Алемасов Николай Александрович, к. б. н. В данный момент не является сотрудником института Подразделение: 012. Лаб. компьютерной протеомики Должность: научный сотрудник Комната: 1330 Email: alemasov@bionet.nsc.ru Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1330

Scopus: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=24340952100

Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

17.11.1985

Образование

НГУ – 2008 – специалист (прикладная информатика)

ИЦиГ – 2011 – выпускник аспирантуры (математическая биология, биоинформатика)

ИЦиГ – 2019 – кандидат биологических наук (математическая биология, биоинформатика)

Область научных интересов

Биоинформатика, молекулярное моделирование, параллельное программирование, системное программирование.

Контакты в социальных сетях

Публикации

2022	Computer analysis of the relation between hydrogen bond stability in SOD1 mutants and the survival time of amyotrophic lateral sclerosis patients Alemasov, N. A., Timofeev, V. S., Ivanisenko, N. V., Kolchanov, N. A., & Ivanisenko, V. A. [J MOL GRAPH MODEL]
2021	Correlation of Metabolic Profiles of Plasma and Cerebrospinal Fluid of High-Grade Glioma Patients A. D. Rogachev, N. A. Alemasov, V. A. Ivanisenko, N. V. Ivanisenko, E. V. Gaisler, O. S. Oleshko, S. V. Cheresiz, S. V. Mishinov, V. V. Stupak, A. G. Pokrovsky [Metabolites]
2020	Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain. Anna S. Pavlova, Georgii D. Ozhegov, Georgij P. Arapidi, Ivan O. Butenko, Eduard S. Fomin, Nikolai A. Alemasov, Dmitry A. Afonnikov, Dina R. Yarullina, Vadim T. Ivanov, Vadim M. Govorun, Airat R. Kayumov [PROTEIN J]
	Learning the changes of barnase mutants thermostability from structural fluctuations obtained using anisotropic network modeling Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A.Ivanisenko [J MOL GRAPH MODEL]
2019	Improved regression model to predict an impact of SOD1 mutations on ALS patients survival time based on analysis of hydrogen bond stability Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Bhupesh Taneja, Vibha Taneja, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko [J MOL GRAPH MODEL]
2018	Molecular mechanisms underlying the impact of mutations in SOD1 on its conformational properties associated with amyotrophic lateral sclerosis as revealed with molecular modelling Nikolay A. Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko [BMC STRUCT BIOL]
	Компьютерное предсказание патогенных свойств мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А. [Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
2017	Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds. Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. [J MOL GRAPH MODEL]
2016	Dynamic properties of SOD1 mutants can predict survival time of patients carrying familial amyotrophic lateral sclerosis Nikolay A. Alemasova, Nikita V. Ivanisenko, Sergey P. Medvedev, Suren M. Zakian, Nikolay A. Kolchanov & Vladimir A. Ivanisenko [Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
2015	Interaction sorting method for molecular dynamics on multi-core SIMD CPU architecture Matvienko S., Alemasov N., and Fomin E. [Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
	Structural and dynamic properties of mutant SOD1 proteins associated with amyotrophic lateral sclerosis Alemasov, N. A., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
2014	Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov [BMC STRUCT BIOL]
	Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2012	A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software E.S. Fomin, N.A. Alemasov [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN Фомин Э.С., Алемасов Н.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии Алемасов Н.А., Фомин Э.С. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда Фомин Э.С., Алемасов Н.А. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
2010	Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i Алемасов Н.А., Фомин Э.С. [Вычислительные технологии]
2009	Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A. [Lect Notes Comput Sci]
2006	Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э. [BIOPHYSICS]

Монографии

2009	Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture Fomin E.S., Alemasov N.A.

Конференции

2020	EXTRACTION OF SPECTRAL SERIES OF IONS FROM MASS SPECTRA OF PEPTIDES BY METHODS OF INTEGRAL TRANSFORMS AND MACHINE LEARNING Fomin E., Alemasov N., Afonnikov D. [BGRS-2020]
	Interpretation of the features of a linear regression model for predicting the survival time of the amyotrophic lateral sclerosis patients with mutated SOD1 Nikolay Alemasov, Alexandr Shcherbakov, Vladimir Timofeev, Vladimir Ivanisenko [Twelfth International Multiconference BGRS/SB-2020]
	Learning the changes of barnase mutants thermostability from structural fluctuations obtained using anisotropic network modeling Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko [Twelfth International Multiconference BGRS/SB-2020]
	Выделение спектральных серий в тандемных масс спектрах с помощью машинного обучения Фомин Э.С., Алемасов Н. [Международная конференция «Марчуковские научные чтения 2020», МНЧ-2020]
2018	Topological properties of graph of hydrogen bonds forming in SOD1 protein indicate critical regions in its structure N. Alemasov, V. Ivanisenko [Systems Biology of DNA Repair Processes and Programmed Cell Death (SbPCD-2018)]
2017	Раскрытие общих механизмов агрегации мутантов белка SOD1 с помощью эластичного сетевого моделирования Н.А. Алемасов, В.А. Иванисенко [Сателлитный симпозиум «Молекулярно-генетические механизмы патогенеза глаукомы»]
2016	Approach to predicting the solubility/insolubility of E. coli proteins based on their primary structure using sequence normalization and machine learning techniques N.A. Alemasov, N.V. Ivanisenko, K.S. Antonets, A.A. Nizhnikov, V.A. Ivanisenko [BGRS\SB-2016]
2015	Молекулярно-динамическая модель для оценки влияния мутаций в белке на фенотипические признаки организма Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А. [Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)]
	Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А. [Белки и пептиды 2015]
2014	L-MOLKERN software allowing for polarization effects in free energy calculation E.S. Fomin, N.A. Alemasov [BGRS/SB-2014]
	Structural and dynamical properties of SOD1 protein mutants related to familial amyotrophic lateral sclerosis Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko [IB-PAS 2014]
2013	L-MOLKERN software for capturing polarization effects in free energy calculations Fomin E.S., Alemasov N.A. [VII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”]
	МЕТОД СВЯЗАННЫХ ЯЧЕЕК С СОРТИРОВКОЙ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ДЛЯ ВЕКТОРИЗОВАННЫХ РАСЧЕТОВ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕ Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С. [Second International Conference Cluster Computing 'CC 2013']
2012	HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov [The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
	Protein thermal stability study using NAMD on high-performance cluster N.A. Alemasov, E.S. Fomin [8th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2012)]
2011	Исследование масштабируемости алгоритмов поиска ближайших соседей в методе молекулярной динамики Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С. [II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
	Улучшенные алгоритмы расчёта свободной энергии для определения термостабильности белковых комплексов Алемасов Н.А., Фомин Э.С. [II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
2010	Сравнительный анализ производительности процессоров PowerXCell8i и Intel X7560 на примере задач молекулярной динамики Фомин Э.С., Н.А. Алемасов, С.А.Матвиенко [Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах HPC2010, Материалы X Международной конференции, г.Пермь, 1-3 ноября, 2010 г.]
2009	Алгоритм расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i. SPE-центричная модель Алемасов Н.А., Фомин Э.С. [Девятая международная конференция-семинар "Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах", Владимирский государственный университет им. А.Г. и Н.Г. Столетовых, Владимир, 2–3 ноября 2009 года]
	Использование архитектуры Cell/B.E. для ускорения выполнения пакета молекулярного моделирования MOLKERN Алемасов Н.А. [XVI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов", Москва, 14-17 апреля 2009]
2008	OpenMP+MPI parallel implementation of the «MOLKERN» molecular modelling software package Алемасов Н.А., Фомин Э.С. [6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
	Параллельная реализация программного комплекса молекулярного моделирования "MOLKERN" с использованием OpenMP Алемасов Николай Александрович [Технологии Microsoft в теории и практике программирования, Конференция-конкурс работ студентов, аспирантов и молодых ученых, Новосибирск, Академгородок]
2007	MOLKERN as new effective engine for drug discovery software Fomin E.S., Alemasov N.A., Chirtsov A.S., Fomin A.E. [4th International Symposium Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (CMTPI-2007)]
	Параллельная реализация задач молекулярного докинга и виртуального скрининга Алемасов Николай Александрович, Фомин Эдуард Станиславович [IV Российская-германская школа по параллельным вычислениям на высокопроизводительных вычислительных системах, Новосибирск]

Гранты

2019	Влияние мутаций на макроскопические свойства белков: теоретическое исследование механизмов с помощью методов молекулярного моделирования Алемасов Николай Александрович, Иванисенко Никита Владимирович
2017	Оценочная функция ранжирования результатов молекулярного докинга и ее применение для дизайна ингибиторов дигидродипиколинат синтазы (DapA) из Mycobacterium tuberculosis и супероксиддисмутазы (SOD1), ассоциированной с боковым амиотрофическим склерозом человека Сайк Ольга Владимировна Иванисенко Тимофей Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Иванисенко Никита Владимирович Иванисенко Владимир Александрович (Р) Алемасов Николай Александрович
2012	Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ» Подколодный Николай Леонтьевич Колчанов Николай Александрович Фомин Эдуард Станиславович Алемасов Николай Александрович Казанцев Федор Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Гунбин Константин Владимирович Генаев Михаил Александрович Вишневский Олег Владимирович
2011	Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии Подколодный Николай Леонтьевич Фомин Эдурд Станиславович Алемасов Николай Александрович

Патенты

2020	Программа предсказания аминокислотных замен, модулирующих активность и стабильность, в белках семейства протеиназ К (ПАКЗАС/PAASAS) Иванисенко Н.В., Алемасов Н.А., Иванисенко В.А.

Диссертации

2019	Компьютерный анализ связи между конформационными свойствами мутантных форм белка SOD1 и боковым амиотрофическим склерозом с использованием методов молекулярного моделирования [Кандидат]