 |
|
|
Акбердин Илья Ринатович, к. б. н.
|
Scopus: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=12796695000РИНЦ: https://elibrary.ru/author_items.asp?authorid=149515Гугл-академия: https://scholar.google.com/citations?user=InhxCzgAAAAJ&hl=enИндекс WOS: https://publons.com/researcher/J-3172-2018/Индекс рецензентов publons.com: https://publons.com/researcher/J-3172-2018/Персональная информация
Опыт работы:
- 2021 (апрель) - по наст. время – старший научный сотрудник, Университет Сириус, Сириус, Россия.
- 2018 (июль) - по наст. время – научный сотрудник, компания Биософт.РУ, Новосибирск, Россия.
- 2015 (июль) - 2018 (июль) – научный сотрудник, Лаборатория C1 biocatalysis, San Diego State University, США.
- 2011 (Май-Август) – инженер, Лаборатория дифференциальных и разностных уравнений, Институт математики имени Соболева СО РАН, Новосибирск, Россия.
- 2011 (июнь) – по наст. время – член редакционной коллегии журнала “In Silico Biology”.
- 2010 (Июнь) – Председатель Оргкомитета BGRS\SB_2010, Новосибирск, Россия.
- 2010 – по наст. время – научный сотрудник ИЦиГ СО РАН.
- 2008 – 2010 – младший научный сотрудник ИЦиГ СО РАН.
- 2008 (Июнь) – Председатель Оргкомитета BGRS’08,Новосибирск, Россия.
- 2007 (Октябрь-Ноябрь)– Assistant Research в Университете Калифорнии, Ирвайн, США.
- 2005 – 2008 – аспирант, лаборатория теоретической генетики Институт Цитологии и Генетики, Новосибирск, 630090, Россия.
- 2004 (Август-Сентябрь) – студент-практика, Erasmus University Medical Center, Роттердам, Голландия.
- 2000 – 2005 Старший лаборант-исследователь, лаборатория рекомбинационного и сегрегационного анализа, Институт Цитологии и Генетики, Новосибирск, 630090, Россия.
Награды
- TerraGenome travel award для участия с устным докладом в Multi-omics for Microbiomes meeting held in Pasco, WA, декабрь 2017.
- Диплом первой степени Правительства Новосибирской области, Акбердину И.Р. и Мироновой В.В., декабрь 2011.
- Медаль (первое место) на международной молодёжной научно-методической конференции "Проблемы молекулярной и клеточной биологии". Томск, Россия (Май 9-12, 2007).
- Диплом 1 степени на XLIII международной научной студенческой конференции, Новосибирск, Россия (Апрель 12-14, 2005).
Область научных интересов
Системная биология, математическое и компьютерное моделирование, потоковое моделирование, генные, метаболические сети, метаболизм бактерий, метанотрофия, окисление метана.
Идентификаторы:
ResearchGate, ScholarGoogle, ResearcherID, Scopus ID, ORCID, CV
Публикации
| 2023 |
Impact of Negative Feedbacks on De Novo Pyrimidines Biosynthesis in Escherichia coli.
Akberdin I.R.; Kozlov K.N.; Kazantsev F.V.; Fadeev S.I.; Likhoshvai V.A.; Khlebodarova T.M.
[INT J MOL SCI]
|
|
State-of the-art in constraint-based modeling of microbial metabolism: from basics to context-specific models with a focus on methanotrophs
Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R
[Microorganisms]
|
| 2021 |
A Modular Mathematical Model of Exercise-Induced Changes in Metabolism, Signaling, and Gene Expression in Human Skeletal Muscle
Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Sharipov R.N., Vertyshev A.Y., Vinogradova O.L., Popov, D.V., Kolpakov F.A.
[INT J MOL SCI]
|
| 2020 |
Integrated Modular Model Linking Metabolism, Signaling Transduction and Gene Expression Regulation in Human Skeletal Muscle
I.R. Akberdin, I.N. Kiselev, S.S. Pintus, A.Yu. Vertyshev, P.A. Makhnovskii, D.V. Popov, F.A. Kolpakov
[CEUR workshop proceedings]
|
|
A Genome-Scale Metabolic Model of 2,3-Butanediol Production by Thermophilic Bacteria Geobacillus icigianus
Kulyashov M., Peltek S.E., Akberdin I.R.
[Microorganisms]
|
|
The Phylogeny of Class B Flavoprotein Monooxygenases and the Origin of the YUCCA Protein Family
Turnaev I.I., Gunbin K.V., Suslov V.V., Akberdin I.R., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A.
[Plants]
|
|
Математическая модель, связывающая Ca2+-зависимый сигнальный путь с регуляцией экспрессии генов в клетках скелетной мышцы человека
Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Пинтус С.С., Попов Д.В., Колпаков Ф.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы
и воспоминания
М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин
[Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
|
| 2019 |
Muconic acid production from methane using rationally-engineered methanotrophic biocatalysts
Calvin A. Henard, Ilya R. Akberdin, Marina G. Kalyuzhnaya, Michael T. Guarnieri
[GREEN CHEM]
|
|
Модульная графическая модель энергетического метаболизма в клетках скелетной мышцы
Киселев И.Н., Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Попов Д.В., Колпаков Ф.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2018 |
MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS
Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Methane utilization in Methylomicrobium alcaliphilum 20Z R: a systems approach
Ilya R. Akberdin, Merlin Thompson, Richard Hamilton, Nalini Desai, Danny Alexander, Calvin A. Henard, Michael T. Guarnieri, Marina G. Kalyuzhnaya
[SCI REP-UK]
|
|
Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis.
Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[PloS One]
|
|
Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR
Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya
[Frontiers in Microbiology]
|
| 2016 |
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation
Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X.
[BMC PLANT BIOL]
|
| 2015 |
Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass
Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I. R., Peltek S.E.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants
Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2014 |
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants
Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[PloS One]
|
|
Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы
Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Рекомбинантные штаммы Saccharomyces cerevisiae для получения этанола из растительной биомассы
А.С. Розанов, А.В. Котенко, И.Р. Акбердин, С.Е. Пельтек
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией
Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ
Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко
[МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА]
|
|
«Электронная клетка»: проблемы и перспективы.
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus
М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Моделирование утилизации нитрита клетками Escherichia coli: анализ потоков
Хлебодарова Т.М., Когай В.В., Акбердин И.Р., Ри Н.А., Фадеев С.И., Лихошвай В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2012 |
Новые возможности системы MGSmodeller
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ
Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2010 |
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems
I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev
[Progress in Analysis and its Applications]
|
| 2009 |
Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е.
[Сибирские электронные математические известия]
|
|
Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana
В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2007 |
Inheritance of litter size at birth in farmed arctic foxes (Alopex lagopus, Canidae, Carnivora)
Axenovich TI, Zorkoltseva IV, Akberdin IR, Beketov SV, Kashtanov SN, Zakharov IA, Borodin PM.
[HEREDITY]
|
|
А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana
Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
| 2006 |
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms
I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov
[BIOPHYSICS]
|
|
Changes in litter size in Kerry Blue Terrier dogs with abnormal dentition
Zorkoltseva I.V., Akberdin I.R., Kulikova A.V, Knyazev S.V, Borodin P.M, Axenovich T.I.
[RUSS J GENET+]
|
|
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата
Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
Монографии
| 2008 |
Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование.
Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.
|
Конференции
| 2023 |
Perspectives of transcriptomics data integration into a metabolic model of the methanotrophic bacterium Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR
Akberdin I.R., Kulyashov M., Kolmykov S., Hamilton R., Khlebodarova T.M., Kalyuzhnaya M.G.
[Онлайн-семинар с международным участием «Перспективы редактирования геномов и метаболического моделирования метанотрофных бактерий»]
|
|
Изучение метаболизма метанотрофных бактерий на основе анализа омиксных данных и потокового моделирования.
Акбердин И.Р. , Куляшов М.А., Колмыков С.К., Гамильтон Р., Хлебодарова Т. М., Калюжная М. Г.
[4-ый Российский Микробиологический Конгресс]
|
|
Предсказание потенциальных транскрипционных факторов и их генов-мишеней у метанотрофных бактерий Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR на основе массового анализа транскриптомных данных
Колмыков С.К., Куляшов М.А., Гамильтон Р., Хлебодарова Т.М., Калюжная М.Г., Акбердин И.Р.
[4-ый Российский Микробиологический Конгресс]
|
| 2022 |
Impact of negative feedbacks on de novo pyrimidines
biosynthesis in E. coli
Khlebodarova T.M., Akberdin I.R., Kozlov K.N., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2020 |
Functional annotation of the transcription factors from Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR.
Kolmykov S.K., Kulyashov M., Ivanisenko N.V., Evshin I.S., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R.
[12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)]
|
|
Integration of transcriptomics data into a genome-scale metabolic model of the methanotrophic bacterium Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR.
Kolmykov S.K., Kulyashov M., Ivanisenko N.V., Evshin I.S., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R.
[12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)]
|
| 2016 |
Biomolecular systems models semi-automatic reconstruction based on structural and quantitative information
F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, S.A. Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, A.V. Ratushny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai
[BGRS/SB’16, Novosibirsk]
|
| 2015 |
Экспериментально-компьютерная инженерия метаболических путей при создании суперпродуцентов бактерий и дрожжей
Акбердин И.Р., Котенко А.В., Розанов А.С., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е.
[VIII Московский международный конгресс "БИОТЕХНОЛОГИЯ:СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ"]
|
| 2014 |
The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches
Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
|
|
Database of quantitative characters of processes in embryonic stem cells
Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Akberdin I.R., Ermak T.V., Afonnikov D.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
GENE NETWORKS MODELING: SPECIFICATION LANGUAGE
Kazantsev F.V.,Akberdin I.R., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A.
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)]
|
|
Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants
Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
KINET 1.0 - a new web database on kinetics data and parameters for E.coli metabolic pathways
Ermak T.V., Akberdin I.R., Timonov V.S., Mischenko E.L., Oshchepkova E.A., Perfilyeva O.A., Smirnova O.G., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
Kinetic modeling of pyrimidine biosynthesis is a first step to in silico bacterial cell
Akberdin I.R., Ermak T.V., Kazantsev F.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
Mathematical model for subgenomic Hepatitis C Virus replication: impact of drug resistance emergence on long-term kinetics of NS3 protease inhibitors action
Ivanisenko N., Mishchenko E., Akberdin I., Demenkov P., Kozlov K., Todorov D., Gursky V.V., Samsonova M.G., Samsonov A.M., Clausznitzer D., Kaderali L., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling
Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
|
Кинетическое моделирование метаболических путей в бактериальной клетке
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Шестой съезд ВОГиС]
|
| 2013 |
Математические модели метаболических процессов в бактериальной клетке
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Методы создания, исследования и идентификации математических моделей]
|
|
Mathematical modeling of gene network dynamics in E. coli
I. Akberdin, F. Kazantsev, T. Ermak, V. Timonov, T. M. Khlebodarova, V. A. Likhoshvai
[38-ой Конгресс FEBS]
|
|
KiNET – a new web database on kinetics data and parameters for E.coli
Ермак Т., Акбердин И.Р., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013]
|
|
MGSmodelsDB – a new database on mathematical models of biomolecular systems
F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, V.V. Timonov, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai
[BREW 2013: Bioinformatics Research and Education Workshop]
|
| 2012 |
Компьютерное моделирование динамики функционирования молекулярно-генетических систем E.coli
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В, Ри Н.А., Тимонов В.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Четвертая международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
|
|
Построение и анализ математической модели mTOR сигнального пути
Акбердин И.Р., Трифонова Е.А., Гайнова И.А., Макашева В.А., Шорина А.Р., Лихошвай В.А.
[Четвертая международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
|
|
Modeling and analysis of dynamics of the gene networks: automatic generation and storage in a new database
Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Ree N.A., Timonov V.S., Oshchepkova E.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Likhoshvai V.A.
[Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"]
|
|
A stochastic model for suppression of subgenomic hepatitis C virus replication in Huh-7 cells.
N.V. Ivanisenko, E.L. Mishchenko, I.R. Akberdin, P.S. Demenkov, V.A. Likhoshvai, M.G. Samsonova, D. Clausznitzer, L. Kaderali, N.A. Kolchanov and V.A. Ivanisenko
[Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"]
|
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING WITH MGSMODELLER
Kazantsev F.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
KINET – A NEW WEB DATABASE ON KINETICS DATA AND PARAMETERS FOR E. COLI
Ermak T., Timonov V.S., Akberdin I.R., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
MATHEMATICAL MODEL OF AUXIN RESPONSIVE REPORTER DR5 ACTIVITY IN PLANT CELL
Savina M.S., Mironova V.V., Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
MODELING AND ANALYSIS OF DYNAMICS OF THE RIBOPYRIMIDINES DE NOVO BIOSYNTHESIS IN E. COLI
Khlebodarova T.M., Akberdin I.R., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
MOLECULAR EVOLUTION OF PROTEINS BELONGING TO AUXIN BIOSYNTHESIS GENE NETWORK IN PLANTS
Turnaev I.A., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
Molecular evolution of proteins belonging to auxin biosynthesis gene network in plants
Turnaev I.I., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelianchuk N.A., Afonnikov D.A.
[Molecular Phylogenetics, Contributions to the 3rd Moskow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-3)]
|
|
SUPPRESSION OF SUBGENOMIC HCV RNA BY NS3 PROTEASE ANTIVIRALS IN CELLS: A BASIC STOCHASTIC MATHEMATICAL MODEL
Ivanisenko N.V., Mishchenko E.L., Akberdin I.R., Demenkov P.S., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
| 2011 |
Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»]
|
|
A mathematical model for the suppression of subgenomic Hepatitis C virus replication in Huh-7 cells in the presence of the NS3 protease inhibitors
Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В.
[International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Хайдельберг, Германия, 28 августа-1 сентября]
|
|
Automatic generation of mathematical models of molecular-genetic systems
Akberdin I., Kazantsev F., Ree M., Ree N., Timonov V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A.
[European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2011)]
|
|
MGSMODELSDB – Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Тимонов В.С., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
|
MGSmodelsDB – web-ресурс для накопления математических моделей элементарных подсистем молекулярно-генетических систем
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лихошвай В.А.
[Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”]
|
|
The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011
Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
Математическая модель подавления репликации субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке с ингибитором NS3 протеазы SCH503034
Мищенко Е., Иванисенко Н., Акбердин И., Лихошвай В., Козлов К., Гурский В., Самсонова М., Колчанов Н., Иванисенко В.
[Санкт-Петербургский научный форум “Наука и общество. Физиология и медицина 21 века. VI Петербургская встреча лауреатов нобелевской премии”, Санкт-Петербург, Россия, 19-23 сентября]
|
|
Математическое моделирование иерархических живых систем на примере меристемы побега растения
Акбердин И.Р.
[семинар по экологии, физиологии и биофизике растений «Молекулярные, клеточные и тканевые механизмы координации процессов роста и развития растений»]
|
|
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
[Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"]
|
|
Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л.
[Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»]
|
| 2010 |
Automatic generation and numerical analysis of mathematical models for molecular-genetic objects in an integrated system of MGS-generator and STEP+ modules
I.R. Akberdin,F.V. Kazantsev, V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, V.K. Korolev, A.E. Medvedev.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
|
|
MGSmodelsDB – the database for storing mathematical models of molecular genetic systems
F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, M.T. Ree, N.A. Ree, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
|
|
Reduction of gene net dynamic models using proper orthogonal decomposition
V.M. Efimov, A.S. Novikov, A.A. Tikhonov, I.R. Akberdin, V.A. Likhoshvai
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
|
|
Development of shoot apical meristem in silico under phytohormone regulation
I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai
[Международная конференция Plantgen, Новосибирск, Россия, 7-10 июня, 2010]
|
|
Development of shoot apical meristem in silico under phytohormones regulation
I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev, I.A. Gainova,V.A. Likhoshvai
[The Joint Russian-French Workshop "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling"]
|
|
New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models of molecular genetic systems
I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai and A.E. Medvedev
[Progress in Analysis and its Applications, Proc.of the 7th ISAAC Congress, World Scientific Publ., Singapore]
|
|
Математическое моделирование развития меристемы побега на различных иерархических уровнях
Гайнова И.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Королев В.К., Медведев А.Е.
[Всероссийская конференция (с международным участием) "Математические модели и информационные технологии в сельскохозяйственной биологии: итоги и перспективы", Санкт-Петербург, 14–15 октября, 2010]
|
| 2009 |
Mathematical model of the auxin metabolism in shoots if Arabidopsis thaliana L.
I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai.
[Российско-германский форум по биотехнологии, Новосибирск, 15-19 июня 2009 года]
|
|
Mathematical modeling of a plant development on the different levels
Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Gainova I.A., Likhoshvai V.A.
[3 rd Annual World Congress of Gene-2009, Foshan, China, December 1-7]
|
|
Mathematical modelling of the plant molecular genetic systems
I.R Akberdin
[Научный рабочий визит в исследовательские центры INRA (Версаль, Тулуза, Лион, Париж), 29 сентября – 6 октября, 2009, устные доклады]
|
|
New computer technologies for the construction and numerical analysis of mathematical models for molecular genetic systems
I.A.Gainova, I.R Akberdin, F.V.Kazantsev, V.A.Likhoshvai, S.I.Fadeev, V.K.Korolev, A.E.Medvedev
[Седьмой Международный Конгресс ISAAC, Лондон, Великобритания, 13 – 18 Июля, 2009]
|
|
Интегрированная компьютерная система для построения и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем
И.Р.Акбердин, Ф.В.Казанцев, В.А.Лихошвай, С.И.Фадеев, И.А.Гайнова, В.К.Королев, А.Е.Медведев
[Всероссийская конференция по вычислительной математике КВМ-2009, Академгородок, Новосибирск, Россия, 23-25 июня 2009]
|
|
Моделирование молекулярно-генетических механизмов регуляции развития растений
И.Р. Акбердин, Ф.В. Казанцев, В.А. Лихошвай
[5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.]
|
| 2008 |
Mathematical model of auxin metabolism in shoots of Arabidopsis thaliana L.
Akberdin I. R., Kazantsev F. V., Omelyanchuk N. A., Likhoshvai V. A.
[2nd International Conference "Mathematical Biology and Bioinformatics", Pushchino, Moscow region, September 7-13, 2008]
|
|
Математическая модель поддержания тотипотентности и дифференцировки клеток при развитии меристемы побега Arabidopsis thaliana
Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[Сборник материалов Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2008"!", Москва, Россия]
|
|
Моделирование регуляции развития двухмерной ткани растений
И.Р. Акбердин
[Тезисы докладов Международной научной конференции "Современные проблемы математического моделирования и вычислительных технологий – 2008", Красноярск, Россия]
|
| 2007 |
2d modelling and analysis of spatially distributed cells types of primary shoot apical meristem (SAM) of Arabidopsis thaliana
Ilya R. AKBERDIN, Evgeny A. OZONOV, Victorya V. MIRONOVA, Dmitry N. GORPINCHENKO, Nadezda A. OMELYANCHUK, Vitaly A. LIKHOSHVAI, Denis S. MIGINSKY, Nikolai A. KOLCHANOV
[Proceedings of the 3-rd Moscow conference on computional molecular biology. Moscow, Russia]
|
|
Mathematical model of the Arabidopsis thaliana L. morphogenesis in a cellular automaton terms
Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., D.N., Kolchanov N.A.
[7th YSF "Molecular Networks", Vienna, Austria, 5 – 7 July 2007]
|
|
Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата
Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[Сборник материалов Международной молодёжной научно-методической конференции "Проблемы молекулярной и клеточной биологии" г. Томск]
|
|
Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточных автоматов
Озонов Е.А., Акбердин И.Р., Миронова В.В., Горпинченко, Д.Н, Лихошвай В.А
[Всероссийская научная конференция студентов физиков ВНКСФ-13]
|
| 2006 |
A mathematical model for the Influenza virus life cycle.
Akberdin I.R., Kashevarova (Ree) N.A., Khlebodarova T.M., Bazhan S.I., Likhoshvai V.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
AGNS database and cellular automaton to model the development of shoot meristems of Arabidopsis thaliana
Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А.
[II Всероссийская конференция "Инфокоммуникационные и компьютерные технологии и системы", Улан-Удэ, Россия (Июль 1-4)]
|
|
Cellular automaton to model the development of shoot meristems of Arabidopsis thaliana
Akberdin I. R., Evgeniy A. Ozonov, Victoria V. Mironova, Nadezda A. Omelyanchuk, Vitaly A. Likhoshvai
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
|
|
MGSmodeller - компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем
Казанцев Ф.В. , Подколодная Н.Н., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Крокус И.В., Лашин С.А., Ратушный А.В., Лихошвай В.А.
[7 Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Красноярск, Россия, (Ноябрь 1-3)]
|
|
Modeling of morphogenesis of Arabidopsis thaliana in cellular automaton terms
Akberdin I. R., Evgeniy A. Ozonov, Victoria V. Mironova, Nadezda A. Omelyanchuk, Vitaly A. Likhoshvai
[VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006]
|
Гранты
| 2013 |
Организация и проведение пятой Международной школы молодых ученых «Системная биология и биоинформатика»
Колчанов Николай Александрович
|
|
Математическая биология гена
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Новоселова Е.С., Перфильева О.А., Фадеев С.И., Когай В.В.
|
| 2012 |
Изучение механизмов функционирования репликона вируса гепатита C в клетке хозяина методами системной биологии
Самсонова Мария Георгиевна, Тодоров Дмитрий Игоревич, Березин Сергей Васильевич, Гурский Виталий Валериевич, Мясникова Екатерина Марковна, Суркова Светлана Юрьевна, Козлов Константин Николаевич, Акбердин Илья Ринатович, Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Н.В., Иванисенко Тимофей Владимирович, Медведева Ирина Вадимовна, Мищенко Елена Леонидовна, Сайк Ольга Владимировна, Тийс Евгений Сергеевич
|
|
ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО-РАЗНОСТНЫЕ И ИНТЕГРОДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫЕ УРАВНЕНИЯ. ПРИЛОЖЕНИЯ К ЗАДАЧАМ ЕСТЕСТВОЗНАНИЯ
общее кол-во = 72 человека
|
| 2011 |
Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега
Колчанов Николай Александрович, Акбердин Илья Ринатович , Деменков Павел Сергеевич, Зубаирова Ульяна Станиславовна, Николаев Сергей Васильевич, Пененко Алексей Владимирович, Смаль Павел Александрович, Турнаев Игорь Иванович
|
|
Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей
Н.А. Колчанов, Н.Л. Подколодный, В.С. Тимонов, И.Р. Акбердин, Е.А. Ананько, М.А. Генаев, Е.В. Игнатьева, Ф.В. Казанцев, Н.Н. Подколодная, О.А. Подколодная, Д.А. Рассказов, А.В. Семенычев
|
|
Travel grant РФФИ
Акбердин Илья Ринатович
|
| 2010 |
Travel grant РФФИ
Акбердин Илья Ринатович
|
|
Симметрия и хаос в генных сетях
Лихошвай Виталий Александрович руководитель Акбердин Илья Ринатович исполнитель
Казанцев Федор Владимирович исполнитель
Когай Владислав Владимирович исполнитель
Фадеев Станислав Иванович исполнитель
Хлебодарова Тамара Михайловна исполнитель
Новоселова Екатерина Сергеевна исполнитель
Ри Наталья Александровна
|
|
EU-FP7 Research Project SysPatho
Акбердин И.Р., Мищенко Е.Л., Иванисенко Н.В., Деменков П.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Колчанова Н.А.
|
| 2009 |
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Акбердин Илья Ринатович, Гунбин Константин Владимирович, Захаренко Л.П., Иванисенко Владимир Александрович, Игнатьева Елена Васильевна, Казанцев Федор Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лихошвай Виталий Александрович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Пономаренко Михаил Павлович, Пономаренко Петр Михайлович, Ри Максим Тексенович, Савинкова Людмила Кузминична, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Хлебодарова Тамара Михайловна
|
|
Методы исследования дифференциально-разностных уравнений и приложения к задачам биологии и химии
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Омельянчук Н.А., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Миронова В.В., Ри М.Т., Казанцев Ф.В., Новоселова Е.С. и др.
|
|
ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ
76 человек
|
| 2008 |
Travel grant РФФИ
Акбердин Илья Ринатович
|
|
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов.
Савенкова Л.А., Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Акбердин И.Р., Миронова, Титов
|
|
Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.)
Колчанов Николай Александрович Савенкова Людмила Александровна Пономаренко Михаил Павлович Игнатьева Елена Васильевна Левицкий Виктор Георгиевич Захаренко Людмила Павловна Акбердин Илья Ринатович Титов Игорь Иванович Миронова
|
| 2004 |
Изменение генетической структуры сложных признаков млекопитающих в ходе отбора
Аксенович Татьяна Иосифовна, Акбердин Илья Ринатович, Аульченко Юрий Сергеевич, Данильченко Наталья Викторовна, Зоркольцева Ирина Витальевна, Зыкович Артем Сергеевич, Кириченко Анатолий Владимирович, Никитин Сергей Вячеславович, Степика Анна Владимировна
|
Научное руководство
| 2018 |
Изучение метаболизма Geobacillus icigianus на основе метода потокового моделирования
Акбердин И.Р., Розанов А.С.
[Куляшов Михаил Андреевич]
|
| 2017 |
Математическое моделирование переходных состояний эмбриональных стволовых клеток с использованием современных данных полногеномного секвенирования РНК
Акбердин И.Р.
[Бабич Михаил Диомидович]
|
|
Исследование модели функционального состояния эмбриональных стволовых клеток методом продолжения решения по параметру
Фадеев С.И., Акбердин И.Р.
[Лескова Наталья Евгеньевна]
|
| 2016 |
Математическое моделирование множественной регуляции биосинтеза ароматических аминокислот в клетке E. coli
Фадеев С.И., Акбердин И.Р.
[Цыганова Антонина Игоревна]
|
|
Математическое моделирование регуляторных механизмов поддержания плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток мыши
Акбердин И.Р.
[Петрова Кристина Олеговна]
|
| 2015 |
Моделирование механизмов поддержания плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток
Фадеев С.И., Лескова Н.Е.
[Лескова Наталья Евгеньевна]
|
|
Выявление регуляторных механизмов самообновления эмбриональных стволовых клеток и их дифференцировки методами математического моделирования
Акбердин И.Р.
[Бабич Михаил Диомидович]
|
|
Оптимизация продукции биоэтанола дрожжами вида Saccharomyces cerevisiae
Пельтек С.Е., Акбердин И.Р.
[Котенко Анастасия]
|
| 2014 |
Моделирование процесса синтеза ароматических аминокислот у E. coli
Фадеев С.И., Акбердин И.Р.
[Цыганова Антонина Игоревна]
|
| 2013 |
Компьютерная поддержка базы кинетических данных биохимических реакций
Акбердин И.Р., Тимонов В.С.
[Ермак Тимофей]
|
| 2012 |
Пакет для расчета дифференциальных уравнений на вычислительном кластере ЦКП "Биоинформатика"
[Тартакынов Артем]
|
| 2011 |
Подсистема визуализации данных в рамках программного пакета MGSModelsDB
[Насонов Владимир]
|
|
Исследование математической модели утилизации нитрита клетками E. coli
[Потехин Михаил Сергеевич]
|
Учебные курсы
| 2012 |
Математическое моделирование молекулярно-генетических систем
Лихошвай В.А., Акбердин И.Р.
|
Патенты
| 2014 |
Программа для исследования кинетической модели биосинтеза молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus (Элси: Geobac)
Акбердин И.Р., Нуриддинов М.А., Казанцев Ф.В., Пельтек С.Е.
|
| 2013 |
Программа для доступа и отображения кинетических данных биохимических реакций (Веб-КиНЕТ)
Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Ермак Т.В., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М.
|
| 2012 |
База данных "Элементарные подсистемы: метаболизм E.coli" (ЭлСи: E.coli)/ Database "Elementary subsystems: E.coli metabolism" (ElSy: E.coli)
Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В.
|
| 2011 |
Программа визуализации и компиляции математических моделей генных сетей (МГСмодели) / Software tool for gene networks mathematical models view and compile (MGSmodelsDB)
Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Насонов В.В., Тимонов В.С.
|
| 2008 |
Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller)
Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В
|
|
Программа автоматической генерации математических моделей генных сетей (МГСгенератор) / Software tool for mathematical models autogeneration on basis of the gene networks structure (MGSgenerator)
Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д.
|
Диссертации
| 2010 |
Моделирование регуляции развития меристемы побега в эмбриогенезе Arabidopsis thaliana L
[Кандидат]
|
|
|
