1.     Основное направление исследований

Изучение молекулярных механизмов генетической предрасположенности к наследственным заболеваниям человека, вызванным регуляторными SNPs.

2.     Задачи, решаемые в настоящее время

Главной проблемой в выявлении и анализе потенциально функциональных регуляторных SNPs является отсутствие точных и экспериментально верифицированных компьютерных методов. Для решения этой проблемы нами проводится комплексное экспериментально-компьютерное изучение SNPs (SNP - single nucleotide polymorphism) ТАТА-боксов и их влияния на взаимодействие ТВР (ТВР - TATA-binding protein). Задачей данного этапа является широкогеномный поиск неаннотированных полиморфизмов ТАТА-бокса - одного из основных промоторных элементов белок-кодирующих генов человека, и их комплексное экспериментальное исследование с целью выявления потенциально функционально значимых.

3.      Прикладные разработки

Прикладных разработок нет

4.      Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет

Известно, что в результате секвенирования генома человека, обнаружено огромное количество SNPs (SNP – single nucleotide polymorphism), фенотипические проявления которых неизвестны.  Главной проблемой в выявлении и анализе потенциально функциональных регуляторных SNPs является отсутствие точных и экспериментально верифицированных компьютерных методов. Для решения этой проблемы нами проводится комплексное экспериментально-компьютерное изучение SNPs ТАТА-боксов и их влияния на взаимодействие ТВР (ТВР - TATA-binding protein). На основании наших экспериментальных данных и компьютерного изучения взаимодействия ТВР/ТАТА, под руководством М.П. Пономаренко выведено уравнение связывания ТВР с ТАТА-боксами  за три последовательных шага: скольжение ТВР вдоль ДНК  в силу неспецифического сродства между ними  ↔ опознавание ТАТА-бокса ↔ стабилизация комплекса ТВР/ТАТА в результате эндотермической перестройки:                                                                                                       

С его помощью было проанализировано взаимодействие ТВР с ТАТА-боксами промоторов генов человека, содержащими SNPs, ассоциированные с рядом заболеваний, и сделан прогноз in silico изменения аффинности ТВР к ним. Экспериментальная верификация с использованием метода EMSA в максимально стандартизированных условиях показала, что экспериментальные данные с высокой достоверностью коррелируют с прогнозами (Табл.): коэффициенты линейной корреляции, r = 0.822 для  значений равновесных K_D  (-ln K_D) и   r = 0.785  для  изменения равновесных K_D (δ)  при содержании SNPs в ТАТА-боксах (δ =    -Ln[K_D,ТАТА Mut] –(-Ln[K_D,ТАТА]),   при значимости   α<10^-7  и α<10^-3 , соответственно. Эксперименты также показали, что SNPs, ассоциированные с повышенным риском возникновения таких заболеваний человека, как α-, β- и δ-талассемии, инфаркт миокарда, тромбофлебит, рак легких и др., вызывают изменение сродства ТВР/ТАТА (K_D) в основном в 2 - 4 раза (Табл.), согласующееся известными из литературы уменьшением содержания  мРНК и белка in vivo и  in vitro. Впервые полученные кинетические характеристики комплексов ТВР c аллельными вариантами ТАТА-боксов показали, что SNPs приводят к уменьшению скоростей образования hТВР/ТАТА от 2.5 до 55 раз. Скорости диссоциации, характеризующие прочность комплексов, снижаются значительно в меньшей степени - от ~10% до 1.6 раз. Не наблюдается корреляции между прочностью комплексов hТВР/ТАТА и скоростью их образования. Времена полураспада комплексов hТВР/ТАТА здоровых людей изменяются от 6.6. мин до 14.5 мин, а при SNPs, ассоциированных с наследственными заболеваниями – от 6 мин до 54 мин.

Таблица.  Экспериментальная верификация прогнозов изменения сродства (KD) ТВР человека к ТАТА-боксам дикого типа и при содержании SNPs, ассоциированных с повышенным риском возникновения наследственных патологий.

Используя флуоресцентно меченые Cy3 и Cy5 дуплексы, идентичные ТАТА-боксу промотора гена TPI дикого типа и содержащего SNP, и методы FRET и остановленной струи (спектрометр SX20, Applied Photophysics, UK), мы впервые показали, что в режиме реального времени связывание ТВР/ТАТА происходит в течение 10 сек и механизм описывается одностадийной кинетической моделью. В первые секунды взаимодействия ТВР связывает и одновременно изгибает ДНК ТАТА-бокса промотора гена TPI дикого типа при меньших концентрациях ТВР, чем при содержании в ТАТА-боксе SNP -24Т>G, ассоциированного с неврологическими и мышечными нарушениями, кардиомиопатией и др. заболеваниями. 

Результаты проводимых исследований улучшат понимание молекулярных механизмов полиморфного разнообразия регуляции экспрессии генов и механизма связывания ТВР/ДНК. Комплексный анализ регуляторных SNPs позволит получить оценки их влияния на здоровье человека, чувствительность к лекарствам и условиям окружающей среды.

5.     Задачи, планируемые на перспективу

Высокие значения коэффициентов линейной корреляции прогноз/эксперимент позволяют говорить о применимости  выведенного уравнения равновесного связывания  ТВР/ТАТА для анализа неаннотированных SNPs  ТАТА-боксов,  предсказания изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам, содержащим такие SNPs, и  выявления  среди них потенциально  функционально значимых. На основании полученных характеристик взаимодействия ТВР/ТАТА, изучения влияния SNPs на экспрессию репортерного гена будут сделаны предположительные прогнозы фенотипического проявления SNPs. Решению этих задач посвящены наши дальнейшие исследования.

Бывшие сотрудники

Публикации

2018	Molecular adaptations to social defeat stress and induced depression in mice Natalya Bondar, Leonid Bryzgalov, Nikita Ershov, Fedor Gusev, Vasiliy Reshetnikov, Damira Avgustinovich, Mikhail Tenditnik, Evgeny Rogaev, Tatiana Merkulova MOL NEUROBIOL, 2018, 55(4):3394-3407
2017	Antibodies to H1 histone from the sera of HIV-infected patients recognize and catalyze site-specific degradation of this histone Svetlana V. Baranova, Pavel S. Dmitrienok, Nikita V. Ivanisenko, Valentina N. Buneva, Georgy A. Nevinsky J MOL RECOGNIT, 2017
	Antibodies to H2a and H2b histones from the sera of HIV-infected patients catalyze site-specific degradation of these histones Baranova S. V., Dmitrenok P. S., Ivanisenko N. V., Buneva V. N., Nevinsky G. A. MOL BIOSYST, 2017
	SNP_TATA_Comparator: genomewide landmarks for preventive personalized medicine. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Ponomarenko P, Arkova O, Kashina E, Ivanisenko N, Zhechev D, Savinkova L, Kolchanov N. Front Biosci (Schol Ed), 2017, 2, 9, 276-306
	Whole-genome sequencing of eukaryotes: from sequencing of DNA fragments to a genome assembly. Zadesenets KS, Ershov NI, Rubtsov NB RUSS J GENET+, 2017, vol. 53, No.6, pp 631–639
	Candidate SNP markers of familial and sporadic Alzheimer's diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-Binding protein for human gene promoters. Ponomarenko P, Chadaeva I, Rasskazov DA, Sharypova E, Kashina EV, Drachkova I, Zhechev D, Ponomarenko MP, Savinkova LK, Kolchanov N Frontiers in Aging Neuroscience, 2017, 9, 231, doi: 10.3389/fnagi.2017.00231
	ABC transporters in the liver fluke Opisthorchis felineus. Mordvinov VA, Ershov NI, Pirozhkova DS, Pakharukov YV, Pakharukova MY. MOL BIOCHEM PARASIT, 2017, 2017 Jul 17. 216:60–68 doi: 10.1016/j.molbiopara.2017.07.001.
	Candidate SNP markers of social dominance, which may affect the affinity of the TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva IV, Rasskazov DA, Sharypova EB, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, 5, 7, 523-537. doi: 10.1134/S2079059717050045
	Растворимая эпоксидгидролаза (sEH) как потенциальная мишень для лекарственной терапии артериальной гипертензии О. Е. Редина, Т. О. Абрамова, Л. О. Климов, М. А. Рязанова, Л. А. Федосеева, С. Э. Смоленская, Н. И. Ершов, А. Д. Дубинина, А. Л. Маркель RUSS J GENET+, 2017, том 53 № 9 с. 1025–1034
	Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, ISSN 2079-0597, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 558–564
	Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds. Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. J MOL GRAPH MODEL, 2017
	Soluble epoxide hydrolase (sEH) as a potential target for arterial hypertension therapy O. E. Redina, T. O. Abramova, L. O. Klimov, M. A. Ryazanova, L. A. Fedoseeva, S. E. Smolenskaya, N. I. Ershov, A. D. Dubinina, and A. L. Markel RUSS J GENET+, 2017, Vol. 53, No. 9, pp. 972–981
	Однонуклеотидные полиморфизмы, специфичные для гипертензивных крыс линии НИСАГ Н. И. Ершов, А. Л. Маркель, О. Е. Редина Биохимия, 2017, Т.82(2): 344-356
	Strain-specific single-nucleotide polymorphisms in hypertensive ISIAH rats Ershov NI, Markel AL, Redina OE. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2017, 82(2):224-235
	Chromosome Evolution in the Free-Living Flatworms: First Evidence of Intrachromosomal Rearrangements in Karyotype Evolution of Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Macrostomida) Zadesenets K.S., Ershov N.I., Berezikov E., Rubtsov N.B. Genes, 2017, 8: 298
	Influence of magnetic field on enzymatic ONOO– production Dranova T., Petrovskii D., Ershov N., Slepneva I., Stass D JPCS, 2017, №886(2017) 012004
2016	Whole transcriptome profiling of adult and infective stages of the trematode Opisthorchis felineus Pomaznoy MY, Logacheva MD, Young ND, Penin AA, Ershov NI, Katokhin AV, Mordvinov VA. PARASITOL INT, 2016, S1383-5769(15)00145-2
	Гипотетические SNP-маркеры, значимо изменяющие оценки сродства ТАТА-связывающего белка к промоторам онкогенов VEGFA, ERBB2, IGF1R, FLT1, KDR и MET – мишеней для химиотерапии. Турнаев И.И., Рассказов Д.А., Аркова О.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2016, 1, 50, 161-173
	Genome-wide transcriptome analysis of hypothalamus in rats with inherited stress-induced arterial hypertension Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 201617(Suppl 1):13
	Comparative transcriptional profiling of renal cortex in rats with inherited stress-induced arterial hypertension and normotensive Wistar Albino Glaxo rats Larisa A. Fedoseeva, Marina A. Ryazanova, Nikita I. Ershov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 1):12.
	Candidate SNP markers of gender-biased autoimmune complications of monogenic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Mikhail Ponomarenko, Olga Arkova, Dmitry Rasskazov, Petr Ponomarenko, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Frontiers in Immunology, 2016, V. 7. P. 130
	Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2016, vol. 2016, Article ID 8642703. doi:10.1155/2016/8642703
	Phenological asynchrony between host plant and gypsy moth reduces insect gut microbiota and susceptibility to Bacillus thuringiensis Vyacheslav V. Martemyanov, Irina A. Belousova, Sergey V. Pavlushin, Ivan M. Dubovskiy, Nikita I. Ershov, Tatyana Y. Alikina, Marsel R. Kabilov, Victor V. Glupov Ecology and Evolution, 2016, DOI: 10.1002/ece3.2460, 2016; 1–13
	Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes. Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 738-748
	Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock. Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 759-770
	Prediction and verification of the influence of the rs367781716 SNP on the interaction of the ТАТА-binding protein with the promoter of the human АВСА9 gene Arkova OV, Drachkova IA, Arshinova TV, Rasskazov DA, Suslov VV, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Savinkova LK Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 785-791
	COMPARATIVE TRANSCRIPTIONAL PROFILING OF HYPOTHALAMUS IN ISIAH RATS WITH INHERITED STRESS-INDUCED ARTERIAL HYPERTENSION AND NORMOTENSIVE WISTAR ALBINO GLAXO RATS Klimov Leonid, Ershov Nikita, Efimov Vadim, Markel Arkady, Redina Olga J HYPERTENS, 2016, September 2016 - Volume 34 - Issue - p e284
	THE GENE-EXPRESSION PROFILE OF RENAL CORTEX IN RATS WITH INHERITED STRESS-INDUCED ARTERIAL HYPERTENSION (ISIAH) Ryazanova Marina; Fedoseeva Larisa; Ershov Nikita; Markel Arcady; Redina Olga J HYPERTENS, 2016, September 2016 - Volume 34 - Issue - p e287
	The gene-expression profile of renal medulla in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):151
	Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of genetic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Rasskazov D.A., Sharypova E.B., Kashina E.V. Matveeva M.Yu., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Arkova O.V., Bondar N.P. Savinkova L.K., Kolchanov N.A. BMC GENOMICS, 2016, Suppl. 14, 17, 995
	Molecular determinants of the adrenal gland functioning related to stress-sensitive hypertension in ISIAH rats Larisa A. Fedoseeva, Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Yury V. Alexandrovich, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina BMC GENOMICS, 2016, 2016, 17(Suppl 14):989
	Кандидатные SNP-маркеры социального доминирования, способные влиять на сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 6, 20, 787-796
	Структурное моделирование мод связывания НАД+ с ПАРП-1 Иванисенко Н.В., Жечев Д.А., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016
	A real-time study of the interaction of TBP with a TATA box-containing duplex identical to an ancestral or minor allele of human gene LEP or TPI. Arkova O., Kuznetsov N., Fedorova O., Savinkova L. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2016, v.35, # 14, P. 3070-3081
2015	Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна Пономаренко Михаил Павлович Аршинова Татьяна Валентиновна Савинкова Людмила Кузьминична Медицинская генетика, 2015
	Изменения транскриптома префронтальной коры мозга при развитии признаков болезни Альцгеймера у крыс OXYS. Стефанова Н.А., Корболина Е.Е., Ершов Н.И., Рогаев Е.И., Колосова Н.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(4):74-82
	How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2015, Volume 2015, Article ID 359835
	Identification of functional networks associated with cell death in the retina of OXYS rats during the development of retinopathy Telegina DV, Korbolina EE, Ershov NI, Kolosova NG, Kozhevnikova OS. CELL CYCLE, 2015, Vol.14 Issue 14 (22) P.3544 - 56 doi: 10.1080/15384101.2015.1080399.
	The decreased expression of genes controlling the vascular tone in the kidneys of ISIAH rats with stress-induced arterial hypertension O. E. Redina, L. O. Klimov, N. I. Ershov, T. O. Abramova, L. N. Ivanova, and A. L. Markel. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 340–347
	ПРОГНОЗ И ВЕРИФИКАЦИЯ ВЛИЯНИЯ SNP rs367781716 НА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА С ПРОМОТОРОМ ГЕНА АВСА9 ЧЕЛОВЕКА Аркова ОВ., Драчкова ИА., Аршинова ТВ., Рассказов ДА., Суслов ВВ., Пономаренко ПМ., Пономаренко МП., Колчанов НА., Савинква ЛК. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, т.19, № 6, с.
	Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2015, Suppl.13. V. 16. S5.
	Выявление и функциональный анализ регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстого кишечника Леберфарб Е.Ю., Брызгалов Л.О., Брусенцов И.И., Дегтярева А.О., Меркулова Т.И. Медицинская генетика, 2015, Том 14, №3
	Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 691-698
	Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 682-690
	De Novo Assembly of the Pea (Pisum sativum L.) Nodule Transcriptome Vladimir A. Zhukov, Alexander I. Zhernakov, Olga A. Kulaeva, Nikita I. Ershov, Alexey Y. Borisov, and Igor A. Tikhonovich International Journal of Genomics, 2015, Volume 2015 (2015), Article ID 695947, 11 pages, http://dx.doi.org/10.1155/2015/695947
2014	Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova BMC GENOMICS, 2014, 15:80
	The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein. Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A. HUM MUTAT, 2014, 5, 35, 601-608
	Identification of thyroid hormone receptor homologs in the fluke Opisthorchis felineus (Platyhelminthes). Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Shilov AG, Merkulova TI, Mordvinov VA. MOL BIOCHEM PARASIT, 2014, 194, 64–68
	Application of quantitative trait locus mapping and transcriptomics to studies of the senescence-accelerated phenotype in rats. Korbolina EE, Ershov NI, Bryzgalov LO, Kolosova NG BMC GENOMICS, 2014, 15 (Suppl 12):S3 http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/S12/S3 doi:10.1186/1471-2164-15-S12-S3.
	Analysis of the Placental Tissue Transcriptome of Normal and Preeclampsia Complicated Pregnancies E. A. Trifonova, T. V. Gabidulina, N. I. Ershov, V. N. Serebrova, A. Yu. Vorozhishcheva, V. A. Stepanov Acta Naturae, 2014, 6(2): 71–83
	Real-Time Interaction between ТВР and the TATA Box of the Human Triosephosphate Isomerase Gene Promoter in the Norm and Pathology Arkova OV, Kuznetsov NA, Fedorova OS, Kolchanov NA, Savinkova LK Acta Naturae, 2014, v.6(2), 36-40
	Сниженный уровень экспрессии генов, контролирующих тонус сосудов в почках крыс НИСАГ со стресс-зависимой артериальной гипертензией. О.Е. Редина, Л.О. Климов, Н.И. Ершов, Т.О. Абрамова, Л.Н. Иванова, А.Л. Маркель. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. N. 4/2, C. 910-919.
2013	An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
	Rat retinal transcriptome: Effects of aging and AMD-like retinopathy. Kozhevnikova OS, Korbolina EE, Ershov NI, Kolosova NG CELL CYCLE, 2013, May 6;12(11). Pages 1745 - 1761
2012	Cytochrome P450 in fluke Opisthorchis felineus: Identification and characterization. Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Katokhin AV, Merkulova TI, Mordvinov VA MOL BIOCHEM PARASIT, 2012, V. 181. No. 2. P. 190–194
	Продигиозин Serratia marcescens подавляет in vitro развитие чувствительного и устойчивого к хлорохину штаммов малярийного паразита грызунов Plasmodium berghei А.Б.Дужак, З.И.Панфилова, Т.Г.Панкова, Т.М.Игонина, О.Д.Захарова, Е.А.Васюнина Биофармацевтический журнал, 2012, Т.4, №2, С.7-13
	ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА ЧЕЛОВЕКА С ТАТА-ЭЛЕМЕНТОМ ПРОМОТОРА ГЕНА NOS2A С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА ПОВЕРХНОСТНОГО ПЛАЗМОННОГО РЕЗОНАНСА Драчкова И.А., Шеховцов С.В., Пельтек С.Е., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Аршинова Т.В., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т. 16, № 2, с. 391-396
	Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
2011	Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
	Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
	Изменение сродства ТАТА-связывающего белка к олигонуклеотидам, соответствующим ТАТА-боксам промоторов генов человека, несущим полиморфизмы, ассоциированные с наследственными заболеваниями Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, № 3, т. 15, стр. 439-447
	In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
2010	Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
	Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
	SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
	Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
	Влияние полиморфизмов ТАТА-бокса промотора гена бета-глобина человека, ассоциированный с бета-талассемией, на взаимодействие ТАТА-связывающего белка Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Информационный вестник ВОГИС, 2010, т.14, с. 698-705
	Комплексная оценка генетического полиморфизма хромосомных и внехромосомных маркеров патогенности Salmonella Enterica при помощи пульс-электрофореза Е.В.Дударева, А.В.Тронева, Ю.Г.Юшков, М.Л.Филиппенко, В.А.Афонюшкин, С.В.Леонов, В.Ю.Коптев, В.Т.Вольф, О.В.Аркова, Ю.Н.Козлова Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, №1(205)
2009	Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
	Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
	Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
2008	Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
	Увеличенное взаимодействие белка ядерных экстрактов перевиваемых опухолей печени и легких мышей с ТАТА-содержащим олигонуклеотидом Лысова М.В., Аршинова Т.В., Драчкова И.А., Кобзев В.Ф., Каледин В.И., Савинкова Л.К. B EXP BIOL MED+, 2008, Т. 145, № 1, стр.100-102
	Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с регуляцией пролиферации Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Каледин В.И., Меркулова Т.И. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, Вып. 1, Том 73: 70-75
	Изучение возможности реверсии устойчивости к хлорохину верапамилом у Plasmodium berghei - возбудителя малярии грызунов Панкова ТГ., Игонина ТМ., Майер ТВ., Рабинович СА., Максакоская ЕВ., Морозов ЕН Медицинская паразитология и паразитарные болезни, 2008, №4, 19-22
2007	Исследование связывания ядерных белков штаммов P.berghei, различающихся по чувствительности к хлорохину, с олигонуклеотидами, соответствующими регуляторным элементам гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. Биомедицинская химия, 2007, т. 53. 547-556
	Взаимодействие рекомбинантного ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами промоторов генов млекопитающих Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Пономаренко М.П., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. Экологическая генетика, 2007, Т.V, №2, 44-49
2006	Различия в связывании ядерных белков из отличающи хся по устойчивости к хлорохину штаммов P.berghei с олигонуклеотидами, соответствующими регуляторным элементам mdr1 гена Панкова Т.Г., Игонина Т.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И. B EXP BIOL MED+, 2006, т.141, N 3, с.283-286.
	An effect of the microsporidian Vairimorpha ephestiae (Microsporidia: Burenellidae) on activity and spectrum of nonspecific esterases in different tissues of the greater wax moth galleria mellonella (Lepidoptera: Pyralidae) larvae Vorontsova Ia.L., Ershov N.I., Glupov V.V. Паразитология, 2006, 40(1): 74-84
1999	Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
1997	Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 726-732

Монографии

2018	Initiation Factors Ponomarenko M., Savinkova L., Ponomarenko P., Kolchanov N.
2017	Hogness Box Ponomarenko M., Mironova V., Gunbin K., Ponomarenko P., Suslov V., Savinkova L.
2013	Hogness Box. Ponomarenko M, Mironova V, Gunbin K, Savinkova L
	Initiation Factors. Ponomarenko M, Savinkova L, Kolchanov N

Конференции

2017	Компьютерное моделирование низкомолекулярных ингибиторов эффекторного домена смерти белка FADD Иванисенко Н.В. Международный конгресс Биотехнология: состояние и перспективы развития
	Изучение эволюции генома свободноживущего плоского червя Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Turbellaria) с помощью высокопроизводительного секвенирования микродиссекционных ДНК-библиотек Задесенец КС, Березиков Е, Ершов НИ, Тупикин АЕ, Кабилов МР, Рубцов НБ. Высокопроизводительное секвенирование в геномике
	КАНДИДАТНЫЕ SNP-МАРКЕРЫ ТАТА БОКСОВ ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА ДЛЯ РЕПРОДУКТИВНОГО ПОТЕНЦИАЛА М. Пономаренко, И. Чадаева, Д. Рассказов, Е. Шарыпова, И. Драчкова, Е. Кашина, Л.К. Савинкова, П. Пономаренко, Л.В. Осадчук, А.В. Осадчук БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Long-lasting consequences of early life stress in mice: changes in gene expression and H3K4me3 profile. Bondar N.P. , Reshetnikov V.V., Studenikina A.A., Ryabushkina Yu.A., Lepeshko A.A., Ershov N.I., Merkulova T.I. 2017 Annual Meeting, Genes, Brain and Behavior
	Early life stress promotes the changes in whole-genome distribution of H3K4me3 in prefrontal cortex of adult mice. Bondar N.P., Ershov N.I., Lepeshko A.A., Reshetnikov V.V., Ryabushkina Yu.A., Merkulova T.I. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева
	The impact of early life stress on distribution of H3K4Me3 histone modification in murine prefrontal cortex: the role in gene expression. V.V. Reshetnikov, A.A. Lepeshko, N.I. Ershov, Yu.A. Ryabushkina, A.A. Studenikina, N.P. Bondar, T.I. Merkulova 24th Multidisciplinary international neuroscience and biological psychiatry "stress and behavior" conference
	Генетический контроль уровня норадреналина в гипоталамусе крыс НИСАГ и сцепленных с ним признаков О.Е. Редина, С.Э. Смоленская, Н.И. Ершов, М.А. Гилинский, Е.В. Антонов, А.Л. Маркель Международная конференция «Беляевские чтения», посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
2016	Влияние SNP rs201381696 ТАТА бокса гена LEP человека на экспрессию репортерного гена LUC Шарыпова ЕБ, Кашина ЕВ, Аркова ОВ, Бондарь НП, Аршинова ТВ, Пономаренко ПМ, Пономаренко МП, Савинкова ЛК BGRS 2016
	Genetic and molecular mechanisms crucial for hypertension development in the ISIAH rats. O.E. Redina, L.O. Klimov, M.A. Ryazanova, L.A. Fedoseeva, T.O. Abramova, Yu.V. Alexandrovich, S.E. Smolenskaya, Ye.V. Antonov, N.I. Ershov, V.M. Efimov, A.L. Markel. Десятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology), BGRS\SB-2016.
	Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of hereditary diseases predicted by a significant alteration in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, E.B. Sharypova, I.V. Chadaeva, P.M. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov BGRS\SB-2016: the International Satellite Symposium “Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2016"
	The opposing effects of short- and long-term social stress on prefrontal cortex transcriptome N.P. Bondar, L.O. Bryzgalov, N.E. Ershov, F.E. Gusev, V.V. Reshetnikov, D.F. Avgustinovich, M.V. Tenditnik, E.I. Rogaev, T.I. Merkulova BGRS\SB-2016, Symposium «Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics” (CSGB- 2016)
	The gene-expression profile of renal cortex in rats with inherited stress-induced arterial hypertension (ISIAH). Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Arcady L Markel, Olga E. Redina. Hypertension Seoul 2016
	Comparative transcriptional profiling of hypothalamus in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension and normotensive Wistar Albino Glaxo rats Leonid Klimov, Nikita Ershov, Vadim Efimov, Arcady Markel, Olga Redina Hypertension Seoul 2016
	Влияние раннего постнатального стресса на профиль распределения метки активного хроматина H3K4me3 Решетников В.В.,Лепешко А.А., Ершов Н.И., Студеникина А.А., Бондарь Н.П. VII Международная школа молодых ученых по молекулярной генетике «Геномика и биология живых существ»
	CHANGES IN THE BRAIN TRANSCRIPTOME OF OXYS RATS AS THE SIGNS OF ALZHEIMER’S DISEASE DEVELOP AND EFFECTS OF SKQ1 N.A. Stefanova, N.I. Ershov, N.A. Muraleva, N.G. Kolosova BGRS-2016 and Structure\ Systems Biology — BGRS\SB-2016 Symposium Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2016)
2015	Ассоциированные с ожирением потенциальные SNP-маркеры rs200487063, rs34104384, и rs201381696 изменяют сродство ТАТА-связывающего белка к промотору гена LEP человека Аркова О.В., Рассказов Д.А., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
	Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна, Пономаренко Михаил Павлович, Аршинова Татьяна Валентиновна, Савинкова Людмила Кузьминична 7 съезд Российского общества медицинских генетиков
	Выявление и функциональный анализ регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстого кишечника Леберфарб Е.Ю., Брызгалов Л.О., Брусенцов И.И., Дегтярева А.О., Меркулова Т.И. VII Съезд Российского общества медицинских генетиков
	Identification of functional networks associated with cell death in the retina of OXYS rats during the development of retinopathy D.V.Telegina, E.E. Korbolina, N.I. Ershov, O.S. Kozhevnikova The 7th International Young Scientists School "Systems Biology and bioinformatics" SBB-15
	Adult and infective stages of the trematode Opisthorchis felineus: different hosts – different transcriptomes. Михаил Помазной, Мария Логачева, Нил Янг, Алексей Пенин, Никита Ершов, Алексей Катохин, Вячеслав Мордвинов Infectious Disease Genomics
2014	Annotations in silico of 388 SNPs of the core-promoters of 68 human feeding behavior genes in terms of their potential associations with nervous disorders Ponomarenko M.P., Arkova O.V., Saik O.V., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Rasskazov D.A., Genaev M.A., Komyshev E.G., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. BGRS\SB-2014
	EXPERIMENTALLY VERIFIED TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES MODELS APPLIED FOR COMPUTATIONAL ANALYSIS OF CHIP-SEQ DATA. D.Y. Oshchepkov, V.G. Levitsky, I.V. Kulakovskiy, N.I. Ershov, V.J. Makeev, T.I. Merkulova. BGRS\SB-2014
	MOLECULAR MECHANISMS OF METABOLISM, EXCRETION AND DRUG TOLERANCE IN HUMAN LIVER FLUKE OPISTHORCHIS FELINEUS Maria Y. Pakharukova1*, Nikita I. Ershov1, Darya S. Pirozhkova1, Valentin A. Vavilin2, Kira S. Zadesenets1, Tatiana G. Duzhak3, Viatcheslav A. Mordvinov1 International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	The use of 3D-chromatin structure data to predict novel genes associated with the development of depression. N.P. Bondar*, L.O. Bryzgalov, N.I. Ershov, M.Yu. Matveeva Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014/International Symposium “Human Genetics”
	Annotations in silico of 388 SNPs of the core-promoters of 68 human feeding behavior genes Ponomarenko M., Arkova O., Saik O., Drachkova I., Arshinova T., Ponomarenko P., Rasskazov D., Genaev M., Komyshev E.G, Savinkova L., Kolchanov N.A. BGRS\SB-2014
2013	Comparative analysis of rat retinal transcriptome using RNA-Seq: effects of aging and AMD-like retinopathy O. S. Kozhevnikova, E. E. Korbolina, N. I. Ershov, N. G. Kolosova FEBS Congress
	Xenobiotic-metabolizing system phase 1 in Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes). Pakharukova M., Ershov N., Vavilin V., Zadesenets K., Duzhak T., Merkulova T., Mordvinov V. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”
	Research of the mechanisms of praziquantel action on fluke Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes). Pakharukova M., Ershov N., Shilov A., Katokhin A., Mordvinov V. The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”
	Xenobiotic-metabolizing system in flukes with focus on phase 1 in Opisthorchis felineus. Pakharukova M, Ershov N, Vavilin V, Zadesenets K, Duzhak T, Merkulova T, Mordvinov V. WAAVP 2013: 24TH INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE WORLD ASSOCIATION FOR THE ADVANCEMENT OF VETERINARY PARASITOLOGY
	Общие представления о системе метаболизма ксенобиотиков у трематод: характеристика фазы I, II, III биотрансформации O. felineus. Пахарукова М.Ю., Ершов Н.И., Задесенец К.С., Дужак Т.Г., Вавилин В.А., Мордвинов В.А. V Всероссийский Съезд (05ВСПО) Паразитологического общества РАН
	Выявление патофизиологических механизмов преэклампсии методом полногеномного анализа экспрессии Трифонова Е.А., Ершов Н.И., Ворожищева А.Ю., Степанов В.А. High-throughput Sequencing in Genomics
2012	WHOLE GENOME ANALYSIS OF THE DEVELOPMENT GENES REGULATED BY TRANSCRIPTION FACTORS IN MICE AND D. RERIO USING THE CHIP-SEQ TECHNOLOGY Orlov Yu., Ershov N., Vinata S., Kondrikhin I., Matavan I., Afonnikov D., Kolchanov N. III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).
	Organization of xenobiotic-metabolizing system phase 1 in Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes) Мaria Y. Pakharukova, Nikita I. Ershov, Valentin А. Vavilin, Kira Zadesenets, Alexei V. Katokhin, Tatiana I. Merkulova, Viatcheslav A. Mordvinov 12th International Symposium on Flatworm Biology
	Organization of xenobiotic-metabolizing system phase 1 in Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes). Maria Y. Pakharukova, Nikita I. Ershov, Valentin A. Vavilin, Alexei V. Katokhin, Tatiana G. Duzhak, Tatiana I. Merkulova, Viatcheslav A. Mordvinov The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
	Experimental examining of prognoses in silico TBP binding to TATA box with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Ponomarenko M.P., Arshinova T.V., Kolchanov N.A. The eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
	In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy I.V., Makeev V.J. The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
	In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data. V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy, Makeev V.J. SysPatho workshop «Systems biology and medicine»
2011	Влияние полиморфизмов ТАТА-боксов, ассоциированных с наследственными заболеваниями человека, на взаимодействие с hТВР Драчкова И.А.. Савинкова Л.К., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. II-nd International conference Physico-Chemical Biology dedicated to the 85th anniversary of academician Dmitri G. Knorre.
	Анализ данных массовой иммунопреципитации хроматина с помощью экспериментально верифицированных методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA Ощепков Д. Ю., Левицкий В. Г. , Кулаковский И. В., Ершов Н. И., Васильев Г.В., Меркулова Т. И. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»
	ЦИТОХРОМ P450 У ПАРАЗИТИЧЕСКИХ ПЛОСКИХ ЧЕРВЕЙ НА ПРИМЕРЕ ВОЗБУДИТЕЛЯ ОПИСТОРХОЗА OPISTHORCHIS FELINEUS М.Ю. Пахарукова, Н.И. Ершов, В.А. Вавилин, Е.В. Воронцова, А.В. Катохин, Т.И. Меркулова, В.А. Мордвинов II международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
	Идентификация ортологов рецептора тиреоидного гормона у плоских червей Opisthorchis felineus. Воронцова Е.В., Пахарукова М.Ю., Ершов Н.И., Катохин А.В., Меркулова Т.И., Мордвинов В.А. II международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
	Выявление регуляторных SNP, ассоциированных с различными заболеваниями, с использованием данных ChIP-seq. Меркулова Т.И., Антонцева Е.В., Брызгалов Л.О., Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Васильев Г.В., Драчкова И.А., Матвеева М.Ю., Колчанов Н.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияние мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Савинкова Л.К., Захаренко Л.П., Пинтус С.С., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН. № 11. “Биологическое разнообразие”. Подпрограмма “Генофонды и генетическое разнообразие”. Сборник материалов. – Москва: ИОГен. 2011. С. 100-104.
2010	prognosis and verification of the TATA SNP effects V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, I.A. Drachkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
	SNPs in the hiv-1 TATA box and the aids pandemic V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010
	ТАТА-боксы вносят вклад в норму реакции Суслов В.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А. Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург
	SNP ТАТА-бокса ВИЧ-1 и пандемия СПИД Суслов В.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Ефимов В.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Проблемы экологии. Чтения памяти проф. М.М.Кожова. Иркутск, 2010
	SNPs IN THE HIV-1 TATA BOX AND THE AIDS PANDEMIC V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov (6) IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky Crimean meeting."Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution".
	«Прогноз и экспериментальная проверка изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам промотров генов человека, содержащим полиморфизмы». – Драчкова ИА., Пономаренко РМ., Пономаренко МП., Аршинова ТВ., Савинкова ЛК., Колчанов НА. «Первые Международные Беккеровские чтения» (27-29 мая 2010)
	Experimental verification of the prognosis human TBP/TATA affinity change as a result of polymorphisms associated with hereditary pathologies I.A. Drachkova., P.M. Ponomarenko., T.V. Arshinova., M.P. Ponomarenko., L.K. Savinkova., N.A. Kolchanov. BGRS
	Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов. Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И. I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»
2009	Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control. N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin. 34th FEBS Congress.
	Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с контролем пролиферации Меркулова Т.И., Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Пахарукова М.Ю., Кропачев К.Ю., Пивоварова Е.Н., Каледин В.И. V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров.
2008	the precise equilibrium equation of TBP/TATA-binding predicts human familial diseases upon mutations Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Drachkova I.A., Lysova M.V., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
	Транскрипционные факторы FOXA как потенциальные опухолевые супрессоры в печени Т.И. Меркулова, Л.О. Брызгалов, Н.И. Ершов, Д.Ю. Ощепков, М.Ю. Пахарукова, К.Ю. Кропачев, В.И. Каледин Всероссийская конференция "Молекулярная онкология", г. Новосибирск
	Транскрипционные факторы FOXA как потенциальные опухолевые супрессоры в печени Т.И. Меркулова, Л.О. Брызгалов, Н.И. Ершов, Д.Ю. Ощепков, М.Ю. Пахарукова, К.Ю. Кропачев, В.И. Каледин. Всероссийская конференция с международным участием "Молекулярная онкология"
2007	ПОВЫШЕННАЯ ДНК-СВЯЗЫВАЮЩАЯ АКТИВНОСТЬ TATA-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА В ЭКСТРАКТАХ ЯДЕР ПЕРЕВИВАЕМЫХ ОПУХОЛЕЙ ПЕЧЕНИ И ЛЕГКОГО МЫШЕЙ Лысова М.В., Аршинова Т.В., Драчкова И.А., Каледин В.И., Савинкова Л.К. II Cъезд Общества клеточной биологии совместно с Юбилейной конференцией, посвященной 50-летию Института цитологии РАН. Санкт-Петербург, 16 - 19 октября 2007
2006	Взаимодействие белков транскрипционного комплекса РНК-полимеразы II с олигорибонуклеотидами Драчкова И.А., Репкова М.Н., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Савинкова Л.К. Международная конференция "Физико-химическая биология", посвященная 80-летию со дня рождения академика Д.Г. Кнорре. Новосибирск, июль 2006

Гранты

2016	Выяснение эпигенетических механизмов отсроченного влияния раннего постнатального стресса на формирование когнитивных расстройств у взрослых особей РНФ, номер гранта 16-15-10131
	Функциональное исследование систем метаболизма и транспорта ксенобиотиков трематоды Opisthorchis felineus РФФИ, номер гранта 16-04-00356
2015	Функциональные свойства ферментов системы эксцизионной репарации оснований ДНК, содержащих природные и искусственные мутации РФФИ, номер гранта 16-04-00037 А
	Выявление и функциональный анализ регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстого кишечника с использованием доступных данных ChIP-seq, ChIA-PET и RNA-seq РФФИ, номер гранта 15-04-05780 А
	Выявление молекулярно-генетических предпосылок развития ранних нейродегенеративных изменений в мозге и сетчатке РФФИ, номер гранта 15-04-06066 А
2014	Поиск функционально значимых полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов человека и их комплексное экспериментальное изучение РФФИ, номер гранта 14-04-00485а
	Генетика гипертензивных состояний: исследование и анализ транскриптома почки, надпочечника и отделов мозга у крыс линии НИСАГ со стресс-чувствительной артериальной гипертонией, поиск новых молекулярных мишеней для терапии и профилактики РНФ, номер гранта 14-15-00118
	Поиск функционально значимых полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов человека и их комплексное экспериментальное изучение РФФИ, номер гранта 14-04-00485
2013	Реконструкция молекулярно-генетического аппарата секреторного комплекса возбудителя описторхоза Opisthorchis felineus (Trematoda, Platyhelminthes) РФФИ, номер гранта 13-04-00662 А
	Компьютерно-экспериментальное исследование по идентификации генов и функционированию экскреторно-секреторного комплекса паразитов Opisthorchiidae РФФИ, номер гранта № 1304-00662a
	Анализ данных полногеномных исследований с целью выявления новых генов, участвующих в механизмах развития депрессивных состояний РФФИ, номер гранта № 13-04-01077
	Полногеномный поиск SNPs, способствующих возникновению активирующих мутаций, для формирования новой группы маркёров предрасположенности к канцерогенезу Президиум РАН, номер гранта 23
2011	Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий Министерство образования и науки РФ, номер гранта 16.512.11.2274
	Экспериментально-компьютерное исследование механизмов метаболизма ксенобиотиков у печеночных сосальщиков семейства Opisthorchiidae Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 11-04-01333a
	Раннее выявление мутаций в генах EGFR и K-Ras для диагностики и развития персонализированных методов лечения немелкоклеточного рака легких Президиум РАН, номер гранта 23
2010	Экспериментально-теоретическое исследование связанных с различными заболеваниями полиморфизмов ТАТА-боксов и их ближайшего окружения в промоторах генов человека РФФИ, номер гранта 10-04-00462-а
	Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных Министерство образования и науки Российской Федерации, номер гранта 02.740.11. 0705
2009	Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
	ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
	Изучение конкурентных взаимоотношений транскрипционных факторов семейства Fox в регуляции экспресии генов печени и их роли в гепатоканцерогенезе РФФИ, номер гранта 09-04-00562-а
2008	Поиск генов, контролирующих реакцию организма при эмоциональном стрессе, и изучение их экспрессии на модели крыс НИСАГ с наследуемой индуцируемой стрессом артериальной гипертензией РФФИ, номер гранта 08-04-01048
2006	Интегральные механизмы регуляции липидного обмена и воспалительного ответа в макрофагах: роль ядерных гормональных рецепторов РФФИ, номер гранта 06-04-48273
	Изучение антионкогенных свойств факторов транскрипции HNF3 в печени мышей и крыс и выяснение механизмов, обеспечивающих снижение активности этих факторов под действием гепатоканцерогенных соединений Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 06-04-48575a
2005	Изучение генетической детерминации уровня артериального давления в покое и в условиях эмоционального стресса на модели крыс НИСАГ с наследуемой индуцируемой стрессом артериальной гипертензией РФФИ, номер гранта 05-04-48567

Научное руководство

2017	Компьютерно-экспериментальное изучение влияния SNPs кор-промоторов генов ожирения на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком человека Полякова Алена Александровна 2017-05-28
2012	Анализ взаимодействия ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами, полиморфные варианты которых ассоциированы с сердечно-сосудистыми заболеваниями человека Аркова Ольга Владимировна Генетика, 2012-05-06
2010	Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2010-06-10
2008	Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2008-06-18