1.     Основное направление исследований

Изучение молекулярных механизмов генетической предрасположенности к наследственным заболеваниям человека, вызванным регуляторными SNPs.

2.     Задачи, решаемые в настоящее время

Главной проблемой в выявлении и анализе потенциально функциональных регуляторных SNPs является отсутствие точных и экспериментально верифицированных компьютерных методов. Для решения этой проблемы нами проводится комплексное экспериментально-компьютерное изучение SNPs (SNP - single nucleotide polymorphism) ТАТА-боксов и их влияния на взаимодействие ТВР (ТВР - TATA-binding protein). Задачей данного этапа является широкогеномный поиск неаннотированных полиморфизмов ТАТА-бокса - одного из основных промоторных элементов белок-кодирующих генов человека, и их комплексное экспериментальное исследование с целью выявления потенциально функционально значимых.

3.      Прикладные разработки

Прикладных разработок нет

4.      Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет

Известно, что в результате секвенирования генома человека, обнаружено огромное количество SNPs (SNP – single nucleotide polymorphism), фенотипические проявления которых неизвестны.  Главной проблемой в выявлении и анализе потенциально функциональных регуляторных SNPs является отсутствие точных и экспериментально верифицированных компьютерных методов. Для решения этой проблемы нами проводится комплексное экспериментально-компьютерное изучение SNPs ТАТА-боксов и их влияния на взаимодействие ТВР (ТВР - TATA-binding protein). На основании наших экспериментальных данных и компьютерного изучения взаимодействия ТВР/ТАТА, под руководством М.П. Пономаренко выведено уравнение связывания ТВР с ТАТА-боксами  за три последовательных шага: скольжение ТВР вдоль ДНК  в силу неспецифического сродства между ними  ↔ опознавание ТАТА-бокса ↔ стабилизация комплекса ТВР/ТАТА в результате эндотермической перестройки:                                                                                                       

С его помощью было проанализировано взаимодействие ТВР с ТАТА-боксами промоторов генов человека, содержащими SNPs, ассоциированные с рядом заболеваний, и сделан прогноз in silico изменения аффинности ТВР к ним. Экспериментальная верификация с использованием метода EMSA в максимально стандартизированных условиях показала, что экспериментальные данные с высокой достоверностью коррелируют с прогнозами (Табл.): коэффициенты линейной корреляции, r = 0.822 для  значений равновесных K_D  (-ln K_D) и   r = 0.785  для  изменения равновесных K_D (δ)  при содержании SNPs в ТАТА-боксах (δ =    -Ln[K_D,ТАТА Mut] –(-Ln[K_D,ТАТА]),   при значимости   α<10^-7  и α<10^-3 , соответственно. Эксперименты также показали, что SNPs, ассоциированные с повышенным риском возникновения таких заболеваний человека, как α-, β- и δ-талассемии, инфаркт миокарда, тромбофлебит, рак легких и др., вызывают изменение сродства ТВР/ТАТА (K_D) в основном в 2 - 4 раза (Табл.), согласующееся известными из литературы уменьшением содержания  мРНК и белка in vivo и  in vitro. Впервые полученные кинетические характеристики комплексов ТВР c аллельными вариантами ТАТА-боксов показали, что SNPs приводят к уменьшению скоростей образования hТВР/ТАТА от 2.5 до 55 раз. Скорости диссоциации, характеризующие прочность комплексов, снижаются значительно в меньшей степени - от ~10% до 1.6 раз. Не наблюдается корреляции между прочностью комплексов hТВР/ТАТА и скоростью их образования. Времена полураспада комплексов hТВР/ТАТА здоровых людей изменяются от 6.6. мин до 14.5 мин, а при SNPs, ассоциированных с наследственными заболеваниями – от 6 мин до 54 мин.

Таблица.  Экспериментальная верификация прогнозов изменения сродства (KD) ТВР человека к ТАТА-боксам дикого типа и при содержании SNPs, ассоциированных с повышенным риском возникновения наследственных патологий.

Используя флуоресцентно меченые Cy3 и Cy5 дуплексы, идентичные ТАТА-боксу промотора гена TPI дикого типа и содержащего SNP, и методы FRET и остановленной струи (спектрометр SX20, Applied Photophysics, UK), мы впервые показали, что в режиме реального времени связывание ТВР/ТАТА происходит в течение 10 сек и механизм описывается одностадийной кинетической моделью. В первые секунды взаимодействия ТВР связывает и одновременно изгибает ДНК ТАТА-бокса промотора гена TPI дикого типа при меньших концентрациях ТВР, чем при содержании в ТАТА-боксе SNP -24Т>G, ассоциированного с неврологическими и мышечными нарушениями, кардиомиопатией и др. заболеваниями. 

Результаты проводимых исследований улучшат понимание молекулярных механизмов полиморфного разнообразия регуляции экспрессии генов и механизма связывания ТВР/ДНК. Комплексный анализ регуляторных SNPs позволит получить оценки их влияния на здоровье человека, чувствительность к лекарствам и условиям окружающей среды.

5.     Задачи, планируемые на перспективу

Высокие значения коэффициентов линейной корреляции прогноз/эксперимент позволяют говорить о применимости  выведенного уравнения равновесного связывания  ТВР/ТАТА для анализа неаннотированных SNPs  ТАТА-боксов,  предсказания изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам, содержащим такие SNPs, и  выявления  среди них потенциально  функционально значимых. На основании полученных характеристик взаимодействия ТВР/ТАТА, изучения влияния SNPs на экспрессию репортерного гена будут сделаны предположительные прогнозы фенотипического проявления SNPs. Решению этих задач посвящены наши дальнейшие исследования.

Бывшие сотрудники

Публикации

2014	Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova BMC GENOMICS, 2014, 15:80
	The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein. Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A. HUM MUTAT, 2014, 5, 35, 601-608
	Identification of thyroid hormone receptor homologs in the fluke Opisthorchis felineus (Platyhelminthes). Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Shilov AG, Merkulova TI, Mordvinov VA. MOL BIOCHEM PARASIT, 2014, 194, 64–68
2013	An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
	Rat retinal transcriptome: Effects of aging and AMD-like retinopathy. Kozhevnikova OS, Korbolina EE, Ershov NI, Kolosova NG CELL CYCLE, 2013, May 6;12(11). Pages 1745 - 1761
2012	Cytochrome P450 in fluke Opisthorchis felineus: Identification and characterization. Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Katokhin AV, Merkulova TI, Mordvinov VA MOL BIOCHEM PARASIT, 2012, V. 181. No. 2. P. 190–194
	Продигиозин Serratia marcescens подавляет in vitro развитие чувствительного и устойчивого к хлорохину штаммов малярийного паразита грызунов Plasmodium berghei А.Б.Дужак, З.И.Панфилова, Т.Г.Панкова, Т.М.Игонина, О.Д.Захарова, Е.А.Васюнина Биофармацевтический журнал, 2012, Т.4, №2, С.7-13
	ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА ЧЕЛОВЕКА С ТАТА-ЭЛЕМЕНТОМ ПРОМОТОРА ГЕНА NOS2A С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА ПОВЕРХНОСТНОГО ПЛАЗМОННОГО РЕЗОНАНСА Драчкова И.А., Шеховцов С.В., Пельтек С.Е., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Аршинова Т.В., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т. 16, № 2, с. 391-396
	Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
2011	Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
	Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
	Изменение сродства ТАТА-связывающего белка к олигонуклеотидам, соответствующим ТАТА-боксам промоторов генов человека, несущим полиморфизмы, ассоциированные с наследственными заболеваниями Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, № 3, т. 15, стр. 439-447
	In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
2010	Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
	Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
	SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
	Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
	Влияние полиморфизмов ТАТА-бокса промотора гена бета-глобина человека, ассоциированный с бета-талассемией, на взаимодействие ТАТА-связывающего белка Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Информационный вестник ВОГИС, 2010, т.14, с. 698-705
	Комплексная оценка генетического полиморфизма хромосомных и внехромосомных маркеров патогенности Salmonella Enterica при помощи пульс-электрофореза Е.В.Дударева, А.В.Тронева, Ю.Г.Юшков, М.Л.Филиппенко, В.А.Афонюшкин, С.В.Леонов, В.Ю.Коптев, В.Т.Вольф, О.В.Аркова, Ю.Н.Козлова Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, №1(205)
2009	Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
	Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
	Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008	Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
	Увеличенное взаимодействие белка ядерных экстрактов перевиваемых опухолей печени и легких мышей с ТАТА-содержащим олигонуклеотидом Лысова М.В., Аршинова Т.В., Драчкова И.А., Кобзев В.Ф., Каледин В.И., Савинкова Л.К. B EXP BIOL MED+, 2008, Т. 145, № 1, стр.100-102
	Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с регуляцией пролиферации Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Каледин В.И., Меркулова Т.И. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, Вып. 1, Том 73: 70-75
	Изучение возможности реверсии устойчивости к хлорохину верапамилом у Plasmodium berghei - возбудителя малярии грызунов Панкова ТГ., Игонина ТМ., Майер ТВ., Рабинович СА., Максакоская ЕВ., Морозов ЕН Медицинская паразитология и паразитарные болезни, 2008, №4, 19-22
2007	Исследование связывания ядерных белков штаммов P.berghei, различающихся по чувствительности к хлорохину, с олигонуклеотидами, соответствующими регуляторным элементам гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. Биомедицинская химия, 2007, т. 53. 547-556
	Взаимодействие рекомбинантного ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами промоторов генов млекопитающих Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Пономаренко М.П., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2007, Т.V, №2, 44-49
2006	Различия в связывании ядерных белков из отличающи хся по устойчивости к хлорохину штаммов P.berghei с олигонуклеотидами, соответствующими регуляторным элементам mdr1 гена Панкова Т.Г., Игонина Т.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И. B EXP BIOL MED+, 2006, т.141, N 3, с.283-286.
	An effect of the microsporidian Vairimorpha ephestiae (Microsporidia: Burenellidae) on activity and spectrum of nonspecific esterases in different tissues of the greater wax moth galleria mellonella (Lepidoptera: Pyralidae) larvae Vorontsova Ia.L., Ershov N.I., Glupov V.V. Паразитология, 2006, 40(1): 74-84
1999	Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
1997	Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 726-732

Монографии

2013	Hogness Box. Ponomarenko M, Mironova V, Gunbin K, Savinkova L
	Initiation Factors. Ponomarenko M, Savinkova L, Kolchanov N

Конференции

2014	Annotations in silico of 388 SNPs of the core-promoters of 68 human feeding behavior genes in terms of their potential associations with nervous disorders Ponomarenko M.P., Arkova O.V., Saik O.V., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Rasskazov D.A., Genaev M.A., Komyshev E.G., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. BGRS\SB-2014
2013	Comparative analysis of rat retinal transcriptome using RNA-Seq: effects of aging and AMD-like retinopathy O. S. Kozhevnikova, E. E. Korbolina, N. I. Ershov, N. G. Kolosova FEBS Congress
	Xenobiotic-metabolizing system phase 1 in Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes). Pakharukova M., Ershov N., Vavilin V., Zadesenets K., Duzhak T., Merkulova T., Mordvinov V. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”
	Research of the mechanisms of praziquantel action on fluke Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes). Pakharukova M., Ershov N., Shilov A., Katokhin A., Mordvinov V. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”
	Xenobiotic-metabolizing system in flukes with focus on phase 1 in Opisthorchis felineus. Pakharukova M, Ershov N, Vavilin V, Zadesenets K, Duzhak T, Merkulova T, Mordvinov V. WAAVP 2013: 24TH INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE WORLD ASSOCIATION FOR THE ADVANCEMENT OF VETERINARY PARASITOLOGY
	Общие представления о системе метаболизма ксенобиотиков у трематод: характеристика фазы I, II, III биотрансформации O. felineus. Пахарукова М.Ю., Ершов Н.И., Задесенец К.С., Дужак Т.Г., Вавилин В.А., Мордвинов В.А. V Всероссийский Съезд (05ВСПО) Паразитологического общества РАН
	Выявление патофизиологических механизмов преэклампсии методом полногеномного анализа экспрессии Трифонова Е.А., Ершов Н.И., Ворожищева А.Ю., Степанов В.А. High-throughput Sequencing in Genomics
2012	WHOLE GENOME ANALYSIS OF THE DEVELOPMENT GENES REGULATED BY TRANSCRIPTION FACTORS IN MICE AND D. RERIO USING THE CHIP-SEQ TECHNOLOGY Orlov Yu., Ershov N., Vinata S., Kondrikhin I., Matavan I., Afonnikov D., Kolchanov N. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).
	Organization of xenobiotic-metabolizing system phase 1 in Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes) Мaria Y. Pakharukova, Nikita I. Ershov, Valentin А. Vavilin, Kira Zadesenets, Alexei V. Katokhin, Tatiana I. Merkulova, Viatcheslav A. Mordvinov 12th International Symposium on Flatworm Biology
	Organization of xenobiotic-metabolizing system phase 1 in Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes). Maria Y. Pakharukova, Nikita I. Ershov, Valentin A. Vavilin, Alexei V. Katokhin, Tatiana G. Duzhak, Tatiana I. Merkulova, Viatcheslav A. Mordvinov The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Experimental examining of prognoses in silico TBP binding to TATA box with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Ponomarenko M.P., Arshinova T.V., Kolchanov N.A. The eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
	In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy I.V., Makeev V.J. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data. V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy, Makeev V.J. SysPatho workshop «Systems biology and medicine»
2011	Влияние полиморфизмов ТАТА-боксов, ассоциированных с наследственными заболеваниями человека, на взаимодействие с hТВР Драчкова И.А.. Савинкова Л.К., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. II-nd International conference Physico-Chemical Biology dedicated to the 85th anniversary of academician Dmitri G. Knorre.
	Анализ данных массовой иммунопреципитации хроматина с помощью экспериментально верифицированных методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA Ощепков Д. Ю., Левицкий В. Г. , Кулаковский И. В., Ершов Н. И., Васильев Г.В., Меркулова Т. И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
	ЦИТОХРОМ P450 У ПАРАЗИТИЧЕСКИХ ПЛОСКИХ ЧЕРВЕЙ НА ПРИМЕРЕ ВОЗБУДИТЕЛЯ ОПИСТОРХОЗА OPISTHORCHIS FELINEUS М.Ю. Пахарукова, Н.И. Ершов, В.А. Вавилин, Е.В. Воронцова, А.В. Катохин, Т.И. Меркулова, В.А. Мордвинов II международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
	Идентификация ортологов рецептора тиреоидного гормона у плоских червей Opisthorchis felineus. Воронцова Е.В., Пахарукова М.Ю., Ершов Н.И., Катохин А.В., Меркулова Т.И., Мордвинов В.А. II международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
	Выявление регуляторных SNP, ассоциированных с различными заболеваниями, с использованием данных ChIP-seq. Меркулова Т.И., Антонцева Е.В., Брызгалов Л.О., Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Васильев Г.В., Драчкова И.А., Матвеева М.Ю., Колчанов Н.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияние мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Савинкова Л.К., Захаренко Л.П., Пинтус С.С., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН. № 11. “Биологическое разнообразие”. Подпрограмма “Генофонды и генетическое разнообразие”. Сборник материалов. – Москва: ИОГен. 2011. С. 100-104.
2010	prognosis and verification of the TATA SNP effects V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, I.A. Drachkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
	SNPs in the hiv-1 TATA box and the aids pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
	ТАТА-боксы вносят вклад в норму реакции Суслов В.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
	SNP ТАТА-бокса ВИЧ-1 и пандемия СПИД Суслов В.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Ефимов В.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Проблемы экологии. Чтения памяти проф. М.М.Кожова. Иркутск, 2010
	SNPs IN THE HIV-1 TATA BOX AND THE AIDS PANDEMIC V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov (6) IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky Crimean meeting."Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution".
	«Прогноз и экспериментальная проверка изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам промотров генов человека, содержащим полиморфизмы». – Драчкова ИА., Пономаренко РМ., Пономаренко МП., Аршинова ТВ., Савинкова ЛК., Колчанов НА. «Первые Международные Беккеровские чтения» (27-29 мая 2010)
	Experimental verification of the prognosis human TBP/TATA affinity change as a result of polymorphisms associated with hereditary pathologies I.A. Drachkova., P.M. Ponomarenko., T.V. Arshinova., M.P. Ponomarenko., L.K. Savinkova., N.A. Kolchanov. BGRS
	Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
2009	Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control. N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin. 34th FEBS Congress.
	Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с контролем пролиферации Меркулова Т.И., Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Пахарукова М.Ю., Кропачев К.Ю., Пивоварова Е.Н., Каледин В.И. V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров.
2008	the precise equilibrium equation of TBP/TATA-binding predicts human familial diseases upon mutations Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Drachkova I.A., Lysova M.V., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Транскрипционные факторы FOXA как потенциальные опухолевые супрессоры в печени Т.И. Меркулова, Л.О. Брызгалов, Н.И. Ершов, Д.Ю. Ощепков, М.Ю. Пахарукова, К.Ю. Кропачев, В.И. Каледин Всероссийская конференция "Молекулярная онкология", г. Новосибирск
	Транскрипционные факторы FOXA как потенциальные опухолевые супрессоры в печени Т.И. Меркулова, Л.О. Брызгалов, Н.И. Ершов, Д.Ю. Ощепков, М.Ю. Пахарукова, К.Ю. Кропачев, В.И. Каледин. Всероссийская конференция с международным участием "Молекулярная онкология"
2007	ПОВЫШЕННАЯ ДНК-СВЯЗЫВАЮЩАЯ АКТИВНОСТЬ TATA-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА В ЭКСТРАКТАХ ЯДЕР ПЕРЕВИВАЕМЫХ ОПУХОЛЕЙ ПЕЧЕНИ И ЛЕГКОГО МЫШЕЙ Лысова М.В., Аршинова Т.В., Драчкова И.А., Каледин В.И., Савинкова Л.К. II Cъезд Общества клеточной биологии совместно с Юбилейной конференцией, посвященной 50-летию Института цитологии РАН. Санкт-Петербург, 16 - 19 октября 2007
2006	Взаимодействие белков транскрипционного комплекса РНК-полимеразы II с олигорибонуклеотидами Драчкова И.А., Репкова М.Н., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Савинкова Л.К. Международная конференция "Физико-химическая биология", посвященная 80-летию со дня рождения академика Д.Г. Кнорре. Новосибирск, июль 2006

Гранты

2013	Компьютерно-экспериментальное исследование по идентификации генов и функционированию экскреторно-секреторного комплекса паразитов Opisthorchiidae РФФИ, номер гранта № 1304-00662a
	Анализ данных полногеномных исследований с целью выявления новых генов, участвующих в механизмах развития депрессивных состояний РФФИ, номер гранта № 13-04-01077
	Полногеномный поиск SNPs, способствующих возникновению активирующих мутаций, для формирования новой группы маркёров предрасположенности к канцерогенезу Президиум РАН, номер гранта 23
2011	Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий Министерство образования и науки РФ, номер гранта 16.512.11.2274
	Экспериментально-компьютерное исследование механизмов метаболизма ксенобиотиков у печеночных сосальщиков семейства Opisthorchiidae Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 11-04-01333a
	Раннее выявление мутаций в генах EGFR и K-Ras для диагностики и развития персонализированных методов лечения немелкоклеточного рака легких Президиум РАН, номер гранта 23
2010	Экспериментально-теоретическое исследование связанных с различными заболеваниями полиморфизмов ТАТА-боксов и их ближайшего окружения в промоторах генов человека РФФИ, номер гранта 10-04-00462-а
	Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 02.740.11. 0705
2009	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
	ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
	Изучение конкурентных взаимоотношений транскрипционных факторов семейства Fox в регуляции экспресии генов печени и их роли в гепатоканцерогенезе РФФИ, номер гранта 09-04-00562-а
2008	Поиск генов, контролирующих реакцию организма при эмоциональном стрессе, и изучение их экспрессии на модели крыс НИСАГ с наследуемой индуцируемой стрессом артериальной гипертензией РФФИ, номер гранта 08-04-01048
2006	Интегральные механизмы регуляции липидного обмена и воспалительного ответа в макрофагах: роль ядерных гормональных рецепторов РФФИ, номер гранта 06-04-48273
	Изучение антионкогенных свойств факторов транскрипции HNF3 в печени мышей и крыс и выяснение механизмов, обеспечивающих снижение активности этих факторов под действием гепатоканцерогенных соединений Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 06-04-48575a
2005	Изучение генетической детерминации уровня артериального давления в покое и в условиях эмоционального стресса на модели крыс НИСАГ с наследуемой индуцируемой стрессом артериальной гипертензией РФФИ, номер гранта 05-04-48567

Научное руководство

2012	Анализ взаимодействия ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами, полиморфные варианты которых ассоциированы с сердечно-сосудистыми заболеваниями человека Аркова Ольга Владимировна , 2012-05-06
2010	Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2010-06-10
2008	Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2008-06-18