 |
|
|
Деменков Павел Сергеевич, к. т. н.
|
Scopus: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=24340687700РИНЦ: https://www.elibrary.ru/author_profile.asp?id=163887Гугл-академия: https://scholar.google.ru/citations?user=oGbw1S4AAAAJ&hl=ruИндекс WOS: https://publons.com/researcher/3362277/pavel-demenkov/
Публикации
| 2024 |
AI-Assisted Identification of Primary and Secondary Metabolomic Markers for Postoperative Delirium
Ivanisenko VA, Rogachev AD, Makarova A-LA, Basov NV, Gaisler EV, Kuzmicheva IN, Demenkov PS, Venzel AS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Kolchanov NA, Plesko VV, Moroz GB, Lomivorotov VV, Pokrovsky AG
[INT J MOL SCI]
|
|
An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models
Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
[INT J MOL SCI]
|
| 2023 |
Primary and Secondary micro-RNA Modulation the Extrinsic Pathway of Apoptosis in Hepatocellular Carcinoma
Khlebodarova TM, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Lavrik IN, Ivanisenko VA.
[Molecular Biology]
|
|
Accurate noise-robust classification of
Bacillus species from MALDI-TOF MS spectra
using a denoising autoencoder
Yulia E. Uvarova, Pavel S. Demenkov, Irina N. Kuzmicheva, Artur S. Venzel, Elena L.
Mischenko, Timofey V. Ivanisenko, Vadim M. Efimov, Svetlana V. Bannikova, Asya R.
Vasilieva, Vladimir A. Ivanisenko and Sergey E. Peltek
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection.
Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases
Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M
[INT J MOL SCI]
|
|
Gene networks for use in metabolomic data analysis of blood plasma from patients with postoperative delirium
Ivanisenko V.A., Basov N.V., Makarova A.A., Venzel A.S., Rogachev A.D., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Kleshchev M.A., Gaisler E.V., Moroz G.B., Plesko V.V., Sotnikova Y.S., Patrushev Y.V., Lomivorotov V.V., Kolchanov N.A., Pokrovsky A.G.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Prioritization of potential pharmacological targets for thedevelopment of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction andanalysis of associative gene networks help.
Demenkov P.S., Antropova E.A., Adamovskaya A.V., Mishchenko E.L., Khlebodarova T.M., Ivanisenko T.V., Ivanisenko N.V., Venzel A.S., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection
Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R.
Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V.
Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik
and Vladimir A. Ivanisenko
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Молекулярно-генетические пути регуляции вирусом гепатита С экспрессии клеточных факторов PREB и PLA2G4C, играющих важную роль для репликации вируса
Е.Л. Мищенко, А.А. Макарова, Е.А. Антропова, А.С. Вензель, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Первичная и вторичная микро-РНК модуляция внешнего пути апоптоза при гепатоцеллюлярной карциноме
Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Антропова Е.А., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Молекулярная биология]
|
|
Применение генных сетей к анализу результатов
метаболомного скрининга плазмы крови пациентов
с послеоперационным делирием
В.А. Иванисенко, Н.В. Басов, А.А. Макарова, А.С. Вензель, А.Д. Рогачев, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.А. Клещев, Е.В. Гайслер, Г.Б. Мороз, В.В. Плеско, Ю.С. Сотникова, Ю.В. Патрушев, В.В. Ломиворотов, А.Г. Покровский
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Приоритизация потенциальных фармакологических мишеней для создания лекарств против гепатокарциномы, модулирующих внешний путь апоптоза, на основе реконструкции и анализа ассоциативных генных сетей
П. С. Деменков, Е. А. Антропова, А. В. Адамовская, Е. Л. Мищенко, Т. М. Хлебодарова, Т. В. Иванисенко, Н. В. Иванисенко, А. С. Вензель, И. Н. Лаврик, В. А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит
A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova,
T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Comparison of Sputum and Oropharyngeal Microbiome Compositions in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer
Elizaveta Baranova, Vladimir Druzhinin, Ludmila Matskova, Pavel Demenkov, Valentin Volobaev, Alexey Larionov
[OBM Genetics]
|
|
Computer analysis of regulation of hepatocarcinoma marker genes hypermethylated by HCV proteins.
Antropova E.A., Khlebodarova T.M., Demenkov P.S., Venzel A.S., Ivanisenko N.V., Gavrilenko A.D., Ivanisenko T.V., Adamovskaya A.V., Revva P.M., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients
V. A. Ivanisenko, E. V. Gaisler, N. V. Basov, A. D. Rogachev, S. V. Cheresiz, T. V. Ivanisenko, P. S. Demenkov, E. L. Mishchenko, O. P. Khripko, Yu. I. Khripko, S. M. Voevoda, T. N. Karpenko, A. J. Velichko, M. I. Voevoda, N. A. Kolchanov, A. G. Pokrovsky
[SCI REP-UK]
|
|
Sputum Microbiome Composition in Patients with Squamous Cell Lung Carcinoma
E. D. Baranova, V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, V. P . Volobaev, V. I. Minina, A. V. Larionov, V. A. Titov
[Life]
|
|
Sputum Microbiota in Coal Workers Diagnosed with Pneumoconiosis as Revealed by 16S rRNA Gene Sequencing
Vladimir G. Druzhinin, Elizaveta D. Baranova, Ludmila V. Matskova, Pavel S. Demenkov, Valentin P. Volobaev, Varvara I. Minina, Alexey V. Larionov and Snezana A. Paradnikova
[Life]
|
|
The New Version of the ANDDigest Tool with Improved AI-Based Short Names Recognition
Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[INT J MOL SCI]
|
|
Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С.
Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовская А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2021 |
Genetic damage in lymphocytes of lung cancer patients is correlated to the composition of the respiratory tract microbiome.
Druzhinin VG, Matskova LV, Demenkov PS, Baranova ED, Volobaev VP, Minina VI, Larionov AV, Titov VA, Fucic A.
[MUTAGENESIS]
|
|
Preoperative Typing of Thyroid and Parathyroid Tumors with a Combined Molecular Classifier.
Titov SE, Kozorezova ES, Demenkov PS, Veryaskina YA, Kuznetsova IV, Vorobyev SL, Chernikov RA, Sleptsov IV, Timofeeva NI, Ivanov MK.
[Cancers]
|
|
Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors
P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Sputum Microbiome Composition in Patients With Squamous Cell Lung Carcinoma
E. D. Baranova, V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, V. P . Volobaev, V. I. Minina, A. V. Larionov, V. A. Titov
[SCI REP-UK]
|
|
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin
[Lect Notes Comput Sci]
|
| 2020 |
ANDDigest: a new web-based module of ANDSystem for the search of knowledge in the scientific literature
Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Nikita V. Ivanisenko, Alexander N. Savostianov, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Preoperative detection of malignancy in fine-needle aspiration cytology (FNAC) smears with indeterminate cytology (Bethesda III, IV) by a combined molecular classifier
Sergei Titov, Pavel S Demenkov, Sergei A Lukyanov, Sergei V Sergiyko, Gevork A Katanyan, Yulia A Veryaskina, Mikhail K Ivanov
[J CLIN PATHOL]
|
|
Taxonomic diversity of sputum microbiome in lung cancer patients and its relationship with chromosomal aberrations in blood lymphocytes
V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, E. D. Baranova, V. P. Volobaev, V. I. Minina, S. V. Apalko, M. A. Churina, S. A. Romanyuk, S. G. Shcherbak, V. I. Ivanov, A. V. Larionov
[SCI REP-UK]
|
|
Состав бактериального микробиома в мокроте больных раком легкого и оценка его влияния на кластогенные эффекты в лимфоцитах крови.
Дружинин В.Г.,
Баранова Е.Д.,
Волобаев В.П.,
Деменков П.С.,
Мацкова Л.В.
[Медицинская генетика]
|
| 2019 |
A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression
Vladimir A. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Olga V. Saik
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Combined quantitation of HMGA2 mRNA, microRNAs, and mitochondrial-DNA content enables the identification and typing of thyroid tumors in fine-needle aspiration smears.
Titov SE, Ivanov MK, Demenkov PS, Katanyan GA, Kozorezova ES, Malek AV, Veryaskina YuA, Zhimulev IF
[BMC CANCER]
|
|
Prioritization of genes involved in endothelial cell apoptosis by their implication in lymphedema using an analysis of associative gene networks with ANDSystem
Olga V. Saik, Vadim V. Nimaev, Dilovarkhuja B. Usmonov, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC MED GENOMICS]
|
|
Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins
Ivanisenko VA, Ivanisenko TV, Saik OV, Demenkov PS, Afonnikov DA, Kolchanov NA.
[Methods in Molecular Biology]
|
|
Приоритизация генов картофеля, вовлеченных в формирование селекционно-значимых признаков, с использованием базы знаний SOLANUM TUBEROSUM.
Деменков П.С., Сайк О.В., Иванисенко Т.В., Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2018 |
Evaluation of Prioritization Methods of Extrinsic Apoptotic Signaling Pathway Genes for Retrieval of the New Candidates Associated with Major Depressive Disorder
Yankina, M. A.; Saik, O. V.; Ivanisenko, V. A.; Demenkov, P. S. & Khusnutdinova, E. K.
[RUSS J GENET+]
|
|
FunGeneNet: a web tool to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets
Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
[BMC GENOMICS]
|
|
Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks
Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu Bragina, Maxim B. Freidin, Irina A. Goncharova, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Ralf Hofestaedt, Inna N. Lavrik, Evgeny I. Rogaev, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC MED GENOMICS]
|
|
Prediction of Bacterial and Archaeal Allergenicity with AllPred Program
Bragin A, Sokolov V, Demenkov P, Ivanisenko T, Bragina EY, Matushkin YG and Ivanisenko V
[Molecular Biology]
|
|
Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature
Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu., Maxim B. Freidin, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Evgeniy L. Choynzonov, Ralf Hofestaedt, Vladimir A. Ivanisenko
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
АНАЛИЗ ОСОБЕННОСТЕЙ ГЕННОЙ СЕТИ ВНЕШНЕГО ПУТИ АПОПТОЗА ПРИ УЧЕТЕ ТКАНЕСПЕЦИФИЧНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[АЛЛЕЯ НАУКИ]
|
|
Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза в ассоциативной генной сети болезни Паркинсона
М.А. Янкина, О.В. Сайк, П.С. Деменков, Э.К. Хуснутдинова, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Ассоциативная генная сеть апоптоза и ее роль в механизмах коморбидности астмы и гипертонии
Сайк О.В., Деменков П.С., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Дневник науки]
|
|
База знаний SOLANUM TUBEROSUM: раздел по молекулярно-генетической регуляции метаболических путей
Т.В. Иванисенко, О.В. Сайк, П.С. Деменков, В.К. Хлесткин, Е.К. Хлесткина, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ГЕНЫ ЭНДОТЕЛИАЛЬНОГО АПОПТОЗА КАК КАНДИДАТЫ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ ИХ СВЯЗИ С ЛИМФЕДЕМОЙ
О.В. Сайк, В.В. Нимаев, Д.Б. Усмонов, П.С. Деменков, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
|
|
Оценка методов приоритизации генов внешнего пути апоптоза в качестве кандидатов, ассоциированных с большим депрессивным расстройством
М. А. Янкина, О. В. Сайк, В. А. Иванисенко, П. С. Деменков, Э. К. Хуснутдинова
[Генетика]
|
|
ПРОГРАММА ALLPRED ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ АЛЛЕРГЕННОСТИ БАКТЕРИЙ И АРХЕЙ
Брагин АО, Соколов ВС, Деменков ПС, Иванисенко ТВ, Брагина ЕЮ, Матушкин ЮГ, Иванисенко ВА
[Molecular Biology]
|
| 2017 |
Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma
O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
SITEX 2.0: Projections of protein functional sites on eukaryotic genes. Extension with orthologous genes.
Medvedeva IV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза и генов большого депрессивного расстройства в его ассоциативной генной сети
Янкина М.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Хуснутдинова Э.К., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Дневник науки]
|
|
ПОИСК ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ТРЕВОЖНЫМ НЕВРОЗОМ, НА ОСНОВЕ АВТОМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА НАУЧНЫХ ТЕКСТОВ С ПОМОЩЬЮ ANDSYSTEM
Янкина М.А.,Сайк О.В.,Деменков П.С.,Хуснутдинова Э.К.,Иванисенко В.А.
[АЛЛЕЯ НАУКИ]
|
|
Приоритезация генов нейронального апоптоза по их структурной роли в ассоциативной генной сети нарушений аутического спектра с помощью подходов ANDsystem
И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, О.В. Сайк, М.А. Янкина
[Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
|
|
РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ АВТОМАТИЧЕСКОГО ИЗВЛЕЧЕНИЯ ЗНАНИЙ ИЗ ТЕКСТОВ НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ БАЗЫ ЗНАНИЙ SOLANUM TUBEROSUM
О.В. САЙК, П.С. ДЕМЕНКОВ, Т.В. ИВАНИСЕНКО, Н.А. КОЛЧАНОВ, В.А. ИВАНИСЕНКО
[Сельскохозяйственная биология]
|
|
Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением
А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2016 |
Interactome of the hepatitis C virus: Literature mining with ANDSystem
Saik OV, Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
[VIRUS RES]
|
|
Molecular associations of Primary Open-Angle Glaucoma with potential comorbid diseases (POAG-associome)
Olga V Saik, Natalia A Konovalova, Pavel S Demenkov, Timofey V Ivanisenko, Evgeny D Petrovskiy, Nikita V Ivanisenko, Dinara E Ivanoshchuk, Maria N Ponomareva, Olga S Konovalova, Inna N. Lavrik, Nikolay A Kolchanov, Vladimir A Ivanisenko
[Biotecnología Aplicada]
|
|
Selection and validation of miRNAs as normalizers for profiling expression of microRNAs isolated from thyroid fine needle aspiration smears.
Titov SE, Demenkov PS, Ivanov MK, Malakhina ES, Poloz TL, Tsivlikova EV, Ganzha MS, Shevchenko SP, Gulyaeva LF, Kolesnikov NN
[ONCOL REP]
|
|
Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия процессов ответа клетки на механический стресс и нейронального апоптоза при первичной открытоугольной глаукоме
Сайк О.В., Коновалова Н.А., Деменков П.С., Иванисенко Н.В., Иванисенко Т.В., Иванощук Д.Е., Пономарева М.Н., Коновалова О.С., Подколодная О.А., Лаврик И.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Молекулярно-генетические механизмы регуляции процессов апоптоза белками вируса гепатита С.
Сайк О. В., Деменков П. С., Иванисенко Н. В., Иванисенко Т. В., Лаврик И. Н., Иванисенко В. А.
[Проблемы современной науки и образования]
|
| 2015 |
Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome)
Glotov AS, Tiys ES, Vashukova ES, Pakin VS, Demenkov PS, Saik OV, Ivanisenko TV, Arzhanova ON, Mozgovaya EV, Zainulina MS, Kolchanov NA, Baranov VS, Ivanisenko VA
[BMC SYST BIOL]
|
|
ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology
Vladimir A Ivanisenko, Olga V Saik, Nikita V Ivanisenko, Evgeny S Tiys, Timofey V Ivanisenko, Pavel S Demenkov and Nikolay A Kolchanov
[BMC SYST BIOL]
|
|
Computer analysis of protein functional sites projection on exon structure of genes in Metazoa.
Medvedeva I., Demenkov P., Ivanisenko V.
[BMC GENOMICS]
|
| 2014 |
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants
Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[PloS One]
|
|
Bioinformatics analysis of the genome of Geobacillus stearothermophilus 22 Strain isolated from the Garga hot spring, Baikal Region
Rozanov A.S., Ivanisenko T.V., Bryanskaya A.V., Shekhovtsov S.V., Logacheva M.D., Saik O.V., Malup T.K., Demenkov P.S., Goryachkovskaya T.N., Ivanisenko V.A., Peltek S.E.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Insights into pathophysiology of dystropy through the analysis of gene networks: an example of bronchial asthma and tuberculosis
Bragina Elena Yu, Evgeny S. Tiys, Maxim B. Freidin, Lada A. Koneva, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov, Valery P. Puzyrev
[IMMUNOGENETICS]
|
|
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2013 |
Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides.
Bragin AO, Demenkov PS, Kolchanov NA, Ivanisenko VA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ
Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко
[МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА]
|
|
Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets.
Sommer B., Kormeier B., Demenkov P., Arrigo P., Hippe K., Ates O., Kochetov A.V., Ivanisenko V., Kolchanov N.A., Hofestaedt R.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain.
Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Биоинформатический анализ генома штамма Geobacilus stearothermophilus 22, выделенного из горячего источника Гарга (Прибайкалье).
Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцев С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem
P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
[In Silico Biology]
|
|
Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins.
Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Protein Allergenicity Prediction on the Basis of Conformational Peptides
A. O. Bragin, P. S. Demenkov, and V. A. Ivanisenko
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Reconstruction of associative protein networks connected with processes of sodium exchange' regulation and sodium deposition in healthy volunteers by urine proteome analysis
Larina IM, Kolchanov NA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Demenkov PS, Tiĭs ES, Valeeva OA, Pastushkova LKh, Nikolaev EN
[Human Physiology]
|
|
SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes
Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания
Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Хофештадт Р., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ
Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Реконструкция ассоциативных белковых сетей, связанных с процессами регуляции обмена и депонирования натрия в организме здорового человека на основе изучения протеома мочи.
Ларина И.М., Колчанов Н.А., Доброхотов И.В., Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н.
[Физиология человека]
|
| 2011 |
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma
O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики
Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks
Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA
[RUSS J BIOORG CHEM+]
|
|
Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А.
[Биоорганическая химия]
|
|
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии
В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов
[Российские нанотехнологии]
|
|
Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах
А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2010 |
Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches
Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А.
[В мире научных открытий]
|
|
Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных
Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы
О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2009 |
Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена
Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях
П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко
[Вычислительные технологии]
|
| 2006 |
Prediction of the Changes in Thermodynamic Stability of Proteins Caused by Single Amino Acid Substitutions
Demenkov P.S., Aman E.E., Ivanisenko V.A.
[BIOPHYSICS]
|
| 2004 |
Обнаружение эмпирической аксиоматической теории в условиях шумов.
Деменков П.С.
[Вычислительные системы]
|
Монографии
| 2021 |
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Mukhin A. M., Kazantsev F.V., Klimenko A.I., Lakhova T.N., Demenkov P.S., Lashin S.A.
|
| 2019 |
Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins
Ivanisenko, V. A., Ivanisenko, T. V., Saik, O. V., Demenkov, P. S., Afonnikov, D. A. and Kolchanov, N. A.
|
| 2016 |
Создание малых химических соединений, направленно действующих на внешний путь апоптоза с помощью компьютерного моделирования и экспериментальных подходов.
И.Н. Лаврик, Л. Хиллерт, Н.В. Иванисенко, О.В. Попик, О.В. Сайк, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, Е.Д. Петровский, В.А. Иванисенко
|
| 2015 |
Молекулярное моделирование и создание малых химических соединений, направленных на регуляцию программируемой клеточной гибели, индуцируемой через клеточные рецепторы / отв. ред. И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
ИН Лаврик, Л Хиллерт, С Питкевич, НВ Иванисенко, ОВ Попик, ТВ Иванисенко, ПС Деменков, ЕД Петровский, ВА Иванисенко
|
| 2014 |
Text Mining on PubMed
Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko
|
| 2012 |
Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
|
| 2010 |
Visualization and Analysis of Biological Networks combining Text Mining and Data Warehouse Approaches
Björn Sommer, Evgeny S. Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian J. Janowski, Timofey V. Ivanisenko, Anatoly O. Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel S. Demenkov, Alexey V. Kochetov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov and Ralf Hofestädt
|
| 2008 |
Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А.
|
Конференции
| 2022 |
Data lake platform of the bacterial strain properties
for microbiology
Mukhin A., Demenkov P., Kazantsev F., Lakhova T., Klimenko A.,
Lashin S
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
On organizing a software platform for seeking
biotechnologically important features in bacteria
Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A.,
Kolchanov N
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2021 |
A feedback loop enrchment analysis in gene network of bronchial asthma and pulmonary tuberculosis interaction
Evgeny S. Tiys, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin , Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, and Sergey A. Lashin
[International Conference on Parallel Computing Technologies]
|
|
ВЫЯВЛЕНИЕ ГЕНОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ ОДНОВРЕМЕННО С ОЖИРЕНИЕМ И ЛИМФЕДЕМОЙ, С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Нимаев В.В.
[Международная научно-практическая конференция «Лимфология: от фундаментальных исследований к медицинским технологиям»]
|
| 2020 |
ANDDIGEST: A TEXT-MINING BASED COMPUTER SYSTEM FOR GENERATING DIGESTS IN THE FIELD OF BIOLOGY
IVANISENKO TIMOFEY, DEMENKOV PAVEL, IVANISENKO VLADIMIR, KOLCHANOV NIKOLAY
[BGRS/SB-2020. THE 12TH INTERNATIONAL MULTICONFERENCE]
|
|
Melatonin as a key regulator in molecular-genetic network of glucose variability related to circadian rhythm
Cайк О., Деменков П., Иванисенко В., Климонтов В.
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”,Symposium “Systems biology and biomedicine” (SbioMed-2020)]
|
|
Выявление злокачественных опухолей щитовидной железы в мазках с неопределенным цитологическим заключением с помощью молекулярного классификатора.
Титов СЕ, Иванов МК, Веряскина ЮА, Деменков ПС, Шевченко СП, Катанян ГА, Лукьянов СА.
[VI ПЕТЕРБУРГСКИЙ МЕЖДУНАРОДНЫЙ ОНКОЛОГИЧЕСКИЙ ФОРУМ "БЕЛЫЕ НОЧИ 2020»]
|
|
Выявление ключевых участников молекулярно-генетических сетей, ассоциированных с лимфедемой, с помощью биоинформатических методов
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Нимаев В.В.
[7-й съезд лимфологов России и 8-я международная научно-практическая конференция по клинической лимфологии "ЛИМФА-2020"]
|
| 2019 |
RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORKS BASED ON AUTOMATIC EXTRACTION OF KNOWLEDGE FROM SCIENTIFIC PUBLICATIONS, PATENTS AND DATABASES USING INTELLIGENCE METHODS
VA Ivanisenko, ES Tiys, TV Ivanisenko, PS Demenkov
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.]
|
|
НАСЛЕДУЕМЫЕ БАКТЕРИАЛЬНЫЕ СИМБИОНТЫ НАСЕКОМЫХ: РАЗНООБРАЗИЕ И ЭВОЛЮЦИЯ
Илинский Ю.Ю., Быков Р.А., Деменкова М.А., Юрлова Г.В., Деменков П.С., Брошков А.Д., Данилова М.В., Вяткин Ю.В.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.]
|
| 2018 |
Поиск генов, потенциально ассоциированных с лимфедемой, из числа генов, вовлеченных в эндотелиальный апоптоз, с использованием анализа ассоциативных генных сетей ANDSYSTEM
Сайк О.В., Нимаев В.В., Усмонов Д.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[XIII международная научно-практическая конференция «Лимфология: от фундаментальных исследований к медицинским технологиям»]
|
|
Analysis of Programmed Cell Death in Associative Gene Network of Glaucoma Reconstructed Using ANDSystem
O.V. Saik, P.S. Demenkov, O.S. Konovalova, N.A. Konovalova, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2018]
|
|
Comparison of quality of automated gene network reconstruction
using connectivity of random and functional networks
Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)]
|
|
ПРОВЕРКА ВЫПОЛНЕНИЯ СВОЙСТВА ТРАНЗИТИВНОСТИ В ФРЕЙМОВЫХ МОДЕЛЯХ, ОПИСЫВАЮЩИХ СВЯЗЬ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ РЕГУЛЯЦИИ МЕТАБОЛИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ С ЗАБОЛЕВАНИЯМИ
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[Международная научно-практическая конференция «Экспериментальные и теоретические исследования в современной науке»]
|
| 2017 |
ANDSystem: a tool for automated literature mining in the field of biology
Ivanisenko V.A., Saik O.V., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S.
[Международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития"]
|
|
Реконструкция генных сетей, ассоциированных с первичной открытоугольной глаукомой с помощью системы ANDSystem.
Сайк О.В., Деменков П.С., Коновалова Н.А., Коновалова О.С., Иванисенко В.А.
[Беляевские чтения: Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Сахарный диабет в эпоху «омиксных технологий»
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[II Междисциплинарная конференция "Сахарный диабет-2017: от мониторинга к управлению"]
|
| 2016 |
AIMEDICA - INTELLIGENT SYSTEM FOR DISEASE DIAGNOSTICS BASED ON TEXT-MINING ANALYSIS OF SCIENTIFIC PUBLICATIONS AND DIFFERENT MEDICAL DATA SOURCES
O.V. Saik, P.S. Demenkov, A.V. Starkov, T.V. Ivanisenko, E.V, Gaisler, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2016]
|
|
ANDSystem: система автоматического извлечения знаний и интеграции омиксных данных.
В.А. Иванисенко, О.В. Сайк, Н.В. Иванисенко, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
[V СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ и V СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ]
|
|
ASSOCIATIVE NETWORKS OF GLAUCOMA AND APOPTOSIS
O.V. Saik, P.S. Demenkov, O.S. Konovalova, M.N. Ponomareva, N.A. Konovalova, N.A. Kolchanov, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2016]
|
|
How are protein functional sites encoded by exon structure in Metazoas
Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[SocBin Bioinformatics 2016]
|
|
Reconstruction of molecular-genetic networks common for Alzheimer's disease
O.V. Saik, V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.I. Rogaev
[BGRS\SB-2016]
|
|
SEARCH FOR GENE MUTATIONS THAT CAN POTENTIALLY AFFECT THE SUSCEPTIBILITY TO TUBERCULOSIS
O.V. Saik, P.S. Demenkov, E.U. Bragina, M. Freidin, A. El-Seedy, R. Hofestaedt, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2016]
|
| 2015 |
Применение методов анализа текстов для построения онтологий
Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А.
["Знания-Онтологии-Теории" 2015]
|
|
Автоматический анализ текстов в задачах биологии и медицины
Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А.
[Форум – 2015: «Big Data в медицине: лучшие практики»]
|
|
ANDSystem: automated literature mining and protein interactome networks reconstruction
Saik O.V., Demenkov P.S., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[VII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»]
|
|
Promedia a database containing frame models of genetic regulation of the enzymatic processes associated with diseases
Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
[VII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»]
|
|
Контекстный анализ научных публикаций по биологии и извлечение знаний
В. А. Иванисенко, Т.В. Иванисенко, П. С. Деменков, О.В. Сайк
[Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)]
|
|
“Application of ANDSystem for the reconstruction and analysis of molecular-genetics networks, associated with diseases and phenotypic traits” (“Применение ANDSystem для реконструкции и анализа молекулярно-генетических сетей, связанных с фенотипическими признаками и развитием заболеваний”)
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, Е.С. Тийс, В.А. Иванисенко.
[СИМБИОЗ – РОССИЯ 2015 (VIII Всероссийский с международным участием Конгресс молодых ученых-биологов)]
|
| 2014 |
Computer analysis of expression level of allergen-coding genes of pathogenic microorganisms
Bragin A.O.,Sokolov V.S., Demenkov P.S., Matushkin Yu.G., Ivanisenko V.A.
[BGRS\SB-2014]
|
|
ANDSystem: associative network discovery system for automated literature mining in the area of biology
V.A. Ivanisenko, O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
|
|
ANDSystem: automated literature mining and interactome networks reconstruction in the area of biology
O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
[HUPO2014 the 13th World Congress of the Human Proteome Organization]
|
|
Database of frame models of genetic regulation of the metabolic processes associated with diseases
O.V.Saik, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[Девятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры генома и системной биологии [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]]
|
|
Mathematical model for subgenomic Hepatitis C Virus replication: impact of drug resistance emergence on long-term kinetics of NS3 protease inhibitors action
Ivanisenko N., Mishchenko E., Akberdin I., Demenkov P., Kozlov K., Todorov D., Gursky V.V., Samsonova M.G., Samsonov A.M., Clausznitzer D., Kaderali L., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
Promedia — база данных, интегрирующая информацию о молекулярно-генетических путях, в которых участвуют летучие соединения – потенциальные биомаркеры заболеваний, имеющие значение для неинвазивной диагностики
Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин М.П., Иванисенко В.А.
[8-я Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА 2014»]
|
|
RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORKS SPECIFIC TO TARGET BIOLOGICAL PROCESSES AND PHENOTYPIC TRAITS
E.S. Tiys, P.S. Demenkov, O.V. Saik, O.V. Popik, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2014]
|
|
The Сompilation of Human Gene Networks Controlling Feeding Behavior and Thermoregulation
E.V. Ignatieva, O.V.Saik, O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, P.S. Demenkov, E.S. Tiys, E.A. Oshchepkova, E.A. Ananko, N.V. Ivanisenko, O.V. Popik, N.L. Podkolodny, V.A. Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, E.I. Rogaev
[The first international scientific conference "Science of the Future"]
|
|
Using ANDSystem for automated literature mining and protein interactome networks reconstruction
O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, L.H. Pastushkova, I.M. Larina, E.N. Nikolaev, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
[HUPO2014 the 13th World Congress of the Human Proteome Organization]
|
|
К ПРОБЛЕМЕ ДИСТРОПИИ: ТУБЕРКУЛЕЗ И БРОНХИАЛЬНАЯ АСТМА
ЕЮ Брагина, ЕС Тийс, МБ Фрейдин, ЛА Конева, ВА Иванисенко, ПС Деменков, НА Колчанов, ВП Пузырёв
[ГЕНЕТИКА ЧЕЛОВЕКА И ПАТОЛОГИЯ Проблемы эволюционной медицины]
|
| 2013 |
Analysis of RNAseq digital gene expression for expanding disease “associome” reconstructed based on information stored in databases
Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
[Международная конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", Новосибирск, 2013.]
|
|
Analysis of hepatitis C associative networks
Saik O.V., Demenkov P.S., Tiys E.S., Ivanisenko V.A.
[Международная научная конференция "Влияние научных исследований/ Wplyw badan naukowych", Быдгощ, 2013]
|
|
Reconstruction of squamous cell carcinoma “associome” based on analysis of differential gene expression according to RNAseq data and information stored in databases
O.V. Saik, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[Школа молодых ученых "Системная биология и биоинформатика", Новосибирск, 2013.]
|
| 2012 |
A stochastic model for suppression of subgenomic hepatitis C virus replication in Huh-7 cells.
N.V. Ivanisenko, E.L. Mishchenko, I.R. Akberdin, P.S. Demenkov, V.A. Likhoshvai, M.G. Samsonova, D. Clausznitzer, L. Kaderali, N.A. Kolchanov and V.A. Ivanisenko
[Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"]
|
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
Assembly of genomes. Analysis of metagenomic data.
Demenkov P.S., Ivanisenko T.V, Ivanisenko V.A.
[Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
Text- and Datamining for biological network analysis
Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A.
[Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
APPLICATION OF CONFORMATIONAL PEPTIDES FOR ANALYSIS OF ALLERGENIC PROTEINS
A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[PTB 2012]
|
|
Application of conformational peptides for analysis of allergenic proteins
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[BGRS-2012]
|
|
Application of the ANDVisio computer system to the interpretation of biological functions of proteins, differentially expressed in bronchoalveolar lavage of mice after a one-time intranasal administration of SiO2 nanoparticles.
E.V. Ignatieva, V.A. Ivanisenko, E.S. Tiys, P.S. Demenkov, M.P. Moshkin, S.E. Peltek.
[The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)]
|
|
Associative network discovery system (ANDSystem): automated literature mining tool for extracting relationships between diseases, pathways, proteins, genes, microRNAs and metabolites
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, E.S. Tiys
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012]
|
|
Datamining and biological networks
P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko
[IB-PAS 2012]
|
|
INFLUENCES OF PROTEIN FUNCTIONAL SITES ENCODING
I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, Ivanisenko V. A.
[BGRS-2012]
|
|
Promedia — база данных белков, генов, метаболитов, молекулярно-генетических путей, имеющих значение для разработки средств диагностики и лечения заболеваний
Сайк Ольга Владимировна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[II Российский конгресс с международным участием «Молекулярные основы клинической медицины – возможное и реальное»]
|
|
Reconstruction of the associative genetic networks based on integration of automated text-mining methods and protein-ligand interaction prediction
T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012]
|
|
SUPPRESSION OF SUBGENOMIC HCV RNA BY NS3 PROTEASE ANTIVIRALS IN CELLS: A BASIC STOCHASTIC MATHEMATICAL MODEL
Ivanisenko N.V., Mishchenko E.L., Akberdin I.R., Demenkov P.S., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем
Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А.
[XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)]
|
|
Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей
Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Боровский В.Г., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А.
[XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)]
|
| 2011 |
Компьютерная протеомика: от метагенома к метопротеому
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С.
[Рабочее совещание "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике"]
|
|
Analysis of protein functional sites encoding features
Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
Analysis of protein functional sites encoding features
Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[ISMB/ECCB 2011]
|
|
Biological literature mining. Application of associative network discovery system in systems biology
Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A.
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
Database of metabolites, enzymes, transcription factors associated with diseases
Olga Saik, Vladimir Ivanisenko, Pavel Demenkov
[RCIBC, Новосибирск, 2011]
|
|
PROMEDIA – база данных химических соединений потенциальных биомаркеров заболеваний
Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич
[Interra, секция биоинформатика и системная биология, Новосибирск, 2011]
|
|
The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011
Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
VISUALIZATION AND ANALYSIS OF A CARDIO VASCULAR DISEASE-RELATED BIOLOGICAL NETWORK COMBINING TEXT MINING AND DATA WAREHOUSE APPROACHES
Ralf Hofestädt, Björn Sommer, Evgeny Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian Janowski, Timofey Ivanisenko, Anatoly Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel Demenkov, Alexey Kochetov, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011]
|
|
Автоматическая реконструкция ассоциативных генных сетей на примере анализа протеома мочи
Тийс Е.С., Деменков П.С., Доброхотов И.В., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н., Ларина И.М., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.]
|
|
Анализ текстов (Text-mining) и ассоциативные сети в области молекулярной биологии
Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
|
|
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.]
|
|
Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков.
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”]
|
|
Метагеном озера «Кротовья ляга»
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Розанов А.С., Брянская А.В., Кострюкова Е.С., Левицкий С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М., Колчанов Н.А.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
|
|
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
[Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"]
|
|
Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л.
[Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»]
|
|
Создание базы данных летучих соединений, потенциальных маркеров заболеваний
Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич
[Interra, секция биомедицина, Новосибирск, 2011]
|
| 2010 |
A computer analysis of functional relationships between genes associated with multifactorial diseases: pre-eclampsia as an example
E. Tiys, P. Demenkov, E. Vashukova, A. Glotov, V. Ivanisenko
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
ANDCell and ANDNanobiotech: Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.L. Podkolodny
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Analisys of human proteome based on protein stability to mutations
P.S. Demenkov, O.A. Korepanova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Computer Sytem SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure
Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А.
[The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology", Novosibirsk, Russia, 28-29 June 2010]
|
|
Computer analysis of conformational peptides in protein families
Bragin A.O., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A
[summer school and workshop Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation – 2010]
|
|
Computer analysis of conformationalpeptides in protein families
A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Computer analysis of conformationalpeptides in protein families
A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
Computer system SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure
I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
ITMSys: An interactive web-based text-mining system for automated analysis of the full-text articles
Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A.
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Microbial metagenome annotation with bioinformatics and computational systems biology methods
Ivanisenko, Demenkov, Pintus, Ivanisenko, Goncharova, Kostjukova, Levitski, Selezneva, .... Kolchanov
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Reconstruction of molecular genetic networks: text mining as a tool for knowledge discovery
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko
[Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India]
|
|
The nanobiotechnology database
V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ИМЕЮЩИХ ПОТЕНЦИАЛЬНОЕ ЗНАЧЕНИЕ ДЛЯ НЕИНВАЗИВНОЙ ДИАГНОСТИКИ ЗАБОЛЕВАНИЙ
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко
[II Всероссийская научная конференция с международным участием "Научное творчество ХХI века"]
|
|
БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ БИОМАРКЕРОВ ЗАБОЛЕВАНИЙ
О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко
[Десятая всероссийская научно-практическая конференция «Интеллектуальный потенциал ученых России»]
|
|
Компьютерный анализ метагеномных данных: предсказание количественной величины специфической активности белков
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Иванисенко Т.В., Гончарова Н.И., Розанов А., Брянская А., Кострюкова Е.С., Левитский С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
|
|
Разработка базы данных химических соединений - потенциальных маркеров заболеваний
Иванисенко В.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин П.М.
[XVII Российский национальный конгресс "Человек и лекарство"., Москва, 16 апреля 2010 г.]
|
| 2009 |
ANDCell and ANDNanobiotech: associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology
Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko
[Proceedings of the German-Russian Forum Biotechnology GRFB’09, 2009]
|
|
Автоматическая экстракция знаний из научных публикаций в области системной биологии и нанобиотехнологии
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
[IV Петербургская встреча Нобелевских лауреатов. С.-Петербург. 21-25 сентября 2009г]
|
|
Информационная система ANDCell-ANDVisio для построения ассоциативных сетей в области молекулярной биологии
Деменков П. С., Яркова Е. Э., Иванисенко В. А.
[Седьмая международная конференция памяти академика А.П. Ершова. Рабочий семинар "Наукоемкое программное обеспечение" 15-19 июня 2009. Новосибирск]
|
|
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Подколодный Н.Л.
[Конференция "Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии", 10 – 14 июня 2009 г., Новосибирск]
|
|
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining
Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
[Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития”]
|
| 2008 |
ANDCell: a tool for automated knowledge extraction from PubMed and reconstruction of association networks
Ivanisenko V.A., Yarkova E.E., Demenkov P.S., Kochetov A.V.
[Proceedings of the 5th International Symposium on Integrative Bioinformatics. P 327, 20-22 August 2008, Germany]
|
|
Andcell: a computer system for automated extraction of knowledge about molecular genetic interactions and regulations from pubmed abstracts and their representation as semantic association networks
Vladimir A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Drug targets discovery with text-mining and bioinformatics approaches: ANDCell and PDBSiteScan tools
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E.
[Joint Indo-Russian Workshop "Systems Biology and Genome Informatics of M. tuberculosis and other infectious diseases" October 12-14, 2008. Novosibirsk]
|
|
Knowledge discovery for biotechnology, biomedicine and nanobioengineering using text- and data-mining
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Yarkova E.E.
[Russian-Polich Symposium "Perspectives of post-genomic biotechnology" in the frames of jubilee celebrations on 50 –anniversary of cooperation between the Russian and Polish Academies of Sciences, October 15-17, 2008, Moscow]
|
|
Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration
Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Protein connectivity in molecular-genetic networks depends on protein susceptibility to single mutations
Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
| 2007 |
Analysis of Distribution of Protein Functional Sites on Gene Structure
Medvedeva I. V., Demenkov P. S., Ivanisenko V. A., and Kolchanov N. A.
[2007 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BIOCOMP'07: June 25-28, 2007)]
|
|
Associative Network Discovery (AND) – компьютерная система для автоматической реконструкции ассоциативных сетей молекулярно-генетических взаимодействий
Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A.
[VI Всероссийской научно – практической конференции AS’2007 (СИСТЕМЫ АВТОМАТИЗАЦИИ в образовании, науке и производстве)]
|
|
Associative network and protein structure discovery: a software complex for facilitating search of targets for drugs, drug design, and evaluation of molecular toxicity
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Aman E.E., S.S. Pintus S.S., Kolchanov N.A.
[3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia]
|
|
Associative network discovery (AND) – Software package for automated reconstruction of molecular-genetic association networks
Aman E.E., Demenkov P.S., Nemiatov A., Ivanisenko V.A.
[3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia]
|
|
Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations
P.S. Demenkov
[8th Meeting German / Russian Virtual Network on Computational Systems Biology 5th and 6th November 2007]
|
|
Structure discovery – computer tools for protein analysis and search of drug target
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.E. Aman, S.S. Pintus, E.S. Fomin.
[The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года]
|
|
Textomics: the instrument for biological knowledge discovery
E.E. Aman, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[The Fifth Moscow International Congress "Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development" 14-18 марта 2007 года]
|
| 2006 |
Analysis of the tertiary structure of the PPAR and RXR transcriptional factors and their mutant variants
Aman E.E., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology
N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko
[Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006]
|
|
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks
Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks.
Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
|
|
FASTPROT: A computtational workbench for analysis of function, activity and structure of protein
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Korotkov R.O., Aman E.E., Pintus S.S., Startcev K.S., Tatarnikova L.Yu., Panina I.I., Sobolev A.A., Selenev I.V., Elohov V.J., Golovina A.N., Aknazarov Z.I., Sharonova I.V., Krestianova M.A., etc.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Prediction in changes of protein thermodynamic stability upon single mutations
Demenkov P.S, Ivanisenko V.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков.
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г.
[International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.]
|
| 2005 |
Discrete Modeling of Structure Preserving Mutations in Proteins
Pavel S. Demenkov, Evgeny Y. Kharlamov
[9-th Asian Logic Conference]
|
| 2004 |
PDBSITE, PDBLIGAND and PDBSITESCAN: a computational workbench for the recognition of the structural and functional determinants in protein tertiary structures combined with protein draft docking
Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Krestyanova M.A., Demenkov P.S., Znobisheva E.K., Ivanov E.E., Grigorovich D.A.
[2. Fourth Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
Разработка логико-вероятностной модели белков, определяющей структурную ограниченность белков
Деменков П.С.
[42-я МНСК «Студент и научно-технический прогресс»]
|
| 2003 |
Emperical Theory Discovery.
Деменков П.С., Витяев Е.Е.
[Вероятностные Идеи в Науке и Философии]
|
Гранты
| 2019 |
Эволюция эндосимбиотической бактерии Wolbachia и закономерность распространения симбионта среди насекомых
Илинский Юрий Юрьевич, Быков Роман Андреевич, Деменкова Мария Александровна, Деменков Павел Сергеевич, Юрлова Галина Васильевна, Вяткин Юрий Викторович
|
| 2013 |
Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Колчанов Николай Александрович, Подколодный Николай Леонтьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Брызгалов Леонид Олегович, Рассказов Дмитрий Александрович, Васькин Юрий Юрьевич, Данилова Юлия
|
| 2012 |
Изучение механизмов функционирования репликона вируса гепатита C в клетке хозяина методами системной биологии
Самсонова Мария Георгиевна, Тодоров Дмитрий Игоревич, Березин Сергей Васильевич, Гурский Виталий Валериевич, Мясникова Екатерина Марковна, Суркова Светлана Юрьевна, Козлов Константин Николаевич, Акбердин Илья Ринатович, Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Н.В., Иванисенко Тимофей Владимирович, Медведева Ирина Вадимовна, Мищенко Елена Леонидовна, Сайк Ольга Владимировна, Тийс Евгений Сергеевич
|
|
Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ"
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Деменков Павел Сергеевич, Рассказов Дмитрий Александрович, Подколодная Наталья Николаевна, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Лашин Сергей Александрович, Суслов Валентин Владимирович
|
| 2011 |
Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега
Колчанов Николай Александрович, Акбердин Илья Ринатович , Деменков Павел Сергеевич, Зубаирова Ульяна Станиславовна, Николаев Сергей Васильевич, Пененко Алексей Владимирович, Смаль Павел Александрович, Турнаев Игорь Иванович
|
|
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович
|
| 2010 |
EU-FP7 Research Project SysPatho
Акбердин И.Р., Мищенко Е.Л., Иванисенко Н.В., Деменков П.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Колчанова Н.А.
|
|
Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Медведева И.В., Тийс Е.С., Брагин А.О., Игнатьева Е.В., Ананько Е.В., Мищенко Е.Л., Сайл О.В.
|
| 2009 |
Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов
Колчанов Н.А., Подколодный Н.Л., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Медведева И.В., Тийс Е.С., Брагин А.О., Игнатьева Е.В., Ананько Е.В., Подколодная Н.Н., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М.
|
| 2008 |
Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии
В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов
|
| 2005 |
Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков
Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Григорович Дмитрий Александрович,Деменков Павел Сергеевич,Морозов Александр Валерьевич, Николаев Сергей Васильевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Титов Игорь Иванович, Ефремов Роман Гербертович, Пырков Тимофей Владимирович
|
Научное руководство
| 2011 |
Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных мутациях аминокислот
[Корепанова Ольга Александровна]
|
Учебные курсы
| 2015 |
Информационные технологии в биологии
Деменков Павел Сергеевич
|
| 2011 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
| 2010 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
|
Методы анализа биологических данных
|
| 2009 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
| 2008 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
| 2007 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
| 2006 |
Структурная компьютерная биология, лекции.
|
Патенты
| 2023 |
Программа для предсказания взаимодействий между вершинами ассоциативной сети (ЭНДИнтерПредикт) / A program for predicting interactions between vertices of an associative network (ANDInterPredict)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
|
Программа для генерации обучающих выборок, предназначенных для глубокого машинного обучения графовых нейронных сетей (ЭНДТрэйнингСет) / A program for generating training sets for deep machine learning of graph neural networks (ANDTrainingSet)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
|
Программа для обучения графовой нейронной сети предсказанию ассоциативных связей между вершинами графа (ЭНДИнтерКоммон) / A program for deep machine learning of a graph neural network to predict associative interactions between vertices of a graph (ANDInterCommon)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
| 2022 |
Способ определения индивидуального риска формирования плоскоклеточного рака легкого на основе анализа микробиома мокроты
Дружинин В.Г., Минина В.И., Баранова Е.Д., Волобаев В.П., Мацкова Л.В., Деменков П.С., Ларионов А.В., Баканова М.Л.
|
|
Компьютерная программа генерации обучающих выборок для машинного обучения моделей классификации имён биологических объектов в неструктурированных текстах (ЭНДГен) / Computer program of the generating of learning sets for the training of models aimed on the classification of names of biological objects in unstructured texts (ANDGen)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
|
Программа для обучения моделей классификации имён биологических объектов в размеченных текстах, на основе контекста (ЭНДТрэин) / A program for training of classification models for the classification of names of biological entities in the pre-mapped texts, on the basis of their context (ANDTrain)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
|
Программа оценки точности разметки коротких имён биологических объектов в неструктурированных текстах на английском языке (ЭНДПред) / The program for assessing the accuracy of mapped short names of biological objects in the unstructured english texts (ANDPred)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
| 2021 |
Программа для расчета значений совстречаемости пар биологических объектов из онтологии ЭНДСистем в текстах рефератов научных публикаций (ЭНДМатч) / Program for pairwise scoring of co-occurrences between biological objects from the ontology of ANDSystem in the unstructured texts of abstracts of scientific publications (ANDMatch)
Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Тимофей Владимирович
|
|
Биотехнологически значимые штаммы бактерий (МикроБиотех) / Biotechnologically significant strains of bacteria (MicroBiotech)
Мухин А.М., Лахова Т.Н., Клименко А.И., Казанцев Ф.В., Деменков П.С., Лашин С.А.
|
| 2020 |
База данных дайджестов научных публикаций в области биологии (ЭНДДайджестДБ) / Database of digests of scientific literature in the field of biology (ANDDigestDB)
Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
|
Программный комплекс для управления веб ресурсом автоматической генерации дайджестов научных публикаций в области биологии (ЭНДДайджест) / Software package for the management of the web-based portal for the automated generation of digests of scientific publications in the field of biology (ANDDigest)
Иванисенко ТВ, Деменков ПС, Иванисенко ВА
|
| 2019 |
Программа для оценки обогащённости функциональными взаимодействиями экспериментальных наборов генов (ФанДжинНет)/Program to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets (FunGeneNet)
Тийс Евгений Сергеевич, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Тимофей Владимирович, Иванисенко Владимир Александрович
|
| 2013 |
Позиции аминокислот функциональных сайтов белков в экзонной структуре кодирующих генов (СайтЭкс)/Protein functional sites positions in exon structure of the coding genes (SitEx)
Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
|
| 2012 |
Интегрированная база данных молекулярно-генетических систем (МГСБаза)/Integrated molecular genetic systems database (MGSBase)
Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А.
|
|
Программа для предсказания аллергенности белков с использованием конформационных пептидов (Аллпред)/ Program for the prediction of allergenicity of proteins using conformation peptides (Allpred)
Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич,Иванисенко Владимир Александрович
|
| 2010 |
Программа для классификации биологических текстов на английском языке (БиоТекстКласс) / The program for classification of biological texts in English (BioTextClass)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В.
|
|
База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
|
|
База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
|
| 2008 |
База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э.
|
|
Программа для реконструкции, визуализации и анализа ассоциативных сетей (ЭНДВизио)/Program for reconstruction, visualization and analyze associative networks (ANDVisio)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Яркова Е.Э.
|
Диссертации
| 2008 |
Математическое и программное обеспечение для реконструкции ассоциативных сетей молекулярно-генетических взаимодействий
[Кандидат]
|
| 2005 |
Построение логико-вероятностной модели, определяющей структурно разрешенные замены в белках.
[Магистр]
|
| 2003 |
Обнаружение эмпирической аксиоматической теории в условиях шумов.
[Бакалавр]
|
|
|
