| 2023 |
Impact of Negative Feedbacks on De Novo Pyrimidines Biosynthesis in Escherichia coli.
Akberdin I.R.; Kozlov K.N.; Kazantsev F.V.; Fadeev S.I.; Likhoshvai V.A.; Khlebodarova T.M.
[INT J MOL SCI]
|
| 2021 |
Evolution and extinction can occur rapidly: a modeling approach.
Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M.
[PeerJ]
|
| 2020 |
Causes of global extinctions in the history of life: facts and hypotheses.
Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Limit сycles in models of circular gene networks regulated by negative feedbacks.
Likhoshvai V.A., Golubyatnikov V.P., Khlebodarova T.M.
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
On the dynamical aspects of local translation at the activated synapse
Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Likhoshvai V.A.
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Причины массовых вымираний в истории жизни: факты и гипотезы
Хлебодарова Т.М. Лихошвай В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2019 |
Molecular mechanisms of non-inherited antibiotic tolerance in bacteria and archaea.
Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[Molecular Biology]
|
|
Молекулярные механизмы ненаследуемой толерантности к антибиотикам у бактерий и архей.
Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Molecular Biology]
|
|
О стационарных решениях уравнения с запаздывающими аргументами: модель локальной трансляции в синапсе.
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2018 |
Dynamic landscape of the local translation at activated synapses.
Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Trifonova E.A., Likhoshvai V.A.
[MOL PSYCHIATR]
|
|
MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS
Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Persister cells – a plausible outcome of neutral coevolutionary drift.
Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[SCI REP-UK]
|
|
Мембранный потенциал как механизм регуляции активности периплазматической нитритредуктазы: математическая модель.
Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Об эквивалентности использования запаздывающих аргументов и уравнений переноса при моделировании динамических систем.
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2017 |
Chaos and hyperchaos in simple gene network with negative feedback and time delays.
Khlebodarova T.M., Kogai V.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Multiple Scenarios of Transition to Chaos in the Alternative Splicing Model
Kogai V.V., Likhoshvai V.A., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M.
[INT J BIFURCAT CHAOS]
|
|
Phenotypic variability of bacterial cell cycle: mathematical model.
Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
О связи свойств одномерных отображений управляющих функций с хаосом в уравнениях специального вида с запаздывающим аргументом.
Лихошвай В.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Стазис и периодичность в эволюции глобальной экосистемы: минимальная логистическая модель
Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2016 |
Chaos and Hyperchaos in a Model Of Ribosome Autocatalytic Synthesis
Лихошвай В.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Хлебодарова Т.М.
[SCI REP-UK]
|
|
On numerical study of periodic solutions of a delay equation in biological models.
Fadeev S.I., Kogai V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[Journal of Applied and Industrial Mathematics]
|
|
On the control mechanisms of the nitrite level in Escherichia coli cells: the mathematical model.
Khlebodarova T.M., Ree N.A., Likhoshvai V.A.
[BMC MICROBIOL]
|
|
О численном исследовании периодических решений уравнения с запаздывающим аргументом в биологических моделях.
Фадеев С.И., Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
|
Фенотипическая множественность клеточного цикла бактерий: математическая модель
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2015 |
Alternative splicing can lead to chaos
Likhoshvai V.A., Kogai V.V., Fadeev S.I., Khlebodarova T.M.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
On the distribution of auxin concentrations in root horizontal layer cells.
Novoselova E.S., Mironova V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
On the types of bacterial growth laws
Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным
Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
О механизмах утилизации нитрита клетками Escherichia coli при культивировании их в условиях стационарного роста.
Ри Н.А., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
О типах законов роста бактерий
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Сложная динамика в системах альтернативного сплайсинга мРНК: математическая модель
Когай В.В., Хлебодарова Т.М., Фадеев С.И., Лихошвай В.А.
[Вычислительные технологии]
|
|
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Программные системы: теория и приложения]
|
| 2014 |
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants
Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[PloS One]
|
|
Gene Expression and Secondary mRNA Structures in Different Mycoplasma Species
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Mathematical model of the Tat-Rev regulation of HIV-1 replication in an activated cell predicts the existence of oscillatory dynamics in the synthesis of viral components
Vitaly A Likhoshvai, Tamara M Khlebodarova, Sergei I Bazhan, Irina A Gainova, Valery A Chereshnev, Gennady A Bocharov
[BMC GENOMICS]
|
|
Mathematical modeling of bacterial cell cycle: The problem of coordinating genome replication with cell growth.
Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
New evidence of an old problem: the coupling of genome replication to cell growth in bacteria
Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[RUSS J GENET+]
|
|
О распределениях концентраций ауксина в клетках горизонтального слоя корня
Новоселова Е.С., Миронова В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution
Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS
Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
On the chaos in gene networks
VITALY A. LIKHOSHVAI, STANISLAV I. FADEEV,VLADISLAV V. KOGAI, TAMARA M. KHLEBODAROVA
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Pathogenesis and Treatment of HIV Infection: The Cellular, the Immune System and the Neuroendocrine Systems Perspective
V. A. Chereshnev, G. Bocharov, S. Bazhan, B. Bachmetyev, I. Gainova, V. Likhoshvai, J. M. Argilaguet, J. P. Martinez, J. A. Rump, B. Mothe, C. Brander, A. Meyerhans
[INT REV IMMUNOL]
|
|
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ
Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко
[МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА]
|
|
Reconstruction of the Mechanisms that Regulate the Expression of the Escherihia coli yfiA Gene under Stress Conditions.
T. M. Khlebodarova, D. Yu. Oshchepkov, N. V. Tikunova, I. V. Babkin, A. D. Gruzdev, and V. A. Likhoshvai
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters
Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
«Электронная клетка»: проблемы и перспективы.
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Генные сети
Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Исследование математической модели перераспределения вещества в кольцевом ансамбле клеток
С. И. Фадеев, В. В. Когай, В. В. Миронова, Н. А. Омельянчук, В. А. Лихошвай
[Сибирский журнал вычислительной математики]
|
|
Моделирование утилизации нитрита клетками Escherichia coli: анализ потоков
Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Акбердин И.Р., Ри Н.А., Фадеев С.И., Лихошвай В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
О сдвиге регуляторного сигнала в моделях матричного синтеза.
Лихошвай В.А., Фадеев С.И.
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
|
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса.
Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК: математическая модель.
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Экспрессия генов и вторичные структуры в мРНК в разных видах Mycoplasma
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе.
Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2012 |
Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance
Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA.
[ANN BOT-LONDON]
|
|
Бистабильность системы утилизации нитрита Escherichia coli: анализ математической модели.
Ри Н. А., Хлебодарова Т. М., Когай В. В., Фадеев С. И., Лихошвай В. А.
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
|
Новые возможности системы MGSmodeller
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ
Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2010 |
A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root
Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A.
[BMC SYST BIOL]
|
|
Metabolic Engineering in Silico
Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ree M.T., Kolchanov N.A.
[APPL BIOCHEM MICRO+]
|
|
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems
I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev
[Progress in Analysis and its Applications]
|
|
On properties of solutions to equations of multistage substance synthesis.
Demidenko G.V., Likhoshvai V.A., Melnik I.A.
[ANAL APPL]
|
|
Studying the mathematical models for the matrix synthesis of non-regular polymers of DNA, RNA and proteins
Fadeev S.I., Likhoshvai V.A., Shtokalo D.N., Korolev V.K.
[Сибирские электронные математические известия]
|
|
О некоторых нелинейных динамических системах, моделирующих несимметричные генные сети.
Ю.А.Гайдов, В.П. Голубятников, В.А. Лихошвай
[Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика.]
|
|
О применении метода отображения по параметру для численного исследования биологических моделей// Сибирские электронные математические известия(СЭМИ) (Siberian Electronic Mathematical Reports, http://semr.math.nsc.ru, 2010, Т.7, с. 394-412
Лихошвай В.А., Фадеев С.И.
[Сибирские электронные математические известия]
|
|
О существовании и устойчивости циклов в пятимерных моделях генных сетей.
В.П. Голубятников, И.В. Голубятников, В.А. Лихошвай.
[Сибирский журнал вычислительной математики]
|
| 2009 |
Study of a Mathematical Model for the Autoregulation of Hes7 Protein Synthesis.
adeev S. I., Omel’yanchuk N. A., Likhoshvai V.A.
[Journal of Applied and Industrial Mathematics]
|
|
Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е.
[Сибирские электронные математические известия]
|
|
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа
Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа
С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов
[BIOPHYSICS]
|
|
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana
В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений
Г. В. Демиденко, В. А. Лихошвай, А. В. Мудров
[Дифференциальные уравнения]
|
|
Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7
Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
|
Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7.
Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
|
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений
Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А
[Сибирские электронные математические известия]
|
|
О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений
Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А.
[Сибирские электронные математические известия]
|
| 2007 |
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes.
S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai, D.N. Shtokalo
[Journal of Applied and Industrial Mathematics]
|
|
A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis
Evgeniya A Oshchepkova-Nedosekina, Vitalii A Likhoshvai
[THEOR BIOL MED MODEL]
|
|
Correlation of codon biases and potential secondary structures with mRNA translation efficiancy in unicellular organisms
Vladimirov NV, Likhoshvai VA, Matushkin YG
[Molecular Biology]
|
|
Generalized Hill function method for modeling molecular processes
Vitaly Likhoshvai and Alexander Ratushny
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture
Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Study of a Model of Linear Biomolecular Synthesis with Reversible Processes
S.I. Fadeev, V.A. Likhoshvai and D.N. Shtokalo
[Journal of Applied and Industrial Mathematics]
|
|
А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana
Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения
Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А.
[RUSS J DEV BIOL+]
|
| 2006 |
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms
I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov
[BIOPHYSICS]
|
|
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта:рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности
А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай
[BIOPHYSICS]
|
|
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата
Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом
Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова
[SIBERIAN MATH J+]
|
| 2005 |
GeneNet in 2005.
E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2004 |
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот.
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный
[Molecular Biology]
|
| 2003 |
Data Mining Techniques in Bioinformatics
Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V.
[Pattern Recognition and Image Analysis]
|
| 2002 |
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks.
Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
|
