1.     Основное направление исследований 

Изучение структурно-функциональной организации белков

2.     Задачи, решаемые в рамках базового бюджетного проекта на данном этапе:

В рамках проекта VI.61.1.2. «Компьютерно-экспериментальное исследование и моделирование структурно-функциональной организации и эволюции генных сетей многоклеточных и одноклеточных организмов» решаются задачи по направлению компьютерный анализ и моделирование структурно-функциональной организации белков, включая:

(1) совершенствование существующих и разработка новых алгоритмов компьютерной структурно-функциональной аннотации белков (методы молекулярного моделирования, методы предсказания сайтов связывания малых химических соединений, сайтов белок-белок взаимодействий, активных центров и методы предсказания термодинамической стабильности белков);

(2) исследование взаимосвязи между структурой белков и их функциональными, аллергенными и иммуногенными свойствами на основе анализа конформационных пептидов, моделирующих белковые молекулярные поверхности;

(3) изучение закономерностей структурной организации функциональных сайтов белков;

(4) анализ закономерностей структурной организации ассоциативных сетей белок-белок взаимодействий, связанных с заданной клеточной/системной функцией, биологическим процессом или заболеванием;

(5) разработка новых подходов для поиска фармакологических мишеней и дизайна молекулярных соединений – кандидатов для лекарственных препаратов и проведение, на этой основе, компьютерного дизайна/скрининга ряда химических соединений, обладающих потенциальным противовирусным и антибактериальным действием;

(6) изучение влияния мутаций на изменение термостабильности белков, функционирующих в составе изучаемых генных сетей, с использованием методов молекулярной динамики.

(7) создание интегрированных информационных хранилищ данных по структуре, функции и эволюции белков. С помощью интегрированных подходов будет проводиться анализ метапротеомов бактериальных сообществ.

3.     Прикладные разработки

Разработана программно-информационная система Protein Structure Discovery (Иванисенко и др., 2011), предназначенная для решения широкого круга задач компьютерной протеомики, включая предсказание функции, структуры и иммунологических свойств белков. Специально созданный раздел системы позволяет оценивать количественные и качественные эффекты мутаций на структурные и функциональные свойства белков.

Всего в систему интегрировано более 20 различных программ, в том числе база данных PDBSite (Ivanisenko et al, 2005), содержащая информацию о пространственных структурах более 100000 функциональных сайтов белков, программа распознования функциональных сайтов в пространственных структурах белков PDBSiteScan (Ivanisenko et al, 2004), программа количественного анализа взаимосвязи структура-активность белков WebProAnalyst (Ivanisenko et al, 2005), система SitEx (Medvedeva et, al, 2012), предназначенная для решения задач по анализу соотношения экзон-интронной структуры генов и структурно-функциональной организации, кодируемых ими белков; программа Allpred (Bragin et al, 2013), предназначенная для предсказания аллергенности белков с использованием конформационных пептидов и другие.

Protein Structure Discovery имеет Вэб-интерфейс и доступна пользователям через Интернет (http://www-bionet.sscc.ru/psd).

4.     Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет. Общий объем текста на одну лабораторию (сектор) – не более 4000 знаков с пробелами, количество иллюстраций с подписями: от одной до – пяти. Рекомендуется, чтобы общий объем текста с иллюстрациями не занимал более 5 страниц в формате Word (для текста шрифт Nimes New Roman, фонт № 12, через 1 интервал).

1) Разработана компьютерная система ANDSystem автоматического анализа текстов научных публикаций и баз данных (Demenkov et al, 2011). Система содержит модуль извлечения знаний из текстов и баз данных, базу знаний ANDCell и программу ANDVisio, обеспечивающую доступ к базе знаний и визуализацию ассоциативных генных сетей (рис. 1). Система позволяет автоматически извлекать из текстов информацию о широком круге взаимодействий и взаимоотношений между белками, генами, микроРНК, метаболитами, болезнями и биологическими процессами, включая физические взаимодействия, регуляторные отношения, транспорт и др.

Рисунок 1. Схематичное представление системы ANDSystem автоматического извлечения знаний из текстов научных публикаций и биологических баз данных.

2) Найден гипотетический рецепторный домен служащий рецептором для проникновения прионов и вирусов в клетку (Малыгин и др. 2009). Проведено компьютерное моделирование пространственной структуры ламининсвязывающего белка человека (LBP). Показано, что разрывные участки последовательности C-концевого домена LBP, взаимодействующие с гликопротеином Е вируса венесуэльского энцефалита лошадей (VEE) и вируса клещевого энцефалита (TBE), оказываются сближенными в пространственной структуре и образуют рецепторный домен. Кроме того, анализ показал, что данный домен служит рецептором для проникновения прионов в клетку, таким образом, существует общий путь проникновения для вирусов и прионов (рис. 2).

3) Компьютерный анализ белка PII Mycobacterium tuberculosis, являющегося важнейшим регулятором метаболизма азота, сигнальной трансдукции и мембранного транспорта в микобактерии, проведенный с использованием программы PDBSiteScan и молекулярной динамики, выявил в данном белке сайты связывания 2-кетоглютората (рис. 3). Молекулярное моделирование показало, что связывание 2-кетоглютората приводит к перестройке белка PII и повышению его сродства к АТФ. Экспериментальная проверка на приборе BIOCORE подтвердила результаты компьютерного анализа (Bandyopadhyay et al., The Journal of Biochemistry, 2010). Таким образом, показано, что 2-кетоглюторат действует как аллостерический регулятор связывания PII с ATФ.

Рисунок 3. Графическое изображение фрагмента модели пространственной структуры белка PII в комплексе с АТФ и 2-кетоглютарат.

4) На основе анализа экспериментальных данных протеомных исследований, полученных в Институте физико-химической медицины (Москва) проведена реконструкция и анализ сетей молекулярно-генетических взаимодействий белков Helicobacter pylori, дифференциально экспрессирующихся в различных штаммах, выделенных у пациентов с хроническими гастритами и опухолями желудка (рис. 4). Показано, что различия в экспрессии белков H. pylori могут быть связаны с адаптацией этого микроорганизма к различным условиям внешней среды, обусловленными морфологическими отличиями различных участков желудка, подверженных гистологическим и морфологическим изменениям в ходе патологических процессов (Momynaliev et al, 2010). Для реконструкции ассоциативных сетей использовалась система автоматического анализа текстов научных публикаций и баз данных ANDSystem.

Рисунок 4. Ассоциативные сети взаимосвязанных белков H. pylori, идентифицированных в протеомных экспериментах, построенные с использованием системы автоматического анализа научных текстов ANDSystem.

5) С использованием компьютерной системы ANDSystem проведена реконструкция и анализ ассоциативной сети, описывающей потенциальные молекулярные механизмы взаимосвязи миопии и открытоугольной глаукомы (Подколодная и др., 2010). Показано, что ассоциативная сеть содержит более 200 различных генов, ассоциированных с этими заболеваниями, и более чем 2000 молекулярно-генетических взаимодействий между данными генами. Редукция сети и дальнейший анализ представленных в ней молекулярно-генетических путей позволили выявить ряд потенциальных генов-кандидатов для генотипирования одновременно миопии и открытоугольной глаукомы (рис. 5).

А

Б

В

Рисунок 5. Молекулярно-генетические пути, ассоциированные с открытоугольной глаукомой и миопией. (А) Наиболее значимые взаимодействия между генами и белками человека, ассоциированными с открытоугольной глаукомой и миопией; (Б) пути, направленные от миопии к глаукоме; (В) пути, с нечетко определенным типом и направлением взаимодействий.

6) Разработан (совместно с Институтом физико-химической биологии ФМБА) новый подход к поиску белков, перспективных для биотехнологии (Иванисенко и др., 2012). Подход основан на параллельном высокопроизводительном секвенировании метагеномов и компьютерном анализе: сборке коротких секвенированных фрагментов в протяженные геномные последовательности (контиги); поиске в них открытых рамок считывания; функциональной классификации кодируемых ими ферментов и предсказании количественных величин их функциональной активности. На основе анализа результатов секвенирования метагенома микробных сообществ озера «Кротовья ляга», выполненного на платформе SOLiD, идентифицирован белок гликозидаза (фермент деградации целлюлозы) с высокой функциональной активностью (рис. 6).

Рисунок 6. Новый подход к поиску белков, перспективных для биотехнологии, основанный на параллельном высокопроизводительном секвенировании метагеномов и компьютерном анализе. (а) Озеро «Кротовья ляга» - источник генетического материала для метагеномного секвенирования микробных сообществ; (б) распределение длин нуклеотидных последовательностей, собранных в контиги; (в) фрагмент множественного выравнивания белковых последовательностей, потенциальных гликозидаз, кодируемых открытыми рамками считывания; (г) предсказание значения количественной величины константы Михаэлиса для потенциальной гликозидазы в реакции расщепления целлобиозы; (д) реконструированная модель пространственной структуры гликозидазы, обладающей повышенной активностью расщепления целлобиозы.

7) Предсказана мишень действия соединения NIH415032 (рис. 7), обладающего согласно экспериментальным данным противотуберкулезной активностью (Gahoi et al, 2013). С использованием программы PDBSiteScan и методов виртуального скрининга показано, что миколилтрансфераза (антиген 85) M. tuberculosis, один из ключевых ферментов, участвующих в биосинтезе микобатериальных клеточных стенок, является потенциальной мишенью для соединения NIH415032, для которого ранее было показана противотуберкулезная активность, но мишень его действия была не известна (Gahoi et al, 2013).

8) С помощью программы предсказания функциональных сайтов в пространственных структур белков PDBSiteScan и методов молекулярной динамики изучен структурный эффект действия мутации Gly245-Сys в ДНК-связывающем домене белка p53, ассоциированной с наследственной предрасположенностью к раку (синдром Ли-Фраумени). Показано, что мутация приводит к появлению нового сайта связывания иона цинка в непосредственной близости с существующим цинк-связывающим сайтом (рис. 8). Смещение иона цинка в данный сайт ведет к существенным конформационным перестройкам белка, что может обуславливать нарушения его функций (Pintus et al, 2013).

Рисунок 8. Графическое изображение фрагмента пространственной структуры ДНК-связывающего домена белка p53, в котором согласно расчетам в результате мутации Gly245-Сys возникает новый цинк-связывающий сайт.

5.     Задачи, планируемые на перспективу: формулировки должны содержать как фундаментальные научные задачи, так и возможную прикладную направленность исследований в подразделении.

Белки представляют собой важнейшую компоненту ГС. Наряду со структурными, каталитическими, транспортными функциями, белки в ГС выполняют важнейшие регуляторные функции: контролируют экспрессию генов, обеспечивают формирование сетей белок-белковых, РНК/ДНК-белковых и белок-лигандных регуляторных взаимодействий, путей передачи сигналов от клеточных мембран к ядрам клеток, межклеточных коммуникаций. Функциональная активность белков в ГС определяется наборами характерных для них функциональных сайтов. По данным базы PDB (Rose et al., 2011) в расшифрованных пространственных структурах белков может содержаться от нескольких до десяти и более функциональных сайтов.

Однако, база данных PDB содержит в настоящее время описание 3-D структур только для ~ 80 000 белков. Из них уникальные пространственные структуры составляют ~ 15%, а остальные являются изоформами или мутантными формами. При этом в PDB представлено около 20 000 уникальных 3-D структур белков человека, имеющих гомологию менее 95%. Таким образом, до сих пор имеется большой разрыв между информацией, представленной в базе данных и полным количеством белков, кодируемых геномом человека с учетом вариантов альтернативного сплайсинга, что затрудняет оценку влияния генетической изменчивости на функциональные сайты белков.

Поэтому важнейшее значение имеет создание высокопроизводительных конвейерных методов компьютерного предсказания функциональных сайтов в пространственных структурах белков. В связи с этим планируется решение следующих задач из области компьютерного анализа структурно-функциональной организации белков, функционирующих в биомедицински значимых ГС человека: предсказание компьютерными методами функциональных сайтов в пространственных структурах этих белков; оценка на этой основе репертуаров белок-белковых, РНК/ДНК-белковых и метаболит-белковых взаимодействий, и реконструкция сетей межмолекулярных взаимодействий, значимых для функционирования изучаемых ГС; картирование аминокислотных полиморфизмов на функциональные сайты белков и изучение на этой основе влияния мутаций на структуру и функцию белков, а также на формируемые ими сети межмолекулярных взаимодействий; изучение влияния мутаций на термодинамическую стабильность и специфическую активность белков, а также на структурные и конформационные свойства функциональных сайтов в трехмерной структуре белков.

Короткие природные пептиды обладают широкой биологической активностью, включая регуляцию деятельности высшей нервной системы. Механизмы их действия до сих пор остаются слабо изученными. Наша идея состоит в том, что пептиды могут взаимодействовать с рецепторами за счет структурной мимикрии функциональных сайтов белков, для которых эти рецепторы являются мишенями. Будет создана база данных выравниваний последовательностей коротких пептидов с конформационными пептидами белков, характеризующая потенциальные молекулярные функции коротких пептидов и их мишени по аналогии с белками, имеющими сходство с этими пептидами.

Будет создан параллельный алгоритм для предсказания функциональных сайтов в 3-D структурах белков на основе метода PDBSiteScan. Будут предсказаны функциональные сайты в пространственных структурах белков, функционирующих в составе изучаемых ГС, включая сайты, возникающие в результате генетической изменчивости, с помощью новой версии программы. Особое внимание будет обращено на функциональные сайты белков, выполняющих регуляторные функции (сайты аллостерической регуляции белков; сайты связывания РНК/ДНК, сайты, участвующее в формировании сетей белок-белковых взаимодействий).

Будет создана реляционная версия базы данных PDBSite, интегрирующая информацию по экспериментально установленным и предсказанным (потенциальным) сайтам в 3-D структуре белков. Будет проведена классификация сайтов по сходству их пространственных структур, физико-химических и конформационных свойств, создание обобщенных шаблонов, описывающих различные структурные и функциональные классы сайтов. Будет осуществлена интеграция PDBSite с внешними базами данных Gene Ontology (GO), UniProt, PDB и др.

Будет осуществлено расширение базы данных PDBSite: картирование микроэволюционной (популяционной) и макроэволюционной генетической изменчивости на пространственные структуры и функциональные сайты белков, функционирующих в составе изучаемых ГС, включая:

- популяционные полиморфизмы из баз данных "1000 геномов", dbSNP, OMIM и др.

- нуклеотидные и аминокислотные замены, выявляемые во множественных выравниваниях семейств белков, функционирующих в составе изучаемых ГС;

- особое внимание будет обращено на аминокислотные замены в белках, выполняющих в исследуемых ГС регуляторные функции, а также ассоциированных с социально значимыми заболеваниями человека.

Будет осуществлено развитие методов молекулярного моделирования динамики и механики белков для анализа функциональных сайтов и их взаимодействия с различными лигандами, включая малые химические соединения, белки, молекулы РНК и регуляторные сайты в ДНК.

Будет разработан параллельный алгоритм для оценки изменений термодинамической стабильности мутантных белков на основе методов ProtStability.

Будет исследовано влияние аминокислотных замен, представленных в базе данных PDBSite, на термодинамическую стабильность и специфическую активность белков, в том числе белков, функционирующих в составе изучаемых ГС.

Будет исследовано влияние аминокислотных замен, представленных в базе данных PDBSite, на структурные и конформационные свойства функциональных сайтов белков, включая сайты, локализованные в белках, функционирующих в составе изучаемых ГС. Будет изучено влияние замен аминокислот на конформационную подвижность сайтов, изменения их физико-химических характеристик, устойчивость сетей водородных связей, формируемых аминокислотными остатками функциональных сайтов и т.д.

Будет создан параллельный алгоритм для предсказания величин специфических активностей белков на основе разработанного нами ранее метода WebProAnalyst, использующего в качестве исходной информации множественные выравнивания семейств белков с известными величинами их специфической активности. Будет проведен анализ влияния аминокислотных замен, описанных в базе PDBSite, на специфическую активность белков, включая белки, функционирующие в составе изучаемых ГС.

Будет проведена интеграция разработанных информационных и программных продуктов в систему «КОМПЬЮТЕРНАЯ ПРОТЕОМИКА» для конвейерного высокопроизводительного анализа структурно-функциональной организации белков и их функциональных сайтов, обеспечивающего:

- предсказание пространственной (3-D) структуры белков по их аминокислотным последовательностям;

- быстрый поиск структурной гомологии белков по базе данных PDB;

- предсказание функциональных сайтов в 3-D структурах белков;

- количественный анализ взаимосвязи «структура-активность» в семействах родственных и мутантных белков;

- предсказание изменения термодинамической стабильности мутантных белков;

- молекулярное моделирование динамики и механики белков;

- оценку влияния аминокислотных замен в белках на их структурно-функциональные характеристики.

Будет создана база знаний по вывяленным особенностям структурно-функциональной организации белков, функционирующих в составе изучаемых ГС, включая влияние мутаций на их структуру и функцию, и расширение на этой основе ГС.

Бывшие сотрудники

Совместители

Публикации

2017	SITEX 2.0: Projections of protein functional sites on eukaryotic genes. Extension with orthologous genes. Medvedeva IV, Demenkov PS, Ivanisenko VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, 1650044. doi: 10.1142/S021972001650044X. [Epub ahead of print]
	РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ АВТОМАТИЧЕСКОГО ИЗВЛЕЧЕНИЯ ЗНАНИЙ ИЗ ТЕКСТОВ НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ БАЗЫ ЗНАНИЙ SOLANUM TUBEROSUM О.В. САЙК, П.С. ДЕМЕНКОВ, Т.В. ИВАНИСЕНКО, Н.А. КОЛЧАНОВ, В.А. ИВАНИСЕНКО Сельскохозяйственная биология, 2017, 2017, том 52, №1, с. 63-74
	Computational modeling of the cell autonomous mammalian circadian oscillator Podkolodnaya O.A., Tverdokhleb N.N., Podkolodnyy N.L. BMC SYST BIOL, 2017, 11(Suppl 1):18
	Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, ISSN 2079-0597, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 558–564
	Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds. Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. J MOL GRAPH MODEL, 2017
	Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов Програмные системы: теория и приложения, 2017, 8:2(33), 45–68.
	Приоритезация генов нейронального апоптоза по их структурной роли в ассоциативной генной сети нарушений аутического спектра с помощью подходов ANDsystem И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, О.В. Сайк, М.А. Янкина Международный журнал гуманитарных и естественных наук, 2017, №9, С: 5-11
	Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза и генов большого депрессивного расстройства в его ассоциативной генной сети Янкина М.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Хуснутдинова Э.К., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. Дневник науки, 2017, №9'2017, С: 1-14
	Genome-wide profiling and differential expression of microRNA in rat pluripotent stem cells Sherstyuk V.V., Medvedev S.P., Elisaphenko E.A., Vaskova E.A., Ri M.T., Vyatkin Y.V., Saik O.V., Shtokalo D.N., Pokushalov E.A., Zakian S.M. SCI REP-UK, 2017, V. 7. - № 1. - P. 2787
	A study of structural properties of gene network graphs for mathematical modeling of integrated mosaic gene networks Olga V. Petrovskaya, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017
	Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L. J INTEGR BIOINFORM, 2017, 20170022 DOI: 10.1515/jib-2017-0022
	АНАЛИЗ ВЛИЯНИЯ РАЗЛИЧНОГО УРОВНЯ СОЛЕПОТРЕБЛЕНИЯ НА БЕЛКОВЫЙ СОСТАВ МОЧИ В 105-СУТОЧНОЙ ИЗОЛЯЦИИ С ПОМОЩЬЮ ПРОГРАММЫ opoSOM Л. Х. Пастушкова, Д. Н. Каширина, А. Г. Бржозовский, В. А. Иванисенко, Е. С. Тийс, А. С. Кононихин, Н. Л. Стародубцева, Е. Н. Николаев, Г. Биндер, И. М. Ларина Физиология человека, 2017, том 43, № 1, с. 89–96
	ПОИСК ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ТРЕВОЖНЫМ НЕВРОЗОМ, НА ОСНОВЕ АВТОМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА НАУЧНЫХ ТЕКСТОВ С ПОМОЩЬЮ ANDSYSTEM Янкина М.А.,Сайк О.В.,Деменков П.С.,Хуснутдинова Э.К.,Иванисенко В.А. Аллея науки, 2017, 2017. Т. 2. № 14. С. 712-720.
	ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ В ПОИСКЕ НОВЫХ МИШЕНЕЙ ПАТОГЕНЕЗА ЛИМФЕДЕМЫ Усманов Д.Б. , Сайк О.В. , Нимаев В.В. Трансляционная медицина, 2017, Приложение № 3, с. 39
	Search of MicroRNAs Regulating the Receptor Status of Breast Cancer In Silico and Experimental Confirmation of Their Expression in Tumors V. S. Chernyi, P. V. Tarasova, V. V. Kozlov, O. V. Saik, N. E. Kushlinskii, L. F. Gulyaeva B EXP BIOL MED+, 2017, Vol. 163, No. 5, 2017
2016	Dynamic properties of SOD1 mutants can predict survival time of patients carrying familial amyotrophic lateral sclerosis Nikolay A. Alemasova, Nikita V. Ivanisenko, Sergey P. Medvedev, Suren M. Zakian, Nikolay A. Kolchanov & Vladimir A. Ivanisenko Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2016, 2017, Volume 35, Issue 3, Pages 645-656
	Mosaic gene network modelling identified new regulatory mechanisms in HCV infection. Popik OV, Petrovskiy ED, Mishchenko EL, Lavrik IN, Ivanisenko VA. VIRUS RES, 2016, Oct 22. pii: S0168-1702(15)30083-6. doi: 10.1016/j.virusres.2015.10.004.
	Functional annotation of the vlinc class of non-coding RNAs using systems biology approach. Laurent GS, Vyatkin Y, Antonets D, Ri M, Qi Y, Saik O, Shtokalo D, de Hoon MJ, Kawaji H, Itoh M, Lassmann T, Arner E, Forrest AR; FANTOM consortium, Nicolas E, McCaffrey TA, Carninci P, Hayashizaki Y, Wahlestedt C, Kapranov P. NUCLEIC ACIDS RES, 2016, Nucleic Acids Res. 2016 Mar 21. pii: gkw162
	Компьютерное моделирование пространственных структур пептидов из MUC1, способных ингибировать апоптоз Н.В. Иванисенко, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 19(6):731-737
	Дизайн и проверка действия малых химических соединений, направленных на ингибирование белка FADD Н.В. Иванисенко, Л. Хиллерт, В.А. Иванисенко, И.Н. Лаврик Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2015;19(6):724-730
	NACE: A web-based tool for prediction of intercompartmental efficiency of human molecular genetic networks Olga V. Popik, Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko VIRUS RES, 2016, DOI information: 10.1016/j.virusres.2015.11.029
	Characteristics of Age-Dependent Changes in Urine Proteome in Healthy Men L. Kh. Pastushkova, A. S. Kononikhin, E. S. Tiys, I. V. Dobrokhotov, V. A. Ivanisenko, E. N. Nikolaev, I. M. Larina, I. A. Popov Adv. Gerontol, 2016, Vol. 6, No. 2, pp. 122–127
	Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2016, vol. 2016, Article ID 8642703. doi:10.1155/2016/8642703
	Interactome of the hepatitis C virus: Literature mining with ANDSystem Saik OV, Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA VIRUS RES, 2016, Jun 15;218:40-8
	Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes. Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 738-748
	Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock. Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 759-770
	Молекулярно-генетические механизмы регуляции процессов апоптоза белками вируса гепатита С. Сайк О. В., Деменков П. С., Иванисенко Н. В., Иванисенко Т. В., Лаврик И. Н., Иванисенко В. А. Проблемы современной науки и образования, 2016, № 27 (69), 6-14.
	МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА ЭКСТРЕМАЛЬНЫХ ЭКОСИСТЕМ; МЕТАГЕНОМНЫЙ ПОДХОД С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов Acta Naturae, 2016
	Математическая модель циркадного осциллятора млекопитающих: взаимодействие с системой NAD+/SIRT1 и возрастные изменения экспрессии генов циркадного осциллятора Подколодный Н.Л., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):848-856
	Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия процессов ответа клетки на механический стресс и нейронального апоптоза при первичной открытоугольной глаукоме Сайк О.В., Коновалова Н.А., Деменков П.С., Иванисенко Н.В., Иванисенко Т.В., Иванощук Д.Е., Пономарева М.Н., Коновалова О.С., Подколодная О.А., Лаврик И.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):840-­847
	Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L. J INTEGR BIOINFORM, 2016, 13(4):292. doi:10.2390/biecoll-jib-2016-292
	A compendium of human genes regulating feeding behavior and body weight, its functional characterization and identification of GWAS genes involved in brain-specific PPI network Elena V. Ignatieva, Dmitry A. Afonnikov, Olga V. Saik, Evgeny I. Rogaev and Nikolay A. Kolchanov BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):158
	Selection and validation of miRNAs as normalizers for profiling expression of microRNAs isolated from thyroid fine needle aspiration smears. Titov SE, Demenkov PS, Ivanov MK, Malakhina ES, Poloz TL, Tsivlikova EV, Ganzha MS, Shevchenko SP, Gulyaeva LF, Kolesnikov NN ONCOL REP, 2016, Oncol Rep. 2016 Nov;36(5):2501-2510. doi: 10.3892/or.2016.5113. Epub 2016 Sep 20.
	Novel tuberculosis susceptibility candidate genes revealed by the reconstruction and analysis of associative networks Elena Yu. Bragina, Evgeny S. Tiys, Alexey A. Rudko, Vladimir A. Ivanisenko, Maxim B. Freidin Infection, Genetics and Evolution, 2016, Volume 46, December 2016, Pages 118–123
	Molecular associations of Primary Open-Angle Glaucoma with potential comorbid diseases (POAG-associome) Olga V Saik, Natalia A Konovalova, Pavel S Demenkov, Timofey V Ivanisenko, Evgeny D Petrovskiy, Nikita V Ivanisenko, Dinara E Ivanoshchuk, Maria N Ponomareva, Olga S Konovalova, Inna N. Lavrik, Nikolay A Kolchanov, Vladimir A Ivanisenko Biotecnología Aplicada, 2016, 2016;33:3201-3206
	Структурное моделирование мод связывания НАД+ с ПАРП-1 Иванисенко Н.В., Жечев Д.А., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016
	Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016 Vol.16:262 DOI: 10.1186/s12870-016-0868-3
2015	Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome) Glotov AS, Tiys ES, Vashukova ES, Pakin VS, Demenkov PS, Saik OV, Ivanisenko TV, Arzhanova ON, Mozgovaya EV, Zainulina MS, Kolchanov NA, Baranov VS, Ivanisenko VA BMC SYST BIOL, 2015, 2015;9 Suppl 2:S4. doi: 10.1186/1752-0509-9-S2-S4
	Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites. Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, p. 322–329
	Structural and dynamic properties of mutant SOD1 proteins associated with amyotrophic lateral sclerosis Alemasov, N. A., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015
	Identification of biological processes on the composition of the urine proteome in cosmonauts on the first day after long space flights Pastushkova LH, Kononihin AS, Tijs ES, Obraztsova OA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Larina IM Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2015, 2015 Feb;101(2):222-37
	Permanent proteins in the urine of healthy humans during the Mars-500 experiment Larina IM, Pastushkova LKh, Tiys ES, Kireev KS, Kononikhin AS, Starodubtseva NL, Popov IA, Custaud MA, Dobrokhotov IV, Nikolaev EN, Kolchanov NA, Ivanisenko VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 2015 Feb;13(1):1540001. doi: 10.1142/S0219720015400016. Epub 2015 Jan 8.
	Kidney Function and Urine Protein Composition in Healthy Volunteers During Space Station Fitness Tests Fomina, Elena V.; Lisova, Natalia Iu.; Kireev, Kirill S.; Tiys, Evgeny S.; Kononikhin, Alexey S.; Larina, Irina M. Aerospace Medicine and Human Performance, 2015, Volume 86, Number 5, May 2015, pp. 472-476(5)
	Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М. Программные системы: теория и приложения, 2015, 6:1(23), c. 157–174
	Shifts in urine protein profile during dry immersion. Pastushkova L Kh, Kononikhin AS, Tiys ES, Nosovsky AM, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Novoselova NM, Custaud MA, Larina IM. Aviakosm Ekolog Med., 2015, 2015;49(4):15-9.
	Computer analysis of protein functional sites projection on exon structure of genes in Metazoa. Medvedeva I., Demenkov P., Ivanisenko V. BMC GENOMICS, 2015, 16(Suppl 13):S2.
	Prediction of tissue-specific effects of gene knockout on apoptosis in different anatomical structures of human brain. Petrovskiy E.D., Saik O.V., Tiys E.S., Lavrik I.N., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. BMC GENOMICS, 2015, 16(Suppl 13):S3
	The Mammalian Circadian Clock: Gene Regulatory Network and Computer Analysis O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, N.L. Podkolodnyy Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 354–362
	Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 691-698
	Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 682-690
	ВЫЯВЛЕНИЕ ЗНАЧИМО ПРЕДСТАВЛЕННЫХ БИОЛОГИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ ПО СОСТАВУ ПРОТЕОМА МОЧИ КОСМОНАВТОВ НА ПЕРВЫЕ СУТКИ ПОСЛЕ ДЛИТЕЛЬНЫХ КОСМИЧЕСКИХ ПОЛЕТОВ ПАСТУШКОВА Л.Х., КОНОНИХИН А.С., ТИЙС Е.С., ОБРАЗЦОВА О.А., ДОБРОХОТОВ И.В., ИВАНИСЕНКО В.А., НИКОЛАЕВ Е.Н., ЛАРИНА И.М. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2015, Том: 101 Номер: 2 Страницы: 222-237
	НОВЫЕ ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ ПОДВЕРЖЕННОСТИ ТУБЕРКУЛЕЗУ, УСТАНОВЛЕННЫЕ С ПОМОЩЬЮ ПОСТРОЕНИЯ И АНАЛИЗА АССОЦИАТИВНЫХ СЕТЕЙ БРАГИНА Е.Ю., РУДКО А.А., ТИЙС Е.С., ИВАНИСЕНКО В.А., ФРЕЙДИН М.Б. Бюллетень сибирской медицины, 2015, Том: 14Номер: 6 Год: 2015 Страницы: 33-39
	ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology Vladimir A Ivanisenko, Olga V Saik, Nikita V Ivanisenko, Evgeny S Tiys, Timofey V Ivanisenko, Pavel S Demenkov and Nikolay A Kolchanov BMC SYST BIOL, 2015, 9(Suppl 2):S2; doi:10.1186/1752-0509-9-S2-S2
	Interaction sorting method for molecular dynamics on multi-core SIMD CPU architecture Matvienko S., Alemasov N., and Fomin E. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13. No 2. P. 1540004–1540018
2014	The Proteome of a Healthy Human during Physical Activity under Extreme Conditions Larina I. M., Ivanisenko V. A., Nikolaev E. N., Grigorev A. I. Acta Naturae, 2014, VOL. 6 № 3 (22) 2014
	Предсказание генов маркеров агрессивности глиомы низкой степени злокачественности по экспрессионным данным TCGA Иванисенко Н.В., Губанова Н.В., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9, N 2, С. 534-542
	Bioinformatics analysis of the genome of Geobacillus stearothermophilus 22 Strain isolated from the Garga hot spring, Baikal Region Rozanov A.S., Ivanisenko T.V., Bryanskaya A.V., Shekhovtsov S.V., Logacheva M.D., Saik O.V., Malup T.K., Demenkov P.S., Goryachkovskaya T.N., Ivanisenko V.A., Peltek S.E. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014
	Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 3, pp. 159–167.
	Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. № 4/2. С. 920–927
	A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko PloS One, 2014, Volume 9 | Issue 3 | e91502
	Exploring Interaction of TNF and Orthopoxviral CrmB Protein by Surface Plasmon Resonance and Free Energy Calculation. Ivanisenko NV, Tregubchak TV, Saik OV, Ivanisenko VA, Shchelkunov SN PROTEIN PEPTIDE LETT, 2014, Protein Pept Lett. 2014;21(12):1273-81.
	Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov BMC STRUCT BIOL, 2014, 14:23
	Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886.
	Molecular Analysis of the Benthos Microbial Community in Zavarzin Thermal Spring (Uzon Caldera, Kamchatka, Russia) Rozanov A.S., Bryanskaya A.V., Malup T.K., Lasareva E.V., Taran O.P., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A., Zhmodik S.M., Kolchanov N.A., Peltek S.E. BMC GENOMICS, 2014
	An integrated study to analyze salt lake microbial community structure (Novosibirsk oblast, Russia) A. Bryanskaya, A. Rozanov, T. Malup, T. Aleshina, E. Lazareva, O. Taran, T. Goryachkovskaya, V. Ivanisenko, S. Peltek Acta Geologica Sinica (English Edition), 2014
	Insights into pathophysiology of dystropy through the analysis of gene networks: an example of bronchial asthma and tuberculosis Bragina Elena Yu, Evgeny S. Tiys, Maxim B. Freidin, Lada A. Koneva, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov, Valery P. Puzyrev IMMUNOGENETICS, 2014, no. 7-8 (2014): 457-465.
	Identification of Proteins of Cardiovascular System in Healthy Subjects’ Urine during “Dry” Immersion L. Kh. Pastushkova, I. V. Dobrokhotov, O. M. Veselova, E. S. Tiys, A. S. Kononikhin, A. M. Novosiolova, M. Coupe, M.-A. Custaud, I. M. Larina Fiziol Cheloveka, 2014, Vol. 40, No. 3, pp. 330–339
	Постоянные белки мочи здорового человека в эксперименте с 520-суточной изоляцией Пастушкова ЛХ, Киреев КС, Кононихин АС, Тийс ЕС, Попов ИА, Доброхотов ИВ, Кусто МА, Иванисенко ВА, Колчанов НА, Николаев ЕН, Почуев ВИ, Ларина ИМ Aviakosm Ekolog Med., 2014, 48(1):48-54.
	ЦИРКАДНЫЕ ЧАСЫ МЛЕКОПИТАЮЩИХ: ГЕННАЯ СЕТЬ И КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. N. 4/2. стр. 928-938
	Analysis of signaling networks distributed over intracellular compartments based on protein-protein interactions Popik, O. V., Saik, O. V., Petrovskiy, E. D., Sommer, B., Hofestädt, R., Lavrik, I. N., Ivanisenko, V. A. BMC GENOMICS, 2014, 2014. – Т. 15. – №. Suppl 12. – С. S7
	Моделирование пространственного распределения эффекта нокаута генов, связанных с агрессивностью глиомы низкой степени злокачественности, в тканях мозга человека с помощью методов машинного обучения Петровский Е.Д., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9. № 2. С. 534-542.
2013	Computational screening for new inhibitors of M. tuberculosis mycolyltransferases antigen 85 group of proteins as potential drug targets. Gahoi S, Mandal RS, Ivanisenko N, Shrivastava P, Jain S, Singh AK, Raghunandanan MV, Kanchan S, Taneja B, Mandal C, Ivanisenko VA, Kumar A, Kumar R, Open Source Drug Discovery Consortium, Ramachandran S Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):30-43
	The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain. Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31:1, 78-86
	Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets. Sommer B., Kormeier B., Demenkov P., Arrigo P., Hippe K., Ates O., Kochetov A.V., Ivanisenko V., Kolchanov N.A., Hofestaedt R. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 11. 1. 1340005.
	Биоинформатика: метод во главе угла Афонников Д.А. Иванисенко В.А. Наука из первых рук, 2013, 1,49,51-59
	Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA Frontiers in Genetics, 2013, , 4, 122
	PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА, 2013, БИОФИЗИКА, 2013, том 58, вып. 5, c. 758–774
	Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides. Bragin AO, Demenkov PS, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):59-64.
	Detection of renal and urinary tract proteins before and after spaceflight. Pastushkova LKh, Kireev KS, Kononikhin AS, Ivanisenko VA, Larina IM, Nikolaev EN AVIAT SPACE ENVIR MD, 2013, 84:859–863
	Detection of Renal Tissue and Urinary Tract Proteins in the Human Urine after Space Flight. Pastushkova L.Kh, Kireev R.S., Kononikhin A.S., Tiys E.S., Popov I.A., Starodubtseva N.L., Dobrokhotov I.V., Ivanisenko V.A., Larina I.M., Kolchanov N.A., Nikolaev E.N. PloS One, 2013, V8, e71652
	ОБНАРУЖЕНИЕ БЕЛКОВ ТКАНЕЙ ПОЧЕК И МОЧЕВЫВОДЯЩЕЙ СИСТЕМЫ В МОЧЕ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА Л. Х. Пастушкова, К. С. Киреев, А. С. Кононихин, Е. С. Тийс, И. А. Попов, И. В. Доброхотов, В. А. Иванисенко, В. Б. Носков, И. М. Ларина, Е. Н. Николаев Физиология человека, 2013, том 39, № 5, с. 99–104
	Enhanced Differential Evolution Entirely Parallel Method for Biomedical Applications Konstantin Kozlov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov, Maria Samsonova, Alexander M. Samsonov Lect Notes Comput Sci, 2013, Lecture Notes in Computer Science Volume 7979, 2013, pp 409-416
	ИЗУЧЕНИЕ ПРОТЕОМА МОЧИ ДЛЯ ОЦЕНКИ СОСТОЯНИЯ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТОЙ СИСТЕМЫ У ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА Пастушкова Л.Х., Кононихин А.С., Тийс Е.С., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Николаев Е.Н., Ларина И.М. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2013, Номер: 8, Том: 99, Страницы: 945-959
	Молекулярные механизмы взаимодействия белков CrmB вируса оспы коров и вируса натуральной оспы с фактором некроза опухолей человека Иванисенко Н.В., Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, Т. 8. № 2. С. 467–479.
	Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, с.577-588
	Биоинформатический анализ генома штамма Geobacilus stearothermophilus 22, выделенного из горячего источника Гарга (Прибайкалье). Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцев С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, С. 659-664
	Компьютерный анализ структуры липаз бактерий рода Geobacillus и выявление мотивов, влияющих на их термостабильность. Сорокина К.Н., Нуриддинов М.А., Розанов А.С., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, С. 666-674
2012	A Model of the Gene Network for Flowering Time Regulation in Winter Wheat and Barley. Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Titov I.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, 2012, Vol. 2, No. 4, pp. 319–324
	Mechanism of Action and Activity Regulation of COP1, a Constitutive Repressor of Photomorphogenesis. Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Shumny V.K. RUSS J PLANT PHYSL+, 2012, 2012, Vol. 59, No. 2, pp. 155–166.
	SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko NUCLEIC ACIDS RES, 2012, V. 40(Database issue):D278-83.
	Механизм действия и регуляция активности конститутивного репрессора фотоморфогенеза COP1. Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К. Физиология растений, 2012, том 59, № 2, с. 1–13
	Protein Allergenicity Prediction on the Basis of Conformational Peptides A. O. Bragin, P. S. Demenkov, and V. A. Ivanisenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 1, pp. 18–22. © Pleiades Publishing, Ltd., 2012
	Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 2, С. 415-426
	Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2012, 443(2), 248-252
	Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7. № 2. С. 398–409. URL: http://www.matbio.org/2012/Fomin_7_398.pdf
	Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя. Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 1, С. 99-108
	ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
	ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 16(2), стр. 339-347
	Low-Temperature Dynamical and Structural Properties of Saturated and Monounsaturated Phospholipid Bilayers Revealed by Raman and Spin-Label EPR Spectroscopy. N. V. Surovtsev , N. V. Ivanisenko, K. Yu. Kirillov, S. A. Dzuba J PHYS CHEM B, 2012, 116 (28), pp 8139–8144
	Finding biomarkers in non-model species: literature mining of transcription factors involved in bovine embryo development. Turenne N, Tiys E, Ivanisenko V, Yudin N, Ignatieva E, Valour D, Degrelle S, Hue I BioData Mining, 2012, Aug 29;5(1):12
	Анализ белковых взаимодействий на основе изучения протеома мочи человека в эксперименте со 105-суточной изоляцией. Пастушкова Л.Х., Валеева О.А., Кононихин А.С., Ларина И.М., Николаев Е.Н., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Тийс Е.С., Колчанов Н.А. Авиакосмическая и экологическая медицина, 2012, Т. 46. № 2. С. 37-43
	Реконструкция ассоциативных белковых сетей, связанных с процессами регуляции обмена и депонирования натрия в организме здорового человека на основе изучения протеома мочи. Ларина И.М., Колчанов Н.А., Доброхотов И.В., Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н. Физиология человека, 2012, т38, N3, 107-115
	Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Хофештадт Р., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16 №4/1 784-790
	Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, Т.16, 791-798
	ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko In Silico Biology, 2012, 11(3), 149-161
	A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software E.S. Fomin, N.A. Alemasov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 6, pp. 453–461
	Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 774–784.
	Магнитно–резонансная спектроскопия метаболических изменений в мозге мышей при введении 2–дезокси–D–глюкозы и липополисахарида Мошкин М.П., Акулов А.Е., Петровский Д.В., Сайк О.В., Петровский Е.Д., Савелов А.А., Коптюг И.В. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2012, 98 (10): 1264-1273
	Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins. Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2012, Mar-Apr;443:76-80.
	Reconstruction of associative protein networks connected with processes of sodium exchange' regulation and sodium deposition in healthy volunteers by urine proteome analysis Larina IM, Kolchanov NA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Demenkov PS, Tiĭs ES, Valeeva OA, Pastushkova LKh, Nikolaev EN Human Physiology, 2012, May-Jun;38(3):316-23
2011	Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, 2011. Т. 15. № 3. С. 462-468.
	The Role of the COP1, SPA, and PIF Proteins in Plant Photomorphogenesis O. G. Smirnova, I. L. Stepanenko, V. K. Shumnyia Biology Bulletin Reviews, 2011, Vol. 1, No. 4, pp. 314–324
	Роль белков COP1, SPA и PIF в регуляции фотоморфогенеза растений Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К. Успехи современной биологии, 2011, Т.311, 1. С.3-15
	Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA RUSS J BIOORG CHEM+, 2011, Jan-Feb;37(1):22-35.
2010	Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
	Характеристика C-концевой части гликопротеина Е вируса Западного Нила и оценка силы его взаимодействия с V 3 интегрином как с предполагаемым клеточным рецептором М. В. Богачек, Б. Н. Зайцев, S. K. Sekatskii, Е. В. Протопопова, В. А. Терновой, А. В. Иванова, А. В. Качко, В. А. Иванисенко, G. Dietler, В. Б. Локтев. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, том 75, вып. 4, с. 571 – 581
	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
	Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
	Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
	Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM. J PROTEOME RES, 2010, 9(1):254-67
	Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
	Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
	Characterization glycoprotein E С-end of West Nile virus and evaluation of its interaction force with αVβ3 integrin as putative cellular receptor Bogachek M.V., Zaitsev B. N., Sekatskii S. K., Protopopova E.V., Ternovoi V. A., Ivanova A.V., Kachko A.V., Ivanisenko V.A., Dietler G. Loktev V.B. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, 2010, Vol. 75, No. 4, pp. 472-480
	Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2010, Т. 8. № 3. С. 13-22.
	База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А. В мире научных открытий, 2010, №4 (10), Часть 14. С. 102-103
2009	Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и Клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека А.А. Малыгин, Е.И. Бондаренко, В.А. Иванисенко, Е.В. Протопопова, Г.Г. Карпова, В.Б. Локтев BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, т. 74, вып. 12. с. 1631 – 1641
	Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Том 13, 208-218
	Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
	Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
	Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 122-127
	C-Terminal Fragment of Human Laminin-Binding Protein Contains a Receptor Domain for Venezuelan Equine Encephalitis and Tick-Borne Encephalitis Viruses Malygin A.A., Bondarenko E.I., Ivanisenko V.A., Protopopova E.V., Karpova G.G., Loktev V.B. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, Vol. 74, No. 12, pp. 1328 -1336
	Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека. Биохимия, 2009, 74 (12) 1631-1641 Малыгин А.А., Бондаренко Е.И., Иванисенко В.А., Протопопова Е.В., Карпова Г.Г., Локтев В.Б. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 74 (12) 1631-1641
	Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
2008	Functional divergence of H-pylori related to early gastric cancer Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV. Demina IA, Serebryakova MV, Ivanisenko VA, Aman E, Akopian T, Govorun VM. HELICOBACTER, 2008, 5, 13, 477-477
	Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
	Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins. Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2008, V. 446, P. 363-384.
	TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
	uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A. FEBS LETT, 2008, 582. 1293-1297
	Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко Вычислительные технологии, 2008, 2, 13, 15-19
2007	Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 417, №6 , 835-839
	Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
	A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai THEOR BIOL MED MODEL, 2007, 4:11
	Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
	Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
	Web-based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Post-translational Modifications of Proteins Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Methods in Molecular Biology, 2007, 446, 363-384.
	Application of bioinformatics resources for genosensor design Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, V.5. P.507-520
	Иммунохимические свойства белка PrМ и С-концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В. А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2007, 2007, т. 41(1) с. 8-17
	Иммунохимические свойства белка PrM и С концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. Molecular Biology, 2007, 1, 41, 8-17
2006	Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
	Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных аминокислотных заменах Деменков П.С., Аман Е.Э., Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, Т. 7, Вып. 51
	Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
	Prediction of the Changes in Thermodynamic Stability of Proteins Caused by Single Amino Acid Substitutions Demenkov P.S., Aman E.E., Ivanisenko V.A. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
	Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
2005	Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
	GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
2004	Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода Степаненко И.Л. Экологическая генетика, 2004, Т. 2 (1). C. 4-12
2003	Application of filter technology in photomorphogenesis gene network Smirnova O.G., Stepanenko I.L. In Silico Biology, 2003, N.1-2. P. 117-125
	Apoptosis Gene Network: description in the GeneNet and TRRD databases Stepanenko I., Kolchanov N. Ann.N.Y.Acad.Sci., 2003, V.1010. P.16-18
2002	GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
	GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, V. 30, No. 1 P. 398-401.
	Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
2001	Интерференция генных сетей апоптоза и ответа на тепловой шок. Степаненко И.Л. Molecular Biology, 2001, Т.35(6). С. 1063-1071
1999	GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
	Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression. Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 669-686
1998	GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome. N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1998, 6, 95-104

Монографии

2017	Heat Shock Proteins Ponomarenko M., Stepanenko I., Kolchanov N.
2016	Создание малых химических соединений, направленно действующих на внешний путь апоптоза с помощью компьютерного моделирования и экспериментальных подходов. И.Н. Лаврик, Л. Хиллерт, Н.В. Иванисенко, О.В. Попик, О.В. Сайк, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, Е.Д. Петровский, В.А. Иванисенко
2015	Молекулярное моделирование и создание малых химических соединений, направленных на регуляцию программируемой клеточной гибели, индуцируемой через клеточные рецепторы / отв. ред. И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко ИН Лаврик, Л Хиллерт, С Питкевич, НВ Иванисенко, ОВ Попик, ТВ Иванисенко, ПС Деменков, ЕД Петровский, ВА Иванисенко
2014	Text Mining on PubMed Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko
2013	Heat Shock Proteins. Ponomarenko M, Stepanenko I., Kolchanov N
2012	Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
2010	German/Russian Network of Computational Systems Biology. R. Hofestadt and N. Kolchanov (Eds). E.L. Mishchenko, N.V. Ivanisenko, A.M.Mishchenko, V.A.Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, R. Hofestadt, N.A. Kolchanov
	Nandbook of Drug Targeting and Monitoring. B.Andreev and V. Egorov ( Eds). E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
	Visualization and Analysis of Biological Networks combining Text Mining and Data Warehouse Approaches Björn Sommer, Evgeny S. Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian J. Janowski, Timofey V. Ivanisenko, Anatoly O. Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel S. Demenkov, Alexey V. Kochetov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov and Ralf Hofestädt
2009	Viral Genomes: Diversity, Properties and Parameters. Zhi Feng and Ming Long (Eds). E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov
	Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A.
2008	Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.
	Cистемная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Изд-во СО РАН, Новосибирск Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.
	Методы моделирования динамики молекулярно-генетических систем Лихошвай В.А., Ратушный А.В., Бажан. С.И., Ощепкова Е.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
	«Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко , Н: Изд. СО РАН, , 2008, 761с Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров., В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
	Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А.
	IV Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине". Сборник трудов конференции. Е.Л. Мищенко, К.Д.Безматерных, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко
	Филогенетический и структурный анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А.
2006	TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko
	STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.

Конференции

2017	ANDSystem: a tool for automated literature mining in the field of biology Ivanisenko V.A., Saik O.V., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S. Международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития"
	Сахарный диабет в эпоху «омиксных технологий» О.В. Сайк, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко II Междисциплинарная конференция "Сахарный диабет-2017: от мониторинга к управлению"
	RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORK RELATED TO AGGRESSIVE BEHAVIOR IN RATS USING TRANSCRIPTOME DATA O.V. Petrovskaya, I.V.Chadaeva, O.V. Saik, A.O. Bragin, E.S. Tyis БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Реконструкция генных сетей, ассоциированных с первичной открытоугольной глаукомой с помощью системы ANDSystem. Сайк О.В., Деменков П.С., Коновалова Н.А., Коновалова О.С., Иванисенко В.А. Беляевские чтения: Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Analysis of microRNA expression in rat pluripotent stem cells using genome-wide sequencing technologies Sherstyuk V.V., Medvedev S.P., Elisaphenko E.A., Vaskova E.A., Ri M.T., Vyatkin Y.V., Saik O.V., Shtokalo D.N., Pokushalov E.A., Zakian S.M. 15th Annual Meeting of the International Society for Stem Cell Research
	ПОИСК ГЕНОВ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА КОМОРБИДНОСТЬ ПЕРВИЧНОЙ ОТКРЫТО-УГОЛЬНОЙ ГЛАУКОМЫ И ДИАБЕТИЧЕСКОЙ РЕТИНОПАТИИ, С ПОМОЩЬЮ СТРУКТУРНОГО АНАЛИЗА ГЕННЫХ СЕТЕЙ Е.С. Тийс, О.В. Сайк, В.А. Иванисенко Беляевские чтения: междунар. конф., посвященная 100-летию со дня рождения акад. АН СССР Д.К.Беляева
2016	Computer Analysis of RNA-seq Data of Laboratory Rats with Aggressive Behavior Anatoly O. Bragin*, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel SocBin Bioinformatics 2016
	SEARCH FOR GENE MUTATIONS THAT CAN POTENTIALLY AFFECT THE SUSCEPTIBILITY TO TUBERCULOSIS O.V. Saik, P.S. Demenkov, E.U. Bragina, M. Freidin, A. El-Seedy, R. Hofestaedt, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	AIMEDICA - INTELLIGENT SYSTEM FOR DISEASE DIAGNOSTICS BASED ON TEXT-MINING ANALYSIS OF SCIENTIFIC PUBLICATIONS AND DIFFERENT MEDICAL DATA SOURCES O.V. Saik, P.S. Demenkov, A.V. Starkov, T.V. Ivanisenko, E.V, Gaisler, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	ASSOCIATIVE NETWORKS OF GLAUCOMA AND APOPTOSIS O.V. Saik, P.S. Demenkov, O.S. Konovalova, M.N. Ponomareva, N.A. Konovalova, N.A. Kolchanov, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	Reconstruction of molecular-genetic networks common for Alzheimer's disease O.V. Saik, V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, E.I. Rogaev BGRS\SB-2016
	Approach to predicting the solubility/insolubility of E. coli proteins based on their primary structure using sequence normalization and machine learning techniques N.A. Alemasov, N.V. Ivanisenko, K.S. Antonets, A.A. Nizhnikov, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	Gene ontology analysis and network reconstruction for genes related to aging diseases and behavior I.V. Chadaeva, O.V. Saik, V.N. Babenko BGRS 2016
	Analysis of aggressive behavior by whole RNA sequencing in brain compartments V.N. Babenko, A.O. Bragin, I.V. Medvedeva, I.V. Chadaeva, A.I. Dergilev, A.M. Spitsyna, N.N. Kudriavtseva, A.L. Markel, Y.L. Orlov Нейроинформатика 2016
	Microbial community of the oil site of the Uzon caldera (Kamchatka) S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov 10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology»
	Микробные сообщества экстремальных экосистем; метагеномный подход С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов V Съезд биохимиков России
	Microbial Community of the Extremal Ecosystems of the Uzon Caldera (Kamchatka) S.E. Peltek, A.V. Bryanskaya, Y.E. Uvarova, A.S. Rozanov, T.V. Ivanisenko, T.K. Malup, V.A. Ivanisenko, E.V. Lazareva, O.V. Saik, V.M. Efimov, S.M. Zhmodik, O.P. Taran, N.M. Slynko, S.V. Shekhovtsov, V.N. Parmon, N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov 7th World Congress onMicrobiology
	How are protein functional sites encoded by exon structure in Metazoas Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. SocBin Bioinformatics 2016
	GeneOntology biological processes sensitive to salt diet changes in an expreiment with 105-day isolation: statistical analysis of urine proteome E.S. Tiys, E.D. Petrovskiy, L.Kh. Pastushkova, D.N. Kashirina, I.M. Larina, V.A. Ivanisenko BGRS/SB’2016
	ANDSystem: система автоматического извлечения знаний и интеграции омиксных данных. В.А. Иванисенко, О.В. Сайк, Н.В. Иванисенко, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов V СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ и V СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ
	Novel approach for computational design of small molecule inhibitors of protein/protein interactions in CD95/FAS pathway Nikita Ivanisenko, A.S. Ishchenko, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	MOSAIC GENE NETWORK MODELLING IDENTIFIED NEW REGULATORT MEChANISMS IN HCVINFECTION O.V. Petroskaya, E.D. Petrovskiy, E.L. Mishchenko, I.N. Lavrik, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2016
	The compendium of human genes controlling feeding behavior or body weight, reconstruction of networks and analysis of their properties. Ignatieva E.V., O.V. Saik, D.A. Afonnikov The Tenth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology BGRS/SB2016
2015	Молекулярно-динамическая модель для оценки влияния мутаций в белке на фенотипические признаки организма Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
	Применение методов анализа текстов для построения онтологий Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А. "Знания-Онтологии-Теории" 2015
	Автоматический анализ текстов в задачах биологии и медицины Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А. Форум – 2015: «Big Data в медицине: лучшие практики»
	ANDSystem: automated literature mining and protein interactome networks reconstruction Saik O.V., Demenkov P.S., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. VII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
	Promedia a database containing frame models of genetic regulation of the enzymatic processes associated with diseases Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. VII РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ»
	Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А. Белки и пептиды 2015
	Модель сортов пшениц нового поколения: скороспелость и несимбиотическая азотфиксация Гончаров Николай Петрович, Степаненко Ирина Лембитовна, Ефимов Вадим Михайлович международная конференция “Генетическая интеграция прокариот и эукариот: фундаментальные исследования и современные агротехнологии”
	“Application of ANDSystem for the reconstruction and analysis of molecular-genetics networks, associated with diseases and phenotypic traits” (“Применение ANDSystem для реконструкции и анализа молекулярно-генетических сетей, связанных с фенотипическими признаками и развитием заболеваний”) О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, Е.С. Тийс, В.А. Иванисенко. СИМБИОЗ – РОССИЯ 2015 (VIII Всероссийский с международным участием Конгресс молодых ученых-биологов)
	Контекстный анализ научных публикаций по биологии и извлечение знаний В. А. Иванисенко, Т.В. Иванисенко, П. С. Деменков, О.В. Сайк Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
	Computer Tools for Gene Expression Data Processing and Correlation Analysis Babenko V.N., Orlov Y. L., Spitsyina A. M. Podkolodnaya N. Computational systems biology and bioinformatics (CSBio 2015)
	Использование пациент-специфичных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток для моделирования синдрома удлиненного интервала QT Дементьева Е.В., Григорьева Е.В., Вялкова А.В., Медведев С.П., Шевченко А.И., Елисафенко Е.А., Байрамова С.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А., Покушалов Е.А., Караськов А.М., Закиян С.М. VI Всероссийский съезд аритмологов
	ИСПОЛЬЗОВАНИЕ КОМПЬЮТЕРНОЙ ТЕХНОЛОГИИ GeneNet ДЛЯ РЕКОНСТРУКЦИИ ФРАГМЕНТОВ ГИБРИДНОЙ ГЕННОЙ СЕТИ СИМБИОТИЧЕСКОЙ АЗОТФИКСАЦИИ Ибрагимова С.М., Степаненко И.Л. Фундаментальные и прикладные проблемы современной экспериментальной биологии растений
	Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»
	Gene Expression Analysis in Brain Areas of Laboratory Rats with Aggressive Behavior by RNA-seq Data Anatoly O. Bragin, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel CSBio’2015
2014	Computer analysis of expression level of allergen-coding genes of pathogenic microorganisms Bragin A.O.,Sokolov V.S., Demenkov P.S., Matushkin Yu.G., Ivanisenko V.A. BGRS\SB-2014
	ANDSystem: associative network discovery system for automated literature mining in the area of biology V.A. Ivanisenko, O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014
	Mathematical modeling of the interactions between molecular genetic systems based on the data about perturbations of the systems elements Popik O.V., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Evaluation of pathways’ efficiency based on data on PPI and distribution of proteins over cellular localizations. Popik O.V., Hofestaedt R., Ivanisenko V.A. 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	L-MOLKERN software allowing for polarization effects in free energy calculation E.S. Fomin, N.A. Alemasov BGRS/SB-2014
	Structural and dynamical properties of SOD1 protein mutants related to familial amyotrophic lateral sclerosis Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko IB-PAS 2014
	Promedia — база данных, интегрирующая информацию о молекулярно-генетических путях, в которых участвуют летучие соединения – потенциальные биомаркеры заболеваний, имеющие значение для неинвазивной диагностики Сайк О.В., Деменков П.С., Мошкин М.П., Иванисенко В.А. 8-я Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА 2014»
	HCV replication modeling: drug resistance phenomenon Иванисенко Никита Владимирович, Мищенко Елена Леонидовна, Иванисенко Владимир Александрович International Symposium on Integrative Bioinformatics 2013
	МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ БЕЛКОВ CRMB ВИРУСА ОСПЫ КОРОВ И ВИРУСА НАТУРАЛЬНОЙ ОСПЫ С ФАКТОРОМ НЕКРОЗА ОПУХОЛЕЙ ЧЕЛОВЕКА Иванисенко Никита Владимирович, Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. XXI Российский национальный конгресс "Человек и Лекарство"
	Mathematical model for subgenomic Hepatitis C Virus replication: impact of drug resistance emergence on long-term kinetics of NS3 protease inhibitors action Ivanisenko N., Mishchenko E., Akberdin I., Demenkov P., Kozlov K., Todorov D., Gursky V.V., Samsonova M.G., Samsonov A.M., Clausznitzer D., Kaderali L., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. 9th BGRS\SB-2014
	KINET 1.0 - a new web database on kinetics data and parameters for E.coli metabolic pathways Ermak T.V., Akberdin I.R., Timonov V.S., Mischenko E.L., Oshchepkova E.A., Perfilyeva O.A., Smirnova O.G., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. 9th BGRS\SB-2014
	Database of frame models of genetic regulation of the metabolic processes associated with diseases O.V.Saik, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko Девятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры генома и системной биологии [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
	The Сompilation of Human Gene Networks Controlling Feeding Behavior and Thermoregulation E.V. Ignatieva, O.V.Saik, O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, P.S. Demenkov, E.S. Tiys, E.A. Oshchepkova, E.A. Ananko, N.V. Ivanisenko, O.V. Popik, N.L. Podkolodny, V.A. Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, E.I. Rogaev The first international scientific conference "Science of the Future"
	Моделирование сердечно-сосудистых заболеваний с использованием индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека Дементьева Е.В., Григорьева Е.В., Вялкова А.В., Медведев С.П., Шевченко А.И., Елисафенко Е.А., Байрамова С.А., Покушалов Е.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А., Караськов А.М., Сухих Г.Т., Закиян С.М. Первый всероссийский симпозиум «Новейшие методы клеточных технологий в медицине»
	Application of human induced pluripotent stem cells for modelling long QT syndrome Dementyeva E.V., Grigor’eva E.V., Vyalkova A.V., Medvedev S.P., Shevchenko A.I., Elisaphenko E.A., Bairamova S.A., Pokushalov E.A., Ivanisenko N.V., Ivanisenko V.A., Karaskov A.M., Sukhikh G.T., Zakian S.M. IV Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
	Using ANDSystem for automated literature mining and protein interactome networks reconstruction O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, L.H. Pastushkova, I.M. Larina, E.N. Nikolaev, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko HUPO2014 the 13th World Congress of the Human Proteome Organization
	MOLECULAR MECHANISMS OF INTERACTION OF ORTHOPOXVIRAL CrmB PROTEINS WITH TUMOR NECROSIS FACTOR Nikita Ivanisenko, Tatiana Tregubchak, Olga Saik, Sergey Shchelkunov, Vladimir Ivanisenko 20th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships - EuroQSAR-2014
	ANDSystem: automated literature mining and interactome networks reconstruction in the area of biology O.V. Saik, E.S. Tiys, T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko HUPO2014 the 13th World Congress of the Human Proteome Organization
	Microbial Communities of the Thermal Springs of the Geyser Valley and Uzon Caldera (Kamchatka) Using Pyrosequencing A.V. Bryanskaya, A. S. Rozanov, T. K. Malup, E. V. Lasareva, O. P. Taran, T. V. Ivanisenko, V. A. Ivanisenko, N. A. Kolchanov, S. E. Peltek 10th International Congress on Extremophiles
	An integrated study to analyze salt lake microbial community structure (Novosibirsk oblast, Russia) A. Bryanskaya, A. Rozanov, T. Malup, T. Aleshina, E. Lazareva, O. Taran, T. Goryachkovskaya, V. Ivanisenko, S. Peltek 12th International Conference on Salt Lake Research
	Logical modelling of NANOG-depended transcriptional gene network of embyonic carcinoma stem cells. Stepanenko I.L., Ivanisenko V.A. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2014)
	RECONSTRUCTION OF ASSOCIATIVE GENE NETWORKS SPECIFIC TO TARGET BIOLOGICAL PROCESSES AND PHENOTYPIC TRAITS E.S. Tiys, P.S. Demenkov, O.V. Saik, O.V. Popik, V.A. Ivanisenko BGRS\SB-2014
	К ПРОБЛЕМЕ ДИСТРОПИИ: ТУБЕРКУЛЕЗ И БРОНХИАЛЬНАЯ АСТМА ЕЮ Брагина, ЕС Тийс, МБ Фрейдин, ЛА Конева, ВА Иванисенко, ПС Деменков, НА Колчанов, ВП Пузырёв ГЕНЕТИКА ЧЕЛОВЕКА И ПАТОЛОГИЯ Проблемы эволюционной медицины
	A machine learning analysis of urine proteomics in space-flight simulations Binder H., Wirth H., Arakelyan A., Lembcke K., Tiys E.S., Ivanishenko V., Kolchanov N.A., Kononikhin A., Popov I., Nikolaev E.N., Pastushkova L., Larina I.M BGRS\SB-2014
	Identifying overrepresented biological processes in cosmonauts on the first day Pastushkova L.H., Kononihin A.S., Tiys E.S., Obraztsova O.A., Dobrohotov I.V., Kireev K.S., Ivanisenko V.A., Nikolaev E.N., Larina I.M. BGRS\SB-2014
	THE MAMMALIAN CIRCADIAN CLOCK: COMPUTER ANALYSIS OF GENE NETWORK Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л. The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)
2013	L-MOLKERN software for capturing polarization effects in free energy calculations Fomin E.S., Alemasov N.A. VII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”
	МЕТОД СВЯЗАННЫХ ЯЧЕЕК С СОРТИРОВКОЙ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ДЛЯ ВЕКТОРИЗОВАННЫХ РАСЧЕТОВ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕ Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Second International Conference Cluster Computing 'CC 2013'
	Computer analysis of transcription factor binding sites in genome scale based on ChIP-seq data Yuriy L. Orlov, Vladimir A. Ivanisenko, Alexey V. Kochetov, Nikolay A. Kolchanov German-Russian Forum Biotechnology, Rostock 2013
	Сравнительный анализ состава микробного сообщества воды и бентоса термального источника Заварзина, кальдера Узон, Камчатка Розанов А.С., Брянская А.В., Малуп Т.К., Лазарева Е.В., Таран О.П., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А., Жмодик С.М., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е. международная научная конференция «Экология и геохимическая деятельность микроорганизмов экстремальных местообитаний»
	Analysis of hepatitis C associative networks Saik O.V., Demenkov P.S., Tiys E.S., Ivanisenko V.A. Международная научная конференция "Влияние научных исследований/ Wplyw badan naukowych", Быдгощ, 2013
	Анализ принадлежности белков к функциональным группам Gene Ontology, имеющих динамику присутственности в моче космонавтов Сайк Ольга Владимировна, Тийс Евгений Сергеевич, Доброхотов Игорь Владимирович, Образцова Ольга Анатольевна, Пастушкова Людмила Ханифовна, Иванисенко Владимир Александрович Международная научно-практическая конференция "Медицина XXI века", Смоленск, 2013.
	Reconstruction of squamous cell carcinoma “associome” based on analysis of differential gene expression according to RNAseq data and information stored in databases O.V. Saik, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko Школа молодых ученых "Системная биология и биоинформатика", Новосибирск, 2013.
	Analysis of RNAseq digital gene expression for expanding disease “associome” reconstructed based on information stored in databases Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. Международная конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", Новосибирск, 2013.
2012	A stochastic model for suppression of subgenomic hepatitis C virus replication in Huh-7 cells. N.V. Ivanisenko, E.L. Mishchenko, I.R. Akberdin, P.S. Demenkov, V.A. Likhoshvai, M.G. Samsonova, D. Clausznitzer, L. Kaderali, N.A. Kolchanov and V.A. Ivanisenko Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"
	Protein thermal stability study using NAMD on high-performance cluster N.A. Alemasov, E.S. Fomin 8th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2012)
	HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	Assembly of genomes. Analysis of metagenomic data. Demenkov P.S., Ivanisenko T.V, Ivanisenko V.A. Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
	Text- and Datamining for biological network analysis Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A. Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
	Automated literature mining for biomedicine and biotechnology Иванисенко Тимофей Владимирович German-Russian Forum Biotechnology 2012
	Datamining and biological networks P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko IB-PAS 2012
	Reconstruction of the associative genetic networks based on integration of automated text-mining methods and protein-ligand interaction prediction T.V. Ivanisenko, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012
	Associative network discovery system (ANDSystem): automated literature mining tool for extracting relationships between diseases, pathways, proteins, genes, microRNAs and metabolites V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, E.S. Tiys Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012
	SUPPRESSION OF SUBGENOMIC HCV RNA BY NS3 PROTEASE ANTIVIRALS IN CELLS: A BASIC STOCHASTIC MATHEMATICAL MODEL Ivanisenko N.V., Mishchenko E.L., Akberdin I.R., Demenkov P.S., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Application of conformational peptides for analysis of allergenic proteins Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович BGRS-2012
	APPLICATION OF CONFORMATIONAL PEPTIDES FOR ANALYSIS OF ALLERGENIC PROTEINS A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko PTB 2012
	Promedia — база данных белков, генов, метаболитов, молекулярно-генетических путей, имеющих значение для разработки средств диагностики и лечения заболеваний Сайк Ольга Владимировна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович II Российский конгресс с международным участием «Молекулярные основы клинической медицины – возможное и реальное»
	PATTERNS OF MIRNA BINDING SITES LOCATION IN 3`UTRs OF HUMAN TRANSCRIPTS D.N. Shtokalo, O.V. Saik, G.St.Laurent III, A.Kel BGRS/SB’2012, Novosibirsk
	Distributed RESTFUL-WEB-services for the recognition and analysis of gene networks. Podkolodnyy N.L., Semenychev A.V., Borovsky V.G., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya N.N. Podkolodnaya O.A. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)
	Dynamical and structural analysis of an apoptosis network in hepatitis C. Stepanenko I.L., Smirnova O.G. Eghth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2012)
	Application of the ANDVisio computer system to the interpretation of biological functions of proteins, differentially expressed in bronchoalveolar lavage of mice after a one-time intranasal administration of SiO2 nanoparticles. E.V. Ignatieva, V.A. Ivanisenko, E.S. Tiys, P.S. Demenkov, M.P. Moshkin, S.E. Peltek. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)
	A central regulatory circuit of arabidopsis circadian clock gene network Smirnova O.G., Stepanenko I.L. Eghth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2012)
	Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А. XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)
	Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Боровский В.Г., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А. XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)
	Разработка новых средств для аллерген-специфической иммунотерапии на основе дизайна конформационных пептидов Брагин Анатолий Олегович Тийс Евгений Сергеевич «Участник молодежного научно-инновационного конкурса» («УМНИК») Медицина Будущего
	INFLUENCES OF PROTEIN FUNCTIONAL SITES ENCODING I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, Ivanisenko V. A. BGRS-2012
2011	Компьютерная протеомика: от метагенома к метопротеому Иванисенко В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С. Рабочее совещание "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике"
	ITMSys: Interactive Text-mining System Ivanisenko T.V. International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation 2011
	Biological literature mining. Application of associative network discovery system in systems biology Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A. International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
	Улучшенные алгоритмы расчёта свободной энергии для определения термостабильности белковых комплексов Алемасов Н.А., Фомин Э.С. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
	Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»
	A gene regulatory network model for vernalization and seasonal flowering response in winter wheat. Stepanenko I.L., Smirnova O.G., Titov I.I International Conference Wheat Resources and Genomics (WGRG 2011)
	Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
	Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков. Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
	VISUALIZATION AND ANALYSIS OF A CARDIO VASCULAR DISEASE-RELATED BIOLOGICAL NETWORK COMBINING TEXT MINING AND DATA WAREHOUSE APPROACHES Ralf Hofestädt, Björn Sommer, Evgeny Tiys, Benjamin Kormeier, Klaus Hippe, Sebastian Janowski, Timofey Ivanisenko, Anatoly Bragin, Patrizio Arrigo, Pavel Demenkov, Alexey Kochetov, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011
	Исследование масштабируемости алгоритмов поиска ближайших соседей в методе молекулярной динамики Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика
	Автоматическая реконструкция ассоциативных генных сетей на примере анализа протеома мочи Тийс Е.С., Деменков П.С., Доброхотов И.В., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н., Ларина И.М., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
	Метагеном озера «Кротовья ляга» Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Розанов А.С., Брянская А.В., Кострюкова Е.С., Левицкий С.А., Селезнева О.В., Чукин М.М., Ларин А.К., Кондратов И.Г., Лазарев В.Н., Пельтек С.Е., Говорун В.М., Колчанов Н.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
	Анализ текстов (Text-mining) и ассоциативные сети в области молекулярной биологии Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко В.А. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
	Создание базы данных летучих соединений, потенциальных маркеров заболеваний Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич Interra, секция биомедицина, Новосибирск, 2011
	PROMEDIA – база данных химических соединений потенциальных биомаркеров заболеваний Сайк Ольга Владимировна, Иванисенко Владимир Александрович, Деменков Павел Сергеевич Interra, секция биоинформатика и системная биология, Новосибирск, 2011
	Database of metabolites, enzymes, transcription factors associated with diseases Olga Saik, Vladimir Ivanisenko, Pavel Demenkov RCIBC, Новосибирск, 2011
2010	Promoters of the genes encoding the macrophage transcription factors contain binding sites for aryl hydrocarbon receptor. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. Seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
	Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophage cytokines. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Furman D.P., Mordvinov V.A. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
	Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the macrophage transcription factors and cytokines genes. Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P. “From Functional Genomics to Systems Biology”,
	Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
	Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин. Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине»
	Testing of functional activity of putative dioxin responsive elements in promoter regions of genes, encoding macrophageal transcription factors and cytokines Kashina E.V., Antontseva E.V., Katokhin A.V., Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Shamanina M.Y., Grishanova A.Y., Furman D.P, Mordvinov V.A. The seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology
	БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ БИОМАРКЕРОВ ЗАБОЛЕВАНИЙ О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко Десятая всероссийская научно-практическая конференция «Интеллектуальный потенциал ученых России»
	БАЗА ДАННЫХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ, ИМЕЮЩИХ ПОТЕНЦИАЛЬНОЕ ЗНАЧЕНИЕ ДЛЯ НЕИНВАЗИВНОЙ ДИАГНОСТИКИ ЗАБОЛЕВАНИЙ О.В. Сайк, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.П. Мошкин, В.А. Иванисенко II Всероссийская научная конференция с международным участием "Научное творчество ХХI века"
	Computer system for analysis of mechanisms of transcription regulation in eukaryotes Podkolodnyy N.L., Ignatieva E.V., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Podkolodnaya N.N., Zalevsky E.M. 7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk
	Computer analysis of stress response network E.coli. Stepanenko I.L., Titov I.I. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2010)
	Computer analysis of conformationalpeptides in protein families A.O. Bragin, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Computer analysis of conformational peptides in protein families Bragin A.O., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A summer school and workshop Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation – 2010
2009	модификация фермента ксилозоизомеразы E.Coli дисульфидным мостиком для повышения стабильности Розанов А.С., Цырульников А.О., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. 13 - международная школа конференция молодых ученых, 28 сентября - 2 октября. Биология наука 21-го века
2008	Data mining and network construction Ivanisenko V.A. 11th Meeting of the German/Russian Virtual Network of Bioinformatics for "Computational Systems Biology". August 25-26, 2008. Bielefeld, Germany
	Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. M.Y. Shamanina, E.A. Oshchepkova, D.Y. Oshchepkov, A.V. Katokhin, D.P. Furman, I.B. Tsyrlov, V.A. Mordvinov Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Distribution of active site structural analogs in enzyme 3D-structures: computer analysis E.S.Teeys, V.A. Ivanisenko Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	SITEGA method application for genome wide prediction of p53 binding sites. Stepanenko I.L., Levitsky V.G.. The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure
	Hepatitis C virus life cycle: mathematical models and prospect for effective therapy Mishchenko E.L. International Autumn School for Young Scientist on Computational Systems Biology and Bioinformatics
2007	Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex. Nedosekina EA, Oshchepkov D.Y., Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I. 27th International Symposium on Halogenated Persistent Organic Pollutants “Dioxin 2007”
2006	TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites. Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	A minimum mathematical model for suppression HCV RNA replication in cell culture. Bezmaternikh K.D., Mishenko E.L., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways. Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	Сonstruction and structure analysis of apoptosis gene network in hepatitis C Stepanenko I.L., Podkolodnaya N.N., Paramonova N.V., Podkolodny N.L. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
	Mathematical modeling of the purine biosynthesis in Escherichia coli Nedosekina E., Likhoshvai V.A. Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine
	Mathematical modeling of regulation of Escherichia coli purine biosynthesis pathway enzymatic reactions Nedosekina E.A. Fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2006)
	Modeling of the effects of threonine, valine, isoleucine and pyridoxal 5'-monophosphate on biosynthetic threonine dehydratase reaction Nedosekina E.A., Usuda Y., Matsui K. Fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2006)
	Regulation of pyrimidine biosynthesis in Escherichia coli: gene network reconstruction and mathematical modeling Ratushny A.V., Nedosekina E.A. Fifth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2006)
	Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks. Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A. Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)
	Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г. International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.
	Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006
2005	Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells. Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Сonference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27

Гранты

2016	Популяционная структура и следы адаптации к холодному климату в геномах российских пород крупного рогатого скота и овец Российский научный фонд
2013	Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Минобрнауки, номер гранта ФЦП, ГК 07.514.13.0094
2012	Изучение механизмов функционирования репликона вируса гепатита C в клетке хозяина методами системной биологии Министерство науки и образования России, номер гранта 11.519.11.6041
	Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ» Предизиум СО РАН, номер гранта № 130
	Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ" Президиум СО РАН, номер гранта № 21
2011	Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей Министерство образования и науки, номер гранта 07.514.11.4023
	Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии Минобрнаука, номер гранта 07.514.11.4011
	Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике Министерство образования и науки РФ, номер гранта 07.514.11.4003
	Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства РФФИ, номер гранта 11-04-92712
2010	EU-FP7 Research Project SysPatho EU, номер гранта 260429
	Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей Министерство образования и науки, номер гранта 14.740.11.0001
2009	Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов Федеральное агенство по науке и инновациям, номер гранта 02.514.11.4123
	Разработка программно-информационного комплекса для исследования механизмов регуляции экспрессии генов эукариот Министерство образования и науки, номер гранта П-721
	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
	ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
	Поиск, селекция и изучение перспективных бактериальных штаммов-продуцентов для переработки глицерина Номер гранта программа РАН № 19.13
2008	Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии ФАНИ, номер гранта № 01.647.11.2013
	Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей РФФИ, номер гранта 08-04-01008-а
2007	Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов ФАНИ, номер гранта №02.512.11.2165
2006	Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 49
2005	Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков РФФИ, номер гранта 05-04-49141
	Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков РФФИ, номер гранта 05-04-49283
2004	Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism CRDF, номер гранта CRDF Rup2-2629-NO-04
1999	Экспериментальное и теоретическое исследование пространственной структуры и процесса ренатурации белковых молекул РФФИ, номер гранта 99-04-49879

Научное руководство

2013	Компьютерный анализ связи конформационных пептидов с аллергенностью белков Брагин Анатолий Олегович 03.01.09 –математическая биология, биоинформатика, 2013-05-22
2011	Предсказание белок-белковых взаимодействий на основе аминокислотных последовательностей Оконечников Константин Вячеславович 2011-06-10
2010	КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ И ЭВОЛЮЦИИ ФУНКЦИОНАЛЬНЫХ САЙТОВ БЕЛКА P53 ПИНТУС СЕРГЕЙ СЕРГЕЕВИЧ 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2010-09-20
	Создание базы данных и компьютерный анализ химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний Сайк Ольга Владимировна 2010-06-18
2004	МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ ГЕННОЙ СЕТИ TNFalpha ИНДУЦИРУЕМОЙ АКТИВАЦИИ NF-kappaB Гурьева Я.П. Молекулярная биология, 2004-06-06
2000	Генная сеть апоптоза Григорьев С.А. 2000-06-06

Учебные курсы

2015	Информационные технологии в биологии Деменков Павел Сергеевич Лекции и практические занятия для аспирантов ИЦиГ СО РАН по специальности «Математическая биология, биоинформатика», семестров: 1
2011	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2010	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
	Методы анализа биологических данных НГУ, ММФ, Кафедра дискретной математики и информатики, семестров: 1
2009	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2008	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2007	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2006	Структурная компьютерная биология, лекции. НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
2004	Генные сети НГУ, ФЕН, КИБ, семестров: 1

Патенты

2013	Позиции аминокислот функциональных сайтов белков в экзонной структуре кодирующих генов (СайтЭкс)/Protein functional sites positions in exon structure of the coding genes (SitEx) Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович Номер патента 2013621254
2012	Интегрированная база данных молекулярно-генетических систем (МГСБаза)/Integrated molecular genetic systems database (MGSBase) Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А. Номер патента 2012620886
	Программа для предсказания аллергенности белков с использованием конформационных пептидов (Аллпред)/ Program for the prediction of allergenicity of proteins using conformation peptides (Allpred) Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич,Иванисенко Владимир Александрович Номер патента 2012615590
2009	База данных: Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite) Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А. Номер патента №2009620500
2007	База данных: Экспрессия эукариотических генов (ЭуГенЭксп) / Eukaryotic Gene Expression Database (EuGenExp) Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620394
	База данных: Транскрипционный Фактор-Ген Млекопитающих взаимодействия (ТФГМВ)/ Transcription Factor- Mammalian Gene Interactions (TFMGI) Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Генаев М.А. Номер патента №2007620395
	База данных: Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE). Степаненко И.Л., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2007620396
2006	База данных: Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX) Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620257
	База кинетических данных (KiNET) Недосекина Е.А., Хлебодарова Т.М., Поплавский А.С., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента №2006620209
	База данных: Гены-сенсоры (GenSensor) Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Подколодный Н.Л. Номер патента №2006620197