 |
|
|
Матушкин Юрий Георгиевич, к. б. н.
|
Персональная информацияРабочий адрес
Г. Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия
Дата рождения
12.02.1955
Образование
ЛГУ – 1977 – математика
Награды
Область научных интересов
Теоретическая биология, биоинформатика
Область рабочих интересов
Хобби
Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.
Публикации
| 2023 |
Trait-Based Method of Quantitative Assessment of Ecological Functional Groups in the Human Intestinal Microbiome
Andrew I. Kropochev, Sergey A. Lashin, Yury G. Matushkin, Alexandra I. Klimenko
[Biology]
|
|
Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus
Korenskaia A.Y., Matushkin Y.G., Mustafin Z.S., Lashin S.A., Klimenko A.I.
[Biology]
|
|
Молекулярные механизмы оптимизации элонгации трансляции существенно различаются у бактерий, имеющих и не имеющих кластеры генов биосинтеза нерибосомных пептидов
А. И. Клименко, С. А. Лашин, Н. А. Колчанов, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин
[Молекулярная биология]
|
|
Развитие сибирской школы
математической (системной) биологии
Н.А. Колчанов, С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Ю.Г. Матушкин
[Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
|
| 2022 |
Bioinformatic Assessment of Factors Affecting the Correlation between Protein Abundance and Elongation Efficiency in Prokaryotes
Aleksandra E. Korenskaia, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin, Alexandra I. Klimenko
[INT J MOL SCI]
|
|
ICBrainDB: An Integrated Database for Finding Associations between Genetic Factors and EEG Markers of
Depressive Disorders
Роман Иванов;
Федор Казанцев;
Евгений Заварзин;
Александра Клименко;
Наталья Милахина;
Юрий Матушкин;
Александр Савостьянов;
Сергей Лашин.
[J. Pers. Med]
|
|
Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation
Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin
[Mathematics]
|
|
Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека.
Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2021 |
Leave or Stay: Simulating Motility and Fitness of Microorganisms in Dynamic Aquatic Ecosystems
Alexandra Klimenko, Yury Matushkin, Nikolay Kolchanov, Sergey Lashin
[Biology]
|
|
The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems
T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Технологии поиска и исследования
потенциально осциллирующих ферментативных систем
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека
З. С. Мустафин, С. А. Лашин, Ю. Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2020 |
The effect of meditation on comprehension of statements about one-self and others: a pilot ERP and behavioral study
Alexander Savostyanov, Sergey Tamozhnikov, Andrey Bocharov, Alexander Saprygin, Yuriy Matushkin, Sergey Lashin, Galina Kolpakova, Klimenty Sudobin, Gennady Knyazev
[FRONT HUM NEUROSCI]
|
|
Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности
С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин
[Генетика]
|
| 2019 |
Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities
Иванов Роман Артемович
Замятин Владимир
Клименко Александра Игоревна
Матушкин Юрий Георгиевич
Савостьянов Александр Николаевич
Лашин Сергей Александрович
[Genes]
|
|
Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[ECOL MODEL]
|
| 2018 |
Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis.
Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[PloS One]
|
|
Prediction of Bacterial and Archaeal Allergenicity with AllPred Program
Bragin A, Sokolov V, Demenkov P, Ivanisenko T, Bragina EY, Matushkin YG and Ivanisenko V
[Molecular Biology]
|
|
Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания. эффективности элонгации трансляции
А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников
[V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ]
|
|
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах
Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”]
|
|
ПРОГРАММА ALLPRED ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ АЛЛЕРГЕННОСТИ БАКТЕРИЙ И АРХЕЙ
Брагин АО, Соколов ВС, Деменков ПС, Иванисенко ТВ, Брагина ЕЮ, Матушкин ЮГ, Иванисенко ВА
[Molecular Biology]
|
|
Эффективность элонгации трансляции открытых рамок считывания одноклеточных организмов
Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.С. Соколов
[V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ]
|
| 2017 |
AltORFev facilitates the prediction of alternative open reading frames in eukaryotic mRNAs
Kochetov Alex V., Allmer Jens, Klimenko Alexandra I., Zuraev Bulat S., Matushkin Yury G., Lashin Sergey A.
[BIOINFORMATICS]
|
|
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles
Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov
[BMC BIOINFORMATICS]
|
| 2016 |
A Review of Simulation and Modeling Approaches in Microbiology
A. I. Klimenko, Z. S. Mustafin, A. D. Chekantsev, R. K. Zudin, Yu. G. Matushkin, S. A. Lashin
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Bacteriophages affect evolution of bacterial communities in spatially distributed habitats: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC MICROBIOL]
|
| 2015 |
A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study
Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии
Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов
В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Gene Expression and Secondary mRNA Structures in Different Mycoplasma Species
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software
Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения
Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы
Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2013 |
Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution
Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters
Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Генные сети
Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Экспрессия генов и вторичные структуры в мРНК в разных видах Mycoplasma
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе.
Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2012 |
Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
[ECOL MODEL]
|
|
Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges
Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
|
|
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор"
Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ
Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии
С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин
[RUSS J GENET+]
|
| 2011 |
Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems
S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov
[RUSS J GENET+]
|
|
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг”
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[RUSS J GENET+]
|
| 2010 |
Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
| 2009 |
Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом
Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Вычислительные технологии]
|
| 2007 |
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006))
Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G
[In Silico Biology]
|
|
Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах
Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин.
[Molecular Biology]
|
| 2005 |
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2002 |
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks.
Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
|
Монографии
| 2016 |
The Animal Domestication Experiment as a Model of the Evolutionary Process: A New Insight into Evolution Under Selection Targeting Regulatory Systems.
Trut, L. N., Herbek, Y. E., Trapezov, O. V., Lashin, S. A., Matushkin, Y. G., Markel, A. L., Kolchanov, N. A.
|
| 2014 |
Evolution, Biodiversity and Ecology in Microbial Communities: Mathematical Modeling and Simulation with the “Haploid Evolutionary Constructor” Software Tool
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Klimenko A.I., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
|
| 2011 |
Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
|
Моделирование коэволюции одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программного комплекса «Эволюционный конструктор»
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
| 2010 |
Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения
И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
|
|
Экспериментально-компьютерное конструирование и анализ бактериальных геносенсоров для детекции токсичности окружающей среды
Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А., Качко А.В., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Задорожный А.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
| 2008 |
Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.
|
|
Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” // В монографии: Системная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
| 2006 |
Молекулярно-эпигенетические механизмы возникновения биоразнообразия. В «Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование». Отв. Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин, Н.А.Колчанов. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2006, с. 401-411.
Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г.
|
Конференции
| 2024 |
Mathematical modeling of the
regulation of NCgl2816-lldD,
brnEF, vanABK and mtlTD
operons in Corynebacterium
glutamicum
Lakhova T., Kazantsev F., Khlebodarova T., Matushkin Yu., Lashin S.
[14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology]
|
|
A software package to assess the metabolic potential of mutant strains of the Corynebacterium glutamicum
Kazantsev F.V., Trofimova M.F., Sheremetieva M.E., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A
[14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology]
|
|
Integration of phylostratigraphic and phylotranscriptomic analysis in the study of differentially expressed genes in cancer tissues
Иванов Р.А.
Лашин С.А.
Афонников Д.А.
Матушкин Ю.Г.
[14-я Международная Мультиконференция “Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология”]
|
|
Software package for analysis of regulatory circuits of bacterial metabolic pathways by mathematical modeling methods
Kazantsev F.V., Lakhova T.N., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A
[14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology]
|
|
Эволюционный подход к изучению дифференциальной экспрессии в тканях карцином различных
стадий
Иванов Роман Артемович
Афонников Дмитрий Аркадьевич
Матушкин Юрий Георгиевич
Лашин Сергей Александрович
[VI Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2024]
|
| 2022 |
Bioinformatic assessment of factors affecting the correlation between protein abundance and elongation efficiency in prokaryotes
Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Integration of transcriptomic, genomic, and proteomic data in order to assess the impact of translation efficiency features on protein abundance for various prokaryotes
Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Modelling of eco-evolutionary dynamics in microbial
communities with haploid evolutionary constructor
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2021 |
ROLE OF THE ALLELIC POLYMORPHISM OF THE BRAIN NEUROTRANSMITTERS SYSTEMS IN A FORMATION OF PERSONALITY FEATURES OF SOCIAL BEHAVIOR IN PEOPLE, LIVING IN DIFFERENT REGIONS OF SIBERIA AND MONGOLIA
Савостьянов Александр Николаевич
Лашин Сергей Александрович
Клименко Александра Игоревна
Таможников Сергей Сергеевич
Милахина Наталья Сергеевна
Бочаров Андрей В.
Ефимов Вадим Михайлович
Матушкин Юрий Георгиевич
Васильев Геннадий Владимирович
Иванов Роман Артемович
Князев Геннадий Георгиевич
[XVII INTERNATIONAL INTERDISCIPLINARY CONGRESS NEUROSCIENCE FOR MEDICINE AND PSYCHOLOGY]
|
|
МОДЕЛИРОВАНИЕ ИЗМЕНЕНИЙ ПРИСПОСОБЛЕННОСТИ
И ПОДВИЖНОСТИ МИКРООРГАНИЗМОВ
В ИЗМЕНЯЮЩИХСЯ ВОДНЫХ ЭКОСИСТЕМАХ
Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития.]
|
| 2020 |
Gene network of type 2 diabetes: reconstruction of analysis
Zamyatin V., Mustafin Z., Matushkin Y., Afonnikov D., Klimontov V., Lashin S.
[BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts. 2020.]
|
|
Motility and fitness of microorganisms in dynamic aquatic ecosystems: a simulation study
Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020]
|
|
OrthoWeb-web application for macroand microevolutionary analysis of genes
Mustafin Z., Mukhin A., Afonnikov D., Matushkin Y., Lashin S
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Predicting elongation efficiency of gene translation for annotation of bacterial genomes: a case study for biosynthetic gene clusters of nonribosomal peptides
Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
[12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020]
|
|
The algorithm for finding potentially oscillating behavior in enzymatic systems
Lakhova T.N., Kazantsev F.V, Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания эффективности элонгации трансляции.
Клименко А.И., Лашин С.А., Афонников Д.А., Матушкин Ю.Г.
[Международный форум «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
| 2019 |
Математическое и компьютерное моделирование осциллирующих ферментативных систем
Т.Н. Лахова, Ф. В. Казанцев, Ю. Г. Матушкин, С. А. Лашин
[Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики]
|
|
Antagonistic evolutionary scenarios in microbial communities are played out under ecological stratification fostered by spatial gradients
A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin
[The International Society for Ecological Modelling Global Conference 2019]
|
|
Gene networks of type 2 diabetes and Alzheimer’s disease. Reconstruction and analysis
Zamyatin V., Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V., Lashin S.A.
[The 11th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
|
|
Методы компьютерного моделирования иерархических биологических систем
Лашин С. А., Матушкин Ю. Г., Клименко А. И., Казанцев Ф. В., Лахова Т. Н., Смирнова А. А.
[«Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)]
|
| 2018 |
Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания эффективности элонгации трансляции
А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников
[V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018” В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ]
|
|
Adaptive strategies of motile bacteria in dynamic aquatic ecosystems. A simulation study.
A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[BGRS 2018]
|
|
Agent-based modelling of genetic deafness propagation under various sociodemographic conditions.
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Smirnova A.A., Romanov G.P., Posukh O.L.
[11th International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\ Systems Biology», The 3rd International Symposium Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018]
|
|
Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy
metabolism disorders
S.A. Lashin, Z.S. Mustafin, V.A. Manevich,
D.A. Afonnikov, E.V. Ignatieva, Yu.G. Matushkin, V.V. Klimontov
[BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium]
|
|
Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy metabolism disorders
Lashin S.A., Mustafin Z.S., Manevich V.A., Afonnikov D.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V.
[Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium]
|
|
Gene networks of human hearing impairments: reconstruction and analysis.
Zamyatin V.I., Mustafin Z.S., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Posukh O.L., Lashin S.A.
[The Tenth International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2018).]
|
|
On evolutionary analysis of gene networks by the Orthoscape software
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[BGRS 2018]
|
|
Spatial heterogeneity influences evolutionary scenarios in microbial communities explained by ecological stratification: a simulation study
A.I. Klimenko,Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)]
|
|
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах
Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[VII Международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
|
|
Программные средства для комплексного анализа генных сетей
С.А. Лашин, З.С. Мустафин, В.И. Замятин, Д.А. Афонников, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
[V Международная конференция. «Постгеном 2018». В поисках моделей персонализированной медицины]
|
|
Программные средства для построения и анализа сложных моделей микробного метаболизма и микробных сообществ
Лашин С.А, Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Афонников Д.А.,
Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А.
[Школа-конференция «Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике»]
|
| 2017 |
О компьютерном моделировании иерархических биологических систем
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[Математика в современном мире. Международная конференция, посвящённая 60-летию Института математики им. С.Л. Соболева]
|
|
Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей
З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Достижение пика приспособленности при сложных ландшафтах в микробных сообществах в различных экологических условиях: результаты компьютерного моделирования
С.А. Лашин, З.С. Мустафин, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Пространственная гетерогенность способствует локальному поддержанию антагонистических эволюционных сценариев в моделях микробных сообществ
А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Фаговая инфекция замедляет видообразование, вызванное горизонтальным переносом и потерей генов метаболизма в моделях пространственно гетерогенных микробных сообществ
Ю.Г. Матушкин, А.И. Клименко, Н.А. Колчанов, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Анализ эволюционных характеристик генных сетей с помощью программы Orthoscape
Лашин С.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
[Международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
| 2016 |
Контекстные характеристики открытых рамок считывания и эффективность элонгации трансляции
Ю.Г. Матушкин, В.С. Соколов
[VI международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
|
|
A software system for simulating social and genetic aspects of deafness in human populations.
Dyachenko I.S., Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Zytsar M.V, Mikhalskaia V.Yu., Romanov G.P., Barashkov N.A., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology» BGRS\SB-2016.]
|
|
Crossing valleys and reaching peak on the fitness landscapes in microbial communities under various ecological conditions: a simulation study
Zakhar Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
|
|
HAPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR 3D: A TOOL FOR MULTILAYER MODELING OF SPATIALLY DISTRIBUTED MICROBIAL COMMUNITIES
A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, Z.S. Mustafin, A.D. Chekantsev, R.K. Zudin, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
HEC 3D: A TOOL FOR MULTILAYER MODELING OF SPATIALLY DISTRIBUTED MICROBIAL COMMUNITIES
Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Лашин С.А.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBBI’2016)]
|
|
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[The 8th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
|
|
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
|
|
PHAGE INFECTION SLOWS DOWN SPECIATION CAUSED BY GENE LOSS AND HORIZONTAL GENE TRANSFER OF METABOLIC GENES IN MODELS OF SPATIALLY DISTRIBUTED BACTERIAL COMMUNITIES
A. I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
ГЭК 3D: инструмент для многоуровневого моделирования пространственно распределённых микробных сообществ
Клименко А. И., Мустафин З.С., Матушкин Ю. Г., Лашин С. А.
[XVII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям (YM2016)]
|
|
Эффективность элонгации трансляции у одноклеточных организмов
Матушкин Ю.Г., Соколов В.С.
[Всероссийской конференции с международным участием «50 лет ВОГиС: успехи и перспективы»,]
|
| 2015 |
Комплексные модели микробных сообществ
Лашин С.А., Клименко А.И., Мустафин З.С., Зудин Р.К., Чеканцев А.Д., Матушкин Ю.Г.
[Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики – 2015»]
|
|
Haploid evolutionary constructor 3D: a software for simulation of spatially distributed microbial communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G.
[EMBO | EMBL Symposium “New Approaches and Concepts in Microbiology”]
|
|
EloE, a web application for automatic estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms
V.S. Sokolov, B.S. Zuraev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin
[BREW 2015: Bioinformatics Research and Education Workshop]
|
|
Исследование моделей эволюции геномов одноклеточных организмов для пространственно распределённых популяций
Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А.
[VIII Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
|
Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
[Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»]
|
| 2014 |
The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches
Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
|
|
Analysis of Bacteria and Archaea genomes available in genbank database by “EloE” program
В.С. Соколов, Ю.Г. Матушкин
[Шестая международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» - 6th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB’2014]
|
|
Computer analysis of expression level of allergen-coding genes of pathogenic microorganisms
Bragin A.O.,Sokolov V.S., Demenkov P.S., Matushkin Yu.G., Ivanisenko V.A.
[BGRS\SB-2014]
|
|
EloE – a web-application for estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms
В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[BGRS\SB-2014]
|
|
Variation of elongation efficiency index of Archaea genes during evolution
В.С. Соколов, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин
[BGRS\SB-2014]
|
|
Компьютерное исследование особенностей элонгации трансляции у Mycoplasma
В.С. Соколов, Ю.Г. Матушкин
[VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы]
|
|
Haploid Evolutionary Constructor 3D: a tool for simulation of spatially distributed prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling
Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
Spatially distributed bacterial communities: simulation with «Haploid Evolutionary Constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
Модели коэволюции в трофических сообществах одноклеточных организмов: влияние пространственной неоднородности
Ю.Г.Матушкин, А.И.Клименко, С.А.Лашин
[V международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
|
|
Пространственно распределенные модели эволюции в симбиотических/антагонистических прокариотических сообществах
Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А.
[VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы]
|
| 2013 |
Computational study of translation elongation features in Mycoplasma
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
|
|
Gene expression and mRNA secondary structures in Mycoplasma strains
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013]
|
|
Multi-layer computer models of gene network evolution in diploid populations.
S. Lashin and Y. Matushkin
[FEBS Congress]
|
|
Spatially distributed models of evolution in symbiotic/antagonistic prokaryotic communities
Y. Matushkin and S. Lashin
[FEBS Congress]
|
|
Применение биоинформационных технологий в эволюционных исследованиях.
Матушкин Ю.Г.
[VI Всероссийский с международным участием конгресс молодых ученых-биологов «Симбиоз-Россия 2013»]
|
| 2012 |
Программное обеспечение для компьютерного исследования особенностей элонгации трансляции (на примере одноклеточных организмов рода Mycoplasma)
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям]
|
|
When gene networks may not work: computer modeling with the haploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
|
|
Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Sacharromyces cereviciae and Schizosaccharomyces_pombe
Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L., Likhoshvai V.A.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
Effects of in- and outbreeding in populations of diploid organisms: computer simulations with the diploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
|
|
Evolution in prokaryotes-phages communities: computer modeling with the haploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
|
|
Гаплоидный эволюционный конструктор: графический интерфейс для моделирования эволюции бактериальных сообществ
Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям]
|
| 2011 |
Computer tool for modeling the eukaryotes origin and evolution of early eukaryotic ecosystems
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[III International Conference “Biosphere origin and evolution”]
|
|
Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe.
Yu.Matushkun, V.Likhoshvai, V.Levitsky
[The International Moscow Conference On Computational Molecular Biology, MCCMB’11]
|
|
Evolutionary trends of genome amplification and reduction
Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Suslov V.V.
[III international conference Biosphere origin and evolution]
|
|
Modeling of phage infection in prokaryotic communities by Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011]
|
|
Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза.
К.В.Гунбин, Д.А.Афонников,В.В.Суслов, Ю. Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
[2-я Всероссийская научно-практическая конференция "«Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле»"]
|
|
Корреляция эффективности инициации транскрипции и элонгации трансляции для S. Cerevisiae and S. Pombe
Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г., Орлов Ю.Л.
[«Проблемы популяционной и общей генетики», посвященная 75-летию со дня рождения выдающегося генетика-популяциониста академика Юрия Петровича Алтухова"]
|
|
Моделирование коэволюции одноклеточных организмов в трофических кольцах с взаимным ингибированием
Матушкин Ю.Г., Лашин С.А., Суслов В.В.
[VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
|
Программные средства для многоуровневого моделирования эволюции про- и эукариот
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
|
| 2010 |
Correlation Between Nucleosome Formation Potential of 5’-UTR and Elongation Efficiency Index of Coding Sequences in S.Cerevisiae and S. Pombe Genomes.
Yu.G. Matushkin, V.A.Likhoshvai, A.V.Orlenko, V.G.Levitsky
[International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2010).]
|
|
Correlation between nucleosome formation potential of 5’-UTR and elongation efficiency index of coding sequences of S.cerevisiae genome
Yu.G.Matushkin, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky.
[2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2). May 18-21, 2010. Moscow]
|
|
Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms
Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky
[Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India]
|
|
Gene loss and acquiring in evolution of prokaryotic communities – modeling with Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
|
|
Компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G.
[Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010]
|
|
Компьютерное моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов
Матушкин Ю. Г., Лашин С.А., Суслов В.В.
[Математическая биология и биоинформатика: III Международная конференция , г. Пущино]
|
|
Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный Конструктор"
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск]
|
|
Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный конструктор"
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск]
|
| 2009 |
Evolvability and biodiversity – modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G.
[International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)]
|
|
Systems biology: computer-experimental research
Yury G. Matushkin
[Программа посещений французского национального института агрономических исследований (INRA) Делегация Института Цитологии и Генетики СО РАН, 29 сентября - 5 октября 2009 г.]
|
|
Исследование эффективности экспрессии генов в зависимости от их нуклеотидного состава методами биоинформатики
Матушкин Ю.Г., Ефимов В.М., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г.
[V Intern. Congress BIOTECHNOLOGY: state of the art and prospects of development]
|
|
Моделирование эволюционно-популяционных процессов с помощью "Эволюционного конструктора"
Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.В. Суслов, Н.А.Колчанов
[5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.]
|
| 2008 |
Approval method for transcription termination sites prediction in firmicutes
S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin, T.M, Khlebodarova, V.A. Likhoshvai.
[Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)]
|
|
Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli
Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин
[IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008]
|
|
Эффективность экспрессии генов как функция их нуклеотидного состава
Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Ефимов В.М., Вишневский О.В.
[II-ая Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика" г. Пущино Московской области 7-13 сентября 2008 г.]
|
| 2007 |
Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization
Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V
[Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow]
|
| 2006 |
Optimal control tasks in terms of the gene network models
Bezmaternykh K.D., Nikulichev Yu.V., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Latipov A.F., Kolchanov N.A
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS
Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov
[Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies]
|
|
Синтез управляемых генных сетей
Ю.Г.Матушкин
[Всероссийская конференция (с международным участием) "Математика, информатика, управление" (МИУ-06) Улан-Удэ - оз. Байкал]
|
|
Сотрудничество ИЦиГ - ВКИ НГУ
Ю.Г.Матушкин
[Региональная научно-практическая конференция "Информационные технологии в общем и среднем образовании" Новосибирск]
|
Гранты
| 2013 |
Компьютерное моделирование коэволюции сообществ гаплоидных взаимодействующих организмов
Лашин Сергей Александрович Лихошвай Виталий Александрович Матушкин Юрий Георгиевич, Мустафин Захар Сергеевич Рассказов Дмитрий Александрович Суслов Валентин Владимирович
|
| 2010 |
Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ трофически связанных организмов
Лашин Сергей Александрович Лихошвай Виталий Александрович Рассказов Дмитрий Александрович Суслов Валентин Владимирович
|
| 2008 |
СИСТЕМНАЯ БИОЛОГИЯ: КОМПЬЮТЕРНО-ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ПОДХОДЫ
Матушкин Юрий Георгиевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Пельтек Сергей Евгеньевич, Фурман Дагмара Павловна, Пономаренко Михаил Павлович , Бухарина Татьяна Анатольевна, Хлебодарова Тамара Михайловна, Ефимов Вадим Михайлович Лихошвай Виталий Александрович, Блинов Александр Геннадьевич, Левицкий Виктор Георгиевич, Гунбин Константин Владимирович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Деменков Павел Сергеевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Суслов Валентин Владимирович, Лашин Сергей Александрович, Акбердин Илья Ринатович, Миронова Виктория Владимировна, Тимонов Владимир Сергеевич, Казанцев Федор Владимирович,
|
| 2007 |
Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов
Д.А.Афонников В.А.Лихошвай О.В. Ефремова Т.М.Хлебодарова И.Л.Степаненко Ю.Г.Матушкин Н.В.Тикунова И.В. Бабкин А.В. Качко Л.Я. Кучумова
|
| 2006 |
РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ
113 исполнителей из 10 Институтов СО РАН
|
Научное руководство
| 2019 |
Особенности элонгации трансляции для некоторых видов одноклеточных организмов
Матушкин Юрий Георгиевич
[Мохосоева Тамара Вячеславовна]
|
| 2015 |
КОМПЬЮТЕРНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ ОСОБЕННОСТЕЙ ОТКРЫТЫХ РАМОК СЧИТЫВАНИЯ, ПОТЕНЦИАЛЬНО СВЯЗАННЫХ С ЭФФЕКТИВНОСТЬЮ ЭЛОНГАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ, У ОДНОКЛЕТОЧНЫХ
Матушкин Юрий Георгиевич
[СОКОЛОВ ВЛАДИМИР СЕРГЕЕВИЧ]
|
| 2010 |
О связи первичных структур генов с эффективностью их экспрессии
[Орленко Алена Вадимовна]
|
|
«Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов»
[Лашин Сергей Александрович]
|
Учебные курсы
| 2020 |
Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич
|
| 2019 |
Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич
|
| 2018 |
Теория молекулярной эволюции
Матушкин Ю.Г.
|
| 2017 |
Теория молекулярной эволюции
|
| 2016 |
Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич
|
|
Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич
|
| 2015 |
Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич
|
| 2014 |
Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич
|
| 2013 |
Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич
|
| 2012 |
Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич
|
| 2011 |
Теория молекулярной эволюции
|
| 2010 |
Теория молекулярной эволюции
|
| 2009 |
Теория молекулярной эволюции
|
| 2008 |
Теория молекулярной эволюции
|
| 2007 |
Теория молекулярной эволюции
|
| 2006 |
Теория молекулярной эволюции
|
Патенты
| 2024 |
«Программа для автоматической реконструкции фреймовых динамических моделей генных сетей микроорганизмов (ДинМикробиотех) / Program for automatic reconstruction of frame dynamic models of gene networks of microorganisms (DynMicrobiotech)»
Лашин С.А., Казанцев Ф.В., Лахова Т.Н., Матушкин Ю.Г.
|
|
«Программный комплекс для исследования микроорганизмов методами потокового моделирования (флаксМикробиотех) / software package for microorganisms research by flux modeling methods (fluxMicrobiotech)»
Казанцев Ф.В., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А
|
|
Программа для расчёта филостратиграфических индексов (Ортовеб) / The program for calculating phylostratitgraphy indexes (Orthoweb)
Лашин С.А., Мустафин З.С., Казанцев Ф.В., Мухин А.М., Иванов Р.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
|
| 2022 |
База данных по аллельным полиморфизмам генов нейромедиаторных систем, показателям психологических тестов и параметрам электроэнцефалограмм (ЭЭГен) / Database of allelic polymorphisms of genes of neurotransmitter systems, indicators of psychological tests and parameters of electroencephalograms (ICBrainDB)
Заварзин Е.А., Иванов Р.А., Казанцев Ф.В., Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Милахина Н.С., Савостьянов А.Н.
|
| 2016 |
Программа для анализа эволюционных характеристик генных сетей (Ортоскейп) / Application for evolutionary analysis of gene networks (Orthoscape)
Лашин С.А., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В.
|
| 2015 |
Программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» для моделирования популяционно-экологических процессов в микробных сообществах (ГЭК) / Software package «Haploid Evolutionary Constructor” for simulation populational-ecological processes in microbial communities (HEC)»
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Клименко А.И., Зудин Р.К.
|
|
Программный комплекс для моделирования эволюционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов «Диплоидный эволюционный конструктор» (ДЭК) / Software package for simulation evolutionary-genetic processes in population of diploid organisms «Diploid Evolutionary Constructor» (DEC)
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Дьяченко И.С., Магеррамов Э.А.
|
|
|
