 |
|
|
Лашин Сергей Александрович, к. б. н.
|
Scopus: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=23489648100Индекс WOS: D-8142-2012Индекс рецензентов publons.com: 29Персональная информацияРабочий адрес
Г. Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия
Дата рождения
24.09.1980
Учёная степень: кандидат биологических наук по специальности «Математическая биология, биоинформатика (03.01.09), ИЦиГ СО РАН.
Название диссертации: «Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов».
Научный руководитель: Матушкин Юрий Георгиевич, к.б.н., с.н.с.
Образование
НГУ – 2003 – специалист (прикладная математика и информатика)
Область научных интересов
Системная биология, биоинформатика, эволюция, математическое и компьютерное моделирование, анализ данных, геномика, высокопроизводительные и параллельные вычисления, программирование, алгоритмы.
Участие в разработке программных продуктов:
Главный разработчик:
- Эволюционный конструктор (http://evol-constructor.bionet.nsc.ru/) – программный пакет для моделирования эволюции в прокариотических сообществах.
- TerMotif predictor – программа предсказания ро-независимых терминаторов транскрипции в бактериальных геномах.
Разработчик:
Публикации
| 2024 |
Biocontrol Potential of the New Codling Moth Granulovirus (CpGV) Strains
Aleksandra A. Tsygichko, Anzhela M. Asaturova, Tatiana N. Lakhova, Alexandra I. Klimenko, Sergey A. Lashin and Gennady V. Vasiliev
[Microorganisms]
|
|
Analysis of the effects of the Vrn-1 and Ppd-1 alleles on adaptive and agronomic traits in common wheat (Triticum aestivum L.)
Plotnikov K.O., Klimenko A.I., Ovchinnikova E.S., Lashin S.A., Goncharov N.P.
[Plants]
|
|
Assembly and Genome Annotation of Different Strains of Apple Fruit Moth Virus (Cydia pomonella granulovirus)
Tatiana N. Lakhova, Aleksandra A. Tsygichko, Alexandra I. Klimenko, Vladimir Y. Ismailov, Gennady V. Vasiliev, Anzhela M. Asaturova, Sergey A. Lashin
[INT J MOL SCI]
|
|
DynMicrobiotech: программный модуль для автоматической реконструкции фреймовых динамических моделей генных сетей микроорганизмов
С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Т.Н. Лахова, Ю.Г. Матушкин
[Проблемы информатики]
|
|
New Cydia pomonella granulovirus strain with high entomopathogenic activity
Aleksandra A. Tsygichko, Anzhela M. Asaturova, Gennady V. Vasiliev, Alexandra I. Klimenko, Sergey A. Lashin, Tatiana N. Lakhova
[Microbiol Resour Announc]
|
|
Вычислительный конвейер по распознаванию сайтов связывания транскрипционных факторов в бактериальных геномах de novo
Мухин А. М., Ощепков Д. Ю., Лашин С. А.
[Проблемы информатики]
|
|
Программный модуль для исследования регуляции метаболических путей бактерии методами математического моделирования
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, Т.М. Хлебодарова, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[Проблемы информатики]
|
|
Цифровая платформа «Микробиотех»: архитектура и назначение.
Деменков П. С., Мухин А. М., Иванисенко В. А., Лашин С. А., Колчанов Н. А.
[Проблемы информатики]
|
| 2023 |
Trait-Based Method of Quantitative Assessment of Ecological Functional Groups in the Human Intestinal Microbiome
Andrew I. Kropochev, Sergey A. Lashin, Yury G. Matushkin, Alexandra I. Klimenko
[Biology]
|
|
A New Visualization and Analysis Method for a Convolved Representation of Mass Computational Experiments with Biological Models
Klimenko A.I., Vorobeva D.A., Lashin S.A.
[Mathematics]
|
|
Antitumor efficacy of multi-target in situ vaccinations with CpG oligodeoxynucleotides, anti-OX40, anti-PD1 antibodies, and aptamers
Proskurina AS, Ruzanova VS, Ritter GS, Efremov YR, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Fokina AA, Zatsepin TS, Stetsenko DA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS
[J Biomed Res]
|
|
Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus
Korenskaia A.Y., Matushkin Y.G., Mustafin Z.S., Lashin S.A., Klimenko A.I.
[Biology]
|
|
Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes
Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости
Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Внутриопухолевая гетерогенность: модели возникновения и эволюции злокачественных опухолей
Р.А.Иванов
С.А.Лашин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Лабораторные информационные системы для управления исследовательскими работами в биологии
А.М. Мухин, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Молекулярные механизмы оптимизации элонгации трансляции существенно различаются у бактерий, имеющих и не имеющих кластеры генов биосинтеза нерибосомных пептидов
А. И. Клименко, С. А. Лашин, Н. А. Колчанов, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин
[Молекулярная биология]
|
|
Развитие сибирской школы
математической (системной) биологии
Н.А. Колчанов, С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Ю.Г. Матушкин
[Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
|
|
Расстройства аутистического спектра: в поисках призмы для разделения на отдельные подтипы
Трифонова Е.А., Пащенко А.А., Лашин С.А.
[Природа]
|
| 2022 |
Bioinformatic Assessment of Factors Affecting the Correlation between Protein Abundance and Elongation Efficiency in Prokaryotes
Aleksandra E. Korenskaia, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin, Alexandra I. Klimenko
[INT J MOL SCI]
|
|
ICBrainDB: An Integrated Database for Finding Associations between Genetic Factors and EEG Markers of
Depressive Disorders
Роман Иванов;
Федор Казанцев;
Евгений Заварзин;
Александра Клименко;
Наталья Милахина;
Юрий Матушкин;
Александр Савостьянов;
Сергей Лашин.
[J. Pers. Med]
|
|
Abnormal mTOR Activity in Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric and MIA-Associated Autism Spectrum Disorders
Ekaterina A. Trifonova, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov
[INT J MOL SCI]
|
|
Agent‐Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population
Georgii P. Romanov , Anna A. Smirnova , Vladimir I. Zamyatin, Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev,
Vera G. Pshennikova, Fedor M. Teryutin, Aisen V. Solovyev, Sardana A. Fedorova, Olga L. Posukh,
Sergey A. Lashin and Nikolay A. Barashkov
[Biology]
|
|
Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation
Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin
[Mathematics]
|
|
Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data
Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin
[INT J MOL SCI]
|
| 2021 |
Do Autism Spectrum and Autoimmune Disorders Share Predisposition Gene Signature Due to mTOR Signaling Pathway Controlling Expression?
Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov
[INT J MOL SCI]
|
|
Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies
Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS
[ANTICANCER RES]
|
|
Leave or Stay: Simulating Motility and Fitness of Microorganisms in Dynamic Aquatic Ecosystems
Alexandra Klimenko, Yury Matushkin, Nikolay Kolchanov, Sergey Lashin
[Biology]
|
|
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin
[Lect Notes Comput Sci]
|
|
The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems
T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Комплексный анализ влияния аллельного полиморфизма 5-HTTLPR на поведенческие и нейрофизиологические показатели исполнительного контроля у людей из разных этнических групп в Сибири
А.Н. Савостьянов, Д.В. Базовкина, С.А. Лашин, С.С. Таможников, А.Е. Сапрыгин, Т.Н. Астахова,
У.Н. Кавай-оол, Н.В. Борисова, А.Г. Карпова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Технологии поиска и исследования
потенциально осциллирующих ферментативных систем
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека
З. С. Мустафин, С. А. Лашин, Ю. Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2020 |
Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов
Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
A new approach to estimating the prevalence of hereditary hearing loss: an analysis of the distribution of sign language users based on census data in Russia.
Romanov G.P., Pshennikova V.G., Lashin S.A., Solovyev A.V., Teryutin F.M., Cherdonova A.M., Borisova T.V., Sazonov N.N., Khusnutdinova E.K., Posukh O.L., Fedorova S.A., Barashkov N.A.
[PloS One]
|
|
Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude
for Functional Gene Groups
Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V.
[Genes]
|
|
The effect of meditation on comprehension of statements about one-self and others: a pilot ERP and behavioral study
Alexander Savostyanov, Sergey Tamozhnikov, Andrey Bocharov, Alexander Saprygin, Yuriy Matushkin, Sergey Lashin, Galina Kolpakova, Klimenty Sudobin, Gennady Knyazev
[FRONT HUM NEUROSCI]
|
|
Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности
С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин
[Генетика]
|
|
Распространенность языка жестов в качестве источника данных для генетической эпидемиологии наследуемых форм потери слуха.
Романов Г.П., Пшенникова В.Г., Лашин С.А., Соловьев А.В., Терютин Ф.М., Сазонов Н.Н., Хуснутдинова Э.К., Посух О.Л., Федорова С.А., Барашков Н.А.
[Медицинская генетика]
|
| 2019 |
MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat
Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana
Zakhar S. Mustafin, Vladimir I. Zamyatin, Dmitrii K. Konstantinov, Aleksej V. Doroshkov, Sergey A. Lashin, Dmitry A. Afonnikov
[Genes]
|
|
Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities
Иванов Роман Артемович
Замятин Владимир
Клименко Александра Игоревна
Матушкин Юрий Георгиевич
Савостьянов Александр Николаевич
Лашин Сергей Александрович
[Genes]
|
|
Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[ECOL MODEL]
|
|
The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes
Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov
[INT J MOL SCI]
|
|
Разработка программного комплекса WebMCOT для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов
Мухин Алексей Максимович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лашин Сергей Александрович
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
| 2018 |
MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS
Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Marital structure, genetic fitness, and the GJB2 gene mutations among deaf people in Yakutia (Eastern Siberia, Russia).
Romanov G.P., Barashkov N.A, Teryutin F.M., Lashin S.A., Solovyev A.V., Pshennikova V.G., Bondar A.A., Morozov I.V., Sazonov N.N., Tomsky M.I., Dzhemileva L.U., Khusnutdinova E.K., Posukh O.L., Fedorova S.A.
[RUSS J GENET+]
|
|
Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России
Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах
Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”]
|
|
Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов
Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Эффективность элонгации трансляции открытых рамок считывания одноклеточных организмов
Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.С. Соколов
[V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ]
|
| 2017 |
AltORFev facilitates the prediction of alternative open reading frames in eukaryotic mRNAs
Kochetov Alex V., Allmer Jens, Klimenko Alexandra I., Zuraev Bulat S., Matushkin Yury G., Lashin Sergey A.
[BIOINFORMATICS]
|
|
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles
Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov
[BMC BIOINFORMATICS]
|
| 2016 |
A Review of Simulation and Modeling Approaches in Microbiology
A. I. Klimenko, Z. S. Mustafin, A. D. Chekantsev, R. K. Zudin, Yu. G. Matushkin, S. A. Lashin
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Bacteriophages affect evolution of bacterial communities in spatially distributed habitats: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC MICROBIOL]
|
|
Impact of socio-demographic structure of the deaf people communities in prevalence of hereditary hearing loss.
Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Zytsar M.V., Mikhalskaia V.Yu., Lashin S.A., Barashkov N.A., Romanov G.P.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2015 |
A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study
Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии
Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов
В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software
Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения
Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution
Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2012 |
Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
[ECOL MODEL]
|
|
Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges
Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
|
|
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор"
Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ
Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии
С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин
[RUSS J GENET+]
|
| 2011 |
Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems
S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov
[RUSS J GENET+]
|
|
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг”
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[RUSS J GENET+]
|
| 2010 |
Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
| 2009 |
Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом
Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Вычислительные технологии]
|
| 2007 |
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006))
Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G
[In Silico Biology]
|
| 2005 |
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
Монографии
| 2021 |
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Mukhin A. M., Kazantsev F.V., Klimenko A.I., Lakhova T.N., Demenkov P.S., Lashin S.A.
|
| 2016 |
The Animal Domestication Experiment as a Model of the Evolutionary Process: A New Insight into Evolution Under Selection Targeting Regulatory Systems.
Trut, L. N., Herbek, Y. E., Trapezov, O. V., Lashin, S. A., Matushkin, Y. G., Markel, A. L., Kolchanov, N. A.
|
| 2014 |
Evolution, Biodiversity and Ecology in Microbial Communities: Mathematical Modeling and Simulation with the “Haploid Evolutionary Constructor” Software Tool
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Klimenko A.I., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
|
| 2011 |
Моделирование коэволюции одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программного комплекса «Эволюционный конструктор»
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
| 2010 |
Компьютерный генетический конструктор: математическое моделирование генетических и метаболических подсистем E. coli
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ратушный А.В., Лашин С.А., Турнаев И.И., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Колчанов Н.А.
|
|
Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения
И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
|
| 2008 |
Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” // В монографии: Системная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
Конференции
| 2024 |
Genome analysis of novel strains of Cydia
pomonella granulovirus from Russia
Lakhova T., Klimenko A., Tsygichko A., Ismailov V., Vasiliev G., Asaturova A., Lashin S.
[14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology]
|
|
Mathematical modeling of the
regulation of NCgl2816-lldD,
brnEF, vanABK and mtlTD
operons in Corynebacterium
glutamicum
Lakhova T., Kazantsev F., Khlebodarova T., Matushkin Yu., Lashin S.
[14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology]
|
|
A software package to assess the metabolic potential of mutant strains of the Corynebacterium glutamicum
Kazantsev F.V., Trofimova M.F., Sheremetieva M.E., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A
[14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology]
|
|
Integration of phylostratigraphic and phylotranscriptomic analysis in the study of differentially expressed genes in cancer tissues
Иванов Р.А.
Лашин С.А.
Афонников Д.А.
Матушкин Ю.Г.
[14-я Международная Мультиконференция “Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология”]
|
|
Software package for analysis of regulatory circuits of bacterial metabolic pathways by mathematical modeling methods
Kazantsev F.V., Lakhova T.N., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A
[14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology]
|
|
РЕКОНСТРУКЦИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ В ESCHERICHIA COLI K-12 ШТАММА
B-6195
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин
[VI Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2024]
|
|
Эволюционный подход к изучению дифференциальной экспрессии в тканях карцином различных
стадий
Иванов Роман Артемович
Афонников Дмитрий Аркадьевич
Матушкин Юрий Георгиевич
Лашин Сергей Александрович
[VI Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2024]
|
| 2023 |
Методы математического и компьютерного моделирования в исследование метаболизма L-аминокислот бактерии C. glutamicum
Казанцев Ф.В., Трофимова М.Ф., Клименко А.И., Лашин С.А.
[IX Пущинская конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов»]
|
|
Геномный анализ штаммов-эндофитов рода Bacillus: поиск генов, участвующих в осуществлении антифунгальной активности и взаимодействии с растением
Александра Коренская, Cecile Ben, Laurent Gentzbittel, Сергей Лашин, Александра Клименко
[III Международная конференция «Сохранение и преумножение генетических ресурсов микроорганизмов»]
|
|
Филостратиграфический анализ генов онкологических заболеваний человека
Иванов Роман Артемович
Лашин Сергей Александрович
[14th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2023]
|
| 2022 |
МЕТОД ДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ БАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ ГЕНОМНОЙ ИНФОРМАЦИИ
Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин
[Актуальные аспекты современной микробиологии: XIII молодежная школа-конференция с международным участием]
|
|
Построение транскрипционных регуляторных сетей бактерий на основе найденных факторов транскрипции и их сайтов связывания
Лахова Т.Н., Мухин А.М., Ощепков Д.Ю., Лашин С.А.
[25-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием «Биология – наука XXI века»]
|
|
Bioinformatic assessment of factors affecting the correlation between protein abundance and elongation efficiency in prokaryotes
Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Data lake platform of the bacterial strain properties
for microbiology
Mukhin A., Demenkov P., Kazantsev F., Lakhova T., Klimenko A.,
Lashin S
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Evolutionary analysis of gene networks with Orthoweb software
Mustafin Z., Mukhin A., Anikin D., Kazantsev F., Lashin S.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Finding the ways for potential increasing of L-valine
biosynthesis yield in C. glutamicum with mathematical modeling
Kazantsev F., Klimenko A., Kropochev A., Trofimova M., Lashin S
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Functional and evolutionary characteristics of the gene network
controlling appetite in mice: lessons from knockout or
knockdown animals
Ignatieva E.V., Mustafin Z.S., Lashin S.A.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)]
|
|
Genetic markers and neurophysiological correlates
of the psychological personality traits among people
from different regions of Siberia
Savostyanov A., Tamozhnikov S., Karpova A., Kavai-Ool U., Ivanov A.,
Kazantsev F., Klimenko A., Lashin S.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Integration of transcriptomic, genomic, and proteomic data in order to assess the impact of translation efficiency features on protein abundance for various prokaryotes
Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Large scale analysis of the crop transcriptomic data:
analysis of out of the reference transcripts
Afonnikov D.A., Genaev M.A., Shmakov N.A., Mustafin Z.S., Mukhin A.M., Lashin S.A.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)]
|
|
Modelling of eco-evolutionary dynamics in microbial
communities with haploid evolutionary constructor
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
On organizing a software platform for seeking
biotechnologically important features in bacteria
Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A.,
Kolchanov N
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Phylostratigraphic analysis of human cancers
transcriptomic data
Ivanov R.
Mustafin Z.
Lashin S.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Reconstruction of mathematical frame models of bacterial
transcription regulation based on transcriptional regulatory
networks
Lakhova T., Kazantsev F., Lashin S
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Synthetic community analysis by the trait-based method
of quantitative assessment of ecological functional groups
Kropochev A., Lashin S., Klimenko A.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Web-MCOT server for motifs co-occurrence search in ChIP-seq data
Victor Levitsky, Alexey Mukhin, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Sergey Lashin
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2021 |
Construction of transcriptional regulatory networks based
on found transcription factors and their binding sites
in annotated bacterial genomes
Lakhova T.N., Oshchepkov D.Yu., Mukhin A.M., Lashin S.A.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2021) : The 13th International Young Scientists School; Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen School 2021) : Young Scientists School]
|
|
The method of computer reconstruction of the ecological
structure of intestinal microbiota communities based
on metatranscriptome data
Kropochev A., Lashin S.A., Klimenko A.I.
[SBB-2021 The 13th International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics]
|
|
ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations
Kazantsev F.V., Ivanov R.A., Klimenko A.I., Zavarzin E.A., Saprigyn A.E., Lashin S.A.
[The 20th World Congress of Psychophysiology (IOP2021) . Chengdu, China, Online (September 7-11, 2021)]
|
|
Computer reconstruction of the ecological structure of intestinal microbiota communities based on high-throughput sequencing data
Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А.
[12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020]
|
|
ICBrainDB: database with EEG activity and associated gene mutations
Иванов Роман Артемович
Казанцев Федор Владимирович
[13 Международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» SBB-2021]
|
|
ROLE OF THE ALLELIC POLYMORPHISM OF THE BRAIN NEUROTRANSMITTERS SYSTEMS IN A FORMATION OF PERSONALITY FEATURES OF SOCIAL BEHAVIOR IN PEOPLE, LIVING IN DIFFERENT REGIONS OF SIBERIA AND MONGOLIA
Савостьянов Александр Николаевич
Лашин Сергей Александрович
Клименко Александра Игоревна
Таможников Сергей Сергеевич
Милахина Наталья Сергеевна
Бочаров Андрей В.
Ефимов Вадим Михайлович
Матушкин Юрий Георгиевич
Васильев Геннадий Владимирович
Иванов Роман Артемович
Князев Геннадий Георгиевич
[XVII INTERNATIONAL INTERDISCIPLINARY CONGRESS NEUROSCIENCE FOR MEDICINE AND PSYCHOLOGY]
|
|
The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains
Aleksey M. Mukhin , Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, and Sergey A. Lashin
[International Conference on Parallel Computing Technologies]
|
|
ВЕБ-СЕРВИС WEBMCOT ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СОВМЕСТНО ВСТРЕЧАЕМЫХ ДНК МОТИВОВ В ДАННЫХ CHIP-SEQ
МУХИН А.М., ЛЕВИЦКИЙ В.Г., ЛАШИН С.А.
[ИНСТИТУТ БИОИНФОРМАТИКИ]
|
|
МОДЕЛИРОВАНИЕ ИЗМЕНЕНИЙ ПРИСПОСОБЛЕННОСТИ
И ПОДВИЖНОСТИ МИКРООРГАНИЗМОВ
В ИЗМЕНЯЮЩИХСЯ ВОДНЫХ ЭКОСИСТЕМАХ
Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития.]
|
|
Построение сетей транскрипционной регуляции бактерий на основе геномной информации
Т.Н. Лахова, Д.Ю. Ощепков, А.М. Мухин, С.А. Лашин
[VIII Международная научно-практическая конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов]
|
|
Филотранскриптомный анализ генных сетей сахарного диабета 2 типа
МАРТЮШЕВА Т.А., МУСТАФИН З.С., КЛИМОНТОВ В.В.,
ЛАШИН С.А.
[САХАРНЫЙ ДИАБЕТ-2021: ОТ МОНИТОРИНГА К УПРАВЛЕНИЮ]
|
| 2020 |
Разработка алгоритмов для нахождения факторов транскрипции и их сайтов связывания в аннотированных бактериальных геномах
Лахова Т.Н., Ощепков Д.Ю., Мухин А.М., Лашин С.А.
[12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020]
|
|
MGSGenerator 1.5: software tool for reconstructing mathematical models of metabolic networks
F.V. Kazantsev, S.A. Lashin
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Development and analysis of AIDS epidemic agent-based
computer model applying an algorithm for explicit calculation of HIV replicability
Anna Smirnova, Mikhail Ponomarenko, Sergey Lashin
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Gene network of type 2 diabetes: reconstruction of analysis
Zamyatin V., Mustafin Z., Matushkin Y., Afonnikov D., Klimontov V., Lashin S.
[BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts. 2020.]
|
|
MGSGenerator 1.5: инструментарий для реконструкции математических моделей метаболических сетей
Казанцев Ф.В., Лашин С.А
[SBB-2020]
|
|
Motility and fitness of microorganisms in dynamic aquatic ecosystems: a simulation study
Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020]
|
|
OrthoWeb-web application for macroand microevolutionary analysis of genes
Mustafin Z., Mukhin A., Afonnikov D., Matushkin Y., Lashin S
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
The algorithm for finding potentially oscillating behavior in enzymatic systems
Lakhova T.N., Kazantsev F.V, Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
WebMCOT web-service for prediction of co-occurred DNA motifs in ChIP-seq data
Mukhin A. M., Levitsky V. G., Lashin S. A., Oshchepkov D. Y.
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Компьютерная реконструкция экологической структуры сообщества кишечной микробиоты на основе высокопроизводительного секвенирования
Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А.
[12 межд. конф. BGRS/SB-2020]
|
| 2019 |
Математическое и компьютерное моделирование осциллирующих ферментативных систем
Т.Н. Лахова, Ф. В. Казанцев, Ю. Г. Матушкин, С. А. Лашин
[Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики]
|
|
Reconstruction of the gene networks of human neurotransmitter systems
Ivanov R.A., Lashin S.A.
[11-я Международная школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика», SBB-2019]
|
|
The mathematical modeling of oscillations in enzymatic systems
Lakhova T.N., Kazantsev F.V., Lashin S.A.
[11th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB-2019]
|
|
MIGREW database: typical use cases
Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A.
[5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)]
|
|
Реконструкция и анализ генной сети сахарного диабета 2 типа
Замятин В.И., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Климонтов В.В., Лашин С.А.
[III Российская мультидисциплинарная конференция с международным участием "Сахарный диабет-2019: от мониторинга к управлению"]
|
|
Antagonistic evolutionary scenarios in microbial communities are played out under ecological stratification fostered by spatial gradients
A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin
[The International Society for Ecological Modelling Global Conference 2019]
|
|
Creation and analysis of an agent-based computer model of the AIDS epidemic using an algorithm for explicit calculation of the HIV replicability
Smirnova A.A., Ponomarenko M.P., Lashin S.A.
[11th International Young Scientists School “Systems Biology and Bioinformatics” – SBB-2019]
|
|
Dysregulation of postsynaptic translation in autism spectrum disorder: reconstruction of gene network associated with autism and mtor signaling.
Rifonova E.A., Klimenko A.I., Saik O.V., Orlov Y.L., Lashin S.A., Ivanisenko V.A.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.]
|
|
FoldGO - новый метод анализа функционального обогащения с учетом степени изменения транскрипционной активности.
Вибе Д.С., Омельянчук Н.А., Мухин А.М., Лашин С.А., Миронова В.В.
[7ой съезд ВОГиС]
|
|
Gene networks of type 2 diabetes and Alzheimer’s disease. Reconstruction and analysis
Zamyatin V., Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V., Lashin S.A.
[The 11th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
|
|
Биоинформационный анализ путей регуляции экспрессии генов предрасположенности к аутизму
Клименко А.И., Трифонова Е.А., Лашин С.А., Кочетов А.В.
[Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего»]
|
|
Итоги многолетних исследований наследственной глухоты у коренного населения Сибири: от эпидемиологии до молекулярной генетики, клеточной биологии и компьютерного моделирования.
Посух О.Л.,Барашков Н.А., Зыцарь М.В., Бады-Хоо М.С., Данильченко В.Ю., Маслова Е.А., Пшенникова В.Г., Романов Г.П., Соловьёв А.В., Кларов Л.А., Федорова С.А., Терютин Ф.М., Лашин С.А., Орищенко К.Е., Морозов И.В., Бондарь А.А.
[VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.]
|
|
Компьютерная реконструкция экологической структуры синтетического микробного сообщества, моделирующего ядро микробиоты кишечника человека
Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А.
[11 международная школа молодых ученых SBB-2019]
|
|
Методы компьютерного моделирования иерархических биологических систем
Лашин С. А., Матушкин Ю. Г., Клименко А. И., Казанцев Ф. В., Лахова Т. Н., Смирнова А. А.
[«Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)]
|
|
Реконструкция генных сетей нейротрансмиттерных систем человека
Р.А. Иванов, А. И. Клименко, А. Н. Савостьянов, С.А. Лашин
[«Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)]
|
|
Эволюционный анализ генных сетей абиотического стресса растений
Лашин С.А., Мустафин З.С., Замятин В.И., Константинов Д.К., Дорошков А.В., Афонников Д.А.
[VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы]
|
| 2018 |
Системная компьютерная биология и биоинформатика: моделирование и компьютерный дизайн экспериментов по созданию штаммов с целевыми свойствами
Колчанов Н.А., Пельтек С.Е., Розанов А.С., Лашин С.А.
[Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике]
|
|
Database on Molecular Identification of Genes for Resistance in Wheat (MIGREW)
Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A.
[11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018]
|
|
Adaptive strategies of motile bacteria in dynamic aquatic ecosystems. A simulation study.
A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[BGRS 2018]
|
|
Agent-based modelling of genetic deafness propagation under various sociodemographic conditions.
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Smirnova A.A., Romanov G.P., Posukh O.L.
[11th International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\ Systems Biology», The 3rd International Symposium Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018]
|
|
Developing FoldGO, the tools for multifactorial functional enrichment analysis
A.M. Mukhin, D.S. Wiebe, I. Grosse, S.A. Lashin, V.V. Mironova
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)]
|
|
Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy
metabolism disorders
S.A. Lashin, Z.S. Mustafin, V.A. Manevich,
D.A. Afonnikov, E.V. Ignatieva, Yu.G. Matushkin, V.V. Klimontov
[BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium]
|
|
Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy metabolism disorders
Lashin S.A., Mustafin Z.S., Manevich V.A., Afonnikov D.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V.
[Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium]
|
|
Gene networks of human hearing impairments: reconstruction and analysis.
Zamyatin V.I., Mustafin Z.S., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Posukh O.L., Lashin S.A.
[The Tenth International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2018).]
|
|
Insight into genetic and social aspects of modern communities of deaf people in Siberia for forecasting the prevalence of hereditary deafness.
Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Romanov G.P., Barashkov N.A., Smirnova A.A., Zytsar M.V., Maslova E.A., Danilchenko V.Y., Posukh O.V., Lashin S.A.
[The European Human Genetics Conference in conjunction with the European Meeting on Psychosocial Aspects of Genetics.]
|
|
On evolutionary analysis of gene networks by the Orthoscape software
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[BGRS 2018]
|
|
Spatial heterogeneity influences evolutionary scenarios in microbial communities explained by ecological stratification: a simulation study
A.I. Klimenko,Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)]
|
|
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах
Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[VII Международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
|
|
Программные средства для комплексного анализа генных сетей
С.А. Лашин, З.С. Мустафин, В.И. Замятин, Д.А. Афонников, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
[V Международная конференция. «Постгеном 2018». В поисках моделей персонализированной медицины]
|
|
Программные средства для построения и анализа сложных моделей микробного метаболизма и микробных сообществ
Лашин С.А, Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Афонников Д.А.,
Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А.
[Школа-конференция «Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике»]
|
| 2017 |
О компьютерном моделировании иерархических биологических систем
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[Математика в современном мире. Международная конференция, посвящённая 60-летию Института математики им. С.Л. Соболева]
|
|
Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей
З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Regulatory circuits in gene networks: organization and evolution
Колчанов Н.А., Лашин С.А.
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Достижение пика приспособленности при сложных ландшафтах в микробных сообществах в различных экологических условиях: результаты компьютерного моделирования
С.А. Лашин, З.С. Мустафин, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Пространственная гетерогенность способствует локальному поддержанию антагонистических эволюционных сценариев в моделях микробных сообществ
А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Фаговая инфекция замедляет видообразование, вызванное горизонтальным переносом и потерей генов метаболизма в моделях пространственно гетерогенных микробных сообществ
Ю.Г. Матушкин, А.И. Клименко, Н.А. Колчанов, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Анализ эволюционных характеристик генных сетей с помощью программы Orthoscape
Лашин С.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
[Международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
| 2016 |
Biomolecular systems models semi-automatic reconstruction based on structural and quantitative information
F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, S.A. Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, A.V. Ratushny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai
[BGRS/SB’16, Novosibirsk]
|
|
A software system for simulating social and genetic aspects of deafness in human populations.
Dyachenko I.S., Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Zytsar M.V, Mikhalskaia V.Yu., Romanov G.P., Barashkov N.A., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology» BGRS\SB-2016.]
|
|
ALTORFEV: A NOVEL TOOL FOR PREDICTION OF ALTERNATIVE ORFS BASED ON THE LINEAR SCANNING MODEL
B.S. Zuraev, A.V. Kochetov, A.I. Klimenko, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
Crossing valleys and reaching peak on the fitness landscapes in microbial communities under various ecological conditions: a simulation study
Zakhar Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
|
|
HAPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR 3D: A TOOL FOR MULTILAYER MODELING OF SPATIALLY DISTRIBUTED MICROBIAL COMMUNITIES
A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, Z.S. Mustafin, A.D. Chekantsev, R.K. Zudin, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
HEC 3D: A TOOL FOR MULTILAYER MODELING OF SPATIALLY DISTRIBUTED MICROBIAL COMMUNITIES
Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Лашин С.А.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBBI’2016)]
|
|
Marital status, marriage patterns and fertility of deaf people in the Tyva Republic (South Siberia, Russia).
Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Mikhalskaia V.Yu., Zytsar M.V., Barashkov N.A., Romanov G.P., Lashin S.A.
[the 66th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics (October 18–22, 2016, Vancouver, Canada)]
|
|
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[The 8th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
|
|
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
|
|
PHAGE INFECTION SLOWS DOWN SPECIATION CAUSED BY GENE LOSS AND HORIZONTAL GENE TRANSFER OF METABOLIC GENES IN MODELS OF SPATIALLY DISTRIBUTED BACTERIAL COMMUNITIES
A. I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
ГЭК 3D: инструмент для многоуровневого моделирования пространственно распределённых микробных сообществ
Клименко А. И., Мустафин З.С., Матушкин Ю. Г., Лашин С. А.
[XVII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям (YM2016)]
|
| 2015 |
Комплексные модели микробных сообществ
Лашин С.А., Клименко А.И., Мустафин З.С., Зудин Р.К., Чеканцев А.Д., Матушкин Ю.Г.
[Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики – 2015»]
|
|
Haploid evolutionary constructor 3D: a software for simulation of spatially distributed microbial communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G.
[EMBO | EMBL Symposium “New Approaches and Concepts in Microbiology”]
|
|
EloE, a web application for automatic estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms
V.S. Sokolov, B.S. Zuraev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin
[BREW 2015: Bioinformatics Research and Education Workshop]
|
|
A module for integrating SBML-written mathematical models into the software package «Haploid Evolutionary Constructor»
Chekantsev A.D., Lashin S.A.
[The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
|
|
High-performance computations support for the software package «Haploid Evolutionary Constructor»
Zudin R.K., Lashin S.A.
[The 7th International Young Scientists School "Systems Biology and bioinformatics" SBB-15]
|
|
High-performance simulation of evolutionary-population processes in bacterial communities
Mustafin Z.S., Lashin S.A.
[The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
|
|
Исследование моделей эволюции геномов одноклеточных организмов для пространственно распределённых популяций
Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А.
[VIII Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
| 2014 |
EloE – a web-application for estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms
В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[BGRS\SB-2014]
|
|
Allelic coadaptation and fitness landscape predetermine the optimal Evolutionary mode in prokariotic communities: a simulation study
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2014)]
|
|
FORWARD-TIME SIMULATION OF EVOLUTIONARY PROCESSES IN ANCIENT POPULATIONS USING THE DIPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR
Lashin S.A., Suslov V.V., Gunbin K.V.
[BGRS-2014]
|
|
Haploid Evolutionary Constructor 3D: a tool for simulation of spatially distributed prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
High Performance computing simulation of evolutionary processes in basterial communities
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)]
|
|
Spatially distributed bacterial communities: simulation with «Haploid Evolutionary Constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
Высокопроизводительное компьютерное моделирование популяционно-генетических процессов в бактериальных сообществах
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Международная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"]
|
|
Модели коэволюции в трофических сообществах одноклеточных организмов: влияние пространственной неоднородности
Ю.Г.Матушкин, А.И.Клименко, С.А.Лашин
[V международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
|
|
Проблемы эволюции путем горизонтального переноса генов
Клименко А.И., Лашин С.А., Суслов В.В.
[Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле]
|
|
Пространственно распределенные модели эволюции в симбиотических/антагонистических прокариотических сообществах
Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А.
[VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы]
|
| 2013 |
Multi-layer computer models of gene network evolution in diploid populations.
S. Lashin and Y. Matushkin
[FEBS Congress]
|
|
Spatially distributed models of evolution in symbiotic/antagonistic prokaryotic communities
Y. Matushkin and S. Lashin
[FEBS Congress]
|
|
The gene flow between ancient and modern humans: how often the hybridization occurred and what are population consequences?
K.V. Gunbin, S.A. Lashin
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
|
|
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор"
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс»]
|
| 2012 |
When gene networks may not work: computer modeling with the haploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
|
|
Effects of in- and outbreeding in populations of diploid organisms: computer simulations with the diploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
|
|
Evolution in prokaryotes-phages communities: computer modeling with the haploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
|
|
Haploid evolutionary constructor: a graphical user interface for simulating bacterial communities evolution
Klimenko A.I., Lashin S.A.
[The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)]
|
|
Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution
Мустафин З.С., Лашин С. А.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2012)]
|
|
Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Systems Bioligy & Bioinformatics (SBB 2012)]
|
|
Гаплоидный эволюционный конструктор: графический интерфейс для моделирования эволюции бактериальных сообществ
Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям]
|
|
Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем
Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А.
[XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)]
|
|
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор"
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям]
|
| 2011 |
Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»]
|
|
Computer tool for modeling the eukaryotes origin and evolution of early eukaryotic ecosystems
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[III International Conference “Biosphere origin and evolution”]
|
|
Evolutionary trends of genome amplification and reduction
Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Suslov V.V.
[III international conference Biosphere origin and evolution]
|
|
Modeling of phage infection in prokaryotic communities by Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011]
|
|
Математическое и компьютерное моделирование эволюционно-популяционных процессов
Лашин С.А.
[Третья школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"]
|
|
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
[Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"]
|
|
Моделирование коэволюции одноклеточных организмов в трофических кольцах с взаимным ингибированием
Матушкин Ю.Г., Лашин С.А., Суслов В.В.
[VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
|
Программные средства для многоуровневого моделирования эволюции про- и эукариот
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
|
| 2010 |
Computer modeling of prokaryotic communities’ evolution
Lashin S.A.
[ERASysBio Summer School, 27 July 2010, Tenerife, Spain]
|
|
Computer simulation of origin and evolution of signaling systems
Dygalo N.N., Lashin S.A.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
|
|
Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms
Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky
[Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India]
|
|
Gene loss and acquiring in evolution of prokaryotic communities – modeling with Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
|
|
Компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G.
[Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010]
|
|
Компьютерное моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов
Матушкин Ю. Г., Лашин С.А., Суслов В.В.
[Математическая биология и биоинформатика: III Международная конференция , г. Пущино]
|
|
Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный Конструктор"
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск]
|
|
Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный конструктор"
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск]
|
|
Эволюционный конструктор - методика моделирования эволюции бактериальных сообществ
Лашин С.А.
[Вторая международная научная школа-конференция памяти академика М.М. Лаврентьева "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 21-29 сентября 2010, Новосибирск]
|
| 2009 |
Evolvability and biodiversity – modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G.
[International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)]
|
|
Modeling of coevolutionin communities usin "Evolutionary constructor" program
Lashin S.A.
[International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics]
|
|
Моделирование эволюционно-популяционных процессов с помощью "Эволюционного конструктора"
Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.В. Суслов, Н.А.Колчанов
[5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.]
|
| 2008 |
Approval method for transcription termination sites prediction in firmicutes
S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin, T.M, Khlebodarova, V.A. Likhoshvai.
[Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)]
|
|
Эволюционный конструктор: новый подход к моделированию эволюции простейших
Лашин С.А.
[IX всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям (YM2008)]
|
| 2006 |
Gene network reconstruction and mathematical modeling of E. coli respiration: regulation of F0F1-ATP synthase by metal ions.
Khlebodarova T.M., Lashin S.A., Apasieva N.V.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
Гранты
| 2017 |
Изучение разнообразия генетического
контроля наследуемой потери слуха у
коренного населения Сибири и создание
специфичной панели генов для
персонифицированного ДНК-тестирования
Посух Ольга Леонидовна
Бады-Хоо Марита Сергеевна
Барашков Николай Алексеевич
Бондарь Александр Анатольевич
Данильченко Валерия Юрьевна
Зыцарь Марина Вячеславовна
Лашин Сергей Александрович
Маслова Екатерина Александровна
Морозов Игорь Владимирович
Орищенко Константин Евгеньевич
|
| 2015 |
Оценка потенциальной роли социально-демографической структуры сообществ глухих людей в распространенности наследуемых форм потери слуха в регионах Сибири
Посух Ольга Леонидовна, Бады-Хоо Марита Сергеевна, Барашков Николай Алексеевич, Зыцарь Марина Вячеславовна, Лашин Сергей Александрович, Михальская Валерия Юрьевна, Романов Георгий Прокопьевич
|
| 2012 |
Междисциплинаный интеграционный проект «Суперкомпьтерная реализация стохастической эволюции ансамблей взаимодействующих частиц различной природы для решения естественно-научных и нанотехнологичных задач»
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Лашин Сергей Александрович, Николаев Сергей Васильевич
|
|
Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ"
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Деменков Павел Сергеевич, Рассказов Дмитрий Александрович, Подколодная Наталья Николаевна, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Лашин Сергей Александрович, Суслов Валентин Владимирович
|
| 2010 |
Вертикальная эволюция и горизонтальный перенос ДНК транспозонов и non-LTR ретротранспозонов в отряде Lepidoptera (Insects)
Блинов А.Г., Головнина К.А., Новикова О.С., Смышляев Г.А., Сормачева И.Д., Новиков А.С., Лашин С.А.
|
| 2006 |
РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ
113 исполнителей из 10 Институтов СО РАН
|
Научное руководство
| 2021 |
Разработка комплекса программ для анализа эволюционных характеристик генных сетей
Лашин Сергей Александрович
[Мустафин Захар Сергеевич]
|
| 2020 |
Интегрированная информационно-компьютерная платформа для исследования молекулярно-генетических систем
Лашин Сергей Александрович
[Казанцев Федор Владимирович]
|
| 2019 |
Разработка программного комплекса Web-Mcot для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов
Лашин Сергей Александрович
Левицкий Виктор Георгиевич
[Мухин Алексей Максимович]
|
| 2016 |
Разработка программного модуля генерации математических моделей молекулярно-генетических систем для программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор»
Лашин С.А.
[Чеканцев Антон Дмитриевич]
|
|
Разработка системы поддержки высокопроизводительных вычислений для программного комплекса “Гаплоидный эволюционный конструктор”
Лашин С.А.
[Зудин Роман Константинович]
|
| 2015 |
Разработка модуля поддержки высокопроизводительных вычислений для программы “Диплоидный эволюционный конструктор”
Лашин Сергей Александрович
[Магеррамов Эмиль Александрович]
|
|
Моделирование пространственного распределения популяций в программном комплексе “Диплоидный эволюционный конструктор”
Лашин Сергей Александрович
[Дьяченко Игорь Сергеевич]
|
|
Развитие алгоритмов предсказания эффективности элонгации трансляции генов
Лашин Сергей Александрович
[Зураев Булат Сергеевич]
|
| 2014 |
Исследование агентной модели “защитник-агрессор”
Лашин Сергей Александрович
[Скиба Артём Ильич]
|
|
Система 3D визуализации для программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор»
Лашин Сергей Александрович
[Чеканцев Антон Дмитриевич]
|
|
Система распределения вычислительных ресурсов в рамках программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор»
Лашин Сергей Александрович
[Зудин Роман Константинович]
|
|
Высокопроизводительное компьютерное моделирование популяционно-генетических процессов в бактериальных сообществах
Лашин Сергей Александрович
[Мустафин Захар Сергеевич]
|
|
Моделирование пространственно-распределённых бактериальных сообществ с помощью «гаплоидного эволюционного конструктора»
Лашин Сергей Александрович
[Клименко Александра Игоревна]
|
|
Компьютерное моделирование социально-биологических явлений
Лашин Сергей Александрович
[Мамонтова Елена Андреевна]
|
| 2012 |
Разработка подсистемы управления и визуализации программного комплекса "Эволюционный конструктор"
Лашин Сергей Александрович
[Клименко Александра Игоревна]
|
|
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ
Лашин Сергей Александрович
[Мустафин Захар Сергеевич]
|
|
Разработка пространственно распределённой модели эволюции бактериальных сообществ
Лашин Сергей Александрович
[Мамонтова Елена Андреевна]
|
Учебные курсы
| 2017 |
Введение в информационную биологию
Колчанов Н.А., Лашин С.А., Фурман Д.П., Афонников Д.А., Землянская Е.В., Дорошков А.В., Бухарина Т.А.
|
| 2011 |
Язык С++ для биологов
|
|
Информационные технологии и языки программирования (программирование на языке Java)
|
| 2010 |
Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике
|
Патенты
| 2024 |
«Программа для автоматической реконструкции фреймовых динамических моделей генных сетей микроорганизмов (ДинМикробиотех) / Program for automatic reconstruction of frame dynamic models of gene networks of microorganisms (DynMicrobiotech)»
Лашин С.А., Казанцев Ф.В., Лахова Т.Н., Матушкин Ю.Г.
|
|
«Программный комплекс для исследования микроорганизмов методами потокового моделирования (флаксМикробиотех) / software package for microorganisms research by flux modeling methods (fluxMicrobiotech)»
Казанцев Ф.В., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А
|
|
Программа для расчёта филостратиграфических индексов (Ортовеб) / The program for calculating phylostratitgraphy indexes (Orthoweb)
Лашин С.А., Мустафин З.С., Казанцев Ф.В., Мухин А.М., Иванов Р.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
|
|
База данных генов и белков, ассоциированных с дисгликемией (GlucoGenes) / Database of dysglycemia-related genes and proteins (GlucoGenes)
Климонтов В.В., Сайк О.В., Шишин К.С., Мухин А.М., Лашин С.А.
|
| 2022 |
База данных по аллельным полиморфизмам генов нейромедиаторных систем, показателям психологических тестов и параметрам электроэнцефалограмм (ЭЭГен) / Database of allelic polymorphisms of genes of neurotransmitter systems, indicators of psychological tests and parameters of electroencephalograms (ICBrainDB)
Заварзин Е.А., Иванов Р.А., Казанцев Ф.В., Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Милахина Н.С., Савостьянов А.Н.
|
|
Программа для автоматической реконструкции математических моделей регуляции генов микробов (МикроТранскриптМод) / The program for automatic reconstruction of mathematical models of microbial gene transcription regulation (MicroTranscriptMod)
Казанцев Федор Владимирович, Лахова Татьяна Николаевна, Лашин Сергей Александрович
|
| 2021 |
Биотехнологически значимые штаммы бактерий (МикроБиотех) / Biotechnologically significant strains of bacteria (MicroBiotech)
Мухин А.М., Лахова Т.Н., Клименко А.И., Казанцев Ф.В., Деменков П.С., Лашин С.А.
|
| 2016 |
Программа для анализа эволюционных характеристик генных сетей (Ортоскейп) / Application for evolutionary analysis of gene networks (Orthoscape)
Лашин С.А., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В.
|
|
База данных по молекулярным маркерам генов устойчивости пшеницы к болезням (МИГРЭ) / Database on Molecular Identification of Genes for Resistance in Wheat (Migrew)
Салина Е.А., Сколотнева Е.С., Казанцев Ф.В.,
Лашин С.А.
|
| 2015 |
Программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» для моделирования популяционно-экологических процессов в микробных сообществах (ГЭК) / Software package «Haploid Evolutionary Constructor” for simulation populational-ecological processes in microbial communities (HEC)»
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Клименко А.И., Зудин Р.К.
|
|
Программный комплекс для моделирования эволюционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов «Диплоидный эволюционный конструктор» (ДЭК) / Software package for simulation evolutionary-genetic processes in population of diploid organisms «Diploid Evolutionary Constructor» (DEC)
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Дьяченко И.С., Магеррамов Э.А.
|
|
Программный комплекс для предсказания потенциально транслируемых открытых рамок считывания «AUGWeb»/ Software package for prediction of efficiently translated hidden alternative open reading frames «AUGWeb»
Лашин С.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Зураев Б.С., Клименко А.И.
|
| 2012 |
База данных "Элементарные подсистемы: метаболизм E.coli" (ЭлСи: E.coli)/ Database "Elementary subsystems: E.coli metabolism" (ElSy: E.coli)
Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В.
|
| 2008 |
Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller)
Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В
|
| 2006 |
База математических моделей молекулярно-генетических процессов (Модельер)/Database of mathematical models of molecular genetic processes (ModelER)
Ратушный А.В., Недосекина Е.А., Лашин С.А., Турнаев И.И., Владимиров Н.В., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А.
|
Диссертации
| 2010 |
Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов
[Кандидат]
|
|
|
