 |
|
|
Зубаирова Ульяна Станиславовна, к. б. н.
|
Персональная информацияРабочий адрес
Г. Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия
Дата рождения
29.01.1985
Образование
НГУ – 2006 – бакалавр (кафедра дискретной математики и информатики)
НГУ – 2008 – магистр (кафедра дискретной математики и информатики)
Публикации
| 2024 |
Catching the Big Fish in Big Data: A Meta-Analysis of Zebrafish Kidney scRNA-Seq Datasets Highlights Conserved Molecular Profiles of Macrophages and Neutrophils in Vertebrates
Aleksandr V Bobrovskikh, Ulyana S Zubairova, Ludmila G Naumenko, Alexey V Doroshkov
[Biology]
|
|
Image-Based Quantitative Analysis of Epidermal Morphology in Wild Potato Leaves
Zubairova U.S., Fomin I.N., Koloshina K.A., Barchuk A.I., Erst T.V., Chalaya N.A., Gerasimova S.V., Doroshkov A.V.
[Plants]
|
| 2023 |
Fishing Innate Immune System Properties through the Transcriptomic Single-Cell Data of Teleostei
Aleksandr V. Bobrovskikh, Ulyana S. Zubairova, Alexey V. Doroshkov
[Biology]
|
|
Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит
A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova,
T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Particle-Based Imaging Tools Revealing Water Flows in Maize Nodal Vascular Plexus
Ulyana S. Zubairova, Aleksandra Yu. Kravtsova, Alexander V. Romashchenko, Anastasiia A. Pushkareva, Alexey V. Doroshkov
[Plants]
|
|
Transcriptomic Data Meta-Analysis Sheds Light on High Light Response in Arabidopsis thaliana L.
Бобровских Александр Владимирович
Зубаирова Ульяна Станиславовна
Бондарь Евгения Ивановна
Лавреха Виктория Вадимовна
Дорошков Алексей Владимирович
[INT J MOL SCI]
|
| 2021 |
A Sight on Single-Cell Transcriptomics in Plants Through the Prism of Cell-Based Computational Modeling Approaches: Benefits and Challenges for Data Analysis
Aleksandr Bobrovskikh, Alexey Doroshkov, Stefano Mazzoleni, Fabrizio Cartenì, Francesco Giannino, Ulyana Zubairova
[Frontiers in Genetics]
|
|
A computational model of the cereal leaves hydraulics
S V Nikolaev, U S Zubairova
[JPCS]
|
|
Comparative transcriptome profiling of a resistant vs susceptible bread wheat (Triticum aestivum L.) cultivar in response to water deficit and cold stress
Dmitrii K. Konstantinov, Ulyana S. Zubairova, Anton A. Ermakov, Alexey V. Doroshkov
[PeerJ]
|
| 2020 |
Subcellular compartmentalization of the plant antioxidant system: an integrated overview
Aleksandr Bobrovskikh, Ulyana Zubairova, Alexey Kolodkin, Alexey Doroshkov
[PeerJ]
|
| 2019 |
LSM-W2: Laser Scanning Microscopy Worker for Wheat Leaf Surface Morphology
Zubairova U.S., Verman P.Yu., Oshchepkova P.S., Elsukova A.S., Doroshkov A.V.
[BMC SYST BIOL]
|
|
Numerical Algorithm for Morphogen Synthesis Region Identification with Indirect Image-Type Measurement Data
Penenko A.V., Zubairova U.S., Mukatova Z., Nikolaev S.V.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Stress-induced changes in the expression of antioxidant system genes for rice (Oryza sativa L.) and bread wheat (Triticum aestivum L.)
Anton Ermakov, Aleksandr Bobrovskikh, Ulyana Zubairova, Dmitrii Konstantinov, Alexey Doroshkov
[PeerJ]
|
|
Системный подход к моделированию развития листостебельных грибных инфекций пшеницы
Николаев С.В., Зубаирова У.С., Сколотнева Е.С., Орлова Е.А., Афонников Д.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2018 |
Analysis of the Basic Characteristics of Osteogenic and Chondrogenic Cell Lines Important for Tissue Engineering Implants
Astakhova N.M., Korel’ A.V., Shchelkunova E.I., Orishchenko K.E., Nikolaev S.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A.
[B EXP BIOL MED+]
|
|
Паттерн эпидермиса листа пшеницы как модель для изучения влияния стрессовых условий на морфогенез
Зубаирова У. С., Дорошков А. В.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2017 |
Изучение базовых характеристик клеток остеогенного и хондрогенного рядов, значимых для тканевой инженерии имплантов
Астахова Н.М., Корель А.В., Щелкунова Е.И., Орищенко К.Е., Николаев С.В., Зубаирова У.С, Кирилова И.А.
[Клеточные технологии в биологии и медицине]
|
| 2016 |
Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth
Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N
[Frontiers in Plant Science]
|
| 2015 |
A computational model of the effect of symplastic growth on cell mechanics in a linear leaf blade
Zubairova U., Golushko S., Penenko A., Nikolaev S.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Применение сопряжённых уравнений для исследования чувствительности в модели симпластного роста клеток линейного листа
А.В. Пененко, У.С. Зубаирова, С.В. Николаев
[Труды Международной конференции АКТУАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ И ПРИКЛАДНОЙ МАТЕМАТИКИ – 2015 посвященной 90-летию со дня рождения академика Г. И. Марчука]
|
| 2014 |
L-Система для моделирования плоских одномерно растущих растительных тканей
Зубаирова У.С., Голушко С.К., Пененко А.В., Николаев С.В.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Models of Regulation of Stem Cell Niche Structure in Shoot Apical Meristem
U. S. Zubairova, S. V. Nikolaev
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Применение технологии CUDA для моделирования процессов реакции-диффузии на двумерном клеточном ансамбле
Пененко А.В., Троеглазова Т.С, Зубаирова У.С., Байшибаев Д.Ж., Николаев С.В.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2013 |
Model of Structuring the Stem Cell Niche in Shoot Apical Meristem of Arabidopsis thaliana
S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, E. D. Mjolsness, B. E. Shapiro, and Academician N. A. Kolchanov
[Doklady Biological Sciences]
|
|
Modeling of plant embryo morphodynamics at early developmental stages
S. V. Nikolaev, N. A. Kolchanov, S. K. Golushko, J. -C. Palauqui, A. Urban, E. V. Amelina, A. V. Yurchenko, K. S. Golushko, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, A. Trubuil
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Модели регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега
У.С. Зубаирова, С.В. Николаев
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Модель регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis thaliana
С. В. Николаев, У. С. Зубаирова, А. В. Пененко, Э. Д. Мелснесс (E. D. Mjolsness), Б. Е. Шапиро (B. E. Shapiro), Н. А. Колчанов
[Doklady Akademii Nauk]
|
| 2012 |
Моделирование морфодинамики на ранних стадиях эмбриогенеза растения
Николаев С.В., Колчанов Н.А., Голушко С.К., Палаки Ж.-К., Урбан О., Амелина Е.В., Юрченко А.В., Голушко К.С., Зубаирова У.С., Пененко А.В., Трубюй А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Моделирование роста и развития растительных тканей в формализме L-систем
Зубаирова У.С., Пененко А.В., Николаев С.В.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2011 |
A Study of a One-Dimensional Model of Regulation of the Renewing Zone Size in a Biological Tissue Accounting for Cell Division
S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, S. I. Fadeev, E. Mjolsness, N. A. Kolchanov
[Journal of Applied and Industrial Mathematics]
|
| 2010 |
Исследование одномерной модели регуляции размеров возобновительной зоны в биологической ткани с учётом деления клеток
Николаев С.В., Зубаирова У.С., Фадеев С.И., Мйолснесс Э., Колчанов Н.А.
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
Монографии
| 2008 |
Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование.
Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.
|
Конференции
| 2020 |
Выявление контекстных сигналов в промоторах генов, регулирующих ответ на световой стресс у Arabidopsis thaliana
А. В. Бобровских, А. Б. Левина, Д. К. Константинов, А. А. Ермаков , У. С. Зубаирова, А. В. Дорошков
[Марчуковские научные чтения - 2020]
|
|
Выявление контекстных сигналов цис-регуляторных элементов транскрипционного ответа на солевой стресс у Arabidopsis thaliana
А. В. Бобровских , Д. К. Константинов , А. А. Ермаков , У. С. Зубаирова , А. В. Дорошков
[Марчуковские научные чтения - 2020]
|
|
Генетические механизмы ответа растений на световой стресс: реконструкция генных сетей и эволюционная перспектива
Бобровских А. В., Ермаков А. А., Зубаирова У. С., Константинов Д. К., Левина А.Б., Колодкин А.Н., Хейдари С., Дорошков А.В.
[Генофонд и селекция растений 2020]
|
|
Изучение основных параметров устойчивости яровой пшеницы к мучнистой росе
Н.П. Бехтольд, Е.А. Орлова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников, У.С. Зубаирова
[Генофонд и селекция растений: доклады и сообщения V Международной конференции «Генофонд и селекция растений»]
|
|
Реконструкция регуляторных генных сетей ответа на солевой стресс Arabidopsis thaliana и Zea mays
Бобровских А. В., Ермаков А. А., Зубаирова У. С., Константинов Д. К., Левина А.Б., Дорошков А.В.
[Генофонд и селекция растений 2020]
|
| 2019 |
Mitosis and DNA replication events define the boundaries of transition zone in Arabidopsis thaliana root tip
Viktoriya V. Lavrekha, Taras P. Pasternak, Uliyana S. Zubairova, Victoria V. Mironova
[International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019),]
|
|
The wheat leaf epidermal pattern as a model for studying the effect of stress conditions on morphogenesis
Zubairova U., Doroshkov A.
[PlantGen]
|
| 2017 |
Wheat leaf trichomes pattern formation: from image analysis to computational modeling
U.S. Zubairova, A.V. Doroshkov
[9th Young Scientists School "Systems Biology and Bioinformatics" (SBB-2017)]
|
|
Изучение механического поведения клеток в рамках клеточно-ориентированной модели роста листа пшеницы
Зубаирова У.С., Николаев С.В., Пененко А.В., Подколодный Н.Л., Голушко С.К., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[Девятая международная молодежная научная школа-конференция "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", посвященная 85-летию со дня рождения академика М.М. Лаврентьева]
|
| 2016 |
An ImageJ plugin for detection of wheat leaf epidermis cellular structure from confocal laser scanning microscopy
U.S. Zubairova, P.Yu. Verman, and A.V. Doroshkov
[BGRS\SB-2016]
|
|
Computer simulation of the trichome patterning on growing wheat leaf taking into account the biomechanics of cells
U.S. Zubairova, S.V. Nikolaev, A.V. Penenko, N.L. Podkolodnyy, S.K. Golushko, D.A. Afonnikov, and N.A. Kolchanov
[BGRS\SB-2016]
|
|
Mechanics of plant cell unidirectional growth
S.V. Nikolaev, S.K. Golushko, U.S. Zubairova, D.A. Afonnikov
[BGRS\SB-2016]
|
|
Study of osteogenic cells motility for tissue engineering protocols design.
Astakhova N.M., Nikolaev S.V., Orishchenko K.E., Korel A.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A.
[SBIOMED-2016]
|
| 2015 |
How symplastic mode of growth effects on cell mechanics in unidirectional growing plant tissue
Zubairova U.S., Golushko S.K., Penenko A.V., Nikolaev S.V
[The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”]
|
|
Исследование чувствительности и параметрическая идентификация модели симпластного роста линейного листа
Пененко А.В., Зубаирова У.С., Николаев С.В.
[Седьмая международная молодежная научная школа-конференция «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», посвященная 90-летию со дня рождения академика Гурия Ивановича Марчука]
|
| 2014 |
A model of trichome spacing pattern formation on growing wheat leaf
Zubairova U., Nikolaev S.V., Doroshkov A., Afonnikov D.
[BGRS/SB-2014]
|
|
A simple mechanical cell-based model for symplastic growth of linear leaf blade
Zubairova U., Nikolaev S.V.
[BGRS/SB-2014]
|
| 2012 |
Activation of CLV3 gene expression in model of the stem cell niche structure regulation in the shoot apical meristem
Zubairova U.S., Nikolaev S.V.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
| 2011 |
The Cell Growth and Division Can Destroy Stem Cell Niche in a Reaction-Diffusion Model
Ulyana Zubairova
[European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2011)]
|
| 2010 |
A Model of Shoot Apocal Meristem Compartmentalization Based on CLV/WUS Interplay
Nikolaev SV, Zubairova US, Mjolsness ED, Shapiro BE, Smal PA, Kolchanov NA
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
A reaction-diffusion model of shoot apical meristem compartmentalization based on CLV/WUS interplay
Nikolaev S.V., Zubairova U.S., Mjolsness E., Smal P.A., Shapiro B., Kolchanov N.A.
[Proceedings of the 3rd International Conference on Mathematical Biology and Bioinformatics, Pushchino, Russia]
|
|
Modified French Flag model: instability of the structure under cell growth and division
Zubairova U.S., Nikolaev S.V., Fadeev S.I., Mjolsness E., Kolchanov N.A.
[Proceedings of the 3rd International Conference on Mathematical Biology and Bioinformatics, Pushchino, Russia]
|
|
The cell growth and division can destroy stem cell niche in a reaction-diffusion model
S. Nikolaev, U. Zubairova, S. Fadeev, E. Mjolsness, N. Kolchanov
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Возмущения за счет деления клеток в пространственно‐распределенной модели регуляции структуры ниши стволовых клеток
Зубаирова У.С., Николаев С.В., Фадеев С.И., Мелснесс Э., Колчанов Н.А.
[Международная конференция "Стохастические модели в биологии и предельные алгебры", 2—7 августа 2010 Омск Россия]
|
|
Моделирование динамических систем с динамической структурой на примере камбиальных клеток
Зубаирова У.С., Николаев С.В.
[Сборник трудов VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Молодёжь и современные информационные технологии", 3-5 марта 2010 года]
|
|
Модель типа реакция-диффузия механизма регуляции пространственной структуры апикальной меристемы побега
Николаев С. В. , Зубаирова У.С., Мьолснесс Э., Смаль П.А., Шапиро Б., Колчанов Н.А.
[III Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика", 10-15 октября 2010 г., Пущино]
|
|
Нестабильность структуры клеточного ансамбля в модифицированной модели трехцветного флага в результате роста и деления клеток
Зубаирова У.С., Николаев С.В., Фадеев С.И., Мьолснесс Э., Колчанов Н.А.
[III Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика", 10-15 октября 2010 г., Пущино]
|
| 2007 |
Применение формализма dL-систем для изучения модели регуляции размеров возобновительной зоны в растущей ткани
Зубаирова У.С., Николаев С.В.
[VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007]
|
Гранты
| 2020 |
Системное изучение механизмов морфогенеза растений на основе данных секвенирования транскриптомов одиночных клеток
Зубаирова У.С., Дорошков А.В., Ермаков А.А., Константинов Д.К., Айриянц К.А., Бобровских А.В.
|
| 2019 |
Системное изучение взаимной регуляции ростовых процессов и водного режима злаков
Зубаирова Ульяна Станиславовна,
Дорошков Алексей Владимирович,
Николаев Сергей Васильевич,
Ромащенко Александр Викторович,
Константинов Дмитрий Константинович,
Бобровских Александр Владимирович,
Ермаков Антон Александрович,
Панихин Павел Александрович
|
|
Экспериментально-теоретическое изучение механизмов устойчивости к солевому стрессу у кукурузы
Ермаков Антон Александрович, Бобровских Александр Владимирович, Дорошков Алексей Владимирович, Зубаирова Ульяна Станиславовна
|
| 2017 |
Изучение особенностей формирования клеточной структуры эпидермиса листа пшеницы при холодовом стрессе
Зубаирова Ульяна Станиславовна, Дорошков Алексей Владимирович
|
| 2016 |
Изучение механизмов формирования клеточной структуры эпидермиса листа однодольных растений на основе автоматической обработки конфокальных изображений
Зубаирова Ульяна Станиславовна Дорошков Алексей Владимирович
|
| 2014 |
Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии
Афонников Д.А., Голушко С.К., Дорошков А.В., Зубаирова У.С., Казанцев Ф.В., Колчанов Н.А., Лавреха В.В., Миронова В.В., Николаев С.В., Новикова Д.Д., Омельянчук Н.А., Пененко А.В., Пшеничникова Т.А., Савина М.С., Саженков С.А., Симонов А.В., Чернова В.В.
|
| 2011 |
Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега
Колчанов Николай Александрович, Акбердин Илья Ринатович , Деменков Павел Сергеевич, Зубаирова Ульяна Станиславовна, Николаев Сергей Васильевич, Пененко Алексей Владимирович, Смаль Павел Александрович, Турнаев Игорь Иванович
|
|
Участие в 8-й европейской конференции по математической и теоретической биологии (ECMTB 2011)
Зубаирова Ульяна Станиславовна
|
|
Формирование билатеральной симметрии в зародышах двудольных растений
Колчанов Николай Александрович, Голушко Сергей Кузьмич, Зубаирова Ульяна Станиславовна, Николаев Сергей Васильевич, Пененко Алексей Владимирович, Смаль Павел Александрович, Юрченко Андрей Васильевич
|
| 2008 |
Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana
Колчанов Н.А. , Омельянчук Н.А., н.с. Николаев С.В., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Хомичева И.В., Миронова В.В., Лавреха В.В.
|
Патенты
| 2018 |
Программа для изучения морфологии и взаимного расположения клеток в эпидермисе листьев злаковых растений (ЛСМ-В) / Program for studying the morphology and relative position of cells in the epidermis of the leaves of cereal plants (LSM-W)
Зубаирова У.С., Верман П.Ю., Дорошков А.В.
|
Диссертации
| 2016 |
Компьютерное моделирование морфодинамики в меристемах растений с учётом морфогенетической регуляции и биомеханических свойств клеток
[Кандидат]
|
|
|
