 |
|
|
Казанцев Федор Владимирович, к. б. н.
|
Scopus: 55544764800РИНЦ: 575639Гугл-академия: https://scholar.google.ru/citations?user=d8Z5uqcAAAAJ&hl=ruИндекс WOS: AAC-8773-2020Индекс рецензентов publons.com: 3362441Персональная информацияhttps://orcid.org/0000-0002-5711-7539
SPIN-код: 2566-5700, AuthorID: 575639
Образование
ИЦиГ СО РАН - 2020. к.б.н. по специальности "03.01.09 - математическая биология, биоинформатика".
ИЦиГ СО РАН - 2007-2010: аспирант по направлению "03.01.09 - математическая биология, биоинформатика".
НГУ – 2007: инженер (программное обеспечение выч. техники и авт. систем)
ВКИ НГУ – 2004: техник (программное обеспечение выч. техники и авт. систем)
Область научных интересов
Высокопроизводительные вычисления; Системная биология; Математическое и компьютерное моделирование генных, белковых, метаболических и сигнальных сетей (непрерывные модели)
Область рабочих интересов
Системная биология, биоинформатика. Разработка Баз Данных. Разработка методов, алгоритмов, программ.
Публикации
| 2023 |
Impact of Negative Feedbacks on De Novo Pyrimidines Biosynthesis in Escherichia coli.
Akberdin I.R.; Kozlov K.N.; Kazantsev F.V.; Fadeev S.I.; Likhoshvai V.A.; Khlebodarova T.M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Лабораторные информационные системы для управления исследовательскими работами в биологии
А.М. Мухин, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Развитие сибирской школы
математической (системной) биологии
Н.А. Колчанов, С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Ю.Г. Матушкин
[Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
|
| 2022 |
ICBrainDB: An Integrated Database for Finding Associations between Genetic Factors and EEG Markers of
Depressive Disorders
Роман Иванов;
Федор Казанцев;
Евгений Заварзин;
Александра Клименко;
Наталья Милахина;
Юрий Матушкин;
Александр Савостьянов;
Сергей Лашин.
[J. Pers. Med]
|
|
Agent‐Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population
Georgii P. Romanov , Anna A. Smirnova , Vladimir I. Zamyatin, Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev,
Vera G. Pshennikova, Fedor M. Teryutin, Aisen V. Solovyev, Sardana A. Fedorova, Olga L. Posukh,
Sergey A. Lashin and Nikolay A. Barashkov
[Biology]
|
|
Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation
Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin
[Mathematics]
|
| 2021 |
ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations
Fedor Kazantsev
[INT J PSYCHOPHYSIOL]
|
|
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin
[Lect Notes Comput Sci]
|
|
The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems
T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Технологии поиска и исследования
потенциально осциллирующих ферментативных систем
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2020 |
Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы
и воспоминания
М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин
[Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
|
| 2019 |
MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat
Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Salicylic acid affects root meristem patterning via auxin distribution in a concentration-dependent manner
Taras Pasternak, Edwin P Groot, Fedor Kazantsev, William Teale, Nadya Omelyanchuk, Vasilina Kovrizhnykh, Klaus Palme, Victoria V Mironova
[PLANT PHYSIOL]
|
| 2018 |
MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS
Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis.
Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[PloS One]
|
|
Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России
Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов
Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы
Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2013 |
MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS
Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
«Электронная клетка»: проблемы и перспективы.
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus
М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance
Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA.
[ANN BOT-LONDON]
|
|
Новые возможности системы MGSmodeller
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2010 |
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems
I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev
[Progress in Analysis and its Applications]
|
| 2009 |
Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е.
[Сибирские электронные математические известия]
|
|
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana
В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
Монографии
| 2021 |
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Mukhin A. M., Kazantsev F.V., Klimenko A.I., Lakhova T.N., Demenkov P.S., Lashin S.A.
|
Конференции
| 2024 |
Mathematical modeling of the
regulation of NCgl2816-lldD,
brnEF, vanABK and mtlTD
operons in Corynebacterium
glutamicum
Lakhova T., Kazantsev F., Khlebodarova T., Matushkin Yu., Lashin S.
[14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology]
|
|
A software package to assess the metabolic potential of mutant strains of the Corynebacterium glutamicum
Kazantsev F.V., Trofimova M.F., Sheremetieva M.E., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A
[14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology]
|
|
Software package for analysis of regulatory circuits of bacterial metabolic pathways by mathematical modeling methods
Kazantsev F.V., Lakhova T.N., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A
[14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology]
|
|
РЕКОНСТРУКЦИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ В ESCHERICHIA COLI K-12 ШТАММА
B-6195
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин
[VI Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2024]
|
| 2023 |
Методы математического и компьютерного моделирования в исследование метаболизма L-аминокислот бактерии C. glutamicum
Казанцев Ф.В., Трофимова М.Ф., Клименко А.И., Лашин С.А.
[IX Пущинская конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов»]
|
| 2022 |
МЕТОД ДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ БАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ ГЕНОМНОЙ ИНФОРМАЦИИ
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин
[Актуальные аспекты современной микробиологии: XIII молодежная школа-конференция с международным участием]
|
|
Data lake platform of the bacterial strain properties
for microbiology
Mukhin A., Demenkov P., Kazantsev F., Lakhova T., Klimenko A.,
Lashin S
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Evolutionary analysis of gene networks with Orthoweb software
Mustafin Z., Mukhin A., Anikin D., Kazantsev F., Lashin S.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Finding the ways for potential increasing of L-valine
biosynthesis yield in C. glutamicum with mathematical modeling
Kazantsev F., Klimenko A., Kropochev A., Trofimova M., Lashin S
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Genetic markers and neurophysiological correlates
of the psychological personality traits among people
from different regions of Siberia
Savostyanov A., Tamozhnikov S., Karpova A., Kavai-Ool U., Ivanov A.,
Kazantsev F., Klimenko A., Lashin S.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Impact of negative feedbacks on de novo pyrimidines
biosynthesis in E. coli
Khlebodarova T.M., Akberdin I.R., Kozlov K.N., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
On organizing a software platform for seeking
biotechnologically important features in bacteria
Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A.,
Kolchanov N
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Reconstruction of mathematical frame models of bacterial
transcription regulation based on transcriptional regulatory
networks
Lakhova T., Kazantsev F., Lashin S
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2021 |
ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations
Kazantsev F.V., Ivanov R.A., Klimenko A.I., Zavarzin E.A., Saprigyn A.E., Lashin S.A.
[The 20th World Congress of Psychophysiology (IOP2021) . Chengdu, China, Online (September 7-11, 2021)]
|
|
ICBrainDB: database with EEG activity and associated gene mutations
Иванов Роман Артемович
Казанцев Федор Владимирович
[13 Международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» SBB-2021]
|
|
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin , Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, and Sergey A. Lashin
[International Conference on Parallel Computing Technologies]
|
| 2020 |
MGSGenerator 1.5: software tool for reconstructing mathematical models of metabolic networks
F.V. Kazantsev, S.A. Lashin
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
MGSGenerator 1.5: инструментарий для реконструкции математических моделей метаболических сетей
Казанцев Ф.В., Лашин С.А
[SBB-2020]
|
|
The algorithm for finding potentially oscillating behavior in enzymatic systems
Lakhova T.N., Kazantsev F.V, Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2019 |
Математическое и компьютерное моделирование осциллирующих ферментативных систем
Т.Н. Лахова, Ф. В. Казанцев, Ю. Г. Матушкин, С. А. Лашин
[Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики]
|
|
The mathematical modeling of oscillations in enzymatic systems
Lakhova T.N., Kazantsev F.V., Lashin S.A.
[11th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB-2019]
|
|
MIGREW database: typical use cases
Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A.
[5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)]
|
|
Поиск и исследование потенциально осциллирующих ферментативных систем с помощью методов математического моделирования
Лахова Т. Н., Казанцев Ф. В.
[57-ая Международная научная студенческая конференция (МНСК-2019)]
|
|
What can we learn about stress-induced root growth by mathematical modeling of auxin distribution?
Savina M.S., Kazantsev F.V., MironovaV.V.
[Plant Organ Growth Symposium 2019]
|
|
Методы компьютерного моделирования иерархических биологических систем
Лашин С. А., Матушкин Ю. Г., Клименко А. И., Казанцев Ф. В., Лахова Т. Н., Смирнова А. А.
[«Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)]
|
| 2018 |
Database on Molecular Identification of Genes for Resistance in Wheat (MIGREW)
Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A.
[11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018]
|
|
Программные средства для построения и анализа сложных моделей микробного метаболизма и микробных сообществ
Лашин С.А, Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Афонников Д.А.,
Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А.
[Школа-конференция «Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике»]
|
| 2017 |
Математическая модель самоорганизации потоков ауксина в корне
Ф.В. Казанцев, В.В. Миронова
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
| 2016 |
Biomolecular systems models semi-automatic reconstruction based on structural and quantitative information
F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, S.A. Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, A.V. Ratushny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai
[BGRS/SB’16, Novosibirsk]
|
|
MATHEMATICAL MODELING OF ACTIVE SUBSTANSES AND FACTORS INFLUENCE ON FUNCTIONING OF PLANT ROOT MERISTEM
M.S. Savina, F.V. Kazantsev, V.V. Mironova
[MM-HPC-BBB-2016]
|
|
MATHEMATICAL MODELING OF ACTIVE SUBSTANSES AND FACTORS INFLUENCE ON FUNCTIONING OF PLANT ROOT MERISTEM
M.S. Savina, F.V. Kazantsev, V.V. Mironova
[SBB-2016]
|
|
Mathematical modeling a reciprocal interactions between auxin and its PIN transporters in the root tip of A. thalina L.
Коврижных В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В.
[BGRS 2016]
|
|
Моделирование воздействия холода на физиологическое распределение ауксина в корне A. thaliana
Савина М.С., Казанцев Ф.В., Миронова В.В.
[XXIII международная конференция "математика. компьютер. образование"]
|
|
Моделирование распределения ауксина в корне A. thaliana в мутантах по генам, кодирующим PIN белки-транспортеры
Казанцев Ф.В., Миронова В.В.
[XXIII международная конференция "математика. компьютер. образование"]
|
| 2015 |
The compensatory mechanism providing for auxin transport in pin mutants of Arabidopsis thaliana L
Vasilina Kovrizhnykh, Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak.
[Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology]
|
|
ЯЗЫК СПЕЦИФИКАЦИИ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ ГЕННЫХ СЕТЕЙ
Казанцев Ф.В.
[XII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Перспективы развития фундаментальных наук»]
|
| 2014 |
The tool to study plant hormone auxin distribution in the plant root
F. Kazantsev, V. V. Mironova
[ECMTB 2014]
|
|
Computation modeling of vascular patterning in plant roots
ES Novoselova, VV Mironova, FV Kazantsev, NA Omelyanchuk, VA Likhoshvai
[The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)]
|
|
GENE NETWORKS MODELING: SPECIFICATION LANGUAGE
Kazantsev F.V.,Akberdin I.R., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A.
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)]
|
|
How the plant root deals with missing of a PIN auxin transporter
Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Vasilina Chernova, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak
[9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology]
|
|
Kinetic modeling of pyrimidine biosynthesis is a first step to in silico bacterial cell
Akberdin I.R., Ermak T.V., Kazantsev F.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
Кинетическое моделирование метаболических путей в бактериальной клетке
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Шестой съезд ВОГиС]
|
|
Математическое моделирование влияния ауксина на формирование сосудистого паттерна корня растения.
Новоселова Е.С., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А.
[18-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых "Биология - наука XXI века"]
|
| 2013 |
Математические модели метаболических процессов в бактериальной клетке
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Методы создания, исследования и идентификации математических моделей]
|
|
Mathematical modeling of gene network dynamics in E. coli
I. Akberdin, F. Kazantsev, T. Ermak, V. Timonov, T. M. Khlebodarova, V. A. Likhoshvai
[38-ой Конгресс FEBS]
|
|
The mathematical model of auxin distribution in the plant root meristem
Kazantsev F.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A.
[Regional Interdisciplinary Conference – Humboldt Kolleg «Magnetic resonance as a tool for interdisciplinary research»]
|
|
MGSmodelsDB – a new database on mathematical models of biomolecular systems
F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, V.V. Timonov, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai
[BREW 2013: Bioinformatics Research and Education Workshop]
|
| 2012 |
Компьютерное моделирование динамики функционирования молекулярно-генетических систем E.coli
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В, Ри Н.А., Тимонов В.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Четвертая международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
|
|
Modeling and analysis of dynamics of the gene networks: automatic generation and storage in a new database
Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Ree N.A., Timonov V.S., Oshchepkova E.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Likhoshvai V.A.
[Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"]
|
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING WITH MGSMODELLER
Kazantsev F.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
Role of auxin dose-dependent control in specification of root vascular cells
Новоселова ЕС., Миронова ВВ, Казанцев ФВ, Омельянчук НА, Лихошвай ВА
[Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’12)]
|
|
Математическое моделирование ауксин зависимого контроля дифференцировки сосудистых клеток корня
Новоселова ЕС, Миронова ВВ, Омельянчук НА, Казанцев ФВ, Лихошвай ВА
[II(X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге]
|
|
Язык моделирования молекулярно-генетических систем SiBML
Ф.В. Казанцев, В.В. Миронова, Е.С. Новоселова, Н.Л. Подколодный, В.А. Лихошвай
["Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ) 2012"]
|
| 2011 |
Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»]
|
|
A plausible mechanism for the root apical meristem patterning.
V.V. Mironova, E.S. Novoselova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai
[7th International Conference on Structure and Function of Roots]
|
|
Automatic generation of mathematical models of molecular-genetic systems
Akberdin I., Kazantsev F., Ree M., Ree N., Timonov V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2011)]
|
|
Computer simulation confirmed auxin dose-dependent control of root vascular cells specification
E.S. Novoselova, V.V. Mironova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai
[7th International Symposium on Structure and Function of Roots]
|
|
MGSMODELSDB – Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Тимонов В.С., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
|
MGSmodelsDB – web-ресурс для накопления математических моделей элементарных подсистем молекулярно-генетических систем
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лихошвай В.А.
[Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”]
|
|
The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011
Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
Математическое моделирование транспорта ауксина в центральном цилиндре корня A. Thaliana
Новоселова Е.С., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”]
|
|
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
[Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"]
|
|
Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л.
[Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»]
|
| 2010 |
Automatic generation and numerical analysis of mathematical models for molecular-genetic objects in an integrated system of MGS-generator and STEP+ modules
I.R. Akberdin,F.V. Kazantsev, V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, V.K. Korolev, A.E. Medvedev.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
|
|
MGSmodelsDB – the database for storing mathematical models of molecular genetic systems
F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, M.T. Ree, N.A. Ree, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
|
|
Development of shoot apical meristem in silico under phytohormone regulation
I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai
[Международная конференция Plantgen, Новосибирск, Россия, 7-10 июня, 2010]
|
|
Development of shoot apical meristem in silico under phytohormones regulation
I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev, I.A. Gainova,V.A. Likhoshvai
[The Joint Russian-French Workshop "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling"]
|
|
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models of molecular genetic systems
I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai and A.E. Medvedev
[Progress in Analysis and its Applications, Proc.of the 7th ISAAC Congress, World Scientific Publ., Singapore]
|
|
Математическое моделирование развития меристемы побега на различных иерархических уровнях
Гайнова И.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Королев В.К., Медведев А.Е.
[Всероссийская конференция (с международным участием) "Математические модели и информационные технологии в сельскохозяйственной биологии: итоги и перспективы", Санкт-Петербург, 14–15 октября, 2010]
|
| 2009 |
Mathematical model of the auxin metabolism in shoots if Arabidopsis thaliana L.
I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai.
[Российско-германский форум по биотехнологии, Новосибирск, 15-19 июня 2009 года]
|
|
Mathematical modeling of a plant development on the different levels
Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Gainova I.A., Likhoshvai V.A.
[3 rd Annual World Congress of Gene-2009, Foshan, China, December 1-7]
|
|
New computer technologies for the construction and numerical analysis of mathematical models for molecular genetic systems
I.A.Gainova, I.R Akberdin, F.V.Kazantsev, V.A.Likhoshvai, S.I.Fadeev, V.K.Korolev, A.E.Medvedev
[Седьмой Международный Конгресс ISAAC, Лондон, Великобритания, 13 – 18 Июля, 2009]
|
|
Интегрированная компьютерная система для построения и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем
И.Р.Акбердин, Ф.В.Казанцев, В.А.Лихошвай, С.И.Фадеев, И.А.Гайнова, В.К.Королев, А.Е.Медведев
[Всероссийская конференция по вычислительной математике КВМ-2009, Академгородок, Новосибирск, Россия, 23-25 июня 2009]
|
|
Моделирование молекулярно-генетических механизмов регуляции развития растений
И.Р. Акбердин, Ф.В. Казанцев, В.А. Лихошвай
[5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.]
|
| 2008 |
Mathematical model of auxin metabolism in shoots of Arabidopsis thaliana L.
Akberdin I. R., Kazantsev F. V., Omelyanchuk N. A., Likhoshvai V. A.
[2nd International Conference "Mathematical Biology and Bioinformatics", Pushchino, Moscow region, September 7-13, 2008]
|
|
Математическая модель поддержания тотипотентности и дифференцировки клеток при развитии меристемы побега Arabidopsis thaliana
Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[Сборник материалов Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2008"!", Москва, Россия]
|
| 2007 |
Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем.
Казанцев Ф.В., Ратушный А.В.
[45 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 10-12)]
|
| 2006 |
MGSmodeller - компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем
Казанцев Ф.В. , Подколодная Н.Н., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Крокус И.В., Лашин С.А., Ратушный А.В., Лихошвай В.А.
[7 Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Красноярск, Россия, (Ноябрь 1-3)]
|
|
Программный комплекс для конструирования математических моделей молекулярно-генетических систем
Казанцев Ф.В.
[44 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 13-14)]
|
Гранты
| 2019 |
5-я Международная научная конференция «Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений» (PlantGen2019)
Салина Елена Артемовна, Зубова Светлана Васильевна, Петровская Ольга Васильевна, Калачикова Светлана Викторовна, Казанцев Федор Владимирович, Знак Ольга Владимировна, Глебова Надежда Петровна, Карамышева Татьяна Витальевна, Морковина Алина Владимировна, Токпанов Ерлан Аскарович, Елисеева Лариса Борисовна, Харкевич Андрей Владимирович, Чалкова Татьяна Федоровна
|
| 2018 |
Исследование молекулярно-генетических механизмов формирования позиционной информации в апикальной меристеме корня Arabidopsis thaliana с использованием портретной математической модели
Савина Мария Сергеевна
Лавреха Виктория Вадимовна
Казанцев Федор Владимирович
|
|
Изучение полиморфизма генов авирулентности возбудителя стеблевой ржавчины пшеницы Puccinia graminis f.sp. tritici
Сергеева Екатерина Михайловна Тимонова Екатерина Михайловна Сколотнева Екатерина Сергеевна Казанцев Федор Владимирович Нестеров Михаил Алексеевич Мутерко Александр Феликсович
|
| 2014 |
Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии
Афонников Д.А., Голушко С.К., Дорошков А.В., Зубаирова У.С., Казанцев Ф.В., Колчанов Н.А., Лавреха В.В., Миронова В.В., Николаев С.В., Новикова Д.Д., Омельянчук Н.А., Пененко А.В., Пшеничникова Т.А., Савина М.С., Саженков С.А., Симонов А.В., Чернова В.В.
|
| 2013 |
Математическая биология гена
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Новоселова Е.С., Перфильева О.А., Фадеев С.И., Когай В.В.
|
|
Роль ауксина и этилена в регуляции активности генов в корне проростка Arabidopsis thaliana L.: полногеномный подход
Миронова Виктория Владимировна Ермаков Антон Александрович Дорошков Алексей Владимирович Васильев Геннадий Владимирович Казанцев Федор Владимирович Климова Наталья Викторовна Левицкий Виктор Георгиевич Новоселова Екатерина Сергеевна Пономаренко Петр Михайлович Чернова Василина Владимировна
|
| 2012 |
ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО-РАЗНОСТНЫЕ И ИНТЕГРОДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫЕ УРАВНЕНИЯ. ПРИЛОЖЕНИЯ К ЗАДАЧАМ ЕСТЕСТВОЗНАНИЯ
общее кол-во = 72 человека
|
|
Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ»
Подколодный Николай Леонтьевич Колчанов Николай Александрович Фомин Эдуард Станиславович Алемасов Николай Александрович Казанцев Федор Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Гунбин Константин Владимирович Генаев Михаил Александрович Вишневский Олег Владимирович
|
|
Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах»
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Казанцев Федор Владимирович, Рассказов Дмитрий Александрович
|
| 2011 |
Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений
Миронова Виктория Владимировна Лихошвай Виталий Александрович Омельянчук Надежда Анатольевна Новоселова Екатерина Сергеевна Казанцев Фёдор Владимирович Сангаев Содном Сергеевич Ибрагимова Салмаз Магомедсаидовна Пономаренко Михаил Павлович
|
|
Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей
Н.А. Колчанов, Н.Л. Подколодный, В.С. Тимонов, И.Р. Акбердин, Е.А. Ананько, М.А. Генаев, Е.В. Игнатьева, Ф.В. Казанцев, Н.Н. Подколодная, О.А. Подколодная, Д.А. Рассказов, А.В. Семенычев
|
| 2010 |
Симметрия и хаос в генных сетях
Лихошвай Виталий Александрович руководитель Акбердин Илья Ринатович исполнитель
Казанцев Федор Владимирович исполнитель
Когай Владислав Владимирович исполнитель
Фадеев Станислав Иванович исполнитель
Хлебодарова Тамара Михайловна исполнитель
Новоселова Екатерина Сергеевна исполнитель
Ри Наталья Александровна
|
| 2009 |
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Акбердин Илья Ринатович, Гунбин Константин Владимирович, Захаренко Л.П., Иванисенко Владимир Александрович, Игнатьева Елена Васильевна, Казанцев Федор Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лихошвай Виталий Александрович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Пономаренко Михаил Павлович, Пономаренко Петр Михайлович, Ри Максим Тексенович, Савинкова Людмила Кузминична, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Хлебодарова Тамара Михайловна
|
|
Методы исследования дифференциально-разностных уравнений и приложения к задачам биологии и химии
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Омельянчук Н.А., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Миронова В.В., Ри М.Т., Казанцев Ф.В., Новоселова Е.С. и др.
|
Научное руководство
| 2024 |
Исследование регуляторных контуров метаболического пути L-Валина бактерии C. glutamicum методами математического моделирования
Казанцев Федор Владимирович
[Котельников Артемий Алексеевич]
|
|
Исследование метаболизма аминокислот с разветвленной боковой цепью бактерии Corynebacterium glutamicum методами математического моделирования
Казанцев Федор Владимирович
[Трофимова Мария Федоровна]
|
| 2022 |
Исследование метаболизма L-валина бактерии
Corynebacterium glutamicum методами математического моделирования
Казанцев Федор Владимирович
[Трофимова Мария Федоровна]
|
| 2010 |
Создание модуля приведения размерностей параметров математических моделей молекулярно-генетических систем
Казанцев Федор Владимирович
[Ефремов А.М.]
|
| 2009 |
Создание модуля импорта данных для системы MGSgenerator
Казанцев Фёдор Владимирович
[Чебаков А.А.]
|
Учебные курсы
| 2015 |
Практикум по начальной специализации "Биоинформатика и системная биология"
|
Патенты
| 2024 |
«Программа для автоматической реконструкции фреймовых динамических моделей генных сетей микроорганизмов (ДинМикробиотех) / Program for automatic reconstruction of frame dynamic models of gene networks of microorganisms (DynMicrobiotech)»
Лашин С.А., Казанцев Ф.В., Лахова Т.Н., Матушкин Ю.Г.
|
|
«Программный комплекс для исследования микроорганизмов методами потокового моделирования (флаксМикробиотех) / software package for microorganisms research by flux modeling methods (fluxMicrobiotech)»
Казанцев Ф.В., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А
|
|
Программа для расчёта филостратиграфических индексов (Ортовеб) / The program for calculating phylostratitgraphy indexes (Orthoweb)
Лашин С.А., Мустафин З.С., Казанцев Ф.В., Мухин А.М., Иванов Р.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
|
| 2022 |
База данных по аллельным полиморфизмам генов нейромедиаторных систем, показателям психологических тестов и параметрам электроэнцефалограмм (ЭЭГен) / Database of allelic polymorphisms of genes of neurotransmitter systems, indicators of psychological tests and parameters of electroencephalograms (ICBrainDB)
Заварзин Е.А., Иванов Р.А., Казанцев Ф.В., Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Милахина Н.С., Савостьянов А.Н.
|
|
Программа для автоматической реконструкции математических моделей регуляции генов микробов (МикроТранскриптМод) / The program for automatic reconstruction of mathematical models of microbial gene transcription regulation (MicroTranscriptMod)
Казанцев Федор Владимирович, Лахова Татьяна Николаевна, Лашин Сергей Александрович
|
| 2021 |
Биотехнологически значимые штаммы бактерий (МикроБиотех) / Biotechnologically significant strains of bacteria (MicroBiotech)
Мухин А.М., Лахова Т.Н., Клименко А.И., Казанцев Ф.В., Деменков П.С., Лашин С.А.
|
| 2016 |
База данных по молекулярным маркерам генов устойчивости пшеницы к болезням (МИГРЭ) / Database on Molecular Identification of Genes for Resistance in Wheat (Migrew)
Салина Е.А., Сколотнева Е.С., Казанцев Ф.В.,
Лашин С.А.
|
| 2014 |
Программа для исследования кинетической модели биосинтеза молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus (Элси: Geobac)
Акбердин И.Р., Нуриддинов М.А., Казанцев Ф.В., Пельтек С.Е.
|
| 2012 |
База данных "Элементарные подсистемы: метаболизм E.coli" (ЭлСи: E.coli)/ Database "Elementary subsystems: E.coli metabolism" (ElSy: E.coli)
Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В.
|
| 2011 |
Программа визуализации и компиляции математических моделей генных сетей (МГСмодели) / Software tool for gene networks mathematical models view and compile (MGSmodelsDB)
Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Насонов В.В., Тимонов В.С.
|
| 2008 |
Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller)
Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В
|
|
Программа автоматической генерации математических моделей генных сетей (МГСгенератор) / Software tool for mathematical models autogeneration on basis of the gene networks structure (MGSgenerator)
Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д.
|
Диссертации
| 2020 |
Интегрированная информационно-компьютерная платформа для исследования молекулярно-генетических систем
[Кандидат]
|
|
|
