 |
|
|
Вибе Даниил Станиславович, к. б. н.
В данный момент не является сотрудником института
|
Персональная информацияОбразование
НГУ – 2013 – бакалавр (биология, информационная биология)
НГУ – 2015 – магистр (биология, информационная биология)
Публикации
| 2022 |
Method for the Isolation of “RNA-seq-Quality” RNA from Human Intervertebral Discs after Mortar And Pestle Homogenization
Artemii A. Ivanov, Olga N. Leonova, Daniil S. Wiebe, Alexsandr V. Krutko, Mariya M. Gridina, Veniamin S. Fishman, Yurii S. Aulchenko, Yakov A. Tsepilov, Tatiana S. Golubeva
[Cells]
|
| 2020 |
Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude
for Functional Gene Groups
Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V.
[Genes]
|
|
Meta-Analysis of Transcriptome Data Detected New Potential Players in Response to Dioxin Exposure in Humans
Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Victoria Mironova and Nikolay Kolchanov
[INT J MOL SCI]
|
| 2017 |
Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots
N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova
[SCI REP-UK]
|
| 2016 |
Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L.
Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
| 2014 |
Computational analysis of auxin responsive elements in the Arabidopsis thaliana L. genome
Mironova VV, Omelyanchuk NA, Wiebe DS, Levitsky VG
[BMC GENOMICS]
|
Конференции
| 2022 |
Integration of ChIP-seq and RNA-seq data in structure-function analysis of cis-regulatory elements
Dolgikh V., Wiebe D., Levitsky V., Zemlyanskaya E.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2020 |
FoldGO - программный комплекс для выявления фолд-специфичных ГО категорий в данных транскриптомных экспериментов
Вибе Д.С., Мухин А.М., Омельянчук Н.А., Миронова В.В.
[Симпозиум Биофизика сложных систем. Вычислительная и системная биология. Молекулярное моделирование”]
|
| 2019 |
Search for cis-elements associated with response to dioxin in human
Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Viktoria Mironova.
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)]
|
|
FoldGO - новый метод анализа функционального обогащения с учетом степени изменения транскрипционной активности.
Вибе Д.С., Омельянчук Н.А., Мухин А.М., Лашин С.А., Миронова В.В.
[7ой съезд ВОГиС]
|
|
FoldGO: a web server to identify functional gene groups responding to a factor within specific ranges of fold changes
Nadya Omelyanchuk, Daniil Wiebe, Victoria Mironova
[30th International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019)]
|
| 2018 |
Developing FoldGO, the tools for multifactorial functional enrichment analysis
A.M. Mukhin, D.S. Wiebe, I. Grosse, S.A. Lashin, V.V. Mironova
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)]
|
|
FoldGO - the new method for functional enrichment analysis of transcriptome data to identify fold-change-specific GO terms
Wiebe D.S., Mironova V.V.
[17TH EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY (ECCB 2018)]
|
|
FoldGO for functional annotation of transcriptome data to identify fold-change-specific GO categories
D.S. Wiebe, A.M. Mukhin, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology]
|
| 2015 |
Поиск ассоциированных с ответом на ауксин TGTCnn - содержащих регуляторных мотивов и их повторов у Arabidopsis thaliana L.
Вибе Даниил Станиславович, Миронова Виктория Владимировна
[МНСК 2015 г. Новосибирск]
|
| 2013 |
Анализ распределения ауксин-чувствительных элементов в геноме Arabidopsis thaliana L.
Вибе Даниил Станиславович, Миронова Виктория Владимировна
[мнск 2013 г. новосибирск]
|
Гранты
| 2021 |
Поиск, декомпозиция и верификация регуляторных модулей, обеспечивающих формирование пространственно-временных паттернов экспрессии генов растений
Левицкий Виктор Георгиевич,
Миронова Виктория Владимировна,
Лавреха Виктория Вадимовна,
Сизенцова Яна Геннадьевна,
Коврижных Василина Владимировна,
Долгих Владислав Андреевич,
Омельянчук Надежда Анатольевна,
Цуканов Антон Витальевич,
Вибе Даниил Станиславович,
Коростелева Анастасия Леонидовна
|
| 2018 |
Мета-анализ полногеномных данных на основе выявления и аннотации различных структурно-функциональных типов сайтов связывания транскрипционных факторов в составе композиционных элементов
Левицкий Виктор Георгиевич (Р)
Брызгалов Леонид Олегович
Миронова Виктория Владимировна
Игнатьева Елена Васильевна
Ощепков Дмитрий Юрьевич
Новикова Дарья Дмитриевна
Вибе Даниил Станиславович
Землянская Елена Васильевна
Мухин Алексей Максимович
|
|
Системный анализ генов, обеспечивающих устойчивость корня растений к низким положительным температурам
Вибе Даниил Станиславович, Долгих Владислав Андреевич, Землянская Елена Васильевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Миронова Виктория Владимировна, Новикова Дарья Дмитриевна, Сизенцова Яна Геннадьевна, Убогоева Елена Вячеславовна
|
|
Разработка метода и онлайн ресурса для биоинформатического анализа фолд-специфической экспрессии генов
Вибе Даниил Станиславович, Мухин Алексей Максимович, Новикова Дарья Дмитриевна, Убогоева Елена Вячеславовна
|
|
Разработка и апробация метода поиска и функциональной аннотации цис-регуляторных элементов, ассоциированных с ответом организма на изменение внешних условий
Коврижных Василина Владимировна Миронова Виктория Владимировна (Р) Омельянчук Надежда Анатольевна Вибе Даниил Станиславович Ощепкова Евгения Александровна Злобин Александр Сергеевич Мухин Алексей Максимович Ткачев Кирилл Юрьевич
|
| 2015 |
Транскрипционная и посттранскрипционная регуляция ауксином и этиленом экспрессии генов в корне Arabidopsis thaliana
Вибе Даниил Станиславович Дорошков Алексей Владимирович Климова Наталья Викторовна Лавреха Виктория Вадимовна Левицкий Виктор Георгиевич Миронова Виктория Владимировна, руководитель, Новикова Дарья Дмитриевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Чернова Василина Владимировна Черных Ольга Александровна
|
Патенты
| 2018 |
Функциональная аннотация дифференциально экспрессирующихся генов с учетом степени изменения экспрессии (FoldGO)
Вибе Даниил Станиславович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Миронова Виктория Владимировна
|
|
|
