 |
Publications
| 2024 |
AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L.
Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Computational Reconstruction of the Transcription Factor Regulatory Network Induced by Auxin in Arabidopsis thaliana L.
Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Богомолов Антон Геннадьевич, Долгих Владислав Андреевич, Сидоренко Александра Дмитриевна, Землянская Елена Васильевна
[Plants]
|
|
Genetic Mechanisms Regulating Root Cap Cell Renewal
in Arabidopsis thaliana L.
V. A. Cherenko, N. A. Omelyanchuk, E. V. Zemlyanskaya
[RUSS J PLANT PHYSL+]
|
| 2023 |
DyCeModel: a tool for 1D simulation
for distribution of plant hormones controlling tissue patterning
Азарова Дарья Сергеевна,
Омельянчук Надежда Анатольевна,
Миронова Виктория Владимировна,
Землянская Елена Васильевна,
Лавреха Виктория Вадимовна
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Hormone-regulated expansins: Expression, localization, and cell wall biomechanics in Arabidopsis root growth
Marketa Samalova, Alesia Melnikava, Kareem Elsayad, Alexis Peaucelle, Evelina Gahurova, Jaromir Gumulec, Ioannis Spyroglou, Elena V Zemlyanskaya, Elena V Ubogoeva, Darina Balkova, Martin Demko, Nicolas Blavet, Panagiotis Alexiou, Vladimir Benes, Gregory Mouille, Jan Hejatko
[PLANT PHYSIOL]
|
|
InterTransViewer: сравнительное описание профилей дифференциальной экспрессии генов из разных экспериментов
А.В. Тяпкин, В.В. Лавреха, Е.В. Убогоева, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Регуляция экспрессии генов, или Что заставляет гены работать
А.А. Маслакова, В.А. Долгих, Е.В. Землянская
[Природа]
|
| 2022 |
CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana
Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression
Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Salicylic Acid in Root Growth and Development
Zulfira Z. Bagautdinova, Nadya Omelyanchuk, Aleksandr V. Tyapkin, Vasilina V. Kovrizhnykh,
Viktoriya V. Lavrekha, Elena V. Zemlyanskaya
[INT J MOL SCI]
|
|
Web-MCOT Server for Motif Co-Occurrence Search in ChIP-Seq Data
Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin
[INT J MOL SCI]
|
|
Молекулярные механизмы детерминации клеток
сосудистой системы корня Arabidopsis thaliana L.
А.Д. Сидоренко, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ.
Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2021 |
Mechanisms of stress response in the root stem cell niche
Elena V Ubogoeva, Elena V Zemlyanskaya, Jian Xu, Victoria Mironova
[J EXP BOT]
|
|
Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code
Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova
[CURR OPIN PLANT BIOL]
|
| 2020 |
Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data
Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova
[INT J MOL SCI]
|
|
Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude
for Functional Gene Groups
Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V.
[Genes]
|
| 2019 |
A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive
analysis of motifs co-occurrence with MCOT package
Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E.,
Grosse I., Mironova V., Merkulova T.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Shaping Ethylene Response: The Role of EIN3/EIL1 Transcription Factors
Dolgikh V.A., Pukhovaya E.M., Zemlyanskaya E.V.
[Frontiers in Plant Science]
|
| 2018 |
Deciphering Auxin-Ethylene Crosstalk at a Systems Level
Elena V. Zemlyanskaya, Nadya A. Omelyanchuk, Elena V. Ubogoeva, Victoria V. Mironova
[INT J MOL SCI]
|
| 2017 |
Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots
N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova
[SCI REP-UK]
|
|
The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana
Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV
[Frontiers in Plant Science]
|
|
The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana
Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y.
[Acta Naturae]
|
| 2016 |
Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L.
Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Механизмы регуляции передачи этиленового сигнала у растений
Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Ермаков А.А., Миронова В.В.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня
Е.А. Ощепкова, Н.А. Омельянчук, М.С. Савина, Т. Пастернак, Н.А. Колчанов, Е.В. Землянская
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
MteI-ПЦР-анализ-новый метод определения статуса метилирования GC-богатых регуляторных участков генов-онкосупрессоров человека
Абдурашитов М.А., Куксова А.Н., Акишев А.Г., Землянская Е.В., Дегтярев С.Х.
[Вестник биотехнологии и физико-химической биологии]
|
|
Субстратная специфичность и свойства метилзависимых сайт-специфических ДНК-эндонуклеаз
Землянская Е.В., Дегтярев С.Х.
[Molecular Biology]
|
|
|
