1.     Основное направление исследований

• Механизмы процесса инактивации Х-хромосомы у самок млекопитающих
• Эмбриональные и региональные стволовые клетки
• Репрограммирование дифференцированных соматических клеток к плюрипотентному состоянию

2.     Задачи, решаемые в рамках основного направления на данном этапе:

1. Исследование динамики изменений, происходящих в смысловой и антисмысловой транскрипции, модификациях хроматина, локализации и частоте использования ориджинов репликации ДНК и связывании транскрипционных факторов в центре инактивации обыкновенных полевок.
2. Импринтированная инактивация Х-хромосомы у грызунов: модификации хроматина и природа импринтинга.
3. Разработка и применение эффективных методов получения региональных стволовых клеток и индуцированных плюрипотентных клеток для генетической и клеточной терапии заболеваний человека.
4.  Создание панели изогенных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека, несущих мутации, связанные с развитием различных форм амиотрофического бокового склероза.
5. Поиск подходов к коррекции мутантного фенотипа крыс Браттлборо с наследственным несахарным диабетом посредством применения плюрипотентных клеток с искусственно исправленным генотипом.
6. Разработка подходов для тканевой инженерии сосудов.

Аннотация базового бюджетного проекта подразделения

Бюджетный проект VI.60.2 «Индуцированные плюрипотентные стволовые клетки. Экспериментальное использование клеточных технологий для воспроизводства и коррекции патологических состояний» (координатор проекта: д.б.н. проф. С.М.Закиян). 

Цель проекта – создание клеточных моделей для моделирования и коррекции заболеваний человека, а также исследование статуса Х-хромосомы в индуцированных плюрипотентных стволовых клетках.

3.     При наличии прикладных результатов (что желательно) должен быть введен еще один раздел «Прикладные разработки».

Прикладных разработок нет.

4.     Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет  

Впервые получены трофобластные стволовые (ТС) клеточные линии обыкновенной полевки в отсутствие фактора FGF4.

Из бластоцист обыкновенной полевки M.rossiaemeridionalis с использованием полевочьего фактора LIF, ингибирующего дифференцировку, и питающего (фидерного) слоя клеток, в отсутствие фактора FGF4 были получены три независимые ТС клеточные линии. Полевочьи ТС клетки похожи на мышиные по морфологии, по экспрессии генов транскрипционных факторов, по способности при дифференцировке in vitro давать производные трофэктодермальной зародышевой линии, по способности инвазировать и разрушать ткани хозяина с образованием героррагических опухолей после инъекции ТС клеток мышам nude (рис.1). В полевочьих ТС клетках наблюдается импринтированная инактивация отцовской Х-хромосомы, что характерно для трофобластной зародышевой линии. Было показано, что у мыши фактор FGF4 и его рецептор FGFR2 являются эмбриональными сигнальными факторами, ответственными за поддержание недифференцированного состояния мультипотентных ТС клеток. Наши данные говорят о возможности существования другого сигнального пути, ответственного за установление и стабильную пролиферацию полевочьих ТС клеток.

Рисунок 1. Образование опухоли после инъекции ТС клеток полевки в мышь nude. (А) Общий вид опухоли. (B-D) Гистологические срезы гематомы. Окрашивание гематоксилином-эозином. (В) Поперечный срез центральной части гематомы через 35 дней после инъекции. (С) Увеличенное изображение отмеченного участка опухоли на рис.B; гистологический срез гематомы через кровеносный капилляр (D). (А) зона некроза, (В) пролиферирующие клетки, (С) гигантские клетки, (С₁) дифференцирующиеся гигантские клетки, (C₂) дегенерирующие гигантские клетки, (T_R) ткани реципиента, (V) кровеносный сосуд.

Изучено распределение модификаций хроматина на неактивной Х-хромосоме у обыкновенной полевки.

Проведено сравнение распределения некоторых гистоновых модификаций на метафазных пластинках клеток экстраэмбриональной эндодермы и фибробластов полевки M.rossiaemeridionalis, которые являются примерами импринтированной и случайной инактивации Х-хромосомы. Х-хромосома M.rossiaemeridionalis несет большой блок конститутивного гетерохроматина, обогащенный повторяющейся ДНК, что делает данный вид хорошей моделью для изучения структуры хроматина. В фибробластах полевки и в большинстве клеток экстраэмбриональной эндодермы в молчание неактивной Х-хромосомы, по-видимому, включено два типа факультативного гетерохроматина (рис.2). Первый обогащен триметилированием H3K27 и убиквитинированием H2A и солокализуется с бэндингом Xist РНК, тогда как второй тип гетерохроматина связан с триметилированием H3K9 и гетерохроматиновым белком HP1. Блок конститутивного гетерохроматина на Х-хромосоме M.rossiaemeridionalis имеет такой же распределение модификаций, как и второй тип факультативного хроматина. Распределение гистоновых модификаций, белка HP1 и Xist РНК на неактивной Х-хромосоме полевки одинаково в случае импринтированной и случайной инактивации Х-хромосомы.

Рисунок 2. Два типа факультативного гетерохроматина на неактивной Х-хромосоме в XEN клетках M.rossiaemeridionalis.a H3K27me3 (зеленый). b H3K9me3 (зеленый). с HP1ß (зеленый) и FK2 (красный). Метафазные пластинки окрашены DAPI (синий). Активная (X_a) и неактивная (X_i) Х-хромосомы показаны головками стрелок и стрелками соответственно. d Распределение HP1ß на активной и неактивной хромосомах. e Увеличенное изображение неактивной Х-хромосомы с линейным сканированием интенсивности DAPI (синий), HP1ß (зеленый) и FK2 (красный).

Обнаружено, что у грызунов основным репрессором гена Xist (ключевого гена процесса инактивации Х-хромосомы у самок млекопитающих) является транскрипция антисмыслового гена Tsix.

Известно, что у мыши регуляция ключевого гена центра инактивации Xist, запускающего процесс инактивации Х-хромосомы, во многом зависит от транскрипции окружающих его некодирующих ядерных РНК Enox, Tsix, Xite (Lee et al., 1999, 2001, 2010). В данной работе восстановлена полная картина экзон-интронной структуры и границ транскриптов в ближайшем окружении гена Xist у полевки и крысы, и проведено сравнение с аналогичными данными, полученными на мыши (Рис. 3А). Установлено, что у полевок и крысы значительно изменены экзон-интронная структура, промоторные районы, точки старта и терминации транскрипции ядерной РНК Enox, а также отсутствует транскрипция, соответствующая регуляторному элементу Xite, которые у мыши играют важную роль в регуляции гена Xist. Показано, что основной промотор, структура и паттерн экспрессии гена Tsix консервативны у полевки, крысы и мыши, что позволяет предполагать его основную роль в регуляции гена Xist у грызунов. Показано, что большая часть РНК гена Tsix полевки и крысы, также как и у мыши, не подвергается сплайсингу (Рис. 3Б) и, вероятно, осуществляет репрессию гена Xist за счет транскрипции в районе его промотора.

Рисунок 3. (А) Экзон-интронная структура и границы некодирующих ядерных РНК (Enox, Xist, Tsix, Xite) и белок-кодирующих генов (Lrrrn, Slc7a3) в центре инактивации Х-хромосомы у грызунов: мыши, крысы и полевки. (Б) Нозерн-блот анализ паттерна экспрессии гена Tsix у тринадцатидневных эмбрионов полевки и крысы.

Впервые показано, что экспрессия гена Xist, инициирующего процесс инактивации Х-хромосомы у самок млекопитающих, находится под контролем гормона эстрогена.

В промоторе гена Xist, обнаружены консервативные сайты связывания эстрогенового рецептора. В экспериментах с использованием люциферазных конструкций, содержащих промоторную область гена Xist мыши, показано, что при индукции эстрадиолом экспрессия репортерного гена статистически значимо усиливается в дифференцированных соматическим клетках и не изменяется в эмбриональных стволовых клетках (Рис.4). Полученные результаты позволяют заключить, что экспрессия гена Xist может находиться под влиянием эстрогена в момент запуска процесса инактивации.

Получены доказательства, что импринтированная инактивация Х-хромосомы у самок млекопитающих имеет происхождения от процесса мейотического сайленсинга половых хромосом в сперматогенезе.

Показано, что у мыши и полевки неактивная структура Х-хромосомы на постмейотических стадиях развития в сперматогенезе самцов и на ранних этапах процесса импринтированной инактивации Х-хромосомы в эмбриогенезе самок обеспечивается.

Рисунок 4. Влияние эстрадиола (E2) на активность промотора гена Xist в эмбриональных стволовых клетках (ЭСК) и фибробластах. На схеме отмечены границы двух репортерных конструкций 12 и 3 (зелеными скобками), расположение консервативных сайтов рецептора эстрогена (ER), старта транскрипции гена Xist и района минимального промотора (P min). На гистограммах отражена относительная люциферазная активность репортерных конструкций 12 и 3 в эмбриональных стволовых клетках и фибробластах мыши, обработанных (+E2) и необработанных эстрадиолом.

Рисунок 5. Сходство модификаций хроматина, используемых при инактивации Х и Y-хромосом в мейотической инактивации (А, Б) и на ранних стадиях импринированной инактивации Х-хромосомы в TS-клетках мыши(В) и полевки (Г). HP1, H3K9me3 – модификации неактивного хроматина. Стрелкой показаны неактивные Х-хромосомы.

Единой системой сайленсинга: HP1/3meH3K9. Единство спектра и паттерна модификаций хроматина на постмейотических стадиях сперматогенеза и на ранних этапах импринтированной инактивации Х-хромосомы свидетельствуют в пользу того, что половой хроматин в сперматогенезе и инактивация Х-хромосомы на ранних этапах импринтированной инактивации могут осуществляться за счет сходных механизмов, и подтверждает предположение о том, что мейотическая инактивация может представлять собой исходный механизм импринтированной инактивации Х-хромосомы.

Впервые показано, что в репрессии гена Xist на активной Х-хромосоме принимает участие фактор CTCF, который связывается с его промоторной областью и играет роль инсулятора.

В инактивации гена Xist на активной Х-хромосоме принимает участие фактор CTCF, который связывается с промоторной областью и играет роль инсулятора (рис.6). Консервативный сайт связывания фактора CTCF выявляется в 5' районе гена Xist у грызунов и человека, что свидетельствует об его функциональной значимости.

Рисунок 6. CTCF взаимодействует с промотором гена Xist на активной X-хромосоме.

Показано, что механизмы и динамика процесса импринтированной инактивации Х-хромосомы в предымплантационном развитии у грызунов имеют значительные видоспецифические отличия.

Обнаружены существенные отличия в составе и картине распределения репрессивных модификаций хроматина в процессе импринтированной инактивации Х-хромосомы у полевки и мыши (рис.9). Эти данные свидетельствуют о значительном разнообразии механизмов регуляции процесса импринтированной инактивации и свидетельствуют о различных потребностях в дозовой компенсации генов Х-хромосомы на ранних стадиях эмбрионального развития у грызунов. 

Рисунок 7. Видоспецифические особенности хроматина неактивной Х-хромосомы при импринтированной инактивации на предимплантационных стадиях развития у полевки M. levis. Иммунофлуоресцентное окрашивание модификаций неактивного хроматина (H3K9me3 – зеленый и H3K27me3 - серый) совместно с РНК FISH (Xist РНК – красный) на стадии бластоцисты.

Разработан эффективный протокол направленной дифференцировки плюрипотентных стволовых клеток человека в предшественники васкулярных клеток.

Для этого предложено проводить направленное получение васкулярных предшественников, дифференцируя плюрипотентные клетки в монослое на культуральной поверхности, обработанной коллагеном четвертого типа.

Рисунок 8. Направленная дифференцировка плюрипотентных клеток человека в предшественники васкулярных клеток и далее их дифференцировка в эндотелиальные и гладкомышечные клетки. Полученные дифференцированные производные экспрессируют характерные поверхностные (CD31, CD34, PDGFRα, CD146) антигены, выявляемые с помощью проточной цитофлуориметрии и флуоресцентного окрашивания. 

Рисунок 9. Оценка функциональности эндотелиальных клеток. Эндотелиальные клетки (CD31, vWF) нарабатывают компоненты внеклеточного матрикса: фибронектин, коллаген, эластин (А), и поглощают ацетилированную форму липопротеина низкой плотности (Б).

Рисунок 10. Пролиферация эндотелиальных клеток на различных типах матриксов, лазерная сканирующая конфокальная микроскопия. А – эндотелиальные клетки, меченные красителем митохондрий (красный), пролиферирующие на поверхности децеллюляризированого скэфолда сосуда человека (зеленый), окрашенного антителами к фибронектину; Б – эндотелиальные клетки на поверхности из поликапролактона, покрытого коллагеном 4 типа, окраска антителами к коллагену 1 типа (красный) и фибронектину (зеленый); В – эндотелиальные клетки на поверхности из лавсана, покрытого желатином, окраска антителами к CD31(зеленый), коллагену 1 типа (красный) и фибронектину (желтый), справа – распределение активно пролиферирующих клеток, окраска митохондриальным красителем TMRM (красный).

Разработка высокоэффективных технологий получения индуцированных плюрипотентных клеток (ИПСК) человека без генетической модификации геномов клеток.

Показано, что полноценные ИПСК человека можно получить из фетальных нейральных стволовых клеток с помощью временной сверхэкспрессии гена OCT4 без интеграции плазмидной ДНК в геном клетки. Было обнаружено, что репрограммирование ФНСК, имеющих набор половых хромосом ХХ, не сопровождается эпигенетической реактивацией неактивной Х-хромосомы.

Рисунок 11. Иммуноцитохимический анализ клеток полученных в результате дифференцировки ИПСК in vitro. Синий цвет – окраска ядер клеток красителем DAPI, зеленый цвет - окраска клеток с помощью антител к коллагену I (А), β-III-тубулину (Б), фибронектину (В), цитокератину 18 (Г), транскрипционному фактору GATA6 (Д) и нестину (Е). Иммуноцитохимический анализ показал, что полученные в результате выполнения проекта ИПСК являются плюрипотентными, то есть, способны дифференцироваться в производные всех трех примитивных зародышевых листков.

5.     Задачи, планируемые на перспективу: 

• Создание и исследование изогенной модели бокового амиотрофического склероза, на основе плюрипотентных клеток человека, несущих миссенс-мутации в гене SOD1;
• Изучение эффективности и безопасности коррекции мутантного фенотипа крыс линии Браттлеборо с помощью плюрипотентных клеток с отредактированным генотипом;
• Создание и исследование изогенной модели болезни Паркинсона с ранним началом, на основе плюрипотентных клеток человека несущих делецию третьего экзона гена PARKIN (PARK2);
• Эпигенетический и транскрипционный статус Х-хромосомы человека в плюрипотентных стволовых клетках и их дифференцированных производных;
• Создание и использование клеточных моделей для сравнительного анализа процесса нейродегенерации при наследственной и спорадической форме болезни Альцгеймера.

Бывшие сотрудники

Совместители

Публикации

2012	A regulatory potential of the Xist gene promoter in vole M. rossiaemeridionalis. Orishchenko KE, Pavlova SV, Elisaphenko EA, Sherstyuk VV, Prinz AV, Shevchenko AI, Dementyeva EV, Zakian SM PloS One, 2012, 2012;7(5):e33994. Epub 2012 May 11.
2011	Human induced pluripotent stem cells derived from fetal neural stem cells successfully undergo directed differentiation into cartilage Medvedev S.P., Grigor’eva E.V., Shevchenko A.I., Malakhova A.A., Dementyeva E.V., Shilov A.A., Pokushalov E.A., Zaidman A.M., Aleksandrova M.A., Plotnikov E.Yu., Sukhikh G.T., Zakian S.M. STEM CELLS DEV, 2011, V. 20. № 6. P. 1099-1112.
	Functional Analysis of the Xist Promoter Region in Mouse Mus musculus A. M. Korotkova, E. A. Elisaphenko, and S. M. Zakian RUSS J GENET+, 2011, Т.47, №1, стр.140-144
2010	Difference between random and imprinted X inactivation in common voles E.V. Dementyeva, A.I. Shevchenko, O.V. Anopriyenko, N.A. Mazurok, E.A. Elisaphenko, T.B. Nesterova, N. Brockdorff, S.M. Zakian. CHROMOSOMA, 2010, V. 119, № 5. P. 541-552.
	Взаимное расположение двух семейств тандемных повторов в гетерохроматине ржи Евтушенко Е.В., Елисафенко Е.А., Вершинин А.В. Molecular Biology, 2010, Т.44, №1, с.5-12
2009	FGF4 independent derivation of trophoblast stem cells from the common vole Grigor'eva EV, Shevchenko AI, Mazurok NA, Elisaphenko EA, Zhelezova AI, Shilov AG, Dyban PA, Dyban AP, Noniashvili EM, Slobodyanyuk SY, Nesterova TB, Brockdorff N, Zakian SM PloS One, 2009, 4(9): e7161.
	Monoallelic gene expression in mammals Zakharova IS, Shevchenko AI, Zakian SM CHROMOSOMA, 2009, V. 118. №3. Р. 279-290.
	Mosaic heterochromatin of the inactive X chromosome in vole Microtus rossiaemeridionalis A.I. Shevchenko, S.V.Pavlova, E.V. Dementyeva, S.M. Zakian. MAMM GENOME, 2009, № 9-10, V. 20, P. 644-653
	X-chromosome upregulation and inactivation two sides of the dosage compensation mechanism in mammals E.V. Dementyeva, A.I. Shevchenko, S.M. Zakian. BIOESSAYS, 2009, № 1, V. 31, P. 21-28.
2008	A Dual Origin of the Xist Gene from a Protein-Coding Gene and a Set of Transposable Elements E.A. Elisaphenko, N.N. Kolesnikov, A.I. Shevchenko, I.B. Rogozin, T.B. Nesterova, N. Brockdorff, S.M. Zakian PloS One, 2008, Jun 25;3(6):e2521
	Oct4 и Nanog – ключевые гены в системе поддержания плюрипотентности клеток млекопитающих Медведев С.П., Шевченко А.И., Мазурок Н.А., Закиян С.М. RUSS J GENET+, 2008, Т 44. № 12. С. 1589-1608.
	Structure and expression pattern of Oct4 gene are conserved in vole Microtus rossiaemeridionalis Medvedev SP, Shevchenko AI, Elisaphenko EA, Nesterova TB, Brockdorff N, Zakian SM. BMC GENOMICS, 2008, V. 9. N 162. doi:10.1186/1471-2164-9-162
2007	DNA content of the B chromosomes in grasshopper Podisma kanoi Storozh. (Orthoptera, Acrididae) Bugrov AG, Karamysheva TV, Perepelov EA, Elisaphenko EA, Rubtsov DN, Warchalowska-Sliwa E, Tatsuta H, Rubtsov NB CHROMOSOME RES, 2007, 15(3):315-25
	Genes flanking Xist in mouse and human are separated on the X chromosome in American marsupials Shevchenko AI, Zakharova IS, Elisaphenko EA, Kolesnikov NN, Whitehead S, Bird C, Ross M, Weidman JR, Jirtle RL, Karamysheva TV, Rubtsov NB, Vandeberg JL, Mazurok NA, Nesterova TB, Brockdorff N, Zakian SM CHROMOSOME RES, 2007, V. 15. N. 2. P. 127-136.
	The structure and evolution of the MaSMC4 gene of common vole Microtus arvalis (Arvicolidae, Rodentia) Pavlova SV, Elisafenko EA, Zakiian SM RUSS J GENET+, 2007, 43,2,159-169
2006	Novel genes identified by manual annotation and microarray expression analysis in the pancreas Mazzarelli J.M., White P., Gorski R., Brestelli J., Pinney D.F., Arsenlis A., Katokhin A., Belova O., Bogdanova V., Elisafenko E., Gubina M., Nizolenko L., Perelman P., Puzakov M., Shilov A., Trifonoff V., Vorobjeva N., Kolchanov N., Kaestner K.H., Stoeck GENOMICS, 2006, V. 88, № 6, P. 752-761.
	Памяти Л.И. Корочкина Жимулёв И.Ф., Васильева Л.А., Закиян С.М. Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т. 10. № 3. С. 604-607.

Монографии

2012	Генетические и эпигенетические механизмы предымплантационного развития мыши. Сорокин Михаил Алексеевич

Конференции

2012	Получение и характеристика плюрипотентных стволовых клеток крыс линий Brattleboro и WAG Немудрый А.А., Стекленева А.Е., Васькова Е.А. мнск 2012 г. новосибирск
	Получение модели наследственного гипоталамического несахарного диабета на основе плюрипотентных стволовых клеток крыс линии Brattleboro Немудрый А.А., Стекленева А.Е., Васькова Е.А. Ломоносов-2012
	Создание плазмидных и аденовирусных векторов, предназначенных для получения индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека Ковлягина И.С., Дементьева Е.В. 50-я юбилейная Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс»
	Модификации неактивного хроматина при различных формах сайленсинга Х-хромосомы у грызунов Шевченко А.И., Дементьева Е.В., Павлова С.В., Григорьева Е.В., Закиян С.М. Хромосома 2012, Новосибирск, 2-7 сентября
2011	Индуцированные плюрипотентные стволовые клетки - модели для изучения патогенеза заболеваний и источник материала для заместительной клеточной терапии Медведев С.П. IX научная конференция "Генетика человека и патология: актуальные проблемы современной цитогенетики"
2009	Характеристика трофобластных стволовых клеток полевок рода Microtus. Григорьева Е.В., Шевченко А.И., Мазурок Н.А., Закиян С.М. Пятый Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров Москва, 21-28 июня 2009
	Получение индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека С.П. Медведев, Е.В. Григорьева, А.А. Малахова, А.И. Шевченко, Д.А. Савушкина, В.В. Бернвальд, И.А. Соболев, С.М. Закиян. Материалы Всероссийской научной школы-конференции для молодежи «Аутологичные стволовые клетки: экспериментальные и клинические исследования»
2007	Трофобластные стволовые клетки обыкновенных полевок как модель для изучения in vitro процессов имплантации и плацентации Е.В.Григорьева, А.И.Шевченко, П.А.Дыбан, А.П.Дыбан, Н.А.Мазурок, С.М.Закиян Симпозиум с международным участием "Клеточные, молекулярные и эволюционные аспекты морфогенеза", Москва
2006	Protein-coding genes surrounding Xist in mouse and human are separated in the American marsupials Monodelphis domestica and Didelphis virginiana Zakharova I.S., Shevchenko A.I., Elisaphenko E.A., Ross M., Weidman J., Jirtle R., Vandeberg J., Nesterova T., Karamysheva T., Rubtsov N., Zakian S, Brockdorff N. 2nd Conference on X-inactivation
	X chromosome inactivation in trophoblast stem cells of common vole M.rossiaemeridionalis (Arvicolidae, Rodentia) N.A. Mazurok, E.V. Grigoreva, A.I. Shevchenko, P.A. Dyban, A.P. Dyban, S.M. Zakian. Вторая международная конференция по инактивации Х-хромосомы

Гранты

2012	Импринтировнная инактивация Х-хромосомы у грызунов: модификации хроматина и природа импринтинга РФФИ, номер гранта 12-04-31704
	Поиск подходов к коррекции мутантного фенотипа крыс Браттлборо с наследственным несахарным диабетом посредством применения плюрипотентных клеток с искусственно исправленным генотипом РФФИ, номер гранта 12-04-00208-a
2011	Участие в 2-ой международной конференции по Х-инактивации с докладом «Инактивация Х-хромосомы в трофобластных стволовых клетках обыкновенной полевки M.rossiaemeridionalis (Arvicolidae, Rodentia)» РФФИ, номер гранта 06-04-58917-з
	Участие в международном симпозиуме "50 лет исследования инактивации Х-хромосомы" РФФИ, номер гранта 11-04-09493
	Репрограммирование дифференцированных соматических клеток человека к плюрипотентному состоянию РФФИ, номер гранта 11-04-00847
2009	Развитие технологии получения индуцированных стволовых клеток человека, пригодных для клеточной и генной терапии Президиум СО РАН
	Федеральная целевая программа «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009-2013 годы. Научно-исследовательские работы по теме: «Исследование влияния экзогенной двуцепочечной ДНК человека на активацию и формирование противоракового адаптивного иммунитета и разработка принципиально новых подходов в использовании препарата нового поколения Панаген» Номер гранта Гос.контракт №02.740.11.0091
	Направленные изменения структуры генома - новый подход к управлению активностью генов Государственный контракт «Роснаука», номер гранта 02.512.11.2065
	Эпигенетические механизмы регуляции экспрессии генов эукариот в ходе онтогенеза Грант по программе «Молекулярная и клеточная биология», номер гранта Грант по программе «Молекулярная и клеточная биология» по проекту институтов СО РАН в программах РАН №22, подраздел 22.11 (№ А.II.6 в 2011 г.)
	Изучение механизмов пространственно-временной устойчивости популяций филлофагов и разработка методов регуляции численности насекомых вредителей сельского и лесного хозяйства Грант по интеграционному междисциплинарному проекту СО РАН, номер гранта 46
	Трехмерные культуры клеток: исследование культивирования стволовых и первичных клеток с целью получения дифференцированной хрящевой ткани, пригодной для заместительной терапии Грант по проекту СО РАН, выполняемому совместно со сторонними организациями, номер гранта 59
2008	Изменения структуры хроматина в процессе инактивации Х-хромосомы у обыкновенных полевок РФФИ, номер гранта 08-04-00346
2007	Равенство полов или дозовая компенсация генов Х хромосом у самок плацентарных млекопитающих РФФИ, номер гранта 07-04-11508
	Разработка новых способов регуляции экспрессии генов у эукариот Государственный контракт, номер гранта 02.512.12.2018
2006	Структура и эволюция центра инактивации XIC/Xic X-хромосом млекопитающих Направление исследований №7 – «Генетические механизмы биологической эволюции и корреляция биогеологических событий», в рамках программы №18 «Происхождение и эволюция биосферы» (подпрограмма 2)
	Стволовые клетки - основа клеточных биотехнологий будущего Междисциплинарный интеграционный проект фундаментальных исследований СО РАН, номер гранта 14.1
2005	Анализ функционирования антисмысловых генов Xist/Tsix и их регуляторных элементов в центре инактивации Х-хромосомы у обыкновенных полевок Грант по программе «Молекулярная и клеточная биология»
	Исследование экспрессии генов Oct4 и Nanog в плюрипотентных клетках обыкновенных полевок рода Microtus РФФИ, номер гранта 05-04-48692
2004	Сравнительный анализ структурной организации терминальных районов хромосом ржи РФФИ, номер гранта 04-04-48813

Научное руководство

2012	Создание плазмидных и аденовирусных векторов, предназначенных для получения индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека Ковлягина Ирина Сергеевна Биология, 2012-06-05
2011	Центр инактивации Х-хромосомы обыкновенных полевок: характеристика последовательнгостей ДНК и анализ экспрессии генов Малахова Анастасия Александровна 03.02.07 - генетика, 2011-11-29
	Регуляция транскрипции гена Tsix у домовой мыши и восточноевропейской полевки. Кузнецова Татьяна Олеговна Генетика, 2011-11-15
	Паттерн метилирования ДНК регуляторных областей генов Oct4 и Nanog полевки Microtus rossiaemeridionalis Филатова Анна Владимировна 2011-06-02
	Определение и анализ регуляторных районов гена Xist полевки Microtus rossiaemerisionalis Орищенко Константин Евгеньевич 03.02.07 - генетика, 2011-04-06
2010	Гены центра инактивации и модификации хроматина активной и неактивной Х-хромосом у сумчатых Захарова Ирина Сергеевна 03.02.07 - генетика, 2010-04-29
	Получение и характеристика трофобластных стволовых клеток обыкновенных полевок рода Microtus (Arvicolidae, Rodentia) Григорьева Елена Викторовна 03.02.07 - генетика, 2010-04-28
	Статус экспрессии генов и модификации хроматина на активной и неактивной Х-хромосоме у обыкновенных полевок Дементьева Елена Вячеславовна 03.02.07 - генетика, 2010-04-28
2009	Функциональный анализ промоторной области гена Xist мыши (Mus musculus) Короткова Анна Михайловна Генетика, 2009-06-01
	Стуктура, регуляция и экспрессия генов Oct4 и Nanog у обыкновенных полевок рода Microtus (Arvicolidae, Rodentia) Медведев Сергей Петрович Генетика - 03.00.15, 2009-01-28
2008	ИССЛЕДОВАНИЕ РЕГУЛЯТОРНОЙ ОБЛАСТИ ГЕНА TSIX ПОЛЁВКИ MICROTUS ROSSIAEMERIDIONALIS Жукова Ольга Андреевна Генетика, 2008-06-02
2006	ИССЛЕДОВАНИЕ РЕГУЛЯТОРНОЙ ОБЛАСТИ ГЕНА XIST ПОЛЁВКИ MICROTUS ROSSIAEMERIDIONALIS Орищенко Константин Евгеньевич Генетика, 2006-06-03
2004	Получение эмбриональных стволовых (ЭС) клеток полевок рода Microtus и гибридов ЭС клеток мыши с соматическими клетками полевок Ситникова Наталья Анатольевна , 2004-06-01