 |
|
|
Вишневский Олег Владимирович, к. б. н.
|
Scopus: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=6602612061РИНЦ: https://elibrary.ru/author_items.asp?authorid=81753&pubrole=100&show_refs=1&show_option=0Гугл-академия: https://scholar.google.ru/citations?view_op=list_works&hl=ru&hl=ru&user=nU-mZmYAAAAJ&pagesize=80Индекс WOS: https://www.webofscience.com/wos/author/record/KHE-4161-2024Персональная информацияРабочий адрес
Г. Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия
Публикации
| 2024 |
Peak Scores Significantly Depend on the Relationships between Contextual Signals in ChIP-Seq Peaks.
Vishnevsky OV, Bocharnikov AV, Ignatieva EV.
[INT J MOL SCI]
|
| 2023 |
The context signals
of mitochondrial miRNAs (mitomiRs) of mammals
O.V. Vishnevsky, P.S. Vorozheykin, I.I. Titov
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression
Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ.
Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2019 |
Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах дифференциально экспрессирующихся генов AGRP нейронов гипоталамуса мыши в ответ на голодание
А. В. Бочарников, Е. В. Игнатьева, О. В. Вишневский
[Вестник СибГУТИ]
|
| 2018 |
ARGO_CUDA: EXHAUSTIVE GPU BASED APPROACH FOR MOTIF DISCOVERY IN LARGE DNA DATASETS
Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
| 2016 |
The Use of Graphics Accelerators to Detect Functional Signals in the Regulatory Regions of Prokaryotic Genes
O. V. Vishnevsky, A. V. Bocharnikov, and A. A. Romanenko.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2015 |
Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters.
Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах генов прокариот.
1. Вишневский О.В., Бочарников А.В., Романенко А.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
АНАЛИЗ КОГНИТИВНЫХ СВОЙСТВ НЕЙРОННЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МЕТОДОВ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ОБРАТНОЙ СВЯЗИ
О.В. Вишневский, Н.И. Путинцев, Т.А. Запара, А.С. Ратушняк
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов
М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
РАЗРАБОТКА ИСКУССТВЕННЫХ КОГНИТИВНЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МОДЕЛЕЙ МОЗГА ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ
Н.И. Путинцев, О.В. Вишневский, Е.Е. Витяев
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution
Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA
[Frontiers in Genetics]
|
|
SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА
Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования
Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2010 |
Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих
О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков
[Вестник МГУ]
|
| 2009 |
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ
Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2006 |
Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites
O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov
[BIOPHYSICS]
|
|
Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana
Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М.
[BIOPHYSICS]
|
| 2004 |
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот.
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный
[Molecular Biology]
|
| 1999 |
Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences
Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS
[BIOINFORMATICS]
|
| 1997 |
TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences
Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E.
[Lect Notes Comput Sci]
|
| 1996 |
Олигонуклеотидные словари изофункциональных семейств генов, кодирующих белок
Колчанов Н.А., Бабенко В.Н., Вишневский О.В., Кель А.Э.
[Doklady Akademii Nauk]
|
| 1995 |
Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application.
Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN
[Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol]
|
Монографии
| 2012 |
Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
|
| 2011 |
Analysis of the Conservative Motifs in Promoters of miRNA Genes, Expressed in Different Tissues of Mammalians
O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V. Bocharnikov, and E.V. Berezikov
|
| 2008 |
Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.
|
|
Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами.
Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.
|
Конференции
| 2019 |
Context analysis of the core promoter region of mouse genes differently expressed in hypothalamic energy-sensing neurons in response to weight-loss.
Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Efimov V.M., Ignatieva E.V.
[Proceedings of 9-th Moscow Conference on Computational Molecular Biology]
|
| 2016 |
Argo-CUDA: a full-exhaustive GPU based approach for a motif discovery in the large DNA datasets.
O.V. Vishnevsky, A.V. Bocharnikov, N.A. Kolchanov
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology]
|
|
Search for regulatory context signals in genomic DNA
E.E.Vityaev, A.I.Dergilev, I.V.Chadaeva, Y.Y.Vaskin, A.M.Spitsina, E.V.Kulakova, O.V.Vishnevsky, Y.L.Orlov
[XVIII Международная научно-техническая конференция Нейроинформатика 2016]
|
|
TATA-Box AND BRAIN GENES NORM OF REACTION
Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Gunbin K.V., Ponomarenko P.M., Vishnevsky O.V.
[CSGB-2016]
|
| 2015 |
TATA-BOX AS GENOME WIDE VARIABILITY VARIATOR
M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, K.V. Gunbin, P.M. Ponomarenko, O.V. Vishnevsky, N.A. Kolchanov
[IV международная Конференция, посвященная Н.В.Тимофееву-Ресовскому “Современные проблемы генетики, радиобиологии, радиоэкологии и эволюции”]
|
| 2013 |
Биоинформационный анализ экспрессии генов в клетках мозга
Орлов Ю.Л., Вишневский О.В., Витяев Е.Е., Кожевникова О.С., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[«Нейроинформатика-2013», XV Всероссийская научно-техническая конференция]
|
| 2012 |
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
The enigmatic nature of the relation between TBP/TATA-affinity and the reaction norm of gene expression
P.M. Ponomarenko, V.V. Suslov, O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
|
|
Variability of gene expression in mouse brain depends on predicted tbp-affinity of its core promoter
Вишневский Олег Владимирович
[EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY BGRS\SB’12]
|
| 2010 |
Analysis of the conservative motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians
O.V.Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V.Bocharnikov, E.V. Berezikov
[Evolutionary Biology Concepts, Molecular and Morphological Evolution]
|
|
Analysis of the degenerate motifs in 5’- regulatory regions of brain-specific miRNA genes of primates
Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V.
[Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference "Molecular Phylogenetics" (Moskow, Russia, May 18-21, 2010)]
|
|
Analysis of the degenerate motifs in promoters of auxin responsive genes
Вишневский Олег Владимирович Миронова Виктория Владимировна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
Analysis of the degenerate motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians
Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V.
[14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles]
|
|
Analysis of the degenerate motifs in regions of FoxA-binding sites.
Вишневский Олег Владимирович Меркулова Татьяна Ивановна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
|
|
Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих
О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, А.В.Романенко.
[Научная конференция-совещание "Вычисления с использованием графических процессоров в биологии и биоинформатике" 24-25 мая 2010 г., Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова.]
|
| 2007 |
Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization
Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V
[Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow]
|
| 2006 |
Analysis of the nucleotide context of higher plant mitochondrial mRNA editing sites
Vishnevsky O.V., Konstantinov Yu.M.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
Identification of arabidopsis thaliana micrornas among mpss signatures
Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Vishnevsky O.V., Savinskaya S.A, Omelyanchuk N.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
Гранты
| 2015 |
Анализ генетических полиморфизмов адаптации к окружающей среде и диабета II типа у монгольских бурят
Бабенко Владимир Николаевич, Вишневский Олег Владимирович, Медведева Ирина Вадимовна, Орлов Юрий Львович, Посух Ольга Леонидовна, Сафронова Наталья Сергеевна, Китайские партнеры - Проф. Минг Чен, Проф. Хайхуа Бай
|
| 2012 |
Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ»
Подколодный Николай Леонтьевич Колчанов Николай Александрович Фомин Эдуард Станиславович Алемасов Николай Александрович Казанцев Федор Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Гунбин Константин Владимирович Генаев Михаил Александрович Вишневский Олег Владимирович
|
| 2011 |
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович
|
|
Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток
Орлов Юрий Львович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Вишневский Олег Владимирович, Пономаренко Михаил Павлович
|
| 2010 |
Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных
Дымшиц Г.М., Меркулова Т.И., Раушенбах И.Ю., Кочетов А.В., Грунтенко Н.Е., Попова Н.А., Адоньева Н.В., Васильев Г.В., Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Антонцева Е.В., Пахарукова М.Ю., Карпова Е.К., Богомолова Е.В., Иванов М.К., Федосеева Л.А., Ощепков Д.Ю., Шарипов Р.Н., Глушков С.А., Ведерников В.Е., Брызгалов Л.О., Климова Н.В., Сангаев С.С., Волкова О.А., Ершов Н.И., Герасимова С.В., Брагин А.Г., Прасолова М.А., Рязанова М.А., Прокопьев Р.А., Горелова В.В., Савельева А.В., Попов Е.Г., Шевелев О.Б., Климов Л.О.
|
| 2008 |
Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana
Колчанов Н.А. , Омельянчук Н.А., н.с. Николаев С.В., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Хомичева И.В., Миронова В.В., Лавреха В.В.
|
| 2006 |
Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК
Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич Вишневский Олег Владимирович
|
| 2005 |
Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом
Левицкий Виктор Георгиевич Вишневский Олег Владимирович Проскура Анна Леонидовна Катохин Алексей Вадимович Фурман Дагмара Павловна Подколодная Ольга Александровна Пономаренко Михаил Павлович Орлов Юрий Львович
|
Научное руководство
| 2010 |
Разработка программного пакета для анализа сходства регуляторных районов ткань-специфичных генов
Павловский Е.Н.
[Бочарников]
|
Учебные курсы
| 2018 |
Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)
Игнатьева Е.В., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю.
|
| 2017 |
Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)
Игнатьева Е.В., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю.
|
| 2003 |
Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)
|
|
|
