 |
Publications
| 2024 |
An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models
Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
[INT J MOL SCI]
|
| 2023 |
Primary and Secondary micro-RNA Modulation the Extrinsic Pathway of Apoptosis in Hepatocellular Carcinoma
Khlebodarova TM, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Lavrik IN, Ivanisenko VA.
[Molecular Biology]
|
|
Accurate noise-robust classification of
Bacillus species from MALDI-TOF MS spectra
using a denoising autoencoder
Yulia E. Uvarova, Pavel S. Demenkov, Irina N. Kuzmicheva, Artur S. Venzel, Elena L.
Mischenko, Timofey V. Ivanisenko, Vadim M. Efimov, Svetlana V. Bannikova, Asya R.
Vasilieva, Vladimir A. Ivanisenko and Sergey E. Peltek
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Apoptosis Genes as a Key to Identification of Inverse Comorbidity of Huntington's Disease and Cancer
Bragina EY, Gomboeva DE, Saik OV, Ivanisenko VA, Freidin MB, Nazarenko MS, Puzyrev VP.
[INT J MOL SCI]
|
|
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection.
Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases
Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M
[INT J MOL SCI]
|
|
Gene networks for use in metabolomic data analysis of blood plasma from patients with postoperative delirium
Ivanisenko V.A., Basov N.V., Makarova A.A., Venzel A.S., Rogachev A.D., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Kleshchev M.A., Gaisler E.V., Moroz G.B., Plesko V.V., Sotnikova Y.S., Patrushev Y.V., Lomivorotov V.V., Kolchanov N.A., Pokrovsky A.G.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Integrating omics databases for enhanced crop breeding
Chao H, Zhang S, Hu Y, Ni Q, Xin S, Zhao L, Ivanisenko VA, Orlov YL, Chen M
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Prioritization of potential pharmacological targets for thedevelopment of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction andanalysis of associative gene networks help.
Demenkov P.S., Antropova E.A., Adamovskaya A.V., Mishchenko E.L., Khlebodarova T.M., Ivanisenko T.V., Ivanisenko N.V., Venzel A.S., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection
Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R.
Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V.
Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik
and Vladimir A. Ivanisenko
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Молекулярно-генетические пути регуляции вирусом гепатита С экспрессии клеточных факторов PREB и PLA2G4C, играющих важную роль для репликации вируса
Е.Л. Мищенко, А.А. Макарова, Е.А. Антропова, А.С. Вензель, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Первичная и вторичная микро-РНК модуляция внешнего пути апоптоза при гепатоцеллюлярной карциноме
Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Антропова Е.А., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Молекулярная биология]
|
|
Приоритизация потенциальных фармакологических мишеней для создания лекарств против гепатокарциномы, модулирующих внешний путь апоптоза, на основе реконструкции и анализа ассоциативных генных сетей
П. С. Деменков, Е. А. Антропова, А. В. Адамовская, Е. Л. Мищенко, Т. М. Хлебодарова, Т. В. Иванисенко, Н. В. Иванисенко, А. С. Вензель, И. Н. Лаврик, В. А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит
A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova,
T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Computer analysis of regulation of hepatocarcinoma marker genes hypermethylated by HCV proteins.
Antropova E.A., Khlebodarova T.M., Demenkov P.S., Venzel A.S., Ivanisenko N.V., Gavrilenko A.D., Ivanisenko T.V., Adamovskaya A.V., Revva P.M., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Computer analysis of the relation between hydrogen bond stability in SOD1 mutants and the survival time of amyotrophic lateral sclerosis patients
Alemasov, N. A., Timofeev, V. S., Ivanisenko, N. V., Kolchanov, N. A., & Ivanisenko, V. A.
[J MOL GRAPH MODEL]
|
|
Development of Small Molecules Targeting Procaspase-8 at the DISC
J. Espe, N. V. Ivanisenko, L. K. Hillert-Richter, V. A. Ivanisenko, I. N. Lavrik
[Cell and Tissue Biology]
|
|
Plant Biology and Biotechnology: Focus on Genomics and Bioinformatics
Orlov Y.L., Ivanisenko V.A., Dobrovolskaya O.B., Chen M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients
V. A. Ivanisenko, E. V. Gaisler, N. V. Basov, A. D. Rogachev, S. V. Cheresiz, T. V. Ivanisenko, P. S. Demenkov, E. L. Mishchenko, O. P. Khripko, Yu. I. Khripko, S. M. Voevoda, T. N. Karpenko, A. J. Velichko, M. I. Voevoda, N. A. Kolchanov, A. G. Pokrovsky
[SCI REP-UK]
|
|
The New Version of the ANDDigest Tool with Improved AI-Based Short Names Recognition
Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[INT J MOL SCI]
|
|
Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С.
Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовская А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2021 |
Correlation of Metabolic Profiles of Plasma and Cerebrospinal Fluid of High-Grade Glioma Patients
A. D. Rogachev, N. A. Alemasov, V. A. Ivanisenko, N. V. Ivanisenko, E. V. Gaisler, O. S. Oleshko, S. V.
Cheresiz, S. V. Mishinov, V. V. Stupak, A. G. Pokrovsky
[Metabolites]
|
|
Mechanosensitive molecular interactions in atherogenic regions of the arteries: development of atherosclerosis.
Mishchenko EL, Mishchenko AM, Ivanisenko VA
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors
P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2020 |
ANDDigest: a new web-based module of ANDSystem for the search of knowledge in the scientific literature
Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Nikita V. Ivanisenko, Alexander N. Savostianov, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3
Yuliya V. Sherstyuk, Nikita V. Ivanisenko, Alexandra L. Zakharenko, Maria V. Sukhanova,
Roman Y. Peshkov, Ilia V. Eltsov , Mikhail M. Kutuzov, Tatiana A. Kurgina,
Ekaterina A. Belousova, Vladimir A. Ivanisenko, Olga I. Lavrik, Vladimir N. Silnikov and
Tatyana V. Abramova
[INT J MOL SCI]
|
|
Dissecting DISC regulation via pharmacological targeting of caspase-8/c-FLIPL heterodimer
Laura K. Hillert, Nikita V. Ivanisenko, Denise Busse, Johannes Espe, Corinna König, Sergey E. Peltek, Nikolai A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
[CELL DEATH DIFFER]
|
|
Learning the changes of barnase mutants thermostability from structural fluctuations obtained using anisotropic network modeling
Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A.Ivanisenko
[J MOL GRAPH MODEL]
|
|
Pharmacological targeting of c-FLIPL and Bcl-2 family members promotes apoptosis in CD95L-resistant cells.
Corinna König, Laura K. Hillert-Richter, Nikita V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
[SCI REP-UK]
|
|
The role of death domain proteins in host response upon SARS-CoV-2 infection: modulation of programmed cell death and translational applications
Nikita V. Ivanisenko, Kamil Seyrek, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
[Cell Death Discovery]
|
|
The story of the lost twins: decoding the genetic identities of the Kumhar and Kurcha populations from the Indian subcontinent.
Das R, Ivanisenko VA, Anashkina AA, Upadhyai P.
[BMC GENET]
|
|
Young «oil site» of the Uzon Caldera as a habitat for unique microbial life
Sergey E. Peltek, Alla V. Bryanskaya, Yuliya E. Uvarova, Aleksey S. Rozanov, Timofey V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Elena V. Lazareva, Olga V. Saik, Vadim M. Efimov, Sergey M. Zhmodik, Oxana P. Taran, Nikolay M. Slynko, Sergey V. Shekhovtsov, Valentin N. Parmon, Nikolay L. Dobretsov, Nikolay A. Kolchanov
[BMC MICROBIOL]
|
| 2019 |
A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression
Vladimir A. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Olga V. Saik
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Comorbidity of asthma and hypertension may be mediated by shared genetic dysregulation and drug side effects.
Zolotareva O, Saik OV, Königs C, Bragina EY, Goncharova IA, Freidin MB, Dosenko VE, Ivanisenko VA, Hofestädt R.
[SCI REP-UK]
|
|
Delineating the role of c-FLIP/NEMO interaction in the CD95 network via rational design of molecular probes
Nikita V. Ivanisenko, Jörn H. Buchbinder, Johannes Espe, Max Richter, Miriam Bollmann, Laura K. Hillert, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
[BMC GENOMICS]
|
|
Evaluation of cardiovascular system state by urine proteome after manned space flight
L Kh Pastushkova, DN Kashirina, AG Brzhozovskiy, AS Kononikhin, ES Tiys, VA Ivanisenko, MI Koloteva, EN Nikolaev, IM Larina
[ACTA ASTRONAUT]
|
|
Improved regression model to predict an impact of SOD1 mutations on ALS patients survival time based on analysis of hydrogen bond stability
Nikolay A.Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Bhupesh Taneja, Vibha Taneja, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko
[J MOL GRAPH MODEL]
|
|
Long and short isoforms of c-FLIP act as control checkpoints of DED filament assembly.
Hillert LK, Ivanisenko NV, Espe J, König C, Ivanisenko VA, Kähne T, Lavrik IN
[ONCOGENE]
|
|
Prioritization of genes involved in endothelial cell apoptosis by their implication in lymphedema using an analysis of associative gene networks with ANDSystem
Olga V. Saik, Vadim V. Nimaev, Dilovarkhuja B. Usmonov, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC MED GENOMICS]
|
|
The molecular mechanisms driving physiological changes after long duration space flights revealed by quantitative analysis of human blood proteins.
Kashirina DN, Percy AJ, Pastushkova LK, Borchers CH, Kireev KS, Ivanisenko VA, Kononikhin AS, Nikolaev EN, Larina IM.
[BMC MED GENOMICS]
|
|
Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins
Ivanisenko VA, Ivanisenko TV, Saik OV, Demenkov PS, Afonnikov DA, Kolchanov NA.
[Methods in Molecular Biology]
|
|
Приоритизация генов картофеля, вовлеченных в формирование селекционно-значимых признаков, с использованием базы знаний SOLANUM TUBEROSUM.
Деменков П.С., Сайк О.В., Иванисенко Т.В., Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2018 |
Evaluation of Prioritization Methods of Extrinsic Apoptotic Signaling Pathway Genes for Retrieval of the New Candidates Associated with Major Depressive Disorder
Yankina, M. A.; Saik, O. V.; Ivanisenko, V. A.; Demenkov, P. S. & Khusnutdinova, E. K.
[RUSS J GENET+]
|
|
FunGeneNet: a web tool to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets
Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A.
[BMC GENOMICS]
|
|
GenCoNet - A Graph Database for the Analysis of Comorbidities by Gene Networks.
Shoshi A, Hofestädt R, Zolotareva O, Friedrichs M, Maier A, Ivanisenko VA, Dosenko VE, Bragina EY.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Integrative Analysis of Co-Morbid Multifactorial Diseases.
Hofestädt R, Ivanisenko V.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Molecular Relationships between Bronchial Asthma and Hypertension as Comorbid Diseases
Elena Yu. Bragina, Irina A. Goncharova, Anna F. Garaeva, Evgeniy V. Nemerov, Anastasija A. Babovskaya, Andrey B. Karpov, Yulia V. Semenova, Irina Z. Zhalsanova, Densema E. Gomboeva, Olga V. Saik, Olga I. Zolotareva, Vladimir A. Ivanisenko, Victor E. Dosenko, Ralf Hofestaedt, Maxim B. Freidin
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Molecular mechanisms underlying the impact of mutations in SOD1 on its conformational properties associated with amyotrophic lateral sclerosis as revealed with molecular modelling
Nikolay A. Alemasov, Nikita V. Ivanisenko, Srinivasan Ramachandran, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC STRUCT BIOL]
|
|
Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks
Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu Bragina, Maxim B. Freidin, Irina A. Goncharova, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Ralf Hofestaedt, Inna N. Lavrik, Evgeny I. Rogaev, Vladimir A. Ivanisenko
[BMC MED GENOMICS]
|
|
Prediction of Bacterial and Archaeal Allergenicity with AllPred Program
Bragin A, Sokolov V, Demenkov P, Ivanisenko T, Bragina EY, Matushkin YG and Ivanisenko V
[Molecular Biology]
|
|
Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature
Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu., Maxim B. Freidin, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Evgeniy L. Choynzonov, Ralf Hofestaedt, Vladimir A. Ivanisenko
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
shRNA-Induced Knockdown of a Bioinformatically Predicted Target IL10 Influences Functional Parameters in Spontaneously Hypertensive Rats with Asthma
Drevytska T, Morhachov R, Tumanovska L, Portnichenko G, Nagibin V, Boldyriev O, Lapikova-Bryhinska T, Gurianova V, Dons'koi B, Freidin M, Ivanisenko V, Bragina EY, Hofestädt R, Dosenko V.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
АНАЛИЗ ОСОБЕННОСТЕЙ ГЕННОЙ СЕТИ ВНЕШНЕГО ПУТИ АПОПТОЗА ПРИ УЧЕТЕ ТКАНЕСПЕЦИФИЧНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[АЛЛЕЯ НАУКИ]
|
|
Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза в ассоциативной генной сети болезни Паркинсона
М.А. Янкина, О.В. Сайк, П.С. Деменков, Э.К. Хуснутдинова, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Ассоциативная генная сеть апоптоза и ее роль в механизмах коморбидности астмы и гипертонии
Сайк О.В., Деменков П.С., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Дневник науки]
|
|
База знаний SOLANUM TUBEROSUM: раздел по молекулярно-генетической регуляции метаболических путей
Т.В. Иванисенко, О.В. Сайк, П.С. Деменков, В.К. Хлесткин, Е.К. Хлесткина, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ГЕНЫ ЭНДОТЕЛИАЛЬНОГО АПОПТОЗА КАК КАНДИДАТЫ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ ИХ СВЯЗИ С ЛИМФЕДЕМОЙ
О.В. Сайк, В.В. Нимаев, Д.Б. Усмонов, П.С. Деменков, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
|
|
Компьютерное предсказание патогенных свойств мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом
Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А.
[Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
|
|
Оценка методов приоритизации генов внешнего пути апоптоза в качестве кандидатов, ассоциированных с большим депрессивным расстройством
М. А. Янкина, О. В. Сайк, В. А. Иванисенко, П. С. Деменков, Э. К. Хуснутдинова
[Генетика]
|
|
ПРОГРАММА ALLPRED ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ АЛЛЕРГЕННОСТИ БАКТЕРИЙ И АРХЕЙ
Брагин АО, Соколов ВС, Деменков ПС, Иванисенко ТВ, Брагина ЕЮ, Матушкин ЮГ, Иванисенко ВА
[Molecular Biology]
|
| 2017 |
A study of structural properties of gene network graphs for mathematical modeling of integrated mosaic gene networks
Olga V. Petrovskaya, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Integrated mathematical models for describing complex biological processes.
Mishchenko E. L., Petrovskaya O. V., Mishchenko A. M., Petrovskiy E. D., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A.
[BIOPHYSICS]
|
|
Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma
O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds.
Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A.
[J MOL GRAPH MODEL]
|
|
SITEX 2.0: Projections of protein functional sites on eukaryotic genes. Extension with orthologous genes.
Medvedeva IV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
АНАЛИЗ ВЛИЯНИЯ РАЗЛИЧНОГО УРОВНЯ СОЛЕПОТРЕБЛЕНИЯ НА БЕЛКОВЫЙ СОСТАВ МОЧИ В 105-СУТОЧНОЙ ИЗОЛЯЦИИ С ПОМОЩЬЮ ПРОГРАММЫ opoSOM
Л. Х. Пастушкова, Д. Н. Каширина, А. Г. Бржозовский, В. А. Иванисенко, Е. С. Тийс, А. С. Кононихин, Н. Л. Стародубцева, Е. Н. Николаев, Г. Биндер, И. М. Ларина
[Физиология человека]
|
|
Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза и генов большого депрессивного расстройства в его ассоциативной генной сети
Янкина М.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Хуснутдинова Э.К., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А.
[Дневник науки]
|
|
ПОИСК ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ТРЕВОЖНЫМ НЕВРОЗОМ, НА ОСНОВЕ АВТОМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА НАУЧНЫХ ТЕКСТОВ С ПОМОЩЬЮ ANDSYSTEM
Янкина М.А.,Сайк О.В.,Деменков П.С.,Хуснутдинова Э.К.,Иванисенко В.А.
[АЛЛЕЯ НАУКИ]
|
|
Приоритезация генов нейронального апоптоза по их структурной роли в ассоциативной генной сети нарушений аутического спектра с помощью подходов ANDsystem
И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, О.В. Сайк, М.А. Янкина
[Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
|
|
РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ АВТОМАТИЧЕСКОГО ИЗВЛЕЧЕНИЯ ЗНАНИЙ ИЗ ТЕКСТОВ НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ БАЗЫ ЗНАНИЙ SOLANUM TUBEROSUM
О.В. САЙК, П.С. ДЕМЕНКОВ, Т.В. ИВАНИСЕНКО, Н.А. КОЛЧАНОВ, В.А. ИВАНИСЕНКО
[Сельскохозяйственная биология]
|
|
Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением
А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2016 |
Dynamic properties of SOD1 mutants can predict survival time of patients carrying familial amyotrophic lateral sclerosis
Nikolay A. Alemasova, Nikita V. Ivanisenko, Sergey P. Medvedev, Suren M. Zakian, Nikolay A. Kolchanov & Vladimir A. Ivanisenko
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Characteristics of Age-Dependent Changes in Urine Proteome in Healthy Men
L. Kh. Pastushkova, A. S. Kononikhin, E. S. Tiys, I. V. Dobrokhotov, V. A. Ivanisenko, E. N. Nikolaev, I. M. Larina, I. A. Popov
[Adv. Gerontol]
|
|
Interactome of the hepatitis C virus: Literature mining with ANDSystem
Saik OV, Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
[VIRUS RES]
|
|
Molecular associations of Primary Open-Angle Glaucoma with potential comorbid diseases (POAG-associome)
Olga V Saik, Natalia A Konovalova, Pavel S Demenkov, Timofey V Ivanisenko, Evgeny D Petrovskiy, Nikita V Ivanisenko, Dinara E Ivanoshchuk, Maria N Ponomareva, Olga S Konovalova, Inna N. Lavrik, Nikolay A Kolchanov, Vladimir A Ivanisenko
[Biotecnología Aplicada]
|
|
Mosaic gene network modelling identified new regulatory mechanisms in HCV infection.
Popik OV, Petrovskiy ED, Mishchenko EL, Lavrik IN, Ivanisenko VA.
[VIRUS RES]
|
|
NACE: A web-based tool for prediction of intercompartmental efficiency of human molecular genetic networks
Olga V. Popik, Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Evgeny D. Petrovskiy, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko
[VIRUS RES]
|
|
Novel tuberculosis susceptibility candidate genes revealed by the reconstruction and analysis of associative networks
Elena Yu. Bragina, Evgeny S. Tiys, Alexey A. Rudko, Vladimir A. Ivanisenko, Maxim B. Freidin
[Infection, Genetics and Evolution]
|
|
Дизайн и проверка действия малых химических соединений, направленных на ингибирование белка FADD
Н.В. Иванисенко, Л. Хиллерт, В.А. Иванисенко, И.Н. Лаврик
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерное моделирование пространственных структур пептидов из MUC1, способных ингибировать апоптоз
Н.В. Иванисенко, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА ЭКСТРЕМАЛЬНЫХ ЭКОСИСТЕМ; МЕТАГЕНОМНЫЙ ПОДХОД
С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов
[Acta Naturae]
|
|
Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия процессов ответа клетки на механический стресс и нейронального апоптоза при первичной открытоугольной глаукоме
Сайк О.В., Коновалова Н.А., Деменков П.С., Иванисенко Н.В., Иванисенко Т.В., Иванощук Д.Е., Пономарева М.Н., Коновалова О.С., Подколодная О.А., Лаврик И.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Молекулярно-генетические механизмы регуляции процессов апоптоза белками вируса гепатита С.
Сайк О. В., Деменков П. С., Иванисенко Н. В., Иванисенко Т. В., Лаврик И. Н., Иванисенко В. А.
[Проблемы современной науки и образования]
|
|
Структурное моделирование мод связывания НАД+ с ПАРП-1
Иванисенко Н.В., Жечев Д.А., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2015 |
Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome)
Glotov AS, Tiys ES, Vashukova ES, Pakin VS, Demenkov PS, Saik OV, Ivanisenko TV, Arzhanova ON, Mozgovaya EV, Zainulina MS, Kolchanov NA, Baranov VS, Ivanisenko VA
[BMC SYST BIOL]
|
|
ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology
Vladimir A Ivanisenko, Olga V Saik, Nikita V Ivanisenko, Evgeny S Tiys, Timofey V Ivanisenko, Pavel S Demenkov and Nikolay A Kolchanov
[BMC SYST BIOL]
|
|
Computer analysis of protein functional sites projection on exon structure of genes in Metazoa.
Medvedeva I., Demenkov P., Ivanisenko V.
[BMC GENOMICS]
|
|
Identification of biological processes on the composition of the urine proteome in cosmonauts on the first day after long space flights
Pastushkova LH, Kononihin AS, Tijs ES, Obraztsova OA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Larina IM
[Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова]
|
|
Permanent proteins in the urine of healthy humans during the Mars-500 experiment
Larina IM, Pastushkova LKh, Tiys ES, Kireev KS, Kononikhin AS, Starodubtseva NL, Popov IA, Custaud MA, Dobrokhotov IV, Nikolaev EN, Kolchanov NA, Ivanisenko VA
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Prediction of tissue-specific effects of gene knockout on apoptosis in different anatomical structures of human brain.
Petrovskiy E.D., Saik O.V., Tiys E.S., Lavrik I.N., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[BMC GENOMICS]
|
|
Shifts in urine protein profile during dry immersion.
Pastushkova L Kh, Kononikhin AS, Tiys ES, Nosovsky AM, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Nikolaev EN, Novoselova NM, Custaud MA, Larina IM.
[Aviakosm Ekolog Med.]
|
|
Structural and dynamic properties of mutant SOD1 proteins associated with amyotrophic lateral sclerosis
Alemasov, N. A., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
ВЫЯВЛЕНИЕ ЗНАЧИМО ПРЕДСТАВЛЕННЫХ БИОЛОГИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ ПО СОСТАВУ ПРОТЕОМА МОЧИ КОСМОНАВТОВ НА ПЕРВЫЕ СУТКИ ПОСЛЕ ДЛИТЕЛЬНЫХ КОСМИЧЕСКИХ ПОЛЕТОВ
ПАСТУШКОВА Л.Х., КОНОНИХИН А.С., ТИЙС Е.С., ОБРАЗЦОВА О.А., ДОБРОХОТОВ И.В., ИВАНИСЕНКО В.А., НИКОЛАЕВ Е.Н., ЛАРИНА И.М.
[Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова]
|
|
НОВЫЕ ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ ПОДВЕРЖЕННОСТИ ТУБЕРКУЛЕЗУ, УСТАНОВЛЕННЫЕ С ПОМОЩЬЮ ПОСТРОЕНИЯ И АНАЛИЗА АССОЦИАТИВНЫХ СЕТЕЙ
БРАГИНА Е.Ю., РУДКО А.А., ТИЙС Е.С., ИВАНИСЕНКО В.А., ФРЕЙДИН М.Б.
[Бюллетень сибирской медицины]
|
| 2014 |
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants
Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[PloS One]
|
|
An integrated study to analyze salt lake microbial community structure (Novosibirsk oblast, Russia)
A. Bryanskaya, A. Rozanov, T. Malup, T. Aleshina, E. Lazareva, O. Taran, T. Goryachkovskaya, V. Ivanisenko, S. Peltek
[Acta Geologica Sinica (English Edition)]
|
|
Analysis of signaling networks distributed over intracellular compartments based on protein-protein interactions
Popik, O. V., Saik, O. V., Petrovskiy, E. D., Sommer, B., Hofestädt, R., Lavrik, I. N., Ivanisenko, V. A.
[BMC GENOMICS]
|
|
Bioinformatics analysis of the genome of Geobacillus stearothermophilus 22 Strain isolated from the Garga hot spring, Baikal Region
Rozanov A.S., Ivanisenko T.V., Bryanskaya A.V., Shekhovtsov S.V., Logacheva M.D., Saik O.V., Malup T.K., Demenkov P.S., Goryachkovskaya T.N., Ivanisenko V.A., Peltek S.E.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Exploring Interaction of TNF and Orthopoxviral CrmB Protein by Surface Plasmon Resonance and Free Energy Calculation.
Ivanisenko NV, Tregubchak TV, Saik OV, Ivanisenko VA, Shchelkunov SN
[PROTEIN PEPTIDE LETT]
|
|
Insights into pathophysiology of dystropy through the analysis of gene networks: an example of bronchial asthma and tuberculosis
Bragina Elena Yu, Evgeny S. Tiys, Maxim B. Freidin, Lada A. Koneva, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov, Valery P. Puzyrev
[IMMUNOGENETICS]
|
|
Molecular Analysis of the Benthos Microbial Community in Zavarzin Thermal Spring (Uzon Caldera, Kamchatka, Russia)
Rozanov A.S., Bryanskaya A.V., Malup T.K., Lasareva E.V., Taran O.P., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A., Zhmodik S.M., Kolchanov N.A., Peltek S.E.
[BMC GENOMICS]
|
|
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
The Proteome of a Healthy Human during Physical Activity under Extreme Conditions
Larina I. M., Ivanisenko V. A., Nikolaev E. N., Grigorev A. I.
[Acta Naturae]
|
|
Моделирование пространственного распределения эффекта нокаута генов, связанных с агрессивностью глиомы низкой степени злокачественности, в тканях мозга человека с помощью методов машинного обучения
Петровский Е.Д., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Постоянные белки мочи здорового человека в эксперименте с 520-суточной изоляцией
Пастушкова ЛХ, Киреев КС, Кононихин АС, Тийс ЕС, Попов ИА, Доброхотов ИВ, Кусто МА, Иванисенко ВА, Колчанов НА, Николаев ЕН, Почуев ВИ, Ларина ИМ
[Aviakosm Ekolog Med.]
|
|
Предсказание генов маркеров агрессивности глиомы низкой степени злокачественности по экспрессионным данным TCGA
Иванисенко Н.В., Губанова Н.В., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом
Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides.
Bragin AO, Demenkov PS, Kolchanov NA, Ivanisenko VA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Computational screening for new inhibitors of M. tuberculosis mycolyltransferases antigen 85 group of proteins as potential drug targets.
Gahoi S, Mandal RS, Ivanisenko N, Shrivastava P, Jain S, Singh AK, Raghunandanan MV, Kanchan S, Taneja B, Mandal C, Ivanisenko VA, Kumar A, Kumar R, Open Source Drug Discovery Consortium, Ramachandran S
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Detection of Renal Tissue and Urinary Tract Proteins in the Human Urine after Space Flight.
Pastushkova L.Kh, Kireev R.S., Kononikhin A.S., Tiys E.S., Popov I.A., Starodubtseva N.L., Dobrokhotov I.V., Ivanisenko V.A., Larina I.M., Kolchanov N.A., Nikolaev E.N.
[PloS One]
|
|
Detection of renal and urinary tract proteins before and after spaceflight.
Pastushkova LKh, Kireev KS, Kononikhin AS, Ivanisenko VA, Larina IM, Nikolaev EN
[AVIAT SPACE ENVIR MD]
|
|
Enhanced Differential Evolution Entirely Parallel Method for Biomedical Applications
Konstantin Kozlov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov, Maria Samsonova, Alexander M. Samsonov
[Lect Notes Comput Sci]
|
|
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ
Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко
[МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА]
|
|
Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets.
Sommer B., Kormeier B., Demenkov P., Arrigo P., Hippe K., Ates O., Kochetov A.V., Ivanisenko V., Kolchanov N.A., Hofestaedt R.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain.
Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Биоинформатика: метод во главе угла
Афонников Д.А. Иванисенко В.А.
[Наука из первых рук]
|
|
Биоинформатический анализ генома штамма Geobacilus stearothermophilus 22, выделенного из горячего источника Гарга (Прибайкалье).
Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцев С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ИЗУЧЕНИЕ ПРОТЕОМА МОЧИ ДЛЯ ОЦЕНКИ СОСТОЯНИЯ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТОЙ СИСТЕМЫ У ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА
Пастушкова Л.Х., Кононихин А.С., Тийс Е.С., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Николаев Е.Н., Ларина И.М.
[Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова]
|
|
Компьютерный анализ структуры липаз бактерий рода Geobacillus и выявление мотивов, влияющих на их термостабильность.
Сорокина К.Н., Нуриддинов М.А., Розанов А.С., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Молекулярные механизмы взаимодействия белков CrmB вируса оспы коров и вируса натуральной оспы с фактором некроза опухолей человека
Иванисенко Н.В., Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
ОБНАРУЖЕНИЕ БЕЛКОВ ТКАНЕЙ ПОЧЕК И МОЧЕВЫВОДЯЩЕЙ СИСТЕМЫ В МОЧЕ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ КОСМИЧЕСКОГО ПОЛЕТА
Л. Х. Пастушкова, К. С. Киреев, А. С. Кононихин, Е. С. Тийс, И. А. Попов, И. В. Доброхотов, В. А. Иванисенко, В. Б. Носков, И. М. Ларина, Е. Н. Николаев
[Физиология человека]
|
|
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem
P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
[In Silico Biology]
|
|
Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins.
Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Finding biomarkers in non-model species: literature mining of transcription factors involved in bovine embryo development.
Turenne N, Tiys E, Ivanisenko V, Yudin N, Ignatieva E, Valour D, Degrelle S, Hue I
[BioData Mining]
|
|
Protein Allergenicity Prediction on the Basis of Conformational Peptides
A. O. Bragin, P. S. Demenkov, and V. A. Ivanisenko
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Reconstruction of associative protein networks connected with processes of sodium exchange' regulation and sodium deposition in healthy volunteers by urine proteome analysis
Larina IM, Kolchanov NA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Demenkov PS, Tiĭs ES, Valeeva OA, Pastushkova LKh, Nikolaev EN
[Human Physiology]
|
|
SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes
Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Анализ белковых взаимодействий на основе изучения протеома мочи человека в эксперименте со 105-суточной изоляцией.
Пастушкова Л.Х., Валеева О.А., Кононихин А.С., Ларина И.М., Николаев Е.Н., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Тийс Е.С., Колчанов Н.А.
[Авиакосмическая и экологическая медицина]
|
|
Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания
Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Хофештадт Р., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ
Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Реконструкция ассоциативных белковых сетей, связанных с процессами регуляции обмена и депонирования натрия в организме здорового человека на основе изучения протеома мочи.
Ларина И.М., Колчанов Н.А., Доброхотов И.В., Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н.
[Физиология человека]
|
| 2011 |
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma
O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики
Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks
Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA
[RUSS J BIOORG CHEM+]
|
|
Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А.
[Биоорганическая химия]
|
|
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии
В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов
[Российские нанотехнологии]
|
|
Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах
А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2010 |
Characterization glycoprotein E С-end of West Nile virus and evaluation of its interaction force with αVβ3 integrin as putative cellular receptor
Bogachek M.V., Zaitsev B. N., Sekatskii S. K., Protopopova E.V., Ternovoi V. A., Ivanova A.V., Kachko A.V., Ivanisenko V.A., Dietler G. Loktev V.B.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein
Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S.
[J BIOCHEM]
|
|
Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer
Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM.
[J PROTEOME RES]
|
|
Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches
Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний
Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А.
[В мире научных открытий]
|
|
Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных
Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы
О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Характеристика C-концевой части гликопротеина Е вируса Западного Нила и оценка силы его взаимодействия с V 3 интегрином как с предполагаемым клеточным рецептором
М. В. Богачек, Б. Н. Зайцев, S. K. Sekatskii, Е. В. Протопопова, В. А. Терновой, А. В. Иванова, А. В. Качко, В. А. Иванисенко, G. Dietler, В. Б. Локтев.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
| 2009 |
C-Terminal Fragment of Human Laminin-Binding Protein Contains a Receptor Domain for Venezuelan Equine Encephalitis and Tick-Borne Encephalitis Viruses
Malygin A.A., Bondarenko E.I., Ivanisenko V.A., Protopopova E.V., Karpova G.G., Loktev V.B.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена
Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и Клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека
А.А. Малыгин, Е.И. Бондаренко, В.А. Иванисенко, Е.В. Протопопова, Г.Г. Карпова, В.Б. Локтев
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека. Биохимия, 2009, 74 (12) 1631-1641
Малыгин А.А., Бондаренко Е.И., Иванисенко В.А., Протопопова Е.В., Карпова Г.Г., Локтев В.Б.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке
Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях
П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко
[Вычислительные технологии]
|
|
Functional divergence of H-pylori related to early gastric cancer
Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV. Demina IA, Serebryakova MV, Ivanisenko VA, Aman E, Akopian T, Govorun VM.
[HELICOBACTER]
|
|
Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins.
Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Methods in Molecular Biology]
|
|
uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs
Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A.
[FEBS LETT]
|
| 2007 |
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture
Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families
Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A.
[In Silico Biology]
|
|
Web-based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Post-translational Modifications of Proteins
Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Methods in Molecular Biology]
|
|
Иммунохимические свойства белка PrM и С концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила
Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б.
[Molecular Biology]
|
|
Иммунохимические свойства белка PrМ и С-концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила
Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В. А., Швалов А.Н., Локтев В.Б.
[Molecular Biology]
|
| 2006 |
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов
Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53
Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко
[BIOPHYSICS]
|
|
Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных аминокислотных заменах
Деменков П.С., Аман Е.Э., Иванисенко В.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Филогенетический анализ семейства p53
Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
| 2005 |
PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites
Ivanisenko VA, Pintus SS, Grigorovich DA, Kolchanov NA.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
WebProAnalyst: an interactive tool for analysis of quantitative structure-activity relationships in protein families
Ivanisenko V.A., Eroshkin A.M., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Актуальные проблемы компьютерной протеомики
Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Иммунохимические свойства рекомбинантных полипептидов, моделирующих домены I и II белка Е вируса Западного Нила
Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Локтев В.Б.
[Molecular Biology]
|
| 2003 |
Data Mining Techniques in Bioinformatics
Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V.
[Pattern Recognition and Image Analysis]
|
| 2002 |
Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК
Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[RUSS CHEM B+]
|
|
Локализация антигенной детерминанты белка Е вируса клещевого энцефалита, узнаваемой антигемагглютинирующими моноклональными антителами, с помощью пептидной фаговой библиотеки
Локтев А.В., Кувшинов В.Н., Меламед Н.В., Иванисенко В.А., Мишин В.П., Ильичев А.А.
[Вопросы вирусологии]
|
|
Локализация конформационного эпитопа гликопротеина gp120 ВИЧ-1, узнаваемого вируснейтрализующими моноклональными антителами 2G12
Туманова О.Ю., Кувшинов В.Н., Ильичев А.А., Некрасов Б.Г., Иванисенко В.А., Козлов А.П., Сандахчиев Л.С.
[Molecular Biology]
|
| 2000 |
Анализ чужеродных эпитопов, встроенных в НВсАg. Возможные пути решения проблемы самоорганизации химерных коровых частиц
Карпенко Л.И., Иванисенко В.А., Пика И.С., Чикаев Н.А., Ерошкин А.М., Меламед Н.В., Веремейко Т.А., Ильичев А.А.
[Molecular Biology]
|
| 1997 |
Использование фаговой библиотеки пептидов в картировании группоспецифического гемагглютинирующего домена гликопротеина Е2 альфа-вирусов
Кузьмичева Г.А., Кувшинов В.Н., Разумов И.А., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Мишин В.П., Ушакова Т.А., Локтев В.Б., Ильичев А.А.
[MOL GENET MICROBIOL+]
|
|
Поиск сайтов, содержащих функционально важные замены в наборах родственных или мутантных белков
Иванисенко В.А., Ерошкин А.М.
[Molecular Biology]
|
|
Экспрессия фрагментов гена Е вируса японского энцефалита в клетках Escherichia coli
Белавин П.А., Нетесова Н.А., Решетников С.С., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Протопопова Е.В., Локтев В.Б., Малыгин Э.Г.
[Биотехнология]
|
| 1996 |
Компьютерный анализ зависимостей между максимумом цвета биолюминесценции и первичной структурой люцифераз жуков: идентификация сайтов, ответственных за изменения цвета
Морозов В.М., Иванисенко В.А., Ерошкин А.М., Угарова Н.Н.
[Molecular Biology]
|
| 1994 |
Получение мутантного фактора некроза опухолей человека с повышенной устойчивостью к протеазам
Корепанова А.В., Ерошкин А.М., Иванисенко В.А., Лебедев Л.Р., Микрюков Н.Н., Пустошилова Н.М., Петренко В.А., Ильичев А.А.
[Molecular Biology]
|
| 1993 |
Анализ встроек пептидных фрагментов в основной белок оболочки бактериофагов М13, f1 и fd. Взаимосвязь структурных характеристик белка оболочки и жизнеспособности мутантных фагов
Ерошкин А.М., Миненкова O.O., Фомин В.А., Иванисенко В.А., Ильичев A.A.
[Molecular Biology]
|
|
|
