 |
Scopus: 0000-0002-1102-0934РИНЦ: 3099-7958Гугл-академия: https://scholar.google.com/citations?user=JDH98XEAAAAJ&hl=ru
Публикации
| 2024 |
The Transcriptomic Response of Cells of the Thermophilic Bacterium Geobacillus icigianus to Terahertz Irradiation
Sergey Peltek, Svetlana Bannikova,Tamara M. Khlebodarova, Yulia Uvarova, Aleksey M. Mukhin, Gennady Vasiliev, Mikhail Scheglov, Aleksandra Shipova, Asya Vasilieva, Dmitry Oshchepkov, Alla Bryanskaya, Vasily Popik
[INT J MOL SCI]
|
|
ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЙ КОНВЕЙЕР ПО РАСПОЗНАВАНИЮ САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ ТРАНСКРИПЦИОННЫХ ФАКТОРОВ В БАКТЕРИАЛЬНЫХ ГЕНОМАХ DE NOVO
Мухин А. М., Ощепков Д. Ю., Лашин С. А.
[Проблемы информатики]
|
|
ЦИФРОВАЯ ПЛАТФОРМА «МИКРОБИОТЕХ»: АРХИТЕКТУРА И НАЗНАЧЕНИЕ
Деменков П. С., Мухин А. М., Иванисенко В. А., Лашин С. А., Колчанов Н. А.
[Проблемы информатики]
|
| 2023 |
Лабораторные информационные системы для управления исследовательскими работами в биологии
А.М. Мухин, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Agent‐Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population
Georgii P. Romanov , Anna A. Smirnova , Vladimir I. Zamyatin, Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev,
Vera G. Pshennikova, Fedor M. Teryutin, Aisen V. Solovyev, Sardana A. Fedorova, Olga L. Posukh,
Sergey A. Lashin and Nikolay A. Barashkov
[Biology]
|
|
Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation
Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin
[Mathematics]
|
|
Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data
Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin
[INT J MOL SCI]
|
| 2021 |
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin
[Lect Notes Comput Sci]
|
| 2020 |
Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов
Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude
for Functional Gene Groups
Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V.
[Genes]
|
| 2019 |
Разработка программного комплекса WebMCOT для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов
Мухин Алексей Максимович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лашин Сергей Александрович
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
Монографии
| 2021 |
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Mukhin A. M., Kazantsev F.V., Klimenko A.I., Lakhova T.N., Demenkov P.S., Lashin S.A.
|
Конференции
| 2024 |
РЕКОНСТРУКЦИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ В ESCHERICHIA COLI K-12 ШТАММА
B-6195
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин
[VI Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2024]
|
| 2022 |
МЕТОД ДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ БАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ ГЕНОМНОЙ ИНФОРМАЦИИ
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин
[Актуальные аспекты современной микробиологии: XIII молодежная школа-конференция с международным участием]
|
|
Построение транскрипционных регуляторных сетей бактерий на основе найденных факторов транскрипции и их сайтов связывания
Лахова Т.Н., Мухин А.М., Ощепков Д.Ю., Лашин С.А.
[25-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием «Биология – наука XXI века»]
|
|
Data lake platform of the bacterial strain properties
for microbiology
Mukhin A., Demenkov P., Kazantsev F., Lakhova T., Klimenko A.,
Lashin S
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Evolutionary analysis of gene networks with Orthoweb software
Mustafin Z., Mukhin A., Anikin D., Kazantsev F., Lashin S.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Large scale analysis of the crop transcriptomic data:
analysis of out of the reference transcripts
Afonnikov D.A., Genaev M.A., Shmakov N.A., Mustafin Z.S., Mukhin A.M., Lashin S.A.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)]
|
|
On organizing a software platform for seeking
biotechnologically important features in bacteria
Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A.,
Kolchanov N
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Web-MCOT server for motifs co-occurrence search in ChIP-seq data
Victor Levitsky, Alexey Mukhin, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Sergey Lashin
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2021 |
Construction of transcriptional regulatory networks based
on found transcription factors and their binding sites
in annotated bacterial genomes
Lakhova T.N., Oshchepkov D.Yu., Mukhin A.M., Lashin S.A.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2021) : The 13th International Young Scientists School; Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen School 2021) : Young Scientists School]
|
|
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin , Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, and Sergey A. Lashin
[International Conference on Parallel Computing Technologies]
|
|
ВЕБ-СЕРВИС WEBMCOT ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СОВМЕСТНО ВСТРЕЧАЕМЫХ ДНК МОТИВОВ В ДАННЫХ CHIP-SEQ
МУХИН А.М., ЛЕВИЦКИЙ В.Г., ЛАШИН С.А.
[ИНСТИТУТ БИОИНФОРМАТИКИ]
|
|
Построение сетей транскрипционной регуляции бактерий на основе геномной информации
Т.Н. Лахова, Д.Ю. Ощепков, А.М. Мухин, С.А. Лашин
[VIII Международная научно-практическая конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов]
|
| 2020 |
Разработка алгоритмов для нахождения факторов транскрипции и их сайтов связывания в аннотированных бактериальных геномах
Лахова Т.Н., Ощепков Д.Ю., Мухин А.М., Лашин С.А.
[12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020]
|
|
FoldGO - программный комплекс для выявления фолд-специфичных ГО категорий в данных транскриптомных экспериментов
Вибе Д.С., Мухин А.М., Омельянчук Н.А., Миронова В.В.
[Симпозиум Биофизика сложных систем. Вычислительная и системная биология. Молекулярное моделирование”]
|
|
OrthoWeb-web application for macroand microevolutionary analysis of genes
Mustafin Z., Mukhin A., Afonnikov D., Matushkin Y., Lashin S
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
WebMCOT web-service for prediction of co-occurred DNA motifs in ChIP-seq data
Mukhin A. M., Levitsky V. G., Lashin S. A., Oshchepkov D. Y.
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2019 |
FoldGO - новый метод анализа функционального обогащения с учетом степени изменения транскрипционной активности.
Вибе Д.С., Омельянчук Н.А., Мухин А.М., Лашин С.А., Миронова В.В.
[7ой съезд ВОГиС]
|
| 2018 |
Developing FoldGO, the tools for multifactorial functional enrichment analysis
A.M. Mukhin, D.S. Wiebe, I. Grosse, S.A. Lashin, V.V. Mironova
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)]
|
|
FoldGO for functional annotation of transcriptome data to identify fold-change-specific GO categories
D.S. Wiebe, A.M. Mukhin, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology]
|
Гранты
| 2018 |
Мета-анализ полногеномных данных на основе выявления и аннотации различных структурно-функциональных типов сайтов связывания транскрипционных факторов в составе композиционных элементов
Левицкий Виктор Георгиевич (Р)
Брызгалов Леонид Олегович
Миронова Виктория Владимировна
Игнатьева Елена Васильевна
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Новикова Дарья Дмитриевна
Вибе Даниил Станиславович
Землянская Елена Васильевна
Мухин Алексей Максимович
|
|
Разработка метода и онлайн ресурса для биоинформатического анализа фолд-специфической экспрессии генов
Вибе Даниил Станиславович, Мухин Алексей Максимович, Новикова Дарья Дмитриевна, Убогоева Елена Вячеславовна
|
Патенты
| 2024 |
Программа для расчёта филостратиграфических индексов (Ортовеб) / The program for calculating phylostratitgraphy indexes (Orthoweb)
Лашин С.А., Мустафин З.С., Казанцев Ф.В., Мухин А.М., Иванов Р.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
|
|
База данных генов и белков, ассоциированных с дисгликемией (GlucoGenes) / Database of dysglycemia-related genes and proteins (GlucoGenes)
Климонтов В.В., Сайк О.В., Шишин К.С., Мухин А.М., Лашин С.А.
|
| 2021 |
Биотехнологически значимые штаммы бактерий (МикроБиотех) / Biotechnologically significant strains of bacteria (MicroBiotech)
Мухин А.М., Лахова Т.Н., Клименко А.И., Казанцев Ф.В., Деменков П.С., Лашин С.А.
|
|
|
