 |
|
|
Омельянчук Надежда Анатольевна
|
Персональная информацияРабочий адрес
Г. Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия
Дата рождения
29.10.1956
Образование
НГУ – 1978 – специалист (цитология и генетика)
Награды
Область научных интересов
Область рабочих интересов
Хобби
Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.
Одноклассники
Публикации
| 2024 |
Computational Reconstruction of the Transcription Factor Regulatory Network Induced by Auxin in Arabidopsis thaliana L.
Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Богомолов Антон Геннадьевич, Долгих Владислав Андреевич, Сидоренко Александра Дмитриевна, Землянская Елена Васильевна
[Plants]
|
|
Genetic Mechanisms Regulating Root Cap Cell Renewal
in Arabidopsis thaliana L.
V. A. Cherenko, N. A. Omelyanchuk, E. V. Zemlyanskaya
[RUSS J PLANT PHYSL+]
|
| 2023 |
DyCeModel: a tool for 1D simulation
for distribution of plant hormones controlling tissue patterning
Азарова Дарья Сергеевна,
Омельянчук Надежда Анатольевна,
Миронова Виктория Владимировна,
Землянская Елена Васильевна,
Лавреха Виктория Вадимовна
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
InterTransViewer: сравнительное описание профилей дифференциальной экспрессии генов из разных экспериментов
А.В. Тяпкин, В.В. Лавреха, Е.В. Убогоева, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana
Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Salicylic Acid in Root Growth and Development
Zulfira Z. Bagautdinova, Nadya Omelyanchuk, Aleksandr V. Tyapkin, Vasilina V. Kovrizhnykh,
Viktoriya V. Lavrekha, Elena V. Zemlyanskaya
[INT J MOL SCI]
|
|
Молекулярные механизмы детерминации клеток
сосудистой системы корня Arabidopsis thaliana L.
А.Д. Сидоренко, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2020 |
Cell Dynamics in WOX5-Overexpressing Root Tips: The Impact of Local Auxin Biosynthesis
Maria S. Savina,
Taras Pasternak,
Nadya A. Omelyanchuk,
Daria D. Novikova,
Klaus Palme,
Victoria V. Mironova,
Viktoriya V. Lavrekha
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude
for Functional Gene Groups
Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V.
[Genes]
|
| 2019 |
Salicylic acid affects root meristem patterning via auxin distribution in a concentration-dependent manner
Taras Pasternak, Edwin P Groot, Fedor Kazantsev, William Teale, Nadya Omelyanchuk, Vasilina Kovrizhnykh, Klaus Palme, Victoria V Mironova
[PLANT PHYSIOL]
|
| 2018 |
Deciphering Auxin-Ethylene Crosstalk at a Systems Level
Elena V. Zemlyanskaya, Nadya A. Omelyanchuk, Elena V. Ubogoeva, Victoria V. Mironova
[INT J MOL SCI]
|
|
Diversity of cis-regulatory elements associated with auxin response in Arabidopsis thaliana
Pavel Cherenkov, Daria Novikova, Nadya Omelyanchuk, Victor Levitsky, Ivo Grosse, Dolf Weijers, Victoria Mironova
[J EXP BOT]
|
|
Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis.
Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[PloS One]
|
| 2017 |
Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots
N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova
[SCI REP-UK]
|
| 2016 |
A detailed expression map of the PIN1 auxin transporter in Arabidopsis thaliana root
N.A. Omelyanchuk, V.V. Kovrizhnykh, E.A. Oshchepkova, T. Pasternak, K. Palme, V.V. Mironova.
[BMC PLANT BIOL]
|
|
Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L.
Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Механизмы регуляции передачи этиленового сигнала у растений
Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Ермаков А.А., Миронова В.В.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня
Е.А. Ощепкова, Н.А. Омельянчук, М.С. Савина, Т. Пастернак, Н.А. Колчанов, Е.В. Землянская
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
Computational analysis of auxin responsive elements in the Arabidopsis thaliana L. genome
Mironova VV, Omelyanchuk NA, Wiebe DS, Levitsky VG
[BMC GENOMICS]
|
|
КЛЮЧЕВАЯ РОЛЬ PIN-БЕЛКОВ В ТРАНСПОРТЕ АУКСИНА В КОРНЕ ARABIDOPSIS THALIANA L.
В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Ключевая роль PIN белков в транспорте ауксина в корне Arabidopsis thaliana L.
В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерный анализ и функциональная аннотация сайтов связывания транскрипционных факторов AP2/ERF в геноме Arabidopsis thaliana L.
Черных О.А., Левицкий В.Г., Омельянчук Н.А., Миронова В.В
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Математическая модель регуляции фитогормонами формирования меристематической зоны корня
Лавреха В.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы
Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2013 |
How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution
Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS
Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Исследование математической модели перераспределения вещества в кольцевом ансамбле клеток
С. И. Фадеев, В. В. Когай, В. В. Миронова, Н. А. Омельянчук, В. А. Лихошвай
[Сибирский журнал вычислительной математики]
|
| 2012 |
Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance
Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA.
[ANN BOT-LONDON]
|
| 2011 |
From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications
Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov
[Lecture Notes in Artificial Intelligence]
|
|
Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека
Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П.
[Molecular Biology]
|
| 2010 |
A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root
Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A.
[BMC SYST BIOL]
|
|
Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор)
В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
| 2009 |
Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm
N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi
[Journal of Stem Cells]
|
|
Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных
Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА
[RUSS J GENET+]
|
|
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana
В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7
Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
|
Математическое моделирование морфогенеза растений
Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов.
[Журнал вычислительной математики и математической физики]
|
|
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений
Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А
[Сибирские электронные математические известия]
|
|
Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD
Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
| 2007 |
А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana
Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения
Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А.
[RUSS J DEV BIOL+]
|
| 2006 |
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms
I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov
[BIOPHYSICS]
|
|
Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants
Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A.
[BIOPHYSICS]
|
|
МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот
А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата
Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении.
Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS
Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега
Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD
Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2005 |
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2004 |
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I.
Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А.
[Сибирский экологический журнал]
|
|
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II.
Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А.
[Сибирский экологический журнал]
|
|
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот.
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный
[Molecular Biology]
|
| 2003 |
Эффект замены хромосомы 5A дополнительной хромосомой 5B у потомства сомаклональной линии обыкновенной пшеницы, моносомной по 5A
Е. И. Гордеева, Бадаева Е. Д., Будашкина Е. Б., Н. А. Омельянчук
[Генетика]
|
Монографии
| 2008 |
Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование.
Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.
|
|
Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию
Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А., Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А.
|
| 2007 |
The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics
Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.
|
Конференции
| 2024 |
FindTFnet: a tool for reconstruction of Arabidopsis
transcription factor networks from transcriptome data
Омельянчук Надежда Анатольевна,
Лавреха Виктория Вадимовна,
Богомолов Антон Геннадьевич,
Землянская Елена Васильевна
[BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
InterTransViewer: a comparative analysis of differential
gene expression profiles
Тяпкин Александр Вячеславович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Землянская Елена Васильевна
[BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2023 |
CisCross web server: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators in Arabidopsis thaliana
Lavrekha V.V., Levitsky V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.
[Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023)]
|
|
Computational reconstruction
of transcriptional cascades induced
by plant hormones
Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Лавреха В.В.
[PlantGen]
|
| 2022 |
CisCross web service: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators for Arabidopsis thaliana
Lavrekha V.V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G. , Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Mironova V.V.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2021 |
WOX5 поддерживает баланс в распределении ауксина между проксимальной и дистальной меристемами корня у Arabidopsis thaliana L.
Савина М.С.
Омельянчук Н.А.
Пастернак Т.П.
Миронова В.В.
Лавреха В.В.
[Всероссийская научная конференция с международным участием "Экспериментальная биология растений и биотехнология: история и взгляд в будущее]
|
| 2020 |
FoldGO - программный комплекс для выявления фолд-специфичных ГО категорий в данных транскриптомных экспериментов
Вибе Д.С., Мухин А.М., Омельянчук Н.А., Миронова В.В.
[Симпозиум Биофизика сложных систем. Вычислительная и системная биология. Молекулярное моделирование”]
|
|
Keeping the gate closed: WOX5 supports the balance between the proximal and distal root meristems via auxin biosynthesis in Arabidopsis thaliana L.
Savina M.S., Pasternak T., Omelyanchuk N., Mironova V.V., Lavrekha V.V.
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Meta-analysis of transcriptome data clarified hormonal regulation of cold stress response in Arabidopsis thaliana L
Omelyanchuk Nadezda, Sizentsova Yana, Mironova Victoria
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology - BGRS/SB-2020]
|
| 2019 |
FoldGO - новый метод анализа функционального обогащения с учетом степени изменения транскрипционной активности.
Вибе Д.С., Омельянчук Н.А., Мухин А.М., Лашин С.А., Миронова В.В.
[7ой съезд ВОГиС]
|
|
FoldGO: a web server to identify functional gene groups responding to a factor within specific ranges of fold changes
Nadya Omelyanchuk, Daniil Wiebe, Victoria Mironova
[30th International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019)]
|
|
Systems analysis of chilling stress induced transcriptomes in Arabidopsis thaliana
Sizentsova Y.G., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V
[Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference]
|
| 2018 |
FoldGO for functional annotation of transcriptome data to identify fold-change-specific GO categories
D.S. Wiebe, A.M. Mukhin, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology]
|
| 2017 |
Auxin induced expression changes differ among functional gene groups
Омельянчук Н. Вибе Д. Миронова В.
[Высокопроизводительное секвенирование в геномике]
|
| 2016 |
High resolution map of key cell cycle events in Arabidopsis root tips: radial, bilateral and longitudinal symmetry
Lavrekha VV, Pasternak T, Omelyanchuk NA, Ivanov VB, Mironova VV
[International Conference on Systems Biology (ICSB 2016) 16-22 september]
|
|
3D map of proliferation activity in Arabidopsis thaliana root tips: transition domain boundaries and its bilateral symmetry
Lavrekha V.V., Pasternak T., Omelyanchuk N.A., Ivanov V.B., Mironova V.V.
[BGRS/SB’16, Novosibirsk]
|
|
Expression map of PIN transporters in the root meristem of Arabidopsis thaliana
V.V. Kovrizhnykh, T. Pasternak, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova
[Plant signaling and behavior]
|
|
Mathematical modeling a reciprocal interactions between auxin and its PIN transporters in the root tip of A. thalina L.
Коврижных В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В.
[BGRS 2016]
|
|
Meta-analysis of transcriptome data to investigate auxin response mechanisms in Arabidopsis thaliana L.
Novikova D.D.,Mironova V.V.,Omelyanchuk N.A., Cherenkov P.A.
[International Conference on Systems Biology]
|
|
Phylogeny and Expression of MAKR family genes in Arabidopsis thaliana L
Novikova D.D.,Mironova V.V., Jaillais Y.,Omelyanchuk N.A.
[The 10th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
| 2015 |
Mathematical modeling of morphogenetic regulation of the meristem zone formation in the plant root
Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А.
[MCCMB-2015 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)]
|
| 2014 |
The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches
Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
|
|
Auxin-responsive transcriptome of Arabidopsis thaliana roots
Миронова Виктория Владимировна Новикова Дарья Дмитриевна Омельянчук Надежда Анатольевна Васильев Геннадий Владимирович Климова Наталья Викторовна
[BGRS-2014]
|
|
Computation modeling of vascular patterning in plant roots
ES Novoselova, VV Mironova, FV Kazantsev, NA Omelyanchuk, VA Likhoshvai
[The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)]
|
|
Database of quantitative characters of processes in embryonic stem cells
Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Akberdin I.R., Ermak T.V., Afonnikov D.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
How the plant root deals with missing of a PIN auxin transporter
Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Vasilina Chernova, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak
[9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology]
|
|
Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants
Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
Modeling of cell dynamics in the root apical meristem with dynamical grammar
Lavrekha V.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A.
[The Ninth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology (BGRS\SB-2014)]
|
|
Modeling of cell dynamics in the root apical meristem with dynamical grammar
Lavrekha V.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A.
[6th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB’2014]
|
|
Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling
Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
Математическое моделирование влияния ауксина на формирование сосудистого паттерна корня растения.
Новоселова Е.С., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А.
[18-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых "Биология - наука XXI века"]
|
| 2013 |
The mathematical model of auxin distribution in the plant root meristem
Kazantsev F.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A.
[Regional Interdisciplinary Conference – Humboldt Kolleg «Magnetic resonance as a tool for interdisciplinary research»]
|
| 2012 |
ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL AND POSTTRANSCRIPTIONAL REGULATION OF AUXIN CARRIER AtPIN1
Chernova V.V., Ermakov A.A., Doroshkov A.V., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V.
[VIII Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012)]
|
|
MATHEMATICAL MODEL OF AUXIN RESPONSIVE REPORTER DR5 ACTIVITY IN PLANT CELL
Savina M.S., Mironova V.V., Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
MOLECULAR EVOLUTION OF PROTEINS BELONGING TO AUXIN BIOSYNTHESIS GENE NETWORK IN PLANTS
Turnaev I.A., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
Molecular evolution of proteins belonging to auxin biosynthesis gene network in plants
Turnaev I.I., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelianchuk N.A., Afonnikov D.A.
[Molecular Phylogenetics, Contributions to the 3rd Moskow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-3)]
|
|
Role of auxin dose-dependent control in specification of root vascular cells
Новоселова ЕС., Миронова ВВ, Казанцев ФВ, Омельянчук НА, Лихошвай ВА
[Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’12)]
|
|
THE MODEL FOR AUXIN REGULATED AtPIN1 EXPRESSION IN THE ROOT APICAL MERISTEM
А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, С.С. Сангаев, Н.А. Омельянчук, А.В. Кочетов, В.В. Миронова
[The 2nd International Conference "Plant Genetics, Genomics and Biotechnology"]
|
|
Математическое моделирование ауксин зависимого контроля дифференцировки сосудистых клеток корня
Новоселова ЕС, Миронова ВВ, Омельянчук НА, Казанцев ФВ, Лихошвай ВА
[II(X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге]
|
| 2011 |
A plausible mechanism for the root apical meristem patterning.
V.V. Mironova, E.S. Novoselova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai
[7th International Conference on Structure and Function of Roots]
|
|
A plausible mechanism for the root apical meristem self-organization
Victoria Mironova, Ekaterina Novoselova, Nadya Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow]
|
|
Computer simulation confirmed auxin dose-dependent control of root vascular cells specification
E.S. Novoselova, V.V. Mironova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai
[7th International Symposium on Structure and Function of Roots]
|
|
Modelling auxin transport in root provascular tissue.
Novoselova E.S., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A.
[8th European conference on mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011)]
|
|
Quantitative sequence /activity relationships of auxin response elements (Aux RE) in plant promoters
V.V. Mironova, P.M. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, M.P. Ponomarenko
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow]
|
|
The combined mechanisms of the reverse fountain and the reflected flow provide for self-organization and maintenance of the root apical meristem.
Mironova V.V., Novoselova E.S., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A.
[8th European conference on mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011)]
|
|
Математическая модель распределения ауксина в корне растений
Миронова В.В., Новоселова Е.С., Лихошвай В.А.
[Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики, Новосибирск]
|
|
Математическое моделирование транспорта ауксина в центральном цилиндре корня A. Thaliana
Новоселова Е.С., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”]
|
| 2010 |
In silico analysis of auxin-regulated root apical meristem patterning
Mironova V.V., N.A. Omelyanchuk, E.S. Novoselova, V.A. Likhoshvai
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Prediction for AtARF family transcription factors, mediating primary response to auxin
V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, D.Yu. Oschepkov, V.G. Levitsky
[Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk]
|
|
The mathematical model for investigation of auxin-regulated root patterning in wild type and under treatments
V.V. Mironova, E.S. Novoselova, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai.
[the Joint Russian-French seminar "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling" 18-21 June, Novosibirsk]
|
|
Механизмы поддержания ниши стволовых клеток в корнях растений: математическая модель распределения ауксина в корне и ее анализ
Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[Биология развития: морфогенез репродуктивных структур и роль стволовых клеток в онтогенезе. Санкт-Петербург, 13-16 декабря 2010 г.]
|
| 2009 |
Auxin regulated root patterning: the mathematical model and key genetic mechanisms
V.V. Mironova, M.P. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai
[German-Russian forum Biotechnology GRFB'09, Novosibirsk]
|
| 2008 |
Auxin regulation of its own transport determines the root tip structure in plants
V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, S.I. Fadeev, V.V Koga2, G. Yosiphon, E. Mjolsness, V.A.Likhoshvai
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Mathematical model of auxin metabolism in shoots of Arabidopsis thaliana L.
Akberdin I. R., Kazantsev F. V., Omelyanchuk N. A., Likhoshvai V. A.
[2nd International Conference "Mathematical Biology and Bioinformatics", Pushchino, Moscow region, September 7-13, 2008]
|
|
Математическая модель поддержания тотипотентности и дифференцировки клеток при развитии меристемы побега Arabidopsis thaliana
Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[Сборник материалов Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2008"!", Москва, Россия]
|
| 2007 |
2d modelling and analysis of spatially distributed cells types of primary shoot apical meristem (SAM) of Arabidopsis thaliana
Ilya R. AKBERDIN, Evgeny A. OZONOV, Victorya V. MIRONOVA, Dmitry N. GORPINCHENKO, Nadezda A. OMELYANCHUK, Vitaly A. LIKHOSHVAI, Denis S. MIGINSKY, Nikolai A. KOLCHANOV
[Proceedings of the 3-rd Moscow conference on computional molecular biology. Moscow, Russia]
|
|
Mathematical model of the Arabidopsis thaliana L. morphogenesis in a cellular automaton terms
Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., D.N., Kolchanov N.A.
[7th YSF "Molecular Networks", Vienna, Austria, 5 – 7 July 2007]
|
|
Modelling and analysis of spatially distributed systems regulation in apical meristem of Arabidopsis thaliana
Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A
[3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia]
|
|
Извлечение знаний из опубликованных данных по генетике растений: база данных AGNS и ее приложения
Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Д.К. Пономарев, Е.М. Залевский, И.С. Шамов, Н.Л. Подколодный, Н.А. Колчанов
[Материалы Всероссийской конференции с международным участием "Знания – Онтологии – Теории" (ЗОНТ-07), 14-16 сентября 2007, Новосибирск]
|
|
Моделирование морфогенеза зародыша Arbidopsis thaliana в терминах клеточного автомата
Акбердин ИР, Озонов ЕА, Миронова ВВ, Горпинченко ДН, Омельянчук НА, Лихошвай ВА
[Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск]
|
| 2006 |
AGNS (arabidopsis genenet supplementary database), release 3.0
Omelianchuk N.A., Mironova V.V., Poplavsky A.S., Pavlov K.S., Savinskaya S.A., Podkolodny N.L., Mjolsness E.D., Meyerowitz E.M., Kolchanov N.A
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
AGNS database and cellular automaton to model the development of shoot meristems of Arabidopsis thaliana
Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[II Всероссийская конференция "Инфокоммуникационные и компьютерные технологии и системы", Улан-Удэ, Россия (Июль 1-4)]
|
|
Modeling of morphogenesis of Arabidopsis thaliana in cellular automaton terms
Akberdin I. R., Evgeniy A. Ozonov, Victoria V. Mironova, Nadezda A. Omelyanchuk, Vitaly A. Likhoshvai
[VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006]
|
|
Pattern of locally positioned dinucleotides in microRNA relates to its accumulation level
Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Program Method of Constructing Ontology of Phenotypic Abnormalities for Arabidopsis thaliana
Ponomaryov D., Omelianchuk N., Mironova V., Kolchanov N., Mjolsness E., Meyerowitz E A
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS
Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov
[Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies]
|
|
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата
Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006]
|
|
Онтология развития растения базы данных по экспрессии генов Арабидопсиса AGNS (Arabidopsis GeneNet Supplementary DataBase)
Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Поплавский А.С.
[Материалы II всероссийской конференции с международным участием "Инфокоммуникационные и вычислительные технологии и системы". г. Улан-Удэ]
|
Гранты
| 2021 |
Поиск, декомпозиция и верификация регуляторных модулей, обеспечивающих формирование пространственно-временных паттернов экспрессии генов растений
Левицкий Виктор Георгиевич,
Миронова Виктория Владимировна,
Лавреха Виктория Вадимовна,
Сизенцова Яна Геннадьевна,
Коврижных Василина Владимировна,
Долгих Владислав Андреевич,
Омельянчук Надежда Анатольевна,
Цуканов Антон Витальевич,
Вибе Даниил Станиславович,
Коростелева Анастасия Леонидовна
|
| 2020 |
Регуляция EIN3/EIL1-зависимого транскрипционного
ответа на этилен у растений: системный анализ
полногеномных данных
Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Долгих В.А., Убогоева Е.В., Пуховая Е.М., Багаутдинова З.З., Цуканов А.В., Омельянчук Н.А.
|
| 2018 |
Взаимодействие сигнальных путей ауксина и этилена у
растений: от генов-мишеней к новым биологическим функциям
Землянская Е.В., Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю.,Омельянчук Н.А., Убогоева Е.В., Долгих В.А.
|
|
Разработка и апробация метода поиска и функциональной аннотации цис-регуляторных элементов, ассоциированных с ответом организма на изменение внешних условий
Коврижных Василина Владимировна Миронова Виктория Владимировна (Р) Омельянчук Надежда Анатольевна Вибе Даниил Станиславович Ощепкова Евгения Александровна Злобин Александр Сергеевич Мухин Алексей Максимович Ткачев Кирилл Юрьевич
|
| 2014 |
Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии
Афонников Д.А., Голушко С.К., Дорошков А.В., Зубаирова У.С., Казанцев Ф.В., Колчанов Н.А., Лавреха В.В., Миронова В.В., Николаев С.В., Новикова Д.Д., Омельянчук Н.А., Пененко А.В., Пшеничникова Т.А., Савина М.С., Саженков С.А., Симонов А.В., Чернова В.В.
|
| 2012 |
ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО-РАЗНОСТНЫЕ И ИНТЕГРОДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫЕ УРАВНЕНИЯ. ПРИЛОЖЕНИЯ К ЗАДАЧАМ ЕСТЕСТВОЗНАНИЯ
общее кол-во = 72 человека
|
| 2011 |
Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений
Миронова Виктория Владимировна Лихошвай Виталий Александрович Омельянчук Надежда Анатольевна Новоселова Екатерина Сергеевна Казанцев Фёдор Владимирович Сангаев Содном Сергеевич Ибрагимова Салмаз Магомедсаидовна Пономаренко Михаил Павлович
|
| 2009 |
Participation to miniprogram “Morphodynamics in Plants, Animals and Beyond"
Миронова В.В., Омельянчук Н.А.
|
|
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Акбердин Илья Ринатович, Гунбин Константин Владимирович, Захаренко Л.П., Иванисенко Владимир Александрович, Игнатьева Елена Васильевна, Казанцев Федор Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лихошвай Виталий Александрович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Пономаренко Михаил Павлович, Пономаренко Петр Михайлович, Ри Максим Тексенович, Савинкова Людмила Кузминична, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Хлебодарова Тамара Михайловна
|
|
Методы исследования дифференциально-разностных уравнений и приложения к задачам биологии и химии
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Омельянчук Н.А., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Миронова В.В., Ри М.Т., Казанцев Ф.В., Новоселова Е.С. и др.
|
|
ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ
76 человек
|
| 2008 |
Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana
Колчанов Н.А. , Омельянчук Н.А., н.с. Николаев С.В., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Хомичева И.В., Миронова В.В., Лавреха В.В.
|
Патенты
| 2018 |
Функциональная аннотация дифференциально экспрессирующихся генов с учетом степени изменения экспрессии (FoldGO)
Вибе Даниил Станиславович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Миронова Виктория Владимировна
|
| 2010 |
Растения, Паттерны, Фенотипы (3П-ДБ)/Plants, Patterns, Phenotypes (3P-DB)
Миронова В.В., Залевский Е.М., Омельянчук Н.А.
|
| 2006 |
Генные сети Арабидопсиса (ГСА)/Arabidopsis GeneNet Supplementary (AGNS)
Омельянчук Н.А., Поплавский А.С., Миронова В.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
|
|
|
