Identification of novel loci precisely modulating pre-harvest sprouting resistance and red color components of the seed coat in T. aestivum L. Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Komyshev E.G., Koval V.S., Afonnikov D.A., Salina E.A. Plants, 2024, т. 13, № 10, с. 1309
AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
Developmental and housekeeping genes: two types of genetic organization in the Drosophila genome Igor Zhimulev, Tatyana Vatolina, Victor Levitsky, Anton Tsukanov INT J MOL SCI, 2024, 25(7), 4068
A Principal Components Analysis and Functional Annotation of Differentially Expressed Genes in Brain Regions of Gray Rats Selected for Tame or Aggressive Behavior Irina Chadaeva, Rimma Kozhemyakina, Svetlana Shikhevich, Anton Bogomolov, Ekaterina Kondratyuk, Dmitry Oshchepkov, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel INT J MOL SCI, 2024, 25(9): 4613
Peak Scores Significantly Depend on the Relationships between Contextual Signals in ChIP-Seq Peaks. Vishnevsky OV, Bocharnikov AV, Ignatieva EV. INT J MOL SCI, 2024, 25(2):1011. Published 2024 Jan 13.
Effect of Short-Term Restraint Stress on the Hypothalamic Transcriptome Profiles of Rats with Inherited Stress-Induced Arterial Hypertension (ISIAH) and Normotensive Wistar Albino Glaxo (WAG) Rats Dmitry Yu. Oshchepkov, Yulia V. Makovka , Larisa A. Fedoseeva, Alisa A. Seryapina,
Arcady L. Markel, Olga E. Redina INT J MOL SCI, 2024, 25(12):6680
Image-based classification of wheat spikes by glume pubescence using convolutional neural networks. Artemenko N.V., Genaev M.A., Epifanov R.UI., Komyshev E.G., Kruchinina Y.V., Koval V.S., Goncharov N.P. and Afonnikov D.A. Frontiers in Plant Science, 2024, т. 14, с. 1336192
Конвейер обработки гиперспектральных изображений на примере исследования зерен ячменя, содержащих меланин. Бусов И.Д., Генаев М.А., Комышев Е.Г., Коваль В.С., Зыкова Т.E., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, т. 28, № 4, С. 443-455
Restraint Stress-Induced Expression of Fos and Several Related Genes in the Hypothalamus of Hypertensive ISIAH Rats Yu. V. Makovka, L. A. Fedoseeva, D. Yu. Oshchepkov, A. L. Markel, and O. E. Redina. Molecular Biology, 2024, vol. 58, no. 1, pp. 62–70.
Phenological Response of Plants of Different Biomorphs to Climate Change in Western Siberia E. S. Fomin, T. I. Fomina BIOL BULL+(RUS), 2024, 2024, Vol. 51, No. 3, pp. 565–575
Новый ген опушения листа Hl1th, интрогрессированный в мягкую пшеницу от Thinopyrum ponticum, и его фенотипическое проявление при гомеологичных хромосомных замещениях Симонов А.В., Гордеева Е.И., Генаев М.А., Ли Вэньцзянь, Булатов И.О., Пшеничникова Т.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, (в печати)
Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data Vladimir V. Raditsa,
Anton V. Tsukanov,
Anton G. Bogomolov,
Victor G. Levitsky NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6(3), lqae090
Analysis of auxin responses in the fern Ceratopteris richardii identifies the developmental phase as a major determinant for response properties Sjoerd Woudenberg, Melissa Dipp Alvarez, Juriaan Rienstra, Victor Levitsky, Victoria Mironova, Enrico Scarpella, Andre Kuhn, Dolf Weijers DEVELOPMENT, 2024, 151(20), dev203026
Crosstalk between BER and NHEJ in XRCC4-deficient cells depending on hTERT overexpression Svetlana V. Sergeeva,Polina S. Loshchenova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Konstantin E. Orishchenko INT J MOL SCI, 2024, Int. J. Mol. Sci. 2024, 25(19), 10405
Unexpected conformational dynamics associated with racemization in the [Cp′′′2NdI] complex in solution {where Cp′′′ = 1,3,4-tris(tert-butyl)cyclopentadienide} S.P. Babailov, M.Yu. Afonin, N.B. Kompankova, E.S. Fomin NEW J CHEM, 2024, 2024,48,14516-14520
Effect of Short-Term Restraint Stress on the Expression of
Genes Associated with the Response to Oxidative Stress in the Hypothalamus of Hypertensive ISIAH and Normotensive WAG Rats. Makovka Y.V., Oshchepkov D.Y., Fedoseeva L.A., Markel A.L., Redina O.E. Antioxidants, 2024, Antioxidants 2024, 13, 1302.
TauL1, TauL2 and TauL3 gene-pools of Aegilops tauschii essentially differ in their genetic expression patterns Alexander Ju. Dudnikov, Gennady V. Vasiliev, Ming Hao, Deng-Cai Liu, Fan Xing, Mehdi Mansouri, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov Botanica Serbica, 2024, 48 (2): 239–246
The Transcriptomic Response of Cells of the Thermophilic Bacterium Geobacillus icigianus to Terahertz Irradiation Sergey Peltek, Svetlana Bannikova,Tamara M. Khlebodarova, Yulia Uvarova, Aleksey M. Mukhin, Gennady Vasiliev, Mikhail Scheglov, Aleksandra Shipova, Asya Vasilieva, Dmitry Oshchepkov, Alla Bryanskaya, Vasily Popik INT J MOL SCI, 2024
2023
Determination of the melanin and anthocyanin content in barley grains by digital image analysis using machine learning methods E.G. Komyshev, M.A. Genaev, I.D. Busov, M.V. Kozhekin, N.V. Artemenko, A.Y. Glagoleva, V.S. Koval, D.A. Afonnikov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
Характеристика синтетической линии пшеницы –
потенциального источника хозяйственно ценных признаков И.Г. Адонина, М.В. Зорина, С.П. Мехдиева, И.Н. Леонова, Е.Г. Комышев, Е.М. Тимонова, Е.А. Салина Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, Т.9,№3,С.117-125
Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato
Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Gennady V. Vasiliev, Stepan V. Toshchakov, Nikolay A. Shmakov, Mikhail A. Genaev, Mikhail A. Nesterov, Salmaz M. Ibragimova, Daniil A. Rybakov,
Tatjana A. Gavrilenko, Elena A. Salina, Maxim V. Patrushev, Alex V. Kochetov and Dmitry A. Afonnikov INT J MOL SCI, 2023, v. 24, p. 5713
Synthesis, crystal structure and NMR-study new mononuclear paramagnetic Er (III) complex based on imine derivatives of thiacalix[4]arene E.N. Zapolotsky, S.P. Babailov, M.V. Kniazeva, Y.V. Strelnikova, A.S. Ovsyannikov, A.T. Gubaidullin, S.E. Solovieva, I.S. Antipin, E.S. Fomin, I.P. Chuikov INORG CHIM ACTA, 2023, 545, 121267
The context signals
of mitochondrial miRNAs (mitomiRs) of mammals O.V. Vishnevsky, P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):819-825
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
Three Cycles of Continuous Propagation of a Severe PSTVd
Strain NicTr-3 in Solanum lycopersicum cv. Rutgers Resulted in Its Attenuation and Very Mild Disease Symptoms in Potato Alex V. Kochetov, Nikolay Shmakov, Dmitry A. Afonnikov, Gennady V. Vasiliev, Natalja V. Shatskaya, Anastasiya A. Egorova, Nina V. Mironenko, Nina M. Lashina, Alexander V. Khiutti and Olga S. Afanasenko Agronomy, 2023, v. 13, №3, P. 684
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
РАЗВИТИЕ ИДЕИ Н.К. КОЛЬЦОВА О ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ОРГАНИЗАЦИИ
МЕЖДИСКОВ ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМ DROSOPHILA MELANOGASTER И. Ф. Жимулев, Т. Ю. Ватолина, В. Г. Левицкий,
Т. Д. Колесникова, А. В. Цуканов Онтогенез, 2023, том 54, № 2, с. 172–175
Developmental Biology: Computational and Experimental Approaches Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 13, 24, 10435
Age-Dependent Changes in the Relationships between Traits Associated with the Pathogenesis of Stress-Sensitive Hypertension in ISIAH Rats Oshchepkov DY, Makovka YV, Ponomarenko MP, Redina OE, Markel AL. INT J MOL SCI, 2023, 24(13):10984.
База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806.
Phenological Reactions of Perennial Plants to Climate Change in Western Siberia. Fomin E.S.,Fomina T.I. CONTEMP PROBL ECOL, 2023, 2023, vol.16, No 6, pp.698-707
Human_SNP_TATAdb – база данных о SNP, статистически достоверно изменяющих сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека: полногеномный анализ и варианты использования. Филонов С.В., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Твердохлеб Н.Н., Пономаренко П.М., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 7, 27, 728-736
Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova,
T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
Компиляция и функциональная классификация генов, ассоциированных с длиной теломер, у человека и других видов животных Игнатьева Е.В., Юдин Н.С., Ларкин Д.М. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(3):292-301
Compilation and functional classification of telomere length-associated genes in humans and other animal species Ignatieva E.V., Yudin N.S., Larkin D.M. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(3):283-292
Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
Integrating omics databases for enhanced crop breeding Chao H, Zhang S, Hu Y, Ni Q, Xin S, Zhao L, Ivanisenko VA, Orlov YL, Chen M J INTEGR BIOINFORM, 2023, Jul 25;20(4)
RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806
2022
Wheat yield estimation based on analysis of UAV
images at low altitude Mikhail Kozhekin, Mikhail Genaev, Vasily Koval, Andrey Slobodchikov, Dmitry Afonnikov BIO Web of Conferences, 2022
Switching of shifting and relaxational NMR-thermosensor properties of iron (II) tris-(pyrazol-1-yl) methane complexes due to spin-crossover S.P.Babailov,E.N.Zapolotsky,V.V.Kokovkin,O.G.Shakirova,I.V.Mironov,I.P.Chuikov,E.S.Fomin POLYHEDRON, 2022, Volume 212, 2022, 115611
Relationship between the characteristics of bread wheat grains, storage time and germination Dmitry A. Afonnikov. Evgenii G. Komyshev, Vadim M. Efimov, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Peter U. Gierke and Andreas Börner Plants, 2022, v. 11, p. 35
Classification of Fruit Flies by Gender in Images Using
Smartphones and the YOLOv4-Tiny Neural Network Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Olga D. Shishkina, Natalya V. Adonyeva, Evgenia K. Karpova, Nataly E. Gruntenko, Lyudmila P. Zakharenko, Vasily S. Koval and Dmitry A. Afonnikov Mathematics, 2022, v. 10, p. 295
Variability of leaf pubescence characteristics in transgenic tobacco lines with partial proline dehydrogenase gene suppression. S.M. Ibragimova, M.A. Genaev, A.V. Kochetov, D.A. Afonnikov BIOL PLANTARUM, 2022, 66:24-28
Stress reactivity, susceptibility to hypertension, and differential expression of genes in hypertensive compared to normotensive patients Oshchepkov D, Chadaeva I, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Khandaev B, Sharypova E, Ponomarenko P, Bogomolov A, Klimova NV, Shikhevich S, Redina O, Kolosova NG, Nazarenko M, Kolchanov NA, Markel A, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, 5, 23, Article number 2835
Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека. Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 1, 26, 96-108
Editorial: Association Between Individuals’ Genomic Ancestry and Variation in Disease Susceptibility Ranajit Das, Tatiana V. Tatarinova, Elvira R. Galieva, Yuriy L. Orlov Frontiers in Genetics, 2022, 13:831320
An experimental study of the effects of SNPs in the TATA boxes of the GRIN1, ASCL3 and NOS1 genes on interactions with the TATA-binding protein. Sharypova E.B., Drachkova I.A., Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 3, 26, 227-233
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin INT J MOL SCI, 2022, 23, 8981
CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V Frontiers in Plant Science, 2022, 13:942710
QTL Analysis for Bread Wheat Seed Size, Shape and Color
Characteristics Estimated by Digital Image Processing Mian Abdur Rehman Arif, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Nikolay
A. Shmakov, Andreas Börner and Dmitry A. Afonnikov Plants, 2022, v. 11, article 2105.
Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. INT J MOL SCI, 2022, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(20), 12269
Structure Determination of Binuclear Triple-Decker Phthalocyaninato Complexes by NMR via Paramagnetic Shifts Analysis Using Symmetry Peculiarities Sergey P. Babailov, Eugeny N. Zapolotsky, Eduard S. Fomin, Marina A. Polovkova, Gayane A. Kirakosyan, Alexander G. Martynov, Yulia G. Gorbunova MOLECULES, 2022, 27(22), 7836
STUDY OF THE STRUCTURE AND PARAMAGNETIC PROPERTIES OF THE [Dy(H2O)(n)(CyDTA)](-) COMPLEX IN AN AQUEOUS SOLUTION USING NMR DATA Zapolotsky E. N., Babailov S. P. , Fomin E. S. J STRUCT CHEM+, 2022, 63 (11), 1840-1849
Фосфолипазы A2 человека: функциональный и эволюционный анализ Турнаев Игорь Иванович, Бочарникова Мария Евгеньевна, Афонников Дмитрий Аркадьевич Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, № 8, Том 26, ст. 787-797
Информационные ресурсы по патогенам и вредителям культурных растений Турнаев Игорь Иванович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2022, № 1, том 8, 84-92
Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 8, 26, 798-805
On a Numerical Model of a Circadian Oscillator A. A Akinshin, N. B Ayupova, V. P Golubyatnikov,
N. E Kirillova, O. A Podkolodnaya, and N. L Podkolodnyy Numerical Analysis and Applications, 2022, Vol. 15, No. 3, pp. 187–196
Plant Biology and Biotechnology: Focus on Genomics and Bioinformatics Orlov Y.L., Ivanisenko V.A., Dobrovolskaya O.B., Chen M. INT J MOL SCI, 2022, 23, 6759
2021
Autophagy genes expression profiling in secondary glioblastoma cells transcriptome Gubanova N., Bragin A., Vasiliev G., Babenko V., Ponomarenko M., Orlov Y. Cell Death Discovery, 2021, 7 (SUPPL 1), pp.5-5
Medical Genetics, Genomics and Bioinformatics Aid in Understanding Molecular Mechanisms of Human Diseases Yuriy L. Orlov, Anastasia A. Anashkina, Vadim V. Klimontov, Ancha V. Baranova INT J MOL SCI, 2021, 2021, 22(18), 9962
Tissue-specific transcriptome profiling of the Arabidopsis inflorescence stem reveals local cellular signatures Dongbo Shi, Virginie Jouannet, Javier Agustí, Verena Kaul, Victor Levitsky, Pablo Sanchez, Victoria V Mironova, Thomas Greb PLANT CELL, 2021, 33(2), 200–223
Differential expression of 10 genes in the hypothalamus
of two generations of rats selected for a reaction to humans Климова Н.В., Чадаева И.В., Шихевич С.Г., Кожемякина Р.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
A bioinformatics model of human diseases on the basis of differentially expressed genes (of domestic versus wild animals) that are orthologs of human genes associated with reproductive-potential changes. Vasiliev G, Chadaeva I, Rasskazov D, Ponomarenko P, Sharypova E, Drachkova I, Bogomolov A, Savinkova L, Ponomarenko M, Kolchanov N, Osadchuk A, Oshchepkov D, Osadchuk L. INT J MOL SCI, 2021, 5, 22, 2346
Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2 А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):7-17.
Геномная изменчивость в регуляторных районах генов, ассоциированная с заболеваниями человека: механизмы влияния на транскрипцию генов и полногеномные информационные ресурсы, обеспечивающие исследование этих механизмов. Игнатьева Е.В., Матросова Е.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1): 18-29
Disease-associated genetic variants in the regulatory regions of human genes: mechanisms of action on transcription and genomic resources for dissecting these mechanisms. Ignatieva E.V., Matrosova E.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021;25(1):18-29
The identification of a new gene for leaf pubescence introgressed into bread wheat from Triticum timopheevii Zhuk. and its manifestation in a different genotypic background Симонов Александр Владимирович
Смирнова Ольга Григорьевна
Генаев Михаил Александрович
Пшеничникова Татьяна Алексеевна Plant Genetic Resources, 2021, https://www.cambridge.org/core/journals/plant-genetic-resources/article/identification-of-a-new-gene-for-leaf-pubescence-introgressed-into-bread-wheat-from-triticum-timopheevii-zhuk-and-its-manifestation-in-a-different-genotypic-background/53B7CC3DCB46945
A Sight on Single-Cell Transcriptomics in Plants Through the Prism of Cell-Based Computational Modeling Approaches: Benefits and Challenges for Data Analysis Aleksandr Bobrovskikh, Alexey Doroshkov, Stefano Mazzoleni, Fabrizio Cartenì, Francesco Giannino, Ulyana Zubairova Frontiers in Genetics, 2021, Front. Genet. 12:652974
Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova CURR OPIN PLANT BIOL, 2021, 63, 102058
Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. Frontiers in Genetics, 2021, V. 12. Article number 610774.
A catalogue of human genes associated with pathozoospermia and functional characteristics of these genes Ignatieva E.V., Osadchuk A.V., Kleshchev M.A., Bogomolov A.G., Osadchuk L.V. Frontiers in Genetics, 2021, 2:662770
Domestication explains two-thirds of differential-gene-expression variance between domestic and wild animals; the remaining one-third reflects intraspecific and interspecific variation Chadaeva I, Ponomarenko P, Kozhemyakina R, Suslov V, Bogomolov A, Klimova N, Shikhevich S, Savinkova L, Oshchepkov D, Kolchanov N, Markel A, Ponomarenko M. Animals, 2021, V. 11. N. 9. Article number 2667.
Image-Based Wheat Fungi Diseases Identification by Deep Learning Genaev M .A., Skolotneva E.S., Gultyaeva E.I., Orlova E.A., Bechtold N.P., Afonnikov D.A. Plants, 2021, V. 10, P. 1500
E. coli aggregation and impaired cell division after terahertz irradiation. 1. Peltek S, Meshcheryakova I, Kiseleva E, Oshchepkov D, Rozanov A, Serdyukov D, Demidov E, Vasiliev G, Vinokurov N, Bryanskaya A, Bannikova S, Popik V, Goryachkovskaya T. SCI REP-UK, 2021, Oct 14;11(1):20464.
ПОЛИМОРФИЗМ ВАРИАНТОВ ГЕНА N-АЦЕТИЛТРАНСФЕРАЗЫ 2 (NAT2)
И АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ. Тийс Роза Павловна, Осипова Людмила Павловна,Галиева Эльвира Расимовна, Личман Дарья Вениаминовна, Воронина Елена Николаевна,Мелихова А. В., Орлов Юрий Львович, Филипенко Максим Леонидович Биомедицинская химия, 2021, том 67, вып. 3, с. 213-221.
Editorial: Bioinformatics of Genome Regulation, Volume I Yuriy L. Orlov, Tatiana V. Tatarinova, Nina Y. Oparina, Elvira R. Galieva,Ancha V. Baranova Frontiers in Genetics, 2021, 2021, Vol. 12, p.2399
Recent Trends in Cancer Genomics and Bioinformatics Tools Development Anastasia A. Anashkina, Elena Y. Leberfarb, Yuriy L. Orlov INT J MOL SCI, 2021, 2021, 22(22), 12146
Biodistribution of 10B in Glioma Orthotopic Xenograft Mouse Model after Injection of L-para-Boronophenylalanine and Sodium Borocaptate Natalya V. Gubanova, Alphiya R. Tsygankova, Evgenii L. Zavjalov, Alexander V. Romashchenko, Yuriy L. Orlov Biomedicines, 2021, 2021, 9(7), 722
Glioblastoma gene network reconstruction and ontology analysis by online bioinformatics tools Natalya V. Gubanova, Nina G. Orlova, Arthur I. Dergilev, Nina Y. Oparina, Yuriy L. Orlov J INTEGR BIOINFORM, 2021, 2021; 20210031
Changes in the Phenology of Perennial Plants in Western Siberia against the Background of Global Warming E. S. Fomin, T. I. Fomina CONTEMP PROBL ECOL, 2021, volume 14, pages 434–445 (2021)
Об условиях существования циклов в двух базовых моделях циркадного осциллятора млекопитающих Голубятников В. П., Подколодная О. А., Подколодный Н. Л., Аюпова Н. Б., Кириллова Н. Е., Юношева Е. В. Сибирский журнал индустриальной математики, 2021, 2021, том 24, № 4 (88). С. 39-53.
2020
Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. No 2. С. 455–470
Faint gray bands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes are formed by coding sequences of housekeeping genes Olga V. Demakova, Sergey A. Demakov, Lidiya V. Boldyreva, Tatyana Yu. Zykova, Victor G. Levitsky, Valeriy F. Semeshin, Galina V. Pokholkova, Darya S. Sidorenko, Fedor P. Goncharov, Elena S. Belyaeva, Igor F. Zhimulev CHROMOSOMA, 2020, 129(1), 25-44
Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain. Anna S. Pavlova, Georgii D. Ozhegov, Georgij P. Arapidi, Ivan O. Butenko, Eduard S. Fomin, Nikolai A. Alemasov, Dmitry A. Afonnikov, Dina R. Yarullina, Vadim T. Ivanov, Vadim M. Govorun, Airat R. Kayumov PROTEIN J, 2020, 39, p. 73–84
Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N. INT J MOL SCI, 2020, 3, 21, 1045
Specification and regulation of vascular tissue identity in the Arabidopsis embryo Margot E. Smit, Cristina I. Llavata-Peris, Mark Roosjen, Henriette van Beijnum, Daria Novikova, Victor Levitsky, Iris Sevilem, Pawel Roszak, Daniel Slane, Gerd Jürgens, Victoria Mironova, Siobhan M. Brady, Dolf Weijers DEVELOPMENT, 2020, 147(8):dev186130
Genes Containing Long Introns Occupy Series of Bands and Interbands In Drosophila melanogaster polytene Chromosomes Varvara A. Khoroshko, Galina V. Pokholkova, Victor G. Levitsky, Tatyana Yu. Zykova, Oksana V. Antonenko, Elena S. Belyaeva, and Igor F. Zhimulev Genes, 2020, 11(4), 417
Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova INT J MOL SCI, 2020, 21, 6023
Анализ цветовых и текстурных характеристик зерен злаков на цифровых изображениях Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 4, с. 340-347
Использование гиперспектральной камеры Specim IQ
для анализа растений В.В. Альт, Т.А. Гурова, О.В. Елкин, Д.Н. Клименко, Л.В. Максимов, И.А. Пестунов, О.А. Дубровская,
М.А. Генаев, Т.В. Эрст, К.А. Генаев, Е.Г. Комышев, В.К. Хлесткин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 3, с. 259-266
Subcellular compartmentalization of the plant antioxidant system: an integrated overview Aleksandr Bobrovskikh, Ulyana Zubairova, Alexey Kolodkin, Alexey Doroshkov PeerJ, 2020
Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis Alejandra Freire-Rios, Keita Tanaka, Isidro Crespo, Elmar van der Wijk, Yana Sizentsova, Victor Levitsky, Simon Lindhoud, Mattia Fontana, Johannes Hohlbein, D. Roeland Boer, Victoria Mironova, and Dolf Weijers P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117 (39) 24557-24566
Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of protein-coding genes on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome. Ponomarenko M., Kleshchev M., Ponomarenko P., Chadaeva I., Sharypova E., Rasskazov D., Kolmykov S., Drachkova I., Vasiliev G., Gutorova N., Ignatieva E., Savinkova L., Bogomolov A., Osadchuk L., Osadchuk A., Oshchepkov D. BMC GENET, 2020, V. 21, Suppl. 1. P. 89
Unannotated single nucleotide polymorphisms in the TATA box of erythropoiesis genes show in vitro positive involvements in cognitive and mental disorders. Ponomarenko M., Sharypova E., Drachkova I., Chadaeva I., Arkova O., Podkolodnaya O., Ponomarenko P., Kolchanov N., Savinkova L. BMC MED GENET, 2020, V. 21, Suppl. 1. P. 165.
Quantifying Drosophila adults with the use of a smartphone Evgenia K. Karpova, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Natalya V. Adonyeva, Dmitry A. Afonnikov, Margarita A. Eremina, Nataly E. Gruntenko Biology Open, 2020, 9: bio054452
Phenotypic intraspecific variability of Campanula altaica Ledeb. (Campanulaceae) in the Western Siberian forest steppe. Tatyana I. Fomina, Eduard S. Fomin Journal of Asia-Pacific Biodiversity, 2020, V. 13, Issue 4, P. 658-666
A Nonparametric Model for Analysis of Flowering Patterns of Herbaceous Multi-flowered Monocarpic Shoots Fomin E., Fomina T. B MATH BIOL, 2020, v. 82, p. 146
Study of flowering patterns of Campanula L. species using computer modeling Tatyana I. Fomina, Eduard S. Fomin BIO Web of Conferences, 2020, Volume 24, 2020, p. 00022
Nucleosome positioning around transcription start site correlates with gene expression only for active chromatin state in Drosophila interphase chromosomes Victor G. Levitsky, Tatyana Yu. Zykova, Yuri M. Moshkin, Igor F. Zhimulev INT J MOL SCI, 2020, 21, 9282
Genetics researches at the “Centenary of human population genetics” conference and SBB-2019 Tatarinova TV, Tabikhanova LE, Eslami G, Bai H, Orlov YL BMC GENET, 2020, 21(Suppl 1): 109
Genes associated with cognitive performance in the Morris water maze: an RNA-seq study Vasiliy V. Reshetnikov, Polina E. Kisaretova, Nikita I. Ershov, Anastasia S. Shulyupova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Natalia V. Klimova, Anna V. Ivanchihina, Tatiana I. Merkulova, Natalia P. Bondar SCI REP-UK, 2020, Sci Rep 10, 22078 (2020)
Comparative Expression Analysis of Stress-Inducible Candidate Genes in Response to Cold and Drought in Tea Plant Lidiia S. Samarina, Alexandr V. Bobrovskikh, Alexey V. Doroshkov,Lyudmila S. Malyukova, Alexandra O. Matskiv, Ruslan S. Rakhmangulov, Natalia G. Koninskaya, Valentina I. Malyarovskaya, Wei Tong, Enhua Xia, Karina A. Manakhova, Alexey V. Ryndin, Yuriy L. Orlov Frontiers in Genetics, 2020, 11, 1613
Construction of a biosensor sensitive to terahertz radiation based on the glutamine synthetase gene promoter Irina Meshcheryakova, Tatyana Goryachkovskaya, Svetlana Bannikova, Alexey Rozanov, Elizaveta Demidova, Dmitry Oshchepkov, Evgeniy Demidov, Alla Bryanskaya, Nikolay Vinokurov, Vasiliy Popik, Sergey Peltek AIP CONFERENCE PROCEEDINGS, 2020
2019
Quantitative characteristics of pubescence in wheat (Triticum aestivum L.) are associated with photosynthetic parameters under conditions of normal and limited water supply Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Svetlana V. Osipova, Alexey V. Permyakov,
Marina D. Permyakova, Vadim M. Efimov, Dmitry A. Afonnikov PLANTA, 2019, №3, V. 243, pp. 839–847
Two types of conformational dynamics and thermo-sensor properties of praseodymium-DOTA by 1 H/13C NMR S.P. Babailov, E.N. Zapolotsky, A.I. Kruppa, P.A. Stabnikov, I.A. Godovikov, E.V. Bocharov, E.S. Fomin INORG CHIM ACTA, 2019, Vol. 486, 2019, P. 340-344.
A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of Pairwise Distances in n2 Steps for the Sequencing Problem: III. Noise Inputs for the Beltway Case. Fomin E.S. J COMPUT BIOL, 2019, Vol. 26(1), 68-75
Системный подход к моделированию развития листостебельных грибных инфекций пшеницы Николаев С.В., Зубаирова У.С., Сколотнева Е.С., Орлова Е.А., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(1):100-109
Numerical Algorithm for Morphogen Synthesis Region Identification with Indirect Image-Type Measurement Data Penenko A.V., Zubairova U.S., Mukatova Z., Nikolaev S.V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2019, Vol. 17, No. 1 1940002
Exome-wide search and functional annotation of genes associated in patients with severe tick-borne encephalitis in a Russian population Ignatieva E.V., Yurchenko A.A., Voevoda M.I., Yudin N.S. BMC MED GENOMICS, 2019, 12(Suppl 3):61
New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin BMC GENOMICS, 2019, 20:399
Natural selection equally supports the human tendencies in subordination and domination: a genome-wide study with in silico confirmation and in vivo validation in mice. Chadaeva I., Ponomarenko P., Rasskazov D., Sharypova E., Kashina E., Kleshchev M., Ponomarenko M., Naumenko V., Savinkova L., Kolchanov N., Osadchuk L., Osadchuk A. Frontiers in Genetics, 2019, 2, 10, Article 73
Architecture of promoters of house-keeping genes in polytene chromosome interbands of Drosophila melanogaster Zykova TY, Levitsky VG, Zhimulev IF Doklady Biochemistry and Biophysics, 2019, 485(1):95-100
Оценка количественных характеристик клубнеобразования
дикого картофеля на основе анализа изображений клубней
с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала,
Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019. Онлайн.
The evolution of gene regulatory networks controlling Arabidopsis thaliana L. trichome development. Doroshkov AV, Konstantinov DK, Afonnikov DA, Gunbin KV. BMC PLANT BIOL, 2019
Тестирование безопасности продуктов из генетически модифицированного риса: экспериментальное исследование на крысах Спраг-Доули Ширдели М., Орлов Ю.Л., Ислами Г., Хаджимохаммади Б., Табиханова Л.Э., Ихрампуш М.Х., Резвани М.Э., Фаллахзаде Х., Занди Х., Хоссейни С.С., Ахмадиан С., Мортазави Ш., Фаллахи Р., Асади-Юсефабад С.Л. Генетика, 2019, Т. 55. № 8. С. 912-919.
Кандидатные SNP-маркеры атеросклероза, которые способны достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Пономаренко М.П., Рассказов Д.А., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Генетика, 2019, 9, 55, 1083-1098
The differences in brain stem transcriptional profiling in hypertensive ISIAH and normotensive WAG rats Fedoseeva L.A., Klimov L.O., Ershov N.I., Efimov V.M., Markel A.L., Orlov Y.L., & Redina O.E. BMC GENOMICS, 2019, 20(3), 297.
A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive
analysis of motifs co-occurrence with MCOT package Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E.,
Grosse I., Mironova V., Merkulova T. NUCLEIC ACIDS RES, 2019, 47(21):e139
Morphometry of the Wheat Spike by Analyzing 2D Images Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Nikolai V. Smirnov, Yuliya V. Kruchinina,
Nikolay P. Goncharov and Dmitry A. Afonnikov Agronomy, 2019, 0, 9, 390
Stress-induced changes in the expression of antioxidant system genes for rice (Oryza sativa L.) and bread wheat (Triticum aestivum L.) Anton Ermakov, Aleksandr Bobrovskikh, Ulyana Zubairova, Dmitrii Konstantinov, Alexey Doroshkov PeerJ, 2019, PeerJ 7:e7791
A rat model of human behavior provides evidence of natural selection against underexpression of aggressiveness-related genes in humans. Oshchepkov D., Ponomarenko M., Klimova N., Chadaeva I., Bragin A., Sharypova E., Shikhevich S., Kozhemyakina R. Frontiers in Genetics, 2019, V. 10. Article № 1267
Транскриптомное секвенирование в культурах клеток глиом и анализ данных экспрессии генов Ю.Л.Орлов, С.С.Ковалев, Ю.П.Белоусова, Н.Г.Орлова, Е.Ю.Леберфарб Гены и клетки, 2019, Vol.XIV, №3, р.111
Кандидатные SNP-маркеры ревматоидного полиартрита, которые могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Козлов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 8, 23, 1047-1058
Ассоциация однонуклеотидного полиморфизма rs110861313 в межгенном районе хромосомы 23 с развитием лейкоза у крупного рогатого скота черно-пестрой породы Айтназаров Р.Б., Игнатьева Е.В., Агаркова Т.А., Двоеглазов Н.Г., Осипова Н.А., Храмцов В.В., Юдин Н.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(8):999-1005
Разработка программного комплекса WebMCOT для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов Мухин Алексей Максимович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лашин Сергей Александрович Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2019, Т. 17, №4. C. 74–86
Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах дифференциально экспрессирующихся генов AGRP нейронов гипоталамуса мыши в ответ на голодание А. В. Бочарников, Е. В. Игнатьева, О. В. Вишневский Вестник СибГУТИ, 2019, №3, с.36-44
Компьютерные методы для анализа технологий секвенирования в анализе хромосомных контактов в клетке Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Дергилев А.И., Бабенко Р.О., Галиева Э.Р., Леберфарб Е.Ю. Гены и клетки, 2019, Том XIV №4-1, 2019. C. 171.
Проблемы сохранения in vitro гермоплазмы цитрусовых В.М. Горшков, Л.С. Самарина, Р.В. Кулян, В.И. Маляровская, А.В. Рындин, Р.С. Рахмангулов, Ю.Л. Орлов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(1):24-28
2018
CpG islands’ clustering uncovers early development genes in the human genome Babenko V.N. , Bogomolov A.G., Babenko R.O., Galieva E.R., Orlov Y.L. COMPUT SCI INF SYST, 2018, V 15 N2
Novel read density distribution score shows possible aligner artefacts, when mapping a single chromosome Fedor M. Naumenko, Irina I. Abnizova, Nathan Beka, Mikhail A. Genaev, Yuriy L. Orlov BMC GENOMICS, 2018, BMC Genomics 2018; 19(Suppl 3):92
Изучение генной экспрессии при адаптации к гипотоническим условиям на примере трехиглой колюшки (Gasterosteus aculeatus) Расторгуев С. М., Недолужко А. В., Груздева Н. М., Булыгина Е. С., Цыганкова С. В., Ощепков Д. Ю. Мазур А. М., Прохорчук Е. Б., Скрябин К. Г. Acta Naturae, 2018, ACTA NATURAE VOL. 10 № 1 (36) 2018 pp.70-79
Evolution of Brain Active Gene Promoters in Human Lineage Towards the Increased Plasticity of Gene Regulation. Gunbin KV, Ponomarenko MP, Suslov VV, Gusev F, Fedonin GG, Rogaev EI. MOL NEUROBIOL, 2018, 3, 55,1871-1904
Polytene Chromosomes – A Portrait of Functional Organization of the Drosophila Genome Tatyana Yu Zykova, Victor G. Levitsky , Elena S. Belyaeva, Igor F. Zhimulev CURR GENOMICS, 2018, 19(3):179-191
Haplotype analysis of Apoe SNPs in ADNI dataset. Babenko VN, Afonnikov DA, Ignatieva EV, Klimov AV, Gusev FE, Rogaev EI BMC NEUROSCI, 2018, 19(Suppl 1):16
ARGO_CUDA: EXHAUSTIVE GPU BASED APPROACH FOR MOTIF DISCOVERY IN LARGE DNA DATASETS Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, 16(1), Epub 2017 Dec 10.
Candidate SNP markers of reproductive potential are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Chadaeva IV, Ponomarenko PM, Rasskazov DA, Sharypova EB, Kashina EV, Zhechev DA, Drachkova IA, Arkova AV, Savinkova LK, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Osadchuk LV, Osadchuk AV. BMC GENOMICS, 2018, Suppl 3, 19, article 0
Introduction to the 9th Young Scientists School on Systems Biology and Bioinformatics (SBB'2017) Orlov Y.L., Tatarinova T.V., Zakhartsev M.V., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, Vol. 16, No. 1 (2018) 1802001 (5 pages)
Spatial specificity of auxin responses coordinates
wood formation Klaus Brackmann, Jiyan Qi, Michael Gebert, Virginie Jouannet, Theresa Schlamp, Karin Grünwald, Eva-Sophie Wallner, Daria D. Novikova, Victor G. Levitsky, Javier Agustí, Pablo Sanchez, Jan U. Lohmann, Thomas Greb NAT COMMUN, 2018, 9(1):875
Analysis of the Basic Characteristics of Osteogenic and Chondrogenic Cell Lines Important for Tissue Engineering Implants Astakhova N.M., Korel’ A.V., Shchelkunova E.I., Orishchenko K.E., Nikolaev S.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A. B EXP BIOL MED+, 2018, 5 March 2018, Pages 1-8
Экспериментальное изучение влияния редких полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов HBB, HBD и F9 человека на кинетику взаимодействия с ТАТА-связывающим белком Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Кашина Е.В., Рассказов Д.А., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 1, 22, 145-152
Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22 (2):279284
Gene Expression in the Three-Spined Stickleback (Gasterosteus aculeatus) of Marine and Freshwater Ecotypes S. M. Rastorguev, A. V. Nedoluzhko, N. M. Gruzdeva, E. S. Boulygina, S. V. Tsygankova, D. Y. Oshchepkov, A. M. Mazur, E. B. Prokhortchouk, K. G. Skryabin Acta Naturae, 2018, VOL. 10 № 1 (36) 2018 pp. 66-75
Генетическая предрасположенность человека к заболеваниям, вызываемым вирусами семейства Flaviviridae Юдин Н.С., Бархаш А.В., Максимов В.Н., Игнатьева Е.В., Ромащенко А.Г. Molecular Biology, 2018, Т.52, №2. С. 190-209.
A matrix metalloproteinase 9 (MMP9) gene single nucleotide polymorphism is associated with predisposition to tick-borne encephalitis virus-induced severe central nervous system disease Barkhash A.V., Yurchenko A.A., Yudin N.S., Ignatieva E.V., Kozlova I.V., Borishchuk I.A., Pozdnyakova L.L., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. TICKS TICK-BORNE DIS, 2018, Vol. 9, No. 4. P. 763-767
Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(3):386-393
Генетические исследования мультифакторных заболеваний: системно-биологические подходы Хантемирова М.Р., Табиханова Л.Э., Орлов Ю.Л., Осипова Л.П. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 106-107.
Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным транскриптомного секвенирования. Ковалев С.С., Губанова Н.В., Леберфарб Е.Ю., Брагин А.О., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение, No 1, стр.71-72
Компьютерный анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq С. С. Ковалев, Е. Ю. Леберфарб, Н. В. Губанова, А. О. Брагин, А. Г. Галиева,А. В. Цуканов, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, № 3, С.22-36
Развитие образования в биоинформатике по материалам, представленным на студенческих конференциях МНСК-2018, Школе молекулярного моделирования и Хакатоне в Новосибирске Орлов Ю. Л., Бакулина А. Ю. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, Выпуск № 3. - С. 5-6. - ISSN 1818-7900. http://jit.nsu.ru/article.php?15225+ru_RU+15224
Компьютерная база данных для анализа дифференциально экспрессирующихся генов, связанных с агрессивным поведением, на моделях лабораторных животных Анатолий Олегович Брагин, Кирилл Александрович Табанюхов, Ирина Витальевна Чадаева, Антон Витальевич Цуканов, Роман Олегович Бабенко, Ирина Вадимовна Медведева, Антон Геннадьевич Богомолов, Владимир Николаевич Бабенко, Юрий Львович Орлов Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, 2018. - Том 16, Выпуск № 3. - С. 7-21. - DOI 10.25205/1818-7900-2018-16-3-7-21. - ISSN 1818-7900
Программы статистической обработки, кластеризации и визуализации распределения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме Цуканов А.В., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Орлов Ю.Л Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, Выпуск № 3. - С. 51-63. - DOI 10.25205/1818-7900-2018-16-3-51-63. - ISSN 1818-7900.
Реконструкция геномного распределения кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов, связанных с поддержанием плюрипотентности. Цуканов А.В., Дергилев А.И., Богомолов А.Г., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 114. ISSN 2313-1829
Компьютерные средства анализа регуляции экспрессии генов и альтернативного сплайсинга Дергилев А.И., Табанюхов К.А., Цуканов А.В., Брагин А.О., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение №1: С. 62. ISSN 2313-1829
Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya Frontiers in Microbiology, 2018, 9:2735
Паттерн эпидермиса листа пшеницы как модель для изучения влияния стрессовых условий на морфогенез Зубаирова У. С., Дорошков А. В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(7):837-844
Изучение ответа микроорганизмов на нетермическое воздействие терагерцового излучения. Банникова С.В., Мещерякова И.А., Тимофеева М., Демидова Е.В., Розанов А.С., Старостин К.В., Демидов Е.А., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. материалы XIX Зимней Школы ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии, 2018, 17-22 февраля 2018г, Рощино
Паттерны и модели цветения некоторых видов
семейства Сampanulaceae Juss. Фомин Э.С., Фомина Т.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 2018;22(7):845-855
Приоритизация генов, ассоциированных с патогенезом лейкоза у крупного рогатого скота Н.С. Юдин , Н.Л. Подколодный, Т.А. Агаркова, Е.В. Игнатьева Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(8):1063-1069
Genetic Organization of Open Chromatin Domains Situated in Polytene Chromosome Interbands in Drosophila Zykova TY, Popova OO, Khoroshko VA, Levitsky VG, Lavrov SA, Zhimulev IF Doklady Biochemistry and Biophysics, 2018, 483(1):297-301
SpikeDroidDB – информационная система
для аннотации морфометрических характеристик
колоса пшеницы М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, Фу Хао, В.С. Коваль, Н.П. Гончаров, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 2018;22(1):132-140
Выявление и анализ динамических паттернов суточной экспрессии генов млекопитающих О.А. Подколодная, Н.Н. Твердохлеб, Н.Л. Подколодный Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 8,22,1055-1062
Метод оценки спектра поглощения листа пшеницы по спектру диффузного отражения. Николаев, С. В., Урбанович, Е. А., Шаяпов, В. Р., Орлова, Е. А., & Афонников, Д. А. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2018, Т. 48, № 5, С. 68-76
Информационные ресурсы по коллекциям картофеля. Афонников Д.А., Тоцкий И.В., Сташевски З. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 1, С. 115-121
Опушение листа у картофеля Solanum tuberosum: морфология, функциональная роль и методы исследования. Дорошков А.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 22, № 1, С 46-53
High temperature and pressure influence the interdomain orientation of Nip7 proteins from P. abyssi and P. furiosus: MD simulations Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2018, V. 36, P. 68-82
Предсказание методами системной биологии наиболее перспективных генов-мишеней для селекции на устойчивость к окислительному стрессу С3 и С4 культурных злаков А. В. Дорошков, А. В. Бобровских Vavilov journal of genetics and breeding, 2018
2017
Plant Biology at Belyaev Conference – 2017 Yuriy L. Orlov, Ancha V. Baranova, Ming Chen, Elena A. Salina BMC PLANT BIOL, 2017, 2017 17(Suppl 2):257 DOI: 10.1186/s12870-017-1189-x
Evaluation of the SeedCounter, a Mobile Application for Grain Phenotyping Komyshev E., Genaev M., Afonnikov D. Frontiers in Plant Science, 2017, Т. 7. – С. 1990.
Diversity of leaf pubescence in bread wheat and relative species Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Alexander V. Simonov, Dmitry A. Afonnikov, Andreas Bo¨rner Genetic Resources and Crop Evolution, 2017, v.64(7), pp.1761-1773 DOI 10.1007/s10722-016-0471-3
Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. Программные системы: теория и приложения, 2017, 8:1(32), 219–242
The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV Frontiers in Plant Science, 2017, 7:2044
Protein and genetic composition of four chromatin types in Drosophila melanogaster cell lines Boldyreva L.V., Goncharov F.P., Demakova O.V., Zykova T.Y., Levitsky V.G., Kolesnikov N.N., Pindyurin A.V., Semeshin V.F., Zhimulev I.F. CURR GENOMICS, 2017, 18(2):214-226
Genomic landscape of CpG rich elements in human genome Babenko V.N., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. BMC EVOL BIOL, 2017, 2017; Vol 17(Suppl 1):19 DOI: 10.1186/s12862-016-0864-0
Computational Errors and Biases of Short Read Next Generation Sequencing Abnizova I., te Boekhorst R., Orlov Y. Journal of Proteomics and Bioinformatics, 2017, 10:1-17 DOI: 10.4172/jpb.1000420
Non-coding RNAs and Their Roles in Stress Response in Plants Jingjing Wang, Xianwen Meng, Oxana Dobrovolskaya, Yuriy Orlov, Ming Chen Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 2017, 2017 Oct 7. pii: S1672-0229(17)30137-7. doi: 10.1016/j.gpb.2017.01.007.
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov BMC BIOINFORMATICS, 2017, 18 (Suppl 1):28
SNP_TATA_Comparator: genomewide landmarks for preventive personalized medicine. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Ponomarenko P, Arkova O, Kashina E, Ivanisenko N, Zhechev D, Savinkova L, Kolchanov N. Front Biosci (Schol Ed), 2017, 2, 9, 276-306
Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova SCI REP-UK, 2017, 7: 2489
The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y. Acta Naturae, 2017, 9 (special issue 1) 67
Candidate SNP markers of familial and sporadic Alzheimer's diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-Binding protein for human gene promoters. Ponomarenko P, Chadaeva I, Rasskazov DA, Sharypova E, Kashina EV, Drachkova I, Zhechev D, Ponomarenko MP, Savinkova LK, Kolchanov N Frontiers in Aging Neuroscience, 2017, 9, 231, doi: 10.3389/fnagi.2017.00231
Candidate SNP markers of social dominance, which may affect the affinity of the TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva IV, Rasskazov DA, Sharypova EB, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, 5, 7, 523-537. doi: 10.1134/S2079059717050045
Свойства деминерализованного костного матрикса для биоинженерии тканей И. А. Кирилова, В. Т. Подорожная, Ю. П. Шаркеев, С. В. Николаев, А. В. Пененко, П. В. Уваркин, П. В. Ратушняк, В. В. Чебодаева, Е. А. Анастасиева, С. К. Голушко, А. В. Корель КОМПЛЕКСНЫЕ ПРОБЛЕМЫ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ, 2017, № 3 (2017) с. 25 — 36, http://dx.doi.org/10.17802/2306-1278-2017-0-3
Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов Програмные системы: теория и приложения, 2017, 8:2(33), 45–68.
Анализ геномных полиморфизмов в популяциях с помощью секвенирования на примере выборки монголов Китая Табиханова Л.Э., Чен М., Бай Х., Осипова Л.П., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, 9(1), С. 22
Альтернативный сплайсинг в отделах головного мозга селектированных по агрессивности крыс В. Н. Бабенко, А. О. Брагин, И. В. Чадаева, А. Л. Маркель, Ю. Л. Орлов Molecular Biology, 2017, 2017 г., том 51, № 5, с. 870-880
Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyldithiophosphinate complexes of Europium(III), Ytterbium(III) and Lutetium(III) with 2,2-bipyridyl using NMR. Babailov S. P., Zapolotsky E. N., Fomin E. S., Qu Y. POLYHEDRON, 2017, 134, 316-318. DOI: 10.1016/j.poly.2017.05.047
РЕАЛИЗАЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА СОРТОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ ПОД ВЛИЯНИЕМ УСЛОВИЙ ВНЕШНЕЙ СРЕДЫ: СОВРЕМЕННЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ УЛУЧШЕНИЯ КАЧЕСТВА ЗЕРНА И ХЛЕБОПЕКАРНОЙ ПРОДУКЦИИ Е.К. ХЛЕСТКИНА, Е.В. ЖУРАВЛЕВА, Т.А. ПШЕНИЧНИКОВА, Н.И. УСЕНКО, Е.В. МОРОЗОВА, С.В. ОСИПОВА, М.Д. ПЕРМЯКОВА, Д.А. АФОННИКОВ, Ю.С. ОТМАХОВА Сельскохозяйственная биология, 2017, т. 52, №3, с. 501-514.
Достижения и перспективы использования методов высокопроизводительного секвенирования в генетике и селекции картофеля Быкова И.В., Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Хлесткина Е.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 2017;21(1):96-103. DOI 10.18699/VJ17
Генетический полиморфизм и сопутствующие факторы риска ишемического инсульта в монгольской популяции Китая Чижу У, Хуигуань У, Юрий Л. Орлов, Гегентана Гегентана, Веньян Хуо, Анатолий О. Брагин, Нуомин У, Суялату Суялату, Фукуан Жао, Жиньвен Жао, Людмила Э. Табиханова, Минг Чен, Хайхуа Бай. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, Т.21. №5. С.581-587.
Biological Big Bytes: Integrative Analysis of Large Biological Datasets Chen M, Harrison A, Shanahan H, Orlov Y. J INTEGR BIOINFORM, 2017, 2017 Sep 13;14(3). pii: /j/jib.2017.14.issue-3/jib-2017-0052/jib-2017-0052.xml. doi: 10.1515/jib-2017-0052
Editorial: Bioinformatics development at the BGRS\SB conference series: 10th anniversary Orlov Y.L., Kolchanov N.A., Hofestädt R., Wong L. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, 2017 15(2):1702001. doi: 10.1142/S0219720017020012
Статистические оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании Васильев Г.В., Орлова Н.Г., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 21.
Analysis of 3d chromosome contacts using sequencing technologies Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 24.
Assessment of translation efficiency from Ribo-seq and mRNA-seq data Tabanyuhov K.A., Mazurina E.P., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 28
Дифференциальная экспрессия и альтернативный сплайсинг в культурах клеток глиом по данным RNA-seq Губанова Н.В., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Гайтан А.С., Кривошапкин А.Л., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С.19
Компьютерные методы анализа хромосомных контактов в ядре клетки по данным технологий секвенирования Орлов Ю.Л., Тьерри О., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Кулакова Е.В., Галиева Э.Р., Брагин А.О., Ли Г. Биомедицинская химия, 2017, номер 5, том 63, страницы: 418-422
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2017, Том XII, №3
Изучение базовых характеристик клеток остеогенного и хондрогенного рядов, значимых для тканевой инженерии имплантов Астахова Н.М., Корель А.В., Щелкунова Е.И., Орищенко К.Е., Николаев С.В., Зубаирова У.С, Кирилова И.А. Клеточные технологии в биологии и медицине, 2017, №4, С. 249-257
Metabolic pathways and genes identified by RNA-seq analysis of barley near-isogenic lines differing by allelic state of the Black lemma and pericarp (Blp) gene Anastasiya Y. Glagoleva, Nikolay A. Shmakov, Olesya Y. Shoeva, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Elena K. Khlestkina BMC PLANT BIOL, 2017, 17(Suppl 1):182, DOI 10.1186/s12870-017-1124-1
Интернет-доступные информационные ресурсы по генным сетям, включающие данные по человеку и животным. Игнатьева Е.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):895-902. DOI 10.18699/VJ17.310
A database of human genes and a gene network involved in response to tick-borne encephalitis virus infection Ignatieva E.V., Igoshin A.V., Yudin N.S. BMC EVOL BIOL, 2017, 2017;17(Suppl 2):259. DOI 10.1186/s12862-017-1107-8 https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-017-1107-8
A compendium and functional characterization of mammalian genes involved in adaptation to Arctic or Antarctic environments Yudin N.S., Larkin D.M., Ignatieva E.V. BMC GENET, 2017, 18(Suppl 1):111
Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, 21(8):911-919
Differential expression of NBS-LRR-encoding genes in the root transcriptomes of two Solanum phureja genotypes with contrasting resistance to Globodera rostochiensis Alex V. Kochetov, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Salmaz M. Ibragimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Tatyana A. Gavrilenko, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko BMC PLANT BIOL, 2017, BMC Plant Biology 2017, 17 (Suppl 2):251
Expression Dynamics of the REL, RELA, and IRF1 Transcription Factors in U937 Macrophages after Dioxin Exposure E. V. Kashina, D. Yu. Oshchepkov, E. V. Antontseva, M. Yu. Shamanina, D. P.Furman, V. A. Mordvinov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 580-584
Identification of residues of the archaeal RNA-binding Nip7 proteins specific to environmental conditions Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, v. 15, p. 1650036
2016
Interactions between leaf pubescence genes in bread wheat as assessed by high throughput phenotyping. Doroshkov A.V., Afonnikov D.A., Dobrovolskaya O.B., Pshenichnikova T.A. EUPHYTICA, 2016, v.207 (3), p.491-500.
Regions of the bread wheat D genome associated with variation in key photosynthesis traits and shoot biomass under both well watered and water deficient conditions Svetlana Osipova, Alexey Permyakov, Marina Permyakova, Tatyana Pshenichnikova, Vasiliy Verkhoturov, Alexandr Rudikovsky, Elena Rudikovskaya, Alexandr Shishparenok, Alexey Doroshkov, Andreas Börner J APPL GENET, 2016, v.57(2), 151-163.
Гипотетические SNP-маркеры, значимо изменяющие оценки сродства ТАТА-связывающего белка к промоторам онкогенов VEGFA, ERBB2, IGF1R, FLT1, KDR и MET – мишеней для химиотерапии. Турнаев И.И., Рассказов Д.А., Аркова О.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2016, 1, 50, 161-173
Candidate SNP markers of gender-biased autoimmune complications of monogenic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Mikhail Ponomarenko, Olga Arkova, Dmitry Rasskazov, Petr Ponomarenko, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Frontiers in Immunology, 2016, V. 7. P. 130
Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1 V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova COMPUT BIOL CHEM, 2016, V. 64, P. 19-32
The expansion of heterochromatin blocks in rye reflects the co-amplification of tandem repeats and adjacent transposable elements. Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Šafář J, Doležel J, Vershinin AV. BMC GENOMICS, 2016, 17(1):337
Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L. Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2016, 14(2):1641009.
Chromatin heterogeneity and distribution of regulatory elements in the latereplicating regions of Drosophila melanogaster chromosomes Khoroshko V.A., Levitsky V.G., Zykova T.Y., Antonenko O.V., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F. PloS One, 2016, 11(6):e0157147.
The Molecular Mechanisms of Heterochromatin Expansion in Rye Chromosomes Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV CYTOGENET GENOME RES, 2016, 148(2-3), 91-91 I.14 , 21st International Chromosome Conference (ICC), Foz do Iguacu, BRAZIL
Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2016, vol. 2016, Article ID 8642703. doi:10.1155/2016/8642703
Methods of high-throughput plant phenotyping for large-scale breeding and genetic experiments D. A. Afonnikov, M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. G. Komyshev, T. A. Pshenichnikova RUSS J GENET+, 2016, Volume 52, Issue 7, pp 688–701
Estimation of the Role of Single Nucleotide Polymorphism in Lymphotoxin Beta Gene during Pig Domestication Based on the Bioinformatic and Experimental Approaches R. B. Aitnazarov, E. V. Ignatieva, N. E. Bazarova, V. G. Levitsky, S. P. Knyazevd, Y. Gon, and N. S. Yudin Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, Vol. 6, No. 7, P.816–824
Внеклеточный матрикс из кости человека как основа тканеинженерной конструкции Кирилова И.А., Николаев С.В., Подорожная В.Т., Шаркеев Ю.П., Уваркин П.В., Ратушняк А.С., Чебодаева В.В. Российский иммунологический журнал, 2016
Physicomechanical properties of the extracellular matrix of a demineralized bone I.A. Kirilova, Yu.P. Sharkeev, S.V. Nikolaev, V.T. Podorozhnaya, P.V. Uvarkin, A.S. Ratushnyak, V.V. Chebodaeva AIP CONFERENCE PROCEEDINGS, 2016
Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes. Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 738-748
Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock. Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 759-770
Prediction and verification of the influence of the rs367781716 SNP on the interaction of the ТАТА-binding protein with the promoter of the human АВСА9 gene Arkova OV, Drachkova IA, Arshinova TV, Rasskazov DA, Suslov VV, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Savinkova LK Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 785-791
Dynamic NMR under nonstationary conditions: Theoretical model, numerical calculation, and potential of application S. P. Babailov, P. A. Purtov and E. S. Fomin J CHEM PHYS, 2016, 145(5), 054201 (2016)
A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of n^2 Pairwise Distances in n^2 Steps for the Sequencing Problem: I. Theory E. S. Fomin J COMPUT BIOL, 2016, 2016 Sep;23(9):769-75
A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of n^2 Pairwise Distances in n^2 Steps for the Sequencing Problem: II. Algorithm E. S. Fomin J COMPUT BIOL, 2016, 23(12):934-942 DOI: 10.1089/cmb.2016.0046
Flanking monomer repeats determine decreased context complexity of single nucleotide polymorphism sites in the human genome. Safronova N.S., Ponomarenko M.P., Abnizova I.I., Orlova G.V., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 8, 6, 809-815
Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1878
Протокол анализа количественных характеристик опушения листа картофеля А.В. Дорошков, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, DOI 10.18699/VJ16.218
Компьютерный анализ совместной локализации сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq Дергилев А.И., Спицина А.М., Чадаева И.В., Свичкарев А.В., Науменко Ф.М., Кулакова Е.В., Витяев Е.Е., Чен М., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):770-778. DOI 10.18699/VJ16.194
Computational problems of analysis of short next generation sequencing reads te Boekhorst R., Naumenko F.M., Orlova N.G., Galieva E.R., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Orlov Y.L., Abnizova I.I. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):746-755 DOI 10.18699/VJ16.191
Cognitive Architecture of Collective Intelligence based on Social Evidence Kolonin A., Vityaev E., Orlov Y. Procedia Computer Science, 2016, Volume 88, 2016, Pages 475–481.
Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L. J INTEGR BIOINFORM, 2016, 13(4):292. doi:10.2390/biecoll-jib-2016-292
Динамика экспрессии транскрипционных факторов REL, RELA и IRF1 в макрофагоподобной линии U937 после воздействия диоксина. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Шаманина М.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):894-898
Оценка количественных характеристик опушения листьев картофеля с использованием анализа цифровых микроизображений А.В. Дорошков, А.В. Симонов, А.Д. Сафонова, Д.А. Афонников, И.Е. Лихенко, Н.А. Колчанов Достижения науки и техники АПК, 2016, Т.30. №10. С. 12-14.
A compendium of human genes regulating feeding behavior and body weight, its functional characterization and identification of GWAS genes involved in brain-specific PPI network Elena V. Ignatieva, Dmitry A. Afonnikov, Olga V. Saik, Evgeny I. Rogaev and Nikolay A. Kolchanov BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):158
Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of genetic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Rasskazov D.A., Sharypova E.B., Kashina E.V. Matveeva M.Yu., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Arkova O.V., Bondar N.P. Savinkova L.K., Kolchanov N.A. BMC GENOMICS, 2016, Suppl. 14, 17, 995
Кандидатные SNP-маркеры социального доминирования, способные влиять на сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 6, 20, 787-796
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016 Vol.16:262 DOI: 10.1186/s12870-016-0868-3
Эволюция CpG-островов путем тандемных дупликаций Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л., Исакова Ж.И., Антонов Д.А., Воевода М.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016; 20(6):746-755 DOI 10.18699/VJ16.191
Development of new SSR markers for homoeologous WFZP gene loci based on the study of the structure and location of microsatellites in gene-rich regions of chromosomes 2AS, 2BS, and 2DS in bread wheat. Dobrovolskaya O.B., Pont C., Orlov Y.L., Salse J. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, Vol. 6, No. 3, pp. 330–337
ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ЭЛЕКТРОМАГНИТНОГО ИЗЛУЧЕНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ДИАПАЗОНА НА ПРОТЕОМ ЭКСТРЕМОФИЛЬНОЙ АРХЕИ HALORUBRUM SACCHAROVORUM Горячковская Т.Н., Константинова С.Г., Мещерякова И.А., Банникова С.В., Демидов Е.А., Брянская А.В., Щеглов М.А., Семенов А.И., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Т. 20. № 6. С. 869-875.
Вычислительные проблемы анализа ошибок коротких прочтений ДНК при секвенировании следующего поколения Р. те Боекхорст, Ф.М. Науменко, Н.Г. Орлова, Э.Р. Галиева, А.М. Спицина, И.В. Чадаева, Ю.Л. Орлов, И.И. Абнизова Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):746-755
2015
Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна Пономаренко Михаил Павлович Аршинова Татьяна Валентиновна Савинкова Людмила Кузьминична Медицинская генетика, 2015
The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(3), pp. 308–312, DOI: 10.1134/S2079059715030193
Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites. Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, p. 322–329
Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA. TRENDS PLANT SCI, 2015, doi: 10.1016/j.tplants.2015.06.004
Human Genes Encoding Transcription Factors and Chromatin-Modifying Proteins Have Low Levels of Promoter Polymorphism: A Study of 1000 Genomes Project Data Ignatieva EV, Levitsky VG, Kolchanov NA International Journal of Genomics, 2015, 2015, 260159
Association Analysis of Genetic Variants with Type Diabetes in a Mongolian Population in China. Bai H, Liu H, Suyalatu S, Guo X, Chu S, Chen Y, Lan T, Borjigin B, Orlov YL, Posukh OL, Yang X, Guilan G, Osipova LP, Wu Q, Narisu N. Journal of Diabetes Research, 2015, 2015: 613236. doi: 10.1155/2015/613236. Epub 2015 Jul 28.
Genetic dissection of earliness by analysis of a recombinant chromosome substitution double haploid mapping population of bread wheat (Triticum aestivum L.) in different geographic regions Tatyana A. Pshenichnikova, Elena K. Khlestkina, Svetlana Landjeva, Alexey V. Doroshkov, Tanya Kartseva, Andreas Bo¨rner, Alexander V. Simonov, Ludmila V. Shchukina, Evgeniya V. Morozova EUPHYTICA, 2015, v.206 (1), p.191-202. DOI 10.1007/s10681-015-1500-6
How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2015, Volume 2015, Article ID 359835
Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster. Zhimulev IF, Zykova TYu, Goncharov FP, Khoroshko VA, Demakova OV, Semeshin VF, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Demidova DS, Levitsky VG, Demakov SA, Belyaeva ES CHROMOSOME RES, 2015, 23: 409-410
Computer high-throughput approaches to wheat phenotyping: application to leaf pubescence analysis Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A. Simonov A.V. The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book, 2015, p.3
The effect of plant hormones on the manifestation of leaf pubescence genes in bread wheat. Doroshkov A.V., Simonov A.V., Afonnikov D.A., Kasyanov N.S., Pshenichnikova T.A. The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book, 2015, p. 13
Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы. М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(6):707-714 DOI 10.18699/VJ15.086
Reconstruction of sequence from its circular partial sums for cyclopeptide sequencing problem Fomin ES Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 13(1):1540008
Разработка новых SSR-маркеров к локусам гомеологичных генов WFZP на основе изучения строения и локализации микросателлитов в богатых генами районах хромосом 2AS, 2BS, 2DS мягкой пшеницы О.Б. Добровольская, К. Понт, Ю.Л. Орлов, Ж. Сальс Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(3):303-309
Identification of microRNA genes in three opisthorchiids Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV. PLOS NEGLECT TROP D, 2015, 9(4):e0003680
Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2015, Suppl.13. V. 16. S5.
Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М. Программные системы: теория и приложения, 2015, 6:1(23), c. 157–174
Introductory note for BGRS\SB-2014 special issue Orlov Y.L., Hofestädt R.M., Kolchanov N.A Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 13(1):1502001. doi: 10.1142/S0219720015020011
The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P. and Rogaev E.I. BMC GENOMICS, 2015, 16 (Suppl 13), S4
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Программные системы: теория и приложения, 2015, 4(27), c. 99–112.
Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C Кулакова Е. В., Спицина А. М., Орлова Н. Г., Дергилев А. И., Свичкарев А. В., Сафронова Н. С., Черных И. Г., Орлов Ю. Л. Программные системы: теория и приложения, 2015, 2(25), c. 129–148
117 Analysis of SNP containing sites in human genome using text complexity estimates Nataly S. Safronova, Vladimir N. Babenko, Yuriy L. Orlov Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2015, 33:sup1, 73-74, DOI:10.1080/07391102.2015.1032750
Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах генов прокариот. 1. Вишневский О.В., Бочарников А.В., Романенко А.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015
Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters. Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 6, 5, 626-634
Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene Elena V Antontseva, Marina Yu Matveeva , Natalia P Bondar, Elena V Kashina, Elena Yu Leberfarb, Leonid O Bryzgalov, Polina A Gervas, Anastasia A Ponomareva, Nadezhda V Cherdyntseva, Yury L Orlov, Tatiana I Merkulova J BIOSCIENCES, 2015, Dec;40(5):873-83
Association of Dopamine Receptor D4 (DRD4) Gene Polymorphism with Cardiovascular Disease Risk Factors N. S. Yudin, T. M. Mishakova, E. V. Ignatieva, V. N. Maksimov, V. V. Gafarov, S. K. Malyutina, and M. I. Voevoda Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 6, pp. 650–655. doi: 10.1134/S2079059715060192
Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, №6, том 19
Оценка роли однонуклеотидного полиморфизма в гене лимфотоксина бета при доместикации свиньи на основе биоинформационного и экспериментального подходов Р.Б. Айтназаров, Е.В. Игнатьева, Н.Э. Базарова, В.Г.Левицкий, С.П. Князев, Я. Гон, Н.С. Юдин Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Т.19, №6 Стр.699-706
Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 691-698
Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 682-690
Применение сопряжённых уравнений для исследования чувствительности в модели симпластного роста клеток линейного листа А.В. Пененко, У.С. Зубаирова, С.В. Николаев Труды Международной конференции АКТУАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ И ПРИКЛАДНОЙ МАТЕМАТИКИ – 2015 посвященной 90-летию со дня рождения академика Г. И. Марчука, 2015, С.562-572
Dioxin-mediated regulation of expression IL-12 family cytokines in human macrophages as a factor of tumor promotion by TCDD E. Kashina, D. Oshchepkov, A. Shilov, E. Antontseva, D. Furman, V. Mordvinov European Journal of Cancer Supplements, 2015, Volume 13, Issue 1, November 2015, Pages 23
FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.) Oxana Dobrovolskaya, Caroline Pont, Richard Sibout, Petr Martinek, Ekaterina Badaeva, Florent Murat, Audrey Chosson, Nobuyoshi Watanabe, Elisa Prat, Nadine Gautier, Véronique Gautier, Charles Poncet, Yuriy Orlov, Alexander A. Krasnikov, Hélène Bergès, Elena Salina, Lyudmila Laikova, Jerome Salse PLANT PHYSIOL, 2015, vol. 167 (1): 189-199 doi: 10.1104/pp.114.250043
Divergence and population traits in evolution of the genus Pisum L. as reconstructed using genes of two histone H1 subtypes showing different phylogenetic resolution Olga O. Zaytseva, Konstantin V. Gunbin, Anatoliy V. Mglinets, Oleg E. Kosterin GENE, 2015, Vol. 556. P. 235-244. doi: 10.1016/j.gene.2014.11.062.
Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2015, Т. 10. № 1. С. 1-14.
A computational model of the effect of symplastic growth on cell mechanics in a linear leaf blade Zubairova U., Golushko S., Penenko A., Nikolaev S. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13, No. 1 1540005
Sequence-based prediction of transcription upregulation by auxin in plants Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, 1, 13, 1540009
Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2015, Т. 51, № 4, с. 409–429 (Vol. 51, No. 4, pp. 334–352)
Comparison of the 3D organization of sperm and fibroblast genomes using the Hi-C approach Nariman Battulin, Veniamin S Fishman, Alexander M Mazur, Mikhail Pomaznoy, Anna A Khabarova, Dmitry A Afonnikov, Egor B Prokhortchouk, Oleg L Serov GENOME BIOL, 2015, Genome Biology 2015, 16:77-85
Interaction sorting method for molecular dynamics on multi-core SIMD CPU architecture Matvienko S., Alemasov N., and Fomin E. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Vol. 13. No 2. P. 1540004–1540018
2014
РАЗРАБОТКА ИСКУССТВЕННЫХ КОГНИТИВНЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МОДЕЛЕЙ МОЗГА ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ Н.И. Путинцев, О.В. Вишневский, Е.Е. Витяев Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т18, №4/3 сс.1156-1171
АНАЛИЗ КОГНИТИВНЫХ СВОЙСТВ НЕЙРОННЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МЕТОДОВ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ОБРАТНОЙ СВЯЗИ О.В. Вишневский, Н.И. Путинцев, Т.А. Запара, А.С. Ратушняк Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, №4/3, сс.1195-1204
Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 4/3, 18, 1219-1230
Эффективность использования генов bmy2, waxy и внутренних транскрибируемых спейсеров генов рибосомных рнк в качестве маркеров для изучения генетического разнообразия видов рода Elymus. Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Белавин П.А., Агафонов А.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18, № 4/2, С. 1022-1031
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 3, pp. 159–167.
Системная биология Д.А. Афонников, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 1, С. 175-192
Genetic basis of olfactory cognition: extremely high level of DNA sequence polymorphism in promoter regions of the human olfactory receptor genes revealed using the 1000 Genomes Project dataset Ignatieva E.V., Levitsky V.G., Yudin N.S., Moshkin M.P., Kolchanov N.A. Front Psychol, 2014, published: 24 March 2014 doi: 10.3389/fpsyg.2014.00247
The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein. Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A. HUM MUTAT, 2014, 5, 35, 601-608
Models of Regulation of Stem Cell Niche Structure in Shoot Apical Meristem U. S. Zubairova, S. V. Nikolaev Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 4, pp. 273–280
ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 2, 354-362
Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov BMC STRUCT BIOL, 2014, 14:23
Восстановление аминокислотной последовательности циклических пептидов из масс-спектров Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 4/2, С.973-982
Исследование структуры и эволюции сетей научного соавторства на основе анализа новосибирских публикаций в области биологии и медицины Титов ИИ, Блинов АА Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т. 18, № 4/2, стр. 939-944
Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.876-886.
Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing E. M. Sergeeva, D. A. Afonnikov, M. K. Koltunova, V. D. Gusev, L. A. Miroshnichenko, J. Vrána, M. Kubaláková, C. Poncet, P. Sourdille, C. Feuillet, J. Doležel, E. A. Salina Plant Genome, 2014, 7 (2), doi:10.3835/plantgenome2013.10.0031
Mitochondrial DNA mutations and cancer: lessons from the parathyroid. Popadin K, Gunbin KV, Khrapko K. AM J PATHOL, 2014, 184(11):2852-2854
ПОИСК ПЕРЕПРЕДСТАВЛЕННЫХ ХАРАКТЕРИСТИК ГЕНОВ: ОПЫТ РЕАЛИЗАЦИИ ПЕРЕСТАНОВОЧНОГО ТЕСТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРОВ А.А. Якименко, К.В. Гунбин, М.С. Хайретдинов Автометрия, 2014, № 1, с. 123-129.
Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/2, стр. 1032-1038
L-Система для моделирования плоских одномерно растущих растительных тканей Зубаирова У.С., Голушко С.К., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, № 4/2, с. 945-952.
Применение технологии CUDA для моделирования процессов реакции-диффузии на двумерном клеточном ансамбле Пененко А.В., Троеглазова Т.С, Зубаирова У.С., Байшибаев Д.Ж., Николаев С.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9. № 2. С. 491–503.
Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 6, pp. 568–574
ВЛИЯНИЕ ПЕРЕСТРОЕК ХРОМОСОМ 2-Й ГОМЕОЛОГИЧЕСКОЙ ГРУППЫ НА МОРФОЛОГИЮ КОЛОСА МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ О.Б. Добровольская, П. Мартинек, И.Г. Адонина, Е.Д. Бадаева, Ю.Л. Орлов, Е.А. Салина, Л.И. Лайкова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, ТОМ 18, № 4/1, с. 672-680
Гены, контролирующие пищевое поведение и массу тела человека, и их функциональные и геномные характеристики Е.В. Игнатьева, Д.А. Афонников, Е.И. Рогаев, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, 2014, Т.18, №4/2 , стр.867-875
Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопреципитации хроматина Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Вавиловский журнал генетики и селекции. Т. 18, № 1, С. 193-206.
ChIP-seq данные и их анализ Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А. Молекулярная и прикладная генетика, 2014, Молекулярная и прикладная генетика. Сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси. Т. 18. С.84 -97.
Агрессивное поведение: генетико-физиологические механизмы Кудрявцева Н.Н., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Вавиловский журнал генетики и селекции. Том 18, 4/3, С. 1105-1126.
rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, July 2014, Volume 4, Issue 4, pp 245-253
Ассоциация полиморфизма гена DRD4 с некоторыми факторами риска сердечно-сосудистых заболеваний Юдин Н.С., Мишакова Т.М., Игнатьева Е.В., Максимов В.Н., Гафаров В.В., Малютина С.К., Воевода М.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/3, стр. 1237-1245.
2013
INVESTIGATION OF THE SPATIAL GENOME ORGANIZATION OF MOUSE SPERM AND FIBROBLASTS BY THE Hi-C METHOD N.R. Battulin, V.S. Fishman, A.A. Khabarova, M.Yu. Pomaznoy, T.A. Shnaider, D.A. Afonnikov, O.L. Serov Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, V 18, № 2, p 338-344
Par force evolution as a mechanism for rapid adaptation V. V. Suslov Paleontology Journal (Mosk)., 2013, V. 47, №9, P. 1048-1055
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2013, 31(1):96-102
Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот Т. И. Меркулова, Е. А. Ананько, Е. В. Игнатьева, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2013, том 49, № 1, с. 37–54
Evolution of General Transcription Factors Gunbin KV, Ruvinsky A. J MOL EVOL, 2013, 76(1-2):28-47
An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 1, 11, 1340011 (DOI: 10.1142/S0219720013400118)
Биоинформатика: метод во главе угла Афонников Д.А. Иванисенко В.А. Наука из первых рук, 2013, 1,49,51-59
Introductory note for BGRS-2012 special issue Kolchanov N.A., Orlov Y.L. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, Vol. 11, No. 1: 1302001.
Modeling of plant embryo morphodynamics at early developmental stages S. V. Nikolaev, N. A. Kolchanov, S. K. Golushko, J. -C. Palauqui, A. Urban, E. V. Amelina, A. V. Yurchenko, K. S. Golushko, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, A. Trubuil Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, May 2013, Volume 3, Issue 3, pp 176-183
Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA Frontiers in Genetics, 2013, , 4, 122
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе. Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1):248–257
Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода сортировки взаимодействий в молекулярной динамике Фомин Э.С. Вестник УГАТУ, 2013, Т. 17, №2 (55), С.75-84.
Модель регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis thaliana С. В. Николаев, У. С. Зубаирова, А. В. Пененко, Э. Д. Мелснесс (E. D. Mjolsness), Б. Е. Шапиро (B. E. Shapiro), Н. А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2013, том 452, № 3, с. 336–338
Model of Structuring the Stem Cell Niche in Shoot Apical Meristem of Arabidopsis thaliana S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, E. D. Mjolsness, B. E. Shapiro, and Academician N. A. Kolchanov Doklady Biological Sciences, 2013, Vol. 452, pp. 316–319
Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. FEBS J, 2013, 280 (Suppl. 1) p. 459–460
Genome-wide analysis reveals Zic3 interaction with distal regulatory elements of stage specific developmental genes in zebrafish Winata C.L., Kondrychyn I., Kumar V., Srinivasan K.G., Orlov Y., Ravishankar A., Prabhakar S., Stanton L.W., Korzh V., Mathavan S. PLOS GENET, 2013, 9(10): e1003852
Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L. PALEONTOL J+(RUS), 2013, 47(9), 1056-1060.
Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, ТОМ 17, № 3, С.202-211
Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyl-dithiophosphinate complexes of neodymium(III), europium(III) and ytterbium(III) with 1,10-phenanthroline using NMR S. P. Babailov, E.N. Zapolotsky, E.S. Fomin POLYHEDRON, 2013, 65, 332-336
NET-Q модель учета переноса заряда и поляризации для молекулярной динамики Фомин Э.С., Васенин А.Е. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2013, T.13, №4, с.43-60
Генетический контроль опушения листа у изогенных линий мягкой пшеницы сорта Новосибирская 67 Дорошков А.В., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. RUSS J GENET+, 2013, Т. 49, с.1-9
Ab initio human miRNA and pre-miRNA prediction I. I. Titov, P.S. Vorozheykin Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, V. 11 (6): 1343009
NETINFERENCE: набор программ для анализа структуры и динамики сетей И. И. Титов, А. А. Блинов, К. А. Рудниченко, П. В. Крутов, А. Л. Казанцев, А. И. Куликов Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, т.17, №4/1, с. 615-619.
Phylogenetic Analysis of Housekeeping Archaeal Proteins and Early Stages of Archaea Evolution K. V. Gunbin, V. V. Suslov, D. A. Afonnikov PALEONTOL J+(RUS), 2013, 47(9):1041–1047
Модели регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега У.С. Зубаирова, С.В. Николаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, № 4/1, с. 738-747
Моделирование биомеханики и морфодинамики растений в пакете COMSOL С.В. Николаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, № 4/1, с. 724-737
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, с.577-588
BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, С. 607-614.
SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, С. 599-606.
ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, No 4/1, 589-598
Генные сети Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т.17, N4/2, 833-849
Межмолекулярные взаимодействия в функциональных системах нейрона. Проскура А.Л., Малахин И.А., Турнаев И.И., Суслов В.В., Запара Т.А., Ратушняк А.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 18, № 4, стр. 620-628
2012
A Model of the Gene Network for Flowering Time Regulation in Winter Wheat and Barley. Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Titov I.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, 2012, Vol. 2, No. 4, pp. 319–324
Computer approaches to wheat high-throughput phenotyping Afonnikov D., Genaev M., Doroshkov A., Denisyuk V., Morozova E., Simonov A., Pshenichnikova T. Journal of Stress Physiology & Biochemistry, 2012, Vol. 8 No. 3, p. S8 ISSN 1997-0838
Routes of nanoparticle uptake into mammalian organisms, their biocompatibility and cellular effect O. A. Podkolodnaya, E. V. Ignatieva, N. L. Podkolodnyy, N. A. Kolchanov Biology Bulletin Reviews, 2012, Volume 2, Issue 4, pp 279–289
Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. ECOL MODEL, 2012, Volume/issue:224C, pp. 124-129, doi: 10.1016/j.ecolmodel.2011.11.004
Detection of mitochondrial DNA from domestic cattle in European bison (Bison bonasus) from the Altai Republic in Russia Yudin N.S., Kulikov I.V., Gunbin K.V., Aitnazarov R.B., Kushnir A.V., Sipko T.P., Moshkin M.P. ANIM GENET, 2012, Vol. 43, No. 3, P. 362.
Пути поступления наночастиц в организм млекопитающих, их биосовместимость и клеточные эффекты. Подколодная О. А., Игнатьева Е. В. , Подколодный Н. Л. , Колчанов Н. А. . Успехи современной биологии, 2012, Т. 132, № 1, с. 3–15
Анализ последовательностей регуляторных районов генов реляционной системой EXPERT DISCOVERY, встроенной в пакет UGENE. Васькин Ю.Ю., Хомичева И.В., Игнатьева Е.В., Витяев Е.Е. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2012, Т. 10. № 1, стр.73-86
Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 2, С. 415-426
Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда Фомин Э.С., Алемасов Н.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7. № 2. С. 398–409. URL: http://www.matbio.org/2012/Fomin_7_398.pdf
WheatPGE: A system for analysis of relationships among the phenotype, genotype, and environment in wheat M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. V. Morozova, T. A. Pshenichnikova and D. A. Afonnikov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, v.2, №3, p.262-269
Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique Mikhail A. Genaev, Alexey V. Doroshkov, Tatyana A. Pshenichnikova, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov PLANTA, 2012, v.236, pp. 1943–1954
RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, № 4/1, С. 756-765
BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16
Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Морозова Е.В., Симонов А.В., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т. 7, № 2, С. 410-424
Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя. Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, № 1, С. 99-108
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA. In Silico Biology, 2012, Vol. 11 (2011/2012) P. 109–123
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, 4/1, 732-741.
A single nucleotide polymorphism in the promoter region of the mink tumor necrosis factor-alpha gene. Yudin N.S., Aitnazarov R.B., Kulikov I.V., Ignatieva E.V., Trapezov O.V. Scientifur, 2012, Vol. 36, No. 3/4, P. 300-304.
ExpertDiscovery and UGENE integrated system for intelligent analysis of regulatory regions of genes Vaskin Y.Y., Khomicheva I.V., Ignatieva E.V., Vityaev E.E. In Silico Biology, 2012, 2011/2012, 11, 3, P.97-108
Finding biomarkers in non-model species: literature mining of transcription factors involved in bovine embryo development. Turenne N, Tiys E, Ivanisenko V, Yudin N, Ignatieva E, Valour D, Degrelle S, Hue I BioData Mining, 2012, Aug 29;5(1):12
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng J INTEGR BIOINFORM, 2012, Journal of Integrative Bioinformatics, 9(2):211, 2012
Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П. Археология, этнография и антропология Евразии, 2012, 2012. №3(51):22-30.
TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2012, Т.7. №2. С.444-460.
Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
Информационная поддержка исследования механизмов регуляции транскрипции: онтологический подход Подколодный Николай Леонтьевич Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, т. 16, С. 742-755
Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 4/1, Т.16, 791-798
Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм Н.Н. Втюрина, С.Л. Гроховский, А.Б. Васильев, И.И. Титов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, С.Е. Пельтек, Ю.Д. Нечипуренко, академик Н.А. Колчанов Doklady Akademii Nauk, 2012, 2, 447, 217-222.
A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software E.S. Fomin, N.A. Alemasov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, Vol. 2, No. 6, pp. 453–461
Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Вавиловский журнал генетики и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 774–784.
Моделирование роста и развития растительных тканей в формализме L-систем Зубаирова У.С., Пененко А.В., Николаев С.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 816-824
Моделирование морфодинамики на ранних стадиях эмбриогенеза растения Николаев С.В., Колчанов Н.А., Голушко С.К., Палаки Ж.-К., Урбан О., Амелина Е.В., Юрченко А.В., Голушко К.С., Зубаирова У.С., Пененко А.В., Трубюй А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, №4/1, С. 805-815
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин RUSS J GENET+, 2012, том 48, № 5, с. 573–589.
Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
Информационный портал "Биотехнология растений" - Интернет ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы. Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т.16. №4/1. С. 838-848.
Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y. Proceedings of HIBIT2012, 2012, Proceedings of HIBIT2012, April 19-22, 2012, Cappadocia, Turkey, 77-81.
3С-методы в исследованиях пространственной организации генома Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, № 4/2, том 16, стр 872-878
The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. // Proc. of Proc. of The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology». July–August 2012. Irkutsk. Russia. P.61. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina GENETICS, 2012, P.61.
2011
Парадоксы "Проблем происхождения жизни" Колчанов Н.А., Суслов В.В. Наука в России, 2011, 5, 41-48
Consideration of Data Load Time on Modern Processors for the Verlet Table and Linked Cell Algorithms Fomin E.S. J COMPUT CHEM, 2011, 32(7), p.1386-1399
Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов Российские нанотехнологии, 2011, 2011 . Т. 6 № 7- 8, с. 14-21.
Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П. Molecular Biology, 2011, 2, 45, 366–375
Spontaneous spectinomycin resistance mutations detected after biolistic transformation of Daucus carota L. Elena A. Filipenko, Yuri V. Sidorchuk, Igor I. Titov, Valery P. Maltsev and Elena V. Deineko PHYSIOL MOL PLANT P, 2011, Volume 17, Number 1, 79-86
In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА WheatPGE ДЛЯ АНАЛИЗА ВЗАИМОСВЯЗИ ФЕНОТИП-ГЕНОТИП-ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА У ПШЕНИЦЫ М.А. Генаев, A.В. Дорошков, Е.В. Морозова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2011
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг” Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2011, т.47, №12, с. 1676–1685
Анализ дупликаций генов миРНК человека и роль эволюции транспозонов в этом процессе Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 1. С.139-147
миРНК-содержащие транспозоны человека Титов И.И., Ворожейкин П.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15. № 2. с. 323-326
Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. BMC EVOL BIOL, 2011, 11:224
Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2011, 438(3):412–415
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. Вестник ТГУ, 2011, № 4(16) C.:175-189.
Анализ особенностей морфологии и наследования опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помощью компьютерных методов фенотипирования. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. RUSS J GENET+, 2011, Т. 47, № 6, с. 839–843.
Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Медведев К.Е., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2011, Т. 275, С. 378-380
Thermodynamic and kinetic basis for recognition and repair of 8-oxoguanine in DNA by human 8-oxoguanine-DNA glycosylase. Kirpota O.O., Endutkin A.V., Ponomarenko M.P., Ponomarenko P.M., Zharkov D.O., Nevinsky G.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2011, 11, 39, 4836-4850
Изучение методами молекулярной динамики структур белков NIP7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. Вестник ТГУ, 2011, № 4 (16), с136
Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions Kian Leong Lee, Sandy Keat Lim, Yuriy Lvovich Orlov, Le Yau Yit, Henry Yang, Lay Teng Ang, Lorenz Poellinger, Bing Lim PLOS GENET, 2011, Volume 7, Issue 6, e1002130
Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 2, с.327-339
Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov RUSS J GENET+, 2011, Vol. 47, No. 12, pp. 1487–1495.
A Study of a One-Dimensional Model of Regulation of the Renewing Zone Size in a Biological Tissue Accounting for Cell Division S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, S. I. Fadeev, E. Mjolsness, N. A. Kolchanov Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2011, Vol. 5, No. 4, pp. 1–14.
Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Том 15, № 4, Стр. 750-756.
2010
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, 275:337-339
Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Т. 275, 412–414.
A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, 4, 65, 143-145
Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Vol. 8, No. 3, 627–643
Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
Применение программной системы ExpertDiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010, Т.8, Выпуск 1, Стр.12-26
Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций Фомин Э.С. Вычислительные методы и программирование, 2010, 11, 299-305
Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. Вычислительные технологии, 2010, №6, Т. 15, С. 3-18
Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор) В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов Doklady Biochemistry and Biophysics, 2010, 4, 433, 549–554
Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. J BIOCHEM, 2010, 147(2):279-89.
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
Адаптация к бездне Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В. Химия и жизнь, 2010, №3, 38-41
Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков Вестник МГУ, 2010, No. 4, pp. 73–75
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
2009
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, №1, с.150-158
Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
Предисловие: 200 лет со дня рождения Чарлза Дарвина Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К., Суслов В.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13. № 2. С. 246-248.
Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. Lect Notes Comput Sci, 2009, Vol. 5698, P. 399–405
Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov COMPUT BIOL CHEM, 2009, V. 33. №6. P. 465-468.
The evolution of key cell cycle proteins correlates with an increase in the complexity of eukaryotic organisms Turnaev II, Gunbin KV, Kolchanov NA Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, №1,426, 147-151
Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13. № 1. С. 46-52.
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы В.В. Cуслов, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №2, Том 13, с.410-439
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008
Международная конференция “Происхождение и эволюция биосферы” (BOE’2007) Суслов В.В., Снытников В.Н. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №3, том 12, 483-496
Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, 73(1):70-5
ExpertDiscovery system application for the hierarchical analysis of eukaryotic transcription regulatory regions based on DNA codes of transcription Khomicheva IV, Vityaev EE, Ananko EA, Shipilov TI, Levitsky VG. INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 481-494
Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, V. 73, N 2, P. 219-230.
Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB Organohalogen Compounds, 2008, V. 70. P. 001467-001470.
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов Успехи физиологических наук, 2008, Т. 39. №1. С. 3-22.
Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L. INTELL DATA ANAL, 2008, Vol. 12, No. 5 P. 463-479.
2007
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г. Вычислительные технологии, 2007, Т. 12, Специальный выпуск 2, С. 107-122
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I Organohalogen Compounds, 2007, V. 69. P. 1889-1892.
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A. In Silico Biology, 2007, 7(3), pp.319-332
Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 415(1):120-124
Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)) Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G In Silico Biology, 2007, № 7, vol. 42. p. 20-30.
Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2007, 2, 11, 373-400
Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53 Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко BIOPHYSICS, 2006, N7, т.51
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч. BIOPHYSICS, 2006, 4, 51, 633-639
Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
Филогенетический анализ семейства p53 Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.4, с.640-649
Early postnatal changes in respiratory activity in rat in vitro and modulatory effects of substance P Shvarev Y.N., Lagercrantz H. EUR J NEUROSCI, 2006, №8, V. 24, P.2253 - 2263
Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A. BIOCHEM BIOPH RES CO, 2006, 342(3):859-66
Midazolam depresses carotid body chemoreceptor activity Kim C., Shvarev Y., Takeda S., Sakato A, Lindahl S., Eriksson L. ACTA ANESTH SCAND, 2006, V.50, P.144-149
On the Early Stages of the Evolution of the Geosphere and Biosphere Dobretsov N.L., Kolchanov N.A., Suslov V.V. PALEONTOL J+(RUS), 2006, 4, 40, S407-S424
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. BIOPHYSICS, 2006, т.51, вып.7
Выявление потенциальных сайтов связывания транскрипционного фактора SF-1 методом SiteGA, их экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней этого фактора Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, 3, 40,512-523
Cаийты связывания транскрипционного фактора SF1 в промоторных районах генов, кодирующих ферменты стероидогенеза 3бетаГСДI и Р450с17 мыши Бусыгина Т.В., Васильев Г.В., Климова Н.В., Игнатьева Е.В., Осадчук А.В. Биохимия, 2005, № 10, Т. 70, C. 1397-1402
Binding Sites for Transcription Factor SF-1 in Promoter Regions of Genes Encoding Mouse Steroidogenesis Enzymes 3βHSDI and P450c17 T.V. Busygina, G.V. Vasiliev, N.V. Klimova, E.V. Ignatieva, A.V. Osadchuk BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2005, №10, V. 70, P. 1152–1156
Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P. INT J ARTIF INTELL T, 2005, 4, 14, 599-620
GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
2004
SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. NUCLEIC ACIDS RES, 2004, 1;32: 208-12.
Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации Колчанов Н.А., Суслов В.В., Гунбин К.В. Информационный вестник ВОГИС, 2004, № 29. С.: 86-99.
Генетические механизмы кодирования биологической сложности Суслов В.В., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2004, Т. II. № 1. С. 13-26.
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
2003
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2003, 1, 31, 118-121
2002
SELEX_DB: a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Frolov A.S., Gelfand M.S., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 195-199
ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, 1, 30, 200-202
Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P. Knowl-Based Syst. J., 2002, 4, 15, 225-233
rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P. HUM MUTAT, 2002, 4, 20, 239-248
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. In Silico Biology, 2002, V.2, p. 97-110
GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. NUCLEIC ACIDS RES, 2002, V. 30, No. 1 P. 398-401.
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov BIOINFORMATICS, 2001, V.17(11):1-12.
ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 284-287
2000
Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov PROGRAM COMPUT SOFT+, 2000, 3, 26, 170-176
Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
1999
Усреднее результатов распознавания сайтов может увеличить точность аннотации генома человека Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Фролов А.С., Воробьев Д.В., Колчанов Н.А., Овертон K. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 649-654
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
Вклад сигналов и антисигналов в мутационный спектр сайта встраивания td-интрона. Пономаренко М.П, Пономаренко Ю.В., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 1999, 4, 44, 655-663
Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
Oligonucleotide frequency matrices addressed to recognizing functional DNA sites. Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Vorobyev D.G., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 631-643
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
Conformational and physicochemical DNA features specific for transcription factor binding sites. Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.G., Overton G.C., Kolchanov N.A. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 654-668
Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS BIOINFORMATICS, 1999, 15(7-8):644-653
1998
Функциональные сайты геномов про- и эукариот: компьютерное моделирование и предсказание активности Колчанов Н.А., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Подколодный Н.Л. Molecular Biology, 1998, 2, 32, 255-267
Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome. N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1998, 6, 95-104
1997
Generating programs for predicting the activity of functional sites. Ponomarenko M.P., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A. J COMPUT BIOL, 1997, 1, 4, 83-90
TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E. Lect Notes Comput Sci, 1997, Вioinformatics, 1278, 99-105
Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application. Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1995, 3:206-214
1993
SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites. Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A. Comput. Appl. Biosci., 1993, 6, 9, 617-627
