Cytochrome P450 in fluke Opisthorchis felineus: Identification and characterization. Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Katokhin AV, Merkulova TI, Mordvinov VA MOL BIOCHEM PARASIT, 2012, V. 181. No. 2. P. 190–194
Quantitative trait loci on chromosome 1 for cataract and AMD-like retinopathy in senescence-accelerated OXYS rats Elena E. Korbolina, Ouyna S. Kozhevnikova, Nataliya A. Stefanova, and Natalia G. Kolosova AGING-US, 2012, Aging (Albany NY). 2012 Jan 31. Vol.4 No.1 P.49-59
2011
Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
Изменение сродства ТАТА-связывающего белка к олигонуклеотидам, соответствующим ТАТА-боксам промоторов генов человека, несущим полиморфизмы, ассоциированные с наследственными заболеваниями Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, № 3, т. 15, стр. 439-447
In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
Полиморфизм гена HFE у населения Северной Азии Михайлова С.В., Ромащенко А.Г., Бабенко В.Н., Губина М.А., Соболева Д.Е., Кобзев В.Ф., Воевода М.И Вестник РАМН, 2011
Brain proteoglycans in postnatal development and during behavior decline in senescence-accelerated OXYS rats Rykova V.I., Leberfarb E.Yu., Stefanova N.A., Shevelev O.V., Dymshits G.M., Kolosova N.G. Успехи геронтологии, 2011, 2011, т.24, №2,с.234-243
Ortho-aminoazotoluene activates mouse constitutive androstane receptor (mCAR) and increases expression of mCAR target genes. Smetanina MA, Pakharukova MY, Kurinna SM, Dong B, Hernandez JP, Moore DD, Merkulova TI. TOXICOL APPL PHARM, 2011, V. 255(1):P. 76-85.
Азосоединения ОАТ и 3'МеДАБ одинаково вызывают опухоли печени у мышей линии GR, но по-разному влияют на активность транскрипционных факторов FoxA Пахарукова М.Ю., Сметанина М.А., Ильницкая С.И., Каледин В.И., Меркулова Т.И. B EXP BIOL MED+, 2011, Том 152, № 7. С. 109-112.
Effect of vasopressin V1 receptor antagonist, SSR149415, on anxiety-like behavior and Lewis lung carcinoma metastasis in mice. Amikishieva A. V. Ilnitskaya S.I., Nikolin V. P.,Popova N. A. Experimental oncology, 2011, V.33.№ 3. P. 1-4
Полиморфизм второго интрона гена SDF1 у галловейской, герефордской и черно-пестрой пород крупного рогатого скота Юдин Н.С., Нефедова М.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. RUSS J GENET+, 2011, Том 47, № 2, стр. 279-283
Ассоциация полиморфизма гена холодового рецептора TRPM8 с липидными показателями крови и антропометрическими параметрами у шорцев Потапова Т.А., Юдин Н.С., Пилипенко И.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Шахтшнейдер Е.В., Огарков М.Ю., Воевода М.И. B EXP BIOL MED+, 2011, №2, стр. 186-190
All signs of the metabolic syndrome in hypertensive ISIAH rats are associated with increased activity of the transcription factors PPAR, LXR, PXR, and CAR in the liver. Е. N. Pivovarova, М. I. Dushkin, M. L. Perepechaeva, V .F. Коbzev, V. А. Тrufakin, А. L. Маrkel BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2011, v.5, N1, P. 29-36. DOI 10.1134/S1990750811010082
2010
Нитроксильный антиоксидант ТРРФ-ТЕМПО повышает эффективность противоопухолевой терапии на модели перевиваемой лимфосаркомы мышей Кирилюк И.А.,Каледин В. И., Попова Н. А., Николин В. П.,Васильева Е. Д., Григорьев И. А., Лушникова Е. Л. , Непомнящих Л. М. B EXP BIOL MED+, 2010, № 7. С. 85-89
Полиморфизм генов 2'-5'-олигоаденилатсинтетаз (OAS) человека, связанный с предрасположенностью к тяжелым формам клещевого энцефалита, в популяциях Северной Евразии Бархаш А.В., Бабенко В.Н., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. Molecular Biology, 2010, Т.44, №6. С. 985-993.
Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
Распространение свиных эндогенных ретровирусов у разных форм Sus scrofa L. 1758 (Suidae, Mammalia) Айтназаров Р.Б., Никитин С.В., Князев С.П., Кобзев В.Ф., Бекенев В.А., Деева В.С., Гончаренко Г.М., Юдин Н.С., Ермолаев В.И. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, №9, стр. 49-54.
Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
Экспрессия ядерных рецепторов PPAR, LXR и RXR в печени и показатели липидного и углеводного обмена в крови у чувствительных и резистентных к гепатоканцерогенезу линий мышей Е.Н. Пивоварова, Н.В. Багинская, М.Л. Перепечаева, С.И. Ильницкая, М И. Душкин Биомедицинская химия, 2010, N4, T.56, С. 480-489
Differentiation of wild boar and domestic pig population based on the frequency of chromosomes carring endogenous retroviruses Nikitin S.V., Yudin N.S., Knyazev S.P., Aitnazarov R.B., Bekenev V.A., Deeva V.S., Goncharenko G.M., Kobzev V.F., Savina M.A., Ermolaev V.I. Natural Science, 2010, V.2, N.6, 527-534.
Effect of double-stranded DNA on maturation of dendritic cells in vitro Alyamkina EA, Leplina OY, Sakhno LV, Chernykh ER, Ostanin AA, Efremov YR, Shilov AG, Proskurina AS, Orishchenko KE, Dolgova EV, Rogachev VA, Nikolin VP, Popova NA, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA CELL IMMUNOL, 2010, 266: 46-51
Exogenous allogenic fragmented double-stranded DNA is internalized into human dendritic cells and enhances their allostimulatory activity Alyamkina EA, Dolgova EV, Likhacheva AS, Rogachev VA, Sebeleva TE, Nikolin VP, Popova NA, Kiseleva EV, Orishchenko KE, Sakhno LV, Gel'fgat EL, Ostanin AA, Chernykh ER, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA CELL IMMUNOL, 2010, 262: 120-126
Inhibition of metastasis development by daily administration of ultralow doses of RNase A and DNase I Olga Patutina, PhD; Nadezda Mironova, PhD; Elena Ryabchikova, PhD Prof; Nelly Popova, PhD; Valery Nikolin, PhD MD; Vasily Kaledin, PhD; Valentin Vlassov, Academician; Marina Zenkova, BIOCHIMIE, 2010, Elsevier Editorial System(tm) for Biochimie Manuscript Draft Manuscript Number:: BIOCHI-D-10-00444R1
Mitochondrial DNA studies of the Pazyryk people (4th to 3rd centuries BC) from northwestern Mongolia Pilipenko A.S., Romaschenko A.G., Molodin V.I., Parzinger H., Kobzev V.F. Archaeological and Anthropological Sciences, 2010, V. 2. N. 4. P. 231-236.
A strategy of tumor treatment in mice with doxorubicin-cyclophosphamide combination based on dendritic cell activation by human double-stranded DNA preparation Alyamkina EA, Nikolin VP, Popova NA, Dolgova EV, Proskurina AS, Orishchenko KE, Efremov YR, Chernykh ER, Ostanin AA, Sidorov SV, Ponomarenko DM, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA Genetic Vaccines and Therapy, 2010, 8(1): 7
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
Liver expression of the nuclear hormone receptors PPAR, LXR, and RXR and blood parameters of lipid and carbohydrate metabolism in strains of mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis E. N. Pivovarova, N. V. Baginskaya, M. L. Perepechaeva, S. I. Ilnitskaya and M. I. Dushkin BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, Volume 4, Number 2, 198-204, DOI: 10.1134/S1990750810020113
The increased CAR-dependent metabolism of thyroid hormones in mice with high cancer susceptibility M. Pakharukova, M. Smetanina, V. Kaledin, T. Obut, T. Merkulova. LIFE SCI, 2010, V. 87, p. 439-444
The siRNA targeted to mdr1b and mdr1a mRNAs in vivo sensitizes murine lymphosarcoma to chemotherapy O.Patutina, N. Mironova, N. Popova, V Kaledin, V Nikolin, V Vlassov and M Zenkova BMC CANCER, 2010, V 10.article number 204. May 2010
Активация конститутивного рецептора андростанов и повышение экспрессии его генов – мишеней в печени мышей под действием ортоаминоазотолуола Сметанина М.А., Пахарукова М.Ю., Меркулова ТИ. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, №2, С. 320-330
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
Влияние гепатоканцеpогенноcти эcтpагола на глюкокоpтикоидную индукцию печень-cпецифичныx феpментов и активноcть фактоpов тpанcкpипции Foxа и HNF4 в печени мышей и кpыc В.И. Каледин, М.Ю. Пахарукова, Е.Н. Пивоварова, К.Ю. Кропачев, Н.В. Багинская, Е.Д. Васильева, С.И. Ильницкая, Е.В. Никитенко, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова BIOPHYSICS, 2010, том 55, вып.2, c.326–335
Влияние полиморфизмов ТАТА-бокса промотора гена бета-глобина человека, ассоциированный с бета-талассемией, на взаимодействие ТАТА-связывающего белка Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Информационный вестник ВОГИС, 2010, т.14, с. 698-705
Ингибирующее влияние о-аминоазотолуола на гепатоканцерогенное действие диэтилнитрозамина при совместном применении у мышей Каледин В.И. , Ильницкая С.И., Багинская Н.В. Вопросы онкологии, 2010, Т.56.- №2.- С.196 – 200
Ингибитор активности индоламин-2,3-диоксигеназы 1-метилD-триптофан может стимулировать рост иммуногенных опухолей Васильева Е. Д., Николин В. П., Попова Н. А., Лушникова Е. Л., В. И. Каледин B EXP BIOL MED+, 2010, № 5.С. 559-561
2009
Лейкостимулирующее действие фрагментов экзогенной ДНК, защищенных протамином, при вызванной циклофосфаном миелосупрессии мышей Е.В. Долгова, В.А. Рогачев, В.П. Николин, Н.А. Попова, А.С. Лихачева, Е.А. Алямкина, Т.Е. Себелева, Е.Р. Черных, Е.Л. Гельфгат, С.С. Богачев, М.А. Шурдов Вопросы онкологии, 2009, № 6, Т. 55, стр. 761-764
Combined therapy with Cyclophosphamide and DNA preparation inhibits the tomor growth in mice Alyamkina EA, Dolgova EV, Likhacheva AS, Rogachev VA, Sebeleva TE, Nikolin VP, Popova NA, Orishchenko KE, Strunkin DN, Chernykh ER, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA. Genetic Vaccines and Therapy, 2009, V. 7, N 1
Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
Correlation between hepatocarcinogenic effect of estragole and its influence on glucocorticoid induction of liver-specific enzymes and activities of FOXA and HNF4 transcription factors in mouse and rat liver Kaledin V I; Pakharukova M Yu; Pivovarova E N; Kropachev K Yu; Baginskaya N V; Vasilieva E D; Ilnitskaya S I; Nikitenko E V; Kobzev V F; Merkulova T I BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, Volume 74, Number 4, 377-384, DOI: 10.1134/S000629790904004X
Соответствие между гепатоканцерогенным действием эстрагола и его влиянием на глюкокортикоидную индукцию печень-специфичных ферментов и активность факторов транскрипции FoxА и HNF4 в печени мышей и крыс В.И. Каледин, М.Ю. Пахарукова, Е.Н. Пивоварова, К.Ю. Кропачев, Н.В. Багинская, Е.Д. Васильева, С.И. Ильницкая, Е.В. Никитенко, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, том 74, стр. 466-475
Induction of fatty liver by fasting in mouse strains to metabolic syndrome development Baginskaya N.V., Perepechaeva M.L.,Ilnitskaya S.I.,Pivovarova E.N., Kaledin V.I Medical J., 2009, V.3(4).- P.599-600
Limiting effect of diazepam on Lewis lung carcinoma metastasis in anxious male mice Kaledin V.I.,Ilnitskaya S.I.,Nikolin V.P.,Popova N.A.,Smagin D.A., Kudryavtseva N.N Experimental oncology, 2009, V31.№1.P .62-64
Orto-aminoazotoluen induces the expression of the p53 gene in inbred strains of mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis Timofeeva OA, Eremeev AV, Goloshchapov AN, Ilnitskaya SI, Merculova TI, Kaledin VI, Setkov NA. Doklady Biological Sciences, 2009, Т.429.- №2.-С.579-82.
Полиморфизм гена аполипопротеина Е в популяции коренных жителей Горной Шории и его ассоциация с параметрами углеводного обмена Шахтшнейдер Е.В., Воевода М.И., Огарков М.Ю., Барбараш О.Л., Поликутина О.М., Казачек Я.В., Баум В.А., Юдин Н.С., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г. Атеросклероз, 2009, Том 5, №1, стр. 28-32
Induction of fatty liver by fasting in mouse strains disposed to metabolic syndrome development Baginskaya N.V., Perepechaeva M.L., Ilnitskaya C.I., Pivovarova E.N., Kaledin V.I. Clinical and Experimental Medical Journal, 2009, v3(4): 599-600 2009
Specifically activated dendritic cells--cell-based vaccine against lymphosarcoma exhibiting multiple drug resistance phenotype Mironova NL, Panzinskyi EE, Popova NA, Nikolin VP, Zenkova MA, Vlasov VV Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, Sep-Oct;428:252-6.
Structural Variants of Glucocorticoid Receptor Binding Sites and Different Versions of Positive Glucocorticoid Responsive Elements: Analysis of GR-TRRD Database Merkulov V.M., Merkulova T.I. J STEROID BIOCHEM, 2009, v.115. p.1-8
Tempol reduces the therapeutic effect of cyclophosphamide on an experimental tumor model Kaledin V I.,. Popova N.A, Nikolin V.P., Vasilieva E.D., Kirilyuk I.A., Grigor’ev I.A. FREE RADICAL RES, 2009, V.43.№ 7. P 685-690
Влияние этанола на процессы метастазирования аденокарциномы Льюис у самцов мышей с разным эмоциональным состоянием Ильницкая С.И., Николин В.П., Попова Н.А., Августинович Д.Ф., Каледин В.И., Кудрявцева Н.Н. , 2009, Т.95.- №1.- С.74-78
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
Гепатокарцинома -29, метастазирующая перевиваемая опухоль, вызывающая кахексию. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины В. И. Каледин, Н. А. Жукова, В. П. Николин, Н. А. Попова, М. Д. Беляев, Н. В. Багинская, Е. А. Литвинова, Т. Г. Толстикова, Е. Л. Лушникова, Д. Е. Семенов B EXP BIOL MED+, 2009, № 12. С.664-669
Действие экзогенной ДНК, ассоциированной с протамином, на рост экспериментальных опухолей мыши Е.А. Алямкина, А.С. Лихачева, В.П. Николин, Н.А. Попова, Е.В. Долгова, В.А. Рогачев, Т.Е. Себелева, Д.Н. Стрункин, С.С. Богачев, М.А. Шурдов Вопросы онкологии, 2009, № 6, Т. 55, стр. 765-768
Дифференциация популяций диких и домашних свиней по частоте хромосом, содержащих эндогенные ретровирусы Юдин Н.С., Айтназаров Р.Б., Князев С.П., Бекенёв В.А., Деева В.С., Гончаренко Г.М., Кобзев В.Ф., Савина М.А., Ермолаев В.И., Никитин С.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, № 4, с.741-750
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
Ингибирующее влияние тироксина на поздние стадии гепатоканцерогенеза, индуцированные у 14-дневных мышей диэтилнитрозамином В.И.Каледин, Ильницкая С.И., Багинская Н.В., Сенькова А.В. , 2009, т.95, №9, стр. 993-996
Интибирующее влияние тироксина на поздние стадии гепатоканцерогенеза, индуцированного у 14-дневных мышей диэтилнитрозамином Каледин В. И., Ильницкая С. И., Багинская, Сенькова А. В. , 2009, Т. 95, № 9. С. 993-997
2008
Особенности захоронения младенцев в жилищах городища Чича-1 в Баабинской лесостепи по данным анализа структуры ДНК Пилипенко А.С., Ромащенко А.Г., Молодин В.И., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Поздняков Д.В., Новикова О.И. Археология, этнография и антропология Евразии, 2008, № 2, Т. 34, С. 57-67
Полиморфизм гена холодового рецептора TRPM8 в этнических группах Сибири и Дальнего Востока Потапова Т.А., Юдин Н.С., Бабенко В.Н., Пилипенко И.В., В.Ф. Кобзев И.В., Гырголькау Л.А., Воевода М.И. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №4, Том 12, С. 749-754
Популяционное исследование спектра мутаций гена рецептора липопротеинов низкой плотности в российской популяции Воевода М.И., Куликов И.В., Шахтшнейдер Е.В., Максимов В.Н., Пилипенко И.В., Терещенко И.П., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Никитин Ю.П. RUSS J GENET+, 2008, Т. 44, №10, стр. 1374-1378
Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
Редокс-модификация и фосфорилирование регулируют активность митохондриального белкового комплекса, специфично связывающегося с промотором гена сох1 кукурузы Тарасенко В.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М. Molecular Biology, 2008, Т. 42, № 1, стр. 181-183
Сравнительная характеристика ядерной и митохондриальной ДНК-топоизомеразы I кукурузы Тарасенко В.И., Катышев А.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М. Molecular Biology, 2008, Т. 42, № 1, стр. 88-95
Увеличенное взаимодействие белка ядерных экстрактов перевиваемых опухолей печени и легких мышей с ТАТА-содержащим олигонуклеотидом Лысова М.В., Аршинова Т.В., Драчкова И.А., Кобзев В.Ф., Каледин В.И., Савинкова Л.К. B EXP BIOL MED+, 2008, Т. 145, № 1, стр.100-102
Участие экзогенной ДНК в молекулярных процессах, протекающих в соматической клетке Лихачева А.С., Рогачев В.А., Николин В.П., Попова Н.А., Шилов А.Г., Себелева Т.Е., Стрункин Д.Н., Черных Е.Р., Гельфгат Е.Л., Богачев С.С., Шурдов М.А. Информационный вестник ВОГИС, 2008, № 3, Т.12, стр. 426-473
Цианамид увеличивает противоопухолевое действие циклофосфамида сильнее, чем общетоксическое В.И. Каледин, В.П. Николин, Н.А.Попова Doklady Akademii Nauk, 2008, Т.420.№ 4. С. 568-570
Effects of o-aminoazotoluene on liver regeneration and p53 activation in mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis Timofeeva O.A, Eremeev A.V., Goloshchapov A., Kalashnikova E., Ilnitskaya S.I., Setkov N.A., Kobzev V., Buzard G.S., Filipenko M.L., Kaledin V.I., Merculova T.I. TOXICOLOGY, 2008, №254, P.91-96
Expression of MAP/ERK kinase cascade corresponds to the ability to develop food aversion in terrestrial snail at different stages of ontogenesis Grinkevich LN, Lisachev PD, Kharchenko OA, Vasil'ev GV BRAIN RES, 2008, V.1187 p.12-9.
Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
Нарушение функционирования соматических клеток в яйцевых камерах Drosophila melanogaster у мутантов по гену trithorax-like Огиенко А.А., Лаухина О.В., Васильев Г.В., Баричева Э.М. Информационный вестник ВОГИС, 2008, т.12, с. 399-405
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с регуляцией пролиферации Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Каледин В.И., Меркулова Т.И. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, Вып. 1, Том 73: 70-75
Изменения состава протеогликанов мозга крыс с возрастом Леберфарб Е.Ю., Рыкова В.И., Колосова Н.Г., Дымшиц Г.М. B EXP BIOL MED+, 2008, №12,т.146, с.691-693.
Изучение возможности реверсии устойчивости к хлорохину верапамилом у Plasmodium berghei - возбудителя малярии грызунов Панкова ТГ., Игонина ТМ., Майер ТВ., Рабинович СА., Максакоская ЕВ., Морозов ЕН Медицинская паразитология и паразитарные болезни, 2008, №4, 19-22
2007
Исследование связывания ядерных белков штаммов P.berghei, различающихся по чувствительности к хлорохину, с олигонуклеотидами, соответствующими регуляторным элементам гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. Биомедицинская химия, 2007, т. 53. 547-556
Исследование связывания ядерных белков штаммов Plasmodium bergei, различающихся по чувствительности к хлорохину, с олигонуклеотидами, соотвествующими регуляторным элементам гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. Биомедицинская химия, 2007, т.53, с.399-405
Консервативность ДНК 3’-нетранслируемой области гена GRO1 северного оленя Юдин Н.С., Потапова Т.А., Кобзев В.Ф., Южаков А.А., Кушнир А.В. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2007, № 9, стр. 93-97
Метилирование CpG-динуклеотидов в районе промотора гена белка S100b у мышей линии BALB/cLac Малуп Т.К., Кобзев В.Ф., Жданова Л.Г., Слободянюк С.Я., Свиридов С.М. Doklady Akademii Nauk, 2007, т. 412, № 1, с.115-117
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
Промотирующее влияние ортоаминоазотолуола на гепатоканцерогенез сопровождается усилением воспалительных и пролиферативных процессов в ткани печени и снижением концентрации свободного тироксина в крови Багинская Н.В., Ильницкая С.И., Никитенко Е.В., Каледин В.И. B EXP BIOL MED+, 2007, Т.144, №12, С.672-675
Cравнительная характеристика ядерной и митохондриальной ДНК-топоизомеразы I кукурузы Тарасенко В.И., Катышев А.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М Molecular Biology, 2007, т. 41, № 6. с. 365-370
Транскрипционные факторы FOXA определяют амплитуду глюкокортикоидной индукции тирозинаминотрансферазы у мышей Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ильницкая С.И. B EXP BIOL MED+, 2007, № 11, Том 144: 565-567
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
Exogenous DNA can be captured by stem cells and be involved in their rescue from death after lethal-dose γ-radiation Likhacheva AS, Nikolin VP, Popova NA, Rogachev VA, Prokhorovich MA, Sebeleva TE, Bogachev SS, Shurdov MA. Gene Therapy and Molеcular Biology, 2007, 11: 305-314
Integration of human DNA fragments into the cell genome of certain tissues from adult mice treated with cytostatic cycloposphamide in combination whit human DNA Likhacheva AS, Nikolin VP, Popova NA, Dubatolova TD, Strunkin DN, Rogachev VA, Sebeleva TE, Erofeev IS, Bogachev SS, Yakubov LA, Shurdov MA Gene Therapy and Molеcular Biology, 2007, 11: 185-202
Effects of administration of sodium glutamate during the neonatal period on behavior and blood corticosterone levels in male mice Kuznetsova E.G., Amstislavskaya T.G., Bulygina V.V., Il'nitskaya S.I., Tibeikina M.A., Skrinskaya Y.A. Neuroscience Behavioral Physiology, 2007, V.37; P. 827-833.
Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 415(1):120-124
Recognition of interferon-inducible sites, promoters, and enhancers Ananko E.A., Kondrakhin Y.V., Merkulova T.I., Kolchanov N.A BMC BIOINFORMATICS, 2007, v.8 p.56
Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
Роль SNPs гена K-ras мыши в механизме формирования предрасположенности к пульмоноканцерогенезу Антонцева Е.В., Скорытченко Я.Д., Каледин В.И., Меркулова Т.И. Cell and Tissue Biology, 2007, т.49, №9, с. 713
Early-life hypoxia in the development of behavioral dysfunctions in accelerated-senescence OXYS rats and its correction with antioxidants Korbolina E.E., Agafonova I.G., Sergeeva S.V., Trofimova N.A., Mishenko N.P., Kolosova N.G. Adv. Gerontol, 2007, Vol. 20. N 3. P. 46-48.
The influence of psychoemotional status on metastasis of Lewis lung carcinoma and Hepatocarcinoma – 29 in mice of C57BL/6 and CBA strains Kudryavtseva N. N., Tenditnik M. V., Nikolin V. P., Popova N. A., Kaledin V. I. Experimental oncology, 2007, V 29.N 1. P. 35-38
Активация конститутивного рецептора андростанов (CAR) под действием гепатоканцерогенных аминоазокрасителей в печени мышей и крыс М.Ю. Пахарукова*, М.А. Сметанина, В.И. Каледин, В.Ф. Кобзев, И.В. Романова, Т.И. Меркулова. B EXP BIOL MED+, 2007, №9, 144, 313-316
Активация конститутивного рецептора андростанов под действием гепатоканцерогенных аминоазокрасителей в печени мышей и крыс М.Ю.Пахарукова, М.А.Сметанина, В.И.Каледин, В.Ф.Кобзев, И.В.Романова, Т.И.Меркулова B EXP BIOL MED+, 2007, т. 144, № 9, с.313-316
Влияние возраста и пола на гепатотоксическое и гипотермическое действие эстрагола у мышей Каледин В.И., Васильева Е.Д., Ильницкая С.И., Морозкова Т.И., Амстиславская Т.Г. , 2007, №8, Т.93, C.844-851
Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 72 (11):1187-1193
Изучение влияния нитрозоэтил мочевины на глюкокортикоидную индукцию тирозинаминотрансферазы и ДНК-связывающую активность некоторых факторов транскрипции в печени мышей Пивоварова Е. Н., Ильницкая С. И., Кобзев В.Ф., Меркулова Т. И., Каледин В. И. Бюллетень СО РАМН, 2007, №1 (123), - С.88-91
2006
Исследование связывания ядерных белков штаммов Plasmodium berghei с различной чувствительностью к хлорохину с олигонкуклеотидами, моделирующими регуляторные участки гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. B EXP BIOL MED+, 2006, №6, с. 283-286.
Место связывания глюкокортикоидного рецептора на ДНК и структурные варианты глюкокортикоидных регуляторных элементов: данные, собранные в базе GR ¬ TRRD Меркулов В.М. Меркулова Т.И. Экологическая генетика, 2006, Т. IV , вып. 4. С. 20-31
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, т.40, стр. 512-523.
Development of behavioural dysfunctions in accelerated-senescence OXYS rats is associated with early postnatal alterations in brain phosphate metabolism Sergeeva S.V., Bagryanskaya E.G., Korbolina E.E., Kolosova N.G. EXP GERONTOL, 2006, 41(2):141-50.
Enhancing effect of new biological response modifier sulfoethyl(1-3)-beta-D-glucan 0n antitumor activity of cyclophosphamide in the treatment of experimental murine leukoses Khalikova T.A., Korolenko T.A., Zhanaeva S.Y., Kaledin V.I., Kogan G. Experimental oncology, 2006, N 4, V. 28, P.47-52.
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
SNP в начале интрона 2 гена K-ras мыши, ассоциированные сразвитием рака легких, влияют на связывание с факторами транскрипции Е.В. Горшкова, В.И. Каледин, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова B EXP BIOL MED+, 2006, № 6, Т. 141, С.681-684.
An effect of the microsporidian Vairimorpha ephestiae (Microsporidia: Burenellidae) on activity and spectrum of nonspecific esterases in different tissues of the greater wax moth galleria mellonella (Lepidoptera: Pyralidae) larvae Vorontsova Ia.L., Ershov N.I., Glupov V.V. Паразитология, 2006, 40(1): 74-84
Animal model of drug-resistant tumor progression N. Mironova, O.Shklyaeva. E. Andreeva, N.Popova, V. Kaledin, V. Nikolin, V. Vlasov, M.Zenkova ANN NY ACAD SCI, 2006, N 1091, pp. 490-500
Ассоциации эндогенных ретровирусов разных типов с генетическими маркерами в популяциях домашних и диких свиней Айтназаров Р.Б., Ермолаев В.И., Никитин С.В., Савина М.А., Кобзев В.Ф., Князев С.П., Гончаренко Г.М., Бекенёв В.А., Юдин Н.С. Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук, 2006, № 4. C. 39–43.
Влияние бетулоновой кислоты и ее амидных производных на рост и диссиминирование опухолевых трансплантатов у мышей И.В. Сорокина, Н.А. Жукова, Т.Г. Толстикова, С.В. Позднякова, О.Р. Грек, Н.А. Попова, В.А. Каледин, В.П. Николин. B EXP BIOL MED+, 2006, т.142, № 1,С. 29-31
Влияние неонатального введения глутамата натрия и диэтилнитрозоамина на поведение и уровень кортикостерона в крови самцов мышей. Кузнецова Е.Г., Амстиславская Т., Булыгина В.В.,Ильницкая С.И., Тибейкина М.А.,Скринская Ю.А. , 2006, Т.92.- №6.- Стр.751 – 760.
Влияние психоэмоционального состояния на рост и метастазирование опухоли Льюис у мышей Каледин В. И., Тендитник М. В., Николин В. П. , Попова Н. А., Кудрявцева Н.Н. Doklady Akademii Nauk, 2006, Т.406. N 2.С. 272-274
Влияние экзогенной ДНК на восстановление лейкопоэза и противоопухолевый эффект циклофосфана Николин В.П., Попова Н.А., Себелева Т.Е., Стрункин Д.Н., Рогачев В.А., Семенов Д.В., Богачев С.С., Якубов Л.А., Шурдов М.А. Вопросы онкологии, 2006, т.52, №3, стр. 336-340
Влияние экзогенной ДНК на рост экспериментальных опухолей Николин В.П., Попова Н.А., Себелева Т.Е., Стрункин Д.Н., Рогачев В.А., Семенов Д.В., Богачев С.С., Якубов Л.А., Шурдов М.А. Вопросы онкологии, 2006, т. 52., N 1, стр. 66-69
Изучение влияния антиоксиданта тиофана на канцерогенное действие 3,4-бензпирена при пероральном введении у мышей В. И. Каледин, В.Г. Некрасов, А.М. Гончар, В.И. Ермолаев, А. Е. Просенко. Сибирский экологический журнал, 2006, Т 5. С. 649-654
Изучение влияния бетулоновой кислоты и ее амидных производных на рост и метастазирование перевиваемых опухолей у мышей. Вопр. Биологической, медицинской и фармацевтической химии Сорокина И.В., Жукова Н.А., Толстикова Т.Г., Позднякова С.И., Грек О.Р., Попова Н.А., Андреева Е.М., Каледин В.И., Николин В.П. Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии, 2006, Т.142.-№ 1. С. 29-31
Изучение возможной связи полиморфизмов интерферон-индуцируемых генов человека OAS1, OAS3, EIF2AK2 и RNASEL с особенностями течения клещевого энцефалита Бархаш А.В., Кобзев В.Ф., Пилипенко П.И., Богданова Ю.О, Морозова О.В., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, №3. С.565-571
Изучение эффективности моно- и полихимиотерапии на модели перевиваемой мышиной лимфосаркомы, нечувствительной к индукции апоптоза Каледин В. И., Попова Н. А., Андреева Е.М. Вопросы онкологии, 2006, Т.. 52. № 1. С. 70-73
2005
Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P. INT J ARTIF INTELL T, 2005, 4, 14, 599-620
2003
Полиморфизм гена HFE, ассоциированного с наследственным гемохроматозом, в популяциях России Михайлова С.В., Кобзев В.Ф., Куликов И.В., Ромащенко А.Г., Хаснулин В.И., Воевода М.И. RUSS J GENET+, 2003, Т.39 № 7C. 988-995
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2003, 1, 31, 118-121
2002
Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P. Knowl-Based Syst. J., 2002, 4, 15, 225-233
2001
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
Распространение аллелей C282Y, H63D и S65C гена HFE и предрасположенности к нарушениям метаболизма железа в популяциях России Михайлова С.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Хаснулин, Воевода М.И Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии, 2001, Т.XI, №4, С.13-17
2000
Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
1999
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
