 |
|
|
Левицкий Виктор Георгиевич, к. б. н.
|
Scopus: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=56253624200Индекс WOS: https://www.webofscience.com/wos/author/rid/R-5696-2016Персональная информацияРабочий адрес
Г. Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия
Дата рождения
22.05.1972
Образование
НГУ – 1994 – бакалавр (физика)
НГУ – 1996 – магистр (физика)
ИЦиГ – 2001 – кандидат биологических наук
Награды
Область научных интересов
Бионформатика
Область рабочих интересов
Хобби
Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.
Публикации
| 2024 |
Analysis of auxin responses in the fern Ceratopteris richardii identifies the developmental phase as a major determinant for response properties
Sjoerd Woudenberg, Melissa Dipp Alvarez, Juriaan Rienstra, Victor Levitsky, Victoria Mironova, Enrico Scarpella, Andre Kuhn, Dolf Weijers
[DEVELOPMENT]
|
|
Developmental and housekeeping genes: two types of genetic organization in the Drosophila genome
Igor Zhimulev, Tatyana Vatolina, Victor Levitsky, Anton Tsukanov
[INT J MOL SCI]
|
|
Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data
Vladimir V. Raditsa,
Anton V. Tsukanov,
Anton G. Bogomolov,
Victor G. Levitsky
[NAR Genomics and Bioinformatics]
|
| 2023 |
РАЗВИТИЕ ИДЕИ Н.К. КОЛЬЦОВА О ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ОРГАНИЗАЦИИ
МЕЖДИСКОВ ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМ DROSOPHILA MELANOGASTER
И. Ф. Жимулев, Т. Ю. Ватолина, В. Г. Левицкий,
Т. Д. Колесникова, А. В. Цуканов
[Онтогенез]
|
| 2022 |
CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana
Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Motif models proposing independent and interdependent impacts of nucleotides are related to high and low affinity transcription factor binding sites in Arabidopsis
Tsukanov, A. V., Mironova V. V., Levitsky V. G.
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing
Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L.
[INT J MOL SCI]
|
|
Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data
Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin
[INT J MOL SCI]
|
| 2021 |
Tissue-specific transcriptome profiling of the Arabidopsis inflorescence stem reveals local cellular signatures
Dongbo Shi, Virginie Jouannet, Javier Agustí, Verena Kaul, Victor Levitsky, Pablo Sanchez, Victoria V Mironova, Thomas Greb
[PLANT CELL]
|
|
Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code
Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova
[CURR OPIN PLANT BIOL]
|
|
Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2
А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2020 |
Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis
Alejandra Freire-Rios, Keita Tanaka, Isidro Crespo, Elmar van der Wijk, Yana Sizentsova, Victor Levitsky, Simon Lindhoud, Mattia Fontana, Johannes Hohlbein, D. Roeland Boer, Victoria Mironova, and Dolf Weijers
[P NATL ACAD SCI USA]
|
|
Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data
Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova
[INT J MOL SCI]
|
|
Faint gray bands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes are formed by coding sequences of housekeeping genes
Olga V. Demakova, Sergey A. Demakov, Lidiya V. Boldyreva, Tatyana Yu. Zykova, Victor G. Levitsky, Valeriy F. Semeshin, Galina V. Pokholkova, Darya S. Sidorenko, Fedor P. Goncharov, Elena S. Belyaeva, Igor F. Zhimulev
[CHROMOSOMA]
|
|
Genes Containing Long Introns Occupy Series of Bands and Interbands In Drosophila melanogaster polytene Chromosomes
Varvara A. Khoroshko, Galina V. Pokholkova, Victor G. Levitsky, Tatyana Yu. Zykova, Oksana V. Antonenko, Elena S. Belyaeva, and Igor F. Zhimulev
[Genes]
|
|
Nucleosome positioning around transcription start site correlates with gene expression only for active chromatin state in Drosophila interphase chromosomes
Victor G. Levitsky, Tatyana Yu. Zykova, Yuri M. Moshkin, Igor F. Zhimulev
[INT J MOL SCI]
|
|
Specification and regulation of vascular tissue identity in the Arabidopsis embryo
Margot E. Smit, Cristina I. Llavata-Peris, Mark Roosjen, Henriette van Beijnum, Daria Novikova, Victor Levitsky, Iris Sevilem, Pawel Roszak, Daniel Slane, Gerd Jürgens, Victoria Mironova, Siobhan M. Brady, Dolf Weijers
[DEVELOPMENT]
|
| 2019 |
A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive
analysis of motifs co-occurrence with MCOT package
Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E.,
Grosse I., Mironova V., Merkulova T.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Architecture of promoters of house-keeping genes in polytene chromosome interbands of Drosophila melanogaster
Zykova TY, Levitsky VG, Zhimulev IF
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Разработка программного комплекса WebMCOT для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов
Мухин Алексей Максимович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лашин Сергей Александрович
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
| 2018 |
Diversity of cis-regulatory elements associated with auxin response in Arabidopsis thaliana
Pavel Cherenkov, Daria Novikova, Nadya Omelyanchuk, Victor Levitsky, Ivo Grosse, Dolf Weijers, Victoria Mironova
[J EXP BOT]
|
|
Genetic Organization of Open Chromatin Domains Situated in Polytene Chromosome Interbands in Drosophila
Zykova TY, Popova OO, Khoroshko VA, Levitsky VG, Lavrov SA, Zhimulev IF
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Polytene Chromosomes – A Portrait of Functional Organization of the Drosophila Genome
Tatyana Yu Zykova, Victor G. Levitsky , Elena S. Belyaeva, Igor F. Zhimulev
[CURR GENOMICS]
|
|
Spatial specificity of auxin responses coordinates
wood formation
Klaus Brackmann, Jiyan Qi, Michael Gebert, Virginie Jouannet, Theresa Schlamp, Karin Grünwald, Eva-Sophie Wallner, Daria D. Novikova, Victor G. Levitsky, Javier Agustí, Pablo Sanchez, Jan U. Lohmann, Thomas Greb
[NAT COMMUN]
|
| 2017 |
Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots
N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova
[SCI REP-UK]
|
|
Protein and genetic composition of four chromatin types in Drosophila melanogaster cell lines
Boldyreva L.V., Goncharov F.P., Demakova O.V., Zykova T.Y., Levitsky V.G., Kolesnikov N.N., Pindyurin A.V., Semeshin V.F., Zhimulev I.F.
[CURR GENOMICS]
|
|
The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana
Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV
[Frontiers in Plant Science]
|
|
The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana
Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y.
[Acta Naturae]
|
| 2016 |
Chromatin heterogeneity and distribution of regulatory elements in the latereplicating regions of Drosophila melanogaster chromosomes
Khoroshko V.A., Levitsky V.G., Zykova T.Y., Antonenko O.V., Belyaeva E.S., Zhimulev I.F.
[PloS One]
|
|
Estimation of the Role of Single Nucleotide Polymorphism in Lymphotoxin Beta Gene during Pig Domestication Based on the Bioinformatic and Experimental Approaches
R. B. Aitnazarov, E. V. Ignatieva, N. E. Bazarova, V. G. Levitsky, S. P. Knyazevd, Y. Gon, and N. S. Yudin
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1
V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova
[COMPUT BIOL CHEM]
|
|
Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L.
Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
The Molecular Mechanisms of Heterochromatin Expansion in Rye Chromosomes
Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV
[CYTOGENET GENOME RES]
|
|
The expansion of heterochromatin blocks in rye reflects the co-amplification of tandem repeats and adjacent transposable elements.
Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Šafář J, Doležel J, Vershinin AV.
[BMC GENOMICS]
|
| 2015 |
Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites.
Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster.
Zhimulev IF, Zykova TYu, Goncharov FP, Khoroshko VA, Demakova OV, Semeshin VF, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Demidova DS, Levitsky VG, Demakov SA, Belyaeva ES
[CHROMOSOME RES]
|
|
Human Genes Encoding Transcription Factors and Chromatin-Modifying Proteins Have Low Levels of Promoter Polymorphism: A Study of 1000 Genomes Project Data
Ignatieva EV, Levitsky VG, Kolchanov NA
[International Journal of Genomics]
|
|
Оценка роли однонуклеотидного полиморфизма в гене лимфотоксина бета при доместикации свиньи на основе биоинформационного и экспериментального подходов
Р.Б. Айтназаров, Е.В. Игнатьева, Н.Э. Базарова, В.Г.Левицкий, С.П. Князев, Я. Гон, Н.С. Юдин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data
Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova
[BMC GENOMICS]
|
|
Computational analysis of auxin responsive elements in the Arabidopsis thaliana L. genome
Mironova VV, Omelyanchuk NA, Wiebe DS, Levitsky VG
[BMC GENOMICS]
|
|
Genetic basis of olfactory cognition: extremely high level of DNA sequence polymorphism in promoter regions of the human olfactory receptor genes revealed using the 1000 Genomes Project dataset
Ignatieva E.V., Levitsky V.G., Yudin N.S., Moshkin M.P., Kolchanov N.A.
[Front Psychol]
|
|
The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning
Levitsky VG, Babenko VN, Vershinin AV
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов.
Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites.
Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters
Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе.
Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2012 |
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2011 |
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites
VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
In silico prediction of transcriptional factor-binding sites.
Oshchepkov DY, Levitsky VG
[Methods in Molecular Biology]
|
|
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина
Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
| 2010 |
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов
Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2009 |
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ
Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
ExpertDiscovery system application for the hierarchical analysis of eukaryotic transcription regulatory regions based on DNA codes of transcription
Khomicheva IV, Vityaev EE, Ananko EA, Shipilov TI, Levitsky VG.
[INTELL DATA ANAL]
|
|
Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research
Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman
[INTELL DATA ANAL]
|
| 2007 |
Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene
Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes
Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC
[BRIEF BIOINFORM]
|
|
Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions
Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C.
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах
Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
| 2006 |
Method SiteGA for transcription factor binding sites recognition
Levitsky, V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C.
[BIOPHYSICS]
|
|
Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants
Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A.
[BIOPHYSICS]
|
|
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes
Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA
[Molecular Biology]
|
|
Statistical analysis of nucleosome formation sites
Orlov IuL, Levitskii VG, Smirnova OG, Podkolodnaia OA, Khlebodarova TM, Kolchanov NA.
[BIOPHYSICS]
|
|
Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении.
Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA
Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч.
[BIOPHYSICS]
|
| 2004 |
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот.
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный
[Molecular Biology]
|
| 1999 |
Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences
Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS
[BIOINFORMATICS]
|
|
Nucleosomal DNA property database.
Levitsky V.G., Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Kolchanov N.A.
[BIOINFORMATICS]
|
Монографии
| 2015 |
Molecular and Genetic Structure of Polytene Chromosome Banding Pattern in Drosophila melanogaster
Tatyana Zykova Vatolina, Darya Demidova, Viktor Levitsky, Varvara Khoroshko, Elena Belyaeva, Elena Kokoza, Igor Zhimulev
|
| 2008 |
Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами.
Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.
|
| 2006 |
In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov and R. Hofestaedt) Springer Science+Business Media. Inc.
Levitsky V., Ignatieva E., Vasiliev G., Klimova N., Busygina T., Merkulova T., Kolchanov N.
|
|
STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS
E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.
|
Конференции
| 2023 |
CisCross web server: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators in Arabidopsis thaliana
Lavrekha V.V., Levitsky V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.
[Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023)]
|
|
Identification of functional transcription factor binding motifs in the Arabidopsis thaliana ChIP-seq data
Dolgikh V.A., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G.
[Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023)]
|
|
Выявление спектра функциональных мотивов связывания транскрипционных факторов в ChIP-seq данных Arabidopsis thaliana L.
Долгих В.A., Землянская Е.В., Левицкий В.Г.
[X Съезд общества физиологов растений России. Всероссийская конференция с международным участием: «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата»]
|
| 2022 |
CisCross web service: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators for Arabidopsis thaliana
Lavrekha V.V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G. , Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Mironova V.V.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Integration of ChIP-seq and RNA-seq data in structure-function analysis of cis-regulatory elements
Dolgikh V., Wiebe D., Levitsky V., Zemlyanskaya E.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Massive comparison of the ‘genomic’ and ‘shuffled’ background set generation approaches for efficiency of de novo motif search in A. thaliana ChIP-seq data
Raditsa V.V., Tsukanov A.V., Levitsky V.G
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Web-MCOT server for motifs co-occurrence search in ChIP-seq data
Victor Levitsky, Alexey Mukhin, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Sergey Lashin
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
enRest tool for transcription factor binding sites
overrepresentation analysis in RNA-seq data
Tsukanov A.V., Levitsky V.G.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2021 |
Design of a new ethylene plant hormone sensor based on genome-wide data analysis of EIN3 transcription factor binding
Dolgikh V.A., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y., Zemlyanskaya E.
[Proceedings of international congress "Biotechnology: State of the art and perspectives" 2021]
|
|
Genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites guides engineering of new ethylene sensor
Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E.
[31st International Conference on Arabidopsis research (ICAR 2021-Virtual)]
|
|
In silico design of new ethylene sensors in plants based on genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites
Dolgikh V.A., Levitsky V. G., Oshchepkov D. Y., Zemlyanskaya E. V.
[International Conference Marchuk Scientific Readings 2021]
|
|
Structural and functional characterization of transcription factor binding sites: from bioinformatics to hormone biosensors
Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E.
[The 6th International Scientific Conference Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2021)]
|
|
ВЕБ-СЕРВИС WEBMCOT ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СОВМЕСТНО ВСТРЕЧАЕМЫХ ДНК МОТИВОВ В ДАННЫХ CHIP-SEQ
МУХИН А.М., ЛЕВИЦКИЙ В.Г., ЛАШИН С.А.
[ИНСТИТУТ БИОИНФОРМАТИКИ]
|
| 2020 |
Analysis of short- and long-range interactions within potential binding sites notably extends the fraction of verified peaks in ChIP-seq data
Цуканов Антон Витальевич, Левицкий Виктор Георгиевич, Меркулова Татьяна Ивановна
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“]
|
|
EIN3 binding site architecture guides transcriptional response to ethylene in Arabidopsis
V. Dolgikh, V. Levitsky, D. Oshchepkov, E. Zemlyanskaya
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“]
|
|
WebMCOT web-service for prediction of co-occurred DNA motifs in ChIP-seq data
Mukhin A. M., Levitsky V. G., Lashin S. A., Oshchepkov D. Y.
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2019 |
Prediction and verification of auxin-ethylene crosstalk gene networks
Ubogoeva E., Levitsky V., Zemlyanskaya E.
[The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)]
|
|
The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package
Левицкий Виктор Георгиевич
Миронова Виктория Владимировна
Землянская Елена Васильевна
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Меркулова Татьяна Ивановна
[9-ая Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии МССМВ'19]
|
|
The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package
Левицкий Виктор Георгиевич
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Землянская Елена Васильевна
Миронова Виктория Владимировна
Меркулова Татьяна Ивановна
[VII International Congress of Vavilov society of geneticists and breeders and associate symposiums]
|
|
The role of E-box-, G-box- and RY-motif-binding proteins
in regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana
Pukhovaya E., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E.
[The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)]
|
| 2018 |
A Systematic Approach for Dissecting the Mechanisms of EIN3-Dependent Regulation of Ethylene Response in Ara-bidopsis thaliana
E.V. Zemlyanskaya, V.G. Levitsky
[The XI International Symposium on the Plant Hormone Ethylene (Ethylene 2018)]
|
|
Dissecting the mechanisms of EIN3-dependent regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana
E.V. Zemlyanskaya, D.Y. Oshchepkov, V.V. Mironova, V.G. Levitsky
[The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)]
|
|
The overlapped motifs co-occurrence in ChIP-seq data.
V.G. Levitsky,D.Y. Oshchepkov, E.V. Zemlyanskaya, V.V. Mironova, E.V. Ignatieva,O.A. Podkolodnaya, T.I. Merkulova
[The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)]
|
| 2017 |
ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН УARABIDOPSIS THALIANA НА ОСНОВАНИИ КОМПЬЮТЕРНОГО АНАЛИЗАПОЛНОГЕНОМНЫХ ДАННЫХ
Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Миронова В.В.
[БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ]
|
|
ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА И ОСОБЕННОСТЕЙ НУКЛЕОТИДНОГО КОНТЕКСТА В РАЙОНЕ СВЯЗЫВАНИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА EIN3 В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН У ARABIDOPSIS THALIANA
Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю.
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева]
|
|
Компьютерный анализ полногеномных данных указывает на роль типов хроматина в регуляции первичного ответа на этилен у Arabidopsis thaliana
Землянская ЕВ, Левицкий ВГ, Ощепков ДЮ
[II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"]
|
|
Тип хроматина влияет на нуклеосомную организацию ДНК в районе старта транскрипции
В.Г. Левицкий, Ю.М. Мошкин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
| 2016 |
Distinct types of EIN3-DNA interactions in various functional regions of A. thaliana L. genome
E.V. Zemlyanskaya, D.Yu. Oshchepkov, V.G. Levitsky
[BGRS\SB-2016]
|
|
FINE ANALYSIS OF ChIP-SEQ DATA FOR EIN3 BINDING IN A. THALIANA L. REVEALS DIFFERENT LAYERS OF EIN3 REGULATION IN ETHYLENE SIGNALING
Zemlyanskaya E.V., Oshchepkov D.Yu., Levitsky V.G.
[PGGFS-2016]
|
|
Identification of new candidate genes for elevated body mass index near GWAS SNPs using transcript annotations from Ensembl and HAVANA projects.
Ignatieva E.V., V.G. Levitsky
[The Tenth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology BGRS/SB2016]
|
|
The molecular mechanisms of the heterochromatin expansion in the rye chromosomes
Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV
[21st International Chromosome Conference (ICC)]
|
| 2015 |
Molecular and Genetic Structure of Polytene Chromosome Banding Pattern in Drosophila melanogaster
Tatyana Zykova (Vatolina), Darya Demidova, Victor Levitsky, Varvara Khoroshko, Elena Belyaeva, Igor Zhimulev
[Annual International Conference on Biology]
|
| 2014 |
EXPERIMENTALLY VERIFIED TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES MODELS APPLIED FOR COMPUTATIONAL ANALYSIS OF CHIP-SEQ DATA.
D.Y. Oshchepkov, V.G. Levitsky, I.V. Kulakovskiy, N.I. Ershov, V.J. Makeev, T.I. Merkulova.
[BGRS\SB-2014]
|
|
Functional characteristics of human genes containing low level of promoter polymorphism revealed from the 1000 genomes project dataset.
Ignatieva E.V., V.G. Levitsky, N.A. Kolchanov
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB-2014)]
|
| 2013 |
INTENSIVE RECOMBINATIONS HAVE LED TO TANDEM REPEAT EXPANSION AND ENLARGEMENT OF RYE SUBTELOMERIC HETEROCHROMATIN
VERSHININ A.V., EVTUSHENKO E.V., ELISAFENKO A.E., GUNBIN K., LEVITSKY V.G.
[The 19th International Chromosome Conference]
|
| 2012 |
Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Sacharromyces cereviciae and Schizosaccharomyces_pombe
Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L., Likhoshvai V.A.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
Analysis of SNP distribution and inter-SNP distance in the human genome
E.V. Ignatieva, V.G. Levitsky, N.S. Yudin
[The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology (BGRS/SB'12)]
|
|
DNA motif search by genetic algorithm
V.G. Levitsky
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
Genomics and nucleosome arrangement of the rye subtelomeres
Evtushenko E.V., Elisafenko E.A., Levitsky V.G., Vershinin A.V
[International conference Chromosome 2012]
|
|
Genomics of Rye Subtelomeric Heterochromatin
A.V.Vershinin, E.V.Evtushenko, V.G.Levitsky " Genomics of Rye Subtelomeric Heterochromatin".
[Chromosome Biology, Genome Evolution, and Speciation, Gatersleben Research Conference 2012]
|
|
In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data
V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy I.V., Makeev V.J.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data.
V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy, Makeev V.J.
[SysPatho workshop «Systems biology and medicine»]
|
|
Recognition of NFAT5 binding sites.
Ananko E.A., Levitsky V.G., Efimov V.M., Afonnikov D.A.
[The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)]
|
|
The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning
Levitsky V.G, Vershinin A.V.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
Роль длины мономера и нуклеотидного контекста для формирования сайтов посадки нуклеосом в тандемных повторах растений
Левицкий В.Г., Вершинин А.В.
[International conference Chromosome 2012]
|
| 2011 |
Inter-SNP distances and SNP distribution in the human genome
Ignatieva Elena, Victor Levitsky, Nikolay Yudin
[Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB’11]
|
|
Nucleosome organization in plant satellites
Babenko VN, Matvienko VF, Vershinin AS, Levitsky AG
[Wheat Genetic Resources and Genomics]
|
|
Анализ данных массовой иммунопреципитации хроматина с помощью экспериментально верифицированных методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA
Ощепков Д. Ю., Левицкий В. Г. , Кулаковский И. В., Ершов Н. И., Васильев Г.В., Меркулова Т. И.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
|
|
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияние мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Савинкова Л.К., Захаренко Л.П., Пинтус С.С., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
[Программа фундаментальных исследований Президиума РАН. № 11. “Биологическое разнообразие”. Подпрограмма “Генофонды и генетическое разнообразие”. Сборник материалов. – Москва: ИОГен. 2011. С. 100-104.]
|
|
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов SF-1 и SREBP в геномах позвоночных с помощью нового подхода, сочетающего экспериментальные и биоинформатические методы
Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика и биоинформатика»]
|
|
Распределение однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека
ИгнатьеваЕ.В., В.Г.Левицкий, Н.С.Юдин
[Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики", посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова]
|
| 2010 |
Application of motif discovery tool for FoxA binding sites analysis
Levitsky V.G.
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Correlation between nucleosome formation potential of 5’-UTR and elongation efficiency index of coding sequences of S.cerevisiae genome
Yu.G.Matushkin, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky.
[2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2). May 18-21, 2010. Moscow]
|
|
Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms
Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky
[Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India]
|
|
Microbial metagenome annotation with bioinformatics and computational systems biology methods
Ivanisenko, Demenkov, Pintus, Ivanisenko, Goncharova, Kostjukova, Levitski, Selezneva, .... Kolchanov
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Prediction for AtARF family transcription factors, mediating primary response to auxin
V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, D.Yu. Oschepkov, V.G. Levitsky
[Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk]
|
|
Similarities and differences in the structures of artificial and natural transcription factor binding sites: impact of flanking sequences to recognition performance.
Oshepkov D.Y., Levitsky V.G., Khlebodarova T.M.
[International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)]
|
|
Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов.
Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И.
[I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»]
|
| 2009 |
Recent advances in nucleosome positioning sequence prediction for whole genomes
V.G.Levitsky
[3rd Virtual Training Workshop on Bioinformatics]
|
|
Исследование эффективности экспрессии генов в зависимости от их нуклеотидного состава методами биоинформатики
Матушкин Ю.Г., Ефимов В.М., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г.
[V Intern. Congress BIOTECHNOLOGY: state of the art and prospects of development]
|
| 2008 |
Nucleosoma formation potential estimation via dinucleotide periodicity preferences.
Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
Nucleosome formation potential estimation via dinucleotide periodicity preferences
Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
|
|
SITEGA method application for genome wide prediction of p53 binding sites.
Stepanenko I.L., Levitsky V.G..
[The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
| 2007 |
Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization
Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V
[Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow]
|
|
Hierarchical analysis of the eukaryotic transcription regulatory regions based on the DNA codes of transcription
I.V. Khomicheva, E.E. Vityaev, E.A. Ananko, V.G. Levitsky, T.I. Shipilov
[3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia]
|
|
Hierarchical analysis of the eukaryotic transcription regulatory regions based on the DNA codes of transcription.
I.V. Khomicheva, E.E. Vityaev, E.A. Ananko, V.G. Levitsky, T.I. Shipilov.
[3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia]
|
|
Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК
Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю.
[V Конференция молодых ученых СО РАН, посвященная М.А. Лаврентьеву. Новосибирск, 21-23 ноября 2007 г.]
|
| 2006 |
Identification of arabidopsis thaliana micrornas among mpss signatures
Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Vishnevsky O.V., Savinskaya S.A, Omelyanchuk N.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Reconstruction and computer analysis of the fatty acid β-oxidation gene network regulated by the PPAR transcription factors.
Aman E.E., Levitsky V.G., Ignatieva E.V.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
|
|
The SITEGA and PWM methods application for transcription factor binding sites recognition in EPD promoters
Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
The SiteGA and PWM methods application for transcription factor binding sites recognition in EPD promoters
Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
The analysis of SREBP binding sites distribution in gene regions by combined SiteGA and PWM approach.
Proskura A.L., Levitsky V.G., Ignatieva E.V.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
|
|
Разработка методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов в геномной ДНК
Левицкий В.Г.
[XLIV Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"]
|
Гранты
| 2021 |
Поиск, декомпозиция и верификация регуляторных модулей, обеспечивающих формирование пространственно-временных паттернов экспрессии генов растений
Левицкий Виктор Георгиевич,
Миронова Виктория Владимировна,
Лавреха Виктория Вадимовна,
Сизенцова Яна Геннадьевна,
Коврижных Василина Владимировна,
Долгих Владислав Андреевич,
Омельянчук Надежда Анатольевна,
Цуканов Антон Витальевич,
Вибе Даниил Станиславович,
Коростелева Анастасия Леонидовна
|
| 2020 |
Регуляция EIN3/EIL1-зависимого транскрипционного
ответа на этилен у растений: системный анализ
полногеномных данных
Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Долгих В.А., Убогоева Е.В., Пуховая Е.М., Багаутдинова З.З., Цуканов А.В., Омельянчук Н.А.
|
| 2018 |
Мета-анализ полногеномных данных на основе выявления и аннотации различных структурно-функциональных типов сайтов связывания транскрипционных факторов в составе композиционных элементов
Левицкий Виктор Георгиевич (Р)
Брызгалов Леонид Олегович
Миронова Виктория Владимировна
Игнатьева Елена Васильевна
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Новикова Дарья Дмитриевна
Вибе Даниил Станиславович
Землянская Елена Васильевна
Мухин Алексей Максимович
|
|
Взаимодействие сигнальных путей ауксина и этилена у
растений: от генов-мишеней к новым биологическим функциям
Землянская Е.В., Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю.,Омельянчук Н.А., Убогоева Е.В., Долгих В.А.
|
| 2017 |
Комплексный анализ организации промоторов повсеместно активных и тканеспецифичных генов Drosophila melanogaster
Иванов Роман Артемович
Попова Ольга Олеговна
Колесникова Татьяна Дмитриевна
Демакова Ольга Викторовна
Похолкова Галина Витальевна
Сидоренко Дарья Сергеевна
Левицкий Виктор Георгиевич
Хорошко Варвара Андреевна
Зыкова Татьяна Юрьевна
Жимулев Игорь Федорович (Р)
|
| 2015 |
Транскрипционная и посттранскрипционная регуляция ауксином и этиленом экспрессии генов в корне Arabidopsis thaliana
Вибе Даниил Станиславович Дорошков Алексей Владимирович Климова Наталья Викторовна Лавреха Виктория Вадимовна Левицкий Виктор Георгиевич Миронова Виктория Владимировна, руководитель, Новикова Дарья Дмитриевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Чернова Василина Владимировна Черных Ольга Александровна
|
| 2013 |
Роль ауксина и этилена в регуляции активности генов в корне проростка Arabidopsis thaliana L.: полногеномный подход
Миронова Виктория Владимировна Ермаков Антон Александрович Дорошков Алексей Владимирович Васильев Геннадий Владимирович Казанцев Федор Владимирович Климова Наталья Викторовна Левицкий Виктор Георгиевич Новоселова Екатерина Сергеевна Пономаренко Петр Михайлович Чернова Василина Владимировна
|
| 2011 |
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович
|
|
Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток
Орлов Юрий Львович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Вишневский Олег Владимирович, Пономаренко Михаил Павлович
|
| 2010 |
Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных
Дымшиц Г.М., Меркулова Т.И., Раушенбах И.Ю., Кочетов А.В., Грунтенко Н.Е., Попова Н.А., Адоньева Н.В., Васильев Г.В., Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Антонцева Е.В., Пахарукова М.Ю., Карпова Е.К., Богомолова Е.В., Иванов М.К., Федосеева Л.А., Ощепков Д.Ю., Шарипов Р.Н., Глушков С.А., Ведерников В.Е., Брызгалов Л.О., Климова Н.В., Сангаев С.С., Волкова О.А., Ершов Н.И., Герасимова С.В., Брагин А.Г., Прасолова М.А., Рязанова М.А., Прокопьев Р.А., Горелова В.В., Савельева А.В., Попов Е.Г., Шевелев О.Б., Климов Л.О.
|
| 2009 |
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Акбердин Илья Ринатович, Гунбин Константин Владимирович, Захаренко Л.П., Иванисенко Владимир Александрович, Игнатьева Елена Васильевна, Казанцев Федор Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лихошвай Виталий Александрович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Пономаренко Михаил Павлович, Пономаренко Петр Михайлович, Ри Максим Тексенович, Савинкова Людмила Кузминична, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Хлебодарова Тамара Михайловна
|
|
Изучение конкурентных взаимоотношений транскрипционных факторов семейства Fox в регуляции экспресии генов печени и их роли в гепатоканцерогенезе
Васильев Геннадий Владимирович Антонцева Елена Вячеславовна Брызгалов Леонид Олегович Ершов Никита Игоревич Климова Наталья Викторовна Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич
|
|
ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ
76 человек
|
|
Функциональный анализ межклеточной адгезии и коммуникации в тканях –мишенях вазопрессина
Власенко Любовь Михайловна Афанасьева Марина Алексеевна Левицкий Виктор Георгиевич Холодарь Алексей Владимирович Шаманина Марина Юрьевна
|
| 2008 |
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов.
Савенкова Л.А., Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Акбердин И.Р., Миронова, Титов
|
|
Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.)
Колчанов Николай Александрович Савенкова Людмила Александровна Пономаренко Михаил Павлович Игнатьева Елена Васильевна Левицкий Виктор Георгиевич Захаренко Людмила Павловна Акбердин Илья Ринатович Титов Игорь Иванович Миронова
|
| 2006 |
Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК
Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич Вишневский Олег Владимирович
|
| 2005 |
Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом
Левицкий Виктор Георгиевич Вишневский Олег Владимирович Проскура Анна Леонидовна Катохин Алексей Вадимович Фурман Дагмара Павловна Подколодная Ольга Александровна Пономаренко Михаил Павлович Орлов Юрий Львович
|
| 2004 |
Complex Analysis of Context Characteristics Genome DNA, Related to Nucleosome Organization
Левицкий Виктор Георгиевич
|
Научное руководство
| 2024 |
Мультимодельный подход к эффективному
картированию сайтов связывания транскрипционных
факторов по данным ChIP-seq экспериментов
Левицкий Виктор Георгиевич
[Цуканов Антон Витальевич]
|
| 2021 |
Мульти-модельный подход к эффективному картированию сайтов связывания транскрипционных факторов по данным СhIP-seq экспериментов
Левицкий Виктор Георгиевич
[Цуканов Антон Витальевич]
|
|
Анализ совместной встречаемости мотивов в геномной ДНК на основе данных ChIP-seq по массовому секвенированию сайтов связывания транскрипционных факторов
Радица Владимир Вячеславович
[Радица Владимир Вячеславович]
|
| 2019 |
Разработка программного комплекса Web-Mcot для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов
Лашин Сергей Александрович
Левицкий Виктор Георгиевич
[Мухин Алексей Максимович]
|
Учебные курсы
| 2012 |
Организация и функционирование молекулярно-генетических систем III: методы анализа генетических текстов
|
| 2003 |
Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)
|
Патенты
| 2024 |
Программный комплекс для поиска синергии мотивов в данных полногеномного картирования сайтов связывания транскрипционных факторов ChIP-seq (MetArea)
Левицкий В.Г., Цуканов А.В.
|
| 2023 |
Программа для оценки значимости обогащения длины перекрывания двух полногеномных разметок (AreaSonic)
Левицкий В.Г.
|
| 2022 |
Программа для поиска обогащенных сайтов связывания транскрипционных факторов в промоторах дифференциально экспрессирующихся генов (ESDEG)
Цуканов Антон Витальевич,
Левицкий Виктор Георгиевич
|
|
Программа для генерации выборки негативных последовательностей ДНК при анализе обогащения мотивов в данных массового секвенирования (SuppressBias)
Левицкий Виктор Георгиевич,
Цуканов Антон Витальевич
|
| 2021 |
Программный комплекс для выявления обогащения цис-регуляторных элементов в выборке функциональных районов генома (CisCross)
Левицкий Виктор Георгиевич,
Миронова Виктория Владимировна,
Лавреха Виктория Вадимовна
|
|
Программный комплекс для дизайна синтетических цис-регуляторных элементов из последовательностей ДНК (GSGA)
Левицкий В.Г., Землянская Е.В.
|
|
Программный комплекс для поиска мотивов в данных полногеномного картирования сайтов связывания транскрипционных факторов ChIP-seq (SiteGA)
Левицкий В.Г., Цуканов А.В.
|
| 2019 |
Программный комплекс для предсказания совместной встречаемости мотивов с учетом их перекрывания на основе данных массового секвенирования ChIP-seq (MCOT)
Левицкий Виктор Георгиевич
Землянская Елена Васильевна
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Миронова Виктория Владимировна
|
| 2006 |
База данных: Районы позиционирования нуклеосом (NPRD).
Левицкий В.Г., Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Фурман Д.П., Катохин А.В., Смирнова О.Г., Хлебодарова Т.М.
|
|
|
