 |
|
|
Иванисенко Владимир Александрович, к. б. н.
|
Публикации
| 2024 |
AI-Assisted Identification of Primary and Secondary Metabolomic Markers for Postoperative Delirium
Ivanisenko VA, Rogachev AD, Makarova A-LA, Basov NV, Gaisler EV, Kuzmicheva IN, Demenkov PS, Venzel AS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Kolchanov NA, Plesko VV, Moroz GB, Lomivorotov VV, Pokrovsky AG
[INT J MOL SCI]
|
|
An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models
Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
[INT J MOL SCI]
|
|
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of the TATA-binding protein for the promoters of human genes associated with primary open-angle glaucoma
Zolotareva K, Dotsenko P, Podkolodnyy N, Ivanov R, Makarova A-L, Chadaeva I, Bogomolov A, Demenkov P, Ivanisenko V, Oshchepkov D, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Design of Ctenophore Ca2+-Regulated Photoprotein Berovin Capable of Being Converted into Active Protein Under Physiological Conditions: Computational and
Experimental Approaches
Ludmila P. Burakova, Nikita V. Ivanisenko, Natalia V. Rukosueva, Vladimir A. Ivanisenko, Eugene S. Vysotski
[Life]
|
|
Non-coding RNA notations, regulations and interactive resources
Mengwei Cheng, Yinhuan Zhu, Han Yu, Linlin Shao, Yiming Zhang, Lanxing Li, Haohong Tu, Luyao Xie, Haoyu Chao, Peijing Zhang, Saige Xin, Cong Feng, Vladimir Ivanisenko, Yuriy Orlov, Dijun Chen, Aloysius Wong, Yixin Eric Yang & Ming Chen
[FUNCT INTEGR GENOMIC]
|
|
Targeting type I DED interactions at the DED filament serves as a sensitive switch for cell fate decisions
Corinna König, Nikita V. Ivanisenko, Laura K. Hillert-Richter, Deepti Namjoshi, Kalyani Natu, Johannes Espe, Dirk Reinhold, Nikolai A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Thilo Kähne, Kakoli Bose, Inna N. Lavrik
[Cell Chemical Biology]
|
|
ЦИФРОВАЯ ПЛАТФОРМА «МИКРОБИОТЕХ»: АРХИТЕКТУРА И НАЗНАЧЕНИЕ
Деменков П. С., Мухин А. М., Иванисенко В. А., Лашин С. А., Колчанов Н. А.
[Проблемы информатики]
|
| 2023 |
Primary and Secondary micro-RNA Modulation the Extrinsic Pathway of Apoptosis in Hepatocellular Carcinoma
Khlebodarova TM, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Lavrik IN, Ivanisenko VA.
[Molecular Biology]
|
|
Accurate noise-robust classification of
Bacillus species from MALDI-TOF MS spectra
using a denoising autoencoder
Yulia E. Uvarova, Pavel S. Demenkov, Irina N. Kuzmicheva, Artur S. Venzel, Elena L.
Mischenko, Timofey V. Ivanisenko, Vadim M. Efimov, Svetlana V. Bannikova, Asya R.
Vasilieva, Vladimir A. Ivanisenko and Sergey E. Peltek
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Apoptosis Genes as a Key to Identification of Inverse Comorbidity of Huntington's Disease and Cancer
Bragina EY, Gomboeva DE, Saik OV, Ivanisenko VA, Freidin MB, Nazarenko MS, Puzyrev VP.
[INT J MOL SCI]
|
|
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection.
Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases
Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M
[INT J MOL SCI]
|
|
Gene networks for use in metabolomic data analysis of blood plasma from patients with postoperative delirium
Ivanisenko V.A., Basov N.V., Makarova A.A., Venzel A.S., Rogachev A.D., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Kleshchev M.A., Gaisler E.V., Moroz G.B., Plesko V.V., Sotnikova Y.S., Patrushev Y.V., Lomivorotov V.V., Kolchanov N.A., Pokrovsky A.G.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Integrating omics databases for enhanced crop breeding
Chao H, Zhang S, Hu Y, Ni Q, Xin S, Zhao L, Ivanisenko VA, Orlov YL, Chen M
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Prioritization of potential pharmacological targets for thedevelopment of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction andanalysis of associative gene networks help.
Demenkov P.S., Antropova E.A., Adamovskaya A.V., Mishchenko E.L., Khlebodarova T.M., Ivanisenko T.V., Ivanisenko N.V., Venzel A.S., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection
Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R.
Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V.
Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik
and Vladimir A. Ivanisenko
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Молекулярно-генетические пути регуляции вирусом гепатита С экспрессии клеточных факторов PREB и PLA2G4C, играющих важную роль для репликации вируса
Е.Л. Мищенко, А.А. Макарова, Е.А. Антропова, А.С. Вензель, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Первичная и вторичная микро-РНК модуляция внешнего пути апоптоза при гепатоцеллюлярной карциноме
Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Антропова Е.А., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Молекулярная биология]
|
|
Приоритизация потенциальных фармакологических мишеней для создания лекарств против гепатокарциномы, модулирующих внешний путь апоптоза, на основе реконструкции и анализа ассоциативных генных сетей
П. С. Деменков, Е. А. Антропова, А. В. Адамовская, Е. Л. Мищенко, Т. М. Хлебодарова, Т. В. Иванисенко, Н. В. Иванисенко, А. С. Вензель, И. Н. Лаврик, В. А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит
A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova,
T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Computer analysis of regulation of hepatocarcinoma marker genes hypermethylated by HCV proteins.
Antropova E.A., Khlebodarova T.M., Demenkov P.S., Venzel A.S., Ivanisenko N.V., Gavrilenko A.D., Ivanisenko T.V., Adamovskaya A.V., Revva P.M., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Computer analysis of the relation between hydrogen bond stability in SOD1 mutants and the survival time of amyotrophic lateral sclerosis patients
Alemasov, N. A., Timofeev, V. S., Ivanisenko, N. V., Kolchanov, N. A., & Ivanisenko, V. A.
[J MOL GRAPH MODEL]
|
|
Development of Small Molecules Targeting Procaspase-8 at the DISC
J. Espe, N. V. Ivanisenko, L. K. Hillert-Richter, V. A. Ivanisenko, I. N. Lavrik
[Cell and Tissue Biology]
|
|
Plant Biology and Biotechnology: Focus on Genomics and Bioinformatics
Orlov Y.L., Ivanisenko V.A., Dobrovolskaya O.B., Chen M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients
V. A. Ivanisenko, E. V. Gaisler, N. V. Basov, A. D. Rogachev, S. V. Cheresiz, T. V. Ivanisenko, P. S. Demenkov, E. L. Mishchenko, O. P. Khripko, Yu. I. Khripko, S. M. Voevoda, T. N. Karpenko, A. J. Velichko, M. I. Voevoda, N. A. Kolchanov, A. G. Pokrovsky
[SCI REP-UK]
|
|
The New Version of the ANDDigest Tool with Improved AI-Based Short Names Recognition
Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[INT J MOL SCI]
|
|
Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С.
Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовская А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2021 |
Correlation of Metabolic Profiles of Plasma and Cerebrospinal Fluid of High-Grade Glioma Patients
A. D. Rogachev, N. A. Alemasov, V. A. Ivanisenko, N. V. Ivanisenko, E. V. Gaisler, O. S. Oleshko, S. V.
Cheresiz, S. V. Mishinov, V. V. Stupak, A. G. Pokrovsky
[Metabolites]
|
|
Mechanosensitive molecular interactions in atherogenic regions of the arteries: development of atherosclerosis.
Mishchenko EL, Mishchenko AM, Ivanisenko VA
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors
P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2020 |
ANDDigest: a new web-based module of ANDSystem for the search of knowledge in the scientific literature
Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Nikita V. Ivanisenko, Alexander N. Savostianov, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3
Yuliya V. Sherstyuk, Nikita V. Ivanisenko, Alexandra L. Zakharenko, Maria V. Sukhanova,
Roman Y. Peshkov, Ilia V. Eltsov , Mikhail M. Kutuzov, Tatiana A. Kurgina,
Ekaterina A. Belousova, Vladimir A. Ivanisenko, Olga I. Lavrik, Vladimir N. Silnikov and
Tatyana V. Abramova
[INT J MOL SCI]
|
|
Dissecting DISC regulation via pharmacological targeting of caspase-8/c-FLIPL heterodimer
Laura K. Hillert, Nikita V. Ivanisenko, Denise Busse, Johannes Espe, Corinna König, Sergey E. Peltek, Nikolai A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
[CELL DEATH DIFFER]
|
|
Learning the changes of barnase mutants thermostability from structural fluctuations obtained using anisotropic network modeling
Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A.Ivanisenko
[J MOL GRAPH MODEL]
|
|
Pharmacological targeting of c-FLIPL and Bcl-2 family members promotes apoptosis in CD95L-resistant cells.
Corinna König, Laura K. Hillert-Richter, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
[SCI REP-UK]
|
|
The role of death domain proteins in host response upon SARS-CoV-2 infection: modulation of programmed cell death and translational applications
Nikita V. Ivanisenko, Kamil Seyrek, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
[Cell Death Discovery]
|
|
The story of the lost twins: decoding the genetic identities of the Kumhar and Kurcha populations from the Indian subcontinent.
Das R, Ivanisenko VA, Anashkina AA, Upadhyai P.
[BMC GENET]
|
|
Young «oil site» of the Uzon Caldera as a habitat for unique microbial life
Sergey E. Peltek, Alla V. Bryanskaya, Yuliya E. Uvarova, Aleksey S. Rozanov, Timofey V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Elena V. Lazareva, Olga V. Saik, Vadim M. Efimov, Sergey M. Zhmodik, Oxana P. Taran, Nikolay M. Slynko, Sergey V. Shekhovtsov, Valentin N. Parmon, Nikolay L. Dobretsov, Nikolay A. Kolchanov
[BMC MICROBIOL]
|
| 2019 |
A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression
Vladimir A. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Olga V. Saik
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Comorbidity of asthma and hypertension may be mediated by shared genetic dysregulation and drug side effects.
Zolotareva O, Saik OV, Königs C, Bragina EY, Goncharova IA, Freidin MB, Dosenko VE, Ivanisenko VA, Hofestädt R.
[SCI REP-UK]
|
|
Delineating the role of c-FLIP/NEMO interaction in the CD95 network via rational design of molecular probes
Nikita V. Ivanisenko, Jörn H. Buchbinder, Johannes Espe, Max Richter, Miriam Bollmann, Laura K. Hillert, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
[BMC GENOMICS]
|
|
Evaluation of cardiovascular system state by urine proteome after manned space flight
L Kh Pastushkova, DN Kashirina, AG Brzhozovskiy, AS Kononikhin, ES Tiys, VA Ivanisenko, MI Koloteva, EN Nikolaev, IM Larina
[ACTA ASTRONAUT]
|
|
Improved regression model to predict an impact of SOD1 mutations on ALS patients survival time based on analysis of hydrogen bond stability
Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Bhupesh Taneja, Vibha Taneja, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko
[J MOL GRAPH MODEL]
|
|
Long and short isoforms of c-FLIP act as control checkpoints of DED filament assembly.
Hillert LK, Ivanisenko NV, Espe J, König C, Ivanisenko VA, Kähne T, Lavrik IN
[ONCOGENE]
|
|
Prioritization of genes involved in endothelial cell apoptosis by their implication in lymphedema using an analysis of associative gene networks with ANDSystem
Olga V. Saik, Vadim V. Nimaev, Dilovarkhuja B. Usmonov, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC MED GENOMICS]
|
|
The molecular mechanisms driving physiological changes after long duration space flights revealed by quantitative analysis of human blood proteins.
Kashirina DN, Percy AJ, Pastushkova LK, Borchers CH, Kireev KS, Ivanisenko VA, Kononikhin AS, Nikolaev EN, Larina IM.
[BMC MED GENOMICS]
|
|
Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins
Ivanisenko VA, Ivanisenko TV, Saik OV, Demenkov PS, Afonnikov DA, Kolchanov NA.
[Methods in Molecular Biology]
|
|
Приоритизация генов картофеля, вовлеченных в формирование селекционно-значимых признаков, с использованием базы знаний SOLANUM TUBEROSUM.
Деменков П.С., Сайк О.В., Иванисенко Т.В., Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2018 |
Evaluation of Prioritization Methods of Extrinsic Apoptotic Signaling Pathway Genes for Retrieval of the New Candidates Associated with Major Depressive Disorder
Yankina, M. A.; Saik, O. V.; Ivanisenko, V. A.; Demenkov, P. S. & Khusnutdinova, E. K.
[RUSS J GENET+]
|
|
FunGeneNet: a web tool to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets
Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
[BMC GENOMICS]
|
|
GenCoNet - A Graph Database for the Analysis of Comorbidities by Gene Networks.
Shoshi A, Hofestädt R, Zolotareva O, Friedrichs M, Maier A, Ivanisenko VA, Dosenko VE, Bragina EY.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Integrative Analysis of Co-Morbid Multifactorial Diseases.
Hofestädt R, Ivanisenko V.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Molecular Relationships between Bronchial Asthma and Hypertension as Comorbid Diseases
Elena Yu. Bragina, Irina A. Goncharova, Anna F. Garaeva, Evgeniy V. Nemerov, Anastasija A. Babovskaya, Andrey B. Karpov, Yulia V. Semenova, Irina Z. Zhalsanova, Densema E. Gomboeva, Olga V. Saik, Olga I. Zolotareva, Vladimir A. Ivanisenko, Victor E. Dosenko, Ralf Hofestaedt, Maxim B. Freidin
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Molecular mechanisms underlying the impact of mutations in SOD1 on its conformational properties associated with amyotrophic lateral sclerosis as revealed with molecular modelling
Nikolay A. Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC STRUCT BIOL]
|
|
Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks
Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu Bragina, Maxim B. Freidin, Irina A. Goncharova, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Ralf Hofestaedt, Inna N. Lavrik, Evgeny I. Rogaev, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC MED GENOMICS]
|
|
Prediction of Bacterial and Archaeal Allergenicity with AllPred Program
Bragin A, Sokolov V, Demenkov P, Ivanisenko T, Bragina EY, Matushkin YG and Ivanisenko V
[Molecular Biology]
|
|
Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature
Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu., Maxim B. Freidin, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Evgeniy L. Choynzonov, Ralf Hofestaedt, Vladimir A. Ivanisenko
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
shRNA-Induced Knockdown of a Bioinformatically Predicted Target IL10 Influences Functional Parameters in Spontaneously Hypertensive Rats with Asthma
Drevytska T, Morhachov R, Tumanovska L, Portnichenko G, Nagibin V, Boldyriev O, Lapikova-Bryhinska T, Gurianova V, Dons'koi B, Freidin M, Ivanisenko V, Bragina EY, Hofestädt R, Dosenko V.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
АНАЛИЗ ОСОБЕННОСТЕЙ ГЕННОЙ СЕТИ ВНЕШНЕГО ПУТИ АПОПТОЗА ПРИ УЧЕТЕ ТКАНЕСПЕЦИФИЧНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[АЛЛЕЯ НАУКИ]
|
|
Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза в ассоциативной генной сети болезни Паркинсона
М.А. Янкина, О.В. Сайк, П.С. Деменков, Э.К. Хуснутдинова, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Ассоциативная генная сеть апоптоза и ее роль в механизмах коморбидности астмы и гипертонии
Сайк О.В., Деменков П.С., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Дневник науки]
|
|
База знаний SOLANUM TUBEROSUM: раздел по молекулярно-генетической регуляции метаболических путей
Т.В. Иванисенко, О.В. Сайк, П.С. Деменков, В.К. Хлесткин, Е.К. Хлесткина, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ГЕНЫ ЭНДОТЕЛИАЛЬНОГО АПОПТОЗА КАК КАНДИДАТЫ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ ИХ СВЯЗИ С ЛИМФЕДЕМОЙ
О.В. Сайк, В.В. Нимаев, Д.Б. Усмонов, П.С. Деменков, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
|
|
Компьютерное предсказание патогенных свойств мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом
Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А.
[Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
|
|
Оценка методов приоритизации генов внешнего пути апоптоза в качестве кандидатов, ассоциированных с большим депрессивным расстройством
М. А. Янкина, О. В. Сайк, В. А. Иванисенко, П. С. Деменков, Э. К. Хуснутдинова
[Генетика]
|
|
ПРОГРАММА ALLPRED ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ АЛЛЕРГЕННОСТИ БАКТЕРИЙ И АРХЕЙ
Брагин АО, Соколов ВС, Деменков ПС, Иванисенко ТВ, Брагина ЕЮ, Матушкин ЮГ, Иванисенко ВА
[Molecular Biology]
|
| 2017 |
A study of structural properties of gene network graphs for mathematical modeling of integrated mosaic gene networks
Olga V. Petrovskaya, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Integrated mathematical models for describing complex biological processes.
Mishchenko E. L., Petrovskaya O. V., Mishchenko A. M., Petrovskiy E. D., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A.
[BIOPHYSICS]
|
|
Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma
O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds.
Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A.
[J MOL GRAPH MODEL]
|
|
SITEX 2.0: Projections of protein functional sites on eukaryotic genes. Extension with orthologous genes.
Medvedeva IV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
АНАЛИЗ ВЛИЯНИЯ РАЗЛИЧНОГО УРОВНЯ СОЛЕПОТРЕБЛЕНИЯ НА БЕЛКОВЫЙ СОСТАВ МОЧИ В 105-СУТОЧНОЙ ИЗОЛЯЦИИ С ПОМОЩЬЮ ПРОГРАММЫ opoSOM
Л. Х. Пастушкова, Д. Н. Каширина, А. Г. Бржозовский, В. А. Иванисенко, Е. С. Тийс, А. С. Кононихин, Н. Л. Стародубцева, Е. Н. Николаев, Г. Биндер, И. М. Ларина
[Физиология человека]
|
|
Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза и генов большого депрессивного расстройства в его ассоциативной генной сети
Янкина М.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Хуснутдинова Э.К., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Дневник науки]
|
|
ПОИСК ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ТРЕВОЖНЫМ НЕВРОЗОМ, НА ОСНОВЕ АВТОМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА НАУЧНЫХ ТЕКСТОВ С ПОМОЩЬЮ ANDSYSTEM
Янкина М.А.,Сайк О.В.,Деменков П.С.,Хуснутдинова Э.К.,Иванисенко В.А.
[АЛЛЕЯ НАУКИ]
|
|
Приоритезация генов нейронального апоптоза по их структурной роли в ассоциативной генной сети нарушений аутического спектра с помощью подходов ANDsystem
И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, О.В. Сайк, М.А. Янкина
[Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
|
|
РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ АВТОМАТИЧЕСКОГО ИЗВЛЕЧЕНИЯ ЗНАНИЙ ИЗ ТЕКСТОВ НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ БАЗЫ ЗНАНИЙ SOLANUM TUBEROSUM
О.В. САЙК, П.С. ДЕМЕНКОВ, Т.В. ИВАНИСЕНКО, Н.А. КОЛЧАНОВ, В.А. ИВАНИСЕНКО
[Сельскохозяйственная биология]
|
|
Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением
А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2016 |
Dynamic properties of SOD1 mutants can predict survival time of patients carrying familial amyotrophic lateral sclerosis
Nikolay A. Alemasova, Nikita V. Ivanisenko, Sergey P. Medvedev, Suren M. Zakian, Nikolay A. Kolchanov & Vladimir A. Ivanisenko
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Characteristics of Age-Dependent Changes in Urine Proteome in Healthy Men
L. Kh. Pastushkova, A. S. Kononikhin, E. S. Tiys, I. V. Dobrokhotov, V. A. Ivanisenko, E. N. Nikolaev, I. M. Larina, I. A. Popov
[Adv. Gerontol]
|
|
Interactome of the hepatitis C virus: Literature mining with ANDSystem
Saik OV, Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
[VIRUS RES]
|
|
Molecular associations of Primary Open-Angle Glaucoma with potential comorbid diseases (POAG-associome)
Olga V Saik, Natalia A Konovalova, Pavel S Demenkov, Timofey V Ivanisenko, Evgeny D Petrovskiy, Nikita V Ivanisenko, Dinara E Ivanoshchuk, Maria N Ponomareva, Olga S Konovalova, Inna N. Lavrik, Nikolay A Kolchanov, Vladimir A Ivanisenko
[Biotecnología Aplicada]
|
|
Mosaic gene network modelling identified new regulatory mechanisms in HCV infection.
Popik OV, Petrovskiy ED, Mishchenko EL, Lavrik IN, Ivanisenko VA.
[VIRUS RES]
|
|
NACE: A web-based tool for prediction of intercompartmental efficiency of human molecular genetic networks
Olga V. Popik, Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko
[VIRUS RES]
|
|
Novel tuberculosis susceptibility candidate genes revealed by the reconstruction and analysis of associative networks
Elena Yu. Bragina, Evgeny S. Tiys, Alexey A. Rudko, Vladimir A. Ivanisenko, Maxim B. Freidin
[Infection, Genetics and Evolution]
|
|
Дизайн и проверка действия малых химических соединений, направленных на ингибирование белка FADD
Н.В. Иванисенко, Л. Хиллерт, В.А. Иванисенко, И.Н. Лаврик
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерное моделирование пространственных структур пептидов из MUC1, способных ингибировать апоптоз
Н.В. Иванисенко, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА ЭКСТРЕМАЛЬНЫХ ЭКОСИСТЕМ; МЕТАГЕНОМНЫЙ ПОДХОД
С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов
[Acta Naturae]
|
|
Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия процессов ответа клетки на механический стресс и нейронального апоптоза при первичной открытоугольной глаукоме
Сайк О.В., Коновалова Н.А., Деменков П.С., Иванисенко Н.В., Иванисенко Т.В., Иванощук Д.Е., Пономарева М.Н., Коновалова О.С., Подколодная О.А., Лаврик И.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Молекулярно-генетические механизмы регуляции процессов апоптоза белками вируса гепатита С.
Сайк О. В., Деменков П. С., Иванисенко Н. В., Иванисенко Т. В., Лаврик И. Н., Иванисенко В. А.
[Проблемы современной науки и образования]
|
|
Структурное моделирование мод связывания НАД+ с ПАРП-1
Иванисенко Н.В., Жечев Д.А., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2015 |
Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome)
Glotov AS, Tiys ES, Vashukova ES, Pakin VS, Demenkov PS, Saik OV, Ivanisenko TV, Arzhanova ON, Mozgovaya EV, Zainulina MS, Kolchanov NA, Baranov VS, Ivanisenko VA
[BMC SYST BIOL]
|
|
ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology
Vladimir A Ivanisenko, Olga V Saik, Nikita V Ivanisenko, Evgeny S Tiys, Timofey V Ivanisenko, Pavel S Demenkov and Nikolay A Kolchanov
[BMC SYST BIOL]
|
|
Computer analysis of protein functional sites projection on exon structure of genes in Metazoa.
Medvedeva I., Demenkov P., Ivanisenko V.
[BMC GENOMICS]
|
|
Identification of biological processes on the composition of the urine proteome in cosmonauts on the first day after long space flights
Pastushkova LH, Kononihin AS, Tijs ES, Obraztsova OA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Larina IM
[Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова]
|
|
Permanent proteins in the urine of healthy humans during the Mars-500 experiment
Larina IM, Pastushkova LKh, Tiys ES, Kireev KS, Kononikhin AS, Starodubtseva NL, Popov IA, Custaud MA, Dobrokhotov IV, Nikolaev EN, Kolchanov NA, Ivanisenko VA
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Prediction of tissue-specific effects of gene knockout on apoptosis in different anatomical structures of human brain.
Petrovskiy E.D., Saik O.V., Tiys E.S., Lavrik I.N., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[BMC GENOMICS]
|
|
Shifts in urine protein profile during dry immersion.
Pastushkova L Kh, Kononikhin AS, Tiys ES, Nosovsky AM, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Novoselova NM, Custaud MA, Larina IM.
[Aviakosm Ekolog Med.]
|
|
Structural and dynamic properties of mutant SOD1 proteins associated with amyotrophic lateral sclerosis
Alemasov, N. A., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
ВЫЯВЛЕНИЕ ЗНАЧИМО ПРЕДСТАВЛЕННЫХ БИОЛОГИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ ПО СОСТАВУ ПРОТЕОМА МОЧИ КОСМОНАВТОВ НА ПЕРВЫЕ СУТКИ ПОСЛЕ ДЛИТЕЛЬНЫХ КОСМИЧЕСКИХ ПОЛЕТОВ
ПАСТУШКОВА Л.Х., КОНОНИХИН А.С., ТИЙС Е.С., ОБРАЗЦОВА О.А., ДОБРОХОТОВ И.В., ИВАНИСЕНКО В.А., НИКОЛАЕВ Е.Н., ЛАРИНА И.М.
[Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова]
|
|
НОВЫЕ ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ ПОДВЕРЖЕННОСТИ ТУБЕРКУЛЕЗУ, УСТАНОВЛЕННЫЕ С ПОМОЩЬЮ ПОСТРОЕНИЯ И АНАЛИЗА АССОЦИАТИВНЫХ СЕТЕЙ
БРАГИНА Е.Ю., РУДКО А.А., ТИЙС Е.С., ИВАНИСЕНКО В.А., ФРЕЙДИН М.Б.
[Бюллетень сибирской медицины]
|
| 2014 |
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants
Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[PloS One]
|
|
An integrated study to analyze salt lake microbial community structure (Novosibirsk oblast, Russia)
A. Bryanskaya, A. Rozanov, T. Malup, T. Aleshina, E. Lazareva, O. Taran, T. Goryachkovskaya, V. Ivanisenko, S. Peltek
[Acta Geologica Sinica (English Edition)]
|
|
Analysis of signaling networks distributed over intracellular compartments based on protein-protein interactions
Popik, O. V., Saik, O. V., Petrovskiy, E. D., Sommer, B., Hofestädt, R., Lavrik, I. N., Ivanisenko, V. A.
[BMC GENOMICS]
|
|
Bioinformatics analysis of the genome of Geobacillus stearothermophilus 22 Strain isolated from the Garga hot spring, Baikal Region
Rozanov A.S., Ivanisenko T.V., Bryanskaya A.V., Shekhovtsov S.V., Logacheva M.D., Saik O.V., Malup T.K., Demenkov P.S., Goryachkovskaya T.N., Ivanisenko V.A., Peltek S.E.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Exploring Interaction of TNF and Orthopoxviral CrmB Protein by Surface Plasmon Resonance and Free Energy Calculation.
Ivanisenko NV, Tregubchak TV, Saik OV, Ivanisenko VA, Shchelkunov SN
[PROTEIN PEPTIDE LETT]
|
|
Insights into pathophysiology of dystropy through the analysis of gene networks: an example of bronchial asthma and tuberculosis
Bragina Elena Yu, Evgeny S. Tiys, Maxim B. Freidin, Lada A. Koneva, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov, Valery P. Puzyrev
[IMMUNOGENETICS]
|
|
Molecular Analysis of the Benthos Microbial Community in Zavarzin Thermal Spring (Uzon Caldera, Kamchatka, Russia)
Rozanov A.S., Bryanskaya A.V., Malup T.K., Lasareva E.V., Taran O.P., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A., Zhmodik S.M., Kolchanov N.A., Peltek S.E.
[BMC GENOMICS]
|
|
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
The Proteome of a Healthy Human during Physical Activity under Extreme Conditions
Larina I. M., Ivanisenko V. A., Nikolaev E. N., Grigorev A. I.
[Acta Naturae]
|
|
Моделирование пространственного распределения эффекта нокаута генов, связанных с агрессивностью глиомы низкой степени злокачественности, в тканях мозга человека с помощью методов машинного обучения
Петровский Е.Д., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Постоянные белки мочи здорового человека в эксперименте с 520-суточной изоляцией
Пастушкова ЛХ, Киреев КС, Кононихин АС, Тийс ЕС, Попов ИА, Доброхотов ИВ, Кусто МА, Иванисенко ВА, Колчанов НА, Николаев ЕН, Почуев ВИ, Ларина ИМ
[Aviakosm Ekolog Med.]
|
|
Предсказание генов маркеров агрессивности глиомы низкой степени злокачественности по экспрессионным данным TCGA
Иванисенко Н.В., Губанова Н.В., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом
Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides.
Bragin AO, Demenkov PS, Kolchanov NA, Ivanisenko VA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Computational screening for new inhibitors of M. tuberculosis mycolyltransferases antigen 85 group of proteins as potential drug targets.
Gahoi S, Mandal RS, Ivanisenko N, Shrivastava P, Jain S, Singh AK, Raghunandanan MV, Kanchan S, Taneja B, Mandal C, Ivanisenko VA, Kumar A, Kumar R, Open Source Drug Discovery Consortium, Ramachandran S
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Detection of Renal Tissue and Urinary Tract Proteins in the Human Urine after Space Flight.
Pastushkova L.Kh, Kireev R.S., Kononikhin A.S., Tiys E.S., Popov I.A., Starodubtseva N.L., Dobrokhotov I.V., Ivanisenko V.A., Larina I.M., Kolchanov N.A., Nikolaev E.N.
[PloS One]
|
|
Detection of renal and urinary tract proteins before and after spaceflight.
Pastushkova LKh, Kireev KS, Kononikhin AS, Ivanisenko VA, Larina IM, Nikolaev EN
[AVIAT SPACE ENVIR MD]
|
|
Enhanced Differential Evolution Entirely Parallel Method for Biomedical Applications
Konstantin Kozlov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov, Maria Samsonova, Alexander M. Samsonov
[Lect Notes Comput Sci]
|
|
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ
Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко
[МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА]
|
|
Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets.
Sommer B., Kormeier B., Demenkov P., Arrigo P., Hippe K., Ates O., Kochetov A.V., Ivanisenko V., Kolchanov N.A., Hofestaedt R.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain.
Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Биоинформатика: метод во главе угла
Афонников Д.А. Иванисенко В.А.
[Наука из первых рук]
|
|
Биоинформатический анализ генома штамма Geobacilus stearothermophilus 22, выделенного из горячего источника Гарга (Прибайкалье).
Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцев С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ИЗУЧЕНИЕ ПРОТЕОМА МОЧИ ДЛЯ ОЦЕНКИ СОСТОЯНИЯ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТОЙ СИСТЕМЫ У ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА
Пастушкова Л.Х., Кононихин А.С., Тийс Е.С., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Николаев Е.Н., Ларина И.М.
[Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова]
|
|
Компьютерный анализ структуры липаз бактерий рода Geobacillus и выявление мотивов, влияющих на их термостабильность.
Сорокина К.Н., Нуриддинов М.А., Розанов А.С., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Молекулярные механизмы взаимодействия белков CrmB вируса оспы коров и вируса натуральной оспы с фактором некроза опухолей человека
Иванисенко Н.В., Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
ОБНАРУЖЕНИЕ БЕЛКОВ ТКАНЕЙ ПОЧЕК И МОЧЕВЫВОДЯЩЕЙ СИСТЕМЫ В МОЧЕ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА
Л. Х. Пастушкова, К. С. Киреев, А. С. Кононихин, Е. С. Тийс, И. А. Попов, И. В. Доброхотов, В. А. Иванисенко, В. Б. Носков, И. М. Ларина, Е. Н. Николаев
[Физиология человека]
|
|
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem
P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
[In Silico Biology]
|
|
Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins.
Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Finding biomarkers in non-model species: literature mining of transcription factors involved in bovine embryo development.
Turenne N, Tiys E, Ivanisenko V, Yudin N, Ignatieva E, Valour D, Degrelle S, Hue I
[BioData Mining]
|
|
Protein Allergenicity Prediction on the Basis of Conformational Peptides
A. O. Bragin, P. S. Demenkov, and V. A. Ivanisenko
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Reconstruction of associative protein networks connected with processes of sodium exchange' regulation and sodium deposition in healthy volunteers by urine proteome analysis
Larina IM, Kolchanov NA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Demenkov PS, Tiĭs ES, Valeeva OA, Pastushkova LKh, Nikolaev EN
[Human Physiology]
|
|
SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes
Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Анализ белковых взаимодействий на основе изучения протеома мочи человека в эксперименте со 105-суточной изоляцией.
Пастушкова Л.Х., Валеева О.А., Кононихин А.С., Ларина И.М., Николаев Е.Н., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Тийс Е.С., Колчанов Н.А.
[Авиакосмическая и экологическая медицина]
|
|
Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания
Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Хофештадт Р., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ
Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Реконструкция ассоциативных белковых сетей, связанных с процессами регуляции обмена и депонирования натрия в организме здорового человека на основе изучения протеома мочи.
Ларина И.М., Колчанов Н.А., Доброхотов И.В., Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н.
[Физиология человека]
|
| 2011 |
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma
O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики
Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks
Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA
[RUSS J BIOORG CHEM+]
|
|
Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А.
[Биоорганическая химия]
|
|
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии
В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов
[Российские нанотехнологии]
|
|
Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах
А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2010 |
Characterization glycoprotein E С-end of West Nile virus and evaluation of its interaction force with αVβ3 integrin as putative cellular receptor
Bogachek M.V., Zaitsev B. N., Sekatskii S. K., Protopopova E.V., Ternovoi V. A., Ivanova A.V., Kachko A.V., Ivanisenko V.A., Dietler G. Loktev V.B.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein
Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S.
[J BIOCHEM]
|
|
Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer
Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM.
[J PROTEOME RES]
|
|
Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches
Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А.
[В мире научных открытий]
|
|
Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных
Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы
О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Характеристика C-концевой части гликопротеина Е вируса Западного Нила и оценка силы его взаимодействия с V 3 интегрином как с предполагаемым клеточным рецептором
М. В. Богачек, Б. Н. Зайцев, S. K. Sekatskii, Е. В. Протопопова, В. А. Терновой, А. В. Иванова, А. В. Качко, В. А. Иванисенко, G. Dietler, В. Б. Локтев.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
| 2009 |
C-Terminal Fragment of Human Laminin-Binding Protein Contains a Receptor Domain for Venezuelan Equine Encephalitis and Tick-Borne Encephalitis Viruses
Malygin A.A., Bondarenko E.I., Ivanisenko V.A., Protopopova E.V., Karpova G.G., Loktev V.B.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена
Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и Клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека
А.А. Малыгин, Е.И. Бондаренко, В.А. Иванисенко, Е.В. Протопопова, Г.Г. Карпова, В.Б. Локтев
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека. Биохимия, 2009, 74 (12) 1631-1641
Малыгин А.А., Бондаренко Е.И., Иванисенко В.А., Протопопова Е.В., Карпова Г.Г., Локтев В.Б.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке
Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях
П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко
[Вычислительные технологии]
|
|
Functional divergence of H-pylori related to early gastric cancer
Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV. Demina IA, Serebryakova MV, Ivanisenko VA, Aman E, Akopian T, Govorun VM.
[HELICOBACTER]
|
|
Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins.
Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Methods in Molecular Biology]
|
|
uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs
Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A.
[FEBS LETT]
|
| 2007 |
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture
Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families
Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A.
[In Silico Biology]
|
|
Web-based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Post-translational Modifications of Proteins
Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Methods in Molecular Biology]
|
|
Иммунохимические свойства белка PrM и С концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила
Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б.
[Molecular Biology]
|
|
Иммунохимические свойства белка PrМ и С-концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила
Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В. А., Швалов А.Н., Локтев В.Б.
[Molecular Biology]
|
| 2006 |
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53
Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко
[BIOPHYSICS]
|
|
Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных аминокислотных заменах
Деменков П.С., Аман Е.Э., Иванисенко В.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Филогенетический анализ семейства p53
Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
| 2005 |
PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites
Ivanisenko VA, Pintus SS, Grigorovich DA, Kolchanov NA.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
WebProAnalyst: an interactive tool for analysis of quantitative structure-activity relationships in protein families
Ivanisenko V.A., Eroshkin A.M., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Актуальные проблемы компьютерной протеомики
Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Иммунохимические свойства рекомбинантных полипептидов, моделирующих домены I и II белка Е вируса Западного Нила
Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Локтев В.Б.
[Molecular Biology]
|
| 2003 |
Data Mining Techniques in Bioinformatics
Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V.
[Pattern Recognition and Image Analysis]
|
| 2002 |
Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК
Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[RUSS CHEM B+]
|
|
Локализация антигенной детерминанты белка Е вируса клещевого энцефалита, узнаваемой антигемагглютинирующими моноклональными антителами, с помощью пептидной фаговой библиотеки
Локтев А.В., Кувшинов В.Н., Меламед Н.В., Иванисенко В.А., Мишин В.П., Ильичев А.А.
[Вопросы вирусологии]
|
|
Локализация конформационного эпитопа гликопротеина gp120 ВИЧ-1, узнаваемого вируснейтрализующими моноклональными антителами 2G12
Туманова О.Ю., Кувшинов В.Н., Ильичев А.А., Некрасов Б.Г., Иванисенко В.А., Козлов А.П., Сандахчиев Л.С.
[Molecular Biology]
|
| 2000 |
Анализ чужеродных эпитопов, встроенных в НВсАg. Возможные пути решения проблемы самоорганизации химерных коровых частиц
Карпенко Л.И., Иванисенко В.А., Пика И.С., Чикаев Н.А., Ерошкин А.М., Меламед Н.В., Веремейко Т.А., Ильичев А.А.
[Molecular Biology]
|
| 1997 |
Использование фаговой библиотеки пептидов в картировании группоспецифического гемагглютинирующего домена гликопротеина Е2 альфа-вирусов
Кузьмичева Г.А., Кувшинов В.Н., Разумов И.А., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Мишин В.П., Ушакова Т.А., Локтев В.Б., Ильичев А.А.
[MOL GENET MICROBIOL+]
|
|
Поиск сайтов, содержащих функционально важные замены в наборах родственных или мутантных белков
Иванисенко В.А., Ерошкин А.М.
[Molecular Biology]
|
|
Экспрессия фрагментов гена Е вируса японского энцефалита в клетках Escherichia coli
Белавин П.А., Нетесова Н.А., Решетников С.С., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Протопопова Е.В., Локтев В.Б., Малыгин Э.Г.
[Биотехнология]
|
| 1996 |
Компьютерный анализ зависимостей между максимумом цвета биолюминесценции и первичной структурой люцифераз жуков: идентификация сайтов, ответственных за изменения цвета
Морозов В.М., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Угарова Н.Н.
[Molecular Biology]
|
| 1994 |
Получение мутантного фактора некроза опухолей человека с повышенной устойчивостью к протеазам
Корепанова А.В., Ерошкин А.М., Иванисенко В.А., Лебедев Л.Р., Микрюков Н.Н., Пустошилова Н.М., Петренко В.А., Ильичев А.А.
[Molecular Biology]
|
| 1993 |
Анализ встроек пептидных фрагментов в основной белок оболочки бактериофагов М13, f1 и fd. Взаимосвязь структурных характеристик белка оболочки и жизнеспособности мутантных фагов
Ерошкин А.М., Миненкова O.O., Фомин В.А., Иванисенко В.А., Ильичев A.A.
[Molecular Biology]
|
Монографии
| 2019 |
Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins
Ivanisenko, V. A., Ivanisenko, T. V., Saik, O. V., Demenkov, P. S., Afonnikov, D. A. and Kolchanov, N. A.
|
| 2016 |
Создание малых химических соединений, направленно действующих на внешний путь апоптоза с помощью компьютерного моделирования и экспериментальных подходов.
И.Н. Лаврик, Л. Хиллерт, Н.В. Иванисенко, О.В. Попик, О.В. Сайк, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, Е.Д. Петровский, В.А. Иванисенко
|
| 2015 |
Молекулярное моделирование и создание малых химических соединений, направленных на регуляцию программируемой клеточной гибели, индуцируемой через клеточные рецепторы / отв. ред. И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
ИН Лаврик, Л Хиллерт, С Питкевич, НВ Иванисенко, ОВ Попик, ТВ Иванисенко, ПС Деменков, ЕД Петровский, ВА Иванисенко
|
| 2014 |
Text Mining on PubMed
Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko
|
| 2012 |
Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
|
| 2010 |
German/Russian Network of Computational Systems Biology. R. Hofestadt and N. Kolchanov (Eds).
E.L. Mishchenko, N.V. Ivanisenko, A.M.Mishchenko, V.A.Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, R. Hofestadt, N.A. Kolchanov
|
|
Nandbook of Drug Targeting and Monitoring. B.Andreev and V. Egorov ( Eds).
E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
|
|
Visualization and Analysis of Biological Networks combining Text Mining and Data Warehouse Approaches
Björn Sommer, Evgeny S. Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian J. Janowski, Timofey V. Ivanisenko, Anatoly O. Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel S. Demenkov, Alexey V. Kochetov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov and Ralf Hofestädt
|
| 2008 |
«Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко , Н: Изд. СО РАН, , 2008, 761с
Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
|
|
Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А.
|
|
Филогенетический и структурный анализ семейства p53
Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А.
|
Конференции
| 2022 |
On organizing a software platform for seeking
biotechnologically important features in bacteria
Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A.,
Kolchanov N
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2021 |
A feedback loop enrchment analysis in gene network of bronchial asthma and pulmonary tuberculosis interaction
Evgeny S. Tiys, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
ВЫЯВЛЕНИЕ ГЕНОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ ОДНОВРЕМЕННО С ОЖИРЕНИЕМ И ЛИМФЕДЕМОЙ, С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Нимаев В.В.
[Международная научно-практическая конференция «Лимфология: от фундаментальных исследований к медицинским технологиям»]
|
| 2020 |
ANDDIGEST: A TEXT-MINING BASED COMPUTER SYSTEM FOR GENERATING DIGESTS IN THE FIELD OF BIOLOGY
IVANISENKO TIMOFEY, DEMENKOV PAVEL, IVANISENKO VLADIMIR, KOLCHANOV NIKOLAY
[BGRS/SB-2020. THE 12TH INTERNATIONAL MULTICONFERENCE]
|
|
Interpretation of the features of a linear regression model
for predicting the survival time of the amyotrophic lateral
sclerosis patients with mutated SOD1
Nikolay Alemasov, Alexandr Shcherbakov, Vladimir Timofeev, Vladimir Ivanisenko
[Twelfth International Multiconference BGRS/SB-2020]
|
|
Learning the changes of barnase mutants thermostability from
structural fluctuations obtained using anisotropic network
modeling
Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko
[Twelfth International Multiconference BGRS/SB-2020]
|
|
Melatonin as a key regulator in molecular-genetic network of glucose variability related to circadian rhythm
Cайк О., Деменков П., Иванисенко В., Климонтов В.
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”,Symposium “Systems biology and biomedicine” (SbioMed-2020)]
|
|
Выявление ключевых участников молекулярно-генетических сетей, ассоциированных с лимфедемой, с помощью биоинформатических методов
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Нимаев В.В.
[7-й съезд лимфологов России и 8-я международная научно-практическая конференция по клинической лимфологии "ЛИМФА-2020"]
|
| 2019 |
Dysregulation of postsynaptic translation in autism spectrum disorder: reconstruction of gene network associated with autism and mtor signaling.
Rifonova E.A., Klimenko A.I., Saik O.V., Orlov Y.L., Lashin S.A., Ivanisenko V.A.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.]
|
|
RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORKS BASED ON AUTOMATIC EXTRACTION OF KNOWLEDGE FROM SCIENTIFIC PUBLICATIONS, PATENTS AND DATABASES USING INTELLIGENCE METHODS
VA Ivanisenko, ES Tiys, TV Ivanisenko, PS Demenkov
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.]
|
|
РЕКОНСТРУКЦИЯ И АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ БОЛЕЗНИ АЛЬЦГЕЙМЕРА И ВИРУСНЫХ ПРОЦЕССОВ: ПОИСК НОВЫХ ГЕНОВ, ВОВЛЕЧЁННЫХ В МЕХАНИЗМ ЗАБОЛЕВАНИЯ
Тийс Е.С., Иванисенко В.А.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы]
|
| 2018 |
Поиск генов, потенциально ассоциированных с лимфедемой, из числа генов, вовлеченных в эндотелиальный апоптоз, с использованием анализа ассоциативных генных сетей ANDSYSTEM
Сайк О.В., Нимаев В.В., Усмонов Д.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[XIII международная научно-практическая конференция «Лимфология: от фундаментальных исследований к медицинским технологиям»]
|
|
Topological properties of graph of hydrogen bonds forming in SOD1 protein indicate critical regions in its structure
N. Alemasov, V. Ivanisenko
[Systems Biology of DNA Repair Processes and Programmed Cell Death (SbPCD-2018)]
|
|
Analysis of Programmed Cell Death in Associative Gene Network of Glaucoma Reconstructed Using ANDSystem
O.V. Saik, P.S. Demenkov, O.S. Konovalova, N.A. Konovalova, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2018]
|
|
Comparison of quality of automated gene network reconstruction
using connectivity of random and functional networks
Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)]
|
|
Reconstruction of Gene Networks Associated with Autism and Related to mTOR Signaling Pathway using ANDSystem
O.V. Saik, E.A. Trifonova, T.M. Khlebodarova, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2018]
|
|
ПРОВЕРКА ВЫПОЛНЕНИЯ СВОЙСТВА ТРАНЗИТИВНОСТИ В ФРЕЙМОВЫХ МОДЕЛЯХ, ОПИСЫВАЮЩИХ СВЯЗЬ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ РЕГУЛЯЦИИ МЕТАБОЛИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ С ЗАБОЛЕВАНИЯМИ
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[Международная научно-практическая конференция «Экспериментальные и теоретические исследования в современной науке»]
|
| 2017 |
Раскрытие общих механизмов агрегации мутантов белка SOD1 с помощью эластичного сетевого моделирования
Н.А. Алемасов, В.А. Иванисенко
[Сателлитный симпозиум «Молекулярно-генетические механизмы патогенеза глаукомы»]
|
|
ANDSystem: a tool for automated literature mining in the field of biology
Ivanisenko V.A., Saik O.V., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S.
[Международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития"]
|
|
ПОИСК ГЕНОВ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА КОМОРБИДНОСТЬ ПЕРВИЧНОЙ ОТКРЫТО-УГОЛЬНОЙ ГЛАУКОМЫ И ДИАБЕТИЧЕСКОЙ РЕТИНОПАТИИ, С ПОМОЩЬЮ СТРУКТУРНОГО АНАЛИЗА ГЕННЫХ СЕТЕЙ
Е.С. Тийс, О.В. Сайк, В.А. Иванисенко
[Беляевские чтения: междунар. конф., посвященная 100-летию со дня рождения акад. АН СССР Д.К.Беляева]
|
|
Реконструкция генных сетей, ассоциированных с первичной открытоугольной глаукомой с помощью системы ANDSystem.
Сайк О.В., Деменков П.С., Коновалова Н.А., Коновалова О.С., Иванисенко В.А.
[Беляевские чтения: Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Сахарный диабет в эпоху «омиксных технологий»
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[II Междисциплинарная конференция "Сахарный диабет-2017: от мониторинга к управлению"]
|
| 2016 |
AIMEDICA - INTELLIGENT SYSTEM FOR DISEASE DIAGNOSTICS BASED ON TEXT-MINING ANALYSIS OF SCIENTIFIC PUBLICATIONS AND DIFFERENT MEDICAL DATA SOURCES
O.V. Saik, P.S. Demenkov, A.V. Starkov, T.V. Ivanisenko, E.V, Gaisler, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2016]
|
|
ANDSystem: система автоматического извлечения знаний и интеграции омиксных данных.
В.А. Иванисенко, О.В. Сайк, Н.В. Иванисенко, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
[V СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ и V СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ]
|
|
ASSOCIATIVE NETWORKS OF GLAUCOMA AND APOPTOSIS
O.V. Saik, P.S. Demenkov, O.S. Konovalova, M.N. Ponomareva, N.A. Konovalova, N.A. Kolchanov, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2016]
|
|
Approach to predicting the solubility/insolubility of E. coli proteins based on their primary structure using sequence normalization and machine learning techniques
N.A. Alemasov, N.V. Ivanisenko, K.S. Antonets, A.A. Nizhnikov, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2016]
|
|
GeneOntology biological processes sensitive to salt diet changes in an expreiment with 105-day isolation: statistical analysis of urine proteome
E.S. Tiys, E.D. Petrovskiy, L.Kh. Pastushkova, D.N. Kashirina, I.M. Larina, V.A. Ivanisenko
[BGRS/SB’2016]
|
|
How are protein functional sites encoded by exon structure in Metazoas
Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[SocBin Bioinformatics 2016]
|
|
MOSAIC GENE NETWORK MODELLING IDENTIFIED NEW REGULATORT MEChANISMS IN HCVINFECTION
O.V. Petroskaya, E.D. Petrovskiy, E.L. Mishchenko, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2016]
|
|
Microbial Community of the Extremal Ecosystems of the Uzon Caldera (Kamchatka)
S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, V.M. Efimov, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov
[7th World Congress onMicrobiology]
|
|
Microbial community of the oil site of the Uzon caldera (Kamchatka)
S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov
[10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology»]
|
|
Novel approach for computational design of small molecule inhibitors of protein/protein interactions in CD95/FAS pathway
Nikita Ivanisenko, A.S. Ishchenko, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2016]
|
|
Reconstruction of molecular-genetic networks common for Alzheimer's disease
O.V. Saik, V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.I. Rogaev
[BGRS\SB-2016]
|
|
SEARCH FOR GENE MUTATIONS THAT CAN POTENTIALLY AFFECT THE SUSCEPTIBILITY TO TUBERCULOSIS
O.V. Saik, P.S. Demenkov, E.U. Bragina, M. Freidin, A. El-Seedy, R. Hofestaedt, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2016]
|
|
Thermophilic Microbial Community of the Extremal Ecosystems
S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, V.M. Efimov, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov
[The Fifth International Conference on Sustainable Utilization of Tropical Plant Biomass - Bioproducts, Biocatalysts, and Biorefinery (SUTB4), 17th to 18th November 2016 Coimbatore, Tamilnadu, India]
|
|
Микробные сообщества экстремальных экосистем; метагеномный подход
С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов
[V Съезд биохимиков России]
|
| 2015 |
Молекулярно-динамическая модель для оценки влияния мутаций в белке на фенотипические признаки организма
Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А.
[Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)]
|
|
Применение методов анализа текстов для построения онтологий
Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А.
["Знания-Онтологии-Теории" 2015]
|
|
Автоматический анализ текстов в задачах биологии и медицины
Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А.
[Форум – 2015: «Big Data в медицине: лучшие практики»]
|
|
ANDSystem: automated literature mining and protein interactome networks reconstruction
Saik O.V., Demenkov P.S., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[VII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»]
|
|
Promedia a database containing frame models of genetic regulation of the enzymatic processes associated with diseases
Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
[VII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»]
|
|
Использование пациент-специфичных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток для моделирования синдрома удлиненного интервала QT
Дементьева Е.В., Григорьева Е.В., Вялкова А.В., Медведев С.П., Шевченко А.И., Елисафенко Е.А., Байрамова С.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А., Покушалов Е.А., Караськов А.М., Закиян С.М.
[VI Всероссийский съезд аритмологов]
|
|
Контекстный анализ научных публикаций по биологии и извлечение знаний
В. А. Иванисенко, Т.В. Иванисенко, П. С. Деменков, О.В. Сайк
[Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)]
|
|
Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
[Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»]
|
|
Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом
Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А.
[Белки и пептиды 2015]
|
|
“Application of ANDSystem for the reconstruction and analysis of molecular-genetics networks, associated with diseases and phenotypic traits” (“Применение ANDSystem для реконструкции и анализа молекулярно-генетических сетей, связанных с фенотипическими признаками и развитием заболеваний”)
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, Е.С. Тийс, В.А. Иванисенко.
[СИМБИОЗ – РОССИЯ 2015 (VIII Всероссийский с международным участием Конгресс молодых ученых-биологов)]
|
| 2014 |
Computer analysis of expression level of allergen-coding genes of pathogenic microorganisms
Bragin A.O.,Sokolov V.S., Demenkov P.S., Matushkin Yu.G., Ivanisenko V.A.
[BGRS\SB-2014]
|
|
A machine learning analysis of urine proteomics in space-flight simulations
Binder H., Wirth H., Arakelyan A., Lembcke K., Tiys E.S., Ivanishenko V., Kolchanov N.A., Kononikhin A., Popov I., Nikolaev E.N., Pastushkova L., Larina I.M
[BGRS\SB-2014]
|
|
ANDSystem: associative network discovery system for automated literature mining in the area of biology
V.A. Ivanisenko, O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
|
|
ANDSystem: automated literature mining and interactome networks reconstruction in the area of biology
O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
[HUPO2014 the 13th World Congress of the Human Proteome Organization]
|
|
An integrated study to analyze salt lake microbial community structure (Novosibirsk oblast, Russia)
A. Bryanskaya, A. Rozanov, T. Malup, T. Aleshina, E. Lazareva, O. Taran, T. Goryachkovskaya, V. Ivanisenko, S. Peltek
[12th International Conference on Salt Lake Research]
|
|
Application of human induced pluripotent stem cells for modelling long QT syndrome
Dementyeva E.V., Grigor’eva E.V., Vyalkova A.V., Medvedev S.P., Shevchenko A.I., Elisaphenko E.A., Bairamova S.A., Pokushalov E.A., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A., Karaskov A.M., Sukhikh G.T., Zakian S.M.
[IV Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»]
|
|
Database of frame models of genetic regulation of the metabolic processes associated with diseases
O.V.Saik, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[Девятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры генома и системной биологии [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]]
|
|
Evaluation of pathways’ efficiency based on data on PPI and distribution of proteins over cellular localizations.
Popik O.V., Hofestaedt R., Ivanisenko V.A.
[9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
HCV replication modeling: drug resistance phenomenon
Иванисенко Никита Владимирович, Мищенко Елена Леонидовна, Иванисенко Владимир Александрович
[International Symposium on Integrative Bioinformatics 2013]
|
|
Identifying overrepresented biological processes in cosmonauts on the first day
Pastushkova L.H., Kononihin A.S., Tiys E.S., Obraztsova O.A., Dobrohotov I.V., Kireev K.S., Ivanisenko V.A., Nikolaev E.N., Larina I.M.
[BGRS\SB-2014]
|
|
Logical modelling of NANOG-depended transcriptional gene network of embyonic carcinoma stem cells.
Stepanenko I.L., Ivanisenko V.A.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2014)]
|
|
MOLECULAR MECHANISMS OF INTERACTION OF ORTHOPOXVIRAL CrmB PROTEINS WITH TUMOR NECROSIS FACTOR
Nikita Ivanisenko, Tatiana Tregubchak, Olga Saik, Sergey Shchelkunov, Vladimir Ivanisenko
[20th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships - EuroQSAR-2014]
|
|
Mathematical model for subgenomic Hepatitis C Virus replication: impact of drug resistance emergence on long-term kinetics of NS3 protease inhibitors action
Ivanisenko N., Mishchenko E., Akberdin I., Demenkov P., Kozlov K., Todorov D., Gursky V.V., Samsonova M.G., Samsonov A.M., Clausznitzer D., Kaderali L., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
Mathematical modeling of the interactions between molecular genetic systems based on the data about perturbations of the systems elements
Popik O.V., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A
[9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
Microbial Communities of the Thermal Springs of the Geyser Valley and Uzon Caldera (Kamchatka) Using Pyrosequencing
A.V. Bryanskaya, A. S. Rozanov, T. K. Malup, E. V. Lasareva, O. P. Taran, T. V. Ivanisenko, V. A. Ivanisenko, N. A. Kolchanov, S. E. Peltek
[10th International Congress on Extremophiles]
|
|
Promedia — база данных, интегрирующая информацию о молекулярно-генетических путях, в которых участвуют летучие соединения – потенциальные биомаркеры заболеваний, имеющие значение для неинвазивной диагностики
Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин М.П., Иванисенко В.А.
[8-я Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА 2014»]
|
|
RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORKS SPECIFIC TO TARGET BIOLOGICAL PROCESSES AND PHENOTYPIC TRAITS
E.S. Tiys, P.S. Demenkov, O.V. Saik, O.V. Popik, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2014]
|
|
Structural and dynamical properties of SOD1 protein mutants related to familial amyotrophic lateral sclerosis
Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko
[IB-PAS 2014]
|
|
The Сompilation of Human Gene Networks Controlling Feeding Behavior and Thermoregulation
E.V. Ignatieva, O.V.Saik, O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, P.S. Demenkov, E.S. Tiys, E.A. Oshchepkova, E.A. Ananko, N.V. Ivanisenko, O.V. Popik, N.L. Podkolodny, V.A. Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, E.I. Rogaev
[The first international scientific conference "Science of the Future"]
|
|
Using ANDSystem for automated literature mining and protein interactome networks reconstruction
O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, L.H. Pastushkova, I.M. Larina, E.N. Nikolaev, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
[HUPO2014 the 13th World Congress of the Human Proteome Organization]
|
|
К ПРОБЛЕМЕ ДИСТРОПИИ: ТУБЕРКУЛЕЗ И БРОНХИАЛЬНАЯ АСТМА
ЕЮ Брагина, ЕС Тийс, МБ Фрейдин, ЛА Конева, ВА Иванисенко, ПС Деменков, НА Колчанов, ВП Пузырёв
[ГЕНЕТИКА ЧЕЛОВЕКА И ПАТОЛОГИЯ Проблемы эволюционной медицины]
|
|
МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ БЕЛКОВ CRMB ВИРУСА ОСПЫ КОРОВ И ВИРУСА НАТУРАЛЬНОЙ ОСПЫ С ФАКТОРОМ НЕКРОЗА ОПУХОЛЕЙ ЧЕЛОВЕКА
Иванисенко Никита Владимирович, Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[XXI Российский национальный конгресс "Человек и Лекарство"]
|
|
Моделирование сердечно-сосудистых заболеваний с использованием индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека
Дементьева Е.В., Григорьева Е.В., Вялкова А.В., Медведев С.П., Шевченко А.И., Елисафенко Е.А., Байрамова С.А., Покушалов Е.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А., Караськов А.М., Сухих Г.Т., Закиян С.М.
[Первый всероссийский симпозиум «Новейшие методы клеточных технологий в медицине»]
|
| 2013 |
Analysis of RNAseq digital gene expression for expanding disease “associome” reconstructed based on information stored in databases
Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
[Международная конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", Новосибирск, 2013.]
|
|
Analysis of hepatitis C associative networks
Saik O.V., Demenkov P.S., Tiys E.S., Ivanisenko V.A.
[Международная научная конференция "Влияние научных исследований/ Wplyw badan naukowych", Быдгощ, 2013]
|
|
Computer analysis of transcription factor binding sites in genome scale based on ChIP-seq data
Yuriy L. Orlov, Vladimir A. Ivanisenko, Alexey V. Kochetov, Nikolay A. Kolchanov
[German-Russian Forum Biotechnology, Rostock 2013]
|
|
Reconstruction of squamous cell carcinoma “associome” based on analysis of differential gene expression according to RNAseq data and information stored in databases
O.V. Saik, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[Школа молодых ученых "Системная биология и биоинформатика", Новосибирск, 2013.]
|
|
Анализ принадлежности белков к функциональным группам Gene Ontology, имеющих динамику присутственности в моче космонавтов
Сайк Ольга Владимировна, Тийс Евгений Сергеевич, Доброхотов Игорь Владимирович, Образцова Ольга Анатольевна, Пастушкова Людмила Ханифовна, Иванисенко Владимир Александрович
[Международная научно-практическая конференция "Медицина XXI века", Смоленск, 2013.]
|
|
Сравнительный анализ состава микробного сообщества воды и бентоса термального источника Заварзина, кальдера Узон, Камчатка
Розанов А.С., Брянская А.В., Малуп Т.К., Лазарева Е.В., Таран О.П., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А., Жмодик С.М., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е.
[международная научная конференция «Экология и геохимическая деятельность микроорганизмов экстремальных местообитаний»]
|
| 2012 |
A stochastic model for suppression of subgenomic hepatitis C virus replication in Huh-7 cells.
N.V. Ivanisenko, E.L. Mishchenko, I.R. Akberdin, P.S. Demenkov, V.A. Likhoshvai, M.G. Samsonova, D. Clausznitzer, L. Kaderali, N.A. Kolchanov and V.A. Ivanisenko
[Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"]
|
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
Assembly of genomes. Analysis of metagenomic data.
Demenkov P.S., Ivanisenko T.V, Ivanisenko V.A.
[Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
Text- and Datamining for biological network analysis
Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A.
[Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
APPLICATION OF CONFORMATIONAL PEPTIDES FOR ANALYSIS OF ALLERGENIC PROTEINS
A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[PTB 2012]
|
|
Application of conformational peptides for analysis of allergenic proteins
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[BGRS-2012]
|
|
Application of the ANDVisio computer system to the interpretation of biological functions of proteins, differentially expressed in bronchoalveolar lavage of mice after a one-time intranasal administration of SiO2 nanoparticles.
E.V. Ignatieva, V.A. Ivanisenko, E.S. Tiys, P.S. Demenkov, M.P. Moshkin, S.E. Peltek.
[The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)]
|
|
Associative network discovery system (ANDSystem): automated literature mining tool for extracting relationships between diseases, pathways, proteins, genes, microRNAs and metabolites
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, E.S. Tiys
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012]
|
|
Datamining and biological networks
P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko
[IB-PAS 2012]
|
|
INFLUENCES OF PROTEIN FUNCTIONAL SITES ENCODING
I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, Ivanisenko V. A.
[BGRS-2012]
|
|
Promedia — база данных белков, генов, метаболитов, молекулярно-генетических путей, имеющих значение для разработки средств диагностики и лечения заболеваний
Сайк Ольга Владимировна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[II Российский конгресс с международным участием «Молекулярные основы клинической медицины – возможное и реальное»]
|
|
Reconstruction of the associative genetic networks based on integration of automated text-mining methods and protein-ligand interaction prediction
T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012]
|
|
SUPPRESSION OF SUBGENOMIC HCV RNA BY NS3 PROTEASE ANTIVIRALS IN CELLS: A BASIC STOCHASTIC MATHEMATICAL MODEL
Ivanisenko N.V., Mishchenko E.L., Akberdin I.R., Demenkov P.S., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем
Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А.
[XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)]
|
| 2011 |
Компьютерная протеомика: от метагенома к метопротеому
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С.
[Рабочее совещание "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике"]
|
|
A mathematical model for the suppression of subgenomic Hepatitis C virus replication in Huh-7 cells in the presence of the NS3 protease inhibitors
Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В.
[International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Хайдельберг, Германия, 28 августа-1 сентября]
|
|
Analysis of protein functional sites encoding features
Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
Analysis of protein functional sites encoding features
Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[ISMB/ECCB 2011]
|
|
Biological literature mining. Application of associative network discovery system in systems biology
Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A.
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
Database of metabolites, enzymes, transcription factors associated with diseases
Olga Saik, Vladimir Ivanisenko, Pavel Demenkov
[RCIBC, Новосибирск, 2011]
|
|
PROMEDIA – база данных химических соединений потенциальных биомаркеров заболеваний
Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич
[Interra, секция биоинформатика и системная биология, Новосибирск, 2011]
|
|
The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011
Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
VISUALIZATION AND ANALYSIS OF A CARDIO VASCULAR DISEASE-RELATED BIOLOGICAL NETWORK COMBINING TEXT MINING AND DATA WAREHOUSE APPROACHES
Ralf Hofestädt, Björn Sommer, Evgeny Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian Janowski, Timofey Ivanisenko, Anatoly Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel Demenkov, Alexey Kochetov, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011]
|
|
Автоматическая реконструкция ассоциативных генных сетей на примере анализа протеома мочи
Тийс Е.С., Деменков П.С., Доброхотов И.В., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н., Ларина И.М., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.]
|
|
Анализ текстов (Text-mining) и ассоциативные сети в области молекулярной биологии
Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
|
|
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.]
|
|
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков.
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”]
|
|
Математическая модель подавления репликации субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке с ингибитором NS3 протеазы SCH503034
Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В.
[Санкт-Петербургский научный форум “Наука и общество. Физиология и медицина 21 века. VI Петербургская встреча лауреатов нобелевской премии”, Санкт-Петербург, Россия, 19-23 сентября]
|
|
Метагеном озера «Кротовья ляга»
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Розанов А.С., Брянская А.В., Кострюкова Е.С., Левицкий С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М., Колчанов Н.А.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
|
|
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
[Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"]
|
|
Создание базы данных летучих соединений, потенциальных маркеров заболеваний
Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич
[Interra, секция биомедицина, Новосибирск, 2011]
|
| 2010 |
A computer analysis of functional relationships between genes associated with multifactorial diseases: pre-eclampsia as an example
E. Tiys, P. Demenkov, E. Vashukova, A. Glotov, V. Ivanisenko
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
ANDCell and ANDNanobiotech: Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.L. Podkolodny
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Analisys of human proteome based on protein stability to mutations
P.S. Demenkov, O.A. Korepanova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Computer Sytem SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure
Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А.
[The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology", Novosibirsk, Russia, 28-29 June 2010]
|
|
Computer analysis of conformational peptides in protein families
Bragin A.O., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A
[summer school and workshop Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation – 2010]
|
|
Computer analysis of conformationalpeptides in protein families
A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Computer analysis of conformationalpeptides in protein families
A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
Computer system SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure
I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
ITMSys: An interactive web-based text-mining system for automated analysis of the full-text articles
Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A.
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Microbial metagenome annotation with bioinformatics and computational systems biology methods
Ivanisenko, Demenkov, Pintus, Ivanisenko, Goncharova, Kostjukova, Levitski, Selezneva, .... Kolchanov
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Reconstruction of molecular genetic networks: text mining as a tool for knowledge discovery
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko
[Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India]
|
|
The nanobiotechnology database
V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ИМЕЮЩИХ ПОТЕНЦИАЛЬНОЕ ЗНАЧЕНИЕ ДЛЯ НЕИНВАЗИВНОЙ ДИАГНОСТИКИ ЗАБОЛЕВАНИЙ
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко
[II Всероссийская научная конференция с международным участием "Научное творчество ХХI века"]
|
|
БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ БИОМАРКЕРОВ ЗАБОЛЕВАНИЙ
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко
[Десятая всероссийская научно-практическая конференция «Интеллектуальный потенциал ученых России»]
|
|
Компьютерный анализ метагеномных данных: предсказание количественной величины специфической активности белков
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Иванисенко Т.В., Гончарова Н.И., Розанов А., Брянская А., Кострюкова Е.С., Левитский С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
|
|
Разработка базы данных химических соединений - потенциальных маркеров заболеваний
Иванисенко В.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин П.М.
[XVII Российский национальный конгресс "Человек и лекарство"., Москва, 16 апреля 2010 г.]
|
| 2009 |
ANDCell and ANDNanobiotech: associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology
Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko
[Proceedings of the German-Russian Forum Biotechnology GRFB’09, 2009]
|
|
Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology
Ivanisenko V.A.
[International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics]
|
|
Автоматическая экстракция знаний из научных публикаций в области системной биологии и нанобиотехнологии
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
[IV Петербургская встреча Нобелевских лауреатов. С.-Петербург. 21-25 сентября 2009г]
|
|
Изучение влияния на термостабильность ксилозоизомераза e.coli введения межъсубеденичного дисульфидного мостика
Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
[Конференция IV Международная конференция "Биология: от молекулы до биосферы" 17 - 21 ноября была перенесена]
|
|
Информационная система ANDCell-ANDVisio для построения ассоциативных сетей в области молекулярной биологии
Деменков П. С., Яркова Е. Э., Иванисенко В. А.
[Седьмая международная конференция памяти академика А.П. Ершова. Рабочий семинар "Наукоемкое программное обеспечение" 15-19 июня 2009. Новосибирск]
|
|
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Подколодный Н.Л.
[Конференция "Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии", 10 – 14 июня 2009 г., Новосибирск]
|
|
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining
Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
[Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития”]
|
|
модификация фермента ксилозоизомеразы E.Coli дисульфидным мостиком для повышения стабильности
Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
[13 - международная школа конференция молодых ученых, 28 сентября - 2 октября. Биология наука 21-го века]
|
| 2008 |
A mathematical model for the suppressive effect of subgenomic hepatitis c virus replication in cells in the presence of potential individual drugs or their combinations
E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
ANDCell: a tool for automated knowledge extraction from PubMed and reconstruction of association networks
Ivanisenko V.A., Yarkova E.E., Demenkov P.S., Kochetov A.V.
[Proceedings of the 5th International Symposium on Integrative Bioinformatics. P 327, 20-22 August 2008, Germany]
|
|
Andcell: a computer system for automated extraction of knowledge about molecular genetic interactions and regulations from pubmed abstracts and their representation as semantic association networks
Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Coevolution of protein domains of P53 and MDM2 – key proteins of apoptosis
S.S. Pintus, V.A. Ivanisenko
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Data mining and network construction
Ivanisenko V.A.
[11th Meeting of the German/Russian Virtual Network of Bioinformatics for "Computational Systems Biology". August 25-26, 2008. Bielefeld, Germany]
|
|
Distribution of active site structural analogs in enzyme 3D-structures: computer analysis
E.S.Teeys, V.A. Ivanisenko
[Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
Drug targets discovery with text-mining and bioinformatics approaches: ANDCell and PDBSiteScan tools
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E.
[Joint Indo-Russian Workshop "Systems Biology and Genome Informatics of M. tuberculosis and other infectious diseases" October 12-14, 2008. Novosibirsk]
|
|
Knowledge discovery for biotechnology, biomedicine and nanobioengineering using text- and data-mining
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E.
[Russian-Polich Symposium "Perspectives of post-genomic biotechnology" in the frames of jubilee celebrations on 50 –anniversary of cooperation between the Russian and Polish Academies of Sciences, October 15-17, 2008, Moscow]
|
|
Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration
Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Protein Functional Sites
Ivanisenko V.A.
[International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics]
|
|
Protein Functional Sites Projection on Exon Structure Of Gene for ATP-, ADP-, AMP-binding Sites
I.V. Medvedeva, V.A. Ivanisenko
[International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics]
|
|
Protein connectivity in molecular-genetic networks depends on protein susceptibility to single mutations
Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Quantum-chemical analysis of Zn2+ binding in wild-type and G245C mutant of p53 protein.
Bugakov I.V., Fomin E.S., Ivanisenko V.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
| 2007 |
Associative network and protein structure discovery: a software complex for facilitating search of targets for drugs, drug design, and evaluation of molecular toxicity
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Aman E.E., S.S. Pintus S.S., Kolchanov N.A.
[3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia]
|
|
Associative network discovery (AND) – Software package for automated reconstruction of molecular-genetic association networks
Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A.
[3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia]
|
|
Bioinformatics and its application in addressing the chalanges of biotechnology and medicine
Ivanisenko V.A.
[International Conference "Scenarios for a co-ordinated approach to sustainable S&T co-operation with the eastern neighbours of the EU", Moscow 3-4 December, 2007]
|
|
Mathematical Modeling of the HCV Drugs Combinations Effect
Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L., Ivanisenko V.A., Likhoshvai V.A.
[In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007]
|
|
Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs
Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A.
[3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia]
|
|
Structure discovery – computer tools for protein analysis and search of drug target
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.E. Aman, S.S. Pintus, E.S. Fomin.
[The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года]
|
|
Textomics: the instrument for biological knowledge discovery
E.E. Aman, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года]
|
|
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клетке. Построение и варианты использования
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2-8 сентября 2007 г.]
|
| 2006 |
A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А.
[The 2d All-Russian Conference "Infocommunication and Computing Technologies and Systems", Ulan-Ude]
|
|
A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture.
Bezmaternikh K.D., Mishenko E.L., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Analysis of the tertiary structure of the PPAR and RXR transcriptional factors and their mutant variants
Aman E.E., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology
N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko
[3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia]
|
|
Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology
N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko
[Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006]
|
|
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks
Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks.
Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
|
|
FASTPROT: A computtational workbench for analysis of function, activity and structure of protein
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Korotkov R.O., Aman E.E., Pintus S.S., Startcev K.S., Tatarnikova L.Yu., Panina I.I., Sobolev A.A., Selenev I.V., Elohov V.J., Golovina A.N., Aknazarov Z.I., Sharonova I.V., Krestianova M.A., etc.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
HCV-KINET database: kinetic parameter reactions and regulatory processes of the life cycle of the hepatitis C virus
Mishchenko E.L., Korotkov R.О., Ivanisenko V.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Hepatitis C virus: application of gene networks technology to searching for perspective pharmacological targets
Ivanisenko VA, Mischenko EL, Bezmaternikh KD, Ratushny AV, Likhoshvai VA,Titov II, Korotkov RO, Khlebodarova TM, Kolchanov NA.
[3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia]
|
|
New Zn 2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design
Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A
[3th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" (GPBM 2006)]
|
|
New Zn2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design
Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A.
[3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia]
|
|
PDBSite database and PDBSiteScan tool: recognition of functional sites in protein 3D structure and template-based docking
Ivanisenko V.A., Ivanisenko T.V., Sharonova I.V., Krestyanova M.A., Ivanisenko N.V., Grigorovich D.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families
Pintus SS, Ivanisenko VA
[3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia]
|
|
Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations
Demenkov P.S, Ivanisenko V.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Rise of new binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants
Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Rise of new zn2+ binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants
Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS
Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov
[Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies]
|
|
Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков.
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г.
[International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.]
|
| 2004 |
PDBSITE, PDBLIGAND and PDBSITESCAN: a computational workbench for the recognition of the structural and functional determinants in protein tertiary structures combined with protein draft docking
Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Krestyanova M.A., Demenkov P.S., Znobisheva E.K., Ivanov E.E., Grigorovich D.A.
[2. Fourth Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
Гранты
| 2017 |
Оценочная функция ранжирования результатов молекулярного докинга и ее применение для дизайна ингибиторов дигидродипиколинат синтазы (DapA) из Mycobacterium tuberculosis и супероксиддисмутазы (SOD1), ассоциированной с боковым амиотрофическим склерозом человека
Сайк Ольга Владимировна Иванисенко Тимофей Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Иванисенко Никита Владимирович Иванисенко Владимир Александрович (Р) Алемасов Николай Александрович
|
| 2012 |
Изучение механизмов функционирования репликона вируса гепатита C в клетке хозяина методами системной биологии
Самсонова Мария Георгиевна, Тодоров Дмитрий Игоревич, Березин Сергей Васильевич, Гурский Виталий Валериевич, Мясникова Екатерина Марковна, Суркова Светлана Юрьевна, Козлов Константин Николаевич, Акбердин Илья Ринатович, Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Н.В., Иванисенко Тимофей Владимирович, Медведева Ирина Вадимовна, Мищенко Елена Леонидовна, Сайк Ольга Владимировна, Тийс Евгений Сергеевич
|
|
Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ"
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Деменков Павел Сергеевич, Рассказов Дмитрий Александрович, Подколодная Наталья Николаевна, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Лашин Сергей Александрович, Суслов Валентин Владимирович
|
| 2011 |
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович
|
|
Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства
Афонников Дмитрий Аркадьевич, Гунбин Константин Владимирович, Иванисенко Владимир Александрович, Пинтус Сергей Сергеевич, Старостина Полина Александровна
|
| 2010 |
EU-FP7 Research Project SysPatho
Акбердин И.Р., Мищенко Е.Л., Иванисенко Н.В., Деменков П.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Колчанова Н.А.
|
|
Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Медведева И.В., Тийс Е.С., Брагин А.О., Игнатьева Е.В., Ананько Е.В., Мищенко Е.Л., Сайл О.В.
|
| 2009 |
Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов
Колчанов Н.А., Подколодный Н.Л., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Медведева И.В., Тийс Е.С., Брагин А.О., Игнатьева Е.В., Ананько Е.В., Подколодная Н.Н., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М.
|
|
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Акбердин Илья Ринатович, Гунбин Константин Владимирович, Захаренко Л.П., Иванисенко Владимир Александрович, Игнатьева Елена Васильевна, Казанцев Федор Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лихошвай Виталий Александрович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Пономаренко Михаил Павлович, Пономаренко Петр Михайлович, Ри Максим Тексенович, Савинкова Людмила Кузминична, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Хлебодарова Тамара Михайловна
|
|
ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ
76 человек
|
|
Поиск, селекция и изучение перспективных бактериальных штаммов-продуцентов для переработки глицерина
Колчанов Николай Александрович, Пельтек Сергей Евгеньевич, Иванисенко Владимир Александрович, Сорокина Ксения Николаевна
|
| 2008 |
Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии
В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов
|
| 2006 |
Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов
Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Гунбин Константин Владимирович, Барышев Павел Борисович
|
| 2005 |
Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков
Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Григорович Дмитрий Александрович,Деменков Павел Сергеевич,Морозов Александр Валерьевич, Николаев Сергей Васильевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Титов Игорь Иванович, Ефремов Роман Гербертович, Пырков Тимофей Владимирович
|
|
Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков
Варламова Елена Сергеевна, Григорович Дмитрий Александрович, Иванисенко Владимир Александрович, Николаев Сергей Васильевич, Титов Игорь Иванович
|
| 2004 |
Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism
Титов ИИ, Иванисенко ВА, Чекмарев СФ, Пальянов АЮ Кривов С, Карплус М
|
| 1999 |
Экспериментальное и теоретическое исследование пространственной структуры и процесса ренатурации белковых молекул
Центалович Юрий Павлович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Грицан Нина Павловна, Иванисенко Владимир Александрович, Морозова Ольга Борисовна, Польшаков Дмитрий Аркадьевич, Титов Игорь Иванович
|
Научное руководство
| 2013 |
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков
[Брагин Анатолий Олегович]
|
| 2011 |
Предсказание белок-белковых взаимодействий на основе аминокислотных последовательностей
[Оконечников Константин Вячеславович]
|
| 2010 |
КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ И ЭВОЛЮЦИИ ФУНКЦИОНАЛЬНЫХ САЙТОВ БЕЛКА P53
[ПИНТУС СЕРГЕЙ СЕРГЕЕВИЧ]
|
|
Создание базы данных и компьютерный анализ химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний
[Сайк Ольга Владимировна]
|
Учебные курсы
| 2011 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
| 2010 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
| 2009 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
| 2008 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
| 2007 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
| 2006 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
Патенты
| 2023 |
Программа для предсказания взаимодействий между вершинами ассоциативной сети (ЭНДИнтерПредикт) / A program for predicting interactions between vertices of an associative network (ANDInterPredict)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
|
Программа для генерации обучающих выборок, предназначенных для глубокого машинного обучения графовых нейронных сетей (ЭНДТрэйнингСет) / A program for generating training sets for deep machine learning of graph neural networks (ANDTrainingSet)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
|
Программа для обучения графовой нейронной сети предсказанию ассоциативных связей между вершинами графа (ЭНДИнтерКоммон) / A program for deep machine learning of a graph neural network to predict associative interactions between vertices of a graph (ANDInterCommon)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
| 2022 |
Компьютерная программа генерации обучающих выборок для машинного обучения моделей классификации имён биологических объектов в неструктурированных текстах (ЭНДГен) / Computer program of the generating of learning sets for the training of models aimed on the classification of names of biological objects in unstructured texts (ANDGen)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
|
Программа для обучения моделей классификации имён биологических объектов в размеченных текстах, на основе контекста (ЭНДТрэин) / A program for training of classification models for the classification of names of biological entities in the pre-mapped texts, on the basis of their context (ANDTrain)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
|
Программа оценки точности разметки коротких имён биологических объектов в неструктурированных текстах на английском языке (ЭНДПред) / The program for assessing the accuracy of mapped short names of biological objects in the unstructured english texts (ANDPred)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
| 2021 |
Программа для парного структурного выравнивания третичных структур белков (ТСБ) / Program for pairwise structure alignment of tertiary structures of proteins by secondary structure elements and atomic coordinates (TSP)
Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Иванисенко Никита Владимирович
|
|
Программа для расчета значений совстречаемости пар биологических объектов из онтологии ЭНДСистем в текстах рефератов научных публикаций (ЭНДМатч) / Program for pairwise scoring of co-occurrences between biological objects from the ontology of ANDSystem in the unstructured texts of abstracts of scientific publications (ANDMatch)
Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Тимофей Владимирович
|
| 2020 |
База данных дайджестов научных публикаций в области биологии (ЭНДДайджестДБ) / Database of digests of scientific literature in the field of biology (ANDDigestDB)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
|
Программный комплекс для управления веб ресурсом автоматической генерации дайджестов научных публикаций в области биологии (ЭНДДайджест) / Software package for the management of the web-based portal for the automated generation of digests of scientific publications in the field of biology (ANDDigest)
Иванисенко ТВ, Деменков ПС, Иванисенко ВА
|
|
Программа предсказания аминокислотных замен, модулирующих активность и стабильность, в белках семейства протеиназ К (ПАКЗАС/PAASAS)
Иванисенко Н.В., Алемасов Н.А., Иванисенко В.А.
|
| 2019 |
Программа для оценки обогащённости функциональными взаимодействиями экспериментальных наборов генов (ФанДжинНет)/Program to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets (FunGeneNet)
Тийс Евгений Сергеевич, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Тимофей Владимирович, Иванисенко Владимир Александрович
|
| 2013 |
Позиции аминокислот функциональных сайтов белков в экзонной структуре кодирующих генов (СайтЭкс)/Protein functional sites positions in exon structure of the coding genes (SitEx)
Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
| 2012 |
Программа для предсказания аллергенности белков с использованием конформационных пептидов (Аллпред)/ Program for the prediction of allergenicity of proteins using conformation peptides (Allpred)
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич,Иванисенко Владимир Александрович
|
| 2010 |
Программа для классификации биологических текстов на английском языке (БиоТекстКласс) / The program for classification of biological texts in English (BioTextClass)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В.
|
|
База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
|
|
База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
|
| 2008 |
База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э.
|
|
Программа для реконструкции, визуализации и анализа ассоциативных сетей (ЭНДВизио)/Program for reconstruction, visualization and analyze associative networks (ANDVisio)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э.
|
|
|
