1.      Основное направление исследований

 Исследование механизмов, контролирующих устойчивость растений к стрессам. Разработка методов создания растений с заданными технологическими свойствами с помощью подходов системной биологии и генной инженерии. Изучение структурно-функциональной организации генов растений и механизмов контроля экспрессии на посттранскрипционном уровне. Разработка компьютерных методов для предсказания кодирующего потенциала генов эукариот и оптимизации экспрессии трансгенов в растениях.

 Задачи, решаемые в рамках основного направления на данном этапе:

1. Изучение молекулярных механизмов устойчивости растений к фитопатогенам (на модели трансгенных растений). Разработка способов получения растений с увеличенной устойчивостью к фитопатогенам с помощью методов генной инженерии. Объекты исследований: Nicotiana tabacum, Solanum tuberosum, Phytophthora infestans, Phytophthora parasitica, вирус табачной мозаики, вирусы картофеля А, Y, вироид картофеля.
2. Изучение молекулярных механизмов, контролирующих устойчивость растений к абиотическим стрессам на модели трансгенных растений. Разработка способов получения растений с увеличенной засухо- и холодоустойчивостью с помощью методов генной инженерии. Объекты исследований: Nicotiana tabacum, Solanum tuberosum, Zea mays.
3. Контроль экспрессии генов эукариот в условиях стресса на транскрипционном и посттранскрипционном уровнях. Разработка методов оптимизации экспрессии генетических конструкций в растениях с помощью методов биоинформатики и компьютерного анализа. Исследование полного кодирующего потенциала генов эукариот с помощью методов компьютерной геномики и протеомики.

2.      Аннотация базового бюджетного проекта подразделения

Бюджетный проект VI.53.1.3. «Генетический контроль механизмов несовместимости между растениями разных таксонов и их адаптации к неблагоприятным условиям среды» (координатор проекта: д.б.н. проф. Л. А. Першина). В рамках проекта запланировано проведение комплексных экспериментальных исследований, направленных на изучение генетического контроля механизмов несовместимости между растениями, принадлежащими разным таксонам, и генетического контроля признаков, определяющих адаптивность растений к условиям среды.

Лаборатория генной инженерии отвечает за блок 5 бюджетного проекта: «Исследование генных сетей, контролирующих адаптацию к биотическим и абиотическим стрессам на разных стадиях развития растений, с помощью методов генной инженерии и трансгенеза»

3.      Прикладные разработки.

В лаборатории разработаны способы получения сортов растений с увеличенной устойчивостью к вирусам и абиотическим стрессам (на которые получены патенты и авторские свидетельства), основанных на подходах генной инженерии. Поскольку применение ГМО в практике сельского хозяйства РФ имеет ряд существенных ограничений, использование этих методов в практике пока не проводится.

4.      Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет. Общий объем текста на одну лабораторию (сектор) – не более 4000 знаков с пробелами, количество иллюстраций: от одной до трех – пяти рисунков с подписями. Рекомендуется, что общий объем текста с иллюстрациями должен занимать не более 5 страниц в формате Word (для текста шрифт Times New Roman, фонт № 12, через 1 интервал).

4.1. Найдено, что триплеты в составе молекулы РНК имеют различные физико-химические характеристики, что может быть связано с их функциональной активностью и с возникновением служебных кодонов в составе генетического кода на ранних этапах эволюции жизни.

Обнаружено, что одна из характеристика молекулы РНК «размер поверхности молекулы РНК, доступной для взаимодействия с другими молекулами» (Accessible Surface Area, ASA), зависит от контекста (комбинации нуклеотидов) (рис. 1). Показано, что триплет AUG характеризуется высоким значением этого параметра, что могло служить одной из причин выбора этого триплета в качестве стартового кодона трансляции на ранних этапах эволюции. Кроме этого, высоким значением ASA характеризуется стоп-кодон UGA, а также триплеты в составе сайта Шайна-Дальгарно. Выдвинута гипотеза о том, что величина ASA, отражающая реакционноспособность участка РНК, могла служить одним из факторов, повлиявших на выбор триплетов AUG и UGA в качестве служебных кодонов (работа выполнена совместно с группой Dr. S. Ahmad, National Institute of Biomedical Innovation, Osaka, Japan).

Рисунок 1. Среднее значение ASA для триплетов в составе молекул РНК (также приведено стандартное отклонение) (Singh et al., 2010).

4.2. Обнаружено, что в эукариотических мРНК могут содержаться эволюционно-консервативные альтернативные сайты инициации трансляции и такие мРНК могут дополнительно кодировать новые изоформы белка, различающиеся по размеру N-концевого домена.

Долгое время считалось, что мРНК генов эукариот содержат одну рамку считывания и один стартовый кодон трансляции и возможность кодирования нескольких белков одной мРНК не принималась во внимание. Однако, в последнее время эта ситуация пересматривается, поскольку были получены доказательства частого присутствия альтернативных стартовых кодонов. В частности, нами был проведен компьютерный анализ структурно-функциональной организации эукариотических мРНК, который показал положительную взаимосвязь между эффективностью сигнала инициации трансляции (оптимальностью или субоптимальностью нуклеотидного контекста) и присутствием эволюционно-консервативных альтернативных стартовых кодонов в начале CDS (Bazykin and Kochetov, 2011). Эти данные доказывают функциональную значимость альтернативных сайтов инициации трансляции. (эта работа выполнена совместно с группой Егора Базыкина, Институт проблем передачи информации РАН г. Москва).

Рисунок 2. В таблице показана число эволюционно-консервативных AUG кодонов, присутствующих в начале открытых рамок считывания в мРНК генов позвоночных животных, насекомых и дрожжей (со второго по пятый, десятый, двадцатый и сотый кодоны). На рисунке показана доля эволюционной консервативных альтернативных стартовых кодонов в начале открытых рамок считывания в мРНК человека (со второго по 45 кодон). Можно видеть, что субоптимальный контекст стартового кодона (YnnAUG) сопровождается значительно более высоким уровнем эволюционной консервативности нижерасположенных кодонов AUG, что подтверждает гипотезу об их функциональной значимости.

4.3. Показано, что биологическая роль гена орнитинаминотрансферазы (ОАТ) связана с поддержанием пула свободных аминокислот в норме и при стрессе (особенно в меристемах и быстрорастущих тканях стебля и корня).

ОАТ конвертирует орнитин в пирролин-5-карбоксилат, который может далее переходить в пролин или глутамат. Роль ОАТ не была понятна, так как синтез пролина из орнитина мог представлять собой один из механизмов контроля осмотического давления в клетках растений в ответ на абиотические стрессы. Анализ активности промотора гена ОАТ арабидопсиса показал, что ОАТ экспрессируется на ранних этапах развития проростка и активируется ауксином; при появлении в среде источников неорганического азота происходит индукция экспрессии ОАТ в листьях и в кончиках новообразующихся боковых корней. Это говорит об участии этого фермента в конверсии запасных форм азота (аргинина, орнитина) в глутамат (рис. 3).

Рисунок 3. Схема, демонстрирующая активность промотора гена орнитинаминотрансферазы на ранних стадиях развития проростка (А), при индукции ауксином (Б) и при добавлении в среду источников азота (В).

4.4. Показано, что экстраклеточные РНКазы растительного происхождения могут участвовать в ответе на вирусные инфекции.

Создана новая генетическая модель – линии трансгенных растений Nicotiana tabacum, характеризующиеся либо сниженным уровнем собственной экстраклеточной S-подобной РНКазы Nk1, либо увеличенным уровнем S-подобной РНКазы (ген выделен из Zinnia elegans). Обнаружено, что супрессия гена Nk1 не приводит к изменениям в морфологии и сроках развития трансгенных растений, а увеличенная продукция рибонуклеазы приводит к повышению устойчивости растений к РНК-вирусам разных групп (вирусу табачной мозаики и ожога гречихи).

Рисунок 4. На форезе приведен спектр белков с рибонуклеазной активностью в экстрактах из листьев линий трансгенных растений с супрессированной активностью S-подобной РНКазы (Nk1), нетрансгенных растений и линии с увеличенной активностью S-подобной РНКазы Zinnia elegans (ZnRNase II). Приведены фотографии растений (не зафиксировано изменение морфологических характеристик), а также данные по накоплению антигена вируса табачной мозаики на 7, 14 и 21 дни после инокуляции в контроле (SR1) и линиях растений с высоким уровнем нуклеазной активности (RNS1,5,10).

5.      Задачи, планируемые на перспективу: формулировки должны содержать как фундаментальные научные задачи, так и возможную прикладную направленность исследований в подразделении.

• Реконструкция генных сетей стрессового ответа у растений на основе данных высокопроизводительных протеомных и транскриптомных экспериментов.
• Молекулярно-биологические механизмы, контролирующие паттерны экспрессии генов высших растений (и других эукариот) в условиях стресса.
• Поиск новых регуляторных белков и пептидов, контролирующих развитие и физиологические процессы у растений и других эукариот.
• Разработка способов увеличения устойчивости растений к бактериальному раку (прикладное направление).

Бывшие сотрудники

Совместители

Публикации

2010	Особенности прорастания семянок агамоспермных потомков Fragaria x ananassa Duch. при различных способах семенной репродукции Батурин С.О., Амброс Е.В. Сельскохозяйственная биология, 2010, № 5. С. 87-91.
	Оценка всхожести семян и сортовой однородности семенного потомства ремонтантных коммерческих сортов крупноплодной земляники Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Петрук В.А. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, № 1. С. 40-45.
	Перспективы использования сеянцев агамоспермного происхождения в селекции крупноплодной земляники (Fragaria x ananassa Duch.) Амброс Е.В., Батурин С.О. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, № 9. С.36-42.
	Роль различных метаболитов в формировании стрессоустойчивости растений Ибрагимова С.С., В.В. Горелова, А.В. Кочетов, В.К. Шумный Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2010, т.8, вып.3, с.98-103
	Роль экстраклеточных рибонуклеаз в физиологических процессах высших растений Сангаев С.С., Кочетов А.В., Ибрагимова С.С., Левенко Б.А., Шумный В.К. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №2, т.14, с.232-242
	Состояние и перспективы селекции розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria x ananassa Duch.) в Западной Сибири Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Информационный вестник ВОГИС, 2010, № 1, Т. 14, С. 165-171.
	Cytotoxicity of new n-butylamino and sulfur-containing derivatives of polyfluorinated 1,4-naphthoquinone Olga A.Zakharova,Leonid I.Goryunov,Nadezhda M.Troshkova,Ludmila P.Ovchinnikova,Vitaliy D.Shteeingarts,Georgy A.Nevinsky EUR J MED CHEM, 2010, 45,270-274
	Трансгенные растения Nicotiana tabacum как генетическая модель для изучения роли нуклеаз в противовирусном иммунитете растений Савельева А. В., Трифонова Е. А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Т. 275. С. 309-311
	Трансформанты табака, экспрессирующие кДНК гена орнитинаминотрансферазы Medicago truncatula Герасимова С.В., Колодяжная Я.С., Титов С.Е., Романова А.В., Коваль В.С., Кочетов А.В., Шумный В.К. Информационный вестник ВОГИС, 2010, 46, 7, 1000-1003
	Evaluation of Cytotoxity and Efficiency of Antioxidant Protection of Hidrophilic Derivatives of 2,4,6-Trialkylphenols in E coli Cellscherichia U.N.Rotskaya, L.P.Ovchinnikova, E.A.Vasunina, O.I.Sinitsina, N.V.Kandalintseva, E.A.Prosenko, G.A.Nevinsky. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, 4, 4, 377-382
	High frequency of somatic mutations in rat liver mitochondrial DNA Rotskaya U.N, Rogozin IB, Vasyunina EA, Malyarchuk BA, Nevinsky GA, Sinitsyna OI. MUTAT RES-FUND MOL M, 2010, 685(1-2):97-102
	Interrelations between the nucleotide context of human start AUG codon, N-end amino acids of the encoded protein and initiation of translation Volkova O.A. Kochetov A.V. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2010, 27(5) 611-618
	On nucleotide solvent accessibility in RNA structure Singh H., Andrabi M., Kahali B., Ghosh T.C., Miziguchi K., Kochetov A.V., Ahmad S. GENE, 2010, 463, 41-48
	Sensibility to phytorhabdoviruses of transgenic tobacco plants Spivak N.Ya., Kochetov A.V., Lozova O.I., Levenko B.A., Yuzvenko L.V., Nikolaychuk M.V., Levchuk O.B., Didenko L.F., Trifonova E.A., Sangaev S.S. Scientific Bulletin of the Uzhgorod University (Series Biology), 2010, Vol. 27. P. 37-39
	Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R J INTEGR BIOINFORM, 2010, 7(1):148. doi: 10.2390/biecoll-jib-2010-148
	Анализ запасных белков (проламинов, пуроиндолинов и Waxy) у линий мягкой пшеницы Triticum aestivum L. x (Triticum timopheevii Zhuk. x Triticum tauschii) с комплексной устойчивостью к грибным инфекциям Обухова Л.В., Лайкова Л.И., Шумный В.К. RUSS J GENET+, 2010, №6, Т. 46, стр. 764-768
	Генетический контроль формирования окраски корнеплода у кормовой свеклы Мглинец А. В., Осипова З. А. Информационный вестник ВОГИС, 2010, № 4, Т. 14, С. 720-728.
	Зависимость цитотоксичности и антиокислительной активности аммониевых производных алкилфенолов от особенностей их структуры Роцкая У.Н., Овчинникова Л.П., Васюнина Е.А., Синицына О.И.,Дюбченко О.И., Кандалинцева Н.В., Просенко А.Е., Невинский Г.А. RUSS J BIOORG CHEM+, 2010, №4,36,563-569
	Инактивация гена Nk1 в растениях табака Nicotiana tabacum SR1 за счет РНК-интерференции Сангаев С.С., Трифонова Е.А., Титов С.Е., Романова А.В., Колодяжная Я.С., Сапоцкий М.В., Малиновский В.И., Кочетов А.В. RUSS J GENET+, 2010, Т.46. №1. С. 131-134
	Индукция регенерации in vitro при Agrobacterium-опосредованной трансформации инбредных линий подсолнечника Комисаренко А.Г., Михальская С.И., Кочетов А.В., Тищенко Е.Н. Биотехнология, 2010, 3, 67 - 74
2009	Исследование запасных белков у интрогрессивных линий мягкой пшеницы (Triticum aestivum L. х Triticum timopheevi Zhuk.), устойчивых к листовой ржавчине Л. В. Обухова, Е. Б. Будашкина, В. К. Шумный RUSS J GENET+, 2009, т.45, №3, с. 313-321
	Особенности прорастания семян Fragaria vesca L. из нетипичных экотопов в Западной Сибири Батурин С.О. Сибирский экологический журнал, 2009, № 6. С.863-868.
	Поиск высокомолекулярных субъединиц глютенина Triticum timopheevi Zhuk. у линий мягкой пшеницы (Triticum aestivum L. x Triticum timopheevi Zhuk.) Л. В. Обухова, Е. Б. Будашкина, В. К. Шумный RUSS J GENET+, 2009, № 9. Т.45. С. 1292-1295
	Проявление агамоспермии при аутбридинге у Fragaria vesca L Батурин С.О. RUSS J GENET+, 2009, № 3, Т. 45, С. 369-374.
	Dark and light green tissues of tobacco leaves systemically infected with tobacco mosaic virus Burundukova O.L., Sapotsky M.V., Kochetov A.V., Trifonova E.A., Malinovsky V.I. BIOL PLANTARUM, 2009, V. 52. P. 294-300
	Трансгенные растения, толерантные к абиотическим стресса Колодяжная Я.С, Куцоконь Н.К., Левенко Б.А., Cютикова О.С., Рахметов Д.Б., Кочетов А.В. RUSS J GENET+, 2009, 43, 72-93
	PMAP: databases for analyzing proteolytic events and pathways Igarashi Y., Heureux E., Doctor K.S., Talwar P., Gramatikova S., Gramatikoff K, Zhang NUCLEIC ACIDS RES, 2009, 37 (Database issue):D611-618
	Анализ спектров соматических мутаций митохондриальной ДНК крыс линий OXYS и WISTAR Роцкая У. Н., Рогозин И. Б., Васюнина Е. А., Колосова Н.Г., Невинский Г. А., Синицына О. И. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, том 74, вып. 4, с. 532-541
	Антиокислительная активность тиофана [бис-(3-(3,5-ди-трет-бутил-гидроксифенил)пропил)сульфида] Овчинникова Л.П.,Роцкая У.Н.,Васюнина Е.А.,Синицына О.И.,Кандалинцева Н.В., Просенко А.Е.,Невинский Г.А. RUSS J BIOORG CHEM+, 2009, 35(3),417-427
	Иммуноглобулины класса G из крови здоровых крыс Wistar окисляют амины А.С. Толмачева, Н.Л. Василенко, Н.П. Заксас, О.И. Синицина, В.Н. Бунева, Г.А. Невинский Российский иммунологический журнал, 2009, 1, 3(12), 39-49
2008	Качество зерна и муки интрогрессированных линий мягкой пшеницы с генами устойчивости к листовой ржавчине от Triticum timofeevi Л.В. Обухова Е.Б. Будашкина М.Ф. Ермакова Н.П. Калинина В.К. Шумный Сельскохозяйственная биология, 2008, №5, с. 38-42
	Молекулярные основы закона рядов гомологической изменчивости Н.И.Вавилова Рогозин И.Б., Глазко В.И., Кунин Е.В. Информационный вестник ВОГИС, 2008, т.12, N 3, 362-371
	A Dual Origin of the Xist Gene from a Protein-Coding Gene and a Set of Transposable Elements E.A. Elisaphenko, N.N. Kolesnikov, A.I. Shevchenko, I.B. Rogozin, T.B. Nesterova, N. Brockdorff, S.M. Zakian PloS One, 2008, Jun 25;3(6):e2521
	Identification of murine B cell lines that undergo somatic hypermutation focused to A:T and G:C residues Bhattacharya P., Grigera F., Rogozin I.B., McCarty T., Morse H.C. III, Kenter A.L. EUR J IMMUNOL, 2008, V. 38, N 1, 227-239
	Alternative translation and hidden coding potential of eukaryotic mRNAs Kochetov A.V. BIOESSAYS, 2008, 30, 683-691
	uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A. FEBS LETT, 2008, 582. 1293-1297
	Анализ серий семян сахарной свеклы при апозиготоической репродукции Малецкий С.С., Малецкая Е.И., Юданова С.С., Колодяжная Я.С. RUSS J GENET+, 2008, том 74, вып. 4, с. 532-541
	Высокомолекулярные субъединицы глютенина у образцов пшениц - доноров иммунитета к грибным инфекциям Л.В.Обухова Информационный вестник ВОГИС, 2008, №4, т.12, с.734-738
	Высокоэффективная экспрессия В-субъединицы термолабильного энтеротоксина Escherichia coli в растениях с помощью вируса-вектора на основе генома X-вируса картофеля Равин Н.В., Куприянов В.В., Замчук Л.А., Кочетов А.В., Дорохов Ю.Л., Атабеков И.Г., Скрябин К.Г. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, 73, 1382-1389
	Изучение структуры популяций амаранта (Amaranthus L.) по изоферментным локусам Р. С. Юдина, С. С. Ибрагимова, Н. Б. Железнова Информационный вестник ВОГИС, 2008, № 3, Т. 12, С. 385-391
2007	Молекулярные механизмы системной устойчивости растений к вирусным инфекциям и способы повышения вирусоустойчивости путем трансгенеза Трифонова Е.А., Кочетов А.В., Шумный В.К. Успехи современной биологии, 2007, Т.127. С.13-24
	Наследование мутации ps у сахарной свеклы Мглинец А. В., Осипова З. А RUSS J GENET+, 2007, № 5, Т.V. 43, С. 647-652.
	Completion of the mapping of transcription start sites for the five-gene block subgenomic RNAs of beet yellows closterovirus and identification of putative subgenomic promoters Vitushkina M.V., Rogozin I.B., Jelkmann W., Koonin E.V., Agranovsky A.A. VIRUS RES, 2007, V. 128, N 1-2, 153-158
	Трансгенные растения табака Nicotiana tabacum SR1, экспрессирующие экстраклеточную рибонуклеазу Zinnia elegans Сангаев С.С., Трифонова Е.А., Титов С.Е., Романова А.В., Колодяжная Я.С., Комарова М.Л., Сапоцкий М.В., Малиновский В.И., Кочетов А.В., Шумный В.К. RUSS J GENET+, 2007, Т. 43. 1002-1005.
	Трансформанты табака, экспрессирующие антисмысловую последовательность гена пролиндегидрогеназы, проявляют устойчивость к тяжелым металлам оследовательность гена пролиндегидрогеназы, проявляют устойчивость к тяжелым металлам Колодяжная Я.С., Титов С.Е., Кочетов А.В., Трифонова Е.А., Романова А.В., Комарова М.Л., Коваль В.С., Шумный В.К. RUSS J GENET+, 2007, T.43. № 7. С. 994-998
	Эффективная экспрессия гена экстраклеточной рибонуклеазы Zinnia elegans в растениях табака Nicotiana tabacum SR1 Сангаев С.С., Трифонова Е.А., Титов С.Е., Романова А.В., Колодяжная Я.С., Комарова М.Л., Сапоцкий М.В., Малиновский В.И., Кочетов А.В., Шумный В. К. RUSS J GENET+, 2007, Т.43. № 7. С.1002-1005
	Evolution and diversification of lamprey antigen receptors: evidence for involvement of an AID-APOBEC family cytosine deaminase Rogozin IB, Iyer LM, Liang L, Glazko GV, Liston VG, Pavlov YI, Aravind L, Pancer Z. NAT IMMUNOL, 2007, V. 8, N 6, 647-656.
	Protection of transgenic tobacco plants expressing bovine pancreatic ribonuclease against tobacco mosaic virus Trifonova E. A., Sapotsky M.V., Komarova M. L., Scherban A.B., Shumny V.K., Polyakova A.M., Lapshina L.A., Kochetov A.V., Malinovsky V.I. PLANT CELL REP, 2007, V.26, P.1121-1126
	AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
	Воплощение классических механизмов мутагенеза у про- и эукариот в гипермутагенезе и иммунном ответе у позвоночных Лада А.Г., Иер Л.М., Рогозин И.Б., Аравинд Л., Павлов Ю.И. RUSS J GENET+, 2007, V. 43, N 10, 1311-1327
	Индукция диплоидного партеногенеза у Fragaria vesca L Батурин С.О. Сибирский экологический журнал, 2007, № 6. С. 987-991
2006	ИЦиГ СО РАН и международные программы по генетике пшеницы Пшеничникова Т.А., Смирнова О.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2006, №1, т. 10, 203-206
	Оценка солеустойчивости растений табака Nicotiana tabacum, несущих антисмысловой супрессор гена пролиндегидрогеназы Колодяжная Я.С., Титов С.Е., Кочетов А.В., Комарова М.Л., Романова А.В., Коваль В.С., Шумный В.К. RUSS J GENET+, 2006, Т.42.-№ 2.- с.278-281
	Потенциальные открытые рамки считывания в 5”-нетранслируемых районах эукариотических мРНК Волкова О. А., Кочетов А. В., Титов С. Е., Колчанов Н. А. BIOPHYSICS, 2006, 51(4), 615-21
	Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А BIOPHYSICS, 2006, №4, т.51, 608-614.
	Трансгенез как способ увеличения устойчивости растений к повышенным концентрациям тяжелых металлов Колодяжная Я.С., Кочетов А.В., Шумный В.К. Успехи современной биологии, 2006, Т. 126, № 5, С. 456–461
	Roles of DNA polymerases in replication, repair, and recombination in eukaryotes Pavlov YI, Shcherbakova PV, Rogozin IB INT REV CYTOL, 2006, vol. 255, pp. 41-132
	Альтернативные сайты инициации трансляции и их вклад в протеом эукариотических клеток Кочетов А.В. Molecular Biology, 2006, 40. 788-795
	Взаимосвязь контекстной организации сигнала инициации трансляции и аминокислотной последовательности на N-конце белков эукариот Волкова О.А., Титов С.Е., Кочетов А.В. BIOPHYSICS, 2006, 51(7)
	Генетический контроль признака "красная пигментация листа" у сахарной свеклы Мглинец А. В., Осипова З. А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, № 3, Т.10, С. 588-593
	Генетическое изучение новой окраски у свеклы Beta vulgaris L. Мглинец А.В., Осипова З.А. RUSS J GENET+, 2006, №7. Т. 42. С. 936-938

Конференции

2010	Трансгенные растения Nicotiana tabacum как генетическая модель для изучения роли нуклеаз в противовирусном иммунитете растений Савельева А. В., Трифонова Е. А. 1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010
	Computational genomics: searching for new proteome components Kochetov A.V. Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India
	The physiological role of deltaOAT gene in plant development and stress response Gerasimova S.V., Gorelova V.V., Romanova A.V., Koval V.S., Kochetov A.V. Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk
	The role of dsRNA binding and hydrolytic activities in the virus-resistance of higher plants Trifonova E.A., Saveleva A.V., Romanova A.V., Sangaev S.S., Kochetov A.V. Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk
2009	Предпосылки и перспективы создания базы данных семенной репродукции ремонтантной крупноплодной земляники (Fragaria x ananassa Duch.) Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Петрук В.А. 4-ая международная научно-практическая конференция "АГРОИНФО-2009": Информационные технологии, системы и приборы в АПК. 14-15 октября 2009г. г.Новосибирск - п.Краснообск
	О ремонтантности в сибирских популяциях Fragaria vesca L. (Rosaceae.) Батурин С.О. 8-ая Международная научно-практическая конференция "Проблемы ботаники Южной Сибири и Монголии". 19-22 октября 2009г. Барнаул
	Interrelation between the translation initiation signal and the N-end of encoded protein in human mRNAs Volkova O.A., Kochetov A.V. Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow
	Эпигенетический контроль типа пола цветков у Fragaria x ananassa Duch. Батурин С.О. V Miжнародноi науковоi конфекренцii "Фактори експериментальноi еволюцii органiзмiв", Украiна, Автономна республика Крим, Алушта, 22-28 вересня 2009 року
	Изучение роли экстраклеточных нуклеаз и дц-РНК-связывающей активности в устойчивости растений к фитопатогенным вирусам на модели трансгенных растений Трифонова Е.А., Романова А.В., Сангаев С.С., Сапоцкий М.В., Малиновский В.И., Кочетов А.В. VII Международная школа-конференция "Молекулярная генетика соматических клеток", 22-25 октября 2009, Звенигород (Москва)
2008	Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Нередукция гамет у Fragaria vesca L. в природе и опыте Батурин С.О. IV Международная научная конференция "Факторы экспериментальной эволюции организмов". Алушта. 22-26 сентября
	Genetically modified tobacco plants of with the decreased activity proline dehydrogenase gene are characterised by the elevated resistance to abiotic stresses Kolodyazhnaya Ya., Levenko B.A., Kochetov A.V. IX International conference "Plant cell biology in vitro и biotechnology", Zvenigorid, Russia, 8-12 September
	ANDCell: a tool for automated knowledge extraction from PubMed and reconstruction of association networks Ivanisenko V.A., Yarkova E.E., Demenkov P.S., Kochetov A.V. Proceedings of the 5th International Symposium on Integrative Bioinformatics. P 327, 20-22 August 2008, Germany
	Genetically modified tobacco and potato plants with elevated proline level are characterized by resistance to salt stress Kolodyazhnaya Ya Progress and problems of genetics, selection and biotechnology. Alushta, Ukraine, 2008, September 22-26
2007	Супрессия активности гена пролиндегидрогеназы повышает неспецифическую устойчивость растений к абиотическим стрессам Колодяжная Я.С., Коваль В.С., Романова А.В., Титов С.Е., Кочетов А.К. 2-й Всероссийский симпозиум "Физиология трансгенного растения и проблемы биобезопасности" (Москва 22-25 октября 2007 г.)
	Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
	Генетически модифицированные растения табака (Nicotiana tabacum L.), характеризующиеся повышенной устойчивостью к абиотическим стрессам Колодяжная Я.С. Титов С.Е VIII Съезд Украинского общества генетиков и селекционеров им. Н.И. Вавилова, Алушта, Украина, 24-28 сентября
	Наследование розовой окраски венчика у полиплоидов земляники (Fragaria L.) Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. VIII Съезд Украинского общества генетиков и селекционеров им. Н.И. Вавилова, Алушта, Украина, 24-28 сентября
2006	Distant education and collaborative projects: the Network www-site Kochetov A.V. 4th Meeting of German/Russian Virtual Network of Bioinformatics. Bielefeld, Germany, October 9-10
	The contribution of alternative translation start sites to human protein diversity Kochetov A.V., Sarai A., Kolchanov N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
	The role of alternative translation start sites in generation of eukaryotic protein diversity Kochetov A.V. 8th International Engelhardt Conference on Mollecular Biology "RNA-protein interactions", Moscow, August 19-24
	Alternative coding potential of mammalian mRNAs Kochetov A.V. Conf. on Translational Control and Non-coding RNA. Nove Hrad, Czech Rep., Nov. 8-12