Афонников Дмитрий Аркадьевич, д. б. н. Подразделение: 157. Отделение "Курчатовский геномный центр ИЦиГ СО РАН" Заведующий: 221. Лаб. феномики растений 014. Лаб. эволюц. биоинформ. и теор. генетики Должность: ведущий научный сотрудник Комната: 1318 Email: ada@bionet.nsc.ru Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1318

Scopus: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6603250630
Гугл-академия: https://scholar.google.com/citations?user=35FtI0kAAAAJ&hl=ru
Индекс WOS: http://apps.webofknowledge.com/Search.do?product=WOS&SID=D64FO1aVjZrYJnrsJM9&search_mode=GeneralSearch&prID=3105d292-061d-4741-bd51-20ec95653e04
Индекс рецензентов publons.com: https://publons.com/researcher/1329995/dmitry-afonnikov/

Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

1968

Образование

НГУ – 1992 – физик

Награды

 

Область научных интересов

Биоинформатика, молекулярная эволюция, структура белка.

Область рабочих интересов

 

Хобби

Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.

Публикации

2024	Biochemical, Genetic, and Grain Digital Evaluation of Soft Winter Wheat Varieties with Different Germination Index. A.V. Fedyaeva, S.D. Afonnikova, D.A. Afonnikov, O.G. Smirnova, V.N. Deeva, A.I. Pryanishnikov, E.A. Salina [RUSS J PLANT PHYSL+]
	Identification of novel loci precisely modulating pre-harvest sprouting resistance and red color components of the seed coat in T. aestivum L. Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Komyshev E.G., Koval V.S., Afonnikov D.A., Salina E.A. [Plants]
	Enrichment of Grain Anthocyanin Content through Marker-Assisted Breeding for Ant1, Ant2 or HvMyc2 Genes in Barley (Hordeum vulgare L.) Kukoeva T.V., Molobekova C.A., Totsky I.V., Vasiliev G.V., Pronozin A.Y., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K., Shoeva O.Y. [Agronomy]
	Image-based classification of wheat spikes by glume pubescence using convolutional neural networks. Artemenko N.V., Genaev M.A., Epifanov R.UI., Komyshev E.G., Kruchinina Y.V., Koval V.S., Goncharov N.P. and Afonnikov D.A. [Frontiers in Plant Science]
	TauL1, TauL2 and TauL3 gene-pools of Aegilops tauschii essentially differ in their genetic expression patterns Alexander Ju. Dudnikov, Gennady V. Vasiliev, Ming Hao, Deng-Cai Liu, Fan Xing, Mehdi Mansouri, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov [Botanica Serbica]
	Конвейер обработки гиперспектральных изображений на примере исследования зерен ячменя, содержащих меланин. Бусов И.Д., Генаев М.А., Комышев Е.Г., Коваль В.С., Зыкова Т.E., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2023	Determination of the melanin and anthocyanin content in barley grains by digital image analysis using machine learning methods E.G. Komyshev, M.A. Genaev, I.D. Busov, M.V. Kozhekin, N.V. Artemenko, A.Y. Glagoleva, V.S. Koval, D.A. Afonnikov [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Assembly and Analysis of Plastomes for 15 Potato Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Elena A. Salina, Alex V. Kochetov, Dmitry A. Afonnikov [Agronomy]
	Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Gennady V. Vasiliev, Stepan V. Toshchakov, Nikolay A. Shmakov, Mikhail A. Genaev, Mikhail A. Nesterov, Salmaz M. Ibragimova, Daniil A. Rybakov, Tatjana A. Gavrilenko, Elena A. Salina, Maxim V. Patrushev, Alex V. Kochetov and Dmitry A. Afonnikov [INT J MOL SCI]
	GBS-DP: биоинформатический конвейер для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования А.Ю. Пронозин, Е.А. Салина, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	ICAnnoLncRNA: A Snakemake Pipeline for a Long Non-Coding-RNA Search and Annotation in Transcriptomic Sequences Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Genes]
	Three Cycles of Continuous Propagation of a Severe PSTVd Strain NicTr-3 in Solanum lycopersicum cv. Rutgers Resulted in Its Attenuation and Very Mild Disease Symptoms in Potato Alex V. Kochetov, Nikolay Shmakov, Dmitry A. Afonnikov, Gennady V. Vasiliev, Natalja V. Shatskaya, Anastasiya A. Egorova, Nina V. Mironenko, Nina M. Lashina, Alexander V. Khiutti and Olga S. Afanasenko [Agronomy]
	Молекулярные механизмы оптимизации элонгации трансляции существенно различаются у бактерий, имеющих и не имеющих кластеры генов биосинтеза нерибосомных пептидов А. И. Клименко, С. А. Лашин, Н. А. Колчанов, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин [Молекулярная биология]
2022	Wheat yield estimation based on analysis of UAV images at low altitude Mikhail Kozhekin, Mikhail Genaev, Vasily Koval, Andrey Slobodchikov, Dmitry Afonnikov [BIO Web of Conferences]
	Classification of Fruit Flies by Gender in Images Using Smartphones and the YOLOv4-Tiny Neural Network Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Olga D. Shishkina, Natalya V. Adonyeva, Evgenia K. Karpova, Nataly E. Gruntenko, Lyudmila P. Zakharenko, Vasily S. Koval and Dmitry A. Afonnikov [Mathematics]
	QTL Analysis for Bread Wheat Seed Size, Shape and Color Characteristics Estimated by Digital Image Processing Mian Abdur Rehman Arif, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Nikolay A. Shmakov, Andreas Börner and Dmitry A. Afonnikov [Plants]
	Relationship between the characteristics of bread wheat grains, storage time and germination Dmitry A. Afonnikov. Evgenii G. Komyshev, Vadim M. Efimov, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Peter U. Gierke and Andreas Börner [Plants]
	Variability of leaf pubescence characteristics in transgenic tobacco lines with partial proline dehydrogenase gene suppression. S.M. Ibragimova, M.A. Genaev, A.V. Kochetov, D.A. Afonnikov [BIOL PLANTARUM]
	Информационные ресурсы по патогенам и вредителям культурных растений Турнаев Игорь Иванович, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
	Фосфолипазы A2 человека: функциональный и эволюционный анализ Турнаев Игорь Иванович, Бочарникова Мария Евгеньевна, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Vavilov journal of genetics and breeding]
2021	Image-Based Wheat Fungi Diseases Identification by Deep Learning Genaev M .A., Skolotneva E.S., Gultyaeva E.I., Orlova E.A., Bechtold N.P., Afonnikov D.A. [Plants]
	NLR Genes Related Transcript Sets in Potato Cultivars Bearing Genetic Material of Wild Mexican Solanum Species Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Antonova O.Y., Shatskaya N.V., Glagoleva A.Y., Ibragimova S.M., Khiutti A., Afanasenko O.S., Gavrilenko T.A. [Agronomy]
	Вироид веретеновидности клубней картофеля Кочетов, А. В., Пронозин, А. Ю., Шацкая, Н. В., Афонников, Д. А., Афанасенко, О. С. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Определение количественного содержания хлорофиллов в листьях по спектрам отражения алгоритмом случайного леса. Урбанович Е.А., Афонников Д.А., Николаев С.В. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Рибосомное профилирование как инструмент исследования трансляции у растений: основные итоги, проблемы и перспективы Афонников, Д. А., Синицына, О. И., Голубева, Т. С., Шмаков, Н. А., Кочетов, А. В. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2020	Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
	Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain. Anna S. Pavlova, Georgii D. Ozhegov, Georgij P. Arapidi, Ivan O. Butenko, Eduard S. Fomin, Nikolai A. Alemasov, Dmitry A. Afonnikov, Dina R. Yarullina, Vadim T. Ivanov, Vadim M. Govorun, Airat R. Kayumov [PROTEIN J]
	Quantifying Drosophila adults with the use of a smartphone Evgenia K. Karpova, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Natalya V. Adonyeva, Dmitry A. Afonnikov, Margarita A. Eremina, Nataly E. Gruntenko [Biology Open]
	The Phylogeny of Class B Flavoprotein Monooxygenases and the Origin of the YUCCA Protein Family Turnaev I.I., Gunbin K.V., Suslov V.V., Akberdin I.R., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A. [Plants]
	The mechanism of potato resistance to Globodera rostochiensis: comparison of root transcriptomes of resistant and susceptible Solanum phureja genotypes Alex V. Kochetov, Anastasiya A. Egorova, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko and Tatjana A. Gavrilenko [BMC PLANT BIOL]
	Анализ цветовых и текстурных характеристик зерен злаков на цифровых изображениях Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Использование гиперспектральной камеры Specim IQ для анализа растений В.В. Альт, Т.А. Гурова, О.В. Елкин, Д.Н. Клименко, Л.В. Максимов, И.А. Пестунов, О.А. Дубровская, М.А. Генаев, Т.В. Эрст, К.А. Генаев, Е.Г. Комышев, В.К. Хлесткин, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин [Генетика]
2019	Morphometry of the Wheat Spike by Analyzing 2D Images Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Nikolai V. Smirnov, Yuliya V. Kruchinina, Nikolay P. Goncharov and Dmitry A. Afonnikov [Agronomy]
	New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin [BMC GENOMICS]
	Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana Zakhar S. Mustafin, Vladimir I. Zamyatin, Dmitrii K. Konstantinov, Aleksej V. Doroshkov, Sergey A. Lashin, Dmitry A. Afonnikov [Genes]
	Progress in plant genome sequencing: research directions M.K. Bragina, D.A. Afonnikov, E.A. Salina [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Quantitative characteristics of pubescence in wheat (Triticum aestivum L.) are associated with photosynthetic parameters under conditions of normal and limited water supply Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Svetlana V. Osipova, Alexey V. Permyakov, Marina D. Permyakova, Vadim M. Efimov, Dmitry A. Afonnikov [PLANTA]
	The evolution of gene regulatory networks controlling Arabidopsis thaliana L. trichome development. Doroshkov AV, Konstantinov DK, Afonnikov DA, Gunbin KV. [BMC PLANT BIOL]
	Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins Ivanisenko VA, Ivanisenko TV, Saik OV, Demenkov PS, Afonnikov DA, Kolchanov NA. [Methods in Molecular Biology]
	Оценка количественных характеристик клубнеобразования дикого картофеля на основе анализа изображений клубней с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала, Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Системный подход к моделированию развития листостебельных грибных инфекций пшеницы Николаев С.В., Зубаирова У.С., Сколотнева Е.С., Орлова Е.А., Афонников Д.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2018	Haplotype analysis of Apoe SNPs in ADNI dataset. Babenko VN, Afonnikov DA, Ignatieva EV, Klimov AV, Gusev FE, Rogaev EI [BMC NEUROSCI]
	High temperature and pressure influence the interdomain orientation of Nip7 proteins from P. abyssi and P. furiosus: MD simulations Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. [Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
	Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis. Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [PloS One]
	Residue coevolution reveals functionally important intramolecular interactions in formamidopyrimidine-DNA glycosylase. Endutkin, A.V., Koptelov, S.S., Popov, A.V., Torgasheva, N.A., Lomzov, A.A., Tsygankova, A.R., Skiba, T.V., Afonnikov D.A., Zharkov, D.O. [DNA REPAIR]
	SpikeDroidDB – информационная система для аннотации морфометрических характеристик колоса пшеницы М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, Фу Хао, В.С. Коваль, Н.П. Гончаров, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания. эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников [V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ]
	Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Информационные ресурсы по коллекциям картофеля. Афонников Д.А., Тоцкий И.В., Сташевски З. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Метод оценки спектра поглощения листа пшеницы по спектру диффузного отражения. Николаев, С. В., Урбанович, Е. А., Шаяпов, В. Р., Орлова, Е. А., & Афонников, Д. А. [Сибирский вестник сельскохозяйственной науки]
	Опушение листа у картофеля Solanum tuberosum: морфология, функциональная роль и методы исследования. Дорошков А.В., Афонников Д.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2017	Evaluation of the SeedCounter, a Mobile Application for Grain Phenotyping Komyshev E., Genaev M., Afonnikov D. [Frontiers in Plant Science]
	Achievements and Prospects of Applying High-Throughput Sequencing Techniques to Potato Genetics and Breeding Bykova I.V., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Kochetov A.V., Khlestkina E.K. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Differential expression of NBS-LRR-encoding genes in the root transcriptomes of two Solanum phureja genotypes with contrasting resistance to Globodera rostochiensis Alex V. Kochetov, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Salmaz M. Ibragimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Tatyana A. Gavrilenko, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko [BMC PLANT BIOL]
	Diversity of leaf pubescence in bread wheat and relative species Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Alexander V. Simonov, Dmitry A. Afonnikov, Andreas Bo¨rner [Genetic Resources and Crop Evolution]
	Identification of residues of the archaeal RNA-binding Nip7 proteins specific to environmental conditions Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. [Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
	Metabolic pathways and genes identified by RNA-seq analysis of barley near-isogenic lines differing by allelic state of the Black lemma and pericarp (Blp) gene Anastasiya Y. Glagoleva, Nikolay A. Shmakov, Olesya Y. Shoeva, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Elena K. Khlestkina [BMC PLANT BIOL]
	Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov [BMC BIOINFORMATICS]
	RNAseq-BASED DECIFERING OF MOLECULAR MECHANISMS UNDERLYING TRAIT FORMATION: NON-ALTERNATIVE WAY IN CASE OF IMPEDED METABOLITE IDENTIFICATION Glagoleva A.Y., Shmakov N.A., Shoeva O. Y., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Börner A., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K. [Acta Naturae]
	Достижения и перспективы использования методов высокопроизводительного секвенирования в генетике и селекции картофеля Быкова И.В., Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Хлесткина Е.К. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Интернет-доступные информационные ресурсы по генным сетям, включающие данные по человеку и животным. Игнатьева Е.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	РЕАЛИЗАЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА СОРТОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ ПОД ВЛИЯНИЕМ УСЛОВИЙ ВНЕШНЕЙ СРЕДЫ: СОВРЕМЕННЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ УЛУЧШЕНИЯ КАЧЕСТВА ЗЕРНА И ХЛЕБОПЕКАРНОЙ ПРОДУКЦИИ Е.К. ХЛЕСТКИНА, Е.В. ЖУРАВЛЕВА, Т.А. ПШЕНИЧНИКОВА, Н.И. УСЕНКО, Е.В. МОРОЗОВА, С.В. ОСИПОВА, М.Д. ПЕРМЯКОВА, Д.А. АФОННИКОВ, Ю.С. ОТМАХОВА [Сельскохозяйственная биология]
2016	Identification of microsatellite loci based on BAC sequencing data and their physical mapping into the soft wheat 5B chromosome Nesterov M.A., Afonnikov D.A., Sergeeva E.M., Miroshnichenko L.A., Bragina M.K., Bragin A.O., Vasiliev G.V., Salina E.A. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	A compendium of human genes regulating feeding behavior and body weight, its functional characterization and identification of GWAS genes involved in brain-specific PPI network Elena V. Ignatieva, Dmitry A. Afonnikov, Olga V. Saik, Evgeny I. Rogaev and Nikolay A. Kolchanov [BMC GENET]
	Identification of nuclear genes controlling chlorophyll synthesis in barley by RNA-seq Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Doroshkov A.V., Gordeeva E.I., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K. [BMC PLANT BIOL]
	Interactions between leaf pubescence genes in bread wheat as assessed by high throughput phenotyping. Doroshkov A.V., Afonnikov D.A., Dobrovolskaya O.B., Pshenichnikova T.A. [EUPHYTICA]
	Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N [Frontiers in Plant Science]
	Methods of high-throughput plant phenotyping for large-scale breeding and genetic experiments D. A. Afonnikov, M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. G. Komyshev, T. A. Pshenichnikova [RUSS J GENET+]
	Оценка количественных характеристик опушения листьев картофеля с использованием анализа цифровых микроизображений А.В. Дорошков, А.В. Симонов, А.Д. Сафонова, Д.А. Афонников, И.Е. Лихенко, Н.А. Колчанов [Достижения науки и техники АПК]
	Протокол анализа количественных характеристик опушения листа картофеля А.В. Дорошков, М.А. Генаев, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
2015	Comparison of the 3D organization of sperm and fibroblast genomes using the Hi-C approach Nariman Battulin, Veniamin S Fishman, Alexander M Mazur, Mikhail Pomaznoy, Anna A Khabarova, Dmitry A Afonnikov, Egor B Prokhortchouk, Oleg L Serov [GENOME BIOL]
	Computer high-throughput approaches to wheat phenotyping: application to leaf pubescence analysis Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A. Simonov A.V. [The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book]
	Identification of microRNA genes in three opisthorchiids Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV. [PLOS NEGLECT TROP D]
	Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA. [TRENDS PLANT SCI]
	The effect of plant hormones on the manifestation of leaf pubescence genes in bread wheat. Doroshkov A.V., Simonov A.V., Afonnikov D.A., Kasyanov N.S., Pshenichnikova T.A. [The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book]
	The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P. and Rogaev E.I. [BMC GENOMICS]
	The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы. М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2014	Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing E. M. Sergeeva, D. A. Afonnikov, M. K. Koltunova, V. D. Gusev, L. A. Miroshnichenko, J. Vrána, M. Kubaláková, C. Poncet, P. Sourdille, C. Feuillet, J. Doležel, E. A. Salina [Plant Genome]
	Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov [BMC STRUCT BIOL]
	Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Гены, контролирующие пищевое поведение и массу тела человека, и их функциональные и геномные характеристики Е.В. Игнатьева, Д.А. Афонников, Е.И. Рогаев, Н.А. Колчанов [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
	Системная биология Д.А. Афонников, В.В. Миронова [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Эффективность использования генов bmy2, waxy и внутренних транскрибируемых спейсеров генов рибосомных рнк в качестве маркеров для изучения генетического разнообразия видов рода Elymus. Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Белавин П.А., Агафонов А.В. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2013	Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. [EXP PARASITOL]
	BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L. [PALEONTOL J+(RUS)]
	INVESTIGATION OF THE SPATIAL GENOME ORGANIZATION OF MOUSE SPERM AND FIBROBLASTS BY THE Hi-C METHOD N.R. Battulin, V.S. Fishman, A.A. Khabarova, M.Yu. Pomaznoy, T.A. Shnaider, D.A. Afonnikov, O.L. Serov [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Phylogenetic Analysis of Housekeeping Archaeal Proteins and Early Stages of Archaea Evolution K. V. Gunbin, V. V. Suslov, D. A. Afonnikov [PALEONTOL J+(RUS)]
	SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Биоинформатика: метод во главе угла Афонников Д.А. Иванисенко В.А. [Наука из первых рук]
	Генетический контроль опушения листа у изогенных линий мягкой пшеницы сорта Новосибирская 67 Дорошков А.В., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. [RUSS J GENET+]
	Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2012	3С-методы в исследованиях пространственной организации генома Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов [Vavilov journal of genetics and breeding]
	BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA. [In Silico Biology]
	Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng [J INTEGR BIOINFORM]
	Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y. [Proceedings of HIBIT2012]
	Computer approaches to wheat high-throughput phenotyping Afonnikov D., Genaev M., Doroshkov A., Denisyuk V., Morozova E., Simonov A., Pshenichnikova T. [Journal of Stress Physiology & Biochemistry]
	Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique Mikhail A. Genaev, Alexey V. Doroshkov, Tatyana A. Pshenichnikova, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov [PLANTA]
	ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов [Vavilov journal of genetics and breeding]
	TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
	The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. // Proc. of Proc. of The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology». July–August 2012. Irkutsk. Russia. P.61. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina [GENETICS]
	WheatPGE: A system for analysis of relationships among the phenotype, genotype, and environment in wheat M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. V. Morozova, T. A. Pshenichnikova and D. A. Afonnikov [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П. [Археология, этнография и антропология Евразии]
	Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Морозова Е.В., Симонов А.В., Афонников Д.А. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
	Информационный портал "Биотехнология растений" - Интернет ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы. Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2011	Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [BMC EVOL BIOL]
	Анализ особенностей морфологии и наследования опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помощью компьютерных методов фенотипирования. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. [RUSS J GENET+]
	Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Медведев К.Е., Афонников Д.А. [Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
	Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. [Doklady Biochemistry and Biophysics]
	Изучение методами молекулярной динамики структур белков NIP7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. [Вестник ТГУ]
	КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА WheatPGE ДЛЯ АНАЛИЗА ВЗАИМОСВЯЗИ ФЕНОТИП-ГЕНОТИП-ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА У ПШЕНИЦЫ М.А. Генаев, A.В. Дорошков, Е.В. Морозова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. [Вестник ТГУ]
2010	A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [Moscow University Biological Sciences Bulletin]
	Адаптация к бездне Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В. [Химия и жизнь]
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. [Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
2009	Isolation and sequence analysis of the wheat B genome subtelomeric DNA Salina E.A., Sergeeva E.M., Adonina I.G., Shcherban A.B., Afonnikov D.A., Belcram H., Huneau C., Chalhoub B. [BMC GENOMICS]
	Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA [BMC GENOMICS]
	Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А. [Doklady Akademii Nauk]
	Анализ коррелированных замен в гомологичных белках семейства Fpg/Nei Коптелов С.С., Афонников Д.А., Жарков Д.О. [Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина]
	Применение компьютерного анализа микроизображений листа для оценки характеристик опушения листа пшеницы Triticum Aestivum L Дорошков А.В., Арсенина С.И., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. [Информационный вестник ВОГИС]
2008	Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins. Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [Methods in Molecular Biology]
2007	The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A. [In Silico Biology]
	The location of the gene regions under selective pressures: PLATO algorithm parallelization Vyatkin Yu. V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. [Lect Notes Comput Sci]
2006	Prediction of Contact Numbers of Amino Acid Residues Using a Neural Network Regression Algorithm D. A. Afonnikov, A. V. Morozov, N. A. Kolchanov [BIOPHYSICS]
2005	Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. [Информационный вестник ВОГИС]
2004	Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный [Molecular Biology]
2002	ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A. [NUCLEIC ACIDS RES]
2001	Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov [BIOINFORMATICS]
1997	Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. [Molecular Biology]

Монографии

2019	Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins Ivanisenko, V. A., Ivanisenko, T. V., Saik, O. V., Demenkov, P. S., Afonnikov, D. A. and Kolchanov, N. A.
2014	Wheat leaf pubescence analysis: methods of computer phenomics Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A.
2012	Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
2011	Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
2010	BioinfoWF – веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
	Анализ эволюции в семействах белоккодирующих генов у архей рода Pyrococcus при адаптации к высоким давлениям океанических глубин Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А.
	Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А.
	Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
2009	The importance of transpositions and recombination to genome instability according hobo-element distribution pattern in completely sequence genome of Drosophila melanogaster Zakharenko L. P., Perepelkina M. P., Afonnikov D. A.
2008	Анализ режима адаптивной эволюции в белках вируса гепатита С. В Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 602-610. Варламова Е.С., Афонников Д.А., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
	Классификация локального пространственного окружения аминокислотных остатков по физико-химическим свойствам. В Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 281-289. Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
	Компьютерный анализ структурно-функциональных характеристик протеасомной деградации белков. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 296-301. Барышев П.С., Афонников Д.А.
	Координированные замены аминокислот в белках. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 591-602. Афонников Д.А.
2007	The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.
2006	Prediction of contact numbers of amino acid residues using a neural network model. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov and R. Hofestaedt) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 297-304. Afonnikov D.A.

Конференции

2024	A unified data preprocessing framework to address inconsistencies in comparative plastid genome studies Emirsaliev A., Salina E., Mitrofanova I., Afonnikov D. [The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)]
	Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato Cultivars Grown in Russia Karetnikov D.I., Vasiliev G.V., Toshchakov S.V., Shmakov N.A., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Rybakov D.A., Gavrilenko T.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. [The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)]
	Assembly and Analysis of Plastomes for 30 Potato Cultivars Grown in Russia Karetnikov D.I., Salina E.A., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. [The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)]
	Genome-wide association study reveals novel loci modulating pre-harvest sprouting and grain color in red-grained winter wheat T. aestivum L. Afonnikova S., Kiseleva A., Fedyaeva A., Komyshev E., Koval V., Afonnikov D., Salina E. [The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)]
	Testing CAPS-markers designed on partially phased assembly of autotetraploid Solanum tuberosum genome Larichev K., Sergeeva E., Karetnikov D., Afonnikov D., Salina E., Kochetov A. [The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)]
	Исследование вариаций и структуры генома сортов картофеля Solanum tuberosum, выращиваемых в России Д.И. Каретников, Г.В. Васильев, С.В. Тощаков, Н.А. Шмаков, М.А. Генаев, М.А. Нестеров, С.М. Ибрагимова, Д.А. Рыбаков, Т.А. Гавриленко, Е.А. Салина, М.В. Патрушев, А.В. Кочетов, Д.А. Афонников [INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”]
	Поиск локусов и генов-кандидатов, ассоциированных с окраской и предуборочным прорастанием зерна у краснозерной озимой мягкой пшеницы Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Комышев Е.Г., Афонников Д.А., Салина Е.А. [7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)]
	Поиск и анализ длинных некодирующих РНК в масштабах пан-транскриптома кукурузы. Пронозин Артем Юрьевич Афонников Дмитрий Аркадьевич [VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы]
	Предсказание и анализ длинных некодирующих РНК на основе пан-транскриптома Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024): The 14th International Multiconference Novosibirsk, 2024]
	Разработка биоинформатического конвейера для обработки данных, полученных методом GBS Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024): The 14th International Multiconference Novosibirsk, 2024]
2023	Analysis of the genome structure and its variations in potato cultivars grown in Russia Karetnikov D.I., Vasiliev G.V., Toshchakov S.V., Shmakov N.A., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Rybakov D.A., Gavrilenko T.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. [7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)]
	Developing plasmid vectors with cultivar specific U6 promoter to enhance CRISPR/Cas9 genome editing efficiency in potato (Solanum tuberosum) Larichev K.T., Sergeeva E.M., Karetnikov D.I., Afonnikov D.A., Salina E.A., Kochetov A.V. [7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)]
	Structural analysis of genes affecting the tuber starch content and properties in Russian potato varieties Sergeeva E.M., Karetnikov D.I., Afonnikov D.A., Larichev K.T., Salina E.A., Kochetov A.V. [7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)]
	Study of grain shape, color and pre-harvest sprouting in population of winter bread wheat cultivated in Russia Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Afonnikov D.A., Salina E.A. [7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)]
	The ICAnnoLncRNA pipeline for a Long-Non-coding-RNA identification and Annotation in Transcriptomic Data Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич [7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)]
	The study of the influence of various factors on the germination index in the collection of soft winter wheat (Triticum aestivum L.) Fedyaeva A.V., Afonnikova S.D., Afonnikov D.A., Deeva V.N., Pryanishnikov A.I., Salina E.A. [7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)]
	ОТ АНАЛИЗА СТРУКТУРЫ ГЕНОВ К ПОЛУЧЕНИЮ ЛИНИЙ КАРТОФЕЛЯ SOLANUM TUBEROSUM С ИЗМЕНЕННЫМИ СВОЙСТВАМИ КРАХМАЛА Сергеева Е.М., Ларичев К.Т., Каретников Д.И., Афонников Д.А., Салина Е.А., Кочетов А.В. [Международный форум природоподобных технологий. Курчатовский геномный форум 2023]
	ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ АССОЦИАЦИЙ ПРИЗНАКОВ ПРЕДУБОРОЧНОГО ПРОРАСТАНИЯ И ЦВЕТА ЗЕРНА У ОЗИМОЙ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Афонников Д.А., Салина Е.А. [Международный форум природоподобных технологий. Курчатовский геномный форум 2023. II международная молодежная конференция "Генетические и радиационные технологии в сельском хозяйстве"]
	СОЗДАНИЕ ПЛАЗМИДНОГО ВЕКТОРА С СОРТОСПЕЦИФИЧНЫМИ ПРОМОТОРАМИ U6 ДЛЯ ГЕНОМНОГО РЕДАКТИРОВАНИЯ РОССИЙСКИХ СОРТОВ КАРТОФЕЛЯ (SOLANUM TUBEROSUM) Ларичев К.Т., Сергеева Е.М., Каретников Д.И., Афонников Д.А., Салина Е.А., Кочетов А.В. [Международный конгресс "CRISPR-2023"]
2022	Plant immunity genes of Solanum tuberosum L. cultivars associated with resistance to potato late blight Shmakov N., Kochetov A., Afonnikov D., Vasiliev G., Antonova O., Shatskaya N., Glagoleva A., Ibragimova S., Khiutti A., Afanasenko O., Gavrilenko T. [13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
	Plant immunity genes of Solanum tuberosum L. cultivars associated with resistance to potato late blight Shmakov N., Kochetov A., Afonnikov D., Vasiliev G., Antonova O., Shatskaya N., Glagoleva A., Ibragimova S., Khiutti A., Afanasenko O., Gavrilenko T. [13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
	Computer annotation of plant protein sequences based on sequence similarity and orthology Malyugin E., Mustafin Z., Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)]
	Large scale analysis of the crop transcriptomic data: analysis of out of the reference transcripts Afonnikov D.A., Genaev M.A., Shmakov N.A., Mustafin Z.S., Mukhin A.M., Lashin S.A. [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)]
	RECONSTRUCTION AND ANALYSIS OF PANGENOME OF SIBERIAN CULTIVARS OF POTATO SOLANUM TUBEROSUM Toschakov S.V., Gavrilenko T.A., Afonnikov D.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Karetnikov D.I., Genaev M.A., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Ibragimova S.M., Vasiliev G.V. [III Всероссийская конференция «Высокопроизводительное секвенирование в геномике» (HSG-2022)]
	Reconstruction and analysis of potato Solanum tuberosum pangenome of Siberian cultivars Karetnikov D.I., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Vasiliev G.V., Toschakov S.V., Gavrilenko T.A., Afonnikov D.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V. [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) : The Thirteenth International Multiconference]
	Анализ сельскохозяйственных сортов ячменя методом GBS Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Салина Елена Артемовна [GeneBio-2022]
	РЕКОНСТРУКЦИЯ И АНАЛИЗ ПАНГЕНОМА КАРТОФЕЛЯ SOLANUM TUBEROSUM СОРТОВ СИБИРСКОЙ СЕЛЕКЦИИ Каретников Д.И., Генаев М.А., Нестеров М.А., Ибрагимова С.М., Васильев Г.В., Тощаков С.В., Гавриленко Т.А., Афонников Д.А., Салина Е.А., Патрушев М.В., Кочетов А.В. [III Международная научно-практическая конференция "Клеточная биология и биотехнология растений"]
2021	Pan-transcriptomic analysis of Solanum tuberosum NLR genes regulating resistance to Phytophthora infestans Shmakov N.A., Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V. [PlantGen2021]
	Identification and classification of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Марчуковские научные чтения – 2021.]
	Identification and structural analysis of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)]
	Identification and structural features analysis of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology.]
	Prediction, classification and annotation of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич [6th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding (CBB6)]
	Разработка маркеров к генам биосинтеза крахмала картофеля Solanum tuberosum L. Сергеева Е.М., Щербань А.Б., Куваева Д.Д., Афонников Д.А., Салина Е.А., Кочетов А.В. [V Всероссийская конференция «Фундаментальная гликобиология»]
2020	EXTRACTION OF SPECTRAL SERIES OF IONS FROM MASS SPECTRA OF PEPTIDES BY METHODS OF INTEGRAL TRANSFORMS AND MACHINE LEARNING Fomin E., Alemasov N., Afonnikov D. [BGRS-2020]
	Features of the organization of bread wheat 5BS chromosome region carrying the leaf rust resistance gene Lr52 Брагина Мария Константиновна Афонников Дмитрий Аркадьевич Салина Елена Артемовна [12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)]
	Gene network of type 2 diabetes: reconstruction of analysis Zamyatin V., Mustafin Z., Matushkin Y., Afonnikov D., Klimontov V., Lashin S. [BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts. 2020.]
	OrthoWeb-web application for macroand microevolutionary analysis of genes Mustafin Z., Mukhin A., Afonnikov D., Matushkin Y., Lashin S [BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
	Predicting elongation efficiency of gene translation for annotation of bacterial genomes: a case study for biosynthetic gene clusters of nonribosomal peptides Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. [12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020]
	Using fast homology search tools for protein sequence functional annotation: a comparison Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
	Изучение основных параметров устойчивости яровой пшеницы к мучнистой росе Н.П. Бехтольд, Е.А. Орлова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников, У.С. Зубаирова [Генофонд и селекция растений: доклады и сообщения V Международной конференции «Генофонд и селекция растений»]
	Использование программ быстрого поиска гомологии для функциональной аннотации белков Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. [«Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2020» (АПВПМ-2020)]
2019	Study of the leaf rust resistance gene Lr52 by targeted sequencing Bragina M.K., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V., Salina E.A. [5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)]
	ОПУШЕНИЕ ЛИСТА ПШЕНИЦЫ: ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЕ ФЕНОТИПИРОВАНИЕ, ГЕНЕТИЧЕСКИЙ КОНТРОЛЬ И ФИЗИОЛОГИЧЕСКАЯ РОЛЬ Афонников Д.А, Дорошков А.В., Генаев М.А., Симонов А.В., Осипова С.В.,Пермяков А.В., Пермякова М.Д., Ефимов В.М., Пшеничникова Т.А. [«VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ, И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ»]
	Current achievements in study of black-spiked barley Anastasiia Yu. Glagoleva, Sergey R. Mursalimov, Natalya V. Gracheva, Nickolay A. Shmakov, Natalya M. Levanova, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Olesya Yu. Shoeva, Elena K. Khlestkina [5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding]
	Novel genomic marker for the Alm locus in barley identified based on transcriptome analysis N.A. Shmakov, A.Yu. Glagoleva, G.V. Vasiliev, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina [PlantGen2019]
	Transcriptomic analysis of barley partial albinism Nickolay Shmakov, Anastasiya Glagoleva, Gennadiy Vasiliev, Dmitry Afonnikov, Elena Khlestkina [5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding]
	WildPetotaDB – a database for genotype and phenotype of wild tuber-bearing species of the genus Solanum L. Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. [Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference]
	ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСКРИПТОМА ПОЧТИ ИЗОГЕННОЙ ЛИНИИ ЯЧМЕНЯ С ЧАСТИЧНЫМ АЛЬБИНИЗМОМ Шмаков Н.А., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А., Хлёсткина Е.К. [БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ]
	ИССЛЕДОВАНИЕ ЧАСТИЧНОГО АЛЬБИНИЗМА ЯЧМЕНЯ С ПОЗИЦИИ ТРАНСКРИПТОМИКИ Шмаков Н. А., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А., Хлёсткина Е.К. [VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС)]
	Метод морфометрии колоса пшеницы на основе анализа изображений Комышев Е.Г., Генаев М.А., Афонников Д.А. [Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни.]
	РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО ФЕНОТИПИРОВАНИЯ РАСТЕНИЙ ДИКИХ ВИДОВ КАРТОФЕЛЯ Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. [VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы.]
	Разработка методов автоматического определения количественных характеристик, описывающих фенотипические признаки колоса пшеницы Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников [Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)]
	Эволюционный анализ генных сетей абиотического стресса растений Лашин С.А., Мустафин З.С., Замятин В.И., Константинов Д.К., Дорошков А.В., Афонников Д.А. [VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы]
2018	Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников [V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018” В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ]
	Hippocampal differentially expressed genes between tame and aggressive foxes are included in pathways associated with stress, behavior and adult neurogenesis Гербек Ю.Э., Генаев М.А., Васильев Г.В., Гулевич Р.Г., Шихевич С.Г., Шепелева Д.В., Афонников Д.А., Трут Л.Н. [The 11th International Multiconference BGRS\SB-2018]
	Leaf hairiness in wheat: genetic, evolutional and physiological aspects T. A. Pshenichnikova, A. V. Doroshkov, A. V. Simonov, M. A. Yudina, D. A. Afonnikov, M. D. Permyakova, A. V. Permyakov, S. V. Osipova, A. Börner [17th International EWAC Conference]
	Discordant evolution of YUCCA family proteins demonstrated along sequence. I. Turnaev, K. Gunbin, V. Suslov, D. Afonnikov [11-ая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии — BGRS\SB-2018]
	Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy metabolism disorders S.A. Lashin, Z.S. Mustafin, V.A. Manevich, D.A. Afonnikov, E.V. Ignatieva, Yu.G. Matushkin, V.V. Klimontov [BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium]
	Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy metabolism disorders Lashin S.A., Mustafin Z.S., Manevich V.A., Afonnikov D.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V. [Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium]
	Genetic control of resistance to golden potato cyst nematode Globodera rostochiensis in potato plants Solanum phureja A.A.Egorova, N.A. Shmakov, S.V. Gerasimova, G.V. Vasilyev, N.V. Shatskaya, K.V. Strygina, D.A. Afonnikov, A.V. Kochetov ["PLANT FUNCTIONING UNDER ENVIRONMENTAL STRESS" SEPTEMBER 12 - 15, 2018, CRACOW, POLAND.]
	Genetic mechanisms of resistance to golden potato cyst nematode Globodera rostochiensis in Solanum phureja A.A. Egorova, N.A. Shmakov, S.V. Gerasimova, G.V. Vasilyev, N.V. Shatskaya, K.V. Strygina, D.A. Afonnikov, A.V. Kochetov [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” – BGRS\SB-2018]
	Identification of genes, associated with black pigmentation of seeds in cereals, based on transcriptomic analysis. A.Yu. Glagoleva, N.A. Shmakov, O.Yu. Shoeva, G.V. Vasiliev, N.V. Shatskaya, A. Börner, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina [The Tenth International Young Scientists School (SBB-2018)]
	Investigating genetic control of pigmentation in mutant barley lines with RNA-seq. BGRS, 2018 N.Shmakov, A.Glagoleva, A.Doroshkov, G.Vasiliev, N.Shatskaya, D.Afonnikov, E.Khlestkina [BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium]
	Molecular evolution analysis of genetic network components related to plant trichome development A.V. Doroshkov, D.K. Konstantinov, K. V. Gunbin, D. A. Afonnikov [BGRS/SB 2018]
	On evolutionary analysis of gene networks by the Orthoscape software Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin [BGRS 2018]
	Opisthorchiidae triad: comparative genomics of the carcinogenic liver flukes using a draft genome of Opisthorchis felineus Viatcheslav A. Mordvinov, Nikita I. Ershov, Mariya Y. Pakharukova, Dmitry A. Afonnikov [14th International Congress of Parasitology (ICOPA)]
	Анализ транскриптов, специфичных для линии картофеля, устойчивой к золотистой картофельной нематоде, из данных RNA-seq Н.А. Шмаков, А.Ю. Глаголева, К.В. Стрыгина, А.В. Егорова, Д.А. Афонников, А.В. Кочетов [Теоретические основы и прикладные исследования в селекции и семеноводстве картофеля]
	Программные средства для комплексного анализа генных сетей С.А. Лашин, З.С. Мустафин, В.И. Замятин, Д.А. Афонников, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов [V Международная конференция. «Постгеном 2018». В поисках моделей персонализированной медицины]
	Программные средства для построения и анализа сложных моделей микробного метаболизма и микробных сообществ Лашин С.А, Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Афонников Д.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. [Школа-конференция «Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике»]
2017	Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин [БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
	Достижение пика приспособленности при сложных ландшафтах в микробных сообществах в различных экологических условиях: результаты компьютерного моделирования С.А. Лашин, З.С. Мустафин, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников [БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
	Анализ эволюционных характеристик генных сетей с помощью программы Orthoscape Лашин С.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В., Афонников Д.А. [Международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
	Comparative transcriptomics of Opisthorchiidae liver flukes Ershov NI, Pakharukova MY, Afonnikov DA, Kovner A, Mordvinov VA [Swiss TPH Winter Symposium 2017 Helminth Infection – from Transmission to Control, TOPIC WORKING GROUP MEETING]
	Expression of genes related with stress and behavioral regulation in dorsal hippocampus of the experimentally domesticated foxes. Herbeck Y, Genaev M, Vasiliev G, Gulevich R, Shikhevich S, Shepeleva D, Afonnikov D, Trut L. [BNA international Festival of Neuroscience 2017]
	GENETICS AND OMICS APPROACHES TO BETTER UNDERSTANDING REGULATION OF METABOLI C PATHWAYS UNDERLYING PIGMENTATION IN WHEAT AND BARLEY O.Y. Shoeva, E.I. Gordeeva, N.A. Shmakov, K.V. Strygina, A.Y. Glagoleva, T.V. Kukoeva , N.V. Shatskaya , G.V. Vasiljev , A. Börner, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina* [4-ая международная научная конференция "Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений" (PlantGen2017)]
	IDENTIFICATION OF GENES CONTROLLING BLACK PIGMENTATION IN CEREALS Glagoleva A.Y., Vasiliev G.V., Shatskaya N. V., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Shoeva O. Y., Börner A., Khlestkina E.K. [4th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen2017)]
	MOBILE APPLICATION FOR HIGH THROUGHPUT GRAIN PHENOTYPING M. A. Genaev, E. G. Komyshev, D. A. Afonnikov [4th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen2017)]
	RNAseq-BASED DECIFERING OF MOLECULAR MECHANISMS UNDERLYING TRAIT FORMATION: NON-ALTERNATIVE WAY IN CASE OF IMPEDED METABOLITE IDENTIFICATION Glagoleva A.Y., Shmakov N.A., Shoeva O. Y., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Börner A., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K. [II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике" (HSG-2017)]
	The Genome of Opisthorchis felineus N. Ershov, M. Pomaznoy, D. Afonnikov, K. Gunbin, M. Genaev, K. Ustiantsev, M. Pakharukova, E. Prokhortchouk, A. Mazur, N. Chekanov, K. Skryabin, N. Kolchanov, et al., V. Mordvinov [Asian Neglected Tropical Disease Conference 2017 (NTDASIA2017)]
	ЗНАЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ КОЛЛЕКЦИЙ ДЛЯ РЕШЕНИЯ ЗАДАЧ ПРЯМОЙ И ОБРАТНОЙ ГЕНЕТИКИ РАСТЕНИЙ Хлесткина Е.К.*, Афонников Д.А., Бернер А., Быкова И.В., Васильев Г.В., Герасимова С.В., Глаголева А.Ю., Гордеева Е.И., Григорьев Ю.Н., Короткова А.М., Пшеничникова Т.А., Стрыгина К.В., Шацкая Н.В., Шмаков Н.А., Шоева О.Ю., Юдина Р.С. [III МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ «ГЕНОФОНД И СЕЛЕКЦИЯ РАСТЕНИЙ», ПОСВЯЩЕННАЯ 130-ЛЕТИЮ Н.И. ВАВИЛОВА (28.03. – 30.03.2017)]
	ИДЕНТИФИКАЦИЯ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С ЧЕРНОЙ ОКРАСКОЙ КОЛОСА У ЗЛАКОВ, НА ОСНОВЕ ТРАНСКРИПТОМНОГО АНАЛИЗА Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Шоева О.Ю., Васильев Г.В., Шацкая Н.В., Бернер А., Афонников Д.А., Хлесткина Е.К. [IV Вавиловская международная конференция «Идеи Н. И. Вавилова в современном мире»]
	Изучение механического поведения клеток в рамках клеточно-ориентированной модели роста листа пшеницы Зубаирова У.С., Николаев С.В., Пененко А.В., Подколодный Н.Л., Голушко С.К., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. [Девятая международная молодежная научная школа-конференция "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", посвященная 85-летию со дня рождения академика М.М. Лаврентьева]
	Экспрессия генов, связанных с поведением, стрессом и фотопериодизмом, в дорзальном гиппокампе доместицируемых лисиц. Гербек Ю.Э., Генаев М.А., Васильев Г.В., Гулевич Р.Г., Шихевич С.Г., Шепелева Д.В., Афонников Д.А., Трут Л.Н. [Международная конференция "Беляевские чтения".]
2016	Computer simulation of the trichome patterning on growing wheat leaf taking into account the biomechanics of cells U.S. Zubairova, S.V. Nikolaev, A.V. Penenko, N.L. Podkolodnyy, S.K. Golushko, D.A. Afonnikov, and N.A. Kolchanov [BGRS\SB-2016]
	Crossing valleys and reaching peak on the fitness landscapes in microbial communities under various ecological conditions: a simulation study Zakhar Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
	Development of Microsatellite Markers According to BAC Sequencing Data and Their Physical Mapping to the Bread Wheat 5B Chromosome M.A. Nesterov, D.A. Afonnikov, E.M. Sergeeva, L.A. Miroshnichenko, M.K. Bragina, A.O. Bragin, G.V. Vasiliev, E.A. Salina [The Tenth International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016)]
	HIGH TEMPERATURE AND PRESSURE INFLUENCE ON INTERDOMAIN INTERFACE OF THE NIP7 PROTEINS FROM P.ABYSSI AND P.FURIOSUS: MD SIMULATION RESEARCH K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov [BGRS\SB-2016]
	MOLECULAR EVOLUTION ANALYSIS OF RNA-BINDING NIP7 PROTEIN FROM DEEP- AND SHALLOW-WATER ARCHAEA K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov [BGRS\SB-2016]
	MOLECULAR EVOLUTION OF YUCCA PROTEIN FAMILY I.I. Turnaev, V.V. Suslov, K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov [BGRS\SB-2016]
	Mechanics of plant cell unidirectional growth S.V. Nikolaev, S.K. Golushko, U.S. Zubairova, D.A. Afonnikov [BGRS\SB-2016]
	Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin [The 8th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
	Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
	SEEDCOUNTER APPLICATION AND WHEAT EAR RECOGNIZING ALGORITHM FOR HIGH THROUGHPUT WHEAT PHENOTYPING E. G. Komyshev, M. A. Genaev, D. A. Afonnikov [Международный научный симпозиум «Генетика и геномика растений для продовольственной безопасности»]
	Step by Step Analysis of Wheat Chromosome 5B: New Data Elena A. Salina , Ekaterina M. Sergeeva , Mikhail A. Nesterov , Antonina A. Kiseleva , Zeev M. Frenkel , Abraham B. Korol , Dmitry A. Afonnikov , Jan Vrana , Jaroslav Dolezel , Andrey A. Mardanov , Nikolay V. Ravin [Plant & Animal Genome Asia 2016 (PAG ASIA 2016)]
	SyGraph – web system for visualization of synteny alignments and comparison of assembly contigs M. A. Genaev, D. A. Afonnikov [BGRS-2006]
	The compendium of human genes controlling feeding behavior or body weight, reconstruction of networks and analysis of their properties. Ignatieva E.V., O.V. Saik, D.A. Afonnikov [The Tenth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology BGRS/SB2016]
	Wheatdb2: plant trait database and information system based on Crop Ontology terms E.G. Komyshev, M.A. Genaev, A.V. Akushkina, D.A. Afonnikov [10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\ Systems Biology»]
2015	Monosomic analysis of leaf hairiness in isogenic lines of bread wheat Novosibirskaya 67 A. V. Doroshkov, D. A. Afonnikov, T. A. Pshenichnikova, A. V. Simonov [EWAC – The European Cereals Genetics Co-operative EUCARPIA Cereals Section International Conference]
	SeedCounter – mobile application for grain phenotyping Комышев Е.Г., Генаев М.А, Афонников Д.А. [Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk]
	THE STRUCTURAL ORGANIZATION OF THE REGIONS SPANNING 5S rRNA GENES LOCATED ON 5BS CHROMOSOME OF TRITICUM AESTIVUM L. Sergeeva E.M., Koltunova M., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Salina E.A. [The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”]
	ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ЯДЕРНОГО И МИТОХОНДРИАЛЬНОГО ГЕНОМОВ 3С МЕТОДАМИ Фишман В.С., Баттулин Н.Р., Миронова И.В., Помазной М.Ю., Афонников Д.А., Мазур А.М., Хабарова А.А., Прохорчук Е.Б., Серов О.Л. [Международная конференция «Хромосома» 2015]
	Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов [Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»]
2014	The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
	Идентификация микроРНК генов плоских червей семейства Opisthorchiidae В.Ю. Овчинников, Д.А. Афонников, Г.В. Васильев, Е.В. Кашина, B. Sripa, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин [Международная конференция молодых ученых биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов]
	A model of trichome spacing pattern formation on growing wheat leaf Zubairova U., Nikolaev S.V., Doroshkov A., Afonnikov D. [BGRS/SB-2014]
	Computational investigation of high presuure and temperature influence on Archaea Pyrococcus genus Nip7 protein structure Medvedev K.E., Afonnikov D.A. [The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
	Database of quantitative characters of processes in embryonic stem cells Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Akberdin I.R., Ermak T.V., Afonnikov D.A. [9th BGRS\SB-2014]
	Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. [9th BGRS\SB-2014]
	Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [9th BGRS\SB-2014]
	THE GENOMIC TEXT CHARACTERISTICS AND GC CONTENT ARE RELATED TO THE BACTERIAL GENOME EVOLUTION Suslov V.V., Safronova N.S., Orlov Y.L., Afonnikov D.A. [BGRS-2014]
	The structural organization and evolution of 5S rDNA of wheat 5BS chromosome by data of partial sequencing Sergeeva E.M., Koltunova M.K., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V., Salina E.A. [The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
	The Сompilation of Human Gene Networks Controlling Feeding Behavior and Thermoregulation E.V. Ignatieva, O.V.Saik, O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, P.S. Demenkov, E.S. Tiys, E.A. Oshchepkova, E.A. Ananko, N.V. Ivanisenko, O.V. Popik, N.L. Podkolodny, V.A. Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, E.I. Rogaev [The first international scientific conference "Science of the Future"]
	Генетическое разнообразие опушения листа мягкой пшеницы: описание методом высокопроизводительного фенотипирования Дорошков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. [VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы]
	Интеграция геномных и транскриптомных данных о хромосомных контактах в геноме человека, полученных по методу ChIA-PET // Сборник трудов IV международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» Постгеном-2014, 29 октября – 1 ноября 2014, г.Казань. Издательство Казанского (Приволжского) Федерального Университета (ISBN 987-5-00019-293-1) S05-24, С.150. Орлов Ю.Л., Кулакова Е.В, Спицина А.М., Дергилев А.И., Свичкарев А.В., Афонников Д.А., Чен М., Ли Г., Руан Й., Колчанов Н.А. [Постгеном-2014 «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»]
2013	Computational and experimental analysis of miRNA genes of Opisthorchiidae family liver flukes Овчинников Владимир Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Катохин Алексей Вадимович, Кашина Елена Валентиновна, Мордвинов Вячеслав Алексеевич [MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)]
	Computational and experimental analysis of miRNA genes of Opisthorchiidae family liver flukes Овчинников Владимир Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Катохин Алексей Вадимович, Кашина Елена Валентиновна, Мордвинов Вячеслав Алексеевич [International Conference ” High-Throughput Sequencing in Genomics”]
	3D organization of chromosomes mediated by RNAPII complex contacts in human genome Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov, N.R. Battulin, O.L. Serov, N.A. Kolchanov, Guoliang Li, Yijun Ruan [MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)]
	Comparative analysis of the long and short arms of bread wheat 5B chromosome by data of low coverage 454-sequencing Sergeeva E., Afonnikov D., Koltunova M., Gusev V., Miroshnichenko L., Poncet C., Sourdille P., Feuillet C., Salina E. [The 12th International Wheat Genome Symposium]
	Computational analysis of gene expression data on age-related diseases using rat models Orlov Y.L., Kozhevnikova O.S., Afonnikov D.A., Kolosova N.G. [8th European Congress of Biogerontology]
	Computer analysis of gene expression in brain tumor cells using next generation sequencing Y. L. Orlov, N. L. Podkolodnyy, G. Li, N. S. Safronova, D. A. Afonnikov, Y. Ruan [21-й Международный Конгресс Геномики HGM-ICG-2013]
	Generation of web services – the unification of access to bioinformatics resources Комышев Евгений Геннадьевич [Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013]
	Human brain origin and the evolution of ТАТА-boxes of protein-coding genes expressed in brain. K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, D.A. Afonnikov [Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
	Influence of high temperature and high pressure on the Nip7 proteins from the hyperthermophilic archaea P. abyssi and P. furiosus: molecular dynamics simulation analysis K.E. Medvedev, K.V. Gunbin, Y.N. Vorobjev, D.A. Afonnikov [MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)]
	MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION ANALYSIS OF INFLUENCE OF HIGH TEMPERATURE AND HIGH PRESSURE ON THE NIP7 PROTEINS FROM THE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA Medvedev K.E., Afonnikov D.A., Vorobjev Y.N [Systems Bioligy & Bioinformatics 2013]
	Metazoa evolution: the relation between molecular evolution of orthologous protein groups and aromorphoses K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov [Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
	«Computer databases for genome data analysis» Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov [Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013]
	АРОМОРФОЗЫ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭВОЛЮЦИЯ: ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ НА ПРИМЕРЕ МНОГОКЛЕТОЧНЫХ ЖИВОТНЫХ К.В. Гунбин, Д.А. Афонников [Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции]
	Анализ ISBP маркеров пшеницы, полученных на основе пиросеквенирования короткого плеча 5В хромосомы Triticum aestivum L. Л.Л. Бильданова, М.К. Колтунова, Е.М. Тимонова, Д.А. Афонников, Е.А. Салина [Конференция ВОГиС "Проблемы генетики и селекции"]
	Биоинформационный анализ экспрессии генов в клетках мозга Орлов Ю.Л., Вишневский О.В., Витяев Е.Е., Кожевникова О.С., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. [«Нейроинформатика-2013», XV Всероссийская научно-техническая конференция]
	Компьютерная технология фенотипирования пшеницы. Афонников Д.А., Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Тарасова И.А., Морозова Е.В. , Симонов А.В. [Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», 19-22 марта 2013]
	Разработка системы создания web-сервисов и конвейеров для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики Комышев Евгений Геннадьевич [мнск 2013 г. новосибирск]
2012	Реконструкция процессов антропогенеза: анализ геномов представителей древнего и современного населения Сибири Колчанов Н.А., Мордвинов В.А., Афонников Д.А., Гунбин К.В., Пилипенко А.С., Молодин В.И., Деревянко А.П. [Мега-структура евразийского мира: основные этапы сложения]
	WHOLE GENOME ANALYSIS OF THE DEVELOPMENT GENES REGULATED BY TRANSCRIPTION FACTORS IN MICE AND D. RERIO USING THE CHIP-SEQ TECHNOLOGY Orlov Yu., Ershov N., Vinata S., Kondrikhin I., Matavan I., Afonnikov D., Kolchanov N. [III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).]
	Computer analysis of 3D chromosome contacts mediated by RNA Pol II in human Yuriy L. Orlov, Guoliang Li, Kuljeet S. Sandhu, Melissa J. Fullwood, Dmitriy A. Afonnikov, Chialin Wei, Oleg L. Serov, Nikolay A. Kolchanov, Yijun Ruan [Международный симпозиум «SysPatho-Системная биология и медицина»]
	Integrative analysis of antisense transcripts and miRNA targets in plant genomes Y.L. Orlov, O. Dobrovolskaya, Y. Meng, D.A. Afonnikov, M. Chen, Y. Zhu [The 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology” PlantGen 2012]
	HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov [The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
	3D CHROMOSOME CONTACTS AND CHROMATIN INTERACTIONS REVEALED BY SEQUENCING Y.L. Orlov, G. Li, R. Auerbach, K.S. Sandhu, X. Ruan, M.J. Fullwood, N.L. Podkolodnyy, D.A. Afonnikov, E. Liu, C.L. Wei, M. Snyder, Y. Ruan [The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
	Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng [2012 International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB2012), Hangzhou, China]
	BioinfoWF -- WEB SERVICES AND WEB INTERFACES GENERATOR FOR BIOINFORMATICS ANALYSIS Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"]
	Computer approaches ti wheat high-throughput phenotyping Afonnikov D., Genaev M., Doroshkov A., Denisyuk V., Morozova E., Simonov A., Pshenichnikova T. [The 2nd International Conference "Plant Genetics Genomics and Biotechnology"]
	Expressed Sequence Tag Analysis of Adult Opisthorchis felineus M. Yu. Pomaznoy, S. I. Tat’kov, D. A. Afonnikov, D. P. Furman, P. A. Belavin, A. M. Nayakshin, S. V. Gusel’nikov, G. V. Vasil’ev, A. Yu. Sivkov, A. V. Katokhin, and V. A. Mordvinov [BREW 2012: Bioinformatics Research and Education Workshop]
	Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of protein-coding genes expressed in brain. Kolchanov N.A., Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Derevyanko A.P. [SysPatho Workshop “SYSTEMS BIOLOGY AND MEDICINE”]
	Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of proteincoding genes expressed in brain K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, D.A. Afonnikov, N.A Kolchanov [III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
	IMPORTANT ROLE OF THE miRNA CHANGES IN THE HOMO NEANDERTHALENSIS AND HOMO DENISOVA EVOLUTION K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, A.P. Derevyanko [EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY BGRS\SB’12]
	ISBP МАРКЕРЫ – НОВЫЙ ТИП МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАРКЕРОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Л.Л. Бильданова, М.К. Колтунова, Д.А. Афонников, П. Сурдий, С. Фойе, Е.А. Салина [III Вавиловская международная конференция " Идеи Н.И. Вавилова в современном мире "]
	Important role of the miRNA changes in the Homo neanderthalensis and Homo denisova evolution K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, A.P. Derevyanko [III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
	MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION OF NIP7 PROTEINS FROM HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA AT HIGH TEMPERATURE AND PRESSURE K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov, Y.N. Vorobjev [BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
	MOLECULAR EVOLUTION OF PROTEINS BELONGING TO AUXIN BIOSYNTHESIS GENE NETWORK IN PLANTS Turnaev I.A., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. [The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
	Molecular evolution of proteins belonging to auxin biosynthesis gene network in plants Turnaev I.I., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelianchuk N.A., Afonnikov D.A. [Molecular Phylogenetics, Contributions to the 3rd Moskow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-3)]
	PEFF DB: the web-available database of Protein Evolutional and Functional Features K.V. Gunbin, M.A. Genaev, D.A. Afonnikov [III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
	Prediction of the structure and localization of genes controlling leaf pubescence in wheat Triticum aestivum L. and barley Hordeum vulgare L. based on Arabidopsis thaliana (L.) Henh. genes data Doroshkov AV, Pshenichnikova TA, Afonnikov DA [2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology”]
	Recognition of NFAT5 binding sites. Ananko E.A., Levitsky V.G., Efimov V.M., Afonnikov D.A. [The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)]
	Simple, robust and sensitive method for detection of positive selection events D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin [III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
	The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina. [The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology»]
	Towards an analysis of the structure of the short arm of 5B chromosome of the bread wheat Triticum aestivum L. Е.M. Sergeeva, D.A. Afonnikov, L.L. Bildanova, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina [The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
	Исследование влияния высокого давления и высокой температуры на структуру белка Nip7 архей рода Pyrococcus методами молекулярной динамики Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. [ICMBB-2012]
	РЕАЛИЗАЦИЯ ПОДСИСТЕМЫ ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ ДЛЯ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫХ МОДУЛЕЙ СИСТЕМЫ BioInfoWF Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович [мнск 2012 г. новосибирск]
2011	РЕГУЛЯТОРНЫЕ ГЕННЫЕ СЕТИ В РАКОВЫХ КЛЕТКАХ: АНАЛИЗ С ПОМОЩЬЮ ТЕХНОЛОГИЙ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ChIP-seq Орлов Ю.Л., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Афонников Д.А. [II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», 11-17 ноября 2011, Новосибирск.]
	Analysis of leaf hairiness morphology wheat: computational approaches using image processing technique. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova, D.A. Afonnikov. [The International Conference “Wheat Genetics Resources and Genomics”.]
	BioinfoWF — workflow management system for bioinformatics analysis. Genaev M.A., Afonnikov D.A., Gunbin K.V. [Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»]
	Deep inside into Vertebrates and Invertebrates macroevolution: the molecular evolution modes of strict orthologous protein sequences. Gunbin KV, Suslov VV, Afonnikov DA. [15th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles.]
	Gene networks and the evolution of biological systems. Kolchanov N.A., Afonnikov D.A., Gunbin K.V., Suslov V.V. [III International Conference “Biosphere origin and evolution”]
	Hight througput phenotyping approach to analysis of the leaf hairiness in wheat. D.A. Afonnikov, A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova. [The International Conference “Wheat Genetics Resources and Genomics”.]
	Human and Neanderthal miRNA genes are not so similar. Gunbin K., Afonnikov D., Kolchanov N. [Moscow Conference on Computational Molecular Biology, MCCMB’11]
	Molecular dynamics simulation of Nip7 proteins demonstrates importance of hydrophobic interaction for protein stability at high pressure K.E.Medvedev, D.A.Afonnikov [International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 11)]
	Why we need new evidences for deep Archaea evolution: the lesson from study of horizontal transfer highways. Gunbin K., Suslov V., Afonnikov D. [III International Conference “Biosphere origin and evolution”]
	Анализ механизмов адаптации протеома архей к высоким давлениям. Афонников Д.А., Гунбин К.В., Медведев К.Е., Суслов В.В. [II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
	Генетическая основа макроэволюционных преобразований – исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных. Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. [II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
	Генетическая основа макроэволюционных преобразований: исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных. Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. [Международная конференция “Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики”, посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова]
	Исследование структурных изменений белка Nip7 мелководных и глубоководных архей рода Pyrococcus под влиянием высокого давления и высокой температуры методами молекулярной динамики. Медведев К.Е., Афонников Д.А. [II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
	Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза. Колчанов Н.А., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. [Морфогенез в индивидуальном и историческом развитии]
	Полногеномный анализ режимов эволюции ортологичных групп белков позвоночных и беспозвоночных. Гунбин К.В., Афонников Д.А. [Рабочее совещание «Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике»]
2010	Molecular evolution of the Wolbachia wRi, wMel and wPip genomes Gunbin K.V., Ilinsky Yu.Yu., Afonnikov D.A. [Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. Тезисы докладов Международной научной конференции и Международной школы для молодых ученых (Иркутск, 20-25 сентября 2010 г.) – Иркутск: Изд-во Иркутского государственного университета. 2010. С. 242.]
	Molecular evolution of the Wolbachia wRi, wMel and wPip genomes Gunbin K.V., Ilinsky Yu.Yu., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [Crimean Meeting: Third International Conference, Dedicated N.V. Timofeeff-Ressovsky “Modern Problems of Genetics, Radiobiology, Radioecology and Evolution”; Third Readings after V.I. Korogodin and V.A. Shevchenko; NATO Advanced Research Workshop “Radiobio]
	Analysis of leaf hairiness in wheat Triticum aestivum L. using the high throughput phenotyping approach. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A. Pshenichnikova, D.A. Afonnikov [The International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology”]
	BioinfoWF - веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А. [Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции. RCDL’2010]
	Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein families: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles]
	Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein-coding genes: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Genaev M.A., Kolchanov N.A. [2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2)]
	Using a computer-base image processing technique in genetic analysis of leaf hairiness in wheat Trticum aestivum L. A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova, D.A. Afonnikov. [The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome regulation and Structure.]
	WheatDB - база данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. [VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск]
	WheatPGE - компьютерная система анализа взаимосвязи признаков фенотипа генотипа и окружающей среды у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. [Электронные библиотеки:перспективные методы и технологии, электронные коллекции. XII Всероссийская научная конференция RCDL'2010. Казань]
	WheatPGE — система анализа взаимосвязей фенотип-генотип-окружающая среда у пшеницы Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А. [Молодежный научный форум "ЛОМОНОСОВ - 2010" г. Москва]
	Анализ морфологии опушения листа у пшеницы: компьютерный подход с использованием анализа изображений Афонников Д.А. Дорошков А.В., Генаев М.А. [Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010]
	Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Труды Томского государственного университета, сер. Биологическая, т. 275. Материалы 1й Всероссийской молодежной научной конференции «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», посвященной 125-летию биологических исследований в ТГУ. С. 378-380. Медведев К.Е., Афонников Д.А. [1я Всероссийская молодежная научная конференция «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ]
	Изучение влияния повышенных давлений на структуру белков NIP7 глубоководных и мелководных архей методами молекулярной динамики К.Е. Медведев, Д.А. Афонников [Первая конференция посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ]
	Исследование опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помошью высокоэффективных методов фенотипирования Дорoшков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. [XLVIII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно- технический прогресс", г. Новосибирск, 10-14 апреля 2010 г.]
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. [1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"]
	Методы компьютерного анализа в исследовании опушения листа пшеницы TRITICUM AESTIVUM L. Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. [VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск]
	Молекулярная эволюция циклинов животных и грибов: зависимость между изменением белков и ростом сложности организмов Турнаев И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. [Первая международная научно-практическая конференция. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
2009	Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaea of Pyrococcus genus K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov [International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics]
	Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaebacteria of Pyrococcus genus K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov [4th Moscow Conference on Computational Molecular Biology]
	The importance of transpositions and recombination to genome instability according hobo-element distribution pattern in completely sequenced genome of Drosophila melanogaster Zakharenko L.P., Perepelkina M.P., Afonnikov D.A. [In: Evolutionary Biology: Concept, Modeling, and Application. / Ed.: P. Pontarotti. – Springer-Verlag Berlin Heidelberg. 2009. P. 127-138.]
	Using the computer-based image processing technique in genetic analysis of leaf hairiness in wheat Triticum aestivum L. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. [1st Workshop on plant molecular biotechnology - XV Biotechnology summer school. 5-12 july, Gdansk, Poland]
	Адаптивная эволюция археобактерий рода Pyrococcus: приспособления к обитанию в условиях высоких давлений на уровне генов и белков Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. [5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина]
2008	Analysis of the evolutionary specificities of the yfiA and yhbh E.Coli genes and their regulatory regions. Baryshev P.S., Oshchepkov D.Y., Khlebodarova T.M., Afonnikov D.A. [Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
	Development of the computer approach for defining leaf hairiness in wheat based on its microscope image processing. D.A. Afonnikov, S.I. Arsenina, A.V. Doroshkov, T.A.Pshenichnikova. [The Russian-French Conference “Problems and Prospects in Plant Biotechnology”.]
	The molecular evolution of the pyrococcus genomes: a computer-assisted study K.V. Gunbin, P.B. Baryshev, D.A. Afonnikov [6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008]
	The parallelization of the plato algorithm for analysis of the anomalously evolving gene regions Vyatkin Yu.V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. [6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008]
	Центр компетенции СО РАН - Intel Цели, задачи и некоторые результаты Глинский Б.М., Кучин Н.В., Самофалов В.В., Бакулина А.Ю., Афонников Д.А., Чеверда В.А. [Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ'2008): Труды международной научной конференции (Санкт-Петербург, 28 января – 1 февраля 2008 г.). – Челябинск: Изд. ЮУрГУ, 2008]
2007	Analysis of the positive selection in the Hh-signaling pathway genes Afonnikov D.A., Gunbin K.V. [The 2nd Asian Bioinformatics Research and Education Network (ABREN) Virtual Training Workshop on Bioinformatics,June 20, 2007]
	CMDB: a Database for Coordinated Mutations Yu. Vyatkin, D. Afonnikov [Moscow Conference for Computational Molecular Biology (MCCMB'2007)]
	CMDB: a database for coordinated mutations. Proc. Of the 3rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow, Jul 27-31, 2007, pp 316-318. Vyatkin Yu.V., Afonnikov D.A. [3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07]
2006	CONNP: the prediction of the contact numbers of the amino acid residues in proteins using neural network regression. Bioinformatics of genome regulation and structure. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, 2006, v.1, p. 219-222. Afonnikov D.A., Morozov A.V. [International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
	Identification and structure-functional analysis of the specificity determining residues of the alpha subunits of the proteosomal complex. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, 2006, v.1, p. 235-239. Baryshev P.B., Afonnikov D.A., Nikolaev S.V. [International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
	Prediction of the contact numbers of the amino acid residues in proteins Афонников Д.А., Морозов [5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
	System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov [Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies]

Гранты

2017	Оценочная функция ранжирования результатов молекулярного докинга и ее применение для дизайна ингибиторов дигидродипиколинат синтазы (DapA) из Mycobacterium tuberculosis и супероксиддисмутазы (SOD1), ассоциированной с боковым амиотрофическим склерозом человека Сайк Ольга Владимировна Иванисенко Тимофей Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Иванисенко Никита Владимирович Иванисенко Владимир Александрович (Р) Алемасов Николай Александрович
2014	Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии Афонников Д.А., Голушко С.К., Дорошков А.В., Зубаирова У.С., Казанцев Ф.В., Колчанов Н.А., Лавреха В.В., Миронова В.В., Николаев С.В., Новикова Д.Д., Омельянчук Н.А., Пененко А.В., Пшеничникова Т.А., Савина М.С., Саженков С.А., Симонов А.В., Чернова В.В.
2013	Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Колчанов Николай Александрович, Подколодный Николай Леонтьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Брызгалов Леонид Олегович, Рассказов Дмитрий Александрович, Васькин Юрий Юрьевич, Данилова Юлия
	Организация и проведение пятой Международной школы молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» Колчанов Николай Александрович
2012	Исследование трехмерной организации генома половых и соматических клеток методом Hi-C Баттулин Нариман Рашитович Серов Олег Леонидович Колчанов Николай Александрович Рубцов Николай Борисович Орлов Юрий Львович Афонников Дмитрий Аркадьевич Медведев Кирилл Евгеньевич Карамышева Татьяна Витальевна Юнусова Анастасия Маратовна Шнайдер Татьяна Александровна Фишман Вениамин Семенович Мензоров Алексей Гавриилович Хабарова Анна Александровна
	Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ» Подколодный Николай Леонтьевич Колчанов Николай Александрович Фомин Эдуард Станиславович Алемасов Николай Александрович Казанцев Федор Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Гунбин Константин Владимирович Генаев Михаил Александрович Вишневский Олег Владимирович
	Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах» Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Казанцев Федор Владимирович, Рассказов Дмитрий Александрович
2011	Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович
	Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства Афонников Дмитрий Аркадьевич, Гунбин Константин Владимирович, Иванисенко Владимир Александрович, Пинтус Сергей Сергеевич, Старостина Полина Александровна
	Изучение адаптации протеомов микроорганизмов к повышенным давлениям внешней среды методами биоинформатики Афонников Дмитрий Аркадьевич, Гунбин Константин Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Старостина Полина Александровна, Суслов Валентин Владимирович
	Реконструкция процессов антропогенеза: анализ митохондриальных геномов представителей древнего и современного населения Сибири Колчанов Николай Александрович,Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Губина Марина Александровна, Гунбин Константин Владимирович, Мордвинов Вячеслав Алексеевич, Осипова Людмила Павловна, Пилипенко Александр Сергеевич, Трапезов Ростислав Олегович, Шуньков Михаил Васильевич
	Экспериментально-компьютерное исследование механизмов метаболизма ксенобиотиков у печеночных сосальщиков семейства Opisthorchiidae Пахарукова М.Ю., Васильев Г.В., Афонников Д.А., Ершов Н.И, Воронцова Е.В., Львова М.Н.
2010	Участие в двустороннем Индо-Российском семинаре "Предсказательная биология с использованием системного и интегрированного анализа и методов" Афонников Дмитрий Аркадьевич
2009	Компьютерное исследование молекулярной эволюции генов и молекулярно-генетических систем многоклеточных животных Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Бухарина Татьяна Анатольевна, Вяткин Юрий Викторович, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович
	ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ 76 человек
	Структура и свойства молекулярных органических кристаллов в условиях высоких давлений и низких температур Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Гунбин Константин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Суслов Валентин Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Генаев Михаил Александрович
2007	Конструирование геносенсоров и оценка их чувствительности к токсическим воздействиям Колчанов Н.А., Хлебодарова Т.М., Афонников Д.А., Кучумова Л.Я., Качко А.В., Тикунова Н.В.
	Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов Д.А.Афонников В.А.Лихошвай О.В. Ефремова Т.М.Хлебодарова И.Л.Степаненко Ю.Г.Матушкин Н.В.Тикунова И.В. Бабкин А.В. Качко Л.Я. Кучумова
2006	Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Гунбин Константин Владимирович, Барышев Павел Борисович
	РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ 113 исполнителей из 10 Институтов СО РАН
2005	Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Григорович Дмитрий Александрович,Деменков Павел Сергеевич,Морозов Александр Валерьевич, Николаев Сергей Васильевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Титов Игорь Иванович, Ефремов Роман Гербертович, Пырков Тимофей Владимирович
	Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков Варламова Елена Сергеевна, Григорович Дмитрий Александрович, Иванисенко Владимир Александрович, Николаев Сергей Васильевич, Титов Игорь Иванович
1999	Экспериментальное и теоретическое исследование пространственной структуры и процесса ренатурации белковых молекул Центалович Юрий Павлович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Грицан Нина Павловна, Иванисенко Владимир Александрович, Морозова Ольга Борисовна, Польшаков Дмитрий Аркадьевич, Титов Игорь Иванович

Научное руководство

2024	Анализ больших биологических данных в геномике картофеля Афонников Дмитрий Аркадьевич [Каретников Дмитрий Игоревич]
	Разработка вычислительного конвейера для поиска и анализа генов семейств многодоменных белков в геномах Афонников Дмитрий Аркадьевич [Бочарникова Мария Евгеньевна]
	Поиск генов, ассоциированных с частичным альбинизмом и меланизмом у ячменя Hordeum vulgare L., на основе анализа транскриптомных данных Афонников Дмитрий Аркадьевич, Хлесткина Елена Константиновна [Шмаков Николай Александрович]
2021	Разработка методов автоматического определения количественных характеристик, описывающих фенотипические признаки колоса пшеницы Афонников Дмитрий Аркадьевич [Комышев Евгений Геннадьевич]
	Молекулярная эволюция белков, содержащих домен фосфолипазы А2, у плоских червей Афонников Дмитрий Аркадьевич [Бочарникова Мария Евгеньевна]
	Разработка компьютерного метода классификации днРНК A. thaliana L. Афонников Дмитрий Аркадьевич [Москаленко Николай Олегович]
	Эволюция генов рецепторов LysM Вавиловии прекрасной (Vavilovia formosa) Афонников Дмитрий Аркадьевич [Каретников Дмитрий Игоревич]
2020	Разработка программного комплекса для моделирования масс-спектров пептидов [Епифанов Ростислав Юрьевич]
2019	Разработка методов компьютерного фенотипирования клубней картофеля на основе анализа их цифровых изображений [Петров Александр Викторович]
2018	Метод оценки цвета зерна по фотографии Михаил Генаев, Дмитрий Афонников [Смирнов Николай]
2015	Компьютерное исследование влияния высокого давления и температуры на структуру и функцию РНК-связывающего белка семейства Nip7 архей [Медведев Кирилл Евгеньевич]
2013	Компьютерный поиск, аннотация и экспериментальная проверка микроРНК-кодирующих генов в геномах Clonorchis sinensis, Opisthorchis viverrini и Opisthorchis felineus Катохин Алексей Вадимович Афонников Дмитрий Аркадьевич [Овчинников Владимир Юрьевич]
	Разработка методов автоматического определения количественных характеристик опушения листа к.б.н., доцент Афонников Дмитрий Аркадьевич [Генаев Михаил Александрович]
2012	АНАЛИЗ МОРФОЛОГИИ И НАСЛЕДОВАНИЯ ОПУШЕНИЯ ЛИСТА У ЯРОВЫХ СОРТОВ И ГИБРИДОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Triticum aestivum L. к.б.н., доцент Афонников Д.А. к.б.н., доцент Пшеничникова Т.А. [Дорошков Алексей Владимирович]
	Компьютерный и экспериментальный анализ иммуногенных свойств вителлина и катепсина F O. felineus Татьков С. И., Афонников Д. А. [Носова Александра Андреевна]
	Экспериментальные и компьютерные подходы к анализу последовательностей ДНК хромосомы 5В мягкой пшеницы Салина Елена Артемовна Афонников Дмитрий Аркадьевич [Колтунова Мария Константиновна]
	Изучение внутриродового генетического разнообразия среди видов рода Elymus Камчатского и Дальневосточного регионов Белавин Павел Александрович, к.б.н., с.н.с. лаб. молекулярной и клеточной биологии, ИЦиГ Афонников Дмитрий Аркадьевич, к.б.н., зав. лаб. эволюционной биоинформатики и теоретической генетики, ИЦиГ [Шмаков Николай Александрович]
2010	Анализ структур белков в условиях повышенных давлений при помощи компьютерных методов [Медведев Кирилл Евгеньевич]
2009	Предсказание контактов аминокислотных остатков в структурах белков с использованием алгоритма нейронной сети [Корнилова Екатерина Владимировна]
2008	Разработка системы определения опушенности листа пшеницы на основе анализа его изображения [Арсенина Светлана Игоревна]
2006	Выявление и структурно-функциональный анализ аминокислотных остатков α субъединиц протеасомы, специфических для положения субъединиц в протеосомальном комплексе [Барышев Павел Борисович]
2005	Компьютерный анализ молекулярной эволюции белков: исследование адаптивного режима эволюции белков вируса гепатита С человека. [Варламова Елена Сергеевна]
2004	Сравнение эволюционных расстояний семейств бактреиальных белков [Савенкова Ульяна Викторовна]

Учебные курсы

2022	Биоинформатика растений Афонников Дмитрий Аркадьевич Шмаков Николай Александрович Долгих Владислав Андреевич
2021	Биоинформатика и функциональная геномика Афонников Дмитрий Аркадьевич Шмаков Николай Александрович Долгих Владислав Андреевич
2020	Алгоритмы в биоинформатике
2017	Введение в информационную биологию Колчанов Н.А., Лашин С.А., Фурман Д.П., Афонников Д.А., Землянская Е.В., Дорошков А.В., Бухарина Т.А.
2013	Введение в биоинформатику Афонников Д.А.
2011	Введение в биоинформатику, лекции
	Введение в биоинформатику, семинары.
	Структурная компьютерная биология, лекции.
	Структурная компьютерная биология, семинары.
2010	Введение в биоинформатику, лекции
	Введение в биоинформатику, семинары.
	Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике
	Структурная компьютерная биология, лекции.
	Структурная компьютерная биология, семинары.
2009	Введение в биоинформатику, лекции
	Введение в биоинформатику, семинары.
	Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике
	Структурная компьютерная биология, лекции.
	Структурная компьютерная биология, семинары.
2008	Введение в биоинформатику, лекции
	Введение в биоинформатику, семинары.
	Структурная компьютерная биология, лекции.
	Структурная компьютерная биология, семинары.
2007	Введение в биоинформатику, лекции
	Введение в биоинформатику, семинары.
	Структурная компьютерная биология, лекции.
	Структурная компьютерная биология, семинары.
2006	Введение в биоинформатику, лекции
	Введение в биоинформатику, семинары.
	Структурная компьютерная биология, лекции.
	Структурная компьютерная биология, семинары.
2005	Структурная компьютерная биология, лекции.
	Структурная компьютерная биология, семинары.

Патенты

2024	Программа для расчёта филостратиграфических индексов (Ортовеб) / The program for calculating phylostratitgraphy indexes (Orthoweb) Лашин С.А., Мустафин З.С., Казанцев Ф.В., Мухин А.М., Иванов Р.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
2023	Программа для анализа длинных некодирующих РНК (АднРНК) / Program for the long non-coding RNA analysis (AlncRNA) Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич
	Программа для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования (ГПС-ОД) / The program for genotyping-by-sequencing data processing (GBS-DP) Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Салина Елена Артемовна
2022	Пpoгpaммa для оценки количественных характеристик посевов пшеницы (OKXПП) / Software tool for estimating quantitative characteristics of wheat crops (WheatDetectionSystem)» Кожекин М.В., Афонников Д. А., Генаев М. А., Коваль В.С.
2019	Программа для оценки количественных характеристик колоса пшеницы (ОКХК) / The program for the extraction the quantitative characheristics of the wheat spike (WERecognizer) Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич
2017	Система учета заданий по секвенированию ДНК (СЦ-ИЦиГ) / Accounting System for DNA sequencing tasks (SС-ICG) Генаев Михаил Александрович, Комышев Евгений Геннадьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич
2016	Программа для анализа эволюционных характеристик генных сетей (Ортоскейп) / Application for evolutionary analysis of gene networks (Orthoscape) Лашин С.А., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В.
	Система визуализации синтенных блоков и сравнения геномных сборок (СиГраф) Генаев М.А., Афонников Д.А.
	Мобильное и настольное приложение для массового фенотипирования зерен пшеницы (СиидКаунтер)/Mobile and desktop application for mass phenotyping seeds of wheat (SeedCounter) Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич
2015	Программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» для моделирования популяционно-экологических процессов в микробных сообществах (ГЭК) / Software package «Haploid Evolutionary Constructor” for simulation populational-ecological processes in microbial communities (HEC)» Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Клименко А.И., Зудин Р.К.
	Программный комплекс для моделирования эволюционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов «Диплоидный эволюционный конструктор» (ДЭК) / Software package for simulation evolutionary-genetic processes in population of diploid organisms «Diploid Evolutionary Constructor» (DEC) Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Дьяченко И.С., Магеррамов Э.А.
	Программный комплекс для предсказания потенциально транслируемых открытых рамок считывания «AUGWeb»/ Software package for prediction of efficiently translated hidden alternative open reading frames «AUGWeb» Лашин С.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Зураев Б.С., Клименко А.И.
2013	Система автоматической генерации веб-интерфейсов для конвейеров и вычислительных модулей для поддержки исследований в области биоинформатики (BioInfoWF) Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич
	Система генерации веб-сервисов и конвейеров для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики (BioUniWA) Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич
2012	База данных эволюционных и функциональных характеристик белков (ПЕФФ ДБ)/ Database of Protein Evolutional and Functional Features (PEFF DB) Гунбин К.В., Афонников Д.А., Генаев М.А.
	Программа поиска статистически редких аминокислотных замен в эволюции белков (РедЗамКарт) / Software tool for detecting of statistically rare amino acid replacements in protein evolution (RareMap) Гунбин К.В., Афонников Д.А.
	Программа автоматического определения количественных характеристик опушения листа (ОЛДетект2) / Software tool for automatically determination of the quantitative characteristics of leaf hairiness in plants (LHDetect2) Генаев Михаил Александрович, Дорошков Алексей Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Пшеничникова Татьяна Алексеевна
2010	База данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы (ВитПГЕ). Генаев М.А., Дорошков А.В., Афонников Д.А.

Диссертации

2023	Компьютерные методы высокопроизводительного фенотипирования растений [Доктор]
2002	Компьютерный анализ координированных замен аминокислот в семействах гомологичных белковых последовательностей. [Кандидат]