 |
|
|
Подколодный Николай Леонтьевич
|
Персональная информацияРабочий адрес
Г. Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия
Дата рождения
13.03.1952
Образование
НГУ – 1974 – специалист (математика и прикладная математика)
Награды
Область научных интересов
Разработка программно-информационных систем для научных исследований.
Компьютерная системная биология.
Моделирование биологических процессов и систем.
Область рабочих интересов
Хобби
Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.
Публикации
| 2024 |
AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L.
Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of the TATA-binding protein for the promoters of human genes associated with primary open-angle glaucoma
Zolotareva K, Dotsenko P, Podkolodnyy N, Ivanov R, Makarova A-L, Chadaeva I, Bogomolov A, Demenkov P, Ivanisenko V, Oshchepkov D, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
| 2023 |
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection.
Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Human_SNP_TATAdb – база данных о SNP, статистически достоверно изменяющих сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека: полногеномный анализ и варианты использования.
Филонов С.В., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Твердохлеб Н.Н., Пономаренко П.М., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research
Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований
Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
On a Numerical Model of a Circadian Oscillator
A. A Akinshin, N. B Ayupova, V. P Golubyatnikov,
N. E Kirillova, O. A Podkolodnaya, and N. L Podkolodnyy
[Numerical Analysis and Applications]
|
|
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression
Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ.
Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2021 |
Об условиях существования циклов в двух базовых моделях циркадного осциллятора млекопитающих
Голубятников В. П., Подколодная О. А., Подколодный Н. Л., Аюпова Н. Б., Кириллова Н. Е., Юношева Е. В.
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
| 2018 |
Выявление и анализ динамических паттернов суточной экспрессии генов млекопитающих
О.А. Подколодная, Н.Н. Твердохлеб, Н.Л. Подколодный
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Приоритизация генов, ассоциированных с патогенезом лейкоза у крупного рогатого скота
Н.С. Юдин , Н.Л. Подколодный, Т.А. Агаркова, Е.В. Игнатьева
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Сytoscape – плагин для построения структурных моделей биологических сетей в виде случайных графов
Подколодный Н.Л., Гаврилов Д.А., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А.
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
| 2017 |
Computational modeling of the cell autonomous mammalian circadian oscillator
Podkolodnaya O.A., Tverdokhleb N.N., Podkolodnyy N.L.
[BMC SYST BIOL]
|
|
Анализ циркадного ритма биологических процессов в печени и почках мыши
Подколодный Н.Л. Твердохлеб Н.Н. Подколодная О.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2016 |
Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes.
Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov
[Biomed Res Int]
|
|
Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock.
Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth
Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Математическая модель циркадного осциллятора млекопитающих: взаимодействие с системой NAD+/SIRT1 и возрастные изменения экспрессии генов циркадного осциллятора
Подколодный Н.Л., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ПРОБЛЕМЫ ДОСТУПА К ДАННЫМ В ИССЛЕДОВАНИЯХ С ИНТЕНСИВНЫМ ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ДАННЫХ В РОССИИ
Л.А. Калиниченко, А.А. Вольнова, Е.П. Гордов, Н.Н. Киселева, Д.А. Ковалева, О.Ю.Малков, И. Г. Окладников, Н.Л. Подколодный, А.С. Позаненко, Н.В. Пономарева, С.А. Ступников, А.З. Фазлиев
[Информатика и ее применение]
|
| 2015 |
The Mammalian Circadian Clock: Gene Regulatory Network and Computer Analysis
O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, N.L. Podkolodnyy
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека.
Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека
Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Онтологическое моделирование в биоинформатике и системной биологии
Подколодный Н.Л., Подколодная О.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Программные системы: теория и приложения]
|
| 2014 |
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
ЦИРКАДНЫЕ ЧАСЫ МЛЕКОПИТАЮЩИХ: ГЕННАЯ СЕТЬ И КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ
Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution
Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L.
[PALEONTOL J+(RUS)]
|
|
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale
Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y.
[Proceedings of HIBIT2012]
|
|
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Routes of nanoparticle uptake into mammalian organisms, their biocompatibility and cellular effect
O. A. Podkolodnaya, E. V. Ignatieva, N. L. Podkolodnyy, N. A. Kolchanov
[Biology Bulletin Reviews]
|
|
Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH микродиссекционных ДНК-проб с метафазными хромосомами.
А.Г. Богомолов, К.С. Задесенец, Т.В. Карамышева, Н.Л. Подколодный, Н.Б. Рубцов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Информационная поддержка исследования механизмов регуляции транскрипции: онтологический подход
Подколодный Николай Леонтьевич Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Новые возможности системы MGSmodeller
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Пути поступления наночастиц в организм млекопитающих, их биосовместимость и клеточные эффекты.
Подколодная О. А., Игнатьева Е. В. , Подколодный Н. Л. , Колчанов Н. А. .
[Успехи современной биологии]
|
|
Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей
Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2011 |
From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications
Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov
[Lecture Notes in Artificial Intelligence]
|
|
Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA
Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии
В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов
[Российские нанотехнологии]
|
| 2008 |
Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks
Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L.
[INTELL DATA ANAL]
|
|
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes
N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko
[INTELL DATA ANAL]
|
| 2007 |
Application of bioinformatics resources for genosensor design
Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы
Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г.
[Вычислительные технологии]
|
|
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS
Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
| 2005 |
GeneNet in 2005.
E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
| 2004 |
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот.
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный
[Molecular Biology]
|
| 2002 |
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks.
Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
|
|
GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks.
Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002
Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
| 2001 |
ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another.
Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Сравнительный анализ методов распознавания потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов.
М.А. Поздняков, Е.Е. Витяев, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, Н.Л. Подколодный, С.В. Лаврюшев, Н.А. Колчанов
[Molecular Biology]
|
| 2000 |
Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress
F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov
[PROGRAM COMPUT SOFT+]
|
| 1999 |
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот
Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон
[BIOPHYSICS]
|
|
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins
Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
|
|
Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression.
Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
|
|
WWWMGS: интегрированный сервер для молекулярно-генетических исследований
А.С.Фролов, С.В.Лаврюшев, Д.А.Григорович, А.Э.Кель, А.А.Птицын, Н.А.Колчанов, Н.Л.Подколодный, В.В.Соловьев, Л.Миланези, П.Борн, Э.Вингендер, К.Овертон
[BIOPHYSICS]
|
| 1998 |
GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome.
N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer
[Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol]
|
|
Функциональные сайты геномов про- и эукариот: компьютерное моделирование и предсказание активности
Колчанов Н.А., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Подколодный Н.Л.
[Molecular Biology]
|
Монографии
| 2012 |
Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
|
| 2011 |
Онтологическое моделирование в биоинформатике и системной биологии
Подколодный Николай Леонтьевич
|
| 2008 |
Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование.
Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.
|
|
Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных.
Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.
|
| 2006 |
TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES
N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko
|
Конференции
| 2020 |
Компьютерное моделирование влияния циркадных часов на воспалительную реакцию
на бактериальную инфекцию
Н.Л. Подколодный, Н.Н. Твердохлеб, О.А. Подколодная
[Международная конференция «Марчуковские научные чтения 2020» (МНЧ-2020)]
|
| 2019 |
Проблемы суперкомпьютерного моделирования в биоинформатике
Орлов Ю.Л., Жилицкий В.Е., Ковалев С.С., Галиева А.Г., Лузин А.Н., Подколодный Н.Л.
[Марчуковские научные чтения - 2019]
|
| 2017 |
Изучение механического поведения клеток в рамках клеточно-ориентированной модели роста листа пшеницы
Зубаирова У.С., Николаев С.В., Пененко А.В., Подколодный Н.Л., Голушко С.К., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[Девятая международная молодежная научная школа-конференция "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", посвященная 85-летию со дня рождения академика М.М. Лаврентьева]
|
| 2016 |
Computer simulation of the trichome patterning on growing wheat leaf taking into account the biomechanics of cells
U.S. Zubairova, S.V. Nikolaev, A.V. Penenko, N.L. Podkolodnyy, S.K. Golushko, D.A. Afonnikov, and N.A. Kolchanov
[BGRS\SB-2016]
|
| 2015 |
О математическом моделировании биологических систем
Подколодный Николай Леонтьевич
[Седьмая международная молодежная научная школа-конференция "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач"]
|
|
Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
[Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»]
|
| 2014 |
Fluorescence in situ hybridization with microdissected DNA probes on chromo`somes of species with large genome size without suppression of repetitive DNA sequences.
A.G. Bogomolov, I.E. Jetybayev, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov
[The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)]
|
|
GENE NETWORKS MODELING: SPECIFICATION LANGUAGE
Kazantsev F.V.,Akberdin I.R., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A.
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)]
|
|
THE MAMMALIAN CIRCADIAN CLOCK: COMPUTER ANALYSIS OF GENE NETWORK
Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л.
[The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)]
|
|
The Сompilation of Human Gene Networks Controlling Feeding Behavior and Thermoregulation
E.V. Ignatieva, O.V.Saik, O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, P.S. Demenkov, E.S. Tiys, E.A. Oshchepkova, E.A. Ananko, N.V. Ivanisenko, O.V. Popik, N.L. Podkolodny, V.A. Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, E.I. Rogaev
[The first international scientific conference "Science of the Future"]
|
|
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Национальный Суперкомпьютерный форум-2014 (НСКФ-2014)]
|
| 2013 |
Analysis of images obtained by FISH with chromosome‐derived DNA probes without suppression of repetitive DNA hybridization
A.G. Bogomolov, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov
[19th International Chromosome Conference]
|
|
Computer analysis of gene expression in brain tumor cells using next generation sequencing
Y. L. Orlov, N. L. Podkolodnyy, G. Li, N. S. Safronova, D. A. Afonnikov, Y. Ruan
[21-й Международный Конгресс Геномики HGM-ICG-2013]
|
| 2012 |
Fluorescence in situ hybridization with chromosome-derived DNA probes on Opisthorchis felineus and Metorchis xanthosomus chromosomes without suppression of repetitive DNA sequences.
A.G. Bogomolov, K.S. Zadesenets, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
3D CHROMOSOME CONTACTS AND CHROMATIN INTERACTIONS REVEALED BY SEQUENCING
Y.L. Orlov, G. Li, R. Auerbach, K.S. Sandhu, X. Ruan, M.J. Fullwood, N.L. Podkolodnyy, D.A. Afonnikov, E. Liu, C.L. Wei, M. Snyder, Y. Ruan
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[2012 International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB2012), Hangzhou, China]
|
|
Distributed RESTFUL-WEB-services for the recognition and analysis of gene networks.
Podkolodnyy N.L., Semenychev A.V., Borovsky V.G., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya N.N. Podkolodnaya O.A.
[The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)]
|
|
Fluorescence in situ hybridization with chromosome-derived DNA probes on Opisthorchis felineus and Metorchis xanthosomus chromosomes without suppression of repetitive DNA sequences.
A.G. Bogomolov, K.S. Zadesenets, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov
[IV международная Школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"]
|
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING WITH MGSMODELLER
Kazantsev F.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем
Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А.
[XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)]
|
|
Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей
Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Боровский В.Г., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А.
[XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)]
|
|
Язык моделирования молекулярно-генетических систем SiBML
Ф.В. Казанцев, В.В. Миронова, Е.С. Новоселова, Н.Л. Подколодный, В.А. Лихошвай
["Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ) 2012"]
|
| 2011 |
РЕГУЛЯТОРНЫЕ ГЕННЫЕ СЕТИ В РАКОВЫХ КЛЕТКАХ: АНАЛИЗ С ПОМОЩЬЮ ТЕХНОЛОГИЙ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ChIP-seq
Орлов Ю.Л., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Афонников Д.А.
[II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», 11-17 ноября 2011, Новосибирск.]
|
|
Integrative analysis of transcription factors binding profiles regulating embryonic stem cell identity based on ChIP-seq and expression arrays technologies
Yuriy L. ORLOV, Nikolay L. PODKOLODNY, Huck-Hui NG
[MCCMB 2011]
|
|
The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011
Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
База знаний по регуляции транскрипции генов эукариот
ИгнатьеваЕ.В., Н.Л.Подколодный
[Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики", посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова]
|
|
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
[Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"]
|
|
Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л.
[Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»]
|
|
Разработка программного обеспечения микроскопического анализа биологических объектов.
Богомолов А.Г., Подколодный Н.Л., Рубцов Н.Б.
[Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”]
|
| 2010 |
ANDCell and ANDNanobiotech: Associative network discovery systems in systems biology and nanobiotechnology
V.A. Ivanisenko, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.L. Podkolodny
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Computational systems biology
Kolchanov N.A., Podkolodnyy N.L.
[III международный форум по нанотехнологиям, 1-3 ноября 2010]
|
|
Computer support system development for biological objects research in microscopy
A.G. Bogomolov, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov
[BGRS/SB’10, Novosibirsk]
|
|
Computer system for analysis of mechanisms of transcription regulation in eukaryotes
Podkolodnyy N.L., Ignatieva E.V., Rasskazov D.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Podkolodnaya N.N., Zalevsky E.M.
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
High performance computing complex of "bioinformatics" collective center of SB RAS
Podkolodnyy NL, Yudin AV, Kolchanov NA
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
The nanobiotechnology database
V.A. Ivanisenko, N.L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.N. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, and N.A. Kolchanov
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'2010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Интегрированная система для информационной поддержки исследования механизмов регуляции транскрипции
Н.Л. Подколодный, Е.В. Игнатьева, Д.А. Рассказов, О.А. Подколодная, Е.А. Ананько, Н.Н. Подколодная, Е.М. Залевский
[Всероссийская научная конференция "Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции" – RCDL’2010, Казань, Россия, 2010]
|
|
Компьютерная биология
Н.А. Колчанов, Н.Л. Подколодный
[День суперкомпьютерных технологий intel в Новосибирске 22 июня 2010 г]
|
|
Обратные задачи в биоинформатике и системной биологии
Подколодный Н.Л.
[II Молодежная международная научная школа-конференция "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", посвященная памяти академика М. М. Лаврентьева]
|
|
Онтологическое моделирование и семантический анализ в биоинформатике и системной биологии
Подколодный Н.Л.
[Второй Симпозиум "Онтологическое моделирование: состояние и направления исследований и применения". г. Казань, 19-20 мая 2010 г.]
|
|
Системная компьютерная биология
Колчанов Н.А.
[I международная научно-практической конференции "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине", ноябрь 2010, МГУ, Москва]
|
| 2009 |
ИВЦ НГУ в научных исследованиях
Афонников Д.А., Вишневский О.В., Вяткин Ю.В., Подколодный Н.Л., Прокопьева Л.Ю., Стрижак С.В., Федорук М.П., Чубаров Д.Л., Юдин А.Б.
[Международная научная конференция "Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ'2009)", 30 марта - 3 апреля 2009 г., Нижний Новгород]
|
|
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Подколодный Н.Л.
[Конференция "Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии", 10 – 14 июня 2009 г., Новосибирск]
|
|
Нанобиотехнология: извлечение знаний методами text-mining
Иванисенко В.А., Деменков П. С., Подколодный Н.Л., Яркова Е. Э., Иванисенко Т. В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
[Пятый московский международный конгресс “Биотехнология: состояние и перспективы развития”]
|
|
Центр высокопроизводительных вычислений в биоинформатике: задачи, вычислительная сложность, программное обеспечение и проблемы конфигурирования системы
Афонников Д.А., Вишневский О.В., Вяткин Ю.В., Подколодный Н.Л., Стрижак С.В., Федорук М.П., Чубаров Д.Л., Юдин А.Б.
[Международная научная конференция "Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ'2009)", 30 марта - 3 апреля 2009 г., Нижний Новгород]
|
| 2008 |
A database for analysis of the organizational features of the transcriptional regulatory regions in the co-expressed groups of genes
N.L. Podkolodnyy, S.S.Nechkin, E.V. Ignatieva, E.A. Ananko, O.A. Podkolodnaya
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
A database for analysis of the organizational features of the transcriptional regulatory regions in the co-expressed groups of genes.
N.L. Podkolodnyy, S.S.Nechkin, E.V. Ignatieva, E.A. Ananko, O.A. Podkolodnaya.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
A method for the estimation of the parameters of the linear model of gene network dynamics
Demidenko V.G., Podkolodnyy N.L.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
AGNK: computer system for AGNS data analysis
Omelyanchuk N.A., Mironova V.V., Zalevsky E.M., Novoselova E.S., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
AGNS (Arabidopsis genenet supplementary database) Release 4.0
Omelyanchuk N.A., Mironova V.V., Zalevsky E.M., Novoselova E.S., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Computer identification of gene transcription start sites positions in human, mouse, rat whole genom sequences data, annotated in TRRD
S.S.Nechkin, E.V. Ignatieva,N.L. Podkolodnyy
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Computer identification of gene transcription start sites positions in human, mouse, rat whole genome sequences using data, annotated in TRRD.
IgnatievaE.V. , S.S.Nechkin, N.L. Podkolodnyy
[Proceedings of the sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008)]
|
|
Nanobiotechnology and its application to biomedicine: text-mining knowledge extraction and integration
Ivavisenko V.A. Demenkov P.S., Yarkova E.E., Ivavisenko N.V., Ivavisenko T.V. Sournina N.Yu., Podkolodny N.L., Khlebodarova T.M., Ibragimova S.S., Smirnova O.G.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Онтологии в биоинформатике
Н.Л.Подколодный
[Первый Симпозиум "Онтологическое моделирование: состояние и направления исследований и применения". г. Звенигород, 19-20 мая 2008 г.]
|
| 2007 |
Извлечение знаний из опубликованных данных по генетике растений: база данных AGNS и ее приложения
Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Д.К. Пономарев, Е.М. Залевский, И.С. Шамов, Н.Л. Подколодный, Н.А. Колчанов
[Материалы Всероссийской конференции с международным участием "Знания – Онтологии – Теории" (ЗОНТ-07), 14-16 сентября 2007, Новосибирск]
|
| 2006 |
AGNS (arabidopsis genenet supplementary database), release 3.0
Omelianchuk N.A., Mironova V.V., Poplavsky A.S., Pavlov K.S., Savinskaya S.A., Podkolodny N.L., Mjolsness E.D., Meyerowitz E.M., Kolchanov N.A
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Architecture of software toolkit for storing and operating with biosystems models
Miginsky D.S., Suslov V.V., Rasskazov D.A., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology
N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko
[Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006]
|
|
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks
Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Development of a computer system for the automated reconstruction of molecular-genetic interaction networks.
Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
|
|
In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways.
Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites.
Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков.
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г.
[International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.]
|
|
Сonstruction and structure analysis of apoptosis gene network in hepatitis C
Stepanenko I.L., Podkolodnaya N.N., Paramonova N.V., Podkolodny N.L.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
|
Гранты
| 2013 |
Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Колчанов Николай Александрович, Подколодный Николай Леонтьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Брызгалов Леонид Олегович, Рассказов Дмитрий Александрович, Васькин Юрий Юрьевич, Данилова Юлия
|
| 2012 |
Междисциплинаный интеграционный проект «Суперкомпьтерная реализация стохастической эволюции ансамблей взаимодействующих частиц различной природы для решения естественно-научных и нанотехнологичных задач»
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Лашин Сергей Александрович, Николаев Сергей Васильевич
|
|
Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ"
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Деменков Павел Сергеевич, Рассказов Дмитрий Александрович, Подколодная Наталья Николаевна, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Лашин Сергей Александрович, Суслов Валентин Владимирович
|
|
Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ»
Подколодный Николай Леонтьевич Колчанов Николай Александрович Фомин Эдуард Станиславович Алемасов Николай Александрович Казанцев Федор Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Гунбин Константин Владимирович Генаев Михаил Александрович Вишневский Олег Владимирович
|
|
Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах»
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Казанцев Федор Владимирович, Рассказов Дмитрий Александрович
|
| 2011 |
Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей
Н.А. Колчанов, Н.Л. Подколодный, В.С. Тимонов, И.Р. Акбердин, Е.А. Ананько, М.А. Генаев, Е.В. Игнатьева, Ф.В. Казанцев, Н.Н. Подколодная, О.А. Подколодная, Д.А. Рассказов, А.В. Семенычев
|
|
Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии
Подколодный Николай Леонтьевич
Фомин Эдурд Станиславович
Алемасов Николай Александрович
|
| 2009 |
Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов
Колчанов Н.А., Подколодный Н.Л., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Медведева И.В., Тийс Е.С., Брагин А.О., Игнатьева Е.В., Ананько Е.В., Подколодная Н.Н., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М.
|
|
Разработка программно-информационного комплекса для исследования механизмов регуляции экспрессии генов эукариот
Кочетов А.В., Подколодный Н. Л., Игнатьева Е. В., Подколодная О. А., Ананько Е. А., Рассказов Д. А., Подколодная Н. Н., Волкова О. А.
|
| 2008 |
Создание баз данных в области нанобиотехнологии как элементов информационной составляющей инфраструктуры наноиндустрии
В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов
|
Научное руководство
| 2012 |
Разработка программного компонента для анализа экспрессионных данных в системе RETRA
[Кузнецов Илья Владиславович]
|
| 2011 |
Разработка программно-информационного комплекса для реконструкции сети регуляции транскрипции
[Титаренко Александра Викторовна]
|
Учебные курсы
| 2009 |
Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике
|
| 2008 |
Биоинформатика
|
Патенты
| 2023 |
«База данных дифференциально экспрессирующихся генов крыс как модельных объектов заболеваний человека (RatDEGdb) /A database of differentially expressed genes in rats as model objects for human diseases (RatDEGdb)»
Чадаева И.В., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю.
|
| 2018 |
Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH / Visualization chromosome-specific signals in FISH-images (VisualCS)
Богомолов А.Г., Подколодный Н.Л., Рубцов Н.Б.
|
| 2013 |
Полиморфизмы генов циркадных часов (ПМ ГЦЧ)/ Рolymorphisms of circadian clock genes (PM CCG)
Подколодная О.А., Подколодный Н.Л.
|
| 2012 |
Интегрированная база данных молекулярно-генетических систем (МГСБаза)/Integrated molecular genetic systems database (MGSBase)
Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Деменков П.С., Подколодная Н.Н., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А.
|
| 2010 |
База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
|
|
База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE)
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
|
| 2007 |
База данных: Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE).
Степаненко И.Л., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
|
|
База данных: Транскрипционный Фактор-Ген Млекопитающих взаимодействия (ТФГМВ)/ Transcription Factor- Mammalian Gene Interactions (TFMGI)
Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Генаев М.А.
|
|
База данных: Экспрессия эукариотических генов (ЭуГенЭксп) / Eukaryotic Gene Expression Database (EuGenExp)
Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
|
|
База данных: Геносенсорные конструкции (ConSensor)
Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л.
|
| 2006 |
Генные сети Арабидопсиса (ГСА)/Arabidopsis GeneNet Supplementary (AGNS)
Омельянчук Н.А., Поплавский А.С., Миронова В.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
|
|
База данных: Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX)
Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
|
|
База кинетических данных (KiNET)
Недосекина Е.А., Хлебодарова Т.М., Поплавский А.С., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
|
|
База данных: Гены-сенсоры (GenSensor)
Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Подколодный Н.Л.
|
|
|
