 |
|
|
Цуканов Антон Витальевич, к. б. н.
|
Scopus: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57847123300РИНЦ: https://www.elibrary.ru/author_items.asp?authorid=888073Индекс WOS: https://www.webofscience.com/wos/author/record/HGU-4474-2022
Публикации
| 2024 |
Developmental and housekeeping genes: two types of genetic organization in the Drosophila genome
Igor Zhimulev, Tatyana Vatolina, Victor Levitsky, Anton Tsukanov
[INT J MOL SCI]
|
|
Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data
Vladimir V. Raditsa,
Anton V. Tsukanov,
Anton G. Bogomolov,
Victor G. Levitsky
[NAR Genomics and Bioinformatics]
|
|
Программный комплекс MetArea для анализа взаимоисключающей встречаемости в парах мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq
Левицкий В.Г., Цуканов А.В., Меркулова Т.И
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2023 |
РАЗВИТИЕ ИДЕИ Н.К. КОЛЬЦОВА О ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ОРГАНИЗАЦИИ
МЕЖДИСКОВ ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМ DROSOPHILA MELANOGASTER
И. Ф. Жимулев, Т. Ю. Ватолина, В. Г. Левицкий,
Т. Д. Колесникова, А. В. Цуканов
[Онтогенез]
|
| 2022 |
CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana
Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Motif models proposing independent and interdependent impacts of nucleotides are related to high and low affinity transcription factor binding sites in Arabidopsis
Tsukanov, A. V., Mironova V. V., Levitsky V. G.
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing
Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L.
[INT J MOL SCI]
|
| 2021 |
Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2
А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2018 |
Компьютерная база данных для анализа дифференциально экспрессирующихся генов, связанных с агрессивным поведением, на моделях лабораторных животных
Анатолий Олегович Брагин, Кирилл Александрович Табанюхов, Ирина Витальевна Чадаева, Антон Витальевич Цуканов, Роман Олегович Бабенко, Ирина Вадимовна Медведева, Антон Геннадьевич Богомолов, Владимир Николаевич Бабенко, Юрий Львович Орлов
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Компьютерные средства анализа регуляции экспрессии генов и альтернативного сплайсинга
Дергилев А.И., Табанюхов К.А., Цуканов А.В., Брагин А.О., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
|
Компьютерный анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq
С. С. Ковалев, Е. Ю. Леберфарб, Н. В. Губанова, А. О. Брагин, А. Г. Галиева,А. В. Цуканов, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Программы статистической обработки, кластеризации и визуализации распределения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме
Цуканов А.В., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Орлов Ю.Л
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Реконструкция геномного распределения кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов, связанных с поддержанием плюрипотентности.
Цуканов А.В., Дергилев А.И., Богомолов А.Г., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
| 2017 |
Компьютерные методы анализа хромосомных контактов в ядре клетки по данным технологий секвенирования
Орлов Ю.Л., Тьерри О., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Кулакова Е.В., Галиева Э.Р., Брагин А.О., Ли Г.
[Биомедицинская химия]
|
|
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках
Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
Конференции
| 2023 |
CisCross web server: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators in Arabidopsis thaliana
Lavrekha V.V., Levitsky V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.
[Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023)]
|
| 2022 |
CisCross web service: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators for Arabidopsis thaliana
Lavrekha V.V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G. , Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Mironova V.V.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Massive comparison of the ‘genomic’ and ‘shuffled’ background set generation approaches for efficiency of de novo motif search in A. thaliana ChIP-seq data
Raditsa V.V., Tsukanov A.V., Levitsky V.G
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
enRest tool for transcription factor binding sites
overrepresentation analysis in RNA-seq data
Tsukanov A.V., Levitsky V.G.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2020 |
Analysis of short- and long-range interactions within potential binding sites notably extends the fraction of verified peaks in ChIP-seq data
Цуканов Антон Витальевич, Левицкий Виктор Георгиевич, Меркулова Татьяна Ивановна
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“]
|
| 2019 |
Statistical analysis, clusterization and visualization of genome distribution of transcription factor binding sites
Dergilev A.I., Tsukanov A.V., Luzin A.N., Babenko R.O., Orlov Y.L.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.]
|
|
Компьютерные средства анализа кластеров регуляторных районов экспрессии генов
Орлов Ю.Л., Дергилев А.И., Цуканов А.В., Лузин А.Н., Орлова Н.Г.
[VI Съезд биофизиков России]
|
| 2018 |
Analysis of genome size, CG content and characteristics of microorganisms’environment habitats
V.V. Suslov, A.V. Tsukanov, Y.L. Orlov
[BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)]
|
|
Bioinformatics tools for 3D chromosome contacts analysis
Thierry O., Galieva A.G., Tsukanov A.V., Orlov Y.L.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Cell-free RNA studies in cancer based on T oligo-primed polymerase chain reaction (TOP-PCR) technology
K.-P.Chiu, N.V. Gubanova, A.V. Tsukanov, S.S. Kovalev, Y.L. Orlov
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Computer analysis of alternative splicing events by RNA-seq data in brain cells
V.N. Babenko, N.V. Gubanova, A.V. Tsukanov, S.S. Kovalev, A.O. Bragin,G.V. Vasiliev, Yu.L. Orlov
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Computer studies of miRNA in abiotic stress response in plants
Dobrovolskaya O.B., Spitsina A.M., Galieva A.G., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Orlov Y.L., Chen M.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Extended clusters of transcription factor binding sites in embryonic stem cells
Tsukanov A.V., Dergilev A.I., Orlov Y.L.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
|
Statistical approaches for analysis of mapping quality for single-cell sequencing data
Abnizova I.I., te Boekhorst R., Beka N., Naumenko F.M., Tsukanov A.V., Orlov Y.L.
[Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop]
|
| 2017 |
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках
Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л.
[III Национальный Конгресс по Регенеративной Медицине]
|
Гранты
| 2021 |
Поиск, декомпозиция и верификация регуляторных модулей, обеспечивающих формирование пространственно-временных паттернов экспрессии генов растений
Левицкий Виктор Георгиевич,
Миронова Виктория Владимировна,
Лавреха Виктория Вадимовна,
Сизенцова Яна Геннадьевна,
Коврижных Василина Владимировна,
Долгих Владислав Андреевич,
Омельянчук Надежда Анатольевна,
Цуканов Антон Витальевич,
Вибе Даниил Станиславович,
Коростелева Анастасия Леонидовна
|
| 2020 |
Регуляция EIN3/EIL1-зависимого транскрипционного
ответа на этилен у растений: системный анализ
полногеномных данных
Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Долгих В.А., Убогоева Е.В., Пуховая Е.М., Багаутдинова З.З., Цуканов А.В., Омельянчук Н.А.
|
Патенты
| 2024 |
Программный комплекс для поиска синергии мотивов в данных полногеномного картирования сайтов связывания транскрипционных факторов ChIP-seq (MetArea)
Левицкий В.Г., Цуканов А.В.
|
| 2022 |
Программа для поиска обогащенных сайтов связывания транскрипционных факторов в промоторах дифференциально экспрессирующихся генов (ESDEG)
Цуканов Антон Витальевич,
Левицкий Виктор Георгиевич
|
|
Программа для генерации выборки негативных последовательностей ДНК при анализе обогащения мотивов в данных массового секвенирования (SuppressBias)
Левицкий Виктор Георгиевич,
Цуканов Антон Витальевич
|
| 2021 |
Программный комплекс для поиска мотивов в данных полногеномного картирования сайтов связывания транскрипционных факторов ChIP-seq (SiteGA)
Левицкий В.Г., Цуканов А.В.
|
| 2018 |
База данных «Дифференциальный альтернативный сплайсинг генов человека при вторичной глиобластоме (ДАСГГ)» / «Differential Alternative Splicing of Human Genes in secondary Glioblastome (DASGG)»
Брагин А.О., Губанова Н.В., Бабенко В.Н., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Леберфарб Е.Ю., Орлов Ю.Л.
|
|
Программа поиска кластеров сайтов ChIP-seq в геноме «КланЧиПикс» / Program for ChIP-seq cluster search in genome «ClanChIPeaks»
Цуканов А.В., Орлов Ю.Л.
|
|
|
