Pavel Demenkov Department: Laboratory of artificial intelligence and big genomic data (t. 213) Pluralist: Kurchatov Genomic Center of the Institute of Cytology and Genetics of the Siberian Branch of the RAS Laboratory of artificial intelligence and big genomic data (t. 213) Email: demps@bionet.nsc.ru

Publications

2024	AI-Assisted Identification of Primary and Secondary Metabolomic Markers for Postoperative Delirium Ivanisenko VA, Rogachev AD, Makarova A-LA, Basov NV, Gaisler EV, Kuzmicheva IN, Demenkov PS, Venzel AS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Kolchanov NA, Plesko VV, Moroz GB, Lomivorotov VV, Pokrovsky AG [INT J MOL SCI]
	An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA [INT J MOL SCI]
2023	Primary and Secondary micro-RNA Modulation the Extrinsic Pathway of Apoptosis in Hepatocellular Carcinoma Khlebodarova TM, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Antropova EA, Lavrik IN, Ivanisenko VA. [Molecular Biology]
	Accurate noise-robust classification of Bacillus species from MALDI-TOF MS spectra using a denoising autoencoder Yulia E. Uvarova, Pavel S. Demenkov, Irina N. Kuzmicheva, Artur S. Venzel, Elena L. Mischenko, Timofey V. Ivanisenko, Vadim M. Efimov, Svetlana V. Bannikova, Asya R. Vasilieva, Vladimir A. Ivanisenko and Sergey E. Peltek [J INTEGR BIOINFORM]
	Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. [INT J MOL SCI]
	Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M [INT J MOL SCI]
	Gene networks for use in metabolomic data analysis of blood plasma from patients with postoperative delirium Ivanisenko V.A., Basov N.V., Makarova A.A., Venzel A.S., Rogachev A.D., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Kleshchev M.A., Gaisler E.V., Moroz G.B., Plesko V.V., Sotnikova Y.S., Patrushev Y.V., Lomivorotov V.V., Kolchanov N.A., Pokrovsky A.G. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Prioritization of potential pharmacological targets for thedevelopment of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction andanalysis of associative gene networks help. Demenkov P.S., Antropova E.A., Adamovskaya A.V., Mishchenko E.L., Khlebodarova T.M., Ivanisenko T.V., Ivanisenko N.V., Venzel A.S., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R. Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V. Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik and Vladimir A. Ivanisenko [J INTEGR BIOINFORM]
	Молекулярно-генетические пути регуляции вирусом гепатита С экспрессии клеточных факторов PREB и PLA2G4C, играющих важную роль для репликации вируса Е.Л. Мищенко, А.А. Макарова, Е.А. Антропова, А.С. Вензель, Т.В. Иванисенко, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Первичная и вторичная микро-РНК модуляция внешнего пути апоптоза при гепатоцеллюлярной карциноме Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Антропова Е.А., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. [Молекулярная биология]
	Применение генных сетей к анализу результатов метаболомного скрининга плазмы крови пациентов с послеоперационным делирием В.А. Иванисенко, Н.В. Басов, А.А. Макарова, А.С. Вензель, А.Д. Рогачев, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, М.А. Клещев, Е.В. Гайслер, Г.Б. Мороз, В.В. Плеско, Ю.С. Сотникова, Ю.В. Патрушев, В.В. Ломиворотов, А.Г. Покровский [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Приоритизация потенциальных фармакологических мишеней для создания лекарств против гепатокарциномы, модулирующих внешний путь апоптоза, на основе реконструкции и анализа ассоциативных генных сетей П. С. Деменков, Е. А. Антропова, А. В. Адамовская, Е. Л. Мищенко, Т. М. Хлебодарова, Т. В. Иванисенко, Н. В. Иванисенко, А. С. Вензель, И. Н. Лаврик, В. А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova, T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko [Vavilov journal of genetics and breeding]
2022	Comparison of Sputum and Oropharyngeal Microbiome Compositions in Patients with Non-Small Cell Lung Cancer Elizaveta Baranova, Vladimir Druzhinin, Ludmila Matskova, Pavel Demenkov, Valentin Volobaev, Alexey Larionov [OBM Genetics]
	Computer analysis of regulation of hepatocarcinoma marker genes hypermethylated by HCV proteins. Antropova E.A., Khlebodarova T.M., Demenkov P.S., Venzel A.S., Ivanisenko N.V., Gavrilenko A.D., Ivanisenko T.V., Adamovskaya A.V., Revva P.M., Lavrik I.N., Ivanisenko V.A. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients V. A. Ivanisenko, E. V. Gaisler, N. V. Basov, A. D. Rogachev, S. V. Cheresiz, T. V. Ivanisenko, P. S. Demenkov, E. L. Mishchenko, O. P. Khripko, Yu. I. Khripko, S. M. Voevoda, T. N. Karpenko, A. J. Velichko, M. I. Voevoda, N. A. Kolchanov, A. G. Pokrovsky [SCI REP-UK]
	Sputum Microbiome Composition in Patients with Squamous Cell Lung Carcinoma E. D. Baranova, V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, V. P . Volobaev, V. I. Minina, A. V. Larionov, V. A. Titov [Life]
	Sputum Microbiota in Coal Workers Diagnosed with Pneumoconiosis as Revealed by 16S rRNA Gene Sequencing Vladimir G. Druzhinin, Elizaveta D. Baranova, Ludmila V. Matskova, Pavel S. Demenkov, Valentin P. Volobaev, Varvara I. Minina, Alexey V. Larionov and Snezana A. Paradnikova [Life]
	The New Version of the ANDDigest Tool with Improved AI-Based Short Names Recognition Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko [INT J MOL SCI]
	Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С. Антропова Е.А., Хлебодарова Т.М., Деменков П.С., Вензель А.С., Иванисенко Н.В., Гавриленко А.Д., Иванисенко Т.В., Адамовская А.В., Ревва П.М., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2021	Genetic damage in lymphocytes of lung cancer patients is correlated to the composition of the respiratory tract microbiome. Druzhinin VG, Matskova LV, Demenkov PS, Baranova ED, Volobaev VP, Minina VI, Larionov AV, Titov VA, Fucic A. [MUTAGENESIS]
	Preoperative Typing of Thyroid and Parathyroid Tumors with a Combined Molecular Classifier. Titov SE, Kozorezova ES, Demenkov PS, Veryaskina YA, Kuznetsova IV, Vorobyev SL, Chernikov RA, Sleptsov IV, Timofeeva NI, Ivanov MK. [Cancers]
	Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Sputum Microbiome Composition in Patients With Squamous Cell Lung Carcinoma E. D. Baranova, V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, V. P . Volobaev, V. I. Minina, A. V. Larionov, V. A. Titov [SCI REP-UK]
	The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin [Lect Notes Comput Sci]
2020	ANDDigest: a new web-based module of ANDSystem for the search of knowledge in the scientific literature Timofey V. Ivanisenko, Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Nikita V. Ivanisenko, Alexander N. Savostianov, Vladimir A. Ivanisenko [BMC BIOINFORMATICS]
	Preoperative detection of malignancy in fine-needle aspiration cytology (FNAC) smears with indeterminate cytology (Bethesda III, IV) by a combined molecular classifier Sergei Titov, Pavel S Demenkov, Sergei A Lukyanov, Sergei V Sergiyko, Gevork A Katanyan, Yulia A Veryaskina, Mikhail K Ivanov [J CLIN PATHOL]
	Taxonomic diversity of sputum microbiome in lung cancer patients and its relationship with chromosomal aberrations in blood lymphocytes V. G. Druzhinin, L. V. Matskova, P. S. Demenkov, E. D. Baranova, V. P. Volobaev, V. I. Minina, S. V. Apalko, M. A. Churina, S. A. Romanyuk, S. G. Shcherbak, V. I. Ivanov, A. V. Larionov [SCI REP-UK]
	Состав бактериального микробиома в мокроте больных раком легкого и оценка его влияния на кластогенные эффекты в лимфоцитах крови. Дружинин В.Г., Баранова Е.Д., Волобаев В.П., Деменков П.С., Мацкова Л.В. [Медицинская генетика]
2019	A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression Vladimir A. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Olga V. Saik [BMC BIOINFORMATICS]
	Combined quantitation of HMGA2 mRNA, microRNAs, and mitochondrial-DNA content enables the identification and typing of thyroid tumors in fine-needle aspiration smears. Titov SE, Ivanov MK, Demenkov PS, Katanyan GA, Kozorezova ES, Malek AV, Veryaskina YuA, Zhimulev IF [BMC CANCER]
	Prioritization of genes involved in endothelial cell apoptosis by their implication in lymphedema using an analysis of associative gene networks with ANDSystem Olga V. Saik, Vadim V. Nimaev, Dilovarkhuja B. Usmonov, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Inna N. Lavrik, Vladimir A. Ivanisenko [BMC MED GENOMICS]
	Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins Ivanisenko VA, Ivanisenko TV, Saik OV, Demenkov PS, Afonnikov DA, Kolchanov NA. [Methods in Molecular Biology]
	Приоритизация генов картофеля, вовлеченных в формирование селекционно-значимых признаков, с использованием базы знаний SOLANUM TUBEROSUM. Деменков П.С., Сайк О.В., Иванисенко Т.В., Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Иванисенко В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2018	Evaluation of Prioritization Methods of Extrinsic Apoptotic Signaling Pathway Genes for Retrieval of the New Candidates Associated with Major Depressive Disorder Yankina, M. A.; Saik, O. V.; Ivanisenko, V. A.; Demenkov, P. S. & Khusnutdinova, E. K. [RUSS J GENET+]
	FunGeneNet: a web tool to estimate enrichment of functional interactions in experimental gene sets Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. [BMC GENOMICS]
	Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu Bragina, Maxim B. Freidin, Irina A. Goncharova, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Ralf Hofestaedt, Inna N. Lavrik, Evgeny I. Rogaev, Vladimir A. Ivanisenko [BMC MED GENOMICS]
	Prediction of Bacterial and Archaeal Allergenicity with AllPred Program Bragin A, Sokolov V, Demenkov P, Ivanisenko T, Bragina EY, Matushkin YG and Ivanisenko V [Molecular Biology]
	Search for New Candidate Genes Involved in the Comorbidity of Asthma and Hypertension Based on Automatic Analysis of Scientific Literature Olga V. Saik, Pavel S. Demenkov, Timofey V. Ivanisenko, Elena Yu., Maxim B. Freidin, Victor E. Dosenko, Olga I. Zolotareva, Evgeniy L. Choynzonov, Ralf Hofestaedt, Vladimir A. Ivanisenko [J INTEGR BIOINFORM]
	АНАЛИЗ ОСОБЕННОСТЕЙ ГЕННОЙ СЕТИ ВНЕШНЕГО ПУТИ АПОПТОЗА ПРИ УЧЕТЕ ТКАНЕСПЕЦИФИЧНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ ANDSYSTEM Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. [АЛЛЕЯ НАУКИ]
	Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза в ассоциативной генной сети болезни Паркинсона М.А. Янкина, О.В. Сайк, П.С. Деменков, Э.К. Хуснутдинова, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Ассоциативная генная сеть апоптоза и ее роль в механизмах коморбидности астмы и гипертонии Сайк О.В., Деменков П.С., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. [Дневник науки]
	База знаний SOLANUM TUBEROSUM: раздел по молекулярно-генетической регуляции метаболических путей Т.В. Иванисенко, О.В. Сайк, П.С. Деменков, В.К. Хлесткин, Е.К. Хлесткина, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
	ГЕНЫ ЭНДОТЕЛИАЛЬНОГО АПОПТОЗА КАК КАНДИДАТЫ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ ИХ СВЯЗИ С ЛИМФЕДЕМОЙ О.В. Сайк, В.В. Нимаев, Д.Б. Усмонов, П.С. Деменков, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко [Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
	Оценка методов приоритизации генов внешнего пути апоптоза в качестве кандидатов, ассоциированных с большим депрессивным расстройством М. А. Янкина, О. В. Сайк, В. А. Иванисенко, П. С. Деменков, Э. К. Хуснутдинова [Генетика]
	ПРОГРАММА ALLPRED ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ АЛЛЕРГЕННОСТИ БАКТЕРИЙ И АРХЕЙ Брагин АО, Соколов ВС, Деменков ПС, Иванисенко ТВ, Брагина ЕЮ, Матушкин ЮГ, Иванисенко ВА [Molecular Biology]
2017	Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	SITEX 2.0: Projections of protein functional sites on eukaryotic genes. Extension with orthologous genes. Medvedeva IV, Demenkov PS, Ivanisenko VA [Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
	Анализ взаимодействия генов нейронального апоптоза и генов большого депрессивного расстройства в его ассоциативной генной сети Янкина М.А., Сайк О.В., Деменков П.С., Хуснутдинова Э.К., Лаврик И.Н., Иванисенко В.А. [Дневник науки]
	ПОИСК ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ТРЕВОЖНЫМ НЕВРОЗОМ, НА ОСНОВЕ АВТОМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА НАУЧНЫХ ТЕКСТОВ С ПОМОЩЬЮ ANDSYSTEM Янкина М.А.,Сайк О.В.,Деменков П.С.,Хуснутдинова Э.К.,Иванисенко В.А. [АЛЛЕЯ НАУКИ]
	Приоритезация генов нейронального апоптоза по их структурной роли в ассоциативной генной сети нарушений аутического спектра с помощью подходов ANDsystem И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, О.В. Сайк, М.А. Янкина [Международный журнал гуманитарных и естественных наук]
	РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ АВТОМАТИЧЕСКОГО ИЗВЛЕЧЕНИЯ ЗНАНИЙ ИЗ ТЕКСТОВ НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ БАЗЫ ЗНАНИЙ SOLANUM TUBEROSUM О.В. САЙК, П.С. ДЕМЕНКОВ, Т.В. ИВАНИСЕНКО, Н.А. КОЛЧАНОВ, В.А. ИВАНИСЕНКО [Сельскохозяйственная биология]
	Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
2016	Interactome of the hepatitis C virus: Literature mining with ANDSystem Saik OV, Ivanisenko TV, Demenkov PS, Ivanisenko VA [VIRUS RES]
	Molecular associations of Primary Open-Angle Glaucoma with potential comorbid diseases (POAG-associome) Olga V Saik, Natalia A Konovalova, Pavel S Demenkov, Timofey V Ivanisenko, Evgeny D Petrovskiy, Nikita V Ivanisenko, Dinara E Ivanoshchuk, Maria N Ponomareva, Olga S Konovalova, Inna N. Lavrik, Nikolay A Kolchanov, Vladimir A Ivanisenko [Biotecnología Aplicada]
	Selection and validation of miRNAs as normalizers for profiling expression of microRNAs isolated from thyroid fine needle aspiration smears. Titov SE, Demenkov PS, Ivanov MK, Malakhina ES, Poloz TL, Tsivlikova EV, Ganzha MS, Shevchenko SP, Gulyaeva LF, Kolesnikov NN [ONCOL REP]
	Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия процессов ответа клетки на механический стресс и нейронального апоптоза при первичной открытоугольной глаукоме Сайк О.В., Коновалова Н.А., Деменков П.С., Иванисенко Н.В., Иванисенко Т.В., Иванощук Д.Е., Пономарева М.Н., Коновалова О.С., Подколодная О.А., Лаврик И.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Молекулярно-генетические механизмы регуляции процессов апоптоза белками вируса гепатита С. Сайк О. В., Деменков П. С., Иванисенко Н. В., Иванисенко Т. В., Лаврик И. Н., Иванисенко В. А. [Проблемы современной науки и образования]
2015	Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome) Glotov AS, Tiys ES, Vashukova ES, Pakin VS, Demenkov PS, Saik OV, Ivanisenko TV, Arzhanova ON, Mozgovaya EV, Zainulina MS, Kolchanov NA, Baranov VS, Ivanisenko VA [BMC SYST BIOL]
	ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology Vladimir A Ivanisenko, Olga V Saik, Nikita V Ivanisenko, Evgeny S Tiys, Timofey V Ivanisenko, Pavel S Demenkov and Nikolay A Kolchanov [BMC SYST BIOL]
	Computer analysis of protein functional sites projection on exon structure of genes in Metazoa. Medvedeva I., Demenkov P., Ivanisenko V. [BMC GENOMICS]
2014	A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko [PloS One]
	Bioinformatics analysis of the genome of Geobacillus stearothermophilus 22 Strain isolated from the Garga hot spring, Baikal Region Rozanov A.S., Ivanisenko T.V., Bryanskaya A.V., Shekhovtsov S.V., Logacheva M.D., Saik O.V., Malup T.K., Demenkov P.S., Goryachkovskaya T.N., Ivanisenko V.A., Peltek S.E. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Insights into pathophysiology of dystropy through the analysis of gene networks: an example of bronchial asthma and tuberculosis Bragina Elena Yu, Evgeny S. Tiys, Maxim B. Freidin, Lada A. Koneva, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov, Valery P. Puzyrev [IMMUNOGENETICS]
	Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
2013	Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides. Bragin AO, Demenkov PS, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. [Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
	PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко [МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА]
	Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets. Sommer B., Kormeier B., Demenkov P., Arrigo P., Hippe K., Ates O., Kochetov A.V., Ivanisenko V., Kolchanov N.A., Hofestaedt R. [Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
	The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain. Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. [Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
	Биоинформатический анализ генома штамма Geobacilus stearothermophilus 22, выделенного из горячего источника Гарга (Прибайкалье). Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцев С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2012	ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko [In Silico Biology]
	Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins. Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA [Doklady Biochemistry and Biophysics]
	ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Protein Allergenicity Prediction on the Basis of Conformational Peptides A. O. Bragin, P. S. Demenkov, and V. A. Ivanisenko [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Reconstruction of associative protein networks connected with processes of sodium exchange' regulation and sodium deposition in healthy volunteers by urine proteome analysis Larina IM, Kolchanov NA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Demenkov PS, Tiĭs ES, Valeeva OA, Pastushkova LKh, Nikolaev EN [Human Physiology]
	SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko [NUCLEIC ACIDS RES]
	Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Хофештадт Р., Иванисенко В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А. [Doklady Akademii Nauk]
	ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Реконструкция ассоциативных белковых сетей, связанных с процессами регуляции обмена и депонирования натрия в организме здорового человека на основе изучения протеома мочи. Ларина И.М., Колчанов Н.А., Доброхотов И.В., Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н. [Физиология человека]
2011	Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
	Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA [RUSS J BIOORG CHEM+]
	Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А. [Биоорганическая химия]
	Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов [Российские нанотехнологии]
	Предсказание аллергенности белков с использованием информации о конформационных пептидах А.О. Брагин, П.С. Деменков, В.А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
2010	Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R [J INTEGR BIOINFORM]
	База данных химических соединений, имеющих потенциальное значение для неинвазивной диагностики заболеваний Сайк О.В., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Мошкин М.П., Иванисенко В.А. [В мире научных открытий]
	Веб-ориентированная система построения и исполнения комплексных запросов к реляционным источникам биологической информации на основе семантической формализации структуры данных Коротков Р.О., Деменков П.С., Иванисенко В.А. [Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
	Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов [Информационный вестник ВОГИС]
2009	Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А. [Информационный вестник ВОГИС]
2008	Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко [Вычислительные технологии]
2006	Prediction of the Changes in Thermodynamic Stability of Proteins Caused by Single Amino Acid Substitutions Demenkov P.S., Aman E.E., Ivanisenko V.A. [BIOPHYSICS]
2004	Обнаружение эмпирической аксиоматической теории в условиях шумов. Деменков П.С. [Вычислительные системы]