 |
|
|
Гунбин Константин Владимирович, к. б. н.
В данный момент не является сотрудником института
|
Scopus: https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=15834734200Гугл-академия: https://scholar.google.ru/citations?user=uAo54bkAAAAJИндекс рецензентов publons.com: https://publons.com/researcher/1957324Персональная информацияРабочий адрес
Г. Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия
Дата рождения
09.06.1980
Образование
УдГУ – 2002 – специалист (биолог, преподаватель биологии)
ИЦиГ СО РАН – 2007 – кандидат биологических наук (03.00.15 генетика)
Область научных интересов
Генетика развития, Биоинформатика, Молекулярная эволюция, Математическое моделирование
Хобби
Горный туризм.
Публикации
| 2020 |
The Phylogeny of Class B Flavoprotein Monooxygenases and the Origin of the YUCCA Protein Family
Turnaev I.I., Gunbin K.V., Suslov V.V., Akberdin I.R., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A.
[Plants]
|
| 2019 |
ImtRDB: a database and software for mitochondrial imperfect interspersed repeats annotation
Shamanskiy VN, Timonina VN, Popadin KY, Gunbin KV.
[BMC GENOMICS]
|
|
New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes
Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin
[BMC GENOMICS]
|
|
Searching for Signatures of Cold Climate Adaptation in TRPM8 Gene in Populations of East Asian Ancestry
Alexander V. Igoshin, Konstantin V. Gunbin, Nikolay S. Yudin, Mikhail I. Voevoda
[Frontiers in Genetics]
|
|
The evolution of gene regulatory networks controlling Arabidopsis thaliana L. trichome development.
Doroshkov AV, Konstantinov DK, Afonnikov DA, Gunbin KV.
[BMC PLANT BIOL]
|
|
mtProtEvol: the resource presenting molecular evolution analysis of proteins involved in the function of Vertebrate mitochondria.
Kuzminkova AA, Sokol AD, Ushakova KE, Popadin KY, Gunbin KV.
[BMC EVOL BIOL]
|
| 2018 |
Evolution of Brain Active Gene Promoters in Human Lineage Towards the Increased Plasticity of Gene Regulation.
Gunbin KV, Ponomarenko MP, Suslov VV, Gusev F, Fedonin GG, Rogaev EI.
[MOL NEUROBIOL]
|
| 2017 |
Data on the time of integration of the human mitochondrial pseudogenes (NUMTs) into the nuclear genome
Gunbin K, Peshkin L, Popadin K, Annis S, Ackermann RR, Khrapko K.
[Data in Brief]
|
|
Mitochondrial pseudogenes suggest repeated inter-species hybridization in hominid evolution.
Konstantin Popadin, Konstantin Gunbin, Leonid Peshkin, Sofia Annis, Zoe Fleischmann, Genya Kraytsberg, Natalya Markuzon, Rebecca R. Ackermann, Konstantin Khrapko
[bioRxiv]
|
|
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles
Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov
[BMC BIOINFORMATICS]
|
| 2016 |
Complete genome sequences of two Newcastle disease virus strains isolated from a wild duck and a pigeon in Russia
Kabilov M.R., Alikina T.Y., Yurchenko K.S., Glushenko A.V., Gunbin K.V., Shestopalov A.M., Gubanova N.V.
[Genome Announcements]
|
|
Integration of mtDNA pseudogenes into the nuclear genome coincides with speciation of the human genus. A hypothesis.
Konstantin Gunbin, Leonid Peshkin, Konstantin Popadin, Sofia Annis, Rebecca R. Ackermann, and Konstantin Khrapko.
[MITOCHONDRION]
|
|
The Molecular Mechanisms of Heterochromatin Expansion in Rye Chromosomes
Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV
[CYTOGENET GENOME RES]
|
|
The expansion of heterochromatin blocks in rye reflects the co-amplification of tandem repeats and adjacent transposable elements.
Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Šafář J, Doležel J, Vershinin AV.
[BMC GENOMICS]
|
| 2015 |
Divergence and population traits in evolution of the genus Pisum L. as reconstructed using genes of two histone H1 subtypes showing different phylogenetic resolution
Olga O. Zaytseva, Konstantin V. Gunbin, Anatoliy V. Mglinets, Oleg E. Kosterin
[GENE]
|
|
Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters.
Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes
Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA.
[TRENDS PLANT SCI]
|
|
The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain
Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P. and Rogaev E.I.
[BMC GENOMICS]
|
| 2014 |
Mitochondrial DNA mutations and cancer: lessons from the parathyroid.
Popadin K, Gunbin KV, Khrapko K.
[AM J PATHOL]
|
|
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов
М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ПОИСК ПЕРЕПРЕДСТАВЛЕННЫХ ХАРАКТЕРИСТИК ГЕНОВ: ОПЫТ РЕАЛИЗАЦИИ ПЕРЕСТАНОВОЧНОГО ТЕСТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРОВ
А.А. Якименко, К.В. Гунбин, М.С. Хайретдинов
[Автометрия]
|
| 2013 |
Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution
Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA
[Frontiers in Genetics]
|
|
BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ
Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Evolution of General Transcription Factors
Gunbin KV, Ruvinsky A.
[J MOL EVOL]
|
|
Phylogenetic Analysis of Housekeeping Archaeal Proteins and Early Stages of Archaea Evolution
K. V. Gunbin, V. V. Suslov, D. A. Afonnikov
[PALEONTOL J+(RUS)]
|
|
SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА
Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований
М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree
Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA.
[In Silico Biology]
|
|
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Detection of mitochondrial DNA from domestic cattle in European bison (Bison bonasus) from the Altai Republic in Russia
Yudin N.S., Kulikov I.V., Gunbin K.V., Aitnazarov R.B., Kushnir A.V., Sipko T.P., Moshkin M.P.
[ANIM GENET]
|
|
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova.
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П.
[Археология, этнография и антропология Евразии]
|
| 2011 |
Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi.
Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям
Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А.
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B
Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А.
[Вестник ТГУ]
|
| 2010 |
A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits
Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Moscow University Biological Sciences Bulletin]
|
|
Адаптация к бездне
Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В.
[Химия и жизнь]
|
|
Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих
О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков
[Вестник МГУ]
|
|
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков
Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А.
[Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
|
|
Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных
Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В.
[Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
|
| 2009 |
Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions
Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA
[BMC GENOMICS]
|
|
Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Эволюция ключевых белков клеточного цикла коррелирует с увеличением сложности эукариотических организмов
Турнаев И.И., Гунбин К.В., Колчанов Н.А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
| 2008 |
Молекулярно-генетические системы развития: динамика функционирования и молекулярная эволюция
Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
| 2007 |
Accumulation of slightly deleterious mutations in mitochondrial protein-coding genes of large versus small mammals
Popadin K., Polishchuk L.V., Mamirova L., Knorre D., Gunbin K.
[P NATL ACAD SCI USA]
|
|
Model of the reception of hedgehog morphogen concentration gradient: comparison with an extended range of experimental data
Gunbin K.V., Omelyanchuk L.V., Kogai V.V., Fadeev S.I., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study
Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A.
[In Silico Biology]
|
|
The location of the gene regions under selective pressures: PLATO algorithm parallelization
Vyatkin Yu. V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A.
[Lect Notes Comput Sci]
|
|
Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala)
Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V.
[CELL BIOL INT]
|
|
Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция
Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2006 |
Численное исследование модели рецепции градиента концентрации морфогена Hedgehog
В.В.Когай, К.В.Гунбин, Л.В.Омельянчук, С.И. Фадеев, Н.А.Колчанов
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
| 2005 |
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2004 |
Генетические механизмы кодирования биологической сложности
Суслов В.В., Гунбин К.В., Колчанов Н.А.
[Экологическая генетика]
|
|
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I.
Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А.
[Сибирский экологический журнал]
|
|
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II.
Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А.
[Сибирский экологический журнал]
|
|
Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации
Колчанов Н.А., Суслов В.В., Гунбин К.В.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
Монографии
| 2017 |
Cladogenesis
Ponomarenko M., Gunbin K., Doroshkov A., Suslov V., Kolchanov N.
|
|
Hogness Box
Ponomarenko M., Mironova V., Gunbin K., Ponomarenko P., Suslov V., Savinkova L.
|
| 2013 |
Cladogenesis.
Ponomarenko M, Gunbin K, Doroshkov A, Kolchanov N
|
|
Hogness Box.
Ponomarenko M, Mironova V, Gunbin K, Savinkova L
|
| 2012 |
Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов
|
|
Том IV. Глава 6. Компьютерная эволюционная биология. 6.3.2.3. Безмасштабные сети и их эволюция.
Титов И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В.
|
| 2011 |
Analysis of the Conservative Motifs in Promoters of miRNA Genes, Expressed in Different Tissues of Mammalians
O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V. Bocharnikov, and E.V. Berezikov
|
|
Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
|
| 2010 |
BioinfoWF – веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики
Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
|
|
Анализ эволюции в семействах белоккодирующих генов у архей рода Pyrococcus при адаптации к высоким давлениям океанических глубин
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А.
|
|
Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот
Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А.
|
|
Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения
И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова
|
| 2008 |
Исследование эволюции генов Hh-каскада сигналов
Гунбин К.В., Колчанов Н.А.
|
|
Морфогенез животных: реконструкция в базах данных и моделирование
Гунбин К.В., Омельянчук Л.В., Ананько Е.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Колчанов Н.А.
|
|
Понятие о генных сетях. База данных GeneNet.
Ананько Е.А., Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
|
|
Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию
Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А., Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А.
|
| 2007 |
The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics
Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.
|
Конференции
| 2019 |
A genetic handicap approach: how to estimate the genome-wide burden of slightly-deleterious variants in a model population
Viktor Shamanskiy , Anastasia Sokol , Valeria Timonina , Konstantin Gunbin , Konstantin Popadin
[MCCMB 2019]
|
|
Heat shock proteins buffer environmental and genetic perturbations: from short-term to long-term effects
Anastasia Sokol , Valeria Timonina , Ilya Mazunin , Konstantin Gunbin , Dmitry Knorre , Konstantin Popadin
[MCCMB 2019]
|
|
Mistranslation optimization of mitochondrial genes drives mammalians longevity. A hypothesis.
Kristina E. Ushakova , Anastasia D. Sokol , Konstantin Yu. Popadin , Konstantin V. Gunbin
[MCCMB 2019]
|
|
Mitochondrial mutational spectrum as an universal marker of cellular longevity
K. Popadin, A. Mikhaylova, A. Mikhaylova, K. Ushakova, E. Tretyakov, A. Iurchenko, M. Zazhytska, D. Knorre, Z. Fleischmann, S. Annis, M. Franco, K. Wasko, W. Kunz, I. Mazunin, S. Nikolaev, A. Reymond, K. Khrapko, K.
Gunbin
[SMBE 2019]
|
|
Mitochondrial mutational spectrum in vertebrates is shaped by generation time
A. G. Mikhaylova, A. A. Mikhaylova, K. Ushakova, E. Tretyakov, K. Popadin, K. Gunbin, I. Mazunin, D. Knorre,
S. Nikolaev, A. Yurchenko, K. Khrapko, A. Reymond
[SMBE 2019]
|
|
Mitochondrial mutational spectrum in vertebrates is shaped by temperature and generation time
Alina Mikhaylova , Alina Mikhaylova , Kristina Ushakova , Evgeniy Tretyakov , Konstantin Popadin , Alexander Reymond , Konstantin Gunbin , Dmitrii Knorre , Ilya Mazunin , Konstantin Khrapko , Sergey Nikolaev
[MCCMB 2019]
|
|
Seeking for mtDNA structural determinants of organisms longevity
V. Shamanskiy, V. Timonina, P. Konstantin, K. Gunbin
[SMBE 2019]
|
|
Seeking for mtDNA structural determinants of organisms longevity
Valeria N. Timonina , Viktor N. Shamanskiy , Konstantin Yu. Popadin , Konstantin V. Gunbin
[MCCMB 2019]
|
|
Tandem repeats are selfish elements which mark the level of hidden recombination in animal mitochondrial genomes
Alina A. Mikhailova , Kristina Ushakova , Alina G. Mikhaylova , Valeria Lobanova , Ilya Mazunin , Pavel Kravchenko , Dmitry Knorre , Alexandre Reymond , Konstantin Gunbin , Konstantin Popadin
[MCCMB 2019]
|
|
Tandem repeats are selfish elements which mark the level of hidden recombination in animal mitochondrial genomes
A. A. Mikhailova, K. Ushakova, A. G. Milhaylova, V. Lobanova, P. Kravchenko, I. Mazunin, D. Knorre, A. Reymond, K. Gunbin, K. Popadin
[SMBE 2019]
|
| 2018 |
Anatomy of mitochondrial genome and life-history traits of Chordata species
Alina A. Mikhailova, Kristina Ushakova, Alina G. Mikhailova, Dmitry Knorre, Ilia Mazunin, Konstantin Gunbin, Konstantin Popadin.
[SMBE 2018]
|
|
Discordant evolution of YUCCA family proteins demonstrated along sequence.
I. Turnaev, K. Gunbin, V. Suslov, D. Afonnikov
[11-ая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии — BGRS\SB-2018]
|
|
Finding shifts in the evolution of mitochondrial metabolism
A.A. Kuzminkova, K.Yu. Popadin, K.V. Gunbin
[BGRS/SB 2018]
|
|
Heterotachy in evolution of proteins associated with mitochondrial function in rodents and primates: opposite protein functions but common ecological role
Konstantin V. Gunbin
[BGRS/SB 2018]
|
|
Hsp as a long-term buffer of the genome-wide mutation burden
A. Sokol, K. Ushakova, A.A. Mikhaylova, A.G. Mikhaylova, D. Knorre, I. Mazunin, A. Reymond, K. Gunbin, K. Popadin
[BGRS/SB 2018]
|
|
Molecular evolution analysis of genetic network components related to plant trichome
development
A.V. Doroshkov, D.K. Konstantinov, K. V. Gunbin, D. A. Afonnikov
[BGRS/SB 2018]
|
|
Searching for signatures of cold adaptation in human TRP genes
A.V. Igoshin, K.V. Gunbin, N.S. Yudin, M.I. Voevoda
[BGRS/SB 2018]
|
|
Selfish elements drive mitochondrial and nuclear genome size in opposite directions
A.A. Mikhailova, A.G. Mikhaylova, K. Ushakova, D. Knorre, I. Mazunin, A. Reymond, K. Gunbin, K. Popadin
[BGRS/SB 2018]
|
|
The reasons for mtDNA structural instability: evolutionary physico-chemical retrospective
V.N. Timonina, D.A. Knorre, K.Yu. Popadin, K.V. Gunbin
[BGRS/SB 2018]
|
|
The software and database for Vertebrate imperfect mtDNA repeats annotation
V.A. Shamanskiy, K.Yu. Popadin, K.V. Gunbin
[BGRS/SB 2018]
|
|
Transition transversion ratio in mtDNA is higher in long- versus short-lived mammalians: effects of ROS and replication?
A.G. Mikhaylova, A.A. Mikhaylova, K. Ushakova, E. Tretyakov, A. Yurchenko, D. Knorre, I. Mazunin, A. Reymond, K. Gunbin, K. Popadin
[BGRS/SB 2018]
|
|
Variability in Gibbs energy of tRNA molecules in mitochondrial genomes of Chordates: neutral selection or evolution towards optimization of translation?
K. Ushakova, A.A. Mikhaylova, A.G. Mikhaylova, D. Knorre, I. Mazunin, A. Reymond, K. Gunbin, K. Popadin
[BGRS/SB 2018]
|
|
Variability in gibbs energy of trna molecules in mitochondrial genomes of chordates: neutral selection or evolution towards optimization of translation?
Kristina Ushakova, Alina A Mikhailova, Alina G Mikhailova, Dmitry Knorre, Ilia Mazunin, Konstantin Gunbin, Konstantin Popadin.
[SMBE 2018]
|
|
Variation in mutation spectra of mitochondrial genomes between Chordata species
Alina G Mikhaylova, Konstantin Popadin, Alina Mikhailova, Kristina Ushakova, Ilia Mazunin, Dmitry Knorre, Konstantin Gunbin.
[SMBE 2018]
|
| 2017 |
Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей
З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Анализ эволюционных характеристик генных сетей с помощью программы Orthoscape
Лашин С.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
[Международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
|
Anatomy of mitochondrial genome and life-history traits of chordata species.
Alina A. Mikhailova, Kristina Ushakova, Alina G. Mikhailova, Dmitry Knorre, Ilia Mazunin, Konstantin Gunbin, Konstantin Popadin.
[Mitochondrial Genomics and Evolution (MGE) meeting]
|
|
Evolution of brain active gene promoters in human lineage towards the increased plasticity of gene regulation
K.V.Gunbin, M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, F.Gusev, G.G. Fedonin, E.I. Rogaev
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology' 2017 (MCCMB'2017)]
|
|
FINDING SHIFTS IN THE MITOCHONDRIAL PROTEOME EVOLUTION: A CASE STUDY OF DEUTEROSTOMIA
Konstantin Popadin, Konstantin Gunbin
[Mitochondrial Genomics and Evolution (MGE) meeting]
|
|
Human evolution: Gradual or Punctuated? Accelerated integration of mtDNA pseudogenes into the nuclear genome coincides with speciation of the human genus. A Hypothesis.
Konstantin Gunbin, Konstantin Popadin, Leonid Peshkin, Sofia Annis, Rebecca Ackermann, Konstantin Khrapko
[SMBE 2017]
|
|
TO BREAK OR NOT TO BREAK: THE HYPOTHESIS OF mtDNA BREAKPOINT PROPAGATION BASED ON DRASTIC DIFFERENCES BETWEEN 5’ AND 3’ BREAKPOINT PROPERTIES
Konstantin Popadin, Konstantin Gunbin
[Mitochondrial Genomics and Evolution (MGE) meeting]
|
|
The Genome of Opisthorchis felineus
N. Ershov, M. Pomaznoy, D. Afonnikov, K. Gunbin, M. Genaev, K. Ustiantsev, M. Pakharukova, E. Prokhortchouk, A. Mazur, N. Chekanov, K. Skryabin, N. Kolchanov, et al., V. Mordvinov
[Asian Neglected Tropical Disease Conference 2017 (NTDASIA2017)]
|
|
VARIABILITY IN GIBBS ENERGY OF TRNA MOLECULES IN MITOCHONDRIAL GENOMES OF CHORDATES: NEUTRAL SELECTION OR EVOLUTION TOWARDS OPTIMIZATION OF TRANSLATION?
Kristina Ushakova, Alina A Mikhailova, Alina G Mikhailova, Dmitry Knorre, Ilia Mazunin, Konstantin Gunbin, Konstantin Popadin
[Mitochondrial Genomics and Evolution (MGE) meeting]
|
|
Variation in mutation spectra of mitochondrial genomes between Chordata species.
Alina G Mikhaylova, Konstantin Popadin, Alina Mikhailova, Kristina Ushakova, Ilia Mazunin, Dmitry Knorre, Konstantin Gunbin.
[Mitochondrial Genomics and Evolution (MGE) meeting]
|
|
Норма реакции в эволюции человека и антропоидов:
сравнительно-геномный анализ проксимальных
промоторов
Гунбин К.В., Пономаренко М.П., Суслов В.В.
[3-я международная конференция «Современные проблемы биологической эволюции», посвященная 130-летию со дня рождения Н.И. Вавилова и 110-летию со дня основания Государственного Дарвиновского музея]
|
|
СЛЕДЫ ЕСТЕСТВЕННОГО ОТБОРА В ГЕНЕ ХОЛОДОВОГО РЕЦЕПТОРА TRPM8 ЧЕЛОВЕКА
Игошин А.В., Гунбин К.В., Юдин Н.С., Воевода М.И.
[Беляевские чтения. Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
| 2016 |
MOLECULAR EVOLUTION OF YUCCA PROTEIN FAMILY
I.I. Turnaev, V.V. Suslov, K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov
[BGRS\SB-2016]
|
|
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[The 8th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
|
|
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
|
|
TATA-Box AND BRAIN GENES NORM OF REACTION
Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Gunbin K.V., Ponomarenko P.M., Vishnevsky O.V.
[CSGB-2016]
|
|
The molecular mechanisms of the heterochromatin expansion in the rye chromosomes
Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV
[21st International Chromosome Conference (ICC)]
|
| 2015 |
CONSERVATIVE FULCRUM FOR EVOLUTION PROGRESS
K.V. Gunbin, V.V. Suslov, M.A. Genaev, E.G. Komyshev
[IV МЕЖДУНАРОДНАЯ Конференция, посвященная Н.В.Тимофееву-Ресовскому “Современные проблемы генетики, радиобиологии, радиоэкологии и эволюции]
|
|
Cтатистически редкие неравномерно распределенные по ветвям филогене-тического дерева аминокислотные замены связаны с ключевыми события-ми в эволюции многоклеточных животных
Гунбин Константин Владимирович
[Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)]
|
|
Rare amino acid changes fixation drives divergence in Metazoa evolution
Konstantin Gunbin, Valentin Suslov, Yuri Orlov
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15)]
|
|
TATA-BOX AS GENOME WIDE VARIABILITY VARIATOR
M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, K.V. Gunbin, P.M. Ponomarenko, O.V. Vishnevsky, N.A. Kolchanov
[IV международная Конференция, посвященная Н.В.Тимофееву-Ресовскому “Современные проблемы генетики, радиобиологии, радиоэкологии и эволюции”]
|
| 2014 |
Variation of elongation efficiency index of Archaea genes during evolution
В.С. Соколов, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин
[BGRS\SB-2014]
|
|
EVOLUTION OF MODERN HUMAN AND RECOMBINATION OF MEMES
Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Gunbin K.V.
[BGRS-2014]
|
|
FORWARD-TIME SIMULATION OF EVOLUTIONARY PROCESSES IN ANCIENT POPULATIONS USING THE DIPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR
Lashin S.A., Suslov V.V., Gunbin K.V.
[BGRS-2014]
|
|
Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants
Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A.
[9th BGRS\SB-2014]
|
| 2013 |
Human brain origin and the evolution of ТАТА-boxes of protein-coding genes expressed in brain.
K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, D.A. Afonnikov
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
|
|
INTENSIVE RECOMBINATIONS HAVE LED TO TANDEM REPEAT EXPANSION AND ENLARGEMENT OF RYE SUBTELOMERIC HETEROCHROMATIN
VERSHININ A.V., EVTUSHENKO E.V., ELISAFENKO A.E., GUNBIN K., LEVITSKY V.G.
[The 19th International Chromosome Conference]
|
|
Influence of high temperature and high pressure on the Nip7 proteins from the hyperthermophilic archaea P. abyssi and P. furiosus: molecular dynamics simulation analysis
K.E. Medvedev, K.V. Gunbin, Y.N. Vorobjev, D.A. Afonnikov
[MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)]
|
|
Metazoa evolution: the relation between molecular evolution of orthologous protein groups and aromorphoses
K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
|
|
The gene flow between ancient and modern humans: how often the hybridization occurred and what are population consequences?
K.V. Gunbin, S.A. Lashin
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
|
|
АРОМОРФОЗЫ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭВОЛЮЦИЯ: ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ НА ПРИМЕРЕ МНОГОКЛЕТОЧНЫХ ЖИВОТНЫХ
К.В. Гунбин, Д.А. Афонников
[Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции]
|
|
Оценка времени дивергенции и популяционной динамики в роде Pisum L. при помощи генов гистона Н1.
Зайцева О.О., Гунбин К.В., Костерин О.Э.
[Конференция ВОГиС «Проблемы генетики и селекции»]
|
|
ПРОИСХОЖДЕНИЕ МОЗГА ЧЕЛОВЕКА И ЭВОЛЮЦИЯ ТАТА-БОКСОВ БЕЛОК-КОДИРУЮЩИХ ГЕНОВ
К.В. Гунбин, М.П. Пономаренко
[Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции]
|
|
ТАТА Box as molecular markers of Human origin and evolution
Nikolay Kolchanov, Konstantin Gunbin
[Federation of European Biochemical Societies CONGRESS 2013 “Mechanisms in Biology”]
|
| 2012 |
Реконструкция процессов антропогенеза: анализ геномов представителей древнего и современного населения Сибири
Колчанов Н.А., Мордвинов В.А., Афонников Д.А., Гунбин К.В., Пилипенко А.С., Молодин В.И., Деревянко А.П.
[Мега-структура евразийского мира: основные этапы сложения]
|
|
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
|
|
Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[2012 International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB2012), Hangzhou, China]
|
|
BioinfoWF -- WEB SERVICES AND WEB INTERFACES GENERATOR FOR BIOINFORMATICS ANALYSIS
Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич
[Школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"]
|
|
Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of protein-coding genes expressed in brain.
Kolchanov N.A., Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Derevyanko A.P.
[SysPatho Workshop “SYSTEMS BIOLOGY AND MEDICINE”]
|
|
Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of proteincoding genes expressed in brain
K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, D.A. Afonnikov, N.A Kolchanov
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
|
|
IMPORTANT ROLE OF THE miRNA CHANGES IN THE HOMO NEANDERTHALENSIS AND HOMO DENISOVA EVOLUTION
K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, A.P. Derevyanko
[EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY BGRS\SB’12]
|
|
Important role of the miRNA changes in the Homo neanderthalensis and Homo denisova evolution
K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, A.P. Derevyanko
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
|
|
PEFF DB: the web-available database of Protein Evolutional and Functional Features
K.V. Gunbin, M.A. Genaev, D.A. Afonnikov
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
|
|
Simple, robust and sensitive method for detection of positive selection events
D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
|
|
The enigmatic nature of the relation between TBP/TATA-affinity and the reaction norm of gene expression
P.M. Ponomarenko, V.V. Suslov, O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
|
|
The molecular evolution of GTF2I protein repeats and GTF2I protein globule
K.V. Gunbin, A.O. Ruvinsky
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
|
| 2011 |
BioinfoWF — workflow management system for bioinformatics analysis.
Genaev M.A., Afonnikov D.A., Gunbin K.V.
[Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»]
|
|
Deep inside into Vertebrates and Invertebrates macroevolution: the molecular evolution modes of strict orthologous protein sequences.
Gunbin KV, Suslov VV, Afonnikov DA.
[15th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles.]
|
|
Gene networks and the evolution of biological systems.
Kolchanov N.A., Afonnikov D.A., Gunbin K.V., Suslov V.V.
[III International Conference “Biosphere origin and evolution”]
|
|
Human and Neanderthal miRNA genes are not so similar.
Gunbin K., Afonnikov D., Kolchanov N.
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology, MCCMB’11]
|
|
The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011
Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
|
|
Why we need new evidences for deep Archaea evolution: the lesson from study of horizontal transfer highways.
Gunbin K., Suslov V., Afonnikov D.
[III International Conference “Biosphere origin and evolution”]
|
|
Анализ механизмов адаптации протеома архей к высоким давлениям.
Афонников Д.А., Гунбин К.В., Медведев К.Е., Суслов В.В.
[II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
|
|
Генетическая основа макроэволюционных преобразований – исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных.
Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А.
[II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
|
|
Генетическая основа макроэволюционных преобразований: исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных.
Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А.
[Международная конференция “Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики”, посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова]
|
|
Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза.
Колчанов Н.А., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А.
[Морфогенез в индивидуальном и историческом развитии]
|
|
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
[Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"]
|
|
Полногеномный анализ режимов эволюции ортологичных групп белков позвоночных и беспозвоночных.
Гунбин К.В., Афонников Д.А.
[Рабочее совещание «Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике»]
|
|
Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л.
[Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»]
|
| 2010 |
Molecular evolution of the Wolbachia wRi, wMel and wPip genomes
Gunbin K.V., Ilinsky Yu.Yu., Afonnikov D.A.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. Тезисы докладов Международной научной конференции и Международной школы для молодых ученых (Иркутск, 20-25 сентября 2010 г.) – Иркутск: Изд-во Иркутского государственного университета. 2010. С. 242.]
|
|
Molecular evolution of the Wolbachia wRi, wMel and wPip genomes
Gunbin K.V., Ilinsky Yu.Yu., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Crimean Meeting: Third International Conference, Dedicated N.V. Timofeeff-Ressovsky “Modern Problems of Genetics, Radiobiology, Radioecology and Evolution”; Third Readings after V.I. Korogodin and V.A. Shevchenko; NATO Advanced Research Workshop “Radiobio]
|
|
Analysis of the conservative motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians
O.V.Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V.Bocharnikov, E.V. Berezikov
[Evolutionary Biology Concepts, Molecular and Morphological Evolution]
|
|
Analysis of the degenerate motifs in 5’- regulatory regions of brain-specific miRNA genes of primates
Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V.
[Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference "Molecular Phylogenetics" (Moskow, Russia, May 18-21, 2010)]
|
|
Analysis of the degenerate motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians
Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V.
[14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles]
|
|
BioinfoWF - веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики
Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
[Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции. RCDL’2010]
|
|
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein families: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms
Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles]
|
|
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein-coding genes: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms
Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Genaev M.A., Kolchanov N.A.
[2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2)]
|
|
Method and Software Tools for Gene Networks Evolution Research
Timonov V.S., Gunbin K.V., Turnaev I.I., Genaev M.A., Kolchanov N.A.
[14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles]
|
|
Prokaryotic adaptation to different environmental conditions at the genomic level: Molecular evolution analysis
Dmitry A. Afonnikov, Konstantin V. Gunbin, Kirill E. Medvedev
[Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods"]
|
|
The relation between biological complexity of eukaryotes and evolutionary changes of Notch cascade protein features
Gunbin K.V. Bukharina T.A.
[Седьмая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции и Структуры Генома (BGRS'2010)]
|
|
Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих
О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, А.В.Романенко.
[Научная конференция-совещание "Вычисления с использованием графических процессоров в биологии и биоинформатике" 24-25 мая 2010 г., Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова.]
|
|
Исследование эволюции циклинов: зависимость между эволюционным изменением циклинов и увеличением сложности эукариот
Турнаев И.И., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова.]
|
|
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков
Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А.
[1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"]
|
|
Молекулярная эволюция циклинов животных и грибов: зависимость между изменением белков и ростом сложности организмов
Турнаев И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[Первая международная научно-практическая конференция. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
|
|
Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот
Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А.
[1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"]
|
| 2009 |
Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaea of Pyrococcus genus
K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov
[International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics]
|
|
Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaebacteria of Pyrococcus genus
K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov
[4th Moscow Conference on Computational Molecular Biology]
|
|
Адаптивная эволюция археобактерий рода Pyrococcus: приспособления к обитанию в условиях высоких давлений на уровне генов и белков
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина]
|
|
Взаимодействие симбиотической системы Drosophila melanogaster – Wolbachia: генетика и эволюция
Илинский Ю.Ю., Гунбин К.В., Захаров И.К.
[Чарлз Дарвин и современная биология]
|
|
Горячие точки молекулярно-генетических взаимодействий Drosophila – Wolbachia
Гунбин К.В., Илинский Ю.Ю.
[Эволюционная и популяционная экология - назад в будущее]
|
|
Поиск генов-кандидатов молекулярно-генетических взаимодействий Drosophila melanogaster – Wolbachia
Илинский Ю.Ю., Гунбин К.В.
[5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина]
|
|
Распространение гена ксилозоизомеразы в пространстве видов бактерий
Розанов А.С., Гунбин К.В., Пельтек С.Е.
[XII Всероссийская молодежная школа-конференция по актуальным проблемам химии и биологии. МЭС ТИБОХ, Владивосток 7-14 сентября 2009г.]
|
| 2008 |
Molecular evolution of the key regulatory genes in the eukaryotic cell cycle gene network
Turnaev I.I., Gunbin K.V., Kolchanov N.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008]
|
|
The molecular evolution of the pyrococcus genomes: a computer-assisted study
K.V. Gunbin, P.B. Baryshev, D.A. Afonnikov
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008]
|
|
The parallelization of the plato algorithm for analysis of the anomalously evolving gene regions
Vyatkin Yu.V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008]
|
| 2007 |
Adaptive evolution of genetic systems
Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V.
[II International Conference "Biosphere Origin and Evolution"]
|
|
Gene networks and evolution of regulatory genetic system
Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V.
[Current Evolutionary Thinking in Biology, Medicine and Sociology. International Conference Dedicated to 90 Anniversary of Prof. Dmitry K. Belyaev]
|
|
Molecular genetic systems of development: dynamics of functioning and molecular evolution
Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V.
[Computational phylogenetics and molecular evolution "CPMS' 2007"]
|
|
The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics
Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.
[3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007"]
|
|
Численное исследование модели рецепции градиента концентрации морфогена Hedgehog
Фадеев С.И., Когай В.В., Гунбин К.В.
[Математика в современном мире. Российская конференция посвященная 50-летию Института Математики им. С.Л. Соболева СО РАН.]
|
| 2006 |
A model for sensing the morphogen Hedgehog concentration gradient
Gunbin К.V., Kogai V.V., Fadeev S.I., Omelyanchuk L.V.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006)]
|
|
Aromorphoses and adaptive molecular evolution: morphogens and signaling cascade genes
Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006)]
|
Гранты
| 2016 |
Популяционная структура и следы адаптации к холодному климату в геномах российских пород крупного рогатого скота и овец
Айтназаров Руслан Бейшеналиевич Белоногова Надежда Михайловна Гунбин Константин Владимирович Злобина Раиса Андреевна Кацюба Людмила Алексеевна Петровский Евгений Дмитриевич Печурин Сергей Николаевич Тарасова Татьяна Ивановна Юдин Николай Серафимович Юрченко Андрей Александрович Прокопов Дмитрий Юрьевич
|
| 2014 |
Исследование механизмов онколитического действия природных штаммов вируса болезни Ньюкасла.
Глущенко А.В., Губанова Н.В., Кабилов М.Р., Кашина Е.В., Шестопалов А.М., Юрченко К.С., Гунбин К.В.
|
| 2013 |
Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Колчанов Николай Александрович, Подколодный Николай Леонтьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Брызгалов Леонид Олегович, Рассказов Дмитрий Александрович, Васькин Юрий Юрьевич, Данилова Юлия
|
| 2012 |
Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ»
Подколодный Николай Леонтьевич Колчанов Николай Александрович Фомин Эдуард Станиславович Алемасов Николай Александрович Казанцев Федор Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Гунбин Константин Владимирович Генаев Михаил Александрович Вишневский Олег Владимирович
|
|
Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах»
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Казанцев Федор Владимирович, Рассказов Дмитрий Александрович
|
| 2011 |
Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович
|
|
Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства
Афонников Дмитрий Аркадьевич, Гунбин Константин Владимирович, Иванисенко Владимир Александрович, Пинтус Сергей Сергеевич, Старостина Полина Александровна
|
|
Изучение адаптации протеомов микроорганизмов к повышенным давлениям внешней среды методами биоинформатики
Афонников Дмитрий Аркадьевич, Гунбин Константин Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Старостина Полина Александровна, Суслов Валентин Владимирович
|
|
Реконструкция процессов антропогенеза: анализ митохондриальных геномов представителей древнего и современного населения Сибири
Колчанов Николай Александрович,Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Губина Марина Александровна, Гунбин Константин Владимирович, Мордвинов Вячеслав Алексеевич, Осипова Людмила Павловна, Пилипенко Александр Сергеевич, Трапезов Ростислав Олегович, Шуньков Михаил Васильевич
|
| 2009 |
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Акбердин Илья Ринатович, Гунбин Константин Владимирович, Захаренко Л.П., Иванисенко Владимир Александрович, Игнатьева Елена Васильевна, Казанцев Федор Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лихошвай Виталий Александрович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Пономаренко Михаил Павлович, Пономаренко Петр Михайлович, Ри Максим Тексенович, Савинкова Людмила Кузминична, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Хлебодарова Тамара Михайловна
|
|
Компьютерное исследование молекулярной эволюции генов и молекулярно-генетических систем многоклеточных животных
Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Бухарина Татьяна Анатольевна, Вяткин Юрий Викторович, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович
|
|
ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ
76 человек
|
|
Структура и свойства молекулярных органических кристаллов в условиях высоких давлений и низких температур
Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Гунбин Константин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Суслов Валентин Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Генаев Михаил Александрович
|
| 2006 |
Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов
Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Гунбин Константин Владимирович, Барышев Павел Борисович
|
|
РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ
113 исполнителей из 10 Институтов СО РАН
|
Научное руководство
| 2013 |
Система автоматической декомпозиции метаболических путей по кинетическому параметру.
Тимонов В.С., Гунбин К.В.
[Кабаков Михаил Анатольевич]
|
| 2009 |
Реконструкция и компьютерный анализ генной сети внутриклеточного ответа на гипоксию.
[Мешков Иван Олегович]
|
Учебные курсы
| 2018 |
Практическая биоинформатика: белки
Гунбин Константин Владимирович
|
| 2017 |
Молекулярная филогенетика
|
|
Практическая биоинформатика: нуклеиновые кислоты
|
| 2007 |
Приглашенный курс лекций "Введение в биоинформатику"
|
| 2004 |
Генные сети
|
Патенты
| 2018 |
База данных вырожденных повторов в митохондриальных геномах Позвоночных
Шаманский В.А., Гунбин К.В.
|
|
База данных внутривидовых мутационных спектров Позвоночных
Михайлова А.Г., Гунбин К.В., Попадьин К.Ю.
|
|
Программа для идентификации контекстных характеристик вырожденных повторов в митохондриальных геномах Позвоночных
Шаманский Виктор Анатольевич, Гунбин Константин Владимирович.
|
|
Программный комплекс для управления конвейером анализа внутривидовых мутационных спектров
Михайлова Алина Геннадьевна, Гунбин Константин Владимирович, Попадьин Константин Юрьевич.
|
| 2016 |
Программа для анализа эволюционных характеристик генных сетей (Ортоскейп) / Application for evolutionary analysis of gene networks (Orthoscape)
Лашин С.А., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В.
|
| 2013 |
Система автоматической генерации веб-интерфейсов для конвейеров и вычислительных модулей для поддержки исследований в области биоинформатики (BioInfoWF)
Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич
|
| 2012 |
База данных эволюционных и функциональных характеристик белков (ПЕФФ ДБ)/ Database of Protein Evolutional and Functional Features (PEFF DB)
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Генаев М.А.
|
|
Программа поиска статистически редких аминокислотных замен в эволюции белков (РедЗамКарт) / Software tool for detecting of statistically rare amino acid replacements in protein evolution (RareMap)
Гунбин К.В., Афонников Д.А.
|
Диссертации
| 2007 |
Компьютерный анализ и моделирование структурно-функциональной организации и эволюции генных сетей, контролирующих развитие крыла Drosophila melanogaster
[Кандидат]
|
|
|
