 |
Publications
| 2023 |
Impact of Negative Feedbacks on De Novo Pyrimidines Biosynthesis in Escherichia coli.
Akberdin I.R.; Kozlov K.N.; Kazantsev F.V.; Fadeev S.I.; Likhoshvai V.A.; Khlebodarova T.M.
[INT J MOL SCI]
|
|
State-of the-art in constraint-based modeling of microbial metabolism: from basics to context-specific models with a focus on methanotrophs
Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R
[Microorganisms]
|
| 2021 |
A Modular Mathematical Model of Exercise-Induced Changes in Metabolism, Signaling, and Gene Expression in Human Skeletal Muscle
Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Sharipov R.N., Vertyshev A.Y., Vinogradova O.L., Popov, D.V., Kolpakov F.A.
[INT J MOL SCI]
|
| 2020 |
Integrated Modular Model Linking Metabolism, Signaling Transduction and Gene Expression Regulation in Human Skeletal Muscle
I.R. Akberdin, I.N. Kiselev, S.S. Pintus, A.Yu. Vertyshev, P.A. Makhnovskii, D.V. Popov, F.A. Kolpakov
[CEUR workshop proceedings]
|
|
A Genome-Scale Metabolic Model of 2,3-Butanediol Production by Thermophilic Bacteria Geobacillus icigianus
Kulyashov M., Peltek S.E., Akberdin I.R.
[Microorganisms]
|
|
The Phylogeny of Class B Flavoprotein Monooxygenases and the Origin of the YUCCA Protein Family
Turnaev I.I., Gunbin K.V., Suslov V.V., Akberdin I.R., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A.
[Plants]
|
|
Математическая модель, связывающая Ca2+-зависимый сигнальный путь с регуляцией экспрессии генов в клетках скелетной мышцы человека
Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Пинтус С.С., Попов Д.В., Колпаков Ф.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы
и воспоминания
М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин
[Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
|
| 2019 |
Muconic acid production from methane using rationally-engineered methanotrophic biocatalysts
Calvin A. Henard, Ilya R. Akberdin, Marina G. Kalyuzhnaya, Michael T. Guarnieri
[GREEN CHEM]
|
|
Модульная графическая модель энергетического метаболизма в клетках скелетной мышцы
Киселев И.Н., Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Попов Д.В., Колпаков Ф.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2018 |
MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS
Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Methane utilization in Methylomicrobium alcaliphilum 20Z R: a systems approach
Ilya R. Akberdin, Merlin Thompson, Richard Hamilton, Nalini Desai, Danny Alexander, Calvin A. Henard, Michael T. Guarnieri, Marina G. Kalyuzhnaya
[SCI REP-UK]
|
|
Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis.
Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[PloS One]
|
|
Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR
Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya
[Frontiers in Microbiology]
|
| 2016 |
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation
Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X.
[BMC PLANT BIOL]
|
| 2015 |
Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass
Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I. R., Peltek S.E.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants
Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2014 |
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants
Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[PloS One]
|
|
Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы
Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Рекомбинантные штаммы Saccharomyces cerevisiae для получения этанола из растительной биомассы
А.С. Розанов, А.В. Котенко, И.Р. Акбердин, С.Е. Пельтек
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией
Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ
Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко
[МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА]
|
|
«Электронная клетка»: проблемы и перспективы.
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus
М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Моделирование утилизации нитрита клетками Escherichia coli: анализ потоков
Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Акбердин И.Р., Ри Н.А., Фадеев С.И., Лихошвай В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2012 |
Новые возможности системы MGSmodeller
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ
Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2010 |
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems
I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev
[Progress in Analysis and its Applications]
|
| 2009 |
Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е.
[Сибирские электронные математические известия]
|
|
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana
В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2007 |
Inheritance of litter size at birth in farmed arctic foxes (Alopex lagopus, Canidae, Carnivora)
Axenovich TI, Zorkoltseva IV, Akberdin IR, Beketov SV, Kashtanov SN, Zakharov IA, Borodin PM.
[HEREDITY]
|
|
А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana
Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
| 2006 |
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms
I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov
[BIOPHYSICS]
|
|
Changes in litter size in Kerry Blue Terrier dogs with abnormal dentition
Zorkoltseva I.V., Akberdin I.R., Kulikova A.V, Knyazev S.V, Borodin P.M, Axenovich T.I.
[RUSS J GENET+]
|
|
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата
Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
|
