Biochemical, Genetic, and Grain Digital Evaluation of Soft Winter Wheat Varieties with Different Germination Index. A.V. Fedyaeva, S.D. Afonnikova, D.A. Afonnikov, O.G. Smirnova, V.N. Deeva, A.I. Pryanishnikov, E.A. Salina RUSS J PLANT PHYSL+, 2024, Volume 71, article number 56
Identification of novel loci precisely modulating pre-harvest sprouting resistance and red color components of the seed coat in T. aestivum L. Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Komyshev E.G., Koval V.S., Afonnikov D.A., Salina E.A. Plants, 2024, т. 13, № 10, с. 1309
AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
A Principal Components Analysis and Functional Annotation of Differentially Expressed Genes in Brain Regions of Gray Rats Selected for Tame or Aggressive Behavior Irina Chadaeva, Rimma Kozhemyakina, Svetlana Shikhevich, Anton Bogomolov, Ekaterina Kondratyuk, Dmitry Oshchepkov, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel INT J MOL SCI, 2024, 25(9): 4613
Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data Vladimir V. Raditsa,
Anton V. Tsukanov,
Anton G. Bogomolov,
Victor G. Levitsky NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6(3), lqae090
2023
Antitumor efficacy of multi-target in situ vaccinations with CpG oligodeoxynucleotides, anti-OX40, anti-PD1 antibodies, and aptamers Proskurina AS, Ruzanova VS, Ritter GS, Efremov YR, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Fokina AA, Zatsepin TS, Stetsenko DA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS J Biomed Res, 2023
The context signals
of mitochondrial miRNAs (mitomiRs) of mammals O.V. Vishnevsky, P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):819-825
Small world of the miRNA science
drives its publication dynamics A.B. Firsov, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):826-829
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
Impact of Negative Feedbacks on De Novo Pyrimidines Biosynthesis in Escherichia coli. Akberdin I.R.; Kozlov K.N.; Kazantsev F.V.; Fadeev S.I.; Likhoshvai V.A.; Khlebodarova T.M. INT J MOL SCI, 2023, 24(5), 4806
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
Лабораторные информационные системы для управления исследовательскими работами в биологии А.М. Мухин, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
Развитие сибирской школы
математической (системной) биологии Н.А. Колчанов, С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Ю.Г. Матушкин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, 2023;9(4):185-191. DOI 10.18699/LettersVJ-2023-9-21
State-of the-art in constraint-based modeling of microbial metabolism: from basics to context-specific models with a focus on methanotrophs Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R Microorganisms, 2023, 11(12) 2987
Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus Korenskaia A.Y., Matushkin Y.G., Mustafin Z.S., Lashin S.A., Klimenko A.I. Biology, 2023, 12(10):1338
2022
ICBrainDB: An Integrated Database for Finding Associations between Genetic Factors and EEG Markers of
Depressive Disorders Роман Иванов;
Федор Казанцев;
Евгений Заварзин;
Александра Клименко;
Наталья Милахина;
Юрий Матушкин;
Александр Савостьянов;
Сергей Лашин. J. Pers. Med, 2022, 12(1), 53
Abnormal mTOR Activity in Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric and MIA-Associated Autism Spectrum Disorders Ekaterina A. Trifonova, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2022, 23, 967
Agent‐Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population Georgii P. Romanov , Anna A. Smirnova , Vladimir I. Zamyatin, Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev,
Vera G. Pshennikova, Fedor M. Teryutin, Aisen V. Solovyev, Sardana A. Fedorova, Olga L. Posukh,
Sergey A. Lashin and Nikolay A. Barashkov Biology, 2022, Biology 2022, 11, 257. https://doi.org/10.3390/biology11020257
Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin Mathematics, 2022
2021
Поиск участников сигнального пути ауксина к его транспортерам PIN на основе метаанализа транскриптомов, индуцированных ауксином В. В. Коврижных, З. С. Мустафин, З. З. Багаутдинова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):39-45
Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека З. С. Мустафин, С. А. Лашин, Ю. Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):46-56
Технологии поиска и исследования
потенциально осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
Do Autism Spectrum and Autoimmune Disorders Share Predisposition Gene Signature Due to mTOR Signaling Pathway Controlling Expression? Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2021, 22(10), 5248
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin Lect Notes Comput Sci, 2021
A Modular Mathematical Model of Exercise-Induced Changes in Metabolism, Signaling, and Gene Expression in Human Skeletal Muscle Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Sharipov R.N., Vertyshev A.Y., Vinogradova O.L., Popov, D.V., Kolpakov F.A. INT J MOL SCI, 2021, 22(19), 10353
ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations Fedor Kazantsev INT J PSYCHOPHYSIOL, 2021, Volume 168, Supplement, October 2021, Page S11
Mutation hotspots of SARS-CoV-2 RNA motifs
conserved in betacoronaviruses N.S. Kobalo, A.I. Kulikov, I.I. Titov JPCS, 2021, 2099 (2021) 012037
Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS ANTICANCER RES, 2021, V. 41. N 7. P. 3371-3387
2020
Integrated Modular Model Linking Metabolism, Signaling Transduction and Gene Expression Regulation in Human Skeletal Muscle I.R. Akberdin, I.N. Kiselev, S.S. Pintus, A.Yu. Vertyshev, P.A. Makhnovskii, D.V. Popov, F.A. Kolpakov CEUR workshop proceedings, 2020, http://ceur-ws.org/Vol-2569/short1.pdf
Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин Генетика, 2020, том 56, № 2, с. 234–246
Влияние структуры микроРНК животных на их биогенез П.С. Ворожейкин, И.И. Титов Генетика, 2020, т. 56, № 1, стр. 21-34
Математическая модель, связывающая Ca2+-зависимый сигнальный путь с регуляцией экспрессии генов в клетках скелетной мышцы человека Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Пинтус С.С., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. № 1. С. 20–39, https://www.matbio.org/2020/Akberdin_15_20.pdf
A Genome-Scale Metabolic Model of 2,3-Butanediol Production by Thermophilic Bacteria Geobacillus icigianus Kulyashov M., Peltek S.E., Akberdin I.R. Microorganisms, 2020, 8(7), 1002
The Phylogeny of Class B Flavoprotein Monooxygenases and the Origin of the YUCCA Protein Family Turnaev I.I., Gunbin K.V., Suslov V.V., Akberdin I.R., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A. Plants, 2020, 9(9), 1092
How miRNA Structure of Animals Influences Their Biogenesis P. S. Vorozheykin, I. I. Titov RUSS J GENET+, 2020, volume 56, pages 1012–1024 (2020)
Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы
и воспоминания М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 2020, 6(4):193-198
2019
MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics 2019, 20 (Suppl 1):36
SNPs associated with barley resistance to isolates of Pyrenophora teres f. teres Irina V. Rozanova, Nina M. Lashina, Zakhar S. Mustafin, Sofia A. Gorobets, Vadim M. Efimov, Olga S. Afanasenko, Elena K. Khlestkina BMC GENOMICS, 2019, 20 (Suppl 3) :292
Salicylic acid affects root meristem patterning via auxin distribution in a concentration-dependent manner Taras Pasternak, Edwin P Groot, Fedor Kazantsev, William Teale, Nadya Omelyanchuk, Vasilina Kovrizhnykh, Klaus Palme, Victoria V Mironova PLANT PHYSIOL, 2019, 180 (3), pp:1725-1739
A Bioinformatic Method For Identifying Group II Introns In Organella Genomes Igor Titov, Nikolay Kobalo, Denis Vorobyev, Alexander Kulikov Frontiers in Genetics, 2019, 10:1135.
Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana Zakhar S. Mustafin, Vladimir I. Zamyatin, Dmitrii K. Konstantinov, Aleksej V. Doroshkov, Sergey A. Lashin, Dmitry A. Afonnikov Genes, 2019, Genes 2019, 10(12), 963
The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2019, Int. J. Mol. Sci. 2019, 20(24), 6332;
2018
MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, Vol.16, No.1(2018). https://doi.org/10.1142/S0219720017400108
Methane utilization in Methylomicrobium alcaliphilum 20Z R: a systems approach Ilya R. Akberdin, Merlin Thompson, Richard Hamilton, Nalini Desai, Danny Alexander, Calvin A. Henard, Michael T. Guarnieri, Marina G. Kalyuzhnaya SCI REP-UK, 2018, Scientific Reportsvolume 8, Article number: 2512 (2018) doi:10.1038/s41598-018-20574-z
Comparing miRNA structure of mirtrons
and non-mirtrons Igor I. Titov and Pavel S. Vorozheykin BMC GENOMICS, 2018, 19(Suppl 3):114
Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22 (2):279284
Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(3):386-393
Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya Frontiers in Microbiology, 2018, 9:2735
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”, 2018, Под ред. В.Д. Лахно. Том 7. Пущино: ИМПБ РАН, 2018. Статья № e70.
2017
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov BMC BIOINFORMATICS, 2017, 18 (Suppl 1):28
2016
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016 Vol.16:262 DOI: 10.1186/s12870-016-0868-3
2015
ВЕБ-СЕРВЕР ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ miРНК, ИХ ПРЕДШЕСТВЕННИКОВ И САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ Ворожейкин П.С., Титов И.И. Molecular Biology, 2015, т. 49, №5, с. 846-853
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor» Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. BMC EVOL BIOL, 2015, 15 (Suppl 1):S3 http://www.biomedcentral.com/1471-2148/15/S1/S3
EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 335–339.
Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I. R., Peltek S.E. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(4), pp. 375–382, DOI: 10.1134/S2079059715040139
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5(6), pp. 672-678. DOI: 10.1134/S2079059715060040
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 2015;19(6):74-82. DOI 10.18699/VJ15.095
MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, DOI: 10.1142/S0219720013400106
Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, №4/1, стр. 686-704
2012
Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH микродиссекционных ДНК-проб с метафазными хромосомами. А.Г. Богомолов, К.С. Задесенец, Т.В. Карамышева, Н.Л. Подколодный, Н.Б. Рубцов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, No 2, Том 16, с. 348-358
Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
Новые возможности системы MGSmodeller Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, № 4/1, октябрь 2012, с. 799-804
2010
Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, 2010, World Scientific Publ., Singapore, pp. 563-569
2009
Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170
2007
AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
2006
Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
2005
Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
2003
How a protein knots: Folding simulation of lattice proteins Titov I.I., Palyanov A.Yu. BIOPHYSICS, 2003, 48 (Suppl. 1), 133
2002
Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
1998
Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
