Dmitry Oshchepkov Department: Laboratory of Evolutionary Bioinformatics and Theoretical Genetics Pluralist: Kurchatov Genomic Center of the Institute of Cytology and Genetics of the Siberian Branch of the RAS Laboratory of Stress Response Genetics in Arterial Hypertension Room: 1129 Email: diman@bionet.nsc.ru Work phone: +7 (383) 363-49-63*1129

Publications

2024	A Principal Components Analysis and Functional Annotation of Differentially Expressed Genes in Brain Regions of Gray Rats Selected for Tame or Aggressive Behavior Irina Chadaeva, Rimma Kozhemyakina, Svetlana Shikhevich, Anton Bogomolov, Ekaterina Kondratyuk, Dmitry Oshchepkov, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel [INT J MOL SCI]
	Crosstalk between BER and NHEJ in XRCC4-deficient cells depending on hTERT overexpression Svetlana V. Sergeeva,Polina S. Loshchenova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Konstantin E. Orishchenko [INT J MOL SCI]
	Effect of Short-Term Restraint Stress on the Expression of Genes Associated with the Response to Oxidative Stress in the Hypothalamus of Hypertensive ISIAH and Normotensive WAG Rats. Makovka Y.V., Oshchepkov D.Y., Fedoseeva L.A., Markel A.L., Redina O.E. [Antioxidants]
	Effect of Short-Term Restraint Stress on the Hypothalamic Transcriptome Profiles of Rats with Inherited Stress-Induced Arterial Hypertension (ISIAH) and Normotensive Wistar Albino Glaxo (WAG) Rats Dmitry Yu. Oshchepkov, Yulia V. Makovka , Larisa A. Fedoseeva, Alisa A. Seryapina, Arcady L. Markel, Olga E. Redina [INT J MOL SCI]
	Restraint Stress-Induced Expression of Fos and Several Related Genes in the Hypothalamus of Hypertensive ISIAH Rats Yu. V. Makovka, L. A. Fedoseeva, D. Yu. Oshchepkov, A. L. Markel, and O. E. Redina. [Molecular Biology]
	The Transcriptomic Response of Cells of the Thermophilic Bacterium Geobacillus icigianus to Terahertz Irradiation Sergey Peltek, Svetlana Bannikova,Tamara M. Khlebodarova, Yulia Uvarova, Aleksey M. Mukhin, Gennady Vasiliev, Mikhail Scheglov, Aleksandra Shipova, Asya Vasilieva, Dmitry Oshchepkov, Alla Bryanskaya, Vasily Popik [INT J MOL SCI]
2023	Age-Dependent Changes in the Relationships between Traits Associated with the Pathogenesis of Stress-Sensitive Hypertension in ISIAH Rats Oshchepkov DY, Makovka YV, Ponomarenko MP, Redina OE, Markel AL. [INT J MOL SCI]
	Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. [INT J MOL SCI]
	Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M [INT J MOL SCI]
	InterTransViewer: сравнительное описание профилей дифференциальной экспрессии генов из разных экспериментов А.В. Тяпкин, В.В. Лавреха, Е.В. Убогоева, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская [Vavilov journal of genetics and breeding]
	RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	The complex role of transcription factor GAGA in germline death during Drosophila spermatogenesis: transcriptomic and bioinformatic analyses Fedorova S, Dorogova NV, Karagodin DA, Oshchepkov DY, Brusentsov II, Klimova NV, Baricheva EM. [PeerJ]
	База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2022	Stress reactivity, susceptibility to hypertension, and differential expression of genes in hypertensive compared to normotensive patients Oshchepkov D, Chadaeva I, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Khandaev B, Sharypova E, Ponomarenko P, Bogomolov A, Klimova NV, Shikhevich S, Redina O, Kolosova NG, Nazarenko M, Kolchanov NA, Markel A, Ponomarenko M. [INT J MOL SCI]
	Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. [INT J MOL SCI]
	Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin [INT J MOL SCI]
	Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека. Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2021	A bioinformatics model of human diseases on the basis of differentially expressed genes (of domestic versus wild animals) that are orthologs of human genes associated with reproductive-potential changes. Vasiliev G, Chadaeva I, Rasskazov D, Ponomarenko P, Sharypova E, Drachkova I, Bogomolov A, Savinkova L, Ponomarenko M, Kolchanov N, Osadchuk A, Oshchepkov D, Osadchuk L. [INT J MOL SCI]
	Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. [Frontiers in Genetics]
	Domestication explains two-thirds of differential-gene-expression variance between domestic and wild animals; the remaining one-third reflects intraspecific and interspecific variation Chadaeva I, Ponomarenko P, Kozhemyakina R, Suslov V, Bogomolov A, Klimova N, Shikhevich S, Savinkova L, Oshchepkov D, Kolchanov N, Markel A, Ponomarenko M. [Animals]
	E. coli aggregation and impaired cell division after terahertz irradiation. 1. Peltek S, Meshcheryakova I, Kiseleva E, Oshchepkov D, Rozanov A, Serdyukov D, Demidov E, Vasiliev G, Vinokurov N, Bryanskaya A, Bannikova S, Popik V, Goryachkovskaya T. [SCI REP-UK]
2020	Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova [INT J MOL SCI]
	Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N. [INT J MOL SCI]
	Construction of a biosensor sensitive to terahertz radiation based on the glutamine synthetase gene promoter Irina Meshcheryakova, Tatyana Goryachkovskaya, Svetlana Bannikova, Alexey Rozanov, Elizaveta Demidova, Dmitry Oshchepkov, Evgeniy Demidov, Alla Bryanskaya, Nikolay Vinokurov, Vasiliy Popik, Sergey Peltek [AIP CONFERENCE PROCEEDINGS]
	Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of protein-coding genes on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome. Ponomarenko M., Kleshchev M., Ponomarenko P., Chadaeva I., Sharypova E., Rasskazov D., Kolmykov S., Drachkova I., Vasiliev G., Gutorova N., Ignatieva E., Savinkova L., Bogomolov A., Osadchuk L., Osadchuk A., Oshchepkov D. [BMC GENET]
	Genes associated with cognitive performance in the Morris water maze: an RNA-seq study Vasiliy V. Reshetnikov, Polina E. Kisaretova, Nikita I. Ershov, Anastasia S. Shulyupova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Natalia V. Klimova, Anna V. Ivanchihina, Tatiana I. Merkulova, Natalia P. Bondar [SCI REP-UK]
	Migration of primordial germline cells is negatively regulated by surrounding somatic cells during early embryogenesis in Drosophila melanogaster Dorogova N.V., Khruscheva A.S., Galimova Iu.A., Oshchepkov D.Yu., Maslov D.E., Shvedkina E.D., Akhmetova K.A., Fedorova S.A. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Миграцию клеток зародышевой линии в раннем эмбриогенезе Drosophila melanogaster негативно регулируют окружающие соматические клетки. Дорогова Н.В., Хрущева А.С., Галимова Ю.А., Ощепков Д.Ю., Маслов Д.Е., Шведкина Е.Д., Ахметова К.А., Фёдорова С.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2019	A rat model of human behavior provides evidence of natural selection against underexpression of aggressiveness-related genes in humans. Oshchepkov D., Ponomarenko M., Klimova N., Chadaeva I., Bragin A., Sharypova E., Shikhevich S., Kozhemyakina R. [Frontiers in Genetics]
	A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive analysis of motifs co-occurrence with MCOT package Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E., Grosse I., Mironova V., Merkulova T. [NUCLEIC ACIDS RES]
	Стволовые раковые клетки: «служба спасения» для опухолей в условиях генерализованного клеточного стресса Ефремов Я.Р., Проскурина А.С., Поттер Е.А., Долгова Е.В., Ефремова О.В., Ощепков Д.Ю., Колчанов Н.А., Богачев С.С. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
2018	Gene Expression in the Three-Spined Stickleback (Gasterosteus aculeatus) of Marine and Freshwater Ecotypes S. M. Rastorguev, A. V. Nedoluzhko, N. M. Gruzdeva, E. S. Boulygina, S. V. Tsygankova, D. Y. Oshchepkov, A. M. Mazur, E. B. Prokhortchouk, K. G. Skryabin [Acta Naturae]
	Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya [Frontiers in Microbiology]
	Изучение генной экспрессии при адаптации к гипотоническим условиям на примере трехиглой колюшки (Gasterosteus aculeatus) Расторгуев С. М., Недолужко А. В., Груздева Н. М., Булыгина Е. С., Цыганкова С. В., Ощепков Д. Ю. Мазур А. М., Прохорчук Е. Б., Скрябин К. Г. [Acta Naturae]
	Изучение ответа микроорганизмов на нетермическое воздействие терагерцового излучения. Банникова С.В., Мещерякова И.А., Тимофеева М., Демидова Е.В., Розанов А.С., Старостин К.В., Демидов Е.А., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. [материалы XIX Зимней Школы ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии]
2017	Expression Dynamics of the REL, RELA, and IRF1 Transcription Factors in U937 Macrophages after Dioxin Exposure E. V. Kashina, D. Yu. Oshchepkov, E. V. Antontseva, M. Yu. Shamanina, D. P.Furman, V. A. Mordvinov [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV [Frontiers in Plant Science]
	The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y. [Acta Naturae]
2016	Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1 V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova [COMPUT BIOL CHEM]
	Динамика экспрессии транскрипционных факторов REL, RELA и IRF1 в макрофагоподобной линии U937 после воздействия диоксина. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Шаманина М.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ ЭЛЕКТРОМАГНИТНОГО ИЗЛУЧЕНИЯ ТЕРАГЕРЦОВОГО ДИАПАЗОНА НА ПРОТЕОМ ЭКСТРЕМОФИЛЬНОЙ АРХЕИ HALORUBRUM SACCHAROVORUM Горячковская Т.Н., Константинова С.Г., Мещерякова И.А., Банникова С.В., Демидов Е.А., Брянская А.В., Щеглов М.А., Семенов А.И., Ощепков Д.Ю., Попик В.М., Пельтек С.Е. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2015	Dioxin-mediated regulation of expression IL-12 family cytokines in human macrophages as a factor of tumor promotion by TCDD E. Kashina, D. Oshchepkov, A. Shilov, E. Antontseva, D. Furman, V. Mordvinov [European Journal of Cancer Supplements]
	Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites. Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
2014	A PROPOSED MECHANISM OF TRANSACTIVATION BY BODY BURDEN DIOXIN OF HERPES SIMPLEX VIRUS GENES MIGHT BE RESPONSIBLE FOR WEAKENING THE HOST ANTIVIRAL DEFENSE Tsyrlov IB, Shur IN, Wu JS, Furman D, Oshchepkov DY [Organohalogen Compounds]
	Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova [BMC GENOMICS]
	Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман [Vavilov journal of genetics and breeding]
2013	Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. [FEBS J]
	From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites. Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V. [Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
	Reconstruction of the Mechanisms that Regulate the Expression of the Escherihia coli yfiA Gene under Stress Conditions. T. M. Khlebodarova, D. Yu. Oshchepkov, N. V. Tikunova, I. V. Babkin, A. D. Gruzdev, and V. A. Likhoshvai [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2012	ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Xenobiotical virology: novel mechanistic concept of hazardous human viruses upregulation by body burden level of dioxins via AhR-mediated transcriptional pathway. Tsyrlov, I., Shur, I., Oshchepkov, D., Pokrovsky, A. [INT J INFECT DIS]
	Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А [Медицинский академический журнал]
2011	Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. [COMPUT BIOL CHEM]
	Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	In silico prediction of transcriptional factor-binding sites. Oshchepkov DY, Levitsky VG [Methods in Molecular Biology]
	Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. [Doklady Akademii Nauk]
2010	Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. [Информационный вестник ВОГИС]
	Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. [Цитокины и воспаление]
	Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов [Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
2009	Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov [COMPUT BIOL CHEM]
	Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов [Информационный вестник ВОГИС]
	Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов [Информационный вестник ВОГИС]
	Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. [Информационный вестник ВОГИС]
2008	Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI. [BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
	Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB [Organohalogen Compounds]
	Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов [Успехи физиологических наук]
2007	Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A. [BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
	Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC [BRIEF BIOINFORM]
	Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I [Organohalogen Compounds]
	Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. [Doklady Biochemistry and Biophysics]
	Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. [Doklady Akademii Nauk]
	Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. [BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
2006	Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A. [BIOCHEM BIOPH RES CO]
2004	SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. [NUCLEIC ACIDS RES]
2001	Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov [BIOINFORMATICS]