамок считывания.
• Выявление и характеристика основных филогенетических групп ретровирусов растений, получение экспериментальных данных о вирулентных свойствах ретровирусов растений, исследование эволюционных процессов связанных с возникновением их вирулентности.
• Популяциный анализ видов рода Dendrolimus  на территории Евразии.
• Изучение структурно-функциональной организации хромосом у плоских червей Macrostomum lignano и создание физической карты хромосом.
• Изучение механизмов контроля канцерогенеза при интенсивной регенерации у модельного объекта Macrostomum lignano.
• Разработка системы молекулярно-генетического манипулирования новым модельным объектом для изучения регенерации Macrostomum lignano.

Бывшие сотрудники

Совместители

Публикации

2013	Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):96-102
	On the chaos in gene networks VITALY A. LIKHOSHVAI, STANISLAV I. FADEEV,VLADISLAV V. KOGAI, TAMARA M. KHLEBODAROVA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11(1): 1340009
	Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, №1, С.104-113.
	MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, DOI: 10.1142/S0219720013400106
2012	Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ECOL MODEL, 2012, Volume/issue:224C, pp. 124-129, doi: 10.1016/j.ecolmodel.2011.11.004
	Модельное исследование центрального регуляторного контура генной сети морфогенеза макрохет D.melanogaster Бухарина Т.А., Голубятников В.П., Голубятников И.В., Фурман Д.П. Онтогенез, 2012, Т. 43, № 1, С. 54−59
	Model Investigation of Central Regulatory Contour of Gene Net of D. melanogaster macrochaete morphogenesis Bukharina T. A., Golubyatnikov V. P., Golubyatnikov I. V., Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2012, V. 43, No. 1, P. 49–53
	Mathematical modeling of the first phase of morphogenesis of mechanoreceptors in D. melanogaster Bukharina T.A., Golubyatnikov V.P., Golubyatnikov I.V., Furman D.P. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2012, V.6, No. 2, 145-149
	Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH микродиссекционных ДНК-проб с метафазными хромосомами. А.Г. Богомолов, К.С. Задесенец, Т.В. Карамышева, Н.Л. Подколодный, Н.Б. Рубцов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, No 2, Том 16, с. 348-358
	Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
	The Role of D1-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Synthesis in Drosophila Females with Increased Dopamine Level I. Yu. Rauschenbach, E. V. Bogomolova, E. K. Karpova, L. V. Shumnaya, and N. E. Gruntenko Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, v.446, pp.131-134
	Развитие и прорастание семянок у ремонтантных сортов крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Сельскохозяйственная биология, 2012, №3
	ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
	Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges Lashin S.A., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2012, V.11. N. 3. P. 125-135.
	ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 16(2), стр. 339-347
	Xenobiotical virology: novel mechanistic concept of hazardous human viruses upregulation by body burden level of dioxins via AhR-mediated transcriptional pathway. Tsyrlov, I., Shur, I., Oshchepkov, D., Pokrovsky, A. INT J INFECT DIS, 2012, V: 16 Sup.: 1 P: E115-E115
	Morphogenesis of Drosophiola melanogaster macrochaetes: cell fate determination for bristle organ Furman D. P., Bukharina T. A. Journal of Stem Cells, 2012, V. 7, No. 1, P.19-41
	Новые возможности системы MGSmodeller Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, № 4/1, октябрь 2012, с. 799-804
	Анализ соответствия и комбинирование молекулярно-генетических и морфологических данных в зоологической систематике Ковалева В. Ю., Абрамов С. А., Дупал Т. А., Ефимов В. М., Литвинов Ю. Н. Известия РАН. Серия биологическая, 2012, № 4, с. 404-414
	Бистабильность системы утилизации нитрита Escherichia coli: анализ математической модели. Ри Н. А., Хлебодарова Т. М., Когай В. В., Фадеев С. И., Лихошвай В. А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2012, Том XV, № 4(52), с.110-117
	Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин RUSS J GENET+, 2012, том 48, № 5, с. 573–589.
	The Flatworm Macrostomum lignano Is a Powerful Model Organism for Ion Channel and Stem Cell Research Daniil Simanov, Imre Mellaart-Straver, Irina Sormacheva and Eugene Berezikov Stem Cells International, 2012, Volume 2012, Article ID 167265, doi:10.1155/2012/167265
	Vertical Evolution and Horizontal Transfer of CR1 Non-LTR Retrotransposons and Tc1/mariner DNA Transposons in Lepidoptera Species. Sormacheva I, Smyshlyaev G, Mayorov V, Blinov A, Novikov A, Novikova O. MOL BIOL EVOL, 2012, V. 29(12), P.: 3685-3702. doi: 10.1093/molbev/mss181
	Evolutionary history of LTR retrotransposon chromodomains in plants. Novikov A, Smyshlyaev G, Novikova O. International journal of plant genomics, 2012, 2012:874743. doi: 10.1155/2012/874743.
	Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 830-837.
	Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор" Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т.16, №4/1, с. 825-829.
	Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
2011	Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370
	Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
	Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
	From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov Lecture Notes in Artificial Intelligence, 2011, 6581, 101-120
	Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375
	In silico prediction of transcriptional factor-binding sites. Oshchepkov DY, Levitsky VG Methods in Molecular Biology, 2011, 760:251-267
	Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
	Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
	Влияние географических популяций сосны на элементный состав фитомассы и почв Тараканов В.В., Чанкина О.В., Куценогий К.П., Наумова Н.Б., Макарикова Р.П., Милютин Л.И., Роговцев Р.В., Ефимов В.М. Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования, 2011, № 11, с. 72–78
	Наследуемые изменения фенотипа в динамике численности водяной полевки (Arvicola terrestris L.) в Северной Барабе Ковалева В.Ю., Ефимов В.М., Галактионов Ю.К. Назарова Г.Г. Сибирский экологический журнал, 2011, № 4. 587–592
	Асимметричное деление клеток в морфогенезе макрохет Drosophila melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Онтогенез, 2011, Т.42. №2. С. 83-93.
	Drosophila mechanoreceptors as a model for studying asymmetric cell division Furman D.P. Bukharina T.A. INT J DEV BIOL, 2011, V. 55(2). P. 133-141.
	Математическое моделирование первой фазы морфогенеза механорецепторов D.melanogaster Бухарина Т.А. Голубятников В.П. Голубятников И.В. Фурман Д.П. Сибирский журнал индустриальной математики, 2011, Т.14. №3(47). С.14-19.
	Asymmetric cell division in the morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetae Bukharina T. A. Furman D. P. RUSS J DEV BIOL+, 2011, Vol. 42, No. 2, pp. 63–72.
	Перспективы создания противотуберкулезных вакцин нового поколения Татьков С.И., Дейнеко Е.В., Фурман Д.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, т. 15, №1. с. 114-129.
	Prospects for Designing New Generation Anti-Tuberculosis Vaccines S.I. Tat’kov, E.V. Deineko, D.P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 290–301
	Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2011, т.47, №12, с. 1676–1685
	Распределение мобильных элементов на политенных хромосомах до и после селекции по количественному признаку у Drosophila melanogaster Захаренко Л.П., Перепелкина М.П., Антоненко О.В., Выхристюк О.В., Ефимов В.М., Васильева Л.А. Cell and Tissue Biology, 2011, Т. 53. № 6. С. 517-527.
	The Role of D2-Like Receptors in the Regulation of Juvenile Hormone Metabolism in Drosophila Females in Normal State and at Increased Dopamine Level E. K. Karpova, N. E. Gruntenko, L. V. Shumnaya, I. V. Romanova, and I. Yu. Rauschenbach Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, Т. 439. №1. С.155-157.
	Effects of the alpha- and gamma-polymorphs of glycine on the behavior of catalepsy prone rats Markel A.L., Achkasov A.F., Alekhina T.A., Prokudina O.I., Ryazanova M.A., Ukolova T.N., Efimov V.M., Boldyreva E.V., Boldyrev V.V. PHARMACOL BIOCHEM BE, 2011, V. 98. N. 2. P. 234-240
	Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 2, с.327-339
	Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov RUSS J GENET+, 2011, Vol. 47, No. 12, pp. 1487–1495.
	Репродуктивные особенности и перспективы использования розовоцветкового декоративного гибрида Fragaria x Potentilla (сорт Frel) в селекции крупноплодной земляники Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15, № 4, С. 800-807.
	Интродукция розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Научные ведомости БелГУ. Серия: Естественные науки, 2011, т. 104, № 9 вып. 15/2, C. 54-59
2010	Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88
	Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров Пельтек С.Е., Горячковская Т.Н., Рубцов Н.Б., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А., Попик В.М., Пиндюрин В.Ф., Гольденберг Б.Г., Щеглов М.А., Кулипанов Г.Н. Нанотехнологии Экология Производство, 2010, №4, С.84-87
	Молекулярная филогеография хромосомных рас саппорской кобылки Podisma sapporensis Shir Бугров А. Г., Новикова О. С., Блинов А. Г Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2010, 8 (3): 118-123
	Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
	Распространение и филогенетические взаимоотношения Tc1-Mariner ДНК транспозонов в отряде Lepidoptera И.Д.Сормачева, А.С.Новиков, А.Г.Блинов Евразиатский энтомологический журнал, 2010, 9(3): 430-432.
	Роль функциональных сайтов супрессора опухолей merlin в сперматогенезе дрозофилы Юдина О.С., Головнина К.А., Дорогова Н.В., Копыл С.А., Болоболова Е.У., Дубатолова Т.Д., Шилова И.Э., Омельянчук Л.В., Блинов А.Г., Чанг Л.Ш RUSS J GENET+, 2010, №10, т.46, с.1346-1378
	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
	Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
	Diversity and evolution of LTR retrotransposons in the genome of Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Novikova O. RUSS J GENET+, 2010, 46:637-644
	Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2010, 11(1):231
	A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A. BMC SYST BIOL, 2010, 4:98 2010
	New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, 2010, World Scientific Publ., Singapore, pp. 563-569
	Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana 2. E.C. Новоселова, В.В. Миронова Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275, стр. 289-291
	Metabolic Engineering in Silico Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ree M.T., Kolchanov N.A. APPL BIOCHEM MICRO+, 2010, Vol. 46, No. 7, pp. 671–687
	Molecular characterization of vernalization loci (Vrn1) in wild and cultivated wheats Golovnina K., Kondratenko E.Ya., Blinov A., Goncharov N.P. BMC PLANT BIOL, 2010, Vol.10. P. 168
	Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
	Studying the mathematical models for the matrix synthesis of non-regular polymers of DNA, RNA and proteins Fadeev S.I., Likhoshvai V.A., Shtokalo D.N., Korolev V.K. Сибирские электронные математические известия, 2010, V.7, p. 467-475, http://semr.math.nsc.ru
	О существовании и устойчивости циклов в пятимерных моделях генных сетей. В.П. Голубятников, И.В. Голубятников, В.А. Лихошвай. Сибирский журнал вычислительной математики, 2010, Т. 13, N 4, С. 403 – 412.
	О применении метода отображения по параметру для численного исследования биологических моделей// Сибирские электронные математические известия(СЭМИ) (Siberian Electronic Mathematical Reports, http://semr.math.nsc.ru, 2010, Т.7, с. 394-412 Лихошвай В.А., Фадеев С.И. Сибирские электронные математические известия, 2010
	On properties of solutions to equations of multistage substance synthesis. Demidenko G.V., Likhoshvai V.A., Melnik I.A. ANAL APPL, 2010
	О некоторых нелинейных динамических системах, моделирующих несимметричные генные сети. Ю.А.Гайдов, В.П. Голубятников, В.А. Лихошвай Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010
	The Digenea Parasite Opisthorchis felineus: a Target for the Discovery and Development of Novel Drugs Mordvinov V.A., Furman D.P. Infect Disord Drug Targets, 2010, V. 10. No. 5. P. 385-401
	The role of the functional sites of the Merlin tumor suppressor in Drosophila spermatogenesis Iudina OS, Golovnina KA, Dorogova NV, Kopyl SA, Bolobolova EU, Dubatolova TD, Shilova IÉ, Omel'ianchuk LV, Blinov AG, Chang LSh. RUSS J GENET+, 2010, V. 46(10): 1214-1216.
	Состояние и перспективы селекции розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т.14., № 1
	Некоторые достижения в решении проблем семенной репродукции ремонтантных сортов крупноплодной земляники Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Материалы Международной научно-методической дистанционной конференции «Актуальные проблемы размножения ягодных культур и пути их решения», 2010
	Матроклинное наследование при скрещиваниях Fragaria x Potentilla Батурин С.О., Амброс Е.В., Кузнецова Л.Л. Фактори експериментальноiй еволюцiп органiзмiв, 2010, т8, 303-306
2009	Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456
	Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13. №1. с.84-90
	Chromodomains and LTR retrotransposons in plants Novikova O. Commun Integr Biol, 2009, 2:158-162
	Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов BIOPHYSICS, 2009, Т.54, № 6, С.1066-1080
	Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
	Многомерный анализ изменчивости морфологических, химических и хозяйственных признаков в роде (Amaranthus L.) В. М. Ефимов, Н. Б. Железнова, А. В. Железнов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 4. С.811-818
	Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1,Том 13, стр. 176-186
	Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
	Мониторинг диплоидных видов пшеницы и проблемы аутентичности локальных коллекций Н.П. Гончаров, К.А. Головнина, А.С. Шатурова, Ф.А. Коновалов, О.Я. Ляпунова, Т.В. Лебедева, Б.В. Ригин. Тр. по прикл. ботанике, генетике и селекции, 2009, Т. 166, С.375-381
	О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений Г. В. Демиденко, В. А. Лихошвай, А. В. Мудров Дифференциальные уравнения, 2009, том 45, № 1, с. 34–46
	Опыт использования нуклеотидных последовательностей двух митохондриальных генов (COI, COII) для выяснения таксономического статуса и реконструкции филогенетических отношений шароголовых кузнечиков (Orthoptera, Ensifera, Tettigoniidae) А.Г. Бугров, О.С. Новикова, Е.С. Нетесова, А.В. Горохов, А.Г. Блинов. Евразиатский энтомологический журнал, 2009, 8(1): 1-8.
	Применение неметрического многомерного шкалирования для мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С.102–108.
	Происхождение, эволюция и распространение различных групп non-LTR ретротранспозонов среди эукариот О. Новикова, А. Блинов RUSS J GENET+, 2009, 45(2): 149-159
	Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170
	Филогения А геномов диких и возделываемых видов пшениц Головнина К.А., Кондратенко Е.Я., Блинов А.Г., Гончаров Н.П. RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, №11. C. 1540-1547.
	Цитокины: биологические свойства и регуляция экспрессии гена интерлейкина-5 человека В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, стр. 53-67
	Экспрессия гена dps Escherichia coli в присутствии токсических агентов: анализ и математическое моделирование Лихошвай В.А., Степанова Т.Ю., Задорожный А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №4, С.731-740.
	Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2009, 54(6):1066-80
	Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. BMC GENOMICS, 2009, 11(1):231
	Flying non-LTR retrotransposons: DNA transposons as freely available "wings"? Novikova O, Blinov A. RETROVIROLOGY, 2009, 6(Suppl 2): 62
	Horizontal transfer of non-LTR retrotransposons O.S. Novikova, V. Fet, A.G.Blinov Информационный вестник ВОГИС, 2009, 13(1): 76-83
	Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi Journal of Stem Cells, 2009, v4, issue 3, pp. 147-160
	Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Novikova O., Fet V., Blinov A Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (1): 27-42
	Phylogeny of A Genome of Wild and Cultivated Wheat Species K.A. Golovnina, E.Ja. Kondratenko, A.G. Blinov, and N.P. Goncharov RUSS J GENET+, 2009, Vol. 45, No. 11, pp. 1360–1367
	Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
	Study of a Mathematical Model for the Autoregulation of Hes7 Protein Synthesis. adeev S. I., Omel’yanchuk N. A., Likhoshvai V.A. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2009
	Taxonomy and molecular phylo-geny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E.Ja. BREEDING SCI, 2009, V. 59, N5. P.492-498.
	The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. P. 231-234
	Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
	Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, No. 11, pp. 1476–1492
	Генетический контроль развития механорецепторов у Drosophila melanogaster - описание в базе данных "NEUROGENESIS" Бухарина Т.А., Фурман Д.П. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. С.186-193.
	Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008	Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7 Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140
	Математическое моделирование морфогенеза растений Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Журнал вычислительной математики и математической физики, 2008, Т.11. №2., c.151-166
	Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик, В.Ф. Пиндюрин, В.С. Елисеев, Б.Г. Гольденберг, М.А. Щеглов, Н.В. Тикунова, Т.М. Хлебодарова, Н.Б. Рубцов, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2008, Т 3 вып 9-10 , с 136-145
	О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А Сибирские электронные математические известия, 2008, N5, 25-41
	Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
	Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Вычислительные технологии, 2008, №6, т 13, 91-101
	dUTPase-содержащие Metaviridae LTR ретротранспозоны из генома Phanerochaete chrysosporium (Fungi: Basidiomycota) Новикова ОС, Блинов АГ Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, Т. 420, С. 699-702
	How Drosophila melanogaster Forms its Mechanoreceptors Furman D.P., Bukharina T.A. CURR GENOMICS, 2008, №5, V. 9, pp. 312-323
	Genetic сontrol of macrochaetae development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. RUSS J DEV BIOL+, 2008, 2008, Vol. 39, No. 4, pp. 195–206.
	Novel clades of chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons from mosses (Bryophyta) Novikova O, Mayorov V, Smyshlyaev G, Fursov M, Adkison L, Pisarenko O, Blinov A PLANT J, 2008, V. 56, P. 562-574
	Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
	Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7. Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сибирский журнал индустриальной математики, 2008
	О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А. Сибирские электронные математические известия, 2008
	TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
	Генетический контроль развития макрохет у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Онтогенез, 2008, №4. Т.39. С.245-258
2007	Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
	Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин. Molecular Biology, 2007, Т. 41, № 5, с. 843–850
	Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, Т. 38, №. 6, стр. 446–456, 2007
	Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, 38 №6, 457-462
	Correlation of codon biases and potential secondary structures with mRNA translation efficiancy in unicellular organisms Vladimirov NV, Likhoshvai VA, Matushkin YG Molecular Biology, 2007, v41(5),843-850
	CR1 clade of non-LTR retrotransposons from Maculinea butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae): evidence for recent horizontal transmission Novikova O, Sliwinska E, Fet V, Settele J, Blinov A, Woyciechowski M BMC EVOL BIOL, 2007, V. 7, P. 93
	A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
	Generalized Hill function method for modeling molecular processes Vitaly Likhoshvai and Alexander Ratushny Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V5, N2(b), 521-531.
	LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ ИЗ ГЕНОМОВ Aspergillus fumigatus И Aspergillus nidulans. О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 830-838
	Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
	Molecular phylogeny of the genus Triticum L K. A. Golovnina, S. A. Glushkov, A. G. Blinov, V. I. Mayorov, L. R. Adkison and N. P. Goncharov PLANT SYST EVOL, 2007, V. 264, P. 195-216
	Genetic Control of Bristle Pattern Formation in Drosophila melanogaster D. P. Furman, T. A. Bukharina Doklady Biological Sciences, 2007, Vol. 417, pp. 484–486
	Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes. S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai, D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007
	Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
	Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai and D.N. Shtokalo Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2007, vol.1, Number 2, pp. 178-189.
	Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala) Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V. CELL BIOL INT, 2007, 31(2):97-108
	А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, 02B, pp. 641-650
	Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
	Наследование розовой окраски венчика у полиплоидов земляники (Fragaria L.) Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Досягнення i проблеми генетики, селекцiп та бпотехнологiп, 2007
	AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
	Сравнительно-генетический анализ голозерной диплоидной пшеницы Triticum sinskajae и ее исходной формы T.monococcum Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Банникова С.В., Коновалов А.А., Головнина К.А. RUSS J GENET+, 2007, Т.43, №11,с.1491-1500
	Генетический контроль формирования щетиночного рисунка у Drosophila melanogaster Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина Doklady Akademii Nauk, 2007, № 6, Т.417, С.844-846
	ГОМОЛОГ-ЗАВИСИМАЯ ИНАКТИВАЦИЯ LTR РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ В ГЕНОМАХ Aspergillus fumigatus И A. Nidulans О. Новикова, В. Фет, А. Блинов Molecular Biology, 2007, Т. 41, С. 973-981
2006	Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта:рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, N 2, стр.241-272
	Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова SIBERIAN MATH J+, 2006, 1б, 47, 58-68
	Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
	Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, выпуск N7, т. 51
	Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, 51, N7.
	Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
	Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А BIOPHYSICS, 2006, №4, т.51, 608-614.
	Divergent non-LTR retrotransposon lineages from the genomes of scorpions (Arachnida: Scorpiones) Glushkov S., Novikova O., Blinov A., Fet V. MOL GENET GENOMICS, 2006, V. 275. P. 288-296.
	A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94
	Molecular phylogeny of Palaearctic genera of Gomphocerinae grasshoppers (Orthoptera, Acrididae) Bugrov A., Novikova O., Mayorov V., Adkison L., Blinov A. SYST ENTOMOL, 2006, V. 31. P. 362-368.
	A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, №7, V. 51
	Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
	Synthtic species are donors to increase wheat biodiversityn N.P. Goncharov, E.Ja. Kondratenko, M.A. Khrabrova, A.A. Konovalov, L.I. Laikova, A.G. Blinov, K.A. Golovnina, S.A. Glushkov Агромеридиан., 2006, V. 3(4), P.86-91.
	Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
	Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
2005	Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Проскура А.Л., Воронич Е.С., Дубовенко Е.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, N2, с.179-198.
	Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
	Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
	GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
2004	SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12.
	Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610
	Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621
	Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
2003	Data Mining Techniques in Bioinformatics Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V. Pattern Recognition and Image Analysis, 2003, N. 4, V. 13, P. 550-555
2002	Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
	GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
2001	ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287
1998	Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
1997	Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 726-732
	Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. Molecular Biology, 1997, Т. 31, №4, С. 741-748

Монографии

2012	Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
2011	Analysis of the Conservative Motifs in Promoters of miRNA Genes, Expressed in Different Tissues of Mammalians O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V. Bocharnikov, and E.V. Berezikov
	Dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophageal transcription factors and cytokines: prediction and experimental verification E.V. Kashina, D.Yu. Oshchepkov, E.V. Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov, D.P. Furman
	Моделирование коэволюции одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программного комплекса «Эволюционный конструктор» Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
	Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
2010	Morphogenesis of Drosophila Melanogaster Macrochaetes: Cell Fate Determination for Bristle Organ Furman D.P., Bukharina T.A.
	Компьютерный генетический конструктор для моделирования молекулярно-генетических процессов в бактериальной клетке: анализ циклической генной сети Изд-во СО РАН, Новосибирск. 2010, Глава 6.5, С. 392-404. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
	Компьютерный генетический конструктор: математическое моделирование генетических и метаболических подсистем E. coli Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ратушный А.В., Лашин С.А., Турнаев И.И., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Колчанов Н.А.
	Экспериментально-компьютерное конструирование и анализ бактериальных геносенсоров для детекции токсичности окружающей среды Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А., Качко А.В., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Задорожный А.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
	German/Russian Network of Computational Systems Biology. R. Hofestadt and N. Kolchanov (Eds). E.L. Mishchenko, N.V. Ivanisenko, A.M.Mishchenko, V.A.Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, R. Hofestadt, N.A. Kolchanov
	Nandbook of Drug Targeting and Monitoring. B.Andreev and V. Egorov ( Eds). E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
	Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
2008	Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование. Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.
	Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.
	Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” // В монографии: Системная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
	Cистемная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Изд-во СО РАН, Новосибирск Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.
	Методы моделирования динамики молекулярно-генетических систем Лихошвай В.А., Ратушный А.В., Бажан. С.И., Ощепкова Е.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
	«Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко , Н: Изд. СО РАН, , 2008, 761с Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
	Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А., Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А.
	Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.
	Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новосибирск, 2008, Изд-во СО РАН. Титов И.И., Пальянов А.Ю., Чекмарев С.Ф., Карплус М.
	Теория генных сетей. В «Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров. В.А. Лихошвай и В.А. Иванисенко, Н: Изд. СО РАН, , 2008, с. 397-480. Лихошвай В.А., Голубятников В.П., Демиденко Г.В., Евдокимов А.А., Матвеева И.И., Фадеев С.И.
	Evolutionary history of wheats - the main cereal of mankind Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kilian B., Glushkov S., Blinov A., Shumny V.K.
2007	The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.
2006	Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II Levitsky V.G, Katokhin A.V., Oshchepkov D.Yu., Poplavsky A.S., Trifonov V., Furman D.P.
	TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko
	STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.
	Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L.Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006. Titov I., Vorobiev D., Palyanov A.
	Self-oscillations in hypothetical gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 391-404. V.A. Likhoshvai, V.V. Kogai, S.I. Fadeev
	Periodic trajectories and andronov-hopf bifurcations in models of gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc.2006, pp. 405-414. V.P. Golubyatnikov, V.A. Likhoshvai, E.P. Volokitin, Yu.A. Gaidov, A.F. Osipov
	On the problem of search for stationary points in regulatory circuits of gene networks. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 415-420. V.A. Likhoshvai
	Modeling of gene expression by the delay equation. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L. Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 421-431. V.A. Likhoshvai, G.V. Demidenko, S.I. Fadeev
	Групповой отбор в популяции с многолетним жизненным циклом развития: разработка технологии построения портретных моделей на примере популяции земноводных. В «Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование». Отв. Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин, Н.А.Колчанов. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2006, с. 368-374. Лихошвай В.А., Северцов А.С.
	Молекулярно-эпигенетические механизмы возникновения биоразнообразия. В «Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование». Отв. Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин, Н.А.Колчанов. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2006, с. 401-411. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г.
	ARTSITE DATABASE: COMPARISON OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTORS Khlebodarova, O. Podkolodnaya, D. Oshchepkov, D. Miginsky, E. Ananko, E. Ignatieva

Конференции

2012	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE - сайтов, обнаруженных в промоторах IL12A, IL12B и IL4 генов человека. Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Лопатникова Ю.А., Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
	Компьютерное моделирование динамики функционирования молекулярно-генетических систем E.coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В, Ри Н.А., Тимонов В.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Четвертая международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»
	Построение и анализ математической модели mTOR сигнального пути Акбердин И.Р., Трифонова Е.А., Гайнова И.А., Макашева В.А., Шорина А.Р., Лихошвай В.А. Четвертая международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»
	Modeling and analysis of dynamics of the gene networks: automatic generation and storage in a new database Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Ree N.A., Timonov V.S., Oshchepkova E.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Likhoshvai V.A. Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"
	A stochastic model for suppression of subgenomic hepatitis C virus replication in Huh-7 cells. N.V. Ivanisenko, E.L. Mishchenko, I.R. Akberdin, P.S. Demenkov, V.A. Likhoshvai, M.G. Samsonova, D. Clausznitzer, L. Kaderali, N.A. Kolchanov and V.A. Ivanisenko Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"
	When gene networks may not work: computer modeling with the haploid evolutionary constructor Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич BGRS/SB’2012, Novosibirsk
	Fluorescence in situ hybridization with chromosome-derived DNA probes on Opisthorchis felineus and Metorchis xanthosomus chromosomes without suppression of repetitive DNA sequences. A.G. Bogomolov, K.S. Zadesenets, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Sacharromyces cereviciae and Schizosaccharomyces_pombe Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L., Likhoshvai V.A. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	Язык моделирования молекулярно-генетических систем SiBML Ф.В. Казанцев, В.В. Миронова, Е.С. Новоселова, Н.Л. Подколодный, В.А. Лихошвай "Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ) 2012"
	KINET – A NEW WEB DATABASE ON KINETICS DATA AND PARAMETERS FOR E. COLI Ermak T., Timonov V.S., Akberdin I.R., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	SUPPRESSION OF SUBGENOMIC HCV RNA BY NS3 PROTEASE ANTIVIRALS IN CELLS: A BASIC STOCHASTIC MATHEMATICAL MODEL Ivanisenko N.V., Mishchenko E.L., Akberdin I.R., Demenkov P.S., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	HIGH PERFORMANCE COMPUTING WITH MGSMODELLER Kazantsev F.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	MODELING AND ANALYSIS OF DYNAMICS OF THE RIBOPYRIMIDINES DE NOVO BIOSYNTHESIS IN E. COLI Khlebodarova T.M., Akberdin I.R., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	MATHEMATICAL MODEL OF AUXIN RESPONSIVE REPORTER DR5 ACTIVITY IN PLANT CELL Savina M.S., Mironova V.V., Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	MOLECULAR EVOLUTION OF PROTEINS BELONGING TO AUXIN BIOSYNTHESIS GENE NETWORK IN PLANTS Turnaev I.A., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Fluorescence in situ hybridization with chromosome-derived DNA probes on Opisthorchis felineus and Metorchis xanthosomus chromosomes without suppression of repetitive DNA sequences. A.G. Bogomolov, K.S. Zadesenets, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov IV международная Школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"
	The central regulatory circuit of the macrochaete morphogenesis gene network: a model of functioning Golubyatnikov V.P., Bukharina T.A., Furman D.P. Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’12)
	ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL AND POSTTRANSCRIPTIONAL REGULATION OF AUXIN CARRIER AtPIN1 Chernova V.V., Ermakov A.A., Doroshkov A.V., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V. VIII Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012)
	THE MODEL FOR AUXIN REGULATED AtPIN1 EXPRESSION IN THE ROOT APICAL MERISTEM А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, С.С. Сангаев, Н.А. Омельянчук, А.В. Кочетов, В.В. Миронова The 2nd International Conference "Plant Genetics, Genomics and Biotechnology"
	Recognition of NFAT5 binding sites. Ananko E.A., Levitsky V.G., Efimov V.M., Afonnikov D.A. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)
	Analysis of SNP distribution and inter-SNP distance in the human genome E.V. Ignatieva, V.G. Levitsky, N.S. Yudin The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
	The enigmatic nature of the relation between TBP/TATA-affinity and the reaction norm of gene expression P.M. Ponomarenko, V.V. Suslov, O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)
	Genomics of Rye Subtelomeric Heterochromatin A.V.Vershinin, E.V.Evtushenko, V.G.Levitsky " Genomics of Rye Subtelomeric Heterochromatin". Chromosome Biology, Genome Evolution, and Speciation, Gatersleben Research Conference 2012
	Genomics and nucleosome arrangement of the rye subtelomeres Evtushenko E.V., Elisafenko E.A., Levitsky V.G., Vershinin A.V International conference Chromosome 2012
	Роль длины мономера и нуклеотидного контекста для формирования сайтов посадки нуклеосом в тандемных повторах растений Левицкий В.Г., Вершинин А.В. International conference Chromosome 2012
	In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy I.V., Makeev V.J. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning Levitsky V.G, Vershinin A.V. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	DNA motif search by genetic algorithm V.G. Levitsky The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	Variability of gene expression in mouse brain depends on predicted tbp-affinity of its core promoter Вишневский Олег Владимирович EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY BGRS\SB’12
	Effects of in- and outbreeding in populations of diploid organisms: computer simulations with the diploid evolutionary constructor Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич BGRS/SB’2012, Novosibirsk
	Evolution in prokaryotes-phages communities: computer modeling with the haploid evolutionary constructor Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич BGRS/SB’2012, Novosibirsk
	In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data. V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy, Makeev V.J. SysPatho workshop «Systems biology and medicine»
	Molecular evolution of proteins belonging to auxin biosynthesis gene network in plants Turnaev I.I., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelianchuk N.A., Afonnikov D.A. Molecular Phylogenetics, Contributions to the 3rd Moskow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-3)
	Dioxin in regulation of genes involved in cytokinine synthesis by macrophages: a possible pathway underlying dioxin immunotoxicity and cancer. D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, E.V. Kashina, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov. SysPatho workshop «Systems biology and medicine»
	Eliciting the role of dioxin in regulation of the genes involved in cytokines synthesis by macrophages. D.Y. Oshchepkov, E.V. Kashina, E.A. Oshchepkova, E.V. Antontseva, M.Yu. Shamanina, D.P. Furman, V.A. Mordvinov. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology,
	Исследование регуляторных районов PIN1 гена Arabidopsis thaliana L. (Study of PIN1 regulatory regions in Arabidopsis thaliana L. А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, И.В. Миронова, С.С. Сангаев, А.В. Кочетов, В.В. Миронова II (X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге, 11-16 ноября 2012 года
	Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А. XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)
	Role of auxin dose-dependent control in specification of root vascular cells Новоселова ЕС., Миронова ВВ, Казанцев ФВ, Омельянчук НА, Лихошвай ВА Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’12)
	Математическое моделирование ауксин зависимого контроля дифференцировки сосудистых клеток корня Новоселова ЕС, Миронова ВВ, Омельянчук НА, Казанцев ФВ, Лихошвай ВА II(X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге
	Multiple solutions under modeling of the nitrate utilization system in Escherichia coli. Ri N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. The Eighth IC on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
	Математическое моделирование клеточного цикла прокариот: согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. IV Международная конференция “Математическая биология и биоинформатика”,
	Математическое моделирование метаболизма нитрита при культивировании клеток Escherichia coli в проточном хемостате. Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. IV Международная конференция “Математическая биология и биоинформатика”
	ABOUT SHIFT FUNCTION OF IRREGULAR POLYMERS SYNTHESIS IN MODELS OF THE MATRIX SYNTHESIS. V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, T.M. Khlebodarova The Eighth IC on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
	MATHEMATICAL BIOLOGY OF GENE Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Выявление роли ксенобиотиков в регуляции генов, вовлеченных в синтез цитокинов макрофагами. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).
	Expressed Sequence Tag Analysis of Adult Opisthorchis felineus M. Yu. Pomaznoy, S. I. Tat’kov, D. A. Afonnikov, D. P. Furman, P. A. Belavin, A. M. Nayakshin, S. V. Gusel’nikov, G. V. Vasil’ev, A. Yu. Sivkov, A. V. Katokhin, and V. A. Mordvinov BREW 2012: Bioinformatics Research and Education Workshop
	ВЛИЯНИЕ 2,3,7,8-ТЕТРАХЛОРДИБЕНЗО-ПАРА-ДИОКСИНА НА РЕГУЛЯЦИЮ ЭКСПРЕССИИ IL12A, IL12B И IL4 ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В МАКРОФАГЕ Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Проблемы биомедицинской науки третьего тысячелетия 2-я Всероссийская научная конференция молодых ученых.
2011	Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
	MGSMODELSDB – Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Тимонов В.С., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
	Automatic generation of mathematical models of molecular-genetic systems Akberdin I., Kazantsev F., Ree M., Ree N., Timonov V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2011)
	Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
	The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011 Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
	MGSmodelsDB – web-ресурс для накопления математических моделей элементарных подсистем молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лихошвай В.А. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	Математическое моделирование транспорта ауксина в центральном цилиндре корня A. Thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	A mathematical model for the suppression of subgenomic Hepatitis C virus replication in Huh-7 cells in the presence of the NS3 protease inhibitors Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Хайдельберг, Германия, 28 августа-1 сентября
	Математическая модель подавления репликации субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке с ингибитором NS3 протеазы SCH503034 Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В. Санкт-Петербургский научный форум “Наука и общество. Физиология и медицина 21 века. VI Петербургская встреча лауреатов нобелевской премии”, Санкт-Петербург, Россия, 19-23 сентября
	The combined mechanisms of the reverse fountain and the reflected flow provide for self-organization and maintenance of the root apical meristem. Mironova V.V., Novoselova E.S., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. 8th European conference on mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011)
	A plausible mechanism for the root apical meristem patterning. V.V. Mironova, E.S. Novoselova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai 7th International Conference on Structure and Function of Roots
	Modelling auxin transport in root provascular tissue. Novoselova E.S., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. 8th European conference on mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011)
	Computer simulation confirmed auxin dose-dependent control of root vascular cells specification E.S. Novoselova, V.V. Mironova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai 7th International Symposium on Structure and Function of Roots
	A plausible mechanism for the root apical meristem self-organization Victoria Mironova, Ekaterina Novoselova, Nadya Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
	Quantitative sequence /activity relationships of auxin response elements (Aux RE) in plant promoters V.V. Mironova, P.M. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, M.P. Ponomarenko Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
	Математическая модель распределения ауксина в корне растений Миронова В.В., Новоселова Е.С., Лихошвай В.А. Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики, Новосибирск
	Изучение механизмов регуляции ауксином роста и развития растений Миронова ВВ семинар по экологии, физиологии и биофизике растений "Молекулярные, клеточные и тканевые механизмы координации процессов роста и развития растений", Красноярск
	Математическая модель распределения ауксина в корне растений Миронова В.В., Новоселова Е.С., Лихошвай В.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
	Многомерный анализ микрочиповых данных для выявления потенциальных маркеров болезни Хантингтона Шайдуллин И.И., Катохин А.В., Ефимов В.М. Межд. конф. "Совр. пробл. математики, информатики и биоинформатики", посв. 100-летию А.А. Ляпунова
	О метрических свойствах эволюционных расстояний Мельчакова М.А., Ефимов В.М. "Совр. пробл. математики, информатики и биоинформатики", посв. 100-летию А.А. Ляпунова
	Age- and sex-associated variations in the directional asymmetry of root vole traits Vera Yu. Kovaleva, Yuri N. Litvinov, Vadim M. Efimov. VI-th European Congress of Mammalogy (ECM 2011)
	Модель центрального регуляторного контура одной многокомпонентной генной сети Голубятников В.П. Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Международная конференция «Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики», посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР А.А.Ляпунова
	Could chronic stress induced by polycyclic aromatic hydrocarbons have implications for hominid evolution? Oshchepkov D.Y., Suslov V.V. Proceedings of III International Conference Biosphere Origin and Evolution
	Анализ данных массовой иммунопреципитации хроматина с помощью экспериментально верифицированных методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA Ощепков Д. Ю., Левицкий В. Г. , Кулаковский И. В., Ершов Н. И., Васильев Г.В., Меркулова Т. И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
	Подарок Прометея: мог ли хронический стресс продуктами горения ускорить эволюцию гоминид Ощепков Д.Ю., Суслов В.В. Современные проблемы эволюции. XXV Чтения памяти А.А. Любищева.
	Доместикация пшениц: поиск новых подходов для решения старой проблемы Гончаров Н.П., Головнина К.А., Шумный В.К. Межд. конф.,посв. памяти акад. Алтухова
	Программные средства для многоуровневого моделирования эволюции про- и эукариот Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
	Computer tool for modeling the eukaryotes origin and evolution of early eukaryotic ecosystems Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. III International Conference “Biosphere origin and evolution”
	Evolutionary trends of genome amplification and reduction Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Suslov V.V. III international conference Biosphere origin and evolution
	Modeling of phage infection in prokaryotic communities by Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011
	Моделирование коэволюции одноклеточных организмов в трофических кольцах с взаимным ингибированием Матушкин Ю.Г., Лашин С.А., Суслов В.В. VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
	Математическое и компьютерное моделирование эволюционно-популяционных процессов Лашин С.А. Третья школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"
	Nucleosome organization in plant satellites Babenko VN, Matvienko VF, Vershinin AS, Levitsky AG Wheat Genetic Resources and Genomics
	Моделирование метаболизма пуринов и пиримидинов de novo в клетке E. coli Лихошвай В.А., Ри М.Т., Когай В.В, Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И. VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», часть II, Москва, март 21-25, 2011, стр. 385-386
	Об исследовании математических моделей многостадийного синтеза вещества Фадеев С.И., Лихошвай В.А., Штокало Д.Н., Королёв В.К. Российская конференция «Методы сплайн-функций», посвящённой 80-летию со дня рождения Ю. С. Завьялова, 31 января–2 февраля 2011, Новосибирск, Россия, Институт математики СО РАН, стр.90-91
	GeneNetworks theory Likhosvai V.A. RCIBC seminar, Novosibirsk, april 19-20, 2011
	Математическое моделирование биосинтеза нуклеотидов de novo у Escherichia coli Ри М.Т., Захарцев М.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
	Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»
	Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов SF-1 и SREBP в геномах позвоночных с помощью нового подхода, сочетающего экспериментальные и биоинформатические методы Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика и биоинформатика»
	Inter-SNP distances and SNP distribution in the human genome Ignatieva Elena, Victor Levitsky, Nikolay Yudin Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB’11
	Распределение однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека ИгнатьеваЕ.В., В.Г.Левицкий, Н.С.Юдин Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики", посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова
	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияние мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Савинкова Л.К., Захаренко Л.П., Пинтус С.С., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН. № 11. “Биологическое разнообразие”. Подпрограмма “Генофонды и генетическое разнообразие”. Сборник материалов. – Москва: ИОГен. 2011. С. 100-104.
	Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe. Yu.Matushkun, V.Likhoshvai, V.Levitsky The International Moscow Conference On Computational Molecular Biology, MCCMB’11
	Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза. К.В.Гунбин, Д.А.Афонников,В.В.Суслов, Ю. Г. Матушкин, Н.А. Колчанов 2-я Всероссийская научно-практическая конференция "«Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле»"
	Корреляция эффективности инициации транскрипции и элонгации трансляции для S. Cerevisiae and S. Pombe Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г., Орлов Ю.Л. «Проблемы популяционной и общей генетики», посвященная 75-летию со дня рождения выдающегося генетика-популяциониста академика Юрия Петровича Алтухова"
	Разработка программного обеспечения микроскопического анализа биологических объектов. Богомолов А.Г., Подколодный Н.Л., Рубцов Н.Б. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	Математическое моделирование иерархических живых систем на примере меристемы побега растения Акбердин И.Р. семинар по экологии, физиологии и биофизике растений «Молекулярные, клеточные и тканевые механизмы координации процессов роста и развития растений»
2010	Reduction of gene net dynamic models using proper orthogonal decomposition V.M. Efimov, A.S. Novikov, A.A. Tikhonov, I.R. Akberdin, V.A. Likhoshvai 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Automatic generation and numerical analysis of mathematical models for molecular-genetic objects in an integrated system of MGS-generator and STEP+ modules I.R. Akberdin,F.V. Kazantsev, V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, V.K. Korolev, A.E. Medvedev. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	MGSmodelsDB – the database for storing mathematical models of molecular genetic systems F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, M.T. Ree, N.A. Ree, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях Arabidopsis thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010
	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010
	Correlation between nucleosome formation potential of 5’-UTR and elongation efficiency index of coding sequences of S.cerevisiae genome Yu.G.Matushkin, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky. 2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2). May 18-21, 2010. Moscow
	In silico analysis of auxin-regulated root apical meristem patterning Mironova V.V., N.A. Omelyanchuk, E.S. Novoselova, V.A. Likhoshvai 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Genetic and molecular characteri-zation of three agronomical importance genes (Vrn1, Vrn2, Q) in wheats Golovnina K., Sormacheva I., Blinov A., Kondratenko E., Goncharov N.P 8th Intern. Wheat Conf. June 1-4, 2010. SPb, 2010
	Computer modeling of prokaryotic communities’ evolution Lashin S.A. ERASysBio Summer School, 27 July 2010, Tenerife, Spain
	Роль функциональных сайтов супрессора опухолей Merlin в сперматогенезе дрозофилы Юдина О.С., Головнина К.А., Дорогова Н.В., Копыл С.А., Болоболова Е.У., Дубатолова Т.Д., Шилова И.Э., Омельянчук Л.В., Блинов А.Г., Чанг Л.Ш. II Международная конференция "Дрозофила в экспериментальной генетике и биологии", 2010, 6-14 сентября, Одесса, Украина
	Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
	Prediction for AtARF family transcription factors, mediating primary response to auxin V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, D.Yu. Oschepkov, V.G. Levitsky Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk
	New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models of molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai and A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, Proc.of the 7th ISAAC Congress, World Scientific Publ., Singapore
	VRN1 promoter region analysis: evolutionary dinamics and cis-regulatory elements prediction Golovnina Kseniya The International Conference "Plant Genetics, Genomics, And Biotechnology" (PlantGen 2010), Novosibirsk, Russia, June 07-10, 2010
	The mathematical model for investigation of auxin-regulated root patterning in wild type and under treatments V.V. Mironova, E.S. Novoselova, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai. the Joint Russian-French seminar "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling" 18-21 June, Novosibirsk
	Development of shoot apical meristem in silico under phytohormones regulation I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev, I.A. Gainova,V.A. Likhoshvai The Joint Russian-French Workshop "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling"
	Механизмы поддержания ниши стволовых клеток в корнях растений: математическая модель распределения ауксина в корне и ее анализ Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Биология развития: морфогенез репродуктивных структур и роль стволовых клеток в онтогенезе. Санкт-Петербург, 13-16 декабря 2010 г.
	Математическое моделирование развития меристемы побега на различных иерархических уровнях Гайнова И.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Королев В.К., Медведев А.Е. Всероссийская конференция (с международным участием) "Математические модели и информационные технологии в сельскохозяйственной биологии: итоги и перспективы", Санкт-Петербург, 14–15 октября, 2010
	Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Всероссийская научная конференция "Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии", 15-17 сентября 2010г.
	Эволюционный конструктор - методика моделирования эволюции бактериальных сообществ Лашин С.А. Вторая международная научная школа-конференция памяти академика М.М. Лаврентьева "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 21-29 сентября 2010, Новосибирск
	Моделирование динамики молекулярно-генетических систе Лихошвай В.А. Вторая международная научная школа-конференция памяти академика М.М. Лаврентьева "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 21-29 сентября 2010, Новосибирск
	Компьютерное моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов Матушкин Ю. Г., Лашин С.А., Суслов В.В. Математическая биология и биоинформатика: III Международная конференция , г. Пущино
	Development of shoot apical meristem in silico under phytohormone regulation I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai Международная конференция Plantgen, Новосибирск, Россия, 7-10 июня, 2010
	Structure and Evolution of Stochastic Networks: a case study of text networks Титов ИИ, Рудниченко КА, Куликов АИ Международная конференция Стохастические модели в биологии и предельные алгебры, 2—7 августа 2010, Омск, Россия.
	Математическое моделирование влияния ауксина на ризотаксис у arabidopsis thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В. Международная научная студенческая конференция, НГУ, Новосибирск
	Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
	Дозовый эффект гена при наследовании розовой окраски венчика у потомков межродовых гибридов Fragaria x ananassa Duch. × Comarum palustre L. Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Перспективы развития и проблемы современной ботаники / Материалы II (IV) Всероссийской молодежной научно-практической конференции. Новосибирск: Изд-во СО РАН.
	Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск
	Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный Конструктор" Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск
	Компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G. Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010
	The nanobiotechnology database V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Morphogenesis of Drosophila melanogaster macrochaetes: а gene network describing the establishment of bristle prepattern Bukharina T.A. Furman D.P. Седьмая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома (BGRS'2010)
	The relation between biological complexity of eukaryotes and evolutionary changes of Notch cascade protein features Gunbin K.V. Bukharina T.A. Седьмая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома (BGRS'2010)
	Promoters of the genes encoding the macrophage transcription factors contain binding sites for aryl hydrocarbon receptor. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. Seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
	Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophage cytokines. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Furman D.P., Mordvinov V.A. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the macrophage transcription factors and cytokines genes. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. “From Functional Genomics to Systems Biology”,
	Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
	Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине»
	Testing of functional activity of putative dioxin responsive elements in promoter regions of genes, encoding macrophageal transcription factors and cytokines Kashina E.V., Antontseva E.V., Katokhin A.V., Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Shamanina M.Y., Grishanova A.Y., Furman D.P, Mordvinov V.A. The seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
	Science structural inference Titov I., Rudnichenko K., Fursov F., Krutov P., Kulikov A. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27
	Evidence of negative selection against miRNA expansion over human genome Titov I., Vorozheikin S., Kulikov A. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27
	3D-modelling of RNA structure Titov I.I., Barsov K., Kulikov A.I. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27
	Gene loss and acquiring in evolution of prokaryotic communities – modeling with Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	Computer simulation of origin and evolution of signaling systems Dygalo N.N., Lashin S.A. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	Моделирование динамики молекулярно-генетических систем Лихошвай В.А. Вторая молодежная международная научная школа-конференция памяти М.М.Лаврентьева «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач, 21-29 сентября 2010
	Об исследовании нелинейных моделей многостадийного синтеза вещества Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Штокало Д.Р. III международная конференция, Математическая биология и биоинформатика, 10-15 октября 2010г., Пущино
	STABILITY OF SOLUTIONS OF DELAY DIFFERENTIAL EQUATIONS WITH PERIODIC COEFFICIENTS G.V. Demidenko, V.A. Likhoshvai, I.I. Matveeva Seven international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS/SB_2010), Novosibirsk, 2010, p. 180
	Similarities and differences in the structures of artificial and natural transcription factor binding sites: impact of flanking sequences to recognition performance. Oshepkov D.Y., Levitsky V.G., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)
	Control of Escherichia coli dps gene expression in response to toxic action of cadmium. Stepanova T.Y., Likhoshvai V.A., Babkin I.V., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology. (BGRS/SB’10)
	The mathematical modeling of nitrite metabolism regulation in Escherichia coli cell during nitrate respiration under anaerobic conditions. Ree N.A., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)
	Mathematical modeling of nucleotide biosynthesis in Escherichia coli. Ree M.T., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)
	E.coli proteom expression under terahertz irradiation Peltek S.E., Mesheryakova I.A., Goryachkovskaya T.N., Demidova E.V., Demidov E.A., Khlebodarova T.M., Oschepkov D.Yu., Kolchanov N.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Vinokurov N.A., Kulipanov G.N., Nikolaev E.N. Terahertz radiation: generation and application
	Computer analysis of stress response network E.coli. Stepanenko I.L., Titov I.I. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2010)
	Correlation Between Nucleosome Formation Potential of 5’-UTR and Elongation Efficiency Index of Coding Sequences in S.Cerevisiae and S. Pombe Genomes. Yu.G. Matushkin, V.A.Likhoshvai, A.V.Orlenko, V.G.Levitsky International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2010).
	Computer support system development for biological objects research in microscopy A.G. Bogomolov, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov BGRS/SB’10, Novosibirsk
	Analysis of the degenerate motifs in promoters of auxin responsive genes Вишневский Олег Владимирович Миронова Виктория Владимировна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
2009	Mathematical modeling of a plant development on the different levels Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Gainova I.A., Likhoshvai V.A. 3 rd Annual World Congress of Gene-2009, Foshan, China, December 1-7
	Моделирование молекулярно-генетических механизмов регуляции развития растений И.Р. Акбердин, Ф.В. Казанцев, В.А. Лихошвай 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Моделирование эволюционно-популяционных процессов с помощью "Эволюционного конструктора" Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.В. Суслов, Н.А.Колчанов 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Происхождение, доместикация и эволюция пшениц Н.П.Гончаров, К.А. Головнина, А.Г. Блинов, Е.Я. Кондратенко. 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Регрессия "последовательность→сродство" ТАТА-бокса к ТВР и эволюция ВИЧ-1 В.В. Cуслов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, В.М. Ефимов, Н.А. Колчанов 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
	Taxonomy and molecular phylogeny of natural and artificial wheat species Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kondratenko E. Ja. 6th International Triticeae Symposium, May 31-June 5, 2009, Kyoto, Japan
	Auxin regulated root patterning: the mathematical model and key genetic mechanisms V.V. Mironova, M.P. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai German-Russian forum Biotechnology GRFB'09, Novosibirsk
	Modeling of coevolutionin communities usin "Evolutionary constructor" program Lashin S.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Network biology Titov II International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Evolvability and biodiversity – modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor program Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G. International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)
	SNPs in the HIV-1 TATA Box and the AIDS Pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, L.K. Savinkova, M.P. Ponomarenko, N.A. Kolchanov Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
	Lattice proteins: the landscape veiw on protein folding Titov II The 3d Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2009, March 25 - May 24, 2009
	Исследование эффективности экспрессии генов в зависимости от их нуклеотидного состава методами биоинформатики Матушкин Ю.Г., Ефимов В.М., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г. V Intern. Congress BIOTECHNOLOGY: state of the art and prospects of development
	Анализ изображений биологических объектов Богомолов А.Г. XLVII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК-47) г.Новосибирск, 11 – 15 апреля 2009 г.
	Интегрированная компьютерная система для построения и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем И.Р.Акбердин, Ф.В.Казанцев, В.А.Лихошвай, С.И.Фадеев, И.А.Гайнова, В.К.Королев, А.Е.Медведев Всероссийская конференция по вычислительной математике КВМ-2009, Академгородок, Новосибирск, Россия, 23-25 июня 2009
	Многомерные методы мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных Ефимов В.М. Катохин А.В. Материалы Пятого Московского международного конгресса "Биотехнология: состояние и перспективы развития" . Часть II. (Москва, 16-20 марта 2009 г.) –М.: ЗАО "Экспо-биохим-технологии", РХ ТУ. С. 393-394.
	Systems biology: computer-experimental research Yury G. Matushkin Программа посещений французского национального института агрономических исследований (INRA) Делегация Института Цитологии и Генетики СО РАН, 29 сентября - 5 октября 2009 г.
	Математическое моделирование и компьютерный анализ генных сетей Лихошвай В.А. пятый международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития, Москва,16-20 марта 2009г, часть2, с384
	Mathematical model of the auxin metabolism in shoots if Arabidopsis thaliana L. I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai. Российско-германский форум по биотехнологии, Новосибирск, 15-19 июня 2009 года
	New computer technologies for the construction and numerical analysis of mathematical models for molecular genetic systems I.A.Gainova, I.R Akberdin, F.V.Kazantsev, V.A.Likhoshvai, S.I.Fadeev, V.K.Korolev, A.E.Medvedev Седьмой Международный Конгресс ISAAC, Лондон, Великобритания, 13 – 18 Июля, 2009
	Компьютерный дизайн искусственных РНК- и ДНК-структур Титов ИИ Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии Новосибирск, 10 - 14 июня
	Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития”
	Генные сети, контролирующие развитие макрохет D. melanogaster Бухарина Т.А. Фурман Д.П. V Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров
	Improved prediction of human miRNAs based on context-structural HMM Vorozheikin P., Kulikov A., Titov I. 4d Moscow Conf. On Computational Molecular Biology (MCCMB’09).
	Математическое моделирование и компьютерный анализ генных сетей Лихошвай В.А. V международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития, Москва,16-20 марта 2009г, часть2, с384.
	Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Еscherichia coli в присутствии ионов кадмия. Т.Ю. Степанова, В.А. Лихошвай, А.В. Задорожный, Н.В. Тикунова, Д.Ю. Ощепков, Т.М. Хлебодарова. Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров
	Prediction of the regulation pathways of the Еscherichia coli dps gene expression under stress conditions. T.Yu. Stepanova, D.Yu. Oshchepkov, V.A. Likhoshvai, A.V. Zadorozhny, N.V. Tikunova, T.M. Khlebodarova. German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09
	Experimental study of predicted regulation pathways of E.coli/pYFI-GFP genosensor under oxidative stress A.V. Zadorozhny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Yu. Oschepkov, N.V. Tikunova. German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09
	A novel promoter of the Escherichia coli yfiA gene and pathways of its regulation under oxidative stress conditions T.M. Khlebodarova, A.V. Zadorozhny, V.A. Likhoshvai, N.V. Tikunova, D.Yu. Oschepkov, N.A. Kolchanov. International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)
	Исследование генетического разнообразия возбудителей биогельминтозов человека, передающихся через рыбу, ракообразных и продукты их переработки В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, И.И. Брусенцов, К.В. Романов, С.В. Шеховцов, С.И. Татьков, Д.П.Фурман, А.Ю.Сивков, М.Ю.Помазной, М.Н.Львова, М.Ю.Шаманина, К.С.Задесенец, Н.Б.Рубцов. Итоговая конференция по приоритетному направлению "Живые системы" за 2009 год
2008	Mathematical model of auxin metabolism in shoots of Arabidopsis thaliana L. Akberdin I. R., Kazantsev F. V., Omelyanchuk N. A., Likhoshvai V. A. 2nd International Conference "Mathematical Biology and Bioinformatics", Pushchino, Moscow region, September 7-13, 2008
	Auxin regulation of its own transport determines the root tip structure in plants V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, S.I. Fadeev, V.V Koga2, G. Yosiphon, E. Mjolsness, V.A.Likhoshvai 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Horizontal transmission of non-LTR retrotransposons: artefact or rare event? Novikova O, Blinov A 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Nucleotide assymetry in structural RNAs: evidence of c-> u directional change in tRNAs Titov II 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Эффективность экспрессии генов как функция их нуклеотидного состава Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Ефимов В.М., Вишневский О.В. II-ая Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика" г. Пущино Московской области 7-13 сентября 2008 г.
	Mathematical model of auxin-mediated root patterning Mironova V.V., Likhoshvai V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
	Эффект потенциальных лекарственных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке: математическая модель Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2008 г.
	Математическое моделирование репликации репликона ВГС в клетке. Исследование возможных клеточных факторов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А IV съезд микробиологов Узбекистана, тезисы докладов, г. Ташкент, 9-10 октября 2008
	Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008
	Генетика типа и скорости развития пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Головнина К.А., Блинов А.Г. Конференция "Селекция сельскохозяйственных культур на устойчивость к абиотическим и биотическим стрессам". Барнаул. 22-24 июля 2008 г.
	Математическая модель поддержания тотипотентности и дифференцировки клеток при развитии меристемы побега Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2008"!", Москва, Россия
	Database neurogenesis on bristle pattern formation in D. melanogaster Bukharina T.A. Furman D.P. VI-ая Международная конференция "Биоинформатика регуляции и структуры генома"
	Neurogenesis: Gene Network of Bristle Pattern Development in Drosophila melanogaster Furman D.P. Bukharina T.A. XX ICG Congress 2008
	Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. M.Y. Shamanina, E.A. Oshchepkova, D.Y. Oshchepkov, A.V. Katokhin, D.P. Furman, I.B. Tsyrlov, V.A. Mordvinov Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Analysis of the evolutionary specificities of the yfiA and yhbh E.Coli genes and their regulatory regions. Baryshev P.S., Oshchepkov D.Y., Khlebodarova T.M., Afonnikov D.A. Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	CONDITIONS OF CORRECTNESS OF MODELLING OF NON-LINEAR AND REVERSIBLE MATRIX PROCESSES BY THE DELAY EQUATION D.N.Shtokalo, S.I.Fadeev, V.A.Likhoshvai VI Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008),2008, p227
	Prediction of the regulatory mechanisms of Escherichia coli yfiA gene expression T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Y. Oshchepkov, A.V. Kachko, N.V. Tikunova. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)
	Approval method for transcription termination sites prediction in firmicutes S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin, T.M, Khlebodarova, V.A. Likhoshvai. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)
	Genetic constructor: a computer resource for molecular-genetic systems modeling V.A. Likhoshvai, N.V. Tikunova, A.V. Kachko, T.M. Khlebodarova. Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Mathematical modeling of genetic regulation of pyrimidine biosynthesis in Escherichia coli M.T. Ri, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai. Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure
2007	Modelling and analysis of spatially distributed systems regulation in apical meristem of Arabidopsis thaliana Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A 3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia
	Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
	Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем. Казанцев Ф.В., Ратушный А.В. 45 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 10-12)
	Mathematical model of the Arabidopsis thaliana L. morphogenesis in a cellular automaton terms Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., D.N., Kolchanov N.A. 7th YSF "Molecular Networks", Vienna, Austria, 5 – 7 July 2007
	Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow
	Филогения пшениц Гончаров Н.П., Головнина К.А., Килиан Б.,Кондратенко Е.Я II Вавиловская международная конференция "Генетические ресурсы культурных растений в XXI веке": состояние, проблемы, перспективы. 26-30 ноября 2007, г. Санкт-Петербург
	Комбинационная терапия как средство борьбы с лекарственной устойчивостью вируса гепатита С, результаты математического моделирования Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2-8 сентября 2007 г.
	2d modelling and analysis of spatially distributed cells types of primary shoot apical meristem (SAM) of Arabidopsis thaliana Ilya R. AKBERDIN, Evgeny A. OZONOV, Victorya V. MIRONOVA, Dmitry N. GORPINCHENKO, Nadezda A. OMELYANCHUK, Vitaly A. LIKHOSHVAI, Denis S. MIGINSKY, Nikolai A. KOLCHANOV Proceedings of the 3-rd Moscow conference on computional molecular biology. Moscow, Russia
	RNA secondary structure: from physico-chemistry to computer prediction Titov I.I. The 2nd Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2007, 20th June-1st, September 2007
	Компьютерная система для моделирования и анализа растительных тканей Лавреха В.В., Пененко А.В., Шерин Д.С., Николаев С.В. VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007
	Моделирование механизма позиционирования зоны деления стволовых клеток в апикальной меристеме побега растения Пененко A.В., Николаев С.В., Смаль П.А., Лавреха В.В. VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007
	Молекулярно-биологические подходы к реконструкции филогении рода Triticum К.А. Головнина X международная генетико-селекционная школа "Реализация идей Н. И. Вавилова на современном этапе развития генетики, селекции и семеноводства сельскохозяйственных культур" Новосибирск, Россия, 9-13 Апреля 2007
	Distribution and evolution of non-LTR retrotransposons in fungi Novikova O XI Congress of European society for evolutionary biology. Uppsala, Sweden
	Математическая модель репликации репликона вируса гепатита С в клетках Huh-7 Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.
	Diversity of Chromoviruses in fungi Novikova O, Blinov A XV Congress of European mycologists. Saint Petersburg, Russia
	Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточных автоматов Озонов Е.А., Акбердин И.Р., Миронова В.В., Горпинченко, Д.Н, Лихошвай В.А Всероссийская научная конференция студентов физиков ВНКСФ-13
	Извлечение знаний из опубликованных данных по генетике растений: база данных AGNS и ее приложения Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Д.К. Пономарев, Е.М. Залевский, И.С. Шамов, Н.Л. Подколодный, Н.А. Колчанов Материалы Всероссийской конференции с международным участием "Знания – Онтологии – Теории" (ЗОНТ-07), 14-16 сентября 2007, Новосибирск
	Использование технологии генных сетей для реконструкции процесса формирования щетиночного рисунка у Drosophyla melanogaster Фурман Д.П., Бухарина Т.А. Материалы Международной конференции "Научное наследие Н.И.Вавилова - фундамент развития отечественного и мирового сельского хозяйства, 27-28 ноября 2007 г", М: ФГОУ ВПО Российский государственный университет - МСХА им. К.А. Тимирязева
	Доместикация злаков: поиск новых подходов для решения старой проблемы Гончаров Н.П.,Головнина К.А.,Глушков С.А.,Кондратенко Е.А.,Шумный В.К. Международная конференция "Развитие эволюционной идеи в биологии, социологии и медицине",посвященная 90-летию со дня рождения академика Дмитрия Константиновича Беляева
	Математическое моделирование комбинационного действия лекарственных препаратов против вируса гепатита С. Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск
	Моделирование морфогенеза зародыша Arbidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин ИР, Озонов ЕА, Миронова ВВ, Горпинченко ДН, Омельянчук НА, Лихошвай ВА Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск
	Подходы к моделированию регуляции развития корня растения Горпинченко Д., Миронова В. Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК) Новосибирск
	Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной молодёжной научно-методической конференции "Проблемы молекулярной и клеточной биологии" г. Томск
	одномерная математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В.А., Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Фадеев С.И. Тезисы докладов Российской конференции "Математика в современном мире", Новосибирск, 2007
	Доместикация растений, или формирование цивилизаций посредством селекции злаков. Программа: Происхождения культурных растений и их эволюции: на примере пшениц Гончаров Н.П., Блинов А.Г., Головнина К.А., Шумный В.К. Круглый стол «Происхождение и эволюция жизни на Земле», посв. 50-летию СО РАН
	Молекулярная филогения рода Triticum L. Гончаров Н.П., Головнина К.А., Блинов А.Г. Школа молод. селекц. им. С.А. Кунакбаева
	Deducing the mechanisms underlying expression regulation of a polyfunctional genosensor based on the promoter of Escherichia coli gene yfiA. T.M. Khlebodarova, A.V. Kachko, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Tikunova, V.A. Likhoshvai. «Basic sciences - medicine»
	Применение терагерцового излучения для анализа биологических объектов Горячковская Т.Н., Козлов А.С., Колчанов Н.А., Малышкин С.Б., Пельтек С.Е., Петров А.К., Попик В.М., Тарабан М.Б., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Щеглов М.А. Всероссийский семинар по радиофизике миллиметровых и субмиллиметровых волн
	Sequence-structural characteristics of human miRNAs Titov II, Vorozheikin PS, Ivanisenko AYu, Kulikov AI 3d Moscow Conf. on Computational Molecular Biology (MCCMB'07)
2006	Hepatitis C virus: application of gene networks technology to searching for perspective pharmacological targets Ivanisenko VA, Mischenko EL, Bezmaternikh KD, Ratushny AV, Likhoshvai VA,Titov II, Korotkov RO, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
	Программный комплекс для конструирования математических моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. 44 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 13-14)
	A system for simulation of 2D plant tissue growth and development Nikolaev S.V., Penenko A.V., Belavskaya V.V., Mjolsness E., N.A. Kolchanov N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	AGNS (arabidopsis genenet supplementary database), release 3.0 Omelianchuk N.A., Mironova V.V., Poplavsky A.S., Pavlov K.S., Savinskaya S.A., Podkolodny N.L., Mjolsness E.D., Meyerowitz E.M., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Database GenSensor as informational source for design of biosensors. Experimental development of biosensor based on yfiA gene Khlebodarova T.M., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Tikunova N.V. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Genetic constructor for computer modeling Likhoshvai V., Nedosekina E., Tikunova N. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Molecular phylogeny of the genus Triticum L. Golovnina K., Glushkov S., Blinov A., Mayorov V., Adkison L., Goncharov N. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Optimal control tasks in terms of the gene network models Bezmaternykh K.D., Nikulichev Yu.V., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Latipov A.F., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Pattern of locally positioned dinucleotides in microRNA relates to its accumulation level Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Program Method of Constructing Ontology of Phenotypic Abnormalities for Arabidopsis thaliana Ponomaryov D., Omelianchuk N., Mironova V., Kolchanov N., Mjolsness E., Meyerowitz E A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Минимальная математическая модель подавления репликации РНК репликона ВГС в клеточной культуре", доклад на 5-ой Российской мульти-конференции Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. 5-ая Российская мульти-конференция "Математика, Информатика, Управление" (МИУ’06) Иркутск, Россия
	MGSmodeller - компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. , Подколодная Н.Н., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Крокус И.В., Лашин С.А., Ратушный А.В., Лихошвай В.А. 7 Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Красноярск, Россия, (Ноябрь 1-3)
	Molecular phylogeny of the genus Triticum Golovnina K., Glushkov S I(IX) international conference of young botanists in Saint-Petersburg, May 21-26, 2006
	AGNS database and cellular automaton to model the development of shoot meristems of Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. II Всероссийская конференция "Инфокоммуникационные и компьютерные технологии и системы", Улан-Удэ, Россия (Июль 1-4)
	System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies
	RNA secondary structure and function Titov I.I. The 1st Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2006, 8th May-8th, July 2006.
	A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude
	Молекурно-генетические механизмы регуляции дыхания клетки E.coli: реконструкция генной сети и математическое моделирование Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude
	Mathematical model for suppression of hepatitis C virus RNA replicon replication in cell culture Bezmaternikh K.D., Mishchenko E.L., Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. The VII All-Russian young scientists conference on mathematical modeling and informatics technology (with foreign participants), Krasnoyarsk
	Nano/microfluid bio-analytical systems Pel'tek S.E., Pindyurin V.F., Popik V.M., Scheglov M.A., Goldenberg B.G., Eliseev V.S., Petrova E.V., Tikunova N.V., Rubtsov N.B., Goraychkovskaya T.N., Khlebodarova T.M., Govorun V.M., Kulipanov G.N., Kolchanov N.A. The XVI Intern. Synchrotron Radiation Conference (SR-2006), July 10-14, 2006, BINP, Novosibirsk, Russia
	Modeling of morphogenesis of Arabidopsis thaliana in cellular automaton terms Akberdin I. R., Evgeniy A. Ozonov, Victoria V. Mironova, Nadezda A. Omelyanchuk, Vitaly A. Likhoshvai VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Моделирование морфогенеза растений в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р, Озонов Е.А, Миронова В.В, Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Моделирование морфогенеза растения в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р, Озонов Е.А, Миронова В.В, Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
	Синтез управляемых генных сетей Ю.Г.Матушкин Всероссийская конференция (с международным участием) "Математика, информатика, управление" (МИУ-06) Улан-Удэ - оз. Байкал
	Рукотворные виды - источник расширения биоразнообразия пшениц Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Храброва М.А., Коновалов А.А., Лайкова Л.И., Блинов А.Г., Головнина К.А., Глушков С.А. Вторая Центрально-Азиатская конференция по зерновым культурам. 13-16 июня 2006 года. Чолпон-Ата, Иссык-Куль, Кыргызстан
	Математическая модель подавления репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной структуре Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А. Доклад на VII всероссийской конференции молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, г. Красноярск
	Онтология развития растения базы данных по экспрессии генов Арабидопсиса AGNS (Arabidopsis GeneNet Supplementary DataBase) Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Поплавский А.С. Материалы II всероссийской конференции с международным участием "Инфокоммуникационные и вычислительные технологии и системы". г. Улан-Удэ
	Сотрудничество ИЦиГ - ВКИ НГУ Ю.Г.Матушкин Региональная научно-практическая конференция "Информационные технологии в общем и среднем образовании" Новосибирск
	The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors Bukharina T.A. Katokhin A.V. Furman D.P. Пятая Международная Конференция "Биоинформатика Регуляции и Структуры Генома"
	Mathematical modeling of regulation of cyoABCDE operon expression in Escherichia coli. Ratushny A.V., Khlebodarova T.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	A mathematical model for the Influenza virus life cycle. Akberdin I.R., Kashevarova (Ree) N.A., Khlebodarova T.M., Bazhan S.I., Likhoshvai V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites. Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Gene network reconstruction and mathematical modeling of E. coli respiration: regulation of F0F1-ATP synthase by metal ions. Khlebodarova T.M., Lashin S.A., Apasieva N.V. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	BiotechPro: a database for microbiologically synthesized products of biotechnological value. Ibragimova S.S., Smirnova O.G., Grigorovich D.A., Khlebodarova T.M. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture. Bezmaternikh K.D., Mishenko E.L., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways. Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	The GArna toolbox for RNA structure analysis: the 2006 state of the art Titov II 5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'06)
	A model of the translational inhibition by miRISC complex describes protein synthesis variation induced by mutations in mammalian miRNA sites Titov II, Ivanisenko AYu 5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'06)
	Mathematical modeling of the purine biosynthesis in Escherichia coli Nedosekina E., Likhoshvai V.A. Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine
	Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г. International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.
	Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006
2005	Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells. Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Сonference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27

Гранты

2013	Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Минобрнауки, номер гранта ФЦП, ГК 07.514.13.0094
2012	Изучение механизмов функционирования репликона вируса гепатита C в клетке хозяина методами системной биологии Министерство науки и образования России, номер гранта 11.519.11.6041
	Investigation of molecular-genetic mechanisms of auxin actions in the root meristem of Arabidopsis thaliana Фонд некоммерческих программ Дмитрия Зимина «Династия»
	Молекулярно-генетическое исследование гена Q, контролирующего основные признаки пшениц, связанные с доместикацией РФФИ, номер гранта 12-04-01099-а
	Гибриды с цитоплазматической мужской стерильностью как исходный материал для селекции сахарной свеклы (Beta vulgaris L.) РФФИ и БРФФИ, номер гранта 12-04-90000-Бел_а
	Изучение влияния диоксина на регуляцию экспрессии генов цитокинов, синтезируемых активированным макрофагом РФФИ, номер гранта 12-04-01736-а
	ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО-РАЗНОСТНЫЕ И ИНТЕГРОДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫЕ УРАВНЕНИЯ. ПРИЛОЖЕНИЯ К ЗАДАЧАМ ЕСТЕСТВОЗНАНИЯ СО РАН, номер гранта 80
	Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ» Предизиум СО РАН, номер гранта № 130
	Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах» Президиум СО РАН, номер гранта №39
	Междисциплинаный интеграционный проект «Суперкомпьтерная реализация стохастической эволюции ансамблей взаимодействующих частиц различной природы для решения естественно-научных и нанотехнологичных задач» Президиум СО РАН, номер гранта № 47
	Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ" Президиум СО РАН, номер гранта № 21
2011	Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега РФФИ, номер гранта 11-04-01748
	Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений РФФИ, номер гранта 11-04-01254а
	Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий Министерство образования и науки РФ, номер гранта 16.512.11.2274
	Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей Министерство образования и науки, номер гранта 07.514.11.4023
	Участие в 8-ой Европейской конференции по математической и теоретической биологии (ECMTB11) РФФИ, номер гранта 11-04-09417-моб_з
	Изучение молекулярных механизмов быстрых негеномных эффектов альдостерона в собирательных трубках почки крысы в постнатальном онтогенезе РФФИ, номер гранта 11-04-00695-а
	Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток РФФИ, номер гранта 11-04-01888а
2010	Симметрия и хаос в генных сетях РФФИ, номер гранта 10-01-00717
	EU-FP7 Research Project SysPatho EU, номер гранта 260429
	Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 02.740.11. 0705
	Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ трофически связанных организмов РФФИ, номер гранта 10-04-01310
2009	Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123
	Participation to miniprogram “Morphodynamics in Plants, Animals and Beyond" NSF USA, номер гранта PHY05-51164
	Анализ генетической детерминации интегрированных признаков организма с использованием методологии многомерной статистики и искусственных нейронных сетей Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Биологическое разнообразие». Подпрограмма 2. «Генофонды и генетическое разнообразие»
	Методы исследования дифференциально-разностных уравнений и приложения к задачам биологии и химии Президиум СО РАН, номер гранта 107
	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
	Роль транскрипционных факторов в возникновении яровости у пшениц в процессе доместикации РФФИ, номер гранта 09-04-01382
	ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
	Компьютерное исследование молекулярной эволюции генов и молекулярно-генетических систем многоклеточных животных РФФИ, номер гранта 09-04-01641
2008	Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013
	Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 08-04-01214-а
	Исследование молекулярных механизмов быстрой негеномной регуляции альдостероном эпителиального натриевого канала в дистальном сегменте нефрона крысы РФФИ, номер гранта 08-04-00658-а
	Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей РФФИ, номер гранта 08-04-01008-а
	СИСТЕМНАЯ БИОЛОГИЯ: КОМПЬЮТЕРНО-ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ПОДХОДЫ Программа фундаментальных исследований Президиума РАН М о л е к у л я р н а я и к л е т о ч н а я б и о л о г и я, номер гранта 0120.0 710993
	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов. Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
	Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.) Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
2007	Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов ФАНИ, номер гранта №02.512.11.2165
	Конструирование геносенсоров и оценка их чувствительности к токсическим воздействиям НГУ, номер гранта № 75/2007
2006	РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ Президиум СО РАН, номер гранта 24
	Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 49
2005	The Role of Drosophila Merlin in the Control of Mitosis Exit and Development. Министерство Безопасности США, номер гранта W81XWH-04-1-0509
	Генетический контроль пролиферации клеток РФФИ, номер гранта РФФИ 05-04-48316-а
	Исследование механизмов регуляции альдостероном внутриклеточного натрия в дистальном сегменте нефрона в постнатальном онтогенезе РФФИ, номер гранта 05-04-48371-а
	Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом РФФИ, номер гранта 05-04-49111-а
	Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков РФФИ, номер гранта 05-04-49141
	Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков РФФИ, номер гранта 05-04-49283
2004	Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism CRDF, номер гранта CRDF Rup2-2629-NO-04
2002	Experimental and theoretical investigation of dynamic processes in biological macromolecules INTAS, номер гранта INTAS-2001-02126

Научное руководство

2013	Компьютерная поддержка базы кинетических данных биохимических реакций Ермак Тимофей 2013-06-21
2012	Разработка подсистемы управления и визуализации программного комплекса "Эволюционный конструктор" Клименко Александра Игоревна 230100.62 ИНФОРМАТИКА И ВЫЧИСЛИТЕЛЬНАЯ ТЕХНИКА, 2012-06-19
	Разработка пространственно распределённой модели эволюции бактериальных сообществ Мамонтова Елена Андреевна Прикладная математика и информатика, 2012-06-07
	Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ Мустафин Захар Сергеевич Прикладная математика и информатика, 2012-06-07
	«Анализ роли транскрипционных факторов в аберрантном метилировании ДНК при глиобластоме» Леденцова Марина Владимировна ФЕН. кафедра информационной биологии, 2012-06-07
	Пакет для расчета дифференциальных уравнений на вычислительном кластере ЦКП "Биоинформатика" Тартакынов Артем , 2012-06-01
2011	Подсистема визуализации данных в рамках программного пакета MGSModelsDB Насонов Владимир 2011-12-15
	Разработка программного средства для статистического анализа генных сетей Маленков Станислав Игоревич , 2011-06-15
	Алгоритм редукции графов для расчета динамики генных сетей в рамках синхронной булевой модели Казанцев Антон Леонидович , 2011-06-07
	Численные расчеты динамики генных сетей на основе редукции графов в рамках синхронной булевой модели Сапожников Владислав Владимирович , 2011-06-07
	Анализ структуры словарных сетей, построенных по данным научных публикаций в области биологии и медицины Ковалёв Павел Васильевич , 2011-06-07
	Исследование математической модели перераспределения вещества в кольцевом ансамбле клеток СМИРНОВа А.А. , 2011-06-06
2010	Разработка алгоритмов для оптимизации пространственных структур РНК Барсов Константин Александрович , 2010-06-28
	Создание модуля приведения размерностей параметров математических моделей молекулярно-генетических систем Ефремов А.М. Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем, 2010-06-25
	Разработка программного средства для выявления временных трендов использования ключевых слов в научных публикациях Фурсов Федор Иванович , 2010-06-13
	Разработка программного средства для моделирования движения рибосом Залевский Артем Александрович , 2010-06-12
	Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2010-06-10
	Разработка программного средства для анализа структуры словарных сетей по данным научных публикаций Крутов Павел Викторович , 2010-06-08
	О связи первичных структур генов с эффективностью их экспрессии Орленко Алена Вадимовна Математическая биология, биоинформатика, 2010-06-06
	МАТЕМАТИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ АУКСИНА НА РИЗОТАКСИС У ARABIDOPSIS THALIANA (L.) HEYNH. Новоселова Екатерина Сергеевна , 2010-06-05
	КОМПЬЮТЕРНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ АУКСИНА В МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЙ РЕГУЛЯЦИИ РАЗВИТИЯ КОРНЯ РАСТЕНИЙ Миронова Виктория Владимировна 2010-05-18
	Моделирование регуляции развития меристемы побега в эмбриогенезе Arabidopsis thaliana L. Акбердин Илья Ринатович 2010-04-15
	«Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов» Лашин Сергей Александрович Биоинформатика, 2010-04-08
2009	Компьютерная система для аннотации геномов. Модуль анализа РНК Савичев Владимир Вячеславович , 2009-06-25
	Расчет динамики логических сетей на основе метода декомпозиции, адаптированного для графического процессора Иванченко Вадим Сергеевич , 2009-06-22
	Алгоритмы для оптимизации пространственных структур РНК Барсов Константин Александрович , 2009-06-20
	Создание модуля импорта данных для системы MGSgenerator Чебаков А.А. Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем, 2009-06-19
	ОРГАНИЗАЦИЯ ЧИСЛЕННЫХ РАСЧЕТОВ НА ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРАХ Кутумов Алексей Алексеевич , 2009-06-11
	Решеточные модели белков с усложненным механизмом укладки, их энергетические поверхности и кинетика укладки Пальянов Андрей Юрьевич Химическая физика, горение и взрыв, физика экстремальных состояний вещества, 2009-05-14
2008	Алгоритмы поиска микроРНК в геномных последовательностях Ворожейкин Павел Сергеевич , 2008-06-24
	Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2008-06-18
	Разработка программных средств анализа малых РНК: поиск мишеней и расположение миРНК в геномных последовательностях Иванисенко Александр Юрьевич , 2008-06-10
	МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ РЕГУЛЯЦИИ БИОСИНТЕЗА ПИРИМИДИНОВЫХ НУКЛЕОТИДОВ В КЛЕТКЕ ESCHERICHIA COLI Ри Максим Тексенович 2008-06-06
	Исследование механизмов регуляции геносенсора на основе промотора гена dps Escherichia coli Степанова Татьяна Юрьевна 2008-06-03
2007	Реконструкция и моделирование генной сети онтогенеза вируса гриппа типа А Кашеварова Наталья Александровна , 2007-06-06
	Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis Thaliana в терминах клеточного автомата Озонов Е.А. , 2007-06-05
2006	Исследование структурного перехода в рамках модели "малого мира" генных сетей Вольф Анна Анатольевна , 2006-06-10
	Разработка программных средств дизайна малых РНК для подавления вируса гепатита С Иванисенко Александр Юрьевич , 2006-06-07
	Алгоритмы поиска сигналов в нуклеотидных последовательностях на основе скрытых марковских моделей Ворожейкин Павел Сергеевич , 2006-06-07
	Математическая модель Тайсона цикла клеточного деления делящихся дрожжей. Турко М.И. , 2006-06-06
	О ВОССТАНОВИМОСТИ ДИСКРЕТНЫХ МОДЕЛЕЙ ГЕННЫХ СЕТЕЙ Комаров А.В. , 2006-06-05
	Исследование симметричных генных сетей с регуляторными связями, обуславливающими возможность возникновения хаотических колебаний Руднева Д.С. , 2006-06-05
	ПРЕДЕЛЬНЫЙ ПЕРЕХОД К УРАВНЕНИЮ С ЗАПАЗДЫВАЮЩИМ АРГУМЕНТОМ В МОДЕЛИ СИНТЕЗА ВЕЩЕСТВА С УЧЁТОМ ОБРАТИМОСТИ И СТОКОВ Штокало Д.Н. , 2006-06-05
2004	МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ ГЕННОЙ СЕТИ TNFalpha ИНДУЦИРУЕМОЙ АКТИВАЦИИ NF-kappaB Гурьева Я.П. Молекулярная биология, 2004-06-06

Учебные курсы

2012	Организация и функционирование молекулярно-генетических систем III: методы анализа генетических текстов ФЕН НГУ 4 курс, кафедра информационной биологии, семестров: 1
2011	Язык С++ для биологов НГУ, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
	Экология Новосибирский государственный архитектурно-строительный университет, кафедра безопасности жизнедеятельности, семестров: 1
	Информационные технологии и языки программирования (программирование на языке Java) НГУ, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
	Математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1
	Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1
2010	математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1
	Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1
	Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1
	Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике Центр технологий HP в НГУ, семестров: 1
2009	Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1
	Математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1
	Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1
2008	Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1
	Математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1
	Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1
2007	Математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1
	Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1
2006	Эволюция сложных систем Cеместров: 1
	Математическое моделирование генных сетей Cеместров: 1
	Теория молекулярной эволюции НГУ, КИБ, КЦГ, семестров: 1
2004	Эволюция сложных систем Cеместров: 1
	Генные сети НГУ, ФЕН, КИБ, семестров: 1

Патенты

2012	База данных "Элементарные подсистемы: метаболизм E.coli" (ЭлСи: E.coli)/ Database "Elementary subsystems: E.coli metabolism" (ElSy: E.coli) Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В. Номер патента 2012620064
2011	Программа визуализации и компиляции математических моделей генных сетей (МГСмодели) / Software tool for gene networks mathematical models view and compile (MGSmodelsDB) Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Насонов В.В., Тимонов В.С. Номер патента № 2011616329
	Генная сеть «ПараХозя»(ГС «ПХ»)/ Gene Net «ParaHozya» (GN «PH») Бухарина Т.А. Мордвинов В.А. Фурман Д.П. Номер патента 2011620439
2010	Генная сеть "Нейрогенез:Асимметричное деление" (ГС"НАД") / Gene Net "Neurogenesis:Asymmetric division (GN "NAD")" Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Номер патента 2010620480
	Генная сеть "Нейрогенез:Предструктура" (ГС"НП") / Gene Net "Neurogenesis:Prepattern (GN "NP")" Бухарина Т.А. Фурман Д.П. Номер патента 2010620479
	Генная сеть "Нейрогенез:Детерминация" (ГС"НД") / Gene Net "Neurogenesis:Determination (GN "ND")" Фурман Д.П. Бухарина Т.А. Номер патента 2010620416
	Растения, Паттерны, Фенотипы (3П-ДБ)/Plants, Patterns, Phenotypes (3P-DB) Миронова В.В., Залевский Е.М., Омельянчук Н.А. Номер патента 2010620474
	Рекомбинантная плазмидная ДНК pYfi-gfp, кодирующая продукцию флюоресцентного белка GFPaav и штамм бактерий Escherichia coli JM109-pYfi продуцирующий флюоресцентный белок GFPaav в присутствии токсических агентов Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Номер патента № 2384620
	База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620013
	База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Номер патента 2010620014
2009	База данных: Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite) Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А. Номер патента №2009620500
	Штамм бактерий Escherichia coli для тестирования присутствия в среде фенола и перекиси водорода. Качко А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Номер патента № 2348687
2008	Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller) Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В Номер патента №2008612820
	Программа автоматической генерации математических моделей генных сетей (МГСгенератор) / Software tool for mathematical models autogeneration on basis of the gene networks structure (MGSgenerator) Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Номер патента №2008611941
2007	База данных: Экспрессия эукариотических генов (ЭуГенЭксп) / Eukaryotic Gene Expression Database (EuGenExp) Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620394
	База данных: Транскрипционный Фактор-Ген Млекопитающих взаимодействия (ТФГМВ)/ Transcription Factor- Mammalian Gene Interactions (TFMGI) Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Генаев М.А. Номер патента №2007620395
	База данных: Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE). Степаненко И.Л., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620396
	База данных: Геносенсорные конструкции (ConSensor) Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л. Номер патента №2007620168
	База данных: Биотехнологически значимые продукты (BiotechPro) Ибрагимова С.М., Смирнова О.Г., Григорович Д.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620105
2006	Генные сети Арабидопсиса (ГСА)/Arabidopsis GeneNet Supplementary (AGNS) Омельянчук Н.А., Поплавский А.С., Миронова В.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента 2006620170
	База данных: Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX) Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620257
	База кинетических данных (KiNET) Недосекина Е.А., Хлебодарова Т.М., Поплавский А.С., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620209
	База данных: Гены-сенсоры (GenSensor) Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Подколодный Н.Л. Номер патента №2006620197
	База данных: Матрицы сайтов связывания транскрипционных факторов (ArtSite) Хлебодарова Т.М. Номер патента №2006620167
	База данных: Районы позиционирования нуклеосом (NPRD). Левицкий В.Г., Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Фурман Д.П., Катохин А.В., Смирнова О.Г., Хлебодарова Т.М. Номер патента №2006620074