Timofey Ivanisenko Department: Laboratory of Computer-Assisted Proteomics Pluralist: Kurchatov Genomic Center of the Institute of Cytology and Genetics of the Siberian Branch of the RAS Laboratory of artificial intelligence and big genomic data (t. 213) Room: 1320 Email: itv@bionet.nsc.ru Work phone: +7 (383) 363-49-63*1320

Publications

2024	AI-Assisted Identification of Primary and Secondary Metabolomic Markers for Postoperative Delirium Ivanisenko VA, Rogachev AD, Makarova A-LA, Basov NV, Gaisler EV, Kuzmicheva IN, Demenkov PS, Venzel AS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Kolchanov NA, Plesko VV, Moroz GB, Lomivorotov VV, Pokrovsky AG [INT J MOL SCI]
	An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA [INT J MOL SCI]
2023	Primary and Secondary micro-RNA Modulation the Extrinsic Pathway of Apoptosis in Hepatocellular Carcinoma Khlebodarova TM, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Lavrik IN, Ivanisenko VA. [Molecular Biology]
	Accurate noise-robust classification of Bacillus species from MALDI-TOF MS spectra using a denoising autoencoder Yulia E. Uvarova, Pavel S. Demenkov, Irina N. Kuzmicheva, Artur S. Venzel, Elena L. Mischenko, Timofey V. Ivanisenko, Vadim M. Efimov, Svetlana V. Bannikova, Asya R. Vasilieva, Vladimir A. Ivanisenko and Sergey E. Peltek [J INTEGR BIOINFORM]
	Gene networks for use in metabolomic data analysis of blood plasma from patients with postoperative delirium Ivanisenko V.A., Basov N.V., Makarova A.A., Venzel A.S., Rogachev A.D., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Kleshchev M.A., Gaisler E.V., Moroz G.B., Plesko V.V., Sotnikova Y.S., Patrushev Y.V., Lomivorotov V.V., Kolchanov N.A., Pokrovsky A.G. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Prioritization of potential pharmacological targets for thedevelopment of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction andanalysis of associative gene networks help. Demenkov P.S., Antropova E.A., Adamovskaya A.V., Mishchenko E.L., Khlebodarova T.M., Ivanisenko T.V., Ivanisenko N.V., Venzel A.S., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R. Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V. Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko [J INTEGR BIOINFORM]
	Молекулярно-генетические пути регуляции вирусом гепатита С экспрессии клеточных факторов PREB и PLA2G4C, играющих важную роль для репликации вируса Е.Л. Мищенко, А.А. Макарова, Е.А. Антропова, А.С. Вензель, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Первичная и вторичная микро-РНК модуляция внешнего пути апоптоза при гепатоцеллюлярной карциноме Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Антропова Е.А., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. [Молекулярная биология]
	Применение генных сетей к анализу результатов метаболомного скрининга плазмы крови пациентов с послеоперационным делирием В.А. Иванисенко, Н.В. Басов, А.А. Макарова, А.С. Вензель, А.Д. Рогачев, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.А. Клещев, Е.В. Гайслер, Г.Б. Мороз, В.В. Плеско, Ю.С. Сотникова, Ю.В. Патрушев, В.В. Ломиворотов, А.Г. Покровский [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Приоритизация потенциальных фармакологических мишеней для создания лекарств против гепатокарциномы, модулирующих внешний путь апоптоза, на основе реконструкции и анализа ассоциативных генных сетей П. С. Деменков, Е. А. Антропова, А. В. Адамовская, Е. Л. Мищенко, Т. М. Хлебодарова, Т. В. Иванисенко, Н. В. Иванисенко, А. С. Вензель, И. Н. Лаврик, В. А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova, T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko [Vavilov journal of genetics and breeding]
2022	Computer analysis of regulation of hepatocarcinoma marker genes hypermethylated by HCV proteins. Antropova E.A., Khlebodarova T.M., Demenkov P.S., Venzel A.S., Ivanisenko N.V., Gavrilenko A.D., Ivanisenko T.V., Adamovskaya A.V., Revva P.M., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients V. A. Ivanisenko, E. V. Gaisler, N. V. Basov, A. D. Rogachev, S. V. Cheresiz, T. V. Ivanisenko, P. S. Demenkov, E. L. Mishchenko, O. P. Khripko, Yu. I. Khripko, S. M. Voevoda, T. N. Karpenko, A. J. Velichko, M. I. Voevoda, N. A. Kolchanov, A. G. Pokrovsky [SCI REP-UK]
	The New Version of the ANDDigest Tool with Improved AI-Based Short Names Recognition Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko [INT J MOL SCI]
	Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С. Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовская А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2021	Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko [Vavilov journal of genetics and breeding]
2020	ANDDigest: a new web-based module of ANDSystem for the search of knowledge in the scientific literature Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Nikita V. Ivanisenko, Alexander N. Savostianov, Vladimir A. Ivanisenko [BMC BIOINFORMATICS]
	Young «oil site» of the Uzon Caldera as a habitat for unique microbial life Sergey E. Peltek, Alla V. Bryanskaya, Yuliya E. Uvarova, Aleksey S. Rozanov, Timofey V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Elena V. Lazareva, Olga V. Saik, Vadim M. Efimov, Sergey M. Zhmodik, Oxana P. Taran, Nikolay M. Slynko, Sergey V. Shekhovtsov, Valentin N. Parmon, Nikolay L. Dobretsov, Nikolay A. Kolchanov [BMC MICROBIOL]
2019	A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression Vladimir A. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Olga V. Saik [BMC BIOINFORMATICS]
	Prioritization of genes involved in endothelial cell apoptosis by their implication in lymphedema using an analysis of associative gene networks with ANDSystem Olga V. Saik, Vadim V. Nimaev, Dilovarkhuja B. Usmonov, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko [BMC MED GENOMICS]
	Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins Ivanisenko VA, Ivanisenko TV, Saik OV, Demenkov PS, Afonnikov DA, Kolchanov NA. [Methods in Molecular Biology]
	Приоритизация генов картофеля, вовлеченных в формирование селекционно-значимых признаков, с использованием базы знаний SOLANUM TUBEROSUM. Деменков П.С., Сайк О.В., Иванисенко Т.В., Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Иванисенко В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2018	FunGeneNet: a web tool to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. [BMC GENOMICS]
	Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu Bragina, Maxim B. Freidin, Irina A. Goncharova, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Ralf Hofestaedt, Inna N. Lavrik, Evgeny I. Rogaev, Vladimir A. Ivanisenko [BMC MED GENOMICS]
	Prediction of Bacterial and Archaeal Allergenicity with AllPred Program Bragin A, Sokolov V, Demenkov P, Ivanisenko T, Bragina EY, Matushkin YG and Ivanisenko V [Molecular Biology]
	Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu., Maxim B. Freidin, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Evgeniy L. Choynzonov, Ralf Hofestaedt, Vladimir A. Ivanisenko [J INTEGR BIOINFORM]
	База знаний SOLANUM TUBEROSUM: раздел по молекулярно-генетической регуляции метаболических путей Т.В. Иванисенко, О.В. Сайк, П.С. Деменков, В.К. Хлесткин, Е.К. Хлесткина, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
2017	A Metagenomic Study of Benthic Microbial Communities of Saline Lakes of the Novosibirsk Oblast A. V. Bryanskaya, Yu. E. Uvarova, A. S. Rozanov, T. K. Malup, E. V. Lazareva, O. P. Taran, O.P. Daguruva, Т. V. Ivanisenko, S. E.Peltek [13th International conference on salt lake research. Ulan-Ude, Buryat State University Publishing Department.]
	Biodiversity of the microbial mat of the Garga hot spring Rozanov A. S., Bryanskaya A. V., Ivanisenko T. V., Malup T. K., Peltek S. E. [BMC EVOL BIOL]
	Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ АВТОМАТИЧЕСКОГО ИЗВЛЕЧЕНИЯ ЗНАНИЙ ИЗ ТЕКСТОВ НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ БАЗЫ ЗНАНИЙ SOLANUM TUBEROSUM О.В. САЙК, П.С. ДЕМЕНКОВ, Т.В. ИВАНИСЕНКО, Н.А. КОЛЧАНОВ, В.А. ИВАНИСЕНКО [Сельскохозяйственная биология]
2016	Interactome of the hepatitis C virus: Literature mining with ANDSystem Saik OV, Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA [VIRUS RES]
	Molecular associations of Primary Open-Angle Glaucoma with potential comorbid diseases (POAG-associome) Olga V Saik, Natalia A Konovalova, Pavel S Demenkov, Timofey V Ivanisenko, Evgeny D Petrovskiy, Nikita V Ivanisenko, Dinara E Ivanoshchuk, Maria N Ponomareva, Olga S Konovalova, Inna N. Lavrik, Nikolay A Kolchanov, Vladimir A Ivanisenko [Biotecnología Aplicada]
	NACE: A web-based tool for prediction of intercompartmental efficiency of human molecular genetic networks Olga V. Popik, Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko [VIRUS RES]
	МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА ЭКСТРЕМАЛЬНЫХ ЭКОСИСТЕМ; МЕТАГЕНОМНЫЙ ПОДХОД С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов [Acta Naturae]
	Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия процессов ответа клетки на механический стресс и нейронального апоптоза при первичной открытоугольной глаукоме Сайк О.В., Коновалова Н.А., Деменков П.С., Иванисенко Н.В., Иванисенко Т.В., Иванощук Д.Е., Пономарева М.Н., Коновалова О.С., Подколодная О.А., Лаврик И.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Молекулярно-генетические механизмы регуляции процессов апоптоза белками вируса гепатита С. Сайк О. В., Деменков П. С., Иванисенко Н. В., Иванисенко Т. В., Лаврик И. Н., Иванисенко В. А. [Проблемы современной науки и образования]
2015	Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome) Glotov AS, Tiys ES, Vashukova ES, Pakin VS, Demenkov PS, Saik OV, Ivanisenko TV, Arzhanova ON, Mozgovaya EV, Zainulina MS, Kolchanov NA, Baranov VS, Ivanisenko VA [BMC SYST BIOL]
	ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology Vladimir A Ivanisenko, Olga V Saik, Nikita V Ivanisenko, Evgeny S Tiys, Timofey V Ivanisenko, Pavel S Demenkov and Nikolay A Kolchanov [BMC SYST BIOL]
2014	Bioinformatics analysis of the genome of Geobacillus stearothermophilus 22 Strain isolated from the Garga hot spring, Baikal Region Rozanov A.S., Ivanisenko T.V., Bryanskaya A.V., Shekhovtsov S.V., Logacheva M.D., Saik O.V., Malup T.K., Demenkov P.S., Goryachkovskaya T.N., Ivanisenko V.A., Peltek S.E. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Molecular Analysis of the Benthos Microbial Community in Zavarzin Thermal Spring (Uzon Caldera, Kamchatka, Russia) Rozanov A.S., Bryanskaya A.V., Malup T.K., Lasareva E.V., Taran O.P., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A., Zhmodik S.M., Kolchanov N.A., Peltek S.E. [BMC GENOMICS]
2013	The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain. Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. [Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
	Биоинформатический анализ генома штамма Geobacilus stearothermophilus 22, выделенного из горячего источника Гарга (Прибайкалье). Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцев С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2012	ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko [In Silico Biology]
	Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins. Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA [Doklady Biochemistry and Biophysics]
	Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А. [Doklady Akademii Nauk]
2011	Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA [RUSS J BIOORG CHEM+]
	Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А. [Биоорганическая химия]
	Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов [Российские нанотехнологии]
2010	Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R [J INTEGR BIOINFORM]
	База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А. [В мире научных открытий]