Whole transcriptome profiling of adult and infective stages of the trematode Opisthorchis felineus Pomaznoy MY, Logacheva MD, Young ND, Penin AA, Ershov NI, Katokhin AV, Mordvinov VA. PARASITOL INT, 2016, S1383-5769(15)00145-2
The gene-expression profile of renal medulla in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):151
2015
SiO2 nanoparticles as platform for delivery of 3'-triazole analogues of AZT-triphosphate into cells Vasilyeva, S.V., Levina, A.S., Li-Zhulanov, N.S., Shatskaya, N.V., Baiborodin, S.I., Repkova, M.N., Zarytova, V.F., Mazurkova, N.A., Silnikov, V.N. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2015, January 13, 2015 DOI: 10.1016/j.bmc.2015.02.063
Индукцию тирозинаминотрансферазы у мышей ингибируют активированные метаболиты орто-аминоазотолуола В.И. Каледин, С.И.Ильницкая, Н.А.Попова, О.А.Коваль, И.А.Пышная, Л.Ф.Гуляева Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, т.19, №1, стр.136-143
Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна Пономаренко Михаил Павлович Аршинова Татьяна Валентиновна Савинкова Людмила Кузьминична Медицинская генетика, 2015
Combination of cyclophosphamide and double-stranded DNA demonstrates synergistic toxicity against established xenografts Alyamkina EA, Nikolin VP, Popova NA, Minkevich AM, Kozel AV, Dolgova EV, Efremov YR, Bayborodin SI, Andrushkevich OM, Taranov OS, Omigov VV, Rogachev VA, Proskurina AS, Vereschagin EI, Kiseleva EV, Zhukova MV, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS, Shurdov MA. CANCER CELL INT, 2015, 15: 32
Comparative analysis of pathologic processes developing in mice housed in SPF vs non-SPF conditions and treated with cyclophosphamide and dsDNA preparation Evgeniya V. Dolgova, Yaroslav R. Efremov, Oleg S. Taranov, Ekaterina A. Potter, Valeriy P. Nikolin, Nelly A. Popova, Vladimir V. Omigov, Elena R. Chernykh, Anastasia S. Proskurina, Mikhail A. Shurdov, Sergey S. Bogachev. PATHOL RES PRACT, 2015, 211(10):754-8
Изменения транскриптома префронтальной коры мозга при развитии признаков болезни Альцгеймера у крыс OXYS. Стефанова Н.А., Корболина Е.Е., Ершов Н.И., Рогаев Е.И., Колосова Н.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(4):74-82
Корреляция чувствительности к гепатоканцерогенезу, индуцированному введением орто-аминоазотолуола, со степенью активации сигнальных путей Ahr и Car у мышей. Багинская Н.В., Кашина Е.В., Шаманина М.Ю., Ильницкая С.И., Каледин В.И., Мордвинов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, т.19, №4, стр.77-82
How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2015, Volume 2015, Article ID 359835
Identification of functional networks associated with cell death in the retina of OXYS rats during the development of retinopathy Telegina DV, Korbolina EE, Ershov NI, Kolosova NG, Kozhevnikova OS. CELL CYCLE, 2015, Vol.14 Issue 14 (22) P.3544 - 56 doi: 10.1080/15384101.2015.1080399.
Рецептор глюкокортикоидов: переход из цитоплазмы в клеточное ядро, хроматиновый и внутриядерный шапероновый циклы В.М. Меркулов, Н.В. Климова, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Т. 19, № 3, С. 255-263
Внутрисуточный ритм секреции глюкокортикоидов и динамика генного ответа В.М. Меркулов, Н.В. Климова, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Т. 19, № 2, С. 214-221
Полиморфизм гена TRPM8 в кыргызской популяции:возможная связь с высокогорной адаптацией. Бабенко ВН., Исакова ЖТ., Талайбекова ЭТ., Асамбаева ДА., Кобзев ВФ., Потапова ТА., Воевода МИ., Алдашев АА. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(5), 630-637
Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы. М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(6):707-714 DOI 10.18699/VJ15.086
The decreased expression of genes controlling the vascular tone in the kidneys of ISIAH rats with stress-induced arterial hypertension O. E. Redina, L. O. Klimov, N. I. Ershov, T. O. Abramova, L. N. Ivanova, and A. L. Markel. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 340–347
Identification of microRNA genes in three opisthorchiids Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV. PLOS NEGLECT TROP D, 2015, 9(4):e0003680
ПРОГНОЗ И ВЕРИФИКАЦИЯ ВЛИЯНИЯ SNP rs367781716 НА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА С ПРОМОТОРОМ ГЕНА АВСА9 ЧЕЛОВЕКА Аркова ОВ., Драчкова ИА., Аршинова ТВ., Рассказов ДА., Суслов ВВ., Пономаренко ПМ., Пономаренко МП., Колчанов НА., Савинква ЛК. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, т.19, № 6, с.
Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2015, Suppl.13. V. 16. S5.
МУТАГЕННАЯ АКТИВНОCТЬ В ТЕCТЕ ЭЙМCА ЧЕТЫPЕX АМИНОАЗОCОЕДИНЕНИЙ C PАЗЛИЧНОЙ КАНЦЕPОГЕННОCТЬЮ ДЛЯ ПЕЧЕНИ КPЫC Т.C. Фpолова, О.И. Cиницына, В.И. Каледин BIOPHYSICS, 2015, том 60, вып. 5, c. 990–994
ВЛИЯНИЕ ИЗМЕНЕНИЯ АКТИВНОCТИ ЦИТОXPОМА P450 2E1 В ПЕЧЕНИ НА ТОКCИЧЕCКИЕ CВОЙCТВА И КАНЦЕPОГЕННОCТЬ ДИЭТИЛНИТPОЗАМИНА У МЫШЕЙ В.И. Каледин, C.И. Ильницкая, Е.А. Ваcюнина, Н.А. Попова, Л.А. Богданова, М.Л. Пеpепечаева, А.Ю. Гpишанова BIOPHYSICS, 2015, том 60, вып. 6, c. 1166–1173
Выявление и функциональный анализ регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстого кишечника Леберфарб Е.Ю., Брызгалов Л.О., Брусенцов И.И., Дегтярева А.О., Меркулова Т.И. Медицинская генетика, 2015, Том 14, №3
Amyloid accumulation is a late event in sporadic Alzheimer's disease-like pathology in nontransgenic rats. Stefanova NA, Muraleva NA, Korbolina EE, Kiseleva E, Maksimova KY, Kolosova NG. ONCOTARGET, 2015, Jan 30;6(3):1396-413
Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2015, Т. 51, № 4, с. 409–429 (Vol. 51, No. 4, pp. 334–352)
Nuclear-cytoplasmic conflict in pea (Pisum sativum L.) is associated with nuclear and plastidic candidate genes encoding Acetyl-CoA carboxylase subunits Bogdanova V.S., Zaytseva O.O., Mglinets A.V., Shatskaya N.V., Kosterin O.E., Vasiliev G.V. PloS One, 2015, 10(3): e0119835.
Results of multicenter double-blind placebocontrolled phase II clinical trial of Panagen preparation to evaluate its leukostimulatory activity and formation of the adaptive immune response in patients with stage II-IV breast cancer Anastasia S Proskurina, Tatiana S Gvozdeva, Ekaterina A Alyamkina, Evgenia V Dolgova, Konstantin E Orishchenko, Valeriy P Nikolin, Nelly A Popova, Sergey V Sidorov, Elena R Chernykh, Alexandr A Ostanin, Olga Y Leplina, Victoria V Dvornichenko, Dmitriy M Ponomarenko, Galina S Soldatova, Nikolay A Varaksin, Tatiana G Ryabicheva, Stanislav N Zagrebelniy, Vladimir A Rogachev, Sergey S Bogachev and Mikhail A Shurdov BMC CANCER, 2015, 15:122 DOI 10.1186/s12885-015-1142-z
2014
Regulatory transcription factors can control the process of transcription at the stage of pre-mRNA elongation Merkulov V.M., Merkulova T.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, V. 4. Issue 6, P. 549-555.
Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova BMC GENOMICS, 2014, 15:80
Senescence-accelerated OXYS rats: A model of age-related cognitive decline with relevance to abnormalities in Alzheimer disease Stefanova NA, Kozhevnikova OS, Vitovtov AO, Maksimova KY, Logvinov SV, Rudnitskaya EA, Korbolina EE, Muraleva NA, Kolosova NG. CELL CYCLE, 2014, 2014 Feb 17;13(6)
Подавление сульфоконьюгации снижает защитное действие орто-аминоазотолуола на гепатоканцерогенез, индуцированный у мышей диэтилнитрозамином В.И.Каледин, С.И.Ильницкая, Н.А.Попова, Л.А.Богданова B EXP BIOL MED+, 2014, том 157, №3, стр. № 348-351
Effects of Antagonists of Mu and Kappa Opioid Receptors on Aggressivity in Male Mice with Repeated Experience of Aggression Bondar N.P. Neuroscience Behavioral Physiology, 2014, March 2014, Volume 44, Issue 3, pp 331-338
Мутагенная активация и канцерогенность аминоазокрасителей орто-аминоазотолуола и 3'-метил - 4-диметилазобензола в опытах на подсосных мышатах В.И. Каледин, С.И.Ильницкая, Л.П.Овчинникова, Н.А.Попова, Л.А.Богданова, Т.С.Морозкова BIOPHYSICS, 2014, том.59, вып.3, стр.527-532
The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein. Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A. HUM MUTAT, 2014, 5, 35, 601-608
Identification of thyroid hormone receptor homologs in the fluke Opisthorchis felineus (Platyhelminthes). Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Shilov AG, Merkulova TI, Mordvinov VA. MOL BIOCHEM PARASIT, 2014, 194, 64–68
Senescence - Accelerated OXYS Rats: A Genetic Model of Premature Aging and Age - Related Diseases N. G. Kolosova, N. A. Stefanova, E. E. Korbolina,
A. Zh. Fursova, and O. S. Kozhevnikova Adv. Gerontol, 2014, Vol. 4, No. 4, pp. 294–298.
Ингибирующее влияние орто-аминоазотолуола на гепатоканцерогенное действие диэтилнитрозамина у подсосных мышей, феномен и возможный механизм. Каледин В.И., Ильницкая С.И., Попова Н.А., Багинская Н.В., Богданова Л.А., Перепечаева М.Л., Гришанова А.Ю. BIOPHYSICS, 2014, том. 59, вып. 4, стр. 776-784
Position of an Active Thiosulfonate Group in New Phenolic Antioxidants is Critical for ARE-Mediated Induction of GSTP1 and NQO1 V.A. Vavilin, A.B. Shintyapina, O.G. Safronova, E.V. Antontseva, V.A. Mordvinov, M.V. Nikishina, N.V. Kandalintseva, A.E. Prosenko, V.V. Lyakhovich JPSR, 2014, 6(4), 178-183
Suppression of sulfoconjugation reduces the protective effect of ortho-aminoazotoluene on hepatocarcinogenesis induced by diethylnitrosamin in mice V.I.Kaledin, S.I. Il'nitskaya, N.A.Popova, L.A.Bogdanova B EXP BIOL MED+, 2014, Vol.157, No.3, P.368-370
Identification of cancer stem cells and a strategy for their elimination Dolgova EV, Alyamkina EA, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Tyrinova TV, Kozel AV, Minkevich AM, Andrushkevich OM, Zavyalov EL, Romaschenko AV, Bayborodin SI, Taranov OS, Omigov VV, Shevela EY, Stupak VV, Mishinov SV, Rogachev VA, Proskurina AS, Mayorov VI, Shurdov MA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS. CANCER BIOL THER, 2014, 15(10): 1378-1394
Геномика Васильев Геннадий Владимирович Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18. №1. С.158-165.
ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 2, 354-362
Двойственное влияние ингибиторов индол-2,3-диоксигеназы на терапевтическое действие циклофосфана и циклоплатама в отношении асцитной опу-холи Эрлиха у мышей Богданова Л. А., Морозкова Т. С., Амитина С. А., Мажукин Д. Г., Николин В. П., Попова Н. А., Каледин В. И. B EXP BIOL MED+, 2014, Т. 157. № 4. С. 507-510
Dual effects of indoleamine 2,3-dioxygenase inhibitors on the therapeutic effects of cyclophosphamide and cycloplatam on ehrlich ascites tumor in mice. Bogdanova LA1, Morozkova TS, Amitina SA, Mazhukin DG, Nikolin VP, Popova NA, Kaledin VI. B EXP BIOL MED+, 2014, 157(4):506-9
Application of quantitative trait locus mapping and transcriptomics to studies of the senescence-accelerated phenotype in rats. Korbolina EE, Ershov NI, Bryzgalov LO, Kolosova NG BMC GENOMICS, 2014, 15 (Suppl 12):S3 http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/S12/S3 doi:10.1186/1471-2164-15-S12-S3.
Analysis of the Placental Tissue Transcriptome of Normal and Preeclampsia Complicated Pregnancies E. A. Trifonova, T. V. Gabidulina, N. I. Ershov, V. N. Serebrova, A. Yu. Vorozhishcheva, V. A. Stepanov Acta Naturae, 2014, 6(2): 71–83
Real-Time Interaction between ТВР and the TATA Box of the Human Triosephosphate Isomerase Gene Promoter in the Norm and Pathology Arkova OV, Kuznetsov NA, Fedorova OS, Kolchanov NA, Savinkova LK Acta Naturae, 2014, v.6(2), 36-40
Сниженный уровень экспрессии генов, контролирующих тонус сосудов в почках крыс НИСАГ со стресс-зависимой артериальной гипертензией. О.Е. Редина, Л.О. Климов, Н.И. Ершов, Т.О. Абрамова, Л.Н. Иванова, А.Л. Маркель. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. N. 4/2, C. 910-919.
Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 6, pp. 568–574
ChIP-seq данные и их анализ Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А. Молекулярная и прикладная генетика, 2014, Молекулярная и прикладная генетика. Сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси. Т. 18. С.84 -97.
rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, July 2014, Volume 4, Issue 4, pp 245-253
2013
Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот Т. И. Меркулова, Е. А. Ананько, Е. В. Игнатьева, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2013, том 49, № 1, с. 37–54
An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
Effect of human double-stranded DNA preparation on the production of cytokines by dendritic cells and peripheral blood cells from relatively healthy donors Orishchenko KE, Ryzhikova SL, Druzhinina YG, Ryabicheva TG, Varaksin NA, Alyamkina EA, Dolgova EV, Rogachev VA, Proskurina AS, Nikolin VP, Popova NA, Strunov AA, Kiseleva EV, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Sidorov SV, Mayorov VI, Bogachev SS, Shurdov MA. Cancer Therapy, 2013, V. 8, p. 191-205
Rat retinal transcriptome: Effects of aging and AMD-like retinopathy. Kozhevnikova OS, Korbolina EE, Ershov NI, Kolosova NG CELL CYCLE, 2013, May 6;12(11). Pages 1745 - 1761
Иммуномодулирующее влияние этилпирувата на несингенную перевиваемую опухоль мышей Л.А. Богданова, Т.С. Морозкова, В.И. Каледин, В.П. Николин, Н.А. Попова B EXP BIOL MED+, 2013, т.155, № 6, стр. 750-752
Ligand-Directed Acid-Sensitive Amidophosphate 5-Trifluoromethyl-2 '-Deoxyuridine Conjugate as a Potential Theranostic Agent Godovikova, TS ; Lisitskiy, VA ; Antonova, NM ; Popova, TV ; Zakharova, OD; Chubarov, AS ; Koptyug, IV ; Sagdeev, RZ ; Kaptein, R ; Akulov, AE ; Kaledin, VI ; Nikolin, VP ; Baiborodin, SI ; Koroleva, LS ; Silnikov, VN BIOCONJUGATE CHEM, 2013, Volume: 24 Issue: 5 Pages: 780-795 DOI: 10.1021/bc3006072 Published: MAY 2013
Характеристика изменения количества умеренных повторов в геноме клеток костного мозга экспериментальных мышей на фоне инъекции циклофосфана и экзогенной ДНК человека Долгова Е.В., Прокопенко А.В., Николин В.П., Попова Н.А., Проскурина А.С., Орищенко К.Е., Алямкина Е.А., Ефремов Я.Р., Черных Е.Р., Останин А.А., Богачев С.С., Гвоздева Т.С., Малкова Е.М., Таранов О.С., Рогачев В.А., Панов А.В., Загребельный С.Н., Шурдов М.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т. 17, № 2, стр. 246-264
Association of AMD-like retinopathy development with an Alzheimer’s disease metabolic pathway in OXYS rats Oyuna S. Kozhevnikova, Elena E. Korbolina, Natalia A. Stefanova, Natalia A. Muraleva, Yuriy L. Orlov, Nataliya G. Kolosova BIOGERONTOLOGY, 2013, Volume 14, Issue 6, 753-762
Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
Защитное действие темпола при облысении, вызываемом циклофосфамидом у мышей. ПОПОВА Н.А., НИКОЛИН В.П., КАЛЕДИН В.И., КИРИЛЮК И.А., ГРИГОРЬЕВ И.А. Сибирский онкологический журнал, 2013, 2013. № 4 С. 57-59
Reduction of serotonergic gene expression in the raphe nuclei of the midbrain under positive fighting experience in male mice D. Smagin, U. Boyarskikh, N. Bondar, M. Filipenko, N. Kudryavtseva Advances in Bioscience and Biotechnology, 2013, Vol.4 No.10B, October 2013
Проагрессивный эффект диазепама на самцов мышей с повторным опытом агрессии Григорьева А.Е., Смагин Д.А., Бондарь Н.П., Галямина А.Г., Кудрявцева Н.Н. Журнал высшей нервной деятельности, 2013, 63(4): 486-494
Downregulation of Serotonergic Gene Expression in the Raphe Nuclei of the Midbrain Under Chronic Social Defeat Stress in Male Mice Boyarskikh U.A., Bondar N.P., Filipenko M.L., Kudryavtseva N.N. MOL NEUROBIOL, 2013, 48(1): 13-21
Delivery and processing of exogenous double-stranded DNA in mouse CD34 + hematopoietic progenitor cells and their cell cycle changes upon combined treatment with cyclophosphamide and double-stranded DNA Dolgova EV, Efremov YR, Orishchenko KE, Andrushkevich OM, Alyamkina EA, Proskurina AS, Bayborodin SI, Nikolin VP, Popova NA, Chernykh ER, Ostanin AA, Taranov OS, Omigov VV, Minkevich AM, Rogachev VA, Bogachev SS, Shurdov MA. GENE, 2013, V. 528, N 2, p. 74-83
Detection of Regulatory SNPs in Human Genome Using ChIP-seq ENCODE Data Leonid O. Bryzgalov, Elena V. Antontseva, Marina Yu. Matveeva, Alexander G. Shilov, Elena V. Kashina, Viatcheslav A. Mordvinov, Tatyana I. Merkulova PloS One, 2013, Volume 8, Issue 10, e78833
Potentialities of aberrantly methylated circulating DNA for diagnostics and post-treatment follow-up of lung cancer patients. Ponomaryova AA, Rykova EY, Cherdyntseva NV, Skvortsova TE, Dobrodeev AY, Zav'yalov AA, Bryzgalov LO, Tuzikov SA, Vlassov VV, Laktionov PP. LUNG CANCER, 2013, 2013 Sep;81(3):397-403. doi: 10.1016/j.lungcan.2013.05.016. Epub 2013 Jun 24.
From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites. Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 2013 Feb;11(1):1340004. doi: 10.1142/S0219720013400040. Epub 2013 Jan 16.
Влияние диазепама на смешанное тревожно-депрессивное расстройство у самцов мышей А.Г. Галямина, Д.А. Смагин, И.Л. Коваленко, Н.П. Бондарь, Н.Н. Кудрявцева Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2013, 99(11): 1240-1249
Стабильная липосомальная лекарственная форма комплексных соединений платины для воздействия на метастазы опухолей в печени. Попова Н.А., Каледин В.И., Николин В.П., Морозкова Т.С. 2013 г. Высокие технологии, фундаментальные и при-кладные исследования в физиологии и медицине» СПб, Издательство политехнического университета, 2013, С.165-168.
Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. FEBS J, 2013, 280 (Suppl. 1) p. 459–460
Immunomodulating effect of ethyl piruvate on nonsyngenic transplanted tumor in mice L.A.Bogdanova, T.S.Morozkova, V.I.Kaledin, V.P.Nikolin, N.A. Popova B EXP BIOL MED+, 2013, V. 155, N 6, P. 785-788
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, с.577-588
Характеристика лейкостимулирующего и противоракового действия препарата «Панаген» на основе фрагментированной двуцепочечной ДНК человека в эксперименте и при клиническом применении. I. Лейкостимулирующее и противораковое действие препарата в экспериментальных условиях. Проскурина А.С., Алямкина Е.А., Долгова Е.В., Николин В.П., Попова Н.А., Гвоздева Т.С., Орищенко К.Е., Сидоров С.В., Черных Е.Р., Останин А.А., Леплина О.Ю., Дворниченко В.В., Пономаренко Д.М., Солдатова Г.С., Вараксин Н.А., Рябичева Т.Г., Загребельный С.Н., Рогачев В.А., Богачев С.С., Шурдов М.А. Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2013, Том 11, выпуск 4, стр. 67-82
Характеристика лейкостимулирующего и противоракового действия препарата «Панаген» на основе фрагментированной двуцепочечной ДНК человека в эксперименте и при клиническом применении. II. Лейкостимулирующее и противораковое действие препарата при клиническом применении. Гвоздева Т.С., Проскурина А.С., Орищенко К.Е., Сидоров С.В., Черных Е.Р., Останин А.А., Леплина О.Ю., Дворниченко В.В., Пономаренко Д.М., Солдатова Г.С., Вараксин Н.А., Рябичева Т.Г., Загребельный С.Н., Николин В.П., Попова Н.А., Рогачев В.А., Алямкина Е.А., Долгова Е.В., Богачев С.С., Шурдов М.А. Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2013, Том 11, выпуск 4, стр. 83-90
ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, No 4/1, 589-598
Pathological changes in mice treated with cyclophosphamide and exogenous DNA Dolgova EV, Nikolin VP, Popova NA, Proskurina AS, Orishchenko KE, Alyamkina EA, Efremov YR, Baiborodin SI, Chernykh ER, Ostanin AA, Bogachev SS, Gvozdeva TS, Malkova EM, Taranov OS, Rogachev VA, Panov AS, Zagrebelnyi SN, Shurdov MA. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, V.3, N 4, p. 291-304
2012
Glucocorticoid receptor isoforms generated by alternative splicing and alternative translation initiation Merkulov V.M., Merkulova T.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, V. 2, Issue 3, P. 205-213.
Cytochrome P450 in fluke Opisthorchis felineus: Identification and characterization. Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Katokhin AV, Merkulova TI, Mordvinov VA MOL BIOCHEM PARASIT, 2012, V. 181. No. 2. P. 190–194
Метаболит циклофосфамида, запускающий апоптоз в клетках лимфосаркомы мыши RLS, является субстратом для Р-гликопротеина. Патутина О., Миронова Н., Логашенко Е., Попова Н., Николин В., Васильев Г., Каледин В., Зенкова М., Власов В. B EXP BIOL MED+, 2012, т. 152.№ 9. С. 318-322
Quantitative trait loci on chromosome 1 for cataract and AMD-like retinopathy in senescence-accelerated OXYS rats Elena E. Korbolina, Ouyna S. Kozhevnikova, Nataliya A. Stefanova, and Natalia G. Kolosova AGING-US, 2012, Aging (Albany NY). 2012 Jan 31. Vol.4 No.1 P.49-59
"Delayed death" phenomenon: A synergistic action of cyclophosphamide and exogenous DNA Dolgova EV, Proskurina AS, Nikolin VP, Popova NA, Alyamkina EA, Orishchenko KE, Rogachev VA, Efremov YR, Dubatolova TD, Prokopenko AV, Chernykh ER, Ostanin AA, Taranov OS, Omigov VV, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA GENE, 2012, V. 495, p. 134-145
Экспрессия Ext1, Ext2 и гепараназы в мозге преждевременно стареющих крыс OXYS в период раннего онтогенеза и развития нейродегенеративных изменений. Шевелев О.Б., Рыкова В.И., Федосеева Л.А., Леберфарб Е.Ю., Дымшиц Г.М., Колосова Н.Г. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2012, том 77, вып. 1, с. 71 – 78.
Short double-stranded RNA with immunostimulatory activity: sequence dependence. Kabilova TO, Meschaninova MI, Venyaminova AG, Nikolin VP, Zenkova MA, Vlassov VV, Chernolovskaya EL. NUCLEIC ACID THER, 2012, 22(3):196-204.
Effects of human exogenous DNA on production of perforin-containing CD8+ cytotoxic lymphocytes in laboratory setting and clinical practice. Alyamkina EA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Nikolin VP, Popova NA, Proskurina AS, Gvozdeva TS, Dolgova EV, Orishchenko KE, Rogachev VA, Sidorov SV, Varaksin NA, Ryabicheva TG, Bogachev SS, Shurdov MA. CELL IMMUNOL, 2012, V. 276, P. 59-66
Продигиозин Serratia marcescens подавляет in vitro развитие чувствительного и устойчивого к хлорохину штаммов малярийного паразита грызунов Plasmodium berghei А.Б.Дужак, З.И.Панфилова, Т.Г.Панкова, Т.М.Игонина, О.Д.Захарова, Е.А.Васюнина Биофармацевтический журнал, 2012, Т.4, №2, С.7-13
Интернализация экзогенной ДНК во внутренние компартменты клеток костного мозга мышей Долгова Е.В., Николин В.П., Попова Н.А., Проскурина А.С., Орищенко К.Е., Алямкина Е.А., Ефремов Я.Р., Черных Е.Р., Останин А.А., Малкова Е.М., Таранов О.С., Рогачев В.А., Сидоров С.В., Богачев С.С., Шурдов М.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, №2, стр. 397-414
RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, № 4/1, С. 756-765
Search for regulatory SNPs associated with colon cancer in the APC and MLH1 genes E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, N. V. Cherdyntseva and T. I. Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, V. 2, No. 3. P. 222-228.
Влияние антагонистов мю-и каппа-опиоидных рецепторов на агрессивность самцов мышей с повторным опытом агрессии Бондарь Н.П. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2012, Т.98 №6 с. 681-692
ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА ЧЕЛОВЕКА С ТАТА-ЭЛЕМЕНТОМ ПРОМОТОРА ГЕНА NOS2A С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА ПОВЕРХНОСТНОГО ПЛАЗМОННОГО РЕЗОНАНСА Драчкова И.А., Шеховцов С.В., Пельтек С.Е., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Аршинова Т.В., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т. 16, № 2, с. 391-396
Влияние психоэмоционального состояния на метастазирование карциномы легких льюисаc Амикишиева А.В., Ильницкая С.И., Николин В.П., Попова Н.А., Каледин В.И. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2012, 98(3):417-23.
Unbiased approach to profile the variety of small non-coding RNA of human blood plasma with massively parallel sequencing technology. Semenov DV, Baryakin DN, Brenner EV, Kurilshikov AM, Vasiliev GV, Bryzgalov LA(LO), Chikova ED, Filippova JA, Kuligina EV, Richter VA. Expert Opin Biol Ther., 2012, Suppl 1:S43-51
Triterpenoid saponins from the roots of Acanthophyllum gypsophiloides Regel. Khatuntseva EA, Men'shov VM, Shashkov AS, Tsvetkov YE, Stepanenko RN, Vlasenko RY, Shults EE, Tolstikov GA, Tolstikova TG, Baev DS, Kaledin VA, Popova NA, Nikolin VP, Laktionov PP, Cherepanova AV, Kulakovskaya TV, Kulakovskaya EV, Nifantiev NE. BEILSTEIN J ORG CHEM, 2012, 8:763-75.
Influence of femtosecond laser radiation on cells of the transplantable tumour Krebs-2 Yu P Meshalkin, ab N A Popova, bc V P Nikolin, c V I Kaledin, c A V Kirpichnikov, a E V Pestryakov QUANTUM ELECTRON+, 2012, Volume 42 Number 6 Pages 505–508
Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
Nanocomposites consisting of titanium dioxide nanoparticles and oligonucleotides. Levina A, Ismagilov Z, Repkova M, Shatskaya N, Shikina N, Tusikov F, Zarytova V. J NANOSCI NANOTECHNO, 2012, Mar;12(3):1812-20.
Усиление общетоксического и ослабление гепатоканцерогенного действия диэтилнитрозамина при введении его в смеси с изопропанолом Каледин В.И., Багинская Н.В., Васюнина Е.А., Ильницкая С.И., Овчинникова Л.П. Вопросы онкологии, 2012, том 56, н.5, стр.658-662
Accelerated rejection of the second transplants of immunogenic tumor in mice under inhibition of indoleamine 2,3-dioxygenase activity by ethyl pyruvate E.D. Vasilyeva, V. Kaledin, V.P. Nicolin, N.A. Popova*, I.A. Kirilyuk, I.A. Grigor’ev Experimental oncology, 2012, 34,№ 1. 286–288, 2012
Possible link between the synthesis of GR alpha isoforms and eIF2 alpha phosphorylation state. Kochetov AV, Merkulova TI, Merkulov VM MED HYPOTHESES, 2012, V 79. P. 709-712
Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
Influence of atovastatin and carboxymethylated glucan on the serum lipoprotein profile and MMP activity of mice with lipemia induced by poloxamer 407 Korolenko TA, Tuzikov FV, Cherkanova MS, Johnston TP, Tuzikova NA, Loginova VM, Filjushina EE, Kaledin VI CAN J PHYSIOL PHARM, 2012, 90(2):141-53
Internalization of exogenous DNA into internal compartments of murine bone marrow cells Dolgova EV, Nikolin VP, Popova NA, Proskurina AS, Orishenko KE, Alyamkina EA, Efremov YR, Chernykh ER, Ostanin AA, Malkova EM, Taranov OS, Rogachev VA, Sidorov SV, Bogachev SS, Shurdov MA Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, V. 2, N 6, P. 440-452
Мутагенная активация снижает канцерогенность орто-аминоазотолуола для печени мышей Овчинникова Л.П., Богданова Л.А., Каледин В.И. B EXP BIOL MED+, 2012, № 11, Т. 154, стр.623-628
2011
Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
Изменение сродства ТАТА-связывающего белка к олигонуклеотидам, соответствующим ТАТА-боксам промоторов генов человека, несущим полиморфизмы, ассоциированные с наследственными заболеваниями Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, № 3, т. 15, стр. 439-447
In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
Полиморфизм гена HFE у населения Северной Азии Михайлова С.В., Ромащенко А.Г., Бабенко В.Н., Губина М.А., Соболева Д.Е., Кобзев В.Ф., Воевода М.И Вестник РАМН, 2011
Ortho-aminoazotoluene activates mouse constitutive androstane receptor (mCAR) and increases expression of mCAR target genes. Smetanina MA, Pakharukova MY, Kurinna SM, Dong B, Hernandez JP, Moore DD, Merkulova TI. TOXICOL APPL PHARM, 2011, V. 255(1):P. 76-85.
Азосоединения ОАТ и 3'МеДАБ одинаково вызывают опухоли печени у мышей линии GR, но по-разному влияют на активность транскрипционных факторов FoxA Пахарукова М.Ю., Сметанина М.А., Ильницкая С.И., Каледин В.И., Меркулова Т.И. B EXP BIOL MED+, 2011, Том 152, № 7. С. 109-112.
Effect of vasopressin V1 receptor antagonist, SSR149415, on anxiety-like behavior and Lewis lung carcinoma metastasis in mice. Amikishieva A. V. Ilnitskaya S.I., Nikolin V. P.,Popova N. A. Experimental oncology, 2011, V.33.№ 3. P. 1-4
Полиморфизм второго интрона гена SDF1 у галловейской, герефордской и черно-пестрой пород крупного рогатого скота Юдин Н.С., Нефедова М.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. RUSS J GENET+, 2011, Том 47, № 2, стр. 279-283
Ассоциация полиморфизма гена холодового рецептора TRPM8 с липидными показателями крови и антропометрическими параметрами у шорцев Потапова Т.А., Юдин Н.С., Пилипенко И.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Шахтшнейдер Е.В., Огарков М.Ю., Воевода М.И. B EXP BIOL MED+, 2011, №2, стр. 186-190
All signs of the metabolic syndrome in hypertensive ISIAH rats are associated with increased activity of the transcription factors PPAR, LXR, PXR, and CAR in the liver. Е. N. Pivovarova, М. I. Dushkin, M. L. Perepechaeva, V .F. Коbzev, V. А. Тrufakin, А. L. Маrkel BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2011, v.5, N1, P. 29-36. DOI 10.1134/S1990750811010082
OAT and 3’MeDAB Azo Compounds Similarly Cause Liver Tumors in GR Mice, but Differently Modify Activities of FoxA Transcription Factors M. Yu. Pakharukova, M. A. Smetanina, S. I. Ilnitskaya, V. I. Kaledin, and T. I. Merkulova B EXP BIOL MED+, 2011, Vol. 152, No. 1, November, 2011 ONCOLOGY, PP. 101-104. (DOI) 10.1007/s10517-011-1465-y
Торможение метаболизма стимулирует, а активация метаболизма ингибирует канцерогенное действие орто-аминоазотолуола на печень мышей В.И.Каледин, С.И.Ильницкая Вопросы онкологии, 2011, том 57, №2,стр.216-220
Effect of vasopressin V1B receptor antagonist, SSR149415, on anxiety-like behavior and Lewis lung carcinoma metastasis in mice A.V.Amikishieva, S.I. Ilnitskaya, V.P.Nikolin, N.A,Popova Experimental oncology, 2011, V.33, №3, P.126-129
Inhibition of metastasis development by daily administration of ultralow doses of RNase A and DNase I O.Patutina , N. Mironova , E.Ryabchikova , N. Popova , V.Nikolin , V. Kaledin , V.Vlassov , M.Zenkova BIOCHIMIE, 2011, v 93, P. 689-696
Поиск регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстой кишки, в генах АРС и МLH1. Антонцева Е.В., Брызгалов Л.О., Матвеева М.Ю., Кашина Е.В., Чердынцева Н.В., Меркулова Т.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, том 15, №4, с.644-652
Характеристика временных параметров проявления эффекта токсического действия инъекций экзогенной ДНК на фоне предобработки цитостатиком циклофосфаном Долгова Е.В., Проскурина А.С., Николин В.П., Попова Н.А., Алямкина Е.А., Орищенко К.Е., Шилов А.Г., Ефремов Я.Р., Черных Е.Р., Останин А.А., Богачев С.С., Прокопенко А.В., Малкова Е.М., Таранов О.С., Гвоздева Т.С., Рогачев В.А., Загребельный С.Н., Шурдов М.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15, № 4, С. 674-689
Все признаки метаболического синдрома у гипертензивной линии крыс НИСАГ ассоциируются с повышенной активностью факторов транскрипции PPAR, LXR, PXR и CAR в печени Пивоварова Е.Н., Душкин М.И., Перепечаева М.Л., Кобзев В.Ф., Труфакин В.А., Маркель А.Л. Биомедицинская химия, 2011, №4, Т.57, С.435-445
2010
Нитроксильный антиоксидант ТРРФ-ТЕМПО повышает эффективность противоопухолевой терапии на модели перевиваемой лимфосаркомы мышей Кирилюк И.А.,Каледин В. И., Попова Н. А., Николин В. П.,Васильева Е. Д., Григорьев И. А., Лушникова Е. Л. , Непомнящих Л. М. B EXP BIOL MED+, 2010, № 7. С. 85-89
Полиморфизм генов 2'-5'-олигоаденилатсинтетаз (OAS) человека, связанный с предрасположенностью к тяжелым формам клещевого энцефалита, в популяциях Северной Евразии Бархаш А.В., Бабенко В.Н., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. Molecular Biology, 2010, Т.44, №6. С. 985-993.
Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
Распространение свиных эндогенных ретровирусов у разных форм Sus scrofa L. 1758 (Suidae, Mammalia) Айтназаров Р.Б., Никитин С.В., Князев С.П., Кобзев В.Ф., Бекенев В.А., Деева В.С., Гончаренко Г.М., Юдин Н.С., Ермолаев В.И. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, №9, стр. 49-54.
Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
Экспрессия ядерных рецепторов PPAR, LXR и RXR в печени и показатели липидного и углеводного обмена в крови у чувствительных и резистентных к гепатоканцерогенезу линий мышей Е.Н. Пивоварова, Н.В. Багинская, М.Л. Перепечаева, С.И. Ильницкая, М И. Душкин Биомедицинская химия, 2010, N4, T.56, С. 480-489
Differentiation of wild boar and domestic pig population based on the frequency of chromosomes carring endogenous retroviruses Nikitin S.V., Yudin N.S., Knyazev S.P., Aitnazarov R.B., Bekenev V.A., Deeva V.S., Goncharenko G.M., Kobzev V.F., Savina M.A., Ermolaev V.I. Natural Science, 2010, V.2, N.6, 527-534.
Effect of double-stranded DNA on maturation of dendritic cells in vitro Alyamkina EA, Leplina OY, Sakhno LV, Chernykh ER, Ostanin AA, Efremov YR, Shilov AG, Proskurina AS, Orishchenko KE, Dolgova EV, Rogachev VA, Nikolin VP, Popova NA, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA CELL IMMUNOL, 2010, 266: 46-51
Exogenous allogenic fragmented double-stranded DNA is internalized into human dendritic cells and enhances their allostimulatory activity Alyamkina EA, Dolgova EV, Likhacheva AS, Rogachev VA, Sebeleva TE, Nikolin VP, Popova NA, Kiseleva EV, Orishchenko KE, Sakhno LV, Gel'fgat EL, Ostanin AA, Chernykh ER, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA CELL IMMUNOL, 2010, 262: 120-126
Inhibition of metastasis development by daily administration of ultralow doses of RNase A and DNase I Olga Patutina, PhD; Nadezda Mironova, PhD; Elena Ryabchikova, PhD Prof; Nelly Popova, PhD; Valery Nikolin, PhD MD; Vasily Kaledin, PhD; Valentin Vlassov, Academician; Marina Zenkova, BIOCHIMIE, 2010, Elsevier Editorial System(tm) for Biochimie Manuscript Draft Manuscript Number:: BIOCHI-D-10-00444R1
Mitochondrial DNA studies of the Pazyryk people (4th to 3rd centuries BC) from northwestern Mongolia Pilipenko A.S., Romaschenko A.G., Molodin V.I., Parzinger H., Kobzev V.F. Archaeological and Anthropological Sciences, 2010, V. 2. N. 4. P. 231-236.
A strategy of tumor treatment in mice with doxorubicin-cyclophosphamide combination based on dendritic cell activation by human double-stranded DNA preparation Alyamkina EA, Nikolin VP, Popova NA, Dolgova EV, Proskurina AS, Orishchenko KE, Efremov YR, Chernykh ER, Ostanin AA, Sidorov SV, Ponomarenko DM, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA Genetic Vaccines and Therapy, 2010, 8(1): 7
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
Liver expression of the nuclear hormone receptors PPAR, LXR, and RXR and blood parameters of lipid and carbohydrate metabolism in strains of mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis E. N. Pivovarova, N. V. Baginskaya, M. L. Perepechaeva, S. I. Ilnitskaya and M. I. Dushkin BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, Volume 4, Number 2, 198-204, DOI: 10.1134/S1990750810020113
The increased CAR-dependent metabolism of thyroid hormones in mice with high cancer susceptibility M. Pakharukova, M. Smetanina, V. Kaledin, T. Obut, T. Merkulova. LIFE SCI, 2010, V. 87, p. 439-444
The siRNA targeted to mdr1b and mdr1a mRNAs in vivo sensitizes murine lymphosarcoma to chemotherapy O.Patutina, N. Mironova, N. Popova, V Kaledin, V Nikolin, V Vlassov and M Zenkova BMC CANCER, 2010, V 10.article number 204. May 2010
Активация конститутивного рецептора андростанов и повышение экспрессии его генов – мишеней в печени мышей под действием ортоаминоазотолуола Сметанина М.А., Пахарукова М.Ю., Меркулова ТИ. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, №2, С. 320-330
Tumor growth inhibition by combined action of shock waves and cytostatics I.V. Mastikhin, V.S. Teslenko, V.P. Nikolin, N.G. Kolosova, V.N. Gorchakov Book: New Trends in Shock Wave Applications to Medicine and Biotechnology, 2010, Research Singpost 37/661 (2), Fort P.O. Trivandrum-695 023 Kerala, India pp. 151-164. Edit.: Achim M. Loske
Differentiation of Wild and Domestic Swine Populations Estimated by the Frequency of Chromosomes Carrying Endogenous Retroviruses. Nikitin S. V., Yudin N. S., Aitnazarov R. B., Bekenev V. A., Deeva V. S., Goncharenko G. M., Kobzev V. F., Savina M. A., Ermolaev V. I., Knyazev S. P.. Natural Science, 2010, N6. V. 2. P. 527-534.
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
Влияние гепатоканцеpогенноcти эcтpагола на глюкокоpтикоидную индукцию печень-cпецифичныx феpментов и активноcть фактоpов тpанcкpипции Foxа и HNF4 в печени мышей и кpыc В.И. Каледин, М.Ю. Пахарукова, Е.Н. Пивоварова, К.Ю. Кропачев, Н.В. Багинская, Е.Д. Васильева, С.И. Ильницкая, Е.В. Никитенко, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова BIOPHYSICS, 2010, том 55, вып.2, c.326–335
Влияние полиморфизмов ТАТА-бокса промотора гена бета-глобина человека, ассоциированный с бета-талассемией, на взаимодействие ТАТА-связывающего белка Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Информационный вестник ВОГИС, 2010, т.14, с. 698-705
Tumoricidal Activity of RNase A and DNase I. Patutina OA, Mironova NL, Ryabchikova EI, Popova NA, Nikolin VP, Kaledin VI, Vlassov VV, Zenkova MA. Acta Naturae, 2010, 2(1):88-94.
Комплексная оценка генетического полиморфизма хромосомных и внехромосомных маркеров патогенности Salmonella Enterica при помощи пульс-электрофореза Е.В.Дударева, А.В.Тронева, Ю.Г.Юшков, М.Л.Филиппенко, В.А.Афонюшкин, С.В.Леонов, В.Ю.Коптев, В.Т.Вольф, О.В.Аркова, Ю.Н.Козлова Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, №1(205)
Ингибирующее влияние о-аминоазотолуола на гепатоканцерогенное действие диэтилнитрозамина при совместном применении у мышей Каледин В.И. , Ильницкая С.И., Багинская Н.В. Вопросы онкологии, 2010, Т.56.- №2.- С.196 – 200
Ингибитор активности индоламин-2,3-диоксигеназы 1-метилD-триптофан может стимулировать рост иммуногенных опухолей Васильева Е. Д., Николин В. П., Попова Н. А., Лушникова Е. Л., В. И. Каледин B EXP BIOL MED+, 2010, № 5.С. 559-561
2009
Лейкостимулирующее действие фрагментов экзогенной ДНК, защищенных протамином, при вызванной циклофосфаном миелосупрессии мышей Е.В. Долгова, В.А. Рогачев, В.П. Николин, Н.А. Попова, А.С. Лихачева, Е.А. Алямкина, Т.Е. Себелева, Е.Р. Черных, Е.Л. Гельфгат, С.С. Богачев, М.А. Шурдов Вопросы онкологии, 2009, № 6, Т. 55, стр. 761-764
Combined therapy with Cyclophosphamide and DNA preparation inhibits the tomor growth in mice Alyamkina EA, Dolgova EV, Likhacheva AS, Rogachev VA, Sebeleva TE, Nikolin VP, Popova NA, Orishchenko KE, Strunkin DN, Chernykh ER, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA. Genetic Vaccines and Therapy, 2009, V. 7, N 1
Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
Correlation between hepatocarcinogenic effect of estragole and its influence on glucocorticoid induction of liver-specific enzymes and activities of FOXA and HNF4 transcription factors in mouse and rat liver Kaledin V I; Pakharukova M Yu; Pivovarova E N; Kropachev K Yu; Baginskaya N V; Vasilieva E D; Ilnitskaya S I; Nikitenko E V; Kobzev V F; Merkulova T I BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, Volume 74, Number 4, 377-384, DOI: 10.1134/S000629790904004X
Соответствие между гепатоканцерогенным действием эстрагола и его влиянием на глюкокортикоидную индукцию печень-специфичных ферментов и активность факторов транскрипции FoxА и HNF4 в печени мышей и крыс В.И. Каледин, М.Ю. Пахарукова, Е.Н. Пивоварова, К.Ю. Кропачев, Н.В. Багинская, Е.Д. Васильева, С.И. Ильницкая, Е.В. Никитенко, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, том 74, стр. 466-475
Induction of fatty liver by fasting in mouse strains to metabolic syndrome development Baginskaya N.V., Perepechaeva M.L.,Ilnitskaya S.I.,Pivovarova E.N., Kaledin V.I Medical J., 2009, V.3(4).- P.599-600
Limiting effect of diazepam on Lewis lung carcinoma metastasis in anxious male mice Kaledin V.I.,Ilnitskaya S.I.,Nikolin V.P.,Popova N.A.,Smagin D.A., Kudryavtseva N.N Experimental oncology, 2009, V31.№1.P .62-64
Orto-aminoazotoluen induces the expression of the p53 gene in inbred strains of mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis Timofeeva OA, Eremeev AV, Goloshchapov AN, Ilnitskaya SI, Merculova TI, Kaledin VI, Setkov NA. Doklady Biological Sciences, 2009, Т.429.- №2.-С.579-82.
Полиморфизм гена аполипопротеина Е в популяции коренных жителей Горной Шории и его ассоциация с параметрами углеводного обмена Шахтшнейдер Е.В., Воевода М.И., Огарков М.Ю., Барбараш О.Л., Поликутина О.М., Казачек Я.В., Баум В.А., Юдин Н.С., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г. Атеросклероз, 2009, Том 5, №1, стр. 28-32
Induction of fatty liver by fasting in mouse strains disposed to metabolic syndrome development Baginskaya N.V., Perepechaeva M.L., Ilnitskaya C.I., Pivovarova E.N., Kaledin V.I. Clinical and Experimental Medical Journal, 2009, v3(4): 599-600 2009
Specifically activated dendritic cells--cell-based vaccine against lymphosarcoma exhibiting multiple drug resistance phenotype Mironova NL, Panzinskyi EE, Popova NA, Nikolin VP, Zenkova MA, Vlasov VV Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, Sep-Oct;428:252-6.
Structural Variants of Glucocorticoid Receptor Binding Sites and Different Versions of Positive Glucocorticoid Responsive Elements: Analysis of GR-TRRD Database Merkulov V.M., Merkulova T.I. J STEROID BIOCHEM, 2009, v.115. p.1-8
Tempol reduces the therapeutic effect of cyclophosphamide on an experimental tumor model Kaledin V I.,. Popova N.A, Nikolin V.P., Vasilieva E.D., Kirilyuk I.A., Grigor’ev I.A. FREE RADICAL RES, 2009, V.43.№ 7. P 685-690
Влияние этанола на процессы метастазирования аденокарциномы Льюис у самцов мышей с разным эмоциональным состоянием Ильницкая С.И., Николин В.П., Попова Н.А., Августинович Д.Ф., Каледин В.И., Кудрявцева Н.Н. , 2009, Т.95.- №1.- С.74-78
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
Гепатокарцинома -29, метастазирующая перевиваемая опухоль, вызывающая кахексию. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины В. И. Каледин, Н. А. Жукова, В. П. Николин, Н. А. Попова, М. Д. Беляев, Н. В. Багинская, Е. А. Литвинова, Т. Г. Толстикова, Е. Л. Лушникова, Д. Е. Семенов B EXP BIOL MED+, 2009, № 12. С.664-669
Действие экзогенной ДНК, ассоциированной с протамином, на рост экспериментальных опухолей мыши Е.А. Алямкина, А.С. Лихачева, В.П. Николин, Н.А. Попова, Е.В. Долгова, В.А. Рогачев, Т.Е. Себелева, Д.Н. Стрункин, С.С. Богачев, М.А. Шурдов Вопросы онкологии, 2009, № 6, Т. 55, стр. 765-768
Дифференциация популяций диких и домашних свиней по частоте хромосом, содержащих эндогенные ретровирусы Юдин Н.С., Айтназаров Р.Б., Князев С.П., Бекенёв В.А., Деева В.С., Гончаренко Г.М., Кобзев В.Ф., Савина М.А., Ермолаев В.И., Никитин С.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, № 4, с.741-750
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
Ингибирующее влияние тироксина на поздние стадии гепатоканцерогенеза, индуцированные у 14-дневных мышей диэтилнитрозамином В.И.Каледин, Ильницкая С.И., Багинская Н.В., Сенькова А.В. , 2009, т.95, №9, стр. 993-996
Интибирующее влияние тироксина на поздние стадии гепатоканцерогенеза, индуцированного у 14-дневных мышей диэтилнитрозамином Каледин В. И., Ильницкая С. И., Багинская, Сенькова А. В. , 2009, Т. 95, № 9. С. 993-997
2008
Особенности захоронения младенцев в жилищах городища Чича-1 в Баабинской лесостепи по данным анализа структуры ДНК Пилипенко А.С., Ромащенко А.Г., Молодин В.И., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Поздняков Д.В., Новикова О.И. Археология, этнография и антропология Евразии, 2008, № 2, Т. 34, С. 57-67
Полиморфизм гена холодового рецептора TRPM8 в этнических группах Сибири и Дальнего Востока Потапова Т.А., Юдин Н.С., Бабенко В.Н., Пилипенко И.В., В.Ф. Кобзев И.В., Гырголькау Л.А., Воевода М.И. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №4, Том 12, С. 749-754
Популяционное исследование спектра мутаций гена рецептора липопротеинов низкой плотности в российской популяции Воевода М.И., Куликов И.В., Шахтшнейдер Е.В., Максимов В.Н., Пилипенко И.В., Терещенко И.П., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Никитин Ю.П. RUSS J GENET+, 2008, Т. 44, №10, стр. 1374-1378
Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
Редокс-модификация и фосфорилирование регулируют активность митохондриального белкового комплекса, специфично связывающегося с промотором гена сох1 кукурузы Тарасенко В.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М. Molecular Biology, 2008, Т. 42, № 1, стр. 181-183
Сравнительная характеристика ядерной и митохондриальной ДНК-топоизомеразы I кукурузы Тарасенко В.И., Катышев А.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М. Molecular Biology, 2008, Т. 42, № 1, стр. 88-95
Увеличенное взаимодействие белка ядерных экстрактов перевиваемых опухолей печени и легких мышей с ТАТА-содержащим олигонуклеотидом Лысова М.В., Аршинова Т.В., Драчкова И.А., Кобзев В.Ф., Каледин В.И., Савинкова Л.К. B EXP BIOL MED+, 2008, Т. 145, № 1, стр.100-102
Участие экзогенной ДНК в молекулярных процессах, протекающих в соматической клетке Лихачева А.С., Рогачев В.А., Николин В.П., Попова Н.А., Шилов А.Г., Себелева Т.Е., Стрункин Д.Н., Черных Е.Р., Гельфгат Е.Л., Богачев С.С., Шурдов М.А. Информационный вестник ВОГИС, 2008, № 3, Т.12, стр. 426-473
Цианамид увеличивает противоопухолевое действие циклофосфамида сильнее, чем общетоксическое В.И. Каледин, В.П. Николин, Н.А.Попова Doklady Akademii Nauk, 2008, Т.420.№ 4. С. 568-570
Effects of o-aminoazotoluene on liver regeneration and p53 activation in mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis Timofeeva O.A, Eremeev A.V., Goloshchapov A., Kalashnikova E., Ilnitskaya S.I., Setkov N.A., Kobzev V., Buzard G.S., Filipenko M.L., Kaledin V.I., Merculova T.I. TOXICOLOGY, 2008, №254, P.91-96
Expression of MAP/ERK kinase cascade corresponds to the ability to develop food aversion in terrestrial snail at different stages of ontogenesis Grinkevich LN, Lisachev PD, Kharchenko OA, Vasil'ev GV BRAIN RES, 2008, V.1187 p.12-9.
Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
Нарушение функционирования соматических клеток в яйцевых камерах Drosophila melanogaster у мутантов по гену trithorax-like Огиенко А.А., Лаухина О.В., Васильев Г.В., Баричева Э.М. Информационный вестник ВОГИС, 2008, т.12, с. 399-405
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
High-affinity cation binding to organic cation transporter 1 induces movement of helix 11 and blocks transport after mutations in a modeled interaction domain between two helices. Gorbunov D, Gorboulev V, Shatskaya N, Mueller T, Bamberg E, Friedrich T, Koepsell H. MOL PHARMACOL, 2008, Jan;73(1):50-61
Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с регуляцией пролиферации Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Каледин В.И., Меркулова Т.И. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, Вып. 1, Том 73: 70-75
Изучение возможности реверсии устойчивости к хлорохину верапамилом у Plasmodium berghei - возбудителя малярии грызунов Панкова ТГ., Игонина ТМ., Майер ТВ., Рабинович СА., Максакоская ЕВ., Морозов ЕН Медицинская паразитология и паразитарные болезни, 2008, №4, 19-22
2007
Исследование связывания ядерных белков штаммов P.berghei, различающихся по чувствительности к хлорохину, с олигонуклеотидами, соответствующими регуляторным элементам гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. Биомедицинская химия, 2007, т. 53. 547-556
Исследование связывания ядерных белков штаммов Plasmodium bergei, различающихся по чувствительности к хлорохину, с олигонуклеотидами, соотвествующими регуляторным элементам гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. Биомедицинская химия, 2007, т.53, с.399-405
Консервативность ДНК 3’-нетранслируемой области гена GRO1 северного оленя Юдин Н.С., Потапова Т.А., Кобзев В.Ф., Южаков А.А., Кушнир А.В. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2007, № 9, стр. 93-97
Метилирование CpG-динуклеотидов в районе промотора гена белка S100b у мышей линии BALB/cLac Малуп Т.К., Кобзев В.Ф., Жданова Л.Г., Слободянюк С.Я., Свиридов С.М. Doklady Akademii Nauk, 2007, т. 412, № 1, с.115-117
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
Промотирующее влияние ортоаминоазотолуола на гепатоканцерогенез сопровождается усилением воспалительных и пролиферативных процессов в ткани печени и снижением концентрации свободного тироксина в крови Багинская Н.В., Ильницкая С.И., Никитенко Е.В., Каледин В.И. B EXP BIOL MED+, 2007, Т.144, №12, С.672-675
Cравнительная характеристика ядерной и митохондриальной ДНК-топоизомеразы I кукурузы Тарасенко В.И., Катышев А.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М Molecular Biology, 2007, т. 41, № 6. с. 365-370
Транскрипционные факторы FOXA определяют амплитуду глюкокортикоидной индукции тирозинаминотрансферазы у мышей Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ильницкая С.И. B EXP BIOL MED+, 2007, № 11, Том 144: 565-567
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
Exogenous DNA can be captured by stem cells and be involved in their rescue from death after lethal-dose γ-radiation Likhacheva AS, Nikolin VP, Popova NA, Rogachev VA, Prokhorovich MA, Sebeleva TE, Bogachev SS, Shurdov MA. Gene Therapy and Molеcular Biology, 2007, 11: 305-314
Integration of human DNA fragments into the cell genome of certain tissues from adult mice treated with cytostatic cycloposphamide in combination whit human DNA Likhacheva AS, Nikolin VP, Popova NA, Dubatolova TD, Strunkin DN, Rogachev VA, Sebeleva TE, Erofeev IS, Bogachev SS, Yakubov LA, Shurdov MA Gene Therapy and Molеcular Biology, 2007, 11: 185-202
Effects of administration of sodium glutamate during the neonatal period on behavior and blood corticosterone levels in male mice Kuznetsova E.G., Amstislavskaya T.G., Bulygina V.V., Il'nitskaya S.I., Tibeikina M.A., Skrinskaya Y.A. Neuroscience Behavioral Physiology, 2007, V.37; P. 827-833.
Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 415(1):120-124
Recognition of interferon-inducible sites, promoters, and enhancers Ananko E.A., Kondrakhin Y.V., Merkulova T.I., Kolchanov N.A BMC BIOINFORMATICS, 2007, v.8 p.56
Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
Роль SNPs гена K-ras мыши в механизме формирования предрасположенности к пульмоноканцерогенезу Антонцева Е.В., Скорытченко Я.Д., Каледин В.И., Меркулова Т.И. Cell and Tissue Biology, 2007, т.49, №9, с. 713
Early-life hypoxia in the development of behavioral dysfunctions in accelerated-senescence OXYS rats and its correction with antioxidants Korbolina E.E., Agafonova I.G., Sergeeva S.V., Trofimova N.A., Mishenko N.P., Kolosova N.G. Adv. Gerontol, 2007, Vol. 20. N 3. P. 46-48.
The influence of psychoemotional status on metastasis of Lewis lung carcinoma and Hepatocarcinoma – 29 in mice of C57BL/6 and CBA strains Kudryavtseva N. N., Tenditnik M. V., Nikolin V. P., Popova N. A., Kaledin V. I. Experimental oncology, 2007, V 29.N 1. P. 35-38
Активация конститутивного рецептора андростанов (CAR) под действием гепатоканцерогенных аминоазокрасителей в печени мышей и крыс М.Ю. Пахарукова*, М.А. Сметанина, В.И. Каледин, В.Ф. Кобзев, И.В. Романова, Т.И. Меркулова. B EXP BIOL MED+, 2007, №9, 144, 313-316
Активация конститутивного рецептора андростанов под действием гепатоканцерогенных аминоазокрасителей в печени мышей и крыс М.Ю.Пахарукова, М.А.Сметанина, В.И.Каледин, В.Ф.Кобзев, И.В.Романова, Т.И.Меркулова B EXP BIOL MED+, 2007, т. 144, № 9, с.313-316
Влияние возраста и пола на гепатотоксическое и гипотермическое действие эстрагола у мышей Каледин В.И., Васильева Е.Д., Ильницкая С.И., Морозкова Т.И., Амстиславская Т.Г. , 2007, №8, Т.93, C.844-851
Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 72 (11):1187-1193
Изучение влияния нитрозоэтил мочевины на глюкокортикоидную индукцию тирозинаминотрансферазы и ДНК-связывающую активность некоторых факторов транскрипции в печени мышей Пивоварова Е. Н., Ильницкая С. И., Кобзев В.Ф., Меркулова Т. И., Каледин В. И. Бюллетень СО РАМН, 2007, №1 (123), - С.88-91
2006
Исследование связывания ядерных белков штаммов Plasmodium berghei с различной чувствительностью к хлорохину с олигонкуклеотидами, моделирующими регуляторные участки гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. B EXP BIOL MED+, 2006, №6, с. 283-286.
Место связывания глюкокортикоидного рецептора на ДНК и структурные варианты глюкокортикоидных регуляторных элементов: данные, собранные в базе GR ¬ TRRD Меркулов В.М. Меркулова Т.И. Экологическая генетика, 2006, Т. IV , вып. 4. С. 20-31
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, т.40, стр. 512-523.
Development of behavioural dysfunctions in accelerated-senescence OXYS rats is associated with early postnatal alterations in brain phosphate metabolism Sergeeva S.V., Bagryanskaya E.G., Korbolina E.E., Kolosova N.G. EXP GERONTOL, 2006, 41(2):141-50.
Enhancing effect of new biological response modifier sulfoethyl(1-3)-beta-D-glucan 0n antitumor activity of cyclophosphamide in the treatment of experimental murine leukoses Khalikova T.A., Korolenko T.A., Zhanaeva S.Y., Kaledin V.I., Kogan G. Experimental oncology, 2006, N 4, V. 28, P.47-52.
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
SNP в начале интрона 2 гена K-ras мыши, ассоциированные сразвитием рака легких, влияют на связывание с факторами транскрипции Е.В. Горшкова, В.И. Каледин, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова B EXP BIOL MED+, 2006, № 6, Т. 141, С.681-684.
An effect of the microsporidian Vairimorpha ephestiae (Microsporidia: Burenellidae) on activity and spectrum of nonspecific esterases in different tissues of the greater wax moth galleria mellonella (Lepidoptera: Pyralidae) larvae Vorontsova Ia.L., Ershov N.I., Glupov V.V. Паразитология, 2006, 40(1): 74-84
Animal model of drug-resistant tumor progression N. Mironova, O.Shklyaeva. E. Andreeva, N.Popova, V. Kaledin, V. Nikolin, V. Vlasov, M.Zenkova ANN NY ACAD SCI, 2006, N 1091, pp. 490-500
Ассоциации эндогенных ретровирусов разных типов с генетическими маркерами в популяциях домашних и диких свиней Айтназаров Р.Б., Ермолаев В.И., Никитин С.В., Савина М.А., Кобзев В.Ф., Князев С.П., Гончаренко Г.М., Бекенёв В.А., Юдин Н.С. Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук, 2006, № 4. C. 39–43.
Влияние бетулоновой кислоты и ее амидных производных на рост и диссиминирование опухолевых трансплантатов у мышей И.В. Сорокина, Н.А. Жукова, Т.Г. Толстикова, С.В. Позднякова, О.Р. Грек, Н.А. Попова, В.А. Каледин, В.П. Николин. B EXP BIOL MED+, 2006, т.142, № 1,С. 29-31
Влияние неонатального введения глутамата натрия и диэтилнитрозоамина на поведение и уровень кортикостерона в крови самцов мышей. Кузнецова Е.Г., Амстиславская Т., Булыгина В.В.,Ильницкая С.И., Тибейкина М.А.,Скринская Ю.А. , 2006, Т.92.- №6.- Стр.751 – 760.
Влияние психоэмоционального состояния на рост и метастазирование опухоли Льюис у мышей Каледин В. И., Тендитник М. В., Николин В. П. , Попова Н. А., Кудрявцева Н.Н. Doklady Akademii Nauk, 2006, Т.406. N 2.С. 272-274
Влияние экзогенной ДНК на восстановление лейкопоэза и противоопухолевый эффект циклофосфана Николин В.П., Попова Н.А., Себелева Т.Е., Стрункин Д.Н., Рогачев В.А., Семенов Д.В., Богачев С.С., Якубов Л.А., Шурдов М.А. Вопросы онкологии, 2006, т.52, №3, стр. 336-340
Влияние экзогенной ДНК на рост экспериментальных опухолей Николин В.П., Попова Н.А., Себелева Т.Е., Стрункин Д.Н., Рогачев В.А., Семенов Д.В., Богачев С.С., Якубов Л.А., Шурдов М.А. Вопросы онкологии, 2006, т. 52., N 1, стр. 66-69
Изучение влияния антиоксиданта тиофана на канцерогенное действие 3,4-бензпирена при пероральном введении у мышей В. И. Каледин, В.Г. Некрасов, А.М. Гончар, В.И. Ермолаев, А. Е. Просенко. Сибирский экологический журнал, 2006, Т 5. С. 649-654
Изучение влияния бетулоновой кислоты и ее амидных производных на рост и метастазирование перевиваемых опухолей у мышей. Вопр. Биологической, медицинской и фармацевтической химии Сорокина И.В., Жукова Н.А., Толстикова Т.Г., Позднякова С.И., Грек О.Р., Попова Н.А., Андреева Е.М., Каледин В.И., Николин В.П. Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии, 2006, Т.142.-№ 1. С. 29-31
Изучение возможной связи полиморфизмов интерферон-индуцируемых генов человека OAS1, OAS3, EIF2AK2 и RNASEL с особенностями течения клещевого энцефалита Бархаш А.В., Кобзев В.Ф., Пилипенко П.И., Богданова Ю.О, Морозова О.В., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, №3. С.565-571
Изучение эффективности моно- и полихимиотерапии на модели перевиваемой мышиной лимфосаркомы, нечувствительной к индукции апоптоза Каледин В. И., Попова Н. А., Андреева Е.М. Вопросы онкологии, 2006, Т.. 52. № 1. С. 70-73
2005
Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P. INT J ARTIF INTELL T, 2005, 4, 14, 599-620
Subtype-specific affinity for corticosterone of rat organic cation transporters rOCT1 and rOCT2 depends on three amino acids within the substrate binding region. Gorboulev V, Shatskaya N, Volk C, Koepsell H. MOL PHARMACOL, 2005, May;67(5):1612-9
Amino acids critical for substrate affinity of rat organic cation transporter 1 line the substrate binding region in a model derived from the tertiary structure of lactose permease. Popp C, Gorboulev V, Müller TD, Gorbunov D, Shatskaya N, Koepsell H. MOL PHARMACOL, 2005, May;67(5):1600-11
2003
Полиморфизм гена HFE, ассоциированного с наследственным гемохроматозом, в популяциях России Михайлова С.В., Кобзев В.Ф., Куликов И.В., Ромащенко А.Г., Хаснулин В.И., Воевода М.И. RUSS J GENET+, 2003, Т.39 № 7C. 988-995
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2003, 1, 31, 118-121
Влияние фенобарбитала на противоопухолевый эффект циклофосфана в зависимости от типа вызываемой им гибели опухолевых клеток. Каледин В.И., Николин В.П., Баймак Т.Ю., Галямова М.Р., Попова Н.А., Андреева Е.М. B EXP BIOL MED+, 2003, Т. 135, № 3
2002
Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P. Knowl-Based Syst. J., 2002, 4, 15, 225-233
rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P. HUM MUTAT, 2002, 4, 20, 239-248
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
Identification of genetic variations of the human organic cation transporter hOCT1 and their functional consequences. Kerb R, Brinkmann U, Chatskaia N, Gorbunov D, Gorboulev V, Mornhinweg E, Keil A, Eichelbaum M, Koepsell H. PHARMACOGENETICS, 2002, Nov;12(8):591-5.
Апоптоз-индуцирующая и противоопухолевая эффективность циклофосфана, платина и адриамицина при их раздельном применении и в комбинации у мышей с лимфосаркомой LS. Николин В.П., Каледин В.И., Баймак Т.Ю., Галямова М.Р., Попова Н.А., Войцицкий В.Е. Вопросы онкологии, 2002, Т. 48, №2
Высокая апоптогенная и противоопухолевая активность продуктов биологической, но не химической активации циклофосфана. Каледин В.И., Николин В.П., Галямова М.Р., Васильева Е.Д., Баймак Т.Ю., Попова Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2002, Т. 386, №5
Apoptosis-mediated regression of transplantable LS limfosarcoma in CBA mice treated with ASVP (adriamicin, cyclophosphamid, vincristin, prednisolon) or cyclophosphamid alone. Kaledin V.I., Nicolin V.P., Timofeeva O.A., Filipenko M.L., Baymak T.Yu., Galyamjva M.R., Popova N.A. Experimental oncology, 2002, Vol. 24
2001
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
Распространение аллелей C282Y, H63D и S65C гена HFE и предрасположенности к нарушениям метаболизма железа в популяциях России Михайлова С.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Хаснулин, Воевода М.И Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии, 2001, Т.XI, №4, С.13-17
2000
Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
Циклофосфан-индуцированный апоптоз клеток мышиной лимфосаркомы в условиях in vivo. Каледин В.И., Николие В.П., Агеева Т.А., Попова Н.А., Баймак Т.Ю. Вопросы онкологии, 2000, Т. 46, №5
1999
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
