 |
 |
|
Система учета научной деятельности (ASSA) |
|
|
|
 |
|
 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Cектор биоинформатики и информационных технологий в генетике (т.137)Лаборатория молекулярно-генетических систем (т.13)
Научные результаты Сотрудники Азарова Дарья Сергеевна [младший научный сотрудник] Бочарникова Мария Евгеньевна [младший научный сотрудник] Золотарёва Карина Алексеевна [младший научный сотрудник] Иванов Роман Артемович [младший научный сотрудник] Каретников Дмитрий [младший научный сотрудник] Клименко Александра Игоревна [научный сотрудник] Кожекин Михаил Викторович [младший научный сотрудник] Лахова Татьяна Николаевна [младший научный сотрудник] Маслакова Ангелина Александровна [младший научный сотрудник] Пронозин Артем Юрьевич [младший научный сотрудник] Радица Владимир Вячеславович [младший научный сотрудник] Рыбаков Максим Александрович [младший научный сотрудник] Бывшие сотрудникиВибе Даниил СтаниславовичНовикова Дарья Дмитриевна Савина Мария Сергеевна Убогоева Елена Вячеславовна Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода: 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты
|
| 2024 | Biocontrol Potential of the New Codling Moth Granulovirus (CpGV) Strains Aleksandra A. Tsygichko, Anzhela M. Asaturova, Tatiana N. Lakhova, Alexandra I. Klimenko, Sergey A. Lashin and Gennady V. Vasiliev Microorganisms, 2024
|
| Age Prediction Using DNA Methylation Heterogeneity Metrics Dmitry I. Karetnikov, Stanislav E. Romanov, Vladimir P. Baklaushev, Petr P. Laktionov INT J MOL SCI, 2024, 25(9):4967
|
|
| AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
|
|
| Analysis of the effects of the Vrn-1 and Ppd-1 alleles on adaptive and agronomic traits in common wheat (Triticum aestivum L.) Plotnikov K.O., Klimenko A.I., Ovchinnikova E.S., Lashin S.A., Goncharov N.P. Plants, 2024, Vol. 13(11). P. 1453
|
|
| Assembly and Genome Annotation of Different Strains of Apple Fruit Moth Virus (Cydia pomonella granulovirus) Tatiana N. Lakhova, Aleksandra A. Tsygichko, Alexandra I. Klimenko, Vladimir Y. Ismailov, Gennady V. Vasiliev, Anzhela M. Asaturova, Sergey A. Lashin INT J MOL SCI, 2024
|
|
| Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data Vladimir V. Raditsa, Anton V. Tsukanov, Anton G. Bogomolov, Victor G. Levitsky NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6(3), lqae090
|
|
| New Cydia pomonella granulovirus strain with high entomopathogenic activity Aleksandra A. Tsygichko, Anzhela M. Asaturova, Gennady V. Vasiliev, Alexandra I. Klimenko, Sergey A. Lashin, Tatiana N. Lakhova Microbiol Resour Announc, 2024
|
|
| 2023 | Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato
Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Gennady V. Vasiliev, Stepan V. Toshchakov, Nikolay A. Shmakov, Mikhail A. Genaev, Mikhail A. Nesterov, Salmaz M. Ibragimova, Daniil A. Rybakov, Tatjana A. Gavrilenko, Elena A. Salina, Maxim V. Patrushev, Alex V. Kochetov and Dmitry A. Afonnikov INT J MOL SCI, 2023, v. 24, p. 5713
|
| Trait-Based Method of Quantitative Assessment of Ecological Functional Groups in the Human Intestinal Microbiome Andrew I. Kropochev, Sergey A. Lashin, Yury G. Matushkin, Alexandra I. Klimenko Biology, 2023, Т. 12. № 1. С. 115.
|
|
| Antitumor efficacy of multi-target in situ vaccinations with CpG oligodeoxynucleotides, anti-OX40, anti-PD1 antibodies, and aptamers Proskurina AS, Ruzanova VS, Ritter GS, Efremov YR, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Fokina AA, Zatsepin TS, Stetsenko DA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS J Biomed Res, 2023
|
|
| Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
|
|
| WAX INDUCER 1 Regulates β-Diketone Biosynthesis by Mediating Expression of the Cer-cqu Gene Cluster in Barley Gerasimova, S.V.; Kolosovskaya, E.V.; Vikhorev, A.V.; Korotkova, A.M.; Hertig, C.W.; Genaev, M.A.; Domrachev, D.V.; Morozov, S.V.; Chernyak, E.I.; Shmakov, N.A.; Vasiliev, G.V.; Kochetov, A.V.; Kumlehn, J.; Khlestkina, E.K. INT J MOL SCI, 2023, 24, no. 7: 6762
|
|
| Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
|
|
| РАЗВИТИЕ ИДЕИ Н.К. КОЛЬЦОВА О ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ОРГАНИЗАЦИИ
МЕЖДИСКОВ ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМ DROSOPHILA MELANOGASTER И. Ф. Жимулев, Т. Ю. Ватолина, В. Г. Левицкий, Т. Д. Колесникова, А. В. Цуканов Онтогенез, 2023, том 54, № 2, с. 172–175
|
|
| ICAnnoLncRNA: A Snakemake Pipeline for a Long Non-Coding-RNA Search and Annotation in Transcriptomic Sequences Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Genes, 2023, 14(7), 1331
|
|
| База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806.
|
|
| Лабораторные информационные системы для управления исследовательскими работами в биологии А.М. Мухин, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
|
|
| Развитие сибирской школы
математической (системной) биологии Н.А. Колчанов, С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Ю.Г. Матушкин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, 2023;9(4):185-191. DOI 10.18699/LettersVJ-2023-9-21
|
|
| GBS-DP: биоинформатический конвейер для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования А.Ю. Пронозин, Е.А. Салина, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):737-745
|
|
| Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
|
|
| Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
|
|
| Внутриопухолевая гетерогенность: модели возникновения и эволюции злокачественных опухолей Р.А.Иванов С.А.Лашин Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
|
|
| Молекулярные механизмы оптимизации элонгации трансляции существенно различаются у бактерий, имеющих и не имеющих кластеры генов биосинтеза нерибосомных пептидов А. И. Клименко, С. А. Лашин, Н. А. Колчанов, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин Молекулярная биология, 2023, том 57, № 2, с. 155–165
|
|
| Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus Korenskaia A.Y., Matushkin Y.G., Mustafin Z.S., Lashin S.A., Klimenko A.I. Biology, 2023, 12(10):1338
|
|
| A New Visualization and Analysis Method for a Convolved Representation of Mass Computational Experiments with Biological Models Klimenko A.I., Vorobeva D.A., Lashin S.A. Mathematics, 2023, Vol. 11, № 12. P. 2783
|
|
| Расстройства аутистического спектра: в поисках призмы для разделения на отдельные подтипы Трифонова Е.А., Пащенко А.А., Лашин С.А. Природа, 2023, 04, 14-20
|
|
| Регуляция экспрессии генов, или Что заставляет гены работать А.А. Маслакова, В.А. Долгих, Е.В. Землянская Природа, 2023, No10 (1298) ОКТЯБРЬ 2023, с. 13-18
|
|
| RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806
|
|
| 2022 | Bioinformatic Assessment of Factors Affecting the Correlation between Protein Abundance and Elongation Efficiency in Prokaryotes Aleksandra E. Korenskaia, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin, Alexandra I. Klimenko INT J MOL SCI, 2022, Т. 23. № 19. С. 11996.
|
| ICBrainDB: An Integrated Database for Finding Associations between Genetic Factors and EEG Markers of
Depressive Disorders Роман Иванов; Федор Казанцев; Евгений Заварзин; Александра Клименко; Наталья Милахина; Юрий Матушкин; Александр Савостьянов; Сергей Лашин. J. Pers. Med, 2022, 12(1), 53
|
|
| Abnormal mTOR Activity in Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric and MIA-Associated Autism Spectrum Disorders Ekaterina A. Trifonova, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2022, 23, 967
|
|
| Agent‐Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population Georgii P. Romanov , Anna A. Smirnova , Vladimir I. Zamyatin, Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Vera G. Pshennikova, Fedor M. Teryutin, Aisen V. Solovyev, Sardana A. Fedorova, Olga L. Posukh, Sergey A. Lashin and Nikolay A. Barashkov Biology, 2022, Biology 2022, 11, 257. https://doi.org/10.3390/biology11020257
|
|
| Features of activity of the phenylpropanoid biosynthesis pathway in melanin-accumulating barley grains Anastasiia Y. Glagoleva, Alexander V. Vikhorev, Nikolay A. Shmakov, Sergey V. Morozov, Elena I. Chernyak, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Elena K. Khlestkina, Olesya Y. Shoeva Frontiers in Plant Science, 2022
|
|
| Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin INT J MOL SCI, 2022, 23, 8981
|
|
| CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V Frontiers in Plant Science, 2022, 13:942710
|
|
| QTL Analysis for Bread Wheat Seed Size, Shape and Color
Characteristics Estimated by Digital Image Processing Mian Abdur Rehman Arif, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Nikolay A. Shmakov, Andreas Börner and Dmitry A. Afonnikov Plants, 2022, v. 11, article 2105.
|
|
| Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. INT J MOL SCI, 2022, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(20), 12269
|
|
| Method for the Isolation of “RNA-seq-Quality” RNA from Human Intervertebral Discs after Mortar And Pestle Homogenization Artemii A. Ivanov, Olga N. Leonova, Daniil S. Wiebe, Alexsandr V. Krutko, Mariya M. Gridina, Veniamin S. Fishman, Yurii S. Aulchenko, Yakov A. Tsepilov, Tatiana S. Golubeva Cells, 2022
|
|
| Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin Mathematics, 2022
|
|
| Easy and Effective Method for Extracting and Purifying Wolbachia Genomic DNA Andreenkova O.V., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Korenskaia A.E., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15315
|
|
| New Wolbachia pipientis Genotype Increasing Heat Stress Resistance of Drosophila melanogaster Host Is Characterized by a Large Chromosomal Inversion Korenskaia A.E., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Andreenkova O.V., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(24), 16212
|
|
| Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 8, 26, 798-805
|
|
| Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
|
|
| 2021 | CROP PANGENOMES A.Yu. Pronozin, M.K. Bragina , E.A. Salina Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
|
| Автоматическое фенотипирование морфологии колоса
тетра- и гексаплоидных видов пшеницы методами компьютерного зрения А.Ю. Пронозин, А.А. Паулиш, Е.А. Заварзин, А.Ю. Приходько, Н.М. Прохошин, Ю.В. Кручинина, Н.П. Гончаров, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):00-00
|
|
| Automatic morphology phenotyping of tetra- and hexaploid wheat spike using computer vision methods A.Yu. Pronozin, A.A. Paulish, E.A. Zavarzin, A.Yu. Prikhodko, N.M. Prokhoshin, Yu.V. Kruchinina, N.P. Goncharov, E.G. Komyshev, M.A. Genaev Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
|
|
| Пангеномы сельскохозяйственных растений Пронозин А.Ю., Брагина М.К., Салина Е.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021;25(1):57-63
|
|
| Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2 А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):7-17.
|
|
| Технологии поиска и исследования
потенциально осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
|
|
| The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
|
|
| Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova CURR OPIN PLANT BIOL, 2021, 63, 102058
|
|
| Do Autism Spectrum and Autoimmune Disorders Share Predisposition Gene Signature Due to mTOR Signaling Pathway Controlling Expression? Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2021, 22(10), 5248
|
|
| Рибосомное профилирование как инструмент исследования трансляции у растений: основные итоги, проблемы и перспективы Афонников, Д. А., Синицына, О. И., Голубева, Т. С., Шмаков, Н. А., Кочетов, А. В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 251-259
|
|
| Вироид веретеновидности клубней картофеля Кочетов, А. В., Пронозин, А. Ю., Шацкая, Н. В., Афонников, Д. А., Афанасенко, О. С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 269-275
|
|
| NLR Genes Related Transcript Sets in Potato Cultivars Bearing Genetic Material of Wild Mexican Solanum Species Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Antonova O.Y., Shatskaya N.V., Glagoleva A.Y., Ibragimova S.M., Khiutti A., Afanasenko O.S., Gavrilenko T.A. Agronomy, 2021, v. 11, P. 2426
|
|
| Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS ANTICANCER RES, 2021, V. 41. N 7. P. 3371-3387
|
|
| Улучшение качества сборки de novo транскриптомов ячменя на основе гибридного подхода для линий с изменениями окраски колоса и стебля Шмаков Николай Александрович Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):30-38
|
|
| Комплексный анализ влияния аллельного полиморфизма 5-HTTLPR на поведенческие и нейрофизиологические показатели исполнительного контроля у людей из разных этнических групп в Сибири А.Н. Савостьянов, Д.В. Базовкина, С.А. Лашин, С.С. Таможников, А.Е. Сапрыгин, Т.Н. Астахова, У.Н. Кавай-оол, Н.В. Борисова, А.Г. Карпова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, Т.25(5), С.593-602.
|
|
| Leave or Stay: Simulating Motility and Fitness of Microorganisms in Dynamic Aquatic Ecosystems Alexandra Klimenko, Yury Matushkin, Nikolay Kolchanov, Sergey Lashin Biology, 2021, V10, N 10, P. 1019
|
|
| Mechanisms of stress response in the root stem cell niche Elena V Ubogoeva, Elena V Zemlyanskaya, Jian Xu, Victoria Mironova J EXP BOT, 2021
|
|
| Meet your MAKR: the membrane-associated kinase regulator protein family in the regulation of plant development D.D. Novikova, A.L. Korosteleva,V. Mironova,Y. Jaillais FEBS J, 2021
|
|
| 2020 | Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. No 2. С. 455–470
|
| PlantLayout – программное средство для моделирования распределения веществ в тканях различной структуры Савина М.С., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020
|
|
| Specification and regulation of vascular tissue identity in the Arabidopsis embryo Margot E. Smit, Cristina I. Llavata-Peris, Mark Roosjen, Henriette van Beijnum, Daria Novikova, Victor Levitsky, Iris Sevilem, Pawel Roszak, Daniel Slane, Gerd Jürgens, Victoria Mironova, Siobhan M. Brady, Dolf Weijers DEVELOPMENT, 2020, 147(8):dev186130
|
|
| Анализ цветовых и текстурных характеристик зерен злаков на цифровых изображениях Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 4, с. 340-347
|
|
| Использование гиперспектральной камеры Specim IQ
для анализа растений В.В. Альт, Т.А. Гурова, О.В. Елкин, Д.Н. Клименко, Л.В. Максимов, И.А. Пестунов, О.А. Дубровская, М.А. Генаев, Т.В. Эрст, К.А. Генаев, Е.Г. Комышев, В.К. Хлесткин, Д.А. Афонников Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, т. 24, № 3, с. 259-266
|
|
| Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis Alejandra Freire-Rios, Keita Tanaka, Isidro Crespo, Elmar van der Wijk, Yana Sizentsova, Victor Levitsky, Simon Lindhoud, Mattia Fontana, Johannes Hohlbein, D. Roeland Boer, Victoria Mironova, and Dolf Weijers P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117 (39) 24557-24566
|
|
| Meta-Analysis of Transcriptome Data Detected New Potential Players in Response to Dioxin Exposure in Humans Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Victoria Mironova and Nikolay Kolchanov INT J MOL SCI, 2020
|
|
| Quantifying Drosophila adults with the use of a smartphone Evgenia K. Karpova, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Natalya V. Adonyeva, Dmitry A. Afonnikov, Margarita A. Eremina, Nataly E. Gruntenko Biology Open, 2020, 9: bio054452
|
|
| First person – Evgeniya Karpova and Evgenii Komyshev Evgeniya Karpova, Evgenii Komyshev Biology Open, 2020, 9: bio056622
|
|
| A Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived
Isogenic Model of Huntington’s Disease Based on
Neuronal Cells Has Several Relevant
Phenotypic Abnormalities Tuyana Malankhanova, Lyubov Suldina, Elena Grigor'eva, Sergey Medvedev, Julia Minina, Ksenia Morozova, Elena Kiseleva, Suren Zakian, Anastasia Malakhova J. Pers. Med, 2020
|
|
| Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы
и воспоминания М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 2020, 6(4):193-198
|
|
| The mechanism of potato resistance to
Globodera rostochiensis: comparison of root
transcriptomes of resistant and susceptible
Solanum phureja genotypes Alex V. Kochetov, Anastasiya A. Egorova, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko and Tatjana A. Gavrilenko BMC PLANT BIOL, 2020, 20(Suppl 1):350
|
|
| В.А. Лихошвай: учитель, ученый, собеседник Клименко А.И. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 6(4):199-200
|
|
| 2019 | Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. ECOL MODEL, 2019, V 399, p.66-76
|
| Оценка количественных характеристик клубнеобразования
дикого картофеля на основе анализа изображений клубней
с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала, Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 2019. Онлайн.
|
|
| Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities Иванов Роман Артемович Замятин Владимир Клименко Александра Игоревна Матушкин Юрий Георгиевич Савостьянов Александр Николаевич Лашин Сергей Александрович Genes, 2019
|
|
| The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2019, Int. J. Mol. Sci. 2019, 20(24), 6332;
|
Монографии
| 2021 | The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Mukhin A. M., Kazantsev F.V., Klimenko A.I., Lakhova T.N., Demenkov P.S., Lashin S.A.
|
Конференции
| 2024 | Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato Cultivars Grown in Russia Karetnikov D.I., Vasiliev G.V., Toshchakov S.V., Shmakov N.A., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Rybakov D.A., Gavrilenko T.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
|
| Testing CAPS-markers designed on partially phased assembly of autotetraploid Solanum tuberosum genome Larichev K., Sergeeva E., Karetnikov D., Afonnikov D., Salina E., Kochetov A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
|
|
| Assembly and Analysis of Plastomes for 30 Potato Cultivars Grown in Russia Karetnikov D.I., Salina E.A., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. The 14th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024)
|
|
| Mathematical modeling of the
regulation of NCgl2816-lldD,
brnEF, vanABK and mtlTD
operons in Corynebacterium
glutamicum Lakhova T., Kazantsev F., Khlebodarova T., Matushkin Yu., Lashin S. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
|
|
| Genome analysis of novel strains of Cydia
pomonella granulovirus from Russia Lakhova T., Klimenko A., Tsygichko A., Ismailov V., Vasiliev G., Asaturova A., Lashin S. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
|
|
| Исследование вариаций и структуры генома сортов картофеля Solanum tuberosum, выращиваемых в России Д.И. Каретников, Г.В. Васильев, С.В. Тощаков, Н.А. Шмаков, М.А. Генаев, М.А. Нестеров, С.М. Ибрагимова, Д.А. Рыбаков, Т.А. Гавриленко, Е.А. Салина, М.В. Патрушев, А.В. Кочетов, Д.А. Афонников INTERNATIONAL CONGRESS “VIII Congress of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders, Dedicated to the 300th Anniversary of Russian Science and Higher Education”
|
|
| Исследование хозяйственной ценности генов, контролирующих синтез меланинов в колосе ячменя (Hordeum vulgare L.) Шоева О.Ю., Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Вихорев А.В., Молобекова К.А., Кукоева Т.В., Морозов С.В., Черняк Е.И., Хлесткина Е.К. 7-ая Международная конференция «Генофонд и селекция растений», посвященной 95-летию академика РАН П.Л. Гончарова
|
|
| Поиск и анализ длинных некодирующих РНК в масштабах пан-транскриптома кукурузы. Пронозин Артем Юрьевич Афонников Дмитрий Аркадьевич VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы
|
|
| Bioinformatics of transcription processes:
TATA boxes of eukaryotic gene Золотарёва К, Подколодный Н, Рассказов Д, Чадаева И, Шарыпова Е, Пономаренко П, Богомолов А, Пономаренко М, Савинкова Л, Колчанов Н. А. VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы
|
|
| A software package to assess the metabolic potential of mutant strains of the Corynebacterium glutamicum Kazantsev F.V., Trofimova M.F., Sheremetieva M.E., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
|
|
| Software package for analysis of regulatory circuits of bacterial metabolic pathways by mathematical modeling methods Kazantsev F.V., Lakhova T.N., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
|
|
| Анализ адаптационно‑значимого для хозяина штамма wMelPlus эндосимбиотической бактерии Wolbachia и его влияния на транскриптом Drosophila melanogaster О. Д. Шишкина, М. А. Дерюженко, О. В. Андреенкова, М. А. Бобровских, Н. В. Шацкая, Г. В. Васильев, А. И. Клименко, А. Е. Коренская, Н. Е. Грунтенко VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы
|
|
| DyCeModel: a tool for 1D simulation for plant hormones
control of tissue patterning using shoot and root apical
meristems of Arabidopsis thaliana as examples Азарова Дарья Сергеевна, Землянская Елена Васильевна, Лавреха Виктория Вадимовна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Structural variants of EIN3 binding site mediate regulation of distinct biological processes in response to ethylene in Arabidopsis thaliana L. Маслакова Ангелина Александровна, Долгих Владислав Андреевич, Землянская Елена Васильевна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Предсказание и анализ длинных некодирующих РНК на основе пан-транскриптома Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024): The 14th International Multiconference Novosibirsk, 2024
|
|
| Разработка биоинформатического конвейера для обработки данных, полученных методом GBS Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2024): The 14th International Multiconference Novosibirsk, 2024
|
|
| 2023 | Методы математического и компьютерного моделирования в исследование метаболизма L-аминокислот бактерии C. glutamicum Казанцев Ф.В., Трофимова М.Ф., Клименко А.И., Лашин С.А. IX Пущинская конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов»
|
| Исследование молекулярно-генетических и клеточных механизмов синтеза меланина в колосе ячменя (Hordeum vulgare L.) Шоева О.Ю., Глаголева А.Ю., Мурсалимов С.Р., Кукоева Т.В., Шмаков Н.А., Вихорев А.В., Морозов С.В., Черняк Е.И., Хлесткина Е.К. X Съезд общества физиологов растений России «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата»
|
|
| Геномный анализ штаммов-эндофитов рода Bacillus: поиск генов, участвующих в осуществлении антифунгальной активности и взаимодействии с растением Александра Коренская, Cecile Ben, Laurent Gentzbittel, Сергей Лашин, Александра Клименко III Международная конференция «Сохранение и преумножение генетических ресурсов микроорганизмов»
|
|
| CisCross web server: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha V.V., Levitsky V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Mironova V. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023)
|
|
| The ICAnnoLncRNA pipeline for a Long-Non-coding-RNA identification and Annotation in Transcriptomic Data Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
|
|
| Comparison of methods for genotyping peach cultivars Розанова Ирина Вениаминовна, Пронозин Артем Юрьевич, Смыков. Анатолий Владимирович, Месяц Наталья Васильевна, Водясова Екатерина Александровна 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
|
|
| Analysis of the genome structure and its variations in potato cultivars grown in Russia Karetnikov D.I., Vasiliev G.V., Toshchakov S.V., Shmakov N.A., Genaev M.A., Nesterov M.A., Ibragimova S.M., Rybakov D.A., Gavrilenko T.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Afonnikov D.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
|
|
| Филостратиграфический анализ генов онкологических заболеваний человека Иванов Роман Артемович Лашин Сергей Александрович 14th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2023
|
|
| Анализ штамма Wolbachia wMelPlus, повышающего
стрессоустойчивость Drosophila melanogaster Шишкина О.Д., Андреенкова О.В., Шацкая Н.В., Клименко А.И., Коренская А.Е., Грунтенко Н.Е. Всероссийская конференция с международным участием «Дрозофила 2023»
|
|
| Identification of functional transcription factor binding motifs in the Arabidopsis thaliana ChIP-seq data Dolgikh V.A., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023)
|
|
| Выявление спектра функциональных мотивов связывания транскрипционных факторов в ChIP-seq данных Arabidopsis thaliana L. Долгих В.A., Землянская Е.В., Левицкий В.Г. X Съезд общества физиологов растений России. Всероссийская конференция с международным участием: «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата»
|
|
| 2022 | МЕТОД ДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ БАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ ГЕНОМНОЙ ИНФОРМАЦИИ Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин Актуальные аспекты современной микробиологии: XIII молодежная школа-конференция с международным участием
|
| Plant immunity genes of Solanum tuberosum L. cultivars associated with resistance to potato late blight Shmakov N., Kochetov A., Afonnikov D., Vasiliev G., Antonova O., Shatskaya N., Glagoleva A., Ibragimova S., Khiutti A., Afanasenko O., Gavrilenko T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Plant immunity genes of Solanum tuberosum L. cultivars associated with resistance to potato late blight Shmakov N., Kochetov A., Afonnikov D., Vasiliev G., Antonova O., Shatskaya N., Glagoleva A., Ibragimova S., Khiutti A., Afanasenko O., Gavrilenko T. 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Построение транскрипционных регуляторных сетей бактерий на основе найденных факторов транскрипции и их сайтов связывания Лахова Т.Н., Мухин А.М., Ощепков Д.Ю., Лашин С.А. 25-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием «Биология – наука XXI века»
|
|
| Reconstruction of mathematical frame models of bacterial
transcription regulation based on transcriptional regulatory
networks Lakhova T., Kazantsev F., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| On organizing a software platform for seeking
biotechnologically important features in bacteria Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A., Kolchanov N BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Data lake platform of the bacterial strain properties
for microbiology Mukhin A., Demenkov P., Kazantsev F., Lakhova T., Klimenko A., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Evolutionary analysis of gene networks with Orthoweb software Mustafin Z., Mukhin A., Anikin D., Kazantsev F., Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Finding the ways for potential increasing of L-valine
biosynthesis yield in C. glutamicum with mathematical modeling Kazantsev F., Klimenko A., Kropochev A., Trofimova M., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Genetic markers and neurophysiological correlates
of the psychological personality traits among people
from different regions of Siberia Savostyanov A., Tamozhnikov S., Karpova A., Kavai-Ool U., Ivanov A., Kazantsev F., Klimenko A., Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Phylostratigraphic analysis of human cancers
transcriptomic data Ivanov R. Mustafin Z. Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Computer annotation of plant protein sequences
based on sequence similarity and orthology Malyugin E., Mustafin Z., Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| Functional and evolutionary characteristics of the gene network
controlling appetite in mice: lessons from knockout or
knockdown animals Ignatieva E.V., Mustafin Z.S., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| Large scale analysis of the crop transcriptomic data:
analysis of out of the reference transcripts Afonnikov D.A., Genaev M.A., Shmakov N.A., Mustafin Z.S., Mukhin A.M., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| Web-MCOT server for motifs co-occurrence search in ChIP-seq data Victor Levitsky, Alexey Mukhin, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Sergey Lashin BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Massive comparison of the ‘genomic’ and ‘shuffled’ background set generation approaches for efficiency of de novo motif search in A. thaliana ChIP-seq data Raditsa V.V., Tsukanov A.V., Levitsky V.G BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| enRest tool for transcription factor binding sites
overrepresentation analysis in RNA-seq data Tsukanov A.V., Levitsky V.G. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Integration of ChIP-seq and RNA-seq data in structure-function analysis of cis-regulatory elements Dolgikh V., Wiebe D., Levitsky V., Zemlyanskaya E. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| CisCross web service: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators for Arabidopsis thaliana Lavrekha V.V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G. , Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Mironova V.V. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Разработка методов построения математических и компьютерных моделей регуляции экспрессии генов биотехнологически значимых штаммов бактерий Лахова Татьяна Николаевна VII Всероссийский молодежный научный форум "Наука будущего - наука молодых"
|
|
| RECONSTRUCTION AND ANALYSIS OF PANGENOME OF SIBERIAN CULTIVARS OF POTATO SOLANUM TUBEROSUM Toschakov S.V., Gavrilenko T.A., Afonnikov D.A., Salina E.A., Patrushev M.V., Kochetov A.V., Karetnikov D.I., Genaev M.A., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Ibragimova S.M., Vasiliev G.V. III Всероссийская конференция «Высокопроизводительное секвенирование в геномике» (HSG-2022)
|
|
| Synthetic community analysis by the trait-based method
of quantitative assessment of ecological functional groups Kropochev A., Lashin S., Klimenko A. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Integration of transcriptomic, genomic, and proteomic data in order to assess the impact of translation efficiency features on protein abundance for various prokaryotes Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Bioinformatic assessment of factors affecting the correlation between protein abundance and elongation efficiency in prokaryotes Korenskaia A.E., Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Klimenko A.I. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Genome assembly of a new Wolbachia pipientis strain:
a promising source for studying Drosophila melanogaster
endosymbiosis Klimenko A.I., Korenskaia A.E., Shishkina O.D., Andreenkova O.V., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Modelling of eco-evolutionary dynamics in microbial
communities with haploid evolutionary constructor Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| СРАВНИТЕЛЬНЫЙ ГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ ШТАММОВ WOLBACHIA PIPIENTIS, РАЗЛИЧАЮЩИХСЯ ПО ВЛИЯНИЮ НА СТРЕССОУСТОЙЧИВОСТЬ DROSOPHILA MELANOGASTER Шишкина О.Д., Андреенкова О.В., Клименко А.И., Коренская А.Е., Васильев Г.В., Шацкая Н.В., Грунтенко Н.Е. HSG-2022: III Всероссийская конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"
|
|
| Анализ сельскохозяйственных сортов ячменя методом GBS Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Салина Елена Артемовна GeneBio-2022
|
|
| 2021 | Construction of transcriptional regulatory networks based
on found transcription factors and their binding sites
in annotated bacterial genomes Lakhova T.N., Oshchepkov D.Yu., Mukhin A.M., Lashin S.A. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2021) : The 13th International Young Scientists School; Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen School 2021) : Young Scientists School
|
| The method of computer reconstruction of the ecological
structure of intestinal microbiota communities based
on metatranscriptome data Kropochev A., Lashin S.A., Klimenko A.I. SBB-2021 The 13th International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics
|
|
| ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations Kazantsev F.V., Ivanov R.A., Klimenko A.I., Zavarzin E.A., Saprigyn A.E., Lashin S.A. The 20th World Congress of Psychophysiology (IOP2021) . Chengdu, China, Online (September 7-11, 2021)
|
|
| Pan-transcriptomic analysis of Solanum tuberosum NLR genes regulating resistance to Phytophthora infestans Shmakov N.A., Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V. PlantGen2021
|
|
| Computer reconstruction of the ecological structure of intestinal microbiota communities based on high-throughput sequencing data Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020
|
|
| ROLE OF THE ALLELIC POLYMORPHISM OF THE BRAIN NEUROTRANSMITTERS SYSTEMS IN A FORMATION OF PERSONALITY FEATURES OF SOCIAL BEHAVIOR IN PEOPLE, LIVING IN DIFFERENT REGIONS OF SIBERIA AND MONGOLIA Савостьянов Александр Николаевич Лашин Сергей Александрович Клименко Александра Игоревна Таможников Сергей Сергеевич Милахина Наталья Сергеевна Бочаров Андрей В. Ефимов Вадим Михайлович Матушкин Юрий Георгиевич Васильев Геннадий Владимирович Иванов Роман Артемович Князев Геннадий Георгиевич XVII INTERNATIONAL INTERDISCIPLINARY CONGRESS NEUROSCIENCE FOR MEDICINE AND PSYCHOLOGY
|
|
| ICBrainDB: database with EEG activity and associated gene mutations Иванов Роман Артемович Казанцев Федор Владимирович 13 Международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» SBB-2021
|
|
| Design of a new ethylene plant hormone sensor based on genome-wide data analysis of EIN3 transcription factor binding Dolgikh V.A., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y., Zemlyanskaya E. Proceedings of international congress "Biotechnology: State of the art and perspectives" 2021
|
|
| Study of melanin and anthocyanin biosynthesis regulation
in barley grain by transcriptomic analysis of near-isogenic
lines with different pigment composition Vikhorev A.V., Glagoleva A.Yu., Shmakov N.A., Kukoeva T.V., Khlestkina E.K., Shoeva O.Yu. PLANT GENETICS, GENOMICS, BIOINFORMATICS, AND BIOTECHNOLOGY (PLANTGEN2021)
|
|
| WOX5 поддерживает баланс в распределении ауксина между проксимальной и дистальной меристемами корня у Arabidopsis thaliana L. Савина М.С. Омельянчук Н.А. Пастернак Т.П. Миронова В.В. Лавреха В.В. Всероссийская научная конференция с международным участием "Экспериментальная биология растений и биотехнология: история и взгляд в будущее
|
|
| ВЕБ-СЕРВИС WEBMCOT ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СОВМЕСТНО ВСТРЕЧАЕМЫХ ДНК МОТИВОВ В ДАННЫХ CHIP-SEQ МУХИН А.М., ЛЕВИЦКИЙ В.Г., ЛАШИН С.А. ИНСТИТУТ БИОИНФОРМАТИКИ
|
|
| Филотранскриптомный анализ генных сетей сахарного диабета 2 типа МАРТЮШЕВА Т.А., МУСТАФИН З.С., КЛИМОНТОВ В.В., ЛАШИН С.А. САХАРНЫЙ ДИАБЕТ-2021: ОТ МОНИТОРИНГА К УПРАВЛЕНИЮ
|
|
| Построение сетей транскрипционной регуляции бактерий на основе геномной информации Т.Н. Лахова, Д.Ю. Ощепков, А.М. Мухин, С.А. Лашин VIII Международная научно-практическая конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов
|
|
| Identification and structural features
analysis of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology.
|
|
| Identification and structural analysis
of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
|
|
| Prediction, classification and annotation of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич 6th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding (CBB6)
|
|
| Identification and classification of long noncoding RNAs Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Марчуковские научные чтения – 2021.
|
|
| МОДЕЛИРОВАНИЕ ИЗМЕНЕНИЙ ПРИСПОСОБЛЕННОСТИ
И ПОДВИЖНОСТИ МИКРООРГАНИЗМОВ
В ИЗМЕНЯЮЩИХСЯ ВОДНЫХ ЭКОСИСТЕМАХ Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития.
|
|
| The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Aleksey M. Mukhin , Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, and Sergey A. Lashin International Conference on Parallel Computing Technologies
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ФИТОГОРМОНОВ В ОБНОВЛЕНИИ КЛЕТОК КОРНЕВОГО ЧЕХЛИКА У ARABIDOPSIS THALIANA Убогоева Е.В., Землянская Е.В. Мульти-школа "SBB-2021 & PlantGen School 2021"
|
|
| Метод компьютерной реконструкции экологической структуры сообществ
кишечной микробиоты на основе данных высокопроизводительного
секвенирования Кропочев Андрей Игоревич, Клименко Александра Игоревна Конференция «Ломоносов 2021»
|
|
| Genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites guides engineering of new ethylene sensor Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. 31st International Conference on Arabidopsis research (ICAR 2021-Virtual)
|
|
| Structural and functional characterization of transcription factor binding sites: from bioinformatics to hormone biosensors Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. The 6th International Scientific Conference Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2021)
|
|
| In silico design of new ethylene sensors in plants based on genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites Dolgikh V.A., Levitsky V. G., Oshchepkov D. Y., Zemlyanskaya E. V. International Conference Marchuk Scientific Readings 2021
|
|
| 2020 | Разработка алгоритмов для нахождения факторов транскрипции и их сайтов связывания в аннотированных бактериальных геномах Лахова Т.Н., Ощепков Д.Ю., Мухин А.М., Лашин С.А. 12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020
|
| FoldGO - программный комплекс для выявления фолд-специфичных ГО категорий в данных транскриптомных экспериментов Вибе Д.С., Мухин А.М., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. Симпозиум Биофизика сложных систем. Вычислительная и системная биология. Молекулярное моделирование”
|
|
| The algorithm for finding potentially oscillating behavior in enzymatic systems Lakhova T.N., Kazantsev F.V, Matushkin Yu.G., Lashin S.A. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Exploring interaction between metabolic pathways involved in pigmentation of barley spike Anastasiia Yu. Glagoleva, Nikolay A. Shmakov, Aleksandr V. Vikhorev, Sergei R. Mursalimov, Natalia V. Gracheva, Tatjana V. Kukoeva, Olesya Yu. Shoeva, Elena K. Khlestkina Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference
|
|
| Analysis of short- and long-range interactions within potential binding sites notably extends the fraction of verified peaks in ChIP-seq data Цуканов Антон Витальевич, Левицкий Виктор Георгиевич, Меркулова Татьяна Ивановна BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“
|
|
| Study of the root transcriptome of bread wheat using
high-throughput RNA sequencing (RNA-SEQ) Vikhorev A., Shmakov N., Glagoleva A., Khlestkina E., Shoeva O. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference
|
|
| Изучение генетической регуляции накопления кутику-лярного воска ячменя при помощи анализа данных RNA-seq Вихорев А., Шмаков Н., Колосовская Е., Короткова А., Герасимова С., Хлесткина Е. 12-я Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020
|
|
| Meta-analysis of transcriptome data clarified hormonal regulation of cold stress response in Arabidopsis thaliana L Omelyanchuk Nadezda, Sizentsova Yana, Mironova Victoria Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology - BGRS/SB-2020
|
|
| Diversity of cis-elements in response to dioxin in human Oshcepkova Evgenia, Sizentsova Yana, Mironova Victoriya Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology - BGRS/SB-2020
|
|
| Исследование эффекта гормезиса при регулярном тепловом
стрессировании у двух видов Drosophila с использованием
нового автоматического метода изучения плодовитости Е. К. Карпова*, Е. Г. Комышев, М. А. Генаев, Н. В. Адоньева, М. А. Еремина, Н. Е. Грунтенко МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ "ДРОЗОФИЛА В ГЕНЕТИКЕ И МЕДИЦИНЕ"
|
|
| WebMCOT web-service for prediction of co-occurred DNA motifs in ChIP-seq data Mukhin A. M., Levitsky V. G., Lashin S. A., Oshchepkov D. Y. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| OrthoWeb-web application for macroand microevolutionary analysis of genes Mustafin Z., Mukhin A., Afonnikov D., Matushkin Y., Lashin S BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Keeping the gate closed: WOX5 supports the balance between the proximal and distal root meristems via auxin biosynthesis in Arabidopsis thaliana L. Savina M.S., Pasternak T., Omelyanchuk N., Mironova V.V., Lavrekha V.V. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ ВЗАИМОСВЯЗИ СИНТЕЗА МЕЛАНИНА И ДРУГИХ ПИГМЕНТОВ В КОЛОСЕ ЯЧМЕНЯ Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Мурсалимов С.Р., Грачева Н.В., Кукоева Т.В., Шоева О.Ю., Хлесткина Е.К. 24-я Международная Пущинская школа- конференция молодых ученых
|
|
| Using fast homology search tools for protein sequence functional annotation: a comparison Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Использование программ быстрого поиска гомологии для функциональной аннотации белков Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2020» (АПВПМ-2020)
|
|
| Identification of an AP2/ERF Transcription Factor Controlling the Synthesis of Barley Epicuticular Wax Ekaterina Kolosovskaya, Sophia Gerasimova, Anna Korotkova, Christian Hertig, Sergey Morozov, Elena Chernyak, Dmitriy Domrachev, Vikhorev Alexander, Nikolay Shmakov, Alexey Kochetov, Jochen Kumlehn, Elena Khlestkina 12-ая Международная мультиконференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии / Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology, BGRS/SB-2020
|
|
| Electron microscopy analysis of autophagy in neurons with expanded CAG repeats in the huntingtin gene investigated at patient-specific and transgenic models Suldina L.A., Morozova K.N., Malankhanova T.B., Malakhova A.A., Kiseleva E. MOLECULAR MECHANISMS OF AUTOPHAGY IN DISEASES
|
|
| Motility and fitness of microorganisms in dynamic aquatic ecosystems: a simulation study Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020
|
|
| Predicting elongation efficiency of gene translation for annotation of bacterial genomes: a case study for biosynthetic gene clusters of nonribosomal peptides Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. 12 международная мультиконференция BGRS/SB-2020
|
|
| EIN3 binding site architecture guides transcriptional response to ethylene in Arabidopsis V. Dolgikh, V. Levitsky, D. Oshchepkov, E. Zemlyanskaya BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“
|
|
| Компьютерная реконструкция экологической структуры сообщества кишечной микробиоты на основе высокопроизводительного секвенирования Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 12 межд. конф. BGRS/SB-2020
|
|
| 2019 | Исследование мутантного фенотипа изогенной клеточной модели болезни Хантингтона Маланханова Т.Б., Григорьева Е.В., Сульдина Л.А., Морозова К.Н., Киселева Е.В., Закиян С.М., Малахова А.А. IV Национальный конгресс по регенеративной медицине
|
| Математическое и компьютерное моделирование осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф. В. Казанцев, Ю. Г. Матушкин, С. А. Лашин Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики
|
|
| Search for cis-elements associated with response to dioxin in human Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Viktoria Mironova. Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
|
|
| Reconstruction of the gene networks of human neurotransmitter systems Ivanov R.A., Lashin S.A. 11-я Международная школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика», SBB-2019
|
|
| The mathematical modeling of oscillations in enzymatic systems Lakhova T.N., Kazantsev F.V., Lashin S.A. 11th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB-2019
|
|
| MIGREW database: typical use cases Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A. 5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)
|
|
| Studying of the molecular-genetic control of polyphenolic pigmentation in wheat and barley as a basis for breeding antioxidant-rich cereals Shoeva O.Yu., Gordeeva E.I., Kukoeva T.V., Strygina K.V., Vikhorev A.V., Glagoleva A.Yu., Shmakov N.A., Levanova N.M., Mursalimov S.R., Yudina R.S., Börner А., Khlestkina E.K. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
|
|
| Выявление генов-кандидатов локуса Blp, контролирующего формирование признака чёрной окраски колоса ячменя (Hordeum vulgare l.) Глаголева А.Ю., Шмаков Н.А., Мурсалимов С.Р., Хлесткина Е.К., Шоева О.Ю. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
|
|
| ALTERING PLANT DOMESTICATION TRAITS VIA SITE-DIRECTED GENOME MODIFICATION Gerasimova S.V., Ivanova K.A., Hertig C., Korotkova A.M., Hiekel S., Kolosovskaya E., Koloshina K.A., Genaev M.A., Komyshev E.G., Egorova A.A., Domrachev D.V., Rogozina E.V., Kochetov A.V., Kumlehn J., Khlestkina E.K. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
|
|
| РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО
ФЕНОТИПИРОВАНИЯ РАСТЕНИЙ ДИКИХ ВИДОВ КАРТОФЕЛЯ Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы.
|
|
| WildPetotaDB – a database for genotype and phenotype of wild tuber-bearing species of the genus Solanum L. Иванова К.А., Комышев Е.Г., Генаев М.А., Колошина К.А., Эрст Т.В., Егорова А.В., Чалая Н.А., Ибрагимова С.М., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Монахова Ю.А, Алексеев Я.И., Хлесткина Е.К., Герасимова С.В. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
|
|
| Diversity of AuxREs Novikova DD, Weijers D, Mironova VV Experimental Plant Sciences Meeting
|
|
| Diversity of AuxREs in Arabidopsis thaliana L. Novikova DD, Weijers D, Mironova VV The International Plant Growth Substances Association (IPGSA) Conference
|
|
| Study of genetic basis of the melanin biosynthesis in barley grain Glagoleva A.Y., Shmakov N.A., Mursalimov S.R., Khlestkina E.K., Shoeva O.Yu. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)
|
|
| Current achievements in study of black-spiked barley Anastasiia Yu. Glagoleva, Sergey R. Mursalimov, Natalya V. Gracheva, Nickolay A. Shmakov, Natalya M. Levanova, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Olesya Yu. Shoeva, Elena K. Khlestkina 5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding
|
|
| Transcriptomic analysis of barley partial albinism Nickolay Shmakov, Anastasiya Glagoleva, Gennadiy Vasiliev, Dmitry Afonnikov, Elena Khlestkina 5th Conference on Cereal Biotechnology and Breeding
|
|
| Метод морфометрии колоса пшеницы на основе анализа изображений Комышев Е.Г., Генаев М.А., Афонников Д.А. Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни.
|
|
| Разработка методов автоматического определения количественных характеристик, описывающих
фенотипические признаки колоса пшеницы Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
|
|
| Биоинформационный анализ путей регуляции экспрессии генов предрасположенности к аутизму Клименко А.И., Трифонова Е.А., Лашин С.А., Кочетов А.В. Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего»
|
|
| Antagonistic evolutionary scenarios in microbial communities are played out under ecological stratification fostered by spatial gradients A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin The International Society for Ecological Modelling Global Conference 2019
|
|
| Методы компьютерного моделирования иерархических биологических систем Лашин С. А., Матушкин Ю. Г., Клименко А. И., Казанцев Ф. В., Лахова Т. Н., Смирнова А. А. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
|
|
| Реконструкция генных сетей нейротрансмиттерных систем человека Р.А. Иванов, А. И. Клименко, А. Н. Савостьянов, С.А. Лашин «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
|
|
| Creation and analysis of an agent-based computer model of the AIDS epidemic using an algorithm for explicit calculation of the HIV replicability Smirnova A.A., Ponomarenko M.P., Lashin S.A. 11th International Young Scientists School “Systems Biology and Bioinformatics” – SBB-2019
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСКРИПТОМА ПОЧТИ ИЗОГЕННОЙ ЛИНИИ ЯЧМЕНЯ С ЧАСТИЧНЫМ АЛЬБИНИЗМОМ Шмаков Н.А., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А., Хлёсткина Е.К. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ ЧАСТИЧНОГО АЛЬБИНИЗМА ЯЧМЕНЯ С ПОЗИЦИИ ТРАНСКРИПТОМИКИ Шмаков Н. А., Глаголева А.Ю., Афонников Д.А., Хлёсткина Е.К. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС)
|
|
| Novel genomic marker for the Alm locus in barley identified based on transcriptome analysis N.A. Shmakov, A.Yu. Glagoleva, G.V. Vasiliev, D.A. Afonnikov, E.K. Khlestkina PlantGen2019
|
|
| Моделирование и изучение механизмов развития болезни хантингтона на линиях плюрипотентных стволовых клеток человека Малахова А.А., Маланханова Т.Б., Григорьева Е.В., Сульдина Л.А., Морозова К.Н., Киселева Е.В., Закиян С.М. Международный конгресс «VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы»
|
|
| Systems analysis of chilling stress induced transcriptomes in Arabidopsis thaliana Sizentsova Y.G., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
|
|
| FoldGO: a web server to identify functional gene groups responding to a factor within specific ranges of fold changes Nadya Omelyanchuk, Daniil Wiebe, Victoria Mironova 30th International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019)
|
|
| FoldGO - новый метод анализа функционального обогащения с учетом степени изменения транскрипционной активности. Вибе Д.С., Омельянчук Н.А., Мухин А.М., Лашин С.А., Миронова В.В. 7ой съезд ВОГиС
|
|
| Prediction and verification of auxin-ethylene crosstalk gene networks Ubogoeva E., Levitsky V., Zemlyanskaya E. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)
|
|
| What can we learn about stress-induced root growth by mathematical modeling of auxin distribution? Savina M.S., Kazantsev F.V., MironovaV.V. Plant Organ Growth Symposium 2019
|
|
| Моделирование распределения ауксина при регенерации меристемы корня Arabidopsis thaliana Савина М.С., Миронова В.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров
|
|
| Systems biology study on the WOX5 role in the distal part of the root meristem in Arabidopsis thaliana Savina M.S., Lavrekha V.V., Pasternak T., Mironova V.V. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
|
|
| Компьютерные средства анализа кластеров регуляторных районов экспрессии генов Орлов Ю.Л., Дергилев А.И., Цуканов А.В., Лузин А.Н., Орлова Н.Г. VI Съезд биофизиков России
|
|
| Statistical analysis, clusterization and visualization of genome distribution of transcription factor binding sites Dergilev A.I., Tsukanov A.V., Luzin A.N., Babenko R.O., Orlov Y.L. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) The Eleventh International Young Scientists School.
|
|
| Dysregulation of postsynaptic translation in autism spectrum disorder: reconstruction of gene network associated with autism and mtor signaling. Rifonova E.A., Klimenko A.I., Saik O.V., Orlov Y.L., Lashin S.A., Ivanisenko V.A. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
|
|
| Компьютерная реконструкция экологической структуры синтетического микробного сообщества, моделирующего ядро микробиоты кишечника человека Кропочев А.И., Клименко А.И., Лашин С.А. 11 международная школа молодых ученых SBB-2019
|
|
| 2018 | Meta-analysis of whole-transcriptome data suggests new mechanisms of auxin-induced ethylene biosynthesis and signaling in Arabidopsis thaliana Elena Ubogoeva The 10th International Young Scientist School “System Biology and Bioinformatics
|
| 2013 | Анализ распределения ауксин-чувствительных элементов в геноме Arabidopsis thaliana L. Вибе Даниил Станиславович, Миронова Виктория Владимировна мнск 2013 г. новосибирск
|
| 2012 | Гаплоидный эволюционный конструктор: графический интерфейс для моделирования эволюции бактериальных сообществ Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям
|
| Haploid evolutionary constructor: a graphical user interface for simulating bacterial communities evolution Klimenko A.I., Lashin S.A. The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)
|
Гранты
| 2022 | Генетический контроль дегенерации поясничных межпозвонковых дисков Российский Научный Фонд, Администрация Новосибирской области, номер гранта 22-15-20037
|
| Разработка биоинформатических методов количественного функционального анализа экологической структуры симбиотической микробиоты кишечника человека на основе данных высокопроизводительного секвенирования Совет по грантам Президента Российской Федерации, номер гранта МК-3363.2022.1.4
|
|
| 2021 | Поиск, декомпозиция и верификация регуляторных модулей, обеспечивающих формирование пространственно-временных паттернов экспрессии генов растений РНФ, номер гранта 21-14-00240
|
| Исследование возможного механизма регуляции
стрессоустойчивости насекомых внутриклеточным
симбионтом на модели Wolbachia pipientis - Drosophila
melanogaster РНФ, номер гранта 21-14-00090
|
|
| 2020 | Регуляция EIN3/EIL1-зависимого транскрипционного
ответа на этилен у растений: системный анализ
полногеномных данных Российский научный фонд, номер гранта 20-14-00140
|
| Разработка и анализ точных генетических моделей для исследования взаимодействия путей биосинтеза пигментов фенольной природы в зерновке ячменя РФФИ, номер гранта 20-316-80016
|
|
| 2019 | 5-я Международная научная конференция «Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений» (PlantGen2019) РФФИ, номер гранта 19-04-20015
|
| 2018 | Разработка метода и онлайн ресурса для биоинформатического анализа фолд-специфической экспрессии генов РФФИ, номер гранта 18-34-00871
|
Научное руководство
| 2023 | Анализ параметрической чувствительности моделей динамических систем на основе данных численного моделирования Воробьева Диана Александровна Прикладная математика и информатика, 2023-06-21
|
| Анализ характеристик элонгации трансляции
генов сети биосинтеза валина у бактерий рода Corynebacterium Чижонков Иван Игоревич Биология, 2023-06-15
|
|
| Разработка биоинформатических методов геномного анализа эндосимбиотических
бактерий Коренская Александра Евгеньевна Биология, 2023-06-14
|
|
| 2021 | Разработка комплекса программ для анализа эволюционных характеристик генных сетей Мустафин Захар Сергеевич 2021-10-13
|
| Биоинформатический анализ характеристик элонгации трансляции у бактерий рода Ralstonia Коренская Александра Евгеньевна Биология, 2021-06-17
|
|
| 2020 | РАЗРАБОТКА МЕТОДА КОМПЬЮТЕРНОЙ РЕКОНСТРУКЦИИ ЭКОЛОГИЧЕСКОЙ СТРУКТУРЫ СООБЩЕСТВ КИШЕЧНОЙ МИКРОБИОТЫ НА ОСНОВЕ ДАННЫХ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ Кропочев Андрей Игоревич информационная биология, 2020-06-19
|
Учебные курсы
| 2024 | Компьютерная транскриптомика Землянская Елена Васильевна, Пронозин Артем Юрьевич, Долгих Владислав Андреевич Cеместров: 3
|
| 2022 | Биоинформатика растений Афонников Дмитрий Аркадьевич Шмаков Николай Александрович Долгих Владислав Андреевич ФЕн НГУ, Магистратура, 2 семестр https://education.nsu.ru/genetics-plants/#!/tab/431826978-2, семестров: 1
|
| 2021 | Биоинформатика и функциональная геномика Афонников Дмитрий Аркадьевич Шмаков Николай Александрович Долгих Владислав Андреевич ФЕН НГУ, кафедра Цитологии и генетики, 1 семестр 4 курса. https://cag.nsu.ru/список-спецкурсов/, семестров: 1
|
| 2020 | Алгоритмы в биоинформатике Междисциплинарная магистерская программа "Алгоритмы анализа больших биологических данных", ММФ НГУ, 1 семестр https://mca.nsu.ru/aabbd/, семестров: 1
|
Патенты
| 2024 | Программа для расчёта филостратиграфических индексов (Ортовеб) / The program for calculating phylostratitgraphy indexes (Orthoweb) Лашин С.А., Мустафин З.С., Казанцев Ф.В., Мухин А.М., Иванов Р.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Номер патента 2024618826
|
| База данных генов и белков, ассоциированных с дисгликемией (GlucoGenes) / Database of dysglycemia-related genes and proteins (GlucoGenes) Климонтов В.В., Сайк О.В., Шишин К.С., Мухин А.М., Лашин С.А. Номер патента 2024620671
|
|
| 2023 | Программа для анализа экологической структуры симбиотической микробиоты кишечника человека (ЭкоСтруктСМКЧ) / Program for the analysis of the ecological structure of the symbiotic human gut microbiota (EcoStructSHGM) Кропочев Андрей Игоревич, Клименко Александра Игоревна Номер патента 2023667854
|
| Программа для анализа длинных некодирующих РНК (АднРНК) / Program for the long non-coding RNA analysis (AlncRNA) Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2023665246
|
|
| Программа для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования (ГПС-ОД) / The program for genotyping-by-sequencing data processing (GBS-DP) Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Салина Елена Артемовна Номер патента 2023665263
|
|
| 2022 | База данных по аллельным полиморфизмам генов нейромедиаторных систем, показателям психологических тестов и параметрам электроэнцефалограмм (ЭЭГен) / Database of allelic polymorphisms of genes of neurotransmitter systems, indicators of psychological tests and parameters of electroencephalograms (ICBrainDB) Заварзин Е.А., Иванов Р.А., Казанцев Ф.В., Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Милахина Н.С., Савостьянов А.Н. Номер патента 2022623347
|
| Программа для поиска обогащенных сайтов связывания транскрипционных факторов в промоторах дифференциально экспрессирующихся генов (ESDEG) Цуканов Антон Витальевич, Левицкий Виктор Георгиевич Номер патента 2022663820
|
|
| Программа для автоматической реконструкции математических моделей регуляции генов микробов (МикроТранскриптМод) / The program for automatic reconstruction of mathematical models of microbial gene transcription regulation (MicroTranscriptMod) Казанцев Федор Владимирович, Лахова Татьяна Николаевна, Лашин Сергей Александрович Номер патента 2022660245
|
|
| Программа для генерации выборки негативных последовательностей ДНК при анализе обогащения мотивов в данных массового секвенирования (SuppressBias) Левицкий Виктор Георгиевич, Цуканов Антон Витальевич Номер патента 2022612715
|
|
| 2021 | Биотехнологически значимые штаммы бактерий (МикроБиотех) / Biotechnologically significant strains of bacteria (MicroBiotech) Мухин А.М., Лахова Т.Н., Клименко А.И., Казанцев Ф.В., Деменков П.С., Лашин С.А. Номер патента 2021621155
|
| Программный комплекс для поиска мотивов в данных полногеномного картирования сайтов связывания транскрипционных факторов ChIP-seq (SiteGA) Левицкий В.Г., Цуканов А.В. Номер патента 2021616695
|
|
| База данных генотипа и фенотипа диких видов картофеля (WildPetotaDB) / A database of the genotype and phenotype of wild potato species (WildPetotaDB) Комышев Е.Г., Колошина К.А., Фомин И.В., Колосовская Е.В., Генаев М.А., Эрст Т.В., Егорова А.А., Чалая Н.А., Рогозина Е.В., Герасимова С.В. Номер патента 2021620100
|
|
| 2019 | Программа для оценки количественных характеристик колоса пшеницы (ОКХК) / The program for the extraction the quantitative characheristics of the wheat spike (WERecognizer) Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич Номер патента 2019666362
|
|
© 2010-2024 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены. | |