Ларкин Денис Михайлович, к. б. н. Подразделение: - Заведующий: 129. Лаб. геномики и эволюции млекопитающих Комната: Дистанционная работа Email: larkin@bionet.nsc.ru

Публикации

2024	Influence of breed and environment on leukocyte telomere length in cattle N.S. Yudin, A.V. Igoshin, G.A. Romashov, A.A. Martynov, D.M. Larkin [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Scans for Signatures of Selection in Genomes of Wagyu and Buryat Cattle Breeds Reveal Candidate Genes and Genetic Variants for Adaptive Phenotypes and Production Traits Alexander V. Igoshin, Grigorii A. Romashov, Andrey A. Yurchenko, Nikolay S. Yudin, Denis M. Larkin [Animals]
	Ассоциация трех однонуклеотидных полиморфизмов в гене LPIN1 с показателями молочной продуктивности у коров ярославской породы А.В. Игошин, Т.М. Мишакова, Р.Б. Айтназаров, А.В. Ильина, Д.М. Ларкин, Н.С. Юдин [Vavilov journal of genetics and breeding]
2023	A Multibreed Genome-Wide Association Study for Cattle Leukocyte Telomere Length Alexander V. Igoshin, Nikolay S. Yudin, Grigorii A. Romashov, Denis M. Larkin [Genes]
	Compilation and functional classification of telomere length-associated genes in humans and other animal species Ignatieva E.V., Yudin N.S., Larkin D.M. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Компиляция и функциональная классификация генов, ассоциированных с длиной теломер, у человека и других видов животных Игнатьева Е.В., Юдин Н.С., Ларкин Д.М. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Молекулярные маркеры адаптации к холодному климату у крупного рогатого скота Н.С. Юдин, А.В. Игошин, Д.М. Ларкин [Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
2022	Resequencing the Yaroslavl cattle genomes reveals signatures of selection and a rare haplotype on BTA28 likely to be related to breed phenotypes Ruvinskiy D.E., Igoshin A.V., Yurchenko A.A., Ilina A.V., Larkin D.M. [ANIM GENET]
	Сравнительный анализ частот ДНК-полиморфизмов, ассоциированных с заболеваниями и хозяйственно важными признаками, в геномах российских и зарубежных пород крупного рогатого скота А.В. Игошин, Г.А. Ромашов, Е.Н. Черняева, Н.П. Елаткин, Н.C. Юдин, Д.M. Ларкин [Vavilov journal of genetics and breeding]
2021	Copy number variants in genomes of local sheep breeds from Russia A.V. Igoshin, T.E. Deniskova, A.A. Yurchenko, N.S. Yudin, A.V. Dotsev, M.I. Selionova, N.A. Zinovieva, D.M. Larkin [ANIM GENET]
	Whole-Genome Resequencing Points to Candidate DNA Loci Affecting Body Temperature under Cold Stress in Siberian Cattle Populations Alexander Igoshin, Nikolay Yudin, Ruslan Aitnazarov, Andrey A. Yurchenko, Denis M. Larkin [Life]
2020	Resequencing and signatures of selection scan in two Siberian native sheep breeds point to candidate genetic variants for adaptation and economically important traits J. Sweet‐Jones, A. A. Yurchenko, A. V. Igoshin, N. S. Yudin, M. T. Swain, D. M. Larkin [ANIM GENET]
2019	A Near Chromosome Assembly of the Dromedary Camel Genome. Ruvinskiy D, Larkin DM, Farré M. [Frontiers in Genetics]
	An integrated chromosome-scale genome assembly of the Masai giraffe (Giraffa camelopardalis tippelskirchi). Farré M, Li Q, Darolti I, Zhou Y, Damas J, Proskuryakova AA, Kulemzina AI, Chemnick LG, Kim J, Ryder OA, Ma J, Graphodatsky AS, Zhang G, Larkin DM, Lewin HA. [GigaScience]
	Comparative Chromosome Mapping of Musk Ox and the X Chromosome among Some Bovidae Species Proskuryakova AA, Kulemzina AI, Perelman PL, Yudkin DV, Lemskaya NA, Okhlopkov IM, Kirillin EV, Farré M, Larkin DM, Roelke-Parker ME, O'Brien SJ, Bush M, Graphodatsky AS. [Genes]
	Evolution of gene regulation in ruminants differs between evolutionary breakpoint regions and homologous synteny blocks Farré M, Kim J, Proskuryakova AA, Zhang Y, Kulemzina AI, Li Q, Zhou Y, Xiong Y, Johnson JL, Perelman PL, Johnson WE, Warren WC, Kukekova AV, Zhang G, O'Brien SJ, Ryder OA, Graphodatsky AS, Ma J, Lewin HA, Larkin DM. [GENOME RES]
	Genome-wide association study and scan for signatures of selection point to candidate genes for body temperature maintenance under the cold stress in Siberian cattle populations Alexander V. Igoshin, Andrey A. Yurchenko, Nadezhda M. Belonogova, Dmitry V. Petrovsky, Ruslan B. Aitnazarov, Vladimir A. Soloshenko, Nikolay S. Yudin, Denis M. Larkin [BMC GENET]
	Genome‐wide association study for body weight in cattle populations from Siberia A. V. Igoshin, N. S. Yudin, N. M. Belonogova, D. M. Larkin [ANIM GENET]
	Germline-restricted chromosome (GRC) is widespread among songbirds Torgasheva AA, Malinovskaya LP, Zadesenets KS, Karamysheva TV, Kizilova EA, Akberdina EA, Pristyazhnyuk IE, Shnaider EP, Volodkina VA, Saifitdinova AF,Galkina SA, Larkin DM, Rubtsov NB, Borodin PM. 2019, 116: 11845-11850. [P NATL ACAD SCI USA]
	High-density genotyping reveals signatures of selection related to acclimation and economically important traits in 15 local sheep breeds from Russia Yurchenko A.A., Deniskova T.E., Yudin N.S., Dotsev A.V., Khamiruev T.N., Selionova M.I., Egorov S.V., Reyer H., Wimmers K., Brem G., Zinovieva N.A., Larkin D.M. [BMC GENOMICS]
	Patterns of microchromosome organization remain highly conserved throughout avian evolution. O'Connor RE, Kiazim L, Skinner B, Fonseka G, Joseph S, Jennings R, Larkin DM, Griffin DK. [CHROMOSOMA]
	История «певчей» хромосомы Бородин, П. М. Торгашева, А. А. Малиновская, Л. П. Рубцов, Н. Б. Галкина, С. А. Ларкин, Д. М [Наука из первых рук]
	Общие признаки селекции и гены, связанные с адаптацией и акклиматизацией, в геномах российских пород крупного рогатого скота и овец Юдин Н.С., Ларкин Д.М. [RUSS J GENET+]
	Происхождение, селекция и адаптация российских пород крупного рогатого скота по данным полногеномных исследований. Юдин Н.С., Ларкин Д.М. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2018	Genome-wide genotyping uncovers genetic profiles and history of the Russian cattle breeds. Yurchenko A., Yudin N., Aitnazarov R., Plyusnina A., Brukhin V., Soloshenko V., Lhasaranov B., Popov R., Paronyan I.A., Plemyashov K.V., Larkin D.M. [HEREDITY]
	Scans for signatures of selection in Russian cattle breed genomes reveal new candidate genes for environmental acclimation and adaptation Yurchenko A., Daetwyler H.D., Yudin N., Schnabel R.D., Vander Jagt C.D., Soloshenko V., Lhasaranov B., Popov R., Taylor J.F., Larkin D.M. [SCI REP-UK]
	Выявление генов, вовлеченных в контроль белой окраски головы, с использованием полногеномного анализа ассоциаций Юдин Н.С., Белоногова Н.М., Ларкин Д.М. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2017	A compendium and functional characterization of mammalian genes involved in adaptation to Arctic or Antarctic environments Yudin N.S., Larkin D.M., Ignatieva E.V. [BMC GENET]
2016	ЗНАЧИМОСТЬ ГЕНОМНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ В ИСТОРИИ ФОРМИРОВАНИЯ ДОМАШНИХ ЖИВОТНЫХ Ларкин Д.М., Юдин Н.С. [Молекулярная генетика, микробиология и вирусология]
2008	Судьба родительских митохондрий в эмбриональных стволовых гибридных клетках А. Г. Мензоров, Н. М. Матвеева, Д. М. Ларкин, Д. В. Зайкин, О. Л. Серов [Cell and Tissue Biology]
2006	Comparative mapping of cattle chromosome 19: cytogenetic localization of 19 BAC clones Larkin D.M., Astakhova N.M., Prokhorovich M.A., Lewin H.A., Zhdanova N.S. [CYTOGENET GENOME RES]
	Comparative mapping of mink chromosome 8p: in situ hybridization of seven cattle BAC clones Larkin D.M., Prokhorovich M.A., Astakhova N.M., Zhdanova N.S [ANIM GENET]

Конференции

2022	IMPUTATION-BASED WHOLE-GENOME ANALYSIS IDENTIFIES CANDIDATE VARIANTS AFFECTING BODY TEMPERATURE UNDER THE COLD STRESS IN SIBERIAN CATTLE Igoshin A.V., Yudin N.S., Larkin D.M. [BGRS/SB-2022]
2021	Whole-genome resequencing points to candidate variants and genes for body temperature maintenance under the cold stress in Siberian cattle populations A.V. Igoshin, N.S. Yudin, R.B. Aitnazarov, A.A. Yurchenko, D.M. Larkin [ISAG-2021. 38th International Society for Animal Genetics Conference]
	Метод общей адаптации выявления функциональных нуклеотидных замен в породах крупного рогатого скота для использования в геномной селекции и редактировании Ларкин Д.М., Рувинский Д.Е., Игошин А.В., Ромашов Г.А., Юдин Н.С. [3-я Международная научно-практическая конференция «Молекулярно-генетические технологии анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных»]
2020	Resequencing genomes of the Russian native Baikal and Tuva sheep breeds Sweet-Jones J., Yudin N., Larkin D. [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)]
	The genomes and mechanisms of adaptation to the cold climates in Russian native cattle breeds Buggiotti L., Yurchenko A., Yudin N., Larkin D. [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020)]
2019	Genome-wide tests and sequencing point to candidate gene variants for body temperature maintenance under the cold stress in Siberian cattle population A. V. Igoshin, A. A. Yurchenko, N. M. Belonogova, D. V. Petrovsky, R. B. Aitnazarov, V. A. Soloshenko, N. S. Yudin, D. M. Larkin [ISAG-2019. 37th International Society for Animal Genetics Conference]
2018	Genome-wide association study for body temperature maintenance under the cold stress in Siberian cattle Igoshin A.V., Belonogova N.M., Yurchenko A.A., Yudin N.S., Petrovsky D.V., Larkin D.M. [BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)]
	Genotyping of nine native Russian cattle breeds combined with the 1000 bull genome project data reveals signatures of selection and adaptation in Russian cattle genomes Yurchenko A.A., Yudin N.S., Larkin D.M. [BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)]
	High-density genotyping of 15 native Russian sheep breeds reveals genomic regions under selection related to domestication, acclimation and economically important trait Yurchenko A.A., Deniskova T.E., Dotsev A.V., Yudin N.S., Reyer H., Wimmers K., Brem G., Zinovieva N.A., Larkin D.M. [BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)]
2017	Genetic profiles, history and signatures of selection of the Russian native cattle breeds Yudin N.S., Yurchenko A., Aitnazarov R., Plyusnina A., Larkin D.M. [36th International Society for Animal Genetics Conference (ISAG 2017)]
	Population structure and phylogeny of the Russian cattle breeds determined by whole genome genotyping. Yudin N.S., Yurchenko A., Aitnazarov R., Plyusnina A., Larkin D.M. [Plant & Animal Genome XXV Conference]
	Полногеномный анализ ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов с признаками продуктивности у российских пород молочного скота Плюснина А.В., Юдин Н.С., Белоногова Н.М., Ларкин Д.М. [Беляевские чтения. Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
	Структура популяций, история формирования и следы селекции в геномах 18-и местных пород крупного рогатого скота, разводимых в Российской Федерации Юрченко А.А., Юдин Н.С., Айтназаров Р.Б., Плюснина А.В., Ларкин Д.М. [Беляевские чтения. Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
2007	Segregation of the Parental Mitochondria in Embryonic Stem Hybrid cells. Alexey G. Menzorov, Natalia M. Matveeva, Denis M. Larkin, Dmitri V. Zaykin, Oleg L. Serov [The 5th annual CDB Symposium "Germ Line versus Soma: Towards Generating Totipotency." RIKEN, Kobe, Japan]
2006	Evolution Highway: large scale analysis of vertebrate genome evolution. 30th International conference on animal genetics Larkin DM [30th International conference on animal genetics, August 20-25, 2006, Porto Seguro, Brazil, plenary lecture]

Гранты

2019	Исследование происхождения и сравнительный анализ следов отбора с использованием отсеквенированных геномов турано-монгольских пород крупного рогатого скота и сибирских пород овец Ларкин Денис Михайлович Юдин Николай Серафимович Юрченко Андрей Александрович
2018	Хромосомы, ограниченные клетками зародышевой линии у птиц Лисачев Артем Павлович Задесенец Кира Сергеевна Карамышева Татьяна Витальевна Бикчурина Татьяна Игоревна Малиновская Любовь Петровна Ларкин Денис Михайлович Торгашева Анна Александровна
2017	Изучение происхождения и следы отбора в геномах двух уникальных пород крупного рогатого скота из Российской Федерации Ларкин Денис Михайлович Юрченко Андрей Александрович Юдин Николай Серафимович Игошин Александр Владимирович Печурин Сергей Николаевич
	Реконструкция хромосомной организации геномов млекопитающих и новый взгляд на хромосомную эволюцию Ларкин Денис Михайлович Баттулин Нариман Рашитович Игошин Александр Владимирович Нуриддинов Мирослав Абдурахимович Фишман Вениамин Семенович Юдин Николай Серафимович Юрченко Андрей Александрович
2016	Популяционная структура и следы адаптации к холодному климату в геномах российских пород крупного рогатого скота и овец Айтназаров Руслан Бейшеналиевич Белоногова Надежда Михайловна Гунбин Константин Владимирович Злобина Раиса Андреевна Кацюба Людмила Алексеевна Петровский Евгений Дмитриевич Печурин Сергей Николаевич Тарасова Татьяна Ивановна Юдин Николай Серафимович Юрченко Андрей Александрович Прокопов Дмитрий Юрьевич